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Dissertations / Theses on the topic 'Microbiological culture'
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Wang, Chia-Lin. "Probiotic lactobacilli as a soy yogurt starter culture - microbiological, chemical and sensory analyses /." free to MU campus, to others for purchase, 2004. http://wwwlib.umi.com/cr/mo/fullcit?p1422974.
Full text
2
Clarke, Kim Gail. "A reassessment of the production of acetone and butanol by Clostridium acetobutylicum in continuous culture." Doctoral thesis, University of Cape Town, 1987. http://hdl.handle.net/11427/21918.
Full textAbstract:
Bibliography: pages 154-195.The production of acetone and butanol by Clostridium acetobutylicum P 262 was studied in continuous culture under conditions where the nutrients were present in excess of the requirements and the cell growth was limited by the products formed during the fermentation. This system differs from most continuous culture systems used to obtain solvent production where the limitation of a specific nutrient was utilised to limit the cell growth.
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Lankinen, K. S. (Kari S. ). "Catching the pneumococcus:studies focusing on carriage, epidemiology and microbiological methods." Doctoral thesis, University of Oulu, 2003. http://urn.fi/urn:isbn:9514270630.
Full textAbstract:
Abstract
The purpose of this study was to develop sensitive and specific laboratory diagnostic methods for the demonstration of pneumococcal surface antigens or pneumococcus-specific antibodies in clinical samples. The work took account of epidemiological aspects of both pneumococcal disease and nasopharyngeal carriage of pneumococcus.
We first compared the sensitivity of pneumococcal culture and antigen detection methods in nasopharyngeal samples in a developing country setting and then investigated the possibility of improving the sensitivity of the antigen detection by introducing an enrichment step in the procedure. — Further investigations were designed to determine the validity of pneumolysin-specific immune complex bound antibody assay as a tool for diagnosing pneumococcal ALRI in a developing country setting. Finally, we developed an enzyme immunoassay for the detection of pneumococcal capsular polysaccharide antigens, using type-specific antibodies produced in-house in rabbits through immunisation with an in-house-produced pneumococcal whole cell vaccine. The method was tested in nasopharyngeal and middle ear fluid samples.
The first results indicated that antigen detection might be more sensitive than culture in demonstrating pneumococci in URT, particularly in children with prior antimicrobial therapy. Antigen detection is a feasible method for studies on pneumococci in developing countries. For type-specific demonstration of S. pneumoniae, detection of pneumococcal antigen after an enrichment step proved a sensitive method that can be applied for epidemiologic study purposes, e.g., in vaccine trials, in areas without ready access to a good microbiology laboratory.
Determination of IC-bound pneumolysin IgG antibodies appears to be a useful method for species-specific diagnosis of pneumococcal infections. The results indicating pneumococcal aetiology in ALRI patients in this study compare well with the best results obtained by the use of lung aspirates. Increasing the number of serial samples improves the sensitivity of the assay, but even two samples provide more positive findings than other methods currently in routine use. Criteria of positivity need to be confirmed in subsequent larger studies with both healthy controls and patients with confirmed pneumococcal disease. It is also important to control the findings in patients with pneumonia of non-pneumococcal origin.
The novel enzyme immunoassay was shown to work well with enrichment culture samples, with an almost 100% sensitivity compared with the culture. Middle ear fluid samples were too diluted for the enzyme immunoassay method used, and only 74% sensitivity compared with culture was achieved. Provided that adequate samples can be obtained, the method will be a useful complement to the current laboratory methods used to diagnose pneumococcal disease.
With the existence of a broad spectrum of microbiological and immunological methods, it is imperative to seek international consensus for standard methods to demonstrate pneumococcus. Otherwise it is very difficult to compare results from different clinical studies. A WHO Working Group recently proposed a standard method for detecting upper respiratory carriage of pneumococcus, but a lot of work remains to be done in other areas of research on pneumococcal infections.
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Chapman, Katherine Emma. "Assessment of the effect of dosing regime and cell culture model on micronucleus induction in in vitro genotoxicity test systems." Thesis, Swansea University, 2015. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.678362.
Full text
5
Hidalgo, Albornoz Claudio Esteban. "Microbiological analysis and control of the fruit vinegar production process." Doctoral thesis, Universitat Rovira i Virgili, 2012. http://hdl.handle.net/10803/96296.
Full textAbstract:
En esta tesis se realizó la identificación y caracterización de los microorganismos (levaduras y bacterias acéticas) asociados a la producción de vinagres de diferentes frutas con el fin de seleccionar posibles cultivos starters para tener un mejor control del proceso.
Se elaboraron vinagres a partir de uva, caqui, fresa y arándano por el método superficial principalmente, aunque, también, se utilizaron diferentes métodos sumergidos.
Tras los estudios ecológicos, se realizaron pruebas de inoculación tanto para levaduras como para bacterias acéticas. En general, la inoculación resultó en una clara reducción en el tiempo de producción siendo algunas de las cepas seleccionadas buenas candidatas para utilizarse a nivel industrial.
Por otra parte, a nivel tecnológico, se evaluaron diferentes diseños de barricas para mejorar la producción de vinagre por el método superficial. El aumento de la superficie de contacto con el aire es el principal parámetro a modificar para reducir el tiempo de acetificación.In this thesis, the identification and characterization of microorganisms (yeasts and acetic acid bacteria) associated with the production of different fruit vinegars were carried out in order to select potential starter cultures to have better control of the process. Vinegars from grapes, persimmon, strawberry and highbush blueberry were mainly produced by surface method, but also submerged and Schützenbach methods were tested. After the ecological studies, inoculation tests with yeast and acetic acid bacteria were performed. Overall, inoculation improved the kinetics, shortening the time needed for the vinegar production. Furthermore, some of the strains tested could be good candidates to be used as starter cultures at industrial level. On the other hand, at technological level, the use of wood barrels with a higher air-contact surface facilitated the development of AAB, which is necessary to reduce the acetification time in traditional vinegar production (surface method).
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Macedo, Susana Nori de. "Efeito da mastite bovina sobre a composição e indicadores de higiene em leite de tanque." Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-18082014-151806/.
Full textAbstract:
O objetivo geral deste estudo foi avaliar o efeito da mastite subclínica sobre a composição e a qualidade higiênica do leite de tanque de rebanhos leiteiros. Especificamente, objetivou-se avaliar o efeito da contagem de células somáticas (CCS) do leite cru de rebanhos leiteiros sobre as concentrações de gordura, proteína, sólidos totais e extrato seco desengordurado e sobre a contagem bacteriana total (CBT), contagem de psicrotróficos (CP) e contagem de coliformes (CC) do leite cru. Foram selecionados 230 rebanhos leiteiros localizados no Sul de Minas Gerais e Oeste de São Paulo, com base na média geométrica da CCS de cinco análises do mês anterior ao início das coletas. Estes rebanhos foram classificados de acordo com a CCS em três grupos: baixa (< 250.000 células/mL), média (> 250.000 e < 750.000 células/mL) e alta CCS (> 750.000 células/mL). Após a seleção dos rebanhos, amostras de leite de tanque foram coletadas quinzenalmente, por um período de três meses, totalizando 1380 amostras, que foram submetidas às análises de composição, CBT, CP e CC. Foi observado menor CBT e CC nos rebanhos com menor CCS, no entanto, rebanhos de média e alta CCS apresentaram maiores teores de gordura, proteína e sólidos totais. Foi observada média correlação entre CBT e CP (r = 0,6215) e entre CP e CC (r = 0,3692). Entre os indicadores de higiene e a composição do leite foram observadas correlações baixas e negativas entre CBT e gordura (r = -0,0585), CP e gordura (r = -0,0688) e CP e ST (r = - 0,0662). Os rebanhos com CCS < 250.000 células/mL apresentam maior qualidade higiênica do leite de tanque, no entanto, quanto à composição, rebanhos com maior CCS apresentaram maiores teores de gordura e proteína.The general objective of this study was to evaluate the effect of subclinical mastitis on composition and hygienic quality in bulk tank milk of dairy herds. The specific objectives were to evaluated the effect of somatic cell count (SCC) of raw milk on contents of fat, protein, total solids and nonfat dry milk and on total bacterial count (TBC), psychrotrophic count (PC) and total coliform count (CC). A total of 230 dairy farms located in South of Minas Gerais and West of São Paulo were selected, based on SCC geometric mean obtained from five monthly analysis preceding the beginning of the study. These dairy farms were classified in three groups according to SCC: low (< 250,000 cells/mL), medium (> 250,001 and < 750,000 cells/mL) and high SCC (> 750,001 cells/mL). After herd selection, bulk milk samples were collected fortnightly during three months totalizing 1380 samples, which were subjected to analysis of composition, TBC, PC and CC. A decrease of TBC and CC was observed in herds with low SCC, however, herds with medium and high SCC had increase on - fat, crude protein and total solids contents. A medium correlation was observed among TBC and PC (r = 0.6215), and also among PC and CC (r = 0.3692). Based on hygiene indicators and the milk composition, it was observed a low and negative correlation among TBC and fat (r = -0.0585), PC and fat (r = -0.0688) and PC and total solids (r = -0.0662). Dairy herds with low SCC had higher hygienic quality of bulk tank milk, however, considering the composition, herds with higher SCC showed higher milk fat and protein concentration.
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Nassar, Alessandra Figueiredo de Castro. "Desenvolvimento de ensaio imunoenzimático (ELISA) indireto na detecção de anticorpos anti-Corynebacterium pseudotuberculosis em ovinos (Ovis aries, Linnaeus, 1758)." Universidade de São Paulo, 2012. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10136/tde-29082012-140320/.
Full textAbstract:
A linfadenite caseosa é uma doença infectocontagiosas, de ocorrência mundial, que acomete caprinos e ovinos, caracterizada pela formação de abscessos em gânglios linfáticos superficiais, e alguns casos órgãos e linfonodos internos. É uma enfermidade causada pelo Corynebacterium pseudotuberculosis, responsável por grandes perdas econômicas na caprinocultura e ovinocultura. O presente trabalho teve por objetivo desenvolver um teste sorológico sensível e específico para detectar anticorpos anti-C. pseudotuberculosis em ovinos. Os animais foram classificados em dois grupos, com sintomatologia aparente para linfadenite caseosa (n=103) colhidos a campo, onde foram coletados amostras de soro e punção de linfonodos aumentados; e animais sem sintomatologia aparente (n=50) dos quais as amostras de soro e fragmentos de pulmão e linfonodo mediastínico foram colhidos em frigorífico. Em ambas as amostras a confirmação da presença e ausência da doença foi realizada através das provas de cultivo microbiológico e PCR, considerados nesse estudo como padrão para classificação dos animais. O resultado do cultivo microbiológico dos animais com sintomatologia aparente foi 53,5% (55/103) identificadas como C. pseudotuberculosis através de provas bioquímicas, e com a utilização da PCR, 46,5% (48/103) das amostras foram positivas para C. pseudotuberculosis. Com relação aos animais sem sintomatologia aparente, todas as amostras foram negativas no cultivo microbiológico e PCR (0/50). Na padronização do ELISA indireto foram utilizados 42 soros positivos e 43 soros negativos confirmados no cultivo microbiológico e PCR para linfadenite caseosa. A média de absorbância foi 1,88 com desvio padrão de 0,43, para as amostras positivas e, para as amostras negativas a média de 0,71 e desvio padrão 0,18. Dessa forma foram consideradas positivas, as amostras que apresentaram na reação de ELISA valor da DO> 1,1 e negativas de <1,1. A análise gráfica empregada no presente trabalho, curva ROC, permitiu encontrar o valor do ponto de corte associado à combinação dos parâmetros de sensibilidade e especificidade, assim, a acurácia do teste pôde descriminar indivíduos doentes de não doentes. A utilização de técnicas sorológicas no diagnóstico da linfadenite caseosa permitirá o controle epidemiológico da doença, porém não substitui o cultivo microbiológico, técnica considerada padrão ouro, e pode ser utilizada como teste de triagem ou mesmo na comercialização de animais, visto que a doença muitas vezes é de caráter inaparente, o que inviabiliza o diagnóstico clínico e microbiológico.Caseous lymphadenitis is an infectious disease of worldwide occurrence that affects sheep and goats, characterized by the formation of abscesses in superficial lymph nodes, and sometimes internal organs and lymph nodes. It is caused by Corynebacterium pseudotuberculosis, responsible for great economic losses in goat and sheepproduction. This study aimed to develop a sensitive and specific serological test to detect anti- C. pseudotuberculosis in sheep. The animals were divided into two groups, the first one encompassing the ones with apparent caseous lymphadenitis symptoms (n = 103), where serum samples and puncture of enlarged lymph nodes were collected, and the second one with animals with no apparent symptoms (n = 50) of which samples (lung fragments, serum and and mediastinal lymph nodes) were inspected and harvested in the slaughterhouse. In both groups the presence and absence of the disease was carried through the evidence of microbiological culture and PCR, considered as the standard for the groups classification. Microbiological culture results of animals with apparent symptoms was 53.5% (55/103) identified as C. pseudotuberculosis by biochemical tests, and allied to PCR, 46.5% (48/103) of the samples were positive for C. pseudotuberculosis. Regarding animals without apparent symptoms, all samples were negative in microbiological culture and PCR (0/50). For the standardization of indirect ELISA we used 42 positive sera and 43 negative sera confirmed by microbiological culture and PCR for caseous lymphadenitis. The mean absorbance was 1.88 with standard deviation of 0.43 for the positive samples, and for negative samples the average was 0.71 and standard deviation 0.18. Thus we considered as positive, the samples with DO value > 1.1 and negative <1.1. The graphical analysis employed in this study, ROC curve, allowed us to find the cutoff value allied to the association of sensitivity and specificity parameters, thus the test accuracy was able to discriminate sick from not sick individuals. The use of serological techniques for the diagnosis of caseous lymphadenitis will allow the epidemiological control of the disease, but does not replace the microbiological culture, considered as the gold standard technique, and can be used as a screening test or animals trade, since the disease condition often is unapparent, which derails the clinical diagnosis and microbiological.
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Faour-Klingbeil, Dima. "The microbiological safety of fresh produce in Lebanon : a holistic 'farm-to-fork chain' approach to evaluate food safety, compliance levels and underlying risk factors." Thesis, University of Plymouth, 2017. http://hdl.handle.net/10026.1/8654.
Full textAbstract:
The consumption of unsafe fresh vegetables has been linked to an increasing number of outbreaks of human infections. In Lebanon, although raw vegetables are major constituents of the national cuisine, studies on the safety of fresh produce are scant. This research employed a holistic approach to identify the different stages of the food chain that contribute to the microbiological risks on fresh produce and the spreading of hazards. A thorough analysis of the institutional and regulatory framework and the socio-political environment showed that the safety of local fresh produce in Lebanon is at risk due to largely unregulated practices and shortfalls in supporting the agricultural environment as influenced by the lack of a political commitment. Microbiological analysis showed that the faecal indicator levels ranged from < 0.7 to 7 log CFU/g (Escherichia coli), 1.69-8.16 log CFU/g (total coliforms) and followed a significantly increasing trend from fields to the post-harvest washing area. At washing areas, Salmonella was detected on lettuce (6.7% of raw vegetables from post-harvest washing areas). This suggested that post-harvest cross-contamination occurs predominantly in the washing stage. At retails, a combination of observation and self-reported data provided an effective tool in assessing knowledge, attitudes and practices. It showed that the food safety knowledge and sanitation practices of food handlers were inadequate, even among the better trained in corporate-managed SMEs. Overall, the microbiological quality of fresh-cut salad vegetables in SMEs was unsatisfactory. The link between Staphylococcus aureus and microorganism levels on fresh salads vegetables and the overall inspection scores could not be established. On the other hand, inspection ratings on individual components, e.g., cleanliness and cross-contamination preventive measures showed significant correlation with Listeria spp. levels. Together, results confirmed that inspection ratings don’t necessary reflect the microbiological safety of fresh vegetables and that the application of control points of risk factors that likely to contribute to microbial contamination in the production environment are essential. The washing methods were limited in their effectiveness to reduce the contamination of parsley with Salmonella. In general, the pre-wash chopping and storing of parsley at 30ºC reduced the decontamination effect of all solutions, including sodium dichloroisocyanurate which was reduced by 1.3 log CFU/g on both intact and chopped leaves stored at 30ºC. In such conditions, the transfer rate of Salmonella from one contaminated parsley to subsequently chopped clean batches on the same cutting board(CB) recorded 60%-64%. Furthermore, the transmission of Salmonella persisted via washed CBs stored at 30°C for 24 h. It is recommended to keep parsley leaves unchopped and stored at 5ºC until wash for an optimum decontamination effect and to apply vigilant sanitation of CBs after use with fresh produce. This research presented important data for quantitative risk assessment for Salmonella in parsley and useful descriptive information to inform decision-makers and educators on microbial hazards associated with fresh produce in Lebanon. It also highlighted the risks areas that require urgent interventions to improve food safety. Considering the complex institutional and political challenges in Lebanon, there is an obvious need to direct development programs and support towards local agriculture production, effective education strategies and growing awareness of consumers and stakeholders on food safety related risks.
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Ottati-de-Lima, Emma Luize [UNESP]. "Produção de Metarhizium anisopliae (METSCH.) SOROK. e Beauveria bassiana (BALS.) VUILL. em diferentes substratos e efeito da radiação ultravioleta e da temperatura sobre estruturas infectivas desses entomopatógenos." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2007. http://hdl.handle.net/11449/105406.
Full textAbstract:
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ottatidelima_el_dr_botfca.pdf: 477979 bytes, checksum: a413e9d869be7eedf99c219c2028bb71 (MD5)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Os objetivos deste trabalho foram avaliar diferentes meios de cultura na produção, semi-sólida e líquida, de propágulos de fungos de M. anisopliae e B. bassiana, bem como a tolerância desses propágulos a ação da radiação ultravioleta e da temperatura. Os experimentos foram conduzidos no Laboratório de Controle Biológico do Instituto Biológico, em Campinas, SP. Foram realizados, para M. anisopliae e B. bassiana, 6 repetições para cada um dos 17 tratamentos: amido de milho, arroz integral, arroz parboilizado, arroz tipo 1 (testemunha), arroz tipo 2, aveia em flocos, canjiquinha, farelo de trigo, farinha de mandioca crua, farinha de milho amarela, farinha de trigo especial, fubá, milho em grãos, polvilho azedo, soja em grãos, trigo moído e turfa. A viabilidade foi feita em placas de Petri plásticas contendo BDA. Para os ensaios com radiação ultravioleta e temperatura, utilizou-se a mesma metodologia para a viabilidade, mas cada tratamento sendo exposto à radiação por 0, 25 e 50 segundos e, em diferentes temperaturas: 20, 25, 30 e 35oC. Inoculou-se, em torre de Potter, 2 mL da suspensão de fungo de cada tratamento em lagartas de Diatraea saccharalis. Para a concentração os melhores tratamentos de M. anisopliae e B. bassiana foram: arroz parboilizado tipo 1, arroz tipo 1, arroz tipo 2, farinha de milho amarela, fubá e trigo moído. A viabilidade de todos os tratamentos foi superior a 94,00%; quanto maior o tempo de exposição ao ultravioleta menor foi o número de conídios férteis. À temperatura de 35oC ocorreu perda significativa da viabilidade de conídios e todos os tratamentos se mostraram virulentos. Para a 2 produção líquida de blastosporos de M. anisopliae e B. bassiana, foram avaliados 12 tratamentos, com 6 repetições cada, compostos pelas combinações entre as concentrações de Carbono (C), na forma...
The goals of this work were to evaluate different medias (semi-solid and liquid) as for the production of M. anisopliae and B. Bassiana propagules, and also the tolerance of these propagules to ultraviolet radiation and temperature. The experiments were carried out at the Biological Control Laboratory of the Instituto Biológico, at Campinas, São Paulo, Brazil. For both M. anisopliae and B. bassiana, 6 repetitions were performed for each one of the 17 treatments: corn stearch, full rice, parboiled rice, type 1 rice, type 2 rice, oat flakes, canjiquinha, wheat flour, raw cassava flour, yellow corn flour, special wheat flour, corn flour, corn in grains, cassava stearch, soy in grains, crushed wheat and turf. The viability analysis was done in plastic plates containing BDA. For each one of the bioassays in ultraviolet and temperature exposition, the same methodology was used for viability analysis, but each treatment was exposed to the UV radiation during 0, 25 and 50 seconds, and at different temperatures: 20, 25, 30 and 35oC. Using the Potter tower, 2 mL of fungus suspension, from each tratment, were inoculated into the Diatraea saccharalis caterpillars. Regarding the sporulation, the best M. anisopliae and B. bassiana treatments were: parboiled rice, type 1 rice, type 2 rice, yellow corn flour, corn flour and crushed wheat. The viability of all the treatments was superior to 94,00%. Also, as longer was the duration of the exposition to the UV, as smaller was the number of fertile conidia. At 35oC, a significant loss of conidia viability was observed, and all the treatments have shown some level of virulence. For the M. anisopliae and B. bassiana blastospores production over liquid media, 12 treatments were 4 evaluated, with 6 repetitions each, composed by the combinations of carbon (C), presented as D-glicose anidra (40% Carbon) and... (Complete abstract click electronic access below)
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Cornut, Pierre-Loïc. "Apport des techniques de biologie moléculaire dans le diagnostic microbiologique des endophtalmies exogènes aigues." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10092.
Full textAbstract:
La documentation microbiologique systématique des infections endoculaires (ou endophtalmies) permet la confirmation du caractère infectieux de l'atteinte et l'adaptation éventuelle du traitement à l'échelle individuelle, ainsi que la caractérisation épidémiologique du spectre bactérien à l'échelle collective. Longtemps réservée au domaine de la recherche, l'utilisation des techniques de biologie moléculaire en complément des techniques de culture conventionnelle a pris une place importante dans la démarche diagnostique de ces affections au cours des dernières années. Ces techniques de diagnostic microbiologique sont particulièrement utiles pour la recherche de bactéries difficiles voire impossibles à cultiver du fait de leurs propriétés intrinsèques, de leur présence en très faible quantité, de leur séquestration sur le matériel prothétique ou de leur inactivation par une antibiothérapie préalable. Elles sont basées sur le principe commun de la Polymerase Chain Reaction (PCR) qui permet après une étape d'extraction, l'amplification puis la détection d'Acide Désoxyribo Nucléique (ADN) bactérien initialement présent en quantité infime au sein d'un prélèvement endoculaire. Ces PCR effectuées en mode conventionnel ou en temps réel permettent soit la détection d'ADN bactérien sans a priori (PCR pan bactérienne suivie en général de séquençage) soit la mise en évidence d'un fragment d'ADN spécifique de genre ou d'espèce bactérien (PCR spécifiques). En pratique, afin d'optimiser la détection des micro-organismes responsables d'endophtalmies, il est préférable dans la plupart des cas d'obtenir un prélèvement précoce de vitré et d'appliquer sur ce prélèvement une culture conventionnelle et une technique de biologie moléculaire par PCR pan bactérienne, les deux approches étant complémentaires. Pour les prélèvements effectués lors de la vitrectomie postérieure, l'analyse du vitré dilué par PCR pan bactérienne est suffisante. Les techniques de biologie moléculaire sont plus sensibles que les cultures pour l'identification de bactéries à croissance lente ou difficile (Granulicatella, Moraxella, P. acnes) et offrent une possibilité alternative de diagnostic étiologique lorsque la culture conventionnelle est mise en défaut, en particulier lorsque le patient a déjà bénéficié d'une antibiothérapie intra vitréenne. Les techniques de PCR spécifiques ciblant les genres les plus fréquemment impliqués dans les endophtalmies (Staphylococcus et Streptococcus) sont utiles en seconde intention en cas de négativité des analyses en culture et PCR pan bactérienne, en particulier lorsque seul un prélèvement d'humeur aqueuse est disponibleThe systematic microbiological documentation of endophthalmitis allows the confirmation of the infectious nature of the disease and the possible adaptation of treatment at the individual level and, at the collective level, the epidemiological characterization of the bacterial spectrum of endophthalmitis. Long reserved for research, the use of molecular biology techniques to complement conventional culture techniques has become important for the diagnosis of endophthalmitis in recent years. These new diagnostic techniques are particularly useful for the microbiological study of bacteria that are difficult or impossible to grow, due to their intrinsic properties, their presence in very small inoculum, their sequestration on prosthetic materials, or their inactivation by prior antibiotic treatment. These techniques are based on the polymerase chain reaction (PCR), which allows the amplification and detection of extracted bacterial deoxyribonucleic acid (DNA) that is initially present in very small quantities in an ocular sample. In practice, these conventional or real-time PCRs allow either the a priori detection of bacterial DNA (universal PCR) or the identification of a specific DNA fragment of a bacterial genus or species (specific PCR). New techniques of PCR will allow more rapid bacterial identification and also characterization of genotypic properties, such as gene of virulence or antibioresistance
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Carvalho, Nara Ladeira de. "Detecção e contagem de Streptococcus agalactiae em leite bovino pela reação em cadeia da polimerase." Universidade de São Paulo, 2013. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-02092014-171517/.
Full textAbstract:
O objetivo do presente estudo foi: a) comparar dois métodos de detecção e contagem de S. agalactiae, (cultura microbiológica e qPCR) em leite de vacas e de tanques; b) determinar a sensibilidade analítica e a repetibilidade do diagnóstico por qPCR em relação à cultura microbiológica para detecção de S. agalactiae em amostras compostas de leite de vaca e de tanque. Foram utilizadas amostras de leite de vaca (n=31) e de tanque (n=150), as quais foram submetidas à cultura microbiológica e contagem de S. agalactiae por cultura de microbiologia convencional e qPCR. Para avaliar a sensibilidade analítica, foi construída uma curva padrão com amostras de leite desnatado reconstituído estéril contaminado artificialmente com S. agalactiae (ATCC 13813). Em apenas duas amostras não foi possível amplificação de DNA, o que indica que a qPCR foi capaz de detectar S. agalactiae, em 96% e 97%, do leite de vaca e de tanque, respectivamente. Embora a técnica qPCR tenha apresentado alta sensibilidade analítica, não houve equivalência de resultados de contagem S. agalactiae entre os dois métodos propostos. Os coeficientes de variação interensaio utilizados para avaliar a técnica qPCR foram < 5%, o que demonstra que a técnica possui repetibilidade adequada. Portanto, não houve equivalência entre a contagem de S. agalactiae por cultura microbiológica padrão e a técnica de qPCR, provavelmente pela alta sensibilidade da técnica qPCR em quantificar DNA de células inviáveis. No entanto, a qPCR apresentou-se como uma técnica sensível para identificação de S. agalactiae em amostras de leite de vaca e de taque.The aim of this study was to: a) to compare two methods of detection and enumeration of S. agalactiae (microbiological culture and qPCR) in cow`s milk and bulk tank milks, b) to determine the analytical sensitivity and repeatability of the diagnosis by qPCR in relation to microbiological culture for detection of S. agalactiae on composite samples of cow\'s milk and bulk tank milk. Samples of cow\'s milk (n = 31) and bulk tank milk (n = 150), which were submitted to microbiological culture and enumeration of S. agalactiae by conventional microbiology culture and qPCR. To evaluate the analytical sensitivity, a standard curve was made with samples of sterile reconstituted skim milk artificially contaminated with S. agalactiae (ATCC - 13813). In two samples was not possible the amplification of DNA, indicating that qPCR was able to detect S. agalactiae, 96% and 97% cow\'s milk and bulk tank milk, respectively. Although the technique has presented qPCR high analytical sensitivity, there was no equivalent result of counting S. agalactiae between the two proposed methods. The interassay coefficients of variation technique used to evaluate the qPCR were <5%, which demonstrate that the technique has adequate repeatability. So there was no equivalence between the counts of S. agalactiae by standard microbiological culture and qPCR technique, probably due to the high sensitivity of qPCR technique to quantify DNA of unviable cells. However, the qPCR presented as a sensitive technique for identifying S. agalactiae in samples of cow\'s milk and bulk tank milk.
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Ottati-de-Lima, Emma Luize 1975. "Produção de Metarhizium anisopliae (METSCH.) SOROK. e Beauveria bassiana (BALS.) VUILL. em diferentes substratos e efeito da radiação ultravioleta e da temperatura sobre estruturas infectivas desses entomopatógenos /." Botucatu : [s.n.], 2007. http://hdl.handle.net/11449/105406.
Full textAbstract:
Orientador: Antonio Batista FilhoBanca: Carlos Frederico Wilcken
Banca: Edson Luiz Furtado
Banca: José Eduardo Marcondes de Almeida
Resumo: Os objetivos deste trabalho foram avaliar diferentes meios de cultura na produção, semi-sólida e líquida, de propágulos de fungos de M. anisopliae e B. bassiana, bem como a tolerância desses propágulos a ação da radiação ultravioleta e da temperatura. Os experimentos foram conduzidos no Laboratório de Controle Biológico do Instituto Biológico, em Campinas, SP. Foram realizados, para M. anisopliae e B. bassiana, 6 repetições para cada um dos 17 tratamentos: amido de milho, arroz integral, arroz parboilizado, arroz tipo 1 (testemunha), arroz tipo 2, aveia em flocos, canjiquinha, farelo de trigo, farinha de mandioca crua, farinha de milho amarela, farinha de trigo especial, fubá, milho em grãos, polvilho azedo, soja em grãos, trigo moído e turfa. A viabilidade foi feita em placas de Petri plásticas contendo BDA. Para os ensaios com radiação ultravioleta e temperatura, utilizou-se a mesma metodologia para a viabilidade, mas cada tratamento sendo exposto à radiação por 0, 25 e 50 segundos e, em diferentes temperaturas: 20, 25, 30 e 35oC. Inoculou-se, em torre de Potter, 2 mL da suspensão de fungo de cada tratamento em lagartas de Diatraea saccharalis. Para a concentração os melhores tratamentos de M. anisopliae e B. bassiana foram: arroz parboilizado tipo 1, arroz tipo 1, arroz tipo 2, farinha de milho amarela, fubá e trigo moído. A viabilidade de todos os tratamentos foi superior a 94,00%; quanto maior o tempo de exposição ao ultravioleta menor foi o número de conídios férteis. À temperatura de 35oC ocorreu perda significativa da viabilidade de conídios e todos os tratamentos se mostraram virulentos. Para a 2 produção líquida de blastosporos de M. anisopliae e B. bassiana, foram avaliados 12 tratamentos, com 6 repetições cada, compostos pelas combinações entre as concentrações de Carbono (C), na forma... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The goals of this work were to evaluate different medias (semi-solid and liquid) as for the production of M. anisopliae and B. Bassiana propagules, and also the tolerance of these propagules to ultraviolet radiation and temperature. The experiments were carried out at the Biological Control Laboratory of the Instituto Biológico, at Campinas, São Paulo, Brazil. For both M. anisopliae and B. bassiana, 6 repetitions were performed for each one of the 17 treatments: corn stearch, full rice, parboiled rice, type 1 rice, type 2 rice, oat flakes, canjiquinha, wheat flour, raw cassava flour, yellow corn flour, special wheat flour, corn flour, corn in grains, cassava stearch, soy in grains, crushed wheat and turf. The viability analysis was done in plastic plates containing BDA. For each one of the bioassays in ultraviolet and temperature exposition, the same methodology was used for viability analysis, but each treatment was exposed to the UV radiation during 0, 25 and 50 seconds, and at different temperatures: 20, 25, 30 and 35oC. Using the Potter tower, 2 mL of fungus suspension, from each tratment, were inoculated into the Diatraea saccharalis caterpillars. Regarding the sporulation, the best M. anisopliae and B. bassiana treatments were: parboiled rice, type 1 rice, type 2 rice, yellow corn flour, corn flour and crushed wheat. The viability of all the treatments was superior to 94,00%. Also, as longer was the duration of the exposition to the UV, as smaller was the number of fertile conidia. At 35oC, a significant loss of conidia viability was observed, and all the treatments have shown some level of virulence. For the M. anisopliae and B. bassiana blastospores production over liquid media, 12 treatments were 4 evaluated, with 6 repetitions each, composed by the combinations of carbon (C), presented as D-glicose anidra (40% Carbon) and... (Complete abstract click electronic access below)
Doutor
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Zabeu, José Luís Amim. "Estudo comparativo da sonicação com as culturas intraoperatórias para a identificação do agente microbiano nas artroplastias infectadas dos membros inferiores." Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5140/tde-04112016-163001/.
Full textAbstract:
INTRODUÇÃO: O diagnóstico microbiológico das infecções em artroplastias é de fundamental importância para a definição da estratégia de uso dos antimicrobianos. As culturas microbiológicas convencionais apresentam elevados índices de falso-negativos, em especial, nas infecções crônicas, em que é frequente a presença do biofilme aderido ao implante. A utilização de amostras deste biofilme, viáveis à cultura, a partir de seu descolamento do implante pela técnica de sonicação, tem mostrado aumento da sensibilidade em publicações recentes. O objetivo deste estudo foi comparar os resultados das culturas microbiológicas de fragmentos de tecido periprotético, realizadas em meio sólido, àquelas obtidas pelo cultivo do líquido oriundo da sonicação do implante removido, semeado, inicialmente, em frascos de hemocultura e, posteriormente, em meio sólido. MÉTODOS: Neste estudo de análise descritiva, prospectivo e comparativo, 30 pacientes com diagnóstico de infecção em artroplastias de joelho ou quadril, com mais de 90 dias de história, tiveram seus implantes cirurgicamente removidos e foram coletadas seis amostras do tecido periprotético, de locais previamente determinados, para a realização de cultura microbiológica em meios sólidos. Simultaneamente, os implantes foram submetidos ao processo de sonicação e o material resultante foi injetado em frascos de hemocultura BD Bactec e submetidos ao processo de cultura automatizada. Todas as amostras foram pesquisadas quanto à presença de bactérias aeróbias, anaeróbias, micobactérias e fungos, e os resultados comparados por meio de análise estatística, em busca da superioridade de um método sobre o outro. Como objetivo secundário, buscou-se analisar quais os pontos de coleta do tecido periprotético teriam maior sensibilidade em suas culturas. RESULTADOS: Não houve diferenças estatisticamente significantes da amostra em relação ao gênero, patologia articular primária, tipo de artroplastia, localização do implante ou lateralidade. Em 17 casos (56,7%), houve uso de antimicrobianos no período de 15 dias que antecederam a retirada do implante. O método de cultura do fluido de sonicação mostrou sensibilidade de 86,7% e foi superior, de modo estatisticamente significante (P < 0,001), em relação à cultura dos fragmentos periprotéticos, cujos resultados tiveram sensibilidades entre 26,7 e 53,3%. O uso de antibioticoterapia recente não interferiu de modo estatisticamente significante na sensibilidade da cultura do líquido oriundo da sonicação. (P = 0,113). Quanto ao objetivo secundário, a coleta de fragmentos da membrana periprotética mostrou maior sensibilidade, estatisticamente significante, na comparação com três dos demais cinco pontos de coleta (P < 0,05). CONCLUSÕES: A cultura microbiológica do líquido obtido por sonicação dos implantes removidos de pacientes com diagnóstico de infecção periprotética e semeado inicialmente em frascos de hemocultura mostrou ter sensibilidade superior, estatisticamente significante, à cultura convencional de fragmentos do tecido periprotético semeados em meios sólidos. A cultura microbiológica da membrana periprotética mostrou ter maior sensibilidade em relação à maioria dos outros sítios que tiveram fragmentos de tecido periprotético pesquisados.INTRODUCTION: Microbiological diagnosis in periprosthetic infection is of fundamental importance to define the most appropriate antimicrobial strategies. Conventional microbiological cultures have high rates of false negatives, especially in chronic infections, in which there is often the presence of biofilm attached to the implant. The use of samples of viable culturable biofilm taken from the detachment of the implant by sonication technique has been shown to increase the sensitivity in recent studies. The objective of this study was to compare the results of microbiological cultures of periprosthetic tissue fragments, made in a solid medium, to those obtained through the cultivation of the liquid coming from the sonication of the removed implant initially seeded in blood culture bottles and later in solid medium. METHODS: Using descriptive, prospective and comparative analysis, thirty patients with a diagnosis of infected knee or hip arthroplasty, with more than ninety days of history, had their implants surgically removed. Six periprosthetic tissue samples, collected at predetermined places, were used for microbiological culture on solid media. Simultaneously, the implants were subjected to the sonication process, and the resulting material was injected into vials of BD Bactec blood cultures and subjected to an automated culture process. All samples were screened for the presence of aerobic bacteria, anaerobes, mycobacteria and fungi and the results compared by statistical analysis to find the superiority of one method over the other. As a secondary objective, this study sought to analyze which of the periprosthetic tissue collecting points would have greater sensitivity in their cultures. RESULTS: There were no statistically significant differences in the sample as related to gender, primary joint pathology, type of arthroplasty, implant location or laterality. In seventeen cases (56.7%), antimicrobials were used within the 15-day period leading up to the removal of the implant. The sonication culture fluid showed a sensitivity of 86.7% and was higher, statistically significant (P < 0.001) in relation to the culture of periprosthetic fragments, where results displayed sensitivities between 26.7 and 53.3%. The use of recent antibiotic therapy did not affect the sensitivity of the liquid coming from the sonication culture, which was not statistically significant (P = 0.113). As for the secondary objective, the collection of periprosthetic membrane fragments showed higher sensitivity, statistically significant (P < 0.05), as compared to three of the remaining five collecting points. CONCLUSIONS: The microbiological culture liquid obtained by sonication of the implants removed from patients with diagnosis of periprosthetic infection and initially seeded in blood culture bottles was shown to have superior sensitivity, statistically significancy, as compared to conventional culture of the periprosthetic tissue fragments seeded on solid media. The microbiological culture of the periprosthetic membrane seems to be more sensitive compared to most other sites that had periprosthetic tissue fragments surveyed
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Diefenthaeler, Helissara S. "Avaliação da prescrição de antimicrobianos de uso restrito em um hospital universitário de Passo Fundo/RS." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2007. http://hdl.handle.net/10183/12911.
Full textAbstract:
O uso inadequado de antimicrobianos é fator determinante para disseminação da resistência bacteriana. Vários países têm usado como estratégias políticas de restrição para tornar o uso mais racional. Principalmente em hospitais, onde a utilização é mais prevalente. Embora o uso empírico seja a opção de tratamento em muitas condições clínicas, sabe-se que exames microbiológicos de cultura e teste de sensibilidade antimicrobiana (TSA), podem orientar uma prescrição mais racional. Para se avaliar a adequação de prescrições de antimicrobianos de uso restrito no Hospital São Vicente de Paulo de Passo Fundo, considerando resultados de exames microbiológicos e protocolos clínicos da instituição, foram analisadas 372 prescrições de pacientes internados. O tipo de infecção foi a única justificativa apresentada para o uso de antimicrobianos, sendo a maior freqüência para infecções do trato respiratório inferior (59,4%) seguido das do trato urinário (10,8%). O tratamento inicial empírico ocorreu em 89% dos casos. Dos pacientes com uso empírico (331/372), 66,7% apresentaram pneumonia. Nesta situação, devido à dificuldade de coleta de material, o tratamento é baseado nos prováveis agentes causadores e o uso empírico é aceitável. O exame de cultura foi solicitado em menos da metade das prescrições 48,7%(181/372), e o TSA foi realizado nos casos de cultura positiva (121/181). O resultado do TSA apontou que o tratamento inicial prescrito estava adequado em 76% dos casos (92/121). A necessidade de troca do esquema terapêutico inicial foi identificada em 12,7% (23/181) dos casos que realizaram cultura e TSA. A troca de esquema ocorreu em 65,2% (15/23) dos casos, nos demais o médico optou por não alterar devido à resposta clínica do paciente. Das prescrições avaliadas conforme protocolos, 71,9% (192/267) demonstraram indicação terapêutica de acordo com a recomendação. De acordo com os protocolos, observou-se uma freqüência maior de adequação das prescrições e das condutas laboratoriais quando comparada com outros estudos. Estes resultados podem estar associados às políticas de restrição de uso adotadas pela instituição.The inadequated use of antimicrobials is the determinant fact to the dissemination of the resistance of the bacteria. Many countries have used as a strategy the politics of the restriction to become this use more rational, mainly in the hospitals, where the utilization is more prevalent. Although the empiricist use is the option of the treatment in many clinical conditions, we know that microbiological exams of culture and the test of antimicrobial sensibility (TSA) can conduct to a more rational prescription. To evaluate the adjustment of the prescriptions of antimicrobials in restrict use at São Vicente de Paulo Hospital, in Passo Fundo, and considering the results of the microbiological exams and clinical protocols of the institution, 372 interned patients prescriptions were analyzed. The type of the infection was the unique justify showed to the use of the antimicrobials, being the biggest frequency to the infections in the lower respiratory tract (59.4%), followed by the urinary tract (10.8%). The initial empiricist treatment occurred in 89% of the cases. Within the patients with the empiricist use (331/372), 66.7% showed pneumonia. In this situation, due to the difficulty of the material collecting, the treatment is based in the probable causer agents and the empiricist use is acceptable. The exam of the culture was required in the less of the half prescriptions (48.7%) (181/372) and TSA was executed in the cases of the positive culture (121/181). The results of TSA showed that the initial treatment prescribed was adjusted in 76% of the cases (92/121). The necessity of the changing of the initial therapeutic scheme was identified in 12.7% (23/181) of the cases where the culture and TSA were found. In the others, the doctor opted to not to modify it due to the clinical answer of the patient. According protocols, evaluated prescriptions 71.9% (192/267) showed therapeutic indication according the recommendation. According with the protocols, it was observed a major frequency of adaptation of the prescriptions and of the lab behaviors when it is compared with other studies. These results can be associated with the restriction policies of adopted using for the institution.
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Keid, Lara Borges. "Avaliação de métodos diretos e indiretos de diagnóstico da brucelose em cães naturalmente infectados." Universidade de São Paulo, 2006. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-24072007-080723/.
Full textAbstract:
Foram comparados procedimentos laboratoriais diretos e indiretos aplicados ao diagnóstico da brucelose canina causada por Brucella canis. Foram examinados 196 cães, os quais foram classificados em infectados, suspeitos e não infectados, de acordo com resultados obtidos no cultivo microbiológico em amostras de sangue, sêmen e swab vaginal, no exame clínico e de acordo com dados epidemiológicos. Os resultados obtidos nos exames laboratoriais foram correlacionados com os resultados dos exames clínicos. As técnicas laboratoriais empregadas foram soroaglutinação rápida (SAR), soroaglutinação rápida com emprego do 2-mercaptoetanol (SAR-2ME), imunodifusão em gel de ágar (IDGA), cultivo microbiológico e PCR em amostras de sangue, sêmen e swab vaginal. Foram observados 41,83% de positivos pela SAR, 14,28% pela SAR-2ME, 28,14% pela IDGA, 32,14% pela hemocultura, 19,6% pelo cultivo microbiológico de sêmen, 4,82% pelo cultivo microbiológico de swab vaginal, 33,16% pela PCR em sangue, 33,33% pela PCR em sêmen e 26,89% pela PCR em swab vaginal. Os valores de sensibilidade das provas de SAR, SAR-2ME, IDGA, PCR em sangue e PCR em swab vaginal foram respectivamente de 81,25%; 42,18%; 75%; 89,06% e 54%. A especificidade dos métodos de SAR, SAR-2ME, IDGA, PCR em sangue e PCR em swab vaginal foram respectivamente de 81,25%; 100%; 100%; 97,21% e 97,14%. Nos cães machos, as proporções de resultados positivos diagnosticados pelo cultivo microbiológico de sêmen foram semelhantes às observadas pelos demais métodos de diagnóstico utilizados. As proporções de resultados positivos obtidos pelas técnicas de SAR, SAR-2ME, IDGA, hemocultura, PCR em sangue e cultivo de swab vaginal foram maiores dentre os animais que apresentaram sinais clínicos sugestivos de brucelose. Não houve associação entre a presença de sinais clínicos de brucelose e resultados positivos pelo cultivo microbiológico de sêmen e PCR em amostras de sêmen e swab vaginal.Nine laboratory tests used for Brucella canis infection diagnosis in 196 dogs were evaluated: rapid slide agglutination test (RSAT), 2-mercaptoetanol rapid slide agglutination test (2ME-RSAT), agar gel immunediffusion test (AGID), microbiological culture of blood, semen and vaginal swab and PCR in blood, semen and vaginal swab samples. The results of the laboratorial tests used were compared to the results of clinical examination. A total of 41,83% of positives were detected by rapid slide agglutination test, 14,28% by 2-mercaptoetanol rapid slide agglutination test, 28,14% by agar gel immunediffusion test, 32,14% by blood culture, 19,6% by culture of semen, 4,82% by vaginal swab culture, 33,16% by PCR in blood samples, 33,33% by PCR in semen and 26,89% by PCR in vaginal swab samples. The sensitivity of RSAT, 2ME-RSAT, IDGA, PCR in blood and vaginal swab samples was respectively 81,25%; 42,18%; 75%; 89,06% and 54%. The specificity of RSAT, 2ME-RSAT, IDGA, PCR in blood and vaginal swab samples was respectively: 81,25%; 100%; 100%; 97,21% e 97,14%. In male dogs, the proportion of positive results detected by microbiological culture of semen was similar to the proportion of positive results detected by RSAT, AGID and blood culture, but the proportion was lower than that detected by PCR in semen. A higher proportion of positives were detected by RSAT, 2ME-RSAT, AGID, blood culture, PCR in blood samples and culture of vaginal swab, in animals presenting clinical signs of brucellosis. No association was observed between the presence of clinical signs of brucellosis and positive results by culture of sêmen and PCR in semen and vaginal swab samples.
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Rocchi, Steffi. "Relations entre profils microbiologiques de l'environnement intérieur et maladies respiratoires infectieuses et allergiques." Thesis, Besançon, 2014. http://www.theses.fr/2014BESA3008/document.
Full textAbstract:
L'objectif de la thèse était d'étudier la composition microbiologique d'environnements intérieurs afind'évaluer les microorganismes, ou profils de microorganismes, liés aux développements de pathologiesrespiratoires, par catégorie de patients (immunodéprimés ou allergiques)Pour cela, des études locales, FIQCS et TIARE, ont respectivement été réalisées aux domiciles de patientsimmunodéprimés (à risque d'infection fongique invasive) et de patients atteints de mucoviscidose (à risqued'aspergillose broncho-pulmonaire allergique). D'autre part, dans le cadre de l'étude ELFE (EtudeLongitudinale Française depuis l'Enfance), des prélèvements provenant de logements de 3200 enfants ontété analysés.Les travaux de ces différentes études ont montré la diversité des logements quant à leur caractéristiquemicrobiologique (diversité des espèces et niveau des concentrations) et ont démontré ainsi l'importance desmesures environnementales aux domiciles pour prévenir les risques infectieux et allergiquesThe aim of this work was to study the microbiological composition of indoor environments to assessmicroorganisms, or profiles of microorganisms, related to the development of respiratory diseases, bycategory of patients (immunocompromised or allergie)Local studies, local study, FIQCS and TIARE, were conducted in immunocompromised patients dwellings (atrisk for invasive fungal infection) and in cystic fibrosis patients dwellings (at risk for bronchopulmonaryaspergillosis allergie). A national study (ELFE : Etude Longitudinale Française depuis l'Enfance ) wasconducted too and analyzed 3,200 children' dwellings.The différent studies showed différent contamination levels in dwellings and demonstrated the importanceof environmental measures in the homes to prevent infectious and allergie risks
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Rocca, Mayra Pereira. "Pesquisa de infecção por Brucella spp. em botos-vermelhos (Inia geoffrensis) de vida livre, procedentes da reserva de desenvolvimento sustentável de Mamirauá, Tefé, Amazonas, Brasil." Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-05122014-154418/.
Full textAbstract:
Vem se verificando uma crescente preocupação por parte de diversos países e de órgãos internacionais de saúde e conservação animais quanto à necessidade de monitoramento da ocorrência e da distribuição de enfermidades infecciosas em populações de animais silvestres, devido ao potencial destas doenças de causarem impacto na dinâmica e conservação de espécies silvestres, na saúde dos animais domésticos e na saúde pública. A ocorrência de brucelose vem sendo relatada em diversas espécies de mamíferos marinhos, em vários centros de pesquisa no mundo, contudo, não há dados na literatura científica sobre a ocorrência desta infecção em mamíferos aquáticos fluviais brasileiros. Nos cetáceos, a brucelose é causada pela Brucella ceti, sendo associada a problemas reprodutivos, quadros de meningoencefalite e infecções em tecidos linfóides. Assim, o presente trabalho teve como objetivo pesquisar a ocorrência de infecção por Brucella spp. em botos-vermelhos de vida livre da Amazônia (Inia geoffrensis), procedentes da Reserva de Desenvolvimento Sustentável de Mamirauá, Tefé, Amazonas, Brasil. A pesquisa foi realizada em animais de vida livre, de ambos os sexos e várias idades, sendo realizadas duas expedições para colheita de amostras, nos anos de 2010 e 2011. De cada animal foram coletadas amostras de sangue, leite e suabes genital, anal, nasal, oral e de eventuais lesões cutâneas apresentadas. Um total de 161 animais foi capturado. A detecção de anticorpos séricos anti-Brucella foi realizada utilizando-se as provas de soroaglutinação com antígeno acidificado tamponado (AAT), teste do 2-mercaptoetanol (2-ME) e o teste de polarização fluorescente (PF). As amostras de leite e de suabes foram submetidos ao cultivo microbiológico e à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção direta de Brucella spp. As colônias bacterianas que apresentaram características morfológicas compatíveis com Brucella spp. foram identificadas pela reação em cadeia pela polimerase (PCR), utilizando-se os primers específicos para detecção do gênero Brucella, direcionados ao DNA codificador da região interespaçadora do RNA ribossomal de Brucella (PCR-ITS). As amostras que apresentaram resultados positivos, foram caracterizadas quanto ao gene recA pela amplificação (PCR-recA) e posterior sequenciamento do produto amplificado. A PCR-ITS também foi empregada para o diagnóstico direto das infecções por Brucella spp. nas amostras de sangue, leite e suabes, as quais foram caracterizadas da mesma forma que as colônias bacterianas isoladas. As 67 amostras de soros colhidas apresentaram resultados negativos nos testes de AAT, PF e IDGA. Das 369 amostras submetidas ao cultivo microbiológico, duas amostras de suabe apresentaram características compatíveis com o gênero Brucella e resultados positivos pela PCR-ITS. Uma delas foi identificada como pertencendo à espécie Ochrobactrum intermedium. A segunda amostra não pôde ser caracterizada por não ter sido obtida em cultura pura. Das 118 amostras de sangue total analisadas pela PCR-ITS, seis (7,08%) apresentaram resultados positivos. Das 248 amostras de suabes analisadas pela PCR-ITS, uma (0,4%) apresentou resultado positivo. Das 29 amostras de leite analisadas pela PCR-ITS, cinco (17,24%) apresentaram resultados positivos. Considerando os 128 animais amostrados, 11 (8,59%) apresentaram resultado positivo pela PCR-ITS em pelo menos uma amostra testada. Das 12 amostras biológicas que apresentaram resultados positivos pela PCR-ITS e foram submetidas à PCR-recA, apenas duas apresentaram o produto amplificado no tamanho esperado. De acodo com a análise filogenética utilizada, uma delas apresentou similaridade aos microrganismos Cellulomonas fimi, Cellulomonas flavigena e Cellvibrio gilvus. A segunda amostra foi agrupada juntamente com as bactérias Propionicimonas paludicola, Micropruina glycogenica, Naumannella halotolerans e Propionibacterium propionicum com maior proximidade com a espécie P. propionicum. De acordo com os resultados apresentados, não foi evidenciada a ocorrência de infecções por Brucella spp. na população amostrada pelos métodos sorológicos e microbiológicos. Foi isolada uma estirpe de Ochrobactrum intermedium de um exemplar da espécie Inia geoffrensis, contudo, a importância sanitária destes resultados para esta espécie de boto não pôde ser determinada.There is a growing concern among several countries and international institutions of animal health and conservation regarding the surveillance of infectious diseases in wildlife populations, because these infections may cause impact on the dynamics and conservation of wildlife species, as well as on the health of livestock and public health. Brucellosis has been reported in several species of marine mammals in various research centers worldwide. However, there is no data about the occurrence of brucellosis in aquatic mammals in Brazil. Brucellosis in cetacean is caused by Brucella ceti and has been associated to reproductive problems, meningoencephalitis and lymphoid tissues infections. The objective of this study was to investigate the occurrence of Brucella spp. infection in free living amazon river dolphin (Inia geoffrensis), from Mamirauá Sustainable Development Reserve, in Tefé municipality, Amazonas State, Brazil. Samples were collected from free-living animals from both sexes and different ages during two expeditions, in 2010 and 2011. Samples of serum, whole blood and milk as well as genital, anal, nasal, oral and cutaneous lesions swabs were collected. One hundred and sixty one animals were samples. Serodiagnosis was performed using the acidified buffered antigen test (ABAT), the 2-mercaptoethanol (2ME) test and the fluorescent polarization assay (FPA). Milk and swabs samples were submitted to microbiological culture and polymerase chain reaction (PCR) to the direct diagnosis of Brucella spp. Bacterial colonies showing morphologies compatible with Brucella spp. were tested by a PCR using specific primers directed to the 16S-23S interpace region of the ribosomal DNA of Brucella (ITS-PCR). Samples with positive results by ITS-PCR were amplified using primers specific to the gene recA (PCR-recA), and the amplicon was sequenced. ITSPCR was also used to diagnosis of Brucella spp. infections directly in samples of blood, milk and swabs which were characterized as the bacterial colonies. All 67 serum samples were negative in the three serological tests used. Eleven of the 128 (8.59%) animals showed positive results by ITS-PCR in at least one biological sample. Of the 369 samples tested by microbiological culture, two had positive results in ITS-PCR. Accroding to the characterization of recA gene, one of them was identified as Ochrobactrum intermedium and the other sample could not be characterized because it was not isolated in pure culture. Of the 118 whole blood samples, six (7.08%) were positive by ITS-PCR. Five of the 248 (17.24%) milk samples and one of the 248 (0.4%) swab samples were positive by ITS-PCR. Of the 12 psoitive samples by ITS-PCR, only two were amplified by the recA-PCR and sequenced. According to the phylogenetic analysis, one sample clustered with Cellulomonas fimi, Cellulomonas flavigena e Cellvibrio gilvus group showing major similarity with C. fimi. The other sample clustered with the bacteria Propionicimonas paludicola, Micropruina glycogenica, Naumannella halotolerans, being more similar to Propionibacterium propionicum. An Ochrobactrum intermedium strain was isolated from a dolphin, however, the sanitary importance of the detection could not be determined.
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Dibbern, Aline Gerato. "Detecção e contagem de Staphylococcus aureus e Streptococcus agalactiae no leite por PCR em tempo real." Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-04082015-111522/.
Full textAbstract:
O presente trabalho foi organizado em dois estudos. O objetivo do primeiro estudo foi determinar o efeito da infecção intramamária (IIM) causada por S. aureus e S. agalactiae na contagem de células somáticas (CCS) e na composição do leite (gordura, proteína, lactose, sólidos totais e extrato seco desengordurado), o efeito da contagem de S. aureus e S. agalactiae sobre a composição do leite e a estimativa da frequência de vacas e de quartos infectados com S. aureus e S. agalactiae por meio da contagem do tanque. O objetivo do segundo estudo foi avaliar a reação em cadeia da polimerase em Tempo Real (qPCR) como metodologia alternativa à cultura microbiológica, por meio da sensibilidade diagnóstica, da concordância e da equivalência entre as metodologias para identificação e contagem de S. aureus e S. agalactiae de origem das vacas com IIM. O experimento foi realizado em quatro rebanhos comerciais com histórico de mastite causada por S. aureus e S. agalactiae. Foram coletadas 785 amostras compostas de leite, 3049 amostras de leite de quartos mamários de todas as vacas em lactação e 12 amostras de leite de tanque dos rebanhos selecionados, durante 3 meses consecutivos, totalizando 3 coletas por rebanho. As amostras de leite foram submetidas à detecção e contagem de S. aureus e S. agalactiae por meio de cultura microbiológica e de qPCR, e à análise de composição e CCS. No primeiro estudo, foi observado que amostras compostas de leite com S. agalactiae apresentaram menores teores de lactose e maiores teores de gordura, proteína, sólidos totais e CCS, e com S. aureus apresentaram menores teores de lactose e maiores teores de proteína e de CCS do leite. O aumento da contagem de S. aureus e S. agalactiae em amostras compostas de leite pode ocasionar aumento linear nos teores de lactose e de extrato seco desengordurado. Foi observado que as amostras compostas de leite e de quartos mamários apresentaram relação positiva referente às contagens de S. aureus e S. agalactiae e ao percentual (%) de amostras de leite com S. aureus e S. agalactiae. A partir de amostras compostas de leite pode-se estimar o percentual de quartos mamários com S. aureus e S. agalactiae. A contagem de S. aureus e de S. agalactiae de amostras de leite de tanque pode estimar o percentual de vacas com S. aureus e o percentual de quartos mamários com S. agalactiae. No segundo estudo, foi observado equivalência e concordância de resultados de identificação e contagem de S. agalactiae entre as metodologias de qPCR e cultura microbiológica somente em amostras de leite de tanque e de quartos mamários. Em amostras de leite com S. aureus e S. agalactiae, a qPCR apresentou sensibilidade diagnóstica de 71,54% e 90.20% em amostras de leite de quartos mamários, 71,79% e 87,72% em amostras compostas de leite e 50,00% e 90,91% em amostras de leite de tanque, respectivamente. Portanto, o leite de tanque e a qPCR podem se utilizadas para monitoramento da mastite bovina no rebanho leiteiroThis work was organized in two studies. The purpose of the first study was to determine the effect of intramammary infection (IMI) caused by S. aureus and S. agalactiae in somatic cell count (SCC) and composition of milk (fat, protein, lactose, total solids and nonfat dry), the effect of S. aureus count and S. agalactiae on milk composition and an estimated frequency of cows and quarters infected with S. aureus and S. agalactiae by counting the tank. The purpose of the second study was to evaluate the polymerase chain reaction in real time (qPCR) as an alternative methodology to microbiological culture, through the diagnostic sensitivity, for consistency and equivalence between the methodologies for identification and enumeration of S. aureus and S. agalactiae source of cows with IMI. The experiment was conducted in four commercial herds with mastitis history caused by S. aureus and S. agalactiae. We collected 785 samples composed of milk, 3049 milk samples from mammary glands of all lactating cows and 12 from the selected herds tank milk samples for 3 consecutive months, totaling 3 samples per herd. The milk samples were subjected to the detection and counting of S. aureus and S. agalactiae through microbial culture and qPCR, and the composition analysis and SCC. In the first study, it was observed that composite milk samples with S. agalactiae had lower lactose content and higher fat content, protein, total solids and SCC, and S. aureus showed lower lactose content and higher protein content and SCC milk. Increased count of S. aureus and S. agalactiae in composite samples of milk can cause a linear increase in the levels of lactose and nonfat dry. It was observed that the composite milk sample and mammary glands were closely related to the counts of S. aureus and S. agalactiae and the percentage (%) of samples of milk with S. aureus and S. agalactiae. From composite samples of milk can estimate the percentage of mammary quarters with S. aureus and S. agalactiae. The count of S. aureus and S. agalactiae of tank milk samples can estimate the percentage of cows with S. aureus and the percentage of mammary quarters with S. agalactiae. In the second study, it was observed equivalence agreement and identification results and S. agalactiae count between the methodologies of qPCR and microbiological culture only in tank milk samples and mammary glands. In milk samples with S. aureus and S. agalactiae, qPCR showed diagnostic sensitivity of 71.54% and 90.20% in milk samples from mammary quarters, 71.79% and 87.72% on composite samples of milk and 50.00% to 90.91% in tank milk samples, respectively. Therefore, the tank and the qPCR milk can be used for monitoring of bovine mastitis in dairy cattle
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Mendes, Ana Rita Chaves Botelho Vaz. "Development of lyophilized reference stock cultures for quality control in microbiological analysis." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2016. http://hdl.handle.net/10773/16752.
Full textAbstract:
Mestrado em Biotecnologia AlimentarNo final de 2014 foi publicada a norma ISO 11133 que obriga à realização de testes de performance em todos os lotes de meio produzidos, recorrendo ao uso de microrganismos de referência específicos, com um nível de inóculo estabelecido. A liofilização é um processo de secagem de culturas microbianas, e que permite a sua preservação por largos períodos de tempo, sem ser necessária refrigeração. Os efeitos de três meios crioprotetores diferentes (skim milk + 10% sacarose, nutrient broth nº2 + 20% glicerol, e sacarose 10%) na sobrevivência à liofilização de Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes e Salmonella enterica serogrupo Typhimurium; o acompanhamento da concentração celular de S. aureus ao longo do tempo, depois de ter sido liofilizado com skim milk + 10% sacarose; e ainda o estudo da estabilidade de E. coli e S. aureus, depois de liofilizados e armazenados à temperatura ambiente, foram investigados. E. coli, S. aureus e L. monocytogenes foram liofilizadas com skim milk + 10% sacarose; E. coli e S. aureus foram liofilizadas com nutrient broth nº2 + 20% glicerol; e Salmonella Typhimurium e E. coli foram liofilizadas com sacarose 10%. Terminadas as liofilizações dos estudos de viabilidade, cada amostra foi reidratada e inoculada em PCA. Para o acompanhamento da concentração celular de S. aureus, com intervalos regulares ao longo do tempo, as amostras foram reidratadas e inoculadas em PCA e BP egg yolk. Para estudar a estabilidade de E. coli e S. aureus as amostras foram reidratadas e inoculadas em PCA e no respetivo meio seletivo, com intervalos regulares ao longo do tempo. Skim milk + 10% sacarose é o melhor meio protetor dos três usados. Das bactérias gram-positivas testadas, L. monocytogenes é a mais resistente, com uma redução na sua viabilidade virtualmente nula; das gram-negativas, a Salmonella Typhimurium foi a que obteve melhores resultados, com a redução de 1 Log. Naturalmente, as gram-positivas têm uma melhor capacidade de sobrevivência à liofilização por causa da composição da sua parede celular, rica em peptidoglicanos, e isso foi comprovado nos testes feitos. No estudo da estabilidade de S. aureus, a sua concentração celular manteve-se estável ao longo do tempo, acima dos 6 Log ufc/200 μl. Nos estudos em que a estabilidade de E. coli e S. aureus armazenados à temperatura ambiente foi avaliada, comprovou-se que culturas microbianas liofilizadas necessitam de refrigeração para manter a viabilidade. Com este trabalho deu-se início à investigação necessária para a elaboração de um protocolo com o intuito de produzir culturas stock de referência liofilizadas, com o nível de inóculo necessário, para aplicação futura em análises microbiológicas.
In late 2014 it was published the standard ISO 11133 which obligates the achievement of performance tests in every batch of media produced, resorting to specific reference microorganisms, with an established inoculum level. Lyophilization is a drying process applied to microbial cultures that allows its preservation for large periods of time, with no refrigeration needed. The effects of three different cryoprotective media (skim milk + 10% sucrose, nutrient broth no2 + 20% glycerol, and sucrose 10%) on survival to lyophilization of Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes and Salmonella enterica serovar Typhimurium; a monitoring of S. aureus cell concentration over time, after being lyophilized with skim milk + 10% sucrose; and also a stability study of E. coli and S. aureus after lyophilization and storage at room temperature, were investigated. E. coli, S. aureus and L. monocytogenes were lyophilized with skim milk + 10% sucrose; E. coli and S. aureus were lyophilized with nutrient broth no2 + 20% glycerol; and Salmonella Typhimurium and E. coli were lyophilized with sucrose 10%. Finished every lyophilization of the viability studies, each sample was rehydrated and inoculated in PCA. To monitor S. aureus cell concentration, the samples were rehydrated and inoculated in PCA and BP egg yolk, with regular intervals throughout time. For the stability study of E. coli and S. aureus, also in regular intervals, samples were rehydrated and inoculated in PCA and in the respective selective culture media. Skim milk + 10% sucrose is the best cryoprotective medium used. From the gram-positive bacteria tested, L. monocytogenes is the most resistant, registering a virtually null reduction in viability; from gram-negative, Salmonella Typhimurium performed best, with only 1 Log reduction. Naturally, gram-positive bacteria have a better survivability to lyophilization because of their cell wall composition, rich in peptidoglycan, and that was proven with the experiments performed. In S. aureus stability study, cellular concentration was kept stable over time, above 6 Log cfu/200μl. In the stability studies in which E. coli and S aureus were storage at room temperature, it has been proved that lyophilized microbial cultures require lyophilization to maintain viability. This work initiated the research needed for the elaboration of a protocol intended for the production of lyophilized reference stock cultures, with a specific inoculum level, for future application in microbiological analyses.
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Lopes, Isabella de Cenço [UNESP]. "Produção de conídios do fungo entomopatogênico Metarhizium anisopliae em diferentes condições de cultivo e em biorreator de bandeja." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2016. http://hdl.handle.net/11449/139445.
Full textAbstract:
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O objetivo deste trabalho foi de aumentar a produção de conídios de Metarhizium anisopliae através de alterações do substrato e das condições de cultivo e produzi-lo em biorreator de bandeja. Os substratos testados foram arroz tipo 1, quirera de arroz e farelo de arroz, sendo o cultivo realizado em embalagens plásticas contendo 10 g de substrato seco. Inicialmente, foi empregado arroz tipo 1 como substrato, variando-se as formas de umidificação no seu preparo, sendo o cultivo realizado em embalagens plásticas contendo 10g de substrato seco. Determinada a condição adequada de umidificação, os substratos arroz tipo 1 e quirera de arroz foram submetidos a diferentes condições de fotoperíodo: escuto contínuo, claro contínuo e escuro e claro alternados. O farelo de arroz foi adicionado a bagaço de cana-de-açúcar de modo a estruturar fisicamente o meio de cultivo. Os melhores resultados foram obtidos com arroz e quirera de arroz. A primeira alternativa de ampliação de escala foi realizada em embalagens plásticas, utilizando arroz tipo 1 e quirera com 500g de substrato seco. A etapa seguinte da ampliação de escala foi em um biorreator de bandeja com aeração realizada sobre a camada de substrato, sendo os testes realizados com arroz tipo 1, e duas espessuras de camada partículas, 2 e 4 cm. Em todos os ensaios, a resposta observada foi a concentração final de conídios. Foi testada ainda a virulência dos conídios produzidos em relação a lagartas de Diatraea flavipennella nas diferentes condições de produção. De acordo com os resultados apresentados, o farelo de arroz não é uma boa opção de substrato devido a sua pouca praticidade de manipulação e a quirera apresentou resultados satisfatórios nos ensaios, podendo ser considerada uma opção viável para utilização industrial devido ao seu baixo custo. O biorreator de bandeja elaborado apresentou bons resultados de produção de conídios em relação a produção em embalagem plástica de maior capacidade com o substrato arroz tipo 1, a qual, no entanto, apresentou produção de esporos inferior à da embalagem de menor capacidade. Os testes de virulência comprovaram a eficiência dos conídios em todos os ensaios com pequenas variações no tempo de mortalidade.
The work targeted the increase of the production of spores of Metarhizium anisopliae through modifications of the substrate and of the cultivation conditions, and produce such spores in a tray bioreactor. Type 1 rice, broken rice and rice bran were tested as substrate, which were cultivated in plastic bags containing 10 g of dry substrate. Alternatives of humidification were tested with type 1 rice. For the best alternative of humidification, type 1 rice and broken rice were submitted to alternatives of different exposures to light, provided by a fluorescent lamp: continuous dark, continuous light, alternation between dark and light. To the bran was added sugar cane bagasse in order to provide physical structure to the culture medium. The best results were obtained with rice and broken rice and the illumination regime does not influence on the spore production. The first attempt of scaling-up the spore production was the use of plastic bags containing 500 g of dry substrate, either rice or broken rice. The next scaling-up step was in a tray bioreactor aerated flowing air parallel to the top of the cultivation medium, using type 1 rice as substrate in two different thickness of medium, 2 and 4 cm. In every experiments, the response variable was the conidia concentration. The virulence against Diatraea flavipennella caterpillars was also tested for spores produced in the different experimental conditions. The results showed that rice bran is not an efficient alternative due to its difficult manipulation, while broken rice produce conidia concentration similar to type 1 rice and can be considered a cheap alternative for industrial production of spores. The tray bioreactor presented similar results to the large capacity plastic bags, which presented lower conidia concentrations than the small capacity container. The virulence experiments showed high efficiency of the conidia in all tested samples, with little variation in the time of lethality.
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Rei, Ana Patrícia Freitas. "O papel da microbiologia no desenvolvimento farmacêutico." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2012. http://hdl.handle.net/10773/9747.
Full textAbstract:
Mestrado em BiotecnologiaA microbiologia tem uma grande diversidade de áreas de aplicação na indústria farmacêutica, estando presente nos vários setores. No presente trabalho foram desenvolvidas atividades em 2 grandes áreas: Controlo de qualidade de produtos não estéreis e de produtos estéreis e Investigação em cultura de células. Relativamente ao controlo de qualidade de produtos não estéreis foram validados métodos analíticos tradicionais para avaliação microbiológica de produtos e, no presente trabalho, apresenta-se a valiação microbiológica de uma substância ativa: o oxalato de escitalopram. Foi realizada a validação de um sistema de produção de água purificada através do estudo da qualidade microbiológica da água produzida, recorrendo a métodos tradicionais e à sequenciação do gene 16S. Foi ainda efetuado o levantamento de todos os requisitos e guidelines relacionadas com a manipulação, enchimento assético e controlo de qualidade de um produto estéril destinado à administração parenteral em humanos, com o objetivo de fornecer toda a informação necessária para uma tomada de decisão por parte da Administração: realização de todos os procedimentos nas instalações da Bluepharma ou recorrer à prestação de serviço a terceiros. No que diz respeito às tarefas relativas à sala de cultura de células, para além da gestão da sala para seu correto funcionamento, foi parte integrante do presente estágio a implementação de um método de detecção de Mycoplasma spp. em culturas de células. Foi validado com sucesso o método analítico para o oxalato de escitalopram e foi possível colocar o equipamento de produção de água purificada a uso, na medida em que se demonstrou que este produz água com a qualidade pretendida e de forma consistente. Foi implementado com sucesso um método bioquímico de deteção de mycoplasma spp. para a sala de cultura de células, na forma de kit comercial, o MycoAlert™ Mycoplasma Detection Kit. Todas as atividades estabelecidas no plano de estágio foram concluídas e bem-sucedidas.
Microbiology has a wide variety of application in the pharmaceutical industry field and it is present in various sectors. In this work, the activities were developed in two broad areas: quality control of non-sterile and sterile products, and research in cell culture. The validation of analytical methods for microbiological evaluation of products was performed by traditional microbiological methods and the active substance escitalopram oxalate was taken as an example. The validation of the purified water system recently installed in Bluepharma was accomplish, using traditional methods and sequencing of 16S rRNA gene to study the microbiological quality of the produced water. All the requirements and guidelines relating to the handling, aseptic filling and quality control of a sterile product intended for parenteral administration in humans, were compiled in order to give support to a decision by the Administration from carrying out all tests on the premises of Bluepharma or resorting to outsourcing services. Regarding to the activities in the cell culture facility and in addition to the management of the facility, the implementation of a method for detecting Mycoplasma spp. in cell cultures was part of this work. The method for the escitalopram oxalate was validated successfully and purified water system was placed in use, since it produces consistently water with the desired quality. The information concerning the manipulation of sterile products was compiled in such way that, hereafter and with more data, the Bluepharma administration will be able to take an informed decision. A biochemical method for the detection of Mycoplasma spp. in cell cultures was successfully implemented in the form of a commercial kit: the MycoAlert™ Mycoplasma Detection Kit. All the activities established in the protocol were completed and successful.
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MORAES, Leslivan Ubiratan de. "Identificação e descrição morfoanatômica e farmacognóstica das folhas de Solamum Scuticum M. Nee e bioatividade de extrato bruto em microorganismos e da fração alcaloídica em células cultivadas da linhagem vero." Universidade Federal de Goiás, 2008. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1240.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2008-04-16The jurubeba was identified that such species was Solanum scuticum M. Nee, from which pharmacognostic and morphanatomic data were not available to Goiás. Because of that, we tried some complementary data. For the morphoanatomic evaluation of the leaves some cuts were carried out as described by Kraus and Arduin (1997). For the phytochemical trial, it was used some methodologies as described by Costa (2001). With the phytochemical screening, were identified alkaloids, flavonoids, coumarins, anthraquinones and saponins in prospecting phytochemical. Both in phytochemical trial, as in the phytochemical prospection, it was found alkaloids. Due to the biological activities of these secondary metabolites, we obtained the alkaloid fraction, using the dust of the leaves, and we got the ethanol extract. The fractions were divided by polarity and they were evaluated by thin-layer chromatography. Microbiological evaluation was carried out to verify possible contaminants. Such evaluation did not reveal the presence of microorganisms, and it was raised the possibility of antimicrobiotic activity of the raw extract in twenty three strains of bacteria and in two yeasts. According to the antimicrobial tests, the extract presented some features, as the difficult of solubility in aqueous medium, and the best dilution was achieved in dimethyl sulfoxide (DMSO) 50%. These tests also demonstrated the difficult of the solubilization of the fractions, which it will be used in the experiments of Vero cells cultures. It was verified the low antimicrobial activity of the raw hidroethanolic extract. Of all the fractions, the alkaloid fraction presented the best solubility in DMSO 0.3%. So, it was proceeded the dilution and the evaluation of the alkaloid fraction in Vero cells, and it was evaluated morphology, viability and cellular proliferation. We finally verified the citotoxicity of the alkaloid fraction in the statistical analyses, and in the vitality test carried out by Trypan blue, and also in the morphological alterations compatible to citotoxity alterations.
A espécie de jurubeba estudada no presente trabalho é Solanum scuticum M. Nee, da qual não eram disponíveis dados farmacognósticos e nem morfoanatômicos para Goiás. Para a avaliação morfoanatômica das folhas S. scuticum realizaram-se cortes à mão livre e cortes permanentes como descrito por Kraus e Arduin (1997). Para realização de triagem fitoquímica utilizou-se as metodologias descritas por Costa (2001). Com na triagem fitoquímica, foram identificados alcalóides, flavonóides cumarinas, heterosídios antraquinônicos e heterosídios saponínicos na prospecção fitoquímica. O extrato etanólico das folhas foi obtido e apartir do mesmo procedeu-se o fracionamento por diferença de polaridade, e realizaram-se avaliações dos seus componentes através de cromatografia de camada delgada. Testou-se a esterelidade da droga em pó e a possível atividade antimicrobiana do extrato bruto hidoalcoólico de S. scuticum. Tal avaliação não revelou a presença de microrganismos, sendo levantada a possível atividade antimicrobiana do extrato bruto frente a vinte e três cepas de bactérias e duas de leveduras. Os testes demonstraram também a dificuldade de solubilização das frações, as quais seriam utilizadas nos experimentos de cultura de células da linhagem Vero. Sendo averiguada baixa atividade anti-microbiana do extrato hidroalcóolico bruto. Tendo em vista as atividades biológicas do grupo dos alcalóides procedeu-se à obtenção da fração alcaloídica a partir do pó das folhas. Pelos testes antimicrobianos o extrato apresentou características de difícil solubilidade em meio aquoso, a melhor diluição para emprego do extrato foi obtida em dimetilsulfóxido (DMSO) 50%. Das frações a que possuiu melhor solubilidade em DMSO foi à alcaloídica, na concentração de 0,3%. Assim procedeu-se a diluição e a avaliação da atividade da fração alcaloídica em células da linhagem Vero, avaliando-se a morfologia, viabilidade e proliferação celular frente aos tratamentos realizados. Verificando-se atividade citotóxica da fração alcaloídica tanto nas avaliações estatísticas do teste de vitalidade por azul de Trypan, quanto nas alterações morfológicas compatíveis com alterações citotóxicas.
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Damin, Maria Regina. "Avaliação do efeito da suplementação do leite com hidrolisado de caseína, proteína concentrada de soro e leite em pó desnatado na produção de bioiogurtes fermentados por Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus e Bifidobacterium lactis em co-cultura com Streptococcus thermophilus." Universidade de São Paulo, 2008. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9133/tde-11112016-112734/.
Full textAbstract:
As bactérias probióticas crescem lentamente em leite e a suplementação é um dos fatores que melhoram seu crescimento na produção de iogurtes funcionais ou bioiogurtes, além da aplicação em co-cultura com Streptococcus thermophilus. Desta forma, objetivou-se avaliar o efeito simultâneo da suplementação do leite com hidrolisado de caseína, proteína concentrada de soro e leite em pó desnatado na produção de bioiogurtes fermentados por Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus Acidophilus e Bifidobacterium lactis em co-culturas com Streptococcus thermophilus. A metodologia de superfície de resposta com delineamento de mistura foi empregada e diferentes composições de misturas de suplementação otimizadas foram obtidas para as diferentes co-culturas. Foi possível avaliar o efeito da suplementação simultânea do enriquecimento do leite com os três ingredientes estudados, identificar interação ocorrida entre os ingredientes e obter composições de mistura otimizadas. A co-cultura S. thermophilus e L. acidophilus obteve bons modelos preditivos e falta de ajuste não significativo para os parâmetros cinéticos tempo para se atingir pH 5,0 e 4,5 (tpH5,0 e tpH4,5). Ensaios de validação do modelo confirmaram a qualidade do ajuste. A otimização resultou composição de mistura da suplementação do leite com 50% de hidrolisado de caseína, 0% de proteína concentrada de soro e 50% de leite em pó, atende em 95% os critérios de desejabilidade. Os perfis de acidificação de culturas puras e co-culturas de Streptococcus thermophilus com Lactobacillus acidophilus em leite controle e leite suplementado no ponto ótimo foram estudados, assim como o comportamento dos bioiogurtes, usando-se a co-cultura, durante estudo de estabilidade ao armazenamento. Os parâmetros avaliados foram perda de viabilidade das bactérias, pós-acidificação e propriedades de textura. A microestrutura dos bioiogurtes obtidos com leite controle e suplementado no ponto ótimo foi analisada. Em todos os ensaios os bioiogurtes obtidos puderam ser considerados probióticos, pois as populações foram superiores ao mínimo recomendado para promoção de efeitos benéficos à saúde. O bioiogurte suplementado no ponto ótimo resultou em tempo de fermentação 32% menor em relação ao controle fermentado pela co-cultura de S. Thermophilus e L. acidophilus. A contagem de S. thermophilus permaneceu estável e de L. acidophilus decresceu durante o período de estudo de estabilidade ao armazenamento, embora as populações tenham sido superiores ao recomendado para promoção de efeitos benéficos à saúde aos 28 dias de armazenamento. A firmeza, a tensão limite τ0, os módulos de armazenamento G\' e de perda G\" do leite otimizado foram superiores ao leite controle, enquanto a porcentagem de recuperação estrutural apresentou comportamento oposto. A análise das micrografias do leite ótimo e do controle mostrou maior percentual de poros de menor diâmetro para o primeiro, indicando uma estrutura mais densa.The probiotic bacteria develop slowly in milk and for probiotic yogurt production milk supplementation improves bacteria growth. Beyond that, use of probiotic in combination with Streptococcus thermophiles is common and recommendable. The aim of this research was to evaluate the simultaneous effect of milk supplementation with casein hydrolysate, whey protein concentrate and skim milk powder in the production of bioyogurt. Milk was fermented by Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus and Bifídobacterium lactis in co-cultures with Streptococcus thermophiles. The Response Surface Methodology for mixture model was applied and compositions of optimized mixtures for supplementation had been obtained. It was possible to evaluate the effect of the simultaneous supplementation, identify interaction between the ingredients and get optimized compositions of mixture. Mathematical models with lack of fit not significant were obtained and validation experiments confirmed the quality of the adjustment. For co-culture S. thermophiles and L. acidophilus the models were obtained for kinetic parameters time to reach pH 5,0 and 4,5 (tpH5,0 and tpH4,5). The optimization resulted in mixture composition with 50% of casein hydrolysate of casein, 0% of whey protein concentrate and 50% of skim milk powder, with fit the desirability in 95%.The acidifying profiles of pure cultures and co-culture of Streptococcus thermophiles and Lactobacillus acidophilus in milk prepared with the optimum ingredients amounts calculated by RSM and control milk were studied. Stability and bacterial viability during 28 days of cold storage for bioyogurts produced with optimum and control milk had been studied, using co-culture of S. thermophiles and L. acidophilus. The loss of viability of bacteria, post-acidification and texture properties were examined. The microstructure of the two bioyogurts has been analyzed. All produced bioyogurts could have been considered probiotics, as the populations were higher than the minimum recommended one for promotion of beneficial effect to the health. Bioyogurt from milk supplemented at optimum region resulted in 32% of reduction on time necessary to reach pH 4.5, in comparison with that produced from control milk. The S. thermophiles counting remained stable, while L. acidophilus counts decreased, even so the populations were . superior to 1 billion at 28 days of storage. The firmness, yield stress τ0 , elastic G\' and viscous G\" modulus of optimum milk were superior to control milk during the study, while the structural recovery presented opposite behavior. The analysis of the micrographs of optimum milk and the control showed greater number of pores with small diameter for the former, indicating a denser structure.
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Rodrigues, Vivian Maria Tellaroli [UNESP]. "Detecção da microbiota endodôntica de dentes sem vitalidade pulpar com ou sem lesão periapical radiográfica, por meio das técnicas de checkerboard DNA-DNA hybridization e cultura microbiológica." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2006. http://hdl.handle.net/11449/90391.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2006-09-26Bitstream added on 2014-06-13T18:20:51Z : No. of bitstreams: 1
rodrigues_vmt_me_arafo.pdf: 1828771 bytes, checksum: 5d0801654796b305a70aa54e7e47abc7 (MD5)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
A proposta do estudo foi avaliar a microbiota endodôntica de dentes de humanos sem vitalidade pulpar com ou sem lesão periapical visível radiograficamente por meio das técnicas de Checkerboard DNA-DNA Hybridization e cultura microbiológica. Foram utilizados 20 dentes unirradiculados, divididos em casos de necrose pulpar sem lesão periapical (Grupo I) e dentes com necrose pulpar e lesão periapical (Grupo II). A colheita do material do canal radicular foi realizada com lima K e cones de papel absorvente. Para a técnica de cultura, as amostras foram semeadas em meios As, Ask, Ms e Tio's, para avaliação da presença de microrganismos anaeróbios, aeróbios e facultativos. Para a técnica de Checkerboard DNA-DNA Hybridization, foi realizado o processamento do DNA extraído das amostras e das sondas de DNA de 33 microrganismos. Os resultados mostraram nas duas técnicas empregadas a presença de microrganismos. A técnica de hibridação DNA - DNA checkerboard permitiu a identificação de 31 espécies diferentes no Grupo I e de 32 espécies diferentes no Grupo II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominaram no Grupo I. As sondas Streptococcus mitis e Selenomonas noxia não foram detectadas em nenhuma amostra deste grupo. No Grupo II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa e Porphyromonas gingivalis foram detectadas em todos os casos e Selenomonas noxia não foi encontrada em nenhuma das amostras deste grupo. Houve tendência para maior presença de bactérias anaeróbias obrigatórias moderadas no Grupo II, embora sem diferença significante (p>0,05), em relação ao Grupo I, de acordo com a cultura microbiológica. Foi observada maior freqüência de espécies bacterianas anaeróbias obrigatórias moderadas nos canais radiculares, tanto para o Grupo I como para o Grupo II, de acordo com a técnica de hibridação DNA-DNA checkerboard.
The purpose of this study was to evaluate the endodontic microbiota from human's teeth, with no pulp vitality, with or without radiographic chronic periapical lesion, using a culture microbiologic method and checkerboard DNA-DNA hybridization technique. The whole sample, with 20 single root's teeth, was collected and divided into: teeth with no pulp vitality without periapical lesion (Group I) and teeth with no pulp vitality with periapical lesion (Group II). The samples were obtained with K file and absorbent paper points. To the culture technique, the samples were grown by using media like As, Ask, Ms and Tio's. To checkerboard DNA-DNA hybridization technique, the samples of DNA extracted crossed with microorganisms' DNA obtained from ATCC. The results demonstrated in two techniques used that in all the samples identified microorganisms, at least 20 ufc/ml. The checkerboard DNA-DNA hybridization technique demonstrated the identification of 31 different species of microorganisms in Group I and 32 different species of microorganisms in Group II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominated in Group I. The probes Streptococcus mitis and Selenomonas noxia were not detected in no sample in this group. At Group II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa and Porphyromonas gingivalis were detected in all cases, and Selenomonas noxia was not present in sample of this group. It was tendency to greater number strict anaerobe microorganisms in Group II, however without statistical significance (p>0.05), in relation Group I, in accord with culture microbiologic method. It was detected a greater frequency of anaerobe strict microorganisms species in root canal, in both Groups I and II, in accord with the checkerboard DNA-DNA hybridization technique.
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Lopes, Isabella de Cenço. "Produção de conídios do fungo entomopatogênico Metarhizium anisopliae em diferentes condições de cultivo e em biorreator de bandeja /." São José do Rio Preto, 2016. http://hdl.handle.net/11449/139445.
Full textAbstract:
Orientador: João Claudio ThoméoBanca: Marcia Maria de Souza Moretti
Banca: Pedro de Oliva Neto
Resumo: O objetivo deste trabalho foi de aumentar a produção de conídios de Metarhizium anisopliae através de alterações do substrato e das condições de cultivo e produzi-lo em biorreator de bandeja. Os substratos testados foram arroz tipo 1, quirera de arroz e farelo de arroz, sendo o cultivo realizado em embalagens plásticas contendo 10 g de substrato seco. Inicialmente, foi empregado arroz tipo 1 como substrato, variando-se as formas de umidificação no seu preparo, sendo o cultivo realizado em embalagens plásticas contendo 10g de substrato seco. Determinada a condição adequada de umidificação, os substratos arroz tipo 1 e quirera de arroz foram submetidos a diferentes condições de fotoperíodo: escuto contínuo, claro contínuo e escuro e claro alternados. O farelo de arroz foi adicionado a bagaço de cana-de-açúcar de modo a estruturar fisicamente o meio de cultivo. Os melhores resultados foram obtidos com arroz e quirera de arroz. A primeira alternativa de ampliação de escala foi realizada em embalagens plásticas, utilizando arroz tipo 1 e quirera com 500g de substrato seco. A etapa seguinte da ampliação de escala foi em um biorreator de bandeja com aeração realizada sobre a camada de substrato, sendo os testes realizados com arroz tipo 1, e duas espessuras de camada partículas, 2 e 4 cm. Em todos os ensaios, a resposta observada foi a concentração final de conídios. Foi testada ainda a virulência dos conídios produzidos em relação a lagartas de Diatraea flavipennella nas diferentes...
Abstract: The work targeted the increase of the production of spores of Metarhizium anisopliae through modifications of the substrate and of the cultivation conditions, and produce such spores in a tray bioreactor. Type 1 rice, broken rice and rice bran were tested as substrate, which were cultivated in plastic bags containing 10 g of dry substrate. Alternatives of humidification were tested with type 1 rice. For the best alternative of humidification, type 1 rice and broken rice were submitted to alternatives of different exposures to light, provided by a fluorescent lamp: continuous dark, continuous light, alternation between dark and light. To the bran was added sugar cane bagasse in order to provide physical structure to the culture medium. The best results were obtained with rice and broken rice and the illumination regime does not influence on the spore production. The first attempt of scaling-up the spore production was the use of plastic bags containing 500 g of dry substrate, either rice or broken rice. The next scaling-up step was in a tray bioreactor aerated flowing air parallel to the top of the cultivation medium, using type 1 rice as substrate in two different thickness of medium, 2 and 4 cm. In every experiments, the response variable was the conidia concentration. The virulence against Diatraea flavipennella caterpillars was also tested for spores produced in the different experimental conditions. The results showed that rice bran is not an efficient alternative due to ...
Mestre
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Mendes, Ana Constança Pinheiro. "Detecção de DNA microbiano em amostras clínicas e culturas bacterianas." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/823.
Full textAbstract:
Mestrado em Microbiologia MolecularAs infecções do sistema circulatório constituem um campo prioritário de intervenção, com cerca de 200000 casos de bacterémia e fungémia anualmente nos EUA, com taxas de mortalidade associadas entre 20 e 50%. Os métodos convencionais de detecção de microrganismos a partir do sangue (hemocultura) atingiram um nível de desenvolvimento difícil de melhorar. No entanto, continua a ser desejável conseguir resultados com maior sensibilidade, capazes de contornar o efeito inibitório da antibioterapia empírica muitas vezes instituída previamente à colheita, em tempo clinicamente útil. Foi testado um sistema comercial de extracção, amplificação e detecção por PCR em tempo real, SeptiFast Test, (Roche), capaz de identificar 25 espécies de bactérias e fungos directamente a partir de amostras de sangue, em cerca de 6 horas. Os resultados obtidos, quando comparados com a evidência de infecção, mostraram sensibilidade semelhante à da hemocultura (67 e 68% respectivamente) e igual valor preditivo negativo (88%), no entanto o VPN do SeptiFast é limitado aos 25 microrganismos contemplados no teste molecular. A aplicação prática do teste beneficiaria da automatização do protocolo de extracção de ácidos nucleicos, sendo importante a selecção criteriosa dos pacientes testados de forma a que este seja mais vantajoso numa relação custo-benefício. O sistema SeptiFast representa um método complementar aos métodos convencionais, podendo em fornecer informação importante em tempo clinicamente útil. No que respeita à identificação de agentes bacterianos isolados em cultura, por vezes surgem dificuldades em chegar a uma identificação conclusiva pelos métodos fenotípicos convencionais. Foi implementada uma metodologia de sequenciação automática directa, usando o sistema MicroSeq 500 Bacterial Identification Kit (Applied Biosystems). Durante um ano foram estudadas 54 estirpes com perfis de identificação ambíguos pelos métodos tradicionais. Os resultados obtidos por sequenciação foram compatíveis com a suspeita clínica, ou confirmados pelos resultados do programa de controlo de qualidade externo NEQAS. A identificação por sequenciação tornou-se uma ferramenta importante no apoio à identificação bacteriana, particularmente em bacilos gram positivo, bacilos gram negativo fastidiosos, Streptococcus do grupo viridans e bactérias anaeróbias, organismos de identificação fenotípica problemática.
Bloodstream infections remain a priority, with about 200000 cases of bacteremia and fungemia annually in the USA., with mortality rates between 20 and 50%. Blood culture systems have reached such development, that further improvements will be difficult. Molecular methods offer the possibility of higher sensitivity in turnaround time, overcoming the inhibitory effect of the empirical therapy often instituted prior to sample collection. A commercial system for microbial extraction, amplification and detention by real time PCR - SeptiFast Test, (Roche) was tested. This system detects 25 species of bacteria and fungi directly from whole blood, in about 6 hours. Compared with evidence of infection, the test showed a sensitivity value similar to blood culture (67 and 68% respectively) and the same negative predictive value (88%), however for SeptiFast the NPV is limited to the 25 microorganisms contemplated in the test. The molecular system would benefit from an automated nucleic acid extraction method, being of utmost importance the criteria for patient selection in order to improve the cost-benefit relation. SeptiFast Test seems to be a complementary method to conventional assays, able to provide reliable information in turnaround time. Most clinical bacterial isolates are quickly and accurately identified by conventional techniques used in the microbiology laboratory. However there are several situations in which molecular identification can significantly improve both the time to and accuracy of identification. An automatic sequencing method was implemented for bacterial identification - MicroSeq 500 Bacterial Identification Kit (Applied Biosystems). During one year, 54 isolates with ambiguous identification profiles by standard methods were studied. The sequence based identification results were compatible with clinical suspicion or with the results from an external quality control program - NEQAS. Sequence based identification became an important tool in the support of bacterial identification, particularly in gram positive bacilli, fastidious gram negative bacilli, anaerobic bacteria and viridans streptococci, microorganisms for witch phenotypic methods are presented with greater challenges.
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Calhau, Vera Mónica Tavares Vinhas. "Culture-independent methodologies to assess diversity and dynamics of Aeromonas communities." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/781.
Full textAbstract:
Mestrado em MicrobiologiaAs Aeromonas são bactérias autóctones em ambientes aquáticos e constituem um grave problema em sistemas de aquacultura devido à sua capacidade de provocar doença em peixes. Estas bactérias são actualmente consideradas patogéneos emergentes em humanos. Os surtos de doença podem estar associados à introdução de estirpes virulentas que evoluíram a partir de outros nichos ou da aquisição de determinantes de virulência do mesmo nicho, ou ainda como resultado de um desequilíbrio na comunidade local de Aeromonas. Assim, torna-se essencial desenvolver métodos fiáveis e reprodutíveis para seguir rotineiramente a dinâmica de comunidades indígenas de Aeromonas de forma a permitir uma detecção precisa de alterações na sua estrutura, antecipando potenciais riscos. Neste estudo, foram desenhados três conjuntos de primers para amplificar especificamente os genes gyrB, rpoD e sodB de Aeromonas. Métodos de PCR-DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) foram desenvolvidos com base nestes primers para obter perfis das comunidades. A especificidade dos primers foi testada utilizando como molde DNA de 27 estirpes de Aeromonas pertencentes a 17 espécies previamente descritas e também de 13 estirpes de 11 espécies não alvo. Simultaneamente a especificidade dos primers foi também avaliada in silico através da pesquisa de homologia com sequências depositadas nas bases de dados. Ambas as metodologias permitiram confirmar a total especificidade dos três conjuntos de primers e apenas para os primers RpoD não foi obtida amplificação de duas estirpes de Aeromonas. Para determinar a consistência da informação filogenética fornecida pelos fragmentos amplificados, árvores filogenéticas construídas com base nas sequências dos genes gyrB, rpoD e sodB de Aeromonas depositadas na base de dados GenBank e com base nas sequências dos fragmentos amplificados foram comparadas. Verificou-se que os fragmentos alvos fornecem informação filogenética consistente. Os conjuntos de primers foram testados em DNA de amostras de água da Ria de Aveiro e os produtos foram separados por DGGE. Para todas as amostras, e com todos os conjuntos de primers, obtiveram-se perfis complexos e muito estáveis ao longo do gradiente de salinidade. Resultados obtidos com as três metodologias indicam uma maior variabilidade sazonal das comunidades de Aeromonas. A clonagem e sequenciação dos fragmentos obtidos a partir das amostras ambientais confirmam a especificidade dos primers e revelam que os filotipos dominantes nestas comunidades apresentam elevada similaridade com estirpes de várias espécies de Aeromonas comuns em ambientes aquáticos como sejam A. alossacarophila, A. veronii e A. sobria. Segundo o nosso conhecimento, este estudo apresenta a primeira tentativa de optimização e validação de métodos independentes do cultivo específicos para Aeromonas. Os sistemas desenvolvidos apresentam várias vantagens e consequentemente constituem valiosas ferramentas para avaliar a diversidade e seguir a dinâmica de comunidades de Aeromonas. A utilização de mais de um conjunto de primers pode ser útil para obter uma representação mais clara e real da comunidade em estudo. Os métodos desenvolvidos poderão ainda ser adaptados de forma a serem aplicados em outro tipo de amostras ambientais o que poderá ser importante devido à ampla distribuição das Aeromonas e às suas capacidades patogénicas. ABSTRACT: Aeromonas are bacteria autochtonous in aquatic environments, and they constitute a serious problem in aquaculture systems because of their capability to cause disease in fishes. Aeromonads are also nowadays considered as emerging pathogens in humans. Disease outbreaks may be associated with the introduction of virulent Aeromonas strains that evolved in other niches, acquisition of virulence determinants in the same niche, or as a result of disequilibrium in the local Aeromonas community. Thus, it becomes essential the development of reliable and reproducible methods to routinely follow the dynamics of indigenous Aeromonas communities and to allow an accurate detection of alterations in their structure, anticipating potential risks. In this study 3 primer sets were designed to specifically amplify fragments of the genes gyrB, rpoD and sodB from Aeromonas. A PCR-DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) method based on such primers was established to obtain community specific profiles. Primers specificity was tested by using as template DNA from 27 Aeromonas strains belonging to 17 previously described species, and also from 13 strains from 11 non-target species. Specificity was also assessed in silico using the BLAST tool, by checking sequence matches against the GenBank database. Results obtained confirmed the specificity of all primer sets and only primer set RpoD failed to amplify from two Aeromonas strains. To determine the phylogenetic information contained in the amplified fragments, gyrB, rpoD and sodB sequences available in the GenBank database from Aeromonas species were downloaded and submitted to phylogenetic analyses. A phylogenetic analysis following the same procedures was performed using the PCR target fragments and trees were compared. The phylogenetic information contained in the target fragments was confirmed to be consistent. Primer sets were tested in total DNA from estuarine water samples. A DGGE assay was optimized to separate the PCR products. Community specific profiles were obtained from each sample, for each primer pair. Profiles were very complex and rather stable along the salinity gradient. Aeromonas communities varied essentially in a seasonal basis. Cloning and sequencing of the fragments obtained from environmental DNA confirmed the specificity of the primers and revealed that the dominant phylotypes affiliated with strains included in species common in aquatic environments such as A. alossacarophila, A. veronii e A. sobria. To our knowledge, this study presents the first attempt to optimize and validate Aeromonas-specific culture-independent methodologies. Results indicate that all the developed systems present several advantages and therefore constitute valuable tools to assess diversity and follow the dynamics of Aeromonas communities. The utilization of more than one set of primers may be useful for providing a more reliable and clear representation of the community. The developed methods may be adapted to apply in other types of samples, which may be important due to the wide distribution of aeromonads in the environment and to their pathogenic properties.
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Costa, André Luis da 1982. "Corte normalizado em grafos = um algoritmo aglomerativo para segmentação de imagens de colonias de bactérias= Normalized cut on graphs: an aglomerative algorithm for bacterial colonies image segmentation." [s.n.], 2013. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/267753.
Full textAbstract:
Orientador: Marco Antonio Garcia de CarvalhoDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Tecnologia
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Resumo: O problema de segmentação de colônias de bactérias em placas de Petri possui algumas características bem distintas daquelas encontradas, por exemplo, em problemas de segmentação de imagens naturais. A principal característica é o alto número de colônias que podem ser encontradas em uma placa. Desta forma, é primordial que o algoritmo de segmentação seja capaz de realizar a segmentação da imagem em um grande número de regiões. Este cenário extremo é ideal para analisar limitações dos algoritmos de segmentação. De fato, neste trabalho foi verificado que o algoritmo de corte normalizado original, que se fundamenta na teoria espectral de grafos, é inadequado para aplicações que exigem que a segmentação seja realizada em um grande número de regiões. Contudo, a utilização do critério de corte normalizado para segmentar imagens de colônias de bactérias ainda é possível graças a um novo algoritmo que está sendo introduzido neste trabalho. O novo algoritmo fundamenta-se no agrupamento hierárquico dos nós do grafo, ao invés de utilizar conceito da teoria espectral. Experimentos mostram também que o biparticionamento de um grafo pelo novo algoritmo apresenta um valor de corte normalizado médio cerca de 40 vezes menor que o biparticionamento pelo algoritmo baseado na teoria espectral
Abstract: The problem of bacteria colonies segmentation in Petri dishes has some very different characteristics from those found, for example, in segmenting natural images. The main feature is the high number of colonies that can be found on a plate. Thus, it is essential that the segmentation algorithm is capable of performing the image segmentation into a huge number of regions. This extreme scenario is ideal for analyzing segmentation algorithms limitations. In fact, this study showed that the original normalized cut algorithm, which is based on the spectral graph theory, is inappropriate for applications that require that the segmentation be performed on a large number of regions. However, the use of normalized cut criteria for segmenting bacteria colonies images is still possible thanks to a new algorithm that is being introduced in this paper. The new algorithm is based on hierarchical clustering of the graph nodes, instead of using the spectral theory concepts. Experiments also show that the bi-partitioning of a graph by the new algorithm has a normalized cut average value about 40 times lesser than the bi-partitioning by the algorithm based on the spectral theory
Mestrado
Tecnologia e Inovação
Mestre em Tecnologia
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Rodrigues, Vivian Maria Tellaroli. "Detecção da microbiota endodôntica de dentes sem vitalidade pulpar com ou sem lesão periapical radiográfica, por meio das técnicas de checkerboard DNA-DNA hybridization e cultura microbiológica /." Araraquara : [s.n.], 2006. http://hdl.handle.net/11449/90391.
Full textAbstract:
Orientador: Mário Tanomaru FilhoBanca: Marco Antônio Húngaro Duarte
Banca: Paulo Sérgio Cerri
Resumo: A proposta do estudo foi avaliar a microbiota endodôntica de dentes de humanos sem vitalidade pulpar com ou sem lesão periapical visível radiograficamente por meio das técnicas de "Checkerboard DNA-DNA Hybridization" e cultura microbiológica. Foram utilizados 20 dentes unirradiculados, divididos em casos de necrose pulpar sem lesão periapical (Grupo I) e dentes com necrose pulpar e lesão periapical (Grupo II). A colheita do material do canal radicular foi realizada com lima K e cones de papel absorvente. Para a técnica de cultura, as amostras foram semeadas em meios As, Ask, Ms e Tio's, para avaliação da presença de microrganismos anaeróbios, aeróbios e facultativos. Para a técnica de "Checkerboard DNA-DNA Hybridization", foi realizado o processamento do DNA extraído das amostras e das sondas de DNA de 33 microrganismos. Os resultados mostraram nas duas técnicas empregadas a presença de microrganismos. A técnica de hibridação DNA - DNA checkerboard permitiu a identificação de 31 espécies diferentes no Grupo I e de 32 espécies diferentes no Grupo II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominaram no Grupo I. As sondas Streptococcus mitis e Selenomonas noxia não foram detectadas em nenhuma amostra deste grupo. No Grupo II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa e Porphyromonas gingivalis foram detectadas em todos os casos e Selenomonas noxia não foi encontrada em nenhuma das amostras deste grupo. Houve tendência para maior presença de bactérias anaeróbias obrigatórias moderadas no Grupo II, embora sem diferença significante (p>0,05), em relação ao Grupo I, de acordo com a cultura microbiológica. Foi observada maior freqüência de espécies bacterianas anaeróbias obrigatórias moderadas nos canais radiculares, tanto para o Grupo I como para o Grupo II, de acordo com a técnica de hibridação DNA-DNA checkerboard.
Abstract: The purpose of this study was to evaluate the endodontic microbiota from human's teeth, with no pulp vitality, with or without radiographic chronic periapical lesion, using a culture microbiologic method and checkerboard DNA-DNA hybridization technique. The whole sample, with 20 single root's teeth, was collected and divided into: teeth with no pulp vitality without periapical lesion (Group I) and teeth with no pulp vitality with periapical lesion (Group II). The samples were obtained with K file and absorbent paper points. To the culture technique, the samples were grown by using media like As, Ask, Ms and Tio's. To checkerboard DNA-DNA hybridization technique, the samples of DNA extracted crossed with microorganisms' DNA obtained from ATCC. The results demonstrated in two techniques used that in all the samples identified microorganisms, at least 20 ufc/ml. The checkerboard DNA-DNA hybridization technique demonstrated the identification of 31 different species of microorganisms in Group I and 32 different species of microorganisms in Group II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominated in Group I. The probes Streptococcus mitis and Selenomonas noxia were not detected in no sample in this group. At Group II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa and Porphyromonas gingivalis were detected in all cases, and Selenomonas noxia was not present in sample of this group. It was tendency to greater number strict anaerobe microorganisms in Group II, however without statistical significance (p>0.05), in relation Group I, in accord with culture microbiologic method. It was detected a greater frequency of anaerobe strict microorganisms species in root canal, in both Groups I and II, in accord with the checkerboard DNA-DNA hybridization technique.
Mestre
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Leitão, Vaz Fernanda. "Avaliação sobre a biodegradação de paclobutrazol utilizando culturas mistas de bactérias." Universidade Federal de Pernambuco, 2006. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1706.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2006Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Paclobutrazol (PBZ) é um regulador do crescimento vegetal que permanece ativo no solo e pode afetar o crescimento e o desenvolvimento de plantios subseqüentes. O objetivo deste trabalho foi investigar a biodegradação deste composto por bactérias nativas de solos de duas regiões do semi-árido nordestino, Mandacaru e Bebedouro, com plantios de manga, com e sem histórico de aplicação de PBZ. As bactérias foram isoladas por enriquecimento e caracterizadas parcialmente. Os experimentos de biodegradação foram realizados em frascos utilizando-se culturas mistas de Pseudomonas spp., conforme o local de isolamento, em meio mineral, contendo apenas PBZ ou acrescido de glicerol ou glicose, como fonte de carbono, ou ainda adicionando-se duas linhagens bacterianas, uma de Streptomyces e outra Rhodococcus. Os frascos foram incubados a 30 0C sob agitação de 250 rpm, durante 30 dias, com a retirada de amostras em intervalos pré-definidos. As quantificações do crescimento e da biodegradação de paclobutrazol foram realizadas por espectroscopia a 420 nm e 221 nm, respectivamente. Nos experimentos utilizando apenas PBZ, como fonte de carbono, houve um significativo crescimento e a biodegradação alcançou seu valor máximo de 47 % em 20 dias de cultivo, quando foi utilizada a cultura mista composta pelas Pseudomonas spp., isoladas da região de Mandacaru sem histórico de aplicação de PBZ (MS). A esta cultura mista foram adicionadas linhagens de Streptomyces e de Rhodococcus, e foi observada uma inibição do crescimento e consequentemente da biodegradação. Nos experimentos utilizando PBZ e glicose, como fontes de carbono, o crescimento da cultura mista MS foi consideravelmente maior, não sendo, entretanto, verificado a biodegradação de PBZ. Por outro lado, quando foram utilizados PBZ e glicerol, o crescimento da cultura mista MS foi menor, mas ainda maior do que aquele obtido nos experimentos apenas com PBZ. A produção de biossurfactante nos experimentos utilizando PBZ e glicerol foi quantificada em 0,2 g/L, enquanto no experimentos com apenas PBZ como fonte de carbono, não foi verificada produção
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Siroli, Lorenzo <1984>. "Use of essential oils and biocontrol cultures for the improvement of shelf-life of fresh cut products." Doctoral thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2014. http://amsdottorato.unibo.it/6278/.
Full textAbstract:
The demand of minimally processed fruits and vegetables has increased in the last years. However, their intrinsic characteristics may favor the growth of pathogens and spoilage microbiota. The negative effects on human health reported for some traditional chemical sanitizers have justified the search for substitutes to guarantee food safety and quality. In this work we have evaluate the potential of some essential oils and their components to improve the safety and the shelf life of Lamb’s lettuce (Valerianella locusta) and apples (Golden delicious). Moreover, the effects of selected lactic acid bacteria alone or in combination with essential oils or their components, on the shelf-life and safety as well as organoleptic properties of minimally processed products, were evaluated. Since the lack of knowledge of microbial cell targets of essential oils represent one of the most important limit to the use of these molecules at industrial level, another aim of this thesis was the study of the action mechanisms of essential oils and their components. The results obtained showed the beneficial effects of the natural antimicrobials as well as the selected lactic acid bacteria on minimally processed fruit and vegetable safety and shelf-life, without detrimental effects on the quality parameters. The beneficial effects obtained by the use of the selected biocontrol agents were further increased combining them with selected natural antimicrobials. The natural antimicrobial employed induced noticeable modifications of membrane fatty acid profiles and volatile compounds produced by microbial cells during the growth. The modification of the expression in genes involved in fatty acid biosynthesis suggesting that the cytoplasmic membrane of microbial cells is one of the major cellular target of essential oils and their components. The comprehension of microbial stress response mechanisms can contribute to the scaling up of natural antimicrobials and bio-control agents at industrial level.
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Carvalho, Tatiana de Freitas Costa de. "Leveduras isoladas de ninhos de formigas da tribo Attini (Hymeniptera: Formicidae) /." Rio Claro : [s.n.], 2010. http://hdl.handle.net/11449/94987.
Full textAbstract:
Orientador: Fernando Carlos PagnoccaBanca: Derlene Attili de Angelis
Banca: Sandra Regina Ceccato Antonini
Resumo: A simbiose entre as formigas Attini e o fungo cultivado permitiu a expansão das suas colônias e a utilização dos fungos como parte da dieta alimentar dos adultos e como principal alimento das larvas. Em troca, as formigas suprem os fungos com substrato vegetal, dão abrigo, os dispersam para novas localidades e oferecem proteção contra seus predadores e patógenos. Apesar dos diversos mecanismos para manter o ninho livre de outros micro-organismos, bactérias, leveduras e fungos filamentosos podem ser encontrados. Na literatura, há pouca informação sobre a presença e o papel biológico das leveduras em ninhos de Attini. Portanto, neste trabalho a ênfase foi isolar e identificar as leveduras encontradas em jardins de fungo e em alguns materiais de descarte de ninhos de Attini. Esta abordagem permitiu a criação de um banco de estirpes específico que deverá ser utilizado em outras pesquisas que possam possibilitar uma análise mais apronfundada sobre a participação delas na simbiose. Foram analisados quarenta e quatro ninhos pertencentes a espécies de Attini de sete gêneros distintos, a saber: Mycocepurus, Myrmicocrypta, Mycetophylax, Sericomyrmex, Trachymyrmex, Acromyrmex e Atta. Deles, foi isolado um total de cento e cinqüenta e duas estirpes, distribuídas em trinta e três espécies, as quais foram identificadas por análises morfológicas, fisiológicas e pelo seqüenciamento dos domínios D1/D2 da região 26S do rDNA; contudo, em alguns casos, foi necessário seqüenciar a região ITS. A espécie mais encontrada nos ninhos de Mycocepurus goeldii, Trachymyrmex sp e Acromyrmex sp foi Pichia guilliermondii, prevalente nos ninhos dos dois últimos gêneros. Houve predominância das espécies Pichia caribbica e Candida railenensis no único ninho de Myrmicocrypta sp e de Cryptococcus flavescens nos ninhos de Atta sexdens rubropilosa. Observamos também a dominância... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The symbiosis between the Attini ants and their cultivated fungi allowed the expansion of their colonies as well as the use of fungi as part of the adults' diet and the main food of the larvae. In return, the ants supply the fungi with plant substrates, provide shelter, disperse the fungi to new locations and offer protection against predators and pathogens. Although several mechanisms to keep the nest free of other microorganisms, several bacteria, yeasts and filamentous fungi can be found. In literature, there is little information about the presence and biological role of yeasts in Attini nests, therefore, the emphasis of this study was to isolate and identify yeasts in fungus gardens and in some waste deposits of Attini ants. This approach permitted a database creation of specific strains which can be used in other researchs that may facilitate a deeper analysis about their participation in symbiosis. Forty-four nests of seven different attine genera were analyzed, which are: Mycocepurus, Myrmicocrypta, Mycetophylax, Sericomyrmex, Trachymyrmex, Acromyrmex e Atta. A total of one hundred and fifty-two strains were isolated, belonging to thirty-three yeasts species, wich were identified by morphological and physiological analysis and the D1/D2 domains of the nuclear large subunit (26S) ribosomal DNA were sequenced; however, in some cases, it was necessary to identify the ITS region of the ribosomal DNA. Pichia guilliermondii was the most dominant specie encountered in nests of Mycocepurus goeldii, Trachymyrmex sp and Acromyrmex sp, with prevalence in the nests of the last two genera. Pichia caribbica and Candida railenensis predominated in the single Myrmicocrypta sp nest studied while Cryptococcus flavescens dominated in the Atta sexdens rubropilosa nests. It was observed that basidiomycete yeasts were most associated with leaf-cutting ant nests. The genera Moniliella, Torulaspora... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre
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Moreira, Roseane Vieira. "Estratégias nutricionais para a otimização da produção de exopolissacarídeos pela cepa Enterobacteramnigenus LABEM." Instituto de Ciências da Saúde, 2016. http://repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/24222.
Full textAbstract:
Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-09-14T14:50:18Z
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Capes
A meta desse trabalho é testar fatores do processo de cultivo que podem diretamente influenciar no rendimento da produção de exopolissacarídeos (EPS) por uma cepa de Enterobacter amnigenus LABEM em meio salino. A produção de EPS em meio salino foi pensada para dar suporte a um potencial processo de reutilização in situ de água de produção que é gerada durante a recuperação de petróleo em poços maduros situados em plataformas marinhas. Dessa forma o EPS produzido poderia ser utilizado para suplementar a água de injeção, que é também utilizada no processo de recuperação de petróleo. A base do meio, portanto, é a água de produção salina suplementada com uma fonte adicional de carbono para ajudar a sustentar o crescimento microbiano. O glicerol foi testado em um trabalho anterior por ser uma substância de baixo custo e facilmente disponível na indústria do petróleo e de biocombustível. Essa pesquisa dá prosseguimento ao trabalho mencionado e os testes de otimização foram baseados em informações de literatura. Foram escolhidos 6 fatores nutricionais com potencial para influenciar o aumento da produção de EPS: (i) adição de biosurfactante, (ii) adição de etanol, (iii) combinação de etanol e biosurfactante, (iv) complementos de substâncias nitrogenadas orgânicas e inorgânicas como: ácido casamínico, L-aspargina e nitrato de amônio, respectivamente, (v) adição de substância estressante/estimulante como o ácido bórico e (vi) mudanças na relação C:N. Os três primeiros fatores foram testados através da experimentação estatística de “Superfície de Resposta”. Os complementos nutricionais foram testados de acordo com concentrações sugeridas em literatura. A melhor produção de EPS (4,8 g.L-1) aconteceu nas condições de 240 rpm, 35°C e com a suplementação de 0,015% de surfactante e 2% de etanol em pH 7. Esse valor foi 3 vezes maior do que o controle (1,49 g.L-1). As suplementações com ácido bórico, ácido casamínico, L-aspargina e nitrato de amônio apresentaram uma produção média de 2,21; 2,94; 2,46 e 2,63 g.L-1, respectivamente. Portanto, conclui-se que a adição do surfactante e etanol aumentaram significativamente a produção de EPS pela cepa Enterobacter amnigenus LABEM em meio salino
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Biscaro, Guilherme Augusto 1971. "Utilização de águas receptoras de efluentes urbanos em sistemas de irrigação localizada superficial e subsuperficial na cultura da alface americana (Lactuca sativa L.) /." Botucatu : [s.n.], 2003. http://hdl.handle.net/11449/103443.
Full textAbstract:
Orientador: Raimundo Leite CruzResumo: Este trabalho teve como finalidade avaliar a viabilidade do uso da água do Ribeirão Lavapés, que recebe os esgotos doméstico e industrial não tratados da cidade de Botucatu, São Paulo, para utilização em sistemas de irrigação localizada por gotejamento dispostos superficialmente e subsuperficialmente. Avaliou-se os coeficientes de uniformidade e eficiência da mangueira gotejadora, o uso ou não do tanque reservatório e a aplicação de cloro na água. Realizou-se a caracterização química do solo antes da aplicação das águas residuárias e as alterações de suas características no decorrer de quatro ciclos de cultivo de alface; analisou-se também a presença de coliformes fecais, Salmonella spp e formas evolutivas de parasitas humanos (cistos de protozoários e ovos de helmintos) nas amostras de planta, na água de irrigação e no solo. Concluiu-se que os tratamentos propostos não apresentaram diferenças estatisticamente significativas, sendo a melhor combinação a disposição superficial das mangueiras gotejadoras, a aplicação de cloro e a utilização da água diretamente do Ribeirão Lavapés, sem necessidade do tanque reservatório.
Abstract: This study was carried out to evaluate the viability of using the Ribeirão Lavapés's water, which receives the domestic and industrial not treated sewers of the city of Botucatu, São Paulo, for application in drip irrigation systems, disposed superficially and sub-superficially. It was evaluated the uniformity coefficients, the efficiency of the drip tape, the possible use of the reservatory tank, and also the application of chlorine in the water. Chemical characterization of soil before the application of the waste waters, and changes of its characteristics during the four cycles of lettuce cultivation, were analyzed; it was also observed the presence of fecal coliformes, Salmonella spp., and evolutionary forms of human parasites (protozoa cysts and helmint eggs) in plant samples, in irrigation water, and in the soil. Treatments did not present any significant differences, where the best combination was the superficial arrangement of the drip tapes, the application of chlorine, and the utilization of water directly from the Ribeirão Lavapés, being not necessary the use of the reservatory tank.
Doutor
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Carmo, Ana Paula do. "Produção de cultura DVS (Direct Vat Set) para Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 cultivado em soro de queijo Minas Frescal." Universidade Federal de Viçosa, 2006. http://locus.ufv.br/handle/123456789/5360.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2006-05-10Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
The physiological and technological parameters important to the development of Direct Vat Set culture of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 cultivated in Minas Frescal cheese whey were studied. Greater fermentative activity on cheese whey was observed at 40ºC and therefore all bacterial growth experiments were performed at this temperature. Heat shock, 50ºC for 30 minutes, or acid stress, cheese whey with pH 3.5 for 30 minutes, did not affect growth of L. delbrueckii UFV H2b20 on cheese whey. The survival of heat or acid pre-treated cells was assessed after dehydration by lyophilization and spray-drying. Cell survival to either dehydration processes was not affected by acid pre-treatment, whereas heat shock had a deleterious effect on survival. The addition of protective substances (6% mannitol, 1,25% sorbitol, 1,25% monosodium glutamate and mixture of 6% sucrose and 4% trehalose) to cheese whey in which the cells were submitted to lyophilization did not improve cell survival to dehydratation and storage at -80ºC for two months. Cell survival was greater when lyophilization was performed on cheese whey alone. Acid pre-treated cells on cheese whey, pH 3.5 adjusted with HCl, without any further addition, retained higher viable counts after lyophilization and subsequent -80ºC storage. Cell activity recovery in 10% reconstituted skimmed milk was not affected by either heat shock or acid pre-treatment when cells were lyophilized in cheese whey with no additional substances. Spray-dried cultures submitted to acid stress demonstrate recovery comparable to active cells which were not subjected to any condition that could result in cell injury. Those cultures exhibit a high activity even after two months storage at - 20ºC. The hereby presented results demonstrate that the probiotic culture produced in stabilized Minas Frescal cheese whey, pre-treated at pH 3.5, and spray-dried have desirable viability and activity characteristics, and its use can be recommended for the elaboration of milk fermented products containing L. delbrueckii UFV H2b20 cells.
Os parâmetros fisiológicos e tecnológicos de importância para o desenvolvimento de sistema DVS para Lactobacillus delbrueckii UFVH2b20 em soro de queijo Minas Frescal estabilizado foram estudados. A maior atividade fermentativa das células do L. delbrueckii UFV H2b20 em soro de queijo ocorreu a 40ºC. Por essa razão, essa temperatura de incubação foi adotada para a condução dos experimentos. Foi observado que a aplicação de choque térmico, 50ºC por 30 minutos, ou choque ácido, pH 3,5 por 30 minutos, a 40ºC, às células de L. delbrueckii UFV H2b20 não afetaram seu crescimento. Foi avaliado ainda se a aplicação de tais pré-tratamentos afetava a sobrevivência aos processos de desidratação das células por liofilização e spray-drying. Foi observado que o choque ácido não afetou a sobrevivência de L. delbrueckii UFV H2b20 aos dois processos de desidratação avaliados. Por outro lado, o choque térmico teve efeito deletério sobre a sobrevivência das células submetidas aos mesmos processos de desidratação. Para as culturas liofilizadas, foi avaliado se a adição de diferentes soluções protetoras (manitol 6%, sorbitol 1,25%, glutamato monossódico 1,25% e mistura das soluções de sacarose 6% e trealose 4%) exercia efeito sobre a sobrevivência de L. delbrueckii UFV H2b20 à liofilização, bem como durante o período de estocagem das células desidratadas a -80ºC por 2 meses. A sobrevivência das células ao processo de liofilização foi maior quando não se adicionaram substâncias crioprotetoras ao soro de queijo. Maior viabilidade durante o armazenamento a -80ºC foi observada quando as células foram pré-tratadas em soro de queijo pH 3,5, ajustado com HCl e sem a adição de outras substâncias antes da liofilização. Observou-se que os choques térmico ou ácido não afetaram a recuperação imediata em leite desnatado reconstituído a 10% das culturas liofilizadas que não sofreram adição de substâncias protetoras. Nas culturas desidratadas por spray-drying, observou-se que as células de L. delbrueckii UFV H2b20, previamente submetidas ao choque ácido, lograram crescimento comparável ao obtido pelas células ativas que não foram submetidas a qualquer condição que possa causar injúria. Essas culturas permaneceram com elevado número de células, mesmo após 2 meses de estocagem a -20°C. Os resultados obtidos levam à conclusão de que a cultura starter probiótica produzida em soro de queijo Minas Frescal estabilizado, desidratada por spray-drying e previamente submetida ao choque ácido, demonstrou características de viabilidade e atividade mais promissoras, e seu uso pode ser recomendado para a elaboração de produtos lácteos fermentados contendo células do L. delbrueckii UFV H2b20.
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Carvalho, Fabíola Gomes de. "Variabilidade de isolados de estirpes de Bradyrhizobium ssp recomendadas para a cultura da soja." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2003. http://hdl.handle.net/10183/3245.
Full textAbstract:
A produção da soja em escala comercial tem sido viabilizada técnica e economicamente, entre outros fatores, devido a fixação biológica do N2 por estirpes de Bradyrhizobium que podem suprir a demanda de nitrogênio desta leguminosa. No entanto, a variabilidade existente nas estirpes de Bradyrhizobium spp recomendadas para inoculação da soja tem comprometido o processo simbiótico. Variantes espontâneos isolados a partir das estirpes de B. japonicum (SEMIA 5079 e SEMIA 5080) e B. elkanii (SEMIA 587 e SEMIA 5019) foram avaliados quanto ao desempenho simbiótico (eficiência, nodulação em diferentes hospedeiros e competitividade), indução de clorose foliar em diferentes hospedeiros, morfologia colonial, habilidade de metabolização de carboidratos e tolerância à salinidade em diferentes temperaturas de incubação. Nas etapas de eficiência simbiótica e competitividade foi usada a cultivar de soja BR-16 e na avaliação da nodulação e indução de clorose foliar foram usados os seguintes hospedeiros: soja (Glycine max) (cultivares Clark e Peking), caupi (Vigna unguiculata) e guandu (Cajanus cajan). A caracterização genotípica foi realizada através da reação em cadeia da polimerase (PCR), com os oligonucleotídeos iniciadores BOX A 1-R, ERIC e RP01 Os resultados obtidos demonstraram que variantes e estirpes originais diferem quanto a características fenotípicas, e que diferenças nos perfis eletroforéticos de DNA analisados através da amplificação com os oligonucleotídeos iniciadores testados, evidenciaram a variabilidade genética presente entre as estirpes originais e os variantes selecionados. A cultivar de soja Clark, assim como caupi e guandu foram susceptíveis à rizobiotoxina produzida por estirpes e variantes de B. elkanii. Embora não se tenha verificado diferenças na nodulação em diferentes hospedeiros quando variantes ou estirpes de B. japonicum e B. elkanii foram inoculados em soja, caupi e guandu, foi observado uma simbiose eficiente para a soja (cultivares BR 16, Clark e Peking). A partir da variabilidade existente nas estirpes SEMIA 587, SEMIA 5019, SEMIA 5079 e SEMIA 5080 foram selecionados variantes eficientes e competitivos quanto à fixação de N2 em soja.
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Carvalho, Tatiana de Freitas Costa de [UNESP]. "Leveduras isoladas de ninhos de formigas da tribo Attini (Hymeniptera: Formicidae)." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2010. http://hdl.handle.net/11449/94987.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2010-06-17Bitstream added on 2014-06-13T19:14:46Z : No. of bitstreams: 1
carvalho_tfc_me_rcla.pdf: 2275513 bytes, checksum: 3bc9edf69c7dd103a1efb4f715d02c3b (MD5)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
A simbiose entre as formigas Attini e o fungo cultivado permitiu a expansão das suas colônias e a utilização dos fungos como parte da dieta alimentar dos adultos e como principal alimento das larvas. Em troca, as formigas suprem os fungos com substrato vegetal, dão abrigo, os dispersam para novas localidades e oferecem proteção contra seus predadores e patógenos. Apesar dos diversos mecanismos para manter o ninho livre de outros micro-organismos, bactérias, leveduras e fungos filamentosos podem ser encontrados. Na literatura, há pouca informação sobre a presença e o papel biológico das leveduras em ninhos de Attini. Portanto, neste trabalho a ênfase foi isolar e identificar as leveduras encontradas em jardins de fungo e em alguns materiais de descarte de ninhos de Attini. Esta abordagem permitiu a criação de um banco de estirpes específico que deverá ser utilizado em outras pesquisas que possam possibilitar uma análise mais apronfundada sobre a participação delas na simbiose. Foram analisados quarenta e quatro ninhos pertencentes a espécies de Attini de sete gêneros distintos, a saber: Mycocepurus, Myrmicocrypta, Mycetophylax, Sericomyrmex, Trachymyrmex, Acromyrmex e Atta. Deles, foi isolado um total de cento e cinqüenta e duas estirpes, distribuídas em trinta e três espécies, as quais foram identificadas por análises morfológicas, fisiológicas e pelo seqüenciamento dos domínios D1/D2 da região 26S do rDNA; contudo, em alguns casos, foi necessário seqüenciar a região ITS. A espécie mais encontrada nos ninhos de Mycocepurus goeldii, Trachymyrmex sp e Acromyrmex sp foi Pichia guilliermondii, prevalente nos ninhos dos dois últimos gêneros. Houve predominância das espécies Pichia caribbica e Candida railenensis no único ninho de Myrmicocrypta sp e de Cryptococcus flavescens nos ninhos de Atta sexdens rubropilosa. Observamos também a dominância...
The symbiosis between the Attini ants and their cultivated fungi allowed the expansion of their colonies as well as the use of fungi as part of the adults’ diet and the main food of the larvae. In return, the ants supply the fungi with plant substrates, provide shelter, disperse the fungi to new locations and offer protection against predators and pathogens. Although several mechanisms to keep the nest free of other microorganisms, several bacteria, yeasts and filamentous fungi can be found. In literature, there is little information about the presence and biological role of yeasts in Attini nests, therefore, the emphasis of this study was to isolate and identify yeasts in fungus gardens and in some waste deposits of Attini ants. This approach permitted a database creation of specific strains which can be used in other researchs that may facilitate a deeper analysis about their participation in symbiosis. Forty-four nests of seven different attine genera were analyzed, which are: Mycocepurus, Myrmicocrypta, Mycetophylax, Sericomyrmex, Trachymyrmex, Acromyrmex e Atta. A total of one hundred and fifty-two strains were isolated, belonging to thirty-three yeasts species, wich were identified by morphological and physiological analysis and the D1/D2 domains of the nuclear large subunit (26S) ribosomal DNA were sequenced; however, in some cases, it was necessary to identify the ITS region of the ribosomal DNA. Pichia guilliermondii was the most dominant specie encountered in nests of Mycocepurus goeldii, Trachymyrmex sp and Acromyrmex sp, with prevalence in the nests of the last two genera. Pichia caribbica and Candida railenensis predominated in the single Myrmicocrypta sp nest studied while Cryptococcus flavescens dominated in the Atta sexdens rubropilosa nests. It was observed that basidiomycete yeasts were most associated with leaf-cutting ant nests. The genera Moniliella, Torulaspora... (Complete abstract click electronic access below)
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Biscaro, Guilherme Augusto [UNESP]. "Utilização de águas receptoras de efluentes urbanos em sistemas de irrigação localizada superficial e subsuperficial na cultura da alface americana (Lactuca sativa L.)." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2003. http://hdl.handle.net/11449/103443.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2003-06Bitstream added on 2014-06-13T20:43:42Z : No. of bitstreams: 1
biscaro_ga_dr_botfca.pdf: 709283 bytes, checksum: bb063114527e6c67e93b18508e3b3028 (MD5)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Este trabalho teve como finalidade avaliar a viabilidade do uso da água do Ribeirão Lavapés, que recebe os esgotos doméstico e industrial não tratados da cidade de Botucatu, São Paulo, para utilização em sistemas de irrigação localizada por gotejamento dispostos superficialmente e subsuperficialmente. Avaliou-se os coeficientes de uniformidade e eficiência da mangueira gotejadora, o uso ou não do tanque reservatório e a aplicação de cloro na água. Realizou-se a caracterização química do solo antes da aplicação das águas residuárias e as alterações de suas características no decorrer de quatro ciclos de cultivo de alface; analisou-se também a presença de coliformes fecais, Salmonella spp e formas evolutivas de parasitas humanos (cistos de protozoários e ovos de helmintos) nas amostras de planta, na água de irrigação e no solo. Concluiu-se que os tratamentos propostos não apresentaram diferenças estatisticamente significativas, sendo a melhor combinação a disposição superficial das mangueiras gotejadoras, a aplicação de cloro e a utilização da água diretamente do Ribeirão Lavapés, sem necessidade do tanque reservatório.
This study was carried out to evaluate the viability of using the Ribeirão Lavapés's water, which receives the domestic and industrial not treated sewers of the city of Botucatu, São Paulo, for application in drip irrigation systems, disposed superficially and sub-superficially. It was evaluated the uniformity coefficients, the efficiency of the drip tape, the possible use of the reservatory tank, and also the application of chlorine in the water. Chemical characterization of soil before the application of the waste waters, and changes of its characteristics during the four cycles of lettuce cultivation, were analyzed; it was also observed the presence of fecal coliformes, Salmonella spp., and evolutionary forms of human parasites (protozoa cysts and helmint eggs) in plant samples, in irrigation water, and in the soil. Treatments did not present any significant differences, where the best combination was the superficial arrangement of the drip tapes, the application of chlorine, and the utilization of water directly from the Ribeirão Lavapés, being not necessary the use of the reservatory tank.
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Miguel, Elisângela Michele. "Atividade de etanol desidrogenase durante a estocagem em culturas usadas na produção de iogurte." Universidade Federal de Viçosa, 2003. http://locus.ufv.br/handle/123456789/5294.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2003-08-22Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Alcohol dehydrogenase, ADH, activity was investigated in Streptococcus thermophilus NCDO 1968, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842, Lactobacillus acidophilus ATCC 4356, and the probiotic strain Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, after growth at 37°C for 12 hours, and storage at 4°C for 21 days. L. delbrueckii subsp. bulgaricus and L. acidophilus presented positive results for ADH activity in Alcohol Indicator Medium, while L. delbrueckii UFV H2b20 presented negative results after 21 days. This method was not discriminatory for S. thermophilus. ADH activity was also measured by the oxidation of NAD(P)H and expressed as μmol of NAD(P)H oxydized per min per mg protein. The average activity in L. acidophilus was 1,06x10-7 µmol.min-1.mg-1. The activity increased to 9,17x10-7µmol.min-1.mg-1 after cells were kept in MRS medium at 4°C, for 5 days. Increases in ADH activity were also detected in cell free extracts of L. delbrueckii subsp. bulgaricus and S. thermophilus. The three strains displayed low ADH activity in MRS broth after 21 days at 4°C. The headspace analysis by Gas Chromatography/ Mass Spectroscopy revealed acetaldehyde production by L. delbrueckii subsp. bulgaricus, L. acidophilus and S. thermophilus. The latter produced acetaldehyde only after storage at 4°C. Ethanol production was not detected. Despite some ADH activity was detected in liquid medium, the combined results do not support completely the hypothesis that ADH activity would be induced itself after storage at low temperatures. Other studies are still needed.
A atividade de etanol desidrogenase, ADH, foi investigada em espécies de bactérias usadas na fabricação do iogurte, Streptococcus thermophilus NCDO 1968, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842, Lactobacillus acidophilus ATCC 4356, e da linhagem probiótica Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, após crescimento a 37°C por 12 horas e estocagem a 4°C por 21 dias. Em meio indicador de álcool, L. delbrueckii subsp. bulgaricus e L. acidophilus apresentaram resultado positivo para atividade de ADH, enquanto L. delbrueckii UFV H2b20, resultado negativo. A detecção da atividade, nesse meio, não foi discriminatória para S. thermophilus. A atividade de ADH, em meio líquido, foi determinada pela medida da oxidação de NAD(P)H e expressa em µmoles de NAD(P)H oxidado por minuto por mg de proteína. A atividade em L. acidophilus foi, em média de 1,06x10-7 µmol.min-1.mg-1, aumentando para 9,17x10- 7µmol.min-1.mg-1, após a estocagem das células em meio MRS, por 5 dias, a 4°C. Também houve aumento de atividade de ADH nos extratos livres de células de L. delbrueckii subsp. bulgaricus e S. thermophilus. Os resultados em meio líquido mostraram que as três culturas apresentaram baixa atividade de ADH durante a estocagem por 21 dias, a 4°C. A metodologia baseada em GC/MS, por headspace, permitiu detectar acetaldeído produzido por L. delbrueckii subsp. bulgaricus, L. acidophilus e S. thermophilus, o qual produziu acetaldeído somente após a estocagem a 4°C. Entretanto, a atividade de ADH não foi observada após a incubação para crescimento a 37°C, por 12 h, nem após a estocagem a 4°C por 21 dias, não sendo observada a produção de etanol, nas condições estudadas. Estes resultados não confirmam a hipótese de uma ADH que se manifestaria após longos períodos em baixas temperaturas, embora baixa atividade da enzima tenha sido detectada em meio líquido. Outros estudos são necessários.
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Cunha, Catarina Isabel Gaio da Silva. "Estudo da expressão génica da Legionella pneumophila estirpe paris após co-cultura em Acanthamoeba castellanii." Master's thesis, Faculdade de Ciências Médicas, 2013. http://hdl.handle.net/10362/10887.
Full textAbstract:
RESUMO: A Legionella é um bacilo Gram-negativo que replica dentro de protozoários como
Acanthamoeba castellanii (A. castellanii) e no interior de macrófagos alveolares
humanos, podendo resultar numa pneumonia grave.
A Legionella em meio líquido tem um ciclo de vida bifásico, apresentando traços
replicativos na fase exponencial e expressando factores transmissíveis na fase
estacionária.
Estudos recentes demonstraram que a Legionella precisa de assegurar um tempo preciso
no seu ciclo de vida para efectuar com êxito a infecção das células hospedeiras. Muitos
modelos de estudo foram desenvolvidos a fim de aumentar o conhecimento sobre o
ciclo de vida intracelular e identificar os genes necessários para a modulação da célula
hospedeira. Embora o conhecimento sobre a interacção bactéria-hospedeiro ainda seja
limitado, parece que esta interacção gera um conjunto de características de virulência
permitindo que a bactéria infecte células fagocíticas humanas e cause doença.
O objectivo do presente projecto de investigação foi investigar e seleccionar genes
críticos para a infecciosidade da Legionella pneumophila estirpe Paris (Lp Paris),
desenhar e optimizar uma técnica de PCR em tempo real para o estudo da expressão
génica e comparar o perfil de expressão da Lp Paris antes e depois da co-cultura em A.
castellanii.
Os resultados mostraram que oito dos 12 genes em estudo alteraram a sua expressão
relativa após co-cultura em A. castellanii quando os ensaios foram realizados com
culturas de Lp Paris na fase estacionária precoce (cinco foram induzidos e três
reprimidos) Quando os ensaios foram realizados com culturas de Lp Paris na fase
estacionária tardia 11 genes apresentaram repressão na sua expressão relativa.
Analisando os resultados, concluímos que o perfil de expressão de Lp Paris foi
modificado pela interacção com A. castellanii, no entanto essa mudança foi dependente da fase do seu ciclo de vida.-------ABSTRACT: Legionella is a pathogenic Gram-negative bacterium that replicates not only within
aquatic protozoa like Acanthamoeba castellanii (A. castellanii), but also within human
alveolar macrophages, which can result in a severe pneumonia.
Legionella has a biphasic life cycle in broth, where exponential phase cultures display
replicative traits and stationary bacteria express transmissive factors.
Recent studies demonstrated that for successful infection of host cells, Legionella needs
to ensure a precise timing of its life cycle. Many models of study were developed in
order to learn about the intracellular life cycle and to identify the genes necessary for
the host cell modulation. Although knowledge about the bacteria-host interaction is still
limited, it appears that this interaction generate a pool of virulence traits, allowing the
bacterium to infect human phagocytic cells and cause disease.
The purpose of the present study was to investigate and select de critical genes for the
infectivity of Legionella pneumophila strain Paris (Lp Paris), design and optimize a real
time PCR technique for gene expression study and compare the expression profile of Lp
Paris before and after co- culture of A. castellanii.
The results show that eight of 12 genes in study changed its relative expression after coculture
in A. castellanii when we performed the intracellular assays with early stationary
phase Lp Paris cultures (five were induced and tree were repressed). When we
performed the intracellular assays with late stationary phase Lp Paris cultures 11 genes
showed a repressed relative expression.
Analysing the results, we conclude that the expression profile of Lp Paris was modified
by interaction with A. castellanii but this change was dependent of the timing of its life cycle.
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Bombardi, Franciele Mendes de Lima. "Sensoriamento ótico da dinâmica do crescimento de colônias de escherichia coli em ambiente hídrico." Universidade Tecnológica Federal do Paraná, 2017. http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/2526.
Full textAbstract:
Este trabalho apresenta um estudo empregando duas técnicas óticas para monitorar o crescimento de culturas de cepas de Escherichia coli em dois meios de cultura líquidos: Espectroscopia de absorção UV-Vis (turbidimetria) e espectroscopia Raman. Na primeira técnica, a turbidez permite avaliar as diferentes fases naturais de crescimento de uma cultura bacteriana (lag, exponencial, estacionária e decaimento) por meio da densidade ótica, medida com um espectrômetro UV-VIS. Na segunda, o espalhamento Raman (medido com um espectrômetro dispersivo), a partir de amostras de água contaminada, fornece não apenas informações sobre as fases de crescimento, mas também abre a possibilidade de identificação bacteriana através da sua impressão digital característica. Mediu-se a dinâmica de duas cepas de E. coli – (nomeadas como H2/11 e H3C2/12) em um caldo líquido nutriente e quatro cepas de E. coli (nomeadas como H2/11, H3C2/12, 109 e 110) em caldo líquido EC, mantidas a 37,0°C ao longo de 24 horas. Alíquotas das amostras foram removidas da cultura em intervalos de tempo regulares para medições espectrais. A análise da turbidez permitiu medir o tempo de geração (isto é, o tempo de duplicação de uma população), que foi maior para cepas crescidas em caldo EC. Os espectros Raman forneceram informações sobre a evolução temporal das bandas a 942 cm-1, 977 cm-1, 1036 cm-1, 1086 cm-1, 1140 cm-1, 1188 cm-1, 1182 cm-1, 1207 cm-1 e 1251 cm-1, associadas com impressões digitais de componentes biológicos específicos. Os dados espectrais foram analisados por Análise de Componentes Principais (PCA). Os resultados obtidos em ambas as técnicas permitiram identificar as fases lag, exponencial e estacionária das cepas estudadas.This work is a study using two optical techniques to monitor the growth of cultures of Escherichia coli strains in two liquid culture medium: Raman spectroscopy and UV-Vis absorption spectroscopy (turbidimetry). In one hand, turbidity allows evaluating the different phases of growth of a bacterial culture (lag, exponential, stationary and decay) by optical density, measured with an UV-VIS spectrometer. On the other hand, Raman scattering (measured with a dispersive spectrometer) from contaminated water samples not only provides information about the grow phases, but also opens a possible identification of bacterial by its characteristic fingerprint. Two strains of E. coli (named as H2 / 11 and H3C2 / 12) were measured in liquid nutrient broth and four E. coli strains (named H2 / 11, H3C2 / 12, 109 and 110) in EC liquid broth, kept at 37.0 ° C over 24 hours. Aliquots of the samples were removed from the culture at regular time intervals for spectral measurements. The turbidity analysis allowed to measure the generation time, which was higher for strains grown in EC broth. Raman spectra provided information about the time evolution of the bands at 942 cm-1, 977 cm-1, 1036 cm-1, 1086 cm-1, 1140 cm-1, 1188 cm-1, 1182 cm-1, 1207 cm-1 e 1251 cm-1, associated with fingerprints of biological components. Data were analyzed by Principal Component Analysis (PCA). These results of both techniques allowed identifying the phases lag, exponential and stationary of the studied strains.
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Correa, Lygia Fátima da Mata. "Cinética de crescimento e longevidade de culturas de Kluyveromyces lactis sob estresse por nitrogênio." Universidade Federal de Viçosa, 2007. http://locus.ufv.br/handle/123456789/5387.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2007-03-16Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais
In order to investigate the stress condition imposed by nitrogen limitation on kinetic of growth and aging of Kluyveromyces lactis, the kinetics constants of K. lactis culture as function of ammonium sulfate concentration were determined. The effect of aging of the culture on its specific initial growth rate was evaluated. Signals of aging such as cell wall chitin concentration and apoptosis markers were analyzed as function of growth rate on continuous culture. K. lactis was cultured in buffered YCB medium supplemented with ammonium sulfate at concentrations of 0.02 to 38.0 mmol.L-1. The growth kinetic followed the model proposed by Monod. The maximum specific growth rate (µmax) and saturation constant (Ks) were 0.44 h-1 and 0.15 mmol.L-1, respectively. The initial specific growth rates decrease as the aging of the culture increases. The cell wall chitin concentration increased with the ammonium concentrate and the aging of the cultures. The cell dimensions raised with aging in all the ammonium sulfate concentration analyzed. Apoptosis markers were only observed in the older cultures, after five days of recycling of the culture on the concentrations of 0.57 mmol.L-1, 3.80 mmol.L-1 and 7.60 mmol.L-1 and after eight days on the concentrations 38.0 mmol.L-1 of ammonium sulfate. Aging signals were investigated at K. lactis cells growing in nitrogen limiting continuous culture at growth rate 0.01, 0.06, 0.18 and 0.35 h-1. Chitin concentration of cell wall of cells growing at 0.01 h-1 and 0.06 h-1 was higher (27µg.mL-1 N-acetylglucosamine and 20µg.mL-1 N-acetylglucosamine) than of cells growing at 0.18 h-1 and 0.35 h-1 (6µg.mL-1 and 5µg.mL-1, respectively). The dimensions of K. lactis cells were largest on the growth rate of 0.01 h-1. It was detected apoptosis markers on the continuous culture under the nitrogen limiting growth rate of 0.01 h-1. The results demonstrate that nitrogen limitation and aging affect growth kinetic and suggest that nitrogen limiteted continuous culture conducted at growth rate 0.01 h-1 can still proven useful to investigate aging response of Kluyveromyces lactis.
Para investigar o estresse imposto por condições limitantes de nitrogênio na cinética de crescimento e na longevidade de culturas de Kluyveromyces lactis, determinaram-se as constantes cinéticas do crescimento de culturas de K. lactis em função da concentração de sulfato de amônio, avaliou-se o efeito da idade das culturas na velocidade específica inicial de crescimento e averiguaram-se os sinais de envelhecimento celular em função de diferentes velocidades de crescimento de culturas conduzidas em regime contínuo sob limitação por nitrogênio. Culturas de K. lactis foram cultivadas em meio YCB tamponado acrescido de sulfato de amônio, nas concentrações 0,02 a 38,0 mmol.L-1. A cinética de crescimento de K. lactis em função da concentração de sulfato de amônio, obedeceu o modelo cinético proposto por Monod. A velocidade específica máxima de crescimento (μmáx.) e a constante de saturação (Ks) foram de 0,44 h-1 e 0,15 mmol.L-1, respectivamente. A velocidade específica inicial de crescimento reduziu com a idade da cultura. Concentrações de quitina na parede celular aumentaram com a idade da cultura e com a concentração de sulfato de amônio. Dimensões celulares aumentaram com a idade independente da concentração de sulfato de amônio. A presença de características morfológicas de apoptose foi verificada a partir do quinto dia de transferência da cultura para meio novo nas concentrações de 0,57 mmol.L-1, 3,80 mmol.L-1, 7,60 mmol.L-1 e a partir do oitavo dia de repicagem na concentração de 38,0 mmol.L-1 de [NH4]2SO4. Culturas contínuas sob estresse por nitrogênio foram conduzidas nas velocidades de crescimento de 0,01, 0,06; 0,18 e 0,35 h-1. Culturas com velocidades de crescimento de 0,18 e 0,35 h-1 produziram maior rendimento em etanol e menor rendimento em glicerol. A concentração de quitina na parede celular de culturas de K. lactis conduzidas nas velocidades de crescimento de 0,01 h-1 e 0,06 h-1 foi maior (27 mg.mL-1 e 20 mg.mL-1 de N-acetilglicosamina) comparada com as culturas conduzidas nas velocidades de crescimento de 0,18 h-1 e 0,35 h-1, que apresentaram 6 μg.mL-1 e 5 μg.mL-1 de N-acetilglicosamina, respectivamente. As dimensões das células de K. lactis foram maiores na cultura conduzida com velocidade de crescimento de 0,01 h-1, se comparada com as demais velocidades de crescimento avaliadas: 0,06; 0,18 e 0,35 h-1. Apesar desses sinais de envelhecimento terem sido detectados, características morfológicas de apoptose só foram identificadas nas culturas de K. lactis conduzidas na velocidade de crescimento de 0,01 h-1. Os resultados mostraram que o estresse por nitrogênio e a idade afetam a cinética de crescimento de culturas de K. lactis e sugerem que culturas contínuas de Kluyveromyces lactis sob condições nitrogênio limitantes conduzidas com velocidade de crescimento correspondente a 0,01 h-1 podem ser úteis em estudos sobre sinais de envelhecimento celular.
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Batista, Paulo Sérgio. "Análise do efeito do spray de nitrogênio líquido em culturas de bactérias enterococcus faecalis: estudos in vitro." Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2006. http://hdl.handle.net/10923/509.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2011-12-27T14:14:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2
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license.txt: 581 bytes, checksum: 44ea52f0b7567232681c6e3d72285adc (MD5)Liquid nitrogen cryotherapy has been used in several areas, including its use for therapeutic purposes. Concerning microbiology, there are a great number of researches focusing cold controlling effect on bacteria, mainly addressed to preventing their proliferation through freezing food. However, we have a limited knowledge of the intense and abrupt temperature drop effect, as that caused by liquid nitrogen spray, on microorganisms such as the Enterococcus faecalis bacteria. Thus, this work aims at analyzing, in vitro, the liquid nitrogen spray effect on bacteria cultivated in laboratories in liquid (BHI broth) and solid (agar-BHI) culture media. To that end, a suspension concentrated in 1,5 x 104 bacteria/ml was transferred to an sterilized glass phial and subjected to liquid nitrogen spray application. Spray was applied, according to different established protocols, through using an open cryogenic system (CRY-AC®) with an open extremity and a right angle adapter coupled together. After the freezing/defrosting cycle, a little amount (100 μL) of that suspension was transferred to test tubes filled with liquid medium and to Petri dishes containing solid medium, which were then incubated at a 36ºC temperature for 24h. The liquid medium spectrography results showed a discrete turbidity reduction with decrease in the bacterium population. Regarding the solid medium culture, results showed a decreased number of bacterium colonies in the experimental groups when compared to the negative-control groups, mainly in the tests with two application intervals. Analyzing the obtained results we can infer that liquid nitrogen spray cryotherapy interfered with the E. faecalis in vitro growth, but under this work test conditions such interference was not enough to eliminate the whole bacterium population and to assign a bactericide power to liquid nitrogen.
A crioterapia com nitrogênio líquido tem sido utilizada em diversas áreas, inclusive com finalidades terapêuticas. Na Microbiologia, é vasto o número de pesquisas que abordam o efeito controlador do frio em bactérias (criobiologia), principalmente com a intenção de evitar sua proliferação. No entanto, pouco se sabe a respeito do efeito da queda brusca e intensa da temperatura, como aquela provocada pelo nitrogênio líquido, na forma de spray, em microrganismos como as bactérias Enterococcus faecalis, freqüentemente encontradas em canais com polpas necrosadas, infecções pulpares e periapicais refratárias ao tratamento endodôntico. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi analisar, in vitro, o efeito do spray de nitrogênio líquido nessas bactérias cultivadas em laboratório, em meios de cultura líquido (caldo BHI) e sólido (ágar-BHI). Para isso, uma suspensão de soro fisiológico concentrada em 1,5 x 10⁴ bactérias/mL foi transferida para um frasco de vidro esterilizado e, em seguida, submetida à ação do spray de nitrogênio líquido. Através de diferentes protocolos estabelecidos, nos quais se variou o número de aplicações, com a presença ou não de um dispositivo que acelerava o descongelamento, o spray foi aplicado por meio de um sistema criogênico aberto (CRY-AC do Brasil – Osasco/SP), com uma ponta aberta acoplada num adaptador em ângulo reto. Após o ciclo de congelamento e descongelamento, um volume de 100 µL dessa suspensão foi inoculado em tubos com tampa rosqueável, contendo meio líquido e para placas contendo meio sólido, que foram então incubados por 24 h, a 36ºC. Para o meio líquido, os resultados obtidos na espectrofotometria mostraram discreta redução da turbidez, implicando numa redução da população bacteriana .Com relação ao cultivo em meio sólido, os resultados indicaram uma diminuição do número de colônias bacterianas dos grupos experimentais em relação ao grupo controle-positivo, principalmente nos ensaios com 2 intervalos de aplicação. Os resultados obtidos permitiram concluir que a aplicação do spray de nitrogênio líquido reduziu o crescimento in vitro, de Enterococcus faecalis. Entretanto, sob as condições testadas, não foi suficiente para eliminar toda a população bacteriana, a ponto de atribuir o poder bactericida ao nitrogênio líquido.
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Souza, Rosinei Aparecida de. "A cultura da soja no Brasil : definindo parâmetros para avaliação de risco ambiental à microbiologia do solo e à fixação biológica do nitrogênio." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Exatas. Programa de Pós-Graduação em Química dos Recursos Naturais, 2006. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000117494.
Full textAbstract:
O cultivo comercial de plantas transgênicas, concomitantemente com o manejo com herbicidas ou inseticidas específicos resultou em uma demanda crescente por estudos de análise de risco ambiental. No caso da soja transgênica no Brasil, uma preocupação adicional é a de garantir que a transgenia não afete o processo de fixação biológica do N2 e outros benefícios relacionados à microbiota do solo. O objetivo deste trabalho foi o de identificar e validar, em escala de plantio comercial (Ensaio 1) e de áreas experimentais (Ensaio 2), um conjunto de parâmetros para a avaliação, a campo, de riscos à microbiota do solo e à fixação biológica do N2 pelo uso de novas tecnologias com a cultura da soja. As avaliações foram feitas em 11 municípios localizados em seis estados e no DF. Foram avaliados parâmetros quantitativos da microbiota do solo (C e N da biomassa microbiana - CBM e NBM; respiração basal - RB; e quociente metabólico - qCO2) e da fixação biológica do N2 (número de células de rizóbios no solo; número - NN e massa de nódulos secos - MNS; identificação sorológica das estirpes ocupando os nódulos; massa da parte aérea seca - MPAS; N total - NTPA e N-ureídos - NTU na parte aérea). A análise qualitativa da comunidade bacteriana do solo foi estimada pela amplificação do DNA total do solo com "primers" específicos para o gene ribossomal 16S das bactérias, seguido pela eletroforese em géis desnaturantes com gradiente de uréia (PCR-DGGE). Os dados foram analisados em relação à variabilidade pontual e temporal, limites de coeficiente de variação (CV) e correlações entre os parâmetros. O CBM e a RB foram positivamente correlacionados (r=0,84, p=0,001, Ensaio 1), bem como o CBM e o NBM (r=0,75, p=0,001, Ensaio 2). A obtenção dos parâmetros de CBM, RB e NBM é relativamente simples e apresentou boa confiabilidade e repetibilidade para a avaliação quantitativa da biomassa microbiana; o CV máximo aceitável entre repetições para esses parâmetros foi estabelecido em 35%. Além disso, correlações positivas e significativas (p=0,001) foram obtidas, no Ensaio 2, entre: a MPAS e o CBM (r=0,61) e o NBM (r=0,61), bem como entre o NTPA e o CBM (r=0,65) e o NBM (r=0,65), indicando a viabilidade de utilização desses parâmetros microbianos como bioindicadores do crescimento da soja. Foi possível confirmar a homogeneidade de cada área, entre repetições, tratamentos e coletas, pelo método de PCR-DGGE. A fixação biológica do N2 contribuiu com 72% a 88% do NTPA e o crescimento da soja foi diretamente relacionado ao processo biológico. Os parâmetros de MNS, em adição à MPAS, com CV máximo de 20% foram adequados para avaliar a fixação biológica do N2, uma vez que correlações significativas (p=0,001) foram constatadas entre os parâmetros de MPAS e NTPA (r=0,88 e 0,96), MPAS e NTU (r=0,81 e 0,97), bem como entre o NTPA e o NTU (r=0,94 e 1,00), nos Ensaios 1 e 2, respectivamente. No caso de áreas com teores variáveis de N no solo, ou que receberam fertilizantes nitrogenados, torna-se necessária a avaliação adicional dos parâmetros de NTPA e NTU, também com CV máximo de 20%. A aplicação desses parâmetros no Ensaio 2 indicou que, no primeiro ano, não houve efeito da transgenia para tolerância a um herbicida, ou da composição de dois herbicidas na microbiota do solo e na fixação biológica do N2 com a cultura da soja.The commercial cropping of transgenic plants together with the use of specific herbicides and insecticides has resulted in an increasing demand for studies of environmental risk assessment. In Brazil, an additional concern over transgenic soybean crop has been to guarantee that the foreign material does not affect the biological N2 fixation process or other benefits related to associations with soil microbes other than rhizobia. The objective of this work was to establish and to validate at a commercial cropping (Trial 1) and experimental scales (Trial 2) a set of parameters capable of assessing, under field conditions, any risks to soil microbes and/or to the biological N2-fixation process due to the adoption of new soybean technologies. Evaluations were performed at eleven sites in six Brazilian states and in the Federal District. Analyses included quantitative parameters for soil microbes (biomass C and N - MBC and MBN; microbial respiration - MR; and microbial metabolic quotient - qCO2) and for biological N2 fixation (number of rhizobial cells in soil; nodule number - NN and dry weight - NDW; serological identification of rhizobial strains occupying the nodules; shoot dry weight - SDW; total N in shoot - TNS and N as ureides in shoot (TNU). Qualitative analysis of the soil bacterial community was achieved by the amplification of total soil DNA with specific primers for the ribosomal 16S gene of bacteria followed by denaturating gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE). Results were analyzed with reference to point and temporal variability, limits of coefficient of variation (CV) and correlation among the parameters. The MBC and MR were positively related (r=0.84, p=0.001, Trial 1), as well as the MBC and the MBN (r=0.75, p=0.001, Trial 2). Analyses of MBC, MR and NBM were relatively easy and showed good replicability and confidence to quantitative estimation of soil microbes; the maximum acceptable CV was established as 35%. Furthermore, positive and significant correlations (p=0.001) were obtained in Trial 2 between the following parameters: SDW and MBC (r=0.61) and MBN (r=0.61), as well as between the TNS and MBC (r=0.65) and MBN (r=0.65), indicating the viability of using the MBC and MBN parameters as bioindicators of soybean growth. It was possible to verify the homogeneity of each area, between replicates, treatments and harvests by the PCR-DGGE method. Biological N2 fixation contributed from 72 to 88% of the TNS and soybean growth was positively correlated with it. The parameters of NDW and SDW, with a maximum CV of 20%, were adequate for evaluation of the contribution of the biological N2 fixation; positive correlations (p=0.001) were obtained between SDW and TNS (r=0.88 and 0.96), SDW and TNU (r=0.81 and 0.97), as well as between TNS and TNU (r=0.94 and 1,00) in Trials 1 and 2, respectively. In areas with variable soil-N content or those that had received N fertilizers, the additional analyses of the TNS and TNU parameters are necessary, also with a maximum CV of 20%. The application of those parameters in Trial 2 indicated that, in the first year, there was no effect of a herbicide-transgenic soybean as well as of the composition of two herbicides in the soil microbiological parameters as well as in the biological N2 fixation process.
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Pinto, Maximiliano Soares. "Diagnóstico socioeconômico, cultural e avaliação dos parâmetros físico-químicos e microbiológicos do queijo Minas artesanal do Serro." Universidade Federal de Viçosa, 2004. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/9063.
Full textAbstract:
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-11-04T16:10:10Z
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texto completo.pdf: 1799536 bytes, checksum: cd3234c0eca3a0866a65c9fb2faee88b (MD5)Made available in DSpace on 2016-11-04T16:10:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1799536 bytes, checksum: cd3234c0eca3a0866a65c9fb2faee88b (MD5) Previous issue date: 2004-02-18
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Este trabalho teve como objetivo caracterizar o queijo Minas Artesanal da região do Serro, assim como todas as suas etapas de produção. Foram feitas análises microbiológicas do leite (coliformes 30o C, Escherichia coli e Staphylococcus aureus) e da água (coliformes 30o C e Escherichia coli), utilizados no processo de fabricação, assim como determinação de enterotoxinas estafilocócicas no queijo. Determinou-se também o pH da água e do leite. Foram feitas análises físico-químicas (pH, umidade, cloretos, gordura, Aw, acidez, proteína total, extensão e profundidade de maturação) e microbiológicas (mesófilos totais, coliformes 30o C, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Salmonella sp e Listeria sp) de queijos de 33 propriedades da região do Serro. Utilizou-se entrevista estruturada para coletar informações sobre todo o processo de produção, além de características físicas, econômicas e sociais envolvendo as unidades produtoras. Das amostras de água analisadas, 46 e 74% apresentaram ausência de coliformes e Escherichia coli em 1 mL de água, respectivamente. Cerca de 54% das amostras de água apresentaram índices de até 2,3 x 102 UFC/mL de coliformes. Em 26 % das amostras de água foram detectados índices de até 10 UFC/mL de E. coli. Cerca de 76% das amostras de leite apresentaram índices de Escherichia coli abaixo de 102 UFC/mL, 24% das amostras de leite apresentaram contagens variando entre 102 e 1,8 x 103 UFC/mL. Foram encontradas contagens entre 102 e 103 UFC/mL de coliformes em 83% das amostras de leite avaliadas. As contagens de Staphylococcus aureus de todas as amostras analisadas variaram de 3,4 x 104 a 7,8 x 107 UFC/mL. As contagens de coliformes e E. coli nos queijos variaram entre 1,2 x 102 a 106 UFC/mL e 0 a 2,0 x 105 UFC/mL, respectivamente. Detectaram-se níveis de Staphylococcus aureus acima de 3,0 x 104 em todas as 33 amostras de queijos avaliadas. Não foram encontrados os gêneros Salmonella sp e Listeria sp em nenhuma das amostras de queijo analisadas. Os dados obtidos por meio da entrevista indicaram a necessidade de subsídios para a continuidade da produção de queijos artesanais da região do Serro, uma vez que se constatou ser este o principal empecilho para a adequação dos produtores. Os resultados deste trabalho servirão de base para a realização de estudos abrangendo a adoção de medidas para prevenção de contaminação do leite, assim como ajustes tecnológicos e novas alternativas para a produção de queijo com segurança alimentar.
This work aimed to characterize artisanal Minas type cheese from the Serro region as well as all its production phases. Microbiological analysis of the milk (coliforms 30o C, E. coli and Staphylococcus aureus) and water (coliforms 30o C and E. coli) utilized in the cheesemaking process were carried out as well as determination of staphylococcal enterotoxin in the cheese. Water and milk pH were also determined. Physical and chemical analyses (pH, humidity, chlorides(checar), fat, acidity, total protein, maturation time and depth )as well as microbiological analyses (total mesophyles, coliforms 30o C, E. coli, Staphylococcus aureus, Salmonella sp and Listeria sp) were carried out in cheese on 33 farms in the Serro region. Structured interviews were conducted to collect information on the entire cheesemaking process, as well as on the physical, economic and social characteristics of the production units involved. Of the water samples analyzed, 46% and 74% presented absence of coliforms and E. coli in 1 ml of water, respectively. Around 54% of the water samples presented water indices of up to 2.3 x 102 UFC/ml coliforms. In 26 % of the water samples, indices of up to 10 UFC/ml of E.coli. were detected. Approximately 76% of the milk samples presented indices of E. coli below 102 UFC/ml, with 24% of the milk samples presenting counts ranging from 102 and 1.8 x 103 UFC/ml. Counts ranging from 102 and 103 UFC/ml coliforms were found in 83% of the milk samples evaluated. The Staphylococcus aureus counts of all the samples evaluated varied from 3.4 x 104 a 7.8 x 107 UFC/ml. Coliform and E. coli counts in cheese ranged from 1.2 x 102 to 106 UFC/ml and 0 to 2.0 x 105 UFC/ml, respectively. Staphylococcus aureus levels above 3.0 x 104 were detected in all the 33 cheese samples evaluated. The genera Salmonella sp and Listeria sp were not found in any of the cheese samples analyzed. The interview data indicate that further studies are needed to continue the production of theses artisanal cheese in the Serro region, since it has been confirmed that this was the major obstacle faced by the producers. The results of this work will provide support to further studies aiming at the adoption of milk contamination preventive measures, as well as technological adjustments and new alternatives for cheesemaking production with food safety.
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Reis, Janaína Alves dos [UNESP]. "Bebidas lácteas fermentadas: evolução da microbiota durante a fabricação, identificação de fungos leveduriformes e ação de culturas probióticas sobre os leveduriformes." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2012. http://hdl.handle.net/11449/100888.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2012-06-29Bitstream added on 2014-06-13T20:21:43Z : No. of bitstreams: 1
reis_ja_dr_sjrp.pdf: 872236 bytes, checksum: 48aeb521d5a1984d06806c43dbfb4394 (MD5)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Apesar da simplicidade do processo de fabricação, das inovações tecnológicas e da existência de programas de garantia da qualidade, o processo de fabricação das bebidas lácteas pode estar sujeito a inúmeras fontes de contaminação, quando não atendidas às condições básicas de higiene, resultando em alterações indesejáveis no produto. Neste estudo, os objetivos foram: (1) Avaliar a adequação das Boas Práticas de Fabricação (BPF) em dois laticínios (A e B) produtores de bebidas lácteas fermentadas, por meio de uma lista de verificação baseada na Resolução RDC nº. 275 da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) e relacionar com a qualidade do produto acabado; (2) Caracterizar a evolução da microbiota em amostras coletadas nos laticínios, durante as etapas do processamento de bebidas lácteas fermentadas, assim como do produto acabado em diferentes tempos de estocagem, por meio da contagem total das bactérias acidoláticas e da enumeração de fungos leveduriformes; (3) Conhecer a microbiota potencial contaminante, por meio da identificação dos fungos leveduriformes isolados de todas as amostras; (4) Verificar o comportamento antimicrobiano in vitro das culturas probióticas Bifidobacterium animalis (Bb-12), Lactobacillus acidophilus (La-5) e Lactobacillus casei (Lc-1) sobre os micro-organismos leveduriformes, Candida edax, Cryptococcus albidus, Cryptococcus laurentii e Debaryomyces hansenii variedade fabryii, previamente isoladas de bebidas lácteas comerciais; (5) Avaliar o comportamento in situ e in vitro de cultura probiótica sobre micro-organismos leveduriformes sensíveis e, estudar o comportamento de pós-acidificação e a viabilidade da microbiota durante a estocagem a 5°C em bebidas lácteas fermentadas. Foram encontrados elevados índices populacionais de fungos leveduriformes...
Despite the simplicity of the manufacturing process, technological innovations and the availability of quality assurance programs, the manufacturing process of dairy beverages may be subject to numerous sources of contamination when basic hygiene conditions are not met, resulting in undesirable changes in the product. The aims of this study were: (1) To evaluate the adequacy of Good Manufacturing Practices (GMP) in two dairy (A and B) industries of fermented dairy beverages, against a checklist based on resolution RDC 275 of the Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) and to relate it to the quality of the final product; (2) To characterize the evolution of the micro biota of dairy samples collected during the processing steps of fermented dairy beverages, as well as the final product at different times of storage, by counting the total lactic acid bacteria and the enumeration of yeast; (3) To know the potential contaminant microorganisms, through the identification of yeasts isolated from all samples; (4) To check the in vitro antimicrobial behavior of probiotic cultures of Bifidobacterium animalis (Bb-12), Lactobacillus acidophilus (La-5) and Lactobacillus casei (Lc-1) against Candida edax, Cryptococcus albidus, Cryptococcus laurentii and Debaryomyces hansenii variedade fabryii yeast strains, previously isolated from commercial dairy beverages; (5) To evaluate the in vitro and in situ antimicrobial behavior of probiotic cultures against sensitive yeast and, to study the post-acidification behavior and viability of microorganisms during storage at 5°C in fermented dairy beverages. A high population of yeasts was found in all samples collected from dairy B. The fermented dairy beverages produced by dairy A were considered to be a product of excellent microbiological quality and suitable for consumption up... (Complete abstract click electronic access below)
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Moreno, Izildinha. "Efeito de autólise de culturas lácticas na proteólise do queijo Prato." Universidade de São Paulo, 2003. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-01092016-175444/.
Full textAbstract:
Nesta pesquisa, estudaram-se as variações ocorridas na relação entre autólise de culturas lácticas e o desenvolvimento da proteólise de queijo Prato produzido em quatro regiões brasileiras: Santa Catarina (Queijo A), Goiás (Queijo B), São Paulo (Queijo C) e Minas Gerais (Queijo D). A análise quantitativa da população de bactérias lácticas durante a maturação mostrou perfis microbiológicos similares para todas as amostras de queijos examinadas. Após 5 dias de maturação, lactococos e estreptococos estavam presentes em números mais elevados do que lactobacilos mesofílicos e termofílicos, leuconostoc e fermentadores de lactato. Contudo, essas populações aumentaram consideravelmente no final do processo de maturação. Enterococos e fermentadores de citrato permaneceram em números relativamente reduzidos ao longo da maturação. A análise qualitativa mostrou a predominância de \"non starter lactic acid bactéria\" (NSLAB) nos queijos das quatro origens, principalmente de Lactobacillus sp. Outros gêneros foram identificados em menor proporção: Enterococcus sp., Pediococcus sp., Aerococcus sp., Tetragenococcus sp. e Streptococcus sp. O queijo C diferiu dos demais por não apresentar Pediococcus sp. e Streptococcus sp. As culturas lácticas adicionadas Lactococcus lacfis sp. e Leuconostoc sp. estavam presentes em populações menores. A autólise foi estudada pela determinação da atividade de aminopeptidases e detecção de autolisinas por zimogramas e de enzimas intracelulares por \"imunoblotting\". Uma maior liberação de aminopeptidases ocorreu no queijo D, seguido dos queijos C, B e A. Não foram detectadas bandas de atividade lítica nos zimogramas dos queijos A e B em todas as condições avaliadas. Nos zimogramas, detectou-se uma banda de 30 KDa nos queijos C e D a pH 7,4 e 44°C, e uma outra de 40 KDa, exclusiva no queijo D, ambas de fraca intensidade. A pH 6,8 e 42°C, detectou-se bandas de 40KDa de fraca intensidade no queijo C e forte no D, além de mais duas de fraca intensidade de 90KDa e 110KDa no queijo D. Na análise em \"imunnoblotting\" com o antisoro anti-Lc, foi observado apenas sinais fracos de reação positiva e em números inferiores àquelas reveladas com o citoplasma bruto de Lac. Lacfis subsp. lacfis (controle positivo), indicando que a autólise foi praticamente inexistente. Com o antisoro anti-D-LDH, também não se detectou sinais de reação positiva nos queijos A e B, enquanto nos queijos C e D, verificou-se sinais positivos de 37KDa, de forte intensidade e correspondentes à proteína D-LDH, indicando a lise de Lab. helveticus. A evolução da proteólise foi determinada quantitativamente durante a maturação e avaliada com base nos índices: NS-pH4,6/NT% e NNP/NT%, teor de tirosina, eletroforese (Uréia-PAGE) e quantificação de aminoácidos individuais livres. Não foram detectadas diferenças significativas entre os queijos A. B, C e D no início da maturação. Contudo, com a fragmentação das proteínas, ocorreu um aumento gradual desses índices, tendo-se observado valores mais elevados no queijo D, seguido dos queijos C, B e A. Os perfis eletroforéticos de proteínas foram similares para os queijos das quatro origens e mostraram claramente que o coagulante e a plasmina foram os responsáveis pela degradação inicial das caseínas. A taxa de degradação da αs1- e β-caseína apresentou a seguinte ordem: D > C ≥ B > A. O acúmulo de aminoácidos livres também foi mais rápido no queijo D, seguido dos queijos C, B e A. Portanto, a autólise de Lab. helveticus no queijo D acelerou a proteólise, diminuindo o período de maturação em 45% e não afetando negativamente o desenvolvimento de \"flavour\" e nem a textura. No final da maturação (45 dias), os compostos voláteis foram determinados por meio de cromatografia gasosa com espectrometria de massa (CG-MS). Com raras exceções, os queijos das quatro origens continham os mesmos compostos voláteis, embora em quantidades distintas. Os álcoois e ésters foram os compostos majoritários nos queijos A e B e benzaldeído, 3-metil-butanal-2 e hexanal nos C e D. O perfil de textura instrumental (TPA) e a análise sensorial descritiva e quantitativa foram realizados. Os queijos B, C e D apresentaram características mais típicas de queijo Prato, independentemente do fato de que o aroma de manteiga e o sabor doce serem mais acentuados no queijo D. O queijo A foi classificado como tendo as menores características de queijo Prato e apresentou maior nível de defeitos de \"flavour\", principalmente residual e amargor. Os queijos avaliados não apresentaram diferenças significativas quanto à elasticidade e coesividade. Pequenas alterações na composição físico-química dos queijos, principalmente os teores de umidade e de caseína, influenciaram nos parâmetros como a firmeza e a adesividade. O presente estudo demonstrou pela primeira vez a ausência de autólise de Lc. Lacfis sp. em queijo Prato de quatro origens, bem como a ocorrência de autólise de Lab. helveticus nos queijos de duas origens, C e D. A pronunciada autólise dessa espécie teve um impacto positivo na proteólise e foi a responsável pelo aumento da concentração de aminoácidos livres nesses queijos. As diferenças na evolução da proteólise observada entre os queijos C e D, com taxas mais baixas no queijo C, independentemente da autólise pronunciada de Lab. helveticus, foram atribuídas à falta de uniformidade na composição físico-química dos queijos, principalmente pH e os teores de sal na umidade (S/U).This paper reports a study aimed at evaluating the variations that occur in the interrelationship between autolysis of lactic starter bacteria and the development of proteolysis in Prato cheese produced in four different regions of Brazil: Santa Catarina (Cheese A), Goiás (Cheese B), São Paulo (Cheese C) and Minas Gerais (Cheese D). Quantitative analysis of microbial population yielded similar microbiological profiles for all the cheese samples investigated. After 5 days ripening, lactococci and streptococci were present in higher numbers than mesophilic and thermophilic lactobacilli, leuconostoc and lactate fermenting bacteria. However, the populations of the latter species had considerably increased by the time the ripening process completed 45 days. Enterococci and citrate fermenting bacteria remained present in relatively low numbers throughout ripening. The findings from qualitative analysis confirmed the predominance of non-starter lactic acid bacteria (NSLAB) in the cheeses from four different origins, especially Lactobacillus sp. Other genera of non-starter lactic acid bacteria (NSLAB) were identified in smaller proportions: Enterococcus sp., Pediococcus sp., Aerococcus sp., Tetragenococcus sp. and Streptococcus sp. Cheese C differed from the cheeses in that it no evidence was found of the presence of Pediococcus sp. and Streptococcus sp. The bacteria of the lactic starter culture Lactococcus lactis sp. and Leuconostoc sp. were also found to be present, although in lower numbers. Autolysis was studied by: (1) determination of aminopeptidase activity; (2) detection of autolysins by zymograms and (3) detection of intracellular enzymes by immunoblotting. The release of aminopeptidase was highest in cheese D, followed by C, B and A. No bands of lytic activity were appeared in the zymograms of Cheeses A and B in all conditions evaluated. At pH 7,4 and 44°C, a low-intensity band of 30 KDa was found in cheeses C e D, whereas another low-intensity band was observed only in cheese D. At pH 6,8 and 42°C, bands of 40KDa were observed in cheese C (low intensity) and cheese D (high intensity), in addition to two more low-intensity bands of 90KDa and 110KDa in cheese D. Immunoblotting with antiserum anti-Lc produced only minor signs of positive reaction, evidenced by the formation of low-intensity bands of 100 Kda in cheeses A and B and two high-intensity bands of 75 Kda and 100 Kda in cheeses C and D. Since these were present in smaller numbers to those revealed with crude cytoplasm of Lac. lactis subsp. lactis, it was concluded that autolysis did practically non occur. Immunoblotting with antiserum anti-D-LDH also detected sings of positive reaction in cheeses A and B, whereas in cheeses C e D positive high-intensity signs of 37Kda were found relative to D-LDH protein, indicating lysis of Lab. helveticus. The evolution of proteolysis was determined quantitatively during the ripening process and evaluated on the basis of the following parameters: NS-pH4,6/NT% and NNP/NT% indexes, tyrosine content, electrophoresis (Urea-PAGE) and quantification of free amino acids. No significant differences were found between cheeses A, B, C and D in the ear1y stages of ripening. However, with the on-going fragmentation of proteins during ripening, a gradual increase of the ripening indexes occurred, with the highest values being observed in cheese D, followed by C, B e A. The electrophoretic profiles were similar for the four cheeses investigated and clear1y showed that the clotting agent or milk coagulant and plasmin were responsible for the initial breakdown of the caseins. The degradation rate of Q.sl- and p-casein followed the following order: D > C ≥ B > A. The buildup of free amino acids was also faster in cheese D, followed by cheeses C, B e A. At the end of the ripening process studied (45 days), the volatile compounds were identified using gas chromatography and mass spectrometry (GC-MS), whereas the instrumental texture profile was measured and evaluated by Texture Profile Analysis (TPA). Cheese samples were evaluated by descriptive and quantitative sensory analysis. With rare exceptions, the cheeses of four different origins contained the same volatile compounds, although in different quantities. Alcohols and esters were the predominant volatile compounds in cheeses A and B and benzaldehyde, 3-methyl-butanal-2 and hexanal in cheeses C and D. Autolysis of Lb. helveticus accelerated proteolysis in cheese D, thereby reducing ripening time by 45% without any negative effect on either flavor or texture development. Cheeses B, C and D exhibited the most typical Prato cheese characteristics, in spite of the fact that the buttery aroma and sweet taste were more pronounced in cheese D. Cheese A was rated as the cheese with the less typical overall Prato cheese profile and was also the one that exhibited the highest degree and number of flavor defects, notably aftertaste and bitterness. The cheeses investigated did not present any significant differences as to elasticity and cohesiveness. Minor changes in the physical-chemical composition of the cheeses - mainly related to the moisture and casein levels - influenced parameters such as firmness and adhesiveness. The present study demonstrates for the very first time the absence of autolysis of Lc. Lactis sp. in Prato cheese from four different origins, as well as the occurrence of autolysis of Lb. helveticus in two of the cheeses analyzed (cheeses C and D). The pronounced autolysis of this species had a positive impact on proteolysis and was responsible for the release of increased quantities of free amino acids in these cheeses. The differences in the evolution of proteolysis observed between cheeses C and D - lower rate of proteolysis in cheese C, in spite of pronounced autolysis of Lb. helveticus - were attributed to poor uniformity of the physical-chemical composition of this cheese, particularly as related to pH and the salt and moisture levels (S/M).
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Silva, Luana Faria [UNESP]. "Identificação e caracterização da microbiota lática isolada de queijo mussarela de búfala." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2010. http://hdl.handle.net/11449/94833.
Full textAbstract:
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silva_lf_me_sjrp.pdf: 986291 bytes, checksum: e879f8c79aac66ac197646cb214878eb (MD5)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
No Brasil, o queijo Mussarela elaborado com leite de búfala, tem uma boa aceitação pelos consumidores e mercado em expansão. Entretanto, poucas são as pesquisas em âmbito nacional sobre a microbiota e influência das bactérias ácido-láticas utilizadas na produção, sobre a qualidade tecnológica deste queijo. O objetivo deste trabalho foi compor um banco de culturas representativo da microbiota isolada de queijo Mussarela fabricado com leite de búfala e efetuar a caracterização das bactérias ácido-láticas (BAL). Foram realizadas três coletas em dois laticínios (Laticínios A e B), em diferentes etapas do processo de fabricação, assim como no produto acabado (queijo Mussarela e soro de conservação) recém processado e com 14 e 28 dias de estocagem. Foi feita a contagem de colônias viáveis, isolamento dos mesófilos e termófilos, caracterização morfológica por coloração de Gram e teste de catalase. Foram obtidos 313 isolados que apresentaram características de BAL. As culturas isoladas das amostras do queijo do Laticínio B foram identificadas pela técnica de RAPD e sequenciamento do gene 16S rRNA e caracterizadas quanto à atividade acidificante, capacidade de utilizarem o citrato, atividade proteolítica e capacidade de produzirem compostos voláteis precursores de aromas. Para os dois laticínios, a população de microorganismos termófilos prevaleceu sobre os mesofilos. Os isolados foram identificados como Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus e Leuconostoc mesenteroides. A velocidade máxima de acidificação para os isolados variou de 0,0005 e 0,0305 unidades de pH por minuto após 20 min e 18 h 50 min do início do processo de fermentação, respectivamente para termófilos e mesófilos. O tempo...
In Brazil, the Mozzarella cheese prepared with buffalo milk has a good acceptance and market expansion. However, there are few national studies about microflora and influence of lactic acid bacteria, used in production, on the technological quality of this cheese. The aim this study was to compose a representative bank of the microbial cultures isolated from Mozzarella cheese produced with buffalo milk and to characterize the lactic acid bacteria (LAB). Three collections were performed in two dairy (Dairy A and B) at different stages of the manufacturing process as well as the finished product (Mozzarella cheese and whey conservation) newly processed and with 14 and 28 days of storage. It was followed a count of viable colony, isolation of mesophiles and thermophiles, morphological characterization by Gram staining and catalase test. It was obtained 313 isolates that exhibited characteristics of LAB. The cultures isolated of the cheese samples of the cheese from the Dairy B were identified by RAPD and 16S rRNA gene sequencing and characterized by acidifying activity, ability to utilize citrate, proteolytic activity and ability to produce volatile compounds that are flavor precursors. At two dairies, the population of thermophilic microorganisms was higher than mesophylic. The isolates were identified as Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei, Lactobacillus casei, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus and Leuconostoc mesenteroides. The top speed of acidification for the isolates ranged from 0.0005 and 0.0305 pH units per minute after 20 minutes and 18:50 of the beginning of the fermentation process, respectively for thermophiles and mesophiles. The time required to reach the pH 5.0 ranged from 4h50min to 60h the beginning of... (Complete abstract click electronic access below)
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Vargas, Luciano Kayser. "Composição da comunidade microbiana do solo e sua relação com a disponibilidade de nitrogênio para a cultura do milho." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2002. http://hdl.handle.net/10183/72648.
Full textAbstract:
No sistema plantio direto, freqüentemente, há uma menor absorção de nitrogênio por cereais, em comparação com o sistema convencional, o que é atribuído à imobilização microbiana. O presente trabalho teve como objetivos avaliar a quantidade de N imobilizado, a sua remineralização e as mudanças na comunidade microbiana induzidas pela adubação nitrogenada e pelos sistemas de manejo. Para tal, foram coletadas amostras da camada de 0-5 cm de solo semeado com milho em sucessão à aveia preta, sob os sistemas convencional e plantio direto, no dia da semeadura do milho e 46, 62, 88 e 112 dias após. Amostras da parte aérea das plantas de milho foram coletadas nas mesmas épocas, com exceção da primeira, e avaliadas quanto à produção de massa seca, teor e quantidade de nitrogênio acumulado. As amostras de solo foram avaliadas quanto à quantidade de nitrogênio mineral no solo, de nitrogênio imobilizado, de nitrogênio e carbono potencialmente mineralizáveis, à atividade potencial de urease e à composição da comunidade microbiana. A composição da comunidade microbiana foi estimada por meio de relações entre C:N, C:N-Nin e C:CHO da biomassa microbiana e por meio de PCR, com primers específicos para bactérias e fungos. A imobilização microbiana do nitrogênio foi maior no sistema plantio direto, levando a uma menor quantidade de nitrogênio mineral no solo e resultando em menor acúmulo de nitrogênio na parte aérea do milho ao final do seu ciclo neste sistema, em comparação com o convencional. Não foi observada remineralização do nitrogênio imobilizado, indicando que a biomassa microbiana atuou mais como agente da mineralização de nitrogênio orgânico do que como fonte de nitrogênio potencialmente mineralizável. A composição da comunidade microbiana modificou-se ao longo do período de avaliações em função da presença de resíduos vegetais de aveia preta e da adubação nitrogenada. A presença de resíduos de aveia beneficiou a população fúngica, enquanto a aplicação do fertilizante nitrogenado favoreceu a população bacteriana, a qual respondeu mais rapidamente à aplicação do fertilizante nitrogenado no sistema plantio direto. A relação C:CHO mostrou-se um indicador menos adequado do que as relações C:N e C:N-Nin para monitorar alterações na composição da comunidade microbiana.Nitrogen uptake by cereais in no-til) system is frequently lower than in conventional tillage. This has been attributed to microbial nitrogen irnmobilization. The present research aimed to evaluate the amount of nitrogen immobilized, its remineralization and changes in microbial community induced by nitrogen fertilization and soil management practices. A soil that was used for oats crop was seeded with corn and subjected to under conventional and no-til) systems. Samples were collected from the top (0-5cm) soil layer on the day of the corn seeding and after 46, 62, 88 and 112 days. At the same time, the aerial parts of corn plants were collected and dry matter, nitrogen concentration and nitrogen accumulation were evaluated. Soil samples were assayed for mineral N, immobilized N, potentially mineralizable N and C, urease activity and the composition of the microbial community. The latter was estimated by microbial biomass C:N, C:N-Nin and C:CHO ratios and by PCR, using specific primers to bacterium and fungi. Microbial nitrogen immobilization was higher in no-til), reducing soil mineral nitrogen concentration and resulting in a lower amount of nitrogen in the aerial parts of corn plants at the end of the growth cycle. Nitrogen remineralization was not observed, indicating that the microbial biomass acted more as an agent of organic N mineralization than as a source of potentially mineralizable N. The composition of the microbial community changed with time due to oats residues availability and nitrogen fertilization. The availability of oats residues benefited fungai population, while the application of N fertilizer resulted in an increase in the bacterial population, which responded more rapidly to N fertilizer addition in no-tili system. Microbial biomass C:CHO ratio was shown to be a less suitable indicator than C:N and C:N-Nin ratios for monitoring alterations in the microbial community.
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Silva, Pedro Lucas Bueno da [UNESP]. "Degradação do herbicida diuron por bactérias isoladas de solos de cultura de cana-de-açúcar e avaliação da toxidade dos metabolitos gerados sobre peixes." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2015. http://hdl.handle.net/11449/127678.
Full textAbstract:
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000846498.pdf: 1036513 bytes, checksum: 20b1a0a893ab3c949ec6aec78aafd6a3 (MD5)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
A intensificação da agricultura tem levado um aumento da utilização de pesticidas, o que pode carrear esses compostos e seus derivados do solo para ambientes aquáticos. Para minimizar a presença desses compostos xenobióticos no meio, tem se sugerido técnicas de biorremediação que utiliza a atividade de micro-organismos para eliminação ou redução desses poluentes. O ataque de compostos aromáticos e clorados por micro-organismos ou por suas enzimas livres no meio podem levar ao desejável processo de biodegradação, originando derivados quimicamente mais simples e menos tóxicos até a mineralização total do composto. O objetivo do trabalho foi estudar a degradação do diuron por cepas bacterianas previamente isoladas de solos de cultivo de cana-de-açúcar com histórico de aplicação desse herbicida, em fermentação submersa e em microcosmos e avaliar a toxicidade dos compostos derivados do diuron gerados pelo metabolismo microbiano. Todas as bactérias testadas foram capazes de degradá-lo quando cultivadas em meio líquido. Quando se utilizou sistemas de cultivo em solo acrescido de diuron (microcosmos) obteve-se até 50% do composto. Nos testes de toxicidade dos metabólitos do diuron sobre peixes foi utilizada a atividade enzimática da 7-etoxiresorufina-O-deetilase (EROD) e teste do cometa como referência. Foi observada uma inibição da atividade da EROD, possivelmente relacionada a uma inibição das isoenzimas...
The intensification of agriculture has led an increase in the use of pesticides, which may carry these compounds and their derivatives from soil to aquatic environments. To minimize the presence of xenobiotics in the environment, it has been suggestes bioremediation techniques that use the activity of microorganisms to eliminate or reduce these pollutants. The attack of aromatic and chlorinated compounds by microorganisms or their enzymes free in the medium can lead to desirable biodegradation process, yielding chemically simpler and less toxic derivatives until the total mineralization of the compound. The aim of this work was to study the degradation of diurom by bacterial strains previously isolated from cane sugar cultivation of soils with application history of this herbicide in submerged fermentation and in microcosms and evaluate the toxicity of diuron derived from compounds generated by metabolism microbial. All bacteria tested were able to grow in the presence of diuron, but not all were able to degrade it when cultured in liquid medium. When used in a soil cultivation systems plus diuron (microcosms) afforded 50% compound. In the tests of toxicity of the metabolites of diuron was used fish the enzymatic activity of 7-O-etoxiresorufina deetilase (EROD) and comet assay as a reference. Was observed inhibition of EROD activity, possibly related to...