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Dissertations / Theses on the topic 'Microbiology and Parasitology'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 18 May 2024

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1

Getty, Troy A. "Life Cycle and Morphological Characterization of Colpodella sp. (ATCC 50594) in Hay Medium." Cleveland State University / OhioLINK, 2020. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=csu1611795646162548.

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2

Rougeron, Amandine. "Distribution dans la mucoviscidose et écologie des différentes espèces du complexe Scedosporium apiospermum." Phd thesis, Université d'Angers, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00966210.

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Abstract:
Le complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum se situe au deuxième rang des champignons filamenteux isolés des expectorations de patients atteints de mucoviscidose, maladie génétique la plus fréquente dans la population caucasienne et dont le pronostic est étroitement lié à l'atteinte respiratoire. La distribution des cinq espèces constituant ce complexe a été étudiée au sein d'une cohorte de patients français atteints de mucoviscidose. Nos résultats suggèrent que P. boydii est l'espèce prédominante (62%), suivie de S. apiospermum (24%), Scedosporium aurantiacum (10%) et Pseudallescheria minutispora (4%). Nous avons également démontré la capacité de ces deux dernières espèces à coloniser de manière chronique les voies respiratoires de ces patients. Les niches naturelles et les réservoirs de ces espèces constituant des sources potentielles de contamination humaine ont ensuite été étudiées dans la région Pays-dela- Loire. Les densités les plus importantes de ces espèces ont été retrouvées dans les zones impactées par les activités humaines. Scedosporium dehoogii est l'espèce la plus abondante ; S. aurantiacum, P. boydii et S. apiospermum ont été principalement retrouvées dans les zones agricoles, les plages et les aires de jeux, respectivement. Les techniques de PCR étant plus rapides et plus sensibles que les méthodes culturales et permettant une semi-quantification, nous avons enfin développé une méthode moléculaire pour la détection et la quantification du complexe P. boydii / S. apiospermum. Cependant, une optimisation de l'étape d'extraction d'ADN génomique est nécessaire pour permettre l'application de cette méthode à des échantillons de sol.
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3

Mendonça, Daiane Barros Dias. "Análise do microbioma de bactérias de luz intestinal de hamsteres e sua correlação com LPS circulante, decorrente da translocação microbiana na leishmaniose visceral experimental." Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/99/99131/tde-22012018-114555/.

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Abstract:
A leishmaniose visceral, na sua forma clinica ativa, caracteriza-se por febre de longa duração, hepatoesplenomegalia e caquexia. No Brasil, a letalidade é, em média, de 7% e as principais causas de morte são: hemorragia, comorbidade com doenças imunossupressoras e infecção bacteriana. O mecanismo de aumento de infecção bacteriana na LV não está claro e uma das hipóteses, é que pode haver translocação bacteriana da mucosa intestinal para o lúmen dos vasos sanguíneos e ocasionar uma maior severidade da resposta imuno-inflamatória e com consequente piora clínica. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de translocação microbiana em hamsteres infectados experimentalmente com Leishmania (L.) infantum e correlacionar com as alterações histopatológicas encontradas no intestino dos animais infectados. Hamsteres (Mesocricetus auratus) foram infectados intraperitonealmente com 2x107 amastigotas de L. (L.) infantum e eutanasiados após 48, 72 horas e 15, 45 e 90 dias de infecção. Como grupo controle foram utilizados hamsteres inoculados intraperitonealmente com meio de cultura RPMI. Foram coletados: sangue, fezes, baço, intestinos grosso e delgado. Para detecção de amastigotas na mucosa intestinal, foi utilizada a técnica de PCR em tempo real (qPCR), imunohistoquímica e análise histopatológica, sendo que nesta técnica também foram avaliadas alterações histológicas no tecido intestinal. O baço foi utilizado para determinar a carga parasitária através da técnica de Stauber. Para detecção da translocação microbiana ou produtos desde, foi realizada a quantificação de lipopolissacarídeo (LPS) em plasma. Para avaliar a possível mudança da flora bacteriana intestinal, foi realizado sequenciamento bacteriano de amostra de fezes de hamsteres controles e infectados nos vários tempos de infecção. Observamos aumento da carga parasitária em baço e em intestino com o decorrer da infecção, sendo a diferença significativa aos 90 dias de infecção. Paralelamente, observamos aumento de LPS circulante nos animais infectados em diferentes tempos, 48 horas, 72 horas, 45 dias e 90 dias, com diminuição no período intermediário de 15 dias, porém com diferença significante somente aos 90 dias após a infecção em relação ao grupo controle. Alterações histopatológicas foram observadas no intestino grosso e delgado, variando de infiltrado inflamatório leve a grave, enterite, histiocitose e ainda presença de amastigotas. As alterações observadas ocorreram a partir de 48 horas de infecção, diferenciando a população do infiltrado inflamatório entre neutrófilos, linfócitos, e ainda eosinófilos em intestino grosso de animais com 90 dias de infecção. O sequenciamento de DNA bacteriano das fezes mostra que houve alteração no microbioma dos animais, porém não há identidade significante, ou seja, acima de 95% na maioria das bactérias. Concluímos que as alterações de histologia da mucosa, a invasão de amastigotas neste tecido e o aumento do LPS, sugerem que a translocação microbiana é um evento ocorrente durante a infecção por L. (L.) infantum neste modelo experimental.
Visceral leishmaniasis, in its active clinical form, is characterized by long-lasting fever, hepatosplenomegaly and cachexia. In Brazil, the lethality is, on average, 7% and the main causes of death are hemorrhage, comorbidity with immunosuppressive diseases and bacterial infection. The mechanism of increased bacterial infection in LV is unclear and one of the hypotheses is that there may be bacterial translocation of the intestinal mucosa to the lumen of the blood vessels and cause a greater severity of the immune-inflammatory response and consequent clinical worsening. The objective of this work was evaluate the occurrence of microbial translocation in Leishmania (L.) infantum infected-hamsters and correlate with the histopathological changes found in the gut of infected animals. Hamsters (Mesocricetus auratus) were infected intraperitoneally with 2x107 amastigotes of L. (L.) infantum and euthanized after 48, 72 hours and 15, 45 and 90 days of infection. As a control group, hamsters were inoculated intraperitoneally with RPMI culture medium. Were collected: blood, feces, spleen, large and small intestines. To detection amastigotes in intestinal mucosa, real-time PCR (qPCR), immunohistochemistry and histopathological analysis were used, and histological alterations in intestinal tissue were also evaluated. Spleen was used to determine the parasitic load through the Stauber technique. To detection of microbial translocation or products related, was performed quantification of lipopolysaccharide (LPS) in plasma. In order to evaluate the possible change in intestinal bacterial flora, bacterial sequencing of sample faeces from control and infected hamsters was carried. We observed increased parasite load on spleen and intestine as the infection progressed, the difference being significant at 90 days of infection. At the same time, we observed increased circulating LPS in infected animals at different times, 48 hours, 72 hours, 45 days and 90 days, with decrease in the intermediate period of 15 days, howeversignificant difference was observed only at 90 days post-infection in relation to control group. Histopathological changes were observed in the large and small intestine, ranging from mild to severe inflammatory infiltrate, enteritis, histiocytosis, and amastigotes. The changes occurred from 48 hours of infection, differentiating the population of the inflammatory infiltrate between neutrophils, lymphocytes, and even eosinophils in the large intestine of animals with 90 days of infection. |Bacterial sequencing shows that there was a change in the microbiome of the animals, but there is no significant identity, ie, above 95% in most bacteria. We conclude that changes in mucosal histology, invasion of amastigotes in this tissue and increase in LPS, suggest that microbial translocation is an event occurring during L. (L.) infantum infection in this experimental model.
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Swenerton, Ryan Kells. "Biochemical and functional characterization of serine proteases in Leishmania." Diss., Search in ProQuest Dissertations & Theses. UC Only, 2009. http://gateway.proquest.com/openurl?url_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&res_dat=xri:pqdiss&rft_dat=xri:pqdiss:3390080.

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Goldowitz, Ilana Sarah. "Plasmodium's Crossroads: Deciphering the Molecular Pathway That Leads to Malaria Transmission." Thesis, Harvard University, 2015. http://nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:17467311.

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Abstract:
Plasmodium falciparum is the causative agent of the most severe form of malaria. Transmission from humans to mosquito vectors is an essential step in this eukaryotic parasite‘s life cycle and in the spread of malaria disease, which killed nearly 600,000 people in 2013. I investigated the developmental switch parasites make to the transmission stage or gametocyte, with the goal of identifying molecular mechanisms and environmental triggers of gametocyte formation. In Chapter 2 of this dissertation, I discuss the completion of a genetic mutagenesis screen leading to the discovery of a putative E3 ubiquitin ligase enzyme which is likely a negative regulator of gametocyte formation. Chapter 3 presents findings on population-based regulation of gametocyte production and on parasite-derived microvesicles that transfer between cells and stimulate gametocyte production. In Chapter 4, I and coauthors present a protocol for measuring parasite growth and gametocyte production in response to drugs or other treatments.
Chemical Biology
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Hamidou, Soumana Illiassou. "La Trypanosomose Humaine Africaine (maladie du sommeil) : caractérisation de gènes impliqués dans les interactions symbiontes - glossines - trypanosomes." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20182.

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Abstract:
Les glossines (mouches tsétsé) sont les vecteurs des trypanosomes africains, responsables de la Trypanosomose Humaine Africaine (THA) ou maladie du sommeil en Afrique sub-saharienne. De nouvelles stratégies de lutte contre la THA visent à utiliser les symbiontes de la glossine pour augmenter sa réfraction à l'infection par les trypanosomes. La mise en place de telles approches nécessite une bonne connaissance des bases moléculaires et cellulaires des interactions entre les symbiontes, la glossine et le trypanosome. Les objectifs de cette thèse étaient, i) d'évaluer l'évolution des densités des symbiontes (Wigglesworthia glossinidia et Sodalis glossinidius) au cours du cycle de développement du vecteur et ii) de caractériser les gènes de Sodalis, Glossina palpalis gambiensis et Trypanosome brucei gambiense en interaction et qui s'expriment différentiellement au cours de l'infection. Nous avons pu montrer la présence permanente des deux symbiontes quel que soit le stade de développement de la glossine, ce qui permet leur utilisation dans le cadre du contrôle des vecteurs. Par la suite, des infections expérimentales ont été réalisées sur des glossines d'insectarium. Des glossines de l'espèce G. p. gambiensis ont été gorgées sur des souris infectées par T. b. gambiense. L'analyse des métatranscriptomes des glossines infectées versus réfractaires à l'infection nous ont permis de mettre en évidence les gènes de Sodalis, G. p. gambiensis et T. b. gambiense différentiellement exprimés aux étapes clé de l'infection. Les résultats qui découlent de cette thèse mettent la lumière sur la complexité des interactions Sodalis - G. p. gambiensis - T. b. gambiense et soulignent l'implication des bactériophages du symbionte S. glossinidius dans la réfraction des glossines à l'infection. Mots clés : maladie du sommeil, mouche tsétsé, trypanosome, symbiontes, compétence vectorielle, expression de gènes
Tsetse flies are the vectors of African trypanosomes, the causative agents of human African trypanosomiasis (sleeping sickness)in sub-saharan Africa. New sleeping sickness control strategies plan to use tsetse gut symbionts to increase tsetse flies refractoriness to trypanosomes infection. Such approaches require good knowledge on the molecular and cellular basis of interactions between symbionts, tsetse fly and trypanosome. This thesis aimed to i) assess the evolution of Glossina palpalis gambiensis symbionts (Wigglesworthia glossinidia and Sodalis glossinidius) densities throughout the host fly development cycle and ii) to characterize genes of Sodalis, G. p. gambiensis and Trypanosoma brucei gambiense in interaction, which are differentially expressed during the infection. We showed that both symbionts are present in all tsetse fly development stages, allowing their use in the context of vector control. Subsequently, experimental infections were performed on colonies flies. G. p. gambiensis female flies were fed on T. b. gambiense hosting mice. Transcriptome of infected flies and flies that have cleared trypanosome they ingested were analysed. This allow us identifying genes of Sodalis, G. p. gambiensis and T. b. gambiense differentially expressed at the infection key stages. Our results highlight the complexity of interactions between Sodalis, G. p. gambiensis, T. b. gambiense and underline the involvement of bacteriophages hosted by S. glossinidius in tsetse fly refractoriness to trypanosome infection. Key words: sleeping sickness; tsetse fly; trypanosome; symbionts; vector competence; gene expression
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Krishnamurthy, Shruthi. "FUNCTIONAL CONSEQUENCES OF AMA1-RON2 INTERACTION DURING HOST CELL INVASION BY TOXOPLASMA." ScholarWorks @ UVM, 2016. http://scholarworks.uvm.edu/graddis/462.

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Abstract:
T.gondii is a model organism of the phylum Apicomplexa that infects one third of the human population. While the majority of infections are asymptomatic or manifest with mild flu-like symptoms, toxoplasmosis can be fatal in immunocompromised individuals and in the developing fetus. The lytic cycle of tachyzoite-stage parasites causes damage to the host by repeated rounds of host cell invasion, intracellular replication and lysis of the host cell upon egress. Invasion is a key step for the parasite to maintain its intracellular lifestyle. Apical Membrane Antigen 1 (AMA1) is an adhesin released from a unique set of secretory organelles called micronemes. AMA1 plays a central role in the initial stages of host cell invasion. Although parasites without AMA1 are viable in culture, virulence in an animal model of infection is completely attenuated, highlighting AMA1's functional importance. AMA1 is a type I transmembrane protein with a large ectodomain and a short cytoplasmic tail. The ectodomain of AMA1 interacts with domain 3 (D3) of rhoptry neck protein 2 (RON2), which in turn complexes with RONs 4, 5, and 8 in the host cell. Together, this complex of proteins forms the moving junction, through which the parasite pushes itself during invasion. Rhomboid proteases on the parasite surface cleave AMA1 within its transmembrane domain and parasites expressing a non-cleavable form of AMA1 show reduced invasion of host cells and a growth defect. While much is known about the ectodomain of T. gondii AMA1 (TgAMA1), the fate of the TgAMA1 cytoplasmic tail after cleavage remains unclear, its interacting partners remain unidentified, and its role in invasion or thereafter remains a mystery. To address these questions, we: (a) explored the consequences of TgAMA1-TgRON2 interaction during invasion and (b) generated allelic replacement (AR) parasites with point mutations across the tail of TgAMA1 to determine the effect of these mutations on the parasite's ability to invade host cells. Quantitative proteomic techniques were used to analyze the proteins that bind to the tail of TgAMA1 under these different experimental conditions. The results from this work highlight the importance of TgAMA1 post-translational modifications, and potentially TgAMA1-binding proteins, in regulating invasion-related processes in T. gondii.
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8

Thomas, Vincent. "Amibes libres de l'environnement : écologie et interactions avec des micro-organismes pathogènes émergents." Habilitation à diriger des recherches, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00694418.

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Abstract:
Le risque de contamination des réseaux par les légionelles est aujourd'hui bien connu. Ces bactéries sont naturellement résistantes à un certain nombre de stress, elles peuvent survivre de façon prolongée dans les biofilms et proliférer de façon très importante via une croissance intracellulaire dans les amibes. Les amibes peuvent elles-mêmes présenter une résistance élevée aux traitements de décontamination usuels et offrent donc une protection supplémentaire aux légionelles. Si l'association amibes-légionelles dans les réseaux a été largement étudiée, il n'en est pas de même pour un certain nombre d'autres associations existant entre les amibes et des micro-organismes pathogènes avérés ou pathogènes émergents. Parmi les agents pathogènes émergents associés aux amibes, de nouvelles espèces bactériennes apparentées aux Chlamydia pourraient être responsables de pneumonies et d'avortements à répétition chez l'Homme et l'animal. Ces nouvelles espèces de Chlamydia présentent de nombreuses particularités, dont une survie à l'état libre dans l'environnement beaucoup plus importante que celles des Chlamydia " classiques " et une résistance importante aux températures élevées. De nouveaux virus " géants " associés aux amibes ont aussi été récemment décrits. Ils présentent de nombreuses particularités biologiques par rapport aux virus plus classiques et, bien que les preuves formelles de leur pathogénicité restent à apporter, certains de ces virus pourraient être responsables de pneumonies. Enfin, l'association amibes libres - mycobactéries soulève des questions importantes. Des travaux récents démontrent que des mycobactéries atypiques résistantes à certains traitements de décontamination (glutaraldéhyde notamment) sont aussi plus résistantes à certains traitements antibiotiques et plus à même de survivre dans les amibes. Par ailleurs la plupart des espèces de mycobactéries présentent la capacité de survivre dans les kystes amibiens, eux-mêmes très résistants à la plupart des traitements de décontamination. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire portent sur l'étude de l'écologie des amibes libres de l'environnement ainsi que sur l'étude de leur résistance à différents types de traitements biocides. Le rôle des amibes en tant que lieu d'échange de matériel génétique entre micro-organismes est abordé, ainsi que l'interaction des amibes avec les légionelles, les espèces apparentées aux Chlamydia, les virus d'amibes et les mycobactéries.
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Vergnes, Mike. "Plasticité fonctionnelle et structurale chez Legionella pneumophila - Impact des protéines de type histone sur la virulence et génotypage par les séquences d'insertion." Phd thesis, Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00670047.

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Abstract:
Le genre Legionella regroupe des bactéries pouvant causer chez l'homme une pneumonie fatale dans 10% des cas, la légionellose. Elles sont capables de coloniser tous les réseaux d'eau. Le génome de ces bactéries révèle une forte plasticité génomique, aux niveaux fonctionnel et structural. La première partie de cette thèse analyse l'impact des protéines de type histone sur la régulation de la virulence chez L. pneumophila. Ces protéines structurent le chromosome bactérien et influencent l'expression génique. Des mutants des gènes codant les protéines Dps et IHF ont été obtenus chez L. pneumophila et analysés pour leur sensibilité aux stress et leurs propriétés de virulence. Ces deux protéines sont impliquées dans la régulation de la virulence chez Legionella. De plus, Dps permet de diminuer la sensibilité au stress oxydatif et IHF régulerait l'entrée dans l'état VBNC (viable but non-culturable), un état physiologique dans lequel les bactéries sont viables mais ne sont plus cultivables. La seconde partie vise à utiliser la plasticité structurale, notamment celle induite par les éléments génétiques mobiles IS, comme outil épidémiologique. A l'heure actuelle, les méthodes d'identification ne permettent pas de discriminer les isolats de même espèce. Afin d'éviter de nouvelles contaminations, il est impératif d'identifier rapidement et avec précision l'installation contaminée, à partir des prélèvements de patients comme élément comparatif. L'utilisation d'une méthode RFLP-IS a permis de mettre en évidence une IS particulière, ISLpn11, possédant un taux de discrimination de 80% au sein de la souche L. pneumophila Paris, qui est responsable de plus de 10 % des épidémies en Europe.
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Wang, Dong ying. "Diversité génétique et sensibilité aux antifongiques d'isolats d'Aspergillus spp. provenant d'élevages aviaires du Guangxi , Chine." Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00779051.

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Abstract:
Les champignons du genre Aspergillus sont des moisissures banales de l'environnement. Elles sont présentes dans le sol et sur des végétaux en décomposition. Les Aspergillus se propagent par l'intermédiaire de spores microscopiques en suspension dans l'air. L'Homme et les animaux sont exposés en permanence aux spores aspergillaires mais les défenses immunes empêchent leur développement dans l'organisme. Lorsque ces défenses sont amoindries, une aspergillose est possible. Dans ce cas, Aspergillus fumigatus et A. flavus sont le plus souvent incriminés. Les oiseaux sont beaucoup plus sensibles que les mammifères et l'environnement représenté par les élevages aviaires est propice à la prolifération des moisissures du genre Aspergillus. L'objectif de ce travail de thèse a été de caractériser la diversité génétique et la sensibilité aux antifongiques d'isolats d'Aspergillus provenant d'élevages aviaires dans la province du Guangxi en Chine. La première partie de la thèse est une analyse bibliographique sur les champignons du genre Aspergillus, les aspergilloses et les caractéristiques de l'élevage aviaire en Chine. Une première enquête a été réalisée dans 3 élevages près de la ville de Nanning et dans un élevage (incluant un éclosoir) à proximité de la ville de Guilin. Des écouvillonnages pharyngés et des prélèvements d'air ont été réalisés pendant plusieurs semaines. Des prélèvements ont également été faits sur des œufs dans l'éclosoir. Cette enquête a montré que le niveau de contamination fongique dépendait du type d'élevage. De nombreux isolats fongiques ont pu être collectés : 188 isolats d'A. fumigatus et 159 isolats d'A. flavus. La seconde partie du travail expérimental a porté sur la caractérisation de la diversité génétique d'A. fumigatus et d'A. flavus. Pour cela, la technique MLVA (multiple locus VNTR analysis) a été utilisée. Pour A. flavus, 8 marqueurs VNTR (variable-number tandem-repeat) ont été sélectionnés et une réaction PCR multiplex a été mise au point. Au total, 91 isolats d'A. flavus, incluant 6 souches de référence, ont été caractérisées avec le panel des 8 marqueurs VNTR. Cette analyse a permis de définir 78 génotypes distincts et un index de discrimination de 0,993. L'analyse de 188 isolats d'A. fumigatus avec 10 marqueurs VNTR a permis de définir 142 génotypes distincts. Certains génotypes d'A. flavus ou d'A. fumigatus sont clairement regroupés dans le nuage de point généré par l'analyse MST (minimum spanning tree). La troisième partie du travail expérimental a porté sur la sensibilité aux antifongiques de 177 isolats d'A. fumigatus. Ces isolats ont été récupérés dans des élevages aviaires en Chine et en France. Les isolats de Chine sont pour la plupart sensibles avec des valeurs minimales inhibitrices (vis-à-vis de l'itraconazole) comprises entre 0,38 et 0,75 µg/mL. Les isolats de France sont pour la plupart sensibles avec des valeurs minimales inhibitrices (vis-à-vis de l'itraconazole) comprises entre 0.19 and 1 µg/mL. Quatre souches ont été considérées comme résistantes : 2 souches provenant de deux élevages en Chine et 2 souches provenant de deux élevages en France. Des mutations sur le gène Cyp51A ont été détectées pour 11 isolats (3 résistants et 8 sensibles). Vingt et une mutations nucléotidiques ont été identifiées. Onze de ces mutations sont silencieuses et 9 sont à l'origine d'un changement de la composition de la protéine. Sept substitutions ont déjà été décrites dans la littérature ; les mutations A116R, E130D et Q131H sont originales.
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De, la Torre Ligia Alejandra. "Ocular toxoplasmosis : immunopathology and virulence : the influence of parasite virulence on the clinical, biological, and immunological characteristics of ocular toxoplasmosis (OT) in the Old and New World." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01037947.

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Abstract:
Ocular involvement, mainly retinochoroiditis, is one of the most severe sequelae of Toxoplasma gondii infection. However, the pathophysiological mechanisms of retinal destruction are poorly understood. Several studies suggested a more frequent and more severe ocular involvement in South American infections compared with European infections, probably due to different T. gondii strains (Type I/III, and atypical vs. Type II). To compare the clinical characteristics and biological and immunological responses in a single study and using the same parameters, in Colombian and French patients with active ocular toxoplasmosis (OT), as well as to study the local cytokinome in aqueous humor of these patients and correlate it with the clinical features. We prospectively collected and compared the clinical features of patients with active OT, evaluated at the Department of Ophthalmology of Strasbourg University Hospital and of Quindio University Health-Center. Results of biological tests in the collected aqueous humor samples were compared between Colombian and French patients: the pattern of protein recognition by immunoblotting (IB); the relative diagnostic sensitivities of IB and Polymerase Chain Reaction (PCR); and the cytokine and chemokine profiles. We found that Colombian and French OT patients presented not only different clinical characteristics but also biological characteristics, and that more virulent South American strains might be responsible for these differences, due to a disruption of the protective effects of interferon gamma (IFN-γ). Retinal lesions were 50% greater in Colombian patients. Macular localization leading to visual impairment was observed in 56% of Colombian cases, compared with 13% of French patients. Moreover, more vitreous inflammation and vasculitis were observed in Colombian patients. However, cytokine assays of the aqueous humor showed upregulation of inflammatory responses in European patients, notably IL-17, which we did not observe in Colombian patients. In a mouse model, intraocular tachyzoite injection of type II and atypical T. gondii strains resulted in differences in parasite multiplication and pathology similar to those observed in human infections. Production of IL-17 and other inflammatory markers, like IL-6, MCP-1, and the Th17 transcription factor ROR-γt was observed upon infection with the type II PRU strain, but was much less with the atypical LEF strain. In a previous work, the cytokine and mRNA patterns showed an upregulation of Th1 responses, notably IFN-γ production, in French patients, and anti-IL-17A antibody markedly diminished clinical damage and retinal inflammation, and also diminished parasite proliferation. In contrast to these previous findings in French patients, the cytokinome of aqueous humor of OT Colombian patients showed a downregulation of Th1 and Th17 responses and an upregulation of the Th2 response. Correlation between the clinical characteristics of Colombian patients with active OT and the levels of cytokines in aqueous humor (AH) showed that local production of cytokines differed between patients with OT, and particular cytokine levels were related to more severe clinical characteristics. Some cytokines were related to a higher number of recurrences.There are clinical and biological differences between Colombian and French patients with OT. There seem to be strain-specific differences in IL-17 and IFN-γ induction, which play an important role in the pathogenesis of this disease. These differences should be considered when thinking in perspectives of any possible immune-modulatory treatment in OT.
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Dornbush, Padraick J. "Compound discovery and expression of a putative cathepsin D-like protease in Trichomonas vaginalis." Scholarly Commons, 2014. https://scholarlycommons.pacific.edu/uop_etds/181.

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Abstract:
Trichomonas vaginalis is a sexually-transmitted parasite that is the causative agent in the disease trichomoniasis. Resistance to the only FDA-approved medication to this disease, metronidazole, has been on the increase giving rise to the need for finding targets for new inhibitors to exploit. New inhibitors can target enzymes such as 4-coumarate:CoA ligase and S-adenosylhomocysteine hydrolase. Another potential target is a cathepsin D-like protease found in T. vaginalis . This aspartic protease in humans is responsible for degrading proteins in the lysosome, and degrading hemoglobin in P. falciparum as the homologue plasmepsin. Searching the gene database, only one cathepsin-D like protease was discovered throughout the organism's genome. Utilizing RT-PCR, this gene is found to be expressed in two different strains of the organism. Transfection of an epitope-tagged version of this cathepsin D-like protease into T. vaginalis was accomplished, and subsequent immunofluorescence of this tagged version shows it to be localized in intracellular compartments, which can be colocalized using the SNARE and VAMP proteins found in T. vaginalis .
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Jumani, Rajiv Satish. "Methods To Identify And Develop Drugs For Cryptosporidiosis." ScholarWorks @ UVM, 2018. https://scholarworks.uvm.edu/graddis/892.

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Abstract:
Cryptosporidiosis is a common diarrheal disease caused by intestinal infection with the apicomplexan parasite Cryptosporidium, in humans usually either with C. hominis or C. parvum. Unfortunately, given a large burden of disease in children and immunocompromised people like AIDS patients, the only currently approved treatment, nitazoxanide, is unreliable for these patient populations. To address the urgent need for new drugs for the most vulnerable populations, large phenotypic screening efforts have been established to identify anti-Cryptosporidium growth inhibitors in vitro (hits). However, in the absence of a gold standard drug, the in vitro and in vivo characteristics that should be used to prioritize screening hits are not known. This thesis is focused on identifying promising anti-Cryptosporidium hits and drug leads, and using them to establish validated methods to guide hit-to-lead studies for anti-Cryptosporidium drug development. A re-analysis of our phenotypic screen of the Medicines for Malaria Venture Open Access Malaria Box identified a promising C. parvum growth inhibitor, MMV665917. It had similar in vitro activity against C. hominis, C. parvum Iowa, and C. parvum field strains, and it was amenable to preliminary structural activity relationship studies using commercially available variants, with one variant demonstrating nanomolar potency. Furthermore, MMV665917 was effective in vivo in an acute interferon-γ mouse model of cryptosporidiosis; and it appeared to cure an established infection in the chronic NOD SCID gamma (NSG) mouse model, unlike nitazoxanide, paromomycin, and clofazimine. We hypothesized that anti-Cryptosporidium activity in the highly immunocompromised chronic NSG mouse model might relate to compounds being capable of killing and eliminating parasites (cidal), rather than only preventing growth (static). To test this, we developed a novel in vitro parasite persistence assay that showed that MMV665917 was potentially cidal, whereas nitazoxanide, paromomycin and clofazimine appeared static. This pharmacodynamic assay also provided the concentration of compound required to maximize rate of parasite elimination, which could help design in vivo experiments. To further characterize compounds based on mechanism of action, we developed a range of in vitro medium-throughput life-stage assays. To validate and gain value from the assays, a “learner set” of compounds from our in-house screens and collaborations were tested in all of the in vitro assays and in the in vivo NSG mouse model. Using these assays, it was possible to group molecules based on chemical class/mechanism of action. Because compounds from distinct groups showed activity in the NSG mouse model, these methods could be used to obtain a diverse set of early-stage Cryptosporidium inhibitors for prioritization. Furthermore, compounds that appeared static in the in vitro parasite persistence assay did not have activity in the NSG mouse model. In summary, we report the identification and development of a highly promising initial lead, MMV665917, and report a range of in vitro assays that can be used to prioritize anti-Cryptosporidium hits and leads.
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Laurent, Giorgi. "Cartographie structurale et fonctionnelle de la liaison entre la peptidyl-ARNt hydrolase et son substrat." Phd thesis, Ecole Polytechnique X, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00572217.

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Abstract:
La peptidyl-ARNt hydrolase est une enzyme qui hydrolyse les peptidyl-ARNt issus d'une terminaison prématurée de la traduction. Cette protéine est essentielle à la viabilité des bactéries, mais pas à celle des eucaryotes, ce qui fait d'elle une cible potentielle pour l'action d'anti-bactériens. Cela justifie également qu'on cherche à cartographier l'interaction de cette protéine avec son substrat, pour faciliter la conception d'inhibiteur. Les tentatives d'obtention de cristaux de complexes enzyme:analogue de substrat étant restées vaines, nous avons choisi d'étudier de tels complexes en solution, par RMN. Grâce à un double marquage 15N/13C, nous avons tout d'abord attribué les fréquences de résonance des atomes du squelette de la protéine et d'une grande partie des chaînes latérale. Nous avons ensuite étudié l'interaction entre la PTH d'E. coli et un analogue de son substrat synthétisé chimiquement, la diacétyl-Lys-(3'NH)-adénosine. Cette étude nous a permis de caractériser le rôle de nombreux résidus du site actif, notamment celui d'une phénylalanine (F66) interagissant via son cycle aromatique avec l'adénine 3'-terminale du substrat, celui d'une asparagine (N114) stabilisant une molécule d'eau responsable de l'hydrolyse du substrat et celui d'une autre asparagine (N10) permettant à la PTH de discriminer positivement les peptidyl-ARNt par rapport aux aminoacyl-ARNt. Nous avons aussi étudié l'interaction entre la protéine et des mini-ARNt mimant la tige acceptrice et le bras TΨC d'un ARNt. Ce travail a permis de cartographier la surface de la PTH où l'ARN s'ancre à la protéine. Il a confirmé l'importance de deux résidus basiques, la lysine K105 et l'arginine R133, pour la reconnaissance du phosphate en 5' de l'ARNt. Il a également révélé une interaction entre l'hélice C-terminale de la protéine et le bras TΨC de l'ARNt, à 30 Å du site actif. La pertinence fonctionnelle de ce dernier contact a pu être établie par mutagenèse dirigée. L'ensemble de ces résultats permet de proposer un modèle complet de l'interaction entre la PTH et un peptidyl-ARNt.
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Swartz, Timothy. "Oral and post-oral factors controlling energy balance in GF rodents." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00836252.

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Abstract:
Mes études ont pour but d'examiner les altérations métaboliques et comportementales dans des modèles de souris axéniques. Nous avons démontré que les souris axéniques présentent une augmentation de préférence et d'acceptation des solutions sucrées. Cette augmentation est corrélée à des changements des niveaux d'expression des récepteurs du goût sucré au niveau de l'épithélium lingual et la muqueuse intestinale; T1R2, T1R3, et le transporteur de glucose SGLT-1. De plus, elles ont une préférence pour des fortes concentrations de saccharose comparées aux souris normales. Cet effet est associé à une augmentation des niveaux d'expression de T1R3 et SGLT-1 dans l'intestin. Nous avons étudié si cette augmentation de consommation de sucre était similaire à celle de acide gras, étayé les effets d'une consommation des lipides sur les niveaux d'expression des récepteurs des acides gras "CD36" au niveau de l'épithélium lingual et la muqueuse intestinale ainsi que les niveaux d'expression et de sécrétion des peptides intestinales à vocation satiétogène chez les souris axéniques comparées aux souris normales. En effet, nous avons démontré que les souris axéniques affichent une consommation accrue et une préférence pour les acides gras à des fortes et faibles concentrations respectivement. Ces changements étaient associés à une diminution des niveaux d'expression des détecteurs gustatifs de gras (GPRs), des faibles taux d'expression et de sécrétion des peptides intestinales, une augmentation d'expression du récepteur des acides gras au niveau de l'épithélium lingual et une augmentation des taux circulants des acides gras. Ces modifications peuvent constituer des mécanismes d'adaptation à l'état énergétique appauvri des souris axéniques. Nous avons essayé de savoir si ces altérations étaient présentes chez le rat dépourvu axénique. En effet, nous avons constaté que les rats axéniques présentent un niveau similaire ou élevé de la masse grasse, avec une diminution de la lipogenèse et une augmentation de l'adipogenèse expliquant l'hyperphagie du tissu adipeux. En résumé, nous avons démontré que l'absence du microbiote intestinal chez la souris conduit à une augmentation de l'apport énergétique en augmentant la consommation de sucres et de gras. Ces effets sont associés à des altérations orales et post-orales des niveaux d'expressions des détecteurs gustatifs tandis que le microbiote intestinal du rat F344 ne joue pas un rôle central dans l'adiposité
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Tuladhar, Rashmi. "ROLE OF COSTIMULATION IN EXPERIMENTAL LEISHMANIA MEXICANA INFECTION." The Ohio State University, 2014. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1395619402.

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Brian-Jaisson, Florence. "Identification et caractérisation des exopolymères de biofilms de bactéries marines." Electronic Thesis or Diss., Toulon, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUL0003.

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Abstract:
Dans l’environnement marin, les surfaces artificielles sont rapidement colonisées par des bactéries qui s’organisent en communautés appelées biofilms, s’entourant d’une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). La formation d’un biofilm est une étape critique du processus nommé biofouling, c’est-à-dire l’accumulation de micro- et de macro-organismes sur une surface immergée, pouvant conduire à des conséquences néfastes dans le secteur marin. Dans cette étude, il s’agit d’identifier des souches bactériennes isolées de supports immergés en Mer Méditerranée et de les caractériser phénotypiquement par diverses approches. Leur capacité à former un biofilm in vitro a été évaluée dans différentes conditions avec une attention particulière portée sur leurs capacités à produire une matrice polymérique abondante riche en polysaccharides; l’objectif étant d’isoler des exopolysaccharides originaux à activité antifouling. Treize souches ont ainsi fait l’objet d’analyses phylogénétiques et d’une caractérisation phénotypique. Sept genres et douze espèces différentes ont été identifiés au sein desquelles deux isolats peuvent être affiliés à une nouvelle espèce, nommée Persicivirga mediterranea. Ce genre n’a jamais été décrit en Mer Méditerranée jusqu’à présent. L’extraction des EPS de chaque souche cultivée en biofilm a permis de déterminer leur composition générale en glucides, protéines, acides nucléiques et lipides. Une souche, Pseudoalteromonas ulvae TC14, se distingue par sa capacité à produire des exopolysaccharides en quantité importante. Il s’agit essentiellement de polymères du glucose dont les analyses chromatographiques et spectroscopiques ont révélé la diversité de taille (Mw ~ 1–4000 kDa), de charge (neutre ou anionique) et de fonction associée (lactate ou acétate). Les fractions d’EPS enrichies en polysaccharides inhibent la formation de biofilm par d’autres souches marines. Ces derniers sont également synthétisés par les bactéries en culture planctonique mais en proportions très différentes
In marine environment, artificial surfaces are promptly colonized by biofilms, which are communities of bacteria surrounded by matrix of extracellular polymeric substances (EPS). Formation of biofilm is a critical step of biofouling development, which corresponds to the accumulation of micro and macro-organisms on immersed surfaces and which can have important negative ramifications in particular in the marine sector. In this study, bacteria isolated from the Mediterranean Sea have been identified and characterized using different phenotypical tools. Their capacity to form a biofilm in vitro has been studied in different conditions, with a particular focus on their ability to produce abundant carbohydrate-rich EPS, the overall objective of the study being the isolation of original antifouling-active exopolysaccharides. Thirteen strains have been phylogenetically and phenotypically characterized. Seven genera and twelve species were identified among which two isolates were affiliated to a new species, named Persicivirga mediterranea. This genus has never been described in the Mediterranean Sea. Extraction of EPS of each strain, grown in biofilm conditions, allowed the determination of their general composition in carbohydrates, proteins, nucleic acids and lipids. One strain, Pseudoalteromonas ulvae TC14, was able to produce large quantities of exopolysaccharides, comprising in majority polymers of glucose whose chromatographic and spectroscopic analyzes revealed a diversity in size (Mw ~ 1-4000 kDa), charge (neutral or anionic) and associated function (acetate or lactate). These polysaccharides inhibited biofilm formed by other marine strains isolated from the Mediterranean Sea. They can also be synthesized by planktonic TC14, but in very different proportions
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Blake, Lynn Dong. "Antimalarial Exoerythrocytic Stage Drug Discovery and Resistance Studies." Scholar Commons, 2016. http://scholarcommons.usf.edu/etd/6182.

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Abstract:
Malaria is a devastating global health issue that affects approximately 200 million people yearly and over half a million deaths are caused by this parasitic protozoan disease. Most commercially available drugs only target the blood stage form of the parasite, but the only way to ensure proper elimination is to treat the exoerythrocytic stages of the parasite development cycle. There is a demand for the discovery of new liver stage antimalarial compounds as there are only two current FDA approved drugs for the treatment of liver stage parasites, one of which fails to eliminate dormant forms and the other inducing hemolytic anemia in patients with G6PD deficiency. In efforts to address the dire need for liver stage drugs, we developed a high-throughput liver stage drug-screening assay to identify liver stage active compounds from a wide variety of chemical libraries with known blood stage activity. The liver stage screen led us to further investigate an old, abandoned compound known as menoctone. Menoctone was developed as a liver stage active antimalarial, however, the development of more potent compounds led to the abandonment of further menoctone research. Our research demonstrated that resistant parasites can transmit mutations through mosquitoes, which was previously believed to not be possible. Furthermore, we studied a novel genetic marker that may indicate potential resistance against malaria parasite infection and the cytotoxic effects associated with the disease. Future experiments aim to identify and advance our methods for the elimination of Plasmodium exoerythrocytic parasites.
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Cavalié, Michel Alix. "La coévolution antagoniste bactérie - bactériophage : contraintes génétiques appliquées au modèle expérimental Escherichia coli - PhiX174." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00814845.

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Abstract:
Les bactéries et les bactériophages (phages), sont ubiquitaires. Parasites obligatoires des bactéries, les phages modifient fortement la diversité et la dynamique des populations bactériennes. Comprendre l'interaction bactérie-phage, pour prévoir et contrôler son évolution a de nombreux intérêts en écologie, industrie, et santé publique. La coexistence des bactéries et des phages repose en partie sur la coévolution antagoniste qui s'établit entre eux. Nous avons choisi d'étudier les contraintes génétiques limitant la coévolution entre Escherichia coli et PhiX174. En étudiant la niche écologique de PhiX174, nous avons établi que les souches sensibles à ce phage étaient rares et remarquables par leur diversité phylogénétique. De plus, alors que le lipopolysaccharide (LPS) est le récepteur reconnu par PhiX174, nous avons démontré que PhiX174 peut lyser des bactéries arborant des LPSs très variés, ce qui contraint la population bactérienne à résister autrement qu'en modifiant son récepteur. Puis, en modifiant le génotype de l'hôte bactérien, nous avons profondément altéré la pérennité de la coexistence bactérie-phage. Enfin, la mise en place d'un protocole de coévolution entre E. coli C et PhiX174 nous a permis de discuter de l'évolution de la pression de sélection induite par les phages sur la population bactérienne et de l'existence d'un compromis entre virulence et infectivité. Il semblerait, en définitive, que les fortes relations épistatiques entre les gènes participant à l'interaction bactérie-phage, sont autant de contraintes génétiques qui s'ajoutent aux contraintes écologiques déjà décrites et limitent la coévolution antagoniste qui s'établit entre E. coli et PhiX174.
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Segala, Elena. "Caractérisation génétique, biochimique et structurale de l'ATP synthase des mycobactéries, la cible d'un nouvel antituberculeux de la famille des diarylquinolines." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00836521.

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Abstract:
Le TMC207 est un nouvel antituberculeux appartenant à la famille des diarylquinolines qui inhibe très efficacement l'ATP synthase des mycobactéries. Dans le but de cartographier les interactions entre le TMC207 et sa cible et de comprendre le mécanisme d'action exact de cette nouvelle drogue, nous avons sélectionné in vitro des mutants résistants au TMC207 à partir de plusieurs espèces mycobactériennes. Six mutations distinctes ont été identifiées dans l'anneau c de l'ATP synthase: D28G, D28A, L59V, E61D, A63P et I66M. L'effet de ces mutations dans la résistance a été évalué en mesurant le niveau de résistance conféré dans les clones résistants, ainsi que dans un système de complémentation chez M. smegmatis. Les résultats ont été interprétés grâce à la construction d'un modèle structural de l'anneau c, utilisé pour faire des expériences de docking avec le TMC207. Nos résultats montrent que les résidus substitués dans les clones résistants définissent une poche localisée entre deux sous-unités c adjacentes dans l'anneau, englobant le site de fixation du proton, qui permet la stabilisation du TMC207. La drogue bloque ainsi le transfert des protons et la synthèse d'ATP. Pour finir, nous avons mis au point l'expression et la purification de l'ATP synthase mycobactérienne afin d'initier l'étude structurale de ce macro-complexe en microscopie électronique et en cristallographie des protéines. Les résultats obtenus en microscopie électronique en coloration négative nous ont permis d'obtenir les premières images de l'ATP synthase de M. smegmatis
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Mazet, Muriel. "Culture in vitro et caractérisation d'enzymes hydrogénosomales chez Histomonas meleagridis, protozoaire flagellé parasite de gallinacés." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00718217.

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Abstract:
Le protozoaire flagellé Histomonas meleagridis est responsable d'une maladie chez les oiseaux galliformes, nommée histomonose. La culture in vitro de ce parasite anaérobie est qualifiée d'agnobiotique car il y a présence d'une flore bactérienne non déterminée. L'identification des bactéries dans cette flore montre l'existence d'une flore très diversifiée. Des essais de culture axénique et monoxénique suggèrent que les bactéries sont essentielles au développement in vitro du parasite. Par des stratégies de PCR, RT-PCR et RACE-PCR, nous avons les gènes complets codant trois protéines intervenant dans le métabolisme énergétique chez H. meleagridis : une enzyme malique, la sous-unité alpha de la succinyl coenzyme A synthétase et une hydrogénase à fer. Ces trois protéines sont localisées dans des organites particuliers à double membrane, produisant de l'énergie sous forme d'ATP, appelés hydrogénosomes. Une partie du travail a porté sur le suivi d'élevages de dindes pour surveiller l'apparition éventuelle d'histomonose et sur la réalisation de tests anti-parasitaire à base de produits naturels
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Chéret, Antoine. "Etude de l'établissement des réservoirs VIH lors de la primo-infection et de l'impact des traitements antirétroviraux très précoces sur ces réservoirs." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01059807.

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Abstract:
La primo-infection est un moment critique de l'établissement du réservoir justifiant de l'initiation d'un traitement précoce. Nous avons initié un essai randomisé évaluant l'impact de deux ans d'un traitement antirétroviral intense (essai ANRS147 OPTIPRIM, trithérapie versus pentathérapie) sur le réservoir et avons initié des études physiopathologiques au cours de cet essai. Nous montrons ainsi la faible diversité génétique des virus en primo-infection dans les compartiments sanguins et rectaux. Le réservoir s'établit dès le premier mois de l'infection par diffusion d'un cluster viral homogène au sein des lymphocytaires T CD4 naïfs (TN) et mémoires centrales (TCM), transitionnelles (TTM), effectrices (TEM) quiescents. Il en résulte une perturbation de l'homéostasie lymphocytaire associée à une faible contribution au réservoir des cellules peu différenciées à longue demi-vie, TN et TCM. Par ailleurs nous montrons que la majorité des patients au moment de leur primo-infection n'ont pas la capacité de développer des réponses T CD8 à même de supprimer la réplication virale comme chez les patients HIV Controllers. Après deux ans de traitement, nous observons que la diversité virale n'a pas évolué, par contre la taille du réservoir est fortement réduite. Les anomalies de l'homéostasie lymphocytaire T CD4 persistent, par contre le traitement très précoce a permis de protéger les TN et TCM. Il n'y a pas de bénéfice additionnel d'une pentathérapie mais nous avons validé le concept qu'un traitement précoce permet d'induire un contrôle virologique au long cours après arrêt de traitement. Nos résultats indiquent qu'un traitement plus long que deux ans permettrait de renforcer la diminution du réservoir. Ces résultats seront à prendre en compte pour l'élaboration de futurs essais en primo-infection visant à réduire le réservoir pour une rémission au long cours.
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Wan, Kanglin. "Diversité génétique et résistance aux médicaments anti-tuberculeux de Mycobacterium tuberculosis en Chine." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00734513.

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Abstract:
Ce manuscrit décrit la distribution géographique des génotypes de Mycobacterium tuberculosis dans une large partie de la Chine, et l'étude d'une éventuelle corrélation avec la vaccination BCG et la résistance aux antibiotiques. La prévalence de la résistance a été analysée dans 10 provinces, et les mutations responsables de la résistance à la rifampicin et à l'INH ont été recherchées. La distribution des différents génotypes a été analysée par spoligotypage, par l'identification de délétions génomiques et par l'analyse du polymorphisme de répétitions en tandem (MLVA). Le génotype Beijing représente 55 à 93% des souches dans les provinces étudiées, avec un gradient allant du Sud vers le Nord de la Chine. Plusieurs autres familles sont identifiées, toutes appartenant à la clade dite " Moderne ". Les familles " Chine 2 " et " Chine 3 " qui représentent l'essentiel des autres souches sont rares en dehors de la Chine. Quelques souches de la famille CAS (Central Asia) sont également rencontrées dans une province et un ancêtre possible de la lignée Beijing dans une autre. La prévalence de la résistance aux antibiotiques a été mesurée parmi plus de 2000 isolats de 10 provinces. Le pourcentage de souches résistantes à au moins une drogue est de 45% et celui des souches multirésistantes est d'environ 29%. En Chine, à la différence d'autres pays, aucune corrélation n'est observée entre le génotype Beijing et la vaccination BCG. La distribution des mutations du gène rpoB a été déterminée ainsi que les mutations responsables de la résistance à l'INH. Aucune mutation n'est observée dans les gènes oxyR et ahpC. Cette étude est la première étude de grande envergure effectuée en Chine sur la diversité génétique de M. tuberculosis et sur les mécanismes de résistance aux antibiotiques.
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Ben, yahia Leila. "Étude du dialogue hôte/bactéries lactiques du yaourt chez des rats gnotobiotiques." Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00780715.

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Abstract:
L'amélioration de la digestion de lactose est une allégation "santé" liée aux ferments viviants du yaourt : Streptococcus thermophilus (S. thermophilus) et Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus (L. bulgaricus) validée par l'EFSA en 2010. La physiologie de S. thermophilus et de L. bulgaricus est connue dans le lait et particulièrement le yaourt, alors qu'elle n'a été que peu étudiée dans le tractus digestif (TD). Mon travail de thèse est basé sur l'hypothèse de travail suivante : l'utilisation de modèles animaux gnotobiotiques permet de mieux connaître la physiologie des bactéries lactiques et de proposer des mécanismes d'action de leurs effets "santé". La stratégie a donc été d'obtenir des animaux mono-associés avec chacune des deux bactéries du yaourt ou les deux en même temps. Les principaux résultats obtenus sont : 1/ S. thermophilus colonise le TD en s'adaptant progressivement à l'environnement colique et y induit une glycolyse massive et une production de lactate. La glycolyse est la signature majeure de S. thermophilus dans le TD et le lactate pourrait être est la molécule "signal" qui induit une réponse chez l'hôte par une augmentation des transporteurs de mono-carboxylates (SLC16A1 et SLC5A8) et d'une protéine impliquée dans l'arrêt du cycle cellulaire p27kip1. 2/ L'apport de lactose stimule la colonisation du TD, la glycolyse ainsi que la production de L-lactate par S. thermophilus in vivo. 3/ Contrairement à ce qui est observé pour S. thermophilus, L. bulgaricus ne s'implante pas en absence de lactose. Quand les deux bactéries sont en co-culture, S. thermophilus est toujours avantagé numériquement par rapport à L. bulgaricus aussi bien in vitro qu' in vivo. Au niveau nutritionnel, tous nos résultats sont cohérents avec les allégations "santé" du yaourt avec un effet prébiotique du lactose. L'étude d'animaux gnotobiotiques a permis de proposer des nouvelles voies de régulation du métabolisme des sucres de bactéries lactiques et de nouvelles voies moléculaires (via le lactate) par lesquelles des bactéries lactiques et de nouvelles voies moléculaires (via le lactate) par lesquelles des bactéries lactiques pourraient influencer la physiologie de l'hôte.
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Hamann, Melissa M. "Integrative Environmental and Public Health Policy: The Case of Leishmania in Kenya’s Game Reserves." Miami University Honors Theses / OhioLINK, 2005. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=muhonors1115415504.

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Mansour, Wael. "PRÉVALENCE ET DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE DES SOUCHES HBV ET HDV CIRCULANT AU NIGER ET EN MAURITANIE." Phd thesis, Université d'Angers, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00991555.

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Abstract:
Le portage chronique du virus de l'hépatite B (HBV) en Afrique est très élevé, avoisinant parfois jusqu'à 30% dans certaines régions. Selon l'OMS, sur les 400 millions de personnes souffrant d'une infection chronique HBV, 70 à 140 millions vivent en Afrique avec un taux de décès annuel d'environ 250 000 cas par an. Les données concernant l'infection concomitante par le virus de l'hépatite D (HDV) virus satellite de l'HBV, sont rares car peu d'études ont été réalisées en Afrique. Malgré ce fort taux de prévalence, les données concernant la caractérisation moléculaire des souches HBV et HDV sont limitées ou inexistantes dans la plupart des pays d'Afrique Subsaharienne et en particulier dans région du Sahara, vaste zone multiethnique, de passage et de brassage de populations. Au cours de cette étude, nous avons voulu déterminer la prévalence et l'épidémiologie moléculaire des souches HBV et HDV circulant la région du Sahara (Niger et Mauritanie). Tout d'abord, nous avons étudié une cohorte de donneurs de sang du Niger porteurs de l'AgHBs. Nous avons trouvé que 80% des souches étudiées appartenaient au génotype E. De plus, nous avons identifié et caractérisé un nouveau recombinant HBV/D-HBV/E représentant près de 20% des souches étudiées. Les points de cassure se situaient dans des " points chauds " de recombinaison, régions impliquées dans les événements d'intégration du génome de l'HBV. Des analyses phylogénétiques extensives nous ont permis de le classer comme un nouveau sous génotype. Nous avons proposé HBV/D8. Nous avons par la suite, en collaboration avec des équipes locales, étudié la diversité génétique HBV en Mauritanie, pays voisin du Niger, au sein de différents groupes représentatifs de la population : femmes enceintes (n=1020), consultants (n=954), donneurs de sang (n=11110) et patients suivis pour une infection HBV chronique (n=300). Le taux de portage de l'AgHBs, était de 11 à 18 % selon les populations étudiées, classant la Mauritanie comme pays à haute endémie pour l'HBV. L'exposition à l'HBV était associée en analyse multivariée, au niveau d'éducation, à l'ethnie, à des antécédents de transfusion et à la profession chez les femmes enceintes et, chez les consultants, au sexe masculin. Sur le plan moléculaire, 3 génotypes différents circulaient en Mauritanie (n=240) : l'HBV/D (56,3%), l'HBV/E (34,6%) et l'HBV/A (8,8%). De façon intéressante, 30% des génotypes D circulant en Mauritanie étaient l'HBV/D8. Cette diversité de l'HBV peut être expliquée par la localisation géographique du Niger et de la Mauritanie comme zones de passage entre l'Afrique du Nord et l'Afrique Sub Saharienne où l'HDV/D et l'HBV/E respectivement sont prédominants. D'autre part, 14 à 33% des patients HBV positifs étaient également infectés par l'HDV. La présence d'anticorps anti-Delta était associée en analyse multivariée chez les consultants, à l'âge et au sexe masculin, et chez les donneurs de sang, à l'âge, au nombre de mariages, à la profession (militaire), à la résidence (région du désert) et à des antécédents d'hospitalisation. Sur le plan moléculaire, le génotype HDV-1 est largement majoritaire (90%) mais l'HDV-5 a aussi été isolé (10% des cas). En conclusion, ce travail souligne encore la forte prévalence des hépatites B et Delta au Niger et en Mauritanie. Nous avons aussi mis en évidence une diversité génétique importante des souches circulant et notamment la caractérisation d'un nouveau sous-génotype HBV/D8 hautement prévalent. Il convient d'évaluer la sévérité de la maladie hépatique liée à cette diversité génétique et à ce nouveau variant, notamment son implication éventuelle dans l'oncogenèse hépatique par des événements de recombinaison génétique.
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Monniot, Céline. "Les protéines à ancre GPI de Candida albicans dans l'interaction avec l'hôte : de l'étude de domaines solubles à la caractérisation de la protéine Rbt1." Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00925684.

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Abstract:
Candida albicans est un pathogène opportuniste présent à l'état commensal chez 75% de la population. Il s'agit du premier pathogène d'origine fongique (4ème cause d'infections nosocomiales) responsable d'infections superficielles chez les personnes immunocompétentes ou d'infections profondes chez les personnes immunodéprimées. Les protéines à ancre GPI (Glycosyl Phosphatidyl Inositol) de C. albicans, situées à l'interface entre la levure et les cellules de l'hôte, semblent être les plus aptes à moduler la réponse immunitaire. Au cours de cette étude, une banque de surexpression et de sécrétion d'une vingtaine de domaines fonctionnels putatifs issus de protéines à ancre GPI potentiellement exposées à la surface a été construite. Le crible réalisé a permis d'identifier sept polypeptides impliqués dans la modulation de la réponse des cellules macrophages et trois polypeptides ayant des propriétés immunogènes. Dans un deuxième projet, nous avons démontré que la protéine à ancre GPI Rbt1 spécifique des hyphes de C. albicans avait des propriétés d'adhésines aux substrats abiotiques et contribuait à la formation de biofilm et d'agrégats. La caractérisation de cette protéine a permis d'apporter des données nouvelles concernant l'exposition en surface de protéines membranaires suivant la forme morphologique de C. albicans.
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Boughammoura, Aida. "Contrôle de l'homéostasie de fer au cours du cycle infectieux d'Erwinia chrysanthemi 3937." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00679480.

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Abstract:
Erwinia chrysanthemi 3937 est une bactérie phytopathogène responsable de maladies de type pourriture molle sur une large gamme de plantes. Durant l'infection, les bactéries se disséminent de manière extracellulaire, au niveau de l'apoplasme des tissus aériens du végétal où elles doivent s'adapter à des conditions de stress oxydant et une faible disponibilité en fer. Comme cet élément est essentiel et paradoxalement génère des radicaux hydroxyles hautement toxiques via la réaction de Fenton, une régulation fine des quantités intracellulaires en fer est primordiale pour la bactérie. L'homéostasie du fer implique une classe de protéines dénommées ferritines qui séquestrent le fer sous forme non réactive et biodisponible notamment lorsque le métal devient limitant dans l'environnement. Le génome d'E. chrysanthemi 3937 comporte une centaine de gènes dédiés au métabolisme du fer dont 4 sont supposés être impliqués dans le stockage intracellulaire du fer : le gène ftnA codant une ferritine de type eucaryote, le gène bfr codant une bacterioferritine contenant des groupements hème et les gènes dps1 et dps2 codant deux protéines Dps (DNA-binding proteins from starved cells). L'inactivation de ces gènes a montré que la ferritine FtnA contribue principalement au stockage intracellulaire du fer. Le rôle des ferritines ne se limite pas à servir de réserves de fer intracellulaire : ainsi la protéine FtnA participe à la résistance au stress oxydant et la protéine Dps1 pourrait jouer un rôle dans la détoxication du peroxyde d'hydrogène. Conformément à leur rôle dans le stockage intracellulaire du fer, les gènes ftnA, bfr et dps1 sont exprimés en réponse à la biodisponibilité en fer par la protéine Fur (Ferric uptake repressor), mais de manière temporellement différentielle au cours de la croissance bactérienne et selon des mécanismes distincts. Seule l'induction du gène ftnA par le fer et Fur est dépendante de l'ARN anti-sens RyhB. Par ailleurs, les gènes bfr et dps1 sont induits en phase stationnaire de croissance par le facteur σS. Les travaux réalisés au cours cette thèse ont permis de caractériser les intervenants de l'homéostasie du fer chez E. chrysanthemi 3937, d'acquérir une vue globale du trafic intracellulaire du fer et d'en apprécier leur contribution respective dans la pathogénie.
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Walker, Dawn Marie. "The Study of Autophagy in Plasmodium falciparum." The Ohio State University, 2013. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1385586661.

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Thierry, Simon. "Etude de la diversité génétique d'Aspergillus fumigatus et de Chlamydophila psittaci chez les oiseaux et mise au point de modèles expérimentaux aviaires." Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00603770.

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Abstract:
Le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus et la bactérie Chlamydophila psittaci sont deux agents pathogènes majeurs chez les oiseaux d'élevage. Bien que phylogénétiquement très distants, ces deux micro-organismes partagent un même mode de transmission par voie aérienne. La mortalité et la morbidité associées aux aspergilloses ou aux chlamydioses ont un impact économique qui n'est pas négligeable, en particulier dans les élevages de dindes. En France, les investigations autour de cas humains de chlamydiose identifient fréquemment un lien avec des élevages de canards, chez lesquels l'infection par C. psittaci s'apparente à un portage intestinal asymptomatique. Pour analyser la circulation des agents pathogènes dans les élevages avicoles, nous avons tout d'abord étudié la diversité génétique d' Aspergillus fumigatus et de Chlamydophila psittaci. Pour cela, deux nouvelles méthodes de typage moléculaire MLVA (Multiple Locus VNTR Analysis) ont été mises au point. Ces méthodes se sont révélées très discriminantes, rapides et faciles à mettre en œuvre. Dans le cas d' A. fumigatus, la méthode MLVA a permis de regrouper les génotypes en fonction de leur origine géographique. Elle a également permis d'analyser les modes de contamination d'un couvoir de dindes. Dans un second temps, nous avons analysé le pouvoir pathogène de ces deux microorganismes chez les oiseaux. Pour cela, deux modèles d'infections expérimentales ont été développés. Le premier modèle a permis de reproduire une aspergillose chez des poussins de 1 jour après inhalation d'un aérosol contenant des conidies d'A. fumigatus. Lors de la mise au point du modèle, l'impact de l'immunodépression et de la lignée de poulet a été évalué. Pour C. psittaci, un modèle reproduisant un portage intestinal de la bactérie chez des canetons mulards de 1 jour a été obtenu.
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Thierry, Simon. "Etude de la diversité génétique d'Aspergillus fumigatus et de Chlamydophila psittaci chez les oiseaux et mise au point de modèles expérimentaux aviaires." Phd thesis, AgroParisTech, 2011. https://pastel.hal.science/docs/00/60/37/70/PDF/these_Simon_THIERRY.pdf.

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Abstract:
Le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus et la bactérie Chlamydophila psittaci sont deux agents pathogènes majeurs chez les oiseaux d'élevage. Bien que phylogénétiquement très distants, ces deux micro-organismes partagent un même mode de transmission par voie aérienne. La mortalité et la morbidité associées aux aspergilloses ou aux chlamydioses ont un impact économique qui n'est pas négligeable, en particulier dans les élevages de dindes. En France, les investigations autour de cas humains de chlamydiose identifient fréquemment un lien avec des élevages de canards, chez lesquels l'infection par C. Psittaci s'apparente à un portage intestinal asymptomatique. Pour analyser la circulation des agents pathogènes dans les élevages avicoles, nous avons tout d'abord étudié la diversité génétique d' Aspergillus fumigatus et de Chlamydophila psittaci. Pour cela, deux nouvelles méthodes de typage moléculaire MLVA (Multiple Locus VNTR Analysis) ont été mises au point. Ces méthodes se sont révélées très discriminantes, rapides et faciles à mettre en œuvre. Dans le cas d' A. Fumigatus, la méthode MLVA a permis de regrouper les génotypes en fonction de leur origine géographique. Elle a également permis d'analyser les modes de contamination d'un couvoir de dindes. Dans un second temps, nous avons analysé le pouvoir pathogène de ces deux microorganismes chez les oiseaux. Pour cela, deux modèles d'infections expérimentales ont été développés. Le premier modèle a permis de reproduire une aspergillose chez des poussins de 1 jour après inhalation d'un aérosol contenant des conidies d'A. Fumigatus. Lors de la mise au point du modèle, l'impact de l'immunodépression et de la lignée de poulet a été évalué. Pour C. Psittaci, un modèle reproduisant un portage intestinal de la bactérie chez des canetons mulards de 1 jour a été obtenu
The filamentous fungus Aspergillus fumigatus and the bacteria Chlamydophila psittaci are two major pathogens in poultry. Although phylogenetically distant, these two microorganisms share the same aerial transmission. Mortality and morbidity associated to aspergillosis and chlamydiosis are responsible for economic losses, in particular in turkey farms. In France, investigations on human cases of chlamydiosis frequently reveal a link with duck farms. The bacteria C. Psittaci is carried in the gut of ducks without any clinical signs. In order to investigate the circulation of Aspergillus fumigatus and Chlamydophila psittaci in avian farms, we studied the genetic diversity of the two pathogens. Two new MLVA (Multiple Locus VNTR Analysis) typing methods were set up. These methods revealed to be very discriminant, rapid and easy to use. In the case of A. Fumigatus, the MLVA method made it possible to cluster the genotypes according to their geographic origin. It also permitted the analysis of contamination modes in a turkey hatchery. In order to analyze the pathogenicity of Aspergillus fumigatus and Chlamydophila psittaci in birds, two experimental infection models were developed. The first model was designed to reproduce aspergillosis in one-day old chickens inoculated with airborne A. Fumigatus conidia. During this experiment, the impact of immunosuppression and of chicken lineage was evaluated. For C. Psittaci, a model reproducing an intestinal carriage of the bacteria in one-day old mule ducks was obtained
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Makhloufi, Kahina Maya. "Caractérisation d'une bactériocine produite par une bactérie lactique Leuconostoc pseudomesenteroides isolée du boza." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00678029.

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Abstract:
Les bactéries lactiques préviennent la contamination de produits alimentaires par des bactéries pathogènes en inhibant leur prolifération, essentiellement par la production d'acide lactique et de peptides antimicrobiens nommés bactériocines. Les bactériocines sont synthétisées par voie ribosomique. Elles sont actives contre des bactéries phylogénétiquement proches incluant des pathogènes tels que Listeria et Enterococcus. Notre étude a porté sur l'isolement et la caractérisation d'une bactériocine produite par la souche KM432Bz isolée d'une boisson fermentée des Balkans, le boza et que nous avons identifiée comme un Leuconostoc pseudomesenteroides. Des analyses structurales par spectrométrie de masse et dégradation d'Edman de la bactériocine produite par Ln. pseudomesenteroides KM432Bz ont montré que sa structure primaire était similaire à celles de deux bactériocines de classe IIa, les leucocines A et B et à la leucocine A-QU15 récemment découverte. Le système génétique impliqué dans la biosynthèse de cette leucocine a été identifié et analysé. Le gène codant la préleucocine KM432Bz est identique à ceux codant les préleucocines B et A-QU15. La leucocine produite par la souche KM432Bz présente un spectre d'activité dirigé contre des espèces proches de la souche productrice telles que Lactobacillus, Leuconostoc et Weissella ainsi que des espèces pathogènes appartenant aux genres Listeria, Enterococcus et Streptococcus avec des concentrations minimales inhibitrices comprises entre 0,08 et 10 μM. Par ailleurs, il a été montré que le facteur de transcription s54, impliqué dans la transcription de la mannose perméase du système phosphotransférase, est impliqué dans la sensibilité de Listeria monocytogenes à cette bactériocine.
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Lopez, Corcino Yalitza Z. "Inhibition of Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Leads to Autophagy-mediated Killing of Toxoplasma gondii and Control of Disease." Case Western Reserve University School of Graduate Studies / OhioLINK, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=case1560350001767936.

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Nham, Toan. "Suivi in vivo et en temps réel du processus infectieux induit par Yersinia pestis." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00731170.

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Abstract:
Après trois pandémies majeures responsables de millions de morts, la peste n'a pas encore disparu. Cette maladie est causée par la bactérie Yersinia pestis, dont les mécanismes de virulence sont encore mal compris. Le suivi d'infection de la peste bubonique chez la souris, méthode classique pour étudier le processus infectieux, requiert beaucoup d'animaux et de temps pour obtenir des résultats significatifs. L'imagerie in vivo et en temps réel par bioluminescence permet de suivre la progression du pathogène au cours du processus infectieux en observant les animaux de façon non invasive. Nous avons transformé la souche virulente CO92 avec le plasmide pEm7-luxCDABE et confirmé la production de bioluminescence in vitro et in vivo. Nous avons pu quantifier la charge bactérienne dans plusieurs organes colonisés sans sacrifier l'animal et établir le schéma de progression de la bactérie au cours de la maladie. Après formation d'un foyer infectieux au site d'injection, la colonisation du ganglion lymphatique inguinal drainant ce site a été observée. Nous avons démontré que la bactérie suit un trajet direct du ganglion lymphatique inguinal au ganglion lymphatique axillaire. L'étape suivante est la colonisation des organes filtrant le sang, puis survient la septicémie dans les phases terminales de la mort. Nous avons établi que la forte variabilité dans le processus infectieux était due au temps pendant lequel la bactérie était contenue au site d'injection. À partir du moment où les ganglions lymphatiques sont colonisés, la cinétique de progression est à la fois régulière et rapide ; la septicémie survient dans les deux jours, suivie de près par la mort.
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Mandy, Muller. "La cartographie comparative des interactions E2-hôte révèle de nouveaux rôles de E2 dans la pathogénie associée aux papillomavirus humain." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00881786.

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Abstract:
Les HPV sont les agents d'infections latentes, d'hyperplasies bénignes ou encore de cancer. Afin de mieux comprendre leur pathogenèse, nous avons cartographié les réseaux d'interactions de protéines de régulation virale E2 pour 12 génotypes HPV. Par double hybride, nous avons procédé à l'identification des interacteurs des protéines E2 suivi par une validation en cellule de mammifère par une méthode basée sur la reconstitution d'une luciferase. Le regroupement des profiles d'interaction montre une corrélation avec la phylogénie, établissant ainsi la contribution de E2 dans la pathogénie associée aux HPV. L'étude des réseaux d'interaction a révélé le ciblage préférentiel de protéines cellulaires hautement connectées, impliquées dans 5 catégories fonctionnelles récapitulant les principales fonctions de E2 mais aussi ouvrant de nouvelles perspectives quant au rôle de cette protéine virale dans les mécanismes d'infection. Dans un deuxième temps, ce travail s'est focalisé sur l'étude d'une interaction impliquant spécifiquement la protéine E2 d'HPV16, le virus le plus représenté dans les cancers cervicaux, et une protéine cellulaire, CCHCR1. En identifiant la surface d'interaction de CCHCR1 sur E2, il s'est avéré qu'elle induisait une compétition avec BRD4, un interacteur majeur de E2, se traduisant par une diminution des capacités transcriptionelle de E2. De même, nous avons montré que CCHCR1 induisait la délocalisation de E2 du noyau vers le cytoplasme. Enfin, nos résultats indiquent qu'en présence de CCHCR1, HPV16 E2 est moins apte à induire la différentiation précoce des kératinocytes, ce qui pourrait potentiellement avoir un effet important sur le cycle viral.
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Lehours, Anne-Catherine. "La communauté procaryotique dans les zones anoxiques de deux écosystèmes lacustres : structure et diversité. Etude plus particulière de son rôle fonctionnel dans le monimolimnion." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00703327.

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Abstract:
Les études présentées dans ce manuscrit traitent de la diversité et de l'écologie des communautés procaryotiques des zones anoxiques pélagiques de deux écosystèmes lacustres : le lac d'Aydat, typiquement eutrophe, qui présente en période de stratification thermique un hypolimnion anoxique ; et le lac Pavin, unique lac méromictique de France, exhibant une zone anoxique permanente. Les analyses de la structure, de la diversité, et de la dynamique spatiale et- /ou temporelle du bacterioplancton des strates anoxiques de ces deux lacs par des approches moléculaires ont révélé une forte diversité microbienne accentuée par une stratification spatiale du bacterioplancton. Les investigations complémentaires sur les relations phylogénétiques et sur l'étude de métabolismes microbiens ont été focalisées sur les communautés de la zone anoxique du Lac Pavin en raison de son caractère original. Les banques de clones construites à partir d'échantillons d'eau anoxique prélevés à différentes strates dans le monimolimnion ont révélé que les communautés bactériennes sont dominées par des espèces affiliées aux δ-Proteobacteria, aux Verrucomicrobia, aux Bacteroidetes et à la division candidate OP11. Les séquences ARNr16S des Archaea sont principalement affiliées au groupe des Méthanosarcinales, observation confirmée par hybridation in situ. Les études in vitro de la réduction dissimilatrice du Fe (III), dans des cultures d'enrichissements, ont confirmé que les concentrations élevées en fer ferreux observées dans la sub-chémocline du Lac Pavin résultaient pour partie de l'activité de microorganismes. Dans ces enrichissements, les microorganismes couplent la réduction du Fe (III) avec l'oxydation préférentielle du fumarate, de l'H2, du CH4 et du lactate. Aucune accumulation de Fe (II) n'a été notée dans les enrichissements supplémentés en acétate comme donneur d'électrons. Cette observation suggère que ce métabolite pourrait être principalement utilisé dans le processus de méthanogénèse, et pourrait être produit pour partie par l'activité de bactéries Gram-positives homoacétogènes. L'hétérogénéité des profils TTGE réalisés à partir des différentes conditions d'enrichissements de BFR suggère que ces dernières peuvent occuper des niches écologiques très diverses dans le monimolimnion du Lac Pavin. Aucune séquence n'a été affiliée à des BFR* obligatoires identifiées dans d'autres écosystèmes. L'affiliation de séquences à des espèces appartenant au genre Desulfovibrio suggère que certaines BSR† utilisent cet accepteur d'électron. Des activités significatives de réduction du Fe (III) ont également été mises en évidence chez des souches fermentatives isolées de la zone anoxique de ce lac. L'étude plus particulière de la souche BS2 a révélé que cette voie métabolique pouvait lui conférer un avantage énergétique et donc écologique. L'ensemble du travail qui se situe dans les domaine de l'écologie microbienne et de l'environnement ouvre un large champ d'investigations tant au niveau cognitif qu'appliqué. Les perspectives prévoient d'affiner la compréhension du rôle des microorganismes anaérobies des systèmes lacustres dans les cycles biogéochimiques et plus généralement dans la compréhension du rôle de la biodiversité microbienne afin de répondre de façon raisonnée à une demande sociétale forte dans ces domaines.
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Nasser, Amin. "Un mécanisme de régulation génétique permettant la synthèse de deux isoformes de la ferrédoxine : NADP oxydoréductase, à partir d'un seul gène, chez la cyanobactérie Synechocystis sp. PCC 6803." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00834306.

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Abstract:
La Ferrédoxine:NADP oxydoréductase (FNR), codée par le gène petH, est une enzyme qui catalyse la production du NADPH dans les cellules photoautotrophes, ainsi que sa consommation dans les cellules hétérotrophes. Alors que le gène petH est unique chez la cyanobactérie Synechocystis sp. PCC6803, deux isoformes de FNR sont synthétisées FNRL et FNRS. Il a été montré que FNRS était le produit d'une initiation de traduction interne dans le même cadre de lecture que FNRL. Durant ma thèse, j'ai découvert un mécanisme grâce auquel un gène peut coder deux isoformes. Tout d'abord, j'ai montré que chaque isoforme pouvait être codée par un transcrit spécifique. En effet, en conditions standards (où FNRL s'accumule) deux ARNm avec des séquences "leader" similaires (32 et 53 bases) sont transcrits alors qu'en conditions de carence en azote (où FNRS s'accumule) un ARNm portant une séquence "leader" plus longue (126 bases) est transcrit. Des fusions transcriptionnelles du promoteur lac de Escherichia coli avec les différentes régions transcrites de petH, nous ont montré que cette régulation pourrait être accomplie par des structures secondaires adoptées par la région leader des ARNm. De telles structures pouvant activer l'initiation de traduction de FNRS et inhiber celle de FNRL. La cartographie des complexes d'initiation de traduction montre que dans l'ARNm le plus long le complexe se trouve dans la région initiatrice de FNRL, alors que dans les ARNm plus courts celui-ci est localisé dans la région initiatrice de FNRS. Ainsi, nous avons mis en évidence un nouveau mécanisme de régulation génétique chez Synechocystis permettant la synthèse de deux isoformes à partir d'un seul gène.
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Fleming, Ian Murray Cameron. "Studies on RNA Modification and Editing in Trypanosoma brucei." The Ohio State University, 2016. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1452245560.

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Brian-Jaisson, Florence. "Identification et caractérisation des exopolymères de biofilms de bactéries marines." Phd thesis, Toulon, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01058255.

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Abstract:
Dans l'environnement marin, les surfaces artificielles sont rapidement colonisées par des bactéries qui s'organisent en communautés appelées biofilms, s'entourant d'une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). La formation d'un biofilm est une étape critique du processus nommé biofouling, c'est-à-dire l'accumulation de micro- et de macro-organismes sur une surface immergée, pouvant conduire à des conséquences néfastes dans le secteur marin. Dans cette étude, il s'agit d'identifier des souches bactériennes isolées de supports immergés en Mer Méditerranée et de les caractériser phénotypiquement par diverses approches. Leur capacité à former un biofilm in vitro a été évaluée dans différentes conditions avec une attention particulière portée sur leurs capacités à produire une matrice polymérique abondante riche en polysaccharides; l'objectif étant d'isoler des exopolysaccharides originaux à activité antifouling. Treize souches ont ainsi fait l'objet d'analyses phylogénétiques et d'une caractérisation phénotypique. Sept genres et douze espèces différentes ont été identifiés au sein desquelles deux isolats peuvent être affiliés à une nouvelle espèce, nommée Persicivirga mediterranea. Ce genre n'a jamais été décrit en Mer Méditerranée jusqu'à présent. L'extraction des EPS de chaque souche cultivée en biofilm a permis de déterminer leur composition générale en glucides, protéines, acides nucléiques et lipides. Une souche, Pseudoalteromonas ulvae TC14, se distingue par sa capacité à produire des exopolysaccharides en quantité importante. Il s'agit essentiellement de polymères du glucose dont les analyses chromatographiques et spectroscopiques ont révélé la diversité de taille (Mw ~ 1-4000 kDa), de charge (neutre ou anionique) et de fonction associée (lactate ou acétate). Les fractions d'EPS enrichies en polysaccharides inhibent la formation de biofilm par d'autres souches marines. Ces derniers sont également synthétisés par les bactéries en culture planctonique mais en proportions très différentes.
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Chuvochina, Maria. "Etude des communautés microbiennes dans les neiges du Mt Blanc en relation avec la poussière saharienne." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00641977.

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Abstract:
L'objectif a été d'évaluer à l'aide de techniques de phylogénie moléculaire la diversité bactérienne non cultivable dans la neige du Mont Blanc (MtBl) contenant de la poussière saharienne déposée au cours de quatre événements pendant la période 2006-2009. La diversité bactérienne a été évaluée par digestion enzymatique d'ADN et le séquençage partiel de la région V3-V5 du gène et des séquences complètes d'ARNr 16S. Nous avons étudié : (i) de la neige (MtBl) ne contenant aucune poussière saharienne (par ADNr et ARNr) ; (ii) du sable du Sahara (Tunisie) ; (iii) des poussières sahariennes collectées à Grenoble (200 m ASL) et de la neige récupérée au MtBl (4250 m ASL). Le contenu en espèces et en phylotypes dominants a varié dans la neige du MtBl associée aux quatre dépôts de poussière saharienne sur 3 années. Les phylotypes dominants appartiennent aux classes des Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Deinococcus-Thermus, Bacteroidetes et les Cyanobactéria. Cette variabilité semble être davantage causée par les conditions de transport de la poussière. Quinze phylotypes ont été reconnus comme candidats pour colonisation de la neige. Les représentants des genres Massilia, Tumebacillus, Phormidium et Stigonema sont les candidats les plus probables pour la propagation dans la neige. Parmi tous les phylotypes identifiés, 10% ont été classés comme HA-phylotypes basés sur leur similitude (≥98%) avec les représentants du microbiome humain et 11% ont montré moins de 90% de similarité avec les taxons connus. Le séquençage partiel (V3-V5) et complet des gènes codant l'ARNr 16S a permis de décrire la diversité microbienne plus complète et d'en obtenir une image plus détaillée.
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Lascano, Segundo Mauricio. "Molecular Epidemiology of Trypanosoma (Herpetosoma) rangeli (Kinetoplastida: Trypanosomatidae) in Ecuador, South America, and Study of the Parasite Cell Invasion Mechanism in vitro." Ohio : Ohio University, 2009. http://www.ohiolink.edu/etd/view.cgi?ohiou1258469326.

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Prioste, Fabiola Eloisa Setim. "Avaliação do estado sanitário de Ararajubas (Guaruba guarouba) mantidas em cativeiro no Estado de São Paulo - Brasil." Universidade de São Paulo, 2010. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10133/tde-17102012-111526/.

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Abstract:
A Ararajuba (Guaruba guarouba) é um psitacídeo de médio porte, endêmico do Bioma Amazônico, que se encontra em perigo de extinção devido, principalmente, à perda de habitat e ao tráfico de animais. Poucos trabalhos científicos foram desenvolvidos para avaliar as condições sanitárias dessas aves mantidas em cativeiro, visando à reintrodução da espécie na natureza. Este estudo teve por objetivo avaliar o estado sanitário das aves mantidas em Zoológicos e Criadouros do Estado de São Paulo, por meio de avaliações hematológica, microbiológica e parasitológica. Foram colhidas amostras de 87 indivíduos mantidos em seis Parques Zoológicos, três Criadouros Comerciais e um Criadouro Conservacionista, obtendo-se como resultados da avaliação hematológica: valor médio do volume globular (Ht%): 46,12; valor médio de proteína total sérica (g/dL): 3,55; valor médio de hemoglobina (g/dL): 12,68; valor médio do número de hemácias (x 106 mm3): 3,52; valor médio do número dos leucócitos totais (x103/mm3): 13,41; valor médio do número de trombócitos (/mm3): 26.029,4; valor médio do VCM (fL): 133,3; valor médio do HCM (pg): 36,58; valor médio do CHCM (g/L) : 27,65; valor médio de heterófilos (%):56.62; valor médio de linfócitos (%): 42,22; valor médio de monócitos (%): 0,9; valor médio de eosinófilos (%):0,04; valor médio de basófilos (%): 0,20. Quanto à análise microbiológica, não houve isolamento de Salmonella spp. na microbiota intestinal, porém, houve crescimento de Escherichia coli em 50% dos animais. No exame parasitológico, todos os animais foram negativos tanto para a pesquisa de endoparasitas intestinais como para hemoparasitas. O soro obtido da centrifugação do sangue e a papa de hemácias foram armazenados para futuras pesquisas.
The Ararajuba or Golden conure (Guaruba guarouba) is a medium-sized parrot, endemic to the Amazon biome and threatened of extinction primarily due to habitat loss and poaching. Few scientific studies have examined the health conditions of these birds kept in captivity, which will be essential to future reintroduction efforts. This study aimed to evaluate the health status of Ararajubas maintained in zoos and private breeders in São Paulo state, Brazil, through haematological, microbiological and parasitological evaluations. Samples were obtained from 87 individuals held at six Parks Zoos, three Commercial Breeders and one Conservation Breeder. Average haematological results: packed cell volume 46.12%, total serum protein 3.55 g/dL, haemoglobin 12.68 g/dL, erythrocytes 3.52 x 106 cells/mm3, Leukocytes 13.41 x 103 cells/mm3, thrombocytes 26.03 x 103 cells/mm3, Mean Corpuscular Volume 133.3 fL, Mean Corpuscular Haemoglobin 36.58 pg, Mean Corpuscular Haemoglobin Concentration 27.65 g/dL, heterophils 56.62%, lymphocytes 42.22%, monocytes 0.9%, eosinophils 0.04%, basophils 0.20%. Microbiological cultures: Escherichia coli could be isolated from 50% of the cloacal swabs and Salmonella spp. was not isolated in none. Parasitology: all animals were negative for both intestinal parasites and haemoparasites. Plasma and erythrocytes obtained by centrifugation were stored for future research.
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Mwai, Leah Wanjiru. "The activities of various antimalarial drugs on Plasmodium falciparum isolates in Kilifi Kenya and studies on mechanisms of resistance." Thesis, University of Oxford, 2011. http://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:d90f828a-63d4-48aa-9781-3ca2de55e451.

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Abstract:
Drug resistance is a significant challenge in the fight against malaria. Importantly, reduced efficacy has been reported against artemether (ATM)/Lumefantrine (LM) (LM-ATM), amodiaquine (AQ)/artesunate (AS) (AQ-AS), two important combination treatment regimens in Africa, and against piperaquine (PQ), a drug which has been evaluated as a potential alternative in Africa, in combination with dihydroarteminisin (DHA). Chloroquine (CQ) resistance in P.falciparum is associated with two main transporters PfCRT and PfMDR1. I investigated the mechanisms of resistance to PQ, LM and AQ, with the overall goal of identifying molecular markers that can be used to track resistance. I used CQ as a reference. The key antimalarial drugs were highly active against clinical isolates from Kilifi, Kenya with median inhibitory concentrations (IC50s) of <5nM for DHA and <55 nM for CQ, AQ, PQ, LM and DEAQ (desethylamodiaquine, the active metabolite of AQ). pfcrt-76 and pfmdr1-86 mutations were associated with AQ, DEAQ and LM but not DHA or PQ activity. Interestingly, > 20% of analysed isolates had decreased susceptibility to LM (IC50 >100nM); these isolates were the most susceptible to CQ and carried wild type genotypes at pfcrt-76 and pfmdr1-86. I observed that CQ resistance had been declining in Kilifi since 1993 (prior to CQ withdrawal) to 2006 (7 years after its withdrawal), similar to observations in Malawi. My results support the hypothesis that susceptibility to antimalarial drugs returns when drug pressure is removed, and suggest that the use of LM-ATM may hasten the return of CQ susceptibility. Continued monitoring of drug susceptibility is crucial. pfcrt-76 and pfmdr1-86 may be useful molecular markers of LM-ATM efficacy in Kilifi and other African sites. Using a microarray approach, I identified additional genes (including various transporters) that may contribute to LM resistance. I recommend further studies to clarify the exact roles of the identified genes.
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Duhutrel, Philippe. "Métabolisme du fer et de l'hème chez Lactobacillus sakei." Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00728068.

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Abstract:
Lactobacillus sakei est une bactérie lactique qui fait partie de la flore dominante de la viande. Elle possède un équipement génétique inhabituel chez les bactéries lactiques, dédié à l'utilisation du fer : des transporteurs et 3 régulateurs de transcription fer-dépendants de la famille Fur. Nous avons i) évalué la capacité de L. sakei à utiliser les sources de fer de son environnement en développant une méthode de microanalyse du fer par microscopie (EELS) et spectrométrie de masse (Nano-SIMS), ii) réalisé une étude fonctionnelle des 3 régulateurs Fur-like et iii) réalisé une analyse transcriptomique globale en présence de transferrine ou d'hème. Ce travail a montré que le fer sous forme complexé, transferrine ou hème, était internalisé et améliorait la survie de L. sakei. Nous avons montré que la catalase hème-dépendante n'est pas l'acteur principal de cette survie car un mutant ΔkatA survit comme la souche sauvage en présence d'hème. Nos travaux ont montré aussi que le fer et l'hème induisent des réponses globales différentes. L'hème a un effet protecteur alors que le fer induit plus de stress. Nous avons mis en évidence que les 3 régulateurs Fur-like sont fonctionnellement distincts. Le régulateur Mur est impliqué dans l'homéostasie du manganèse, le PerR régule des gènes impliqués dans la réponse au stress oxydant et le Fur est impliqué dans la séquestration du fer, la morphologie des cellules et la résistance au stress. Cette étude montre que le fer et l'hème conduisent à des réponses cellulaires différentes chez L. sakei et indique que ce métabolisme pourrait être un facteur important pour la compétitivité dans l'écosystème carné.
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Walic, Marine. "Rôle des lipoprotéines associées au virus de l'hépatite C et des microtubules dans l'entrée du virus dans la cellule et l'établissement de l'infection." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00814990.

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Abstract:
L'hépatite C reste un problème majeur de santé publique. Malgré la mise au point d'un modèle de réplication du virus de l'hépatite C (VHC) in vitro, les mécanismes conduisant à l'infection restent encore mal connus. Le VHC est sécrété et circule dans le sérum associé à des lipoprotéines. L'importance des lipoprotéines pour le cycle viral nous a conduits à étudier le rôle de la lipoprotéine lipase (LPL), une enzyme lipolytique, dans l'infection de la cellule par le VHC. Nous avons montré que la LPL potentialise l'attachement et l'internalisation du virus par un mécanisme similaire à la clearance hépatique des lipoprotéines. La LPL dimérique forme un pont entre les lipoprotéines associées au virus et les HSPG à la surface des cellules. Néanmoins son action conduit à une inhibition de l'infection par les souches virales JFH-1 et J6/JFH-1 produites en culture cellulaire et dans les hépatocytes humains greffés à des souris chimériques uPA-SCID. L'analyse par ultracentrifugation en gradient d'iodixanol des virus produits in vitro et in vivo a montré la présence de deux populations virales : la première, de densité très faible, est beaucoup plus infectieuse que la seconde, de densité plus élevée. L'infection in vitro par ces deux populations virales est inhibée par la LPL. La LPL représente donc un nouvel inhibiteur de l'infection par le VHC. Nous avons également démontré que la présence d'un réseau de microtubules intact et dynamique est cruciale pour l'entrée du VHC et les étapes post-fusion qui mènent à l'infection. Enfin, nous avons mis en évidence une interaction de la protéine de capside avec les tubulines α et β, conduisant à une augmentation de la polymérisation des microtubules. Ces observations suggèrent que le VHC pourrait utiliser les mécanismes de polymérisation des microtubules pour établir l'infection, et la protéine de capside jouer un rôle essentiel dans ce processus. Les nouvelles approches antivirales pourraient donc cibler les éléments du cytosquelette et/ou des lipoprotéines associées aux particules virales.
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Fourati, Slim. "Contribution des protéines régulatrices Vif et Vpr du VIH-1 dans la résistance aux antirétroviraux chez des patients en échec virologique." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00829510.

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Abstract:
Les protéines accessoires du VIH-1 Vif et Vpr jouent un rôle indirect dans la variabilité génétique virale. La protéine Vpr limite le taux d'erreurs induites par la TI en interagissant avec l'UNG2. La protéine Vif intervient en prévenant l'apparition de mutations résultant de l'activité des cytidines désaminases APOBEC3 sur l'ADN viral. La variabilité génétique induite par ces protéines pourrait jouer un rôle dans la résistance aux antirétroviraux. Dans une première partie de la thèse, nous avons identifié la mutation K22H dans vif chez des patients en échec. Cette mutation favorise l'apparition de mutations G-vers-A dans le génome viral (par perte partielle d'interaction avec la désaminase cellulaire APOBEC3G) et participe à l'apparition de mutations de résistance (M184I dans la TI) pouvant expliquer l'échec virologique chez ces patients. Dans un autre travail, nous montrons que deux mutations de résistance (E138K et M184I dans TI) fréquemment retrouvées en cas d'échec virologique à la combinaison emtricitabine-ténofovir et rilpirivine apparaissent de façon concomitante sous l'action d'APOBEC3 en dehors de tout traitement. Enfin, dans la dernière partie de ce travail, nous avons identifié la mutation E17A dans vpr associée aux " thymidin analog mutations " ou TAMs (M41L, L210W, et T215Y) dans la TI et à la prise de didanosine chez des patients en échec virologique. Des études phénotypiques ont montré que le virus E17A+TAMs confère une résistance à la didanosine supérieure à celle conférée par les TAMs seules ou le virus E17A seul. Ce travail met en évidence un nouveau rôle de Vpr dans les mécanismes de résistance aux antirétroviraux.
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Kassis-Chikhani, Najiby. "Klebsielle Pneumoniae pathogène nosocomial, résistance et virulence." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00831671.

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Abstract:
Dans la première partie du travail, suite à deux épidémies à K. pneumoniae productrices de carbapénémases, nous avons défini une stratégie précise qui nous a permis de maîtriser et de stopper la première épidémie et de très rapidement contrôler la seconde. Des mesures similaires ont été appliquées avec succès dans d'autres hôpitaux en France, en Israël et aux USA. Ces deux épidémies étant liées à la diffusion de clone épidémique, nous avons étudié la prévalence des facteurs de virulence parmi une collection internationale de souches de K. pneumoniae multirésistantes aux antibiotiques. Nous avons pu établir un lien entre résistance et virulence avec, en particulier une forte prévalence (42%) d'un îlot de pathogénicité portant la yersiniabactine, Ybts, qui joue essentiel dans l'expression du phénotype hyper-virulent de Yersinia sp. Dans la deuxième partie, nous montrons que les souches de K. pneumoniae productrices de BLSE de type CTX-M-15, sont associées à des plasmides appartenant au groupe d'incompatibilité IncF alors que les plasmides portant les gènes blaSHV et ceux portant les carbapénémases, sont moins bien caractérisés et souvent non typables par la méthode de PCR. Ces résultats incitent au séquençage des plasmides. Nous avons procédé au séquençage et à l'annotation du premier plasmide portant à la fois KPC-2 et SHV-12 isolé d'une souche de K. pneumoniae. Cette analyse nous a permis de mettre en évidence un nouveau groupe d'incompatibilité (IncX) impliqué pour la première fois dans la multirésistance chez K. pneumoniae. Nous avons pu montrer l'insertion du transposon Tn4401 (KPC) au sein du transposon portant la BLSE de type SHV-12
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English, Suzanne Elizabeth. "Within-host evolution of HIV-1 and the analysis of transmissible diversity." Thesis, University of Oxford, 2012. http://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:df24b49c-fb27-49a3-bd2e-3e38008e9da4.

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Abstract:
The central problem for researchers of HIV-1 evolution is explaining the apparent design of the virus for causing pandemic infection in humans: understanding how HIV-1 spreads is key to halting the pandemic. Current knowledge of how HIV-1 spreads from host to host is based upon experimental observation and indirect inferences informed by theory. The hypothesis of this thesis is that diversity of HIV-1 around the time of transmission is important for viral adaptation to a new human host, rather than intrinsic superiority of particular strains found in infectious fluids from human donor hosts, and that studying recombination is important for understanding this behaviour. To demonstrate the apparent randomness of transmission, I test the null-hypothesis that hard selection accounts for between-host viral divergence in a rare case study of contemporaneous infection. I explain how the experimental data that I have generated and the analyses I have carried out address certain basic assumptions and predictions about HIV-1 transmission and may inform current strategies for vaccine design. Specifically, my approach contributes to the current literature on HIV-1, by investigating an alternative hypothesis to the single virion theory of sexual transmission and by characterizing the role of recombination in a pseudodiploid virus following multiple-infection.
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Mihajlovski, Agnès. "Réévaluation de la biodiversité du microbiote méthanogène intestinal humain et influence de l'âge sur sa constitution." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00726349.

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Abstract:
Le microbiote intestinal constitue un réservoir d'activités enzymatiques riche et varié dont l'expression fait partie intégrante de la physiologie de l'organisme et influe sur sa santé. La mise en évidence par méthodes culturales classiques des Archaea méthanogènes est difficile et n'a permis à ce jour que la mise en évidence de 2 Methanobacteriales hydrogénotrophes au sein de ce microbiote : Methanobrevibacter smithii et Methanosphaera stadtmanae. Les travaux de cette thèse ont eu pour but d'apporter une vision moléculaire nouvelle de la diversité des Archaea méthanogènes du microbiote et de rechercher l'influence de l'âge sur ces communautés. Ces travaux ont été menés par analyse d'une partie du cistron mcrA, marqueur moléculaire spécifique de la méthanogenèse, et du gène codant pour l'ARNr 16S. Ces études ont révélé une plus grande diversité des Archea colonisant cet écosystème et ont mis en évidence de nouveaux phylotypes ne pouvant être rattachés à aucun des 5 ordres méthanogènes précédemment décrits. Ils correspondent probablement à d'autres espèces méthanogènes affiliées aux Thermoplasmatales ou cohabitent avec des membres encore inconnus des Thermoplasmatales. Une étude réalisée sur 63 individus répartis en nouveau-nés, adultes et seniors a montré que la fréquence de ces nouveaux phylotypes augmente avec le vieillissement. Ces résultats interrogent à la fois sur l'origine de ces divers organismes et leur présence au sein du mcrobiote intestinal du sujet âgé et soulignent notre relative méconnaissance d'un des trois domaines du vivant.
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Lacroix, Sébastien. "Étude des mécanismes physiologiques et moléculaires de la filamentation de Sphaerotilus natans, bactérie modèle du foisonnement invasif en boues activées." Phd thesis, AgroParisTech, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00623223.

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Abstract:
Le foisonnement filamenteux est un problème récurant dans de nombreuses stations d'épuration à boues activées. L'objectif de ces travaux est d'améliorer la compréhension des mécanismes physiologiques et moléculaires impliqués dans la filamentation des microorganismes, afin de pouvoir orienter de futures stratégies de lutte contre le phénomène de bulking. Sphaerotilus natans, qui peut croître réversiblement sous forme monocellulaire ou filamenteuse, a été utilisée comme bactérie modèle pour cette étude. Différents types de cultures, ainsi que des suivis par cytométrie en flux et marquage au cFDA/SE, ont montré que les diverses souches de S. natans adoptent des morphologies différentes et que les filaments croissent par divisions cellulaires successives et non par un chaînage des bactéries. Une analyse par RT-QPCR a mis en évidence que l'expression du gène sthA augmente fortement après induction de la filamentation et reste ensuite à un niveau élevé. Une comparaison de l'expression protéique des formes monocellulaire et filamenteuse, par LC-MS-MS, a permis d'identifier des protéines impliquées dans la filamentation, et notamment dans la synthèse de la gaine. La concentration intracellulaire en ARNr, mesurée par RT-QPCR, varie durant la croissance de S. natans et d'autres microorganismes, entraînant une diminution importante de l'intensité du marquage FISH, mesurée par cytométrie en flux. L'utilisation de la technique FISH pour quantifier des microorganismes est donc remise en question, d'autant plus dans des matrices aussi complexes que les boues activées. Ces observations mettent également en doute l'hypothèse, émise en utilisant ce mode de quantification, d'une déstructuration des filaments consécutive à un retour à des conditions de culture plus favorables.
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