Dissertations / Theses on the topic 'Infections à VIH – Pathogenèse'

Nous avons démontré l'effet du second exon de Tat sur le contrôle de la transcription du VIH-1 NF-κB-dépendante et TAR-indépendante dans des cellules T. Ainsi, nos résultats démontrent un rôle critique du second exon de la protéine Tat dans l'activation de NF-κB, dans la transactivation du LTR du VIH-1, et dans la stimulation optimale de la réplication du VIH-1 dans des cellules T. Lors de coinfections VIH / VHC, nous avons démontré que la protéine de capside du VHC, via l'interaction avec la protéine Nef du VIH-1, stimulerait l'activation de NF-κB, du LTR du VIH-1 médiée par la protéine recombinante Nef du VIH-1. Ainsi, la taille des réservoirs macrophagiques serait augmentée pour les deux virus. Nef est donc une protéine multifonctionnelle interagissant avec diverses protéines cellulaires et virales. Par différentes approches, nous avons démontré que la protéine Nef interagissait directement et spécifiquement avec EF1A2, à la fois in vivo et in vitro<br>We demonstrated the effect of the second codmg exon ofTat to the control ofHIV-1 NF-κB¬ dependent and TAR-independent HIV-1 transcription in T cells. Thus, our results show an important role of the second coding exon of Tat in the activation of NF -κB, the HIV -1 LTR : stimulation, resulting in enhanced viral replication in T cells. During HIV ffiCV coinfections, we demonstrated that the HCV Core protein via interaction with HIV-1 Nef could enhance the NF-κB activation and the HIV-1 LTR stimulation mediated by HIV-1 Nef. Thus, the size of the viral macrophagic reservoirs could be increased for the two yiruses. Nef is a : multifunctional protein which interacts with cellular and viral proteins. By different experiments, we demonstrated that HIV -1 Nef protèin interacts specifically and directly with EFIA2 both in vitro and in vivo

Plusieurs aspects de la réponse immunitaire sont dérégulés de manière irréversible au cours de la phase aiguë de l'infection par le virus de l’immunodéficience de type 1 (VIH-1) menant à une activation immunitaire élevée et une inflammation généralisée impliquées dans l’épuisement du système immunitaire et la progression de la maladie. Nos travaux précédents ont mis en évidence une production plus élevée de vésicules extracellulaires (VE) appelées exosomes par les cellules dendritiques (CD) exposées au VIH-1. Ces exosomes ayant un effet pro-apoptotique sur les lymphocytes T CD4 (LT CD4), ils peuvent ainsi accentuer la déplétion de ces cellules, déjà initiée par l’infection elle-même. Produites par une grande variété de cellules et libérées dans de nombreux fluides corporels, les VE sont le reflet de leur cellule d’origine et peuvent transporter des protéines mais aussi du matériel génétique (ARN, microARN) aux cellules voisines faisant d’elles des messagers essentiels à la communication intercellulaire. De par leur contenu, les VE sont impliquées dans différents processus biologiques dont la modulation de la réponse immunitaire. En s’appuyant sur ces données et sur l’implication des microARN dans la modulation des réponses immunitaires, l’hypothèse du rôle des VE dans la mise en place et l’entretien des perturbations immunitaires associée à la pathogenèse au VIH-1, notamment via leur contenu en microARN, a émergé. Mes travaux de doctorat ont montré un profil en VE plasmatiques spécifique associé au statut clinique des sujets infectés par le VIH-1. La quantité et la taille des VE retrouvées dans le plasma de sujets infectés non traités sont plus élevées que chez les individus contrôles et corrèlent avec la déplétion en LT CD4 ou la baisse du ratio CD4/CD8, considérés comme des marqueurs de l’évolution de la maladie, soulignant le potentiel biomarqueur des VE dans la progression de l’infection. De plus, ces données révèlent un enrichissement des VE en microARN, dont le miR-155, auparavant décrit dans la modulation de différentes réponses immunitaires. L’inoculation subséquente d’une production virale enrichie en VE miR-155-positives dans un modèle de souris humanisées a mis en évidence la contribution du miR-155 vésiculaire dans le développement des perturbations immunitaires et la progression de la pathogenèse associée à l’infection par le VIH-1. Ainsi, une meilleure compréhension des mécanismes participant à l’enrichissement du miR-155 dans les VE permettrait éventuellement un contrôle de l’épuisement immunitaire caractéristique de l’infection par le VIH-1 et, à plus long terme, ouvrirait de nouvelles perspectives pour le développement de thérapies.<br>Several aspects of the immune response are irreversibly dysregulated during the acute phase of HIV-1 infection leading to a generalized immune activation and inflammation which are involved in immune cells depletion and disease progression. Our previous work revealed a higher production of extracellular vesicles (EVs) called exosomes by HIV-1 pulsed dendritic cells (DCs). These exosomes displayed pro-apoptotic effect on CD4 T lymphocytes (CD4 TL), and thus increase the depletion of these cells, already initiated by the infection itself. Produced by a wide variety of cells and released into body fluids, EVs, which reflect cellular origin, are believed to function as messengers in intercellular communication delivering proteins and genetic material (RNA, microRNA) to neighboring cells. By their content, EVs are involved in various biological processes including the modulation of immune responses. Based on these data and the involvement of microRNAs in immune response modulation, the hypothesis assuming the role of EVs in the establishment and maintenance of immune disruptions during HIV-1 pathogenesis, notably through their microRNA content, has emerged. My doctoral research showed a specific profile of plasma EVs associated with clinical status of HIV-1 infected patients. The amount and size of EVs present in the plasma of HIV-1- infected patients’ naïve for treatment were higher than those from healthy individuals and correlate with CD4 TL depletion or CD4/CD8 ratio decrease, which are considered markers of disease progression. These data highlight the biomarker potential of EVs. Furthermore, microRNAs are enriched in EVs, including miR-155, previously described in different immune responses. Subsequent inoculation of EV-borne miR-155-enriched-virus in a humanized mouse model revealed that vesicular miR-155 can contribute to the development of immune disruptions and the progression of HIV-1-associated pathogenesis. To conclude, a greater understanding of the mechanisms involved in miR-155 enrichment in EVs would help to control the immune exhaustion characteristic of HIV-1 infection and, on long-term, would open new perspectives for therapies.

Le virus de l’immunodéficience humaine de type-1 (VIH-1) a été identifié comme étant l’agent responsable de la pandémie qui frappe actuellement notre civilisation. En une trentaine d’années le virus à causé la mort de plus de 35 millions de personnes. Une telle épidémie dans l’histoire de l’humanité n’est pas une première; rappelons-nous dans le passé, la peste noire ou encore la grippe espagnole qui ont fait elles aussi des millions de morts. Cependant, pour la première fois dans l’ère moderne, nous avons la possibilité de lutter contre ce fléau grâce à l’étude approfondie de la biologie du virus qui a permis, entre autres, l’avènement de la trithérapie. Le VIH-1 acquiert un nombre impressionnant de molécules cellulaires tout au long de son cycle réplicatif. En dépit de tous les efforts consacrés à l’étude des molécules de l’hôte, le(s) mécanisme(s) exact par lequel toutes ces molécules sont acquises n'est toujours pas connu. Néanmoins, dans le cas d'ICAM-1, une des molécules transmembranaires les plus étudié il apparaît que le précurseur viral Pr55Gag est un candidat potentiel d'interaction avec ICAM-1. Par conséquent, nous avons étudié et caractérisé au niveau moléculaire le processus d'incorporation d'ICAM-1 en utilisant dans un premier temps un modèle de pseudo particules virales (VLPs) dérivé de Pr55Gag. La substitution de plusieurs domaines de Pr55Gag tels que la nucléocapside, SP2 et p6 n'ont pas eu d'effet sur son acquisition. Par la suite, nous avons démontré que la protéine de matrice (MA) est nécessaire à son incorporation. Nous avons confirmé ces résultats préliminaires en générant le mutant de matrice dans un clone moléculaire couramment utilisé en laboratoire (NL4.3). Des études complémentaires suggèrent que les deux tiers C-terminal de la MA sont importants et en particulier treize acides aminés présents dans l'hélice-α 5. De plus, en se basant sur la modélisation 3D des interactions protéines-protéines et en validant par la suite ces prédictions par immunocapture, nous avons trouvé qu'une série d'acides aminés acides de la MA interagit avec des acides aminés basiques présents sur le domaine cytoplasmique d'ICAM-1 et sont responsables de son incorporation. En résumé, nos résultats apportent de nouvelles connaissances dans le mécanisme moléculaire régissant l'acquisition d'ICAM-1, une molécule de l'hôte connu pour renforcer l'infectiosité virale et moduler la pathogénèse du VIH-1.

L’infection par le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) entraîne le dysfonctionnement du système immunitaire menant à la déplétion de lymphocytes TCD4 (LTCD4) dans les tissus lymphoïdes. Cette diminution cellulaire est causée par la lyse cellulaire virale, par la cytotoxicité dépendante des lymphocytes TCD8 (LTCD8), par l’apoptose des LTCD4 bystanders et par un effet cytopathique des facteurs solubles libérés pendant l’infection. Les exosomes, des vésicules (30-100 nm) d’origine endosomale, ont également été impliqués dans la déplétion des cellules bystanders. En effet, ils portent des molécules participant à la mort cellulaire (Nef, Apaf-1, Dap-3) dérivées de cellules infectées par le VIH-1. Les exosomes et les particules de VIH-1 ont plusieurs similitudes de forme, de composition protéique et lipidique, ainsi que de contenu en acide nucléique. La biogenèse des exosomes converge avec le bourgeonnement des particules virales dans les endosomes de cellules dendritiques (CDs). De même, ces vésicules sont libérées conjointement avec les particules virales vers les LTCD4. Le DCIR (dendritic cell immunoreceptor), une lectine membranaire de type C, agit comme un facteur d’attachement et d’internalisation du VIH-1. Le DCIR augmente donc la production virale sur les LTCD4 et les CDs. Nous avons montré précédemment que l’infection virale des CDs favorise la libération des exosomes dans le milieu extracellulaire. Par ce travail, nous avons montré que le DCIR et ses voies de signalisation étaient impliqués dans la libération ou l’accumulation des exosomes dans les milieux extracellulaires après le contact avec le VIH-1. Nous avons aussi observé que l’inhibition extracellulaire du DCIR sur les CDs a affecté la sécrétion des exosomes induite par le VIH-1. Enfin, nos résultats ont également affirmé que les exosomes dérivés de cellules infectées par le VIH-1 induisaient l’apoptose des LTCD4 Th17, alors qu’ils protègent les neutrophiles. L’ensemble des résultats nous permet d’améliorer la compréhension de la pathogenèse du VIH-1 en mettant en évidence le rôle que joue le DCIR dans la sécrétion des exosomes.

Depuis la découverte du virus de l'Immunodéficience humaine, un lentivirus, comme agent pathogène responsable de l'épidémie du SIDA en 1983, beaucoup de progrès sur le sujet ont été réalisés. Il existe deux types de virus différents pouvant infecter l'Homme, le HIV-1 et le HIV-2. Ces deux virus se regroupent en différents groupes et sous-types qui témoignent d'une grande diversité inter et intra individus (notions de quasi-espèces). La découverte de lentivirus infectant naturellement au moins quarante-cinq espèces de primates en Afrique sub-saharienne, a permis un enrichissement des connaissances sur les origines des épidémies lentivirales humaines. Aujourd'hui , il est clairement admis que l'origine des épidémies d'HIV-1 et HIV-2 sont le résultat de transmissions zoonotiques de virus de chimpanzés/gorilles et de mangabeys enfumées, respectivement. La mise en évidence de nombreux SIV circulant chez ces primates non-humains indique bien le risque potentiel de nouvelles zoonoses dans la population humaine exposée, cependant, il peut paraître surprenant que jusqu'à maintenant, deux lignées lentivirales seulement ont été capables de franchir cette barrière d'espèce. Pour pouvoir se répliquer dans les cellules d'un nouvel hôte, un lentivirus doit pouvoir contrecarrer les différents facteurs de restriction exprimés par les cellules cibles tout en exploitant au maximum la machinerie cellulaire. La famille de protéines TRIM5, APOBEC3 et les protéines Tetherin/Bst2 et SAMHD1 sont capables de bloquer une infection rétrovirale. Dans ce travail, le rôle des protéines TRIM5 a été étudié ainsi que celui d'autres protéines interagissant avec des capsides rétrovirales, dans un contexte de transmission inter-espèces de lentivirus de primates. L'étude de TRIM5α humain a montré que cette protéine n'était capable de bloquer aucune des infections par les lentivirus primates testés dans cette étude, ni par les autres SIV. Nous avons pu mettre en évidence que la dépendance de la liaison à la Cyclophiline A pour l'infection des différents SIV était variable en fonction de la capside testée. Ainsi, si cette interaction est largement répandue parmi les différentes lignées de SIV, elle n'est toutefois pas universelle. La sensibilité des SIV à la déplétion de nucléoporines qui sont connues pour affecter l'infection par HIV-1, était également variable pour différents SIV, et la même diversité a été observée concernant les déplétions de RanBP2 et Nup153. De plus, nous avons découvert une capside de SIV soumise à une forte restriction de son infection dans les cellules humaines, ce phénotype a été nommé Ref2.Il a été suggéré qu'il existait une possible corrélation entre des variations de la capside de HIV-2 et la progression vers le SIDA, nous avons donc élaboré une étude afin de déterminer si les protéines TRIM5 étaient impliquées dans ce phénotype. La conclusion est que TRIM5α humaine ne restreint fortement aucune des capsides de HIV-2 testées provenant d'une cohorte d'individus à “progression rapide“ ou “lente“ vers le SIDA. Cependant nous avons observé une capacité d'infection qui corrélait avec la pathogénicité. Il est intéressant de noter que toutes les capsides d'HIV-2 testées étaient dépendantes de la présence de Cyclophiline A pour leur infection. Toutes ces capsides étaient sensibles à la déplétion de RanBP2, et l'interaction est très probablement médiée par le motif C-ter de RanBP2 qui a une forte homologie avec la Cyclophiline A. En conclusion, il est très probable que des SIV infectant naturellement des singes puissent utiliser les mêmes protéines que HIV-1, pour un éventuel passage inter-espèces. TRIM5α ne semble pas être une barrière efficace aux différents SIV, et l'interaction avec la Cyclophiline A est probablement très conservée par les lentivirus primates<br>Ever since HIV has been discovered to be the pathogenic agent that causes AIDS in 1983, much progress has been made in the field. Two different viruses are now known to infect humans, HIV-1 and HIV-2. These two distinct viruses have many sub-types and clades representing a high diversity inter and intra-individuals (quasi-species). The finding of HIV simian counterparts, the Simian Immunodeficiency Viruses (SIVs), has broadened the knowledge of primate lentiviruses and to date forty-five species of non-human primates are known to be infected with SIVs in sub-saharan Africa. It is now clear that HIV-1 and HIV-2 epidemics are the result of zoonosis from chimpanzees/gorillas and sooty mangabeys, respectively. With such a big diversity of SIVs in the wild and a frequent contact of SIV infected monkey species with humans, it is interesting that so far, only two lineages breached the species barrier and infected human populations. To be able to correctly infect a cell, a lentivirus has to overcome the installed cellular barriers known as restriction factors while at the same time correctly exploiting the established host cellular machinery. Proteins such as TRIM5, APOBEC3, Tetherin/Bst2, SAMHD1 are able to restrict retroviral infections in certain conditions. In this thesis, it has been evaluated the role of TRIM5 proteins and other capsid interacting proteins with a scope to the eventuality of a cross-species transmission infection. The results showed that human TRIM5alpha does not restrict any of the primate lentiviruses tested, and so far, no primate lentivirus is known to be restricted by it. Cyclophilin A binding and dependence is variable depending on the SIV capsid; this interaction is widespread among the primate lentiviruses phylogenetic tree but not a universal phenotype. Different capsids from SIVs have been tested for the sensitivity to the depletion of nucleoporins that are known to be used by HIV-1 in its infection; it has been concluded that the same diversity applies to the interaction with RanBP2 and Nup153. Additionally, we identified a SIV capsid that is highly restricted in human cells; this phenotype was called Ref2. With the report of a possible correlation between HIV-2 capsid variations and different levels of progression to AIDS, we devised a study aiming to identify if TRIM5 proteins were involved in this phenotype. We concluded that human TRIM5alpha does not restrict any HIV-2 capsid obtained from a HIV-2 cohort, in which individuals were presenting different levels of progression to AIDS. However, we observed a different viral fitness that correlated with pathogenicity. Moreover, Cyclophilin A dependence seems ubiquitous among all of the tested HIV-2 capsids. All of these capsids are sensitive to RanBP2 depletion and the interaction is much likely mediated by RanBP2's C-terminal motif that shares a high homology with Cyclophilin A. Summing up, it is much likely that some SIVs that still circulate in the wild can hijack the same specific cellular co-factors as HIV-1 to produce a new epidemic in humans. TRIM5α does not seem to be a potent barrier to an eventual cross-species transmission from lower primates to humans, and Cyclophilin A interaction seems to play a major role to the infection of some SIVs

Longtemps considérée comme impossible du fait de leur divergence génétique, la recombinaison entre le VIH-11M pandémique et le VIII-1/0* endémique au Cameroun, a été rapportée à quatre reprises entre 1999 et 2010. Pour être générées, ces formes nécessitent au préalable des doubles infections M+0. De part son épidémiologie moléculaire, le Cameroun est caractérisé par la co-circulation de ces deux variants, ce qui peut donc favoriser les doubles infections VIH-1/M+0 et l'émergence des recombinants VIH-11MO. Une précédente étude de notre équipe a permis de détecter de nouvelles doubles infections et six formes recombinantes putatives, associées ou non à des doubles infections ; mais ces résultats présentaient certaines limites, en particulier épidémiologiques et techniques. Notre travail avait donc pour objectif de mieux caractériser ces doubles infections VIH-1/M+0 et recombinants VIH-1/M0 présentes au Cameroun, en estimant leur fréquence et en analysant leur profil génétique. De mars 2013 à juin 2015, 275 patients dépistés VIH-1 positifs au Centre Pasteur du Cameroun ont été inclus sur la base d'un test de sérotypage, permettant la discrimination des sérotypes M, O et M+0. Des analyses moléculaires spécifiques de groupe ont été ensuite réalisées dans les gènes pol et env, pour confirmer les réactivités sérologiques et rechercher des discordances pollenv, en faveur d'une forme recombinante. Devant un résultat évoquant une double infection M+0 et/ou la présence d'un recombinant MO, une forme recombinante putative a été recherchée par amplification d'une région couvrant le gène vpr, considéré comme possible point chaud de recombinaison. Les génomes complets de ces formes putatives ont ensuite été caractérisés, et les liens génétiques avec les recombinants déjà décrits, recherchés par analyses phylogénétiques. Parmi les 275 patients, 199 (72,4%) étaient mono-réactifs M, 47 (17,1%) mono-réactifs O, et 29 (10,5%) doublement réactifs M+0. Des doubles infections ont été confirmées moléculairement chez 4 patients (1,4%) et la présence de recombinants chez 3 patients (1,1%). Le premier recombinant, « isolé », a été identifié au sein d'un couple ; le second était associé à une forme parentale VIH-1/M. La caractérisation des génomes complets a permis de mettre en évidence des points de cassure au niveau du gène vpr et la région LTR pour le premier, et au niveau du gène vpu et la région LTR pour le second. Aucun lien n'a été identifié entre ces recombinants et les autres recombinants actuellement caractérisés. Les sous-types VIE1-1/M et les sous-groupes VIH-1/0 impliqués étant cohérents avec l'épidémiologie moléculaire au Cameroun, à savoir une majorité de VIH-1/M CRF02_AG et de VIII-1/0 sous-groupe H. L'origine géographique de ces sept patients était différente, et correspondait à cinq des régions administratives du Cameroun. Nos résultats ont permis d'identifier sept nouveaux cas de doubles infections VIH-l/M+0 et. /ou de formes recombinantes vill-umo. Bien qu'elles semblent persister à bas bruit, elles sont toutefois retrouvées dans différentes régions du Cameroun démontrant leur potentiel de diffusion. Ce travail a également permis de caractériser deux nouveaux génomes complets mettant en évidence des points de cassure dans vpr, vpu et les LTR. Ces nouvelles formes ne sont pas liées à celles précédemment décrites, soulignant ainsi la circulation de nombreuses URFs et la dynamique importante d'évolution par recombinaison entre les deux groupes. Il apparaît donc nécessaire de poursuivre la surveillance de diffusion des formes recombinantes MO, pour identifier l'éventuelle émergence d'une CRF_MO, pouvant présenter de meilleures propriétés virologiques et phénotypiques<br>Frequency and genetic profile of HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/1V10 recombinant forms circulating in Cameroon Despite the great genetic divergence between the pandemic HIV-1/M and non pandemic HIV-1/0, four HIV-1/MO intergroup recombinants have been reported in 1999 and 2010. In Cameroon, the co-circulation of two groups (M and 0) provides an ideal environment for HIV-1/MO recombination to occur. In a previous work, we reported new dual infections and six HIV-LIMO putative recombinant forms, associated to or not to dual infections. However, this study had some epidemiological and technical limitations. In the present study, we aimed to estimate the frequency and to characterize genetic profiles of HIV-1/M+0 dual infections, as well as HIV-11M0 recombinant forms in Cameroon. From March 2013 to June 2015, 275 HIV infected patients from Centre Pasteur of Cameroon were included in the study, based on serotyping test, enabling to distinguish HIV serotypes M, 0 and M+0. HIV-1/M and HIV-1/0 specific PCR were further performed in the pol and env genes, in order to confirm serological reactivities, and to detect pollenv discordance, characteristic of putative recombinants. In the likelihood of M+0 dual infections and/or presence of MO recombinant, a breakpoint in the vpr gene, considered a hotspot of recombination was investigated. Finally, full length genomes of recombinants were characterized and genetic link with previous recombinants was investigated by phylogenetic analyses. Among the 275 patients, 199 (72. 4%) were HIV-1/M mono-reactive, 47(17. 1%) HIV-1/0 mono-reactive, and 29 (10. 5%) were M+0 dual reactive. HIV-1/M+0 dual infections were identified in 4 patients (1. 4%), and the presence of recombinants forms in 3 patients (1. 1%). The first recombinant form was detected in a husband and his wife, and was not associated to dual infection, and the second recombinant form was associated to a parental HIV-1/M virus. Full length genomes characterization identified recombinant breakpoints in the vpr gene and the LTR region for the first recombinant form, and in the vpu gene and the LTR region for the second form. No link between these recombinants and previous recombinants was found. HIV-1/M subtypes and HIV-1/0 sub-groups were concordant with the present molecular epidemiology of HIV infection in Cameroon, that is, the predominance of CRF02_AG and HIV-1/0 sub-group H. Geographical origins of patients with HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/M0 recombinants showed that they were from five administrative regions of Cameroon. In this study, we described seven new cases of HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/MO recombinants, thus confirming the co-circulation of these forms in Cameroon. Even though their frequency remains low, these forms are found in different geographical regions of Cameroon, pointing out their diffusion potential. We also characterized full length genomes of two new HIV-1/MO recombinants, and identified breakpoints in vpr and vpu genes as well as LTR regions. No link between these recombinants and previous recombinants was found, showing the circulation of multiple URFs, and the great dynamic evolution between HIV-1/M and HIV-1/0. It is therefore, necessary to improve the surveillance of HIV-11M0 recombinant forms in Cameroon, in order to detect potential emergence of a CRF_MO, and to further study their virological and phenotypic properties

Cette étude s'intéresse aux PVVIH dans des contextes d'accès aux traitements ARV variés, la France et le Gabon. Elle cherche à découvrir comment à l'ère des multithérapies hautement actives, les personnes séropositives vivent avec l'infection à VIH. En procédant par une approche inductive, six PVIH en France et 39 au Gabon, ont accepté de passer des entretiens semi-directifs. L'analyse thématique du contenu des entretiens a permis de savoir, dans un premier temps, que les manifestations cliniques, et les cas de grossesse sont souvent les contextes de découverte de la séropositivité. Les réactions face à la séropositivité découverte seraient influencées par les représentations de la maladie et le progrès thérapeutiques réalisés dans le domaine. Dans les différents contextes étudiés, les traitements ARV actuels sont reconnus pour leur efficacité et contribuent à l'acceptation de la maladie. Associées à la croyance religieuse ces ARV constituent une source d'espoir de guérison pour les PVVIH au Gabon. Les effets secondaires notés par les PVVIH les conduisent à considérer le statut des personnes infectées par le VIH/Sida résistant au virus en l'absence de traitement ARV plus tôt comme un avantage qu'un inconvénient.

Les résultats obtenus dans le cadre de cette thèse portent sur l'infection du testicule humain par le VIH. Nous avons tout d'abord montré que les celulles de Leydig isolées sont permissives à certaines souches de VIH-2 et de SIV, mais ne sont pas infectées par le VIH-1. Ensuite, nous avons adapté et caractérisé un système de culture organotypique de testicule humain. Ce modèle permet de conserver les interactions cellulaires et moléculaires de l'ensemble des types cellulaires présents au sein des explants et de préserver l'activité métabolique des cellules de Leydig. L'architecture globale des tubes séminifères et l'intégrité du tissu interstitiel sont maintenus jusqu'à 16 jours de culture. Finalement, ce modèle nous a permis d'étudier la réplication d'une souche de VIH-1 R5X4 au sein du tissu testiculaire. La production de particules virales infectieuses a été détectée dans les surnageants de cultures exposées au virus, associée à une augmentation du nombre de copies d'ADN provirales au sein des explants. En conclusion, nos résultats montrent que le testicule infecté de manière productive par le VIH in vitro, représente un réservoir potentiel pour le virus.

Thèse de doctorat--Psychologie--Metz--Université Paul Verlaine, 2005. Titre de soutenance : Les déterminants psychosociaux de l'observance thérapeutique chez les personnes infectées par le VIH : représentations et valeurs.<br>Bibliogr. p. 231-242.

Le polyomavirus BK (ou BKPyV) est un virus ubiquitaire qui infecte plus de 80% de la population adulte. Asymptomatique chez le sujet immunocompétent, il peut être la cause de cystites hémorragiques chez les greffés de cellules souches hématopoïétiques ou de néphropathies interstitielles après transplantation rénale. Parmi les facteurs de risques impliqués dans le développement des néphropathies à BKPyV, nous nous sommes intéressés à l’étude de la variabilité de la région régulatrice non codante (NCCR) du génome viral et à la réponse immunitaire cellulaire spécifique anti- BKPyV en post-greffe. La région NCCR du BKPyV est caractérisée par l’apparition de réarrangements (rrNCCR) chez certains patients présentant une virémie intense et prolongée. Ces réarrangements sont également observés in vitro au cours de la multiplication virale sur cellules permissives. Dans le but de caractériser les rrNCCR et d’étudier leur impact sur la réplication virale, nous avons étudié l’émergence de ces réarrangements in vitro et in vivo sur des échantillons cliniques d’une cohorte de transplantés du rein du CHU de Nantes. Par ailleurs, nous avons étudié la réponse spécifique anti-BKPyV dans les premiers mois postgreffe dans une cohorte prospective de patients adultes transplantés de rein. Nos résultats montrent une augmentation du taux des anticorps au cours de l’infection, et l’absence de valeur prédictive de la réponse médiée par les lymphocytes T sur la survenue d’une infection active à BKPyV. L’ensemble de ces résultats contribue à une meilleure compréhension des mécanismes en jeu au cours des infections à BKPyV en transplantation rénale<br>The BK polyomavirus is ubiquitous and infects the majority of the adult population. It is not associated with any specific disease in immunocompetent individuals, but can be responsible for hemorrhagic cystitis after stem cell transplantation or interstitial nephropathy after kidney transplantation. Among the different risk factors involved in the development of such opportunistic diseases, we focused on the genetic polymorphism of the non coding control region of the viral genome (NCCR) and on the specific immune responses directed against BKPyV after kidney transplantation. The NCCR region is characterized by the emergence of rearrangements in vitro on permissive cells, and in vivo in case of prolonged infection and high viral loads. We described the emergence of such rearranged strains in vitro, correlated them with increased viral replication and transcription, and compared these sequences with clinical strains obtained from kidney transplanted patients. Our second objective was to study the specific immune responses in the first months following kidney transplantation. We showed that the active infection was associated with an increase in the anti-BKPyV IgG levels, and that the detection of a CD4+ or CD8+ mediated response was not predictive of a protection toward viral reactivation. Our results contribute to a better understanding of the different factors involved in the pathogenesis of BKPyV infections

Les glycoprotéines d'enveloppe (Env) de VIH-1 se caractérisent par une variabilité génétique qui peut toucher les motifs impliqués dans la régulation de leur trafic intracellulaire. Nous avons ainsi mis en évidence, pour certaines Env d'isolats primaires, un polymorphisme dans ces motifs. Nous avons pu montrer que ce polymorphisme naturel affectait la distribution intracellulaire des Env. Cette modification du trafic intracellulaire perturbe l'assemblage viral en diminuant l'incorporation des Env à la surface des virions, et de ce fait les capacités réplicatives des virus produits. Cependant, il semble que, dans les Env. De VIH-1 primaires, des déterminants additionnels, puissent modifier le trafic intracellulaire de ces protéines. Cette modification de trafic pourrait, par ailleurs, contribuer à l'échappement du virus au système immunitaire. Ces travaux amènent de nouveaux éléments sur la compréhension des moyens adoptés in vivo par le VIH-1 pour s'assurer d'une propagation optimale<br>The envelope glycoprotein (Env. ) of HIV-1 is characterized by an important polymorphism that can affect motifs involved in the regulation of the intracellular trafficking. Her, we investigated four envelope genes with natural polymorphism within these motifs. We showed that this polymorphism might influence the intracellular distribution of Env. This modification affects viral assembly by diminution of Env incorporation into virions and, thus, viral replication capacity. Furthermore, it seems that additional determinants regulate intacellular trafficking of primary Env. This traffic's modification could in part contribute to viral evade from immune system. These work bring new insight in the understanding of viral life and its capacity to insure optimal propagation in vivo

L'objectif de cette these est d'analyser l'evolution de l'etat de sante des patients seropositifs, au travers d'un modele mathematique approprie, exploitable, utile et interpretable en pratique. Dans cette optique, les modeles multi-etats semblent appropries, puisqu'ils permettent de decrire la dynamique d'un processus d'interet a long terme et gerent l'etat de sante comme variable aleatoire. Dans ce rapport, les modeles markoviens a temps continu pour lesquels le passe du processus est resume dans le dernier etat visite, sont consideres. Ces modeles, dits sans memoire, peuvent etre etendus aux processus markoviens de renouvellement (pmr), et aux processus semi-markoviens (sm). En outre, certains modeles proposes tentent de contourner l'hypothese d'homogeneite par rapport au temps chronologique qui peut s'averer restrictive dans de nombreuses situations medicales. L'infection par le vih est caracterisee par deux marqueurs fondamentaux : la charge virale (cv), reflet du reservoir virologique, et le compte de lymphocytes cd4, reflet du reservoir immunitaire. Les donnees utilisees lors de l'application, sont issues de la cohorte de patients seropositifs suivis au chu de nice (base nadis). Nous proposons une modelisation multi-etats fondee sur quatre etats biologiques definis selon des valeurs croisees du potentiel viral et du potentiel immunitaire. Une analyse markovienne et une analyse semi-markovienne considerant des modeles avec covariables, homogenes et non homogenes sont developpees. L'evolution de l'etat de sante des patients est etudiee au travers des probabilites de transition et de controle virologique, l'heterogeneite de la population d'etude est revelee par differents risques relatifs et des predictions a long terme sont etablies via des simulations de type monte carlo markov chains.

Durant la grossesse, le fœtus est séparé de la mère par le placenta qui constitue une barrière protectrice efficace. Cependant, cette barrière n’est pas totalement imperméable et permet de nombreux échanges (nutriments, hormones, déchets, ...) dans des zones bien spécifiques nommées interfaces materno-fœtales. Au niveau de ces zones, les cellules fœtales entrent en contact direct avec le sang et les tissus maternels. Parmi ces interfaces, on trouve notamment la decidua basalis (paroi de l’endomètre gestant) où les villosités choriales du placenta s’ancrent profondément et l’espace intervilleux où les villosités flottantes sont baignées par le sang maternel. L’accès au placenta au niveau de ces interfaces est un processus finement régulé par de nombreux mécanismes. Cependant, certains pathogènes qui infectent la mère peuvent détourner ces mécanismes, franchir la barrière placentaire et se disséminer au fœtus. La famille des pathogènes TORCH (Toxoplasmosis, Others, Rubella, Cytomegalovirus et Herpes) est la plus connue pour induire des infections congénitales. Cependant d’autres virus moins connus ou émergents sont aussi capables d’infecter les interfaces mère-fœtus et de causer des complications graves pouvant être fatales pour la mère et le fœtus. Parmi ces virus, on retrouve notamment le virus de l’Hépatite E (VHE) et le virus Zika (ZIKV). C’est dans ce contexte que s’insèrent mes travaux de thèse qui s’articulent autour de trois axes. Dans la première partie de ma thèse, nous nous sommes intéressés à la pathogenèse du VHE et du ZIKV à l’interface mère-fœtus en identifiant les cibles cellulaires des virus et en caractérisant les conséquences fonctionnelles de l’infection. Dans la seconde partie, nous avons étudié la fonction des cellules Natural Killer déciduales (dNK), qui représentent 30% des cellules de la decidua basalis. Ces cellules dNK ne sont pas cytotoxiques durant une grossesse physiologique mais elles sécrètent de nombreux facteurs solubles essentiels au bon déroulement de la grossesse. Nous avons démontré que les fonctions effectrices des cellules dNK sont directement régulées et dictées par le microenvironnement décidual. De plus, nous avons découvert que les cellules dNK sont capables de détecter et de limiter l’infection des cellules stromales déciduales par le ZIKV. Enfin, dans la dernière partie, nous nous sommes intéressés à la pathogenèse de l’infection par le VHE dans un autre groupe de patients à haut risque de formes graves, les personnes âgées. Nous avons alors mis en évidence que le développement de formes sévères est associé à l’émergence d’une population de lymphocytes T CD8 caractérisée par un fort état d’activation associé à des défauts fonctionnels. En conclusion, mes travaux de thèse ont permis de mieux comprendre la pathogenèse du VHE et du ZIKV durant la grossesse et au-delà. De plus, ils ont participé à prouver l’importance du microenvironnement local dans le contrôle de la plasticité des cellules immunitaires<br>During pregnancy, the fetus is isolated from the mother by the placenta, which constitutes an efficient protective barrier. However, this barrier is not completely impermeable and allows various exchanges (nutrients, hormones, wastes …) in specific areas called maternal-fetal interfaces. In these areas, fetal cells are in direct contact with maternal blood and tissues. Among these interfaces, we can distinguish the decidua basalis (gestating endometrium wall) where the placental chorionic villi are deeply anchored, and the intervillous space where the floating villi bathe in the maternal blood. The access to the placenta is a process tightly regulated by different mechanisms. However, some pathogens that infect the mother can subvert these mechanisms, cross the placental barrier, and spread to the fetus. The family of TORCH pathogens (Toxoplasmosis, Others, Rubella, Cytomegalovirus and Herpes) is best known for inducing such congenital infections. Alternatively, other less known or emerging viruses like Hepatitis E virus (HEV) and Zika virus (ZIKV) are also able to infect the maternal-fetal interface and cause severe outcomes that can be lethal for both the mother and the fetus. It’s in this context that fit my thesis work, articulated around three research axes. In the first part of my work, we focused on the pathogenesis of HEV and ZIKV at the maternal-fetal interface by identifying the cellular targets of the viruses and deciphering the functional consequences of their infection. Then, we studied the role of the decidual Natural Killer (dNK) cells, which account for 30% of total cells within the decidua basalis. These dNK cells are devoid of cytotoxic function in healthy conditions but they rather secrete various soluble factors that are essential for the success of pregnancy. In the second part of my work, we demonstrated that the decidual microenvironment dictates and regulates the effector functions of dNK cells. Moreover, we found that dNK cells are able to detect and limit the infection of decidual stromal cells by ZIKV. Finally, in a last part, we investigated the pathogenesis of HEV infection in another group of patients at high risk of developing serious forms, the elderly people. Thus, we highlighted that the development of severe forms is associated with the emergence of a population of CD8 T cells characterized by a high activation status associated with functional defects. In conclusion, my thesis work has shed light on the pathogenesis of HEV and ZIKV during pregnancy and beyond. In addition, they helped to demonstrate the importance of the local microenvironment in controlling the plasticity of immune cells

L'approche psychosomatique dans la compréhension de l'évolution d'une maladie infectieuse : Psychosomatique et immunité. L'étude de deux groupes, l'un constitué de 9 patients sida avéré et l'autre constitué de 10 patients séropositifs asymptomatiques, vise à montrer que la variabilité symptomatique en terme de stabilisation est entre autres liée à la qualité du fonctionnement psychique. Les outils utilisés pour cette recherche sont l'entretien KAPP, le Rorschach classique et associatif et l'échelle d'Alexithymie. L'analyse et l'interprétation des résultats tendent à valider cette hypothèse<br>Psychosomatic and AIDS, contribution to evaluation of disease evolution. This study of 19 subjects afflicted with HIV infection demonstrates that their symptomatic variability in terms of stabilization depends of the quality of psychic functioning. The analysis and interpretation of data from Toranto Alexithymia scale, from Rorschach protocols, KAPP and clinical research interviews tend to hypothesis that the somatic improument and the ability to cope with the disease depends of the quality of psychic functioning

Bien que la fibrose kystique soit fondamentalement causée par une défectuosité génétique, les infections microbiennes sont la plus grande cause de mortalité des gens qui en sont atteints. La bactérie Staphylococcus aureus est un des pathogènes les plus communs associés à cette maladie et est la cause d'infections persistantes et difficiles à traiter. Des souches variantes de S. aureus formant de petites colonies (les s[barbelow]mall-c[barbelow]olony v[barbelow]ariants ou SCVs) sont fréquemment isolées des voies respiratoires des patients atteints de fibrose kystique lors d'infections bactériennes chroniques. Mon projet de doctorat a consisté à déterminer les bases moléculaires de la persistance des infections pulmonaires à S. aureus chez les patients atteints de fibrose kystique et, plus particulièrement, le rôle des SCVs dans l'établissement d'infections chroniques. Mes principaux efforts de recherche ont été dirigés vers la compréhension du rôle de gènes et de phénotypes influencés par le facteur de transcription sigma alternatif sigma B dont l'activité est accrue chez les SCVs. Les mécanismes moléculaires par lesquels ce facteur de transcription influence la formation de biofilm, la persistance à l'intérieur des cellules de l'hôte et l'infection proprement dite ont été étudiés. Je me suis aussi intéressé à la compréhension des différents facteurs environnementaux et mécanismes moléculaires favorisant la présence et la persistance de S. aureus dans les poumons des patients fibrokystiques. Mes efforts de recherche ont également été dirigés vers l'élaboration d'antibiothérapies alternatives permettant de combattre les infections chroniques à S. aureus

Introduction: Le conseil et le dépistage représentent l’une des principales stratégies de prévention du VIH. Il s’agit de la porte d’accès aux services de prise en charge thérapeutique et psychosociale et d’une opportunité de modifier les comportements à risque. Toutefois, les taux de dépistage du VIH demeurent bas dans les pays d’Afrique subsaharienne. Au Cameroun, les résultats de l’Enquête Démographique et de Santé à Indicateurs Multiples réalisée en 2011 ont montré que 4,3 % des individus âgés de 15 à 49 ans étaient séropositifs. Selon cette même enquête, une proportion importante de femmes (30 %) et d’hommes infectés (36 %) n’ont jamais effectué de test du VIH ou encore, ont effectué un test, mais n’en connaissent pas le résultat. En vue d’accroitre l’efficacité des stratégies de conseil et dépistage, cette recherche vise à identifier les facteurs qui motivent et empêchent les personnes qui se font dépister volontairement pour le VIH à revenir prendre connaissance de leurs résultats. Méthodes: Afin de répondre à cet objectif, nous avons eu recours à une étude de cas unique combinant des méthodes qualitatives et quantitatives et dans laquelle nous avons réalisé: (1) une recension systématique des écrits sur les barrières et les facteurs qui facilitent le retour pour les résultats; (2) une étude rétrospective, sur 5 ans, des données de routine des personnes ayant fait un test de dépistage dans six hôpitaux de district de la ville de Douala; (3) une étude qualitative visant à identifier les attitudes, les perceptions et les croyances sur le retour pour les résultats des personnes venues se faire dépister pour le VIH; et enfin, (4) une étude qualitative des défis dans la délivrance du conseil et dépistage du VIH et leur implication sur la qualité des services de conseil et de dépistage du VIH selon la perspective du personnel en charge du conseil et dépistage dans les hôpitaux de district de la ville de Douala au Cameroun. La collecte de données a consisté en un recueil des données à partir des registres de conseil et de dépistage, des entretiens semi-dirigés et des observations non participantes. Résultats: Les résultats principaux montrent que les facteurs qui expliquent le retour ou non pour les résultats et le conseil post-test sont à la fois: (1) individuels (âge, profession, la raison du test, le résultat du test, l'état de santé, le besoin de changer de comportement); (2) interpersonnels (l'influence des parents, des enfants et du conjoint); (3) organisationnels (le temps d'attente pour les résultats, l'absence de confidentialité et d'intimité lors du conseil, la formation, la rémunération et la reconnaissance des conseillers) et (4) structurels (la disponibilité de la prise en charge, la peur de la discrimination et de la stigmatisation). Conclusion: Les résultats de ce travail prouvent que le problème du retour pour les résultats après un dépistage volontaire est une réalité et qu’au-delà de la responsabilité individuelle, il existe des problèmes organisationnels et structurels qui y contribuent. Il est donc nécessaire et urgent que les autorités sanitaires de la ville de Douala réorganisent la procédure du conseil et de dépistage afin de la rendre plus efficiente. Mots clés : VIH/SIDA, dépistage, connaissance des résultats, connaissances, attitudes et pratiques en santé, étude de cas, Cameroun<br>Introduction: Le conseil et le dépistage représentent l’une des principales stratégies de prévention du VIH. Il s’agit de la porte d’accès aux services de prise en charge thérapeutique et psychosociale et d’une opportunité de modifier les comportements à risque. Toutefois, les taux de dépistage du VIH demeurent bas dans les pays d’Afrique subsaharienne. Au Cameroun, les résultats de l’Enquête Démographique et de Santé à Indicateurs Multiples réalisée en 2011 ont montré que 4,3 % des individus âgés de 15 à 49 ans étaient séropositifs. Selon cette même enquête, une proportion importante de femmes (30 %) et d’hommes infectés (36 %) n’ont jamais effectué de test du VIH ou encore, ont effectué un test, mais n’en connaissent pas le résultat. En vue d’accroitre l’efficacité des stratégies de conseil et dépistage, cette recherche vise à identifier les facteurs qui motivent et empêchent les personnes qui se font dépister volontairement pour le VIH à revenir prendre connaissance de leurs résultats. Méthodes: Afin de répondre à cet objectif, nous avons eu recours à une étude de cas unique combinant des méthodes qualitatives et quantitatives et dans laquelle nous avons réalisé: (1) une recension systématique des écrits sur les barrières et les facteurs qui facilitent le retour pour les résultats; (2) une étude rétrospective, sur 5 ans, des données de routine des personnes ayant fait un test de dépistage dans six hôpitaux de district de la ville de Douala; (3) une étude qualitative visant à identifier les attitudes, les perceptions et les croyances sur le retour pour les résultats des personnes venues se faire dépister pour le VIH; et enfin, (4) une étude qualitative des défis dans la délivrance du conseil et dépistage du VIH et leur implication sur la qualité des services de conseil et de dépistage du VIH selon la perspective du personnel en charge du conseil et dépistage dans les hôpitaux de district de la ville de Douala au Cameroun. La collecte de données a consisté en un recueil des données à partir des registres de conseil et de dépistage, des entretiens semi-dirigés et des observations non participantes. Résultats: Les résultats principaux montrent que les facteurs qui expliquent le retour ou non pour les résultats et le conseil post-test sont à la fois: (1) individuels (âge, profession, la raison du test, le résultat du test, l'état de santé, le besoin de changer de comportement); (2) interpersonnels (l'influence des parents, des enfants et du conjoint); (3) organisationnels (le temps d'attente pour les résultats, l'absence de confidentialité et d'intimité lors du conseil, la formation, la rémunération et la reconnaissance des conseillers) et (4) structurels (la disponibilité de la prise en charge, la peur de la discrimination et de la stigmatisation). Conclusion: Les résultats de ce travail prouvent que le problème du retour pour les résultats après un dépistage volontaire est une réalité et qu’au-delà de la responsabilité individuelle, il existe des problèmes organisationnels et structurels qui y contribuent. Il est donc nécessaire et urgent que les autorités sanitaires de la ville de Douala réorganisent la procédure du conseil et de dépistage afin de la rendre plus efficiente. Mots clés : VIH/SIDA, dépistage, connaissance des résultats, connaissances, attitudes et pratiques en santé, étude de cas, Cameroun<br>Introduction: HIV testing and counselling (HTC) is a cornerstone of the prevention and treatment of HIV/AIDS. HTC offers the opportunity to benefit of counselling and changing of behaviours. HTC is also seen as the gateway to various other forms of treatment and psychosocial support. However, HIV testing rates remains low especially in sub-Saharan Africa. In Cameroon, data from the 2011 Demographic and Health Survey (DHS) show that 4.3 % of people between 15 and 49 are HIV-positive. In addition, it is estimated that a significant proportion of infected women (30 %) and infected men (36 %) had never tested for HIV or had undergone testing, but ignore the results. In order to increase the effectiveness of HTC procedures in Cameroon, this research aimed to identify factors that motivate and prevent people who are voluntarily tested for HIV to return for their results. Methods: The methodology was a unique case study combining qualitative and quantitative methods. We realized: (1) a systematic literature review of barriers and facilitators associated to the return for HIV test results; (2) a retrospective analysis of HTC records over 5 years; (3) a qualitative study based on theory of planned behaviour to identify the attitudes, perceptions and beliefs that may influence the return for HIV test results; (4) a qualitative study based on Donabedian’s framework to identify the factors influencing the quality of HTC services in six Douala’s district hospitals. Data collection consisted of HTC records, semi-structured interviews with individuals who underwent a voluntary HIV test, nurses and counsellors, and non-participant observation of the physical environment. Results: The main results show that the factors influencing the return for HIV results and post-test counselling are multi-level: (1) individual level (age, occupation and reason for the test, the test result, the health status, the need to behaviour change); (2) interpersonal (the influence of parents, children and spouse); (3) organizational (the waiting time for results, lack of confidentiality and privacy during counselling, training, compensation and recognition of counsellors) and (4) structural (availability of the treatment, fear of discrimination and stigma). Conclusion: The results of this research indicate that the problem of the return for results after a voluntary testing is a reality and goes beyond individual responsibility. There are organizational and structural problems, which play a major role. Therefore, it is necessary and urgent for the health authorities of the city of Douala to reorganize the procedure of counselling and testing to make it more efficient. Key words: HIV/AIDS, screening, case study, knowledge of results, Health knowledge; Attitudes; Practices, Cameroon<br>Introduction: HIV testing and counselling (HTC) is a cornerstone of the prevention and treatment of HIV/AIDS. HTC offers the opportunity to benefit of counselling and changing of behaviours. HTC is also seen as the gateway to various other forms of treatment and psychosocial support. However, HIV testing rates remains low especially in sub-Saharan Africa. In Cameroon, data from the 2011 Demographic and Health Survey (DHS) show that 4.3 % of people between 15 and 49 are HIV-positive. In addition, it is estimated that a significant proportion of infected women (30 %) and infected men (36 %) had never tested for HIV or had undergone testing, but ignore the results. In order to increase the effectiveness of HTC procedures in Cameroon, this research aimed to identify factors that motivate and prevent people who are voluntarily tested for HIV to return for their results. Methods: The methodology was a unique case study combining qualitative and quantitative methods. We realized: (1) a systematic literature review of barriers and facilitators associated to the return for HIV test results; (2) a retrospective analysis of HTC records over 5 years; (3) a qualitative study based on theory of planned behaviour to identify the attitudes, perceptions and beliefs that may influence the return for HIV test results; (4) a qualitative study based on Donabedian’s framework to identify the factors influencing the quality of HTC services in six Douala’s district hospitals. Data collection consisted of HTC records, semi-structured interviews with individuals who underwent a voluntary HIV test, nurses and counsellors, and non-participant observation of the physical environment. Results: The main results show that the factors influencing the return for HIV results and post-test counselling are multi-level: (1) individual level (age, occupation and reason for the test, the test result, the health status, the need to behaviour change); (2) interpersonal (the influence of parents, children and spouse); (3) organizational (the waiting time for results, lack of confidentiality and privacy during counselling, training, compensation and recognition of counsellors) and (4) structural (availability of the treatment, fear of discrimination and stigma). Conclusion: The results of this research indicate that the problem of the return for results after a voluntary testing is a reality and goes beyond individual responsibility. There are organizational and structural problems, which play a major role. Therefore, it is necessary and urgent for the health authorities of the city of Douala to reorganize the procedure of counselling and testing to make it more efficient. Key words: HIV/AIDS, screening, case study, knowledge of results, Health knowledge; Attitudes; Practices, Cameroon

Résumé de la thèse : Objectifs: Alors qu'il est reproché à la Guadeloupe d'avoir un retard important au niveau du diagnostic VIH, on a mené une étude afin de décrire les caractéristiques socio-démographiques, cliniques et biologiques des nouveaux diagnostics de l'infection à VIH. On étudie leur évolution, et on compare les résultats aux données nationales, caribéennes et américaines entre le ler janvier 2001 et le 31 décembre 2010. On étudie aussi l'évolution des diagnostics tardifs. Méthodes: Il s'agit d'une étude épidémiologique observationnelle rétrospective. Résultats: Au total 455 patients ont été inclus. L'âge moyen au diagnostic est de 41 ans, le sex-ratio est de 1. La part des patients &lt;25 ans est en augmentation à 15%. La contamination hétérosexuelle est majoritaire avec une augmentation significative de la contamination homosexuelle en 2010. Les personnes d'origines étrangères représentent 40,7% des nouveaux diagnostics en 2010 contre 60,1% en 2005-06. La situation socio-économique s'est améliorée. Parmi les sérologies VIH positives, 52,7% en 2010 ont été prescrites par des médecins généralistes. La part des sérologies positives des CIDDIST-CDAG et des établissements soins ont significativement diminué en 2010. Les patients diagnostiqués à un stade symptomatique en 2010 représentent 54,2% des nouveaux diagnostics dont 23% sont au stade SIDA. Discussion: Nos principales tendances montrent une diminution du nombre de cas séropositifs chez les femmes, les personnes d'origine étrangère et une augmentation de la part de la contamination homosexuelle (HSH). La prise en charge des patients sur les trois périodes au CHU de PAP / Abymes semble stable si l'on prend en compte les diagnostics SIDA mais semble se dégrader si l'on prend en compte le taux de CD4 ≤ 200/ mm3, Conclusion: Il existe une relation entre les caractéristiques socio-démographiques des PVVIH, (migrants, précaires, faible niveau d'instruction, multipartenariat, etc. ) et les diagnostics tardifs. Une plus grande implication des médecins généralistes et des établissements de soins, devrait permettre une sensible amélioration de la situation<br>Objectives: While Guadeloupe department is accused to have a significant delay in HIV diagnosis, we conducted a study to describe the socio-demographic, clinical and biological features of new diagnoses of HIV infection. We study their evolution, and compared the results to national data, Caribbean and U. S. Between January 1st, 2001 and December 31, 2010. We also study the evolution of late diagnoses. Methods: This is a retrospective observational epidemiological study. Results: In total 455 patients were included. The average age at diagnosis is 41 years, the sex ratio is 1. The proportion of patients &lt;25 years has increased to 15%. The heterosexual transmission is predominant with a significant increase in homosexual contamination in 2010. Persons of foreign origin represent 40. 7% of new diagnoses in 2010 against 60. 1% in 2005-06. The socio-economic situation has improved. Among the HIV positive serology, 52. 7% in 2010 were prescribed by general practitioners. The proportion of positive serology CIDDIST CDAG and care facilities were significantly reduced in 2010. Patients diagnosed at a symptomatic stage in 2010 represent 54. 2% of new diagnoses of which 23% are at the AIDS stage

Dans une première étude, nous avons mis en évidence une relation dose-effet entre le nombre de symptômes présents au moment de la primo-infection par le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) et la progression de la maladie et la survie. Un nombre élevé de symptômes a été associé significativement à une progression plus rapide vers le SIDA et à une survie plus courte. L'évaluation pronostique d'un score de gravité d'une pneumocystose chez 78 patients infectés par le VIH a constitué la deuxième étude. Ce score était constitué d'items cliniques et d'un item radiologique. Plus le score avait une valeur élevée plus la pneumocystose était sévère. 73 patients ont survécus plus de 45 jours après le diagnostic alors que 5 sont décédés pendant la même période. La valeur du score différait statistiquement entre les patients survivants et les patients qui allaient décéder au jour 3 (p=0,03), au jour 7 (p=0,05) et au jour 14 (p=0,001) après le diagnostic mais pas au jour 0 (p=0,07). Ce score a été •un meilleur prédicteur du décès que les LDH et que •le score de Kamofsky. La valeur pronostique des lymphocytes CD4+ est peu connue chez les patients séropositifs pour le VIH ayant une immunosuppression avancée. Dans un troisième travail, nous avons étudié les facteurs associés à la survie selon le niveau de CD4+ chez 97 patients ayant moins de 50 CD4+/mm3. La médiane de survie a été de 9,3 mois chez les patients ayant eu 2 mesures consécutives (en moins de 3 mois) de CD4+≤ 20/mm3 comparée à 19,2 mois pour les patients ayant eu 2 mesures comprises entre 20 et 50 CD4+/mm3. Le risque relatif de décès ajusté a été de 3,19 [IC 95% 1,69 - 6,01] pour les patients ayant des CD4+≤20/mm3 comparé aux autres patients. La qualité de vie est un domaine aussi essentiel que la survie chez les patients infectés par le VIH. Nous avons revue les études publiées dans ce domaine après une recherche par MEDLINE et d'après les résumés des différents congrès. Les instruments de mesures qui semblent les plus appropriés sont le Q-TWIST, le MOS et le score de Spitzer. Nous estimons que le développement de nouveaux instruments de mesure n'est pas une priorité si l'on peut adapter ceux qui existent déjà aux patients infectés par le VIH. Les études d'évaluation de la qualité de vie chez les patients qui utilisent de la drogue par voie intraveineuse devraient être plus nombreuses.

L'étude de l'évolution et de la valeur pronostique des marqueurs est très fréquente en épidémiologie. Le taux de lymphocytes T CD4+ et la charge virale plasmatique sont des marqueurs très importants de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). La modélisation de l'évolution de ces marqueurs présente plusieurs difficultés méthodologiques. D'une part, il s'agit de données répétées incomplètes c'est à dire pouvant être manquantes du fait de la sortie d'étude de certains sujets et de la censure de la charge virale liée à une limite de détection inférieure des techniques de mesure. D'autre part, ces deux marqueurs étant corrélés, il est important de prendre en compte cette information dans le modèle. Nous avons proposé des méthodes basées sur le maximum de vraisemblance pour estimer les paramètres de modèles linéaires mixtes prenant en compte l'ensemble de ces difficultés. Nous avons montré l'impact significatif de ces méthodes biostatistiques sur les estimations et donc nous avons souligné l'importance de leur utilisation dans le cadre des marqueurs du VIH. Pour promouvoir leur diffusion, nous avons présenté des possibilités d'implémentation de certaines des méthodes proposées dans des logiciels statistiques communs<br>The study of evolution and prognostic value of markers is usual in epidemiology. The CD4+T lymphocytes cell count and the plasma viral load are useful markers in human immunodeficiency virus infection (HIV). The modelling of those markers evolution raises several methodological difficulties. First of all, these is incomplete data including missing data because of subjects drop-out and censored observation because of a lower quantification limit of assays. Moreover, two markers are corelated and it is important to take into account this information in the model. We proposed maximum likelihood based methods to estimate the parameters of linear mixed models handling all of these difficulties. We showed the significant impact of these biostatistical methods on the estimations and we underlined their usefulness for HIV markers. To promote their spread, we presented possibilities to implement some of the proposed methods in standard statistical software

Compte tenu de son role primordial dans le processus de replication virale, la protease du virus vih-1 est une cible privilegiee pour lutter contre le syndrome de l'immunodeficience acquise (sida). Avec les inhibiteurs de la transcriptase inverse, les inhibiteurs de la protease du vih-1 sont les seules molecules actuellement utilisees en clinique humaine. Recemment, l'association de ces deux types d'inhibiteurs (tritherapie) a donne des resultats tres encourageants, conduisant dans certains cas a une diminution du taux de virus dans le sang en dessous du taux detectable par les techniques actuelles. Jusqu'a present, les inhibiteurs de la protease utilises en therapie sont des analogues de l'etat de transition. Cependant, l'apparition de resistances chez des malades traites a mis l'accent sur l'importance du developpement de molecules agissant selon des mecanismes differents. Le travail presente dans cette these s'inscrit dans ce cadre puisqu'il concerne l'etude enzymologique d'inhibiteurs de la protease du vih-1 nouvellement concus. Il s'agit notamment d'inhibiteurs agissant irreversiblement sur le site actif (substrats suicides) et d'inhibiteurs ayant un site d'interaction different (inhibiteurs de la dimerisation). Ces etudes ont ete conduites au sein d'un reseau francais et d'un reseau europeen associant plusieurs laboratoires. Les substrats suicides peptidiques dont l'etude a ete initiee presentent potentiellement une double fonctionnalite. L'hydrolyse catalytique de la liaison scissile doit liberer d'une part une entite alkylante pouvant inactiver l'enzyme par modification chimique d'un acide amine du site actif, d'autre part, un n-glyoxylyl peptide susceptible de realiser une inhibition reversible. L'etude sur des n-glyoxylyl peptides, molecules originales, synthetisees separement, a demontre pour la premiere fois les capacites inhibitrices de ces structures (k i de l'ordre du micromolaire) et la necessite de la fonction n-glyoxylyl pour que se manifeste l'inhibition. L'existence d'une coupure selective au niveau du site souhaite a ete demontree a l'aide d'une molecule depourvue de la fonction alkylante latente. Les 4 brins c- et n-terminaux de la protease organises en feuillet- antiparallele etant responsables de 50% de l'energie d'interaction entre les deux monomeres, cette region a ete choisie comme cible pour elaborer des inhibiteurs de la dimerisation. Un travail exploratoire a ete realise concernant les premieres molecules de deux series en cours de developpement : (1) molecules presentant deux brins peptidiques relies entre eux par differents espaceurs ce qui leur confere une forme de pince ; (2) peptides susceptibles de creer une liaison covalente avec le residu cysteine 95 de l'extremite c-terminale de la protease. Afin de caracteriser le mecanisme d'action de molecules susceptibles d'etre des inhibiteurs de la dimerisation, un test cinetique a ete introduit dans le laboratoire qui permet de distinguer un inhibiteur de la dimerisation d'un inhibiteur du site actif et qui permet egalement la determination de la constante de dissociation k d de la protease dimerique (forme active). Enfin, le pouvoir inhibiteur de diverses series de molecules visant le centre actif a egalement ete evalue. Il s'agit : d'inhibiteurs steriquement contraints preorganises pour optimiser les interactions avec le site actif ; d'inhibiteurs possedant un axe de symetrie c 2 coincidant avec celui de la protease ; d'inhibiteurs pseudopeptidiques ; de trifluoromethyl cetones peptidiques et d'un complexe metallique non peptidique chef de file d'une serie originale decouverte par criblage de banques de donnees. Ces composes se comportent comme des inhibiteurs competitifs avec des constantes d'inhibition (k i ou ic 5 0) generalement de l'ordre du micromolaire. L'etude des series d'inhibiteurs a necessite dans un premier temps la mise au point de deux tests spectrophotometriques miniaturises permettant de detecter dans des conditions de bonne reproductibilite l'activite de l'enzyme, ainsi que la mise en place de techniques pour produire et purifier la protease du vih-1 a partir de souches bacteriennes recombinantes

L'infection par le Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) reste un grave problème qui nécessite le développement de nouveaux antirétroviraux. L'intégrase (IN) est une cible thérapeutique potentielle. Sélectionné par une stratégie combinatoire, l'oligodeoxynucléotide (ODN) 93del inhibe spécifiquement les activités in vitro de l'IN catalysées par des formes oligomériques distinctes de l'enzyme. En solution, l'ODN 93del se structure en quartet de G dimérique. Selon un modèle de docking moléculaire, il peut se loger dans la cavité formée par un tétramère d'IN. Comme cet oligomère est impliqué dans l'intégration, le tétramère d'IN devrait constituer la forme ciblée par les inhibiteurs dans la cellule infectée. L'ODN 93 del inhibe aussi les étapes très précoces du cycle de réplication ex vivo. Il pourra donc servir de base pour l'obtention de futurs inhibiteurs<br>Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) infection still remains a serious problem. Finding new antiretroviral is needed. Integrase (IN) is a potential therapeutical target. Selected by a combinatory strategy, oligodeoxynucleotide (ODN) 93del inhibits specifically in vitro activities of IN catalysed by different enzyme oligomeric forms. In solution, ODN 93del is structured in a dimeric G quartet. In a molecular docking model, it is able to fit in a cavity formed by a tetramer of IN. As integration is catalysed by this oligomer, IN tetrameric would be the target of inhibitors in infected cell. Moreover, 93del inhibits early steps of viral cycle ex vivo. Consequently, ODN 93del might be used as a model to find new inhibitors

Le lentivirus HIV-1, l'agent causal du SIDA, infecte principalement les lymphocytes T CD4+, les macrophages et les cellules dendritiques (DC). Ces dernières ont un rôle majeur dans la dissémination virale in vivo et, en tant que pivots de la réponse immunitaire, sont des cibles potentielles pour la thérapie génique et cellulaire. L'étude des étapes précoces de l'infection des DC présente ainsi un double intérêt, tant pour la compréhension de la biologie du HIV que pour l'amélioration du transfert de gènes par les vecteurs dérivés des lentivirus. Les DC sont moins permissives à l'infection que les autres cellules cibles du HIV. Nous avons montré que les DC sont spécifiquement réfractaires à l'infection par des vecteurs lentiviraux mutants, tels que des vecteurs hétérologues dont les protéines dérivent du HIV-1 et le génome provient d'un de ses homologues simiens, le SIVMAC. L'ajout de pseudoparticules virales dérivées du SIVMAC permet de restaurer l'infection des DC par ce lentivecteur hétérologue mais également d'augmenter de façon considérable l'efficacité d'infection par des lentivecteurs de diverses origines. La protéine virale Vpx, codée par les souches HIV-2/SIVSM, est responsable de cet effet. Cette protéine était jusqu'alors connue pour participer à l'import nucléaire de l'ADN viral. Nous décrivons ici un nouveau rôle de Vpx, qui est capable de favoriser l'accumulation de l'ADN rétroviral spécifiquement dans les DC. Nos résultats suggèrent que Vpx est capable de moduler l'environnement cellulaire pour le rendre plus permissif à l'infection, en promouvant l'échappement viral vis-à-vis de la dégradation par le protéasome. L'étude de l'effet positif de Vpx sur l'infection des DC a ainsi permis de mettre en évidence l'existence d'une voie potentielle de restriction de l'infection lentivirale dans ces cellules qui pourrait être à l'origine de leur résistance partielle à l'infection<br>The HIV-1 lentivirus targets mainly T CD4+ cells, macrophages and dendritic cells (DCs). The latter cell type is a pivotal player in the regulation of the immune system and exerts a major role during viral dissemination and is thus a potential target of gene and cellular therapy. As a consequence, the study of the early steps of lentiviral infection in DCs is important both for the understanding of HIV biology and for improving lentiviral vectors mediated gene transfer in this cell type. DCs are less permissive to lentiviral infection than other cells targeted by HIV. We have shown that DCs were specifically refractory to the infection with mutant vectors (LVs) such as the heterologous LVs, in which the proteins of HIV-1 encapsidate a genome derived from SIVMAC. The addition of virus-like-particles derived from SIVMAC restores the infection with the heterologous LVs and surprisingly increases the infection with LVs from different origins. The viral protein Vpx coded by members of the HIV-2/SIVSM lineage is responsible for this effect. This protein was previously thought to participate in the nuclear import of viral DNA. Here, we describe a novel role for Vpx in the accumulation of retroviral DNA specifically in DCs. Our data suggest that Vpx modifies DCs to increase their permissivity to the infection by promoting the retroviral escape from a proteasome-dependent degradation pathway. The study of the positive effect of Vpx on LVs infection of DCs allowed us to uncover the possible existence of a potential restriction pathway of lentiviral infection in this cell type that may be responsible for its poor susceptibility to the infection

On a développé un test de type ELISA-competition pour tirer les anticorps dirigés contre l'épitope conformationnel correspondant au site de liaison de la glycoprotéine d'enveloppe gp120 SU du VIH-1 à la molécule CD4 (CD4BS). Ce test nous a permis d'étudier le rôle de ces anticorps au cours de l'infection naturelle. On a montré que ces anticorps ont une forte prévalence chez la majorité des patients infectés par le VIH-1, et une corrélation établie avec l'activité neutralisante des sérums suggère qu'ils pourraient avoir un rôle dans la réponse anti-virale. Cependant, aucune relation n'a pu être rétablie avec d'autres marqueurs immunobiologiques ou des marqueurs de réplication virale. On a comparé la cinétique d'apparition des anticorps anti-CD4BS à celle des anticorps dirigés contre l'épitope de la boucle V3 (antiV3). Les résultats montrent une apparition précoce des deux catégories d'anticorps, les anti-CD4BS apparaissent dans la majorité des cas plus tardivement que les antiV3. D'autre part, la persistance de ces anticorps à des titres élevés chez des patients en phase avancée de la maladie suggère qu'auncun rôle ne peut leur être attribué dans le contrôle de l'évolution de l'infection naturelle. De plus, une étude longitudinale réalisée chez des patients présentant des profils cliniques évolutifs différents indique que ces anticorps ne constituent pas un marqueur pronostique de l'évolution de la maladie. Les résultats obtenus d'après l'analyse des sérums de patients infectés par des souches virales de différents sous-types indiquent que l'épitope associé au CD4BS est très conservé parmi les isolats du groupe M et nous ont conduit à étudier les aspects structuraux de cet épitope. On a synthétisé quatre peptides représentatifs de séquences conservées de la protéine gp120 du VIH-1 dans le but de vérifier leur participation à cet épitope. L'immunisation de lapins avec chacun de ces peptides et l'analyse des sérums immuns a permis de montrer que ces régions sont exposées en surface de la protéine gp120 sous forme monomérque mais que leur exposition est probablement moindre dans le virion. Cette première analyse immunochimique sera poursuivie par des approches moléculaires complémentaires reposant sur la mutagénèse dirigée<br>No summary available

Nos travaux sur la tuberculose et le VIH menés à Dakar, Sénégal, s'inscrivent dans le contexte plus général du continent africain caractérisé par un dénuement des structures de soins et un nombre grandissant de personnes touchées par la tuberculose et le VIH. Se posent en particulier le problème du diagnostic de la tuberculose, clé de voûte de son contrôle, et celui de la carence des moyens de prise en charge des patients VIH -positifs. Ces travaux s'articulent autour de 3 axes : 1/ le phénomène des bacilloscopies négatives des tuberculoses pulmonaires, qui induisent un problème de diagnostic, la bacilloscopie des crachats à la recherche de bacilles tuberculeux étant souvent l'unique moyen de confirmer le diagnostic, 2/ la signification clinique, biologique et radiologique des baisses profondes des CD4 observées chez les patients tuberculeux VIH-négatifs, et 3/ le moyen de compenser l'inaccessibilité à la numération des CD4, outil important dans la prise en charge des patients VIH-positifs, en particulier pour la mise en place d'une prophylaxie des infections opportunistes par cotrimoxazole. Parmi 450 patients hospitalisés atteints d'une tuberculose pulmonaire, dont 40 (9%) étaient VIH-positifs, 85 (19%) patients présentaient une bacilloscopie négative. Celle-ci était plus fréquente chez les patients VIH-positifs que chez les patients VIH-négatifs (35% versus 17% ; p=0,01) et ses facteurs de risque étaient : une absence de toux, de caverne, la séropositivité pour le VIH, un taux de CD4 200 /mm³ et un âge &gt;40 ans. Ces résultats confirment ceux de la plupart des études africaines et la nécessité de développer des algorithmes diagnostiques de cette forme de tuberculose. Parmi 430 patients tuberculeux VIH-négatifs hospitalisés, les baisses profondes de CD4 (&lt;300/mm³ ) étaient fréquentes (14%), suggérant, avec d'autres études précédemment réalisées, une association entre le syndrome de « lymphocytopénie CD4 idiopathique » et la tuberculose. Ces baisses de CD4 semblaient associées à une maladie plus avancée et une immunodépression concomitante. Concernant la prise en charge des patients VIH-positifs, nous avons élaboré un système de score simple prédisant un taux de CD4 &lt;400/mm³ avec une sensibilité de 98% et une valeur prédictive négative de 83%, taux pour lequel une prophylaxie par cotrimoxazole est requise<br>Our studies on tuberculosis and HIV were performed in Dakar, Senegal, in an African context characterized by the deprivation of health care facilities and a growing number of persons affected by tuberculosis and HIV. In particular, the problems of tuberculosis diagnosis, which is a major condition of its control, and lack of means for HIV-positive patient management are prevalent. These studies tum around three facets: 1/ pulmonary tuberculosis diagnosis difficulties associated with negative sputum acid-fast-bacilli (AFB) smears, since finding AFB in sputum by direct microscopy is often the only way to confirm tuberculosis diagnosis, 2/ the clinical, biological and radiographie signification of severe CD4+ depletion observed in HIV- negative patients with tuberculosis, and 3/ a means of compensating for the inaccessibility of CD4+ numeration, an important tool in the management of HIV-positive patients, in particular to establish the appropriate timing of prevention of opportunistic infections with cotrimoxazole. Among 450 hospitalized patients with pulmonary tuberculosis, of whom 40 (9%) were HIV-positive, 85 (19%) patients had a negative sputum AFB smear. This phenomenon was more frequent in HIV-positive patients than in HIV-negative patients (35% versus 17%, p=0. 01) and its risk factors were: absence of cough, absence of cavitation, HIV seropositivity, a CD4+ cell count 200/mm³ and an age &gt;40 years. These results are consistent with most of other African studies and confirm the need to develop diagnosis algorithms for this form of tuberculosis. Among 430 HIV-negative hospitalized patients with tuberculosis, severe CD4+ depletions (&lt;300/mm³) were frequent (14%), suggesting, with other results already published, an existing association between tuberculosis and the "idiopathie CD4+ T-lymphocytopenia". Our results also suggested that these depletions were associated with more advanced disease and accompanying immunodepression. Regarding HIV-positive patient management, we have developed a simple score to predict CD4+ cell counts &lt;400/mm³, for use as a decision tool for prevention by cotrimoxazole

Le microbiote digestif humain joue un rôle essentiel et bénéfique pour son hôte mais il est également impliqué dans un nombre croissant de pathologies. Les connaissances sur la composition de cet écosystème ont récemment été révolutionnées grâce à l’utilisation de techniques moléculaires. Cependant, ces techniques comportent des limites importantes. C’est ainsi que le concept de « culturomique » a été introduit ; il consiste en la multiplication de milieux et conditions de culture et l’identification rapide de colonies bactériennes par spectrométrie de masse (MALDITOF) ou par amplification et séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S. Dans la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence une association entre la présence de Clostridium butyricum dans les selles et la survenue d’entérocolite ulcéro-nécrosante que ce soit par méthodes de pyroséquençage et culture ou par PCR quantitative en temps réel spécifique de C. butyricum; identifié après séquençage du génome complet de toutes nos souches de C. butyricum, la présence du gène de la β-hémolysine (toxine). Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons montré par cuturomique que les bactéries à Gram-négatif (BGN) étaient fréquemment disséminées au sein du microbiote cutané transitoire des patients hospitalisés en réanimation ; le réservoir serait essentiellement digestif. En conclusion, le microbiote digestif constitue un réservoir sousestimé de bactéries pathogènes. La microbiologie moderne incluant les nouvelles méthodes de culture permet d’étendre de manière considérable les connaissances sur la composition de cet écosystème et son implication en pathologie humaine<br>He human gut microbiota plays an important and beneficial role in its host but it is also involved in a growing number of diseases. Knowledge of the composition of this ecosystem have recently been revolutionized by the use of molecular techniques. However, these techniques have significant limitations. Thus, the concept of "culturomics" has been introduced; it consists of the multiplication of culture conditions and the rapid identification of bacterial colonies by mass spectrometry (MALDI-TOF) or by PCR 16S RNA gene sequencing. In the first part of this work, we have demonstrated an association between the presence of Clostridium butyricum in the stool and the occurrence of necrotizing enterocolitis whether by pyrosequencing methods and Culture or by quantitative PCR specific real time C. butyricum; identified after sequencing the complete genome of all our strains of C. butyricum, the presence of the gene of β-hemolysin (toxin). In the second part of this work, we showed by cuturomics that Gram-negative bacteria (BGN) were frequently spread out over the transitional skin microbiota of patients hospitalized in intensive care; the reservoir would essentially digestive. In conclusion, the gut microbiota is an underestimated reservoir of pathogenic bacteria. Modern microbiology including new culture-based methods is currently extending exponentially our knowledge on gut microbiota giving rise to new insights into the pathogenesis or the transmission of infectious diseases

Introduction: Nous avons élaboré une étude observationnelle de cohortes, dans laquelle nous évaluons les différents facteurs influençant l'observance chez les patients VIH sous traitement antirétroviral, ainsi que le pourcentage de non-observance et d'échec thérapeutique des patients suivis au Centre Hospitalier de la Basse-Terre, en Guadeloupe. Méthodes: L'enquête a porté sur 138 patients sous traitement antirétroviral depuis au moins 6 mois, qui ont répondu à un questionnaire d'auto-évaluation des facteurs facilitateurs et des barrières à l'observance. Résultats: Le pourcentage de non-observance a été estimé à 29,71 % et l'échec thérapeutique retrouvé était de 45,65%. Différents facteurs démographiques, culturels et sociaux que nous évaluons expliquent cet échec. Conclusion: La compréhension des facteurs associés à l'observance afin de pouvoir l'augmenter est devenue un enjeu majeur de la recherche tout comme la promotion des interventions d'éducation thérapeutique pour faire connaître aux patients leur maladie et leur traitement, non seulement au moment de l'initiation de celui-ci mais aussi pendant toute la durée du traitement<br>Introduction: We prepared a study observational troops, in whom we evaluate the various factors that influence the observance within the framework of the patients HIV and their antiretroviral treatment. As weil as the percentage of nonobservance and therapeutic failure of the patients followed to the Hospital of Basse-Terre, Guadeloupe. Methods: the investigation related to 138 patients under antiretroviral treatment at least for 6 months, which answered a questionnaire of self-evaluation of the factors facilitators and barriers the observance. Results : The percentage of not-observance was estimated at 29,71 % and the found therapeutic failure was 45,65%. Various demographic factors, cultural and social that we evaluate explain this failure. Conclusion: To understand the factors associated with the observance in order to be able to increase it became a major stake of research like promoting the interventions of therapeutic education to make known with the patients their disease and their treatment, not only at the moment of initiation of the treatment but also throughout all treatment

Le métapneumovirus humain (hMPV) est un nouveau virus respiratoire identifié pour la première fois par un groupe hollandais en 2001. Ce pathogène viral cause principalement des infections aiguës des voies respiratoires, telles que des bronchiolites et des bronchites ainsi que des pneumonies chez les jeunes enfants, les personnes âgées et les individus immunocompromis. Au moment d’élaborer ce projet de doctorat, aucun modèle expérimental d’infection n’avait été développé, la pathogenèse associée à cette infection virale n’avait pas été étudiée et aucun traitement ou vaccin n’avait encore été approuvé chez l’humain ou même étudié in vivo. Bref, des lacunes majeures subsistaient en ce qui a trait à la compréhension et au traitement de l’infection par le hMPV. L’objectif principal de ce projet de doctorat était donc de développer un modèle expérimental d’infection chez le petit animal de laboratoire afin de caractériser la pathogenèse associée à l’infection virale et d’évaluer l’efficacité de différents traitements. Les résultats démontrent que la souris Balb/c et le «cotton rat» s’avèrent tous deux être de bons modèles d’infection pour l’étude de l’infection par le hMPV. Une importante réplication du virus ainsi que des changements histopathologiques caractérisés par une inflammation pulmonaire prononcée sont observés suite à l’infection virale. Cependant, la souris Balb/c est plus susceptible au hMPV que le rat, car le développement de symptômes cliniques significatifs n’est noté que chez ce premier. L’infection par le hMPV entraîne aussi une obstruction des voies respiratoires et une hyperréactivité bronchique significative. D’un côté thérapeutique, la ribavirine possède une importante activité antivirale contre le hMPV, puisque la réplication et l’inflammation associées à l’infection sont diminuées de façon significative suite à l’administration de l’agent antiviral. D’un côté prophylactique, les immunisations avec une préparation de hMPV complet inactivé couplée à un adjuvant représentent un danger potentiel, car elles provoquent une réponse inflammatoire exagérée suite à l’infection virale. Des vaccins sous-unitaires protéiques semblent être beaucoup plus sécuritaires et prometteurs. Les modèles expérimentaux développés lors de ce projet vont permettre de mieux comprendre la pathogenèse associée à l’infection par le hMPV et d’évaluer de façon plus complète l’activité de différents traitements thérapeutiques et prophylactiques.<br>The human metapneumovirus (hMPV) is a newly-described viral pathogen first reported in the Netherlands in 2001. HMPV is associated with acute respiratory tract infections in all age groups with more severe diseases such as bronchiolitis/bronchitis and pneumonia occurring in young children, elderly individuals and immunocompromised hosts. Before we started this project, no experimental models had been developed, the pathogenesis was not exhaustively described and no vaccines, chemotherapeutic agents, or antibody preparations had been approved for the prevention or treatment of hMPV infections in humans or even studied in vivo. The aim of this project was to develop an experimental animal model for hMPV infection to : 1-characterize the pathogenesis associated with this viral infection and 2-evaluate novel therapeutic or prophylactic modalities. The Balb/c mice and cotton rat are both permissive to hMPV infection. They support efficient viral replication in the lower respiratory tract and the infection is associated with significant lung inflammation. However, Balb/c mice are more susceptible to the infection, as we observe clinical symptoms such as weight loss and breathing difficulties characterized by significant airways obstruction and hyperresponsiveness only in this animal model. Ribavirin has shown antiviral properties against hMPV and significantly reduced viral replication and pulmonary inflammation. Immunizations with inactivated hMPV mixed with adjuvant induced a severe pulmonary disease following intra-nasal infection, as it has already been observed with other paramyxoviruses. Subunit vaccines seem safer preparations to pursue the development of hMPV vaccines. The Balb/c mice and cotton rat experimental models are great tools to better understand hMPV pathogenesis and also to evaluate different therapeutic and prophylactic modalities.

Les travailleuses du sexe (TS) restent fortement affectées par l’infection au VIH et jouent un rôle clé dans sa propagation dans la population générale. Cependant la couverture antirétrovirale chez ces dernières reste toujours faible en Afrique en générale, et de l’Ouest et du centre en particulier. En lien avec les recommandations de l’ONUSIDA qui étendent l’accès au traitement antirétroviral à toute personne séropositive indépendamment de son taux de CD4, nous avons lancé ce projet de démonstration du traitement précoce du VIH comme méthode de prévention afin d’évaluer l’acceptabilité, la faisabilité, et l’utilité d’ajouter cette stratégie au paquet actuel de traitement et de prévention chez les TS au Bénin. Tout en évaluant l’acceptabilité et la faisabilité, nous avons mis l’accent sur la réponse au traitement notamment l’adhérence et la suppression de la charge virale, la restauration des taux de CD4 et l’émergence de résistance au traitement. L’étude a inclus 107 TS qui ont été suivies entre 12 et 24 mois. À la fin du suivi, seules 64 sont restées dans l’étude, donnant un taux de rétention de 59,8%. La restauration des taux de CD4 au-delà de 500 cells/μl a été atteinte chez plus de 70% des participantes, tandis que la moyenne géométrique de la charge virale est passée de 12372 copies/ml au début de l’étude à 105,1 copies/ml (p<0,0001) à 12 mois; 95,1 copies/ml (p<0,0001) à 24 mois et à 187,3 copies/ml à l’ensemble des visites finales (p=0,003). De plus, la charge virale supprimée (<1000 copies/ml) ou indétectable (<40 copies/ml) était fortement associée à l’augmentation du niveau d’adhésion thérapeutique auto-rapportée (p de tendance =0,048 et 0,004 respectivement). Plusieurs participantes ont montré des génotypes de résistance au début de l’étude, cependant aucune de ces dernières ayanteu une visite finale n’a montré de résistance clinique lors de cette dernière visite. Compte tenu de la mobilité de ce groupe, des efforts sur la rétention et l’adhérence au traitement, et une collaboration régionale entre les cliniques ISTs dédiées aux TS pourraient faciliter l’implantation et l’impact positif du traitement précoce comme méthode de prévention dans la sous-région.<br>Les travailleuses du sexe (TS) restent fortement affectées par l’infection au VIH et jouent un rôle clé dans sa propagation dans la population générale. Cependant la couverture antirétrovirale chez ces dernières reste toujours faible en Afrique en générale, et de l’Ouest et du centre en particulier. En lien avec les recommandations de l’ONUSIDA qui étendent l’accès au traitement antirétroviral à toute personne séropositive indépendamment de son taux de CD4, nous avons lancé ce projet de démonstration du traitement précoce du VIH comme méthode de prévention afin d’évaluer l’acceptabilité, la faisabilité, et l’utilité d’ajouter cette stratégie au paquet actuel de traitement et de prévention chez les TS au Bénin. Tout en évaluant l’acceptabilité et la faisabilité, nous avons mis l’accent sur la réponse au traitement notamment l’adhérence et la suppression de la charge virale, la restauration des taux de CD4 et l’émergence de résistance au traitement. L’étude a inclus 107 TS qui ont été suivies entre 12 et 24 mois. À la fin du suivi, seules 64 sont restées dans l’étude, donnant un taux de rétention de 59,8%. La restauration des taux de CD4 au-delà de 500 cells/μl a été atteinte chez plus de 70% des participantes, tandis que la moyenne géométrique de la charge virale est passée de 12372 copies/ml au début de l’étude à 105,1 copies/ml (p<0,0001) à 12 mois; 95,1 copies/ml (p<0,0001) à 24 mois et à 187,3 copies/ml à l’ensemble des visites finales (p=0,003). De plus, la charge virale supprimée (<1000 copies/ml) ou indétectable (<40 copies/ml) était fortement associée à l’augmentation du niveau d’adhésion thérapeutique auto-rapportée (p de tendance =0,048 et 0,004 respectivement). Plusieurs participantes ont montré des génotypes de résistance au début de l’étude, cependant aucune de ces dernières ayanteu une visite finale n’a montré de résistance clinique lors de cette dernière visite. Compte tenu de la mobilité de ce groupe, des efforts sur la rétention et l’adhérence au traitement, et une collaboration régionale entre les cliniques ISTs dédiées aux TS pourraient faciliter l’implantation et l’impact positif du traitement précoce comme méthode de prévention dans la sous-région.<br>Female sex workers (FSW) remain highly affected by HIV and play a critical roleinits spread towards the general population, however, antiretroviral treatment coverage in this group still remains very low in west and central African countries. In line with the UNAIDS recommendations extending antiretroviral treatment to all HIV-infected individuals regardless their CD4 count, we carried out this demonstration project of early HIV treatment as prevention (TasP) aiming to assess the acceptability, feasibility, and utility of adding this strategy to the current prevention and treatment packageamong FSW in Cotonou, Benin. While assessing both acceptability and feasibility, we focused on treatment response including CD4 count restoration, adherence to treatment and viral suppression, and emergence of drug resistance. The study included 107 FSW who were followed between 12 and 24 months. At the end of the follow-up 64 remained in the study giving a retention rate of 59.8%. CD4 count recovery above 500 cells/μl was reached in more than 70% of participants. The geometric mean viral load decreased from 12372 copies/ml at baseline, to 105.1 copies/ml (<.0001) at 12 months; 95.1 copies/ml (p <.0001) at 24 months and 187.3 copies/ml at all final visits (p = 0.003). In addition, both suppressed (<1000 copies/ml) and undetectable (<40 copies/ml) viral loads were strongly associated with increasing levels of adherence to treatment (p for trend =0.048 and 0.004 respectively). Resistance mutations were detected in several participants at baseline, but none of those who had a final visit showed clinical resistance. Given the mobility in this group of population, efforts on retention and adherence to treatment, and regional collaboration between FSW-dedicated clinics could facilitate the implementation and positive impact of early treatment as prevention in this population.<br>Female sex workers (FSW) remain highly affected by HIV and play a critical roleinits spread towards the general population, however, antiretroviral treatment coverage in this group still remains very low in west and central African countries. In line with the UNAIDS recommendations extending antiretroviral treatment to all HIV-infected individuals regardless their CD4 count, we carried out this demonstration project of early HIV treatment as prevention (TasP) aiming to assess the acceptability, feasibility, and utility of adding this strategy to the current prevention and treatment packageamong FSW in Cotonou, Benin. While assessing both acceptability and feasibility, we focused on treatment response including CD4 count restoration, adherence to treatment and viral suppression, and emergence of drug resistance. The study included 107 FSW who were followed between 12 and 24 months. At the end of the follow-up 64 remained in the study giving a retention rate of 59.8%. CD4 count recovery above 500 cells/μl was reached in more than 70% of participants. The geometric mean viral load decreased from 12372 copies/ml at baseline, to 105.1 copies/ml (<.0001) at 12 months; 95.1 copies/ml (p <.0001) at 24 months and 187.3 copies/ml at all final visits (p = 0.003). In addition, both suppressed (<1000 copies/ml) and undetectable (<40 copies/ml) viral loads were strongly associated with increasing levels of adherence to treatment (p for trend =0.048 and 0.004 respectively). Resistance mutations were detected in several participants at baseline, but none of those who had a final visit showed clinical resistance. Given the mobility in this group of population, efforts on retention and adherence to treatment, and regional collaboration between FSW-dedicated clinics could facilitate the implementation and positive impact of early treatment as prevention in this population.

Objectifs : Estimer la prévalence du VIH, ainsi que ses associations avec les facteurs de risque potentiel d’infection, les tendances de 2001 à 2007 de ces indicateurs et décrire les profils de vulnérabilité chez les travailleuses du sexe (TS) et leurs clients potentiels (camionneurs, militaires et miniers) à l’échelle de la Guinée. Méthode : 339 TS et 954 clients potentiels en 2001, 598 et 3401 respectivement en 2007, ont été interviewés puis dépistés pour le VIH, sur l’ensemble du territoire national selon un protocole semblable. Les analyses multivariées ont été faites par la régression log-binomiale. Résultats : Parmi les TS, la prévalence du VIH est passée de 40,7% en 2001 à 34,5% en 2007 (p=0,15). Elle était associée à l’analphabétisme [(rapport de proportion noté RP)=1,41 ; p=0,02 en 2001 et RP = 1,28 ; p = 0,03 en 2007)] et aux antécédents d’infection sexuellement transmissibles (IST) {RP= 1,89 ; p=0,001 en 2001}. Parmi les clients potentiels, les prévalences du VIH étaient de 4,5% chez les miniers et de 7,0% chez les camionneurs en 2001 tandis qu’elles étaient de 5,2% chez les militaires et de 6,4% chez les miniers en 2007. Ces prévalences étaient positivement associées dans au moins un sous groupe ou une enquête aux antécédents d’IST, à la consommation d’alcool, à la déclaration de partenaires sexuelles payantes et négativement, à l’abstinence sexuelle en situation de risque. Les indicateurs de tendance analysés n’étaient ensemble favorables au contrôle de l’épidémie que seulement chez les TS. Conclusion : Le VIH était fortement concentré parmi les TS et dans une moindre proportion parmi leurs clients potentiels. Les plus infectées par le virus étaient les TS analphabètes ainsi que leurs clients potentiels consommateurs d’alcool ou qui avaient des antécédents d’IST. La prévention ciblée doit être renforcée parmi les sous groupes à plus haut risque, conformément à la stratégie recommandée dans les épidémies concentrées.<br>Objectives: To estimate HIV prevalence, its associations with potential risk factors, and trends from 2001 to 2007, and to describe vulnerability among commercial sex-workers (CSWs) as well as among their potential clients who were truck-drivers, military army and miners from all over the country of Guinea, West Africa. Methods: 339 CSWs and 954 potential clients in 2001, 598 and 3401 respectively in 2007 were interviewed then tested for HIV over all the country. Data were analysed by multivariate log-binomial regression. Results: Among CSWs, HIV prevalence (40.7% in 2001 and 34.5% in 2007; p=0.15) was associated with illiteracy [(Prevalence Ratio noted PR)=1.41; p=0.02 in 2001 and PR=1.28; p=0.03 in 2007) and with sexually transmitted diseases [ (STDs); PR=1.89; p=0.001 in 2001]. HIV prevalence among potential clients (varying from 4.5% to 7.0% in 2001 and from 5.2% to 6.4% in 2007) was positively associated once at least, with sexually transmitted diseases (STDs), alcohol consumption, declaring paying sexual partners and negatively, with reported capacity of restraining from risky sexual intercourse. Trends of indicators analysed were together not favourable for controlling epidemic with the exception of those observed among among CSWs. Conclusion: HIV prevalence was very high and strongly concentrated among CSWs and their potential clients, relatively to data obtained observed in the general population of Guinea. Sexually active networks were also observed, as well as more vulnerable sub-groups among illiterate CSWs and among potential clients who were alcohol consumers, or who declared STD symptoms. Reinforcement of prevention targeting specific sub-groups is needed.

L'objet de ce travail est de decrire de maniere detaillee le fonctionnement de participants, d'ages, de sexes et d'expertises differents, places dans diverses situations de jugement de probabilite d'infection par le virus du sida. Plus precisement, il s'agit d'observer si des participants, qui disposent d'elements d'information adequats, elaborent leur jugement de probabilite d'une maniere comparable aux modeles mathematiques ou epidemiologiques normatifs. Elle utilise comme reference, d'une part le cadre mathematique offert par le theoreme de bayes (1763) ou le modele biostatistique fourni par sandberg & awerbuch (1989), et d'autre part cadre methodologique developpe par la theorie fonctionnelle de la cognition (andersen, 1996). De fait, il est montre dans ce document, que les modeles dejugements de probabilite, composes a partir des evaluations subjectives des participants, peuvent etre sensiblement differents des equations qui permettent d'aboutir a un calcul objectif de probabilite. Les quatre premiers chapitres de ce memoire 1) precisent les parametres du risque objectif d'infection par le virus du sida, 2) proposent une revue de la litterature sur la perception du risque d'infection par le v. I. H. , 3) presentent la theorie fonctionnelle de la cognition, ses concepts fondamentaux et ses methodes, et 4) detaillent plusieurs contributions aux domaines du jugement de probabilite. Les chapitres cinq et six exposent les deux contributions experimentales de ce document. L'une s'interesse a l'estimation de la probabilite d'infection par le v. I. H. D'un partenaire sexuel potentiel, sachant qu'il est homosexuel. L'autre cible l'evaluation de la probabilite d'infection par le v. I. H. A la suite d'un ou plusieurs rapport(s) sexuel(s), avec un unique partenaire. Enfin, dans le septieme et dernier chapitre, l'ensemble des resultats de ce travail de recherche est restitue et discute dans un cadre plus general.