Academic literature on the topic 'Maladies autoimmunes – Aspect moléculaire'

Tout au long de leur co-évolution, les plantes et les microorganismes pathogènes ont développé des relations complexes résultant d'un échange constant d'informations moléculaires. Les agents pathogènes ont élaboré toute une gamme de stratégies offensives pour parasiter les plantes et en contrepartie, les plantes ont déployé un arsenal défensif similaire à bien des égards aux défenses immunitaires animales. Les percées récentes en biologie moléculaire et en transformation des végétaux ont démontré que sensibiliser une plante à répondre plus rapidement à l'infection pouvait lui conférer une protection accrue contre des microorganismes virulents. Un aspect important dans la mise en évidence du rôle joué par les molécules de défense au niveau de l'expression de la résistance est une connaissance exacte de leur localisation spatio-temporelle dans les tissus en état de stress. Afin de cerner le processus associé à l'induction de résistance chez les plantes, l'effet d'éliciteurs biologiques, microbiens et chimiques sur la réponse cellulaire des plantes envers une attaque pathogène a fait l'objet d'investigations et les mécanismes impliqués dans le phénomène ont été étudiés. Dans tous les cas, il a été montré qu'une corrélation existait entre la réponse globale de la plante et des changements dans la biochimie et la physiologie des cellules, lesquels étaient accompagnés de modifications structurales incluant la formation d'appositions pariétales riches en callose et l'infiltration de composés phénoliques aux sites de pénétration potentielle par l'agent pathogène. L'activation du sentier des phénylpropanoïdes est un phénomème crucial dans la restriction de la croissance de l'agent pathogène et dans la survie des cellules-hôtes en conditions de stress. Bien qu'il n'existe que peu d'exemples d'application pratique de la résistance induite en tant que méthode de lutte contre les maladies des plantes, les résultats obtenus à partir de quelques expériences menées en plein champ et en serre sont encourageants et indiquent que cette approche a le potentiel de devenir une stratégie de lutte efficace et durable contre toute une gamme d'agents pathogènes.

L'intérêt de cette thèse porte d'abord sur le statut des maladies auto-immunes, en ouvrant la question du rapport de l'individualité biologique à la subjectivité. Les maladies auto-immunes sont-elles la manifestation d'un SELF qui se méconnaît en se détruisant ? Ou est-ce qu'ils ne sont plus qu'un dysfonctionnement, génétiquement déterminé, des systèmes de communication et d'intégration de l'organisme ? La métaphore d'un soi-même pourrait faire partie d'un certain parcours historique du discours médical, une ressource épistémologique. Reste une troisième possibilité : la maladie a toujours une composante subjective, la nature humaine est culturelle. Or la médecine, dans une quête scientifique de pureté diagnostique et thérapeutique, s'est écartée complètement de ce point de vue. A partir d'un parcours épistémologique et historique, nous avons constaté une séparation des aspects concernant l'individualité pendant la seconde moitié du XIXè siècle, avec le développement séparé de l'immunologie, comme substantialité de l'individuel, et la psychanalyse, qui prend soin de la composante subjective de cette individualité. A la fin du XXè siècle, le langage immunologique semble changer. Il ne s'agit plus d'un système d'organisation du soi, de protection contre l'étranger, mais d'un système d'intégration et de communication de l'organisme. Cependant, cela ne répond pas au paradigme des manifestations de l'auto-immunité. A partir des exemples cliniques, on avancera l'hypothèse que le concept même de maladie a été sous-estimé par un discours médical technologique. Plus qu'une clinique du psychosomatique, on proposera le rétablissement d'un corps dans toute son étendue, à la fois organique et subjectif
Our interest is on the first place the determination of the status of auto-immune diseases. This opens the question of the relationships between the biological individuality and the subjectivity. Are auto-immune diseases the manifestation of an unrecognizing-destructive SELF? Or are they just the result of a genetically determined dysfunction of integrative and communicational organic systems? The Self metaphor shows a certain historical utility, an epistemological tool. There is still a third possible reasoning: disease is always, in part, subjective; human nature is cultural. But the modern medicine's scientific quest of a diagnostic and therapeutic purity denies the subjective component of disease. Though an historical and epistemological approach, we established a splitting of individual aspects during the 2nd half of 19th century, moment of separation between "substantial" aspects that will become immunology, and "subjective" aspects, i. E. Psychoanalysis. The end of the 20th century will see a shift in the immunological speech. It will no longer be a matter of self organisation, protection against foreign, but a communication system within an integrated organism. However, this view won't be an answer to the auto-immune disease paradigm. Based on a clinical experience, we argue that a technological approach of modern medicine underestimates the disease concept. More than a psychosomatic clinic, we plea for a body in its whole, organic and subjective

L’autophagie est un processus catabolique lié aux lysosomes, essentiel à la l’homéostasie cellulaire notamment dans les lymphocytes. Elle est impliquée dans la pathogenèse de nombreuses maladies et pourrais jouer un rôle dans le développement de maladies auto-immunes. Nous avons voulu étudier son rôle in vivo dans les lymphocytes B et T. Nous avons généré des souris déficientes en autophagie spécifiquement dans ces cellules et montré que l’autophagie n’est pas essentielle au développement des LB, mais que dans un contexte auto-immun la persistance de plasmocytes et la production d’autoanticorps été diminuée. Cela démontre un rôle de l’autophagie dans les réponses à long terme. Les réponses humorales à long-terme T dépendantes sont également impactées. De plus des souris transplantées avec des LT CD4+ déficients en autophagie montrent une réponse humorale mémoire diminuée. Nous nous sommes également intéressé aux voies de signalisation conduisant à l’induction de l’autophagie en réponse à une stimulation du TCR dans des LT normaux et pathologiques. Nos résultats préliminaires montrent une implication de la voie calcique
Autophay is a catobolic lysosomal process essentail for cellular maintenance and fucntion such as lymphocyte homeosatsis. The generation of mice models with an Atg5 conditional knock-out in B and T cells respectively, have allowed us to study autophagy requirements of those immune cells in vivo. We have demonstrated that autophagy was dispensable for B cell development but that in autoimmune settings B cell autophagy was required for the maintenance of long-lived plasma cells and for the production of autoantibodies. In mice deficient for autophagy in T cells, long-term tumoral response to a T-dependent antigen is decreased. We also showed that in mice adoptively transferred with autophagy deficient CD4 T cells, the antigen specific memory humoral immune response was impaired. We also investigated the signaling pathways leading to autophagy induction upon TCR stimulation in normal and lupus T cells and showed that the calcium signaling is highly involved

Le syndrome sec - ou syndrome de Gougerot-Sjogren- est une pathologie auto-immune qui a pour principal effet de tarir les secrétions salivaires, lacrymales et vaginales. Maladie féminine, 9 fois sur 10, ce syndrome se présente dans deux tableaux : primitif, ou secondaire et associe alors à une maladie de système comme la sclérodermie, le lupus. . . La partie théorie met en regard, et en tension, les points de vue scientifiques et psychanalytiques autour desquels s'organisent les débats actuels dans le champ nouveau de la psycho-immunologie. La conception freudienne de l'appareil psychique et les théorisations psychosomatiques apportent quelques repères pour l'approche du fonctionnement psychique des malades. La problématique du tarissement et la féminité de la pathologie donnent lieu à une réflexion sur la féminité et ses rapports à l'element liquide, ainsi que sur le vieillissement et la ménopause, étape du tarissement naturel dans la vie psychosexuelle des femmes. La méthodologie, fondée sur l'entretien et les méthodes projectives, Rorschach et Tat, a permis l'étude qualitative et quantitative de 36 cas de syndrome sec (22 primitifs et 14 secondaires), et de 20 femmes "témoins". Les hypothèses suivent les trois axes évoqués dans la partie théorique : psychosomatique, féminité, vieillissement, auxquels s'ajoute un quatrième axe de travail sur les hypoperfusions cérébrales mises en évidence par l'imagerie médicale. Les résultats s'ouvrent sur des perspectives de recherches sur le vieillissement en général, et les changements induits dans le fonctionnement psychique de tout sujet (malade ou non). Ils permettent aussi de proposer quelques aménagements de la relation de soin aux équipes médicales et aux psychothérapeutes, charges du suivi de ces patientes atteintes de pathologie auto-immune, qui cachent leurs blessures et leur désarroi derrière un masque stoïque et fier, prix de leur survie psychique
Sicca syndrome - or Gougerot Sjogren's syndrome - is an auto-immune disease whose main effects consist in salivary, lachrymal and vaginal secretions drying. Mainly a feminine one, this syndrome presents two forms : primary or secondary and then, it's associated to sclerodermia or lupus or other systemic diseases. . . In the part "theory", scientific and psychoanalytical points of view are studied and discussed as organizing actual debates in the new field of psycho-immunology. Freud's conceptualization of psychic system and psychosomatic theories give some markers to psychological functionning of such patients. Drying up and feminine characteristics of this pathology give rise to a reflexion about feminity in regard to its links with liquid element and also about ageing and menopause as natural drying up stage in the psychosexual life of women. Methodology is based on interview and projective methods, Rorschach and T. A. T. . It allowed a qualitative and a quantitative study of 36 cases of sicca syndrom (22 primary and 14 secondary) compared to 20 women controls. Hypothetis follow three axes : psychosomatic, feminity, ageing, added to a fourth axe about cerebral hypoperfusions shown by medical scanning. Results are presented and discussed in regard to new research perspectives : ageing, generally speaking, and changes send in psychic functionning by illness or by natural events, such as menopause. They offer some propositions about the care-giver relationship specially adressed to medical teams and psychotherapists who follow these patients hiding their failures behind a proud and stoic mask as price for their psychic survival

La souris NOD (nonobese diabetic) est un modèle de référence pour le diabète autoimmun de type 1. Nous avons cherché à mieux caractériser l'un des locus de susceptibilité au diabète chez cette souris, IDD5 situé sur le chromosome 1. Ce locus est particulièrement interessant car la région génétique correspondante inclus des gènes candidats tels que Ctla4 et Icos. De plus, la synténie équivalente chez l'homme, sur le chromosome 2q, est également impliquée dans le diabète humain (locus IDDM12) et contient le gène CTLA4. Le locus Idd5 a été précisé à l'aide de lignées congéniques recombinantes. Nous avons également analysé le contrôle génétique de phénotypes auto-immuns
Nonobese diabetic (NOD) mice is a reference strain for autoimmue diabetes. We have analized more precisely one of the susceptibility loci, Idd5 on chromosome 1. This locus is of special interest because the corresponding genetic region include candidate genes like Ctla4 or Icos. Moreover, the human synteny on chromosome 2q is also a susceptibility region for human diabetes (IDDM 12 locus) and include CTLA4. The Idd5 locus has been investigated using congenic recombinant strains of mice. We have also characterized the genetic control of autoimmune phenotypes associated to NOD mice diabetes, like the inducible thyroi͏̈ditis of chronic evolution and spontaneous infiltration of salivary glands

Les maladies autoimmunes sont liées à des facteurs génétiques et environnementaux, parmi lesquels les états infectieux semblent tout particulièrement impliqués. Toutefois, les mécanismes par lesquels les infections influencent le développement de ces maladies restent inconnus. Nous avons tenté d’approcher ces mécanismes par des modèles transgéniques murins exprimant des facteurs rhumatoïdes (FR) chimériques en présence ou en absence de leur autoantigène (IgG humaines). Dans ce modèle, les cellules B FR restent immunologiquement ignorantes vis-à-vis de leur autoantigène. Toutefois, l’infection des souris transgéniques FR par Borrelia burgdorferi (Bb) rompt cet état d’ignorance grâce à la formation de complexes immuns Bb/IgG humaines anti-Bb induisant un signal synergique entre le BCR et des récepteurs reconnaissant les antigènes de Bb (probablement des récepteurs Toll-like, TLR). Cette rupture de tolérance nécessite également l’intervention d’une aide T. En revanche, une infection par le virus de la grippe ne rompt pas l’ignorance des cellules B FR dans notre modèle transgénique, malgré la capacité de cette infection à induire une libération d’IFN de type I associée par ailleurs à de nombreuses atteintes autoimmunes, même lorsque le transgène est exprimé sur un fond autoimmun NZBxNZW(F1). L’infection par Bb provoque une hyperactivation B polyclonale. Ce phénomène mal connu a des conséquences à la fois sur la réponse immunitaire anti-infectieuse et sur la production d’autoanticorps potentiellement pathogènes. L’infection de souris déficientes pour MyD88 (envisagée au départ pour comprendre le rôle des TLR dans la rupture de tolérance des cellules B FR) nous a permis de mettre en évidence le rôle de cette protéine dans l’hyperactivation B polyclonale. MyD88 inhibe le développement d’une réponse de type Th2 empêchant ainsi probablement une production accrue d’IL-4 capable d’activer directement et de manière excessive les cellules B
Autoimmune diseases are associated with genetic and environmental factors. Among the latter, infections have been particularly implicated. However, the mecanisms of such an association between infections and autoimmune diseases are still unknown. We have tried to understand those mecanisms by using transgenic mouse models expressing chimeric rheumatoid factors (RF) in the presence or in the absence of their autoantigen (human IgG). In these models, RF B cells are ignorant towards their autoantigen. However, infection of RF trangenic mice with Borrelia burgdorferi (Bb) breaks this state of tolerance thanks to the formation of Bb/anti-Bb human IgG immune complexes that induce a synergic signal between the BCR and a receptor recognising Bb antigens (probably a Toll-like receptor, TLR). This tolerance breakdown needs T cell help. On the other hand, infection with influenza virus does not break RF B cell tolerance in our tg model although this infection is able to induce type I IFN production, otherwise often associated with autoimmune diseases, and even when the transgene is expressend on an autoimmune background, NZBxNZW(F1). Bb infection induces a polyclonal B cell activation. Ce phenomenon is not well known, it has consequences on the immune response against infections and on the production of potentially harmfull autoantibodies. The infection of MyD88 deficient mice (considered at first to understand the role of TLR in the RF B cell tolerance breakdown) showed that this protein is important for polyclonal B cell activation. MyD88 inhibits the development of a Th2 immune response, thus probably preventing an increased production of IL-4 that can directly and excessively activate B cells

La maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) est une maladie complexe caractérisée par une obstruction non complètement réversible des voies aériennes. Actuellement, aucun remède n’existe pour soigner cette maladie qui deviendra la 3e cause de mortalité d’ici 2030. Bien que des progrès importants furent réalisés dans les dernières décennies, la pathogenèse de la maladie demeure largement mal comprise. Cette thèse a pour objectif général l’étude des composantes génétiques de la MPOC, plus précisément 1) l’identification de gènes impliqués dans le développement de l’obstruction respiratoire, 2) l’identification d’eQTL pulmonaires dans le complexe majeur d’histocompatibilité et de leurs liens avec certains phénotypes pulmonaires, 3) l’identification de nouveaux gènes de susceptibilité au développement de la MPOC et 4) la caractérisation des variations génétiques du gène SERPINA1 dans la population canadienne et l’évaluation du séquençage de l’ADN comme nouveau test diagnostique pour détecter le déficit en alpha-1 antitrypsine. Dans une première étude, nous avons identifié des gènes (CST3, CD22) et des voies biologiques (métabolisme des xénobiotiques, apoptose, balance protéase-antiprotéase et balance oxydant-antioxydant) impliqués dans le développement de l’obstruction respiratoire. Pour ce faire, nous avons combiné les génotypes, les valeurs d’expression et les caractéristiques cliniques de 1,111 sujets. En combinant ces trois types de données, nous avons trouvé des variations génétiques influençant l’expression de gènes qui sont impliqués dans la perte de fonctions respiratoires. Ce projet a permis d’identifier des mécanismes précis impliqués dans le développement de l’obstruction respiratoire. Par la suite, nous avons étudié une région clé du génome humain pour le système immunitaire, soit le complexe majeur d’histocompatibilité (MHC). Des études antérieures ont associé des variations génétiques présentes dans ce locus à plusieurs phénotypes pulmonaires (asthme, cancer du poumon, fibrose kystique, maladie pulmonaire interstitielle, MPOC). Les résultats obtenus nous ont permis d’identifier des gènes d’intérêts pour l’asthme (AGPAT1, CDSN), le cancer du poumon (BTN3A2, ZFP57), les fonctions respiratoires (MICB) et la maladie pulmonaire interstitielle (AGPAT1). Les résultats de cette étude ont permis de mieux comprendre et d’interpréter les résultats obtenus précédemment. Nous avons également participé à la plus grande étude pangénomique (GWAS) sur la MPOC. Cette étude, réalisée par l’International COPD Genetics Consortium (ICGC), ai dentifié 22 régions chromosomiques impliquées dans le développement de la MPOC. Pour ce projet, les génotypes de 63,192 sujets (47,936 cas et 15,256 témoins) provenant de 26 cohortes différentes ont été combinés dans une méta-analyse. Par la suite, les résultats ont été répliqués dans 9,498 cas et 9,748 témoins supplémentaires provenant de la UK Biobank. Parmi les 22 loci identifiés, 15 ont été précédemment associés avec les fonctions respiratoires et quatre n’avaient jamais été observés (EEFSEC, DSP, MTCL1, et SFTPD). Cette étude a permis de mieux comprendre l’architecture génétique de la maladie et de confirmer le lien existant entre les gènes associés aux fonctions respiratoires et la MPOC. Finalement, nous avons caractérisé les variations génétiques du gène SERPINA1 dans la population canadienne et testé le séquençage de l’ADN comme outil potentiel de diagnostic du déficit en alpha-1 antitrypsine. Pour ce faire, tous les exons codants du gène ont été séquencés dans 400 individus du projet pancanadien CanCOLD (Canadian Cohort of Obstructive Lung Disease). Nous avons identifié 19 variations génétiques dans le gène, dont 15 mutations faux sens et une nouvelle mutation. Une fois l’extraction d’ADN complété, le séquençage s’est effectuéet a permis de déterminer de façon définitive la nature de l’anomalie génétique sous-jacente. Ce projet a démontré que cette technique permettrait d'accélérer le diagnostic et de diminuer les coûts pour ainsi faciliter la prise en charge et le traitement des patients souffrant d’un déficit en alpha-1 antitrypsine. Les résultats obtenus au cours de ce doctorat permettent de mieux comprendre les gènes et les voies biologiques impliqués dans le développement de la MPOC.
Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a complex disease characterized by airflow obstruction that is not fully reversible. Currently, no treatment existsto reverse COPD, which is predicted to be the third leading cause of mortality in the world by the year 2030. Important discoveries were made in the last decade, but the pathophysiology of the disease remains largely unknown. The aim of this thesis is to study the genetic component of COPD and more specifically 1) identify genes involved in the development of airflow obstruction, 2) identify lung eQTL in the major histocompatibility complex and find causal genes for lung function and respiratory diseases in this region, 3) find new susceptibility loci for COPD, and 4) evaluate the feasibility and effectiveness of DNA sequencing of the SERPINA1 gene as a single test to diagnose alpha-1 antitrypsin deficiency (AATD) and test the frequencies of AATD alleles in a Canadian COPD population. In the first study, we identified genes (CST3 and CD22) and signalling pathways (xenobiotic metabolism, apoptosis, protease–antiprotease and oxidant–antioxidant balance) involved in the development of airflow obstruction. We combined lung gene expression, whole genotyping data and clinical information’s from 1,111 subjects to identify potential causal genesand pathways. This study has identified underlying mechanisms implicated in the development of airflow obstruction. In the second study, westudied a critical genomic region for the immune system, the major histocompatibility complex (MHC). Previous studies have associated single nucleotide polymorphisms (SNPs) located inside this locus with lung diseases and phenotypes (asthma, cystic fibrosis, idiopathic interstitial pneumonia, lung cancer and lung function). We have identified new susceptibility genes for lung cancer (BTN3A2 and ZFP57), asthma (AGPAT1 and CDSN), lung function (MICB) and idiopathic interstitial pneumonia (AGPAT1). Results from this study provide important biological insights about previously associated SNPsin the MHC. We were also involved in the largest genome-wide association study (GWAS) on COPD. This GWAS was performed by the International COPD Genetics Consortium (ICGC) and identified 22 loci associated at genome-wide significance. Genotypes of 63,192 subjects (15,256 cases and 47,936 controls) from 26 studies were used in the meta-analysis. Results were further replicated in 9,498 cases and 9,748 controls from the UK Biobank. Among the 22 associated loci, 9 were previously associated with COPD, 15 with lung function and 4 (EEFSEC, DSP, MTCL1and SFTPD) werenovel loci. Our findings highlight new loci associated with COPD and demonstrate the genetic overlap between lung function and COPD. Finally, the frequencies of deficient SERPINA1 alleles were evaluated in Canadian patients with COPD and DNA sequencing was evaluated as a single test strategy to detect AATD. DNA sequencing of the coding regions of SERPINA1 was performed in 400 individuals from the CanCOLD study (Canadian Cohort of Obstructive Lung Disease). Nineteen genetic variants were identified, including 15 missense mutations and one new mutation. DNA sequencing of SERPINA1 revealed the true genetic nature of AATD and was demonstrated has an effective, fast, and inexpensive single test strategy to detect AATD. Studies presented in this thesis have identified genes and pathways involved in the development of COPD, which are new targetsfor future studies.

La grossesse est une période de majoration du risque vasculaire, participant à une morbi-mortalité maternelle et fœtale pouvant justifier des mesures de prévention primaire et secondaire. Notre travail évalue l'impact de certains déterminants et l'apport de nouveaux acteurs moléculaires impliqués dans la dysfonction vasculo-placentaire. Le but ultime étant d'optimiser les prises en charge et de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques. Nous avons étudié les complications vasculaires placentaires associées à des marqueurs biologiques connus : mutation du facteur V Leiden, mutation du gène de la prothrombine et marqueurs conventionnels du syndrome des anticorps anti-phospholipides (SAPL). Nos résultats montrent que les femmes à antécédents de fausses couches précoces répétitives et porteuses, soit du polymorphisme du facteur V, soit du polymorphisme du facteur II, soit d'un SAPL (traité par héparine et aspirine faible dose), ont un risque élevé de fausse couche tardive lors d'une nouvelle grossesse. Les femmes à antécédent de fausse couche tardive et porteuses des mêmes particularités biologiques, traitées pendant leur grossesse selon les recommandations (héparine pour l'anomalie du facteur V ou II, héparine plus aspirine faible dose pour le SAPL), ont un risque diminué de récidive de perte fœtale tardive mais demeurent, dans le groupe SAPL, fréquemment exposées aux complications tardives de la grossesse malgré la prophylaxie antithrombotique. Nous avons évalué l'apport de nouveaux marqueurs de la dysfonction vasculaire placentaire. Nous montrons que le polymorphisme Ile89Leu du gène de la phosphatase alcaline placentaire (PLAP), enzyme exprimée par les cellules du syncytiotrophoblaste -polymorphisme associé à une augmentation de l'activité PLAP-, exerce un effet protecteur sur l'échec d'implantation et la survenue d'une fausse couche primaire. Un facteur angiogénique (brevet en cours) a également été étudié (génétique, dosage plasmatique, fécondation in vitro) et nous montrons une association de ce marqueur avec les échecs d'implantation et les fausses couches idiopathiques. L'ensemble de ces travaux suggère que ces nouveaux marqueurs moléculaires pourraient contribuer au diagnostic des complications vasculaires de la grossesse et fournir des biomarqueurs d'implantation embryonnaire et/ou de développement placentaire. Ils pourraient suggérer de nouvelles cibles et stratégies thérapeutiques, répondant aux limites des traitements disponibles
Vascular risk increases during pregnancy, contributing to maternal and foetal morbidity and mortality, and potentially justifying primary and secondary preventive measures. Our work evaluates the impact of some determinants and the contribution of new molecular actors implicated in placental vascular dysfunction. The ultimate aim is to optimize management and to develop new therapeutic strategies. We studied the placental vascular complications associated with known biological markers: the factor V Leiden or prothrombin polymorphisms, and conventional markers of the antiphospholipid antibody syndrome (APS). Women with previous recurrent abortions carrying polymorphisms of either factor V or factor II, or with APS (treated with heparin and low-dose aspirin), had an increased risk of foetal loss during subsequent pregnancies. Women with a previous foetal loss carrying these biological markers, treated according to recommendations during a new pregnancy (heparin for the polymorphisms, heparin plus low-dose aspirin for APS) had a lower risk of foetal loss, but an excess of late complications was observed in the APS group despite prophylaxis. We evaluated the contribution of new markers of placental vascular dysfunction. The placental alkaline phosphatase enzyme (PLAP) is synthesized and expressed by syncytiotrophoblastic cells. We found that the Ile89Leu polymorphism of the PLAP gene provides protection against implantation failure and primary miscarriage and induces increased PLAP activity. We also studied (genetics, plasma determinations, in vitro fertilisation) an angiogenic factor (patent application underway), which we showed to be associated with idiopathic implantation failure and miscarriage. These findings suggest that these molecular actors are potentially useful for the diagnosis of placenta-mediated pregnancy complications and may be relevant biomarkers of embryo implantation and/or placental development. They may indicate new targets for relevant therapeutic strategies, potentially overcoming the limitations of the currently available treatments

L’objectif de ce travail était de rechercher des facteurs génétiques de la polyarthrite rhumatoïde (PR) en utilisant différentes approches génétiques cliniques et moléculaires. L’approche de génétique clinique de ce travail a permis de mettre en évidence une agrégation familiale de la PR et des maladies auto-immunes (MAI), et de montrer que certaines caractéristiques du cas index (âge de début de la PR et sexe) étaient associées à une augmentation du risque de PR et/ou MAI chez les apparentés. Il semblait exister une influence de l’auto-immunité personnelle et/ou familiale sur les résultats des analyses de liaison, qui nécessite probablement des échantillons de plus grande taille pour être mise en évidence. La modélisation par la méthode MASC de la composante HLA dans la PR avait jusqu’à présent toujours rejeté un modèle dans lequel un épitope partagé (EP) unique expliquerait la susceptibilité à la maladie. Une nouvelle classification basée sur de la présence ou non de la séquence RAA en position 72 à 74, mais modulé par l’acide aminé en position 71 et par l’acide aminé en position 70 a été proposée et a permis de ne pas rejeter l’hypothèse de l’EP. Cette nouvelle classification a été répliquée dans un échantillon indépendant. L’approche gènes candidats a permis de sélectionner 187 gènes sur les 1577 gènes de fonction connue au sein des 19 régions chromosomiques suggérées par le criblage fin du génome. Une analyse de liaison/association sur un échantillon franco-européen de 465 familles trio a confirmé qu’il existait bien une liaison entre le polymorphisme PTPN22-1858T et la PR, en plus de l’association rapportée dans de nombreuses publications dans la population caucasienne. En revanche, l’étude d’association du gène BlyS et du gène CRLR, tous deux situés dans des régions chromosomiques suggérées par l’analyse de liaison et excellents gènes candidats par leur fonction, n’étaient pas associés à la PR dans un échantillon de 100 familles trio. Enfin, la recherche d’interaction gène-environnement dans les formes familiales de PR a permis de montrer qu’il existait de plus une interaction entre le tabac, les anti-CCP et le HLA-DRB1*0401, suggérant un rôle particulier de cet allèle au sein de l’EP, dans cette interaction
The aim of this work was to search for rheumatoid arthritis (RA) genetic factors using different clinical and molecular genetic approaches. The clinical genetic approach of this work led to exhibit familial aggregation of RA and autoimmune diseases (AID), and to show that some characteristics of the index case (RA age of onset and sex) were associated to an increased risk of RA and/or AID in the relatives. There seemed to be an influence of personal and/or familial autoimmunity on the results of linkage analysis, which probably needs to be studied on larger samples. The modelisation by MASC method of the HLA component in RA has up to now rejected the model in which a unique shared epitope (SE) should explain the disease susceptibility. A new classification based on the presence or not of the RAA motif at position 72 to 74, but modulated by the aminoacid at position 71 and the aminoacid at position 70 was proposed and allowed not to reject the SE hypothesis. This new classification was replicated in an independent sample. The candidate genes approach allowed to select 187 genes among the 1577 genes of known function in the 19 chromosomal regions suggested by the dense genome-wide scan. A linkage/association on a French and European sample of 465 trio families provided a linkage proof between the PTPN22-1858T polymorphism and RA, in the addition of the association reported in numerous publications in the Caucasian population. However, the association study of BlyS and CRLR genes, both located in suggested chromosomal regions by linkage analysis and good candidate genes by their function, were not associated with RA in a sample of 100 trio families. Finally, the search for gene-environment interaction in familial forms of RA led to show an interaction between tobacco, anti-CCP and the HLA-DRB1*0401, underlining a particular role of this allele among SE in this interaction

Erwinia amylovora est l’agent du feu bactérien des Maloïdées. Le but de cette thèse a été de progresser dans la compréhension des bases moléculaires conduisant à la sensibilité ou à la résistance des plantes hôtes. Un travail préalable ayant montré que certains gènes de la voie des phénylpropanoïdes sont réprimés par la bactérie, particulièrement dans un génotype sensible, cette voie a tout d’abord été explorée. Une étude in vitro a montré que deux composés phénoliques du pommier (catéchine et phlorétine), ont un pouvoir bactéricide vis-à-vis d’E. Amylovora et sont capables, à plus faible concentration, de réprimer les gènes hrp, indispensables à la pathogénicité de la bactérie. Le dosage par HPLC des composés phénoliques de deux génotypes de pommier, l’un sensible, l’autre résistant au feu bactérien, confrontés à E. Amylovora a également été réalisé. Les résultats montrent que les dihydrochalcones (DHC, incluant la phlorétine) constituent une famille de composés majoritaires dans les organes étudiés (feuilles). Tous les produits DHC présents en forte quantité chez le génotype sensible sont réprimés au cours de l’interaction avec E. Amylovora, ce qui n’est pas le cas dans le génotype résistant. Ces composés pourraient donc avoir un rôle dans la résistance. Une approche globale par puce à ADN enrichie en gènes de défense a également été entreprise (768 gènes au total). Elle montre que, dans le génotype résistant, la voie de l’acide salicylique est induite précocement par la bactérie, alors que celle de l’acide jasmonique est réprimée dans le génotype sensible. L’expression de certains gènes a été validée par PCR quantitative. L’étude de l’implication des effecteurs bactériens dans les inductions ou répressions observées montre que ce sont les effecteurs DspA/E et HrpN qui ont un rôle prédominant. Ils fonctionnent souvent en association
Erwinia amylovora is the causal agent of fire blight, a disease that affects Maloideae including apple trees. The aim of this work was to improve the understanding of molecular mechanisms leading to disease susceptibility or resistance. In a first part the phenylpropanoid pathway was investigated. It has been indeed previously shown that some genes of this pathway are repressed by the bacteria, particularly in a susceptible genotype. In the present work, an in vitro analysis showed that two phenolics of apple (catechin and phloretin) have bactericidal effect against E. Amylovora and are able at lower concentrations to repress the expression of hrp genes, which are essential for the pathogenicity of the bacteria. The quantification by HPLC of phenolic compounds in a susceptible and a resistant apple genotypes during the interaction with E. Amylovora was performed. Results show that dihydrochalcones (DHC including phloretin) are the major phenolics in the organs studied (leaves). Every main DHC product of the susceptible genotype is repressed during the interaction with E. Amylovora, which is not the case in the resistant one. These compounds could then play a role in the resistance of apple to E. Amylovora. In a second part of this work, a global approach was undertaken by microarrays with a chip enriched in defense genes (768 genes on the whole). Results show that the salicylic acid pathway is early induced by the bacteria in the resistant genotype, whereas the jasmonic pathway is repressed in the susceptible one. Expressions of some genes were validated through quantitative PCR. Analysis of the involvement of Hrp effectors in the observed inductions or repressions demonstrates that DspA/E and HrpN have a leading role and often work in combination