Academic literature on the topic 'Maladies bactériennes – Épidémiologie'

Les antibiotiques, sous forme de médicaments vétérinaires, doivent être utilisés dans le cadre du traitement de maladie animale d’étiologie bactérienne. Leur usage à bon escient est de la responsabilité du vétérinaire qui doit se donner les moyens d’un choix raisonné basé sur ses connaissances épidémiologiques, sur son sens du diagnostic et sur les examens complémentaires notamment bactériologique. Utiliser les antibiotiques conduit à créer une pression de sélection pour des bactéries résistantes pathogènes ou commensales. Des dispositifs de surveillance épidémiologique de la résistance aux antibiotiques et de l’usage des antibiotiques ont été mis en place en France pour évaluer la nature et l’ampleur des usages et les taux de résistance aux principaux antibiotiques. Ces données sont complétées par l’étude des gènes et des mécanismes de résistance, de la pharmacologie des antibiotiques et de la pharmaco- épidémiologie des phénomènes de résistance c’est-à-dire l’étude de la relation entre l’usage des antibiotiques et les mesures préventives associés aux phénomènes d’émergence et de diffusion des gènes de résistance et des bactéries de résistance.

Les animaux de la faune sauvage constituent les réservoirs de nombreuses zoonoses et maladies à potentiel zoonotique. Les camps militaires constituent de vastes zones de protection de cette faune, qui s’est adaptée aux activités qui y sont menées. Depuis plusieurs dizaines d’années, une surveillance épidémiologique est mise en œuvre par les vétérinaires des armées sur les sangliers et les renardsde plusieurs camps militaires du sud-est français, en partenariat avec les sociétés de chasse militaires de ces camps. Cette surveillance a consisté en des enquêtes de prévalence ponctuelles et périodiques portant sur plusieurs agents de zoonoses virales (ex.: virus de l’hépatite E), bactériennes (ex.: Brucella, rickettsies,Anaplasmataceae, Coxiella burnetii,Leptospira, mycobactéries, bactéries résistantesà la colistine) et parasitaires (ex.: Leishmania infantum, Babesia, Toxoplasma, Trichinella, Spirocerca lupi, Echinococcus,) et sur plusieurs espèces animales (sangliers, renards, rongeurs). Différentes méthodes de recherche ont été appliquées (sérologie, PCR, examen microscopique), en collaboration avec un réseau de laboratoires de référence et de partenaires. Unbilan de ces différentes enquêtes est proposé dans cette communication. Cette surveillance épidémiologique de la faune sauvage a permis d’améliorer l’identification des agents de zoonoses et les connaissances relatives à l’épidémiologie de ces maladies ausein des sites militaires. Cela a permis de prodiguer au commandement les recommandations adaptées pour prévenir la transmission de ces agents zoonotiquesaux militaires présents sur ces sites, en application du concept «une seule santé».

Les animaux de la faune sauvage constituent les réservoirs de nombreuses zoonoses et maladies à potentiel zoonotique. Les camps militaires constituent de vastes zones de protection de cette faune, qui s’est adaptée aux activités qui y sont menées. Depuis plusieurs dizaines d’années, une surveillance épidémiologique est mise en œuvre par les vétérinaires des armées sur les sangliers et les renardsde plusieurs camps militaires du sud-est français, en partenariat avec les sociétés de chasse militaires de ces camps. Cette surveillance a consisté en des enquêtes de prévalence ponctuelles et périodiques portant sur plusieurs agents de zoonoses virales (ex.: virus de l’hépatite E), bactériennes (ex.: Brucella, rickettsies,Anaplasmataceae, Coxiella burnetii,Leptospira, mycobactéries, bactéries résistantesà la colistine) et parasitaires (ex.: Leishmania infantum, Babesia, Toxoplasma, Trichinella, Spirocerca lupi, Echinococcus,) et sur plusieurs espèces animales (sangliers, renards, rongeurs). Différentes méthodes de recherche ont été appliquées (sérologie, PCR, examen microscopique), en collaboration avec un réseau de laboratoires de référence et de partenaires. Unbilan de ces différentes enquêtes est proposé dans cette communication. Cette surveillance épidémiologique de la faune sauvage a permis d’améliorer l’identification des agents de zoonoses et les connaissances relatives à l’épidémiologie de ces maladies ausein des sites militaires. Cela a permis de prodiguer au commandement les recommandations adaptées pour prévenir la transmission de ces agents zoonotiquesaux militaires présents sur ces sites, en application du concept «une seule santé».

Objectif : Nous avons mené une étude prospective, descriptive pour étudier les aspects épidémiologique, clinique, thérapeutique et évolutif des pleurésies purulentes en milieu pneumologique spécialisé à Bamako. Patients et méthode : Du 1er Janvier au 31 décembre 2012 nous avons inclus tous les patients hospitalisés dans le service et/ou vus en ambulatoire (consultations externes) présentant une pleurésie purulente et ayant bénéficié d'au moins une radiographie pulmonaire standard de face et de l'étude bactériologique du liquide pleural. Résultats : La pleurésie purulente représentait 1,95% des pathologies respiratoires dans le service. Le sexe masculin était majoritaire soit 73,3% (22/30) avec un sexe ratio de 2,74. La tranche d'âge la plus observée était de 21 à 40 ans avec 63,3% (19/30). Le syndrome de détresse respiratoire était le plus retrouvé avec 93,3% (28/30) suivi du syndrome d'épanchement liquidien (83,3%). Les pleurésies droites étaient retrouvées dans 60% (18/30) des cas avec une prédominance des cas de moyenne abondance 40%. La culture était stérile chez 76,7% (23/30) des patients et 42,8% des cultures positives concernaient le Staphylococcus aureus L'association Amoxicilline-acide clavulanique + métronidazole + gentamicine 23,3% (7/30) était l'antibiothérapie la plus utilisée, La ponction itérative et la kinésithérapie ont été les gestes pratiqués chez tous les malades. Seul 16,7% (5/30) ont bénéficié d'un drainage thoracique. L'évolution a été favorable chez plus de la moitié des patients soit 60%(18/30nombre patients) des cas et nous avons enregistré 1 cas de décès. Conclusion : Les pleurésies purulentes sont fréquentes chez les sujets jeunes de sexe masculin. La prise en charge reste confrontée à la difficulté d'identification des germes par une antibiothérapie abusive préalable et d'évacuation des épanchements purulents. Le Staphylocoque aureus occupe une place importante des étiologies bactériennes.

Cette thèse illustre l'apport de la démarche épidémiologique à la transfusion et à l'hémovigilance conçue comme système de surveillance de santé publique. Les lacunes dans les connaissances sur les incidents transfusionnels liés à la contamination bactérienne des produits sanguins labiles (ITCB), la plus fréquente des infections post-transfusionnelles, indiquaient la nécessité d'études. L'étude cas-témoins sur les contaminations bactériennes par les produits sanguins labiles (PSL) au sein du réseau d'hémovigilance (Bacthem) a été basée sur l'inclusion des ITCB parmi toutes les suspicions notifiées en France durant deux ans. Les ITCB étaient d'issue mortelle pour 15 % des 41 cas, tous liés à des bacilles Gram négatifs. La transfusion de plaquettes, et de globules rouges quand le receveur avait une pancytopénie, étaient fortement associées au risque. Le rôle du traitement du receveur par immunosuppresseurs, la durée de conservation des produits et le nombre de dons antérieurs élevé chez le donneur ont été suggérés. L'étude de l'éviction des 15 premiers millilitres du don de sang total suggère que cette procédure réduirait le taux de contamination des dons de 2,2 à 0,6 %. Les déterminants de la contamination étaient l'établissement de transfusion sanguine préleveur, l'âge du donneur supérieur à 35 ans et l'absence de répétition de la phase de nettoyage de l'antisepsie cutanée. Ces résultats ouvrent des perspectives pour la recherche sur la prévention des ITCB. L'éviction des premiers millilitres et l'amélioration des procédures d'antisepsie devraient réduire le risque de contamination des PSL. L'indication préférentielle de PSL à plus faible risque devrait être envisagée. Les progrès qui pourraient résulter de l'intégration de fonctions épidémiologiques dans le système d'hémovigilance sont développés
This thesis illustrates the contribution of the epidemiologic approach to transfusion and haemovigilance, a public health surveillance system. Transfusion-refated bacterial contamination (TRBC) is the first cause of infection related to transfusion. Limitation of knowledge indicated the need for studies. The case-control study on TRBC within the haemovigilance network (Bacthem) was based on the inclusion of TRCB among all suspected cases notified in France during two years. TRBC was letal for 15 % of 41 cases, all related to Gram negative rods. Transfusion of platelet concentrates, and of red cells when the recipient had pancytopenia, were strongly associated with TRBC risk. Suggested determinants were recipient treatment by potent immunosuppressive drugs, LBP shelf-life and numerous previous donations in the donor. The study of diversion of the first 15 mL of whole-blood donation suggests that this collection procedure may reduce donation contamination rates from 2. 2 to 0. 6 %. Contamination determinants were the collecting blood bank, the donor's age above 35 and the lack of repetition of the cleaning stage of antisepsis. Results open avenues for research for preventing TRBC. Excluding the first millilitres and improving the phlebotomy site preparation may reduce donation contamination rates. Indicating low-risk LBP in high risk recipients should be considered. Integrating epidemiology should lead to improvements of the haemovigilance system

Les objectifs de notre étude ont porté tout particulièrement sur les critères anamnestiques d'infection materno-foetale et sur l'intérêt d'un prélèvement bactériologique (liquide gastrique) permettant un diagnostic rapide et évitant une antibiothérapie inutile. Nous avons pu souligner qu'un certain nombre de facteurs anamnestiques était insuffisamment pris en compte au Vietnam (une fièvre maternelle  38°C avant ou début du travail, une rupture prolongée de la poche des eaux de plus de 12 heures, une rupture prématurée des membranes avant 35 semaines gestationnelles, une infection urinaire maternelle, une tachycardie fœtale, une asphyxie néonatale) et que l'examen direct du liquide gastrique avait une bonne valeur prédictive négative. La connaissance de ces résultats devrait permettre une amélioration de la mortalité et de la morbidité néonatale au Vietnam
The aim of our study was to determine the criteria for maternofetal infection and the relevance of bacteriological sampling, i. E. Gastric fluid, in order to make a quick diagnosis and to avoid unappropriate antibiotic therapy. We have underlined the underestimation of some medical history items in Vietnam such as maternal fever > 38°C before or at the onset of labor, membranes rupture duration > 12 hours or membranes rupture occuring before 35 weeks , maternal urine tract infection, fetal tachycardia, neonatal asphyxia. The negative predictive value of gastric fluid direct examination was also emphasized. A better knowledge of such results should lead to a decrease in neonatal mortality and morbidity in Vietnam

Les maladies fébriles y compris les maladies bactériennes sont mal connues en Côte d’Ivoire et en Guinée. Tout d’abord, nous avons recherché par biologie moléculaire des bactéries pathogènes transmises par les tiques en Côte d’Ivoire. Nous avons analysé différentes espèces de tiques prélevées chez des bovins et mis en évidence des bactéries pathogènes responsables de nombreuses maladies infectieuses comme Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (fièvre Q) et aussi vingt nouvelles espèces potentielles.Ensuite, notre objectif était de détecter par biologie moléculaire des micro-organismes pathogènes chez l’homme. Concernant l’étude des plaies et des peaux saines en Guinée, la plupart des patients étaient infectés par Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et plusieurs espèces d'Acinetobacter.Parmi les patients fébriles et les sujets apyrétiques recrutés en Guinée et en Côte d’Ivoire, Plasmodium falciparum reste le micro-organisme le plus fréquent surtout dans les échantillons de sang des patients fébriles bien que plusieurs bactéries aient été aussi identifiées. En Guinée, il s’agissait de Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Salmonella enterica Non Typhi et Non Paratyphi et R. felis. Ces bactéries ont été également identifiées ainsi que Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei et une nouvelle espèce potentielle de Wolbachia en Côte d’Ivoire. Nos travaux ont permis d’établir le répertoire des bactéries transmises par les tiques en Côte d’Ivoire, celles impliquées dans les bactériémies en Côte d’Ivoire et en Guinée (Conakry)
Febrile illnesses including bacterial diseases are poorly known in Côte d'Ivoire and Guinea.In the first part of our work, we researched by molecular biology bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire. We analyzed different species of ticks collected from cattle and highlighted pathogenic bacteria responsible for many infectious diseases such as Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (Q fever) and twenty potential new species. In the second part, our goal was to detect using molecular biology several microorganisms in humans in Guinea (Conakry) and Côte d'Ivoire. As regards the study of wounds and healthy skin in Guinea, most patients were infected with Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, several species of Acinetobacter.Among the febrile patients and healthy controls afebrile recruited in Guinea and Côte d'Ivoire, Plasmodium falciparum is the most common detected microorganism especially in blood samples from febrile patients although several bacteria were also identified. In Guinea, it was Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, non-typhoidal Salmonella spp., and R. felis. These bacteria were also identified as well as Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei and a potential new species of Wolbachia in Côte d’Ivoire.This work allowed establishing the repertory of bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire, as well as those involved in bacteremia in Côte d’Ivoire and Guinea (Conakry)

Bien que considérées comme étant sous contrôle durant la seconde partie du 20ième siècle avec la découverte des antimicrobiens, les maladies infectieuses demeurent une menace bien réelle pour l’humanité. Quelque soit l’état de connaissance que nous avons sur ces maladies, toutes demeurent imprédictibles. Afin de lutter contre ce phénomène, de nombreuses stratégies de surveillance ont été développées amenant à la mise en place de divers outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à détecter et identifier, le plus précocement possible, des événements anormaux. L’objectif initial de notre travail a consisté à mettre en place, au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection et à partir du logiciel Microsoft Excel, deux nouveaux outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à identifier, de façon hebdomadaire et automatisée, des événements anormaux sur la base des données de microbiologie clinique issues du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire Timone à l’Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Une fois cette étape achevée, nous avons par la suite travaillé au développement d’une structure de surveillance complète intégrant l’investigation et la validation des alarmes émises par les systèmes de surveillance créés, l’émission d’alertes à l’Agence Régionale de Santé (ARS) de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA), la valorisation des cas d’événements anormaux confirmés par des publications scientifiques, ainsi que la mise en place de rétro-informations et de bulletins épidémiologiques hebdomadaires visant à informer les acteurs locaux de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses
Although considered under control in the second half of the 20th century with the discovery of antimicrobials, infectious diseases remain a serious threat to humanity. Regardless of the state of knowledge we possess on these diseases, all remained unpredictable. To fight this phenomenon, many monitoring strategies have been developed leading to the implementation of various epidemiological surveillance computer programs to detect and identify, as soon as possible, abnormal events including epidemic phenomena. The initial objective of our work was to implement, within the Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection and based on the Microsoft Excel software, two new automated computer-based programs for the weekly automated epidemiological surveillance of abnormal epidemic events using clinical microbiological data from the Timone teaching hospital of of Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Once completed, we then worked to develop a comprehensive monitoring structure incorporating the investigation and the validation of alarms emitted by the established surveillance systems, the transmission of alerts to the Regional Health Agency (ARS) of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA), the public dissemination of confirmed abnormal events by publishing scientific articles, and the implementation of feedback and weekly epidemiological bulletins to inform local infectious diseases epidemiological surveillance actors

La résistance aux antibiotiques chez les bactéries est un problème majeur mondial du fait de son augmentation. Récemment, la transmission des bactéries résistantes aux humains, aux animaux et à l’environnement sont de plus en plus décrits dans la littérature. Ces dernières années, les voyages internationaux ont augmenté massivement ce qui a permis aux bactéries résistantes de se propager d’un lieu à un autre. Les voyageurs internationaux sont les principaux acteurs de l’acquisition et de la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques. Le plus grand rassemblement annuel de personnes comme le pèlerinage à la Mecque est connu pour être un réservoir pour la transmission des maladies infectieuses telles que la grippe, les épidémies méningococciques ou la tuberculose. Par conséquent, les voyageurs en particulier les pèlerins représentent une source importante de propagation de bactéries multi-résistantes. Les études sur la transmission et l'acquisition de gènes de résistance pendant le Hajj sont rares. Par conséquent, ce projet de thèse a trois objectifs principaux permettant de mieux comprendre la prévalence des gènes de résistance et des bactéries multi-résistantes au cours du Hajj:(i)l’étude de la surveillance épidémiologique des gènes de résistance chez les pèlerins avant et après le Hajj,(ii)l’étude des facteurs de risque d'acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques chez les pèlerins,(iii)les études épidémiologiques moléculaires des bactéries résistantes chez les pèlerins et d'autres sources, tels que les patients, les animaux et l’environnement en utilisant des techniques comme le typage des séquences multi-locus et le séquençage du génome complet
Antibiotic resistance in bacteria is increasing and become a worldwide problem. Newresistance bacteria or mechanisms are emerging and spreading rapidly. Recently, thetransmission of antibiotic-resistant (AR) bacteria among humans, animals, and the variousenvironments are vastly recognized. With the growth of international travels over the pastdecades, this provides opportunities for AR bacteria to be spread rapidly from one geographiclocation to another. During trips, travelers changed diets, lifestyles, and their environmentsresulting in the alteration of AR patterns of bacteria residing in the gut. Thus, internationaltravelers are one of the most important modes for the acquisition and spread of AR genes.The largest annual mass gathering, the Hajj (pilgrimage to Mecca) is well known as a sourcefor infectious diseases transmission such as influenza, meningococcal outbreaks ortuberculosis. Thus, travelers, especially pilgrims, are one of the most significant sources forspreading AR bacteria. However, studies of the transmission and acquisition of AR genesduring Hajj in pilgrims are scarce. Therefore, this research thesis was carried out with threemain objectives to better understanding the prevalence of AR genes and bacteria during Hajj:(i) epidemiological surveillance of AR genes in pilgrims before and after Hajj, (ii) risk factorsanalysis concerning AR genes acquisition in pilgrims, (iii) molecular epidemiological studiesof AR bacteria in pilgrims, including patients, animals, and environment with the use ofmulti-locus sequence typing and whole genome sequencing

L'objectif principal de ce travail etait d'explorer les bactéries pathogènes que recèle le tube digestif des gorilles. Pour ce faire, un total de 48 échantillons de selles, provenant du Cameroun, appartenant à 21 gorilles ont été analysés. D'abord la culturomique et le pyroséquençage ont été utilisés pour évaluer exhaustivement la diversité bactérienne. En appliquant la culturomique, 86 conditions de culture dont des milieux fabriqués à base de plantes tropicales, sur un échantillon de selles de gorille, 12 800 colonies microbiennes ont été isolées et testées, et 147 espèces bactériennes identifiées. De nombreux pathogènes opportunistes ont été observés, dont 8 qui sont fréquemment associés à des maladies chez l'homme: Mycobacterium bolletii, Proteus mirabilis, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Escherichia coli, Staphylococcus aureus et Clostridium botulinum. En utilisant la PCR en temps réel pour cribler des pathogènes bactériens dans les 48 échantillons de selles de gorilles, des bactéries fastidieuses telles que Bartonella spp. Borrelia spp., Coxiella burnetii, Tropheryma whipplei ont été observées. Nous avons estimé la prévalence de ces agents pathogènes qui varie entre 4,76% et 85,7%. Ce travail a permis de savoir que l'homme et le gorille ont en commun plusieurs espèces bactériennes dont des pathogènes émergents. Par conséquent, les gorilles sauvages peuvent servir de réservoir et de source pour l'émergence et/ou la réémergence des bactéries pathogènes pour l'homme
The main objective of this work is to explore the gorilla's potential role as a reservoir for pathogenic bacteria. We used both microbial culturomics and pyrosequencing to analyze the gorilla gut bacteria. By applying culturomics to one index gorilla, we tested 12,800 colonies and identified 147 different bacterial species, including 5 new species. Many opportunistic human pathogens were observed, including 8 frequently associated with human disease: Mycobacterium bolletii, Proteus mirabilis, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Escherichia coli, Staphylococcus aureus and Clostridium botulinum. Using specific real-time PCR on 48 gorilla fecal samples, we also observed the fastidious pathogens Bartonella spp. Borrelia spp., Coxiella burnetii, Tropheryma whipplei. Using microsatellite analysis of the gorilla samples, we estimated that the prevalence of these pathogens was between 4.76% and 85.7%. Therefore, the gorilla shares many bacterial pathogens with humans, which suggests that wild gorillas might be a reservoir for the emergence and/or reemergence of these pathogens, especially in areas where human and gorilla habitats overlap and because of the increasing presence of humans in the African equatorial forests

Une étude approfondie de l'agent causal de la maladie des tâches noires de la mangue (Xanthononas campestris pv. Mangiferaeindicae) a permis de mettre en évidence une assez large variabilité des caractères métaboliques, sérologiques, de la sensibilité à une gamme de bactériophages, d'antibiotiques ou de sels de métaux lourds et du contenu plasmidique des 94 isolats étudiés. Une variabilité existe également en ce qui concerne le pouvoir pathogène sur différentes plantes hôte. L'étude des caractéristiques biologiques et épidémiologiques de l'agent pathogène dans les conditions de l'ile de la réunion a permis de mettre en évidence les périodes de sensibilité et réceptivité des tissus de l'hôte et l'influence des paramètres climatologiques sur leur développement. Une survie épiphyte de l'agent pathogène a été démontrer sur feuilles, bourgeons et jeunes fruits. Les modalités de sa dissémination ont été précisées. L'efficacité de différentes formulations chimiques a été étudiée. Des résultats encourageants concernant les possibilités de lutte biologique par utilisation de souches de Bacillus subtilis ou B. Amyloliquefaciens antagonistes ont été obtenus
An extensive study was undertaken to characterize 94 isolates of Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae responsible for bacterial black spot of mangoes. Studies on carbohydrates assimilation, susceptibility to antibiotics and to heavy metal salts, serotyping and phage-typing, plasmid patterns as well as to pathogenicity to several hosts have revealed a large variability within the isolates. Biological and epidemiological studies of the pathogen under Reunion Island conditions have allowed us to establish susceptibility and receptivity periods of host tissues and their relations to climatic conditions. The pathogen is able to survive as an epiphyte on leaves, buds and immature fruit. Its mode of spread has been studied. Chemical and biological disease control were evaluated and resuls show that disease control may be achieved by using an antagonistic strain of Bacillus subtilis or B. Amyloliquefaciens

La surveillance épidémiologique est le recueil systématique et continu d’informations sur l’état de santé des populations, leur analyse, leur interprétation et leur diffusion à tous les décideurs ayant besoin d’être informés. Un de ses objectifs est la détection des événements inhabituels, i.e. des épidémies, nécessitant la mise en place rapide de contre-mesures. Les objectifs de ce travail de thèse sont : (i) d’évaluer les principales méthodes statistiques de détection publiées et communément employées dans différents systèmes de surveillance épidémiologique, (ii) de proposer une nouvelle approche reposant sur la combinaison optimale de méthodes de détection statistique des épidémies et (iii) de développer une nouvelle méthode statistique d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance épidémiologique collectées en routine par le système.Pour atteindre ces objectifs, nous évaluons les principales méthodes statistiques de la littérature, à partir d’un jeu publié de données simulées. Puis nous proposons une approche originale pour la détection des épidémies sur le principe de la combinaison de méthodes sélectionnées lors de l’étape précédente. Les performances de cette approche sont comparées aux précédentes selon la méthodologie utiliséeà la première étape. Enfin, nous proposons une méthode d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance en employant des modèles statistiques adaptés aux séries chronologiques
Public health surveillance is the ongoing, systematic collection, analysis, interpretation, and dissemination of data for use in public health action to reduce morbidity and mortality of health-related events and to improve health. One of its objectives is the detection of unusualevents, i.e. outbreaks, requiring the rapid implementation of countermeasures.The objectives of this work are: (i) to evaluate the main published statistical methods for outbreak detection commonly implemented in different public health surveillance systems, (ii) to propose a new approach based on the optimal combination of statistical methods foroutbreak detection and benchmark it to other methods; and (iii) develop a new statistical method for the etiological analysis of an outbreak from public health surveillance data routinely collected by the system. To achieve these objectives, as a first step, we evaluate the main statistical methods, from a published set of simulated public health surveillance data. Statistical methods have been evaluated for an operational purpose: for all simulated time series, we used the tuning parameters recommended by their authors for each algorithm when available. We propose sensitivity and specificity metrics suitable for these tools. Then we propose an original approach for outbreak detection based on combination of methods selected in the previous step. The performance of this approach is compared to the previous ones according to the methodology implemented in the first step.Finally, we propose a method for the etiological analysis of an outbreak from surveillance data by using statistical models suitable for time series analysis

Pour de nombreux pathogènes humains, des souches distinctes co-circulent dans les populations hôtes. Cependant, malgré notre capacité à observer la diversité de ces souches, les mécanismes biologiques, environnementaux et ceux liés à l'hôte façonnant cette co-existence restent peu étudiés. Dans ce contexte, l'importance de la modélisation de la structure des contacts entre les individus d’une même population est de plus en plus reconnue, mais n’en est encore qu’à ses débuts. La majorité des travaux conduits à ce jour porte sur deux pathogènes qui sont soit en compétition, soit en coopération. Nous avons approfondi ici les connaissances actuelles sur la co-existence des souches circulant sur des réseaux de contacts. Dans un premier travail, nous avons évalué le rôle des contacts sur la diversité écologique des souches à l’aide d’un modèle parcimonieux de compétition. Nos résultats théoriques améliorent notre interprétation des tendances observées, dans un jeu de données composé d’information sur les contacts entre individus dans un hôpital, et leur portage de Staphylocoque doré. Dans un second travail, nous avons développé un modèle tenant compte à la fois de la compétition et de la coopération entre souches. Nous considérons deux souches en compétition, d’un premier pathogène, qui coopèrent toutes deux avec un second pathogène. L’interaction entre la compétition et la coopération conduit à une dynamique assez riche. Ici, l’existence de communautés d’hôtes permet la co-existence de souches, en créant dynamiquement des niches écologiques différentes. Nos résultats confirment l'importance de la structure des contacts entre les hôtes dans la diversité des souches co-circulantes
For many human pathogens, distinct strains have been reported to circulate in the host population. However, despite our ability to observe strain diversity, biological, environmental and host-related mechanisms shaping co-existence patterns remain largely unexplored. In this context, the importance of modeling contact structure is becoming increasingly recognized, yet, the study of this aspect is still at the beginning. To date, the majority of works focus on two pathogens that either compete or cooperate. Here, we extend current knowledge about strain co-existence on contact networks in two directions, characterizing the ecology of an open strain population, and analyzing the effect of heterogeneous concurrent interactions. In a first study, we assess the role of important contact properties on ecological diversity in a parsimonious model of strain competition. We found that our theoretical results improve our interpretation of observed patterns in a joint dataset consisting of face-to-face interactions and Staphylococcus aureus carriage in a hospital. In a second work, we study a theoretical model accounting for both competition and cooperation. We consider two competing strains that both cooperate with a second pathogen. The interplay between transmissibility and cooperative factor led to a rich phase diagram, showing complex boundaries and bistability. Here, repartition of hosts into communities enables strain co-existence by dynamically creating different ecological niches. Our findings confirm the importance of host contact structure as a driver of strain diversity

La tuberculose est l’une des maladies infectieuses mortelles les plus fréquentes, causée par des mycobactéries tuberculeuses dont principalement M. tuberculosis. Notre thèse a porté sur Mycobacterium canettii caractérisée par un morphotype lisse et un temps de génération plus court que M. tuberculosis. Notre revue de la littérature a montré que moins d'une centaine de cas d’infection à M. canettii ont été rapportés majoritairement à Djibouti située dans la Corne de l’Afrique. Ensuite, notre étude prospective de la tuberculose pulmonaire à Djibouti a mesuré une prévalence d’infections à M. canettii de 4%. A travers un modèle murin d’infection par gavage, nous avons observé la translocation de M. canettii des intestins vers la circulation lymphatique et sanguine ; suivie par une dissémination principalement vers les poumons et les ganglions lymphatiques. Cette étude a alors démontré que M. canettii peut infecter les individus par voie orale et a révélé que M. canettii peut interagir avec le tissu adipeux brun. Ensuite, à travers des modèles cellulaires d’infection, nous avons montré que les pré-adipocytes bruns pourraient constituer une cible potentielle des mycobactéries tuberculeuses et que M. canettii ne persiste pas dans les adipocytes matures contrairement à M. tuberculosis. En conclusion, nous avons apporté des connaissances nouvelles sur l’infection à M. canettii : sa prévalence, son mode de transmission ainsi que de nouvelles pistes sur de possibles réservoirs environnementaux. L’ensemble de ces données suggèrent que l’infection à M. canettii doit être considérée comme une entité clinique distincte de la tuberculose que nous proposons de nommer « Canettose »
Tuberculosis is one of the most frequent deadly infectious diseases worldwide, caused by tuberculous mycobacteria including mainly M. tuberculosis. Our thesis focused on Mycobacterium canettii characterized by a smooth morphotype and a shorter generation time than M. tuberculosis. Our review of the literature showed that less than one hundred cases of M. canettii infection have been reported in Djibouti situated in the Horn of Africa. Then, our prospective microbiological study of pulmonary tuberculosis in Djibouti measured a prevalence of M. canettii lung infections of 4%. Through a mouse model by gavage, we observed the translocation of M. canettii from the intestines to the lymphatic and blood circulation; followed by dissemination mainly to the lungs and lymph nodes. In conclusion, this study demonstrated that M. canettii can follow the digestive tract to infect individuals and revealed also that M. canettii can interact with brown adipose tissue. Then, through cell infection models, we have shown that brown pre-adipocytes may be a potential target for tuberculous mycobacteria and that M. does not persist in mature adipocytes contrary to M. tuberculosis. In conclusion, this work allowed to bring new knowledge about M. canettii infection: its prevalence, its mode of transmission as well as new avenues on possible environmental reservoirs. All of these data suggest that M. canettii infection should be considered as a distinct clinical entity from tuberculosis. We propose to name "Canettosis" the M. canettii infection