Dissertations / Theses on the topic 'Minnie Mouse'

The purpose of this study was to develop a SNaPshot® assay to simultaneously discriminate between the dystrophic and wild type (wt) alleles in mdx mice. The mdx mouse is an animal model for Duchenne muscular dystrophy (DMD), a severe and fatal muscle wasting disease. To evaluate possible treatments and to carry out genetic studies, it is essential to distinguish between mice that carry the mutant dystrophic or wt allele(s). The current Amplification-Resistant Mutation System (ARMS) assay used to genotype mdx mice is labor intensive and sometimes fails to yield typing results, which reduce its efficiency as a screening tool. An alternative assay based on single nucleotide polymorphism (SNP) extension technology (i.e., SNaPshot®) would be advantageous because its specificity and capability to be automated would reduce the labor involved and increase the fidelity of each assay. A SNaPshot® assay has been developed that provides a robust and potentially automatable assay that discriminates between the wt and dystrophic alleles. The assay has been optimized to use: an undiluted DNA in the PCR, a 0.1 µM PCR primer concentration, a full PCR product for the SNP extension reaction, a 50ºC annealing temperature for the SNP extension in accordance with standard SNaPshot® conditions, and a 0.4 µM concentration of the SNP extension primer. The advantages of the resultant SNaPshot® assay over the ARMS assay include higher fidelity, robustness, and more consistent performance within and among laboratories, and reduced risk of human error.
Master of Science

Alzheimer’s disease (AD) is a progressive neurodegenerative disorder and the leading cause of human senile dementia. Alzheimer’s represents a significant public health concern, having widespread social and economic implications. Consequently, protocols for early detection and therapeutic intervention (both behavioral and pharmacologic) constitute important targets for medical investigation. Furthermore, contemporary research depends upon comprehensive neurobehavioral assessment and advanced statistical and computational analytic methodologies for characterizing AD-associated sensorimotor and cognitive impairment, as well as evaluating therapeutic efficacy. This dissertation introduces data mining-based techniques (decision trees, neural networks, support vector machines) for behavioral analysis in both nontransgenic and Alzheimer’s transgenic mice, to evaluate the cognitive benefits of long-term caffeine treatment. Both treatment and transgenic effects are identified through advanced statistical (discriminant analysis) and data mining approaches. In addition, a novel mouse-based cognitive assessment paradigm, adapted from a human interference learning AD-diagnostic protocol, is implemented to evaluate both genetic (GRK5) and therapeutic (GM-CSF) effects in mice, against an Alzheimer’s transgenic background. Data mining techniques are shown to be comparable to con ventional statistical analyses, often providing complementary diagnostic information. Indeed, comparisons between data mining-based and multivariate statistical analyses, with respect to groupwise discriminability, support the use of both methodologies in neurobehavioral research. Future work involving both data mining-based and multivariate statistical analyses of cognitive-behavioral data is discussed, emphasizing the need for longitudinal studies, repeated-measure designs, and spatiotemporal modeling for evaluating the time-course of both human AD and AD-like pathology in transgenic mouse models.

Contribution a la connaissance des materiaux magnetiques durs et mous grace a des mesures magnetiques et l'etude des microstructures par microscopie electronique. Etude de couches "dures" de co-ni et de co-fe en fonction de la nature des substrats, de l'epaisseur des films et de l'angle d'incidence utilise. Etude du grenat en liaison avec son utilisation pour les memoires a bulles magnetiques. Influence de l'implantation ionique sur la structure cristalline des grenats

Dans le but d'obtenir des reflecteurs de bragg pour rx mous, on realise par pulverisation avec controle ellipsometrique in situ des empilements de 200 couches nanometriques. Observation de la formation des interfaces a l'echelle atomique, evaluation des rugosites d'interface

Dans le but d'un dimensionnement efficace des inclusions dans des sols pulvérulents, on a visé principalement par notre travail, les paramètres susceptibles de jouer un rôle sur le frottement mobilisé à l'interface sables-inclusions. A partir d'une étude préliminaire, Propriétés physiques et mécaniques classiques au laboratoire et Propriétés pressiométriques au laboratoire, nous avons pu : 1) d'une part identifier et d'autre part déterminer les propriétés mécaniques que ce soit à l'aide des appareils classiques au laboratoire (Triaxial, boite de Casagrande et boite de cisaillement annulaire) ou bien à l'aide d'un mini-pressiomètre de nos deux sables ; 2) déterminer la marche à suivre pour la réalisation de la phase préparatoire des essais de notre nouvelle approche (mise en place de l'échantillon, mise en place de la sonde mini-pressiométrique et éventuellement l'application d'une contrainte verticale). Pour le comportement à l'interface sable-structure, une étude classique au laboratoire approche classique au laboratoire nous a permis de démasquer le rôle de certains paramètres influençant le frottement mobilisé à l'interface. Les résultats de cette étude ont été comparés avec ceux de notre nouvelle approche pour mettre en évidence l'effet tridimensionnel et l'effet du mode de mise en place de l'inclusion. Durant cette nouvelle approche, l'utilisation d'un mini-pressiomètre dans le dispositif expérimental nous a permis de connaitre d'une façon précise la contrainte normale à l'interface et de la contrôler pendant le cisaillement. En plus le rôle de la densité, de la rugosité et de la minéralogie qui sont démasquées à l'aide des deux études principales, notre étude comparative nous a permis de conclure que le frottement mobilisé par la sonde mini-pressiomètrique se situe entre celui de la boite de cisaillement (maximal) et celui de l'appareil Bromhead (résiduel), il est plus proche du frottement résiduel mobilisé à l'interface

Dans le cadre de la conception d'engins de recherche et d'exploitation en mer, profonde, nous nous interessons aux poutres composites a noyau leger gaine. Le noyau est constitue d'une mousse syntactique. La gaine est une enveloppe composite stratifiee. Cette etude comprend principalement deux grandes parties; une modelisation theorique et une analyse experimentale. La partie theorique est basee sur les hypotheses de navier-bernouilli pour les problemes de flexion et celles de vlassov pour les problemes de torsion et prend en compte les deformations de cisaillement introduites en valeurs moyennes entre deux sections droites voisines. Ce modele assure egalement la continuite des deplacements entre le noyau et la gaine. Nous modelisons un element "p. C. N. L. G" et nous introduisons les conditions aux limites, notamment des forces de liaison aux noeuds de cet element pour etablir la relation matricielle de comportement par l'application du principe des puissances virtuelles. L'analyse experimentale a pour objet de caracteriser les materiaux constituant la structure et de qualifier sur des modeles dits de "validation" le modele theorique dont on vient de definir les grandes lignes. L'element "p. C. N. L. G" permet d'analyser les structures en lignes ou des structures spatiales, necessitant neanmoins et ulterieurement la realisation d'un element de junction assurant l'assemblage des elements poutres. Les applications de cette etude peuvent etre developpees dans la conception des flotteurs, des tubes, des engins, etc. . .

Nous avons surtout utilise le mode "haute resolution" sur un microscope a 200kv. La resolution obtenue etait de 2. 4 a. La technique de peparation d'echantillons que nous avons mise au point pour l'etude du procede de passivation (si::(3)n::(4)/gaas) nous a permis de caracteriser dans de tres bonnes conditions les multicouches pour rayons x mous et les heterostructures de croissance epitaxiale. Ce travail fut un suivi des procedes en conjugaison avec d'autres techniques de caracterisation. La comparaison des resultats de ces diverses techniques nous a permis d'apprehender la chimie et la physique des interfaces dans les materiaux etudies

Le Morvan et les Cévennes sont des massifs protégés pour leur paysage et leur biodiversité exceptionnels. Cependant dès la Protohistoire, ces régions réputées pour la qualité de leur environnement ont été le lieu d’activités minières et métallurgiques. Les effets de telles activités peuvent être rémanents sur les écosystèmes, il est donc important dans un premier temps de les localiser, puis de quantifier leur impact sur la faune et la flore. Le présent travail propose une démarche pluridisciplinaire alliant archéologie, géochimie, écologie et écotoxicologie. L’application de méthodes statistiques empruntées à la prospection minière a permis de dresser des cartes de potentiel minier, supposées guider l’archéologue dans ses recherches de terrain. Des cartes de distribution spatiale des éléments traces métalliques ont été construites sur six sites (trois dans chaque parc). La biodisponibilité des éléments traces métalliques a été estimée sur des mulots, des truites et des bryophytes. Bien que la plupart de ces éléments semblent appartenir à la fraction non-extractible des sols, la part biodisponible restante peut être détectée dans des bioindicateurs. Une relation négative entre les indices de condition et la concentration en plomb dans les animaux, et dans certains cas une plus grande instabilité de développement a été trouvée, suggérant la présence d’effets délétères sur les organismes. L’impact des anciens sites miniers et métallurgiques est donc toujours décelable dans les écosystèmes actuels. Ces sites doivent être surveillés, notamment au sein des zones protégées supposées à tort comme éloignées de toutes contaminations anthropiques
The Morvan and the Cevennes Massifs are nowadays protected for their outstanding landscape and biodiversity. However since Prehistory, these regions experienced mining and smelting activities. Because of remnant properties, locating these ancient sites is capital and then impact on fauna and flora must be estimated. This present work is based in on a pluridisciplinary approach combining archeology, geochemistry, ecology and ecotoxicology. Statistical methods, from modern prospection technique, have been applied in order to delineate geochemical anomalies, potentially due to mining exploitation and thus facilitate the archeological prospection. Spatial distribution maps of trace metals were built on six sites (three in each park). Biodisponibility was assessed thanks to the analyses of wood mice, trout and bryophytes. Even if it seems that most of these elements belong to the non-extractible fraction of soil, the remaining bioavailable trace metals can be detected in the bioindicators. A negative relationship between Pb concentrations in animals and their body condition indices was found, and in some cases developmental instability was higher, suggesting deleterious effect on current wildlife. As a consequence, the impact of past mining and smelting works is still traceable in ecosystems. For this reason, these sites should be monitored, particularly in protected areas thought to be relatively free of anthropogenic contamination

Ce travail concerne l'etude de l'interface entre l'air et une solution aqueuse contenant a la fois des chaines d'un polymere neutre thermosensible qui precipite au-dela de tc 32 \c, le poly(n-isopropylacrylamide) (pnipam), et des molecules tensioactives de dodecyl sulfate de sodium (sds). Separement, ces deux especes s'adsorbent de maniere forte et spontanee aux interfaces hydrophile/hydrophobe. De plus, en volume, a partir d'une concentration critique en sds appelee cac, elles interagissent entre elles pour former des complexes polymere-tensioactif. Grace a la reflectivite des neutrons, les differentes structures adoptees par ce systeme mixte a l'interface air-solution en fonction de la temperature et de la concentration en sds ont ete mises en evidence. En particulier, il a ete montre que pour le polymere seul et a des concentrations en sds inferieures a la cac, la densite d'adsorption du polymere augmente fortement avec la temperature et n'est pas affectee par la presence de tensioactifs. Au-dela de la cac, l'adsorption du polymere diminue avec la concentration en sds. Cette desorption progressive du polymere est due a l'interaction en volume entre le pnipam et le sds. Dans le cadre general de la comprehension de la stabilite des mousses, des films minces de mousses formes a partir de solutions aqueuses de pnipam avec et sans sds ont ete etudies par la technique de thin film balance. Les resultats montrent que, sous certaines conditions, il est possible de former des films metastables de tres grande epaisseur et remarquablement homogenes a partir de solutions de pnipam. Ces films sont stabilises par les interactions repulsives entre queues de polymere adsorbees sur les interfaces du film. L'addition de sds entraine un diminution importante de l'epaisseur des films. Dans tous les cas, avec et sans tensioactifs, il existe une correlation directe entre l'epaisseur des films de mousse et la quantite de pnipam adsorbee a l'interface libre.

Ce travail porte sur la modelisation des phases de remplissage et de compactage dans le procede de mise en forme des thermoplastiques par injection. Le but de notre etude est d'etablir un modele unique pour calculer l'ecoulement du polymere fondu dans la cavite refroidie de l'empreinte en tenant compte de la compressibilite des le debut du remplissage, de sorte que le compactage dans les zones remplies est simule sans rupture de modele. Le probleme instationnaire est non lineaire par le frot couplage des equations entre elles et par la variabilite des proprietes physiques (viscosite non newtonienne dependant fortement de la temperature et du taux de cisaillement, compressibilite, figeage, cristallisation partielle). Basees sur l'hypothese de hele shaw qui conduit a une formulation pression pour le calcul de la vitesse tangente, les equations sont resolues par des methodes de volumes finis construits sur la surface moyenne de la coque tridimensionnelle discretisee par triangulation elements finis pl. On montre que l'equation locale en pression permet d'evaluer les effets de convection transverse classiquement negliges dans les etudes existantes. L'avancee du front de matiere est calculee par un algorithme particulierement robuste issu d'une approche diphasique du systeme polymere/air. Des tests de convergence et de comparaisons avec des solutions analytiques connues valident les schemas numeriques utilises. Nous decrivons enfin la confrontation avec des mesures experimentales sur des problemes industriels complexes

碩士
元智大學
資訊工程學系
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By the popular of internet , the research of web mining is getting respected. Web Usage Mining can even mine the usage behavior mode. Most of the data retrieved are usually form Web Log, but these can not record the browsing behavior of the users on web page.This paper focus on mouse browsing behavior on the contents of web page for data retrieving and analyzes the relation between these data and user's interesting. We use two method to find the specific browsing behavior that mapped to the contents of web page. And the specific browsing behavior can take as the area where user is interesting in. One method is the Longest Common Subsequence algorithm, and the other is by mouse moving and direction.

Charting out the complete brain microstructure of a mammalian species is a grand challenge. Recent advances in serial sectioning microscopy such as the Knife- Edge Scanning Microscopy (KESM), a high-throughput and high-resolution physical sectioning technique, have the potential to finally address this challenge. Nevertheless, there still are several obstacles remaining to be overcome. First, many of these serial sectioning microscopy methods are still experimental and are not fully automated. Second, even when the full raw data have been obtained, morphological reconstruction, visualization/editing, statistics gathering, connectivity inference, and network analysis remain tough problems due to the unprecedented amounts of data. I designed a general data acquisition and analysis framework to overcome these challenges with a focus on data from the C57BL/6 mouse brain. Since there has been no such complete microstructure data from any mammalian species, the sheer amount of data can overwhelm researchers. To address the problems, I constructed a general software framework for automated data acquisition and computational analysis of the KESM data, and conducted two scientific case studies to discuss how the mouse brain microstructure from the KESM can be utilized. I expect the data, tools, and studies resulting from this dissertation research to greatly contribute to computational neuroanatomy and computational neuroscience.

The mammary explant culture model has been a major experimental tool for studying hormonal requirements for milk protein gene expression as markers of secretory differentiation. Experiments with mammary explants from pregnant animals from many species have established that insulin, prolactin, and glucocorticoid are the minimal set of hormones required for the induction of maximal milk protein gene expression. However, the extent to which mammary explants mimic the response of the mammary gland in vivo is not clear. Recent studies have used microarray technology to study the transcriptome of mouse lactation cycle. It was demonstrated that the each phase of mouse lactation has a distinct transcriptional profile but making sense of microarray results requires analysis of large amounts of biological information which is increasingly difficult to access as the amount of literature increases.
The first objective is to examine the possibility of combining literature and genomic analysis to elucidate potentially novel hypotheses for further research into lactation biology. The second objective is to evaluate the strengths and limitations of the murine mammary explant culture for the study and understanding of murine lactogenesis. The underlying question to this objective is whether the mouse mammary explant culture is a good model or representation to study mouse lactogenesis.
The exponential increase in publication rate of new articles is limiting access of researchers to relevant literature. This has prompted the use of text mining tools to extract key biological information. Previous studies have reported extensive modification of existing generic text processors to process biological text. However, this requirement for modification had not been examined. We have constructed Muscorian, using MontyLingua, a generic text processor. It uses a two-layered generalizationspecialization paradigm previously proposed where text was generically processed to a suitable intermediate format before domain-specific data extraction techniques are applied at the specialization layer. Evaluation using a corpus and experts indicated 86-90% precision and approximately 30% recall in extracting protein-protein interactions, which was comparable to previous studies using either specialized biological text processing tools or modified existing tools. This study also demonstrated the flexibility of the two-layered generalization-specialization paradigm by using the same generalization layer for two specialized information extraction tasks.
The performance of Muscorian was unexpected since potential errors from a series of text analysis processes is likely to adversely affect the outcome of the entire process. Most biomedical entity relationship extraction tools have used biomedical-specific parts-of-speech (POS) tagger as errors in POS tagging and are likely to affect subsequent semantic analysis of the text, such as shallow parsing. A comparative study between MontyTagger, a generic POS tagger, and MedPost, a tagger trained in biomedical text, was carried out. Our results demonstrated that MontyTagger, Muscorian's POS tagger, has a POS tagging accuracy of 83.1% when tested on biomedical text. Replacing MontyTagger with MedPost did not result in a significant improvement in entity relationship extraction from text; precision of 55.6% from MontyTagger versus 56.8% from MedPost on directional relationships and 86.1% from MontyTagger compared to 81.8% from MedPost on un-directional relationships. This is unexpected as the potential for poor POS tagging by MontyTagger is likely to affect the outcome of the information extraction. An analysis of POS tagging errors demonstrated that 78.5% of tagging errors are being compensated by shallow parsing. Thus, despite 83.1% tagging accuracy, MontyTagger has a functional tagging accuracy of 94.6%. This suggests that POS tagging error does not adversely affect the information extraction task if the errors were resolved in shallow parsing through alternative POS tag use.
Microarrays had been used to examine the transcriptome of mouse lactation and a simple method for microarray analysis is correlation studies where functionally related genes exhibit similar expression profiles. However, there has been no study to date using text mining to sieve microarray analysis to generate new hypotheses for further research in the field of lactational biology. Our results demonstrated that a previously reported protein name co-occurrence method (5-mention PubGene) which was not based on a hypothesis testing framework, is generally more stringent than the 99th percentile of Poisson distribution-based method of calculating co-occurrence. It agrees with previous methods using natural language processing to extract protein-protein interaction from text as more than 96% of the interactions found by natural language processing methods coincide with the results from 5-mention PubGene method. However, less than 2% of the gene co-expressions analyzed by microarray were found from direct co-occurrence or interaction information extraction from the literature. At the same time, combining microarray and literature analyses, we derive a novel set of 7 potential functional protein-protein interactions that had not been previously described in the literature. We conclude that the 5-mention PubGene method is more stringent than the 99th percentile of Poisson distribution method for extracting protein-protein interactions by co-occurrence of entity names and literature analysis may be a potential filter for microarray analysis to isolate potentially novel hypotheses for further research.
The availability of transcriptomics data from time-course experiments on mouse mammary glands examined during the lactation cycle and hormone-induced lactogenesis in mammary explants has permitted an assessment of similarity of gene expression at the transcriptional level. Global transcriptome analysis using exact Wilconox signed-rank test with continuity correction and hierarchical clustering of Spearman coefficient demonstrated that hormone-induced mammary explants behave differently to mammary glands at secretory differentiation. Our results demonstrated that the mammary explant culture model mimics in vivo glands in immediate responses, such as hormone-responsive gene transcription, but generally did not mimic responses to prolonged hormonal stimulus, such as the extensive development of secretory pathways and immune responses normally associated with lactating mammary tissue. Hence, although the explant model is useful to study the immediate effects of stimulating secretory differentiation in mammary glands, it is unlikely to be suitable for the study of secretory activation.

Thesis (Ph. D.)--University of Georgia, 2003.
Directed by John F. McDonald. Includes articles published in Bioinformatics and Genome biology, and an article submitted to Genome biology. Includes bibliographical references (leaves 87-88).

Quelque soit le domaine d'application, qu'il soit électronique, mécanique, optique, magnétique ou biologique, les dimensions des dispositifs diminuent régulièrement. Dans cette course effrénée à la miniaturisation, la lithographie représente une étape technologique clé de la structuration d'un matériau. Son rôle, décisif, est rempli à ce jour par des outils de lithographie optique opérant dans l'ultraviolet profond. Les objectifs en terme de résolution et de rendement sont ainsi atteints et répondent aux exigences économiques des industriels de la microélectronique. Les outils de lithographie par faisceau d'électrons sont également utilisés mais, malgré une excellente résolution, les temps d'exposition sont extrêmement longs et cela compromet sérieusement leur utilisation en milieu industriel. L'amélioration continuelle de la résolution rend ces outils de plus en plus coûteux et les laboratoires de recherche, extérieurs au domaine de la microélectronique sont souvent incapables d'investir aussi lourdement pour la seule étape de lithographie. L'introduction et le développement de nouvelles techniques de lithographie résolvantes, rapides et peu coûteuses s'avèrent donc nécessaire. C'est dans ce contexte que sont apparues les techniques de lithographie par impression qui figurent désormais parmi les NGL (Next Generation Lithography).
L'objet de ce travail de thèse est l'étude et le développement de la technique de lithographie par nanoimpression. Ce travail est principalement axé sur l'étude et la caractérisation des films minces de polymère lors du procédé de lithographie par nanoimpression. Nous nous sommes essentiellement intéressés à la caractérisation des propriétés thermique et physico-chimique des films sur leur substrat, à l'uniformité de l'épaisseur résiduelle, aux mécanismes d'impression, aux déformations du moule ainsi qu'à ses conséquences et enfin aux instabilités des films de polymère lors de l'impression