Dissertations / Theses on the topic 'Lémuriens – Biodiversité – Madagascar (île)'

Parce que la fragmentation de l'habitat favorise la diminution de la taille des patches de ressources et la réduction de leur connectivité, ce processus est l'une des principales causes d'extinction des espèces en milieu tropical. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés au cas du propithèque à couronne dorée (Propithecus tattersalli), une espèce rare et menacée de lémurien du Nord-Est de Madagascar dont les populations évoluent dans un habitat forestier restreint et fortement fragmenté. Cette espèce sociale, endémique de la région enclavée de Daraina, n'a été découverte qu'il y a une vingtaine d'années (Simons 1988) et peu d'informations sont disponibles sur sa résilience à l'ouverture croissante de son habitat. Afin de fournir des informations pertinentes pour la mise en place de stratégies de conservation pour cette espèce, nous avons 1) étudié sa distribution et mesuré les densités des principales populations et 2) caractérisé sa structure génétique globale grâce au développement de marqueurs microsatellites spécifiques et à l'échantillonnage des fèces de 403 individus appartenant à 118 groupes sociaux répartis sur l'ensemble de l'aire de distribution. Les résultats des analyses démographiques suggèrent une importante variabilité de densité entre les fragments forestiers prospectés (entre 34 et 90 individus/km²) et une abondance totale du propithèque à couronne dorée comprise entre 11. 000 et 26. 000 individus, avec probablement plus de 18. 000 individus. En combinant des analyses spatiales et génétiques, nous avons mis en évidence que la rivière Manankolana est à l'origine de la principale discontinuité génétique et joue probablement le rôle de barrière de flux de gènes pour cette espèce, alors que la route nationale non goudronnée semble peu entraver la dispersion des individus. Nos résultats suggèrent également une forte influence de l'isolement par la distance et une faible influence de la connectivité structurelle de l'habitat forestier sur les patterns de dispersion à l'échelle du paysage, même si l'une des populations au Nord de l'aire de distribution est très différenciée, suggérant un fort effet local de la fragmentation de l'habitat. .<br>Since habitat fragmentation reduces the size of habitat patches and decreases their level of connectivity, this process is among the greatest threats faced by species in tropical regions. Here, we studied the case of the golden-crowned sifaka (Propithecus tattersalli), a rare and threatened species of lemur from northeastern Madagascar, whose populations are only found in a small and highly fragmented forest habitat. This socially-organized species, endemic to the Daraina area, was only discovered twenty years ago (Simons, 1988) and little is know about its resiliency to the growing habitat openness. To provide relevant information to set up appropriate conservation strategies for this species, we 1) studied its distribution and assessed the density of its main populations and 2) characterized its global genetic structure isolating new specific microsatellites and collecting faeces from 403 putative individuals (118 social groups) sampling in the whole distribution area. The results of the demographic analyses suggest a large heterogeneity of density among surveyed forest patches (between 34 and 90 individuals/km²) and a total species size between 11,000 and 26,000 individuals and most likely above 18,000 individuals. Combining spatial and genetic analyses, we showed that the Manankolana River is the main geographical feature shaping P. Tattersalli 's genetic diversity, and that it probably played a role as a barrier to gene flow whereas the national road does not seem to strongly impede the dispersal of individuals. Our results also suggested a strong influence of the isolation by distance and a weak influence of the forest habitat structural connectivity on dispersal patterns at the landscape scale even though one of the population in north of the distribution area is highly differentiated suggesting a strong local impact of habitat fragmentation. At the resource patch scale, we found that individuals within social groups are closely related and that most of the dispersal events occur between adjacent social groups as suggested by behavioural information (Meyers, 1993). Lastly, the study of the P. Tattersalli demographic history revealed that the populations underwent a bottleneck at a period between 1500 and 3000 years ago leading to a drastic reduction of effective population size (from several thousand individuals to a few hundred individuals per population). .

Dans les pays du sud confrontés au double enjeu de la lutte contre la pauvreté et de la préservation de l’environnement en dégradation, la valorisation économique non-extractive des ressources apparaît comme l’un des moyens permettant de contribuer au développement durable. La valorisation des écosystèmes, pourrait contourner une des contraintes majeures identifiées par la théorie économique, c’est-à-dire l’absence de marchés efficients susceptibles de révéler la valeur des ressources naturelles. L’écotourisme est l’un des domaines d’application les plus exemplaires de cette stratégie de valorisation environnementale. A travers la ratification de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB), les pays en développement acceptent, dans le cadre de leurs « Stratégies Nationales de Gestion Durable de la Biodiversité », d’exécuter au niveau national, les directives de la convention, en matière de promotion de l’écotourisme. De nombreux pays ont développé l’écotourisme et les résultats peuvent être perçus de différentes manières. Les méthodes d’évaluation existantes n’intègrent pas toujours, d’une manière consensuelle, les différents intérêts qui peuvent être divergents. En prenant le cas du Parc National de Ranomafana et d’Anakao, à Madagascar, cette thèse a pour objectif de proposer une méthodologie d’évaluation des impacts locaux de l’écotourisme, basée sur l’analyse multicritère et une approche participative<br>Facing the dual challenge of poverty reduction and environment preservation, the non-extractive economic valorization of natural resources is likely to be one of the ways to achieve sustainable development, in the southern developing countries. Valuing the ecosystems enables to bypass a major constraint identified by economic theory, which is the lack of an efficient market revealing resources value. Ecotourism is one of the most well-known application fields of this strategy of resources valuation. By ratifying the Convention on Biological Diversity, developing countries agreed to implement the Convention guidelines for the ecotourism promotion through National strategies of biodiversity sustainable management. Thus, in many countries, ecotourism’s improvement is significant; and its results can be viewed in different ways. But, existing assessment methods do not always take into account the various and divergent interests issues. This thesis is a contribution to defend a new methodology of the local impacts assessment, based on multicriteria analysis and participatory approach, compared to the Anakao and Ranomafana National Parc management

Les primates malgaches présentent une forte diversité taxinomique associée à une forte diversité écologique et phénotypique, caractéristique d'une radiation adaptative. Leurs relations phylogénétiques sont mal résolues. A travers la description et l'interprétation du signal de disparité morphologique (morphométrie géométrique), certains traits évoluant de manière homoplasique sont analysés afin d'aboutir à une meilleure compréhension de la radiation. Le poids de la biogéographie, du régime alimentaire, du rythme de vie, de l'âge et enfin de la taille est testé à travers divers exemples puis à l'échelle des Lémuriformes. Les résultats de cette thèse montrent l'importance du poids des spécialisations fonctionnelles et des contraintes du développement sur la morphologie, indépendamment du cadre phylogénétique. La confrontation des données de disparité et de diversité montre que la sélectivité de l'extinction holocène n'a pas porté sur des spécialisations adaptatives, mais sur la taille<br>The Malagasy primates have a high taxonomic diversity associated with a high level of ecologic and phenotypic diversity that is characteristic of an adaptive radiation. The phylogenetic signal is overwhelmed by a high level of homoplasy that obscures the phylogenetic relationships among the group. Some homoplasic traits are analyzed through the description and the interpretation of the morphological disparity (geometric morphometrics) in order to improve our understanding of the radiation. Influences of biogeography, diet, activity rhythm, age, and size are successively tested in small samples and then at the level of the Lemuriformes. The results of this doctoral thesis show the high determinism of functional specializations and developmental constraints on the morphology, regardless of the phylogeny. The comparison of data from diversity and disparity proves that the selectivity of the holocene extinction applied to size, but not to functional specializations linked with adaptations

Cette thèse concerne la dégradation de la biodiversité malgache en générale et celle des forêts en particulier. Toute catégorie sociale confondue, les espèces endémiques de Madagascar ont subis ces 10 dernières années une pression énorme d’exploitation sans précédent de la part de la population malgache, situation pouvant ainsi conduire en une extinction de certaines espèces comme les tortues de terre (par exemple, les tortues étoilées), et les bois précieux (par exemple, les palissandres), si les mesures de protection ne seront pas prises à temps. Cette surexploitation se présente sous diverses formes en commençant par une consommation quotidienne jusqu’à une exportation massive (trafic) des espèces. Les causes principales de cette pression sont multiples, à savoir : l’incohérence de la politique de développement adoptée par les dirigeants depuis les années 80, l’abandon total de l’éducation citoyenne en matière de préservation de la nature et de l’environnement, la pauvreté des gens vivant à proximité des écosystèmes forestiers ; la mondialisation et le commerce international. Cette érosion de la biodiversité a pour conséquences : l’appauvrissement progressive des ressources, l’extrême pauvreté des paysans, et enfin une crise écologique inéluctable. Pour faire face à cette situation, nous proposons ce qui suit : Premièrement : réformer la politique et le plan d’action environnemental par la refonte de la législation en matière de la protection et de conservation de la biodiversité, et par la redéfinition des actions et responsabilités des acteurs environnementaux ; Deuxièmement : donner priorité à l’éducation environnementale pour chaque catégorie de personne enfant comme adulte, et intégrer les communautés locales dans la préservation des espèces et leurs habitats pour parvenir à une méthode de conservation acceptée et acceptable par tous les acteurs (paysans, bailleurs de fond, ONG, Etat). Enfin, une étude de cas sur la préservation de la biodiversité forestière a clôturée la thèse en prenant comme exemple le site « Dabotehena Manja Madagascar » où les aspects théoriques et pratiques y sont traités et détaillés<br>This thesis concerns the loss of biodiversity in general and the Malagasy forests in particular. All social categories, species endemic to Madagascar has suffered over the past 10 years enormous pressure operating unprecedented on the part of the Malagasy population, a situation that could well lead to an extinction of some species such as tortoises (eg , turtles starred), and precious woods (for example, rosewood), if protection measures are not taken in time. This exploitation comes in many forms, beginning with a daily consumption up to a massive export (traffic) in cash. The main causes of this pressure are varied, namely the inconsistency of the development policy adopted by the leaders since the 80's, the total abandonment of civic education in the preservation of nature and the environment, the poverty of people living near forest ecosystems globalization and international trade This erosion of biodiversity has resulted in: the progressive depletion of resources, extreme poverty of the peasants, and finally an ecological crisis inevitable. To address this situation, we propose the following: Firstly, policy reform and environmental action plan for the overhaul of the legislation on the protection and conservation of biodiversity, and the redefinition of actions and responsibilities of environmental;Second: give priority to environmental education for each category of person child as an adult, and integrate local communities in the preservation of species and their habitats in order to achieve an accepted method of preservation and acceptable to all stakeholders (farmers, donors Basically, NGOs, state). Finally, a case study on the preservation of forest biodiversity has closed the thesis using the example site "Dabotehena Manja Madagascar" in which theoretical and practical aspects are addressed and detailed

La destruction de l'environnement par l'homme a entrainé la fragmentation des ressources naturelles, divisant de nombreuses espèces vivantes en petites populations isolées. La valeur adaptative des individus décroit alors sous l'effet de la consanguinité et de l'absence de flux génique. Par perte de leur potentiel d'adaptation, ces populations deviennent sensibles a l'action de facteurs tant intrinsèques (stochasticite démographique et génétique) qu'extrinsèques (catastrophes naturelles et maladies). Les maladies sont à présent reconnues comme facteurs déterminants du devenir des populations, mais peu d'informations sur la relation entre maladies et système social ou entre maladies et structure génétique existent, en dépit de leur aspect fondamental dans la survie des populations/espèces. Ce travail présente l'étude du lien entre maladie, démographie et variabilité génétique dans de petites populations isolées de mammifères. Un premier modèle animal (le mara, dolichotis patagonum en captivité) a permis de mettre en évidence le rôle du système social (monogame) dans la distribution d'une maladie parasitaire (strongylose gastro-intestinale). Du fait des contraintes imposées par la captivité, un second modèle animal a été choisi, le lémur catta, de part son statut d'espèce menacée et son rôle dans l'écosystème de madagascar. Dans la réserve de Berenty, au sud de l'ile, une maladie oculaire sévit chez cette espèce, et il était urgent de déterminer l'impact de cette maladie sur le devenir de la population de lémur catta. Une étude étiola-épidémiologique a été menée sur l'ensemble de la population, révélant une maladie multicausale complexe. Par ailleurs, l'étude de la population sur le plan génétique s'avérait indispensable pour déterminer le rôle de la structure sociale dans le maintien de la variabilité génétique, mais aussi la perte potentielle de variation génétique due a l'isolement et ses conséquences au niveau de la perte de valeur adaptative (ou accroissement de la sensibilité aux maladies). Une banque microsatellitique a été créé, et l'analyse génétique sur les deux marqueurs obtenus a mis en évidence une forte structuration de la population, mais également un fort taux de consanguinité. L’hétérozygotie sur ces deux locus était négativement corrélée à la présence de la maladie oculaire.

L'etude systematique de la composition en acides hydroxycinnamiques, bases puriques et diterpenes glycosidiques a ete effectuee sur les graines de fruits matures de 63 populations de cafeiers sauvages de madagascar (mescarocoffea), une dizaine de souches africaines (eucoffea) et de s1 genotypes hybrides entre cafeiers cultives et sauvages d'origine africaine et malgache. Les composes etudies, bon marqueurs chemiotaxinomiques, permettent de caracteriser les subdivisions infragenerique et infraspecifique. Les mascarocoffea sont depourvus de cafeine a l'exception de c. Lancifolia et c. Kianjavatensis qui contiennent egalement de la theobromine; de plus a 602 (peuplement de c. Kienjavatensis) presente l'afrique de l'est, contiennent aussi de la cafeine et de la theobromine mais egalement de la theophylline alors que c. Pseudozanguebarise se caracterise par l'absence de purine et la presence d'une forte teneur en diterpenes. Absents chez les eucoffea, les acides p- et o-coumarique, sinapique, 4-methoxy, 3,4-dimethoxy et 3,4,5-trimethoxy cinnamique, ont ete identifies apres hydrolyse chez les mascarocoffea. Les analyses multivariees definissent deux compartiments biochimiques fondamentaux: les cafeiers a cafeine et les cafeiers sans cafeine. La structuration de la diversite biochimique globale correspond a un continuum repondant au concept de complexe d'especes. En ce qui concerne la composition biochimique, la dominance des especes cultivees a ete observee chez les hybrides et une importante segregation apparait dans la descendance des bc1

La tendance actuelle des consommateurs des produits de consommation plus sains et plus respectueux de l’environnement pousse les industriels à trouver des solutions alternatives naturelles. L’industrie des colorants de synthèse qui est parmi l’une des plus polluantes de la planète est directement concernée. La biodiversité de Madagascar, liée à une tradition d’utilisation des plantes pour teindre des fibres naturelles, représente une source renouvelable de pigments végétaux, jusqu’alors inexploitée. Les substances extraites de ces plantes pourraient donner lieu à des colorants naturels exploitables dans les industries sous réserve de lever les principaux verrous scientifiques liés au manque de connaissances sur ces plantes. Trois approches complémentaires ont été réalisées lors de ce travail. Une première approche ethnobotanique a consisté à cribler la biodiversité en plantes tinctoriales à Madagascar. Ainsi 128 espèces, dont 34 endémiques, ont été recensées et décrites. Une deuxième approche phyto-chimique a permis de mettre au point l’extraction des colorants par un procédé éco-responsable avec des solvants écologiques et de caractériser les propriétés physico-chimique et technologique des extraits obtenus. Les résultats en termes de pouvoir colorant, de stabilité (effet pH et température) et de propriétés antioxydantes et antimicrobiennes des pigments (anthocyanes, proanthocyanidines) extraits de quelques espèces de plantes sélectionnées, dont Acridocarpus excelsus et Woodfordia fruticosa, soulignent leurs potentialités comme colorants naturels bioactifs. L'analyse chromatographique HPLC-DAD-CAD-MS des pigments extraits de Paracarphalea kirondron a révélé pour la première fois des métabolites secondaires responsables des propriétés tinctoriales et biologiques. Enfin, la troisième approche toxicologique, réalisée à partir du modèle zebrafish et du modèle animal albinos mice, a permis de caractériser les profils d’activité biologique et de toxicité de ces extraits végétaux. Ces premiers résultats ouvrent des perspectives directement applicables de valorisation industrielle de ces ressources biologiques et des savoir-faire malgaches qui peuvent représenter les solutions alternatives naturelles recherchées. Cependant des mesures d’accompagnement devront être mises en place pour assurer une exploitation durable de cette biodiversité<br>Consumers trends are now moving towards healthier and more environmentally friendly products. It is pushing manufacturers to find natural alternatives to substitute the artificial products. The synthetic dyes industry, one of the most polluting industries in the world, is directly affected. Madagascar’s biodiversity, linked to a tradition of using plant species to dye natural fibers, represents an adequate source of renewable source of pigments, remains weakly exploited. Substances extracted from these plants could result in natural dyes that can be used in industries subject to overcome the main scientific challenges related to the lack of knowledge about these plants. Three complementary approaches were carried out during this study. A first ethnobotanical approach consisted in the screening of the dye plant biodiversity of Madagascar. 128 plant species, including 34 endemic species, have been identified and described. A second phytochemical approach has allowed the extraction of pigments by an eco-responsible process with green non-harmful solvent. The results in terms of coloring properties, stability (pH, temperature), antioxidant and antimicrobial properties of pigments (anthocyanins, proanthocyanidins, etc) extracted from a few species, including Acridocarpus excelsus and Woodfordia fruticosa highlight their potential as natural bioactive colorants. HPLC-DAD-CAD-MS chromatography analysis of the roots extracts of Paracarphalea kirondron display for the first time the secondary metabolites responsible of the dyeing and biological properties in this plant species. Finally, a third toxicological approach conducted on zebrafish and albino mice model permitted to characterize the activity / toxicity profiles of these plant extracts. These early results lead to great opportunities across the industrials valorization of these natural ressources and traditionnal malagasy knowledge. However, appropriate measures should be taken to ensure the sustainable exploitation of this biodiversity

Cette thèse a pour objet les fougères arborescentes à écailles (Cyathéacées) de Madagascar et des autres îles de l’Ouest de l’Océan Indien. Nous proposons une méthodologie d’échantillonage et une révision taxinomique incluant des clés de détermination, des descriptions avec des caractères de terrain et des illustrations complètes. Douze espèces et douze variétés nouvelles sont décrites pour Madagascar ; une espèce et une variété nouvelles sont décrites pour l’Ile Maurice. Par une étude phylogénétique utilisant cinq régions marqueurs d’ADNcp nous démontrons que les fougères arborescentes de Madagascar forment trois clades monophylétiques d’affinité africaine. Ces clades se sont diversifiés simultanément et de façon explosive pendant le Pliocène. Les forêts denses humides de Madagascar contiennent donc une proportion considérable de jeunes lignées néoendémiques et représentent des sources de diversité évolutive plutôt que des réservoirs de diversité d’origine ancienne<br>This thesis focuses on the scaly tree ferns (Cyatheaceae) of Madagascar and the other islands of the Western Indian Ocean. We propose a collection method and provide a taxonomic revision including full determination keys, descriptions with field characters and complete illustrations for all taxa. Twelve new species and twelve new varieties are described for Madagascar, one new species and one new variety is described for Mauritius. A phylogenetic study of the tree ferns in the region using five chloroplast DNA markers builds on the taxonomic revision. We show for the first time that the Madagascan tree ferns form three morphologically distinct monophyletic clades of African affinity. These clades underwent rapid coincident diversification bursts during the Pliocene. It is a major result of this study that the Madagascan rainforests harbour a considerable component of young, neoendemic lineages and are a source rather than a sink of evolutionary diversity

Le point chaud de biodiversité de Madagascar et des Iles de l'Océan Indien est réputé pour abriter une grande diversité d'espèces dont une large fraction est endémique. Malgré de nombreuses hypothèses explicatives et une abondante littérature sur le sujet, les connaissances actuelles sur les mécanismes de la diversification des espèces au sein de ce point chaud demeurent limitées. L'importante biodiversité de la région a longtemps été attribué à la fragmentation du Gondwana oriental et de l'isolement qui en a résulté entre Madagascar et le sous-contient Indien (120-160 Ma). Un grand nombre d'études récentes de systématique moléculaire montrent toutefois que l'origine de la plupart des groupes présents aujourd'hui à Madagascar est très largement postérieure à l'isolement de Madagascar. En outre, Madagascar n'est qu'un élément d'un contexte géographique plus vaste constitué d'îles océaniques ou microcontinentales qui varient entre elles du point de vue de l'origine géologique, de l'âge, et de la structure et qui abritent elles-aussi une faune et une flore très diversifiés. La plupart de ces îles sont jeunes (2-10 Ma) et l'important endémisme de leur biodiversité ne peut pas être expliqué par la vicariance gondwanienne, mais résulte plutôt de d'évènements récents de dispersion à longue distance suivis par des processus de diversification in situ. Par ailleurs, certains groupes d'organismes présentent une biodiversité sur les îles volcaniques jeunes plus forte que sur Madagascar, ce qui est contre-intuitif étant donné la plus grande surface et l'importante diversité écologique de Madagascar. Lorsque l'on prend en compte la disparité d'âges géologiques entre Madagascar et les îles environnantes, la théorie prédit que la diversification sur les îles "jeunes" a eu lieu à un rythme élevé après que des changements d'aire de distribution ont pris place dès que de nouvelles régions ou habitats sont devenus accessibles au travers du processus de colonisation. Cette thèse vise à comparer plusieurs lignées de plantes (Asteraceae, Myrsinaceae, Monimiaceae) qui se sont fortement diversfiées dans la région de Madagascar et des Iles de l'Océan Indien. Dans chacune de ces familles, j'ai porté mon attention sur des genres riches en espèces, présentant une forte variabilité phénotypique, contenant de nombreux espèces endémiques à une seule île, et ayant une distribution comprenant Madagascar et des îles avoisinantes. .<br>The Madagascar and Indian Ocean Islands biodiversity hotspot is renowned for its high levels of species diversity and endemism. Yet despite many hypotheses and a considerable literature, we still know relatively little about the mechanisms of species diversification within the region. Until recently, the major role for high levels of species diversity was attributed solely to breakup of East Gondwana and the isolation of Madagascar and India (120-160Mya). However, an increasing number of studies, employing recent advances in analytical methods, have shown that the origin for many groups post-dates the isolation of Madagascar. Furthermore, Madagascar is embedded in a wider geographical setting of oceanic and microcontinental islands that vary distinctly in origin, age and structure, and that are also home to highly diverse flora and fauna assemblages. Most of these islands are young (2-10My) and the high levels of endemism on these islands therefore can't be explained by Gondwanan vicariance, but only by recent long distance dispersal followed by extensive in-situ diversification processes. In addition, some groups of organisms show higher levels of diversity on young volcanic islands than on Madagascar, which runs counter to expectations given the greater surface area and habitat diversity of Madagascar. Taking into account the disparity in geological ages among the land fragments in the Indian Ocean, theory suggests that diversification on geologically young islands would have proceeded via high levels of diversification rates and rapid shifts over time after new ranges and habitat became available upon colonization. In this thesis we compare major plant lineages (Asteraceae, Myrsinaceae, Monimiaceae) that have undergone extensive diversification in the region. In each of these families we selected highly speciose genera that are characterized by single island endemism, phenotypic diversity and presence on Madagascar and a range of Indian Ocean islands. We found evidence of significant shifts in diversification rates and repeated long distance dispersals to Indian Ocean islands where Madagascar played a central role as a disperser source. .

Un modèle de gestion interactive (GI) entre populations sauvages et captives a été développé pour la tortue a soc astrochelys yniphora, considérée comme étant la tortue terrestre la plus rare du monde. Cette espèce n'est plus représentée que par cinq petites populations vivant au nord-ouest de Madagascar. Son effectif actuel est le résultat de plusieurs siècles d'exploitation commerciale et de sa destruction directe par les feux de brousse. Deux populations sauvages et une population captive ont été caractérisées au niveau démographique. Les paramètres obtenus ont ensuite été utilises pour construire un modèle d'analyse de viabilité de la métapopulation (MVA) d'astrochelys yniphora, a l'aide du logiciel ULM. L'espèce se caractérise par une sensibilité importante de la survie au stade adulte, due en partie a une maturité sexuelle très tardive. L'effectif total de l'espèce en nature a pu être estime a environ 600 (440-770) individus. En présence uniquement de stochasticité démographique toutes les populations continuent a s'accroitre. Par contre, des événements stochastiques de type catastrophe modifient le devenir de ces populations. Tout dépend de la fréquence des catastrophes, de leur importance et de la période de projection retenue. Si les feux de brousse ne peuvent être maitrises, aucune population sauvage n'est assurée de survivre au-delà des deux prochains siècles. La population captive est beaucoup moins sensible aux catastrophes. La maitrise des feux de brousse doit être la première priorité pour réduire la probabilité d'extinction de l'espèce. Dans un deuxième temps, le lâche en nature d'individus nés en captivité est une stratégie de conservation envisageable. Un essai de lâcher de juvéniles issus d'élevage a montre leurs facultés a s'adapter dans leur habitat d'origine. Il est préférable d'affecter ces juvéniles a un programme de réintroduction plutôt qu'a un programme de renforcement des populations sauvages, et de ne réintroduire qu'une seule grande population, plutôt que deux petites. Les MVAs constituent des instruments d'exploration performants, des lors qu'ils s'appuient sur une bonne connaissance des paramètres démographiques des populations qui les composent. Elles permettent de se fixer des objectifs de restauration a atteindre, et fournissent la réponse probable des sous-populations sauvages et captives aux diverses alternatives de gestion. Mais l'aspect le plus intéressant de l'approche metapopulationnelle intégrant les populations sauvages et captives d'espèces emblématiques, réside précisément dans la synthèse qu'elle propose entre la conservation in situ et ex situ. Au-delà du simple rôle de réservoir démographique et génétique, les spécimens d'espèces charismatiques, parapluies, présentes dans les collections zoologiques peuvent ainsi devenir de véritables ambassadeurs de leur communauté biologique originelle en sélectionnant également les candidats a une GI sur des indices de richesse spécifique de leur communauté, il est théoriquement possible d'accroître considérablement le rôle des zoos dans la conservation de la biodiversité.

Pour résoudre le problème de déclin de la biodiversité, l'économie de la biodiversité, une branche de l'économie de l'environnement, suggère le recours aux mécanismes marchands. Lors de la Conférence des Nations Unies sur l'Environnement et le Développement (CNUED) de Rio en 1992, notamment durant les négociations de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB), cette idéalisation du marché en faveur de la conservation de la biodiversité influe fortement les décisions. Les pays riches en biodiversité, paradoxalement les plus pauves, vont alors mettre en place des politiques basées sur la conciliation entre marché, développement soutenable et préservation de la biodiversité. Madagascar, un des hotspots en biodiversité, va prioriser dès la ratification de cette Convention, la valorisation de sa biodiversité par les marchés. Cette thèse, a pour objectif d'analyser les retombées de ces marchés pour les populations locales et les impacts sur la conservation de la biodiversité. Basé sur l'étude de deux dispositifs marchands, à savoir les contrats de bioprospection et la filière huiles essentielles, ce travail montre que compte-tenu des objectifs de soutenabilité visés, intégrer la question de la redistribution permet de mieux répondre aux attentes des différents acteurs, en particulier celles des acteurs locaux, et de prendre en compte la diversité des enjeux. La première partie est axée sur l'analyse institutionnelle de la bioprospection et de la filière huiles essentielles. La seconde partie analyse les retombées économiques et les impacts de ces deux activités sur la conservation de la biodiversité, et propose l'utilisation d'une approche par les scénarios pour traiter de la question de redistribution<br>To resolve the problem of biodiversity decline, a branch of environmental economics, called "economics of biodiversity", recommends resorting to market mechanisms. During the United Nations Conference on Environment and Development (UNCED) in Rio de Janeiro, June 1992, particularly through out the negotiations of the Convention on Biodiversity (CBD), idealization of trade and market for conservation and sustainable use of biodiversity had a great influence on the decisions and choices of policy makers. Therefore, many developing countries decided to establish their development policies by combining trade and market, economic efficiency and biodiversity conservation. After signing and ratifying the CBD, Madagascar, a biodiversity hot spot and paradoxically one of the poorest countries in the world, gave top priority to merchandising its biodiversity. This thesis aims to analyze the impact of these markets for local and impacts on biodiversity conservation populations. Based on the study of two market mechanisms, namely bioprospecting contracts and essential oils industry, this work shows that taking into account sustainability objectives targeted, mainstream redistribution to better meet the expectations of different stakeholders , especially those of local actors, and to take into account the diversity of issues. The first part focuses on the institutional analysis of bioprospecting and essential oils industry. The second part analyzes the economic benefits and impacts of these activities on biodiversity conservation, and proposes the use of an approach based on scenarios to address the issue of redistribution

Depuis quelques décennies, la communauté scientifique s'intéresse de plus en plus à la recherche de nouvelles levures pour de nouvelles applications dans le domaine des biotechnologies blanches. De l'étude de la biodiversité à l'étude des propriétés métaboliques, les recherches visant à sélectionner de nouvelles levures avec des propriétés intéressantes pour l'industrie se sont intensifiées. Localisées dans le Sud-Ouest de l'océan Indien, les îles de La Réunion et de Madagascar sont aujourd'hui considérées comme des Hot Spot de la biodiversité. La grande diversité de plantes et de fruits tropicaux fournis des habitats naturels pour la propagation de nombreux microorganismes tels que les levures. A l'instar de ce qui se passe chez les plantes endémiques, nous avons formulé l'hypothèse que certains microorganismes ne peuvent être trouvés nulle part ailleurs que dans ces îles tropicales. 101 souches de levures réparties en 26 espèces différentes ont ainsi été isolées dans cette étude à partir de 13 fruits tropicaux récoltés aléatoirement dans les régions d'Antsirabe à Madagascar et de St-Paul à La Réunion. L'identification des espèces a été réalisée par analyse des séquences des domaines D1/D2 de la grande sous-unité des gènes de l'ARN ribosomique (ARNr). Les souches caractéristiques ont ensuite fait l'objet d’une analyse systématique par micro-extraction en phase solide couplée à une analyse chromatographique en phase gazeuse et couplé à un spectromètre de masse (ET-MEPS-CPG/SM) pour déterminer leurs capacités à produire des arômes. Parmi elles, deux souches isolées sur le fruit du poc-poc (Physalis peruviana) et sur le cacao (Theobroma cacao var. Criollo) semblent appartenir à de nouvelles espèces, probablement endémiques de la zone géographique étudiée. En effet, ces souches, EGPOC17 et EB23, présentent un faible pourcentage d'identité avec les séquences de l'ARNr des levures Rhodotorula mucilaginosa (97,1% d'identité) et Candida pararugosa (97,4% d'identité). 52 composés organiques volatiles (COVs) différents, classés en cinq grandes classes de molécules, les acides, les alcools, les aldéhydes, les cétones et les esters ont ainsi été identifiés. Une analyse statistique a ensuite été réalisée pour tenter de classer ces souches par catégories en fonction de leurs caractéristiques métaboliques. Avec une production de 32 molécules différentes sur les 52 identifiées, la levure Saprochaete suaveolens (anciennement connue sous le nom de Geotrichum fragrans) est de loin la souche produisant le plus grand nombre de composés d'arômes, en particulier d'esters et de composés insaturés. D'autres souches comme Candida quercitrusa, Debaryomyces nepalensis, Pichia kluyveri et Sporidiobolus pararoseus semblent également être intéressantes pour la production d'acides, d'alcools et de cétones. Parmi les COVs identifiés, des composés comme le 2 méthylbut-2-énoate d'éthyle (tiglate d'éthyle), le 2-méthylbut-2-énoate de 3 méthylbutyle (tiglate d'isoamyle), le 2-méthylbut-2-énoate de butyle (tiglate de butyle), 3-méthylbut-2-énoate d'éthyle, 2-méthylbut-2-énoate de 2-méthylpropyle et le but-2-énoate d'éthyle ont été retrouvés spécifiquement chez la levure Saprochaete suaveolens. La présence de ces molécules, très peu décrites chez les levures dans la littérature, suggère des relations taxonomiques de type «arôme-espèce» ou «arôme-genre » chez les levures<br>In recent years, there has been an increasing interest in identifying and characterizing the yeast ecosystems associated with diverse types of habitat because of the many potential desirable technological properties of these microorganisms, especially in food applications. In this study, a total of 101 yeast strains were isolated directly from the skins of tropical fruits collected in several locations in the South West Indian Ocean (in the regions of Anstirabe in Madagascar and Saint Paul in Reunion Island). Species identification was determined by sequence analysis of the D1/D2 domains of the large subunit (LSU) ribosomal RNA gene. The strains were classified into 26 different species and tested for their potential to produce aromatic flavouring compounds. Among the isolated strains, two species isolated from the skins of Cape gooseberry and Cocoa beans appeared to represent putative new yeast species. Strains EGPOC17 and EB23 showed LSU D1/D2 sequence homologies of only 97.1% and 97.4% with the yeasts Rhodotorula mucilaginosa and Candida pararugosa, respectively. In total, 52 Volatile Organic Compounds (VOCs) were detected by Head Space Solid Phase Micro Extraction coupled to Gas Chromatography and Mass Spectroscopy (HS-SPME-GC/MS) analysis and these were classified into five main groups, namely, acids, alcohols, aldehydes, ketones and esters. In order to classify and discriminate the yeast biodiversity, statistical analysis was performed which allowed the yeasts to be categorized according to their flavour production. With a production of 32 compounds among 52 VOCs, Saprochaete suaveolens (Geotrichum fragrans) seemed to be the best producer of flavour compounds, especially esters and unsaturated compounds. Other yeast species including Candida quercitrusa, Debaryomyces nepalensis, Pichia kluyveri and Sporidiobolus pararoseus also appeared of potential interest based on their abilities to produce acid, alcohol and carbonyl compounds. Among the VOCs detected, 6 uncommon compounds namely ethyl but-2-enoate, ethyl 2-methylbut-2-enoate (ethyl tiglate), ethyl 3-methylbut-2-enoate, 2-methylpropyl 2-methylbut-2-enoate, butyl 2-methylbut-2-enoate and 3 methylbutyl 2-methylbut-2-enoate were identified as possible yeast species specific flavour markers

Les oscillations paléoclimatiques au cours du Pléistocène et leur influence sur les bilans hydriques stationnels ont été considérées à Madagascar. La disponibilité en eau est l'élément majeur de la vie végétale et animale. À partir de travaux publiés en 2006, un modèle intégrant des aspects écologiques et géomorphologiques dans un contexte de changement climatique est considéré pour identifier les régions qui pouvaient présenter un bilan hydrique stationnel positif, indispensable à la survie de la faune et de la flore sylvicoles au cours des périodes les plus sèches, et l’évolution de ce bilan lorsque le climat redevenait chaud et humide. Le modèle a été appliqué à la biogéographie des lémuriens de Madagascar, et plus particulièrement à une région sédimentaire du versant occidental de l’île, pour expliquer le centre d’endémisme du Menabe Central, entre les bassins versants des fleuves Tsiribihina et Mangoky<br>Pleistocene paleoclimatic oscillations have had a major influence on the hydrological balance in Madagascar, from the scale of individual sites to watersheds. Water availability is one of the major component for the life of plants and animals life. Based on previous research published in 2006, a model is considered which has been enriched, and encompasses ecological and geomorphological features in the context of changing climate to identify areas where water remained available during the driest periods, but also how availability increased again when climatic conditions become warmer and wetter. This model is applied to a portion of Western Madagascar encompassing the Tsiribihina and Mangoky watersheds and the Central Menabe center of endemism to describe the mechanism leading to landscape-Level evolution and especially the distribution patterns observed today of some of the island’s endemic animal species, comparing narrowly vs. broadly endemic taxa

Cette recherche part du constat d'un dysfonctionnement de l'aide au développement et à la conservation. Depuis les années 1980 et malgré la succession des stratégies de l'aide, les résultats restent souvent insatisfaisants, médiocres, voire contraires aux effets recherchés. Pour comprendre ce phénomène, nous partons d'un territoire forestier, Amindrabe, situé au Centre-Est de Madagascar. En nous focalisant sur ce territoire, ses habitants et les programmes d'aide qui le ciblent, nous prenons progressivement conscience des logiques sous-jacentes à ce système global du développement : qu'est-ce qui s'y passe concrètement ? Comment est-ce organisé ? Pourquoi ces dynamiques se poursuivent-elles malgré des effets décevants ? La singularité de notre proposition est de nous détacher de la littérature surplombante pour partir du perçu et du vécu des habitants et des porteurs des programmes. Cette analyse empirique et qualitative amène à poser un regard critique sur les croyances fondatrices des stratégies de l'aide. Nous mettons en lumière une organisation hiérarchisée et compartimentée en différentes sphères déconnectées entre elles et déconnectées de la réalité locale. Les croyances, illusions et intérêts de chacun participent à renforcer l'incompréhension entre sphères et à détourner les actions des objectifs initiaux, par un processus qui se répète. En décortiquant un système d'acteur particulier, ses mondes et ses dynamiques du local au global, nous invitons le lecteur à un plongeon au-delà de ces incompréhensions<br>This research is based on the observation of a dysfunction in aid for development and conservation. Since the 1980s and despite the succession of aid strategies, the results are often unsatisfactory, mediocre or even contrary to the desired effects. To understand this phenomenon, we begin in a forest territory, Amindrabe, located in the Central-East of Madagascar. By focusing on this territory, its inhabitants and the aid programs that target it, we gradually become aware of the underlying logic of this global development system: what is actually happening there? How is it organized? Why do these dynamics go on despite disappointing effects? The singularity of our proposal is to detach ourselves from the overhanging literature to start with the perceived experiences of the inhabitants and the bearers of the programs. This empirical and qualitative analysis leads us to take a critical look at the founding beliefs of aid strategies. We highlight a hierarchical and compartmentalized organization in different spheres: disconnected from each other and disconnected from the local reality. The beliefs, illusions and interests of each actor contribute to reinforce the incomprehension between spheres and to divert the actions from the initial objectives by a process that repeats itself. By anatomizing a particular actor system, its worlds and its dynamics from local to global, we invite the reader to a dive beyond these incomprehensions

Dans le contexte très actuel de sauvegarde de la biodiversité, les acteurs de la conservation se doivent de rassembler un maximum d’informations sur la biologie et l’écologie des espèces menacées d’extinction. Ces données n’étant malheureusement pas toujours accessibles, même à partir d’études poussées sur les espèces d’intérêt, les objectifs des gestionnaires des espaces naturels n’en sont que plus difficiles à atteindre. Dans le cadre de cette thèse, nous nous sommes penchés sur un groupe d’organismes peu étudiés dans un contexte de conservation, à savoir les parasites. En effet, parce qu’hôtes et parasites sont souvent de vieux ennemis qui ont coévolué pendant de longues périodes temporelles, les parasites peuvent enregistrer un très grand nombre d’informations sur leurs hôtes qui, une fois décodées, peuvent servir à l’aménagement de plans de gestions mieux adaptés. L’association polystomes (Monogènes) - amphibiens anoures, plus particulièrement les couples Madapolystoma - Mantellidae et Metapolystoma – Ptychadenidae/Mantellidae, ont donc été étudiés afin d’explorer à Madagascar, hotspot de biodiversité menacé par la destruction des habitats, l’histoire écologique et évolutive d’hôtes endémiques. A partir d’approches morphométrique et moléculaire, une diversité insoupçonnée de polystomes a pu être mise en évidence, qui a fait l’objet de deux nouvelles descriptions, Madapolystoma ramilijaonae et M. Cryptica. Ces résultats replacés dans un contexte de systématique des hôtes suggèrent l’existence de complexes d’espèces cryptiques chez deux espèces d’amphibiens malgaches, à savoir Guibemantis liber et Ptychadena mascareniensis. A travers des approches phylogénétiques et de datation moléculaire, des patrons de colonisation ont été également déterminés, suggérant différentes origines des polystomes malgaches. En conclusion de ce travail, les informations véhiculées par les polystomes pourraient permettre, dès à présent, d’agir sur certaines espèces d’amphibiens. En effet, la description de complexes d’espèces cryptiques tend à augmenter le nombre, déjà très élevé, d’espèces microendémiques. De ce fait, parce que les aires de répartition de certaines entités taxonomiques sont beaucoup plus réduites que celles préalablement évaluées, il s’avère nécessaire de repenser rapidement les aires à protéger<br>In the very current context of biodiversity, conservation stakeholders will need to gather as much information on the biology and ecology of endangered species. Unfortunately, those data being not always available, even from extensive studies on the species of interest, the objectives of the managers of natural areas are all the more difficult to achieve. As part of this thesis, we focused on a poorly studied group of organisms in the context of conservation, namely parasites. Indeed, because hosts and parasites are often old enemies who have co-evolved over long time periods, the parasites can save a great deal of information on their hosts that, when decoded, can be used for the development of best suited management plans. The association polystomes (Monogenea) - anuran amphibians, particularly couples Madapolystoma - Mantellidae and Metapolystoma - Ptychadenidae / Mantellidae, have been studied to explore Madagascar, biodiversity hotspot threatened by habitat destruction, environmental history and scalable guest endemic. From morphometric and molecular approaches, a variety of unsuspected polystomes could be detected, which was the subject of two new descriptions, Madapolystoma ramilijaonae and M. Cryptica. These results placed in a context of systematic hosts suggest the existence of complexes of cryptic species in two species of Malagasy amphibians, namely Guibemantis liber and Ptychadena mascareniensis. Through phylogenetic approaches and molecular dating, settlement patterns were also identified, suggesting different origins of the Malagasy polystomes. In conclusion of this work, the information conveyed by polystomes could afford, now, to act on certain species of amphibians. Indeed, the description of complexes of cryptic species tends to increase the already very high, microendemic species. Thus, because the ranges of taxonomic entities are much smaller than previously estimated, it is necessary to quickly rethink the areas to be protected

Les travaux de thèse exposés dans ce manuscrit portent sur l'étude chimique de quatre éponges marines collectées à Madagascar : Monanchora unguiculata, Amphimedon sp., Aulospongus gardineri et Biemna laboutei. Pour les trois premières, l'extraction, l'isolement et l'identification des métabolites secondaires par différentes techniques chromatographiques (CLMP, CLHP…) et spectroscopiques (UV-visible, SMHR, RMN 1D et 2D…) ont été envisagés. Quinze métabolites secondaires de type alcaloïdes guanidiniques, dérivés de la bromotyrosine, N-acyléthanolamines et polyynes, ont été isolés de ces éponges. Huit sont de structures nouvelles. La valorisation des molécules isolées a ensuite été envisagée via l'évaluation de leurs activités biologiques. Deux d'entres elles, la fromiamycaline (M70) et la ptilomycaline F (MU7) ont montré une excellente activité antipaludique et quatre, la fromiamycaline (M70) et les ptilomycalines E (MU6), G (MU8) et H (MU9) une cytotoxicité sur cellules KB prometteuse. L'étude de la dernière éponge, Biemna laboutei, portait sur des molécules précédemment isolées au sein du LCSNSA. Les travaux entrepris comprenaient une vérification des configurations relatives de neuf alcaloïdes guanidiniques déterminées par RMN grâce à la probabilité DP4+. Les configurations relatives déterminées par RMN de sept des molécules ont ainsi pu être confirmées et trois d'entre elles, les nétamines G (E8), P (E17) et R (E19) ont fait l'objet d'une étude plus approfondie par modélisation moléculaire afin de déterminer leur configuration absolue par comparaison de leur spectre de Dichroïsme Circulaire Électronique expérimental avec un spectre calculé<br>The work described in this manuscript concerns the chemical study of four sponges from Madagascar: Monanchora unguiculata, Amphimedon sp., Aulospongus gardineri and Biemna laboutei. For the first three sponges, the study was devoted to the extraction, isolation and identification of secondary metabolites by various chromatographic (MPLC, HPLC…) and spectroscopic (UV, HRMS, 1D and 2D NMR…) techniques. Fitfteen secondary metabolites including guanidine alkaloids, bromotyrosin derivated, N-acylethanolamines and polyynes were isolated from these sponges. Eight are new molecules. The biological activities of the isolated compounds were then evaluated. Two of them, fromiamycalin (M70) and ptilomycalin F (MU7) showed a very good antimalarial activity and four of them, fromiamycalin (M70) and ptilomycalins E (MU6), G (MU8) and H (MU9) a promising cytotoxicity against KB cells. The study of the last sponge, Biemna laboutei, was performed on molecules already isolated in the LCSNSA. This work included the determination of the relative configuration of nine guanidine alkaloids by using the DP4+ probability. The relative configuration of seven molecules was confirmed. Three of them, netamines G (E8), P (E17) and R (E19) were selected for a study by molecular modeling to determine their absolute configuration by comparison of their experimental Electronic Circular Dichroism spectrum with a calculated spectrum