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Dissertations / Theses on the topic 'Multi-Omiques'

Author: Grafiati
Published: 30 November 2024
Last updated: 31 July 2025

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1

Wery, Méline. "Identification de signature causale pathologie par intégration de données multi-omiques." Thesis, Rennes 1, 2020. http://www.theses.fr/2020REN1S071.

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Abstract:
Le lupus systémique erythémateux est un exemple de maladie complexe, hétérogène et multi-factorielle. L'identification de signature pouvant expliquer la cause d'une maladie est un enjeu important pour la stratification des patients. De plus, les analyses statistiques classiques s'appliquent difficilement quand les populations d'intérêt sont hétérogènes et ne permettent pas de mettre en évidence la cause. Cette thèse présente donc deux méthodes permettant de répondre à cette problématique. Tout d'abord, un modèle transomique est décrit pour structurer l'ensemble des données omiques en utilisant
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2

Masson, Aymeric. "Approches multi-omiques des anomalies transcriptionnelles dans les maladies rares du développement." Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2024. http://www.theses.fr/2024UBFCI006.

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Abstract:
L’expression des gènes passe par le processus de transcription dans le noyau des cellules eucaryotes qui produit les ARNs, intermédiaires indispensables pour former des protéines. La synthèse et le devenir des ARNs sont soumis à un contrôle complexe assuré par de nombreux acteurs incluant entre autres les séquences d'ADN non codantes régulatrices qui assurent une régulation spatio-temporelle fine de l’expression génique et les ribonucléoprotéines hétérogènes nucléaires (hnRNP) capables de lier les molécules d’ARN et de réguler leur maturation, leur stabilité et leur localisation.L'approche sta
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Bodein, Antoine. "Mise en place d'approches bioinformatiques innovantes pour l'intégration de données multi-omiques longitudinales." Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/69592.

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Abstract:
Les nouvelles technologies «omiques» à haut débit, incluant la génomique, l'épigénomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique ou encore la métagénomique, ont connues ces dernières années un développement considérable. Indépendamment, chaque technologie omique est une source d'information incontournable pour l'étude du génome humain, de l'épigénome, du transcriptome, du protéome, du métabolome, et également de son microbiote permettant ainsi d'identifier des biomarqueurs responsables de maladies, de déterminer des cibles thérapeutiques, d'établir des diagnostics préventifs et
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Cogne, Yannick. "Bioinformatique pour l’exploration de la diversité inter-espèces et inter-populations : hétérogénéité & données multi-omiques." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT033/document.

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Abstract:
L’exploitation conjointe des données transcriptomiques et protéomiques permet l’étude détaillée des mécanismes moléculaires induits lors de perturbations environnementales. L’assemblage de données issues du séquençage des ARNs d’organismes dit « non-modèle » permet de produire la base de données pour l’interprétation des spectres générés en protéomique shotgun. Dans ce contexte, les travaux de thèse avaient pour objectif d’optimiser l’interprétation et l’analyse des données protéomiques par le développement de concepts innovants pour la construction de bases de données protéiques et l’explorat
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Sérazin, Céline. "Raffinement de l'identité des lymphocytes T régulateurs CD8+ chez l'Homme grâce à l'utilisation des technologies multi-omiques." Thesis, Nantes Université, 2022. http://www.theses.fr/2022NANU1016.

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Abstract:
Les cellules T régulatrices CD8+ (Tregs) ont été les premières cellules suppressives signalées en 1970, mais elles ont été mises de côté pendant des années en raison du manque de marqueurs permettant de les définir correctement. Notre équipe a démontré que les Tregs CD8+ identifiés par une expression faible et/ou négative de CD45RC, une des isoformes de la molécule CD45, montrent une puissante activité suppressive in vitro et in vivo, alors que les cellules exprimant des niveaux élevés de CD45RC ne le font pas. Dans cet article, nous nous sommes penchés sur l'hétérogénéité au sein des lymphocy
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Caro, Ilana. "Caractérisation de la signature moléculaire de la maladie des petites artères cérébrales occultes par l'étude de biomarqueurs multi-omiques." Electronic Thesis or Diss., Bordeaux, 2024. http://www.theses.fr/2024BORD0453.

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Abstract:
La maladie des petits vaisseaux cérébraux (MPVC) regroupe des processus pathologiques affectant les petits vaisseaux cérébraux (artérioles, capillaires, etc.), détectables en imagerie cérébrale par résonance magnétique (IRM) et dont la prévalence augmente avec l’âge. La MPVC constitue un contributeur vasculaire majeur au déclin cognitif et au risque de démence, et augmente significativement le risque d'accident vasculaire cérébral (AVC). Elle résulte de facteurs génétiques et environnementaux complexes. Bien que plus de 70 loci génétiques aient été associés à la MPVC, les mécanismes moléculair
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Allioux, Maxime. "Etudes physiologiques et multi-omiques de métabolismes du soufre présents dans les écosystèmes hydrothermaux : Physiological and multi-omics studies of microbial sulfur metabolisms present in hydrothermal ecosystems." Thesis, Brest, 2021. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03789624.

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Abstract:
Les cheminées hydrothermales hébergent une vaste diversité microbienne, tant au niveau taxonomique qu’au niveau métabolique. Ces écosystèmes sont qualifiés d’extrêmes, en raison des très larges gradients physicochimiques qu’ils abritent. Le soufre y est un élément omniprésent, il peut être utilisé par une large diversité de microorganismes pour des réactions d’oxydations ou de réductions. Cependant, le cycle du soufre reste partiellement méconnu au sein de ces écosystèmes. L’objectif de cette thèse était d’étudier les métabolismes du cycle du soufre peu documentés ou simplement prédits par la
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8

Canouil, Mickaël. "Développement et application de méthodologies statistiques pour études multi-omiques dans le diabète de type 2 : au-delà de l'ère des études d'association pangénomiques." Thesis, Lille 2, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL2S017/document.

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Abstract:
Les études d'association pangénomiques (GWAS) ont permis l'identification de plusieurs dizaines de gènes et de polymorphismes nucléotidiques (SNPs) contribuant au risque de diabète de type 2.Plus généralement, les GWAS ont permis d'identifier des milliers de SNPs contribuant à des maladies complexes chez l'Homme.Cependant, la caractérisation fonctionnelle et les mécanismes biologiques impliquant ces SNPs et ces gènes restent en grande partie à explorer.En effet, les conséquences de ces polymorphismes sont complexes et peu connues. Une conséquence directe est l'altération de la protéine codée p
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Paix, Benoît. "Etude des dynamiques spatio-temporelles des interactions entre le microbiote et le métabolome de surface de la macroalgue Taonia atomaria par une approche multi-omiques." Electronic Thesis or Diss., Toulon, 2020. http://www.theses.fr/2020TOUL0012.

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Abstract:
En tant qu’espèces ingénieures de leurs écosystèmes et que producteurs primaires, les macroalgues marines jouent un rôle crucial au sein de leur écosystème. Les interactions chimiques avec leurs microorganismes épiphytes semblent particulièrement essentielles pour leur physiologie. Cependant les relations macroalgues-microbiote et le rôle des paramètres environnementaux dans ces interactions restent encore peu explorées. L’objectif général de la thèse est de comprendre comment varie la structure de la communauté procaryotique épiphyte de l’algue brune Taonia atomaria en lien avec les variation
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Briscik, Mitja. "Développement d'approches à noyaux pour l'intégration de données biologiques provenant de sources hétérogènes." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2025. http://www.theses.fr/2025TLSES003.

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Abstract:
Les progrès récents des biotechnologies à haut débit facilitent l'accès à de vastes ensembles de données, ce qui représente à la fois des opportunités et des défis pour la biostatistique. Dans ce contexte, les méthodes à noyau, qui offrent une version non linéaire de tout algorithme linéaire uniquement basé sur le produit scalaire, sont particulièrement adaptées à l'analyse et à l'intégration de données de grande dimension. Cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet européen E-MUSE, " Complex microbial ecosystems multiscale modelling : mechanistic and data driven approaches integration ". C
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Gantzer, Justine. "Integrative multi-omics characterization of mesenchymal tumors." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2024. http://www.theses.fr/2024STRAJ056.

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Abstract:
Ce travail de thèse s’articule autour de trois projets indépendants dont le but est de mieux caractériser trois tumeurs mésenchymateuses grâce à une approche multi-omique intégrative.Les tumeurs thoraciques indifférenciées SMARCA4-déficientes (SMARCA4-UT), initialement « sarcomes » semblaient répondre aux inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (ICIs) comme d’autres tumeurs SWI/SNF déficientes, sans qu’aucune caractérisation de leur microenvironnement tumoral (TME) ne soit faite pour le comprendre. Grâce à des immunomarquages et à une analyse transcriptomique, nous avons mis en évidence u
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Thareja, Gaurav. "Mapping the adaptive landscape of cancer cells using a multiomics approach." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL075.

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Abstract:
Le cancer est considéré principalement comme une maladie de la cellule. Certaines cellules cancéreuses acquièrent un avantage adaptatif sous la pression sélective d’un microenvironnement dynamique qui leur permet de surpasser les autres cellules cancéreuses, favorisant leur expansion. Par conséquent, ce travail de thèse vise à cartographier le paysage adaptatif des cellules cancéreuses à l’aide d’une approche multiomique.L’étude d’association pangénomique a montré l’effet des mutations germinales sur les niveaux d’expression 64 protéines cancéreuses listées dans OncoKB et a permis l’identifica
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Carriot, Nathan. "Caractérisation de la production métabolique de biofilms marins. : Vers une application à l'étude de biofilms complexes in situ." Electronic Thesis or Diss., Toulon, 2022. http://www.theses.fr/2022TOUL0001.

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Abstract:
Le phénomène de biofouling est un processus naturel qui impacte toutes les surfaces immergées en milieu marin engendrant des problèmes économiques et écologiques majeurs à l’échelle planétaire. Il est notamment induit par la formation de biofilms marins correspondant à la colonisation des surfaces immergées par des bactéries s’organisant en communautés en s’entourant d’une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS). L’objectif de ce travail est l’utilisation et le développement de méthodologies permettant l’étude et la compréhension de l’étape précurseur de ce phénomène. La corr
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Jagtap, Surabhi. "Multilayer Graph Embeddings for Omics Data Integration in Bioinformatics." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPAST014.

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Abstract:
Les systèmes biologiques sont composés de biomolécules en interaction à différents niveaux moléculaires. D’un côté, les avancées technologiques ont facilité l’obtention des données omiques à ces divers niveaux. De l’autre, de nombreuses questions se posent, pour donner du sens et élucider les interactions importantes dans le flux d’informations complexes porté par cette énorme variété et quantité des données multi-omiques. Les réponses les plus satisfaisantes seront celles qui permettront de dévoiler les mécanismes sous-jacents à la condition biologique d’intérêt. On s’attend souvent à ce que
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Denecker, Thomas. "Bioinformatique et analyse de données multiomiques : principes et applications chez les levures pathogènes Candida glabrata et Candida albicans Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata Efficient, quick and easy-to-use DNA replication timing analysis with START-R suite FAIR_Bioinfo: a turnkey training course and protocol for reproducible computational biology Label-free quantitative proteomics in Candida yeast species: technical and biological replicates to assess data reproducibility Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny Pixel: a content management platform for quantitative omics data Empowering the detection of ChIP-seq "basic peaks" (bPeaks) in small eukaryotic genomes with a web user-interactive interface A hypothesis-driven approach identifies CDK4 and CDK6 inhibitors as candidate drugs for treatments of adrenocortical carcinomas Characterization of the replication timing program of 6 human model cell lines." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL010.

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Abstract:
Plusieurs évolutions sont constatées dans la recherche en biologie. Tout d’abord, les études menées reposent souvent sur des approches expérimentales quantitatives. L’analyse et l’interprétation des résultats requièrent l’utilisation de l’informatique et des statistiques. Également, en complément des études centrées sur des objets biologiques isolés, les technologies expérimentales haut débit permettent l’étude des systèmes (caractérisation des composants du système ainsi que des interactions entre ces composants). De très grandes quantités de données sont disponibles dans les bases de données
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Duperret, Léo. "Caractérisation des mécanismes moléculaires de la permissivité au Syndrome de Mortalité de l'Huître du Pacifique (POMS) sous influence de la température et du régime alimentaire." Electronic Thesis or Diss., Perpignan, 2024. http://www.theses.fr/2024PERP0042.

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Abstract:
Les systèmes de production alimentaire ont dû répondre ces dernières décennies à une demande alimentaire croissante générée par l'augmentation exponentielle de la population humaine. Ceci a mené à une intensification des cultures, des élevages et de la pêche au détriment des stocks et de la santé de notre planète. Pour le milieu marin, l'intensification de la pêche a conduit à l'amenuisement de certains stocks et à la mise en place de quotas. Cette diminution des ressources halieutiques a conduit au développement de l'aquaculture, une pratique d'élevage de la ressource bleue. Cependant, avec l
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Bretones, Santamarina Jorge. "Integrated multiomic analysis, synthetic lethality inference and network pharmacology to identify SWI/SNF subunit-specific pathway alterations and targetable vulnerabilities." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL049.

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Abstract:
De nos jours, la communauté scientifique s'accorde sur la nécessité de diagnostics et de thérapies personnalisés pour les patients atteints de cancer, conçus par des études translationnelles combinant approches expérimentales et statistiques. Les défis actuels incluent la validation de modèles expérimentaux précliniques et leur profilage multi-omiques, ainsi que la conception de méthodes bioinformatiques et mathématiques dédiées pour identifier les combinaisons de médicaments optimales pour chaque patient.Cette thèse a visé à concevoir de telles approches statistiques pour analyser différents
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Abd-Rabbo, Diala. "Beyond hairballs: depicting complexity of a kinase-phosphatase network in the budding yeast." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/19318.

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