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Academic literature on the topic 'Métatranscriptomiques'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024
Last updated: 31 July 2025

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Dissertations / Theses on the topic "Métatranscriptomiques"

1

Marandat, Gregory. "Développement et mise en œuvre d'approches métatranscriptomiques pour le suivi microbiologique de digesteurs anaérobies." Thesis, Paris, AgroParisTech, 2015. http://www.theses.fr/2015AGPT0005.

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Abstract:
La digestion anaérobie est une stratégie attractive pour traiter et valoriser les déchets organiques, par la co-production de biogaz, fertilisants, chaleur et électricité. Ces bioprocédés utilisent les capacités des microorganismes à convertir la matière organique complexe en composés plus simples. Les biomasses représentent le "moteur microbien" des réacteurs, et influencent leurs performances. Un suivi microbiologique est important, or pour des communautés complexes, les techniques classiques de biologie sont chronophages et limitées. La récente démocratisation du séquençage d’ADN de nouvell
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2

Hardy, Julie. "Etude du métatranscriptome de la digestion anaérobie du développement bioinformatique à l'étude expérimentale en conditions inhibitrices." Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2021. http://www.theses.fr/2021AIXM0382.

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Abstract:
La digestion anaérobie (DA) est un procédé de dégradation de la matière organique en absence d’oxygène qui conduit à la valorisation énergétique des résidus organiques sous forme de biogaz riche en méthane. L’optimisation de ces procédés nécessite une meilleure connaissance du fonctionnement des communautés complexes et de leur réponse fonctionnelle face à des perturbations. Un des principaux objectifs de cette thèse était la construction et la validation d’un pipeline bio-informatique dédié à l’analyse comparative de métatranscriptomes provenant de digesteurs anaérobies soumis à des perturbat
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3

Mustafa, Tarfa. "Vers une comparaison métatranscriptomique entre deux sols alpins sous couvert nival contrasté." Thesis, Grenoble, 2011. http://www.theses.fr/2011GRENS020/document.

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Abstract:
La distribution de la neige à l'échelle du paysage dans les zones alpines est une des variables les plus importantes contrôlant la structure et la fonction des écosystèmes de montagne. Des changements d'épaisseur neigeuse et de durée d'enneigement peuvent entraîner de grands changements dans les conditions édapho-climatiques, ainsi que dans la composition des communautés végétales et surtout sur les cycles biogéochimiques majeurs et par conséquence la structure et le fonctionnement de l'écosystème. Nous avons utilisé l'approche métatranscriptomique pour essayer de comprendre la diversité fonct
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4

Ugarte, Ari. "Combining machine learning and evolution for the annotation of metagenomics data." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066732/document.

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Abstract:
La métagénomique sert à étudier les communautés microbiennes en analysant de l’ADN extrait directement d’échantillons pris dans la nature, elle permet également d’établir un catalogue très étendu des gènes présents dans les communautés microbiennes. Ce catalogue doit être comparé contre les gènes déjà référencés dans les bases des données afin de retrouver des séquences similaires et ainsi déterminer la fonction des séquences qui le composent. Au cours de cette thèse, nous avons développé MetaCLADE, une nouvelle méthodologie qui améliore la détection des domaines protéiques déjà référencés pou
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5

Defois, Clemence. "Etude de l'impact de contaminats chimiques alimentaires sur le microbiote intestinal humain." Thesis, Université Clermont Auvergne‎ (2017-2020), 2017. http://www.theses.fr/2017CLFAS007/document.

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Abstract:
L’exposition aux polluants environnementaux a été associée à de nombreux désordres métaboliques, immunitaires et reproductifs ainsi qu’à divers cancers. De plus en plus de travaux, indiquent que le microbiote intestinal, qui joue un rôle majeur dans l’immunité et le métabolisme de l’hôte, interagit avec les xénobiotiques dont les polluants organiques persistants (POPs) et les contaminants néoformés dans les aliments. Cette interaction peut avoir des conséquences toxicologiques importantes via la modification des fonctions du microbiote intestinal mais également via la métabolisation des xénobi
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6

Ugarte, Ari. "Combining machine learning and evolution for the annotation of metagenomics data." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2016. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2016PA066732.pdf.

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Abstract:
La métagénomique sert à étudier les communautés microbiennes en analysant de l’ADN extrait directement d’échantillons pris dans la nature, elle permet également d’établir un catalogue très étendu des gènes présents dans les communautés microbiennes. Ce catalogue doit être comparé contre les gènes déjà référencés dans les bases des données afin de retrouver des séquences similaires et ainsi déterminer la fonction des séquences qui le composent. Au cours de cette thèse, nous avons développé MetaCLADE, une nouvelle méthodologie qui améliore la détection des domaines protéiques déjà référencés pou
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7

Metegnier, Gabriel. "From gene expression to genetic adaptation : insights into the spatio-temporal dynamics of Alexandrium minutum cryptic species complex." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS200/document.

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Abstract:
Les populations naturelles sont confrontées à des changements environnementaux. Pour y faire face, différentes réponses ont été sélectionnées au cours de l'évolution. Parmi elles se trouvent la plasticité phénotypique et l'adaptation génétique. Etudier les liens existants entre elles est une manière de comprendre les dynamiques des populations et de prévoir leurs réponses à un environnement changeant. Dans la présente étude, je me suis attaché à étudier ces liens à plusieurs échelles (intra- et interspécifique), chez le complexe d'espèces cryptiques de la micro-algue Alexandrium minutum, et ce
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8

Guerin, Nina. "Acclimatation du pico-eucaryote photosynthétique Pelagomonas calceolata aux changements environnementaux." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. https://www.biblio.univ-evry.fr/theses/2023/interne/2023UPASL138.pdf.

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Abstract:
Les picoeucaryotes photosynthétiques (PPE) sont abondants dans tous les océans et constituent une part importante de la biomasse et de la production primaire. Les modèles climatiques prédisent une extension des zones oligotrophes dans les prochaines décennies ce qui pourrait fortement augmenter l'abondance et l'impact écologique des PPE. Parmi eux, la microalgue Pelagomonas calceolata (Stramenopiles/Pelagophyceae) est très largement répandue dans les océans (Worden et al., 2012) mais son rôle dans le cycle du carbone et son impact sur la chaine trophique restent méconnus (Dupont et al., 2015).
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9

Ziller, Antoine. "Origine(s) et Fonction(s) de Gènes de Résistance aux Métaux Issus de Métatranscriptomes Eucaryotes de Sols." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1056/document.

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Abstract:
Le sol est essentiel à toute société humaine notamment pour la production d'aliments. Son fonctionnement repose sur des réseaux d'interactions entre les éléments qui le composent et toute perturbation modifie ces réseaux. Les microorganismes eucaryotes représentent une composante importante de l'écosystème édaphique car ils sont impliqués dans des processus essentiels comme la régulation de populations de procaryotes. Mais paradoxalement, ils restent peu étudiés comparés aux bactéries notamment lorsqu'on s'intéresse aux cycles biogéochimiques autres que celui du carbone comme par exemple ceux
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10

Kleinjan, Hetty. "The influence of bacteria on the adaptation to changing environments in Ectocarpus : a systems biology approach." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS267.

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Abstract:
Ectocarpus dépend de bactéries associées pour croitre en eau douce, ce qui souligne l'importance de l'holobionte lors de stress abiotique. Le but de ma thèse est d'élucider les mécanismes moléculaires qui sous-tendent ce phénomène. Les expériences de co-culture ciblées nécessitent des organismes cultivables. Par conséquent, j'ai caractérisé 388 bactéries associées à Ectocarpus, réparties en 33 genres. Aucune des bactéries cultivées testées n'a eu d'effet bénéfique sur la croissance des algues dans l'eau douce. J'ai continué à travailler avec des holobionts, traités aux antibiotiques doux, qui
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Book chapters on the topic "Métatranscriptomiques"

1

GUYOMAR, Cervin, and Claire LEMAITRE. "Métagénomique et métatranscriptomique." In Des séquences aux graphes. ISTE Group, 2023. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9066.ch5.

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Abstract:
Ce chapitre propose une étude de la métagénomique, en présentant les méthodes répondant à la question de l'identification des organismes présents dans des communautés microbiennes, avec ou sans références, ainsi qu'à la détermination de l'aspect fonctionnel (métatranscriptomique, inférence de réseaux métaboliques) ou encore à la comparaison d'échantillons métagénomiques.
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