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Dissertations / Theses on the topic 'Interaction à l'ADN'
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Castaing, Bertrand. "La formamidopyrimidine-ADN glycosylase, un enzyme de reparation de l'ADN chez E. Coli : étude de son interaction avec l'ADN." Aix-Marseille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX22035.
Full textAbstract:
La formamidopyrimidine-adn glycosylase (fpg ou mutm) tient une place originale parmi les systemes de reparation de l'adn par excision de base chez e. Coli et constitue un antimutateur puissant de la transversion spontanee g. C. T. A. Fpg est une metalloproteine a zinc multifonctionnelle qui assure l'elimination des purines a cycle imidazole ouvert (residus formamidopyrimidiques ou fapy) et de la 8-oxoguanine (8-oxog), lesions genotoxiques et promutagenes induites dans l'adn par les radiations ionisantes et par l'oxygene singulet. A cote de ses activites fapy- et 8-oxog-adn glycosylase, la proteine fpg est associee a une activite ap endonuclease de classe i. Nous avons applique la methode des gels retards pour l'etude de l'interaction entre fpg et l'adn et nous avons pu mettre en evidence que: 1) un oligonucleotide contenant un site abasique reduit ou un site 1,3-propanediol (analogues de site ap) n'est pas metabolisable par l'enzyme mais se comporte comme un inhibiteur fort des deux activites de l'enzyme. Il forme un complexe abortif stable avec fpg et constitue un ligand de haute affinite pour celle-ci (k#dapp=2,610#1#0m); 2) le site de coordination du zinc dans la proteine est associe au motif conserve -cys-x#2-cysx#1#6-cys-x#2-cys- et est replie sous la forme d'un doigt a zinc necessaire a la fixation de la proteine a l'adn; 3) l'excision de la 8-oxog par l'enzyme est fonction de la base qui est appariee a la lesion et les vitesses d'excision de la 8-oxog dans les paires 8-oxog. N (ou n=c,t,g, ou a) refletent une affinite differente de l'enzyme pour ces differents substrats, 4) fpg interagit avec un facteur cellulaire contenu dans un extrait brut de e. Coli. Il ne se fixe au complexe binaire (fpg/adn) que quand l'adn cible est porteur d'une lesion 8-oxog et n'interfere pas dans la reconnaissance d'un analogue de site ap. Nous proposons que ce facteur est implique, in vivo, dans la reconnaissance specifique de la paire de bases 8-oxog. C
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Plouvier, Bertrand. "Analogues thiazoliques de la nétropsine : interaction avec l'ADN et pouvoir cytotoxique." Lille 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LIL10119.
Full textAbstract:
La nétropsine est un antibiotique d'origine naturelle qui se lie spécifiquement aux bases Adénine et Thymine du petit sillon de l'ADN. Des modèles synthétiques où le motif N-méthylpyrrole de la nétropsine est remplacé par un thiazole différemment substitué ont été élaborés. Le mode de liaison à l'ADN de ces analogues de la nétropsine a été étudié par de nombreuses techniques physicochimiques (spectroscopie d'absorption UV, fluorescence, viscosimétrie, dichroïsme linéaire électrique) et de biologie moléculaire (footprinting) pour l'un d'entre eux. En prenant comme molécules de référence l'amsacrine et la bléomycine, substances antitumorales utilisées en clinique, des hybrides répondant au concept peptide à liaison spécifique-intercalant ont été réalisés: ils comprennent dans leur structure une partie pseudopeptidique thiazolique analogue de la nétropsine et l'élément intercalant constitutif de l'amsacrine ou de la bléomycine. Le mode d'interaction à l'ADN et l'activité biologique de tels hybrides ont été étudiés. Cette étude a permis d'élaborer dans un premier temps un composé (Thia-Nt) se liant dans le petit sillon à une séquence oligonucléotidique spécifique et dans un second temps de composés hybrides hybrides possédant une activité antitumorale en partie due au noyau acridinique intercalant de l'amsacrine qu'on leur a greffé
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Bouffier, Laurent. "Synthèse d'hétérocycles azotes dérivés d'acridine et étude de leur interaction avec l'ADN." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. http://www.theses.fr/2005GRE10182.
Full textAbstract:
Nous avons développé la synthèse de pyridoacridines, analogues d'alcaloïdes naturels et évalué leurs propriétés (physico-chimiques et biologiques). D'une part, nous avons préparé des conjugués entre le motif pyridoacridone et des amines par addition de Michael sur une fonction quinone, ainsi que des conjugués entre le chromophore pyridoacridine et des sucres par lien oxime. Dans un deuxième temps, nous avons élaboré deux voies de synthèse pour accéder à une structure octacyclique. L'étape clé est la condensation d'ortho-diamines sur un bis-électrophile, la phendione. Cette même condensation a été utilisée pour élaborer une nouvelles famille de composés polycycliques fonctionnalisés par des amines (heptacycles). Les propriétés des produits ont été étudiées : D'abord la cytotoxicité des pyridoacridines (ones) avec une IC50 de l'ordre du micromolaire pour les plus actifs. Ensuite, l'électroactivité de certaines pyridoacridones a servi à élaborer un biocateur (détection de l'hybridation de l'ADN). Finalement, deux complexes de ruthénium (II) ont été préparés et caractérisés. Les ligands heptacycliques introduits dans ces complexes modifient fortement l'émission de fluorescence des complexes. De plus, ils interagissent fortement avec le double brin d'ADN et produisent des photocoupures sous illumination<br>We have prepared new pyridoacridines, analogues of natural alcaloids and evaluate their properties (physico-chemical and biological). Firstly, we have prepared conjugates between the pyridoacridone moiety and amines by Michael addition onto a quinone function. Conjugates between pyridoacridine chromophore and sugars have also been prepared using oxime bond formation. Secondly, a new octacyclic structure has been made and the key step is the condensation of ortho-diamines with the bis-electrophile phendione. The same condensation has been used to prepared a new family of amino functionalized heptacycles. The properties of the products have been investigated : Cytotoxicity of pyridoacridines (ones) with an IC50 in the micromolar scale for the most active compounds. Further more, pyridoacridones electroactivity has been used to build a biosensor (DNA hybridisation detection). Finally, two Ru (II) complexes have been prepared and characterized. The heptacyclic ligand has a strong influence on the emission behaviour of the complexes. Its interact strongly with double strand DNA et are responsible of photocleavage under illumination
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Véry, Thibaut. "Simulation de propriétés photophysiques de complexes de ruthénium en interaction avec l'ADN." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0232/document.
Full textAbstract:
Les molécules se trouvent très rarement isolées, ceci implique qu'une modélisation de leur environnement doit être faite lors du calcul de propriétés physiques ou chimiques. Il est possible de considérer l'environnement par plusieurs méthodes de chimie théorique. Le modèle du continuum polarisable est un exemple dont les premières applications ont maintenant plus de 30 ans. Ce modèle permet de reproduire l'influence d'un solvant mais n'est pas capable de représenter des milieux fortement anisotropes tels que les macro-molécules. Afin de représenter de tels environnements, des méthodes couplant la mécanique quantique, pour le traitement de la partie d'intérêt chimique ou physique, et la mécanique moléculaire pour la représentation de l'environnement, ont été développées. Cette thèse est consacrée à l'étude de complexes de ruthénium en interaction avec l'ADN. Leurs spectres d'émission présentent des particularités trés intéressantes dues à cette interaction. Nous montrons que les propriétés photophysiques calculées doivent prendre en compte l'environnement. En particulier, nous avons utilisé une méthode permettant de modéliser la réponse électronique de l'environnement lors de transitions électroniques verticales. Les états triplets de ces complexes intercalés entre deux paires de bases de l'ADN sont également étudiés. En effet, les propriétés d'émission sont liées à la nature de ces derniers et il est important de modéliser de façon correcte le double-brin pour comprendre les mécanismes mis en jeu. Nous avons ainsi donné une interprétation physique à l'effet light-switch<br>Molecules are rarely isolated and a modelisation of their environment must be carried out when computing their physical or chimical properties. Quantum chemistry offers various ways to take into account this environment. For instance, polarizable continuum model is available for more than 30 years. This model is able to reproduce the influence of a solvent upon a solute but while the environment is becoming less isotropic, serious limitations are found for the model. In order to represent such environments, methods coupling quantum mechanics, for the treatment of the physically or chemically interesting part, and molecular mechanics for the environment have been developped. This thesis is dedicated to the study of ruthenium complexes in interaction with DNA. Moreover, their emission spectra are strongly modified by this interaction. We show that the photophysical properties calculated must take into account the environment. Eventually, we used a methodology able to include effects linked to the electronic response of the surroundings when computing vertical transitions. Triplets of these complexes intercalated between 2 DNA base pairs are also studied. Indeed, emission properties are linked to the nature of these and it is necessary to modelize correctly the double-strand to better understand mecanisms involved. The light-switch effect is then elucidated
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Le, Cam Eric. "Conformation de l'ADN et interactions ADN-protéines en microscopie électronique." Paris 11, 1995. http://www.theses.fr/1995PA11T007.
Full text
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Pailhe-Sentagne, Christiane. "Etude de photosensibilisateurs modèles. Interaction et mécanisme d'action vis-à-vis de l'ADN." Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30075.
Full textAbstract:
L'objectif du travail presente concerne l'etude de nouveaux photosensibilisateurs potentiellement utilisables en phototherapie, ayant pour cible l'adn. Dans une premiere partie, l'etude a porte sur des porphyrines liees a un motif intercalant ellipticine. Sous irradiation, ces composes photosensibilisent les coupures d'adn, via un mecanisme de type 2 et avec une efficacite identique ou inferieure a celle de la porphyrine seule. Pourtant ces composes presentent des constantes d'affinites plus fortes, calculees par les methodes de scatchard et de mac ghee et von hippel. Ces constantes dependent du rapport porphyrine/adn. Lorsque ce rapport est faible, les deux chromophores interagissent avec l'adn la constante d'affinite et la taille de site grande, alors que lorsque ce rapport est eleve, la constante et la taille du site sont plus faibles. . . .
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Poulat, Francis. "Le facteur de détermination testiculaire humain : son interaction avec l'ADN, sa localisation nucléaire." Montpellier 1, 1994. http://www.theses.fr/1994MON1T035.
Full text
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Jourdan, Muriel. "Les lésions abasiques de l'ADN : étude par RMN et interaction avec des drogues." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1998. http://www.theses.fr/1998GRE10255.
Full textAbstract:
Notre travail s'inscrit dans le cadre de l'etude par resonance magnetique nucleaire (rmn) d'une des lesions majeures de l'adn : le site abasique. Celui-ci resulte de la perte d'une base nucleique conduisant a la formation du 2-desoxyribose ou de sa forme oxyde, la 2-desoxyribonolactone. La 2-desoxyribonolactone fait l'objet de nombreux travaux mais reste une lesion mal connue, tant d'un point de vue chimique, biologique que structural. Nous avons determine par rmn et modelisation moleculaire, la premiere structure d'un oligonucleotide contenant cette lesion. Par comparaison avec la structure du duplex de reference non modifie et caracterise de la meme facon, nous avons mis en evidence les deformations specifiques induites par la 2-desoxyribonolactone. Une deuxieme partie est consacree a la determination par rmn du mode d'interaction de composes qui reconnaissent specifiquement le site 2-desoxyribose. L'interet majeur de ces molecules est qu'elles pourraient inhiber le systeme de reparation de l'adn dans la cellule. L'etude a ete realisee sur un oligonucleotide contenant un residu tetrahydrofurane, analogue stable du 2-desoxyribose. Nous avons montre qu'une molecule de type base-chaine-intercalant qui potentialise in vitro et in vivo l'effet cytotoxique d'un agent alkylant anticancereux (le bcnu), se complexe de facon specifique avec l'adn. La base de la drogue s'insere notamment dans la loge abasique et forme des liaisons hydrogene de type watson-crick avec la thymine qui fait face a lesion. Par ailleurs, l'etude de l'interaction entre un macrocycle de type bisacridine et ce meme oligonucleotide a montre que la molecule traverse l'adn, une acridine s'intercalant dans la loge abasique, l'autre a une paire de base cote 3, et les chaines polyaminees se positionnent chacune dans un sillon. Une telle molecule constitue ainsi un bon module de reconnaissance du site 2-desoxyribose et pourrait servir de modele a la conception de molecules inhibitrices du systeme de reparation. Ce travail apporte des informations nouvelles sur les lesions abasiques de l'adn et devrait, contribuer a une meilleure comprehension des phenomenes biologiques s'y rapportant ainsi qu'au developpement d'autres molecules a activite anticancereuses.
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Bessiere, Damien. "Le domaine THAP de THAP1 : structure par RMN en solution et interaction avec l'ADN." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00257781.
Full textAbstract:
La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP, conservé au cours de l'évolution et retrouvé dans une centaine de protéines chez l'homme et les organismes animaux modèles. La protéine THAP1 humaine est impliquée dans la régulation du cycle cellulaire dans la voie pRb/E2F et dans la prolifération cellulaire. Le domaine THAP de THAP1 est un motif de liaison à l'ADN de type C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H, séquence-spécifique et dépendant du zinc. Nous avons déterminé la structure tridimensionnelle du domaine THAP de THAP1 par Résonance Magnétique Nucléaire en solution. Ce doigt de zinc atypique de ~ 80 résidus se distingue par la présence d'un long motif ΒΑΒ entre les deux paires de ligands de coordination au zinc C2CH. Nous avons étudié la liaison du domaine THAP de THAP1 à sa séquence ADN spécifiquement reconnue en déterminant une constante de dissociation spécifique par Résonance Plasmonique de Surface et en réalisant des expériences d'empreinte RMN de façon à identifier les résidus impliqués dans la liaison à l'ADN. La combinaison des données de variation de déplacement chimique avec des données de mutagénèse dirigée nous a permis de localiser l'interface de liaison à l'ADN du domaine, correspondant à une zone chargée positivement, et de construire un modèle d'interaction protéine-ADN rendant compte d'une reconnaissance originale.
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Huambachano, Calderon Orlando Sandro. "PARP-1 : interaction du domaine de liaison à l'adn avec des oligonucléotides simple brin." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27398/27398.pdf.
Full text
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Bessière, Damien. "Le domaine THAP de THAP1 : structure par RMN en solution et interaction avec l'ADN." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/175/.
Full textAbstract:
La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP, conservé au cours de l'évolution et retrouvé dans une centaine de protéines chez l'homme et les organismes animaux modèles. La protéine THAP1 humaine est impliquée dans la régulation du cycle cellulaire dans la voie pRb/E2F et dans la prolifération cellulaire. Le domaine THAP de THAP1 est un motif de liaison à l'ADN de type C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H, séquence-spécifique et dépendant du zinc. Nous avons déterminé la structure tridimensionnelle du domaine THAP de THAP1 par Résonance Magnétique Nucléaire en solution. Ce doigt de zinc atypique de ~ 80 résidus se distingue par la présence d'un long motif beta\alpha\beta entre les deux paires de ligands de coordination au zinc C2CH. Nous avons étudié la liaison du domaine THAP de THAP1 à sa séquence ADN spécifiquement reconnue en déterminant une constante de dissociation spécifique par Résonance Plasmonique de Surface et en réalisant des expériences d'empreinte RMN de façon à identifier les résidus impliqués dans la liaison à l'ADN. La combinaison des données de variation de déplacement chimique avec des données de mutagénèse dirigée nous a permis de localiser l'interface de liaison à l'ADN du domaine, correspondant à une zone chargée positivement, et de construire un modèle d'interaction protéine-ADN rendant compte d'une reconnaissance originale<br>The THAP proteins family is characterised by the presence of a protein motif, designed the THAP domain, conserved during evolution and found in a thousand of human and model animal organism proteins. Human THAP1 protein is a regulator of the cell cycle through pRB/E2F pathway. The THAP domain of THAP1 is a C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H type of zinc binding module with sequence specific DNA-binding properties. We solved the three-dimensional structure of the THAP domain of THAP1 by solution Nuclear Magnetic Resonance. This atypical zinc finger of ~ 80 residues is distinguished by the presence of a long beta\alpha\beta motif between the two pairs of the C2CH zinc coordinating residues. We studied the DNA-binding of the THAP domain of THAP1 by the determination of a specific dissociation constant with Surface Plasmon Resonance studies and by performing chemical shift mapping in order to identify DNA-binding affected residues. Combining the chemical shift perturbation data with mutagenesis data allowed us to map the DNA-binding interface of the domain to a highly positively charged area and to build a DNA-protein interaction model showing an original way of recognition
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KLINGER, CORINNE. "Etude de l'architecture quaternaire de l'arn polymerase i de s. Cerevisiae et de son interaction avec l'adn par microscopie electronique et analyse d'images." Strasbourg 1, 1997. http://www.theses.fr/1997STR13145.
Full textAbstract:
La transcription est une reaction hautement regulee orchestree autour de l'arn polymerase qui agit au travers de nombreux contacts avec differents partenaires (facteurs de regulation, l'adn, l'arn synthetise, des topoisomertases,. . . . ). Une etude structurale permettant de positionner ces differents contacts sur l'arn polymerase est un element important pour comprendre les mecanismes de la transcription et sa regulation. Les methodes de radiocristallographie ou par rmn permettant d'atteindre le resolution atomique ne sont pas a l'heure actuelle envisageable pour ces enzymes de grande taille. Seule la microscopie electronique permet de calculer des enveloppes tridimensionnelles a une resolution plus modeste qui ne permet pas de localiser directement ces sites. La microscopie electronique offre une alternative interessante qui est l'identification de domaines fonctionnels au niveau de l'enveloppe tridimensionnelle a l'aide de sondes structurales. L'interet de la localisation spatiale de domaines fonctionnels est qu'elle permet de definir des contraintes geometriques qui permettent de tester un certain nombre de modeles proposes. Cette these illustre une telle approche. L'enzyme etudiee est l'arn polymerase i de levure pour laquelle une enveloppe tridimensionnelle de l'enzyme a ete calculee a 3 nm de resolution. Deux types de sondes ont ete utilises pour determiner l'architecture quaternaire de l'enzyme et elucider l'interaction de l'enzyme avec l'adn. L'arrangement spatiale de sept des quatorze sous-unites la composant a ete etudie par l'observation d'immun-complexes formes entre l'enzyme et des anticorps diriges specifiquement contre les sous-unites. La localisation des epitopes permet par extrapolation de definir l'arrangement spatial des differentes sous-unites entre elles. La localisation des sites d'interaction de l'adn et l'arn quant a eux ont ete etudie par l'observation de complexes d'elongation stables arretes par l'omission d'un nucleotide.
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Elqaidi, Samir. "Etude de la spécificité d'interaction des protéines homologues Mlc et NagC avec l'ADN." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066434.
Full textAbstract:
Les protéines homologues NagC et Mlc sont des régulateurs de la transcription des gènes d'utilisation des sucres chez E. Coli. In vitro, chacune des deux protéines peut interagir avec l'opérateur de l'autre alors qu'aucune régulation croisée n'a été détectée in vivo. Pour comprendre les aspects moléculaires de cette spécificité étroite, nous avons muté les opérateurs du gène ptsG qui est régulé par Mlc, et identifié deux caractéristiques principales permettant de basculer ce gène vers le régulon NagC. Afin de caractériser d'autres gènes régulés par NagC ou Mlc, nous avons effectué une analyse in silico dont les résultats suggéraient l'appartenance du gène galP au régulon NagC. L'étude de la région régulatrice de ce gène a montré que NagC réprime l'expression du gène galP en coopération avec GalR et GalS, isorépresseurs du régulon gal, et que ce contrôle correspondrait à un nouveau mode de régulation, impliquant les régulateurs spécifiques de deux voies métaboliques distinctes.
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Couppez, Maurice. "Les histones H2A, H2B, H3 et H4 : préparation, fragments, structure secondaire, immunologie, interaction avec l'ADN, acétylation." Lille 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LIL12034.
Full textAbstract:
Les histones constituent, abstraction faite de l'eau, environ le tiers de la masse du noyau ; ce sont des constituants intrinsèques de la chromatine. Nous avons décrit cette dernière sous son aspect statique (composition, structure) et sous son aspect fonctionnel (réplication, mitose, différentiation, transcription). Une attention particulière a été accordée aux modifications post-synthétiques des histones. Après avoir mis au point un protocole permettant l'obtention de grandes quantités d'histones pures, nous avons utilisé une partie de celles-ci pour la préparation de grands fragments. Les histones h3 et h4 ont pu d'autre part être fractionnées selon leur degré d'acétylation (acétylation post-traductionnelle des fonctions epsilon-amine des lysines) par deux méthodes de chromatographie d'échange d'ions. L'une est effectuée à pH 6,8 en milieu réducteur à partir d'un mélange d'histones h3 et h4. Les histones sont élues sous forme de complexes h3-h4, dans l'ordre décroissant de leur degré d'acétylation. L'autre méthode qui procède à partir d'une histone isolée est moins douce (urée 6m, pH 3) mais conduit à la séparation totale des sous-espèces de l'histone h4. Tout ce matériel a été utilisé pour des études biochimiques, biophysiques et immunologiques, ce qui a permis notamment les observations qui suivent : les propriétés antigéniques sont liées à la structure secondaire. Les zones en hélice des histones sont essentielles dans la stabilisation de l'ADN en forme b. Le comportement in vitro des histones h3 et h4 dépend étroitement du variant d'histone h3 considère et du milieu. Les particules, reconstituées à partir d'histones acétylées, ou non acétylées, apparaissent semblables en microscopie électronique et en dichroïsme circulaire, mais différent quelque peu par leurs propriétés antigéniques. L'acétylation de l'histone h4 se fait dans un certain ordre, cet ordre dépend du processus cellulaire dans lequel elle est impliquée
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Lefrançois, Marc. "Interaction des sites abasiques de l'ADN avec des effecteurs modèles : dosage, étude enzymatique et application pharmacologique." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 1991. http://www.theses.fr/1991ECAP0197.
Full textAbstract:
Nous avons développé une méthode de dosage des sites abasiques présents dans l’ADN des cellules eucaryotes. Cette méthode, associant les propriétés de coupure du tripeptide Lys-Trp-Lys au niveau des sites apuriniques/apyrimidiniques et la technique d'élution alcaline, a permis de montrer qu'il existe environ 1500 à 2000 de ces sites par génome de cellule l1210. Nous avons ensuite poursuivi l'étude de l'interaction entre la 9-amino-ellipticine et les sites apuriniques et de ses conséquences. Nous avons montré que la 9-aminoellipticine coupe le brin d’ADN porteur d'un site apurinique de cote de la lésion. De plus, les propriétés spécifiques d'interaction avec les sites apuriniques permettent à cette molécule d'inhiber un système enzymatique mimant la réparation par excision de bases. Sur des cellules eucaryotes, cependant, la 9-aminoellipticine n'induit pas de potentialisation détectable de l'activité cytotoxique de certains agents alkylants qui provoquent sur l’ADN des lésions corrigées par ce mécanisme de réparation
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Chartier, François. "La protéine chromosomale MC1 isolée d'archaebactéries de la famille des Methanosarcinaceae : Structure primaire et interaction avec l'ADN." Lille 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LIL10064.
Full textAbstract:
Étude de la protéine mc1 (protéine chromosomique) d'archaeobactéries de la famille des méthanosarcinaceae: structure primaire et étude de sa variabilité. Une région particulière formée de 3 coudes beta juxtaposés semble correspondre au domaine d'interaction avec l'ADN. La protéine MC1 ne présente aucune homologie de séquence avec les protéines chromosomiques des eucaryotes ou des eubactéries ; elle est capable de stabiliser l'ADN contre la dénaturation thermique. Quand la protéine MC1 est complexée à l'ADN dans un rapport physiologique, une forte stimulation de la transcription de l'ADN est observée in vitro.
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MARX-LARRAZABAL, MAITE. "Synthese de derives de l'ellipticine : relation entre cytotoxicite et pouvoir antitumoral et interaction avec l'adn topoisomerase ii." Toulouse 3, 1989. http://www.theses.fr/1989TOU30148.
Full textAbstract:
Notre travail a consiste a synthetiser differentes ellipticines pour en etudier d'une part les proprietes pharmacologiques, et d'autre part, pour rechercher s'il existait une correlation entre leur cytotoxicite et leur aptitude a interagir avec l'adn topoisomerase ii, cette enzyme etant consideree comme une cible potentielle des ellipticines. Nous avons obtenu deux molecules qui presentent des activites antitumorales tres superieures a celle des autres produits. Par contre, nous n'avons pu etablir de correlation entre la cytotoxcicite des ellipticines et leur pouvoir antitumoral sur les leucemies l1210 et p388. Par ailleurs, nous avons montre que toutes les molecules etudiees qui interagissent avec l'adn topoisomerase ii sont 9-hydroxylees. Le pourcentage de complexes clivables qu'elles forment decroit avec leur cytotoxicite et tend vers un plateau pour des ci#5#0 superieures ou egales a 1 um. Toutefois, l'adn topoisomerase ii ne peut etre consideree comme cible unique pour ces produits etant donne que certains d'entre eux ont presente une cytotoxicite et un pouvoir antitumoral non negligeables alors qu'ils ne forment pas de complexes clivables. Cette etude nous a egalement permis de reveler une autre molecule tres interessante dans le sens qu'elle est capable d'induire la formation d'un pourcentage en complexes clivables superieur a celui de la molecule temoin vp16. Il conviendrait a present de poursuivre l'etude de ce compose
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PIARD, KARINE. "Le pcna (proliferating cell nuclear antigen) de schizosaccharomyces pombe : interaction avec l'adn polymerase et relations structure / fonction." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077271.
Full textAbstract:
Notre laboratoire travaille sur la replication de l'adn et son controle au cours du cycle cellulaire en utilisant la levure schizosaccharomyces pombe comme systeme modele. Nous nous sommes plus particulierement interesse a deux proteines replicatives, l'adn polymerase (pol ) et le pcna. La pol de mammiferes est composee d'une sous-unite catalytique de 125 kda (p125) et d'une sous-unite de 50 kda (p50) qui n'a pas de fonction enzymatique connue. Le pcna est une proteine homotrimerique impliquee dans la replication (il stimule l'activite de la pol ), la reparation de l'adn et le controle du cycle cellulaire. Dans un premier temps, nous avons etudie l'interaction entre la pol et le pcna de s. Pombe et avons montre qu'il n'y a pas d'interaction directe entre la p125 et le pcna, ce qui suggere que la p50 pourrait etre le mediateur de l'interaction pol /pcna. Dans un deuxieme temps, nous nous sommes interesse a l'etude des relations structure/fonction du pcna de s. Pombe. Nous avons introduit des mutations au hasard sur la molecule de pcna et, grace a un crible genetique, nous avons isole 2 mutants ponctuels letaux incapables de complementer une souche de s. Pombe deletee du gene codant pour le pcna. Ces mutants n'activent plus la pol de s. Pombe, du fait d'un defaut de trimerisation. Nous avons ainsi identifie deux acides amines indispensables au maintien de la structure tridimensionnelle du pcna et a sa fonction en tant que cofacteur de la pol. Dans une troisieme partie du travail, nous nous sommes interesse au probleme de la toxicite du pcna lorsqu'il est surexprime. Il a ete montre que la surexpression du pcna provoque un allongement des cellules de s. Pombe du a un ralentissement de la phase g2 du cycle cellulaire. En surexprimant differentes deletions du pcna dans les cellules de s. Pombe, nous avons identifie deux regions du pcna potentiellement impliquees dans l'effet toxique. Des experiences complementaires devront etre realisees pour confirmer que ces regions sont effectivement responsables de l'effet toxique.
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El, Idrissi Boutaher Abdelaziz. "Le motif de reconnaissance feuillet beta : conception d'un modele peptidique pour l'etude de l'interaction entre l'adn et le represseur arc." Lille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993LIL2P265.
Full text
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Leriche, Mélissa. "Mise en évidence d’une interaction entre la protéine 53BP1 et les fragments d’Okazaki." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS065.
Full textAbstract:
Le maintien de l’intégrité du génome est un processus crucial à la vie cellulaire. Ce n’est que récemment que les protéines de liaison à l’ARN (« RNA-binding protein » ou RBP) ont été montré être impliquées dans ce processus. En présence d’ADN endommagé, les RBP régulent l’expression des gènes de réponse aux dommages de l’ADN et contrôlent le destin cellulaire. Elles jouent également un rôle plus direct dans la prévention et la réparation des dommages de l’ADN. De plus, des ARN sont présents aux sites de dommages de l’ADN et participent au maintien de l’intégrité du génome. Ainsi, le laboratoire recherche des acteurs protéiques capables de lier directement l’ARN au sein des protéines médiatrices de la réponse aux dommages de l’ADN. Un des candidats est la protéine 53BP1 (p53 binding protein 1) qui contient un domaine de liaison à l’ARN nommé domaine GAR (« Glycine-Arginine Rich »). 53BP1 est un acteur central de la signalisation des cassures double-brin de l’ADN et de la régulation de leur réparation par le processus de jonction d’extrémités non homologues pendant la phase G1 du cycle cellulaire. Le recrutement de 53BP1 aux sites de dommages de l'ADN dépend à la fois d'interactions directes entre 53BP1 et des marques d’histones, mais aussi d’une composante ARN.L’objectif était d’étudier l’interaction entre 53BP1 et l’ARN.Grâce aux méthodes de CLIP (« CrossLinking and ImmunoPrecipitation ») et de 2C (« Complex Capture »), nous avons montré que 53BP1 possède une activité de liaison directe à l'ARN, via son domaine GAR. Nous avons identifié l’acide nucléique interagissant avec 53BP1 comme étant une chimère ARN-ADN constituée d’une partie d’environ 10 ribonucléotides, suivie d’environ 100 désoxyribonucléotides. Ce type de molécule est très similaire à celle des fragments d’Okazaki qui sont impliqués dans l’initiation de la synthèse du brin retardé de la fourche de réplication. Par la méthode de SIRF (« In Situ Protein Interaction with Nascent DNA Replication Forks »), nous avons montré que 53BP1 est présent au niveau de l’ADN naissant, dans un contexte de réplication normal. De plus, la déplétion de la sous-unité catalytique de la primase (PRIM1) qui synthétise l’amorce ARN des fragments d’Okazaki, conduit à la diminution de la présence de 53BP1 à proximité d’ADN naissant. La déplétion de PRIM1 affecte également l’interaction de 53BP1 avec la chimère ARN-ADN in vivo. Ces résultats indiquent que 53BP1 est présent à la fourche de réplication via une interaction directe avec les fragments d’Okazaki. Enfin, sous stress réplicatif induit par l’hydroxyurée, la présence de 53BP1 au niveau de l’ADN naissant est fortement augmentée, indiquant que 53BP1 s’accumule aux fourches de réplication bloquées. L'ensemble de ces résultats montre que 53BP1 est une protéine de liaison aux ARN qui interagit directement avec les fragments d’Okazaki<br>Maintenance of genome integrity is essential for cell survival. It is only recently that RNA-binding proteins (RBPs) have been shown as fundamental actors in this process. In the presence of DNA damage, RBPs regulate the expression of DNA damage response (DDR) related genes and control cell fate. RBPs also have a more direct role in preventing and repairing DNA damage. Moreover, some RNAs are present at sites of DNA damage and, thus, participate in the maintenance of genome integrity. The laboratory is interested in proteins that are both able to directly bind RNA and involved in DDR. One candidate is the 53BP1 protein (p53 binding protein 1) that contains an RNA-binding domain called GAR domain (Glycin-Arginin Rich). 53BP1 is a key protein mediating the signalling of DNA double-strand breaks and channels DNA repair to the non-homologous end-joining pathway during the G1 phase of the cell cycle. The recruitment of 53BP1 to sites of DNA damage depends on both histones marks and an RNA component.The objective was to study the interaction between 53BP1 and RNA.By using CLIP (CrossLinking and Immunoprecipitation) and 2C (Complex Capture) technologies, we showed that 53BP1 presents a direct RNA-binding activity within its GAR domain. We identified the nucleic acid interacting with 53BP1 as being an RNA-DNA chimera composed of about 10 ribonucleotides, followed by about 100 dexoribonucleotides. This type of entity is highly similar to that of Okazaki fragments, that are involved in the initiation of lagging strand synthesis at replication forks. By using the SIRF method (In Situ Protein Interaction with Nascent DNA Replication Forks), we showed that 53BP1 is localized at sites of newly synthetized DNA, under normal conditions of replication. Furthermore, depletion of the catalytic sub-unit of the primase (PRIM1), that catalyzes the synthesis of the RNA primer of Okazaki fragments, results in a decrease in 53BP1 at sites of newly synthetized DNA. PRIM1 depletion also decreases the interaction between 53BP1 and RNA-DNA chimera in vivo. These results indicate that 53BP1 is localized at the replication fork through a direct interaction with Okazaki fragments. Likewise, under replicative stress induced by hydroxyurea, the presence of 53BP1 at the newly synthetized DNA is increased, indicating that 53BP1 accumulates at stalled replication forks. Altogether, these results show that 53BP1 is an RNA-binding protein that directly interacts with Okazaki fragments
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Marrot, Laurent. "Mise en evidence du polymorphisme de l'adn a l'aide de sondes chimiques." Orléans, 1988. http://www.theses.fr/1988ORLE2010.
Full textAbstract:
Le polymorphisme de l'adn et les distorsions induites par la fixation d'un agent antitumoral: le cis-ddp sont etudies a l'aide de reactifs specifiques de la nature et de la conformation des bases. Le bromo ou chloroacetaldehyde permet de cartographier les adenines et les cytosines d'une sequence en conformation z et des jonctions adn-b-adn-z. La caracterisation des distorsions induites par le cis-ddp sur des oligonucleotides et sur les fragments d'adn a ete realisee a l'aide de sondes chimiques. L'accessibilite de la thymine complementaire de l'adenine d'un adduit d(apg) depend de la sequence environnante, la cytosine complementaire n'est pas accessible
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Abi, Ghanem Joséphine. "Contribution à l'étude de la flexibilité de l'ADN et à son rôle dans l'interaction non spécifique DNase I/ADN." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066316.
Full textAbstract:
Dans cette thèse, nous avons d’abord mis au point la première méthode connue de raffinement RMN d’ADN-B à partir des déplacements chimiques du phosphore. Nous montrons que cette approche permet d’obtenir une description détaillée des propriétés d’oligomères d’ADN, à partir d’expériences de routine sur des molécules non marquées, en ayant l’avantage de réduire le temps expérimental d’acquisition des données classiquement utilisées dans les raffinements. Ayant raffiné deux oligomères d’ADN avec notre nouveau protocole, nous avons ensuite élucidé le rôle de leur flexibilité séquence dépendante dans la formation et l’activité du complexe DNase I/ADN. La DNase I, en concentration modérée, clive les jonctions phosphodiester le long de l’ADN avec des probabilités variables. Nous montrons que les pas flexibles dans l’ADN engendrent en aval un élargissement du petit sillon, ce qui, en favorisant la fixation de la DNase I, a pour résultat d’augmenter le taux de coupure à ce site. Ces résultats soulignent l’importance d’obtenir une représentation réaliste de la structure et de la dynamique de l’ADN pour mieux comprendre les mécanismes d’interaction ADN/protéines.
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Thiebaut, Frédéric. "Photomarquage d'affinité couplé à la spectrométrie de masse pour l'identification de protéines interagissant avec des modifications épigénétiques de l'ADN." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066490/document.
Full textAbstract:
Au cours des dernières décennies, la méthylation de l'ADN en position 5 de la cytosine est apparue comme une importante modification épigénétique qui joue un rôle essentiel dans le contrôle spécifique de l'expression des gènes. Cependant, les mécanismes impliqués dans la régulation de la méthylation de l'ADN restent incompris. Des études récentes ont montré que des protéines de type oxydases, nommées TET, peuvent catalyser l'oxydation de la 5-méthylcytosine (5mC) et générer des dérivés oxydés de celle-ci ce qui soulève la question du rôle biologique des formes oxydées de la 5mC. L'identification et la caractérisation des protéines interagissant avec ces formes oxydées devraient permettre une meilleure compréhension de la fonction de ces modifications de l'ADN et de la régulation de la méthylation de l'ADN. Dans ce projet, nous avons développé des sondes photoactivables basées sur l'ADN pour capturer, isoler et caractériser les protéines associées à ces modifications épigénétiques de l'ADN. Tout d'abord, nous avons conçu et évalué les propriétés de différentes sondes oligonucléotidiques photoactivables. Nous avons ensuite réalisé une étude méthodologique afin de caractériser au niveau moléculaire les photoadduits obtenus par MALDI-TOF. Enfin, nous avons développé une méthode de pull-down couplé à du photomarquage et associée à une analyse protéomique par spectrométrie de masse afin d’identifier les protéines ayant une affinité spécifique pour ces modifications épigénétiques<br>Over the past few decades, DNA methylation at the 5-position of cytosine has emerged as an important epigenetic modification that plays essential roles in the specific control of gene expression. However, the mechanisms involved in the regulation of DNA methylation remain unclear. Recent studies have shown that oxidase proteins, called TETs, can catalyze the oxidation of 5-methylcytosine (5 mC) and generate oxidized derivatives thereof, raising the question of the biological role of the oxidized forms of 5mC. The identification and characterization of proteins interacting with these oxidized forms should allow for a better understanding of the function of these DNA modifications and the regulation of DNA methylation.In this project, we develop DNA-based photoactivatable probes to capture, isolate and characterize the proteins associated with these epigenetic DNA modifications. First, we designed and evaluated the properties of different photoactivatable oligonucleotide probes. We then carried out a methodological study in order to characterize at the molecular level the obtained photoadducts by MALDI-TOF. Finally, we developed a pull-down method coupled to photolabelling and associated with proteomic analysis by mass spectrometry to identify proteins with specific affinity for these epigenetic changes
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Sari, Marie-Agnès. "Syntheses de porphyrines cationiques solubles dans l'eau et etude de leurs interactions avec l'adn de thymus de veau." Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066528.
Full textAbstract:
Preparation et caracterisation de porphyrines cationiques dont le nombre et la position des charges varient. Cytotoxicite vis-a-vis des cellules l1210 et de bacteries sensibles aux intercalants et deficients ou non dans leurs systemes de reparation de l'adn
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Léon, Pascale. "Etudes de relations structure-activite dans la serie des dimeres de 7h-pyridocarbazole, agents antitumoraux bis-intercalants de l'adn." Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066487.
Full text
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Cisse, Cheickna. "Etude structurale des aptamères peptidiques anti-Fur et de leur interaction avec leur cible." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00846781.
Full textAbstract:
Fur (Ferric Uptake Regulator) est un régulateur transcriptionnel spécifique des bactéries qui intervient dans le contrôle de l'homéostasie du fer, ce qui en fait une cible antibactérienne intéressante. Avant mon arrivée au laboratoire, quatre inhibiteurs interagissant spécifiquement avec Fur avaient été isolés. La partie active de ces inhibiteurs consiste en des peptides de 13 acides aminés. Au cours de cette thèse, j'ai utilisé une double-approche : théorique et expérimentale pour étudier l'interaction de ces peptides avec Fur afin de comprendre le mécanisme d'inhibition. J'ai synthétisé plusieurs séquences peptidiques, montré par des tests biochimiques que certaines inhibaient Fur et déterminé les interactions importantes à l'activité inhibitrice. J'ai obtenu des modèles théoriques des complexes Fur/peptides par amarrage moléculaire, cohérents avec les résultats expérimentaux, qui ont mis en évidence une zone d'inhibition de Fur. Des criblages in silico dans cette zone ont permis de sélectionner de petites molécules, inhibitrices potentielles de Fur et donc intéressantes pour des applications thérapeutiques.
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Campagne, Sébastien. "Déterminants structuraux de la reconnaissance spécifique de l'ADN par le domaine THAP de hTHAP1 et implications dans la dystonie DYT6." Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/901/.
Full textAbstract:
La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP. Le domaine THAP de la protéine hTHAP1 défini un nouveau motif de coordination du zinc de type C2CH responsable de l'activité de liaison à l'ADN nécessaire pour la fonction de facteur de transcription de la protéine hTHAP1, plus particulièrement impliqué dans la régulation de la prolifération cellulaire. Le domaine THAP est caractérisé sur le plan structural par un repliement atypique présentant une coordination tétraédrique du zinc et une longue insertion entre les deux paires de ligand du zinc adoptant un repliement de type ßaß. Le mode de reconnaissance spécifique de l'ADN du domaine THAP a été élucidé par Résonance Magnétique Nucléaire. Ce domaine reconnaît la cible ADN consensus 5'-TXXGGGCA-3' en établissant des contacts bases spécifiques par l'intermédiaire de son extrémité N-terminale, son brin ß, la boucle L3 et la boucle L4. La résolution de structure du complexe THAP-ADN permet de comprendre comment le domaine THAP va reconnaître spécifiquement l'ADN, l'étape initiale permettant la régulation transcriptionnelle réalisée par hTHAP1. Récemment, des mutations sur le gène de hTHAP1 ont été génétiquement reliées à l'apparition d'une maladie neurodégénérative, la dystonie DYT6. Certaines de ces mutations perturbent la fonction du domaine THAP de hTHAP1 mettant ainsi en évidence que l'activité de liaison à l'ADN de hTHAP1 et la fonction de hTHAP1 sont cruciales pour le maintien de l'intégrité des voies neuronales motrices<br>The THAP protein family is characterized by the presence of a protein motif designed the THAP domain. The THAP domain of hTHAP1 defines a new C2CH zinc coordination motif responsive of the DNA binding essential for transcription factor function of the hTHAP1 protein implicated in cell proliferation regulation. On the structural frame, the THAP domain is characterized by an atypical fold including C2CH zinc coordination and the long insertion between the two zinc ligand pairs adopt a ßaß fold. Specific DNA binding mode has been structurally characterized using Nuclear Magnetic Resonance. This domain binds to 5'-TXXGGGCA-3' consensus DNA target establishing bases specific contacts using its N-terminal loop, its ß-sheet, its loop L3 and its loop L4. Solution structure of the THAP-DNA complex explain how the THAP domain binds specifically to DNA, the first step of the transcriptional regulation mediated by hTHAP1. Recently, mutations in hTHAP1 gene have been genetically linked to the development of dystonia DYT6, a neurodegenerative disease. Some of these mutations disrupt THAP domain of hTHAP1 function highlighting that the DNA binding activity of hTHAP1 and hTHAP1 function are essential to maintain motor neuronal ways
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Bergametti, Françoise. "Etude fonctionnelle de la protéine régulatrice X des hépadnavirus et de son interaction avec la protéine cellulaire DDB1." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077011.
Full text
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Martin, Marion. "Analyse de la méthylation de l'ADN des cellules CD133+ dans le cancer du foie et son interaction avec la voie de signalisation TGF-b." Phd thesis, Ecole normale supérieure de lyon - ENS LYON, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00942762.
Full textAbstract:
Au sein des tumeurs, y compris pour le carcinome hépatocellulaire (CHC), des sous-populations de cellules néoplasiques ont révélé une grande capacité à initier de nouvelles tumeurs et à induire des métastases. Les premières études sur ces cellules ont rapidement montré que la présence de ces cellules était déterminante dans le développement tumoral et elles ont donc été renommées " cellules souches cancéreuses " (CSCs). Malheureusement les mécanismes impliqués dans la maintenance de ces CSCs ne sont que partiellement compris. Par ailleurs dans le CHC un lien a été établi entre les signaux du facteur de croissance de transformation (Transforming Growth Factor, TGF-ß) provenant du microenvironnement tumoral et certaines populations de cellules cancéreuses dont la présence est corrélée à un faible pronostic. La façon dont TGF-ß peut ainsi établir et modifier un phénotype cellulaire dans le CHC reste néanmoins obscure. La méthylation de l'ADN étant un acteur majeur dans la mise en place des programmes cellulaires, notre but a été de caractériser le méthylome de CSCs hépatiques et son lien avec la capacité de TGF-ß à induire des CSCs. Nous nous sommes appuyés sur l'expression du marqueur CD133 pour définir la population de CSCs hépatiques. Afin comprendre l'importance des marques de méthylation de l'ADN dans les CSCs hépatiques, nous avons dans un premier temps déterminé quelle était la signature des cellules CD133+ au niveau de la méthylation de l'ADN en utilisant des puces de méthylation à grande échelle. Les sites CpG différentiellement méthylés ont montré un enrichissement pour d'une part des voies de signalisation déjà identifiées dans les CSCs et, d'autre part, pour des voies de signalisation associées au processus inflammatoire dont la voie TGF-ß/SMAD. Par la suite, nous avons montré que TGF-ß pouvait induire de façon permanente les cellules CD133+ contrairement à une autre cytokine influente dans le cancer du foie, l'interleukine 6. Cette augmentation de cellules CD133+ induite par TGF-ß est associée à des changements de méthylation de l'ADN sur l'ensemble du génome et qui sont, de plus, maintenus au cours des divisions cellulaires. La comparaison entre les deux méthylomes (liés aux cellules CD133+ et à l'action de TGF-ß) a exposé une signature commune significative indiquant que TGF-ß pourrait promouvoir le phénotype de CSC via le processus de méthylation de l'ADN. Mais nous avons également déterminé qu'une grande partie des effets sur la méthylation induits par TGF-ß était totalement indépendante de l'induction de cellules CD133+. Enfin, nous avons observé que les sites de méthylation sensibles au signal de TGF-ß étaient regroupés de façon significative au niveau de régions " enhancer " qui régulent la transcription des gènes. Par ailleurs, ces sites incluaient également des gènes précédemment identifiés comme cibles de TGF-ß mais aussi des gènes codant pour des acteurs épigénétiques de premier ordre comme les méthyltransférases de l'ADN. Ces résultats constituent la première description d'une signature de méthylation de l'ADN induite par TGF-ß permettant une reprogrammation stable vers un profil épigénétique de CSC hépatiques.
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Kermi, Chames. "Interaction fontionnelle entre le système de tolérance des lésions et le checkpoint des dommages à l'ADN : conséquences sur la stabilité du génome et l'oncogenèse." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONT3520/document.
Full textAbstract:
Notre génome subit constamment les effets néfastes des agents endommageant de l'ADN. Afin de se protéger de ces effets délétères, les cellules disposent d’un système de détection des dommages à l’ADN (point de contrôle ou « checkpoint »). Certaines lésions peuvent persister quand les cellules entrent en phase S et inhiber ainsi la synthèse de l’ADN en interférant avec les ADN polymérases réplicatives. Ceci peut provoquer des arrêts prolongés des fourches de réplication ce qui fragilise l’ADN. Pour préserver l’intégrité de l’information génétique, les cellules ont développé une voie de tolérance qui implique des ADN polymérases spécialisées dans la réplication des lésions, appelées ADN Polymérases translésionnelles (Pols TLS). Dans ce processus, PCNA joue le rôle de facteur d’échafaudage pour de nombreuses protéines impliquées dans le métabolisme de l'ADN. Les mécanismes de régulation des échanges entre les différents partenaires de PCNA ne sont pas très bien compris. Parmi les protéines qui interagissent avec PCNA, CDT1, p21 ou encore PR-Set7/Set8 sont caractérisées par une forte affinité pour cette protéine. Ces dernières possèdent un motif d’interaction particulier avec PCNA, nommé « PIP degron », qui favorise leur protéolyse d'une manière dépendante de l’E3 ubiquitine ligase CRL4Cdt2. Après irradiation aux UV-C, le facteur d’initiation de la réplication CDT1 est rapidement détruit d’une manière dépendante de son PIP degron, Dans la première partie de mon travail, j’ai contribué à comprendre le rôle fonctionnel de cette dégradation. Les résultats obtenus ont fourni des évidences expérimentales qui montrent que l’inhibition de la dégradation de CDT1 par CRL4Cdt2 dans les cellules de mammifères compromet la relocalisation des TLS Pol eta et Pol kappaen foyers nucléaires induits par les irradiations UV-C. On a constaté que seules les protéines qui contiennent un PIP degron interfèrent avec la formation de foyers de Pol eta. La mutagenèse du PIP degron de CDT1 a révélé qu'un résidu de thréonine conservé parmi les PIP degrons est essentiel pour l'inhibition de la formation des foyers des TLS Polymérases. Les résultats obtenus suggèrent que l’élimination de protéines contenant des PIP degrons par la voie CRL4Cdt2 régule le recrutement de TLS Polymérases au niveau des sites des dommages induits par les UV-C.Dans un second temps, on s’est intéressé à l’étude du checkpoint des dommages à l’ADN au cours de l’embryogénèse. En effet, dans les embryons précoces, le checkpoint est silencieux jusqu'à la transition de mid-blastula (MBT), en raison de facteurs maternels limitants. Dans ce travail, nous avons montré, aussi bien in vitro qu’in vivo, que l’ubiquitine ligase de type E3 RAD18, un régulateur majeur de la translésion, est un facteur limitant pour l’activation du checkpoint dans les embryons de xénope. Nous avons montré que l'inactivation de la fonction de l’ubiquitine ligase RAD18 conduit à l'activation du checkpoint par un mécanisme qui implique l’arrêt des fourches de réplication en face des lésions produites par les UV-C. De plus, nous avons montré que l'abondance de RAD18 et de PCNA monoubiquitiné (PCNAmUb) est régulée au cours de l’embryogénèse. À l’approche de la MBT, l’abondance de l'ADN limite la disponibilité de RAD18, réduisant ainsi la quantité de PCNAmUb et induisant la dé-répression du checkpoint. En outre, nous avons montré que cette régulation embryonnaire peut être réactivée dans les cellules somatiques de mammifères par l'expression ectopique de RAD18, conférant une résistance aux agents qui causent des dommages à l'ADN. Enfin, nous avons trouvé que l'expression de RAD18 est élevée dans les cellules souches cancéreuses de glioblastome hautement résistantes aux dommages de l'ADN. En somme, ces données proposent RAD18 comme un facteur embryonnaire critique qui inhibe le point de contrôle des dommages de l’ADN et suggèrent que le dérèglement de l’expression de RAD18 peut avoir un potentiel oncogénique inattendu<br>Our genome is continuously exposed to DNA damaging agents. In order to preserve the integrity of their genome, cells have evolved a DNA damage signalling pathway known as checkpoint. Some lesions may persist when cells enter the S-phase and halt the progression of replicative DNA polymerases. This can cause prolonged replication forks stalling which threaten the stability of the genome. To preserve the integrity of genetic information, cells have developed a tolerance pathway which involves specialized DNA polymerases, called translesion DNA polymerases (TLS Pols). These polymerases have the unique ability to accommodate the damaged bases thanks to their catalytic site. In this process, PCNA acts as a scaffold for many proteins involved in DNA metabolism. The mechanisms governing the exchanges between different PCNA partners are not well understood. Among the proteins that interact with PCNA, CDT1, p21 and PR-Set7/set8 are characterized by a high binding affinity. These proteins have a particular interaction domain with PCNA, called "PIP degron", which promotes their proteasomal degradation via the E3 ubiquitin ligase CRL4Cdt2. After UV-C irradiation, the replication initiation factor CDT1 is rapidly degraded in a PIP degron-dependent manner. During the first part of my work, we wanted to understand the functional role of this degradation. Our results have shown that inhibition of CDT1 degradation by CRL4Cdt2 in mammalian cells, compromises the relocalisation of TLS Pol eta and Pol kappato nuclear foci after UV-C irradiation. We also found that only the proteins which contain a PIP degron interfere with the formation of Pol eta foci. Mutagenesis experiments on CDT1 PIP degron revealed that a threonine residue conserved among PIP degrons is essential for inhibiting foci formation of at least two TLS polymerases. This results suggest that CRL4Cdt2-dependent degradation of proteins containing PIP degrons regulates the recruitment of TLS polymerases at sites of UV-induced DNA damage.During the second part of my thesis, we studied DNA damage checkpoint regulation during embryogenesis. Indeed, in early embryos, the DNA damage checkpoint is silent until the mid-blastula transition (MBT) due to maternal inhibiting factors. In this work, we have shown, both in vitro and in vivo, that the E3 ubiquitin ligase RAD18, a major regulator of translesion DNA synthesis, is a limiting factor for the checkpoint activation in Xenopus embryos. We have also shown that RAD18 depletion leads to the activation of DNA damage checkpoints by inducing replication fork uncoupling in front of the lesions. Furthermore, we showed that the abundance of RAD18 and PCNA monoubiquitination (PCNAmUb) is regulated during embryonic development. Near the MBT, the increased abundance of DNA limits the availability of RAD18, thereby reducing the amount of PCNAmUb and inducing the de-repression of the checkpoint. Moreover, we have shown that this embryonic-like regulation can be reactivated in somatic mammalian cells by ectopic expression of RAD18, conferring resistance to DNA damaging. Finally, we found high RAD18 levels in glioblastoma cancer stem cells highly resistant to DNA damage. All together, these data propose RAD18 as a critical factor that inhibits DNA damage checkpoint in early embryos and suggests that dysregulation of RAD18 expression may have an unexpected oncogenic potential
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Petitclerc, Nancy. "Implication de la poly (ADP-ribose) polymérase-1 dans la réparation de l'ADN par excision de nucléotides : Caractérisation d'une interaction fonctionnelle avec la protéine DDB2." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/29118/29118.pdf.
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Peixoto, Paul. "Ciblage de l'ADN par de molécules antitumorales et modulation de l'activité des partenaires protéiques." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00322954.
Full textAbstract:
L'éventail thérapeutique utilisé en chimiothérapie antitumorale fait appel à des molécules ayant un indice thérapeutique limité dû à leur faible sélectivité d'action. C'est pourquoi nous développons au laboratoire de nouvelles approches pour guider la conception d'agents antitumoraux plus sélectifs. Cette approche s'intègre dans un design rationnel de ligands de l'ADN qui inhibent l'activité de liaison à l'ADN de facteurs de transcription afin de réguler l'expression de certains gènes.<br />Les dérivés DB, retenus pour cette étude, sont des molécules synthétisées par les Prs David Boykin et David Wilson (Atlanta) qui se fixent sur des séquences spécifiques dans le petit sillon de l'ADN. Ainsi, le composé diphényl-furane DB75 se lie en monomère à des séquences riches en paires de bases AT, alors que le dérivé phényl-furane-benzimidazole DB293 reconnaît la séquence 5'-ATGA en dimère. Cette reconnaissance «séquence-spécifique» pourrait cibler spécifiquement des interactions ADN-facteurs de transcription impliquées dans la régulation des gènes et la prolifération cellulaire.<br />Dans cette optique notre travail a été de déterminer la spécificité d'interaction à l'ADN de nouvelles molécules et d'en évaluer leur distribution cellulaire afin de pouvoir, dans un second temps, étudier la modulation de la liaison à l'ADN de facteur de transcription après fixation des dérivés.<br />Ainsi, nous nous sommes tout d'abord intéressés à la distribution cellulaire des composés DB dérivant du DB75 et du DB293 afin de déterminer s'ils pénètrent efficacement dans la cellule et se dirigent vers l'ADN nucléaire. Les résultats obtenus valident ceux publiés précédemment (Lansiaux et al., 2002a, 2002b) et montrent le faible impact des modifications du corps polycyclique sur la distribution des composés DB. Ainsi, les composés diphényl-furanes substitués sur le cycle furane, pénètrent efficacement dans le noyau alors que seules certaines substitutions sur les groupements phényles empêchent la molécule de pénétrer dans le noyau. Les conséquences cellulaires sont surprenantes puisque ces derniers composés présentent une très bonne cytotoxicité. Dans un second temps, nous avons étudié la spécificité et l'affinité de ces dérivés pour l'ADN. Nous avons ainsi découvert de nouveaux ligands des sites riches en paires de bases AT et des séquences ATGA qui ont permis de compléter nos connaissances des relations structure/affinité de ces composés.<br />Afin de déterminer si cette famille de ligands peut moduler sélectivement l'activité de liaison à l'ADN de facteurs de transcription, un criblage en mode compétitif de l'activité de 54 facteurs de transcription a été réalisé avec le DB293. Pour cela nous avons utilisé une approche innovante basée sur le principe des macroarrays : les membranes Transignal/Protein/DNA array I. Nous avons mis en évidence l'inhibition de la fixation de Pit-1 et Brn-3, deux facteurs de transcription à domaine POU dont les sites consensus contiennent un site riche en paires de bases AT et la séquence 5'-ATGA. Cependant, la seule présence d'un site 5'-ATGA ne prévient pas l'inhibition de l'activité de liaison à l'ADN par le DB293 puisque le facteur de transcription IRF-1 présentant aussi un site 5'-ATGA dans son site consensus n'est pas inhibé par le DB293. Nous avons montré que le DB293 interagit en dimère aux séquences 5'-ATGA des sites consensus Brn-3 et Pit-1 mais pas sur celui de IRF-1.<br />En parallèle, un ciblage de facteurs de transcription associés de manière privilégiée à un cancer donné et se liant au même type de séquence que les composés DB a orienté notre étude sur le complexe de transcription PBX/HoxA9. Ce complexe protéique se lie à une séquence nucléotidique à la fois riche en paire de base AT et contenant un site ATGA. Les membres de ce complexe sont sur-exprimés ou transloqués dans bon nombre de leucémies aiguës myéloïdes, lymphoïdes ou de syndromes myéloprolifératifs. Des tests d'interaction protéine/ADN nous ont permis de sélectionner des composés empêchant la fixation de HoxA9 sur sa séquence ADN cible. Les premiers résultats prometteurs dans la cellule montrent une toxicité induite par nos dérivés sur des cellules dont la prolifération est dépendante de l'activité de HoxA9 alors que cette toxicité est moindre dans des cellules n'exprimant pas HoxA9. Des tests clonogéniques effectués sur des cellules de moelle osseuse transformées par HoxA9 montrent un effet antiprolifératif du composé sélectionné qui est plus important sur les progéniteurs les moins engagés dans les voies de différentiation hématopoïétique.<br /><br />De plus, le criblage de nouvelles séries de molécules dicationiques a permis d'identifier 3 nouveaux composés, les dérivés DB1255, DB1242 et RT-29 qui se lient à des séquences originales riches en paires de base GC. Il s'avère que le composé DB1255 inhibe efficacement la fixation du facteur de transcription Erg sur son site consensus EBS.<br /><br />Cette étude montre pour la première fois l'inhibition de la fixation de facteurs de transcription par les composés DB et ouvre ainsi de nombreuses pistes prometteuses dans l'inhibition spécifiques de facteurs de transcription impliquées dans des processus de tumorogenèse.
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Sedletska, Yuliya. "Signalisation moléculaire par le système de réparation des mésappariements de l'ADN et l'agent anticancéreux cisplatine : étude des interactions protéine MutS-composé de lésion du cisplatine." Phd thesis, Université d'Orléans, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00387491.
Full textAbstract:
Le système de réparation des mésappariements de l'ADN (MMR) est impliqué dans la cytotoxicité de l'agent anticancéreux cisplatine en activant une voie apoptotique. La déficience de ce système de réparation est reliée in vivo à une chimiorésistance des cellules cancéreuses au cisplatine. Afin de définir le lien entre la cytotoxicité du cisplatine et le fonctionnement du système MMR, nous avons étudié l'interaction de la protéine MutS du système MMR bactérien avec un composé de lésion du cisplatine (formé lorsqu'une base non complémentaire est incorporée en face de l'une des deux guanines platinées appartenant à l'adduit intrabrin d(GpG)). Mon travail a porté essentiellement sur i) une étude des propriétés biochimiques ATP-dépendantes de MutS en présence d'un composé de lésion du cisplatineii) une étude d'interaction entre plusieurs composés de lésion du cisplatine et la protéine HMGB1 qui est bien connue comme pouvant inhiber l'accessibilité des lésions majoritaires du cisplatine à des protéines de réparation. Notre étude a été réalisée par des techniques de biologie moléculaire, de biochimie et de spectroscopie (résonance plasmonique de surface). Nous montrons qu'un composé de lésion du cisplatine module les propriétés ATP-dépendantes de MutS, un résultat inattendu étant qu'il inhibe le relargage de MutS de l'ADN. Un composé de lésion pourrait donc jouer un rôle dans la signalisation MMR-dépendante en modulant les stades précoces de l'initiation de la réparation ce qui est en accord avec le modèle dit « de signalisation directe MMRdépendante».
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Woerner, Stéphanie. "Interaction entre les lamines de type A sauvages ou mutées et le facteur de transcription SREBP1 : caractérisation et impact sur la liaison de SREBP1 à l'ADN." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077016.
Full textAbstract:
Les lamines de type A (prélamine A, lamines A et C) sont des protéines nucléaires codées par le gène LMNA. Elles jouent un rôle dans la structure du noyau et dans la régulation de l'expression de gènes grâce à leur capacité à interagir avec divers partenaires. Nous avons caractérisé l'interaction des lamines A/C avec le facteur de transcription SREBP1 (Sterol Regulatory Elément Binding Protein 1) impliqué dans la différenciation adipocytaire, afin d'élucider le mécanisme par lequel SREBP1 serait inactivé dans les lipodystrophies causées par des mutations du gène LMNA. Les tests de pull-down réalisés avec des domaines protéiques purifiés ont montré qu'/w vitro i) le domaine 227-487 de SREBP1, qui inclut les régions de liaison à l'ADN et de dimérisation (bHLH-zip), interagit avec un domaine de la région carboxyl-terminale des lamines qui est commun à la prélamine A et aux lamines A/C; et ii) les lamines mutées R482W et R453 W, responsables de lipodystrophie (FPLD) et de dystrophie musculaire (AD-EDMD), présentent un gain d'interaction pour SREBP1. De plus, les tests de retard sur gel et de pull-down réalisés en présence d'ADN SRE (Sterol Response Elément) suggèrent i) un chevauchement des sites d'interaction pour les lamines et l'ADN au sein du domaine 227-487 de SREBP1, et ii) une interaction préférentielle de SREBP1 avec l'ADN plutôt qu'avec les lamines, en raison de constantes d'affinités différentes. Nos résultats suggèrent que dans les cellules de tissu adipeux dystrophique, SREBP1 serait séquestré par les lamines de type A avant d'avoir lié ses séquences d'ADN cibles, inhibant ainsi sa fonction de facteur de transcription<br>A-type lamins (prelamin A, lamins A and C) are nuclear proteins encoded by the LMNA gene. They play a role in the nuclear structure and in the regulation of gene expression due to their capacity to interact with many partners. We have characterized the interaction of A-type lamins with the transcription factor SREBP1 (Sterol Regulatory Element Binding Protein 1) involved in adipocyte differentiation, in order to elucidate the mechanisms by which SREBP1 would be inactivated in lipodystrophies caused by LMNA gene mutations. Pull-down assays performed with purified protein domains have shown that in vitro i) the domain 227-487 of SREBP1 that includes the DNA binding and the dimerization regions (bHLH-zip), interacts with a domain of the carboxyl-terminal region of lamins that is commun to prelamin A and lamins A/C; and ii) the R482W and R453W variants of lamins identified in lipodystrophy (FPLD) and muscular dystrophy (AD-EDMD) bound to SREBP1 227-487 with increased avidity. In addition, electrophoretic mobility shift assays and pull- down assays performed in the presence of SRE DNA(Sterol Response Element DNA) suggest i) an overlap of the interaction sites for lamins and DNA within the domain 227-487 of SREBP1 and ii) a preferential interaction of SREBP1 with DNA than with lamins, due to different affinity constants. Our results suggest that in cells of dystrophic adipose tissue, SREBP1 would be inactivated due to its sequestration by A-type lamins before reaching its target DNA sequences
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DELLA, SETA FLAVIO. "Le facteur abfi de saccharomyces cerevisiae et son interaction avec les genes rpc40, rpc160, l2a et l2b. Purification, reconnaissance de l'adn et role dans la transcription." Paris 11, 1990. http://www.theses.fr/1990PA112234.
Full textAbstract:
Nous avons identifie et purifie un facteur de transcription qui se lie en amont des genes rpc160 et rpc40 codant pour deux sous-unites d'arn polymerase de levure. Le site de liaison de la proteine en amont du gene rpc40 correspond a la boite pub (polymerase upstream box). Differents criteres structuraux et fonctionnels ont suggere que le facteur pub pouvait correspondre a la proteine abfi (ars binding factor i). L'identite de ces deux proteines a ete confirmee avec des anticorps diriges contre la proteine abfi. Le facteur purifie par affinite a ete utilise pour determiner la constante de dissociation apparente (5. 10##1#0 m dans mgcl#2) et les parametres cinetiques de la formation du complexe abfi-adn. Une analyse par mutagenese nous a permis d'identifier l'existence de neuf positions importantes pour la liaison de la proteine in vitro et de determiner la sequence optimale de liaison rtcyb(n)#4acg. Cette sequence a permis d'identifier des sites pour abfi en amont de nombreux genes de levure. La liaison de abfi s'est averee importante pour l'activation de la transcription des genes de proteines ribosomales l2a et l2b. Ces resultats suggerent que abfi joue un role fondamental dans la regulation du taux de croissance cellulaire
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De, Vos Mike. "Interaction fonctionnelle de la Poly(ADP-Ribose) polymérase-1 (PARP1) avec des protéines de l'hétérochromatine : impact sur la fonction de l'hétérochromatine et la réparation de l'ADN." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ001.
Full textAbstract:
Nous avons identifié une association poly(ADP-ribose) (PAR)-dépendante entre PARP1 et UHRF1. UHRF1 est PARylé par PARP1 et lie le PAR de façon non covalente. L’absence de PARP1 (i) perturbe l’association de UHRF1 et DNMT1, (ii) induit une ubiquitination excessive de DNMT1 par UHRF1 favorisant sa dégradation au cours du cycle, (iii) favorise la transcription des régions de l’hétérochromatine péricentrique (pHC) (iv) et perturbe la localisation de la marque répressive H4K20me3 au niveau des foyers de l’pHC. Dans un deuxième temps, nous avons étudié le rôle de l’association KAP1-HP1 dans la réponse cellulaire aux dommages. L’interaction entre ces deux partenaires est essentielle pour le recrutement de KAP1 sur les sites de cassures. Après induction de cassures, l’absence d’interaction induit un délai dans la réparation des cassures double-brins et une diminution de la survie cellulaire. Une analyse détaillée suggère une déficience du mécanisme de réparation par recombinaison homologue<br>We identified a poly(ADP-ribose) (PAR)-dependent interaction between PARP1 and UHRF1. UHRF1 is PARylated by PARP1 and binds PAR in a non-covalent way. The absence of PARP1 (i) impairs the UHRF1/DNMT1 interaction, (ii) induces excessive UHRF1-mediated ubiquitination of DNMT1 promoting its degradation during the cell cycle, (iii) increases the transcription of pericentric heterochromatin (pHC) regions (iv) and impairs the localization of the repressive histone mark H4K20me3 on pHC. In a second project we studied the role of the KAP1/HP1 interaction in response to DNA damage. The interaction between the two partners is essential for KAP1 recruitment to DNA damage sites. The absence of the interaction, after damage, induces a delay of the double strand break repair kinetics and decreases the cell survival rate. A more detailed analysis suggests a deficiency of the homologous recombination repair pathway
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Auge-Barrere, Pascale. "Interaction du cisplatine avec des séquences (dG)n de l'ADN : structure d'adduits GG=Pt(NH3)2, réactivités comparées de séquences (dG)n, cas particulier de séquences télomères." Paris 5, 1998. http://www.theses.fr/1998PA05P626.
Full text
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Neagoie, Cleopatra. "Synthèse d'analogues de lamellarines : évaluation de leurs activités biologiques." Thesis, Orléans, 2009. http://www.theses.fr/2009ORLE2029/document.
Full textAbstract:
Le cancer est aujourd’hui un problème de santé majeur et fait l’objet de multiples recherches. De nombreuses molécules ont été synthétisées dans l’optique de trouver des médicaments plus efficaces, plus sélectifs et surtout présentant moins d’effets secondaire. Parmi ces molécules se trouvent les lamellarines. Les lamellarines sont des composés naturels d’origine marine ayant été isolés à partir du mollusque posobranche « Lamellaria ». Actuellement, plus de 35 lamellarines ont été isolées et identifiées et certaines d’entre-elles présentent des activités biologiques intéressantes. Parmi elles certaines sont efficaces contre des cellules cancéreuses de type MDR (Multi-Drug-Resistant). Dans le cadre de la recherche de nouveaux agents cytotoxiques et d’inhibiteurs de kinase toujours plus sélectifs, la structure des lamellarines a été simplifiée par réduction du nombre de cycles et par introduction de l’indole comme coeur de la molécule. Les activités biologiques, particulièrement intéressantes, sont également rapportées dans le document<br>Cancer is nowadays a major problem of public health and is the subject of many researches. Numerous molecules have been synthetized with the aim of finding more efficient and selective drugs with less secondary effects. The lamellarins can be found among these molecules. Lamellarins are a family of marine alkaloids, isolated from the prosobranch mollusk « Lamellaria ». More than 35 lamellarins have been isolated to date and only a few show interesting bioactive properties. Moreover, these compounds have been reported for their efficiency in the treatement of multi-drug resistant (MDR). In the course to design original active products, the structure of lamellarins was simplified by reduction of the number of rings and the introduction of an indol as the core of the molecule. The biological activities are reported in the document and analysed
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Barthes, Nicolas. "Épigénétique et méthylation de l’ADN : développement d’outils pour la compréhension du mécanisme de méthylation de l’ADN impliquant UHRF1." Thesis, Nice, 2015. http://www.theses.fr/2015NICE4124/document.
Full textAbstract:
La méthylation de l'ADN est une des marques épigénétiques majeures qui intervient dans la régulation de processus physiologiques importants. Par ailleurs, elle a été reconnue comme une cible majeure pour lutter contre le cancer car son dysfonctionnement est impliqué dans le développement de pathologies comme les cancers. Une meilleure compréhension de ce mécanisme permettrait aux chimistes médicinaux de développer de nouveaux inhibiteurs plus spécifiques. Actuellement, un grand nombre d'hypothèse ont été avancées concernant la méthylation de l'ADN et méritent d'être confirmées ou clarifiées. Dans ce contexte, nous avons décidé de développer de nouveaux analogues nucléosidiques fluorescents et ratiométriques présentant un motif 3-hydroxychromones, afin d'étudier la dynamique et le mécanisme de méthylation de la cytosine impliquant UHRF1 et DNMT1. Nous avons tout d'abord décidé de nous focaliser sur la première étape du mécanisme, la reconnaissance du duplexe hémi-méthylé par le domaine SRA de UHRF1. Deux stratégies de marquage de l'ADN ont ainsi été explorées. La première a consisté à remplacer une base azotée naturelle par le fluorophore, afin de sonder l'intérieur du duplexe. Ce biocapteur a ainsi pu être utilisé afin de détecter l'approche du domaine SRA de UHRF1 ainsi que le basculement de la cytosine méthylée dans son site de reconnaissance. La deuxième approche repose sur la modification d'une nucléobase naturelle sur laquelle la sonde ratiométrique est attachée à l'aide d'un bras espaceur insaturé rigide, lui permettant ainsi de sonder les interactions au niveau du grand sillon de l'ADN<br>DNA methylation is one the major epigenetic modification and plays an important role in the regulation of major processes. DNA methylation was recently recognized as one of the major target to inhibit and to fight cancer. A deeper insight of the DNA methylation mechanism should help medicinal chemists in the design and research of more specific inhibitors of DNA methylation. Currently, miscellaneous hypotheses are advanced about DNA methylation mechanism and deserve to be confirmed or clarified. In this context, we decided to develop new ratiometric fluorescent nucleoside analogs, incorporating 3-hydroxychromone moiety, to study the dynamics and mechanism of cytosine methylation involving UHRF1 and DNMT1. We firts decided to focus on the first step of the mechanism, the recognition of the hemi-methylated duplex by the SRA domain of UHRF1. Two diferent strategies of labeling DNA were explored. In the firts one, a natural nucleobase was substituted by the fluorescent dye in order to probe inside the duplex. This biosensor allows to detect and monitor the binding of the SRA domain and flipping of the 5-methylcytosine from the duplex into its recognizing site. The second approach is based on a modification of a natural nucleobase on which, through a rigid unsaturated linker, the ratiometric probe was incorporated in order to sense the interaction in the major groove
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Kajouj, Sofia. "Synthèse et étude de complexes polyazaaromatiques de RuII fonctionnalisés par des plateformes modulables en vue de leur internalisation cellulaire." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2016. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/241908.
Full textAbstract:
Le laboratoire de Chimie Organique et Photochimie de l’ULB s’est intensivement impliqué dans la recherche portant sur le développement et l’étude de complexes polyazaaromatiques de ruthéniumII. En utilisant des ligands π-déficients tels que le 1,4,5,8-tétraazaphénanthrène (TAP) chélatés au centre métallique de RuII, des propriétés d’oxydo-réduction particulières à l’état excité du complexe peuvent être obtenues. Cette recherche s’est principalement focalisée sur l’étude de complexes de RuII photoréactifs dans un cadre biologique puisque ces complexes sont capables de photoréagir avec le matériel génétique ou les protéines par l’intermédiaire d’un transfert d’électron photo-induit (PET). Cependant, il existe un obstacle majeur à l’utilisation thérapeutique des complexes polyazaaromatiques de RuII, à savoir leur incapacité à traverser d’eux-mêmes la membrane des cellules vivantes. Ce projet vise à développer une stratégie ciblée de vectorisation de ces complexes, ce qui pourrait permet d’administrer l’agent thérapeutique uniquement aux cellules « malades ». Le ciblage de récepteurs surexprimés par les cellules endothéliales néo-formées, tels que l’intégrine αvβ3, a été envisagé dans le cadre de ce travail grâce à un ligand peptidique c(RGDfK). Ce ciblage associé à l’utilisation d’un complexe photoréactif de RuII permettrait un contrôle du type cellulaire, par la reconnaissance des intégrines αvβ3, ainsi qu’un contrôle temporel de l’activité thérapeutique du complexe, par l’illumination. De manière à combiner ces agents de ciblage et l’agent thérapeutique (complexe de RuII), des plateformes moléculaires de deux types ont été utilisées et comparées entre elles, à savoir le cyclodécapeptide RAFT et un calix[4]arène. La synthèse des conjugués RuII-RAFT-[c-(RGDfK)]4 et le RuII-calix[4]arène-[c-(RGDfK)]4 a donc été réalisée avec succès et leurs propriétés photophysiques et photochimiques ont été étudiées de manière à vérifier que la présence de la plateforme ne modifie pas les propriétés des complexes de RuII ancrés. Enfin, la pénétration des conjugués a également été évaluée et ce, sur différentes lignées cellulaires, de manière à mettre en évidence la spécificité du ciblage pour les récepteurs membranaires αvβ3.<br>Doctorat en Sciences<br>info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Mirouze, Nicolas. "Identification du produit d'un gène tardif impliqué dans la régulation de la compétence et dans le processing de l'ADN lors de la transformation naturelle chez S. Pneumoniae." Toulouse 3, 2007. http://thesesups.ups-tlse.fr/144/.
Full textAbstract:
Streptococcus pneumoniae est une bactérie à Gram positif, pathogène de l'homme. Historiquement, elle est l'une des premières bactéries modèles utilisée en microbiologie. C'est par exemple chez S. Pneumoniae que le phénomène de transformation a été mis en évidence pour la première fois. La transformation naturelle représente la capacité qu'ont certaines bactéries à capter de l'ADN exogène dans leur milieu, à le faire entrer dans leur cytoplasme pour enfin l'intégrer dans leur génome. L'ensemble des machineries nécessaires pour le développement de la transformation n'est mis en place que si les cellules basculent dans un état physiologique particulier appelé compétence. Le régulon (com) compétence est contrôlé par un réseau complexe de régulation. Ce régulon com est composé de deux classes de gènes, nommées précoces et tardifs. L'expression des gènes de la première classe dépend de la présence de ComE, probablement sous forme phosphorylée, alors que la deuxième dépend de ComX. Nous nous sommes principalement intéressés dans cette étude à la protéine DprA, codée par un gène tardif auquel de nombreux phénotypes drastiques sont associés chez S. Pneumoniae. Cette protéine multifonctionnelle est effectivement associée à de nombreux processus tels la protection de l'ADN transformant depuis son entrée dans la cellule jusqu'à la recombinaison homologue RecA-dépendante, ou encore la fermeture de la compétence par une inhibition de l'activité de la protéine régulatrice clés, ComE. L'existence d'une telle protéine (présente chez toutes les bactéries dites naturellement transformables) renforce encore plus les liens déjà étroits qui existaient entre compétence et transformation<br>Streptococcus pneumoniae is a gram positive human pathogen bacterium. Worldwide, it kills millions of people each year. Historically, it's one of the first model bacterium used in microbiology. For example, transformation was revealing for the first time in S. Pneumoniae. The natural transformation represents the capacity of certain bacteria to be got of exogenous DNA from the medium, to admit it in their cytoplasm to finally integrate it into their genome. All the machineries necessary for the development of transformation are organized only if the cells develop a particular physiological state named competence. The competence (com) regulon is controlled by a complexe network. The com regulon is made of two classes of gene, so-called early and late. The former class relies on ComE (presumably ComE-P) for expression while the latter depends on ComX. We were particularly interested in this study about the DprA protein, encoded by a late gene to which several drastic phenotypes are associated in S. Pneumoniae. This multi-functional protein is effectively associated to several processes as the protection of transforming DNA between its entry in the cell to the RecA-dependant homologous recombination or the shutoff of competence by inhibiting the activity of two major regulatory proteins, ComE and ComX. The existence of a such protein (which is conserved in all the transformable bacteria) strengthen the links which exist between competence and transformation
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SUBRA, FREDERIC. "Molecules hybrides : netropsine-intercalant. etudes physico-chimiques: interaction avec des polynucleotides et avec l'adn. etudes biologiques: inhibition du cycle viral d'un derive du virus de la leucemie murine de moloney." Paris 6, 1991. http://www.theses.fr/1991PA066641.
Full textAbstract:
Dans le cadre de travaux concernant le developpement de molecules capables d'interagir directement sur le support de l'information genetique (adn ou arn), nous avons synthetise des molecules hybrides composees d'une chaine oligopeptidique du type netropsine, reliee a un chromophore intercalant oxazolopyridocarbazole (opc). Parmi les molecules synthetisees, l'une d'elles, la net-opc presente les proprietes suivantes: sur le plan physico-chimique: elle a une constante d'association extremement elevee pour l'adn double brin riche en paires de bases a-t (6. 10#8m##1); elle possede une reconnaissance selective pour les sequences 53 aatt et ttc. Ces proprietes se traduisent, in vitro, par un effet inhibiteur selectif sur l'endonuclease de restriction ecori(5 gaattc 3). Cet effet est superieur a celui observe dans le cas de la netropsine et egalement plus selectif. Sur le plan biologique: la net-opc inhibe le cycle viral d'un derive du virus de la leucemie murine de moloney (psi-neo); cet effet est le resultat d'une inhibition selective du processus d'integration de l'adn viral dans le genome de la cellule hote. Ces proprietes sont directement reliees a l'aptitude que presente la net-opc a reconnaitre des sequences d'adn riches en paires de bases a-t. De ce fait, l'inhibition de l'integration est probablement le resultat de l'interaction de la net-opc avec les sequences 5 ctttctaa 3 des extremites terminales de l'adn viral (ltr) sur lesquelles se fixe la proteine in responsable de l'integration
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Delalande, Olivier. "Etude structurale par RMN et modélisation moléculaire d'adduits formés entre l'ADN et le cisplatine ou des dérivés énantiomériques du cisplatine : interaction de ces adduits avec des protéines à domaine HMG." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077049.
Full text
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Coppel, Yannick. "Études de la structure de complexes ADN-ligand par résonance magnétique nucléaire et modélisation nucléaire : sondes de chiralite de l'ADN, modèles d'AP-endonuclease." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1996. http://www.theses.fr/1996GRE10079.
Full textAbstract:
Les avancees considerables realisees dans le domaine de la synthese de fragments d'adn et des methodes d'analyse de structures, notamment en resonance magnetique nucleaire (rmn) et en modelisation moleculaire, ont permis d'ameliorer nos connaissances des interactions adn-ligand. Notre travail s'inscrit dans cette problematique. Nous avons plus particulierement etudie deux classes de molecules qui ont respectivement des applications potentielles comme (1) sondes de chiralite de l'adn ou comme (2) nucleases artificielles interagissant specifiquement au niveau des lesions abasiques (ap-lyases). A l'aide d'une approche theorique par modelisation moleculaire, nous avons evalue la capacite de reconnaissance chirale de l'adn en conformation b (helice droite) de la base de trger 9,19-methano-9,10,19,20-tetrahydrodiacridino-b,f-1,5-diazocine. Cette molecule composee de deux noyaux aromatiques formant entre eux un angle d'environ 90, existe sous la forme de deux enantiomeres 1r,5r et 1s,5s. Nous avons montre que l'enantiomere 1s,5s etait susceptible de s'associer plus fortement avec l'adn-b que l'enantiomere 1r,5r. D'autre part par la rmn et par la modelisation moleculaire, nous avons determine la structure tridimensionnelle d'un undecamere contenant en son centre un analogue chimiquement stable du site abasique de type tetrahydrofurane (x), et de sequence d(cgcacxcacgc). D(gcgtgtgtgcg). Si pour cette sequence la thymine situee en face du site abasique conserve une position intrahelicoidale, la lesion induit toutefois un coude d'environ 30. L'utilisation conjointe des techniques de rmn et modelisation moleculaire, nous a permis d'etudier egalement la reconnaissance de cette lesion par des systemes de type base-chaine-intercalant doues d'activite de coupure, et de preciser le mode d'interaction de ces ap-lyases de synthese: (1) la base est situee dans la loge abasique et probablement appariee avec la thymine qui lui fait face, selon un mode de type hoogsteen ; (2) la chaine est positionnee dans le petit sillon ; (3) l'intercalant est situe a deux paires de bases et uniquement du cote 5' du site abasique. Nous avons enfin mis en evidence par rmn que le site abasique constituait un site d'intercalation preferentiel pour l'intercalant bromure d'ethidium. L'ensemble de ces resultats constitue une base structurale importante pour la recherche de nouvelles sondes de chiralite de l'adn ou de molecules capables d'interagir specifiquement au niveau des lesions abasiques
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Briffotaux, Julien. "Maintenance génomique chez l'Archaea hyperthermophile Pyrococcus abyssi : découverte de nouvelles interactions physiques et caractérisation fonctionnelle." Phd thesis, Université de Bretagne occidentale - Brest, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00273692.
Full textAbstract:
Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.
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Tabouret, Emeline. "Glioblastome et angiogenèse : profils évolutifs, interaction avec l'invasivité et implications thérapeutiques." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5012/document.
Full textAbstract:
Les glioblastomes sont les tumeurs primitives cérébrales les plus agressives de l’adulte. Elles sont caractérisées par une importante néo-angiogenèse, conduisant au développement des anti-VEGF chez ces patients. L’objectif de cette thèse était d’identifier de potentiels marqueurs prédictifs de l’activité du bevacizumab et d’analyser le profil évolutif des facteurs de l’angiogenèse. En situation de récidive d’un gliome de haut grade, si aucun facteur clinique ne semble permettre d’identifier un sous-groupe de patients bénéficiant particulièrement du bevacizumab, les taux plasmatiques avant traitement de MMP2 et MMP9, inversement corrélés entre eux suggérant un rôle biologique distinct mais relié, semblent associés à la réponse, la survie sans progression et la survie globale de patients porteurs de gliome de haut grade traités à la récidive par bevacizumab. Le rôle potentiel de ces marqueurs est renforcé par la cinétique de leurs taux plasmatiques observé sous traitement, Nous avons mis en évidence des résultats superposables chez des patientes porteuses de cancers du sein inflammatoires traités par bevacizumab en situation néo-adjuvante, renforçant l’intérêt de ces marqueurs. Par ailleurs, l’analyse de la signature angiogénique tissulaire des glioblastomes nouvellement diagnostiqués et récidivants nous a permis d’observer une modification de l’expression des facteurs de l’angiogenèse avec un possible switch de la voie VEGFR2-HIF1α en faveur de la voie CXCL12-CXCR4 à la récidive. Ces différents résultats permettent d’ouvrir de nouvelles perspectives dans le ciblage de l’angiogenèse et dans l’approche thérapeutique de patients porteurs de gliome de haut grade<br>Glioblastomas are the most frequent and aggressive primary brain tumors for adult. They are characterized by a high angiogenesis leading to the evaluation of the bevacizumab. Our aim was to identify potential predictive biomarkers of bevacizumab activity and to analyze the evolutive profile of the angiogenic factors during the disease. If no clinical factor allows the identification of patient subgroup benefiting of bevacizumab, MMP2 and MMP9 plasma level at baseline were correlated to response, progression-free survival and overall survival of patients with recurrent high grade glioma treated by bevacizumab. Moreover, plasma levels of these markers change during treatment and significantly varied at the time of progression. We observed similar results for patients with inflammatory breast cancer treated with neoadjuvant bevacizumab, reinforcing the potential value of these prebiomarkers. In tumor tissue, while we did not observed changes in MMP2/MMP9 expression between the initial diagnosis and the recurrence post radio-chemotherapy, we observed a modification of the expression of angiogenic factors with a potential switch from the VEGFR2-HIF1α to the CXCL12-CXCR4 pathway. These results lead to new perspectives in angiogenic modulation and glioblastoma treatment
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Fournel, Tutik. "Production of recombinant E6 protein of HPV type 16 responsible for cervical cancers : identification and characterization of specific interaction between E6 protein and four-way DNA junctions." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2001. http://www.theses.fr/2001STR13171.
Full text
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Franchet-Beuzit, Jenny. "Etude de la radiolyse de l'adn : interactions avec les proteines." Orléans, 1993. http://www.theses.fr/1993ORLE2005.
Full textAbstract:
L'attaque radiolytique de l'adn est essentiellement due aux radicaux hydroxyle, produits par la decomposition de l'eau sous l'effet des radiations ionisantes. Les dommages induits sur l'adn sont multiples et nous nous sommes exclusivement interesses aux coupures de chaines. Le fait que des proteines liees a l'adn le protegent de la coupure radiolytique par masquage physique, nous a amene a developper une methode d'empreinte moleculaire par radiolyse afin d'etudier les interactions adn-proteine in vitro. Trois types de radiations ionisantes ont ete utilisees: les gamma, les beta, et les neutrons rapides. Nous avons tout d'abord valide la technique d'empreinte moleculaire avec plusieurs systemes desoxyrinucleoproteiques bien definis: les complexes represseur-operateur lac et crp-site specifique de l'operon lactose d'escherichia coli, et le core de nucleosome. Nos resultats sont similaires a ceux qui sont obtenus avec des sondes plus classiques telles la dnase i, les composes 1,10-phenanthroline-cuivre et fe(ii)edta, le dms, et la radiation uv. Cette technique a une tres bonne resolution, tous les sites nucleotidiques peuvent etre analyses, puisque tous sont des sites de coupure radiolytique potentiels. Nous avons ensuite mise a profit ces experiences pour etudier la fixation sur l'adn de la proteine mc1, proteine chromosomique issue d'une archaebacterie methanogene, methanosarcina sp. Chti55. Des fragments de restriction totalement couverts par la proteine montrent une periodicite d'attaque. Elle correspond a la longueur du site exclu par la proteine: 11 paires de bases. Sur l'adn nu, la sequence 5'aatt apparait moins radiosensible que le reste de la molecule. Ce phenomene serait du a des modifications locales de la structure de l'adn. Pour le meme systeme d'interaction, les irradiations avec les photons gamma et les neutrons rapides donnent des resultats identiques. La technique d'empreinte moleculaire, qui ne met en jeu aucun reactif chimique, devrait pouvoir etre developpee pour l'etude de complexes desoxyribonucleoproteiques in vivo
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SCHOENTJES, BRUNO. "Interactions helicates-adn et nouveaux reactifs de coupure de l'adn." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1993. http://www.theses.fr/1993STR13221.
Full textAbstract:
Les helicates sont des complexes de cuivre (i) qui possedent une structure en double helice, due a la geometrie de coordination tetraedrique imposee par les ions cuivre. La liaison des helicates a l'adn de facon externe fut demontree par spectroscopie d'absorption uv-visible. Des mesures de temperature de fusion de la double helice d'adn en presence des helicates de differentes longueurs nous ont permis d'etablir l'affinite relative de ceux-ci pour l'adn. Enfin, un complexe adn-helicate a ete mis en evidence par electrophorese sur gel de polyacrylamide. Les helicates sont egalement capables d'inhiber specifiquement deux enzymes de restriction de type ii: sspi et ecorv. Trois types de molecules ont ete utilises pour effectuer la coupure de l'adn: les helicates, les derives de la quinoline-n-oxyde et un complexe de ruthenium (ii) comprenant le ligand d'origine naturelle 2-bromoleptoclinidone. Tous trois sont de bons agents de clivage de l'adn sous irradiation avec de la lumiere visible. Les derives de quinoline-n-oxyde sont egalement capables de couper l'adn de facon efficace apres activation par un agent reducteur
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Sarnowski, Chloé. "Etudes d'association prenant en compte des mécanismes complexes : application à l'asthme." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS232.
Full textAbstract:
L’asthme est une maladie inflammatoire chronique des voies respiratoires. C’est une maladie complexe et hétérogène, présentant un large spectre de manifestations cliniques dans lequel l’âge de début joue un rôle important. L’asthme résulte de nombreux facteurs génétiques et environnementaux et des interactions entre ces facteurs.Afin d’identifier de nouveaux gènes de susceptibilité à l’asthme et aux maladies allergiques, nous avons réalisé des études d’association pan-génomiques et de clonage positionnel en prenant en compte des mécanismes complexes : 1) empreinte parentale, 2) hétérogénéité de la maladie et 3) interactions gène-environnement.Nous avons tout d’abord réalisé une étude de clonage positionnel pour le phénotype asthme-plus-rhinite dans des familles d’origine européenne de quatre études indépendantes (770 familles recensées par un asthmatique et incluant 3200 sujets) en prenant en compte l'effet de l'origine parentale. L’intégration de données génétiques et épigénétiques, nous a permis d’identifier un mécanisme de médiation de l’effet d’un variant génétique transmis par le père sur le phénotype combiné asthme-plus-rhinite, par une méthylation différentielle d’un site CpG localisé dans le gène MTNR1A.Nous avons ensuite pris en compte la variabilité de l’âge de début de l'asthme dans la modélisation de la maladie par des méthodes d’analyse de survie et avons réalisé une méta-analyse d’études d'association pan-génomiques du délai de survenue de l’asthme dans neuf populations d’origine européenne (5462 asthmatiques et 8424 non asthmatiques). Nous avons ainsi identifié un nouveau locus de susceptibilité à l’asthme localisé dans la région 16q12. Nous avons également mis en évidence que les variants génétiques des régions 9p24 et 17q12-q21 étaient associés à un asthme précoce alors que les variants en 16q12 étaient associés à un asthme plus tardif. Enfin, nous avons réalisé une méta-analyse de cinq études d’interaction pan-génomiques du délai de survenue de l’asthme avec l’exposition au tabagisme passif dans l’enfance (3643 exposés et 5275 non-exposés). Nous avons montré que l’effet des variants génétiques des régions 9p24 et 17q12-q21 sur le délai de survenue de l’asthme était augmenté par l’exposition au tabagisme parental dans l’enfance.La prise en compte de mécanismes complexes dans les études génétiques, nous a permis d’identifier de nouveaux gènes de susceptibilité à l’asthme et de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques à l'origine de l’asthme et de son expression variable au cours de la vie<br>Asthma is a chronic airway inflammatory disease. It is a complex and heterogeneous disease with a wide spectrum of clinical manifestations in which the age of onset plays an important role. Asthma results from many genetic and environmental factors and from interactions between these factors.To identify new susceptibility genes to asthma and allergic diseases, we performed genome-wide association studies and positional cloning studies, while taking into account complex mechanisms: 1) parental imprinting, 2) heterogeneity of the disease and 3) gene-by-environment interactions.We first conducted a positional cloning study for asthma-plus-rhinitis in European families of four independent studies (770 families ascertained through an asthmatic and including 3200 subjects) while taking into account parent-of-origin effects. The integration of genetic and epigenetic data enabled us to identify that the effect of a paternally inherited genetic variant on the combined phenotype asthma-plus-rhinitis was mediated by a differentially methylated CpG site within MTNR1A gene. We then took into account the variability of age-of-asthma onset in the disease modeling using survival analysis methods and conducted a meta-analysis of genome-wide association studies of time-to-asthma onset in nine European populations (5,462 asthmatics and 8,424 non-asthmatics). We identified a new asthma susceptibility locus in 16q12. We also showed that genetic variants of 9p24 and 17q12-q21 regions were associated with early-onset asthma while 16q12 variants were associated with later-onset asthma. Finally, we performed a meta-analysis of five genome-wide interaction studies of time-to-asthma onset with early-life tobacco smoke exposure (3,643 exposed and 5,275 unexposed). We showed that the effect of genetic variants of 9p24 and 17q12-q21 regions on time-to-asthma onset was increased by early-life tobacco smoke exposure.Studying complex mechanisms in genetic studies led to identify new asthma susceptibility genes and to better understand the pathophysiological mechanisms underlying asthma and its variable expression throughout life