Academic literature on the topic 'Maladies à virus – Épidémiologie'

Le virus de l'immunodeficience feline (vif) est un lentivirus induisant une immunosuppression letale chez le chat domestique (felis catus). Le mode de transmission du vif le plus probable est la morsure, infligee lors de combats. La dynamique du vif au sein de populations de chats est etudiee par un modele mathematique deterministe. Ce modele montre que lorsque le virus est introduit dans une population, il s'y developpe et s'y maintient toujours. L'infection ne mene ni a l'extinction des individus sensibles, ni a celle de la population totale, mais a un etat d'equilibre stable des effectifs d'individus sensibles et infectes. Les proportions des effectifs d'individus des differentes classes pathologiques dependent des parametres specifiques de la population considerees. Le modele montre egalement que lorsque la population atteint l'equilibre, la reduction de son effectif est faible. Enfin, le taux de transmission, estime a partir du modele, est toujours faible, et differe selon les caracteristiques de la population consideree. La modelisation simultanee de la dynamique du vif et de celle du virus de la leucose feline montre que deux situations sont possibles: la persistance des deux maladies dans la population, ou celle du vif seul. Ces deux situations se font egalement sous la forme d'equilibres stables. L'etude epidemiologique de quatre populations naturelles de chats domestiques vivant dans des environnements contrastes a egalement ete entreprise. Il s'agit de trois populations rurales comprenant approximativement 60, 250 et 300 chats etudiees pendant une periode de quatre ans, et d'une population urbaine de 35 a 75 chats, etudiee pendant trois ans. Des echantillons sanguins ont ete preleves sur des chats captures au moins une fois par an dans chaque population. Des analyses statistiques ont ete menees sur ces resultats serologiques afin d'etudier la dynamique et la circulation de l'infection par le vif dans ces populations (chi-deux et test de tendance, test t, tests non parametriques, analyse multiple des correspondances, regressions logistiques,. . . ). Ces etudes nous ont permis de valider les resultats theoriques obtenus grace au modele mathematique, et montrent que le vif est toujours present dans les quatre populations, avec des taux de prevalence stables, de l'ordre de 10%. Les principaux facteurs de risque sont le sexe, le poids, l'age, les habitudes de vagabondage et le rang hierarchique: les males adultes vagabonds les plus lourds et de rang hierarchique eleve sont les plus a meme d'etre infectes. Ceci est principalement du au mode d'infection par morsure du virus. De ce fait, la probabilite d'infection des individus depend de leur probabilite de mener des combats, et donc de leur statut social. Pour les memes raisons, le taux de prevalence depend des caracteristiques sociales de la population. Le modele mathematique et les resultats des etudes epidemiologiques, en plus des donnees de la litterature, montrent qu'actuellement le vif a un impact faible sur les populations de chats domestiques

Le virus de l’artérite virale équine (EAV) est l’agent pathogène responsable de l’artérite virale équine, une maladie observée uniquement chez les équidés. Au cours d’infections naturelles, l’EAV peut entraîner des avortements et des infections chroniques asymptomatiques chez les étalons. Les étalons porteurs chroniques représentent le réservoir naturel du virus et favorisent la persistance et l’émergence de nouveaux variants potentiellement virulents. Les virus sont excrétés dans le sperme, parfois tout au long de la vie de l’étalon. Une méthode de détection des ARN de l’EAV par rRT-PCR dans le sperme des étalons a été optimisée. Elle a présenté une sensibilité de détection supérieure à la technique de référence d’isolement viral par culture cellulaire (méthode OIE : Office International des Epizooties). La caractérisation moléculaire des souches d’EAV a montré que l’épizootie d’AVE, survenue en France durant l’été 2007, trouvait son origine chez un étalon porteur chronique. Cette étude a mis en évidence une distribution en quasi-espèces de l’EAV chez cet étalon et l’émergence d’un variant pathogène qui a par la suite été transmis lors de l’insémination artificielle d’une jument. L’impact virologique et hormonal d’un vaccin anti-GnRH correspondant à un traitement de type "castration chimique" a également été évalué chez des étalons porteurs chroniques. Ce traitement a permis l’élimination du virus chez la totalité des étalons vaccinés. Cette dernière étude offre des perspectives encourageantes pour le traitement des étalons<br>Equine arteritis virus (EAV) is the causative agent of equine viral arteritis, a disease of equids. During natural outbreaks of the disease, EAV may cause abortion and persistent subclinical infection in stallions. Persistently infected stallions represent the natural reservoir of the virus, ensuring its persistence and making possible the emergence of new pathogenic variants. Stallions shed the virus in the semen for years, or even lifetime. The method for EAV nucleic acids detection by rRT-PCR in equine semen has been optimised. RRT-PCR showed higher sensitivity for EAV diagnosis than virus isolation, which is currently the OIE-approved gold standard for EAV detection in semen. The origin of the 2007 French EAV outbreak was determined by molecular analyses and revealed a persistently infected stallion being the source of the outbreak. Viral population carried by this stallion revealed a quasi-species organisation, with emergence of a new pathogenic variant lately transmitted to a mare via artificial insemination. The virological and hormonal impact of an anti-GnRH vaccine has also been evaluated on persistently EAV-infected stallions. This treatment induced a virus clearance in all vaccinated stallions. This study then suggests potentially promising perspectives for stallion treatments

The research conducted in the present work on beet polerovirus variability (Beet mild yellowing virus et Beet chlorosis virus) had four major objectives: 1° an epidemiological survey which aimed to identify beet polerovirus species occurring in Poland and evaluate their distribution in France allowed us to identify BChV for the first time in Polish sugar beet fields and to detect increasing cases of co-infections between BMYV and BChV in France. Furthermore, samples of red beets and weeds growing adjacent to sugar beet fields were collected and beet poleroviruses were detected respectively in 14 out of 158 samples and in 20 out of 99 samples; 2° the molecular characterization of some Polish isolates as compared with French ones and a phylogenetic analysis have shown that beet poleroviruses population contain recombinants between BChV and BMYV in the CP gene; 3° the aphid transmission experiments of some selected isolates of BChV and BMYV using four species have shown that they are efficiently transmitted by Myzus persicae and by Macrosiphum euphorbiae but no transmitted by Aphis fabae nor Myzus ascalonicus. Furthermore, some variability of transmission of BChV isolates by two clones of M. Euphorbiae was observed ; 4° the variability tests on P0 protein in relation to the gene silencing suppressor function have demonstrated that the P0 proteins of most of BMYV isolates display this function except two of them, and that all tested P0 of BChV isolates display no anti-PTGS activity<br>Ce travail de thèse sur la variabilité des polérovirus de la betterave (Beet mild yellowing virus et Beet chlorosis virus) avait quatre objectifs scientifiques : 1° une étude épidémiologique comparée de la jaunisse modérée de la betterave en France et en Pologne dont les résultats ont montré pour la première fois la présence du BChV en Pologne et confirmé la progression du BChV en France, ainsi que la fréquence croissante de co-infections BChV-BMYV. Lors de cette étude, des échantillons de betterave rouge, ainsi que d’adventices, ont également été trouvés infectés par des polérovirus de la betterave dans respectivement 14 sur 158 et 20 sur 99 plantes ; 2° une caractérisation moléculair des isolats polonais en comparaison avec des isolats français, suivie d’une analyse phylogénétique qui a permis d’identifier des isolats recombinants de BChV, chez lesquels la séquence de la CP était reliée phylogénétiquement à celle du BMYV; 3° une analyse de la spécificité de transmission de différents isolats du BChV et du BMYV par quatre espèces aphidiennes qui a révélé un fort taux de transmission par Myzus persicae et Macrosiphum euphorbiae et une absence de transmission par Aphis fabae et Myzus ascalonicus. De plus, une variabilité d’efficacité de transmission parmi les isolats du BChV a été obtenue avec deux clones de M. Euphorbiae ; 4° une évaluation du degré de la suppression du PTGS (post-transcriptional gene silencing) qui a montré que la protéine P0 du BMYV est un suppresseur de PTGS très efficace hors de son contexte viral. Par contre, dans les mêmes conditions expérimentales, la P0 du BChV n’a montré aucun effet de suppression du RNA silencing. De plus, pour deux isolats du BMYV, la P0 n’a pas induit de suppression du silencing

Une rt-pcr nichee localisee sur le gene de la nucleocaproteine (n) a ete mise au point pour detecter le virus respiratoire syncytial bovin (vrsb). Lors d'une etude terrain, cet outil est apparu plus sensible que les techniques conventionnelles (detection d'antigenes, culture). Lors d'infections experimentales de veaux immunocompetents, l'arn viral a pu etre detecte jusqu'a 13 jours apres l'apparition des symptomes alors que le vrsb n'etait isole que pendant les 5 premiers jours. Cette rt-pcr nichee a permis de demontrer que le vrsb persistait dans les nuds lymphatiques (nl) pulmonaires apres infection. Le vrsb a ete recherche entre 18 et 71 jours post inoculation dans de nombreux tissus nerveux et lymphoides. Des arn viraux genomique (n) et messagers (m) codant pour n, la glycoproteine g (g), et la proteine de fusion f (f), ont ete detectes de facon constante et jusqu'a j71 a partir des nl tracheobronchiques et mediastinaux. Les resultats obtenus par coculture entre les cellules des nl et des cellules epitheliales de cornets nasaux bovins suggerent que le virus se trouvait sous forme de particule infectieuse. L'expression des proteines f et g, a ete demontree dans les nl par immunomarquage. Les etudes morphologiques et immunocytochimiques suggerent que le vrsb persiste dans les lymphocytes b et dans quelques macrophages. La diversite et l'evolution du vrsb ont ete evaluees a partir de 54 souches europeennes ou nord americain et comparees aux sequences de 33 souches recensees dans les banques de donnees, sur des segments de n, f ou g. Cette etude demontre une evolution continue et simultanee du vrsb sur les segments etudies de n, g et f depuis 1967. De plus une forte pression de selection a pu etre mise en evidence sur un segment de g. A partir d'isolats francais recents, des mutations ont ete detectees dans une zone immunodominante, la region centrale hydrophobe de l'ectodomaine qui entraineraient la disparition de 2 ponts disulfures et d'une helice.

La relation entre une population de parasites et une population d'hotes ne depend pas uniquement des especes en cause. On cherche ici l'influence respective de la population hote et de la transmission parasitaire sur la dynamique de cinq infections virales du chat domestique (felis catus). L'interet des populations de chats est que leurs structures spatiale, sociale et genetique varient en fonction du milieu. Les cinq virus etudies sont le virus d'immunodeficience feline vif, le virus leucemogene felin vlf, l'herpesvirus felin hvf, le calicivirus felin cvf et le parvovirus felin pvf. Leur dynamique est etudiee pendant deux a six annees de suivi dans cinq populations. L'analyse des donnees fait appel a des methodes ecologiques et epidemiologiques. La dynamique du vlf est approfondie par la construction de plusieurs modeles compartimentaux. Le pvf, qui a essentiellement une transmission indirecte, est influence par la densite des chats. La circulation des autres virus depend de la structure sociale : l'effectif du groupe social (vlf, hvf) et l'existence de relations amicales (vlf) ou agressives (vif) frequentes. Le vlf a egalement une persistance inconstante. L'etude sur le terrain et la modelisation suggerent que l'extinction de cette infection est liee a la fragmentation spatiale et a la dynamique de la population. Ces resultats montrent que la dynamique et la structure spatiale et sociale de la population hote constituent des barrieres a la transmission parasitaire, dont l'efficacite varie selon les parasites. En consequence les virus peuvent influencer certains aspects de la socialite du chat : la repartition spatiale (pvf), l'effectif du groupe social (vlf, hvf) et l'existence de relations amicales ou agressives (vif, vlf). Ces resultats doivent etre appliques a la gestion des populations naturelles. La gestion des problemes parasitaires ne peut pas suivre un modele general mais doit prendre en compte les modalites de transmission des parasites en cause.

Nous avons cherché à mieux comprendre la situation épidémiologique du virus West Nile (VWN) en Tunisie. Nous avons tout d'abord produit une carte du risque de transmission du VWN aux équidés montrant un risque élevé dans de nombreuses régions, dépendant de facteurs environnementaux : zones humides et climat favorables aux populations d'oiseaux sauvages et de moustiques. Le taux élevé de séroprévalence observé chez les équidés est compatible avec l'hypothèse d'une circulation endémique du VWN sans exclure la possibilité d'introductions répétées.Une étude complémentaire a démontré l'exposition des oiseaux domestiques, péri-domestiques et sauvages au VWN et a permis d'établir un premier inventaire des espèces d'oiseaux les plus exposées, pouvant servir de base à un système de surveillance de l'avifaune sauvage en Tunisie.Le suivi sérologique mensuel de poules sentinelles a permis de détecter la circulation du virus en fin de saison chaude (septembre, octobre) à proximité de zones humides pendant une période de forte activité des moustiques et d‘abondance des oiseaux sauvages. L'occurrence simultanée de cas humains de fièvre West Nile (FWN) laisse penser qu'un système de poules sentinelles serait utile pour une alerte précoce de recrudescence de l'activité du VWN.A l'issue de ce travail, nous proposons des pistes pour un système de surveillance multidisciplinaire de la FWN, adapté au contexte tunisien, et devant permettre la détection précoce de toute circulation virale<br>Our investigations aimed at clarifying some aspects of the West Nile virus (WNV) epidemiological situation in Tunisia, and in particular at identifying areas at high risk of WNV circulation. A major achievement was the establishment of a risk map for the transmission of WNF in horses. This map shows that the risk of transmission strongly depends on environmental factors: increased risk associated to wetlands proximity and climatic factors favourable to wild birds and mosquitoes. The high seroprevalence observed in horses is compatible with an endemic circulation of WNV without excluding the possibility of repeated introductions.Another study in birds showed the exposure of domestic, wild resident and migratory birds to WNV, and helped establishing an initial inventory of bird species most exposed to WNV. These studies can serve as a basis for a monitoring system of wild birds in Tunisia.A system of monthly follow-up of sentinel chickens detected virus circulation at the end of the hot season (September, October), near wetlands and during a period of high mosquito activity, and abundance of wild birds. The simultaneous occurrence of human cases of WNF brought us to suggest that active surveillance in sentinel chickens would be useful for early warning of increased activity of WNV. This work allows us to propose trails for a WNV multidisciplinary monitoring system adapted to the Tunisian situation, enabling early detection of viral circulation

Les moustiques du genre Aedes, en particulier Ae. aegypti et Ae. albopictus, ont connu une augmentation considérable de leurs densités de population et de leurs distributions géographiques au cours des dernières décennies, en lien avec l’urbanisation croissante et l’augmentation des échanges internationaux. Parallèlement, nous avons observé une résurgence des maladies transmises par ces vecteurs, avec notamment les émergences récentes du chikungunya à partir de 2005 et du Zika à partir de 2007. Des maladies plus anciennes comme la dengue ou la fièvre jaune ont aussi causé des épidémies de taille inhabituelle en Afrique et en Amérique du sud. Dans ce contexte, un premier objectif de ce travail a été de montrer que des maladies différentes mais présentant un certain nombre de similitudes (transmission par les même vecteurs, circulation dans les même territoires dans les mêmes populations), avaient des dynamiques épidémiques semblables. Nous avons analysé conjointement dix-huit épidémies successives de Zika et de chikungunya dans neuf îles de Polynésie française et des Antilles françaises en estimant séparément les effets du virus, du territoire et des conditions météorologiques. Nous avons montré que le Zika et le chikungunya ont des niveaux de transmissibilité similaires quand ils circulent dans le même territoire (ratio de transmission 1,04 [intervalle de crédibilité à 95\%: 0.97-1.13]) mais que les taux de détection étaient plus faibles pour le Zika (odds-ratio 0,37 [IC95%: 0,34-0,40]). Des fortes précipitations étaient associées à une baisse de transmission deux semaines plus tard, puis à une augmentation renouvelée après un délai de quatre à six semaines. Après la prise en compte de ces facteurs, une hétérogénéité persistait entre les différentes îles, soulignant l'importance de caractéristiques spécifiques aux populations et aux territoires touchés. Ces résultats, en quantifiant les relations entre maladies différentes, suggèrent qu'il est possible de prévoir l'évolution d'une épidémie dans un territoire donné en utilisant des informations sur d'autres épidémies transmises par le même vecteur par le passé. Dans un second travail, nous avons examiné cette hypothèse, l'appliquant rétrospectivement aux émergences de Zika dans trois îles des Antilles françaises. Les résultats indiquent qu'en situation d’émergence épidémique de Zika, l’utilisation de données historiques concernant des épidémies antérieures de chikungunya dans les mêmes territoires permet d’améliorer considérablement la fiabilité des prédictions réalisées à un stade précoce. Cette approche, basée sur des modèles épidémiques hiérarchiques et sur l'utilisation de distributions a priori informatives, pourrait dans certaines situations améliorer l'état de préparation des systèmes sanitaires faisant face à une nouvelle émergence<br>Two mosquito species belonging to the Aedes genus, Ae. aegypti and Ae. albopictus, have experienced in the last few decades a steep increase in population density and geographical range, in relation with the growth of urbanization and international trade. At the same time, we have observed a resurgence of diseases transmitted by these vectors, with in particular the recent emergence of chikungunya since 2005 and Zika since 2007. Known diseases such as dengue or yellow fever have also caused unusual epidemics in Africa and South America. In this context, a first objective of this work was to show that different diseases presenting a number of similarities (transmission by the same vectors, circulation in the same populations of the same territories), were associated with similar epidemic dynamics. We jointly analysed eighteen successive outbreaks of Zika and chikungunya in nine islands of French Polynesia and the French Antilles, disentangling the respective effects of the virus, territory and weather conditions. We showed that Zika and chikungunya have similar transmissibility levels when circulating in the same territory (transmission ratio 1.04 [95% credibility interval: 0.97-1.13]) but that reporting rates were lower for Zika (odds-ratio 0.37 [95\% CI: 0.34-0.40]). Heavy precipitation was associated with a decrease in transmission two weeks later, then a renewed increase after a delay of four to six weeks. After taking these factors into account, heterogeneity persisted between the different islands, highlighting the importance of specific characteristics of the affected populations and territories. By quantifying the relationships between different diseases, these results suggest that it is possible to forecast the evolution of an epidemic in a given territory by using information from other epidemics transmitted by the same vector in the past. In a second work, we tested this hypothesis, applying it retrospectively to the emergence of Zika in three islands of the French West Indies. The results indicate that, during a Zika outbreak, the use of historical data on previous chikungunya outbreaks in the same territories significantly improves the reliability of forecasts made at an early stage. This approach, based on hierarchical epidemic models and the use of informative prior distributions, could in some situations improve the preparedness of health systems facing a new emergence