Dissertations / Theses: 'Modèles épidémiologiques'

1

Sepulveda, Lilian Sofia. "Optimisation et contrôle viable de modèles épidémiologiques de dengue." Thesis, Paris Est, 2015. http://www.theses.fr/2015PESC1034/document.

Full text

Abstract:

Les épidémies humaines sont un problème important de santé publique dans le monde. La modélisation mathématique fait partie de la panoplie des instruments pour les combattre. La thèse "Optimisation et contrôle viable de modèles épidémiologiques de dengue" se penche sur le cas de la dengue, une maladie endémique en Colombie. Le document de thèse est organisé en deux grandes parties, une partie I plus théorique et une partie II plus appliquée. Dans la partie I théorique, la dynamique de propagation d’une maladie infectieuse transmise par vecteur (comme la dengue, par moustiques) est représentée par des systèmes d'équations différentielles, reliant populations d'individus et de vecteurs. Nous considérons le modèle épidémique de Ross-Macdonald et le modèle endémique SIR SI. Après l'analyse quantitative de ces modèles, ce travail de thèse comporte deux contributions théoriques originales. L’étude du comportement transitoire traite du contrôle d'un épisode épidémique dans sa phase aiguë, avant son éventuelle extinction asymptotique. Nous cherchons, en jouant sur la variable de contrôle qu'est la mortalité du vecteur, à maintenir la proportion d'humains infectés (état) sous un seuil donné pour tous les temps (contrainte de viabilité). Par définition, le noyau de viabilité est l'ensemble des états initiaux pour lesquels il existe au moins une trajectoire de contrôles qui permette de satisfaire la contrainte de viabilité. Notre principale contribution est une description complète du noyau. Nous discutons de possibles contrôles viables, dont l'application garantit la satisfaction de la contrainte. Ensuite, nous analysons deux problèmes de contrôle optimal. L’un est la gestion d'un épisode épidémique à une échelle de temps courte. L’autre traite d'une maladie infectieuse endémique à une échelle plus longue où sont prises en complètes naissances et les morts des populations (humains et vecteurs).Nous déterminons les conditions nécessaires d'existence d'une solution optimale en utilisant le principe du maximum de Pontryagin. Nous abordons aussi l'analyse du cas de ressources limitées dans le temps. Dans la partie II, nous appliquons les approches de la partie I théorique à la gestion d'épisodes de dengue dans la ville de Santiago de Cali. Nous estimons les paramètres des modèles par moindres carrés, avec les données fournies par le Programme de vigilance épidémiologique du Secrétariat municipal de santé. Nous calculons numériquement le noyau de viabilité ajusté aux données observées durant les épisodes épidémiques de 2010 et 2013.Pour ce qui est du contrôle optimal, nous utilisons l'algorithme traditionnel de balayage avant et arrière, et comparons plusieurs alternatives pour le contrôle chimique du moustique. La meilleure stratégie est une combinaison d'aspersion d'un insecticide de faible létalité et d'implémentation de mesures de protection qui réduisent modérément le taux de piqûre du moustique. Enfin, nous abordons le problème de contrôle dynamique de la dengue sous incertitude. Nous développons un modèle de type Ross-Macdonald en temps discret avec incertitudes. Le noyau robuste de viabilité est l'ensemble des états initiaux tels qu'il existe au moins une stratégie d'aspersion d’insecticide qui garantisse que le nombre de personnes infectées se maintienne au-dessous d'un seuil, pour tous les temps, et ce quelles que soient les incertitudes. Sous des hypothèses appropriées sur l'ensemble des scénarios d'incertitudes(correspondant à l'indépendance temporelle), une équation de programmation dynamique permet de calculer numériquement des noyaux. Après avoir choisi trois ensembles d'incertitudes emboîtés, un déterministe (sans incertitude), un moyen et un grand, nous pouvons mesurer l'incidence des incertitudes sur la taille du noyau, notamment sur sa réduction par rapport au cas déterministe (sans incertitude)
Human epidemics are an important problem of public health in the world. Mathematical modelling is part of the instruments to fight them. The thesis «Optimization and viable control of epidemiological models of dengue» deals with the case of the dengue, an endemic disease in Colombia. The document is organized in two parts, a more theoretical Part I, and a Part II centered on applications. In Part I, the dynamics of propagation of an infectious vector-borne disease (such as dengue, transmitted by mosquitoes) is represented by systems of differential equations, connecting populations of individuals and vectors. We consider the epidemic model of Ross-Macdonald, and an endemic model of SIR-SI type. After the stability analysis of these dynamical models, this work brings forward two original theoretical contributions. The study of the transitory behavior deals with the control of an epidemic episode in its acute phase, before its possible asymptotic extinction. We look, by playing on the variable of control that is the mortality of the vector, to maintain human infected proportion (state) under a given threshold for all times (viability constraint). By definition, the viability kernel is the set of all initial states for which there is at least a trajectory of controls which allows to satisfy the viability constraint. Our main contribution is a complete description of the kernel. We discuss possible viable controls, whose application guarantees the satisfaction of the constraint. Then, we analyze two problems of optimal control. First problem is concerned with handling of an epidemic outbreak over a short timescale. Second one deals with an endemic infectious disease over a longer scale, where births and deaths within both populations (human and vector) are taken into account. We determine the necessary conditions of existence of an optimal solution by using the maximum principle of Pontryagin. We also tackle the case of resources limited over the time span. In part II, we apply the theoretical approaches of part I to the management of episodes of dengue in the city of Santiago of Cali. We estimate the parameters of the models by least squares, with the data supplied by the Program of epidemiological vigilance of the Municipal Secretariat of Public Health. We calculate numerically the viability kernel, fitted to the data observed during the epidemic episodes of 2010 and 2013.As for optimal control, we use the traditional forward-backward sweep algorithm, and compare several alternatives for the chemical control of the mosquito. The best strategy is a combination of spraying of an insecticide of low lethality, together with implementation of protective measures, which moderately reduce the biting rate of the mosquitos. Finally, we tackle the problem of dynamic control of the dengue under uncertainty. We develop a Ross-Macdonald model at discrete time with uncertainties. The robust viability kernel is the set of all initial states such as there is at least a strategy of insecticide spraying which guarantees that the number of infected people remains below a threshold, for all times, and whatever the uncertainties. Under proper assumptions on the set of scenarios of uncertainties (corresponding to temporal independence), an equation of dynamic programming allows to numerically calculate kernels. Having chosen three nested subsets of uncertainties a deterministic one (without uncertainty), a medium one and a large one we can measure the incidence of the uncertainties on the size of the kernel, in particular on its reduction with respect to the deterministic case (without uncertainty)

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

2

Dimi, Jean-Luc. "Analyse de modèles épidémiologiques : applications à des modèles parasitaires, à la fièvre hémorragique Ebola." Metz, 2006. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/UPV-M/Theses/2006/Dimi.Jean_Luc.SMZ0602.pdf.

Full text

Abstract:

Ce travail est constitué de deux parties. Il s'agit d'étudier les propriétés dynamiques des modèles épidémiologiques. La première partie concerne les modèles intra-hôtes du paludisme avec et sans immunité. Pour les modèles avec immunité, nous donnons des résultats de stabilité globale par des techniques des systèmes dynamiques (Lyapounov, LaSalle, prémière prolongation. . ). Pour mes modèles sans immunité, nous améliorons la condition de De Leenheer-Smith , pour R0 >1, sur la stabilité de l'équilibre endémique. La deuxième partie concerne les modèles statistiques de transmission, et les modèles dynamiques de la fièvre hémorragique Ebola. Pour cela nous disposons des données sur les épisodes qui ont eu lieu à Mbomo (République du Congo) et à Kikwit (en R. D. C. ). Avec les modèles statistiques de transmission nous calculons le R0 pour des données à contacts incomplèts (Mbomo) et le taux de transmission dans le cas des données à contactscomplèts (Kikwit). Enfin une étude sur la stabilité globale a été faite pour les modèles dynamiques
This work comprises two parts. It is a study of the dynamics of epidemiological models. The first part deals with malaria intra-host models with and without immunity. For models with immunity we give some results of the global stability by using techniques of dynamical systems (Lyapounov, LaSalle,. . . ). For models with immunity, we improve the De Leenheer –Smith conditions for R0 on the stability of the endemic equilibrium. The second part deals with stastical transmission models and models of the dynamics of the hemorragic fever. For wich we have data on the episodes statistique occured at Mbomo (Congo) and Kikwit (RDC). For the statistical transmission models we compute R0 for data with incomplete contacts (Mbomo) and data with complete contacts b(Kikwit). Lastly, a study on the global stability is done for the dynamic models

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

3

Bichara, Derdei. "Étude de modèles épidémiologiques : Stabilité, observation et estimation de paramètres." Phd thesis, Université de Lorraine, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00841444.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette thèse est d'une part l'étude de la stabilité des équilibres de certains modèles épidémiologiques et d'autre part la construction d'un observateur pour l'estimation des états non mesurés et d'un paramètre clé pour un modèle intra-hôte. Nous proposons des extensions des modèles du type SIR, SIRS et SIS et nous étudions la stabilité globales de leur équilibres. En présence de plusieurs souches de pathogène d'un modèle SIS, on montre que le principe de compétition exclusive est vérifié: la souche qui maximise un seuil remporte la compétition en éliminant les autres souches. Il se trouve aussi que la souche gagnante est celle qui donne à l'équilibre le minimum de population hôte susceptible. Ceci peut-être interprété comme étant un principe de pessimisation. En considérant ce modèle avec cette fois une loi de contact de type fréquence-dépendante, on montre que la dynamique change et qu'un équilibre de coexistence existe et qui est globalement asymptotiquement stable sous certaines conditions. Le comportement asymptotique des deux équilibres frontières est aussi prouvée. L'étude de la stabilité des états d'équilibres est essentiellement faite par la construction des fonctions de Lyapunov combiné avec le principe d'invariance de LaSalle. On considère un modèle intra-hôte structuré en classe d'âge du parasite Plasmodium falciparum avec une force d'infection général. Nous développons une méthode d'estimation de la charge parasitaire totale dont on ne sait mesurée par les méthodes actuellement connues. Pour cela nous utilisons les outils de la théorie du contrôle, plus particulièrement les observateurs à entrées inconnues, pour estimer les états non mesurés à partir des états mesurés (données). De cela nous déduisons une méthode d'estimation d'un paramètre inconnu qui représente le taux d'infection des globules rouges saines par les parasites.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

4

Bichara, Derdeï. "Etude de modèles épidémiologiques : stabilité, observation et estimation de paramètres." Thesis, Université de Lorraine, 2013. http://www.theses.fr/2013LORR0011/document.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette thèse est d'une part l'étude de la stabilité des équilibres de certains modèles épidémiologiques et d'autre part la construction d'un observateur pour l'estimation des états non mesurés et d'un paramètre clé pour un modèle intra-hôte. Nous proposons des extensions des modèles du type SIR, SIRS et SIS et nous étudions la stabilité globales de leur équilibres. En présence de plusieurs souches de pathogène d'un modèle SIS, on montre que le principe de compétition exclusive est vérifié: la souche qui maximise un seuil remporte la compétition en éliminant les autres souches. Il se trouve aussi que la souche gagnante est celle qui donne à l'équilibre le minimum de population hôte susceptible. Ceci peut être interprété comme étant un principe de pessimisation. En considérant ce modèle avec cette fois une loi de contact de type fréquence-dépendante, on montre que la dynamique change et qu'un équilibre de coexistence existe et qui est globalement asymptotiquement stable sous certaines conditions. Le comportement asymptotique des deux équilibres frontières est aussi prouvé. L'étude de la stabilité des états d'équilibres est essentiellement faite par la construction des fonctions de Lyapunov combiné avec le principe d'invariance de LaSalle. On considère un modèle intra-hôte structuré en classe d'âge du parasite Plasmodium falciparum avec une force d'infection général. Nous développons une méthode d'estimation de la charge parasitaire totale dont on ne sait mesurée par les méthodes actuellement connues. Pour cela nous utilisons les outils de la théorie du contrôle, plus particulièrement les observateurs à entrées inconnues, pour estimer les états non mesurés à partir des états mesurés (données). De cela nous déduisons une méthode d'estimation d'un paramètre inconnu qui représente le taux d'infection des globules rouges saines par les parasites
The purpose of this thesis is on the one hand to study stability of equilibria of some epidemic models and secondly to construct an observer to estimate the non-measured states and a key parameter in a within host model. We propose extensions of classical models SIR, SIRS and SIS and we study the global stability of their equilibria. In presence of multiple pathogen strains, we proved that competitive exclusion principle holds: the strain having the largest threshold wins the competition by eliminating the others. It turns out that the winning strain is the one for which the equilibrium gives the minimum of the susceptible host population. This can be interpreted as pessimization principle. By considering the same model with two strains and a frequency-dependent type of the contact law, we prove that dynamics changes and a coexistence equilibrium exists and it is globally asymptotically stable under some conditions. The asymptotic behavior of the two other boundary equilibria is also established. The stability study of equilibrium states is mainly done by construction Lyapunov functions combined with LaSalle's invariance principle. We consider an age-structured within-host model of the Plasmodium falciuparum parasite with a general infection force. We develop a method to estimate the total parasite burden that cannot be measured by the current methods. To this end, we use some tools from control theory, more precisely observers with unknown inputs, to estimate the non measured states from the measured ones (data). From this, we deduce a method to estimate an unknown parameter that represents infection rate of healthy reed blood cells by the parasites

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

5

Bichara, Derdeï. "Etude de modèles épidémiologiques : stabilité, observation et estimation de paramètres." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2013. http://www.theses.fr/2013LORR0011.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette thèse est d'une part l'étude de la stabilité des équilibres de certains modèles épidémiologiques et d'autre part la construction d'un observateur pour l'estimation des états non mesurés et d'un paramètre clé pour un modèle intra-hôte. Nous proposons des extensions des modèles du type SIR, SIRS et SIS et nous étudions la stabilité globales de leur équilibres. En présence de plusieurs souches de pathogène d'un modèle SIS, on montre que le principe de compétition exclusive est vérifié: la souche qui maximise un seuil remporte la compétition en éliminant les autres souches. Il se trouve aussi que la souche gagnante est celle qui donne à l'équilibre le minimum de population hôte susceptible. Ceci peut être interprété comme étant un principe de pessimisation. En considérant ce modèle avec cette fois une loi de contact de type fréquence-dépendante, on montre que la dynamique change et qu'un équilibre de coexistence existe et qui est globalement asymptotiquement stable sous certaines conditions. Le comportement asymptotique des deux équilibres frontières est aussi prouvé. L'étude de la stabilité des états d'équilibres est essentiellement faite par la construction des fonctions de Lyapunov combiné avec le principe d'invariance de LaSalle. On considère un modèle intra-hôte structuré en classe d'âge du parasite Plasmodium falciparum avec une force d'infection général. Nous développons une méthode d'estimation de la charge parasitaire totale dont on ne sait mesurée par les méthodes actuellement connues. Pour cela nous utilisons les outils de la théorie du contrôle, plus particulièrement les observateurs à entrées inconnues, pour estimer les états non mesurés à partir des états mesurés (données). De cela nous déduisons une méthode d'estimation d'un paramètre inconnu qui représente le taux d'infection des globules rouges saines par les parasites
The purpose of this thesis is on the one hand to study stability of equilibria of some epidemic models and secondly to construct an observer to estimate the non-measured states and a key parameter in a within host model. We propose extensions of classical models SIR, SIRS and SIS and we study the global stability of their equilibria. In presence of multiple pathogen strains, we proved that competitive exclusion principle holds: the strain having the largest threshold wins the competition by eliminating the others. It turns out that the winning strain is the one for which the equilibrium gives the minimum of the susceptible host population. This can be interpreted as pessimization principle. By considering the same model with two strains and a frequency-dependent type of the contact law, we prove that dynamics changes and a coexistence equilibrium exists and it is globally asymptotically stable under some conditions. The asymptotic behavior of the two other boundary equilibria is also established. The stability study of equilibrium states is mainly done by construction Lyapunov functions combined with LaSalle's invariance principle. We consider an age-structured within-host model of the Plasmodium falciuparum parasite with a general infection force. We develop a method to estimate the total parasite burden that cannot be measured by the current methods. To this end, we use some tools from control theory, more precisely observers with unknown inputs, to estimate the non measured states from the measured ones (data). From this, we deduce a method to estimate an unknown parameter that represents infection rate of healthy reed blood cells by the parasites

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

6

Sevestre-Pietri, Marie-Antoinette. "Réactualisation de modèles épidémiologiques et application à la maladie thromboembolique veineuse." Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENS042.

Full text

Abstract:

La maladie thrombo-embolique veineuse est une entité hétérogène avec des formes cliniques de présentation et de pronostic variables. Compte tenu de l'évolution démographique de la population, de la grande diffusion d'outils diagnostiques fiables et de l'impact de la thromboprophylaxie, il nous a paru nécessaire de réactualiser les connaissances sur ce sujet. Trois études épidémiologiques ont permis les analyses de ce travail. Pour les sujets âgés en soins de suite lors d'une étude de type coupe transversale avec évaluation de type avant/après, nous avons montré que les patients âgés avaient des facteurs spécifiques comme l'immobilisation prolongée, le grand âge (plus de 80 ans), la présence d'escarres et la dépendance estimée par l'indice IADL. Le bénéfice de la prévention est hautement probable dans cette population car nous avons trouvé un taux de thromboses asymptomatiques de 15% avec une réduction d'un tiers après une action de sensibilisation à la thromboprophylaxie. Par contre, le bénéfice de la compression doit être évalué chez la personne âgée. L'étude Optimev a étudié les facteurs de risque, les méthodes diagnostiques et le pronostic des différentes formes cliniques de MTEV (de la thrombose superficielle à l'embolie pulmonaire). Pendant 15 mois, des médecins vasculaires hospitaliers et libéraux ont saisi grâce à un cahier d'observation électronique, les facteurs de risque, les examens complémentaires et le traitement mis en place auprès de 8256 patients avec suspicion clinique de MTEV. Un suivi téléphonique à 3 mois, 6 mois, un an et trois ans a été effectué. Le suivi des TVP distales (n=787), proximales (n=598), TVP avec EP (n=371), EP sans TVP (n=130) et des contrôles (n=2404) montre que la mortalité à 3 mois des EP sans TVP est proche de celle des contrôles (4%) alors que celle des patients EP avec TVP est de 13%. Les TVP distales sont la forme la plus fréquente de MTE ( 56,8% vs 43,2% pour les proximales), leurs facteurs de risque sont plus souvent transitoires et elles récidivent tout autant que les proximales, même si leur mortalité est plus faible. Parmi les TVP distales, les thromboses musculaires sont comparables aux thromboses des troncs jambiers. Le diagnostic d'élimination de TVP par écho-Doppler a été validé pour les patients externes et pour la première fois chez des patients hospitalisés. Optimev a également permis de valider une règle clinique simple de probabilité de TVP du membre supérieur. Ce travail permet de mieux comprendre la signification des formes cliniques diagnostiquées actuellement et leur pronostic à court terme. Les perspectives pour cette étude portent sur les éléments pronostiques de ces différentes formes cliniques mais aussi la relation avec les pathologies ischémiques artérielles. Summary
Venous thrombo-embolism is a heterogenous disease. Clinical presentation, prognosis vary greatly among patients and requires standardization. Using 3 epidemiological studies, we have analyzed, risk factors and diagnostic tools that are described in venous thromboembolism (VTE) and compared clinical forms. The following models have been tested: - two epidemiologic cross sectional studies of elderly patients describing risk factors and asymptomatic thrombosis detected by systematic ultrasound. Elderly patients have specific risk factors like prolonged immobilisation, dependance, age over 79 years, ulcers. The benefit of prevention is established and enhanced by a 15% rate of asymptomatic venous thromboses. Despite this, the benefit of antithrombotic compression is not proven and deserves further work. - The Optimev study, a national survey about 8256 clinical suspicions of VTE, describes risk factors and clinical description and long term follow-up for positive and negative patients. Calf vein thrombosis is the clinical form mostly prevalent (n=787). Actual analysis of clinical forms like isolated pulmonary embolism (n=130) show that mortality is close to controls in patients with PE without DVT ( 4%) whereas it is close to 13% in patients with PE with DVT; thus, the presence of DVT when diagnosis PE is of clinical importance. Deep vein thromboses and muscular thromboses are compared; they share the same risk factors and 3 month's mortality, clinical presentation is different; deep vein thromboses are more associated with swelling but less painful than muscular ones. 3 month follow-up shows that a negative ultrasound rules out VTE safely as well for in and out-patients. A clinical prediction rule for upper extremity DVT is also presented. Future works such as : 3 years follow-up, superficial venous thromboses, post thrombotic syndrome and qualification of past episodes of VTE are warranted Mots clés

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

7

Otto, Adamou. "Études de quelques modèles épidémiologiques par les méthodes du calcul formel." Rennes 1, 2009. http://www.theses.fr/2009REN1S108.

Full text

Abstract:

La thèse est consacrée à l'étude de quelques modèles épidémiologiques en utilisant les méthodes du calcul formel: bases de Groebner, caractérisation du domaine de stabilité, matrices positives. Ces méthodes permettent des discussions exhaustives en fonction de conditions de signes portant sur des polynômes en les paramètres décrivant le modèle. Les résultats généraux obtenus, illustrés de nombreux exemples, portent sur la stabilité des équilibres sans maladie et l'étude des bifurcations transcritiques dans les modèles épidémiologiques. Le dernier chapitre est consacré à l'étude complète d'un modèle comprenant une mutation de gènes entrainant une résistance aux antibiotiques. Une partie de la thèse a été réalisée dans le cadre d'une collaboration ave M'hamed El Kahoui (professeur à l'Université de Marrakech) et Thierry van Ellefterre (modélisateur à GlaxoSmitheKline)
The thesis is devoted to the study of a some epidemiological models, using the methods of computer algebra: Groebner bases, characterization of the stability domain, positive matrices. These methods make possive exhaustive discussion in terms of sign conditions on polynomial expressions involving the parameters describing the model. The general results obtained, illustrated by several examples, are a contribution to the study of the stability of disease free models and trasncritical bifurcations in epidemiological models. The last chapter is devoded to the complete study of a model involving a genetic mutation impliying resistanced to antibiotics. Part of the thesis had been realized in the framework of a collaboration with M'hamed El Kahoui (professor at Marrakech University) and Thierry van Ellefterre (modeller at GlaxoSmitheKline)

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

8

El, Zant Manal. "Contribution à une représentation spatio-temporelle des dépêches épidémiologiques." Aix-Marseille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX20666.

Full text

Abstract:

Une représentation spatio-temporelle des évènements est d’une grande importance pour une compréhension détaillée du sens des dépêches épidémiologiques. La dissémination des composants d’une telle représentation dans les dépêches rend difficile l’accès à leurs contenus. Notre travail consiste en une extraction automatique d’une représentation évènementielle de ce type de dépêches. Nous avons implanté un système d’extraction d’information en utilisant les cascades de transducteurs à nombre d’états fini qui a permis la réalisation de trois tâches : la reconnaissance des entités nommées, l’annotation et la représentation des arguments ainsi que la représentation des structures des évènements. Par cette méthode, nous avons obtenu une valeur de rappel comprise entre 74. 24% et 100% pour la reconnaissance des entités nommées et pour la représentation des arguments, nous avons obtenu un rappel compris entre 97. 18% et 99. 54%. Ensuite, nous avons effectué un travail de normalisation de cette représentation par une résolution de certaines coréférences et de certaines inférences dans les cas où les arguments cause pathologique, personne concernée, localisation spatiale et localisation temporelle sont omises ou partiellement reconnues. Nous avons obtenu une valeur de précision comprise entre 70. 83% et 100% pour les résolution de certaines anaphores pronominales. L’évaluation de la résolution des inférences est faite par une recherche des contre-exemples des sorties des règles proposées
A spatio-temporal representation of event structures is important for an automatic comprehension of disease outbreak reports. The dispersion of components in this type of reports makes it difficult to have such a representation. This work describes an automatic extraction of event structures representation of these texts. We built an information extraction system by using cascaded finite state transducers which allowed the realization of three tasks : the named entity recognition, the arguments annotation and representation and the event structure representation. We obtained with this method a recall between 74. 24% and 100% for the named entity recognition task and a recall between 97. 18% and 99. 54% for argument representation task. Thereafter, we contributed to a normalization task in anaphoric pronouns resolution and in some inferences resolution concerning disease causation, concerned person, spatial and temporal location. We obtained a precision between 70. 83% and 100% for anaphoric pronouns resolution. The evaluation of inferences rules resolutions consisted in finding some counterexamples in the corpora for evaluation

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

9

Noël, Pierre-André. "Dynamique de modèles épidémiologiques : applications au cas du virus du Nil occidental." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24606/24606.pdf.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

10

Zeghnoun, Abdelkrim. "Relation à court terme entre pollution atmosphérique et santé : quelques aspects statistiques et épidémiologiques." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077199.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

11

Tewa, Jean Jules. "Analyse globale des modèles épidémiologiques multi-compartimentaux : application à des modèles intra-hôtes de paludisme et de V.I.H." Metz, 2007. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/UPV-M/Theses/2007/Tewa.Jean_Jules.SMZ0710.pdf.

Full text

Abstract:

Dans cette thèse, nous analysons les modèles intra-hôtes de paludisme et de V. I. H. Ces modèles sont d'apparition relativement récente et décrivent la dynamique des différentes étapes des parasites, ainsi que leur interaction avec les cellules hôtes, en particulier les globules rouges et les effecteurs d'immunité. Durant cette dernière décennie, il y a eu un travail considérable sur la modélisation mathématique de l'infection à plasmodium falciparum ; il existe d’ailleurs une revue des modèles intra-hôtes faite par Molineaux et Dietz. Notre travail fait partie de cet effort de compréhension des modèles de Anderson, May et Gupta. L'étude de ces modèles vise trois buts principaux : expliquer les observations par des hypothèses biologiquement convaincantes, prédire l'impact des interventions (par exemple l'utilisation des médicaments anti-paludéens et des moustiquaires imprégnées) et estimer les paramètres cachés (l'un de ces paramètres étant la taille de la population s'equestrée de globules rouge). Nous analysons les modèles de "stage progression" et de "differential infectivity" ; ensuite nous partons du modèle original de Anderson, May et Gupta pour proposer et analyser un modèle général présentant le double avantage de d'écrire la dynamique d'évolution des globules rouges, ainsi que les stades d'évolution morphologique des parasites à l'intérieur des globules rouge parasités ; pour finir nous analysons un modèle dont la nouveauté par rapport au précédent est le lien entre le compartiment des susceptibles et celui des infectieux. Nous établissons dans tous les cas étudiés la stabilité asymptotique et globale de l'équilibre sans maladie (DFE) lorsque le taux de reproduction de base R0 1 ; ce qui signifie que tous les parasites responsables de la maladie disparaissent et la maladie devient contrôlable. Nous obtenons également pour chacun des modèles étudiés, une condition de stabilité asymptotique globale de l'équilibre endémique lorsque R0 > 1. Dans certains cas, le principe de compétition exclusive est également utilisé pour trancher
In this thesis, we analyse intrahost models of malaria and H. I. V. These models are of relatively recent appearance and describe the dynamics of the various stages of the parasites, like their interaction with the host cells, in particular the red blood cells and the immunity effectors. During this decade, there was a considerable work on the mathematical modeling of plasmodium falciparum infection ; a review has been done by Molineaux and Dietz. Our work forms part of this effort of comprehension of the models of Anderson, May and Gupta. The study of these models aims three principal goals : to explain the observations by biologically convincing assumptions, to predict the impact of the interventions (for example the use of the anti-paludic drugs and impregnated mosquito nets) and to consider the parameters hidden (one of these parameters being size of the sequestered population of red blood cells). We analyze the stages progression and the differential infectivity models ; then we leave the original model of Anderson, May and Gupta to propose and analyze a general model having the double advantage of describing the dynamics of evolution of the red blood cells, as well as the stages of morphological evolution of the parasites inside the parasitized red blood cells ; to finish we analyze a model whose innovation compared to the precedent is the bond between the compartment of susceptibles and that of the infectious one. We establish in all the studied cases here the global asymptotic stability of the disease free equilibrium (DFE) when the basic reproduction ratio R0 1. What means that the disease naturally dies out. We also obtain for each model studied here, a condition for global asymptotic stability of the endemic equilibrium when R0 > 1. In certain cases, the principle of exclusive competition is also used to slice

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

12

Tsanou, Berge. "Etude de quelques modèles épidémiologiques de métapopulation: application à la tuberculose et au paludisme." Phd thesis, Université de Lorraine, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00844180.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette thèse est d'abord de modéliser, analyser, puis simuler certains modèles de métapopulations basés sur quelques approches modernes de la mobilité des humains, et ensuite d'attaquer et de résoudre la difficile question de l'existence et de la stabilité des équilibres endémiques.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

13

Tsanou, Berge. "Etude de quelques modèles épidémiologiques de métapopulations : application au paludisme et à la tuberculose." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0055/document.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette étude est la modélisation, l'analyse mathématique et la simulation de modèles épidémiologiques de métapopulations basées sur quelques approches modernes de la mobilité (mouvement) des individus. Ensuite d'examiner l'influence de la mobilité des humains sur la propagation de certaines maladies infectieuses. Enfin de s'attaquer à la difficile question de l'existence de la stabilité des équilibres endémiques pour des modèles de métapopulations. Nous proposons des modèles de métapopulations qui étendent sur plusieurs patches des modèles épidémiologiques déjà connus sur un seul patch pour certaines maladies infectieuses telles que le Paludisme, la Tuberculose et certaines maladies sexuellement transmissibles qui ne confèrent aucune immunité. Nos modèles sont basés sur des modèles de mobilité des humains qui prennent des formes différentes conduisant à plusieurs approches de la modélisation des métapopulations : les formulations d'Euler, de Lagrange du mouvement des particules (ici des humains) empruntés à la Mécanique des Fluides et une dernière formulation statistique plus récente prenant en compte les degrés des patches du réseau de métapopulations. Nous en donnons chaque fois une analyse mathématique rigoureuse. Le cadre théorique mathématique qur lequel nous nous appuyonspour donner une analyse complète de nos modèles est celui des systèmes dynamiques triangulaires, monotones ou anti-monotones et l'usage des techniques de Lyapunov-Lasalle est indispensable. Dans les deux premières parties de ce travail, nous prouvons que les solutions stationnaires (équilibres) des modèles obtenus sont globalement asymptotiquement stable lorsque le nombre de reproduction de base R01 (pour l'unique équilibre endémique). Dans la dernière partie, nous construisons un modèle de propagation de la tuberculose en s'appuyant sur les deux types forces d'infections les plus utilisées en modélisation mathématique des épidémies : la transmission fréquente-dépendante et la transmission densité-dépendante. Nous donnons pour chaque type de modèle, la formule explicite du nombre de reproduction de base. Nous montrons ensuite pour le modèle fréquente-dépendante, que l'équilibre sans maladie est globalement asymptotiquement stable lorsque R0<1. Et que pour le modèle à transmission densité-dépendante, nous prouvons l'existence d'un équilibre endémique lorsque R0>1. A la fin de chaque partie, des simulations numériques sont effectuées pour examiner l'influence des la mobilité des individus sur le nombre de reproduction de base R0, sur les solutions de nos systèmes et par conséquent sur la propagation de la maladie en étude
The objective of this thesis is first the modeling, the mathematical analysis and numerical simulations of the metapopulation models of infectious diseases based on some modern approaches of the mobility patterns of humans. Secondly to examine the influence of the mobility (movement) of people on the spread of some human infectious diseases. Finally to deal with the difficult question of the existence and stability of endemic equilibria of metapopulation models. For certain diseases such as Malaria, Tuberculosis or some Sexually Transmitted Diseases that do not confer any immunity, we give some metapopulation models that extend to multiple patches the well know epidemiological models in one patch. Our models are based on the mobility patterns of humans wich can take different forms leading to numerous approaches of modeling metapopulations : the Euler approach of the movement of particles (here humans) as in Fluid Mechanics, is used in the first part. The Lagrange approach of the movement of particles (here humans) as in Fluid Mechanics, is used in the second part. The last and more recent approach based on Statistical Mechanics, wich takes into account the degree distribution of the network of the metapopulation is used in the third and last part of this work. For each approach, we build a metapopulation model for a chosen disease, and gve its mathematical analysis. The theoretical framework we use to analyze ou models is that of triangular, monotone or anti-monotone non-linear dynamical systems. We also use some Lyapunov-Lasalle techniques. In the fisrt two parts of our work, we prove that the steady solutions (called equilibria) of the given systems are globally asymptotically stable when the basic reproduction number R0 is less than or equal to the unity (for the disease free equilibria), and when R0 is greater than one (for the endemic equilibria). In the last part, we build a model to describe the spreading of tuberculosis hinging on the two most used forces of infection in mathematical modeling of epidemics : the frequency-dependant transmission and the density-dependant transmission. For each type of trasmission model, we give the explicit formula for the basic reproduction number. We prove for the frequency-dependant transmission model, that the disease free equilibrium is globally asymptotically stable when R0 is less than one. And for the density-dependant transmission model, we prove the existence of an endemic equilibrium when R0 is greater than one. Numerical simulations are performed at the end of each part to examine the influence of human's mobility on the basic reproduction number, as well as on the behavior of the solutions and consequently on the spreading patterns of the diseases under study

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

14

Tsanou, Berge. "Etude de quelques modèles épidémiologiques de métapopulations : application au paludisme et à la tuberculose." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0055.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette étude est la modélisation, l'analyse mathématique et la simulation de modèles épidémiologiques de métapopulations basées sur quelques approches modernes de la mobilité (mouvement) des individus. Ensuite d'examiner l'influence de la mobilité des humains sur la propagation de certaines maladies infectieuses. Enfin de s'attaquer à la difficile question de l'existence de la stabilité des équilibres endémiques pour des modèles de métapopulations. Nous proposons des modèles de métapopulations qui étendent sur plusieurs patches des modèles épidémiologiques déjà connus sur un seul patch pour certaines maladies infectieuses telles que le Paludisme, la Tuberculose et certaines maladies sexuellement transmissibles qui ne confèrent aucune immunité. Nos modèles sont basés sur des modèles de mobilité des humains qui prennent des formes différentes conduisant à plusieurs approches de la modélisation des métapopulations : les formulations d'Euler, de Lagrange du mouvement des particules (ici des humains) empruntés à la Mécanique des Fluides et une dernière formulation statistique plus récente prenant en compte les degrés des patches du réseau de métapopulations. Nous en donnons chaque fois une analyse mathématique rigoureuse. Le cadre théorique mathématique qur lequel nous nous appuyonspour donner une analyse complète de nos modèles est celui des systèmes dynamiques triangulaires, monotones ou anti-monotones et l'usage des techniques de Lyapunov-Lasalle est indispensable. Dans les deux premières parties de ce travail, nous prouvons que les solutions stationnaires (équilibres) des modèles obtenus sont globalement asymptotiquement stable lorsque le nombre de reproduction de base R01 (pour l'unique équilibre endémique). Dans la dernière partie, nous construisons un modèle de propagation de la tuberculose en s'appuyant sur les deux types forces d'infections les plus utilisées en modélisation mathématique des épidémies : la transmission fréquente-dépendante et la transmission densité-dépendante. Nous donnons pour chaque type de modèle, la formule explicite du nombre de reproduction de base. Nous montrons ensuite pour le modèle fréquente-dépendante, que l'équilibre sans maladie est globalement asymptotiquement stable lorsque R0<1. Et que pour le modèle à transmission densité-dépendante, nous prouvons l'existence d'un équilibre endémique lorsque R0>1. A la fin de chaque partie, des simulations numériques sont effectuées pour examiner l'influence des la mobilité des individus sur le nombre de reproduction de base R0, sur les solutions de nos systèmes et par conséquent sur la propagation de la maladie en étude
The objective of this thesis is first the modeling, the mathematical analysis and numerical simulations of the metapopulation models of infectious diseases based on some modern approaches of the mobility patterns of humans. Secondly to examine the influence of the mobility (movement) of people on the spread of some human infectious diseases. Finally to deal with the difficult question of the existence and stability of endemic equilibria of metapopulation models. For certain diseases such as Malaria, Tuberculosis or some Sexually Transmitted Diseases that do not confer any immunity, we give some metapopulation models that extend to multiple patches the well know epidemiological models in one patch. Our models are based on the mobility patterns of humans wich can take different forms leading to numerous approaches of modeling metapopulations : the Euler approach of the movement of particles (here humans) as in Fluid Mechanics, is used in the first part. The Lagrange approach of the movement of particles (here humans) as in Fluid Mechanics, is used in the second part. The last and more recent approach based on Statistical Mechanics, wich takes into account the degree distribution of the network of the metapopulation is used in the third and last part of this work. For each approach, we build a metapopulation model for a chosen disease, and gve its mathematical analysis. The theoretical framework we use to analyze ou models is that of triangular, monotone or anti-monotone non-linear dynamical systems. We also use some Lyapunov-Lasalle techniques. In the fisrt two parts of our work, we prove that the steady solutions (called equilibria) of the given systems are globally asymptotically stable when the basic reproduction number R0 is less than or equal to the unity (for the disease free equilibria), and when R0 is greater than one (for the endemic equilibria). In the last part, we build a model to describe the spreading of tuberculosis hinging on the two most used forces of infection in mathematical modeling of epidemics : the frequency-dependant transmission and the density-dependant transmission. For each type of trasmission model, we give the explicit formula for the basic reproduction number. We prove for the frequency-dependant transmission model, that the disease free equilibrium is globally asymptotically stable when R0 is less than one. And for the density-dependant transmission model, we prove the existence of an endemic equilibrium when R0 is greater than one. Numerical simulations are performed at the end of each part to examine the influence of human's mobility on the basic reproduction number, as well as on the behavior of the solutions and consequently on the spreading patterns of the diseases under study

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

15

Kamgang, Jean-Claude. "Contribution à la stabilisation des systèmes mécaniques : contribution à l'étude de la stabilité des modèles épidémiologiques." Metz, 2003. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/UPV-M/Theses/2003/Kamgang.Jean_Claude.SMZ0306.pdf.

Full text

Abstract:

Cette thèse est constituée de deux parties correspondant aus deux titres ci-dessus. L'objectif de la première partie est d'étudier les propriétés d'un contrôle-système en dimension infinie (stabilité par rétro-action statique et dynamique d'état), en se servant des propriétés obtenues sur une suite de contrôle-systȩ̀mes en dimension finie que l'on a obtenu suite à la discrétisation du contrôle-système en dimension infinie. Après avoir fait des rappels des outils fondamentaux sur la stabilité et l'observabilité des systèmes dynamiques, puis passé en revue les principales techniques d'observations, nous nous sommes intéressés à un système nominal, le classique "Body Beam System" dans le contexte que nous avons énoncé. Nous considérons le système sans frottement avec un contrôle sur le couple de rotation du disque. Le modèle d'état de ce système est un contrôle-système en dimension infinie. Après avoir fait des rappels des outils fondamentaux sur la stabilité et l'observabilité des systèmes dynamiques, puis passé en revue les principales techniques d'observations, nous nous sommes intéressés à un système nominal, le classique "Body Beam System" dnas le contexte que nous avons énoncé. Nous considérons le système sans frotement avec un contrôle sur le couple de rotation du disque. Le modèle d'état de ce système est un contrôle-système en dimension infinie. Nous établissons les propriétées C[infini]-stabilisabilité de ces derniers par des retours d'états statiques et dynamiques. Notre travail est encore en cours sur les ajustements nécessaires pour l'extension de ces propriétés au contrôle-système en dimension infinie. L'objectif de la deuxième partie est de fournir un outil permettant l'analyse systématique de la stabilité du point d'équilibre non endémique (DFE) des modèle épidémiologiques. Après avoir fait quelques rappels terminologiques de l'épidémiologie, rassemblé les notions terminologiques éparses dans la littérature dans des domaines divers contribuant tous aux fins de la modélisation épidémiologique, nous avons proposé et démontré un résultat duquel on obtiendrait systématiquement des conditions nécessaires de stabilité du DFE des modèles épidémiologiques. Nous avons également proposé un algorithme de calcul R0, lorsque la méthode classique basée sur la condition de Routh Hurwitz devient inéxpolitable. Nous avons ensuite présenté une liste d'exemples que nous avons pris dans la littérature pour établir l'efficacité de notre résultat. L'application de nos résultats nous permet d'obtenir les résultats des auteurs des modèles considérés, le cas échéant, de proposer des conditions nécessaires de stabilité meilleur. Dans plusieurs cas, nous établissons R0 = 1 est point de bifurcation. C'est ainsi qu'à l'aide de nos résultats, nous avons prouvéune conjecture de Prelson, Kirshner et De Boer posée dans [66]

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

16

Charaudeau, Ségolène. "Réseaux de mouvements dans les modèles épidémiologiques: intégration, analyse et application aux mouvements de navette en France." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00934932.

Full text

Abstract:

Les infrastructures de transport, liées à la géographie du territoire, ont une influence importante sur les interactions entre individus. La progression récente de la rapidité et de la fréquence des déplacements ont notamment aidé à la diffusion à l'échelle mondiale de plusieurs maladies: HIV, SARS, H1N1, MRSA. Dans ce contexte, il est d'une importance cruciale de développer des outils théoriques permettant de comprendre comment la mobilité humaine influence la propagation de maladies infectieuses. Au cours de cette thèse, nous avons tout d'abord réalisé une revue systématique de l'utilisation des mouvements de population dans la propagation épidémique.Nous nous sommes ensuite focalisés sur l'étude des mouvements de navette et avons développé plusieurs outils pour comprendre leur influence: l'exemple de la diffusion de la grippe en France a été utilisé pour cette étude. La première partie de cette thèse a été consacrée à une review systématique des travaux portant sur des modèles de propagation épidémique intégrant des données de mobilité. Si le rôle des transports aériens dans la diffusion des pathogènes est aujourd'hui bien documenté, à l'échelle nationale/régionale, les mouvements de navette en revanche sont souvent intégrés sans que cela soit justifié. Dans la suite de cette thèse, nous avons donc cherché à comprendre l'influence que ces mouvements pouvaient avoir, en se focalisant sur le cas spécifique de la propagation de la grippe en France. Tout d'abord, nous avons effectué un calcul de l'auto-corrélation spatiale des données de suivi de propagation grippale enregistrées par le réseau Sentinelles basée sur les mouvements de navette, afin de confirmer leur influence sur la propagation de la grippe. Grâce à des outils de comparaison d' épidémies basés sur un modèle métapopulation, nous avons ensuite montré qu'il était important d'intégrer les mouvements des enfants et des adultes, qui sont différents. Cette étude nous a également permis de montrer l'existence de chemins de diffusion typiques, emprunt és selon le point de départ de l'épidémie. Dans un second temps, nous avons effectué une étude analytique de l'influence des mouvements de navette en développant un modèle linéaire basé sur le précédent. Nous proposons dans cette thèse deux outils basés sur l'analyse spectrale de la matrice de ce modèle et du sous-espace vectoriel généré par ses vecteurs propres dominants: ces outils ont permis d' étudier le rôle de chaque canton dans la diffusion de la grippe d'une part et la dynamique globale du modèle d'autre part, ainsi que de confirmer les résultats précédents.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

17

Sedrati, Said. "Un outil de spécification et d'évaluation efficace des expressions mathématiques des modèles épidémiologiques pour la simulation des zoonoses." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29934/29934.pdf.

Full text

Abstract:

La géosimulation est une approche qui permet la modélisation et la simulation de phénomènes dynamiques. Elle est appliquée dans un grand nombre de domaines tels que l’urbanisme, la gestion de l’environnement et la santé publique. La géosimulation se base sur des données géo-référencées qui fournissent le contexte spatial virtuel de la simulation. La dynamique du phénomène simulé est généralement fondée sur des modèles, des algorithmes et/ou des équations mathématiques. Dans le domaine de la santé publique qui nous concerne ici, plusieurs approches de simulation ont été proposées pour simuler la propagation des maladies vectorielles ou zoonoses. Une zoonose est une maladie propagée par un virus ou une bactérie transmise par des insectes (ex. moustiques, tiques) à des animaux (rongeurs, oiseaux, mammifères) qui peuvent être infectés, et à leur tour transmettre le virus ou la bactérie à des insectes sains qui les piquent. Éventuellement les insectes peuvent aussi piquer les humains et leur transmettre la maladie. Dans ces approches, on représente habituellement la dynamique de la zoonose par des modèles mathématiques (dits ‘à base de compartiments’) en faisant l’hypothèse que l’espace est homogène. Ainsi elles ne tiennent pas compte de l’influence du ‘paysage’ (en particulier de la couverture du sol). Pourtant prendre en compte les caractéristiques spatiales est important si on veut simuler de façon plausible la dynamique des zoonoses en tenant compte des zones favorables à la survie ou à la prolifération de certaines espèces (ex. moustiques, tiques) de leur dispersion par les espèces transportrices (ex. oiseaux, chevreuils) et de leurs comportements de mobilité. Dans le projet ZoonosisMAGS, dans lequel s’insère ce travail de maîtrise, on vise à développer une approche générique de simulation de la propagation des zoonoses en utilisant des données géo-référencées et en créant un environnement géographique virtuel efficace pour tenir compte de l’influence de la couverture du sol. Pour la dynamique du phénomène qui reflète l’évolution des espèces (des stades œuf, larve, nymphe à adulte), leurs interactions et leur statut épidémiologique (sain, susceptible, infecté) on utilise un modèle enrichi à base de compartiments qui représente les stades d’évolution biologiques et épidémiologiques des différentes espèces impliquées dans la zoonose. Les populations de chaque espèce en interaction et à divers stades de maturité sont associées aux cellules qui représentent les unités de l’environnement géographique virtuel. La transition des individus d’une espèce d’un compartiment à un autre, ainsi que l’interaction entre les espèces se fait à travers des calculs d’expressions mathématiques à chaque pas de simulation, et ceci pour chaque cellule. Par exemple, dans le cadre d’une simulation de la propagation de la maladie de Lyme sur 365 jours d’une année, sur une région d’environ 300km2, on doit évaluer environ 150 expressions mathématiques pour une trentaine de compartiments et environ 20000 cellules à chaque pas de temps. On comprend qu’un défi majeur est celui de l’efficacité de la spécification et de l’évaluation des expressions mathématiques. Aussi, nous traitons dans ce mémoire une première problématique qui concerne la spécification et l’évaluation efficace des expressions mathématiques et booléennes pour de telles simulations. C’est dans ce contexte que nous avons développé un système qui permet à l’usager de spécifier les expressions mathématiques requises par de telles simulations, ainsi qu’un système qui les évalue par la suite de manière très efficace. La spécification des modèles de compartiments des espèces, de leurs interactions et de l’infection peut être une tâche complexe pour certaines zoonoses comme la maladie de Lyme. À cet effet, nous avons traité une deuxième problématique visant à simplifier la tâche de spécification des modèles en créant un module graphique couplé au système d’expressions mathématiques. En nous basant sur la librairie de dessin Visio, nous avons développé un tel système qui est complètement intégré au simulateur ZoonosisMAGS (version C++). Dans ce mémoire nous présentons le contexte de la recherche, les étapes d’analyse et de conception des systèmes développés. Nous montrons à travers des cas d’utilisation comment ces systèmes sont pratiquement utilisés grâce aux interfaces utilisateurs pratiques que nous avons développées. Nous rendons compte de tests d’efficacité qui ont été conduits pour montrer la contribution de notre travail à travers les résultats d’exécution des expressions mathématiques dans une simulation utilisant un modèle à base de compartiments de la maladie de Lyme.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

18

Sedrati, Saïd. "Un outil de spécification et d'évaluation efficace des expressions mathématiques des modèles épidémiologiques pour la simulation des zoonoses." Master's thesis, Université Laval, 2013. http://hdl.handle.net/20.500.11794/24925.

Full text

Abstract:

La géosimulation est une approche qui permet la modélisation et la simulation de phénomènes dynamiques. Elle est appliquée dans un grand nombre de domaines tels que l’urbanisme, la gestion de l’environnement et la santé publique. La géosimulation se base sur des données géo-référencées qui fournissent le contexte spatial virtuel de la simulation. La dynamique du phénomène simulé est généralement fondée sur des modèles, des algorithmes et/ou des équations mathématiques. Dans le domaine de la santé publique qui nous concerne ici, plusieurs approches de simulation ont été proposées pour simuler la propagation des maladies vectorielles ou zoonoses. Une zoonose est une maladie propagée par un virus ou une bactérie transmise par des insectes (ex. moustiques, tiques) à des animaux (rongeurs, oiseaux, mammifères) qui peuvent être infectés, et à leur tour transmettre le virus ou la bactérie à des insectes sains qui les piquent. Éventuellement les insectes peuvent aussi piquer les humains et leur transmettre la maladie. Dans ces approches, on représente habituellement la dynamique de la zoonose par des modèles mathématiques (dits ‘à base de compartiments’) en faisant l’hypothèse que l’espace est homogène. Ainsi elles ne tiennent pas compte de l’influence du ‘paysage’ (en particulier de la couverture du sol). Pourtant prendre en compte les caractéristiques spatiales est important si on veut simuler de façon plausible la dynamique des zoonoses en tenant compte des zones favorables à la survie ou à la prolifération de certaines espèces (ex. moustiques, tiques) de leur dispersion par les espèces transportrices (ex. oiseaux, chevreuils) et de leurs comportements de mobilité. Dans le projet ZoonosisMAGS, dans lequel s’insère ce travail de maîtrise, on vise à développer une approche générique de simulation de la propagation des zoonoses en utilisant des données géo-référencées et en créant un environnement géographique virtuel efficace pour tenir compte de l’influence de la couverture du sol. Pour la dynamique du phénomène qui reflète l’évolution des espèces (des stades œuf, larve, nymphe à adulte), leurs interactions et leur statut épidémiologique (sain, susceptible, infecté) on utilise un modèle enrichi à base de compartiments qui représente les stades d’évolution biologiques et épidémiologiques des différentes espèces impliquées dans la zoonose. Les populations de chaque espèce en interaction et à divers stades de maturité sont associées aux cellules qui représentent les unités de l’environnement géographique virtuel. La transition des individus d’une espèce d’un compartiment à un autre, ainsi que l’interaction entre les espèces se fait à travers des calculs d’expressions mathématiques à chaque pas de simulation, et ceci pour chaque cellule. Par exemple, dans le cadre d’une simulation de la propagation de la maladie de Lyme sur 365 jours d’une année, sur une région d’environ 300km2, on doit évaluer environ 150 expressions mathématiques pour une trentaine de compartiments et environ 20000 cellules à chaque pas de temps. On comprend qu’un défi majeur est celui de l’efficacité de la spécification et de l’évaluation des expressions mathématiques. Aussi, nous traitons dans ce mémoire une première problématique qui concerne la spécification et l’évaluation efficace des expressions mathématiques et booléennes pour de telles simulations. C’est dans ce contexte que nous avons développé un système qui permet à l’usager de spécifier les expressions mathématiques requises par de telles simulations, ainsi qu’un système qui les évalue par la suite de manière très efficace. La spécification des modèles de compartiments des espèces, de leurs interactions et de l’infection peut être une tâche complexe pour certaines zoonoses comme la maladie de Lyme. À cet effet, nous avons traité une deuxième problématique visant à simplifier la tâche de spécification des modèles en créant un module graphique couplé au système d’expressions mathématiques. En nous basant sur la librairie de dessin Visio, nous avons développé un tel système qui est complètement intégré au simulateur ZoonosisMAGS (version C++). Dans ce mémoire nous présentons le contexte de la recherche, les étapes d’analyse et de conception des systèmes développés. Nous montrons à travers des cas d’utilisation comment ces systèmes sont pratiquement utilisés grâce aux interfaces utilisateurs pratiques que nous avons développées. Nous rendons compte de tests d’efficacité qui ont été conduits pour montrer la contribution de notre travail à travers les résultats d’exécution des expressions mathématiques dans une simulation utilisant un modèle à base de compartiments de la maladie de Lyme.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

19

Thoraval, Coralie. "Contributions mécaniques et statistiques à la conception et au développement d'équipements de protection individuelle sportifs : tests biomécaniques et modèles numériques." Thesis, Valenciennes, 2013. http://www.theses.fr/2013VALE0023.

Full text

Abstract:

Oxylane, groupe industriel fondé en 1976, a pour objectif de rendre accessible le plaisir du sport au plus grand nombre. Chaque année en France, il est estimé à plus de 900 000 le nombre de recours aux urgences liés aux accidents sportifs. Ils représentent en 2001 plus d’un accident de la vie courante sur trois pour les 15-25 ans. Face à l’importance de ces accidents, Oxylane doit concilier la conception de produits sportifs à la sécurité de leurs usagers. Des projets de recherche sont ainsi dédiés à la protection du corps humain lors de la pratique sportive. L’objectif du travail présenté ici est de réaliser un état des lieux de l’efficacité des protections et cibler le sportif accidenté
Thesis

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

20

Roubal, Christophe. "Tavelures du pommier et de l'olivier : réalisation de modèles épidémiologiques par des méthodes exploitant des observations biologiques acquises au verger." Thesis, Avignon, 2017. http://www.theses.fr/2017AVIG0694/document.

Full text

Abstract:

La modélisation de la dynamique épidémiologique des ascomycètes parasites des arbres fruitiers présente deux aspects très importants : l’évaluation de la quantité d'inoculum et de son évolution, et l’identification des évènements climatiques donnant lieu à une contamination. Le travail présenté aborde ces deux aspects au travers de deux exemples : la tavelure du pommier, et la maladie de l’œil de paon de l’olivier, parasites majeurs pour les filières concernées.L’acquisition des connaissances sur la biologie des deux maladies a été abordée uniquement sur la base de données acquises sur le terrain, ce qui est original car généralement les modèles ont été réalisés sur la base de connaissances établies en conditions contrôlées.Dans le cas de Venturia inaequalis, agent de la tavelure du pommier, la vitesse de développement journalier de l’inoculum a été établie par optimisation numérique, sur la base d’observations réalisées en Provence. Un modèle de dynamique de projection des ascospores incluant la suspension de l’évolution de l’inoculum primaire lors des périodes sèches a été réalisé puis validé sur un jeu de données indépendantes. La transposabilité du modèle a été ensuite étudiée pour une autre région (Aquitaine). Dans le cas de Fusicladium oleagineum, agent de la maladie de l’oeil de paon, les conditions de contamination ont été établies en fonction de la température et de l’hygrométrie, d’une part par la réalisation d’un abaque sur la base de points sélectionnés par dires d’expert, et d’autre part de façon automatique à l’aide d’un système par apprentissage (réseau de neurones). Un modèle, liant la température moyenne après la contamination à l’apparition des symptômes a été ensuite réalisé
Apple scab, caused by Venturia inaequalis, and peacoq leaf spot, cause by Fusicladiumoleagineum, are key diseases respectively for apple and olive growers. These disease usuallyrequire a large number of treatments. Adequate protection need a good evaluation ofquantitative disponibility of inoculum, and estimation of infection conditions.In this thesis, these two problems were studied using only field data. This is an originalaprroach to obtain knowledge about biology of fungi : most previous works were realised byregression of laboratory data obtained under controled conditions.In the case of Venturia inaequalis, primary inoculum consists of pseudothecia present in leaflitter. Treatments agains ascospore release period is the cornerstone of the strategy againstapple scab. However, the existing forecasting models are not reliable, and are all based ondegree-day time scale, proposed in 1982.Here, using a corpus of data acquired between 1996 and 2013, including observations ofascospore release and weather data, we assessed the daily rate of development of primaryinoculum by fitting generic new time scale functions. Further improvements were then studiedto take into account elements reported in litterature about the incidence of rain or wetness.Different methods were tested and adapted for the parameterisation of models by numericaloptimisation. Some forcasting models were proposed and adapted to the area where the studywas conducted, with parameters including rain and temperature. The validity was tested, andfurther developements of the forecasting tool was then proposed.In the case of Fusicladium oleagineum, a field-operational model predicting disease outbreakswas established as a function of temperature and relative humidity. First with the help ofpoints selected by experts, Secondly automaticaly using a neural network. A model defininglatent period as a function of average temperature after contamination was then realised

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

21

Fall, Abdoul Aziz. "Etudes de quelques modèles épidémiologiques : application à la transmission du virus de l'hépatite B en Afrique subsaharienne (cas du Sénégal)." Thesis, Metz, 2010. http://www.theses.fr/2010METZ003S/document.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette étude est la modélisation, la validation, l'analyse mathématique et la simulation de modèles de transmission de l'hépatite B en Afrique en général et au Sénégal en particulier. Nous proposons de nouveaux modèles bases sur les connaissances actuelles de l'histoire naturelle de la transmission du virus de l'hépatite B. Ainsi, nous présentons deux modèles de la transmission du VHB1, un modèle sans transmission verticale et un autre ou la transmission verticale de la maladie est prise en compte. Ce second modèle est justifié par la controverse, en ce qui concerne l'incidence des transmissions verticale ou périnatale au niveau de la zone Afrique ; entre d'une part, l'Organisation Mondiale de la Santé et d'autre part les spécialistes de l'hépatite B au Sénégal. Ces modèles, nous ont conduit à étudier des modèles épidémiologiques avec une diérentiabilitée, au niveau des susceptibles, et progression de stade pour les infectieux. Nous obtenons une analyse complète de la stabilité de ces modèles à l'aide des techniques de Lyapunov suivant la valeur du taux de reproduction de base R0. Ce qui nous conduit à l'étude d'un modèle épidémiologique beaucoup plus général qui englobe ceux proposés pour la modélisation de la transmission du virus de l'hépatite B. Nous illustrons à la fin de ce travail ces modèles par des simulations numériques. Ces dernières sont faites à partir de nos modèles confrontés aux données recueillies du programme de lutte contre l'épidémie de l'hépatite B au Sénégal et dans la littérature. Elles permettrons l'effet de la transmission verticale/périnatale du virus de l'hépatite B sur les politiques de Santé Publique
We propose new models based on the state of art and the epidemiology currently known from the transmission of the hepatitis B virus. Thus, we present two models of the transmission of Hepatitis Bvirus, a model without vertical transmission and another in which the vertical transmission of the disease is taken into account, This second model is justified by the controversy, with regard to the incidence of the vertical and perinatal transmission of the virus in some parts of Africa ; between the World Health Organization on one hand and hepatitis B's specialists in Senegal on the other hand. These models helped us to analyse epidemiological models with a differential susceptibility of the population, and stagged progression of infectious. We present a thorough analysis of the stability of the models using the Lyapunov techniques and obtain the basic reproduction ratio, R0 which allows into the study of general epidemiological models including those proposed for the transmission of the hepatitis B virus. Numerical simulations are done to illustrate the behaviour of the model, using data collected during the campaign against epidemic hepatitis B in Senegal and from published literature. These models enable the evaluation of the incidence of the vertical and perinatal transmission of the hepatitis B virus on the policies of Public Health

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

22

Fall, Abdoul Aziz. "Etudes de quelques modèles épidémiologiques : application à la transmission du virus de l'hépatite B en Afrique subsaharienne (cas du Sénégal)." Electronic Thesis or Diss., Metz, 2010. http://www.theses.fr/2010METZ003S.

Full text

Abstract:

L'objectif de cette étude est la modélisation, la validation, l'analyse mathématique et la simulation de modèles de transmission de l'hépatite B en Afrique en général et au Sénégal en particulier. Nous proposons de nouveaux modèles bases sur les connaissances actuelles de l'histoire naturelle de la transmission du virus de l'hépatite B. Ainsi, nous présentons deux modèles de la transmission du VHB1, un modèle sans transmission verticale et un autre ou la transmission verticale de la maladie est prise en compte. Ce second modèle est justifié par la controverse, en ce qui concerne l'incidence des transmissions verticale ou périnatale au niveau de la zone Afrique ; entre d'une part, l'Organisation Mondiale de la Santé et d'autre part les spécialistes de l'hépatite B au Sénégal. Ces modèles, nous ont conduit à étudier des modèles épidémiologiques avec une diérentiabilitée, au niveau des susceptibles, et progression de stade pour les infectieux. Nous obtenons une analyse complète de la stabilité de ces modèles à l'aide des techniques de Lyapunov suivant la valeur du taux de reproduction de base R0. Ce qui nous conduit à l'étude d'un modèle épidémiologique beaucoup plus général qui englobe ceux proposés pour la modélisation de la transmission du virus de l'hépatite B. Nous illustrons à la fin de ce travail ces modèles par des simulations numériques. Ces dernières sont faites à partir de nos modèles confrontés aux données recueillies du programme de lutte contre l'épidémie de l'hépatite B au Sénégal et dans la littérature. Elles permettrons l'effet de la transmission verticale/périnatale du virus de l'hépatite B sur les politiques de Santé Publique
We propose new models based on the state of art and the epidemiology currently known from the transmission of the hepatitis B virus. Thus, we present two models of the transmission of Hepatitis Bvirus, a model without vertical transmission and another in which the vertical transmission of the disease is taken into account, This second model is justified by the controversy, with regard to the incidence of the vertical and perinatal transmission of the virus in some parts of Africa ; between the World Health Organization on one hand and hepatitis B's specialists in Senegal on the other hand. These models helped us to analyse epidemiological models with a differential susceptibility of the population, and stagged progression of infectious. We present a thorough analysis of the stability of the models using the Lyapunov techniques and obtain the basic reproduction ratio, R0 which allows into the study of general epidemiological models including those proposed for the transmission of the hepatitis B virus. Numerical simulations are done to illustrate the behaviour of the model, using data collected during the campaign against epidemic hepatitis B in Senegal and from published literature. These models enable the evaluation of the incidence of the vertical and perinatal transmission of the hepatitis B virus on the policies of Public Health

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

23

Umulisa, Guillaume Chantal. "Les représentations psychosociales du suicide, modèles épidémiologiques du suicide, profils de santé mentale, et effets de champs : approche structurale des représentations." Aix-Marseille 1, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX1A120.

Full text

Abstract:

Plutôt que de tenter d'expliquer les comportements suicidaires par les problèmes sociaux et leurs classifications statistiques ou encore les caractéristiques individuelles, psychologiques, familiales, et socio-économiques, cette étude appréhende le suicide à travers les modes de raisonnement que véhiculent les discours à son sujet. S'inscrivant dans la lignée de recherches en psychologie des représentations sociales de la santé, cette étude montre que le suicide émerge de systèmes complexes de croyances, d'attitudes, de normes, et de traditions spécifiques en fonction de la construction mentale qu'en élaborent les individus. Le suicide prend toute sa signification au sein des rapports sociaux, et des différentes interprétations sociales qui lui sont associées. Dans cette perspective, la souffrance psychique, maladie ou mal-être, n'a de sens que selon les croyances sociales ainsi que les prescriptions et pratiques thérapeutiques mis en place à son égard. Prenant comme point de départ que les modèles sociaux épidémiologiques des comportements suicidaires servent d'ancrage au système de connaissance et aux codes d'interprétation du suicide socialement véhiculés, cette étude met en évidence l'interdépendance de différents champs représentationnels homogènes du suicide. À la lumière de la théorie du noyau central, cette étude montre comment ces différents champs s'articulent au sein de la structure signifiante de la représentation du suicide. Spécifiquement, cette étude met en évidence : (i) le caractère structurant de la notion de souffrance psychique dans sa dimension socialement construite, mais aussi la dimension du corps bien que celle-ci suscite des mécanismes de déni ; (ii) le caractère fonctionnel essentiel de la violence, du genre, et de l'ordalie en tant qu'automatismes mentaux des rapports sociaux. Enfin, un rapprochement est effectué entre la représentation sociale du suicide et celle de la prise de risque. Ainsi, au-delà des caractéristiques individuelles ou sociétales, c'est sous une approche intégrative que cette étude met en exergue l'importance de la construction sociale du suicide. Elle conclut en proposant non un modèle additif mais une approche intégrative qui prend en compte les forces d'interaction entre les mécanismes mentaux et les mécanismes sociaux. C'est dans cette même perspective que s'inscrit le concept de résilience en tant que construction mentale de l'altérité. Une politique de prévention plus sociale pourrait donc reposer sur l'articulation du concept de résilience et du champ ouvert par la théorie du noyau central (Abric, 1976) au sein de la psychologie sociale des représentations (Moscovici, 1961 ; 1976) pour comprendre les logiques des rapports à la souffrance et aux procédés de soulagement qui lui sont consacrés.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

24

Picat, Marie-Quitterie. "Analyses intégratives de biomarqueurs immunologiques dans les études épidémiologiques. Applications à trois études cliniques." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0144/document.

Full text

Abstract:

Les processus biologiques sont nombreux et leurs interactions complexes. Les mesures de cesphénomènes génèrent des biomarqueurs multiples. Ainsi, l’épidémiologie doit évoluer dans cecontexte de données complexes et de nature multidimensionnelle. Les maladies du systèmeimmunitaire et les troubles immunologiques qui leur sont associés constituent un bon exemplede pathologies où les questions clinico-épidémiologiques sont de plus en plus complexes,nécessitant des méthodes biostatistiques et épidémiologiques adaptées. Dans cette thèsed’Université, des méthodes permettant de prendre en compte les difficultés méthodologiquesgénérées par les données d’immunologie sont présentées autour de trois applicationscliniques. Notre approche consiste en l’utilisation de méthodes intégratives qui prennent encompte l’ensemble des mesures concernant une pathologie donnée. Nous montrons l’intérêtde l’analyse en composantes principales et de la classification hiérarchique ascendante pourrésumer et extraire l’information de données multiples de cytométrie en flux et celui desmodèles d’équations structurelles pour l’étude de relations complexes entre variables lors deprocessus multifactoriels. Enfin, via l’exemple d’un modèle de reconstitution immunitaireasymptotique utilisant une fonction exponentielle, nous illustrons l’importance de s’appuyersur la structure même des données et sur la compréhension des mécanismes biologiques quisous-tendent la variabilité de ces données dans la réflexion qui concourt au choix d’un modèlestatistique. Les méthodes et la réflexion proposées dans cette thèse sont transposables àd’autres domaines d’application avec des données multiples complexes
Numerous biological processes with potentially complex interactions exist. Measurements ofthese processes allow to produce multiple biomarkers. Thus, there is a need for epidemiologyto evolve within the context of complex and multidimensional data. Immune system diseasesand associated immune disorders are an example of a field where clinical and epidemiologicalissues are increasingly complex, requiring appropriate statistical and epidemiologicalmethods. In this thesis, methods taking into account methodological difficulties generated byimmunology data are presented through three motivating examples. The general paradigm ofour approach is to take into account all measurements on a given pathology using integrativemethods. We propose principal component analysis and hierarchical clustering to summarizemultidimensional cytometry data and structural equation modelling for dealing with complexrelationships between variables in multifactorial processes. Then, through the example of anasymptotic model of immune reconstitution using an exponential function, we illustrate theimportance about the data’s structure and the biological mechanisms underlying its variabilitywhen building a mathematical model. The methods and the thinking advocated in this thesisare transposable to other research domains with complex data

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

25

Reungoat, Patrice. "L'évaluation de l'exposition à la pollution atmosphérique d'origine automobile dans le cadre d'études épidémiologiques : application à l'étude VESTA." Paris 5, 2003. http://www.theses.fr/2003PA05P646.

Full text

Abstract:

L'automobile constituant, en milieu urbain, la principale source de pollution atmosphérique, la question se pose de savoir quels sont les effets sur la santé, à court ou à long terme, des polluants liés aux émissions automobiles. Des études épidémiologiques devraient permettre de répondre à cette question à condition de pouvoir disposer d'une évaluation adéquate de l'exposition des individus étudiés à cette pollution atmosphérique d'origine automobile (PAA), exposition présente mais également passée. En France, les chercheurs du Centre Scientifique et Technique du Bâtiment (CSTB) et de l'Institut National de Recherche sur les Transports et leur Sécurité (INRETS) ont mis au point l'Indice ExTra d'exposition au trafic routier, indice qui repose sur des modèles physico-mathématiques de dispersion de polluants (OSPM et CALINE3). Cet indice permet de classer précisément les lieux de séjour des individus en fonction des concentrations extérieures de polluants auxquelles ils sont soumis, puis de reconstituer l'exposition cumulée de chaque personne devant ces différents lieux de séjour, avec une pondération par le temps passé dans ces lieux. Il n'est, bien sûr, envisageable d'utiliser un tel indice dans le cadre d'études épidémiologiques, qu'après l'avoir validé. Cette recherche avait deux objectifs : 1) valider l'indice ExTra, 2) l'appliquer dans le cadre de l'étude épidémiologique VESTA (V Epidemiological Studies on Transport and Asthma). La validation de l'indice ExTra a été effectuée sur 100 sites exposés à des niveaux contrastés de PAA, dans quatre villes partenaires de l'étude VESTA : Grenoble, Nice, Paris et Toulouse. Les coefficients de corrélation obtenus entre les valeurs des concentrations mesurées et calculées valent, par ville, respectivement : 0,90 ; 0,95 ; 0,89 et 0,89. Par ailleurs, l'application aux enfants inclus dans VESTA a consisté à estimer, à partir du modèle retenu précédemment, leur exposition à la PAA, présente et cumulée jusqu'à la date de point. Les 403 enfants ont été en moyenne exposés à 70 ± 42 æg. M -3 de NOx équivalent NO2 dont 14 ± 22 æg. M -3 attribuables au trafic de proximité. Outre la validation du modèle pour les concentrations en oxydes d'azote et la description des expositions des enfants de VESTA, les résultats obtenus en menant une analyse discriminante par arbres de classification ont permis d'émettre des recommandations sur la pertinence de l'utilisation de l'indice (plutôt que de la pollution de fond fournie par les réseaux) en fonction de l'histoire résidentielle des individus, notamment en considérant le maximum du trafic et le trafic moyen pondéré au domicile ainsi que le minimum de la distance du domicile à son vis-à-vis et le minimum de la distance au trafic du lieu de garde ou de scolarité. .
Automobile exhaust is a major source of air pollution in urban areas. For studying short and long term health effects of this traffic air pollution (TAP) epidemiologists have to determine precisely exposure to such pollution to avoid misclassification. In France, the ExTra index produced by the French Scientific Center for Building Physics (CSTB) and the French National Institute for Transport and Safety Research (INRETS), estimates ambient concentrations of transport-related pollutants in front of the work and living places of urban dwellers. These estimates, combined with time-activity diaries, enable individual exposure to these pollutants in front of these living places to be assessed. Two pollutant dispersion models are used to calculate the ExTra index : the Danish model OSPM (Operational Street Pollution Model) and the CALINE3 model (California Line Source Dispersion Model). Before being applied to large scale epidemiological studies such as the VESTA study (a French multicentric case-control study on asthma), the ExTra index needs to be validated. This research had two goals : 1) to validate the ExTra index, 2) to apply this index to the VESTA study (V Epidemiological Study on Transport and Asthma). The validation study of the ExTra index was performed in four of the French towns participating in the VESTA study. This validation was based on the comparison of nitrogen oxide concentrations (NOx) obtained by measurement against those obtained from calculations, using the ExTra index and the OSPM model. The model was tested at 100 street canyon sites. Then, we used the ExTra index to assess lifelong nitrogen oxides concentrations the 403 study children were exposed to in front of their living places. This assessment highlighted significant disparities : mean ExTra index values and share attributable to proximity traffic were respectively 70 ± 42 and 14 ± 22 æg. M -3 NOx equivalent NO2 for the 403 children. Beyond the validation of the ExTra index for NOx concentrations and the description of the VESTA children's TAP exposures, the results obtained by a discriminant analysis (with classification trees) gave us guidelines for the use of this index (rather than background pollution levels provided by the networks) according to the different residence and school characteristics of a subject throughout his (her) life. .

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

26

Viallefont, Valérie. "Analyses bayesiennes du choix de modèles en épidémiologie : sélection de variables et modélisation de l'hétérogénéité pour des évènements." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T023.

Full text

Abstract:

Cette thèse se décompose en deux parties qui traitent la question du choix modèles dans deux problématiques différentes. Dans la première partie, on s'intéresse, pour les modèles de régression logis multivariée, à différentes stratégies de sélection de variables associées à l'apparition d'une maladie. Les méthodes les plus fréquemment mises en œuvre à l'heure actuelle consistent à sélectionner certaines variables dans un modèle final unique, modèle dans lequel sont ensuite estimés les paramètres et leur variance. Différents critères de sélection existent et la plupart d'entre eux reposent sur une comparaison du degré de signification de tests à une valeur seuil. On s'intéresse aux performances auc performances de ces approches par rapport à celles d'une méthode bayésienne dans laquelle on considère tout un ensemble de modèles. A chaque modèle est associé sa probabilité a posteriori. Cette approche permet d'estimer la probabilité de l'existence d'une association entre chaque variable et l'apparition de la maladie, et de calculer des estimations globale des paramètres. Deux schémas de simulations sont envisagés pour cette comparaison : l'un évoque un cas d'école où l'on s'intéresse à un facteur de risque en présence d'un unique facteur de confusion potentiel, l'autre caractérise une enquête épidémiologique avec un grand nombre de facteurs de risque possibles. Les critères de comparaison portent sur le biais moyen dans l'estimation des coefficients, les pourcentages d’erreurs de première et seconde espèces ou leur équivalent bayésien, et l'expression du degré d'incertitude. La méthode bayésienne fournit notamment une appréciation plus explicite de l'incertitude sur les conclusions. Dans la deuxième partie, on s'intéresse au cas où des données relatives à des événements rares présentent une trop forte hétérogénéité pour être modélisées par une seule distribution de Poisson. On fait alors l'hypothèse qu'elles sont issues de mélange de distributions de Poisson. On propose d'estimer conjointement, dans un modèle hiérarchique bayésien, le nombre de composantes du mélange et les proportions et paramètres de chacune, par les méthodes de Monte Carlo par Chaîne de Markov (MCMC). L'estimation du nombre de composantes nécessite que la dimension de l'espace des paramètres puisse varier : pour ceci on utilise le principe du "Saut Reversible". On illustre la difficulté de trouver une loi a priori faiblement informative pour les paramètres de Poisson en étudiant la sensibilité des résultats au choix de cette loi a priori et de ses paramètres. On propose différentes transformations lors du changement de dimension de l'espace des paramètres et on s'intéresse à leur influence sur les performances de l'algorithme, notamment son caractère mélangeant. Enfin on écrit deux modèles, de prise en compte de covariables, dont l'effet est soit homogène soit hétérogène sur les composantes du mélange. Les comparaisons sont menées sur des jeux de données simulés, et le modèle est finalement illustré sur des données réelles de nature épidémiologique concernant des cas de cancers digestifs en France, puis des données d'accidents de la route
This dissertation has two separated parts. In the first part, we compare different strategies for variable selection in a multivariate logistic regression model. Covariate and confounder selection in case-control studies is often carried out using either a two-step method or a stepwise variable selection method. Inference is then carried out conditionally on the selected model, but this ignores the madel uncertainty implicit in the variable selection process, and so underestimates uncertainty about relative risks. It is well known, and showed again in our study, that the ρ-values computed after variable selection can greatly overstate the strength of conclusions. We propose Bayesian Model Averaging as a formal way of taking account of madel uncertainty in a logistic regression context. The BMA methods, that allows to take into account several models, each being associated with its posterior probability, yields an easily interpreted summary, the posterior probability that a variable is a risk factor, and its estimate averaged over the set of models. We conduct two comparative simulations studies : the first one has a simple design including only one risk factor and one confounder, the second one mimics a epidemiological cohort study dataset, with a large number of potential risk factors. Our criteria are the mean bias, the rate of type I and type II errors, and the assessment of uncertainty in the results, which is bath more accurate and explicit under the BMA analysis. The methods are applied and compared in the context of a previously published case-control study of cervical cancer. The choice of the prior distributions are discussed. In the second part, we focus on the modelling of rare events via a Poisson distribution, that sometimes reveals substantial over-dispersion, indicating that sorme un explained discontinuity arises in the data. We suggest to madel this over-dispersion by a Poisson mixture. In a hierarchical Bayesian model, the posterior distributions of he unknown quantities in the mixture (number of components, weights, and Poisson parameters) can be estimated by MCMC algorithms, including reversible jump algothms which allows to vary the dimension of the mixture. We focus on the difficulty of finding a weakly informative prior for the Poisson parameters : different priors are detailed and compared. Then, the performances of different maves created for changing dimension are investigated. The model is extended by the introduction of covariates, with homogeneous or heterogeneous effect. Simulated data sets are designed for the different comparisons, and the model is finally illustrated in two different contexts : an ecological analysis of digestive cancer mortality along the coasts of France, and a dataset concerning counts of accidents in road-junctions

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

27

Paireau, Juliette. "Epidémiologie spatiale de la méningite à méningocoque au Niger - Influence des facteurs climatiques, épidémiologiques et socio-démographiques sur la dynamique spatio-temporelle des épidémies." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066298/document.

Full text

Abstract:

Les épidémies de méningite à méningocoque représentent un problème de santé publique majeur au Niger. L'objectif de la thèse est de contribuer à une meilleure compréhension de la dynamique spatio-temporelle des épidémies et des facteurs de risque, afin d'améliorer les stratégies de contrôle. Des méthodes statistiques d'épidémiologie spatiale sont appliquées aux données de surveillance de 2003 à 2010, à l'échelle des aires de santé.D'importantes caractéristiques de la distribution spatio-temporelle des cas sont d'abord mises en évidence par des méthodes d'autocorrélation spatiale et de scan spatial : faible étendue des agrégats spatio-temporels, hétérogénéité spatiale, variabilité inter-annuelle... L'analyse suggère que l'échelle des aires de santé pourrait être plus efficace pour la réponse aux épidémies.Un modèle explicatif hiérarchique bayésien est ensuite développé à l'échelle des aires de santé. Il suggère que la variabilité spatio-temporelle de l'incidence du méningocoque A résulte de variations dans l'intensité et la durée de facteurs climatiques, et est de plus impactée par des facteurs de contacts spatiaux. Enfin, un modèle prédictif est développé, basé sur les conditions climatiques, les interactions de voisinage et la précocité des cas, pour estimer le risque de survenue d'une épidémie localisée. Le système d'alerte ainsi élaboré pourrait améliorer la détection des épidémies et la vaccination réactive.Nos résultats offrent un nouvel éclairage sur les épidémies de méningite à méningocoque au Niger. Ils permettent de formuler des recommandations opérationnelles qui pourraient contribuer à l'élaboration de stratégies de contrôle et de prévention efficaces
Epidemics of meningococcal meningitis are a major public health problem in Niger. The objective of the thesis is to contribute to a better understanding of the spatio-temporal dynamics of these epidemics and their risk factors, in order to improve control strategies. Statistical methods of spatial epidemiology are applied to surveillance data from 2003 to 2010, at the scale of health centre catchment areas (HCCAs).First, important features of the spatio-temporal distribution of cases are highlighted by methods of spatial autocorrelation and spatial scan: low extent of the spatio-temporal clusters, spatial heterogeneity, inter-annual variability… The analysis suggests that the HCCA scale could be more efficient for epidemic response. An explanatory Bayesian hierarchical model is then developed at the HCCA level. The model suggests that the spatio-temporal variability of meningococcal A incidence results from variations in the intensity or duration of climatic factors, and is further impacted by factors of spatial contacts.Finally, a predictive model is developed, based on climatic conditions, neighbourhood interactions and early cases, in order to estimate the risk of occurrence of a localized epidemic. The early warning system thus formulated could improve outbreak detection and reactive vaccination. Our results bring new insights into the meningococcal meningitis epidemics in Niger. They allow the formulation of operational recommendations that could contribute to the elaboration of more effective strategies for control and prevention of epidemics

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

28

Pereira, Bruno. "Développements méthodologiques des essais randomisés en clusters : application aux essais d'intervention." Montpellier 1, 2008. http://www.theses.fr/2008MON1T042.

Full text

Abstract:

Les essais randomisés en clusters (ERC), dans lesquels des clusters d'individus sont assignés aléatoirement à différents groupes d'intervention, sont devenus un outil essentiel dans l'évaluation des interventions non thérapeutiques. Leur popularité croissante au cours des deux dernières décennies a mené à une littérature et une méthodologie riches qui renvoient à plusieurs disciplines dans les sciences statistiques, sociales et médicales. Aussi, face aux questionnements épidémiologiques et aux problèmes statistiques soulevés par ces essais, l'objectif de ce travail réside dans le développement de méthodologies statistiques et d'outils biostatistiques systématiques permettant de mieux planifier (calcul du nombre de sujets nécessaires) et analyser les données issues d'ERC (estimation de modèles linéaires généralisés mixtes). Nous proposons notamment de généraliser certaines de ces techniques aux ERC avec données répétées pour chaque individu appartenant à un cluster. Nous accordons également une attention toute particulière à la prise en compte de la variation de la taille des clusters. La recherche en épidémiologie expérimentale représente un second volet important de ce travail de thèse. Relativement peu d'ERC étant mis en place au niveau national, le cadre offert par le département de prévention et d'épidémiologie Epidaure permet de travailler sur ces essais spécialement adaptés aux données hiérarchisées ; l'évaluation de trois programmes de prévention est exposée.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

29

Clin, Pauline. "Modéliser les dynamiques épidémiques avec priming immunitaire au sein des mélanges variétaux." Electronic Thesis or Diss., Rennes, Agrocampus Ouest, 2022. http://www.theses.fr/2022NSARD100.

Full text

Abstract:

Permettre aux agriculteurs de s’affranchir des pesticides et préserver les ressources génétiques cultivées en limitant l’émergence de nouvelles maladies est l’un des objectifs de la transition agro-écologique. Les mélanges variétaux sont une solution efficace et plus durable que les cultures pures de variétés résistantes pour la maîtrise des épidémies, mais leur fonctionnement est encore mal compris. L’immunité végétale et plus précisément le priming immunitaire est parfois évoqué pour expliquer l’efficacité observée des mélanges, mais son influence sur les épidémies reste peu étudiée. J’ai donc développé des modèles épidémiologiques qui montrent l’impact potentiel du priming dans l’efficacité observée des mélanges variétaux.Dans un mélange de variétés sensibles et résistantes, le priming peut ainsi diminuer la prévalence des maladies comparativement aux cultures pures de variétés résistantes. Dans un mélange de variétés résistantes, le priming réduit également le nombre minimal de gènes de résistance requis pour rester sous un seuil de prévalence acceptable. De plus, les modèles développés permettent d’évaluer les proportions optimales des variétés pour renforcer l’efficacité des mélanges et accroître la durabilité des résistances utilisées. Ils montrent que la variété à insérer en plus grande proportion est la moins coûteuse à contourner pour l’agent pathogène. Ces nouveaux apports théoriques, parfois contre-intuitifs mais explicables écologiquement, soulignent l’importance de l’immunité individuelle à l’échelle de la population, et encouragent de futures recherches pour mieux utiliser le priming dans les stratégies de protection des plantes
Allowing growers to get free from pesticide use and preserving cultivated genetic resources while limiting the emergence of new diseases is one of the aims of the ongoing agroecological transition. To these ends, cultivar mixtures are an effective and more sustainable solution than pure stands of resistant cultivars, but a lack of understanding persists about how they work. Plant immunity and more specifically immune priming is sometimes mentioned to explain the observed efficiency of mixtures, but its mode of action on epidemics is still poorly known. I thus developed epidemiological models to identify the effects of priming on the effectiveness of mixtures. These models evidence that priming is critical to explain the observed effectiveness of cultivar mixtures.In a mixture of susceptible and resistant cultivars, priming decreases disease prevalence compared to a pure stand of the resistant host. In a mixture of resistant cultivars, priming also reduces the number or resistance genes needed to maintain disease prevalence below an acceptable threshold. In addition, the models make it possible to evaluate in what proportions cultivars should be mixed to optimize mixture efficiency and increase the durability of the resistances used. The variety to be mixed in the greatest proportion is the one that is the least costly for the pathogen to break. These novel theoretical contributions, sometimes counter intuitive but explainable ecologically, highlight how individual immunity scales up at the population level, and encourage future research to best exploit priming in plant protection strategies

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

30

Brémaud, Louis. "Mean-Field Game description of virus propagation." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASP179.

Full text

Abstract:

Cette thèse explore l'intégration du comportement humain dans la modélisation épidémique. La pandémie de Covid-19 a mis en évidence l'importance du facteur humain dans les modèles épidémiques, à la fois par les réponses spontanées des individus face à l'épidémie et par les mesures restrictives mises en place par les autorités. Ces effets créent une boucle de rétroaction qui influence à son tour l'évolution de l'épidémie. Cependant, la plupart des modèles actuels utilisés pour les prévisions épidémiques ne prennent pas en compte ce facteur humain dans la boucle, le traitant plutôt comme un paramètre externe. Dans cette thèse, nous étudions le paradigme des jeux à champ moyen (Mean Field Games, MFGs), qui offre un cadre prometteur pour intégrer le comportement humain dans les modèles épidémiques. Notre objectif est de progressivement combler l'écart entre cette approche théorique et de potentielles utilisations pratiques. Concrètement, cela consiste en deux étapes : implémenter le cadre des MFG dans des modèles épidémiologiques utilisés aujourd'hui, et évaluer la pertinence d'une éventuelle application pratique : les comportements prédits par le modèle sont-ils cohérents avec ceux attendus ? Quels types de questions pouvons-nous adresser en pratique ? Quels sont les paramètres clés qu'il s'agira d'évaluer correctement ? La première partie de la thèse applique l'approche MFG à un modèle compartimental SIR accompagné d'une structure sociale, où les individus arbitrent entre le risque lié à l'infection et les coûts associés à la réduction des contacts sociaux. Une fois implémenté, nous simulons numériquement ce modèle avec un jeu de paramètres réalistes afin d'évaluer le comportement que pourrait avoir notre modèle en pratique. Un équilibre de Nash, résultant de l'optimisation égoïste des individus, est établi et résolu numériquement. Il est comparé à l'optimum social, qui correspond à une stratégie optimale où chacun coopère pour minimiser les coûts sociétaux. L'écart entre ces deux scénarios est en partie réduit en résolvant des équilibres de Nash sous contraintes, qui intègrent des interventions gouvernementales. Enfin, nous explorons d'autres stratégies collectives pour mettre fin à une épidémie. Nous montrons que des changements dans la taille de la population ou dans la durée du jeu peuvent conduire à des transitions de phase du premier ordre parmi les stratégies optimales du point de vue sociétal. Dans la seconde partie de la thèse, nous appliquons les MFG à des réseaux complexes, où les individus sont classés selon leur nombre de connexions (degré). Nous dérivons d'abord la dynamique des quantités épidémiques macroscopiques sur des réseaux en utilisant l'approximation par paires, puis nous implémentons l'approche MFG. Nous simulons le modèle avec un réseau de contacts réaliste puis nous étudions l'impact de la forme du coût social sur l'équilibre de Nash. Nos résultats révèlent d'importantes variations des comportements individuels selon leur degré ou la forme du coût choisie. Enfin, dans un projet annexe, nous dérivons une solution analytique implicite du modèle SIR sur des réseaux réguliers de degré k quelconque. Dans la limite SIR, nous dérivons une nouvelle formulation de résultats analytiques connus, apportant de nouveaux éclairages. L'implémentation des MFG apparaît réalisable et flexible dans la plupart des modèles d'épidémiologie utilisés aujourd'hui. Cette approche permet l'émergence de comportement dynamiques réalistes et permet d'adresser de nombreuses questions relatives aux restrictions d'un point de vue quantitatif. Au delà de recherches supplémentaires concernant les coûts associés à l'infection et à la réduction des contacts, la connaissance de la structure sociale et l'horizon temporel choisi semblent être des critères déterminants dans l'établissement de l'équilibre de Nash
This thesis explores the integration of human behavior into epidemic modeling. The Covid-19 pandemic has highlighted the importance of the human factor in epidemic models, both through individuals' spontaneous responses to the outbreak and through the restrictive measures imposed by authorities. These effects create a feedback loop that, in turn, influences the evolution of the epidemic. However, most current models used for epidemic forecasting do not account for this human-in-the-loop factor, treating it instead as an external parameter. In this thesis, we study the Mean Field Game (MFG) paradigm, which provides a promising framework for incorporating human behavior into epidemic models. Our goal is to progressively bridge the gap between this theoretical approach and potential practical applications. This involves two main steps: implementing the MFG framework in currently used epidemic models and assessing the feasibility of practical applications. Do the behaviors predicted by the model align with expected outcomes? What kind of questions can this model help address in practice? What are the key parameters that must be accurately evaluated? The first part of the thesis applies the MFG approach to a compartmental SIR model with a social structure, where individuals make trade-offs between the risk of infection and the costs associated with reducing social contacts. After implementing this model, we simulate it numerically using realistic parameters to evaluate the model's potential real-world behavior. A Nash equilibrium, which arises from individuals' selfish optimization, is established and solved numerically. It is then compared with the social optimum, which corresponds to a cooperative strategy aimed at minimizing societal costs. The gap between these two scenarios is partially reduced by solving constrained Nash equilibria, which include government interventions. Finally, we explore other collective strategies to end an epidemic. We show that changes in population size or the duration of the model can lead to first-order phase transitions among optimal strategies from a societal perspective. In the second part of the thesis, we apply the MFG framework to complex networks, where individuals are categorized by their number of connections (degree). We first derive the dynamics of macroscopic epidemic quantities on networks using pairwise approximation, and then we implement the MFG approach. We simulate the model using a realistic contact network and investigate the impact of different social cost structures on Nash equilibria. Our results reveal significant variations in individual behavior depending on their degree or the chosen cost structure. Lastly, as a related project, we derive an implicit analytical solution for the SIR model on regular networks with any degree k. In the SIR limit, we present a novel formulation of previously known analytical results, providing new insights. The implementation of the MFG framework appears feasible and flexible in most current epidemiological models. This approach allows for the emergence of realistic dynamic behaviors and can address numerous questions regarding restrictions from a quantitative perspective. Beyond further research on the costs associated with infection and contact reduction, knowledge of the social structure and the chosen time horizon seem to be critical factors in establishing the Nash equilibrium

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

31

Vũ, Bezin Jérémi. "Optimisation et validation des méthodes de calcul de dose à distance des faisceaux d’irradiation pour leur application dans les études épidémiologiques et cliniques en radiothérapie." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS246/document.

Full text

Abstract:

La proportion de survivants à un cancer dans la population des pays développés augmente rapidement. Dans plus de la moitié des cas, la radiothérapie a été une composante de leur traitement. Les rayons ionisants alors administrés peuvent induire de graves conséquences à long terme, en particulier les cancers radio-induits et les maladies cardiovasculaires. Ces évènements sont dus non seulement aux fortes doses administrées au volume cible, mais également aux doses plus faibles, de quelques milligray à quelques gray, non souhaitées, mais inévitablement administrées dans le reste du corps du patient par la dose hors champ. L’évolution des techniques de planification du traitement et de l’informatique en médecine permettent aujourd’hui d’obtenir, systématiquement, l’évaluation précise des doses les plus fortes administrées au patient. Les doses faibles à intermédiaires administrées en dehors du faisceau de traitement, ne sont pour leur part, ni habituellement prises en compte, ni correctement évaluées par les systèmes actuels de planification du traitement. L’objectif de ce travail était de proposer des méthodes pour estimer le rayonnement hors champ des faisceaux de photons des accélérateurs de radiothérapie externe. L’utilisation d’une bibliothèque graphique nous a permis de réaliser une représentation géométrique 3D partielle des appareils de traitement et des sources photoniques responsables de la dose reçue par le patient. Nous avons déterminé l’intensité de ces sources en utilisant des mesures réalisées dans des champs simples. Le modèle ainsi calibré permettait de simuler la variation de l’intensité des sources en fonction de la taille du champ. Cette approche a permis de décrire avec succès la variation de la dose mesurée par TLD en fonction de la distance et de la taille du champ en dehors de champs carrés. Les écarts entres les doses calculées et celles mesurées étaient inférieurs à 10 %. Une application dans des conditions cliniques a été menée, l’écart était alors en moyenne de 25 %
The number of cancer survivors in developed counties increases rapidly. Fifty percent of patients treated for cancer will receive radiation therapy as part of their treatment. Ionizing radiation may induce severe long term effects, including secondary cancers and cardio-vascular diseases. Long term effects are not only due to high doses delivered in target volumes, but also to lower doses, ranging from several milligrays to several grays, undesired, but inevitably delivered in the rest of the patient’s body outside the treatment beams. Improvements in treatment planning technics and the use of computers in medicine made it possible to systematically estimate, prior to treatment, the highest doses delivered to the patient’s body. However, lower doses delivered outside the treatment beams are neither taken into account nor evaluated by present treatment planning systems. The aim of our work was to establish methods to estimate radiation doses outside photon beams from accelerators used in external radiation therapy. A graphics library was used to render a partial 3D representation of the accelerator and the photon sources associated. The intensity of these sources was determined using measurements performed in simple geometry fields. The calibrated model was hence used to estimate the source intensity variation with respect to field size. Using this method, we were able to estimate the variations of the TLD measured doses with respect to distance and field size with a 10% average discrepancy between calculations and measurements for points outside the field. Also, when testing the model in a clinical setup, the average discrepancy increased to 25%

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

32

Benavides, Julio. "Dynamique des maladies dans les systèmes sociaux complexes : émergence des maladies infectieuses chez les primates." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20163/document.

Full text

Abstract:

Comprendre l'émergence et la propagation des maladies infectieuses chez les animaux sauvages est devenue une priorité en santé publique et en conservation. En combinant la collecte de données et le développement de modèles épidémiologiques, cette thèse s'est focalisée sur la compréhension de deux phénomènes clés: (i) étudier comment l'hétérogénéité au niveau des individus, des groupes, de la population et de l'environnement influence la propagation de parasites et (ii) quantifier la transmission de bactéries résistantes aux antibiotiques depuis l'homme vers les animaux sauvages dans trois aires protégées d'Afrique (Tsaobis NP- Namibie, Lopé NP-Gabon et Dzanga-Ndoki NP- République Centrafricaine). Les principaux résultats de ce travail montrent que : (1) De multiples facteurs incluant la température, la pluie, l'utilisation du territoire, le genre, l'âge et la condition physique influencent la richesse spécifique de parasites gastro-intestinaux chez le babouin chacma, (2) Les contacts entre animaux autour des points d'attractions de l'habitat peuvent influencer de manière importante la propagation spatio-temporelle d'une maladie, (3) La transmission d'entérobactéries résistantes semble avoir lieu depuis les humains ou le bétail vers les animaux sauvages dans des zones où le contact entre ces populations est élevé, (4) Le gradient de densité de gorilles produit par la chasse peut générer une augmentation de prévalence d'un parasite avec la distance au point d'introduction. Les conclusions de ce travail ouvrent de nouvelles possibilités pour l'étude des maladies émergentes chez les animaux sauvages
Understanding the emergence and spread of infectious disease in wild animal populations has become an important priority for both public health and animal conservation. Combining the collection of empirical data with the development of epidemiological models, this thesis focuses on understanding two key issues of wildlife epidemiology: (i) how heterogeneity at the individual, group, population and landscape level affects parasite spread (ii) investigating whether transmission of antibiotic resistant bacteria from humans to wildlife is occurring within three protected areas of Africa (Tsaobis NP-Namibia, Lope NP-Gabon and Dzanga-Ndoki NP-Central African Republic). The main findings of this work indicated that: (1) multiple-scale factors including temperature, rainfall, home range use, sex, age and body condition influence gastro-intestinal parasite richness among wild baboons; (2) animal contacts around ‘habitat hotspots' can substantially influence the spatio-temporal dynamics of a disease; (3) antibiotic resistant enterobacteria seem to be spreading from humans/livestock to wildlife when the territory overlap between these two populations is expected to be high; (4) gradients in gorilla density created by bushmeat hunting can reverse the expected pattern of decreasing parasite prevalence with distance to human-spillover. The conclusions of this work open new possibilities for studying the mechanisms explaining the spread of emerging infectious diseases among wild animals

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

33

Tchuem, Tchuenté Louis-Albert. "Interactions hôte-parasite et compétition interspécifique dans le modèle Schistosoma intercalatum : implications épidémiologiques." Perpignan, 1993. http://www.theses.fr/1993PERP0149.

Full text

Abstract:

L'espece schistosoma intercalatum, agent de la schistosomose rectale en afrique, offre un double interet: fondamental par les questions non resolues que posent sa biologie et son ecologie, applique lie a la morbidite encore mal appreciee qu'elle cause chez l'homme. Les recherches experimentales de ce travail portent sur l'etude des interactions hote-parasite a la fois au niveau du compartiment mollusque et du compartiment vertebre, et des mecanismes de competition interspecifique dans les infestations mixtes s. Intercalatum-s. Mansoni. Il a ete demontre l'existence d'une compatibilite presque parfaite entre s. Intercalatum (souche de basse guinee) et differentes populations de b. Forskalii, originaires ou non de pays d'endemie. L'etude de la permissivite des rongeurs sauvages a montre que arvicanthis niloticus est un hote particulierement permissif vis-a-vis de s. Intercalatum, confirmant ainsi les hypotheses anciennes sur la participation possible des rongeurs dans le cycle de s. Intercalatum soit en qualite d'hotes reservoirs, soit en qualite d'hotes definitifs. L'etude des interactions entre s. Intercalatum et s. Mansoni a demontre l'existence de plusieurs mecanismes d'isolement reproductif prezygotique entre les deux especes. Ces mecanismes sont d'ordre immunologique et d'ordre sexuel. Sur le plan immunologique, il a ete mis en evidence qu'une primo-infestation par s. Mansoni immunise tres significativement le vertebre contre s. Intercalatum, ce qui contribue a limiter la rencontre entre les deux especes. Sur le plan sexuel, les infestations simultanees s. Intercalatum-s. Mansoni ont revele, pour la premiere fois chez les schistosomes, l'existence de mecanismes de reconnaissance favorisant l'appariement entre partenaires de la meme espece. La preference homospecifique d'accouplement est si forte qu'elle peut impliquer un changement de partenaire. Il a enfin ete demontre que les couples heterospecifiques engendrent par parthenogenese meiotique heploide une descendance sterile. Ce travail s'ouvre vers des applications epidemiologiques dans la mesure ou certains resultats experimentaux sont de nature a expliquer les mecanismes s'opposant a l'extension geographique de s. Intercalatum.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

34

Bui, Thi-Mai-Anh. "Séparation des préoccupations en épidémiologie." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066457/document.

Full text

Abstract:

La modélisation mathématique est largement utilisée pour effectuer des recherches sur la modélisation des maladies infectieuses. Combler le fossé entre les modèles conceptuels et leurs simulations est l'un des problèmes de la modélisation. Les langages métiers sont souvent utilisés pour addresser ces problèmes en séparant deux aspects de la modélisation : la spécification (modèles conceptuels) et la simulation (modèles informatiques). Dans cette perspective, nous développons un langage métier, appelé KENDRICK, dédié à la modélisation épidémiologique, couplé avec une plate-forme de simulation. Un autre problème de la modélisation en épidémiologie est le mélange des aspects de domaine qui doivent être séparés. Afin de faciliter l'écriture et l'évolution des modèles, il est crucial de pouvoir définir une préoccupation avec aussi peu de dépendances avec d'autres que possible et de pouvoir les combiner aussi librement que possible. Nous abordons ces défis en proposant un méta-modèle mathématique commun qui peut représenter les modèles ainsi que les préoccupations. Nous définissons ensuite les opérateurs qui permettent de combiner des préoccupations ainsi que de les appliquer dans un modèle. Le langage KENDRICK simplifie donc la programmation des simulations épidémiologiques en décomposant un modèle monolithique hautement-couplé en préoccupations modulaires. Cela rend alors plus facile la construction des modèles complexes de l'épidémiologie où plusieurs préoccupations sont considérées en même temps
Mathematical and computational models have become widely used and demanded tools for examining mechanisms of transmission, exploring characteristics of epidemics, predicting future courses of an outbreak and evaluating strategies to find a best control-program. One of the problems of modelling is bridging the gap between conceptual models (i.e compartmental models of epidemiology) and their computer simulation (through deterministic, stochastic or agent-based implementation). Domain Specific Languages (DSLs) are often used to address such difficulties by separating two concerns of modelling, specification (conceptual model) and implementation (computational model). In this perspective, we develop a DSL called KENDRICK targeted to the epidemiological modelling and coupled with a simulation platform that allows the study of such models. The other important issue needs to be addressed in the context of epidemiological modelling is the heterogeneities introduced by separate concerns. In order to facilitate the specification of models and their evolution, it is crucial to be able to define concerns with as few dependencies with each other as possible and to combine them as freely as possible. We address such challenges by proposing a common mathematical meta-model that supports both concerns and models and enabling their compositions by some operators. We then implement our proposal language KENDRICK based on this meta-model. The language simplifies the construction of complex epidemiological models by decomposing them into modular concerns, by which common concerns can be reused across models and can be easily changed

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

35

Mraidi, Ramzi. "Modélisation et contrôle de la transmission du virus de la maladie de Newcastle dans les élevages aviaires familiaux de Madagascar." Thesis, La Réunion, 2014. http://www.theses.fr/2014LARE0014.

Full text

Abstract:

La maladie de Newcastle (MN) grève lourdement les productions aviaires malgaches, essentielles à l'alimentation et à l'économie familiales. La MN est une dominante pathologique en l'absence de vaccination généralisée. L'objectif de cette thèse est la modélisation, la validation et l'analyse mathématique de modèles de transmission du virus de la MN (VMN) dans les systèmes avicoles villageois en général et à Madagascar en particulier. Nous proposons de nouveaux modèles basés sur les connaissances actuelles de l'histoire naturelle de la transmission du VMN. Ainsi, nous présentons deux modèles mathématiques à compartiments de la transmission du VMN dans une population de poules : un premier modèle avec transmission environnementale et un deuxième modèle où la vaccination contre la maladie est prise en compte. Nous présentons une analyse complète de la stabilité de ces modèles à l'aide des techniques de Lyapunov suivant la valeur du taux de reproduction de base R0. Le travail s'est appuyé sur des enquêtes de terrain pour comprendre les pratiques de vaccination actuelles à Madagascar
Newcastle disease (ND) severely harms Malagasy bird productions, mainly uses to food and family economy. ND is a pathological dominant without general vaccination. The objective of this thesis is modelling the transmission of ND virus (NDV) in smallholder chicken farms in general and, Madagascar in particular. We propose new models based on the state of art and the epidemiology currently known from the transmission of the NDV. Thus, we present two models of the transmission of NDV: a first model with environmental transmission and a second model in which imperfect vaccination of chickens is considered. We present a thorough analysis of the stability of the models using the Lyapunov techniques and obtain the basic reproduction ratio R0. This work is based on field surveys to understand the current vaccination practices in Madagascar

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

36

Saccareau, Mathilde. "Modélisation épidémiologique et génétique des parasites gastro-intestinaux au sein d’un troupeau d’ovins." Thesis, Toulouse, INPT, 2016. http://www.theses.fr/2016INPT0116/document.

Full text

Abstract:

Les nématodes gastro-intestinaux sont l’une des contraintes majeures pour la santé des petits ruminants mis en pâture, entraînant de nombreuses pertes de production. Leur contrôle au moyen de traitements anthelminthiques est de moins en moins efficace à cause du développement de la résistance larvaire. De nombreuses recherches ont mené à l’étude de différentes stratégies complémentaires à l’utilisation massive de ces traitements chimiques : nutrition de l’hôte, gestion des pâtures, sélection génétique. Une approche de modélisation permet de simuler de multiples scénarios en minimisant l’effort expérimental, et notamment le recours à des infestations coûteuses en animaux, afin de trouver la meilleure stratégie de lutte intégrée du parasitisme. Le modèle épidémio-génétique précédemment développé par le Roslin Institute modélisant un troupeau d’agneaux en croissance infecté par le parasite T. circumcincta permet d’étudier l’impact d’une utilisation raisonnée des traitements, de la nutrition et de la résistance de l’hôte sur le niveau d’infection et de production du troupeau. Les travaux de la présente thèse consistaient à modifier ce modèle afin de modéliser des brebis adultes, notamment autour de la période d’agnelage où les besoins nutritionnels sont très importants. Cette modélisation a été complétée par la prise en compte du renouvellement d’un troupeau afin de considérer un troupeau durable, avec des accouplements, des réformes et des reproductions. Ainsi, notre modèle permet d’étudier les différentes stratégies de contrôle du parasite sur le long terme. Afin de s’assurer de la cohérence des sorties de cette modélisation avec des données réelles, le niveau d’infection a été comparé à celui de femelles infestées autour de l’agnelage. Cependant, comme de nombreux paramètres sont propres à la modélisation et donc non estimables à partir d’expérimentations, une analyse de sensibilité a aussi été mise en place pour dégager les paramètres qui contribuaient le plus à la variation du niveau d’infection. Parmi les parasites les plus fréquents chez le mouton, on trouve deux parasites majeurs T. circumcincta et H. contortus. Le parasite H. contortus est le plus virulent dans des climats chauds et humides, il nous paraissait donc utile de développer un nouveau modèle prenant en compte ce parasite. Préalablement, une méta-analyse des études utilisant des infections par le parasite H. contortus a été réalisée afin d’estimer les traits de vie du cycle parasitaire de ce parasite. Ces estimations ont ensuite été utilisées pour adapter le modèle épidémio-génétique à des infections par H. contortus. Cependant certains paramètres restent inconnus car ils ne sont pas estimables directement. C’est pourquoi nous avons réalisé l’estimation des trois paramètres inconnus principaux de notre modèle (précédemment soulignés par l’analyse de sensibilité sur T. circumcincta) en minimisant les écarts entre le niveau de charge parasitaire reportée dans une étude considérant des infestations successive par H. contortus ([25]) et nos simulations correspondantes. Dans cette thèse nous avons développé des modèles permettant d’évaluer sur le long terme les différentes stratégies de contrôle de deux nématodes gastro-intestinaux (T. circumcincta et H. contortus) dans les troupeaux ovins. Notamment, le modèle prenant en compte H. contortus pourra être utilisé pour prédire l’impact à l’échelle de l’élevage (nombre de traitements nécessaire, niveau d’infection des animaux) d’une sélection génétique sur la résistance au parasitisme dans une race. Les nématodes gastro-intestinaux sont l’une des contraintes majeures pour la santé des petits ruminants mis en pâture, entraînant de nombreuses pertes de production. Leur contrôle au moyen de traitements anthelminthiques est de moins en moins efficace à cause du développement de la résistance larvaire.
Gastro-intestinal parasitism is one of the most pervasive challenge for health and welfare in grazing small ruminants, leading to consequent production loss. Its control through the use of anthelminthic treatments is no longer sustainable due to the development of parasitic resistance to anthelmintics, but also due to environmental and consumer concerns. A substantial research effort proposed different supplementary control strategies to the massive use of anthelmintics: host nutrition, pasture management, breeding for resistance. Modelling approach allows for multiple scenarios to be considered without having to resort to experimentation in order to find the best integrated control strategies of parasitism. The epidemio-genetic model previously developed by the Roslin Institute modelling a growing lamb flock infected by the parasite T. circumcincta help to study the impact of rational use of anthelmintics, host nutrition and resistance on the flock level of infection and production. The researches of the current PhD thesis aimed to modify this model in order to add adult ewes modelling, especially around parturition where the nutritional requirements are very high. This modelling was improved by taking into account flock replacement in order to have a persistent flock with matings, reforms and reproductions. In this way, our model allows to study several control strategies of parasitism on long term perspective. In order to ensure adequacy of the model outputs to data, the infection level was compared to published data of ewes infected around parturition. However, some parameters were idiosyncratic to the modelling and then they were not be directly estimated from experiments. So a sensitivity analysis was also performed to highlight the parameters which mostly contribute to the infection level variations. Among the most prevalent parasites in sheep, T. circumcincta and H. contortus are the two main parasites. H. contortus is the most virulent parasite est le plus virulent parasite in hot and wet climates, so it is helpful to develop a similar model for this parasite. Beforehand, a meta-analysis of the published studies on infections with the H. contortus parasite was performed to estimate the main life history traits of its parasitic phase. Then, these estimations were used to change the epidemio-genetic model with H. contortus infections. However, some parameters remained unknown because they were not directly estimable. So, the three main unknown parameters (previously highlighted by the sensitivity analysis of the model with T. circumcincta infections) were estimated by minimizing the worm burden differences between published data of H. contortus trickle infection ([25]) and the corresponding model outputs. In this PhD thesis, models were developed in order to evaluate, in a long term perspective, several control strategies of two gastro-intestinal nematodes (T. circumcincta et H. contortus) infections in sheep flock. Notably, the model on H. contortus infections could be used to predict the impact of breeding for resistance to parasitism at the flock level (number of necessary treatments, infection level of the sheep)

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

37

Jelassi, Mariem. "Modélisation, simulation et analyse multi-échelle de réseaux sociaux complexes : Application à l'aide à la prévention des maladies contagieuses." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAS033/document.

Full text

Abstract:

La présente thèse porte sur la mise en place d'un cadre théorique (conceptualisation et formalisation), visant à décrire la propagation de l'obésité au sein d'un réseau d'individus, pour parvenir à mettre en place les bonnes politiques de prévention, afin de limiter la diffusion de cette épidémie, dont la contamination est à caractère social. Pour ce faire, j’ai commencé d'abord à mettre en place une analyse approfondie des différents déterminants de l'obésité. Une fois cette étape achevée, j’ai développé un modèle de réseau, dans lequel les relations entre les individus (représentés par les nœuds du réseau) sont régies par des règles permettant d'évaluer la présence/absence de liens selon certaines valeurs d'influence, fonction de la tranche d'âge des nœuds en question et de leur caractère homophilique. Ce modèle, fondé sur la structuration en âges et la démographie, comporte deux processus; le premier permet de décrire l'obésité au niveau individuel, sous forme de compartiments épidémiologiques. Le deuxième, quant à lui, représente le niveau inter-individuel, sous forme de réseau individu-centré. Par la suite, une fois analysé le comportement asymptotique du modèle, j'ai étudié la structure sociale obtenue, pour y repérer les individus les plus influents. Ces derniers seront ceux à cibler dans la politique de prévention. Enfin, pour valider le modèle par des données de terrain, j'ai réalisé une enquête au sein d'un collège tunisien, et j'ai comparé les résultats obtenus par cette dernière avec ceux d'une enquête réalisée dans un collège français
This thesis deals with the establishment of a theoretical framework (conceptualization and formalization) capable of describing the obesity spread within a network of individuals, in order to achieve the right prevention policies and limit the epidemic spread. To do this, I started by initiating an in-depth analysis of the different obesity determinants. Once this stage completed, I developed a network model in which the relations between the individuals, (represented by the nodes of the network) are governed by rules allowing to evaluate the presence/absence of links according to their values of influence, age of the concerned nodes and their homophilic characteristics. This model, based on the age structure and demography, is constituted by two processes: the first one describes obesity at the individual level, by using epidemiological compartments. The second one describes the inter-individual level by using an individual-based network. Later, when the model reached its asymptotic behavior, I studied the social structure obtained to locate the most important individuals to be targeted in the prevention policy. Eventually, to validate the model with data, I realized an investigation in a Tunisian college and compared the obtained results from this study with those obtained from a French college survey

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

38

Bui, Thi-Mai-Anh. "Séparation des préoccupations en épidémiologie." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066457.

Full text

Abstract:

La modélisation mathématique est largement utilisée pour effectuer des recherches sur la modélisation des maladies infectieuses. Combler le fossé entre les modèles conceptuels et leurs simulations est l'un des problèmes de la modélisation. Les langages métiers sont souvent utilisés pour addresser ces problèmes en séparant deux aspects de la modélisation : la spécification (modèles conceptuels) et la simulation (modèles informatiques). Dans cette perspective, nous développons un langage métier, appelé KENDRICK, dédié à la modélisation épidémiologique, couplé avec une plate-forme de simulation. Un autre problème de la modélisation en épidémiologie est le mélange des aspects de domaine qui doivent être séparés. Afin de faciliter l'écriture et l'évolution des modèles, il est crucial de pouvoir définir une préoccupation avec aussi peu de dépendances avec d'autres que possible et de pouvoir les combiner aussi librement que possible. Nous abordons ces défis en proposant un méta-modèle mathématique commun qui peut représenter les modèles ainsi que les préoccupations. Nous définissons ensuite les opérateurs qui permettent de combiner des préoccupations ainsi que de les appliquer dans un modèle. Le langage KENDRICK simplifie donc la programmation des simulations épidémiologiques en décomposant un modèle monolithique hautement-couplé en préoccupations modulaires. Cela rend alors plus facile la construction des modèles complexes de l'épidémiologie où plusieurs préoccupations sont considérées en même temps
Mathematical and computational models have become widely used and demanded tools for examining mechanisms of transmission, exploring characteristics of epidemics, predicting future courses of an outbreak and evaluating strategies to find a best control-program. One of the problems of modelling is bridging the gap between conceptual models (i.e compartmental models of epidemiology) and their computer simulation (through deterministic, stochastic or agent-based implementation). Domain Specific Languages (DSLs) are often used to address such difficulties by separating two concerns of modelling, specification (conceptual model) and implementation (computational model). In this perspective, we develop a DSL called KENDRICK targeted to the epidemiological modelling and coupled with a simulation platform that allows the study of such models. The other important issue needs to be addressed in the context of epidemiological modelling is the heterogeneities introduced by separate concerns. In order to facilitate the specification of models and their evolution, it is crucial to be able to define concerns with as few dependencies with each other as possible and to combine them as freely as possible. We address such challenges by proposing a common mathematical meta-model that supports both concerns and models and enabling their compositions by some operators. We then implement our proposal language KENDRICK based on this meta-model. The language simplifies the construction of complex epidemiological models by decomposing them into modular concerns, by which common concerns can be reused across models and can be easily changed

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

39

Mohammad, Noshine. "Exploration des modèles d’apprentissage statistique profonds couplés à la spectrométrie de masse pour améliorer la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS617.

Full text

Abstract:

La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption and ionisation time of flight) est une méthode de diagnostic en microbiologie rapide et robuste, permettant d'identifier les espèces de micro-organismes grâce à leur empreinte protéique constituée par le spectre de masse. Cependant, les applications clinico-épidémiologiques de cette technologie demeurent limitées par les outils bio-informatiques à disposition. Cette thèse se focalise sur l'application de modèles d'apprentissage statistique profonds aux données de spectrométrie de masse de type MALDI-TOF dans un but de surveillance épidémiologique des maladies infectieuses. Elle inclut la surveillance des épidémies de champignons et de mycobactéries en milieu hospitalier, ainsi que la caractérisation des anophèles vecteurs du paludisme. Nous avons examiné l'impact des méthodes de préparation des échantillons et de l'analyse informatique des spectres de masse sur l'amélioration de l'apprentissage, afin d’identifier les clones fongiques épidémiques en milieu hospitalier et prévenir leur propagation. Notre étude a montré que le réseau de neurones à convolution (CNN) a un potentiel élevé pour identifier les spectres de clones spécifiques de Candida parapsilosis, atteignant une précision de 94 % en optimisant des paramètres essentiels (milieux de culture, temps de croissance, et la machine d'acquisition des spectres). Pour détecter des clones épidémiques Aspergillus flavus dans des cohortes hospitalières multicentriques, le CNN a également réussi à classer correctement la plupart des isolats, atteignant une précision supérieure à 93 % pour deux des trois appareils utilisés. Nous avons aussi montré qu’en utilisant des modèles d'apprentissage profond optimisés, tels qu'un CNN et un réseau de neurones à convolution temporelle (TCN), nous pouvons prédire l'âge des moustiques avec une précision moyenne de deux jours (meilleure erreur absolue moyenne : 1,74 jours). Cette approche permettrait ainsi de surveiller efficacement la structure de l'âge des populations de moustiques anophèles sauvages et de mieux les cibler par des mesures de contrôle. Enfin, nous avons démontré les performances de diverses architectures de réseaux de neurones et de différentes méthodes de représentation des spectres de masse, en utilisant différentes cohortes couvrant diverses problématiques épidémiologiques telles que la prédiction de l'âge, l'identification d'espèces étroitement apparentées des moustiques anophèles, la distinction entre sous-espèces proches, ainsi que la détection de la résistance chez le Mycobacterium abscessus. L'étude a montré que parmi les différents modèles évalués, les modèles les plus performants, tels que les TCN et un réseau de neurones récurrents, pouvaient obtenir des résultats notables, atteignant une précision d'identification de 93 % pour les espèces d'Anophèles étroitement liées et de 95 % pour les sous-espèces de Mycobacterium abscessus. De plus, l'utilisation de CNN et de TCN a permis de détecter les souches résistantes chez Mycobacterium abscessus avec une précision dépassant 97 %. Cette thèse met en lumière l'utilisation de l'apprentissage profond en conjonction avec le MALDI-TOF, une approche jusqu'ici peu explorée. Avec la généralisation des instruments MALDI-TOF et la possibilité de coupler les analyses à des applications en ligne utilisant l'apprentissage profond, cette approche semble prometteuse, ouvrant la voie à d'autres applications épidémiologiques au-delà de la simple identification d’espèce, telles que la détection de clusters épidémiologiques de microorganismes résistants aux médicaments, la surveillance de la transmission des maladies bactériennes et fongiques, et l’évaluation de l'efficacité des interventions ciblées de lutte antivectorielle
MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption and ionisation time of flight) mass spectrometry is a rapid and robust diagnostic method for microbiology, enabling microorganism species to be identified on the basis of their protein fingerprint in the mass spectrum. However, the clinical and epidemiological applications of this technology remain limited by the bioinformatics tools available. This thesis focuses on the application of deep statistical learning models to MALDI-TOF mass spectrometry data for the purpose of epidemiological surveillance of infectious diseases. This includes the monitoring of fungal and mycobacterial epidemics in hospitals, as well as the characterisation of Anopheles vectors of malaria.We examined the impact of sample preparation methods and computer analysis of mass spectra on improving learning, in order to identify epidemic fungal clones in hospitals and prevent their spread. Our study showed that the convolution neural network (CNN) has a high potential for identifying the spectra of specific Candida parapsilosis clones, achieving 94% accuracy by optimising essential parameters (culture media, growth time, and the spectra acquisition machine). To detect epidemic Aspergillus flavus clones in multicentre hospital cohorts, the CNN was also able to classify most isolates correctly, achieving accuracy of over 93% for two of the three instruments used. We have also shown that by using optimised deep learning models, such as a CNN and a temporal convolution neural network (TCN), we can predict the age of mosquitoes with an average accuracy of two days (best mean absolute error: 1.74 days). This approach will enable us to effectively monitor the age structure of wild Anopheles mosquito populations and target them more effectively with control measures. Finally, we demonstrated the performance of various neural network architectures and mass spectra representation methods, using different cohorts covering various epidemiological issues such as age prediction, identification of closely related species of Anopheles mosquitoes, distinction between closely related subspecies, and detection of resistance in Mycobacterium abscessus. The study showed that of the different models evaluated, the best performing models, such as TCNs and a recurrent neural network, were able to achieve notable results, reaching an identification accuracy of 93% for closely related Anopheles species and 95% for Mycobacterium abscessus subspecies. In addition, the use of CNN and TCN enabled the detection of resistant strains in Mycobacterium abscessus with an accuracy of over 97%. This thesis highlights the use of deep learning in conjunction with MALDI-TOF, a hitherto little explored approach. With the widespread availability of MALDI-TOF instruments and the possibility of coupling analyses to online applications using deep learning, this approach looks promising, opening the way to other epidemiological applications beyond simple species identification, such as detecting epidemiological clusters of drug-resistant microorganisms, monitoring the transmission of bacterial and fungal diseases, and evaluating the effectiveness of targeted vector control interventions

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

40

Allorent, Delphine. "Analyse et modélisation épidémiologique de la tache angulaire du haricot ("Phaseolus vulgaris") due à "Phaeoisariopsis griseola"." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20041.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

41

Guifo, Fodjo A. Yvan. "Séparation des préoccupations dans les modèles compartimentaux étendus." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS262.

Full text

Abstract:

La modélisation mathématique et la simulation informatique ont très souvent contribué à améliorer notre degré de compréhension, de prédiction et de prise de décision face aux épidémies. Cependant, un problème très souvent rencontré lors de l’élaboration et la mise en œuvre des modèles épidémiologiques est le mélange des différents aspects du modèle. En effet, les modèles épidémiologiques deviennent de plus en plus complexes au fur et à mesure que de nouvelles préoccupations sont prises en compte (âge, sexe, hétérogénéité spatiale, politiques de confinement ou de vaccination, etc.). Ces aspects, qui sont généralement entrelacés, rendent les modèles difficiles à étendre, à modifier ou à réutiliser. En modélisation mathématique appliquée à épidémiologie deux principales approches sont considérées. La première, celle des "modèles compartimentaux" s’est révélée robuste et apporte d’assez bons résultats pour de nombreuses maladies. Cependant elle prend difficilement en compte certaines sources d’hétérogénéités. La seconde approche, celle basée sur les "réseaux de contacts", s’est montrée intuitive à représenter les contacts entre individus et apporte de très bons résultats concernant la prédiction des épidémies. Toutefois, cette approche nécessite plus d’efforts lors de la mise en œuvre. Une solution a été proposée pour y faire face : il s’agit de Kendrick. C'est un outil et une démarche de modélisation et de simulation ayant montré des résultats prometteurs pour séparer les préoccupations épidémiologiques, en les définissant comme des automates stochastiques (chaîne de Markov à temps continu), qu’il est ensuite possible de combiner à partir d'un opérateur de somme tensorielle associatif et pseudo commutatif. Cependant, une limite significative à cette démarche est son application restreinte aux modèles compartimentaux. Compte tenu des particularités et des insuffisances de chaque approche, dans ces travaux de recherche, nous proposons une approche combinée entre modèles compartimentaux et modèles de réseaux de contacts. Il s'agit de généraliser la démarche Kendrick pour prendre en compte certains aspects des réseaux de contacts afin améliorer la qualité prédictive des modèles présentant une hétérogénéité significative dans la structure des contacts, tout en conservant la simplicité des modèles compartimentaux. Pour y parvenir, cette extension des modèles compartimentaux est rendu possible à partir de l'application du formalisme de la force d'infection de Bansal et al (2007) et du patron comportemental Template Method Design Pattern. Il en résulte une démarche facile à définir, à analyser et à simuler. Nous avons validé cette démarche sur différentes techniques pour généraliser les modèles compartimentaux. Les résultats de simulation ont montré que notre démarche parvient à capturer les aspects des modèles de réseaux de contacts au sein du cadre compartimental tout en améliorant la qualité de prédiction de l'outil Kendrick et ne s'éloignent pas d'une approche typique de simulation sur un modèle de réseaux de contacts
Mathematical modeling and computer simulation have very often contributed to improving our understanding, prediction, and decision making in the face of epidemics. However, a problem that is often encountered in the development and implementation of epidemiological models is the mixing of different aspects of the model. Indeed, epidemiological models become more and more complex as new concerns are taken into account (age, gender, spatial heterogeneity, containment or vaccination policies, etc.). These aspects, which are usually intertwined, make models difficult to extend, modify or reuse. In mathematical modeling applied to epidemiology, two main approaches are considered. The first one, the "compartmental models", has proven to be robust and provides fairly good results for many diseases. However, it does not take into account some sources of heterogeneity. The second approach, based on "contact networks", has proven to be intuitive to represent contacts between individuals and brings very good results concerning the prediction of epidemics. However, this approach requires more effort during the implementation. A solution to this problem has been proposed: Kendrick. It is a modeling and simulation tool and approach that has shown promising results in separating epidemiological concerns, by defining them as stochastic automata (continuous time markov chain), which can then be combined using an associative and pseudo commutative tensor sum operator. However, a significant limitation of this approach is its restricted application to compartmental models. Taking into account the particularities and shortcomings of each approach, in this research work, we propose a combined approach between compartmental models and contact network models. The aim is to generalize the Kendrick approach to take into account certain aspects of contact networks in order to improve the predictive quality of models with significant heterogeneity in the structure of the contacts, while maintaining the simplicity of compartmental models. To achieve this, this extension of compartmental models is made possible by applying the infection force formalism of Bansal et al (2007) and the behavioral Template Method Design Pattern. The result is an approach that is easy to define, analyze and simulate. We validated this approach on different techniques to generalize compartmental models. Simulation results showed that our approach succeeds in capturing the aspects of contact network models within the compartmental framework while improving the prediction quality of the Kendrick tool and does not deviate from a typical simulation approach on a contact network model

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

42

Karaman, Svebor. "Indexation de la vidéo portée : application à l’étude épidémiologique des maladies liées à l’âge." Thesis, Bordeaux 1, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR14402/document.

Full text

Abstract:

Le travail de recherche de cette thèse de doctorat s'inscrit dans le cadre du suivi médical des patients atteints de démences liées à l'âge à l'aide des caméras videos portées par les patients. L'idée est de fournir aux médecins un nouvel outil pour le diagnostic précoce de démences liées à l'âge telles que la maladie d'Alzheimer. Plus précisément, les Activités Instrumentales du Quotidien (IADL: Instrumental Activities of Daily Living en anglais) doivent être indexées automatiquement dans les vidéos enregistrées par un dispositif d'enregistrement portable.Ces vidéos présentent des caractéristiques spécifiques comme de forts mouvements ou de forts changements de luminosité. De plus, la tâche de reconnaissance visée est d'un très haut niveau sémantique. Dans ce contexte difficile, la première étape d'analyse est la définition d'un équivalent à la notion de « plan » dans les contenus vidéos édités. Nous avons ainsi développé une méthode pour le partitionnement d'une vidéo tournée en continu en termes de « points de vue » à partir du mouvement apparent.Pour la reconnaissance des IADL, nous avons développé une solution selon le formalisme des Modèles de Markov Cachés (MMC). Un MMC hiérarchique à deux niveaux a été introduit, modélisant les activités sémantiques ou des états intermédiaires. Un ensemble complexe de descripteurs (dynamiques, statiques, de bas niveau et de niveau intermédiaire) a été exploité et les espaces de description joints optimaux ont été identifiés expérimentalement.Dans le cadre de descripteurs de niveau intermédiaire pour la reconnaissance d'activités nous nous sommes particulièrement intéressés aux objets sémantiques que la personne manipule dans le champ de la caméra. Nous avons proposé un nouveau concept pour la description d'objets ou d'images faisant usage des descripteurs locaux (SURF) et de la structure topologique sous-jacente de graphes locaux. Une approche imbriquée pour la construction des graphes où la même scène peut être décrite par plusieurs niveaux de graphes avec un nombre de nœuds croissant a été introduite. Nous construisons ces graphes par une triangulation de Delaunay sur des points SURF, préservant ainsi les bonnes propriétés des descripteurs locaux c'est-à-dire leur invariance vis-à-vis de transformations affines dans le plan image telles qu'une rotation, une translation ou un changement d'échelle.Nous utilisons ces graphes descripteurs dans le cadre de l'approche Sacs-de-Mots-Visuels. Le problème de définition d'une distance, ou dissimilarité, entre les graphes pour la classification non supervisée et la reconnaissance est nécessairement soulevé. Nous proposons une mesure de dissimilarité par le Noyau Dépendant du Contexte (Context-Dependent Kernel: CDK) proposé par H. Sahbi et montrons sa relation avec la norme classique L2 lors de la comparaison de graphes triviaux (les points SURF).Pour la reconnaissance d'activités par MMC, les expériences sont conduites sur le premier corpus au monde de vidéos avec caméra portée destiné à l'observation des d'IADL et sur des bases de données publiques comme SIVAL et Caltech-101 pour la reconnaissance d'objets
The research of this PhD thesis is fulfilled in the context of wearable video monitoring of patients with aged dementia. The idea is to provide a new tool to medical practitioners for the early diagnosis of elderly dementia such as the Alzheimer disease. More precisely, Instrumental Activities of Daily Living (IADL) have to be indexed in videos recorded with a wearable recording device.Such videos present specific characteristics i.e. strong motion or strong lighting changes. Furthermore, the tackled recognition task is of a very strong semantics. In this difficult context, the first step of analysis is to define an equivalent to the notion of “shots” in edited videos. We therefore developed a method for partitioning continuous video streams into viewpoints according to the observed motion in the image plane.For the recognition of IADLs we developed a solution based on the formalism of Hidden Markov Models (HMM). A hierarchical HMM with two levels modeling semantic activities or intermediate states has been introduced. A complex set of features (dynamic, static, low-level, mid-level) was proposed and the most effective description spaces were identified experimentally.In the mid-level features for activities recognition we focused on the semantic objects the person manipulates in the camera view. We proposed a new concept for object/image description using local features (SURF) and the underlying semi-local connected graphs. We introduced a nested approach for graphs construction when the same scene can be described by levels of graphs with increasing number of nodes. We build these graphs with Delaunay triangulation on SURF points thus preserving good properties of local features i.e. the invariance with regard to affine transformation of image plane: rotation, translation and zoom.We use the graph features in the Bag-of-Visual-Words framework. The problem of distance or dissimilarity definition between graphs for clustering or recognition is obviously arisen. We propose a dissimilarity measure based on the Context Dependent Kernel of H. Sahbi and show its relation with the classical entry-wise norm when comparing trivial graphs (SURF points).The experiments are conducted on the first corpus in the world of wearable videos of IADL for HMM based activities recognition, and on publicly available academic datasets such as SIVAL and Caltech-101 for object recognition

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

43

Zaffaroni, Marta. "Modélisation des interactions plant-puceron, en considérant explicitement le rôle des pratiques agricoles : Pêche (Prunus persica) - puceron vert (Myzus persicae) comme cas d'étude An ecophysiological model of plant–pest interactions: the role of nutrient and water availability Maximizing plant production and minimizing environmental impact: comparing agricultural management scenarios with multi criteria decision analysis The role of vectors interference in a shared host-multi vector system." Thesis, Avignon, 2020. http://www.theses.fr/2020AVIG0723.

Full text

Abstract:

Les pucerons modifient le développement des plantes et peuvent transmettre des virus, représentant ainsi une menace majeure pour les cultures. Il est possible de réduire la pression exercée par les pucerons sur les plantes et d’améliorer la production agricole en facilitant certains processus écologiques en plus ou en remplacement de l’utilisation de pesticides. Les modèles mathématiques peuvent aider à prédire la direction et la force de ces processus écologiques et ils peuvent révéler l’impact des modes alternatifs de gestion des cultures. La thèse proposée vise à développer des modèles mathématiques basés sur les processus, couplant la physiologie des plantes et la démographie des pucerons, afin de favoriser l’intensification écologique et de réduire l’utilisation des pesticides. Les modèles tiennent compte i) des interactions entre la plante et le puceron, alors que la plupart des modèles de culture ne prennent en compte que l’effet du ravageur sur la plante et non l’inverse, ce qui nuit à la compréhension de la lutte antiparasitaire via les pratiques culturales;et ii) de l’effet des pratiques culturales et du résultat en termes de récolte,questions qui sont généralement absentes dans les modèles écologiques. Je couple tout d’abord un modèle mécaniste de croissance des plantes avec un modèle de population des pucerons, je le calibre pour un système pêche-puceron vert et je l’utilise pour obtenir des informations sur les mécanismes qui sous-tendent la réponse des pucerons à la fertilisation et à l’irrigation. En outre, je développe un modèle épidémiologique qui tient compte explicitement de l’interférence entre deux pucerons vecteurs. J’applique ce modèle pour étudier l’effet de l’interférence inter-spécifique des pucerons dans la propagation des virus des plantes, en tenant compte de l’effet des pratiques agricoles
Aphids alter plant development and can transmit viruses, thus representing a major threat for crops. Aphid pressure on plant can be reduced and crop production can be enhanced by facilitating some ecological processes in addition, or in substitution, to the use of pesticides. Mathematical models can help in predicting the direction and strength of these ecological processes and they can reveal the impact of alternative ways of managing crops. The proposed thesis aims to develop process based mathematical models coupling plant physiology and aphid demography to drive ecological intensification and reduce the use of pesticides. The models consider i) interactions between plant and aphid, while most crop models only consider the effect of the pest on the plant and not vice versa hence impairing insights upon bottom-up pest control via cultural practices; and ii) the effect of cultural practices and the outcome in terms of harvest, issues that are usually absent in ecological models. Therefore, I firstly couple a mechanistic plant growth model with a pest population model, I calibrate it for a peach-green aphid system and I use it to get insights on the mechanisms behind the response of aphids to fertilization and irrigation. Furthermore, I develop an epidemiological model explicitly accounting for the interference between two aphid vectors. I apply the model to explore the effect of inter-specific aphid interference in shaping the spread of plant viruses, considering the effect of agricultural practices

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

44

Karaman, Svebor. "Indexation de la Vidéo Portée : Application à l'Étude Épidémiologique des Maladies Liées à l'Âge." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00689855.

Full text

Abstract:

Le travail de recherche de cette thèse de doctorat s'inscrit dans le cadre du suivi médical des patients atteints de démences liées à l'âge à l'aide des caméras videos portées par les patients. L'idée est de fournir aux médecins un nouvel outil pour le diagnostic précoce de démences liées à l'âge telles que la maladie d'Alzheimer. Plus précisément, les Activités Instrumentales du Quotidien (IADL : Instrumental Activities of Daily Living en anglais) doivent être indexées automatiquement dans les vidéos enregistrées par un dispositif d'enregistrement portable. Ces vidéos présentent des caractéristiques spécifiques comme de forts mouvements ou de forts changements de luminosité. De plus, la tâche de reconnaissance visée est d'un très haut niveau sémantique. Dans ce contexte difficile, la première étape d'analyse est la définition d'un équivalent à la notion de " plan " dans les contenus vidéos édités. Nous avons ainsi développé une méthode pour le partitionnement d'une vidéo tournée en continu en termes de " points de vue " à partir du mouvement apparent. Pour la reconnaissance des IADL, nous avons développé une solution selon le formalisme des Modèles de Markov Cachés (MMC). Un MMC hiérarchique à deux niveaux a été introduit, modélisant les activités sémantiques ou des états intermédiaires. Un ensemble complexe de descripteurs (dynamiques, statiques, de bas niveau et de niveau intermédiaire) a été exploité et les espaces de description joints optimaux ont été identifiés expérimentalement. Dans le cadre de descripteurs de niveau intermédiaire pour la reconnaissance d'activités nous nous sommes particulièrement intéressés aux objets sémantiques que la personne manipule dans le champ de la caméra. Nous avons proposé un nouveau concept pour la description d'objets ou d'images faisant usage des descripteurs locaux (SURF) et de la structure topologique sous-jacente de graphes locaux. Une approche imbriquée pour la construction des graphes où la même scène peut être décrite par plusieurs niveaux de graphes avec un nombre de nœuds croissant a été introduite. Nous construisons ces graphes par une triangulation de Delaunay sur des points SURF, préservant ainsi les bonnes propriétés des descripteurs locaux c'est-à-dire leur invariance vis-à-vis de transformations affines dans le plan image telles qu'une rotation, une translation ou un changement d'échelle. Nous utilisons ces graphes descripteurs dans le cadre de l'approche Sacs-de-Mots-Visuels. Le problème de définition d'une distance, ou dissimilarité, entre les graphes pour la classification non supervisée et la reconnaissance est nécessairement soulevé. Nous proposons une mesure de dissimilarité par le Noyau Dépendant du Contexte (Context-Dependent Kernel : CDK) proposé par H. Sahbi et montrons sa relation avec la norme classique L2 lors de la comparaison de graphes triviaux (les points SURF). Pour la reconnaissance d'activités par MMC, les expériences sont conduites sur le premier corpus au monde de vidéos avec caméra portée destiné à l'observation des d'IADL et sur des bases de données publiques comme SIVAL et Caltech-101 pour la reconnaissance d'objets.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

45

Coudon, Thomas. "Développement et application de méthodologies d'évaluation des expositions atmosphériques chroniques aux dioxines et au cadmium dans le cadre d'études épidémiologiques." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1093/document.

Full text

Abstract:

Un certain nombre d'études ont étudié le lien entre cancer du sein et exposition aux dioxines et au cadmium. Toutefois, les résultats de ces études ne sont pas concluants et présentent des limites méthodologiques. L'objectif principal de cette thèse était de développer un indicateur spatial permettant d'estimer les expositions atmosphériques chroniques aux dioxines et au cadmium des femmes issues de la cohorte E3N en France, entre 1990 et 2008. Nous avons créé une base de données de 2620 sources de dioxines et 2700 sources de cadmium et estimé et géolocalisé leurs émissions. L'estimation des émissions à la source et leur localisation ont servi de base pour la construction de l'indicateur spatial. Nous avons identifié une sélection de paramètres permettant d'obtenir un accord « substantiel » entre les classifications des expositions des femmes de la cohorte E3N, localisées à l'adresse de résidence, estimées avec l'indicateur, et avec le modèle gaussien SIRANE. En utilisant le modèle SIRANE, nous avons également étudié la variabilité spatio-temporelle (1990-2008) des concentrations de dioxines et de cadmium sur la métropole de Lyon. Pour la première fois des concentrations modélisées ont été comparées à des mesures de concentrations de dioxines en air ambiant. L'indicateur développé dans cette thèse a été utilisé pour estimer le risque de cancer du sein associé à l'exposition atmosphérique aux dioxines dans une étude cas-témoins niché au sein de la cohorte E3N. Il est utilisé actuellement dans une étude sur le lien entre exposition au cadmium et risque de cancer du sein, et pourra être appliqué dans de futures études portant sur d'autres polluants ou d'autres pathologies
A number of studies have examined the link between breast cancer and exposure to air pollution, including dioxins and cadmium. However, the results of these studies are inconclusive and present a number of methodological limitations. The main objective of this thesis was to develop a spatial indicator to assess chronic atmospheric exposure to dioxins and cadmium of women from the E3N cohort in France between 1990 and 2008. We first performed an inventory and created a database of 2620 dioxins and 2700 cadmium emitting sources in France between 1990 and 2008 and estimated and geolocated their annual emissions. The location of the sources and their estimated emissions were used as the basis for the construction of the indicator. Combination of additional spatial parameters, allowed us to obtain a "substantial" agreement between the dioxin and cadmium exposure classifications of the E3N subjects geolocalised at their residential address, using the estimated bythe indicator and exposures estimates derived from the Gaussian model. We also evaluated the spatial-temporal variability of dioxin and cadmium concentrations over nearly two decades in the Lyon metropolitan area, taking into account a wide variety of source types. This is the first study comparing concentrations predicted by a dispersion model to dioxin concentrations measured in ambient air. The exposure indicator was used in a case-control study within the E3N cohort to estimate the risk of breast cancer associated with atmospheric exposure to dioxins. It is currently being used in another study on cadmium exposure and breast cancer risk and may be applied in future studies on other pollutants or pathologies

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

46

Bonté, Bruno. "Modélisation et simulation de l'interdépendance entre l'objet, l'observateur et le modèle de l'objet dans la Triade de Minsky. Application à la surveillance épidémiologique en santé animale." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00719426.

Full text

Abstract:

On ne peut pas reproduire l'expérience d'une épidémie à l'échelle d'un pays ou d'une région. Or, en l'absence d'expérience reproductible, la notion usuelle de " validation " de modèle qui consiste à tester si le modèle A* d'un système A permet de reproduire le comportement de A, n'a aucun sens statistique.Marvin Minsky donne la définition suivante de ce qu'est un modèle: Pour un observateur B, un objet A* est un modèle d'un objet A s'il permet à B de répondre à une question qu'il se pose sur A. Nous appelons triade de Minsky, l'ensemble des trois objets A, B et A*. Nous proposons d'utiliser la Théorie de la Modélisation et de la Simulation (TMS) pour modéliser et simuler la triade de Minsky. Cela nous permet de modéliser la triade vue comme un système dynamique composée des objets A, B et A*. Nous pouvons ainsi nous interroger sur l'utilisation d'un modèle A* par un utilisateur B et sur l'impact que cette utilisation a sur la trajectoire du système A.Nous appliquons ce cadre à une triade de Minsky empruntée à notre contexte d'étude. Il s'agit d'un cas d'école où une épidémie (l'objet A) est observée et contrôlée par un système de surveillance et de contrôle (l'observateur B) et où un modèle épidémiologique (A*) est utilisé pour évaluer les mesures de contrôle.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

47

Claverie, Sohini. "Étude de la diversité et de la structure des communautés virales à l’échelle des agro-écosystèmes. Le modèle épidémiologique des mastrévirus des Poaceae à La Réunion." Thesis, La Réunion, 2020. http://www.theses.fr/2020LARE0011.

Full text

Abstract:

L’ubiquité, l’abondance et la diversité des virus ont mis en exergue qu’ils font partie intégrante des écosystèmes. Afin de mieux comprendre comment ils interagissent, s’adaptent et évoluent, il est essentiel de les étudier à l’échelle des écosystèmes, en particulier à l'échelle des agro-écosystèmes où la promiscuité entre mondes sauvages et cultivées facilitent de nouvelles interactions pouvant aboutir à l‘émergence de nouveaux variants viraux. Cette étude s’est focalisée sur les phytovirus du genre Mastrévirus, transmis par cicadelles et responsables de nombreuses maladies sur cultures en Afrique et dans les îles de l’océan Indien. Nos travaux ont porté sur le développement d’une approche de métagénomique ciblant les virus à petits génomes à ADN circulaire dénommée RCA-RA-NGS. Cette approche repose sur l'amplification en cercle roulant, le marquage des amplicons par PCR aléatoire permettant un multiplexage allant jusqu’à 1200 échantillons et le séquençage haut débit Illumina avant classification des lectures obtenus par recherche de similarité et placement phylogénétique. L’analyse de près de 3000 échantillons représentant 30 espèces de Poaceae a permis de démontrer que 18 de ces espèces et globalement 8 % des plantes évaluées étaient infectées par des mastrévirus. Outre la découverte d'espèces de mastrévirus non décrites auparavant, nos résultats fournissent une vue exhaustive du réseau d'association mastrévirus-hôte au sein d'un agro-écosystème. La topologie de ce réseau suggère (1) l’imbrication des gammes spécialistes dans celles des généralistes mais l’absence de modularité, (2) des hôtes agissant comme des carrefours viraux et (3) la présence de recombinaison
Viruses’ ubiquity, abundance and diversity have highlighted that they are naturally embedded into global ecosystems. In order to better understand how they interact, adapt and evolve, it is essential to study them at the ecosystem scale, particularly at the agro-ecosystem scale where the promiscuity between wild and cultivated ecosystems facilitates new interactions favouring the emergence of new viral variants. This study focused on phytoviruses of the genus Mastrevirus, transmitted by leafhoppers and responsible for many crop diseases in Africa and the Indian Ocean islands. Our work focused on the development of a metagenomic approach called RCA-RA-NGS targeting viruses with small circular DNA genomes. This approach is based on rolling-circle amplification step followed with amplicons tagging using random PCR allowing multiplexing of up to 1200 samples and Illumina high-throughput sequencing before classification of the reads obtained by similarity search and phylogenetic placement. The analysis of nearly 3000 samples representing 30 species of Poaceae showed that 18 of these species and globally 8% of the evaluated plants were infected by masteviruses. In addition to the discovery of previously undescribed mastrevirus species, our results provide a comprehensive view of the network of mastrevirus-host association within an agro-ecosystem. The topology of this network suggests (1) no modularity and only nestedness of specialists host ranges with those of generalists, (2) hosts acting as viral hub and (3) the presence of recombination

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

48

Bonte, Bruno. "Modélisation et simulation de l’interdépendance entre l’objet, l’observateur et le modèle de l’objet dans la Triade de Minsky. Application à la surveillance épidémiologique en santé animale." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20173/document.

Full text

Abstract:

On ne peut pas reproduire l'expérience d'une épidémie à l'échelle d'un pays ou d'une région. Or, en l'absence d'expérience reproductible, la notion usuelle de « validation » de modèle qui consiste à tester si le modèle A* d'un système A permet de reproduire le comportement de A, n'a aucun sens statistique.Marvin Minsky donne la définition suivante de ce qu'est un modèle: Pour un observateur B, un objet A* est un modèle d'un objet A s'il permet à B de répondre à une question qu'il se pose sur A. Nous appelons triade de Minsky, l'ensemble des trois objets A, B et A*. Nous proposons d'utiliser la Théorie de la Modélisation et de la Simulation (TMS) pour modéliser et simuler la triade de Minsky. Cela nous permet de modéliser la triade vue comme un système dynamique composée des objets A, B et A*. Nous pouvons ainsi nous interroger sur l'utilisation d'un modèle A* par un utilisateur B et sur l'impact que cette utilisation a sur la trajectoire du système A.Nous appliquons ce cadre à une triade de Minsky empruntée à notre contexte d'étude. Il s'agit d'un cas d'école où une épidémie (l'objet A) est observée et contrôlée par un système de surveillance et de contrôle (l'observateur B) et où un modèle épidémiologique (A*) est utilisé pour évaluer les mesures de contrôle
The spread of a disease at national or international scale isn't a reproducible experiment. If experiment is not reproducible, the usual concept of model validation has no statistical meaning because it would involve the comparison between model behaviour and system behaviour.We use Marvin Minsky's definition of model: « to an observer B, an object A* is a model of an object A to the extent that B can use A* to answer questions that interest him about A ». The tree objects A, B and A* are the triad of Minsky. We propose to use the Theory of Modelling and Simulation (TMS) to model and simulate the triad seen as a dynamic system composed of the objects A, B and A*. We hence can answer questions about the use of A* and the impact it has on A.We apply this framework to a triad of Minsky in epidemiological surveillance in animal health. An epidemics (object A) is observed and controlled by a surveillance system and a control system (observer B) and an epidemiological model (model A*) is used to evaluate the control measures

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

49

Rautureau, Séverine. "Simulations d’épizooties de fièvre aphteuse et aide à la décision : approches épidémiologique et économique." Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA11T002/document.

Full text

Abstract:

L’épizootie de fièvre aphteuse de 2001 telle qu’elle s’est déroulée en Grande-Bretagne a montré les limites de certains des systèmes de surveillance, d’intervention, d’anticipation et d’aide à la décision actuellement en place. Parallèlement, l’assouplissement des modalités d’utilisation de la vaccination a enrichi la palette des outils utilisables par le gestionnaire de risque. Une réévaluation pour la France a semblé ainsi opportune. Pour cela, le projet de recherche s’est proposé tout d’abord d’étudier l’organisation des différentes filières d’animaux de rente en France. L’analyse du réseau d’élevages français par la méthode d’analyse des réseaux sociaux a permis de caractériser les relations entre établissements et d’estimer une vulnérabilité structurale constante face à la diffusion de maladies apportées essentiellement par le réseau d’échanges bovins.Dans une deuxième partie, la diffusion de la maladie dans ce réseau d’élevages a été étudiée en s’appuyant sur des simulations générées par un modèle spécifiquement construit. L’efficacité et les coûts de différentes stratégies de lutte envisageables (combinaisons d’abattage sanitaire, abattage préventif et vaccination) ont été ensuite comparés. Les résultats obtenus ont montré l’absence d’une stratégie unique optimale à la fois sur le plan épidémiologique et économique et la nécessité de s’adapter au contexte local. En effet, la nature de la stratégie optimale varie selon la région concernée et l’acteur considéré. Ces travaux ont permis de créer un outil de réflexion pour aider à la décision, mais également un outil d’entraînement et de formation collective pour se préparer à une telle gestion de crise
The 2001 Foot-and-mouth disease epizootic in the United Kingdom has illustrated limits in some established surveillance, control, anticipation and decision-making systems. At the same time, the relaxation of vaccination procedures has enhanced the set of usable tools by risk managers. A reassessment in France seemed needed.For this purpose, the research project firstly proposed to study the organization of the different livestock industries in France. The analysis of French holding network by using the method of social network analysis has led to characterize the relationships between holdings and to determine a constant structural vulnerability to diseases spread especially due to bovine trade network.Secondly, the disease spread in the holding network has been studied with simulations generated by a specifically built model. The cost-effectiveness of different control strategies (combining infected herd depopulation, pre-emptive culling and vaccination) were then compared. Results showed that no single epidemiological and economical optimal strategy existed and local context must be taken into account. Indeed, the cost-effective strategy changed according to the concerned area and the considered players.This research work allowed creating a thinking tool for decision-making but also a training tool for crisis management preparation

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

50

Graffeo, Nathalie. "Méthodes d'analyse de la survie nette : utilisation des tables de mortalité, test de comparaison et détection d'agrégats spatiaux." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5067/document.

Full text

Abstract:

La survie nette, indicateur clé de l'efficacité des systèmes de soin dans la lutte contre le cancer, est un concept théorique représentant la survie que l'on observerait dans un monde hypothétique où le cancer étudié serait la seule cause de décès. En s'affranchissant de la mortalité due aux causes autres que ce cancer, elle permet des comparaisons entre populations. Dans cette thèse, après présentation du concept et des méthodes d'estimation de la survie nette quand la cause de décès est inconnue, nous étudions trois problématiques. La première porte sur les tables de mortalité utilisées pour estimer la survie nette. En France, ces tables sont stratifiées sur âge, sexe, année et département. Il serait intéressant d'utiliser des tables stratifiées sur d'autres facteurs impactant la mortalité. Nous étudions l'impact du manque de stratification sur les estimations des effets des facteurs pronostiques sur la mortalité en excès (celle due au cancer en l'absence des autres causes de décès) par des études de simulations et sur données réelles. La deuxième problématique porte sur la construction d'un test de type log-rank pour comparer des distributions de survie nette estimées par l'estimateur Pohar-Perme, estimateur non paramétrique consistant de la survie nette. Notre troisième problématique est de déterminer dans une aire géographique des zones différentes en termes de survie nette. Nous adaptons une méthode de détection de clusters à la survie nette en utilisant le test précédemment développé comme critère de découpage. Ce travail propose ainsi des développements et outils nouveaux pour étudier et améliorer la qualité de la prise en charge des patients atteints d'un cancer
In cancer research, net survival is a key indicator of health care efficiency. This theoretical concept is the survival that would be observed in an hypothetical world where the disease under study would be the only possible cause of death. In population-based studies, where cause of death is unknown, net survival allows to compare net cancer survival between different groups by removing the effect of death from causes other than cancer. In this work, after presenting the concept and the estimation methods of net survival, we focus on three complementary issues. The first one is about the life tables used in the estimates of net survival. In France, these tables are stratified by age, sex, year and département. Other prognostic factors impact on mortality. So it would be interesting to use life tables stratified by some of these factors. We study the impact of the lack of stratification in life tables on the estimates of the effects of prognostic factors on excess mortality by simulations and real data studies. In 2012, the Pohar-Perme estimator was proposed. It is a consistent non parametric estimator of net survival. The second issue involves the building of a log-rank type test to compare distributions of net survival (estimated by the Pohar-Perme estimator) between several groups. Our third issue is to propose a method providing potential spatial clusters which could contain patients with similar net cancer survival rates. We adapt a clustering method using the test we have built as a splitting criterion. This work proposes new developments and new tools to study and improve the quality of care for cancer patients. These methods are suitable to other chronic diseases

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

Dissertations / Theses on the topic 'Modèles épidémiologiques'

Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles