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Dissertations / Theses on the topic 'Modifications post-traductionnelles'
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Schaeffer, Étienne. "Etude des modifications post-traductionnelles de la protéine ATF7." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ017/document.
Full textAbstract:
L’objectif de ces travaux de thèse est l’étude des modifications post-traductionnelles de la protéine ATF7. Cette protéine est phosphorylée sur les résidus thréonine (T) 51, T53 et T112 lorsque les cellules subissent un stress (UVs, choc osmotique). Cela permet à la protéine d’être active transcriptionnellement. En absence de stress une fraction de la protéine ATF7 est sumoylée et cela induit une inhibition de son activité transcriptionnelle. Le premier projet consiste à développer des outils qui permettent l’étude de la forme sumoylée de la protéine ATF7. Ces travaux ont permis l’élaboration de scFv-bispécifiques tétramériques qui permettent la reconnaissance simultanée de la protéine ATF7 et de la protéine SUMO1. L’autre projet principal était l’étude du rôle de la phosphorylation de la T112 en absence de stress. Les travaux menés au laboratoire ont permis de montrer que cette thréonine est phosphorylée pendant la phase M du cycle cellulaire et que cet événement est conduit par une autre voie de phosphorylation que la voie du stress et met en jeu la CDK1The objective of this thesis work was is the study of post-translationnal modifications (PTM) of the protein ATF7. This protein is phosphorylated on several threonine (T) residues upon stress (UVs, osmotic chock). This allows the protein to be transcriptionally active. In the absence of stress, a fraction of the protein is sumoylated resulting in an inhibition of its transcriptional activity. The first project raise to the development of tools that will enable the study of the sumoylated form of ATF7 protein. This work raise to the development of tetrameric bispecific scFv possessing a simultaneously recognizing ability of the proteins ATF7 and SUMO1. The other main project was the study of ATF7 T112 phosphorylation in the absence of stress. The experiments drove in the lab have shown that thus threonine is phosphorylated during mitosis by a specific pathway, which includes the CDK1
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Blouquit, Yves. "Contribution à l'étude des modifications post-traductionnelles de l'hémoglobine humaine." Paris 12, 1992. http://www.theses.fr/1992PA120005.
Full textAbstract:
L'etude de plusieurs fractions mineures de l'hemoglobine humaine nous a permis de mettre en evidence plusieurs modifications. Ces modifications sont de type non enzymatique et similaire a celui decrit pour l'hemoglobine a1c (fixation sur nh2 terminal de la chaine beta d'une molecule de glucose). Dans cette these, nous avons pu mettre en evidence un certain nombre de residus se fixant sur les nh2 terminaux des chaines beta et alpha et des epsilons nh2 des lysines beta 82 (lactate, pyruvate, acetate, formiate, carbamate, 2-3 diphosphoglycerate, glycerate). L'identification de ces residus n'a ete rendue possible que par l'utilisation en etroite association de la clhp et de la spectrometrie de masse (fab, api)
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Larbret, Frédéric. "Impact des modifications post-traductionnelles sur la dynamique du cytosquelette." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4044.
Full textAbstract:
Le cytosquelette représente un élément crucial dans les processus cellulaires essentiels des cellules lymphoïdes. Les différents filaments du cytosquelette et leurs modes de régulation représentent donc des cibles thérapeutiques majeures pour le développement de nouveaux composés pharmacologiques. Au cours de ce travail de thèse, nous avons mis au point une nouvelle méthode d’analyse par cytométrie en flux (CytoFRET) permettant de visualiser simultanément la dynamique de polymérisation des filaments d’actine, des microtubules et des filaments intermédiaires de vimentine dans la lignée leucémique T Jurkat. Cette méthode a été utilisée pour le criblage d’une mini-chimiothèque composée d’inhibiteurs d’enzymes impliquées dans les modifications post-traductionnelles des protéines. Nous avons ainsi identifié deux composés, le WP1130 et le b-AP15, des inhibiteurs d’enzymes de déubiquitination (DUBs), comme puissants inducteurs de la polymérisation/nucléation de l’actine. Nous avons montré que l’effet de ces inhibiteurs sur les microfilaments d’actine est consécutif à une poly-ubiquitination de la Destrine, une protéine de liaison à l’actine. Nous avons également identifié des inhibiteurs des déacétylases HDAC6 et SIRT2 comme inducteurs de la polymérisation des microtubules et de l’assemblage de la vimentine. L’effet de ces inhibiteurs a été corrélé à une acétylation directe de la tubuline mais pas de la vimentine. Ces résultats ouvrent ainsi de nouvelles perspectives à la fois fondamentale et thérapeutique sur la physiopathologie du cytosquelette des cellules lymphoïdesActin, microtubules, and intermediate filaments compose three major cytoskeletal structures of vertebrate cells that are characterized by highly dynamic balances between assembly and de-assembly, underlying critical cellular processes such as mitosis, architecture and movement. Consequently, cytoskeleton dysfunctions have been implicated in several pathological situations including cell transformation and metastasis. Thus, cytoskeletal networks represent major targets for the development of novel anti-cancer and anti-metastatic therapies. However, drug development is currently limited by the availability of high-throughput screening systems allowing the simultaneous monitoring of actin, microtubules and intermediate filaments dynamics in living cells. In this work, we have developed a novel screening assay of cytoskeleton dynamics based on the simultaneous recording by flow cytometry of FRET signals produced by the variation of actin, tubulin and vimentin filaments dynamics in living cells. Our novel method was employed to screen a mini-library of drugs known for their ability to interfere with post-translationnal modifications of proteins. Interestingly, our approach revealed that compounds interfering with lysine acetylation have a dramatic impact on vimentin filaments assembly and microtubules polymerization. In addition, two inhibitors (WP1130 and b-AP15) of deubiquitinating enzymes showed increase of actin polymerization. This effect was attributed to poly-ubiquitnation of Destrin, an actin binding protein. In conclusion, our FRET multiplex flow cytometry assay represents a novel effective method for the future development of new anti-cancer therapies
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Larbret, Frédéric. "Impact des modifications post-traductionnelles sur la dynamique du cytosquelette." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4044.
Full textAbstract:
Le cytosquelette représente un élément crucial dans les processus cellulaires essentiels des cellules lymphoïdes. Les différents filaments du cytosquelette et leurs modes de régulation représentent donc des cibles thérapeutiques majeures pour le développement de nouveaux composés pharmacologiques. Au cours de ce travail de thèse, nous avons mis au point une nouvelle méthode d’analyse par cytométrie en flux (CytoFRET) permettant de visualiser simultanément la dynamique de polymérisation des filaments d’actine, des microtubules et des filaments intermédiaires de vimentine dans la lignée leucémique T Jurkat. Cette méthode a été utilisée pour le criblage d’une mini-chimiothèque composée d’inhibiteurs d’enzymes impliquées dans les modifications post-traductionnelles des protéines. Nous avons ainsi identifié deux composés, le WP1130 et le b-AP15, des inhibiteurs d’enzymes de déubiquitination (DUBs), comme puissants inducteurs de la polymérisation/nucléation de l’actine. Nous avons montré que l’effet de ces inhibiteurs sur les microfilaments d’actine est consécutif à une poly-ubiquitination de la Destrine, une protéine de liaison à l’actine. Nous avons également identifié des inhibiteurs des déacétylases HDAC6 et SIRT2 comme inducteurs de la polymérisation des microtubules et de l’assemblage de la vimentine. L’effet de ces inhibiteurs a été corrélé à une acétylation directe de la tubuline mais pas de la vimentine. Ces résultats ouvrent ainsi de nouvelles perspectives à la fois fondamentale et thérapeutique sur la physiopathologie du cytosquelette des cellules lymphoïdesActin, microtubules, and intermediate filaments compose three major cytoskeletal structures of vertebrate cells that are characterized by highly dynamic balances between assembly and de-assembly, underlying critical cellular processes such as mitosis, architecture and movement. Consequently, cytoskeleton dysfunctions have been implicated in several pathological situations including cell transformation and metastasis. Thus, cytoskeletal networks represent major targets for the development of novel anti-cancer and anti-metastatic therapies. However, drug development is currently limited by the availability of high-throughput screening systems allowing the simultaneous monitoring of actin, microtubules and intermediate filaments dynamics in living cells. In this work, we have developed a novel screening assay of cytoskeleton dynamics based on the simultaneous recording by flow cytometry of FRET signals produced by the variation of actin, tubulin and vimentin filaments dynamics in living cells. Our novel method was employed to screen a mini-library of drugs known for their ability to interfere with post-translationnal modifications of proteins. Interestingly, our approach revealed that compounds interfering with lysine acetylation have a dramatic impact on vimentin filaments assembly and microtubules polymerization. In addition, two inhibitors (WP1130 and b-AP15) of deubiquitinating enzymes showed increase of actin polymerization. This effect was attributed to poly-ubiquitnation of Destrin, an actin binding protein. In conclusion, our FRET multiplex flow cytometry assay represents a novel effective method for the future development of new anti-cancer therapies
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Benchabane, Meriem. "Modifications post-traductionnelles d'une serpine humaine recombinante exprimée chez les plantes." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24868/24868.pdf.
Full text
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Guellich, Aziz. "Rôle des modifications post-traductionnelles des protéines contractiles dans l'insuffisance cardiaque." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077239.
Full textAbstract:
L'insuffisance cardiaque (IC) est une myopathie généralisée. Les modifications post-traductionnelles des protéines contractiles, en particulier celles de la myosine constituent un mécanisme potentiel de la dysfonction contractile des muscles cardiaque et périphériques observées dans TIC. Une diminution de PPARa a été rapportée dans l'hypertrophie et dans PIC. Cependant, les effets de cette diminution sur la fonction cardiaque et sur le stress oxydatif n'ont pas été étudiés. Nous avons démontré chez les souris PPARa ⁻/⁻une dysfonction contractile cardiaque traduite par une diminution i) de la fraction de raccourcissement à l'échocardiographie, ii) des performances mécaniques intrinsèques par l'étude de la mécanique du muscle papillaire et iii) des propriétés mécaniques de la myosine obtenu par les tests de motilité in vitro. Ces altérations sont dues, au moins en partie, à la nitration de la myosine. La diminution de l'expression et de l'activité de la MnSOD trouvée dans ce modèle pourrait expliquer l'origine de cette nitration. La carbonylation de cette molécule dans le diaphragme et dans le soléus des rats en IC secondaire à une surcharge de pression est également un mécanisme expliquant les altérations des propriétés mécaniques de la myosine et des performances mécaniques intrinsèques de l'organe. Aucun clivage des protéines contractiles, ni signe de l'activation de la caspase-3, enzyme effectrice de l'apoptose, n'a été détecté dans ce modèle. En conclusion, ce travail montre l'implication de l'oxydation de la myosine dans la dysfonction contractile cardiaque secondaire à une délétion de PPARa et celle des muscles périphériques observée dans l’ICHeart failure (HF) is a generalized myopathy. Post-translational modifications of contractile proteins, in particular those of myosin, are one of the potential mechanisms responsible of heart and peripheral muscle dysfunction observed during HF. Down regulation of PPARa during cardiac hypertrophy and HF has been reported. However, precise effects of PPARa deficiency on cardiac contractile function and on oxidative stress were never studied. In this work, we have demonstrated that PPARa⁻/⁻ mice present a cardiac contractile dysfunction reflected by a decrease in i) fractional shortening observed by echocardiography, ii) intrinsic mechanical performance obtained by the study of papillary muscle mechanics, iii) myosin mechanical properties using in vitro motility assays. Such alterations seem to be related to myosin nitration. MnSOD expression and activity drop observed in this model could be responsible of this nitration. Increase in myosin carbonylation was also detected in rat diaphragm and soleus in a model of HF induced by pressure overload. These modifications are responsible, at least in part, of myosin mechanical properties alteration and of intrinsic mechanical performance abnormalities at the level of the organ. Study of apoptosis dependent post-translational modifications of contractile proteins had rule out the possibility of the implication of their cleavage by the effector enzyme caspase-3. Its active form and activity were not detected in this case. In conclusion, this work demonstrates that myosin oxidation is involved in the cardiac contractile dysfunction of PPARa ⁻/⁻ mice and in the peripheral muscles contractile alteration during HF
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Benchabane, Meriem. "Modifications post-traductionnelles d’une serpine humaine recombinante exprimée chez les plantes." Rouen, 2007. http://www.theses.fr/2007ROUES020.
Full textAbstract:
Les plantes ont la capacité de produire des protéines recombinantes mais des problèmes de N-glycosylation et de protéolyse persistent. Afin d’établir l’impact de la localisation sur la stabilité et la glycosylation d'une protéine recombinante, nous avons exprimé l’inhibiteur de protéase α1-antichymotrypsine (AACT) humaine dans quatre compartiments (RE, vacuole, apoplasme et cytosol) de cellules de tabac en culture. Le produit obtenu s'est avéré être plus hétérogène au sein du système de sécrétion, en raison d'une maturation de la N-glycosylation et d'une maturation protéolytique. Inversement, la protéine recombinante cytosolique non glycosylée montrait une plus grande stabilité et présentait une double localisation nucléaire et cytoplasmique. L’AACT a un site de liaison à l’ADN et une mutation de ce site a permis d'inhiber cette interaction et d'altérer en partie la localisation nucléaire, suggérant l'implication de la liaison à l’ADN dans la rétention nucléairePlants represent interesting production platforms for recombinant proteins. Protein post-translational modifications however, may not be adequate, with a possible negative impact on their commercial value. To assess this problem, we expressed human α1-antichymotrypsin (AACT), a glycosylated serine protease inhibitor, in cultured BY2 tobacco cells. The inhibitor was targeted to different subcellular compartments to assess the impact of cellular destination on its stability and glycosylation. Our results showed that AACT entering the secretory pathway was readily processed to lower molecular weight forms resulting from glycan maturation and proteolytic processing. Intriguingly, cytosolic expression generated more stable proteins, although not glycosylated, that accumulated mostly in the nucleus. We further demonstrated that mutation of AACT DNA binding site partially altered the nucleus distribution, thus suggesting a role of this DNA binding in nuclear retention
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Dubois, Emilie. "Modifications post-traductionnelles des protéines contractiles cardiaques : nouveaux biomarqueurs du remodelage ventriculaire post-infarctus." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00580405.
Full textAbstract:
Le remodelage ventriculaire gauche (RVG) est un processus complexe qui intervient après un infarctus du myocarde chez 30% des patients en dépit des meilleurs traitements connus actuellement. Le but de mon travail de thèse consistait à identifier les déterminants moléculaires du RVG dans le but de mieux en comprendre les mécanismes physiopathologiques. Pour cela, nous avons étudié les modifications post-traductionnelles des protéines contractiles du VG et en particulier, la phosphorylation et la O-N-acétylglucosaminylation (O-GlcNAc). Nous nous sommes ensuite particulièrement intéressés à la troponine T (TnT) pour laquelle nous avons ainsi pu mettre en évidence une diminution de la phosphorylation au niveau de la sérine 208 au niveau du VG et du plasma chez le rat, suggérant que cela pourrait être un marqueur du RVG post-infarctus. Pour cette étude, nous avons travaillé en collaboration avec l'unité INSERM U644 de Rouen sur un modèle expérimental d'insuffisance cardiaque. L'infarctus du myocarde est induit chez le rat par ligature de la branche descendante de l'artère coronaire gauche, les rats témoins subissant l'intervention mais sans ligature. Dans un premier temps, nous avons réalisé une étude globale du phosphoprotéome du VG en phase tardive du RVG (2 mois post-ligature). Pour cela, les protéines extraites du VG ont été séparées par électrophorèse bidimensionnelle puis colorées au Pro-Q®Diamond (spécifique des protéines phosphorylées) puis au Sypro®Ruby (spécifique des protéines totales). Par analyse bioinformatique, nous avons mis en évidences 69 spots polypeptidiques présentant des modulations de phosphorylation. Nous avons donc analysé ces spots par spectrométrie de masse et avons identifié 30 protéines correspondant à 53 spots polypeptidiques présentant des modulations de phosphorylation. Parmi ces protéines, nous avons choisi de nous concentrer et d'étudier 6 protéines contractiles : la TnT, l'alpha-tropomyosine 1 (α-Tm 1), la desmine, l'αB-crystalline et les chaînes légères de myosine 1 et 2 (MLC). Pour chacune de ces protéines, nous avons identifié le type d'acide aminé responsable de la phosphorylation et quantifié les modulations de phosphorylation dans le VG des rats insuffisants cardiaques (IC). De manière intéressante, nous avons observé que le VG des animaux IC présentait une diminution significative de la phosphorylation sur les résidus sérine pour l'α-Tm 1, la TnT et la MLC-2 et sur les résidus de tyrosine pour l'αB-crystalline ainsi qu'une augmentation significative de la phosphorylation sur les résidus tyrosine pour la MLC-1 et sur les résidus de sérines pour la desmine, confirmant ainsi les résultats obtenus en électrophorèse bidimensionnelle. Afin de compléter l'analyse des modifications post-traductionnelles, nous avons étudié les modifications de O-GlcNAc pour chacune de ces protéines. Nous avons ainsi observé une diminution significative de la O-GlcNAcylation de l'α-Tm 1, de la desmine et l'αB crystalline ainsi qu'une augmentation de la O-GlcNAcylation de la MLC-3 et de la TnT. Par ailleurs, nous avons pu corréler ces modulations de phosphorylation et de O-GlcNAcylation avec des modulations de l'activité des enzymes impliquées dans ces modulations. En effet, par analyse bioinformatique de la séquence de la TnT et par recherche bibliographique nous avons mis en évidence que la protéine kinase C et la protéine phosphatase 2A pourrait être impliquées dans ces modulations de phosphorylation. Nous avons alors mis en évidence une diminution de l'activité de la protéine kinase C epsilon dans le VG des rats IC mais sans variation de l'activité de la protéine phosphatase 2A. Par ailleurs, nous avons mis en évidence une augmentation de l'activité de la O-GlcNAc transférase et une diminution de l'activité de la O-GlcNAcase dans le VG des rats IC. [...]
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Peugnet, Victoriane. "Modifications post-traductionnelles de la protéine superoxyde dismutase 2 dans le coeur." Thesis, Lille, 2021. https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2021/2021LILUS010.pdf.
Full textAbstract:
De nos jours, les pathologies cardiovasculaires représentent un enjeu de santé publique majeur dans les pays développés. Particulièrement, le remodelage ventriculaire gauche touche 30% des patients suite à un infarctus du myocarde et peut mener à terme à une insuffisance cardiaque. Le remodelage et l’insuffisance cardiaque sont associés au développement d’un stress oxydant, participant aux modifications structurales et fonctionnelles du coeur. L’objectif de ma thèse consistait en l’étude des modifications post-traductionnelles de la protéine anti-oxydante mitochondriale superoxyde dismutase 2 (SOD2), et plus particulièrement de son inactivation par acétylation, dans le contexte des pathologies cardiovasculaires.J’ai montré que l’inactivation de SOD2 par acétylation de la lysine 68 favorise le stress oxydant et la dysfonction mitochondriale. Parmi les différents isoformes SIRT, la protéine mitochondriale SIRT3 a été identifiée comme responsable de l’activation de SOD2 par désacétylation, tandis que la protéine acetyl transferase P300 serait impliquée dans la régulation transcriptionnelle de SOD2. J’ai également montré que la protéine SIRT3 protège les cardiomyocytes du stress oxydant et de l’hypertrophie induite par stimulation à l’isoprénaline en activant la protéine SOD2. Ces données m’ont permis d’identifier la protéine SOD2 comme cible moléculaire potentielle dans les stratégies thérapeutiques anti-oxydantes.J’ai donc étudié l’impact des anti-oxydants MitoQuinone (MitoQ, antioxydant mitochondrial) et EUK 134 (mimétique des SOD) sur les cardiomyocytes et montré les effets protecteurs de la MitoQ et du EUK 134 sur le stress oxydant et l’hypertrophie. Cependant, la MitoQ entraîne des dysfonctions mitochondriales et un arrêt de la mitophagie délétères pour les cardiomyocytes, contrairement au EUK 134 qui permet de restaurer la fonction mitochondriale en maintenant l’équilibre de la mitophagie. Ces données mettent en évidence le rôle primordial du métabolisme mitochondrial dans le développement des thérapies anti-oxydantesNowadays, cardiovascular diseases remain a main public health issue in developed countries. Especially, left ventricular remodeling concerns 30% of patients after myocardial infarction and can lead to heart failure. Left ventricular remodeling and heart failure are associated with oxidative stress, contributing to structural and functional modifications of the heart. The aim of my PhD thesis was to study post-translational modifications of the mitochondrial anti-oxidant enzyme superoxide dismutase 2 (SOD2), especially its acetylation that inactivates it, in the pathophysiological context of cardiovascular diseases.I showed that cardiac SOD2 is inactivated by acetylation on lysin 68, contributing to mitochondrial oxidative stress and mitochondrial dysfunction. Among SIRT isoforms, the mitochondrial protein SIRT3 was identified as responsible for SOD2 deacetylation and subsequent activation, whereas protein acetyl transferase P300 could be involved in SOD2 transcriptional regulation. I also showed that SIRT3-mediated SOD2 activation protects cardiomyocytes from isoproterenol-induced oxidative stress and hypertrophy. These data allowed us to identify SOD2 as a potential molecular target in anti-oxidant therapeutic strategies.I then studied the impact of anti-oxidant molecules MitoQuinone (MitoQ, mitochondrial anti-oxidant) and EUK 134 (SOD mimetic) on cardiomyocytes. I showed that MitoQ and EUK 134 had protective effect on cardiac oxidative stress and hypertrophy. However, MitoQ is associated with mitochondrial dysfunctions and altered mitophagy in cardiomyocytes, contrary to EUK 134 that restore mitochondrial function and maintains mitophagy balance. These data highlight the key role of mitochondrial metabolism in development of anti-oxidant therapeutics
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Fulcrand, Géraldine. "Rôle des modifications post-traductionnelles des histones au cours de la mitose." Rennes 1, 2009. http://www.theses.fr/2009REN1B119.
Full textAbstract:
Les modifications post-traductionnelles des histones jouent un rôle très important au cours du cycle cellulaire et notamment au cours de la mitose. Nous avons montré que les activités histone désacétylases (HDAC) sont impliquées dans le fonctionnement du point de contrôle du fuseau mitotique. Nous avons décrit le rôle d'HDAC3 en mitose, dans la cohésion entre chromatides soeurs et la désacétylation de la lysine 4 de l'histone H3. La phosphorylation de la sérine 7 de CENP-A, un homologue de l'histone H3 uniquement présent au niveau du centromère, est également nécessaire au maintien de la cohésion entre chromatides soeurs. Ces résultats semblent mettre en évidence l'existance d'un "code histone" mitotique lié à la cohésion entre chromatides soeurs.
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BERANGER, FLORENCE. "Modifications post-traductionnelles et localisation subcellulaire des proteines de la superfamille ras." Paris 7, 1993. http://www.theses.fr/1993PA077123.
Full textAbstract:
Parmi les proteines de la famille des oncogenes ras, les proteines rap sont celles qui possedent les plus grandes homologies structurales avec les proteines ras. Nous avons montre que les proteines rap, bien que subissant des modifications post-traductionnelles similaires, ne sont pas colocalisees avec les p21ras au niveau de la membrane plasmique: la proteine rap1 est associee a l'appareil de golgi, et la proteine rap2 au reticulum endoplasmique. Ces resultats soulevent le probleme de la definition des determinants responsables de la localisation subcellulaire des proteines ras et apparentees. Nous avons donc construit une serie de proteines chimeriques rab6/ras (respectivement localisees au niveau de l'appareil de golgi et de membrane plasmique) et une serie de proteines rab6 portant a leur extremite c-terminale des sequences susceptibles de mener a la production de proteines comportant diverses modifications post-traductionnelles. Nous avons montre que l'association de la proteine rab6 a l'appareil de golgi necessite l'integrite du domaine effecteur et la presence d'un groupement lipidique de forte hydrophobicite (geranylgeranyl en c20 ou farnesyl) (c15) plus palmitate (c16) au niveau de la cysteine c-terminale. Nous avons confirme le caractere fonctionnel de ces proteines chimeriques par leur capacite a complementer dans la levure saccharomyces cerevisiae la mutation du gene ypt6 homologue du gene rab6 humain. Ces resultats devraient nous permettre de mieux comprendre le mode d'action des proteines de la famille ras, et leur role regulateur dans un nombre croissant de processus cellulaires importants
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Belmadani, Souad. "Microtubules et modifications post-traductionnelles de la tubuline cardiaque chez le rat." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077018.
Full text
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Flahaut, Christophe. "Modifications post-traductionnelles et conformation des chaînes lourdes de l'inter-alpha-inhibiteur." Lille 1, 2000. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2000/50376-2000-73.pdf.
Full textAbstract:
L'inter-inhibiteur (II) est un inhibiteur de serine-proteinases du plasma humain. Il est constitue de trois chaines peptidiques : une chaine legere, la bikunine, et deux chaines lourdes (h1 et h2). Celles-ci sont covalentiellement liees par l'intermediaire d'un glycosaminoglycanne de type chondroitine sulfate. Le role biologique de l'ii decoule de l'activite principalement antiproteasique et anti inflammatoire de la bikunine. De plus, les chaines lourdes, capables de se fixer covalentiellement ou non a l'acide hyaluronique, stabilisent la matrice extracellulaire. La sequence en acides amines des chaines lourdes a ete deduite de la structure des acides desoxyribonucleiques complementaires correspondants. Une meilleure comprehension du role ou de la reactivite de chaque chaine lourde, ainsi que du role et du metabolisme de l'II, implique une meilleure connaissance de leur structure tridimensionnelle. Les chaines lourdes h1 et h2 renferment respectivement 5 et 4 residus de cysteine. Nous demontrons que, au cours de la biosynthese de chaque chaine lourde, deux ponts disulfure se forment, dont l'un appartient a une sequence de type cys-pro-xaa-cys retrouvee dans d'autres proteines participant a des reactions d'oxydo reduction. Bien que le second pont disulfure s'etablisse differemment dans les chaines h1 et h2, celles-ci semblent presenter une conformation assez voisine comme suggere par l'etude realisee en dichroisme circulaire ou de leur sensibilite a une proteolyse partielle. Nous demontrons ensuite que les chaines lourdes font partie des proteines du plasma qui sont a la fois n- et o-glycosylees. Les o-glycannes sialyles appartiennent au type 1 et sont places a l'extremite c-terminale des chaines lourdes. Nous montrons enfin que l'essentiel de ces structures glycanniques est conserve au sein des chaines lourdes de l'II d'origine porcine. Ce fait suggere que les structures ainsi elucidees pourraient participer au metabolisme ou a la fonction physiologique de l'II.
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Robert, Perle. "Caractérisation fonctionnelle des modifications post traductionnelles de la protéine Arpp19, un inhibiteur de la phosphatase PP2A." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT085/document.
Full textAbstract:
La phosphorylation/déphosphorylation des protéines est une modification clé dans les mécanismes qui contrôlent les évènements mitotiques.Classiquement, l’entrée en mitose requiert l’activation de Cdk1. Pour se faire, les phosphorylations inhibitrices sur Cdk1 par Myt1 et Wee1 doivent être éliminées par Cdc25. Le complexe Cdk1-Cycline B (MPF) est ainsi actif, les kinases inhibitrices inactivées.Dernièrement, une nouvelle protéine kinase clé pour l’entrée en mitose a été mise en évidence : Greatwall (Gwl). Les récents résultats publiés par notre équipe montrent que Gwl permet l’entrée et le maintien en mitose en inhibant l’activité de la phosphatase PP2A, la phosphatase responsable de la déphosphorylation des substrats de la protéine kinase Cdk1-Cycline B, via son substrat Arpp19. Gwl phosphoryle Arpp19 sur la sérine 71 lui conférant ainsi la capacité d’inhiber l’activité de la phosphatase PP2A.Une étude sur les modifications post traductionnelles d’Arpp19 a été initiée dans l’équipe et met en évidence plusieurs sites de phosphorylation : • La sérine 71, site de phosphorylation par Gwl • La sérine 28, dont la phosphorylation est attribuée à Cdk1 (vérifié in vitro) • La sérine 113, site de phosphorylation par pKA Ce projet de thèse s’inscrit dans la suite logique du travail déjà effectué dans l’équipe et a pour objectif de caractériser les modifications post traductionnelles d’Arpp19, leurs rôles dans la progression mitotique, leurs incidences sur la liaison et l’inhibition de la cible d’Arpp19, PP2A.Cette partie du projet repose sur la synthèse de mutants d’Arpp19Xe, mutants phosphomimétiques d’une part (sérine transformée en acide aspartique par mutagenèse dirigée) ou mutants dont la phosphorylation est impossible (sérine en alanine). Ces mutants nous ont permis de travailler sur l’impact de ces différentes phosphorylations dans l’extrait d’œufs de Xénope.Ce projet s’attache également à mettre en lumière l’ensemble de la voie de signalisation aboutissant aux différentes modifications post traductionnelles d’Arpp19, leurs chronologies au cours du cycle et ainsi identifier les protéines effectrices de ces phosphorylations sur Arpp19 qui sont autant de leviers potentiels sur lesquels les thérapies anti-tumorales pourraient s’appuyerProteins phosphorylation and dephosphorylation are key post translational modifications controlling mitotic events.Traditionally, mitotic entry requires Cdk1 activation. To allow this to occur, inhibitory phosphorylations on Cdk1 by Myt1 and Wee1 kinases must be removed by phosphatase Cdc25. Thus, the Cdk1-Cyclin B complex, also called MPF (Mitotic Promoting Factor), is active and inhibitory kinases inactivated.Along this canonic scheme, another key kinase has been shown to play a critical role: the Greatwall (Gwl) kinase also called MAST-L for MAST like. Results published by our team show that in Xenopus laevis, Gwl allows entry and maintains mitosis by inhibiting the activity of the phosphatase responsible for dephosphorylation of Cdk1/Cycline B substrates: PP2A. This activity is driven by Gwl target: Arpp19. Gwl phosphorylates Arpp19 on its 71st residue turning it into a potent inhibitor of PP2A.A study of Arpp19 post translational modifications of Arpp19 has been initiated in the team which will allow the further study of several phosphosites: • Serine 71, Gwl phosphosite, the best documented site. • Serine 28, shown in vitro to be a Cdk1-CycB phosphosite. • Serine 113, assigned to PKA. This thesis project joins logically after the work already made in the team and has for objective to characterize the post translational modifications of Arpp19, their roles in mitotic progress, their incidences on binding and inhibition of Arpp19’s target, PP2A.This part of the project relies on mutants' synthesis of Arpp19Xe, phosphomimetics’ mutants on one hand (serine transformed into aspartic acid by mutagenesis) or mutants unable to be phosphorylated (serine into alanine). These mutants allowed us to work on the impact of these various phosphorylations in Xenopus eggs extracts.This project also attempts to highlight the whole signalization pathway ending in the various post translational modifications of Arpp19, their timelines during the cycle and thus to identify effector proteins of these phosphorylations on Arpp19 which are as much as potential levers on which can serve as targets for cancer therapy
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Parameswaran, Kalaivani Nithyha. "Understanding the mechanisms of histone modifications in vivo." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ097/document.
Full textAbstract:
Les modifications post-traductionnelles (MPTs) d’histones sont apparues comme un acteur majeur de la régulation de l’expression des gènes. Cependant peu de choses sont connues sur le réel impact des MPTs sur la chromatine. Il a été suggéré que les MPTs d’histones (H2A, H2B, H3 et H4) ont le potentiel de moduler la fonction chromatinienne selon un « codehistone » en recrutant des protéines spécifiques de liaison. L’objectif de mon projet est d’approfondir la fonction de l’acétylation du domaine globulaire de l’histone H3 et de comparer cette modification avec celles des queues N-terminale in vivo sur une lignée ES cellulaire. Pour étudier l’impact de ces MPTs in vivo, toutes les copies endogènes du gène H3 sauvage (WT) doivent être remplacées par des copies mutées. Ainsi la première étape de mon projet est d’établir une lignée cellulaire exprimant seulement H3 mutée (e.g reproduisant une acétylation permanente) afin d’étudier les effets des modifications sur le domaine globulaire de H3 sur (a) l’expression génique, (b) l’architecture chromatinienne mais également pour étudier (c) les effets réciproques et synergiques entre les différentes modifications du domaine globulaire et (d) comparer ces effets avec les modifications sur la queue N-terminale dans un système in vivoPost-translational modifications (PTMs) of histones have emerged as key players in the regulation of gene expression. However, little is known to what extent PTMs can directly impact chromatin. It has been suggested that PTMs of core histones (H2A, H2B, H3 and H4) have the potential to govern chromatin function according to the so called ‘‘histone code’’ hypothesis by recruiting specific binding proteins. The goal of my project is to gain insight in the function acetylation within the globular domain of H3 and to compare these modifications with histone tail modifications, in vivo by using the CRISPR in mouse embryonic stem cells (ES). To study the impact of PTMs in vivo, all endogenous wild type (WT) H3 gene copies have to be replaced with mutant copies. Hence, the primary focus of my project is to establish cell lines that exclusively express mutated H3 (e.g. mimicking acetylation) in order to study effects of H3 globular domain modifications on (a) gene expression (b) chromatin architecture as well as to study (c) cross talks and synergisms between globular domain modifications and (d) compare the effects with tail modifications in an vivo system
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Saint-André, Violaine. "Rôle des modifications post-traductionnelles des protéines histones dans la régulation de l’épissage." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066693.
Full textAbstract:
L’épissage débute au cours de la transcription. Or les liens existants entre la structure de la chromatine et la transcription sont primordiaux dans la compréhension de la régulation de l’expression des gènes. Mon travail de thèse a consisté à chercher s’il existe un lien entre les modifications post-traductionnelles des protéines histones, composantes majeures de la chromatine, et les évènements d’épissage. Mes résultats montrent que, dans les cellules humaines, la tri-méthylation de H3K9, décrite comme marque négative de la transcription, contribue à l’inclusion des exons variants du gène CD44, utilisé comme modèle dans cette étude. La protéine HP1γ, fixant H3K9me3, participe à la régulation de l’épissage de ce gène et pourrait servir de lien entre l’information épigénétique présente sur la chromatine et les décisions d’épissage, en agissant sur la vitesse de transcription du gène et le recrutement de facteurs d’épissage. Une corrélation entre la présence de H3K9me3 et HP1γ sur la chromatine et l’inclusion des exons variants est observée lors de l’induction de la voie PKC, ou par comparaison de deux lignées cellulaires présentant un taux différentiel d’inclusion des exons variants. L’utilisation de puces exons a permis de déterminer l’impact global de chacune des isoformes HP1α, HP1β et HP1γ sur l’épissage dans les cellules HeLa et d’identifier d’autres gènes cibles d’épissage que CD44. La comparaison des gènes cibles des 3 isoformes humaines de HP1 a également permis de mettre en évidence l’importance de ces protéines dans le contrôle de l’expression de gènes impliqués dans plusieurs voies de régulation, dont la voie de régulation des cytokines
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Despres, Clément. "Rôle des modifications post-traductionnelles dans le processus d’agrégation de la protéine Tau." Thesis, Lille 1, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL10083/document.
Full textAbstract:
L’analyse histologique de cerveaux des patients atteints par la maladie Alzheimer met en évidence deux lésions moléculaires majeures : les plaques amyloïdes extraneuronales et les structures fibrillaires intra-neuronales. Alors que les premières sont constituées par l’agrégation du peptide Aβ, les fibres intra-neuronales, aussi appelées PHFs, sont essentiellement formées par l’agrégation de la protéine Tau hyperphosphorylée. De nombreuses études ont démontré une corrélation positive entre l’hyperphosphorylation de la protéine Tau, la progression de la dégénérescence neurofibrillaire de manière spatio-temporelle dans le cerveau et le stade de la maladie mais, à ce jour, le mécanisme moléculaire liant la phosphorylation et l’agrégation pathologique reste inconnu. De plus, par l’absence de structure tridimensionnelle, la protéine Tau est une cible privilégiée d’un grand nombre d’enzymes telles que les kinases, acétyl- et glycosyl-transférases... impliquées dans la modification post-traductionnelle (MPT) de la protéine. Le rôle de ces autres modifications dans le processus agrégatif n’est pas encore clairement établi et mérite d’être étudié. De plus, l’identification de ces différentes modifications nous a amené à nous interroger sur le dialogue potentiel avec la phosphorylation et leur impact sur l’agrégation de la protéine Tau. Dans ce contexte, par différentes approches in vitro, nous avons étudié le rôle de trois modifications clés de la protéine Tau : la phosphorylation (Ser/Thr), l’acétylation (Lys) et l’O-GlcNAcylation (Ser)The brains of patients with Alzheimer’s disease (AD) are characterized at the molecular level by two different lesions: extraneuronal amyloid plaques and intraneuronal tangles. Both contain fibrillary structures: the former is composed of insoluble Aβ peptides and the tangles contain paired helical filaments (PHFs) made of Tau proteins as the main contituent.It has been established that Tau is is found in an hyperphosphorylated state in PHFs. Numerous studies have demonstrated a positive correlation between hyperphosphorylation of Tau, progression of neurofibrillary degeneration through the brain and stages of the disease but the molecular mechanisms underlying Tau hyperphosphorylation and aggregation in AD are currently unknown. Moreover, due to its intrinsically disordered nature, Tau displays an increased accessibility for lots of modifying enzymes such as kinases, acetyl- and glycosyl-transferases…which are responsible for Tau post-translational modifications (PTMs). The role of these modifications in the pathological aggregation process of Tau protein remains unclear and has to be elucidated. Moreover, identification of these PTMs raises the question of the potential crosstalk with phosphorylation on the pathological aggregation of Tau. In this context, by using different in vitro approaches, we have studied the role of three major modifications of Tau: phosphorylation (Ser/Thr), acetylation (Lys) and O-GlcNAcylation (Ser)
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Sidibe, Adama. "Modifications post-traductionnelles de la VE-cadhérine : des mécanismes moléculaires aux applications cliniques." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00819876.
Full textAbstract:
La fonction de barrière de l'endothélium vasculaire est affectée par des modifications de la cadhérine des cellules endothéliales (VE-cadhérine) telles que la phosphorylation sur tyrosine dans son domaine cytoplasmique et le clivage de son domaine extracellulaire (sVE). Ce travail s'est articulé en deux parties : 1- Etude de ces modifications dans le contexte de la polyarthrite rhumatoïde (PR), et les mécanismes sous-tendus. Ce travail a permis de montrer que la VE-cadhérine est une cible du TNFα, une cytokine essentielle dans la PR, qui induit de la libération de sVE de façon dépendante de l'activité kinase de Src, suggérant l'implication d'un mécanisme de phosphorylation sur tyrosine dans ce processus. De plus, la VE-cadhérine est aussi la cible des protéases de la matrice extracellulaire telles que MMP-2. L'application de ces données fondamentales à la clinique a permis de montrer que sVE était retrouvée dans le sang de patients PR (n=63) et que son taux était corrélé à l'activité de la maladie. Ainsi, le dosage de sVE est d'intérêt dans la prise en charge des patients. 2-Etude de la phosphorylation de la VE-cadhérine dans un contexte d'angiogenèse hormono-régulée au cours du cycle ovarien chez la souris. Les résultats ont montré que le site Y685 de la VE-cadhérine est phosphorylé dans l'ovaire et l'utérus de souris de façon régulée pendant le cycle, ce qui permet de proposer ce modèle physiologique pour étudier la phosphorylation de la VE-cadhérine in vivo. L'analyse de souris knock-in Y685F de la VE-cadhérine (VE-Y685F) a montré que l'absence du site confère une perméabilité accrue dans l'ovaire et l'utérus mais aussi dans les petits capillaires de la peau. De plus, dans deux modèles d'induction d'arthrite, les souris VE-Y685F ont présenté un taux de sVE plus élevé que les contrôles. Au total, sVE et la phosphorylation de la VE-cadhérine ont un vaste champ d'application dans le traitement de la PR ainsi que pour le développement de nouvelles thérapies pouvant s'étendre à d'autres pathologies vasculaires.
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Gineyts, Evelyne. "Caractérisation des modifications post-traductionnelles du collagène : application à l'étude du métabolisme ostéoarticulaire." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T017.
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Chiari, Estelle. "Etude de modifications post-traductionnelles de la protéine Tax du virus HTLV-I." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077062.
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Dedieu, Alain. "Exploration des modifications post-traductionnelles des protéines : nouvelles approches et nouveaux modèles biologiques." Thesis, Montpellier 1, 2014. http://www.theses.fr/2014MON13516/document.
Full textAbstract:
L'étude des modifications post-traductionnelles a connu au cours des dernières années un regain d'intérêt notable. Tout d'abord car elle s'effectue aujourd'hui au travers d'approches basées sur la spectrométrie de masse, technique qui pendant cette période a connu de profonds bouleversements, conduisant à des études plus aisées et systématiques.Mais aussi car tant par leur variété que par le rôle qu'elles jouent dans la vie et la régulation cellulaire, ces modifications ne peuvent plus être négligées. Par ailleurs au cours de ces quinze dernières années, nous avons assisté concernant les procaryotes à un changement total de paradigme. En effet à la fin des années 90, l'idée dominante était que ces modifications pouvaient exister chez ceux-ci mais de façon très partielle et/ou très particulière.Dans ce travail, les divers degrés d'iodation de la tyrosine ont été sondés par une approche de type «shotgun » sur un organe entier, la thyroïde de souris. L'efficacité de ce type d'approche démontrée, les modifications post-traductionnelles potentiellement présentes dans des organismes modèles radiorésistants, la bactérie Deinococcus deserti et l'archée Thermococcus gammatolerans ont été analysées. Dans le premier cas, les données de protéomique montrent que de nombreuses acétylations N-terminales portent sur un motif spécifique (essentiellement des thréonines et sérines), cas très atypique pour une bactérie. Chez Thermococcus gammatolerans les acétylations N-terminales sont rares, mais la présence d'acétylations sur les chaînes latérales des lysines est notable. La présence de phosphorylations sur ces mêmes protéines, laisse entrevoir un possible phénomène de « cross talk » entre les lysines acétylées et les sérines et/ou thréonines phosphorylées.Ici, nous démontrons que la complexité du protéome chez les procaryotes par le biais des MPT est bien réelle et que de possibles interdépendances entre MPT mériteraient un regard nouveauRecently, the study of post-translational modifications has greatly evolved, mainly because of crucial progresses in mass spectrometry methodology which have allowed high-throughput, high resolution analysis. Their variety and their role in the regulation of key molecular mechanisms are increasingly documented. In this work, the different degrees of iodination of tyrosine were probed with a "shotgun" approach carried out from an entire organ, the mice thyroid. Post-translational modifications present in two radioresistant organism models, the bacterium Deinococcus deserti and the archaeon Thermococcus gammatolerans, were analyzed. The large scale exploration of N-terminal acetylation in D. deserti indicates a specific pattern of this modification on serine and threonine, as well as an atypical, high propension to acetylation with 50% of modified N-termini. In T. gammatolerans, N-terminal acetylation is rare, but the presence of acetylation on lysine side chains is significant. The presence of phosphorylation on these proteins suggests a potential "cross talk" between the acetylated lysine and phosphorylated serine or threonine residues. This work demonstrates that the complexity of the proteome in prokaryotes through post-translational modifications is higher than expected when extremophiles are scrutinized compared to classical prokaryote models. Interdependencies between post-translational modifications definitively deserve a fresher look
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Groslambert, Marine. "Etude de l'impact fonctionnel des modifications post-traductionnelles dans l'activation de l'inflammasome NLRP3." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSEN022.
Full textAbstract:
L'inflammation est un processus déclenché suite à la détection de pathogènes et de dommages tissulaires. Elle conduit à la sécrétion de cytokines pro-inflammatoires par les cellules immunitaires innées ainsi qu'au déclenchement de la pyroptose, mort cellulaire pro-inflammatoire. NLRP3 est une protéine senseur de stress cellulaire régulant le déclenchement de ces processus via la formation d'une plateforme multiprotéique appelée inflammasome. L'activation non contrôllée de NLRP3 conduit au développement d'une maladie auto-inflammatoire appelée CAPS (Cryopyrin associated periodic syndrome). De plus, l'inflammasome est impliqué dans le développement et la sévérité des symptômes de nombreuses maladies multifactorielles (diabète de type 2, athérosclérose, maladie de Parkinson et d'Alzheimer, sclérose en plaques, cancers...). Les mécanismes régulant l'activation de NLRP3 ne sont pas encore compris, mais les modifications post-traductionnelles de NLRP3 sont impliquées dans ce processus. Notre laboratoire a identifié différents sites d'ubiquitination et de phosphorylation sur NLRP3 par des approches biochimiques. Via la création de lignées cellulaires NLRP3 knock out reconstituées pour exprimer NLRP3 muté sur les résidus précédemment identifiés et de souris NLRP3 knock-in par la technique de CRISPR/Cas9, le travail de thèse a consisté en l'étude de l'impact fonctionnel de ces modifications. Ces résultats montrent que les substitutions de deux lysines identifiées comme étant ubiquitinées conduisent à une dérégulation de l’activation de l'inflammasome NLRP3 dans les cellules primaires. Un nouveau point de contrôle de l'activation de NLRP3 a ainsi pu être mis en lumièreInflammation is triggered after the sensing of pathogens or tissue damages. This process leads to the secretion of pro-inflammatory cytokines by innate immune cells and to the triggering of a pro-inflammatory form of cell death called pyroptosis. NLRP3 protein is a sensor of cellular stress and regulates the triggering of these events through the formation of a multiproteic platform called inflammasome. NLRP3 activation has to be tightly controlled as its deregulation leads to the development of an auto-inflammatory disease called CAPS (Cryopyrin associated periodic syndrome). Moreover, NLRP3 inflammasome is associated with the development and the severity of numerous multifactorial diseases (type 2 diabetes, atherosclerosis, Parkinson’s disease, Alzheimer’s disease, multiple sclerosis, cancers…). The mechanisms involved in the regulation of NLRP3 activation are not fully understood. Recently, post-translational modifications of NLRP3 were shown to be important for the regulation of NLRP3 activation. Our lab has identified several phosphorylation and ubiquitination sites on this protein through biochemical studies. This phD work aims to identify the functional impact of these modifications. Thus, the generation of reconstituted cell lines expressing NLRP3 mutated on the previously identified residues and the generation of NLRP3 knock in mice via CRISPR/Cas9 technology were performed. The results show that substitution of two lysine residues previously identified as ubiquitinated leads to the deregulation of NLRP3 inflammasome activation in primary cells. This work highlights a new point of control in NLRP3 activation
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Aillaud, Chrystelle. "Modifications post-traductionnelles de la tubuline : identification des tubulines carboxypeptidases et découverte de nouveaux variants." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV049.
Full text
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Tomavo, Stanislas. "Caractérisation biochimique des modifications post-traductionnelles des antigènes majeurs de surface de toxoplasma gondii." Lille 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LIL10012.
Full textAbstract:
Toxoplasma gondii est un protozoaire parasite intracellulaire obligatoire qui infecte tous les vertébrés homéothermes. Ce parasite responsable de la toxoplasmose chez l'homme est l'objet de nombreuses recherches visant a la mise au point de réactifs de diagnostic et de vaccins. La forme infectieuse ou tachyzoïte possède 5 antigènes majeurs superficiels (P43, P35, P30, P23 et P22). Nous avons, au moyen d'anticorps monoclonaux spécifiques, caracterisé ces protéines par électrophorèse mono et bidimensionnelle et étudié leur biosynthèse ainsi que leur mode d'ancrage dans la membrane du parasite. Cette étude a permis de mettre en évidence l'incorporation métabolique de monosaccharides, d'acides gras, d'éthanolamine et de phosphate radioactifs dans les cinq antigènes majeurs de surface. La solubilisation de ces molécules par la phosphatidyl inositol spécifique phospholipase c (piplc) ainsi que la présence d'un déterminant croisé avec la vsg de trypanosoma ont permis d'établir que ces antigènes sont ancrés par une structure glycosyl-phosphatidylinositol dans la pellicule du zoïte. L'analyse par électrophorèse en couche mince des hydrolysats acides de protéines purifiées a montré que les protéines P30 et P22 sont également phosphorylées sur la sérine
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Iomini, Carlo. "Le Cytosquelette des spermatozoïdes des plathelminthes parasites : la tubuline et ses modifications post-traductionnelles." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1998. http://www.theses.fr/1998MNHN0011.
Full textAbstract:
Le spermatozoïde des plathelminthes parasites constitue un modèle cellulaire original par l'abondance et les particularités du cytosquelette a base de tubuline, caractérisé par la présence de deux axonemes de structure 9+ 1 et de microtubules corticaux. Au cours de ce travail, j'ai, d'une part, décrit le spermatozoïde de plusieurs espèces de plathelminthes parasites et, d'autre part, exploite l'originalité du modèle echinostoma caproni pour étudier la répartition et la mise en place dans le temps des modifications post-traductionnelles de la tubuline dans les microtubules stables des gamètes males et des protonephridies. Par une approche ultrastructurale, j'ai montré que le spermatozoïde de troglocaridicola sp. Ne présente pas les caractères habituels des temnocephales et, en parallèle, que le spermatozoïde d'e. Caproni peut être retenu comme modèle pour les digenes. L'immunocytochimie ultrastructurale permet d'affirmer que l'élément central des axonemes 9+ 1 ne contient pas de tubuline. A l'aide d'anticorps spécifiques, j'ai montre que les modifications post-traductionnelles sont différemment distribuées dans différentes classes de microtubules stables de la même cellule : les axonemes sont acetyles, glutamyles et glycyles mais pas les microtubules corticaux. De plus, les niveaux de glycylation des axonemes 9+ 1 des spermatozoïdes sont plus bas que ceux des axonemes 9+2 des protonephridies. Enfin, au cours de la spermiogénèse, les différentes modifications post-traductionnelles apparaissent successivement : l'acetylation et la glutamylation sont détectées très précocement, alors que la glycylation n'est mise en place qu'a la fin de ce processus morphogénétique
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Salinas, Sara. "Modifications post-traductionnelles au niveau du promoteur du gène c-fos : Phosphorylations et SUMOylation." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20029.
Full text
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Soum, Emmanuelle. "Modifications post-traductionnelles de l'IRP1 humaine en réponse au monoxyde d'azote et au peroxynitrite." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05S022.
Full textAbstract:
L'iron regulatory protein 1 (IRP1) est une protéine qui joue un rôle majeur dans le métabolisme du fer intracellulaire chez les mammifères. Elle se fixe au niveau de motifs appelés "iron responsive elements" (IREs), dans les régions non traduites des ARNm de la ferritine ou du récepteur à la transferrine. Lorsque cette protéine bifonctionnelle fixe un centre [4Fe-4S] à son site actif, elle possède une activité aconitase mais ne peut pas interagir avec les motifs IREs pour jouer son rôle de trans-régulateur. .Iron regulatory protein 1 (IRF1) is a metalloprotein which regulates several proteins involved in mammalian iron homeostasis at a post-transcriptional level, by binding to specific mRNA sequences termed iron responsive elements (IREs). IRP1 exhibits two mutually exclusive activities, either aconitase or mRNA-binding protein, depending on the intactness of a versatile [4Feq-4S] cluster. Here we asked whether NO and peroxynitrite act directly on IRP1 and how they modify its functions. .
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Descostes, Nicolas. "Analyse bioinformatique des modifications post-traductionnelles du domaine carboxyl-terminal de l'Arn polymérase II." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4089.
Full textAbstract:
Le processus transcriptionnel par l'ARN polymérase II (Pol II) chez les eucaryotes se déroule en trois étapes : L'initiation, l'élongation et la terminaison. De nombreux facteurs de transcription, des modifications de la chromatine (épigénétique) et des éléments régulateurs distants interviennent dans ce processus. La sous-unité RPB1 de l'ARN Pol II contient un domaine carboxyle terminale (CTD) composée d'une répétition de sept acides-aminés. Au travers de différentes modifications biochimiques, ce domaine coordonne le processus transcriptionnel par le recrutement de différents facteurs. Le CTD est également impliqué dans la coordination de la transcription au niveau de l'initiation, de l'élongation et de la terminaison par le biais de modifications épigénétiques et nucléosomales, mais aussi par l'action de régulateurs distants (enhancers) et probablement de changements de conformation tridimensionnelle du génome. Mon travail de thèse a consisté en l'étude de deux modifications biochimiques du CTD de l'ARN Pol II par traitement bioinformatique de données issues du séquençage haut-débit. J'ai pu montrer que la phosphorylation de la thréonine 4 influence l'élongation de la transcription chez l'humain. J'ai également montré que la phosphorylation de la tyrosine 1 est présente durant l'initiation, est préférentiellement localisée dans la direction anti-sens, est hyper-phosphorylée aux enhancers transcrits et tissus spécifiques et est une marque caractéristique de ces modules génomiques. Ce travail de doctorat a constitué une contribution à la compréhension du processus transcriptionnel chez l'humain par l'utilisation de méthodes bioinformatiques innovantesThe biggest subunit of eukaryotic RNA polymerase II contains a carboxy-terminal domain (CTD) that consists in a repetition of seven amino-acids ranging from 26 in yeast to 52 in mammals. Specific biochemical modifications of CTD residues have been linked to specific stages of the transcriptional process. The CTD acts as a recruitment platform for processing factors that are involved in initiation, promoter proximal pausing, early and productive elongation (alternative splicing), 3' processing, termination and epigenetics.During my PhD, I used bioinformatics and high-throughput sequencing data to study two novel biochemical modifications of the CTD in human. I showed, in collaboration with biologists and bioinformaticians, that threonine 4 phosphorylation is important for proper elongation and probably termination of transcription. I showed also that tyrosine 1 phosphorylation is present during early transcription, antisense transcription (at divergent promoters) and is hyperphosphorylated at transcribed and tissue specific enhancers.Overall my doctorate has contributed to the understanding of the transcriptional process in human through the use of innovative bioinformatic methods
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Laforêts, Florian. "Étude de la régulation de l’activité de la fibrillarine : rôles des modifications post-traductionnelles." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1087/document.
Full textAbstract:
Le ribosome est responsable de la traduction des ARNm en protéines. Au sein du ribosome, les ARNr jouent un rôle central dans la traduction, et leurs modifications post-transcriptionnelles moduleraient l'activité traductionnelle du ribosome, impactant ainsi sur l'expression génique. Les ARNr humains contiennent 106 2'-O-méthylations, ajoutées par la fibrillarine (FBL). FBL fonctionne au sein d'un complexe snoRNP contenant les protéines Nop56, Nop58, 15.5kDa et un petit ARN nucléolaire (snoARN) à boîte C/D. La régulation de l'activité de la FBL et du complexe snoRNP à boîte C/D ne sont pas connus. Ce travail a exploité des données structurales de FBL et du complexe de méthylation pour construire un modèle permettant d'explorer les relations ses structure-fonction. L'impact de l'acétylation de FBL a également été exploré. Le 5-fluorouracile (5-FU) est un analogue de l'uracile, dont la cytotoxicité dépend de son altération du métabolisme des ARNr. Le 5-FU inhibe la maturation des ARNr et altère la localisation de plusieurs facteurs nucléolaires, dont FBL. Ce travail montre que le 5-FU induit une nouvelle acétylation de FBL en position K292. De plus, le 5-FU réduit l'association de FBL avec les membres protéiques du complexe de méthylation, et induit une baisse globale de ses interactions. De plus, ce travail propose un rôle nouveau de la déacétylase SIRT7 et de l'acétyltransférase CBP sur le complexe de méthylation. Ces enzymes semblent aussi participer aux dérégulations du complexe de méthylation induites par le 5-FU. L'ensemble de ces résultats supportent l'implication des modifications post-traductionnelles dans la régulation du complexe de méthylation des ARNrThe ribosome is responsible for the translation of mRNA into proteins. Within the ribosome, rRNAs play a crucial role in translation, and their post-transcriptional modifications regulate the ribosome’s translational activity and impact on gene expression. The human ribosome contains 106 2’-O-methylations added by fibrillarin (FBL). FBL functions through a box C/D snoRNP complex consisting of Nop56, Nop58 and 15.5kDa along with a box C/D small nucleolar RNA (snoRNA). The regulation of FBL ad the C/D box snoRNP complexe are unknown. This work exploitated strtuctural data on FBL and the methylation complex to build a model allowing the extrapolation of structure-function relationships. The impact of FBL acetylation was also investigated. 5-FU is a uracile analog, and its cytotoxicity depends mostly on its alteration of RNA metabolism. As such, 5-FU inhibits rRNA maturation and alters the localization of nucleolar factors such as FBL. 5-FU induced a novel FBL acetylation at position K292, decreased FBL interaction with the methylation complex proteins, and induced a large scale inhibition of its interactions. This discovered a new role of the deacetylase and the acetyltransferase CBP on snoRNP integrity. Moreover, this work suggests that these enzyme participate in the 5-FU-induced alteration of snoRNP. s. This work supports the involvement of post-translational modifications in the regulation of the rRNA C/D box snoRNP 2’-O-methylation complex
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Bance, Bertille. "Régulation des microtubules par les modifications post-traductionnelles au cours de la migration des astrocytes." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2017. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2017PA066105.pdf.
Full textAbstract:
La migration des cellules est nécessaire au cours du développement. Chez l’adulte, elle contribue au renouvellement des tissus, à la cicatrisation et à la circulation des cellules immunitaires. Les cellules cancéreuses acquièrent des capacités de migration qui échappent aux mécanismes normaux de régulation. Elles peuvent ainsi envahir les tissus environnants et, éventuellement, former des métastases. Les astrocytes représentent une majorité de cellules gliales du système nerveux central. Ils migrent en réponse à des facteurs inflammatoires et interviennent ainsi dans la cicatrisation et la régénération des tissus lésés. Les astrocytes peuvent être à l’origine de tumeurs appelées gliomes qui représentent la majorité des tumeurs cérébrales primaires. Les formes les plus agressives, appelées glioblastomes, sont des tumeurs extrêmement invasives, ce qui les rend particulièrement difficiles à traiter. Les microtubules jouent un role crucial dans la migration des astrocytes et des cellules de gliomes (Etienne-Manneville, 2013a). Au cours de la migration, le réseau de microtubules est totalement réorganisé pour permettre la polarisation de la cellule. Formés par association de dimères de tubuline, leur régulation intervient de multiples manières comme par exemple au niveau de leur dynamique de polymérisation à la périphérie de leurs interactions avec les composants cellulaires ou par leurs modifications post-traductionnelles (Etienne- Manneville, 2010). En effet, les dimères de tubulines polymérisées, inclues dans les microtubules, peuvent être, entre autres, détyrosinées, acétylées, mono ou poly-glutamylées, et mono ou poly-glycylées (Janke and Chloë Bulinski, 2011). Durant la migration cellulaire, ces modifications post-traductionnelles peuvent notamment jouer un rôle dans la régulation du trafic intracellulaire. L’objectif majeur de mon projet de thèse est d’étudier les mécanismesIii de régulation des microtubules au cours de la migration des astrocytes normaux et tumoraux, et plus particulièrement le rôle des modifications post-traductionnelles de la tubuline. Je me suis focalisée sur trois principales modifications post-traductionnelles des microtubules durant la migration : la polyglutamylation, la détyrosination et l’acétylation. En premier lieu, j’ai étudié le rôle potentiel de la polyglutamylation dans la mise en place de la polarité cellulaire chez les astrocytes. Je n’ai pas observé d’effet de cette modification durant la migration…The migration of cells is necessary during the development. At the adult, she contributes to the renewal of fabrics, to the healing and to the traffic of immune cells. Cancer cells acquire capacities of migration which escape the normal mechanisms of regulation
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Savare, Jean. "Mécanisme d'action du facteur de transcription SoxNeuro chez la drosophile : partenariat et modifications post-traductionnelles." Montpellier 1, 2005. http://www.theses.fr/2005MON13504.
Full textAbstract:
Les gènes SOX du groupe B constituent une famille génique conservée au cours de l'évolution, codant pour des facteurs transcriptionnels jouant des rôles fondamentaux au cours du développement du système nerveux. Chez la drosophile, la perte de fonction de SoxNeuro entraîne une désorganisation drastique du système nerveux due à l'absence de formation de près de 70% des neuroblastes. Nous avons caractérisé les interactions entre SoxNeuro et certains de ses partenaires : Gooseberry-neuro, impliqué dans la formation des neuroblastes, Neuralized, une ubiquitine ligase impliquée dans l'inhibition latérale, BAP60, un composant du complexe remodeleur de la chromatine et SNCF, un co-activateur de SoxNeuro. Nous avons également montré que la SUMOylation de SoxNeuro réprime son activité transcriptionnelle et est requise pour sa fonction in vivo, la surexpresssion d'une forme mutante de SoxNeuro non SUMOylable provoquant des défauts majeurs de formation du système nerveux central embryonnaire.
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Mziaut, Hassan. "Voies de biosynthèse et modifications post-traductionnelles des glycoprotéines : du processus général au modèle thyroi͏̈dien." Aix-Marseille 2, 1995. http://www.theses.fr/1995AIX22031.
Full textAbstract:
Dans la glande thyroide les thyreocytes ont developpe un systeme qui evite la degradation lysosomale prematuree des molecules de prohormones (thyroglobuline) immatures. Ce systeme est fonde sur l'existence d'un recepteur membranaire reconnaissant de facon specifique les prohormones immatures et assure leur recyclage vers les lumieres folliculaires. L'un des determinants de l'interaction est de type glycanique car la presence de residus glcnac accessibles est requise pour l'optimisation de la liaison thyroglubuline-recepteur. Mon travail de these a consiste a analyser plus avant cette interaction. Il a ete mis en evidence une interaction de type proteine-proteine dans cette reconnaissance. Des anticorps monoclonaux inhibant ou facilitant la liaison ont ete caracterises. Ils ont permis de localiser, soit a partir d'une banque d'expression d'adnc de la thyroglobuline humaine, soit a partir de fragments proteolytiques de thyroglubuline humaine une sequence contenant les domaines impliques dans l'interaction. Cette sequence comprise entre ser 789-met 1172 contient un site putatif de glycosylation (asn 928), comprend trois residus de tyrosine impliques dans l'hormonogenese et elle est codee par les exons 11 a 14. Ce travail est discute dans le cadre des modifications post-traductionnelles des glycoproteines et celui de la fonction thyroidienne
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Perraki, Artemis. "La Rémorine, une protéine végétale impliquée dans la propagation virale ; implication des modifications post-traductionnelles." Thesis, Bordeaux 2, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR21997/document.
Full textAbstract:
Les Rémorines (REM) du groupe 1 sont des protéines spécifiques du monde végétale. Malgré leur caractère hydrophile elles sont localisées à la membrane plasmique. La phosphorylation des REM serait potentiellement impliquée dans la signalisation précoce et la défense des végétaux contre les pathogènes. Benschop et al. (2007) détecte AtREM1.3 (Arabidopsis thaliana, groupe 1b) phosphorylée en réponse au traitement par l'éliciteur générale flg22, tandis que Widjaja et al. (2008) a suggéré que la phosphorylation de AtREM1.2 est potentiellement impliquée dans la signalisation précoce à l'infection par Pseudomonas syringae. La fonction précise de la phosphorylation des protéines REM du groupe 1 reste inconnue. Des travaux antérieurs dans le laboratoire ont montré que le mouvement du virus X de la pomme de terre (PVX) est inversement corrélée à l'accumulation de StREM1.3 (Solanum tuberosum) et que StREM1.3 peut interagir physiquement avec la protéine de mouvement TRIPLE GENE BLOC Protein 1 (TGBp1) du PVX (Raffaele et al., 2009). Dans ce travail, nous avons étudié les mécanismes qui sous-tendent les interactions REM-TGBp1 et nous avons essayé de caractériser biochimiquement la kinase qui phosphoryle REM. Les conséquences physiologiques de l'interaction TGBp1 / StREM1.3 et de la phosphorylation de REM en terme de propagation des virus, d’inactivation génique post-transcriptionnelle, de régulation de l’ouverture des plasmodesmes, et d’activation de kinase ont également été étudiésThe group 1 Remorin (REM) proteins are plant-specific oligomeric proteins that have been reported to localize to the plasma membrane despite their overall hydrophilic nature. There is evidence that the REM protein phosphorylation is potentially implicated in the early signaling and defense. Benschop et al. (2007) detected the AtREM1.3 (Arabidopsis thaliana group 1b of REM protein family) to be phosphorylated in response to treatment with the general elicitor flg22, while the Widjaja et al. (2008) suggested that the phosphorylation of AtREM1.2 is potentially implicated in early signaling upon infection with Pseudomonas syringae. The precise exact function of the group 1 REM protein phosphorylation remains unknown. Previous work in the laboratory showed that Potato virus X (PVX) movement is inversely correlated to potato StREM1.3 accumulation and that StREM1.3 can physically interacts with the movement protein TRIPLE GENE BLOCK PROTEIN 1 (TGBp1) from PVX (Raffaele et al., 2009). In this work, we studied the mechanism underlying the REM-TGBp1 interactions and we tried to characterise biochemically the kinase that phosphorylate REM. The physiological consequences of TGBp1/ StREM1.3 interaction and REM phosphorylation in terms of virus spreading, post-transcriptional gene silencing, plasmodesmata gating, kinase activation were also investigated
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Lacombe, Caroline. "La galactosémie congénitale : la physiopathologie peut-elle être liée aux modifications post-traductionnelles des protéines ?" Thesis, Reims, 2013. http://www.theses.fr/2013REIMM202/document.
Full textAbstract:
La galactosémie congénitale est une maladie métabolique affectant la voie du galactose. En effet, l'enzyme responsable de la transformation du galactose-1-phosphate en glucose-1-phosphate, la galactose-1-phosphate uridyltransférase, est déficiente et rend donc l'utilisation du galactose par l'organisme quasiment impossible. Ceci entraîne une accumulation de galactose ainsi que ses produits dérivés, le galactose-1-phosphate et le galactitol. Ainsi, notre hypothèse de travail est que les métabolites impliqués dans cette pathologie provoquent des modifications post-traductionnelles des protéines induisant ainsi leur vieillissement prématuré. Nous avons donc étudié l'impact de la « galactation » sur la structure du collagène de type I et montré que ces modifications structurales sont beaucoup plus importantes avec le galactose qu'avec le glucose à la même concentration, aussi bien sur la structure primaire que fibrillaire. Au contact du collagène « galacté », les fonctions des cellules inflammatoires sont modifiées. La technique de spectroscopie infrarouge a été utilisée pour caractériser les métabolites impliqués dans la galactosémie ainsi que les collagènes modifiés. Dans un but de dépistage, une étude en spectroscopie infrarouge de plasmas galactosémiques nous a permis de mettre en évidence le potentiel de cette technique, du fait de sa bonne sensibilité et de son faible coût de revient. En conclusion, les modifications post-traductionnelles des protéines semblent très fortement impliquées dans la physiopathologie de la galactosémie congénitaleThe congenital galactosemia is a metabolic disease involved in the galactose pathway. Indeed, the enzyme responsible of the galactose-1-phosphate transformation in glucose-1-phosphate, the galactose-1-phosphate uridyltransferase, is deficient and then leads to a use of galactose almost impossible. This leads to an accumulation of galactose and its derived products, the galactose-1-phosphate and the galactitol. Thus, our work hypothesis is that metabolites involved in this disease cause post-translational modifications of proteins inducing their premature aging. We then studied the impact of the « galactation » on the type I collagen and showed that the structural modifications are more important with galactose than with glucose at the same concentration, on both the primary and the fibrillar structure. On contact with « galacted » collagen, the inflammatory cells functions are also modified. The infrared spectroscopy technique has been used to characterize the metabolites involved in the galactosemia, just as the modified collagens. With the aim of screening, an infrared spectroscopy study of galactosemic plasmas allowed us to highlight the potential of this technique, with its good sensibility and its low cost price. To conclude, the post-translational modifications of proteins seem strongly involved in the physiopathology of the congenital galactosemia
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Dietsch, Frank. "Caractérisation des fonctions des modifications post-traductionnelles de PCNA à l'aide d'un nouvel outil génétique." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ014/document.
Full textAbstract:
PCNA est une protéine essentielle qui intervient dans de nombreux mécanismes cellulaires et qui possède de nombreuses modifications post-traductionnelles (MPTs) dont les fonctions de certaines, restent encore inconnues. Afin d’étudier la fonction de ces MPTs, nous avons développé un nouvel outil génétique permettant in cellulo, de substituer la protéine endogène PCNA par une version mutée de la protéine appelée version de complémentation. La technique consiste à cotransfecter des cellules en culture avec deux types de plasmides. Un premier plasmide permet l’invalidation du gène de PCNA endogène dans les cellules transfectées par le système CRISPR-Cas9. Le deuxième plasmide dit de complémentation permet l’expression d’une forme mutée de PCNA. Sur l’ensemble d’une banque de mutants testés, deux mutants de PCNA se sont avérés être létaux (D122A et E124A). Nous avons démontré que ces deux sites sont impliqués dans l’initiation d’une voie de dégradation ubiquitine dépendante CRL4Cdt2 essentielle pour la mise en place de la protéolyse d’un cocktail de protéines (cdt1, p21, set8) durant la phase S. Nous avons démontré que les cellules mutantes pour PCNA (D122A et E124A) accumulent la protéine p21. Ce défaut de dégradation de p21 provoque alors des évènements de re-réplication menant à terme à la mort des cellules mutantesPCNA is an essential protein that is involved in many cellular mechanisms and has many post-translational modifications (PTMs). The functions of some PTMs, still remain unknown. In order to study the function of these PTMs, we have developed a new genetic tool allowing, in cellulo, the substitution of endogenous PCNA protein with a mutated version of the protein named complementation version. The technique involves cotransfection of the cells in culture with two types of plasmids. A first plasmid allows invalidation of the endogenous PCNA gene in transfected cells by the CRISPR-Cas9 system. The second plasmid, named complementation plasmid allows the expression of a mutated form of PCNA. In the whole bank of tested mutants, two PCNA mutants were found to be lethal (D122A and E124A). We have demonstrated that these two sites are involved in the initiation of an ubiquitin-dependent protein degradation CRL4Cdt2 pathway essential for the proteolysis of a protein cocktail (cdt1, p21, set8) during the S phase. We demonstrated that PCNA mutant cells (D122A and E124A) accumulate p21 protein. This lack of degradation of p21 then causes re-replication events leading ultimately to the mutant cells death
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Anne, Sandrine. "Mort neuronale et cycle cellulaire : Rôle de la huntingtine et de ses modifications post-traductionnelles." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA11T083.
Full text
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Gineste, Romain. "Régulation de l'activité transcriptionnelle des récepteurs nucléaires FXR, RORα et PPARγ par modifications post-traductionnelles." Lille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL2S041.
Full textAbstract:
Les facteurs de transcriptions FXR, RORα et PPARγ appartiennent à la superfamille des récepteurs nucléaires (RN). Ils ont pour fonction de moduler l'expression de nombreux gènes impliqués dans de nombreux processus physiologiques. Leurs rôles dans l'homéostasie glucidique, lipidique et énergétique font de ces récepteurs des cibles pharmacologiques d'intérêt pour le traitement de nombreuses maladies métaboliques comme les dyslipidémies, le diabète de type II, l'athérosclérose, l'obésité et les maladies neuro-dégénératives. Les RN activent leurs gènes cibles en se liant à l'ADN, sur une séquence spécifique nommée RE (Response Element) et en interagissant avec des partenaires protéiques appelés coactivateurs qui ont pour fonction principale de favoriser la transcription. L'activité transcriptionnelle des récepteurs nucléaires est aussi régulée par modification post-traductionnelle (PTM) telle que la phosphorylation, la SUMOylation et l'ubiquitination. L'objectif de cette thèse est d'étudier le rôle de ces modifications post-traductionnelles dans la régulation de l'activité des récepteurs FXR, RORα et PPARγ puis de replacer le rôle de ces PTMs dans un contexte pharmaco-thérapeutique. Jusqu'à aujourd'hui, l'implication d'événements post-traductionnelles dans le mécanisme d'action de FXR n'a pas été démontrée. En étudiant l'effet de différents inhibiteurs de kinases sur l'expression des gènes cibles de FXR, nous avons montré, dans les HepG2, que l'activité transcriptionnelle de FXR est modulée par les protéines kinases C (PKC), calcium-dépendantes. Le PMA, un activateur de PKC induit la phosphorylation de FXR endogène et la PKCα phosphoryle, in vitro, FXR dans son domaine de liaison à l'ADN sur les serines S135 et S154. La mutation de ces serines en alanines diminue la phosphorylation de FXR dans les cellules et le mutant FXR S135AS154A présente une diminution de son activité transcriptionnelle. Enfin, nous avons montré que la phosphorylation de FXR par la PKC induit le recrutement du coactivateur PGC1α. Durant cette thèse, l'étude de l'implication de la SUMOylation dans le mécanisme d'action des récepteurs nucléaires a aussi été abordée. Des études récentes démontrent que la SUMOylation de certains facteurs de transcription joue un rôle important dans plusieurs processus physiologiques comme l'inflammation, le stress oxydatif et le métabolisme lipidique. Nous avons montré, pour la première fois, que l'activité du récepteur orphelin RORα est régulée par SUMOylation et que la SUMO E2 ligase UBC9, diminue l'activité transcriptionnelle de RORα. De plus, le site de SUMOylation de RORα a été identifié dans la région charnière entre le DBD et le LBD. La mutation du site de SUMOylation de RORα augmente son activité transcriptionnelle et diminue sa dégradation. Nous avons trouvé que le site de SUMOylation de RORα est aussi un site d'ubiquitination. Nous avons conclue que la SUMOylation de RORα empêche son ubiquitination et par conséquent sa dégradation par le protéasome. Enfin, le dernier objectif de cette thèse était développer un outil de screening visant à identifier des nouveaux agonistes de PPARγ aux propriétés anti-inflammatoires. Une étude récente a montré un lien entre l'activité anti-inflammatoire de PPARγ et sa SUMOylation (Pascual e al 2005). A partir de cette étude, nous avons développé deux outils de screening. Le premier test basé sur le GST pull-down vise à étudier in vitro l'interaction de la SUMO E3 ligase PIAS1 avec PPARγ. Le second test a pour objectif de visualiser, dans la cellule, la SUMOylation de PPARγ par BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfer)
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Bourdin, Thibaut. "Étude de la diversité catalytique des enzymes à radical SAM impliquées dans les modifications post-traductionnelles." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASB050.
Full textAbstract:
Les enzymes à radical S-adénosyl-L-méthionine (SAM), constituent une superfamille majeure d'enzymes intervenant dans de nombreux processus biologiques essentiels du vivant. Ces enzymes utilisent la chimie radicalaire pour catalyser une grande diversité de modifications biochimiques non conventionnelles sur différents types de molécules, notamment des métabolites secondaires, l'ADN ou l'ARN ainsi que sur les protéines et peptides. Pour catalyser ces réactions uniques, ces enzymes emploient un centre métallique [4Fe-4S] radical SAM, ainsi qu'un cofacteur, la S-adénosyl-L-méthionine (SAM), qui se lie à celui-ci. La réduction de ce centre induit le clivage homolytique de la SAM et la formation d'un intermédiaire radicalaire 5'-deoxyadenosyl, indispensable à l'activité de ces enzymes.L'une des plus grandes familles d'enzymes à radical SAM, est la famille des enzymes à radical SAM dépendantes de la vitamine B12 (cobalamine). Cette famille émergente catalyse diverses réactions biochimiques complexes incluant principalement des réactions de méthylations sur des atomes de carbone inactifs chimiquement. Ces enzymes, comme les autres membres de cette superfamille, utilisent la chimie radicalaire pour le clivage de la SAM mais aussi la méthylcobalamine comme accepteur et donneur de groupements méthyles. Néanmoins, le mécanisme de ces enzymes reste encore largement mal compris. Récemment, la glutamine C‐méthyltransférase (QCMT), une nouvelle enzyme appartenant à ce groupe a été décrite comme catalysant la méthylation d'un résidu de glutamine dans le site actif de la méthyl-coenzyme M réductase (MCR), un complexe enzymatique jouant un rôle majeur dans la méthanogenèse.L'un des objectifs de ma thèse a consisté à déterminer le mécanisme et la structure de cette nouvelle enzyme. Nous avons notamment montré que QCMT est non seulement capable de catalyser in vitro la méthylation d'une glutamine sur son atome de carbone Cα, mais également l'épimérisation de ce résidu. En outre, QCMT catalyse également la méthylation d'un grand nombre d'acides aminés, comprenant la conversion directe d'une Gly en D-Ala sur un peptide mimant la séquence de MCR. L'étude structurale de cette enzyme nous a permis de montrer qu'en solution, des changements conformationnels ont lieu lors de la liaison de la cobalamine. Grâce à une étude par cristallographie, nous avons également résolu une structure de cette enzyme et proposé un modèle structural.Le second groupe majeur d'enzymes à radical SAM est celui des enzymes possédant un domaine SPASM, leur permettant de coordonner, en plus du centre radical SAM, d'autres centres [4Fe-4S] auxiliaires. La grande majorité de ces enzymes catalyse des MPTs sur des peptides de la famille des RiPPs (Ribosomally-Synthesized and Post-translationally-modified Peptides). Les RiPPs appartiennent à une famille majeure de produits naturels possédants de multiples fonctions biologiques, dont par exemple des activités antibiotiques ou encore anti-cancéreuses, faisant de ces molécules des composés d'intérêt dans le domaine de la santé. La biosynthèse des RiPPs débute généralement par la traduction d'un peptide précurseur qui va ensuite subir diverses MPTs catalysées par des enzymes de maturation, dont font partie les enzymes à radical SAM à domaine SPASM.Afin de mieux comprendre les mécanismes et fonctions de ces enzymes, j'ai étudié la biosynthèse d'un peptide RiPPs, la ruminococcine C. L'enzyme de maturation de ce peptide (MC2), catalyse la formation de quatre ponts α-thioéthers, conférant à la ruminococcine C sa structure en double épingle à cheveux et son activité contre Clostridium perfringens. En particulier, je me suis intéressé au rôle des centres [4Fe-4S] auxiliaires chez cette enzyme dans la formation des ponts α-thioéthers. Nous avons ainsi caractérisé par spectroscopie RPE les trois centres [4Fe-4S] de cette enzyme et avons montré que le centre auxiliaire II pourrait jouer un rôle rédox dans le mécanisme de l'enzymeS-adenosyl-L-methionine (SAM) radical enzymes are a major superfamily of enzymes involved in many of life's essential biological processes. These enzymes use radical chemistry to catalyze a wide variety of unconventional biochemical modifications on different types of molecules, including secondary metabolites, DNA or RNA, as well as proteins and peptides. To catalyze these unique reactions, these enzymes require a [4Fe-4S] radical SAM cluster, as well as a cofactor, S-adenosyl-L-methionine (SAM), which binds to the SAM radical cluster. One electron reduction of this center induces homolytic cleavage of SAM and the formation of a radical intermediate, the 5'-deoxyadenosyl radical, which is essential for the activity of these enzymes.One of the largest families of radical SAM enzymes is the family of B12 vitamin (cobalamin)-dependent radical SAM enzymes. This emerging family catalyzes a variety of complex biochemical reactions, including mainly methylation reactions on chemically inactive carbon atoms. These enzymes, like the other members of this superfamily, use radical chemistry for SAM cleavage, but also methylcobalamin as acceptor and donor of methyl groups. Nevertheless, the mechanism of these enzymes remains largely poorly understood. Recently, glutamine C-methyltransferase (QCMT), a new enzyme belonging to this group, was described as catalyzing the methylation of a glutamine residue in the active site of methyl-coenzyme M reductase (MCR), an enzyme complex playing a major role in methanogenesis.One of the objectives of my thesis was to determine the enzymatic mechanism and structure of this new enzyme. In particular, we have shown that QCMT is not only able to catalyze in vitro the methylation of a glutamine on its Cα carbon atom, but also the epimerization of this residue. In addition, QCMT also catalyzes the methylation of a large number of amino acid residues, including the direct conversion of a Gly to D-Ala on a peptide mimicking the MCR sequence. The structural study of this enzyme enabled us to show that, in solution, conformational changes take place during cobalamin binding. Thanks to a crystallographic study, we have also solved the structure of this enzyme, and proposed a structural model.The second major group of radical SAM enzymes are those containing a SPASM domain, allowing them to coordinate other [4Fe-4S] auxiliary clusters in addition to the radical SAM cluster. The vast majority of these enzymes catalyze MPTs on peptides of the RiPPs (Ribosomally-Synthesized and Post-translationally-modified Peptides) family. RiPPs represent a major family of natural products with multiple biological functions, including antibiotic, toxin and anti-cancer activities, making these molecules of interest in the healthcare field. The biosynthesis of RiPPs generally begins with the translation of a precursor peptide, which then undergoes various MPTs catalyzed by maturation enzymes, including radical SAM enzymes with SPASM domains.To better understand the mechanisms and functions of these enzymes, I studied the biosynthesis of a peptide belonging to the RiPPs family, produced by the human microbiota, ruminococcin C. The maturation enzyme for this peptide (MC2) catalyzes the formation of four α-thioether bonds, giving ruminococcin C its double hairpin structure and its activity against Clostridium perfringens, a Gram-positive human pathogen. In particular, I investigated the role of [4Fe-4S] auxiliary clusters in this enzyme in the formation of α-thioether bonds. Using EPR spectroscopy, we characterized the three [4Fe-4S] clusters of this enzyme and showed that auxiliary center II could play a redox role in the enzyme's enzymatic mechanism
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Cavusoglu, Nükhet. "Apport de la spectrométrie de masse à l'étude de modifications post-traductionnelles et à la protéomique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13066.
Full textAbstract:
Ces 10 dernières années ont vu une évolution rapide de la spectrométrie de masse en fonction des besoins croissant des biologistes, dès l'avènement des nouvelles techniques d'ionisation dite douces que sont le MALDI (Désorption Ionisation laser assisté par matrice) et l'ESI (ionisation electrospray) permettant enfin la détection intacte de molécules d'origine biologique. Ce travail de thèse a porté principalement sur le choix et la mise au point de la stratégie instrumentale et analytique pour mener à bien quatre collaborations, soient quatre problèmes montrant à la fois la diversité des approches et la multiplicité des solutions apportées par la spectrométrie de masse. Le premier sujet a porté sur l'isolement de peptides biologiquement actifs dans l'hémolymphe de drosophiles immunisées. Nous avons réalisé le séquençage de novo par spectrométrie de masse de l'un de ces peptides bloqué en N-terminal, appelé DIM 13 (Drosophila Immune Induced molecule 13). Le second sujet a porté sur l'étude de la conformité structurale d'une enzyme, la dipeptidyl-diamino-peptidase. Nous avons pu établir la conformité de la protéine recombinante par rapport à la protéine naturelle et donné la description détaillée de ses modifications post-traductionnnelles. Le troisième sujet a consisté à l'établissement du protéome de la rétine de souris. Une première approche a conduit à l'identification d'une centaine de protéines de la rétine. Puis dans une seconde approche une étude différentielle a été entreprise comparant les protéines observées sur gel SDS PAGE 2D obtenu à partir de rétines de souris normales versus les protéines obtenues à partir de rétines de souris rd1 (retinal degenerescence 1). Enfin la dernière étude a porté sur la description de la composition en protéines d'un complexe de facteur de transcription, le complexe TFTC. Notre approche a permis d'ajouter 2 nouvelles protéines à la liste des protéine déjà identifiées par des méthodes de biochimie classiqueLast past decade has shown a rapid evolution of mass spectrometry with the increasing demands of biologists since the birth of new soft ionisation techniques such MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation) and ESI (Electrospray Ionisation), allowing the detection of undazzled biological molecules. This thesis work describes the choice and the development of the instrumental and analytical strategy to carry out four different collaborations, showing by the way the diversity of the approaches and the multiplicity of mass spectrometry solutions. The first topic concerned isolation in drosophila hemolymph of biologically active peptides. We realized the de novo sequencing by Ion Trap mass spectrometry of an N terminally blocked peptide named DIM 13 (Drosophila Immune Induced Molecule 13). The second topic aimed the structural study of an recombinant enzyme, the dipeptidyl-diaminopeptidase. We established the conformity of the primary structure of the recombinant protein versus the natural one and gave a detailed description of its post-translationnal modifications. The third topic concerned the establishment of the proteome of mouse retina. A first approach led to the identification by peptide mass fingerprinting and databank search of one hundred retina proteins. In a second approach we compared proteins identified from normal mouse retina versus rd1 retina (retinal degenerescence 1). The last study gave the description of proteins from a transcriptional factor, TFTC. Our approach permitted the identification of two additional proteins, from those already identified by more classical methods
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Dutertre, Stéphanie. "Analyse de l'expression et des modifications post-traductionnelles de l'hélicase BLM au cours du cycle cellulaire." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA11T022.
Full textAbstract:
Le syndrome de Bloom (BS) est une maladie génétique rare associant une prédisposition au développement de tous types de cancers et une instabilité génétique généralisée. La protéine BLM dont les altérations sont à l'origine de ce syndrome, appartient à la famille des hélicases de type RecQ, hélicases extrêmement conservées de la bactérie à l'homme et impliquées dans le contrôle de la recombinaison. Cette protéine possède une activité 3'-5' ADN-hélicase ; cependant son rôle physiologique est encore mal connu, et son identification a constitué le principal objectif de mes travaux de recherche. Ainsi, nous avons montré que la protéine BLM s'accumulait en phasenS du cycle cellulaire, que son expression persistait en G2/M puis s'effondrait en phase Gl. Nous avons également montré que l'hélicase BLM présentait des modifications post-traductionnelles en mitose, correspondant à des phosphorylations modifiant sa localisation cellulaire mais n'altérant pas son activité hélicase ou son interaction avec la topoisomérase IIIα. Par ailleurs, nous avons montré qu'en réponse à des radiations ionisantes, la protéine BLM s'accumule et est phosphorylée par une voie dépendante de la kinase ATM. Nous avons également montré que dans des cellules en mitose, en réponse à des radiations ionisantes, la protéine BLM est déphosphorylée. Cette déphosphorylation est associée à un changement de localisation de la protéine BLM vers un compartiment cellulaire 'insoluble' et à l'inactivation de la kinase Cdc2. Ces résultats suggèrent que la protéine BLM est impliquée dans la réponse cellulaire aux radiations ionisantes et que cette protéine pourrait être stockée pendant la mitose sous une forme active dans un compartiment soluble de la cellule mitotique pour permettre son recrutement en présence de lésions de l'ADN. L'ensemble de ces résultats soulève la question de l'existence d'un mécanisme général de réparation de l'ADN au moment de la mitose en réponse à des stress génotoxiquesBloom's syndrome is a rare genetic disorder associated to a predisposition to the development of all kinds of cancer and to a generalized genetic instability BLM protein is defective in this disorder and belongs to the recQ helicase family. Helicases of this family are extremely conserved throughout evolution and are involved in the control of recombination. The BLM protein displays a 3'-5' DNA helicase activity; however its physiological role is still unclear. The goal of my research work was the elucidation of that role. We showed that BLM protein accumulates in S phase; of the cell cycle that its expression persists during G2/M and sharply declines in G1. We also showed that BLM helicase is subject to post-translational modifications during mitosis, namely phosphorylations modifying its cellular localization. We showed that BLM phosphorylation in mitosis-arrested cells does not modify neither its helicase activity nor its interaction with topoisomerase IIIα. Besides, we showed that, in response to ionizing radiation, BLM protein accumulates and is phosphorylated through an ATM-dependent pathway. We also showed that ionizing radiation treatment of mitosis arrested cells, results in BLM dephosphorylation and in inactivation of the Cdc2 kinase. This dephosphorylation is associated to a change in BLM localization towards an insoluble cellular compartment. These results suggest that BLM protein is involved in the cellular response to ionizing radiation and that it can be stored during mitosis under an active form in a soluble compartment of the mitotic cells allowing its recruitment in response to DNA damage. All these results suggest the existence of a general mechanism of DNA repair during mitosis in response to genotoxic stress
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Eang, Rothmony. "Mise au point d'outils de recherche et étude de modifications post-traductionnelles du protéasome 20S humain." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/376/.
Full textAbstract:
Le protéasome 20S, cœur multi-catalytique du système Ubiquitine-Protéasome (Ub-P), joue un rôle majeur dans la régulation de la dégradation non-lysosomale des protéines importantes impliquées dans des processus cellulaires fondamentaux et donc, dans le cancer. Le Bortezomib ou VelcadeTM est le premier inhibiteur du protéasome ayant obtenu une AMM pour le traitement des myélomes multiples et récemment du lymphome du manteau. En revanche, son administration induit de nombreux effets indésirables. Différents programmes sont actuellement développés pour rechercher des molécules modulatrices de l'activité du protéasome ayant un mécanisme d'action différent afin de tenter de diminuer les effets secondaires. Dans le cadre de cette thèse, nous avons porté nos efforts sur la compréhension de deux mécanismes pouvant conduire à une modification de l'activité du protéasome : les modifications post-traductionnelles par phosphorylation d'une part et le changement des sous-unités catalytiques du protéasome conduisant à l'apparition de l'immunoprotéasome d'autre part. Les résultats obtenus ont montré que la sous-unité beta7 du protéasome 20S, purifié à partir des érythrocytes humains, est phosphorylée en Sérine249 en utilisant un anticorps rationnellement développé. Cette forme peut être déphosphorylée par la phosphatase acide. L'activité PGPH est affectée par le traitement, alors que les activités CT-L et T-L restent inchangées. De plus, dans une série de lignées cellulaires tumorales étudiées nous montre que l'expression de cette forme phosphorylée diminue par rapport à celle dans les lignées cellulaires non-tumorales étudiées, suggérant son utilisation possible comme un biomarqueur. .The 20S proteasome, the multi-catalytic core particle of proteasome 26S, a major component of the Ub-P pathway playing a fundamental role in many basic cellular processes and in cancer since the majority of intracellular proteins, including many tumor suppressor proteins, are regulated by this pathway. Accordingly, it is very attractive for recent and innovative cancer treatment strategy. The proteasome inhibitor VelcadeTM/bortezomib has proven successfully anti-tumoral activity in vitro and in vivo with multiple tumor cell lines. Therefore, it was the first marketed proteasome inhibitor for the treatment of patients with multiple myeloma. Nevertheless, adverse reactions have been found when using VelcadeTM and efforts are currently made to find modulatory molecules with different mechanism action in order to diminish side effects. During the thesis here, we focus our efforts on two mechanisms found to modify the proteasome activity: the post-translational modifications by phosphorylation and the change of catalytic subunits leading to immunoproteasome expression. We found that beta7 subunit was phosphorylated on serine249 residues using a rationally developed antibody. The ?7 phosphorylated form could be able to be dephosphorylated by acid phosphatase treatment and as a result, the PGPH activity was affected, whereas the other activities remained unchanged after the treatment. Moreover, the serine-phosphorylation on ?7 subunit was observed in a panel of non-tumoral and tumoral cell lines and we found a decrease amount of phosphorylated serine on ?7 subunits of the studied tumoral cell lines compared to the experimental non-tumoral cell lines, suggesting its possible use as a biomarker. .
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Jeanne, Marion. "Rôle des modifications post-traductionnelles de PML dans la régulation et la fonction des Corps Nucléaires." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077101.
Full textAbstract:
Dans la leucémie aiguë promyélocytaire (LAP), l'arsenic induit la dégradation de l'oncoprotéine PML/RAR, la différenciation des cellules leucémiques, et permet des rémissions cliniques. Nous avons montré que la SUMOyIation de PML induite par l'arsenic conduit à sa polyubiquitination puis à sa dégradation par le protéasome. PML SUMOylée recrute RNF4, l'ubiquitine et le protéasome sur les Corps Nucléaires PML (CNs). La différenciation induite par l'arsenic est affectée dans des cellules transformées par un mutant de la SUMOyIation PML/RARa non dégradable, ou dans des cellules LAP exprimant un dominant négatif de RNF4. Ceci implique directement le catabolisme de PML/RAR dans la réponse thérapeutique et nous avons ainsi identifié PML comme étant le premier substrat de la voie de dégradation par polyubiquitination dépendante de SUMO. Nous avons également clarifié les bases moléculaires du recrutement des partenaires sur les CNs. Nous avons montré que les SUMOs et le domaine SIM constituent des signaux d'adressage vers les CNs. Nous avons également établi que le SIM de PML est dispensable tandis que sa lysine K160 est absolument nécessaire au recrutement sur les CNs. Les CNs consisteraient en une coque de PML/SUMO-2/3 associée à la matrice nucléaire, probablement grâce à des ponts disulfures intermoléculaires, et d'un cœur soluble où s'accumulent Ubc9, les SUMOs et les protéines SUMO/SIM. Cette coque pourrait attirer les protéines SUMOylables par leur SIM, puis leur concentration dans le cœur riche en SUMO/Ubc9 pourrait promouvoir leur SUMOyIation, conduisant à leur séquestration par des interactions SUMO/SIM ou à leur dégradation par la voie de l'ubiquitine dépendante de SUMOIn acute promyelocytic leukaemia (APL), arsenic trioxide induces degradation of the oncoprotein PML- RAR, differentiation of leukemic cells and leads to clinical remission. Modification of PML moiety by the SUMO (Small Ubiquitin-like Modifier) was implicated, but the degradation pathway involved and the role of PML-RAR catabolism in the response to therapy have remained elusive. We have demonstrated that in response to arsenic, PML SUMOyIation triggers its polyubiquitination and proteasome-dependent degradation and the recruitment of RNF4, a SUMO-dependent E3 ubiquitin-ligase, with ubiquitin and proteasomes onto PML nuclear bodies (NBs). We thus identify PML as the first protein degraded by SUMO- dependent poly-ubiquitination. We then clarify the molecular basis of the partners' recruitment onto NBs. We show that both SIM (SUMO-Interacting Motif) and SUMO are NB-targeting signais, suggesting that these two motifs may cooperate to dictate stable NBs localization. In fact, most resident NBs proteins contain both a SUMOyIation site and a SIM domain. Using Daxx and SplOO as models for SUMO/SIM proteins, we show that the PML SIM is dispensable for that process, while PML K160 SUMOyIation is absolutely required. We further demonstrate that NBs consist of a PML/SUMO-2/3 shell associated to the nuclear matrix, and a non- matrix core that accumulates Ubc9, SUMOs, and SUMO/SIM proteins. Thus, this shell could attract the SIM of SUMOylable proteins, whose concentration within the SUMO/Ubc9-rich core could promote their SUMOyIation, ultimately resulting in their sequestration via SUMO/SIM interactions or in their degradation via the RNF4/ubiquitin-mediated pathway
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Kamah, Amina. "Identification et caractérisation des modifications post-traductionnelles de la protéine TAU : implication dans le processus d'agrégation." Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10049.
Full textAbstract:
Les démences séniles sont caractérisées, au niveau moléculaire, par l’agrégation de quelquesprotéines-clés. On peut donner comme exemple l’α-synucléine, dans la maladie de Parkinson,ou le peptide β-amyloïde et la protéine Tau, dans la maladie d’Alzheimer. Le mauvaisrepliement de ces protéines est souvent évoqué, même si elles n’adoptent pas une structurestable lorsqu’elles sont isolées en solution. La protéine Tau est une protéine neuronaleappartenant à la famille des protéines MAP (protéines associées aux microtubules). Saprincipale fonction est de stimuler la polymérisation de la tubuline en microtubules, assurantainsi le transport cytoplasmique au sein d’une cellule. Tau ainsi que des mutants de Tau ont étéimpliqués dans de nombreuses pathologies neurodégénératives regroupées sous le terme detauopathies, dont la plus connue est la maladie d’Alzheimer. Bien qu’aucune mutation de Taun’ait été décrite dans la maladie d’Alzheimer, Tau joue un rôle-clé dans cette pathologie. Elleest caractérisée par la présence d’agrégats fibrillaires de protéines Tau hyperphosphoryléesnommés PHF (Paired Helical Filaments) qui envahissent progressivement le cerveau. Cesobservations sont associées à un déséquilibre entre phosphorylation et déphosphorylation.Malgré les différentes études menées sur le sujet, le mécanisme d’agrégation n’est pas compriset plusieurs pistes sont envisagées, notamment l’implication des modifications posttraductionnelles.Nous avons déterminé le profil de modifications de la protéine Tau parspectroscopie RMN et étudier leur implication dans le processus d’agrégation parspectrophotométrie. Parmi les modifications covalentes existantes, nous avons étudiél’acétylation des résidus lysine et l'O-β-N-acétylglucosaminylation des résidus sérine etthréonine. La troisième est une modification conformationnelle qui consiste à stimulerl’échange conformationnel des prolines par des enzymes à activité peptidyl prolyl cis-transisomérase (PPIase)Senile dementia are characterized by protein aggregation such as α-synuclein in Parkinsondisease or β-amyloid peptide and Tau protein in Alzheimer disease. Protein misfolding has beenevoked in the pathological processes even though these proteins do not adopt a stable threedimensionalstructure in solution. Tau protein belongs to the MAP (Microtubule-AssociatedProtein) family. It stimulates tubulin polymerization into microtubule allowing for cytoplasmictransport in cell. Tau and its mutated forms are found in neurodegenerative diseases,collectively referred to as tauopathy, the most famous being Alzheimer’s disease. Thesepathologies are characterized by fibrillary aggregates of hyperphosphorylated Tau namedPaired Helical Filaments (PHF) that invades gradually throughout the brain. These observationsare correlated with imbalance between phosphorylation and dephosphorylation in AD brains.Despites extensive studies, the aggregation mechanism is still not understood and severalpathways were considered, especially posttranslational modifications other thanphosphorylation. We have investigated the modifications of Tau protein by NMR spectroscopyand studied effect of these modifications on aggregation process by spectrophotometry. Amongcovalent modifications, we have studied lysine acetylation and Ser/Thr O-β-Nacétylglucosaminylation.The third investigated modification is the conformational switch ofproline residues catalyzed by a peptidyl prolyl cis trans isomerase
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Gabant, Guillaume. "Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines : méthodologie et application à des protéines d’intérêt thérapeutique." Thesis, Orléans, 2014. http://www.theses.fr/2014ORLE2061/document.
Full textAbstract:
Les modifications de protéines, qu’elles soient post-traductionnelles (PTMs) ou induites chimiquement, ont une influence considérable sur l'activité des protéines. Des méthodes de spectrométrie de masse (MS) HRMS, MS/MS CID et ETD, et de biochimie ont été développées pour la caractérisation structurale et cinétique de complexes protéine-ligand et de PTMs, dans le but de disséquer leur mécanisme et de concevoir des médicaments covalents contre des protéines liant des protéases, des kinases, ou l'ADN. La MS combinée avec des outils biochimiques a permis de séquencer l'inhibiteur de protéases grégline, et de détecter une PTM originale. De même, la transposase MOS1, modèle de l'intégrase du VIH pour la conception d'inhibiteurs, s'avère être à la fois acétylée et phosphorylée. Pour la lyase Abf2, une stratégie de piégeage, purification, protéolyse et hydrolyse ADN du complexe covalent Abf2-ADN, couplée à l’analyse MS, a été développée. Enfin, l’interaction entre le surpresseur de métastase hPEBP1 et la locostatine a été disséquée sur la protéine entière et par approche bottom-up. La locostatine s’hydrolyse en butyrate après fixation. Afin d’identifier le site ciblé par la locostatine, les conditions de réaction et de protéolyse ont été optimisées. La présence de réactions non spécifiques a conduit au développement 1) d'un modèle mathématique permettant de déterminer la fraction de liaison optimale pour discriminer le site spécifique des sites non-spécifiques, et 2) d'une méthode pour la quantification parallèle et exhaustive du degré de modification de tous les sites modifiés d'une protéine. Ces outils sont applicables aux ligands covalents de protéines et/ou à leurs PTMsProtein modifications, whether post-translational (PTMs) or chemically induced, play a crucial role on the activity of proteins. Mass spectrometry (MS) techniques such as HRMS, CID/ETD MS/MS, and biochemistrybased methods for structural and kinetic characterization of protein-ligand complexes and PTMs have been developed. MS combined with several biochemical tools has been used to sequence the proteinase inhibitor gregline and to detect a novel PTM. A similar approach shows that the transposase MOS1, a model for the design of HIV integrase inhibitors, is both phosphorylated and acetylated. For the lyase Abf2, a strategy of trapping, purification, proteolysis, and DNA hydrolysis of the Abf2-DNA covalent complex, coupled to MS analysis, has been developed. Finally, the interaction between the metastasis suppressor hPEBP1 and locostatin was dissected. Upon binding to hPEBP1, locostatin undergoes hydrolysis. To identify the site targeted by locostatin, the conditions of reaction and proteolysis were optimized. The qualitative approach reveals the presence of non-specific reactions, leading to the development of 1) a mathematical model to determine the optimum bound fraction for discriminating the specific site from non-specific sites, and 2) a method for the parallel and exhaustive quantification of the degree of modification of all modified sites of a protein. These tools are widely applicable to covalent protein ligands and/or PTMs
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Ankavay, Maliki. "Étude des modifications post-traductionnelles de la protéine de capside ORF2 du virus de l'hépatite E (HEV)." Thesis, Lille 2, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL2S013.
Full textAbstract:
L’infection par le virus de l’hépatite E (HEV) est un problème majeur de santé publiquequi touche plus de 20 millions de personnes et tue environ 70 000 chaque année à travers lemonde. Le HEV est la cause majeure d’hépatite virale aiguë dans le monde. En France, laséroprévalence du HEV est de 22,4% dans la population générale. Ce virus se transmet parvoie féco-orale ou par consommation de viande contaminée mal cuite. Très récemment, nousavons décrit un système de culture cellulaire permettant d’amplifier efficacement le HEV. Cesystème représente un outil unique pour caractériser les différentes étapes du cycle infectieuxdu HEV qui sont très mal connues à ce jour. Dans le cadre de ma thèse, je me suis intéresséplus particulièrement à la protéine de capside ORF2 qui est l’unité structurale des particulesvirales et est donc un acteur central du cycle infectieux du HEV. La protéine ORF2 est uneprotéine de 660 acides aminés (aa) qui possède un peptide signal (PS) et trois sites potentielsde N-glycosylation (N1, N2 et N3). J’ai donc étudié le rôle de la N-glycosylation de cetteprotéine ORF2 dans le cycle infectieux du HEV. Pour atteindre cet objectif, la soucheinfectieuse HEV-p6 génotype 3 a été utilisée pour infecter les cellules de la lignéehépatocytaire PLC3, sous clone de la lignée PLC/PRF/5. Les résultats obtenus ont montré quela protéine ORF2 est N-glycosylée uniquement au niveau des sites N1 et N3 ; le site N2 estdéfavorable à la N-glycosylation. Nos résultats ont montré que la N-glycosylation de laprotéine ORF2 n’est pas importante pour sa stabilité, son oligomérisation, sa reconnaissancepar des anticorps, l’assemblage et l’infectiosité des particules virales. Nous avons aussimontré que la protéine ORF2 est importée dans le noyau des cellules hôtes au cours du cycleinfectieux du HEV de manière indépendante de la N-glycosylation. Nous avons identifié pourla première fois un signal de localisation nucléaire (NLS) fonctionnel en position N-terminalede la protéine ORF2 lui permettant d'interagir probablement avec l’importine alpha1. Demanière surprenante, ce NLS régule non seulement l’import nucléaire de cette protéine virale,mais aussi sa translocation réticulaire. Nous avons également démontré que la protéine ORF2est exportée du noyau des cellules hôtes en interagissant avec l’exportine1 et possède 3signaux d’export nucléaire (NES) en position C-terminale. Ces résultats améliorent laconnaissance du trafic intracellulaire de la protéine ORF2 et pourraient orienter les stratégiesantivirales dirigées contre le HEVHepatitis E virus (HEV) infection is a major public health problem that affects more than20 million people and kills approximately 70,000 worldwide each year. HEV is the leadingcause of acute viral hepatitis in the world. In France, the seroprevalance of HEV is 22.4% inthe general population. This virus is transmitted by fecal-oral route or by consumption ofundercooked contaminated meat. Very recently, we have described an efficient cell culturesystem to amplify HEV. This system represents a unique tool for characterizing the variousstages of the infectious HEV lifecycle that are very poorly understood to date. As part of mythesis, I focused on the ORF2 capsid protein which is the structural unit of viral particles andis therefore a central player in the HEV lifecycle. ORF2 is a 660 amino acids protein thatcontains a signal peptide and three potential N-glycosylation sites (N1, N2 and N3). My workaimed to identify the role of the ORF2 N-glycosylation in the HEV lifecycle. Our resultsrevealed that the ORF2 protein is N-glycosylated on the N1 and N3 sites, whereas the N2 siteis not N-glycosylated. Also, the N-glycosylation has no significant relevance neither for thestability, oligomerization, antibody recognition of the ORF2 protein nor for viral assemblyand viral infectivity. We also revealed that, the ORF2 protein is translocated into the nucleusof infected cells, independently of N-glycosylation. We identified for the first time afunctional nuclear localization signal (NLS) located at the N-terminus of the ORF2 proteinthat interacts probably with the importin alpha1. Surprisingly, this NLS regulates both nuclearimport and endoplasmic reticulum translocation of the ORF2 protein. Finally, wedemonstrated that, the ORF2 protein possesses three nuclear export signals (NES) located atits C-terminus. The ORF2 protein interacts with the exportin1 and is exported from the cellnuclei. This interaction drives the ORF2 protein from the nucleus to the cytoplasm of theinfected cells. Hence, this study led to new insights into the molecular mechanisms of theORF2 protein and could help to the design of novel antiviral strategies against HEV
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Déry, Marc-André. "Étude des modifications post-traductionnelles de la sous-unité HIF-1alpha du facteur de transcription HIF-1." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27263/27263.pdf.
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David, Sarah-Anne. "Impact de l'acclimatation embryonnaire à la chaleur sur des modifications post-traductionnelles des histones chez le poulet." Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR4036.
Full textAbstract:
L’altération de l’environnement périnatal peut impacter à long terme l’expression des gènes notamment par le biais de modifications épigénétiques. Une stratégie pour accroitre la thermotolérance des poulets de chair, sensibles à la chaleur en fin d’élevage (J35) est la thermo-manipulation embryonnaire (TM). Lors d’un coup de chaleur à J35, les modifications d’expression de gènes observées chez les poulets TM pourraient être liées à une altération de l’épigénome induite lors de l’embryogenèse et persistante au cours du développement. Cette thèse s’intéresse à deux modifications post-traductionnelles des histones (MPTH) décrites pour être modulées par des variations thermiques : H3K27Me3 et H3K4Me3. Afin d’étudier ces MPTH sans a priori à J35, nous avons mis au point les techniques d’immunoprécipitation de la chromatine suivie de séquençage à haut débit dans deux tissus : l’hypothalamus et le muscle. Nos travaux montrent que le traitement semble impacter principalement l’épigénome de l’hypothalamus, en particulier au niveau de la marque H3K4me3, en modulant des voies liées à la morphogenèse et la réponse hormonalePerinatal environment changes may alter gene expression throughout life via epigenetic modifications. A strategy to improve thermal tolerance of heat-sensitive chickens is a thermalmanipulation during embryogenesis (TM). During a heat challenge at the end of the rearing period (D35), modifications of gene expression have been reported in thermally-manipulated chickens. These alterations could be linked to epigenetic modifications induced during the TM that persist throughout life. This work focused on two histone post-translational modifications (HPTM): H3K27me3 and H3K4me3. We adjusted two methods of chromatin immunoprecipitation to conduct a whole genome study of these HPTM at D35, in the hypothalamus and skeletal muscle. We demonstrated that the TM has a major impact in the hypothalamus, especially on H3K4me3. These alterations seem to modulate the hypothalamic morphogenesis and its response to hormones, therefore possibly contributing to better adaptive capacities of TM chickens
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Craveur, Pierrick. "Analyse de la conformation locale des structures protéiques : irrégularités des feuillets béta, modifications post-traductionnelles et flexibilité." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077154.
Full textAbstract:
J'ai basé mon travail sur une représentation des protéines développée au laboratoire : l'alphabet structural des Blocs Protéiques (BPs). Cet alphabet permet de décrire et d'étudier les conformations locales composant les structures des protéines. Grâce à cette représentation j'ai pu m'intéresser, dans un premier temps, à l'étude structurale d'irrégularités observées au sein des feuillets 13, les β-bulges. Ils sont décrits dans la littérature comme conservés au sein des familles protéiques et impactant la structure, et la fonction des protéines. J'ai cherché à répondre à la question : les 13-bulges sont-ils réellement conservés au sein de repliements homologues ? Dans un second temps, je me suis intéressé aux modifications post-traductionnelles (PTMs) qui par essence correspondent à des modifications très diverses des résidus protéiques. Ces PTMs sont de plus en plus étudiées dans le contexte structural, et leur impact sur la flexibilité est de plus en plus pointé du doigt. J'ai ainsi développé une base de données qui répertorie les structures contenant des modification: annotées comme PTMs. Grâce à ces données j'ai essayé de répondre à la question : les PTMs ont-elles un effet sur la structure des protéines ? Cet effet impact-il globalement ou localement la structure des protéines ? Enfin dans la dernière partie de ma thèse, je me suis intéressé à la corrélation entre les conformations locales et la flexibilité du squelette polypeptidique. Par le biais de nombreuses simulations de dynamique moléculaire, j'ai cherché à quantifier cette corrélation, de manière systématique, puis au regard de la présence de β-bulges et de sites de PTMs. Ces derniers travaux amèneront un nouveau regard sur la méthode de prédiction de la flexibilité développée au laboratoireI based my work on a representation of proteins developed in the laboratory: the structural alphabet of Protein Blocks (PBs). This alphabet is used to describe and study the local conformations of protein structures. With this representation I have firstly studied the structural irregularities observed in the 13 sheets, the β-bulges. They are described in the literature as conserved among protein families and impacting the structure and function of proteins. I tried to answer the question: are the β-bulges actually conserved within homologs folds? In a second time, I studied the post-translational modifications (PTMs), which essentially correspond to very different modifications of the protein residues. These PTMs are increasingly studied in the structural context, and their impact on the flexibility is more pointed. I have developed a database that curates the structures containing annotated modifications as PTMs. With this data I have tried to answer the question: Did the PTMs affect protein structure? This effect is global or local in protein structure? Finally in the last part of my thesis, I studied the correlation between local conformations and flexibility of the polypeptide backbone. Through numerous molecular dynamics simulations, I have attempted to quantify this correlation, systematically, and in view of the presence of β-bulges and PTMs sites. These works bring a new look on the prediction method developed in the laboratory flexibility
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Pratbernou, Françoise. "Détection et localisation de modifications post-traductionnelles ou de mutations sur des protéines par spectrométrie de masse." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30112.
Full textAbstract:
La spectrometrie de masse fab occupe a l'heure actuelle une place importance dans l'etude des proteines; elle trouve sa pleine utilisation dans certaines analyses tres difficiles a realiser par les methodes traditionnelles comme la localisation et la determination de modifications post-traductionnelles et de mutations en pathologie humaine. Des analyses utilisant conjointement des methodes de spectrometrie de masse: fab-mapping et spectrometrie de masse en tandem et des degradations enzymatiques nous ont permis de caracteriser de nouveaux mutants de l'hemoglobine (mutant grenoble et mutant r). La strategie utilisee a ete prealablement testee sur des mutants connus. L'identification de deux residus acetyle sur des enzymes erythrocytaires mpgm et dpgm a ete realise selon des strategies voisines. Afin d'essayer de resoudre les problemes poses par la desorption de peptides en melange dans le mode d'ionisation fab, nous avons, en regard avec des donnees de la litterature, realise une serie de derivations tendant a augmenter l'hydrophobie des differents constituants et accroitre ainsi le rendement d'ionisation. Cette technique de derivation a permis la visualisation de la totalite des peptides issus de la chaine ainsi que l'identification de modifications post-traductionnelles sur le peptide c terminal de la tubuline qui n'etait pas desorbe a l'etat natif
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KENIGSBERG, PAUL-ARIEL. "Structure et modifications post-traductionnelles de la chloroperoxydase, une hemoproteine secretee chez le champignon filamenteux caldariomyces fumago." Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066479.
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