Dissertations / Theses: 'Maladies infectieuses – Transmission – Histoire'

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Nougein, Patrice. "L'évolution du concept de contagion à travers les siècles en occident et les mesures de protection sanitaire qui en ont decoulé." Paris 7, 1988. http://www.theses.fr/1988PA07B183.

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Girardin, Hervé. "Du pavillon des contagieux au departement des maladies infectieuses et tropicales : un siecle d'histoire de l'hospitalisation des maladies infectieuses au centre hospitalier regional de nancy." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN11298.

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Mamet, Jean-Philippe. "Evaluation d'un réseau télé-informatique de surveillance des maladies transmissibles, exemple de la listériose." Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05P102.

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Fretin, Alice. "La responsabilité des particuliers en matière de transmission de maladie." Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1G028.

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Abstract:

Un séropositif qui entretient une relation sexuelle non protégée avec un tiers sans lui révéler son statut sérologique ; une personne qui n’informe pas sa parentèle ou son conjoint de l’existence d’une anomalie génétique héréditaire ; des parents qui refusent de faire vacciner leur enfant ou qui le maintiennent malade à l’école ; une personne atteinte d’une forme aiguë de tuberculose qui emprunte le métro, ou pire encore avec des sacs contenant des bacilles de maladies pestilentielles. Si l’ensemble de ces situations rencontrées en pratique ne peuvent naturellement être appréhendées sous le même angle juridique, elles invitent cependant toutes à se demander si les particuliers répondent en justice des maladies qu’ils transmettent ou auxquelles ils exposent autrui. Si l’affirmative semble relever de l’évidence, un examen de la jurisprudence oblige cependant à grandement la nuancer. La question est, en outre, plus complexe qu’il n’y paraît car, si la transmission d’une maladie infectieuse franchit régulièrement les portes des palais de justice, la transmission génétique en reste pour l’heure éloignée. Mais pour combien de temps encore ? Pour mieux appréhender les enjeux, actuels et futurs, attachés à l’intrusion de la responsabilité dans des domaines qui ressortent habituellement de la sphère privée et de l’autonomie décisionnelle, il faut vérifier l’étendue réelle de la responsabilité individuelle qui pèse sur la population, en déterminant la nature exacte de celle-ci et surtout sa capacité à faire œuvre de dissuasion. La juste conciliation entre sécurité et liberté, entre droits et devoirs, n’étant manifestement pas encore trouvée, la présente thèse contribue à en déterminer le point d’équilibre
An HIV positive person who is in a non-protected sexual relationship with a third party without revealing his serologic status ; a person who does not inform his relatives or his spouse of the existence of a genetic inherited anomaly ; parents who refuse to vaccinate their child or who let him stay in school ill ; a person reached by an acute shape of tuberculosis who takes the subway, or even worse who carries bags full of bacilli of stinking diseases. If these situations encountered in practice can’t be understood under the same legal angle, they all however invite one to wonder if a private party should be taken to justice regarding the diseases they transmit or from which they expose others. If the affirmative answer appears to be the evidence, a study of the case-law however forces to significantly nuance it. Furthermore, the question is more complexe than it seems, because, if the transmission of a genetical disease regularly crosses the doors of the courts, the genetic transmission is still far from them today. But for how long ? To better understand today and tomorrow’s stakes, linked to the intrusion of the responsibility in areas which usually fall within the context of the private sphere and decision making autonomy, we must check the real scope of the individual responsibility placed on the population, by determining its exact nature, and especially its capacity to achieve public deterrence. The careful reconciliation between security and liberty, between rights and duties, has not yet obviously been found, this thesis contributes to assess its balance point

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Becker, Claire. "Étude des stades de transmission de Babesia divergens." Rennes 1, 2009. http://www.theses.fr/2009REN1S020.

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Abstract:

Babesia divergens est un protozoaire parasite des globules rouges des bovins. Il est transmis par une tique dure, Ixodes ricinus. Le cycle de développement de ce parasite n’est pas défini précisément chez son vecteur. L’objectif était d’identifier les stades de transmission de B. Divergens, d’une part du vecteur à l’hôte vertébré, le sporozoïte et d’autre part de l’hôte vertébré au vecteur, le gamétocyte. Dans la première partie, de nombreuses infections expérimentales de tiques ont été réalisées pour isoler les sporozoïtes à partir des organes de transmission de la tique, les glandes salivaires. Même si aucun parasite n’a pu être isolé pour B. Divergens, la mise en évidence de sporozoïtes d’une autre espèce, B. Sp. EU1 chez I. Ricinus a permis de valider les méthodes développées. Pour l’étude des gamétocytes, des gènes conservés chez les Apicomplexes et spécifiques des stades sexués ont été sélectionnés chez P. Falciparum par analyses bioinformatiques. Les 3 gènes bdccp1, 2 & 3 ont été mis en évidence chez B. Divergens, ainsi que la présence de leurs transcrits dans la population parasitaire intra-érythrocytaire. L’étude d’une des protéines, BdCCp2, a permis à l’aide de sérums immuns dirigés contre cette protéine, de montrer l’existence des stades sexués de B. Divergens, dans le tube digestif de tique. Les outils et les méthodes développés au cours de cette thèse pourront servir à préciser les connaissances sur la transmission de B. Divergens
Babesia divergens is a protozoan parasite of bovine red blood cells. It is transmitted by the hard tick Ixodes ricinus. The life cycle of this parasite inside its vector is not precisely known. The aim was here to identify the transmission stages of B. Divergens, on one hand the sporozoite (transmission from the vector to the vertebrate host) and on the other hand the gametocyte (transmission from the vertebrate to the vector). First numerous tick experimental infections were conducted to isolate the sporozoites from the tick transmitting organ, the salivary glands. Even if no parasite could be isolated for B. Divergens, the identification of sporozoites from another species B. Sp. EU1 inside I. Ricinus confirmed that the developed methods were appropriate. Concerning the gametocyte, genes, that are conserved among the Apicomplexa and specific of sexual stages, were selected in P. Falciparum genome by bioinformatics. Three orthologs bdccp1, 2 & 3 were identified in B. Divergens and their mRNA were proved to be present inside the intraerythrocytic parasite population. The study of one of the corresponding proteins, BdCCp2, using immune sera directed against recombinant peptides, confirm the existence of B. Divergens’ sexual stages inside tick gut. Produced tools and methods will allow the acquisition of knowledge on B. Divergens’ transmission

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Afonso, Eve Poulle Marie-Lazarine Gilot-Fromont Emmanuelle. "Etude de la dynamique de la transmission de Toxoplasma gondii dans des mileux contrastés." Reims : S.C.D. de l'Université, 2007. http://scdurca.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000735.pdf.

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Chubilleau, Catherine. "Optimisation de tests sérologiques de dépistage : exemple de la bilharziose : Intérêts et limites de la séro-épidémiologie des maladies infectieuses d'origine hydrique." Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON13516.

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Abstract:

Les maladies infectieuses constituent la principale cause de mortalité et de morbidité dans le monde. Selon l'OMS, les maladies liées à l'eau tuent 3,4 millions d'individus chaque année. Les sérologies induites par une exposition à un microorganisme constituent un bio-marqueur d'exposition. A des fins de surveillance ou de dépistage, la réalisation d'une enquête séro-épidémiologique peut permettre de suivre l'évolution de l'incidence d'une maladie infectieuse. L'objectif de notre travail est de mettre au point et tester un outil simple, rapide, économique et de terrain de diagnostic sérologique d'infections d'origine hydrique pour en doter la séro-épidémiologie. Pour des raisons techniques, financières et médicales, le microorganisme pathogène retenu comme modèle est le schistosome. Les techniques sérologiques choisies sont l'ELISA et l'agglutination et reposent sur l'utilisation de billes de latex respectivement magnétiques et colorées. Le milieu biologique analysé peut être le sérum ou le sang total. Des sérums anti-schistosome de référence (humain et lapin) permettent la mise au point en laboratoire des conditions optimales de couplage d'antigènes de schistosome et de dosage des sérums humains. La qualité de ces dosages est ensuite évaluée sur des prélèvements humains sanguins issus de 51 adultes indemnes de bilharziose et vivant en France, et de 580 enfants et adolescents, malades ou indemnes, vivant en zone d'endémie au Sud-Est et au Nord du Togo. Pour l'ensemble de ces prélèvements, le résultat des dosages mis au point est comparé au résultat de la recherche des œufs dans les urines (" gold standard ") et au résultat de l'hémagglutination de Fumouze (test sérologique de référence). Les essais en laboratoire montrent que l'ELISA et l'agglutination sur billes de latex sont sensibles et spécifiques. Les essais en population de comparaison entre indiquent que ces dosages sont assez spécifiques mais peu sensibles mais ces dosages sont comparables à l'hémagglutination de Fumouze : ils sont aussi sensibles et spécifiques. Le dosage en sang total est moins performant que le dosage sur sérum. L'amélioration des deux techniques mises au point est encore nécessaire. Toutefois, l'application de ces techniques à l'analyse sérologique d'autres maladies infectieuses, liées à l'eau ou non, est envisageable. Ces techniques de " basse technologie " présentent un grand intérêt dans le cadre de campagnes de dépistage ou de surveillance de maladies infectieuses, lorsque les ressources financières et pratiques sont limitées

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Lapidus, Nathanaël. "Etude des déterminants individuels, collectifs et environnementaux du risque d'infection par le virus grippal pandémique A/H1N1." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066408.

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Abstract:

Les facteurs liés à la transmission du virus grippal et à la susceptibilité à l’infection sont encore peu documentés. Le risque d’infection peut être considéré comme la résultante d’une interaction de facteurs liés à l’agent infectieux, à l’hôte (dont les défenses immunitaires) et aux caractéristiques de l’exposition (paramètres environnementaux et contacts interhumains). L’émergence d’un nouveau variant du virus A/H1N1, lors de la pandémie de 2009, a offert un terrain de recherche particulièrement prometteur, en permettant d’étudier les déterminants habituellement associés à l’ensemble des infections grippales et le cas particulier d’un virus envers lequel la susceptibilité de la population était très variable et liée à l’exposition préalable des sujets à des virus génétiquement proches. Afin d’étudier les infections liées à ce virus et leurs déterminants, une cohorte de 601 ménages (1450 sujets) en population générale française a été constituée fin 2009 en vue d’une approche pluridsciplinaire. Le suivi de cette cohorte, impliquant des collections biologiques et un suivi actif des symptômes grippaux, comprend notamment un recueil de données épidémio-cliniques détaillées. L’analyse de cette vaste base de données offre une opportunité nouvelle d’étudier le risque d’infection comme résultant d’une interaction complexe de facteurs appartenant à des dimensions habituellement étudiées indépendamment. La réalisation de ce travail implique le recours à de nouvelles méthodes d’analyse, inspirées des approches « omiques » déjà utilisées pour l’étude simultanée d’un grand nombre de covariables
Factors associated with influenza virus transmission and susceptibility to infection still remain not well understood. The risk for infection can be considered as the result of an interaction between factors linked to the pathogen, the host (including the immune system) and the characteristics of exposure (environmental parameters and interhuman contacts). The emergence of the novel A/H1N1 virus, causing the 2009 pandemic, had offered a promising research opportunity to study the determinants usually associated with influenza infections in general and in particular regarding a virus for which the susceptibility of the population was very variable and linked with previous exposure of subjects to viruses that were genetically close. To study influenza infections and their determinants, a cohort of 601 households (1450 subjects) in the French general population was established in late 2009 using a multidisciplinary approach. The follow-up of this cohort, which involves the collection of biological samples and an active tracking of influenza-like symptoms, notably consists of a detailed collection of clinical and epidemiological data (including information regarding the subjects’ environment, their contacts, and their risk perception likely to impact their behavior). The analysis of this massive database offers a novel opportunity to study the risk of infection as a result of a complex interaction of factors which have previously been studied separately. This project implicated the use of new analytical methods, inspired by the “omics” approach already used for the simultaneous study of a large number of covariates

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Berdjane-Brouk, Zohra. "Contribution de la biologie moleculaire à l’étude des vecteurs de la leishmaniose : A propos de deux études : Bandiagara (Mali) et Kabylie (Algerie)." Paris 13, 2011. http://www.theses.fr/2011PA132041.

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Abstract:

Les leishmanioses sont des affections parasitaires cutanées et/ou viscérales dues à des protozoaires Flagellés du genre Leishmania. Elles sont transmises à l’homme par la piqûre des phlébotomes (Diptera: Psychodidae) appartenant aux genres Phlebotomus (Ancien Monde) et Lutzomyia (Nouveau Monde). L’identification des vecteurs et des hôtes réservoirs joue un rôle clé dans les études épidémiologiques. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à l’identification des vecteurs de Leishmania dans deux foyers distincts, le foyer endémique de leishmaniose viscérale à L. Infantum en Kabylie (Algérie) et le foyer de leishmaniose cutanée zoonotique à L. Major à Bandiagara (Mali). Les phlébotomes capturés dans les deux foyers sont morphologiquement identifiés et les femelles suspectées infectées sont disséquées et examinées à frais sous loupe binoculaire et microscope à la recherche de promastigotes, puis analysées moléculairement par séquençage direct d’un fragment de la séquence du gène ITS2. P. (P. ) duboscqi, Sergentomyia (S. ) darlingi et P. (L. ) longicuspis femelles ont été trouvées infectées avec de l’ADN de L. Major à Bandiagara et de l’ADN de L. Infantum en Kabylie. De plus, l’ADN de sang humain est amplifiée à partir de S. Darlingi trouvée infectée avec de l’ADN de L. Major. Ces observations viennent s’ajouter aux données de la littérature sur le rôle vecteur des espèces de phlébotomes identifiées et permettent d’incriminer de nouvelles espèces dans la transmission des leishmanioses, notamment S. Darlingi, jamais incriminée jusque-là. L’apport de la biologie moléculaire dans l’identification des vecteurs de leishmaniose est discuté
Leishmaniases are diseases that range in severity from skin lesions to fatal systemic infection, caused by flagellate protozoa of the genus Leishmania. They are transmitted to humans by the bite of sandflies (Diptera: Psychodidae) of the genera Phlebotomus (Old World) and Lutzomyia (New World). Identification of vectors and reservoir hosts are more important in epidemiological studies. The aim of the present study was to identify the vectors of leishmaniasis in two endemic focuses, (i) zoonotic cutaneous leishmaniaisis focus due to Leishmania major in Bandiagara (Mali) and (ii) cutaneous and visceral leishmaniasis focus caused by Leishmania infantum in Kabylia (Algeria). Sandflies collected from the both focuses were morphologically identified; the females alive were examined for research the promastigotes. The remaining of sandfly females were morphologically identified and tested by direct sequencing of a fragment of Leishmania ITS2 sequence. P. (Phlebotomus) duboscqi, Sergentomyia (Spelaeomyia) darlingi and P. (Larroussius) longicuspis females were found infected with the DNA of L. Major in Bandiagara and L. Infantum in Kabylia respectively. In addition, human DNA was amplified in S. (Spelaeomyia) darlingi found infected with L. Major DNA. Our observations added to the literature data on the role vector of sandfly species proved and those incriminated in the transmission of leishmaniasis, particularly S. Darlingi which has never been suspected so far. The contribution of the molecular biology to identify the leishmaniasis vectors is discussed

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Benavides, Julio. "Dynamique des maladies dans les systèmes sociaux complexes : émergence des maladies infectieuses chez les primates." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20163/document.

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Abstract:

Comprendre l'émergence et la propagation des maladies infectieuses chez les animaux sauvages est devenue une priorité en santé publique et en conservation. En combinant la collecte de données et le développement de modèles épidémiologiques, cette thèse s'est focalisée sur la compréhension de deux phénomènes clés: (i) étudier comment l'hétérogénéité au niveau des individus, des groupes, de la population et de l'environnement influence la propagation de parasites et (ii) quantifier la transmission de bactéries résistantes aux antibiotiques depuis l'homme vers les animaux sauvages dans trois aires protégées d'Afrique (Tsaobis NP- Namibie, Lopé NP-Gabon et Dzanga-Ndoki NP- République Centrafricaine). Les principaux résultats de ce travail montrent que : (1) De multiples facteurs incluant la température, la pluie, l'utilisation du territoire, le genre, l'âge et la condition physique influencent la richesse spécifique de parasites gastro-intestinaux chez le babouin chacma, (2) Les contacts entre animaux autour des points d'attractions de l'habitat peuvent influencer de manière importante la propagation spatio-temporelle d'une maladie, (3) La transmission d'entérobactéries résistantes semble avoir lieu depuis les humains ou le bétail vers les animaux sauvages dans des zones où le contact entre ces populations est élevé, (4) Le gradient de densité de gorilles produit par la chasse peut générer une augmentation de prévalence d'un parasite avec la distance au point d'introduction. Les conclusions de ce travail ouvrent de nouvelles possibilités pour l'étude des maladies émergentes chez les animaux sauvages
Understanding the emergence and spread of infectious disease in wild animal populations has become an important priority for both public health and animal conservation. Combining the collection of empirical data with the development of epidemiological models, this thesis focuses on understanding two key issues of wildlife epidemiology: (i) how heterogeneity at the individual, group, population and landscape level affects parasite spread (ii) investigating whether transmission of antibiotic resistant bacteria from humans to wildlife is occurring within three protected areas of Africa (Tsaobis NP-Namibia, Lope NP-Gabon and Dzanga-Ndoki NP-Central African Republic). The main findings of this work indicated that: (1) multiple-scale factors including temperature, rainfall, home range use, sex, age and body condition influence gastro-intestinal parasite richness among wild baboons; (2) animal contacts around ‘habitat hotspots' can substantially influence the spatio-temporal dynamics of a disease; (3) antibiotic resistant enterobacteria seem to be spreading from humans/livestock to wildlife when the territory overlap between these two populations is expected to be high; (4) gradients in gorilla density created by bushmeat hunting can reverse the expected pattern of decreasing parasite prevalence with distance to human-spillover. The conclusions of this work open new possibilities for studying the mechanisms explaining the spread of emerging infectious diseases among wild animals

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Seifert, Ana Maria. "Prévention des risques de transmission des infections : Connaître les pratiques formelles et informelles du personnel hospitalier." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28372/28372.pdf.

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Abstract:

La prévention des infections dans les établissements de santé est un sujet d’actualité. Malgré la promotion de mesures de prévention, on constate qu’elles ne sont pas complètement appliquées. Toutefois, s’attarder uniquement à ces manques offre une prise limitée pour améliorer la prévention, en ignorant d’autres mesures que le personnel pourrait avoir développées. L’objectif de la recherche est de décrire les pratiques, formelles et informelles, de prévention de la transmission des infections, utilisées par diverses catégories de personnel hospitalier, ainsi que d’explorer les représentations reliées à ces pratiques. L’approche qualitative utilisée permet une vision systémique des activités de prévention. Nous avons effectué, à Montréal, 27 entrevues et 186 heures d’observation de personnel infirmier, de préposées aux bénéficiaires et de préposées à l’entretien sanitaire, tous expérimentés, dans quatre unités de soins dont deux de courte et deux de longue durée. Les résultats montrent que les mesures de prévention ne sont pas des actes isolés mais qu’elles font partie d’un processus débutant par l’identification des risques à partir de trois familles d’informations: la contamination du patient, celle de l’environnement et les difficultés d’interaction avec le patient. Nous avons identifié certaines pratiques permettant de pallier des situations où les mesures de prévention prescrites sont jugées insuffisantes et révèlent des compétences méconnues du personnel. Ces pratiques peuvent notamment faire appel au travail d'équipe, faisant ressortir l’importance de la dimension collective du travail pour la prévention des infections. L’analyse des représentations du risque relié au Clostridium difficile montre de plus que les participantes à la recherche craignent de le transmettre aux patients et à leur propre famille et adoptent en conséquence des pratiques spécifiques de prévention, au travail et hors travail. À cause de situations mettant en échec la prévention, certaines participantes pensent de plus être des porteuses saines de ce microorganisme et craignent son activation si elles sont affaiblies. Certains aspects de l’organisation du travail peuvent aussi entraver leurs efforts : l’absence de moments de concertation, la présence de personnel non régulier et le manque de formation. Nous concluons sur l’importance d’appuyer les efforts de prévention basés sur des stratégies qui font appel au travail d’équipe, qui semblent avoir un potentiel intéressant pour la prévention des infections, et sur la nécessité de prendre en compte les préoccupations du personnel dans les interventions éducatives le concernant.
Preventing infections in health care facilities is a subject of current interest. Despite the promotion of prevention measures, it is well known that they are not completely applied. However, confining interest just to these lacunae does not provide a good handle on improving prevention, if we do not pay attention to other measures that hospital personnel may have developed spontaneously. The objective of the current research project is to describe formal and informal practices for preventing infection used by various categories of hospital personnel, as well as to explore the representations of risk related to their informal practices. The qualitative research approach used gives a systemic vision of prevention activities. We carried out 27 interviews and 186 hours of observation of experienced nursing staff, health care aides and hospital cleaning staff, in two short-term and two long-term hospital units in Montreal. The results show that prevention measures are not isolated acts, but part of a process that starts with risk identification based on three sets of information: patient contamination, environmental contamination and difficulties in interacting with patients. We have identified some measures developed by staff members that allow them to cope with situations where the prescribed procedures are felt to be insufficient; these measures reveal their hitherto-unrecognized skills and can be collective, showing the importance of joint work for infection prevention. The analysis of representations of risks related to Clostridium difficile shows that study participants feared transmitting it to patients and to their own families, and adopted specific prevention measures both at work and outside the workplace. Because of situations where prevention failed, some participants think they may be healthy carriers of that microorganism and fear infection may be activated if they become weak for any reason. Some aspects of work organization may also get in the way of their efforts: the absence of time for exchanging information, the presence of casual staff and the lack of training. We conclude that it is important to support prevention efforts based on collective strategies, that seem to have an interesting potential to prevent infections, and that it is necessary to take into account the preoccupations of staff during educational interventions targeting them.

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Girard, Anne. "Recherche d'une transmission hétérosexuelle du virus de l'hépatite C : à propos de 26 couples." Bordeaux 2, 1990. http://www.theses.fr/1990BOR25037.

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Kocher, Arthur. "Biodiversité et maladies infectieuses : impact des activités humaines sur le cycle de transmission des leishmanioses en Guyane." Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30080/document.

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Abstract:

Selon l'hypothèse de l'effet de dilution, les écosystèmes les plus riches en espèces seraient également les moins propices à la circulation des agents infectieux du fait de la présence d'hôtes non compétents constituant des impasses épidémiologiques. Dans cette thèse, nous explorons l'existence de ce phénomène sur le modèle des leishmanioses cutanées zoonotiques en Guyane. Des outils moléculaires basés sur l'utilisation des technologies de séquençage haut-débit ont été développés pour étudier le système épidémiologique. Ces outils ont ensuite été employés pour caractériser le cycle de transmission des leishmanioses dans des sites forestiers sujets à différents niveaux de perturbation d'origine humaine. Nos résultats semblent globalement congruents avec l'hypothèse de l'effet de dilution, et indiquent un risque infectieux plus élevé sur le site le plus perturbé. Toutefois, les différences observées entre les sites ne sont pas significatives et d'avantage de données seraient nécessaires pour tirer des conclusions générales
The dilution effect hypothesis states that more diverse ecological communities are less prone to pathogen transmission because of the presence of non-competent hosts acting as epidemiological dead-ends. In this work, we investigate the existence of this phenomenon in the case of zoonotic cutaneous leishmaniases in French Guiana. Molecular tools based on high-throughput sequencing technologies have been developed to study the epidemiological system. These tools were employed to explore leishmaniases transmission cycles in forest sites undergoing different levels of human-induced perturbations. Our results seem generally congruent with the dilution effect hypothesis, indicating higher disease risk in the most perturbed site. However, differences observed between sites were not significant, and more data is needed to draw general conclusions

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Cassir, Nadim. "Culturomique : un nouvel outil d'analyse de microbiotes impliqués dans la pathogenèse ou la transmission de maladies infectieuses." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5038/document.

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Abstract:

Le microbiote digestif humain joue un rôle essentiel et bénéfique pour son hôte mais il est également impliqué dans un nombre croissant de pathologies. Les connaissances sur la composition de cet écosystème ont récemment été révolutionnées grâce à l’utilisation de techniques moléculaires. Cependant, ces techniques comportent des limites importantes. C’est ainsi que le concept de « culturomique » a été introduit ; il consiste en la multiplication de milieux et conditions de culture et l’identification rapide de colonies bactériennes par spectrométrie de masse (MALDITOF) ou par amplification et séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S. Dans la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence une association entre la présence de Clostridium butyricum dans les selles et la survenue d’entérocolite ulcéro-nécrosante que ce soit par méthodes de pyroséquençage et culture ou par PCR quantitative en temps réel spécifique de C. butyricum; identifié après séquençage du génome complet de toutes nos souches de C. butyricum, la présence du gène de la β-hémolysine (toxine). Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons montré par cuturomique que les bactéries à Gram-négatif (BGN) étaient fréquemment disséminées au sein du microbiote cutané transitoire des patients hospitalisés en réanimation ; le réservoir serait essentiellement digestif. En conclusion, le microbiote digestif constitue un réservoir sousestimé de bactéries pathogènes. La microbiologie moderne incluant les nouvelles méthodes de culture permet d’étendre de manière considérable les connaissances sur la composition de cet écosystème et son implication en pathologie humaine
He human gut microbiota plays an important and beneficial role in its host but it is also involved in a growing number of diseases. Knowledge of the composition of this ecosystem have recently been revolutionized by the use of molecular techniques. However, these techniques have significant limitations. Thus, the concept of "culturomics" has been introduced; it consists of the multiplication of culture conditions and the rapid identification of bacterial colonies by mass spectrometry (MALDI-TOF) or by PCR 16S RNA gene sequencing. In the first part of this work, we have demonstrated an association between the presence of Clostridium butyricum in the stool and the occurrence of necrotizing enterocolitis whether by pyrosequencing methods and Culture or by quantitative PCR specific real time C. butyricum; identified after sequencing the complete genome of all our strains of C. butyricum, the presence of the gene of β-hemolysin (toxin). In the second part of this work, we showed by cuturomics that Gram-negative bacteria (BGN) were frequently spread out over the transitional skin microbiota of patients hospitalized in intensive care; the reservoir would essentially digestive. In conclusion, the gut microbiota is an underestimated reservoir of pathogenic bacteria. Modern microbiology including new culture-based methods is currently extending exponentially our knowledge on gut microbiota giving rise to new insights into the pathogenesis or the transmission of infectious diseases

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Rochet, Marie-Joëlle. "Apports des modèles mathématiques en épidémiologie : points de vue sur la filariose de Bancroft." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10237.

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Abstract:

Le cycle de transmission de la filaire de brancroft est aborde de plusieurs points de vue qui permettent la construction de modeles mathematiques simples; les objectifs sont, d'une part, de synthetiser les connaissances sur l'epidemiologie de l'infection, d'autre part, d'en tirer des consequences applicables pour le controle de la transmission. La confrontation des modeles avec les donnees constitue une etape essentielle du travail. Plusieurs modeles ont ete construits, considerant le cycle de trois points de vue: - un modele deterministe de la transmission, qui met l'accent sur la dynamique de population du vecteur et les facteurs d'environnement qui la determinent. Ce travail corrobore l'hypothese qu'un vecteur de la filariose transmet rarement plus d'une infection; il montre que le controle vectoriel seul agit avec retard sur l'intensite d'infection de la population humaine; - un modele probabiliste de la distribution des parasites dans la population humaine. L'importante variabilite des mesures est insuffisante a expliquer le caractere surdisperse de cette distribution; les variations des manifestations de l'infection au cours du temps jouent egalement un role important; la prise en compte de ces facteurs permet une approche de l'agregativite reelle des parasites adultes. Les recherches pour de nouvelles techniques de diagnostic sont discutees a la lumiere des resultats; - des modeles de la prevalence par classe d'age, qui permettent d'evaluer la duree des differentes phases d'une infection et leur variabilite. L'existence d'une immunite acquise chez l'homme est mise en doute, ce qui n'est pas sans consequence sur les possibilites d'elaboration d'un vaccin. Les differences observees entre les sexes sont reexaminees de facon dynamique et quelques hypotheses explicatives sont proposees

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Silhol, Romain. "Estimation et validation de modèles individus-centrés de propagation épidémique : la varicelle en Corse." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066180.

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Abstract:

Aujourd'hui, les modèles individu-centrés sont de plus en plus fréquemment utilisés dans le domaine de la modélisation épidémique. La validité a priori de ces modèles semble plus grande, car ils incluent nombreux paramètres comme l'hétérogénéité des contacts, des déplacements. L'objectif de cette thèse est d'évaluer la validité des prédictions issues de tels modèles par confrontation avec des données observées. Nous avons d'abord effectué deux enquêtes pour caractériser en détail l'épidémiologie d'une maladie transmissible à l'échelle d'une région: pour des raisons pratiques, nous avons choisi la Corse, et la varicelle car elle reste une maladie connue. A partir des données, nous avons mis en évidence le fait que la structure de population modifie le risque d'infection: par exemple, l'âge à la varicelle est plus précoce dans les zones plus densément peuplées. Dans un deuxième temps, nous avons mis en place un modèle de simulation individu-centré pour la varicelle en Corse. Il incorpore différents niveaux de contact dans la population enfantine : foyers, école, municipalité. Nous avons exposé une méthodologie permettant de simuler une population réaliste sur un grand nombre d'années. En comparant les modèles aux données, nous avons montré que les caractéristiques des cas simulés étaient en accord avec les données observées. En conclusion, ce travail a permis de mettre en place une description de l'épidémiologie de la varicelle à un niveau de détail permettant l'examen des performances locales de modèles de simulation individu-centrés. La concordance entre caractéristiques observées et simulées à un niveau détaillé est une étape vers la validation effective de ce type de modèle

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Grout-Gerletti, Dominique. "Maladies et ambiance médicale à Carthage et en Afrique romaine au IIIè siècle de notre ère : étude du témoignage de l'évêque Cyprien." Paris 10, 1995. http://www.theses.fr/1995PA100035.

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Abstract:

Le but de cette thèse est de faire le départ entre la réalité et le topos scripturaire dans l'utilisation, par l'évêque Cyprien de Carthage, d'une terminologie apparemment a "haute teneur médicale" qui fleurit tout au long de ses écrits, et particulièrement dans ceux des années 251-253, correspondant au déclenchement de l'épidémie dont il relate des symptômes dans le paragraphe 14 du de mortalité. Apres une mise au point historiographique sur la notion de crise dans l’Afrique romaine du IIIème siècle et le passage en revue des mentions littéraires et archéologiques de l'épidémie confirmant le témoignage de l'évêque, nous avons tenté de saisir l'opportunité de sa relation au sein de son œuvre dans un troisième chapitre. La deuxième partie, consacrée à l'interprétation possible du paragraphe 14, s'ouvre sur le chapitre 4 qui, sans prétendre au diagnostic rétrospectif, tente d'établir un lien avec les épidémies susceptibles d'avoir sévi à pareille époque. L7eventail des citations scripturaires ayant une connotation médicale est proposé dans le chapitre 5 qui assoit le mode d'expression de l'évêque sur des fondements théologiques qui, pour conformes qu'ils soient aux conceptions dogmatiques du théologien, n'en sont pas moins évoqués avec à-propos quand le contexte tonne comme en des temps apocalyptiques. Le chapitre 6 rappelle qu'en aucun cas il serait justifié de passer sous silence
This thesis aims at distinguishing fact from fiction in the use of medical terms by bishop Cyprian of Cartago, particularly in the years 251-253 when the plague epidemic started. The bishop seems to describe the symptoms of the disease in paragraph 14 of his treatise de mortalities. After a survey of the idea of crisis in roman Africa during the third century, and after studying other literary and archaeological documents about the plague which testify that the father of the church was a witness to the plague epidemic (as a matter of fact he was later considered as a kind of protector against the pestilence), we have tried to know, in chapter 3, whether his report on the disease was relevant or not. The second part is an attempt to elucidate paragraph 14. On chapter 4, we aim at establishing a link with some diseases which were rife at that time. But of course, we do not claim to utter retrospective diagnosis. Chapter 5 records the biblical quotations including medical vocabulary and meaning that, even if consonant with Bishop Cyprian’s theological conceptions, are relevantly used in context whenever he means to convey apocalyptic forebodings. Chapter 6 contains quotations of some passages from Tertullian’s works that are

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Conan, Anne. "Gestion sanitaire des villages cambodgiens comme moyen de réduction de transmission de maladies infectueuses entre volailles et de la volaille à l'homme." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066029.

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Abstract:

Les élevages de basse cour sont caractérisés par une biosécurité faible voire inexistante. Les animaux sont exposés à un fort risque de maladies infectieuses. Au Cambodge, la circulation dans les élevages du virus de l’influenza aviaire hautement pathogène A/H5N1 entraîne une forte mortalité des volailles mais également un risque pour la santé humaine. Pour lutter contre la propagation ce virus, mais également de nombreuses autres maladies, les organisations internationales recommandent une série de mesures de biosécurité. Cependant aucune étude d’impact de ses mesures sur la santé des volailles dans le contexte particulier des élevages de basse-cour n’est disponible. Nous avons donc réalisé une étude randomisée en cluster pour tester l’efficacité sur la transmission des maladies infectieuses de volailles, d’une formation non coûteuse pour l’éleveur, fondée sur l’hygiène des élevages et l'hygiène communautaire au niveau des villages. Certaines mesures ont été parfaitement appliquées comme la séparation des animaux malades et la destruction des animaux morts. Au contraire, d’autres mesures n’ont pas été suivies complètement comme la quarantaine, le control des mouvements humains et la gestion des déchets. Cependant aucun impact positif sur la santé des volailles n’a été observé au cours de l’année. L ‘application des mesures de biosécurité dans les élevages de basse-cour sont nécessaires, cependant dans un contexte à haut risque de maladies infectieuses, l’introduction de la biosécurité telle que nous l’avons conçu n’est pas suffisante pour améliorer la santé des volailles. D’autres études du même type doivent être menées en associant des mesures de lutte plus strictes
Backyard flocks are defined by a low or absent biosecurity. The risk of infectious diseases for the animals is then high. In Cambodia, the spread of Highly Pathogenic Avian Influenza A/H5N1 involves a high mortality in poultry flocks and a high risk for human health. To mitigate the spread of this virus and of other diseases’ agents ,international organizations recommend some biosecurity measures. However, no study has been found about the impact of these measures on poultry health in backyard flock. We implemented thus a cluster randomized trial to evaluate the effectiveness on the spread of poultry infectious diseases of a cheap and simple intervention, based on flocks and village cleaning and hygiene. Some measures have been well implemented as the separation of sick animals or the dead animals’ management. On another hand some measures as quarantine, human movement management or waste management were not applied fully. No positive impact on poultry health was noticed all along the year. Even if the biosecurity measures application in backyard flocks is necessary, the measures we implemented and the improvement of some practices are not sufficient to improve poultry health in a context of high risk of infectious diseases. Other similar studies should be done to study stricter measures

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Kamla, Vivient Corneille. "Un modèle stochastique pour la propagation du VIH/SIDAUne approche individuelle-centrée." Pau, 2008. http://www.theses.fr/2008PAUU3017.

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Abstract:

Le but de cette thèse est de mettre en place un modèle informatique de simulation stochastique et individucentré qui simule la dynamique démo-épidémiologique du VIH/SIDA dans une population hétérosexuelle à régime matrimoniale polygamique incluant des prostituées et leurs clients. Chaque individu admet un certain nombre de propriétés qui donnent à tout instant des renseignements sur son comportement sexuel et son infectivité, sa fécondabilité ou qui permettent de l’identifier. Ce modèle se veut beaucoup plus réaliste que les modèles existants et intégre des paramètres démographiques et épidémiologiques qui peuvent avoir un effet sur la dynamique démo-épidémiologique. Son côté individu-centré donne la possibilité d’introduire de l’hétérogénéité sur chaque propriété individuelle et en plus facilite son extension. La durée de l’abstinence sexuelle et des liaisons de longue durée ont un faible effet sur la propagation de la maladie. La probabilité de transmission maximale à la fin de la séroconversion et le nombre mensuel de visites d’un client chez les prostituée ont un effet important sur la propagation. Le modèle montre par exemple que si chaque client visite en moyenne une prostituée par mois alors les taux de transmission sont insuffisants pour que l’épidémie soit généralisée. Si ce nombre passe à 2 visites par mois alors au moins 80% de prostituées, 40% de clients et 14% des adultes deviennent infectés. Avec une probabilité de transmission maximale égale à 0. 018 l’épidémie disparaît même avec 2 visites de clients par mois. Nos résultats montrent l’importance des prostituées et de la probabilité de transmission du VIH/SIDA par voie hétérosexuelle
The purpose of this work is to develop an individual-based model of the population dynamics of HIV/AIDS in a heterosexual population that includes polygamous and clients-sex worker relationships. Each individual has a certain number of attributes concerning his/her sexual behaviour, infectivity, and fertility. The model attempts to be more realistic than existing models by incorporating a number of relevant demoepidemiologic parameters. The model incorporates various forms of heterogeneity and can easily be extended. The duration between partnerships and the duration of long-term partnerships have a small effect on the spread of the disease. The peak probability of transmission during the early high infectivity period and the monthly number of prostitute visits have a large effect on the spread. If each client visits one prostitute per month the disease cannot spread. If this number doubles to two, then 80% of prostitutes, 40% of clients, and 14% of the population at large become infected. With a maximum probability of transmission of 0. 018, the disease disappears, even with two visits per month. Our work highlights the importance of the probability of transmission and of the client-sex worker relationship

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Boutareaud, Amaya. "Transmission de Spiroplasma citri par la cicadelle Circulifer haematoceps : implication de la protéine SC76 : "solute binding protein" d'un ABC transporteur : étude d'une lignée de Spiroplasma citri affectée dans sa transmission." Bordeaux 2, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR20993.

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Abstract:

Spiroplasma citri est l'agent causal de la maladie du "stubborn" des agrumes. Cette bactérie phytopathogène sans paroi de la classe des Molicutes est localisée exclusivement dans le phloème des plantes. S citri est transmis de plante à plante par des insectes vecteurs piqueurs-suceurs de sève élaborée, des cicadelles. Dans le but d'étudier les mécanismes régissant la transmission de S. Citri par son ibsecte vecteur Circulifer haematoceps, des expériences de mutagenèse par transposition de la souche sauvage FII3 avec le Tn4001 ont été réalisées et le mutant G76 déficient dans sa transmission a sélectionné. Ce mutant est transmis à la plante par l'insecte de manière moins efficace que la souche sauvage entraînant ainsi un retard d'apparition des symptomes sur les plantes. Ceci, car il s'accumule en quantité moins importante dans les glandes salivaires de l'insecte. Le gène interrompu par le transposon code une lipoprotéine qui pourrait être une putative Solute Binding Protein d'un ABC transporteur de glucose. Cette protéine pourrait être impliquée dans la multiplication de S. Citri dans les cellules des glandes salivaires des cicadelles ou bien dans l'attachement du spiroplasme à l'épithélium des glandes salivaires des insectes. Une lignée de la souche GII3, a également été étudiée. Cette lignée a été maintenue pendant une centaine de passages en milieu acellulaire. Ceci conduit à une forte diminution de la transmission de cette lignée aux plantes par l'insecte vecteur induisant un retard d'apparition des symptomes sur les plantes. Cette lignée possède une quantité de spiraline, protéine majeure de S. Citri, plus faible par rapport à la souche sauvage FII3. Cette protéine pourrait donc être impliquée dans la transmission du spiroplasme par son insecte vecteur. La lignée GII. -CJ possède également de l'ADN extra-chromosmique qui code une protéine potentiellement impliquée dans la conjugaison bactérienne.

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Méthot, Pierre-Olivier. "Historical epistemology of the concept of virulence." Paris 1, 2012. http://www.theses.fr/2012PA010531.

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Abstract:

Dans une perspective d'épistémologie historique, nous examinons la constitution du concept biomédical de virulence depuis 1880 jusqu'à nos jours. Prenant le concept de virulence comme unité d'analyse, nous suivons son développement sur la longue durée, au-delà des frontières disciplinaires, en insistant particulièrement sur les relations entre la biologie de l'évolution et les sciences médicales au siècle dernier. Nous chercherons à montrer comment l'émergence de deux « styles de raisonnement» - écologique et moléculaire- au cours du XXe siècle a permis de modeler le concept de virulence selon un double mouvement. Plus précisément, c'est grâce au développement de pratiques conceptuelles propres à ces deux styles que ces derniers ont permis d'opérationnaliser la distinction entre organisme pathogène et non-pathogène. Du point de vue écologique on sollicite le contexte environnemental, les niveaux d'adaptation interspécifique et les compromis pour expliquer l'évolution de la virulence au sein des systèmes hôtes-parasites. Du point de vue moléculaire, au contraire, on cherche à identifier les bases structurelles de la virulence afin de permettre de mieux comprendre ce qui fait la spécificité des organismes pathogènes. Ces deux styles de raisonnement ont commencé à se mettre à se mettre en place dans le contexte de la bactériologie médicale vers la fin du XIX' siècle. Avec l'exemple de la pandémie d'influenza de 1918-19, nous montrerons que la diversité des schémas explicatifs de la virulence exceptionnelle de la pandémie indique une tension encore irrésolue, mais productive, entre les deux styles, de même que la polarité du concept de virulence.

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Allard, Antoine. "Modélisation mathématique en épidémiologie par réseaux de contacts : introduction de l'hétérogénéité dans la transmissibilité." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25738/25738.pdf.

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Pagès, Frédéric. "Approche entomologique des risques vectoriels pour les forces armées françaises outre mer." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20679.

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Abstract:

Les voyageurs dont les militaires sont confrontés à divers risques infectieux. Ces risques varient selon le type de voyage, l’état sanitaire et la biodiversité des pays et dépendent des mesures de protection adoptées, de leur utilisation et de la perception de ces risques. Si le paludisme est une menace sur la plupart des théâtres où les forces françaises sont engagées, de nombreuses autres pathologies à transmission vectorielle (Dengue, Fièvre du virus Chikungunya, Fièvre de Crimée-Congo, fièvres à phlébotomes, leishmanioses, peste etc. ) les menacent aussi au gré des interventions. Les nombreuses mesures de protection qui sont mises en oeuvre, diminuent la capacité opérationnelle des unités et devraient être prises en compte dans l’évaluation du risque : le faible nombre de cas cliniques ou de séroconversions sont ils dus à l’efficacité des mesures de protection, à la faiblesse de la transmission ou au niveau limité d’exposition aux piqûres infectantes ? L’exposition réelle des voyageurs/militaires aux vecteurs n’est pas connue et le risque vectoriel pourrait être sous estimé en milieu urbain. L’objectif de notre travail était d’évaluer par méthodes entomologiques le risque vectoriel des voyageurs en milieu urbain et rural. Ces travaux ont été menés dans différentes emprises militaires françaises au Sénégal, au Gabon et en Côte d’Ivoire. Dans la première partie de nos travaux, nous avons étudié le risque de paludisme urbain à Dakar et à Abidjan. Nous avons mis en évidence pour la première fois une transmission du paludisme courte mais élevée dans Dakar avec une très grande hétérogénéité selon les quartiers et à Abidjan une transmission hétérogène au sein d’une même emprise militaire. Nous avons confirmé au cours d’une étude dans l’Ouest ivoirien que le risque du paludisme en milieu rural était élevé et hétérogène à l’échelle kilométrique. Nous avons également mis en évidence l’arrivée d’Aedes albopictus au Gabon, estimé en laboratoire, par infection artificielle, sa compétence vectorielle afin d’évaluer les conséquences possibles de son implantation. Puis, nous avons démontré son rôle en tant que vecteur majeur dans l’épidémie de Chikungunya de Libreville en 2007. Nos résultats en milieu urbain et rural suggèrent une efficacité des mesures de lutte antivectorielle dans les armées. Les mesures entomologiques permettent d’évaluer le risque vectoriel global dans une zone mais ne donnent pas d’information sur l’exposition de chaque individu qui dépend de son attractivité pour les vecteurs et de la manière dont il se protège. Rapporter l’incidence clinique des pathologies vectorielles au niveau de transmission mesuré permet d’apprécier indirectement le nombre de cas évité.

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Béraud, Guillaume. "Modelling infectious agent transmission using social mixing data." Thesis, Lille 2, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL2S040/document.

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Abstract:

L'évaluation économique de nouveaux vaccins exige de modéliser la transmission infectieuse au sein de la population, et donc des hypothèses sur la structure et la répartition des contacts. Les matrices de contact obtenues à partir d’enquête de population ont été déterminées pour 8 pays européens. Mais aucune donnée de ce type n'existe à ce jour pour la France. L’étude ComesF (Contact Matrix Estimation – France) vise à combler cette lacune.MéthodologieL'enquête s’est effectuée sur 3 périodes (Février-Mars, Avril, Mai-Avril) avec 278 participants communs à la première et dernière période. Les participants devaient rapporter tous leurs contacts au cours de 2 jours consécutifs dans un journal, avec l'âge, le sexe, l'endroit, la fréquence, le type et la durée du contact.En combinant des enquêtes sérologiques de 2009 et 2013 et les données de couverture vaccinales, nous avons modélisé la séroprévalence de la rougeole, des oreillons et de la rubéole; puis extrapolé la susceptibilité selon l’âge par département à l'année d'intérêt (2016) ; enfin le potentiel épidémique et l'incidence relative selon l’âge d'une future épidémie ont été estimés.Nous avons analysé l'influence de conditions météorologiques sur les variations temporelles des matrices de contact. La population de l'étude a été analysée selon le jour et la météorologie pour estimer le nombre moyen de contacts et le potentiel de transmission estimée avec le R0. Nous avons effectué une revue systématique de la littérature sur les différences selon le genre pour la grippe, la rougeole, les oreillons et la rubéole, puis exploré l'impact du genre sur les matrices de contact et la modélisation des maladies infectieuses.Résultats2033 participants ont rapporté 38881 contacts (médiane pondérée [premier quartile-troisième quartile] : 8 [5–14] par jour) et 54378 contacts avec les contacts professionnels supplémentaires (9 [5–17]). Contrairement à l'âge, le genre, la taille du foyer, les vacances scolaires, le week-end et l'activité professionnelle, la période de l'année influait peu le nombre de contacts ou les schémas de contact. Les schémas de contact étaient influencés par l'âge indépendamment du lieu de contact, et par le genre, les femmes ayant 8 % plus de contacts que les hommes. La plupart des contacts avaient lieu à la maison et à l'école, mais l'ajout des contacts professionnels modifiait la structure des schémas de contact. Les vacances scolaires et les week-ends réduisaient le nombre de contacts, et le R0 de 33 % et de 28 %, respectivement. Le risque pour les Oreillons et la Rubéole concerne surtout le Sud Est et le Centre de la France, alors que le risque pour la rougeole est plus dispersé. Le risque varie avec le genre pour la Rougeole et la Rubéole. Outre les bébés < 1 an, l’épidémie toucherait surtout les adolescents et les jeunes adultes.Les conditions météorologiques influençaient les schémas de contact différemment entre les jours de semaine ou les weekends. La correction pour analyse répétée limitait le nombre de résultats significatif, mais la tendance pour un effet de la météorologie variant entre les jours de semaine et le week-end restait.Les différences de genre dans le schéma de contact pourraient expliquer en partie les différences de genre dans l'épidémiologie des maladies infectieuses. L'utilisation de données spécifiques par genre avait un impact significatif sur le résultat de la modélisation du risque d’une épidémie.Les matrices de contact françaises partageaient de nombreux points communs avec les autres matrices européennes, notamment avec un impact substantiel des fermetures d’école en cas d’épidémie sur la progression de l’épidémie. Le risque d'une nouvelle épidémie de rougeole persiste, mais prédomine pour les oreillons. L'effet des conditions climatiques sur les schémas de contact était modeste, voire négligeable. L’utilisation des données spécifiques par genre est à considérer en modélisation
The economic evaluation of new vaccines requires the modeling of infectious disease transmission within a population, which in turn requires some assumption of specific mixing patterns. Matrixes generated from social contact studies were determined for 8 European countries. To date, no such data exist for France. The ComesF study (Contact Matrix Estimation – France) aimed to fill this gap.MethodologyThe survey was carried out over 3 different periods (Feb-Mar, Apr, Apr-May) with 278 participants common to the first and the last periods. Participants had to list all their contacts for 2 consecutive days in a diary, with the age, sex, location, frequency, type and duration of the contact, from which we estimated French contact matrixes.Combining cross-sectional serological surveys from 2009 and 2013 and vaccine coverage information, we have determined an optimal model for the serology of measles, mumps and rubella for the year of the data collection; age-dependent susceptibility by department was then derived to the year of interest (2016), and effective reproduction number and age-dependent relative incidence of a potential outbreak were estimated using the French contact matrixes.We analysed the influence of meteorological conditions on the temporal variations in mixing patterns. The population of the study was split according to the day and the weather at the time when the diary was filled in. The mean number of contacts and the potential for transmission summarized with R0 were calculated for type and location of contact under different weather conditions.We conducted a systematic review on gender differences in infection focusing on influenza, measles, mumps and rubella. Finally, we provided an exploration of the impact of gender on mixing patterns, and eventually the potential implication for modelling.ResultsThe 2033 participants reported 38 881 contacts (weighted median [first quartile-third quartile]: 8[5–14] per day), and 54 378 contacts with supplementary professional contacts (9[5–17]). Contrary to age, gender, household size, holidays, weekend and occupation, the period of the year had little influence on the number of contacts or the mixing patterns. Contact patterns were highly assortative with age, irrespective of the location of the contact, and gender, with women having 8% more contacts than men. Although most contacts occurred at home and school, the inclusion of professional contacts modified the structure of the mixing patterns. Holidays and weekends reduced the number of contacts dramatically, and as proxies for school closure, reduced R0 by 33% and 28%, respectively.The risk for Mumps and Rubella mainly concerned southeastern and south central France, while the risk for measles was more scattered over the country. Risk differed with gender for Measles and Rubella. Besides infants under 1, the highest share of participation would concern teenagers and young adults.The weather had a differential effect on social mixing according to the type of day, notably weekdays and weekend. But correction for repeated analysis made some results no more significant, although the trend for a differential effect between weekdays and weekend remained.Gender differences in social mixing might explain some gender differences in infectious disease epidemiology. Using gender-specific susceptibility and gender-specific contact matrixes had a significant impact on the result of the modeling. Despite the differences, French contact matrixes shared many aspects with those of other European countries. Notably, school closures were likely to have a substantial impact on the spread of close contact infections in France. While the risk of a new Measles outbreak persists, it predominates for Mumps. The effect of weather on social mixing was mild, if not negligible. Gender differences in modelling should be emphasized

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Nephtali, Agnès. "La syphilis congénitale en Nouvelle Calédonie : à propos de 34 observations de 1989 à 1993." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR2M012.

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Abstract:

De 1989 à 1993, une étude rétrospective a été réalisée en Nouvelle Calédonie sur 34 suspicions de syphilis congénitale, parmi lesquelles 27 ont été prouvées (24 enfants vivants et 3 morts fœtales et périnatales). Le tableau clinique est souvent polymorphe avec une prédominance des lésions osseuses, de l’hépatosplénomégalie, des lésions cutanées et des signes hématologiques (anémie, thrombopénie). Le diagnostique repose sur les examens cliniques, biologiques, sérologiques et radiologiques, il doit être évoqué devant tout enfant issu d’un socio-économique à risque. Le traitement par Pénicilline G permet la guérison de l’enfant s’il est entrepris dès le début de la maladie. L’éradication de la syphilis congénitale ainsi que des autres maladies sexuellement transmissibles passe par un renforcement de la prévention : dépistage généralisé à toute la population, répété durant la grossesse et au moment de l’accouchement.

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Afonso, Eve. "Etude de la dynamique de la transmission de Toxoplasma gondii dans des mileux contrastés." Reims, 2007. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000735.pdf.

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Abstract:

Ce travail a porté sur l’étude de la dynamique de la transmission d’un parasite à cycle complexe, Toxoplasma gondii, dans des milieux contrastés. Dans une première partie, la dynamique de la transmission du parasite est étudiée dans un site urbain abritant une population très dense de chats domestiques (Felis catus). Nos travaux permettent de poser l’hypothèse d’un cycle de transmission parasitaire simple lorsque les hôtes intermédiaires sont en densité très faible relativement à celle des chats. Par ailleurs, nous mettons en évidence l’existence de zones de contamination du sol par les oocystes de T. Gondii, qui sont très localisées, et qui correspondent aux zones de défécation communes des chats. Dans une deuxième partie, la variabilité de la dynamique de transmission de T. Gondii dans les milieux riches en hôtes intermédiaires est abordée. Nous mettons notamment en évidence des indicateurs de la variabilité interspécifique du niveau d’infection chez les hôtes intermédiaires (masse corporelle spécifique et habitat). Par ailleurs, nous montrons qu’il existe des relations entre la composition de l’environnement, la variabilité du climat, et le niveau d’infection de la toxoplasmose chez le chat domestique et le chat forestier (Felis silvestris). L’ensemble du travail montre l’intérêt d’une approche éco-épidémiologique dans la compréhension de la variabilité du cycle de T. Gondii, notamment par l’utilisation du suivi à long terme de plusieurs populations de chats vivant dans différents environnements. Il ouvre la voie à différentes perspectives de recherche, tant sur le plan appliqué (amélioration de la détection d’oocystes) que sur un aspect de modélisation
We studied the dynamic of the transmission of a parasite with complex life-cycle, Toxoplasma gondii, in contrasted environments. First, the dynamic of the parasite transmission was studied in an urban area where a population of domestic cats (Felis catus) live at high density. Our results raise the hypothesis that the parasite transmission could occur via a simple life-cycle when intermediate hosts are in very low density, relative to cats. We also highlighted the presence of localised areas contaminated by T. Gondii oocysts, which correspond to defecation site of cats. Second, we studied the dynamic of the transmission of T. Gondii in environments where intermediate hosts are in high density. We found indicators of the interspecific variability in the level of infection of intermediate hosts, such as body mass or habitat. Moreover, we showed that environment composition, climate fluctuations and the level of infection of toxoplasmosis in domestic cats and wildcats (Felis silvestris) could be related. The whole study shows the interest of an eco-epidemiological approach to understand the variability of the life-cycle of T. Gondii

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Meynard, Jean-Baptiste. "Réalisation et évaluation d'un système de surveillance en temps réel pour les forces armées en opérations." Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX20690.

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Abstract:

Les objectifs que je devais atteindre dans le cadre de cette Thèse étaient de réaliser un démonstrateur de surveillance en temps réel au sein des forces armées et de pratiquer son évaluation, afin de répondre à la question qui m’était posée de la faisabilité et de l’intérêt de ce type de surveillance en milieu militaire. A partir de ce travail, je devais fournir des propositions pour la généralisation du concept à l’ensemble des forces projetées. J’ai imaginé et participé au développement du système de surveillance spatiale des épidémies au sein des forces armées en Guyane « 2SE FAG », avec l’IMTSSA et différents partenaires depuis 2002, ce qui permettait de répondre à un nouvel objectif de l’Etat-Major des Armées, fixé après un sommet de Défense de l’OTAN. J’ai pris en compte des aspects médicaux, technologiques, humains et organisationnels pour développer ce prototype. 2SE FAG a été conçu comme un procédé de surveillance épidémiologique mis en oeuvre à l’aide d’une communauté de services réseaux basés en Guyane et en métropole. Son développement s’inscrivait dans le cadre d’un arrangement technique franco-britannique, auquel j’ai participé en effectuant entre autres un séjour de 6 mois dans les armées britanniques. J’ai réalisé le déploiement de 2SE FAG en Guyane en octobre 2004 et le système a fonctionné sans discontinuité depuis. La juxtaposition des réseaux a permis de produire des données épidémiologiques opérationnelles qui ont fait la preuve de leur utilité, en particulier au moment de l’épidémie de dengue du premier semestre 2006. L’alerte précoce déclenchée à cette occasion plusieurs semaines avant le système de surveillance réglementaire des forces armées a certainement joué un rôle dans le contrôle de l’épidémie en milieu militaire alors que celle-ci explosait en milieu civil. L’évaluation représentait un travail fondamental pour fournir un retour d’expérience utile et j’ai réalisé différentes études en collaboration avec des organismes extérieurs (SACT de Norfolk, ISPED de Bordeaux, LSTM de Liverpool, Cire Antilles Guyane). Cette démarche permettait à la fois d’apporter des modifications à 2SE FAG mais aussi de faire évoluer positivement l’ensemble des projets du type 2SE du système ASTER. A partir de ces travaux, j’ai pu développer et proposer une nouvelle méthode d’évaluation des systèmes de surveillance militaires destinés à l’alerte précoce pour les forces en opérations extérieures. J’ai identifié des améliorations qui sont encore à apporter au système, mais les différents objectifs ont été considérés comme atteints, à savoir la preuve de la faisabilité de la surveillance en temps réel dans les armées, du bénéfice apporté par un tel système et de son caractère interopérable. L’intérêt de ces travaux a déjà été souligné par des hautes instances nationales et internationales. J’ai réalisé avec les autres co-inventeurs du système une demande de dépôt de brevet au niveau de l’INPI le 25 août 2006. La surveillance épidémiologique en temps réel reste un défi d’avenir pour les armées modernes. Les enseignements acquis grâce à 2SE FAG constituent déjà un retour d’expérience unique au sein des armées de l’OTAN. Mais je pense que l’effort de recherche et de développement doit rester important, dans une dynamique internationale maîtrisée afin de déboucher sur la production d’un système opérationnel et interopérable, adapté aux contraintes actuelles de déploiement des forces et en particulier aux missions multinationales. C’est à ce prix que la surveillance en temps réel pourra participer activement en tous temps et en tous lieux à la préservation de la capacité opérationnelle des forces armées.

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Fafi-Kremer, Samira. "Caractérisation moléculaire du virus d'Epstein-Barr au décours de la mononucléose infectieuse : étude prospective." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. http://www.theses.fr/2005GRE18002.

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Lambert, Sébastien. "Transmission and management of brucellosis in a heterogeneous wild population of Alpine ibex (Capra ibex)." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1278.

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Abstract:

La gestion des maladies infectieuses dans la faune sauvage se heurte à de nombreuses limites, et le développement de stratégies efficaces représente un défi de taille. Pour atteindre cet objectif, une compréhension fine des facteurs influençant la transmission et la persistance de l’infection est nécessaire. Parmi ces facteurs, l’hétérogénéité de transmission est une caractéristique importante des populations sauvages. En effet, la diversité des comportements, des structures sociales et spatiales, ou encore des espèces peut conduire à des contributions très variables au nombre de nouvelles infections. Par conséquent, quantifier l’hétérogénéité de transmission pourrait permettre d’améliorer l’efficacité des mesures de gestion sanitaire dans la faune sauvage, en ciblant les individus ou les unités de population qui sont responsables de la majorité des évènements de transmission. L’objectif de cette thèse était d’améliorer les connaissances sur la gestion des maladies infectieuses dans des populations sauvages hétérogènes, en utilisant la brucellose à Brucella melitensis dans une population de bouquetin des Alpes (Capra ibex) comme modèle d’étude. En effet, la biologie de la brucellose et l’écologie de l’espèce hôte se prêtent bien à l’existence et donc à l’étude d’une hétérogénéité de transmission à différentes échelles. A l’aide de cultures bactériennes, nous avons tout d’abord montré que seulement 58 % des individus séropositifs sont à risque d’excréter la brucellose, et que ce risque diminue avec l’âge. Ensuite, mettant à profit l’existence d’informations détaillées sur la dynamique de population et le comportement du bouquetin, et de données épidémiologiques dans la population d’étude, nous avons développé un modèle individu-centré afin de quantifier l’hétérogénéité individuelle et spatiale de la transmission. Nous avons démontré que la transmission de la brucellose était hétérogène entre individus, les femelles provoquant environ 90% des nouvelles infections, et entre unités spatiales, plus de 80% des cas de transmission ayant lieu dans les trois sous-unités socio-spatiales qui forment la zone cœur du massif. Nous avons également estimé l’évolution temporelle de la séroprévalence et de la force d’infection, en utilisant différents modèles statistiques. Les résultats suggèrent que l’importante opération de capture menée en 2015, avec test systématique et élimination des individus séropositifs, a permis de diminuer la transmission de la brucellose dans la population. Sur la base de l’ensemble de ces résultats, nous avons évalués une série de stratégies de gestion sanitaire qui pourraient être utilisées à l’avenir dans la population. Les résultats, issus du modèle individu-centré, confirment que la stratégie prioritaire devrait être d’éliminer le plus d’individus séropositifs, et que cibler les femelles et/ou la zone cœur permet d’améliorer l’efficacité des mesures. Bien qu’il n’y ait pas de solution évidente pour la gestion de la brucellose dans notre cas d’étude, les stratégies de gestion ciblées sont très prometteuses et permettent de raffiner les mesures sanitaires classiquement utilisées. Il est donc primordial de bien comprendre l’hétérogénéité de transmission dans les populations sauvages infectées, et de rechercher des stratégies ciblées qui peuvent permettre d’améliorer la gestion en termes d’efficacité et d’acceptabilité
The management of infectious diseases in wildlife reservoirs is particularly challenging and faces several limitations. The development of appropriate management strategies requires a detailed understanding of the factors affecting the transmission and persistence of the infectious agent in the population. Among these factors, heterogeneity of transmission is a common characteristic in natural host-pathogen systems. Indeed, wild animals express a broad range of behaviours, are organised in a variety of social and spatial structures, occupy many areas with very different characteristics and belong to a large diversity of species. Such heterogeneities, from between-individuals to between-species, may result in different contributions to the overall number of new cases of infections. Thus, understanding transmission heterogeneity could provide valuable insights on how to effectively manage these systems, by targeting the individuals or areas that are responsible for most transmissions. The aim of this thesis was to provide insights on the monitoring and management of infectious diseases in heterogeneous wild populations, using Brucella melitensis infection in a French population of wild Alpine ibex (Capra ibex) as a case study. The biology of brucellosis and the ecology of Alpine ibex makes this case study a good candidate for transmission heterogeneity at several levels. Using bacterial examinations, we first established that only 58% of seropositive individuals were at risk to excrete Brucella, and that this risk decreased with increasing age. Then, we took advantage of detailed information available on ibex population dynamics, behaviour, and habitat use, and on epidemiological surveys, to build an individual-based model in order to quantify heterogeneity at the individual and spatial levels. The transmission is extremely heterogeneous between individuals, with females generating around 90% of the new cases of brucellosis infection, and between spatial units, three of the five socio-spatial units (the core area) accounting for more than 80% of brucellosis transmission. Using statistical models to estimate the temporal dynamics of the seroprevalence and of the force of infection in the population, we found evidence that the massive captures with test-and-remove operations that were conducted in 2015 managed to reduce brucellosis transmission in the population. Based on these results, we evaluated several predictive disease management strategies in the individual-based model. Our results confirmed that the primary strategy should be to remove as many seropositive individuals as possible, and that strategies targeting females and/or the core area are more effective than untargeted management. Although there is no silver bullet for the management of brucellosis in the population of study, targeted strategies offer a wide range of promising refinements to classical sanitary measures. We therefore encourage to look for heterogeneity in other infection-wildlife systems and to evaluate potential targeted strategies for improving management schemes in terms of efficiency and acceptability

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Jeziorski, Éric. "Imputabilité des rétrovirus dans les pathologies présumées post infectieuses de l'enfant." Thesis, Montpellier 1, 2011. http://www.theses.fr/2011MON1T029/document.

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Abstract:

Introduction :Les rétrovirus infectieux des vertébrés sont regroupés en 7 genres : les Alpharétrovirus, les Bétarétrovirus, les Gammarétrovirus, les Deltarétrovirus, les Epsilonrétrovirus, les Lentivirus et les Spumavirus. Le Human T-cell Leukemia virus (HTLV), un deltarétrovirus, et l'Human Immunodeficiency Virus (HIV), un lentivirus, infectent l'homme. Des cas sporadiques d'infection par des spumavirus (virus Foamy) ont été décrits chez des personnes vivant en promiscuité avec des animaux infectés. Plusieurs éléments sont en faveur de l'existence de rétrovirus humains encore inconnus :-De nouvelles espèces de HTLV ont été découvertes récemment et de nombreux patients séroindéterminés compatibles avec la présence de nouvelles espèces de type HTLV ont été décrits. De plus la découverte d'un hypothétique nouveau rétrovirus le Xenotropic Murine Related retroVirus (XMRV) a recemment été discuté. De nombreuses pathologies humaines dites idiopathiques ont une symptomatologie très proche de maladies rétrovirales décrites chez les mammifères comme des maladies inflammatoires articulaires chroniques, des maladies inflammatoires des systèmes nerveux central et périphérique, des cytopénies, des syndromes myéloprolifératifs et des pathologies malignes. Une étiologie rétrovirale a, par exemple, été évoquée dans le syndrome de Kawasaki ou les anémies hémolytiques, mais sans avoir pu être formellement démontrée.-Le statut de super prédateur de l'homme rend la transmission inter-espèces possible.Toutes les recherches de nouveaux rétrovirus humains faites par le passé étaient basées sur des séquences communes à tous les rétrovirus, le gène de la polymérase ou la partie transmembranaire de la glycoprotéine d'enveloppe (Env). De ce fait, ces recherches ont été le plus souvent « parasitées » par les séquences endogènes rétrovirales ou des rétrovirus « contaminants ». Nous avons souhaité rechercher la présence de rétrovirus dans ces pathologies pédiatriques. Parallèlement, nous nous sommes intéressés aux (retro)virus pouvant se transmettre de la mère à l'enfant lors de l'allaitement. Méthode :Nous avons utilisé 2 méthodes pour rechercher des rétrovirus.1) PCR : Notre démarche cible paradoxalement la région la plus variable du génome des rétrovirus, Env, au niveau du RBD (pour Receptor-Binding Domain), domaine qui lie le récepteur d'entrée dans la cellule. Pour cela nous utilisons une méthode développée au laboratoire, basée sur des PCR dont les amorces sont constituées de courts motifs conservés, délimitant les domaines variables du RBD. Cette approche a déjà permis au laboratoire de mettre en évidence de nouveaux variants des PTLV (HTLV/STLV). Sur ce principe, nous avons ainsi conçu des amorces PCR pour la détection de RBD de deltarétrovirus bovin (Bovine Leukemia Virus) et infectant les primates (Prima T-Leukemia/Lymphoma Virus) ; de bêta rétrovirus infectant la souris (Mouse Mammary Tumor Virus) et des primates (Mason Pfizer Monkey Virus) et de gammaretrovirus infectant les félins/félidés (Feline Leukemia Virus), l'XMRV et un rétrovirus endogène porcin le PERV.2) mesure de l'activité reverse transcriptase de rétrovirus de type C au sein de liquides biologiques de patients malades. Résultats : Nous avons analysé en terme de patients 35 purpura thrombopénique immunologiques, 3 anémie hémolytique, 6 anémie arégénérative, 5 neutropénie, 1 aplasie médullaire idiopathique, 3 thrombocytose, 59 arthrite juvénile, 1 dermatomyosite, 9 purpura rhumatoïde, 4 syndrome de Kawasaki, 5 syndrome neurologique, 13 fièvre atypique, 3 leucose et 5 pathologies autres. Les recherches de rétrovirus par PCR et mesure d'activité reverse transcriptase se sont avérées négatives.Conclusion :Nous n'avons pas retrouvé de séquences rétrovirales au sein des échantillons analysés par ces deux techniques différentes. Cependant, ces résultats n'excluent pas l'hypothèse d'une étiologie rétrovirale
The infectious mammalian retrovirus constituting seven species: Alpharetroviruses, betaretroviruses, gammaretroviruses, deltaretrovirus, epsilonretroviruses, lentiviruses and, spumaviruses. Human T-cell Leukemia virus (HTLV), a deltaretrovirus, and Human Immunodeficiency Virus (HIV), a lentivirus, infect human. Sporadic cases of spumavirus (virus Foamy) infection have been described in persons living in promiscuity with infected animals. Recent Studies have shown the presence of an hypothetic gammaretrovirus, xenotropic murine leukemia related virus (XMRV), its existence is actually discussed.There are some facts pointing to the existence of human retrovirus not yet known. -New HTLV species have been recently described and a number of sero-indeterminate patients are compatible with the presence of new HTLV species.-Many idiopathic human diseases have clinical presentation close to retroviral mammalian diseases: chronic inflammatory articular diseases, central nervous system inflammatory diseases, cytopenia, myeloproliferative syndromes and malignant pathologies. For example a retroviral aetiology have been discussed in Kawasaki syndrome and autoimmune haemolytic anemia even though a complete proof haven't been found. The super human predatory status makes the interspecies transmission possible. All the research in new human retrovirus done in the past was based in common sequencies of retroviruses like polymerase gene or the transmenbranair part of glycoprotein envelope gene (Env). Thus most of these researches have been compromise by HERV sequences or retroviral contaminants.We research retroviruses in these diseases. We also have been interested by putative (retr)viral itransmission by breast milk.Methodology1)PDR: We design primer based on the most variable region of retroviruses, the RBD (Receptor-Binding Domain), which is the domain of Env that links the cellular receptor responsible of the cellular entry. For this we used a patented method developed in our laboratory based on PCR whose primers are composed of short conservative sequences delimiting variable areas of RBD.This approach has already allowed discovering new PTLV (HTLV/STLV) variants known. As a result, we have designed PCR primers for RBD for all the known deltaretrovirus, Bovine Leukaemia Virus, (BLV) and also for the detection of gammaretrovirus feline leukaemia virus (FeLV), XMRV and Porcine Endogenous Retrovirus (PERV).2)We measure the reverse transcriptase activity to detect Type C retrovirus in body fluid.Results:We analysed in terms of patients 35 Immunologic thrombopenic purpura, 3 hemolytic anemia, 6 aregenerative anemia, 5 neutropenia, 1 aplastic anemia, 3 thrombocytosis, 59 Idiopathic juvenile arthritis, 1 dermatomyositis, 9 Henoch-Scholein diseases, 4 Kawasaki syndrome, 5 neurological diseases, 13 atypic fevers, 3 leukosis and 5 others diseases. We do not found any virus by both methodologies.We do not find viruses by PCR and reverse transcrptase activity measurment however this fact does not exclude viral etiology, further analysis could be done

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Viet, Anne-France. "Propagation du virus de la diarrhée virale bovine dans un troupeau laitier : modélisation stochastique individu-centrée pour une population structurée en groupes et d'effectif contrôlé." Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2003REN1A012.

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Abstract:

La propagation du virus de la Diarrhée Virale Bovine est modélisée et étudiée au sein d'un troupeau laitier en tenant compte de la structure en groupes, de la conduite du troupeau et du contrôle de l'effectif. Un modèle stochastique a été développé pour représenter la variabilité des dynamiques de propagation de l'infection. Le modèle est individu-centré et représente la dynamique du troupeau, les changements d'état de santé et la transmission du virus. Le comportement du modèle est simulé. Une validation qualitative du modèle a été réalisée en confrontant les données simulées à des données d'observations agrégées au niveau troupeau. La pertinence de la prise en compte du degré de séparation entre groupes sur les dynamiques de propagation du virus a été montrée. La méthodologie utilisée va pourvoir être utilisée par la suite pour étudier l'efficacité des stratégies de maîtrise. Les études de l'influence de différents facteurs et les extensions possibles du modèle sont discutées.

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Saisonkorh, Watcharee. "Epidémiologie et physiopathologie des infections à Bartonella." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20697.

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Abstract:

Le genre Bartonella comprend actuellement une trentaine d’espèces validées. Ces espèces regroupent B. Bacilliformis, les espèces anciennement classées dans les genres Rochalimaea et Grahamella , et de nombreuses espèces caractérisées récemment. Sur le plan phylogénique, le genre Bartonella est classé dans le groupe alpha des Proteobacteria, proche des genres Brucella, Afipia, Agrobacterium et Rhizobium, mais plus éloigné du genre Rickettsia. Les bactéries du genre Bartonella sont considérées comme des microorganismes intracellulaires facultatifs. In vivo, B. Bacilliformis et B. Quintana peuvent être observées dans les érythrocytes de patients bactériémiques et B. Henselae, B. Clarridgeiae, B. Koehlerae peuvent être isolées et détectées dans le sang et les globules rouges de chats bactériémiques. Ces bactéries possèdent également un tropisme pour les cellules endothéliales, qui semble corrélé à leur capacité à induire des lésions angioprolifératives (verruga peruana pour B. Bacilliformis, et angiomatose bacillaire pour B. Henselae et B. Quintana). Les Bartonelloses sont des maladies qui touchent les hommes et les mammifères et qui sont habituellement transmises par des arthropodes (poux, puces) à partir d’un réservoir qui peut être humain ou animal. Chaque espèce de Bartonella est adaptée à un hôte spécifique à partir duquel la transmission peut avoir lieu. La première partie de notre travail concerne une revue exhaustive de la littérature sur les bactéries du genre Bartonella en Asie et en Australie (Article 1). Les objectifs de la deuxième partie de ce travail ont été i) d’identifier et d’évaluer la sensibilité aux antibiotiques de souches de B. Bovis isolées à partir d’échantillons d’animaux provenant de Guyane Française (Article 2), ii) de détecter, d’identifier et de caractériser au niveau moléculaire une nouvelle espèce de Bartonella, « Candidatus Bartonella thailandensis », à partir d’échantillons de sang de rongeurs prélevés en Thaïlande (Article 3), iii) d’identifier par électrophorèse bidimensionnelle couplée au MALDI-TOF les protéines immunodominantes utiles au diagnostic des infections à B. Henselae (Article 4) et iv) de séquencer entièrement et d’étudier un plasmide conjugatif contenant des gènes codant pour un appareil de sécrétion de type IV détecté dans une souche de B. Rattaustraliani en montrant notamment pour la première fois une évidence de conjugaison entre des bactéries intracellulaires au sein de l’amibe Acanthamoeba polyphaga (Article 5)
The genus Bartonella now comprises more than 20 validated species worldwide. Phylogenetically the genus Bartonella is classified in the alpha subgroup of Proteobacteria, closely related to the genus Brucella, Afipia, Agrobacterium, and Rhizobium. Bacteria of the genus Bartonella are facultative intracellular bacteria. In vivo, B. Bacilliformis and B. Quintana may be observed in human red blood cells whereas B. Henselae, B. Clarridgeiae, and B. Koehlerae may be seen erythrocytes of bacteremic cats. Moreover, these bacteria had a remarkable tropism for endothelial cells, leading to angioproliferative lesions (verruga peruana for B. Bacilliformis and bacillary angiomatosis for B. Henselae and B. Quintana). Bartonellosis may affect humans and mammals and are usually transmitted by arthropods (body lice and fleas) from a human or an animal reservoir. Each Bartonella species is well adapted to a specific host from which incidental transmission may occur. The first part of our thesis is an exhaustive review of Bartonellosis that have reported and described in Asia and Australia (Article 1). The specific aims of the second part of this work were: i) to identify and to evaluate antibiotic susceptibility of B. Bovis strains isolated from animals from French Guyana, South America (Article 2); ii) to detect, identify and characterize a new Bartonella species i. E. “Candidatus Bartonella thailandensis” isolated from blood of rodents from Thailand (Article 3); iii) to identify immunodominant proteins using bidimensional gel electrophoresis coupled to MALDI-TOF useful for diagnosis of B. Henselae infections (Article 4); and iv) to sequence and study a conjugative plasmid containing encoding genes for a type IV secretion system detected in a strain of B. Rattaustraliani and showing for the first time a biological evidence of conjugation between intracellular bacteria within amoeba Acanthamoeba polyphaga (Article 5)

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Lambert, Caroline. "Les anticorps neutralisants contre l'infection des virus foamy simiens chez l'homme." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC328/document.

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Abstract:

Les virus foamy simiens (VFS) sont la troisième famille des rétrovirus complexes exogènes infectant l'Homme. Ces virus, zoonotique, sont transmis par des fluides biologiques (principalement la salive), lors d'un contact direct entre un individu et un singe infecté. Ils établissent une infection chronique chez l'hôte infecté. À ce jour, aucune pathologie n'a été associée à au cas d'infections humaines par le VFS, et aucun cas de transmission secondaire n'a été rapporté dans la population. L'infection VFS représente un modèle naturel de la restriction de l'émergence d'un rétrovirus simien chez l'Homme. Lors de ma thèse, j'ai caractérisé la réponse humorale contre les VFS chez des personnes vivant au Cameroun ou au Gal infectées suite à des morsures lors d'épisodes de chasse. J'ai montré la présence d'anticorps neutralisants les VFS dans 48 sujets infectés, à des titres élevés. La population étudiée est infectée par des virus de deux génotypes qui diffèrent dans le domaine central de la protéine impliqué dans la liaison au récepteur cellulaire. J'ai montré des réponses neutralisantes spécifiques de chaque génotype des sujets étudiés et des réactivités croisées chez 40% d'entre-eux. Parmi ces derniers, la moitié est infectée par deux souches virales. En conclusion, mon travail de thèse est la première caractérisation des anticorps neutralisants chez des personnes infectées chroniquement par un VFS zoonotique : ces anticorps sont fréquemment détectés, à des titres élevés et sont dirigés contre des épitopes conservés entre les VFS de chimpanzé et de gorille
Simian foamy virus (SFV) are the third family of exogenous complex retroviruses infecting humans. These viruses, of origins, are transmitted by body fluids (mainly saliva), through a direct contact between an individual and an infected m establish a chronic infection in the infected human host. To date, neither pathology, nor secondary transmission has be to be associated with SFV infection in humans. Therefore, SFV represents a natural model of restriction emerging simiar in humans. During my PhD, I characterized the humoral response against SFV in people living in Cameroon and Gabon, mainly infected bites during hunting episodes. I showed the presence of SFV neutralizing antibodies in the plasma of 48 infected individ titers. Our study population is infected with viruses of 2 different genotypes, which differ in the central region of the En region involved in binding to the cellular receptor.While in 60% of cases, neutralizing response was specific to a single genotype, 40% of cases showed cross-reactivity. Cr( was associated in 50% of cases with co-infection with viruses from both genotypes.In conclusion, my PhD is the first study to characterize neutralizing antibodies in individuals chronically infected with a zoonotic SFV : these antibodies are frequently detected at high titers and are directed against epitopes commonly found in chimpanzee and gorilla SFV

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Viljoen, Johannes. "Déterminants immunovirologiques de la transmission du VIH-1 par l'allaitement maternel." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTT019/document.

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Abstract:

L'allaitement maternel est la modalité idéale d'alimentation du nourrisson. Les propriétés anti-infectieuses du lait maternel sont bien documentées. L'allaitement maternel protège les nourrissons contre les infections intestinales et respiratoires. L'allaitement maternel exclusif est recommandé pendant les 6 premiers mois, principalement parce que le lait maternel satisfait de façon optimale à tous les besoins nutritionnels et hydriques du nourrisson. Les nouvelles infections périnatales par le VIH dans les pays riches ont presque été éliminées grâce à la combinaison du dépistage prénatal du VIH, à la prophylaxie antirétrovirale de la mère et de l'enfant, à la césarienne élective et l'évitement de l'allaitement maternel. Bien que les interventions efficaces soient disponibles pour réduire la transmission in utero et intrapartum dans les pays à ressources limitées, la transmission postnatale du VIH par l'allaitement demeure un enjeu de santé publique. L'acquisition du VIH par l'allaitement maternel est responsable d'environ 40% des nouvelles infections en Afrique subsaharienne. Les études effectuées au cours de cette thèse faisaient partie d'un programme d'intervention qui a porté sur l'utilisation des différentes formes d'alimentation du nourrisson dans un environnement rural, à Umkhanyakude, dans le nord du KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud. Les femmes ont été incluses dans cette étude avant le début de l'accès universel aux antirétroviraux en Afrique du Sud (2005). Le travail de doctorat visait à acquérir une meilleure compréhension de la transmission postnatale du VIH-1 par l'allaitement maternel, indispensable pour atteindre l'objectif de l'Organisation mondiale de la Santé de réduire toutes les formes de transmission du VIH de la mère à l'enfant (TME) à moins de 5% d'ici la fin de 2015. Dans la première étude, nous apportons la preuve que l'exposition cumulative à l'ARN VIH-1 par le lait maternel est un facteur de risque associé à la transmission postnatale de la mère à l'enfant, indépendamment du taux de CD4 maternels et de la charge virale plasmatique du VIH-1. Ces données fournissent une meilleure évaluation du risque de transmission mère-enfant du VIH-1 et de la charge virale dans le compartiment mammaire. Dans la seconde étude, nous confirmons que la charge virale associée aux cellules dans le lait maternel est un meilleur facteur prédictif du risque de TME postnatale précoce que la charge virale libre. En revanche, la charge virale libre est un facteur prédictif de transmission postnatale tardive (au-delà de 6 mois). Dans la troisième étude, nous avons étudié l'impact sur la TME du VIH-1 du cytomégalovirus (CMV) et du virus d'Epstein-Barr (EBV) dans le lait maternel des mères infectées par le VIH. Des niveaux élevés de CMV sont excrétés dans le lait maternel, et un niveau significatif de l'EBV est fréquemment observé. Les mères dont le lait maternel contient des niveaux élevés de CMV étaient jusqu'à deux fois et demi plus susceptibles de transmettre le VIH-1 à leur enfant par l'allaitement maternel comparativement aux femmes ayant un faible niveau de réplication de CMV. Nous apportons donc la preuve d'une association, indépendante de la charge virale du VIH-1, entre l'excrétion du CMV dans le lait maternel et la transmission postnatal du VIH-1. Chez les femmes allaitantes infectées par le VIH-1 et sous traitement antirétroviral, le risque de transmission résiduelle par l'allaitement est expliqué en partie par la persistance du virus associé aux cellules dans le lait maternel. D'autres études sont nécessaires pour approfondir les connaissances sur le mécanisme du VIH-1 transmission pendant l'allaitement, et les facteurs associés à l'excrétion compartimentée du VIH-1 dans le lait maternel, et pour aider à développer des médicaments plus efficaces pour une utilisation dans les populations à ressources limitées où l'évitement de l'allaitement maternel est souvent impossible
Breastfeeding is a most valuable source of nutrition for infants. The anti-infective properties of breast milk are well documented and breastfeeding protects infants against gastrointestinal and respiratory illnesses. There is no disagreement that breastfeeding is the best form of nutrition for all infants everywhere. Exclusive breast-feeding for 6 months is recommended for the general population primarily because human milk can satisfy all of an infants' nutritional and hydration needs. New perinatal HIV infections in resource-rich countries have nearly been eliminated with the combination of universal, opt-out antenatal HIV testing, antiretroviral prophylaxis of the mother and infant, elective cesarean delivery, and avoidance of breastfeeding. Although effective interventions are available to reduce in utero and intrapartum transmission in resource-limited settings, postnatal transmission of HIV through breastfeeding has remained a significant problem. Acquisition of HIV through breast milk accounts for an estimated 40% of new infections in sub-Saharan Africa, where more than 90% of perinatal infection occurs. The studies performed during this PhD were part of a larger intervention program in KwaZulu-Natal that focused on the use of different forms of infant feeding within a rural setting. The Umkhanyakude district in northern KwaZulu-Natal, South Africa, is one of the areas worst affected by the HIV and AIDS pandemic, and has some of the highest prevalence figures in the world. Women were enrolled into this study prior to commencement of the South African national antiretroviral roll-out in 2005. This PhD research forms part of efforts to gain a better understanding of postnatal transmission of HIV-1 via breastfeeding, and to support the World Health Organization in their goal to reduce all forms of mother-to-child transmission (MTCT) to below five percent by the end of 2015. In the first study performed, we provide for the first time evidence that cumulative exposure to HIV-1 RNA in breast milk is a key risk factor associated with postnatal mother-to-child transmission, independent of maternal CD4 and plasma HIV-1 viral load. This data provides a better evaluation of the risk of HIV-1 MTCT and intra-breast viral load. In the second study we confirm that cell-associated virus load in breast milk is a stronger predictor of the risk of early postnatal MTCT than cell-free virus, independent of HIV-1 replication in blood and breast milk. In contrast, cell-free virus load is a stronger predictor of later postnatal HIV-1 transmission. We provide evidence that the HIV-1 reservoir is a main risk factor for post-natal MTCT of HIV-1. In the third study performed, we investigated the significance and impact of Cytomegalovirus (CMV) and Epstein-Barr virus (EBV) in breast milk from HIV-infected mothers, and MTCT of HIV-1. High levels of CMV is shed in breast milk, and frequently a significant level of EBV is shed in HIV-infected women. Hence, mothers whose breast milk contained high levels of CMV, were up to two and a half times more likely to transmit HIV-1 to her infant via breastfeeding compared to women with low levels. This is the first evidence of an association, independent of HIV-1 viral load, between CMV in breast milk and postnatal MTCT of HIV-1. In contemporary breastfeeding populations with access to antiretroviral prophylaxis, the residual HIV-1 transmission risk, especially in the early postpartum period, is explained in part by the persistence of cell-associated virus in breast milk. More studies are needed to further knowledge on the mechanism of HIV-1 transmission during lactation, and factors associated with compartmentalized shedding of HIV-1 in breast milk, and to help develop more effective drugs for use in resource-limited populations where avoidance of breastfeeding is almost impossible

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Orlandi-Pradines, Eve. "Exposition de voyageurs à la transmission de plasmodium falciparum et aux moustiques vecteurs en afrique inter-tropicale." Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX20693.

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Abstract:

Dans les zones d'endémie palustre, plusieurs méthodes de protection anti-vectorielle sont préconisées chez les voyageurs. Pour évaluer l'efficacité de ces méthodes, il est nécessaire d'évaluer le niveau individuel d'exposition aux vecteurs et à la transmission de Plasmodium falciparum. Les objectifs de la thèse étaient d'évaluer cette exposition et cette transmission chez des militaires en mission de courte durée (4-5 mois) en Afrique intertropicale par méthodes entomologiques, sérologiques et par télédétection. Les résultats ont montré une grande hétérogénéité temporo-spatiale de l'exposition, ont permis d'identifier des antigènes de P. Falciparum et de salive de moustiques utilisables pour évaluer cette exposition et ont démontré l'utilité de données de télédétection pour prédire le risque palustre chez des voyageurs. Ils ont aussi permis d'objectiver la protection conférée par les moustiquaires et le port de vêtement longs chez des voyageurs.

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Louis, Alexandra. "Transmission du V. I. H. De la mère à l'enfant : cas particulier de l'allaitement." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P184.

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Reynes, Jean-Marc. "Virus émergents et chauves-souris au Cambodge." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30076.

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Abstract:

Notre travail a consisté à rechercher au Cambodge chez les chauves-souris des infections par des virus émergents des genres Lyssavirus et Henipavirus, virus d'intérêt médical pour le pays puisque le cycle sauvage des infections à lyssavirus n'y est pas connu et que le Cambodge se trouve dans la zone de distribution des chauves-souris frugivores du genre Pteropus trouvées infectées par les henipavirus, pouvant laisser craindre l'émergence d'une épidémie. Nous avons pu avoir la preuve sérologique de la circulation de lyssavirus chez ces animaux mais le ou les virus en cause n'ont pas pu être identifiés. Par contre, nous avons pu isoler le virus Nipah hautement pathogène pour l'homme chez l'espèce Pteropus lylei, renforçant l'hypothèse de réservoir pour les chauves souris frugivores de ce genre. A l'occasion de ces recherches, nous avons également isolé l'orthobunyavirus Kaeng Khoi dont l'importance médicale est mal connue
The reservoir of rabies in wildlife is unknown in Cambodia although the disease is commonly reported in the country. Furthermore, pteropid bats, suspected to be the natural reservoir of the deadly henipaviruses, are present in Cambodia suggesting the presence of theses viruses in the country. Consequently, we conducted our research work to look for emerging viruses belonging to the genera Lyssavirus and Henipavirus, in bats in Cambodia. We got the serologic evidence of lyssaviruses infection in bats, but the(se) virus(es) could not be isolated. Interestingly, we got one Nipah virus isolate from the urine of one Pteropus lylei specimen. This result strengthens the hypothesis that flying foxes are the natural host of Nipah virus. In addition, during these investigations, we isolated the orthobunyavirus Kaeng Khoi, of which the medical importance is inknown

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Maataoui, Naouale. "Acquisition et transmission d'entérobactéries productrices de BLSE chez des sujets communautaires en zone de forte endémie." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2019. http://www.theses.fr/2019USPCC087.

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Abstract:

Le portage et les infections à entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (E-BLSE) touchent de plus en plus fréquemment les sujets communautaires. La prévalence de portage dans la communauté a été estimée à 30 et 70% respectivement en Afrique et en Asie alors qu’elle n’est que de 10% en Europe. Le fait de vivre ou de séjourner dans des zones de forte endémie constitue donc un facteur de risque élevé d’acquisition d’E-BLSE. La prévalence du portage d’entérobactéries résistantes dans les zones intertropicales et les facteurs de risque d’acquisition par un sujet individuel lors de l’exposition à de tels environnements ont été largement étudiés mais la question des transmissions secondaires à partir de ces cas index n’a pas été appréhendée alors qu’elle est essentielle, notamment pour comprendre son impact dans la diffusion des E-BLSE dans la communauté. Nous avons étudié l’acquisition et la transmission des E-BLSE au sein de deux cohortes de sujets vivant en zones de forte endémie et en promiscuité avec d’autres individus au moment de l’acquisition. Nous avons utilisé dans ce but des techniques de PCR et de séquençage de génome complet (WGS) associé à une fine analyse des single nucleotide polymorphisms (SNPs). La première cohorte était constituée de militaires en mission dans 3 régions différentes, l’Afghanistan, la Guyane et la Côte d’Ivoire. Les taux d'acquisition d'E-BLSE pendant la mission étaient variables selon les destinations : 88% en Afghanistan, 49% en Côte d’Ivoire et 5% en Guyane. La transmission d’E. coli BLSE entre les militaires, étudiée au sein de la compagnie afghane, n’a permis de mettre en évidence aucune transmission de souches dans cette compagnie. Les bonnes conditions d’hygiène dans le campement et le peu de contact avec la population locale suggéreraient que le fort taux d’acquisition observé pourrait être dû à une acquisition individuelle, à partir de repas achetés régulièrement auprès des nombreux vendeurs ambulants installés autour du campement. La deuxième cohorte était issue d’une étude contre placebo réalisée chez des enfants dénutris non hospitalisés vivant au Niger. Ce travail avait pour objectif de mesurer l’impact de l’amoxicilline administrée de façon systématique dans les protocoles de renutrition des enfants présentant une malnutrition sévère, sur la colonisation par des E-BLSE et sur la transmission des souches au sein desfratries. Nous avons observé que l’administration d’amoxicilline augmentait le risque d’acquisition d’E-BLSE chez l’enfant traité dans la semaine qui suivait sa prise en charge (54% vs 32%, p<0,001) ainsi que le risque de transmission d’une E-BLSE dans la fratrie (11.5% vs 3.8%, p=0.04). Au total, dans ces deux études nous avons pu montrer que la caractérisation complète des souches par WGS et l’analyse des SNPs apportait des informations incontournables pour comprendre la dynamique de partage des souches d’E-BLSE entre les sujets. Ces études apportent des éléments de réponses sur la transmission des E-BLSE dans la communauté et les facteurs de risques associés, mais d’autres facteurs de risques et d’autres situations restent encore à explorer avec ces nouveaux outils
Colonization and infection by extended spectrum bet a-lactamase producing enterobacteriaceae (ESBL-E) increasingly affect subjects in community. The prevalence of carriage in the community has been estimated at 30 and 70% respectively in Africa and Asia, while it is only 10% in Europe. Living or visiting areas with high endemicity is therefore a high risk factor for ESBL-E acquisition. ESBL-E prevalence carriage in intertropical areas and the risk factors for acquisition by an individual subject when exposed to such environments have been widely studied, but the issue of secondary transmissions from these index cases has not been addressed, although it is essential, in particular to understand its impact on the spread of ESBL-E in the community. We studied the acquisition and transmission of ESBL-E in two cohorts of subjects living in highly endemic areas in promiscuity, with other individuals at the time of acquisition. For this purpose, we used PCR and whole genome sequencing (WGS) techniques, combined with a fine analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs). The first cohort was composed of soldiers on mission in 3 different regions, Afghanistan, Guyana andCôte d'Ivoire. The ESBL-E acquisition rates during the mission varied depending on the destination: 88% in Afghanistan, 49% in Côte d'Ivoire and 5% in Guyana. The transmission of ESBL E. coli between soldiers, studied within the Afghan company, did not evidence any transmission of strains in this company. The good hygienic conditions in the camp and the limited contact with the local population would suggest that the high acquisition rate observed could be due to individual acquisition, based on meals purchased regularly from the many street vendors installed around thecamp. The second cohort was based on a placebo-controlled study on malnourished, outpatient children living in Niger. The objective of this work was to evaluate the impact of amoxicillin administered systematically in renutrition protocols for severely malnourished children, on ESBL-E colonization and on strain transmission in siblings. We observed that the administration of amoxicillin increased the risk of ESBL-E acquisition in the treated child within one week of treatment(54% vs. 32%, p<0.001) and the risk of ESBL transmission in the siblings (11.5% vs. 3.8%, p=0.04). In total, in these two studies, we showed that the complete characterization of strains by WGS and SNP analysis provided essential information to understand the dynamics of ESBL-E sharing between subjects.These studies provide some answers on the ESBL-E transmission in the community and the associated risk factors, but other risk factors and situations still need to be explored with these new tools

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Navarre, Vincent. "Transmission materno-foetale de l'infection au virus de l'immunodéficience humaine chez la femmes séropositives vivant à la Martinique : à propos de 67 grossesses." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1M024.

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Chabot, Line. "Le Conseil d'hygiène de la Province de Québec et la lutte contre la variole au Québec : l'épidémie de 1901-1902 et le cas du Saguenay-Lac-Saint-Jean." Master's thesis, Université Laval, 2001. http://hdl.handle.net/20.500.11794/28568.

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Bernard-Stoecklin, Sibylle. "Rôle of semen infected leukocytes in HIV mucosal transmission : Experimental model of SIVmac251 infection in Macaca fascicularis." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01059796.

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Abstract:

Human Immunodeficiency Virus (HIV) infection mostly spreads by the mucosal route: sexual transmission is the dominant mode of transmission, responsible for between 85% and 90% of cases of infection worldwide. These epidemiological data indicate that semen is one of the major sources of HIV-1 transmission. Semen, like other bodily secretions involved in HIV sexual transmission, contains the virus as two forms: cell-free viral particles and cell-associated virus, mostly in infected leukocytes. Although cell-to-cell HIV transmission has been extensively described as more efficient, rapid and resistant to host immune responses, very few studies have investigated the role in vivo of infected leukocytes in virus mucosal transmission. One such study has been recently conducted in our lab, and demonstrated that SIV-infected splenocytes are able to transmit infection to female macaques after vaginal exposure. However, all these studies used immune cells from peripheral blood or lymphoid tissues, such as spleen, and none have investigated the capacity of infected leukocytes in semen to transmit the infection in vivo. Indeed, nature, phenotype and infectivity of HIV associated with semen leukocytes may be different from that of HIV from other sources.Therefore, the objectives of this work are, first, to study of semen leukocytes and their dynamics during SIVmac251 infection in detail, then to investigate seminal factors that may influence semen infectiousness, and finally to test semen leukocyte infectivity in vitro and in vivo, using a model of mucosal exposure in cynomolgus macaques.Macaque semen contains all the target cells for HIV/SIV: CD4+ T cells, macrophages and dendritic cells in lower proportions. Semen CD4+ T cells and macrophages display an activation, differenciation and expression of migration markers profile which is typical of mucosal leucocytes. SIV infection induces significant changes in their phenotype and dynamics. Both cell types can be productively infected and are found in the semen at all stages of infection. These observations suggest that semen CD4+ T cells and macrophages may be able to transmit infection after mucosal exposure.If the role of semen infected leukocytes in HIV/SIV mucosal transmission is confirmed in vivo, this mechanism will be important to consider for further preventive strategies design, like microbicides.

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Suberbielle, Elsa. "Dysfonctionnement neuronal ou inflammation, les deux facettes des conséquences de la persistance du Bornavirus dans le système nerveux central : étude à l'aide d'outils de proteomique et d'immunologie." Toulouse 3, 2008. http://www.theses.fr/2008TOU30027.

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Abstract:

Le Bornavirus, ou BDV, offre un modèle de choix pour l'étude de la physiopathologie des infections virales du système nerveux central (SNC). Le BDV persiste dans le SNC d'un large spectre d'espèces animales et induit diverses maladies neurologiques. Les objectifs de ce travail s'articulent autour de deux problématiques distinctes. Nous avons tout d'abord étudié les manifestations inflammatoires liées au BDV et analysé les interactions entre les cellules T cytotoxiques (CTL) antivirales et des cultures de neurones primaires. Nos résultats permettent de mieux appréhender les modalités de l'attaque neuronale par les CTL, qui est également observée dans diverses pathologies neuroinflammatoires. Par ailleurs, nous avons réalisé une analyse globale des effets de l'infection sur le protéome neuronal. Nos résultats révèlent une interférence sélective avec des fonctions impliquées dans le remodelage neuronal et fournissent de nouvelles pistes pour la compréhension de la physiopathologie du BDV
Borna disease virus (BDV) is an ideal model system for investigating the diverse pathological consequences of viral infections of the central nervous system (CNS). BDV persists in the CNS of a wide range of animal species and induces diverse neurological diseases. This work was aimed at studying two different aspects of BDV infection. First, we analyzed BDV-induced inflammation by assessing the interaction between antiviral cytotoxic T lymphocytes and primary cultures of neurons. Our results provide further evidence about the modalities of neuronal insult caused by CTL, a feature that characterizes also several neuroinflammatory diseases. Second, we performed a global analysis of the impact of BDV infection on the neuronal proteome. Taken as a whole, our results reveal selective interference with biological functions implicated with neuronal remodeling and provide further insight about the physiopathology of BDV persistence in neurons

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Zélé, Flore. "Interaction entre la bactérie endosymbiotique Wolbachia et le parasite responsable de la malaria aviaire, Plasmodium relictum, chez le moustique Culex pipiens." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20102.

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Abstract:

Les interactions hôtes-parasites sont classiquement vues comme un équilibre dynamique entre seulement deux partenaires ; cependant, ce paradigme a progressivement changé ces dernières années avec la découverte de nombreux hôtes naturellement co-infectés par de multiples parasites. L'étude des co-infections s'avère particulièrement pertinente lorsque l'hôte est un vecteur de maladies, dans la mesure où les infections multiples peuvent avoir d'importantes conséquences sur la transmission d'un parasite, à la fois à des échelles écologiques et évolutives. Wolbachia pipientis est la bactérie endosymbiotique la plus commune chez les insectes, et de fait, suscite un intérêt particulier pour comprendre le rôle des co-infections sur l'issue des infections parasitaires. Afin de déterminer si l'infection naturelle par Wolbachia affecte la capacité des moustiques à transmettre la malaria, nous avons étudié une triade qui partage une histoire évolutive commune : le parasite de la malaria aviaire P. relictum SGS1, son vecteur naturel Cx. pipiens, et un ensemble de souches wPip de Wolbachia naturellement présentes chez ce moustique. Nous nous sommes tout d'abord intéressé à l'impact de différents types de wPip sur la prévalence et la diversité des parasites responsables de la malaria aviaires dans les populations naturelles de Cx. pipiens de la région de Montpellier. Puis, par l'utilisation de différentes lignées isogéniques de moustiques, infectés ou non par Wolbachia, nous avons étudiés l'impact de la présence du symbiote sur différents traits d'histoire de vie du moustique essentiels pour la transmission de Plasmodium. Nous montrons ainsi que Wolbachia profite à Cx. pipiens, mais également à Plasmodium: elle améliore plusieurs traits d'histoire de vie des moustiques, tels que leur longévité et leur fécondité, leur tolérance à l'infection par P. relictum, et facilite l'infection par ce parasite à la fois qualitativement et quantitativement (i.e. elle augmente à la fois la prévalence et l'intensité de l'infection). Bien que les mécanismes impliqués dans cette interaction tripartite restent encore inconnus, ces résultats suggèrent que Wolbachia peut avoir d'importantes implications sur la transmission de la malaria dans la nature. De plus, ces résultats suggèrent la nécessité de réévaluer l'utilisation de Wolbachia comme moyen de lutte contre les pathogènes et soulignent la nécessité de mieux comprendre les interactions multipartites
In recent years, there has been a shift in the one host one parasite paradigm with the realization that, in the field, most hosts are co-infected with multiple parasites. Coinfections are particularly relevant when the host is a vector of diseases, because multiple infections can have drastic consequences for parasite transmission at both the ecological and evolutionary time scales. Wolbachia pipientis is the most common parasitic microorganism in insects and as such it is of special interest for understanding the role of coinfections in the outcome of parasite infections. This thesis investigates whether a natural Wolbachia infection can alter the quality of mosquitoes as vectors of malaria. To address this issue, we used a Wolbachia-mosquito-Plasmodium triad with a common evolutionary history. Our experimental system consists in the avian malaria parasite P. relictum SGS1 and its natural vector, the mosquito Cx. pipiens, which naturally harbours several wPip Wolbachia strains. First, we investigated the impact of different wPip groups on the prevalence and diversity on avian malaria in natural populations of Cx. pipiens mosquitoes in the Montpellier region. Second, using different isogenic laboratory mosquito strains harboring or not Wolbachia, we investigated the impact of the presence of Wolbachia on several mosquito and Plasmodium life history traits relevant for malaria transmission. We show that Wolbachia benefits both Cx. pipiens and Plasmodium: it enhances several mosquito life history traits, such as longevity and fecundity, increases their tolerance to P. relictum (i.e. compensates for a Plasmodium-induced mortality) and facilitates P. relictum infection both qualitatively (increases infection prevalence) and quantitatively (increases infection intensity). Although the mechanisms involved in the mosquito-Wolbachia-Plasmodium interaction remain elusive, these results suggest that Wolbachia may have important implications on the transmission of malaria in nature. This is consistent with the high prevalence and diversity of avian malaria parasites found in natural populations of Cx. pipiens. Further, these results suggest the need to reassess the use of Wolbachia as a way to fight pathogens and highlight the need to better understand parasite multipartite interactions

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Bajardi, Paolo. "Diffusion des épidémies : le rôle de la mobilité des agents et des réseaux de transport." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22106/document.

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Abstract:

Ces dernières années, la puissance croissante des ordinateurs a permis à la fois de rassembler une quantité sans précédent de données décrivant la société moderne et d'envisager des outils numériques capables de s'attaquer à l'analyse et la modélisation les processus dynamiques qui se déroulent dans cette réalité complexe. Dans cette perspective, l'approche quantitative de la physique est un des catalyseurs de la croissance de nouveaux domaines interdisciplinaires visant à la compréhension des systèmes complexes techno-sociaux. Dans cette thèse, nous présentons dans cette thèse un cadre théorique et numérique pour simuler des épidémies de maladies infectieuses émergentes dans des contextes réalistes. Dans ce but, nous utilisons le rôle crucial de la mobilité des agents dans la diffusion des maladies infectieuses et nous nous appuyons sur l'étude des réseaux complexes pour gérer les ensembles de données à grande échelle décrivant les interconnexions de la population mondiale. En particulier, nous abordons deux différents problèmes de santé publique. Tout d'abord, nous considérons la propagation d’une épidémie au niveau mondial, et présentons un modèle de mobilité (GLEAM) conçu pour simuler la propagation d'une maladie de type grippal à l'échelle globale, en intégrant des données réelles de mobilité dans le monde entier. La dernière pandémie de grippe H1N1 2009 a démontré la nécessité de modèles mathématiques pour fournir des prévisions épidémiques et évaluer l'efficacité des politiques d'interventions. Dans cette perspective, nous présentons les résultats obtenus en temps réel pendant le déroulement de l'épidémie, ainsi qu'une analyse a posteriori portant sur les stratégies de lutte et sur la validation du modèle. Le deuxième problème que nous abordons est lié à la propagation de l'épidémie sur des systèmes en réseau dépendant du temps. En particulier, nous analysons des données décrivant les mouvements du bétail en Italie afin de caractériser les corrélations temporelles et les propriétés statistiques qui régissent ce système. Nous étudions ensuite la propagation d'une maladie infectieuse, en vue de caractériser la vulnérabilité du système et de concevoir des stratégies de contrôle. Ce travail est une approche interdisciplinaire qui combine les techniques de la physique statistique et de l'analyse des systèmes complexes dans le contexte de la mobilité des agents et de l'épidémiologie numérique
In recent years, the increasing availability of computer power has enabled both to gather an unprecedented amount of data depicting the global interconnections of the modern society and to envision computational tools able to tackle the analysis and the modeling of dynamical processes unfolding on such a complex reality. In this perspective, the quantitative approach of Physics is catalyzing the growth of new interdisciplinary fields aimed at the understanding of complex techno-socio-ecological systems. By recognizing the crucial role of host mobility in the dissemination of infectious diseases and by leveraging on a network science approach to handle the large scale datasets describing the global interconnectivity, in this thesis we present a theoretical and computational framework to simulate epidemics of emerging infectious diseases in real settings. In particular we will tackle two different public health related issues. First, we present a Global Epidemic and Mobility model (GLEaM) that is designed to simulate the spreading of an influenza-like illness at the global scale integrating real world-wide mobility data. The 2009 H1N1 pandemic demonstrated the need of mathematical models to provide epidemic forecasts and to assess the effectiveness of different intervention policies. In this perspective we present the results achieved in real time during the unfolding of the epidemic and a posteriori analysis on travel related mitigation strategies and model validation. The second problem that we address is related to the epidemic spreading on evolving networked systems. In particular we analyze a detailed dataset of livestock movements in order to characterize the temporal correlations and the statistical properties governing the system. We then study an infectious disease spreading, in order to characterize the vulnerability of the system and to design novel control strategies. This work is an interdisciplinary approach that merges statistical physics techniques, complex and multiscale system analysis in the context of hosts mobility and computational epidemiology

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Lecorre, François. "Apport des récentes évolutions de la cryo-microscopie électronique et du traitement d’images dans l’étude structurale de virus de plantes." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT061/document.

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Abstract:

La cryo-microscopie électronique a connu une révolution majeure ces dernières années, liée à des évolutions technologiques importantes, tant au niveau des microscopes, que des caméras ou des logiciels de traitement d’images. Ainsi, avec l’arrivée de microscopes électroniques plus stables mécaniquement et électroniquement, il est possible d’enregistrer plusieurs milliers d’images de façon automatique en quelques jours, et par conséquent d’obtenir un jeu initial d’images conséquent des particules des complexes protéiques étudiés. Sauf que maintenant, il ne s’agit plus d’image au sens strict, mais de film. En effet, les nouvelles caméras, dites à détection directe d’électrons, permettent de décomposer l’image en plusieurs fractions d’images au cours de l’exposition, et ce, avec une sensibilité dix fois supérieure par rapport à celle des anciennes caméras. L’analyse de ces fractions d’images a permis de montrer que les particules protéiques, bien que piégées dans une mince pellicule de glace, bougeaient sous l’effet du faisceau d’électrons. L’alignement des fractions et leur sommation permettent ainsi de corriger ces mouvements, améliorant la qualité du signal contenu dans chaque image. Ainsi, alors que pendant des dizaines d’années, les informations structurales extraites des images des microscopes électroniques étaient limitées à la moyenne résolution, c’est à dire entre 5 et 15 Å de résolution, nous voyons apparaître depuis ces deux-trois dernières années, de très nombreuses cartes de densités électroniques de complexes protéiques issues de la microscopie électronique, à des résolutions inférieures à 4 Å, permettant de construire des modèles atomiques à l’aide d’outils jusqu’alors réservés à la cristallographie aux rayons X. C’est dans ce contexte, que j’ai étudié par cryo-microscopie électronique et traitement d’images, l’organisation structurale de trois virus de plante :- Le virus de la mosaïque de l’arabette (ArMV), un Nepovirus uniquement transmis par le nématode Xiphinema diversicaudatum, qui est responsable de la maladie du court-noué de la vigne. -Le virus de la tâche de la fève (BBSV), un Comovirus transmis par les coléoptères, responsable de la dégénération chez les légumineuses.- Le virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV), un Caulimovirus servant de virus modèle pour l’étude de la transmission des virus non circulants.Les virus sont des parasites endocellulaires obligatoires, dont l’efficacité dépend de leur capacité de réplication au sein de la cellule infectée et de leur transmission vers de nouveaux hôtes. En raison de l’immobilité des plantes, les phytovirus font souvent appel à des vecteurs pour la transmission plante à plante, qui sont principalement des insectes, des nématodes, des champignons ou des acariens. Les phytovirus sont généralement responsables d’une baisse importante de croissance de la plante et des fruits, voire de la mort de l’hôte infecté. Les dégâts ainsi causés engendrent des pertes de rendement dans les cultures partout dans le monde, se traduisant par d’énormes pertes économiques pour les cultivateurs. Ce travail de thèse présente les structures atomiques de l’ArMV et du BBSV obtenues par cryo-microscopie électronique, ainsi que les premiers résultats obtenus sur la structure de la capside du CaMV, et sa protéine de transmission P2
A revolution has taken over the world of cryo-electron microscopy for the last years, by dint of a major breakthrough both in technology, with the rise of new microscopes and cameras, and in image processing. With the advent of high-end microscopes, mechanically and electronically more stable, one can expect to record an initial data set of thousand images in few days, thanks to automated acquisition. Besides, the new direct electron detectors can not only record images, but also movies with a better sensitivity than the one we used to have. The movie processing revealed the existence of a beam-induced motion occurring during acquisition. The correction of the motion through frame alignment improves significantly the quality of data. Thus, cryo-electron microscopy was only limited to a middle resolution range (5 to 15 Å) until two or three years ago, when several density maps above 4 Å started to appear, allowing the building of atomic model using tools that were only restricted to X-ray crystallography.In this context, I have studied the structural organization of three plant viruses, using cryo-electron microscopy and image processing:- Arabis Mosaic Virus (ArMV), it’s a Nepovirus only transmitted by the nematode Xiphinema diversicaudatum, responsible for disease of vineyards.- Broad Bean Stain Virus (BBSV), it’s a Comovirus transmitted by beetles, responsible for the degeneration of leguminous plants.- Cauliflower Mosaic Virus (CaMV), it’s a Caulimovirus used as model to characterize the transmission of non circulative viruses.Viruses are obligate intracellular parasites, which efficiency is directly related to its replicative capacity inside the infected cell, and its transmission to new hosts. Due to the immobility of plants, plant viruses often use vectors for the transmission plant to plant, which are mainly insects, nematodes, fungi or mites. Plant viruses are generally responsible for a significant decrease in plant and fruit growth, and even the death of the plant. The plant viruses are devasting fields worldwide, causing huge loss in crop yield each year. This study highlights the atomic structures of ArMV and BBSV, as well as the first data about the CaMV capsid and its transmission protein

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Fall, Abdoul Aziz. "Etudes de quelques modèles épidémiologiques : application à la transmission du virus de l'hépatite B en Afrique subsaharienne (cas du Sénégal)." Thesis, Metz, 2010. http://www.theses.fr/2010METZ003S/document.

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Abstract:

L'objectif de cette étude est la modélisation, la validation, l'analyse mathématique et la simulation de modèles de transmission de l'hépatite B en Afrique en général et au Sénégal en particulier. Nous proposons de nouveaux modèles bases sur les connaissances actuelles de l'histoire naturelle de la transmission du virus de l'hépatite B. Ainsi, nous présentons deux modèles de la transmission du VHB1, un modèle sans transmission verticale et un autre ou la transmission verticale de la maladie est prise en compte. Ce second modèle est justifié par la controverse, en ce qui concerne l'incidence des transmissions verticale ou périnatale au niveau de la zone Afrique ; entre d'une part, l'Organisation Mondiale de la Santé et d'autre part les spécialistes de l'hépatite B au Sénégal. Ces modèles, nous ont conduit à étudier des modèles épidémiologiques avec une diérentiabilitée, au niveau des susceptibles, et progression de stade pour les infectieux. Nous obtenons une analyse complète de la stabilité de ces modèles à l'aide des techniques de Lyapunov suivant la valeur du taux de reproduction de base R0. Ce qui nous conduit à l'étude d'un modèle épidémiologique beaucoup plus général qui englobe ceux proposés pour la modélisation de la transmission du virus de l'hépatite B. Nous illustrons à la fin de ce travail ces modèles par des simulations numériques. Ces dernières sont faites à partir de nos modèles confrontés aux données recueillies du programme de lutte contre l'épidémie de l'hépatite B au Sénégal et dans la littérature. Elles permettrons l'effet de la transmission verticale/périnatale du virus de l'hépatite B sur les politiques de Santé Publique
We propose new models based on the state of art and the epidemiology currently known from the transmission of the hepatitis B virus. Thus, we present two models of the transmission of Hepatitis Bvirus, a model without vertical transmission and another in which the vertical transmission of the disease is taken into account, This second model is justified by the controversy, with regard to the incidence of the vertical and perinatal transmission of the virus in some parts of Africa ; between the World Health Organization on one hand and hepatitis B's specialists in Senegal on the other hand. These models helped us to analyse epidemiological models with a differential susceptibility of the population, and stagged progression of infectious. We present a thorough analysis of the stability of the models using the Lyapunov techniques and obtain the basic reproduction ratio, R0 which allows into the study of general epidemiological models including those proposed for the transmission of the hepatitis B virus. Numerical simulations are done to illustrate the behaviour of the model, using data collected during the campaign against epidemic hepatitis B in Senegal and from published literature. These models enable the evaluation of the incidence of the vertical and perinatal transmission of the hepatitis B virus on the policies of Public Health

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Machault, Vanessa. "Utilisation de données d'observation de la terre par satellite pour l'évaluation des densités vectorielles et de la transmission du paludisme." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20722/document.

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Abstract:

Malgré les efforts nationaux et internationaux, le paludisme reste un problème de santépublique majeur dans de nombreux pays et les systèmes de santé ont des difficultés pourévaluer son poids réel, le risque de transmission des plasmodiums et leur répartitiongéographique. Pourtant, l’hétérogénéité spatiale du paludisme peut être importante et dans cecontexte de concentration du risque, la lutte contre la maladie peut gagner à être focaliséedans certains lieux et certaines périodes. D’une part, l’environnement est un déterminantmajeur de la biodiversité du paludisme à cause du caractère vectoriel de la transmission et despréférences bioécologiques des vecteurs. D’autre part, les satellites en orbite peuvent fournirdes données environnementales, climatiques et météorologiques qui ont déjà été utilisées pourl’étude de maladies infectieuses. La « télé-épidémiologie » a été définie comme une approcheintégrée visant à associer des données médicales, épidémiologiques ou entomologiques deterrain à des données environnementales obtenues par satellites, en s’appuyant sur lacompréhension et la mesure des mécanismes physiques et biologiques qui sont en jeu. Dansles villes, il a déjà été possible de mettre en évidence, en utilisant des données satellites à deséchelles appropriés, des associations entre des éléments urbains cartographiés et desindicateurs paludométriques. Chez des voyageurs, dans l’objectif d’une évaluation du risquede contracter le paludisme ou de l’efficacité de mesures prophylactiques, il serait utile depouvoir évaluer et prédire les niveaux d’exposition à la transmission dans les différenteslocalités parcourues. L’objectif général des travaux de la présente thèse était d’identifier desfacteurs environnementaux mesurables par satellite et utilisables pour l’évaluation du risquede paludisme chez les voyageurs d’une part et en milieu urbain d’autre part.Tout d’abord, des données de télédétection ont été utilisées pour évaluer les niveauxd’expositions au risque de paludisme d’une population de militaires, dans le cadre d’un travailsur l’estimation de leurs facteurs de risque d’accès palustre. Les résultats ont montré que,même en prenant en compte les facteurs de confusion de l’âge et de l’observance de lachimioprophylaxie, l’environnement était le principal facteur associé au risque de survenued’accès palustres.En parallèle, une large collecte de données entomologiques a été effectuée pendant cinq ansdans la ville de Dakar et a permis de mettre en évidence une très forte hétérogénéité spatiale ettemporelle de la transmission du paludisme dans la ville. Les informations collectées ont étécentralisées dans une base de données géoréférencée (SIG - Système d’InformationGéographique) contenant toutes les variables entomologiques, environnementales,météorologiques, biologiques et physiques relevées sur le terrain ou par satellites.Puis un travail de modélisation du risque entomologique dans la capitale du Sénégal, basé surles données collectées sur le terrain et sur des données environnementales issues d’imagessatellites a été mené. Une première étape a permis de mettre en évidence les évolutions deszones à risque de transmission et d’affirmer que le pourcentage de la population dakaroise àfort risque de transmission avait diminué entre 1996 et 2007. Une deuxième étape a conduit àl’élaboration de 1) une carte des gîtes larvaires accompagné d’un indice de productivité dansla ville de Dakar, 2) une carte des densités d’agressivité des anophèles adultes, puis 3) cescartes étaient rendues dynamiques, c'est-à-dire que les variations temporelles liées auxvariations de leurs déterminants météorologiques étaient prises en compte.Les résultats des travaux de thèse ont montré que des données de télédétection associées à unegrande quantité de données de terrain peuvent permettre l’ajustement de modèles prédictifs etla construction de cartes de risque entomologique, en milieu urbain ou pour des populationsmobiles
Despite national an international efforts, malaria remains a major public health in manycountries and sanitary systems are hindered by the lack of information on the actual burden ofmalaria, on the plasmodium transmission risk and on their geographical distribution.Nevertheless, spatial heterogeneity can be important and in this context, malaria control couldbe improved if could be focused in place and time. On one hand, the environment is a majordeterminant of malaria biodiversity, because of the vectorial transmission and the vectorsbioecological preferences. On another hand, orbiting satellites can provide environmental,climatic and meteorological data that already have been used for the study of infectiousdiseases. “Tele-epidemiology” has been defined as an integrated approach aiming atassociating medical, epidemiological or entomological ground data, with remotely-sensedenvironmental data, based on the in depth comprehension and measurement of the involvedphysical and biological mechanisms. In cities, it has already been possible to highlightassociations between mapped urban settings and malariometric indices, using satellite data atappropriate scales. Among travellers, in the objective to evaluate malaria risk or efficacy ofprophylactic devices, it would be useful to evaluate and predict transmission levels in thevisited places. The objective of the present thesis was to identify environmental factors thatcould be remotely-sensed and that could be used in the evaluation of malaria risk amongtravellers on one hand and in urban settings on the other hand.First, remotely-sensed data have been used to evaluate levels of exposure to malaria risk ofmilitaries, in the scope of a study on their risk factors for clinical malaria. Results haveshowed that, even when taking into account age and compliance to chemoprophylaxis asconfusion factors, the environment was the factor the most strongly associated to clinicalmalaria risk.In parallel, an extensive entomological study has been conducted during five years in Dakarand allowed demonstrating a strong spatial and temporal heterogeneity of malariatransmission in the city. Collected information were centralized in a georeferenced database(GIS - Geographic Information System) containing all entomological, environmental,meteorological, biological and physical data collected on the field or by remote sensing.Finally, modelling of entomological risk in the capital city of Senegal was undertaken, basedon data collected on the ground and environmental data issued from satellites. A first stepshowed the evolution of malaria transmission risk areas and allowed declaring that thefraction of human population that was at high risk for transmission decreased between 1996and 2007. A second step led to the development of 1) a map of the breeding sites with aproductivity indicator in Dakar city, 2) a map of aggressive adult Anopheles densities, and 3)a dynamic aspect was added to those maps, taking into account the variations of theirmeteorological determinants.The results of the work undertaken in this thesis demonstrated that remotely-sensedinformation, associated with a large amount of ground data, allow to adjust predictive models and to draw entomological risk maps, in urban settings or for moving populations

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Kesteman, Thomas. "Evaluation de l'efficacité des actions de lutte antipaludique à Madagascar." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5043.

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Abstract:

Afin de guider les politiques de santé publique, il semble intéressant de vérifier l’efficacité des actions de lutte contre le paludisme (ALP). Pour ce faire, l’on tend à évaluer l’impact d’une ALP sur l’incidence de la maladie par exemple, mais cette approche permet difficilement d’isoler l’effet d’une ALP par rapport aux autres interventions déployées simultanément, et par rapport aux interférences environnementales et sociales. La modélisation mathématique est également d’un recours limité puisqu’elle établit des inférences à partir de l’efficacité théorique de l’intervention (efficacy en anglais) mesurée au cours d’essais contrôlés. La mesure directe de l’efficacité de l’intervention sur le terrain (effectiveness en anglais), c’est-à-dire sous l’influence de facteurs biologiques, environnementaux et humains, est cependant possible. En particulier, des enquêtes épidémiologiques appropriées permettent de mesurer l’association entre l’exposition aux ALP et le poids du paludisme.Dans le cadre de cette thèse, plusieurs études de ce type ont été menées pour évaluer l’effectiveness des ALP à Madagascar. Ce pays a l’avantage de présenter un contraste important en terme de transmission du paludisme, certaines parties étant en phase de pré-élimination et d’autres présentant une transmission du paludisme intense et continue. (...)Ce travail de thèse propose une méthodologie d’évaluation de l’effectiveness des ALP transposable dans d’autres contextes, et démontre l’utilité de cette approche. Dans un contexte mondial où les financements internationaux stagnent, ces résultats apportent des informations et outils utiles pour poursuivre la lutte contre le paludisme
In order to guide policy making in public health, it seems useful to confirm the effectiveness of malaria control interventions (MCI). To achieve this, one may evaluate the impact of a given MCI on the incidence of the disease, for example, but this approach won’t easily disentangle the effects of the intervention from those of other MCIs deployed simultaneously, and from influences of environmental and social factors. Mathematical modelling won’t be helpful in this purpose since it infers the impact from the efficacy measured in controlled trials. The direct estimation of the effectiveness of the intervention under fields conditions, i.e. under the influence of biological, environmental and human factors, is nevertheless possible. In particular, appropriate epidemiological surveys can estimate the association between exposure to MCIs and malaria.The present thesis describes the results of several studies conducted to evaluate the effectiveness of MCIs in Madagascar. This country has the advantage to include constrasted malaria transmission patterns, with areas earmarked for pre-elimination and others with intense and perennial malaria transmission. (...)Overall this thesis proposes a methodology for the evaluation of the effectiveness of MCIs that can be transferred to other settings, and demonstrates the usefulness of this approach. In a global context of stagnating international funding, these results provide valuable information and tools to carry on the fight against malaria

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Pinotti, Francesco. "Dynamiques multi-souche sur réseaux." Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS289.

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Abstract:

Pour de nombreux pathogènes humains, des souches distinctes co-circulent dans les populations hôtes. Cependant, malgré notre capacité à observer la diversité de ces souches, les mécanismes biologiques, environnementaux et ceux liés à l'hôte façonnant cette co-existence restent peu étudiés. Dans ce contexte, l'importance de la modélisation de la structure des contacts entre les individus d’une même population est de plus en plus reconnue, mais n’en est encore qu’à ses débuts. La majorité des travaux conduits à ce jour porte sur deux pathogènes qui sont soit en compétition, soit en coopération. Nous avons approfondi ici les connaissances actuelles sur la co-existence des souches circulant sur des réseaux de contacts. Dans un premier travail, nous avons évalué le rôle des contacts sur la diversité écologique des souches à l’aide d’un modèle parcimonieux de compétition. Nos résultats théoriques améliorent notre interprétation des tendances observées, dans un jeu de données composé d’information sur les contacts entre individus dans un hôpital, et leur portage de Staphylocoque doré. Dans un second travail, nous avons développé un modèle tenant compte à la fois de la compétition et de la coopération entre souches. Nous considérons deux souches en compétition, d’un premier pathogène, qui coopèrent toutes deux avec un second pathogène. L’interaction entre la compétition et la coopération conduit à une dynamique assez riche. Ici, l’existence de communautés d’hôtes permet la co-existence de souches, en créant dynamiquement des niches écologiques différentes. Nos résultats confirment l'importance de la structure des contacts entre les hôtes dans la diversité des souches co-circulantes
For many human pathogens, distinct strains have been reported to circulate in the host population. However, despite our ability to observe strain diversity, biological, environmental and host-related mechanisms shaping co-existence patterns remain largely unexplored. In this context, the importance of modeling contact structure is becoming increasingly recognized, yet, the study of this aspect is still at the beginning. To date, the majority of works focus on two pathogens that either compete or cooperate. Here, we extend current knowledge about strain co-existence on contact networks in two directions, characterizing the ecology of an open strain population, and analyzing the effect of heterogeneous concurrent interactions. In a first study, we assess the role of important contact properties on ecological diversity in a parsimonious model of strain competition. We found that our theoretical results improve our interpretation of observed patterns in a joint dataset consisting of face-to-face interactions and Staphylococcus aureus carriage in a hospital. In a second work, we study a theoretical model accounting for both competition and cooperation. We consider two competing strains that both cooperate with a second pathogen. The interplay between transmissibility and cooperative factor led to a rich phase diagram, showing complex boundaries and bistability. Here, repartition of hosts into communities enables strain co-existence by dynamically creating different ecological niches. Our findings confirm the importance of host contact structure as a driver of strain diversity

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Mombo, Illich Manfred. "Recherche et caractérisation des virus entérotropes excrétés par les primates d'Afrique Centrale." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS123.

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Abstract:

Les virus entérotropes sont des virus ubiquitaires infectant une large catégorie de vertébrés dont l’homme et les primates non-humains (PNHs). Ils se transmettent principalement par voie féco-orale directe ou indirecte à la suite de laquelle ils atteignent les entérocytes et s’y multiplient. Bien que parfois asymptomatiques, les infections causées par les virus entérotropes peuvent se manifester par des gastroentérites très fréquentes chez les enfants de moins de 5 ans. Ces mêmes virus peuvent être responsables de pathologies sévères telles que les maladies respiratoires, encéphalitiques, cardiaques, neurologiques. À partir des années 1950, de nombreux virus entérotropes ont été isolés de tissus de PNHs couramment utilisés en cultures cellulaires et en recherche biomédicale. Dès lors, de nombreuses études ont été conduites sur la caractérisation des virus entérotropes principalement chez les PNHs captifs ou en contact avec l’homme. En milieu naturel, en dehors des entérovirus et des adénovirus, leur circulation, leur épidémiologie et leur diversité restent encore peu connues. L’objectif de cette thèse est donc de rechercher et caractériser les virus entérotropes chez les PNHs d’Afrique Centrale. Ainsi à partir de 600 échantillons de fèces de PNHs collectés dans des forêts et réserves naturelles au Gabon, nous avons pu mettre en évidence la circulation de différentes espèces d’entérovirus (EVs) chez les mandrills et les chimpanzés. Cette caractérisation a également permis de mettre en évidence des EVs proches d’EVs infectant l’homme ainsi que deux nouveaux sérotypes chez un chimpanzé et chez un mandrill. Nous avons également mis en évidence un astrovirus (AstV) totalement divergent d’AstVs référencés chez un gorille. En dehors de leur circulation en milieu naturel, les virus entérotropes sont également présents chez les PNHs en contact fréquents avec l’homme. De ce fait à partir d’échantillons fécaux d’un groupe de 12 chimpanzés du Sanctuaire de Tchimpounga, nous avons caractérisé l’EV-C99 responsable de cas de paralysie chez l’homme et probablement responsable de celle observée chez un chimpanzé. De plus, deux sapovirus (SaVs) très proches d’un SaV identifié chez l’homme ont également été caractérisés. L’Afrique Centrale est donc caractérisée par une diversité de virus entérotropes qui circulent chez les PNHs. L’identification chez les PNHs de virus entérotropes proches en milieu naturel de ceux infectant l’homme soulève l’existence d’une probabilité de transmission inter-espèce entre les PNHs et l’homme dont le sens reste encore à déterminer. Par contre chez les PNHs du sanctuaire, la susceptibilité à ces virus humains peut être responsable de pathologies graves comme la paralysie observée chez les chimpanzés
The enteric viruses are ubiquitous virus infecting a broad range of vertebrates, including humans and non-human primates (NHPs). They are spread by direct or indirect fecal-oral route following which they reach the enterocytes and multiply. Even though infections caused by these viruses are asymptomatic, enteric viruses could be responsible for frequent gastroenteritis in children under 5 years of age. These viruses may be responsible for severe pathologies such as respiratory, encephalitic, cardiac and neurological diseases. In the 1950s, many viruses have been isolated from NHPs species commonly used in cell culture and biomedical research. Since, many studies have been conducted to characterize, then enteric viruses have been mainly identified in captive NHPs or those living in close contact with humans. Little is known concerning the circulation, epidemiology and diversity of enteric viruses in the wild, except for enteroviruses and adenoviruses. The objective of this thesis is to investigate and characterize the enteric virus in NHPs of Central Africa. Thus from 600 samples of feces of NHPs collected in natural forests and reserves in Gabon, we highlighted the circulation of different species enteroviruses (EVs) in mandrills and chimps. We also identified EVs close to those infecting humans as well as two new serotypes in a chimpanzee and in a mandrill. We have highlighted an astrovirus (AstV) completely divergent from those referenced in a gorilla. Apart from their outstanding natural environment, enteric viruses are also present in NHPs in frequent contact with humans. Therefore fecal samples from a group of 12 chimpanzees from the Tchimpounga Sanctuary, we characterized the EV-C99 responsible for cases of paralysis in humans and probably responsible for that observed in a chimpanzee. In addition, two sapovirus (SaVs) very close to a SaV identified in humans have also been characterized. Central Africa is therefore characterized by a diversity of enteric virus circulating in NHPs. The identification in the wild of enteric virus in NHPs close to those infecting humans raises probability of cross-species transmissions between NHPs and humans whose sense remains to be determined. However in NHPs in the sanctuary, susceptibility to these human viruses can be responsible for severe diseases such as paralysis observed in chimpanzee

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Dissertations / Theses on the topic 'Maladies infectieuses – Transmission – Histoire'

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