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Dissertations / Theses on the topic 'Microbiologie industrielle'
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Deshayes, Christian. "Application des plans d'expérimentation pour l'optimisation de procédés en microbiologie industrielle." Aix-Marseille 2, 1991. http://www.theses.fr/1991AIX22020.
Full textAbstract:
L'application de plans d'experimentation permet d'effectuer une etude rationnelle et multiparametrique des problemes abordes. Une approche globale et sequentielle dans l'elaboration et la mise en uvre d'une strategie de la recherche experimentale est proposee avec une mention particuliere sur la notion et la definition du domaine experimental. Plusieurs exemples permettent d'illustrer les differentes possibilites quant aux choix des modeles et de leur sequentialite. Les applications concernent: la bioconversion de steroides; la croissance et la sporulation chez bacillus subtilis; la production de lipase par rhizopus arrhizus var. Delemar; la production de metabolites secondaires (acide clavulanique et kalafongine) et le dosage microbiologique d'un antibiotique (kalafongine)
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Laulan, Pierre-Yves. "Traitement biologique d'effluents toxiques des industries agro-alimentaires : contribution à l'étude biochimique et microbiologique du métabolisme lipidique : application à l'étude de faisabilité de la fermentation méthanique de certains effluents des huileries." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 1987. http://www.theses.fr/1987ECAP0062.
Full textAbstract:
Étude expérimentale et comparative de la méthanisation de divers effluents d'huileries, et définition des prétraitements appropriés permettant de détoxifier les acides gras à longues chaines libérés lors de la dégradation de l'huile. Deux types de protocoles ont été utilisés sur des fermenteurs pilotes: soit avec des prétraitements physico-chimiques de dilution et d'alcanisation, soit avec des prétraitements biologiques tels que la fermentation aérobie par des levures, qui permettent d'éliminer spécifiquement l'huile résiduelle
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Midelet, Graziella. "Etude des transferts microbiens par contact depuis des surfaces inertes vers un aliment : application à la situation industrielle des bandes convoyeuses utilisées dans l'industrie de la viande." Dijon, 2002. http://www.theses.fr/2002DIJOS020.
Full text
4
Laborbe, Jean-Marie. "Valorisation microbiologique de sous-produits et d'excédents de l'industrie des corps gras : pâtes de neutralisation, huile de palme." Montpellier 1, 1987. http://www.theses.fr/1987MON13512.
Full text
5
Alasri, Anouar. "Procédures microbiologiques de fabrication et de conditionnement des membranes d'ultrafiltration." Toulouse, INPT, 1992. http://www.theses.fr/1992INPT007G.
Full textAbstract:
Les activites bactericides et sporicides de quatre desinfectants (acide peracetique, peroxyde d'hydrogene, chlore et formol) ont ete determinees vis-a-vis d'escherichia coli, pseudomonas aeruginosa, staphylococcus aureus et les spores de bacillus subtilis en suspension ou en biofilm polymicrobien. L'acide peracetique et le chlore ont montre de bonnes activites bactericides. Le peroxyde d'hydrogene et le chlore se sont revele detachants vis-a-vis des bacteries fixees. Le formol n'a pas donne satisfaction dans nos conditions experimentales. L'association de deux biocides a permis l'etablissement d'une procedure microbiologique de fabrication et de conditionnement des membranes d'ultrafiltration
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Ratomahenina, Robert. "Essai d'utilisation des levures dans l'industrie des corps gras." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37617899c.
Full text
7
Loiseau, Gérard. "Obtention d'un marquage mitochondrial de levures oenologiques sélectionnées en Champagne : application au contrôle microbiologique en oenologie." Montpellier 2, 1986. http://www.theses.fr/1986MON20179.
Full textAbstract:
Le marquage genetique de souches oenologiques selectionnees en champagne par l'acquisition d'une double resistance a des inhibiteurs mitochondriaux a ete realise selon trois methodologies: selection de mutants spontanes ou induits par le chlorure de manganese, introduction de mitochondries portant les marqueurs en utilisant les mecanismes du "rare-mating" et de la cytoduction, marquage de mitochondries d'une souche oenologique transferees dans une souche de laboratoire haploide et reintroduites dans la souche oenologique en utilisant le "rare-mating" et la cytoduction. L'etude des souches marquees a permis de cribler les doubles mutants stables apres environ 50 generations. Les souches marquees presentent des niveaux de tolerance eleves et des resistances soit specifiques, soit croisees et dans ce cas analogues a celles decrites dans la litterature a propos des mutations mitochondriales. La verification des proprietes genetiques des souches marquees a montre que tous les doubles mutants naturels avaient conserve des proprietes genetiques identiques a celles des souches parentales alors que ces proprietes sont modifiees chez un nombre important de mutants induits et de souches obtenues par cytoduction. Le determinisme mitochondrial des mutations de resistance a ete verifie. Les proprietes technologiques des souches marquees ont ete comparees a celles des souches parentales. Enfin, l'utilisation industrielle de doubles mutants spontanes a montre que la mise en oeuvre des souches marquees permet le controle du levurage en oenologie
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Veaux, Adeline. "Zones à atmosphère contrôlée et eau purifiée dans l'application de la maîtrise de la contamination." Paris 5, 1998. http://www.theses.fr/1998PA05P021.
Full text
9
Dubuis, Marie-Eve. "Exposition des travailleurs aux bioaérosols dans les usines de biométhanisation des matières organiques putrescibles." Master's thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27786.
Full textAbstract:
La livraison et la manutention de la matière organique putrescible effectuées dans les usines de biométhanisation produisent des bioaérosols, mettant en suspension dans l’air les microorganismes retrouvés dans les matières premières qui peuvent varier en nature et en état de décomposition. Les travailleurs des usines de biométhanisation se retrouvent exposés à ces microorganismes, dont certains peuvent être nuisibles à la santé. La biométhanisation étant une méthode récente de traitement et de valorisation des déchets, aucune étude ne fait mention de la présence de bioaérosols dans l’air des bâtiments en émergence au Québec. Il est donc nécessaire de procéder à une évaluation exploratoire de l’air des usines de biométhanisation afin d’en connaitre la composition en microorganismes. Deux usines ont été visitées une fois en été et une fois en hiver, pour un total de 4 visites, ceci dans le but de tenir compte de la variation saisonnière des conditions de travail. L’échantillonnage effectué était de type stationnaire. Les six échantillonneurs utilisés ont servi à l’analyse des microorganismes cultivables et à l’analyse moléculaire des bioaérosols. Des concentrations en bactéries et en moisissures supérieures aux recommandations émises par l’IRSST ont été observées. La quantification par qPCR a permis la détection de quelques microorganismes potentiellement pathogènes, tels Saccharopolyspora rectivirgula, Legionella spp. et Mycobacterium spp. Des concentrations d’endotoxines inférieures à la valeur suggérée ont été décrites. Finalement, une meilleure vue d’ensemble de la diversité bactérienne a été possible grâce au séquençage nouvelle génération. La technologie utilisée pour le traitement des déchets étant encore nouvelle, ce projet constitue un ajout important à la littérature. Des moyens de protection pourront être suggérés pour les travailleurs œuvrant dans ce secteur d’activités.Delivery and handling of putrescible organic matter in biomethanization facilities produce bioaerosols, suspending microorganisms found in the raw matter, which may vary in nature and decomposition state. Workers in biomethanization facilities are exposed to these microorganisms, some of which may be harmful to their health. Nowadays, biomethanization is used as a method of waste processing and valorization. To our knowledge, there is no study mentioning the presence of bioaerosols in these emerging facilities in the Quebec province. Consequently, there is a need to study the air of biomethanization facilities to better understand its composition in microorganisms. Two facilities were visited once in summer and once in winter for a total of 4 visits. The goal was to consider the seasonal variation of working conditions. Stationary sampling was performed with six devices used for culture of airborne microorganisms and molecular analysis. Bacterial and fungal concentrations above the IRSST recommendations were observed. qPCR lead to the detection of some potentially pathogenic microorganisms, such as Saccharopolyspora rectivirgula, Legionella spp. and Mycobacterium spp. The endotoxin concentrations were below the recommended value. Finally, a better view of bacterial diversity was possible due to next-generation sequencing. Because biomethanization is an emerging waste treatment technology, this study brings a major contribution to the literature. It may also lead to recommendations for the protection of workers in this activity area.
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Héduit, Alain. "Potentiel d'électrode de platine en épuration biologique." Paris 12, 1989. http://www.theses.fr/1989PA120014.
Full textAbstract:
Cette these comporte deux volets: l'etude electrochimique du comportement d'une electrode de platine dans les boues activees et l'evaluation des applications des mesures de potentiel a courant nul dans le domaine de l'epuration des eaux
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Hadjsassi, Abdessattar. "Sélection, optimisation des conditions de fermentation et particularités physiologiques d'une souche de Corynebacterium glutamicum productrice de Lysine." Compiègne, 1989. http://www.theses.fr/1989COMPDE81.
Full textAbstract:
La Lysine est l'un des acides aminés essentiels dont la production à forte concentration est assurée par des mutants auxotrophes et (ou) régulation. Des mutants auxotrophes et de régulation, des micro-organismes producteurs d'acide glutamique, plus particulièrement les souches Homoserine dépendantes et résistantes au S-(2-aminoéthyle)-L-cystéine (AEC), sont capables d'accumuler des quantités importantes de Lysine dans un milieu de culture bien aéré, à un pH voisin de la neutralité et contenant une source de carbone et une source d'azote. Le sulfate d'ammonium (à un rapport C/N égal à 4,85) apparait comme la meilleure source d'azote inorganique. L'extrait de levure à 2% permet une augmentation de la production de Lysine. Une bonne production de Lysine est obtenue par la technique d'alimentation en continu de glucose - extrait de levure. 118 g/l de Lysine au bout de 65 heures de culture avec un taux de conversion globale de 0,36.
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Girard, Patrick. "La levure Phaffia rhodozyma, organisme modèle pour l'étude de la biosynthèse des isoprénoi͏̈des ; potentiel biotechnologique dans la production de caroténoi͏̈des." Poitiers, 1996. http://www.theses.fr/1996POIT2324.
Full textAbstract:
L'etude de plusieurs souches de la levure phaffia rhodozyma, provenant de collections, a permis de reveler l'existence d'un polymorphisme eleve au sein de l'espece. Par mutagenese de la souche de p. Rhodozyma cbs 6938, des mutants stables de la voie de biosynthese de l'astaxanthine ont pu etre isoles par un changement de couleur des colonies allant du blanc au rouge plus fonce que la souche cbs 6938. Ces changements de couleur refletent des variations dans l'accumulation de differents precurseurs et/ou du produit final l'astaxanthine. Les mutants se repartissent en deux classes distinctes: - des mutants affectes a differentes etapes de la carotenogenese, - des mutants possedant un flux de la carotenogenese modifie par rapport a la souche cbs 6938. L'obtention de mutants de la carotenogenese, par traitements mutagenes successifs d'un mutant hyperproducteur d'astaxanthine, a permis d'observer que l'hyperproduction de carotenoides couplee a une augmentation de la synthese des sterols totaux, pouvait avoir pour origine une insensibilite marquee de la 3-hydroxy-3-methylglutaryl coa (hmg-coa) reductase (ec 1. 1. 1. 34) vis-a-vis du geranylgeranyl diphosphate (ggpp), revelant ainsi pour la premiere fois le possible effet regulateur de cette molecule sur la voie de biosynthese des isoprenoides chez p. Rhodozyma
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Sabardine, Suzanne. "Suivi de la biocontamination des zones à atmosphère controlée en pharmacie hospitalière." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P057.
Full text
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Herbin, Sabine. "Activités antibactériennes produites par Carnobacterium piscicola CP5 : mise en évidence, production et caractérisation génétique." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1998. http://www.theses.fr/1998INPL051N.
Full textAbstract:
Carnobacterium piscicola CP5, souche isolée d'un fromage de type Brie, produit trois activités antibactériennes (CP5A, CP5B et CP5C) à spectres différents. L'activité CP5A, à spectre large vis-à-vis de Listeria, Enterococcus et Carnobacterium spp. , est due à l'action de deux bactériocines caractérisées et séquencées : les carnocines CP5 et CP52 qui possèdent la séquence consensus N-terminale-YGNGVXC-, commune aux bactériocines anti-Listeria de la classe IIa, et qui sont respectivement homologues aux carnobactériocines BM1 et B2 produites par C. Piscicola LV17. Les gènes codant les carnocines CP5 et CP52 sont sous le contrôle d'un facteur d'induction. La production de l'activité CP5A s'effectue dans une gamme de températures comprises entre 10 et 30°C et est fortement influencée par le milieu de culture et les glucides utilisés. L’activité CP5B, à spectre d'action étroit limite au genre Carnobacterium, est due à l'action d'au moins une bactériocine, stable à pH acide et thermorésistante, différente de la carnobactériocine A produite par C. Piscicola LV17. L’activité CP5B est produite de préférence en présence de mannitol, à 15°C et à pH régulé à 6,2. L'agent antibactérien responsable de l'activité CP5C, uniquement actif contre Lactobacillus delbruekii ssp. , n'est pas un composé de type bactériocine : il résiste à l'action des protéases, et est détruit à la chaleur (70°C, 25 min) et à pH acide. La production de l'activité CP5C peut être améliorée sur certains milieux de culture (MRS et TSBYE), en présence de saccharose et à des températures de 10 et 15°C. En outre, la distribution de ces trois activités a été mise en évidence chez d'autres isolats de carnobactéries productrices isolées de fromages de type Brie. Pour certaines souches présentant une activité anti-Listeria, le gène de structure de la carnocine CP5 est présent, alors que celui de la carnocine CP52 est absent et remplacé par le gène d'une autre bactériocine possédant la séquence consensus -YGNGVXC-.
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Glénat, Philippe. "Démétallisation biologique de résidus pétroliers lourds." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10052.
Full textAbstract:
La presence de vanadium et de nickel dans les bruts lourds pose des problemes au niveau de leur raffinage et de l'utilisation de coupes lourdes. Ces metaux sont presents dans le bruts et dans les residus lourds sous la forme de composes organometalliques: les metalloporphyrines. Cette etude a eu pour but de rechercher un procede utilisant des microorganises permettant la demetallisation biologique en presence d'eau d'un residu petrolier solide lourd: un asphalte n-c5 provenant d'un brut boscan. Des inoculums microbiens mixtes capables d'utiliser les metalloporphyrines en tant que sources d'azote et de solubiliser les metaux ont ete recherches. Les consortiums bacteriens utilises sont issus d'hydrocarbures et de sols ayant recu des hydrocarbures. Au moyen d'un dispositif de percolation de colonnes d'asphalte, une activite biologique de solubilisation de vanadium contenu dans l'asphalte a ete mise en evidence. Cette activite n'a ete obtenue qu'en presence de di-acetylacetonate de vanadyle dans le milieu liquide. Deux souches pures sauvages provenant des consortiums bacteriens ont modifie en culture pure une porphyrine de cuivre. Chacune des deux souches pures presentes egalement la capacite de demetalliser l'asphalte en colonne de percolation
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Fyferling, Mathias. "Transfert d'oxygène en condition de culture microbienne intensive." Toulouse, INSA, 2007. http://eprint.insa-toulouse.fr/archive/00000172/.
Full textAbstract:
L'objectif des travaux est la quantification et la modélisation du transfert d’oxygène en condition de production microbienne afin de contribuer à l’intensification des performances des bioprocédés. Les travaux expérimentaux sont réalisés en bioréacteur, en milieux minéraux exempt de réaction biologique, puis lors de cultures fed-batch d’Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae et Aspergillus niger. Le domaine d'investigation est original de par les fortes consommations volumiques d’oxygène (0,6 g. L-1. H-1) et puissances dissipées (35 kW. M-3) utilisées. Le coefficient de transfert d’oxygène est déterminé à l'aide de différents modèles non structurés (pour la prise en compte du mode d’écoulement des phases, de l’entraînement de surface et de la rétention gazeuse sur des régimes transitoires ou permanents. Il est notamment observé que, en présence de réaction biologique, (i) les valeurs du coefficient de transfert KT sont 5 à 10 fois supérieures à celles mentionnées dans la littérature relative au transfert d’oxygène, (ii) par comparaison aux milieux de culture avant ensemencement, KT et KL (la conductance de transfert) sont divisés d’un facteur 4 à 6. Les effets de l'activité cellulaire sur le transfert d'oxygène sont caractérisés par la quantification des facteurs d'accélération relatifs aux modifications chimiques du milieu, à la consommation d'oxygène, et à la présence physique de cellules. Les limites des modèles du transfert d'oxygène en culture microbienne intensive sont discutées, et des nouvelles voies d'investigation sont proposéesThis work aims to quantify and model oxygen transfer in microbial cultures with an objective of intensification of bioprocess performances. Labworks in bioreactors are achieved in mineral media, free from biological reaction, then in fed-batch cultures of Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae and Aspergillus niger. The fieldwork is original because of the high oxygen consumptions rates (0,6 g. L-1. H-1) and the high dissipated power (35 kW. M-3) used. The oxygen transfer coefficient is determined from continuous and dynamic methods, using several unstructured models, to take into account the profile of the dispersed gaseous flow, the gas entrained from the surface, and hold-up. Among the observations, in biological media, (i) values of the oxygen transfer coefficient KT are 5 to 10 times higher than values from the literature on oxygen transfer, (ii) compared with the initial medium prior to inoculation, KT and KL (the oxygen transfer conductance) are 4 to 6 times smaller. Effects of microbial activity on oxygen transfer are characterised and quantified according to enhancements factors related to chemical modifications of the medium, oxygen consumption, and physical presence of cells. Limits of mass transfer models in intensive microbial cultures are discussed and new areas of investigation are proposed
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Jivkova, Desislava. "Exopolymère de Ramlibacter tataouinensis : optimisation de sa production , caractérisation biochimique et génétique." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0220.
Full textAbstract:
Les exopolysaccharides (EPS) bactériens peuvent avoir une haute valeur ajoutée comme agents de rétention d’eau en cosmétologie. Cette étude s’est intéressée à l’EPS de Ramlibacter tataouinensis TTB310 (Rta). Cette bactérie, isolée d'un sol semi-aride, possède un cycle cellulaire particulier avec des bâtonnets mobiles sensibles à la dessiccation et des kystes non-mobiles produisant un EPS lui permettant de tolérer la dessiccation prolongée. La production d’EPS et la croissance ont été optimisées par le choix de lactate comme source de C et d'énergie, le maintien du pH pendant la croissance avec de l'acide lactique, l’augmentation des concentrations des autres substrats et l’ajout des micro- et macro éléments. Ainsi des quantités suffisantes d'EPS ont été obtenues. Une extraction de l'EPS fermement attachée à la surface des bactéries en utilisant de l’acide trichloroacétique a été élaborée et optimisée. La caractérisation biochimique de l'EPS a été réalisée en combinant différentes techniques : CPG, FTICR-MS, RMN et FTIR. L'unité répétée de l'EPS de Rta est un décasaccharide constitué de ribose, glucose, galactose, mannose, rhamnose, acide glucuronique, désoxyhexose et avec des substituants tels que acétyle, succinyle et méthyle. Enfin, grâce à la disponibilité du génome entièrement séquencé de Rta, le cluster de gènes impliqué dans la production d'EPS a été identifié à l’aide des approches de biologie moléculaire et d'imagerie. La connaissance de la structure de l'EPS de Rta permettra de mettre au point les modifications physico-chimiques nécessaires à sa solubilisation pour en étudier les propriétés rhéologiquesBacterial exopolysaccharides (EPS) can have a high added value when used as water retention agents in cosmetology. This work was focused on the EPS of Ramlibacter tataouinensis TTB310 (Rta). Rta, isolated from a semi-arid soil, has a special cell cycle with mobile rods sensitive to desiccation and non-mobile cysts producing an EPS allowing it to tolerate desiccation. EPS production and bacterial growth were optimized by : choosing lactate as a source of C and energy, maintaining the pH during the growth with lactic acid, increasing the concentrations of the other substrates, and additionning of micro- and macro elements. Thus sufficient amounts of EPS have been obtained. An extraction of EPS firmly attached to the bacteria surface using trichloroacetic acid was developed and optimized. The biochemical characterization of Rta EPS was performed by combining different techniques : CPG, FTICR-MS, RMN and FTIR. The repeated unit of Rta EPS is a decasaccharide consisting of ribose, glucose, galactose, mannose, rhamnose, glucuronic acid, deoxyhexose and with substituents such as acetyl, succinyl and methyl. Finally, thanks to the availability of the fully sequenced Rta genome, the gene cluster involved in the production of EPS has been identified, through molecular biology and imaging approaches. The elucidation of the structure of Rta EPS makes possible the future development of the physico-chemical modifications necessary for its solubilization in order to study its rheological properties
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Haddadin, Jamal. "Études microbiologiques et cinétiques de la lixiviation bactérienne en réacteurs : effet de différents paramètres physico-chimiques, développement d'un procédé en réacteurs air-lift et lit-fluidisé et application à l'extraction de l'antimoine." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1995. http://www.theses.fr/1995INPL063N.
Full textAbstract:
La lixiviation bactérienne est l'application biotechnologique la plus importante dans l'industrie métallurgique, celle-ci est utilisée pour la récupération des métaux par lessivage, utilisant les capacités que possèdent certains micro-organismes à solubiliser les métaux. Ce travail est divisé en quatre sections: premièrement, nous avons identifié la composition microbiologique de la culture mixte en notre possession. Cette culture mixte est composée de trois populations bactériennes. Deuxièmement, nous avons étudié l'influence de certains paramètres physico-chimiques tels que le pH, la température, la concentration en CO2, le taux de solides et l'ajout de Fe3+ au milieu réactionnel sur la cinétique de la biolixiviation, en culture discontinue. Ces études ont notamment conduit à la détermination d'un pH (1. 75), d'une température (32-37°C) et d'une concentration en CO2 (0,03 et 2% v/v) optimaux pour ce procédé. Troisièmement, nous avons comparé différents systèmes réactionnels (air-lift, lit fluidisé et mécaniquement agité) pour aider au choix d'une future technologie alternative. Notre dernière contribution a porté sur l'étude de la capacité de la culture mixte à oxyder des déchets industriels contenant de l'antimoine, en culture discontinue. Nous avons étudié le rôle important de l'interaction galvanique entre la pyrite et les résidus antimoniés sur la récupération de l'antimoine
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Duverger, Stéphane. "Détergents industriels : étude particulière de D. B. A. 33." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P266.
Full text
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Nezondet, Catherine. "Contribution à l'optimisation d'un procédé de sur-production de glutamine par Corynebacterium glutamicum par une approche intégrée : physiologie, nutrition et génie microbien." Toulouse, INSA, 1992. http://www.theses.fr/1992ISAT0038.
Full textAbstract:
Les facteurs qui orientent le metabolisme de corynebacterium glutamicum vers la production de metabolites tels que la glutamine et la n-acetyl glutamine au lieu du glutamate ont ete determines. Le shift metabolique, dans une bacterie non modifiee genetiquement, peut resulter de plusieurs phenomenes nutritionnels qui influencent les vitesses specifiques dans le metabolisme intermediaire. Le facteur cle de la production est la concentration d'ions metalliques: des quantites limitantes de zinc et/ou manganeses sont necessaires pour la sur-production de glutamine. D'autres facteurs favorisant la production de glutamine sont le ph, une pression osmotique elevee et du glucose en exces. La production de glutamine est decouplee de la croissance et a lieu dans une phase stationnaire de croissance. Cette observation a permis de developper une strategie de fermentation en mode fed-batch qui permet de prolonger la phase d'accumulation de produits. Une approche de modelisation metabolique a montre que la duree de la phase de production etait eventuellement limitee par des limitations energetiques tandis que les rendements de produits semblent lies au flux de carbone a travers les voies de metabolisme central
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Zappelini, Cyril. "Étude des communautés microbiennes rhizosphériques de ligneux indigènes de sols anthropogéniques, issus d’effluents industriels." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2018. http://www.theses.fr/2018UBFCD057/document.
Full textAbstract:
Mon sujet de thèse intègre l’un des projets globaux de l’UMR UFC/CNRS 6249 Chrono-Environnement intitule « stratégies de phytoremédiation basées sur l’utilisation d’arbres et de microorganismes associés », qui s’appuie, entre autre, sur 2 projets de recherche :• le projet PROLIPHYT (programme Eco-Industrie, 2013-2018, ADEME) intitulé « PROduction de LIgneux PHYtoremédiants»,• le projet PHYTOCHEM (ANR CD2i, 2013-2018) intitulé « Développement de procédés chimiques éco-innovants pour valoriser les biomasses issues des phytotechnologies ».Les objectifs généraux sont d’améliorer le potentiel de phytoremédiation d’un panel d’espèces ligneuses et de développer le potentiel microbien pour une phytoremédiation aidée sur sol contaminé. En plus de limiter l’impact des polluants, cette stratégie vise à promouvoir la production de biomasse sur sols délaissés et non exploitables par l’agriculture, tout en assurant la biodiversité nécessaire à la restauration d’un écosystème anthropogénique.Mon travail de thèse est financé au travers un contrat doctoral ministériel handicap (dyslexie). Il s’appuie sur la réhabilitation de deux zones de stockage de sédiments industriels, utilisés jusque dans les années 2000. Ces deux sites expérimentaux (site INOVYN de St Symphorien-sur-Saône en Côte d’Or, site CRISTAL de l’Ochsenfeld en Alsace) présentent des caractéristiques physico-chimiques très particulières qui en font des lieux d’étude privilégiés. Le premier est une ancienne lagune de décantation dont les sédiments enrichis en Hg, Ba et As proviennent du traitement des eaux usées issues du procédé d’électrolyse à Hg de l’entreprise SOLVAY. Le second est une lagune constituée d’un remblai dans lequel ont été stockés depuis les années 1930, les résidus d’extraction du dioxyde de titane de l’Usine CRISTAL de Thann. A l’inverse du premier site expérimental, on observe une flore peu abondante qui se traduit par un développement hétérogène d’une espèce ligneuse principale, le bouleau.La recolonisation naturelle et spontanée de végétaux, plus particulièrement d’espèces ligneuses sur les deux sites est sans doute le résultat d’étroites collaborations avec des microorganismes telluriques situés aux abords de leur système racinaire. Nous avons ainsi choisi de travailler sur 3 espèces pionnières qui se sont naturellement réimplantées sur les deux sites d’études : le saule et le peuplier pour la friche industrielle de Tavaux et le bouleau pour l’unité de traitement des effluents du site de l’OchsenfeldAbstractMy thesis subject includes one of the global projects of the UMR UFC/CNRS 6249 Chrono-Environnement entitled "phytoremediation strategies based on the use of trees and associated microorganisms", which is based, among other things, on 2 research projects:• the PROLIPHYT project (Eco-Industry programme, 2013-2018, ADEME) entitled "Production of woody phytoremediants",• the PHYTOCHEM project (ANR CD2i, 2013-2018) entitled "Development of eco-innovative chemical processes to exploit biomasses from phytotechnologies".The general objectives are to improve the phytoremediation potential of a panel of woody species and to develop the microbial potential for assisted phytoremediation on contaminated soil. In addition to limiting the impact of pollutants, this strategy aims to promote the production of biomass on land abandoned and not exploitable by agriculture, while ensuring the biodiversity needed to restore an anthropogenic ecosystem.My thesis work is financed through a ministerial doctoral contract for disability (dyslexia). It is based on the rehabilitation of two industrial sediment storage areas, used until the 2000s. These two experimental sites (INOVYN site of Saint-Symphorien-sur-Saône in Côte-d'Or, CRISTAL site of Ochsenfeld in Alsace) present very particular physico-chemical characteristics which make them privileged places of study. The first is a former settling lagoon whose sediments enriched in Hg, Ba and As come from the treatment of wastewater from SOLVAY's Hg electrolysis process. The second is a lagoon consisting of a backfill in which the titanium dioxide extraction residues from the CRISTAL Thann Plant have been stored since the 1930s. In contrast to the first experimental site, there is a low abundance of flora which results in heterogeneous development of a main woody species, the birch.The natural and spontaneous recolonisation of plants, more particularly woody species on both sites, is undoubtedly the result of close collaboration with telluric microorganisms located near their root systems. We have thus chosen to work on 3 pioneer species that have naturally relocated to the two study sites: willow and poplar for the industrial wasteland of Tavaux and birch for the effluent treatment unit at the Ochsenfeld site
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Le, Bris Didier. "Élaboration d'un module de focalisation automatique pour l'intégration d'un capteur de vision en microscopie epifluorescente dans un contexte industriel." Nancy 1, 1991. http://www.theses.fr/1991NAN10018.
Full textAbstract:
L'émergence en biologie de disciplines technologiques telles que la visionique s'accompagne couramment d'un développement important des techniques d'analyse d'image au détriment de l'aspect réalisationnel. Ces travaux ont pour objectif de contribuer à l'élaboration du concept d'automate vers lequel devrait tendre tout système de routine d'analyse d'image en biologie par la réalisation d'une carte de focalisation automatique sur ibm pc et de la motorisation d'un microscope. Cette réalisation est également le point de départ d'une approche plus méthodologique sur ce genre de systèmes
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Paris, David. "Étude microbiologique des boues activées d'un site papetier et biodégradabilité des résidus organiques des eaux épurées." Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-37.pdf.
Full textAbstract:
Ce travail concerne une étude essentiellement microbiologique, afin de préciser les possibilités d'optimisation de l'épuration biologique des effluents d'une papeterie produisant des pâtes thermomécaniques blanchies au peroxyde d'hydrogène en milieu alcalin. L'analyse des boues activées, assurant l'épuration secondaire des effluents, révèle la présence de quatre populations dominantes dont l'une est majoritaire. Cette population principale a été suivie pendant 26 mois grâce à des échantillonnages bimestriels. Il s'agit de bactéries à Gram positif appartenant au genre Arthrobacter (L-lysine détectée dans le peptidoglycanne de la paroi, et un G+C de 72%). L'utilisation de sondes oligonucléotidiques a permis en outre de confirmer cette identification. La présence de ces Arthrobacter sp. Dans un système d'épuration n'est pas classique, d'autant plus que ces germes sont dépourvus d'activités cellulolytiques, amylolytiques et ligninolytiques. Leur rôle principal serait plutôt d'ordre architectural : en stabilisant la structure du biofloc, ils assureraient le maintien d'une activité continue et régulière dans les bassins d'épuration. La composition de la matière organique résiduelle, réfractaire au système d'épuration secondaire, a été déterminée à partir de lyophilisats. Elle se répartit en deux gammes de poids moléculaire ayant des valeurs proches de 1500 et de 15000 Da. L'analyse chimique et les spectres RMN du 13C de chacune d'elles ont révélé une structure complexe semblable aux polysaccharides de type hémicellulose. La biodégradation de ces composés réfractaires a été obtenue par l'utilisation de certaines cultures fongiques qui induisent une décoloration et une diminution des poids moléculaires. Les mécanismes enzymatiques mis en jeu par Trametes versicolor, qui a été plus particulièrement utilisé, semblent correspondre à des activités peroxydasiques manganèse indépendantes. Ces enzymes, immobilisées sur un support, pourraient probablement réduire la charge organique des effluents avant leur retour dans le milieu originel.
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Berthout, Guillaume. "Développement industriel d'une plate-forme prototype : applications au traitement de surfaces et à la stérilisation par plasmas froids." Orléans, 2002. http://www.theses.fr/2002ORLE2062.
Full textAbstract:
Ce projet porte sur le développement d'applications industrielles dans le domaine des traitements de surface par plasmas froids. L'emploi de cette technologie pour le traitement de surface polymère reste de manière générale une alternative intéressante à la voie chimique. Véritable outil de recherche dédié à l'industrie, la plate-forme plasma froid du CRITT est susceptible de répondre dans ce domaine aux attentes très diverses des industriels. Un des thèmes émergents de ces dernières années concerne l'utilisation de ces plasmas comme moyen alternatif pour la stérilisation des dispositifs médicaux. En effet, les techniques conventionnelles ne permettent pas une inactivation performante de certains micro-organismes pathogènes et les conditions de traitement parfois extrêmes n'assurent pas la pérennité du matériel médical. Préalablement à une validation clinique nécessaire à son développement en milieu industriel ou médical, ce nouveau procédé doit naturellement faire la preuve de son efficacité. L'étude réalisée présente les principaux mécanismes susceptibles d'expliquer l'inactivation d’un micro-organisme exposé au plasma. L'action en synergie de photons UV et d'espèces actives comme l'oxygène atomique confère à cette technologie une cinétique d'inactivation particulière. La production de ces agents actifs est optimisée par un diagnostic du plasma en spectroscopie optique, permettant ainsi d';atteindre des degrés d'inactivation très prometteurs. Même si l'efficacité du plasma n'est plus à démontrer, la problématique du conditionnement, qui fait partie intégrante d'un procédé, se pose toujours en milieu industriel. L'inhibition du plasma diffusant à travers un sachet poreux ne permet pas d'obtenir l'état stérile. Une solution consistant à générer un plasma induit dans un sachet, assurant ainsi un contact intime entre les espèces actives du plasma et le dispositif à stériliser, est donc discutée.
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Mukhamediyarova, Akerke. "Microbiological Enhanced Oil Recovery : Model of Kinematic Waves and Asymptotic Analysis." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2020. http://www.theses.fr/2020LORR0301.
Full textAbstract:
L’un des objectifs stratégiques de l’industrie pétrolière moderne est le développement réserve effective de pétrole à haute viscosité, caractérisées par une faible mobilité entraînant une forte baisse du facteur de récupération du pétrole. Le développement de tels réservoirs par des méthodes traditionnelles (déplétion naturelle, injection d’eau, etc.) n’est souvent pas efficace. L’alternative est une application de méthodes de récupération actives, en d’autres termes, des méthodes de récupération assistée du pétrole. Dans cette thèse, nous analysons les problèmes de modélisation du déplacement du pétrole par l’eau en présence de bactéries produisant des agents chimiques actifs qui changent favorablement les propriétés du pétrole et de l’eau. Plus strictement, nous analysons les bactéries produisant un biosurfactant qui réduit les effets négatifs du piégeage d’huile capillaire en milieux poreux. Un tel problème fait partie de la théorie générale de l’écoulement multiphase multicomposant partiellement miscible avec des réactions chimiques, couplé à la dynamique de la population. Le modèle mathématique général du processus est présenté, qui a été réduit au modèle des ondes cinématiques, grâce à plusieurs simplifications admissibles. Plus exactement, nous avons obtenu le système de cinq équations différentielles en dérivées partielles non linéaires du premier ordre, qui peuvent avoir des solutions discontinues. Un tel système ne peut être étudié que numériquement dans le cas général. Cependant, nous avons montré que pour un cas particulier, ce modèle peut être complètement analysé qualitativement. Pour une telle analyse, nous avons introduit le concept de faible bioréactivité. Elle correspond au comportement asymptotique du modèle général lorsque le taux de cinétique bactérienne tend vers zéro. En appliquant la technique de développement asymptotique, nous avons obtenu la solution semi-analytique du problème de déplacement. En particulier, cela nous a offert la possibilité de détecter les discontinuités (les chocs) de différents types et d’analyser exactement leur structure. Le cas général du taux cinétique arbitraire a été étudié numériquement, en utilisant le code COMSOL MULTIPHYSICS. Nous avons analysé l’impact du taux de croissance microbien, des concentrations microbiennes et nutritives, de la forme des fonctions cinétiques et du rapport de viscosité sur la récupération de l’huile. Dans le dernier chapitre, nous avons simulé un cas réel d’un champ pétrolier kazakh. Le principal et unique outil d’étude de la récupération microbiologique assistée du pétrole (RAMP) était l’analyse numérique, alors qu’il manquait des solutions analytiques. Les solutions semi-analytiques que nous avons obtenues comblent cette lacune. Ils représentent des résultats exacts qui pourraient être utilisés pour vérifier la validité de divers schémas et codes numériquesOne of the strategic objectives of the modern oil industry is the efficient development of high-viscosity oil reserves, which are characterized by low mobility leading to a sharp decline in the oil recovery factor. The development of such reservoirs by traditional methods (natural drives, waterflooding etc.) is frequently not efficient. The alternative is an application of active recovery methods, in other words, enhanced oil recovery methods. In this thesis we analyze the problems of modelling the displacement of oil by water in presence of bacteria producing some active chemicals that change favorably the properties of oil and water. More strictly, we analyze the bacteria producing biosurfactant that reduces the negative effects of capillary oil trapping in porous media. Such a problem makes part of the general theory of multiphase multicomponent partially miscible flow with chemical reactions, coupled with the dynamics of population. The general mathematical model of the process is presented, which is reduced next to the model of kinematic waves, due to several admissible simplifications. More exactly, we have obtained the system of five nonlinear partial differential equations of the first order, which can have discontinuous solutions. Such a system can be studied only numerically in the general case. However, we have shown that for a particular case this model can be completely analyzed qualitatively. For such an analysis, we have introduced the concept of weak bioreactivity. It corresponds to the asymptotic behavior of the general model as the rate of bacterial kinetics tends to zero. Applying the technique of asymptotic expansions, we have obtained the semi-analytical solution to the displacement problem. In particular, this offered us the possibility to detect the discontinuities (chocks) of various types and to analyze exactly their structure. The general case of arbitrary kinetic rate was studied numerically, by using the code COMSOL MULTIPHYSICS. We analyzed the impact of the microbial growth rate, microbial and nutrient concentrations, the form of kinetic functions and the viscosity ratio on the oil recovery. In the last chapter, we simulated a field case for a Kazakhstani oil field. The main and unique tool of studying MEOR was the numerical analysis, whilst analytical solutions were missing. The semi-analytical solutions we have obtained fill this gap. They represent exact results that could be used to check the validity of various numerical schemes and codes
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Falcoz-Vigne, Léa. "Caractérisation et modélisation des interactions cellulose - hémicelluloses au sein des microfibrilles de cellulose (MFC)." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV091/document.
Full textAbstract:
Le cadre de cette étude est le coût énergétique lié à la production des Microfibrilles de Cellulose (MFC) qui est aujourd’hui un facteur limitant à son développement à l’échelle industrielle. Le but de cette étude est de caractériser les interactions cellulose/hémicellulose au sein de ces systèmes.Des MFC provenant de différentes pâtes à papier chimiques ont été caractérisées par RMN du solide afin d’obtenir des informations à l’échelle moléculaire. Suite à l’optimisation d’un protocole expérimental, les hémicelluloses contenues dans les MFC issues de pâte kraft de bouleau ont ensuite été extraites avec un rendement de 60% et sont composés uniquement d’un homopolymère de xylan de DP 75.La turbidimétrie a été utilisée pour qualifier la qualité des suspensions, dont il a été montré qu’elle dépend fortement du procédé de mise en pâte et du séchage. Des corrélations positives ont été établies entre l’état de dispersion et les propriétés mécaniques de feuilles de papier additionnées de microfibrilles. L’analyse RMN de modèles biomimétiques reconstitués a confirmé le changement de conformation du xylan lorsqu’il est adsorbé sur la cellulose et les mesures de surface spécifique ont montré que seule la couche de xylan en contact avec la cellulose était concernée par ce changement.Les interactions cellulose/xylane ont été étudiées par RMN du solide et par dynamique moléculaire atomistique (MD). Les simulations MD ont montré que le xylan s’adsorbe parallèlement aux chaines de cellulose. Des mesures d'interaction sur ce système ont conduit à une mesure d'énergie de 9kJ/résidu de xylose.Des tests de mesure d’adhésion ont également été réalisés à partir d’un modèle trois couches constitué de xylan entre deux films de cellulose et une forte adhésion a pu être observée.L’utilisation de xylanase comme prétraitement est proposé pour améliorer la production des MFCThe study was motivated by the necessity to reduce the high energy costs of Micro-Fibrillated Cellulose (MFC) production, which is a limiting factor for its industrial development and aimed at understanding the cellulose/hemicelluloses interaction within this system. MFC resulting from different chemical pulps were characterized by solid-state NMR spectroscopy to get information on the hemicelluloses content and molecular conformation. By optimizing an extraction protocol, more than 60% of the residual hemicelluloses were extracted from birch kraft MFC and characterized as a high purity homopolymer of β-1,4 linked xylan of DP 75.Turbidimetry was used to qualify the quality of the suspensions, which strongly depended on the pulping and drying history. Positive correlations between the state of dispersion, specific surface and mechanical properties of MFC-reinforced handsheets were evidenced.Cellulose/xylan interactions were investigated using solid-state NMR and atomistic molecular dynamics (MD) simulation. NMR spectra confirmed that xylan in contact with cellulose altered its conformation, from the three-fold helix to a presumable cellulose-like two-fold one. In combination with specific surface area measurements, the conformational change was shown to happen only for the first layer of xylan adsorbed in direct interaction with the cellulose surface. MD simulations showed that adsorbed xylan tends to align parallel to the cellulose chain direction fully extended. Interaction energy between xylan chain and cellulose surface estimated with MD was 9kJ/xylose. Then a three-layers system made of xylan between two cellulose films were built to perform adhesion tests that showed strong adhesion between xylan and cellulose surfaces. Xylanase was proposed as a pulp pretreatment for MFC production
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Nguyen, Bao Loc. "Etude du potentiel d'adaptation et/ou de la destruction de microorganismes contaminants des environnements industriels par la technologie athermique de lumière pulsée." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES023.
Full textAbstract:
Dans ce travail, nous avons étudié les mécanismes d’inactivation et la réponse adaptative des deux modèles bactériens face à la Lumière Pulsée (LP). L’impact de la LP sur la qualité microbiologique et organoleptique des matrices alimentaires a également été évalué. Nous avons montré que P. Flourescens est plus résistant à la LP que B. Subtilis. Toutefois, B. Subtilis s’adapte mieux à un traitement létal LP lorsqu’elle est prétraitée avec une dose sublétale, mais elle ne mute pas dans ces conditions LP. En revanche, P. Flourescens ne présente pas d’adaptation, mais elle mute lorsqu’elle est traitée par LP. La décontamination des matrices alimentaires (épices, viande et saumon) inoculées avec B. Subtilis ou P. Fluorescens reste limitée à ~1 log UFC. Une inactivation de la flore aérobie entre 0,4 et 3,4 log UFC est obtenue pour les produits carnés traités entre 3 et 30 J. Cm-2. En revanche, la LP conduit à la formation de produits d’oxydation (MDA) pour les produits carnés, surtout pour le saumon.
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Louesdon, Séverine. "Amélioration de la stabilité biologique de bactéries lactiques et bifidobactéries lyophilisées et caractérisation des réponses physiologiques associées." Thesis, Paris, AgroParisTech, 2013. http://www.theses.fr/2013AGPT0034.
Full textAbstract:
La production inductrielle de ferments nécessite une étape de stabilisation qui affecte la qualité des cellules. Ce phénomène étroitement lié à l’espèce, voire à la souche bactérienne considérée, dépend également des conditions mises en œuvre lors de la conduite du procédé de production. Dans ce contexte, ce travail de thèse vise à améliorer les performances de Lactobacillus buchneri R1102 et Bifidobacteium longum R0175 à la lyophilisation et au stockage, et à identifier les réponses physiologiques associées.Dans une première partie, l’effet du temps de récolte sur les caractéristiques membranaires et les performances industrielles de Lb. Buchneri R1102 et B. lolngum R0175 a été anlysé. Une récolte en phase stationnaire conduit à une meilleure tolérance au cours de la congélation pour B. longum R0175 mais ne permet pas de maintenir une activité acidifiante élevée pour Lb. Buchneri R1102. Ces résultats sont reliés à une rigidificatioin de la membrane et à une augmentation de la proportion en acides gras saturés et cycliques en phase stationnaire de croissance.Dans une deuxième étape, les cellules de Lb. Buchneri R1102 ont été soumises à différentes conditions de stress osmotique. Un stress osmotique avec du KCl 0.1 M augmente la survie au cours de la lyophilisation mais ne modifie les caractéristiques membranaires des cellules. Un ajout de KCl 0.6 M en début de fermentation améliore la survie au cours du stockage à l’état lyophilisé. Ce phénomène est expliqué par une rigidification de la membrane lié à une augmentation de la concentration en acides gras cycliques et à une accumulation de bétaïne intracellulaire.Dans une troisème partie, l’effet de différentes atmosphères de culture sur l’état physiologique et les performances de Lb. Buchneri R1102 et B. longum R0175 a été étudié.Pour Lb. Buchneri R1102, l’apport d’air accélère significativement la croissance et la concentration bactérienne (air à 1.2 vvm) en fluidifiant les membranes cellulaires et en orientant le flux métabolique vers la production d’acétate. A l’inverse, l’apport d’azote ou d’un mélange de gaz N2H2 allonge les fermentations en diminuant le potentiel d’oxydoréduction. Enfin, l’apport des gaz air, N2 et N2H2 dégrade l’activité acidifiante de Lb. Buchneri R1102 mais augmente sa survie au cours du stockage, en lien avec des modifications de composition an acides gras et de synthèse protéique. Pour B. longum R0175, une concentration cellulaire plus élevée est obtenue lorsqu’un bullage N2 ou N2CO2 est effectué en début de culture. L’activité acidifiante des ferments est préservée au cours du procédé pour toutes les conditions testées, en lien avec une augmentation de la proportion d’acides gras insaturés et cycliques, mais sans variation de fluidité membranaire.Enfin, une meilleure survie cellulaire est obtenue lorsque les cellules sont cultivées avec du N2CO2 pendant toute la fermentation.Ce travail se conclut par la validation, à l’échelle pilote, des conditions conduisant à une amélioration de la stabilité biologique des ferments lyophilisés, tout en préservant les performances des fermentationsIndustrial starter’s production requires a stabilization step that affects the quality of the cells. This phenomenon is closely linked to the used species and strains, and depends on the procedures applied during the production process. In this context, this thesis aims at improving the performances of Lactobacillus buchneri R1102 and Bifidobacterium longum R0175 during freeze-drying and storage, and to identify the corresponding physiological responses.In the first part of this work, the effect of the harvesting time on membrane characteristics and industrial performances of Lb. buchneri R1102 and B. longum R0175 has been analyzed. Harvesting the cells in stationary phase led to a better tolerance during freezing of B. longum R0175 but did not allow the maintenance of elevated acidification activity for Lb. buchneri R1102. These results have been related to a rigidification of the membrane and to an increase of the proportion of saturated and cyclic fatty acids in cellular membranes of cells recovered in stationary growth phase.In a second step, cells of Lb. buchneri R1102 have been submitted to different conditions of osmotic stress in order to improve their performances. An osmotic stress with 0.1 M KCl increased the cells survival during freeze-drying, without changing their membrane characteristics. In addition, adding 0.6 M KCl in the beginning of the fermentation improved the survival during storage on freeze-dried form. This phenomenon was explained by a rigidification of the membrane that was linked to an increase of cyclic fatty acids content and intracellular betaine concentration.The third part was devoted to the study of the effect of various gaseous atmospheres during the cultures, on the physiological state and the performances of Lb. buchneri R1102 and B. longum R0175. For Lb. buchneri R1102, aeration (air at 1.2 vvm) significantly accelerated the growth and the final cell concentration by increasing membrane fluidity and by directing metabolic flux towards acetate production. Conversely, adding nitrogen or the gas mixture N2H2 delayed the fermentations by decreasing redox potential. Lastly, injecting different gases (air, N2, N2H2) decreased acidification activity Lb. buchneri R1102 but increased its survival during storage, as a result of modifications of fatty acids composition and proteins synthesis. For B. longum R0175, a higher cell concentration was obtained when the culture medium was bubbled with N2 or N2CO2 at the beginning of the fermentation. In addition, acidification activity of these starters was well maintained for all tested conditions, which was linked to an increase of unsaturated and cyclic fatty acids proportion, but without any change in membrane fluidity. Lastly, a better cell survival was obtained for cells grown with N2CO2 all along the fermentation.Finally, this work is concluded finish with the validation, at pilot scale, of the conditions leading to an improvement of the biological stability of freeze-dried starters, while maintaining their performances during fermentation
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Amillastre, Emilie. "Amélioration de la robustesse de souches de levures aux stress technologiques par une stratégie de génie microbiologique : Application à la production industrielle de bio-éthanol à partir de matières premières agricoles." Thesis, Toulouse, INSA, 2012. http://www.theses.fr/2012ISAT0058/document.
Full textAbstract:
Sous contraintes industrielles, les micro-organismes sont soumis à différents stress technologiques, liés à leur culture en réacteur de grande taille, altérant leur viabilité et les performances des procédés. Les fluctuations des paramètres physico-chimiques (température, pH, …) sont responsables de cette baisse d’efficacité de la fermentation. Afin de contribuer à l’intensification des performances des procédés de production de bio-éthanol, ce projet de thèse propose d’améliorer la robustesse d’une souche industrielle de Saccharomyces cerevisiae productrice d’alcool vis-à-vis d’un stress environnemental : la température. La stratégie générale de ce projet réside dans l’obtention d’un mutant plus tolérant que la souche sauvage au stress appliqué par abaissement de son taux de décès. Un pilote original de culture en continu a été mis en place, couplant mutagénèse aux UV, générant des modifications génétiques et pression de sélection par des variations de température, permettant la sélection des variants les plus robustes. Un modèle phénoménologique a été développé afin de simuler les cinétiques microbiennes selon le mode de conduite du pilote et d’optimiser les conditions de fonctionnement nécessaires à l’obtention des futurs variants. Ce modèle cinétique fait intervenir l’influence de la température sur les cinétiques de croissance, de décès cellulaire et de production d’éthanol chez Saccharomyces cerevisiae. Ces cinétiques ont été quantifiées expérimentalement en fonction de la température et des traitements de mutagénèse par UV. Grâce aux conditions obtenues par simulation, des cultures en mode continu ont été réalisées et des variants obtenus ont été caractérisés, en condition de production intensive d’éthanol, sur la base de leurs performances en termes de croissance, de décès et de capacités fermentaires. Cette stratégie a permis de sélectionner un variant possédant une meilleure robustesse vis-à-vis de la température, caractérisé par un taux de décès plus faible que celui de la souche sauvage. Néanmoins ce variant ne se caractérise pas par de meilleures performances fermentairesUnder industrial constraints, microorganisms are exposed to various stresses, due to their cultivation in large scale bioreactor, altering their viability and the performances of bioprocesses. Fluctuations in physico-chemical parameters (temperature, pH, ...) are responsible for this reduction in fermentation efficiency. This Ph.D project intends to improve the robustness of an industrial ethanol producer Saccharomyces cerevisiae strain under heat stress, in order to improve its industrial production of bio-ethanol under temperature fluctuating environment. The strategy of this project is to obtain a mutant more tolerant than the wild type strain to heat stress, possessing a lower death rate. An original continuous culture reactor has been designed, coupling UV mutagenesis (generating genetic modifications) and selection pressure (temperature) to select the most robust variant. A phenomenological model was proposed to simulate microbial kinetics based on the monitoring strategy of the chemostat and to optimize the operating conditions necessary for the generation of variants. This dynamic model involves the impact of the temperature on the kinetics of growth, cell death and ethanol production in Saccharomyces cerevisiae. These kinetics were experimentally quantified as a function of the temperature and the UV treatment. Continuous cultures were carried out under the simulated conditions and some variants were characterized in very high ethanol performance fermentations in terms of growth, death and production performances. This strategy allowed us to select a variant possessing a better thermal robustness characterized by a lower death rate than the wild type strain under heat stress. However, the reduction of the death rate did not translate into better ethanol production performances
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Pau-Roblot, Corinne. "Etude structurale par RMN de polysaccharides excrétés par des souches de Rhizobium meliloti." Amiens, 1996. http://www.theses.fr/1996AMIE0103.
Full textAbstract:
Ce travail porte sur l'étude par résonance magnétique nucléaire (RMN) d'exopolysaccharides (EPS) excrétés par différentes souches de Rhizobium meliloti M5N1. L'EPS produit par la souche de R. Meliloti M5N1 CS est constitué de résidus acide glucuronique liés en béta 1,4 partiellement acétylés en position 2,3 et/ou 2,3. Le degré de substitution ainsi que la répartition et la proportion des différentes acétylations ont été déterminés. L'addition de différents sels dans le milieu de culture montre qu'une forte concentration en ions magnésium induit la production d'un EPS principalement 2,3-di-0-acétylé alors qu'il est 3-0-acétylé lorsqu'il est produit dans un milieu sans ajout de magnésium. Cet EPS présente des ensembles de résidus non acétylés notés NAc(2), des ensembles de résidus 3-0-acétylés. Il contient d'autres résidus non acétylés notés NAc(1') placés avant et après les résidus 3-0-acétylés et avant les résidus 2,3-di-0-acétylés et des résidus non acétylés notés NAc(1) placés avant et après les résidus 2-0-acétylés et après les résidus 2,3-di-0-acétylés. Nous avons amélioré une méthode de dosage colorimétrique de cet EPS en tenant compte des interférences dues au milieu de culture ainsi qu'une méthode de dosage du poly-3-hydroxybutyrate (PHB) par chromatographie en phase gazeuse (CPG) et RMN. L'étude de l'EPS produit par la souche de R. Meliloti M5N1 T1 montre qu'il est constitué de glucose et d'acide glucuronique uniquement. Cet EPS ne possède pas de substituant. Le glucose porte les liaisons glycosidiques en béta sur les positions 1 et 4 et l'acide glucuronique en béta sur les positions 1 et 3
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Rinaldo, Sandro. "Etude et devenir de la pollution d'une nappe alluviale par des solvants chloréss sur des sites industriels historiques en activités." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066120.
Full textAbstract:
Cette thèse traite de la pollution par les solvants chlorés des nappes alluviales. Les solvants chlorés ont des caractéristiques physico-chimiques qui rendent leur devenir dans l'environnement compliqué. Deux sites industriels en activité avec un problème de pollution de ce type ont été traités avec une approche multidisciplinaire. Cette approche peut être résumée en quatre point : I) une synthèse des informations et des études disponibles au commencement de la thèse ; II) une analyse détaillée de la variation spatiale et temporelle des solvants chlorés dans les zones étudiées ; III) des études et des travaux menés pour caractériser le fonctionnement du système aquifère et le devenir de la pollution, en particulier, les études in situ de l'écoulement par multitraçage et des études in situ et en laboratoire de la biodégradation des solvants et de son éventuelle stimulation par des adjuvants appropriés ; IV) des propositions pour des analyses et des actions complémentaires. Cette approche a permis de définir, pour chacun des sites, un modèle conceptuel du fonctionnement environnemental (physique et biologique) plus détaillé que celui existant et de faire une première quantification des processus qui règlent le devenir des COHV dissous dans l'espace et le temps. Nos résultats indiquent que dans ces deux sites, la stimulation de l'activité de biodégradation des solvants, présente naturellement dans le milieu, pourrait être une méthode efficace pour la remédiation de la pollution par les solvants chlorés dissous. Cette thèse montre la nécessité d’une approche multidisciplinaire pour la planification d'une méthode adéquate de traitement d'une pollution de ce typeThis thesis focused on pollution by chlorinated solvents of alluvial systems. Chlorinated solvents have physicochemical characteristics that make their environmental evolution complicated. Two industrial sites, sill in activity, with a chlorinated solvents pollution problem are treated with a multidisciplinary approach. This approach can be summarized in four points : I) a summary of information and studies available at the beginning of the thesis ; II) a detailed analysis of the spatial and temporal variation of concentrations in the studied area ; III) further studies and works to better characterize the functioning of the aquifer system and pollution, in particular, in situ groundwater flow studies (multitracer) and field-laboratory studies of biodegradation of solvents and its possible stimulation by appropriate compounds ; IV) proposals for analysis and further action. This approach help us to define, for each site, a more detailed conceptual model of environmental (physical and biological) functioning and to make a first quantification of the processes that regulate the dissolved COHV becoming in space and time. Our results indicate that, in these two sites, the stimulation of the biodegradation activity of solvents, naturally occurring, could be an effective method for remediation of pollutions. This thesis demonstrates the need for a multidisciplinary approach to planning an appropriate method of treatment of such pollution
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Boulant, Erika. "Utilisation des pompes d'efflux dans l'ingénierie de la tolérance chez Deinococcus geothermalis." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0764.
Full textAbstract:
L’objectif de cette thèse a été d’élaborer une stratégie de détoxification la quantité d'un composé intracellulaire en permettant sa sortie hors de la cellule via l'utilisation d'un système d’efflux.L’hôte choisi pour cette étude est un nouvel organisme modèle, Deinococcus geothermalis. Nous avons utilisé les pompes d'efflux comme outils biologique pour permettre la sortie d'un composé devenu toxique en intracellulaire. Pour ce faire, nous avons dans un premier temps inséré par recombinaison homologue une sélection de gènes codant pour des pompes d’efflux hétérologues dans le chromosome de D. geothermalis. Puis la seconde étape a été de déterminé la susceptibilité des recombinants obtenus vis à vis de composés à forte valeur ajoutée. Un certain nombre de recombinants présentant une résistance plus élevée que la souche sauvage à plusieurs composés ont alors été sélectionnés. L'étape suivante a été de vérifier que le gain de résistance observé était effectivement dû à l’insertion dans l’enveloppe bactérienne d’une pompe d’efflux fonctionnelle. Pour ce faire, des tests d’efflux employant un marqueur fluorescent, le composé Hoechst 33342 ou avec un antibiotique fluorescent ont été réalisés. Nous avons réussi à obtenir la preuve de concept qu' un gène codant pour une pompe d'efflux hétérologue pouvait conduire à l'expression d'une protéine fonctionnelle chez D. geothermalis et cette protéine membranaire permettait la diminution la quantité intracellulaire d'un composé donnéThe objective of this thesis was to develop a strategy for detoxifying the amount of an intracellular compound by allowing its exit from the cell through the use of an efflux system.The host chosen for this study is a new model organism, Deinococcus geothermalis. We used efflux pumps as biological tools to allow the release of a compound that became toxic intracellularly. To do this, we first inserted by homologous recombination a selection of genes encoding heterologous efflux pumps into the D. geothermalis chromosome. Then the second step was to determine the susceptibility of the recombinants obtained to high value-added compounds. A number of recombinants with higher resistance than the wild multi-compound strain were then selected. The next step was to verify that the observed resistance gain was indeed due to the insertion of a functional efflux pump into the bacterial shell. To do this, efflux tests using a fluorescent marker, Hoechst compound 33342 or with a fluorescent antibiotic were performed. We were able to obtain proof of concept that a gene encoding a heterologous efflux pump could lead to the expression of a functional protein in D. geothermalis and that this membrane protein allowed the intracellular amount of a given compound to be decreased
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Nacef, Mohamed Menouar. "Maroilles fermiers et industriels : quelles sont les différences ? : Une approche pluridisciplinaire allant du consommateur aux caractérisations sensorielles, physico-chimiques et microbiologiques." Thesis, Lille 1, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL1R077.
Full textAbstract:
Aujourd’hui, le consommateur recherche des produits authentiques de qualité. Ces critères sont incarnés par des produits traditionnels, de terroir ou fermiers. Parmi ces produits, le fromage représente un aliment de valeur dans l’histoire culinaire française. Dans ce cadre, cette thèse a porté sur l’étude d’un fromage AOP, le Maroilles. Une approche pluridisciplinaire (analyses sensorielles, physicochimiques et microbiologiques) a été menée avec comme objectif la caractérisation des Maroilles fermiers (lait cru) et industriels (lait pasteurisé). Les analyses sensorielles ont mis en évidence que des consommateurs étaient capables de percevoir des différences entre ces deux types de Maroilles. Ces différences de perception ont pu être expliquées par les analyses physicochimiques (composition, texture, couleur) et microbiologiques. De plus, la qualité du Maroilles en termes d’appréciations hédoniques et de descriptions sensorielles peut être prédite à partir des mesures instrumentales et notamment de la composition en acides gras. Une étude consommateur, réalisée dans deux villes en France, Lille la région d’origine du Maroilles et Angers extérieure à sa région de production, a également montré que l’appréciation et les attitudes du consommateur sont fortement dépendantes de son niveau de familiarité en termes de fréquence de consommation et de connaissance du Maroilles. De plus, cette familiarité modifie les représentations que les consommateurs se font du Maroilles fermier. Le Maroilles est un fromage qui garde son authenticité et sa typicité par sa variabilité inter-produits qui constitue une richesse et une diversité de choix pour les consommateursToday, the consumer is looking for qualitative authentic products. These quality standards are embodied by traditional, “de terroir” or craft products. Among these products, cheese is a valuable food of the French culinary history. In this context, this thesis focused on the study of an AOP cheese: the Maroilles. A multidisciplinary approach (sensory, physicochemical and microbiological analyses) was conducted with the objective of characterizing artisanal (raw milk-based) and industrial Maroilles (pasteurized milk-based). Sensory analyses revealed that consumers were able to perceive differences between these two types of Maroilles. These differences in perception could be explained by physicochemical (composition, texture, color) and microbiological analyses. In addition, the quality of Maroilles in terms of hedonic appreciations and sensory descriptions can be predicted from instrumental measurements, in particular the fatty acid composition. Concomitantly, the quality of Maroilles perceived by the consumer is strongly dependent on the consumer's familiarity with this product. A consumer study, carried out in two cities in France (Lille, the region of origin of Maroilles and Angers outside the Maroilles production region) showed that Maroilles' familiarity in terms of consumption frequency and knowledge influences the appreciation and consumer attitudes. In addition, the familiarity changes the representations that consumers make of artisanal Maroilles. Maroilles is a cheese that keeps its authenticity and its typicality by its inter-product variability, which constitutes a wealth and a variety of choices for consumers
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Nacef, Mohamed Menouar. "Maroilles fermiers et industriels : quelles sont les différences ? : Une approche pluridisciplinaire allant du consommateur aux caractérisations sensorielles, physico-chimiques et microbiologiques." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2018. http://www.theses.fr/2018LILUR077.
Full textAbstract:
Aujourd’hui, le consommateur recherche des produits authentiques de qualité. Ces critères sont incarnés par des produits traditionnels, de terroir ou fermiers. Parmi ces produits, le fromage représente un aliment de valeur dans l’histoire culinaire française. Dans ce cadre, cette thèse a porté sur l’étude d’un fromage AOP, le Maroilles. Une approche pluridisciplinaire (analyses sensorielles, physicochimiques et microbiologiques) a été menée avec comme objectif la caractérisation des Maroilles fermiers (lait cru) et industriels (lait pasteurisé). Les analyses sensorielles ont mis en évidence que des consommateurs étaient capables de percevoir des différences entre ces deux types de Maroilles. Ces différences de perception ont pu être expliquées par les analyses physicochimiques (composition, texture, couleur) et microbiologiques. De plus, la qualité du Maroilles en termes d’appréciations hédoniques et de descriptions sensorielles peut être prédite à partir des mesures instrumentales et notamment de la composition en acides gras. Une étude consommateur, réalisée dans deux villes en France, Lille la région d’origine du Maroilles et Angers extérieure à sa région de production, a également montré que l’appréciation et les attitudes du consommateur sont fortement dépendantes de son niveau de familiarité en termes de fréquence de consommation et de connaissance du Maroilles. De plus, cette familiarité modifie les représentations que les consommateurs se font du Maroilles fermier. Le Maroilles est un fromage qui garde son authenticité et sa typicité par sa variabilité inter-produits qui constitue une richesse et une diversité de choix pour les consommateursToday, the consumer is looking for qualitative authentic products. These quality standards are embodied by traditional, “de terroir” or craft products. Among these products, cheese is a valuable food of the French culinary history. In this context, this thesis focused on the study of an AOP cheese: the Maroilles. A multidisciplinary approach (sensory, physicochemical and microbiological analyses) was conducted with the objective of characterizing artisanal (raw milk-based) and industrial Maroilles (pasteurized milk-based). Sensory analyses revealed that consumers were able to perceive differences between these two types of Maroilles. These differences in perception could be explained by physicochemical (composition, texture, color) and microbiological analyses. In addition, the quality of Maroilles in terms of hedonic appreciations and sensory descriptions can be predicted from instrumental measurements, in particular the fatty acid composition. Concomitantly, the quality of Maroilles perceived by the consumer is strongly dependent on the consumer's familiarity with this product. A consumer study, carried out in two cities in France (Lille, the region of origin of Maroilles and Angers outside the Maroilles production region) showed that Maroilles' familiarity in terms of consumption frequency and knowledge influences the appreciation and consumer attitudes. In addition, the familiarity changes the representations that consumers make of artisanal Maroilles. Maroilles is a cheese that keeps its authenticity and its typicality by its inter-product variability, which constitutes a wealth and a variety of choices for consumers
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Tauveron, Grégoire. "Propriétés de surface des spores de Bacillus cereus et capacité de contamination des équipements agro-industriels : influence des conditions environnementales." Compiègne, 2006. http://www.theses.fr/2006COMP1650.
Full textAbstract:
Bacillus cereus, responsable de toxi-infections alimentaires, est un contaminant fréquent des aliments traités thermiquement. En effet, outre ses capacités de résistance aux traitements thermiques et chimiques, la spore de B. Cereus a une forte capacité d'adhésion aux matériaux inertes comme l'acier, et représente donc un risque majeur de contamination des aliments. La maîtrise de l'hygiène des équipements passe par une meilleure connaissance des facteurs influençant l'adhésion et la résistance au nettoyage des spores de B. Cereus. L'adhésion des micro-organismes est liée à la leurs propriétés de surface qui peuvent varier selon les conditions environnementales rencontrées. Au cours de cette étude, nous avons mis en évidence une grande variabilité des propriétés de surface (morphologie, caractère hydrophobe, protéines de surface) des spores selon les souches. Ces différences sont associées à une variabilité importante de la capacité d'adhésion à l'acier et de résistance au nettoyage en place (NEP) entre les souches. La confrontation de ces données a montré que l'adhésion des spores est favorisée par la longueur des appendices, alors que la résistance au NEP est inversement proportionnelle à la taille des exosporia. L'utilisation de mutants (chez B. Cereus et B. Anthracis) nous a permis de mettre en évidence que les filaments en brosse de l'exosporium (constitués par BclA) inhibent la résistance au nettoyage. L'absence de la protéine ExsY empêche la mise en place de l'exosporium et se traduit par une diminution de l'adhésion et une augmentation de la résistance au nettoyage. Donc le risque de contamination des surfaces est plus élevé pour des souches ayant de longs appendices et un petit exosporium. Par ailleurs, les propriétés de surface des spores sont affectées par les conditions rencontrées par la bactérie. Nous avons étudié l'influence de conditions susceptibles d'êtres rencontrées par les spores dans les IAA. La sporulation à haute température ainsi que la sporulation en milieu liquide affectent respectivement la taille et l'intégrité de l'exosporium et entraînent une diminution de l'adhésion. De plus, l'application de conditions hydrodynamiques proches de celles rencontrées dans les industries agro-alimentaires induit un endommagement de l'exosporium plus ou moins marqué selon les conditions de sporulation. Cet endommagement conduit à une diminution de l'adhésion des spores couplée à une augmentation de leur résistance au nettoyage. Ces différences de comportement devront donc être prises en compte dans les procédures d'analyse des risques liés à la présence de B. CereusBacillus cereus, responsible for food toxi-infections, frequently contaminates heated-processed foods. Indeed, beyond its resistance to heat and chemical treatment, the B. Cereus spore possesses a strong capacity to adhere to inert materials such as steel and therefore may be considered as a major food contamination risk. Mastery of equipment hygiene requires a deeper knowledge of factors which influence B. Cereus spores' adhesion capacity and their resistance to cleaning techniques. The adhesion of micro-organisms is linked to their surface properties, which may vary according to the environmental conditions they encounter. Ln the course of this study, we reveal a wide variability in surface properties (morphology, hydrophobia, surface protein content) from one spore strain to another. These differences are associated with a significant variability in each strain's capacity to adhere to steel and in its resistance to cleaning-in-place (CIP). Close examination of these data has shown that the longer their appendages, the stronger the spores' adhesion, whereas resistance to cleaning-in-place is inversely proportional to the size of the exosporia. The use of mutants (from B. Cereus and B. Anthracis) allowed us to show that brush-like exosporial filaments (made up of BclA) inhibit resistance to cleaning. An absence of the ExsY protein stops the exosporium from developing and leads to a consequent decrease in adhesion and an increase in resistance to cleaning. Thus, surface contamination risk is higher for strains with long appendages and small exosporia. Furthermore, spores' surface properties are affected by the conditions encountered by the bacteria. We have studied the influence of conditions likely to be encountered by spores in the agro-food industry. Sporulation at high temperature and sporulation in a liquid environment respectively affect the exosporium's size and integrity and result in lesser adhesion. Ln addition, the application of hydrodynamic conditions close to those encountered in the agro-food industry, induces greater or lesser damage to the exosporia according to the conditions in which they sporulated. This damage leads to a decrease in spore adhesion coupled with an increase in their resistance to eleaning. These behavioural differences must therefore be taken into account in analytical procedures applied in the determination of risk associated with the presence of B. Cereus
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Constantin, Hervé. "La biodénitrification d'un effluent industriel fortement chargé : études cinétiques, conception d'un réacteur à lit fluidisé, et modélisation." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1995. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/INPL_T_1995_CONSTANTIN_H.pdf.
Full textAbstract:
L’objectif général de ce travail est de trouver un procédé permettant le biotraitement d'effluents industriels chargés en nitrates. Dans un premier temps, des études cinétiques ont été menées sur des souches sélectionnées dans les boues issues des bassins de stockage (Pseudomonas sp. S1, et Staphylococcus sp. S2). Les cultures ont été réalisées en fermenteur de 2 litres en discontinu et en continu afin de trouver le substrat carboné adéquat, et de chercher la concentration limite en nitrate permettant la dénitrification de l'effluent dilué. L’acide acétique a été le substrat le plus intéressant comparé au méthanol, à l'éthanol et au glucose. La concentration maximale pour une dénitrification totale était de 37gNO3-/1. Dans une deuxième partie, un réacteur pilote à lit fluidisé de 50 litres à été dimensionné. Les premières études se sont portées sur l'hydrodynamique et sur le choix du support pour les bactéries. Le réacteur fonctionne en réacteur parfaitement agité. L’expérience a montré que le temps de développement du biofilm était de 1 mois, et que la dénitrification totale pouvait être atteinte. Enfin, dans une dernière partie, un modèle a permis d'interpréter le fonctionnement de l'association des deux souches. Il est basé sur les équations de Monod, et fait intervenir des phénomènes d'inhibition sur s1 et s2. La validation de ce modèle non structuré a été réalisée sur des cultures discontinues et continues pour différentes concentrations en nitrate
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Tulfahi-Ebido, Ahlam. "Contribution à l'étude de la production de cyclodextrine-glycosyl-transférases par des souches alcalophiles." Compiègne, 1993. http://www.theses.fr/1993COMPD667.
Full textAbstract:
L'étude de l'isolement et de la sélection de souches bactériennes (Bacillus alcalophilus) productrices d'enzymes cyclodextrine-glycosyl-transférases (CGTases) catalysant la synthèse de cyclodextrines à partir d'amidon, s'inscrit dans un contexte de microbiologie appliquée d'un grand intérêt industriel. L'étude sur la sélection de souches productrices de CGTases issues des collections internationales, a permis dans un premier temps de retrouver les capacités des souches qualifiées d'industrielles et d'étudier l'influence de la composition du milieu sur les activités enzymatiques en fioles et en fermenteur. Des mutants hyperproducteurs de CGTases ont ensuite été obtenus grâce à la mise en œuvre de la méthode de mutagénèse par rayonnement ultra-violet et la mise au point de différentes techniques de criblage. L'analyse de mille cinq cent mutants a conduit à la sélection de treize clones génétiquement stables et caractérisés par une activité alpha, beta ou gamma CGTase élevée. Par rapport à la souche de référence, quelques clones présentent une activité alpha CGTase multipliée par facteur 9, beta CGTase multipliée par facteur 2 et gamma CGTase multipliée par facteur 4. Pour le meilleur clone, la somme des trois activités est multipliée par 4. Par ailleurs, des souches sauvages ont été isolées à partir d'un biotope naturel : une terre alcaline provenant d'un champs de blé traité aux pesticides s'est révélée très intéressante pour la recherche de souches hyperproductrices de CGTases. De plus, une méthode de criblage utilisant des milieux sélectifs à base de alpha ou gamma cyclodextrine s'est avérée particulièrement efficace. Ces essais nous ont permis d'isoler six souches dont la capacité de production est supérieure à celle de la souche témoin. La souche la plus active présente une activité CGTase globale trois fois plus importante que la souche de référence. Ainsi, le choix d'un écosystème particulier associé à une procédure de sélection spécifique a permis d'atteindre une probabilité de sélection de l'ordre de 1/10, alors que les méthodes traditionnelles ne permettent pas de dépasser 1/100 à 1/1000 pour Bacillus alcalophilus.
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Betelli, Laetitia. "Développement et évaluation d'une méthode fondée sur la PCR temps réel pour la caractérisation des bioaérosols : application au groupe des actinomycètes." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00935647.
Full textAbstract:
Les actinomycètes sont des bactéries ubiquitaires et certains sont reconnus comme potentiellement pathogènes pour l'Homme, dans l'air de certains lieux de travail. C'est notamment le cas dans l'air des plates-formes de compostage où les concentrations peuvent atteindre des valeurs relativement élevées. L'exposition des salariés à ce type de bioaérosols peut être la cause de pathologies diverses (notamment des pneumopathies d'hypersensibilité). Bien que le problème soit reconnu, la bibliographie démontre un manque de connaissances à propos de l'évaluation du risque : aucune méthode globale de prélèvement et d'analyse n'est, à l'heure actuelle, standardisée pour l'étude de ces bioaérosols, si bien qu'il n'existe aucune relation dose-effets pour la plupart de ces agents ni même de valeur limite d'exposition professionnelle. Les méthodes traditionnellement utilisées ne sont pas sans inconvénient (sous-estimation de la concentration réelle notamment) et le plus souvent non-spécificiques. C'est pourquoi l'objectif de la thèse, ici décrite, est le développement et l'évaluation de la technique de biologie moléculaire qu'est la PCR temps réel pour la quantification de bactéries dans ces bioaérosols. La méthode a tout d'abord été développée et optimisée notamment par le dessin d'oligonucléotides, par la comparaison de protocoles d'extraction d'ADN et par la réalisation de gammes étalons. Elle a ensuite été comparée aux techniques plus traditionnelles, encore largement utilisées, que sont le dénombrement du bacteries cultivable par mise en culture et l'épifluorescence, à la fois sur des cultures de cellules et sur des bioaérosols expérimentaux. Ce n'est qu'après l'avoir caractérisé qu'elle a été appliquée sur des bioaérosols prélevés en conditions réelles d'exposition, sur des plates-formes de compostage.La méthode développée, basée sur une extraction d'ADN et une PCR temps réel, permet la quantification de l'ADN de Thermoactinomyces vulgaris (basée sur l'amplification du gène GyrB), de Thermobifida fusca et T. alba (gène ecf) et des streptomycètes mésophiles (ARNr 23S). La PCR permet l'obtention de résultats fortement corrélés à ceux issus du dénombrement sur milieux gélosés mais offre de réels avantages par rapport à la culture. Comme ces quantifications prennent en compte n'importe quelle forme de la bactérie (cellules végétatives et spores), la PCR dépasse les inconvénients de sous-estimation liés aux méthodes traditionnelles. La technique a un réel avantage de spécificité, elle est répétable et sensible. Les campagnes de prélèvements effectuées sur 5 plates-formes de compostage en France ont permis de mesurer les concentrations en bactéries mésophiles et thermophiles par culture et d'établir celles en Thermoactinomyces vulgaris, Thermobifida sp. et Streptomyces sp. par PCR. L'étude confirme que les activités de compostage sont génératrices de bioaérosols avec parfois des valeurs relativement élevées selon les points échantillonnés. Elle met également en exergue des informations comme la distribution granulométrique du bioaérosol ou l'adéquation entre le type de prélèvement effectué et l'analyse par PCR. Les travaux menés, du développement de la méthode qPCR appliquée au groupe des actinomycètes à son application sur des échantillons environnementaux, apportent de nombreuses données pour la quantification des actinomycètes aéroportés. Ils ont permis d'acquérir des éléments de validation concernant la méthode mise en place et ont livré les seules mesures de concentrations disponibles à l'heure actuelle, pour T. vulgaris, Thermobifida sp., et les streptomycètes mésophiles dans l'air des plates-formes de compostage
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Colombini, Gabin. "Étude multi-échelle des interactions saprophages-matières organiques et de leurs implications dans le fonctionnement des humipedons de Technosols : approche fondamentale vers l’ingénierie écologique." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2020. http://www.theses.fr/2020LORR0277.
Full textAbstract:
Dans un contexte de dégradation des sols suite aux activités anthropiques et d’érosion de la biodiversité, la compréhension du rôle de la faune édaphique dans le fonctionnement des humipedons est d’intérêt croissant. Le développement de stratégies de réhabilitation des sols anthropisés basées sur les concepts de l’ingénierie écologique pourrait notamment s’appuyer sur les actions de transformation des matières organiques que réalisent les organismes saprophages. L’objectif de cette thèse était (i) de caractériser les fonctions écologiques réalisées par les organismes saprophages à travers la production de biostructures sur des sols fortement anthropisés et (ii) d’évaluer leur potentialité de réhabilitation des Technosols de friches industrielles. Pour cela, une démarche intégrative, basée sur le changement d’échelle spatiale, a été menée sur une friche industrielle d’intérêt. Dans un premier temps, il a été mis en évidence que les caractéristiques physico-chimiques des substrats de Technosols peuvent représenter un filtre abiotique pour la colonisation de la faune édaphique, qui se traduit notamment par l’absence de lombricidés anéciques et endogés dans les Technosols. Dans un deuxième temps, à l’échelle de l’humipedon, les résultats ont permis de montrer que la dynamique des matières organiques néoformées par la végétation dépend également de la nature du substrat utilisé lors de la réhabilitation de la friche. En effet, sous l’action des saprophages épigés, une série d’horizons ectorganiques, similaire à celle d’un Moder, s’est développée sur l’horizon technogénique des Technosols. Le terme de « Techno-moder » a ainsi été proposé pour décrire cette nouvelle forme d’humus. Les spécificités chimiques et ultrastructurales de l’horizon zOH du Techno-moder, constitué de biostructures produites par les saprophages, ont également confirmé cette proposition de classification. Pour finir, l’étude en conditions contrôlées des déjections produites par l’isopode saprophage Porcellio scaber a permis de mettre en évidence que les traits physico-chimiques des déjections dépendent du substrat composant le Technosol et de la matière organique apportée. En accord avec ce qui avait été conclu à l’échelle de l’humipedon, il semble donc que les traits des déjections produites par les saprophages épigés soient une caractéristique intrinsèque de l’écosystème, qui résulte des facteurs environnementaux caractérisant l’humipedon des Technosols. Le développement de stratégie de réhabilitation des Technosols par inoculation couplée de saprophages et de matières organiques pourrait ainsi améliorer certaines caractéristiques physico-chimiques des humipedons de Technosols tout en imposant la prise en compte des interactions spécifiques des organismes avec le substratIn a context of soil degradation and erosion of biodiversity resulting from anthropogenic activities, understanding the role of edaphic fauna in the functioning of humipedons is of growing interest. The development of reclamation strategies on anthropized soils, based on the concepts of ecological engineering, could be based on the actions of transformation of organic matter carried out by saprophagous organisms. The objective of this thesis was (i) to characterize the ecological functions performed by saprophagous organisms through the production of biostructures on anthropized soils and (ii) to assess their potential for the reclamation of brownfields Technosols. To do so, an integrative approach, based on the changes of spatial scale, was carried out on an industrial brownfield of interest. First, it was demonstrated that Technosols physicochemical characteristics can represent an abiotic filter limiting the colonization of edaphic fauna, especially highlighted by the absence of anecic and endogeic earthworms in Technosols. Secondly, at the scale of the humipedon, the results showed that the dynamics of organic matter formed by vegetation also depends on the nature of the substrate used during the rehabilitation of the brownfield. Indeed, under the action of epigeic saprophagous arthropods, a series of ectorganic horizons, similar to the ones of a Moder, developed on the technogenic horizon of Technosols. The term "Techno-moder" has thus been proposed to describe this new humus form. The chemical and ultrastructural features of the Techno-moder zOH horizon, made up of biostructures produced by saprophagous, also confirmed this classification proposal. Finally, feces produced by the saprophagous isopod Porcellio scaber, studied under controlled conditions, allowed to demonstrate that their physicochemical characteristics depend on the Technosol substrate and on organic matter chemical features. In agreement with the conclusions at the humipedon scale, it seems that feces traits produced by the epigeic saprophagous arthropods are an intrinsic characteristic of the ecosystem, which results from the Technosols humipedons composition. The development of Technosols reclamation strategies using coupled inoculation of saprophagous and organic matter could thus improve Technosols humipedons physicochemical characteristics while requiring the specific interactions of organisms with the substrate to be taken into account
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Tournesac, Catherine. "Mise en évidence d'une enzyme d'oxydation de la lignine chez un pseudomonas." Grenoble 1, 1986. http://www.theses.fr/1986GRE10110.
Full textAbstract:
Bacterie isolee du sol, capable de degrader un dimere de type beta -0-4 ether (gge) et d'attaquer les fonctions cetones conjuguees des lignines de "bois explose". Mise en evidence de 2 enzymes solubles. Purification partielle de l'enzyme active sur lignines de "bois explose", qui presente les caracteres d'une monooxygenase, liee a nad(p)h, et provoque une diminution de la masse moleculaire moyenne de la lignine. La bacterie parait capable de scinder les chaines aliphatiques des lignines, probablement apres une hydroxylation rendant labile la liaision calpha -cbeta
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Iraqi, Housseini Abdel Ilah. "Recherches sur la lutte biologique contre fomes lignosus (K1. ) Bres. , parasite de l'hevea, par utilisation de champignons antagonistes." Nancy 1, 1987. http://www.theses.fr/1987NAN10087.
Full textAbstract:
Fomes lignosus est un champignon parasite des racines de l'hevea (hevea brasiliensis). Dans le cadre de la lutte biologique contre ce pathogène, trois champignons antagonistes ont été étudiés : lentinus squarrosulus, cerrena meyenii et gloeophyllum striatum. Les caractères culturaux et les conditions optimales de développement des quatre champignons ont été étudiés