Dissertations / Theses on the topic 'Infections à germes opportunistes'

Les lectines sont des protéines capables de reconnaître des glucides complexes de manière spécifique et réversible sur des surfaces des cellules et des membranes cellulaires. Ce travail de thèse est centré sur l’étude des interactions entre des lectines produites par les bactéries pathogèniques burkholderia cenocepacia et ralstonia solanacearum et leurs ligands carbohydrates. Différents outils, tels que la cristallographie, la résonance plasmonique de surface, la microcalorimétrie de titration… ont été utilisés pour caractériser deux lectines. La bactérie ralstonia solanacearum, pathogène de plantes, produit trois lectines solubles, RSI, RS-III et RS20L. Ces lectines ont été précédemment cristallisées mais la caractérisation de RS20L n’est pas complète. Au cours de cette thèse, la production de RS20L recombinante a été optimisée et son comportement physicochimique analysé par 2D SDS-PAGE / MALDI-MS et DSC. Cependant tous les essais pour déterminer la spécificité et l’affinité de cette lectine se sont révélés infructueux et de nouvelles stratégies devront être développées. La deuxième partie de ce travail est consacrée à une lectine de la bactérie opportuniste burkholderia cenocepacia, responsable d’une forte mortalité pour les patients qui souffrent de la mucoviscidose ou de granulomatose chronique. La lectine BC2L-C est une protéine de 28 kDa, composée de deux domaines qui ont été clonés séparément, produits dans E. Coli et caractérisés. Le domaine C-terminal montre des similarités de séquences et de structure avec la lectine PA-IIL de Pseudomonas aeruginosa et a une forte affinité pour les oligosaccharides mannosylés. Le domaine N-terminal a aussi la faculté de lier des glucides avec une spécificité forte pour les oligosaccharides fucosylés tels que déterminants de groupe sanguin de type H ou Lewis. Le domaine N-terminal en complexe avec le selenio-methyl-fucoside cristallise dans une forme trimérique qui n’a pas été encore observée chez les lectines mais qui est très similaire au TNF-α ou au composant C1q du complément. La lectine BC2L-C représente donc une nouvelle superlectine avec deux domaines et leur spécificité
Lectins are carbohydrate-binding proteins of non-immune origin that bind specifically to complex carbohydrates. The presented Ph. D. Thesis is approaching the study of molecular mechanisms of interactions between lectins produced by pathogenic bacteria Burkholderia cenocepacia and Ralstonia solanacearum and their carbohydrate ligands. Cristallography, surface plasmon resonance, titration microcalorimetry and other tools were used for the characterisation of two lectins. The plant bacterial pathogen Ralstonia solanacearum produces three soluble lectins RSL, RS-IIL and RS20L. All of them have been previously studied but the characterisation of RS20L was not complete. During this thesis, the production of the RS20L lectin was optimised and its physicochemical behaviour analysed by 2D SDS-PAGE / MALDI-MS analysis and DSC. However, different assays for determining carbohydrate specificity and affinity were not successful and different strategies have to be designed. The second part of the thesis is devoted to a lectin from the human opportunistic pathogen Burkholderia cenocepacia, responsible of high mortality in patients with cystic fibrosis or chronic granulomatous diseases. The BC2L-C lectin is a 28 kDa protein composed of two distinct domains that were separately cloned and produced in E. Coli and characterised. The C-terminal domain shows sequence and structure similarity to the Pseudomonas aeruginosa lectin (PA-IIL) and recognises with high affinity D-mannosylated glycans. The N-terminal domain also displays sugar-binding ability with a strong preference for L-fucosylated oligosaccharides such as H-type and Lewis histo-blood group determinants. The N-terminal domain complexed with selenio-methyl-fucoside crystallises as a trimeric assembly that has not been observed for lectins earlier but that is highly similar to the TNF- α or C1q complement structures. The BC2L-C lectin is therefore a new superlectin with two different carbohydrate-biding domains and specificities

Les bactéries des microbiotes vivent avec l'homme une interaction mutualiste et tout facteur perturbant l'un ou l'autre des protagonistes peut rompre l'équilibre établi engendrant diverses modifications des interactions existantes. Dans ce contexte instable, les bactéries pathogènes opportunistes d'origine endogène et environnementale qui ont une grande adaptabilité vont pouvoir étendre leur niche écologique ou trouver une nouvelle niche. La diversité des bactéries atypiques ainsi que l'évolution génétique et génomique des bactéries du microbiote respiratoire des patients atteints de mucoviscidose (CF) illustrent ces phénomènes d'adaptation. Le déficit de l'immunité innée locale va en effet être à l'origine d'une colonisation des voies respiratoires (VRCF) par des bactéries endogènes et exogènes qui vont alors mettre en jeu divers mécanismes d'adaptation à cette niche écologique particulière. Le but de notre travail était d'étudier des marqueurs phénotypiques, génétiques et génomiques, témoins potentiels de l'adaptation bactérienne, en particulier au cours de la mucoviscidose. Pour cela, l'étude de la diversité intragénomique des copies du gène de l'ARN ribosomique 16S (rrs), reflétant la capacité d'adaptation bactérienne à des conditions environnementales fluctuantes, a été réalisée par une méthode de PCR et d'électrophorèse avec dénaturation en gradient de température (PCR-TTGE) sur un grand nombre de Veillonella spp. (n=149), d'Achromobacter xylosoxidans (n=164), ainsi que sur 6 autres espèces impliquées dans la colonisation des VRCF (Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis et Streptococcus pneumoniae). L'étude de la dynamique du génome de 90 isolats de 12 patients colonisés chroniquement par A. xylosoxidans a été menée par PCR-TTGE, analyse du polymorphisme des fragments de restriction après électrophorèse en champ pulsé et PCR sur séquences répétées. Enfin, l'effet de contraintes environnementales chimiques sur la croissance d'une partie du microbiote CF a été évalué, incluant une étude approfondie de l'effet du NaCl sur 85 isolats de P. aeruginosa.Ces différentes approches nous ont permis de mettre en évidence : i) la diversité intra-génomique des copies de rrs chez Veillonella (74% d'isolats présentant des copies divergentes), H. influenzae (61%), S. maltophilia (38%), A. xylosoxidans (28%), et S. aureus (17%), ii) la clonalité des isolats d'A. xylosoxidans colonisant chroniquement les patients CF associée à une évolution génétique et/ou génomique intra-clonale, iii) l'effet de contraintes environnementales telles que la salinité, le pH et la température sur le microbiote cultivable des VRCF, iv) l'effet antimicrobien du NaCl inhibant la croissance de 100% des P. aeruginosa isolés des VRCF à une concentration de 6%, inférieure à celle utilisée en thérapeutique, et montrant une action bactéricide sur 90% des isolats à une concentration de 10%, v) l'effet multiple du NaCl sur la croissance, le biofilm et la mobilité de P. aeruginosa. Les rrs et le génome constituent des témoins de l'adaptation des bactéries au sein des microbiotes et permettent de mettre en évidence l'importance et la diversité de ces phénomènes dans la niche pathologique que représentent les VRCF. Les contraintes environnementales de la niche écologique influencent cette adaptation. Au cours de la mucoviscidose, le potentiel thérapeutique de la modification de facteurs environnementaux tels que la salinité ou le pH doit être considéré compte tenu de l'impact de ces perturbations sur les communautés microbiennes pathologiques adaptées aux VRCF
Bacterial microbiotae and human beings developed mutualist interactions. All disrupting factors impacting this equilibrium can modify relationships among microbiota members with diverse consequences. In such an unstable context, opportunistic bacterial pathogens (OBPs) of endogenous or environmental origin showing great adaptability may find favorable conditions leading to ecological niche extension or to new niche colonization. This is illustrated by the diversity of atypical bacteria as well as by genetic and genomic evolution of members of the cystic fibrosis (CF) respiratory tract (CFRT) microbiota. The deficit in local innate immunity allowed colonization by endogenous and exogenous bacteria that will further develop adaptation processes to this particular ecological niche. The aim of this study was to evaluate phenotypic, genetic and genomic potential adaptation markers in different models of OBPs, particularly in CF. For this purpose, we described the variability in the multiple rrs gene copies using PCR and temperature-based denaturing electrophoresis (PCR-TTGE) on large collections of Veillonella (n=149) and Achromobacter xylosoxidans (n=164), as well as on isolates of six other species involved in the CFRT colonization (Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis and Streptococcus pneumoniae). Genome dynamics of 90 isolates from 12 patients chronically colonized by A. xylosoxidans was studied by PCR-TTGE, restriction fragment length polymorphism analysis after pulsed-field gel electrophoresis and PCR on repetitive sequences. Finally, the effect of environmental stress was evaluated on part of the growing CF microbiota and a thorough study of NaCl effect on 85 CF P. aeruginosa isolates was performed.These different approaches highlight: i) the intragenomic heterogeneity of the rrs gene copies in Veillonella (74% of isolates), H. influenzae (61%), S. maltophilia (38%), A. xylosoxidans (28%), and S. aureus (17%), ii) a clonal chronic colonization with A. xylosoxidans in 12 CF patients associated with rrs genetic and/or genomic intra-clonal evolution, iii) the effect of environmental stress such as salinity, pH and temperature on the CFRT microbiota, iv) the antimicrobial effect of NaCl on CF P. aeruginosa isolates, a 6% NaCl concentration inhibiting the growth of all the isolates and a bactericidal action being observed for 90% of the isolates with 10% NaCl, v) multiple effects of NaCl on growth, biofilm and mobility of P. aeruginosa. This study shows that rrs genes and genome dynamics witness for bacterial adaptability within microbiota according to environmental constraints and underlines the diversity and importance of adaptation processes in the long-term pathological adapted microbial communities of the CFRT. Modification of environmental factors such as salinity or pH of the CFRT niche may impact the microbiota and should be considered as targets for CF therapeutics

Le tube digestif est la première barrière contre les agresseurs présents dans la nourriture (virus, bactéries, produits chimiques, pesticides etc...). Il doit donc maintenir au mieux son intégrité structurale et fonctionnelle tout au long de la vie de l'individu. Bien que l'impact délétère d'une intoxication aiguë puisse être surmonté par la capacité de défense et de régénération de la muqueuse digestive, une agression prolongée ou répétée peut compromettre l'équilibre physiologique (l'homéostasie) du tube digestif. Parmi les agresseurs pouvant être ingérés avec la nourriture, on trouve la bactérie Bacillus thuringiensis (Bt) et représente 70% des ventes de bioinsecticides. Bt est une bactérie Gram+ sporulante qui produit, pendant la sporulation, des toxines nommées Cry. Parmi les différentes souches de Bt, certaines ont été sélectionnées pour la spécificité d'action de leurs toxines Cry contre des nuisibles et sont commercialisées sous forme de sporanges. Certaines de ces souches sont utilisées en agriculture biologique en France et l'accroissement de leur utilisation fait qu'elles sont de plus en plus présentes dans la nourriture, source de contamination potentielle pour l'homme et l’environnement. La question qui se pose maintenant est de savoir si un tel accroissement de l’utilisation de Bt peut avoir des impacts sur des espèces non cibles. Mon projet de thèse a consisté en l’étude des conséquences de l'ingestion de Bt (sous forme végétative ou de sporanges) sur la physiologie intestinale de la drosophile (animal non sensible à Bt en termes de toxicité aigüe
The digestive tract is continuously subjected to multiple aggressions through virus, bacteria, toxins and chemicals mixed in the feed. Therefore the gut lining has established a mechanism of replenishment in order to maintain the physiological function of the organ called the gut homeostasis. Although the deleterious impact of acute poisoning can be overcome by the defense capacity and regeneration of the gut mucosa, prolonged or repeated intoxication can impair its homeostasis. Among the aggressors hidden in the feed, there is the bacterium Bacillus thuringiensis (Bt). Bt is worldwide used as bioinsecticide. Indeed the multitude of Bt strains produces a broad range of crystalline toxins, named Cry toxins, which certain have been selected in organic farming owing to their lethal properties against specific pests. Because of incentive programs for sustainable development, the use of Bt bioinsecticides as an alternative to chemical pesticides will further increase in the next decades. Although the specificity of the acute toxicity of Cry toxins has been proved since many years, data are scarce on adverse effects that could result from chronic exposure. The question now is how far non-target organisms will be potentially impacted by the resulting augmentation of the Bt bacterium and its Cry toxins in the environment. To answer this challenge, I used Drosophila (a non-target organism) to study the impacts of Bt bioinsecticides on the gut physiology because 1/ the digestive tract is the main entrance for feed contaminated by Bt bioinsecticides and 2/ Bt and its toxins are known to impair the gut epithelium of sensitive pests

En France, depuis 1990, un groupe d'experts élabore et réactualise des recommandations sur la prophylaxie des infections opportunistes (IO) chez les patients infectés par le VIH. Notre objectif était d'évaluer les stratégies recommandées sur un plan médico-économique en suivant une approche de type coût-efficacité. Dans un premier temps, à partir des données de 2 cohortes françaises de patients infectés par le VIH (n=2 664), nous avons déterminé l'incidence des IO, le taux de récidive de ces infections, et le taux de mortalité associé à ces infections en l'absence de traitements prophylactiques et de traitements antirétroviraux. Les encéphalites à Toxoplasma gondii et les pneumonies à Pneumocystis carinii étaient les infections les plus souvent rencontrées. Ensuite, à partir d'une cohorte de 1 232 patients suivis au Centre Hospitalier de Tourcoing entre janvier 1994 et juillet 1998, nous avons évalué les conséquences des IO en terme de coût. Les infections à cytomégalovirus et les encéphalites à Toxoplasma gondii engendraient les coûts médicaux les plus élevés : respectivement 4 530 € et 4 300 €/personne-mois en phase aiguê de l'infection, et 2 560 € et 2 220 €/personne-mois à distance de l'infection. Le coût moyen de la prise en charge de la maladie chez un patient à 378 CD4/ul au début de son suivi était estimé à 309 000 €. Puis, à l'aide d'un modèle nous avons projeté l'espérance de vie ajustée par la qualité ainsi que les coûts médicaux attendus des différentes stratégies. Enfin, nous avons comparé ces stratégies en utilisant des ratios différentiels coût-efficacité (C/E). La prophylaxie primaire de la pneumocytose pulmonaire et de la toxoplasmose était associée à un ratio C/E de 14 900 €/année de vie ajustée par la qualité épargnée (AVAQE). La prophylaxie primaire des infections à mycobactéries du complexe avium, des œsophagites à Candida étaient respectivement associées à des ratios C/E de 34 800 € et de 54 500 €/AVAQE). La prophylaxie primaire des infections à cytomégalovirus était associée à un ratio > 100 000 €/AVAQE. Parmi les stratégies disponibles de prophylaxie des IO, les stratégies les plus efficientes sur un plan médico-économique sont celles que préconisent les recommandations françaises.

La gestion des eaux a pendant longtemps été associée à des préoccupations sanitaires afin d'éviter la dissémination de maladie hydrique. Au cours du temps, l'aspect sanitaire a été remplacé par des préoccupations environnementales. A ce jour, des questions sur les potentiels risques sanitaires dues aux ouvrages de gestion des eaux sont récurrentes. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés au comportement d'un bassin sec de rétention de l'est lyonnais en étudiant les liens existant entre la présence de bactéries pathogènes opportunistes, le fonctionnement hydraulique et la capacité de piégeage des polluants de ce bassin. Pour cela, nous avons réalisé 6 campagnes de prélèvements sur un an et demi. Les prélèvements ont été caractérisés au niveau physico-chimique et microbiologique (A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia, E. coli, coliformes, entérocoques). Les caractéristiques physico-chimiques trouvées sont comparables à celles obtenues dans des bassins similaires. L'ensemble du bassin est régulièrement contaminé par les bactéries suivies (0 à 1.92E+07 UFC/g sec). Des concentrations plus fortes en été et un apport par les pluies ont pu être observés. Des analyses de corrélation de type Pearson ont mis en évidence de rares liens entre la présence de bactéries et de polluants chimiques, comme par exemple entre P. aeruginosa et les HAPs. Une corrélation entre les Nocardia et des caractéristiques sédimentaires (teneur en masse organique volatile et densité) a aussi pu être observée. Une étude plus poussée sur le genre Nocardia a permis: d'isoler pour la première fois en France des N. cyriacigeorgica dans l'environnement, de mettre au point une qPCR (spécifique de cette espèce) utilisable en milieu complexe et de développer un test rapide sur nématode afin de connaitre la virulence d'isolats bactériens au niveau du SNC
Water management has been associated during a long time with health concerns to prevent the spread of waterborne disease. Over time, the health aspect was replaced by environmental concerns. Nowadays, questions about the potential health risks due to water management structures are recurrent. In this work, we studied the behavior of a dry retention basin at the eastern part of Lyon, in particular the links between the presence of opportunistic pathogenic bacteria, the hydraulic behaviour and the trapping capacity of pollutants in the basin. For that purpose, we carried out 6 sampling campaigns during a year and a half. The samples were characterized at a physicochemical and microbiological level (A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia, E. coli, coliforms, enterococci). The physicochemical characteristics found are comparable to those obtained in similar basins. The entire basin is regularly contaminated by bacteria followed (0 to 1.92E +07 CFU/g dm). Higher concentrations in summer and during rain periods were observed. Pearson correlation analysis revealed some rare links between the presence of bacteria and chemical pollutants, such as between P. aeruginosa and PAHs. A correlation between Nocardia and sedimentary characteristics (volatile organic content and mass density) was also observed. For the first time in France, further study on the genus Nocardia has permitted: to isolate N. cyriacigeorgica in the environment, to develop a qPCR (specific of this species) used in complex environments and to develop a quick test on nematode in order to identify the virulence of bacterial isolates in the NSC

Les bactéries pathogènes opportunistes (BPO) sont responsables d'une grande part de la pathologie infectieuse bactérienne. Les BPO d'origine environnementale doivent subir des changements profonds de mode de vie pour s'adapter et coloniser l'homme. Comprendre les conditions de cette adaptation permettra de préciser la notion d'opportunisme infectieux et le rôle des BPO environnementales dans l'émergence des pathogènes.Les genres Ochrobactrum et Agrobacterium regroupent des bactéries présentant une grande variété de modes de vie et établissant différentes relations avec la cellule eucaryote. Ces bactéries connues pour vivre dans l'environnement sont par ailleurs des pathogènes opportunistes de l'homme principalement responsables d'infections chez les individus immunodéprimés. Dans le cadre de ce travail nous avons entrepris une étude populationnelle par une approche de génétique multilocus sur des collections de souches cliniques et environnementales de différentes origines géographiques. Les structures de population obtenues ont été confrontées à divers caractères phénotypiques reliés à la virulence et/ou l'adaptation chez l'homme, la température de croissance, la formation de biofilm et la virulence vis-à-vis des modèles Caenorhabditis elegans et macrophages humains.Ochrobactrum anthropi et Ochrobactrum intermedium sont les deux principales espèces d'intérêt médical du genre Ochrobactrum. La population d'O. anthropi est de type épidémique qui s'organise en deux complexes clonaux (CCs). Si le CC1 regroupe à la fois des souches de diverses origines, le CC4 ne contient que des souches cliniques. Cette sous-population apparait associée à l'homme même si les caractères phénotypiques étudiés ne révèlent pas de différences entre ces deux sous populations. De la même façon, ces deux CCs ne se distinguent pas par leur comportement en modèle macrophage ou par leur diversité génomique. O. intermedium, tout comme O. anthropi, présente une forte diversité génétique toutefois, aucun regroupement des souches en fonction de leur origine n'est mis en évidence pour cette espèce. La diversité des souches cliniques apparait aussi importante que celle de l'ensemble de la population. Plusieurs arguments suggèrent une niche étroite pour cette espèce, notamment une faible diversité génomique. Par ailleurs, le faible nombre de souches environnementales associé à une meilleure croissance planctonique à 37°C qu'à 25°C et 30°C suggèrent que l'homme pourrait constituer cette niche. L'étude de la virulence d'O. intermedium en modèle macrophage ou C. elegans met en évidence différents comportements, pour autant ceux-ci ne semblent pas liés à la structure de population. Certaines souches sont capables de se multiplier dans le modèle macrophage.L'étude du genre Agrobacterium par une approche multilocus sur une collection représentative des différents modes de vie de ces bactéries met en évidence, tout comme pour O. anthropi, une sous population clinique qui regroupe près de 80% des souches de cette origine. D'autres arguments tels que la croissance à 42°C confirment que le génovar A7 peut correspondre à une sous-population associée à l'homme. Les données obtenues seront confrontées aux connaissances sur d'autres bactéries pathogènes opportunistes d'origine environnementale comme Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia et les bactéries du complexe Burkholderia cepacia qui présentent également des sous populations associées à l'homme et/ou à certaines pathologies humaines. L'existence de ces sous populations suggère une spécialisation qui sera discutée dans le contexte de la spéciation des bactéries pathogènes afin de revisiter le concept d'opportunisme infectieux
The opportunistic bacterial pathogens (OBP) cause the main part of bacterial infectious diseases. Environmental-borne OBP should encounter dramatic changes in lifestyle in order to colonize human beings. The conditions of this adaptation should precise concepts about OBP and emerging pathogens.The genera Ochrobactrum and Agrobacterium groups bacteria with versatile lifestyles that establish diverse relationships with the eukaryotic cells. These environmental-borne OBP caused diverse infectious diseases in immune-compromised patients. In this study, we undertook an approach of multilocus genetic on large population of environmental and clinical strains of Ochrobactrum and Agrobacterium. The population structures were compared to phenotypic traits related to adaptation and virulence in man, such as growth temperature, biofilm formation and virulence tested in Caenorhabditis elegans and human macrophages models.Ochrobactrum anthropi and Ochrobactrum intermedium are the two main Ochrobactrum species to be involved in human diseases. O. anthropi displays an epidemic population structure organized in two large clonal complexes (CCs). CC4 groups only human associated strains whereas CC1 contain environmental and clinical strains. Population genetics suggested that CC4 is a human-associated clone although phenotypic, genomic and virulence traits do not differ between CC1 and CC4 strains.As O. anthropi, O. intermedium displays a high genetic diversity without correlation between the genetic structure and the origin of strains. The level of genetic diversity among clinical strains appears as high as observed in the whole population. Several data such as a low level of genomic diversity suggested that O. intermedium is associated to a narrow ecological niche. The low number of environmental strains described for this species as well as an optimal growth at 37°C suggested that human beings could be the main niche for O. intermedium. Virulence in macrophage and C. elegans models showed diverse behaviour whereas some strains are able to survive and multiply in macrophages model.Multilocus genetics in a population of Agrobacterium spp. that displays diverse lifestyles, revealed a human associated population as observed for O. anthropi. The clinical genovar A7 groups 80% of the clinical strains included in the study, this strains growing at 42°C. Data obtained in this study will be confronted to the knowledge about other environmental-borne OBP such as Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia and bacteria belonging to the species complex Burkholderia cepacia. All these bacteria displayed sub-populations associated to man or to a particular human disease. These sub-populations suggest a specialization process that will be described in the context of the speciation of bacterial pathogen in order to revisite the concept of « opportunisme infectieux »

La cryptococcose neuroméningée (CNM) est la seconde infection opportuniste chez les patients infectés par le VIH. Il s’agit de la 4ème cause de décès dus aux maladies infectieuses en Afrique avec une mortalité annuelle de 600.000 cas. Les levures responsables appartiennent au complexe d’espèces Cryptococcus neoformans / C. gattii. Notre étude décrit, l’épidémiologie et la résistance aux antifongiques de souches environnementales et cliniques de cryptocoques en Côte d’Ivoire. Les isolats sont issus d’une file active de 1750 PVVIH et de 667 prélèvements réalisés dans l’environnement de vie des patients. Nous démontrons une grande diversité génotypique au sein de notre cohorte, la présence de plusieurs espèces de cryptocoques dans un seul prélèvement chez un même patient ainsi que dans des prélèvements issus de suivi de patients, ce qui n’avait jamais été démontré en Afrique de l’Ouest. Nous avons constaté que la récurrence de la CNM est due à des infections multiples par des souches différentes au cours du temps. Nos résultats décrivent également pour la première fois, l’isolement de cryptocoques à partir de fientes de pigeons à Abidjan. Et nous constatons que les génotypes des isolats environnementaux et cliniques sont très différents, ce qui exclut les fientes de pigeons comme source de contamination des patients dans notre échantillon. Enfin, la majorité des isolats est sensible aux antifongiques de référence mais un patient peut être contaminé par des isolats de sensibilité différente
Cryptococcal meningitis (CM) is the second opportunistic infection in HIV infected patients. It is the fourth cause of death due to infectious diseases in Africa with an annual mortality of 600,000. The yeasts responsible belong to the C. neoformans / Cryptococcus gattii species complex. Our study describes epidemiology and resistance to antifungal of environmental and clinical strains of Cryptococcus in Ivory Coast. The isolates are from an active list of 1,750 patients VIH positive and 667 samples taken in the living environment of patients. We demonstrate a high genotypic diversity within our cohort and the presence of several species of Cryptococcus in one sample from the same patient as well as in samples from patients follow up, which had never been shown in West Africa. We found that the recurrent cryptococcosis is caused by multiple infections by different strains over time. Our results describe also, for the first time, the isolation of Cryptococcus from pigeon droppings from Abidjan. And we notice that, as the genotypes of environmental and clinical isolates are very different, that excludes contamination of patients by pigeon droppings. Finally, most of the isolates were susceptible to reference antifungal but a patient might be contaminated by isolates with different susceptibility

Cryptococcus neoformans et les levures du genre Candida sont fréquemment impliqués dans les infections fongiques opportunistes chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH). Les données sur l'épidémiologie moléculaire et la sensibilité de ces levures aux antifongiques sont rares au Cameroun. Les objectifs de ce travail ont été (i) d'obtenir et caractériser génétiquement les isolats de Cryptococcus et de Candida issus des PVVIH à Yaoundé, (ii) d'étudier leur profil de sensibilité à divers antifongiques, (iii) d'étudier l'activité antifongique des extraits de 3 plantes médicinales (Terminalia mantaly, Terminalia catappa et Monodora tenuifolia). Vingt-cinq souches de C. neoformans et 317 isolats Candida dont 113 C. albicans ont été isolés respectivement de 171 et 402 PVVIH à l'Hôpital Central de Yaoundé. Ces isolats ont été identifiés sur la base de leurs caractères phénotypiques, biochimiques, par spectrométrie de masse et par PCR quantitative. La diversité génétique de 150 isolats (25 prélèvement initiaux et 125 colonies) de C. neoformans a été réalisée par séro-génotypage, PCR-RFLP et polymorphisme de séquences microsatellites. La diversité génétique des 113 isolats de C. albicans a été réalisée par génotypage et par analyse du polymorphisme de séquences microsatellites. La recherche des espèces du complexe C. albicans s'est effectuée par amplification du gène Hwp1. La sensibilité des isolats de C. neoformans aux antifongiques (posaconazole, voriconazole, ketoconazole, itraconazole, fluconazole, amphotéricine B et 5-fluorocytosine) a été évaluée par microdilution en milieu liquide grâce au kit « Sensititre YeastOne® ». Le protocole CLSI M27-A3 été utilisé pour l'étude de la sensibilité des isolats de C. albicans à l'amphotéricine B, au fluconazole, au ketoconazole et à l'itraconazole. L'étude de l'activité antifongique des extraits de plantes s'est déroulée en 3 étapes : (i) screening préliminaire avec détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) des extraits bruts, (ii) fractionnement bio-guidé, (iii) étude des interactions synergiques dans les combinaisons de ces subfractions. C. neoformans var grubii est la seule espèce de cryptocoque isolée des liquides céphalorachidiens. Quinze espèces de Candida ont été isolées et C. albicans reste l'espèce majoritaire. C. africana a été isolée et identifiée pour la première fois au Cameroun. La diversité génétique des isolats de C. neoformans a montré 14 types moléculaires, et 24% de patients étaient infectés par deux types moléculaires différents. Le génotype A est majoritaire dans les isolats de C. albicans et 65 types moléculaires différents ont été observés. L'analyse du polymorphisme du gène Hwp1 a permis de définir de nouveaux génotypes (H1-H6). Les souches de C. neoformans sont sensibles aux antifongiques testés. Une souche présente une sensibilité réduite à la 5-fluorocytosine et une autre au fluconazole. Des isolats issus du même patient peuvent présenter des sensibilités différentes aux antifongiques testés. Les isolats de C. albicans présentent une sensibilité aux antifongiques similaire à celle décrite dans la littérature. Il a été montré qu'il existe une relation entre la sensibilité à l'itraconazole et le génotype H chez les isolats de C. albicans (p-value <0,05). Les extraits de plantes présentent des activités inhibitrices contre les levures testées. Les fractions obtenues par fractionnement bio-guidé ont permis l'amélioration de l'activité de 7 extraits. La combinaison de ces subfractions a donné une combinaison synergique et fongicide dérivée de T. mantaly et de M. tenuifolia. En conclusion, ce travail apporte de nouvelles données sur la compréhension de l'épidémiologie moléculaire et de la sensibilité des isolats de C. neoformans et de Candida aux antifongiques à Yaoundé. L'étude des extraits de plantes semble être une voie prometteuse dans le développement de thérapies antifongiques alternatives
Cryptococcus neoformans and Candida species are the main causative agents of yeast opportunistic infections among HIV infected persons. However, information on molecular their epidemiology and antifungal susceptibility are scarce in Cameroon. The main objective of this work was to study the genetic diversity and the antifungal susceptibility against antifungal drugs and plant extracts of C. neoformans and Candida isolates from Yaoundé HIV patients. C. neoformans (25) and Candida (317 among which 113 C. albicans) Isolates were obtained, from 171 and 402 HIV patients at the Yaoundé Central Hospital respectively. They were identified by phenotypic and biochemical characters, by mass spectrometry and quantitative PCR. The genetic diversity of 150 C. neoformans isolates (25 initial isolates and 125 colonies) was carried out by serotyping, microsatellite length polymorphism and PCR-RFLP. The genetic diversity of the 113 C. albicans isolates was performed by genotyping and microsatellite length polymorphism. The identification of C. albicans complex species was achieved by PCR amplification of the Hwp1 gene. The antifungal susceptibility testing of C. neoformans against posaconazole, voriconazole, ketoconazole, itraconazole, fluconazole, amphotericin B and 5-fluorocytosine was carried out by the broth microdilution test using the « Sensititre YeastOne® » kit. The CLSI M27-A3 protocol was used for the determination of the C. albicans isolate's susceptibility against amphotericin B, ketoconazole, fluconazole and itraconazole which are frequently used in Cameroon. The antifungal activity of extracts from Terminalia mantaly, Terminalia catappa and Monodora tenuifolia was performed by a preliminary screening with the determination of minimal inhibitory concentrations (MIC) of crude extracts. Selected extracts were therefore submitted to the bio-guided fractionation. Selected subfractions were submitted to combination assays. C. neoformans var grubii was the lonely Cryptococcus species isolated in cerebrospinal fluids. Fifteen Candida species were isolates from mucosae with C. albicans remaining the most frequent. C. africana has been isolated for the first time in Cameroon. C. neoformans and C. albicans provided 14 and 65 major molecular types respectively. It was also found that a patient can be infected by 2 different molecular types of C. neoformans. C. albicans genotype A was the most frequent. The PCR amplification of the Hwp1 gene allowed the identification of a novel molecular profile among the C. albicans complex and named H (H1-H6). C. neoformans isolates were susceptible to the tested drugs. However, one isolate exhibited reduced susceptibility to fluconazole and one another to 5-fluorocytosine. C. albicans isolates expressed various susceptibility profiles similar to what described in the literature. Furthermore, there was a relationship between the H-typing and the antifungal susceptibility of C. albicans isolates against itraconazole (p-value<0.05). T. mantaly, T. catappa and M. tenuifolia extracts exhibited antifungal activity against tested yeasts. Bioguided fractionation allowed improves of the antifungal activity from crude extracts to subfractions. Synergism was observed, and the most active combination from T. mantaly and M. tenuifolia was also fungicidal on tested yeasts. Conclusively, the present work brings new tools for the comprehension and the better management of C. neoformans and Candida infections among Yaoundé HIV positive patients. The antifungal resistance emergence of yeasts isolates could be compensated by the development of a new antifungal medicine from subfractions combinations of T. mantaly and M. tenuifolia

Les bactéries du genre Gemmata sont suspectées d’être responsables d’infections opportunistes chez des patients aplasiques. Gemmata obscuriglobus et Gemmata massiliana sont les seules espèces cultivables de ce genre ; le reste étant réfractaire à la culture. Au cours de notre Thèse, 34 sangs aplasiques et 392 lavages broncho-alvéolaires ont été collectés afin de rechercher les Gemmata par qPCR et par culture. Une qPCR positive a été obtenue à partir du sang et la PCR standard réalisée en vue du séquençage était défectueux ; et aucun isolat n’a été obtenu en culture. En vue de concevoir de nouveaux outils d’isolement, les 2 souches ont été co-cultivées avec des phagocytes, qui se sont avérés bactéricides pour ces bactéries. Ensuite, nous avons comparé un milieu A, incorporant des tissus d’éponge de Spongia sp. au milieu standard ; et un milieu B incorporant le filtrat aqueux de Spongia dans le milieu A. Les milieux standard, A et B ont été inoculés et après 3 jours d'incubation, les colonies comptées à partir des milieux A et B excédaient de plus d’un log par rapport au standard. L’analyse des génomes des 2 espèces a montré qu’aucune d’elles ne codait pour les composants essentiels du métabolisme du fer. Nous avons donc forcé Escherichia coli à produire ces composants afin d’enrichir le milieu standard avec le filtrat, ce qui nous a permis d’observer une croissance plus rapide, p<0.001. Enfin, l’impact de la radiothérapie, qui aurait induit une dysbiose puis une translocation des Gemmata du microbiote digestif vers le sang des patients soumis à cette thérapie a été exploré après une irradiation in vitro des selles. Une forte perturbation de la flore fécale a été observée
Bacteria of the genus Gemmata are Planctomycetes suspected to be responsible for opportunistic infections in two aplastic patients. Gemmata obscuriglobus and Gemmata massiliana are the only cultivable species of this genus; the rest being refractory to culture. During our Thesis work, 34 blood samples collected from aplastic patients and 392 bronchoalveolar washes were collected to search for Gemmata using qPCR and culture. In an aplastic patient, a positive PCR was obtained from the blood and the standard PCR performed for sequencing was defective; and no isolate was obtained in culture. In order to design new isolation tools, both strains were co-cultured with phagocytes, which were shown to be bactericidal for these bacteria. Then, we compared a medium A, incorporating sponge tissues of Spongia sp. in the middle standard; and medium B incorporating the aqueous Spongia filtrate into medium A. The three media (standard, A and B) were inoculated with both strains and after 3 days of incubation, colonies counted from media A and B increased to more than one log compared to standard medium. Also, genome analysis of the two species showed that none of them encoded for the essential components of iron metabolism. We therefore forced Escherichia coli to produce these components in order to enrich the standard medium with the filtrate, which allowed us to observe a faster growth, p <0.001. Finally, the impact of radiotherapy, which would have induced dysbiosis and then a translocation of Gemmata from the digestive microbiota to the blood of patients undergoing this therapy, was explored after in vitro stool irradiation. A strong disturbance of faecal flora was observed

Thèse (M. Sc.) - Université du Québec à Rimouski, 2006.
Titre de lʹécran-titre (visionné le 26 avril 2007). Mémoire présenté à l'Université du Québec à Rimouski comme exigence partielle du programme de maîtrise en océanographie. Comprend un résumé. CaQRU CaQRU CaQRU Bibliogr.: f. 57-64. Paraît aussi en éd. imprimée. CaQRU

Les bactéries peuvent exploiter quasiment toutes les niches écologiques, dont les organismes multicellulaires. Les relations hôte-bactéries se classent sur une grande gamme d’interactions allant du mutualisme au parasitisme. Dans ce contexte, l’objectif théorique de mon doctorat est d’étudier les relations complexes existant entre un poisson, l’Omble de fontaine, et le cortège microbien qui l’accompagne. Cette espèce est la cible d’infections opportunistes par des bactéries pathogènes du genre Flavobacterium. L’objectif appliqué visait à développer une approche alternative aux antibiotiques pour prévenir et traiter les infections opportunistes. Le premier résultat du projet a mis en lumière qu’un stress hypoxique entraînait une diminution des bactéries à potentiel bénéfique provoquant une dysbiose, favorisant à son tour l’infection par les pathogènes. Nous avons donc ensuite isolé des bactéries issues du microbiome pour tester leurs effets antagonistes vis-à-vis des pathogènes F. columnare et F. psychophilum. Nous avons pu ainsi découvrir sept candidats potentiels in vitro et tester un candidat qui s’est montré efficace par compétition par interférence dans le traitement de la maladie de l’eau froide in vivo. Le dernier objectif de cette thèse consistait à tester la présence de régions géniques chez l’hôte permettant le recrutement des bactéries bénéfiques dans le microbiome. Nous avons donc analysé le microbiome cutané de 86 individus d’une famille d’hybrides de deuxième génération. Nous avons observé une forte variabilité interindividuelle et déterminé trois régions géniques impliquées dans la modulation de trois taxons bactériens dont Methylobacterium, qui est primordial dans le maintien de l’homéostasie du microbiome. Tous nos résultats appuient le rôle du microbionte cutané dans la protection contre les infections opportunistes.
Bacteria can colonize every ecological niche including multicellular organisms, due to their fast growth and their biochemical abilities,. Host-bacteria relationships are complex and range from parasitism to mutualism. Under this framework, my theoretical objective is to study the relationship complexity between brook charr and its microbial partners. This fish species is targeted by opportunistic infections from bacterial pathogens belonging to the Flavobacterium genus. My applied objective focuse on the development of alternative strategies to prevent and treat these infections without antibiotics. The first result of this project highlight that hypoxic stress induce a diminution of the potentially beneficial bacteria leading to a dysbiosis, which in turn triggers opportunistic infections. Then, we isolated bacteria from the microbiome to test their antagonistic effects on two pathogens Flavobacterium columnare and F. psychrophilum. We identify seven potential candidates in vitro, one tested in vivo and being effective to prevent cold-water disease via interference competition. The last objective is to test the existence of host genetic regions associated with the recruitment capacity of beneficial genera in the microbiome. To this end, we analyze the skin microbiome of 86 progenies issued from a dihybrid cross. A strong inter-individual variability is observed and we identify three genetic regions involved in the recruitment of three bacterial genera including Methylobacterium, which is very important to maintain microbiome homeostasis. Overall, the results demonstrate the role of skin microbiota in brook charr resistance against opportunistic infections.

Les bactéries pathogènes opportunistes de l'Homme (bpo) sont retrouvées dans le milieu hospitalier où elles sont responsables d'infections nosocomiales ainsi que dans les milieux naturels terrestres et aquatiques. Elles présentent souvent des résistances intrinsèques aux antibiotiques élevées. En milieu clinique, l'usage intensif d'antibiotiques peut conduire à l'émergence de souches dites « Multi Drug Resistant ». L'anthropisation des milieux naturels peut également influencer la prévalence et les propriétés de résistance des bpo. Mes travaux ont porté sur l'impact de l'épandage d'amendements organiques sur la prévalence de bpo dans les sols, leur diversité génétique et leurs propriétés de résistance aux antibiotiques. Une étude des espèces Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa et Burkholderia du « cepacia complexe » (Bcc) réalisée sur des sites du Burkina-Faso amendés ou non en déchets urbains bruts a mis en évidence des différences dans les propriétés de résistance des 3 modèles. S. maltophila présente fréquemment des phénotypes MDR contrairement à P. aeruginosa et aux Bcc. Une approche de génomique comparative entre souches de S. maltophilia d'origine environnementale ou clinique et de phénotypes sensibles à MDR a été réalisée afin d'élucider l'origine génétique de l'hétérogénéité des phénotypes de résistance. Une variation dans le contenu en pompes à efflux et la présence de pompes souche spécifique chez des souches environnementales ont été observées. L'étude de l'expression d'une de ces pompes confirme son implication dans la résistance aux antibiotiques et dans l'adaptation à des paramètres environnementaux tels que la température
Opportunistic bacterial pathogens (obp) of Man are found in hospital setting where they are responsible for nosocomial infections as well as in terrestrial and aquatic natural environments. Obp often show high intrinsic antibiotic resistance level. Moreover, the intensive use of antibiotics in clinical settings can lead to the emergence of "Multi Drug Resistant" strains. The anthropisation of the natural environment leads to modifications in bacterial diversity of these environments and can affect the prevalence and the antibiotic resistance properties of obp. My research focused on the impact of organic amendments on the prevalence, genetic diversity and antibiotic resistance properties of obp. A study on the species Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa and the “Burkholderia cepacia complex" (Bcc) was conducted on sites in Burkina Faso amended or not with raw urban wastes. This study showed differences in antibiotic resistance properties between the 3 models. S. maltophila frequently showed MDR phenotypes unlike P. aeruginosa and Bcc. A comparative genomics study between S. maltophilia strains from environmental or clinical origin showing sensitive or MDR phenotypes was performed to elucidate the genetic origins of heterogeneity in the resistance phenotypes. A variation in the efflux pumps content was observed between strains. The expression of an efflux pump specific to an environmental MDR strain was then evaluated and confirmed its likely involvement in antibiotic resistance and adaptation to environmental parameters such as temperature

Les infections associées au soins (IAS) sont un problème majeur de santé publique, notamment du fait qu’elles participent à la menace mondiale que représente l’antibiorésistance qui devrait en 2050 causer 10 millions de décès par an et se placer comme la première cause de mortalité dans le monde. La forte consommation d’antibiotiques, la promiscuité et la vulnérabilité des patients font de l’hôpital un lieu privilégié pour la transmission de bactéries notamment résistantes aux antibiotiques, et pour les phénomènes épidémiques. Les surfaces de l’environnement hospitalier jouent un rôle important dans ces phénomènes, en servant de réservoir et de relais aux agents responsables d’IAS. Mieux connaitre la diffusion des bactéries responsables d’IAS sur les surfaces de soins apparait alors comme un axe majeur de recherche. Dans ce travail, afin d’observer la circulation et la persistance, sur les surfaces hospitalières, des bacilles à gram négatifs (BGN) responsables d’IAS, et d’identifier les raisons de la diffusion et du succès épidémique de certaines espèces bactériennes et sous-populations bactériennes responsables d’IAS, des prélèvements intensifs de surfaces, au total 5329, ont été réalisés. Deux sources de contamination des surfaces de l’environnement hospitalier ont été considérées : l’origine hydrique avec P. aeruginosa comme chef de file, et l’origine humaine avec les bactéries productrices de carbapénèmases (BPC).Ce travail nous a permis de collectionner 567 souches environnementales issues d’un échantillonnage de terrain. Pour chaque souche, des données clinico-éco-épidémiologiques ont été recueillies. Cette collection de souches isolées en conditions réelles est le socle de cette thèse et constitue toute son originalité. Elle nous a permis de tracer, au plus près des conditions réelles, les routes de transmission des bactéries responsables d’IAS sur les surfaces de soins. Ainsi nous avons pu identifier des réservoirs environnementaux de BGN et analyser la circulation entre l’eau du point d’eau, les surfaces de soins et les patients pour les bactéries d’origine hydrique, et entre les surfaces de soins et les patients pour les bactéries d’origine humaine. Lors de l’analyse de ces circulations sur les surfaces de soins, les différents niveaux de complexité de la diversité des populations et sous-populations bactériennes ont pu être intégrés. Considérer cette complexité dans sa globalité semble être la clef pour mieux comprendre le rôle de l’environnement de soins dans la transmission de bactéries responsables d’IAS et les phénomènes épidémiques. De plus ce travail, a démontré que l’environnement proche des patients était le reflet des bactéries colonisant/infectant les patients tout en apportant des informations supplémentaires sur sa diversité. Ainsi le patient au sein de son environnement de soins devrait être considéré comme une seule unité de transmission afin de mieux anticiper la diffusion des bactéries dans l’environnement de soins et les phénomènes épidémiques
Healthcare-associated infections (HAI) are a major concern of Public Health because of their involvement in the global threat of antibiotic resistance, predicted to become the first cause of mortality in 2050 with about 10 million deaths a year. The high antibiotic consumption associated with both patients’ promiscuity and vulnerability make hospital an ideal place for cross-transmission of bacteria, especially drug-resistant bacteria, and for outbreak occurrence. Surfaces within hospital environment play an important role in these phenomena, serving as reservoir or relay for bacteria responsible of HAI. Better understand the diffusion of bacteria responsible of HAI onto hospital surfaces appears as a major axe of research.In order to observe the circulation and persistence of gram-negative bacteria (GNB) involved in HAI onto hospital surfaces, and to identify the reasons of diffusion and outbreak successes of certain bacterial species and sub-species, we performed intensive samplings of hospital environment, with a total of 5329 surfaces sampled. Two sources of contamination were considered: the hydric origin with Pseudomonas aeruginosa in leading position, and the human origin with carbapenemase-producing bacteria (CPB).During this work, we collected 567 strains by sampling the hospital environment. For every strain, both clinical, ecological and epidemiological data were gathered. The strains collection isolated in real conditions of hospital activities is the foundation of this thesis and constitutes its originality. It permitted to retrace, as close as possible to real-life conditions, the routes of transmission of bacteria responsible of HAI on hospital surfaces. This allowed us to identify environmental reservoirs of GNB and analyze the circulation of hydric bacteria between water and water point-of-use, surfaces and patients, as well as the circulation of human bacteria between patients and hospital surfaces. These analyses integrated the different levels of complexity of bacteria through the diversity of bacterial population and sub-populations. Considering this complexity as a whole seems to be the key to better understand the involvement of hospital environment in the transmission of bacteria responsible of HAI. Furthermore, we demonstrated that the close environment of patients reflected the bacteria colonizing/infecting patients, while providing further information on its diversity. Thus, the patient within its healthcare environment must be considered as a unique entity of transmission in order to better anticipating the diffusion of bacteria in hospital environment and the occurrence of outbreaks

Le Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) infecte les macrophages. Contrairement aux lymphocytes T CD4+, les macrophages résistent aux effets cytotoxiques du virus et représentent un réservoir pour ce pathogène. Dans ces cellules, le virus est produit et stocké dans un compartiment intracellulaire spécifique appelé VCC (Virus-Containing Compartment). Ce compartiment à pH neutre, transitoirement connecté à la membrane plasmique, reste cependant très peu caractérisé. Par ailleurs, le VIH-1 induit une perturbation des fonctions des macrophages, permettant ainsi le développement de bactéries opportunistes, telles que des souches particulières de Salmonella Typhimurium. Nous avons étudié en particulier des souches de Salmonella Typhimurium invasives non typhiques qui se sont développées, chez des patients séropositifs. Les objectifs de ma thèse ont donc été d'étudier, dans les macrophages primaires humains, les facteurs moléculaires impliqués dans la production du VIH-1 et le développement de souches invasives de Salmonella Typhimurium. Dans un premier temps, j'ai contribué à étudier les effets de l'infection par le VIH-1 sur les fonctions des macrophages. Leur fonction majeure est la phagocytose qui est un mécanisme de défense contre les pathogènes permettant leur internalisation et leur dégradation. Il avait déjà été montré au laboratoire que l'étape d'internalisation était en partie inhibée par le facteur de virulence Nef dans les macrophages infectés. Dans ce travail, nous avons montré que l'infection de ces cellules par le VIH-1 inhibe également la maturation des phagosomes, mais via la protéine virale Vpr. Nous avons aussi mis en évidence que le VIH-1 conduit le macrophage dans en état de pré-activation, mais empêche la cellule de répondre à un stimulus ultérieur comme une surinfection bactérienne. Dans un second temps, j'ai participé à l'étude des coinfections entre VIH-1 et les bactéries Salmonella Typhimurium invasives, qui ont émergé avec l'infection par le virus, en comparaison avec des souches de référence. Ce travail nous a permis de montrer que les bactéries, pour leur survie, n'exploitent pas le compartiment viral dans les macrophages co-infectés. J'ai ensuite observé que la souche invasive de Salmonella Typhimurium induit moins de mort cellulaire par pyroptose qu'une souche de référence. J'ai alors déterminé les voies de signalisation en amont de cette mort cellulaire qui est associée à un mécanisme inflammatoire. Ainsi, j'ai mis en évidence que la souche invasive de Salmonella détourne les mécanismes de pyroptose et survit mieux dans les macrophages, ce qui pourrait expliquer la dissémination observée chez les patients. Enfin, j'ai initié l'étude de nouveaux facteurs cellulaires impliqués dans la production virale par les macrophages. À la suite d'une analyse transcriptomique sur des macrophages primaires humains infectés ou non par le VIH-1, nous avons identifié un nombre important de transporteurs membranaires appelés SLC (Solute Carrier) dont l'expression est modulée par l'infection. Après la sélection de candidats, j'ai pu mettre en évidence que certains de ces SLC étaient importants pour la production virale par les macrophages. En conclusion, l'ensemble de ces travaux contribue à définir comment le VIH-1 infecte les macrophages et diminue leurs fonctions d'activation et de clairance, et comment se développent des bactéries opportunistes pathogènes
Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) infects macrophages. In contrast to CD4+ T cells, macrophages are resistant to the cytotoxic effects of the virus and represent a reservoir for the pathogen. In these cells, the new virions are produced and stored in a specific intracellular compartment called Virus-Containing Compartment (VCC). This non-acidic compartment, transiently connected to the plasma membrane, remains poorly characterized. In addition, HIV-1 induces an alteration of macrophage function, allowing the development of opportunistic bacteria, such as specific strains of Salmonella Typhimurium. In particular, we studied invasive non-typhoidal Salmonella Typhimurium (iNTS) strains that developed in HIV-positive patients. The aims of my thesis have been to identify the molecular factors involved in the production of HIV-1 in primary human macrophages and to study the development of the invasive strains of Salmonella Typhimurium. First, I participed in studying the effects of HIV-1 infection on macrophage function. Their main role is phagocytosis, which is a defense mechanism enabling internalization and degradation of pathogens. It has previously been shown in the host laboratory that in HIV-1 infected macrophages, the internalization step is partially inhibited by the virulence factor Nef. In this work, we have shown that the infection of these cells by HIV-1 also inhibits the maturation of phagosomes, in this case, via the viral protein Vpr. Further, we have demonstrated that HIV-1 leads to a pre-activation state of the macrophage, while preventing the cell from responding to subsequent stimuli, such as bacterial superinfection. Secondly, I studied the coinfections between HIV-1 and an invasive strain of Salmonella Typhimurium that was compared to reference strains. This work demonstrated that bacteria do not hijack the viral compartment for their survival in co-infected macrophages. Additionally, the invasive strain of Salmonella Typhimurium was observed to induce less cell death by pyroptosis than a reference strain. The signaling pathways upstream of this cell death were determined to be associated with an inflammatory mechanism. Hence, it was demonstrated that the invasive strain of Salmonella hijacks the mechanism of pyroptosis to survive in macrophages. This may explain the dissemination observed in patients. Finally, a study of new cellular factors involved in viral production in macrophages was conducted. Following a transcriptomic analysis of human primary macrophages infected, or not, with HIV-1, we identified a large number of membrane transporters called SLC (Solute Carrier) whose expression was modulated by the infection. After selecting some of the candidates for further study, I have demonstrated that some of these SLCs are important for viral production in macrophages. In conclusion, this work contributes to defining how HIV-1 infects macrophages and disturbs their activation and clearance functions, and how opportunistic pathogenic bacteria develop