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Dissertations / Theses on the topic 'Métabolites secondaires'
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Simon-Levert, Annabel. "Métabolites secondaires d'origine marine : de l'écologie à la pharmacologie." Perpignan, 2007. http://www.theses.fr/2007PERP0773.
Full textAbstract:
Le milieu marin est un milieu hautement compétitif. La production d’agents « anti » (-bactériens,-fongiques, -prolifératifs …) permet à de nombreux organismes de préserver leur surface de toutecolonisation. Les métabolites secondaires impliqués dans les mécanismes de protection chimique etsélectionnés au cours de l’évolution pour leur efficacité, présentent, grâce à des actions souvent originales et sélectives sur des récepteurs biochimiques, un grand intérêt en pharmacologique. Au cours de cette thèse, nous avons étudié une vingtaine de molécules, appartenant à trois familleschimiques et isolées de trois organismes (la cyanobactérie Lyngbya majuscula et les ascidies Cystodytesdellechiajei et Aplidium aff. Densum). Nous avons pu mettre en évidence que ces molécules participaient àla défense in situ de ces organismes, puis nous avons déterminé leur potentiel antiprolifératif sur des œufs d’oursin, des bactéries potentiellement pathogènes et des cellules cancéreuses. Enfin, le mode d’action de certaines d’entre elles a été abordéThe marine environment is a highly competitive medium. Production of "anti" agents (antibacterial,antifungic, antiproliferative. . . ) allow many organisms to preserve their surface from colonization. Secondarymetabolites, selected during many years of evolution for their effectiveness, are involved in chemicalprotection. The action of these molecules is often original and unique for biochemical processes, making this of great interest to pharmacology. In this thesis, we studied twenty secondary metabolites, belonging to three chemical families andisolated from three organisms (the cyanobacteria Lyngby majuscula and the ascidians Cystodytesdellechiajei and Aplidium aff. Densum). We demonstrated that these molecules took part in the in situdefense of the producer organisms. We then evaluated their antiproliferative activities on sea urchin eggs, pathogenic bacteria and cancerous cells and studied the mode of action
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Berlinck, Roberto Gomes de Souza. "Alcaloïdes guanidiniques et autres métabolites secondaires de Crambe crambe Thiele." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1992. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209014.
Full text
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Cachet, Nadja. "Métabolites secondaires d'invertébrés marins et biosynthèse in vivo d'alcaloïdes d'Agelas oroides." Nice, 2009. http://www.theses.fr/2009NICE4072.
Full textAbstract:
Le groupe Substances Naturelles Marines du LCMBA (UMR 6001 CNRS-UNSA) se consacre à l’isolement et à la caractérisation de nouvelles molécules bioactives à partir d’invertébrés marins (spongiaires et cnidaires principalement). Suivant l’intérêt que ces molécules originales suscitent, leur valorisation peut concerner autant le domaine de la pharmaceutique que celui de la biosynthèse ou de l’écologie chimique. Ce manuscrit présente les travaux de recherche réalisés sur les deux éponges Pandaros acanthifolium et Agelas oroides, et sur les deux cnidaires Astroides calycularis et Parazoanthus axinellae. P. Acanthifolium, très peu étudié, a permis l’isolement d’une nouvelle famille de saponines stéroïdiennes. La famille des orthidines et une nouvelle aplysinopsine, ont été isolées pour la première fois d’A. Calycularis. Enfin, nous décrivons une nouvelle famille d’alcaloïdes isolée de P. Axinellae qui nous a permis de distinguer deux morphotypes de P axinellae d’après leurs profils chimiques. A. Oroides a été choisi comme modèle d’étude pour la mise en place d’un nouveau protocole de biosynthèse in vivo des alcaloïdes de type pyrrole-2-aminoimidazoles (P2AI). Ces études permettent de confirmer l’utilisation de la proline dans la biosynthèse des P2AIOngoing research of the Marine Natural Products group of the LCMBA (UMR 6001 CNRS-UNSA) focus on the isolation and the characterization of new bioactive metabolites isolated from marine invertebrates (mostly sponges and ch=nidarians). According to the interest of these original compounds, their valorization may concern different fields such as therapeutics, biosu=ynthesis and marine ecology. This manuscript presents our works on the two marine sponfes Pandaros acanthifolium and Angelas oroides, and on the two cnidarians Astroides calycularis and Parazoanthus axinellae. P. Acanthifolium, which has been poorly studied, allowed us to isolate a new family of stereoidal saponins. We also characterized orthidines and a new aplysinopsin, isolated for the first time from A. Calycularis. Finally, we described a new family of alkaloids, isolated from P. Axinellae. Based on the chemical profiles of P. Axinellae, this new family allowed us to distinguish two morphotypes. A. Oroides was selected as a model in the elaboration of a new in vivo biosynthesis protocol of pyrrole-2-aminoimidazole alkaloids (P2AI). These studies confirm the incorporation of proline in P2AI biosynthetized by A. Oroides
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Salmoun, Mostafa. "Contribution à l'étude des métabolites secondaires d'éponges des genres Hyrtios et Haliclona." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2002. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211409.
Full text
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Goudou, Francesca. "Caractérisation de métabolites secondaires isolés des branchies symbiotiques du bivalve Codakia orbicularis." Thesis, Antilles, 2017. http://www.theses.fr/2017ANTI0105/document.
Full textAbstract:
Codakia orbicularis est un mollusque bivalve appartenant à la famille des Lucinidae et établissant des symbioses avec des bactéries sulfo-oxydantes (symbiotes) au sein de ses branchies. Dans l’hypothèse où toute symbiose nécessite une régulation par des molécules de dialogue, une étude chimique exhaustive pourrait aboutir à la mise en évidence des métabolites impliqués. Le travail de ce manuscrit porte donc sur l'isolement de métabolites secondaires à partir des branchies de ce bivalve et sur l'évaluation de l'activité antibactérienne des molécules isolées. Douze composés ont été isolés des branchies de Codakia orbicularis et leurs structures ont été déterminées par les méthodes spectroscopiques usuelles. Parmi ces molécules, une seule est nouvelle et a été nommée orbicularisine. Elle présente un squelette indolone spirotetracyclique inédit. Parmi les molécules isolées, seules quatre d’entre elles présentent une activité antibactérienne à savoir le soufre S8, la 4-hydroxybenzaldéhyde et deux monoglycérolipides. L'orbicularisine s'est révélée inactive contre un panel de lignées cellulaires cancéreuses et de kinases. Le nouveau squelette de l’orbicularisine pourrait permettre d'aboutir à une nouvelle famille de molécules par synthèse organique et ainsi accroître la diversité moléculaire autour de ce motif inédit. Il sera également intéressant de déterminer l'origine des molécules isolées et de connaître leur(s) implication(s) dans la régulation des symbiotes du bivalve. Les résultats chimiques obtenus sur C. orbicularis et sur les Lucinidae en général sont intéressants puisque les espèces côtières appartenant aux bivalves ont été peu exploitées en chimie jusqu’à ce jourCodakia orbicularis is a bivalve mollusc belonging to the family Lucinidae and establishing symbiosis with sulfooxidizing bacteria (symbionts) within its gills. In the hypothesis that any symbiosis requires a regulation by molecules of dialogue, an exhaustive chemical study could lead to the demonstration of the metabolites involved. The work of this manuscript focuses on the isolation of secondary metabolites from the gills of this bivalve and on the evaluation of the antibacterial activity of the isolated molecules. Twelve compounds were isolated from the gills of Codakia orbicularis and their structures were determined by the usual spectroscopic methods. Of these molecules, only one is new and has been named orbicularisin. It presents an indolone spirotetracyclic skeleton unpublished. Among the isolated molecules, only four of them have antibacterial activity, namely sulfur S8, 4-hydroxybenzaldehyde and two monoglycerolipids. Orbicularisin has been shown to be inactive against a panel of cancer cell lines and kinases. The new skeleton of orbicularisin could lead to a new family of molecules by organic synthesis and thus increase the molecular diversity around this original motif. It will also be interesting to determine the origin of the isolated molecules and know their involvement (s) in the regulation of the bivalve symbionts. The chemical results obtained on C. orbicularis and on Lucinidae in general are interesting because the coastal species belonging to bivalves have been little exploited in chemistry to date
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Ouedraogo, Noufou. "Études phytochimique et biologique des métabolites secondaires de Pterocarpus erinaceus poir (fabaceae)." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10094.
Full textAbstract:
Pterocarpus erinaceus Poir. (Fabaceae) est une plante médicinale utilisée dans la prise en charge de nombreuses pathologies dont les maladies à composante inflammatoire au Burkina Faso. Les feuilles, le tronc, et les racines sont utilisés comme remède dans le traitement des dermatoses, de l’inflammation, de l’ulcère, du rhumatisme, de la dysenterie, le paludisme, etc. L’objectif de ce travail était de mener des études phytochimiques et pharmacologiques sur des extraits de Pterocarpus erinaceus Poir. (Fabaceae) afin d’évaluer l’innocuité et l’efficacité de cette plante en vue d’obtenir des pré-requis pour le développement d’un phytomédicament. L’étude phytochimique a été réalisée en utilisant des méthodes chromatographiques (CCM, SPE, CC, VLC, MPLC, CLHP) et spectroscopiques (RMN 1D et 2D). Cette étude a permis d’isoler 18 molécules dont 14 identifiées à savoir la friedeline (2 fois), le lupeol, l’épicatechine, la rutine, la lutéoline, la quercétine-3-O-sophoroside, le kaempferol-3-Osophoroside, la quercétine-3-O-β-glucose, le stigmastérol, la friedeline, le 3α-hydroxyfriedelan-2-one, l’α-sophoradiol et le maltol 6-O-apiofuranoside-glucopyranoside. L’étude sur la toxicité aiguë a montré que les décoctés des feuilles (DECFEU), d’écorces de tronc (DECEC), d’écorces de racines (DECRA) et les extraits méthanoliques des feuilles (MeOH K), d’écorces du tronc (MeOH B) sont considérés comme des substances faiblement toxiques selon l’échelle de toxicité de Hodge et Sterner et de l’OMS. Les effets antiinflammatoires, analgésiques et antipyrétiques des extraits issus des écorces de tronc, des feuilles et des racines ont été validés sur des modèles animaux. Les résultats obtenus dans les tests in vitro (antioxydant, tests sur l’inhibition de la production de TNF α et de nitrite cellulaires, de la peroxydation lipidique et de la lipoxygénase) montrent que les extraits manifestent des effets intéressants; plus particulièrement l’extrait méthanolique des écorces du tronc (MeOH B) qui a le meilleur pouvoir antioxydant (ARP = 5 ; TEAC = 0,9) et la forte inhibition sur la peroxydation lipidique (37,25 %) et sur la lipoxygénase (97,69 %). Par contre l’extrait méthanolique des feuilles (MeOH K) a présenté la forte inhibition à la concentration de 50 μg/mL sur la production de TNF α (37,35 % et 30 %) et de NO (95 % et 50%) dans la culture de macrophages activés par LPS et LPS/IFN γPterocarpus erinaceus Poir. (Fabaceae) is a medicinal plant used in the treatment of several diseases including diseases inflammatory component in Burkina Faso. The leaves, stem and roots are used as a drug in the treatment of skin diseases, inflammation, ulcer, rheumatism, dysentery, malaria. The aim of this study was to carry out phytochemical and pharmacological studies on extracts of Pterocarpus erinaceus Poir. (Fabaceae) to evaluate the safety and efficacy of this plant to obtain the data for the development of a drug. Phytochemical study has been performed using chromatographic methods (TLC, SPE, CC, VLC, MPLC, HPLC) and spectroscopic (1D and 2D NMR). This study has been leading to isolated 18 molecules including 14 identified namely friedelin, lupeol, epicatechin, rutin, luteolin, quercetin-3-O-sophorosid, kaempferol-3-O-sophorosid, quercetin-3-O-β-glucose, stigmasterol, 3α-hydroxyfriedelan-2-on, α-sophoradiol, maltol-6-O-apiofuranosideglucopyranoside. The test on acute toxicity showed that the decoction of the leaves (DECFEU), stem (DECEC), roots (DECRA) and methanol extracts of leaves (MeOH K), stem bark (MeOH B) are considered slightly toxic substances according to the toxicity scale of Hodge and Sterner and WHO. The anti-inflammatory, analgesic and antipyretic extracts from the stem bark, leaves and roots have been validated en animal models. The results obtained in vitro test (antioxidant test, tests on the inhibition of the production of cellular TNF α and nitrite, lipid peroxidation and lipoxygénase) showed that the extracts exhibited effects, especially the methanol extract stem bark (MeOH B) which has the best antioxidant power (ARP = 5; TEAC = 9) and the strongest inhibition of lipid peroxidation (37.25 %) and lipoxygénase (97.69 %). However the methanol extract of leaves (MeOH K) presented strong inhibition at a concentration of 50 μg/mL on the production of TNF α (37.35 % and 30 %) and NO (95 % and 50 %) in the macrophages cultures active by LPS and LPS/INF-γ
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Davioud-Charvet, Élisabeth. "Le hairy root : source de métabolites secondaires : la cucumopine : les alcaloi͏̈des indoliques." Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA114830.
Full text
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Boulanger, Anna. "Recherche de métabolites secondaires marins, d'intêret pharmacologique : étude structurale de cyclodepsipeptides naturels." Perpignan, 1994. http://www.theses.fr/1994PERP0179.
Full textAbstract:
Cette thèse est consacrée a la recherche et a l'étude de metabolites secondaires cytotoxiques et inhibiteurs enzymatiques des trois ascidies polysyncraton bilobatum, stomozoa murrayi et trididemnum cyanophorum, selon un criblage biodirige ou chimiodirige. Diverses techniques chromatographiques ont permis notamment de purifier les didemnines h et i cyclodepsipeptides antitumoraux dont les structures ont ete determinees par les methodes d'analyse spectrale u. V, i. R. , s. M. , et essentiellement r. M. N. (#1h et #1#3c/1 et 2d).
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Bensemhoun, Julia. "Isolement et identification de métabolites secondaires extraits d’organismes marins de l’Océan Indien." Aix-Marseille 3, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX30004.
Full textAbstract:
Les chimistes s’intéressent de plus en plus aux organismes marins dépourvus de protection mécanique (carapace, coquille…) dont la survie dépend de leur capacité à émettre des substances répulsives, voire des poisons. Les spongiaires, les ascidies et les coraux mous sont ainsi producteurs de molécules souvent de structure complexe et potentiellement intéressantes pour des usages biomédicaux. Ce manuscrit présente les travaux de recherche réalisés sur cinq éponges et une ascidie récoltées dans l’Océan Indien, près de Madagascar ainsi que sur un corail mou collecté à l’Ile de la Réunion. D’après la littérature parmi les sept organismes marins sélectionnés, six n’avaient jamais été étudiés auparavant. Nos recherches ont été essentiellement axées sur la séparation et la purification de métabolites secondaires à l’aide des méthodes chromatographiques usuelles ainsi que sur la caractérisation de ces métabolites à partir de différentes techniques spectroscopiques (RMN 1D, 2D, SM…). Cette étude a permis de mettre en évidence 20 composés dont 13 sont connus mais nouvellement caractérisés dans les organismes marins étudiés ainsi que 7 nouveaux composés dont la Ptilomycaline D, un épimère et un diastéréoisomère de la Plakortide N, les Flexusines A, B et C et un épimukulolThe Chemists are interested more and more in marine organisms deprived of mechanical protection (shell. . . ) whose survival depends on their capacity to emit repulsive substances, even poisons. Sponges, ascidians and soft corals have produced a wide variety of biologically active (so biomedical interest) and structurally unique metabolites (often with complex structures). Our work concerned essentially the isolation and the identification of secondary metabolites isolated from five marine sponges and one ascidia of Madagascar as well as a soft coral collected in Reunion Island. According to the literature, among the seven marine organisms selected, six had never been studied before. Thus, after extraction and fractionation using various chromatographic methods (exclusion, reverse phase. . . ), we have isolated 20 compounds which have been identified using spectroscopic techniques (NMR, MS…). Among these 20 compounds, 13 are known but first reported in our marine organisms and 7 are new compounds including Ptilomycalin D, an epimer and a diastereoisomer of the Plakortide N, the Flexusines A, B and C, and an epimukulol
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Valls, Robert. "Séparation, identification, étude spectroscopique de métabolites secondaires d'algues brunes (Cystoseiracées) : dosage, variations, chimiotaxonomie." Aix-Marseille 3, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX30078.
Full textAbstract:
Ce memoire est consacre a l'etude des diterpenes, des meroditerpenes et des sterols presents dans les extraits etheres de cystoseiracees. Il est constitue de deux tomes. Pour le tome un, le premier chapitre a pour objet l'analyse des donnees bibliographiques sur la biologie des cystoseiracees etudiees et sur leur repartition sur les cotes marocaines. Il propose une mise au point sur la systematique du genre cystoseira et une iconographie complete nos observations et donne tous les elements necessaires a l'identification des especes etudiees. Le deuxieme chapitre resume les etudes chimiques anterieures puis le troisieme est consacre a la methode d'obtention des composes etudies ainsi qu'a leur etude structurale et a leur dosage. Une methode c. L. H. P. De dosage des diterpenes est proposee, elle peut etre utilisee pour comparer des extraits ou caracteriser rapidement ces types de composes. L'etude des variations de la composition chimique des algues selon le lieu et la date de recolte ainsi que des considerations de chimiotaxonomie font l'objet du quatrieme chapitre. Nous proposons une caracterisation des especes par des marqueurs chimiques. Une conclusion qui tient lieu de cinquieme chapitre et une bibliographie completent ce travail. Le tome 2 rassemble les figures, chromatogrammes et spectres dans l'ordre ou ils se presentent dans le tome 1
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Landoulsi, Ameni. "Etude chimiotaxonomique et activité biologique des métabolites secondaires des plantes du genre Eryngium." Thesis, Lille 2, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL2S056/document.
Full textAbstract:
Le genre Eryngium L. (Apiaceae, Saniculoideae) comprend plus de 250 espèces utilisées en médecine traditionnelle à travers le monde. En Tunisie il existe seulement huit espèces : E. barrelieri Boiss., E. campestre L., E. dichotomum Desf., E. glomeratum Lamk., E. ilicifolium Lamk., E. maritimum L., E. tricuspidatum L. et E. triquetrum Vahl. ; ces espèces sont en majorité peu étudiées du point de vue phytochimique. La présente étude a été effectuée sur la totalité des Eryngium qui poussent en Tunisie dans le but d’évaluer leurs activités biologiques, essentiellement antimicrobienne contre des microorganismes multirésistants et producteurs de béta-lactamases à spectres étendus (BLSE), mais aussi phototoxique et cytotoxique ainsi que la variabilité chimique par analyse par GC-FID et GC-MS des extraits les plus actifs.Toutes les espèces étudiées étaient dotées d’un pouvoir antimicrobien (1,25 à 0,07 mg/mL) et cytotoxique (24,4 à 0,32 µg/mL) considérable. Le criblage de l’activité phototoxique a permis de mettre en évidence la richesse de ces plantes en composés photoréactifs antimicrobiens potentiellement intéressants pour leur efficacité d’action et l’élargissement du spectre d’activité antimicrobienne.L’analyse des extraits actifs apolaires a permis d’étudier la variabilité chimique entre les différentes espèces et la mise en évidence de la présence majoritaire de composés antimicrobiens notamment des sesquiterpènes oxygénés tels que le spathulénol, le lédol, l’α-bisabolol et le cubénol, et des sesquiterpènes hydrocarbonés comme le β-bisabolène et le copaène ; et cytotoxiques tel que le falcarinol.Une étude phytochimique approfondie a été réalisée sur les racines d’E. triquetrum afin d’extraire, isoler par des essais bio-guidés et identifier les composés actifs. Le fractionnement a été optimisé par des chromatographies sur colonnes, CPC et CLHP. Parmi les composés identifiés deux polyacétylènes, le panaxydiol et le falcarinol, ont montré un fort pouvoir antimicrobien et une spécificité d’action notamment contre les souches de Pseudomonas aeruginosa BLSE et multirésistantes, avec des CMI allant jusqu’à 0,25 ng/mL et une activité en majorité bactéricideThe genus Eryngium L., (Apiaceae, Saniculoideae) comprises more than 250 flowering plant species, which are commonly used as medicinal plants in different countries. Only eight species are growing in Tunisia: E. barrelieri Boiss., E. campestre L., E. dichotomum Desf., E. glomeratum Lamk., E. ilicifolium Lamk., E. maritimum L., E. tricuspidatum L. et E. triquetrum Vahl. These species are used in traditional medicine and there are relatively few papers on the phytochemical investigations of most of them. This study was performed on all Eryngium species growing in Tunisia in order to evaluate their chemical variability using GC-FID and GC-MS analyses and their biological activities, mainly antimicrobial against multiresistant microorganisms and extended spectrum beta-lactamase producing bacteria (ESBL), and also phototoxic and cytotoxic effects.All investigated species showed considerable antimicrobial effect with MIC value ranging between 1,25 and 0,07 mg/mL and important cytotoxic activity against J774 tumoral cells with IC50 from 24,4 to 0,32 µg/mL. Phototoxic investigation demonstrated a significant photoactive inhibitory effects against tested pathogenic microorganisms.GC–MS analysis of the most active crude extracts (petroleum ether extracts) revealed their high content of antimicrobial agents particularly oxygenated sesquiterpenes such as spathulenol, ledol, α-bisabolol and cubenol, and hydrocarbon sesquiterpenes such as β-bisabolene and copaene; and cytotoxic components such as falcarinol.The chemical investigation and bio-guided isolation of active compounds of the selected crude extract of E. triquetrum roots were performed using column chromatography, centrifugal partition chromatography (CPC) and preparative high-performance liquid chromatography (HPLC). among purified components, two bioactive polyacetylenes, panaxydiol and falcarinol, showed a great antimicrobial activity mainly against multiresistant and ESBL producing Pseudomonas aeruginosa with MIC value up to 0,25 ng/ml and a mostly bactericidal effect
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Mousavi, Mahta. "Isolement de métabolites secondaires & caractérisation de composés bioactifs issus de matrices végétales." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0269.
Full textAbstract:
Cette étude se déroule en deux parties, la première partie est consacrée à la mise en place d’une méthodologie dans le but d’isoler les métabolites secondaires. La seconde partie décrit les propriétés phytochimiques de poudres issues de matrices végétales en fonction de leur granulométrie. Dans la première partie, qui est consacrée à l’isolement de métabolites secondaires par HPLC semi-préparative, la mise en place du processus d’isolement de l’hédéracoside C et l’α-hédérine, a été effectuée à partir d’extraits de parties aériennes du lierre (Hedera helix L.). La généralisation de ce processus d’isolement appliqué aux extraits de parties aériennes du millepertuis (Hypericum perforatum L.) a permis d’isoler avec succès un hypéroside qui est un des flavonoïdes marqueur du millepertuis. Le but de cette deuxième partie est dans un premier temps, de valider le procédé de broyage et de tamisage du matériel végétal : PTC « Pulvérisation & Tamisage différentiel Contrôlés » à l’échelle industrielle pour la production de différentes classes granulométriques des poudres. A cet effet, les résultats d’analyses phytochimiques de classes granulométriques de neuf plantes de la Région Lorraine obtenues par PTC à l'aide d’un pilote industriel sont comparés à ceux obtenus à l’échelle du laboratoire. Les plantes sélectionnées snot : le fenouil (Foeniculum vulgare Mill.), le saule blanc (Salix alba L.), le millepertuis (Hypericum perforatum L.), l’ortie (Urtica dioica L.), la solidage (Solidago virgaurea L.), la piloselle (Hieracium pilosella Vaill.), le rosier des chiens (Rosa canina L.), la griffe du diable (Harpagophytum DC.) et le lierre (Hedera helix L.). L’évaluation de l’activité antioxydante ainsi que les analyses effectuées par LC-MS indiquent que la production des poudres à l’échelle du laboratoire est généralisable à l’échelle industrielle.Par ailleurs, pour la première fois, l’application à quatre fruits : la cerise (Prunus avium L.), la pêche (Prunus persica L.), la quetsche (Prunus domestica subsp. Insititia L.) et la mirabelle (Prunus domestica subsp. Syriaca) de la Région Lorraine du procédé PTC à l’échelle du laboratoire montre que l’extraction par voie sèche est une nouvelle méthode pour enrichir certaines classes granulométriques en composés bioactifsThis study is divided into two parts, the first one is devoted to the implementation of a methodology to isolate secondary metabolites. The second describes the phytochemical properties of powders of vegetal material according to their particle size. In the first part, which is dedicated to the isolation of secondary metabolites by semi-preparative HPLC, setting up the isolation process for hederacoside C and α-hederin was performed using extracts of aerial parts of ivy (Hedera helix L.). The generalization of this isolation process applied to the extracts of aerial parts of st. john's wort (Hypericum perforatum L.) lead to successful isolation the hyperoside, which is one of the characteristic flavonoids of st. john's wort. The purpose of this second part is to validate the process of grinding and sieving plant material: CDS « Comminution and to control Diffraction Sieving » under industrial scale to product different granulometric classes of powders. For this purpose, the results of phytochemical analyses of granulometric classes of nine plants from the Lorraine Region obtained by CDS using an industrial pilot are compared with those obtained under laboratory scale. Selected plants are fennel (Foeniculum vulgare Mill.), white willow (Salix alba L.), st. john's wort (Hypericum perforatum L.), nettle (Urtica dioica L.), goldenrod (Solidago virgaurea L.), pilosella (Hieracium Pilosella Vaill.), dog rose (Rosa canina L.), devil's claw (Harpagophytum DC.) and ivy (Hedera helix L.). The evaluation of the antioxidant activity, as well as the analyses carried out by LC-MS, indicate that the production of powders under laboratory scale is generalizable to industrial scale. In addition, for the first time, the application of the CDS process under laboratory scale for four fruits: cherry (Prunus avium L.), peach (Prunus persica L.), damson (Prunus domestica subsp. Insititia L.) and mirabelle (Prunus domestica. subsp. Syriaca) from Lorraine Region shows that CDS is a new dry extraction method to enhance bioactive compound concentrations in particular granulometric classes
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Geistodt-Kiener, Aude. "Étude du rôle des métabolites secondaires fongiques dans les interactions plante-agents pathogènes." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASB031.
Full textAbstract:
Les métabolites secondaires sont de petites molécules produites par les plantes et les micro-organismes. Pour la grande majorité d'entre eux, leurs fonctions sont inconnues, mais ils jouent probablement un rôle clé dans l'adaptation des organismes à leur environnement. Chez les champignons phytopathogènes, plusieurs clusters de gènes de biosynthèse (BGC) de métabolites secondaires sont induits spécifiquement pendant l'infection des plantes. Ces métabolites peuvent être des toxines qui aident à l'infection des plantes ou peuvent agir comme des effecteurs pour supprimer l'immunité des plantes. L'objectif de cette thèse est d'étudier le rôle des métabolites fongiques dans les interactions entre les plantes et les agents pathogènes en utilisant deux modèles fongiques : Botrytis cinerea, un champignon nécrotrophe responsable de la pourriture grise, et Colletotrichum higginsianum, l'agent hémibiotrophe causant l'anthracnose des Brassicacées. Le principal obstacle est l'impossibilité d'isoler les métabolites secondaires fongiques produits lors de l'infection de la plante à partir de cultures axéniques. Pour lever ce verrou une approche novatrice, basée sur l'expression hétérologue de BGC chez la levure, a été développée. Cette méthode consiste à introduire dans la levure tous les gènes d'un BGC codant pour les enzymes requises pour synthétiser les métabolites d'intérêt. Dans ce système, tous les gènes du BGC sont mis sous le contrôle d'un même promoteur au sein d'un plasmide polycistronique. Le plasmide est ensuite introduit dans une levure optimisée pour la synthèse de métabolites. Pour valider cette approche, le BGC 16 de C. higginsianum, censé produire les molécules de la famille des colletochlorins, a été exprimé dans le système hétérologue. Les levures exprimant le BGC 16 ont été cultivées en milieu liquide et les métabolites ont été extraits du filtrat et du culot cellulaire et analysés par HPLC-MS, révélant la production de colletochlorins. Ce résultat permet de lier le BGC 16 et la synthèse de colletochlorins et donne de nouveaux éléments sur la voie de biosynthèse de ces molécules. Cet outil permettra d'exprimer des BGC dont le produit est inconnu et facilitera la découverte de nouvelles molécules, de leurs activités biologiques et de leur rôle écologique. Dans une deuxième partie, le rôle du BGC contenant la polykétide synthase BcPKS8 de B. cinerea dans l'infection a été exploré par une approche fonctionnelle. Ce BGC est plus spécifiquement exprimé pendant la phase précoce d'infection des baies de raisin et des tomates. Il est conservé dans toutes les espèces de Botrytis séquencées à ce jour, ainsi que dans Sclerotinia sclerotiorum et dans plusieurs espèces d'ascomycètes interagissant avec les plantes. Néanmoins, le polykétide produit par ce BGC est inconnu. Son rôle dans le processus d'infection a été testé à l'aide de la génétique inverse. Des tests d'infection de mutants nuls sur des baies de tomate ont montré que le polykétide produit est nécessaire pour une virulence complète. Ce mutant possède aussi une sensibilité accrue au stress osmotique indiquant un rôle potentiel du BGC Bcpks8 dans la résistance à ce stress. Pour évaluer la chronologie de l'expression de Bcpks8 avec exactitude, une souche rapportrice a été créée en fusionnant un gène codant une protéine fluorescente au promoteur de BcPKS8. Cette lignée rapportrice révèle une induction de Bcpks8 dans les premiers stades de la formation des coussins d'infection, une structure du champignon formée d'appressoria multiple impliqué dans la pénétration de la plante. L'expression hétérologue de l'ensemble du cluster a aussi été initiée pour déterminer la structure du polykétide. Les travaux de cette thèse apportent des outils qui devraient grandement faciliter l'étude des métabolites secondaires de champignons phytopathogènes. Ils soulignent également le rôle important de ces métabolites dans l'infection à travers l'exemple concret du BGC Bcpks8 de B. cinereaSecondary metabolites are small molecules produced by plants and micro-organisms such as bacteria and fungi. For the vast majority of these metabolites, their functions are unknown, but they probably play key roles in adaptation of the organism to its environment. In plant pathogenic fungi, a large proportion of biosynthetic gene clusters (BGC) responsible for producing secondary metabolites are induced specifically during plant infection. These metabolites can be toxins that help plant infection (especially in necrotrophic fungi) or may act as effectors to suppress plant immunity (in particular for biotrophic and hemibiotrophic fungi). The aim of this PhD was to study the role of fungal metabolites in plant-pathogen interactions using two fungal models: Botrytis cinerea, a necrotrophic fungus that causes the grey mould disease, and Colletotrichum higginsianum, the hemibiotrophic agent of anthracnose disease of Brassicaceae. The main bottleneck is to produce and isolate fungal secondary metabolites from axenic cultures. To overcome this problem, an innovative approach was used based on the heterologous expression of BGCs in yeast. This method consists of introducing into yeast all the genes of a cluster encoding the enzymes required to synthesize the metabolites of interest. In this system, each gene is put under the control of a single promotor in a polycistronic plasmid. The plasmid is then introduced and expressed in an engineered yeast adapted for polyketide or terpene synthesis, depending on the BGC key gene. To validate this approach, the C. higginsianum BGC16, predicted to produce the colletochlorin family of molecules, was expressed in the heterologous system. Yeast expressing BGC16 were cultivated in liquid medium, and metabolites extracted from the supernatant and cell pellet were analyzed by HPLC-MS, revealing that the colletochlorin metabolites were successfully produced. The findings validate that the enzymes encoded by BGC16 are functional in yeast and are responsable for colletochlorin synthesis, and also give new insights into the biosynthetic pathway. In the future, application of this tool to BGCs for which the product is unknown will facilitate the discovery of new molecules and biological activities, providing a better understanding of their role in interactions with the plant host. In a second part, the role of a BGC containing the polyketide synthase BcPKS8 from B. cinerea was explored using a functional approach. This BGC is specifically expressed during the early stage of infection of grape berries and tomatoes. It is conserved in all Botrytis species sequenced to date and in Sclerotinia sclerotiorum, as well as numerous other plant-interacting ascomycete fungi. However, the polyketide produced by this BGC is unknown. Its role in the infection process was tested using reverse genetics. Infection assays of null mutants on tomato berries showed the polyketide product is required for full virulence. This mutant was also more sensitive to osmotic stress than the wild-type, suggesting a potential role of the BGC in resistance to this stress. To determine the exact chronology of expression of BcPKS8 during host infection, a reporter strain was made by fusing a gene encoding a fluorescent protein to the promoter of BcPKS8. The reporter gene was specifically induced during the early formation of infection cushions, a multiple appressorium-like structure involved in host penetration. The heterologous expression of the whole gene cluster in yeast has been initiated to determine the structure of the polyketide.This PhD provides tools that should greatly facilitate the study of secondary metabolites of phytopathogenic fungi. It also highlights their important role in plant infection through the concrete example of BGC Bcpks8 of B. cinerea
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Le, Goff Géraldine. "Métabolites secondaires microbiens bioactifs : cas particulier des géralcines issues de Streptomyces sp. LMA-545." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2012. http://www.theses.fr/2012MNHN0028.
Full textAbstract:
Les micro-organismes associés aux plantes endémiques de l’île de La Réunion ont été évalués à la recherche de métabolites secondaires bioactifs et originaux. Dans ce cadre, la souche Streptomyces sp. -LMA-545 a été engagée dans différents modes de culture originaux développés au laboratoire. Les extraits obtenus nous ont permis d’isoler 3 actinomycines (actinomycines D, X0 et X2) responsables de la forte activité antibiotique de la souche, le MH-031, et 5 molécules nouvelles, caractérisées par la présence d’une fonction hydrazide, extrêmement rare dans les produits naturels, les géralcines A-E. Les géralcines ont été caractérisées par des techniques de RMN 1D et 2D (¹H, ¹³C et ¹⁵N), de spectrométrie de masse haute résolution, et de modélisation moléculaire. Les géralcines B et C présentent un activité cytotoxique avec des IC₅₀ de l’ordre du micro-molaire sur différentes lignées cancéreuses. Au vue des quantités de géralcines obtenues par voie microbiologique, nous avons engagé la synthèse des géralcines à partir du précurseur MH-031, produit en quantité importante par la souche Streptomyces sp -LMA-545. La première synthèse de la géralcine A, inspirée d’une hypothèse de biosynthèse que nous avions émise, a ainsi pu être réalisée. Nous nous sommes également intéressés à la biosynthèse de ces molécules, et notamment à la formation des liaisons C-N et N-N par voie enzymatique. Nos premiers résultats de criblage montrent que la réaction de couplage pour l’établissement de la liaison C-N peut être catalysée par différentes hydrolases. En revanche, la biosynthèse de la liaison N-N, très peu documentée reste à élucider. Dans cet objectif, nous avons d’ores et déjà séquencé le génome total de la souche Streptomyces sp. LMA-545 à la recherche des clusters de gènes régissant la biosynthèse des géralcines.
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Audoin, Coralie. "Valorisation de métabolites secondaires issus de micro-algues : approches métabolomiques, isolement et caractérisation structurale." Thesis, Nice, 2013. http://www.theses.fr/2013NICE4068.
Full textAbstract:
Les microalgues présentes à la fois dans les eaux douces et salées compteraient plus de 200 000 espèces. Cette diversité en fait une source potentielle de métabolites spécialisés originaux. Parmi les principales familles de substances naturelles valorisées actuellement, on peut citer les pigments, lipides, protéines, polysaccharides, caroténoïdes. Une vision plus globale du métabolome de chacune des espèces apparaît aujourd’hui nécessaire pour mieux mettre en valeur le potentiel commercial que représente cette « microbiodiversité ». Pour cela, nous avons tout d’abord choisi d’approcher le métabolome de différentes souches de microalgues cultivées au sein de la Société Greensea en s’appuyant sur les techniques d’HPTLC, de RMN et d’UHPLC-QTOF pour une visualisation large. Cette étude nous a permis de regrouper les espèces par analogie métabolique après traitement statistique des données. Une seconde partie a consisté en une étude phytochimique approfondie de certaines souches et a conduit à l’isolement et la caractérisation de plusieurs molécules. Ainsi, en plus de métabolites connus, un peptide original portant un motif isoprényl, le cumbriamide a été caractérisé au sein de Lyngbya sp. et une première évaluation de son potentiel thérapeutique a été entreprise. Une large diversité en glycolipides s’est montrée prépondérante dans de nombreuses souches et une méthode de caractérisation a pu être mise au point pour leur identification par UHPLC-QTOF. Enfin, différentes applications des approches métabolomiques ont été envisagées. Ainsi, des études chimiotaxonomiques ont été menées sur les différentes souches de microalgues et l’influence de changements de conditions de culture sur la production de métabolites chez Nannochloropsis oculata a été observéeMicroalgae are present both in Oceans and freshwaters and could include more than 200 000 species. This diversity is a source of original specialized metabolites that can find a large array of applications. Pigments, lipids, proteins, polysaccharides and carotenoids are usual compounds produced by microalgae that have found commercial applications. A global vision of the metabolome of each species has showed promises to highlight the commercial value of this “microdiversity”. We then decided to assess the metabolome of several microalgae species grown at the Greensea company by using HPTLC, NMR and UHPLC-QTOF techniques for a rapid and global overview. A classification of the species according to their metabolomics similarities was obtained after statistics treatment of the data. A second part was dedicated to a phytochemical study of the extracts of selected strains and led to the isolation and characterization of several metabolites. Thus, in addition to known molecules, an original peptide substituted by an isoprenyl moiety and named cumbriamide has been characterized in Lyngbya sp and a first assessment of its therapeutical potential has been undertaken. Glycolipids have been identified as the major metabolites in the extracts of numerous strains and a UHPLC-QTOF method was developed for their identification. Finally, several applications of the metabolomics approaches were considered. Chemotaxonomic studies were first carried out and the influence of growth conditions on the metabolome of Nannochloropsis oculata was observed
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Santerre, Anne. "Contribution a la maîtrise des productions de métabolites secondaires de Monascus ruber en fermentation immergée." Toulouse, INSA, 1994. http://www.theses.fr/1994ISAT0025.
Full textAbstract:
La production de deux types de polyketides par une souche de monascus ruber van tieghem en culture immergee est etudiee. Lors de cultures sur milieu defini compose d'ethanol comme source de carbone et de monoglutamate de sodium comme unique source d'azote, deux types de metabolites secondaires sont isoles puis identifies par des techniques classiques. Ce sont d'une part des complexes colorants composes de pigments libres rouge-oranges lies a l'acide glutamique par sa fonction nh#2 libre. D'autre part, la substance antibacterienne nommee jusqu'alors monascidine a est identifiee comme etant un antibiotique nephrotoxique, la citrinine. Un capteur de couleur en ligne est mis au point pour permettre un suivi plus precis des cultures. Le rapport entre les concentrations des composes principaux du milieu (ethanol, monoglutamate de sodium et tampon phosphate) est optimise par plans d'experience de facon a obtenir le meilleur compromis possible entre la quantite et la qualite des pigments produits. L'analyse cinetique des cultures montre que la croissance et la production de pigments sont couplees. Cependant la vitesse specifique maximale de production de pigments est anterieure au taux maximal de croissance. En phase de production, un taux minimal de croissance de 0,01h#-#1 doit etre maintenu pour observer une augmentation de la pigmentation. La production ralentit au dessous d'une concentration seuil de monoglutamate de sodium de 5 g/l. Cette constatation nous a conduit a envisager un mode de culture semi-continu a alimentation en monoglutamate de sodium commandee grace a la mise au point d'une equation globale de reaction qui lie la quantite de pigments produite a la quantite de glutamate consommee. Enfin une application alimentaire des pigments rouges produits demontre qu'ils ont les qualites physico-sensorielles necessaires pour remplacer les additifs traditionnels de charcuterie (sels nitrites, rouge de cochenille)
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Bouque, Virginie. "Étude de la production de métabolites secondaires par des cultures in vitro de Psoralées (leguminosae)." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1997. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/INPL_T_1997_BOUQUE_V.pdf.
Full textAbstract:
Les furocoumarines linéaires sont des molécules photosensibilisantes qui présentent une réelle importance économique de par leurs propriétés pharmacologiques. Nous avons envisagé leur production par des cultures in vitro de plantes du genre Psoralea. Des cals et des racines transformées ont été initiées et analysées par CLHP. Aucune trace de furocoumarine n'a pu être détectée. En revanche, nous détectons la présence de daidzéine et de coumestrol. Une analyse de la plante entière de Psoralea cinerea révèle un profil métabolique très différent de celui des cultures in vitro: les teneurs en furocoumarine sont importantes, alors que la daidzéine est analysée en faible quantité. Les isoflavonoides et les furocoumarines ayant des voies biosynthétiques en partie commune, l'hypothèse d'une modification de la régulation in vitro enzymatique a été émise. Les traitements testés pour tenter de rétablir de façon simple la synthèse des furocoumarines se sont avérés inefficaces. Devant l'intérêt thérapeutique présenté par la daidzéine, nous avons tenté d'améliorer la production de ce métabolite par les cultures in vitro. L’élargissement du souchier de cals à de nombreuses espèces de Psoralées, ainsi que des modifications des paramètres de culture ont été envisagés. Aucun des traitements éliciteurs testés ne permet d'améliorer la production des isoflavonoides recherchés. En revanche, la variabilité génétique exprimée par les cals permet de mettre en évidence des souches hyperproductives. En ce qui concerne les racines transformées, une étude de la souche RTLach5 permet de montrer que la production des isoflavonoides est fortement corrélée à la production de biomasse, ainsi qu'à l'âge de l'explant analyse. Deux objectifs sont désormais envisageables: optimiser la production des isoflavonoides détectés, et procéder à une étude approfondie de la voie biosynthétique des furocoumarines chez les Psoralées
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Chaabani, Emna. "Eco-extraction et valorisation des métabolites primaires et secondaires des différentes parties de Pistacia lentiscus." Thesis, Avignon, 2019. http://www.theses.fr/2019AVIG0714.
Full textAbstract:
Le développement de la chimie verte, l’épuisement des ressources pétrolières et la prise de conscience des risques liée à l’utilisation des solvants pétroliers ont conduit à la recherche de nouvelles alternatives pour réduire l’utilisation des solvants nocifs non renouvelables tels que l’hexane. L’objectif de cette thèse a donc consisté en la recherche de solvants alternatifs plus respectueux de la santé et de l’environnement pour l’éco-extraction des composés phénoliques et des acides gras à partir des graines de Pistacia lentiscus et des arômes à partir de ces feuilles. Pour ce faire, une première approche in silico basée sur des outils de prédictions tels que COSMO-RS a été complétée par une approche expérimentale associée à des traitements chimiométriques. Cette démarche a conduit à la sélection de quatre solvants verts, le MetHF pour l’extraction des acides gras, l’EtOAc pour l’extraction des arômes, l’EtOH/H2O (70/30) pour l’extraction des polyphénols et des flavonoïdes et l’EtOH/H2O (80/20) pour l’extraction des anthocyanes. Par la suite, l’activité anti-inflammatoire de l’extrait lipidique obtenu par le MeTHF et l’activité antioxydante des extraits aromatiques et des extraits phénoliques de P. lentiscus ont été évaluées in vitro. Ces travaux ont montré que l’huile végétale a présenté une activité anti-inflammatoire potentielle, inhibant de 91,9% la libération d’oxyde nitrique (NO.) dans les macrophages RAW 264,7. De plus, les résultats ont permis de mettre en évidence la richesse des fruits en antioxydants. En effet, l’extrait obtenu par l’EtOH/H2O (80/20) a montré une activité antiradicalaire (IC50 = 2,39 μg/ml) comparable à celle de l’antioxydant de synthèse le Trolox (IC50 = 2,56 μg/ml). En outre, l’extrait aromatique de P. lentiscus obtenu avec l’EtOAc a présenté une activité antiradicalaire intéressante contre le DPPH (IC50 = 5,82 μg/ml)The development of Green chemistry, the depletion of petroleum resources and the awareness of the risks associated to the use of petroleum solvents have led to search a new alternatives to reduce the use of non-renewable petrochemical harmful solvents such as hexane. The objective of this thesis has consisted in the research of alternative solvents more respectful of health and environment for the eco-extraction of fatty acids and phenolic compounds from Pistacia lentiscus fruits and aromas from these leaves. A first in silico approach using the COSMO-RS predictions was supplemented by an experimental approach paired with chemometrics analysis. This led to selection of four alternative solvents, MeTHF for oil extraction, EtOAc for aromas extraction, EtOH/H2O (70/30) for polyphenols and flavonoids extraction and EtOH/H2O (80/20) for anthocyanins extraction. Subsequently, the anti-inflammatory activity of MeTHF lipid extract and the antioxidant activity of aromatic and phenolic extracts of P. lentiscus were evaluated in vitro. Results showed that vegetable oil exhibited a potential anti-inflammatory activity, inhibiting by 91.9% the release of (nitric oxide) NO in RAW 264.7 macrophages. In addition, results highlighted the richness of the fruits in antioxidants. In fact, EtOH/H2O (80/20) extract showed a good antiradical activity (IC50 = 2.39 μg/ml) comparable to that of the synthetic antioxidant Trolox (IC50 = 2.56 μg / ml). In addition, the aromatic extract obtained with EtOAc showed an interesting anti-radical activity against DPPH (IC50 = 5.82 μg/ml)
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Bardon, Clément. "Inhibition biologique de la dénitrification (BDI) par des métabolites secondaires du complexe d’espèces Fallopia spp." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10308/document.
Full textAbstract:
L'azote est souvent considéré comme le premier facteur limitant la croissance des plantes terrestres (Vitousek & Howarth, 1991a; LeBauer & Treseder, 2008). Ainsi, les études sur le contrôle du fonctionnement microbien et la sélection des microorganismes des sols par les plantes se sont principalement intéressées au cycle de l'azote (N) (Chapman et al., 2006). Certaines plantes peuvent inhiber la nitrification ou la minéralisation de l'azote des sols par la libération de métabolites secondaires. Cependant, bien que la dénitrification soit considérée comme une voie majeure de perte d'azote des sols (25-90%) (van der Salm et al., 2007; Radersma & Smit, 2011), l'inhibition de la dénitrification par les métabolites secondaires de plantes n'a jamais été démontrée. Or il a été constaté à de nombreuses reprises qu'aux voisinages de certaines plantes la dénitrification du sol était réduite. C'est le cas du complexe d'espèces Fallopia spp. pour lequel les principaux facteurs connus pour influencer ce processus ne pouvaient expliquer cette réduction (Dassonville et al., 2011). Nos résultats démontrent pour la 1ière fois que les plantes (ici Fallopia) peuvent inhiber la dénitrification par la libération de procyanidines de type B qui induisent en anaérobiose des modifications physiologiques chez les dénitrifiants. Selon les sols, les communautés peuvent être plus ou moins sensibles notamment en fonction de leur exposition précédente à Fallopia spp.. Nos résultats apportent de nouvelles connaissances sur les interactions entre plantes et microorganismes et améliorent notre compréhension sur la capacité des plantes à modeler le fonctionnement microbien des solsNitrogen is often considered as the first limiting factor of plant growth (Vitousek & Howarth, 1991a; LeBauer & Treseder, 2008). Thus studies on plant-driven microbial functioning and selection by secondary metabolites have mostly focused on the effect of plant on the nitrogen (N) cycle (Chapman et al., 2006). Some plants can inhibit the nitrification and the nitrogen mineralization processes in soils through the release of secondary metabolites (Subbarao et al., 2009; Dietz et al., 2013; Heumann et al., 2013). However, while denitrification is considered as a major way of N losses in soils (25-90%) (van der Salm et al., 2007; Radersma & Smit, 2011), the denitrification inhibition by plant secondary metabolites was never demonstrated. However, it has been observed several times that the denitrification in soils near some species was reduced. The invasive complex species Fallopia spp. was shown to reduce denitrification in soils without affecting principal factors known to control this process (Dassonville et al 2011). Our, results demonstrate for the first time, that plants (here Fallopia spp.) can inhibit denitrification through the release of B-type procyanidins that induce physiological changes in denitrifying bacteria under anaerobic conditions. These compounds affect specifically the membrane-bound NO3-reductase through conformational changes. Less sensitive soils denitrifying communities may be selected in soils previously exposed to Fallopia spp. Our finding provides new insight into plant-soil interactions and improves our understanding of plants abilities to shape microbial soil functioning
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Fontaine, Kévin. "Production de métabolites secondaires chez Penicillium roqueforti : incidence des facteurs abiotiques et évaluation de l'innocuité." Thesis, Brest, 2015. http://www.theses.fr/2015BRES0009.
Full textAbstract:
P. roqueforti est une moisissure connue comme contaminant des ensilages et des aliments, mais aussi utilisée comme ferment pour la production de fromages à pâte persillée. Cette espèce est également connue pour son potentiel de production de métabolites secondaires à impact positif, comme les arômes, mais aussi à impact négatif, tels que des mycotoxines (dont la roquefortine C -ROQC- et l’acide mycophénolique -MPA-). Dans la première partie de ce travail, l’occurrence de la ROQC, du MPA et de l’aflatoxine M1 (seule mycotoxine réglementée dans les produits laitiers), dans une collection de 86 fromages à pâte persillée de différentes variétés et origines géographiques (15 pays), a été réalisée. Il apparaît que, si l’aflatoxine est inférieure au seuil de détection (LOD) de la méthode, les concentrations en ROQC et MPA sont quant à elles très variables et qu’une co-occurrence de ces mycotoxines existe dans 51% des échantillons testés. Dans la seconde partie, la toxicité de ces mycotoxines sur modèles cellulaires intestinal ou monocytaires a été évaluée. L’étude de cytotoxicité en mono-exposition a permis d’établir des valeurs de référence (CI50); d’autre part, un effet synergique des deux mycotoxines aux plus fortes concentrations testées a été révélé sur la lignée cellulaire intestinale (Caco-2). L’implication du mécanisme apoptotique après une exposition précoce (3 et 6 heures) à la ROQC et/ou au MPA a aussi été mise en évidence sur le modèle THP-1 ainsi qu’une absence d’implication de l’apoptose après 24 heures de mono ou de co-exposition sur modèle intestinal Caco-2. Enfin, dans la troisième partie, une étude de facteurs biotique ou abiotiques pouvant potentiellement moduler la production de ROQC et de MPA a été réalisée. L’évaluation du potentiel mycotoxigénique de 96 souches de P. roqueforti a mis en évidence que le milieu cheese-agar (mimant la composition physico-chimique du fromage) était beaucoup moins favorable que le milieu YES pour la production des deux mycotoxines et une grande variabilité dans la capacité de production des souches a été observée. L’étude de l’influence des facteurs abiotiques a montré qu’une température de 12°C ou une concentration en NaCl de 8% ou encore une atmosphère contenant 5% d’O2 diminuait significativement la production de ROQC et de MPA indépendamment de la croissance, alors que les autres facteurs (pH et présence de précurseurs de la ROQC) n’avaient pas d’effet dans les conditions testéesP. roqueforti is a mould associated with silage and food contamination but also used as a ripening culture for the production of blue-veined cheese. Moreover, this species is also known for its potential to produce secondary metabolites. These metabolites can have a positive impact (e.g. aromas) or a negative impact (e.g. mycotoxins, including roquefortine C -ROQC- and mycophenolic acid -MPA-). In the framework of this work, we first studied the occurrence of MPA, ROQC and aflatoxin M1 (the only regulated mycotoxin in dairy products) within an 86 blue-veined cheese collection (representing 15 countries). Aflatoxin contents were always below the method detection limit. For MPA and ROQC, concentrations were highly variable and a co-occurrence of both mycotoxins was observed in 51% of the tested samples. Then, the toxicity of the 2 mycotoxins was established on various cell models (intestinal and monocytic). Mono-exposure studies allowed IC50 determination. Moreover, a synergistic effect was observed on Caco-2 cells when MPA and ROQC were used for co-exposure at the highest tested concentrations. While an apoptotic mechanism was observed at early THP-1 exposure stages (3 and 6h), no apoptose occurred for Caco-2 cells after 24 h of mono or co-exposure. Finally, a study of the biotic and abiotic factors potentially modulating P. roqueforti MPA and ROQC production was performed. Mycotoxigenic potential evaluation of 96 de P. roqueforti strains highlighted that a cheese-agar medium (mimicking cheese physico-chemical composition) was less favourable than the synthetic YES medium for mycotoxin production. A large variability in terms of mycotoxin production was also observed among the tested strains. Besides, while a significant effect of the temperature (12°C) and NaCl (8%) and O2 (5%) concentrations was observed on ROQC and MPA production, no significant effect of pH and ROQC amino-acid precursor addition could be detected on the production of both mycotoxins
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Mesguiche, Véronique. "Synthèse de l'acide 7-méthoxy-dodéc-4-énoi͏̈que extrait de la cyanobactérie Lyngbya majuscula. Isolement et identification de métabolites secondaires extraits d'algues marines des genres secondaires extraits d'algues marines des genres Bifurcaria et Cystoseira." Aix-Marseille 3, 1998. http://www.theses.fr/1998AIX30088.
Full textAbstract:
Ce travail propose l'isolement, l'identification structurale de metabolites secondaires isoles d'algues marines ainsi que la synthese d'un metabolite extrait d'une cyanobacterie. Il peut etre separe en deux parties. Le premier tome comprend un premier chapitre qui presente les deux genres d'algues brunes (cystoseira et bifurcaria) et la cyanobacterie (lyngbya majuscula) que nous avons etudiees. Dans la partie a de ce chapitre, nous donnons la description morphologique puis la repartition geographique de ces organismes marins. La partie b est consacree a la mise a jour de la composition chimique des macroalgues brunes etudiees et propose un inventaire exhaustif des composes extraits de la cyanobacterie. Le deuxieme chapitre decrit la synthese des isomeres z et e de l'acide 7-methoxy-dodec-4-enoique puisque l'isomere e est un des composes isoles de l. Majuscula qui derive du malyngamide g isole du meme organisme. Le troisieme chapitre est consacre a l'isolement et a l'identification structurale, au moyen de techniques spectrales, de metabolites secondaires (diterpenes et meroditerpenes) presents dans les especes bifurcaria bifurcata et cystoseira amentacea variete stricta. Enfin, le quatrieme chapitre rassemble des donnees bibliographiques et permet de dresser l'inventaire des activites biologiques des trois especes etudiees. Le deuxieme tome regroupe sous la forme d'annexes les conditions experimentales, les chromatogrammes et spectres se referant au texte.
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Jarrin, Cyrille. "Approches métagénomiques pour l'analyse des diversités génétique et chimique de métabolites secondaires : étude des PKS de type 1 d'origine bactérienne." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10225.
Full textAbstract:
La métagénomique permet d'accéder aux informations génétiques des bactéries non-cultivées (99% des bactéries). La diversité chimique des principes actifs pharmaceutiques produits par les bactéries cultivées et la diversité génétique des voies de biosynthèse correspondantes, suggèrent que la metagénomique amènera à la découverte de substances originales par l'exploitation de nouvelles voies de biosynthèse. Les polykétides synthases (PKS) étant retenues comme cible, une banque metagénomique a été construite à partir de grands fragments d'ADN de bactéries environmentales et des méthodes de criblage génétique ont été développées pour isoler de nouvelles PKS. Après avoir démontré leur originalité et leur unicité, l'expression de ces voies par un hôte approprié a conduit à la détection de composés antibactériens. L'analyse des diversités génétique et chimique révèle que, malgré la proximité de certains domaines génétiques, les polykétiques correspondants diffèrent significativement
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Velosaotsy, Nambinina Eliezer. "Etude de lipides d'éponges marines – phospholipides, acides gras, stérols : identification et évaluation pharmacologique de métabolites secondaires." Nantes, 2005. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=84562f0d-796d-4b14-8c67-ff5412cfe4a2.
Full textAbstract:
La composition en classes de lipides, phospholipides, acides gras, stérols a été déterminée chez neuf éponges marines : Chalinula saudiensis, Cinachyrella alloclada, C. Kükenthali, Stylissa carteri (mer Rouge), Axinyssa djiferi, Trikentrion laeve, Geodia sp. (Atlantique), Myrmekioderma dendyi (Pacifique), Aaptos papillata (Méditerranée). Le couplage CPG/SM a permis d'identifier les lipides à l'état d'esters méthyliques, N-acylpyrrolidides, et d'acétates. Plusieurs nouveaux acides ont été caractérisés. Les acides polyinsaturés conventionnels ne sont significativement présents que chez C. Saudiensis. Une vingtaine d'acides delta 5,9 sont identifiés y compris des acides bromés. Des acides gras 2-hydroxylés et de nombreux acides ramifiés, nouveaux ou rares sont caractérisés. Les stérols sont de type conventionnel pour la plupart des éponges, sauf pour Stylissa carteri qui contient majoritairement des nor-A-stérols. Un deux métabolites secondaires identifiés a des propriétés neurostatiquesThe lipid composition : phospholipid fatty acids and sterol composition were studied in nine sponges from the Red Sea (Chalinula saudiensis, Cinachyrella alloclada, C. Kükenthali, Stylissa carteri), the Atlantic Ocean (Axinyssa djiferi, Geodia sp. , Trikentrion laeve), the Pacific Ocean (Myrmekioderma dendyi), and from the Mediterranean Sea (Aaptos papillata). GC-MS was the principal technique to identify the lipidic structures as methyl esters, N-acyl pyrrolidides, and steryl acetates. About twenty delta 5,9 fatty acids were observed in this study, including brominated ones. In some sponges, several 2-hydroxy fatty acids, and branched saturated and unsaturated fatty acids were identified. Sterols were found common in these sponges, with 26 to 31 carbon atoms, apart from the sponges Stylissa that contained mainly a series of A-nor-sterols. One of the two secondary metabolites One of the two identified secondary metabolites showed a neurostatic activity (tested against diptera larves)
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Boivin, Catherine. "Etude génétique chez Rhizobium meliloti du catabolisme des calystégines et de la trigonelline, métabolites secondaires végétaux." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30071.
Full textAbstract:
Rhizobium meliloti est une bacterie du sol capable d'etablir une relation symbiotique avec des plantes hotes de la famille des legumineuses, ou de vivre en saprophyte dans la rhizosphere de plantes non hotes. Nous avons fait l'hypothese que l'adaptation du r. Meliloti a ces differents types de plantes faisait intervenir des relations nutritionnelles specifiques impliquant des metabolites secondaires vegetaux. Ceci nous a conduit a entreprendre l'etude genetique du catabolisme par r. Meliloti d'une famille de metabolites secondaires de plantes non hotes, les calystegines et d'un metabolite secondaire present chez des legumineuses hotes, la trigonelline. Chez r. Meliloti 41, les genes controlant le catabolisme des calystegines (genes cac) sont portes par un plasmide ne jouant aucun role decelable dans la symbiose, le prme41a. Une analyse genetique nous a permis de localiser les genes cac dans un fragment de 30 kb du prme41a. La construction de couples de souches portant ou non le prme41a a permis de montrer que la presence du plasmide confere aux bacteries un avantage selectif pour la colonisation de la rhizosphere de plantes productrices de calystegines. Nous avons montre que chez r. Meliloti 2011, des genes responsables du catabolisme de la trigonelline (genes trc) sont presents sur le megaplasmide symbiotique psym, dans une region de 9 kb situee a proximite de genes symbiotiques. L'analyse plasmidique de differentes souches sauvages d'origines geographiques diverses de r. Meliloti a mis en evidence la presence systematique, au niveau des megaplasmides, d'une region d'adn homologue a une sonde trc. L'etude de l'expression de fusions transcriptionnelles trc-lacz a suggere que les genes trc sont organises en quatre operons, la transcription de trois d'entre eux etant specifiquement induite par la trigonelline. L'utilisation d'une methode de detection d'activite beta-galactosidase in planta a per
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Ville, Alexia. "Métabolites secondaires et analogues hémisynthétiques en série vitaminique E : Obtention et évaluation du potentiel anti-inflammatoire." Thesis, Angers, 2018. http://www.theses.fr/2018ANGE0062.
Full textAbstract:
De nombreuses études ont mis en évidence le potentiel biologique des tocotriénols (T3), appartenant à la famille de la vitamine E, notamment dans le domaine des maladies cardiovasculaires et de l'inflammation chronique. Une étude phytochimique, précédemment menée au SONAS, a permis d'identifier dans l’extrait dichlorométhanique des écorces de Garcinia amplexicaulis, différents T3 ω-oxydés tels que le δ-amplexichromanol (δ-AC) et l'acide δ-garcinoïque (δ-AG). Un criblage virtuel de ces dérivés sur différentes cibles impliquées dans les processus inflammatoires a révélé leur potentiel inhibiteur de la 5-LOX. Ces données in silico ont été confirmées in vitro sur 5-LOX purifiée et sur leucocytes polymorphonucléaires. Les travaux rapportés ont pour but de mieux appréhender le mode d'action original de ces métabolites tout en optimisant l’activité des premiers hits. Une telle approche requiert de grandes quantités de dérivés tocotriénoliques. Cependant, les principales sources naturelles de T3 fournissent un mélange complexe de métabolites impliquant des processus de purification particulièrement délicats. Ainsi, au cours de ce travail, des hémisynthèses efficaces de dérivés T3 à fort potentiel biologique ont été développées à partir du δ-AG, principal dérivé T3 isolé des noix de Garcinia kola, source végétale renouvelable et facilement accessible. D’autre part, les travaux de pharmacomodulation réalisés reposent sur des études préliminaires de modélisation moléculaire, complétées par le développement de diverses stratégies de synthèse pour accéder à des analogues originaux de la vitamine E, inhibiteurs potentiels de la 5-LOXMany studies highlighted the biological potential of tocotrienols (T3), a vitamin E subfamily, especially in the field of cardiovascular diseases and chronic inflammation. A phytochemical study, previously conducted at SONAS, led to the isolation and characterization of δ-amplexichromanol (δ-AC) as the main and original secondary metabolite from Garcinia amplexicaulis barks (dichloromethane extract) along with other oxidized T3 analogs such as δ-garcinoic acid (δ-GA). A pharmacophore based virtual screening of these derivatives against various anti-inflammatory targets showed that this class of T3 analogs could be considered as potential 5-LOX inhibitors. It was confirmed by in vitro assays when δ-AC and δ-GA were evaluated as inhibitors of purified 5-LOX, or in polymorphonuclear leukocytes. We then decided to carry on our study to further understand the original mode of action of these metabolites while optimizing the anti-inflammatory properties of the first hits. Such approach requires large amounts of tocotrienolic derivatives. However, usual natural sources of T3 provide complex mixtures involving particularly challenging purification processes. Thus, this work aim at designing efficient semisynthesis towards pharmacologically relevant T3 derivatives were developed from -GA, the main T3 derivative isolated from Garcinia kola nuts, a renewable and easily available vegetal source. Moreover, pharmacomodulation of the tocotrienolic backbone relied on preliminary docking studies and then required the development of various synthetic strategies to access original vitamin E analogs as potential 5-LOX inhibitors
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Sorres, Jonathan. "Isolement de métabolites secondaires d’invertébrés marins – Synthèse de dérivés hybrides dispacamide / 3-alkylpyridine et évaluation biologique." Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112305.
Full textAbstract:
Le travail présenté dans cette thèse porte sur l’isolement de métabolites secondaires de trois invertébrés marins, ainsi que sur la synthèse de molécules hybrides, notamment à visée antifouling et inhibiteurs de kinases, inspirées des motifs naturels issus des familles dispacamides et 3-alkylpyridines. Les techniques spectroscopiques et les transformations chimiques ont été largement utilisées pour les déterminations structurales. Les nouveaux composés ont été évalués biologiquement.Le travail d’isolement sur le corail mou Sinularia vanderlandi a permis de mettre en évidence trois nouveaux composés de la famille de diterpènes norcembranoïdes, dont les configurations relatives ont été déterminées. Un lien chimique a également été établi entre les nouveaux composés isolés ainsi que ceux de la même famille décrits dans la litérature.Neuf nouvelles molécules ont été obtenues de l’éponge Pipestela candelabra, quatre phopholipides et cinq composés de la famille du jaspamide, les pipestelides A-C ainsi que les 5-hydropéroxy-jasplakinolides Ca et Cb. Des travaux d’hémisynthèse ont été réalisés à partir du jaspamide pour confirmer les structures des dérivés hydropéroxydés. Cette thèse contient également une étude partielle de l’éponge Stylissa carteri qui a mis a jour deux nouvelles benzosceptrines.Les travaux de synthèses ont eu pour but d’établir les voies d’accès à des dérivés l’obtention dispacamide / 3-alkylpyridine. Trois dérivés ont ainsi été synthétisés et les évaluations biologiques sont en cours, notamment pour les activités antifouling. Des aspects structuraux de ce type de dérivés ont été abordés par la synthèse d’autres dérivésThe work described in this thesis deals with the isolation of new metabolites from marine invertebrates in one hand, and with the synthesis of antifouling and kinase inhibitors hybrid molecules inspired from dispacamide and 3-alkylpyridine scaffolds. Spectroscopic methods and chemical modifications were used for structural determination. The new compounds were biologically evaluated.Three new compounds of the norcembranoid diterpenes were isolated from the Soft Coral Sinularia vanderlandi. The relative configurations of these metabolites were determined and a chemical link was established between these diterpenes.The investigation of the marine Sponge Pipestela candelabra has conducted to the isolation of nine new metabolites, four phospholipids and five new jaspamide congeners including pipestelides A-C and 5-hydroperoxy-jasplakinolides Ca et Cb. Hemisynthesis were conducted from the jaspamide, together with spectroscopic analysis to confirm the structures of the peroxidated compounds.Two new derivatives of benzosceptrine were isolated from a partial study of the marine Sponge Stylissa carteri.The synthesis part of this work described the access to dispacamide / 3-alkylpyridine derivatives. Three hybrids were synthetized and biological evaluation are in progress, particularly for antifouling activities. Structural aspects were also studied by the synthesis of other derivatives
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Merza, Joumaa. "Étude phytochimique et biologique des métabolites secondaires isolés de deux Clusiaceae néo-calédoniennes : Garcinia virgata et Garcinia vieillardii." Angers, 2005. http://www.theses.fr/2005ANGE0504.
Full textAbstract:
L'étude phytochimique de deux plantes néo-calédoniennes : Garcinia virgata et Garcinia vieillardii (Clusiaceae) a permis d'isoler et identifier 22 métabolites secondaires phénoliques de type : xanthones, benzophénones prénylées, polyprénylées, tocotrienols et anthraquinones. Parmi ceux-ci 7 présentent une structure originale. L'intérêt biologique potentiel de ces composés a par la suite été évalué dans le cadre d'une étude de leurs propriétés : antioxydantes, antifongiques, antiprotéasiques, cytotoxiques, inhibition de tubuline/microtubules système, antileishmanienne et anti-PGPA phytochemical study of two New Caledonian plants Garcinia virgata and Garcinia vieillardii (Clusiaceae) led to isolate and identified of over 22 different secondary metabolites among which, xanthones, bixanthones, benzophenones, ð-tocotrienols, derivative of δ-tocotrienols and one anthraquinon were identified. 7 of these natural products are new ones. The biological interest of these compounds was then evaluated: antioxidant, antiproteolytic, antifungal, antileishmanial, anticancer, inhibition of PGP and inhibition of protein kinas
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Alkhatib, Racha. "Etude phytochimique et activité cytotoxique des métabolites secondaires de Ferula elaeochytris Korovin et Ferula lycia Boiss (Apiacées)." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00520891.
Full textAbstract:
Étude phytochimique et activité cytotoxique des métabolites secondaires de Ferula elaeochytris Korovin et Ferula lycia Boiss. (Apiacées) Les plantes du genre Ferula (Apiacées) sont des herbacées vivaces répandues dans l'Asie centrale, la région méditerranéenne et l'Afrique du Nord. Des études récentes ont montré l'intérêt de certains composés isolés des espèces de ce genre comme agents chimiopréventifs ainsi que pour surmonter la résistance aux anticancéreux. Dans ce cadre deux plantes du genre Ferula récoltées dans deux régions différentes de la Turquie ont été choisies pour ce travail : Ferula elaeochytris Korovin et Ferula lycia Boiss. Vingt esters sesquiterpéniques dont sept structures nouvelles, deux acides phénoliques et un saponoside ont été isolés. Toutes ces stuctures ont été établies par méthodes spectrales (SM et RMN). Sur le plan pharmacologique, toutes les molécules isolées ont été testées pour leurs activités cytotoxiques vis-à-vis des lignées cellulaires leucémiques résistantes aux inhibiteurs de tyrosine kinase : K562R (imatinib-résistantes) et DA1-3b/M2 (imatinib et dasatinib-résistantes). L'élaeochytrine A (6-anthraniloyljaeschkeanadiol), s'est révélée être le composé le plus actif et le plus sélectif vis-à-vis des cellules tumorales avec des CI50 de l'ordre de 10 :M.
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Bourdat-Deschamps, Marjolaine. "Optimisation de la séparation de métabolites secondaires issus de plantes à l'aide de techniques innovantes (CPC,OPLC)." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA114807.
Full textAbstract:
La séparation des quatre protoberbérines majoritaires (palmatine, jatrorrhizine, columbamine, pseudocolumbamine) des écorces d'Enantia chlorantha (Annonaceae), a été mise au point à l'aide de trois techniques chromatographiques : la chromatographie liquide haute performance (CLHP), la chromatographie de partage centrifuge (CPC) et la chromatographie laminaire haute performance (OPLC). Les performances de ces techniques ont été comparées. La CPC, chromatographie liquide-liquide, a montré toutes ses potentialités dans la séparation d'alcaloïdes quaternaires, particulièrement difficiles à séparer. Le couplage de l'OPLC avec la spectrométrie de masse MALDI-TOF a démontré que l'association de ces deux techniques est très prometteuse pour le fractionnement et l'analyse d'extraits de plantes. Les activités biologiques de différents extraits d'écorces obtenus, ainsi que celles des quatre protoberbérines isolées par CPC, ont été évaluées sur diverses cibles, notamment Plasmodium.
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Gabant, Marion. "Etudes des métabolites secondaires d'éponges marines de la famille des axinéllidae et réactivité oxydative des dicétopiperazines pyrroliques." Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112351.
Full textAbstract:
Les travaux décrits dans ce manuscrit portent sur l’extraction exhaustive de quatre éponges marines et sur des études de réactivité des dicétopipérazines pyrroliques. En plus de dix-neuf produits connus, comme le pétrosynol de Petrosia (strongylophora) mauritiana, la palythine de Ptilocaulis spiculifera et le dipeptide cyclo (Pro-Arg) d’Axinella polypoides, vingt nouveaux composés ont été isolés. Plusieurs groupes de métabolites ont été trouvés, comme les stéroïdes de Ptilocaulis spiculifera, les glycolipides de Dragmacidon durissima ou encore les dicétopipérazines d’Axinella polypoides. Ces dernières dicétopipérazines sont, d’un point de vue structural et chimique, proches des pyrrole-2-aminoimidazoles (P-2-AIs) en C11N5/C11N4, dont le précurseur central est le dispacamide A. Le mécanisme d’oxydation impliqué dans la transformation de dicétopipérazines en P-2-AIs a été étudié. Il a révélé que des nucléophiles comme le guanidine, réagissent avec les dicétopipérazines oxydées. Ces études mécanistiques nous ont permis d’optimiser la synthèse biomimétique du débrodispacamide A et d’utiliser cette réactivité dans la préparation d’autres dérivés. Dans son ensemble, ce travail de recherche a permis de découvrir de nouveaux métabolites marins originaux et d’approfondir l’hypothèse biogénétique proposée dans notre laboratoire. Il a montré une corrélation particulièrement intéressante entre l’oxydation des dicétopipérazines, la chimiluminescence de cette réaction et la synthèse biomimétique des dérivés pyrrole-2-aminoimidazolesThe work described in this manuscript deals with the exhaustive isolation of marine metabolites from four marine sponges and reactivity studies of pyrrolic diketopiperazines. Next to nineteen known products, including petrosynol from Petrosia (strongylophora) mauritiana, palythine from Ptilocaulis spiculifera and cyclo (Pro-Arg) from Axinella polypoides, we have isolated twenty new compounds. Several groups of metabolites including ptilosteroids from Ptilocaulis spiculifera, glycolipids from Dragmacidon durissima and diketopiperazines from Axinella polypoides were found. The later diketopiperazines are structurally and chemically related to the C11N5/C11N4 pyrrole-2-imidazoles through the central precursor dispacamide A. The oxidative mechanism involved in the transformation of diketopiperazines into P-2-AI was studied. It revealed that a nucleophile like guanidine reacts on the oxidized diketopiperazines. The studies of the mechanism of the reaction enabled us to optimize the biomimetic synthesis of debromodispacamide A and to use this reactivity in the preparation of other derivatives. This research work allowed us to discover several new original compounds and to deepen the hypothetic mechanism proposed in our laboratory. It showed an extremely interesting correlation of the diketopiperazines oxidation and the chemilumunescence of the reaction with the biomimetic synthesis of pyrrole-2-aminoimidazole derivatives
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Amiot, Justin. "Thymus vulgaris, un cas de polymorphisme chimique pour comprendre l'écologie évolutive des composés secondaires." Montpellier, ENSA, 2005. http://www.theses.fr/2005ENSA0011.
Full textAbstract:
Les variations intraspécifiques des composés secondaires des plantes constituent un excellent modèle d'étude de leurs multiples fonctions écologiques : c'est le cas de Thymus vulgaris qui exprime six formes chémotypes différents. Ils sont tous représentés dans la région de St Martin-de-Londres suivant une forte ségrégation entre chémotypes phénoliques et non-phénoliques. Au cours de cette thèse, nous nous sommes focalisés sur plusieurs facteurs écologiques jusqu'ici peu ou pas étudiés en rapport avec un polymorphisme chimique : 1. Cette ségrégation spatiale s'exprime à différentes échelles. Les facteurs du milieu abiotique peuvent-ils induire une variation des performances des chémotypes et ainsi influencer leur distribution ? 2. L'étude précédente nous a poussé à nous interroger sur les relations entre gel et chémotypes. Une expérience en conditions contrôlées nous a permis de mieux comprendre l'impact des gels exceptionnels sur leur distribution spatiale. 3. La dégradation de la litière issue de T. Vulgaris peut influencer germination et survie de ses propres plantules. Un mécanisme d'auto-allélopathie pourrait-il contribuer à maintenir la ségrégation chémotypique à l'échelle d'une population ? 4. Enfin, nous avons étudié les relations entre les chémotypes et un diptère parasite spécialiste du thym, Janetiella thymicola, induisant l'apparition de galles sur la plante. Nos résultats suggèrent que les composés secondaires jouent un rôle primordial dans le choix d'un hôte par l'insecte. Cette étude ouvre par ailleurs d'intéressantes perspectives sur les coûts impliqués par cette relation hôte-parasite. Les résultats que nous présentons soulignent l'importance écologique des métabolites secondaires, et pas seulement dans la défense contre les herbivores. Les multiples interactions auxquelles ils prennent part, tant avec le milieu biotique qu'abiotique, semblent avoir une influence majeure sur la distribution spatiale des espèces qui les produisentIntraspecific variation in plant secondary compound production provides an excellent model to study the multiple ecological functions of these compounds. Thymus vulgaris presents no less than six different chemotypes. Ln southern France, around the St-Martin-de-Londres basin, these chemotypes show a marked spatial segregation of phenolic and non-phenolic morphs. During this thesis, we examined the following themes : 1. The spatial segregation of chemotypes takes place on different scales. We thus asked whether the abiotic environment causes performance variation among chemotypes, th us influencing their distribution. 2. Do the chemotypes differ in the tolerance of exceptional freezing events ? 3. The degradation of the litter originating from T. Vulgaris may influence germination and survival of its own seedlings. Could an autoallelopathy mechanism in this species contribute to maintain spatial segregation at the population scale? 4. Finally, we studied the interaction between chemotypes and a poorly-known gall-making specialized diptera: Janetiella thymicola. Our results suggest that secondary compounds play a leading role in the choice of host plant. Furthermore, this study opens interesting perspectives on costs induced by this host-parasite relationship. The results presented here underline the ecological importance of secondary compounds, and not only as a defense mechanism against herbivores. Taking part in multiple biotic and abiotic interactions, secondary compounds can have a major influence on the spatial distribution of the species which produces them
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Albert, Vincent. "Synthèse de métabolites secondaires d'importance biomédicinale : synthèse totale de terpénoïdes linéaires et polycycliques et construction d'hétérocycles oxygénés asymétriquement substitués." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/28255.
Full textAbstract:
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales 2015-2016.Ces travaux concernent la synthèse totale de produit naturels d’importance biologique qui ont pu être effectués par le développement et l’application de méthodologies pour la construction d’hétérocycles oxygénés et azotés. Premièrement, nos travaux sur la synthèse de métabolites secondaires appartenant à la famille des furanoterpénoïdes linéaires sont décrits. La première synthèse du furospongolide, un inhibiteur d’origine marine de HIF-1, a été accomplie en 8 étapes linéaires à partir de l’acétate de géranyle. Les étapes clés impliquées sont une réaction de couplage croisé sp³-sp³ de Schlosser ainsi qu’une alkynylation de Sonogashira du β-bromobuténolide. La première synthèse du furanosesterterpène antimicrobien 22-déoxyvariabilin ainsi que la détermination de sa configuration absolue sont également décrites. Les étapes clés consistent en l’emploi de réactions de couplages sp³-sp³ séquentielles de Schlosser ainsi que l’application de notre méthode pour l’installation du fragment (Z)-γ-ylidène-buténolide. Nos efforts sur les produits naturels apparentés variabilin et déhydrofurodentin soulignent le besoin de développer de nouvelles stratégies synthétiques. Par la suite, deux synthèses divergentes de plusieurs dérivés de l’anhydride maléique isolés du champignon Antrodia camphorata sont démontrées. La première synthèse de l’antrocinnamomin D ainsi qu’une nouvelle synthèse des antrodins A et B ont été accomplies efficacement en 6-8 étapes. Les étapes clés incluent un couplage croisé sp²-sp³ catalysé au fer de Fürstner-Kochi et l’oxyfonctionnalisation d’un 2-silyloxyfurane. De plus, une synthèse biomimétique simple et efficace des anhydrides maléiques et des maléimides d’Antrodia est présentée. L’étape clé consiste en une condensation de type Perkin effectuée dans des conditions exceptionnellement douces. Par ailleurs, le γ-hydroxy-β-sulfanylbuténolide naturel cépanolide ainsi qu’une série d’analogues ont été synthétisés régiosélectivement par la combinaison d’une oxyfonctionnalisation d’un 2-silyloxyfurane et d’une addition thia-Michael/élimination en tandem. Finalement, une synthèse énantiosélective efficace de l’antrocin, provenant également d’Antrodia camphorata, est décrite. Notre stratégie synthétique impliquait l’utilisation du sclaréolide comme synthon chiral de départ et une fonctionnalisation C-H à distance par une réaction de Barton. De plus, nos progrès récents envers la synthèse des amomaxins A et B sont représentés. Les transformations clés incluent la déconstruction séquentielle du sclaréolide par l’emploi d’une fragmentation de Grob et la fabrication du carbocycle à 9 membres par métathèse de fermeture de cycle.
This work concerns the total synthesis of natural products of biological importance which were achieved by the development and application of methodologies for the construction of oxygen and nitrogen containing heterocycles. First, our work on the synthesis of structurally similar metabolites of the linear furanoterpenoids family is described. The first synthesis of the marine HIF-1 inhibitor furospongolide has been achieved in 8 linear steps from geranyl acetate. The key steps involved were a Schlosser sp³-sp³ cross-coupling reaction and a Sonogashira alkynylation of β-bromobutenolide. The first synthesis of the antimicrobial furanosesterterpene 22-deoxyvariabilin and the determination of its absolute configuration are also described. Its assembly was carried out using sequential sp³-sp³ Schlosser cross-coupling reactions and our methodology for the installation of the (Z)-γ-ylidenebutenolide moiety. Our efforts towards the synthesis of the closely related natural products, namely variabilin and dehydrofurodentin, underline the need for the development of new synthetic strategies. Then, the divergent synthesis of many related maleic anhydride derivatives isolated from the rare fungus Antrodia camphorata are outlined. The first synthesis of antrocinnamomin D and a new synthesis of antrodins A and B have been achieved in 6-8 steps and high overall efficiency. Key steps include a Fürstner-Kochi iron-catalyzed sp²-sp³ cross-coupling and a 2-silyloxyfuran oxyfunctionalization. Moreover, a simple and efficient biomimetic synthesis of Antrodia maleimides and maleic anhydrides is described. The key step is a Perkin-type condensation performed under exceptionally mild conditions. Additionally, the naturally occurring γ-hydroxy-β-sulfanylbutenolide cepanolide and a range of new analogues were synthesized in a concise, regiospecific manner through the combined use of 2-silyloxyfuran oxyfunctionalization and tandem thio-Michael addition/elimination. Finally, an efficient enantioselective synthesis of antrocin, another Antrodia camphorata metabolite, is described. Our synthetic strategy involved the use of sclareolide as a chiral synthon in conjunction with a remote C-H functionnalization using the Barton reaction. Furthermore, our recent progress towards the total synthesis of the amomaxins A and B is represented. Key transformations include the controlled deconstruction of sclareolide employing a Grob fragmentation strategy and a ring-closing metathesis to form the 9-membered carbocycle.
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Belkacem, Mohamed Amine. "Identification chimique de métabolites secondaires de certains microorganismes, évaluation de leur effet dans les domaines pharmaceutiques et agronomiques." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30293/document.
Full textAbstract:
Au cours de ce travail de thèse intitulé " Identification chimique de métabolites secondaires de certains microorganismes, évaluation de leurs effets dans les domaines pharmaceutiques et agronomiques ", nous nous sommes intéressés à l'étude des effets des conditions de culture sur la production des composés organiques volatils microbiens à partir de deux souches bactériennes co-existantes dans le sol Français : Burkholderia sp. et Bacillus megaterium. A partir des différents extraits préparés, plus que cent composés ont été identifiés, comprenant les dicétopipérazines, les alcools, les composés soufrés, les esters et les acides carboxyliques, par le biais de plusieurs techniques chimiques, analytiques et spectroscopiques. Les résultats obtenus ont montré que les conditions de culture sont les pricipales responsables de la production des différentes familles chimiques des volatiles. Nous avons identifiés des composés qui sont rapportés pour la première fois à partir des bactéries tel que: la N-butylbenzènesulfonamide, triacontane, le proponaoate de 3- (3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphényl), (E) -5-chloro-3-(hydroxyimino) indoline-2-one et 1,3,5-triméthyl-2-octadecylcyclohexane. Sur le plan biologique, on a montré que les résultats obtenus sont fortement influencés par les conditions de culture utilisées pour cultiver les bactéries testées. En parallèle à cette investigation, nous avons montré que les extraits de Burkholderia sp. sont dotés d'un très important potentiel allélopathique. Enfin, une série des analogues de dicétopipérazines a été préparée et évaluée pour leurs activités anti-xanthine oxydase, anti a-amylase et anti 5-lipoxygénase ainsi que pour leurs activités cytotoxiques contre les lignées cellulaires suivantes ; OVCAR, MCF7 et HCT116. Un certain nombre de ces dérivés de dicétopiperazine ont montré des activités anti a-amylase et cytotoxique importantesIn this thesis entitled " Chemical identification of secondary metabolites from microorganism, evaluation of their effects on pharmaceutical and agronomic fields ", we are interested in studying the effect of culture conditions on the production of microbial volatiles organic compounds by two bacteria that inhabit French soil which are: Burkholderia sp. and Bacillus megaterium. From different prepared extracts, more than one hundred compounds were identified, including diketopiperazine, alcohols, sulfur containing compounds, esters and carboxylic acids, by means of several chemical, analytical and spectroscopic techniques. Results showed that culture conditions of different bacteria are the mainly responsible of production of different blend of volatiles. Many identified compounds including N-butylbenzenesulfonamide, triacontane, octadecyl 3-(3,5-di-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)propanoate, (E)-5-chloro-3-(hydroxyimino)indolin-2-one and 1,3,5-trimethyl-2-octadecylcyclohexane are reported for the first time from bacteria.Biologically, we have shown that obtained results are greatly influenced by the cultures conditions used in cultivation of tested bacteria. In addition to that, we have shown that Burkholderia sp. extracts possessed a very good allelopathic potential. Finally, a series new protested deketopiperazine derivatives have been prepared and evaluated in vitro against xanthine oxidase, a-amylase and 5-lipoxygenase enzymes, OVCAR, MCF7 and HCT116 cancer cell lines. Some of these molecules have been shown to be potent inhibitors of a-amylase and different cancer cell lines
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Mazmouz, Rabia. "L' étude de la biosynthèse de trois métabolites secondaires chez Oscillatoria PCC 6506 : cylindrospermopsine, anatoxine-a et cyanobatines." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077073.
Full textAbstract:
Les cyanobactéries, procaryotes photosynthétiques colonisant la plupart des environnements, produisent une large gamme de métabolites secondaires dont des toxines pour l'Homme et les animaux. Il est maintenant reconnu que la présence de cyanotoxines dans l'environnement représente un risque pour la santé. L'équipe s'intéresse particulièrement aux cyanobactéries du genre Oscillatoria dont plusieurs souches sont productrices de cyanotoxines. Grâce au séquençage du génome de la cyanobactérie Oscillatoria PCC 6506, les clusters de gènes de biosynthèse des toxines: cylindrospermopsine et anatoxine-a ont été identifiés. Au cours de mon travail de thèse, je me suis attachée par des approches variées allant de la génomique, la biochimie, la biologie moléculaire à la chimie analytique à la caractérisation moléculaire du cluster cyr de gènes de biosynthèse de la cylindrospermopsine, à la production de cette toxine par le genre Oscillatoria et à l'étude d'une étape de la biosynthèse. Dans un deuxième temps, je me suis attachée à la caractérisation de protéines remarquables appelées polycétides synthases (PKS), impliquées dans la biosynthèse de Panatoxine-a. Afin de caractériser la dernière étape de la biosynthèse, j'ai clone et exprimé le gène anaG chez E. Coli et la cyanobactérie Synechocystis PCC 6803. L'annotation fine du génome montre la présence de plusieurs autres clusters de gènes de biosynthèse de métabolites secondaires dont un codant pour la biosynthèse de peptides ribosomaux appelés cyanobactines. J'ai cloné les gènes ocy présents chez Oscillatoria PCC 6506 et exprimé et purifié les protéines correspondantes afin d'identifier la structure des cyanobactéries produites par l’Oscillatoria PCC 6506Cyanobacteria, photosynthetic procaryotes colonizing most of the environments, produce a wide range of secondary metabolites among which of toxins for the Man and the animals. It is now recognized that the presence of cyanotoxins in the environment represents a risk for the health. The team is particularly interested in the cyanobacteria of the genus Oscillatoria which are producing of cyanotoxins. Thanks to the sequencing of the genome of Oscillatoria PCC 6506, toxin biosynthesis clusters of genes were identified : cylindrospermopsin and anatoxin-a. During my PhD, I worked by varied approaches going of the genomics, the biochemistry, the molecular biology to the analytical chemistry in the molecular characterization of the cluster of genes cyr of cylindrospermopsin biosynthesis, in the production of this toxin by the genus Oscillatoria and in the study of a step of the biosynthesis. Secondly, 1 worked to the characterization of proteins called polyketides synthases proteins (PKS), involved in anatoxin-a biosynthesis. To characterize the last step of the biosynthesis, I cloned and expressed the anaG gene at E, coli and in the cyanobacteria Synechocystis PCC 6803. The genome annotation showed the presence of several other biosynthesis clusters of genes of secondary metabolites which one coding for the biosynthesis of ribosomal peptides called cyanobactins. I cloned ocy genes present in Oscillatoria PCC 6506 and expressed and purified corresponding proteins to identify the sequences of cyanobactins produced by Oscillatoria PCC 6506
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Aknin, Maurice. "Etude des acides gras, stérols et métabolites secondaires de quelques chlorophycées, rhodophycées et phaeophycées de la côte sénégalaise." Aix-Marseille 3, 1991. http://www.theses.fr/1991AIX30055.
Full textAbstract:
L'objet de cette these concerne l'etude des compositions en acides gras et en sterols de quelques chlorophycees, rhodophycees et phaeophycees de la cote senegalaise et l'identification de plusieurs metabolites isoles a partir de ces algues. Les compositions en acides gras et en sterols ont ete determinees par des analyses chromatographiques et spectroscopiques. Pour les chlorophycees, nous avons montre que chaque ordre et meme chaque genre peut etre caracterise par des acides gras et des sterols particuliers. L'etude des rhodophycees a permis de mettre en evidence dans la classe des solieriacees, et ce pour la premiere fois dans les organismes vivants, des acides gras cyclopentaniques en association avec des acides gras de la famille de l'acide 11-hexadecenoique. Chez les phaeophycees, le genre dictyota se caracterise par un fort pourcentage de l'acide 11-hexadecenoique et l'espece ralfsia expensa, par la presence du cholesterol comme sterol majoritaire au lieu et place du fucosterol, caracteristique de cette classe d'algues. L'etude des metabolites secondaires des genres laurencia (rhodophycees) et dictyota (phaeophycees) nous a permis d'isoler et d'identifier huit metabolites dont l'un obtenu a partir de l. Intricata s'est revele etre original. La structure de ce compose a pu etre etablie par des analyses spectroscopiques et par diffraction aux rayons x
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Fouchard, Samuel. "Influence des conditions de culture sur la composition membranaire et la production de métabolites secondaires chez les bactéries." Mulhouse, 2005. http://www.theses.fr/2005MULH0803.
Full textAbstract:
Lors de ce travail, deux séries d'analyses ont été effectuées en parallèle pour contrôler l'influence de facteurs environnementaux sur Pseudomonas fluorescens. La première a consisté à vérifier que le profil en acides gras de phospholipides de la membrane bactérienne est intimement lié aux conditions de culture de la bactérie. La deuxième partie s'est attachée au métabolisme secondaire bactérien. Ces deux séries d'analyses ont montré des similitudes quant à l'influence des conditions de culture sur le profil en acides gras et la production de métabolites, En effet, dans les deux cas, une analyse statistique a montré que la phase de croissance et la température de culture sont les facteurs prédominants. Ceci suggère qu'il existe un lien entre le profil d'acides gras de la membrane et la production de métabolites secondaires. Ce lien semble s'exprimer au travers des protéines membranaires dont l'activité est affectée par les variations en acides gras de phospholipidesDuring this work, two series of analyses were carried out in parallel to control the influence of environmental factors on Pseudomonasfluorescens. The first one has consisted in controlling that phospholipid fatty acids profile of the bacterial membrane is closely related to the culture conditions of the bacterium. In the second part, the bacterial secondary metabolism was investigated. These two series of analyses have showed similarities concerning the influence of the culture conditions on the fatty acids composition and the metabolites production. Indeed, in both cases, a statistical analysis has showed that the growth phase and the culture temperature are the prevalent factors. This suggests there is a link between the fatty acids profile of the membrane and the secondary metabolites production. This link seems to be expressed through membrane proteins whose activity is affected by the variations of phospholipid fatty acids composition
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Castro, Dionicio Inés. "Caractérisation des métabolites secondaires responsables de l'activité anti-Helicobacter pylori d'une plante médicinale péruvienne Cordia lutea Lam. (Boraginaceae)." Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30059.
Full textAbstract:
Cordia lutea Lam. (Flor de Overo) est une plante utilisée en médecine traditionnelle péruvienne pour le traitement des troubles gastro-intestinaux, des hépatites et des douleurs rénales. Onze composés ont été isolés à partir de l'extrait éthanolique des fleurs de cette plante médicinale sur la base d'un fractionnement bioguidé. Dix de ces composés (cordiasecosides A-J), représentent les premiers exemples de 9,10-seco-29-norcycloartane glycosides. Leurs structures ont été déterminées par des analyses de données RMN et MS ainsi que des analyses cristallographiques aux rayons X. Ces composés ont montré une activité in vitro anti-Helicobacter pylori significative et aucune activité contre Escherichia coli ou Pseudomonas aeruginosa. Une activité significative a été observée pour les cordiasecosides E et F contre Staphylococcus aureus. Tous les composés présentent une faible cytotoxicité contre les cellules RAW 264,7. Les activités antileishmaniales et antiplasmodiales in vitro des cordiasecosides A à F ont également été évaluées. Le présent travail de recherche comprend aussi l'isolement de deux composés précédemment décrits dans la littérature : l'acide isorinique et la quercétine 3-robinobioside. Enfin, l'étude botanique et chimique de différents lots de matériel végétal achetés sur différents marchés a également été réalisée, dans le but d'évaluer la variabilité de la drogue et de proposer des pistes pour contrôler sa qualitéCordia lutea Lam. (Flor de Overo) is a plant used in Peruvian traditional medicine as a remedy for the treatment of gastrointestinal disorders, hepatitis and kidney pain. Eleven compounds were isolated from the ethanol extract of the flowers of this medicinal plant on the basis of bioassay-guided fractionation. Ten of these compounds (cordiasecosides A-J), represent the first examples of 9,10-seco-29-norcycloartane glycosides. Their structures were determined by the application of NMR and MS data analysis together with X-ray crystallographic analyses. These compounds showed significant in vitro anti-Helicobacter pylori activity, and no activity against Escherichia coli or Pseudomonas aeruginosa. Significant activity was observed for cordiasecosides E and F against Staphylococcus aureus. All compounds displayed weak cytotoxicity against RAW 264.7 cells. The in vitro antileishmanial and antiplasmodial activities of cordiasecosides A -F were also evaluated. This research work also includes the isolation of two compounds previously described in the literature: isorinic acid and quercetin 3-robinobioside. Finally, the botanical and chemical study of different batches of plant material purchased from different markets was also carried out, with the aim of assessing the variability of the drug and proposing ways to control its quality
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Navarri, Marion. "Métabolites secondaires de champignons de sédiments marins profonds : criblages génétique et fonctionnel et caractérisation structurale de molécules antimicrobiennes." Thesis, Brest, 2016. http://www.theses.fr/2016BRES0127/document.
Full textAbstract:
La propagation des micro-organismes résistants aux antibiotiques menace le système mondial de santé publique. Pour lutter contre ce phénomène, le renouvellement des molécules utilisées en antibiothérapie est devenu une priorité mondiale. Les antibiotiques étant principalement d’origine microbienne, l’étude des micro-organismes et de leurs métabolites s’est donc renforcée et s’oriente vers des écosystèmes peu explorés comme les biotopes marins.Nous avons exploré les activités antimicrobiennes d’une collection de 183 champignons isoles de sédiments marins profonds et collectés entre 4 et 1884 mètres sous le plancher océanique. Le potentiel de production de métabolites de cette collection a été révélé par un criblage génétique ciblant les PolyKetide synthase (PKS), les Non-Ribosomal Peptide Synthetase (NPRS), les TerPene Synthase (TPS) et les hybrides PKS-NRPS. Après avoir regroupé les isolats en fonction de leur profil MSP PCR, 110 ont été sélectionnés pour un criblage fonctionnel, montrant une forte proportion de champignons filamenteux antimicrobiens (32%).Après extraction et fractionnement, les composés bioactifs de 3 souches ont été caractérisés aux niveaux structural et fonctionnel. Ainsi, O. griseum UBOCC-A-114129 produit la fuscine, la dihydrofuscine, la secofuscine et la dihydrosecofuscine, P. bialowiezense UBOCC-A-114097 produit l’acide mycophénolique et Penicillium sp. produit UBOCC-A-114109 la rugulosine.Parallèlement, des analyses en LC-HRMS, réalisées sur des extraits fongiques, ont révélé un grand nombre de métabolites non décrits dans les bases de données. Les champignons des sédiments marins constituent donc un réservoir de structures originales à explorerThe spreading of antimicrobial resistant microorganisms jeopardizes global health caresystem. To counteract this threat the renewal of antibiotic molecules is a global priority. Antibioticcompounds are mainly originated from microorganisms, so microorganisms and their secondarymetabolites received an increasing interest. The search for new natural antimicrobial compoundsfrom microorganisms gained untapped ecosystems as marine biosphere.We investigated the antimicrobial properties of a fungal collection. The 183 fungal isolateswere collected from deep subseafloor sediment and isolated between 4 and 1,884 meters belowthe seafloor. Secondary metabolites production potential was studied for all isolates in thecollection by screening genes coding PolyKetide Synthase (PKS), Non-Ribosomal Peptide Synthetase(NRPS), TerPene Synthase (TPS) and hybrid PKS-NRPS. After isolates dereplication according to theirMSP-PCR fingerprinting, an antimicrobial screening was performed for 110 isolates, highlighting ahigh proportion of filamentous fungi with antimicrobial properties (32%).After extraction and bio-guided fractionation bioactive metabolites isolated from 3 strains,were characterized in a structural and functional manner: O. griseum UBOCC-A-114129 producedfuscin, dihydrofuscin, secofuscin and dihydrosecofuscine, P. bialowiezense UBOCC-A-114097synthetized mycophenolic acid and Penicillium sp. UBOCC-A-114109 produced rugulosin.In the meantime, LC-HRMS analysis, performed on fungal extracts, showed a great proportionof metabolites not detected in interrogated databases. So, deep subseafloor fungi, represent anuntapped reservoir of original structures to explore
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Gadzovska, Sonja. "Production de métabolites secondaires par les cultures de cellules et de tissus d'Hypericum perforatum L : effets de divers facteurs exogènes." Orléans, 2005. http://www.theses.fr/2005ORLE2005.
Full textAbstract:
Les pousses feuillées, les cals et les suspensions cellulaires d'Hypericum perforatum L. Cultivés in vitro ont été utilisés comme des modèles expérimentaux pour l'étude des effets de quelques facteurs exogènes sur la production de métabolites secondaires. Les méthodes analytiques développées dans ce travail ont permis le dosage de l'hypéricine, de la pseudohypéricine et d'autres métabolites secondaires extraits des explants cultivés in vitro. Afin de déterminer si la production de métabolites secondaires pouvait être augmentée, des cultures in vitro ont été soumises à des phytohormones (auxines et cytokinines) et des éliciteurs chimique (acide jasmonique, acide salicylique, pectine et chitine). Afin d'évaluer les réponses aux éliciteurs biotiques, les suspensions cellulaires ont été traitées avec des extraits de mycélium de trois champignons Fusarium oxysporum, Phoma exigua et Botrytis cinerea. Les pousses feuillées produisent des métabolites secondaires. Les cals et les suspensions cellulaires répondent rapidement à l'application d'éliciteurs exogènes. Les éliciteurs fungiques, les acides jasmonique et salicylique sont des éliciteurs efficaces pour la productions de métabolites secondaires dans des suspensions cellulaires d'Hypericum. La production de métabolites secondaires par des cellules d'Hypericum peut être partiellement modifiée par l'addition d'éliciteur. Des cultures bien contrôlées pourraient éventuellement être utilisées comme une source pour une production rapide et accrue d'hypéricine et de pséudohypericine.
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Souza, Rodrigues Alice Maria de. "Analyse et valorisation bioinspirée des métabolites secondaires à l'origine de la durabilité naturelle des bois exploités de Guyane française." Antilles-Guyane, 2010. http://www.theses.fr/2010AGUY0348.
Full textAbstract:
L’exploitation forestière en Guyane se focalise sur quelques espèces locales connues pour leur grande durabilité naturelle, mettant en danger le renouvellement de ces populations exploitées. La durabilité naturelle est la résistance intrinsèque du bois à la biodégradation ; elle est liée notamment à la présence de composés extractibles, non liés à la matrice lignocellulosique. Dans ce contexte, dix-neuf espèces capables de produire des bois résistants à la biodégradation ont été extraites et les extraits ont été testés pour leurs activités fongicides et termicides. Au regard des résultats obtenus dans ces essais préliminaires, huit extraits provenant de huit espèces différentes ont été évalués au regard de leur capacité à protéger les bois non durables exposés à des facteurs de risques (champignons et termites). Les extraits de Bagassa guianensis, Tabebuia serratifolia, Qualea rosea et Sextonia rubra sont les plus efficaces contre la dégradation fongique et également, pour la dernière espèce citée, les termites. Le fractionnement de l’extrait à l’acétate d’éthyle de bois de S. Rubra nous à permis d’identifier deux composés actifs, le rubrénolide et le rubrynolide, étant chacun responsable respectivement des activités fongicite et temicite de l’extrait. De la même façon, il a été possible d’identifier dans l’extrait à l’acétate d’éthyle du bois d’Andira surinamensis le sativane, la maackiaïne, ma médicarpine, le biochanine A, la bolusantine IV, la dihydroformononétite et la liquiritigénine. Les cinq premiers cités possèdent des activités antifongiques intéressantes, notamment contre les levures Candida albicans, C. Glabrata et C. ParapsilisisCommercial forest in French Guiana focuces on few local species known for their high natural durability, therefore endangering exploited populations renewal. Natural durability is the intrinsic wood resistance to biodegradation ; it is linked, among others, to the presence of extractible compounds that are not linked to the lihnocelluloses matrix. In this context nineteen species capable of producing a biodegradation resistant wood have been extracted and the fungicite and termicide eight extracts have been evaluated. These preliminary results motivated the choice of eight extracts obtained from eight different species. The capability of these extracts for protecting non-durable woods was evaluated for woods exposed to risk factors (fungi and termites). Extracts from Bagassa guianensis, Tabebuia serratifolia, Qualea rosea and Sextonia rubra were the most efficient against fungal degradation, and the last cited was also active against termites. Fractionation of S. Rubra wood extract allowed us to identify two active compounds, rubrenolide and rubrynolide, each being responsible for the antifungal and the termicide antivity of the extract, respectively. In the same way, it was possible to identify sativane, maackiain, medicarpin, biochanin A, bolusantin IV, dihydroformononetin and liquiritigenin from Andira surinamensis wood ethyl acetate extract. The first five compounds presented promising antifungal activities, especially against yeasts Candida albicans, C. Glabrata and C. Parapsilisis
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Gros, Emmanuelle. "Isolement, identification et synthèse biomimétique de métabolites secondaires issus d'invertébrés marins de la zone sud-ouest de l'océan Indien." Thesis, La Réunion, 2013. http://www.theses.fr/2013LARE0005/document.
Full textAbstract:
Le principal objectif de cette thèse, au caractère interdisciplinaire, concernait l'étude de l'éponge Biemna laboutei de Madagascar, connue pour sa toxicité (causant notamment des dermatites). Les travaux entrepris comprenaient en premier lieu, l'étude chimique de cette éponge incluant l'extraction, l'isolement et l'identification des métabolites secondaires par différentes techniques chromatographiques (CLMP, CLHP…) et spectroscopiques (UV-visible, HRMS, RMN 1D et 2D…). Dix-huit alcaloïdes appartenant à la classe rare des hétérocycles tricycliques (5,6,8b)-triazaperhydroacénaphtylène (i.e. ptilocaulines, mirabilines, nétamines) ont été isolés et identifiés. Douze de ces alcaloïdes tricycliques guanidiniques, de structures nouvelles, ont été nommées nétamines H-S. Ces composés ont été classés en fonction des insaturations de leur noyau tricyclique : type pyrimidine, insaturés en Δ8,8a et insaturés en Δ8a,8b. Pour deux des composés isolés, les nétamines I (58) et J (59), une étude configurationnelle reposant sur la comparaison de spectres UV et DCE, expérimentaux et théoriques (théorie de la fonctionnelle et de la densité), a permis la détermination de leurs configurations absolues : 5aS, 7R, 8R pour la nétamine I et 5aS, 7R, 8S pour la nétamine J. La valorisation des molécules isolées a ensuite été envisagée via d'une part la réalisation d'une étude chimiotaxonomique et d'autre part, l'évaluation de leurs activités biologiques (cytotoxicité, activité antipaludique, …). La nétamine M (62) a présenté une activité cytotoxique sur les cellules cancéreuses KB (CI50 = 1,0 μg/mL) et les nétamines O (64), Q (66) et K (60) se sont montrées actives contre le parasite Plasmodium falciparum, responsable du paludisme avec respectivement une CI50 de 4,66 ; 2,53 et 0,62 μg/mL. Enfin, au cours de ces travaux de thèse, ont été explorées trois nouvelles stratégies de synthèse conduisant au squelette des alcaloïdes guanidiniques tricycliques, suivant une approche biomimétiqueThe main purpose of this interdisciplinary thesis was to study Biemna laboutei, a sponge from Madagascar, known to have toxic properties (dermatitis-producing). The chemical investigation of this sponge including extraction, isolation and identification of secondary metabolites was first undertaken using several chromatographic (HPLC, MPLC…) and spectroscopic (UV-visible, HRMS, NMR 1D et 2D…) techniques. Eighteen alkaloids belonging to the rare class of tricyclic (5,6,8b)-triazaperhydroacenaphtylene heterocycles (i.e. ptilocaulins, mirabilins, netamines) were isolated and identified. Twelve new alkaloids from this group of guanidine derivatives were named netamine H-S. These compounds were grouped on the basis of unsaturation and double bond regiochemistry, with pyrimidine, Δ8,8a and Δ8a,8b heterocycles. For two compounds, netamine I (58) and J (59), a joint theoretical (Density functional theory) and experimental study of UV and ECD spectra allowed the determination of their absolute configuration: 5aS, 7R, 8R for netamine I and 5aS, 7R, 8S for netamine J. The chemotaxonomic meaning of these alkaloids was discussed. Their biological activities were also evaluated. Netamine M (62) exhibited a cytotoxic activity towards KB cells (IC50 = 1,0 μg/mL) while netamine O (64), Q (66) and K (60) were active against the malaria parasite Plasmodium falciparum with IC50 value of 4,66; 2,53 and 0,62 μg/mL respectively. Finally, this work was also dedicated to the biomimetic synthesis of the tricyclic guanidine skeleton. Three new synthesis routes were explored
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Chevalier, Mickaël. "Mise en place d’un workflow d’identification de microorganismes et de leurs métabolites secondaires d’origine non ribosomique par spectrométrie de masse." Thesis, Lille 1, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL1R049/document.
Full textAbstract:
Nous avons choisi de réaliser un Workflow permettant l’incrimination, la discrimination et l’identification de peptides non ribosomiques (NRPs) connus ou inconnus dans une philosophie tournée vers le criblage de nouveaux composés actifs. Cette combinaison de méthodes analytiques commence par l’identification du microorganisme par une méthode de profilage phénotypique par spectrométrie de masse (MS). Puis, nous avons choisi de combiner pour la première fois une méthode de calcul itérative et les informations contenues dans la base de données, Norine, dédiée aux NRPs. Cette combinaison nous a permis de déterminer la composition élémentaire de peptide non ribosomique à partir de données HRMS combinées à un maillage vectoriel reliant les différents NRPs de Norine et les formules chimiques. Nous illustrons égalementque d’une part cette méthode démontrée à partir des données MS peut-être extrapolée aux données de fragmentation MS/MS et que d’autre part elle présente un intérêt pour la déréplication des NRPs mais aussi la caractérisation structurale de nouveaux composés actifs pour des applications en particulier dans les secteurs de la santé et phytosanitaires. La performance du workflow sera illustrée par l’identification de lipopeptides produit par des souches de Pseudomonas. Ces lipopeptides sont particulièrement intéressants car se sont des composés ayant des applications potentielles en biocontrôleWe have chosen to carry out a Workflow allowing the incrimination, the discrimination and the identification of known or unknown nonribosomal peptides (NRPs) in a philosophy oriented towards the screening of new active compounds. This combination of analytical methods begins with the identification of the microorganism by a phenotypic profiling method by mass spectrometry (MS). Then, we chose to combine for the first time an iterative calculation method and the information contained in the database, Norine, dedicated to NRPs. This combination allowed us to determine the nonribosomal peptide elemental composition from HRMS data combined with a vector mesh linking the different Norine NRPs and the chemical formulas. We also illustrate that on the one hand this method demonstrated from the MS data can be extrapolated to the MS / MS fragmentation data and that on the other hand it is of interest for the dereplication of NRPs but also the structural characterization of new compounds for applications especially in the health and plant health sectors. The workflow performance will be illustrated by the identification of lipopeptides produced by Pseudomonas strains. These lipopeptides are particularly interesting because they are compounds with potential applications in biocontrol
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Hay, Anne-Emmanuelle. "Métabolites secondaires isolés de deux plantes néo-calédoniennes, Calophyllum Caledonicum Vieill. Et Garcinia Vieillardii P. : étude chimique et valorisation biologique." Angers, 2003. http://www.theses.fr/2003ANGE0503.
Full textAbstract:
L'étude phytochimique de deux Clusiaceae néo-calédoniennes : Calophyllum caledonicum et Garcinia vieillardii a permis d'isoler et de caractériser 40 composés issus du métabolisme secondaire. Parmi ceux-ci, une majorité de xanthones et d'acides dérivés de la chromanone ont été identifiés. Huit de ces produits naturels sont originaux. Diverses évaluations biologiques menées sur les extraits bruts et les composés purifiés - propriétés antifongiques, antiprotéases, anti-VIH, antipaludiques, antileishmaniennes et/ou antiradicalaires - ont par ailleurs conduit à la mise en évidence de propriétés significatives de ces derniers. Une activité antileishmanienne intéressante a ainsi été décelée dans le cas de la pancixanthone B et de la 1,6-dihydroxyxanthone, isolées des écorces de G. Vieillardii. Certains acides chromanes de C. Caledonicum présentent quant à eux des activités inhibitrice et découplante de la chaîne respiratoire de mitochondries isolées de graines de poisA phytochemical study of two neocaledonian Clusiaceae : Calophyllum caledonicum and Garcinia vieillardii led to the isolation and the structural identification of 40 secondary metabolites. This compounds mainly belong to the xanthones or the chromanes acids series. Among them, a majority of xanthones and some acids derived from chromanone were identified. Eight of those natural compounds present an original structure. The biological activities of either the crude extracts or the pure compounds have been evaluated - antifungal, antiproteasic, anti-HIV, antimalarial, antileishmanial and/or antioxidant - and showed significant results. Indeed, Pancixanthone B and 1,6-dihydroxyxanthone isolated from the stem bark of G. Vieillardii showed a leishmanicidal activity towards the growth of promastigotes as well as amastigotes, while some acids isolated from C. Caledonicum exhibit an inhibitory and decoupling activity of the respiratory chain of mitochondria isolated from pea seeds
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Dubin, Guy-Marie. "Isolement et identification de métabolites secondaires phytotoxiques de Stereum hirsutum, un des champignons responsables d'une maladie de la vigne, l'esca." Poitiers, 1998. http://www.theses.fr/1998POIT2285.
Full textAbstract:
L'esca est l'une des maladies les plus destructives de la vigne, car, en l'absence de traitements (arsenite de sodium), les souches atteintes meurent, entrainant une diminution progressive de l'encepagement du vignoble. Cette maladie se manifeste sous deux formes, l'une lente, l'autre apoplexique. Cinq champignons sont infeodes au syndrome de l'esca : stereum hirsutum, phellinus punctatus, eutypa lata, phaeoacremonium aleophilum et phaeoacremonium chlamydosporum. Cette etude avait pour objectif d'isoler et d'identifier les composes phytotoxiques de stereum hirsutum. L'investigation de l'extrait brut de la culture de ce champignon sur milieu liquide a permis l'identification de huit metabolites secondaires dont la moitie sont de nouveaux produits. La plupart de ces composes possedent une ou deux unites acetyleniques, tels l'hirsutine et l'hirsutinol. Des bioessais realises sur plantules de tomate ont prouve la toxicite de plusieurs de ces metabolites et en particulier de l'hirsutine. Nous avons recherche ensuite la presence de ces metabolites toxiques par lc-esi-ms/ms dans le materiel vegetal. De tous les metabolites identifies seul, l'hirsutine a ete retrouvee dans le bois malade. Elle n'est presente ni dans le bois sain ni dans la seve infectee. Ce travail fournit une connaissance plus approfondie du metabolisme secondaire de stereum hirsutum. Des voies de biosyntheses de ses metabolites ont ete proposees. L'hirsutine semble impliquee dans le syndrome de l'esca.
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Campos, Pierre-Éric. "Biodiversité des invertébrés marins : de l'isolement à la modélisation moléculaire de métabolites secondaires pour la découverte de nouveaux candidats médicaments." Thesis, La Réunion, 2017. http://www.theses.fr/2017LARE0007/document.
Full textAbstract:
Les travaux de thèse exposés dans ce manuscrit portent sur l'étude chimique de quatre éponges marines collectées à Madagascar : Monanchora unguiculata, Amphimedon sp., Aulospongus gardineri et Biemna laboutei. Pour les trois premières, l'extraction, l'isolement et l'identification des métabolites secondaires par différentes techniques chromatographiques (CLMP, CLHP…) et spectroscopiques (UV-visible, SMHR, RMN 1D et 2D…) ont été envisagés. Quinze métabolites secondaires de type alcaloïdes guanidiniques, dérivés de la bromotyrosine, N-acyléthanolamines et polyynes, ont été isolés de ces éponges. Huit sont de structures nouvelles. La valorisation des molécules isolées a ensuite été envisagée via l'évaluation de leurs activités biologiques. Deux d'entres elles, la fromiamycaline (M70) et la ptilomycaline F (MU7) ont montré une excellente activité antipaludique et quatre, la fromiamycaline (M70) et les ptilomycalines E (MU6), G (MU8) et H (MU9) une cytotoxicité sur cellules KB prometteuse. L'étude de la dernière éponge, Biemna laboutei, portait sur des molécules précédemment isolées au sein du LCSNSA. Les travaux entrepris comprenaient une vérification des configurations relatives de neuf alcaloïdes guanidiniques déterminées par RMN grâce à la probabilité DP4+. Les configurations relatives déterminées par RMN de sept des molécules ont ainsi pu être confirmées et trois d'entre elles, les nétamines G (E8), P (E17) et R (E19) ont fait l'objet d'une étude plus approfondie par modélisation moléculaire afin de déterminer leur configuration absolue par comparaison de leur spectre de Dichroïsme Circulaire Électronique expérimental avec un spectre calculéThe work described in this manuscript concerns the chemical study of four sponges from Madagascar: Monanchora unguiculata, Amphimedon sp., Aulospongus gardineri and Biemna laboutei. For the first three sponges, the study was devoted to the extraction, isolation and identification of secondary metabolites by various chromatographic (MPLC, HPLC…) and spectroscopic (UV, HRMS, 1D and 2D NMR…) techniques. Fitfteen secondary metabolites including guanidine alkaloids, bromotyrosin derivated, N-acylethanolamines and polyynes were isolated from these sponges. Eight are new molecules. The biological activities of the isolated compounds were then evaluated. Two of them, fromiamycalin (M70) and ptilomycalin F (MU7) showed a very good antimalarial activity and four of them, fromiamycalin (M70) and ptilomycalins E (MU6), G (MU8) and H (MU9) a promising cytotoxicity against KB cells. The study of the last sponge, Biemna laboutei, was performed on molecules already isolated in the LCSNSA. This work included the determination of the relative configuration of nine guanidine alkaloids by using the DP4+ probability. The relative configuration of seven molecules was confirmed. Three of them, netamines G (E8), P (E17) and R (E19) were selected for a study by molecular modeling to determine their absolute configuration by comparison of their experimental Electronic Circular Dichroism spectrum with a calculated spectrum
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Valette, Marine. "Gènes et métabolites végétaux marqueurs de l'association riz-bactérie phytobénéfique." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1064.
Full textAbstract:
Ce projet explore l’hypothèse selon laquelle les gènes et les métabolites végétaux communément régulés joueraient un rôle majeur dans l’interaction riz-PGPR et constituerait une signature moléculaire de la perception des PGPR par le riz. Dans cet objectif, une analyse intégrant le suivi de l’expression d’une sélection de gènes ainsi que le profilage des métabolites secondaires a été conduite sur les racines d’un unique cultivar de riz (Nipponbare) en réponse à l’inoculation de dix souches de PGPR appartenant à divers genres bactériens (Azospirillum, Herbaspirillum, Paraburkholderia). Nos résultats ont permis l’identification de quatre gènes de riz pouvant être considérés comme marqueurs de l’association riz-PGPR, avec notamment deux gènes impliqués dans la biosynthèse de phytoalexines et un gène codant pour une protéine PR (pathogenesis-related). De plus, une signature métabolique commune, constituée de neuf composés, a été mise en évidence, dont la réduction de l’accumulation de trois alkylrésorcinols et l’augmentation de l’accumulation de deux amides d’acides hydroxycinnamiques (HCAA) : la N-p-coumaroylputrescine et la N-féruloylputrescine. Cette signature métabolique a été corrélée avec l’augmentation de l’expression de deux gènes impliqués dans la biosynthèse de la N-féruloylputrescine. Il est intéressant d’observer que la confrontation du riz à un pathogène bactérien entraine une réduction de l’accumulation de ces HCAA dans les racines. Cette accumulation d’HCAA, qui sont des composés antimicrobiens potentiels, pourrait être considérée comme une réaction primaire de la perception de bactéries par le rizBesides, a common metabolomic signature of nine compounds was highlighted, with the reduced accumulation of three alkylresorcinols and increased accumulation of two hydroxycinnamic acid amides (HCAA), identified as N-p-coumaroylputrescine and N-feruloylputrescine. This coincided with the increased transcription of two genes involved in the N-feruloylputrescine biosynthetic pathway. Interestingly, exposure to a rice bacterial pathogen triggered a reduced accumulation of these HCAA in roots. Accumulation of HCAA, that are potential antimicrobial compounds, might be considered as a primary reaction of rice to bacterial perception
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Pakora, Gilles Alex. "Biocontrôle de la pourriture brune du cacaoyer par trois isolats de Trichoderma, étude des métabolites secondaires actifs et de leur biotransformation." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066255.
Full textAbstract:
La pourriture brune des cabosses de cacaoyer due aux espèces de Phytophthora est responsable de plus de 40% des pertes mondiales de cacao. La lutte chimique ayant montré ses limites, les recherches se sont orientées vers le biocontrôle de cette maladie. En Côte d’ivoire, premier pays producteur mondial, des études ont permis de sélectionner et d’identifier 3 isolats de Trichoderma (T. Virens T7, T. Asperellum T54 et T. Harzianum T40) comme antagonistes de la croissance d’un Phytophthora palmivora. L’étude chimique de ces 3 isolats de Trichoderma a conduit à l’isolement et à la production de 14 molécules dont une présente une structure originale, l’acide trichoderonique C et deux, la viridine et la gliovirine, produites en grande quantité présentent une activité inhibitrice contre P. Palmivora. La viridine possède une activité inhibitrice de la germination des zoospores des souches de P. Palmivora et la gliovirine agit contre la croissance mycélienne des souches de Phytophthora. Les études de biotransformation de la viridine ont montré sa détoxification par sa réduction en viridiol par de nombreux micro-organismes. En revanche, ce produit est phytotoxique et sa formation peut être une limite à la mise en place du biocontrôle par ces isolats de Trichoderma. Enfin, parmi les souches actives, la bactérie Rhodococcus globerolus réduit la viridine de manière non sélective en donnant le viridiol et le 3-épi-viridiolThe pod rot of cocoa caused by Phytophthora species is responsible for over 40% of cocoa losses in the world. Chemical control has its limitations, therefore the researches has been directed towards the biocontrol of the disease. In Côte-d'Ivoire, the first world cocoa producer, studies allowed to select and identify three isolates of Trichoderma (T. Virens T7, T. Harzianum and T. Asperellum T54 T40) as antagonists of the growth of Phytophthora palmivora. The chemical study of these three Trichoderma isolates led to the isolation and production of fourteen molecules. Among them one has a unique structure, trichoderonic acid C, and two others, viridin and gliovirin produced in large quantities, exhibit inhibitory activity against P. Palmivora. Viridin shows inhibitory activity against germinating zoospores of P. Palmivora strains and gliovirin is active against the mycelial growth of Phytophthora strains. The biotransformation studies of viridin showed its detoxification by its reduction into viridiol by many microorganisms. However, this product is phytotoxic and its formation may be a limit to the implementation of the biocontrol using isolates of Trichoderma. Finally, among the reducing strains, the bacterium Rhodococcus globerolus convert viridin in a non-selective manner to give viridiol and 3-epi-viridiol
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Popovici, Jean. "Mécanismes moléculaires de la spécificité de la symbiose Frankia-Myrica gale : nature et rôles des métabolites secondaires de la plante-hôtes." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10239.
Full textAbstract:
Les mécanismes moléculaires impliqués dans la mise en place et la spécificité de la symbiose fixatrice d’azote associant des bactéries du genre Frankia aux plantes dites actinorhiziennes ne sont toujours pas connus. Le modèle végétal choisi, Myrica gale, permet, grâce à sa spécificité d’interaction originale par rapport aux autres Myricaceae, de comparer des interactions compatibles et incompatibles. Ce travail de thèse a porté sur le rôle des métabolites secondaires de la plante-hôte dans la spécificité de l’interaction. Deux approches sont développées dans ce travail : 1 la purification, l’identification et l’étude de l’effet des molécules exsudées des graines de la plante sur la physiologie de souches compatibles et incompatibles de Frankia (croissance, fixation d’azote et transcriptome) et 2 l’effet de l’inoculation de souches compatibles et incompatibles sur le métabolisme phénolique racinaire de la plante-hôte. Les résultats de travail montrent l’implication des métabolites secondaires de la plante, en particulier des dihydrochalcones, dans l’interaction symbiotique avec FrankiaThe molecular mechanisms involved in the establishment and the specificity of the nitrogen-fixing symbiosis associating Frankia genus bacteria and actinorhizal plants are still unknown. The plant model chosen, Myrica gale, allows, due to its original symbiotic specificity compared to other Myricaceae species, to compare compatible and incompatible interactions. This work focused on the role of the host plant secondary metabolites in the symbiotic specificity. Two approaches were developed in this work: 1 the purification, identification and study of the effect of seed-exudated compounds on the physiology of compatible and incompatible Frankia strains (growth, nitrogen fixation and gene expression) and 2 the effect of the inoculation of compatible and incompatible Frankia strains on the root phenolic metabolism of the host-plant. The results of this work show the involvement of the host-plant secondary metabolites and particularly dihydrochalcones, in the symbiotic interaction with Frankia
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Collemare, Jérôme. "Communication entre les plantes et leurs agents pathogènes : rôle des métabolites secondaires dans la reconnaissance du champignon Magnaporthe grisea par le riz." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112043.
Full textAbstract:
Magnaporthe grisea est le champignon ascomycète responsable de la principale maladie du riz, la pyriculariose. Les interactions entre M. Grisea et le riz sont contrôlées par des relations gène-pour-gène impliquant un gène d’avirulence dominant fongique et un gène de résistance dominant de la plante. Le gène d’avirulence ACE1 code une protéine fusion entre une polycétide synthase et une peptide synthétase non ribosomale (PKS-NRPS). Le signal d’avirulence reconnu par le produit du gène de résistance correspondant Pi33 serait le polycétide dont la biosynthèse dépend d’Ace1. La validation de ce nouveau modèle d’interaction gène-pour-gène requiert la caractérisation de ce métabolite secondaire. La région génomique où est localisé le gène ACE1 contient 15 gènes codant des protéines potentiellement impliquées dans une voie de biosynthèse d’un métabolite secondaire. Outre ACE1, ce locus contient en particulier le gène SYN2, codant une autre PKS-NRPS, deux gènes RAP1 et RAP2 codant des énoyl réductases et le gène BC2 qui code un facteur de transcription putatif à doigt de zinc Zn(II)2Cys6. Les quinze gènes de ce locus présentent le même profil d’expression spécifique de la phase de pénétration du champignon dans les tissus végétaux, définissant ainsi un cluster de gènes. Le rôle de ces gènes dans l’avirulence de M. Grisea a été évalué par génétique inverse. Les mutants de délétion du gène SYN2 sont toujours avirulents sur les cultivars de riz possédant le gène de résistance Pi33. Les difficultés pour obtenir des mutants de délétion ou d’interruption pour les gènes RAP1 et RAP2 nous ont conduit à créer un mutant de délétion du gène KU80, impliqué dans la réparation des cassures double brin de l’ADN par jonction d’extrémités non homologues. La souche Guy11-Dku80 présente un fort taux de remplacement de gène qui varie entre 60 et 98% selon les loci, sauf au niveau du cluster ACE1. Ainsi, nous n’avons pu obtenir que deux mutants d’interruption pour le gène RAP2 qui sont toujours avirulents. La répression de l’expression des gènes RAP1, RAP2 et BC2 par interférence par ARN n’a pas conduit à l’obtention de transformants virulents. L’ensemble de ces résultats suggère que seul ACE1 est important pour la production du signal d’avirulence reconnus par la plante. Le gène ACE1 n’est exprimé que dans les appressoria de M. Grisea lors de l’initiation de la pénétration du champignon dans la plante hôte. Plusieurs stratégies ont été mises en œuvre afin d’identifier les réseaux de régulation et les signaux inducteurs impliqués dans l’expression appressoriale d’ACE1. Nous avons démontré que le facteur de transcription bZIP Bip1, impliqué dans la pathogénie de M. Grisea, est essentiel à l’expression appressoriale des gènes du cluster ACE1. Plusieurs motifs putatifs de fixation de facteurs de transcription ont été identifiés dans le promoteur d’ACE1 soit par délétion, soit par l’analyse de la fixation de Bip1. Le facteur de transcription Bc2 codé par un gène du cluster ACE1 pourrait également intervenir dans le contrôle de l’expression de ce cluster. Ainsi, la régulation de l’expression des gènes du cluster ACE1 est complexe et fait intervenir plusieurs facteurs de transcription. Malgré ces connaissances, nous n’avons pas pu trouver de conditions favorables à l’expression des gènes de ce cluster en culture mycélienne afin de produire en grande quantité le métabolite reconnu par les cultivars résistants de riz. Afin de produire ce métabolite, nous avons initié une stratégie d’expression constitutive du gène ACE1 chez M. Grisea. Cette stratégie nécessite une caractérisation du métabolome de la souche sauvage de M. Grisea Guy11. L’extraction des métabolites secondaires produits par le mycélium de Guy11 in vitro à permis d’identifier par LC/MS une vingtaine de métabolites putatifs dont la caractérisation a été commencée. Cette carte de référence permettra l’analyse rapide des métabolites secondaires produits par les transformants exprimant constitutivement ACE1 qui sont en cours de constructionThe Ascomycete Magnaporthe grisea is responsible for a dramatic disease on rice worldwide, called blast. Interactions between M. Grisea and rice involve fungal avirulence genes and corresponding plant resistance genes, defining gene-for-gene relationships. The avirulence gene ACE1 encodes for a hybrid polyketide synthase – non ribosomal peptide synthetase (PKS-NRPS) involved in the biosynthesis of a polyketide thought to be the avirulence signal recognized by the rice Pi33 resistance gene. This new gene-for-gene model has to be validated by characterizing this secondary metabolite. The ACE1 locus is comprised of 15 genes that encode for putative secondary metabolism proteins. In addition to ACE1, this locus contains another PKS-NRPS encoding gene, SYN2, two enoyl reductases encoding genes RAP1 and RAP2, and the gene BC2, which encodes for a putative Zn(II)2Cys6 binuclear zinc finger transcription factor. All 15 genes display the same penetration specific expression pattern, defining a secondary metabolism gene cluster. Involvement of these genes in the avirulence of M. Grisea was assessed using reverse genetics strategies. ∆syn2 deletion mutants are still avirulent towards Pi33 resistant rice cultivars. Since obtaining RAP1 and RAP2 deletion or disruption mutants remained unsuccessful, we constructed the Guy11-Dku80 strain, in which the KU80 gene involved in non-homologous end joining was deleted. Gene replacement in this strain reaches 60 to 98% at all the targeted loci but the ACE1 locus. So only two ∆rap2 disrupted mutants were obtained, which are still avirulent. RNA interference to silence RAP1, RAP2 and BC2 genes did not result in virulent transformants. Altogether, these results suggest that only ACE1 is required for recognition by rice. ACE1 expression is connected to the initiation of the penetration of M. Grisea in the plant tissues. Several approaches were carried out to identify regulation networks and inducing signals involved in ACE1 appressorium specific expression. The bZIP-like transcription factor Bip1, involved in M. Grisea pathogenicity, was showed to be required for appressorium specific expression of the gene cluster ACE1. Deletion experiments and Bip1 binding assays identified putative transcription factors binding sites in the ACE1 promoter. The transcription factor Bc2, which is encoded by a gene located within the ACE1 cluster, could also be required for this appressorium specific expression. Thus, several transcription factors should be involved in the complex regulation of the ACE1 gene cluster expression. Our results did not reveal any permissive condition to the expression of this cluster in mycelia and subsequent large scale production of the metabolite recognized by rice resistant cultivars. Next, we initiated the constitutive expression of ACE1 in M. Grisea, which requires the characterization of the wild type strain Guy11 metabolome. Secondary metabolites produced in vitro by Guy11 mycelium were extracted and their LC/MS analysis identified about twenty putative secondary metabolites that are partially characterized. This reference map will facilitate the analysis of secondary metabolites produced by ACE1 constitutively expressing transformants, which are under construction
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Svilar, Ljubica. "Elucidation de la structure des métabolites secondaires d'Hypoxylon fragiforme par spectrométrie de masse haute résolution et réactions ions-molécules en phase gazeuse." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00836214.
Full textAbstract:
Les champignons produisent une grande variété de composés/métabolites biologiquement actifs qui peuvent être utilisés à des fins médicinales et pharmaceutiques. Les mitorubrines, membres de la famille des azaphilones, constituent un ensemble particulièrement intéressant de métabolites secondaires, présentant une grande étendue d'activités biologiques (e.g. antimicrobienne, antibactérienne, antipaludique). Ce travail présente le développement de plusieurs approches de spectrométrie de masse permettant de résoudre la diversité structurelle naturelle et la complexité des azaphilones extraits des champignons Hypoxylon fragiforme. La première partie de ce manuscrit est dédiée au développement et à la validation d'une méthodologie analytique impliquant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution pour la détection efficace et précise de traces d'azaphilones dans des extraits fongiques complexes. En outre, des expériences de spectrométrie de masse en mode tandem (par dissociation induite par collision, CID) et d'échange hydrogène/deutérium ont été effectuées pour élucider et caractériser les azaphilones et leurs analogues azotés chez Hypoxylon fragiforme. La deuxième partie est consacrée à l'application de ces différentes stratégies analytiques pour la caractérisation approfondie d'une nouvelle famille de métabolites secondaires dérivés des azaphilones, les mitorubramines. Enfin, ces différents métabolites secondaires ont été purifiés pour confirmer leur structure chimique par spectroscopie RMN