Academic literature on the topic 'Microsatélites'
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Journal articles on the topic "Microsatélites"
1
Arqueros, Monica, Linda Sánchez Tuesta, and Zulita Prieto. "Diferenciación genética de tilapia roja y gris (Oreochromis niloticus) mediante microsa- télites y marcadores SCAR como indicadores del sexo genético." Revista Peruana de Biología 24, no. 3 (October 28, 2017): 255. http://dx.doi.org/10.15381/rpb.v24i3.13900.
Full textAbstract:
El objetivo del trabajo fue realizar la estandarización de los protocolos moleculares, diferenciar los linajes de la tilapia roja y gris mediante microsatélites de ADN y evaluar los marcadores SCAR-5F-X/5R y SCAR-5F/5R-Y como indicadores del sexo genético de O. niloticus. El microsatélite UNH106 permitió diferenciar genéticamente los linajes de la tilapia roja de la gris. Los microsatélites UNH136, UNH115 y UNH995 presentaron loci monomórficos tanto en la tilapia roja como en la gris en el lote poblacional del Centro Experimental de Genética de la Universidad Nacional de Trujillo. Se describen los tamaños de fragmentos para los microsatélites y del gen de referencia β actin. También se confirmó la efectividad de los marcadores SCAR como informativos en la determinación del sexo genético evaluados en hembras XX y YY y machos XY y YY de O. niloticus roja y hembras XX y machos XY de O. niloticus gris.
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Canales, A. M., V. Landi, A. M. Martínez, M. Macri, G. Pizarro, J. V. Delgado, P. Cervantes, A. Hernández, and E. Camacho. "Caracterización genética del pavo domestico de traspatio mexicano." Archivos de Zootecnia 68, no. 264 (October 15, 2019): 480–87. http://dx.doi.org/10.21071/az.v68i264.4986.
Full textAbstract:
El pavo de traspatio mexicano es una raza autóctona en peligro de extinción, ya que en la actualidad se ha perdido la costumbre de conservar los recursos genéticos autóctonos de cada población, procurando el cruzamiento con animales de líneas comerciales para la producción de carne de pavo, dañando y perdiendo el acervo genético de los pavos autóctonos de México. El objetivo del presente trabajo es realizar la caracterización genética del pavo de traspatio mexicano mediante el uso de microsatélites y estudiar la posible estructura genética de esta población. Se analiza un panel de 38 microsatélites en 51 muestras de pavo de traspatio, tomadas de diferentes zonas de la ciudad de Veracruz, México. Se han evaluado los principales parámetros de diversidad genética: heterocigosidad esperada y observada, número de alelos, estadísticos F y Análisis Factorial de Correspondencia mediante el programa informático GENETIX. Se calculan las distancias genéticas entre individuos (DSA) con las que se ha construido un dendrograma utilizando el programa POPULATIONS. El árbol se visualiza con el programa TREEVIEW. Se estudia la estructura genética con el programa STRUCTURE. Todos los microsatélites utilizados han resultado polimórficos, encontrándose un mínimo de 2 alelos en el microsatélite MNT 264 y un máximo de 14 alelos en los marcadores MNT274 y RHT024, con un número medio de alelos de 6.79. Los valores medios de HE y HO son 0.619 y 0.620 respectivamente. Los estadísticos F muestran los siguientes valores en el total de la muestra: FIS 0.128 (P
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Parra Fuentes, Madeleyne, Paula Quintero Munévar, and Javier Hernández Fernández. "Selección de marcadores microsatélites (SSR’s) para el análisis de variabilidad genética en siete cultivares de arracacha (Arracacia xanthorrhiza)." Revista Mutis 5, no. 2 (February 7, 2016): 39–45. http://dx.doi.org/10.21789/22561498.1071.
Full textAbstract:
La arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft es una Apiaceae con raíces tuberosas preservantes ricas en un fio y nutritivo almidón. Los microsatélites o SSR’s, secuencias simples de ADN con motivos de 1 a 6 nucleótidos repetidos en tándem, poseen características útiles para estudiar la diversidad genética de una población. En el municipio de Boyacá, Boyacá, los agricultores identificaron mediante diferencias fenotípicas siete cultivares de arracacha. Esta investigación busca identificar los loci polimórficos y reproducibles para siete cultivares natios de arracacha entre un conjunto de 14 loci SSR’s diseñados a parti de un cultiar ecuatoriano. Se amplificó y evaluó el ADN de los cultivares de arracacha con diferentes concentraciones de MgCl y temperaturas de anillamiento para cada locus microsatélite. Los productos amplificados se separaron en geles de poliacrilamida al 6, 10 y 12%. La estandarización para cada locus logró reducir las bandas inespecíficas en un 80% y evidenciaron una resolución óptica de las bandas en poliacrilamida al 12%. Se detectó que 5 loci no son aptos para el análisis de la variabilidad de arracacha debido a que loci son monomórficos, mientras que 1 locus polimórfico presenta exceso de bandas inespecíficas. Se identificaron fragmentos polimórficos reproducibles en 9 loci microsatélites y se confirmó su uso para el análisis de la variabilidad genética de los cultivares nativos de arracacha: paliverde, palirrusia, palinegra, yema de huevo, blanca de tarro, yucatana y amarilla de tarro.
4
Jiménez, Á. P., M. Albarracín, and S. Estupiñán. "Variabilidad genética del cerdo Congo Santandereano mediante marcadores microsatelite." Archivos de Zootecnia 66, no. 256 (October 15, 2017): 599–602. http://dx.doi.org/10.21071/az.v66i256.2778.
Full textAbstract:
El cerdo Congo Santandereano es un recurso zoogenético de importancia para la seguridad alimentaria y la economía campesina propio del departamento de Santander, Colombia. Se determinó su variabilidad genética mediante la genotipificación de 12 marcadores microsatélite, reportados por la FAO y la ISAG. Se recolectaron 37 muestras de sangre porcina. El ADN fue extraído mediante el kit DNA 2000 de Corpogen®, y cuantificado por fluorometria (Qubit Fluorometer Invitrogen®). Los microsatélites se amplificaron mediante PCR simple, para la genotipificación se sometieron los amplificados a electroforesis en cámara vertical en geles de poliacrilamida. Mediante el programa Genetix® se calculó la heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He), el número de alelos para cada locus, las frecuencias alélicas y el coeficiente de endogamia Fis; con la herramienta Toolkit microssatélite de Excel® se calcularon los índices polimórficos (PIC). Los 12 microsatélites resultaron polimórficos y se detectó un total de 52 alelos. El número medio de alelos encontrado en el cerdo Congo fue de 4,3. La He varió entre un mínimo de 0,42 para los marcadores S009 y SW240 y un máximo de 0,76 para el marcador CGA1. La heterocigosidad media observada fue de 0,35, la mayoría de los marcadores utilizados resultaron muy informativos de variabilidad genética con valores de PIC superiores a 0,5. El índice de endogamia (FIS 0,5) revela un alto déficit de heterocigotos . Estos hallazgos sugieren baja variabilidad genética del cerdo Congo, con una tendencia al incremento de consaguinidad, posiblemente relacionada con un tamaño poblacional reducido.
5
Plasencia, Carmen, and Albert Abad. "Inestabilidad de microsatélites y cáncer colorrectal." Medicina Clínica 124, no. 12 (April 2005): 454–56. http://dx.doi.org/10.1157/13073220.
Full text
6
Pardo, E., T. Cavadía, and I. Meléndez. "Caracterización mediante microsatélites del cerdo doméstico en Momil, Córdoba." Archivos de Zootecnia 63, no. 241 (September 25, 2013): 215–18. http://dx.doi.org/10.21071/az.v63i241.581.
Full textAbstract:
Se estudió la situación genética del cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) de Momil, Córdoba, Colombia sobre 45 muestras empleando 20 microsatélites de los recomendados por la FAO/ISAG para estudios de biodiversidad porcina. Todos los microsatélites resultaron polimórficos y se han detectado, entre 2 (SW1067) y 13 (SW957) alelos, con un número medio de 5,2 y un total de 104. La heterocigosidad media esperada ha sido 0,5376 y la observada 0,5216. El PIC osciló entre 0,1689 (SW1067) y 0,7352 (SW957). La población estudiada es genéticamente estable.
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Lindo-Samanamud, Saúl, Mario Cornejo-Olivas, Olimpio Ortega, Victoria Marca, Keren Espinoza-Huertas, and Pilar Mazzetti. "Estrategia de genotipado del gen FMR1: Método de diagnóstico alternativo para el Síndrome X Frágil y otras enfermedades por expansión de trinucleotidos." Revista Medica Herediana 24, no. 4 (December 19, 2013): 269. http://dx.doi.org/10.20453/rmh.v24i4.269.
Full textAbstract:
Objetivos: Diseñar una estrategia alternativa por PCR para el genotipado de secuencias ricas en citosinas, basada en modificación nucleotídica. Material y métodos: Se modificó el gen FMR1 nativo de ocho individuos clínicamente no afectados por el Síndrome X frágil, cambiando las citosinas por uracilos, empleando bisulfito de sodio. El ADN modificado fue purificado y cuantificado por espectrofotometría. Las estructuras alternativas y potenciales islas CpG que adopta el microsatélite inestable fueron simuladas con los programas MFOLD y CpGplot. Se generaron cebadores específicos que hibriden tanto con el microsatélite modificado (Primer T) y con una secuencia modificada de las islas CpG (Primer M), utilizando el programa MethPrimer. Finalmente, ambas secuencias fueron amplificadas por PCR y los amplicones fueron separados por electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE por sus siglas en inglés) al 6% y visualizados con tinción de nitrato de plata. Resultados: La modificación del ADN fue evidenciada por espectrofotometría al uracilo. Las estructuras observadas en la simulación fueron las horquillas encontrándose dos potenciales islas CpG. La amplificación con los cebadores T, confirmó el diseño in silico desarrollado para abordar la estructura en horquillas. La amplificación con los cebadores M permitió detectar metilación de la primera isla CpG del gen FMR1.Conclusión: Se propone un diseño alternativo para amplificación de secuencias de microsatélite que contengan citosinas metiladas y no metiladas. Se requieren estudios posteriores con muestras de ADN que contengan microsatélites muy expandidos para validar su aplicación para diagnóstico molecular.
8
González, E. G. "Microsatélites: sus aplicaciones en la conservación de la biodiversidad." Graellsia 59, no. 2-3 (December 30, 2003): 377–88. http://dx.doi.org/10.3989/graellsia.2003.v59.i2-3.253.
Full text
9
Gesto, Estefanía Soledad, Valeria Marcucci, and Pedro De Carli. "Búsqueda de primers y optimización de técnicas para la determinación de marcadores de ADN microsatélites en langostino argentino (Pleoticus muelleri)." Informes Científicos Técnicos - UNPA 10, no. 3 (December 17, 2018): 35–43. http://dx.doi.org/10.22305/ict-unpa.v10i3.285.
Full textAbstract:
El langostino argentino (Pleoticus muelleri) se distribuye a lo largo de las costas del Océano Atlántico Sudoccidental, entre los 20º y 50º de Latitud S. En Argentina constituye en la actualidad uno de los recursos de mayor importancia para la actividad pesquera. El elevado valor comercial de este crustáceo en los mercados internacionales lo ha situado como uno de los principales productos de exportación pesquera argentina, representando una participación del 61% del total de exportaciones del sector, con un ingreso anual superior a los 1.200 millones de dólares estadounidenses.
En la actualidad, se dispone para la especie de un estudio genético restringido a la zona sur de su distribución (entre los 42 y 47º de latitud S) y que analiza la diversidad de un segmento de ADN mitocondrial del gen COI, y otro que estudia la variabilidad genética del langostino P. muelleri en toda su área de distribución geográfica mediante el análisis de un fragmento de ADN mitocondrial correspondiente al gen región control (CR).
Este trabajo tiene como objetivo evaluar marcadores moleculares microsatélites como información de base para el estudio poblacional en el langostino argentino.
A partir de bibliografía se seleccionaron cuatro (4) primers que permitieron amplificar microsatélites en otras especies de la misma familia (Solenoceridae).
Solo se han obtenidos resultados de amplificación a partir de un par de iniciadores (ZG-71). La secuenciación de estos fragmentos no permitió detectar la conservación de los microsatélites esperados para el desarrollo del marcador específico.
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CASTRO-RUIZ, Diana, Sophie QUEROUIL, Etienne BARAS, Werner CHOTA-MACUYAMA, Fabrice DUPONCHELLE, Jesús NUÑEZ, Jean François RENNO, and Carmen Rosa GARCÍA-DÁVILA. "DETERMINACIÓN DE PARENTESCO EN LARVAS DE Pseudoplatystoma fasciatum (Linnaeus, 1766) PRODUCIDAS EN CAUTIVERIO." Folia Amazónica 18, no. 1-2 (December 31, 2009): 33. http://dx.doi.org/10.24841/fa.v18i1-2.327.
Full textAbstract:
Un set de seis loci microsatélites fue utilizado como herramienta molecular para identificar el genotipo de los reproductores y asignar el parentesco a diferentes familias de Pseudoplatystoma fasciatum. Las progenies cultivadas en situación comunal fueron obtenidas por la reproducción inducida de los óvulos de una hembra con un pool de esperma de cuatro machos. Todos los loci microsatélites mostraron apropiada amplificación y polimorfismo, con alelos diagnósticos o combinación de alelos para identificar a los reproductores y asignar el parentesco sin riesgo a equivocarse. Los alelos nulos encontrados en los loci Pcor 7 y Pcor 8, no dificultaron la identificación de la progenie. Se obtuvieron cuatro familias de medio-hermanos (en cada etapa de muestreo). Resultados de este estudio demuestran la utilidad de las herramientas genéticas en la asignación de parentesco en familias de Pseudoplatystoma fasciatum cultivadas comunalmente.
Dissertations / Theses on the topic "Microsatélites"
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Uribe, Palacios Carla Daniela. "Diversidad genética de Mytilus chilensis utilizando marcadores microsatélites." Tesis, Universidad de Chile, 2014. http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/132987.
Full textAbstract:
Memoria para optar al título Profesional de Médico VeterinarioLos mejillones son uno de los bivalvos más cultivados y comercializados siendo el género Mytilus muy empleado en alimentación. En Chile, la producción de mejillones ha experimentado un crecimiento importante en la última década, siendo uno de los productos acuícolas chilenos más promisorios, cuyo desembarque se destina principalmente al mercado de exportación. El comercio internacional de productos del mar incorpora en normativas y regulaciones el concepto de cadena alimentaria o “de la granja a la mesa”, buscando la inocuidad alimentaria desde la producción primaria hasta el consumidor final. Los sistemas de trazabilidad administrativa (etiquetas, registro de información, tratamiento automático de datos) no son infalibles y requieren ser validados mediante métodos analíticos. En trazabilidad de alimentos pueden considerarse tres niveles: identificación de la especie, determinación del origen geográfico y seguimiento a través de la cadena de producción y abastecimiento. El objetivo general de esta tesis fue estudiar la diversidad genética y estructura poblacional de Mytilus chilensis en el Sur de Chile usando marcadores microsatélites (SSR) y evaluar su desempeño en futuras aplicaciones en trazabilidad. Las muestras se colectaron en el Sur de Chile en once localidades. La diversidad genética y estructura poblacional de Mytilus chilensis fue evaluada con tres loci microsatélites. Se evaluó el desempeño del algoritmo de asignación implementado en el programa GeneClass2. La estructura poblacional de Mytilus chilensis en la zona fue baja (FST= 0,03) pero significativa (P=0,00), con altos niveles de flujo genético entre las localidades. El método de asignación ubicó correctamente más individuos de los esperados por azar, confirmando la estructura poblacional. Se verificó la trazabilidad administrativa, pero es necesario mejorar la probabilidad de asignación incluyendo en el panel loci no afectados por alelos nulos así como también otro tipo de marcadores (SNPS), para mejorar la resolución y alcanzar estándares forenses.
Programa Domeyko Alimentos de la Vicerrectoría de Investigación y Desarrollo de la Universidad de Chile 2008- 2010
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Sanchez, Silva Luis Gustavo. "Detección de microsatélites trinucleótidos en Argopecten purpuratus (Lamarck, 1819)." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013. https://hdl.handle.net/20.500.12672/2668.
Full textAbstract:
La concha de abanico (Argopecten purpuratus) es un molusco bivalvo de importancia económica para el Perú, debido a su alto valor nutritivo y su amplia aceptación en los mercados de Estados Unidos, Japón y Europa. En el Perú, no se han realizado estudios a nivel genético poblacional en esta especie, existiendo solamente estudios morfométricos, cuyas variaciones estarían ligadas a cambios en la variabilidad genética del recurso (Cisneros et al., 2008). Además, existen pocos marcadores microsatélites reportados, los cuales son los marcadores moleculares más adecuados para evaluar la diversidad genética de una especie. El objetivo del presente estudio fue detectar microsatélites trinucleótidos “CAT” del genoma de A. purpuratus para lo cual se utilizó el método de librerías genómicas enriquecidas. Se optimizó un protocolo para extracción de DNA Genómico de alta calidad a partir de la gónada masculina y utilizando como buffer de lisis TNES-urea. Asimismo, se construyó una librería genómica enriquecida utilizando esferas magnéticas lo que permitió obtener un elevado porcentaje de clones positivos (65 80%). Finalmente, se obtuvo DNA plasmídico de alta calidad cuyo secuenciamiento servirá para diseñar cebadores que permitan evaluar el polimorfismo de los microsatélites.
Palabras clave: concha de abanico, Argopecten purpuratus, librerías genómicas enriquecidas, microsatélites, polimorfismo.--- The Peruvian scallop (Argopecten purpuratus) is an economically important bivalve in Peru due to its high nutritional qualities and its wide acceptance in the markets of United States, Japan and Europe. In Peru, there have not been studies of this resource at the population genetic level and there are only morphometric studies, one of those reports that variations at this level could be linked to the genetic variability of the resource (Cisneros et al., 2008). In addition, there are only few microsatellite markers reported, this molecular markers are the best to assess the genetic diversity. Due to this reason, the aim of this study was to detected trinucleotide microsatellites with the motif "CAT" from the genome of A. purpuratus using enriched genomic libraries. High quality DNA extraction from the male gonad with TNES-urea lysis buffer was optimized. Furthermore, the enriched genomic libraries constructed using magnetic beads allowed identification of a high percentage of positive clones (65-80%). Finally, the sequencing of the high quality plasmid DNA obtained will enable primers design for the evaluation of the microsatellites polymorphism. Keywords: Peruvian scallop, Argopecten purpuratus, enriched genomic libraries, microsatellite, polymorphism.
Tesis
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Yáñez, Amayo Víctor Orlando. "Aislamiento y caracterización de marcadores moleculares microsatélites a partir de la construcción de librerías genómicas enriquecidas de camote. ( Ipomoea batatas (L.) Lam.)." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2002. https://hdl.handle.net/20.500.12672/805.
Full textAbstract:
Un requisito básico para cualquier programa de mejoramiento basado en la selección asistida por marcadores (MAS) es contar con un adecuado número de marcadores polimórficos. Entre toda la variedad de marcadores moleculares disponibles, los microsatélites, unidades cortas de entre 1 y 6 bp repetidas en tándem, ofrecen apreciables ventajas. Ser una técnica basada en el PCR, necesitar pequeñas cantidades de DNA y su naturaleza codominante, han hecho de ellos una herramienta muy popular en trabajos de investigación en animales y plantas.
Pese a la importancia del camote (Ipomoea batatas L.) en el mundo, sólo un pequeño número de marcadores microsatélites están disponibles para este cultivo. Con el objetivo de generar mayor cantidad de microsatélites en el presente trabajo se construyeron dos librerías genómicas utilizando el DNA del cultivar africano “Tanzanía”. La búsqueda se basó en hallar microsatélites trinucleótidos, los cuales cuentan con la particularidad de reducir considerablemente la presencia de “bandas tartamudas” en comparación con los microsatélites dinucleótidos. El enriquecimiento de las librerías genómicas alcanzó el 1.59 % de un total de 2900 colonias evaluadas por diferentes métodos de selección, como White/blue, Colony lift y Southern blot. Quince pares de iniciadores fueron diseñados y ocho de ellos mostraron polimorfismo en un total de once accesiones de camote, provenientes de diversos lugares del mundo, mantenidas en el banco de germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP).--- A basic requisite for any breeding program based in marker-assisted selection (MAS) is counting with a suitable number of polymorphic markers. Among the large variety of molecular markers available, microsatellites, short tandem repeat units of between 1 and 6 bp in length, offer appreciable advantages. Being a PCR-based technique, requiring only small amounts of DNA and their co-dominant nature have made them a very popular tool in animal and plant studies. Despite the importance of sweetpotato (Ipomoea batatas L.) in the world, only a small set of microsatellite markers are available for this crop. Aiming to generate a large number of SSR markers in sweetpotato, two genomic libraries have been constructed using DNA of an african sweetpotato cultivar "Tanzania". In order to look for tri-nucleotide microsatellites, which frequently produce fewer “stutter bands” as compared to di-nucleotide microsatellites. The enrichment of genomic libraries achieved 1.59 % of a total number of 2900 clones evaluated by different screening methods as White/blue, Colony lift and Southern blot. Fifteen pair of primers were designed, and eight of them showed polymorphism in eleven sweetpotato accessions from different places of the world, which are kept in the germoplasm bank of the International Potato Center (CIP).
Tesis
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Cichero, Molina Daniela. "Validación de ocho marcadores microsatélites para el análisis genético de Mytilus chilensis." Tesis, Universidad de Chile, 2013. http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/131543.
Full textAbstract:
Memoria para optar al Título Profesional de Médico VeterinarioEl mejillón chileno (Mytilus chilensis), es una especie ampliamente distribuida a lo largo de las costas de Chile ubicándose desde Iquique hasta Tierra del Fuego. Esta especie es un recurso de gran relevancia económica, principalmente en el sur de Chile. En el presente trabajo se llevó a cabo la validación de un conjunto de microsatélites no focales, obtenidos in silico, a partir de información de secuencias expresadas (ESTs) de Mytilus edulis, previamente desarrollados en el laboratorio FAVET-INBIOGEN. Además de un conjunto de cinco marcadores microsatélites, ya publicados en la literatura. Adicionalmente se estudió el tipo de herencia considerando información familiar. El DNA se obtuvo de noventa mejillones pertenecientes a la especie Mytilus chilensis. Veinte microsatélites putativos fueron genotipados de los cuales solo ocho resultaron ser altamente polimórficos, con un promedio de 10,88 alelos por locus. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,26 a 0,69. Todos los loci mostraron diferencias significativas, en relación a lo esperado respecto del equilibrio de Hardy-Weinberg (Valor P <0,05). En su gran mayoría causado por una deficiencia en el número de heterocigotos. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de una alta frecuencia de alelos nulos y de un proceso de subestructuración genética de la población, pero se requiere mayor información al respecto para confirmar ésta hipótesis. Considerando la actividad productiva intensiva en esta especie, los resultados obtenidos en este trabajo proporcionan información útil sobre aspectos importantes de la genética de Mytilus chilensis
Financiamiento Proyecto 07CN13PPD-240 Innova Chile
5
Rodríguez, Bailón Jorge Enrique. "Determinación de parentesco por medio del análisis de ADN microsatélite en alpacas (Lama pacos)." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2004. https://hdl.handle.net/20.500.12672/1527.
Full textAbstract:
Diez microsatélites para alpacas y llamas fueron usados para evaluar parentesco en 47 alpacas registradas de la Estación Experimental IVITA - Maranganí, provenientes de la provincia de Canchis (Cusco - Perú). El análisis se llevo a cabo utilizando dos metodologías: secuenciador automático (ABI 377 DNA sequencersâ) y técnica de tinción con nitrato de plata. Los microsatélites fueron amplificados en tres reacciones de PCR múltiple y diez reacciones de PCR simple. Los 10 microsatélites fueron polimórficos para ambas metodologías. El número de alelos vario entre 4 y 20, las frecuencias alélicas y probabilidad de exclusión (PE) fueron calculadas utilizando el software Cervus 2.0. Todos los loci, a excepción de dos, se encontraron dentro de los rangos publicados por Lang et al. (1996) y Penedo et al. (1998). La probabilidad de exclusión acumulada para los 10 loci de 0.9999. La probabilidad de exclusión acumulada para cada reacción de PCR múltiple fue mayor a 0.90. Ambas metodologías obtuvieron los mismos resultados. Los resultados confirmaron la paternidad en 17 casos, sin embargo, en más de un 22% de los casos, padres alternativos fueron identificados como padres comparando con los registros.Ten microsatellites for alpacas and llamas were used to evaluate paternity in 47 alpacas registered at IVITA Research Station Maranganí, Canchis Province (Cusco – Perú). Analysis was carried out using both methodologies: Automatic Sequencer (ABI 377 DNA sequencersâ) and silver staining techniques. Microsatellites were amplified in three multiplex reactions and ten single PCR reactions. They were polymorphic for all alpaca samples using both methodologies. The number of alleles varied between 4 and 20, the allelic frequencies and the exclusion probability were calculated using Cervus 2.0. All loci, except for two, were within the range published by Lang et al. (1996) and Penedo et al. (1998). The accumulated exclusion probability for the ten loci was 0.9999. For each multiplex reaction the accumulated exclusion probability was more than 0.90. Both methodologies yielded the same results. It was possible obtain the same results using both methodologies. The results confirmed paternity in 17 cases of parent-offspring pairs, however in a further 22% of cases alternative adults were identified as parents compared with the register.
Tesis
6
Bedoya, Salazar Claudia A. "Estudios de diversidad genética en poblaciones de maíz (Zea mays L.) evaluadas con microsatélites." Doctoral thesis, Universitat de les Illes Balears, 2013. http://hdl.handle.net/10803/116859.
Full textAbstract:
En este trabajo de Tesis se evalúo de manera extensiva la diversidad genética presente en los maíces nativos de Latinoamérica, combinando datos fenotípicos y genotípicos, con dos propósitos diferentes. El primero, un estudio donde la diversidad genética, las relaciones interpoblacionales y la estructura poblacional de los materiales nativos permitieron ligar aspectos históricos, antropológicos y arqueológicos del maíz para crear una historia consolidada de la migración del maíz desde su centro de origen en Mesoamérica hacia el Caribe y Sudamérica. El segundo, es explorado el potencial de las razas de maíz para proporcionar nuevos alelos favorables para mejoramiento. La evaluación fenotípica y genotípica conjunta de accesiones del Banco de Germoplasma con material mejorado por CIMMYT permitió identificar fuentes de variación alélica importante para algunos caracteres de interés como tolerancia a la sequía. La caracterización de la diversidad genética de los materiales nativos para la conservación y explotación con fines de mejoramiento es un enfoque muy prometedor en particular con el desarrollo constante de nuevas herramientas genéticas.In this thesis work, the genetic diversity of Latin American maize landraces was evaluated extensively combining phenotypic and genotypic data, for two different purposes. First, to study the genetic diversity, relationships, and population structure of native materials allowing the linkage of historical, anthropological and archaeological data to create a consolidated history of maize migration from its origin center in Mesoamerica towards The Caribbean and South America. Second, to explore the potential of maize landraces to provide new elite alleles for breeding, the phenotypic and genotypic characterization of gene bank accessions compared to improved material from CIMMYT allowed the identification of important sources of allelic variation for traits of interest including drought tolerance. The characterization of native genetic diversity for conservation and exploitation towards breeding is a very promising approach, especially considering on going development of new genetic tools and methodologies
7
Mujica, Brancoli Paola. "Determinación de la variabilidad genética en el Terrier Chileno mediante el uso de microsatélites." Tesis, Universidad de Chile, 2011. http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/131371.
Full textAbstract:
Memoria para optar al Título Profesional de Médico VeterinarioEl Terrier Chileno es una nueva raza de perros que recientemente ha sido reconocida por el Kennel Club Chile como la primera raza originada en Chile. En la actualidad hay más de cinco generaciones registradas en el pedigrí, pero no existe información sobre la estructura genética de la raza. En el presente trabajo se investigó la variabilidad genética y se estimaron los niveles de endogamia de esta nueva población. Adicionalmente, el objetivo fue validar un conjunto de marcadores del tipo microsatélites para análisis de paternidad. El ADN se obtuvo de cincuenta fundadores de la raza no emparentados, elegidos de acuerdo a datos de pedigrí. Diecisiete microsatélites fueron genotipados y todos resultaron ser altamente polimórficos, con un número de alelos que osciló entre 4 y 14. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,02 a 0,52. Nueve microsatélites mostraron desviaciones significativas del equilibrio Hardy-Weinberg, probablemente causada por deficiencia de heterocigosidad. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de un aislamiento poblacional ocurrido durante el desarrollo de la raza, pero se requiere mayor investigación al respecto para confirmar esta hipótesis. La probabilidad de exclusión combinada para todos los marcadores fue 0,9999. La información generada en este trabajo representa una herramienta importante que puede ser usada para conducir mejoras en la crianza del Terrier Chileno durante los próximos años y contribuirá con el proyecto que busca que la Federación Cinológica Internacional reconozca al Terrier Chileno como una raza canina oficial
Laboratorio de Investigaciones en Biotecnología y Genómica Animal (FAVET-INBIOGEN
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Martinez, Corcino Diana Susana. "Ubicación de secuencias genómicas de Solanum phureja en un mapa genético utilizando marcadores microsatélites." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012. https://hdl.handle.net/20.500.12672/2670.
Full textAbstract:
El genotipo doble monoploide DM1-351644 de Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) desarrollado por la Universidad de Virginia fue secuenciado por el Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC) en el Instituto de Genómica de Beijing
teniendo como resultado una gran cantidad de super-scaffolds con posición genómica
desconocida. Con el fin de contribuir a la orientación y posicionamiento de estos super-scaffolds se construyó un mapa genético. En este trabajo, se analizaron 100 nuevos marcadores
microsatélites diseñados por el PGSC, de los cuales 37 marcadores se lograron posicionar
en 12 grupos de ligamiento. Debido a la utilización de microsatélites con posición cromosómica conocida se pudo asignar estos grupos de ligamiento a los 12 cromosomas específicos de la papa. Con estos marcadores posicionados se pudieron ubicar 37 super-scaffolds, contribuyendo al conocimiento del orden de las secuencias genómicas con posición cromosómica desconocida productos del secuenciamiento del genoma de DM. El conocimiento del genoma será una herramienta importante para ser utilizada en los futuros programas de mejoramiento.
Palabras claves: PGSC, super-scaffolds, microsatélites, polimofismo, segregación,
distorsión, mapa genético.--- A doubled monoploid DM1-351644 of Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) developed by the University of Virginia was sequenced by the Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) at the Beijing Genomics Institute resulted in a lot of super-scaffolds with unknown genomic position. ´ In order to contribute to the orientation and positioning of these super-scaffolds, a genetic map was constructed. In this study, we analyzed 100 new microsatellite markers designed by PGSC, which 37 markers were achieved position in 12 linkage groups. Due to the use of microsatellites with known chromosomal position, these linkage groups could be assigned to the 12 specific chromosomes of potato. With these markers 37 super-scaffolds could be located, contributing to the knowledge of the order of genomic sequences from DM with unknown chromosomal position. The knowledge of the genome will be an important tool to be used in future breeding programs. Key words: PGSC, super-scaffolds, microsatellite, polymorphism, segregation, distortion, genetic map.
Tesis
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Borrell, Pichs Yaisel Juan. "Loci microsatélites como marcadores genéticos para la mejora del rendimiento en acuicultura de especies marinas." Doctoral thesis, Universidad de Oviedo, 2002. http://hdl.handle.net/10803/11094.
Full textAbstract:
Esta tesis se propone como objetivo general comprobar la utilidad de la variación microsatélite en el manejo de poblaciones de tres especies con gran interés económico: el salmón atlántico Salmo salar L, el rodaballo Scophthalmus maximus, y el camarón blanco Litopenaeus schmitti. Los resultados obtenidos demuestran que los loci microsatélites son útiles para el manejo de reproductores en las estaciones de cultivo a través del establecimiento de pedigríes si se tienen en cuenta: un análisis previo de variabilidad en los reproductores, la posibilidad de mutaciones y alelos nulos y las relaciones genéticas existentes entre los reproductores. No se encuentra una relación alelos-caracteres de interés comercial en el cultivo, aunque si asociación entre la heterocigosidad enzimática y estos últimos mientras parece no existir ninguna relación con la heterocigosidad microsatélite. Nuestros resultados apoyan la idea de que las enzimas, a través del control del metabolismo, juegan un papel fundamental en el incremento de la eficacia biológica de los individuos. Finalmente, los loci microsatélites muestran mayores niveles de variabilidad que la enzimas en poblaciones naturales, aunque el reparto de esa variabilidad genética es similar para ambos marcadores en camarón. No obstante, la mayor variabilidad de los microsatélites permite asignar los individuos a sus poblaciones de origen, lo cual sería de gran utilidad en el manejo de poblaciones naturales y cultivadas.
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Mnejja, Abd Mouleh Mourad. "Desarrollo y transferibilidad de los microsatélites en Prunus y su aplicación en estudios de variabilidad." Doctoral thesis, Universitat de Lleida, 2015. http://hdl.handle.net/10803/286780.
Full textAbstract:
The Prunus genus belongs to the Rosaceae family and includes stone fruit crops such as peach (P. persica), apricot (P. armeniaca), European plum (P. domestica), Japanese plum (P. salicina), sweet cherry (P. avium) and sour cherry (P. cerasus), as well as almond (P. dulcis), a species cultivated for its seeds. This work aims to develop simple-sequence repeat (SSR) or microsatellite markers in almond and Japanese plum, the only two diploid Prunus species lacking these markers when this thesis began, and to study their variability in a collection of cultivars of each species. In addition, we studied the transferability of the microsatellites obtained from Prunus in other cultivated rosaceous species, including six Prunus species, and three other genus: apple (Malus x domestica), pear (Pyrus comunis) and octoploid strawberry (Fragaria x ananassa).
To develop new microsatellite markers, we used two methods: one from enriched DNA genomic library (for sequences CT/AG), for which we obtained 31 SSRs in almond and 27 in Japanese plum, and another using the available sequences of ESTs (expressed sequence tags) of almond (22 SSRs) and peach (25 SSRs). All these microsatellites were polymorphic in a set of eight cultivars of their respective species.
We used the obtained markers in an extensive collection of almond varieties (30) to study their genetic variability using 47 microsatellites derived from this species (25 genomic and 22 derived from ESTs). A similar study was conducted in 38 varieties of Japanese plum with 27 genomic SSRs obtained in this species. These markers were highly variable in both species, with an average of 7.3 alleles per locus in almond and 7.2 in Japanese plum, allowing us to distinguish individually all the studied genotypes. Our data indicated that the SSRs of the same species are more variable than those developed in other related species. In addition, in almond we found that the microsatellites derived from ESTs, and particularly those located in coding regions, were less variable than those obtained from genomic sequence.
The grouping of the studied varieties in function of their genetic distance (dendrogram) or their population structure was quite similar both in almond and Japanese plum. The almond varieties were grouped by their geographical origin and their flowering time, whereas the Japanese plum varieties, of recent origin and largely developed in the United States, were clustered according to the breeding programs of the different States they were obtained.
A total of 145 Prunus SSRs [25 genomic from almond, peach and Japanese plum, 25 ESTs derived from peach, 22 ESTs derived from almond and 23 derived from apricot (10 genomic and 13 from ESTs)] were chosen to study transferability, all polymorphic and identifying a single locus in the origin species. These microsatellites were studied in eight varieties of the following nine species: almond, peach, European plum, Japanese plum, apricot, sweet cherry, apple, pear and strawberry. Eighty-three percent (83%) of these markers amplified bands of the expected size in the other Prunus species and 63.9% were polymorphic, indicating the high transferability within this genus. This transferability decreased as the genetic distance between the species origin of the SSR and the studied species increased. Thus, only 16.3% of the tested SSRs were transferable to species of other rosaceous genera (apple, pear and strawberry). No significant differences were detected between microsatellites of different origins (genomic and ESTs) regarding their transferability, nor their capacity to detect variability.
From the studied SSRs, 31 amplified and were polymorphic in all tested Prunus species. Twelve, selected to cover the whole genome, were proposed as the universal set for the analysis of variability in Prunus.
Book chapters on the topic "Microsatélites"
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Márquez Fernández, Edna J., Natialia Restrepo-Escobar, Anny J. Yepes Acevedo, and Juan C. Narváez Barandica. "Diversidad y estructura genética de los peces de la cuenca del río Magdalena." In Peces de la cuenca del río Magdalena, Colombia: diversidad, conservación y uso sostenible, 115–58. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, 2021. http://dx.doi.org/10.21068/b2020rrhhxix03.
Full textAbstract:
El conocimiento de la diversidad genética y la estructura poblacional son fundamentales para mejorar el manejo y conservación de los peces. La cuenca del Magdalena se destaca por una alta riqueza íctica que se aprovecha como recurso pesquero y acuícola, la cual contrasta con la cantidad de estudios de genética poblacional de su ictiofauna. Una revisión permitió identificar estudios genético-poblacionales en 14 especies nativas y dos exóticas, y en la última década, el desarrollo de loci microsatélites publicados para 13 de 17 especies. En general, la diversidad genética es alta para los “stocks” naturales de especies de interés pesquero; sin embargo, los coeficientes de endogamia también son altos en el bocachico (Prochilodus magdalenae); el capaz (Pimelodus grosskopfii) y el barbudo (Pimelodus yuma). La mayoría de las especies de peces muestran flujo génico de uno o varios grupos genéticos que cohabitan en la misma área, excepto en algunos casos donde exhiben estructura genética a escalas geográficas locales (la sabaleta, Brycon henni) o regionales (B. henni, P. grosskopfii y P. yuma). Además, se desconocen los impactos ecológicos, genéticos y sanitarios de los repoblamientos y la introducción de especies exóticas en la ictiofauna nativa. La falta de datos históricos no permite evidenciar la pérdida de diversidad genética; y la ausencia de marcadores moleculares o inconsistencia en su uso, limitan las comparaciones entre los pocos estudios genéticos poblacionales publicados. Se discute la relevancia de continuar el desarrollo de loci de microsatélites específicos para las especies, principalmente las de mayor interés en las pesquerías y desarrollo acuícola. Esto puede brindar una oportunidad a corto plazo para evaluar el estado general de las especies de peces a una escala nacional y la pertinencia de replantear los programas de repoblamiento.
Conference papers on the topic "Microsatélites"
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Torres, María, Laia Muñoz, Martín Terán, Felipe Galván, and Steven Canty. "Genetic diversity and population structure of the yellowfin tuna (Thunnus albacares) comparing samples collected in artisanal fisheries of Ecuador and Mexico using microsatélite loci." In MOL2NET 2019, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 5th edition. Basel, Switzerland: MDPI, 2019. http://dx.doi.org/10.3390/mol2net-05-06398.
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