Dissertations / Theses on the topic 'Microbial drug resistance'

Il cancro rimane un grave problema di salute pubblica, rappresentando la seconda principale causa di morte in tutto il mondo. Tra le diverse tipologie di tumori, l'adenocarcinoma duttale pancreatico (PDAC) è una delle forme più letali nell'uomo, a causa della diagnosi tardiva e delle limitate possibilità di trattamento. Pertanto, lo studio di nuove strategie terapeutiche per i pazienti affetti da PDAC è altamente necessario. Allo stesso modo, il mesotelioma rappresenta una malattia rara ma aggressiva, difficile da diagnosticare per il lungo periodo di latenza prima dei segni clinici. Gli approcci terapeutici standard includono la chirurgia, la chemioterapia e la radioterapia. Tuttavia, la sopravvivenza media complessiva è di circa un anno. Un altro problema sanitario globale è rappresentato dalle infezioni resistenti ai farmaci, che causano centinaia di migliaia di morti in tutto il mondo. La presente dissertazione mira a valutare nuovi approcci per contrastare la resistenza ai farmaci, una delle principali cause di fallimento sia per la chemioterapia convenzionale che per gli antibiotici standard.
Cancer remains a major public health problem, representing the second leading cause of death worldwide. Amongst the different type of cancer, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is one of the most lethal forms in humans, due to late diagnosis and limited treatment possibilities. Therefore, improved treatments for PDAC patients are urgently warranted. Similarly, mesothelioma is a rare but aggressive disease, difficult to diagnose for the long latency period before clinical signs. The standard therapeutic approaches include surgery, chemotherapy, and radiation. However, the overall median survival is about one year. Another global health issue is represented by drug-resistant infections, accounting for hundreds of thousands of deaths worldwide. The present dissertation aims to evaluate novel approaches to counteract drug resistance, a major cause of failure for both conventional chemotherapy and standard antimicrobial agents.

Orientadores: Maria Luiza Moretti, Raquel Silveira Bello Stucchi
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas
Made available in DSpace on 2018-08-13T06:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vigani_AlineGonzalez_D.pdf: 3903866 bytes, checksum: ff088b307f62ac2226ce3f88499695cf (MD5) Previous issue date: 2008
Resumo: O enterococo é o terceiro agente mais freqüente em infecção de corrente sangüínea (ICS) hospitalar, responsável por 10% dessas infecções e está associado com alta letalidade. Durante as duas últimas décadas, o surgimento de alto nível de resistência à gentamicina (HLGR) e resistência à vancomicina adicionaram desafios ao tratamento das infecções por Enterococcus faecalis. Avaliamos as ICSs por E. faecalis no Hospital de Clínicas (HC) da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) identificadas de janeiro de 1999 a dezembro de 2003. Nosso objetivo foi determinar as características clínicas, microbiológicas e moleculares das ICSs por E. faecalis com HLGR e sem HLGR em pacientes internados no HC-Unicamp. ICS foi definida como pelo menos uma cultura de sangue positiva para E. faecalis com ou sem sinais e sintomas associados. Em casos de múltiplos episódios de ICS em um mesmo paciente, somente o primeiro episódio foi considerado. Coletamos informações de prontuários médicos utilizando formulários estruturados. A tipagem molecular de isolados de E. faecalis estocados foi realizada através da técnica de eletroforese em gel com campo pulsátil (PFGE). Identificamos 164 pacientes com ICS por E. faecalis, dos quais 145 (88,4%) foram incluídos neste estudo. Nossos achados demonstraram que pacientes com ICS por E. faecalis são graves. Dentre os 145 pacientes, 128 (88,3%) apresentavam pelo menos uma co-morbidade. Além disso, a realização de procedimento invasivo ou presença de dispositivos invasivos foram freqüentes (75,2%), assim como o uso prévio de antimicrobianos (61,4%). Das 145 ICSs, 66 (45,5%) foram por E. faecalis com HLGR e 79 (54,5%) sem HLGR. Na análise univariada, idade avançada, malignidade hematológica, cateterização urinária e uso prévio de cefalosporinas, quinolonas e carbapenêmicos foram mais freqüentes em pacientes com infecção por HLGR quando comparados com pacientes sem HLGR (p <0,05). A análise multivariada mostrou idade avançada, presença de malignidade hematológica e uso prévio de vancomicina como variáveis independentes associadas com infecção por HLGR (p <0,05). A taxa de letalidade foi de 46,2% e não apresentou diferença estatística significativa entre pacientes com infecção por HLGR (50,0%) e sem HLGR (43,0%) (p= 0,40). Ventilação mecânica e gravidade das co-morbidades foram associadas com óbito (p <0,05). Durante o período de estudo, a taxa de resistência à ampicilina foi de 2,0%; ciprofloxacina, 51,7%; penicilina, 35,1%; e estreptomicina, 27,6%. Nenhum isolado resistente à vancomicina foi identificado. A genotipagem dos 44 isolados disponíveis (32 de pacientes incluídos no estudo e 12 controles) revelou 29 isolados distribuídos em 11 perfis genotípicos e 15 isolados apresentaram perfis genotípicos únicos e distintos. Alguns isolados geneticamente relacionados eram suscetíveis à gentamicina e outros possuíam HLGR, o que pode ser resultado da transferência de gene plasmidial de resistência HLGR entre isolados. Nossos resultados permitem concluir que ICSs por E. faecalis estão associadas com alta taxa de letalidade e são freqüentemente causadas por HLGR. Medidas de controle de infecção, incluindo vigilância ativa, respeito às normas de precauções de contato e uso criterioso de antimicrobianos devem ser consideradas para reduzir o risco de transmissão de E. faecalis resistentes em ambiente hospitalar.
Abstract: Enterococus is the third most frequent agent in nosocomial blood stream infection (BSI), accounting for 10% of nosocomial BSI, and is associated with high mortality. During the last two decades, the emergence of high-level gentamicin resistance (HLGR) and vancomycin resistance added additional challenges in the treatment of Enterococcus faecalis infections. We evaluated E. faecalis BSI at the Hospital de Clínicas (HC) of the Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) in Brazil between January 1999 and December 2003. We sought to determine the clinical, microbiological, and molecular characteristics of BSI caused by HLGR and non-HLGR strains. E. faecalis BSI was defined as at least one positive blood culture for E. faecalis during the study period with or without associated symptoms. In patients with multiple BSI episodes, only the first episode was considered. We collected information from medical charts using standard forms. Banked E. faecalis isolates were typed using pulsed field gel electrophoresis (PFGE). We identified 164 patients with E. faecalis BSI, 145 (88.3%) patients were included in this study. Our data showed that patients with E. faecalis BSI are severely ill. One hundred twenty-eight (88.3%) patients had some underlying chronic disease. Invasive procedure or invasive device (75.2%) and previous use of antimicrobial (61.4%) were also frequent. Of the 145 BSIs, 66 (45.5%) were due to HLGR isolates and 79 (54.5%) were non-HLGR. In the univariate analysis, patients with HLGR infection were older, had hematological malignancy, had higher rates of bladder catheterization, and more often had treatment with cephalosporin, quinolone, and carbapenem when compared with non-HLGR infection patients (p <0.05). Multivariate analysis indicated that older age, hematological malignancy, and previous use of vancomycin were independent risk factors associated with HLGR (p <0.05). Mortality rate was 46.2% and was not statistically significantly different among patients with HLGR (50.0%) and non-HLGR (43.0%) infections (p= 0.40). Multivariate analysis indicated that mechanical ventilation and severity of underlying chronic diseases were associated with death (p <0.05). During the study period, the prevalence of resistance to ampicilin was 2.0%; to ciprofloxacin, 51.7%; to penicillin, 35.1%; and to streptomycin, 27.6%. We did not detect any isolate resistant to vancomycin. We genotyped 44 available isolates, 32 from study patients and 12 controls. Twenty-nine isolates were distributed in 11 PFGE patterns, the remaining 15 isolates had distinct and unique PFGE patterns. Some isolates with related PFGE pattern were HLGR and others non-HLGR, this may have result from transference of HLGR resistance plasmidial between isolates. Our results suggest that E. faecalis BSI are associated with high mortality and are frequently caused by HLGR. Hospital infection control measures, including active surveillance and judicious use of antibiotics, should be considered to reduce the spread of resistant E. faecalis infections in healthcare settings.
Doutorado
Clinica Medica
Doutor em Clínica Médica

INTRODUÇÃO: Cepas de Pseudomonas aeruginosa (PA) produtoras de Metalo-b- lactamase (MBL) tem sido reportadas como sendo uma importante causa de infecções nosocomiais assim como um grande problema terapêutico mundial. No complexo HC-FMUSP, o maior hospital universitário do Brasil, a prevalência de PA resistente aos carbapenêmicos também se apresenta de forma crítica. No entanto, a prevalência de MBL em nossa instituição e a padronização para detecção fenotípica deste mecanismo de resistência ainda não foram estabelecidos. OBJETIVOS: Determinar a prevalência de MBL em cepas de PA resistentes ao imipenem; comparar métodos fenotípicos e moleculares na detecção de MBL; avaliar a clonalidade dos isolados produtores de MBL e determinar o perfil de suscetibilidade de todos os isolados incluídos no estudo. MÉTODOS: Foi realizado um estudo retrospectivo com 69 cepas de PA resistentes ao imipenem isoladas de hemoculturas de pacientes do HC-FMUSP no ano de 2005. Os isolados foram submetidos ao teste de suscetibilidade pelo método de microdiluição e Etest® para colistina. Estes foram testados para a produção de MBL pelos métodos fenotípicos de Disco Aproximação (DA), Etest® MBL e Teste de Hodge Modificado (THM). A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) foi realizada para detecção dos seguintes genes: (blaSPM-1, blaIMP-1, blaIMP-2, blaVIM-1 e blaVIM-2). A clonalidade dos isolados produtores de MBL foi avaliada por Eletroforese em Campo Pulsado (PFGE). RESULTADOS: Cinqüenta e três cepas (76.8%) foram positivas pelos métodos de DA e Etest® MBL, e 19 cepas (27.5%) foram positivas pelo THM. Vinte e um isolados (30.4%) demonstraram o gene blaMBL por PCR, sendo que 17 (81%) foram positivos para o gene blaSPM-1 e 4 (19%) para o gene blaVIM-2. Os genes blaIMP-1, blaIMP-2 e blaVIM-1 não foram detectados. O inibidor ácido 2-mercaptoacético (MAA) e o THM mostram a melhor concordância com a PCR, com índices de kappa variando de 0.81 a 0.86 e 0.79, respectivamente O ácido etilenodiaminotetracético (EDTA), demonstrou alta sensibilidade (100%), baixa especificidade (33.3%), e pobre concordância com a PCR. Entre os isolados positivos para o gene blaSPM-1, 5 foram indistinguíveis, 11 foram estreitamente relacionados e 1 possivelmente relacionado. Entre os isolados positivos para o gene blaVIM-2, 2 foram indistinguíveis, 1 foi estreitamente relacionado e 1 diferente. Entre os isolados produtores de MBL, a colistina e o aztreonam foram as drogas mais ativas com 90.5% e 85.7% de sensibilidade, respectivamente. CONCLUSÃO: Este é o primeiro relato de PA produtora de MBL no HC-FMUSP, reforçando a epidemiologia brasileira onde a enzima SPM-1 é a mais prevalente entre isolados de PA. Os métodos de DA com o inibidor MAA e o THM mostraram-se boas opções para detecção fenotípica de MBL em laboratórios de microbiologia. Os produtores de MBL demonstraram fenótipo multiresistente com um padrão clonal, enfatizando a necessidade de práticas de controle de infecções em nossa instituição
INTRODUCTION: Pseudomonas aeruginosa (PA) strains Metallo-b-lactamase (MBL) producing have been reported as an important cause of nosocomial infection, also becoming a critical therapeutic problem worldwide. At HC-FMUSP complex, the largest teaching hospital in Brazil, the prevalence of PA resistant to carbapenems is also presented as a critical problem. However, MBL prevalence and the standardization for phenotypical detection of this resistance mechanism still had not been established. PURPOSE: To determine MBL prevalence in PA resistant to imipenem; to compare phenotypic and molecular methods to detect MBL; to evaluate the clonality of the MBL producers strains and to determine the susceptibility profile of all isolates included in this study. METHODS: A retrospective study was carried analyzing 69 PA strains resistant to imipenem isolated from blood cultures of patients at HC-FMUSP during 2005. They were submitted to the susceptibility profile test by microdilution method and Etest® to colistin. The isolates were also tested for MBL production by phenotypic methods like Double Disk Synergy (DDS), Etest® MBL, Modified Hodge Test (MHT). The Polimerase Chain Reaction (PCR) was used to detect the following genes: (blaSPM-1, blaIMP-1, blaIMP-2, blaVIM-1 and blaVIM-2). The clonality of the MBL producers was evaluated by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). RESULTS: Fifty-three isolates (76.8%) had positive results with DDS and Etest® MBL, and 19 isolates (27.5%) were positive by MHT. Twenty-one isolates (30.4%) had a blaMBL gene by PCR, being 17 (81%) positive for blaSPM-1 and 4 (19%) for blaVIM-2. The blaIMP-1, blaIMP-2 and blaVIM-1 genes had not been detected. Mercaptoacetic acid (MAA) inhibitor and MHT showed the best agreement with PCR, with kappa value ranging from 0.81 to 0.86 and 0.79, respectively. Etilenodiaminotetracetic acid (EDTA) inhibitor showed high sensibility (100%), low specificity (33.3%), and poor agreement with PCR. Among isolates producing blaSPM-1 gene, 5 were indistinguishable, 11 were closely related and 1 was possibly related. Among isolates producing blaVIM-2 gene, 2 were indistinguishable, 1 closely related and 1 was different. Among MBL-producing strains, colistin and aztreonam were the most active drugs with 90.5% and 85.7% of sensitivity, respectively. CONCLUSION: This is the first report of PA MBL producers at HCFMUSP, reinforcing the Brazilian epidemiology where SPM-1 enzyme is the most prevalent among PA isolates. The DDS method with MAA inhibitor and MHT had the best agreement with PCR, showing themselves as good options for MBL phenotypical detection in microbiology laboratories. The MBL producers had shown multiresistant phenotype with a clonal standard, reinforcing the necessity of infection control practices in our institution

Orientador: Luciane Dias de Oliveira
Banca: Marianne Spalding
Banca: Vivian Cristina Costa Castilho Hyodo
Resumo: Pseudomonas aeruginosa e Klebsiella pneumoniae são enterobactérias que acometem especialmente indivíduos imunologicamente comprometidos com grande importância por sua resistência a antibióticos, dessa forma, o objetivo do estudo foi avaliar a atividade antimicrobiana de extratos de própolis (glicólico e aquoso) distribuídos comercialmente em cepas ATCC e clínicas multirresistentes das espécies. Inicialmente foram determinados os valores de Concentração Microbicida Mínima (CMM) sobre cultura planctônica por microdiluição em caldo, segundo Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), seguido por semeadura em ágar. A concentração correspondente ao quádruplo da CMM foi utilizada para testes em biofilmes monotípicos (contato de 5 min). Foi usada como controle positivo a solução de clorexidina (0,12%) e como controle negativo caldo BHI. Após o tratamento foi verificada a viabilidade dos micro-organismos pelo teste MTT, com leitura em espectrofotômetro de microplacas. Os dados de densidade óptica foram convertidos em porcentagem de redução microbiana e foi realizada a análise estatística com 5% de significância em todos os testes. Os extratos apresentaram ação contra forma planctônica e biofilmes de cepas multirresistentes de ambas as espécies. Para culturas planctônicas, P. aeruginosa apresentou CMM de 6,25 e 12,5 mg/mL para o extrato glicólico e de 13,75 e 55 mg/mL para o extrato aquoso, enquanto K. pneumoniae apresentou CMM de 6,25 a 25 mg/mL para o extrato glicólico e de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae are enterobacteria that especially affect immunologically compromised individuals with great importance for their resistance to antibiotics. Therefore, the objective of this study was to evaluate the antimicrobial activity of propolis extracts (glycolic and aqueous) commercially distributed in ATCC and multiresistant clinics strains of these species. The values of Minimum Microbicidal Concentration (MMC) on plankton culture were determined by microdilution in broth, according to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), followed by sowing in agar. The concentration corresponding to the quadruple MMC was used for monotypic biofilm tests (5-minute contact). A positive control solution of chlorhexidine (0.12%) and as a negative control BHI broth were used. After the treatment, the viability of the microorganisms was verified by the MTT test, with microplate spectrophotometer reading. Optical density data were converted to microbial reduction percentage and statistical analysis was performed with 5% significance in all tests. The extracts showed action against planktonic form and biofilms of multiresistant strains of both species. For planktonic cultures, P. aeruginosa presented MMC of 6.25 and 12.5 mg / mL for the glycolic extract and 13.75 and 55 mg / mL for the aqueous extract, while K. pneumoniae had MMC of 6.25 to 25 mg / mL for the glycolic extract and 55 mg / mL for the aqueous extract. The reduction of viability in biofilms of P. aeruginosa reached 54.42% for the glycolic extract, and 64.66% for the aqueous extract. K. pneumoniae presented a maximum reduction of 64.24% with glycolic extract and 65.13% with aqueous extract, these reductions being statistically significant in relation to the negative control (p <0.05). Therefore, it can be concluded that propolis extracts present an important ...(Complete abstract click electronic access below)
Mestre

In orthopaedic medicine, post-operative infections are associated with increased morbidity, mortality and higher health care costs. There exists a need to improve understanding of factors influencing infection rates and antimicrobial resistance. Particularly for orthopaedic surgery performed in hotter, wetter climates where the tropical microbial niche presents unique challenges. This clinical research analyses the risks of orthopaedic post-operative infections associated with weather and climatic variables. Detailed epidemiological data is presented which describes features of bacteria complicating orthopaedic surgery in North Eastern Australia and the relationship between multi-drug resistance, geographic location, season and weather. Antimicrobial prescribing recommendations are also provided.

Orientador: Marcelo Lancellotti
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-22T07:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Varela_JuliaNogueira_M.pdf: 1464845 bytes, checksum: 930cccae996588333b99f1aaa50988c0 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: Haemophilus influenzae é uma bactéria causadora de doenças tipicamente associadas ao trato respiratório superior e inferior. Tal bactéria é classificada em linhagens capsuladas e não capsuladas - as não tipadas. As grandes responsáveis por patogenias mais severas são as capsuladas, especialmente as do sorotipo b, a existência de uma vacina para somente esse sorotipo, faz com que ocorra uma emergência de casos com H. influenzae não tipado - NTHi. A crescente resistência a antibióticos dessa bactéria está associada à plasmídios de resistência, bem como sua competência natural. A presença desses patógeno é maior em países nos quais não existe acesso a vacina, devido ao alto custo da mesma, que acabam utilizando antibióticos mais acessíveis como o cloranfenicol no tratamento. Esse trabalho estudou a transferência horizontal do gene ompP2 em diversas cepas de H. influenzae com a ajuda de nanopartículas de óxido de grafeno. Essas nanopartículas mimetizam uma atmosfera rica em partículas suspensas como as grandes cidades e zonas de agricultura precoce, já que, nesses locais ocorrem com maior frequência mutações e adaptações desse patógeno. Quando as nanopartículas encontravam-se no meio de cultura, verificou-se um aumento da taxa de transformação dessas bactérias. Assim como uma modificação no padrão de adesão celular das bactérias mutadas quando comparadas com as selvagens em linhagens celulares distintas e expostas ao antibiótico de resistência, levando a um aumento da taxa de adesão das cepas mutadas com relação às cepas selvagens. Como esse gene é e de possível aquisição entre cepas de H. influenzae em seu ambiente natural seria possível utilizá-lo para obtenção de uma proteína recombinante, com possível antigenicidade. Uma vez que a taxa de adesão aumenta com a presença do mesmo, levando a uma possível nova vacina que também protegeria contra cepas não tipadas e não somente capsuladas
Abstract: Haemophilus influenzae is a bacteria that causes diseases typically associated with the upper and lower respiratory tract. Their strains are divided in capsulated and non-capsulated - the non typable. The major responsible for more severe cases are the capsulated types, specially the b type. The existence of a vaccine for the serotype b, allows the emergence of cases of non typable H. influenzae - NTHi. The growing resistance is associated with resistance plasmids, and with its natural competence, that enables the bacteria to acquire DNA fragments between it's' species. Since this pathogen is common in countries that there is no access to this vaccine, therefore the use of accessible and cheaper antibiotics, such as chloramphenicol for treatment is. This work studied the horizontal transference of the ompP2 gene from multiresistant strains of H. influenzae, with the aid of grafen oxide nanoparticles, that mimesis an atmosphere rich in suspended particles, such as great urban areas and ancient agricultural zones. In these environments a great frequency in mutation and adaptations of these bacteria is verified. When we look at the adhesion patterns of these bacteria we can see that it is modified when they are mutated and exposed to the resistance antibiotic. Leading to an augmentation of the adhesion patterns when we compare to the wild strains. Since this gene was present in all strains and it was of easy acquisition between strains, it would be possible to use it to obtain a recombinant protein with likely antigen properties. Because the adhesion tax enhances with the presence of this gene. Leading to a possible new vaccine target, for NTHi and capsulated strains also
Mestrado
Fármacos, Medicamentos e Insumos para Saúde
Mestra em Biociências e Tecnologia de Produtos Bioativos

Introdução: o aumento gradativo da resistência dos microrganismos aos antimicrobianos usados na prática clínica tem contribuído efetivamente para que as infecções hospitalares sejam consideradas um problema de saúde pública. Assim, diminuir a disseminação destes microrganismos no ambiente hospitalar tem se tornado um desafio aos profissionais que atuam nos serviços de controle de infecção hospitalar. Objetivo: identificar a sensibilidade e especificidade dos critérios para isolamento de pacientes admitidos num hospital especializado em oncologia. Material e Método: trata-se de um estudo de corte transversal de caráter prospectivo, aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa de um hospital especializado em oncologia. A população do estudo foi composta por 61 pacientes admitidos no hospital, no período de 01 março a 31 de agosto de 2009, segundo o protocolo para isolamento de pacientes procedentes de outros hospitais. Os dados foram obtidos por meio de entrevista individual e consulta aos resultados de cultura provenientes de swab nasal e anal, coletados pela equipe de enfermagem no momento da admissão no hospital e disponibilizados no laboratório de microbiologia. Resultado: dos 61 pacientes admitidos no hospital, 56 preencheram os critérios para que as precauções de contato fossem instituídas. Destaca-se que 30(49,2%) pacientes tiveram culturas positivas para microrganismos multirresistentes, sendo o Staphylococcus aureus resistente à oxacilina o microrganismo mais freqüentemente isolado no swab nasal e anal. A sensibilidade dos critérios para isolamento de pacientes admitidos no referido hospital e procedentes de outros hospitais foi de 90%. Conclusão: foram altamente sensíveis os critérios utilizados para o isolamento de pacientes provenientes de outros hospitais, portanto a maioria dos pacientes colonizados por microrganismos multirresistentes foi isolada no momento da admissão.
Introduction: the gradual increase of microorganisms\' resistance to antimicrobials used in clinical practice has effectively contributed to hospital-acquired infections be considered a public health problem. Hence, reducing the dissemination of these microorganisms in the hospital setting has become a challenge for professionals working in hospital-acquired infection control services. Objective: to identify the sensitivity and specificity of criteria for isolation of patients admitted to a cancer specialized hospital. Material and method: this prospective cross-sectional study was approved by the Research Ethics Committee of a cancer specialized hospital. The study\'s population was composed of 61 patients, who were admitted to the hospital between March 1 and August 31 2009 according to the protocol for isolation of patients from other hospitals. Data were collected through individual interview and consultation of the results from nasal and anal swabs culture collected by the nursing team at the moment patients were admitted to the hospital and available in the microbiology laboratory. Results: 56 out of the 61 patients met the criteria establishing contact precautions. It is worthy noting that 30(49,2%) patients presented positive cultures for multi-resistant microorganisms, while the Staphylococcus aureus resistant to oxacillin was the microorganism most frequently isolated in nasal and anal swabs. The sensitivity of the criteria for isolation of patients from other hospitals admitted in the studied hospital was of 90%. Conclusions: criteria used for isolation of patients from other hospitals were highly sensitive, thereby the majority of patients colonized by multi-resistant microorganisms were isolated at the moment of admission.

Stenotrophomonas maltophilia is increasingly emerging as an opportunistic pathogen of global concern. Due to its inherent resistance to several classes of antibiotics including carbapenems and its ability to acquire mobile resistance elements, treatment of infections caused by S. maltophilia is a constant challenge for clinicians. Trimethoprim-sulphamethoxazole (TMP-SMX) is the generally accepted antibiotic of choice for the treatment of infections caused by this organism, but resistance to the drug is increasingly being reported; hence, the need for alternative therapeutic options. In this study, the antimicrobial susceptibility profile of 110 commensal S. maltophilia isolates obtained from Nkonkobe municipality, Eastern Cape Province, Republic of South Africa was investigated. Twenty-one antibiotics including TMP-SMX and the newer fluoroquinolones; levofloxacin, gatifloxacin and moxifloxacin were included in the antibiotic panel. About 63.4 percent of the isolates were susceptible to TMP-SMX with a resistance rate of 28.2 percent. The fluoroquinolones were more effective with susceptibilities ranging from 76 percent to 94.7 percent. Resistance to the fluoroquinolones ranged from 1.3 percent to 2.7 percent. Levofloxacin was the most effective fluoroquinolone tested. Phenotypic dectection of extended spectrum β-lactamases (ESBLs) showed double disc synergy test (DDST) positivity in 59.5 percent of the isolates. Cefepime was the most sensitive indicator cephalosporin in the DDST with 77.3 percent of suspected ESBL-producing isolates showing cefepime-clavulanic acid synergy. Isolates exhibited nine different ESBL phenotypes, however, PCR amplification of the bla genes revealed four isolates that possessed genes belonging to the CTX-M group (CTX-M-1 and CTX-M-8 groups). ESBL genes are usually carried on mobile elements such as plasmids and transposons which may also bear genes that mediate resistance to aminoglycosides, tetracyclines, TMP-SMX and fluoroquinolones. ESBL positive isolates appeared more susceptible to the fluoroquinolones compared to TMP-SMX but there was no significant relationship between ESBL production and susceptibility to these drugs (p > 0.05). The newer fluoroquinolones are a possible alternative treatment option for S. maltophilia infections in this environment but further studies and clinical investigations are needed to determine the in vivo efficacy of these drugs.

The utility of focal-plane-array Fourier transform infrared (FPA-FTIR) spectroscopy as a rapid method for the differentiation of antibiotic resistant foodborne pathogens was studied.
Optimum spectral acquisition and processing parameters as well as appropriate film thickness of bacterial films were empirically established for the discrimination between two Shigella species (S. flexneri and S sonnei) in order to optimize the scanning parameters of an FPA-FTIR spectrometer. A detailed study of the potential of FPA-FTIR spectroscopy for the discrimination between antibiotic resistant and sensitive strains from two Salmonella species (S. Typhimurium and S. Heidelberg) was subsequently undertaken. The results of these studies demonstrated that the infrared spectra recorded by an FPA-FTIR spectrometer contained sufficient information to differentiate between antibiotic resistant and sensitive strains of Salmonella. Accordingly, FPA-FTIR spectroscopy may potentially serve as a high-throughput technique for the identification of foodborne as well as antibiotic resistant bacteria.
Interpretation of the regions selected in relation to the different resistance mechanisms would require more detailed studies. However, the identification of specific biochemical markers based on such spectral interpretation is generally not feasible owing to the complexity of the FTIR spectra of microorganisms.

RESUMO: Os Staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA, do inglês “methicillin-resistant Staphylococcus aureus”) são um dos principais agentes responsáveis por infeções hospitalares. Os MRSA são resistentes a praticamente todos os antibióticos β-lactâmicos devido a dois mecanismos principais: produção de β-lactamase (bla), codificada pelo gene blaZ, e produção de uma proteína de ligação à penicilina (PBP2a, do inglês “penicillin binding protein 2”), codificada pelo gene mecA. Estes dois genes são regulados por sistemas homólogos, constituídos por um sensor-transdutor (BlaR1 e MecR1) e um repressor (BlaI e MecI), de tal modo que ambos os sistemas são capazes de co-regular os genes mecA e blaZ, embora com eficiências de indução muito diferentes. De facto, a indução mediada pelo sistema mecI-mecR1 é tão lenta que se acredita que este sistema não está funcional na maioria das estirpes MRSA. No entanto, dados recentes do nosso laboratório, demonstram a ausência de relação entre a presença do gene mecI e o nível de resistência à meticilina em estirpes MRSA epidémicas, e também que, o fenótipo de resistência da grande maioria das estirpes não é perturbado pela sobre-expressão em trans do repressor mecI. Curiosamente, as duas estirpes em que a expressão da resistência foi afetada pela sobre-expressão do mecI são negativas para o locus da β-lactamase, o que sugere que este locus pode interferir diretamente com a repressão do gene mecA mediada pelo MecI. Nesta tese de mestrado esta hipótese foi explorada usando estratégias de biologia molecular e ensaios fenotípicos da resistência aos -lactâmicos. Os resultados obtidos demonstram que a presença do plasmídeo nativo da β-lactamase não só anula a repressão mediada pelo MecI, como também aumenta o nível de resistência das estirpes parentais. Várias hipóteses foram então formuladas para explicar estas observações. Dados preliminares, em conjunto com evidências experimentais publicadas, sugerem que o BlaI forma hetero-dímeros com o MecI que, após a indução, são inativados eficientemente pelo BlaR1. Em conclusão, estes resultados apresentam novas perspetivas para o mecanismo de regulação do mecA e para uma nova importante função do operão da β-lactamase para o fenótipo das estirpes MRSA.-------------------ABSTRACT: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is an important nosocomial pathogen and is also emerging in the community. MRSA is cross-resistant to virtually all β-lactam antibiotics and has acquired two main resistance mechanisms: production of β-lactamase (bla), coded by blaZ, and production of penicillin binding protein 2a (PBP2a), coded by mecA. Both genes are regulated by homologous sensor-transducers (BlaR1 and MecR1) and repressors (BlaI and MecI), and coregulation of mecA and blaZ by both systems has been demonstrated, although with remarkable different efficiencies. In fact, induction of mecA by mecI-mecR1 is so slow that it is believed it is not functional in most MRSA strains. However, recent data from our laboratory has unexpectedly demonstrated that not only there is no correlation between the presence of mecI gene and the resistance level in epidemic MRSA strains, but also that for most strains there were no significant changes on the resistance phenotype upon the mecI overexpression in trans. Interestingly, the two strains in which mecI overexpression affected the resistance expression were negative for the bla locus, suggesting that this locus may interfere directly with the MecI-mediated repression of mecA and account for those puzzling observations. In this master thesis we have explored this hypothesis using molecular biology strategies and phenotypic analysis of -lactam resistance. The data obtained demonstrate that the presence of a wild-type plasmid containing the bla locus not only disrupts the MecImediated repression, but also significantly enhances the expression of resistance. Several preliminary hypotheses were formulated to explain these observations and preliminary data, together with published evidence, support the working model that BlaI forms functional hetero-dimers with MecI, which upon induction are readily inactivated by BlaR1. These results provide new insights into the regulatory mechanism(s) of mecA and open new perspectives for the role of β-lactamase operon in the MRSA phenotype.

Acinetobacter baumannii é um importante agente de infecções relacionadas à assistência à saúde, principalmente nas unidades de terapia intensiva no Brasil, sua resistência a antimicrobianos vem aumentando nas últimas décadas e as opções para o tratamento são restritas. Em 2011, no HC-FMUSP, ocorreu um surto de infecção por A. baumannii resistente a todos os antibióticos e desde então isolados resistentes a todas as classes de antibióticos vêm sendo identificados no hospital. O estudo investigou o efeito de combinações antimicrobianas contra 20 isolados clínicos de A. baumannii, sendo sete isolados resistentes (2011 a 2012) e treze sensíveis a colistina (2002 a 2004), obtidas do banco de cepas do LIM-54 com diferentes mecanismos de resistência. Foram realizados, concentração inibitória mínima dos antibióticos, avaliação da clonalidade por Pulsedfield gel electrophoresis, detecção de mecanismos de resistência por reação de amplificação em cadeia da polimerase, análise de proteínas da membrana externa e baseado na clonalidade e o sequenciamento total do genoma de quinze isolados. Sinergismo foi investigado usando os métodos de checkerboard e time-kill. Para monitorização da expressão do sistema regulatório PmrCAB e dos genes responsáveis pela biossíntese do lipopolissacarídeo, foi realizada reação em cadeia da polimerase quantitativa. Todos os isolados foram resistentes ao meropenem e a rifampicina. OXA- 23 e OXA-143 foram as carbapenemases mais frequentes. Quatro isolados mostraram perda de uma proteína de membrana externa denominada OMP 43kDa. Os isolados sensíveis a colistina pertenciam a diferentes clones e Multilocus Sequence Types, também apresentaram o maior efeito sinérgico com fosfomicina-amicacina. A resistência a colistina foi associada com a superexpressão do gene pmrA. Seis isolados resistentes a colistina, pertenciam ao Complexo Clonal 113 e o maior efeito sinérgico foi observado com combinações de colistina-rifampicina seguido de colistina-vancomicina. Foram encontrados diferentes genes de virulência envolvidos com formação de biofilme, aderência, produção de enzimas e captação de ferro
Acinetobacter baumannii is an important agent of infections related to health care, especially in intensive care units in Brazil, its antimicrobial resistance has increased in recent decades and the options for treatment are restricted. In 2011, in the HC-FMUSP, there was an outbreak of A. baumannii infection resistant to all antibiotics and since then isolates resistant to all classes of antibiotics have been identified in the hospital. The study investigated the effect of antimicrobial combinations against 20 clinical isolates of A. baumannii, seven isolates colistin resistant (2011-2012) and thirteen colistin sensitive (2002-2004) from LIM-54 strains bench with different resistance mechanisms. Minimum inhibitory concentration of antibiotics, clonality evaluation by pulsed-field gel electrophoresis and detection of resistance mechanisms by polymerase chain reaction, outer membrane protein analysis and based on clonality, the whole genome sequencing of fifteen isolates were performed. Synergism was determined using checkerboard and time-kill methods. For expression monitoring of the regulatory system PmrCAB and the genes responsible for the biosynthesis of lipopolysaccharide, it was performed quantitative polymerase chain reaction. All isolates were resistant to meropenem and rifampicin. OXA-23 and OXA-143 were the most frequent carbapenems. Four isolates showed loss of one outer membrane protein called OMP 43kDa. Colistin susceptible isolates belonged to different clones and Multilocus Sequence Types; it also showed the greatest synergistic effect with fosfomycin-amikacin. The colistin resistance was involved in overexpression of the pmrA gene. Six colistin-resistant isolates belonged to Clonal Complex 113 and higher synergistic effect were observed with colistin-rifampicin followed by colistin-vancomycin combinations for these isolates. We found different virulence genes involved in biofilm formation, adhesion, enzyme production and iron uptake

Antimicrobial resistance is a worldwide problem that has deleterious long-term effects as the development of drug resistance outpaces the development of new drugs. Plants have been used for many generations for healing purposes, and screening of extracts of these plants has often yielded positive outcomes. This study was aimed at isolating and characterizing the major active antimicrobial compounds present in the stem bark of C. molle, in a bid to identify potential sources of cheap starting materials for the synthesis of new drugs. Various solvents (hexane, ethyl acetate, dichloromethane, acetone, ethanol and methanol) were used for extraction. The agar well diffusion technique was used to screen for antimicrobial activity of C. molle extracts against Streptococcus pyogenes ATCC 49399, Plesiomonas shigelloides ATCC 51903, Pseudomonas aeruginosa ATCC 15442, Helicobacter pylori ATCC 43526 and Helicobacter pylori 252C (clinical isolate); minimum inhibition concentration (MIC) of the most active extracts was determined by the broth dilution method. Fractionation of acetone extract was done by thin layer chromatography (TLC) and bioautography to determine the compounds present and their antimicrobial activity respectively. The acetone extract was purified by column chromatography and their MIC determined. The most potent fraction (EA4) was subjected to Gas chromatography- Mass spectrometry (GC-MS) and High performance liquid chromatography (HPLC) for identification of the active compounds. Results were analyzed by the Fisher‟s exact test. All the extracts tested demonstrated antimicrobial activity with zone diameters of inhibition ranging from 0–32 mm. Acetone was the most potent extract with its MIC ranging from 0.078–5.0 mg/mL. Seventeen fractions were collected from column chromatography and the most active fraction against all the organisms was EA 4 (eluted with 100 percent ethyl acetate), with its MIC ranging from 0.078 - 2.5mg/mL. There was no statistically significant difference (P>0.05) in the potency of the xii four extracts (acetone, methanol, ethanol and ethyl acetate) and antibiotic (ciprofloxacin) on the different bacterial strains tested, likewise the crude extract and the fractions. No compound was detected by GC-MS whereas numerous peaks were identified by HPLC implying that the active compounds in this plant are non volatile. We could not identify the compounds thereby proposing further studies using Nuclear magnetic resonance to identify the compounds. The study revealed that the acetone extract of C. molle was the most active against all the test organisms and therefore justifies the use of this plant in traditional medicine.

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Introduction: Interest in the subject worker safety emergency room (IF) and Mobile Emergency Service (SAMU), focused on the eventual colonization and infection related to health care (IRAs), came to fruition during the academic. Acting as nurse of those services, I had the opportunity to observe workers acting in an unsafe manner during work activities, contributing to occupational exposure to biological agents. These observations, coupled with experience in this area, led the study. Despite this problem to be elucidated in the hospital, the same does not occur in the services of SE / SAMU, pay special attention to the safety of workers reason that sparked interest in the subject. This concern is due, among others, to alert the World Health Organization, with the launch of the World Alliance for Patient Safety and greatly not forget the workers. This assumption, some concerns emerged regarding the colonization of workers SE / SAMU, to unveil indicators within the colonization of these micro-organisms resistant to antibiotics which could compromise patient safety and worker himself. Workers SE / SAMU / SMS / Jatai-Goiás are carriers of micro-organisms resistant to antimicrobials in the nasal cavity? Faced with this question outlined the following Objectives: to analyze the microbiological profile of the nasal cavity sector workers and emergency mobile service emergency department Jataí - Goiás; isolate multiresistant micro-organisms in the nasal cavity of these workers; determine the profile Antimicrobial susceptibility of the isolates; estimate the prevalence of workers colonized with resistant microorganisms; verify the compliance of workers with hand hygiene during labor; raise the predictors related to colonization of these workers by resistant microorganisms; draft a care about the safety of the worker of Emergency Services and the Mobile Emergency Care Health System in Goiás, aiming at the prevention of occupational hazards in the workplace. Methods: Cross-sectional study of epidemiological, developed in the emergency services and Mobile Emergency Care Service Jataí-Goiás. We applied an interview form to collect demographic data, knowledge and attitude of the worker in relation to aspects of colonization by multiresistant microorganisms. Then, we collected a sample specimen of the nasal cavity through swab of 51 employees, including 12 doctors, 08 nurses, 01 pharmacists / biochemists, 20 nursing staff, 01 technical radiologist, 01 biomedical, 01 biotechnologist, 01 social workers and 06 firefighters / drivers / paramedics. The tubes of BHI broth containing the swabs were incubated at 35 ° C for 18/24 hours and then the samples were plated on selective culture media and processed by automation. The colonies that developed in any of the culture media were previously identified by their macroscopic characteristics and morphological / staining and subjected to screening for the selection of the identification evidence. Results: It was found that 38 (55.9%) of workers were carriers of S. epidermidis, followed by S. aureus, S. hyicus and Proteus mirabilis, 14 (20.6%) 2 (3.0%) and 3 (4.4%) respectively. As for the resistance profile of 38 isolates, 89.4% of S. epidermidis showed ampicillin resistance, 76.3% clindamycin, erythromycin 86.8%, 86.8% and 2.6% penicillin vancomycin. Proteus Mirabilis had resistance profile of 100% to sulfametazol / trimethoprim, tetracycline 66.6% and 33.3% to ampicillin, piperacillin and gentamicin. Conclusion: The colonization by resistant antimicrobial agents in the nasal cavity of 51 (100%) workers is reality. These results indicate challenges for municipal management, to point out flaws and loopholes in the context of patient safety and worker inherent in the working environment. Therefore, the evidence presented by this research will impact the operation of a project host aimed at quality of life and safety of the worker within the service and emergency.
Introdução: O interesse pelo tema segurança do trabalhador do setor de emergência (SE) e Atendimento Móvel de Urgência (SAMU), focado na colonização e eventual infecção relacionada à assistência em saúde (IrAS), aflorou durante a formação acadêmica. Atuando como enfermeira desses serviços, tive a oportunidade de observar trabalhadores atuando de forma insegura durante as atividades laborais, contribuindo para a exposição ocupacional por agentes biológicos. Tais observações, associadas à vivência nessa área, motivaram a realização do estudo. Apesar dessa problemática estar elucidada em nível hospitalar, o mesmo não ocorre nos serviços de SE/SAMU, em especial atenção à segurança dos trabalhadores, motivo que despertou o interesse pela temática. Tal preocupação se deve, entre outros, ao alerta da Organização Mundial da Saúde, com o lançamento da Aliança Mundial para a segurança do paciente e de sobremaneira não esquecer os trabalhadores. Desse pressuposto, emergiram algumas inquietações relativas à colonização dos trabalhadores do SE/SAMU, no sentido de desvelar indicadores no âmbito da colonização destes a micro-organismos resistentes aos antimicrobianos os quais poderiam comprometer a segurança do paciente e do próprio trabalhador. Os trabalhadores do SE/SAMU/SMS/Jatai-Goiás são portadores de micro-organismos resistentes aos antimicrobianos na cavidade nasal? Perante essa indagação delinearam-se os seguintes Objetivos: analisar o perfil microbiológico da cavidade nasal de trabalhadores do setor de emergência e atendimento móvel de urgência do município de Jataí – Goiás; isolar micro-organismos multirresistentes da cavidade nasal desses trabalhadores; determinar o perfil de suscetibilidade dos isolados aos antimicrobianos; estimar a prevalência de trabalhadores colonizados por micro-organismos resistentes; verificar a adesão dos trabalhadores à higienização das mãos durante o período laboral; levantar os preditores relacionados à colonização desses trabalhadores por micro-organismos resistentes; elaborar um projeto de acolhimento sobre a segurança do trabalhador dos Serviços de emergência e Atendimento Móvel de Urgência do Sistema Único de Saúde do interior de Goiás, visando à prevenção dos riscos ocupacionais no ambiente laboral. Material e Método: Estudo transversal de natureza epidemiológica, desenvolvido nos serviços de emergência e Atendimento Serviço Móvel de Urgência de Jataí-Goiás. Aplicou-se um formulário de entrevista para a coleta dos dados demográficos, conhecimento e atitude do trabalhador em relação aos aspectos da colonização por micro-organismos multirresistentes. Em seguida, coletou-se uma amostra de espécime da cavidade nasal, por meio de swab de 51 trabalhadores, sendo 12 médicos, 08 enfermeiros, 01 farmacêutico/bioquímico, 20 técnicos de enfermagem, 01 técnico em radiologista, 01 biomédico, 01 biotecnológo, 01 assistente social e 06 bombeiros/condutores/socorristas. Os tubos de caldo BHI contendo os swabs foram incubados a 35ºC por 18/24 horas e, em seguida, as amostras foram semeadas em meios de cultura seletivos e processados por automação. As colônias que se desenvolveram em qualquer um dos meios de cultura foram, previamente identificadas segundo as suas características macroscópicas e morfológicas/ tintoriais e submetidas à triagem para a seleção das provas de identificação. Resultados: Identificou-se que 38 (55,9%) dos trabalhadores eram portadores de S. epidermidis, seguido por S. aureus, S. hyicus e Proteus Mirabilis, com 14 (20,6%), 2 ( 3,0%) e 3 (4,4%) respectivamente. Quanto ao perfil de resistência de 38 isolados, 89,4% dos S. epidermidis demonstraram resistência à ampicilina, 76,3% à clindamicina, 86,8% à eritromicina, 86,8% à penicilina e 2,6% à vancomicina. O Proteus Mirabilis teve perfil de resistência de 100% ao sulfametazol/trimetropina, 66,6% a tetraciclina e 33,3% a ampicilina, piperaciclina e gentamicina. Conclusão: A colonização por agentes resistentes aos antimicrobianos na cavidade nasal dos 51 (100%) trabalhadores é realidade. Esses resultados sinalizam desafios para a gestão municipal, ao apontar falhas e lacunas no âmbito da segurança do paciente e do trabalhador inerentes ao ambiente laboral. Logo, as evidências apontadas por essa pesquisa impactarão na operacionalização de um projeto de acolhimento, visando à qualidade de vida e segurança do trabalhador no âmbito do serviço de urgência e emergência.

Orientador: Paulo Roberto de Madureira
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Made available in DSpace on 2018-08-22T21:12:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_PauloVictorFernandesSouza_D.pdf: 2007565 bytes, checksum: e01eda41bcffc893c044e9ae75f35532 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: As infecções relacionadas à assistência à saúde são responsáveis pela elevação do custo assistencial, aumento da morbimortalidade hospitalar e aumento do tempo de internação. Uma característica peculiar dessas infecções diz respeito à resistência dos microrganismos envolvidos. Protocolos de tratamento de infecções graves, como pneumonia e sepse, indicam o uso inicial de associações antimicrobianas de largo espectro, caso o paciente apresente fatores de risco para resistência. Posteriormente, com o resultado das culturas, o esquema terapêutico inicial seria readequado. Entretanto, esse processo conhecido como "descalonamento" ocorre de forma infrequente. Assim, no momento da escolha inicial dos antimicrobianos para o tratamento de síndromes infecciosas graves, os profissionais se deparam com um dilema: Utilizar um esquema de amplo espectro para a maior proteção do paciente, mas que raramente será revisto e contribuir para o aumento da resistência da microbiota hospitalar, ou tentar o uso de esquemas menos abrangentes? Com o objetivo de auxiliar o médico nesse momento da prescrição, procurou-se identificar possíveis características dos pacientes que pudessem servir como fatores preditores para infecção ou colonização para microrganismos multirresistentes. Em um hospital geral de 90 leitos, na cidade de São José dos Campos, no Estado de São Paulo, Brasil, foi conduzido um estudo de caso-coorte, entre junho de 2009 e junho de 2011, em que todos os pacientes que realizaram pelo menos um exame de cultura foram incluídos (753 pacientes). Os casos foram definidos como todos os pacientes que apresentaram culturas clínicas com o isolamento de pelo menos um microrganismo multirresistente (146 pacientes). A multirresistência foi definida conforme o consenso do Centro de Controle de Infecções e Doenças dos Estados Unidos da América em associação com o Centro Europeu para Prevenção e Controle de Doenças. Os controles foram todos os pacientes que se submeteram a culturas as quais não demonstraram crescimento de um agente multirresistente. Foram avaliadas quatorze variáveis demográficas e clínicas, comumente identificadas como fatores de risco. Foram construídos três modelos de predição clínica: regressão logística, árvore de classificação e floresta aleatória. No modelo de regressão logística, em função de intensa colinearidade, optou-se pela eliminação das variáveis pelo método backward. Na validação interna deste modelo, foi utilizada a técnica de reamostragem por bootstrap. O novo modelo foi calibrado com um fator de shrinkage de 0,91. Os modelos de árvore de classificação e floresta aleatória identificaram, de maneira semelhante, as variáveis mais importantes para predição que foram: história de internação nos últimos 180 dias, tempo de internação até a realização da cultura, Índice de comorbidades de Charlson, presença de cateter nasoentérico, traqueostomia e cateter venoso central. Foi realizada a validação externa temporal com uma nova amostra coletada entre julho e dezembro de 2011, num total de 342 pacientes. As acurácias dos modelos de regressão logística, árvore de classificação e floresta aleatória foram avaliadas por curvas ROC (Receiver operating characteristic). As áreas sobre a curva foram respectivamente: 72,4%, 66,2% e 69,2%. O modelo final da regressão logística com o total de pacientes estudados (1092) apresentou uma área sob a curva ROC corrigida do otimismo de 77,1%
Abstract: Healthcare-associated infections are responsible for rising health care costs, increasing morbidity, mortality, and longer hospital stays. A peculiar characteristic of such infections is the resistance of the involved microorganisms. The presence of infectious agents resistant to multiple classes of antimicrobials is increasing in such infections. Thus, multidrug resistance brings a real challenge to everyday clinical practice. Protocols for treatment of severe infections such as pneumonia and sepsis indicate the use of broad-spectrum antimicrobial associations as the initial therapy if the patient has a risk factor for resistance. Later, with the result of cultures, an adjustment of the initial therapeutic regimen would be expected. However, this process, known as de-escalation, occurs infrequently. Thus, at the moment of choosing the initial antibiotics for treating serious infectious syndromes, physicians are challenged with a dilemma: either to prescribe broad-spectrum antibiotics and contribute to increasing antibiotic resistance or to use a narrow spectrum of antimicrobials and put patients' prognosis at risk. The aim of this study was to identify potential predictors for the harboring of multidrug-resistant bacteria and to build a clinical prediction model that could help physicians to recognize patients with different risks for infection or colonization by these microorganisms. We conducted a case-cohort study in a 90-bed general hospital, at São José dos Campos, São Paulo State, Brazil, with all patients that performed at least one culture (753 patients). Cases were defined as patients that had had a culture demonstrating a multi-resistant agent (146 patients). Controls were all other patients that had had at least one culture. The consensus definition from the Center for Disease Control and the European Centre for Disease Prevention and Control was used to describe antibiotic multi-resistance. Fourteen traditional risk factors were evaluated as predictors. We constructed three clinical prediction models: logistical regression, classification tree, and random forest. In the logistical regression model, due to severe collinearity, we chose to eliminate variables by the backward method. In this model, for internal validation, we used the bootstrap resampling procedure. The new model was calibrated with the use of a shrinkage factor of 0.91. Similarly, the classification tree and random forest models identified that the most important variables for prediction were: admission history of 180 days, tube feeding, and length of hospital stay before culture, Charlson comorbidity index, central venous catheter, and tracheostomy. A temporal external validation was performed with a new sample collected between July and December 2011, with 342 patients. The accuracies of logistic regression, classification tree and random forest models were evaluated by ROC (Receiver operating characteristic) curves. The areas under the curve were 72.4%, 66.2% and 69.2%, respectively. The final logistical regression model with the overall study population (1092 patients) is described and shows an optimism-corrected area under the ROC curve of 77.1%
Doutorado
Epidemiologia
Doutor em Saude Coletiva

INTRODUÇÃO: Nas últimas décadas, a resistência antimicrobiana tornou-se um problema de saúde pública em nível global. A interação entre o consumo de antibióticos e o desenvolvimento de resistência é de particular interesse com relação aos bacilos Gramnegativos (BGN), cuja crescente resistência aos antibióticos disponíveis tem representado um grande desafio ao tratamento das infecções por eles causadas. OBJETIVO: Avaliar o impacto da restrição ao uso da cefepima sobre o perfil de sensibilidade a antimicrobianos dos BGN envolvidos em infecções hospitalares em um hospital ortopédico terciário. MÉTODOS: Em maio de 2007, o uso da cefepima foi restrito no IOTHCFMUSP. Foram analisados e comparados os dados relativos a ocupação, mortalidade hospitalar e taxas gerais de infecção hospitalar em ambos os períodos, além dos dados relativos ao consumo de antimicrobianos e perfil de resistência dos BGN relacionados a infecções hospitalares de dois períodos: de maio de 2005 a maio de 2007 (24 meses anteriores à restrição ao uso da cefepima primeiro período) e maio de 2007 a maio de 2009 (24 meses posteriores à restrição segundo período). RESULTADOS: Não houve diferenças entre os dois períodos na média de permanência hospitalar em dias e na taxa de mortalidade hospitalar. Não houve diferença significante nas taxas gerais de infecção hospitalar entre os períodos. O consumo de amicacina, aztreonam, ertapenem e levofloxacino aumentou de forma estatisticamente significante (p<0,05) no segundo período, enquanto o consumo de cefepima, colistina e imipenem/cilastina diminuiu de forma significante (p<0,05). Não houve diferença na incidência de BGN como causadores de infecção hospitalar entre os dois períodos estudados. A. baumanii, P. aeruginosa, K. pneumoniae e Enterobacter spp. foram os BGN mais freqüentes em ambos os períodos. Após a restrição da cefepima, a sensibilidade de A. baumanii melhorou frente à gentamicina (p=0,001) e piorou frente ao imipenem (p<0,001). Não houve diferença no perfil de sensibilidade aos antimicrobianos testados para P. aeruginosa entre os dois períodos. No segundo período do estudo, a sensibilidade de K. pneumoniae melhorou frente ao ciprofloxacino (p=0,049). Após a restrição da cefepima, a sensibilidade de Enterobacter spp. melhorou de forma frente ao ciprofloxacino (p=0,043). Não houve alteração significativa na incidência de enterobactérias produtoras de betalactamase de espectro estendido (ESBL). CONCLUSÕES: Após a implantação da restrição à cefepima, não houve diferenças na incidência geral dos BGN como causadores de infecção. Para A. baumanii, após a restrição, houve melhora no perfil de sensibilidade frente à gentamicina e piora frente ao imipenem. Para P. aeruginosa, não houve alterações significantes no perfil de sensibilidade. Com relação a K. pneumoniae e Enterobacter spp. houve melhora significante na sensibilidade frente ao ciprofloxacino. Não houve diferenças nas incidências de K. pneumoniae e E. coli produtoras de ESBL entre os dois períodos estudados
BACKGROUND: In recent decades, antimicrobial resistance has become a public health problem globally. The interaction between antibiotic consumption and resistance development is of particular interest with respect to the Gramnegative bacilii (GNB), whose growing resistance to available antibiotics has represented a great challenge for the treatment of infections caused by them. OBJECTIVE: To evaluate the impact of the restriction on the use of cefepime on the profile of antimicrobial susceptibility of GNB involved in nosocomial infections in a orthopaedic tertiary hospital. METHODS: In May 2007, the use of cefepime was restricted at our hospital. We compared the data on occupation, hospital mortality rates and general hospital infection in two periods: from May 2005 to May 2007 (24 months prior to the restriction on the use of cefepime first period) and May 2007 to May 2009 (24 months after this restriction second period). Data on antimicrobial consumption and antimicrobial resistance profile of GNBrelated nosocomial infections in both periods were also analyzed and compared. RESULTS: There were no differences between the two periods in the average hospital stay in days and in hospital mortality rate. There was no significant difference in overall rates of nosocomial infection between periods. The use of amikacin, aztreonam, ertapenem and levofloxacin increased statistically significant (p <0.05) in second period, while consumption of cefepime, imipenem/cilastin and colistin decreased significantly (p <0.05). There was no difference in the incidence of GNB as agents in cases of nosocomial infection in the two periods studied. A. baumanii, P. aeruginosa, K. pneumoniae and Enterobacter spp. were the most frequent GNB in both periods. After the restriction of cefepime, the susceptibility of A. baumanii improved to gentamicin (p = 0.001) and worsened to imipenem (p <0.001). There was no difference in susceptibility to antimicrobials for P. aeruginosa between the two periods. In the second period of this study, the susceptibility of K. pneumoniae improved to ciprofloxacin (p = 0.049). After the restriction of cefepime, the susceptibility of Enterobacter spp. improved to ciprofloxacin (p = 0.043). There was no significant change in the incidence of Extented spectrum beta lacmamasis (ESBL)producing Enterobacteriaceae. CONCLUSIONS: After implementation of the restriction to cefepime, there was no difference in overall incidence of GNB as cause of infection. For A. baumanii, after the restriction, there was an improvement in the susceptibility to gentamicin and worsening to imipenem. For P. aeruginosa, no significant changes in susceptibility were observed. Regarding K. pneumoniae and Enterobacter spp. significant improvement in sensitivity to ciprofloxacin was observed. There were no differences in the incidence of ESBLproducing K. pneumoniae and E. coli between the two periods studied