Dissertations / Theses: 'Méthode longitudinale'

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Arnal, Mathieu. "Développement d'une évaluation génomique pour l'analyse de données longitudinales : application aux contrôles élémentaires chez les caprins laitiers." Thesis, Toulouse, INPT, 2019. http://www.theses.fr/2019INPT0124.

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Abstract:

L’amélioration génétique des caprins laitiers est basée, à ce jour, sur la mesure de la quantité et de la qualité de la production laitière des femelles en ferme, à intervalles de 4 à 5 semaines au cours de la lactation, selon des protocoles stricts. L’évaluation génétique de la quantité de lait repose sur l’estimation de la quantité de lait totale produite par lactation. Cette sélection à partir de la quantité totale de lait à la lactation a tendance à sélectionner des animaux avec une production au pic de lactation de plus en plus élevée. Une production importante en début de lactation peut être à l’origine, pour les femelles, de problèmes métaboliques. De plus, en caprins laitiers, dans un contexte de production saisonnée, une production laitière qui se maintient après le pic, i.e. persistante, permettrait une production laitière plus étalée, en lien avec les attentes du marché. Il y a donc un intérêt zootechnique et économique de vouloir sélectionner des chèvres laitières plus persistantes. Dans notre étude, l’approche consiste à modéliser la forme de la courbe de lactation à partir des informations recueillies lors de chaque contrôle en ferme. Les modèles permettant l’analyse de telles données longitudinales sont généralement appelés modèles de contrôles élémentaires. L’un des principaux intérêts, est une meilleure prise en compte d’effets d’environnement, affectant la production le jour du contrôle, avec un effet troupeau-jour de contrôle ne dépendant que des animaux présents lors du contrôle. Le deuxième avantage de ce type de modèle réside dans la modélisation de la plupart des effets génétiques et d’environnement sous forme de courbes ; il serait donc possible de sélectionner les animaux avec la meilleure valeur génétique pour la persistance. La mise au point de ces modèles nécessite l’étude préalable des effets d’environnement affectant la production laitière au cours du temps. Suite à une analyse descriptive détaillée des courbes de lactation des deux principales races caprines françaises (Alpine et Saanen), nous avons montré qu’il existait une variabilité de la forme de courbes de lactation, et en particulier que le mois de mise bas était impliqué dans les différentes formes de courbe. Nous avons ensuite proposé un modèle de régression aléatoire, proche de celui développé chez les bovins laitiers français. La modélisation proposée permet d’obtenir directement deux index génétiques : un premier correspondant à la valeur génétique de l’animal pour la quantité totale de lait au cours de la lactation et un deuxième correspondant à une valeur génétique de la persistance laitière de l’animal, et cela sans corrélation entre les deux. Le modèle développé permet de prendre en compte de façon disjointe les chèvres en primipares et les chèvres en multipares. Nous avons également étudié les corrélations entre index de différents caractères, au cours de la lactation ainsi que les corrélations entre persistance et fertilité à l’IA ou entre persistance et longévité. Dans une dernière partie, nous avons étendu le modèle d’évaluation génétique des contrôles élémentaires à un modèle d’évaluation génomique (Singlestep GBLUP) permettant d’exploiter l’ensemble des informations moléculaires disponibles (génotypages SNP 50K). Une validation de ce modèle et une comparaison au modèle actuel ont été réalisées. Les différences de moyennes des index estimés par année de naissance des boucs constituaient la principale différence entre le modèle Single-step GBLUP RRM et le Single-step GBLUP modèle à la lactation utilisé actuellement. Enfin, à partir du modèle Single-step GBLUP nous avons mis en évidence quelques régions du génome intéressantes liées à la persistance laitière
Genetic improvement of dairy goats is based on the measurement of the quantity and quality of milk production of females on farms, at intervals of 4 to 5 weeks during lactation, according to strict protocols. The genetic evaluation of the quantity of milk is based on the estimation of the total quantity of milk produced per lactation. This selection based on the total quantity of milk in lactation tends to select animals with increasingly high peak lactation production. High production at the beginning of lactation can cause metabolic problems for females. In addition, in the case of dairy goats, in a context of seasonal production, a milk production that is maintained after the peak, i.e. persistent, would allow a more spread out milk production, in line with market expectations. There is therefore a zootechnical and economic interest in wanting to select more persistent dairy goats. In our study, the approach consists in modelling the shape of the lactation curve based on the information collected during each farm test. Models allowing the analysis of such longitudinal data are generally called test-day models. One of the main interests is to take better account of environmental effects, affecting production on test-day, with a herd-test-day effect depending only on the animals present during the test. The second advantage of this type of model is that most genetic and environmental effects are modelled as curves, so it would be possible to select animals with the best genetic value for persistence. The development of these models requires the prior study of the environmental effects affecting milk production over time. Following a detailed descriptive analysis of the lactation curves of the two main French goat breeds (Alpine and Saanen), we showed that there was a variability in the shape of the lactation curves, and in particular the month of calving was involved in the different curve shapes. Then we proposed a random regression model, similar to that developed in French dairy cattle. The proposed modeling makes it possible to obtain two genetic indexes directly: one corresponding to the genetic value of the animal for the total quantity of milk during lactation and a second corresponding to a genetic value of the animal's milk persistency, without correlation between the two. The model proposed is more relevant than the current one because it takes into account, in a disjointed way, the goats in primiparous and the goats in multiparous. We also studied correlations between indexes of different traits during lactation and correlations between persistence and AI fertility or between persistence and longevity. In the last part of the thesis, we extended the genetic evaluation of test-day to a genomic evaluation model (Single-step GBLUP) allowing to exploit all available molecular information (genotyping SNP 50K). A validation of this model and a comparison with the current model was carried out. The main difference between the Single-step GBLUP RRM and the Single-step GBLUP lactation model currently in use was the differences in the averages of the estimated indexes per year of birth of the bucks. Finally, from the Single-step GBLUP model we have identified some interested regions of the genome linked to milk persistence

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Turc, Ioan Emil. "Le changement radical et le temps : étude sur l'accélération des transitions organisationnelles." Aix-Marseille 3, 2003. http://www.theses.fr/2003AIX32039.

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Abstract:

La recherche sur le changement organisationnel s'intéresse davantage au succès des stratégies de mise en oeuvre qu'à l'existence de solutions d'accélération de ce processus. Or, les dirigeants d'entreprise considèrent de plus en plus excessive la durée communément recommandée pour l'accomplissement d'un chengement radical. L'objectif de cette thèse est, dès lors, d'apporter des éléments de réponse aux questions suivantes : quels sont les facteurs d'accélération du changement radical ? Quels sont les processus et les mécanismes à travers lesquels ces facteurs agissent sur la dynamique du changement ? Fondée sur une stratégie de recherche par études de cas comparés, longitudinaux et rétrospectifs, cette recherche exploratoire dévoile 10 grands principes d'accélération. Les explications accompagant ces principes mettent dans une perspective nouvelle le rôle des perceptions de crise et de la confiance, de l'engagement et du conformisme, de la planification et du management politique, dans l'élaboration de stratégies efficientes d'accélération
The excessive duration of radical organizational change becomes more and more unacceptable to executives. However, organizational change research is more preoccupied with refining the implementation strategies for radical change, rather than seeking solutions to accelerate the process. This issue is addresses by the present research, whose aim is to answer the following question : what factors and processes accelerate radical organizational change ? Based on an exploratory research design of comparative, longitudinal and retrospective studies, this thesis unveils 10 main principles of acceleration. The explanatory theories developed there of highlight the roles of crisis perceptions and trust, commitment and conformity, activity planning and political management in the elaboration of effective acceleration techniques

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Pennec, Sophie. "Applications démo-économiques de la méthode des microsimulations." Paris, Institut d'études politiques, 1994. http://www.theses.fr/1994IEPP0031.

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Abstract:

Ce travail propose plusieurs applications démo-économiques des méthodes de micro-simulations, méthodes mises au point à la fin des années 50 aux Etats-Unis. Le premier chapitre s'attache tout d'abord à définir les principes généraux de la micro-simulation, à présenter les différents types de modèles qui sont fonde sur cette méthode et à exposer les principaux avantages qu'offre cette dernière. Puis, une présentation plus détaillée de quelques modèles existants permettra de mieux appréhender la logique qui préside à leur conception. Trois applications feront l'objet des chapitres suivants. La première est strictement démographique. Elle s'intéresse à l'évolution des familles à quatre générations. En prenant une optique longitudinale qu'autorise le recours à la microsimulation, elle vise à mesurer l'influence des transformations récentes et futures de la fécondité et de la mortalité, tant au niveau de l'intensité que du calendrier, sur l'évolution de la probabilité d'appartenir à ce type de famille. La seconde application reprend cette optique longitudinale pour décrire une double biographie des femmes durant leur retraite, leur vie familiale (présence ou non de conjoint, d'enfants) et l'évolution de leur revenu pendant cette période. La première biographie donne une mesure du phénomène d'isolement au fur et à mesure de l'avancée en âge, isolement lie principalement à la mortalité. La seconde biographie, que seule la microsimulation permet d'appréhender, donne la situation financière des personnes au moment de leur passage à la retraite. La démographie professionnelle fait l'objet de la dernière application. Il s'agit de montrer comment un modèle de microsimulation peut s'appliquer à différents modes de gestion du personnel et de s'intéresser aux implications de ces différents modes de gestion sur la situation d'une entreprise
This work deals with several demo-economic applications of the method of microsimulations. This method have been first used at the end of the 50's. The first chapter, first of all, describes the main principles of microsimulation, then set out the different types of models based on this method and explain the main advantages offered by it. Then, some existing models are presented in a more detailed way so as to show the logic behing their design. Three applications will be the object of the following chapters. The first one is purely demographic. It covered the development of the families with four generations. Taking the longitudinal approach which allow the use of microsimulation, it aims to measure the influence of the recent and future changes of fertility and mortality, at the level of its intensity as well as at that of its timing, and the evolution of the probability to belong in this sort of family. The second application resumes the longitudinal perspective to describe a double biography of women during their retirement; their family life (presence or not of the spouse, of the children) and the changes in income during this period. The first biography gives a measure of the isolation phenomena as they got older, isolation linked mainly to mortality. The second biography, made possible thanks to microsimulation, gives the financial situation of the persons when they retire. The demography of a firm is the object of the last application. It shows, first of all, how microsimulation can be applied to different human resources management methods and then which are the implications of the use of these defined ways of management on the evolution of the firm

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Feydy, Antoine. "Plasticité cérébrale et récupération motrice après un accident vasculaire cérébral ischémique : étude en imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf)." Paris 13, 2002. http://www.theses.fr/2002PA132018.

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Abstract:

Nous avons étudié 15 patients hémiplégiques après un avc sylvien. Dans cette étude longitudinale avec 3 IRMf successives, nous avons examiné si i) la réorganisation corticale était transitoire ou permanente, ii) cette réorganisation corticale était corrélée aux lésions ischémiques du cortex moteur primaire (M1), et/outransitoire ou primaire (M1), et/ou aux lésions directes et induites du faisceau corticospinal, et iii) si le pattern d'activation IRMf était corrélé à la qualité de la récupération. Cette étude a montré deux modes évolutifs principaux : chez 10 patients sans atteinte de M1, l'activation était soit d'emblée focalisée sur M1 (4 des 10 patients), soit dispersée avec recrutement d'un réseau pariéto-frontal (6 des 10 patients). Chez 8 des 10 patients, l'activation revenait ensuite progressivement vers un pattern "normal" limité à M1 controlatérale. Ce mode évolutif de focalisation initiale ou progressive était observé en cas de bonne ou mauvaise récupération. 2. Chez 5 patients ayant une lésion de M1, le mode évolutif le plus fréquent (4 des 5 patients) était un recrutement de l'hémisphère ipsilatéral, plus marqué et durable, observé en cas de bonne ou mauvaise récupération. Nous n'avons pas trouvé de lien entre la qualité de la récupération et les 2 types de plasticité corticale (recrutement et focalisation). Cependant, le type de plasticité semblait dépendre essentiellement du site de la lésion, et de son extension éventuelle à M1. Nos résultats suggèrent que : 1) le recrutement du cortex ipsilatéral après un arc sylvien correspond à un processus de compensation cortico-cortical lié à une lésion directe de M1 controlatérale, 2) ce recrutement "compensateur" est durable si M1 est lésée,et transitoire si M1 est intacte, et 3) le processus de recrutement tend à restaurer une voie efférente controlatérale maximale plutôt qu'une voie ipsilatérale "nouvelle". L'efficience de cette voie éfférente dépend de manière critique de la quantité des fibres restantes du faisceau corticospinal.

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Bodein, Antoine. "Mise en place d'approches bioinformatiques innovantes pour l'intégration de données multi-omiques longitudinales." Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/69592.

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Abstract:

Les nouvelles technologies «omiques» à haut débit, incluant la génomique, l'épigénomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique ou encore la métagénomique, ont connues ces dernières années un développement considérable. Indépendamment, chaque technologie omique est une source d'information incontournable pour l'étude du génome humain, de l'épigénome, du transcriptome, du protéome, du métabolome, et également de son microbiote permettant ainsi d'identifier des biomarqueurs responsables de maladies, de déterminer des cibles thérapeutiques, d'établir des diagnostics préventifs et d'accroître les connaissances du vivant. La réduction des coûts et la facilité d'acquisition des données multi-omiques à permis de proposer de nouveaux plans expérimentaux de type série temporelle où le même échantillon biologique est séquencé, mesuré et quantifié à plusieurs temps de mesures. Grâce à l'étude combinée des technologies omiques et des séries temporelles, il est possible de capturer les changements d'expressions qui s'opèrent dans un système dynamique pour chaque molécule et avoir une vision globale des interactions multi-omiques, inaccessibles par une approche simple standard. Cependant le traitement de cette somme de connaissances multi-omiques fait face à de nouveaux défis : l'évolution constante des technologies, le volume des données produites, leur hétérogénéité, la variété des données omiques et l'interprétabilité des résultats d'intégration nécessitent de nouvelles méthodes d'analyses et des outils innovants, capables d'identifier les éléments utiles à travers cette multitude d'informations. Dans cette perspective, nous proposons plusieurs outils et méthodes pour faire face aux challenges liés à l'intégration et l'interprétation de ces données multi-omiques particulières. Enfin, l'intégration de données multi-omiques longitudinales offre des perspectives dans des domaines tels que la médecine de précision ou pour des applications environnementales et industrielles. La démocratisation des analyses multi-omiques et la mise en place de méthodes d'intégration et d'interprétation innovantes permettront assurément d'obtenir une meilleure compréhension des écosystèmes biologiques.
New high-throughput «omics» technologies, including genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics and metagenomics, have expanded considerably in recent years. Independently, each omics technology is an essential source of knowledge for the study of the human genome, epigenome, transcriptome, proteome, metabolome, and also its microbiota, thus making it possible to identify biomarkers leading to diseases, to identify therapeutic targets, to establish preventive diagnoses and to increase knowledge of living organisms. Cost reduction and ease of multi-omics data acquisition resulted in new experimental designs based on time series in which the same biological sample is sequenced, measured and quantified at several measurement times. Thanks to the combined study of omics technologies and time series, it is possible to capture the changes in expression that take place in a dynamic system for each molecule and get a comprehensive view of the multi-omics interactions, which was inaccessible with a simple standard omics approach. However, dealing with this amount of multi-omics data faces new challenges: continuous technological evolution, large volumes of produced data, heterogeneity, variety of omics data and interpretation of integration results require new analysis methods and innovative tools, capable of identifying useful elements through this multitude of information. In this perspective, we propose several tools and methods to face the challenges related to the integration and interpretation of these particular multi-omics data. Finally, integration of longidinal multi-omics data offers prospects in fields such as precision medicine or for environmental and industrial applications. Democratisation of multi-omics analyses and the implementation of innovative integration and interpretation methods will definitely lead to a deeper understanding of eco-systems biology.

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Tjani, Essama Ndjeng Jeanne Chantal. "Étude longitudinale du statut nutritionnel et vitaminique de sujets âgés récemment admis en institution." Dijon, 2000. http://www.theses.fr/2000DIJOMU07.

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Abstract:

À leur admission dans le service de Long Séjour de Gériatrie de Champmaillot à Dijon, 44 sujets ont été sélectionnés pour participer à une étude prospective longitudinale ayant pour objectifs : (1) de suivre sur un an les variations de leur statut nutritionnel et vitaminique ; (2) d'évaluer si l'entrée et le maintien en institution sont à l'origine d'une détérioration progressive de ce statut ; (3) dans le cas où cette détérioration existe, établir si elle résulte en une altération des fonctions cognitives et de la capacité fonctionnelle des sujets étudiés ; (4) de répondre à la question : quels sont les facteurs à l'origine de cette détérioration ? Afin de mettre en évidence un effet délétère de la durée du séjour sur l'état nutritionnel et vitaminique des sujets, chaque sujet a été évalué sur quatre plans (la consommation alimentaire, l'anthropométrie, la biologie et l'éta clinique) à l'admission (soit P1), puis 45 jours (soit P2), 90 jours (soit P3), 135 jours (soit P4), 180 jours (soit P5) et 360 jous (soit P6) après l'admission. À l'admission, la prévalence des sujets considérés comme présentant un risque de dénutrition varie de 29% à 52% selon le critère choisi : 29% des sujets présentent un déficit pondéral >10%, 45% ont un apport en énergie <1500 kcal/j et 52% ont une albuminémie <35 g/L. Un score de MMS < 24 est présent chez 82% des sujets. La moitié des sujets souffrent d'une anémie (hémoglobine <12 g/L pour les femmes et <14 g/L pour les hommes). Cette anémie a deux causes probables : une insuffisance d'apport en fer d'une part et les pathologies d'autre part. Le statut vitaminique en riboflavine, vitamine B₆, C, A et D des sujets n'est pas satisfaisant. D'après les valeurs des indices biochimiques, plus du quart des sujets présente un risque sévère de déficience en riboflavine, vitamine B₆ et D et un risque modéré de déficience en vitamine C et A. Dix-huit sujets sont décédés entre P1 et P6. Ces sujets présentaient à l'admission un statut inflammatoire (C reactive protein ou CRP = 30,8 ± 53,8 mg/L) plus mauvais que celui des sujets vivants à P6 (CRP = 13,0 ± 14,1 ; P < 0,05). Le suivi longitudinal des 26 sujets vivants à P6 a montré une diminution non significative de l'apport moyen en énergie, macro- et micro-nutriments. Seuls les apports moyens en folates diminuent significativement. Le statut vitaminique biochimique en riboflavine, vitamine B₆, A, E et D des sujets demeure relativement stable durant l'étude. On observe une augmentation de l'ascorbémie et une altération du statut biochimique en thiamines et en folates. Les apports en vitamine sont un des facteurs qui influence le statut biochimique des vitamines chez nos sujets. Les variations saisonnières [pour le rétinol, le β-carotène et la 25(OH)D3 sérique] ainsi que les épisodes infectieux (pour la riboflavine) sont d'autres facteurs qui influencent ce statut. On n'observe pas de variation significative du statut inflammatoire des sujets alors que le statut nutritionnel semble s'améliorer. Les sujets ont été séparés en trois groupes selon l'évolution de leur poids corporel au bout de un an. Le gain de 10% ou plus de poids corporel est associé à une amélioration du statut inflammatoire et la perte de 10% ou plus de poids corporel est le résultat de la stabilité de ce statut. Les statuts cognitif et fonctionnel, ainsi que la fonction rénale et la rétinolémie sont des facteurs qui influencent la survie à 62 mois de nos sujets. En conclusion, le statut nutritionnel et vitaminique de nos sujets pendant l'institutionnalisation dépend en grande partie de leur statut à l'admissio en long séjour, l'institutionnalisation en ell-même n'est pas un facteur de risque de détérioration de ce statut.

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Romeo, Silvia. "La construction de la représentation d'action complexe au cours du développement par la médiation des langues italienne et française : étude longitudinale." Paris 10, 2001. http://www.theses.fr/2001PA100073.

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Abstract:

Cette recherche longitudinale, fondée sur les discours spontanés d'un enfant bilingue équilibré italien - français en interaction familiale, a une orientation développementale, interactionnelle et conceptuelle. A partir d'un vaste corpus enregistré dans les situations quotidiennes, et en nous appuyant sur des données linguistiques, nous avons exploré le développement cognitif de l'enfant en termes d'apport fourni par la coexistence des systèmes linguistiques de l'italien et du français, à travers une analyse qualitative. L'acquisition du langage par la médiation des deux langues premières a été considérée dans les domines notionnels de la temporalité, de la causalité et des relations téléologiques. Deux étapes ont été distinguées : la première, de l'âge de 2 ans à l'âge de 3;3 ans, et la deuxième, de 3;4 à 4;9. Nous avons observé, dans la première étape, la construction graduelle des rôles d'agent, d'objet, d'instrument, de patient et des catégories d'état, action, événement comme liées au développement des relations temporelles, de cause, et de but. Le développement de ces relations aboutit à des organisations en systèmes transformationnels, comme nous les observons dans la seconde étape. Les résultats de la première étape nous conduisent à confirmer l'hypothèse générale selon laquelle l'acquisition parallèle de deux langues premières est un facteur d'organisation sémantique et formelle, appuyé sur des points d'ancrage plus complexes que le processus d'appropriation d'une seule langue. Les résultats de la seconde étape ont montré que les productions de l'enfant : linéarisation des séquences de procès hiérarchisées et à granularité temporelle fine, manifestent une planification sous-jacente, vraisemblablement de type incrémental, appuyée sur un schéma de la représentation d'action complexe. Nous avons ainsi considéré le rôle joué par le bilinguisme en termes de structuration des connaissances et de la manière de les structurer
This longitudinal research, based on the natural discourse of an Italian French bilingual child in family interactions, follows a developmental, interactional perspective and a conceptual approach. Analysis is based on linguistic data taken from daily situations. Cognitif and linguistic development are considered in terms of the contribution of the coexisting Italian and French linguistic systems. We have considered language acquisition by the mediation of two first languages for the construction of the representation of complex actions, taken as integrating the notional fields of temporality , causal and goal relations. Two developmental stages are considered : from 2 to 3;3 and from 3;4 to 4;9. At the first stage we see the gradual construction of the semantic roles of agent, patient, and instrument and of the categories of state, action and event as related to temporal, causal and goal relations. These relations develop in the second stage "transformational system" organisations. First stage results confirm the general hypothesis that the acquisition of two first languages is a semantic and formal factor of organisation, as based on a more complex anchoring points than first language acquisition. Second stage results show that child productions, as linearization of hierarchical series of actions of a high degree of temporal granularity, reveal an on line planification, as founded on a scheme of complex action representation. We have taken into consideration the role of two first languages in the organisation of knowledge and the way of structuring it

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Minini, Pascal. "Modélisation des observations longitudinales incomplètes." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA11T060.

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Abstract:

Au cours des études longitudinales, des sujets sont observés afin de mesurer l'évolution une réponse d'intérêt. Le protocole de ces études prévoit de recueillir un certain nombre de réponses pour chaque sujet. Cependant, il est extrêmement rare que toutes les mesures prévues soient effectivement réalisées. L'analyse des données incomplètes est devenu un thème majeur de la statistique au cours des dernières années. De nombreuses méthodes ont été proposées, mais il est généralement impossible de s'assurer de leur validité. Il est désormais recommandé de réaliser une analyse de sensibilité, afin d'évaluer dans quelle mesure les résultats d'une étude peuvent être affectés par différentes hypothèses concernant le processus de données manquantes. Ce rapport souligne la nécessité de l'analyse de sensibilité, et montre comment cet objectif peut être atteint dans trois situations différentes, les données normales, les données binaires et les données de survie
In longitudinal studies, subjects are repeatedly observed to obtain measurements of some response. The protocol of such studies plans to collect a fixed number of responses for each subject, during a predefined follow-up period. However, it is extremely rare that all the planned measurements are actually performed. The analysis of incomplete data has become a major topic in statistics during the last years. Many methods have been proposed, but it is generally impossible to check their validity. It is now recommended to perform a sensitivity analysis, to evaluate the extent to which the results from a study can be affected by different assumptions regarding the missing data process. This report highlights the need for a sensitivity analysis, and shows how this aim can be achieved in three different situations, normal data, binary data and survival data

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Charton, Emilie. "Analyse longitudinale des données de qualité de vie relative à la santé en cancérologie : vers une standardisation de la méthode du temps jusqu’à détérioration." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2020. http://www.theses.fr/2020UBFCE003.

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Abstract:

Cette thèse a pour but d’apporter une contribution à l’analyse et la comparaison des données de PROs (« patient-reported outcomes » ou « résultats rapportés par le patient ») dans les essais cliniques en cancérologie, dont l’interprétation reste complexe et non standardisée. Parmi les nombreuses méthodes proposées pour l’analyse longitudinale des données de PROs, figure l’approche du temps jusqu’à détérioration (TJD). Dans le cadre de ce projet, des travaux menés ont fait l’état des définitions du TJD utilisées et mettent en évidence que certaines recommandations n’ont pas été suivies. De plus, la variabilité des définitions utilisées compromet la comparaison des résultats entre les essais cliniques. L’approche du TJD nécessite une définition claire de ce qui est considéré comme une « détérioration », et cela dépendra à la fois de la localisation cancéreuse, de la situation thérapeutique, du score de référence, de la différence minimale cliniquement importante perçue par le patient, ainsi que des règles de censure. Dans l’optique d’optimiser et d’harmoniser les définitions utilisées du TJD, afin d’avoir des résultats comparables, deux macros SAS ont été créées sur la méthode du TJD afin de standardiser les définitions utilisées par la communauté. S’inscrivant dans cette trajectoire, une étude menée sur une cohorte de patientes atteintes d’un cancer du sein en situation adjuvante a conduit à s’intéresser à la première détérioration du patient et à la gestion de l’absence de randomisation à l’inclusion. En parallèle, cette méthode a également été appliquée dans un essai de phase II randomisé chez des patients atteints d’un cancer du pancréas métastatique. L’impact de l’occurrence des données manquantes à l’inclusion dans cet essai a été traité en appliquant une imputation multiple utilisant la méthode de Monte-Carlo par chaînes de Markov. Ces travaux soulignent le besoin de continuer la création de consensus pour l’analyse longitudinale des données de PROs dans les essais cliniques en cancérologie
The purpose/aim of this thesis is to contribute to the analysis and comparison of PROs (« patient-reported outcomes ») data in oncology clinical trials. The interpretation of such results remains complex and unstandardized. One of the many ways to carry out a longitudinal analysis of PRO data is the time to deterioration (TTD) approach. Within of the scope of this project, some of the research examined which definitions of TTD are used and pointed out that some recommendations have not been followed. Moreover, due to the variability of the definitions in use, the comparison of various results from clinical trials is compromised. A clear definition of what is considered to be a « deterioration » is required for the TTD approach. It will depend on many criteria such as the location of the cancer, the therapeutic setting, the reference score, the minimal important difference perceived by the patient, as well as on censoring rules. Two SAS macros were developed on the TTD method as a way to optimize and harmonize the TTD definitions that are being used, as well as to be able to have comparable results and consequently a way to help standardize those definitions. In this perspective, a study conducted on a cohort of adjuvant breast cancer patients led to more focus on the first deterioration of the patient and the management of non-randomization at baseline. In parallel, this method was also implemented for a randomized phase II trial on patients with metastatic pancreatic cancer. During this trial, the impact of the occurrence of missing data at baseline was handled by applying a multiple imputation based on the Markov Chain Monte Carlo method. These works highlight the need to continue developing a consensus for the longitudinal analysis of PROs data in oncology clinical trials

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Trarieux, Chloé. "Mesure des propriétés viscoélastiques non linéaires par une méthode d'acousto-élasticité dynamique : application aux produits cosmétiques." Thesis, Tours, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUR3312/document.

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Abstract:

Peu d’outils ont été développés pour le contrôle qualité industriel de textures sur des lignes de production. L’utilisation de techniques sans contact, à base d’ondes acoustiques, présente un avantage évident dans les secteurs agroalimentaire et cosmétique. L’acousto-élasticité dynamique (DAET) est une technique d’interaction entre une onde pompe basse-fréquence de compression/dilatation et une onde sonde ultrasonore, conduisant à l’estimation des propriétés viscoélastiques de la matière. Nous avons développé un modèle décrivant les variations du module viscoélastique : quantification des paramètres non linéaires élastiques (B/A,. C/A...) et visqueux (ωηB/A, ωηC/A...). La méthode DAET et le modèle ont ensuite été validés dans des milieux homogènes (eau, huiles et gels) conduisant à des non-linéarités viscoélastiques faibles (B/A < 15 et (ωηB/A <1). essentiellement liées à la composition du fluide ou un changement d’état. Les résultats les plus probants ont été obtenus dans des milieux granulaires ou constitués d’air (poudres sèches, mousses et billes creuses ): valeurs élevées des non-linéarités viscoélastiques (quadratiques, cubiques). Cette méthode pourra s’avérer être une alternative intéressante à la rhéométrie conventionnelle, en particulier pour la caractérisation de ces fluides complexes
Few tools have been developed for industrial quality control of textures on production lines. The use of contactless techniques. based on acoustic wavcs, offers an obvious advantage in food-processing industry and cosmetics. The dynamic acoustoelastic testing (DAET) is based on the interaction between a low-frequency compressionlexpansion pump wave and an ultrasound probe wave. leading to the quantification of the viscoelastic properties of the matter. We have initially developed a model describing the variations of the viscoelastic modulus: quantification of nonlinear elastic (B/A, C/A...) and viscous (ωηB/A. ωηC/A...) parameters. The DAET method and related model were then validated in homogeneous media (water, oils and gels) leading to low values of viscoelastic nonlineaiities (B/A<15 and ωηB/A<1), essentially governed by the fluid nature or state change. However, the most significant results were obtained in granular or air-based media (dry powder, foam and hollow beads): high values of quadratic and cubic nonlinearities due to microinhomogeneitics. This method appears to be an interesting alternative to conventional rheometry, especially for the characterization of these complex fluids

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Baghdadli, Amaria. "Étude des facteurs de variabilité des troubles autistiques de l'enfant : vers une identification de facteurs pronostiques de l'autisme." Montpellier 1, 2001. http://www.theses.fr/2001MON1T009.

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Abstract:

L'autisme est un trouble du developpement responsable chez un enfant d'alterations precoces et durables de la communication, de la socialisation et des activites. On observe une variabilite interindividuelle importante de ces troubles, reliee aux differences dans l'intensite symptomatiques autistiques, le developpement ou les troubles associes. Cette variabilite retrouvee au cours de l'evolution est habituellement attribuee a des facteurs d'ordre cognitif sans que soit etablie la part d'autres facteurs individuels ou environnementaux. Les etudes portant sur le pronostic evolutif sont en effet limitees par d'importants problemes methodologiques et n'apportent le plus souvent que des donnees partielles. Notre travail est un pas dans cette recherche de facteurs pronostiques. [. . . ] il s'agit d'analyser a cette etape les facteurs relies a la variabilite des troubles observee chez ces enfants lors de leur premiere evaluation. Nos resultats permettent en particulier de faire la part de la variance liee aux troubles autistiques de celle liee au developpement general ou aux troubles associes. Ils serviront de base a l'etude de la variabilite evolutive observee au terme de trois annees de suivi dans ce meme echantillon. Ils laissent des interrogations importantes sur la variabilite liee aux strategies therapeutiques qui ne peut etre circonscrite qu'a l'interieur de protocoles methodologiques specifiques.

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Thelisson, Anne-Sophie. "Intégration post-fusion : une lecture paradoxale comme moyen pour comprendre le processus d'intégration : éclairages par une étude de cas longitudinale in vivo." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0135.

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Abstract:

Malgré l’engouement des organisations pour les fusions-acquisitions (F/A), leur taux d’échec élevé invite à continuer la recherche en proposant de nouvelles clés de lecture. De nombreux travaux soutiennent que les F/A nécessitent de nouvelles approches pour appréhender la complexité et le dynamisme de ces opérations, et plus spécifiquement de l’intégration post-fusion. Notre recherche propose une analyse des dynamiques inhérentes au cours du processus et plus particulièrement lors de l’intégration. Cette étude se place dans une logique intégrative, appréhendant la multiplicité des dynamiques à l’œuvre dans le but de comprendre comment ces dynamiques engendrent ou entravent la réussite de l’intégration. Nous utilisons ces dynamiques comme un moyen pour parvenir à capter la complexité inhérente au processus de fusion, et comme une opportunité pour capter le dynamisme de l’intégration. Une manière de rendre intelligibles ces dynamiques inter-reliées dans un espace-temps défini est de recourir au concept de paradoxe. Les paradoxes offrent en effet un cadre pour décrypter les dynamiques inhérentes aux organisations. Ainsi, la lecture paradoxale permet une analyse globale des dynamiques à l’œuvre. La question de recherche suivante est posée : « Comment la gestion des paradoxes favorise-t-elle l’intégration post-fusion ? ». La thèse s'appuie sur une méthodologie qualitative d’une étude de cas longitudinale en temps réel d'une fusion sur 24 mois. Il ressort de la thèse que la nature évolutive des paradoxes au cours d’une intégration, ainsi que leur multiplicité, permet de comprendre en quoi ces dynamiques interfèrent dans la réussite du processus d’intégration post-fusion
Despite the number of mergers and acquisitions (M&As), their high failure rate calls to continue research by proposing new reading keys. Many studies argue that M&As require new approaches to understand the organizational complexity and dynamism of these operations, and more specifically concerning post-merger integration (PMI) process. This phase is defined as a crucial one because it determines the success or failure of the merger. Our research provides an analysis of the dynamics inherent in the process, and especially during the PMI. This study is based on an integrative logic, considering the multiplicity of dynamics at work to understand how they engender or hinder the success of PMI. We use these dynamics as a means to capture the complexity inherent in the merger process, and as an opportunity to capture the dynamics of PMI. The concept of paradox allows us to make intelligible these inter-related dynamics within a defined temporal framework. Paradoxes provides a framework to decipher the dynamics inherent in organizations. The paradoxical reading allows a comprehensive analysis of the dynamics at work in the merger process. This leads us to ask the following research question: "How does the management of paradoxes benefits post-merger integration? ". The thesis is based on a qualitative methodology of a longitudinal and real-time case study of a 24-month merger, once the operation has been signed. It emerges from the thesis that the evolutionary nature of paradoxes during the post-merger integration, as well as their multiplicity (categories, actors, levels), allows us to understand how these dynamics interfere in the success of the PMI process

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Sort, Lucas. "Development of new statistical approaches for the investigation of multiblock and tensor longitudinal data." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2025. http://www.theses.fr/2025UPASG001.

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Abstract:

En recherche médicale, les données sont devenues de plus en plus complexes au cours des dernières décennies. En effet, les données sont désormais souvent observées à différentes occasions au cours du temps pour permettre un meilleur suivi de l'évolution des processus biologiques ayant un intérêt d'ordre médical. Dans ce contexte, ces données, souvent nommées données longitudinales, possèdent fréquemment une structure complexe de dimension élevée. Par exemple, dans un nombre croissant de situations, les données peuvent être structurées en un tableau multidimensionnel, également appelé tenseur. De la même façon, il arrive que les données puissent être organisées en plusieurs blocs, particulièrement dans le contexte multimodal. L'analyse statistique de telles structures de données pose divers problèmes méthodologiques. L'intégration de la structure tensorielle ou multibloc des données ou la considération des propriétés liées a l'aspect longitudinale apparaissent comme essentielles pour produire une analyse précise et significative des données. Dans ce contexte, nous suggérons d'utiliser le cadre méthodologique de l'analyse de données fonctionnelles afin étendre plusieurs approches issues du domaine de la statistique multivariée au cadre longitudinal. Premièrement, nous proposons d'étendre le cadre de travail de l'analyse multibloc fourni par l'Analyse Canonique des Corrélations Généralisée et Régularisée pour permettre aux chercheurs d'établir et d'étudier les associations entre plusieurs marqueurs longitudinaux. Ensuite, dans le cadre tensoriel, nous introduisons un nouveau modèle de décomposition tensorielle permettant d'extraire les informations les plus pertinentes de tenseurs de dimension élevée observés de façon longitudinale. Finalement, nous proposons un nouveau modèle pour la régression d'une réponse scalaire à partir de tenseurs longitudinaux. Diverses applications sont considérées afin d'illustrer les différents scénarios selon lesquels ces développements méthodologiques peuvent être utilisés pour assister la recherche médicale
Medical researchers have been confronted with increasingly complex data over the past decades. Indeed, data is now often observed on different occasions over time to help track the evolution of biological processes that can provide medical information. In this context, this data, which can be referred to as longitudinal data, often comes with a complex and high-dimensional structure. For example, in an increasing number of cases, it may be structured as a multidimensional array, also known as a tensor. Similarly, it may be organized into several blocks, especially in the multimodal setting. The statistical analysis of such structured data poses several methodological challenges. Integrating the tensor or multiblock structure or considering the properties associated with longitudinal sampling seems essential to provide a relevant and more accurate study of the data. In this context, we suggest using the functional data analysis framework to adapt and extend several multivariate statistical approaches to the longitudinal setting. First, we propose to extend the multiblock analysis framework of Regularized Generalized Canonical Correlation Analysis to allow researchers to explore associations between multiple longitudinal markers. Then, in the tensor setting, we introduce a new tensor decomposition model to extract the most relevant information from high-dimensional longitudinally sampled tensors. Finally, we propose a new model for regressing a scalar response from longitudinally sampled tensor-structured covariates. Several applications are considered to illustrate the numerous settings in which these methodological developments could be used to assist medical researchers

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Dantzer, Cécile Elsa. "Anxiété, dépression et facteurs psychologiques chez les adolescents malades chroniques." Bordeaux 2, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR20974.

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Abstract:

De nombreuses études chez les adolescents malades chroniques se sont intéressées aux syndromes comorbides anxieux et dépressifs. Cependant, les prévalences de ces formes de comorbidité et leurs conséquences pour l'évolution du diagnostic sont mal connues. Par l'application d'une méthodologie longitudinale et contrôlée en population adolescente, les objectifs sont de : 1) déterminer l'association entre l'anxiété, la dépression ainsi que certains facteurs psychosociaux et la maladie chronique ; et 2) comprendre les liens possibles entre ces troubles ou variables psychologiques, et l'évolution de la maladie. Méthodes : 64 adolescents malades (asthme ou diabète) recrutés dans des services spécialisés et en médecine générale ont été suivis pendant un an et comparés à 64 adolescents non malades (appariés sur l'âge et le sexe). Un auto-questionnaire était à remplir par l'adolescent à l'inclusion et un an après, des informations médicales sur la gravité et l'évolution de la maladie ont été recueillies. Résultats : Les analyses transversales comparant les adolescents asthmatiques et diabétiques aux témoins montrent qu'il n'existe pas de différence concernant le taux de l'anxiété et de la dépression malgré la conscience des adolescents de leur maladie. Néammoins, on observe certaines caractéristiques psychologiques différentes seslon le type de diagnostic. Concernant la gravité de la maladie, l'anxiété es associée à la fonction respiratoire et l'estime de soi est associée au contrôle métabolique. Ni l'anxiété, ni la dépression n'expliquent l'aggravation de la maladie à un an, une mauvaise estime de soi expliquant le mieux cette aggravation. Conclusion : Les explications potentielles pour ces résultats concernent la prise en charge médicale et psychologique des patients malades chroniques. Le rôle de variables psychologiques, autres que l'anxiété et la dépression dans le devenir des adolescents malades est mis en évidence.

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Lange, Marie. "Impact de la chimiothérapie sur les fonctions cognitives de patientes âgées traitées pour un cancer du sein localisé." Caen, 2014. http://www.theses.fr/2014CAEN1017.

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Abstract:

Malgré la plainte cognitive fréquente des patientes après leur chimiothérapie pour un cancer du sein, il existe très peu d’études portant spécifiquement sur les patientes âgées alors qu’elles sont plus à risque d’être atteintes d’un cancer et de développer des troubles cognitifs. L’objectif principal de cette thèse était de mieux comprendre les effets de la chimiothérapie adjuvante, et plus largement du cancer dans sa globalité, sur la cognition de patientes de plus de 65 ans traitées pour un cancer du sein localisé. Pour cela, une étude longitudinale a été réalisée comportant une évaluation avant et à l’issue du traitement adjuvant permettant d’évaluer l’incidence des troubles cognitifs et d’étudier les variables associées. Nous avons montré que 41% des patientes avaient des troubles cognitifs objectifs initiaux au traitement adjuvant. Ces troubles cognitifs n’étaient pas liés à la thymie, à la fatigue, au stade du cancer ou à la fragilité gériatrique. A l’issue du traitement adjuvant, quel qu’il soit, 49% des patientes avaient un déclin cognitif touchant principalement la mémoire de travail. Parmi les patientes déclinant, 64% d’entre elles avaient un déclin pathologique. La chimiothérapie adjuvante entrainait une augmentation significative de la plainte cognitive. De plus, les patientes les plus âgées étaient plus à risque de développer un déclin cognitif avec la chimiothérapie et ce particulièrement avec le docétaxel. L’âge et la chimiothérapie sont donc deux facteurs importants à considérer dans la survenue de troubles cognitifs chez les patientes traitées pour un cancer du sein localisé
While frequent cognitive complaints after chemotherapy for breast cancer, very few studies have investigated this issue among old patients, though they are at greater risk to have cancer and to develop cognitive impairment. The main aim of this thesis was to better understand the effect of adjuvant chemotherapy, and, to a larger extent, the effect of cancer on cognition in early-stage breast cancer patients over 65. For this purpose, a longitudinal study with pre- and post-adjuvant treatment assessments was realized to evaluate the incidence of cognitive impairment and to study the associated variables. We showed that 41% of patients presented objective cognitive impairment before any adjuvant treatment. This impairment was neither related to mood, fatigue, cancer stage, nor to geriatric assessment. After adjuvant treatment and regardless of its type, 49% of patients had cognitive decline, which mainly regarded working memory. Among patients who had cognitive decline, 64% had pathological decline. Adjuvant chemotherapy gave rise to a significant increase of cognitive complaints. Moreover, the oldest patients treated with chemotherapy tended to be at higher risk for developing cognitive decline, especially when they had received docetaxel. Age and chemotherapy are therefore two important factors to be considered in the development of cognitive impairment in early-stage breast cancer patients

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Boukadida, Nahed. "Connaissances phonologiques et morphologiques dérivationnelles et apprentissage de la lecture en arabe (Etude longitudinale)." Phd thesis, Université Rennes 2, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00300544.

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Abstract:

L'hypothèse d'une intervention précoce de la dimension morphologique, à côté de la dimension phonologique, dans l'apprentissage de la lecture a été vérifiée dans ce travail. En effet, Les connaissances impliquées dans la reconnaissance des mots ne se limitent pas à ceux portant sur l'aspect phonologique mais également sur l'aspect morphologique. L'ensemble d'expériences présenté dans cette étude suggère qu'avant le début de l'apprentissage de la lecture les enfants développent une certaine sensibilité aux différentes structures du langage oral. Ces connaissances permettent de distinguer plus tard les futurs BL des futurs ML. Les résultats des premières expériences montrent que les BL de 1ère et de 2ème années présentent de meilleures connaissances morphologiques et phonologiques que les ML. Ils se distinguent dans la manipulation de l'ensemble des unités phonologiques et dans les tâches de jugement et de production morphologiques en AS et en AD. Les résultats d'expériences de lecture à haute voix de mots et de pseudo-mots suggèrent que l'apprenti-lecteur, dès la 1ère année, utiliserait la structure morphologique des mots lors de la lecture. Le jeune lecteur arabophone décompose les mots dans le but de les lire

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Essig, Elena. "Les facteurs de développement de la propriété psychologique : une étude longitudinale à l'armée de l'air." Thesis, Tours, 2018. http://www.theses.fr/2018TOUR1001/document.

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Abstract:

Ce travail doctoral s’intéresse au développement de trois types de PP - la propriété psychologique organisationnelle (PPO), la propriété psychologique organisationnelle collective (PPOC) et la propriété psychologique vis-à-vis du groupe (PPGR) - ainsi que leur fluctuation dans le temps dans une organisation publique – l’armée de l’air. Un modèle conceptuel est testé à l’aide de modélisation d’équations structurelles. Les fluctuations des niveaux de la PP sont testées au moyen de tests statistiques de comparaison des variances. Les données quantitatives ont été collectées à trois périodes différentes de la formation militaire auprès de trois cohortes de 100 élèves sous-officiers chacune. Les résultats de la recherche montrent une variabilité des antécédents des trois types de PP selon les étapes de la formation. Ainsi, même si les antécédents de la PPO et la PPOC sont similaires, ils n’évoluent pas de la même manière. Par ailleurs, le sentiment de PPGR est le plus développé et dépend fortement de la cohésion du groupe. Enfin, il existe des fluctuations à la baisse importantes des niveaux de la PP dans le temps
This work investigates the development of three types of PO - Organizational Psychological Ownership (OPO), the Collective Organizational Psychological Ownership (PPOC) and Psychological Ownership towards the group (POGR) and their fluctuation over time in a public organization - the French Air Force. We test a model using structural equation modeling. The fluctuations in PO levels are tested using analysis of variances. The quantitative data were collected from three cohorts of 100 non-commissioned officers each, at three different phases of the military training process. The results of the study show a variability of the antecedents of the three types of PO that depend on the training phases. Even though the OPO and COPO have similar antecedents, they do not evolve in the same way. The feelings of POGR are most developed and depend on the group cohesion. There are significant downward fluctuations in PO levels over time

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Wang, Dawei. "Mesoscopic modeling and simulation on the forming process of textile composites." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEI108/document.

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Abstract:

Ce travail de thèse est consacré à l'étude des renforts textiles techniques 2D à l'échelle mésoscopique. La méthode des éléments finis est utilisée pour résoudre un problème aux limites, fortement non linéaire, dans le domaine du renfort fibreux. Deux nouveaux modes de déformations pour le comportement des mèches de renforts ont été développés et caractérisés. Le premier mode est la compression longitudinale, qui permet de traduire la faible rigidité des mèches lorsqu'elles subissent une dilatation négative dans le sens des fibres. La relation conflictuelle sur le plan numérique entre la rigidité en tension, très forte, et la rigidité en compression longitudinale, très faible, peut être résolue via trois méthodes : réduction du pas de temps critique, addition de la contribution en tension ou avec une nouvelle stratégie pour l'actualisation du champ de contrainte. Le second mode de déformation est la dilatation transversale des mèches considérée comme conséquence directe de la compression longitudinale. Ce phénomène d'expansion de matière dans les directions transverses peut être observé avec un essai de compression longitudinale in-situ sous tomographie X et est communément ignorer. Un protocole expérimental a été mise en place pour mesurer cette dilatation transversale des mèches et un coefficient de Poisson a pu être caractérisé par identification inverse. Une campagne expérimentale a permis d'identifier les paramètres matériau du modèle mésoscopique et les résultats de simulations sont comparés aux images issues d'essai mécanique in situ sous tomographe
This thesis is devoted to the mesoscopic study on the performance of textile reinforcements. F.E. simulation is carried out on a mesoscale model for the fibrous material, based on which two kinds of new deformation modes are developed. The first one is a longitudinal compression mode, which is used to reflect the small stiffness when the yarn is compressed longitudinally. The incompatibility problem between the small longitudinal compression stiffness and the large tension stiffness are solved by three different strategies: constraining the critical step time, adding the nonlinear tension part, or using a new strategy to update the stress. The second one is transverse expansion mode that could reflect the influence from longitudinal deformation to transverse deformation. This deformation could be found in tomography view but was ignored by the former researches. An experiment is designed to measure the expansion magnitude, and the geometrical inverse fitting process is applied to measure the value of the longitudinal-transverse Poisson ratio. The parameters of the mesoscale model are measured by a series of mechanical experiments and the simulation results are verified by the tomography methodology

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Schiratti, Jean-Baptiste. "Methods and algorithms to learn spatio-temporal changes from longitudinal manifold-valued observations." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLX009/document.

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Abstract:

Dans ce manuscrit, nous présentons un modèle à effets mixtes, présenté dans un cadre Bayésien, permettant d'estimer la progression temporelle d'un phénomène biologique à partir d'observations répétées, à valeurs dans une variété Riemannienne, et obtenues pour un individu ou groupe d'individus. La progression est modélisée par des trajectoires continues dans l'espace des observations, que l'on suppose être une variété Riemannienne. La trajectoire moyenne est définie par les effets mixtes du modèle. Pour définir les trajectoires de progression individuelles, nous avons introduit la notion de variation parallèle d'une courbe sur une variété Riemannienne. Pour chaque individu, une trajectoire individuelle est construite en considérant une variation parallèle de la trajectoire moyenne et en reparamétrisant en temps cette parallèle. Les transformations spatio-temporelles sujet-spécifiques, que sont la variation parallèle et la reparamétrisation temporelle sont définnies par les effets aléatoires du modèle et permettent de quantifier les changements de direction et vitesse à laquelle les trajectoires sont parcourues. Le cadre de la géométrie Riemannienne permet d'utiliser ce modèle générique avec n'importe quel type de données définies par des contraintes lisses. Une version stochastique de l'algorithme EM, le Monte Carlo Markov Chains Stochastic Approximation EM (MCMC-SAEM), est utilisé pour estimer les paramètres du modèle au sens du maximum a posteriori. L'utilisation du MCMC-SAEM avec un schéma numérique permettant de calculer le transport parallèle est discutée dans ce manuscrit. De plus, le modèle et le MCMC-SAEM sont validés sur des données synthétiques, ainsi qu'en grande dimension. Enfin, nous des résultats obtenus sur différents jeux de données liés à la santé
We propose a generic Bayesian mixed-effects model to estimate the temporal progression of a biological phenomenon from manifold-valued observations obtained at multiple time points for an individual or group of individuals. The progression is modeled by continuous trajectories in the space of measurements, which is assumed to be a Riemannian manifold. The group-average trajectory is defined by the fixed effects of the model. To define the individual trajectories, we introduced the notion of « parallel variations » of a curve on a Riemannian manifold. For each individual, the individual trajectory is constructed by considering a parallel variation of the average trajectory and reparametrizing this parallel in time. The subject specific spatiotemporal transformations, namely parallel variation and time reparametrization, are defined by the individual random effects and allow to quantify the changes in direction and pace at which the trajectories are followed. The framework of Riemannian geometry allows the model to be used with any kind of measurements with smooth constraints. A stochastic version of the Expectation-Maximization algorithm, the Monte Carlo Markov Chains Stochastic Approximation EM algorithm (MCMC-SAEM), is used to produce produce maximum a posteriori estimates of the parameters. The use of the MCMC-SAEM together with a numerical scheme for the approximation of parallel transport is discussed. In addition to this, the method is validated on synthetic data and in high-dimensional settings. We also provide experimental results obtained on health data

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Hurault-Delarue, Caroline. "Approche longitudinale et quantitative de l'exposition aux médicaments dans les études de pharmaco-épidémiologie : développement méthodologique et application aux expositions au cours de la grossesse dans la cohorte EFEMERIS." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30041.

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Abstract:

Des études de pharmaco-épidémiologie ont montré le rôle de la dose et de la durée d'exposition à un médicament dans la survenue d'effets indésirables. Toutefois, ces différents paramètres sont rarement pris en compte simultanément dans les travaux visant à étudier le risque lié à une exposition médicamenteuse, notamment au cours de la grossesse. Les bases de données administratives de santé permettent d'appréhender ces paramètres et de retracer de façon précise l'historique de l'exposition de chaque patient aux médicaments. L'objectif de ce travail est de développer une nouvelle méthode de mesure d'exposition visant à classifier les individus en tenant compte de l'intensité et de l'évolution de cette exposition au cours du temps. L'application en pharmaco-épidémiologie permet une approche quantitative de l'exposition des patients (à travers la prise en compte des doses de médicaments délivrés) et longitudinale au cours du temps définissant ainsi des trajectoires individuelles d'exposition. La classification des individus en groupes homogènes selon ces trajectoires est mise en oeuvre grâce à l'utilisation d'une méthode de classification non supervisée fondée sur le principe de la méthode des K-means adaptée aux données longitudinales. Cette " Méthode des Trajectoires d'Exposition " a été appliquée à l'exposition aux psychotropes au cours de la grossesse, en utilisant les données de la cohorte EFEMERIS. Elle a mené, lors d'une première phase, à la constitution de clusters aux profils d'exposition homogènes. Lors de la deuxième phase d'application, les clusters issus de la classification des femmes exposées aux anxiolytiques et hypnotiques ont pu être utilisés comme variable explicative dans l'étude des risques pour le nouveauné et l'enfant liés une exposition in utero à ces médicaments. La mise en évidence d'une relation de type dose-effet au sein des 4 clusters identifiés laisse penser qu'un niveau élevé d'exposition à ces médicaments au cours de la grossesse augmenterait notamment le risque de pathologie néonatale. En opposition, les résultats concernant les femmes exposées ponctuellement ou à de faibles doses étaient rassurants. L'application à des données réelles a été l'occasion de valider cette méthode et de montrer l'intérêt de la prise en compte de l'intensité et de l'évolution des expositions médicamenteuses au cours du temps dans les études de pharmaco-épidémiologie. La méthode proposée peut être adaptée à d'autres populations, d'autres classes de médicaments mais également d'autres types d'exposition. Cette approche " trajectorielle " de l'exposition ouvre de nouvelles perspectives pour les futures études épidémiologiques
The intensity and duration of drug exposure may contribute to the occurrence of drug adverse effects. However, these parameters are rarely simultaneously addressed in studies of risks associated to drug exposure, in particular during pregnancy. Administrative databases give the opportunity to apprehend these parameters and to reconstruct the history of patient drug exposure. The aim of this research is to develop a new method of exposure measurement in order to cluster individuals, taking into account both the intensity and the evolution of exposure. The application to pharmaco-epidemiological studies allow a quantitative approach of drug exposure and longitudinal over time defining individual trajectories of exposure. We used an unsupervised clustering method based on an implementation of K-means adapted to longitudinal data analysis to cluster individuals in homogeneous groups according to their trajectories. This "trajectory method" was applied to psychotropic drug exposure during pregnancy, using EFEMERIS database. The first phase of this application led to the identification of clusters with homogeneous profiles. During the second phase, clusters of women exposed to anxiolytic and hypnotic drugs were used as independent variables to study the effects of in utero exposure to these drugs on newborns and children. The study especially indicates a dose-response relationship between the 4 clusters and an increased risk of neonatal pathologies after an exposure to a heavy drug burden. By contrast, results concerning women punctually exposed or exposed to a light drug burden were reassuring. This application to real-clinical-data has validated this method and demonstrates the interest value of considering intensity and evolution of drug exposure over time in pharmaco-epidemiological studies. The proposed method could be adapted to other populations, classes of drugs and other types of exposure. This "trajectorial" approach of exposure opens up new prospects for future epidemiological studies

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Meneghel, Danilevicz Ian. "Robust linear mixed models, alternative methods to quantile regression for panel data, and adaptive LASSO quantile regression with fixed effects." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2022. http://www.theses.fr/2022UPAST176.

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Abstract:

La thèse est constituée de trois chapitres. Le premier s'intéresse au lien entre l’exposition à la pollution de l’air et les affections respiratoires chez les enfants et les adolescents. La cohorte comprend 82 individus observés mensuellement pendant 6 mois. Nous proposons un modèle linéaire mixte robuste combiné à une analyse en composantes principales afin de gérer la multicolinéarité entre les covariables et l’impact des observations extrêmes sur les estimations. Le deuxième chapitre analyse des données de panel au moyen de modèles à effets fixes et utilisant différentes fonction de perte. Afin d'éviter que le nombre de paramètres augmente avec la taille de l'échantillon, nous pénalisons chaque méthode de régression par LASSO. Les propriétés asymptotiques de ces nouvelles techniques sont établies. Nous testons les performances des méthodes avec des données de panel économiques issues de l'OCDE. Le but recherché dans le troisième chapitre est de contraindre simultanément les constantes de régression individuelles et les covariables explicatives. Le LASSO adaptatif permet de réduire la dimensionnalité en assurant asymptotiquement la sélection du bon modèle. Nous testons la précision des méthodes proposées sur des données de cohorte de dimension modérée
This thesis consists of three chapters on longitudinal data analysis. Linear mixed models are discussed, both random effects (where individual intercepts are interpreted as random variables) and fixed effects (where individual intercepts are considered unknown constants, i.e., they must be estimated). Furthermore, robust models (resistant to outliers) and efficient models (with low estimator variability) are proposed in the scope of repeated measures. The second part of the thesis is dedicated to quantile regression, which explores the full conditional distribution of an outcome given its predictors. It introduces a more general method for dealing with heteroscedastic variables and longitudinal data. The first chapter is motivated by evaluating the statistical association between air pollution exposure and children and adolescents' lung ability among six months. A robust linear mixed model combined with an equally robust principal component analysis is proposed to deal with multicollinearity between covariates and the impact of extreme observations on the estimates. Huber and Tukey loss functions (M-estimation examples) are considered to obtain more robust estimators than the least squared function usually used to estimate the parameters of linear mixed models. A finite sample size study is carried out in the case where the covariates follow linear time series models with or without additive outliers. The impact of time correlation and outliers on fixed effect parameter estimates in linear mixed models is investigated. In addition, weights are introduced to reduce the estimates' bias even more. The study of the real data revealed that the robust principal component analysis exhibits three principal components explaining more than 90% of the total variability. The second principal component, which corresponds to particles smaller than 10 microns, significantly affects respiratory capacity. In addition, biological indicators such as passive smoking have a negative and significant effect on children's lung ability. The second chapter analyses fixed effect panel data with three different loss functions. To avoid the number of parameters increases with the sample size, we propose to penalize each regression method with the least absolute shrinkage and selection operator (LASSO). The asymptotic properties of two of these new techniques are established. A Monte Carlo study is performed for homoscedastic and heteroscedastic models. Although the model is more challenging to estimate in the heteroscedastic case for most statistical methods, the proposed methods perform well in both scenarios. This confirms that the proposed quantile regression methods are robust to heteroscedasticity. Their performance is tested on economic panel data from the Organisation for Economic Cooperation and Development (OECD). The objective of the third chapter is to simultaneously restrict the number of individual regression constants and explanatory covariates. In addition to the LASSO, an adaptive LASSO is proposed, which enjoys oracle proprieties, i.e., it owns the asymptotic selection of the true model if it exists, and it has the classical asymptotic normality property. Monte Carlo simulations are performed in the case of low dimensionality (much more observations than parameters) and in the case of moderate dimensionality (equivalent number of observations and parameters). In both cases, the adaptive method performs much better than the non-adaptive methods. Finally, we apply our methodology to a cohort dataset of moderate dimensionality. For each chapter, open-source software is written, which is available to the scientific community
Esta tese consiste em três capítulos sobre análise de dados longitudinais. São discutidos modelos lineares mistos, tanto efeitos aleatórios (onde interseptos individuais são interpretados como variáveis aleatórias) quanto efeitos fixos (onde interseptos individuais são considerados constantes desconhecidas, ou seja, devem ser estimadas). Além disso, modelos robustos (resistentes a outliers) e modelos eficientes (com baixa variabilidade de estimadores) são propostos no âmbito de medidas repetidas. A segunda parte da tese é dedicada à regressão quantílica, que explora toda a distribuição condicional de uma variável resposta dado suas preditoras. Ela introduz um método mais geral para lidar com variáveis heterocedásticas e dados longitudinais. O primeiro capítulo é motivado pela avaliação da associação estatística entre a exposição à poluição do ar e a capacidade pulmonar de crianças e adolescentes durante um período de seis meses. Um modelo linear misto robusto combinado com uma análise de componentes principais igualmente robusta é proposto para lidar com a multicolinearidade entre covariáveis e o impacto de observações extremas sobre as estimativas. As funções de perda Huber e Tukey (exemplos de \textit{M-estimation}) são consideradas para obter estimadores mais robustos do que a função de mínimos quadrados geralmente usada para estimar os parâmetros de modelos lineares mistos. Um estudo de tamanho de amostra finito é realizado no caso em que as covariáveis seguem modelos de séries temporais lineares com ou sem outliers aditivos. É investigado o impacto da correlação temporal e outliers nas estimativas de parâmetros de efeito fixo em modelos lineares mistos. Além disso, foram introduzidos pesos para reduzir ainda mais o enviesamento das estimativas. Um estudo em dados reais revelou que a análise robusta dos componentes principais apresenta três componentes principais que explicam mais de 90% da variabilidade total. O segundo componente principal, que corresponde a partículas menores que 10 micrômetros, afeta significativamente a capacidade respiratória. Além disso, os indicadores biológicos como o tabagismo passivo têm um efeito negativo e significativo na capacidade pulmonar das crianças. O segundo capítulo analisa dados de painel com efeito fixo com três diferentes funções de perda. Para evitar que o número de parâmetros aumente com o tamanho da amostra, propomos penalizar cada método de regressão com least absolute shrinkage and selection operator (LASSO). As propriedades assimptóticas de duas dessas novas técnicas são estabelecidas. Um estudo de Monte Carlo é realizado para modelos homocedásticos e heterosecásticos. Embora o modelo seja mais difícil de estimar no caso heterocedástico para a maioria dos métodos estatísticos, os métodos propostos têm bom desempenho em ambos os cenários. Isto confirma que os métodos de regressão quantílica propostos são robustos à heterocedasticidade. Seu desempenho é testado nos dados do painel econômico da Organização para Cooperação e Desenvolvimento Econômico (OCDE). O objetivo do terceiro capítulo é restringir simultaneamente o número de constantes de regressão individuais e covariáveis explicativas. Além do LASSO, é proposto um LASSO adaptativo que permite a seleção assimptótica do modelo verdadeiro, se este existir, e que desfruta da propriedade de normalidade assimptótica clássica. As simulações de Monte Carlo são realizadas no caso de baixa dimensionalidade (muito mais observações do que parâmetros) e no caso de dimensionalidade moderada (número equivalente de observações e parâmetros). Em ambos os casos, o método adaptativo tem um desempenho muito melhor do que os métodos não adaptativos. Finalmente, aplicamos nossa metodologia em um conjunto de dados de coorte de dimensionalidade moderada. Para cada capítulo, um software de código aberto é escrito e colocado à disposição da comunidade científica

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Mahieu, Céline. "Représentations de l'engagement en doctorat des sages-femmes enseignantes." Electronic Thesis or Diss., Normandie, 2023. http://www.theses.fr/2023NORMR018.

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Abstract:

En 2014, 9,1 % des sages-femmes enseignantes et directrices d’école de sages-femmes détenaient un diplôme de docteur ou bien étaient en cours de formation doctorale en France (Morin & Leymarie, 2016). Pourtant, seul un diplôme de master est exigé pour occuper de telles missions professionnelles. Nous nous sommes alors demandée pourquoi une partie importante des sages-femmes enseignantes s’engagent en doctorat. Puis, nous avons souhaité découvrir comment elles parvenaient à rester engagées lors des années de formation doctorale alors qu’elles sont en reprise d’études avec une vie privée et une vie professionnelle déjà établies.Pour répondre à ce questionnement, nous avons étudié le contexte de ce phénomène et les concepts afférents à notre question de recherche tels que l’engagement en formation (De Ketele, 2013b ; Kaddouri, 2011), le processus de formation doctorale (Cros & Bombaron, 2018 ; Skakni, 2019), le parcours de vie (Sapin et al., 2014) ainsi que le genre et le care (Molinier et al., 2009 ; Paperman, 2013 ; Champagne et al., 2015). En outre, nous avons mené une étude empirique avec une méthodologie qualitative et longitudinale comprenant deux séries d’entretiens à un an d’intervalle auprès de sages-femmes enseignantes en cours de formation doctorale au moins lors du premier entretien au printemps 2021. Nous avons procédé à un encodage des thématiques à l’aide du logiciel NVivo, puis à une analyse de contenu longitudinale et transversale (Bardin, 1989).Nos résultats montrent que le processus d’universitarisation de la formation initiale de sage-femme en France impulsé depuis 2009 représente une source motivationnelle importante d’engagement en doctorat des sages-femmes enseignantes. Cependant, les sages-femmes enseignantes engagées en doctorat ont également une motivation personnelle intellectuelle d’analyse réflexive sur des pratiques professionnelles de sage-femme et de sage-femme enseignante, bien souvent dans une quête de reconnaissance de leur identité professionnelle médicale.Leur engagement est fort que ce soit au niveau comportemental, cognitif et émotionnel, pour reprendre les indicateurs de l’engagement en formation selon Pintrich et al. (1993). Différents facteurs ont une influence sur leur engagement en doctorat, notamment l’articulation entre leurs trajectoires de vie personnelle, professionnelle et doctorale, la reconnaissance de leur travail doctoral par leur hiérarchie, la relation avec leur directeur de thèse. En somme, les sages-femmes enseignantes considèrent l’engagement en doctorat comme une valeur respectable et comme un investissement pour elles-mêmes, pour la profession de sage-femme et pour les sciences maïeutiques.Cette recherche a ainsi mis en exergue le phénomène d’engagement en doctorat de l’une des professions du care dans le contexte actuel d’universitarisation. Elle met en lumière également les difficultés rencontrées par une population de femmes en reprise d’études dans une formation doctorale. Certains leviers sont mis en avant dans la littérature scientifique et au travers des résultats de notre étude empirique. Des perspectives de recherche émanent de cette thèse pour trouver des pistes qui permettraient d’améliorer la qualité de vie doctorante en termes de bien-être et de performance académique
In 2014, 9,1 % of teaching midwives and midwifery school directors held a doctoral degree or were in the process of doctoral training in France (Morin & Leymarie, 2016). However, only a master's degree is required for such professional assignments. We therefore wondered why a significant proportion of midwifery teachers are enrolled in doctoral studies. Then we wanted to find out how they manage to stay committed during their doctoral training years when they are returning to their studies with an already established private and professional life.To answer this question, we studied the context of this phenomenon and the concepts related to our research question such as commitment in training (De Ketele, 2013b; Kaddouri, 2011), the doctoral training process (Cros & Bombaron, 2018; Skakni, 2019), the life course (Sapin and al., 2014) and gender and care (Molinier and al., 2009; Paperman, 2013; Champagne and al., 2015). In addition, we conducted an empirical study with a qualitative and longitudinal methodology including two rounds of interviews at one-year intervals with midwifery teachers in doctoral training at least in the first interview in spring 2021. Themes were coded using NVivo software, followed by a longitudinal and cross-sectional content analysis (Bardin, 1989).Our results show that the process of universitarisation of initial midwifery education in France, which has been underway since 2009, is an important motivational source for midwifery teachers' commitment to a doctorate. However, midwifery teachers involved in doctoral studies also have a personal intellectual motivation for reflective analysis of professional midwifery and midwifery teaching practices, often in a quest for recognition of their medical professional identity.Their commitment is strong at the behavioural, cognitive and emotional levels, to use the indicators of commitment to training according to Pintrich et al (1993). Various factors influence their commitment to the doctorate, notably the articulation between their personal, professional and doctoral life trajectories, the recognition of their doctoral work by their hierarchy, and the relationship with their thesis director. In short, midwifery teachers consider the commitment to a doctorate as a respectable value and as an investment for themselves, for the midwifery profession and for the midwifery science.This research has thus highlighted the phenomenon of doctoral commitment in one of the care professions in the current context of universitarisation. It also highlights the difficulties encountered by a population of women returning to study for a doctorate. Certain levers are highlighted in the scientific literature and through the results of our empirical study. Research perspectives emanate from this thesis in order to find ways to improve the quality of doctoral life in terms of well-being and academic performance

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Maillard, Angéline. "Atteintes cognitives et cérébrales dans le trouble de l'usage d'alcool et le syndrome de Korsakoff : valeur pronostique, évolution et prise en charge Prognosis factors of low-risk drinking and relapse in alcohol use disorder : a multimodal analysis Short-term neuropsychological recovery in alcohol use disorder : a retrospective clinical study Is there cognitive and brain changes over time in Korsakoff's syndrome ? Neuropsychological deficits in alcohol use disorder : impact on treatmen The effect of alcohol withdrawal syndrome severity on sleep, brain and cognition." Thesis, Normandie, 2020. http://www.theses.fr/2020NORMC017.

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Abstract:

Le trouble de l’usage d’alcool (TUAL) est associé à des atteintes cérébrales et cognitives. Ces altérations empêchent les patients de bénéficier des prises en charges psychosociales et augmentent le risque de rechute. Une réversibilité de ces atteintes est possible avec l’abstinence et a été mise en évidence dans le TUAL. En revanche, les patients présentant un syndrome de Korsakoff (SK) ont une amnésie antérograde sévère qui est considérée comme irréversible, même si l’évolution cognitive et cérébrale de ces patients est peu documentée. L’objectif de cette thèse est donc d’étudier la valeur pronostique, l’évolution ainsi que la prise en charge des atteintes cognitives et cérébrales dans le TUAL et le SK. Nos résultats montrent que l’alexithymie et les altérations des systèmes limbique et fronto-cérébelleux observés post-sevrage sont des facteurs de mauvais pronostic du statut addictologique au cours de l’année post-sevrage. Nous montrons qu’après le sevrage, un court séjour en soins de suite et de réadaptation permet une amélioration, voire même une normalisation des fonctions cognitives. Une prise en charge intensive, incluant des ateliers de stimulation cognitive pendant ce séjour, semble favoriser la récupération. Nos résultats ont mis en évidence que chez les patients SK, les déficits sévères de mémoire épisodique sous-tendus par des altérations du circuit de Papez, persistent avec le temps. Les atteintes des fonctions exécutives et du circuit fronto-cérébelleux peuvent récupérer de manière limitée. Ces résultats soulignent la nécessité d’évaluer les atteintes cognitives et cérébrales ayant une valeur pronostique pour la rechute. Ils indiquent également l’importance d’adapter la prise en charge afin de favoriser la récupération cognitive dans le TUAL ou de compenser les troubles mnésiques persistants et invalidants dans le SK
Alcohol use disorder (AUD) is characterized by brain damage and cognitive deficits. These alterations hinder AUD patients to benefit from psychosocial treatment and increase the risk of relapse. It is now clear that cognitive deficits and brain abnormalities can be reversible with drinking cessation in AUD. However, patients with Korsakoff’s syndrome (KS) are described as exhibiting a severe anterograde amnesia supposed to persist over time, even though longitudinal studies in KS patients are very rare. The objective of this thesis is to examine the prognostic value, changes over time, and rehabilitation of the cognitive impairments and brain alterations in AUD and KS. Our results suggest that alexithymia, as well as alteration of limbic and frontocerebellar systems observed early in abstinence, contribute to a poor prognosis regarding alcohol status within the year following detoxification. We highlight that, after detoxification, a short stay as inpatient in a convalescent home favors cognitive improvement, and even a return to a normal level of performance. During this stay, an intensive care including neuropsychological training seems to favor the recovery. Finally, our results indicate that in KS patients, severe memory impairments, sustained by Papez circuit alterations, persist over time. Executive deficits and damage of the fronto-cerebellar circuit may recover but to a limited extent. These results emphasize the need to assess cognitive and brain alteration that have a prognostic value regarding treatment outcome. Results also encourage adapting treatment to favor recovery in AUD, or to compensate for persisting memory impairments in KS

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Abichou, Klich Amna. "Décomposition de la variance dans le modèle de classification de trajectoires de biomarqueurs." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1199/document.

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Abstract:

L’analyse de mesures longitudinales –appelées trajectoires– est de plus en plus fréquente en recherche médicale. L’un des intérêts de cette analyse est d’identifier des groupes d’individus ayant des trajectoires similaires. La classification obtenue peut être utilisée pour mieux comprendre l’hétérogénéité des évolutions entre individus. La classification peut être déterminée à partir d’un modèle pour lequel les trajectoires des individus correspondent à la trajectoire du groupe auquel ils sont affectés. L’objectif de la thèse est de développer une extension de ce modèle de classification standard permettant une meilleure prise en compte de la variabilité au sein des groupes, (i) variabilité des valeurs du marqueur (variance résiduelle) et (ii) variabilité des profils d’évolution (variance inter-individuelle). Deux modèles de classification sont développés : 1) un premier modèle qui prend en compte une variance résiduelle au sein de chaque groupe variable d’un groupe à l’autre, et 2) un deuxième modèle qui prend en compte une variabilité des trajectoires au sein des groupes au lieu de de prédire la même trajectoire pour tous les individus d’un même groupe, variabilité qui peut être identique ou variable d’un groupe à l’autre. L’intérêt de ces deux modèles a été montré par des travaux de simulations et par des applications cliniques. Globalement, lorsque le nombre de mesures et de trajectoires est suffisant, ces modèles donnent de meilleures classifications que celles du modèle de classification standard. Par ailleurs, en dehors de plans expérimentaux très contrôlés, les deux sources de variabilité sont inhérentes à la recherche en santé. Ces modèles sont donc très pertinents d’un point de vue clinique
The analysis of longitudinal measures –called trajectories– is more and more frequent in clinical research. One of the interests of this analysis is to identify groups of individuals with similar trajectories. The obtained classification is used to understand and explore the heterogeneity of trajectories among subjects. The classification can be performed by a model that predicts the same trajectory for all the subjects that are classified in the same group. The objective of this thesis is to develop an extension to the standard classification model that gives greater consideration to the variability within groups, (i) the variability of marker values (residual variance), and (ii) the variability of the individual trajectories inside a group (between-individual variance). Two classification models were developed: 1) a first model that allows unequal residual variance across groups, and 2) a second model that takes into account a between-individual variance within each group instead of predicting the same trajectory for all subjects in the same group, a variance that can be equal or unequal across groups. The interest of these two models has been studied by simulations and through clinical applications. Overall, when the number of trajectories and measurements per trajectory is sufficient, these models gives better classification compared to the standard classification model. Moreover, except for highly controlled experimental designs, the two sources of variability are inherent to research in health. Therefore, these models are very relevant from a clinical point of view

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Ortholand, Juliette. "Joint modelling of events and repeated observations : an application to the progression of Amyotrophic Lateral Sclerosis." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2024. http://www.theses.fr/2024SORUS227.

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Abstract:

L’hétérogénéité des progressions des maladies chroniques, comme la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA), constitue un obstacle au développement de traitements. L'utilisation croissante de bases de données, couplée à la modélisation de ces maladies, contribue à une meilleure compréhension de ce phénomène. Cependant, les données collectées ne permettent de décrire que des trajectoires partielles qui doivent être réalignées pour reconstruire une progression complète de la maladie. Le modèle spatiotemporel est l’un des modèles développés pour traiter cette question. Son principal intérêt est sa capacité à réaligner les progressions des patients à la fois en terme de chronologie (aspect temporel), grâce à un âge latent, et en terme d’ordre de progression des données longitudinales (aspect spatial). Cependant, ce modèle n’a pas été conçu pour la modélisation d’évènements, cruciaux dans la SLA : survie ou introduction de support de vie, comme la ventilation non invasive (VNI). A l’inverse, les modèles conjoints existants offrent l'avantage de traiter simultanément des données longitudinales et de survie. Cependant, ils ne réalignent pas les trajectoires, ce qui compromet leur résolution temporelle. Cette thèse visait à étendre le modèle spatiotemporel en un modèle spatiotemporel conjoint, permettant l'examen des données longitudinales et de survie dans la SLA. Nous avons d’abord appliqué le modèle spatiotemporel pour étudier l’impact de l'interaction entre le sexe et le site de début (spinal ou bulbaire) sur la progression de la SLA. En utilisant la base de données PRO-ACT, nous avons démontré une influence significative à la fois du sexe et du site de début sur six résultats longitudinaux surveillant le déclin fonctionnel et respiratoire ainsi que l'indice de masse corporelle. Cependant, cette étude n'a pas incorporé d'analyse de survie, malgré son importance dans la SLA, en raison des limitations du modèle. Pour combler cette lacune, nous avons associé au modèle spatiotemporel un modèle de survie qui estime une distribution de Weibull de l’évènement (le décès ici) à partir de l’âge latent, créant ainsi un modèle temporel univarié conjoint. Après validation du modèle, nous l'avons comparé à un modèle conjoint de l’état de l’art sur les données PRO-ACT. Notre modèle a obtenu des performances significativement supérieures en termes de biais absolu et d'AUC moyenne pour les événements censurés à droite. Cela a démontré l'efficacité de notre approche dans le contexte de la SLA. Cependant, la modélisation de plusieurs résultats longitudinaux nécessite une approche multivariée et l'initiation de support de vie, qui peut être censurée par le décès, doit aussi être prise en compte. Nous avons donc étendu le modèle temporel conjoint en un modèle spatiotemporel conjoint avec des risques concurrents pour analyser l'initiation de la VNI. Cela impliquait de coupler le modèle spatiotemporel multivarié avec un modèle de survie pour risques concurrents estimé à partir de l'âge latent. Après validation, nous avons comparé notre modèle à un modèle conjoint de l’état de l’art sur les données PRO-ACT et avons analysé l'interaction entre le sexe et le site de début en complément de la première étude. Le modèle spatiotemporel conjoint a atteint des performances similaires au modèle de l’état de l’art tout en capturant un processus latent partagé, l'âge latent, tandis que le modèles de l’état de l’art examinent l'impact des données longitudinales sur la survie. Pour faciliter la reproductibilité et la réutilisation de ces modèles, ils ont été implémentés dans le logiciel open source Leaspy. Cette thèse introduit le premier modèle permettant de réaligner des trajectoires partielles en combinant la modélisation de données longitudinales et de survie. Nous avons démontré sa pertinence pour comprendre l'occurrence d'événements critiques dans la SLA
Progression heterogeneity in chronic diseases such as Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a significant obstacle to developing effective treatments. Leveraging the growing wealth of large databases through modelling can help better understanding it. However, the data collected only offer access to partial trajectories, that need to be realigned to reconstruct a comprehensive disease progression. To address this challenge, data-driven progression models like the longitudinal Spatiotemporal model were developed. Its main interest is its ability to synchronise patients onto a common disease timeline (temporal aspect) thanks to a latent disease age, while also capturing the remaining variability through parameters that account for outcome ordering (spatial aspect). However, this model was primarily designed for longitudinal data, overlooking crucial outcomes in ALS such as time to death or initiation of life support, like Non-Invasive Ventilation (NIV). Conversely, existing joint models offer the advantage of simultaneously handling longitudinal and survival data. However, they do not realign trajectories, which compromises their temporal resolution. This thesis aimed to expand the Spatiotemporal model into a Joint Spatiotemporal model, enabling, for ALS research, the examination of survival data alongside longitudinal data. First, we applied the Spatiotemporal model to explore how the interaction between sex and onset site (spinal or bulbar) impacts the progression of ALS patients. We selected 1,438 patients from the PRO-ACT database. We demonstrated a significant influence of both sex and onset site on six longitudinal outcomes monitoring the functional and respiratory decline in addition to Body Mass Index. However, this study did not incorporate survival analysis, despite its paramount importance in ALS, due to limitations inherent to the Spatiotemporal model. To address this gap, we associated the Spatiotemporal model with a survival model that estimates a Weibull survival model from its latent disease age, creating a univariate Joint Temporal model. After model validation, we benchmarked our model with a state-of-the-art joint model on PRO-ACT data. Our model exhibited significantly superior performance in terms of absolute bias and mean cumulative AUC for right-censored events. This demonstrated the efficacy of our approach in the context of ALS compared to existing joint models. However, modelling several longitudinal outcomes requires a multivariate approach. Life support initiation that might be censored by death needs to be also considered. We thus extended the Joint Temporal model, into a multivariate Joint Spatiotemporal model with competing risks to analyse NIV initiation. This involved coupling the multivariate Spatiotemporal model with a cause-specific Weibull survival model from the latent disease age. We incorporated spatial parameters with a Cox proportional effect on the hazard. After validation, we benchmarked our model with a state-of-the-art joint model on PRO-ACT data and analysed sex and onset site interaction in complement to the first study. The Joint Spatiotemporal model achieved similar performance to the state-of-the-art model while capturing an underlying shared latent process, the latent disease age, whereas the state-of-the-art models the impact of longitudinal outcomes on survival. To enhance the reproducibility and facilitate the reuse of these models, the proposed models were implemented in the open-source software Leaspy. In conclusion, this thesis introduces the first data-driven progression model combining longitudinal and survival modelling. We demonstrated its relevance to understand the occurrence of critical events in ALS. This work paves the way for further extension to analyse recurrent events, among other potential applications in causal inference

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Barhoumi, Mohamed Adel. "Traitement des données manquantes dans les données de panel : cas des variables dépendantes dichotomiques." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23619/23619.pdf.

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Gafsi, Nicolas. "Relations entre dynamique de production laitière, gestion des réserves corporelles et performances de reproduction chez la chèvre laitière : une approche par modélisation des trajectoires phénotypiques." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASB027.

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Abstract:

Dans un contexte de transition agroécologique et face aux aléas climatiques de plus en plus fréquents, les systèmes caprins laitiers font face à de nombreux enjeux techniques et socio-économiques. Ils doivent être capables d'élever des chèvres robustes, capables de produire et de se reproduire dans des environnements potentiellement perturbés. Cependant en France, la durée de vie productive moyenne d'une chèvre reste faible. L'élaboration de pratiques de conduite d'élevage et de sélection génétique qui améliorent la robustesse et la longévité des chèvres implique de prendre en compte les interactions entre fonctions biologiques ainsi que leur évolution temporelle, à l'échelle de la lactation et de la carrière. Cette vision multivariée et dynamique est indispensable pour comprendre comment s'élaborent la robustesse et la diversité des carrières. L'objectif de cette thèse est d'utiliser une approche de modélisation des trajectoires phénotypiques de production laitière (PL), de note d'état corporel (NEC) et de poids vif (PV) pour comprendre les interactions entre lactation, gestion des réserves corporelles et reproduction. Les données issues de deux stations expérimentales caprines, recueillies entre 1996 et 2020, ont été utilisées pour caractériser la diversité des trajectoires de PL, PV et de NEC à l'échelle d'une lactation et explorer l'existence d'associations entre ces trajectoires, reflets des fonctions de lactation et de gestion des réserves corporelles. L'échelle de la carrière a été abordée par l'étude de l'enchaînement des trajectoires au travers des parités et par les relations avec les performances de reproduction, à travers la réussite à l'insémination artificielle (IA). Enfin, pour mettre en perspective et évaluer les conséquences de la diversité des profils de trajectoires phénotypiques et des performances de reproduction associées à l'échelle du système d'élevage, un modèle existant de démographie du troupeau a été utilisé. Les résultats ont montré qu'il existait une diversité de types de trajectoires phénotypiques de PL, PV et de NEC à l'échelle d'une lactation et qu'il n'existait pas d'associations fortes entre les types de trajectoires, suggérant une diversité de stratégies de partition d'énergie entre les différentes fonctions biologiques. Sur plusieurs lactations, il existe une répétabilité d'appartenance à certains types de trajectoires. Concernant la reproduction, les chèvres présentant la persistance la plus élevée ont significativement moins de chances de réussir à l'IA que des chèvres présentant une persistance de lactation faible. Pour le PV, seule la dynamique de reprise de poids autour de l'IA a eu un effet sur la réussite à l'IA. Pour la NEC, c'est le niveau minimal atteint pendant la lactation qui a eu un effet sur la réussite à l'IA. Les approches par simulation ont montré qu'une baisse de fertilité à l'IA n'a pas d'effets majeurs sur la distribution des mises-bas. Ce travail propose une méthodologie originale de traitement des données phénotypiques dynamiques et pourrait permettre à terme d'apporter des références pour la conduite conjointe de l'alimentation et de la reproduction des troupeaux caprins laitiers
In a context of agro-ecological transition and increasingly frequent climatic hazards, goat systems in France are facing several technical and socio-economic challenges. Goat farming systems need to breed robust goats capable of producing and reproducing in potentially disturbed environments. However, in France, the average productive lifetime of a goat is short. Implementing herd management strategies and genetic selection to improve the longevity and robustness of dairy goats imply to consider the interactions between the different biological functions and their dynamic change at the lactation and lifetime scales. This multivariate and dynamic view is crucial to understand robustness and diversity of lifetime productive trajectories. The objective of this thesis is to use a modelling approach of phenotypic trajectories of milk yield (MY), body condition score (BCS) and body weight (BW) to understand the relationships between lactation, body reserves and reproduction. Data from two goat experimental stations in France collected between 1996 and 2020 were used to characterize the diversity of phenotypic curves of MY, BW, and BCS throughout lactation and explore the associations between these different phenotypic curves, reflecting lactation and body reserves management. Lifetime scale was studied by analyzing the sequence of phenotypic trajectories over parities and the relationships with reproductive success, in particular for artificial insemination (AI). Finally, we used an existing herd demography model to put into perspective and assess the consequences of the diversity of phenotypic trajectories at the herd scale and the corresponding reproductive performance. Results showed a diversity of phenotypic trajectories for MY, BW, and BCS at the lactation level and no strong associations between the different trajectories, suggesting a diversity of strategies for energy partitions between the different biological functions. Over several lactations, there was a repeatability of phenotypic trajectories membership across parities. Regarding reproductive performance, goats with the highest MY persistency were significantly less likely to succeed at AI than goats with low MY persistency. For BW, only the dynamics of repletion around AI influenced success at AI. For BCS, it was the minimum level reached during lactation that influenced AI success. Simulation approaches showed that a drop in fertility at AI had no major effect on the distribution of kidding. This work proposes an original methodological approach for phenotypic time-series data and opens perspective to provide technical references for feeding and reproductive management of dairy goat herds

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Couronné, Raphaël. "Modélisation de la progression de la maladie de Parkinson." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS363.

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Abstract:

Dans ce travail, nous développons des méthodes statistiques pour modéliser la progression de la Maladie de Parkinson (MP) à partir de données répétées. La progression de la MP, très hétérogène, est complexe à modéliser. Pour mieux comprendre la progression des maladies neurodégénératives, des études effectuent un suivi de patients dans le temps, avec une batterie de tests à chaque visite. Ces données permettent d’étudier les différents types de progression par analyse statistique. Dans une première partie, nous modélisons la progression de marqueurs scalaires de la maladie de Parkinson. Nous nous basons sur un modèle longitudinal, le modèle longitudinal spatiotemporel. Nous proposons de gérer les valeurs manquantes, ainsi que de modéliser la progression jointe de marqueurs de différentes natures, comme les scores cliniques, ou les marqueurs extraits de l’imagerie. Avec ce modèle, nous nous concentrons d'abord sur la modélisation des symptômes moteurs précoces dans la MP. Puis nous étudions l'hétérogénéité de la MP, avec un accent sur les troubles du sommeil. Dans une seconde partie indépendante, nous étudions la modélisation de données longitudinales provenant de l'imagerie. Nous proposons d'utiliser un réseau de neurone comme méthode de réduction de dimension afin de construire un système de coordonnées spatiotemporel de progression de la maladie. Nous tirons parti de la flexibilité des réseaux de neurones pour modéliser la progression de données multimodales. Enfin, en supposant la monotonicité des marqueurs au cours du temps, nous nous appuyons sur l’ordre des visites plutôt que l’âge des patients pour modéliser plus finement la variabilité temporelle de nos données
In this work, we developed statistical methods to model disease progression from patient’s repeated measurements, with a focus on Parkinson’s Disease (PD). A key challenge lies in the inherent heterogeneity of PD across patients, to the extent that PD is now suspected to encompass multiple subtypes or motor phenotypes. To gain insights on disease progression, research studies propose to gather a broad range of marker measurements, at multiple timepoints for each patients. These data allow to investigate the disease’s patterns of progression via statistical modeling. In a first part, we modeled the progression of scalar markers of PD. We extended on a disease progression model, namely the longitudinal spatiotemporal model. We then proposed to address data missingness, and to model the joint progression of markers of different nature, such as clinical scores, and scalar measurements extracted on imaging modalities. With this method, we modeled early motor progression in PD, and, in a second work, the heterogeneity of idiopathic PD progression, with a focus on sleep symptoms. In a second, independent, part of the manuscript, we tackled the longitudinal modeling of medical images. For these higher dimensionality data, Deep Learning is often used, but mostly in cross sectional setups, ignoring the possible inner dynamics. We proposed to leverage Deep Learning as a dimensionality reduction tool to build a spatiotemporal coordinate system of disease progression. We first took advantage of this flexibility to handle multimodal data. Then we leveraged the self-supervision induced by assuming monotonicity over time, to offer higher flexibility in modeling temporal variability

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Hombourger-Barès, Sabrina. "La contribution du design de l'espace de vente à l'évolution du positionnement de l'enseigne : une analyse longitudinale." Thesis, Dijon, 2014. http://www.theses.fr/2014DIJOE002/document.

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Abstract:

L’une des voies d’innovation plébiscitées par les détaillants pour orchestrer l’évolution de leur proposition de valeur consiste à réviser le design des espaces de vente. Les contributions académiques sur l’expérience en magasin se sont concentrées sur les perceptions des consommateurs ainsi que sur le repérage de pratiques managériales significatives. En prenant pour objet la traduction du repositionnement d’une enseigne par le design expérientiel des espaces de vente, la thèse propose de suivre le processus au cœur même du marché et de mettre à jour les mécanismes qui le sous-tendent. La conduite d’une étude longitudinale de cas enchâssés dévoile une conception holistique, basée sur l’interaction souhaitée du chaland avec le magasin. L’analyse relate l’enchâssement des quatre phases du cycle de vie et permet de recenser pour chaque phase les événements et problématiques associés aux six dimensions du processus. La thèse établit le rôle prégnant de la vision entrepreneuriale du dirigeant, clé de voûte de l’innovation. La proposition de valeur se matérialise par trois composantes gigognes que sont l’intrigue, l’action et le décor. Pour chacune des cinq étapes du parcours-client, des éléments de décor sont implantés pour relayer ou renforcer l’action souhaitée. Ces éléments constituent des mécanismes ou dispositifs destinés à stimuler le système expérientiel du chaland. L’évaluation, qui porte sur la mesure du positionnement perçu et vécu, contribue à ajuster la proposition de valeur au regard de quatre niveaux de cohérence et de la flexibilité du design. Enfin, les logiques de coproduction occasionnent une possible co-destruction de valeur, intentionnelle ou accidentelle
One of the innovative ways favoured by retailers to drive change in their value proposition is to review the design of their stores. Academic contributions to the in-store experience have mostly focused on consumer perspective and identifying relevant managerial practices. The core of this research studies how repositioning a retail brand translates into the experiential design of retail spaces. To this end, the research follows the repositioning process from a managerial perspective and updates the mechanisms that underlie it. The longitudinal study of embedded cases reveals the importance of an holistic design that takes into account the desired interactions between the shopper and the store. The analysis shows the four overlapping phases of the store’s life cycle, and breaks down the process into six dimensions, each with its own events and issues. The six dimensions are vision, plotline, action, decor, assessment and coproduction.The entrepreneurial vision of the leader is the cornerstone of the whole innovation process. The value proposition is embodied by three components, namely plotline, action and decor. For each of the five stages of the shopper’s journey, elements of the decor are implemented to relay or reinforce the desired action. These are mechanisms or devices meant to stimulate the shopper’s experiential system. The assessment, which involves measuring the perceived and experienced positioning, helps to adjust the value proposition in terms of four levels of consistency and flexibility of design. Finally, the coproduction of store design between different stakeholders can cause a co-destruction of value, whether intentional or accidental

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Betoko, Aisha. "L’alimentation précoce : ses déterminants, son influence sur la croissance postnatale et les consommations alimentaires à 3 ans." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA11T038/document.

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Abstract:

Contexte : L’alimentation précoce a une influence sur la croissance et le développement des habitudes alimentaires. Dans la littérature, les déterminants et les effets sur la santé des pratiques d’allaitement et de diversification alimentaire (introduction des aliments autres que le lait) ont souvent été analysés en dissociant ces deux pratiques pourtant très liées. Objectifs : Caractériser par une approche plus globale l’alimentation dans la première année de vie, mettre en évidence ses principaux déterminants et comprendre son influence sur la croissance dans les trois premières années de vie de l’enfant et ses habitudes alimentaires à 3 ans. Méthodes : Les données de la cohorte EDEN qui a recruté 2002 femmes enceintes en début de grossesse, entre 2003 et 2006 dans deux hôpitaux à Nancy et à Poitiers, ont été utilisées. L’alimentation et les paramètres anthropométriques de l’enfant ont été recueillis par questionnaires et examens cliniques à la naissance, 4, 8, 12, 24 et 36 mois. Une analyse en composantes principales a permis d’identifier des profils de pratiques alimentaires dans la première année de vie à partir de la durée d’allaitement, de l’âge d’introduction de différents groupes d’aliments et du mode de préparation des aliments utilisés (préparations « maison », plats préparés « spécifiques bébé » et plats préparés ordinaires du commerce). Des régressions linéaires et logistiques multiples ont été utilisées pour analyser les associations entre profils de pratiques alimentaires, croissance et habitudes alimentaires à 3 ans. Résultats : i) Le type de préparation infantile utilisée de manière prédominante les 4 premiers mois de vie était associé à la parité, l’éducation et le retour à l’emploi maternels mais pas à la croissance de l’enfant sur cette même période. ii) Trois profils de pratiques alimentaires dans la première année de vie ont été identifiés dans la cohorte EDEN. Des scores élevés sur le profil 1 « Diversification tardive et utilisation d’aliments spécifiques bébé » étaient associés à un revenu familial élevé, un âge et un niveau d’études maternels élevés, une parité faible et un recrutement à Nancy. Des scores élevés sur le profil 2 « Allaitement maternel long, diversification tardive et utilisation d’aliments faits maison » étaient associés un âge et un niveau d’études maternels élevés et un recrutement à Poitiers. Des scores élevés sur le profil 3 « Utilisation fréquente d’aliments ordinaires du commerce » étaient associés à un âge maternel plus faible, une parité plus élevée et un recrutement à Nancy. iii) Un score élevé sur le profil 2 était associé à une croissance staturo-pondérale plus lente entre 0 et 1 an et plus rapide entre 1 et 3 ans après ajustement sur les facteurs de confusion potentiels. Ce même profil était associé positivement à la consommation de fruits et légumes à 3 ans. Un ajustement supplémentaire sur la durée d’allaitement maternel atténuait les relations sans pour autant les faire disparaître totalement, suggérant un effet de l’ensemble de pratiques alimentaires dans la première année de vie sur les paramètres que nous avons étudiés. Conclusions : Ces résultats confirment l’importance des déterminants socioculturels sur les pratiques d’alimentation dans la première année de vie. Ils confirment également les liens entre l’alimentation précoce et d’une part la croissance dans les trois premières années de vie et d’autre part l’apprentissage des habitudes alimentaires ultérieures. La prise en compte dans la recherche de l’ensemble des pratiques alimentaires dans la première année de vie, lorsque l’on s’intéresse à leurs effets sur le développement de l’enfant doit être encouragée
Background: Early eating patterns can determine later eating habits and food preferences and they have been related child growth. In the literature, the determinants and health effects of breastfeeding and complementary feeding practices have often been analyzed separately. Yet, breastfeeding and complementary feeding practices are interrelated and there are arguments to suggest that both influence later health. Objectives : We aimed to characterize feeding practices over the first year of life and to examine their associations with family and infant characteristics, with growth changes in the first 3 years of life, and their relations with food intake at 3 years of age. Methodes : Subjects were participants of the EDEN mother-child cohort. The study recruited 2,002 pregnant women aged 18-45 years attending their prenatal visit before 24 weeks’ gestation at Nancy and Poitiers University Hospitals between 2003 and 2006. Dietary practices and anthropometric measurements were collected through maternal self-report and clinical examinations at birth, 4, 8, 12, 24 and 36 months. Principal component analysis was applied to derive patterns from breastfeeding duration, age of introduction of complementary foods (CF) and type of food used at 1y (ready-prepared baby foods, home-made foods, ready-prepared ordinary foods). Multiple linear and logistic regressions were used to analyze associations between feeding patterns, growth and food intake at 3 years of age. Results : i) The type infant formula (partially hydrolyzed, thickened, enriched in pre- or probiotic and others) used in the first four months of life was related to maternal return to employment, parity but not to infant growth in the same period. ii) Three major feeding patterns were identified in the EDEN study. The main source of variability in infant feeding was characterized by a pattern labeled ‘Late weaning and use of ready-prepared baby foods’. Older, more educated, primiparous women with high monthly income and recruited in Nancy ranked high on this pattern. The second pattern, labeled ‘Longer breastfeeding, late CF introduction and use of home-made foods’ was the closest to infant feeding guidelines. Mothers with high scores on this pattern were older, more educated and recruited in Poitiers. The third pattern labeled ‘Use of ordinary foods’ is more suggestive of infants having a less age-specific diet. Mothers ranking high on this pattern were often younger, multiparous and recruited in Nancy. iii) High scores on the second pattern were related to significant lower 0-1y weight and height change, higher 1-3y weight and height change and to a significant higher fruit and vegetables intake at 3 years of age after controlling for a wide range of potential confounding variables. An additional adjustment on breastfeeding duration attenuated the relationships without making them disappear completely, suggesting an effect of the overall feeding practices in the first year of life on the parameters that we studied. Conclusions : Our results confirm the importance of socio-cultural determinants on feeding practices over the first year of life. They also confirm the relations between early nutrition and growth in the first three years of life and later eating habits. Our results emphasize the need to consider infant feeding over the first year of life including breastfeeding duration, age of complementary foods introduction as well as type of foods used when examining effects of early infant feeding practices on later health

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Barbieri, Antoine. "Méthodes longitudinales pour l’analyse de la qualité de vie relative à la santé en cancérologie." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTS026/document.

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Abstract:

L’étude de la qualité de vie relative à la santé est un objectif prioritaire des essais cliniques en cancérologie pour évaluer l’efficacité d’une prise en charge ; elle est mesurée par le biais d’auto-questionnaire. Dans ce travail, nous proposons différentes modélisations statistiques pour l’analyse longitudinale de ce critère, ainsi que leur application sur des données issues de plusieurs essais cliniques. Une première partie présente les modèles issus de la théorie de réponse à l’item (IRT) pour réaliser une analyse longitudinale directement sur les données brutes (multi-réponses ordinales) et ce par dimension. Une fois replacés dans le contexte des modèles linéaires généralisés mixtes, une sélection conceptuelle de modèles IRT a conclu que le Graded response model semble le mieux adapté. Dans une seconde partie, nous proposons un modèle à équation structurelle permettant de prendre en compte conjointement l’aspect multidimensionnel et longitudinal de la qualité de vie. À l’aide de facteurs reflétés par des ensembles de variables observées, il permet de lier à chaque temps de mesure toutes les observations issues du questionnaire, tout en considérant également des variables explicatives. L’analyse longitudinale est réalisée sur le statut global de santé et les facteurs réduisant ainsi le nombre de tests. Enfin, une approche par mélanges de modèles mixtes est proposée pour obtenir des classes latentes à partir de trajectoires de qualité de vie. Cette approche a permis de caractériser des sous-populations homogènes et d’associer différente évolution de la qualité de vie suivant des profils particuliers de patients
The health-related quality of life is a major objective in oncology clinical trials to improve patients’ care and better evaluate the impact of the treatments on their everyday life. Auto-questionnaires are usually used to measure this endpoint. In this work, different statistical models for the longitudinal analysis of health-related quality of life in oncology are proposed and applied to clinical trial data. First, we present different models derived from the item response theory (IRT) to achieve a longitudinal analysis directly on raw data (multi-response outcomes) for each dimension. Within the generalized linear mixed model background, a conceptual selection of the IRT models concluded that the graded response model seems to be the most suitable. Then, we propose a structural equation model which allows taking into account the multidimensional nature of data at each time and the longitudinal aspect induced by the repeated measurements. At each measurement time, the model allows to link all the observed variables issued from the questionnaire given explanatory variables. Two factors are estimated, each summarizing a set of observed variables. The longitudinal analysis is performed on the global health status and on the factors, thus reducing the number of tests. Finally, an approach based on a mixture of mixed models is used to obtain latent classes from quality of life trajectories. The approach has resulted in the identification of homogeneous subpopulations and their latent trajectory according to specific patient profiles

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Rouquette, Alexandra. "Mesures subjectives et épidémiologie : problèmes méthodologiques liés à l’utilisation des techniques psychométriques." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA11T097/document.

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Abstract:

L’utilisation des mesures subjectives en épidémiologie s’est intensifiée récemment, notamment avec la volonté de plus en plus affirmée d’intégrer la perception qu’ont les sujets de leur santé dans l’étude des maladies et l’évaluation des interventions. La psychométrie regroupe les méthodes statistiques utilisées pour la construction des questionnaires et l’analyse des données qui en sont issues. Ce travail de thèse avait pour but d’explorer différents problèmes méthodologiques soulevés par l’utilisation des techniques psychométriques en épidémiologie. Trois études empiriques sont présentées et concernent 1/ la phase de validation de l’instrument : l’objectif était de développer, à l’aide de données simulées, un outil de calcul de la taille d’échantillon pour la validation d’échelle en psychiatrie ; 2/ les propriétés mathématiques de la mesure obtenue : l’objectif était de comparer les performances de la différence minimale cliniquement pertinente d’un questionnaire calculée sur des données de cohorte, soit dans le cadre de la théorie classique des tests (CTT), soit dans celui de la théorie de réponse à l’item (IRT) ; 3/ son utilisation dans un schéma longitudinal : l’objectif était de comparer, à l’aide de données simulées, les performances d’une méthode statistique d’analyse de l’évolution longitudinale d’un phénomène subjectif mesuré à l’aide de la CTT ou de l’IRT, en particulier lorsque certains items disponibles pour la mesure différaient à chaque temps. Enfin, l’utilisation de graphes orientés acycliques a permis de discuter, à l’aide des résultats de ces trois études, la notion de biais d’information lors de l’utilisation des mesures subjectives en épidémiologie
Recently, subjective measurements have increasingly been used in epidemiology, alongside the growing will to integrate individuals’ point of view on their health in studies on diseases or health interventions. Psychometrics includes statistical methods used to develop questionnaires and to analyze questionnaire data. This doctoral dissertation aimed to explore methodological issues raised by the use of psychometric techniques in epidemiology. Three empirical studies are presented and cover 1 / the validation stage of a questionnaire: the objective was to develop, using simulated data, a tool to determine sample size for internal validity studies on psychiatric scale; 2 / the mathematical properties of the subjective measurement: the objective was to compare the performances of the minimal clinically important difference of a questionnaire, assessed on data from a cohort study, computed using the classical test theory (CTT) framework or the item response theory framework (IRT); 3 / its use in a longitudinal design: the objective was to compare, using simulated data, the performances of a statistical method aimed to analyze the longitudinal course of a subjective phenomenon measured using the CTT or IRT framework, especially when some of the available items used for its measurement differ at each time of data collection. Finally, directed acyclic graphs were used to discuss the results from these three studies and the concept of information bias when subjective measurements are used in epidemiology

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Nicolaï, Alice. "Interpretable representations of human biosignals for individual longitudinal follow-up : application to postural control follow-up in medical consultation." Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2021. http://www.theses.fr/2021UNIP5224.

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Abstract:

Le suivi longitudinal individuel, dont l'objectif est de suivre l'évolution de l'état d'un individu au cours du temps, est au cœur de nombreuses problématiques de santé publique, particulièrement dans le domaine de la prévention médicale. L'accès croissant à des capteurs non invasifs permettant de mesurer divers bio-signaux (glycémie, fréquence cardiaque, mouvements des yeux, etc.) a encouragé la quantification de la physiologie, de la sensorimotricité ou du comportement humain dans le but de construire des marqueurs pour le suivi individuel. Cet objectif soulève toutefois plusieurs difficultés liées à la modélisation des signaux. Ce type particulier de données est en effet complexe à interpréter tel quel, et, a fortiori, à comparer au cours du temps. Dans cette thèse nous étudions la question de la représentation interprétable des bio-signaux pour le suivi longitudinal à travers la problématique du suivi de l'équilibre en consultation médicale. Cette problématique a des implications déterminantes dans la prévention des chutes et de la fragilité chez les personnes âgées. Nous nous focalisons en particulier sur l'utilisation des plateformes de force, qui sont communément utilisées pour enregistrer des mesures de posturographie, et peuvent être facilement déployées dans le contexte clinique grâce au développement de plateformes peu onéreuses comme la Wii Balance Board. Pour cette application particulière, nous étudions les avantages et les inconvénients de l'utilisation de méthodes d'extraction de caractéristiques ou de la recherche d'un modèle génératif des trajectoires. Nos contributions incluent premièrement la revue et l'étude d'un large ensemble de variables qui sont utilisées pour évaluer le risque de chute chez les personnes âgées, dérivées de la trajectoire du centre de pression (CoP). Ce signal est couramment analysé dans la littérature clinique pour inférer des informations sur le contrôle de l'équilibre. Ensuite, nous développons un nouveau modèle génératif, "Total Recall", basé sur un précédent modèle stochastique du CoP, qui s'est avéré reproduire plusieurs caractéristiques des trajectoires mais n'intègre pas la dynamique entre le CoP et le centre de masse (CoM) -- une dynamique considérée centrale dans le contrôle moteur de la posture. Par ailleurs, la comparaison des méthodes fréquemment utilisées pour l'estimation du CoM en équilibre statique debout permet de conclure qu'il est possible d'obtenir une estimation précise avec la Wii Balance Board. Les résultats montrent la pertinence potentielle du modèle Total Recall pour le suivi longitudinal du contrôle postural dans un contexte clinique. Dans l'ensemble, nous soulignons l'avantage d'utiliser des modèles génératifs, tout en mettant en évidence la complémentarité des deux approches, extraction de caractéristiques et modèles génératifs. En outre, cette thèse s'intéresse à l'apprentissage de représentations sur des données labellisées et adaptées à un objectif particulier de suivi. Nous introduisons de nouveaux algorithmes de classification qui tirent avantage des connaissances a priori pour améliorer les performances tout en conservant une interprétabilité complète. Notre approche s'appuie sur des algorithmes intrinsèquement interprétables et une régularisation sur l'espace des modèles basée sur des heuristiques médicales. Cette méthode est appliquée à la quantification du risque de chute et de la fragilité. Cette thèse défend l'importance de la recherche de méthodes interprétables, conçues pour des applications spécifiques et intégrant des a-priori fondés sur des connaissances expertes. Ces approches montrent des résultats positifs pour l'intégration des bio-signaux sélectionnés et de méthodes d'apprentissage statistique dans le cadre du suivi longitudinal du contrôle postural
Individual longitudinal follow-up, which aims at following the evolution of an individual state in time, is at the heart of numerous public health issues, particularly in the field of medical prevention. The increasing availability of non-invasive sensors that record various biosignals (e.g., blood glucose, heart rate, eye movements), has encouraged the quantification of human physiology, sensorimotricity, or behavior with the purpose of deriving markers for individual follow-up. This objective raises however several challenges related to signal modelling. Indeed, this particular type of data is complex to interpret, and, a fortiori, to compare across time. This thesis studies the issue of extracting interpretable representations from biosignals through the problematic of balance control follow-up in medical consultation, which has crucial implications for the prevention of falls and frailty in older adults. We focus in particular on the use of force platforms, which are commonly used to record posturography measures, and can be easily deployed in the clinical setting thanks to the development of low cost platforms such as the Wii Balance Board. For this particular application, we investigate the pros and cons of using feature extraction methods or alternatively searching for a generative model of the trajectories. Our contributions include first the review and study of a wide range of state-of-the-art variables that are used to assess fall risk in older adults, derived from the center of pressure (CoP) trajectory. This signal is commonly analyzed in the clinical literature to infer information about balance control. Secondly, we develop a new generative model, ``Total Recall'', based on a previous stochastic model of the CoP, which has shown to reproduce several characteristics of the trajectories but does not integrate the dynamic between the CoP and the center of mass (CoM) -- a dynamic which is considered to be central in postural control. We also review and compare the main methods of estimation of the CoM in quiet standing and conclude that it is possible to obtain an accurate estimation using the Wii Balance Board. The results show the potential relevance of the Total Recall model for the longitudinal follow-up of postural control in a clinical setting. Overall, we highlight the benefit of using generative models, while pointing out the complementarity of features-based and generative-based approachs. Furthermore, this thesis is interested in introducing representations learned on labeled data and tailored for a particular objective of follow-up. We propose new classification algorithms that take advantage of a priori knowledge to improve performances while maintaining complete interpretability. Our approach relies on bagging-based algorithms that are intrinsically interpretable, and a model-space regularization based on medical heuristics. The method is applied to the quantification of fall risk and frailty. This dissertation argues for the importance of researching interpretable methods, designed for specific applications, and incorporating a-priori based on expert knowledge. This approach shows positive results for the integration of the selected biosignals and statistical learning methods in the longitudinal follow-up of postural control. The results encourage the continuation of this work, the further development of the methods, especially in the context of other types of follow-up such as continuous monitoring, and the extension to the study of new biosignals

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Canouil, Mickaël. "Développement et application de méthodologies statistiques pour études multi-omiques dans le diabète de type 2 : au-delà de l'ère des études d'association pangénomiques." Thesis, Lille 2, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL2S017/document.

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Abstract:

Les études d'association pangénomiques (GWAS) ont permis l'identification de plusieurs dizaines de gènes et de polymorphismes nucléotidiques (SNPs) contribuant au risque de diabète de type 2.Plus généralement, les GWAS ont permis d'identifier des milliers de SNPs contribuant à des maladies complexes chez l'Homme.Cependant, la caractérisation fonctionnelle et les mécanismes biologiques impliquant ces SNPs et ces gènes restent en grande partie à explorer.En effet, les conséquences de ces polymorphismes sont complexes et peu connues. Une conséquence directe est l'altération de la protéine codée par un gène, voire une extinction complète de la transcription du gène (p.ex. via l’introduction d’un codon stop dans la séquence).Par ailleurs, ces polymorphismes peuvent avoir un rôle de régulation dans l'expression des gènes, par exemple, en perturbant la liaison de facteurs de transcription et d'enzymes impliqués dans la méthylation de l'ADN.Malgré des associations fortes des SNPS identifiés, ils ne peuvent expliquer la totalité de l'héritabilité du diabète de type 2, suggérant par le fait même des mécanismes d'interactions entre les différentes couches que représentent la génomique, la transcriptomique et l'épigénomique.Le changement de paradigme en statistique génétique et la disponibilité de données transcriptomiques et épigénomiques sont responsables de l'évolution du domaine, passant des analyses d'associations à des analyses transversales de type multi-omique, et permettant de fournir des éléments de réponse sur l’aspect fonctionnel des SNPs ou des gènes impliqués, et dans certains cas, permettant d'évaluer le lien causal de ces variants sur la pathologie.Les développements et applications méthodologiques proposés dans cette thèse sont variés, allant d’une approche similaire aux GWAS, mettant à profit les données longitudinales disponibles dans certaines cohortes (p.ex. D.E.S.I.R.), au moyen d'un modèle joint; de la caractérisation fonctionnelle de gènes candidats, identifiés par GWAS, dans la sécrétion d'insuline par une étude transcriptomique multi tissu et dans un modèle cellulaire; de l'identification d'un nouveau gène candidat (PDGFA) impliqué dans la dérégulation de la voie de l'insuline dans le diabète de type 2 via des mécanismes épigénétiques et transcriptomiques; et enfin de la caractérisation de l'effet sur le transcriptome de deux substituts du bisphénol A dans un modèle d’adipocyte primaire.L'augmentation des connaissances des processus biologiques dans lesquels sont impliqués les SNPs et gènes identifiés par GWAS pourrait permettre l'élaboration de stratégies diagnostiques plus efficaces, ainsi que l'identification de cibles thérapeutiques pour le traitement du diabète de type 2 et des complications associées (p.ex. insulinorésistance, NAFLD, cancer, etc.). Plus généralement, ces études multi-omiques ouvrent la voie à l'approche émergente que représente la médecine de précision, permettant le traitement et la prévention des pathologies tout en prenant en compte ce qui fait la spécificité d'un individu, à savoir son génome et son environnement, tous deux interagissant sur son transcriptome et son épigénome
Genome-wide association studies (GWAS) have resulted in the identification of several dozen of genes and single nucleotide polymorphisms (SNPs) contributing to type 2 diabetes.More generally, GWAS have identified thousands of SNPs contributing to complex diseases in humans.However, the functional characterization and biological mechanisms involving these SNPs and genes remain largely to be explored. Indeed, the consequences of these polymorphisms are complex and little known.One direct consequence of the SNPs is the alteration of the protein encoded by a gene, or even a complete transcriptional gene silencing (e.g. codon stop in the sequence). Furthermore, these polymorphisms may have a regulatory role in gene expression, for example, by interfering with the binding of transcription factors and enzymes involved in DNA methylation.Despite the strong associations of identified SNPs, they cannot explain the full heritability of type 2 diabetes, suggesting interactions mechanisms between the different layers of -omics, such as genomics, transcriptomics and Epigenomics.The shift of paradigm in statistical genetics and the availability of transcriptomic and epigenomic data are responsible for the evolution of the discipline, moving from association studies to multi-omics, and providing insights on the functional aspect of the SNPs or genes involved, and in some cases allowing to evaluate the causal link of these variants on the pathology.The methodological developments and their applications proposed in this thesis are various, ranging from a similar approach to GWAS, leveraging the longitudinal data available in some cohorts (e.g. D.E.S.I.R.), using an joint model approach; the functional characterisation of candidate genes in insulin secretion by a multi tissue transcriptomic study and transcriptomic study in a cell model; the identification of a new candidate gene (PDGFA) involved in the deregulation of the insulin\\\'s pathway in type 2 diabetes through epigenetic and transcriptomic mechanisms; and finally, the characterisation of the effect on the transcriptome of two substitutes of bisphenol A in a primary adipocyte model.The increase of knowledge in biological processes involving SNPs and genes identified by GWAS could enable the development of more effective diagnostic strategies, and the identification of therapeutic targets for the treatment of type 2 diabetes and associated complications (e.g., insulin resistance, NAFLD, cancer, etc.).More generally, these multi-omics studies pave the way for the emerging approach of precision medicine, allowing the treatment and prevention of pathologies while taking into account what makes the specificity of an individual, namely his genome and his environment, both interacting on his transcriptome and his epigenome

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Loucoubar, Cheikh. "Statistical genetic analysis of infectious disease (malaria) phenotypes from a longitudinal study in a population with significant familial relationships." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00685104.

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Abstract:

Long term longitudinal surveys have the advantage to enable several sampling of the studied phenomena and then, with the repeated measures obtained, find a confirmed tendency. However, these long term surveys generate large epidemiological datasets including more sources of noise than normal datasets (e.g. one single measure per observation unit) and potential correlation in the measured values. Here, we studied data from a long-term epidemiological and genetic survey of malaria disease in two family-based cohorts in Senegal, followed for 19 years (1990-2008) in Dielmo and for 16 years (1993-2008) in Ndiop. The main objectives of this work were to take into account familial relationships, repeated measures as well as effect of covariates to measure both environmental and host genetic (heritability) impacts on the outcome of infection with the malaria parasite Plasmodium falciparum, and then use findings from such analyses for linkage and association studies. The outcome of interest was the occurrence of a P. falciparum malaria attack during each trimester (PFA). The two villages were studied independently; epidemiological analyses, estimation of heritability and individual effects were then performed in each village separately. Linkage and association analyses used family-based methods (based on the original Transmission Disequilibrium Test) known to be immune from population stratification problems. Then to increase sample size for linkage and association analyses, data from the two villages were used together.

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Jia, Dawei. "Évaluation des contraintes internes par méthode ultrasonore dans les pièces plastiques injectées." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10107.

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Abstract:

Les propriétés mécaniques et la précision dimensionnelle des pièces plastiques injectées sont liées au niveau des contraintes résiduelles induites par leur mise en œuvre. Cette étude montre le potentiel de la méthode ultrasonore basée sur l’effet acoustoélastique afin d’évaluer les contraintes internes dans les plaques injectées en polymère amorphe avec l’onde Lcr. Dans un premier temps, des capteurs spécifiques ont pu être réalisés à partir de leur analyse fonctionnelle et grâce à l’optimisation de certains paramètres (champ ultrasonore, angle d'incidence, distance émetteur-récepteur). Ceci a permis de déterminer les coefficients acoustoélastiques K33 et K11, ainsi que le coefficient P traduisant l’influence de la température sur la vitesse de propagation de l’onde longitudinale dans les matériaux étudiés. Ces paramètres ont permis de valider la méthode ultrasonore sur des plaques partiellement relaxées en PC et PS, en utilisant un système C-Scan afin d’évaluer les contraintes moyennes dans l’épaisseur, et ensuite avec l’onde Lcr afin de déterminer les contraintes surfaciques. La validation a été obtenue en comparant les résultats avec ceux de la méthode de photoélasticimétrie. La faible épaisseur des plaques (3 mm) nuit à la précision des mesures de cartographie de vitesse dans l’épaisseur. Celle-ci s’améliore nettement lorsqu’on utilise l’onde Lcr (Ds » ±2 MPa), ce qui nous a incités à utiliser ce type d’onde. La dernière partie de l’étude concerne la détermination des contraintes après fabrication de nouvelles plaques, et celle de profil de contrainte dans des épaisseurs différentes en changeant la fréquence de l’onde Lcr
The mechanical properties and the dimensional precision of the injection molded polymer parts are influenced by the process-induced residual stresses. This study shows the potential of the ultrasonic method based acoustoelastic effect to evaluate the residual stresses in amorphous polymer plates with Lcr waves. Firstly, special holding fixtures were designed according to their function analyses and the optimization of some parameters (ultrasonic field, incidence angle and emitter-receiver distance). They were used to determine the acoustoelastic coefficients K33 and K11, as well as the coefficient P corresponding to the temperature effect on the longitudinal wave velocity in studied materials. Then ultrasonic measurements were applied to partially relaxed PC and PS plates, through C-Scan system to evaluate average stresses across plate thickness, and Lcr waves to evaluate the surface stress. The measurement reliability was validated by comparing the results with those of the photoelasticity. The poor plate thickness (3 mm) affects the measure accuracy of the speed scanning, while it is improved a lot by using Lcr waves (Ds » ±2 MPa), so we turn to the latter only. The last part of the study concerns the determination of the stresses after manufacturing of new plates and that of stress profile in different thicknesses by changing the frequency of the wave Lcr

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Juillard, Hélène. "Méthodes d'estimation et d'estimation de variance pour une enquête longitudinale : application aux données de l'Etude Longitudinale Française depuis l'Enfance (Elfe)." Thesis, Toulouse 1, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU10026/document.

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Abstract:

Dans ce document, on suppose que l’aléa provient du tirage de l’échantillon (inférence basée sur le plan de sondage). Chaque échantillonnage conduit à une variance dite d’échantillonnage. Après déroulement d’une enquête, l’estimation de cette variance va servir de mesure de précision (ou d’incertitude) pour les estimateurs des paramètres étudiés. La cohorte Elfe, démarrée en 2011, comprend plus de 18 000 enfants dont les parents ont donné leur consentement à l’inclusion. Dans chacune des maternités sélectionnées, les nourrissons de la population d’inférence nés durant quatre périodes spécifiques représentant chacune des quatre saisons de l’année 2011 ont été sélectionnés. Elfe est la première étude longitudinale de ce type en France, suivant les enfants de leur naissance à l’âge adulte. Elle aborde les multiples aspects de la vie de l’enfant sous l’angle des sciences sociales, de la santé et de la santé-environnement. La cohorte Elfe a été sélectionnée selon un plan de sondage non standard appelé échantillonnage produit, avec les sélections indépendantes d’un échantillon de maternités et d’un échantillon de jours. Le suivi de l’enfant commence dès ses premiers jours, à la maternité. Ensuite, lorsque les enfants fêtent leurs deux mois, les parents sont contactés pour un premier entretien téléphonique, puis au premier anniversaire des enfants, à leurs deux ans, 3 ans et demi et cinq ans et demi. L’enquête est longitudinale. Le premier chapitre de cette thèse introduit des notions relatives à la théorie des sondages et présente l’enquête Elfe (Etude Longitudinale Française depuis l’Enfance) ; ses données serviront d’illustration aux résultats théoriques issus de cette thèse. Le deuxième chapitre porte sur le plan produit et propose dans un cadre théorique général des estimateurs sans biais et des estimateurs simplifiés de variance pour traiter ce plan. Il est aussi montré que ce plan est en général moins efficace que celui classique à deux degrés d’échantillonnage. Le chapitre trois est en continuité avec le précédent : pour le plan produit, cinq estimateurs sans biais de type Yates-Grundy sont proposés à partir de cinq différentes décompositions possibles de la variance. Le chapitre quatre est un article permettant au lecteur de différencier le plan produit du plan à deux degrés, et de mettre en pratique les étapes d’échantillonnage et d’estimation sous les logiciels R, SAS et Stata. Le chapitre cinq est lui, consacré à la variance et l’estimation de la variance pour une enquête de type cohorte avec processus de non-réponse monotone. Le chapitre six est un rapport méthodologique pour les utilisateurs où l’estimation de la variance appropriée au plan Elfe est expliquée et mise en œuvre avec les logiciels R, SAS et Stata. Tous les résultats des études par simulation présentés dans ce document sont reproductibles, les codes étant proposés en annexe
In this document, we are interested in estimation under a design-based framework, where the randomness arises from the sample selection. Each sampling leads to a sampling variance. After the survey, the estimation of this variance will serve as a measure of precision (or uncertainty) for the estimators of the parameters under study. The 2011 ELFE cohort comprises more than 18,000 children whose parents consented to their inclusion. In each of the selected maternity units, targeted babies born during four specific periods representing each of the four seasons in 2011 were selected. ELFE is the first longitudinal study of its kind in France, tracking children from birth to adulthood. It will examine every aspect of these children’s lives from the perspectives of health, social sciences and environmental health. The ELFE cohort was selected through a non-standard sampling design that is called cross-classified sampling, with independent selections of the sample of maternity units and of the sample of days. In this work, we propose unbiased variance estimators to handle this type of sampling designs, and we derive specific variance estimators adapted to the ELFE case. Tracking of the babies starts when they are just a few days old and still at the maternity unit. When the children reach the age of two months, the parents are contacted for the first telephone interview. When the children are one year old, and again when they reach the ages of two, three and a half years and five and a half years, their parents will once more be contacted by telephone. The survey is longitudinal.The first chapter of this thesis introduces concepts related to the theory of survey design and presents the survey ELFE (French Longitudinal Study from Childhood); its data will be used as illustration for the theoretical results derived in this thesis. The second chapter focuses on the cross-classified design and provides unbiased estimators and simplified variance estimators to treat this design in a general theoretical framework. It is also shown that this design is generally less efficient than the conventional two-stage sampling design. Chapter three is in continuity with the previous one : for the cross-classified sampling design, five unbiased Yates-Grundy like variance estimators are available from five different possible decomposition of the variance. Chapter four is an article allowing the reader to make the difference between the cross-classified sampling design and the two-stage sampling design, and to implement the steps of sampling and estimation under the softwares R, SAS and Stata. Chapter five is devoted to variance computation and variance estimation for a cohort survey with monotone non-response. Chapter six is a methodological report to users in which the appropriate variance estimation for the ELFE design is explained and implemented with softwares R, SAS and Stata. All the results of simulation studies presented in this document are reproducible, the codes being proposed in the annex

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Kocevar, Gabriel. "Développement de méthodes d’IRM avancées pour l’étude longitudinale de la Sclérose en Plaques." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1057/document.

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Abstract:

Bien qu'outil de référence pour le diagnostic et le suivi de la SEP, l'IRM conventionnelle ne reste que modérément corrélée à l'état clinique du patient. Afin de mieux caractériser les altérations pathologiques, nous employons dans ce travail les techniques d'IRM dites non conventionnelles que sont la spectroscopie par résonance magnétique (SRM) et l'IRM de diffusion. Un premier suivi hebdomadaire, a permis de mettre en évidence la sensibilité des métriques de diffusion et la spécificité de la SRM pour détecter les processus initiaux de la formation d'une lésion.Un second suivi a permis de mettre en évidence des modifications de la diffusivité dans plusieurs faisceaux de substance blanche, avec notamment une diminution de la fraction d'anisotropie et une augmentation de diffusivité radiale, s'aggravant avec l'avancée de la maladie et plus marquée dans les formes progressives.Enfin, l'application de la théorie des graphes a permis de caractériser la connectivité cérébrale dans les quatre formes cliniques et d'étudier leur évolution. Cette étude a permis de mettre en évidence des altérations dans tous les phénotypes cliniques, avec notamment une diminution de la densité du réseau cérébral, plus importante dans les formes progressives de la maladie et tendant à s'accentuer avec la progression de la maladie.Ce travail montre la sensibilité des techniques avancées d'IRM pour la caractérisation des altérations pathologiques et de leur évolution dans la SEP
While conventional MRI is the reference tool for the diagnosis and monitoring of MS, it remains only moderately correlated with the patient’s clinical status. In order to better characterize pathological alterations occurring in MS, we use in this work non-conventional MRI techniques, namely magnetic resonance spectroscopy (MRS) and diffusion MRI.A first weekly follow-up revealed the sensitivity of the diffusion metrics and the specificity of the SRM to detect the initial processes of lesion formation.A second follow-up revealed changes in diffusivity in several white matter fiber bundles, including a decrease in fraction of anisotropy and an increase in radial diffusivity, worsening with advancing disease and more marked in the progressive forms.Finally, the application of graph theory allowed to characterize the brain connectivity in the four clinical forms and to study their evolution. This study allowed us to highlight alterations in all the four clinical phenotypes, including a decrease in the cerebral network density, more marked in the progressive forms of the disease and tending to increase with its progression.This work shows the sensitivity of advanced MRI techniques for the characterization of pathological alterations and their evolution in MS

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Fiot, Jean-Baptiste. "Méthodes mathématiques d’analyse d’image pour les études de population transversales et longitudinales." Thesis, Paris 9, 2013. http://www.theses.fr/2013PA090053/document.

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Abstract:

En médecine, les analyses de population à grande échelle ont pour but d’obtenir des informations statistiques pour mieux comprendre des maladies, identifier leurs facteurs de risque, développer des traitements préventifs et curatifs et améliorer la qualité de vie des patients.Dans cette thèse, nous présentons d’abord le contexte médical de la maladie d’Alzheimer, rappelons certains concepts d’apprentissage statistique et difficultés rencontrées lors de l’application en imagerie médicale. Dans la deuxième partie,nous nous intéressons aux analyses transversales, c-a-d ayant un seul point temporel.Nous présentons une méthode efficace basée sur les séparateurs à vaste marge (SVM)permettant de classifier des lésions dans la matière blanche. Ensuite, nous étudions les techniques d’apprentissage de variétés pour l’analyse de formes et d’images, et présentons deux extensions des Laplacian eigenmaps améliorant la représentation de patients en faible dimension grâce à la combinaison de données d’imagerie et cliniques. Dans la troisième partie, nous nous intéressons aux analyses longitudinales, c-a-d entre plusieurs points temporels. Nous quantifions les déformations des hippocampus de patients via le modèle des larges déformations par difféomorphismes pour classifier les évolutions de la maladie. Nous introduisons de nouvelles stratégies et des régularisations spatiales pour la classification et l’identification de marqueurs biologiques
In medicine, large scale population analysis aim to obtain statistical information in order to understand better diseases, identify their risk factors, develop preventive and curative treatments and improve the quality of life of the patients.In this thesis, we first introduce the medical context of Alzheimer’s disease, recall some concepts of statistical learning and the challenges that typically occurwhen applied in medical imaging. The second part focus on cross-sectional studies,i.e. at a single time point. We present an efficient method to classify white matter lesions based on support vector machines. Then we discuss the use of manifoldlearning techniques for image and shape analysis. Finally, we present extensions ofLaplacian eigenmaps to improve the low-dimension representations of patients usingthe combination of imaging and clinical data. The third part focus on longitudinalstudies, i.e. between several time points. We quantify the hippocampus deformations of patients via the large deformation diffeomorphic metric mapping frameworkto build disease progression classifiers. We introduce novel strategies and spatialregularizations for the classification and identification of biomarkers

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Fiot, Jean-Baptiste. "Méthodes mathématiques d'analyse d'image pour les études de population transversales et longitudinales." Phd thesis, Université Paris Dauphine - Paris IX, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00952079.

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Abstract:

En médecine, les analyses de population à grande échelle ont pour but d'obtenir des informations statistiques pour mieux comprendre des maladies, identifier leurs facteurs de risque, développer des traitements préventifs et curatifs et améliorer la qualité de vie des patients. Dans cette thèse, nous présentons d'abord le contexte médical de la maladie d'Alzheimer, rappelons certains concepts d'apprentissage statistique et difficultés rencontrées lors de l'application en imagerie médicale. Dans la deuxième partie, nous nous intéressons aux analyses transversales, c-a-d ayant un seul point temporel. Nous présentons une méthode efficace basée sur les séparateurs à vaste marge (SVM) permettant de classifier des lésions dans la matière blanche. Ensuite, nous étudions les techniques d'apprentissage de variétés pour l'analyse de formes et d'images, et présentons deux extensions des Laplacian eigenmaps améliorant la représentation de patients en faible dimension grâce à la combinaison de données d'imagerie et cliniques. Dans la troisième partie, nous nous intéressons aux analyses longitudinales, c-a-d entre plusieurs points temporels. Nous quantifions les déformations des hippocampes de patients via le modèle des larges déformations par difféomorphismes pour classifier les évolutions de la maladie. Nous introduisons de nouvelles stratégies et des régularisations spatiales pour la classification et l'identification de marqueurs biologiques.

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Tacchella, Jean-Marc. "Méthodes d'analyse de volumes d'images multimodales pour le suivi longitudinal en oncologie." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066049/document.

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Abstract:

Le suivi longitudinal en oncologie consiste à évaluer régulièrement l'évolution tumorale afin de définir un protocole de traitement adapté à chaque patient. Il est alors nécessaire d'identifier des biomarqueurs pertinents, qui permettent de quantifier précocement l'évolution tumorale. Les examens d'imagerie permettent d’assurer un suivi non invasif et de proposer des biomarqueurs complémentaires de ceux préexistants. Cette recherche de nouveaux biomarqueurs nécessite de s’appuyer sur des études cliniques et d’effectuer une étude comparative des examens réalisés à différents temps, dans différentes modalités, et ce tant au niveau global que local. Dans cette thèse, nous nous sommes attachés à développer une approche intégrée de traitement d’images pour analyser la pertinence d'indices pour le suivi tumoral. Cette stratégie se décompose en trois étapes: le recalage des données acquises à différents temps et provenant de modalités différentes, la segmentation des lésions tumorales sur les examens de chaque modalité, et le calcul d'indices globaux et locaux traduisant l'évolution spatio-temporelle de la tumeur.L'aspect le plus innovant réside dans l'étape de recalage pour laquelle, au vu des difficultés rencontrées avec les approches classiques, nous avons proposé une nouvelle approche consistant en l'utilisation de plusieurs méthodes de recalage et la sélection de la meilleure pour chaque jeu de données, grâce à un critère quantitatif défini en fonction des applications considérées. L'apport de cette approche a été démontré dans le cadre de deux études cliniques : 1) le suivi de patients atteints de gliomes de haut grade traités par un médicament antiangiogénique nécessitant la mise en correspondance de données de tomographie d’émission monophotonique (TEMP) obtenues après injection de Sestamibi marqué au Technétium-99m avec des images de résonnance magnétique (IRM) pondérées en T1 et acquises après l'injection d'un produit de contraste; 2) le suivi de patients atteints de lésions hépatiques et traités par différents médicaments anticancéreux, nécessitant le recalage de données de perfusion en tomodensitométrie (TDM).La stratégie complète d'analyse a été appliquée à la première étude. Les zones tumorales ont été segmentées sur les IRM en utilisant une méthode classique de Level Set 2D et sur les données TEMP à l'aide de cinq méthodes de seuillage qui diffèrent par les options de choix du seuil. Malgré une forte corrélation en terme de volumes globaux, les indices locaux ont permis de montrer qu'une partie des volumes tumoraux détectés sur les examens TEMP précoces (réalisés 15 minutes après injection) et tardifs (réalisés 3 heures après injection) pouvaient être localisés en-dehors des volumes détectés sur les IRM après injection de Gadolinium. La corrélation élevée constatée entre, d’une part, les variations d'intensité au sein des volumes tumoraux au cours du traitement sur les examens TEMP tardifs et, d’autre part, l'indice de survie globale, suggère que cette variation relative d'intensité pourrait être prédictive de la durée de survie globale des patients, ce qui n’est pas le cas des indices utilisant les données IRM sur notre série limitée de patients. Ainsi ces résultats montrent que l’imagerie TEMP, avec un examen réalisé 3 heures après l’injection de Sestamibi marqué au Technétium-99m, peut être complémentaire de l’IRM, pour évaluer l'évolution tumorale des glioblastomes.Les perspectives de ce travail de thèse sont d'appliquer la stratégie d'analyse à d'autres études cliniques. Néanmoins chaque étape doit être adaptée aux spécificités de l'application concernée, notamment aux modalités d'imagerie impliquées et à la zone anatomique considérée. La principale difficulté à résoudre réside dans l'automatisation et la robustesse des différentes étapes de traitement d’images envisagées
Longitudinal follow-up in oncology consists in assessing tumor progression in order to define a treatment strategy for each patient. It is thus necessary to identify relevant biomarkers that allow an early evaluation of the tumor’s response to the treatment. Biomedical imaging exams help to ensure a non-invasive monitoring of patients and to propose complementary biomarkers to existing ones. This search for new biomarkers requires relying on clinical studies to compare globally and locally exams acquired at different times and in different modalities.In this PhD dissertation, we focused on developing an integrated image processing framework to analyze the relevance of indices for evaluating the tumor evolution. The strategy includes three steps: registration data acquired at different times and in different modalities, the segmentation of tumor lesions on exams in each modality, and the computation of global and local indices reflecting the spatiotemporal evolution of the tumor.The most innovative aspect lies in the registration step: due to the difficulties faced with conventional methods, we proposed a new approach consisting in using several registration methods and selecting the best one for each dataset, thanks to a quantitative criterion based on the specific features of the application. The contribution of this approach was proven in two clinical studies: 1) monitoring of patients with high-grade gliomas treated with an antiangiogenic drug, where Single Photon Emission Tomography data (SPECT) obtained after injection of Technetium-99m Sestamibi have to be matched with T1-weighted Magnetic Resonance Images (MRI) acquired after the injection of a contrast agent; 2) monitoring of patients with liver damage treated with various anticancer drugs, requiring the alignment of Computed Tomography (CT) data.The complete image processing framework was applied to the first study. Tumor areas were segmented on MR images using a conventional 2D Level Set method, as well as on the TEMP data using five thresholding methods that differ in the choice of the threshold options. Despite a strong correlation in terms of overall volumes, local indices have shown that some of the detected tumor volumes on early SPECT exams (performed 15 minutes after injection) and late SPECT exams (performed 3 hours after injection) could be located out of the tumor volumes detected on MRI. The high correlation found between the intensity variations in tumor volume during treatment on late SPECT exams and the index of Overall Survival (OS) suggests that this relative change of intensity could be predictive of the patient overall survival, which is not the case with the indices derived from the MRI data on our limited series of patients. Thus, these results show that SPECT imaging, with an exam performed 3 hours after injection of Technetium-99m Sestamibi, can be complementary to MRI in the assessment of tumor progression in glioblastomas.The main perspective for this PhD work would consist in applying the analysis strategy to other clinical studies. However, each step must be adapted to suit the specific nature of the targeted application, including the imaging modalities involved and the considered anatomical area. The expected sticking points are the automation and the robustness of the different steps of the processing chain

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Tacchella, Jean-Marc. "Méthodes d'analyse de volumes d'images multimodales pour le suivi longitudinal en oncologie." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066049.

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Abstract:

Le suivi longitudinal en oncologie consiste à évaluer régulièrement l'évolution tumorale afin de définir un protocole de traitement adapté à chaque patient. Il est alors nécessaire d'identifier des biomarqueurs pertinents, qui permettent de quantifier précocement l'évolution tumorale. Les examens d'imagerie permettent d’assurer un suivi non invasif et de proposer des biomarqueurs complémentaires de ceux préexistants. Cette recherche de nouveaux biomarqueurs nécessite de s’appuyer sur des études cliniques et d’effectuer une étude comparative des examens réalisés à différents temps, dans différentes modalités, et ce tant au niveau global que local. Dans cette thèse, nous nous sommes attachés à développer une approche intégrée de traitement d’images pour analyser la pertinence d'indices pour le suivi tumoral. Cette stratégie se décompose en trois étapes: le recalage des données acquises à différents temps et provenant de modalités différentes, la segmentation des lésions tumorales sur les examens de chaque modalité, et le calcul d'indices globaux et locaux traduisant l'évolution spatio-temporelle de la tumeur.L'aspect le plus innovant réside dans l'étape de recalage pour laquelle, au vu des difficultés rencontrées avec les approches classiques, nous avons proposé une nouvelle approche consistant en l'utilisation de plusieurs méthodes de recalage et la sélection de la meilleure pour chaque jeu de données, grâce à un critère quantitatif défini en fonction des applications considérées. L'apport de cette approche a été démontré dans le cadre de deux études cliniques : 1) le suivi de patients atteints de gliomes de haut grade traités par un médicament antiangiogénique nécessitant la mise en correspondance de données de tomographie d’émission monophotonique (TEMP) obtenues après injection de Sestamibi marqué au Technétium-99m avec des images de résonnance magnétique (IRM) pondérées en T1 et acquises après l'injection d'un produit de contraste; 2) le suivi de patients atteints de lésions hépatiques et traités par différents médicaments anticancéreux, nécessitant le recalage de données de perfusion en tomodensitométrie (TDM).La stratégie complète d'analyse a été appliquée à la première étude. Les zones tumorales ont été segmentées sur les IRM en utilisant une méthode classique de Level Set 2D et sur les données TEMP à l'aide de cinq méthodes de seuillage qui diffèrent par les options de choix du seuil. Malgré une forte corrélation en terme de volumes globaux, les indices locaux ont permis de montrer qu'une partie des volumes tumoraux détectés sur les examens TEMP précoces (réalisés 15 minutes après injection) et tardifs (réalisés 3 heures après injection) pouvaient être localisés en-dehors des volumes détectés sur les IRM après injection de Gadolinium. La corrélation élevée constatée entre, d’une part, les variations d'intensité au sein des volumes tumoraux au cours du traitement sur les examens TEMP tardifs et, d’autre part, l'indice de survie globale, suggère que cette variation relative d'intensité pourrait être prédictive de la durée de survie globale des patients, ce qui n’est pas le cas des indices utilisant les données IRM sur notre série limitée de patients. Ainsi ces résultats montrent que l’imagerie TEMP, avec un examen réalisé 3 heures après l’injection de Sestamibi marqué au Technétium-99m, peut être complémentaire de l’IRM, pour évaluer l'évolution tumorale des glioblastomes.Les perspectives de ce travail de thèse sont d'appliquer la stratégie d'analyse à d'autres études cliniques. Néanmoins chaque étape doit être adaptée aux spécificités de l'application concernée, notamment aux modalités d'imagerie impliquées et à la zone anatomique considérée. La principale difficulté à résoudre réside dans l'automatisation et la robustesse des différentes étapes de traitement d’images envisagées
Longitudinal follow-up in oncology consists in assessing tumor progression in order to define a treatment strategy for each patient. It is thus necessary to identify relevant biomarkers that allow an early evaluation of the tumor’s response to the treatment. Biomedical imaging exams help to ensure a non-invasive monitoring of patients and to propose complementary biomarkers to existing ones. This search for new biomarkers requires relying on clinical studies to compare globally and locally exams acquired at different times and in different modalities.In this PhD dissertation, we focused on developing an integrated image processing framework to analyze the relevance of indices for evaluating the tumor evolution. The strategy includes three steps: registration data acquired at different times and in different modalities, the segmentation of tumor lesions on exams in each modality, and the computation of global and local indices reflecting the spatiotemporal evolution of the tumor.The most innovative aspect lies in the registration step: due to the difficulties faced with conventional methods, we proposed a new approach consisting in using several registration methods and selecting the best one for each dataset, thanks to a quantitative criterion based on the specific features of the application. The contribution of this approach was proven in two clinical studies: 1) monitoring of patients with high-grade gliomas treated with an antiangiogenic drug, where Single Photon Emission Tomography data (SPECT) obtained after injection of Technetium-99m Sestamibi have to be matched with T1-weighted Magnetic Resonance Images (MRI) acquired after the injection of a contrast agent; 2) monitoring of patients with liver damage treated with various anticancer drugs, requiring the alignment of Computed Tomography (CT) data.The complete image processing framework was applied to the first study. Tumor areas were segmented on MR images using a conventional 2D Level Set method, as well as on the TEMP data using five thresholding methods that differ in the choice of the threshold options. Despite a strong correlation in terms of overall volumes, local indices have shown that some of the detected tumor volumes on early SPECT exams (performed 15 minutes after injection) and late SPECT exams (performed 3 hours after injection) could be located out of the tumor volumes detected on MRI. The high correlation found between the intensity variations in tumor volume during treatment on late SPECT exams and the index of Overall Survival (OS) suggests that this relative change of intensity could be predictive of the patient overall survival, which is not the case with the indices derived from the MRI data on our limited series of patients. Thus, these results show that SPECT imaging, with an exam performed 3 hours after injection of Technetium-99m Sestamibi, can be complementary to MRI in the assessment of tumor progression in glioblastomas.The main perspective for this PhD work would consist in applying the analysis strategy to other clinical studies. However, each step must be adapted to suit the specific nature of the targeted application, including the imaging modalities involved and the considered anatomical area. The expected sticking points are the automation and the robustness of the different steps of the processing chain

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Legouhy, Antoine. "Méthodes pour la modélisation morphologique longitudinale du cerveau via le recalage et la création d'atlas." Thesis, Rennes 1, 2020. http://www.theses.fr/2020REN1S008.

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Abstract:

Comprendre le développement du cerveau implique d'étudier la relation entre l'âge comme l'une des variables explicatives et des variables expliquées, les observations de cet organe, qui peuvent prendre de nombreuses formes. L'imagerie par résonance magnétique (IRM) permet d'extraire ces observations de manière non invasive et non irradiante. Cette technique puissante permet notamment d'obtenir des informations sur l'activité fonctionnelle du cerveau ou sur ses caractéristiques de diffusivité interne. Pourtant, c'est plutôt sur les aspects purement morphologiques que porte cette thèse. L'approche suivie est celle de l'étude du cerveau en tant qu'objet mathématique, permettant ainsi l'analyse de sa forme et de sa croissance au moyen des transformations géométriques reliant ces objets. Dans la découverte de ces transformations, à travers des structures topologiquement intéressantes, repose le concept de recalage. Cela ouvre la porte à l'analyse statistique des formes et à la création de modèles anatomiques moyens appelés atlas
Understanding brain development involves studying the relationship between age as one of the explanatory variables and explained variables, observations of this organ, which can take many forms. Magnetic Resonance Imaging (MRI) gives the opportunity to extract such observations in a non-invasive and non-irradiating way. This powerful technique allows notably to gain insights about the functional activity of the brain or its internal diffusivity characteristics. Yet, it is rather on the purely morphological aspects that this thesis is focused on. The approach followed the study of the brain as a mathematical object, thus enabling the analysis of its shape and growth by the means of the geometric transformations connecting those objects. In the finding of those transformations, across structures of topological interest, lies the concept of registration. This opens the door to the statistical analysis of shapes and the creation of average anatomical models called atlases

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Hanan, Audrey. "L'influence de la transgression des normes de distribution de l'enseigne sur son image de marque et sa relation avec le consommateur : le cas des produits alimentaires dits "moches"." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0607.

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Abstract:

Cette recherche doctorale utilise le cadre théorique de la relation marque-consommateur pour apporter un éclairage nouveau sur les répercussions d’un acte de transgression commis par la marque. Il s’agit dès lors de ruptures avec des pratiques si généralisées et si diffuses qu’elles échappent à l’attention du consommateur, tout en étant assez prédominantes et ostensibles pour imprégner son expérience de consommation et in fine ses attentes. Un cas réel de rupture de normes de distribution permet d’éclairer ce travail : la récente offre, par la grande distribution, de produits alimentaires dits « moches » qui rompent avec la norme habituelle des produits standardisés. Sur la base d’une revue de la littérature et des résultats de deux enquêtes exploratoires qualitatives, le modèle de la recherche est exposé. Une enquête longitudinale sur des consommateurs réguliers de la marque-enseigne E. Leclerc (réalisée en deux vagues sur les mêmes répondants) est utilisée pour mesurer et valider nos hypothèses de recherche. Nos résultats permettent de mettre en lumière l’évolution du comportement du consommateur après la présentation de l’offre transgressive et confirment la détérioration de l’image de marque et du processus relationnel. Si la transgression peut être destructrice, elle est aussi créatrice de valeur par son caractère novateur et ses pouvoirs d'attraction et de différenciation
This research has based itself on the relationship between the consumer and the brand to demonstrate the consequences of an act of transgression done by the brand. Such breaches constitute ruptures with customs so widespread that they escape the consumer’s attention, while simultaneously remaining predominant and visible enough to impregnate its consumption experience and ultimately its expectations. This theoretical approach is highlighted by a real case of a breach of distribution norms: the recent offer of “ugly” products by supermarkets, which constitutes a breach to the usual norm of standardised products. This transgression occurred subsequently after the controversy over food waste. The research model presented herein is based on a review of literature, in addition to two qualitative exploratory studies. A longitudinal study examining regular customers of E.Leclerc supermarkets, which was conducted on the same respondents during two different sessions, is used to measure and validate our research hypothesis. The results exhibit the evolution of the consumer’s behavior following the introduction of the transgressive offer and confirm the deterioration of the brand image and the engagement process. If the transgression can be destructive, it can also create value through its innovative nature, its ability to attract consumers and its power of differentiation

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Leone, Nathalie. "Fonction ventilatoire, asthme et facteurs de risque cardiométabolique." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00965432.

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Abstract:

Introduction Les mécanismes sous-jacents à la relation entre la fonction ventilatoire et l'incidence de pathologies cardiovasculaires restent incertains. Le syndrome métabolique, cluster des principaux facteurs de risque cardiovasculaire dont l'obésité abdominale, pourrait jouer un rôle dans cette relation. Le lien entre le syndrome métabolique et la fonction ventilatoire est méconnu. Parallèlement, peu de données ont été publiées sur la relation entre l'obésité abdominale et le risque d'asthme. De nombreuses études ont rapporté une relation positive entre l'indice de masse corporelle (IMC) et l'incidence de l'asthme en particulier chez la femme. L'IMC est un indice global qui ne permet pas de distinguer la masse maigre de la masse grasse ni d'estimer la distribution régionale de l'adiposité. L'adiposité, en particulier abdominale, tend à augmenter avec l'âge au détriment de la masse maigre. Chez le sujet âgé, bien que fréquent et souvent sévère, l'asthme reste peu étudié.Matériel et Méthodes La relation entre le syndrome métabolique et la fonction ventilatoire (Volume Expiratoire Maximal Seconde, Capacité Vitale Forcée) a été étudiée à partir des données de 121965 sujets ayant bénéficié d'un examen périodique de santé au centre IPC à Paris entre 1999 et 2006. Une analyse en composantes principales a permis d'évaluer la part respective de chacun des paramètres du syndrome dans cette relation. Puis, l'étude du déclin de la fonction ventilatoire (VEMS) et de son lien avec l'adiposité abdominale a été conduite chez près de 10000 sujets du centre IPC réexaminés à 5 ans. Enfin, la relation entre l'adiposité abdominale et la prévalence et l'incidence de l'asthme a été analysée au sein de la cohorte des 3 Cités chez 7643sujets âgés de 65 ans et plus. Principaux résultats Le syndrome métabolique était associé à l'altération de la fonction ventilatoire (Odds Ratio ajusté, Intervalle de Confiance à 95%=1,28 [1,20-1,37] et ORa=1,41 [1,31-1,51], respectivement pour le VEMS et la CVF

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Altzerinakou, Maria Athina. "Méthodes statistiques pour les essais de phase I/II de thérapies moléculaires ciblées en cancérologie." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS375/document.

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Abstract:

Les essais cliniques de phase I en cancérologie permettent d’identifier la dose optimale (DO), définie comme la dose maximale tolérée (DMT). Les approches conventionnelles de recherche de dose reposent uniquement sur les événements de toxicité observés au cours du premier cycle de traitement. Le développement des thérapies moléculaires ciblées (TMC), habituellement administrées sur de longues périodes, a remis en question cet objectif. Considérer uniquement le premier cycle de traitement n’est pas suffisant. De plus, comme l'activité n'augmente pas nécessairement de façon monotone avec la dose, la toxicité et l'activité doivent être prises en compte pour identifier la DO. Récemment, les biomarqueurs continus sont de plus en plus utilisés pour mesurer l'activité.L’objectif de cette thèse était de proposer et d'évaluer des designs adaptatifs pour identifier la DO. Nous avons développé deux designs de recherche de dose, basés sur une modélisation conjointe des mesures longitudinales de l'activité des biomarqueurs et de la première toxicité dose-limitante (DLT), avec un effet aléatoire partagé. En utilisant des propriétés de distribution normales asymétriques, l'estimation reposait sur la vraisemblance sans approximation ce qui est une propriété importante dans le cas de petits échantillons qui sont souvent disponibles dans ces essais. La DMT est associée à un certain risque cumulé de DLT sur un nombre prédéfini de cycles de traitement. La DO a été définie comme la dose la moins toxique parmi les doses actives, sous la contrainte de ne pas dépasser la DMT. Le second design étendait cette approche pour les cas d’une relation dose-activité qui pouvait atteindre un plateau. Un modèle à changement de pente a été implémenté. Nous avons évalué les performances des designs avec des études de simulations en étudiant plusieurs scénarios et divers degrés d'erreur de spécification des modèles.Finalement, nous avons effectué une analyse de 27 études des TMCs de phase I, en tant que monothérapie. Les études ont été réalisées par l'Institut National du Cancer. L'objectif principal était d'estimer le risque par cycle et l’incidence cumulative de la toxicité sévère, jusqu’à six cycles. Les analyses ont été effectuées séparément pour différents sous-groupes de doses, ainsi que pour les toxicités hématologiques et non-hématologiques
Conventional dose-finding approaches in oncology of phase I clinical trials aim to identify the optimal dose (OD) defined as the maximum tolerated dose (MTD), based on the toxicity events observed during the first treatment cycle. The constant development of molecularly targeted agents (MTAs), usually administered in chronic schedules, has challenged this objective. Not only, the outcomes after the first cycle are of importance, but also activity does not necessarily increase monotonically with dose. Therefore, both toxicity and activity should be considered for the identification of the OD. Lately, continuous biomarkers are used more and more to monitor activity. The aim of this thesis was to propose and evaluate adaptive designs for the identification of the OD. We developed two dose-finding designs, based on a joint modeling of longitudinal continuous biomarker activity measurements and time to first dose limiting toxicity (DLT), with a shared random effect, using skewed normal distribution properties. Estimation relied on likelihood that did not require approximation, an important property in the context of small sample sizes, typical of phase I/II trials. We addressed the important case of missing at random data that stem from unacceptable toxicity, lack of activity and rapid deterioration of phase I patients. The MTD was associated to some cumulative risk of DLT over a predefined number of treatment cycles. The OD was defined as the lowest dose within a range of active doses, under the constraint of not exceeding the MTD. The second design extended this approach for cases of a dose-activity relationship that could reach a plateau. A change point model was implemented. The performance of the approaches was evaluated through simulation studies, investigating a wide range of scenarios and various degrees of data misspecification. As a last part, we performed an analysis of 27 phase I studies of MTAs, as monotherapy, conducted by the National Cancer Institut. The primary focus was to estimate the per-cycle risk and the cumulative incidence function of severe toxicity, over up to six cycles. Analyses were performed separately for different dose subgroups, as well as for hematologic and non-hematologic toxicities

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Paris, Nicolas. "Formalisation algorithmique des classements au tennis : mise en perspective longitudinale par simulation probabiliste." Bordeaux 2, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR21603.

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Abstract:

Les jeux de société et les jeux sportifs sont des terrains de réflexion pour la théorie des probabilités et la théorie des jeux. Les activités physiques et sportives offrent une multiplicité de situations qui se révèlent un immense champ d'investigation. A chaque problématique correspond une méthode qui nécessite des niveaux de formalisation adéquats. Le tennis permet de présenter des exemples prégnants de problématiques et de méthodes associées. Le premier concerne la modélisation d'un match. La méthode proposée est un modèle logistique, complété par des simulations probabilistes. La méthode aboutit à une analyse raisonnable de l'interaction entre les deux adversaires et permet de dégager des pistes concrètes d'entraînement. Le deuxième exemple abordé est l'étude du palmarès des joueurs français en 2001. Cette analyse, descriptive, est une lecture du comportement des joueurs face au système de classement dans lequel ils évoluent. La troisième partie est une analyse des propriétés mathématiques de la méthode de classement en elle-même. A partir d'un niveau de formalisation plus élevé, la réalisation de simulation probabiliste mène à comprendre les propriétés intrinsèques de la méthode en terme de nombre de matches minimum à effectuer pour se maintenir ou monter avec une probabilité de 1/2. La dernière partie est une analyse longitudinale des méthodes de classements français de 1977 à 2006. Cette problématique nécessite le niveau de formalisation le plus élevé. Néanmoins, les résultats obtenus restent concrets sous la forme de comparaison de l'évolution du nombre de matches minimum à effectuer pour se maintenir ou monter avec une probabilité de 1/2 sur la période.

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Bellec, Pierre. "Etude longitudinale des réseaux cérébraux à large échelle en IRMf : méthodes et application à l'étude de l'apprentissage moteur." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112011.

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Abstract:

L'apprentissage de nouvelles capacités chez l'homme induit une réorganisation spatiale et temporelle importante de l'activité cérébrale. Un tel processus de plasticité cérébrale implique notamment la modulation des interactions fonctionnelles au sein de réseaux de régions distribuées dans le cerveau, appelés réseaux à large échelle. Différentes mesures de connectivité existent pour quantifier ces interactions à partir des données d'imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf), qui permet de mesurer de manière indirecte et non invasive l'activité cérébrale. J'ai développé une série de méthodes permettant de caractériser la réorganisation des réseaux cérébraux à large échelle, à partir d'une étude longitudinale par IRMf portant sur un même sujet, ou groupe de sujets, à différents stades d'un processus d'apprentissage. Tout d'abord, le réseau de régions impliquées dans l'exécution de la tâche d'apprentissage est construit et identifié de manière exploratoire à l‘aide d'une méthode de croissance compétitive visant à segmenter la matière grise en régions fonctionnellement homogènes, suivie d'une procédure statistique de classification. Une méthode statistique permet ensuite de déterminer quelles interactions au sein du réseau sont modifiées de manière significative au cours du processus d'apprentissage. Cette méthode repose sur une technique de bootstrap non paramétrique, tenant compte de l'autocorrélation temporelle des données d'IRMf, et contrôlant le taux de faux positifs. Ces méthodes ont été validées et évaluées sur données de simulation et sur des données réelles, ces dernières impliquant un apprentissage de séquences motrices et d'adaptation sensorimotrice
Skill learning in human healthy volunteers is thought to induce a reorganization of cerebral activity. Such process of cerebral plasticity involves the modulation of functional interactions within networks of spatially distributed brain regions, or large-scale networks. Various measures of connectivity exist that allow one to quantify these functional interactions using functional magnetic resonance imaging (fMRI), which enables the non-invasive, yet indirect, measure of cerebral activity. I developed a series of methods that allows to characterize the reorganization of large-scale networks in the brain when considering an fMRI longitudinal study of a single subject or group of subjects, at various stages of a learning process. First, the regions of the network involved in the execution of the task under scrutiny are built and identified from the functional data in an exploratory way, by using a competitive region growing method, which segments the gray matter into functionally homogeneous regions, then followed by a statistical classification procedure. A statistical method is then designed to assess which interactions are significantly modulated within the network during the plasticity process. This method is based on a non-parametric bootstrap technique, taking the temporal auto-correlation of fMRI time series into account, and controling the false discovery rate. These methods have been validated and evaluated on both synthetic and real datasets. Two real datasets were studied, which involved learning of a sensorimotor adaptation task and of a motor sequence task, respectively

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Carrière, Isabelle. "Comparaisons des méthodes d'analyse des données binaires ou ordinales corrélées. Application à l'étude longitudinale de l'incapacité des personnes âgées." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00107384.

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Abstract:

La modélisation de réponses binaires ou ordinales corrélées est un domaine de développement
important en épidémiologie. L'étude longitudinale de l'incapacité des personnes âgées et la
recherche des facteurs de risque de la vie en incapacité représente un enjeu crucial de santé
publique. Dans ce contexte nous comparons les modèles logistiques marginaux et les modèles
à effets aléatoires en prenant comme réponse l'incapacité considérée comme variable binaire
afin d'illustrer les aspects suivants : choix de la structure de covariance, importance de
données manquantes et des covariables dépendantes du temps, interprétation des résultats. Le
modèle à effets aléatoires est utilisé pour construire un score prédictif de l'incapacité issu
d'une large analyse des facteurs de risque disponibles dans la cohorte Epidos. Les modèles
logistiques ordonnés mixtes sont ensuite décrits et comparés et nous montrons comment ils
permettent la recherche d'effets différenciés des facteurs sur les stades d'incapacité.

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Carrière, Isabelle. "Comparaisons des méthodes d'analyse des données binaires ou ordinales corrélées : Application à l'étude longitudinale de l'incapacité des personnes agées." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA11T030.

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Dissertations / Theses on the topic 'Méthode longitudinale'

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