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Dissertations / Theses on the topic 'Maladies bactériennes'
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Perez, Paul. "Epidémiologie des contaminations bactériennes liées à la transfusion de produits sanguins labiles." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28752.
Full textAbstract:
Cette thèse illustre l'apport de la démarche épidémiologique à la transfusion et à l'hémovigilance conçue comme système de surveillance de santé publique. Les lacunes dans les connaissances sur les incidents transfusionnels liés à la contamination bactérienne des produits sanguins labiles (ITCB), la plus fréquente des infections post-transfusionnelles, indiquaient la nécessité d'études. L'étude cas-témoins sur les contaminations bactériennes par les produits sanguins labiles (PSL) au sein du réseau d'hémovigilance (Bacthem) a été basée sur l'inclusion des ITCB parmi toutes les suspicions notifiées en France durant deux ans. Les ITCB étaient d'issue mortelle pour 15 % des 41 cas, tous liés à des bacilles Gram négatifs. La transfusion de plaquettes, et de globules rouges quand le receveur avait une pancytopénie, étaient fortement associées au risque. Le rôle du traitement du receveur par immunosuppresseurs, la durée de conservation des produits et le nombre de dons antérieurs élevé chez le donneur ont été suggérés. L'étude de l'éviction des 15 premiers millilitres du don de sang total suggère que cette procédure réduirait le taux de contamination des dons de 2,2 à 0,6 %. Les déterminants de la contamination étaient l'établissement de transfusion sanguine préleveur, l'âge du donneur supérieur à 35 ans et l'absence de répétition de la phase de nettoyage de l'antisepsie cutanée. Ces résultats ouvrent des perspectives pour la recherche sur la prévention des ITCB. L'éviction des premiers millilitres et l'amélioration des procédures d'antisepsie devraient réduire le risque de contamination des PSL. L'indication préférentielle de PSL à plus faible risque devrait être envisagée. Les progrès qui pourraient résulter de l'intégration de fonctions épidémiologiques dans le système d'hémovigilance sont développésThis thesis illustrates the contribution of the epidemiologic approach to transfusion and haemovigilance, a public health surveillance system. Transfusion-refated bacterial contamination (TRBC) is the first cause of infection related to transfusion. Limitation of knowledge indicated the need for studies. The case-control study on TRBC within the haemovigilance network (Bacthem) was based on the inclusion of TRCB among all suspected cases notified in France during two years. TRBC was letal for 15 % of 41 cases, all related to Gram negative rods. Transfusion of platelet concentrates, and of red cells when the recipient had pancytopenia, were strongly associated with TRBC risk. Suggested determinants were recipient treatment by potent immunosuppressive drugs, LBP shelf-life and numerous previous donations in the donor. The study of diversion of the first 15 mL of whole-blood donation suggests that this collection procedure may reduce donation contamination rates from 2. 2 to 0. 6 %. Contamination determinants were the collecting blood bank, the donor's age above 35 and the lack of repetition of the cleaning stage of antisepsis. Results open avenues for research for preventing TRBC. Excluding the first millilitres and improving the phlebotomy site preparation may reduce donation contamination rates. Indicating low-risk LBP in high risk recipients should be considered. Integrating epidemiology should lead to improvements of the haemovigilance system
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Yactayo, Sergio. "Les maladies diarrhéiques épidémiques bactériennes : de l'observation clinique à la génétique." Nantes, 2007. http://www.theses.fr/2007NANT2027.
Full textAbstract:
Les descriptions des syndromes du choléra et de la dysenterie, existent depuis l’antiquité, initialement ils sont décrits comme des cas isolés. Vers la fin du XIXème siècle commencent les premières découvertes des bactéries, chaque bactérie est en relation à une maladie infectieuse, mais la présence d’une bactérie n’était pas suffisante pour l’associer à une maladie ; il fallait le démontrer scientifiquement. Les techniques d’étude de l’infiniment petit vont se développer et l’on commencera à découvrir des variantes bactériennes. L’on va découvrir la Escherichia coli présente dès la naissance du nouveau né. Escherich est l’un des premiers à l’associer aux infections chez l’enfant, cependant il a fallu plus de 80 ans pour que cela soit accepté. Au début du XIXème, d’Hérelle découvrira le bactériophage, un virus pathogène des bactéries qu’il voulait utiliser comme antibiotique. Cette découverte ouvre la porte vers le monde de la biologie moléculaire et la compréhension de l’évolution des bactéries. L’on conçoit mieux alors, l’émergence de certaines maladies infectieuses. De nouvelles variétés de Vibrions, Shigella et colibacilles vont apparaître, ils échangeront leur matériel génétique par transfert horizontal de gènes Désormais l’on peut trouver les toxines des Vibrions et des Shigelles chez d’autres bactéries. Une nouvelle ère s’annonce déjà, avec l’utilisation des maladies diarrhéiques comme des armes biologiquesDescriptions of cholera and dysentery syndromes were present since antiquity; initially they were described as isolated cases. Towards the end of 19th century the first bacteria were discovered, so each bacteria is linked with an infectious disease, but the presence of a bacterium in a disease was not enough to associate to it; a scientific demonstration was indispensable. The techniques for study the microscopic world will be developed and the scientific world will start to discover different bacterial species. We will discover the Escherichia coli present from the born of new baby. Doctor Escherich is one of the first to associate the infections to the child; however it was need more of 80 years to finally accept this idea. At the beginning of 19th, d’Herelle will discover the bacteriophage, a pathogenic virus of bacteria which he mainly wanted use as antibiotic. This discovery opens the door towards the world of molecular biology and the comprehension of the bacterial evolution. We understand better then, the emergence of some infectious diseases. New species of Vibrio, Shigella and Escherichia coli will appear, they will exchange their genetic material by horizontal gene transfer. Despite everything we can find the toxins of Vibrio and Shigella in other bacteria. A new era is beginning, with the use of diarrhoeal diseases as biological weapon
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Pichavant, Muriel. "Mécanismes de sensibilisation par voie aérienne : interactions entre cellules épithéliales bronchiques et cellules dendritiques." Lille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004LIL2S018.
Full textAbstract:
Au niveau de la muqueuse respiratoire, la réponse immunitaire repose sur un réseau de surveillance établi par les cellules dendritiques (DC), localisées au sein de l'épithélium. Les DC sont des cellules présentatrices d'antigènes professionnelles, jouant un rôle central dans le développement et l'orientation de la réponse immune. L'exposition à un agent microbien ou à un allergène entraîne un afflux de DC dans l'épithélium. Afin de déclencher une sensibilisation vis-à-vis de l'antigène au niveau des voies aériennes, l'exposition à un agent activateur simultanément à un antigène est nécessaire impliquant vraisemblablement l'activation des cellules épithéliales bronchiques (CEB). Pour tester cette hypothèse, leur rôle dans la régulation de l'homéostasie et des fonctions des DC a été évalué en réponse à un agent vaccinal d'origine bactérienne : le kpOmpA, et à un pneumallergène : Der p1. Le kpOmpA, protéine membranaire de Klebsiella pneumoniae, active les macrophages et les DC, et possède des propriétés immunomodulatrices. Nos résultats montrent que l'instillation de kpOmpA déclenche une réponse immune innée, via l'épithélium, en recrutant des neutrophiles. Les CEB activées par kpOmpA sont aussi capables de recruter des précurseurs de DC myéloïdes et de favoriser leur processus de différenciation/maturation. Cette étude démontre la participation active des CEB au développement de la réaction immunitaire, et leur rôle dans la transition entre l'immunité innée et l'immunité acquise. Comme Der p1, allergène à activité protéasique de Dermatophagoïdes pteronyssinus, est capable d'induire une sensibilisation par voie aérienne chez les sujets atopiques, nous avons évalué les interactions DC/CEB, en comparant les CEB issues de sujets sains (NA) et de patients allergiques asthmatiques (AA). Les résultats obtenus indiquent que dans les deux groupes, les CEB produisent les chimiokines CCL2, CCL5 et CXCL10 en réponse à Der p1, alors que les AA sécrètent du CCL20 en plus. Chez les AA, ceci a pour conséquences d'induire la migration des cellules de Langerhans en plus de la migration des DC dérivées des monocytes, présentes également chez les NA. Cette action de Der p1 dépend de son activité protéasique sur les CEB et pourrait intervenir dans le processus de sensibilisation responsable de la pathologie asthmatique, par le biais du recrutement sélectif d'une sous-population de DC. Ce travail de thèse a permis de montrer que les CEB participent à l'homéostasie du pool de DC pulmonaires et à leur processus de différenciation/maturation, ce qui pourrait influencer le développement et la polarisation des réponses immunes. Ainsi, l'épithélium bronchique représente une cible potentielle dans les processus de vaccination visant la muqueuse respiratoireMucosal immune response depends on the surveillance network established by dendritic cells (DC), located within airway epithelium. DC are professionnal antigen presenting cells, which play a key role in the development and the polarization of immune responses. Exposure to microbial products or allergens increases the number of DC within bronchial epithelium. Moreover, airway sensitization to allergens depends on the presence of pathogen-associated molecular patterns, involving probably bronchial epithelial cell (BEC) activation. To test this hypothesis, we analyzed the crosstalk between BEC and DC in response to a potent vaccinal agent: KpOmpA and to an aeroallergen: Der p1. KpOmpA, an outer membrane protein from Klebsiella pneumoniae, activates macrophages and DC, and has immunomodulatory properties. Our results show that KpOmpA-activated BEC take part to innate immune response through the recruitment of neutrophils. Moreover, BEC trigger the migration of myeloid DC precursors and favor their differentiation/maturation. This study demonstrates the role of BEC in the development of innate and adaptive immune responses after PAMP exposure. Since Der p1, a cystein protease allergen from Dermatophagoïdes pteronyssinus, is able to induce airway sensitization of atopic patients, we evaluated interactions between BEC from non atopic (NA) and allergic asthmatic (AA) donors and DC. Der p1 triggers CCL2, CCL5 and CXCL10 production in both groups, whereas CCL20 is only induced with AA BEC. Langerhans cell precursors are recruited by AA BEC, in addition to monocyte-derived DC precursors which are recruited in both groups. This mechanism of airway sensitization to Der p1 probably implicate the selective recruitment of a DC sub-population. These data show that BEC participate to the development of the immune response through their capacity to regulate the homeostasis of airway DC, and their differentiation/maturation. Thus, bronchial epithelium targeting and activation could be important in vaccination process via airway mucosa
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Nguyen, Isabelle. "Bactéries et cancérogenèse : Identification et purification de trois protéines de la paroi de Streptococcus infantarius potentiellement impliquées dans l'inflammation et la cancérogenèse colorectales." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/NGUYEN_Isabelle_2006.pdf.
Full text
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Sencio, Valentin. "Impact du microbiote intestinal sur les surinfections bactériennes post-grippales." Thesis, Lille, 2020. http://www.theses.fr/2020LILUS030.
Full textAbstract:
Introduction: Le virus influenza A (IAV) est responsable d’épidémies de grippes chaque année, et de pandémies tous les 10 à 15 ans. Des infections bactériennes graves (infections à pneumocoques) peuvent survenir suite à l’infection grippale et contribuent à la morbidité et à la mortalité excessive de la grippe. L'infection par IAV réduit l'immunité antibactérienne, favorisant le développement local des bactéries et leur dissémination. Il a été démontré que le microbiote intestinal a un impact sur les réponses immunitaires de l'hôte. La déplétion (traitement antibiotique) ou l'absence (souris sans germe) de microbiote augmente la susceptibilité aux infections par IAV et Streptococcus pneumoniae. Nous avons émis l’hypothèse que la perturbation de la composition et de la fonction du microbiote intestinal au cours de l’infection par IAV pourrait influencer les surinfections bactériennes pulmonaires. Résultats: Une analyse métagénomique réalisée au cours de l’infection grippale montre une altération transitoire du microbiote intestinal et une perturbation de son activité de fermentation (acides gras à chaîne courte, AGCC). Des expériences de transfert de flore fécale ont montré que les souris reconstituées avec un microbiote altéré (souris grippées) sont plus sensibles à l'infection bactérienne par rapport aux souris reconstituées avec un microbiote sain. La restauration du défaut de production des AGCC (par apport exogène) chez les souris colonisées et au cours de l'infection grippale réduit la susceptibilité aux (sur)infections bactériennes. C’est principalement l’acétate, AGCC majoritaire dans l’intestin et le sang, qui entraine ces effets bénéfiques sur le contrôle de la charge bactérienne en condition de surinfection. Suite au traitement, les macrophages alvéolaires présentent une capacité plus importante à tuer les bactéries permettant de diminuer la charge bactérienne dans le poumon et diminuer le risque de mortalité au cours de la surinfection. La déplétion d’un des récepteurs de l’acétate, le récepteur couplé à la protéine G 43 (GPR43), inhibe son effet bénéfique. L’utilisation d’agonistes du récepteur GPR43 (mimant l’effet des AGCC) au cours de l’infection grippale réduit également la susceptibilité aux surinfections bactériennes. Conclusion: Ces résultats constituent une avancée majeure dans la lutte contre les surinfections bactériennes et laissent entrevoir des applications thérapeutiques. Notamment par le biais de traitement riche en fibres (source indirect d’AGCC) ou à base de probiotiques producteurs d’AGCCIntroduction: Influenza A virus (IAV) is responsible for epidemics and, every 10-15 years, for pandemics. Secondary bacterial infections (pneumococcus) can develop in the aftermath of influenza and strongly contribute to excessive mortality of influenza. IAV infection leads to dysfunctional pulmonary defense and to altered barrier functions, thus favoring the local bacterial outgrowth and dissemination (bacteriemia). The gut microbiota has a critical role in immune responses. For instance, the depletion of the microbiota by antibiotics or its absence (germ-free animals) leads to enhanced susceptibility to respiratory infections including Streptococcus pneumoniae. We hypothesized that IAV infection may alter the functionality of the gut microbiota to favor secondary bacterial infections. Results: Metagenomic analyses demonstrated a transient alteration of the composition of the gut microbiota during IAV infection and an alteration of its fermentative activity (short chain fatty acids, SCFAs). Fecal transfer experiments revealed that the dysbiotic microbiota (collected from IAV-infected mice) can transfer enhanced susceptibility to bacterial infections in recipient mice. Restoration of SCFAs (exogenous delivery) during IAV infection reduced the incidence of bacterial superinfection. It is mainly the acetate, the main SCFA in the intestine and the blood, which causes these beneficial effects on the control of the bacterial load during superinfection. Following treatment, alveolar macrophages have a greater killing activity that lower the bacterial load in the lung and reduce the risk of mortality during superinfection. Depletion of one of the acetate receptors, GPR43, inhibits its beneficial effect. The use of agonists more specific to GPR43 (mimicking the effect of SCFAs) during influenza infection also reduces the susceptibility to bacterial superinfections. Conclusion: Collectively, these findings provide a novel mechanistic scenario for post-influenza bacterial superinfection and might have therapeutic applications in diseases associated with dysbiosis and secondary bacterial infections
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Ehounoud, Hervé Cyrille Bile. "Maladies bactériennes, y compris vectorisées, en Afrique de l'Ouest (Côte d'Ivoire et Guinée-Conakry)." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5051.
Full textAbstract:
Les maladies fébriles y compris les maladies bactériennes sont mal connues en Côte d’Ivoire et en Guinée. Tout d’abord, nous avons recherché par biologie moléculaire des bactéries pathogènes transmises par les tiques en Côte d’Ivoire. Nous avons analysé différentes espèces de tiques prélevées chez des bovins et mis en évidence des bactéries pathogènes responsables de nombreuses maladies infectieuses comme Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (fièvre Q) et aussi vingt nouvelles espèces potentielles.Ensuite, notre objectif était de détecter par biologie moléculaire des micro-organismes pathogènes chez l’homme. Concernant l’étude des plaies et des peaux saines en Guinée, la plupart des patients étaient infectés par Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et plusieurs espèces d'Acinetobacter.Parmi les patients fébriles et les sujets apyrétiques recrutés en Guinée et en Côte d’Ivoire, Plasmodium falciparum reste le micro-organisme le plus fréquent surtout dans les échantillons de sang des patients fébriles bien que plusieurs bactéries aient été aussi identifiées. En Guinée, il s’agissait de Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Salmonella enterica Non Typhi et Non Paratyphi et R. felis. Ces bactéries ont été également identifiées ainsi que Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei et une nouvelle espèce potentielle de Wolbachia en Côte d’Ivoire. Nos travaux ont permis d’établir le répertoire des bactéries transmises par les tiques en Côte d’Ivoire, celles impliquées dans les bactériémies en Côte d’Ivoire et en Guinée (Conakry)Febrile illnesses including bacterial diseases are poorly known in Côte d'Ivoire and Guinea.In the first part of our work, we researched by molecular biology bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire. We analyzed different species of ticks collected from cattle and highlighted pathogenic bacteria responsible for many infectious diseases such as Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (Q fever) and twenty potential new species. In the second part, our goal was to detect using molecular biology several microorganisms in humans in Guinea (Conakry) and Côte d'Ivoire. As regards the study of wounds and healthy skin in Guinea, most patients were infected with Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, several species of Acinetobacter.Among the febrile patients and healthy controls afebrile recruited in Guinea and Côte d'Ivoire, Plasmodium falciparum is the most common detected microorganism especially in blood samples from febrile patients although several bacteria were also identified. In Guinea, it was Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, non-typhoidal Salmonella spp., and R. felis. These bacteria were also identified as well as Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei and a potential new species of Wolbachia in Côte d’Ivoire.This work allowed establishing the repertory of bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire, as well as those involved in bacteremia in Côte d’Ivoire and Guinea (Conakry)
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Pérez, Fabienne. "Etude in vitro de la pénétration de certaines souches bactériennes dans la dentine radiculaire." Toulouse 3, 1992. http://www.theses.fr/1992TOU30123.
Full textAbstract:
L'evolution des techniques endodontiques a permis de cerner les mecanismes de l'infection pulpaire et du traitement endodontique. Cependant, il existe encore des echecs therapeutiques. Une des causes de ces echecs semble etre la persistance de bacteries dans des zones du systeme canalaire inaccessibles aux traitements. Apres avoir rappele les differents aspects de la bacteriologie endocanalaire, la migration in vitro dans les tubuli radiculaires de dentine animale de trois bacteries communes de la flore endocanalaire: streptococcus sanguis, actinomyces naeslundii, bacteroides intermedius, est etudiee. Les observations sont realisees en microscopie optique et en microscopie electronique a balayage. Les resultats montrent que la penetration de s. Sanguis a l'interieur des canalicules s'est revelee importante alors qu'aucune migration d'a. Naeslundii ou de b. Intermedius ne s'est produite. L'association s. Sanguis-b. Intermedius n'a pas modifie le comportement migratoire de b. Intermedius mais a confirme l'envahissement des tubuli par s. Sanguis
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Dubos, François. "Outils prédictifs pour la distinction précoce des méningites bactériennes et virales de l'enfant." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066165.
Full text
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Bozdogan, Bülent. "Mécanismes de résistance aux lincosamides et aux streptogramines chez les bactéries à Gram positif." Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05N132.
Full text
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Depont, Cécile. "Infections nosocomiales bactériennes dans un service de médecine interne - maladies infectieuses : analyse sur six mois." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR2M089.
Full text
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Gandon-Léger, Pierre. "Justifications microbiologiques du choix d’un antibiotique prescrit en odonto-stomatologie." Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR20051.
Full textAbstract:
La prescription d’antibiotiques tient une place importante en complément des thérapeutiques chirurgical en pratique odonto-stomatologique quotidienne. Un large éventail de molécules est à notre disposition, chacune ayant des indications bien précises. Le non-respect de celles-ci conduit souvent à un échec de la thérapeutique antibiotique mais aussi à un phénomène bien connu en France : les résistances bactériennes. Le but de cet ouvrage est d’apporter des précisions sur les méthodes d’études microbiotiques et leurs indications, de référencer les bactéries rencontrées dans les principales pathologies infectieuses bucco-dentaire et d’apporter des éléments de réponse quant au choix d’un antibiotique en fonction d’une pathologie donnée. Il apparaît au final que l’amoxicilline et l’association spiramycine-métronidazole tiennent une place importante dans les traitements antibiotiques, cependant il est important de savoir utiliser à bon escient les autres molécules en cas d’échec du traitement de première intention, ainsi que les méthodes de diagnistic microbiologiques, notamment l’antibiogramme qui concernera principalement les traitements parodontaux.
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Guerinot, Cassandra. "Conception bio-inspirée d'architectures moléculaires amphiphiles pour combattre les infections bactériennes." Electronic Thesis or Diss., Université Clermont Auvergne (2021-...), 2024. http://theses.bu.uca.fr/nondiff/2024UCFA0085_GUERINOT.pdf.
Full textAbstract:
Les peptides antimicrobiens (PAMs) sont considérés comme des composants clés du système immunitaire inné. Leur intérêt repose sur leur large spectre d'activités et leur faible propension à induire des résistances bactériennes, faisant d'eux une bonne alternative aux antibiotiques actuels. Malheureusement, leur utilisation thérapeutique est souvent entravée par une mauvaise pharmacocinétique et un coût élevé. Toutefois, les PAMs sont une grande source de bio-inspiration pour le développement de peptidomimétiques, conçus pour reproduire le mécanisme d'action des PAMs tout en améliorant le profil thérapeutique. L'objectif de cette thèse est donc de concevoir une variété d'architectures amphiphiles cationiques de type peptoïde (oligomère de glycines N-substituées), inspirées de la structure des PAMs cationiques, puis d'étudier leur potentiel antimicrobien sur un large panel de bactéries à l'état planctonique, sous forme de biofilms ou sanctuarisées à l'intérieur de cellules. Les architectures amphiphiles cationiques ont été conçu en exploitant les chaines latérales de type triazolium, capables d'induire un fort effet cis-directionnel sur les amides du squelette et d'apporter la charge cationique nécessaire. Ce manuscrit détaille les stratégies de synthèse mises au point pour obtenir des peptoïdes linéaires présentant une architecture hélicoïdale de type PolyProline I ainsi que des peptoïdes macrocycliques conçus pour favoriser une architecture amphiphile faciale. L'évaluation de leurs activités antibactériennes et de leur sélectivité est présentée et a permis de mettre en avant les paramètres structuraux importants et l'optimisation des séquences. Une partie de ce travail a également été consacrée à la conception de peptoïdes ciblant des bactéries capables de se sanctuariser à l'intérieur de cellules humaines, grâce à l'insertion de chaines latérales favorisant la pénétration cellulaireAntimicrobial peptides (AMPs) are considered as key components of the innate immune system. Their interest is based on their broad spectrum of activities and their low propensity to induce bacterial resistance, making them a good alternative to current antibiotics. Unfortunately, their direct therapeutic use is often hampered by poor pharmacokinetics and high cost. However, AMPs are a great source of bio-inspiration for the development of peptidomimetics, designed to reproduce the mechanism of action of AMPs while improving the therapeutic profile. The aim of this thesis is therefore to design a variety of amphiphilic cationic peptoid architectures (oligomers of N-substituted glycines), inspired by the structure of cationic AMPs, and to study their antimicrobial potential on a wide panel of bacteria in the planktonic state, in biofilm form or sanctuarized inside cells. Cationic amphiphilic architectures have been designed by exploiting triazolium-type side chains, capable of inducing a strong cis-directional effect on backbone amides and providing the necessary cationic charge. This manuscript details the synthetic strategies developed to obtain linear peptoids exhibiting a PolyProline I-type helical architecture, as well as macrocyclic peptoids designed to promote a facial amphiphilic architecture. Evaluation of their antibacterial activity and selectivity is presented, highlighting important structural parameters and sequence optimization. Part of this work was also focused on the design of peptoids targeting bacteria with the ability to sanctuary themselves inside human cells, thanks to the insertion of side chains promoting cell penetration
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Morel, Pascal. "Maladies infectieuses transmises par la transfusion sanguine, à propos de la contamination bactérienne des produits sanguins labiles : analyse des événements et étude comparative des méthodes de détection." Besançon, 2002. http://www.theses.fr/2002BESAA001.
Full textAbstract:
En 2002, la contamination bactérienne des produits sanguins labiles (PSL) constitue le risque infectieux le plus important : il est 50 fois supérieur au risque de transmission du VIH. La prévention de ce risque est une priorité. - Notre travail nous a conduit à exploiter les données épidémiologiques nationales de l'hémovigilance sur la période 1994-1999 et à définir quels en étaient les premiers enseignements. Nous rapportons les investigations réalisées à l'occasion des cas survenus en Franche-Comté depuis 1994. Les résultats nous ont permis de conclure, dans les trois cas, à la responsabilité de la transfusion dans l'infection du malade et dans deux cas de souligner les pièges et les clés du succès de l'enquête d'imputabilité et étiologique. - Les difficultés d'analyse des accidents sont liées en partie aux outils actuellement disponibles pour explorer les contaminations bactériennes dans les PSL. À la fois pour progresser dans le domaine de la détection des PSL contaminés avant leur utilisation et pour améliorer les méthodes d'étude des accidents après leur survenue, nous avons réalisé trois études. - La première étude a porté sur la faisabilité de la culture automatisée, à l'aide du système BacT/Alert®. Nous avons développé une méthode qui nous a permis de contrôler 6. 789 concentrés de plaquettes [CP]. Les performances du système ont permis de conclure à sa faisabilité et à sa facile intégration dans le contrôle systématique des CP. Aucun cas de contamination n'a été révélé pendant cette période, ni aucun accident lié à cette cause. - Une seconde étude nous a conduit à développer une technique de biologie moléculaire par amplification génique du gène de la sous unité 16S du ribosome. Les résultats ont été concluants tant que nous avons travaillé sur des cultures pures de bactéries. Dans les PSL, nous nous sommes heurté à un défaut de spécificité qui nous a conduit à abandonner le projet. - La troisième étude a porté sur la possibilité de détecter la présence des bactéries à l'aide d'un cytomètre à flux en phase solide. Cette première étude montre une capacité de détection dans 100 % des cas à 103 bactéries / ml et une possible évolution vers une détection à 102 bactéries / ml. - Les difficultés liées à la reconnaissance et aux investigations des ITCB [incident transfusionnel par contamination bactérienne] conduisent à en retarder la compréhension et donc la prévention. Nous avons cherché à améliorer les investigations. Nous espérons aboutir à la mise au point d'un dispositif qui permette à la fois la détection des bactéries dans les concentrés de plaquettes et de progresser dans la compréhension du comportement de la bactérie dans les PSL. La thérapie tissulaire, cellulaire et génique, se trouve confrontée, en matière de risques bactériens, à des problèmes comparables à ceux de la transfusion. Les méthodes de détection doivent également évoluer pour répondre aux contraintes des nouveaux produits.
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Griseri, Thibault. "Rôle immunorégulateur des lymphocytes TNK dans le diabète de type 1 et les infections virales." Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N24S.
Full textAbstract:
Les lymphocytes TNK sont des lymphocytes T non conventionnels. Ils expriment un TCR avec une chaîne α invariante Vα14 et des marqueurs associés aux cellules NK. Ils reconnaissent la molécule de classe I non-classique CD1d qui présente des glycolipides endogènes et exogènes. Fonctionnellement, ils sont capables de sécréter rapidement de grandes quantités de cytokines comme l’IL-4 et l’IFNγ et possèdent des capacités immunostimulatrices et immunosuppressives. Les lymphocytes TNK sont impliqués dans les réponses anti-infectieuses et anti-tumorales. Ils jouent également un rôle protecteur dans plusieurs maladies autoimmunes. Le diabète de type 1 est une maladie autoimmune qui est associée à la destruction des cellules pancréatiques productrices d’insuline par des lymphocytes T autoréactifs. Plusieurs travaux ont rapporté un effet protecteur des lymphocytes TNK dans le diabète de type 1, dans le cadre de modèles polyclonaux ou d’un modèle monoclonal CD4. Dans la première partie de cette thèse, nous avons étudié l’influence des lymphocytes TNK dans le cadre d’un transfert monoclonal de lymphocytes T CD8 anti-îlots. Les lymphocytes TNK dans ce modèle ne sont pas capables d’inhiber la réaction autoimmune, mais au contraire ils aggravent la maladie en stimulant la réponse destructrice des lymphocytes T CD8 anti-îlotsInvariant natural killer T (iNKT) cells can prevent type 1 diabetes by impairing T cell responses to pancreatic β cells. As iNKT cells can also promote T cell responses to pathogens, and as viruses can trigger autoimmune diabetes, we investigated the effect of iNKT cells on virus-induced diabetes. Mice expressing the lymphochoriomeningitis virus (LCMV) nucleoprotein (NP) in their pancreatic β cells develop diabetes after LCMV infection. Here, we show that although iNKT cells promote systemic anti-LCMV CD8 T cell responses, theyn also completely abolish LCMV-induced diabetes. Locally in the pancreas, iNKT cells induced the production of large amount of antiviral cytokines inhibiting LCMV replication
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Ehsani, Soudeh. "Etude du dynamisme et de la coordination de l'expression des gènes de l'hôte en réponse aux agents pathogènes bactériens, par l'intégration du profil transcriptionnel et de l'organisation chromosomique." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066706.
Full textAbstract:
Dans le premier chapitre de cette thèse, nous mettons en évidence l’impact du pathogène invasif S. Flexneri sur l’organisation chromosomique de l’hôte et ses effets sur les interactions chromosomiques dans les cellules épithéliales intestinales. Ce travail révèle comment S. Flexneri modifie l’organisation chromosomique. Nous avons également pu démontrer le rôle répressif de l’effecteur bactérien injecté OspF sur la réponse de défense de l’hôte au niveau des interactions chromosomiques. Par ce travail, nous avons fourni une première piste concernant la manière dont un stress environnemental, telle qu’une infection bactérienne, affecte la régulation génique à l’échelle de l’organisation chromosomique. Dans une seconde partie de ce travail, nous avons tenté de développer une technique pour suivre l’expression génique d’une cellule unique en temps réel. Un tel système nous permettrait de suivre l’expression génique du pathogène et de l’hôte dans une seule cellule et en temps réel. Pendant ce travail, nous avons développé différents aspects de notre méthode à l’échelle moléculaire. Néanmoins ces différents aspects restent en cours d’élaboration pour l’instant et des améliorations doivent être effectuées pour permettre leur fonctionnalité optimale. D’autres études, qui ont été également menées dans le cadre de mon doctorat, ont montrées le recrutement des protéines cellulaires au cours de l’infection par S. Flexneri au site d’entrée de la bactérie. Cette thèse, dans son ensemble, donne un nouvel aperçu sur la manière dont la bactérie pathogène S. Flexneri manipule l’hôte au niveau de différents compartiments cellulaires afin de faciliter le processus d’infection
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Dupuy, Nicolas. "Contribution à l'étude de la symbiose fixatrice d'azote entre Acacia albida et bradyrhizobium SP." Lille 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LIL10078.
Full textAbstract:
Quatre-vingt-quatre isolats nodulant Acacia albida ont été obtenus à partir de sols recueillis à différentes profondeurs depuis la surface jusqu'au niveau de la nappe d'eau. Ces prélèvements ont été effectués dans les régions sahéliennes et soudano-guinéennes du Sénégal. La densité des populations bactériennes est sensiblement plus élevée au voisinage de la nappe qu'en surface, atteignant 1,310#3/g de sol à 34 m dans la zone sahélienne. Dans la zone soudano-guinéenne, la densité qui atteint 10#4 bradyrhizobia par g de sol en profondeur, est comparable à celle des sols tempérés. La position taxonomique des isolats de surface et de profondeur et les relations qui existent entre eux ont été déterminées par sds-page. La plupart de ces isolats appartiennent à 11 groupes électrophorétiques contenant des souches de référence de bradyrhizobium japonicum et bradyrhizobium sp. Plusieurs isolats constituent de nouveaux groupes dans le genre bradyrhizobiumIls ont aussi été caractérisés en utilisant les galeries biolog, une nouvelle technique phénotypique miniaturisée. Enfin des hybridations adn : arnr avec l'arnr spécifique de bradyrhizobium japonicum nzp5549#t ont confirmé que la plupart des isolats appartiennent a la branche arnr de bradyrhizobium et de rhodopseudomonas. Les caractéristiques d'un isolat sont indépendantes de la profondeur à laquelle il a été recueilli. L'étude de l'infection et de l'ontogenèse des nodules d'Acacia albida a montré plusieurs caractères intéressants. L'inoculation a pour effet l'induction de poils absorbants et de mitoses corticales précédant l'infection. Le mode d'infection intercellulaire conduit à la formation de cordon dans les cellules corticales externes. Le méristème est induit au niveau des cellules corticales internes. L'invasion des cellules méristématiques et la différenciation disto-proximale observées sont caractéristiques des nodules de type indéterminé. Toutefois à maturation, les nodules d'Acacia albida sont de type déterminé avec un tissu central unique entouré de tissus périphériques
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Grimault, Valérie. "Etude des mécanismes de résistance de la tomate au flétrissement bactérien causé par pseudomonas solanacearum E. F. Smith." Paris 11, 1993. http://www.theses.fr/1993PA112368.
Full textAbstract:
Pseudomonas solanacearum, germe tellurique agent du flétrissement bactérien, cause de graves dégâts en zone tropicale sur un grand nombre d'espèces, dont notamment les solanées maraîchères. Afin d'améliorer les connaissances sur l'interaction p. Solanacearum-tomate et d'optimiser la lutte par la culture de variétés résistantes, l'étude des mécanismes de résistance de la tomate au flétrissement bactérien a été entreprise par la comparaison de la colonisation par p. Solanacearum de plantes de variétés résistantes et sensibles. La présence d'infections latentes est apparue comme une caractéristique générale de l'interaction p. Solanacearumi-plante hôte chez des cultivars de tomate possédant différents niveaux de résistance au flétrissement bactérien, mais également chez d'autres hôtes de la bactérie comme le poivron et l'aubergine. Chez la tomate, la résistance est liée à la limitation de la progression de p. Solanacearum dans les tissus conducteurs de la tige. Une résistance monogènique dominante a été démontrée chez Hawai 7996 et le gène de résistance gouverne la limitation de la progression de l'agent pathogène. Les facteurs responsables de cette limitation ont été recherchés. Des différences anatomiques entre cultivars résistants et sensibles ou une inhibition de la multiplication bactérienne par un facteur de la plante ne sont pas impliquées, des études histologiques ont permis de montrer que la limitation de la progression bactérienne dépend d'une réaction non spécifique induite qui est la production de Thylles qui s'effectue de façon plus rapide et plus ciblée chez la variété résistante. Par ailleurs, cette étude a permis de montrer l'intérêt majeur de la prise en compte des caractéristiques de colonisation de la tomate par p. Solanacearum pour juger de la résistance des plantes. Ce critère, complémentaire au critère de flétrissement doit permettre une optimisation de la sélection variétale
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Raspaud, Marie-José. "Infections à corynébactéries : deux observations pédiatriques." Bordeaux 2, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR25279.
Full text
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Giraud-Gatineau, Alexandre. "Impact des antibiotiques sur la réponse des macrophages humains : l'exemple de la bédaquiline." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. https://wo.app.u-paris.fr/cgi-bin/WebObjects/TheseWeb.woa/wa/show?t=4060&f=27120.
Full textAbstract:
Les antibiotiques sont largement utilisés dans le traitement des infections bactériennes. Connus pour leur activité sur les bactéries, les antibiotiques peuvent également interférer avec le système immunitaire de l’hôte. L’objectif de cette thèse a été d’étudier l’impact de la bédaquiline (BDQ), un récent anti-tuberculeux, sur la réponse des macrophages humains. L’analyse de l’expression des gènes a pu révéler que la BDQ reprogramme les macrophages en augmentant l’expression des gènes liée aux fonctions bactéricides. Nous avons découvert que l’expression de 1495 gènes étaient différentiellement exprimées dans les macrophages infectés par Mycobacterium tuberculosis et traités par la BDQ, avec une régulation positive des gènes impliqués dans le métabolisme et l’activation des lysosomes et leur biogénèse. Le traitement par la BDQ a permis d’activer divers mécanismes de défense antimicrobiens, notamment la production d’oxyde nitrique, la fusion phagosome-lysosome et l’autophagie. Ces effets sont associés à l’activation du facteur de transcription EB, impliqué dans l’expression des gènes lysosomaux, entrainant une diminution de la survie intracellulaire de différentes espèces bactériennes naturellement resistante à la BDQ. Ainsi, la BDQ pourrait être utilisé comme composé HDT (host-directed therapy) contre les infections bactériennesAntibiotics are widely used in the treatment of bacterial infections. Although known for theirmicrobicidal activity, antibiotics may also interfere with the host’s immune system. The aim of this thesis is to investigated the impact of a new anti-TB drug, bedaquiline, on the innate immune response of human macrophages. Genome-wide gene expression analysis revealed that BDQ reprogramed macrophages into potent bactericidal phagocytes. We found that 1,495 genes were differentially expressed in M. tuberculosis-infected macrophages incubated with the drug, with an overrepresentation of genes involved in metabolism, lysosome biogenesis and activation. BDQ treatment triggered a variety of antimicrobial defense mechanisms, including nitric oxide production, phagosome-lysosome fusion, and autophagy. These effects were associated with activation of transcription factor EB (TFEB), involved in the transcription of lysosomal genes, resulting in enhanced intracellular killing of different bacterial species that were naturally insensitive to BDQ
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Pham, Thi Xuan Tu. "L'infection bactérienne materno-foetale : épidémiologie, aspects cliniques et biologiques au Vietnam et en France." Amiens, 2005. http://www.theses.fr/2005AMIED002.
Full textAbstract:
Les objectifs de notre étude ont porté tout particulièrement sur les critères anamnestiques d'infection materno-foetale et sur l'intérêt d'un prélèvement bactériologique (liquide gastrique) permettant un diagnostic rapide et évitant une antibiothérapie inutile. Nous avons pu souligner qu'un certain nombre de facteurs anamnestiques était insuffisamment pris en compte au Vietnam (une fièvre maternelle 38°C avant ou début du travail, une rupture prolongée de la poche des eaux de plus de 12 heures, une rupture prématurée des membranes avant 35 semaines gestationnelles, une infection urinaire maternelle, une tachycardie fœtale, une asphyxie néonatale) et que l'examen direct du liquide gastrique avait une bonne valeur prédictive négative. La connaissance de ces résultats devrait permettre une amélioration de la mortalité et de la morbidité néonatale au VietnamThe aim of our study was to determine the criteria for maternofetal infection and the relevance of bacteriological sampling, i. E. Gastric fluid, in order to make a quick diagnosis and to avoid unappropriate antibiotic therapy. We have underlined the underestimation of some medical history items in Vietnam such as maternal fever > 38°C before or at the onset of labor, membranes rupture duration > 12 hours or membranes rupture occuring before 35 weeks , maternal urine tract infection, fetal tachycardia, neonatal asphyxia. The negative predictive value of gastric fluid direct examination was also emphasized. A better knowledge of such results should lead to a decrease in neonatal mortality and morbidity in Vietnam
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Lavigne, Jean-Philippe. "Lutte contre les infections bactériennes : de l'optimisation de l'administration d'antibiotiques à l'étude d'un modèle de virulence (Brucella suis)." Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON1T015.
Full textAbstract:
POUR LUTTER CONTRE LA PROGRESSION DE LA RESISTANCE BACTERIENNE, DIFFERENTES ACTIONS ONT ETE MENEES AU NIVEAU DE CHAQUE CENTRE HOSPITALIER : DES ETUDES SUR L'ECOLOGIE BACTERIENNE LOCALE OU SUR LA TRANSMISSION DES BACTERIES MULTI-RESISTANTES, DES FORMATIONS RENFORCEES DE PERSONNELS INFIRMIERS. . . PAR AILLEURS, LE MINISTERE ENCOURAGE LES PROGRAMMES DE RECHERCHE BASES SUR LA DECOUVERTE DE NOUVEAUX TRAITEMENTS ANTI-BACTERIENS. CETTE THESE S'INSCRIT DANS CES OBJECTIFS. DANS LE BUT D'UNE MEILLEURE UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES, CE TRAVAIL A PERMIS D'OPTIMISER L'ADMINISTRATION DE 2 ANTIBIOTIQUES (CEFTAZIDIME ET SULBACTAM) SUR DES SOUCHES D'ENTEROBACTERIES SECRETRICES DE ß-LACTAMASES A SPECTRE ETENDU. PAR AILLEURS, TROUVER DE NOUVELLES CIBLES NECESSITENT UNE MEILLEURE COMPREHENSION DES STRATEGIES UTILISEES PAR LES BACTERIES POUR PROVOQUER LA MALADIE. L'OBJECTIF N'EST PLUS FORCEMENT DE TUER LA BACTERIE, MAIS PLUTOT DE LA DESARMER. L'ETUDE DES SYSTEMES DE SECRETIONS ET DES PROTEINES EFFECTRICES CONSTITUE UN DES ENJEUX MAJEURS DANS LA COMPREHENSION DE LA VIRULENCE BACTERIENNE. NOUS AVONS UTILISE DANS CE BUT LE MODELE DE VIRULENCE, BRUCELLA SUIS, UN BACILLE A GRAM NEGATIF, QUI SURVIT ET SE MULTIPLIE AU SEIN DES CELLULES INFLAMMATOIRES TELLES QUE LES MACROPHAGES. AU COURS DE NOTRE TRAVAIL, NOUS AVONS MIS AU POINT UNE NOUVELLE STRATEGIE POUR IDENTIFIER LES PROTEINES SECRETEES PAR BRUCELLA DANS LE CYTOPLASME DES CELLULES PHAGOCYTAIRES, BASEE SUR LA SECRETION D'HYBRIDES OBTENUS PAR FUSION DE PROTEINES DE B. SUIS AVEC LA TOXINE YopP DE YERSINIA ENTEROCOLITICA. NOUS AVONS IDENTIFIE UNE NOUVELLE PROTEINE, BvfA (BRUCELLA VIRULENCE FACTOR A), QUI PRESENTE LES PROPRIETES ATTENDUES POUR UN FACTEUR DE VIRULENCE MAJEUR EN RELATION AVEC LE SEUL SYSTEME DE SECRETION CONNU CHEZ BRUCELLA, VirB : I) COMPORTEMENT DE MUTANT KNOCKOUT DE bvfA SIMILAIRE A CELUI DU MUTANT virB DURANT L'INFECTION INTRACELLULAIRE IN VITRO ET IN VIVO, II) CO-REGULATION DE L'EXPRESSION DE bvfA AVEC CELLE DE L'OPERON virB DURANT LA PERIODE D'ACIDIFICATION DU PHAGOSOME. DE PLUS, NOUS AVONS IDENTIFIE UNE NOUVELLE VOIE DE SORTIE DES PROTEINES RECEMMENT DECRITE CHEZ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, LE SYSTEME TWIN-ARGININE TRANSLOCATION. DANS L'AVENIR, NOUS POUVONS IMAGINER QUE LE DEVELOPPEMENT DE NOUVELLES MOLECULES ANTIBACTERIENNES AURA POUR BUT DE CIBLER DES SYSTEMES DE SECRETIONS OU DES MOLECULES EFFECTRICES OU D'OPTIMISER L'ADMINISTRATION DES ANTIBIOTIQUES. CES DECOUVERTES AURONT DES RETOMBEES SUR LE TRAITEMENT DE PLUSIEURS BACTERIES PATHOGENES D'IMPORTANCE MAJEURE.
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Prudent, Elsa. "Applications de l'hybridation in situ en fluorescence et stratégies moléculaires pour le diagnostic des infections bactériennes." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0253/document.
Full textAbstract:
Une partie de ce travail de thèse a consisté à appliquer les méthodes de FISH pour l’étude de trois bactéries pathogènes intracellulaires. La viabilité de Bartonella henselae a été évaluée à partir de ganglions de patients atteints de la maladie des griffes du chat (CSD). Le faible taux d’ARN détecté par biologie moléculaire, la stérilité des cultures, l'absence de détection par analyses histologiques et FISH confirment que B. henselae n'est pas ou rarement viable dans les ganglions de patients atteints de CSD. Tropheryma whipplei, l’agent de la maladie de Whipple, a été identifié et localisé par FISH, dans les macrophages d’un ganglion et d’une biopsie pulmonaire, confirmant le diagnostic infectieux. Deux méthodes de FISH ont été testées pour détecter Coxiella burnetii dans des cas d’endocardites et d’infections vasculaires en utilisant des sondes oligonucléotidiques et des sondes PNA. Les résultats ont confirmé une meilleure efficacité des sondes PNA et démontré que les techniques de FISH sont plus sensibles que l’immunohistochimie pour le diagnostic des endocardites et des infections vasculaires à C. burnetii. Nous avons également évalué les stratégies moléculaires mises en place pour le diagnostic syndromique. Bien que la PCR conventionnelle à large spectre permette l'identification de micro-organismes fastidieux et anaérobies, la PCR spécifique en temps réel révèle une supériorité significative dans le diagnostic syndromique. En conclusion, ce travail a permis de démontrer l’efficacité et l’applicabilité de la FISH pour la détection bactérienne. Cette méthode peut être utilisée comme un outil complémentaire afin d'améliorer le diagnostic de microbiologie cliniqueWe applied FISH methods to the study of three intracellular pathogenic bacteria. The viability of Bartonella henselae was evaluated in a large series of lymph nodes from patients with cat scratch disease (CSD). The results obtained, associated with sterile cultures and negative histological analyzes and FISH, as well as the low level of RNA detected by molecular biology, provide evidence that B. henselae are not or are rarely viable in the lymph nodes of patients with CSD. Tropheryma whipplei has been identified by FISH in macrophages from one lymph node and for the first time in a pulmonary biopsy, confirming the diagnosis of infection. Two methods of FISH have been tested to detect Coxiella burnetii in cases of endocarditis and vascular infections using oligonucleotide and PNA probes. The results attested to the greater efficiency of PNA probes, and demonstrated that FISH were applicable for the diagnosis of C. burnetii endocarditis. We also evaluated the molecular strategies used for syndrome-driven diagnosis of infectious diseases. Although conventional broad-spectrum PCR allows for the identification of fastidious and anaerobic microorganisms, real-time specific PCR reveals a significant superiority in syndrome-driven diagnosis. The addition of specific PCRs in real time PCR would improve our molecular strategies, for example, in the case of the detection of Staphylococcus aureus for the diagnosis of lymphadenopathy. In conclusion, this work demonstrates the effectiveness and applicability of FISH for the identification of intracellular bacteria. This method can be used as an important complementary tool to the improvement of clinical microbiological diagnosis
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Benmayouf, Messaouda. "Contribution à l'étude de la microflore intestinale des lapins sains, atteints de troubles digestifs et soumis à un stress (drogue)." Toulouse, INPT, 1986. http://www.theses.fr/1986INPT003A.
Full textAbstract:
Etude chez le lapin sain sevre (differents regimes alimentaires, differents types d'habitats), chez des lapins atteints de troubles digestifs spontanes et chez des lapins traites par des drogues. Evaluation qualitative et quantitative de la flore du caecum et du colon). Recherche histologique, biochimique hematologique, parasitologique et dosage des acides gras volatils qui aboutit a l'etude des interactions entre microorganismes
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Bernatchez, Alex. "Étude des propriétés antibactériennes de composés d'huiles essentielles contre des agents pathogènes d'aquaculture." Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/40301.
Full textAbstract:
L’aquaculture est à la base de l’alimentation de nombreux pays orientaux où la demande croît constamment. Afin de répondre aux besoins alimentaires de la population, les aquaculteurs doivent souvent élever le poisson dans des conditions extrêmes et stressantes pour l’animal. Conséquemment, le système immunitaire des poissons est diminué et les infections bactériennes deviennent fréquentes. Plusieurs traitements antibactériens sont à la disposition des aquaculteurs, mais ceux-ci sont rarement souhaitables comme ils ont souvent une faible efficacité ou peuvent stresser davantage les individus élevés. Ainsi, l’investigation de nouveaux agents antibactériens potentiels est cruciale. La communauté scientifique s’est éveillée dans les dernières années aux propriétés antibactériennes, antifongiques et antivirales des huiles essentielles et de leurs composantes. Dans la présente étude, neuf composantes retrouvées dans différentes huiles essentielles ont été évaluées face à quatre des agents pathogènes les plus répandus en aquaculture, soit Aeromonas salmonicida, Flavobacterium columnare, Streptococcus iniae et Vibrio parahaemolyticus. La concentration minimale inhibitrice des neuf molécules a été déterminée, démontrant la cinnamaldéhyde comme étant le meilleur agent antibactérien parmi celles-ci. Des combinaisons de molécules ayant inhibé la croissance bactérienne n’ont pas démontré d’effet synergique lorsque combinées ensemble. La microscopie électronique à transmission a été utilisée pour observer les altérations visibles de la membrane bactérienne et des structures extracellulaires chez S. iniae après exposition à la cinnamaldéhyde. Aucune différence visible n’était observable entre les bactéries exposées et non exposées à la cinnamaldéhyde. La capacité de la cinnamaldéhyde à inhiber la formation de biofilm a été évaluée par coloration au cristal violet. Les résultats observés suggèrent que cette molécule peut affecter négativement la formation de biofilm de certaines bactéries à l’étude. À la lumière des résultats de cette étude, la cinnamaldéhyde semble être un agent antibactérien d’intérêt dans le traitement ou la prévention d’infections bactériennes en aquaculture.
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Radix, Pascal. "Étude des facteurs influençant la formation des nécroses sur fruits chez le noyer (Junglans regia) : implication des composés phénoliques." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE18002.
Full text
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Bourson, Claude. "Etude de la régulation du gène pelA codant pour une des pectate lyases chez Erwinia chrysanthemi." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10231.
Full textAbstract:
Erwinia chrysanthemi est une bacterie phytopathogene responsable de la pourriture molle de nombreux vegetaux. La pathogenicite de cette bacterie est essentiellement due a la production et a la secretion de pectate lyases, codees par les genes pel. Nous nous sommes interesses a une de ces pectate lyases, pela, codee par le gene pe/a. Nous avons determine la sequence du gene pe/a et etudier l'expression de ce gene grace a une fusion pela::uida. Les genes impliques dans les relations plante-bacterie sont frequemment induits par des molecules vegetales. Nous avons demontre que les genes pel d'e. Chrysanthemi sont induits en presence d'extraits de plantes, mais seulement en synergie avec des derives pectiques inducteurs connus de la synthese des pectate lyases. Une purification partielle du compose inducteur a ete entreprise
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Riffaud, Christine. "La bactériose du melon : écologie et stratégies de lutte contre Pseudomonas syringae pv. aptata." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10017.
Full textAbstract:
La bactériose du melon, causée par Pseudomonas syringae pv. Aptata, est une maladie importante dans le Sud-Ouest de la France, avec des foyers éphémères dans le Sud-Est, entraînant des pertes économiques significatives lorsque les conditions sont favorables. L'optimisation de la lutte implique l'identification des réservoirs d'inoculum, une meilleure connaissance de la survie des bactéries en phase épiphyte et la recherche de sources de résistance au sein de l'espèce Cucumis melo. Cette étude a consisté à la mise au point d'une technique de détection et de son application pour détecter P. Syringae pv. Aptata dans des sources potentielles de contamination dans lesquelles la bactérie est capable de survivre en l'absence de culture de melon. Les résultats ont montré que P. Syringae pv. Aptata est présent naturellement à de faible fréquence dans les lacs collinaires servant à l'irrigation des cultures de melon pendant la période hivernale. De même, une étude en contamination artificielle a permis de montrer que P. Syringae pv. Aptata est capable de survivre dans le sol en association avec des déchets de culture. L'effet de la phase épiphyte sur les modifications phénotypiques des cellulus de P. Syringae pv. Aptata a été étudié. Les résultats montrent que P. Syringae pv. Aptata est capable de s'adapter lors de la colonisation épiphyte, en réduisant sa taille et en augmentant sa résistance à un oxydant, par rapport à une culture sur milieu synthétique. Nous avons également recherché les sources de résistance chez l'espèce Cucumis melo. Un génotype dont les fruits sont résistants à P. Syringae pv. Aptata a été trouvé parmi la collection de C. Melo. En revanche, les parties végétatives de tous les 282 génotypes testés sont sensibles à cet agent pathogène. L'ensemble des résultats obtenus permettra d'orienter les recherches vers des stratégies de contrôle plus efficaces contre cette nouvelle maladie en focalisant dans un premier temps sur les facteurs conduisant à la modification du phénotype de P. Syringae pv. Aptata en phase épiphyte et dans un second temps sur la détermination de l'importance épidémologique des différentes sources d'inoculum.
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Ferran, Aude. "Impact de l'administration précoce d'une fluoroquinolone sur l'éradication bactérienne et sur la sélection de résistances : approche PK/PD in vitro et in vivo." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/710/.
Full textAbstract:
En médecine vétérinaire, il est fréquent que les antibiotiques soient administrés préventivement alors que les animaux sont infectés par une très petite charge bactérienne. L'objectif de cette thèse était d'évaluer l'impact de l'administration précoce de marbofloxacine, une fluoroquinolone à usage vétérinaire, sur l'éradication bactérienne et la sélection de bactéries résistantes. In vitro, nous avons montré que, des faibles charges bactériennes étaient associées à une meilleure activité de la marbofloxacine et une sélection de résistances moins fréquentes. La sélection de résistances dans un inoculum de grande taille a tout de même pu être prévenue en évitant la fenêtre de sélection, une gamme de concentrations favorisant la croissance des bactéries résistantes. Deux modèles d'infection de souris ont aussi montré que des traitements précoces sur des inoculums de faibles tailles permettaient de favoriser le succès clinique et d'éviter la sélection de bactéries résistantesIn veterinary medicine, the preventive antimicrobial treatments are quite often administered to animals infected by a low bacterial load. The objectives of this study were to assess the influence of these therapies on the bacterial eradication and on the selection of resistant bacteria. In vitro, we showed that the low bacterial loads were associated to a better bacterial eradication and a less frequent selection of resistance. The selection of resistant bacteria was only prevented in high bacterial inoculums by avoiding the Mutant Selection Window, a range of antimicrobial concentrations favouring the growth of resistant bacteria. Two mouse models of infection confirmed that preventive treatments were associated to better clinical and microbiological outcomes and to a less frequent selection of resistant bacteria
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Fan, Ying. "Role of the Axis Th-17/Th-22 in the regulation of the pulmonary immune response in allergic asthma." Thesis, Lille 2, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL2S010.
Full textAbstract:
L'asthme allergique est caractérisé par une réponse prédominante de typeTh2, mais d'autres profils tels que Th17 et Th22 sont aussi observés dans l'asthme plus sévère. La pollution atmosphérique et notamment les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) contenus dans les particules d'échappement diesel (DEP) contribuent à l'augmentation de la prévalence de l'asthme et jouent un rôle adjuvant dans le développement et l'exacerbation de l'inflammation allergique en orientant la réponse immune vers un profil Th2Dans la première partie de la thèse, nous avons évalué les effets des HAP sur la polarisation Th17/Th22 de PBMC de sujets allergiques asthmatiques et sujets non-allergiques. Les PBMC de patients asthmatiques présentent une augmentation des profils Th17/Th22 par rapport aux sujets non-allergiques. La stimulation par DEP-HAP et le benzo [a] pyrène (B[a]P) induit une augmentation de l’IL-22 mais de façon étonnante diminue la production d'IL-17A dans les deux groupes. Les facteurs de transcription associés aux cellules Th17: RORA et RORC, sont diminués, alors que le gène cible d’AhR, CYP1A1, est augmenté dans les deux groupes. Notch est diminué uniquement chez les patients asthmatiques. La production d'IL-22 induite par les HAP provient principalement de cellules Th22. L'antagoniste d’AhR reverse presque complètement les effets des DEP, mais seulement partiellement les effets de B[a]P, sur la regulation réciproque entre IL-22/IL-17. Les kinases PI3K, JNK et ERK participent à l’augmentation de l’IL-22 induite par le B[a]P, alors que la p38 MAP kinase a un effet inhibiteur. La deuxième partie de la thèse a évalué l'effet combiné des PRRs et des allergènes sur l’activation et leur capacité à induire une polarisation Th17/Th22 chez des sujets sains et des sujets allergiques asthmatiques. Les DCs stimulées par les allergènes de chien induisent une faible production d'IL-22 par les cellules T. L’activation supplémentaire par les ligands de TLR3, TLR9 et NOD2 conduit à une augmentation de la production augmentée de chimiokines pro-Th2 uniquement par les DCs de patients asthmatiques allergiques aux chiens. 7 A l’inverse, un rôle adjuvant est observé sur la maturation et la production de cytokines pro-Th17/Th22 par les DCs de sujets asthmatiques et de sujets non-allergiques. Parmi les cellules T co-cultivées avec des DC stimulées par l'allergène de chien et les ligands de PRR, nous observons un mélange de cellules de type Th2/Th17 et Th22 chez les patients asthmatiques et un profil Th1/Th22 chez les sujets non-allergiques. L’IL-22 est principalement produite par les Th22 dans les deux groupes avec plus de cellules Th22 observés chez les sujets asthmatiques. L’IL-17 et l’IL-22 sont régulées différemment entre les sujets asthmatiques et les sujets sains, le TGF-β ayant un rôle pro-Th17 tandis que l'IL-23 a un rôle pro-Th22. In vivo, un modèle d'asthme chronique induite par l’allergène de chien a été développé et conduit à une augmentation de la résistance des voies aériennes, une production de chimiokines Th2 et de cytokines Th2/Th17/Th22 ainsi qu’au recrutement de neutrophiles mais peu d’éosinophiles dans le poumon. L'expression du gène de l'IL-22 intervient de façon précoce alors que la protéine apparait plus tard. Le ligand de NOD2 induit une augmentation de la résistance des voies aériennes, ainsi que de la production de protéines et l'expression des gènes induits par l'allergène de chien, mais réduit le recrutement des éosinophiles dans les poumons. Ces résultats montrent que chez l'homme, les productions d’IL-22 et d'IL-17 sont régulées différemment entre les sujets asthmatiques allergiques et les sujets sains. Au total, la pollution et certaines infections bactériennes ou virales pourraient participer chez les patients asthmatiques à sévérité de la maladie et la progression du remodelage des voies aériennes. La modèle in vivo développée permettra de mieux disséquer les mécanismes qui participent à la sévérité de l'asthmeAllergic asthma is characterized by a predominant Th2 response, but additional profiles such as Th17 and Th22 are observed in more severe asthma. Components of the air pollution such as polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) contained in diesel exhausts particles (DEP) contributes to increased prevalence of asthma and play an adjuvant role in the development and exacerbation of allergic inflammation through the skewing of the immune response towards a Th2 profile. In the first part of the thesis, we evaluated the effects of PAH on the Th17/Th22 polarization of PBMCs from healthy and allergic asthmatic subjects, PBMCs from athmatic patients exhibited an increased Th17/Th22 profile compared with non-allergic subjects. DEP-PAH and Benzo[a]Pyrene (B[a]P) stimulation further increased IL-22 but surprisingly decreased IL-17A production in both groups. Th17 transcription factors RORA and RORC were down regulated, whereas AhR target gene CYP1A1 was up-regulated in both groups. Notch was decreased only in asthmatic patients. PAH-induced IL-22 production originated mainly from Th22 cells. The AhR antagonist reversed almost completely the effects of DEP-PAH, but only partially the effects of B[a]P, on IL-22/IL-17 reciprocal regulation. The kinases PI3K, JNK and ERK participated to the enhancing effect of B[a]P on IL-22 production, whereas p38 MAP kinase had an inhibitory effect.The second part of the thesis evaluated the co-stimulatory effect of combined PRR- and allergen-activated DCs on Th17/Th22 polarization in healthy and asthmatic subjects. Dog allergen stimulated DCs induced a small production of IL-22 in T cells. Additional activation by TLR3, TLR9 and NOD2 ligands led to increased production of pro-Th2 chemokines by DCs only from asthmatic patients allergic to dogs. In contrast, an adjuvant role was observed on the maturation and pro-Th17/Th22 cytokines production by DCs from both asthmatic and non-allergic subjects. In T cells co-cultured with DCs stimulated by dog allergen and PRR ligands, we found a mixed Th2/Th17/Th22 profile in asthmatic patients and a Th1/Th22 profile in non-allergic subjects. IL-22 producing cells were mainly Th22 in both groups with more Th22 cells were observed in asthmatic subjects. IL-17 and IL-22 production was9differently regulated between asthmatic subjects and non-allergic subjects, TGF-β having a pro-Th17 role while IL-23 having a pro-Th22 role.In vivo, a model of chronic dog-induced asthma was developed leading increased airway resistance, Th2 chemokine and Th2/Th17/Th22 cytokine production as well as neutrophil but little eosinophil recruitment in the lung. Gene expression of IL-22 was observed at early time points whereas IL-22 protein appeared later on. NOD2 ligand further increased airway resistance, protein production and gene expression induced by dog allergen challenge but inhibited the small eosinophil recruitment in the lung.These results show that in humans, IL-17 and IL-22 productions are regulated differently between allergic asthmatic and non-allergic subjects. Altogether, pollution and some bacterial or viral infections may contribute in asthmatic patients to the severity of the disease and to progression of airway remodeling. The developed in vivo model will allow dissecting the mechanisms participating to the severity of asthma
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Trigui, Sameh. "Etude de la régulation des gènes de pectate lyases de la souche phytopathogène et psychotrophe Erwinia carotovora subsp. Caratovora MFCL0 par la température de croissance et la source de carbone." Rouen, 2006. http://www.theses.fr/2006ROUES016.
Full textAbstract:
Erwinia carotovora subsp. Carotovora MFCL0 est une souche bactérienne phytopathogène isolée de la surface de céleris-raves conservés en chambre froide. Psychotrophe, elle est capable de se développer dans une large gamme de température (0°C à 37°C). Il a été montré que des pectate lyases (Pels), enzymes sécrétées par cette bactérie et impliquées dans la dégradation du tissu végétal, sont produites de façon maximale à une température de croissance inférieure à sa température optimale de croissance (28°C). Dans ce travail, l’implication de l’expression des gènes spécifiques des endo-pectate lyases (PelI, PelII, PelIII et PelZ) et de l’exo-pectate lyase (PelX) a été étudiée. Cela à la fois dans l’activité Pel globale (soit exo-cellulaire, soirpériplasmique) et le pouvoir pathogène de la bactérie. Les différents gènes pels ont été d’abord caractérisés. A l’instar de ceux d’Eca C18, les gènes des endo-Pels d’Ecc MFCL0 sont organisés à un même locus en tandem pel123Z. Des expériences de mutagénèse intégratives ciblées ont ensuite été entreprises. Des 5 souches mutées obtenues et spécifiquement affectées chacune dans les gènes pels, 2 sont significativement modifiées dans les phénotypes étudiés. Ainsi, l’inactivation des gènes pel1 ou pelZ entraîne des conséquences remarquables sur les activités enzymatiques testées à différentes températures de croissance et sur le pouvoir de macération du végétal par la souche. Les gènes pel1 et pelZ joueraient un rôle primordial dans l’activité Pel globale et dans la virulence de la souche Ecc MFCL0 vis-à-vis du céleri-rave. Enfin, grâce à la technique de RT-PCR relative, il a été montré que les effets de la température de croissance sur l’expression des gènes pels de la souche Ecc MFCL0 ne s’exerce pas à un niveau transcriptionnelErwinia carotovora subsp. Carotovora MFCL0, isolated from the surface of spoiled celeriac stored at low temperature, is a psychotropic and phytopathogenic bacteria able to grow in a wide growth temperatures range (0°C to 37°C). Several exo-cellular enzymes are produced by this strain, at a temperature lower than the optimal growth temperature (28°C), particularly pectate lyases enzymes (Pels). The characterization of the corresponding genes, for endo-Pels (PelI, PelII, PelIII and PelZ) and exo-Pel (PelX), shows that, like Eca C18 pels, endo-Pels genes are located in the same locus pel123Z on Ecc MFCL0 genome. The study of Ecc MFCL0 mutants, obtained by integrative mutagenesis and individually affected in pels genes, shows that PelI and PelZ have a main role in Pel activity and in pathogenesis against the host plant. Using relative RT-PCR experiments, it has been shown that the growth temperature effect on Ecc MFCL0 pels genes expression, doesn’t act at a transcriptional level
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Filleron, Anne. "Dynamique et émergence infectieuse des staphylocoques au sein des communautés bactériennes pathologiques en pédiatrie." Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON13509.
Full textAbstract:
Les bactéries des microbiotes vivent avec l'homme une interaction mutualiste et tout facteur perturbant l'une ou l'autre des parties peut rompre l'équilibre établi engendrant diverses modifications des interactions. Les staphylocoques sont des bactéries opportunistes prévalentes et diverses au sein du microbiote des enfants. Deux modèles complémentaires et d'intérêt clinique majeur ont été utilisés dans le but de 1) décrire la dynamique d'implantation du microbiote digestif chez le très grand prématuré et la transmission de bactéries pathogènes dont les staphylocoques à coagulase négative par voie digestive via le lait maternel, 2) rechercher et caractériser des bactéries opportunistes présentant une résistance aux antibiotiques émergente dans une niche écologique complexe en prenant l'exemple de Staphylococcus aureus de sensibilité diminuée aux glycopeptides (GISA/hGISA) dans les voies respiratoires au cours de la mucoviscidose.Staphylococcus epidermidis est l'espèce prédominante dans les selles des nouveau-nés prématurés. Le lait maternel même pasteurisé est porteur de staphylocoques à coagulase négative. Au niveau des populations, un répertoire d'espèces similaire est retrouvé dans le lait cru, le lait pasteurisé, les selles et le sang. L'étude des cas montre une clonalité entre des souches du lait avant pasteurisation, des selles et du sang. La transmission du streptocoque du groupe B par le biais du lait maternel lors des infections tardives est un exemple de l'hypothèse physiopathologique proposée.Cinq cas de souches S. aureus GISA/hGISA dans le microbiote respiratoire des sujets atteints de mucoviscidose sont décrits. Ces résistances retrouvées chez 4,7% des patients atteints de mucoviscidose et colonisés/infectés par S. aureus ont des caractéristiques atypiques, 3 souches sur 8 étant méticillinosensibles. De plus, les facteurs de risque d'acquisition et de sélection classiquement décrits pour S. aureus GISA/hGISA ne sont pas systématiquement présents, suggérant un rôle particulier de la niche pathologique constituée par les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose dans l'émergence de ces souches.La dynamique de transmission et d'émergence de pathogènes opportunistes au sein des microbiotes est un élément de connaissance considérable pour améliorer la prévention des infections et anticiper de la prise en charge chez de patients de plus en plus fragilesStaphylococci are prevalent opportunistic bacteria in children' microbiota. Two models were used in order to 1) describe the dynamic of colonization of the digestive microbiota in premature neonate and the transmission of pathogenic bacteria as coagulase negative staphylococci from the gastrointestinal tract via breast milk, 2) search and characterize opportunistic bacteria with emerging antibiotic resistance in a complex microbiota with the example of Staphylococcus aureus with reduced susceptibility to glycopeptides in respiratory tract in cystic fibrosis
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Etelage, Guy. "Les infections pulmonaires nosocomiales bactériennes documentées dans le service de réanimation polyvalente du Centre Hospitalier Général de St Pierre le Tampon en 1991." Montpellier 1, 1995. http://www.theses.fr/1995MON11063.
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Sistek, Viridiana. "Identification des staphylocoques, streptocoques et entérocoques par des méthodes génotypiques." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27533/27533.pdf.
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Bernardeau, Marion. "Aspects sécuritaires et probiotiques de deux lactobacilles pour application à la production porcine et à la prévention de pathologie à Brachyspira." Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2017.
Full textAbstract:
Les aspects sécuritaires et fonctionnels de deux lactobacilles ont été étudiés pour les utiliser comme probiotiques en élevage porcin, notamment pour prévenir les pathologies digestives associées à Brachyspira. Elles ont été caractérisées et identifiées comme Lb. Rhamnosus et Lb. Farciminis (phénotype, génotype). Elles n’ont pas de gène de résistance acquis aux antibiotiques couramment utilisés. Leur inoculation ou leur ingestion répétée à forte dose n’est pas toxique pour la larve d’insecte (Galleria mellonella), la souris ou le porcelet en post-sevrage. Technologiquement, les souches sont stables uniquement sous leur forme métaboliquement actives. Elles résistent aux conditions du tractus gastro-intestinal in vitro et in vivo (souris et Homme). Elles adhèrent in vitro à un modèle cellulaire intestinal et synthétisent des substances anti-microbiennes. Leur ajout dans l’aliment permet d’améliorer la croissance de souris élevées sous stress nutritionnel, mais pas de celle de porcelets élevés dans des conditions normales. Sur le plan sanitaire, trois mécanismes peuvent expliquer in vitro leur prévention des pathologies associées à Brachyspira : (1) l’inhibition de la viabilité du pathogène via la sécrétion d’acide lactique et substances de type bactériocine et/ou de sa croissance via des modifications morphologiques ; (2) la limitation de sa dissémination via son agrégation par les produits de sécrétion, sa co-agrégation avec les cellules de lactobacilles et sa perte de mobilité ; (3) enfin la prévention de son adhésion via l’effet barrière. Ainsi, la pathogénicité de Brachyspira pourrait être limitée par ces contacts étroits avec les deux souches probiotiques de lactobacilles.
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Vigneux, Fabienne. "Interaction hôte-pathogène : apoptose induite par une nouvelle cytotoxine secrétée par la bactérie entomopathogène "xenorhabdus nematophila"." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20173.
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Engels-Deutsch, Marc. "Rôle des adhésines de Streptococcus mutans dans l'inflammation pulpaire et péridentaire." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2006/ENGELS-DEUTSCH_Marc_2006.pdf.
Full textAbstract:
S. Mutans est la principale bactérie responsable de l'initiation puis du développement des caries. Parmi les molécules de surface streptococciques, la protéine I/II et les polysaccharides de sérotype de rhamnose-glucose (RGPs) ont été identifiés comme des adhésines responsables de la colonisation puis de l'envahissement des tissus dentaires et comme des modulines responsables de différentes réactions cellulaires après fixation à leurs récepteurs spécifiques. Nous avons montré que la capacité d'adhésion de S. Mutans aux cellules monocytaires et fibroblastiques dentaires est surtout liée à la protéine I/II ainsi qu'aux RGPs. Les cellules fibroblastiques pulpaires et ligamentaires ainsi que les odontoblastes participent à la réponse inflammatoire et synthétisent de l'IL-6, de l'IL-8 mais très peu d'IL-10. La réaction immunitaire non spécifique pulpaire et ligamentaire face à l'agression streptococcique est de type Th1. L'internalisation d'une bactérie ou d'une moduline purifiée n'est pas nécessaire au déclenchement de la synthèse de cytokines. L'internalisation de streptocoques oraux dans des cellules endothéliales humaines est de découverte récente. Nous n'avons pas observé ce processus au niveau des fibroblastes pulpaires et ligamentaires avec S. Mutans. Nous avons confirmé que le CD14 ainsi que l'intégrine α5β1, présents à la surface des fibroblastes, sont respectivement les récepteurs des RGPs et de la protéine I/II. La fixation de ces adhésines sur leurs récepteurs induit la synthèse de cytokines pro-inflammatoires. Les résultats concernant l'étude de la fixation de la protéine I/II à l'intégrine α5β1 montrent que la région A de la protéine streptococcique est majoritairement concernée. Nous avons également observé une surexpression des intégrines au niveau des fibroblastes dentaires activés par la protéine I/II. Ce mécanisme peut être un élément de modulation de la réponse inflammatoire par les intégrines.
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Aboudharam, Gérard. "Colonisation bactérienne de la pulpe dentaire par voie hématogène." Aix-Marseille 2, 2002. http://www.theses.fr/2001AIX20662.
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Launay, Elise. "Méthodologies d’évaluation de l’optimalité des soins : exemples des délais diagnostiques et des infections bactériennes sévères de l’enfant." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCB134/document.
Full textAbstract:
Les objectifs de cette thèse étaient de produire des connaissances nouvelles sur les méthodologies d’évaluation de l’optimalité des soins avec l’exemple des délais diagnostiques et des infections bactériennes sévères de l’enfant (IBS). Nous avons mis en évidence, dans deux revues systématiques de la littérature, que les points méthodologiques potentiellement associés à des risques de biais et d’obstacles à la transportabilité des résultats étaient rarement rapportés dans les études primaires sur les délais diagnostiques ou rarement évalués par les auteurs de méta-analyses. Nous avons donc construit et validé internationalement une reporting guideline pour aider les scientifiques à prendre en compte ces points méthodologiques critiques. Nous avons montré par une enquête confidentielle avec comité d’experts en population que : (i) les prises en charge étaient suboptimales pour 76% des enfants décédés d’IBS, (ii) un retard au recours médical, une sous-évaluation de la gravité ou un retard à l’antibiothérapie étaient retrouvés dans la prise en charge de respectivement 20%, 20% et 24% des enfants atteints d’IBS, (iii) les soins suboptimaux étaient indépendamment et fortement associés au risque de décès et (iv) les soins suboptimaux étaient plus fréquents chez les enfants de moins d’un an ou lorsque qu’ils n’étaient pas administrés par un médecin spécifiquement formé. La minimisation des biais dans la sélection des participants et la mesure de l’optimalité et la prise en compte de facteurs de confusion comme la sévérité intrinsèque de la maladie sont des éléments clefs de l’évaluation de l’optimalité des soins afin de produire des messages cliniques correctifs validesThe aim of this thesis was to product new knowledge about the methodology on how to assess the optimality of care with the examples of time to diagnosis and serious bacterial infection (SBI). In two systematic reviews, we found that the key methodological points potentially related to risks of bias or threats to transportability were rarely reported in the primary studies and rarely evaluated by authors of systematic reviews. Then, we developed and internationally validated a reporting guideline to help scientists to better take into consideration these critical methodological points. In a population-based confidential inquiry, we found that: (i) care was suboptimal in 76% of the initial management of children who died from SBI, (ii) delayed first medical contact, undervaluation of severity or delayed antibiotic administration were detected in the management of 20%, 20% and 24% of children admitted to intensive care for a SBI, respectively, (iii) the total number of suboptimal cares delivered during the management was independently associated with death, and (iv) suboptimal cares were more frequent in children younger than one year old and if the care was delivered by a non specialist physician. Minimizing the risks of bias both in the selection process of the study population and in the assessment of the optimality of care, and taking into account confounding factors such as the intrinsic severity of the disease are keys elements to ensure a reliable evaluation of optimality of care in order to produce effective corrective clinical messages
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Contrepois, Alain. "Transformations de la pratique clinique liées à la théorie de germes et au développement de la bactériologie médicale en France, 1870-1918." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA070042.
Full textAbstract:
Entre 1870 et 1918, c'est toute la "pathologie infectieuse" qui se constitue en france. Celle-ci ne se construit pas uniquement autour de la bacteriologie, il s'agit d'une reorganisation plus globale. Aux signes, symptomes et lesions reperables sur le malade vivant, les cliniciens essaient d'associer un "germe". Il y a elaboration progressive d'une semiologie clinique des "maladies infectieuses", evolution de la demarche diagnostique, des techniques de "traque du germe" et de la therapeutique anti-infectieuse, parallelement au developpement des techniques bacteriologiques d'isolement et de culture des germes. Vers 1870, cette "theorie des germes" pas encore pasteurienne s'inscrit dans une anatomo-clinique deja constituee, quitte a la remanier. La question de l'etiologie, devenant centrale, ne se pose pas sur un terrain vierge. Dans les annees 1880, des cliniciens hospitaliers tels s. Jaccoud, g. Dieulafoy ou c. Bouchard, refusent d'opposer la medecine clinique et la medecine de laboratoire, affirmant au contraire la necessite de les associer. C'est en se basant sur l'observation clinique que les medecins presument de la nature infectieuse d'une maladie; la bacteriologie y ajoute un element diagnostique et etiologique. A la fin du xixe siecle, l'idee de soumettre le diagnostic clinique au "verdict" de l'examen bacteriologique prend progressivement consistance: "traquer" les germes en effectuant des prelevements ensemences ensuite sur des milieux de culture. Cela implique un travail de laboratoire etroitement associe a la demarche diagnostique medicale. Bouchard recherche activement les antiseptiques les mieux appropries pour lutter contre certaines maladies infectieuses. Selon lui, pour juger de la valeur therapeutique d'un antiseptique, il faut etablir qu'il raccourcit la duree et combat les effets d'une maladie infectieuse. L'argument fondamental est bien clinique. Mais au prealable, il faut s'assurer que le medicament agit sur la culture du microbe in vitro et qu'il est le moins toxique possible chez l'animal. Bouchard, au debut du xxe siecle, constitue la classe des "maladies infectieuses" qu'il distingue en deux sous-groupes, selon que l'agent etiologique est specifique on non. A la faculte de medecine de paris, il existe une "bacteriologie medicale" qui se structure autour d'un dispositif "maladies infectieuses", competitif par rapport a l'institut pasBetween 1870 and 1918, the field of infectious pathology developed in france. It was not founded only on bacteriology but consisted of an overall reorganization; clinicians attempted to associate a "germ" with the living patient's signs, symptoms and detectable lesions. A clinical symptomatology of infectious diseases was progressively elaborated, diagnostic procedures evolved, techniques of "hunting" for the germs and anti-infectious therapy were devised in parallel with the development of microbiological techniques to isolate and culture the microorganisms. Around 1870, this "germ theory", not yet that of pasteur, was assimilated into the established anatomical-clinical approach that merely required some revision. Etiology became a central question, albeit not a new one. During the 1880's, hospital physicians, for example, s. Jaccoud, g. Dieulafoy and c. Bouchard, refused to separate clinical medicine from that of the laboratory, claiming the necessity to combine the two. Based on clinical observations, doctors deduced the infectious nature of a disease; bacteriology added diagnostic and etiological elements. At the end of the 19th century, the idea of submitting a clinical diagnosis to the "verdict" of a bacteriological test progressively took form: "hunting" for the germs by taking samples and then inoculating them into culture medium. This concept entails lab work closely associated with the clinical diagnostic procedure. Bouchard actively sought the antiseptics the best adapted to fight against certain infectious entities. According to him, to evaluate the therapeutic value of an antiseptic, it has to be established that it shortens the duration and counters the effects of the infection. Although the fundamental argument is clearly clinical, it must first be proven that the medication is effective against the microbe in vitro and that it is as non-toxic as possible in animals. At the beginning of the 20th century, bouchard classified "infectious diseases" into two categories depending upon whether the etiological agent was specific or not. At the paris school of medicine, the field of "medical bacteriology" took form around the concept of "infectious diseases", then located at claude bernard's hospital, in competition with pasteur's institut
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Héral, Bénédicte. "Approche métabolomique pour l’étude du dépérissement de la lavande : application aux composés non-volatils." Thesis, Université Côte d'Azur, 2021. http://www.theses.fr/2021COAZ4009.
Full textAbstract:
La lavande et le lavandin sont des plantes à parfums très appréciées des industries cosmétiques et de la parfumerie, et sont un des symboles de la Provence. Seulement, les lavanderaies françaises subissent un fort déclin depuis une quinzaine d’années lié à des épisodes de sécheresse et à une maladie communément appelée « le dépérissement de la lavande ». Cette maladie est provoquée par une bactérie sans paroi le phytoplasme du Stolbur (Candidatus Phytoplasma solani) et véhiculée par un insecte la cicadelle (Hyalestes obsoletus). Cette thèse se propose d’étudier les interactions tripartites entre l’insecte, la plante et la bactérie à travers les modifications induites sur les composés organiques non volatiles (COnVs).Pour répondre à cette problématique, une approche métabolomique non ciblée a été développée et réalisée sur quatre variétés de lavande (7713, maillette) et de lavandin (abrial, grosso). Pour ce faire, une campagne d’échantillonnage a été menée en champs et a conduit au prélèvement de 480 échantillons. Des triplicats d’extraction ont ensuite été réalisés par extraction solide-liquide assistée par ultra-sons avec un mélange eau-éthanol (50:50, v/v). Les analyses ont été conduites sur une UPLC-HRMS (XevoG2 QTOF, Waters). Le traitement des données a été effectué sur la plateforme W4M-Galaxy pour l’extraction des données spectrales, et sur MetaboAnalyst pour les corrections et les tests statistiques (ACP et PLS-DA). Les résultats obtenus ont mis en évidence des différences significatives entre des variétés sensibles et tolérantes au phytoplasme du Stolbur pour chaque organe étudié (parties chlorophylliennes / inflorescences). Des signatures chimiques distinctes en fonction de l’état symptomatique des plants (symptomatique/asymptomatique) ont également pu être révélées pour plusieurs variétés et parties de la plante. En fonction des organes, des composés discriminants du caractère symptomatique communs à plusieurs variétés ont été détectés. Plusieurs dérivées de chlorophylles et des caroténoïdes ont été trouvés comme probables marqueurs de l’état sanitaires des plantesFine lavender and lavandin are historic and emblematic crops of Provence (South-East France). They are cultivated for their aromatic and perfume properties. They represented an important economic value in France. Nevertheless, over the last decades, lavender’s field decline because of the lack of rain fall and a disease name “yellow disease”. This infection lead to phloem-limited bacterial pathogen (Candidatus Phytoplasma solani) and transmitted by a planthopper (Hyalesthes obsoletus). The purpose of this PhD is to study induced chemical defences (i.e. non-volatile organic compounds) in order to better understand interaction between insect, plant and bacteria. To answer this issue, an untargeted metabolomic approach was developed. Four varieties chosen for their sensibility or tolerance against phytoplasma, were used: two lavender (7713, maillette) and two lavandin (abrial, grosso), and 480 samples were collected. Compound extraction was performed by a solid-liquid extraction assisted by ultrasounds with an ethanol-water mixture (50:50, v/v). Afterwards, 1429 extracts were analysed by an UPLC-HRMS (XevoG2 QTOF, Waters). Spectral data was first handle using W4M-Galaxy to obtain a peak table fitting by statistical tools. Next, MetaboAnalyst was conducted to correct data and performed multivariate analyses. PCA was used to visualize trends and outliers. PLS-DA was applied to highlight biological differences between subgroups, to discover the most relevant factors and detected biomarkers. The most discriminant compounds specific to sensitivity/tolerant species as well as to plant symptomatic status (asymptomatic/symptomatic) were annotated. Chlorophyll derivatives, under-expressed in symptomatic plants, are probably health plant status biomarkers
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Garcia, Elsa. "Détection de la virulence bactérienne : caractérisation de la réponse immunitaire anti-virulence déclenchée par la toxine CNF1 d’Escherichia coli." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://theses.univ-cotedazur.fr/2017AZUR4071.
Full textAbstract:
Notre système immunitaire détecte les microorganismes via des molécules absentes de l’hôte appelées MAMPs. Mais étant donné que les MAMPs sont exprimés par tous les microorganismes indépendamment de leur potentiel pathogène, ce mécanisme n’explique pas comment le système immunitaire distingue les microorganismes pathogènes des non-pathogènes. De récents travaux ont mis en évidence un mécanisme de détection de l’activité des facteurs de virulence bactériens. En utilisant la drosophile, notre laboratoire a précédemment démontré que l’activation de la Rho GTPase Rac2 par la toxine CNF1 d’Escherichia coli induisait une réponse immunitaire innée conservée au cours de l’évolution chez le mammifère et similaire à l’immunité induite par les effecteurs chez la plante. Par la suite, nous avons évalué l’importance de cette réponse immunitaire au cours de la bactériémie chez la souris et démontré le rôle central de la cytokine IL-1β dans l’élimination des bactéries en réponse à la détection de CNF1. Des expériences in vitro nous ont permis d’identifier les mécanismes moléculaires mis en jeu et l’inflammasome responsable de l’activation de la caspase-1 et du clivage de l’IL-1β. De manière intéressante, CNF1 est toujours co-exprimée avec la toxine hémolysine-α (HlyA) dans les souches pathogènes d’E. coli. En outre, nous avons découvert que l’HlyA bloquait l’élimination des bactéries induite par CNF1 au cours de la bactériémie et inhibait la sécrétion de l’IL-1β. Ici, nous avons rapporté le premier exemple d’immunité induite par une toxine (CNF1) et contrecarrée par une autre (HlyA)Our immune system detects microorganisms via molecules absent from the host called MAMPs. Since MAMPs are shared by all microorganisms regardless of their pathogenic potential, this mechanism does not explain how the immune system distinguishes between pathogenic and non pathogenic microorganisms. The detection of the activities of pathogen-encoded virulence factors has emerged as a new paradigm of pathogen recognition. Using Drosophila we previously demonstrated that the Escherichia coli CNF1 toxin-induced activation of the Rho GTPase Rac2 is sufficient to initiate a defense signal evolutionarily conserved from flies to mammals and similar to Effector-Triggered Immunity in plants. We further addressed the importance of this innate immune mechanism during bacteremia in mice and demonstrated the central role of the IL-1β cytokine in the clearance of bacteria in response to the detection of CNF1. In vitro experiments allowed us to identify the involved molecular mechanisms and the inflammasome responsible of caspase-1 activation and IL-1β maturation. Interestingly, CNF1 is always co-expressed with α-hemolysin toxin in pathogenic E. coli. In addition, we found that HlyA blocked the elimination of bacteria induced by CNF1 during bacteremia and inhibited the secretion of IL-1β. Here, we have reported the first example of immunity induced by a toxin (CNF1) and counteracted by another (HlyA)
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Anglaret, Xavier. "Maladies bactériennes chez les adultes infectés par le Virus de l'Immunodéficience Humaine en Côte d'Ivoire : essai thérapeutique Cotrimo-CI ANRS 059, étude de cohorte Cotrame ANRS 1203, Abidjan, 1995-2002." Bordeaux 2, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR21008.
Full textAbstract:
Alors que le spectre de la morbidité liée au VIH en Afrique sub-saharienne comportait encore de nombreuses incertitudes, l'essai thérapeutique Cotrimo-CI ANRS 059 réalisé à Abidjan de 1996 à 1998 a montré que la prophylaxie par le cotrimoxazole débutée à un stade précoce d'immunodépression réduisait de moitié la morbidité sévère chez les adultes VIH+. Cette efficacité était principalement liée à un effet antibactérien, et la pathologie bactérienne se révélait à cette occasion être la première cause de morbidité sévère des adultes VIH+. Suite à ces résultats, une réunion d'experts convoquée par OMS/ONUSIDA a recommandé en 2000 que le cotrimoxazole soit systématiquement et précocement prescrit aux personnes VIH+ en Afrique. Ces recommandations sont encore l'objet d'un débat, centré sur les risques encore mal évalués de sélection de germes résistants. L'étude Cotrame ANRS 1203 suit actuellement sous cotrimoxazole les anciens participants à l'essai Cotrimo-CI. La morbidité bactérienne dans cette cohorte (détaillée ici par pathologie, par germe, par gravité, et par stades d'imunodépression), toujours fortement diminuée par le cotrimoxazole après un suivi médian de 2 ans, reste cependant la première cause identifiée de morbidité sévère. Une prise en charge syndromique adaptée à cette morbidité dans les centres de soins périphériques accueillant les premiers les personnes VIH+ pourrait permettre d'éviter une mortalité précoce, avant même les critères de début des traitements antirétroviraux. La polémique sur l'utilisation du placebo dans l'essai Cotrimo-CI animée par le quotidien Le Monde est l'occasion de revenir sur les règles éthiques des essais thérapeutiques. Le respect dû à l'être humain est un principe universel. L'universalité de l'éthique de la recherche sera effective lorsque les études actuellement majoritairement conçues par et pour les pays industrialisés intègreront dans leur réflexion la question de l'applicabilité de leurs résultats dans les autres paysOn 1996, knowledge on the spectrum of HIV-associated morbidity in sub-Saharan Africa was still incomplete. A randomised trial (Cotrimo-CI ANRS 059 trial) performed between 1996 and 1998 in Abidjan showed that cotrimoxazole prophylaxis had a 43 % efficacy in reducing severe morbidity in infected adults at early stages of HIV infection. Bacterial diseases were the first cause of severe morbidity in patients participating in this trial, and the efficacy of cotrimoxazole was mainly due to its antibacterial activity. In 2000, a WHO/UNAIDS expert committee recommended that cotrimoxazole should be part of the standard package of HIV cares in sub-Saharan Africa. These recommendations are currently under debate, mainly because of concerns that large-scale distribution of cotrimoxazole might accelerate bacterial and parasitic resistance. The objective of the Cotrame ANRS 1203 cohort study was to contribute to this debate, providing data on long-term morbidity under cotrimoxazole. After a median follow-up of two years in this cohort, the rate of serious bacterial diseases under cotrimoxazole remains two times lower than the short-term figure estimated in the same setting under plzcebo before 1998. However, serious bacterial morbidity remains the first group involved in hospital admissions. Together with improving access to well-managed highly antiretroviral therapies, optimizing early detection and treatment of bacterial diseases may be an important issue for reducing early HIV mortality in sub-Saharan Africa. After reminding in detail the debate questioning the ethical justification of the use of a placebo arm in the Cotrimo-CI trial, we discuss here the issue of the ethics rules of therapeutic trials. Ethic will be truly universal only when the design of research studies done in industrialised countries will take into account the applicability of their results in non-industrialised ones
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Georgel, Anne-France. "Analyse des réponses anti-bactériennes et anti-virales respiratoires induites par les agonistes des récepteurs de l’immunité innée." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S053.
Full textAbstract:
Les infections virales et bactériennes pulmonaires représentent un problème de santé publique majeur. Les approches thérapeutiques actuelles par antibiotique ont montré leur efficacité mais également leur limite notamment dans des cas de micro-organismes multirésistants ou dans le traitement de patients atteints de pathologies aggravantes. La stimulation de l’immunité innée pourrait représenter une voie thérapeutique complémentaire aux traitements actuels. En effet, l’activation du système immunitaire inné induit la production locale de molécules antimicrobiennes et le recrutement de cellules effectrices qui interviennent dans le contrôle de l’infection.Les « Toll-like receptors » (TLR) sont des senseurs de l’immunité innée. Leur activation entraîne une cascade de signalisation qui module la transcription de gènes de l’immunité comme ceux codant certaines cytokines. TLR5 reconnaît la flagelline, protéine structurale des flagelles bactériens. TLR5 est exprimé à la surface des macrophages, des cellules dendritiques et des cellules épithéliales.Dans la première partie de travail, nous avons évalué la capacité de la flagelline à contrôler la réplication du virus de la grippe A H3N2. Nous avons tout d’abord montré que l’administration intranasale ou systémique de flagelline était capable d’activer des gènes antiviraux au niveau pulmonaire. L’administration de la flagelline conduit à une diminution de la réplication virale chez les souris infectées par le virus de la grippe A H3N2. Cet effet est également observé chez les souris Il22-/- et Ifnar-/- suggérant un mécanisme indépendant de l’interféron de type I et de l’IL-22. Enfin, nous avons également montré que l’association de la flagelline à l’oseltamivir (inhibiteur de neuraminidase) était plus efficace que les traitements administrés séparément.La deuxième partie de ce travail correspond à l’étude clinique ASTRAL qui évalue la capacité des cellules mononucléées sanguines à répondre à différents agonistes de TLR chez des patients atteints de pneumonie franche lobaire aiguë. Cette étude a démarré en octobre 2017 et prévoit d’inclure 38 patients. L’objectif est d’observer la réponse induite par des agonistes de TLR à travers des analyses transcriptionnelles et des dosages de cytokines. Les premiers résultats (analyse chez 7 patients) montrent que les cellules mononucléées sanguines peuvent être activées par des agonistes de TLR dans le contexte de pneumonieViral and bacterial infections remain a burden for health care systems. The current therapeutic approaches by antibiotic have shown their effectiveness but also their limit especially in cases of multidrug-resistant microorganisms or in the treatment of patients with aggravating pathologies. Stimulation of innate immunity could be a complementary therapeutic approach to current treatments. Indeed, the activation of the innate immune system induces local production of antimicrobial molecules and the recruitment of effector cells involved in controlling infection.The Toll-like Receptors (TLRs) are innate sensors that trigger signaling cascades and promotes the archetypal pro-inflammatory responses involved in antimicrobial defense. TLR5 recognizes flagellin, the structural protein of bacterial flagella. TLR5 is expressed on the surface of macrophages, dendritic cells and epithelial cells.In the first part of the work, we assessed the ability of flagellin to control the replication of influenza A virus H3N2. We first showed that intranasal or systemic administration of flagellin activated transcription of anti-viral genes in lung tissue. Administration of flagellin reduced viral replication in the lung of mice infected with H3N2 IAV. This effect is also observed in Il22-/- and Ifnar-/- mice suggesting a mechanism independent of type I interferon and interleukin 22 signaling. Finally, we also showed that the combination of flagellin with oseltamivir (neuraminidase inhibitor) was more efficacious than standalone treatments.The second part of this work is the ASTRAL clinical study, which assesses the ability of blood mononuclear cells to respond to different TLR agonists in patients with acute lobar pneumonia. This study started in October 2017 and plans to include 38 patients. The objective is to observe the response after TLR agonist stimulation by transcriptional analysis and cytokine assays. The first results (analysis of 7 patients) show that blood mononuclear cells can be activated by TLR agonists in the context of pneumonia
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Garcia, Elsa. "Détection de la virulence bactérienne : caractérisation de la réponse immunitaire anti-virulence déclenchée par la toxine CNF1 d’Escherichia coli." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4071.
Full textAbstract:
Notre système immunitaire détecte les microorganismes via des molécules absentes de l’hôte appelées MAMPs. Mais étant donné que les MAMPs sont exprimés par tous les microorganismes indépendamment de leur potentiel pathogène, ce mécanisme n’explique pas comment le système immunitaire distingue les microorganismes pathogènes des non-pathogènes. De récents travaux ont mis en évidence un mécanisme de détection de l’activité des facteurs de virulence bactériens. En utilisant la drosophile, notre laboratoire a précédemment démontré que l’activation de la Rho GTPase Rac2 par la toxine CNF1 d’Escherichia coli induisait une réponse immunitaire innée conservée au cours de l’évolution chez le mammifère et similaire à l’immunité induite par les effecteurs chez la plante. Par la suite, nous avons évalué l’importance de cette réponse immunitaire au cours de la bactériémie chez la souris et démontré le rôle central de la cytokine IL-1β dans l’élimination des bactéries en réponse à la détection de CNF1. Des expériences in vitro nous ont permis d’identifier les mécanismes moléculaires mis en jeu et l’inflammasome responsable de l’activation de la caspase-1 et du clivage de l’IL-1β. De manière intéressante, CNF1 est toujours co-exprimée avec la toxine hémolysine-α (HlyA) dans les souches pathogènes d’E. coli. En outre, nous avons découvert que l’HlyA bloquait l’élimination des bactéries induite par CNF1 au cours de la bactériémie et inhibait la sécrétion de l’IL-1β. Ici, nous avons rapporté le premier exemple d’immunité induite par une toxine (CNF1) et contrecarrée par une autre (HlyA)Our immune system detects microorganisms via molecules absent from the host called MAMPs. Since MAMPs are shared by all microorganisms regardless of their pathogenic potential, this mechanism does not explain how the immune system distinguishes between pathogenic and non pathogenic microorganisms. The detection of the activities of pathogen-encoded virulence factors has emerged as a new paradigm of pathogen recognition. Using Drosophila we previously demonstrated that the Escherichia coli CNF1 toxin-induced activation of the Rho GTPase Rac2 is sufficient to initiate a defense signal evolutionarily conserved from flies to mammals and similar to Effector-Triggered Immunity in plants. We further addressed the importance of this innate immune mechanism during bacteremia in mice and demonstrated the central role of the IL-1β cytokine in the clearance of bacteria in response to the detection of CNF1. In vitro experiments allowed us to identify the involved molecular mechanisms and the inflammasome responsible of caspase-1 activation and IL-1β maturation. Interestingly, CNF1 is always co-expressed with α-hemolysin toxin in pathogenic E. coli. In addition, we found that HlyA blocked the elimination of bacteria induced by CNF1 during bacteremia and inhibited the secretion of IL-1β. Here, we have reported the first example of immunity induced by a toxin (CNF1) and counteracted by another (HlyA)
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Bruez, Emilie. "Etude comparative des communautés fongiques et bactériennes colonisant le bois de ceps de vigne ayant exprimé ou non des symptômes d’esca." Thesis, Bordeaux 2, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR22027/document.
Full textAbstract:
L’esca est une maladie de dépérissement du bois de la vigne conduisant à la mort des ceps. Actuellement le vignoble mondial est atteint, et au niveau français, cette maladie ne cesse de progresser. Ainsi, 8% des ceps dans le Jura et 4,5% dans la région de Bordeaux manifestent des symptômes d’esca, selon les parcelles des chiffres beaucoup plus élevés sont obtenus, certains cépages sont aussi beaucoup plus sensibles que d’autres. Plusieurs champignons seraient impliqués dans l’esca mais leur rôle ainsi que la détermination de la microflore responsable de cette maladie est encore sujette à interrogation. Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse a été de caractériser et de comparer les microflores fongiques et bactériennes colonisant le bois de ceps de vigne ayant exprimé ou non des symptômes foliaires d’esca. Dans un premier temps, nous avons prélevé des ceps (cultivar Cabernet Sauvignon) relativement jeunes (10 ans d’âge) car ils présentaient l’intérêt d’être peu dégradés au niveau du bois du tronc, les symptômes foliaires étant associés à la présence d’amadou (une nécrose typique de l’esca) uniquement dans les bras. Une grande diversité dans les communautés fongiques (674 OTUs) et bactériennes (222 OTUs) colonisant le bois a été observée. Cette diversité est plus importante dans le bois sain de la vigne que dans celui partiellement ou totalement nécrosé. Les techniques utilisées, i.e. isolement/séquençage de souches, empreinte moléculaire (Single Strand Conformation Polymorphism, SSCP) et pyroséquençage 454, ont montré que les communautés bactériennes ou fongiques étaient différentes dans les tissus dégradés comparés à ceux qui ne l’étaient pas. Des changements de microflores en fonction du temps (expérimentation durant 1 année) ont aussi été observés. D’une façon générale, les espèces de champignons impliquées dans l’esca sont déjà présentes dans le bois apparemment sain de ceps esca-foliaires symptomatiques mais aussi des asymptomatiques. Il n’a pas été possible de différencier ces 2 types de microflores au niveau du bois sain des plants, cette différentiation se faisant au niveau des nécroses, qui sont plus abondantes dans les ceps esca-symptomatiques. Pour la première fois nous avons montré que des communautés bactériennes spécifiques étaient associées à l’esca, leurs aptitudes trophiques étant différentes selon les tissus où elles étaient prélevées. Les espèces isolées suggèrent que certaines pourraient avoir un rôle dans la protection du végétal, d’autres dans la dégradation des structures du bois, e.g. de la lignine, préparant ainsi le terrain aux champignons dégradateurs des tissus ligneux, déjà présents à l’intérieur des ceps. Nous avons aussi étudiés des ceps plus âgés (cultivar Baco blanc), de 42 et 58 ans, qui avaient un rendement acceptable et n’avaient pas manifesté de symptômes d’esca ou eutypiose (une autre maladie du bois) l’année du prélèvement. Au niveau des tissus fonctionnels du bois, les communautés fongiques étaient caractéristiques de plants atteints par l’eutypiose (ceps de 42 ans) ou de l’esca (ceux de 58 ans). La non expression par les ceps de ces 2 maladies pourrait cependant être associée à la forte présence de champignons mycoparasites et protecteur du végétal, comme Trichoderma spp., dans ces tissus fonctionnels. Les interactions au sein des communautés fongiques créant un équilibre où le pathogène ne se développerait pas de façon extensive. Les caractéristiques du Baco blanc, un hybride, moins sensible à certaines maladies de la vigne, pourrait aussi expliquer ce résultat. Ainsi la présence d’une microflore bénéfique naturellement présente dans le bois des ceps associée à des plants ayant une tolérance à ces maladies pourrait ouvrir de nouvelles perspectives pour lutter l’esca, voire l’eutypiose, pour lesquelles aucun moyen de protection n’existe aujourd’huiEsca is a Grapevine Trunk Disease (GTD) that induces a decline in grapevine vigour that generally leads up with the death of the plants. Nowadays, vineyards worldwide are attacked by esca and, in France this disease increases steadily. In the Jura, 8% of the grapevines are esca-foliar symptomatic and approximately 4.5% in the Bordeaux region. However, some vineyards are more severely attacked by esca, and certain cultivars are more susceptible than others. Although several pathogenic fungi are associated with esca, their individual roles and their interaction with other microorganisms for the esca have still to be determined. In this context, the objective of the present PhD study is to characterize and compare the bacterial and fungal microflora that colonize the wood tissues of esca-foliar symptomatic and asymptomatic grapevines. First, we sampled young (10 year-old) grapevines (Cabernet Sauvignon cultivar) because they had only few necroses in the trunk and white-rot (also called amadou) was only present in the cordons of symptomatic plants. Great diversity in the fungal (674 OTUs) and bacterial (222 OTUs) communities was observed. This diversity was higher in the apparently healthy wood than in the partially or totally necrotic wood tissues. The methods used isolation/sequencing of microbial strains, a molecular fingerprinting method (Single Strand Conformation Polymorphism, SSCP) and 454 pyrosequencing showed that the fungal and bacterial communities of the necrotic and healthy wood tissues were different. Changes in the microflora over time (over a one-year period) have been observed. Fungal species involved in esca are already present in the apparently healthy wood of esca-foliar symptomatic plants but also in the asymptomatic ones. It was not possible to differentiate these 2 microflora. Only microflora from the necroses differed from those of the healthy wood with these necroses being more developed in the esca-foliar symptomatic grapevines. For the first time, we were able to determine that specific bacterial communities are associated with esca. Depending on the wood tissues, different types of bacteria were isolated, with different trophic behaviour. Two roles could be assigned to the species isolated from the various wood tissues: (i) a positive role, due to the biocontrol potential that many species have; (ii) a negative one, by predisposing the wood of grapevines to fungal attacks. We also studied, old (42 and 58 year-old) grapevines of the cultivar, Baco blanc, that produced regular harvests. The plants had no expressed foliar symptoms of esca or eutypa dieback during the sampling year. Many plant pathogens colonized the functional wood tissues, but in 58 year-old plants they were associated with esca, and in 42 year-old plants, with eutypa dieback. The absence of GTDs expression could be linked to the numerous plant protectant mycoparasites, such as Trichoderma spp., that colonized the functional wood tissues. Interactions between species within the fungal communities may create a balance that is unfavourable to the development of the pathogens. The use of Baco blanc, a hybrid less susceptible to certain grapevine diseases could also explain this result. So, because no means of protection are currently available, the combination of beneficial microflora within the garpevine wood tissues with plants that are tolerant to esca, or even eutypa dieback, could be helpful to control those diseases
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Frija-Masson, Justine. "Néogenèse lymphoïde induite par l'infection bactérienne bronchopulmonaire chronique." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCB184/document.
Full textAbstract:
Introduction: les follicules lymphoïdes (FL) sont absents du poumon normal mais ont été décrits dans les poumons de patients atteints de mucoviscidose ou de dilatations de bronches non mucoviscidosiques, suggérant un rôle pour l’infection bronchique dans la néogenèse lymphoïde (NL). Nous avons étudié la dynamique de la néogenèse lymphoïde dans l’infection bactérienne. Méthodes: les souris C57BL/6 ont reçu une instillation intratrachéale de billes d’agarose contenant du PAO1 ou du S. aureus (106 CFU/animal) permettant une infection prolongée et ont été comparées à des souris contrôles (billes stériles ou absence de billes). Les souris ont été sacrifiées à J1, J4, J7 et J14. Résultats: l’instillation unique de billes d’agarose contenant du PAO1 ou du S. aureus induit en 14 jours des FL fonctionnels situés sous l’épithélium en regard des zones d’infection. Le marquage pour CXCL12 et CXCL13 est faible chez contrôles, mais présent dans l’épithélium (CXCL13) dès J1 et présent également dans les FL (CXCL12 et CXCL13) à J14 chez les souris infectées. Le traitement des souris par un anticorps anti CXCL12 ou anti CXCL13 n’inhibe pas la formation des FL induite par l’infection à PAO1. Conclusion: nos données suggèrent un rôle pour l’infection bactérienne prolongée et l’épithélium respiratoire dans la NL des bronchopathies chroniques. Notre modèle permet d’évaluer les mécanismes de la formation et de persistance des FL dans le poumonIntroduction: lymphoid follicles (LF) are absent in normal lungs, but are described in lungs of subjects with cystic fibrosis (CF) or non-CF bronchiectasis, suggesting a role for bacterial infection in lymphoid neogenesis. We aimed to study the dynamic of pulmonary lymphoid neogenesis (LN) during bacterial infection. Methods: C57BL/6 mice were instilled intratracheally with PAO1- or S. aureus-coated (1.106 CFU/mouse) agarose beads (which produced prolonged airway infection) and compared to controls (sterile beads or no instillation). Mice were sacrificed on day (d)1, d4, d7, and d14 after instillation. Results: chronic pulmonary infection with PAO1 or S. aureus induced organised LF in 14 days after a single challenge with PAO1- or S. aureus-coated beads. Bacteria- induced LF were exclusively localized in the subepithelium of infected airways. Staining for CXCL12 and CXCL13 was weak in airway epithelium of controls, but was positive in airway epithelium (CXCL13) at 1 day and in LF (both) of infected mice at 14 days. Treatment with anti CXCL12 or anti CXCL13 Ab did not reduce LN induced by PAO1 infection. Conclusions: chronic bacterial infection and respiratory epithelium could contribute to LN in chronic airway diseases. Our unique model allows to study mechanisms for the formation and maintenance of lung LF
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López, Camilo. "Caractérisation de gènes de résistance candidats, d'ESTs et analyse du transcriptome : application à l'étude de la résistance du manioc à Xanthomonas axonopodis pv. manihotis." Perpignan, 2004. http://www.theses.fr/2004PERP0583.
Full textAbstract:
Le manioc (Manihot esculenta subsp. Esculenta Crantz) constitue la base de l'alimentation pour plus de 600 millions de personnes dans le monde. La bactériose vasculaire causée par Xanthomonas axonopodis pv manihotis (Xam) est une des principales maladies du manioc. L'objectif de cette étude est de comprendre les mécanismes moléculaires de la résistance à la bactériose. Pour cela, plusieurs approches complémentaires ont été utilisées. Tout d'abord, nous avons entrepris une approche " gène candidat " pour isoler des gènes putatifs de résistance (RGC). Ce travail nous a permis de caractériser plusieurs RGCs et de mettre en évidence la présence d'un cluster de gènes de résistance. De plus, nous avons isolé un homologue du gène de résistance Xa21 chez le manioc, appelé RXam1. Ce gène est localisé dans une région génomique associée à la résistance à la souche CIO136 de Xam. Ensuite, une approche EST a été utilisée pour identifier d'autres gènes impliqués dans la voie de signalisation de défense chez le manioc. A partir d'une collection de 11954 ESTs , nous avons constitué un set de 5700 séquences uniques. Certains ESTs montrent des similitudes avec des gènes impliqués dans la résistance et constituent ainsi une nouvelle source des gènes candidates. Basée sur cette collection d'ESTs, nous avons construit une puce à ADN qui a été utilisée pour étudier la réponse du manioc au cours de temps vis à vis de la bactériose. Cela nous a permis mettre en évidence plusieurs mécanismes de défense chez le manioc, notamment un burst oxydatif, le renforcement de la paroi cellulaire, la dégradation protéique et l'expression de gènes type PRCassava (Manihot esculenta subsp. Esculenta Crantz) is an important crop that constitutes a basic component in the diet of about 600 million people in the world. One of the major diseases of this crop is cassava bacterial blight (CBB), caused by the pathogenic bacterium Xanthomonas axonopodis pv manihotis (Xam). In order to dissect the resistance mechanism of to CBB different approaches were conducted. First, a Resistance Gene Candidate (RGC) approach led to the characterization of several putative resistance genes and the identification of a resistance gene cluster. Additionally, I isolated a homologue of the rice resistance gene Xa21 in cassava, RXam1. This gene is associated with a QTL to the strain CIO136 of Xam. Second, an EST approach was also attempted to identify other genes involved in the resistance signalling pathway. A large cassava EST database was developed from sequencing 11,954 cDNA clones. Cluster analysis assembled them in a unigene set of 5,700 sequences. Some of the ESTs showed similarity to genes that are known to be involved in plant defense mechanisms and constitute a new source of candidate resistance and defense genes. Based on the EST unigene set generated, we constructed a cassava microarray that was used to study the course-time response of cassava to Xam. In response to Xam, cassava induces several genes, including principally those involved in oxidative burst, protein degradation and pathogenesis-related (PR) genes
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Padget, Michael. "Antibiotic resistance among children in low-income countries - Investigating community antibiotic consumption." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLV130/document.
Full textAbstract:
La résistance bactérienne aux antibiotiques est un problème de santé publique majeur, touchant plus particulièrement les enfants dans les pays en développement (PED).Nous avons effectué une revue systématique de la littérature pour quantifier le niveau de résistance aux antibiotiques chez les enfants âgés de moins de 2 ans dans les PED. De manière générale, les données sur la résistance aux antibiotiques dans la population étudiées sont rares. Selon les publications identifiées, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, et Klebsiella spp. apparaissent comme les causes les plus fréquentes d’infections néonatales sévères. Chez les enfants âgés de 1 à 24 mois, Streptococcus pneumoniae et Salmonella spp. apparaissent comme les causes les plus fréquentes d’infections bactériennes invasives.Dans une seconde revue systématique, nous avons examiné les méthodologies actuelles utilisées pour mesurer la consommation d’antibiotiques dans les PED.Nos résultats montrent qu’aucunes des méthodologiesne permet, à elle seule, de répondre aux besoins de ces pays en terme de données.Nous avons conduit une enquête en population à Madagascar et au Sénégal afin d’examiner les modalités de consommation d’antibiotiques chez des enfants de moins de 2 ans. Dans les 2 pays, la plupart des antibiotiques étaient achetés en pharmacie sur présentation d’une ordonnance. Une proportion élevée des antibiotiques était utilisée pour le traitement d’infections probablement d’origine virale. Des facteurs tels que la disponibilité de centres de santé, de pharmacies, l’existence de programmes de remboursement ou encore la formation du personnel pourraient influencer la fréquence de consommations d’antibiotiques au niveau national.Les résultats issus de ces travaux de recherche ajoutent des données essentielles à la littérature existante et mettent en évidence des leçons importantes pour la lutte contre la résistance aux antibiotiques dans les PEDsAntimicrobial resistance is a growing threat across the world and is likely to disproportionately affect children in low-income countries (LICs).To estimate the burden of antibiotic resistance in the community among children under two in LICs we undertook a review of published literature. Common isolates in neonatal sepsis cases included Staphylococcus aureus, Escherichia coli, and Klebsiella. Among children 1 mo. to 2 yrs., Streptococcus pneumonia and Salmonella were most often reported. Information on antibiotic resistance was sparse and often relied on few isolates.We reviewed methods to measure antibiotic consumption in LICs from published literature and showed that current techniques used in isolation are insufficient to respond to all the data needs in LICs. Integrating study techniques and starting with community surveys may respond more adequately to this issue in LICs and lead to more actionable results.To investigate patterns of antibiotic consumption and related factors among children under two in Madagascar and Senegal we undertook community surveys in two sites in Madagasgar (Antananarvo and Moramanga) and one site in Senegal. Results showed relatively high levels of antibiotic use among children. The majority of antibiotics were purchased in pharmacies with a prescription in both countries. Data suggest a high proportion of use for likely viral infections. Local contexts including the availability of health care facilities, availability of pharmacies, national payment schemes, and provider training seemed to play a role in country usage rates.Results from this work add essential data to the literature where relatively little data exists and reveal important lessons about studying and combating antibiotic resistance in LICs
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Surre, Jérémy. "Détection précoce de la sensibilité bactérienne aux antibiotiques." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCB078/document.
Full textAbstract:
Suite à la découverte des antibiotiques, les succès thérapeutiques ont laissé présager un avenir où les maladies infectieuses d’origine bactérienne seraient éradiquées. Cependant, en moins d’un siècle, l’utilisation massive des antibiotiques à large spectre a conduit à l’émergence de résistances réduisant ainsi les options thérapeutiques. Mon projet de recherche vise à comprendre les altérations métaboliques et morphologiques bactériennes induites précocement par les antibiotiques et à contribuer au développement de tests diagnostiques rapides et fiables pour favoriser la mise en place d’antibiothérapies plus ciblées. Grâce au suivi des modifications des divers paramètres métaboliques et morphologiques des bactéries après traitement aux antibiotiques, nous avons montré l’intérêt des marqueurs de viabilité tels que le DiBAC4(3), le TOPRO®-3 ou encore l’Alexa FluorTM Hydrazide pour la détection rapide (<3h) de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques. Nous avons notamment montré, pour la première fois, que la carbonylation des protéines, qui est induite dans des conditions de stress oxydatif et de vieillissement cellulaire, est un marqueur précoce universel de la sensibilité aux antibiotiques bactéricides. Suite à cette première partie de l’étude, nous avons souhaité comprendre les mécanismes mis en jeu par les bactéries en réponse au stress létal causé pas les antibiotiques. Au cours de nos expériences, il a été observé que lorsque les conditions ne permettaient plus la survie de l’organisme, un signal de fluorescence intrinsèquement lié à la bactérie permettait de prédire l’issue fatale après seulement 2 heures d’incubation avec l’antibiotique. En effet, suite à un traitement avec un antibiotique bactéricide ciblant la synthèse du peptidoglycane bactérien (ampicilline), nous avons observé une fluorescence maximale des cellules à la dose d’antibiotique correspondant à la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI). L’augmentation de la fluorescence des cellules bactériennes a aussi été observé lors du traitement létal avec un agent biocide (hypochlorite de sodium). Cependant, ce phénomène n’est plus observable avec des antibiotiques bactériostatiques ou bactéricides qui inhibent la synthèse protéique indiquant l’importance d’un métabolisme bactérien actif. Les corrélations de propriétés spectrales nous ont permis de suspecter les molécules de flavines comme étant responsables du phénomène d’autofluorescence observé. De plus, nous avons montré une suractivation de la voie de biosynthèse des cofacteurs de type flavines et des flavoprotéines en présence d’ampicilline. Finalement, nous avons effectué des expériences de tri et de survie cellulaire de populations bactériennes traitées à l’ampicilline. Nos résultats ont montré que les cellules très fluorescentes ont une survie moyenne 5 fois supérieure aux cellules peu fluorescentes. Ceci suggère que le signal de fluorescence observé est une réponse cellulaire médiée par les composés flavonoïdes pour tenter de survivre au traitement antibiotique. Des travaux exploratoires suggèrent que le phénomène étudié chez les bactéries est conservé chez les levures et chez les cellules humaines. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives dans la compréhension de la physiologie bactérienne, l’étude de la réponse bactérienne face à un stress exogène et la surveillance rapide de la viabilité des cellulesFollowing the discovery of antibiotics, the therapeutic successes foreshadowed a future where infectious diseases of bacterial origin would be eradicated. However, in less than a century, the massive use of broad-spectrum antibiotics led to the emergence of resistance thus reducing therapeutic options. My research project aims to understand early bacterial metabolic and morphological changes induced by antibiotics and to contribute to the development of rapid and reliable diagnostic tests to promote the implementation of more targeted antibiotic treatments. By monitoring changes in various metabolic and morphological parameters of bacteria after antibiotic treatment, we have shown the interest of viability markers such as DiBAC4(3), TOPRO®-3 or Alexa FluorTM Hydrazide for rapid detection (<3h) of bacterial susceptibility to antibiotics. In particular, we have shown for the first time that protein carbonylation, which is induced under conditions of oxidative stress and cellular aging, is a universal early marker of bactericidal antibiotic susceptibility. Following this first part of the study, we wanted to understand the mechanisms involved in bacterial response to lethal stress caused by antibiotics. Following this first part of the study, we wanted to understand the bacterial mechanisms involved in response to lethal stress caused by antibiotics. In our experiments, it was observed that when the conditions no longer allowed the organism survival, a fluorescence signal intrinsically linked to the bacterium allowed to predict the fatal outcome after only 2 hours of incubation. Indeed, following a treatment with a bactericidal antibiotic targeting the synthesis of bacterial peptidoglycan (ampicillin), we observed a maximum fluorescence of the cells at the dose of antibiotic corresponding to the Minimum Inhibitory Concentration (MIC). The fluorescence increase of bacterial cells was also observed during the lethal treatment with a biocidal agent (sodium hypochlorite). However, this phenomenon is no longer observable with bacteriostatic or bactericidal antibiotics that inhibit protein synthesis indicating active bacterial metabolism importance. The correlations of spectral properties allowed us to suspect the flavin molecules as responsible for the observed autofluorescence phenomenon. In addition, we showed an overactivation of the biosynthesis pathway of flavin-type cofactors and flavoproteins occurring during ampicillin treatment. Finally, we performed cell sorting and cell survival experiments of ampicillin-treated bacterial populations. Our results showed that highly fluorescent cells have an average survival 5 times higher than low fluorescent cells. This suggests that the fluorescence signal observed is a cellular response mediated by flavonoid compounds in an attempt to survive to antibiotic treatment. Exploratory work suggests that the phenomenon studied in bacteria is conserved among yeasts and human cells. These results open new perspectives in bacterial physiology understanding, the study of bacterial response to exogenous stress and the rapid monitoring of cell viability
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Pruvost, Olivier. "La maladie des taches noires de la mangue (Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae) : étude bactériologique, biologique, épidémiologique et mise au point des bases d'un système de lutte intégrée dans les confitions de l' Île de la Réunion." Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA112020.
Full textAbstract:
Une étude approfondie de l'agent causal de la maladie des tâches noires de la mangue (Xanthononas campestris pv. Mangiferaeindicae) a permis de mettre en évidence une assez large variabilité des caractères métaboliques, sérologiques, de la sensibilité à une gamme de bactériophages, d'antibiotiques ou de sels de métaux lourds et du contenu plasmidique des 94 isolats étudiés. Une variabilité existe également en ce qui concerne le pouvoir pathogène sur différentes plantes hôte. L'étude des caractéristiques biologiques et épidémiologiques de l'agent pathogène dans les conditions de l'ile de la réunion a permis de mettre en évidence les périodes de sensibilité et réceptivité des tissus de l'hôte et l'influence des paramètres climatologiques sur leur développement. Une survie épiphyte de l'agent pathogène a été démontrer sur feuilles, bourgeons et jeunes fruits. Les modalités de sa dissémination ont été précisées. L'efficacité de différentes formulations chimiques a été étudiée. Des résultats encourageants concernant les possibilités de lutte biologique par utilisation de souches de Bacillus subtilis ou B. Amyloliquefaciens antagonistes ont été obtenusAn extensive study was undertaken to characterize 94 isolates of Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae responsible for bacterial black spot of mangoes. Studies on carbohydrates assimilation, susceptibility to antibiotics and to heavy metal salts, serotyping and phage-typing, plasmid patterns as well as to pathogenicity to several hosts have revealed a large variability within the isolates. Biological and epidemiological studies of the pathogen under Reunion Island conditions have allowed us to establish susceptibility and receptivity periods of host tissues and their relations to climatic conditions. The pathogen is able to survive as an epiphyte on leaves, buds and immature fruit. Its mode of spread has been studied. Chemical and biological disease control were evaluated and resuls show that disease control may be achieved by using an antagonistic strain of Bacillus subtilis or B. Amyloliquefaciens