Dissertations / Theses: 'Impact sur la communauté microbienne'

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Henry, Sonia. "Impact des exsudats racinaires sur l’activité, la densité et la diversité des communautés nitrate réductrice et dénitrifiante." Dijon, 2007. http://www.theses.fr/2007DIJOS078.

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Abstract:

La dénitrification est un processus respiratoire microbien au cours duquel les oxydes d’azote, nitrate et/ou nitrite sont réduits en gaz, NO, N2O ou N2. Ce processus est d'une importance fondamentale dans l'équilibre du cycle biogéochimique de l'azote car il est à l’origine du transfert de l'azote de la biosphère vers l'atmosphère. Cependant ce processus est également responsable d’e��missions de protoxyde d’azote ayant un rôle significatif dans l’accroissement de l’effet de serre et dans l’évolution de l’ozone stratosphérique. Les nitrate réducteurs et les dénitrifiants sont des micro-organismes majoritairement hétérotrophes ayant besoin de carbone organique pour se développer. Le carbone organique dans les sols provient principalement de la plante dont l’influence sur les activités nitrate réductase et dénitrifiante a été démontrée. Dans ce contexte et afin de mieux comprendre l’impact de la plante sur les communautés nitrate réductrice et dénitrifiante, l'objectif de cette thèse a été d'étudier l'effet du carbone exsudé par les racines sur l’activité, la diversité et la densité des communautés nitrate réductrice et dénitrifiante. Ces travaux ont été réalisés au travers de mesures d’activités ainsi que par des approches moléculaires permettant d’étudier les communautés nitrate réductrice et dénitrifiante en terme de densité et de diversité. Il apparaît que le carbone organique exsudé à partir des racines des plantes a un impact important sur l’activité mais un impact mineur sur la diversité et la densité. Le carbone stimule les activités enzymatique mais n’est pas suffisant pour structurer ou augmenter la taille des communautés nitrate réductrice et dénitrifiante Denitrification is a microbial respiratory process during which nitrate and nitrite are reduced into gaz, NO, N2O or N2. This process is very important for the balance of the nitrogen biogeochemical cycle because it allows allowing the return of the fixed nitrogen from biological fixation and fertilizers to the atmosphere. This process is also responsible of N2O emissions, which have a significant role in the increase of greenhouse gases and in evolution of stratospheric ozone. Nitrate reducers and denitrifying are mainly heterotrophic micro-organisms heterotrophic that need organic carbon for their development. Organic carbon in soil comes mainly from the plant whose influence on nitrate reductase and denitrifying activities are known for a long time. In order to better understand the impact of the plant on nitrates reducing and denitrifying communities, the objective of this thesis was to study the effect of carbon exuded by the roots on activity, diversity and density of nitrate reducing and denitrifying communities. This work was completed through measurements of activities and by molecular approaches allowing studying density and diversity of these communities. Carbon had a significant impact on activity but a minor impact on diversity and density but stimulates the enzymatic activities might be not sufficient to structure or to increase the size of nitrates reducing and denitrifying communities

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Laffet, Lucie. "Impact de la pollution plastique sur les communautés microbiennes de rivière." Electronic Thesis or Diss., Université Clermont Auvergne (2021-...), 2023. http://www.theses.fr/2023UCFA0149.

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Abstract:

La pollution plastique, résultant de la production massive et de l'utilisation de plastiques depuis le 20e siècle, est omniprésente dans la biosphère. Les plastiques, conçus pour leur durabilité, perdurent des décennies, voire des siècles, et se fragmentent en microplastiques, répandus partout, des fonds marins aux montagnes. Dans le milieu aquatique, les plastiques favorisent la formation de communautés microbiennes, appelées "plastisphère", similaires aux biofilms aquatiques naturels. Les écosystèmes marins ont été largement étudiés pour quantifier la présence de plastiques, en particulier de microplastiques, et leur impact sur les communautés microbiennes. Cependant, les écosystèmes d'eau douce ont été moins explorés que les écosystèmes marins, tant sur la présence de plastiques que sur l'impact de ces derniers sur les communautés microbiennes naturelles du benthos de la rivière. De plus, la fraction de taille la plus étudié correspond aux microplastiques par rapport aux macroplastiques.La première partie de cette thèse a comparé la colonisation microbienne entre deux types de plastiques (non biodégradable et biodégradable) et des substrats naturels (sédiments, rochers et feuilles) sur deux sites de rivières, avec des niveaux de pollution plastique distincts. Cette comparaison a été faite avec l'analyse des descripteurs structuraux et fonctionnels des communautés microbiennes. De façon globale, les densités microbiennes et les activités de décomposition du carbone, azote et phosphore organique étaient plus élevées au niveau des substrats naturels (sédiments, rochers et feuilles) qu'au niveau des substrats plastiques. Ceci peut être dû à une plus grande disponibilité en carbone organique et en nutriments dans les substrats naturels. Les microorganismes de rivière ont montré des différences de colonisation, avec une densité bactérienne et des activités enzymatiques plus élevées sur le plastique biodégradable dans le site en aval. En conséquence, la présence de macroplastiques biodégradables augmenterait davantage l'hétérotrophie de l'écosystème fluvial que la présence de macroplastiques non biodégradables.La deuxième partie a évalué l'impact structurel et fonctionnel des deux types de plastiques sur les communautés microbiennes des sédiments et rochers en microcosmes de rivière. Les résultats ont montré des effets contrastés en fonction de l'échelle d'étude. Au niveau du substrat, l'ajout de plastique non biodégradable a augmenté l'activité enzymatique β-glucosidase et l'ajout de plastique biodégradable a réduit la densité fongique sur les communautés microbiennes des rochers. Cependant, à l'échelle du microcosme, la présence des deux plastiques a réduit les activités N-acetyl-glucosaminidase et phosphatase ainsi que les biomasses fongique et algale présents dans l'ensemble du microcosme. Tant à l'échelle du substrat qu'à l'échelle du microcosme, l'ajout de litières de feuilles tend à réduire l'impact des plastiques sur les communautés microbiennes naturelles.L'impact des plastiques sur les communautés microbiennes benthiques dépend de divers facteurs, notamment le type de plastique, les conditions physico-chimiques de la rivière, la présence de substrats organiques (ex. feuilles) et de l'échelle de l'étude. Cette recherche met en évidence l'impact des macroplastiques sur la structure et la fonction des communautés microbiennes des rochers et appel à un équilibre dans la recherche sur la pollution plastique, au-delà des microplastiques Plastic pollution, resulting from massive production and use of plastic polymers since the 20th century, is now ubiquitous in the biosphere. Plastics durability makes them able to persist for decades to centuries, fragmenting into microplastics, that can accumulate everywhere from the deep ocean to the top of the mountains. In aquatic environments, plastics promote the formation of microbial communities similar to natural aquatic biofilms known as the 'plastisphere'. While the presence and impact of plastics on microbial communities has been extensively characterized for the marine ecosystems, freshwater ecosystems have been less explored. Furthermore, most of the studies focus on the effect of the microplastics size fraction rather than on macroplastics.The first part of this thesis compared the microbial colonization between two plastic types (non-biodegradable and biodegradable) and natural substrata (sediments, rocks, and leaves) in two sites of the same watershed with contrasting plastic-pollution levels. This comparison included an analysis of the structural and functional descriptors of microbial communities during substrata colonization. Overall, microbial densities and enzymatic activities involved in organic carbon, nitrogen, and phosphorous decomposition were higher on natural substrata (sediments, rocks, and leaves) than on plastics substrata. This could be due to the greater availability of organic carbon and nutrients in natural substrata. River microorganisms exhibited colonization differences between plastic types at the downstream site, with higher bacterial density and enzymatic activities values measured on the biodegradable compared to the non-biodegradable plastic. Consequently, the presence of biodegradable macroplastics would increase heterotrophy to the river ecosystem more than the presence of non-biodegradable macroplastics.The second part assessed the structural and functional impact of the same plastic types on sediment and rock microbial communities in a river microcosm experiment. Main findings revealed contrasting plastic effects depending on the approach used. At the substratum scale, the addition of non-biodegradable plastic increased β-glucosidase activity and the addition of biodegradable plastic reduced the fungal density in microbial communities from rocks. However, at the microcosm scale, the presence of both plastics reduced N-acetyl-glucosaminidase and phosphatase activities, as well as fungal and algal biomasses in the entire microcosm. At both substratum and microcosm scales, the addition of leaf litter tended to mitigate the plastic impact on microbial communities, especially those from rocks.The impact of plastics on benthic microbial communities depends on several factors, including the plastic type, water physicochemical characteristics, the presence of organic substrata (e.g. leaves), and the scale of the study. This research highlights the impact of macroplastics on the structure and function of rock microbial communities, and calls for a more balanced research between the study of microplastics and plastics form other size fractions

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Auer, Lucas. "Vers la maîtrise des communautés microbiennes lignocellulolytiques : impact de la source d'inoculum et du prétraitement du substrat sur le fonctionnement des communautés." Thesis, Toulouse, INSA, 2016. http://www.theses.fr/2016ISAT0050/document.

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Abstract:

La lignocellulose est le composant principal des parois végétales et donc le biopolymère végétal le plus abondant sur Terre. Sa transformation en molécules d’intérêt industriel est donc une voie prometteuse pour diminuer la consommation de ressources fossiles. Au sein de la plateforme des carboxylates, la transformation de la lignocellulose repose sur l’utilisation de communautés bactériennes. Mais s’ils sont augmentés par des approches de prétraitement du substrat, les rendements sont encore faibles. Afin de les améliorer, nous avons ici testé les capacités de dégradations de communautés microbiennes issues de l’enrichissement de rumen bovin et d’intestin de termites. Afin de caractériser l’effet de la source d’inoculum et du prétraitement du substrat sur le fonctionnement des communautés sélectionnées, une approche de séquençage 16S a été utilisée. Celle-ci a permis la comparaison des compositions de communautés obtenues, mais également de leurs dynamiques au cours de la transformation du substrat lignocellulosique. Les conditions de culture imposées semblent avoir un effet très fort sur la composition des communautés sélectionnées puisque malgré leurs différences, celles-ci présentent d’importantes similitudes et sont bien plus proches que ne l’étaient les inocula initiaux. Enfin, les communautés associées à la dégradation du substrat lignocellulosique montrent des dynamiques très marquées, caractérisées par une importante baisse de diversité et la dominance de quelques populations bactériennes seulement lors du maximum de dégradation Lignocellulose is the main component of vegetal cell wall and is thus the most abundant biopolymer on Earth. Its conversion into industrially relevant molecules is of concern to reduce fossil resources consumption. In the dedicated carboxylates platform, lignocellulose conversion relies on the metabolic potential of microbial consortia, but lignocellulose transformation rates can still be improved, despite substrate pretreatment approaches. In order to improve these rates, we here tested the transformation capacities of microbial communities originated from cow rumen and termite guts. 16S sequencing was used to characterize the effects of inoculum source and substrate pretreatment on the selected communities’ functioning. It allowed the comparison between obtained communities, but also between their dynamics during lignocellulose transformation. Culture conditions appeared to have a strong effect on the selected communities, which presented high similarities despite differences between initial inocula. Finally, communities associated to lignocellulose degradation showed marked dynamics, with a strong decrease in diversity indexes and the dominance of a few bacterial populations during the degradation maximum

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Benomar, Saida. "Etude d'un écosystème bactérien synthétique anaérobie producteur d'hydrogène : Impact des interactions bactérie-bactérie sur le métabolisme." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4718.

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Abstract:

Un grand nombre d'espèces microbiennes, issues d'environnements divers et présentant une large gamme de métabolismes différents, peuvent produire de l'hydrogène par voie fermentaire. Jusqu'à présent, les études ont principalement porté sur l'utilisation de cultures microbiennes pures, voire génétiquement modifiées, en vue d'optimiser la production de biohydrogène à partir de sucres simples ou peu complexes. Les efforts de recherche portent désormais sur l'utilisation de cultures microbiennes mixtes pour produire du biohydrogène à partir de sources organiques plus complexes issus par exemple du traitement de la biomasse. Toutefois, la présence de voies métaboliques alternatives tout comme l'instabilité du processus biologique constitue des verrous scientifiques et techniques qu'il conviendra de lever pour une application potentielle. Ceci nécessite entre autre une meilleur connaissance des interactions bactériennes et donc métaboliques présentent au sein du consortium.Pour cela, nous avons développé une approche innovante et pluridisciplinaire d'ingénierie écologique qui consiste en la conception, la construction et l'étude d'un consortium microbien synthétique afin d'établir les paramètres régissant les réseaux d'interactions métaboliques avec pour objectif d'optimiser la production d'hydrogène. Dans un premier temps nous avons choisit d'étudier les réseaux d'interactions métaboliques entre deux souches modèles connues comme partie prenante d'un consortium bactérien naturel, une bactérie du genre Clostridie et une du genre Desulfovibrio, la première étant productrice d'hydrogène par fermentation Numerous microorganisms can produce hydrogen by “dark fermentation”. Isolated from various environments, they present a broad range of different metabolisms. Until now, literature reports have mainly dealt with the use of pure microbial cultures producing biohydrogen from simple sugars, such as glucose and sucrose. More recently, studies on biohydrogen production by mixed cultures from complex organic sources have been developed. Even though biohydrogen productivities and conversion yields can be interesting for industrial purposes, several scientific and technical constraints remain to be addressed. In particular, the presence of alternative metabolic ways of hydrogen consumption generally results in chronic instability of the biological processes. To increase the stability and the efficiency of dark fermentative processes, it is now necessary to acquire a better understanding of the metabolic interaction networks existing between producing and consuming microorganisms.We have developed an innovative and multidisciplinary approach to ecological engineering, which consists of the construction and study of synthetic microbial consortia to establish the metabolic networks existing between microorganisms for further optimization of biohydrogen production. First we have studied the networks of metabolic interactions between two bacterial models known as involved in a natural bacterial consortium: a bacterium from Clostridium genus; Clostridium acetobutylicum and one from Desulfovibrio genus, Desulfovibrio vulgaris Hildenborough. The first one being producing of hydrogen by fermentation of complex sugars and the second

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Moreau, Sébastien D. V. "Effets combinés du réchauffement climatique et du rayonnement UVB sur la composition et le métabolisme de la communauté microbienne marine dans l'ouest de la Péninsule Antarctique : impact potentiel sur le cycle du carbone." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20028.

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Abstract:

Le réchauffement régional de l'ouest de la Péninsule Antarctique (WAP) combiné à la diminution attendue de glace de mer et à l'apparition printanière du trou d'ozone pourrait modifier la composition et la structure de la communauté microbienne. De plus, ces variations environnementales pourraient modifier le potentiel de la WAP en tant que puits de CO2. Dans ce contexte, cette thèse visait à évaluer les effets combinés du changement climatique sur la production primaire et sur la composition et la structure de la communauté microbienne de la WAP. Cette thèse visait également à évaluer le rôle de la structure, de la composition, de la production primaire et de la respiration de la communauté microbienne sur les échanges de CO2 entre l'atmosphère et l'océan. Cette étude a premièrement permis de décrire les variations de l'étendue de glace de mer, de l'épaisseur de la couche d'ozone et de la température de surface de l'eau dans la WAP au cours des 30 dernières années (1972-2007) et notamment d'observer le retrait de plus en plus précoce de la glace de mer en relation avec le réchauffement des eaux de la WAP. L'évolution de ces paramètres environnementaux offre une nouvelle fenêtre temporelle de production primaire. Ainsi, cette étude a permis de montrer que la production primaire annuelle a augmenté de 1997 à 2007, et ceci, en relation avec l'anomalie de glace de l'hiver précédent. En effet, la production primaire journalière était négativement et positivement corrélée avec, respectivement, l'étendue de glace de mer et la température de l'eau de septembre à novembre et de février à mars, suggérant que le réchauffement régional de la WAP favorise plus de production primaire durant le printemps et l'automne. En revanche, le retrait précoce de la glace de mer en coïncidence avec l'apparition printanière du trou d'ozone a provoqué l'augmentation de la photoinhibition au printemps (avec 11,6 ± 2,8 % de la production primaire journalière en moyenne). En conséquence, le changement climatique régional de la WAP a, à la fois, un effet positif et un effet négatif sur la production primaire. Cette étude a également permis de décrire la dynamique de la communauté microbienne marine dans l'archipel de Melchior (dans la WAP) de l'automne au printemps 2006. En raison des conditions environnementales extrêmes, l'abondance et la biomasse de la communauté microbienne étaient faibles durant l'automne et l'hiver et dominées par les petites cellules (< 2 µm) et donc par un réseau trophique microbien. En effet, la biomasse phytoplanctonique était faible durant l'automne et l'hiver (avec une concentration moyenne en chlorophylle a, Chl-a, de 0,3 et 0,13 µg l-1, respectivement). La biomasse phytoplanctonique a augmenté au printemps (avec un maximum de Chl-a de 1,13 µg l-1), mais, en dépit des conditions de croissance favorables, est restée faible et le phytoplancton était toujours dominé par de petites cellules (2-20 µm) et donc par le réseau trophique microbien ou multivore. De plus, la disparition précoce de glace de mer durant le printemps 2006 a exposé les eaux de la WAP à de fortes radiations ultraviolettes B (RUVB, 280-320 nm), qui ont eu un effet négatif sur la communauté microbienne des eaux de surface. Cette étude a également mis en évidence la relation existante entre les échanges CO2 et d'O2 entre l'atmosphère et l'océan dans la WAP et la biomasse, la composition, la production primaire et la respiration de la communauté microbienne. Il existait tout d'abord une relation positive entre la concentration en Chl-a et la proportion de diatomées dans la communauté phytoplanctonique. De plus, il existait une corrélation négative significative entre la Chl-a et le ΔpCO2. La production primaire nette de la communauté (NCP) était principalement contrôlée par la production primaire et était négativement et positivement reliée avec le ΔpCO2 et le pourcentage de saturation de l'O2, respectivement, suggérant que la production primaire joue un rôle majeur dans les échanges de CO2 et d'O2 entre l'atmosphère et l'océan dans la WAP. Par ailleurs, le ΔpCO2 moyen au cours des trois années étudiées était de -20,04 ± 44,3 µatm, menant à un puits de CO2 potentiel durant l'été et l'automne dans la région. Le sud de la WAP était un puits potentiel de CO2 (-43,60 ± 39,06 µatm) durant l'automne alors que le nord de la WAP était principalement une source potentielle de CO2 durant l'été ou l'automne (-4,96 ± 37,6 et 21,71 ± 22,39 µatm, respectivement). Les plus fortes concentrations en Chl-a mesurées dans le sud de la WAP pourraient expliquer cette distribution spatiale Regional warming in the western Antarctic Peninsula (WAP), along with the expected decrease in sea-ice cover and the seasonal ozone layer breakdown could modify the composition and the structure of the microbial community. In addition, these environmental changes could modify the potential of the WAP as a CO2 sink. In this context, this thesis aimed at evaluating the combined effects of regional climatic changes on the primary production and the composition and structure of the microbial community in the WAP. In a second time, this thesis aimed at evaluating the role of the microbial community structure, composition, primary production and respiration on air-sea CO2 gas exchanges.First, the variations in sea-ice cover, stratospheric ozone layer thickness and sea surface temperature over the last 30 years (1972-2007) were described. Related to the warming of WAP waters, the retreat of sea-ice was happening earlier each decade in the WAP. The observed changes in these environmental parameters offer a new temporal window for primary production. Indeed, the annual primary production increased from 1997 to 2007, in relation with the sea-ice cover anomaly for the previous winter. In addition, daily primary production was negatively and positively correlated to, respectively, sea-ice cover and sea-water temperature from September to November and from February to March, suggesting that regional warming favoured more primary production during spring and fall. On the contrary, the early retreat of sea-ice in spring, in coincidence with the spring ozone layer breakdown, led to an increase in photoinhibition (with an average of 11.6 ± 2.8 % of the daily primary production being photoinhibited). Therefore, regional climatic changes in the WAP had both a positive and a negative impact on primary production.The microbial community variability was also described in the Melchior Archipelago (in the WAP) from fall to spring 2006. Because of the extreme environmental conditions, the microbial community abundance and biomass were low in fall and winter and the community was dominated by small cells (< 2 µm), hence by a microbial food-web. Indeed, phytoplanktonic biomass was low during fall and winter (with respective chlorophyll a concentration, Chl-a, of 0.3 and 0.13 µg l-1). Phytoplankton biomass increased in spring (with a maximum Chl-a of 1.13 µg l-1) but, despite favourable growth conditions, phytoplankton was still dominated by small cells (2-20 µm), hence by a microbial or multivorous food-web. In addition, the early retreat of sea-ice in the spring 2006 exposed the WAP waters to strong ultraviolet B radiations (UVBR, 280-320 nm) that had a negative impact on the microbial community in surface waters.Finally, the relationship between air-sea CO2 and O2 exchanges in the WAP with the phytoplankton community biomass and composition and with the microbial community primary production and respiration was described. A positive relationship existed between Chl-a and the proportion of diatoms in the phytoplankton community. In addition, a negative relationship existed between Chl-a and ΔpCO2. The net community production (NCP) was mainly controlled by primary production and was negatively and positively related to ΔpCO2 and the %O2 saturation, respectively, suggesting that primary production was the main driver of air-sea CO2 and O2 gas exchanges in the WAP. In addition, the average ΔpCO2 for the summers and falls 2002 to 2004 was -20.04 ± 44.3 µatm, leading to a potential CO2 sink during this period in the WAP. The southern WAP was a potential CO2 sink (-43.60 ± 39.06 µatm) during fall while the northern part of the Peninsula was mainly a potential CO2 source during summer and fall (-4.96 ± 37.6 and 21.71 ± 22.39 µatm, respectively). The higher Chl-a concentrations measured in the southern WAP may explain this spatial distribution

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Wertz, Sophie. "Impact d'une érosion de la diversité microbienne du sol sur le fonctionnement et la stabilité des communautés hétérotrophes, dénitrifiantes et nitrifiantes." Lyon 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LYO10092.

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Abstract:

Une préoccupation majeure en écologie est d'évaluer les conséquences d'érosions de la biodiversité sur le fonctionnement et la stabilité des écosystèmes. L'impact d'une réduction de la diversité microbienne du sol sur le fonctionnement et la stabilité des communautés hétérotrophes, dénitrifiantes et nitrifiantes (nitritantes et nitratantes) a été déterminé en utilisant une approche de type suppression d'espèces éliminant préférentiellement les espèces les moins abondantes. Un outil DGGE basé sur le gène fonctionnel norA des nitratants a été développé pour étudier leur diversité. Nous avons pu montrer qu'une réduction de diversité de ces communautés n'affectait pas leur fonctionnement et leur stabilité suite à une perturbation modèle (chaleur). Ces résultats suggèrent que le niveau de redondance fonctionnelle chez les communautés microbiennes du sol est fort, même pour des communautés spécialisées

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Barbi, Florian. "Impact de l’essence forestière sur les processus de dégradation et d’assimilation des polysaccharides végétaux par la communauté fongique des sols forestiers." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10347.

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Abstract:

En milieu forestier, la décomposition de la matière organique d’origine végétale et son assimilation par les microorganismes sont des processus essentiels au bon fonctionnement des sols et du cycle du carbone. Les mécanismes impliqués dans ces phénomènes de dégradation sont fortement contrôlés par les champignons saprotrophes qui sécrètent de nombreuses enzymes hydrolytiques afin d’accéder à leur principale source de nutriments qui se trouve sous la forme de polysaccharides (cellulose et hémicelluloses). L’hydrolyse enzymatique de ces polymères végétaux engendre une grande diversité de composés de faible poids moléculaire (mono- et oligosaccharides). Ces molécules pénètrent dans la cellule fongique via des systèmes de transporteurs membranaires dont la présence/absence et la spécificité de substrat contribuent à la versatilité métabolique de ces microorganismes du sol. La nature de l’essence forestière affecte fortement la diversité et la composition des communautés fongiques. Dans ce contexte, nous avons émis l’hypothèse que les communautés fongiques sélectionnées par les différentes essences forestières diffèrent entre elles par la diversité des mécanismes qu’elles mettent en place lors du processus de décomposition de la matière organique d'origine végétale et lors du transport des produits de dégradation ; et que de ce fait chaque communauté fongique est spécifiquement adaptée à la nature de la litière produite par l’espèce végétale considérée. Par des approches de séquençage haut-débit d’amplicons générés à partir d’ADNc environnementaux, nous avons analysé la diversité des transcrits codant des protéines fongiques impliquées à la fois dans la dégradation des polysaccharides végétaux et dans le transport des sucres issus de cette hydrolyse enzymatique au sein de sols localisés sous des forêts de hêtres et d’épicéas. L’analyse des données obtenues a mis en évidence des transcrits jusqu’alors inconnus et spécifiquement retrouvés pour plus 80% d’entre eux sous l’un des deux couverts végétaux conduisant ainsi à un effet significatif de l’essence forestière sur la composition des gènes exprimés par les communautés fongiques. Des transporteurs potentiellement spécifiques du mannose ont été détectés, pour la première fois, sous la forêt d’épicéas par une approche de crible fonctionnel dans la levure de banques d’ADNc environnementaux. Or, cette essence forestière est connue pour posséder d’importantes quantités de mannose au niveau de ses hémicelluloses. Les résultats obtenus au cours de cette thèse soulignent l’importance d’étudier la diversité fonctionnelle des communautés fongiques pour comprendre l’impact du couvert végétal sur leur composition et le fonctionnement des écosystèmes forestiers The degradation of plant biomass is an essential process for the proper functioning of forest soils and terrestrial carbon cycling. Mechanisms involved in these processes are strongly controlled by saprotrophic fungi which secrete several hydrolytic enzymes to access at their primary nutrient sources found under the form of polysaccharides (cellulose and hemicelluloses). Enzymatic hydrolysis of plant polymers releases a high diversity of low molecular weight compounds (mono- and oligosaccharides). These molecules enter in fungal cell using transmembrane transporter systems. Consequently, the presence/absence and the substrate specificity of these transporters might contribute to the metabolic versatility of soil fungi. Several studies have demonstrated that tree species strongly affect diversity and composition of fungal communities. In this context, we hypothesized that the fungal communities selected by the different tree species expressed specific lignocellulolytic enzymes and sugar transporters; and thereby each fungal community was specifically adapted to the nature of litter produced by the tree species considered. We assessed, by the high-throughput sequencing of gene-fragments amplified from soil cDNA, the impact of tree species (Beech vs Spruce) on the diversity of genes encoding either lignocellulolytic enzymes or sugar porters expressed by soil fungi in two mono-specific forests. Our results revealed that most detected genes, encoding either lignocellulolytic enzymes or sugar transporters, have an unknown origin and are specifically found (for more than 80% of them) in one of the two forest soils. This work showed a significant “tree species effect” on the composition of functional genes expressed by soil fungi and suggests that beyond the species level, functional diversity of fungal communities must be addressed to better understand ecosystem functioning. Moreover, by using a functional metatranscriptomic approach, we identified functional transporter sequences differing with respect to their substrate specificities. From a spruce cDNA library, and for the first time, we identified high affinity or mannose specific transporters. Coincidently, as opposed to beech, spruce is indeed a tree species with a large proportion of mannose in its hemicelluloses

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Simonin, Marie. "Dynamique, réactivité et écotoxicité des nanoparticules d’oxydes métalliques dans les sols : impact sur les fonctions et la diversité des communautés microbiennes." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10164/document.

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Abstract:

Les nanoparticules métalliques manufacturées (NPs) sont des polluants émergents dont la concentration augmente dans les sols en raison de leur utilisation croissante dans de nombreux produits commerciaux de la vie courante (cosmétiques, aliments, peintures…). Des études in vitro ont montré la toxicité des NPs pour les microorganismes, mais il existe encore peu de données sur l'écotoxicité et le devenir de ces contaminants dans les sols. L'objectif de cette thèse est donc d'évaluer l'influence des paramètres abiotiques du sol sur (i) les caractéristiques physico-chimiques et le transfert des NPs, et (ii) sur la toxicité des NPs pour les communautés microbiennes du sol, en particulier pour des groupes fonctionnels microbiens impliqués dans le cycle du carbone et de l'azote. Nous avons mis en évidence que les propriétés du sol influençaient l'agrégation et la charge de surface des NPs de dioxyde de titane (TiO2) et d'oxyde de cuivre (CuO). Dans les six sols agricoles étudiés, nous avons observé un transport très faible des NPs testées lors d'une expérimentation en colonnes de sols. Nous avons mis en évidence une absence de toxicité des NPs de TiO2 sur les communautés microbiennes, sauf dans un sol limono-argileux à forte teneur en matière organique. Dans ce sol, des effets négatifs ont été observés après 90 jours d'exposition sur les activités microbiennes, sur l'abondance des microorganismes nitrifiants et la diversité des bactéries et des archées. Des études complémentaires en colonnes de sol, ont permis de mettre en évidence des effets délétères des NPs plus importants que la nitrification lors d'une contamination chronique au TiO2 que lors d'une contamination aigüe Manufactured metallic nanoparticles (NPs) are emerging pollutants of soils due to their increasing utilization in numerous commercial products (cosmetics, food, paint…). In vitro studies have demonstrated NPs toxicity on microorganisms but data are still scarce on the fate and ecotoxicity of these contaminants in soils. The objective of this thesis was to assess the influence of soil properties on (i) the physicochemical characteristics and the transport of NPs, and (ii) on the NPs toxicity on soil microbial communities, especially on microbial functional groups involved in carbon and nitrogen cycles. This work highlighted that soil properties influenced the aggregation and the surface charges of titanium dioxide NPs (TiO2-NPs) and copper oxide NPs (CuO-NPs). In the six agricultural soils studied, we observed a very low transport of the two NPs in a soil column experiment. We observed a low toxicity of TiO2-NPs for soil microbial communities, except in a silty-clay soil with a high organic matter content. In this soil, microbial activities (soil respiration, nitrification and denitrification) and nitrifier abundances were strongly decreased and archaeal and bacterial community structure were altered after 90 days of exposure. Furthermore in this soil, we observed decreases of nitrification activity, even for very low TiO2-NPs concentrations (0.05 mg kg-1) which were explained by a high sensitivity of ammonia-oxidizing archaea (AOA) involved in this process. Additional studies in soil columns demonstrated that chronic contamination with TiO2-NPs caused more deleterious effects on nitrification than acute contamination

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Quibel, Edouard. "Impacts de la préparation du sol lors de la phase de plantation sur la dynamique des matières organiques et la fonction de stockage du Carbone dans les sols forestiers Impact du travail du sol localisé sur le stock de carbone organique du sol et la communauté microbienne en condition de plantation en forêt tempérée Changes in soil organic carbon stock by mechanical site preparation in oak and pine plantations on an acidic soil Impact du travail du sol localisé sur le stock de carbone organique du sol et la communauté microbienne en condition de plantation sur sol à engorgement temporaire en eau." Thesis, Normandie, 2020. http://www.theses.fr/2020NORMR017.

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Abstract:

Dans le contexte actuel de changement climatique, la forêt est vue comme un puits de carbone, c’est-à-dire qu’elle contribue à stocker du C. Ce stockage peut s’effectuer à moyen terme dans la biomasse ligneuse et à plus long terme dans les sols. Afin de préserver les forêts et leur capacité de stockage, les gestionnaires forestiers se voient contraints d’effectuer de la régénération artificielle, c’est-à-dire de la plantation pour adapter les peuplements aux conditions futures. Pour assurer le succès de cette étape de plantation, il est parfois nécessaire de lever certaines contraintes comme la présence de végétation bloquante, de tassement ou d’engorgement en eau des sols. Pour ce faire, une Préparation Mécanique des Sols (PMS) peut être effectuée avant la plantation. Ces travaux de PMS sont susceptibles de provoquer une perte de Carbone Organique du Sol (COS). Afin de limiter les effets négatifs de la PMS, des outils ont été développés afin de ne préparer le sol que de manière localisée, sur la future ligne de plants. Ces outils ont été développés pour répondre à certaines situations. Les outils Scarificateur Réfersible® et le sous-soleur multifonction® (MFSS) sont faits pour préparer des sols tassés et/ou envahis par la fougère aigle (Pteridium aquilinum). Les outils Razherb® (RAZ) et Culti 3B® (C3B) sont, quant à eux, utilisés pour préparer des sols tassés et/ou engorgés en eau envahis par la molinie (Molinia caerulea). Dans un premier temps, appuyé sur 6 sites du réseau ALTER, l’impact de l’outil RS, seul ou en combinaison avec MFSS, sur le COS a été évalué 5 ans après la PMS. Leur impact a été évalué sur le COS de manière quantitative et qualitative mais également sur le fonctionnement microbien du sol. Cette étude a montré, sur la zone travaillée, une baisse du stock de C sur le profil de sol complet (L-60 cm) et du C minéralisé par la communauté microbienne en conditions contrôlées. Cependant, il a également été démontré que les caractéristiques du sol modulent l’impact de ces outils à l’échelle de la parcelle forestière. Dans un deuxième temps, appuyé sur 3 sites du réseau PILOTE, l’impact de la combinaison d’outils RAZ+C3B a été évalué sur les stocks de COS et sur la minéralisation potentielle. Sur ces sols à engorgement temporaire, une baisse de stock de COS a été observée dans la zone travaillée uniquement dans le topsoil (L-30 cm). En revanche, le stock de COS sur le profil complet comme la minéralisation potentielle ne présentaient pas d’effet significatif sur la zone travaillée. A l’échelle de la parcelle forestière, la combinaison RAZ+C3B n’a pas présenté d’effet sur les stocks de COS ni sur la minéralisation potentielle. Dans son ensemble, ce travail de thèse suggère que bien qu’ayant un impact sur la zone préparée, les outils utilisés dans cette étude n’influençaient que peu le sol à l’échelle de la parcelle forestière. Toutefois, ces observations peuvent varier selon le type de sol en présence et avoir un impact important In the current context of climate change, forests are seen as a carbon sinj, i. e. they can contribute to C storage. This storage can take place in the medium term in woody biomass and in the longer term in soils. In order to preserve forests and their C storage capacity, foresters have to carry out artificial regeneration (i. e. planting) to adapt stands to future conditions. To ensure the success of this planting stage, it is sometimes necessary to remove some constraints such as the presence of blocking vegetation, compaction or waterlogging of soil. To do this, a Mechanical Soil Preparation (MSP) can be carried out prior to plantin. This PMS work may cause a Soil Organic Carbon (SOC) loss by mineralization. In order to limit the negative effects of PMS, tools have been developed to prepare the soil only in a localized area, on the future line of plants. These tools have been developed to respond to some situations. The Reversible Scarifier® (RS) tool and the Multifunction Subsoiler (MFSS) are designed to prepare soils compacted and/or invaded by eagle fern (Pteridium aquilinum). The Razherb® (RAZ) and the Culti 3B® (C3B) tools are designed to prepare compacted and/or waterlogged soils invaded by Molinia caerulea (Molinia caerulea). First, based on 6 sites belonging to the ALTER network, the impact of the RS tool alone and in combination with MFSS on COS was evaluated 5 years after the PMS. This evaluation therefore focused on the quantity and quality of SOC. The impact of the tools on the microbial functioning of the soil was also tested. This part showed a decrease in the stock of C and mineralized C by the microbial community under controlled conditions localized to the prepared area but impacts at the forest stand scale depend on soil characteristics. Second, based on 3 sites belonging to the PILOTE network, the impact of the combination of RAZ+C3B tools on SOC stocks and potential mineralization was evaluated. On these soils with temporary waterlogging, adecrease in SOC stock was observed in the prepared area only in the topsoil (0-30 cm). On the other hand, both SOC stock on the full profile and the potential mineralization did not have a significant effect on the prepared area. At the forest stand scale, the RAZ+C3B combination had no effect on SOC stock or potential mineralization. This thesis work suggests that although they had an impact on the prepared area, the tools used in this study had low influence on the soil at the forest plot scale. However, these observations may vary according to the soil type and have a significant impact on the forest plot

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Papin, Marine. "Efficiency and impact of recurrent microbial inoculation in soil, a lab to field assessment." Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2024. http://www.theses.fr/2024UBFCK051.

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Abstract:

Face à l'urgence de mettre en place des pratiques plus durables pour protéger l'environnement tout en maintenant la production agricole, les inoculants microbiens suscitent un intérêt croissant en raison de leur potentiel pour réduire la dépendance aux intrants synthétiques. Cependant, malgré des décennies de recherche sur les inoculants microbiens du sol, leurs bénéfices sur les rendements agricoles restent très variables en fonction des sols, des climats, des génotypes végétaux et des souches inoculées, rendant les résultats difficiles à prédire et fragilisant in fine la confiance des agriculteurs. Ce travail explore la pertinence des inoculations récurrentes comme levier pour atténuer la résistance biotique de la communauté microbienne résidente du sol et favoriser l’établissement de l’inoculant. Ce travail étudie également les impacts de ces inoculations sur la communauté microbienne résidente. Dans une première expérience en microcosme, nous avons montré que l'inoculation récurrente pouvait améliorer, de manière transitoire l'abondance de l'inoculant (Pseudomonas fluorescens) avec un impact mineur sur la communauté bactérienne résidente. Une deuxième expérience en serre a mis en évidence le potentiel inattendu de l'inoculation récurrente, réalisée jusqu’au semis, pour favoriser la croissance du maïs avec un moindre impact sur la communauté bactérienne résidente par rapport à l'inoculation récurrente à partir du semis. La troisième expérience, réalisée au champ, a reflété les défis de transférer les bénéfices observés sur la croissance des plantes des conditions contrôlées vers des conditions non contrôlées. Finalement, ce travail suggère que le moment et la fréquence de l'inoculation doivent être ajustés de manière complémentaire. C’est-à-dire que l'inoculation récurrente peut augmenter temporairement l’abondance de l’inoculant lors des stades précoces critiques de la croissance des plantes. Cela peut soit favoriser la colonisation de l’hôte lorsqu’une dose adéquate est appliquée, soit influencer indirectement la communauté microbienne du sol au moment du semis With the urgent need to adopt more sustainable practices that sustain agricultural production while protecting the environment, microbial inoculants are gaining increasing attention for their potential to reduce reliance on agrochemicals. However, despite decades of research, the benefits of soil microbial inoculants for crop yields remain highly variable across different soils, climates, plant genotypes, and inoculant strains. This variability makes outcomes difficult to predict and may ultimately reduce farmers’ confidence. This work explores the potential of recurrent inoculations as a strategy to overcome the biotic resistance of the resident soil microbial community and promote inoculant establishment. It also examines the effects of these inoculations on the resident microbial community. In a first microcosm experiment, we showed that recurrent inoculation could transiently improve the abundance of the inoculant (Pseudomonas fluorescens) with minimal impact on the resident bacterial community. A second experiment in greenhouse evidenced the unexpected potential of recurrent inoculation carried out until sowing to enhance maize growth while exerting a weaker impact on the bacterial resident community compared to recurrent inoculation starting at sowing. The third experiment conducted under field conditions reflected the challenges of translating the growth benefits observed in controlled environments to uncontrolled field conditions. Overall, this work suggests that both the timing and frequency of inoculation should be adjusted in a complementary way. Specifically, recurrent inoculation may transiently enhance the abundance of the inoculant during the critical early stages of plant growth. This may either promote successful host colonization when an adequate dose is applied, or indirectly influence the soil microbial community at sowing

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Meilhac, Julien. "Impact de la diversité génétique des communautés prairiales sur la production et la biodiversité du sol : Implications pour l'amélioration des plantes." Thesis, Poitiers, 2018. http://www.theses.fr/2018POIT2302/document.

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Abstract:

De nombreuses études mettent en évidence un effet positif de la diversité spécifique sur la productivité des communautés végétales et la biodiversité associée. Mais l’effet de la diversité génétique sur la communauté d’espèces reste encore peu étudié en dépit des rares études montrant un effet positif avec des perspectives d’application dans le domaine de l’amélioration des plantes. C’est dans ce contexte que cette thèse s’interroge sur l’effet de la diversité génétique sur les communautés prairiales et la biodiversité du sol associée. Cette thèse repose sur une situation réelle via un dispositif d’évaluation de mélanges prairiaux installé par et chez un sélectionneur de plantes fourragères. Les résultats majeurs de cette thèse sont un effet positif de la diversité génétique des espèces sur la production de biomasse du mélange, particulièrement lors d’épisodes de sècheresse, et sur l’équilibre d’abondance des espèces. Ces effets positifs semblent être le résultat d’une différenciation de niches des espèces qui est à la base de la complémentarité des espèces en écologie. Il a été mis en évidence une complémentarité temporelle des espèces par une asynchronie des dynamiques de croissance, mais aussi une complémentarité sur l’acquisition de la lumière par des mécanismes de sélection et de plasticité. Enfin, des effets de la diversité génétique ont été observés sur la diversité microbienne avec des rétroactions potentielles sur les plantes. Au vu de ces résultats, il apparait que la diversité génétique occupe une place centrale dans l’assemblage et la structuration des communautés végétales et microbiennes, nous amenant à réfléchir quant à sa valorisation en amélioration des plantes Many studies highlight a positive effect of species diversity on plant community productivity and associated biodiversity. But genetic diversity effect on species community is still poorly studied despite the rare studies showing a positive effect with prospects for application in the field of plant breeding. It is in this context that this thesis examines the genetic diversity effect on grassland communities and associated soil biodiversity. This thesis is based on a real situation via an evaluation design of grassland mixtures installed by and in a plants breeding company. The major results of this thesis are a positive effect of the species genetic diversity on mixture biomass production, especially during drought episodes, and on species abundance equilibrium. These positive effects seem to be the result of a niche differentiation of species which is at the basis of species complementarity in ecology. Temporal complementarity of species has been demonstrated by asynchronous growth dynamics, but also by a complementarity for light acquisition via selection and plasticity mechanisms. Finally, genetic diversity effects have been observed on microbial diversity with plants feedbacks. In view of these results, it appears that genetic diversity occupies a central role in the assembly and structure of plant and microbial communities, leading us to consider how it could be integrated into plant breeding program

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Jassey, Vincent. "Impact d'un réchauffement climatique sur le fonctionnement de la sphagnosphère : relations polyphenols-communautés microbiennes." Phd thesis, Université de Franche-Comté, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00802903.

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Abstract:

Dans un contexte de réchauffement climatique, la fonction puits de carbone des tourbières à sphaignes est susceptible d'être altérée en raison d'une modification des interactions sphaignes-microorganismes, responsables de l'accumulation de carbone. L'objectif de cette thèse a été (1) d'identifier les interactions chimiques entre les polyphénols des sphaignes et les communautés microbiennes des sphaignes et (2) d'évaluer l'impact du réchauffement climatique sur ces relations.Un dispositif expérimental (Open Top Chambers) simulant in situ une hausse modérée des températures (+ 1°C) a été installé sur la tourbière de Frasne (25). La hausse des températures a provoqué une modification du réseau alimentaire microbien avec l'augmentation de la biomasse des bactéries et une baisse importante (-70%) de la biomasse des prédateurs (amibes à thèque). Le réchauffement climatique a également induit une baisse de la production de polyphénols, diminuant ainsi leur effet inhibiteur sur les microorganismes. En parallèle à cette baisse, une hausse des activités enzymatiques phénoloxydases a également été enregistrée. Le réchauffement a ainsi modifié les relations polyphénols - phénoloxydases, deux éléments essentiels du cycle du carbone des tourbières.Les différents changements induits par le réchauffement climatique (polyphénols, phénoloxydases, réseau trophique microbien) ont aussi conduit à une modification des relations " sphaignes-microorganismes " via une accélération potentielle du recyclage des nutriments, ce qui pourrait influencer sur le long terme le fonctionnement de l'écosystème tourbière.

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Jassey, Vincent. "Impact d’un réchauffement climatique sur le fonctionnement de la sphagnosphère : relations polyphenols-communautés microbiennes." Thesis, Besançon, 2011. http://www.theses.fr/2011BESA2011/document.

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Abstract:

Dans un contexte de réchauffement climatique, la fonction puits de carbone des tourbières à sphaignes est susceptible d’être altérée en raison d’une modification des interactions sphaignes-microorganismes, responsables de l’accumulation de carbone. L’objectif de cette thèse a été (1) d’identifier les interactions chimiques entre les polyphénols des sphaignes et les communautés microbiennes des sphaignes et (2) d’évaluer l’impact du réchauffement climatique sur ces relations.Un dispositif expérimental (Open Top Chambers) simulant in situ une hausse modérée des températures (+ 1°C) a été installé sur la tourbière de Frasne (25). La hausse des températures a provoqué une modification du réseau alimentaire microbien avec l’augmentation de la biomasse des bactéries et une baisse importante (-70%) de la biomasse des prédateurs (amibes à thèque). Le réchauffement climatique a également induit une baisse de la production de polyphénols, diminuant ainsi leur effet inhibiteur sur les microorganismes. En parallèle à cette baisse, une hausse des activités enzymatiques phénoloxydases a également été enregistrée. Le réchauffement a ainsi modifié les relations polyphénols – phénoloxydases, deux éléments essentiels du cycle du carbone des tourbières.Les différents changements induits par le réchauffement climatique (polyphénols, phénoloxydases, réseau trophique microbien) ont aussi conduit à une modification des relations « sphaignes-microorganismes » via une accélération potentielle du recyclage des nutriments, ce qui pourrait influencer sur le long terme le fonctionnement de l’écosystème tourbière Carbon stocks of Sphagnum-peatlands are likely to be altered by climate warming due to important changes in “Sphagnum-microorganisms” relationships which are responsible for carbon sequestration. The objectives of the thesis are (1) to identify the chemical interactions between Sphagnum-polyphenols and Sphagnum associated microbial communities and (2) to understand the impact of warming on these relationships.An experimental design using Open-Top-Chambers (OTC) was used to simulate an increase of air temperatures (+1°C) on a peatland situated in Jura Mountains (Frasne, 25). Temperature increase induced a modification of the microbial food web with an increase of the biomass of bacteria and a strong decrease of the biomass of top-predators (-70%), i.e. testate amoebae. Warming also induced a decrease of Sphagnum-polyphenols, diminishing their inhibitory effect on microbial communities. In parallel, an increase of phenoloxidase enzymatic activities was recorded in OTC. Climate warming thus modified polyphenol-phenoloxidase interplay, two crucial components of carbon cycle in peatlands. Warming effects on the different components – i.e. polyphenols, phenoloxidases, microbial food web – induced a modification of Sphagnum-microbial communities interplay, favoring carbon and nutrient recycling, which could alter peatland functioning in long-term

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Moineau-Jean, Andréanne. "Impact des procédés de fabrication des yogourts de type grec sur les communautés microbiennes durant l'entreposage." Master's thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27904.

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Abstract:

Les yogourts de type grec sont devenus très populaires en Amérique du Nord au cours des dernières années. Une étape de production supplémentaire est nécessaire pour augmenter la teneur en protéines. Le procédé utilisé influence grandement la composition et les propriétés rhéologiques des yogourts produits. Toutefois, très peu d’études ont analysé l’effet des procédés sur les différentes communautés microbiennes des yogourts de type grec. Le but du projet était donc de comparer la croissance et la survie de probiotiques et de contaminants microbiens ajoutés dans des yogourts de type grec et un yogourt brassé régulier durant l’entreposage. Trois types de yogourt ont été produits; yogourt grec par ultrafiltration du lait avant la fermentation, yogourt grec par centrifugation du caillé après la fermentation, et yogourt brassé régulier. Dans un premier temps, les yogourts ont été produits avec des cultures probiotiques (Bifidobacterium longum ssp. longum R0175 ou Lactobacillus helveticus R0052). Les populations bactériennes et certaines propriétés physicochimiques des yogourts ont ensuite été analysées durant l’entreposage à 4°C. Dans un deuxième temps, des contaminants microbiens (Escherichia coli ATCC® BAA-1430™ ou Kluyveromyces marxianus ATCC® 36907™) ont été ajoutés aux trois types de yogourt à la suite de la fermentation, puis dénombrés durant l’entreposage à 4°C ou 8°C. Parmi les procédés testés, aucun n’a pu améliorer la survie du probiotique B. longum R0175. Par contre, lorsqu’un probiotique plus résistant comme L. helveticus R0052 est utilisé, les populations obtenues dans les yogourts de type grec frais sont supérieures. De plus, un yogourt produit par centrifugation améliore la stabilité du probiotique durant l’entreposage, alors qu’un yogourt produit par ultrafiltration amplifie la mortalité d’E. coli. Toutefois, la croissance de la levure contaminante K. marxianus est également favorisée dans les yogourts de type grec. Les procédés de fabrication ont donc une influence importante sur les populations microbiennes. Greek-style yogurt became very popular in North America in the past few years. To produce these yogurts, an additional step is required to increase the protein content. Composition and rheological properties of yogurt are greatly influenced by the production process applied. However, there is a lack of knowledge about the impact of Greek-style yogurt production processes on microbial communities. The aim of this project was to compare the growth and the survival of probiotic bacteria and microbial contaminants added in Greek-style yogurts and regular stirred yogurt during storage. Three kinds of yogurt were produced; Greek-style yogurt obtained by ultrafiltration of the milk prior to fermentation, Greek-style yogurt obtained by centrifugation of the curd after fermentation, and regular stirred yogurt. In a first series of experiments, yogurts were produced with probiotic cultures (Bifidobacterium longum subsp. longum R0175 or Lactobacillus helveticus R0052). Bacterial populations and physicochemical properties of the products were analyzed during refrigerated storage at 4°C. In a second series of experiments, microbial contaminants (Escherichia coli ATCC® BAA-1430™ or Kluyveromyces marxianus ATCC® 36907™) were added to the three yogurt types after fermentation, and their populations were followed during storage at 4°C or 8°C. None of the processes tested could improve B. longum R0175 survival in yogurt. On the other hand, with a more resistant probiotic species as L. helveticus R0052, fresh Greek-style products provided higher populations than regular stirred yogurt. Moreover, Greek-style yogurt produced by centrifugation improved probiotic stability during storage, while Greek-style yogurt produced by ultrafiltration is more detrimental to E. coli. However, Greek-style products also improved the growth of the contaminating yeast K. marxianus, in comparison with regular stirred yogurt. Therefore, production processes greatly influence microbial populations in Greek-style yogurt.

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Schimann, Heidy Maria. "Impacts de perturbations liées à l'orpaillage sur l'évolution des communautés et fonctionnalités microbiennes d'un sol." Phd thesis, ENGREF (AgroParisTech), 2005. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00001435.

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Abstract:

Ce travail s'intègre dans des problématiques actuelles cherchant à caractériser l'impact des activités humaines sur les écosystèmes. Le sol, et en particulier, les communautés microbiennes fonctionnelles, abordées simultanément en tant qu'actrices des bio-transformations et en tant que biodescriptrices de l'état fonctionnel du système, ont été l'objet d'étude de ce travail qui s'est articulé autour de deux questions majeures : - Il s'agissait de savoir si des communautés microbiennes du sol exerçant deux fonctions considérées comme représentatives du fonctionnement global (respiration et dénitrification) pouvaient, sur un sol minier revégétalisé, récupérer des performances similaires à celles d'un sol de forêt. Cette étude menée in situ en forêt guyanaise, sur une zone minière aurifère réhabilitée a montré une certaine réversibilité des activités microbiennes des sols observées lors d'une telle perturbation. En effet, malgré une texture extrêmement hétérogène, le sol, une fois replanté en légumineuses, retrouve un fonctionnement similaire à celui de la forêt. Les biodescripteurs utilisés (ratio respiration réelle/potentielle et dénitrification/ respiration) ont permis de caractérise les différences de fonctionnement le long de la séquence de reforestation. Ils se sont révélés pertinents pour décrire les sols en cours de reconstruction et de stabilisation. La valeur de ratio respiration réelle/potentielle dans un sol de forêt pourrait être considérée comme un indicateur de stabilité, spécifique du site et caractérisant l'état d'équilibre à atteindre. Enfin, en permettant de détecter des variations qualitatives de la matière organique des sols qui n'avaient pas été mises en évidence par le C/N, l'utilisation de l'analyse NIRS associée aux analyses d'activité enzymatiques microbiennes a permis de vérifier que la dynamique de reconstruction des sols avait été accélérée par la plantation. La seconde question majeure de ce travail était: quel est l'impact d'une première perturbation sur (i) la structure et le fonctionnement microbien du sol et sur (ii) la capacité du sol à résister à une seconde perturbation ? Pour y répondre, une expérience in vitro menée sur des microcosmes de sol subissant deux types de perturbations (mercure et chaleur) a été élaborée. Les résultats ont montré que la respiration et la dénitrification répondaient d'une manière différente avec, parallèlement, des modifications durables de la structure des communautés. La diversité génétique des communautés microbiennes du sol a été évaluée à l'aide d'une ARISA après une extraction directe de l'ADN du sol. Au préalable, une étude méthodologique avait permis d'évaluer les biais engendrés par différentes méthodes d'extraction de l'ADN et donc de choisir l'extraction directe de l'ADN. Le maintien, dans certains cas, des fonctions après perturbation (respiration inchangée après l'application du mercure; dénitrification importante malgré le choc de température) suggère une redondance fonctionnelle importante parmi les communautés microbiennes du sol. Pourtant l'application de mercure, semble induire une vulnérabilité plus importante des sols face à une autre perturbation (chaleur). Cette vulnérabilité se traduit par une modification du fonctionnement de la communauté hétérotrophe du sol (respiration potentielle) mais aussi par la quasi disparition de la dénitrification dans ces sols. Cela peut révéler une diminution de la stabilité des sols qui pourrait être due à la modification de diversité mise en évidence dès le début de l'expérience. L'ensemble des résultats posés au cours de ce travail doit être analysé au regard des concepts de maintien des cycles biogéochimiques et d'ingénierie écologique. Les expériences menées aussi bien sur la Mine Boulanger qu'en microcosmes ont permis de mettre en exergue la nécessité de définir des biodescripteurs pertinents, capables de décrire l'état du système mais aussi sa probable évolution. Les indicateurs microbiens fonctionnels utilisés semblent remplir cette fonction en étant capables de rendre compte de la "performance" du système, de sa possibilité à être réhabilité ou à résister aux perturbations

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Personnic, Sébastien. "Dynamique des communautés microbiennes et impacts des virus sur les bactéries auto- et hétérotrophes en milieu lacustre." Chambéry, 2007. http://www.theses.fr/2007CHAMS023.

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Abstract:

L'analyse écosystémique pluriannuelle menée dans les eaux de surface des lacs Léman, du Bourget et d'Annecy nous a permis d'étudier la dynamique des particules virales et des communautés procaryotiques (bactéries hétérotrophes et picocyanobactéries). Ce suivi, opéré de juillet 2002 à décembre 2006 dans la strate 0-50 m a permis de mettre en évidence (I) une forte reproductibilité interannuelle des dynamiques bactériennes, picocyanobactériennes et virales (II), l’importance du forçage saisonnier (i. E. La température) et de la prfondeur (épi- vs hypolimnion) (III) des abondances et des dynamiques sensiblement différentes entre les lacs mésotrophes (Léman et Bourget) et le lac d’Annecy, oligotrophe et enfin (IV) la faible part explicative prise par les variables biotiques, à l’échelle pluriannuelle dans la dynamique des communautés microbiennes. Une seconde approche, basée sur des expériences de dilution, a été utilisée afin de quantifier la régulation exercée par les virus et les prédateurs flagellés (< 10 µm) sur la mortalité procaryotique, entre 2005 et 2006. Aucun processus de mortalité n’était détecté en période hivernale, alors que cette régulation atteignait plus de 71 % dans l’explication de la mortalité des bactéries hétérotrophes, dans le lac Léman, en été. En automne, la lyse virale et la prédation expliquaient 42 et 18 % de la mortalité des bactéries hétérotrophes dans le lac Léman et du Bourget respectivement. Pour les les picocyanobactéries, les virus expliquaient à eux seuls 9,8 % et 7,6 % de la mortalité dans les deux lacs mésotrophes, contribuant probablement à la terminaison du bloom automnal des picocyanobactéries. En revanche, dans le lac oligotrophe d’Annecy les virus et les prédateurs ne semblaient pas jouer un rôle majeur dans le contrôle de l’abondance des communautés bactériennes. Les résultats obtenus au cours de ces travaux ont donc permis de préciser le rôle régulateur très variable mais, potentiellement très important exercé par les virus dans le contrôle de l’abondance procaryotique. Ce travail a également permis de souligner la nécessité de progresser dans la connaissance des différentes stratégies virales et des facteurs influençant la mise ne place de ces stratégies A pluri-annual study was conducted, from July 2002 to December 2006, in the three peri-alpine lakes : Annecy, Bourget and Geneva. It allowed us to observe spatial and temporal variations for the abundances of viruses, auto- and heterotrophic bacteria, flagellates, ciliates and small-pigmented eukaryotes between 0 and 50 m depth. We could observe that (I) the dynamics of these micro organisms was relatively well reproducible from one year to the other (II) abiotic parameters (e. G. Temperature) and water column layers (i. E. Epi- vs. Hypolimnion) were significantly involved in the variability of microorganism abundance (III) some differences were observed according to the trophic status of lakes (the mesotrophic Geneva and Bourget vs. The oligotrophic lake Annecy), (IV) at a pluri-annual scale, the variation of abundance of grazers and viruses explained only a low fraction of bacterial abundance variability. A second approach (based on a modified dilution method) was used to quantify simultaneously the impact of viruses and flagellated predators (< 10 µm) as mortality agents of heterotrophic bacteria and picocyanobacteria. Lysis and predation pressure exerted on heterotrophic bacteria was undetectable in winter, whereas in summer they could be responsible for up to 71 % of the heterotrophic bacterial mortality in Lake Geneva. Also, in autumn, lysis and predation reached 42 and 18 % in Lake Geneva and Bourget, respectively. At the same period, viruses could explain 9,8 % and 7,6 % of the picocyanobacterial mortality in the two mesotrophic lakes, suggesting that they could play a key role in fall bloom termination. In contrast, for the oligotrophic Lake Annecy, viruses and predators did not seem to impact strongly and thus control bacterial community abundance. All together, the results obtained during this PhD work allowed us to verify and specify the variability and potential importance of viruses and predators to regulate the procaryotic abundance in large peri-alpine lakes. This work also highlighted the necessity to go further in the knowledge of the different viral life strategies and determine which factors are involved in the control of these strategies

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Mrad, Fida. "Décomposition de résidus de culture et de matériaux biosourcés : impact sur les communautés microbiennes des sols agricoles et les fonctions associées." Thesis, Normandie, 2018. http://www.theses.fr/2018NORMR109/document.

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Abstract:

La gestion des déchets constitue un problème majeur au niveau mondial. En agriculture, le retour au sol des résidus de culture est une pratique courante et constitue une opportunité intéressante pour maintenir la fertilité du sol et/ou pour stocker du carbone. La décomposition des matières végétales dans le sol est influencée par plusieurs facteurs (tels que la composition microbienne, la nature et qualité des matières végétales), et a pour acteurs principaux les microorganismes telluriques. Au-delà du retour au sol, d’autres voies de valorisation de la matière végétale non récoltée peuvent être envisagées, telle que sa transformation pour des usages non alimentaires. Dans le domaine du bâtiment, l’intérêt de l’utilisation de matériaux biosourcés (destinés à l’isolation thermique) est croissant et encouragé par les pouvoirs publics dans la construction ou la rénovation. Toutefois, à notre connaissance, la question de la gestion de la fin de vie de ces matériaux après déconstruction des bâtiments n’est pas encore abordée. Afin de mieux comprendre le retour aux sols agricoles de matières végétales de natures diversifiées (paille de blé, paille de colza et tiges de tournesol), nous avons combiné différentes caractérisations biochimiques/physicochimiques tels que le fractionnement biochimique, l’analyse thermogravimétrique et la spectroscopie infra rouge, avec l’étude de la dynamique microbienne (abondance, diversité, fonction), complétées du suivi de minéralisation du carbone et de l’azote durant 3 mois d’incubation, en microcosmes. La minéralisation des résidus de grandes cultures est principalement régie par des microbiodiversités initialement différentes, issues de la prairie permanente ou la grande culture, et dans une moindre mesure par leur qualité biochimique. Quant à la dynamique microbienne, elle est impactée par ces deux types de sols et la nature de apports. Dans le cas de coproduits contrastés de la tige de tournesol (moelle et écorce), la minéralisation du C est principalement dictée par leur qualité initiale. Concernant la mise en oeuvre d’un matériau biosourcé à base de moelle de tige de tournesol, elle semble favoriser sa minéralisation dans le sol. Le retour au sol de ce type de matériau pourrait donc constituer un moyen intéressant de gestion de sa fin de vie Waste management is a major problem worldwide. In agriculture, the return of crop residues to the soil is a common practice and represents an interesting opportunity to maintain soil fertility and / or to store carbon. The decomposition of plant materials in soils is influenced by several factors (such as microbial composition, plant material’s nature and quality), and soil microorganisms are its main actors. Moreover, other ways of valorization of non-harvested plant materials are possible, such as their transformation for non-food applications. In the building industry, the interest in using biobased materials (for thermal insulation) is growing and encouraged by the public authorities in construction or renovation projects. However, to our knowledge, the issue of management of these materials end-of-life is not yet addressed, after deconstructing the buildings. In order to better understand different crop residues (wheat straw, rapeseed straw and sunflower stems) decomposition in agricultural soils, we have combined different biochemical / physicochemical characterizations such as biochemical fractionation, thermogravimetric analysis and infrared spectroscopy, with microbial dynamics monitoring (abundance, diversity, function), supplemented by carbon and nitrogen mineralization measures during 3 months incubation in microcosms. Crop residues mineralization is mainly governed by initially different microbiodiversities (derived from permanent grassland or conventional cropping system), and to a lesser extent by their biochemical quality. However, microbial dynamics are influenced by both, types of soils and nature of inputs. As for the sunflower stem coproducts (pith and bark), C mineralization is mainly dictated by their initial quality. Concerning the manufacturing process of a sunflower pith biobased material, it seems to favor its mineralization in soil. The return of this type of material to soil could thus constitute an interesting means of managing its end-of-life

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Ndiaye, Daouda. "Impact des structures biogéniques de termites sur l'activité et le fonctionnement des communautés microbiennes du cycle de l'azote, en zone soudano-sahélienne." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066464.

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Coclet, Clément. "Impacts de la contamination multiple en éléments traces métalliques sur les communautés microbiennes dans un environnement côtier fortement anthropisé : la rade de Toulon." Electronic Thesis or Diss., Toulon, 2019. http://www.theses.fr/2019TOUL0010.

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Abstract:

La rade de Toulon est un écosystème côtier fortement anthropisé qui présente un gradient multiple de contamination en éléments traces métalliques, qui en fait un site atelier remarquable. Le couplage des campagnes de terrain et des expérimentations en laboratoire a permis d'étudier l'impact de la contamination métallique sur les communautés microbiennes planctoniques et en biofilm. L'utilisation de la chimie analytique, de la cytométrie en flux et du métabarcoding a permis d'étudier plusieurs aspects des communautés, comme l'abondance et la diversité taxonomique en réponse à la contamination métallique dans la rade de Toulon. Ainsi, les communautés d'ultraphytoplancton et de bactérioplancton ont montré une structuration spatiale forte le long des gradients métalliques. Les expérimentations en laboratoire ont montré que les ETMs jouaient un rôle important sur l'abondance et la diversité des communautés ultraplanctoniques, par des effets directs (toxicité) et indirects (couplage phytoplancton-bactérioplancton). La communauté microbienne de biofilm a été beaucoup moins impactée par les gradients métalliques dans la rade de Toulon que la communauté ultraplanctonique. En revanche, la communauté de biofilm a semblé influencée par sa proximité avec le compartiment sédimentaire, qui ont pu fournir des microorganismes colonisateurs lors d'épisodes de remise en suspension. En conclusion, les ETMs ont semblé avoir un impact sur l'ensemble des communautés microbiennes de la rade de Toulon avec toutefois, des variations d'influence selon le compartiment Toulon Bay is a highly anthropized coastal ecosystem that present multiple trace metal contamination gradients, and was considered as a model system. The coupling of field campaigns and laboratory experiments were used to study the impact of trace metal contamination on bath planktonic and biofilm microbial communities. Chemical analyses, flux cytometry, and metabarcoding were used to study several characteristics of communities, as abundance and taxonomie diversity in response to trace metal contamination in the Toulon Bay. Then, bath ultraphytoplankton and bacterioplankton showed strong spatial patterns along the trace metal contamination gradients. Laboratory experiments showed that trace metals played an important raie on bath abundance and diversity patterns of ultraplanktonic communities, by bath potential direct (toxicity) and indirect (phytoplankton-bacterioplankton interactions). Conversely to planktonic communities, trace metal contamination had limited impact on microbial biofilm community. ln contrast, microbial biofilm community seemed to be influenced by surrounding sediments, and by potential colonizer taxa from benthic compartment resuspended du ring sediment resuspension events. ln conclusion, trace metals seemed to have impacts on all the microbial communities of Toulon Bay, with variations of influence depending on the compartment

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Sultan, Gehan. "Impact d’une formulation minérale sur les composantes biologiques des sols agricoles." Thesis, Paris Est, 2011. http://www.theses.fr/2011PEST0103.

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Abstract:

Des études récentes ont permis de constater qu'une part de plus en plus importante des sols agricoles présente des déficiences en micronutriments. Ces carences posent donc de graves problèmes en terme de productivité. Il existe de nombreuses études sur le rôle des micronutriments dans le métabolisme des plantes et des microorganismes. Cependant aucune étude basée sur une approche holistique visant à prendre en considération l'ensemble des trois composantes biologiques du sol (plante, faune, microorganismes) par rapport à l'apport de micronutriments n'a été entreprise à ce jour. L'objectif de cette étude était de préciser l'impact des micronutriments sur les trois composantes biologiques d'un sol en étudiant différents paramètres tels que la production de biomasse végétale, les communautés bactériennes et les aspects fonctionnels à travers l'analyse de l'activité des enzymes du sol.Une expérimentation menée en champ a été réalisée sur une culture de colza. Une comparaison entre blocs parcellaires traités et non traité a été réalisé en analysant le nombre et le poids de siliques ; la teneur en chlorophylle des feuilles, le poids et la densité des vers de terre, les activités enzymatiques, la structure des communautés microbiennes et l'activité microbienne globale. L'apport de micronutriments induit des changements de tous les paramètres biologiques étudiés en fonction du stade de développement de la plante. Parmi les enzymes étudiées (phosphatases alcaline et acide, beta-glucosidase, alpha-glucosidase, beta xylosidase), une augmentation significative de la phosphatase alcaline et de l'alpha-glucosidase a été mesurée mais seulement lorsque la plante est au stade de grenaison. A ce stade, on constate également une augmentation de l'activité microbienne totale ainsi qu'une plus forte densité de vers de terre dans les blocs parcellaires traités. De plus, l'apport de micronutriments affecte de manière significative les communautés de bactéries nitrifiantes mais ce phénomène ne s'observe qu'au stade de la floraison. L'ensemble des ces résultats suggère donc que les micronutriments agissent comme des catalyseurs de l'activité biologique des différents acteurs du sol (plante, microorganismes et macrofaune). Ils sont à l'origine d'une succession d'inter action complexes et modifient alors les processus biologiques qui s'opèrent dans le sol.Le deuxième objectif de cette étude était de comparer l'impact de micronutriments sur les communautés microbiennes en présence /absence de plantes ou de vers de terre. Une expérimentation conduite en microcosme a été entreprise. Compte- tenu que les paramètres physico –chimiques du sol influent la biodisponibilité des micronutriments, l'expérience a été réalisée avec trois types de sols (sols limoneux, argileux et sableux). Les résultats obtenus mettent en évidence que l'impacte des micronutriments sur les communautés bactériennes est subordonné à la présence et le type d'organismes (vers de terre/plante) ainsi qu'à la nature du sol.Finalement, les micronutriments ne doivent plus être perçus en terme de productivité à travers une simple relation avec la plante mais au contraire comme des agents agissant comme catalyseur de l'activité biologique des principaux acteurs du sol. Une telle vision holistique constitue les premières données pour établir les bases de l'agroécologie Numerous arable lands in the world have a low availability of micronutrients. This lack of micronutrients has a serious impact on crop production. To increase plant productivity more attention must be paid to micronutrients. A number of studies have focused on the effect of micronutrients on plant and bacterial metabolism. However, studies on the impact of these micronutrients, when all living organisms (plant, macrofauna and microorganism) present in a field are taken into account, are scarce..The aim of the present study was to investigate the effects of these micronutrients on the three soil components. Different parameters were chosen such as plant productivity, bacterial community, soil enzyme and fauna to determine the impact of micronutrients on these organisms.A field experimental approach consisted of micronutrient treatments during oilseed rape cultivation in the Aisne Department (France) was carried out. In comparison to control plots, the weight and number of siliques (seed pods), the chlorophyll content of leaves, the weight and density of earthworms, soil enzyme activities, bacterial communities and total microbial activity were analysed. The addition of micronutrients caused changes to all the biological parameters studied in relation to the plant growth stage. Among the enzymes tested (alkaline and acid phosphatase, beta-glucosidase, alpha-glucosidase, beta xylosidase), a significant increase in alkaline phosphatase and alpha-glucosidase was measured at the 3rd stage of oilseed rape development with the addition of micronutrients. At this stage of oilseed rape development, total microbial activity and the weight and density of earthworms were higher in plots under micronutrient treatment. On the other hand, micronutrients had a significant impact on the nitrifying bacterial community and the total bacterial community only at the 2nd stage of oilseed rape development. All these results suggest that micronutrients act as a catalyst by stimulating plants, soil fauna and microorganisms directly or indirectly. Thus micronutrients can modify biological processes in all living organisms through successive complex interactions.The second objective of this study was to compare the impact of micronutrients on bacterial communities in presence/absence of plants or earthworms. An in vitro experimental approach using microcosms has been conducted to study different parameters (bacterial community, soil enzyme activity, total microbial activity). Because characteristics of soil contents are important in determining the availability of micronutrients in soils the experiment was conducted on three type of soil: sandy; loamy and clay soil. Our results bring to light that the application of micronutrients affected the bacterial communities. However the nature and the importance of this impact varies according to the organisms presents (plant or earthworms) and the nature of the soil.The results of this study provide a scientific basis for fertilizing and utilizing soil, protecting microbial diversity, and accomplishing the sustainable development of agroecology

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DELANGLE, MARIE-HELENE. "Impact de l'utilisation des fluoroquinolones sur l'ecologie digestive : consequences sur l'emergence de bacilles a gram negatif resistants aux fluoroquinolones." Nantes, 1993. http://www.theses.fr/1993NANT250M.

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Bestion, Elvire. "Impact du changement climatique sur un vertébré ectotherme : de l'individu à la communauté." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30389.

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Abstract:

Le changement climatique récent a des conséquences dramatiques pour la biodiversité, à travers des modifications des conditions abiotiques et biotiques. La vulnérabilité d'une espèce au changement climatique peut dépendre de son habitat, de sa position au sein de sa communauté ainsi que de sa physiologie thermique. A cet égard, les espèces ectothermes, dont la température interne dépend directement du milieu extérieur, sont considérées comme particulièrement vulnérables à l'augmentation de température. Nous avons étudié expérimentalement l'impact du réchauffement climatique futur sur une espèce de vertébré ectotherme, le lézard vivipare (Zootoca vivipara). Pour cela nous avons utilisé le Métatron, un système de grands enclos semi-naturels dans lesquels les conditions climatiques peuvent être manipulées. Nous avons étudié l'impact d'un climat futur plus chaud (+2°C) sur la dynamique des populations et leur risque d'extinction, ainsi que sur les capacités d'adaptation des populations par la plasticité phénotypique, la sélection et la dispersion. De plus, nous avons considéré l'impact du changement climatique à l'échelle de la communauté. Nous démontrons que le changement climatique futur a un impact négatif sur les populations de lézard vivipare, avec un risque d'extinction à court terme. Cependant, des moyens d'adaptation existent, à travers des changements de phénologie et de physiologie (mélanisme, préférences thermiques). Enfin, les conséquences du changement climatique ne sont pas limitées à l'impact sur les populations de lézard, mais affectent la communauté toute entière, depuis les communautés de plantes et d'insectes jusqu'aux communautés microbiennes Recent global change has dramatic impacts on biodiversity, through modifications in abiotic and biotic factors. Species vulnerability to changing climates depend for instance of its habitat, its position within the community and its thermal physiology. In this respect, ectotherm species are considered particularly vulnerable as their body temperature depend directly on their environment. We experimentally studied the impact of future climate change on an ectotherm vertebrate species, the common lizard (Zootoca vivipara). We used the Metatron, a system of semi-natural enclosures in which climatic conditions can be manipulated. We studied the impact of warmer climatic conditions (+2°C) on common lizard's population dynamics and extinction risk, and on population adaptation capacity through plasticity, selection and dispersal. We further investigated the impact of climate change at the community scale. We demonstrated that future climatic conditions pose a threat to common lizard. However, possibilities of adaptation exist through changes in phenology and physiology (preferred temperature and melanism). Finally, we show that changing climatic conditions have an impact on the entire communities, from plants and insects to microbial communities

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Yacoub, Amira. "Relations entre l’omycète, Pythium oligandrum, et la vigne : étude de l’induction de résistance contre un agent pathogène du bois et impact sur les communautés microbiennes colonisant la plante." Thesis, Pau, 2015. http://www.theses.fr/2015PAUU3053/document.

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Abstract:

Il est actuellement estimé qu’environ 13% du vignoble français est improductif suite aux pathologies affectant le bois des ceps, la principale d’entre elles étant l’esca. Parmi les moyens de lutte mis en œuvre, le biocontrôle, via l’utilisation d’un oomycète, Pythium oligandrum, est actuellement développé pour protéger les plants de vigne contre un agent pathogène pionnier de l’esca, Phaeomoniella chlamydospora. La sélection de souches de P. oligandrum, isolées du vignoble, et produisant in vitro des quantités importantes d’une protéine élicitrice, l’oligandrine, des systèmes de défense des végétaux a d’abord été réalisée. Trois essais en serre ont montré qu’une réduction significative (40 à 50%) des nécroses dues P. chlamydospora était observée après application d’inocula de l’oomycète sur les racines des plants de vigne pied-francs Au niveau de la tige, le niveau d’expression de 22 gènes impliqués dans les mécanismes de défenses de Vitis vinifera a été mesuré par PCR quantitative et des réponses spécifiques du végétal ont été observées selon les traitements. Six gènes (protéines PR, voie des phenylpropanoïdes, oxylipines et le système d’oxydo-réduction) ont été fortement induits lorsque les plants ont été pré-inoculés par P. oligandrum puis infectés par P. chlamydospora. Afin de mettre en évidence les mécanismes spécifiques mis en place lors de cette interaction tripartite, l'analyse de la réponse transcriptomique globale de la vigne (par microarray et RNAseq), au niveau de la tige, a été réalisée chez ces plants qui manifestent une résistance induite systémique (ISR). Plusieurs gènes impliqués dans la synthèse de l’éthylène et des jasmonates sont fortement induits, chez les plants pré-traités par l’oomycète puis infectés par l’agent pathogène. Plusieurs facteurs de transcription régulant ces voies de signalisation sont également fortement induits. Suite à l’analyse des populations de messagers (mRNA) de P. chlamydospora, il a été observé que les niveaux d’expression de gènes impliqués dans la synthèse des métabolites secondaires, des facteurs de transcription impliquées dans la régulation de différentes voies chez les champignons et certaines Carbohydrates Actives enZymes étaient modulés en présence de P. oligandrum au niveau racinaire. Ces résultats montrent que la colonisation du végétal par l’oomycète, même à distance de P. chlamydospora, induit un stress indirect important chez celui-ci. Afin d’optimiser l’implantation de cet agent de biocontrôle en pépinière et au vignoble, l’aptitude de P. oligandrum à coloniser les racines de plants de vignes greffés et à les protéger contre P. chlamydospora a été étudiée. Trois portes-greffes (SO4, 3309 et 101-14) greffés sur des cépages (Cabernet Sauvignon et Sauvignon Blanc) ont été inoculés ou non par P. oligandrum. L’oomycète s’implantait sur les différents systèmes racinaires, mais en proportion variable selon les associations cépage/porte-greffe utilisées. Les analyses par empreintes moléculaires (Single Strand Conformation Polymorphism) ont montré que des microflores fongiques et bactériennes complexes et diversifiées colonisaient les feuilles et les racines, mais que l’introduction de P. oligandrum sur la plante n’induisait pas de bouleversements directs ou indirects notables au niveau de ces microflores indigènes. Une protection des jeunes plants de vigne greffés (SO4 + Cabernet Sauvignon) semble être induite par P. oligandrum contre l’agent pathogène, P. chlamydospora Approximately 13% of French vineyards are currently considered unproductive due to trunk diseases, mainly Esca, a particularly destructive disease that affects grapevines worldwide. Accordingly, biological control of a pathogen implicated in Esca, Phaeomoniella chlamydospora, was developed using the oomycete, Pythium oligandrum. The selection of P. oligandrum strains, isolated from vineyards, which produced in vitro large quantities of oligandrin, an elicitin-like protein inducing plant defences, was carried out. Three greenhouse assays showed that the necroses caused by P. chlamydospora were significantly reduced (40 to 50%) when P. oligandrum colonized the root system of vine cuttings. At stem level, the expression of a set of 22 genes involved in Vitis vinifera defence mechanisms was measured by quantitative PCR. Depending on the treatments employed, significant differences in grapevine responses were observed. Six of the genes (PR proteins, phenyl-propanoid pathway, oxylipins and the oxydo-reduction system) were strongly induced in plants pre-treated with P. oligandrum, and subsequently infected by P. chlamydospora. In order to characterize the mechanisms occurring during this tri-partite interaction, the global transcriptomic grapevine responses at stem level were analysed, using microarray and RNAseq, in plants in which induced systemic resistance (ISR) had taken place. Several genes involved in ethylene and jasmonate biosynthesis were strongly induced in plants that were pre-treated with P. oligandrum, and subsequently infected by P. chlamydospora. The transcription factors involved in the regulation of these signalisation pathways were also induced. Analysis of the P. chlamydospora RNA messenger (mRNA), showed that certain genes involved in secondary metabolite synthesis, transcription factors implicated in pathway regulations, and certain Carbohydrate Active enZymes, were modulated, when P. oligandrum colonised the roots. These results demonstrated that root inoculation with P. oligandrum induced indirect stress on P. chlamydospora responses. In order to promote P. oligandrum implantation in nurseries and vineyards, the capacity of this biocontrol agent to colonize the roots of grafted-plants, and to protect them against P. chlamydospora attacks, was studied. Three rootstocks (SO4, 3309 and 101-14), grafted on two scion varieties (Cabernet Sauvignon and Sauvignon Blanc), were inoculated or not with P. oligandrum. Depending on the particular scion/rootstock associations, the oomycete colonized the various root systems differently. Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) analyses revealed complex and diverse fungal and bacterial communities in both the rhizosphere and the phyllosphere. These microflora, which were organ-dependent, were not direcly or indirectly affected by the root inoculation of P. oligandrum. Protection of grafted vines (SO4 + Cabernet Sauvignon) was probably induced by P. oligandrum against the pathogen, P. chlamydospora

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Bordenave, Sylvain. "Impact d'une contamination pétrolière sur les tapis microbiens et étude de leur réponse." Pau, 2007. http://www.theses.fr/2007PAUU3018.

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Abstract:

Ecosystèmes ancestraux et ubiquistes, les tapis microbiens sont caractérisés par une importante biodiversité et une grande richesse métabolique. Au niveau des zones côtières, ces structures bactériennes peuvent être soumises à divers types de contaminations. Du fait notamment du rôle majeur des tapis microbiens dans les cycles biogéochimiques, il apparaît essentiel de mieux comprendre l’impact que peuvent avoir de telles contaminations sur ces écosystèmes. Dans ce contexte, le travail de thèse présenté vise à mieux comprendre l’impact que peut avoir une pollution pétrolière sur les communautés bactériennes complexes des tapis microbiens. L’essentiel de l’étude est établie à partir d’expérimentations en microcosmes réalisées avec différents types de tapis. Des approches moléculaires (T-RFLP et analyse de banques de clones) basées sur les gènes codant pour les ARN ribosomiques 16S ont tout d’abord permis de suivre après plusieurs mois et jusqu’à un an d’incubation l’impact d’une pollution pétrolière sur les communautés bactériennes des tapis microbiens. Cet aspect a également été abordé à un niveau transcriptomique (ARNr 16S) afin de préciser la réponse des communautés bactériennes métaboliquement actives au sein de ces structures microbiennes. L’ensemble de ces travaux a notamment permis de mettre en évidence les capacités de résilience des tapis microbiens. Par la suite, l’étude de gènes codant pour des enzymes impliquées dans la dégradation d’hydrocarbures (dioxygénases et benzylsuccinate-synthase) a été réalisée dans le but de préciser la réponse fonctionnelle des tapis microbiens après une contamination pétrolière. L’absence de réponse apparente au niveau de ces gènes fonctionnels nous a conduit à la recherche de nouveaux gènes pouvant être impliqués après une contamination pétrolière. Ce dernier aspect a fait l’objet d’une approche par analyse différentielle sur les ARN et a permis de mettre en évidence certain gènes/fonctions pouvant intervenir dans la réponse des tapis microbiens après une contamination pétrolière Ancestral and ubiquist ecosystems, microbial mats present an important biodiversity and a high metabolic richness. In coastal zone, these vertically laminated bacterial structures are exposed to diverse forms of contamination. Because they are main actors in biochemical cycles, the appreciation of contamination impact on these ecosystems is essential in microbial ecology. In this context, the present PhD study attempts specifically to better understand the impact of petroleum contamination on the complex bacterial community of microbial mats. The study is essentially based on microcosm experiments performed with different microbial mats. First, molecular approaches (T-RFLP and clone libraries analyses) based on 16S rRNA encoding genes allowed to follow during at least three months and up to one year of incubation, a petroleum pollution impact on bacterial communities of microbial mats. The study was also performed at the transcriptomic level (16S rRNA) in order to precise the response of metabolically active bacterial communities in these microbial structures. The main result of this work showed the resilience capacity of microbial mats. Afterward, the study of genes encoding for enzymes involved in hydrocarbon degradation (dioxygenases and benzylsuccinate synthase) have been performed in order to precise the functional response of microbial mats after petroleum contamination. Since the study of these functional genes could not relay the impact of petroleum we focused our study on new potentially involved genes. For this purpose, differential display approach on ARN was applied and allowed to display some gene/function potentially involved in microbial mat response after petroleum contamination

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Royer-Tardif, Samuel. "Les causes et les conséquences de la mixité entre le peuplier faux-tremble et le pin gris en forêt boréale un regard sur les propriétés édaphiques." Thèse, Université de Sherbrooke, 2011. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5155.

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Abstract:

Les peuplements mixtes (formés à la fois de feuillus et de conifères) font partie de la dynamique naturelle de la forêt boréale québécoise. Toutefois, les pratiques forestières au Québec ont eu comme conséquences de séparer les essences incluses dans ces peuplements. Hors, de récentes études suggèrent que la gestion forestière des peuplements mixtes pourrait procurer des avantages tant économiques, qu'écologiques. Cependant, nous connaissons encore mal la dynamique naturelle menant à la formation de peuplements mixtes d'essences pionnières telles que le peuplier et le pin gris et encore moins les conséquences qu'une telle mixité peut avoir sur les propriétés physico-chimiques et biologiques du sol. Cette thèse de doctorat a, comme principal objectif, de mieux comprendre les causes et les conséquences souterraines de la mixité forestière entre le peuplier faux-tremble et le pin gris dans la forêt boréale abitibienne. En premier lieu j'évalue l'hypothèse que la fertilité du matériau parental détermine l'occurrence des peuplements mixtes de peuplier et de pin gris. Un recensement des peuplements mixtes dans le nord-ouest de l'Abitibi ainsi qu'une expérience contrôlant la fertilité du sol ont permis de confirmer cette hypothèse. En ce sens, les peuplements mixtes de peuplier et de pin gris sont exclusifs aux dépôts argileux plus riches que les dépôts sableux tels le till. En second lieu, j'évalue les conséquences de la mixité forestière sur les propriétés édaphiques, notamment, la composition et la stabilité des communautés microbiennes du sol. Ainsi, je suppose que la plus grande diversité végétale des peuplements mixtes favorise la stabilité de la biomasse des communautés microbiennes qui y sont associées. J'ai donc mesuré trois indices de stabilité de la biomasse microbienne soient : la résistance, la résilience et la tolérance. Mes résultats indiquent dans un premier temps que les communautés microbiennes des peuplements mixtes sont plus résistantes que celles des peuplements purs et, dans un deuxième temps, que la tolérance des communautés microbiennes des peuplements mixtes est assurée dans une plus grande diversité de conditions par opposition aux communautés microbiennes provenant des peuplements purs. Quant à la résilience, cet indice était plus fortement déterminé par la fertilité du matériau parental que par la composition végétale. En troisième et dernier lieu, j'explore les conséquences souterraines de frontières abruptes entre les peuplements purs de peuplier et de pin gris. Même si dans de tels cas, il n'y a pas de mixité forestière, je présente des évidences que de tels écotones constituent des écosystèmes uniques en ce qui a trait à leurs propriétés souterraines et que le peuplier, par la dispersion de sa litière, possède une plus forte influence que le pin gris sur ces propriétés, notamment, la composition des communautés microbiennes. Les résultats et les conclusions découlant de ce projet de doctorat permettront, dans un premier temps de mieux comprendre la dynamique naturelle de la forêt boréale, et dans un second temps, de comprendre les conséquences souterraines de l'hétérogénéité du paysage de la forêt boréale. Finalement, ces résultats pourraient justifier le développement de pratiques sylvicoles préservant la diversité du paysage forestier québécois.

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Ayache, Chrystelle. "Impact of biological pre-treatment on membrane fouling and micropollutant rejection in water recycling." Thesis, Poitiers, 2013. http://www.theses.fr/2013POIT2256.

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Abstract:

Une des solutions alternatives les plus fiables contre la raréfaction des ressources en eau et la dégradation de leur qualité est la réutilisation des eaux usées. Aujourd'hui la technologie membranaire basse et haute pression s'impose comme la technologie de choix pour la production directe et indirecte d'eau potable du fait de la très haute qualité de l'eau produite. Néanmoins, le colmatage des membranes, affectant techniquement et économiquement les filières de traitement, reste aujourd'hui l'un des principaux défis. Les objectifs de cette thèse sont d'améliorer la compréhension du colmatage membranaire dans le recyclage des eaux usées en étudiant le rôle de la qualité de l'effluent secondaire sur le développement du colmatage et l'impact du colmatage sur la qualité de l'eau produite. Afin d'atteindre ces objectifs, une meilleure connaissance de la qualité des effluents secondaires et de leur impact sur les procédés membranaires s'avère indispensable. Les différentes fractions organiques des effluents ont été caractérisées à l'aide de techniques innovantes telles que la spectroscopie de fluorescence à 3 dimensions (EEM) et la chromatographie liquide couplée à une détection carbone (LC-OCD). Une unité à échelle pilote, composée d'ultrafiltration suivie d'une osmose inverse à deux étages, a été mise en place sur deux sites distincts. Plusieurs doses de monochloramine ont été testées (0 à 2 mg/L NH2Cl) afin de donner des recommandations d'optimisation de traitement One of the most reliable alternative solutions to water shortage and scarcity in urban areas is potable reuse of what would otherwise be considered "waste" water. The combination of low and high-pressure membrane processes is the favoured technology for direct and indirect potable water recycling due to the very high water quality produced. Despite the fact that membrane technology is well established, membrane fouling remains a major challenge affecting plant operation technically and economically. This thesis aims to contribute to the understanding of membrane fouling in water reuse by investigating the importance of the feed water quality on fouling development and the impact of the fouling on the treated water quality. In order to achieve these objectives, it was important to develop better knowledge of the impact of feed water quality on the membrane process. The organic composition of the effluents was successfully differentiated with the use of advanced analytical tools such as fluorescence excitation emission matrix (EEM) and liquid chromatography-organic carbon detection (LC-OCD). To evaluate water quality impact on membrane fouling, a membrane pilot unit consisting of ultrafiltration and a two stage reverse osmosis train was operated on two different sites. Different monochloramine dosages (0 to 2 mg/L NH2Cl) were applied and their impact on RO membrane performance was studied in order to provide recommendations for plant design

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Calbrix, Raphaël. "Impact des intrants organiques et des conduites culturales sur la biomasse microbienne et la diversité des bactéries telluriques." Rouen, 2005. http://www.theses.fr/2005ROUES028.

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Abstract:

L'objectif de ce travail est d'analyser, au cours d'une cinétique de 24 mois, les effets de différents types de produits organiques (Boue de STEP, Fumier, Compost de fumier et Compost de boue) sur les communautés microbiennes telluriques, en tenant compte des conduites culturales. Les communautés ont été analysées d'un point de vue quantitatif (dénombrement des bactéries hétérotrophes aérobies cultivables, quantification de l'ADN et du carbone microbien) et par un suivi de l'activité métabolique potentielle (Biolog) et de la diversité génétique (T-RFLP ADNr 16S). Nous avons mis en évidence un impact spécifique transitoire au cours des trois premiers mois suivant l'épandage. L'évolution des communautés semble particulièrement influencée par la proportion de carbone minéralisable et de lignine (Van Soest) dans les produits organiques. L'influence du labour et des végétaux implantés est également révélée par l'évolution de la structure des communautés bactériennes au cours de la cinétique The aim of this work is to analyse the effects of four different organic products (turkey manure, compost of turkey manure and ligneous wastes, sewage sludge and compost of sewage sludge) on soil microbial communities in function of agricultural managements, during a 24 months kinetic. The microbial communities were characterised in a quantitative point of view (enumeration of heterotrophic cultivable bacteria, assay of soil total, microbial carbon assay) and in a qualitative one by potential metabolic fingerprinting (Biolog) and genetic structure of soil bacterial communities (T-RFLP 16S rDNA). A transitory impact specific to the different organic products was shown. The impact of organic products on microbial biomass and on bacterial community structure seemed to depend on their rate of lignin (Van Soest) and of mineralisable carbon. The influence of the tillage and the vegetation was revealed by the evolution of bacterial community structure during the 24 months of the experiments

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Garin, Tiffany. "Impact des compétitions inter-microbiennes médiées par le Système de Sécrétion de Type VI (T6SS) sur la dynamique de transmission du microbiote des graines aux plantules." Electronic Thesis or Diss., Angers, 2024. https://dune.univ-angers.fr/documents/dune18434.

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Abstract:

Les graines constituent la source d’inoculum initiale pour le microbiote des plantes. Lors de la germination, le relargage d’exsudats à proximité des graines déclenche une intense compétition microbienne qui joue un rôle moteur dans l’assemblage du microbiote des plantes. Ce travail de thèse vise à explorer le rôle de la compétition d'interférence médiée par le système de sécrétion de type VI (T6SS). Le T6SS d’une souche de Stenotrophomonas rhizophila, une espèce bactérienne transmise efficacement aux plantules, a été utilisé comme modèle d’étude. Ce T6SS est impliqué dans l’inhibition de la croissance de nombreuses espèces bactériennes in vitro, dont la souche phytopathogène Xanthomonas campestris pv. campestris 8004 (Xcc8004). Cette inhibition de croissance bactérienne est corrélée à la proximité phylogénétique et métabolique entre S. rhizophilaet les espèces bactériennes testées. L’activité antimicrobienne du T6SS de S. rhizophila limite la transmission de Xcc8004 de la graine de radis à la plantule en conditions gnotobiotiques. Cette activité module également la dynamique d’assemblage des communautés bactériennes lors de la transition graine-plantule en sol non stérile. La composition du consortium microbien co-inoculé sur graine influence l’avantage compétitif conféré par le T6SS à S. rhizophila. La compétition d’interférence médiée par le T6SS intervient donc bien dans la dynamique d’assemblage du microbiote des plantes et l'inoculation de consortiums bactériens composés de bactéries porteuses de T6SS apparait comme une solution potentielle de réduction de la transmission des agents phytopathogènes aux plantules Seeds represent the initial inoculum source for plant microbiota. During germination, the release of exudates near the seeds triggers intense microbial competitions, which play a pivotal role in the assembly of the plant microbiota. This thesis work aims to explore the role of interference competition mediated by the Type VI secretion system (T6SS). The T6SS of a strain of Stenotrophomonas rhizophila, a bacterium efficiently transmitted to seedlings, was used as a study model. This T6SS inhibits the growth of many bacterial species in vitro, including the phytopathogenic strain Xanthomonas campestris pv. campestris 8004 (Xcc8004). This inhibition of bacterial growth is correlated with the phylogenetic and metabolic proximity between S. rhizophila and the tested bacterial species. The antimicrobial activity of S. rhizophila T6SS limits the transmission of Xcc8004 from radish seed to seedling under gnotobiotic conditions. Its activity also influences the dynamics of bacterial community assembly during the seed-to-seedling transition in non sterile soil. The composition of the co-inoculated microbial consortium on the seed affects the competitive advantage conferred by the T6SS to S. rhizophila. Therefore, T6SS-mediated interference competition plays a significant role in the assembly dynamics of the plant microbiota, and the inoculation of bacterial consortia composed of T6SS-carrying bacteria appears as a potential solution for reducing the transmission of phytopathogenic agents to seedlings

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Jacquier, Hervé. "Impact des mutations aléatoires sur les bêta-lactamases : le paysage adaptatif de la résistance aux bêta-lactamines." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077082.

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Abstract:

L'évolution des enzymes est limitée par l'effet des mutations sur leur activité. Pour élucider les déterminants moléculaires de ces effets, nous avons produit et séquence 10. 000 mutants aléatoires de la bêta-lactamase TEM-1. Nous avons estimé la concentration minimale inhibitrice (CMI) à l'amoxicilline de 990 mutants portant chacun une mutation faux-sens unique. Le type de mutation, l'accessibilité des résidus à un solvant et l'incidence prévue des mutations sur la stabilité de la protéine contribuent seules ou en association à expliquer les changements de la CMI des mutants. La modification radicale de la répartition de l'effet des mutations induites par la présence de la mutation stabilisatrice Ml 82T peut être prédite par un modèle biophysique simple axé sur la stabilité des protéines, ce qui génère un cadre intégré pour étudier les effets des mutations et de leurs interactions épispastiques The evolution of enzymes is constrained by the effect of mutations on their activity. To unravel the molecular determinants of these effects, we produced and sequenced 10,000 random mutants of beta-lactamase TEM-1. We estimated the amoxicillin minimum inhibitory concentration (MIC) of 990 mutants carrying each a unique missense mutation. Mutation type, solvent accessibility of residues and the predicted effect of mutations on protein stability contributed alone or in combination to explain changes in the MIC of mutants. The drastic modification of the distribution of mutations effects induced by the presence of the stabilizing mutation M182T, could be captured by a simple biophysical model centered on protein stability, that generates an integrated framework to study mutation effects and their epistastic interactions

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Le, Campion Paul. "Impact d'un stockage géologique de CO2 sur les écosystèmes profonds des basaltes." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077204.

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Abstract:

Les basaltes sont reconnus pour abriter des populations microbiennes diverses et actives lorsque les températures associées sont compatibles avec leur développement. Toutefois celles-ci sont rarement considérées dans la mise en oeuvre de technologies de capture et stockage du carbone (CCS), alors qu'elles peuvent potentiellement modifier les conditions physico-chimiques du stockage et donc le devenir en profondeur du gaz stocké. Ce travail de doctorat consiste en la réalisation du premier suivi de la diversité microbienne dans un aquifère basaltique profond sur le site pilote de stockage de CO2 d'Hellisheidi en Islande. Les communautés microbiennes ont été décrites avant l'injection puis elles ont été suivies au cours de deux injections successives de 174,6 t de CO2 pur et de 65 t de CO2 + H2S + 2. Avant les injections, la réalisation d'une phylogénie suggère que la plupart des microorganismes détectés sont endémiques de l'aquifère. Les métabolismes inférés aux différentes OTUs identifiées sont en accord avec la géochimie de l'eau, un résultat renforcé par une analyse statistique pointant un lien potentiel entre le système carbonaté et la structure des populations microbiennes. Au cours des injections, les analyses permettent de mettre en évidence des variations de composition des communautés microbiennes, celles-ci semblant n'être impactées que par l'injection de CO2 pur. On enregistre notam ment un « bloom » d'une séquence affiliée à une bactérie autotrophe réalisant l'oxydation du Fe(II), Sideroxydans lithotrophicus, qui actualise la question de savoir si une partie du CO2 injecté a été convertie en biomasse, offrant une voie alternative au stockage de CO2 Basaltics rocks harbor diverse and active microbial populations when associated temperatures are consistent with their development. However, they are rarely considered in engineering operations as carbon capture and storage technology (CCS), white they can potentially alter the storage conditions and hence the fate at depth of the injected gas. During this PhD work the first monitoring cf the microbial diversity hosted in a deep basait aquifer (400-800 m depth) was carried out on a CCS pilot site at Hellisheidi in Iceland. Microbial communities have been described before gas injection and their evolution was monitored during two successive injections of 174. 6t of pure CO2 and 65t of CO2+112S+H2. Before the injections, phylogenetic affiliations suggest that most of the detected microorganisms are endemic to the aquifer. Metabolisms inferred for the OTUs identified are consistent with the geochemistry of wi ter, a result reinforced by statistical analysis, pointing out a potentiel link between the carbonated system and the structure of the microbial populations. Over the injections, analyses highlight variations in the composition of microbial communities that seem to be impacted only by the injection of pure CO2. Particularly, it records a "bloom" of a sequence affiliated to an autotrophic bacterium oxidazing Fe(II), Sideroxydans lithotrophicus. The stimulation of autotrophic metabolisms during the injection of pure CO2 updates the question of whether some of the CO2 was converted into biomass in the subsurface, hence providing an alternative way for CO2 storage

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Devictor, Vincent. "La nature ordinaire face aux perturbations anthropiques : impact de la dynamique temporelle et de la fragmentation spatiale des paysages sur les communautés." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066682.

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Abstract:

Quelles sont les réponses que l’on peut attendre a priori des espèces communes aux changements globaux, et comment étudier ces réponses en pratique ? Je montre dans une première partie que les pratiques agricoles et le contexte paysager sont des facteurs essentiels de structuration des communautés dans le temps et dans l’espace. Je m’intéresse ensuite à la réponse fonctionnelle des communautés aux perturbations anthropiques. Je montre que la réponse des espèces dépend de leur niveau de spécialisation ce qui permet la construction d’indicateurs pertinents. Enfin, j’examine le devenir des espèces communes dans un contexte de changement global. Je teste en particulier le rôle des aires protégées et propose d’utiliser les espèces communes comme outils d’évaluation des aires protégées. Les résultats de cette thèse suggèrent que l’étude des espèces communes fournit des résultats essentiels pour la conservation en quantifiant la réponse des espèces aux changements globaux.

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Perron, Béatrice. "Impact de la nutrition azotée sur l'activité microbienne du milieu de culture et sur la qualité de la tomate et du concombre biologiques de serre." Master's thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/31390.

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Abstract:

Les consommateurs cherchent de plus en plus à intégrer à leur diète des aliments nutritifs et produits en respectant l’environnement. C'est pourquoi les pratiques agricoles durables comme l’agriculture biologique sont en expansion. L'utilisation d'azote organique en fertilisation biologique y représente une distinction fondamentale, puisqu'il est généralement minéralisé avant d'être assimilé par la plante. Puisque le type de fertilisant influence la dynamique plante-sol-microorganismes, l'objectif de cette étude était d'évaluer l'effet de la source et de la dose d'azote sur l'activité du milieu de culture, la performance agronomique et la qualité des fruits produits pour deux cultures biologiques en serre. Deux expériences factorielles en blocs complets aléatoires ont été réalisées en serre. Pour la culture de concombre, le dispositif comprenait trois sources (organique, mixte et inorganique) et trois doses (50 %, 75 % et 100 %) d'azote ainsi qu’un traitement témoin ne recevant aucun apport azoté, et ce, en trois répétitions. Le dispositif de la culture de tomate comprenait deux sources (organique et inorganique) et trois doses (50 %, 100 % et 150 %) d'azote, et ce, en six répétitions. La croissance des plantes, les rendements et dix paramètres de qualité des fruits ont été suivis. Pour la culture de tomate, l'activité microbienne, la respiration du milieu de culture, la biomasse de vers de terre ainsi que la composition et l'abondance microbienne ont été mesurées. Les traitements issus d'une fertilisation organique normale (dose de 100 %) ont présenté une augmentation significative de l'activité biologique du milieu de culture. Ces derniers ont montré une augmentation de 88 % de la respiration du sol, de 42 % de l'activité enzymatique microbienne, de 238 % de l'abondance en champignons et de 31 % de l'abondance en bactéries par rapport aux traitements issus d'une fertilisation inorganique à dose normale (100 %). Aucune différence significative n'a été observée au niveau de la croissance, des rendements et de la qualité des fruits. Cette étude renforce l'hypothèse selon laquelle la qualité nutritionnelle des fruits produits biologiquement ne serait pas différente de celle des fruits produits conventionnellement, lorsque les plantes sont soumises aux mêmes conditions de culture. De plus, l'utilisation d'azote sous forme organique pourrait présenter un avantage, puisque cela stimule l'activité biologique du milieu de culture.

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Foulon, Julie. "Impact du phytomanagement de sites pollués par les éléments traces métalliques sur les micro-organismes du sol." Thesis, Besançon, 2016. http://www.theses.fr/2016BESA2090.

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Abstract:

Les activités anthropiques et la pollution qu’elles engendrent peuvent entraîner des changements drastiques dans les structures des écosystèmes et de leurs services écologiques. Le phytomanagement basé sur l’utilisation d’espèces ligneuses peut contribuer à la restauration des sols et de la diversité microbienne, tout en permettant la production de biomasses d’intérêt. Dans le cadre des projets PROLIPHYT (2013-2018, ADEME), BIOFILTREE (2010-2014, ANR) et PHYTOPOP (2007-2011, ANR) gérés par le laboratoire Chrono-environnement, des parcelles de phytomanagement ont été installées sur sites pollués par les éléments traces métalliques (ETMs), pour déterminer le potentiel de croissance d’espèces ligneuses, ainsi que les voies de valorisation des biomasses produites. Dans le cadre de mon projet de thèse, différentes approches ont été mises en œuvre afin d’identifier et de caractériser les microorganismes inféodés aux végétaux ligneux implantés, avec pour finalité la production de ressources microbiennes permettant d’améliorer la reprise et la croissance des arbres sur sols pollués. La première approche a consisté à étudier les communautés microbiennes en association avec les espèces ligneuses par une approche innovante de séquençage à haut débit associée à l’analyse physico-chimique des sols. Cette méthode a été mise au point et testée sur trois sites expérimentaux contaminés par des ETMs. Elle a permis de révéler les changements dans la structure et la composition des communautés microbiennes dus à la nature du couvert végétal et aux caractéristiques du sol (Zappelini et al., 2015; Foulon et al., 2016a; b). La deuxième approche a consisté à isoler et caractériser les champignons mycorhiziens et endophytes associés à des peupliers (Berthelot et al., 2016; Lacercat-Didier et al., 2016). Ces champignons sont connus pour favoriser la croissance des végétaux qu’ils colonisent mais également pour conférer une meilleure tolérance face à un stress métallique. Plusieurs campagnes de prélèvements de racines et de champignons sur différents sites pollués ont permis l’isolement de souches fongiques tolérantes aux ETMs (comme Serendipita vermifera) et améliorant la croissance (Phialophora sp. et Leptodontidium sp.). Dans une troisième approche, les mécanismes impliqués dans la résistance aux ETMs ont été étudiés i) chez Paxillus involutus pour le Hg (Foulon et al. manuscrit en préparation) ii) par métatranscriptomique fonctionnelle pour le Zn et Cd (Lehembre et al., 2013). L’ensemble de ces travaux a permis i) d’améliorer nos connaissances sur l’impact du couvert ligneux sur la structure et la composition des communautés microbiennes, et sur la compréhension des mécanismes physiologiques mis en jeu ii) de constituer une collection de souches fongiques d’intérêt pour le phytomanagement de sols contaminés par les ETMs Anthropogenic activities can cause dramatic changes in ecosystem structures and their ecological services. Phytomanagement based on the use of woody species can contribute to soil and microbial diversity restoration, while allowing the production of biomass of interest. As part of PROLIPHYT (2013-2018, ADEME), BIOFILTREE (2010-2014, ANR) and PHYTOPOP (2007-2011, ANR) projects, managed by the Chrono-environment laboratory, phytomanagement plots were installed on trace elements (TE) polluted sites to determine the growth potential of woody species and the recovery methods of biomass produced. In my PhD project, different approaches have been implemented to identify and characterize microorganisms subservient to implanted woody plants, with the aim of producing microbial resources to improve the recovery and growth of trees on polluted soil. The first approach was to study microbial communities in association with woody species by innovative high throughput sequencing approach associated with the physical and chemical analysis of soils. This method was developed and tested on three experimental sites contaminated by TE. It revealed changes in the structure and composition of microbial communities due to the nature of the vegetation cover and the soil characteristics (Zappelini et al., 2015; Foulon et al., 2016a; b). The second approach was to isolate and characterize mycorrhizal fungi and endophytes associated with poplars (Berthelot et al., 2016; Lacercat-Didier et al., 2016). These fungi are known to promote the growth of the plants they colonize but also to increase their TE tolerance. Several sampling campaigns of roots and sporocarps on different polluted sites have allowed the isolation of fungal strains tolerant to TE (like Serendipita vermifera) and enhancing growth (Phialophora sp. and Leptodontidium sp.). In a third approach, the mechanisms involved in TE resistance were studied i) in Paxillus involutus for Hg (Foulon et al. In prep) ii) by functional metatranscriptomics for Zn and Cd (Lehembre et al., 2013). In conclusion, this work allowed to i) improve our understanding of the impact of a woody cover on the structure and composition of microbial communities, and on the understanding of the physiological mechanisms involved ii) to constitute a collection of fungal strains that will be of great interest for future phytomanagement projects

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Birouste, Marine. "Impact des traits racinaires sur les composantes du stockage de carbone : du fonctionnement de l'espèce à celui de la communauté." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2014. http://www.theses.fr/2014NSAM0017/document.

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Abstract:

L'objectif principal de cette thèse est de comprendre l'impact de la diversité des racines fines sur les composantes du stockage de carbone à différents niveaux d'organisation. Nous avons fait l'hypothèse que les traits des racines fines, mesurés au niveau de l'espèce ou de la communauté, influencent trois processus majeurs liés aux entrées et sorties de C dans le sol : la production, la respiration et la décomposition racinaires et ont ainsi des conséquences sur les stocks de C du sol. Nos résultats montrent que les traits fonctionnels racinaires sont de bons proxys des processus de décomposition et de respiration au niveau de l'espèce. Un compromis de gestion de la ressource carbonée a été mis en évidence entre des espèces caractérisées par de fortes densités racinaires et de forts ratio C/N ou lignine/N qui ont de faible vitesse de respiration et de décomposition et celles caractérisées par de fortes longueurs spécifiques racinaires et teneurs en azote, qui ont un métabolisme rapide. Au niveau de la communauté, ce schéma n'est pas vérifié. La décomposition d'un mélange racinaire ne peut pas être prédite à partir de la décomposition des espèces qui le composent ou des traits du mélange. Les variations de stocks de carbone dans le sol sont expliqués par la quantité et la productivité des racines mais pas par leur qualité ou le turnover. Ces travaux ont révélé la difficulté d'extrapoler les résultats trouvés au niveau de l'espèce, au niveau de communautés in situ pour prédire le fonctionnement de l'écosystème The main objective of this thesis is to understand the impact of fine root functional diversity on carbon storage components at different levels of organization. We hypothesized that fine root traits, measured at the species and community levels, influence three major processes of carbon inputs and outputs : root production, respiration and decomposition and thus have consequences on soil carbon stocks. Ours results show that root functional traits are good proxies of processes of decomposition and respiration at the species level. A carbon resource trade-off exist between species characterized by high root tissue density, C/N and lignin/N ratio with a low rate of respiration and decomposition and those characterized by high specific root length and nitrogen content with a rapid metabolism. At the community level, this scheme is not confirmed. Root mixture decomposition is not predicted by decomposition of species composing it or by root traits. Variations of soil carbon stocks are explained by root quantity and productivity but not by their quality or turnover. Those studies revealed the difficulty to scale up results found at the species level to the community level to predict ecosystem functioning

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Zugravu, Natalia. "Croissance, Commerce, IDE et leur impact sur l'Environnement : cas de l'Europe Centrale et Orientale et de la Communauté des Etats Indépendants." Phd thesis, Université Panthéon-Sorbonne - Paris I, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00450676.

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Abstract:

On affirme souvent que les performances environnementales récentes des pays en transition sont moins liées à la réforme de leur politique environnementale qu'aux effets de la récession économique des années 1990. Par conséquent, avec la reprise économique et l'intégration dans l'économie mondiale, l'augmentation des émissions polluantes deviendrait inévitable, faisant craindre que ces pays atteignent, voire dépassent, les niveaux de pollution de la fin des années 1980. Cette thèse donne un nouvel éclairage sur les conséquences environnementales dans la région des interactions, nées avec le processus de transition vers l'économie de marché, entre la réforme des politiques commerciales et celles d'investissement et les efforts engagés pour la protection de l'environnement. A l'aide de techniques économétriques rigoureuses appliquées à une base de données riche et originale sur les pays en transition, nous montrons que la transition vers l'économie de marché associée à une intégration rapide dans l'économie mondiale, a été relativement salutaire pour l'environnement de ces pays. Le progrès environnemental observé dans les pays en transition pendant la dernière décennie du 20ème siècle a pu être réalisé grâce à une restructuration industrielle majeure et plus encore, grâce à un effet technique induit par une amélioration de la politique environnementale et aux externalités technologiques positives de l'ouverture économique. Nous montrons que des progrès environnementaux sont encore réalisables à travers la politique environnementale, à condition que la qualité institutionnelle des pays en transition converge vers celle des pays européens, par exemple. Nous montrons que le lien entre ouverture économique et environnement est trop complexe pour être résumé dans un simple jugement - soit « bon » ou « mauvais ». Malgré l'impact négatif global de l'ouverture commerciale sur l'environnement, trouvé dans cette étude pour le cas des pays en transition, nous montrons que le commerce de biens environnementaux (BE) peut réduire la pollution de l'air. Cependant, des effets divergents sont trouvés pour différentes sous-catégories de BE et à travers les polluants (CO2, SO2). Par conséquent, nous mettons en évidence l'importance de faire distinction entre les produits en bout de chaîne et les technologies et produits propres. Notre étude souligne la nécessité de considérer les effets indirects du commerce de BE, en particulier ceux passant par le revenu, dans toute décision de libéralisation des échanges de ces biens. Une attention particulière doit être prêtée au statut d'importateur net et au rôle du revenu lié aux taxes à l'importation. Nos résultats empiriques indiquent également que pour commercialiser plus de BE, une première alternative à la réduction des taxes à l'importation peut être l'harmonisation de la politique environnementale à travers les partenaires commerciaux. Enfin, bien que l'hypothèse de havre de pollution soit validée dans certains pays en transition, sa crainte n'est globalement pas justifiée. En effet, d'après nos résultats, les IDE amélioreraient, à travers un effet de halo de pollution, la qualité environnementale de ces pays. Nous montrons aussi que les pays avec une réglementation trop laxiste auraient plutôt intérêt à améliorer leur politique environnementale afin d'attirer les IDE.

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Zugravu-Soilita, Natalia. "Croissance, commerce, IDE et leur impact sur l'environnement : cas de l'Europe centrale et orientale et de la Communauté des États indépendants." Paris 1, 2009. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00450676.

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Abstract:

Cette thèse donne un nouvel éclairage sur les conséquences environnementales des interactions entre la réforme des politiques commerciales et celles d'investissement et les efforts engagés pour la protection de l'environnement dans les pays en transition. Nous montrons que le progrès environnemental observé dans les pays en transition pendant la dernière décennie du 20ème siècle a pu être réalisé grâce à une restructuration industrielle majeure et plus encore, grâce à un effet technique induit par une amélioration de la politique environnementale et aux externalités technologiques positives de l'ouverture économique. Nous montrons que le lien entre ouverture économique et environnement est trop complexe pour être résumé dans un simple jugement - soit« bon» ou« mauvais ». Malgré l'impact négatif global de l'ouverture commerciale sur l'environnement, trouvé dans cette étude pour le cas des pays en transition, nous montrons que le commerce de biens environnementaux (BE) peut réduire la pollution d l'air. Cependant, des effets divergents sont trouvés pour différentes sous-catégories de BE et à travers les polluants (C02, S02). Notre étude souligne la nécessité de considérer les effets indirects du commerce de BE. Enfin, bien que l'hypothèse de havre de pollution soit validée dans certains pays en transition, sa crainte n'est globalement pas justifiée. En effet, d'après nos résultats, les IDE amélioreraient, à travers un effet de halo de pollution, la qualité environnementale de ces pays. Nous montrons aussi que les pays avec une réglementation trop laxiste auraient plutôt intérêt à améliorer leur politique environnementale afin d'attirer les IDE.

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Cornuault, Jeffrey. "Impact des phages tempérés sur la stabilité du microbiote intestinal : la lysogénie n'est pas un long fleuve tranquille." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLA020/document.

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Abstract:

Un nombre grandissant d’associations entre diverses pathologies humaines et dysbiose intestinale (définie ici comme altération de la composition du microbiote par rapport à sa composition habituelle) sont observées. Parmi les facteurs qui pourraient induire la dysbiose, les bactériophages (dit phages), sont des candidats pertinents par leur fonction prédatrice.L’objectif de la thèse a été de déterminer si les prophages de souches bactériennes du microbiote intestinal humain ont un impact négatif sur la stabilité de leur hôte dans l’intestin. Pour cela, nous avons utilisé des souris sans germes primo-colonisées avec la souche Escherichia coli LF82, puis inoculées soit avec Faecalibacterium prausntizii A2-165, soit avec Roseburia intestinalis L1-82, deux souches appartenant aux espèces dominantes du microbiote intestinal humain. Chacune de ces souches possède deux prophages dans son génome, Lagaffe et Mushu pour F. prausnitzii, Jekyll et Shimadzu pour R. intestinalis. L’impact des prophages a également été étudié lors d’une inflammation intestinale induite au DSS.Pour la combinaison F. prausnitzii/E. coli, aucun des deux prophages de F. prausnitzii n’a d’activité délétère pour son hôte bactérien chez la souris, même durant une inflammation induite au DSS. Afin de mieux caractériser l’ensemble des prophages présents chez cette espèce, une analyse bio-informatique effectuée sur 15 souches de F. prausnitzii a permis de constater que la prévalence de Mushu et Lagaffe était faible, mais aussi de découvrir une remarquable richesse phagique : au total, 18 espèces de prophages répartis en nouveaux 8 genres viraux ont été décrits. Une étude in silico de l’abondance de ces phages dans les viromes intestinaux humains a révélé que des phages du genre ‘Lugh’ et ‘Epona’ sont plus souvent présents et/ou abondants dans les viromes de patients des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) que chez les individus sains. Sachant que les patients atteints de MICI ont une population appauvrie de F. prausnitzii dans leur microbiote, ces observations suggèrent une activité accrue de ces phages pendant la maladie : ils pourraient déclencher ou aggraver la baisse de population de F. prausnitzii dans les patients, participant ainsi à l’aggravation des symptômes des MICI.Avec la combinaison R. intestinalis/E. coli., aucune variation de population ou effet délétère du phage Jekyll n’a pu être observé. En revanche, la population du phage Shimadzu est loin d’être stable. Dans toutes les souris, et même en l’absence d’un traitement au DSS, un mutant virulent de Shimadzu émerge, appelé Shi-vir. Ce mutant lyse massivement la population intestinale de R. intestinalis, menant à un effondrement de la population hôte. La population bactérienne remonte ensuite à son niveau initial grâce à l’émergence de mutants bactériens résistants à l’infection. Cette résistance a essentiellement pour origine l’acquisition d’un espaceur associé au système CRISPR-Cas de type IIC de R. intestinalis, et dirigé contre le phage Shimadzu. Cependant, l’acquisition de cet espaceur ne peut se faire sans qu’une sous-population de R. intestinalis soit préalablement guérie du prophage Shimadzu, sans quoi un tel espaceur tuerait la bactérie.J’ai ainsi démontré qu’un prophage peut déstabiliser sa population hôte dans l’environnement intestinal et créer des dysbioses intestinales transitoires. La pression de sélection qui résulte de l’infection par le phage Shi-vir a permis l’accélération de l’évolution de l’hôte bactérien.En conclusion, une fraction des phages tempérés du microbiote intestinal pourrait avoir un impact négatif sur la stabilité de sa population hôte dans l’environnement intestinal, soit parce le ratio phage/bactérie augmente dans cet environnement (cas des phages Lugh et Epona de F. prausnitzii), soit parce qu’il évolue vers la virulence (cas de Shi-vir chez R. intestinalis) et induit une dysbiose transitoire A growing number of associations is observed between various human pathologies and intestinal dysbiosis, here defined as an alteration of the microbiota composition. Among the potential factors inducing dysbiosis, bacteriophages, called phages, are relevant candidates by their predatory function.The aim of the thesis was to determine whether prophages of bacterial strains from the human gut microbiota have a negative impact on the stability of their host in the gut environment. We studied this question by using germ-free mice colonized first with Escherichia coli strain LF82, then inoculated with two bacterial strains belonging to dominant species of the human intestinal microbiota, Faecalibacterium prausnitzii strain A2-165 or Roseburia intestinalis strain L1-82. Each of these strains has two prophages in its genome, Lagaffe and Mushu for F. prausnitzii, Jekyll and Shimadzu for R. intestinalis. The impact of these prophages was also studied during intestinal inflammation using DSS (Dextran Sulfate Sodium)-induced colitis in mice.In mice colonized with F. prausnitzii and E. coli , prophages of F. prausnitzii did not have any deleterious activity for the bacterial host, even during DSS-induced inflammation. In order to better characterize prophages of the F. prausnitzii species, a bioinformatic analysis carried out on 15 strains of F. prausnitzii highlighted that the prevalence of Mushu and Lagaffe was low. However, this analysis revealed also an enormous diversity of phages and we described 18 species of prophages divided into 8 new proposed genera. An in silico study of their abundance in 173 human intestinal viromes revealed that the phage genera 'Lugh' and 'Epona' were more present and/or abundant in viromes of Inflammatory Bowel Disease (IBD) patients compared to healthy subjects. Given that IBD patients have lower populations of F. prausnitzii in their microbiota compared to healthy subjects, our observations suggest an increased activity of these phages during disease. They may trigger or worsen population decline of F. prausnitzii in patients, participating thus to the aggravation of IBD symptomsIn mice colonized with R. intestinalis and E. coli, we did not observe variation of Jekyll population or deleterious effect of this phage on its host. In contrast, the Shimadzu population was not stable. Indeed, even in the absence of DSS treatment we observed in all mice the emergence of a virulent mutant of Shimadzu, called Shi-vir. This mutant massively lysed R. intestinalis, leading to a collapse of the bacterial host population. Then this population rose back to its original level thanks to the emergence of bacterial mutants resistant to the viral infection. This resistance was mainly due to the acquisition of a spacer associated with the CRISPR-Cas type IIC system of R. intestinalis, directed against the Shimadzu phage. However, acquisition of this spacer could not be observed unless the Shimadzu prophage was cured from the strain, showing that this spacer would kill the Shimadzu lysogen.I have shown therefore that a prophage can destabilize its host population in the intestinal environment and create transient intestinal dysbiosis. I have also highlighted that the selection pressure imposed by an ex-temperate phage infection, the Shi-vir phage, has allowed an acceleration of its host evolution.Overall, this work establishes that a fraction of the temperate phages present in intestinal microbiota may impact negatively bacterial population stability, either because the phage/bacteria ratio increases (for the Lugh and Epona phages de F. prausnitzii), or because the temperate phage evolves towards virulence (case of the Shi-vir mutant on R. intestinalis), and induces a transient dysbiosis

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Saint-Cyr, Manuel. "Impact des mycotoxines sur le microbiote intestinal humain, cas particulier du déoxynivalénol." Phd thesis, Université Rennes 1, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00950324.

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Le déoxynivalénol (DON) est une mycotoxine qui contamine la plupart des cultures de céréales dans toutes les régions du monde. Capable de résister aux procédés de transformation subies par les céréales, le DON peut se retrouver alors, à l'état de contaminants dans les matières premières (céréales) ainsi que dans les denrées alimentaires transformées destinées à l'Homme (pâtes, pain, bières) et à l'animal (granulés) à des concentrations supérieures aux limites règlementaires. Malgré les efforts de recherche pour caractériser les multiples aspects de l'impact d'une contamination par le DON, les effets bactériologiques de cette mycotoxine n'étaient pas encore documentés chez l'Homme. L'Agence Nationale de Sécurité Sanitaire (Anses), dans le cadre de sa mission de protection du consommateur, a donc souhaité évaluer l'impact d'une contamination au DON sur le microbiote intestinal humain (MIH). Dans cette étude, nous avons d'abord évalué la cinétique du DON chez le porc et chez le rat, puis nous avons utilisé un modèle de rats à flore humanisée pour évaluer l'impact d'une exposition sub-chronique de la mycotoxine sur la composition du MIH. Le DON est un contaminant rapidement distribué et éliminé. Au sein du tractus digestif, il entraine des changements bactériologiques significatifs chez certains principaux groupes bactériens composant le MIH. Cette étude apporte des données complémentaires à l'analyse du risque lié à l'exposition du DON chez l'Homme et montre l'intérêt des modèles animaux étudiés dans des scénarii particuliers d'exposition au DON.

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Maasri, Alain. "Impact de l'enrichissement des eaux sur le peuplement d'invertébrés benthiques : approche multi-échelles des relations trophiques structurant la communauté de chironomidae (diptera : nematocera) rhéophiles." Aix-Marseille 3, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX30031.

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Abstract:

L'étude des biocénoses aquatiques de l'Arc, rivière méditerranéenne soumise à de forts taux d'enrichissement, a permis de qualifier l'impact que peut avoir ce dernier sur la structure et le fonctionnement trophique de tels écosystèmes. Les communautés d'algues, de l'ensemble des macroinvertébrés benthiques et de Chironomidae ont été étudiées à différentes échelles spatiales. Une première étude des macroinvertébrés à l'échelle du bassin versant a permis d'évaluer le potentiel des affluents dans la préservation de la biodiversité des macroinvertébrés. Ensuite, une étude menée sur les exuvies de Chironomidae le long d'un gradient d'enrichissement a montré l'effet de l'enrichissement sur la structure taxinomique et trophique des communautés de Chironomidae. Plus localement, l'étude de l'assemblage de Chironomidae rhéophiles et de l'épilithon a permis de mettre en relation les changements survenus au niveau de l'assemblage d'algues avec les changements au niveau des communautés larvaires de Chironomidae racleurs. En dernier, l'étude du régime alimentaire d'Eukiefferiella claripennis (taxon dominant dans cette étude) a apporté des informations complémentaires sur le comportement alimentaire d'un taxon opportuniste. Ainsi, le couplage de toutes ces approches a permis de construire la cascade d'impacts de l'enrichissement sur les réseaux trophiques, depuis les producteurs autotrophes jusqu'aux communautés d'invertébrés benthiques The aquatic biocenoses of the Arc stream, a coastal Mediterranean stream, were investigated to assess the impact of the water enrichment on the communities'trophic and taxonomic structures. The benthic macroinvertebrates communities, the chironomid communities and the epilithon were studied for this purpose. At first, the acroinvertebrates communities were studied in the main stem and in different pristine tributaries to consider the role of these tributaries in the maintenance of the macroinvertebrates biodiversity at the catchment scale. Then the chironomid communities were investigated using the pupal exuviae assemblages to assess changes in the chironomid communities' trophic and taxonomic structures along a water enrichment gradient. At the riffle scale, correlations were found between the epilithic algal structure and the chironomid larvae distribution; and the guts content analysis of Eukiefferiella claripennis revealed the foraging behaviour of such opportunistic taxa and helped to understand how this taxa spread under such conditions. All these approaches allowed us to assemble clues for understanding changes occurring in such enriched streams at different scales, going from the epilithic algae to the whole macroinvertebrate community

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Inghilterra, Xavier. "L’apprenance collective entre pairs à l’aune du modèle transmissif : Impact des dispositifs de partage social sur les communautés d’apprentissage en ligne." Thesis, Toulon, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUL0002/document.

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Abstract:

Cette recherche s’intéresse aux effets induits par les dispositifs numériques de partage social sur les pratiques de collaboration, de communication et de médiation d’étudiants, dans un contexte situé de formation à distance. L’objectif est d’appréhender le processus de collaboration à l’origine de l’apprenance collective qui s’illustre dans les communautés d’apprentissage, constituées en marge de l’institution académique. Notre approche empirique par systématique hypothético-déductive est une observation netnographique menée auprès d’individus inscrits en Bachelor et Mastère dans un centre de formation privé. Notre corpus est composé de 1405 messages recueillis sur les forums de la plateforme institutionnelle et sur Facebook ou Google+ pour les groupes communautaires à l’initiative des étudiants. Nous recourons à une catégorisation de l’activité d’apprentissage suivant quatre dimensions intrinsèques à l’intervention des usagers sur les forums. Les phénomènes observés sont analysés suivant trois variables dépendantes : la temporalité, la reconnaissance sociale et le pouvoir hiérarchique. Notre ancrage est la théorie critique des médias de l’école de Francfort. Nous faisons l’hypothèse que les dispositifs sociotechniques d’information et de communication participent de l’horizontalisation des usages estudiantins. Nos observations de terrain révèlent en effet que les apprenants préfèrent s’en remettre à leurs pairs plutôt que solliciter l’institution ou les tuteurs en ligne. S’ils privilégient leur disponibilité indéfectible, ils accordent une plus grande importance à leur réactivité. Nous pensons que le clivage qui oppose l’environnement académique à la sphère estudiantine est pour partie le fait de deux temporalités distinctes. L’une verticale, celle de l’environnement numérique de travail (ENT), l’autre plus horizontale, caractérisée par les échanges entre pairs au sein de l’environnement personnel d’apprentissage (EPA). L’asynchronisme qui résulte de ces deux dispositifs engendre des effets de détournement d’usage par lesquels les étudiants exportent les ressources institutionnelles vers leur communauté. Mais l’analyse des praxis communautaires révèle d’autres artefacts induits par les technologies numériques. Qu’il s’agisse de désintermédiation ou d’accélération temporelle, ces usagers attirés par le modèle a hiérarchique, se retrouvent à leur insu dans un processus de domination sociale. Nous soulignons les effets pernicieux liés à l’accélération temporelle particulièrement prégnante dans la génération d’étudiants observée This research is interested in the effects led by the digital devices plans of social sharing on the pratices of collaboration, communication and mediation of students in context of distance learning. The goal is the understand the origin of the collaborative process of collective apprenance which is illustrated in the communities of apprenticeship outside the academic institution. A netnographic observation is conducted whith Bachelor and Master's degree in a private training center ; our corpus is made of 1405 messages taken in the forums of the institutional platform and on Facebook or Google +. We assume the information and communication sociotechnical devices participate in the horizontalisation of student's practices. We highlight the paradox of these learning communities which are, unwittingly, in a process of social domination by having choosing a priori a decentralized structure

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Mazziotti, Mélanie. "Impact des exsudats racinaires de Miscanthus x giganteus sur les microorganismes impliqués dans la bioremédiation d’un sol contaminé au benzo(a)anthracène." Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0046/document.

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Abstract:

Les activités industrielles sont à l’origine d’un grand nombre de sites et sols pollués en France. Parmi les polluants retrouvés, les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), notamment ceux de haut poids moléculaire, posent un réel problème environnemental et de santé publique en raison de leur toxicité et de leur persistance dans les sols. Les techniques biologiques de remédiation qui stimulent la dégradation microbienne des HAP en utilisant des plantes (phyto/rhizoremédiation), des nutriments (biostimulation), ou encore des microorganismes (bioaugmentation), apparaissent comme des stratégies intéressantes car elles sont plus respectueuses de l’environnement et moins onéreuses que les méthodes physico-chimiques. Dans ce contexte, la capacité de la plante Miscanthus x giganteus (MxG) à améliorer la dissipation du benzo(a)anthracène (BaA), un HAP de haut poids moléculaire peu étudié en remédiation, a été évaluée par une approche pluridisciplinaire en réalisant deux types d’expérimentations à partir d’un sol artificiellement contaminé. La première a consisté à analyser l’influence rhizosphérique de la plante (phyto/rhizoremédiation) au cours d’une période de 12 mois. Les résultats ont montré que la présence de MxG conduisait en fin d’exposition à une réduction 3 fois plus importante de la teneur en BaA dans le sol grâce à une augmentation de la biodisponibilité du contaminant et à un effet positif sur les communautés microbiennes via une modification de leur diversité et une augmentation de leur densité de gènes ARNr 16S et PAH-RHDα GP. Afin d’améliorer la compréhension de ce phénomène, une deuxième expérimentation a été mise en place sur une durée de 105 jours dans le but d’étudier spécifiquement l’influence de certaines molécules exsudées au niveau du système racinaire de la plante (biostimulation) et de microorganismes spécifiques, associés à sa rhizosphère, ayant la capacité de dégrader le BaA (bioaugmentation). Ces essais ont témoigné de la complexité des mécanismes rhizosphériques et de la nécessité d’approfondir ce type d’analyses afin d’améliorer la compréhension des processus de biodégradation dans la rhizosphère de la plante. L’ensemble de ces résultats a alors montré que MxG était une candidate idéale pour la phyto/rhizoremédiation de sols contaminés par des HAP de haut poids moléculaires mais que des études supplémentaires étaient encore nécessaires pour comprendre les processus intervenant dans sa rhizosphère Industrial activities result of a large number of contaminated sites and soils in France. Among the pollutants found, polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), and especially those of high molecular weight, are a real environmental and public health problem because of their toxicity and persistence in soils. Biological remediation techniques which stimulate microbial degradation of PAHs using plants (phyto/rhizoremediation), nutrients (biostimulation), or microorganisms (bioaugmentation), appear as interesting strategies because they are more environmental friendly and less expensive than physico-chemical methods. In this context, the ability of the plant Miscanthus x giganteus (MxG) to improve benzo(a)anthracene (BaA) dissipation, a high molecular weight PAH few studied in remediation, was assessed with a multidisciplinary approach through two types of experimentations using an artificially contaminated soil. The first one was to analyze the rhizospheric influence of the plant (phyto/rhizoremediation) over a period of 12 months. Results showed that the presence of MxG led to a 3-fold reduction in BaA concentration in soil at the end of exposure thanks to an increase in pollutant bioavailability, and a positive effect on microbial communities due to a modification of their diversity and an increase in their 16S rRNA and PAH-RHDα GP genes density. In order to improve the understanding of this phenomenon, a second experiment was carried out for 105 days to study specifically the influence of certain molecules exuded in the plant’s root system (biostimulation), and specific microorganisms associated with its rhizosphere having the capacity to degrade BaA (bioaugmentation). These tests demonstrated the complexity of rhizospheric mechanisms, and the necessity to explore this type of analysis to improve the understanding of biodegradation processes in plant rhizosphere. All these results showed that MxG was an ideal candidate for phyto/rhizoremediation of soils contaminated with high molecular weight PAH, but that further studies were still needed to understand processes involved in its rhizosphere

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Kikhounga-N'Got, Oumar. "Impact des consensus de Beinjing et de Washington sur la gouvernance et le développement des pays de la Communauté économique et monétaire d'Afrique Centrale (CEMAC)." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2014. http://hdl.handle.net/11143/5918.

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Le maintien d’un niveau élevé de pauvreté dans les pays de la CEMAC est devenu un paradoxe qui ébranle les convictions macroéconomiques traditionnelles. Pourtant, les pays de la région oscillent entre deux modèles de développement socioéconomique que sont, les consensus de Beijing et de Washington. Lequel les aiderait à sortir de l’étau de la pauvreté? Le consensus de Washington : est la thèse néolibérale défendue par la BM et le FMI. Elle plaide pour une orientation de l’aide au développement vers le renforcement des capacités institutionnelles et s’évertue à démontrer qu’une gouvernance non démocratique constitue des obstacles insurmontables pour le développement et qu’aucune politique de développement ne pouvait être envisagée sans le renforcement d’un État de droit. Le consensus de Beijing : prône la mixité entre le capitalisme d’État et l’économie de marché, un modèle de globalisation financière administrée par les crédits bilatéraux à long terme pour construire les infrastructures et établir les capacités de production dans les pays subsahariens. Elle tient avant tout à la sauvegarde de l’ordre politique, social ainsi que la tradition culturelle en place. Nous avons essayé de démontrer que la croissance économique, bien qu’elle soit tangible dans le pays de la CEMAC, ne saura être un levier d’amélioration des conditions de vie des populations en dehors d’un État de droit et du renforcement substantiel des capacités institutionnelles.

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Salomez, Mélanie. "Etude du rôle des microorganismes dans les modifications biochimiques intervenant lors de la maturation des coagulums de latex d’Hevea brasiliensis : impact sur les propriétés du caoutchouc naturel sec." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2014. http://www.theses.fr/2014NSAM0002.

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Abstract:

L'objectif général de cette thèse était d'étudier les mécanismes microbiens intervenant dans l'évolution de la structure et des propriétés du caoutchouc naturel produit à partir du latex d'Hevea brasiliensis lors de la maturation du latex et des coagula de tasse. Pour cela, trois niveaux d'analyses ont été réalisés sur des expériences de maturation en conditions contrôlées : analyse de la structure et des propriétés du caoutchouc sec, analyse des flores microbiennes et analyses biochimiques. Après une phase de mises au point méthodologiques permettant notamment d'optimiser les conditions de maturation en chambre contrôlée et de définir une méthode d'extraction d'ADN adaptée au latex et au sérum de coagulum, des échantillons de caoutchouc sec et de sérum ont été produits à différents temps de maturation et selon différents traitements faisant varier trois paramètres : la présence de microorganismes, la présence d'oxygène, et le mode de coagulation du latex. Les analyses sur caoutchouc sec se sont portées sur la macrostructure (P0, P30 et PRI) et sur la mésostructure (Mw, Mn et gel total). L'analyse des flores microbiennes s'est appuyée sur plusieurs méthodologies complémentaires : comptages sur boîtes, dosage de l'ADN total, clonage/séquençage et pyroséquençage 454. L'objectif était d'évaluer la diversité des flores sur plantation et dans le latex ainsi que de suivre la dynamique de leur évolution au cours de la maturation en milieu contrôlé. Diverses analyses biochimiques ont réalisées sur latex, sérum et caoutchouc sec (taux d'azote, protéines, lipides, sucres, québrachitol, acides organiques). Les résultats obtenus ont ensuite été analysés en vue d'établir des corrélations et de proposer des mécanismes reliant l'évolution des propriétés du caoutchouc sec à celle de la biochimie du latex et des coagula et de leur évolution sous l'action des microorganismes et des enzymes, et de proposer quelques pistes en vue de l'amélioration des itinéraires techniques dans la filière The overall objective of this thesis was to study the microbial mechanisms involved in the evolution of the structure and the properties of the natural rubber from Hevea brasiliensis during the maturation of latex and cup-coagula. For this, three levels of analyses were performed on maturation experiments under controlled conditions: dry rubber structure and properties, biochemistry and microbial flora. After a methodology development phase aiming at (i) optimizing maturation conditions in a controlled chamber and (ii) defining suitable DNA extraction methods, samples of serum and dry rubber coagulum were produced at different times and under different maturation treatments varying three parameters: the presence of microorganisms, the presence of oxygen, and the latex coagulation method. Dry rubber analyses concerned macrostructure (P0, P30 and PRI) and mesostructure (Mw, Mn and total gel). The microbial flora was analyzed using several complementary methods: plate-counts, total DNA determination, cloning / sequencing and 454 pyrosequencing. The objective was to assess microbial diversity on field and in latex, and to follow the dynamics of their evolution during maturation in a controlled environment. Various biochemical investigations were performed on latex, serum and dry rubber (nitrogen content, proteins, lipids, sugars, quebrachitol, organic acids). The results were then analyzed for correlations to propose mechanisms linking changes in dry rubber properties, latex and coagula biochemistry, and their evolution under the action of microorganisms and enzymes. Some ideas for improving technical routes in the process are also proposed

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Lopez, Frédéric. "Présence des marques dans les communautés virtuelles de consommation : rôle et impact sur la relation à la marque." Thesis, Paris 2, 2012. http://www.theses.fr/2012PA020099/document.

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Abstract:

Cette recherche propose la création d’un premier modèle expliquant les relations entre les communautés virtuelles de consommation, leurs membres et leur écosystème virtuel de marques. À la différence des nombreux travaux sur le marketing tribal, concentrés sur les communautés de marque, l’auteur choisit d’axer son travail sur l’étude des communautés virtuelles non centrées autour d’une marque spécifique, permettant ainsi d’explorer pour la première fois divers cas de relations marque-communauté modulées par différentes variables telles que le niveau de congruence entre les valeurs d’une marque et celles de la communauté, le niveau d’intrusion et le niveau de contribution d’une marque dans la communauté. Outre l’identification de ces variables explicatives de la relation marque-communauté, cette recherche caractérise également l’ensemble des relations possibles entre marques et communautés tout en évaluant leur impact sur la relation individuelle marque-membre. Les résultats de l’étude de deux couples de marques testés dans deux communautés différentes montrent notamment que la recommandation d’une communauté à l’égard d’une marque a un impact positif sur la confiance d’un membre auprès de cette marque et que le dénigrement produit l’effet inverse. En revanche, contrairement à ce qui est observé dans les communautés de marque, le phénomène de co-création entre une marque et une communauté non marquée peut conduire à une érosion de la confiance d’un membre à l’égard de cette marque. La distinction entre communauté de marque et communauté « non marquée » est donc fondamentale dans l’étude de ces nouvelles structures sociétales This research explains the creation of a first model of relationships between virtual communities, their members and their brands virtual ecosystem. Unlike the many papers on tribal marketing, converging on brand communities, the author chooses to focus his work on the study of virtual communities not centered on a specific brand, allowing for the first time, the exploration of various cases of community-brand relationships modulated by several variables such as the congruence level between the values of the brand and those of the community, the contribution and the intrusion levels of the brand in the community. Besides the identification of these explanatory variables of the community-brand relationship, this research also describes all the possible relationships between brands and communities while assessing their impact on the individual relationship consumer-brand. The results of the study on two couples of brands tested on two different communities especially show that recommendation of a community about a brand has a positive impact on the member trust in this brand and that the denigration has the opposite effect. However, unlike what we observed in brand communities, the co-creation phenomenon between a brand and an “unbranded community” can lead to an erosion of the member trust in this brand. The distinction between brand community and “unbranded community” is therefore essential for the study of these new societal structures

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Voisin, Jérémy. "Influence des pratiques de recharge des aquifères par des eaux pluviales sur les communautés microbiennes des nappes phréatiques." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1113/document.

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Abstract:

En ville, les systèmes de récupération et d'infiltration des eaux pluviales dans le sous-sol ont pour conséquence d'augmenter la connectivité hydrologique entre la surface et la nappe phréatique. Ces pratiques d'infiltration produisent de nombreuses perturbations physico-chimiques au niveau de la nappe (ex. augmentation des variations thermiques, baisse des concentrations en oxygène dissous, enrichissement de la nappe en matière organique dissoute) mais les conséquences sur le compartiment microbien restent peu connues. L'objectif principal de la thèse est de déterminer les effets de l'infiltration des eaux pluviales sur les communautés microbiennes des nappes phréatiques, aussi bien en termes d'abondance, d'activités que de diversité génétique bactérienne. En se basant sur les changements environnementaux associés à l'infiltration des eaux pluviales et l'analyse des communautés bactériennes, un objectif fondamental est d'évaluer l'importance des phénomènes de dispersion (ex. transferts) et de sélection par des facteurs abiotiques (ex. disponibilité des ressources nutritives) sur les assemblages bactériens au sein des nappes phréatiques. Ces travaux ont été axés sur des expérimentations de terrain utilisant deux approches d'échantillonnage : une méthode active (prélèvements d'eau) et une méthode passive (incubation de substrats artificiels). La description des communautés a été effectuée par une méthode de séquençage de nouvelle génération (i.e. Illumina MiSeq) en se basant sur le gène rrs. Les résultats de ce travail mettent en avant une influence significative des pratiques d'infiltration sur les bactériomes d'un aquifère. En effet, le développement, les activités et la diversité des micro-organismes retrouvés dans la nappe ont été stimulés significativement par l'enrichissement en carbone organique dissous biodégradable engendré par ces pratiques. Néanmoins, cet impact est fortement réduit dans les systèmes étudiés où la zone non saturée est épaisse (> 10 m) et agit comme un filtre physique, chimique et biologique efficace entre le bassin d'infiltration et l'aquifère. Les faibles similarités entre les structures génétiques des bactériomes des eaux d'infiltration et dans la nappe indiquent que la zone non saturée joue un rôle efficace sur la rétention des bactéries dans les systèmes étudiés. En conclusion, cette thèse constitue la première étude d'envergure visant à quantifier la réponse du compartiment microbien des aquifères à des perturbations engendrées par l'infiltration des eaux pluviales en milieu urbain. Elle ouvre aussi de nouvelles perspectives sur les méthodes et outils d'évaluation de la qualité des nappes phréatiques In urban area, managed aquifer recharge (MAR) systems raises hydrological connectivity between surface and groundwater. These infiltration practices are the cause of many disturbances in groundwaters (e.g. increase of thermal variations, decrease of dissolved oxygen or enrichment in organic matter) but associated consequences on microbial compartment remains unclear. The main aim of the thesis is to determine the effects of stormwater runoff infiltration on microbial communities of groundwater, in terms of abundance, activities and bacterial diversity. Based on environmental changes associated to MAR practices and bacterial community analyses, a fundamental question is to assess the importance of dispersal (e.g. transfers) and selection by abiotic factors (e.g. nutrients availability) on groundwater communities assemblage. This study is based on field experiments with two complementary strategies of sampling: an active one (i.e. groundwater sampling) and a passive one (incubation of artificial substrate). Communities’ description was made by next-generation sequencing (i.e. Illumina MiSeq) of rrs gene. The results showed a significant influence of MAR practices on microbial communities. Growth, activities and diversity of groundwater micro-organisms were mainly stimulated by biodegradable dissolved organic carbon enrichment associated to MAR practices. Nonetheless, this impact was reduced in systems where the vadose zone is thick (> 10 m) and acts as a physical, chemical and biological filter between the infiltration basin and the aquifer. Low similarities between bacterial communities of infiltration waters and bacterial communities of groundwaters reveal that vadose zone is effective on the retention of bacteria in studied systems. To conclude, this thesis constitutes the first major study that aimed to quantify microbial compartment response to disturbances caused by MAR practices in urban area. It also opens new perspectives on assessment tool for groundwater quality

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Launois, Lionel. "Impact des facteurs anthropiques sur les communautés piscicoles lentiques : vers l'élaboration d'un indice poisson." Thesis, Aix-Marseille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX10044/document.

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Abstract:

L’ichtyofaune est encore peu utilisée en bioindication sur les plans d’eau, alors que la demande des gestionnaires est forte, notamment dans le contexte de la mise en œuvre de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau. L’objectif de cette thèse est d’analyser la réponse de l’ichtyofaune à diverses pressions anthropiques, afin de définir des variables biologiques de bioindication et construire un indice rendant compte de l’état écologique des lacs naturels et des retenues français. Plusieurs questions sont successivement abordées.En première analyse, les possibilités de sélection de métriques répondant à des pressions s’exerçant sur le bassin versant sont explorées par une approche typologique. L’analyse consiste à effectuer des classifications des plans d’eau, puis à établir, au sein de chaque groupe homogène d’un point de vue environnemental, des régressions linéaires entre les métriques candidates et les pressions. Les résultats montrent la pertinence de l’ichtyofaune en bioindication sur ces milieux, mais mettent en exergue des limites à cette approche typologique. Ainsi, afin de tester la possibilité de construction d’un bioindicateur commun aux lacs naturels et aux retenues, une méthode alternative dite « site spécifique » a ensuite été développée. Une modélisation statistique a été appliquée pour contrôler l’effet de l’environnement naturel sur les communautés piscicoles lacustres. Cette analyse montre que les métriques piscicoles répondant aux pressions sont différentes entre les deux types de milieux. La dernière étape, explique le développement d’un indicateur, construit sur le principe de la mesure d’un écart à la référence, en se basant sur une approche de type statistique par hindcasting. Cette méthode encore peu utilisée permet de s’affranchir de la sélection de sites de référence en France en modélisant les conditions biologiques de référence, i.e., telles qu’elles seraient en l’absence de pression anthropique. Les caractéristiques des communautés piscicoles des sites non perturbés sont ensuite comparées à celles des sites plus ou moins impactés par des pressions anthropiques. Ont été considérées ici les pressions s’exerçant à l’échelle du bassin versant et localement sur les plans d’eau. Suivant ce protocole, un indice poisson lacustre issu de la combinaison de métriques répondant conjointement à des pressions anthropiques globales et locales est proposé pour les lacs naturels et pour les retenues.Les avancées de ce travail et les perspectives sont ensuite discutées au regard du contexte européen de la gestion des milieux aquatiques Fish communities remain underused in the domain of lentic ecosystem bioindication, even though water managers need such tools in the current context of the Water Directive Framework. The objective of this thesis was to analyse the fish communities’ response to various anthropogenic pressures, in order to define the candidate biological variables in bioindication and to develop an index to evaluate the ecological status of French natural lakes and reservoirs. Several questions are raised.First of all, the means available to select fish-based metrics responding to catchment-scale anthropogenic pressures are analysed using a typological approach. This analysis consists in classifying lentic ecosystems using classifications, and then, within each homogenous group of ecosystems identified based on environmental criteria, performing linear regressions between candidate fish-based metrics and anthropogenic pressures. The results clearly show that fish communities could be used as good bioindicators for the lentic ecosystems, but they also underline the limits of typological approaches.To test how a bioindicator shared by natural lakes and reservoirs could be developed, an alternative site-specific method was subsequently developed. Statistical modeling was applied to control the natural environmental effects on lentic fish communities. This analysis shows that fish-based metrics responding to catchment-scale anthropogenic pressures differ in the two types of lentic ecosystems.The last part reports the development of an index, based on the reference condition approach, using a hindcasting statistical approach. This method, still infrequently used, enables one to sidestep the problem related to the selection of reference sites in France. Furthermore, this method allows modeling biological reference conditions, i.e. conditions without anthropogenic pressures. Fish communities’ characteristics are then compared for both undisturbed sites and sites that are more or less impacted by anthropogenic pressures. Both catchment-scale and local anthropogenic pressures were considered in this analysis. Following this protocol, a lake fish-based index resulting from the combination of metrics that respond jointly to global and local anthropogenic pressures was developed for natural lakes and reservoirs. Finally, the advances made as a result of this research and its perspectives are discussed with regards to the European context of aquatic ecosystem management

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Inghilterra, Xavier. "L’apprenance collective entre pairs à l’aune du modèle transmissif : Impact des dispositifs de partage social sur les communautés d’apprentissage en ligne." Electronic Thesis or Diss., Toulon, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUL0002.

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Cette recherche s’intéresse aux effets induits par les dispositifs numériques de partage social sur les pratiques de collaboration, de communication et de médiation d’étudiants, dans un contexte situé de formation à distance. L’objectif est d’appréhender le processus de collaboration à l’origine de l’apprenance collective qui s’illustre dans les communautés d’apprentissage, constituées en marge de l’institution académique. Notre approche empirique par systématique hypothético-déductive est une observation netnographique menée auprès d’individus inscrits en Bachelor et Mastère dans un centre de formation privé. Notre corpus est composé de 1405 messages recueillis sur les forums de la plateforme institutionnelle et sur Facebook ou Google+ pour les groupes communautaires à l’initiative des étudiants. Nous recourons à une catégorisation de l’activité d’apprentissage suivant quatre dimensions intrinsèques à l’intervention des usagers sur les forums. Les phénomènes observés sont analysés suivant trois variables dépendantes : la temporalité, la reconnaissance sociale et le pouvoir hiérarchique. Notre ancrage est la théorie critique des médias de l’école de Francfort. Nous faisons l’hypothèse que les dispositifs sociotechniques d’information et de communication participent de l’horizontalisation des usages estudiantins. Nos observations de terrain révèlent en effet que les apprenants préfèrent s’en remettre à leurs pairs plutôt que solliciter l’institution ou les tuteurs en ligne. S’ils privilégient leur disponibilité indéfectible, ils accordent une plus grande importance à leur réactivité. Nous pensons que le clivage qui oppose l’environnement académique à la sphère estudiantine est pour partie le fait de deux temporalités distinctes. L’une verticale, celle de l’environnement numérique de travail (ENT), l’autre plus horizontale, caractérisée par les échanges entre pairs au sein de l’environnement personnel d’apprentissage (EPA). L’asynchronisme qui résulte de ces deux dispositifs engendre des effets de détournement d’usage par lesquels les étudiants exportent les ressources institutionnelles vers leur communauté. Mais l’analyse des praxis communautaires révèle d’autres artefacts induits par les technologies numériques. Qu’il s’agisse de désintermédiation ou d’accélération temporelle, ces usagers attirés par le modèle a hiérarchique, se retrouvent à leur insu dans un processus de domination sociale. Nous soulignons les effets pernicieux liés à l’accélération temporelle particulièrement prégnante dans la génération d’étudiants observée This research is interested in the effects led by the digital devices plans of social sharing on the pratices of collaboration, communication and mediation of students in context of distance learning. The goal is the understand the origin of the collaborative process of collective apprenance which is illustrated in the communities of apprenticeship outside the academic institution. A netnographic observation is conducted whith Bachelor and Master's degree in a private training center ; our corpus is made of 1405 messages taken in the forums of the institutional platform and on Facebook or Google +. We assume the information and communication sociotechnical devices participate in the horizontalisation of student's practices. We highlight the paradox of these learning communities which are, unwittingly, in a process of social domination by having choosing a priori a decentralized structure

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Gadal, Aurélie. "Traitement d'effluent gazeux par biofiltration : Impact des caractéristiques physico-chimiques et hydrodynamiques du matériau support sur les performances et la structure de la communauté bactérienne totale au sein du réacteur." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20006/document.

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Abstract:

La pollution odorante est une problématique majeure, deuxième source de plaintes après le bruit. La réduction des émissions d'odeurs est incontournable, contraignant le plus souvent les industriels à la mise en œuvre d'un procédé de traitement performant et économiquement acceptable. Parmi les techniques disponibles, les procédés biologiques en général et la biofiltration en particulier sont les plus utilisés à l'échelle industrielle. Les performances de ce procédé sont étroitement liées aux paramètres opératoires. Le matériau support apparaît comme un élément clé. Du fait des critères qu'il doit satisfaire, son choix est difficile et reste encore empirique. Ces travaux de thèse visent par conséquent à rationaliser le choix d'un matériau en s'intéressant plus particulièrement à la relation entre les caractéristiques physico-chimiques et hydrodynamiques du matériau support et les composantes macroscopique et microscopique du procédé. Trois matériaux modèles ont été sélectionnés : deux granulaires et un fibreux différant par leur propriétés physico-chimiques et hydrodynamiques. Les travaux ont été menés sur des unités pilote alimentées par un effluent gazeux contenant un mélange de trois composants volatils différant par leur solubilité et leur biodégradabilité. Si une influence des caractéristiques physico-chimiques du matériau a bien été observée, il n'a pas été possible de mettre en évidence un effet des propriétés hydrodynamiques. Concernant la composante microbiologique, le niveau de diversité global est similaire, quel que soit le matériau considéré. L'analyse de la structure de la communauté bactérienne totale met en évidence trois communautés distinctes, chacune étant associée à un matériau support. Il est fort probable que la communauté endogène participe largement à l‘établissement de ces communautés, rendant ainsi plus difficile de répondre aux questions posées. La communauté bactérienne totale ne semble donc pas être un indicateur adapté. Par le suivi de la communauté fonctionnelle, des réponses plus précises pourraient être apportées. Par conséquent, la recherche de niches écologiques spécifiques à la dégradation biologique d'un composé soufré (DMS) a fait l'objet d'une attention particulière dans le cadre de cette thèse Odour nuisance is a major issue, second cause of complaints after noise. Reduction of odor emissions is essential, binding the industry to implement a process for an economically acceptable treatment in terms of reduction of odours. Among the available techniques, biological ones and particularly biofiltration are the most used on industrial scale. The performances of this process are closely related to operating conditions. Packing material appears as a key factor, its choice is difficult and remains empirical because of the multiple criteriait must satisfy. This thesis work aimed to streamline the selection of a material with a focus on the relationship between physico-chemical and hydrodynamic caracteristics of the packing material and macroscopic and microscopic components of this process. Three materials were selected as models: two granulars and one fibrous differing in their physico-chemical and hydrodynamic caracteristics. The work was carried out on pilot units fed by an effluent gas containing a mixture of three volatile components differing in their solubility and biodegradability. The influence of physico-chemical characteristics of the packing material on the performances seems to be confirmed. However, the impact of the hydrodynamic characteristics of the material on these criteria has not been demonstrated. Regarding the microbiological component, the overall level of diversity is similar, regardless of the material considered. Analysis of the structure of the total bacterial community reveals the existence of three distinct communities, each associated with a carrier material. It is likely that the endogenous community participates largely to the establishment of these communities, making it difficult to give appropriate answers to the questions adressed. The total bacterial community does not seem to be a suitable indicator. By monitoring the functional community, more precise answers could be given. Therefore, the research for specific ecological niches in the biological degradation of a sulfur compound (DMS) has been the subject of special attention in the context of this thesis

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Missoum, Lofti. "Bilan de l'accord de coopération de 1976 contracté entre le Maroc et la CEE, son impact sur l'économie marocaine et les perspectives face au troisième élargissement communautaire à l'Espagne et au Portugal." Paris 10, 1989. http://www.theses.fr/1989PA100086.

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Morin, Marie-Françoise. "Etude de l'impact sur le milieu naturel de la bromadiolone, rodonticide anticoagulant : évolution en milieu aqueux et bioaccumulation sur des organismes terrestres et aquatiques." Poitiers, 1988. http://www.theses.fr/1988POIT2315.

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Dissertations / Theses on the topic 'Impact sur la communauté microbienne'

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