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Dissertations / Theses on the topic 'Mikroarrays'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 12 February 2022

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1

Schumacher, Benedikt. "Nanogranulare SnO2-Schichten für Gassensor-Mikroarrays." Karlsruhe FZKA, 2005. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:0005-071730.

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2

Mükusch, Sandra [Verfasser]. "Identifizierung post-translationaler Modifikationen mittels Peptid Mikroarrays / Sandra Mükusch." Berlin : Freie Universität Berlin, 2017. http://d-nb.info/1136903615/34.

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3

Prietz, Sandra. "Expressionsanalysen mit cDNS-Mikroarrays Aufklärung der Pathogenesemechanismen einer seltenen Augenkrankheit /." [S.l.] : [s.n.], 2003. http://www.diss.fu-berlin.de/2003/75/index.html.

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4

Schulz, Gunnar. "Einfluss DNA-bindender Proteine auf die Hybridisierungsdynamik diagnostischer DNA-Mikroarrays." [S.l. : s.n.], 2002. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:93-opus-29699.

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5

Lück, Juliane. "Technologische Bewertung von Peptid-Mikroarrays als Methode der serologischen Diagnostik." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2012. http://dx.doi.org/10.18452/16486.

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Abstract:
Die humorale Immunantwort eines Organismus auf ein Pathogen äußert sich in einer Veränderung des Antikörperrepertoires. Eine quantitative Untersuchung dieses Prozesses erfordert aufgrund der enormen Komplexität des Immunsystems, die Verwendung von Hochdurchsatztechniken, wie Peptid-Mikroarrays. Bisher gibt es nur wenige Studien, die die Verlässlichkeit von Mikroarray-Bindungsmessungen untersuchen. In dieser Arbeit werden Bewertungskriterien für die Qualität von Antikörper-Peptid-Bindungsstudien unter Verwendung der Peptid-Mikroarraytechnologie herausgearbeitet, mit dem Ziel, diese Hochdurchsatzmethode für qualitative und quantitative Antikörper-Peptid-Bindungsmessungen zu optimieren. Anhand eines Modellsystems, das aus dem monoklonalen anti-p24 (HIV-1) Antikörper CB4-1 und 26 verschiedenen Peptiden, die mit unterschiedlicher Affinität an CB4-1 binden, besteht, werden systematisch die Bindungsdissoziationskonstanten der jeweiligen Antikörper-Peptid-Komplexe mit den durch Peptid-Mikroarray-Bindungsmessungen erhaltenen Signalintensitäten verglichen. Darüber hinaus wird in dieser Arbeit die Messung von Serumantikörperbindungsprofilen gegenüber Zufallspeptidbibliotheken als Methode der serologischen Diagnostik verwendet. Anhand dreier Beispieldatensätze wird die serologische Diagnose von Infektionskrankheiten, Autoimmunkrankheiten und von Krebs mittels Zufallspeptid-Mikroarrays demonstriert. Mithilfe von Merkmalsselektion werden Peptide selektiert, die besonders geeignet sind, um zwischen gesunden und kranken Individuen zu unterscheiden. Besondere Bedeutung wird der Untersuchung der Robustheit der Methode gegenüber schwankenden experimentellen Bedingungen beigemessen. Die vorliegende Arbeit gibt Aufschluss über vorhandene Probleme der Mikroarray-Technologie, stellt Lösungsansätze vor und arbeitet bedeutende Weiterentwicklungen auf dem Weg hin zu einer minimal-invasiven serologischen Diagnostik heraus, die kein a priori Wissen über Antigene voraussetzt.<br>The humoral immune response to a pathogen is associated with specific changes in the antibody repertoire. Because of the enormous complexity of the immune system, a quantitative determination of this process requires high-throughput measuring tools, such as the peptide microarray technology. There are only few reports that determine the technological reliability of peptide microarray studies. By using a model system, composed of the anti-p24 (HIV-1) monoclonal antibody CB4-1 and an array of 26 different peptides for which the CB4-1 binding affinity has independently been measured, the dissociation constants of antibody-peptide complexes are systematically compared with obtained signal intensities. The assignment of serum-antibody binding profiles using random peptide microarrays for the purpose of serological diagnostics constitutes a major part of this work. By means of three sample data sets, the ability of random peptide microarrays to serve as method of serological diagnosing infectious diseases, autoimmune diseases and cancer is demonstrated. By means of feature selection, the peptides that are exceptionally appropriate to discriminate between the investigated groups are identified. This study attaches special importance to the reliability and robustness of extracted microarray data. This thesis indicates present problems of the peptide microarray technology and presents further developments on the way to minimal-invasive serological diagnostics that do not require any a priori knowledge about antigens, and thus about the investigated diseases.
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6

Förtsch, Tobias Christoph [Verfasser]. "Kombinatorischer laserinduzierter Vorwärtstransfer zur Herstellung von biomolekularen Mikroarrays / Tobias Christoph Förtsch." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2017. http://d-nb.info/1140118544/34.

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7

Bauer, Andreas. "Entwicklung eines DNS-Mikroarrays zur verlässlichen Identifizierung von Escherichia coli Sicherheitsstämmen." kostenfrei, 2008. http://mediatum2.ub.tum.de/doc/645594/645594.pdf.

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8

Lehr, Hans-Peter. "Entwicklung eines fluoreszenz-optischen Evaneszenzfeldmesssystems für die Echtzeitanalyse von DNA-Mikroarrays." [S.l. : s.n.], 2002. http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/598.

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9

Förtsch, Tobias [Verfasser]. "Kombinatorischer laserinduzierter Vorwärtstransfer zur Herstellung von biomolekularen Mikroarrays / Tobias Christoph Förtsch." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2017. http://d-nb.info/1140118544/34.

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10

Schneider, Thomas [Verfasser]. "SiO₂-Membranen mit Dickegradient zur Selektivitätseinstellung von Wolframtrioxid-Gassensor-Mikroarrays / Thomas Schneider." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2000. http://d-nb.info/119822097X/34.

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11

Yu, Xiaolei. "Entwicklung eines diagnostischen DNS-Mikroarrays zur Genotypisierung der Chinolon-Resistenz von Escherichia coli." [S.l. : s.n.], 2004. http://www.bsz-bw.de/cgi-bin/xvms.cgi?SWB11482093.

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12

Gartmann, Nina. "Untersuchungen zum Einfluss von aktivitätsinduzierter Cytidin-Deaminase auf die Transkription in antikörperproduzierenden B-Zellen mittels Mikroarrays." [S.l.] : [s.n.], 2004. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=972399712.

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13

Lühe, Anke. "Genexpressionsanalyse zur Untersuchung des Wirkmechanismus ausgewählter Nephrotoxine in vivo und in vitro mit Hilfe von Mikroarrays." [S.l.] : [s.n.], 2004. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=972545697.

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14

Schönefeld, Karina [Verfasser]. "Untersuchung fluoreszenzdetektierbarer Wirt-Gast-Wechselwirkungen und deren Einsatz für sensitive Sonden in Mikroarrays / vorgelegt von Karina Schönefeld." [Clausthal-Zellerfeld] : [Univ.-Bibliothek], 2006. http://d-nb.info/985765127/34.

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15

Schreiter, Pat. "Reporterassays und Oligonukleotid-Mikroarrays zur Überwachung der Bildung von Wasserblüten und zur frühen Erkennung ihrer potentiellen Toxizität." [S.l. : s.n.], 2002. http://www.bsz-bw.de/cgi-bin/xvms.cgi?SWB10069798.

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16

Sickert, Denise. "Identifizierung von Makrophagen-Subpopulationen und Gefäßen in Karzinomen des Gastrointestinaltraktes, des Respirationstraktes und des Urogenitalsystems mittels Gewebe-Mikroarrays." Doctoral thesis, Saechsische Landesbibliothek- Staats- und Universitaetsbibliothek Dresden, 2005. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:swb:14-1131473660047-47492.

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Abstract:
Die vorliegende Arbeit beinhaltet umfangreiche histologische Untersuchungen an verschiedenen Tumoren bezüglich ihrer Infiltration durch Makrophagen-Subpopulationen, Granulozyten und Lymphozyten. Hierfür wurden 18 Gewebe-Mikroarrays mit jeweils 200 - 300 Tumorstanzen aus insgesamt 27 Organen des Gastrointestinaltraktes, des Urogenitaltraktes, des Respirationssystems und des endokrinen Systems angefertigt. Da alle Proben mit derselben Technik (Gewebe-Mikroarrays, Immunhiostochemie) ausgewertet wurden, bestand nun erstmalig die Möglichkeit eines direkten Vergleiches zwischen den verschiedenen Tumoren unterschiedlicher Organe. Für die immunhistochemischen Untersuchungen wurden fünf verschiedene Antikörper (anti-KP1, anti-PG-M1, anti-MRP8, anti-MRP14, anti-MRP8/14) eingesetzt. Die Antikörper gegen die Epitope PG-M1 und KP1 gelten als Pan-Makrophagen-Marker. Die Antikörper anti-MRP8, anti-MRP14 und anti-MRP8/14 gelten als Marker für entzündlich aktivierte Makrophagen. Diese Makrophagen wurden in einen aktiven inflammatorischen Typ (MRP14+, MRP8/14+), der proinflammatorische Zytokine wie TNF-a und Sauerstoffradikale bildet, und in einen chronisch inflammatorischen Typ (MRP8+) eingeteilt. Die Formation des MRP8/14-Heterodimers korreliert mit der zellulären Aktivierung wie z. B. mit der Aktivierung der NADPH-Oxidase. Es wurde beschrieben, dass diese Makrophagen auf Grund ihrer Eigenschaften eventuell die Tumorzellproliferation inhibieren und zytotoxische Wirkungen auf Tumorzellen ausüben können. Für die verschiedenen Tumorgewebe wurden höhere Makrophagendichten im Vergleich zum Normalgewebe und eine vergleichsweise geringe Dichte an MRP+ Makrophagen sowie signifikante Korrelationen zwischen den verschiedenen Makrophagen-Subpopulationen festgestellt. Die Dichte der Lymphozyten korrelierte negativ mit steigendem Tumorzellanteil und mit fortgeschrittenem Tumorstadium. Die Abnahme der Lymphozyten (Gastrointestinal- und Respirationstrakt) im Tumorgewebe im Vergleich zum tumorfreien Gewebe sowie die geringe Anzahl der potenziell tumoriziden MRP8/14+ Makrophagen lässt vermuten, dass die Immunantwort gegen den Tumor unterdrückt wird. Die positive Assoziation zwischen Makrophagen und Lymphozyten weist jedoch darauf hin, dass Makrophagen nicht am Rückgang der Lymphozyten beteiligt sind . Eine Korrelation der Makrophagen mit klinisch relevanten Parametern (pT-Stadium, UICC-Stadium, Lymphknotenmetastasen) zeigten ein voneinander abweichendes Infiltrationsmuster der CD68+ und MRP+ Makrophagen, was auf unterschiedliche Funktionen hinweist. Ferner liegen zahlreichen funktionelle Untersuchungsergebnisse anderer Arbeitsgruppen vor, welche darauf hinweisen, dass Makrophagen durch Hypoxie angezogen werden und im hypoxischen Tumorgewebe schließlich an der Neubildung von Blut- und Lymphgefäßen beteiligt sind. Um einen möglichen Zusammenhang zu zeigen, wurde mit den Antikörpern anti-CD31 und anti-CD34 die Gefäßdichte in Tumoren untersucht. Es zeigten sich zahlreiche positive Korrelationen zwischen Gefäßen und Makrophagen, jedoch konnte in den tumorfreien Geweben kein Zusammenhang zwischen beiden Größen gefunden werden. Das Vorkommen größerer Makrophagendichten in Tumoren mit wenig Nekrose als in Tumoren ohne Nekrose, die positive Korrelation zwischen der Anzahl der Gefäße und der Zahl der Makrophagen in Tumoren und die Unabhängigkeit von Makrophagen und Gefäßen im tumorfreien Gewebe legt die Vermutung nahe, dass TAM die Angiogenese begünstigen. Trotz vieler ähnlicher Charakteristika zwischen den Tumoren unterschiedlichen Ursprungsgewebes wurden auch Unterschiede festgestellt, die besonders die Anzahl der Makrophagen-Subpopulationen betreffen. Weitere Studien zur Aufklärung der Funktion unterschiedlicher Makrophagen-Subpopulationen (z. B. Immunsuppression, Neoangiogenese) sind notwendig, um deren Relevanz für das Tumorwachstum und die Tumorprogression aufzuklären.
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Lück, Juliane [Verfasser], Michal [Akademischer Betreuer] Or-Guil, Achim [Akademischer Betreuer] Kramer, and Wolfgang [Akademischer Betreuer] Höhne. "Technologische Bewertung von Peptid-Mikroarrays als Methode der serologischen Diagnostik / Juliane Lück. Gutachter: Michal Or-Guil ; Achim Kramer ; Wolfgang Höhne." Berlin : Humboldt Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2012. http://d-nb.info/1021383066/34.

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Grote-Koska, Denis [Verfasser], and Ursula [Akademischer Betreuer] Bilitewski. "Entwicklung eines neuen Verfahrens zur Herstellung von Mikroarrays für die diagnostische und analytische Anwendung / Denis Grote-Koska ; Betreuer: Ursula Bilitewski." Braunschweig : Technische Universität Braunschweig, 2011. http://d-nb.info/1175825492/34.

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Schulz, Katharina [Verfasser], and Erwin [Akademischer Betreuer] Märtlbauer. "Elektrochemische Mikroarrays basierend auf anti-idiotypischen Antikörpern zum Vor-Ort-Nachweis von Cyanotoxinen und Mykotoxinen / Katharina Schulz ; Betreuer: Erwin Märtlbauer." München : Universitätsbibliothek der Ludwig-Maximilians-Universität, 2021. http://d-nb.info/1232176257/34.

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Szkola, Agathe [Verfasser], Reinhard [Akademischer Betreuer] Nießner, and Erwin P. [Akademischer Betreuer] Märtlbauer. "Sensitiver und paralleler Nachweis von Biotoxinen mittels Chemilumineszenz-Durchfluss-Mikroarrays / Agathe Szkola. Gutachter: Erwin P. Märtlbauer ; Reinhard Nießner. Betreuer: Reinhard Nießner." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2014. http://d-nb.info/1049281144/34.

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Langer, Veronika [Verfasser], Reinhard [Akademischer Betreuer] Nießner, and Michael [Akademischer Betreuer] Schuster. "Nachweis von Legionella pneumophila in Luft und Wasser mittels Antikörper-Mikroarrays / Veronika Langer. Gutachter: Michael Schuster ; Reinhard Nießner. Betreuer: Reinhard Nießner." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2012. http://d-nb.info/1031512705/34.

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Bemetz, Jonas [Verfasser], Michael [Akademischer Betreuer] Seidel, Michael [Gutachter] Seidel, and Oliver [Gutachter] Hayden. "Folienbasierter Mikroreaktor für die NMR-relaxometrische online-Charakterisierung magnetischer Nanopartikel und flussbasierte Mikroarrays / Jonas Bemetz ; Gutachter: Michael Seidel, Oliver Hayden ; Betreuer: Michael Seidel." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2019. http://d-nb.info/119723246X/34.

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Langer, Veronika Verfasser], Reinhard [Akademischer Betreuer] [Nießner, and Michael [Akademischer Betreuer] Schuster. "Nachweis von Legionella pneumophila in Luft und Wasser mittels Antikörper-Mikroarrays / Veronika Langer. Gutachter: Michael Schuster ; Reinhard Nießner. Betreuer: Reinhard Nießner." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2012. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:91-diss-20121219-1115831-1-4.

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Ott, Sonja [Verfasser], Reinhard [Akademischer Betreuer] Nießner, and Michael [Akademischer Betreuer] Groll. "Kombination von monolithischer Immunfiltration und Antikörper-Mikroarrays zur schnellen Quantifizierung von Mikroorganismen in Milch / Sonja Ott. Gutachter: Michael Groll ; Reinhard Nießner. Betreuer: Reinhard Nießner." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2012. http://d-nb.info/1031075690/34.

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Wunderlich, Anika [Verfasser], Reinhard [Akademischer Betreuer] [Gutachter] Nießner, and Michael [Gutachter] Seidel. "Antikörper-Mikroarrays zur Analyse von Legionella pneumophila in Wasser und anderen pathogenen Mikroorganismen im Lebensmittel / Anika Wunderlich ; Gutachter: Michael Seidel, Reinhard Nießner ; Betreuer: Reinhard Nießner." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2017. http://d-nb.info/1138027723/34.

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Donhauser, Simon Christian [Verfasser], Reinhard [Akademischer Betreuer] Nießner, and Michael [Akademischer Betreuer] Groll. "Entwicklung und Validierung eines automatisierten DNA-Mikroarrays zur Detektion von humanpathogenen Bakterien in Trinkwasser / Simon Christian Donhauser. Gutachter: Michael Groll ; Reinhard Nießner. Betreuer: Reinhard Nießner." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2014. http://d-nb.info/1050577477/34.

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Holzer, Kerstin [Verfasser], and Peter J. [Akademischer Betreuer] Goebell. "Auswertung von Häufigkeitsverteilungen und Korrelationen der Proteine Hdm2, P53, P63, P14ARF und P16INK4a im invasiven Harnblasenkarzinom an digitalisierten Tissue Mikroarrays / Kerstin Anna Holzer. Betreuer: Peter J. Goebell." Erlangen : Universitätsbibliothek der Universität Erlangen-Nürnberg, 2013. http://d-nb.info/1033030031/34.

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Hoffmann, Jochen [Verfasser], and Roland [Akademischer Betreuer] Zengerle. "Fabrication of DNA microarrays by digital solid-phase PCR in a next generation sequencing chip = Herstellung von DNA-Mikroarrays mittels digitaler Festphasen-PCR in einem Sequenzierchip der nächsten Generation." Freiburg : Universität, 2013. http://d-nb.info/1123475717/34.

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Kober, Catharina [Verfasser], Michael [Akademischer Betreuer] Seidel, Michael [Gutachter] Seidel, and Reinhard [Gutachter] Nießner. "Entwicklung von flussbasierten Chemilumineszenz-Mikroarrays zur schnellen Quantifizierung, Lebensfähigkeitsuntersuchung und Serotypisierung von Legionella spp. und Legionella pneumophila in Kultur-, Wasser- und Urinproben / Catharina Kober ; Gutachter: Michael Seidel, Reinhard Nießner ; Betreuer: Michael Seidel." München : Universitätsbibliothek der TU München, 2020. http://d-nb.info/1211087018/34.

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Grimm, Verena Ulrike. "Development of a diagnostic microarray for the rapid detection of extended spectrum beta-lactamases for the use in clinical microbiology Entwicklung eines diagnostischen Mikroarrays zum Nachweis von Beta-Laktamasen mit erweitertem Wirkungsspektrum für den Einsatz in der klinischen Mikrobiologie /." [S.l. : s.n.], 2005. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:93-opus-24812.

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Wieland, Anja. "Isoform-spezifische Funktionen mitogen-aktivierter Proteinkinasen in Transkriptionskontrolle und Proliferation." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2011. http://dx.doi.org/10.18452/16459.

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Abstract:
In vielen humanen Neoplasien findet sich eine erhöhte Aktivität des Raf-Mek-Erk-Signaltransduktionsweges. Zunächst wurde davon ausgegangen, dass diese erhöhte Aktivität hauptsächlich durch die Ras-Onkogene hervorgerufen wird. Doch mittlerweile konnten auch Mutationen der Raf Gene in humanen Neoplasien nachgewiesen werden. Gegen Raf und Mek konnten eine Anzahl von Enzyminhibitoren entwickelt werden. Der Nachteil vieler dieser Inhibitoren ist, dass sie nicht zwischen den einzelnen Kinaseisoformen unterscheiden können. In dieser Arbeit ist es nun das erste Mal gelungen, jede Komponente des Raf-Mek-Erk-Signaltransduktionsweges einzeln mittels RNA Interferenz effizient zu inhibieren. Dabei konnte die Rolle der verschiedenen Isoformen in der Proliferation, Morphologie und Genex-pression von transformierten Zellen definiert werden. In den NIH3T3-pEJ Zellen konnte A-Raf erstmals eine antiapoptotische Rolle zugewiesen werden. Diese Hemmung der Apoptose läuft möglicherweise über einen Mek2-abhängigen Weg und ist an die Mitochondrien gekoppelt. Für die beiden Mek Kinasen konnten unter-schiedliche Funktionen in der Signalweiterleitung gezeigt werden. Mek2 spielt die Hauptrolle in der Aktivierung der beiden Substratkinasen Erk1 und Erk2. Der Verlust der Mek1 Isoform wird dagegen möglicherweise durch eine erhöhte Expression von Mek2 kompensiert und wirkt sich nicht so stark auf die Phosphorylierung von Erk1/2 aus. Durch die Verwendung von Erk1 und Erk2 spezifischen siRNAs konnte eine Trennung zwischen der Proliferationsre-gulation und der Kontrolle der morphologischen Transformation herausgearbeitet werden. Durch die Verwendung von Mikroarrays ist es gelungen, beiden Phänotypen ein Genexpres-sionsprofil zuzuordnen. Neben Unterschieden zwischen den verschiedenen Kinaseisoformen konnten neue, potentielle Feedbacks beschrieben werden.<br>In many human neoplasia an increased activity of the RAF/MEK/ERK- signaling pathway is found. First it was assumed that this raised activity is caused primarily by the RAS onco-genes. However, meanwhile mutations in the RAF genes could be also proved in human neo-plasia. A number of enzyme inhibitors have been developed against the RAF and MEK pro-teins. The disadvantage of many of these inhibitors is that they cannot distinguish between the different kinase isoforms. In this work it has succeeded the first time to inhibit every compo-nent of the RAF/MEK/ERK- signaling pathway individually by means of interference RNA. Beside this, the role of the different isoforms in the proliferation, morphology and genetic profile of transformed cells could be defined. For the first time A-Raf could be assigned an anti-apoptotic role in NIH3T3-pEJ cells. This inhibition of the apoptosis possibly runs through a Mek2-dependent way and is coupled to the mitochondria. For both Mek kinases different functions could be shown in the downstream signaling. Mek2 plays the leading role in the activation of both downstream kinases Erk1 and Erk2. The loss of the Mek1 isoform expression is possibly compensated through an increased expression of Mek2 and does not affect the phosphorylation of Erk1 / 2 so strongly. A discri-mination between the regulation of proliferation and the control of the morphological trans-formation could be worked out by the use of Erk1 and Erk2 specific siRNAs. By the use of micorarray an expression profile of both phenotypes has assigned. Beside differences between the different kinases new, potential feedback pathways could be described.
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Twellmeyer, Jens. "Etablierung der DNA-Mikroarray-Transkriptom-Analyse für Halobacterium salinarum R1." Diss., lmu, 2007. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:19-66345.

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33

Twellmeyer, Jens. "Etablierung der DNA-Mikroarray-Transkriptom-Analyse für Halobacterium salinarum R1." [S.l.] : [s.n.], 2007. http://edoc.ub.uni-muenchen.de/archive/00006634.

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Marschan, Xenia. "Mikroarray-basierte Detektion von mRNA aus Zellen mittels On-Chip-PCR." Phd thesis, [S.l.] : [s.n.], 2005. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=975976249.

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Midelfart, Herman. "Knowledge discovery from cDNA microarrays and a priori knowledge." Doctoral thesis, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet, Institutt for datateknikk og informasjonsvitenskap, 2003. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:no:ntnu:diva-912.

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Abstract:
Microarray technology has recently attracted a lot of attention. This technology can measure the behavior (i.e., RNA abundance) of thousands of genes simultaneously, while previous methods have only allowed measurements of single genes. By enabling studies on a genome-wide scale, microarray technology is currently revolutionizing biological research and creating a wide range of research opportunities. However, the technology generates a vast amount of data that cannot be handled manually. Computational analysis is thus a prerequisite for the success of this technology, and research and development of computational tools for microarray analysis are of great importance. This thesis develops supervised learning methods based on Rough Set Theory (RST) for analyzing microarray data together with prior knowledge. Two kinds of microarray studies are considered. The first is cancer studies where supervised learning may be used for predicting tumor subtypes and clinical parameters. We introduce a general RST approach for classification of tumor samples analyzed by microarrays. This includes a feature selection method for selecting genes that discriminate significantly between a set of classes. RST classifiers are then learned from the selected genes. The approach is applied to a data set of gastric tumors. Classifiers for six clinical parameters are developed and demonstrate that these parameters can be predicted from the expression profile of gastric tumors. Moreover, the performance of the feature selection method as well as several learning and discretization methods implemented in ROSETTA are examined and compared to the performance of linear and quadratic discrimination analysis. The classifiers are also biologically validated. One of the best classifiers is selected for each clinical parameter, and the connection between the genes used in these classifiers and the parameters are compared to the established knowledge in the biomedical literature. Many of these genes have no previously known connection to gastric cancer and provide interesting targets for further biological research. The second kind of study is prediction of gene function from expression profiles measured with microarrays. A serious problem in this case is that functional classes, which are assigned to genes, are typically organized in an ontology where the classes may be related to each other. One example is the Gene Ontology where the classes form a Directed Acyclic Graph (DAG). Standard learning methods such as RST assume, however, that the classes are unrelated, and cannot deal with this problem directly. This thesis gives a solution by introducing an extended RST framework and two novel algorithms for learning in a DAG. The DAG also constitutes a problem when a classifier is to be evaluated since standard performance measures such as accuracy or AUC do not recognize the structure of the DAG. Therefore, several new performance measures are introduced. The algorithms are first tested on a data set that was created from human fibroblast cells by the means of microarrays. They are then applied on artificial data in order to obtain a better understanding of their behavior, and their weaknesses and strengths are identified.
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Köhler, Sylvia [Verfasser], and H. [Akademischer Betreuer] Bertalanffy. "Genetische Analyse maligner Gliome mittels Mikroarray-Technologie / Sylvia Köhler. Betreuer: H. Bertalanffy." Marburg : Philipps-Universität Marburg, 2013. http://d-nb.info/1035502291/34.

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Zimmer, Claus. "EGFR-Amplifikation und Expression in Lungenkarzinomen eine Gewebe-Mikroarray-Untersuchung an 1022 Tumoren /." [S.l. : s.n.], 2006. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:25-opus-58445.

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Kloth, Katrin. "Entwicklung eines regenerierbaren Mikroarray-Chips zur simultanen Detektion von 13 Antibiotika in Milch." München Hieronymus, 2009. http://d-nb.info/994894473/04.

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Pfützner-Riehn, Elisabeth [Verfasser]. "Entwicklung und Optimierung eines Mikroarray zur Erfassung der genetischen Prädisposition von Atherosklerose / Elisabeth Pfützner-Riehn." Mainz : Universitätsbibliothek Mainz, 2011. http://d-nb.info/1026802482/34.

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Geiger, Christine. "Entwicklung eines auf DNA-Mikroarray basierenden Verfahrens zum schnellen und hochsensitiven Nachweis von durch Zecken übertragenen Pathogenen." Diss., lmu, 2012. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:19-146752.

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Müller-Hagen, Gerit [Verfasser]. "Genexpressionsanalysen beim nichtkleinzelligen Lungenkarzinom im Vergleich zu gesundem Lungengewebe mittels der Oligonukleotid-Mikroarray Technologie / Gerit Müller-Hagen." Berlin : Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2008. http://d-nb.info/1022825062/34.

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Jakobs, Martin [Verfasser]. "Immunhistochemische Validierung von Mikroarray-Daten aus dem Vergleich der Genexpressionsprofile des Riesenzelltumors und der rheumatoiden Arthritis / Martin Jakobs." Berlin : Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2011. http://d-nb.info/1026264537/34.

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Maksimov, Pavlo [Verfasser]. "Peptid-Mikroarray-basierte serologische Diagnose und Typisierung von Toxoplasma gondii-Infektionen bei Menschen und Katzen in Deutschland / Pavlo Maksimov." Berlin : Freie Universität Berlin, 2013. http://d-nb.info/1037725948/34.

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Stichter, Laura Karolin [Verfasser], and Müller Lutz [Akademischer Betreuer] von. "Mikroarray-basierte Charakterisierung von Staphylococcus aureus Isolaten in Homburg (Deutschland) und Ifakara (Tansania) / Laura Karolin Stichter. Betreuer: Lutz von Müller." Saarbrücken : Saarländische Universitäts- und Landesbibliothek, 2016. http://d-nb.info/108253658X/34.

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Chen, Sihui. "Multiplexing microarrays with OSTEmer-biosticker : From polymer fabrication to bio analysis." Thesis, KTH, Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS), 2017. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-253270.

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Abstract:
Microarray technology provides powerful tools in the field of biomedicalresearch because it can measure molecular interactions in a highly parallelfashion. It has uses in protein, DNA or cell research, in both discovery anddiagnostic applications. Microfluidics, on the other hand, provides thenecessary tools to rapidly transport and mix small volumes of sample to amicro-sensor area. Bridging these two technologies has the potential todevelop a miniaturized, automated and ease-of-use toolbox for biologicalanalysis. However, the integration of microfluidics with microarrays is notstraightforward, as if a robust and leak-tight seal between the microarray andthe microfluidic channels. Current sealing methods are either impractical,such as mechanical clamping, or not compatible with proteins, such as heat orplasma bonding or gluing. Moreover the former methods create a permanentseal that, once applied prevents the microfluidic structure to be removed later.This work focuses on developing a microfluidic add-ons ("Biosticker") that canbe robustly sealed with protein microarrays with maintained biologicalactivity, but at the same time easily removed to allow for multiple stickersapplied in a sequence or scanning of the microarray in a standard reader. Thefeatures of the novel Biostickers are made possible by the use ofOff-stoichiometry thiol-ene-epoxy (OSTEmer) polymers. In this thesis, wedesign and fabricate Biostickers for rapid integration with pre-spottedmicroarrays and experimentally verify how these micropatterned Biostickerscan be used to significantly facilitate multiplexed assays, by avoiding the useof beads.<br>Microarray-tekniken är ett kraftfullt verktyg inom biomedicinsk forskningeftersom den kan mäta miljontals molekylära interaktioner parallellt. Den haranvändningsområden i protein-, DNA- eller cellforskning, både i forskningoch diagnostik. Mikrofluidik, å andra sidan, ger de nödvändiga verktygen föratt snabbt transportera och blanda små provvolymer till en sensoryta. Genomatt kombinera dessa två teknologier finns potential att utveckla enminiatyriserad, automatiserad och lättanvänd verktygslåda för biologiskanalys. Emellertid är integrationen av mikrofluidik med mikroarrayer inteenkel, då ytorna är känsliga, kanalerna mycket små men tätningen måste varaperfekt. De vanligast förekommande förseglingsmetoder är antingenopraktiska, som mekaniskt tryck eller så är de inte kompatibla med proteiner,som t.ex. värme- eller plasmabondning. Dessutom syftar de flestaförseglingsmetoder mot att skapa en permanent försegling som vidanvändning förhindrar mikrofluidikstrukturer från att tas bort i ett senareskede, tex. vid avläsning i en skanner. Detta arbete fokuserar på att utvecklamikrostrukturerade plastartiklar ("Biosticker") innehållande kanaler ochkaviteter. Dessa Biosticker kan på ett robust och läckfritt sätt kansammanfogas med proteinmikroarrayer utan att påverka den biologiskaaktivitetet men samtidigt kunna avlägsnas för att tillåta flera Biostickersapplicerade i en sekvens eller scanning i en mikroarrayläsare. Dessafunktioner möjliggörs genom av så kallade icke-stökiometrska-tiol-ene-epoxipolymerer (OSTEmer) används som material. I den här avhandlingenutvecklas och tillverkas Biostickers för snabb integrering medproteinmikroarrayer. Det verifieras även experimentellt hur dessa Biostickerskan användas för att underlätta genomförandet av sk. multiplexadeprotinanalyser.
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Geiger, Christine [Verfasser], and Reinhard [Akademischer Betreuer] Straubinger. "Entwicklung eines auf DNA-Mikroarray basierenden Verfahrens zum schnellen und hochsensitiven Nachweis von durch Zecken übertragenen Pathogenen / Christine Geiger. Betreuer: Reinhard Straubinger." München : Universitätsbibliothek der Ludwig-Maximilians-Universität, 2012. http://d-nb.info/1025224256/34.

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Heidt, Christoph [Verfasser]. "Vergleich der Genexpression auf Transkriptionsebene in der Lunge mittels Mikroarray-Technologie in einem Mausmodell des akuten und chronischen Asthma bronchiale / Christoph Heidt." Berlin : Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2011. http://d-nb.info/1025239423/34.

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Lang, Kathrin. "Transkriptionelle Analysen zur Reaktion von Bradyrhizobium japonicum auf Genistein und umweltbedingten Stress." Doctoral thesis, Saechsische Landesbibliothek- Staats- und Universitaetsbibliothek Dresden, 2010. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:14-qucosa-62796.

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Abstract:
Bradyrhizobium japonicum ist ein Bodenbakterium, welches in der Lage ist mit der bedeutenden Agrarpflanze Sojabohne zu interagieren und deren Wachstum zu fördern. In der vorliegenden Arbeit wurde das Genistein-Stimulon und verschiedenen Stressantworten von B. japonicum mittels Mikroarrayanalyse bestimmt. 101 Gene werden nach Genisteinzugabe induziert. NodW ist der Hauptaktivator der Genistein-induzierbaren Gene, welche zum Großteil kein nod-Box-Motiv in der Promotorregion aufweisen. Einzig acht Gene, wovon sieben für Transportersysteme kodieren, zeigen in der NodW-Mutante 613 nach Genisteinzugabe weiterhin ein erhöhtes Expressionsniveau. In weiterführenden Arbeiten konnte für zumindest ein Transportersystem (Bll4319/Bll4320/Bll4321) neben der Genistein-Abhängigkeit auch eine Regulation durch den Genistein-abhängigen TetR-Regulator FrrA nachgewiesen werden [Günther 2007; Bhandari 2008]. Dies zeigt, dass NodW in weiterführende Regulationskaskaden eingebunden sein muss, wobei diese in der vorliegenden Arbeit nicht näher charakterisiert wurden. Die Mikroarraydaten geben lediglich Hinweise auf mögliche Regulationskaskaden. Anhand der Mikroarraydaten liegt die Vermutung nahe, dass die Transkriptionsaktivierung des lateralen Flagellenclusters ebenfalls einer indirekten NodW-abhängigen Regulation unterliegt. Durch Pflanzentests war bekannt, dass es B. japonicum 901 möglich ist, den NodW-Defekt bei der Nodulation der Wirtspflanzen zu überwinden [Grob et al. 1993]. Dies beruht auf die Überexpression des 2-Komponentenregulators NwsB. So können Symbiose-relevante Gene wie die nod-Box-assoziierten Gene ähnlich dem Wildtyp nach Genistein-Zugabe induziert werden. NwsB ist aber nicht in der Lage, das Flagellarcluster der lateralen Flagellen (bis auf blr6846) nach Genistein-Zugabe zu induzieren. Dies bedeutet, dass trotz der hohen Ähnlichkeit zwischen den 2-Komponentenregulatoren NodW und NwsB, die Bindestellen in der Promotorregion der Genistein-induzierbaren Genen nicht identisch sind. Die NodD1-Mutante 1267 ist in der Lage, weiterhin Knöllchen mit allen Wirtspflanzen von B. japonicum zu bilden [Göttfert et al. 1992], was wahrscheinlich auf ein funktionelles NodW als Hauptaktivator der nodYABC-Operons zurückzuführen ist. Anhand der Mikroarraydaten ist festzustellen, dass kein weiteres nod-Box-assoziiertes Operon in der NodD1-Mutante 1267 verstärkt exprimiert vorliegt. Dies könnte bedeuten, dass NodW die Transkription von nodD1 und des nodYABC-Operons startet und später durch NodD1 in der Aktivierung der nod-Box-assoziierten Gene unterstützt wird. In der vorliegenden Arbeit wurde die transkriptionelle Stressantwort von B. japonicum hinsichtlich pH 4, pH 8, 80 mM NaCl, Hitzeschock und Temperaturstress analysiert. Dabei konnten sowohl Aussagen über Gene, welche in die allgemeine als auch in die spezifische Stressantwort eingebunden sind, getroffen werden. Die transkriptionelle Antwort auf pH 8 war mit 1636 differenziell exprimierten Genen die umfangreichste Stressantwort der vorliegenden Arbeit. Hierbei konnte gezeigt werden, dass B. japonicum bei pH-Stress besonders Gene der pHi-Homöostase aktiviert. Dies umfasst sowohl Transportergene als auch enzymatische Gene. Interessant waren die differenziell exprimierten Gene, welche bei pH 8 verstärkt und bei pH 4 verringert exprimiert vorlagen. Diese Gene besitzen im Promotorbereich eine RegR-Box und sind in der transkriptionellen Aktivierung von RegR abhängig [Lindemann et al. 2007]. Aufgrund der Homologie des RegSR-Systems von B. japonicum mit dem pH-abhängigen ActSR-System von S. meliloti besteht die Möglichkeit, dass RegSR ebenfalls in die pH-abhängige Regulation dieser Gene eingebunden ist. Neben solch spezifischen Stressantworten konnte auch eine allgemeine Stressantwort ermittelt werden. So weisen fünf Gene ein gleiches Expressionsmuster in den untersuchten Stressanalysen dieser Arbeit auf. blr5264 kodiert hierbei für einen 2-Komponenten-Hybridsensor und -Regulator und könnte als Regulator in die allgemeine Stressantwort von B. japonicum eingebunden sein. Aus diesem Grund wurde Blr5264 in GscR (general stress control regulator) umbenannt. Mittels Mutagenese von gscR wurde B. japonicum D826 erzeugt, dessen Transkriptom bezüglich Salzstress und Hitzeschock verifiziert wurde. Es wurden 87 Gene identifiziert, welche bei Stresseinfluss von GscR abhängig sind. Hierunter sind sieben verringert exprimierte Gene, welche bei Stress im Wildtyp verstärkt exprimiert vorliegen. Diese scheinen demzufolge bei Stress durch GscR transkriptionell aktiviert zu werden. Das interessanteste Gen war hierbei blr7881, welches für einen ArsR-Typ-Regulator kodiert und einen weiteren Schritt in der allgemeinen Stressantwort von B. japonicum sein könnte.
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Eckrich, Caroline Elisabeth Verfasser], and Guido [Akademischer Betreuer] [Sauter. "Prävalenz der Tyrosinkinasen-Überexpression in humanen Zelllinien : Eine Gewebe-Mikroarray Analyse von BTK, ZAP70, HER3, HER4, JAK2 / Caroline Elisabeth Eckrich. Betreuer: Guido Sauter." Hamburg : Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg, 2011. http://d-nb.info/1020457104/34.

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Kohlhaus, Rebekka Katharina Verfasser], and Guido [Akademischer Betreuer] [Sauter. "Die Rolle von p53, Ki-67, HER2 und TRRAP beim duktalen Adenokarzinom des Pankreas: Eine Gewebe - Mikroarray - Untersuchung an 256 Tumoren / Rebekka Katharina Kohlhaus. Betreuer: Guido Sauter." Hamburg : Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg, 2011. http://d-nb.info/102041832X/34.

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