Academic literature on the topic 'Infections bactériennes à Gram négatif'

L’évolution rapide de la résistance aux antibiotiques, en particulier chez les bactéries à Gram négatif, nécessite des outils fiables pour guider l’antibiothérapie. La détermination de la sensibilité aux antibiotiques est donc une activité centrale des laboratoires de microbiologie clinique. Le but est d’assurer l’adéquation entre le traitement antibiotique et la sensibilité des isolats bactériens, de détecter les résistances acquises, et de fournir des données pour le suivi de l’épidémiologie de la résistance aux antimicrobiens. De nombreuses méthodes d’antibiogramme sont disponibles : microdilution en milieu liquide, méthode automatisées, diffusion en milieu gélosé. Toutes ces techniques offrent des résultats qualitatifs : catégorisation des isolats bactériens en sensible, intermédiaire ou résistant et certaines des résultats quantitatifs (concentration minimale inhibitrice). De plus, l’antibiogramme est un outil essentiel pour la détection de mécanismes de résistance émergents, malgré les progrès de la génomique. Si de nombreux outils permettant la détection rapide des mécanismes de résistance sont aujourd’hui disponibles, il est probable que l’antibiogramme gardera une place importante dans la prise en charge des infections bactériennes dans les prochaines années. Son interprétation, parfois complexe, impose un dialogue entre le microbiologiste et le clinicien.

Introduction : Les infections bactériennes respiratoires non tuberculeuses sont fréquentes surtout chez les patients VIH mais le diagnostic microbiologique reste difficile. L’objectif était de répertorier les bactéries isolées dans des expectorations des patients VIH au service de maladies infectieuses du CHU Point « G » au Mali.Méthodologie : Il s’agit d’une étude transversale analytique de juin 2017 à juillet 2019. Ont été inclus les patients infectés par le VIH, présentant une pneumopathie infectieuse chezqui la culture des expectorations acheminées au Laboratoire est revenue positive. Les méthodes standards d’isolement et d’identification des bactéries ont été utilisées. Résultats : Au total, 445 patients VIH étaient hospitalisés dont 222 ont présenté une pneumopathie infectieuse (49,9%). Les expectorations ont été analysées chez 174 patients (78,4%) avec isolement de 59 agents bactériens non tuberculeux (33,9%). Les entérobactéries (62,7%), les bacilles Gram négatif non fermentant (20,3%) et les Cocci Gram positif (17,0%) étaient les trois groupes de germes identifiés. K. pneumoniae (28,8%), E. coli (13,6%), E. cloacae (13,6%), A. baumannii (11,9%), P. aeruginosa (6,8%) et S.pneumoniae (6,8%) étaient les souches les plus isolées dans les expectorations. La co-infection avec Mycobacterium tuberculosis étaient de 27,1%. En tout, 17 souches multirésistantes (28,8%) à savoir 14 BLSE, deux ABRI et une SARM ont été retrouvées parmi les bactéries isolées. Le délai médian de diagnostic était de 7 jours [IIQ : 3 jours et 15 jours]. L’âge moyen était de 43,7±11,4 ans (19 et 68 ans) avec un sex-ratio de 1,85. L’antécédent de tuberculose pulmonaire et la notion de tabagisme étaient retrouvés respectivement dans 7% et 15,8% des cas. La durée moyenne d’hospitalisation était de 24,4±14,1 jours (5 et 68 jours). Elle était de 33,2±11,8 jours chez les patients coïnfectés avec la tuberculose et de 22,6±13,7 jours chez les monoinfectés (p= 0,008). La mortalité hospitalière était de 22,8% (n=13).Conclusion : Les pneumonies non tuberculeuses sont fréquentes chez les patients VIH. Les microorganismes retrouvés sont dominés par les entérobactéries parfois multirésistantes. La coïnfection avec la tuberculose est fréquente d’où la nécessité de sarecherche systématique devant les signes pulmonaires sur ce terrain

Objectif : Dans un contexte de ressources limitées, la connaissance du profil des germes contaminant les blocs opératoires et leur résistance aux antibiotiques constitue un maillon de la prévention des infections associées aux soins. Ainsi, l'objectif de notre étude était de déterminer la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées de l'environnement du bloc opératoire de l'Hôpital National de Zinder. Matériels et Méthodes : Nous avions mené une étude prospective, transversale et descriptive de Janvier à Mars 2020. Les prélèvements avaient été réalisés par écouvillonnage le matin avant le début des activités et avaient concerné les mains et blouses des chirurgiens, le matériel de chirurgie et les équipements du bloc opératoire. Nous avions effectué l'isolement, l'identification et l'antibiogramme des souches bactériennes au niveau du laboratoire de biologie par des techniques conventionnelles classiques. Résultats : Au total, 74 prélèvements avaient été effectués. La culture était positive dans 58,10% des cas (43/74). Les bactéries isolées étaient constituées de 25 souches de Bacillus spp (58,13%), 10 souches de bactéries Gram négatif non fermentaires avec Acinetobacter bamanii (14,0%), Pseudomonas aeruginosa (7,0%) et Stenotrophomonas maltophilia (2,3%) et 8 souches d'entérobactéries représentées par Serratia marcescens (4,7%), Enterobacter cloacae (4,7%), Enterobacter aerogenes (4,7%), Escherichia coli (2,3%) et Klebsiella pneumoniae (2,3%).Concernant la sensibilité des souches aux antibiotiques, une seule souche d'Enterobacter aerogenes était résistante à l'Imipenème et 3 des 9 entérobactéries isolées étaient productrices de bétalactamase à spectre élargi. Conclusion : Au vu de résultats de cette étude, il convient de mettre en place des procédures adaptées en vue d'une meilleure surveillance microbiologique des blocs opératoires. Cela contribuera sans doute à la prévention des infections associées aux soins.

Background: The emergence of multi-drug resistant bacterial strains worldwide has necessitated the scientific search for novel, potent, and affordable antimicrobial agents including medicinal plants and non-antibiotic drugs for therapy of infectious diseases. The objective of this study is to assess in vitro antibacterial activities and time kill kinetics of some non-antibiotic drugs against pathogenic clinical bacterial isolates.Methodology: In vitro antibacterial activities including minimum inhibitory concentration (MIC), minimum bactericidal concentration (MBC) and time kill kinetics of Amlodipine (AML), Thioridazine (THI) and Promethazine (PRO) against Staphylococcus aureus, coagulase negative staphylococci (CoNS), Streptococcus spp, Escherichia coli, Enterobacter spp, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa clinical isolates were determined using disc diffusion, broth microdilution and plate count techniques.Results: The mean growth inhibition zones by the disc diffusion assay of AML, THI and PRO against the isolates were ≤15.1±1.0 mm with MIC and MBC values ranging from 12.5 to 50μg/ml and 25 to 100μg/ml respectively. The time-kill assay revealed bactericidal effect of AML, THI and PRO on Gram positive bacteria evidenced by mean log reductions in viable bacterial cell counts ranging from 0.13 Log10 to 2.41 Log10 CFU/ml for S. aureus, 0.88 Log10 to 2.08 Log10 CFU/ml for Streptococcus spp, and 0.26 Log10 to 2.34 Log10 CFU/ml for CoNS after ≤30hrs post inoculation at 1xMIC. The range of log reduction in viable cell counts of Gram-negative bacteria exposed to AML, THI and PRO were E. coli (0.11 to 3.23 Log10 CFU/ml), P. aeruginosa (0.52 to 2.56 Log10 CFU/ml), K. pneumoniae (0.85 to 3.0 Log10 CFU/ml) and Enterobacter spp (0.38 to 2.08 Log10 CFU/ml) after ≤30 hrs post inoculation at 1x MIC.Conclusion: These findings demonstrate in vitro antibacterial efficacies and time kill kinetics of AML, THI and PRO against pathogenic clinical bacterial isolates, which indicate that these non-antibiotic drugs may be useful therapeutic alternatives in the bid to reduce the burden of infectious diseases associated with antibiotic resistant pathogens. Keywords: Amlodipine, Thioridazine, Promethazine, Time-Kill, Kinetics, MIC, MBC, bacteria French title: Activité antibactérienne et cinétique de destruction du temps de l'amlodipine, de la thioridazine et de la prométhazine contre les isolats bactériens cliniques pathogènes Contexte: L'émergence de souches bactériennes multirésistantes dans le monde a rendu nécessaire la recherche scientifique d'agents antimicrobiens nouveaux, puissants et abordables, notamment des plantes médicinales et des médicaments non antibiotiques pour le traitement des maladies infectieuses. L'objectif de cette étude est d'évaluer les activités antibactériennes in vitro et la cinétique de destruction temporelle de certains médicaments non antibiotiques contre les isolats bactériens cliniques pathogènes. Méthodologie: activités antibactériennes in vitro, y compris la concentration minimale inhibitrice (CMI), la concentration bactéricide minimale (MBC) et la cinétique de destruction du temps de l'amlodipine (AML), de la thioridazine (THI) et de la prométhazine (PRO) contre Staphylococcus aureus, les staphylocoques à coagulase négative (CoNS), Streptococcus spp, Escherichia coli, Enterobacter spp, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa ont été déterminés en utilisant des techniques de diffusion sur disque, de microdilution en bouillon et de numération sur plaque. Résultats: Les zones moyennes d'inhibition de la croissance par le test de diffusion de disque d'AML, THI et PRO contre les isolats étaient ≤15,1±1,0mm avec des valeurs MIC et MBC allant de 12,5 à 50μg/ml et de 25 à 100μg/ml respectivement. Le dosage temporel a révélé un effet bactéricide de la LMA, du THI et du PRO sur les bactéries Gram positives, mis en évidence par des réductions logarithmiques moyennes du nombre de cellules bactériennes viables allant de 0,13 Log10 à 2,41 Log10 CFU/ml pour S. aureus, 0,88 Log10 à 2,08 Log10 CFU/ml pour Streptococcus spp et 0,26 Log10 à 2,34 Log10 CFU/ml pour CoNS après ≤ 30 heures après l'inoculation à 1 x MIC. La plage de réduction logarithmique du nombre de cellules viables de bactéries à Gram négatif exposées à la LMA, au THI et au PRO était E. coli (0,11 à 3,23 Log10 CFU/ml), P. aeruginosa (0,52 à 2,56 Log10 CFU/ml), K. pneumoniae (0,85 à 3,0 Log10 CFU/ml) et Enterobacter spp (0,38 à 2,08 Log10 CFU/ml) après ≤ 30 heures après l'inoculation à 1 x MIC. Conclusion: Ces résultats démontrent une efficacité antibactérienne in vitro et une cinétique de destruction du temps des LMA, THI et PRO contre les isolats bactériens cliniques pathogènes, ce qui indique que ces médicaments non antibiotiques peuvent être des alternatives thérapeutiques utiles dans le but de réduire le fardeau des maladies infectieuses associées aux antibiotiques pathogènes résistants. Mots-clés: Amlodipine, Thioridazine, Prométhazine, Time-Kill, Cinétique, MIC, MBC, bactéries

Background: The escalating issue of bacterial resistance is a profound universal peril. This looming crisis has evolved from a mere forecast to a tangible reality globally. Urinary tract infections (UTIs) significantly influence antibiotic prescriptions in primary care, thus crucially impacting the selective pressure and the emergence of antibiotic-resistant bacteria. A profound comprehension of the microorganisms involved in UTIs and their resistance patterns is crucial, particularly in Daloa city, Côte d’Ivoire. This research aims to review the antibiotic resistance profiles of uropathogens isolated from patients in the Regional Hospital Center (CHR) of Daloa, Côte d’Ivoire from January 2019 to December 2022. Methodology: This was a descriptive cross-sectional study of 1,513 patients whose voided urine samples were received at the Bacteriology-Virology Laboratory of CHR for cyto-bacteriological examination and aerobic culture using standard microbiological protocols over a period of 4 years. Bacterial isolates were routinely identified by colony morphology, Gram staining reaction and conventional biochemical tests. The antibiotic susceptibility of the bacterial isolates was determined by the agar diffusion method and interpreted following the Antibiogram Committee of the French Society of Microbiology (CASFM) guidelines. Results: Of the 1,513 patient urine samples examined, 246 (16.3%) were positive for microbial organisms, 216 (14.3%) were positive for significant bacterial isolates, 9 (0.6%) were positive for fungi, and 21 (1.4%) were positive for ova of Schistosoma haematobium. Among the samples with significant bacteriuria, 91.2% were due to Gram-negative bacilli, 5.9% to Gram-positive cocci, and 2.9% to Gram-negative cocci. Escherichia coli was the most predominant bacterial pathogen, accounting for 73.2% of the isolates. Antibiotic susceptibility testing showed high in vitro resistance of the bacterial isolates to tested antibiotics, with Enterobacteriaceae exhibiting resistance rate between 56.0% for nalidixic acid (NAL) and 67.0% for amoxicillin/clavulanic acid (AMC). Pseudomonas aeruginosa isolates exhibited 50.0% resistance rate to ceftazidime (CAZ), ciprofloxacin (CIP), and ticarcillin (TIC) while Staphylococcus isolates demonstrated 100.0% resistance rate to ofloxacin (OFX), clindamycin (CMN), erythromycin, trimethoprim/sulfamethoxazole (SXT), and fusidic acid (FA). The extendedspectrum beta-lactamase (ESBL)-producing isolates were identified in 15.1% of the Enterobacteriaceae. Conclusion: The high prevalence of antibiotic resistant bacterial isolates from significant bacteriuria in our study highlights the pressing need for the formulation and implementation of strategies to address this potential public health menace. The findings of our study may be useful for healthcare authorities to plan strategic interventions that will assist in optimizing the management of bacteriuria and UTI in the city of Daloa. French title: Profils de résistance aux antibiotiques des isolats bactériens uropathogènes dans la région du Haut-Sassandra, Côte d’Ivoire de janvier 2019 à décembre 2022 Contexte: Le problème croissant de la résistance bactérienne constitue un grave péril universel. Cette crise imminente est passée d’une simple prévision à une réalité tangible à l’échelle mondiale. Les infections des voies urinaires (IVU) influencent considérablement les prescriptions d'antibiotiques en soins primaires, ayant ainsi un impact crucial sur la pression sélective et l'émergence de bactéries résistantes aux antibiotiques. Une compréhension approfondie des micro-organismes impliqués dans les infections urinaires et de leurs modèles de résistance est cruciale, en particulier dans la ville de Daloa, en Côte d’Ivoire. Cette recherche vise à examiner les profils de résistance aux antibiotiques des uropathogènes isolés chez les patients du Centre Hospitalier Régional (CHR) de Daloa, Côte d’Ivoire de janvier 2019 à décembre 2022. Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale descriptive portant sur 1513 patients dont les échantillons d'urine vidés ont été reçus au Laboratoire de Bactériologie-Virologie du CHR pour examen cyto-bactériologique et culture aérobie selon des protocoles microbiologiques standards sur une période de 4 ans. Les isolats bactériens ont été systématiquement identifiés par la morphologie des colonies, la réaction de coloration de Gram et les tests biochimiques conventionnels. La sensibilité aux antibiotiques des isolats bactériens a été déterminée par la méthode de diffusion sur gélose et interprétée selon les directives du Comité Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CASFM). Résultats: Sur les 1513 échantillons d'urine de patients examinés, 246 (16,3%) étaient positifs pour les organismes microbiens, 216 (14,3%) étaient positifs pour des isolats bactériens significatifs, 9 (0,6%) étaient positifs pour des champignons et 21 (1,4%) étaient positifs pour ovules de Schistosoma haematobium. Parmi les échantillons présentant une bactériurie significative, 91,2% étaient dus à des bacilles à Gram négatif, 5,9% à des coques à Gram positif et 2,9% à des coques à Gram négatif. Escherichia coli était le pathogène bactérien le plus prédominant, représentant 73,2% des isolats. Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont montré une résistance in vitro élevée des isolats bactériens aux antibiotiques testés, les Enterobacteriaceae présentant un taux de résistance compris entre 56,0% pour l'acide nalidixique (NAL) et 67,0% pour l'amoxicilline/acide clavulanique (AMC). Les isolats de Pseudomonas aeruginosa présentaient un taux de résistance de 50,0% à la ceftazidime (CAZ), à la ciprofloxacine (CIP) et à la ticarcilline (TIC), tandis que les isolats de Staphylococcus présentaient un taux de résistance de 100,0% à l'ofloxacine (OFX), la clindamycine (CMN), l'érythromycine, le triméthoprime/ sulfaméthoxazole (SXT) et l'acide fusidique (FA). Les isolats producteurs de bêta- lactamases à spectre étendu (BLSE) ont été identifiés chez 15,1% des Enterobacteriaceae. Conclusion: La forte prévalence d'isolats bactériens résistants aux antibiotiques provenant d'une bactériurie importante dans notre étude souligne le besoin urgent de formuler et de mettre en œuvre des stratégies pour faire face à cette menace potentielle pour la santé publique. Les résultats de notre étude pourraient être utiles aux autorités sanitaires pour planifier des interventions stratégiques qui contribueront à optimiser la gestion de la bactériurie et des infections urinaires dans la ville de Daloa.

Background: Misuse of antibiotics is the leading factor promoting emergence of bacterial resistance, a situation that has become a serious public health challenge. Among the leading bacteria that have developed resistance to antibiotics are Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa, which have caused infections in patients, resulting in considerable mortality. The objective of this retrospective study was to assess antibiotic resistance rates of bacterial pathogens isolated from clinical specimens in two Lebanese hospitals between the years 2018 and 2019. Methodology: Bacteria isolated from routine clinical specimens collected from hospitalized patients in two hospitals, Haroun and Bekaa, in Lebanon for 2018 and 2019, were analyzed. Bacteria isolation and identification were carried out at the laboratory of each hospital using conventional microbiological methods. Antimicrobial susceptibility testings (AST) of each bacterial isolate to antibiotics were performed by the disc diffusion test and interpreted using EUCAST, CLSI or WHO/AST guidelines. Comparisons of the mean resistance rates of each isolate to individual antibiotics by year of isolation were done using the Z-test and p< 0.05 was considered statistically significant. Results: There were a total of 1698 bacteria isolates recovered from hospitalized patients in the two hospitals for 2018 and 2019, of which 87.5% were Gram-negative and 12.5% were Gram-positive bacteria. The most frequent among the Gram-negative isolates was E. coli (66.1%) followed by P. aeruginosa (13.3%), K. pneumoniae (7.7%), Proteus mirabilis (6.7%) and Enterobacter spp (6.3%), while coagulase positive staphylococci CoPS (68.4%) and E. faecalis (31.6%) were the two Gram positive isolates. Of the Gram-negative isolates over the two-year period, 72.2% of E. coli and 76.3% of K. pneumoniae were resistant to ceftazidime, 93% of P. mirabilis to colistin, and 98% of Enterobacter to cefoxitin, but low resistance rates were demonstrated by E. coli to imipenem (1%), K. pneumoniae to tigecycline and amikacin (0.9%), P. mirabilis to imipinem (2%), and Enterobacter to amikacin, ertapenem and tigecycline (3%). Resistance of P. aeruginosa varied between 2% to colistin and 24% to levofloxacin. For the Gram-positive bacteria, 79.1% of E. faecalis were resistant to erythromycin while 70% of CoPS were resistant to cefoxitin, but no isolate was resistant (0%) to linezolid, and only 1% to teicoplanin. Except for Enterobacter spp that showed significant increase in resistance rates (by 250%) to piperacillin/tazobactam in 2019 over 2018, resistance rates of other Gram-negative isolates significantly decreased in 2019 compared to 2018 (p<0.05). For the Gram-positive isolates, resistance rates to many antibiotics tested significantly increased (by a factor of 36.5 - 2569%) in 2019 compared to 2018 among E. faecalis isolates in contrast to the rates for CoPS which significantly decreased by 16.7 - 65.7%, except for penicillin G which increased by a factor of 123%. Conclusion: Overuse and misuse of antibiotics, which is possible because of the easy access of the populace to these drugs, is a leading factor contributing to the high antibiotic resistance rates in this study. There is need to promote awareness of antimicrobial resistance in Lebanon among students especially in non-health related majors and enactment of govermental policy that will limit access to antibiotics. Keywords: antibiotic resistance; changing pattern; hospitalized patients; retrospective French title: Une étude rétrospective des profils de résistance aux antibiotiques de pathogènes bactériens isolés de patients dans deux hôpitaux libanais pendant deux années consécutives (2018 et 2019) Contexte: La mauvaise utilisation des antibiotiques est le principal facteur favorisant l'émergence de la résistance bactérienne, une situation qui est devenue un sérieux défi de santé publique. Parmi les principales bactéries qui ont développé une résistance aux antibiotiques figurent Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa, qui ont provoqué des infections chez les patients, entraînant une mortalité considérable. L'objectif de cette étude rétrospective est d'évaluer les taux de résistance aux antibiotiques des pathogènes bactériens isolés à partir d'échantillons cliniques dans deux hôpitaux Libanais entre les années 2018 et 2019. Méthodologie: Les isolats bactériens prélevés sur des patients hospitalisés dans deux hôpitaux, Haroun et Bekaa, au Liban pour 2018 et 2019, ont été analysés. L'isolement et l'identification des bactéries ont été réalisés au laboratoire de chaque hôpital en utilisant des méthodes microbiologiques conventionnelles. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) de chaque isolat bactérien aux antibiotiques ont été réalisés par le test de diffusion sur disque et interprétés selon les directives EUCAST, CLSI ou WHO/AST. Des comparaisons des taux moyens de résistance de chaque isolat à des antibiotiques individuels par année d'isolement ont été effectuées à l'aide du test Z et p<0,05 a été considéré comme statistiquement significatif. Résultats: Il y a eu un total de 1698 isolats de bactéries récupérés de patients hospitalisés dans les deux hôpitaux durant 2018 et 2019, dont 87,5% étaient à Gram négatif et 12,5% étaient des bactéries à Gram positif. Les isolats à Gram négatif les plus fréquents étaient E. coli (66,1%), suivis de P. aeruginosa (13,3%), K. pneumoniae (7,7%), Proteus mirabilis (6,7%) et Enterobacter spp (6,3%), tandis que les staphylocoques à coagulase positive CoPS (68,4%) et E. faecalis (31,6%) étaient les deux isolats Gram positifs. Parmi les isolats à Gram négatif sur la période de deux ans, 72,2% d'E. coli et 76,3% de K. pneumoniae étaient résistants à la ceftazidime, 93% de P. mirabilis à la colistine et 98% d'Enterobacter à la céfoxitine, mais faible les taux de résistance ont été démontrés par E. coli à l'imipénem (1%), K. pneumoniae à la tigécycline et à l'amikacine (0,9%), P. mirabilis à l'imipinem (2%) et Enterobacter à l'amikacine, à l'ertapénem et à la tigécycline (3%). La résistance de P. aeruginosa variait entre 2% à la colistine et 24% à la lévofloxacine. Pour les bactéries Gram positif, 79,1% des E. faecalis étaient résistantes à l'érythromycine tandis que 70% des CoPS étaient résistantes au céfoxitin, mais aucun isolat n'était résistant (0%) au linézolide et seulement 1% à la teicoplanine. À l'exception d'Enterobacter spp qui ont montré une augmentation significative des taux de résistance (de 250%) à la pipéracilline/tazobactam en 2019 par rapport à 2018, les taux de résistance des autres isolats à Gram négatif ont considérablement diminué en 2019 par rapport à 2018 (p<0,05). Pour les isolats Gram-positifs, les taux de résistance à de nombreux antibiotiques testés ont augmenté de manière significative (d'un facteur de 36,5 à 2569%) en 2019 par rapport à 2018 parmi les isolats d'E. faecalis contrairement aux taux de CoPS qui ont significativement diminué de 16,7 à 65,7%, à l'exception de la pénicilline G qui a augmenté d'un facteur de 123%. Conclusion: la surutilisation et la mauvaise utilisation des antibiotiques, ce qui est possible en raison de l'accès facile de la population à ces médicaments, est l'un des principaux facteurs contribuant aux taux élevés de résistance aux antibiotiques dans cette étude. Il est nécessaire de promouvoir la sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens au Liban parmi les étudiants, en particulier dans les spécialisations non liées à la santé, et la promulgation d'une politique gouvernementale qui limitera l'accès non contrôlé aux antibiotiques. Mots clés: résistance aux antibiotiques; changement de modèle; patients hospitalisés; rétrospective

Objectif : L'infection néonatale bactérienne précoce (INBP) demeure une préoccupation du pédiatre en raison des difficultés diagnostiques et sa morbi-mortalité accrue. Aucun travail antérieur au Mali n'avait étudié l'INBP, d'où l'initiation de ce travail afin d'étudier le profil épidémio-clinique, biologique et bactériologique de l'INBP. Méthode : Etude longitudinale (27 juin-03 septembre 2016) qui a concerné tous les nouveau-nés de 72 heures au plus hospitalisés pour suspicion d'INBP dans le service de néonatologie du CHU Gabriel Touré. L'INBP était définie par la présence de facteurs de risque infectieux maternels et néonataux avec un germe à l'hémoculture. Résultats : Au total, 324 nouveau-nés étaient inclus. La sex-ratio était de 1,6 avec 63,5% de prématurité et 77,8% d'out-born. Les principaux signes cliniques étaient la dysthermie et la détresse respiratoire. Cinquante-deux hémocultures étaient positives sur les 324 réalisées (fréquence hospitalière d'INBP à 11,04%). Les principales bactéries isolées étaient les cocci Gram positifs (Staphylococcus aureus à 55,77% et Streptococccus agalactiae à 03,84%) et les bacilles Gram négatifs (Klebsiella pneumoniae à 13,46 % et E.coli à 07,69%, Pseudomonas aéruginosa à 03,84% et Acinetobacter baumannii à 03,84%) avec une résistance élevée à l'association ceftriaxone + gentamicine (12,5%-100%) et pour une bonne sensibilité à l'association ciprofloxacine + amikacine (100%). La mortalité était de 50% et 19,2% de sortie contre l'avis médical. Conclusion : L'IBNP est une cause majeure de morbi-mortalité néonatale due principalement aux staphylocoques et entérobactéries. Le dépistage et le traitement adéquat de toute infection génitale basse chez la femme enceinte à partir du deuxième trimestre réduirait cette morbi-mortalité.

Background: The family Enterobacteriaceae belongs to the order Enterobacterales, a large diverse group of Gramnegative, facultatively anaerobic bacteria that sometimes cause multidrug-resistant infections which treatment options are often challenging. They are the leading cause of nosocomial bloodstream infection (BSI) and urinary tract infections (UTI). The objective of the study was to carry out a point-prevalence survey of antimicrobial resistance and carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) clinical isolates in two hospitals in Kuwait and Nigeria.Methodology: Clinically significant bacterial isolates of patients from Kuwait and Nigeria, identified by VITEK-2 and MALDI-TOF mass spectrometry analysis were studied. Susceptibility testing of selected antibiotics was performed using E-test and broth dilution methods. Genes encoding carbapenemase, β-lactamases, and extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) were detected by conventional PCR and sequencing, and whole genome sequencing (WGS) analyses.Results: Of 400 isolates from Kuwait and Nigeria, 188 (47.0%) and 218 (54.5%) were Escherichia coli and 124 (31.0%) and 116 (29.0%) Klebsiella pneumoniae, respectively. The prevalence of CRE was 14.0% in Kuwait and 8.0% in Nigeria. The resistance rates of CRE isolates against colistin and tigecycline in Kuwait were 6.6% versus 25.0%, and in Nigeria were 14.2% versus 14.2%, respectively. blaOXA-181 gene was the commonest in CRE isolates in Kuwait and blaNDM-7 in Nigeria. The commonest ESBL gene among the CRE isolates was blaCTX-M-15 in both countries. AmpC resistance genes were present in only Kuwait isolates and mediated by blaEBC, blaCIT and blaDHA. WGS analysis of 12 selected CRE isolates with carbapenem MICs>32μg/ml but no detectable genes from conventional PCR, revealed the presence of multidrug efflux pump genes such as major facilitator superfamily antibiotic efflux pump and resistance-nodulation-cell division antibiotic efflux pump groups.Conclusion: The prevalence of CRE was higher among isolates from Kuwait than Nigeria and the genes encoding resistance in CRE were different. The presence of efflux pump was a main mechanism of resistance in most of the Nigerian CRE isolates. Contexte: La famille des Entérobactéries appartient à l'ordre des Entérobactéries, un grand groupe diversifié de bactéries anaérobies facultatives à Gram négatif qui provoquent parfois des infections multirésistantes dont les options de traitement sont souvent difficiles. Ils sont la principale cause d'infections nosocomiales du sang (BSI) et d'infections des voies urinaires (UTI). L'objectif de l'étude était de mener une enquête sur la prévalence ponctuelle de la résistance aux antimicrobiens et des isolats cliniques d'entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) dans deux hôpitaux au Koweït et au Nigeria.Méthodologie: Des isolats bactériens cliniquement significatifs de patients du Koweït et du Nigéria, identifiés par analyse par spectrométrie de masse VITEK-2 et MALDI-TOF, ont été étudiés. Les tests de sensibilité des antibiotiques sélectionnés ont été effectués à l'aide des méthodes de test E et de dilution en bouillon. Les gènes codant pour la carbapénémase, les β-lactamases et les β-lactamases à spectre étendu (BLSE) ont été détectés par PCR et séquençage conventionnels et analyses de séquençage du génome entier (WGS).Résultats: Sur 400 isolats du Koweït et du Nigéria, 188 (47,0%) et 218 (54,5%) étaient Escherichia coli et 124 (31,0%) et 116 (29,0%) Klebsiella pneumoniae, respectivement. La prévalence de la CRE était de 14,0% au Koweït et de 8,0% au Nigeria. Les taux de résistance des isolats CRE à la colistine et à la tigécycline au Koweït étaient de 6,6% contre 25,0%, et au Nigeria de 14,2% contre 14,2%, respectivement. Le gène blaOXA-181 était le plus courant dans les isolats CRE au Koweït et blaNDM-7 au Nigeria. Le gène BLSE le plus courant parmi les isolats CRE était blaCTX-M-15 dans les deux pays. Les gènes de résistance à l'AmpC étaient présents uniquement dans les isolats du Koweït et médiés par blaEBC, blaCIT et blaDHA. L'analyse WGS de 12 isolats CRE sélectionnés avec des CMI de carbapénème >32 μg/ml mais aucun gène détectable par PCR conventionnelle, a révélé la présence de gènes de pompe d'efflux multidrogues tels que la pompe d'efflux antibiotique de la superfamille facilitatrice majeure et les groupes de pompe d'efflux antibiotique de division cellulaire de résistance-nodulation.Conclusion: La prévalence de la CRE était plus élevée parmi les isolats du Koweït que du Nigeria et les gènes codant pour la résistance à la CRE étaient différents. La présence d'une pompe à efflux était un mécanisme principal de résistance dans la plupart des isolats CRE Nigérians.

Background: Healthcare associated infections (HAIs) have been recognized as a critical challenge affecting the quality of healthcare services provided. A significant proportion of these infections result from cross-contamination of microorganisms which are often acquired and spread by direct contact with patients or contaminated adjacent environmental surfaces through the hands of healthcare workers (HCWs). The objectives of this study are to profile bacterial pathogens commonly found on the hands of health care workers while routinely attending to patients in thehealthcare facility and to determine their antibiotic susceptibility pattern.Methodology: The fingers of the dominant hand of 300 HCWs at the Barau Dikko Teaching Hospital (BDTH), Kaduna, Nigeria, were imprinted on 5% Sheep blood, MacConkey, and Mannitol salt agar plates and incubated at 37°C for 24 hours. Bacteria isolates were identified by Gram staining and conventional biochemical tests. The susceptibility of isolated bacteria to selected antibiotics was determined by the modified Kirby–Bauer disk diffusion method and interpreted using the 2012 guidelines of the Clinical and Laboratory Standards Institute.Results: Bacteria were isolated from the hands of all 300 HCWs, with coagulase negative staphylococci (CONS) being the most frequent (67.0%, 201/300). Other bacteria identified were Staphylococcus aureus (23.7%, MRSA of 3%), Streptococcus pyogenes (2.7%), and Enterobacteriaceae (6%). The isolates were highly sensitive to ofloxacin 96.7% (290/300), augmentin 87.7% (263/300) and ceftriaxone 87.3% (262/300).Conclusion: This study demonstrates a high rate of contamination of hands of HCWs with potentially pathogenic bacteria, some of which were multidrug resistant. Concerted efforts should be made to implement programs dedicated to improve hand hygiene practices in the tertiary health care facility. Keywords: Hand hygiene, bacterial, pathogen, healthcare workers, healthcare associated infection French title: Profil d'agents pathogènes bactériens contaminant les mains des travailleurs de la santé lors des soins quotidiens de routine auxpatients d'un hôpital tertiaire dans le nord du Nigéria Contexte: Les infections associées aux soins de santé (IHA) ont été reconnues comme un défi critique affectant la qualité des services de santé fournis. Une proportion importante de ces infections résulte de la contamination croisée de micro-organismes qui sont souvent acquis et propagés par contact direct avec des patients ou des surfaces environnementales adjacentes contaminées par les mains des travailleurs de la santé (TS). Les objectifs de cette étude sont de dresser le profil des agents pathogènes bactériens que l'on trouve couramment dans les mains des travailleurs de la santé tout en s'occupant régulièrement des patients dans l'établissement de santé et de déterminer leur profil de sensibilité aux antibiotiques.Méthodologie: Les doigts de la main dominante de 300 travailleurs de la santé au Barau Dikko Teaching Hospital (BDTH), Kaduna, Nigéria, ont été imprimés sur des plaques de gélose au sang de mouton à 5%, MacConkey et Mannitol et incubés à 37°C pendant 24 heures. Les isolats de bactéries ont été identifiés par coloration de Gram et tests biochimiques conventionnels. La sensibilité des bactéries isolées aux antibiotiques sélectionnés a été déterminée par la méthode de diffusion sur disque modifiée de Kirby-Bauer et interprétée en utilisant les lignes directrices de 2012 du Clinical and Laboratory Standards Institute.Résultats: les bactéries ont été isolées des mains des 300 TS, les staphylocoques à coagulase négative (CONS) étant les plus fréquents (67,0%, 201/300). Les autres bactéries identifiées étaient Staphylococcus aureus (23,7%, SARM de 3%), Streptococcus pyogenes (2,7%) et Enterobacteriaceae (6%). Les isolats étaient très sensibles à l'ofloxacine 96,7% (290/300), à l'augmentationin 87,7% (263/300) et à la ceftriaxone 87,3% (262/300).Conclusion: Cette étude démontre un taux élevé de contamination des mains des travailleurs de la santé par des bactéries potentiellement pathogènes, dont certaines étaient multirésistantes. Des efforts concertés devraient être faits pour mettre en œuvre des programmes visant à améliorer les pratiques d'hygiène des mains dans les établissements de soins de santé tertiaires. Mots-clés: hygiène des mains, bactérienne, pathogène, personnel de santé, infection associée aux soins de santé

Chez les bactéries à Gram négatif, toutes les protéines destinées à la membrane externe sont synthétisées avec une séquence signal qui est clivée lors de leur acheminement. Ce clivage s’effectue lors du passage de la membrane interne, par LepB pour les protéines intégrales de la membrane externe ou par LspA pour les lipoprotéines. Les séquençage du génome de Dickeya dadantii a permis de mettre en évidence une seconde machinerie de sécrétion de type II nommée Stt (pour Second Type Two). En aval de ce système se trouve un gène dénommé pnlH dont le produit est homologue à des pectines lyases. L’étude de cette protéine a montré qu’elle est un substrat de la machinerie Stt qui permet son passage de la face interne de la membrane externe à sa face externe. En l’absence de Stt ou chez Escherichia coli, PnlH est localisée à la face interne de la membrane externe. Cet ancrage est dû à l’extrémité N-terminale de la protéine qui n’est pas clivée lors du passage de la membrane interne et contient toute l’information pour l’adressage de la protéine. En effet, la fusion des 41 premiers acides aminés de PnlH à des protéines de différents compartiments cellulaires provoque l’adressage de celle-ci à la membrane externe. L’analyse plus approfondie de cette partie N-terminale montre certaines caractéristiques d’une séquence signal Tat-dépendante, permettant le passage de la membrane interne par le système Tat. L’analyse de mutants de la séquence signal ou de la machinerie Tat a confirmé que celle-ci est nécessaire pour le transfert de PnlH à travers la membrane interne. Ainsi, l’analyse de l’adressage de PnlH à la membrane externe a permis de mettre en évidence une nouvelle voie d’acheminement de protéines à la membrane externe des bactéries. Ce nouveau mécanisme de ciblage de protéines à la membrane externe est probablement répandu puisque PnlH est aussi localisée à la membrane externe quand elle est exprimée dans le E. Coli. PnlH n’étant pas détectée comme substrat de la machinerie Tat par les programmes de prédiction, cela suggère qu’il reste à découvrir d’autres protéines de la membrane externe Tat-dépendante encore non identifiées
In Gram negative bacteria, ali the proteins destined for the outer membrane arc synthesized with a sequence signal which is cleaved during their routing. This cleavage is perfonned during the passage of the inner membrane, by LepB for outer membrane proteins (OMPs) or by LspA for lipoproteins. The sequencing of the genome of Dickeya dadamii allowed to bring to Light a second type II secretion machinery named Stt (for Second Type Two). Downstream to this system is a gene called pnlH, the product of which has homology with pectin lyases. The study of this protein showed that it is a substrate of the Stt machinery which allows its passage from the inner face to the outer face of outer membrane. In absence of Stt or in Escherichia coli, PnlH is localized in the inner face of the outer membrane. This anchoring is due to the terminal extremity of the protein which is not cleaved during the crossing of the inner membrane and contains all the information for the addressing of the protein. Indeed, the fusion of the first 41 amino acids of PnlH with proteins of various cellular compartments allows the addressing of these hybrids to the outer membrane. A more detailed analysis of this N-tenninal part shows characteristies of a Tat-dependant sequence signal, allowing the passage of the inner membrane by the Tat system. Analysis of mutants of the sequence signal or of the machinery Tat confirmed that this one is necessary for the passage of PnlH through the inner membrane. So, the analysis of the addressing of PnlH to the outer membrane allowed the identification a new way of routing of proteins to the outer membrane of bacteria. This new mechanism of targeting of proteins in the outer membrane is probably widespread because PnlH is also localized in the outer membrane when it is expressed in E. Coli. Since PnlH is not detected as a substrate of the Tat machinery by the prediction programs this suggests that other Tat targeted outer membrane proteins remain to be identified

Les infections nosocomiales et la résistance bactérienne aux antibiotiques sont répandues au niveau mondial avec une prévalence plus élevée dans les pays en développement aux ressources limitées dont le Liban. Au Liban, les données épidémiologiques sur la résistance chez les bactéries à Gram négatif aux antibiotiques de dernier recours dans les hôpitaux et sur les infections nosocomiales sont rares. Objectifs : Nous avons conduit trois travaux visant à répondre aux objectifs suivants : une première étude pour identifier et comparer les différentes bactéries identifiées dans les infections communautaires et les infections nosocomiales, en mettant l'accent sur les comorbidités et les facteurs sociodémographiques associés. Puis deux études ciblant la résistance aux antibiotiques de dernier recours chez les bacilles à Gram négatif afin d’en décrire l’épidémiologie et d’identifier les caractéristiques des patients associées à cette résistance. La mortalité chez les patients porteurs d’un bacille à Gram négatif résistant aux carbapénèmes a été analysée. Méthodes. Le premier travail a consisté en une étude de cohorte rétrospective, multicentrique, menée dans cinq hôpitaux. Les données ont été recueillies à l'aide d'une fiche standardisée (données démographiques : genre et âge, maladies sous-jacentes et type d’infection acquise). Les deux autres études ont reposé sur une étude de cohorte prospective à partir d’une base de données constituée dans neuf hôpitaux libanais entre 2016-2017 (caractéristiques des patients, variables liées à l’hospitalisation et variables liées aux caractéristiques de l’infection). Les données ont été collectées et traitées avec Statistical Package for the Social Sciences SPSS, version 24. Des régressions logistiques ont été utilisées pour définir le profil des patients pour chaque type de résistance (céphalosporines de 3° génération- C3G, fluoroquinolones, aminosides, carbapénémes) observées chez les bacilles à Gram négatif (entérobactérales, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii). Une analyse de sensibilité basée sur les résultats extrêmes des valeurs manquantes relatives à la sensibilité des bactéries a permis de prendre en compte les données manquantes et de fournir des résultats robustes. Résultats. La première étude a montré l’importance des bacilles à Gram négatif résistants aux antibiotiques au sein des infections nosocomiales mais aussi des infections communautaires avec deux facteurs indépendants de l’acquisition d’une infection nosocomiale : âge avancé et état d'immunosuppression. Les deux autres études ont montré des pourcentages de résistances élevées chez les bacilles à Gram négatif ciblés et ont permis d’établir différents profils de patients pour chaque type de résistance. Par exemple, pour Escherichia coli, la résistance aux C3G était associée à une admission antérieure à l’hôpital et à la présence d’une sonde urinaire. De la même façon, la résistance aux carbapénèmes chez les bacilles à Gram négatif était associée aux patients chirurgicaux, à la présence d’une sonde urinaire ainsi qu’à une infection pulmonaire ou du site opératoire. Concernant la mortalité globale, le modèle proportionnel de Cox a montré que la résistance aux carbapénèmes était associée à une différence significative en termes de survie hospitalière chez les patients porteurs de bacilles à Gram négatif non fermentants par rapport aux bactéries sensibles. Conclusions. Nous avons rapporté la résistance aux antibiotiques de derniers recours chez les entérobactérales (E. coli et entérobactérales non- E. coli) et les bacilles à Gram négatif non fermentants identifiées dans des hôpitaux libanais où les données épidémiologiques sont rares. La description des profils de patients porteurs de ces souches bactériennes résistantes permettra aux cliniciens de prescrire une antibiothérapie probabiliste adaptée
Hospital-acquired infections and bacterial resistance to antibiotics are widespread worldwide, with a higher prevalence in developing countries with limited resources, including Lebanon. In Lebanon, epidemiological data on resistance among Gram-negative bacteria to antibiotics of last resort in hospitals and on nosocomial infections are scarce. Aims: We conducted three studies to meet the following objectives: a first study to identify and compare the different bacteria identified in communityacquired infections and nosocomial infections, focusing on associated co-morbidities and sociodemographic factors. This was followed by two studies targeting resistance to last-resort antibiotics in Gram-negative bacilli, in order to describe the epidemiology and identify patient characteristics associated with this resistance. Mortality in patients with Gram-negative bacilli resistant to carbapenems was analyzed. Methods. The first study was a retrospective, multicenter cohort study conducted in five hospitals. Data were collected using a standardized form (demographic data: gender and age, underlying diseases and type of acquired infection). The other two studies were based on a prospective cohort study using a database compiled in nine Lebanese hospitals between 2016 and 2017 (patient characteristics, variables related to hospitalization and variables related to the characteristics of the infection). Data were collected and processed using Statistical Package for the Social Sciences SPSS version 24. Logistic regressions were used to define the profile of patients for each type of resistance (3rd generation cephalosporins-3GC, fluoroquinolones, aminoglycosides, carbapenem) observed in Gram-negative bacilli (Enterobacteria, Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii). A sensitivity analysis based on the extreme results of the missing values for bacterial sensitivity was used to take account of the missing data and provide robust results. Results. The first study showed the importance of Gram-negative bacilli resistant to antibiotics in both hospital and community-acquired infections, with two independent factors in the acquisition of a nosocomial infection: advanced age and immunosuppression. The other two studies showed high percentages of resistance in the targeted Gram-negative bacilli and established different patient profiles for each type of resistance. For example, in Escherichia coli, resistance to 3GC was associated with previous hospital admission and the presence of a urinary catheter. Similarly, resistance to carbapenems in Gram-negative bacilli was associated with surgical patients, the presence of a urinary catheter, and pulmonary or surgical site infection. In terms of overall mortality, the Cox proportional model showed that carbapenem resistance was associated with a significant difference in hospital survival in patients with nonfermenting gram-negative bacilli compared with susceptible bacteria. Conclusions. We report on resistance to antibiotics of last resort in enterobacteria (E. coli and Non-E. coli enterobacterales) and non-fermenting Gram-negative bacilli identified in Lebanese hospitals, where epidemiological data are scarce. Describing the profiles of patients carrying these resistant bacterial strains will enable clinicians to prescribe appropriate probabilistic antibiotic therapy

La découverte de molécules antibiotiques au XXe siècle a permis de traiter plusieurs maladies infectieuses bactériennes, auparavant mortelles. Cependant, cette avancée thérapeutique s'est suivie d'une utilisation massive, répétée et inadéquate des antibiotiques, conduisant à la montée de l'antibiorésistance. Ce phénomène est alarmant puisqu'on estime à 4,95 millions le nombre de décès associés à la résistance aux antibiotiques en 2019. L'un des mécanismes de résistance mis en place par les Enterobacterales et les bactéries à Gram négatif en général est la (sur)expression des pompes d'efflux. Ces pompes sont capables de prendre en charge plusieurs classes d'antibiotiques différentes, diminuant ainsi leur concentration intrabactérienne et les rendant inefficaces. Une des stratégies envisagées pour contourner ce phénomène de résistance est le développement d'inhibiteurs de pompes d'efflux qui, en combinaison avec un antibiotique, pourront offrir une nouvelle alternative thérapeutique pour traiter les infections bactériennes résistantes.AcrAB-TolC est une pompe d'efflux de la superfamille RND exprimée chez les Enterobacterales telles qu'Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Afin d'identifier des inhibiteurs de cette pompe, une chimiothèque de 1280 fragments a été criblée sur E. coli en combinaison avec un antibiotique modèle substrat de cette pompe, permettant la sélection d'un composé hit appartenant à la famille des pyridylpipérazines. Ce hit n'a pas d'activité antibactérienne intrinsèque, mais il est capable de potentialiser l'activité d'un panel d'antibiotiques par inhibition directe de la protéine AcrB. Des premières études de relations structure-activité ont permis d'identifier deux séries chimiques, la série quinoléine/quinoxaline et la série pyridine. Des modifications structurales autour de ces trois noyaux ont été réalisées grâce à un design rationnel basé sur les structures co-cristallographiques obtenues avec AcrB. 80 composés ont ainsi été synthétisés afin d'identifier des analogues plus puissants et d'établir de nouvelles relations structure-activité. L'introduction de différents substituants possédant une fonction amine a notamment permis de créer de nouvelles interactions avec des résidus acides de la poche d'AcrB. Les paramètres physicochimiques et pharmacocinétiques in vitro des composés les plus prometteurs ont ensuite été mesurés, ce qui a permis la sélection d'un composé pour une étude de pharmacocinétique chez la souris. Afin de sonder plus largement la diversité chimique des substituants introduits sur les noyaux quinoléine et pyridine, une chimiothèque de 672 triazoles a été synthétisée via une réaction de cycloaddition catalysée au cuivre. Le but était d'augmenter la puissance des composés en créant de nouvelles interactions avec la poche d'AcrB tout en diminuant la cytotoxicité et l'activité antibactérienne intrinsèque des composés. Ceci a permis d'identifier de nouveaux composés ayant des activités prometteuses et qui seront prochainement resynthétisés afin de caractériser leur effet biologique et de mesurer leurs propriétés ADME
The discovery of antibiotics in the 20th century allowed to treat a number of previously fatal bacterial infectious diseases. However, this therapeutic progress was followed by a massive, repeated and inappropriate use of antibiotics, leading to the rise of antimicrobial resistance. This phenomenon is alarming, with an estimated 4.95 million deaths associated with antibiotic resistance in 2019. One of the resistance mechanisms developed by Enterobacterales and overall Gram-negative bacteria is the (over)expression of efflux pumps. These bacterial pumps are able to extrude several classes of antibiotics, thereby reducing their intrabacterial concentration and rendering them ineffective. One strategy being considered to circumvent this phenomenon is the development of efflux pump inhibitors which, in combination with an antibiotic, could offer a new therapeutic alternative to treat resistant bacterial infections.AcrAB-TolC is an efflux pump of the RND superfamily found in Enterobacterales such as Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. In order to identify inhibitors of this pump, a chemical library of 1280 fragments was screened on E. coli in combination with a model antibiotic substrate of this pump, leading to the selection of a hit compound belonging to the pyridylpiperazine family. This hit has no intrinsic antibacterial activity, but is able to potentiate the activity of a range of antibiotics by direct inhibition of the AcrB protein. Initial studies of structure-activity relationships have allowed the identification of two chemical series, the quinoline/quinoxaline series and the pyridine series. Structural modifications around these three cores were carried out using a rational design based on the co-crystallographic structures obtained with AcrB. 80 compounds were therefore synthesised in order to identify more potent analogues and establish new structure-activity relationships. In particular, the introduction of different substituents with an amine function allowed to create new interactions with acidic residues in the AcrB binding pocket. The physicochemical and in vitro pharmacokinetic parameters of the most promising compounds were then measured, leading to the selection of one compound for a pharmacokinetic study in mice. In order to enrich the chemical diversity of substituents introduced on the quinoline and pyridine rings, a chemical library of 672 triazoles was synthesised via a copper-catalysed cycloaddition reaction. The aim was to increase the potency of the compounds by creating new interactions with AcrB while reducing the cytotoxicity and intrinsic antibacterial activity of the compounds. This led to the identification of new compounds with promising activities, which will soon be resynthesised in order to characterise their biological effect and measure their ADME properties

L’émergence des bactéries résistantes aux béta-lactamines et aux carbapénèmes, a abouti à la réintroduction de la colistine comme agent de dernier recours pour traiter les infections dues à ces germes. Cependant, les résistances chromosomique et plus récemment plasmidique à la colistine ont apparu. Ce problème de bactéries multi-résistantes a par la suite déclenché la publication d’articles alarmants sur les dangers de ces germes. Pour répondre à la dramatisation médiatique liée à ce problème, mon projet de thèse vise à proposer des stratégies thérapeutiques pour traiter les infections dues aux bactéries multi-résistantes. Dans un premier temps, nous avons testé l’activité d’un large panel comprenant des anciens antibiotiques contre les bactéries résistantes aux carbapénèmes et d’autres résistantes à la colistine. Plusieurs familles d’antibiotiques ont été efficaces contre ces 2 types de bactéries résistantes.Dans un deuxième temps, nous avons évalué l’activité d’antibiotiques combinés en vue de détecter une synergie d’action. Deux combinaisons synergiques ont été retenues : colistine + sulfadiazine et colistine + acide fusidique. Ces associations d’antibiotiques ont démontré un effet bactéricide sur une collection de bactéries Gram négatives résistantes à la colistine, et ceci indépendamment du mécanisme de résistance
The emergence of beta-lactam and carbapenem resistant bacteria, resulted in the reintroduction of colistin as an agent of last resort to treat infections caused by these bacteria. However, chromosomal resistances and more recently plasmidic to colistin appeared. This problem of multidrug-resistant bacteria subsequently triggered the publication of alarming articles on the dangers of these germs. To answer the media dramatization related to this problem, my thesis project aims to propose therapeutic strategies to treat infections due to multiresistant bacteria.Initially, we tested the activity of a large panel including old antibiotics against carbapenem resistant bacteria and others resistant to colistin. Several families of antibiotics have been effective against these two types of resistant bacteria.In a second step, we evaluated the activity of combined antibiotics in order to detect a synergistic action. Two synergistic combinations were retained: colistin + sulfadiazine and colistin + fusidic acid. These combinations of antibiotics have shown a bactericidal effect on a collection of Gram-negative colistin-resistant bacteria, independent of the resistance mechanism

L’augmentation et la dissémination de la résistance aux β-lactamines chez les bacilles à Gram négatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique. Les infections nosocomiales causées par ces bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit à une augmentation de la mortalité, de la morbidité et du coût de traitement. L’utilisation abusive et non contrôlée de ces antibiotiques a grandement contribué à la large diffusion de cette résistance. Ainsi, face à cette préoccupation mondiale et suite à de nombreuses recommandations, plusieurs études épidémiologiques et moléculaires ont été rapportées afin de contrôler et de surveiller la diffusion et la dissémination des BMR. Contrairement à de nombreuses régions dans le monde, il existe peu d’informations concernant la caractérisation moléculaire des gènes de résistance aux β-lactamines des bacilles à Gram négatif isolés en Tunisie et surtout en Libye. C’est dans cette optique que ce projet de Thèse de Doctorat s’articule avec comme objectifs: (i) mettre en évidence la prévalence des bacilles à Gram négatifs multi-résistants isolés aux niveaux des hôpitaux tunisiens et libyens (ii) identifier le support génétique de la résistance aux β-lactamines de ces souches cliniques (iii) étudier la diversité clonale des souches multi-résistantes par typage moléculaire
The increase and spread of β-lactam resistance in gram negative bacteria especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter (E.P.A) species have become a major concern worldwide. The hospital-acquired infections caused by MDR bacteria have led to an increase in mortality, morbidity and cost of treatment. The frequent misuse of antibiotic drug has greatly contributed to worldwide dissemination of antibiotics resistance. Front of this worldwide concern, and various recommendations, several epidemiological and molecular studies have been reported in order to control the spread and the dissemination of these MDR. Unlike many parts of the world, there is little information concerning the molecular characterization of the β-lactam resistance genes of Gram-negative bacilli isolated in Tunisia and especially in Libya. Therefore, it is in this context that the project of this thesis was conducted with essential objectives: (i) highlight the prevalence of multi-resistant Gram negative bacilli isolated in Tunisian and Libyan hospitals (ii) identify the genetic support of resistance to β-lactams of these clinical strains (iii) study the clonal diversity of the multi-resistant strains by molecular typing (iii) study the molecular epidemiology of these BMRs in these countries in order to control the decision-making process of the treatment and the rapid identification of epidemics by implementing appropriate control measures for the spread of infections and especially developing new tools and software for the diagnosis and monitoring of potential MDR bacteria in Mediterranean countries

Les ump kinases bacteriennes constituent une classe particuliere des nucleoside monophosphate kinases. Elles ne montrent aucune homologie de sequences et de structure avec celles-ci mais s'apparentent aux proteines de la famille des carbamate kinases. Leur forme active est hexamerique et regulee par l'utp et le gtp. Leur localisation intracellulaire peripherique inhabituelle suggere d'autres fonctions biologiques. Les etudes cinetiques de ces enzymes ont montre des differences notables de regulation par les nucleotides entre les ump kinases des organismes de bacteries a gram-positif et celles des organismes a gram-negatif. Les premieres montrent une dependance cooperative de l'activite en fonction de la concentration d'atp. Les effecteurs se lient au meme site, le site allosterique, et agissent sur l'affinite pour l'atp independamment de la presence de magnesium. Au contraire, aucune cooperativite pour les substrats n'est observee pour les ump kinases de bacteries a gram-negatif ; cependant l'ump en exces est inhibiteur. Les effecteurs se lient sur deux sites differents, le site allosterique pour le gtp dont le role est principalement de lever l'inhibition par exces de substrat alors que le site utp chevauche le site actif. L'utp, inhibiteur uniquement sous forme non complexee au magnesium, diminue les affinites pour l'ump et pour l'atp selon un mecanisme que nous nous proposons d'appeler inhibition competitive cooperative. Plusieurs structures 3d d'ump kinases bacteriennes ont ete resolues ces deux dernieres annees et ont mis en evidence les acides amines impliques dans la catalyse, l'oligomerisation et la communication entre les sous-unites de l'hexamere
Bacterial ump kinases are a particular class of nucleoside monophosphate kinases and show similarities to proteins of carbamate kinases family. They are hexameric and subject to a complex regulation by gtp and utp. They are localized near the membranes suggesting another biological function. Kinetics studies showed significant differences in the activity regulation by nucleotides between enzymes from gram-negative and gram-positive bacteria. Atp binding is cooperative for ump kinases from gram-positive bacteria. Both effectors bind to the same allosteric site and act independently of magnesium. They show opposite effects, le. Decrease of atp affinity for utp and increase of atp affinity for gtp. Dependence of activity of ump kinases from gram-negative bacteria is hyperbolic in function of atp and exhibits a biphasic behaviour in function of ump where ump in excess is strongly inhibitory. Gtp and utp have two distinct binding sites. Gtp reverses inhibition by excess of ump with only slight changes in substrate affinities for enzymes from gram-negative bacteria. Utp acts only in mg-free form by increasing the km for both substrate and its binding site overlaps the active site of ump kinases from gram-negative bacteria via a mechanism named competitive and cooperative inhibition. Despite the diversity in responses to nucleotides as substrates or effectors, ump kinases from gram-negative and gram-positive bacteria share overall fold and quaternary structure as shown by the three-dimensional structures resolved during the last two years. In addition, these studies pointed at amino agios responsible for catalysis, oligomerization or cross-talk between subunits of the hexamer

Les infections dues aux bactéries gram-négatif multi résistantes en particulier la résistance aux carbapénèmes, représentent un problème majeur de santé publique. La hausse des taux de résistance à ces antibiotiques a conduit à la réutilisation de la colistine, comme alternative thérapeutique de dernier recours. Notre travail de thèse s'est concentré sur l'étude épidémiologique de la résistance aux antibiotiques d’isolats cliniques au Liban. Nos travaux se sont scindés en 4 chapitres, avec trois objectifs principaux; (i) l'étude des bactéries résistantes aux carbapénèmes, (ii) l'élucidation des mécanismes moléculaires de la résistance à la colistine (iii) l'émergence de bactéries à Gram-positif résistantes à la vancomycine. Initialement, une revue de la littérature sur l'épidémiologie et les facteurs de risque associés à l'infection bactérienne au cours de conflits armés et catastrophes naturelles en Asie et au Moyen Orient a été rédigée. Dans le deuxième chapitre nous avons cherché à voir l'effet du changement de traitement de la combinaison colistine-carbapénème à la colistine en monothérapie sur la résistance d’A. baumannii, en plus de la détection du blaVIM-2 codé par plasmide. Dans le troisième chapitre, nous avons détecté la propagation de bactéries gram-négatif résistantes à la colistine en raison de la mutation des (pmrA /pmrB, phoP/phoQ), ou mgrB. Enfin, nous détectons l'émergence du gène vanA d'E. faecium. Il serait nécessaire de mettre en place des enquêtes de surveillance de l’usage des antibiotiques pour éviter la propagation de souches résistantes à ces antibiotiques au Liban
Infections due to multidrug-resistant gram-negative bacteria especially the resistance to carbapenems, have become a major public health problem. This increase in resistance to antibiotics has led to the resuscitation of colistin, as a last-resort treatment option. Our PhD work focused on the epidemiological study of the antibiotic resistance of clinical isolates in Lebanon. This thesis is divided into 5 chapters with three main objectives; (1) the investigation of carbapenem-resistant bacteria in Lebanese hospitals. (2) the Elucidation of the molecular mechanisms of colistin-resistant bacteria in Lebanese patients, and (3) the emergence of vancomycin-resistant gram-positive bacteria in Lebanon. At the start of this thesis, we have prepared a literature review on the epidemiology and the risk factors associated with bacterial infection in conflict wounded and natural disaster in Asia and the Middle East. The second chapter aimed to see the effect of the shift of treatment from colistin-carbapenem combination to colistin monotherapy on the prevalence and resistance of A. baumannii, in addition to the detection of the plasmid-encoded blaVIM-2 gene. In the third chapter, we have detected the spread of colistin-resistant gram-negative bacteria due to mutation of the two-component systems (pmrA /pmrB, phoP/phoQ), or mgrB. We detect the emergence of vanA of Enterococcus faecium resistant to vancomycin. This observation confirms that colistin resistance in Gram-negative bacteria is indeed increasing. In conclusion, it appears necessary and urgent to set up surveys to monitor the use of antibiotics to prevent the spread of resistant strains in Lebanon

Le microbiote digestif humain joue un rôle essentiel et bénéfique pour son hôte mais il est également impliqué dans un nombre croissant de pathologies. Les connaissances sur la composition de cet écosystème ont récemment été révolutionnées grâce à l’utilisation de techniques moléculaires. Cependant, ces techniques comportent des limites importantes. C’est ainsi que le concept de « culturomique » a été introduit ; il consiste en la multiplication de milieux et conditions de culture et l’identification rapide de colonies bactériennes par spectrométrie de masse (MALDITOF) ou par amplification et séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S. Dans la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence une association entre la présence de Clostridium butyricum dans les selles et la survenue d’entérocolite ulcéro-nécrosante que ce soit par méthodes de pyroséquençage et culture ou par PCR quantitative en temps réel spécifique de C. butyricum; identifié après séquençage du génome complet de toutes nos souches de C. butyricum, la présence du gène de la β-hémolysine (toxine). Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons montré par cuturomique que les bactéries à Gram-négatif (BGN) étaient fréquemment disséminées au sein du microbiote cutané transitoire des patients hospitalisés en réanimation ; le réservoir serait essentiellement digestif. En conclusion, le microbiote digestif constitue un réservoir sousestimé de bactéries pathogènes. La microbiologie moderne incluant les nouvelles méthodes de culture permet d’étendre de manière considérable les connaissances sur la composition de cet écosystème et son implication en pathologie humaine
He human gut microbiota plays an important and beneficial role in its host but it is also involved in a growing number of diseases. Knowledge of the composition of this ecosystem have recently been revolutionized by the use of molecular techniques. However, these techniques have significant limitations. Thus, the concept of "culturomics" has been introduced; it consists of the multiplication of culture conditions and the rapid identification of bacterial colonies by mass spectrometry (MALDI-TOF) or by PCR 16S RNA gene sequencing. In the first part of this work, we have demonstrated an association between the presence of Clostridium butyricum in the stool and the occurrence of necrotizing enterocolitis whether by pyrosequencing methods and Culture or by quantitative PCR specific real time C. butyricum; identified after sequencing the complete genome of all our strains of C. butyricum, the presence of the gene of β-hemolysin (toxin). In the second part of this work, we showed by cuturomics that Gram-negative bacteria (BGN) were frequently spread out over the transitional skin microbiota of patients hospitalized in intensive care; the reservoir would essentially digestive. In conclusion, the gut microbiota is an underestimated reservoir of pathogenic bacteria. Modern microbiology including new culture-based methods is currently extending exponentially our knowledge on gut microbiota giving rise to new insights into the pathogenesis or the transmission of infectious diseases