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Dissertations / Theses on the topic 'Interactions protéine-RNA'

Author: Grafiati
Published: 27 July 2024
Last updated: 31 July 2025

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Corsi, Flavia. "Towards the in silico reconstruction of protein interaction networks : identification of DNA- and RNA-protein interfaces, and construction of a database of multiple interactions of proteins." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2019SORUS452.pdf.

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Abstract:
Cette thèse porte sur la caractérisation et la prédiction des interfaces protéine-ADN et -ARN, et des comparaisons avec les interfaces protéine-protéine. Nous avons créé un ensemble non-redondant et représentatif de 187 complexes protéine-ADN à haute résolution, comprenant aussi les conformations non liées de 82 protéines. Cette base de données peut servir de référence dans le domaine. Nous avons mené une analyse exhaustive des propriétés de séquence et structurels des interfaces protéine-ADN/ARN et nous les avons comparé avec les propriétés des interfaces protéine-protéine et celles des régio
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Ribeiro, Diogo. "Discovery of the role of protein-RNA interactions in protein multifunctionality and cellular complexity." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0449/document.

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Abstract:
Au fil du temps, la vie a évolué pour produire des organismes remarquablement complexes. Pour faire face à cette complexité, les organismes ont développé une pléthore de mécanismes régulateurs. Par exemple, les mammifères transcrivent des milliers d'ARN longs non codants (ARNlnc), accroissant ainsi la capacité régulatrice de leurs cellules. Un concept émergent est que les ARNlnc peuvent servir d'échafaudages aux complexes protéiques, mais la prévalence de ce mécanisme n'a pas encore été démontrée. De plus, pour chaque ARN messager, plusieurs régions 3’ non traduites (3’UTRs) sont souvent prése
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Mahmoudi, Ikram. "Structural and evolutionary analysis of protein-RNA interfaces and prediction perspectives." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASQ024.

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Abstract:
Les interactions protéine-ARN sont cruciales dans de nombreuses voies cellulaires et pathologiques. La connaissance de leurs structures 3D est essentielle pour comprendre leurs fonctions, mais leur détermination expérimentale reste difficile. Le manque de données structurales et la flexibilité de ces complexes ont entravé la prédiction structurale des interfaces protéine-ARN. En parallèle, la prédiction des interactions protéine-protéine a connu d'énormes progrès récents grâce aux informations évolutives et à l'apprentissage profond.Ma thèse s'est concentrée sur une analyse évolutive détaillée
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Michaux, Charlotte. "Identification et caractérisation fonctionnelle de petits ARN non codants chez Enterococcus faecalis et analyse d'une protéine "RNA-binding"." Caen, 2013. http://www.theses.fr/2013CAEN2094.

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Chevrollier, Nicolas. "Développement et application d’une approche de docking par fragments pour modéliser les interactions entre protéines et ARN simple-brin." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS106/document.

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Abstract:
Les interactions ARN-protéine interviennent dans de nombreux processus cellulaires fondamentaux. L'obtention de détails à l'échelle atomique de ces interactions nous éclaire sur leurs fonctions, mais permet également d'envisager la conception rationnelle de ligands pouvant les moduler. Lorsque les deux techniques majeures que sont la RMN et la cristallographie aux rayons X ne permettent pas d'obtenir une structure 3D entre les deux partenaires, des approches de docking peuvent être utilisées pour apporter des modèles. L'application de ces approches aux complexes ARN-protéine se heurtent cepend
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Angius, Federica. "Molecular basis of membrane protein production and intracellular membranes proliferation in E. coli." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC217/document.

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Abstract:
Le système d’expression le plus utilisé pour la production des protéines membranaires, est le système basé sur l’ARN polymérase T7 (ARNpol T7) (Hattab et al., 2015). L'inconvénient de ce système est néanmoins que la vitesse de transcription de l’ARNpol T7 est dix fois plus rapide que celle de l’enzyme bactérienne. Depuis l’isolement de mutants spontanés, notamment C41 (DE3) et C43 (DE3) (Miroux et Walker, 1996) et l’identification de leurs mutations dans le génome, il apparaît clairement que la toxicité provoquée par la surproduction des protéines membranaires est liée à la quantité trop élevé
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Capozi, Serena. "Dynamique d'interaction entre la protéine SRSF1 et l'ARN et cinétique de formation du spliceosome." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT067.

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Abstract:
La protéine SRSF1, aussi appelée ASF/SF2, fait partie de la famille des protéines SR, une famille de protéines liant l’ARN très conservées. Ces protéines jouent un rôle régulateur de l’épissage, également lors de l’épissage alternatif. Une centaine d’ARN cible ont été décrits pour SRSF1 mais la manière dont SRSF1 sélectionne ses cibles parmi tous les pré-ARNm est mal comprise. Des études in vitro et in vivo ont montré que les protéines SR reconnaissent un petit motif dégénéré qui est souvent présent en plusieurs copies dans les ESE («enhancer splicing element »). Bien que les protéines SR lien
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Robert-Paganin, Julien. "Étude structurale et fonctionnelle de la régulation de l’hélicase Prp43." Thesis, Paris 5, 2014. http://www.theses.fr/2014PA05P633/document.

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Abstract:
Les hélicases à ARN de la famille DEAH/RHA sont impliquées dans la plupart des processus essentiels à la vie tels que l'épissage, la biogenèse des ribosomes, la réplication, la transcription ou encore la détection d’ARN viraux. Ces enzymes sont capables de catalyser la dissociation de duplexes d'ARN, la réorganisation de structures secondaires ou de remodeler des complexes ARN-protéines. L'hélicase DEAH/RHA Prp43 présente la particularité d'être bifonctionnelle. Prp43 est impliquée dans l'épissage des Pré-ARNm, où elle assure le recyclage du spliceosome et du lasso, mais aussi dans la biogenès
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Paternina, Osorio J. Antonio. "Biocomputational tools for transcriptome-wide analyses of RNA-binding proteins." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2020. http://www.theses.fr/2020UPSLE058.

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Abstract:
La régulation post-transcriptionnelle de l’expression des gènes est un réseau d’interactions impliquant de nombreuses protéines de liaison à l’ARN et des ARN non-codants afin d’orchestrer la vie complexe des ARN messagers (ARNm). Chez les métazoaires, le complexe EJC (Exon Junction Complex) est un complexe multiprotéique déposé sur la jonction exonique des ARNm pendant l’épissage. L’EJC interagit avec de nombreux facteurs et est important pour le couplage fonctionnel entre l’épissage et l’export du noyau, la localisation, la traduction et la dégradation des ARNm. Malgré son rôle central dans l
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Ben, ouirane Kaouther. "Apport des approches in silico aux études structure-fonction de la polymérase du virus de l'hépatite C." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS323.

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Abstract:
Le virus de l'hépatite C (HCV) est un virus à ARN qui synthétise ses nouveaux génomes dans les cellules hôtes infectées grâce à une ARN polymérase ARN dépendante (RdRp), appelée NS5B. Cette polymérase a été pendant longtemps une cible majeure dans la recherche d'antiviraux contre l'hépatite C. Aujourd'hui, de nombreux antiviraux ont été approuvés dans le traitement de l’hépatite C ciblant différentes protéines virales, entre autre, NS5B. Le sofosbuvir qui cible le site actif de NS5B est un antiviral qui a démontré une efficacité extraordinaire dans le traitement anti-HCV.Durant ces dernières a
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Bulfoni, Manuel. "Exploring new paradigms of translational control in eukaryotes." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. https://theses.md.univ-paris-diderot.fr/Bulfoni_Manuel_2_complete_20181129.pdf.

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Abstract:
La régulation de la synthèse des protéines est une étape clé de la régulation de l'expression des gènes dans de nombreux processus cellulaires, permettant à la cellule de s'adapter rapidement au changement d’environnement en particulier en réponse à des stimuli externes et au stress. La majeure partie de la régulation de la traduction se produit à l'étape d'initiation, lorsque les ribosomes sont recrutés sur les ARNm, en perturbant eIF4F, le complexe fixé à l’extrémité 5' de l’ARNm via eIF4E, ou en réduisant la disponibilité du complexe ternaire lié au facteur d’initiation eIF2 (eIF2-GTP-Met-t
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Kravchenko, Anna. "Fragment-based modelling of protein-RNA complexes for protein design." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2023. http://www.theses.fr/2023LORR0370.

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Abstract:
Les complexes protéine-ARN jouent un rôle crucial dans la régulation cellulaire. La prédiction de leur structure 3D a des applications dans la conception de protéines et de médicaments. Le projet ITN RNAct visait à combiner des méthodes expérimentales et informatiques pour concevoir de nouveaux "motifs de reconnaissance de l'ARN" (RRM) - domaines protéiques interagissant avec l'ARN simple brin (ARNsb) - pour la biologie synthétique et la bioanalyse. La modélisation des complexes protéine-ARNsb (amarrage) est ardue car l'ARNsb n'a pas de structure propre dans sa forme libre. L'amarrage traditio
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Hipper, Clémence. "Nature du complexe viral impliqué dans le mouvement à longue distance du virus de la jaunisse du navet." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ063/document.

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Abstract:
Le projet de thèse consistait à étudier le mouvement du Virus de la jaunisse du navet (TuYV) dans le système vasculaire. Le premier objectif était d’identifier la nature du complexe viral cheminant dans les tubes criblés : virions et/ou complexes ribonucléoprotéiques. L’analyse du mouvement de mutants viraux dans différentes espèces végétales, en absence ou en présence de protéines de capside de type sauvage apportées en trans, a permis de démontrer une étroite relation entre la formation de virions et le transport à longue distance. Le second objectif de cette étude portait sur l’identificati
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Collet, Axelle. "Caractérisation des enzymes de formation de la coiffe du virus du Nil Occidental et du métapneumovirus humain." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4087.

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Abstract:
Ma thèse a porté sur l’étude des activités enzymatiques impliquées dans la formation de la coiffe de deux virus à ARN: le virus du Nil Occidental (WNV) et le métapneumovirus humain (hMPV). Ces virus codent pour des enzymes assurant l’ajout de la coiffe de type-1 (m7GpppN2’Om) à l’extrémité 5’ de leur ARNm.Le domaine N-terminal de la protéine NS5 (NS5MTase) du WNV porte les activités N7- et 2’O-méthyltransférases (N7- et 2’O-MTases) et il a été proposé que NS5MTase puisse également porter l’activité guanylyltransférase (GTase). J’ai identifié in vitro des résidus clés impliqués dans l’interacti
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Sarkis, Pascale. "Conformational dynamics and interactions of eIF4B IDR and its phosphomimetic mutants." Electronic Thesis or Diss., Bordeaux, 2024. http://www.theses.fr/2024BORD0353.

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Abstract:
Selon le paradigme structure-fonction, la fonction d'une protéine dépend de sa structure, et une connaissance approfondie de cette structure révèle des mécanismes fonctionnels essentiels. Cependant, ce paradigme est remis en question par les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs), qui, bien qu'elles n'aient pas de structure stable, restent fonctionnelles. Le facteur d'initiation de la traduction eucaryotique 4B (eIF4B) est une IDP clé dans la régulation de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes. Cofacteur essentiel de l'hélicase eIF4A, eIF4B est crucial pour la traduction des
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Jarrige, Domitille. "Déchiffrer le "code OPR" pour une meilleure compréhension du rôle physiologique des protéines OPR." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS632.

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Abstract:
À la suite de l’endosymbiose, le génome chloroplastique a rétréci et dépend maintenant du génome nucléaire pour son expression. Chez Chlamydomonas reinhardtii, les protéines Octotricopeptide repeat (OPR), codées dans le noyau, contrôlent l’expression d’ARNm chloroplastiques spécifiques. La répétition OPR est un motif dégénéré de 38 acides aminés, qui forme un tandem d’hélices α antiparallèles qui lient l’ARN. Une répétition OPR est prédite pour interagir avec un nucléotide spécifique grâce à des résidus variables à des positions précises. La succession de répétitions permet aux protéines OPR d
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D'Ascenzo, Luigi. "Etude des réseaux de reconnaissance biomoléculaire à l'échelle atomique pour les systèmes ARN et ARN/protéines." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ108/document.

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Abstract:
Mis à part les liaisons hydrogène, d’autres interactions non covalentes participent dans les réseaux de reconnaissance ARN et ARN protéines. Parmi celles-ci, j’ai étudié les interactions oxygène-pi. Cette interaction prend la forme phosphate-pi dans les U turns et O4'-pi dans les motifs ARN-Z. Je propose une nouvelle classification des boucles de quatre nucléotides, décrivant les U turn et les Z turn à partir d’interactions oxygène-pi. De plus, les motifs "Z like" présents dans tous les ARN, sont aussi reconnus par certaines protéines immunologiques. Pour mieux comprendre les réseaux de reconn
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El, Meshri Salah Edin. "Etude du trafic intracellulaire de la protéine Gag du VIH et rôle de son domaine NCp7." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ025/document.

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Abstract:
La polyprotéine de structure Gag du VIH-1 est responsable de l’assemblage des particules virales dans les cellules infectées. Au niveau moléculaire, cette protéine s’oligomérise en formant des complexes Gag-Gag autour de deux plates-formes moléculaires, d'une part l'ARN génomique via son domaine NCp7 (NucleoCapsid protein 7) et d'autre part, la membrane plasmique via son domaine MA (Matrice). De plus, lors du trafic de Gag dans la cellule, Gag détourne les protéines ESCRT comme TSG101 et ALIX de la machinerie cellulaire afin de bourgeonner et d’être libérées dans le milieu extracellulaire. Dan
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Schelcher, Cédric. "Détermination du mode d'action et des substrats de RNases P protéiques chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ044/document.

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Abstract:
L’activité RNase P est l'activité essentielle qui élimine les séquences 5' supplémentaires des précurseurs d'ARN de transfert. "PRORP" (PROteinaceous RNase P) définit une nouvelle catégorie de RNase P uniquement protéique. Avant la caractérisation de PRORP, on pensait que les enzymes RNase P étaient universellement conservées sous forme de ribonucléoprotéines (RNP). La caractérisation de PRORP a révélé une enzyme avec deux domaines principaux, un domaine N-terminal contenant plusieurs motifs PPR et un domaine NYN C-terminal portant l’activité catalytique. Nous avons utilisé une combinaison d'a
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Malabirade, Antoine Baptiste. "Auto-assemblage de la protéine bactérienne Hfq, actrice du métabolisme de l’ARN : rôle structural du domaine C-terminal." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS234/document.

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Abstract:
La régulation de l’expression génique par des ARNs permet une réponse rapide et polyvalente des cellules à des changements environnementaux. Cependant, elle nécessite souvent des partenaires protéiques. La protéine bactérienne Hfq en est un bon exemple. Facteur de virulence, elle est présente chez une variété de procaryotes et intervient dans nombre de circuits de régulation. Structurellement, Hfq adopte un repliement caractéristique, le repliement Sm. Ainsi, Les feuillets β qui la constituent se regroupent et forment un hexamère toroïdal. Outre cette région N-terminale, il existe aussi parfoi
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Rekad, Zeinab. "Rôle de la protéine de liaison aux ARNs SAM68 dans l'adhésion des cellules endothéliales et la genèse de leur matrice extracellulaire." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2023. http://www.theses.fr/2023COAZ6006.

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Abstract:
L'angiogenèse est le processus de formation de nouveaux vaisseaux sanguins à partir de vaisseaux préexistants. Ce processus repose sur la modification des propriétés adhésives des cellules endothéliales vasculaires ainsi que sur la production et l'assemblage de leur matrice extracellulaire (MEC) spécialisée, appelée membrane basale. L'adhésion des cellules endothéliales est médiée par des interactions entre les composants de la matrice extracellulaire (MEC) et les récepteurs transmembranaires (intégrines) qui, une fois engagés, entraînent la formation de complexes d'adhésion multimoléculaires
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Chabrolles, Hélène. "Interaction de la protéine Core du virus de l’Hépatite B avec les protéines de liaison aux ARN : effets sur la réplication virale et perspectives thérapeutiques." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1321.

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Abstract:
Plusieurs données expérimentales suggèrent que la protéine Core du virus de l’Hépatite B (HBV), en plus de ses fonctions structurales pour la formation des nucléocapsides dans le cytoplasme, pourrait avoir des fonctions régulatrices importantes dans le noyau des hépatocytes infectés. En effet, Core s’associe à l’ADNccc et aux promoteurs de certains gènes cellulaires dans le noyau des hépatocytes infectés et pourrait ainsi contrôler leur régulation transcriptionnelle. De plus, de par sa capacité à lier les ARN, elle pourrait également participer au métabolisme post-transcriptionnel de gènes vir
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Raoelijaona, Raivoniaina. "Compréhension des rôles des complexes Nob1/Pno1 et RPS14/Cinap dans la maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomique (pré-40S) chez les eucaryotes." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0221/document.

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Abstract:
Les ribosomes sont des complexes nucléoproétiques responsables de la traduction. Chez les eucaryotes, la biogenèse du ribosome est un processus complexe très régulé qui fait intervenir un nombre important de facteurs d’assemblages (~200). La construction d’un ribosome est initiée dans le nucléole puis continue dans le nucléoplasme et se termine dans le cytoplasme. La maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomale implique la dissociation séquentielle des facteurs d’assemblage tardifs et la maturation finale de l’ARNr 18S. Ce processus est catalysé par l’endonucléase Nob1 qui assur
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Genovese, Sara. "Emergence and regulation of cell hierarchy in a Drosophila model of neuro-developmental tumor." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0482.

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Abstract:
Dans les tumeurs hiérarchiques, les cellules souches du cancer (CSC), au sommet de la hiérarchie tumorale, peuvent s'auto-renouveler et se différencier en progéniteurs amplificateurs transitoires (TAP) avec un potentiel d'auto-renouvellement limité. Au cours du développement, les cellules souches neurales de Drosophile, appelées neuroblastes (NB), expriment en séquence deux protéines antagonistes se liant à l'ARN, Imp et Syncrip (Syp), qui respectivement favorise et réprime l'auto-renouvellement des NB. La perturbation de mécanismes de division asymétrique des NB peut générer leur amplificatio
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Takeuchi, Akiko. "RNA-protein interaction in the selenoprotein synthesis machinery." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6054.

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Abstract:
La sélénocystéine est incorporée co-traductionnellement dans les sélénoprotéines en réponse à un codon UGA habituellement l’un des 3 codons stop. La protéine SBP2 joue un rôle majeur dans ce mécanisme de recodage en se liant à une structure en tige-boucle (SECIS) située dans la région 3’UTR de l’ARNm des sélénoprotéines. Nous avons isolé et caractérisé fonctionnellement SBP2 de Drosophila melanogaster. Par comparison avec SBP2 humaine, nous avons identifié un domaine de liaison à l’ARN additionnel essentiel à la liaison au SECIS et à la sous-unité ribosomique 60S et permettant une sélectivité
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Munoz-Ruiz, Raphaël. "Novel aspects of TDP-43's interaction with ALS-related autophagy genes." Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS268.

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Abstract:
La Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est une maladie dégénérative des neurones moteurs. Sa signature est la présence d’inclusions cytoplasmiques ubiquitinées (synonyme de protéostasie défaillante) majoritairement positives pour TDP-43, une protéine de liaison aux ARNs. Les altérations de l’autophagie et du métabolisme des ARNs sont particulièrement étudiées dans la SLA. Cette thèse explore le rôle de TDP-43 dans la régulation de l’autophagie et particulièrement sur les récepteurs de l’autophagie p62 et OPTN ainsi que leur kinase activatrice TBK1. Chez l’embryon de poisson zèbre, la sous-ex
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Ferhadian, Damien. "Structure de l'ARN au sein des ribonucléoprotéines des Influenzavirus A." Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ066.

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Abstract:
Le génome des Influenzavirus A est constitué de huit segments d’ARN de polarité négative formant des ribonucléoprotéines virales (RNPv). La segmentation du génome complique l’empaquetage du génome, puisqu’un jeu complet de segments est nécessaire à l’infectiosité des virus. Il est aujourd’hui admis que le mécanisme d’empaquetage est sélectif et fait intervenir des interactions entre les ARN des différentes RNPv, qui dépendent vraisemblablement de la structure de l’ARN. Notre but a été de caractériser la fixation de la protéine virale NP, composant majeur des RNPv, sur l’ARN in vitro. Nous avon
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Tabet, Ricardos. "Bases moléculaires de la physiopathologie du syndrome de l'X fragile." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ090.

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Abstract:
Le syndrome de l’X fragile représente la première cause de déficience intellectuelle héréditaire. Ce syndrome résulte de l’absence de la protéine FMRP. FMRP est proposée réguler, sous contrôles des mGluR-I et d’autres récepteurs, l’expression de protéines importantes pour la plasticité synaptique en se fixant spécifiquement sur leur ARNm et en modulant leur traduction. Des milliers d’ARNm cibles ont déjà été proposées dans la littérature, mais très peu ont pu être validées. Par approche de pontage covalent aux UV et immunoprecipitation (CLIP) couplé à une analyse microarray, nous avons identif
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Gilbert, Agathe. "Impact of protein-protein interactions and phosphorylation on RNA decapping for nonsense mediated mRNA decay (NMD)." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. http://www.theses.fr/2022SORUS386.

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Abstract:
Chez Saccharomyces cerevisiae, la voie de dégradation majoritaire des ARN messagers passe par le clivage de la liaison pyrophosphate entre l’ARNm et la structure de la coiffe à l’extrémité 5’. Cette étape, importante pour la dégradation de l’ensemble des ARNm, est particulièrement clé dans la dégradation d’une classe d’ARN instables, cibles de la voie de dégradation nommée nonsense-mediated mRNA decay (NMD). Cette-dernière permet la dégradation de transcrits contenant un codon STOP prémature et donc dépend de la traduction. D’abord considérée comme une voie de dégradation présente à travers le
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Boudoukha, Selim. "Étude de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression des gènes par la protéine de liaison à l’ARN IMP-2 au cours de la myogenèse." Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA11T095/document.

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Abstract:
Les rhabdomyosarcomes embryonnaires et aléolaires (RMS) appartiennent aux tumeurs des tissus mous les plus fréquentes chez les enfants dont elles représentent 2/3 des cas. Plusieurs données suggèrent que la dérégulation des cellules progénitrices du muscle squelettique pourrait jouer un rôle dans l'émergence des cellules de RMS qui ont aussi bien perdu le contrôle de la régulation de la prolifération cellulaire que la capacité à se différencier.Néanmoins les mécanismes de développement des RMS restent à caractériser. La famille des IMPs et notamment IMP-2, protéines liant les ARN, sont à la fo
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Martin, Sophie. "Le composant des granules de stress G3BP : caractérisation phénotypique de souris KO, et identification de son interactome ribonucléoprotéique dans le cerveau de souris." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20247.

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Abstract:
Les protéines capables de lier des ARNs sont essentielles pour les différentes étapes de maturation de l'ARN messager (ARNm), en dirigeant leur localisation et leur devenir dans la cellule, et en formant avec les ARNs des particules ribonucléoprotéiques (mRNPs). Les mRNPS peuvent former des structures cellulaires dynamiques qui sont adressées vers des fonctions spécifiques. Ces granules, tels que les granules de stress formés suite à un stress cellulaire, contiennent des ARNm dont la traduction est inhibée et qui sont stockés transitoirement. Ma thèse a consisté en la caractérisation fonctionn
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Bernard, Laure. "Regulation of heterochromatin by a pluripotency-associated long non coding RNA in mouse embryonic stem cells and in oocytes : implications for early embryogenesis." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS179.

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Abstract:
La méthylation de l'histone H3 Lysine 9 (H3K9me) est une marque de l'hétérochromatine progressivement déposée au cours du développement. Elle contribue à la restriction de certains destins cellulaires. Dans les cellules souches embryonnaires de souris (mESCs), les niveaux de H3K9me augmentent lors de la différentiation, constituant alors une barrière à la reprogrammation à l'état pluripotent. Cependant le couplage entre les niveaux d'H3K9me et la pluripotence n'a encore jamais été formellement étudié. On a ainsi identifié SUV39H1, une methyltransferase responsable de la propagation di/tri H3K9
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Werner, Andreas. "Structural and biophysical studies of RNase P and RNA aptamers." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2005/WERNER_Andreas_2005.pdf.

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Abstract:
La recherche dans cette thèse de Ph. D. Fait partie d'un effort continu d'améliorer notre compréhension de la structure et de la stabilité de l'ARN : Dans la première partie, un aptamer d'ARN est étudié en complexe avec sa cible, le domaine Sec7 de la protéine intracellulaire cytohesin-1. Aptamers sont des molécules d'ARN sélectionnées in vitro qui ont une affinité rivalisant celle des anticorps monoclonaux, qui possèdent des propriétés pharmacologiques intéressantes et sont un outil puissant pour l'analyse fonctionnelle in vivo. Nous présentons également une recherche structurale systématique
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Blond, Aurélie. "Synthèse orientée vers la diversité de cis-1,3-diamines pipéridiniques et cyclohexaniques : ligands potentiels d’ARN." Thesis, Paris 5, 2014. http://www.theses.fr/2014PA05P617.

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Moissiard, Guillaume. "Induction, suppression, amplification of RNA silencing during viral infection." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. http://www.theses.fr/2007STR13023.

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Abstract:
L’ARN silencing est un mécanisme de régulation négative de l’expression des gènes par des interactions entre molécules d’ARN. Un ARN double-brin est découpé par Dicer en “short-interfering (si)RNA” de 21 à 24-nt incorporant un “RNA-Induced Silencing Complex”, pour guider le clivage d’ARNm cible de manière séquence spécifique. Le silencing joue un rôle important dans la lutte antivirale chez les plantes. De plus, la plupart des phytovirus produisent des protéines suppresseurs de silencing. Le silencing peut être amplifié par l’activité d’ARN-dépendante ARN polymérases (RDR) cellulaires. Nous av
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Mamigonian, Bessa Luíza. "Investigation of the hepatitis C virus RNA polymerase NS5B in solution by nuclear magnetic resonance and its interaction with intrinsically disordered domain 2 of the NS5A protein." Thesis, Lille 1, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL10117/document.

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Abstract:
NS5B est l’ARN polymérase du virus de l’hépatite C (VHC). Sa structure a beaucoup été étudiée par radiocristallographie, elle contient trois sous-domaines appelés doigts, paume et pouce. Cependant, les études structurales de cette protéine en solution sont très limitées. La résonance magnétique nucléaire (RMN) a été utilisée pour étudier NS5B en solution ainsi que son interaction avec différents partenaires. L’emploi d’un échantillon de NS5B (65kDa) perdeuterée et sélectivement enrichie au niveau des méthyles 1 des résidus d’isoleucines a permis d’obtenir un spectre simplifié et de bonne qual
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Cattelin, Céline. "Exploration de la diversité des protéines à solénoïdes alpha, régulatrices de l'expression des gènes des organites dans les lignées eucaryotes photosynthétiques et étude de la dynamique conformationnelle des protéines à "PentatricoPeptide Repeats"." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS158.

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Abstract:
Au sein des Archaeplastida (eucaryotes photosynthétiques ayant acquis un chloroplaste suite à une endosymbiose avec une cyanobactérie ancestrale) les génomes chloroplastiques et mitochondriaux des algues vertes et des plantes terrestres sont régulés de manière post-transcriptionnelle, principalement par des protéines à solénoïde alpha codées dans le noyau. Ces facteurs nucléaires sont composés de motifs répétés dégénérés (protéines PPR et OPR, respectivement pentatricopeptide repeat et octatricopeptide repeats) interagissant de façon spécifique avec une partie de la séquence de leur ARN cible
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Parmentier, Delphine. "Fonction de la protéine Tex chez Staphylococcus aureus : un lien potentiel avec les ARN régulateurs ?" Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ090/document.

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Abstract:
L’ARNIII de S. aureus est considéré comme un régulateur majeur de la virulence de la bactérie. Il agit au niveau post‐transcriptionnel en interagissant avec ses ARNm cibles, permettant la répression des protéines d’adhésion et l’expression des exotoxines. Des expériences de chromatographie d’affinité ont permis d’identifier deux protéines se liant à l’ARNIII, l’endoribonucléase III (RNase III) et Tex. Alors que la RNase III dégrade les duplexes ARNIII-ARNm, la fonction de Tex n'est pas connue. Tex (Toxin Expression) est l'orthologue de la protéine eucaryote Spt6 impliquée dans la régulation tr
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Floriot, Océane. "Virus de l’Hépatite B et transcription cellulaire : impact de la protéine HBx et de ses interactions avec les ARNs non-codants." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1319/document.

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Abstract:
Le virus de l'hépatite B (VHB) reste un problème de santé majeur dans le monde malgré la disponibilité du vaccin. Le VHB n’est pas éradiqué par les thérapies actuelles et 240 millions de personnes infectées chroniquement restent à risque de développer une cirrhose du foie et un carcinome hépatocellulaire (CHC).Le VHB est un petit virus hépatotrope doté d'un génome à ADN double brin partiel (ADNrc). Après infection l'ADNrc est converti en ADN épisomal (ADNccc) qui est ensuite organisé en minichromosome viral, qui est le modèle pour la transcription et qui initie la réplication. La protéine de l
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Uchikawa, Emiko. "A structural approach of RNA-protein recognition and kinetics of binding in two examples : tRNA aminoacylation by arginyl-tRNA synthetase and 7SK stabilization by LaRP7." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6052.

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Abstract:
Dans la cellule, les interactions ARN-protéines jouent un rôle fondamental dans divers processus impliqués dans la régulation de l'expression du message génétique. Si l'épissage de l'ARN pré-messager, la polyadénylation, le transport et l'adressage, la stabilité et la traduction sont des régulations de type post-transcriptionnel, les interactions ARN-protéines ont également un rôle-clé dans le domaine de la transcription. Effectivement, en addition aux capacités de codage, qui font de l'ADN et de l'ARN des supports de l'information génétique, la grande variabilité de structures et la flexibili
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Nguyen, Chi Mai. "Post-transcriptional regulation during spermatogenesis : Role of the RNA-binding protein hu." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/365/.

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Abstract:
La spermatogenèse est un processus élaboré permettant d'une part le maintien de cellules souches par divisions mitotiques et d'autre part la production de spermatozoïdes par différenciation. Au cours des dernières étapes de la différenciation, la chromatine se compacte, ne laissant plus à la cellule la possibilité de transcrire ses gènes. Du fait de l'arrêt brutal de la transcription, bien avant la fin du processus de différenciation, la cellule germinale utilise le stock d'ARN messagers (ARNm) préexistants pour finaliser sa différenciation. Ce phénomène repose sur la régulation fine du stocka
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Frenal, Karine. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de TgDRE : une enzyme de réparation de l' ADN du parasite Toxoplasma gondii." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066031.

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Sgro, Jean-Yves. "Etude structurale du RNA et de la protéine du virus de la mosai͏̈que du brome et de leur interaction par pontage covalent." Grenoble 1, 1986. http://www.theses.fr/1986GRE10047.

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Subissi, Lorenzo. "Biochemical insights into SARS-CoV replication." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5002.

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Abstract:
Mon travail de thèse s'est focalisé sur la machinerie enzymatique impliquée dans la réplication du génome ARN du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère-Coronavirus (SRAS-CoV). J'ai montré in vitro que l'activité ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) portée par nsp12 nécessite le complexe nsp7/nsp8, qui agit comme facteur de processivité. Grâce à ce complexe polymérase hautement actif, j'ai pu en suite étudier le mécanisme de "proofreading" (correction d'épreuve) associé aux coronavirus, pour lequel seulement des preuves indirectes avaient été assemblées. En effet, les coronavirus codent pour une act
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Richard, Charles-Adrien. "La protéine M2-1 du virus respiratoire syncytial : structure et interactions avec des partenaires viraux et cellulaires." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLV029.

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Abstract:
Le Virus Respiratoire Syncytial (VRS) est le principal agent responsable d’infections respiratoires sévères chez les nourrissons et les veaux. Le génome du VRS est constitué d’un ARN simple brin de polarité négative qui est répliqué et transcrit par le complexe ARN-polymérase viral (RdRp). Ce complexe est composé de la nucléoprotéine N, de la polymérase L, de la phosphoprotéine P et du facteur anti-terminateur de transcription M2-1. Le but de ce travail était de mieux caractériser la structure et le fonctionnement de deux protéines du complexe RdRp: P et M2-1.M2-1 est un tétramère constitué de
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Meznad, Koceila. "Interaction entre l’oncoprotéine E6 d’HPV16 et le métabolisme des ARN messagers." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2018. http://www.theses.fr/2018UBFCE012.

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Abstract:
Les papillomavirus humains (HPV) sont des virus à ADN double brin qui infectent la peau et les muqueuses. Les infections par les HPV, bien que majoritairement asymptomatique, provoquent des défauts de prolifération cellulaire pouvant parfois générer des cancers. Selon leur pouvoir carcinogène, on distingue les HPV à bas risque oncogène (HPV-BR) provoquant des lésions bénignes, et les HPV à haut risque (HPV-HR) responsables de l’apparition de nombreux cancers ano-génitaux et de certains cancers des voies aéro-digestives supérieures. Parmi les HPV-HR, HPV16 est le plus prévalent. La carcinogenès
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Sourimant, Julien. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de la polymérase du virus respiratoire syncytial." Thesis, Versailles-St Quentin en Yvelines, 2015. http://www.theses.fr/2015VERS019V.

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Abstract:
Le virus respiratoire syncytial (VRS) est le principal agent responsable desbronchopneumonies du jeune veau et des bronchiolites du nourrisson. Il n’existe pas devaccin ni d’antiviraux spécifiques pour l’homme. La réplication du génome et la transcriptiondes gènes viraux sont assurées par un ensemble de protéines virales constituant le complexeARN polymérase ARN-dépendant : la nucléoprotéine N, la phosphoprotéine P, le facteur detranscription M2-1 et la grosse sous-unité L. L’objectif principal de ma thèse était d’obtenirde nouvelles données structurales et fonctionnelles sur le complexe ARN-p
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Bruzzone, Lucía. "A crosstalk between the RNA binding protein Smaug and the Hedgehog pathway links cell signaling to mRNA regulation in drosophila." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. https://theses.md.univ-paris-diderot.fr/BRUZZONE_Lucia_1_va_20180319.pdf.

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Abstract:
La régulation post-transcriptionnelle de l'expression génique joue un rôle essentiel dans divers processus cellulaires pendant le développement. Les protéines de liaison à l'ARN (RBP) sont des médiateurs fondamentaux des régulations post-transcriptionnelles qui contrôlent l'expression de l'ARNm en reconnaissant des séquences spécifiques dans les transcrits cibles. Smaug est une protéine de liaison à l'ARN conservée de la levure jusqu’à l’homme qui est essentielle pendant l'embryogenèse précoce de la drosophile. Smaug reconnaît et lie des éléments de reconnaissance de Smaug (SRE) dans ses ARNm
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Seissler, Tanja. "Inhibition traductionnelle du facteur de restriction APOBEC3G par la protéine Vif du VIH-1 : rôle d'une uORF dans la 5'-UTR de l'ARNm d'A3G et identification de facteurs cellulaires." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ028.

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Abstract:
La protéine Vif du VIH-1 contrecarre le facteur de restriction APOBEC3G (A3G) en diminuant son niveau d'expression dans les cellules infectées. Ceci est mis en œuvre entre autres par l'inhibition de sa traduction, un mécanisme encore peu compris. La première partie de ma thèse contribue à la caractérisation d'une petite ORF (uORF) qui se situe dans la 5'-UTR de l'ARNm d'A3G et d'A3F en amont de leurs ORF respectives. Cette uORF s'est révélée cruciale pour la régulation de la traduction d'A3G en présence et absence de Vif. Dans la deuxième partie de cette thèse, différents protocoles ont été mi
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Delbianco, Alice. "Molecular mechanisms involved in the pathogenesis of beet soil-borne viruses." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01017177.

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Abstract:
The genus Benyvirus includes the most important and widespread sugar beet viruses transmitted through the soil by the plasmodiophorid Polymyxa betae. In particular Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), the leading infectious agent that affects sugar beet, causes an abnormal rootlet proliferation known as rhizomania. Beet soil-borne mosaic virus (BSBMV) is widely distributed in the United States and, up to date has not been reported in others countries. My PhD project aims to investigate molecular interactions between BNYVV and BSBMV and the mechanisms involved in the pathogenesis of these v
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