Academic literature on the topic 'Métabolites – Bases de données'

L’usage des médicaments psychotropes chez les enfants et les adolescents est à la fois croissant et controversé. La controverse naît de la méconnaissance du ratio bénéfices–risques dans cette population, plus vulnérable aux effets indésirables tels que les troubles métaboliques induits par les antipsychotiques, moins sensible à l’efficacité pharmacologique de certains médicaments comme les antidépresseurs, et d’un usage hors indication extensif mais parfois incontournable. Cette session propose d’étudier l’utilisation et l’impact des psychotropes chez les enfants et les adolescents, sujet peu souvent abordé, à travers trois études de cohorte. La première a été menée en France sur une base de données de l’assurance maladie entre 2006 et 2013 chez les sujets âgés de moins de 25 ans (n = 252 656). La prévalence de l’utilisation des antipsychotiques reste stable dans cet échantillon, mais la prescription des antipsychotiques de seconde génération augmente dans le temps. Lors d’une analyse écologique, les disparités territoriales d’offre de soins ont un impact sur la fréquence de prescription des antipsychotiques. La deuxième étude s’intéresse également à l’influence de l’environnement social et de la comorbidité psychiatrique sur la prescription médicamenteuse du trouble déficit de l’attention/hyperactivité (TDA/H), dans la cohorte de naissance québécoise ELDEQ (n = 1920). La probabilité que les enfants de 3,5 à 10 ans reçoivent un traitement pour le TDA/H est liée à des variables sociales et non à des variables cliniques autres que le TDA/H ou aux pratiques parentales. Une dernière étude a été conduite pour comparer le risque de conduites suicidaires chez les enfants (10–14 ans) et les adolescents (15–19 ans) traités par antidépresseurs en fonction de la classe thérapeutique, sur les bases de données de l’Assurance maladie du Québec (n = 28 200) et de la Colombie Britannique (n = 51 868). Ce risque est réduit avec les tricycliques, ce qui peut être lié à un biais de confusion par indication.

La maîtrise de l’alimentation des animaux à fort niveau de production est nécessaire pour éviter des pertes économiques importantes. Parmi les pistes explorées, le bilan électrolytique, défini comme [sodium] + [potassium]-[chlore], est une voie intéressante pour limiter la production d’acides à l’origine de troubles métaboliques. A partir de trois bases de données (vaches en lactation, porcs en croissance et ruminants en croissance), cette synthèse étudie par analyse de covariance, les réponses zootechniques et celles de l’homéostasie acido-basique en fonction de la valeur du bilan électrolytique de la ration. Les quantités ingérées, la production de lait à 4% et le gain moyen quotidien augmentent avec l’augmentation du bilan électrolytique. Dans le même temps, le pH et les concentrations en bicarbonates du sang suivent la même évolution. La chlorémie diminue fortement avec l’augmentation du bilan électrolytique : le chlore est l’ion le plus impliqué dans la régulation de l’homéostasie acido-basique. Enfin, le pH urinaire augmente avec l’accroissement du bilan électrolytique de la ration, la corrélation obtenue est très forte. La voie urinaire est donc la principale voie d’excrétions des ions, et le pH urinaire pourrait être un bon indicateur de la valeur du bilan électrolytique des rations distribuées. L’augmentation du bilan électrolytique de la ration est donc un moyen efficace de lutter contre la production d’acides liée au métabolisme intense des animaux à fort potentiel de production. L’homogénéité des résultats entre les différents modèles suggère un effet du bilan électrolytique à un niveau systémique, même si quelques différences entre ruminants et monogastriques laissent à penser un effet au niveau du rumen.

Objective: Since 1999, international reports of hepatotoxicity associated with the antidepressant nefazodone (Serzone) have increased. In June 2001, a manufacturer's safety advisory notified Canadian physicians of “very rare reports of severe liver injury temporally associated with the use of nefazodone HC1.” We undertook this study to determine the prevalence of adverse drug reactions to nefazodone reported in a Canadian database. Method: We requested the Canadian Adverse Drug Reaction Monitoring Programme (CADRMP) database for nefazodone and analyzed it for suspected hepatic complications reported and entered from the time of marketing to June 30, 2001. Results: We found 32 cases of liver injury associated with nefazodone, with 26 (81.3%) classified as “severe.” Patients ranged in age from 30 to 69 years and took 100 to 600 mg of nefazodone daily. Most (68.8%) of the patients were women. Eleven patients were prescribed only nefazodone, and 20 took it concomitantly with other drugs. Of affected patients, 88% developed liver injury within 6 months of starting nefazodone. At the time of reporting, 17 patients recovered without sequelae, 12 patients had not yet recovered, and the outcomes for 3 were unknown. There were 3 cases of hepatic failure, 1 of hepatocellular degeneration, 1 of hepatic necrosis, and 1 of fulminant hepatitis. Conclusion: In common with similar databases, the CADRMP database includes only a small proportion of suspected drug reactions. In view of 32 reported cases of hepatotoxicity associated with nefazodone in Canada, 81.3% of which were severe, caution should be exercised if nefazodone is prescribed with other drugs, especially those metabolized by CYP4503A4. Nefazodone should not be prescribed to patients with preexisting liver disease. Baseline and regular liver function tests should be obtained in all patients on nefazodone therapy in the first 6 months, and the drug should be discontinued if abnormalities are found. Patients should be advised of symptoms of hepatotoxicity, and to report them immediately to their physician. Objectif: Depuis 1999, les rapports internationaux sur l'hépatotoxicité associée à l'antidépresseur néfazodone (Serzone) se sont multipliés. En juin 2001, l'avis de sécurité d'un fabricant avertissait les médecins canadiens de « très rares cas de lésion grave au foie associée dans le temps à l'utilisation de néfazodone HC1 ». Nous avons entrepris cette étude pour déterminer la prévalence des réactions indésirables à la néfazodone déclarées dans la base de données canadienne. Méthode: Nous avons interrogé la base de données du Programme canadien de surveillance des effets indésirables des médicaments (PCSEIM) à propos de la néfazodone, et avons analysé les données sur les complications hépatiques soupçonnées qui ont été déclarées et entrées depuis le moment de la mise en marché jusqu'au 30 juin 2001. Résultats: Nous avons trouvé 32 cas de lésions au foie associées à la néfazodone, dont 26 (81,3 %) étaient classés graves. l'âge des patients variait de 30 à 69 ans et ceux-ci prenaient entre 100 et 600 mg de néfazodone par jour. La plupart des patients (68,8 %) étaient des femmes. Onze patients n'avaient que de la néfazodone prescrite et 20 d'entre eux prenaient aussi d'autres médicaments. Parmi les patients affectés, 88 % ont développé une lésion au foie dans les 6 mois après avoir commencé à prendre de la néfazodone. Au moment de leur déclaration, 17 patients étaient rétablis sans séquelles, 12 patients n'étaient pas encore rétablis et les résultats n'étaient pas connus pour les 3 autres. Il y avait 3 cas d'insuffisance hépatique, 1 cas de dégénérescence hépatocellulaire, 1 cas de nécrose hépatique et 1 cas d'hépatite fulminante. Conclusion: Comme d'autres bases de données semblables, la base de données du PCSEIM n'inclut qu'une faible proportion des réactions aux médicaments soupçonnées. En fonction des 32 cas déclarés d'hépatotoxicité associée à la néfazodone au Canada, dont 81,3 % étaient des cas graves, il faut faire preuve de prudence en prescrivant la néfazodone avec d'autres médicaments, surtout ceux qui sont métabolisés par CYP4503A4. La néfazodone ne devrait pas être prescrite aux patients ayant des maladies du foie pré-existantes. Il faut obtenir des tests de base et de la fonction hépatique de tous les patients traités à la néfazodone dans les 6 premiers mois, et le médicament devrait être cessé si des anomalies sont découvertes. Les patients devraient être avertis des symptômes d'hépatotoxicité et de les déclarer immédiatement à leur médecin.

Les bases de données en biologie doivent permettre le stockage d’une quantité croissante d’informations dont la nature est hétérogène. Des entités parfois très différentes sont à représenter, ainsi que leurs relations. De plus, les techniques variées utilisées pour générer les données doivent être prises en compte. De ce fait, il existe un foisonnement de bases de données spécialisées, dont nous décrivons ici les principales, ainsi que leurs interrelations.

L’objectif de ce travail de thèse est de développer une base de données spectrale pour faciliter l’annotation et l’interprétation biologique des jeux de données d’analyse métabolomique obtenus en utilisant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Deux approches ont été utilisées : l’identification par comparaison aux spectres de masse de composés de références et l’identification directement à partir des données biologiques. Pour la première approche une chiomiothèque de métabolite a été constituée et analysée. L’identification à partir de données biologiques a été réalisée sur une cohorte de volontaires de 227 individus travaillant au CEA. 244 métabolites ont ainsi été identifiés dans les urines humaines, donc 78 jamais été décrits comme faisant parti du métabolome urinaire. 139 métabolites ont également était caractérisés sur la base de leur masse précise mais sans identification formelle. Ces 383 métabolites représentent environ 1000 ions dans chacun des modes d’ionisation. Les variations physiologiques au sein de la cohorte, en fonction de l’âge, du poids et du genre, de ces différents métabolites ont été étudiées afin de construire une base de données relationnelle. Enfin, le métabolome urinaire pouvant être affecté par les conditions de prélèvement des échantillons d’urines, nous avons réalisé des études de stabilité dans les conditions de prélèvement des métabolites précédemment caractérisés. Ces études nous ont permis de proposer des recommandations en termes de conditions de prélèvement et de stockage à court terme des urines et de mesurer l’impact de la contamination bactérienne sur les concentrations de différents métabolites urinaires

Les procaryotes sont des organismes ubiquitaires vivant en communauté et possédant une extrême diversité métabolique en lien avec leur omniprésence. Pour contribuer à la compréhension du rôle fonctionnel des procaryotes, nous avons développé MACADAM : une base de données de voies métaboliques associées à une taxonomie centrée sur les procaryotes.L'objectif était de mettre à disposition de la communauté scientifique des données d'informations fonctionnelles sélectionnées sur leur qualité (qualité des génomes, qualité des annotations), enaccès libre et interopérables. MACADAM regroupe les PGDBs (Pathway/Genome DataBase)construites à partir de génome RefSeq répondant aux critères de qualité complete genome enutilisant le logiciel Pathway Tools. Afin d’enrichir MACADAM, MicroCyc, une collection de PGDBsmanuellement curées par des experts, a été ajoutée. Enfin, les informations fonctionnellessourcées à partir de la littérature contenues dans FAPROTAX et IJSEM phenotypic databasessont ajoutées. MACADAM contient 13195 PGDBs bactériennes, 314 PGDBs d’archées et 1260voies métaboliques uniques. Construit à l'aide de technologies interopérables (Python 3, SQLite),sous un format téléchargeable et avec un code ouvert, MACADAM peut être intégré dans desoutils qui nécessitent de lier une information taxonomique à une information fonctionnelle. Pouraméliorer sa visibilité auprès de la communauté de microbiologistes, MACADAM est consultableen ligne (http://macadam.toulouse.inra.fr). Utilisant la taxonomie de la base de données NCBITaxonomy, MACADAM permet de relier un taxon allant du phylum à l'espèce à une informationfonctionnelle. Chaque voie métabolique est associée à deux scores de complétude (PathwayScore et Pathway Frequency Score). A chaque mise à jour, MACADAM intègre les nouvellesversions de RefSeq, du NCBI Taxonomy et de MicroCyc, permettant de suivre au plus près lescorrections apportées à la taxonomie et d'inclure les informations disponibles pour les nouveauxgénomes déposés. Deux exemples d'utilisation de MACADAM et une comparaison avec uneapproche d'inférence à partir de lectures métagénomiques ont permis de discuter les points fortset les faiblesses (i) de MACADAM et (ii) de l'inférence par une approche d'identificationtaxonomique préalable. L'identification des individus au sein de la communauté procaryotebénéficie largement des avancées en technologie de séquençage et du raffinement des pipelinesd’analyses bioinformatiques. L’analyse des lectures issues de séquençages métagénomiquesaboutit à la reconstruction de génomes putatifs ou espèces métagénomiques. Dans ce cadre,nous nous sommes penchés sur la problématique de correction d’assignation taxonomiqued’espèces métagénomiques en utilisant une approche par reconstruction d’un arbrephylogénétique d’une part et en utilisant un indice global de parenté génomique (ANI) d’autre part.Ce travail nous a permis de préciser le positionnement de neuf groupes d'espècesmétagénomiques et mis en évidence des erreurs d'affiliation de génome de référence chezMegasphaera et Blautia Obeum et de confirmer le reclassement de Ruminococcus gauvreauiidans le genre Blautia. Pour limiter les erreurs et leur réplication il convient de veiller à la qualité del'information contenue dans les bases de données. Dans ce cadre, la communauté scientifiquedevrait avoir une meilleure connaissance des règles de la nomenclature et des méthodes de systématique. Un intérêt accru devrait être porté pour valoriser les efforts de correction des données présentes dans les bases de données. Enfin, bien que la métagénomique permette de mieux comprendre les communautés microbiennes qui nous entourent, un effort de culture desorganismes réputés incultivables permettrait d'accroître les connaissances et la diversité desorganismes procaryotes dans les banques de données. Ces efforts se répercuteront directementsur la qualité des informations de MACADAM
Prokaryotes are ubiquitous organisms living in communities, whose extreme metabolic diversity iscorrelated with their ubiquity. To contribute to a better understanding of the functional role ofprokaryotes, we developed MACADAM: a database of metabolic pathways associated with aprokaryote-centric taxonomy. The aim is to provide the scientific community with open access tofunctional information data which has been selected for its genomic and annotation quality, whichis interoperable and simply structured, thereby enabling updates to be made to the data gatheredfrom data sources such as MetaCyc, MicroCyc and RefSeq by MACADAM. MACADAM meetsthese criteria. MACADAM includes PGDBs (Pathway/Genome DataBases) assembled fromRefSeq genomes meeting the complete genome quality criteria, by using the Pathway Toolssoftware made available by MetaCyc, a metabolic pathway database. In order to enrich thedatabase and increase the quality of functional information in MACADAM, a collection of expertcurated PGDBs named MicroCyc was added. Its PGDBs are favoured over those of RefSeq.Functional information sourced from the literature contained in FAPROTAX and IJSEM phenotypicdatabases was also added. MACADAM contains 13 509 PGDBs (13 195 bacterial PGDBs and314 archaeal PGDBs) and 1 260 unique metabolic pathways. Built using interoperabletechnologies (Python 3, SQLite), in a downloadable format and with open-source code,MACADAM can be integrated into tools requiring the pairing of functional and taxonomicinformation. To improve its visibility among the microbiology community, MACADAM is availableonline (http://macadam.toulouse.inra.fr). By using the taxonomy of the NCBI Taxonomy database,MACADAM makes it possible to link any taxon—ranging from phylum to species—to its functionalinformation. Each metabolic pathway is associated with two completeness scores (a PS: PathwayScore and a PFS: Pathway Frequency Score). With each update, MACADAM integrates the newversions of RefSeq, NCBI Taxonomy and MicroCyc, allowing any corrections made to thetaxonomy to be promptly amended and to add information on recently-submitted genomes. Twoexamples of ways in which to use MACADAM, and a comparison with an inference approachbased on metagenomic readings allowed for a discussion of the strengths and weaknesses (i)MACADAM and (ii) of inference by a prior taxonomic identification approach. The identification ofindividuals within the prokaryotic community benefits greatly from advances in sequencingtechnology and the refinement of bioinformatics analysis pipelines. The analysis of readings frommetagenomic sequencing leads to the reconstruction of putative genomes and metagenomicspecies. In this context, we examined the problem of correcting taxonomic assignments ofmetagenomic species, by using a phylogenetic tree reconstruction approach on the one hand, andby using an overall genome relatedness index (ANI) on the other hand. This work allowed us toclarify the positioning of nine groups of metagenomic species, and highlighted errors in referencegenome affiliation in Megasphaera and Blautia Obeum. It also allowed us to confirm thereclassification of Ruminococcus gauvreauii into the genus Blautia. To limit errors and preventtheir replication, it is important to ensure the quality of the information contained in the databases.In this context, the scientific community should have better knowledge of the rules of nomenclatureand systematic methods. Further efforts should be made to advocate the merits of correctingdatabase data. Finally, although metagenomics provides a better understanding of the microbialcommunities around us, an effort to cultivate organisms that are said to be uncultivable wouldincrease the knowledge and diversity of prokaryotic organisms in databases. These efforts willhave a direct impact on the quality of functional information and the coverage of MACADAM'sprokaryotic diversity

Les techniques de tatouage de bases de données permettent la dissimulation d'information pertinente dans les n-uplets, comme par exemple l'identité du propriétaire des données. Les techniques de tatouage sont nombreuses dans le domaine multimédia, mais le tatouage des bases de données présente de nombreuses spécificités. Certaines d'entre elles sont traitées dans ce document : comment tatouer une base de données numérique tout en préservant le résultat de requêtes d'agrégat importantes, comment tatouer un flux structuré, comme un flux XML typé ou une partition musicale symbolique, comment tatouer une base de données géographiques.

Cette thèse porte sur l'historisation des données dans les bases de données graphes. La problématique des données en graphes existe depuis longtemps mais leur exploitation par des moteurs de système de gestion de bases de données, principalement dans les moteurs NoSQL, est récente. Cette apparition est notamment liée à l'émergence des thématiques Big Data dont les propriétés intrinsèques, souvent décrites à l'aide des propriétés 3V (variété, volume, vélocité), ont révélé les limites des bases de données relationnelles classiques. L'historisation quant à elle, est un enjeu majeur des SI qui a été longtemps abordé seulement pour des raisons techniques de sauvegarde, de maintenance ou plus récemment pour des raisons décisionnelles (suites applicatives de Business Intelligence). Cependant, cet aspect s'avère maintenant prendre une place prédominante dans les applications de gestion. Dans ce contexte, les bases de données graphes qui sont de plus en plus utilisées n'ont que très peu bénéficié des apports récents de l'historisation. La première contribution consiste à étudier le nouveau poids des données historisées dans les SI de gestion. Cette analyse repose sur l'hypothèse selon laquelle les applications de gestion intègrent de plus en plus en leur sein les enjeux d'historisation. Nous discutons ce positionnement au regard de l'analyse de l'évolution des SI par rapport à cette problématique. La deuxième contribution vise, au-delà de l'étude de l'évolution des sytèmes d'information, à proposer un modèle innovant de gestion de l'historisation dans les bases de données NoSQL en graphes. Cette proposition consiste d'une part en l'élaboration d'un système unique et générique de représentation de l'historique au sein des BD NoSQL en graphes et d'autre part à proposer des modes d'interrogation (requêtes). Nous montrons qu'il est possible d'utiliser ce système aussi bien pour des requêtes simples (c'est-à-dire correspondant à ce que l'on attend en première intention d'un système d'historisation~: récupérer les précédentes versions d'une donnée) mais aussi de requêtes plus complexes qui permettent de tirer parti aussi bien de la notion d'historisation que des possibilités offertes par les bases de données graphes (par exemple, la reconnaissance de motifs dans le temps)
This thesis deals with data historization in the context of graphs. Graph data have been dealt with for many years but their exploitation in information systems, especially in NoSQL engines, is recent. The emerging Big Data and 3V contexts (Variety, Volume, Velocity) have revealed the limits of classical relational databases. Historization, on its side, has been considered for a long time as only linked with technical and backups issues, and more recently with decisional reasons (Business Intelligence). However, historization is now taking more and more importance in management applications.In this framework, graph databases that are often used have received little attention regarding historization. Our first contribution consists in studying the impact of historized data in management information systems. This analysis relies on the hypothesis that historization is taking more and more importance. Our second contribution aims at proposing an original model for managing historization in NoSQL graph databases.This proposition consists on the one hand in elaborating a unique and generic system for representing the history and on the other hand in proposing query features.We show that the system can support both simple and complex queries.Our contributions have been implemented and tested over synthetic and real databases

Les systemes d'information geographiques (sig) servent de support aux applications qui manipulent des donnees geographiques, telles que la planification urbaine, la regulation de la circulation, la gestion des ressources naturelles. Les problemes majeurs poses par la realisation de sig sont lies d'une part a la gestion d'un gros volume de donnees, d'autre part a la coexistence de deux types de donnees: la description des cartes (donnees alphanumeriques) et leur spatialite (geometrie et topologie). Les donnees spatiales posent de plus un double probleme car elles doivent etre manipulees par des operations specifiques et leur structuration est complexe et eminemment variable. Pour stocker, interroger et manipuler les donnees, les sig peuvent utiliser des systemes de gestion de bases de donnees (sgbd) dotes de fonctionnalites particulieres pour gerer des donnees spatiales. Notre travail a tout d'abord porte sur les problemes de modelisation de l'information geographique et a abouti a la proposition d'un modele original, base sur un modele a objets complexes, pour applications manipulant des cartes thematiques. Pour valider ce modele, nous avons implemente une maquette de sig au-dessus du prototype de sgrd oriente-objet o2. Cette experience nous a permis de degager des enseignements multiples. En particulier, la conception d'interfaces utilisateurs specifiques aux sig s'est averee etre une tache indispensable et complexe. Cette constatation a conduit a la proposition d'un modele d'interface pour concepteurs d'applications geographiques, premiere etape vers une boite a outils permettant de manipuler une large gamme d'applications geographiques. Les systemes d'information geographique et finalement les interfaces pour systemes d'information geographique sont les trois points auxquels nous nous interessons dans cette these

On utilise une méthode de représentation de l'information basée sur la logique des prédicats du premier ordre pour enrichir la représentation sémantique des données qui peuvent être stockées dans un ensemble de bases de données reparties. On définit ensuite une méthode originale d'évaluation de questions sur des données distribuées basée sur une décomposition dynamique des opérations. On propose enfin une nouvelle approche pour le contrôle des contraintes sémantiques dans une base de données. Elle est basée sur la notion de prototypes logiques d'objets formant un échantillon de la base de données.

Le modèle des bases de données contraintes, introduit par Kanellakis, Kuper et Revesz [KKR95] permet la prise en compte d'informations géométriques, comme les données cartographiques. Les objets géométriques sont représentés comme la solution d'un système d'équations ou d'inéquations, sans limitation sur leur dimension. La compléxité en temps de l'évaluation des requêtes du premier ordre ou du volume est raisonnable lorsque la dimension des objets est fixe. Lorsque la dimension des objets est une variable du problème, cette complexité est prohibitive (globalement exponentielle dans la dimension). Dans cette thèse, nous nous intéressons à l'obtention d'algorithmes d'évaluation en temps polynomial dans la dimension, par des techniques d'approximation probabiliste. En étendant les travaux de Dyer, Frieze et Kannan [DFK91], nous obtenons : - un algorithme d'échantillonnage de points avec distribution presque uniforme dans l'ensemble défini par une requête du premier ordre ; - un algorithme estimant le volume et la forme de cet ensemble [GdR00]. Sous certaines conditions, le volume peut être estimé sans évaluation préalable de la requête. Nous considérons ensuite la robustesse des relations topologiques entre objets après utilisation d'algorithmes d'approximation. Enfin, nous présentons un prototype de base de données spatiales mettant en oeuvre certains de ces algorithmes probabilistes sur des données réelles.

La base de données EuRED (European Reading Experience Database) vise à rassembler des expériences de lecture des Européens de l’invention de l’imprimerie à nos jours. Cette preuve de concept a nécessité la mise au point d’une ontologie, de thesaurus et l’adoption du standard xml-TEI et s’appuie sur la réutilisation de données existantes (35 000 fiches) qui proviennent de la base britannique UK-RED lancée en 2006. Cette dernière a été constituée par des bénévoles formés à l’utilisation et par le grand public lesquels, soit dépouillaient des corpus d’auteurs, soit déposaient des témoignages familiaux, ce qui a généré malheureusement un nombre si important d’erreurs diverses que la possibilité de réutiliser ces données s’en trouvait menacée. Ces obstacles nous ont conduit à encadrer la participation du public dans EuRED et plus encore dans un projet H2020 qui en est la suite et qui prévoit également l’exploration de données massives. Ici, notre approche de la science participative et du crowdsourcing repose sur deux axes : 1) la contribution sera toujours possible mais avec une saisie contrôlée pointant vers des référentiels externes et internes ; 2) l’amélioration continue de ces mêmes thesaurus et des algorithmes d’exploration sera rendue possible par les retours d’utilisateurs non-professionnels et de citoyens-experts. Ce sont les constats qui ont guidé cette réflexion et les orientations retenues que nous souhaitons présenter dans cet article.

Introduction : La muqueuse gingivale présente un potentiel de cicatrisation parmi les plus efficaces des tissus humains adultes. Le fibroblaste gingival joue un rôle primordial dans ces phénomènes de cicatrisation par ses interactions avec les éléments de la matrice extra-cellulaire (MEC). La peau, dont les capacités de cicatrisation sont moindres que la gencive, constitue un tissu de comparaison idéal pour étudier les phénomènes de cicatrisation. Ce travail propose de caractériser les différences entre gencive et peau à l’aide d’une cartographie des protéines de leur matrice extra-cellulaire respective et de leurs profils transcriptomiques. Matériels et méthodes : Les matrisomes et les profils d’expression génique (transcriptome) des fibroblastes gingivaux et dermiques ont été comparés après 14 jours de culture à confluence. Ces résultats ont été confirmés par l’analyse des bases de données publiques à l’aide d’outils bioinformatiques (GenePattern et GEO2R). Ils seront complétés par des modèles in vivo : deux prélèvements cutanés et gingivaux appariés chez trois souris saines (C57-Black 6) seront analysés comme précédemment. Résultats : Les résultats préliminaires montrent une surexpression des glycoprotéines dans la MEC des fibroblastes gingivaux. Ces dernières sont associées à la régulation de la synthèse collagéniques et élastiques. Ces résultats, confirmés par transcriptome, mettent en évidence une différence qualitative de la MEC synthétisée par ces deux types cellulaires. Discussion : Ces résultats montrent l’hétérogénéité du fibroblaste qui synthétise des MEC différentes en fonction de son origine tissulaire. Cette cartographie souligne la spécificité du tissu muqueux oral. Ces données préliminaires permettront d’identifier des protéines liées à la cicatrisation ad integrum de la muqueuse orale. Ces résultats pourraient ainsi orienter la fabrication de nouveaux supports en ingénierie tissulaire et présenter de nouvelles pistes thérapeutiques pour la cicatrisation cutanée pathologique

Introduction : Le plasma atmosphérique froid est un gaz ionisé produit à pression atmosphérique. Plusieurs applications médicales sont étudiées, notamment la cicatrisation des plaies chroniques et l’effet antimicrobien. En effet, le traitement par plasma permet de générer de nombreuses espèces réactives de l’oxygène et de l’azote. L’application d’un tel traitement in-vitro sur des cellules eucaryotes a montré de nombreux effets cellulaires tel que l’apoptose. Les applications dans le domaine de l’oncologie ont par conséquent été étudiées. Objectif : L’objectif de cette revue systématique est d’analyser l’utilisation du plasma atmosphérique froid en oncologie ainsi que les méthodologies (lignées cellulaires ciblées, paramètres physiques, thérapies directes ou indirectes) mises en oeuvre jusqu’à ce jour. Matériels et méthodes : Les bases de données Pubmed, ICTRP et Google Scholar ont été explorées jusqu’au 17/01/2017 afin de recenser les études traitant de l’utilisation du plasma en oncologie, que ce soit des études in-vitro, in-vivo ou des essais cliniques. Résultats : 150 articles originaux ont été inclus. Les Jets de plasma sont les systèmes de production de plasma les plus utilisés (73,3%). L’hélium est le gaz le plus utilisé (34%) suivi par l’air (28%) et l’argon (19,3%). Les études sont principalement in-vitro (94%). L’application directe du plasma est la plus représentée (84,2%). Les lignées cellulaires ciblées sont la plupart dérivées de lignées cancéreuses humaines (82%), en particulier des lignées issues de cancer du cerveau (16,6%). Conclusions : Cette étude met en évidence la multiplicité de moyens de production et d’applications clinques du plasma atmosphérique froid en oncologie. Alors que certains dispositifs peuvent être utilisés directement sur les patients, d’autres ouvrent la voie au développement de nouveaux produits pharmaceutiques qui pourraient être produits à échelle industrielle. L’utilisation clinique du plasma nécessite la mise au point de protocoles fiables et standardisés afin de déterminer le plasma le plus adapté à chaque type de cancers et d’envisager son association avec les traitements conventionnels.

Introduction : Récemment, de nombreuses techniques d’aide au diagnostic des lésions potentiellement malignes ou malignes de la cavité orale ont vu le jour (autofluorescence, spectroscopie, analyse cytologique microscopique, Narrow Band Imaging ...) sans jamais apporter la preuve scientifique de leurs intérêts, en complément ou en remplacement de l’examen histologique. De nombreuses études ont également été menées afin de comparer ces nouvelles techniques en comparaison avec l’examen visuel direct dans la détection précoce des transformations malignes. L’objectif principal de ce travail est de présenter les résultats préliminaires d’une revue systématique réalisée afin d’évaluer la performance diagnostique de ces nouvelles techniques en comparaison à la biopsie dans le diagnostic des lésions pré-cancéreuses et cancéreuses de la cavité orale. Matériels et méthodes : En novembre 2017, une revue systématique de la littérature portant sur les nouvelles techniques d’aide au diagnostic des lésions de la muqueuse buccale a été réalisée, basée sur la méthode PRISMA et dont la méthodologie du protocole a été déposé pour enregistrement sur la plateforme Prospero. Les bases de données Pubmed et Science Direct, la collection Web of Science et la librairie Cochrane ont été consultées (2000-2017). Après le retrait des doublons, les titres et les résumés d’articles potentiellement pertinents seront examinés par deux évaluateurs indépendants selon les critères d’inclusion suivants : articles en anglais, articles originaux ou suivies de cas clinique sur la cavité orale. Les ≪ lettres aux éditeurs ≫ et les études chez l’animal seront exclues. Résultats attendus : De par leurs hétérogénéités, biais, faibles puissances et niveaux de preuves insuffisants, aucune recherche n’a pu à ce jour être jugée suffisamment acceptable pour mettre en évidence un réel intérêt de ces techniques en comparaison à l’examen histologique ou visuel, que ce soit dans le dépistage ou le diagnostic des lésions potentiellement cancéreuses ou cancéreuses de la cavité orale. En revanche, certaines techniques prometteuses, comme le Narrow Band Imaging, paraissent prometteuses comme aide dans l’identification de zones cibles à la biopsie et des marges chirurgicales. Discussion et conclusion : De par leurs manques de spécificités et sensibilités, les dernières techniques d’aide au diagnostic ne permettent remplacer l’examen visuel direct et la palpation digitale, référence de l’inspection de la muqueuse buccale dans le dépistage des lésions potentiellement maligne de la cavité orale ni la biopsie, gold standard de l’établissement de diagnostic d’une pathologie de la muqueuse buccale. De nouvelles études, aux méthodologies appropriées sont encore nécessaires pour affirmer l’intérêt réel de ces techniques dans l’identification de zones cibles à la biopsie et des marges chirurgicales. Les cancers de la cavité orale, de mauvais pronostic et dont la détection précoce est insuffisante, est une priorité de santé publique qui devrait amener à voir l’émergence de nouvelles techniques plus performantes.