Dissertations / Theses: 'Maladies à virus – Épidémiologie'

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Tentchev, Diana. "Le virus des ailes déformées chez l'abeille domestique Apis mellifera L. Et chez son ectoparasite Varroa destructor." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20199.

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Pothier, Pierre. "Caractérisation de déterminants antigéniques de virus animaux : application à l'épidémiologie et au diagnostic." Dijon, 1987. http://www.theses.fr/1987DIJOS017.

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Courchamp, Franck. "Etude de l'épidémiologie du virus de l'immunodéficience féline dans les populations de chats domestiques (Felis catus)." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10086.

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Abstract:

Le virus de l'immunodeficience feline (vif) est un lentivirus induisant une immunosuppression letale chez le chat domestique (felis catus). Le mode de transmission du vif le plus probable est la morsure, infligee lors de combats. La dynamique du vif au sein de populations de chats est etudiee par un modele mathematique deterministe. Ce modele montre que lorsque le virus est introduit dans une population, il s'y developpe et s'y maintient toujours. L'infection ne mene ni a l'extinction des individus sensibles, ni a celle de la population totale, mais a un etat d'equilibre stable des effectifs d'individus sensibles et infectes. Les proportions des effectifs d'individus des differentes classes pathologiques dependent des parametres specifiques de la population considerees. Le modele montre egalement que lorsque la population atteint l'equilibre, la reduction de son effectif est faible. Enfin, le taux de transmission, estime a partir du modele, est toujours faible, et differe selon les caracteristiques de la population consideree. La modelisation simultanee de la dynamique du vif et de celle du virus de la leucose feline montre que deux situations sont possibles: la persistance des deux maladies dans la population, ou celle du vif seul. Ces deux situations se font egalement sous la forme d'equilibres stables. L'etude epidemiologique de quatre populations naturelles de chats domestiques vivant dans des environnements contrastes a egalement ete entreprise. Il s'agit de trois populations rurales comprenant approximativement 60, 250 et 300 chats etudiees pendant une periode de quatre ans, et d'une population urbaine de 35 a 75 chats, etudiee pendant trois ans. Des echantillons sanguins ont ete preleves sur des chats captures au moins une fois par an dans chaque population. Des analyses statistiques ont ete menees sur ces resultats serologiques afin d'etudier la dynamique et la circulation de l'infection par le vif dans ces populations (chi-deux et test de tendance, test t, tests non parametriques, analyse multiple des correspondances, regressions logistiques,. . . ). Ces etudes nous ont permis de valider les resultats theoriques obtenus grace au modele mathematique, et montrent que le vif est toujours present dans les quatre populations, avec des taux de prevalence stables, de l'ordre de 10%. Les principaux facteurs de risque sont le sexe, le poids, l'age, les habitudes de vagabondage et le rang hierarchique: les males adultes vagabonds les plus lourds et de rang hierarchique eleve sont les plus a meme d'etre infectes. Ceci est principalement du au mode d'infection par morsure du virus. De ce fait, la probabilite d'infection des individus depend de leur probabilite de mener des combats, et donc de leur statut social. Pour les memes raisons, le taux de prevalence depend des caracteristiques sociales de la population. Le modele mathematique et les resultats des etudes epidemiologiques, en plus des donnees de la litterature, montrent qu'actuellement le vif a un impact faible sur les populations de chats domestiques

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Lacoste, Vincent. "Herpèsvirus humain 8 (HHV8) : clonalité des maladies associées, épidémiologie moléculaire et virus de grands singes africains apparentés." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077213.

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Miszczak, Fabien. "Artérite virale équine : détection moléculaire, épidémiologie, émergence et impact virologique d'une vaccination anti-GnRH." Caen, 2012. http://www.theses.fr/2012CAEN3003.

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Abstract:

Le virus de l’artérite virale équine (EAV) est l’agent pathogène responsable de l’artérite virale équine, une maladie observée uniquement chez les équidés. Au cours d’infections naturelles, l’EAV peut entraîner des avortements et des infections chroniques asymptomatiques chez les étalons. Les étalons porteurs chroniques représentent le réservoir naturel du virus et favorisent la persistance et l’émergence de nouveaux variants potentiellement virulents. Les virus sont excrétés dans le sperme, parfois tout au long de la vie de l’étalon. Une méthode de détection des ARN de l’EAV par rRT-PCR dans le sperme des étalons a été optimisée. Elle a présenté une sensibilité de détection supérieure à la technique de référence d’isolement viral par culture cellulaire (méthode OIE : Office International des Epizooties). La caractérisation moléculaire des souches d’EAV a montré que l’épizootie d’AVE, survenue en France durant l’été 2007, trouvait son origine chez un étalon porteur chronique. Cette étude a mis en évidence une distribution en quasi-espèces de l’EAV chez cet étalon et l’émergence d’un variant pathogène qui a par la suite été transmis lors de l’insémination artificielle d’une jument. L’impact virologique et hormonal d’un vaccin anti-GnRH correspondant à un traitement de type "castration chimique" a également été évalué chez des étalons porteurs chroniques. Ce traitement a permis l’élimination du virus chez la totalité des étalons vaccinés. Cette dernière étude offre des perspectives encourageantes pour le traitement des étalons
Equine arteritis virus (EAV) is the causative agent of equine viral arteritis, a disease of equids. During natural outbreaks of the disease, EAV may cause abortion and persistent subclinical infection in stallions. Persistently infected stallions represent the natural reservoir of the virus, ensuring its persistence and making possible the emergence of new pathogenic variants. Stallions shed the virus in the semen for years, or even lifetime. The method for EAV nucleic acids detection by rRT-PCR in equine semen has been optimised. RRT-PCR showed higher sensitivity for EAV diagnosis than virus isolation, which is currently the OIE-approved gold standard for EAV detection in semen. The origin of the 2007 French EAV outbreak was determined by molecular analyses and revealed a persistently infected stallion being the source of the outbreak. Viral population carried by this stallion revealed a quasi-species organisation, with emergence of a new pathogenic variant lately transmitted to a mare via artificial insemination. The virological and hormonal impact of an anti-GnRH vaccine has also been evaluated on persistently EAV-infected stallions. This treatment induced a virus clearance in all vaccinated stallions. This study then suggests potentially promising perspectives for stallion treatments

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Kozlowska-Makulska, Anna. "Variabilité biologique et moléculaire des polérovirus responsables de la jaunisse modérée de la betterave sucrière en Pologne et en France." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2008/KOZLOWSKA-MAKULSKA_Anna_2008.pdf.

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Abstract:

The research conducted in the present work on beet polerovirus variability (Beet mild yellowing virus et Beet chlorosis virus) had four major objectives: 1° an epidemiological survey which aimed to identify beet polerovirus species occurring in Poland and evaluate their distribution in France allowed us to identify BChV for the first time in Polish sugar beet fields and to detect increasing cases of co-infections between BMYV and BChV in France. Furthermore, samples of red beets and weeds growing adjacent to sugar beet fields were collected and beet poleroviruses were detected respectively in 14 out of 158 samples and in 20 out of 99 samples; 2° the molecular characterization of some Polish isolates as compared with French ones and a phylogenetic analysis have shown that beet poleroviruses population contain recombinants between BChV and BMYV in the CP gene; 3° the aphid transmission experiments of some selected isolates of BChV and BMYV using four species have shown that they are efficiently transmitted by Myzus persicae and by Macrosiphum euphorbiae but no transmitted by Aphis fabae nor Myzus ascalonicus. Furthermore, some variability of transmission of BChV isolates by two clones of M. Euphorbiae was observed ; 4° the variability tests on P0 protein in relation to the gene silencing suppressor function have demonstrated that the P0 proteins of most of BMYV isolates display this function except two of them, and that all tested P0 of BChV isolates display no anti-PTGS activity
Ce travail de thèse sur la variabilité des polérovirus de la betterave (Beet mild yellowing virus et Beet chlorosis virus) avait quatre objectifs scientifiques : 1° une étude épidémiologique comparée de la jaunisse modérée de la betterave en France et en Pologne dont les résultats ont montré pour la première fois la présence du BChV en Pologne et confirmé la progression du BChV en France, ainsi que la fréquence croissante de co-infections BChV-BMYV. Lors de cette étude, des échantillons de betterave rouge, ainsi que d’adventices, ont également été trouvés infectés par des polérovirus de la betterave dans respectivement 14 sur 158 et 20 sur 99 plantes ; 2° une caractérisation moléculair des isolats polonais en comparaison avec des isolats français, suivie d’une analyse phylogénétique qui a permis d’identifier des isolats recombinants de BChV, chez lesquels la séquence de la CP était reliée phylogénétiquement à celle du BMYV; 3° une analyse de la spécificité de transmission de différents isolats du BChV et du BMYV par quatre espèces aphidiennes qui a révélé un fort taux de transmission par Myzus persicae et Macrosiphum euphorbiae et une absence de transmission par Aphis fabae et Myzus ascalonicus. De plus, une variabilité d’efficacité de transmission parmi les isolats du BChV a été obtenue avec deux clones de M. Euphorbiae ; 4° une évaluation du degré de la suppression du PTGS (post-transcriptional gene silencing) qui a montré que la protéine P0 du BMYV est un suppresseur de PTGS très efficace hors de son contexte viral. Par contre, dans les mêmes conditions expérimentales, la P0 du BChV n’a montré aucun effet de suppression du RNA silencing. De plus, pour deux isolats du BMYV, la P0 n’a pas induit de suppression du silencing

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Valarcher, Jean-François. "Persistance in vivo et évolution génétique du virus respiratoire syncytial bovin." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10152.

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Abstract:

Une rt-pcr nichee localisee sur le gene de la nucleocaproteine (n) a ete mise au point pour detecter le virus respiratoire syncytial bovin (vrsb). Lors d'une etude terrain, cet outil est apparu plus sensible que les techniques conventionnelles (detection d'antigenes, culture). Lors d'infections experimentales de veaux immunocompetents, l'arn viral a pu etre detecte jusqu'a 13 jours apres l'apparition des symptomes alors que le vrsb n'etait isole que pendant les 5 premiers jours. Cette rt-pcr nichee a permis de demontrer que le vrsb persistait dans les nuds lymphatiques (nl) pulmonaires apres infection. Le vrsb a ete recherche entre 18 et 71 jours post inoculation dans de nombreux tissus nerveux et lymphoides. Des arn viraux genomique (n) et messagers (m) codant pour n, la glycoproteine g (g), et la proteine de fusion f (f), ont ete detectes de facon constante et jusqu'a j71 a partir des nl tracheobronchiques et mediastinaux. Les resultats obtenus par coculture entre les cellules des nl et des cellules epitheliales de cornets nasaux bovins suggerent que le virus se trouvait sous forme de particule infectieuse. L'expression des proteines f et g, a ete demontree dans les nl par immunomarquage. Les etudes morphologiques et immunocytochimiques suggerent que le vrsb persiste dans les lymphocytes b et dans quelques macrophages. La diversite et l'evolution du vrsb ont ete evaluees a partir de 54 souches europeennes ou nord americain et comparees aux sequences de 33 souches recensees dans les banques de donnees, sur des segments de n, f ou g. Cette etude demontre une evolution continue et simultanee du vrsb sur les segments etudies de n, g et f depuis 1967. De plus une forte pression de selection a pu etre mise en evidence sur un segment de g. A partir d'isolats francais recents, des mutations ont ete detectees dans une zone immunodominante, la region centrale hydrophobe de l'ectodomaine qui entraineraient la disparition de 2 ponts disulfures et d'une helice.

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Fromont, Emmanuelle. "Analyse comparative de la transmission de cinq virus dans des populations de chats domestiques (Felis catus L. )." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO10190.

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Abstract:

La relation entre une population de parasites et une population d'hotes ne depend pas uniquement des especes en cause. On cherche ici l'influence respective de la population hote et de la transmission parasitaire sur la dynamique de cinq infections virales du chat domestique (felis catus). L'interet des populations de chats est que leurs structures spatiale, sociale et genetique varient en fonction du milieu. Les cinq virus etudies sont le virus d'immunodeficience feline vif, le virus leucemogene felin vlf, l'herpesvirus felin hvf, le calicivirus felin cvf et le parvovirus felin pvf. Leur dynamique est etudiee pendant deux a six annees de suivi dans cinq populations. L'analyse des donnees fait appel a des methodes ecologiques et epidemiologiques. La dynamique du vlf est approfondie par la construction de plusieurs modeles compartimentaux. Le pvf, qui a essentiellement une transmission indirecte, est influence par la densite des chats. La circulation des autres virus depend de la structure sociale : l'effectif du groupe social (vlf, hvf) et l'existence de relations amicales (vlf) ou agressives (vif) frequentes. Le vlf a egalement une persistance inconstante. L'etude sur le terrain et la modelisation suggerent que l'extinction de cette infection est liee a la fragmentation spatiale et a la dynamique de la population. Ces resultats montrent que la dynamique et la structure spatiale et sociale de la population hote constituent des barrieres a la transmission parasitaire, dont l'efficacite varie selon les parasites. En consequence les virus peuvent influencer certains aspects de la socialite du chat : la repartition spatiale (pvf), l'effectif du groupe social (vlf, hvf) et l'existence de relations amicales ou agressives (vif, vlf). Ces resultats doivent etre appliques a la gestion des populations naturelles. La gestion des problemes parasitaires ne peut pas suivre un modele general mais doit prendre en compte les modalites de transmission des parasites en cause.

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Bergaoui, Ramzi. "Epidémiologie de la maladie de West Nile en Tunisie." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20055/document.

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Abstract:

Nous avons cherché à mieux comprendre la situation épidémiologique du virus West Nile (VWN) en Tunisie. Nous avons tout d'abord produit une carte du risque de transmission du VWN aux équidés montrant un risque élevé dans de nombreuses régions, dépendant de facteurs environnementaux : zones humides et climat favorables aux populations d'oiseaux sauvages et de moustiques. Le taux élevé de séroprévalence observé chez les équidés est compatible avec l'hypothèse d'une circulation endémique du VWN sans exclure la possibilité d'introductions répétées.Une étude complémentaire a démontré l'exposition des oiseaux domestiques, péri-domestiques et sauvages au VWN et a permis d'établir un premier inventaire des espèces d'oiseaux les plus exposées, pouvant servir de base à un système de surveillance de l'avifaune sauvage en Tunisie.Le suivi sérologique mensuel de poules sentinelles a permis de détecter la circulation du virus en fin de saison chaude (septembre, octobre) à proximité de zones humides pendant une période de forte activité des moustiques et d‘abondance des oiseaux sauvages. L'occurrence simultanée de cas humains de fièvre West Nile (FWN) laisse penser qu'un système de poules sentinelles serait utile pour une alerte précoce de recrudescence de l'activité du VWN.A l'issue de ce travail, nous proposons des pistes pour un système de surveillance multidisciplinaire de la FWN, adapté au contexte tunisien, et devant permettre la détection précoce de toute circulation virale
Our investigations aimed at clarifying some aspects of the West Nile virus (WNV) epidemiological situation in Tunisia, and in particular at identifying areas at high risk of WNV circulation. A major achievement was the establishment of a risk map for the transmission of WNF in horses. This map shows that the risk of transmission strongly depends on environmental factors: increased risk associated to wetlands proximity and climatic factors favourable to wild birds and mosquitoes. The high seroprevalence observed in horses is compatible with an endemic circulation of WNV without excluding the possibility of repeated introductions.Another study in birds showed the exposure of domestic, wild resident and migratory birds to WNV, and helped establishing an initial inventory of bird species most exposed to WNV. These studies can serve as a basis for a monitoring system of wild birds in Tunisia.A system of monthly follow-up of sentinel chickens detected virus circulation at the end of the hot season (September, October), near wetlands and during a period of high mosquito activity, and abundance of wild birds. The simultaneous occurrence of human cases of WNF brought us to suggest that active surveillance in sentinel chickens would be useful for early warning of increased activity of WNV. This work allows us to propose trails for a WNV multidisciplinary monitoring system adapted to the Tunisian situation, enabling early detection of viral circulation

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Riou, Julien. "Épidémiologie comparée et prédictive des épidémies de maladies transmises par les moustiques du genre Aedes : application aux virus Zika et chikungunya A comparative analysis of Chikungunya and Zika transmission of emerging Aedes-transmitted epidemics using historical data." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS356.

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Abstract:

Les moustiques du genre Aedes, en particulier Ae. aegypti et Ae. albopictus, ont connu une augmentation considérable de leurs densités de population et de leurs distributions géographiques au cours des dernières décennies, en lien avec l’urbanisation croissante et l’augmentation des échanges internationaux. Parallèlement, nous avons observé une résurgence des maladies transmises par ces vecteurs, avec notamment les émergences récentes du chikungunya à partir de 2005 et du Zika à partir de 2007. Des maladies plus anciennes comme la dengue ou la fièvre jaune ont aussi causé des épidémies de taille inhabituelle en Afrique et en Amérique du sud. Dans ce contexte, un premier objectif de ce travail a été de montrer que des maladies différentes mais présentant un certain nombre de similitudes (transmission par les même vecteurs, circulation dans les même territoires dans les mêmes populations), avaient des dynamiques épidémiques semblables. Nous avons analysé conjointement dix-huit épidémies successives de Zika et de chikungunya dans neuf îles de Polynésie française et des Antilles françaises en estimant séparément les effets du virus, du territoire et des conditions météorologiques. Nous avons montré que le Zika et le chikungunya ont des niveaux de transmissibilité similaires quand ils circulent dans le même territoire (ratio de transmission 1,04 [intervalle de crédibilité à 95\%: 0.97-1.13]) mais que les taux de détection étaient plus faibles pour le Zika (odds-ratio 0,37 [IC95%: 0,34-0,40]). Des fortes précipitations étaient associées à une baisse de transmission deux semaines plus tard, puis à une augmentation renouvelée après un délai de quatre à six semaines. Après la prise en compte de ces facteurs, une hétérogénéité persistait entre les différentes îles, soulignant l'importance de caractéristiques spécifiques aux populations et aux territoires touchés. Ces résultats, en quantifiant les relations entre maladies différentes, suggèrent qu'il est possible de prévoir l'évolution d'une épidémie dans un territoire donné en utilisant des informations sur d'autres épidémies transmises par le même vecteur par le passé. Dans un second travail, nous avons examiné cette hypothèse, l'appliquant rétrospectivement aux émergences de Zika dans trois îles des Antilles françaises. Les résultats indiquent qu'en situation d’émergence épidémique de Zika, l’utilisation de données historiques concernant des épidémies antérieures de chikungunya dans les mêmes territoires permet d’améliorer considérablement la fiabilité des prédictions réalisées à un stade précoce. Cette approche, basée sur des modèles épidémiques hiérarchiques et sur l'utilisation de distributions a priori informatives, pourrait dans certaines situations améliorer l'état de préparation des systèmes sanitaires faisant face à une nouvelle émergence
Two mosquito species belonging to the Aedes genus, Ae. aegypti and Ae. albopictus, have experienced in the last few decades a steep increase in population density and geographical range, in relation with the growth of urbanization and international trade. At the same time, we have observed a resurgence of diseases transmitted by these vectors, with in particular the recent emergence of chikungunya since 2005 and Zika since 2007. Known diseases such as dengue or yellow fever have also caused unusual epidemics in Africa and South America. In this context, a first objective of this work was to show that different diseases presenting a number of similarities (transmission by the same vectors, circulation in the same populations of the same territories), were associated with similar epidemic dynamics. We jointly analysed eighteen successive outbreaks of Zika and chikungunya in nine islands of French Polynesia and the French Antilles, disentangling the respective effects of the virus, territory and weather conditions. We showed that Zika and chikungunya have similar transmissibility levels when circulating in the same territory (transmission ratio 1.04 [95% credibility interval: 0.97-1.13]) but that reporting rates were lower for Zika (odds-ratio 0.37 [95\% CI: 0.34-0.40]). Heavy precipitation was associated with a decrease in transmission two weeks later, then a renewed increase after a delay of four to six weeks. After taking these factors into account, heterogeneity persisted between the different islands, highlighting the importance of specific characteristics of the affected populations and territories. By quantifying the relationships between different diseases, these results suggest that it is possible to forecast the evolution of an epidemic in a given territory by using information from other epidemics transmitted by the same vector in the past. In a second work, we tested this hypothesis, applying it retrospectively to the emergence of Zika in three islands of the French West Indies. The results indicate that, during a Zika outbreak, the use of historical data on previous chikungunya outbreaks in the same territories significantly improves the reliability of forecasts made at an early stage. This approach, based on hierarchical epidemic models and the use of informative prior distributions, could in some situations improve the preparedness of health systems facing a new emergence

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Kamla, Vivient Corneille. "Un modèle stochastique pour la propagation du VIH/SIDAUne approche individuelle-centrée." Pau, 2008. http://www.theses.fr/2008PAUU3017.

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Abstract:

Le but de cette thèse est de mettre en place un modèle informatique de simulation stochastique et individucentré qui simule la dynamique démo-épidémiologique du VIH/SIDA dans une population hétérosexuelle à régime matrimoniale polygamique incluant des prostituées et leurs clients. Chaque individu admet un certain nombre de propriétés qui donnent à tout instant des renseignements sur son comportement sexuel et son infectivité, sa fécondabilité ou qui permettent de l’identifier. Ce modèle se veut beaucoup plus réaliste que les modèles existants et intégre des paramètres démographiques et épidémiologiques qui peuvent avoir un effet sur la dynamique démo-épidémiologique. Son côté individu-centré donne la possibilité d’introduire de l’hétérogénéité sur chaque propriété individuelle et en plus facilite son extension. La durée de l’abstinence sexuelle et des liaisons de longue durée ont un faible effet sur la propagation de la maladie. La probabilité de transmission maximale à la fin de la séroconversion et le nombre mensuel de visites d’un client chez les prostituée ont un effet important sur la propagation. Le modèle montre par exemple que si chaque client visite en moyenne une prostituée par mois alors les taux de transmission sont insuffisants pour que l’épidémie soit généralisée. Si ce nombre passe à 2 visites par mois alors au moins 80% de prostituées, 40% de clients et 14% des adultes deviennent infectés. Avec une probabilité de transmission maximale égale à 0. 018 l’épidémie disparaît même avec 2 visites de clients par mois. Nos résultats montrent l’importance des prostituées et de la probabilité de transmission du VIH/SIDA par voie hétérosexuelle
The purpose of this work is to develop an individual-based model of the population dynamics of HIV/AIDS in a heterosexual population that includes polygamous and clients-sex worker relationships. Each individual has a certain number of attributes concerning his/her sexual behaviour, infectivity, and fertility. The model attempts to be more realistic than existing models by incorporating a number of relevant demoepidemiologic parameters. The model incorporates various forms of heterogeneity and can easily be extended. The duration between partnerships and the duration of long-term partnerships have a small effect on the spread of the disease. The peak probability of transmission during the early high infectivity period and the monthly number of prostitute visits have a large effect on the spread. If each client visits one prostitute per month the disease cannot spread. If this number doubles to two, then 80% of prostitutes, 40% of clients, and 14% of the population at large become infected. With a maximum probability of transmission of 0. 018, the disease disappears, even with two visits per month. Our work highlights the importance of the probability of transmission and of the client-sex worker relationship

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Vilaginès, Olivier. "Etiologie des gastroentérites virales : transmission et détection des agents responsables dans l'eau." Paris 5, 1992. http://www.theses.fr/1992PA05P071.

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Oliva, Justine. "Eco-épidémiologie du virus influenza D : évaluation du spectre d'hôtes et du risque d'émergence." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30171.

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Abstract:

Des études récentes ont mis en évidence un nouveau genre de virus appartenant à la famille des Orthomyxoviridae, le virus influenza D (IDV). Depuis sa découverte, des études ont montré que ce virus circule sur différents continents et infecte différentes espèces animales. À ce jour, le bovin est considéré comme l'hôte principal du virus. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à la circulation géographique et au spectre d'hôtes d'IDV, ainsi qu'à sa pathogénicité. L'évaluation du spectre d'hôtes et de la circulation géographique du virus a été menée grâce à des études sérologiques et/ou virologiques sur des cohortes de différentes espèces domestiques en France, au Luxembourg et en Afrique, ainsi que sur des cohortes d'espèces de la faune sauvage et captive de différents pays. Les résultats suggèrent qu'IDV circule de manière plus importante chez les bovins que chez les autres espèces. Par ailleurs, les souches françaises sont génétiquement proches des autres souches européennes, suggérant la circulation d'un même lignage sur le continent. De plus, les camélidés, les marsupiaux ainsi que les cervidés pourraient être de nouveaux hôtes pour le virus. Enfin, un modèle murin a été développé afin d'étudier la pathogénicité du virus. Le pouvoir pathogène d'IDV chez la souris semble faible, bien que des similitudes aient été observées avec un modèle d'infection expérimentale chez le veau. En conclusion, IDV circule mondialement et semble posséder un large spectre d'hôte. Le développement d'un modèle murin d'infection avec IDV nous a permis d'apporter des éléments de réponse sur la pathogénicité du virus, et notamment sur sa réplication de celui-ci et la réponse immunitaire associée
Recently, a novel genus was identified within the Orthomyxoviridae family and named thereafter Influenza D virus (IDV). So far, IDV has been detected on differents continents and differents species are susceptible to the virus. Bovine are considered as a main host for IDV. The PhD was divided in two parts: (i) assessment of the host ranges and the geographical circulation of IDV, and (ii) development of a murine model in order to study the pathogenesis of IDV. First, the host range and geographical circulation of IDV were analyzed using serological and/or virological tools, on domestic species from France, Luxembourg and Africa; but also in wild fauna species from differents countries. We observed that IDV circulates mainly in bovine, but other species, such as swine or small ruminants, seem susceptible to the virus too. Virological and phylogenic analyses demonstrated that IDV strains circulating in France are genetically close to European viral strains. Moreover, it appears that camelids, cervids and marsupials could be new hosts for the virus. Finally, we developed a murine model in order to better understand the pathogenesis of the virus. The results suggest that IDV presents a low pathogenesis in mice compared to what was observed in the calf model, although similarities have been observed. In conclusion, IDV circulates throughout the world and seems to have a wide host range, which includes species from the wild fauna. Moreover, the murine model allowed us to better understand of IDV's pathogenesis, especially its replication (fitness, tropism) and associated immune response

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Fassi-Fehri, Nicole. "Contribution à l'étude épidémiologique de la rage canine au Maroc : influence du P.N.L.R. : évolution de l'immunité humorale protectrice post vaccinale." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10079.

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Abstract:

La rage canine sevit en milieu rural et periurbain au maroc. Des enquetes menees sur des chiens apparemment sains, dans trois regions fortement infectees, confirment la gravite de la situation epidemiologique demontree par la forte pathogenicite pour le chien du virus rabique canin isole au maroc. Des etudes socio-ecologiques des populations canines en milieu rural, revelent une majorite de chiens appartenant a des proprietaires et dont les ratios temoignent de leur stabilite et de leur accessibilite a une campagne de vaccination. Les abattages trop nombreux pratiques au cours du programme des mille neuf cent quatre-vingt-six, ne peuvent que destabiliser ces ratios et entrainer une aggravation de la situation epidemiologique, en depit de l'effort fourni en matiere de prophylaxie medicale. L'evaluation de l'efficacite de l'immunite antirabique post-vaccinale chez plusieurs categories de chiens, montre de faibles pourcentages de titres d'anticorps seroprotecteurs, a l'exception de ceux observes durant les quatre premiers mois qui suivent les rappels, quel que soit le vaccin utilise. Sept chiens de fourriere, sans anticorps protecteur, inocules avec des titres eleves de virus canin, ont resiste au cours d'une etude experimentale menee chez vingt chiens. Les quatre cas de rupture d'immunite post-vaccinale etudies, semblent etre lies a la presence d'anticorps maternels au moment de la vaccination, a l'administration de corticoides apres contamination. Le typage par anticorps monoclonaux de la souche rabique isolee chez l'un d'entre eux revele un virus de serotype un. Les resultats de l'enquete menee chez trois cents rongeurs anthropophiles dans la region de rabat se sont averes negatifs

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Bossuet, Patrick. "Bilan de quatre ans d'activité dans la surveillance des patients infectés par le VIH à la clinique médicale et des maladies infectieuses (C. H. R. De Bordeaux) : 1er juillet 1985 - 30 juin 1989." Bordeaux 2, 1990. http://www.theses.fr/1990BOR25170.

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Bouzouaia, Moncef. "Les Variants du virus de la bronchite infectieuse aviaire en Tunisie incidence, typage." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375963997.

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Boquel, Sébastien. "Propension vectorielle des pucerons dans l’épidémiologie du virus Y (PVY) en culture de pommes de terre." Amiens, 2011. http://www.theses.fr/2011AMIE0107.

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Abstract:

Le virus Y de la pomme de terre (PVY) est un virus transmis par les pucerons sur le mode non-persistant, capable d’infecter de nombreuses espèces végétales. Un diagnostic conduit en 2006 en région Picardie a montré que 80 à 90 % des pucerons piégés dans les parcelles de pommes de terre correspondaient à des espèces non inféodées à cette plante. Dans ce contexte, l’objectif général de la thèse a été d’évaluer les capacités de différentes espèces de pucerons colonisatrices (Myzus persicae, Macrosiphum euphorbiae) ou non colonisatrices (Aphis fabae, Brevicoryne brassicae, Sitobion avenae, Acyrtosiphon pisum et Rhopalosiphum padi) de la pomme de terre à transmettre le PVY à cette plante. Pour chaque espèce, l’activité vectorielle correspondant aux comportements adaptés à la vection du phytovirus (comportement alimentaire et locomoteur) et l’efficacité vectorielle correspondant à la capacité à acquérir et inoculer le virus à une plante ont été déterminées. L’étude de l’activité vectorielle montre que chez les espèces colonisatrices de la pomme de terre, les individus aptères issus de la colonisation des ailés présentent un comportement sédentaire et que les potentialités de dispersion des ailés sont plus élevées chez M. Persicae que chez M. Euphorbiae. Ces deux espèces ne réalisent pas de déplacements de plantes en plantes contrairement aux pucerons non colonisateurs. L’étude du comportement alimentaire via la technique d’électropénétrographie (EPG) révèle que toutes les espèces réalisent des piqûres intracellulaires nécessaires à l'acquisition et à la transmission du virus. Par ailleurs, l’état infectieux de la plante est susceptible de moduler l’activité vectorielle des pucerons entraînant une forte répercussion dans la dissémination du virus. L'infection d'une plante par le PVY induit un effet phagostimulant chez M. Persicae et S. Avenae et anti-appétant chez M. Euphorbiae, A. Fabae et B. Brassicae. D’autre part, nous avons également mis en évidence une incapacité de ces espèces à discriminer entre une plante saine et une plante infectée par le PVY. L’étude de l’efficacité vectorielle a été mise en œuvre suivant une méthodologie originale, impliquant l'utilisation de vitroplants et la prise en compte de la période d’acquisition du virus, variable suivant les espèces. Les résultats révèlent des taux de transmission élevés pour les pucerons colonisateurs (83 % pour M. Persicae et 27 % pour M. Euphorbiae), moyens à faibles pour A. Pisum, B. Brassicae et S. Avenae (< 20%) et nuls pour A. Fabae et R. Padi. Malgré les taux de transmission élevés observés pour les espèces colonisatrices, leur influence dans le processus épidémiologique du PVY pourrait être surestimée en raison de leur comportement sédentaire. En revanche, certaines espèces non colonisatrices, notamment A. Pisum, B. Brassicae et S. Avenae, présentent une activité vectorielle très favorable à la dissémination du virus et leurs fortes densités de population en parcelles de pommes de terre pourraient compenser leurs plus faibles efficacités vectorielles. Ces travaux soulignant le rôle potentiel des espèces non colonisatrices apportent un nouvel éclairage sur la compréhension des mécanismes régissant la dynamique épidémiologique du PVY
Potato virus Y (PVY) is a phytovirus transmitted in a non-persistent fashion by aphid vectors to a broad range of plants. A diagnosis carried out in 2006 in Picardy showed that 80 to 90 % of aphids trapped in potato fields corresponded to non-colonizing potato aphids. Thus, the main aim of this thesis was to evaluate the ability of different aphid species to transmit PVY to potato plants, whether they were potato colonizing aphids (Myzus persicae and Macrosiphum euphorbiae) or not (Aphis fabae, Brevicoryne brassicae, Sitobion avenae, Acyrtosiphon pisum et Rhopalosiphum padi). For each aphid species, vector activity, corresponding to the behavioural component (feeding and locomotion behaviour) involved in the spreading of phytoviruses and vector efficiency, corresponding to its ability to acquire and inoculate viruses, were determined. The vector activity study showed that in potato colonizing aphids, apterous individuals, born from colonizing alates, exhibit a sedentary behaviour and that alate dispersal ability is higher in M. Persicae than in M. Euphorbiae. Both colonizing species did not realize interplant movements contrary to non-colonizing ones. Through the electrical penetration graph (EPG) technique, the feeding behaviour study revealed that all species performed the intracellular punctures necessary for virus acquisition and inoculation. The infection status of the plant can modulate aphid vector activity and therefore can strongly impact on the PVY spreading. PVY-infected plants induced a phagostimulant effect on M. Persicae and S. Avenae, and a deterrent one in M. Euphorbiae, A. Fabae and B. Brassicae. Furthermore, dual choice bioassays revealed that all the aphid species tested were unable to discriminate between a healthy and a PVY-infected plant. The vector efficiency study was set up according to a novel methodology that involved the use of in vitro plants and the determination of different virus acquisition periods depending on the aphid species considered. Results showed high transmission rates for potato colonizing aphids (83 % for M. Persicae and 27 % for M. Euphorbiae), a medium to low rate for A. Pisum, B. Brassicae and S. Avenae (< 20 %) and no transmission for A. Fabae and R. Padi. Despite the high transmission rates observed for colonizing aphid species, their involvement in PVY epidemiology may be overestimated due to their sedentary behaviour. By contrast, some non-colonizing species, notably A. Pisum, B. Brassicae and S. Avenae, exhibited a vector activity favouring the spread of viruses and their high population densities in potato fields may compensate for their lower vector efficiency. This work highlights the potential role of non-colonizing potato aphid species and brings new insights into our understanding of the mechanisms governing the PVY epidemiological dynamics

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Ouattara, Alassane. "Épidémiologie moléculaire des géminivirus responsables de maladies émergentes sur les cultures maraîchères au Burkina Faso." Thesis, La Réunion, 2017. http://elgebar.univ-reunion.fr/login?url=http://thesesenligne.univ.run/17_52_AOuttara.pdf.

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Abstract:

Les épidémies virales constituent une menace majeure pour les cultures dans de nombreuses régions tropicales et subtropicales du monde. En Afrique de l'Ouest et Centrale, malgré la caractérisation d'une multitude de nouvelles espèces de géminivirus, les connaissances sur l'épidémiologie des maladies virales émergentes restent incomplètes, notamment concernant la diversité et l'identification précise des espèces virales incriminées. Paradoxalement, si l'on considère que la plupart des maladies émergentes causées par les géminivirus sont liées à des virus infectant naturellement les plantes sauvages, et qui se seraient adaptés aux plantes cultivées introduites, la diversité des populations virales dans leurs écosystèmes naturels reste très largement méconnue. De plus, le caractère non pérenne de la majorité des plantes maraîchères suggère l'existence de plantes hôtes alternatives ou réservoirs, qui permettent aux populations virales de se maintenir lors des périodes d'intercultures. Par conséquent, pour lutter contre ces nouvelles maladies virales dévastatrices, il est primordial d'acquérir de meilleures connaissances de la diversité des populations virales des plantes cultivées et sauvages, de leurs répartitions géographiques, de leurs liens phylogénétiques, de leurs pathogénicités et des principaux facteurs épidémiologiques à ''échelle des agro-écosystèmes. Ainsi, les travaux entrepris dans cette thèse ont porté sur l'analyse d’échantillons de plantes maraichères et non cultivées provenant de 48 localités réparties sur le territoire du Burkina Faso et de Côte d'Ivoire. Nos principaux résultats confirment à la fois la non-exhaustivité de notre connaissance de la diversité des géminivirus présent sur les cultures maraîchères, avec l'existence d’au moins cinq espèces de géminivirus impliqués dans la maladie du ToLCD-TYLCD, d'un gradient Nord-Sud de complexité des espèces de géminivirus au Burkina Faso, la prédominance du PepYVMLV sur les solanées cultivées et la présence de nombreuses plantes alternatives ou réservoirs. Au regard de la découverte d'un nouveau composant d'ADN-B en association avec le PepYVMLV, les principaux paramètres du pouvoir pathogène du PepYVMLV en infection simple ou mixte avec le composant d'ADN-B ont été évalués en conditions contrôlées. Nos résultats démontrent que même si le PepYVMLV n'est pas un bégomovirus bipartite strict, l'ADN-B représente à la fois un activateur fort de la virulence, de l'accumulation du virus dans la plante et de la transmission par son insecte vecteur Bemisia tabaci, qui semblent concourir à sa prédominance sur le terrain. Une diffusion plus large de ce composant d'ADN-B représenterait une menace majeure pour la culture de la tomate au Burkina Faso, en Afrique et plus largement dans le monde. L'élargissement des analyses par l'utilisation d'une approche métagénomique à non seulement permis de confirmer la présence d'une majorité des virus décrits préalablement avec les approches classiques, mais également la caractérisation de nouvelles espèces virales. L'analyse des réseaux d'associations virus-plantes hôtes et virus-virus ont montré des liens forts entre les populations virales associés à des groupes de genres de plantes cultivées et non cultivées soulignant la nécessité de considérer les agro-écosystèmes dans leur totalité pour lutter contre les maladies à géminivirus. L'ensemble de nos résultats soulignent l'importance des travaux d'épidémiosurveillance et d'inventaire des populations virales sur les plantes cultivées et sauvages afin de comprendre le fonctionnement des communautés virales à l'échelle des agroécosystèmes et l'impact des perturbations anthropiques sur les processus d’émergence de nouvelles maladies
Geminiviruses have emerged to become one of the largest and most economically important groups of plant-infecting viruses, and geminivirus-induced diseases are a major threat to worldwide vegetable production, particularly in tropical and subtropical regions of the world. Importantly, the accumulated body of work on some of the most important geminiviral associated diseases clearly demonstrate the role of geminiviruses associated with wild plants on the emergence of disease on imported crops. Moreover, recent metagenomic data suggested that the vast majority of viruses characterized from crops represent only a small fraction of the phytoviruses in general. It is therefore of prime interest to obtain a better knowledge of viral diversity infecting crops and wild plants, the main epidemiological parameters involved in their emergence and their dynamic at the scale of agro-ecological systems. In this work, a survey of solanaceous crop fields and their surrounding uncultivated plants from 48 localities in Burkina Faso and Ivory Coast was performed. The sample analysis using classical molecular biology tools both confirm the incompleteness of our knowledge of the geminivial diversity and the existence of numerous alternative wild host plants. At least five species of begomovirus and mastrevirus were found in association with the ToLCD-TYLCD. A North to South increasing gradient of complexity of viruses populations was uncover with PepYVMLV being the most prevalent on cultivated solanaceous plants. The discovery of the association of a newly described DNA-B component with the PepYVMLV also lead to the study of the epidemiological parameters of this co-infection. Despite this association being relaxed, it was demonstrated that the virulence of the disease, the viral accumulation and the transmission by Bemisia tabaci were increased with the presence of the co-infection with the DNA-B component. All these factors are probably associated with the success of this association on the field. Because of the extreme severity of the resulting disease, the diffusion of this new DNA-B component at a larger scale would represent a major threat to tomato culture in Burkina Faso, Africa and the world in general. The use of a metagenomic approach, allow the generalization of our findings to full agro-ecological settings. Besides confirming previous species discovery, species yet undescribed in Burkina Faso along with completely new begomovirus species were described. The inspection of the virus-plant and virus-virus associations networks allow to uncover strong links existing between the viral corteges associated to groups of cultivated and uncultivated plants. These findings emphasized the necessity to consider full agro-ecological settings plant diversity rather than only crops in order to understand and prevent geminiviruses associated diseases. Globally, our results highlight the necessity to carry on the ongoing plant disease monitoring work and the inventory of viral populations associated with cultivated and uncultivated plants in order to understand the functioning of natural geminiviral community and the impact of human practices on the emergence of viral disease

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Snoeck, Chantal. "Épidémiologie moléculaire des virus de l'influenza aviaire et de la maladie de Newcastle en Afrique de l'Ouest, en Afrique Centrale et au Luxembourg." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0212/document.

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Abstract:

La viande de volaille et les oeufs constituent une source de protéines bon marché mais la production avicole est menacée par deux maladies virales, la grippe aviaire hautement pathogène et la maladie de Newcastle, ayant des implications économiques et de santé publique à travers le monde. L'introduction du virus de l'influenza aviaire (AIV) hautement pathogène H5N1 en Afrique en 2006 a souligné la nécessité d'une meilleure compréhension d'AIV en Afrique. Grâce à des études de surveillance, nous avons constaté que le virus H5N1 ne circulait plus après 2008 en Afrique subsaharienne. Toutefois, les analyses phylogénétiques réalisées sur le génome de virus faiblement pathogènes H5N2 trouvés chez des oiseaux sauvages au Nigeria ont révélé des caractéristiques de virus réassortants. La similitude d'un gène avec ceux trouvés dans d'autres virus d'Afrique australe renforce l'idée qu'AIV est capable de persister et circuler en Afrique. Nous avons également montré que de nouvelles souches virulentes du virus de la maladie de Newcastle (NDV) constituent la majorité des souches détectées. Leur distance génétique par rapport aux autres souches de NDV connues, leur diversité génétique et leur dispersion géographique suggèrent que ces souches ont probablement évolué localement, circulent depuis un certain temps dans la région et que le commerce et le mouvement d'animaux ont contribué à leur propagation. Nos résultats suggèrent également que la contribution des oiseaux sauvages à la dispersion des souches virulentes du NDV est probablement limitée. Au Luxembourg cependant, les oiseaux sauvages pourraient être un acteur important pour l'introduction du NDV
Poultry meat and eggs constitute one of the cheap sources of protein around the world but poultry production is threatened by two main viral diseases, highly pathogenic avian influenza and Newcastle disease, with economic and public health implications worldwide. The introduction of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in Africa in 2006 highlighted the necessity of a better understanding of avian influenza virus (AIV) in Africa. Through surveillance studies, we found that H5N1 virus was not circulating anymore in sub-Saharan Africa after 2008. However, phylogenetic analyses performed on the genome of low pathogenic H5N2 viruses found in wild birds in Nigeria revealed that they were reassortants. The similarity of one gene to those found in other AIV viruses from Southern Africa strengthened the hypothesis that AIV may actually persist and circulate in Africa. We have shown that new virulent strains of Newcastle disease virus (NDV) constituted the majority of the strains detected. Their genetic distance compared to other NDV strains, their genetic diversity and their geographic dispersion in West and Central Africa suggested that these strains probably evolved locally, that they circulated for some time in the region and that trade and movement of animals likely contributed to their spread. Our findings also suggested that the contribution of wild birds to the dispersion of virulent strains of NDV was probably limited. In Luxembourg however, wild birds may be an important player for the introduction of NDV strains

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Gopilo, Abraham. "Epidemiology of peste des petits ruminants virus in Ethiopia and molecular studies on virulence." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2005. http://oatao.univ-toulouse.fr/7414/1/gopilo.pdf.

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Abstract:

Peste des petits ruminants (PPR) is an acute and highly contagious viral disease of small ruminants, which is characterised by high fever, ocular and nasal discharge, pneumonia, necrosis and ulceration of the mucuous membrane and inflammation of the gastro-intestinal tract leading to severe diarrhoea and high mortality. In Africa, goats are severely affected while sheep undergo a mild form or rarely suffer clinical disease. PPR is one of the most important economical diseases in Ethiopia. Clinical PPR is confirmed in Ethiopian goats, however, its circulation in other animals has never been described. In the present work, we showed that the antibody seroprevalence in camel, cattle, goat and sheep confirmed natural transmission in these animals without clinical disease. The apparent absence of pathogenicity in these animals may have been due to host resistance or loss of virulence of the virus strain. We have further investigated the latter point by in vitro studies on PPRV comparing strains from Ethiopia and other countries with the vaccine strain which has been attenuated after several cell culture passages. In a first approach, virulence of PPRV was monitored in cell culture system and the use of virus specific monoclonal antibodies enabled to detect differences in virulence between PPRV and RPV. Vero (primate origin) and 293T (human) cell lines supported virus replication permitting the in vitro growth of both PPRV and RPV. In contrast to RPV, B95a (marmoset B) cells infected with PPRV were non permissive. The capability of cells to support active virus replication, which may result in intercellular spread and induce damages in infected cells, has implications on the pathogenesis and epidemiology. Cellular receptors are major determinants of host range and tissue tropism of a virus. The difference in infectivity of PPRV and RPV may have depended on the H protein epitopes and their cellular receptors. Therefore, we decided to compare the amino acid epitope of H protein of PPRV with that of other morbilliviruses. As part of our investigation of virulence factors, we have sequenced and compared genome and antigenome promoters of a vaccine strain with field strains of PPRV. The promoters contain the polymerase binding sites to initiate and generate the positive-strand replication and transcription of mRNAs. Nucleotide base change differences between vaccine strain and field strains would provide molecular basis for attenuation. Alignment of the genome promoter sequences revealed seven nucleotide mutations at certain positions. Our finding on nucleotide mutation on PPRV are in agreement with the nucleotide changes in rinderpest virus and other morbillivirus promoter regions between vaccine strain and wild type virus. Certain mutations were specific to PPRV. The promoter sequences were clustered around the geographic origin of the viruses and were lineage specific. Phylogenetic analysis of PPRV promoters was used for PPR phylogeograhy, and for comparison with other paramyxoviruses. The thesis is divided in 6 chapters. The first chapter deals with the natural history of PPR including the virus, the genome, epidemiology, transmission, clinical signs, immunology, diagnosis, control and its economic cost in the low income subsistence farming systems in sub-Saharan Africa. The second chapter is about comparative biology of PPRV with regard to other groups of morbillivirus genus in the Paramyxoviridae family. The third chapter deals with field study and observations on epidemiology of PPR in Ethiopia. In chapter four, PPRV virulence was monitored in cell culture system and comparison of H protein epitopes. In chapter five, sequence analysis of genome and antigenome promoters of PPRV was described In chapter six, general discussion and recommendations were forwarded.

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Parseval, Aymeric de. "La glycoprotéine CD4 féline : structure et rôle possible dans l'infection par le virus de l'immunodéficience féline." Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05P203.

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Van, de Velde Nicolas. "Modélisation de l'efficacité populationnelle du vaccin contre le virus du papillome humain au Canada." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29766/29766.pdf.

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Abstract:

Objectif: Les deux objectifs principaux de cette thèse étaient de développer 1) des modèles mathématiques pour prédire l’efficacité populationnelle de la vaccination contre les VPH et 2) des méthodes pour quantifier l’incertitude autour des prédictions de ces modèles. Méthode: Nous avons développé trois modèles mathématiques: 1) un modèle statique compartimental de l’histoire naturelle du cancer du col de l’utérus (Modèle1), 2) un modèle dynamique individus-centré de l’infection aux VPH (Modèle2), et 3) un modèle dynamique individus-centré de l’histoire naturelle des maladies associées aux VPH (Modèle3). Résultats: Les trois modèles ont prédit que la vaccination des filles pourrait diminuer substantiellement le fardeau des maladies associées aux VPH, au Canada. La durée de protection vaccinale a été identifiée comme étant le paramètre influençant le plus les résultats d’efficacité populationnelle. Le modèle 3 a prédit que le vaccin bivalent pourrait prévenir légèrement plus de cas de cancer du col sur le long terme, alors que le vaccin quadrivalent a le potentiel de réduire drastiquement les condylomes sur le court terme. Finalement, le modèle 3 a suggéré que le vaccin nonavalent actuellement en développement pourrait rapporter des bénéfices additionnels importants si son efficacité et sa durée de protection sont supérieures à 85% et 30 ans, respectivement. D’un point de vue méthodologique, nous avons développé une procédure de calibration multivariée capable de quantifier l’incertitude paramétrique dans les modèles. Elle nous a permis de montrer l’importance de cette incertitude et la nécessité de la représenter dans les résultats. Pour finir, nous avons quantifié l’incertitude structurelle liée aux hypothèses de modélisation suivantes: immunité de groupe, immunité naturelle, durée des partenariats, groupement des génotypes VPH et fonctions de temps utilisées pour représenter le déclin de la protection vaccinale. Conclusion: Nous avons développé des modèles de complexité croissante, en parallèle avec les méthodes de calibration adéquates, afin de pouvoir suivre et répondre aux questions de santé publique du moment. Notre dernier modèle est présentement utilisé pour examiner l’impact de la vaccination sur les inégalités de santé et sera utilisé dans le futur pour évaluer le rapport de coût-efficacité des nouveaux vaccins et optimiser les programmes de dépistage.
Objective: The two main objectives of this thesis were to develop 1) mathematical models to predict the population-level impact of HPV vaccination in Canada, and 2) methods to quantify uncertainty around model predictions. Methods: We developed three mathematical models: 1) a static compartmental model of cervical cancer natural history (Model 1), 2) an individual-based dynamic model of HPV infection (Model 2), and 3) the first individual-based transmission-dynamic model of partnership formation and dissolution, and natural history of multi-type HPV infection and disease (anogenital warts, and cervical, anogenital and oropharyngeal cancers) (Model 3). For each model, an extensive fitting procedure was conducted, which identified multiple posterior parameter combinations (out of hundreds of thousands of prior parameter sets) that fit simultaneously highly stratified behavioral and epidemiologic data, taken from the literature, population-based datasets, and original studies. Parameter uncertainty was illustrated by presenting the median [10th;90th percentiles] of predictions, using the posterior parameter combinations. Sensitivity analysis was conducted varying vaccine efficacy, duration of protection, coverage and vaccination strategies. Results: We provided the following evidence for HPV vaccination recommendations. Models 1-3 predicted that girls-only HPV vaccination can substantially reduce HPV-related burden of disease. Predictions were most sensitive to duration of vaccine protection. Model 3 predicted that the bivalent vaccine will be slightly more effective at preventing cervical cancer in the longer term. However, the quadrivalent vaccine will substantially reduce anogenital warts. Finally, the candidate nonavalent vaccine has the potential to produce substantial incremental benefits if its efficacy and duration of protection are at least 85% and 30 years, respectively. From a methodological point of view, we illustrated that parameter uncertainty surrounding HPV natural history parameters is important and must be presented when providing predictions to decision makers. Finally, we identified key structural assumptions that influence predictions: herd immunity, natural immunity, partnership duration, individual genotypes and vaccine waning function. Conclusion: We developed increasingly sophisticated HPV models and calibration techniques to keep track with the increasingly complex policy questions being asked. Our final model is being used to examine the impact of HPV vaccination on health inequalities, evaluate the cost-effectiveness of HPV vaccination, and optimize screening.

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Boukhris-Bouhachem, Sonia. "Rôle des pucerons dans l’épidémiologie du virus Y de la pomme de terre dans quatre régions de production de semences en Tunisie." Rennes, Agrocampus Ouest, 2009. http://www.theses.fr/2009NSARA068.

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Abstract:

Ce mémoire concerne une étude sur l’épidémiologie du virus Y de la pomme de terre. Une première partie bibliographique dresse un panorama des connaissances sur le cycle complexe de la vection de ce virus par des pucerons ayant hiverné sur leur hôte primaire, acquérant le virus par piqûre sur des plantes réservoirs, le disséminant par leur prolifération en particulier sur pomme de terre avant de revenir sur leur hôte primaire. Nous donnons également un aperçu du contexte socioéconomique de la production de pomme de terre et des enjeux agronomiques liés à ces épidémies virales. Un réseau de piégeage de pucerons a été installé de 2002 à 2006 dans les quatre principales régions de production de semences en Tunisie (Cap Bon, Manouba, Jendouba et Kairouan). Les captures ont permis d’identifier 112 espèces de pucerons appartenant à 68 genres. Par ces espèces 14 sont abondantes et connues vectrices du PVY : Acyrthosiphon pisum, Aphis spiraecola, A. Gossypii, A. Fabae, Brachycaudus helichrysi, B. Cardui, Hyalopterus pruni, Hyperomyzus lactucae, Lipaphis erysimi, Macrosiphum euphorbiae, Myzus persicae, Rhopalosiphum maidis, R. Padi et Sitobion avenae
A study is focused on the epidemiology of the potato virus Y. A bibliographical part raises the knowledge on the complex cycle of the virus vection by aphids, which are wintered on their primary host, acquiring the virus on plant hosts when they are looking for new hosts. Spreadin of PVY occurred when aphid migration process. They colonize potatoes and many other plants before returning on their primary host. We also give outlines of the socioeconomic context of the seed potato production and the agronomic risks to viral epidemics. A netword of aphid traps was set up and monitored from 2002 till 2006 in four main regions of seed potatoes production in Tunisia (Cap Bon, Manouba, Jendouba and Kairouan). Captures allowed identifying of 112 aphid species belonging to 68 genera. Among these species, fourteen are abundant and known as PVY vector : Acyrthosiphon pisum, Aphis spiraecola, A. Gossypii, A. Fabae, Brachycaudus helichrysi, B. Cardui, Hyalopterus pruni, Hyperomyzus lactucae, Lipaphis erysimi, Macrosiphum euphorbiae, Myzus persicae, Rhopalosiphum maidis, R. Padi et Sitobion avenae

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Jourdain, Elsa. "Oiseaux sauvages et virus West Nile : étude éco-épidémiologique en Camargue." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00144110.

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Abstract:

Le travail présenté ici s'intéresse au rôle des oiseaux sauvages dans l'épidémiologie du virus West Nile (WN) en Camargue. Des espèces d'oiseaux susceptibles d'intervenir dans les différentes phases de circulation du virus (introduction, amplification, dispersion, émergence) sont identifiées en s'appuyant sur les données bibliographiques relatives à la maladie et sur des critères ornithologiques. Les investigations épidémiologiques effectuées pour quelques unes de ces espèces en 2004 (année épizootique) et en 2005 (année post-épizootique) montrent que le virus WN circule dans la population d'oiseaux de Camargue. Pour les oiseaux migrateurs arrivant d'Afrique au printemps, les dates et lieux de ces contacts restent inconnus. Concernant les oiseaux sédentaires, deux isolats d'une même souche virale ont été obtenus en 2004, réciproquement à partir du cerveau d'une Pie bavarde Pica pica et d'un Moineau domestique Passer domesticus, et totalement séquencés. L'étude phylogénétique de cette souche montre qu'elle appartient au même cluster que celles précédemment isolées en Europe méditerranéenne. Les résultats sérologiques et virologiques chez ces deux espèces d'oiseaux, souvent observées à proximité des écuries, en font des candidates à l'amplification et l'émergence du virus WN chez les chevaux de Camargue. La mise en évidence, en 2005, d'ARN viral dans les fientes d'une Pie bavarde conforte cette hypothèse. Les recherches doivent se poursuivre pour évaluer la part respective des différents oiseaux de Camargue dans la circulation du virus WN en utilisant d'autres approches, comme par exemple l'analyse des repas de sang des moustiques vecteurs, récemment identifiés.

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Brisbarre, Nadège. "Le virus Toscana : épidémiologie en région PACA-Corse et interaction avec la réponse immunitaire innée." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5006.

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Abstract:

Le virus Toscana : épidémiologie en région PACA-Corse et interaction avec la réponse immunitaire innée Le Toscana Virus (TOSV) est un arbovirus (arthropod-borne virus) qui appartient au genre Phlebovirus (famille des Bunyaviridae). Il est transmis par la piqûre d'un insecte hématophage, le phlébotome (Phlebotomus perniciosus et P. perfiliewi), piquant notamment l'homme. Le vecteur P. perniciosus est présent en France en forte densité sur le littoral méditerranéen. TOSV est endémique en France (isolé à partir de phlébotomes ou de sujets contaminés) et dans de nombreux pays frontaliers. TOSV est associé à des infections humaines généralement bénignes spontanément résolutives, la plupart des infections étant asymptomatiques ou pauci-symptomatiques. Toutefois, dans certains cas, le virus est à l'origine d'inflammations graves du système nerveux central (méningites ou méningo-encéphalites), nécessitant une hospitalisation. TOSV est ainsi l'un des agents viraux les plus fréquemment associés aux infections neuroméningées chez l'homme d'avril à octobre, lorsque les conditions météorologiques sont les plus favorables à l'activité du vecteur. Ce travail aborde deux aspects de l'infection à TOSV : un aspect épidémiologique et un aspect fondamental sur la relation entre l'immunité innée cellulaire et TOSV. L'étude épidémiologique est la première réalisée dans les régions PACA-Corse chez les donneurs de sang. Celle-ci a mis en évidence une prévalence IgM/IgG de 14% (allant de 7,8 % dans la Hautes Alpes à 18,8% dans les Alpes Maritimes). La prévalence des IgM est de 3,3% pour l'ensemble des départements, avec la valeur la plus élevée pour la Corse (8,7%)
Toscana Virus (TOSV) is an arbovirus (arthropod-borne virus) which belongs to the genus Phlebovirus (family Bunyaviridae). It is transmitted to humans by the bite of a blood sucking sandfly (Phlebotomus perniciosus and P. perfiliewi). The vector P. perniciosus is present in high densities in France on the Mediterranean coast. TOSV is endemic in France (isolated from sandflies or contaminated patients) and in neighbouring countries. When weather conditions are most favorable to the vector activity (April-October), TOSV causes asymptomatic or mild (flu-like symptoms) infections in humans. However, in some cases, the virus can be can be responsible for a severe inflammation of the central nervous system (CNS) resulting in meningitis or meningoencephalitis, requiring hospitalization. This work focused on two aspects of TOSV infection: the epidemiology of the virus in the south area of France and the relationship between innate immunity and TOSV. The epidemiological study was the first conducted in the PACA-Corse area among blood donors. Our results showed a mean seroprevalence of 14% IgM / IgG ranging from 7.8% in the Hautes Alpes to 18.8% in the Alpes Maritimes. The mean IgM seroprevalence was 3.3%, with the highest value for Corsica (8.7%). The results demonstrated that a large population of blood donors was once infected with TOSV, suggesting a potential transfusion risk. The second study focused on a more fundamental aspect of TOSV infection: the interaction between the virus and the interferon-β response (IFN-β). We demonstrated that TOSV replication is sensitive to IFN-β treatment but the virus is able to inhibit the induction of IFN-&#946

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Gilca, Rodica. "Hospitalisations dues au virus respiratoire syncytial chez les jeunes enfants." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/25994/25994.pdf.

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Tran, Ngoc Bich. "Viroses immunodépressives des palmipèdes : approches moléculaires appliquées au diagnostic et l'épidémiologie du goose hemorrhagic polyomavirus (GHPV) et du duck enteritis virus (DEV)." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/334/.

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Abstract:

La Peste du Canard (PC) et la Néphrite Hémorragique Entérite de l'Oison (NHEO) sont deux viroses immunodépressives des palmipèdes, associées respectivement au Duck herpesvirus (DEV) et au Goose haemorrhagic polyomavirus (GHPV). Ces 2 viroses entraînent un syndrome immunodépressif chez les sujets atteints ; elles sont aussi des dominantes pathologiques capables d'entraîner les pertes les plus importantes. Dans le but d'évaluer la prévalence et la situation épidémiologique de ces deux viroses en France, nous avons développé et validé des tests de détection du génome de ces 2 virus par des techniques de PCR classique et quantitative. Ces tests ont ensuite été mis en œuvre sur des échantillons provenant d'élevages échantillonnés au hasard d'une part, ou suspects d'être infectés d'autre part, afin de mieux connaitre la prévalence d'infection et de cerner les modalités de circulation de ces agents infectieux. Ainsi, nos résultats confirment l'existence de porteurs sains du GHPV dans la population d'oies d'élevage, avec une prévalence d'infection très variable selon les lots (de 53 à 100%) et les individus (de 5,5 à 82%) et surtout, selon la technique de PCR utilisée (classique ou quantitative). Pour la peste du canard, nos études ont validé la présence du DEV chez les palmipèdes domestiques et sauvages en France. Le taux d'infection par le DEV chez les canards analysés est en moyenne de 32% en contexte épizootique, en sachant que l'apparition du virus de la peste du canard présente un aspect saisonnier (essentiellement au printemps). D'autre part, le rôle de porteur du DEV chez les canards colverts sauvages et la transmission verticale du DEV des canes à leurs œufs ont été clairement démontrés. L'analyse des séquences des gènes gH et TK a permis de démontrer une identité nucléotidique de 99 à 100% avec les séquences publiques de DEV
Duck Plague (DP) and Nephritis Hemorrhagic Enteritis of Geese (NHEG) are immunodepressive viral infections of waterfowl, which lead to immunodepressive syndromes in subjects affected, are also dominant pathological able to induce the losses most important. Having designed to assess the exact prevalence and epidemiological situation of two diseases in France, we used modern techniques such as PCR (classical and quantitative), sequencing. . . In our study. The results confirm that the existence of healthy carriers of Goose hemorrhagic polyomavirus (GHPV) in the population of geese engraved with the prevalence of infection is very varied depending on the lots (53 to 100%) and individuals (5,5 to 82%) by PCR used (classical or quantitative) and also by itself within infected lots. For the duck plague (DP), our studies have totally confirmed the presence of the plague duck among domestic and wild waterfowl in France, the rate of infection DEV in the samples analyzed is fairly high, averaging 32%; the appearance of plague duck takes a seasonal aspect (spring). On the other hand, the role of holder of DEV in wild waterfowl (mallards) and vertical transmission of DEV from reproducer duck to their duckling is clearly demonstrated. In addition, it has detected the pathogenic genes gH and TK in the samples with positive DEV and the sequencing and comparison with other authors. The result showed that ours are perfectly identical (99% to 100%) to others

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Perrin, Bernard. "Le dépistage sérologique de l'infection par le virus de la leucose bovine enzootique (BLV) en vue de l'éradication de la maladie : évolution de la situation épidémiologique en France." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10056.

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Abstract:

La cee impose a ses etat membres d'organiser la lutte contre la leucose bovine enzootique (lbe). La france a commence en 1981 un programme de lutte dont l'objet est de detecter les animaux infectes a moindre cout et de les eliminer pour parvenir a l'eradication de cette maladie peu contagieuse. Nous avons realise une etude comparative des techniques serologiques et compare l'utilisation des serums et des laits. L'evolution de la maladie a ete suivie en serologie dans 11 elevage infectes pendant une annee. Nous avons estime la situation epidemiologique de la lbe dans le departement du rhone au cours d'une periode de 6 ans dans 1013 elevages et sur l'ensemble du territoire francais au travers de 4 millions d'analyses. Les resultats obtenus ont montre que la technique elisa moins specifique mais plus sensible est une bonne technique de substitution a la technique idg. L'elisa est la seule technique de routine pour la recherche des anticorps dns le lait et en particulier dans les laits de tank faciles a prelever et permettant le diagnostic de troupeau. La contamination au sein d'un elevage est peu importante (5% de nouveaux infectes par an). L'ensemble des techniques serologiques a conduit a un processus d'eradication qui a permis une diminution reguliere du taux des animaux infectes qui est passe de 7,4% en 1984 a 1,5% en 1989

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Dupré, Thierry. "Immunité humorale cervicovaginale des femmes au stade asymptomatique des infections par le VIH de type 1 ou par le VIH de type 2." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P128.

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Cappelle, Julien. "Evaluation éco-épidémiologique du risque d'émergence du virus Influenza Aviaire Hautement Pathogène H5N1 dans le Delta Intérieur du Niger au Mali via l'avifaune sauvage." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2010. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210000.

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Abstract:

Cette thèse évalue le risque d’émergence d’un pathogène via l’avifaune sauvage dans une région indemne en combinant deux approches :(1) L’étude de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes avec le pathogène émergeant ;et (2) L’utilisation de données écologiques disponibles dans la région indemne.

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Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Cappelle, Julien. "Évaluation éco-épidémiologique du risque démergence du virus Influenza Aviaire Hautement Pathogène H5N1 dans le Delta Intérieur du Niger au Mali via lavifaune sauvage." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20080/document.

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Abstract:

Cette thèse évalue le risque d'émergence d'un pathogène via l'avifaune sauvage dans une région indemne en combinant deux approches : 1) L'étude de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes avec le pathogène émergeant. 2) L'utilisation de données écologiques disponibles dans la région indemne. Le Chapitre 1 montre que l'étude de la circulation de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes (Influenza Aviaire Faiblement Pathogène et Maladie de Newcastle) avec un pathogène émergeant (H5N1 HP) permet d'apporter des éléments d'information sur la circulation potentielle de ce pathogène en cas d'émergence. Les principales conclusions de ce chapitre nous permettent de construire les trois hypothèses testées aux chapitres suivants portant respectivement sur les étapes d'une émergence : introduction (Chapitre 2), circulation (Chapitre 3), et transmission à la faune domestique (Chapitre 4). Ces trois chapitres permettent une meilleure évaluation du risque d'émergence d'un pathogène (le H5N1 HP) dans une zone indemne (le DIN) à partir de méthodes basées sur les données écologiques disponibles dans cette zone indemne et obtenues à partir de techniques telles que le comptage aérien, la télémétrie satellitaire, ou la télédétection. Ils permettent notamment d'estimer que le risque d'émergence du H5N1 HP dans le DIN via l'avifaune sauvage est le plus élevé lors des mois de janvier à mars des années de faible crue, et que la Sarcelle d'été et le canard Pilet sont les deux espèces à surveiller en priorité. Cette thèse montre donc comment l'utilisation de données éco-épidémiologiques disponibles dans une zone indemne permettent une évaluation et un meilleur contrôle du risque d'émergence d'un pathogène. L'utilisation d'outils satellitaires permet l'obtention de larges plages de données ayant des résolutions spatiale et temporelle suffisante pour évaluer des dynamiques éco-épidémiologiques évoluant rapidement
This thesis aims to evaluate the risk of emergence of a pathogen from wildlife in an uninfected area by combining two approaches:1) The study of pathogens sharing similar eco-epidemiological characteristics with the emerging pathogen2) The use of eco-epidemiological data available in the uninfected area Chapter 1 shows that studying pathogens sharing similar eco-epidemiological characteristics (Low Pathogenic Avian Influenza and Newcastle Disease) with an emerging pathogen (HPAI H5N1) enables to provide information on the potential circulation of this pathogen if it would emerge. The main conclusions of this chapter allow us to formulate the three hypothesis tested in the following chapters, each related to a stage of an emergence: introduction (Chapter 2), circulation (Chapter 3), and transmission to domestic poultry (Chapter 4). These three chapters enable a better evaluation of the risk of emergence of a pathogen (HPAI H5N1) in an uninfected area (IND) by using methods based on eco-epidemiological data available in this uninfected area, obtained from techniques like aerial census, satellite telemetry, and remote sensing. The risk of emergence of HPAI H5N1 from wildlife in the IND is evaluated to be the highest between the months of January and March during years with a low flood level. Garganeys and Pintails are identified as the two main species to be surveyed in priority. This thesis shows how eco-epidemiological data available in an uninfected area enable an evaluation and a better control of the risk of emergence of a pathogen. Satellite tools allow acquiring large dataset with temporal and spatial resolution compatible with eco-epidemiological dynamics evolving rapidly

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Warszawski, Josiane. "Apports du recueil des antécédents de maladies sexuellement transmissibles dans les enquêtes en population générale." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA11T004.

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Abstract:

Trois obstacles s'opposent à l'identification de cibles d'intervention pour la prévention des MST et du VIH : l'hétérogénéité de ces infections, la multiplicité des facteurs impliqués dans leur diffusion, les difficultés méthodologiques pour la réalisation d'enquêtes épidémiologiques, surtout dans des échantillons représentatifs de la population. Notre objectif était d'étudier la validité et l'intérêt du recueil des antécédents de MST par questionnaire, à partir des données d'enquêtes nationales sur les comportements sexuels menées entre 1989 et 1994 : 4 enquêtes françaises (ACSF, ACSJ, KABP-92, Baromètre Santé-93) et 7 enquêtes européennes dans le cadre d'une Action Concertée (Belgique, Finlande, France-ACSF, Ex-RDA, Ex-RFA, Norvège, Pays-Bas). Nous avons pris en compte dans l'analyse statistique les plans de sondage plus ou moins complexes. Nous avons d'abord montré que ce mode de recueil n'est pas à l'origine d'un biais de classement majeur, ce qui ressort de la cohérence des résultats entre les différentes enquêtes et de leur concordance avec les données de la littérature et de la surveillance épidémiologique. Nous avons ensuite montré qu'un antécédent de MST est, non seulement, un marqueur d'exposition passée au risque de VIH dans les deux sexes, mais également un marqueur de comportements sexuels à risque actuels chez les hommes. Un antécédent de mycose est chez eux un marqueur de risque équivalent à un antécédent de MST bactérienne. Nos résultats suggèrent enfin que les stratégies de dépistage des MST, en particulier de Chlamydia trachomatis, sont nettement insuffisantes en France par rapport aux pays nordiques. Les enquêtes françaises montrent aussi que les hommes préviennent moins souvent leurs partenaires que les femmes à l'occasion d'une MST. Si le dépistage est globalement plus large chez les femmes et les personnes de niveau d'études supérieur, les femmes socialement défavorisées et les jeunes présentent un risque élevé d'échapper au dépistage précoce
Three obstacles stand in the way of identifying targets for the prevention of sexually transmitted diseases (STDs) and HIV infection: the heterogeneity of these infections, the large number of factors involved in their spread and methodological problems encountered in epidemiological investigations, especially in samples representative of the general population. We investigated the validity of collecting data conceming STD history by questionnaire and analysed such data from national surveys of sexual behaviour carried out between 1989 and 1994. Four French surveys (ACSF, ACSJ, KABP-92 and Baromètre Santé-93) and seven European surveys were studied as part of a Concerted Action (Belgium, Finland, France (ACSF), the former East and West Germany, Norway and the Netherlands). We took the various sampling designs, with their diverse levels of complexity, into account in the statistical analysis. We found that this method of data collection caused no major classification bias, as the results of the various studies were consistent, both with each other and with other published studies and epidemiological surveillance data. We found that not only was a history of STD a marker of past exposure to the risk of HIV infection in both sexes, it was also a marker for current high-risk sexual behaviour in men. A history ofmycosis in men was as effective a risk marker as a history ofbacterial STDs. Our results show that the strategies used for STD screening in France, in particular that for Chlamydia trachomatis, are not as effective as those used in northem European countries. The results of the French surveys also showed that men were less likely than women to tell their sexual partners that they had a STD. Screening was generally more widespread among women and individuals educated beyond schoollevel, but socially disadvantaged women and young people were less likely to undergo early screening

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Silou-Massamba, Jacques-François. "Prévalence des maladies sexuelles transmissibles à Brazzaville : étude séro-épidémiologique des infections à Chlamydia trachomatis, Treponema pallidum, virus de l'hépatite B, virus de l'immunodéficience humaine." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO1T101.

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Péducasse, Sonia. "Caractérisation du nodavirus, pathogénie et épidémiologie expérimentale de la nodavirose ou de l'encéphalopathie et rétinopathie virales chez le bar juvénile "Dicentrarchus labrax L. "." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20217.

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Abstract:

L'etude de la caracterisation physico-chimique d'une souche de nodavirus, isolee de bars, montre une grande stabilite aux temperatures basses de conservation et ambiantes. La souche est egalement extremement resistante au ph acide et au contraire sensible au ph basique. Sa stabilite dans le milieu environnemental est remarquable aussi bien en eau douce qu'en eau de mer. D'autre part, 2 des 4 desinfectants testes en l'absence de matieres organiques sont demontres efficaces. Apres la mise au point d'un modele de transmission experimentale de la nodavirose chez le bar juvenile, fixant les modes, la temperature et les doses de contamination, l'action de facteurs intrinseques, souche virale, espece et age de l'hote, et extrinseques, dose virale, temperature et stress, est etudiee. Ainsi sont mis en evidence une variabilite de la pathogenicite des souches et de la receptivite des especes, une non influence de l'age des individus, du stress de manipulation et de surdensite et de la dose virale presente dans le milieu, et enfin l'importance de la temperature elevee sur le developpement de la maladie. L'etude du tropisme du nodavirus conduit a l'identification de 3 voies possibles de penetration : les branchies et la peau lors d'une contamination par l'eau et le tractus digestif a la suite de l'infection par la voie orale. L'atteinte des tissus cibles, le systeme nerveux central et la retine, se fait par la voie nerveuse alors que la propagation du virus dans l'ensemble de l'organisme, lors de la phase aigue de la maladie, est envisagee par la voie nerveuse et/ou sanguine. L'elimination du virus s'effectue, quant a elle, par le biais des feces et du mucus. Dans un dernier temps, l'etude de la reponse immunitaire systemique est abordee, apres contamination par injection im, mettant en evidence la synthese d'anticorps specifiques. D'autre part, une activite immune au sein du systeme nerveux est soupconnee.

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Leroy, Valériane. "Infection par le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 chez la femme en Afrique : épidémiologie, histoire naturelle et implications de santé publique à propos d'études menées au Rwanda, 1988-1995." Bordeaux 2, 1996. http://www.theses.fr/1996BOR28407.

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Grange, Laura. "Epistasis in genetic susceptibility to infectious diseases : comparison and development of methods application to severe dengue in Asia." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077088.

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Abstract:

Ce travail est dédié à l'étude de l'épistasie dans la prédisposition génétique aux maladies complexes. Il existe de nombreuses méthodes dédiées à la détection de telles interactions. Le plus souvent, l'évaluation de ces méthodes utilise différentes procédures ce qui empêche la comparaison des études entre elles. Nous avons réalisé une étude comparative des performances de quelques méthodes de recherches d'interaction sur génome entier (GWIS), en particulier BOOST, MBMDR, PLINK et EPIBLASTER. Dans un deuxième projet, nous avons développé et évalué une méthode de détection de l'épistasie basée sur les odds ratio d'interaction. FORCE permet de réaliser un premier examen exhaustif des paires d'un GWIS. Pour les meilleurs candidats, une p-value exacte peut ensuite être calculée. Les performances de FORCE ont été comparées à celles de PUNK et MBMDR. Nous avons ensuite utilisé FORCE et PLINK pour analyser un jeu de données du WTCCC, concernant psoriasis. Enfin, nous avons réalisé un GWIS sur une base de données issue d'une cohorte de cas de dengue sévère et de contrôles provenant du Vietnam. Deux gènes ont été mis en évidence via leur contribution répétée à des p-values suggestives : CNTNAP5 sur le chromosome 2 en interaction avec SKAP2 sur le chromosome 7. Après enrichissement de ces deux régions par imputation, nous avons obtenu plusieurs paires satisfaisant le seuil de significativité corrigé pour un GWIS (p < ⁻¹³). L'analyse d'un jeu de données provenant d'une cohorte de cas de dengue hémorragique sévère originaires de Thaïlande, avant et après imputation, n'a pas permis la réplication du signal obtenu mais a révélé d'autres paires significatives entre CNTNAP5 et SKAP2
This work is dedicated to the study of epistasis in genetic susceptibility to complex diseases. To date, there are numerous tools that rely on many different statistical methods aiming to detect such interactions. Most of the time, performance assessments are based on different procedures and are thus difficult to compare throughout all the studies. We ran a comprehensive study to compare the power and false positive performance of a selection of Genome-Wide Interaction Search (GWIS) methods, in particular BOOST, MBMDR, PLINK and EPIBLASTER. In a second project, we developed and evaluated a very simple epistasis detection method relying on interaction odds ratios. Thanks to smart algorithm coding, FORCE allows the completion of the first exhaustive screening step of a GWIS on a regular desktop in a reasonable amount of time and further significance assessment on the most relevant candidates. We compared FORCE's performances to those obtained with existing methods including MBMDR and PUNK. We then applied FORCE and PLINK on psoriasis case-control data from the WTCCC. Thirdly, we performed a GWIS on a case-control severe dengue cohort from Vietnam. Two genes repeatedly contributed to genome-wide suggestive p-values: CNTNAP5 on chromosome 2 in interaction with SKAP2 on chromosome 7. Epistasis exploration after imputation-based enrichment of there 2 regions led to GWIS significant signais of interaction between SKAP2 and CNTNAP5 (p < ⁻¹³). Analysing a Thai dengue hemorrhagic fever case-only cohort before and after imputation did not allow the replication of the signal obtained on the SNPs mentioned above but revealed significant hits involving SNPs in the same SKAP2 and CNTNAP5 genes

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Baronti, Cécile. "Etude de Flavivirus : epidémiologie moléculaire en Bolivie et Analyse de leur interaction sur la réponse interféron dépendante du TLR3." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20664/document.

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Abstract:

Le genre Flavivirus regroupe plus de 70 espèces dont plusieurs sont des pathogènes humains de première importance responsables dans les formes les plus graves de manifestations hémorragiques ou d’encéphalites parfois mortelles. L’absence de traitements antiviraux spécifiques et l’augmentation croissante des flaviviroses, surtout dans les régions tropicales, justifient un effort de recherche et développement pour lutter contre ces maladies.Ce travail a abordé deux aspects de l’infection à flavivirus : un aspect épidémiologique et un aspect plus fondamental sur l’immunité innée et les contremesures flavivirales. L’étude épidémiologique a été menée en collaboration avec le CENETROP (Centro national de enfermedades tropicales) de Bolivie grâce à la contribution de l’IRD. De par l’analyse des différentes souches circulantes dans ce pays, elle a permis une meilleure compréhension de l’épidémiologie de la dengue et de la fièvre jaune et nous a fait prendre conscience de la variabilité génétique de ces virus. Devant le peu de données répertoriées en Bolivie, nos travaux serviront de référence pour comprendre les épidémies futures, peut-être améliorer les techniques de diagnostic et permettre le développement de stratégies de prévention adaptées et l’amélioration des politiques de lutte contre la fièvre jaune en Amérique du Sud. La cohabitation entre le virus et l’hôte immunocompétent est le résultat d’un équilibre subtil entre le taux de réplication virale et la clairance du système immunitaire pour garantir la survie des deux espèces. Chacun a évolué en développant des mécanismes de défenses contre l’autre. Notre second travail visait à analyser l’influence de la protéine flavivirale non structurale NS1 sur la réponse interféron de l’hôte. L’identification de stratégies virales d’évasion face à l’immunité de l’hôte et l’analyse de leurs fonctions dans l’infection virale permettrait de mieux comprendre le système immunitaire ainsi que l’interaction virus–hôte. Ceci aiderait au développement de nouvelles stratégies antivirales afin de traiter les pathologies associées à ces arbovirus
The Flavivirus genus consists of sevevral human pathogens responsible for hemorragic syndrome or encephalitis. The absence of specific antiviral treatment and an increase in Flavivirus incidence has led to a greater research effort in fighting these diseases. The study takes an epidemiological and a fundamental approach in its analysis of the innate immune response to flavivirus infection as well as flaviviral adaptation to evade this response. The analysis of circulating strains in Bolivia has led to a better understanding of dengue and yellow fever and also an awareness of their genetic variability. Given the limited information available in Bolivia, our studies could be used as a reference to understand future epidemics, improve diagnostic methods and allow the development of prevention strategies to fight against yellow fever in south Africa. The relationship between virus and host results from a subtle balance between viral replication and immunity clearance allowing the survival of both species. Each one as developed defence mechanisms against the other. We also examined the role of the non structural protein NS1 in the interferon respons to Flaviviral infection. Knowledge on viral escape strategies from host immunity could help to develop antiviral treatment for these arbovirus diseases

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Gessain, Antoine. "Virus HTLV-1 et paraparesie spastique tropicale. Un rétrovirus leucemogene associe a une maladie neurologique : épidémiologie, caractérisation des isolats viraux associes et aspects moléculaires." Paris 7, 1992. http://www.theses.fr/1992PA077309.

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Abstract:

Le virus htlv-i retrovirus isole chez l'homme en 1980 est endemique au japon, dans la region caraibe, en amerique du sud et en afrique intertropicale. Dans ces regions 1 a 30% de la population generale a des anticorps seriques anti-htlv-i. Ce virus est l'agent etiologique de la leucemie t de l'adulte (atl) et d'une neuromyelopathie chronique denommee paraparesie spastique tropicale/myelopathie associee a l'htlv-i (tsp/ham). Ce travail realise entre 1983 et 1991 comporte quatre etapes successives. 1) dans un travail initial d'epidemiologie clinique et de terrain, j'ai participe a la decouverte de l'association entre htlv-i et tsp/ham, lien qui a ete confirme par la suite dans de nombreuses zones d'endemie virale. Nous avons par ailleurs decrit la presence de ce type de pathologie en afrique noire et en france metropolitaine. Enfin le lien de causalite entre ce virus et les tsp/ham a ete demontre par l'etude d'un cas post-transfusionnel. 2) nous avons ensuite isole et caracterise sur le plan immunologique, biochimique et moleculaire le virus htlv-i present chez les patients ayant une tsp/ham et montre qu'il etait similaire a celui que l'on peut isoler chez des patients ayant un atl. 3) par la suite, nous avons demontre l'existence d'une charge virale importante au niveau des cellules mononucleees du sang peripherique de ces patients et demontre que paradoxalement il existait a ce niveau une tres faible expression virale. 4) enfin dans un travail d'epidemiologie moleculaire, nous avons sequence une portion du gene d'enveloppe de l'htlv-i chez des sujets ayant soit une tsp/ham, soit un atl soit etant seropositifs. Les resultats sont les suivants: ? la variabilite in vivo de l'htlv-i au cours du temps chez un meme individu ou chez differents hotes successifs est tres faible voire nulle sur une periode de quelques annees, ? les rares changements nucleotidiques observes sont similaires dans les souches virales de meme origine geographique, ? aucune mutation specifique d'une pathologie hematologique ou neurologique n'a pu etre mise en evidence, ? il existe des variants moleculaires de l'htlv-i en afrique (zaire) et surtout en melanesie. ? les virus htlv-i de melanesie, dont nous avons sequence dans sa totalite l'un d'entre eux, sont les htlv-i les plus distants connus par rapport aux souches prototypes. ? la faible variabilite genetique in vivo de l'htlv-i peut etre utilisee comme un outil moleculaire pour suivre la transmission de ce virus chez differents hotes successifs mais aussi pour mieux comprendre les anciens mouvements de populations comportant des sujets infectes par ce virus

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Prawirosukarto, Sudharto. "Etude d'un virus pathogène de "Setothosea asigna" Van Eecke (Lepidoptera : limacodidae), ravageur du palmier à huile en Indonésie : caractérisation, diagnostic et épidémiologie en plantation." Montpellier 2, 1996. http://www.theses.fr/1996MON20261.

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Abstract:

Un virus fortement pathogene pour les larves de setothosea asigna van eecke qui causent d'importants degats aux palmiers a huile en indonesie a ete isole et caracterise. Avec une capside de symetrie cubique de 35 nm de diametre, un seul polypeptide capsidaire de 55 kda et un genome constitue d'une molecule d'arn monocatenaire lineaire de 6,2 kb, ce virus presente les proprietes essentielles des virus -nudaurelia de la famille des tetraviridae. Par transcription reverse de l'arn viral des fragments d'adnc ont ete obtenus et clones. L'un d'eux de 945 paires de bases a ete sequence. Deux methodes de diagnostic, l'un immunologique: test elisa, l'autre reposant sur l'hybridation du genome viral avec un adnc clone: sonde nucleique non radioactive, ont ete mis au point. Le pouvoir pathogene du virus etudie en laboratoire sur des larves de differents stades s'est avere tres fort quelque soit le stade, les jeunes larves etant les plus sensibles. Les prelevements effectues en plantation et lors d'epizooties naturelles ont montre une incidence importante de la virose sur la dynamique des populations naturelles du ravageur. Le traitement d'une parcelle a base de broyats de chenilles infectees et le suivi pendant deux generations des larves ont montre l'efficacite du virus pour juguler une pullulation du ravageur et les potentialites du virus comme biopesticide

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Oro, Zokou-Franck. "Analyse des dynamiques spatiales et épidémiologie moléculaire de de la maladie du swollen shoot du cacaoyer au Togo : étude de diffusion à partir des systèmes d'information géographiques." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2011. http://www.theses.fr/2011NSAM0050/document.

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Abstract:

Le Cacao swollen shoot virus (CSSV) est un virus infectant le cacaoyer transmis par des cochenilles farineuses de la famille des Pseudococcidae. La maladie qui en découle existe aujourd'hui dans les principales zones de production de cacao d'Afrique de l'Ouest qui représentent 72% de la production mondiale de cacao. Le CSSV a été découvert en 1922 au Ghana et identifié avec certitude dans le Kloto au Togo en 1955 ; le premier isolat étudié moléculairement est l'isolat très virulent Agou1 du Togo. Cet isolat provoque des gonflements de tiges et de rameaux ainsi que des colorations rouge intense au niveau des nervures des jeunes feuilles engendrant ensuite une défoliation complète de l'arbre et sa mort au bout de 5 ans. La progression actuelle du CSSV dans les nouvelles zones de production, notamment au Togo (Litimé) en 1996 et en Côte d'Ivoire (Issia, Bouaflé, Sinfra) en 2000, indique une nouvelle émergence de la maladie. La découverte de ces nouveaux foyers soulève des questionnements sur l'origine des isolats et sur les mécanismes épidémiologiques impliqués dans la propagation de la maladie à l'échelle parcellaire et à l'échelle des territoires.Ces questionnements scientifiques sont pris en compte dans cette étude à trois niveaux : i) l'analyse statistique de la répartition spatiale et temporelle de la maladie à l'échelle des parcelles (fonctions de Ripley et analyse du nombre de liens entre arbres malades) et la cartographie des dynamiques d'évolution au moyen de systèmes d'information géographique (SIG), ii) la diversité moléculaire des isolats de CSSV en lien avec leur répartition géographique afin d'établir une carte de répartition dans les deux régions de production (Kloto et Litimé) et d'essayer de retracer l'historique de la propagation du virus, iii) la cartographie des zones cacaoyères, des cacaoyères saines en comparaison aux cacaoyères malades, à l'échelle des territoires par la combinaison des données satellites Spot5 à 2.5 m de résolution spatiale et des motifs de paysage relevés sur le terrain.L'analyse spatiale avec les fonctions de Ripley et l'analyse du nombre de liens ont montré que les différents états sanitaires (sain, malade, mort) des cacaoyers sont agrégés indiquant ainsi une propagation à partir de foyers d'infection au niveau parcellaire. L'analyse du nombre de liens indique un processus de contamination de plante à plante dans les parcelles. Les études des dynamiques d'évolution au moyen de SIG ont montré à travers des cartes de densités que les cacaoyers malades et les cacaoyers morts sont regroupés en agrégats dans les parcelles et que la taille de ces agrégats augmente entre les deux années d'observation (2008 et 2009). Les dynamiques de changement ont permis de détecter une progression de la maladie plus rapide dans certaines parcelles, qui peut s'expliquer par leur moins bon entretien. La caractérisation des isolats de virus dans les cacaoyères togolaises a montré l'existence de trois groupes dont les groupes A et B uniquement dans le Litimé, et le groupe C uniquement dans le Kloto, indiquant une forte différenciation géographique. Les coefficients de corrélation de Pearson et de Spearman indiquent qu'il existe un lien entre distance génétique et distance géographique des isolats du groupe A, ce qui implique une contamination de proche en proche pour ce groupe à l'échelle du territoire. Compte tenu de la différenciation marquée entre les groupes du Kloto et du Litimé, nous pouvons conclure que les cacaoyères du Litimé n'ont pas été contaminées par du matériel venant du Kloto mais plus probablement à partir de parcelles cacaoyères situées au Ghana et contaminées précédemment pour se répandre ensuite dans le Litimé. L'étude des images satellites a montré qu'il n'existait pas de relation simple entre l'état sanitaire des motifs de cacaoyers et leur radiométrie en raison de la forte hétérogénéité du système agroforestier du Litimé
Cacao swollen shoot virus 'CSSV ' is a virus transmitted by mealybugs, insects of the Pseudococcidae family. The disease occurs in all the main cocoa-growing areas of Western Africa. It induces swellings on shoots and roots and mosaic and chlorosis on the leaves and has caused very serious crop losses in Ghana, Nigeria and more recently, Togo and Côte d'Ivoire. The cocoa production in Western Africa, representing about 72 % of the worldwide production is particularly important for the economic equilibrium of these countries. The actual progress of the CSSV epidemic in the large production areas in Togo like ‘Litimé' and ‘Kloto' and in Côte d'Ivoire (Issia, Bouaflé, Sinfra) requires to understand and forecast its spread in time. The discovery of these new focuses of the disease raises questions about the origin of the isolates and the mechanisms involved in the epidemiological spread of the disease at field scale and across territories.These scientific questions are addressed in this study at three levels: i) the spatial and temporal distribution of disease across the plots with statistical methods (Ripley and analysis of the number of links) and geographical information systems (GIS) to map the dynamics of evolution, ii) the molecular diversity of CSSV isolates related to their geographical distribution in order to establish a distribution map in the two regions of production (Kloto and Litimé) and try to understand the history of the virus spread, iii) the mapping of cocoa area in Litimé, the mapping of disead cocoa in comparison with healthy cocoa at the territories scale by combining satellite data with SPOT5 2.5 m spatial resolution and landscape motifs field surveys.The spatial analysis with Ripley's method and analysis of the number of links have shown that the different states of health (healthy, disead, dead) of cocoa trees are aggregated indicating a spread by patch at plot level. The analysis of the number of links indicates a process of contamination from plant to plant in the plots. Studies of the dynamics of evolution from Sig showed through density maps that disead cocoa trees and dead cocoa tree are grouped into clusters in the plots and the size of these aggregates increases significantly between the two years observation (2008 and 2009). The dynamics of change have detected a similar progression of the disease in plots 2 and 3 speedy than Parcel 1. This difference of the disease progress on the three plots can be explained by better maintenance of Parcel 1. The characterization of virus isolates on cocoa plots in Togo has shown the existence of three groups with groups A and B only in the Litimé, and group C only in the Kloto, indicating strong geographical differentiation. The correlation coefficients of Pearson and Spearman indicate a link between genetic distance and geographical distance of the isolates of group A, which implies a contamination step by step for this group at territories scale. Given the marked differentiation between the groups of Kloto and Litimé, we can conclude that the cocoa tree of Litimé were not contaminated with material from the Kloto but more likely from plots located in Ghana and previously infected then spread in the Litimé. The study with the satellite images showed that there was no simple relationship between the health patterns of cocoa trees and their radiometry because of the high heterogeneity of the agroforestry system of Litimé. The combination of landscape motifs and radiometry, however, possible to distinguish areas with dominant "cocoa", areas dominated by "crops", areas dominated by "forest". Among the areas to be dominant "cocoa", we have distinguished the cocoa denuded areas that correspond to potential disease areas and cocoa shade. These various studies indicate that disease progression is slow and works gradually. Emergences observed in new areas probably come from human movements

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Lupoli, Roland. "Recherches sur la caractérisation intraspécifique moléculaire et biologique des pucerons en vue de son application à l'épidémiologie des virus de type non persistant." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20101.

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Abstract:

Un critere de differenciation des populations de pucerons reposant sur les techniques d'hybridation a l'aide d'une sonde d'adn ribosomal a ete obtenu. La variabilite observee est liee aux regions non transcrites de l'adn ribosomal. Elle n'est pas la meme chez toutes les especes de pucerons: on l'observe a l'echelle d'un meme champ avec rhopalosiphum maidis, et a l'echelle de plusieurs centraines de kilometres chez aphis gossypii. L'efficacite de transmission d'un virus de type non persistant est un caractere stable au cours du temps chez un meme clone de puceron en conditions controlees. A l'echelle regionale, l'amplitude de ce caractere est faible chez aphis gossypii. Les utilisations de ces methodologies pour suivre les deplacements des pucerons ou evaluer les risques d'introduction de populations virales sont discutees

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Meyer, Laurence. "Délétion CCR5-delta 32 et progression de la maladie VIH-1." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA11T021.

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Abstract:

Les relations entre la délétion Δ32 sur le gène codant pour le récepteur CCR5 aux β chemokines et la progression de la maladie VIH ont été étudiées chez des patients infectés par le VIH-1 suivis dans plusieurs cohortes prospectives françaises ou étrangères. Environ 17% des patients à contage daté de la cohorte SEROCO étaient porteurs de la délétion sur un des deux allèles du gène ; ces patients progressaient moins vite depuis la contamination vers le SIDA et le décès que les autres patients. Cet effet a été retrouvé lors d'une collaboration avec la cohorte d'Amsterdam d'hommes homosexuels, indépendamment de 2 autres mutations ultérieurement décrites sur les gènes codant pour le corécepteur CCR2 et pour le ligand SDF-1 du corécepteur CXCR4. La charge virale précoce sérique était plus basse d'environ 0,25 log chez les hétérozygotes pour la délétion que chez les autres patients. Cette charge virale plus basse expliquait dans l'analyse multivariée une partie de l'effet protecteur conféré par la délétion. Par ailleurs, notre étude a permis de décrire le deuxième cas d'homozygote infecté par le VIH, confirmant que la protection conférée par la délétion à l'état homozygote n'est pas totale. Enfin, les liens entre la délétion Δ32 et la survenue de certaines infections opportunistes ont été étudiés en réunissant les données de 3 cohortes, SEROCO, HEMOCO et SEROGEST. La toxoplasmose survenait significativement moins souvent comme pathologie inaugurale de SIDA chez les hétérozygotes que chez les autres patients, y compris après prise en compte de l'âge, du taux de lymphocytes CD4 et de la prescription d'une prophylaxie primaire spécifique. Grâce au suivi des patients actuellement traités, ce travail va être poursuivi en étudiant la relation entre délétion Δ32 et la réponse aux traitements antirétroviraux. Par ailleurs la physiopathologie de la primo-infection VIH et ses liens avec la délétion vont être étudiés dans la cohorte PRIMO de patients récemment infectés
The role of the Δ32 deletion on the gene coding for the CCR5 receptor for beta chemokines on HIV-1 disease progression was studied in HIV-infected patients followed in several prospective multicenter cohorts. Around 17% of patients with a known date of infection from the SEROCO cohort were heterozygous for the deletion : these patients progressed less rapidly since infection to AlDS or death than the other patients. Ln a collaborative study with the Amsterdam cohort study, this protective effect was observed independently of two other mutations on genes coding for the CCR2 receptor and the SDF-1 ligand. Early serum viral load was 0. 25 log lower in Δ32 heterozygous patients than in wild-type patients; this lower viral load explained partiy. The protective effect of the deletion in the Cox multivariate analysis. This study allowed us to describe an HIV-infected subject who was homozygous for the deletion, which confirms that homozygous patients are not totally protected from HIV infection. The relationship between the Δ32 deletion and the occurrence of several opportunistic infections was studied in 1657 patients followed in the SEROCO, HEMOCO and SEROGEST cohorts. The risk of toxoplasmosis as a first AIDS-defining illness since inclusion was significantly reduced in heterozygous patients, even after adjustment for age, CD4 cell count and primary specifie prophylaxis. Since most patients who are still followed in these cohorts are now treated by highly active antiretroviral therapy, we are going to study whether the deletion affects the response treatment. The relationship between pathophysiology of primary HIV-1 infection and the Δ32 deletion will be studied in the PRIMO cohort which has recruited since 1996 recently infected patients

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Pradier, Sophie. "Circulation enzootique du virus West Nile en population équine : identification de facteurs de risque environnementaux en Camargue, France." Phd thesis, AgroParisTech, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00605812.

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Abstract:

L'objectif était d'évaluer le risque de circulation enzootique du virus West Nile (WN) chez le cheval en Camargue, région dans laquelle ce virus a déjà causé plusieurs épizooties. L'épidémiologie de la maladie de WN est très complexe, du fait de l'implication potentielle d'un grand nombre d'espèces de vecteurs et d'hôtes. De par sa transmission principalement vectorielle, la circulation du virus WN est fortement influencée par des facteurs environnementaux. L'espèce équine a été choisie comme témoin de la circulation du virus WN, car le cheval est particulièrement sensible à l'infection par ce virus. La méthode appliquée est basée sur l'utilisation du lien direct existant entre l'environnement et la circulation enzootique du virus WN, par l'étude de la séropositivité (IgG) chez le cheval. Dans les deux premières études présentées, certains facteurs de risque environnementaux ont été identifiés, comme des classes d'occupation du sol (zones agricoles hétérogènes, végétation inondée) ou des indices de paysage (Indice d'Imbrication et de Juxtaposition), ayant conduit à l'élaboration d'une carte de risque pour cette circulation dans le bassin méditerranéen français. Des facteurs de risque individuels, comme la race, l'âge et l'activité du cheval, ont également été identifiés. Dans la troisième étude présentée, des hypothèses de transmission du virus en Camargue ont été testées. Dans la région d'étude, le virus serait introduit par les oiseaux migrateurs et amplifié par Culex modestus et plusieurs espèces d'oiseaux compétentes. L'effet de dilution n'aurait pas d'impact sur l'amplification du virus en Camargue. Le virus serait transmis au cheval par C. modestus et C. pipiens.

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Goutard, Flavie Luce. "Methods to improve zoonotic disease surveillance in poor rural settings : the example of highly pathogenic avian influenza (A) H5N1 in Southeast Asia." Thesis, Paris, CNAM, 2015. http://www.theses.fr/2015CNAM0992/document.

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Abstract:

La propagation en Asie, Europe et Afrique du virus Influenza Aviaire hautement pathogène (IAHP) H5N1, l'épidémie de A/H1N1pdm en 2009, l'émergence de l'Influenza faiblement pathogène (IAFP), mais zoonotique, H7N9 en Chine en 2013 et la circulation récente de l'IAHP H5N8 en Europe, montrent que l'évolution permanente de ces virus chez les oiseaux, les humains et les porcs, pause un risque en santé humaine et animale au niveau mondial. Au cours des 10 dernières années, des efforts ont été fait pour renforcer les capacités en santé publique et vétérinaire. Malgré tout, le virus IAHP H5N1 reste endémique dans certains pays où il peut passer inaperçu dans les populations de volailles mais provoquent des cas humains. Ces pays sont caractérisés par une majorité de leur population vivant en zones rurales, une absence de systèmes de santé primaire et des secteurs de santé inefficaces.La surveillance passive (évènementielle) des maladies animales et humaines est souvent la seule méthode réalisable dans les milieux ruraux. Produisant une information incomplète, biaisée ou transmise avec des délais importants, elle a besoin d'être amélioré par des approches nouvelles mis en œuvre dans un cadre « One Health » prenant en compte les interfaces entre humains, animaux et environnement. Nous avons donc dans cette thèse conçu et/ou appliqué de nouvelles méthodes d'évaluation, de conception ou d'amélioration de la notification des cas d'IAHP H5N1 chez l'animal et chez l'homme en Asie du sud-est.Nous avons en premier examiné différentes alternatives d'évaluation. Nous avons appliqué des arbres de scénario (stochastique) pour modéliser et évaluer le système de surveillance de l'IAHP H5N1 en Thaïlande dans les systèmes traditionnels de productions avicoles. Nous avons estimé la sensibilité de la surveillance passive à 50 % (IC95 % 0,04-0,75) pour une détection maximale de 3 fermes infectées. Cela a montré l'utilité de cette méthode pour prouver l'absence de maladie dans les pays à ressources limitées. Par des méthodes participatives, nous avons impliqué les « agents communautaires de santé animale » dans leur propre évaluation et développé une nouvelle grille, qui comprend des indicateurs de succès utilisés par les agents eux-mêmes.Dans la seconde partie, nous avons examiné les méthodes pour améliorer la conception et l'efficacité de la surveillance passive. Nous avons appliqué la grille, pour évaluer 251 agents villageois dans trois provinces du Cambodge. La grille nous a permis de noter leur niveau d'activité et d'analyser, par régression logistique, les facteurs qui influencent l'obtention d'un score élevé. Puis, nous avons mis en place une étude pilote pour tester la déclaration par texto (SMS) auprès de 112 participants de 68 villages. L'objectif était de détecter des pics de mortalité et d'identifier plus rapidement les foyers de maladies infectieuses. Nous avons enfin utilisé l'analyse décisionnelle multicritère (MCDA) pour cartographier les risques de diffusion de l'IAHP H5N1 chez les volailles et les populations humaines en Thaïlande et au Cambodge, afin de renforcer la surveillance dans les zones à risque.En conclusion de ce travail, nous avons effectué une analyse comparative de deux environnements socio-économiques contraints : le Cambodge et Madagascar. Nous avons analysé les recherches mises en œuvre par le CIRAD (Centre Français de recherche pour le développement International) et ses partenaires dans ces 2 pays au cours de projets effectués ces 10 dernières années. L'objectif était de montrer comment de nouvelles approches pour les systèmes de surveillance peuvent être transférées entre différents pays aux contextes difficiles. A partir de cela, de nouvelles perspectives sont proposées
The latest events such as the spread over Asia, Europe and Africa of the Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) virus H5N1, the epidemic of A/H1N1pdm in 2009, the emergence of the Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI) but zoonotic virus H7N9 in China in 2013 and the recent circulation of HPAI H5N8 in Europe, show that the permanent evolution of influenza virus in birds, humans and pigs is exposing the world to the risk of new strains with unpredictable consequences in public and animal health. In the last 10 years, a lot of efforts have been put in the improvement of capacity of animal and public health systems. However the disease is now endemic in several countries where the virus goes often undetected within the poultry population resulting in sporadic human cases and mortality. These countries are characterized by a large proportion of their population living in rural areas with poor incomes, a lack of primary care system and inefficient public or veterinary health sectors.Passive surveillance is often the only type of method feasible in poor rural settings in human and animal surveillance. With often incomplete, biased or delayed information this method will benefit from new methods of evaluation or new design concepts that could be implemented within a “One Health” framework to take into account the interfaces between human, animals and environment. We have in this thesis conceived and/or applied new methodologies for the evaluation, the design or the improvement of volunteer case-reporting of human or animal HPAI H5N1 in South-east Asia.We have first looked at different options of evaluation. We have applied stochastic scenario tree to model and assess the surveillance system of HPAI H5N1 in Thailand in backyard and free-range poultry production systems. We have estimated the sensitivity of the passive surveillance at 50% (CI95% 0.04-0.75) for a maximum detection of 3 infected farms, and showing the usefulness of this method to demonstrate freedom of disease in countries with limited resources. Thanks to participatory methods, we have involved Village Animal Health Workers (VAHWs) in their own evaluation and developed a new criteria grid, which includes local indicators of success developed and used by the VAHWs themselves.In a second part, we have considered methods to improve the design and the efficiency of passive surveillance. We have applied the grid conceived previously, to evaluate 251 VAHWs in three provinces of Cambodia. The grid allowed us to give a score to their level of activity and to analyse through logistic regression the factors influencing the most “good score”. Then we have implemented a pilot-study to test the use of SMS reporting from 112 participants from 68 villages, the objective was to detect peaks of mortality, to identify more rapidly outbreaks of infectious diseases. In a final section we have used multiple criteria decision analysis (MCDA) to map the risk of diffusion of HPAI H5N1 in poultry and in human, in order to adjust and reinforce the surveillance in the zones with greater risk of occurrence of the disease in Thailand and Cambodia.To conclude this work about tools and methods to improve surveillance systems in remote areas, we have done a comparative analysis of two challenging environments, Cambodia and Madagascar. We have done a cross analysis of the researches implemented by CIRAD (French Research Centre for International Development) in these countries during research projects implemented over the past decade. The objective was to show how new approaches for surveillance systems could be transferred between different countries with difficult socioeconomic environments and to propose new perspectives

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Gonzales, Zilma. "Hospitalisations pour infections respiratoires liées à l'influenza chez les femmes enceintes au Québec de 2006 à 2009." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28873/28873.pdf.

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Manet, Caroline. "Genetic control of susceptibility to Zika virus in the mouse using strains of the Collaborative Cross." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2019. http://www.theses.fr/2019IAVF0029.

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Abstract:

Zika est un Flavivirus émergent transmis à l’Homme par piqûre de moustique. Il a récemment été à l’origine d’épidémies d’envergure mondiale et représente une menace pour la santé publique. L’infection Zika est souvent asymptomatique ou engendre un syndrome grippal bénin. Cependant, des complications sévères ont été associées au virus Zika, telles qu’un syndrome de Guillain-Barré ou des encéphalites chez l’adulte, ainsi que des malformations congénitales comme la microcéphalie. De nombreux facteurs sont susceptibles d’influencer la sensibilité d’un individu au virus Zika, y compris les variants génétiques de l’hôte.Nous avons étudié le rôle des facteurs génétiques de l’hôte dans sa sensibilité à l’infection par le virus Zika. Pour cela, nous avons utilisé des lignées de souris du Collaborative Cross (CC), une population génétique de référence caractérisée par une diversité génétique aussi vaste que celle des populations humaines.Nous avons d’abord montré que le fond génétique de souris déficientes pour le gène du récepteur à l’interféron de type I (Ifnar1) joue un rôle drastique dans leur sensibilité au virus Zika. La diversité génétique des souris CC, préalablement traitées par un anticorps bloquant le récepteur IFNAR, s’exprime par des phénotypes allant d’une résistance complète jusqu’à des formes sévères de la maladie. L’influence des facteurs génétiques de l’hôte s’exerce sur de nombreux paramètres tels que la virémie, la charge virale et les lésions pathologiques dans le cerveau, et enfin le taux de réplication dans les cellules infectées. Les différences de sensibilité entre lignées CC s’avèrent corrélées entre les Flavivirus Zika, Dengue et West-Nile. Nos analyses génétiques ont montré que de multiples gènes à effets faibles sous-tendent ces variations phénotypiques, reflétant la complexité de la sensibilité au virus Zika dans les populations humaines, et permettent d’exclure un rôle majeur du facteur de résistance Oas1b.Nous avons ensuite cherché des gènes agissant comme modificateurs de la sensibilité chez des souris déficientes pour le gène Ifnar1 dans un croisement F2 entre des souris C57BL/6J et 129S2/SvPas portant la mutation. L’analyse génétique a permis l’identification de deux QTLs (Quantitative Trait Locus), l’un contrôlant le pic de virémie et l’autre la survie. Une étude bio-informatique nous a permis d’identifier quelques gènes candidats.Nous avons également étudié comment les facteurs génétiques de l’hôte impactent la réplication virale dans des fibroblastes embryonnaires murins (MEFs) dérivés d’une série de lignées de souris présentant des phénotypes contrastés en réponse à l’infection Zika. Nous avons identifié une augmentation de la réplication virale tardive dans les MEFs de la lignée CC071, résultant d’un retard à l’activation de la réponse interféron (IFN). Des analyses génétique et transcriptomique ont exclus des déficiences causées par des gènes uniques et ont favorisé l’hypothèse d’une combinatoire de gènes exerçant des effets faibles dans la voie d’induction de la réponse IFN.Pour finir, nous avons caractérisé la réponse IFN induite par le virus Zika dans des neurones primaires murins. Cette étude a montré que la capacité des neurones primaires à limiter la réplication virale est moindre que celle des MEFs en raison d’un retard à l’induction de la réponse IFN. Enfin, les facteurs génétiques de l’hôte exercent un rôle critique dans ce contexte puisque les neurones primaires de CC071 présentent un phénotype extrême par comparaison avec des lignées plus résistantes.Notre travail a mis en évidence le rôle des facteurs génétiques de l’hôte dans la pathogénie de l’infection Zika et illustre le potentiel des souris CC dans des études génétiques aussi bien qu’en tant que nouveaux modèles d’infection. Une analyse poussée des lignées aux phénotypes extrêmes permettra d’élucider les mécanismes génétiques de la sensibilité au virus Zika et améliorera notre compréhension de la maladie chez l’Homme
Zika virus (ZIKV) is a mosquito-transmitted flavivirus responsible for worldwide epidemics and constitutes a major public health threat. The majority of ZIKV infections in humans are either asymptomatic or result in a mild febrile illness. However, some patients develop a more severe, sometimes life-threatening, form of the disease. Recent evidence showed that ZIKV infection can trigger Guillain-Barré syndrome and encephalitis in adults, as well as congenital malformations such as microcephaly. The severity of ZIKV disease in humans depends on many factors, likely including host genetic determinants.We investigated how genome-wide variants could impact the susceptibility to ZIKV infection in mice. To this end, we used mouse strains of the Collaborative Cross (CC), a new genetic reference population encompassing a genetic diversity as broad as that of human populations.First, we described that the susceptibility of Ifnar1 (receptor to type I interferon) knockout mice is largely influenced by their genetic background. We then showed that the genetic diversity of CC mice, which IFNAR was blocked by anti-IFNAR antibody, expressed phenotypes ranging from complete resistance to severe symptoms and death with large variations in the peak and rate of decrease of plasma viral load, in brain viral load, in brain histopathology and in viral replication rate in infected cells. Differences of susceptibility between CC strains were correlated between Zika, Dengue and West Nile viruses. We identified highly susceptible and resistant CC strains as new models to investigate the mechanisms of human ZIKV disease and other flavivirus infections. Genetic analyses revealed that phenotypic variations were driven by multiple genes with small effects, reflecting the complexity of ZIKV disease susceptibility in human population. Notably, our results also ruled out a role of the Oas1b gene in the susceptibility to ZIKV.In a second part, we searched for genes which modify the susceptibility of Ifnar1 knockout mice in an F2 cross between C57BL/6J and 129S2/SvPas mice harboring the mutation. Genetic analysis revealed two Quantitative Trait Locus (QTL) controlling either the peak viremia or the mouse survival. Although these QTLs critical intervals contained hundreds of genes, data mining led us to identify a few candidate causal genes.Then, we investigated how host genetic factors influence viral replication in infected cells using Mouse Embryonic Fibroblasts (MEFs) derived from a series of CC strains with contrasted phenotypes observed in response to ZIKV infection in vivo. MEFs from CC071 strain displayed unique features of increased viral replication rate in late infection. Using transcriptomic analysis, we demonstrated that the phenotype of CC071 infected MEFs resulted from a delayed induction of the type I interferon (IFN) response. Genetic analyses ruled out single gene deficiencies but rather suggested combined effects of multiple factors in the type I IFN induction signaling pathway.Finally, we characterized the ZIKV-induced type I IFN response in MEFs and primary neurons derived from C57BL/6J mouse strain. Primary neurons were less capable than MEFs to control the viral replication due to a delayed IFN response. We later showed that host genetic factors also play a critical role in this context as ZIKV-infected CC071 primary neurons displayed an extreme phenotype compared to neurons from strains that are more resistant.Altogether, our work has unraveled the role of host genes in the pathogeny of ZIKV infection and illustrates the potential of CC mouse strains for genetic studies and as new models of infectious diseases. Extensive analysis of CC strains with extreme phenotypes help us elucidate how genetic variants affect susceptibility as well as immune responses to flaviviral infection and will provide deeper understanding of the pathophysiology of human ZIKV disease

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Boralevi, Franck. "Huitième virus herpès humain (HHV-8) et maladie de Kaposi : une étude d'épidémiologie moléculaire menée sur 48 cas." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR23075.

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Deubel, Vincent. "Caractérisation du virus de la fièvre jaune (Flavivirus) : aspect morphogénétique, analyse biochimique des constituants viraux, hétérogénéité moléculaire parmi les souches d'origine géographique différente." Paris 7, 1985. http://www.theses.fr/1985PA077029.

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Abstract:

Nous avons étudié les caractéristiques intrinsèques du virus de la fièvre jaune dans les cellules de vertébrés et d'insectes. Ce virus se multiplie dans les citernes ergastoplasmiques des cellules, mais ne bourgeonne pas. Il est excrété par la cellule avec un maximum situé à la 40e heure. Nous avons trouvé dans le virion un ARN monocaténaire, positif, ne possédant pas d'extrémité polyadénylée et un enveloppe virale contenant une glycoprotéine majeure. Les différentes classes d'ARN viraux que nous avons définies dans les cellules correspondent à l'ARN génomique (40 S), à la forme réplicative bicaténaire (20 S) et aux intermédiaires de réplication (26 S). Nous avons trouvé sur les polysomes qu'un ARN messager viral de taille génomique. La technique de précipitation radioimmunologique permet d'observer sept protéines virales dans les cellules infectées. Trois d'entre elles sont glycosylées et se fixent sur la concanavaline A. L'incorporation de sucres radiactifs et l'action de la tunicamycine sur les synthèses des chaînes polyosidiques ont montré que le système de glycosylation est différent d'une protéine à l'autre et différent aussi suivant que la cellule hôte est issue de vertébrés ou de moustiques. Nous avons étudié des souches de virus amaril provenant de zones géographiques différentes et isolées dans des conditions épidémiologiques variées : l'ARN génomique analysé par la méthode des empreintes d'oligonucléotides T1 et les glycoprotéines virales caractérisées en gel de polyacrylamide ou leur pouvoir antigénique testé à l'aide d'anticorps monoclonaux (immunoprécipitation, séroneutralisation, ELISA) ont servi de marqueurs génétiques et immunochimiques pour cette étude comparative. Ces marqueurs ont permis de classer les virus en variants géographiques nommés topotypes. La virulence de ces souches de virus pour la souris a été étudiée. Les souches sud-américaines tuent la souris lorsqu'elles sont inoculées par voie intrapéritonéale alors que les souches africaines ne sont pas pathogènes par cette voie. Nos résultats apportent un support moléculaire nécessaire aux enquêtes épidémiologiques et orientent les études ultérieures sur le clonage et le séquençage du gène codant pour la glycoprotéine d'enveloppe des virus de la fièvre jaune.

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Saindou, Maoulide. "Prévalence et déterminants des infections sexuellement transmissibles chez les femmes enceintes de Mayotte : étude épidémiologique concernant le virus de l’immunodéficience humaine, le virus de l’hépatite B et du Treponema pallidum." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10043/document.

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Abstract:

L'épidémiologie des infections sexuellement transmissibles (IST) à Mayotte est peu documentée notamment chez les femmes enceintes (FE) et la connaissance des déterminants favorisants les IST sur l'île dans un contexte socio-économique et sanitaire très particulier est nécessaire. Les objectifs de ce travail étaient d'estimer les fréquences et facteurs de risque associées au VIH, au VHB, et à la syphilis, d'étudier la vaccination anti-VHB et de décrire les connaissances, attitudes, croyances et comportements liées aux VIH/SIDA-IST chez les FE. Une étude transversale prospective a été réalisée auprès de 671 FE suivies dans les centres de Protection Maternelle et Infantile (PMI) de Mayotte. Aucun cas de séropositivité au VIH n'a été observé. La prévalence de l'antigène HBs du VHB était de 3,4% et celle de la syphilis active était de 2,1%, mais la prévalence de l'infection au VHB et de la vaccination anti-VHB était respectivement de 35.5% et 18.6%. L'infection par le VHB était associée au lieu de naissance (Comores), à des facteurs comportementaux et à des antécédents d'IST. La syphilis était plutôt associée au manque d'éducation et aux antécédents d'IST. La vaccination anti-VHB était associée à des déterminants sociodémographiques. L'étude socio-comportementale a montré qu'il existe une bonne connaissance du VIH/SIDA-IST chez les FE malgré la pratique de certains comportements sexuels à risque. Ce travail a permis de dresser un état des lieux du VIH et des IST, et de leurs déterminants chez les femmes enceintes à Mayotte, et permettra la mise en place de méthodes de prévention adaptées à ce contexte
The epidemiology of sexually transmitted infections (STIs) is poorly documented in Mayotte especially among pregnant women (PW) and knowledge of determinants that increased STI in the island, and in this particular socio-economic and health situation, is needed. The objectives of this study were to estimate the frequency and risk factors associated with HIV, HBV, and syphilis, to study the HBV vaccination and describe the knowledge, attitudes, beliefs and behaviors related to HIV/AIDS-STIs in PW. A prospective cross-sectional study was conducted among 671 PW followed in Mayotte public prenatal clinic (Protection Maternelle et Infantile (PMI)) services. No case of HIV seropositivity was observed. The prevalence of HBsAg of HBV was 3.4% and of active syphilis was 2.1%, but the prevalence of HBV infection and HBV vaccination was respectively 35.5% and 18.6%. The HBV infection was associated with birthplace (Comoros), behavioral factors and history of STIs. Syphilis was rather associated with lack of education and history of STIs. The HBV vaccination was associated with sociodemographic determinants. The socio-behavioral study showed that there is a good knowledge of HIV/AIDS-STIs in PW despite the practice of some risky sexual behaviors. This work has helped to draw up an update of HIV and STIs, and their determinants among PW in Mayotte, and could lead to the development of prevention methods adapted to this context

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Chaine, Marina. "Étude cas-contrôle évaluant le rôle de la naissance par césarienne comme facteur de risque dans la survenue d'une bronchiolite à Virus Respiratoire Syncytial (VRS) sévère chez des nourrissons nés à Québec." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/27777/27777.pdf.

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Dissertations / Theses on the topic 'Maladies à virus – Épidémiologie'

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