Academic literature on the topic 'Microsatélites o SSR'

El pato criollo peruano (Cairina moschata domestica) es una de las especies de mayor importancia económica en la alimentación humana. Las especies de patos forman grupos genéticos complejos y difíciles de reconocer, por lo que el uso marcadores microsatélites (SSR) identificados en una especie relacionada como Anas platyrhynchos, representa una opción atractiva, de menor costo y útil para resolver temas relacionados con la conservación de la diversidad genómica, flujo génico e hibridación entre poblaciones. El objetivo de la investigación fue evaluar la transferibilidad de 24 SSR identificados para A. platyrhynchos a las poblaciones peruanas de C. moschata doméstica y determinar el grado de polimorfismo (PIC) de los marcadores transferibles. Para ello, se obtuvo ADN a partir de plumas alares usando el método cloroformo-alcohol isoamílico. Los SSR se construyeron con una secuencia adicional de 19 pb (cola M13) y se utilizaron fluoróforos 6-FAM, VIC, NED y PET para su etiquetado. Los fragmentos amplificados fueron visualizados en geles de agarosa 2% y separados por electroforesis capilar en un secuenciador automático ABI 3130XL. Los resultados mostraron 7 SSRs con un valor PIC alto (PIC>0.5) y que el marcador CMO211 se expresaba con un tamaño molecular menor del de la referencia. En conclusión, el presente trabajo demostró que el 75% de los SSR diseñados para A. platyrhynchos son transferibles a C. moschata domestica; y que sólo 7 fueron altamente informativos. Demostrando así que los SSRs son útiles en la detección de polimorfismos en especies relacionadas y pueden ser usados para mejorar las poblaciones peruanas de patos criollos.

Dada la importancia que tiene el chile en el sureste de la república mexicana,los objetivos de la investigación fueron caracterizar molecularmente, estimar el polimorfismo y la estructura genética de 21 poblaciones de Capsicum spp. delos estados de Tabasco y Chiapas. Se sembraron semillas de las poblaciones ya los 40 días después de la germinación, se cortaron dos hojas jóvenes por planta de 10 individuosde cada población. Las 20 hojas de cada población se mezclaron y de ellas se tomarontres muestras de 0,5 g de tejido vegetal para extraer el ADN. Se usaron cuatro marcadores microsatélites (SSR) para estimar la diversidad genética. Se detectaron 229 alelos, de ellos 70 fueron polimórficos. El marcador Hpms1-106 detectó 38,8% de polimorfismo, y HpmsCaSIG-19 el menor polimorfismo (20,55%). El AMOVA explicó 13,0% de la variabilidad entre poblaciones, y losindividuos dentro de las poblaciones el 87,0% restante. El estadístico FST= 0,176 indicóque la diferenciación genética entre poblaciones es grande, el FIS= -0,448 que las poblaciones poseen exceso de heterocigotos, yelFIT= -0,193, que los individuos de cada población mostraron efecto moderado de apareamiento no aleatorio. El análisis clusteraglomeró a las poblaciones evaluadas en seis grupos. El clusterI agrupó 13 poblaciones, y dentro de éstas, Amashito Cerro Blanco y Colmillo deLagarto El Porvenir mostraron ser las más parecidas genéticamente. En el clusterVI, Pico de Paloma Miahuatlán fue diferente al resto de las poblaciones. Los marcadores microsatélites fueron útiles para analizar la diversidad genética de las poblaciones de chile evaluadas.

La domesticación del chile (Capsicum annuum L.) se efectuó en México, gracias a lo cual se encuentra una gran riqueza de variedades en el país. En el centro del país se encuentra distribuido el chile ‘Poblano’, que no es consumido por su contenido de capsaicina, como la mayoría de las especies del género, sino como ingrediente principal de platillos tradicionales. Este estudio se hizo para describir los diferentes grupos genéticos que forman las variedades, determinar sus posibles patrones de distribución de diversidad, analizar la estructura genética de las poblaciones de chile ‘Poblano’ y su relación con otros tipos de chile. Se evaluaron 55 poblaciones de chile ‘Poblano’, 2 de ‘Loco’, 2 de ‘Miahuateco’ y 3 de ‘Ancho’, colectadas en el Valle de Puebla, Tehuacán, Puebla y Rancho Grande, Zacatecas, más un híbrido comercial como testigo. Se utilizaron 19 loci de microsatélites (SSR) y se calcularon los parámetros de diversidad genética, proporción de loci polimórficos, índice de heterocigosidad y estadísticos de F de Wright; además, se hicieron análisis de componentes principales y de conglomerados. Se detectaron 105 alelos en total, con un promedio de 5.53 alelos por locus y 80 % de loci polimórficos. Las variedades locales destacaron por ser las de mayor polimorfismo y heterocigosidad. El estadístico FST de diferenciación genética fue de 0.108, que indica que 89.2 % de la variación se encuentra dentro de las poblaciones. Hubo mayor diferenciación en los tipos ‘Poblano’, ‘Ancho’ y ‘Loco’. Las diferentes poblaciones formaron grupos definidos con cierta dispersión dentro del tipo ‘Poblano’. Se detectó alta diferenciación entre las variedades provenientes del Valle de Puebla, Tehuacán y Zacatecas, aparte del híbrido comercial. La complejidad genética fue mayor en las variedades locales, que no presentaron un patrón de distribución.

El desarrollo de variedades tolerantes puede ayudar a enfrentar y reducir los impactos de enfermedades que amenazan al cultivo de limón mexicano [Citrus aurantifolia (Christm) Swingle]. Se han generado plantas hibridas interespecíficas e intergenéricas, en busca de genotipos con resistencia o mayor tolerancia a VTC, HLB y antracnosis. Debido a que la mayoría de los cítricos son apomícticos y poliembriónicos se requiere la identificación de plantas híbridas por medio de técnicas tales como los marcadores genéticos moleculares. El objetivo del estudio fue identificar híbridos de limón mexicano mediante marcadores moleculares denominados microsatélites (SSR). Se utilizó una población de 203 individuos de cruzas realizadas de 2009 a 2012, en el Campo Experimental INIFAP-Tecomán. El ADN genómico se realizó de acuerdo con el método CTAB 2%. La reacción de PCR se hizo con un volumen de 20µl conteniendo 10 µl de iTaq™ Universal Probes supermix y 2.5 µl de cada iniciador Forward y Reverse. Los iniciadores utilizados fueron TAA41, TAA45, cAGG9 y TAA52. Los productos amplificados, se analizaron en gel de poliacrilamida al 8% y se tiñeron con nitrato de plata al 0.2%. La identificación de plantas hibridas se realizó mediante la comparación de bandas producidas por los híbridos con las de los progenitores. Los cuatro iniciadores permitieron la identificación de plantas híbridas. El mayor número de plantas identificadas se obtuvieron con los iniciadores TAA45 y cAGG9 con 145 y 130 respectivamente. La identificación de los híbridos de la población en estudio a través del análisis de marcadores moleculares, permitirá que los programas de mejoramiento genético sean eficientes, lo cual implica la obtención de un gran número de plántulas derivadas de las cruzas realizadas.

Putre´s oregano (Origanum vulgare L.) is a variety of oregano that grown in the Arica-Parinacota Region. Its organoleptic attributes and unique production conditions have earned it a certification with Geographical Indication (GI). However, the demands of the markets require a scientific-technological support for identification and authentication of materials. In this context, was proposed to identify Putre's oregano by phylogenetic relationships based on the use of molecular markers SSR and "DNA Barcode". The results showed that when comparing materials from different sources of Putre´s oregano versus information from certified germplasms and GenBank sequences, added to the analysis with nuclear genetic markers, Putre´s oregano corresponds to the species Origanum vulgare L. subsp virens. This precise identification will support the correct differentiation and authentication of this genotype, serving in addition to supporting the GI.

En un programa de mejoramiento genético de fresa (Fragaria × ananassa) es importante contar con la metodología para evaluar la integridad genética de la planta en todas las etapas de incremento, desde diferentes criterios, como el fisiológico, morfológico y el molecular; para este propósito, una de las herramientas más apropiadas son los marcadores moleculares denominados Secuencias Simples Repetidas del inglés Simple Sequence Repeats (SSR), ya que permiten, por ejemplo, identificar poblaciones con una diversidad genética reducida, revelar genealogías, conocer el grado de parentesco entre individuos, proporcionar elementos sólidos en la defensa de la propiedad intelectual, evaluar la pureza del material vegetal, identificar el grado de variación somaclonal y evitar la mezcla de material vegetal en bancos de germoplasma. En este sentido, el presente estudio tuvo como objetivo obtener la huella genética de las variedades de fresa CP0201, CP0204, CP0615, CPLE7 desarrolladas en el Colegio de Postgraduados y como testigo la variedad Festival, desarrollada en Florida, USA, con el uso de nueve loci de microsatélites (SSR). El proceso incluyó la extracción de ADN a partir de tejido foliar de fresa, así como de la amplificación mediante PCR de punto final de los loci SSR agrupados en reacciones multiplex. Los productos de PCR fueron separados mediante electroforesis capilar y su tamaño en pares de bases se determinó con el programa GeneMapper® v. 4. A partir de las frecuencias alélicas se calcularon las matrices de distancia con los coeficientes de Jaccard y Dice. Se encontraron 63 alelos distintos, cada par de iniciadores amplificó entre 3 y 12 alelos. Los marcadores que presentaron mayor número de alelos fueron EMFn181 (11 alelos) y EMFv104 (12 alelos). Se generó la huella genética de cada variedad. Mediante los perfiles alélicos se encontraron diferencias entre las variedades CP0615, CPLE7 y Festival; CP0201 y CP0204 tuvieron una huella genética similar, ya que están emparentadas a través de su progenitor femenino; el índice de diversidad alélica dentro de las poblaciones varió de 3.96 a 5.93. Las variedades tuvieron un índice de uniformidad bajo debido al alto nivel de polimorfismo de los marcadores usados.

Theobroma cacao L. y sus productos se consumen en todo el mundo. Esos productos son de gran interés para la investigación debido a las propiedades antioxidantes de algunos de sus componentes polifenólicos. La cantidad de estos polifenoles y polisacáridos ha demostrado que puede interferir con la alta calidad y cantidad de ácidos nucleicos para la investigación molecular. Por lo tanto, los protocolos de extracción de ADN de cacao pueden requerir una gran cantidad de material vegetal y tiempo de optimización de acuerdo con la fuente de origen del material vegetal. El objetivo de este estudio fue evaluar la calidad y la cantidad de ADN aislado de hojas de plantas de campo en diferentes etapas de desarrollo a partir del genotipo TSH565 utilizando diferentes protocolos de extracción de ADN. Además, se evaluó el protocolo de extracción de ADN para una pequeña cantidad de tejido foliar joven recogido de plántulas in vitro de genotipo CCN51 y TSH565. Posteriormente, se evaluó la selectividad de diferentes enzimas polimerasas para la amplificación por PCR usando el ADN obtenido. Este estudio reveló que la etapa D del desarrollo foliar en condiciones de campo fue eficiente para la extracción de ADN genómico de alta calidad usando el kit PowerPlant® Pro modificado (183.80 ng.μL-1 (1.98 A260 / A280-1.98 A260 / A230)). Las concentraciones más altas de ADN se obtuvieron para FPL con 128.68 ng.μL-1 y 114.42 ng.μL-1 para CCN51 y TSH565, respectivamente y con IVL, que se obtuvo 54.24 ng.μL-1 para CCN51 y 56.52 ng.μL-1 para TSH565 por 0.1 g de tejido foliar. Taq ADN polimerasa recombinante de Thermo Scientific® mostró el mayor rendimiento específicamente para este estudio, lo que contribuye a la amplificación indudable de marcadores moleculares como los microsatélites (SSR). Los resultados obtenidos han permitido mejoras en análisis genéticos y estudios moleculares utilizando una cantidad reducida de tejido vegetal.

<p>Se estudió la diversidad genética presente en el banco de germoplasma de <em>Theobroma cacao </em>L. que se conserva en la Estación Experimental ‘La Suiza’ de la Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria –Corpoica– en el departamento de Santander. A tal fin se caracterizaron 100 genotipos de cacao mediante isoenzimas, RFLPs, RAPDs y SSR, utilizando 25 microsatélites publicados previamente en el GenBank. El porcentaje de amplificación obtenido fue del 100% lo que permitió identificar 168 alelos. Los niveles de polimorfismo variaron entre 2 y 14 alelos por locus con un promedio de 6,72. Las tasas de similaridad y distancia genética de Nei y Li entre los 100 genotipos se obtuvieron mediante el programa Ntsys v2.1® y se construyó un dendrograma con el algoritmo Upgma. Los valores obtenidos fueron superiores a 0,45 y en el dendrograma se identificaron dos grupos genéticos principales y varios subgrupos internos. Los resultados obtenidos se consideran un avance importante en el conocimiento de la diversidad genética de accesiones de <em>Theobroma cacao </em>L. conservadas en bancos de germoplasma y son de gran utilidad para desarrollar e implementar programas de mejoramiento y conservación del cacao basados en información genética relativa a características fenotípicas que favorezcan una mejor calidad, mayor producción y rentabilidad del cultivo en Colombia. </p><p><strong> </strong></p><p><strong>Genetic diversity analysis of <em>Theobroma cacao </em>L. accesions from germplasm bank of Corpoica </strong></p><p>The genetic diversity present in the germplasm bank of <em>Theobroma cacao </em>L. conserved in the experimental station “La Suiza” of the Colombian Corporation for Agricultural Research –Corpoica– in Santander Province was studied. To that end, 100 cacao genotypes were characterized using isozymes, RFLPs, RAPDs and SSRs, using 25 microsatellites previously published in GenBank. The percent of amplification obtained was 100% which permitted identifying 168 alleles. Levels of polymorphism ranged from 2 to 14 alleles per locus, with an average of 6.72. Nei- Li’s similarity values and genetic distances among the 100 genotypes were obtained using the Ntsys® software version 2.1, and a dendrogram was constructed using the Upgma algorithm. The values obtained were greater than 0.45, and the dendrogram identified two main genetic groups and several internal subgroups. These results are an important advance in the state of knowledge of the genetic diversity of <em>Theobroma cacao </em>accessions preserved on germplasm banks and are very useful for developing and implementing genetic improvement and conservation programs based on genetic information and phenotypic traits favoring better quality, higher crop production and profitability in Colombia.</p>

Justificación: Las repeticiones cortas en tándem (STRs) están distribuidos por toda la extensión del genoma humano, los ubicados en los cromosomas autosómicos y en el cromosoma Y han sido ampliamente utilizados en los laboratorios de genética forense debido a las características y patrones hereditarios que estos poseen. Objetivo: A fin de caracterizar y determinar parámetros de interés forense en secuencias de tipo STR del cromosoma X (DXS8378, DXS9902, DXS7132, DXS9898, DXS6809, DXS6789, DXS7133, GATA172D05, GATA31E08 y DXS7423) en la población del Estado Zulia. Metodología: Se eligieron 108 individuos (130 cromosomas X), cuyos ADN se amplificaron mediante la reacción en cadena de la polimerasa, los fragmentos se separaron por electroforesis capilar y los alelos reportados con respecto a la escalera alélica. Resultados: El contenido de información polimórfica demostró ser mayor de 0,5 en todos los microsatélites y el poder de discriminación acumulado fue de 0,99999997 en mujeres y 0,99999816 en hombres. Conclusiones: Los datos demuestran que los microsatélites del cromosoma X analizados son lo suficientemente informativos como para ser utilizados en casos de vínculos biológicos complejos y la identificación humana.

Se determinó la variabilidad genética de 96 accesiones de palma de aceite (<em>E. guineensis</em> Jacq.) procedentes de Camerún y Zaire con 20 marcadores microsatélites. 59 alelos fueron detectados con un promedio de 2.95, tres loci fueron polimórficos con un PIC (Índice de Información Polimórfica) promedio de 0.58. Se encontró una alta diversidad genética, con una heterocigocidad total de 0.46, y un alto porcentaje de loci polimórficos del 90%. El valor de FST encontrado fue de 0.14, lo cual sugiere que en las poblaciones de Camerún y Zaire existe una moderada estructura poblacional. La heterocigocidad observada (Ho=0.67) fue mayor que la heterocigocidad esperada (He=0.42), evidenciando una baja presencia de homocigotos. Los parámetros de diferenciación poblacional como el FIS y el FIT confirmaron un alto número de heterocigotos con respecto a lo esperado bajo las condiciones de equilibrio Hardy-Weinberg. Los microsatélites permitieron discriminar los genotipos según el lugar de procedencia. Los resultados obtenidos ponen de manifiesto que las colecciones de Camerún y Zaire pueden ser consideradas como una sola población, con moderada estructuración poblacional a pesar del constante flujo génico existente. Estos resultados podrían ser utilizados en futuros programas de conservación, selección y mejoramiento genético de la especie.

Vitis vinifera L. és una de les moltes espècies que està sotmesa a una important erosió genètica. Un primer pas per a la preservació d’aquesta espècie és conèixer bé la seva biodiversitat, és per això que el present treball aborda l’estudi de la caracterització molecular de 449 accessions de Vitis vinifera L. procedents de 23 països mitjançant la tècnica dels microsatèl•lits. Prèviament a la caracterització, es fonamental fer una bona extracció d’ADN, ja que sinó, es pot veure compromès el procés d’amplificació. En aquesta tesi s’han dissenyat dues metodologies d’extracció d’ADN. La més polivalent es caracteritza per poder extraure ADN pur de diferents tipus de mostres (tan de fulla jove com adulta, sarment (fusta) i de llavor) en unes 2 h 30 minuts (sent ràpida com un “kit” comercial, però aquest només pot extreure a partir de teixit foliar). La segona metodologia és més ràpida, donat que en només 90 minuts es realitza l’extracció d’ADN, però queda restringida per a mostres de fulla, tan jove com adulta. Posteriorment s’aborda l’estudi de caracterització varietal on s’han identificat 340 varietats diferents, quedant palesa la problemàtica dels errors comesos en denominació de les accessions. Aquests resultats han servit per establir els fonaments per a la creació d’una Base de Dades de Microsatèl•lits d’identificació varietal de Vitis vinifera L. de la Universitat Rovira i Virgili. Finalment, els resultats obtinguts en l’estudi de l’estructura genètica suggereixen l’existència de 4 nous centres de domesticació: 2 localitzats al nord-est i al centre sud-oest de la Península Ibèrica, i 2 més localitzats al sud-est i nord-est de França.
La Vitis vinifera L. es una de las muchas especie que se encuentra sometida a una importante erosión genética. Un primer paso para la preservación de esta especie es conocer bien su biodiversidad, es por ello que el presente trabajo aborda el estudio de la caracterización molecular de 449 accesiones de Vitis vinifera L. procedentes de 23 países mediante la técnica de los microsatélites. Previamente a la caracterización, es fundamental realizar una buena extracción de ADN, ya que si no, se puede ver afectado el proceso de amplificación. En esta tesis se han diseñado dos metodologías de extracción de ADN. La más polivalente se caracteriza por poder extraer ADN puro de distintos tipos de muestra (tanto de hoja joven como adulta, sarmiento (madera) y de semilla) en unas 2 h y 30 minutos (siendo rápida como un “kit” comercial, pero éste sólo puede extraer a partir de tejido foliar). La segunda metodología es más rápida, dado que en sólo 90 minutos se realiza la extracción de ADN, pero queda restringida para muestra de hoja, tanto joven como adulta. Posteriormente se aborda el estudio de caracterización varietal donde se han identificado 340 variedades distintas, siendo clara la problemática de los errores en la denominación de las accesiones. Estos resultados han servido para sentar las bases para la creación de un Base de Datos de Microsatélites de identificación varietal de Vitis vinifera L. de la Universidad Rovira i Virgili. Finalmente, los resultados obtenidos en el estudio de la estructura genética sugieren la existencia de 4 nuevos centros de domesticación: 2 localizados al noreste y al centro suroeste de la Península Ibérica, y 2 más localizados al sureste y noreste de Francia.
Vitis vinifera L. is one of the species which is subject to important genetic erosion. A first step for the preservation of this species is to know its biodiversity, for this reason this paper deals with the study of the molecular characterization of 449 accessions of Vitis vinifera L. from 23 countries by the microsatellites analysis. Prior the characterization, it is essential to carry out a good DNA extraction. In this thesis two methods of DNA extraction have been designed. The most versatile extracts pure DNA from different types of samples (both young and adult leaf, stem (wood) and seed) in about 2 hours and 30 minutes (fast like a commercial kit, but this only useful to extract DNA from leaf. The second method is faster, because in just 90 minutes the DNA extraction is performed, but is restricted to leaves, both young and adult. Subsequently, it is tackled the study of varietal characterization, 340 different varieties are identified; being present the problems of mislabeling. These results are the groundwork for the creation of a Vitis vinifera Microsatellite Database of the Universitat Rovira i Virgili. Finally, the results obtained in the study of the genetic structure suggest the existence of 4 new Centers of Domestication: 2 are located in the northeast and centre-southwest of the Iberian Peninsula, and 2 more are located in the southeast and northeast of France.

Novos marcadores genéticos foram caracterizados para jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris) pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. Um microssatélite foi desenvolvido a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (ACC/TGG)n e 12 a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (AC/TG)n. Esses marcadores foram testados em indivíduos da espécie Caiman latirostris e resultaram em sete novos microssatélites polimórficos. Adicionalmente quatro marcadores microssatélites de Alligator mississipiensis previamente transferidos para Caiman latirostris foram utilizados. Amostras de sangue jacarés-de-papo-amarelo originárias de várzeas associadas ao Rio Piracicaba e alguns de seus tributários no estado de São Paulo, Brasil, foram avaliadas quanto à variação genética entre populações e o parentesco entre indivíduos. Foi detectada variabilidade entre indivíduos originários de sitos diferentes, mesmo entre aqueles com pequena distância geográfica. Os resultados sugerem que os grupos amostrados em cada sítio são compostos predominantemente por indivíduos aparentados. Uma possível combinação de alta taxa de mortalidade e baixa taxa de natalidade pode ser a explicação do baixo número de indivíduos dispersos com sucesso por geração entre os sítios estudados. Esses marcadores podem auxiliar na compreensão dos processos metapopulacionais que aparentemente ocorrem na espécie.
New genetic markers were characterized for the broad-snouted caiman (Caiman latirostris) by constructing libraries enriched for microsatellite DNA. One microsatellite was developed from a (ACC/TGG)n enriched microsatellite DNA library and 12 from a (AC/TG)n enriched microsatellite DNA library. These markers were tested in Caiman latirostris individuals and resulted in seven new polymorphic microsatellites for the specie. Additionally four Alligator mississipiensis microsatellite markers previously transferred for Caiman latirostris were used. Samples from broad-snouted caimans from small wetlands associated with the Piracicaba River and some of its tributaries in the state of São Paulo, Brazil were used to study the genetic variation between populations and parentage between individuals. Genetic variability was detected among individuals from different sites, even those within a small geographic distance. The results suggest that the groups sampled at each site are composed predominantly of related individuals. A possible combination of high mortality and low natality rates in the fragmented Caiman latirostris populations may explain the low number of successfully dispersed individuals per generation observed between the sites studied. These markers might help to understand the metapopulation processes that are occurring within this species.