Dissertations / Theses: 'Locus à caractère quantitatif (QTL)'

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Demars, Julie. "Clonage positionnel du QTL localisé sur le chromosome 7 porcin influençant l'adiposité des animaux." Toulouse 3, 2007. http://www.theses.fr/2007TOU30339.

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Ben, Jemaa Slim. "Cartographie fine de QTL ed fertilité femelle chez les bovins laitiers français." Paris, AgroParisTech, 2009. http://pastel.paristech.org/5162/01/these_BEN_JEMAA_slim.pdf.

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Abstract:

L’objectif de la thèse est la cartographie fine de QTL de fertilité femelle (FF) chez les races bovines Françaises : la Prim’Holstein (PH), la Normande (NO) et la Montbéliarde (MO). La première étape du projet consiste en une primo-localisation, sur un dispositif de 78 familles, de QTL de FF dans 12 régions génomiques. Six QTL de FF ont été détectés chez la PH et deux chez la NO. La deuxième étape consiste en une cartographie des QTL détectés sur les chromosomes BTA01, BTA02, BTA03 et BTA21 sur un échantillon de 41 familles des trois races. La localisation de ces QTL a été confirmée et précisée pour les QTL détectés sur les chromosomes BTA01 et BTA03. Le QTL sur le chromosome BTA03 a été finement cartographié en utilisant 437 SNP ce qui a permis de réduire son intervalle de localisation à quelques centimorgans et de sélectionner six gènes candidats. Les régions flanquant les exons de ces six gènes ont été séquencées sur quatre pools d’ADN d’individus de phénotypes extrêmes afin de trouver des polymorphismes intéressants dans les régions séquencées qui pourront ensuite être validés sur l’ensemble du dispositif. La mise à disposition récente d’une puce de 54000 SNP situés dans tout le génome bovin a changé la stratégie de cartographie de QTL de FF. Des gènes pouvant influencer la FF ont été sélectionnés et suggérés comme étant des gènes candidats positionnels et fonctionnels responsables de la dégradation de la FF chez les bovins laitiers.

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Burgio, Gaëtan. "Etude [i. E. , Ettude] des QTL (quantitative trait loci) affectant la variation de la forme du crâne à l'aide des lignées recombinantes congéniques interspécifiques." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2008. http://www.theses.fr/2008MNHN0003.

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Abstract:

Le déterminisme génétique de la morphologie crânio-faciale et ses relations avec la pathologie sont très mal connus chez l’homme, en partie en raison des interactions fortes entre les facteurs génétiques et des facteurs d'environnement hétérogènes et non contrôlés. La souris peut constituer un très bon modèle pour l’identification de gènes jouant un rôle clé dans la morphologie crânio-faciale du fait de l'existence de lignées consanguines très différentes génétiquement et la possibilité de maîtriser les paramètres d'environnement. Les souris recombinantes congéniques interspécifiques (IRCS) sont des lignées consanguines issues de croisements entre la lignée de laboratoire C57BL/6 et la lignée SEG/Pas établie à partir d'individus appartenant à l'espèce Mus spretus. Ces deux espèces de souris ont divergé depuis plus d'un million d'années et sont très différentes sur les plans génétique et phénotypique. Chacune des 55 lignées IRCS possède environ 1,3% de son génome provenant de la lignée SEG/Pas dans un fonds génétique provenant de la lignée C57BL/6. Vingt lignées ont été phénotypées pour des caractères physiologiques (numération de formule sanguine) et morphologiques et ont été comparés à la lignée de référence C57BL/6. Des différences importantes de conformation crânio-faciale entre plusieurs de ces lignées et C57BL/6 et le rôle compensateur des allométries ont été mis en évidence. Par l'étude de morphométrie géométrique et des analyses de contour, nous avons montré que la lignée IRCS 66H présente une modification importante de la partie antérieure du crâne et notamment que l’os nasal présente une forme intermédiaire entre celles de SEG/Pas et de C57BL/6. Cette lignée possède trois fragments sur les chromosomes 1, 13 et 18 provenant de la lignée SEG/Pas et d'une taille comprise entre 12 et 25 Mb. Pour identifier lequel de ces fragments est responsable de ce phénotype, nous avons analysé un croisement F2 entre 66H et C57BL/6 et isolé chaque segment dans des lignées congéniques et bicongéniques pour en étudier les effets individuels et nous avançons l’existence de au moins trois QTL (Quantitative Trait Loci) avec de multiples relations épistatiques entre eux. Nous avons pu reconstituer l’origine des segments SEG façonnant le phénotype de la lignée 66H et des lignées bicongéniques. Il apparaît donc que, même dans cette situation génétiquement simple qui n'implique que trois petites régions du génome, l'architecture crânio-faciale est sous un contrôle génétique complexe
Since the work of James Cheverud and colleagues on the morphological integration of primate and mouse skull, studies on genetic basis of modular effect of the QTL (Quantitative Trait Loci) has been emphasized the last decade. We describe a new tool based on the cross of a distant mice species Mus spretus and the laboratory mouse C57BL/6 called Interspecific Recombinant Congenic Strains (IRCS). Each strain has inherited 1. 3% of its genome from SEG/Pas under the form of few, small-sized, chromosomal segments. Global skull shape separate in a dorsal and ventral side, was analyzed on 18 strains with Procustes superimposition method. Additive effect on SEG allele on the dorsal side was found with strong modification for the strain 49A and 120C. Canonical Variate Analysis for the dorsal and ventral side of some strain reveals strong dorsal modification for 120C, 49A and 122C and ventral modification for 49A and 66H. Covariation study based on the Two-Blocks Partial Least Squares procedure shows a strong morphological integration between the two sides of the skull suggesting compensatory effect on skull shape variation. Analysis of allometry shows first a radiation in the allometric trajectories with C57BL/6 as the starting point and strong modifications for shape for most strains corresponding to a fundamental mechanism of compensatory effect of SEG segment into strains for shape variation. Covariation analysis with removing allometry thus reveals modular organisation on the genetic control of some strains, 120C and 66H for the dorsal side and 137F and 119H for the ventral side. It also reveals modular effect for allometry of the strains 120C, 137G, 103E and 157F. This study demonstrates a strong morphological integration for shape of the majority of IRCS strains with allometry as a compensatory effect. It also demonstrates a modular organisation for shape changes and allometry of a minority of IRCS strains. IRCS is a powerful and appropriate tool for studying genetic basis on shape evolution and morphological integration

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Sauvage, Christopher. "Développement de marqueurs moléculaires liés à la résistance à la mortalité estivale chez l'huître creuse Crassostrea gigas - approche QTL." La Rochelle, 2008. http://www.theses.fr/2008LAROS229.

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Abstract:

L’huître du Pacifique Crassostrea gigas est la principale espèce aquatique produite dans le monde (4,2 millions de tonnes pour un chiffre d'affaire de 3,5 milliards de dollars US selon la FAO, 2005). Cependant, depuis plus de 15 ans, les élevages subissent des épisodes de mortalité estivale (30%-60%) qui peuvent à terme mettre en péril la compétitivité de l’aquaculture européenne de mollusques. Hormis l’importance économique de C. Gigas, qui justifie un effort de recherche, les huîtres constituent un modèle d’étude des bases physiologiques et génétiques de caractères complexes (ie croissance, reproduction et survie) fortement corrélés avec la réponse des huîtres à différentes conditions environnementales. Une des solutions envisagées est la sélection d’individus plus résistants à la mortalité. Compte tenu des contraintes liées à la mise en place de tels schémas de sélection, le développement de marqueurs génétiques, permettant une sélection assistée par ces mêmes marqueurs, apparaît aujourd’hui comme une voie de recherche intéressante. Réalisé dans le cadre du projet européen « Aquafirst » (FP6), ce sujet de doctorat a pour but de développer une cartographie permettant la détection des relations génotype - phénotype par une approche QTL (Quantitative Trait Locus). Le trait de phénotype considéré est la mortalité estivale. Pour cela, de nouveaux marqueurs moléculaires de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) ont été développés pour établir une carte génétique à l’aide de l’ensemble des marqueurs disponibles (microsatellites et SNP). Ces travaux ont été menés sur des individus issus de familles d’huîtres consanguines présentant des performances contrastées en terme de survie estivale, obtenus lors du programme MOREST
The Pacific oyster Crassostrea gigas is the main aquatic species produced in the world (4. 2 million tons / 3. 5 billion dollars, FAO, 2005). However, for over 15 years, farms suffer episodes of summer mortality (30% -60%), which may ultimately jeopardize the competitiveness of European aquaculture shellfish. Apart from the economic importance of C. Gigas, which justifies a research effort, oysters are a model for studying the genetic and physiological bases of complex characters (ie growth, reproduction and survival) strongly correlated with the response of the oysters to different environmental conditions. One option being considered is the selection of individuals more resistant to death. Given the constraints associated with the introduction of such schemes selection, the development of genetic markers, allowing assisted selection by the same markers, emerged as an interesting avenue of research. Produced as part of the European project "Aquafirst (FP6), the subject of this PhD aims to develop a map to detect relationships genotype - phenotype by a QTL approach (Quantitative Trait Locus). The phenotype trait is considered mortality summer. To achieve this, new molecular markers of type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed to establish a genetic map with all the markers available (SNP and microsatellite). This work was conducted on individuals from families of consanguineous oysters presenting contrasted performances in terms of survival during summer achieved in the program MOREST

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Casu, Sara. "Recherche de QTL contrôlant la cinétique de l'émission du lait et la morphologie de la mamelle chez les brebis laitières." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2004. http://www.theses.fr/2004INAP0024.

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Marullo, Philippe. "Génétique quantitative des levures de vinification : cartographie de QTL et applications à la sélection des souches industrielles." Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR21219.

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Abstract:

Les valeurs de paramètres technologiques des levures de vinification (S. Cerevisiae) présentent une distribution continue et quantitative. Ces phénotypes sont dûs au contrôle de plusieurs loci présentant des variations alléliques d'une souche à l'autre. Ces loci dits QTL (Quantitative Trait Loci) peuvent être identifiés selon une méthodologie appliquée depuis de nombreuses années chez les plantes et les animaux. Deux souches de levures parentales sélectionnées pour leurs fortes différences phénotypiques ont été croisées. A partir de l'hybride résultant, une descendance de plus de 100 individus a été caractérisée pour onze paramètres d'intérêt oenologique. Les souches parentales et une cinquantaine de descendants ont été génotypés à l'aide de puces à ADN. Plus de 2200 marqueurs génétiques ont été identifiés permettant de construire une carte génétique dense. Une corrélation statistique entre la présence de certains marqueurs et les valeurs phénotypiques des individus a permis d'identifier clairement trois loci liés à quatre caractères technologiques. L'impact d'une variation unique de séquence dans le gène ASP1 pour la production d'acidité volatile a été démontrée. Ce résultat souligne le lien entre l'assimilation de l'azote, la croissance cellulaire et la production d'acide acétique en oenologie. L'efficacité des méthodes de croisement pour l'amélioration des souches de levure oenologique a également été démontrée. Par ailleurs les loci identifiés au cours de cette thèse ont permis d'établir des stratégies de sélection innovantes chez la levure en utilisant des méthodes de sélection assistées par marqueurs telle que l'introgression
The technological parameters of wine yeast (S. Cerevisiae) are continuously and quantitatively distributed. Among yeast strains, these phenotypes are controlled by many loci presenting numerous alleles. These loci are called QTL (Quantitative Trait Loci) and can be identified by a mapping approach widely used in plants and animals genetics. Following this methodology, two divergent parental strains were crossed to obtain an hybrid heterozygous for many genes. About 100 progenies derived from such hybrid were characterized for eleven enological parameters. Using DNA micro array (Affymetrix c we constructed a genetic map of 2200 markers for 51 selected progenies. A statistical correlation between some markers and phenotypic values of genotyped progenies leads us to identify three loci controlling four technological parameters. A single nucleotide polymorphism in ASP1 was shown to control volatile acidity production. The physiological impact of nitrogen uptake and yeast growth on acetate production was also demonstrated studding this loci. Finally, effectiveness of breeding methods for wine yeast improvement was also shown in particular markers selection based

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Ma, Junwu. "Genome-wide QTL mapping for complex traits in pigs and focusing analysis on fatness QTL on porcine chromosome X." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/584/.

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Abstract:

Les buts de cette thèse étaient l'acquisition de connaissances sur l'architecture génétique de caractères complexes et l'étude de la variabilité des taux de recombinaison chez le porc. La première partie de cette thèse présente une analyse sur l'ensemble du génome des locus influençant des caractères quantitatifs (QTL) au sein de croisements F2 entre des verrats de race Duroc blanc et des truies Erhulian, protocole développé en Chine à l'université d'agriculture du Jiangxi (JXAU). La population étudiée dans le cadre de cette thèse regroupe de 750 à 1030 animaux F2 mesurés sur 80 caractères concernant la composition de la carcasse (17 caractères), la qualité de la viande (58 caractères) et les caractères morphologiques des oreilles (5 caractères). Au total nous avons identifié 253 QTL pour ces caractères, dont la moitié est significatif au niveau du génome entier. Les chromosomes rassemblant le plus de QTL pour ces caractères sont les chromosomes 4, 7, 8 & X. Les niveaux de signification les plus élevés sont observés pour un (ou des) QTL affectant la longueur de carcasse, le poids de la tête et le poids des oreilles situé au sein d'un intervalle de 3 cM situé sur le chromosome 7 (Sw1856-S0066) expliquant jusqu'à 50 % de la variance phénotypique. L'allèle Duroc blanc étant l'allèle favorable pour une majorité des QTL affectant la composition de la carcasse, tandis que les allèles favorables pour la qualité de la viande présentent des origines tantôt asiatique tantôt européenne. L'INRA avait réalisé il y a près de 20 ans un programme de détection de QTL entre animaux Large White & Meishan. La localisation parallèle sur le chromosome X de QTL influençant l'engraissement et la muscularité des animaux au sein des pédigrées français et chinois nous a amené a travaillé sur la cartographie fine de ce(s) QTL qui a été développée dans la deuxième partie de cette thèse réalisée en cotutelle. Dans un premier temps afin de préciser la position du QTL située sur le chromosome X, nous avons étudié les variations de taux de recombinaison entre différentes régions du chromosome ainsi que les variations inter individuelles. .
The aims of this thesis are to gain knowledge on genetic architecture of complex traits and on fine-scale structure of recombination rate variation in pigs. The first part of this thesis presents a genome-wide scan for quantitative trait loci (QTL) in a cross between White Duroc boars and Erhualian sows that was developed at Jiangxi Agricultural University (JXAU) in China. The mapping population comprised 750-1030 F2 individuals that were evaluated for a total of 80 traits related to carcass composition (17 traits), meat quality (58 traits) and ear traits (5 traits). In total, we identified 253 QTL for these traits, of which about half reached genome-wide significance level. Numerous QTL for these traits have been found on porcine chromosomes 4, 7, 8 and X. The greatest significance levels were found for a QTL affecting carcass length, head weight and ear weight on SSC7 in an interval of 3 cM (SW1856-S0666), which explained up to 50% of the phenotypic variance. White Duroc alleles at a majority of QTL detected were favorable for carcass composition, while favorable QTL alleles for meat quality originated from both White Duroc and Erhualian. INRA performed a genome scan to reveal QTL in a Large White × Meishan cross 8 years ago. Coincidently, both INRA and JXAU mapped strong QTL for fatness and muscling traits in a similar region of the porcine chromosome X (SSCX). Thus, both sides wished to collaborate to fine map the QTL. .

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L'Hôte, David. "Exploitation d’un modèle de souris interspécifiques, recombinantes et congéniques pour la cartographie de QTL de la fertilité mâle et pour l’étude de la régulation génique testiculaire dans le contexte d’un génome mosaïque." Limoges, 2009. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/c71350b1-b2e7-41de-aa2f-64f46883036c/blobholder:0/2009LIMO4014.pdf.

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Abstract:

Afin de positionner des QTL de fertilité mâle, nous avons utilisé un ensemble de lignées interspécifiques, recombinantes et congéniques (IRCS). Nous avons positionné 8 QTL influençant les paramètres : poids testiculaire, et prostatique, morphologie et vitalité des spermatozoïdes. Nous avons ciblé notre étude sur une lignée IRCS portant un QTL impliqué dans une réduction du poids testiculaire, et une tératozoospermie sur le chromosome 11. L'analyse en cartographie fine nous a permis de proposer une région candidate de 4 gènes significativement exprimés dans le testicule. Par ailleurs, nous avons conduit une analyse du transcriptome testiculaire de trois lignées IRCS et des lignées parentales qui a montré comment des gènes spretus étaient régulés lorsqu'ils étaient introgressés dans un génome musculus. Cette étude nous a permis d'amorcer une réflexion sur la tolérance d'un génome vis-à-vis des flux de gènes entre espèces voisines dans la constitution d'un génome mosaïque
In order to map new QTL regulating male fertility parameter, we analysed a set of Interspecific Recombinant Congenic strain. We mapped 8 QTL implicated in testis, development, prostate growth, sperm vitality and morphology. We performed fine mapping analysis of a QTL of reduced testis weight associated with teratozoospermia, localised on MMU11. We proposed a candidate locus encompassing four testis expressed gene. Moreover, in order to understand gene expression regulation in interspecific mosaic genome, we analysed testis transcriptome of three IRC strains compared with parental strains testis transcriptome. In this study, we describe how spretus genes are regulated when introgressed in musculus background. This study gives some insight concerning gene flow tolerance across the specie barrier during emergence of mosaic genome

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Amin, Ali Rada. "BCR de classe IgA : signalisation de la cellule B normale et dans un contexte de lymphoprolifération." Limoges, 2009. http://www.theses.fr/2009LIMO4069.

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Abstract:

Afin de positionner des QTL de fertilité mâle, nous avons utilisé un ensemble de lignées interspécifiques, recombinantes et congéniques (IRCS). Nous avons positionné 8 QTL influençant les paramètres : poids testiculaire, et prostatique, morphologie et vitalité des spermatozoïdes. Nous avons ciblé notre étude sur une lignée IRCS portant un QTL impliqué dans une réduction du poids testiculaire, et une tératozoospermie sur le chromosome 11. L'analyse en cartographie fine nous a permis de proposer une région candidate de 4 gènes significativement exprimés dans le testicule. Par ailleurs, nous avons conduit une analyse du transcriptome testiculaire de trois lignées IRCS et des lignées parentales qui a montré comment des gènes spretus étaient régulés lorsqu'ils étaient introgressés dans un génome musculus. Cette étude nous a permis d'amorcer une réflexion sur la tolérance d'un génome vis-à-vis des flux de gènes entre espèces voisines dans la constitution d'un génome mosaïque
In order to map new QTL regulating male fertility parameter, we analysed a set of Interspecific Recombinant Congenic strain. We mapped 8 QTL implicated in testis, development, prostate growth, sperm vitality and morphology. We performed fine mapping analysis of a QTL of reduced testis weight associated with teratozoospermia, localised on MMU11. We proposed a candidate locus encompassing four testis expressed gene. Moreover, in order to understand gene expression regulation in interspecific mosaic genome, we analysed testis transcriptome of three IRC strains compared with parental strains testis transcriptome. In this study, we describe how spretus genes are regulated when introgressed in musculus background. This study gives some insight concerning gene flow tolerance across the specie barrier during emergence of mosaic genome

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Bourdon, Céline. "Recherche d’associations entre microARNs, variants génétiques et QTL laitiers chez les bovins, caprins et ovins RumimiR: a detailed microRNA database focused on ruminant species In silicowhole genome SNP dataset analyses identify variations in microRNAs with a potential impact on dairy traits in bovine, caprine and ovine species." Thesis, université Paris-Saclay, 2021. http://www.theses.fr/2021UPASL020.

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Abstract:

La sélection génomique, qui repose sur la prédiction de la valeur génétique des animaux candidats à la sélection à partir de l'information fournie par de très nombreux marqueurs génétiques en utilisant des marqueurs neutres, est un levier pertinent et pérenne. La recherche des mutations causales et leur intégration dans les évaluations génomiques permettraient un gain de précision important. Il est donc essentiel de mieux caractériser les mutations causales responsables de la variabilité des caractères quantitatifs liés à l’efficacité de production et à la qualité des produits tels que le lait. L’objectif de ce projet a été de rechercher des variants génétiques de microARNs exprimés dans la glande mammaire ou présents dans le lait et situés dans des régions génomiques ayant un effet sur des caractères quantitatifs (QTL) laitiers et mammites, dans trois espèces de ruminants. La détection de 59124 variants de microARNs exprimés dans la glande mammaire ou présents dans le lait en bovin, 13427 variants en caprin et 4761 en ovin a été permise grâce au développement d'un script bio-informatique. En bovin, 4679 variants génétiques d'intérêt sont situés dans des QTL laitiers et mammites et 127 en caprin, aucun en ovin. Trois variants bovins détectés ont été validés grâce à des études de GWAS. Les effets biologiques des variants validés ont été étudiés, avec des stratégies différentes selon la localisation et donc l'effet de la mutation. Dans le cas de la mutation située dans la région "seed" du bta-let-7e, le niveau d'expression d'ARNm cibles a été testé. Des résultats non concordants ont été obtenus entre les techniques de qRT-PCR et de RNAseq utilisées. Dans le cas de mutations situées dans les régions flanquantes de bta-miR-92b et bta-miR-486, la présence de ces microARNs a été mesurée dans le lait. Ces analyses n'ont pas révélé de différence d'expression significative des microARNs selon les génotypes. Ce projet a donc permis d'effectuer une analyse globale de variants de microARNs, de leur détection à leurs effets potentiels
Genomic selection, based on the prediction of the genetic value of candidate animals based on the information provided by a large number of genetic markers using neutral markers, is a relevant and perennial lever. The search for causal mutations and their integration into genomic evaluations would allow a significant gain in precision. It is therefore essential to better characterize the causal mutations responsible for the variability of quantitative traits related to production efficiency and the quality of products such as milk. The objective of this project has been to search for genetic variants of microRNAs expressed in the mammary gland or present in milk and located in genomic regions having an effect on dairy and mastitis quantitative traits (QTL), in three ruminant species. The detection of 59,124 microRNA variants expressed in the mammary gland or present in milk in cattle, 13,427 variants in goats and 4,761 in sheep has been allowed through the development of a bioinformatics script. In cattle, 4,679 genetic variants of interest have been located in dairy and mastitis QTLs and 127 in goats, none in sheep. Three detected bovine variants have been validated through GWAS studies. The biological effects of the validated variants have been studied, with different strategies depending on the location and thus the putative effect of the mutation. In the case of the mutation located in the "seed" region of bta-let-7e, the expression level of targeted mRNAs has been tested. Inconsistent results were obtained between the qRT-PCR and RNAseq techniques used. In the case of mutations located in the flanking regions of bta-miR-92b and bta-miR-486, the presence of these microRNAs has been measured in bovine milk. These analyses did not reveal any significant difference in the expression of microRNAs between genotypes. This project therefore has allowed a global analysis of microRNA variants, from their detections to their potential effects

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Marti, Raga Maria. "Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0185/document.

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Abstract:

La méthode traditionnelle utilisée pour produire des vins mousseux (comme cava et champagne) est caractérisée par une seconde fermentation qui a lieu à l'intérieur de la bouteille. Cette deuxième fermentation présente des caractéristiques très spécifiques telles qu’une teneur élevée en éthanol, la pression croissante de CO2, une basse température et une faible disponibilité des nutriments. Dans cette thèse, on a tout d'abord analysé l'effet des facteurs environnementaux sur la cinétique de fermentation de Saccharomyces cerevisiae au cours de la seconde fermentation. Deuxièmement, on a analysé l'effet de pratiques communes, telles que l'ajout de nutriments au vin de base, sur la composition finale du vin mousseux. Enfin, nous avons cherché à identifier la base génétique de la variabilité phénotypique observée pendant la seconde fermentation en utilisant une approche Quantitative Trait Locus (QTL). Les résultats obtenus ont permis de déterminer la température, le vin de base utilisé, la souche de levure et la source d'azote utilisée dans l'acclimatation de levure comme les facteurs qui ont la plus grande incidence dans la cinétique de la seconde fermentation. Deuxièmement, par rapport à la composition finale du vin mousseux, nous avons trouvé que l'addition d'azote dans le vin base favorise la libération des acides aminés. Bien que l'ajout de levure sèche inactive favorise la libération des polysaccharides et les propriétés moussantes du vin mousseux. Enfin, on a pu identifier quatre gènes dont la variation allélique explique la variation phénotypique observée parmi les souches
The traditional method used to produce sparkling wines (such as cava and champagne) is characterized by a second fermentation that takes place inside the bottle. This second fermentation has very specific characteristics such as a high ethanol content, increasing CO2 pressure, low temperature and low nutrient availability. In this thesis, we have firstly analyzed the effect of environmental factors on fermentation kinetics of Saccharomyces cerevisiae during the second fermentation, by monitoring the second fermentation development using aphrometers. Secondly, we analyzed what is the effect of common practices such as adding nutrients to the base wine on the final composition of the sparkling wine by HPLC analysis of content of amino acids and polysaccharides and its foaming capacity (mosalux) of the sparkling wine. Finally we aimed to identify the genetic basis of the second fermentation using Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and validation approach. The results obtained enabled us to identify the temperature, the base wine used, the yeast strain and source of nitrogen used in the acclimatization of yeast as the factors that have the highest impact in the second fermentation kinetics. Secondly, with respect to the final composition of sparkling wine, we have found that the addition of nitrogen to the wine base favors the release of amino acids. While the addition of inactive dry yeast, promotes the release of polysaccharides and favors the foaming properties of the sparkling wine. Finally, could identify four genes whose allelic variation explains the phenotypic variation observed among strains

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Laissue, Paul. "Approches gène candidat et QTL dans la recherche de facteurs génétiques étiologiques de l'insuffisance ovarienne prématurée et les avortements spontanés à répétition : implication des gènes BMP15, GDF9 et FOXD1." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077023.

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Abstract:

Cette thèse porte sur la recherche de facteurs génétiques étiologiques de deux pathologies humaines fréquentes : l'insuffisance ovarienne prématurée et les avortements spontanés à répétition. Pour étudier ces thématiques j'ai abordé chacun des sujets par des approches expérimentales distinctes. Concernant l'insuffisance ovarienne prématurée (IOP), lorsque j'ai débuté mes travaux de thèse en 2005, une mutation dans le gène BMP15 avait été récemment associée à l'étiopathologie. Afin d'établir si des mutations dans BMP15 et dans son paralogue GDF9 sont une cause fréquente de ce type d'infertilité j'ai analysé leurs régions codantes dans des panels de femmes IOP. Concernant les avortements spontanés à répétition (ASR), je suis parti d'un modèle murin de souris Recombinantes Congéniques Interspécifiques développé par Xavier Montagutelli et Jean Louis Guénet à l'Institut Pasteur de Paris, afin de localiser des QTL de létalité/résorption embryonnaire. Pour quantifier ce phénotype, j'ai développé la technique d'observation du développement embryonnaire in vivo par échographie à haute fréquence. Suite à la localisation de QTL murins, nous avons établi qu'une mutation du gène Foxdl serait à l'origine du phénotype. Les résultats ont été finalement transposés à l'espèce humaine, chez des patientes ASR. Nous avons ainsi put établir que les mutations de FOXD1 sont associées aux ASR
This PhD thesis is focused on the research of etiological genetic factors related to two frequent human pathologies: premature ovarian failure (POF) and recurrent spontaneous abortion (RSA). In order to study each of these topics I used two distinct experimental approaches. Concerning POF, when I started my PhD course a mutation in the BMP15 gene had been recently related to POF etiology. In order to establish whether BMP15, as well as GDF9 (a close related paralog gene), mutations are a frequent cause of POF we analysed their open reading frames in POF patients panels. Concerning RSA, we started from the analysis of a mouse model of Interespecific Recombinant Congenic Strains. We used an in vivo approach (high frequency ultrasonography) in order to localise QTL of embryonic resorption. After the localisation of murine QTL, we determined a causative mutation of de Foxd1 gene. These results were finally transposed to human. We established that human FOXD1 mutations are associated to RSA

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Talouarn, Estelle. "Utilisation des données de séquence pour la cartographie fine et l'évaluation génomique des caractères d'intérêt des caprins laitiers français." Thesis, Toulouse, INPT, 2020. http://www.theses.fr/2020INPT0067.

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Abstract:

La filière caprine française a intégré l’ère de la génomique avec le récent développement et la valorisation d’une puce à ADN dans les années 2010-2020 pour la recherche de QTL et l’évaluation génétique. La démocratisation des données de séquençage tout génome pour les animaux de rente ouvre de nouvelles perspectives. Le projet VarGoats, a pour but de mettre à disposition d’un consortium international, un jeu de données de plus de 1000 séquences pour l’espèce Capra hircus. L’étude de la qualité d’imputation vers la séquence dans la filière caprine est un préalable nécessaire à l’utilisation de cette dernière dans les analyses d’association pour la détection de QTL ainsi que dans les évaluations génomiques. L’objectif principal de ces travaux est d’étudier l’intégration potentielle des données de séquence dans les programmes d’amélioration génétique de la filière laitière caprine française. La mise en place d’un contrôle de la qualité des données de séquence a représenté un travail majeur dans ma thèse. Il s’est appuyé sur une recherche bibliographique ainsi que sur la comparaison des génotypes 50k disponibles avec les séquences filtrées. Finalement, sur les 97 889 899 SNP et 12 304 043 indels initiaux, nous avons retenu 23 338 436 variants dont 40 491 appartenaient au set de SNP de la puce Illumina GoatSNP50 BeadChip. Une étude préalable de l’imputation depuis la puce 50k vers la séquence a ensuite été menée dans le but d’obtenir un nombre suffisant de séquences imputées de bonne qualité. Plusieurs méthodes d’imputation (imputation populationnelle ou familiale) et plusieurs logiciels ont été testés en utilisant les données de séquence disponibles (829 séquences des différences races caprines internationales). En intra-race, les taux de concordances génotypiques et alléliques ont été estimées à 0,74 et 0,86 en Saanen et 0,76 et 0,87 en Alpine respectivement. Les corrélations étaient alors de 0,26 et 0,24 en Alpine et Saanen respectivement. Les séquences imputées des mâles ont permis la confirmation de QTL précédemment observés sur les génotypes 50k ainsi que la détection de nouvelles régions d’intérêt. L’exhaustivité des données de séquence représentait une opportunité sans précédent d’approfondir une région QTL du chromosome 19 en Saanen qui est associée à la fois à des caractères de production mais aussi à des caractères de morphologie et santé de la mamelle ainsi qu’à des caractères de production de semence. Cette analyse n’a pas abouti à l’identification de mutations candidates. Néanmoins, nous avons pu proposer un moyen simple d’identifier des profils génomiques et phénotypiques particuliers en race Saanen à partir d’un génotype 50k. Cette méthode pourra s’avérer utile en terme de prédiction précoce tant en France qu’à l’international. Enfin, en réunissant l’ensemble des travaux effectués précédemment, nous avons étudié l’impact de l’intégration de données de séquence imputées sur le chromosome 19 sur la précision des évaluations en race Saanen françaises. Plusieurs modèles d’évaluations ont été mis en oeuvre et comparés : single-step GBLUP (ssGBLUP), single-step GBLUP pondéré (WssGBLUP) en utilisant différents panels de variants imputés. Les meilleurs résultats ont été obtenus en utilisant un ssGBLUP incluant les génotypages 50k et les variants imputés de la région du QTL du chromosome 19 (entre 24,72 et 28,38 Mb) avec des gains de +6,2% de précision en moyenne sur les caractères évalués. La mise à jour de la puce caprine à laquelle j’ai participé représente une perspective d’amélioration de la précision des évaluations. Elle permet d’améliorer significativement la qualité des évaluations génomiques (entre 3,1 et 6,4% en fonction du scenario considéré) tout en limitant les temps de calculs liés à l’imputation notamment. Ces travaux confortent l’intérêt de l’utilisation de données de séquence dans les programmes de sélection caprins français et ouvrent la perspective de leur intégration dans la routine des évaluations
French dairy goats recently integrated genomics with the development of a DNA chip in the 2010s and the first QTL detections and genomic evaluations. The availability of sequence data for farm animals opens up new opportunities. The VarGoats project is an international 1,000 genomes resequencing program designed to provide sequence information of the Capra hircus species. The study of imputation quality to sequence level is a necessary first step before using imputed sequences in association analysis and genomic evaluations. The main objective of this work was to study the possible integration of sequence data in the French dairy goats breeding programs. The set up of a quality check represented a sizable part of this thesis. It was based on bibliographic research and the comparison between available 50k genotypes and sequence data. Out of the initial 97,889,899 SNPs and 12,304,043 indels, we eventually retained 23,338,436 variants including 40,491 SNPs of the Illumina GoatSNP50 BeadChip. A preliminary study of imputation from 50k genotypes to sequence was then performed with the aim of getting a sufficient number of sequenced animals of good quality. Several softwares and methods were considered (family or population imputation) using the 829 sequenced animals available. Within-breed imputation led to genotype and allele concordance of 0.74 and 0.86 in Saanen and 0.76 and 0.87 in Alpine respectively. Correlations were then of 0.26 and 0.24 in Alpine and Saanen respectively. Imputed sequence of males confirmed signals previously identified using 50k genotypes and allowed the detection of new regions of interest. The density of sequence data represented an unprecedented opportunity to deepen our understanding of QTL region of chromosome 19 in the Saanen breed. This region is associated to production, type and udder health traits as well as semen production traits. Our analysis did not point out any candidate mutation. However, we offer a simple way to identify genomic and phenotypic profiles in the Saanen breed using 50k genotypes. This method could be of use for early prediction in France but also worldwide. Finally, using all previous results, we studied the impact of the integrating imputed sequence data of chromosome 19 on the accuracy of evaluations in French Saanen. Several evaluation models were compared : single-step GBLUP (ssGBLUP) and weighted single-step GBLUP (WssGBLUP) using different panels of imputed variants. Best results were obtained using ssGBLUP with 50k genotypes and all variants on the QTL region of chromosome 19 (between 24.72 and 28.38Mb): +6.2% accuracy on average for all evaluated traits. The 50k chip update to which I participated represents a opportunity to improve genomic evaluations. Indeed, it significantly improved accuracy of predictions (between 3.1 and 6.4% on average depending on the scenario) while limiting computation time associated to imputation. This work confirms the benefits of using sequence data in the French dairy goats breeding programs and opens up the perspective of integrating them in the routine genomic evaluations

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Galvez, Lopez Didiana. "Etude des déterminants structuraux et génétiques de la texture de la pomme." Nantes, 2011. http://www.theses.fr/2011NANT2036.

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Abstract:

La texture est un critère majeur déterminant la qualité de la pomme. Elle dépend de facteurs cellulaires (parois cellulaires et pression de turgescence) et histologiques à différentes échelles lesquelles sont sous contrôle génétique. L’objectif de cette thèse était d’identifier des marqueurs génétiques associés à la texture du fruit. Une descendance de 150 individus a été phénotypée sur deux années à trois stades de conservation pour des caractères sensoriels et mécaniques, et pour des variables histologiques et biochimiques de la paroi cellulaire. Des corrélations entre des mesures instrumentales et sensorielles et des paramètres histologiques ont été établies alors qu’aucune n’a été trouvée avec les variables biochimiques. Les valeurs d’héritabilité varient de 0. 16 à 0. 94 pour l’ensemble des variables. La recherche de QTL s’est focalisée sur les 31 caractères les plus héritables. Au total, 127 QTL ont été localisés dans 36 régions réparties sur les 17 groupes de liaison du pommier : 25 codent pour les variables instrumentales et sensorielles, sept pour des paramètres histologiques, 27 pour des structures biochimiques pariétales. 19 régions montrent une co-localisation entre des caractères sensoriels et/ou instrumentals avec les mesures histologiques et/ou biochimiques, révélant pour la première fois des liens entre le contrôle génétique de caractères de texture de la pomme avec ceux de déterminants structuraux de la paroi. Ces résultats originaux offrent une base pour la recherche de gènes les contrôlant. Ils ouvrent également de nouvelles perspectives pour l’amélioration de la qualité de la pomme par sélection assistée par marqueurs moléculaires
Texture is a major criterion of apple quality. It depends of cellular (cell wall and turgor pressure) and histological factors at different scales, which are under genetic control. The objective of this thesis was to identify new genetic markers related to fruit texture traits. A progeny of 150 individuals was phenotyped over two years at three different storage dates for sensory and mechanical traits, for histological parameters and cell wall biochemistry. Significant correlations were found between texture and histological traits, but no correlations were established with cell wall structures. The heritability values for all the traits varied from 0. 16 to 0. 94. The QTL mapping was focused on the 31 most heritable variables. A total of 127 QTL were located on 36 regions within the 17 apple linkage groups : 25 map for instrumental and sensory parameters, seven for histological and 27 for biochemical cell wall structures. 19 regions showed co-localization between sensory and/or instrumental characters with histological and/or biochemistry, revealing for the first time links between the genetic control of apple texture traits with those of structural cell wall determinants. Three regions co- localized with candidate genes related to fruit development and ripening identified in previous studies. These original results open new perspectives for improving the quality of apple by molecular marker-assisted breeding. They also provide a basis for deciphering new genes controlling structural determinants of texture

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Ytournel, Florence. "Déséquilibre de liaison et cartographie de QTL en population sélectionnée." Phd thesis, AgroParisTech, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00003789.

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Abstract:

Par définition le déséquilibre de liaison (Linkage Disequilibrium, LD) décrit les associations préférentielles entre allèles de deux locus. Ce concept est devenu un outil indispensable pour la cartographie fine de locus quantitatifs (QTL), par l'identification de déséquilibres d'associations entre allèles à un locus marqueur (ou à un ensemble de locus marqueurs) et à un locus impliqué dans la variation d'un caractère quantitatif. La création et l'intensité du LD sont dépendantes des forces évolutives qui ont construit la population. Parmi ces forces, la dérive génétique et la sélection sont particulièrement actives dans les populations d'animaux de rente. Cette thèse a pour but d'étudier l'influence de la sélection sur la structure du déséquilibre de liaison autour d'un locus quantitatif, ainsi que son impact sur la précision de cartographie fine des QTL. Un logiciel de simulation de populations a été développé dans le cadre de la thèse. A partir d'une population en équilibre de liaison, il permet de générer du LD dans des générations dites historiques, grâce à différentes forces évolutives. La détection de QTL est appliquée aux générations suivantes, de généalogie connue. Pour ces dernières générations, les principaux dispositifs de détection de QTL de génétique animale sont décrits dans le simulateur. Les données exploitées dans cette thèse sont issues de ce logiciel. Le LD a été mesuré par le D' et le

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Billotte, Norbert. "Recherche et étude des locus contrôlant les caractères à déterminisme génétique complexe (QTL) du palmier a huile (Elaeis guineensis Jacq. ), par cartographie génétique multiparentale." École nationale supérieure agronomique (Montpellier), 2004. http://www.theses.fr/2004ENSA0023.

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Abstract:

Une recherche multiparentale de QTL agronomiques a été réalisée étape par étape chez le palmier à huile (E. Guineensis Jacq. ), de la production des marqueurs moléculaires à l’identification des QTL, en vue d’une amélioration génétique de la plante. Un nombre total de 390 marqueurs microsatellite (SSR) a été développé chez le palmier à huile. Le polymorphisme SSR a été caractérisé sur l’espèce E. Guineensis, mais également chez l’espèce proche E. Oleifera vers laquelle une transférabilité optimale des marqueurs a été observée, ainsi que chez 16 autres espèces de Palmae dont le cocotier (C. Nucifera). Vingt-six caractères phénotypiques quantitatifs ont été étudiés au travers d’un plan de croisement de type factoriel complet 2 x 2 impliquant 4 parents issus de 3 fonds génétiques Deli, La Mé et Yangambi. Une carte génétique de référence a été élaborée sur un croisement LM2T x DA10D du plan factoriel, à l’aide de 944 locus (255 SSR, 688 AFLP, locus Sh) distribués sur 16 groupes de liaison correspondant aux 16 paires de chromosomes de la plante. Cette carte de 1735 cM a permis d’échantillonner 253 locus SSR à l’aide desquels une carte génétique consensus du plan factoriel a été construite. En outre, 2 marqueurs AFLP ont été identifiés à 7 cM et à 11 cM du gène Sh gouvernant le type variétal du fruit chez le palmier à huile, par une analyse de ségrégation en mélange et par cartographie génétique. Un ensemble de 71 QTL de caractères végétatifs et de production ont été identifiés sur le plan factoriel 2 x 2, par une analyse CIM à l’aide de 3 types de modèle linéaire additif de recherche de QTL, grâce à un logiciel pilote MCQTL Outbred mis au point par l’INRA (France) : modèles d’analyse croisement par croisement, multiparental déconnecté ou multiparental connecté. Une validation des QTL identifiés et une intégration de l’approche multiparentale sont proposées dans le cadre d’un schéma général de sélection assistée par marqueurs du palmier à huile dans le contexte du genre Elaeis
The goal of this work was to search and to study the loci of characters under complex genetic control (QTL) in the oil palm (Elaeis guineensis Jacq. ), by multi-parent genetic mapping. Results are given step by step from the production of molecular markers to the identification of agronomic QTL, in view to marker-assisted breeding of oil palm. A total number of 390 microsatellite markers (SSR) were developed in the E. Guineensis species. The SSR polymorphism was characterised in the E. Guineensis and in the closely related species E. Oleifera, in which an optimal utility of the SSR markers was observed, as well as on a subset of 16 other palm species. Twenty-six phenotypic quantitative characters were studied using a 2 x 2 complete factorial mating design involving 4 heterozygous parents issued from 3 genetic backgrounds Deli, La Mé and Yangambi. A reference linkage map was constructed in the control cross LM2T x DA10D of the factorial design, using 944 locus (255 SR, 688 AFLP, locus Sh) distributed on 16 linkage groups representing the 16 chromosome pairs of the oil palm. This linkage map of 1735 cM allowed to sample 253 SSR loci distributed along the genome and which were used to construct a consensus map of the factorial design. Also, two markers were located at 7 cM and at 11 cM on each side of the Sh locus controlling the variety type of the fruit in oil palm, using bulk segregant analysis and linkage mapping methods. A set of 71 QTL of vegetative and production characters were identified thanks to the factorial design, using a CIM method with 3 types of additive linear models for the QTL search, under a new MCQTL Outbred software perfected by INRA (France): cross by cross model, disconnected multi-parent model and connected multi-parent model. A validation of the identified QTL and an integration of the multi-parent approach are proposed in the frame of a general marker-assisted breeding scheme of oil palm within the context of its Elaeis genus

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Anzala, Fabiola Johana. "Contrôle de la vitesse de germination chez le maïs (Zea mays) : étude de la voie de biosynthèse des acides aminés issus de l'aspartate et recherche de QTLs." Angers, 2006. http://www.theses.fr/2006ANGE0043.

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Abstract:

La voie de l’aspartate a été étudiée chez le maïs au travers de l’expression des gènes ask1, ask2, akh1 et akh2 codant pour des aspartates kinases, le dosage des acides aminés et le suivi isotopique de l’incorporation du 15N, issu de l’asp-15N, dans les acides aminés dérivés. Il apparaît que la voie de l’aspartate diffère entre deux lignées (lente et rapide) de maïs : une vitesse de germination lente serait associée à un effet inhibiteur de l’accumulation de lysine ou à un contenu limité en thréonine et méthionine. L’étude de l’effet de la lysine, par une recherche de QTLs (T50) en présence d’acides aminés, met en évidence un QTL spécifique à la germination en présence de lysine qui co-localise avec un QTL spécifique à la germination en condition de stress « froid ». L’ensemble des résultats obtenus indique que la teneur en lysine du grain serait en partie responsable de la vitesse de germination
The aspartate pathway was studied through the expression of the genes ask1, ask2 akh1 and akh2 coding for aspartate kinase by qt-RT-PCR, the amino acids content by HPLC and the degradation of asp-15N in the derived amino acids followed by labelling of 15N. It appears that the aspartate pathway differs between two (slow and fast) genotypes of maize: slow germination would be associated with an inhibiting effect of the accumulation of lysine or to limited contents of threonine and methionine. The study of the inhibitory effect of lysine by QTLs (T50) in the presence of amino acids highlights a QTL specific to germination in the presence of lysine, which coincides with a QTL specific to germination in condition of "cold" stress. The results indicate that lysine content would be partly responsible for the speed of germination

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Albert, Elise. "Déterminants génétiques et génomiques de la réponse au déficit hydrique chez la tomate (Solanum lycopersicum) et impact sur la qualité des fruits." Thesis, Avignon, 2017. http://www.theses.fr/2017AVIG0688/document.

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Abstract:

A l’échelle du globe, la diminution des ressources en eau est devenue un des principaux facteurs limitants pour les productions agricoles. Jusqu’à présent, les approches génomiques à haut débit conduites chez les espèces modèles ont permis d’identifier des centaines de gènes potentiellement impliqués dans la survie des plantes en conditions de sécheresse,mais très peu ont des effets bénéfiques sur la qualité et le rendement des cultures.Néanmoins, l’application d’un déficit hydrique bien contrôlé peut permettre d’améliorer la qualité des fruits charnus par dilution et/ou accumulation de composés gustatifs majeurs.Dans ce contexte, la première partie du travail de thèse avait pour but de déchiffrer les déterminants génétiques de la réponse au déficit hydrique chez la tomate en explorant les interactions ‘génotype x niveau d’irrigation’ (G x I) et ‘QTL x niveau d’irrigation’ (QTL x I) dans deux populations. La première population consistait en un ensemble de lignées recombinantes (RIL) issues du croisement entre deux accessions cultivées, tandis que la seconde était composée de diverses accessions à petits fruits principalement originaires d'Amérique du Sud. Les plantes ont été phénotypées pour un ensemble de caractères agronomiques (vigueur des plantes et qualité des fruits) et génotypées pour des milliers de SNP. Les données ont été analysées en utilisant les méthodologies de la cartographie de liaison et d'association, permettant l'identification de QTL et gènes candidats putatifs pour la réponse de la tomate au déficit hydrique. La deuxième partie du travail de thèse avait pour objectif d'explorer la régulation des gènes dans les fruits et les feuilles de tomates en condition de déficit hydrique. Dans ce but, des données de séquençage du transcriptome ont été recueillies sur les deux génotypes parentaux de la population RIL et leur hybride F1. Les données ont été analysées pour identifier les gènes et les allèles exprimés de manière différentielle. Puis, l'expression de 200 gènes a été mesurée dans les fruits et les feuilles de l’ensemble des lignées de la population RIL par qPCR micro-fluidique à haut débit. Des eQTL et des interactions ‘eQTL x niveau d’irrigation’ ont été identifiés pour ces gènes par cartographie de liaison. Les colocalisations entre les QTL phénotypiques et les QTL d’expression ont été analysées. Les connaissances produites au cours de cette thèse contribuent à une meilleure compréhension des interactions des plantes de tomate avec leur environnement et fournissent des bases pour l'amélioration de la qualité des fruits en conditions d’irrigation limitée
Water scarcity will constitute a crucial constraint for agricultural productivity in a nearfuture. High throughput approaches in model species have identified hundreds of genespotentially involved in survival under drought conditions, but very few having beneficialeffects on quality and yield in crops plants. Nonetheless, controlled water deficits mayimprove fleshy fruit quality through weaker dilution and/or accumulation of nutritionalcompounds. In this context, the first part of the PhD was aimed at deciphering the geneticdeterminants of the phenotypic response to water deficit in tomato by exploring thegenotype by watering regime (G x W) and QTL by watering regime (QTL x W) interactions intwo populations. The first population consisted in recombinant inbreed lines (RIL) from across between two cultivated accessions and the second was composed of diverse small fruittomato accessions mostly native from South America. Plants were phenotyped for majorplant and fruit quality traits and genotyped for thousands of SNP. Data were analyzed withinthe linkage and association mapping frameworks allowing the identification of QTLs andputative candidate genes for response to water deficit in tomato. The second part of the PhDhad the objective to explore gene regulation in green fruit and leaves of tomato plantsstressed by water deficit. For this purpose, RNA-Seq data were collected on the two parentalgenotypes of the RIL population and their F1 hybrid. Data were analyzed to identifydifferentially expressed genes and allele specific expression (ASE). Then, the expression of200 genes was measured in leaves and fruits of the whole RIL population by high throughputmicrofluidic qPCR. eQTLs and eQTL by watering regime interactions were mapped for thosegenes using linkage mapping. Colocalisations with the phenotypic QTLs were analyzed. Theknowledge produced during this PhD will contribute to a better understanding of the tomatoplant interaction with their environment and provide bases for improvement of fruit qualityunder limited water supply

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Mukhaimar, Maisara. "Sources naturelles de la résistance contre les nématodes à galles Meloidogyne javanica chez la plante modèle Arabidopsis thaliana." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA112033/document.

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Abstract:

Les nématodes phytoparasites constituent une menace réelle pour la production alimentaire mondiale. Ils sont responsables de 14% des pertes de rendement de la production alimentaire globale, ce pourcentage est l’équivalent de 100 milliards de dollar américain par an. La lutte contre ces phytoparasites est devenue un défit majeur, notamment après l'interdiction de l'utilisation du nématicide le plus efficace, en raison de ses effets nocifs sur l’environnement. Par conséquent, des nouvelles sources pour la gestion des nématodes phytoparasites sont nécessaires et urgentes. Ce travail vise à déterminer si la plante modèle Arabidopsis thaliana pourrait servir comme une source naturelle de gènes de la résistance aux nématodes phytoparasites. Parmi des accessions d’Arabidopsis, on a trouvé une variation génétique naturelle de la résistance contre les nématodes à galles Meloidogyne javanica, on a également identifié plusieurs QTL de résistance aux nématodes, et finalement, on a réalisé une cartographie fine d’un des QTL détectés
Plant-parasitic nematodes are a serious threat for global food production. They are responsible for 14% of global yield loss, equivalent to an economic value of more than 100 billion US$ per year. Pest management is challenging, in particular since the most efficient nematicide has been banned due to its devastating effect on the environment. Hence, novel sources for nematode management are urgently required. This work investigates whether the model plant Arabidopsis thaliana could serve as a natural source for resistance genes against plant-parasitic nematodes. It finds natural genetic variation among Arabidopsis accessions for resistance against the root-knot nematode Meloidogyne javanica, identifies several QTL for nematode resistance, and fine-maps one of these resistance QTL

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Rachid, Alchaarani Ghias. "Variabilité génétique et identification des QTLs liés à la qualité des semences chez le tournesol (Helianthus annuus L. )." Toulouse, INPT, 2004. http://www.theses.fr/2004INPT002A.

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Abstract:

Afin de progresser dans le domaine de la sélection assistée par marqueurs moléculaires chez le tournesol, nous avons réalisé plusieurs expérimentations sur une population de lignées recombinantes (RILs) issues du croisement entre deux génotypes 'PAC-2' et 'RHA-266'. La variabilité génétique pour la résistance partielle au mildiou (Plasmopara halstedii) et à la maladie des taches noires (Phoma macdonaldii), ainsi que pour quelques caractères d'intérêt agronomique et des paramètres de la germination et du développement des plantules ont été étudiés chez les RILs et leurs parents. L'analyse de variance montre une grande variabilité entre les RILs pour la résistance partielle pour les deux maladies et les caractères d'intérêt agronomique étudiés. Afin d'identifier les QTLs contrôlant les caractères étudiés, la carte génétique construite à partir des RILs et leurs parents mentionnés ci-dessus a été améliorée en augmentant le nombre de marqueurs AFLPs et additionnant des marqueurs SSRs. Plusieurs QTLs liés aux caractères étudiés ont été identifiés. Les effet de chaque QTL sont entre 6. 4% et 20. 2% pour la résistance partielle aux deux maladies, entre 7% et 37% pour les caractères d'intérêt agronomique et entre 6% et 33% pour les paramètres de germination et de développement des plantules. Les QTLs détectés se trouvent parfois sur le même groupe de liaison les uns proches des autres et les corrélations génétiques entre les caractères confirment également cette relation. Ces régions chromosomiques devront être cartographiées de façon plus précise si l'on souhaite les utiliser dans un programme de sélection assistée par marqueurs. Afin d'augmenter la variabilité génétique par l'irradiation et la culture in vitro, les graines d'un hybride F1 et ses deux parents 'AS613' et 'AS616' ont été irradiées par sept doses de rayons (5, 15, 25, 35, 45, 55 et 66 Grays). Trois paramètres d'organogenèse ont été étudiés pour les génotypes avec les graines irradiées et les graines non irradiées (contrôle). La variabilité génétique, l'effet d'irradiation et l'interaction entre génotype-irradiation ont été déterminés pour tous les paramètres étudiés. L'irradiation des graines de l'hybride F1 par 5 et 15 Grays de rayons gamma a un effet positif sur l'augmentation de l'aptitude à la régénération par organogenèse à partir de cotylédons chez le tournesol. Les mutants induits par les deux moyens; irradiation et variation somaclonale peuvent être dans l'amélioration de cette espèce.

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Caron, Thibault. "Étude de la domestication de la moisissure Penicillium roqueforti pour la fabrication des fromages à pâte persillée Strong effect of Penicillium roqueforti populations on volatile and metabolic compounds responsible for aromas, flavour and texture in blue cheeses." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS098.

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Abstract:

La domestication est un excellent modèle pour étudier l’adaptation car elle implique une sélection forte et récente pour des caractères connus. Faciles à manipuler et utilisés depuis longtemps dans la fermentation, les micro-organismes sont de bons modèles pour étudier la domestication. Penicillium roqueforti est la moisissure utilisée dans la fabrication de tous les fromages bleus et comporte quatre populations génétiquement et phénotypiquement différenciées in vitro, dont une est utilisée dans la production de Roquefort, une autre dans la production de tous les autres fromages bleus. Dans cette thèse, des fromages de type Roquefort ont été fabriqués avec les quatre populations de P. roqueforti. Il a été observé que les populations fromagères de P. roqueforti produisent des fromages avec plus de surface bleue sur les tranches et des quantités plus élevées de composés volatils positifs que les autres populations. La population Roquefort, en particulier, produit des quantités plus élevées de composés aromatiques positifs dans les fromages, en lien avec une protéolyse et une lipolyse plus efficaces. Une étude de recherche de QTL sur une descendance F1 entre une souche Roquefort et une souche non-Roquefort a identifié une région génomique potentiellement responsable de l’efficacité de la lipolyse. Ces résultats permettent de mieux comprendre l’influence des populations de P. roqueforti sur différents aspects important des fromages ainsi que d’explorer les relations entre génotype et phénotype, et ainsi d’apporter une contribution à notre compréhension des processus de domestication et d’adaptation
Domestication is an excellent framework for studying adaptation because it involves strong and recent selection for known traits. Easily tractable and long used in fermentation, microorganisms are good models for studying domestication. Penicillium roqueforti is the mould used in the production of all blue cheeses and displays four genetically and phenotypically differentiated populations, one of which is used in the production of Roquefort cheeses, another in the production of all other blue cheeses. In this PhD work, Roquefort-type cheeses have been made with all four P. roqueforti populations. Cheese populations produced cheeses with more blue surface area on slice and higher amounts of positive volatile compounds than other populations. The Roquefort population, in particular, produced higher amounts of positive aromatic compounds in cheeses, associated with more efficient proteolysis and lipolysis. In this thesis, a QTL study on a F1 progeny from a cross between a Roquefort strain and a non-Roquefort strain revealed a genetic region potentially controlling lipolysis efficiency. These results provide a better understanding of the influence of the P. roqueforti population on various important aspects of cheeses, as well as the genetic determinants of important traits, and those contribute to our understanding of domestication and adaptation processes

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Teyssèdre, Simon. "Dissection génétique des caractères par analyse de liaison et d'association : aspects méthodologiques et application à la sensibilité à l'ostéochondrose chez les Trotteurs Français." Thesis, Toulouse, INPT, 2011. http://www.theses.fr/2011INPT0082/document.

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Abstract:

Diverses lésions ostéochondrales peuvent affecter les articulations des jeunes chevaux et réduire leurs futures performances en course. L’objectif de cette thèse est d’identifier les régions du génome, appelées locus à caractère quantitatif (QTL), associées avec des caractères mesurant l’ostéochondrose (OC) enregistrés dans le programme GENEQUIN sur une population de Trotteurs Français. Le génotypage a été réalisé à l’aide de la puce SNP Illumina BeadChip EquineSNP50, qui est dense et permet d’exploiter le déséquilibre de liaison par des analyses d’association. Ces analyses sont sujettes à certains problèmes en présence d’une structure familiale des données. Dans la première partie de la thèse, une comparaison de la puissance et de la robustesse d’un choix restreint de méthodes d’analyses est effectuée. L’originalité de ce travail réside dans la dérivation algébrique des moments des distributions des statistiques de test comparées, donnant ainsi plus de généralité à nos résultats et permettant une meilleure compréhension des différences. Les résultats peuvent notamment servir à l’optimisation du dispositif expérimental. La deuxième partie est consacrée à la cartographie des régions QTL des caractères mesurant l’OC en différents sites articulaires dans une population de 583 Trotteurs Français. Cette étude a permis de mettre en évidence plusieurs régions QTL d’effets moyens et faibles à un niveau significatif mais pas hautement significatif. Nous montrons que l’OC est un caractère polygénique et qu’aucun QTL, ayant un effet à la fois sur l’OC du jarret et l’OC du boulet, n’est détectable dans ce protocole QTL, ce qui infirme l’hypothèse simple d’une cause génétique commune de la sensibilité à cette maladie sur les différents sites anatomiques. Suite à ces travaux, l’identification des gènes candidats et des mutations causales devrait clarifier la physiopathologie moléculaire de l’OC et ainsi permettre de développer des stratégies efficaces pour l’évaluation des risques. Pendant ce temps, les marqueurs peuvent être utilisés dans un contexte de sélection assistée par marqueurs afin d’améliorer la santé et le bien-être du cheval
Osteochondral lesions are commonly observed in young horses and may be responsible for reduced performances in racing. The purpose of the PhD thesis was to identify genome regions, called quantitative trait loci (QTL), associated with various traits measuring osteochondrosis (OC) and recorded in the GENEQUIN program in a population of French Trotters horses. Genotyping was performed using the EquineSNP50 Illumina high density chip, which allows to exploit the linkage disequilibrium with genome-wide association studies. These analyses are subject to several problems in presence of family structure. We hence first proposed a comparison of power and robustness of a limited choice of models for this type of analysis. The originality of this work lies in the algebraic derivation of the distribution moments of the test statistics compared, making the outcome of this comparison more general and allowing a better understanding of differences. The results can be used to establish an experimental design. The second part was devoted to the QTL fine mapping of traits that measure OC in different joint sites. This study highlighted several significant QTL with low and medium effects but none of them were highly significant. We showed that OC is a polygenic trait and we were not able to identify QTL affecting both OC on the hock and the fetlock, rejecting the hypothesis of a single genetic determinism of susceptibility to this desease accross anatomical sites. Further studies will now focus on the identification of candidate genes and screening for mutation in an attempt to clarify the molecular physiopathology of OC and develop efficient strategies for risk assessment. Meanwhile, markers could be used in a marker-assisted selection context to improve horse health and welfare

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Michenet, Alexis. "Détection de QTL et sélection génomique des qualités maternelles des vaches allaitantes." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLA008.

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Abstract:

Les performances de reproduction, vêlage et allaitement des vaches forment les qualités maternelles qui sont d'une importance économique majeure en élevage allaitant. Les programmes de sélection des bovins allaitants utilisent l'outil de station de contrôle sur descendance pour mesurer ces phénotypes et identifier les meilleurs reproducteurs mâles afin de les diffuser par insémination animale. Avec la plus grande accessibilité à l'information génomique des animaux, il existe de nouvelles opportunités pour une sélection plus efficace des qualités maternelles. Près de 2 000 femelles phénotypées pour les qualités maternelles, ont été génotypées en basse densité (7 660 SNP) dans chacune des races Blonde d'Aquitaine et Limousine. Les génotypes ont été imputés en haute densité (plus de 700 000 SNP). Des détections de QTL ont été conduites intra-race en testant par approche bayésienne l'associatio de ces génotypes imputés avec les performances. Parmi les régions QTL identifiées un total de 41 gènes candidats a été proposé pour la précocité sexuelle (6), le vêlage (11), l'allaitement (21) et l'instinct maternel (3). Plusieurs méthodes de sélection génomiques ont été comparées pour les caractères des qualités maternelles en race Blonde d'Aquitaine. Des différences mineures de précision ont été constatées entre les méthodes en évaluation unicaractère. Le « Single Step Genomic BLUP » multi-caractère combinant les données collectées en station et en ferme fournit les valeurs génétiques les plus précises pour le choix des reproducteurs. Plusieurs pistes d'amélioration de la précision des index génomiques ont été proposées. Les modalités d’utilisation de ces index et d’évolution des outils et programmes de sélection des qualités maternelles sont également discutées
Reproduction, calving and milking performance of beef cows are included in maternal performance which are of major economic importance for beef cattle breeding. Beef cattle selection schemes use the progeny station tool to measure these phenotypes for the selection of the best insemination bulls. This coupled with the rapid ease of access to beef cattle genomic information, creates new opportunities for a more efficient selection of maternal performance. In this study, near 2 000 females with individual maternal performance were genotyped with low density chip (7 660 SNP) in two beef breeds, Blonde d'Aquitaine and Limousine. The genotypes were imputed in high density (more than 700 000 SNP). QTL detection was performed within breed with a Bayesian approach to test the association of the imputed genotypes and the performance. Among the QTL regions identified, a total of 41 candidate genes were proposed for sexual precocity (6), calving (11), milk performance (21) and maternal behavior (3). Several genomic selection methods were compared for maternal performance traits in Blonde d'Aquitaine breed. Minor differences of accuracy were found between single-trait evaluation methods. The "Single Step Genomic BLUP" multi-trait combining records from station and farm gave the more accurate genetic values for sorting bulls. Several genomic values accuracy improvements were proposed. The conditions of use of these indexes and the evolution of the selection scheme of maternal traits and the related tools are discussed

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Avia, Komlan. "Colocalisation de gènes candidats positionnels avec des QTL de la tolérance au gel chez Medicago truncatula." Compiègne, 2008. http://www.theses.fr/2008COMP1763.

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Abstract:

La plupart des plantes des régions tempérées augmentent leur niveau de tolérance au gel en réponse principalement aux basses températures non gélives, par le biais de l'acclimatation au froid. L'acclimatation au froid induit de multiples réponses associées à des changements physiologiques et biochimiques, aussi bien qu'a des modifications dans l'expression des gènes. Pour mieux comprendre son déterminisme dans le cas particulier des Légumineuses et ainsi améliorer la tolérance au gel d'espèces agronomiques comme le pois, l'espèce modèle Medicago truncatula est utilisée. L'objectif de la thèse est d'identifier les déterminants génétiques impliqués dans la réponse au gel chez Medicago truncatula. Nous nous sommes attachés à identifier les principaux métabolismes impliqués et à rechercher les déterminants génétiques associés par une approche 'gènes candidats'. La détection de QTL de note globale de dégâts de gel sur une carte génétique de 182 marqueurs a mis en évidence des zones d'intérêt principalement sur les groupes de liaison 1, 4 et 6. D'autres QTL de caractères écophysiologiques traduisant la capacité de développement de la plante soumise au froid ont également été détectés, donnant des colocalisations avec les QTL de notes de dégâts de gel sur ces mêmes groupes de liaison. Afin d'identifier les gènes impliqués dans ce processus d'acclimatation au froid chez Medicago truncatula, une étude transcriptomique a été conduite. On a détecté 400 gènes différentiellement exprimés chez le parent tolérant par rapport au parent sensible au gel. Une analyse in silico a été réalisée pour identifier parmi les gènes régulés ceux qui sont localisés dans les intervalles des QTL
Plants from temperate regions can increase freezing tolerance after an exposure to low non-freezing temperatures, a process known as cold acclimation. Cold acclimation induces several physiological, biochemical and molecular alterations. For a better understanding of its genetic determinism in legumes such as pea in order to improve their freezing tolerance, we used the model species Medicago truncatula. The objective of this thesis was to identify the genetic factors involved in the freezing response of Medicago truncatula. Particularly we worked to highlight the main metabolisms involved and to find associated genetic factors through candidate genes approach. Detection of QTL for freezing damage score on a 182-maers genetic map, showed interest regions mainly on linkage groups 1, 4 and 6. Some ecophysiologioel parameters which reflect the ability of the plant to maintain its development under low temperatures were used to detect additional QTL that colocalized with QTL for freezing damage score on the same linkage groups. To identify the genes involved in the cold acclimation process in Medicago truncatula, a transcriptomic analysis was performed. The results showed 400 genes that were differentially expressed between the freezing tolerant and susceptible parents. An in silico analysis was used to detect the genes that located in the QTL intervals

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Bouffier, Bruno. "Genetic and ecophysiological dissection of tolerance to drought and heat stress in bread wheat : from environmental characterization to QTL detection." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2014. http://www.theses.fr/2014CLF22532/document.

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Abstract:

L’étude des rendements en blé a mis en évidence une stagnation apparue dans les années 1990, notamment en France, et principalement lié aux stress hydrique et thermique. Dans ce contexte, améliorer la tolérance du blé européen à ces stress est de première importance. Cette étude avait pour but d’étudier le déterminisme génétique de la tolérance à ces stress chez le blé. Pour ce faire, trois populations de blé tendre du CIMMYT combinant des caractères d’adaptation à ces stress ont été cultivées en conditions irriguée, sèche et stress thermique irriguée plusieurs années. Des caractères physiologiques et agronomiques ont été mesurés sur un réseau de 15 essais. Une méthodologie de caractérisation environnementale a été développée et a permis l’identification de six scenarii de stress au sein du réseau. Une covariable environnementale représentative de chacun a été extraite. L’utilisation des modèles de régression factorielles a permis la décomposition de l’interaction génotype x environnement ainsi que la mise en évidence d’une sensibilité différentielle au stress dans le germplasm. Une recherche de QTL multi-environnementale a conduit à la détection de régions génomiques contrôlant les caractères physiologiques et agronomiques ainsi que leurs interactions avec l’environnement. De la caractérisation environnementale à la détection de QTL, cette étude a abouti au développement d’un outil pour les sélectionneurs permettant l’évaluation du potentiel des génotypes face à une gamme d’environnement, mais aussi à l’identification de régions génomiques impliquées dans le contrôle de la tolérance aux stress hydrique et thermique chez le blé tendre. Ceci pourrait améliorer la tolérance à ces stress au sein du germplasm européen
A stagnation of wheat yield was reported in France and other countries worldwide since the 1990’s, which incriminated mainly drought and heat stress. Improving the European wheat tolerance to them is of first importance. This study aimed to investigate the genetic determinism of the tolerance to such stresses. Three CIMMYT bread wheat populations combining complementary heat and drought adaptive habits were grown in Northern Mexico under irrigated, drought and heat-irrigated treatments from 2011 to 2013. The trial network comprised 15 trials and both physiological and agronomic traits were scored. First, an environmental characterization methodology was developed and resulted in the identification of six main environmental scenarios in the network. A representative environmental covariate was extracted from each of them. Then, a factorial regression model leaded to the dissection of the genotype-by-environment interaction and highlighted differential stress sensitivity of the germplasm. Finally, a multi-environmental QTL detection resulted in the discovery of genomic regions involved in the control of both physiological and agronomic traits and the study of their sensitivity to the environment. From the environmental characterization to the QTL detection, this study resulted in the development of a tool for breeders which may enable the evaluation of the potential of any genotypes in front of a range of environment, but also the identification of genomic regions involved in the control of the tolerance to drought and heat stress in bread wheat. This may help in improving the tolerance of the European bread wheat germplasm to drought and heat stress

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Clabaut, Aline. "Analyse génétique de l'embryogenèse somatique chez la chicorée (Cichorium intybus L.) : cartographie des QTL et gènes candidats." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10039/document.

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Abstract:

L'embryogenèse somatique (ES) est une voie asexuée aboutissant à la formation d'embryons à partir de cellules somatiques qui ressemble à l'embryogenèse zygotique. Chez la chicorée, une variabilité génétique pour ia capacité à former des embryons somatiques in vitro a été mise en évidence et un génotype K59. embryogène et K28. peu embryogène ont été sélectionnés pour obtenir une descendance F1' Cette variabilité a été exploitée afin d'identifier les régions chromosomiques ou QTL et les gènes Impliqués dans l'ES. Après 7 jours d'induction des explants racinaires en condition d'embryogenèse et 30 jours de développement, les plantules issues (PL) du développement des embryons somatiques et les structures chlorophylliennes unipolaires (SH) ont été comptabilisées. Les caractères PL et SH présentent une distribution normale et continue et une héritabilité supérieure à 63%. Une carte génétique issue du croisement K28*K59 a été construite pour la recherche de QTL liée à J'ES. Six QTL ont été identifiés. expliquant plus de 23% et 44% de variation phénotypique totale pour les caractères PL et SH respectivement. Parmi les 63 gènes candidats cartographiés, 16 co-localisent avec les QTL pour PL et SH. La co-localisation de gènes homologues à SHOOT MERISTEMLESS (STM) et ARGONAUTE (AGO) d'Arabidopsis avec les QTL6 et QTL2, respectivement. est particulièrement intéressante. En effet. ces gènes sont connus pour leur implication dans la maintenance de l'état dédifférencié des cellules souches dans le méristème caulinaire. Avec la détection des QTL pour l'ES. les résultats de cette étude ont fourni pour la première fois des éléments sur le contrôle génétique de l'ES chez la chicorée
Somatic embryogenesis (SE) Is an asexual re-production pathway in which somatic cells form embryos in a process that resembles zygotic embryogenesis. ln chicory a genetic variability in the capacity of somatic embryo formation was found, and two contrasting genotypes were selected K59, embryogenic. and K28, hardly embryogenic were selected for obtain a F1' progeny. Vanabllity for somatic embryo formation was exploited to identify chromosomal regions (QTL) and candidate genes implicated in ES. After 7 days of culture of root explants under SE-inducing conditions and 30 days of development the number of plantlets (PL) and shoot-like structures (SH) obtained were counted. The traits PL and SH showed continuous and normal distributions after log10 transformation, and heritabilities superior to 63%. A genetic map for the K28*K59 progenies was built for a QTL analysis related to ES. Six QTL were detected for both PL and SH that together explained more than 23% and 44% of the phenotypic variation for these traits. respectively. Amongst the 63 mapped candidate genes, 16 co-Iocalised with QTL for PL and SH. ln view of their implication in the maintenance of the undifferentiated state of the stem ceIls in shoot apical meristems. the co-localisation of genes homologous to SHOOT MERISTEMLESS (STM) and ARGONAUTE (AGO) in Arabidopsis wlth QTL6 and QTL2. respectively. is a particular interesting result. With the detection of QTL for SE. the results of this study have for the first time revealed elements in the genetic control of SE in chicory

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Julio, Émilie. "Développement d'une carte génétique de Nicotiana tabacum et identification de QTLs liés à des caractères agronomiques et à la composition de la fumée." Toulouse, INPT, 2005. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000266/.

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Abstract:

L'utilisation des marqueurs moléculaires est un outil d'amélioration du tabac (Nicotiana tabacum, 2n=48). Les données issues des caractérisations agronomiques et chimiques de 114 lignées recombinantes, ainsi que de la caractérisation de la fumée de cigarette ont été étudiées. Dix huit groupes de liaisons couvrant 707 cM ony été obtenus à partir de 182 marqueurs AFLP, ISSR, SSAP et SCAR et de 2 marqueurs biologiques. Près de 47% des marqueurs sont en distorsion de ségrégation, et 23% n'ont pas pu être cartographiés. Soixante quinze QTLs expliquant de 7 à 44% de la variation des caractères étudiés ont étés détectés. Des QTLs liés à des caractères chimiques de la feuille colocalisent avec des QTLs liés à la qualité de la fumée, suggérant l'effet pléïotropique de certains gènes. Des investigations complémentaires offriront des perspectives intéressantes en amélioration du tabac.

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Bahri, Meriem. "Analyse génétique du métabolisme de l’acide caftarique, chlorogénique et chicorique chez Cichorium intybus L. : cartographie des QTL et gènes candidats." Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10107/document.

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Abstract:

Les polyphénols, dont le pouvoir antioxydant a été largement démontré, font partie du métabolisme secondaire, permettant aux plantes de réagir dans un environnement donné. Pour comprendre le contrôle génétique de la biosynthèse des polyphénols synthétisés dans les feuilles de chicorée, une approche QTL (Quantitative Trait Loci) a été effectuée. Dans un premier temps, le protocole d’extraction miniaturisé mis en place a permis d’identifier l’acide caftarique, chlorogénique et chicorique. Une descendance F1’ de 201 individus (K28xK59) a été phénotypée pour la quantité d’acide caftarique (ACAFT), chlorogénique (ACHLO), chicorique (ACHIC), la somme de ces trois molécules (ATOT), l’activité antiradicalaire (AAR) ainsi que le ratio de la quantité d’acide caftarique et d’acide chlorogénique par rapport à l’ensemble des acides phénols détectés en CLHP, soit PCAFT et PCHLO, respectivement. A partir d’une carte de référence, une carte génétique spécifique a été établie : sur les 9 groupes de liaison, 142 marqueurs moléculaires (SSR, AFLP, SSCP et HRM), dont 16 gènes candidats, ont été cartographiés. Vingt QTL ont alors été détectés : 1 pour ACAFT (R² = 16,4%), 3 pour ACHLO (R² = 50%), 2 pour ACHIC (R² = 13,9%), 4 pour AAR (R² = 31%) et 5 pour PACFT (R² = 44%) et PCHLO (R² = 61%). Parmi eux, 8 QTL co-localisent avec 7 gènes candidats codant des enzymes impliquées dans le métabolisme des phénylpropanoïdes. Les résultats de cette étude nous ont permis de fournir pour la première fois des éléments sur le contrôle génétique des acides phénols majeurs détectés sans les feuilles de chicorée, notamment l’acide chicorique et caftarique qui ne sont accumulés que chez quelques espèces
Secondary metabolism corresponds to a class of compounds allowing plants to survive in their environment. Among these molecules, polyphenols display widely studied antioxidant properties. The aim of this work was to study the genetic control of biosynthesis of polyphenols detected in chicory leaf tissue, using a QTL (Quantitative Trait Loci) analysis approach based on a F1’ progeny. First, a high-throughput protocol was set up and permit us to identify caftaric acid, chlorogenic acid and chicoric acid. In this context, 201 individuals from the F1’ progeny were phenotyped for caftaric, chlorogenic and chicoric acid amounts (respectively ACAFT, ACHLO, ACHIC), the total amount for these three molecules (ATOT), the radical scavenging ability (AAR), the ratio between the caftaric acid or chlorogenic acid and the entire phenolic acids detected (PCAFT and PCHLO, respectively). A specific genetic map was established from a previous map already published. Using SSR, AFLP, SSCP, HRM polymorphism, 142 markers covered the nine linkage groups of this map and among them, 16 candidate genes. Altogether, 20 QTLs were then detected: 1 for ACAFT (R² = 16,4%), 3 for ACHLO (R² = 50%), 2 for ACHIC (R² = 13,9%), 4 for AAR (R² = 31%) et 5 for PACFT (R² = 44%) and PCHLO (R² = 61%). Eight QTLs co-localised with 7 encoding-enzymes genes involved in the phenylpropanoid pathway. This study is the first step toward understanding the genetic control of the main phenolic acids in chicory leaves, particularly caftaric and chicoric acid, only synthesised in few species

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Mokrani, Loubna. "Cartographie du tournesol, détection de QTLs de quelques Caractères d'intérêt et sélection assistée par marqueurs : exemple de l'acide oléïque." Toulouse, INPT, 2002. http://www.theses.fr/2002INPT014A.

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Abstract:

Deux populations de tournesol (A et B), chacune contenant 240 familles F3, ont été utilisées pour la construction de leurs cartes génétiques. Les deux populations sont issues chacune d'un croisement entre un parent à forte teneur en acide oléïque (L1 pour la population A et L3 pour la population B) et d'un parent à faible teneur en acide oléïque ayant des caractères agronomiques intéressants (L2 et L4 pour les populations A et B respectivement). [. . . ]

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Seye, Adama Innocent. "Prédiction assistée par marqueurs de la performance hybride dans un schéma de sélection réciproque : simulations et évaluation expérimentale pour le maïs ensilage." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS078.

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Abstract:

Le maïs (Zea mays L.) est la plante la plus cultivée au monde. Pour valoriser le fort effet d’hétérosis pour les caractères liés à la biomasse, la diversité génétique du maïs est structurée en groupes hétérotiques et les variétés cultivées sont majoritairement des hybrides F1 entre lignées de groupes complémentaires. La valeur hybride se décompose comme la somme de l’Aptitude Générale à la Combinaison (AGC) de chacune des lignées parentales et de l’Aptitude Spécifique à la Combinaison (ASC) du couple. En Europe du Nord, le maïs est souvent utilisé en ensilage destiné à l'alimentation animale. L’objectif de sélection est d’améliorer la productivité et d'assurer une bonne digestibilité du maïs ensilage. Les objectifs de cette thèse étaient : (i) d’estimer l’importance de l’AGC et de l’ASC dans la variance génétique hybride pour les caractères de qualité de l’ensilage, (ii) d’identifier les locus (QTL) impliqués dans ces caractères et d’étudier leur colocalisation avec des QTL de productivité, (iii) d’évaluer l’intérêt de la sélection génomique pour la prédiction des performances hybrides et (iv) de comparer l’efficacité de deux dispositifs de calibration des prédictions basés sur un factoriel ou l’utilisation classique de testeurs du groupe complémentaire. Dans le cadre du projet SAM-MCR, 6 familles biparentales connectées ont été créés dans les groupes « corné » et « denté » à partir de 4 lignées fondatrices. Dans une première phase, 822 lignées cornées et 802 dentées ont été génotypées pour 20k SNP et croisées selon un factoriel incomplet pour produire 951 hybrides, phénotypés pour des caractères de qualité et de productivité (étudiés par H. Giraud pendant sa thèse). L’analyse des caractères de qualité a montré une prédominance de l’AGC par rapport à l’ASC ainsi qu’une corrélation négative entre les caractères de qualité et le rendement. De nombreux QTLs multi-alléliques ont été détectés, la plupart spécifiques d’un groupe et dont certains colocalisent avec des QTL de rendement. Par validation croisée, la qualité de prédictions basées sur les QTL détectés s’est avérée plus faible que celle obtenue par prédiction génomique. La prise en compte de l’ASC n‘a pas permis d’améliorer sensiblement la qualité de prédictions des modèles. Dans une seconde phase, 90 lignées ont été choisies par groupe : 30 sélectionnées sur la base de leurs prédictions génomiques pour la productivité et la valeur énergétique et 60 choisies aléatoirement parmi les 6 familles. Ces lignées ont été croisées selon un factoriel incomplet pour produire 360 nouveaux hybrides : 120 issus des lignées sélectionnées et 240 issus des lignées choisies au hasard. Les 90 lignées de chaque groupe ont aussi été croisées à deux lignées fondatrices du groupe complémentaire (testeurs). Les hybrides issus des lignées sélectionnées se sont avérés plus productifs mais de moins bonne qualité. Nous avons confirmé la bonne qualité des prédictions génomiques obtenus dans le factoriel initial sur les nouveaux hybrides évalués dans d’autres environnements et après sélection et observé une bonne corrélation entre les AGC estimées dans le factoriel et dans le dispositif testeurs. Des dispositifs factoriels et testeurs ont été simulés en faisant varier la part d’ASC, le nombre d’hybrides et la contribution de chaque lignée dans le jeu de calibration. A moyens expérimentaux égaux, le dispositif factoriel s’est avéré plus efficace en termes de capacité prédictive et de gain génétique cumulé que le dispositif testeur (jusqu’à +50%) pour un caractère présentant de l’ASC et équivalent pour un caractère purement additif. Les résultats de cette thèse ouvrent de nouvelles perspectives pour revisiter les schémas de sélection hybrides en remplaçant l’évaluation des lignées candidates, classiquement faite sur testeur, par l’évaluation directe d’hybrides issus d’un factoriel incomplet. La mise en œuvre de tels dispositifs nécessitera de réorganiser la logistique des programmes de sélection
Maize (Zea mays L.) is the most cultivated crop in the world. To exploit the strong heterosis for traits related to biomass, the genetic diversity of maize is structured into heterotic groups and cultivated varieties are mainly F1 hybrids obtained by crossing lines from complementary groups. The hybrid value can be decomposed as the sum of the General Combining Ability (GCA) of each parental line and the Specific Combining Ability (ASC) of the cross. In northern Europe, maize is often used as silage for animal feed and the breeding objective is to improve productivity while ensuring a good energetic value and digestibility of the silage. The objectives of this thesis were: (i) to estimate the importance of GCA and SCA in hybrid genetic variance for silage quality traits, (ii) to identify loci (QTL) involved in these traits and to study their colocalization with QTL for productivity traits, (iii) to evaluate the interest of genomic selection for the prediction of hybrid performances and (iv) to compare the prediction accuracies of two calibration designs either based on a factorial or on the conventional use of testers from the complementary group. As part of the SAM-MCR project, 6 biparental connected families were created in the "flint" and "dent" groups from 4 founder lines. In a first phase, 822 flint and 802 dent lines were genotyped for 20k SNPs and crossed according to an incomplete factorial to produce 951 hybrids which were phenotyped for quality traits and for productivity traits (studied by H. Giraud during her phD). Quality trait analysis showed a predominance of GCA over SCA and a negative correlation between digestibility traits and silage yield. Several multi-allelic QTLs were detected, most of them being specific to one group. Several colocalizations were found with yield QTL. Using cross-validation, we observed that the predictive ability of models based on detected QTLs was lower than that obtained by genomic predictions. Considering the SCA did not improve model predictive abilities for most of the traits. In a second phase, 90 lines were chosen per group: 30 were selected based on their genomic predictions for productivity and the energetic value and 60 were randomly sampled from the 6 families. These lines were crossed according to an incomplete factorial to produce 360 new hybrids: 120 from selected lines and 240 from randomly chosen lines. The 90 lines of each group were also crossed to two lines of the complementary group (testers). Hybrids from the selected lines were more productive but had a lower silage quality. We confirmed the good accuracy of the genomic predictions obtained in the initial factorial on the new hybrids evaluated in other environments and after selection. We also observed good correlations between GCA estimated in the factorial and in the testcross design. Different factorial and testcross designs were simulated by varying the proportion of dominance/SCA, the number of hybrids and the contribution of each line to the calibration set. Considering the same number of hybrids in the calibration set, the factorial was more efficient in terms of predictive ability and cumulative genetic gain (up to + 50%) than the testcross design for traits showing SCA and was similar for purely additive traits. The results of this thesis open new perspectives to revisit hybrid breeding schemes by replacing the evaluation of candidate lines, classically made on testcross, by the direct evaluation of hybrids resulting from an incomplete factorial. The implementation of such designs will require reorganizing the logistics of selection programs

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Cassan, Laurent. "Etude de l'interaction génotype x azote chez l'endive (Cichorium intybus L. Var foliosum) : caractérisation physiologique et génétique (QTLs) de la NUE en relation avec la qualité du chicon." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066016.

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Raboin, Louis. "Génétique de la résistance au charbon de la canne à sucre causé par Ustilago scitaminea : caractérisation de la diversité génétique du pathogène, cartographie de QTL dans un croisement bi-parental et étude d'associations dans une population de cultivars modernes." Montpellier, ENSA, 2005. http://www.theses.fr/2005ENSA0014.

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Abstract:

Le charbon de la canne à sucre, causé par Ustilago scitaminea Syd. , est présent dans toutes les zones de culture de la canne à l'exception de la Papouasie Nouvelle Guinée, Fidji et la zone est de l'Australie. La sélection pour la résistance au charbon, caractère assez héritable, est efficace mais nécessite des essais lourds et le contrôle génétique de la résistance n'est pas connu. Pour identifier les zones du génome impliquées dans la résistance au charbon, deux stratégies ont été mises en oeuvre (1) la cartographie de QTL dans un croisement bi-parental entre un cultivar résistant 'R 570' et un clone extrêmement sensible 'MQ 76/53', évalué à la Réunion pour la résistance au charbon (2) l'étude d'associations dans une population de cultivars évaluée au Burkina Faso pour la résistance au charbon. En préalable, la structure génétique mondiale de U. Scitaminea a été étudiée. Pour cela, 142 isolats, issus de téliospores collectées dans 15 pays à travers le monde, ont été analysés à l'aide de 17 microsatellites. Tous ces isolats sauf un étaient homozygotes à tous les loci étudiés ce qui indique que le mode de reproduction très préférentiel de U. Scitaminea est l'autofécondation. En Amérique et en Afrique, la diversité génétique est extrêmement faible et tous les isolats se sont révélés appartenir à une unique lignée mondiale consanguine. Cette lignée consanguine a aussi été trouvée en Asie, continent sur lequel a été détecté l'essentiel de la diversité génétique du champignon. Ces observations indiquent que U. Scitaminea est originaire d'Asie. La population bi-parentale et la population de cultivars utilisées pour étudier le déterminisme génétique de la résistance ont donc été évaluées vis-à-vis d'isolats de la lignée mondiale. Les cartes génétiques des parents du croisement bi-parental, 'R 570' et 'MQ 76/53', ont été construites à partir d'une population de 198 descendants clonés. 1666 marqueurs polymorphes ont été produits à l'aide de 37 couples d'amorces AFLP, 46 marqueurs SSRs et 9 sondes RFLP. L'analyse des liaisons en couplage a permis de construire 86 groupes de co-ségrégation pour 'R 570' (taille cumulée = 3144 cM) et 105 groupes de co-ségrégation chez 'MQ 76/53' (taille cumulée = 4329 cM) qui rassemblent respectivement 424 et 536 marqueurs. Sur la carte génétique de 'MQ 76/53', un gène associé à la couleur rouge des tiges a été identifié à 6. 5 cM d'un marqueur AFLP et un nouveau gène de résistance à la rouille a été identifié à 23. 1 cM d'un marqueur AFLP. Dans la population de cultivars, la structure du déséquilibre de liaison a été étudiée à l'aide de 1626 marqueurs AFLP dont 408 sont cartographiés chez 'R 570'. Pour ces derniers, il a donc été possible d'établir la relation entre distances génétiques et associations statistiques entre marqueurs dans la population de cultivars, mesurées à l'aide du test exact de Fisher. Cette analyse confirme que le déséquilibre de liaison chez la canne est maintenu sur des distances pouvant atteindre plusieurs dizaines de cM mais l'intensité du déséquilibre de liaison baisse fortement lorsque les distances génétiques dépassent 5 cM. La structure du déséquilibre de liaison chez la canne à sucre apparaît donc bien adaptée pour les études d'associations à l'échelle de la totalité du génome de la canne à sucre. Des essais au champ et en serre utilisant différentes méthodes d'inoculation ont permis de caractériser la résistance des 198 clones de la descendance bi-parentale. Les ségrégations observées dans tous ces essais sont très fortement décalées vers le parent résistant indiquant la présence de plusieurs facteurs de résistance dominants. La détection de QTL, à l'aide des 1666 marqueurs polymorphes disponibles, a permis d'identifier un certain nombre de zones du génome impliquées pour des effets faibles dans la résistance. Par ailleurs, dans la population de cultivars (constituée de deux sous-populations, l'une très résistante et l'autre très sensible au charbon) l'étude des associations avec la résistance au charbon a permis de révéler un certain nombre d'haplotypes intéressants. Deux QTLs sont communs entre ces deux approches. Les progrès obtenus dans la compréhension du déterminisme génétique de la résistance au charbon sont modestes. Le potentiel des études d'associations chez la canne à sucre est apparu intéressant mais son exploitation optimale nécessitera un changement d'échelle en ce qui concerne le nombre de marqueurs à analyser
Sugarcane smut, caused by Ustilago scitaminea Syd. , is present in aIl sugarcane growing areas with the exception of Papua New Guinea, Fiji and the eastem side of Australia. Breeding for smut resistance is efficient because this trait is fairly heritable but it requires complicated screenings. Moreover, the genetic control of smut resistance is still unknown. With the objective to identify the mendelian factors involved in sugarcane resistance to sm ut, two strategies have been implemented (1) QTL mapping in a bi-parental progeny derived from a cross between a resistant cultivar 'R 570' and a highly susceptible clone 'MQ 76/53', evaluated in Reunion island for resistance to smut (2) Association study in a population of cultivars, evaluated in Burkina Faso for resistance to smut. First, the worldwide genetic structure of U. Scitaminea was investigated. A total of 142 singleteliospore isolates from 15 countries worldwide were analysed using 17 polymorphic microsateIlite loci. Ail isolates but one were homozygous for aIl loci, indicating that selfing is the highly preferential reproductive mode of U. Scitaminea. Ln America and Africa, genetic diversity was found to be extremely low and aIl isolates belonged to a single inbred lineage. This inbred lineage was also found in sorne parts of the Asian continent where most U. Scitaminea genetic diversity was detected. These observations support the hypothesis that the fungus originated in Asia. Thus, the bi-parental population and the population of cultivars used to study the genetic determinism of smut resistance have been evaluated towards isolates from the worldwide lineage. The genetic maps of the two parents of the bi-parental progeny, 'R 570' and 'MQ 76/53', were constructed using a population of 198 progeny. A total of 1666 polymorphic markers were produced using 37 AFLP primer pairs combinations, 46 SSRs and 9 RFLP probes. Linkage analysis aIlowed the construction of 86 cosegregation groups for 'R 570' and 105 cosegregation groups for 'MQ 76/53' encompassing 424 and 536 single dose markers respectively. The cumulative length of 'R 570' map was 3144 cM. The cumulative length of'MQ 76/53' map was 4329 cM. On 'MQ 76/53' map, a gene controlling the red colour of the stalks was identified at 6. 5 cM of an AFLP marker and a new brown rust resistance gene was identified at 23. 1 cM of an AFLP marker. The structure of linkage disequilibrium in the population of cultivars was investigated using 1626 AFLP markers, among which 408 have known positions on 'R 570' genetic map. Thus, it was possible to study the relationship between genetic distances and statistical associations between markers in the population of cultivars, calculated using the Fisher exact test. This analysis confirmed that linkage disequilibrium in sugarcane extends over distances of tenth of centiMorgans but drops sharply for distances over 5 cM. This order of magnitude indicates that genome-wide association studies are achievable in sugarcane. Field trials and greenhouse trials using different inoculation methods were conducted in order to characterize the resistance of the 198 progeny clones from the bi-parental population. The distribution of disease scores observed in aIl those trials were highly unbalanced toward the resistant parent indicating the segregation of multiple dominant resistance factors. A QTL detection was performed using the 1666 available markers aIlowing the identification of a few genomic zones with smaIl effects. Besides, the association study performed in the population of cultivars (constituted of two subpopulation, one highly susceptible to smut and the other highly resistant to smut) revealed interesting haplotypes associated with resistance. Two QTLs have been detected through both approaches. The progress obtained toward a better understanding of the genetic determinism of sugarcane resistance to smut are modest. The potential of association studies in sugarcane appeared interesting although much more markers would have to be used to make the most of it

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Allais, Sophie. "Détection et validation de marqueurs génétiques impliqués dans la qualité de la viande bovine." Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00589871.

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Abstract:

En l'absence de mesures de routine des qualités sensorielles de la viande bovine, les éleveurs et les unités de sélection s'interrogent sur les possibilités d'exploiter la variabilité génétique de ces caractères au niveau moléculaire. La thèse consiste à réaliser les recherches relatives à l'analyse des associations entre polymorphismes génétiques et phénotypes enregistrés dans le programme Qualvigène. L'objectif est de proposer aux éleveurs et aux unités de sélection des marqueurs génétiques comme critères de sélection. Des SNP situés dans des gènes candidats ont été génotypés chez les 3349 Jeunes Bovins du programme (1114 en race Charolaise, 1254 en race Limousine et 981 en race Blonde d'Aquitaine) ainsi que chez les 114 pères et une majorité des mères. Ces gènes ont été mis en évidence pour leur association avec la tendreté, le persillé de la viande ou encore la croissance des animaux dans la bibliographie ou dans des études de génomique fonctionnelle à l'INRA. Des analyses d'association ont été effectuées. Un génome scan sur microsatellites dans 6 familles Limousine et Blonde d'Aquitaine a permis une primo-localisation peu précise de régions chromosomiques d'intérêt. En 2010, la puce Illumina "Bovine SNP50®" a été utilisée pour mettre en place une cartographie fine de QTL de qualité de la viande. Des premiers résultats en race Blonde ont permis de confirmer et de localiser plus finement des régions QTL détectées avec les microsatellites et aussi d'en localiser de nouvelles. La recherche de mutations causales devrait nous permettre de mettre en place un kit de détection des animaux présentant une supériorité génétique quant aux qualités organoleptiques de la viande.

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Coyral-Castel, Stéphanie. "Etude de la fertilité et du métabolisme des vaches laitières sélectionnées pour l'haplotype "fertil+" ou "fertil-" à un QTL de fertilité situé sur le chromosome 3." Thesis, Tours, 2012. http://www.theses.fr/2012TOUR4016.

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Abstract:

Au cours des dernières décennies, une dégradation de la fertilité des vaches laitières, parallèlement à une augmentation de la production laitière a été observée. Des régions du génome, les QTL, affectent la fertilité femelle. Le but de ce travail de thèse est d’étudier la fertilité et certains paramètres zootechniques chez des vaches Prim'Hosltein en première lactation choisies pour leur haplotype favorable "fertil+" ou défavorable "fertil-" pour un QTL de fertilité situé sur le chromosome 3. Ce phénotypage a montré une meilleure fertilité et un meilleur bilan énergétique dans la première semaine de lactation pour les vaches "fertil+" par rapport aux vaches "fertil-". De plus, les vaches "fertil-" ont un flux d’ingestion plus rapide. Au pic de mobilisation, certains gènes du QTL étaient différentiellement exprimés dans le tissu adipeux des deux haplotypes. Dans les cellules de la granulosa, un de ces gènes, nommé Kirrel, est plus exprimé chez les vaches "fertil+" et sa protéine recombinante inhibe la sécrétion de progestérone in vitro. Notre travail a permis d'affiner les interactions génotype-phénotype liées à un QTL de fertilité et de mettre en avant un des possibles rôles d'un gène de ce QTL dans la fonction de reproduction chez la vache laitière
In recent decades, the dairy cow fertility has declined, in parallel with an increase in milk production. Some regions of the genome, named QTL, affect female fertility. The purpose of this thesis is to study fertility and some zootechnical parameters in Prim'Hosltein cows in first lactation chosen for their favorable haplotype "fertil+" or unfavorable haplotype "fertil-" for one fertility QTL on chromosome 3. This phenotyping showed better fertility and energy balance in the first week of lactation for "fertil+" than for "fertil-" cows. In addition, "fertil-" cows had a higher eating rate. At the peak of mobilization, the QTL genes are differentially expressed in adipose tissue of "fertil+" and "fertil-" cows. In granulosa cells, one of these genes, named Kirrel, is higher expressed in "fertil+" cows and its recombinant protein inhibits the secretion of progesterone in vitro. Our work has contributed to refine interactions genotype-phenotype linked to one fertility QTL and highlighted one of the possible roles of a gene which belongs to this QTL in the reproductive function in dairy cows

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Giraud, Héloïse. "Genetic analysis of hybrid value for silage maize in multiparental designs : QTL detection and genomic selection." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS013/document.

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Abstract:

La sélection génomique offre de nouvelles perspectives en amélioration des plantes pour la sélection de caractères complexes. Le travail proposé porte sur l’évaluation de son intérêt dans le cadre d’un programme de sélection réciproque pour la valeur d’hybrides entre deux groupes génétiques de maïs complémentaires. Il s’appuie sur un dispositif expérimental original constitué de 900 hybrides produits dans un plan factoriel entre deux dispositifs multiparentaux connectés. L’objectif de la sélection est d’améliorer le rendement ensilage des hybrides tout en améliorant leur digestibilité. Une réflexion sur les modèles permettant de prédire la valeur hybride sera conduite et testée sur les données expérimentales et par simulations. Ce travail, conduit en collaboration avec sept sociétés de sélection (au sein de PROMAÏS) devrait permettre d’améliorer les dispositifs de sélection classiques et de produire des hybrides d’intérêt agronomique. Il s’inscrit dans le cadre plus général de l’amélioration pour la valeur en croisement commune à de nombreuses espèces végétales allogames et à certaines espèces animales
Genomic selection opens new prospects in plant breeding for the selection of complex traits. The proposed study aims to evaluate its efficiency in the context of a reciprocal selection schemes for the hybrid value between two complementary maize groups. The work will rely on an original experimental design including 900 hybrids produced from a factorial between two multiparental connected designs. The selection objective is to increase the hybrids silage yield as well as their digestibility. Several models for the hybrid value prediction will be proposed and tested on the experimental data and by simulations. This study, carried out in close connection with seven plant breeding companies (members of PROMAÏS) will contribute to the improvement of breeding designs and will produce new interesting hybrids. It falls within the general context of the selection for hybrid value which is common to numerous plant allogamous species and animal species

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François, Yoannah Coralie Stéphanie. "Détection de QTL d’expression de protéines de foie gras de canard mulard." Thesis, Pau, 2014. http://www.theses.fr/2014PAUU3021/document.

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Abstract:

L’objectif de ce projet était de comprendre comment l’expression du génome influence les caractères de qualité du foie gras, tels que le poids de foie, le taux de fonte et les teneurs, en lipides et protéines, et d’identifier les mécanismes moléculaires sous-jacents. Afin de répondre à ces objectifs, nous avons dans un premier temps étudié l’expression différentielle de protéines selon les phénotypes des foies des canards mulards puis dans un second temps, nous avons entrepris d’identifier des QTL phénotypiques et protéiques (pQTL) à l’aide d’une nouvelle carte génétique composée de marqueurs SNP et microsatellites. Tout d’abord, une optimisation du dispositif expérimental a été entreprise : 3 famille F1, composées de 98 canes backcross et de leurs 294 fils mulards ont été sélectionnés pour leur contribution à des QTL existants liés à la qualité du foie gras. La première approche nous a permis de montrer que les foies ont des profils protéiques et métaboliques différents selon leur phénotype. Ainsi, les foies légers qui fondent peu, avec une faible teneur en lipides mais une forte teneur en protéines présentent un processus anabolique par la surexpression de protéines impliquées dans les métabolismes lipidiques, glucidiques, de synthèse. Au contraire, les foies lourds, fondant beaucoup, avec une forte teneur en lipides mais une faible teneur en protéines présentent des mécanismes de cytoprotection et de réponse au stress. La seconde approche nous a permis de mettre en évidence 30 QTL relatifs à des phénotypes de qualité du foie gras et 50 pQTL relatifs à différentes protéines. Sept chromosomes se démarquent par la ségrégation de plusieurs QTL et pQTL permettant d’émettre des hypothèses quant aux fonctions des gènes sous-jacents à ces QTL. Entre autres, le locus d’APL15 semble lié à la glycolyse et celui d’APL18 à des processus de survie cellulaire. L’ensemble de ces résultats permet ainsi non seulement d’identifier les voies métaboliques impliquées dans la qualité du foie, mais également d’établir un lien entre les caractères, les protéines et les loci des QTL suggérant un déterminisme génétique de ces voies métaboliques impliquées. Ces relations nécessitent d’être approfondies afin de préciser les processus et les gènes impliqués dans la qualité du foie gras
The aim of this project was to understand how the genome expression influences liver quality traits such as liver weight, melting rate, lipid and protein rates, and to identify the molecular mechanisms underlying it. First, we studied the differential expression of proteins according to liver quality traits of mule ducks. Then we carried out detections of uni-trait and multi-traits phenotypic QTL and protein QTL using a new genetic map containing SNP and microsatellite markers. In preamble to the study, the optimization of the experimental disposal was necessary: 98 backcross dams and their 294 mule sons, composing 3 F1 families were selected because of their contribution to the likelihood of existing QTL related to foie gras quality. The first study showed that livers presented different protein and metabolic profiles according to their phenotypes. Indeed, light livers, with low melting rate, low lipid rate and high protein rate show an over-expression of proteins involved in lipid, glucid or in synthesis metabolism, suggesting an anabolism process. On the contrary, heavy livers, with high melting rate, high lipid rate and low protein rate show cytoprotection and response to stress mechanisms. The second study highlighted 30 QTL related to liver quality traits and 50 pQTL related to different proteins. In particular, 7 chromosomes segregated several QTL and pQTL, permitting to assess hypothesis on the functions of the genes underlying these QTL regions. As an example, the APL15 locus seems linked to glycolysis and the APL18 one seems linked to cell survival ones. All these results helped in identifying metabolic pathways implicated in liver quality as well as establishing a link between traits, proteins and the QTL loci, suggesting a genetic determinism of these pathways. These relationships need to be further studied in order to bring precision to the process and to determine more precisely the genes implicated in the foie gras quality traits

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Recoquillay, Julien. "Architecture génétique du comportement chez la caille japonaise et relations avec des caractères de production." Thesis, Tours, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUR4024/document.

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Abstract:

Notre étude a porté sur le contrôle génétique des comportements sociaux ou de peur et leur relation avec les caractères de production au sein d’un croisement entre deux lignées de cailles sélectionnées de façon divergente sur la motivation sociale. Les résultats alertent sur un possible effet délétère de la sélection pour une plus forte productivité sur la sociabilité et la réactivité émotionnelle des animaux. Dans le même temps, ils indiquent des synergies possibles entre une plus forte motivation sociale et la précocité de la ponte, ou une plus faible réactivité émotionnelle et une production d’œufs plus importante. L’étude a permis la construction de la première carte génétique de moyenne densité à l’aide de marqueurs SNP chez la caille. Les analyses de liaison ont révélé un total de 45 QTLs dont 23 pour les caractères comportementaux et 22 pour ceux de production. Ce sont pour les critères de motivation sociale que les QTLs sont les plus nombreux (15). Certaines régions contrôlent à la fois la réactivité émotionnelle et le poids ou la sociabilité et l’âge au premier œuf. Plusieurs gènes candidats en lien avec la sociabilité ont été suggérés
Our study focused on the genetic control of social and fear behaviors and their relationships with production traits in a second generation crossing between two lines of quail divergently selected for their social reinstatement behavior. The results warn us about a possible deleterious effect of the selection for higher productivity on the animal’s sociability and emotional reactivity. At the same time, they also indicate possible synergies between a stronger social motivation and a precocious laying onset, or a lower emotional reactivity toward a novel object and a higher egg production. The study allowed us to construct the first genetic map of medium density using SNP markers in the quail. Linkage analyses reveal a total of 45 QTLs with 23 linked to behavioral traits and 22 to the production traits. Most of the behavioral QTLs were linked to the social motivation (15). Also, some regions control both emotional reactivity and weight or sociability and the age at first egg. At this stage of the study, several candidate genes related to sociability were suggested

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Lagraulet, Hélène. "Plasticité phénotypique et architecture génétique de la croissance et de la densité du bois du pin maritime (Pinus pinaster Ait.)." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0085/document.

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Abstract:

Evaluer l'effet du climat sur la croissance des arbres forestiers, et notamment leur capacité de production de biomasse en situation de contrainte hydrique, passe par la quantification du niveau de plasticité phénotypique des individus et de la diversité génétique des populations au sein de l'espèce étudiée. Le pin maritime, plante pérenne d'intérêt économique majeur en Aquitaine, largement étudiée au niveau génétique et écophysiologique, est un excellent modèle biologique pour mener à bien ce type d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié la variabilité phénotypique de nombreux caractères liés à la croissance du pin maritime au jeune âge, en fonction de contraintes abiotiques essentiellement liées à la disponibilité en eau. Nous avons par ailleurs documenté l'architecture génétique de ces traits en termes de nombre, position sur une carte génétique et effet des gènes majeurs (QTL) qui contrôlent une partie de cette variabilité phénotypique.Dans le cadre de travaux de cette thèse, nous avons utilisé deux dispositifs expérimentaux: l'un composé de trois familles F1 issues de croisements contrôlés de parents d'origines géographiques contrastées (Corse, Landes et Maroc), l'autre d'une famille F2 issue de l'autofécondation d'un hybride Corse x Landes. Le premier essai comprenait 1500 individus semés en 2007 sur lesquels la hauteur et le diamètre ont été mesurés annuellement de 2010 à 2014. Nous avons également noté l'évolution de la phénologie du débourrement apical pendant deux années consécutives (2012 et 2013). Enfin, la dynamique de la croissance radiale de 239 génotypes (répartis sur deux des trois familles) a été suivie en continu pendant trois années (2011-2013) grâce à un dispositif unique de capteurs de déplacement continu (microdendromètres). Le second essai comprenait 500 arbres semés en 1998 et dont le carottage au niveau du tronc début 2011 a permis d’établir le profil microdensitométrique sur 7 années consécutives (2004-2010). En parallèle, le génotypage des descendants des 4 croisements a été réalisé grâce à l'aide de biopuces à ADN, ce qui a permis de construire des cartes génétiques. L'analyse conjointe de l'information phénotypique et génotypique a permis d'identifier des QTL pour l'ensemble des caractères et d'étudier leur stabilité en fonction des conditions environnementales et du fond génétique.Cette étude a montré que le débourrement est variable en années en fonction des contraintes de températures et du fond génétique. Tout comme la croissance primaire et secondaire, le débourrement est contrôlé par de nombreux QTL à effets modérés qui varient en fonction de l’environnement climatique et du fond génétique. Le suivi de la dynamique saisonnière de la formation du bois a également montré une interaction QTL x environnement révélant que la densité du bois est régulée par différents gènes ou le même jeu de gènes régulé de façon différentielle en fonction du climat. Enfin, La dernière partie de cette étude a permis de mettre en évidence, pour la première fois, la variabilité intra-spécifique des fluctuations journalières du tronc et son interaction avec des variables environnementales. [...]
Evaluating the impact of climate change on current plantations supposes the evaluation of their phenotypic plasticity and their genotypic diversity within the species, under abiotic pressure. Maritime pine is a perennial species of major economical interest in the french Aquitaine region. Wildly studied genetically and ecophysiologically, maritime pine is a very good biological model to see that type of study to the end. In this thesis, we intend to study various traits related to maritime pine growth under a biotic constraints, according to the following approaches: (1) evalutation of the phenotypic variability and (2)dissection of the genetic architecture of the traits (number, location and effects of QTLs). The comparisonbetween envrionmental and phenotypic data will allow us to appreciate the phenotypic pasticity of individuals. Afterwards, studying the genetic architecture of these traits and its variability according to the genetic background of individuals and environmental conditions will allow us to assess the stability ofdetected QTLs.We used 4 progenies of maritime pines: 3 controlled crosses of parents originated from contrasted ecotypes (Corsica, Landes and Morocco) and 1 controlled cross from a second generation of self-pollination (F2). Micro-cores were extracted from the individuals of the F2 population andmicrodensity profiles were established trough 7 consecutive years. Total height and diameter of eachindividual were measured once a year on the 3 others crosses, from 2010 to 2014. Dynamics of apical budburst was also followed on the same individuals in 2012 and 2013. Finally, dynamics of radial growth were monitored on a sub-sample of 239 individuals (spread in 2 of the 3 controlled crosses) during 3 yearsthanks to a unique device of microdendrometers.At the same time, all individuals (form the 4 crosses) were genotyped with several DNA bioarraysof molecular markers, allowing the building of genetic maps. The confrontation of phenotypic and genotypic data enabled to identify genome are as involved in the genetic architecture behind the traitsand to study their stability according to environmental conditions and the genetic background of individuals.This study showed that bud burst varies from year to year, depending on the conditions oftemperature and of the genetic background of individuals. Same way as growth, bud burst is controlled bymany QTLs of moderate effect, varying according to climatic conditions and the genetic background of individuals. The monitoring of seasonal dynamics of wood formation also showed a QTL x environment interaction revealing that wood density is regulated by different genes or the same set of genes,differentially regulated in response to the climate. The last part of the study puts forwards, for the firsttime, the variability of radius daily fluctuations within a full-sib family and its interaction with environmental variables. [...]

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Labbé, Jessy. "Contribution à l'étude de la structure et du polymorphisme du génome du basidiomycète ectomycorhizien "Laccaria bicolor" (Maire) Orton et identification de QTLs de mycorhization chez les peupliers, "Populus trichocarpa Torr. & A. Gray ex Hook. et "Populus deltoides (Bartr.) Marsh." Thesis, Nancy 1, 2009. http://www.theses.fr/2009NAN10079/document.

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Abstract:

Les symbioses mycorhiziennes, entre champignons et racines de plantes, concernent 95 % des espèces végétales. Les arbres sociaux des forêts boréales et tempérées forment avec les champignons un type particulier d’association : la symbiose ectomycorrhizienne. Les ectomycorrhizes jouent un rôle essentiel dans la nutrition hydrominérale des arbres, le cycle des éléments minéraux et la production primaire. Cependant, leur complexité n’a pas permis à ce jour de déchiffrer leurs rôles et leurs fonctions précises. La récente disponibilité du génome du champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor et de celui de l'arbre hôte Populus trichocarpa fournit une occasion inégalée d’approfondir nos connaissances du développement et du fonctionnement de cette symbiose. Les objectifs de cette étude ont donc été de participer à la caractérisation et au décryptage du génome de L. bicolor puis à la recherche des gènes impliqués dans la formation des ectomycorhizes chez les deux partenaires. Dans un premier temps et afin d’aider à l’assemblage de la séquence génomique de L. bicolor, nous avons identifié les séquences répétées et construit une carte génétique. Sur les 60 Mb de ce génome, nous avons mis en évidence 8 % de séquences microsatellitaires et 24 % d’éléments transposables. Une carte génétique a été construite à partir de 111 monocaryons issus de L. bicolor S238N. Cette carte comprend 326 marqueurs (8 RAPD, 243 AFLP, 59 SSR et 14 SNP) répartis sur 10 groupes de liaison ancrés à la séquence génomique de L. bicolor. Dans un second temps, nous avons tenté d’identifier les gènes impliqués dans l’établissement des ectomycorhizes chez le peuplier en combinant une approche de détection par QTLs et par puces à ADN. Nous avons ciblé 81 gènes potentiellement impliqués dans l’établissement et/ou le fonctionnement de la symbiose
The mycorrhizal symbioses between fungi and roots concern 95 % of the plant species. Social trees of boreal and temperate forests form a particular type of root association with fungi: the ectomycorrhizal symbiosis. Ectomycorrhizas play a major role in tree hydromineral nutrition, nutrient cycles and primary production. However, their complexity have so far prevented from deciphering their precise function and role. The recent availability of the genome of the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor and that of the host-tree Populus trichocarpa provides an unprecedented opportunity to decipher the key components of development and functioning of this symbiosis. The aims of this study were to participate to the characterization and deciphering of the genome of L. bicolor, and to determine the genes involved in the formation of ectomycorrhizas in both partners. Firstly, in order to facilitate the assembly of the genomic sequence of L. bicolor, we have identified the repeated sequences and generated a genetic map. On the 60 Mb of this genome, 8 % are microsatellite sequences and 24 % transposable elements. A genetic map was built from 111 monokaryons issued from L. bicolor S238N. This map includes 326 markers (8 RAPD, 243 AFLP, 59 SSR and 14 SNP) distributed on 10 linkage groups anchored onto the genomic sequence of L. bicolor. Secondly, we have identified the genes involved in the establishment of ectomycorrhizas in poplar by combining QTL detection and DNA microarrays. We targeted 81 genes which can be involved in the establishment and/or the functioning of the symbiosis

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Quenouille-Lederer, Julie. "Bases génétiques et fonctionnelles de la durabilité des résistances polygéniques au virus Y de la pomme de terre (PVY) chez le piment (Capsicum annuum)." Thesis, Avignon, 2013. http://www.theses.fr/2013AVIG0650/document.

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Abstract:

Les résistances génétiques permettent une lutte efficace contre les maladies des plantes cultivées mais sont limitées par les capacités d’évolution des bioagresseurs ciblés. Chez le piment, le fonds génétique peut améliorer la durabilité de la résistance au PVY conférée par le gène majeur pvr23. L’objectif de ma thèse était de caractériser les facteurs génétiques de l’hôte conditionnant la durabilité du gène majeur en répondant aux questions suivantes : (i) Quels sont leurs actions sur l’évolution des populations virales ? (ii) Correspondent-ils aux QTL (quantitative trait loci) de résistance partielle ? (iii) Sont-ils répandus au sein des ressources génétiques du piment ? Différentes expérimentations incluant des tests de résistances, d’évolution expérimentale et de compétition entre différents variants viraux, ont montré que les facteurs du fonds génétique augmentant la durabilité de pvr23 agissaient en : (i) diminuant la concentration virale dans la plante, (ii) en réduisant les probabilités de mutations du PVY vers le contournement du gène pvr23 et (iii) en ralentissant la sélection des variants viraux contournants. La détection de QTL et la cartographie des facteurs génétiques affectant la fréquence de contournement de pvr23 (QTL de durabilité) a mis en évidence quatre régions du génome du piment qui, par des effets additifs ou épistatiques, expliquent 70% de la variabilité phénotypique observée. La cartographie comparée montre que trois des quatre QTL de durabilité co-localisent avec des QTL affectant la résistance partielle, suggérant que les QTL de résistance partielle ont un effet pléiotropique sur la durabilité d’un gène majeur de résistance. L’étude d’une collection de 20 accessions de piment, porteuses de pvr23 ou pvr24(allèle très proche de pvr23) dans des fonds génétiques variés, a montré que les fonds génétiques favorables à la durabilité de ces allèles de résistance sont fréquents dans les ressources génétiques du piment. Ces résultats mettent en évidence que la durabilité d’un gène majeur de résistance peut-être fortement augmentée lorsqu’il est associé à des facteurs génétiques réduisant la multiplication du pathogène. De plus, la fréquence de contournement du gène majeur s’est révélée être un caractère très héritable (h²=0.87) et la détection de QTL affectant ce caractère est possible. La sélection directe pour de tels QTL est donc envisageable et ouvre de nouvelles perspectives pour préserver la durabilité des gènes majeurs de résistance utilisés en sélection variétale
Genetic resistances provide an efficient control of crop diseases but are limited by pathogen adaptation.In pepper, the durability of the pvr23 allele, conferring resistance to Potato virus Y (PVY), was demonstrated todepend on the plant genetic background. The aim of my PhD thesis was to characterize the host genetic factorsaffecting the durability of the major resistance gene pvr23 and to answer to the following question s: (i) What istheir action on the evolution of the viral population? (ii) Is there identity between the QTLs (quantitative traitloci) controlling the partial resistance and the QTLs affecting the durability of pvr23? (iii) Are these genetic factorswidespread among the genetic resources of pepper? Various experiments including resistance testing,experimental evolution and competition between various PVY variants, enabled to show that the genetic factorsaffecting the durability of pvr23 acted in: (i) decreasing the viral accumulation, (ii) decreasing the probability ofacquisition of resistance breaking (RB) mutations by PVY and (iii) slowing down the selection of RB variants. QTLdetection and mapping of genetic factors affecting the frequency of pvr23 RB showed that four loci actingadditively and in epistatic interactions explained together 70% of the variance of pvr23 breakdown frequency.Comparative mapping between these QTLs and QTLs affecting partial resistance showed that three of the fourQTLs controlling the frequency of pvr23 RB are also involved in quantitative resistance, suggesting that QTLs forquantitative resistance have a pleiotropic effect on the durability of the major resistance gene. Analysis of acollection of 20 pepper accessions, carrying pvr23 or pvr24 (allele closely related to pvr23) in various geneticbackgrounds, showed that genetic backgrounds favorable to the durability of the pvr2-mediated resistance arewidespread in the genetic resources of pepper. These results highlight that the durability of a major resistancegene can be strongly increased when associated with genetic factors decreasing the pathogen multiplication.Moreover, the frequency of a major gene RB is a highly heritable trait and QTLs detection for this trait isachievable. The direct selection for such QTLs opens new prospects to preserve the durability of major resistancegenes used by breeders

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Gaston, Amelia. "Etude et compréhension du déterminisme génétique et moléculaire de la remontée florale chez le fraisier." Thesis, Bordeaux 1, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR14206/document.

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Abstract:

La transition florale est un évènement clef dans la vie d’une plante. Chez le fraisier, la compréhension des mécanismes génétiques de cette transition est un enjeu majeur pour mieux contrôler la production de fruits. La transition florale peut être étudiée à travers la remontée florale, qui est la capacité d’une plante à fleurir tout au long de la période végétative. Le fraisier cultivé octoploïde, F. x ananassa, comme le fraisier diploïde, F. vesca, présentent des génotypes remontants capables de fleurir en continu. L’objectif de cette thèse est de comprendre le déterminisme génétique et moléculaire de la remontée florale chez Fragaria. Ce travail a montré que chez les fraisiers diploïde et octoploïde, le caractère ‘remontée florale’ est contrôlé par deux verrous génétiques différents localisés à des positions non orthologues. Chez le fraisier diploïde, le gène FvKSN responsable de la remontée florale a été identifié et code pour un homologue du répresseur floral TFL1. Chez les génotypes remontants, ce gène présente une délétion dans la partie codante conduisant à une protéine non fonctionnelle, incapable de réprimer la floraison. Chez le fraisier octoploïde, le QTL majeur détecté contrôlant la remontée florale est lié à la production de stolons de manière antagoniste, suggérant l’existence d’une région génomique où s'exerce une compétition entre multiplication végétative et la reproduction sexuée. Cette région génomique comprend plusieurs gènes candidats intéressants dont FT, activateur de la floraison.Une hypothèse suggérée par ce travail est que chez le fraisier, l’alternance entre phase végétative et phase reproductive est liée à l’équilibre entre les gènes FvKSN, homologue de TFL1, et FvFT, homologue de FT. La remontée florale serait la conséquence d’une modification de cet équilibre entre ces deux gènes en faveur du développement reproductif
The floral transition is a key event in plant life. In strawberry, understanding the genetic mechanisms of floral transition is a major issue for better control of fruit production. This transition is studied through the continuous flowering, which is the ability to flower throughout the growing season. Both, the octoploid cultivated strawberry, F. x ananassa, as the woody diploid strawberry, F. vesca, displayed continuous flowering genotypes. The objective of this work is to decipher the genetic and molecular mechanism of the continuous flowering in Fragaria.This work has shown that in diploid and octoploid strawberry the continuous flowering is controlled by two different genetic 'keys' located at non-orthologous position. In diploid strawberry, the gene FvKSN responsible of continuous flowering was identified and encodes a homologous to the TFL1 floral repressor. In the continuous flowering genotypes, this gene has a deletion in the coding region leading to a nonfunctional protein unable to repress flowering. In the octoploid strawberry, the major QTL controlling both the recurrent flowering and the runner production was identified. These traits were antagonist, which suggests competition between vegetative propagation and sexual reproduction in this region. This genomic region contains several interesting candidate genes whose FT, an activator of flowering.A hypothesis could be proposed. In strawberry, the switch between vegetative and reproductive phase is linked to balance between two genes, FvKSN, homologous to TFL1 and FvFT homologous to FT. Continuous flowering would be the consequence of balance modification between this two genes to the benefit of floral development

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Zimmer, Adrien. "Etude du déterminisme génétique de la phase de latence chez Saccharomyces cerevisiae en conditions œnologiques. Impact des mécanismes de résistance au SO2." Thesis, Bordeaux 2, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR22131/document.

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Abstract:

Les QTL (Quantitative Trait Loci) sont des régions chromosomiques comportant un ou plusieurs gènes contrôlant l’expression d’un paramètre péhnotypique. La détection de ces QTL dans l’industrie des levures œnologiques permet la sélection de souches performantes. Dans cette étude, la dissection d’un QTL associé à la phase de latence durant la fermentation alcoolique en conditions œnologiques a permis de mettre en évidence une nouvelle translocation. Celle-ci, impliquant le gène SSU1 permet aux souches qui la possèdent d’avoir une phase de latence raccourcie. L’usage intensif du SO2 en œnologie a conduit à la sélection de cette translocation chez les souhes industrielles. Des marqueurs PCR ont été developpés pour contrôler ce caractère dans les processus de sélection des souches, permettant d’intoduire cette translocation dans différents fonds génétiques. Une première étape dans l’étude de l’impact organoleptique de ces translocations sur le vin a été faite, montrant une corrélation avec la production d’acidité volatile. Cette voie reste néanmoins à approfondir, tant au laboratoire qu’en conditions réelles dans un chai
QTL (Quantitative Trait Loci) are chromosomics regions including one or more genes controlling the expression of a phenotypic parameter. The detection of these QTL in the wine industry allows the selection of more efficient yeast strains. In this study, the dissection of a QTL linked to lag phase variation during wine alcoholic fermentation was carried out. Our findings put in light a new translocation involving the SSU1 gene conferring a shorter lag phase. The intensive use of SO2 in oenology allows the selection of this translocation in industrials strains. Genetic markers were developed for introducing this translocation in various genetic backgrounds during selection programs. The study of translocations impact on the wine organoleptic properties was initiated, showing an unexplained role of VIII-XVI translocation on the volatile acidity production. These preliminary results need to be continued, in laboratory and cellar conditions

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Tran, Thanh-Son. "Etudes génomiques chez la poule : applications à la résistance au portage de salmonelles et la digestibilité." Thesis, Tours, 2013. http://www.theses.fr/2013TOUR4013/document.

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Abstract:

Les protocoles de détection de QTL varient selon le modèle étudié, car ils dépendent de nombreux paramètres. Cette thèse s’est intéressée à la façon d’adapter ces protocoles à travers deux exemples de recherches de QTL chez la Poule, en utilisant deux méthodes statistiques différentes : maximum de vraisemblance (MV) et régression linéaire (RL), qui ont été comparées. Dans un premier temps, des QTLs de résistance au portage de salmonelles ont été identifiés, d’effets faibles et dont les positions varient selon la méthode utilisée. Dans un deuxième temps, des QTLs de caractères de digestibilité et d’anatomie du tube digestif ont été identifiés, avec des résultats semblables avec les deux méthodes. De nombreux QTLs d’effets faibles à modérés ont été identifiés. Les résultats de cette thèse montrent que la comparaison des deux méthodes est toujours utile et car dans certaines conditions les résultats obtenus diffèrent entre les deux méthodes
The QTL detection protocols vary depending on the model studied, because they depend on many parameters. This thesis has focused on how to adapt these protocols through two examples of QTL detection in Chicken, using two different statistical methods: maximum likelihood (ML) and linear regression (LR), which results were compared on two examples. Initially, QTLs controlling resistance to Salmonella carrier-state have been identified, of small effects and whose positions vary according to the method. In a second step, QTLs controlling digestibility and anatomy of the gastro-intestinal tract were identified with similar results for both methods. Many QTLs of small to moderate effects were identified. The results of this thesis show that the comparison of the two methods is always helpful as under certain conditions the results may vary with the method

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Tayeh, Nadim. "Mise en évidence de la synténie de QTL de tolérance au gel sur les groupes de liaison VI chez Pisum sativum (WFD 6.1) et Medicago truncatula (Mt-FTQTL6) et cartographie fine de Mt-FTQTL6." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10020/document.

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Abstract:

L’identification des bases moléculaires de la tolérance au gel présente une grande importance tant sur le plan fondamental qu’appliqué. Medicago truncatula est une légumineuse modèle pour les espèces tempérées. Un QTL majeur de tolérance au gel après acclimatation au froid (Mt-FTQTL6), expliquant 40% de la variation phénotypique, a été détecté sur le chromosome 6 de cette espèce. En parallèle, un QTL pour le même caractère (WFD 6.1/FD164.c) a été identifié sur le groupe de liaison équivalent chez Pisum sativum. Cette thèse a pour objectifs de confirmer la synténie des régions chromosomiques contenant Mt-FTQTL6 et WFD 6.1/FD164.c et d’identifier des gènes candidats positionnels pour Mt-FTQTL6. Les premiers efforts ont permis de localiser Mt-FTQTL6 dans un intervalle de 3,7 cM qui coïncide avec une zone du génome de Medicago truncatula dont l’assemblage reste incomplet. Les ressources génomiques de Glycine max ont été ensuite exploitées. Cinq marqueurs géniques ont permis d'ancrer les régions chromosomiques de Mt-FTQTL6 et WFD 6.1/FD164.c. Des clones BAC correspondant à 15 marqueurs (sondes) ont été assemblés en 6 contigs couvrant l’intervalle de confiance de Mt-FTQTL6. Des lignées F7 ou F8, recombinantes au niveau de cet intervalle, ont été identifiées et phénotypées pour la tolérance au gel en conditions contrôlées. L'intervalle de confiance de Mt-FTQTL6 a ainsi été réduit à une région de 0,4 cM contenant 20 gènes parmi lesquels 12 gènes CBF/DREB1 en tandem. La variation allélique pour 11 gènes CBF/DREB1 a été mise en évidence chez les parents de la population de cartographie.La validation fonctionnelle est maintenant envisageable chez Medicago truncatula et Pisum sativum
Unraveling the molecular bases of freezing tolerance is of great importance both at the fundamental and applied levels. Medicago truncatula is a model legume for studies concerning cool-season species. A major freezing tolerance QTL after cold acclimation (Mt-FTQTL6), accounting for 40% of the phenotypic variation, has been identified on chromosome 6 of this species. Interestingly, a QTL for the same trait has been mapped on the corresponding linkage group in Pisum sativum (WFD 6.1/FD164.c). The present thesis aimed to confirm synteny between Mt-FTQTL6 and WFD 6.1/FD164.c harboring regions and to subsequently identify positional candidate genes for Mt-FTQTL6. Using BAC-derived markers, Mt-FTQTL6 has been first located in a 3.7-cM interval, coinciding with an assembly physical gap. Mt-FTQTL6 co-orthologous blocks in Glycine max were identified and exploited to develop additional markers. Five common gene-based markers were obtained between Mt-FTQTL6 and WFD 6.1/FD164.c chromosomal regions. Positive BAC clones for 15 different markers (probes) were assembled in 6 BAC contigs linked to Mt-FTQTL6. Homozygous F7 or F8 recombinant lines at Mt-FTQTL6 were identified and evaluated for freezing tolerance under controlled conditions. The QTL confidence interval was subsequently delimited to a 0.4 cM-region that contains 20 protein-coding genes including 12 tandemly-arrayed CBF/DREB1 genes. Isolation of 11 out of the 12 CBF/DREB1 genes from both parents of the mapping population was successfully achieved. Efforts will be next needed for functional validation in Medicago truncatula and Pisum sativum

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Maamouri, Amel. "Variabilité génétique de la luzerne cultivée en association avec une graminée fourragère." Thesis, Poitiers, 2014. http://www.theses.fr/2014POIT2268/document.

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Abstract:

La luzerne est une légumineuse fourragère pérenne qui présente de nombreux avantages agronomiques et environnementaux. La performance des associations luzerne - graminées est conditionnée par la production de biomasse et la teneur en protéines de chaque espèce et sa survie. L’effet de la variabilité génétique de la luzerne sur les composantes du rendement dans les associations est mal connu. Dans ce contexte, cette thèse a deux objectifs : i) caractériser la diversité génétique pour les caractères liés à la production et à la qualité de la luzerne dans l’association ii) analyser le contrôle génétique de ces caractères. Deux dispositifs comprenant trois traitements (mélange luzerne-fétuque, monoculture et isolé) ont été mis en place. Le premier comprenant 46 génotypes contrastés de luzerne a été phénotypé sur deux ans pour l’architecture, la biomasse et la concentration en protéines. Le deuxième composé d’une population F1 de 198 individus, a été phénotypé sur une année. Cette population F1 a été génotypée avec des marqueurs SSR et DArT pour établir une carte génétique. Une large variation génétique entre les génotypes de luzerne a été montrée. Cette variation affecte la hauteur et la teneur en protéines de la fétuque associée. On a observé que les caractères mesurés en isolé ou en monoculture sont relativement prédictifs des mêmes caractères en mélange, mais une évaluation des génotypes en mélange reste indispensable. La détection de QTL montre que certains QTL sont communs aux différents traitements. Chaque QTL explique de 6 à 23% de la variation observée pour la hauteur et la biomasse. Des pistes méthodologiques pour la sélection sont envisagées
Alfalfa is a perennial forage legume that has many agronomic and environmental benefits. The performance of alfalfa - grass mixtures depends on biomass production and protein content of each species and its survival. The effect of genetic variation on alfalfa yield components in mixtures is little described. In this context, this thesis has two objectives: i) to characterize the genetic diversity for traits related to alfalfa production and quality in mixture ii) to analyze the genetic control of these traits. Two designs that included three treatments (alfalfa - fescue mixture, monoculture and spaced plants) were established. The first design comprised 46 contrasting alfalfa genotypes which were phenotyped over two years for architecture, biomass and protein concentration. The second design comprised an F1 population of 198 individuals being phenotyped over one year. The F1 population was genotyped with SSR and DArT markers to construct a genetic map. A wide genetic variation among alfalfa genotypes was shown. This variation affected the height and protein content of associated fescue. It was observed that the measured traits of spaced plants or in monoculture are relatively predictive of the same traits in the mixture, but genotype evaluation in mixture is required. QTL detection shows that some QTL were common to different treatments. Each QTL explained 6-23 % of the variation for height and biomass. Some methodologies for selection are proposed

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Tran, Dinh Minh. "Le test toxinique : une méthode de phénotypage pour l’étude de l’interaction Hevea brasiliensis x Corynespora cassiicola et l'identification des facteurs génétiques de sensibilité." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT178/document.

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Abstract:

Hevea brasiliensis est la seule source commerciale du caoutchouc naturel. La maladie CLF (Corynespora Leaf Fall) provoquée par le champignon Corynespora cassiicola est une pathologie foliaire de l’hévéa importante en Asie et en Afrique. Les épidémies sont liées au développement de nouvelles variétés clonales très sensibles. Une méthode conductimétrique de phénotypage de la réponse de l’hévéa aux exsudats de C. cassiicola (filtrats de culture ou toxine purifiée) a été développée et caractérisée. Ce test toxinique, sans contact direct avec le champignon lui-même, peut être mis en œuvre sans risque sur les plantations. Après application de gouttes d’exsudats sur des folioles détachées d’un génotype d’hévéa, deux mesures de conductivité C1 et C2 sont réalisées avant et après autoclavage, et le pourcentage de fuite d’électrolyte dû au traitement, %FE = 100*C1/C2, est calculé. L’influence de différents facteurs tels que le stade foliaire et la durée d’incubation, a été précisée. Une corrélation positive a été trouvée entre les réponses au test toxinique et à l’inoculation par des conidies du champignon. La pertinence de la correction de C1 par C2 a été analysée.Deux études du test toxinique ont été réalisées pour une série de clones d’hévéa, d’une part en France avec des plantes en pots cultivées en serre, et d’autre part en Côte d’Ivoire, dans les conditions normalement envisagées pour ce test, avec des folioles provenant de jardins à bois de greffe. La répétabilité entre ces deux études est imparfaite mais néanmoins satisfaisante. Le critère %FE est apparu plus sensible et plus précis que la mesure de la surface de nécrose induite (SN). Une variabilité importante de la sensibilité des clones et de l’agressivité des exsudats a été observée, avec l’existence d’interactions. L’analyse du déterminisme génétique de la réponse au test toxinique a été menée par détection de QTL sur deux populations de la famille biparentale d’hévéa PB260 x RRIM600, analysées sur deux sites en Côte d’Ivoire. Une carte génétique a été construite au préalable avec 308 marqueurs SSR. Le phénotypage des deux populations a révélé un déterminisme polygénique, sans effet monolocus majeur, avec, pour l’ensemble des exsudats fongiques étudiés, 13 QTL répartis sur 10 groupes de liaison et présentant des pourcentages d’explication R2 variant de 10 à 20 %. Sur les deux sites, deux QTL ont été identifiés conjointement pour le filtrat CCP et pour la toxine Cas1 purifiée à partir du filtrat CCP, démontrant l’importance de Cas1 pour la toxicité de ce filtrat. Des corrélations positives entre certains filtrats ont été observées, avec des profils de réponse similaires et des QTL communsLe test toxinique pourrait remplacer avantageusement la méthode d’inoculation conidienne. Cependant, la valeur prédictive du test pour la sensibilité des clones d’hévéa à la maladie CLF en plantation reste à caractériser. Une meilleure connaissance de l’épidémiologie du pathosystème H. brasiliensis x C. cassiicola contribuerait à l’objectif de sélection, et plus largement à la conception de méthodes de lutte ou d’évitement
Hevea brasiliensis is the only commercial source of natural rubber. The CLF (Corynespora Leaf Fall) disease caused by the fungus Corynespora cassiicola is an important foliar pathology of the rubber tree in Asia and Africa. The disease progression is related with the development of new highly sensitive clonal varieties. A phenotyping method based on the measurement of electrolyte leakage in response to C. cassiicola exudates (culture filtrates or purified toxin) was developed and characterized. This test, without direct contact with the fungus itself, can be implemented without risk for plantations. After application of exudate samples on detached leaflets, conductivity is measured before (C1) and after (C2) autoclaving, and the percentage of electrolyte leakage %FE=100*C1/C2 is calculated. The influence of different factors such as leaf stage or the duration of incubation has been clarified. A positive correlation was found between the responses to the toxin test and to conidial inoculation. The pertinence of C1 correction by C2 was analyzed.Two toxin test studies have been carried out for a set of rubber clones, in France, with potted plants in greenhouse, and also in Ivory Coast, under the conditions normally considered for this test, with leaflets from budwood gardens. Repeatability between these two experiments was not perfect but nevertheless satisfying. The %FE character was found more sensitive and accurate than surface necrosis (SN) measurement. A significant variability in clone susceptibility and treatment virulence was observed, with clone x treatment interactions. The genetic determinism of sensitivity to C. cassiicola exudates was analyzed using the toxin test, by QTL detection on two populations of the biparental rubber family PB260 x RRIM600, in two field trials in Ivory Coast. A genetic map was previously built, using 308 SSR markers. Phenotyping of the two progeny populations revealed a polygenic determinism, without major monolocus effect. Over all the fungal exudates, 13 QTL distributed over 10 different linkage groups were identified, with percentages of explanation R2 varying from 10 to 20 %. On both sites, two QTL have been identified jointly for both the culture filtrate CCP and the toxin Cas1 purified from CCP. Positive correlations have been observed between some of the filtrates, with similar response profiles and common QTL.The toxin test could usefully replace the conidial inoculation method. However, the value of the test for predicting rubber clones susceptibility to the CLF disease in field conditions remains to be better characterized. Better understanding of the epidemiology of the H. brasiliensis x C. cassiicola pathosystem would contribute to the breeding objective, and more broadly to the design of control or avoidance methods

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Montoya, Jaramillo Carmenza. "Etude du déterminisme génétique de la composition en acides gras de l’huile de palme du genre Elaeis (E. guineensis et E. oleifera) par cartographie génétique et analyse différentielle de gènes candidats." Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20007.

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Abstract:

Les allèles en ségrégation des deux génomes Elaeis ont été tracés dans un pseudo backcross interspécifique Elaeis (E. oleifera x E. guineensis) x E. guineensis. Dix-neuf QTL de proportion d'acides gras de l'huile de palme par rapport à 16 QTL des mêmes caractères d'un croisement intraspécifique E. guineensis ont mis en évidence des QTL communs ou spécifiques aux deux espèces. Aucune corrélation n'existe entre proportions d'acides gras et le rendement en huile de palme. Le déterminisme génétique et les principaux gènes associés aux acides gras du mésocarpe ont été étudiés, à l'aide de banques d'ADNc pleine longueur et des extraits d'ARNm de mésocarpe de fruits en développement des espèces Elaeis chacune représentée par quatre fonds génétiques. L'expression de 113 gènes Elaeis clés ou de facteurs putatifs de régulation des voies de synthèse de novo des acides gras et des triacylglycérols fut caractérisée au niveau de l'espèce par analyse in silico de profils de transcription et par analyse Real Time RT-qPCR. Les gènes ont été cartographiés sur le pseudo backcross avec 180 marqueurs SNP intra-géniques. Quarante-huit gènes étaient exprimés différemment entre espèces dont 94% plus exprimés chez E. guineensis. Le facteur de transcription EgAP2-2 (WRI1-like) influence le début de la synthèsede novo des acide gras par action principale sur les gènes MAT et KAS III, parait indépendant de l'expression d'autres gènes et non différentiel entre espèces. Les variations en C16:0 et C18:0 entre espèces s'expliquent par niveau d'expression allélique et l'activité enzymatique relative des isoformes présentes dans le génome de FATB (2), KAS II (1) et SAD (3)
An Elaeis interspecific pseudo-backcross of first generation (E. oleifera x E. guineensis) x E. guineensis allowed tracing segregating alleles from both Elaeis genomes. Nineteen quantitative trait loci (QTLs) associated to palm oil fatty acid proportions compared to 16 QTLs of same traits in an intra-specific oil palm cross evidenced common or specific QTLs in E. guineensis and E. oleifera. No correlation was found in oil palm between mesocarp fatty acid proportions and yieldtraits. The genetic determinism of main fatty acid proportions was confirmed. Genes related to palm oil fatty acids were investigated using full-length cDNA libraries and mRNA extracts from the mesocarp of developing fruits in each Elaeis species represented by four genetic pools. Expression of 113 key Elaeis genes or putative regulation factors of de novo fatty acid and triacylglycerol pathways were characterized at species level by in silico transcript profiling and Real Time RT-qPCR analysis. Genes were mapped on the pseudo-backcross using 180 intra-gene SNP markers. Forty-eight genes were differentially expressed between Elaeis species, with 94% over expressed in E. guineensis. The EgAP2-2 (WRI1-like) transcription factor might influence the start of the de novo fatty acid pathway by main action only on the MAT and KAS III genes, as independent in expression from other genes and not differential between species. Between species variations in C16:0 and C18:0 can be deciphered by relative expression levels and enzyme activities of the isoforms in the genome of FATB (2), KAS II (1) and SAD (3). An oil palm producing more oleic acid in proportion than pure E. oleifera is feasible

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Song, Jialin. "Architecture génétique des traits de croissance et de ramification du chêne." Thesis, Paris, AgroParisTech, 2017. http://www.theses.fr/2017AGPT0010.

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Abstract:

Le chêne est la plus importante essence d’arbre de la forêt française. Malheureusement les épicormiques peuvent réduire considérablement la qualité de son bois. Des projets successifs ont été menés pour comprendre l’effet de l’ontogénie et de la sylviculture sur la ramification épicormique. Les effets génétique et de l’environnement ont été rapportés dans la littérature, mais très peu de connaissances sur l’architecture génétique de la ramification du chêne et de la ramification épicormique en général sont disponibles. Ce dernier projet vise à combler ces lacunes en quantifiant le contrôle génétique de traits de croissance et de ramification. Il tire profit de données observées extérieurement sur les troncs ou bien obtenues par tomographie à rayon X, de la carte génétique du chêne maintenant construite et d’une famille de pleins frères installée dans deux dispositifs expérimentaux. L’objectif est d’analyser et localiser des loci de traits quantitatifs (QTL) de la croissance et de la ramification sur la carte génétique du chêne pédonculé, afin de contribuer à la caractérisation de l’architecture génétique des ramification séquentielle et épicormique chez le chêne. Des descendances de plein frère issues d’un croisement interspécifique de Quercus robur ont été plantées dans deux sites au nord-est (CH) et au sud-ouest (BR) de la France avec des environnements et interventions sylvicultures complètements différents. Dans un premier temps, des billons d’un mètre du site BR ont été scannés par tomographie à rayon X et des traits de ramification ont été déduits de l’interprétation des images pour faire l’objet d’une analyse QTL. Dans un second temps, une analyse QTL a été menée sur des traits de ramification observés à l’extérieur sur des arbres des deux sites. La stabilité des QTL détectés dans les deux environnements a été évaluée. A la fin, nous avons abordé l’impact de la croissance sur la ramification via les QTLs détectés. Les analyses QTL ont révélé un contrôle génétique modéré sur la production des bourgeons latents. L’interaction entre les QTLs et les sites a été mise en évidence principalement en ce qui concerne le développement de la branchaison épicormique. Un contrôle génétique indépendant est suggéré pour la production des branches séquentielles. Plusieurs « hot-spots » de QTL ont été identifiés sur la carte génétique du chêne concernant les traits liés aux épicormiques et à la croissance. Nous faisons également l’hypothèse qu’une partie des contrôles génétiques que ces régions assurent sont liés à l’initiation du méristème axillaire et par ailleurs que certains contrôles génétiques de la ramification épicormique pourraient être impliqués dans le contrôle de la croissance. Nos résultats montrent que le contrôle génétique de la ramification épicormique est modéré et que l’effet de l’environnement intervient surtout dans le devenir des bourgeons latents en interaction avec l’effet génétique. Comme le génome du chêne a été séquencé récemment, des analyses bio-informatiques sont en cours pour tester si des gènes candidats liés aux phytohormones interviendraient sur les mécanismes génétiques dans ces régions génomiques identifiées comme liées aux traits de la ramification du chêne
Epicormics may seriously impair the wood quality of oaks which are the most important hardwoods in French forestry. Successive projects have been carried out to understand the ontogenic and silviculture effects on sequential and epicormic branching. Effects of environment and genetics have been reported in the literature, but the knowledge about the genetic architecture of branching on oak and on epicormics in general is still limited. This last project quantifies this genetic architecture on growth, branching and especially epicormics traits. It takes advantage of observations from computed tomography (CT) or externally recorded, the genetic map of oak being built and a full-sib progeny installed in two experimental designs. The aim was to analyze and localize the Quantitative Trait Locus (QTLs) of the growth and branching traits on the genetic map of pedunculate oak, in order to contribute to characterize the genetic architecture of the sequential and epicormic branching on oak. A full-sibs offspring from an interspecific crossing of Quercus robur was planted at two sites in north-eastern France (CH) and south-western France (BR) with quite different environments and silvicultural intervention. In a first study, 1m-long logs from BR were scanned by CT; wood quality and branching traits were deduced on which a QTL analysis was performed. In a second study, QTL analysis was performed with traits deduced from external observation made on standing trees at the two sites. The QTL stability in two sites was evaluated. Finally, we questioned the impact of the tree growth on the branching through the QTLs detected. The QTL analysis revealed a moderate genetic control for latent bud production mainly. The interaction between the QTLs and the sites was highlighted especially concerning the development of epicormic branches. An independent genetic control was assumed for the sequential branches. Several “hot-spots” were identified on the genetic map of oak for the epicormic and growth traits. We suggest that some genetic controls of these regions are related to the axillary meristem initiation and that some genetic controls of the epicormic branching are probably involved also in the control of the tree growth. These results showed that the genetic control of epicormic branching is moderate and that the environment effect is likely involved more in the fate of these latent buds in interaction with the genetic effect. Since the oak genome was recently sequenced, a bioinformatics analysis is being performed on these regions for testing whether the candidate genes involved in plant hormones could explain the genetic mechanisms underlying these genomic regions related to the epicormic branching traits of the oak

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Tamisier, Lucie. "Adaptation des populations virales aux résistances variétales et exploitation des ressources génétiques des plantes pour contrôler cette adaptation." Thesis, Avignon, 2017. http://www.theses.fr/2017AVIG0696/document.

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Abstract:

L’utilisation de variétés de plantes porteuses de gènes majeurs de résistance a longtemps été une solution privilégiée pour lutter contre les maladies des plantes. Cependant, la capacité des agents pathogènes à s’adapter à ces variétés après seulement quelques années de culture rend nécessaire la recherche de résistances à la fois efficaces et durables. Les objectifs de cette thèse étaient (i) d’identifier chez la plante des régions génomiques contraignant l’évolution des agents pathogènes en induisant des effets de dérive génétique et (ii) d’étudier l’impact des forces évolutives induites par la plante sur la capacité d’adaptation des pathogènes aux résistances variétales, l’ambition étant par la suite d’employer au mieux ces forces pour limiter l’évolution des pathogènes. Le pathosystème piment (Capsicum annuum) – PVY (Potato virus Y) a été principalement utilisé pour mener ces travaux de recherche. Afin de répondre au premier objectif, une cartographie de QTL (quantitative trait loci) sur une population biparentale de piment et une étude de génétique d’association sur une core-collection de piments ont été réalisées. Ces deux approches ont permis de mettre en évidence des régions génomiques sur les chromosomes 6, 7 et 12 impliquées dans le contrôle de la taille efficace des populations virales lors de l’étape d’inoculation du virus dans la plante. Certains de ces QTL ont montré une action vis-à-vis du PVY et du CMV (Cucumber mosaic virus) tandis que d’autres se sont révélés être spécifiques d’une seule espèce virale. Par ailleurs,le QTL détecté sur le chromosome 6 co-localise avec un QTL précédemment identifié comme contrôlant l’accumulation virale et interagissant avec un QTL affectant la fréquence de contournement d’un gène majeur de résistance. Pour répondre au second objectif, une analyse de la corrélation entre l’intensité des forces évolutives induites par la plante et une estimation expérimentale de la durabilité du gène majeur a été réalisée. De l’évolution expérimentale de populations de PVY sur des plantes induisant des effets de dérive génétique, de sélection et d’accumulation virale contrastés a également été effectuée. Ces deux études ont démontré qu’une plante induisant une forte dérive génétique associée à une réduction de l’accumulation virale permettait de contraindre l’évolution des populations virales, voire d’entraîner leur extinction. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour le déploiement de déterminants génétiques de la plante qui influenceraient directement le potentiel évolutif du pathogène et permettraient de préserver la durabilité des gènes majeurs de résistance
Plants carrying major resistance genes have been widely used to fight against diseases. However, the pathogensability to overcome the resistance after a few years of usage requires the search for efficient and durable resistances.The objectives of this thesis were (i) to identify plant genomic regions limiting pathogen evolution by inducinggenetic drift effects and (ii) to study the impact of the evolutionary forces imposed by the plant on the pathogenability to adapt to resistance, the goal being to further use these forces to limit pathogen evolution. The pepper(Capsicum annuum) – PVY (Potato virus Y) pathosystem has been mainly used to conduct these researches.Regarding the first objective, quantitative trait loci (QTL) were mapped on a biparental pepper population andthrough genome-wide association on a pepper core-collection. These approaches have allowed the detection ofgenomic regions on chromosomes 6, 7 and 12 controlling viral effective population size during the inoculationstep. Some of these QTLs were common to PVY and CMV (Cucumber mosaic virus) while other were virusspecific.Moreover, the QTL detected on chromosome 6 colocalizes with a previously identified QTL controllingPVY accumulation and interacting with a QTL affecting the breakdown frequency of a major resistance gene.Regarding the second objective, a correlation analysis between the evolutionary forces imposed by the plant andan experimental estimation of the durability of a major resistance gene has been done. Experimental evolution ofPVY populations on plants contrasted for the levels of genetic drift, selection and virus accumulation they imposedhas also been performed. Both studies demonstrated that a plant inducing a strong genetic drift combined to areduction in virus accumulation limits virus evolution and could even lead to the extinction of the virus population.These results open new perspectives to deploy plant genetic factors directly controlling pathogen evolutionarypotential and could help to preserve the durability of major resistance genes

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Guillaume, François. "Intégration de l'information moléculaire dans l'évaluation génétique." Phd thesis, AgroParisTech, 2009. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00574562.

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Abstract:

L'évaluation génétique de reproducteurs dans les espèces d'intérêt agronomique repose depuis des années sur un modèle polygénique. Ce modèle utilise exclusivement l'information des généalogies et des phénotypes. La disponibilité de marqueurs moléculaires permettant de suivre les gènes influençant les performances, a ouvert la voie à une amélioration des évaluations. Différents modèles d'intégration de l'information moléculaire sont décrits dans la littérature, s'adaptant à l'état des connaissances et aux informations moléculaires disponibles. Ainsi, les gènes peuvent être parfaitement identifiés et l'effet de leurs allèles connu ; plus fréquemment, les gènes ne sont pas identifiés mais localisés dans une région chromosomique dite QTL, grossièrement ou finement. Une évaluation des reproducteurs intégrant des informations moléculaires a été mise en place en 2001 pour l'ensemble des trois principales races bovines laitières françaises et cette thèse présente d'abord un premier bilan de la qualité de ces évaluations, à partir de travaux de simulation et de données réelles. Ce travail présente dans un second temps les résultats obtenus dans le cadre d'un projet de cartographie fine de QTL à l'aide de marqueurs SNP à haut débit. La meilleure localisation des QTL et leur meilleur suivi permettant une évolution des modèles d'évaluation, les gains de fiabilité ainsi permis sont présentés dans une troisième partie avant de conclure sur les répercussions de ces nouvelles technologies en sélection.

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Dissertations / Theses on the topic 'Locus à caractère quantitatif (QTL)'

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