To see the other types of publications on this topic, follow the link: Multirésistance virale aux médicaments.
Dissertations / Theses on the topic 'Multirésistance virale aux médicaments'
Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles
Consult the top 49 dissertations / theses for your research on the topic 'Multirésistance virale aux médicaments.'
Next to every source in the list of references, there is an 'Add to bibliography' button. Press on it, and we will generate automatically the bibliographic reference to the chosen work in the citation style you need: APA, MLA, Harvard, Chicago, Vancouver, etc.
You can also download the full text of the academic publication as pdf and read online its abstract whenever available in the metadata.
Browse dissertations / theses on a wide variety of disciplines and organise your bibliography correctly.
1
Koch, Nathalie. "Séquençage des gènes pol et env du VIH-1 pour le suivi virologique des patients infectés : optimisation et validation des techniques de séquençage de l'ARN viral et de l'ADN proviral." Aix-Marseille 2, 2000. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2000AIX20666.pdf.
Full textAbstract:
Le suivi thérapeutique des patients infectés par le VIH nécessite la détection des virus résistants aux antirétroviraux. Les tests de génotypage basés sur le séquençage nécessitant une certaine expertise, des techniques plus simples, basées sur le principe d'hybridation à des sondes oligonucléotidiques, ont été développées (LiPA, Puces à ADN, PCR différentielle. . . ). Nous avons montré, que pour le LiPA, le polymorphisme important du VIH au voisinage des codons d'intérêt entraîne un pourcentage conséquent de non hybridation. De plus, le LiPA appartient à une catégorie de tests permettant seulement l'analyse de quelques codons. Or, le nombre de drogues utilisées a considérablement augmenté ces dernières années avec, pour conséquence, une multiplication des mutations et des mécanismes de résistance (insertions, délétions, réactions croisées. . . ). Il est donc actuellement nécessaire de séquencer la totalité du gène de la protéase et une partie du gène de la RT. Deux types de tests permettent l'analyse d'une séquence entière : le séquençage par la méthode classique de Sanger et les puces à ADN. Des kits de diagnostic utilisant des méthodes de séquençages sont aujourd'hui disponibles. Nous avons montré que les kits basés sur l'utilisation du séquençage classique (Trugene, Viroseq) permettent la détection des insertions alors que plusieurs études ont montré que les puces à ADN (PRT 440) ne pouvaient pas détecter ce type de mutations. Toutefois, ces kits de séquençage classique nécessitent quelques améliorations au niveau de leur logiciel d'analyse pour une meilleure signalisation des insertions. Actuellement, le séquençage par la méthode de Sanger reste la technique de référence pour la détection des mutations de résistance. Nous avons montré que l'analyse du virus plasmatique permettait de détecter plus de mutations que l'analyse du virus proviral. Cependant, chez les patients ayant un passé thérapeutique long et chaotique, le séquençage de l' ADN proviral pourrait être envisagé afin de déterminer toutes les mutations de résistance archivées dans les lymphocytes mais pas forcement présentes dans le virus plasmatique. Enfin, l'utilisation d'une technique« maison » de séquençage nous a permis: - de séquencer les sites de clivage et de mettre en évidence une forte association entre la mutation A431V du site P7 / P1 et la mutation M46I de la protéase, - de réaliser une étude épidémiologique au Burundi, montrant que le sous-type C est majoritairement présent dans ce pays.
2
Chollet, Renaud. "Régulation génétique de la multirésistance aux antibiotiques chez Enterobacter aerogenes." Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX20659.
Full textAbstract:
Enterobacter aerogenes est devenu, ces dernières années, un pathogène incontournable du milieu hospitalier. Le caractère clonal des isolats et leur phénotype de résistance élevé aux antibiotiques représentent les deux caractéristiques principales de son épidémiologie. A côté des mécanismes d'inactivation enzymatique efficaces, sont maintenant décrits des processus générant une imperméabilité membranaire et un efflux actif. De telles souches sont considérées comme présentant un phénotype de " Multidrug-Resistance " (MDR). Face à cette situation, il est indispensable de caractériser les systèmes génétiques contrôlant l'apparition de la MDR. Notre travail a montré que E. Aerogenes regroupe sur son génome deux systèmes de régulation de la MDR : l'opéron marRAB et le gène ramA. Les deux régulateurs RamA et MarA permettent à E. Aerogenes de contrôler finement les systèmes d'échange avec le milieu extérieur et de répondre efficacement contre les agressions. Ces régulateurs peuvent fonctionner aussi bien indépendamment que simultanément et l'expression de l'un régule celle de l'autre. MarA et RamA entraînent, chez E. Aerogenes, une régulation négative des porines, voie d'entrée des antibiotiques hydrophiles, créant une imperméabilité membranaire, et l'expression de la pompe d'efflux AcrAB-TolC permettant d'éjecter hors de la cellule les composés intracellulaires toxiques. L'imperméabilité membranaire est également responsable de la résistance à l'imipénème et nous avons montré, in vitro, qu'un traitement par cet antibiotique active l'opéron marRAB. Les isolats MDR présentent ainsi des modulations de perméabilité de l'enveloppe bactérienne jouant un rôle important dans la résistance aux antibiotiques ; ces modifications relèvent d'un schéma général de régulationEnterobacter aerogenes is a nosocomial pathogen associated with high mortality rate in intensive care units. Besides the presence of an extended b-lactamase (ESBL) and a chromosomal derepressed cephalosporinase, 5% of clinical isolats show a MultiDrug Resistant (MDR) phenotype. Our work showed that E aerogenes gathers on its genome two systems of MDR regulation: the marRAB and the ramA gene. The two regulators RamA and MarA allow E aerogenes to control exchanges with the external medium and to answer effectively against aggressions. MarA and RamA are able to negatively down-regulate porin expression and to activate the expression of the AcrAB-TolC efflux pump
3
Schultz-Ascensio, Eliette. "Diffusion d'îlots génomiques de multirésistance aux antibiotiques chez Proteus mirabilis." Thesis, Tours, 2018. http://www.theses.fr/2018TOUR3302/document.
Full textAbstract:
La résistance aux antibiotiques est une menace non négligeable pour la santé publique. Ces résistances peuvent être portées par différents supports dont les îlots génomiques. Il a été démontré que les îlots génomiques Salmonella Genomic Island 1 (SGI1) et Proteus Genomic Island 1 (PGI1) sont des acteurs importants de la multirésistance aux antibiotiques. Quelques variants de SGI1 et PGI1 ont déjà été décrits au sein de l’espèce P. mirabilis. Dans ce contexte, ce projet de thèse se proposait d’approfondir notre connaissance de la situation épidémiologique de la diffusion de SGI1 et PGI1 chez P. mirabilis chez l’homme et l’animal en France, en ce qui concerne la diversité des isolats, mais aussi celles des variants de SGI1/PGI1. En parallèle, une autre volonté a été d’identifier d’autres facteurs et acteurs permettant l’acquisition de gènes de résistances d’intérêt au sein des Morganellaceae (β-Lactamases à Spectre Etendu, céphalosporinase AmpC, Plasmid-mediated Quinolone Resistance...). Au final, cette étude a permis en outre de révéler les premiers cas de SGI1 et PGI1 chez P. mirabilis chez l’animal en France. De nouveaux variants de SGI1 ont également été mis en évidence. Et pour la première fois, SGI1 a été décrit chez M. morganii, une autre espèce d’entérobactérieThe antibiotic resistance is a major treat for public health. These resistances can be hold by different element and genomic islands are one of them. Salmonella Genomic Island 1 (SGI1) and Proteus Genomic Island 1 (PGI1) are important genetic elements for the antibiotic resistance. A few SGI1 and PGI1 variants were already described in P. mirabilis. It is in this context that this thesis project aimed to improve our knowledge about the epidemiological spread of SGI1 and PGI1 in P. mirabilis in humans but also in animals in France (diversity of isolates and SGI1/PGI1 variants). Moreover, another wish was to identify other factors and actors for the acquisition of antibiotic resistance in the Morganellaceae tribe (Extended-Spectrum β-Lactamases, AmpC cephalosporinase, Plasmid-mediated Quinolone Resistance…). Finally, this study revealed the first cases of SGI1 and PGI1 in P. mirabilis in animals in France. New SGI1 variants were also described. And for the very first time, SGI1 was found in M. morganii, another entrobacterial species
4
Merzougui, Aziza. "Étude fonctionnelle de la protéine MRP2." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25917/25917.pdf.
Full text
5
Breuzard, Gilles. "Mise en évidence de l'intégration membranaire de la mitoxantrone à l'échelle de la cellule vivante par spectroscopie Raman SERS et transfert d'énergie de fluorescence." Reims, 2006. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000294.pdf.
Full textAbstract:
Dans un modèle cellulaire de résistance multiple, la nature de l'interaction médicament/membrane reste un paramètre encore mal décrit bien qu'important pour définir l'incorporation intracellulaire du xénobiotique. Les objectifs ont été de développer des méthodes spectroscopiques permettant une analyse de l'intégration de la mitoxantrone (MTX) dans un modèle de résistance cellulaire de type BCRP/MXR. D'une part, la spectroscopie SERS (Surface-Enhanced Raman Scattering) implique un colloïde d'argent extracellulaire permettant une exaltation Raman de molécules en situation membranaire. D'autre part, le transfert d'énergie d'une sonde membranaire fluorescente vers MTX permet de déterminer des paramètres d'intégration du médicament dans les deux feuillets de la membrane. Une exaltation SERS de MTX est observée lorsque le rayonnement laser est focalisé sur un grain de colloïde en contact avec la membrane de cellules traitées par le médicament. Ces résultats sont interprétés comme une intégration partielle de MTX sur la membrane plasmique. De plus, une intensité SERS de MTX trois fois plus importante est observée chez les cellules résistantes, ce qui est assimilée à une accessibilité plus importante de MTX par le colloïde. Par transfert d'énergie de fluorescence, une quantité équivalente de molécules de MTX intégrées dans la membrane entre les deux types cellulaires a été déterminée. En conclusion, la spectroscopie SERS et le transfert d'énergie de fluorescence permettent une analyse sélective de molécules anticancéreuses à l'échelle de la membrane plasmique. Des modifications de la structure membranaire pourraient être à l'origine des différences d'intégration de MTXThe nature of drug/membrane interaction remains in the multi-drug resistance an elusive parameter, though important to define the intracellular uptake of xenobiotic. The aims of this work were to develop different spectroscopic methods in order to analyse the insertion mode of mitoxantrone (MTX) in a resistant BCRP/MXR cell model. On the one hand, SERS spectroscopy (Surface-Enhanced Raman Scattering) implicating an extracellular silver colloid to enhance Raman scattering of molecules at the surface of the plasma membrane was used. On the other hand, energy transfer from a membrane fluorescent probe to MTX allowed to determine insertion parameters of MTX in the two leaflets of the membrane. Raman scattering of MTX was observed after focusing the laser on a colloid nanoparticle in contact with the membrane of MTX-treated cells. These results were interpreted as a partial insertion of MTX on the plasma membrane. Moreover, a three-fold SERS intensity increase of MTX was observed for resistant cells, which was explained by a higher xenobiotic accessibility to the colloid. The comparison of insertion time-course investigated by fluorescence energy transfer revealed a similar quantity of membrane-inserted MTX molecules between two cell lines. In conclusion, SERS spectroscopy and fluorescence energy transfer allowed to analyse selectively anticancer molecules at the level of the plasma membrane. Changes of the membrane structure could be at the origin of incorporation differences of MTX
6
Perrin, Laura. "Modulation du phénotype de multidrogues résistance de cellules leucémiques murines par une approche d'immunothérapie et de chimiothérapie adjuvante." Reims, 2007. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000683.pdf.
Full textAbstract:
L'@apparition de cellules tumorales résistantes aux agents anticancéreux demeure l'un des obstacles majeurs aux traitements chimiothérapeutiques des cancers. Parmi les mécanismes de résistance des cellules cancéreuses, la "multidrug resistance" (MDR) est sans nul doute le mieux connu. Ce phénotype MDR est en grande partie dû à la surexpression de la glycoprotéine , responsable de l’efflux de médicaments. Dans le but d’inhiber l’activité de cette glycoprotéine, nous avons développé, une stratégie d’immunothérapie anti-MDR. Des auto-anticorps spécifiques des boucles extracellulaires 1, 2 et 4 de la glycoprotéine P murine ont été induits chez la souris après immunisation avec des peptides synthétiques palmitoylés reconstitués dans des liposomes. Les animaux immunisés, ne présentent aucun symptôme d’auto-immunité 18 mois après l'immunisation, répondent mieux à la chimiothérapie à base de doxorubicine et de vinblastine, et ont une survie augmentée de 77%. In vitro, les sérums de souris immunisées sont capables de réduire la résistance à la chimiothérapie. Nous avons analysé par RT-PCR l’expression des gènes : mdr1 (ou mdr1a), mdr3 (ou mdr1b), tous deux actifs dans le transport d’agents anticancéreux, sur les cellules murines résistantes à la doxorubicine (B16 R, P388 R, L1210 R, LM(tk-) R) et dans les organes de souris immunisées. Les sérums de souris immunisées sont capables de réduire la résistance à la vinblastine et la doxorubicine en fonction de l'expression des gènes impliqués. Dans le souci de lutter contre la résistance aux agents anticancéreux, nous avons également développé une approche utilisant le trans-resvératrol sur des lignées cellulaires leucémiques (P388R, L1210R), fibroblastiques (LM(tk-)R) et démontré son pouvoir antiprolifératif et pro-apoptotique. Ces cellules cultivées en présence de doxorubicine avec des doses non toxiques de trans-resvératrol, retrouvent une sensibilité vis-à-vis de l’agent anticancéreux. De plus, nous avons constaté une accumulation de doxorubicine dans les cellules leucémiques ainsi qu’une modulation de l’expression du gène mdr1. Ces résultats montrent que ces deux approches pourraient être utiles dans une association aux traitements chimiothérapeutiques traditionnels pour lutter contre le mécanisme de résistance qui apparaît fréquemment dans le cancer@Among the mechanisms by which cancer cells evade chemotherapy, multidrug resistance (MDR) is certainly the best known. Overproduction of a transmembrane glycoprotein, called P-glycoprotein, was found to correlate with the development of resistance phenotypes to number of unrelated drug and acts as an efflux pump. The aim of this study was to inhibit glycoprotein P activity. We developed an immunotherapy strategy anti-MDR. Specific auto-antibodies to extracellular loops 1, 2 and 4 of murine P-glycoprotein were elicited in mice using palmitoylated synthetic peptides reconstituted in liposomes, with or without Lipid A, and resuspended in alum. The immune response against lipopeptides shows an increase of IgG anti-mpp2 at the third immunization Animals did not show any auto-immune symptoms or induced toxicity up to 18 months after the immunization, answer better of chemotherapy treatments with doxorubicin and vinblastine, an increase of 77% in the survival half time is observed. In vitro, immunized mice sera are able to decrease resistance to chemotherapy. In mice, three mdr isoforms expressed in some normal tissues are known. We analysed by RT-PCR the expression of mdr1, mdr2 and mdr3 in several organs of B6D2F1 mice after vaccination and murine cells. Culture of murine cell lines resistant to doxorubicin (B16R, P388R, L1210R, LM(tk-)R) in the presence of elicited antibodies led to decrease cellular resistance to Vinblastine and Doxorubicin according to mdr genes expression. To reverse the drug resistance, we used trans-resveratrol (trans-3, 4', 5-trihydroxystilbene), on leukemia cells (L1210R, P388R), fibroblastic cells LM(tk-)R. When cells are treated with doxorubicin and sublethal concentrations of trans-resveratrol, the cells became sensitive to doxorubicin. We reported here that trans-resveratrol induced doxorubicin accumulation in leukemic cells as well as modulation of mdr1 gene expression. These data suggest that both, immunotherapy and trans-resveratrol have a strong potential to be used in combination with conventional chemotherapeutic drugs to reverse MDR in cancer cells
7
Lingoupou-Minime, Fanny. "Diagnostic moléculaire de la tuberculose et caractéristiques des souches mycobacterium tuberculosis multi-résistantes aux antibiotiques à Bangui (République Centrafricaine)." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077068.
Full textAbstract:
La tuberculose humaine demeure un problème majeur de santé publique. L'un des aspects les plus alarmants concernant la tuberculose, est l'émergence et la dissémination de souches M. Tuberculosis résistantes aux médicaments, en particulier les souches multi-résistantes (MDR) qui sont de graves menaces pour la lutte contre la tuberculose. La détection précoce de la résistance aux médicaments de M. Tuberculosis dans les isolats cliniques est essentielle pour un traitement approprié afin d'éviter la propagation des souches résistantes. La première partie de ce travail a comparé des tests moléculaires pour la détection de la résistance à la rifampicine (RIF) et à l'isoniazide (INH) par rapport au test conventionnel de sensibilité aux médicaments et le séquençage. Le test Génotype MTBDRplus semble être un outil fiable pour la détection d'INH et de RIF résistance dans des souches. En outre, ce travail a également confirmé que le spoligotype T2 est commun parmi les isolats MDR circulant en République Centrafricaine (RCA). Dans la deuxième partie, nous avons montré que contrairement à la souche de référence (H37Rv), les souches T2 induisent une réponse inflammatoire moins importante et nous avons observé que ces souches semblent toutes provenir d'un ancêtre commun. Enfin, nous avons évalué l'aspiration à l'aiguille fine (FNA) dans le diagnostic des adénopathies tuberculeuses chez les enfants. Cet outil a permis la détection de 67,2% des cas de tuberculose. Il s'agit d'une technique simple et non invasive capable de fournir des échantillons pour la confirmation bactériologique ou moléculaire de la tuberculoseHuman tuberculosis remains a major public health problem. One of the most alarming trends concerning tuberculosis is the emergence and spread of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis, especially multidrug-resistant (MDR) strains, which are serious threats to the control of tuberculosis. Early detection of M. Tuberculosis drug resistance in clinical isolates is crucial for appropriate treatment to prevent the development of further résistance and the spread of resistant strains. The first part of our study compare molecular tests for the detection of rifampin (RIF) and isoniazid (INH) resistant strains to conventional drug susceptibility testing (DST) and sequencing. Génotype MTBDRplus testing seems to be reliable tool for the detection of INH and RIF résistance in various strains. In addition, our work has also confirmed that T2 spoligotype is common among MDR isolates circulating in Central African Republic (CAR). Second, we studied the innate immune response by infecting in vitro human macrophages with T2 and other M. Tuberculosis strains. Our results show that, compared to reference strains (H37Rv), T2 strains induce a less inflammatory response. Sequencing identified SNPs carried by ail T2 strains suggesting a phylogenetic link. These preliminary results give an important information on chacteristics and pathogenicity of MDR strains in CAR. Finally, we assessed Fine-needle aspiration (FNA) in the diagnosis of tuberculous adenopathy in children. FNA allowed detection of 67. 2»% of TB cases. This tool is simple, cost-effective and non-invasive that provides samples that could be used for bacteriological or molecular confirmation of TB
8
Bonnin, Rémy. "Mécanismes émergents de résistances aux antibiotiques dans le genre Acinetobacter." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077072.
Full textAbstract:
Le genre Acimtobacter groupe des bacilles à coloration de Gram négatif, aérobie strict et oxydase négatif responsable principalement d'infections nosocomiales sévères chez des patients immunodéprimés. La récente émergence d'acquisition de résistances aux antibiotiques notamment aux p-lactamines au sein de ce genre complique énormément la gestion des infections qui lui sont liées. Ce travail a, tout d'abord, abordé la caractérisation structurale et fonctionnelle des îlots de résistance génomiques de type AbaR chez A. Baumannii. Une structure conservée de type transposon de classe II de ces îlots de type AbaR dont un module de transposition complexe a été mise en évidence. Cette partie du travail a permis une meilleure compréhension de la genèse de cette structure génétique. L'analyse des mécanismes de résistances émergents aux ß-lactamines chez A. Baumannii a permis d'identifier les propriétés biochimiques de même que les mécanismes génétiques d'acquisition de la première p-lactamase à spectre étendue de type GES (GES-14) hydrolysant de toutes les ß-lactamines. L'étude de son environnement génétique a mis en évidence que les gènes blaNDM ₋₁/₋₂ sont mobilisé par une structure de type transposon (Tn125). Ce transposon de 10,099 pb est encadré par deux copies de la séquence d'insertion lSAba125. Afin de déterminer si l'émergence de ces gènes chez A. Baumannii était la conséquence de la diffusion d'un clone, d'un plasmide ou d'une structure génétique, nous avons étudié une collection de souches possédant le gène blaNDM ₋₁/₋₂ d'origine géographique variée. Dans le cadre de la recherche de progéniteur de p-lactamase, quatre nouvelles carbapénèmases de classe D intrinsèque aux espèces Acinetobacter calcoaceticus, Acinetohacter haemolyticus, Acinetobacter johnsonii et Acinetobacter bereziniae. De manière générale, ce travail contribue à préciser les mécanismes d'acquisition de la résistance aux antibiotiques chez un pathogène humain d'importance grandissanteThe genus Acinetobacter corresponds to Gram-negative aerobes responsible for severe nosocomial infections in immunocompromised patient. The recent emergence of acquisition of antibiotic résistance in this species greatly complicates the management of infections associated with it. The objectives of our work have included on the one hand in a study of structural and functional of AbaR-type genomic islands in A. Baumannii. A conserved structure of AbaR-type genomic islands has been demonstrated including a complex transposition module. On the other hand, our job consisted in to analyze the emerging mechanisms of résistance to ß-lactams in A. Baumannii. In this context, we determined the biochemical properties and mechanisms of acquisition of a extended-spectrum P-lactamase (ESBL) GES-14 with carbapenemase properties showing hydrolysis of all ß-lactam antibiotics and a peculiar genetic environment leading to resistance to carbapenems. This was the first report of a p-lactamase able to hydrolyze significantly all- ß-lactams. The dissemination of the worrisome NDM-type gene in A. Baumannii has been evidenced. This transposon of 10,099 bp in size was bracketed by two copies of lSAba125. In order to determine if the emergence of the blaNDM ₋₁/₋₂ genes was linked to a clone, a plasmid or a genetic structure, a collection of NDM-producing A. Baumannii from wolrdwide origin was studied. Four new class D carbapenemases intrinsic to Acinetobacter calcoaceticus, Acinetobacter haemolytiens, Acinetobacter johnsonii and Acinetobacter bereziniae were characterized. In the latest species, a carbapenem-resistant isolate was identified. The résistance to carbapenems was mediated by mutations in promoter sequences leading to overexpression. This finding was verified by qRT-PCR. Overall, this work helps to clarify the mechanisms of acquisition of antibiotic resistances in a increasingly important pathogen
9
Roblin-Pawlak, Corinne. "La mise au point d'un vaccin thérapeutique ciblé contre la P-glycoprotéine : effets sur le phénotype de la résistance multidrogue." Reims, 2002. http://www.theses.fr/2002REIMP205.
Full textAbstract:
L'apparition d'une résistance aux agents anticancéreux est toujours redoutée en clinique, en particulier chez les patients atteints d'une tumeur solide disséminée. Plusieurs mécanismes sont mis en cause, un des plus importants paraît être celui qui est sous la dépendance d'une glycoprotéine membranaire (P-gp) agissant vis-à-vis de nombreux anticancéreux comme une pompe à efflux ATP-dépendante, non spécifique. Les principales approches explorées à ce jour pour circonvenir cette résistance ont surtout porté sur la mise au point d'inhibiteurs compétitifs ou non de la P-gp. Malgré le grand nombre de molécules synthétisées, très peu sont arrivées au stade d'essais cliniques et les résultats peuvent être encore considérés comme préliminaires. Par ailleurs, il a été démontré in vitro que les anticorps dirigés contre la P-gp pouvaient diminuer la résistance des cellules à la chimiothérapie. Nos travaux démontrent qu'il est possible dans certaines conditions d'induire la formation d'auto-anticorps dirigés contre la P-gp murine. Des épitopes correspondant aux boucles extracellulaires 1, 2 et 4 de la P-gp obtenus par synthèse peptidique et incorporés dans des liposomes ont été injectés chez la souris B6D2F1 permettant d'obtenir des réponses immunitaires. Ces anticorps ont démontré une spécificité aux épitopes extracellulaires de la P-gp et une activité inhibitrice de la pompe à efflux. Par ailleurs, cette préparation vaccinale associée à une chimiothérapie améliore la survie des souris ayant reçu des cellules cancéreuses P388 résistantes à la doxorubicine. Ce projet concernant le développement d'une stratégie de lutte contre la multidrogue résistance nous donne des résultats encourageants. Les retombées dans le domaine du cancer vont nous permettre : -d'optimiser la réponse immunitaire spécifique anti P-gp chez la souris et compte tenu de la similarité de structure de la P-gp murine et humaine, -de pouvoir envisager un développement de stratégie vaccinale applicable à l'homme@Resistance of tumor cells to cytotoxic drugs is a major impediment to cancer chemotherapy. Multidrug resistance in human cells determined by the mdr1 gene encoding a membrane glycoprotein called P-glycoprotein found to correlate with the development of resistance phenotypes to a number of drugd (anthracyclines, epipodophyllotoxins, vinca alkaloids, actinomycin D, taxoid derivatives). Complete primary structure of human P-gycoprotein has been determined from the cDNA sequence. The protein 1280 amino acids long consists of two homologous halves, each comprising six putative transmembrane domains, and one nucleotide binding site which acts as an efflux pump on compounds which have neither common chemical structure nor common mechanism of pharmacological action. The murine mdr1 cDNA encodes a 1276 amino acids protein with a structure similar to its human homologue and sequences are 80% homologous with the strongest homology occurring in the intracytoplasmic part of the protien, whereas extracellular sequences differ significantly. Specific auto antibodies to extracellular loops 1, 2 and 4 of murine mdr1 P-gp were elicited in mice using palmitoylated synthetic peptides reconstituted in liposomes. The immune response against lipopeptides shows an increase of IgG anti-mpp1, anti-mpp2 and anti-mpp4 at the third immuzation. Following i. P inoculation of monocytic P388 resistant cells and chemotherapy, in vivo a 77% increase of the survival time in the immunized group (mean time survival of 39 days / 22 days in control group) was observed. Culture of resistant cell lines in the presence of elicited antibodies led to decrease cellular resistance to vinblastin and doxorubicin in monocytic P388R cells (expressing mdr1) and leukemic L1210R cells (expressing mdr1 and mdr3) but not in fibroblastic LM(tk-)R cells and in melanocytic B16R cells. This “vaccine” approach might have potentiel clinical application in resistance typically due to mdr1 expression
10
Mercier, Claire. "Expression cérébrale et régulation de quatre transporteurs ABC impliqués dans les mécanismes de multirésistance médicamenteuse, P-gp, Mrp1, Mrp5 et Mxr, chez les rongeurs : le modèle astrocytaire." Paris 5, 2003. http://www.theses.fr/2003PA05P634.
Full textAbstract:
Le cerveau est isolé du reste de l'organisme par des barrières cellulaires. Ces barrières, qui permettent le maintien de l'homéostasie cérébrale, expriment de nombreux transporteurs dont ceux de la superfamille des protéines ABC impliquées dans les phénotypes de multirésistance médicamenteuse. Nous avons étudié l'expression et la régulation de quatre transporteurs ABC (P-gp, Mrp1, Mrp5 et Mxr) dans le cerveau de rongeur. Par immunohistochimie, nous avons mis en évidence la P-gp, la Mrp1 et la Mrp5 sur différents types cellulaires cérébraux tels que les astrocytes. Dans les cultures primaires d'astrocytes de rat, nous avons mis en évidence une induction temps et concentration dépendants de la P-gp par la doxorubicine mais pas de la Mrp1 ni de la Mrp5. Par RT-PCR, nous avons mis en évidence un enrichissement des capillaires cérébraux en ARNm Abcg2 ainsi qu'une augmentation des ARNm Abcg2 chez les souris mdr1a(-/-)Cellular barriers separate the brain from the rest of the body and preserve hydro-ionic balance and volume. These barriers express many transporters including ABC protein implicated in multidrug resistance. We have studied the expression and regulation of four ABC transporters (P-gp, Mrp1, Mrp5 and Mxr) in rodent brain. By immunohistochemistry, we showed the presence of P-gp, Mrp1 and Mrp5 on different cell types including astrocytes. In rat astrocyte primary cultures, we showed an up-regulation, time and concentration dependant, of P-gp by doxorubicine but not Mrp1 and Mrp5. By RT-PCR, we showed an Abcg2 mRNA enrichment of brain capillaries and an up-regulation of Abcg2 mRNA in mdr1a(-/-) mice
11
Cartot, Sylvaine. "Etude "in vitro" de la vectorisation de la doxorubicine, par différents types de nanoparticules, pour combattre la multirésistance aux anticancéreux." Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05P247.
Full text
12
Abouzeed, Yousef. "Etude du rôle des opérons mar, sox, ram dans la multirésistance aux antibiotiques chez Salmonella enterica sérovar typhimurium." Thesis, Tours, 2008. http://www.theses.fr/2008TOUR4042/document.
Full textAbstract:
Les salmonelles non-typhoïdes sont responsables de la majorité des toxi-infections alimentaires collectives en Europe. Elles sont le plus souvent dues à la consommation de produits alimentaires d'origine animale. L'antibiothérapie est réservée aux patients fragilisés (enfants, personnes âgées ou immunodéprimés). Les fluoroquinolones sont les molécules de choix dans les cas d'infection causés par des souches résistantes à plusieurs familles d'antibiotiques. C'est particulièrement le cas des souches du sérovar Typhimurium de lysotypes DT104 et DT204 multirésistantes. L'émergence de souches résistantes aux fluoroquinolones pose un problème thérapeutique majeur en médecine humaine et vétérinaire. Les principaux mécanismes mise en oeuvre pour résister aux antibiotiques sont l'expulsion de l'antibiotique hors de la cellule par efflux actif et la modification des enzymes cibles des fluoroquinolones (la gyrase et la topoisomérase IV). Le système d'efflux AcrAB-TolC est un mécanisme essentiel dans la multirésistance aux antibiotiques chez E. Coli. Les gène acrAB font effectivement partie d'un ensemble de gènes régulés par les opérons mar, sox et rob. La surexpression de ce système entraine une augmentation importante du niveau de résistance à plusieurs familles d'antibiotiques. Ceci se produit suite à l'apparition de mutatoins dans les régulateur globaux mar et sox, ainsi que dans le régulateur local acrR de ce système. Par homologie avec ce qui se passe chez E. Coli, les opérons mar et sox pourraient controler l'expression de la pompe AcrAB-TolC chez S.Typhimurium DT104. On a pu mettre en évidence que l'inactivation de marRA ou soxRS n'a aucun effet dans le phénotype de résistance de S.Typhimurium DT104, suggérant que ces régions ne participent pas dans l'acquisition d'un phénotype de résistance, ou encore dans la régulation su système AcrAB-TolCNontyphoidal salmonellae are accountable for :most foodborne infections in Europe and other developped countries. Infection with salmonella is often associated with consumption of foods of animal origin. Antibiotic treatment is not requiered for salmonella gastroenteritis but is essential for patients at high risk of extra-intestinal disease. For many years chloramphenicol, ampicillin, strepromycin, sulfonamides and tetracycline were drugs of choice. The emergence of Salmonella gastroenteritis resistant to these antibiotics has limited theirs therapeutics value. Althouth, fluoroquinolones have proven effective alternatives to treat multidrug resistant straint particularly S.Typhimurium DT104 et 204, résistance to these agents has also emerged. This has been a serious problem both in human and veterinary medicine. In salmonella, fluoroquinolones resistance has been attributed to mutations in the genes coding for gyrase, and topoisomerase IV and also to active efflux pumps. The efflux pump AcrAB is known to play a major role in multidrug rresistance. In E.Coli, acrAB expression is regulated at the lowest level by the local repressor AcrR and at a more glogal level it is regulated by stress conditions and by global regulators like MarA, SoxS or Rob. Overexpression pump AcrAB can confer resistance to wide range of antimicrobial agents and organic solvents which occurs as a result of mutations in one of the genes coding for the regulators. In contrast to E. Coli, mutations in the regulotry regions were not found in multidrug resistant S.Typhimurium overexpressing acrAB genes. Overexpression of ramA also confers multidrug resistance through the activation of acrAB expression in Salmonella entrica. Nonetheless, little knowledge is available with regard to the involvement of mar, sox and ram regions in multidrug and fluoroquinolones resistance in Salmonella entrica
13
Biskri, Latéfa. "Caractérisation des super-intégrons et étude de la recombinaison spécifique de site de leurs intégrases." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077253.
Full textAbstract:
Les integrons sont des systemes naturels de clonage et d'expression qui incorporent des cassettes de genes de resistance aux antibiotiques, sous le controle d'une integrase, pour les convertir en genes fonctionnels. Un second type d'integrons, les super-integrons, a ete recemment decouvert dans les genomes de plusieurs genres de proteobacterie. Nous avons demontre, dans notre etude, que ces integrons sont des structures aussi anciennes que les especes qui les hebergent et confirme l'hypothese qu'ils co-evoluent avec leurs hotes. La presence de cassettes appartenant au systeme psk dans toutes les especes de vibrio caracterisees serait l'un ou le facteur responsable de la stabilite des rangees des cassettes des super-integrons en apparente absence de pressions de selection. Les sites attc des super-integrons, contrairement aux sites attc des integrons multiresistants, sont tres conserves. De plus, ils ne semblent pas avoir les memes caracteristiques que les sites attc des integrons multiresistants. Au cours de notre etude des sites attc, nous avons demontre que la cassette (ere(a)pip1100) qui possede son propre promoteur etait portee par un nouvel integron de classe 2 qui n'a jamais ete decrit dans la litterature auparavant. L'etude de la recombinaison du site attc de la cassette ere(a)pip1100 par inti1 montre que ce site est actif malgre sa courte taille. Inti1 (l'integrase des integrons multiresistants de classe 1) et vchintia (l'emtegrase des super-integron de v. Cholerae) agissent de faÇon sensiblement differente. En effet, vchintia, contrairement a int11, tolere beaucoup moins la variation dans les sequences des sites attc pour son activite de deletionIntegrons are genetic elements composed of a gene encoding an integrase, gene cassettes and an integration site for the gene cassettes (att). The integrase excises and integrates the gene cassettes from and into the integron. Two groups of integrons are known: resistance integrons and super-integrons. The super integrons are found in all caracterized genomes of proteobacteriacea and are located on their chromosomes. In this work, we show that in the absence of selection pressure, the maintain of cassette stability inside the characterized vibrio species super-integron is due to the presence of psk systems. Super-integron attc sites are much conserved compared to the class i integrons attc sites. Also the both integrases (class one intergon integrase, inti1; and vibrio cholerae integrase, vchinti) acts differently. In fact inti1 recognized variable attc sites for its deletion activity opposite to vchint. Finally, we show that the (ere(a)pip1100 ) gene cassette carries its own promoter and is propagated by a class 2 integron. The inti1 can mediate the integration of the erea attc site despite its short sequence
14
Coyne, Sébastien. "Génétique de la multi-résistance aux antibiotiques chez Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077025.
Full textAbstract:
Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa sont des bactéries nosocomiales majeures ayant une grande capacité à développer des multi-résistances aux antibiotiques. Nous avons mis au point une puce permettant à la fois de quantifier l'expression des gènes d'efflux et de détecter des gènes de résistance acquis chez A. Baumannii. L'étude de mutants spontanés a montré : (i) la surexpression de AdeABC dans un mutant, probablement due à une nouvelle mutation dans AdeS, le senseur d'un système de régulation à deux composantes ; (ii) la surexpression de AdelJK dans plusieurs mutants, suggérant que cette pompe peut participer à l'acquisition de résistances ; (iii) la surexpression dans deux mutants d'une nouvelle pompe RND, AdeFGH, conférant une multi-résistance et due à des mutations dans adeL, le gène d'un régulateur transcriptionnel de type LysR. L'étude de l'environnement génétique de Vant(4')-IIb dans sept isolats cliniques de P. Aeruginosa a permis de caractériser Tn6061, un élément de 26,5 kb conférant la résistance à six classes d'antibiotiques. La présence de Yant(4')-IIb dans toutes les souches sauf une implique la mobilisation du gène par une ISCR6. La localisation chromosomique de Tn6061 dans six souches et plasmidique dans une septième suggère son transfert horizontal. De plus, la duplication-insertion &IS6100, présente en partie terminale de Tn6061, est responsable de larges inversions du chromosome. Ce travail démontre que la multi-résistance chez A. Baumannii et P. Aeruginosa peut être le résultat d'un événement génétique unique, une mutation à l'origine d'une surexpression d'un système d'efflux ou l'acquisiton d'un élément portant des gènes de résistanceAcinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa are two major nosocomial pathogens with a high propensity to develop resistance to antibiotics. We have designed a microarray that allows to both quantify the expression of efflux Systems and detect acquired résistance genes in A. Baumannii. Study of spontaneous mutants showed (i) overexpression of the AdeABC efflux System in one mutant, likely due to a new mutation in AdeS, the sensor of a two-component regulatory System ; (ii) overexpression of AdelJK in several mutants suggesting that this pump can contribute to acquired résistance ; (iii) overexpression of a new RND pump, AdeFGH, in two mutants, conferring multidrug résistance and likely due to due to mutations in adeL encoding a LysR-type transcriptional regulator. Study of the genetic environment of the ant(4')-IIb gene in P. Aeruginosa clinical isolates led to the characterization of Tn6061, a 26. 5-kb element conferring résistance to six unrelated drug classes. Ant(4')-Hb was present and flanked by directly repeated copies of ISCR6 in ail but one of the strains studied, consistent with ISCR6-mediated gene acquisition. Tn6061 was chromosomally located in six strains and plasmid-borne in the remaining isolate, suggesting horizontal acquisition. Furthermore, an IS6100 element, that ended Tn6061, was found to be responsible for large chromosomal inversions by duplication-insertion. This work indicates that multidrug resistance in A. Baumannii and P. Aeruginosa can result from one-step genetic events, either mutations leading to overexpression of an efflux System or acquisition of foreign elements carrying resistance determinants
15
Palakas, Somchit. "Etudes fonctionnelles dans son environnement membranaire natif d'un transporteur multispécifique, la "Multidrug Resistance-associated Protein 1" (MRP1, ABCC1) : application à la recherche de radiopharmaceutiques potentiels." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR3309.
Full textAbstract:
La MRP1 (ABCC1) est un transporteur membranaire qui contribue à la détoxication cellulaire, aux processus d'absorption/distribution/élimination de médicaments et confère, dans certaines cellules tumorales, le phénotype de résistance multiple aux anticancéreux (MDR). Dans le cadre d'une recherche de radiopharmaceutiques pour imager in vivo, par exploration scintigraphique, le phénotype MDR, nous avons analysé les perturbations des fonctions ATPasique et de transport de MRP1 dans des microsomes préparés à partir de cellules pulmonaires tumorales humaines (GLC4/Adr). Nous avons caractérisé le transport de [3H]LTC4, de [3H]E217G et de [3H]GSH par MRP1 ainsi que son activité ATPasique qui est stimulée par ces substrats de transport. Ces deux sondes fonctionnelles sont inhibées en présence de QCRL-3, un anticorps monoclonal spécifique de MRP1. Nous avons démontré que l'apigénine et ses cinq dérivés halogénés nouvellement synthétisés interagissent avec MRP1 uniquement en présence de GSHMRP1 (ABCC1) is a multispecific membrane transporter who plays an important role in cellular detoxification and absorption/distribution/elimination processes of drugs, and confers to certain cancer cells, the multidrug resistance phenotype (MDR) to anticancer agents. In search of radiopharmaceuticals for in vivo imaging of MDR phenotype by scintigraphic exploration, perturbation of MRP1 ATPase and transport functions have been investigated using microsomes issued from human small cell lung cancer cells (GLC4/Adr). Transport of [3H]LTC4, [ 3H]E217βG and [3H]GSH by MRP1 as well as its ATPase activity stimulated by its transported substrates have been characterized. Both functional probes are inhibited in the presence of QCRL-3, a specific monoclonal antibody of MRP1. Furthermore, we have demonstrated that apigenine and its five newly synthesized halogenated derivatives interact with MRP1 only in the presence of GSH
16
Duran, Cordobes Muriel. "Etude de la captation de l'héxamibi sur un panel de lignées cellulaires humaines de sein et corrélation avec l'expression de la multirésistance aux molécules chimiothérapiques." Paris 5, 1994. http://www.theses.fr/1994PA05P167.
Full text
17
Fardeau, Vivienne. "Caractérisation du rôle de PDR1 dans la réponse précoce au stress chimique chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077199.
Full textAbstract:
La résistance multiple aux drogues est un phénomène qui se caractérise par des changements de la membrane plasmique permettant une expulsion des drogues hors de la cellule. L'état constitutif de résistance multiple aux drogues a été caractérisé : les transporteurs membranaires ainsi que les facteurs de transcription régulant l'expression de ces protéines sont maintenant connus, permettant de reconstituer un réseau de régulation complexe et redondant. Toutefois, la dynamique de ce réseau, dans des conditions physiologiques, était mal connue. Afin de comprendre comment la cellule met en place des mécanismes de défense en réponse à un stress chimique, la réponse du transcriptome a été analysée par puce à ADN après différents temps d'incubation en présence de fluphéna/ine, un inhibiteur de la calmoduline. Ces résultats, comparés à ceux obtenus pour un antimitotique, le bénomyl ont permis de caractériser la réponse commune à différentes drogues, nommée « early PDR ». Il a été montré que Pdrlp est indispensable à la mise en place de cette réponse. Des expériences d'immunoprécipitation de chromatine sur puces à ADN on11 indiqué que ce facteur est fixé de façon constitutive sur ses promoteurs cibles. Pdr1p joue donc à la fois un rôle dans l'induction basale et dans l'activation de ses gènes cibles. Par ailleurs, l'étude de la réponse au sélénite, un métalloïde a fort pouvoir oxydant, a permis de mettre en évidence la régulation transcriptionnelle du gène PDR1 par Rpn4p, un facteur de transcription impliqué dans la régulation du protéasome. Dans ce contexte physiologique, Pdr1p a pour fonction de seconder Yap1p dans la mise en place de la réponse au stress oxydantThe widespread pleiotropic drug resistance phenomenon is well described as the long term selection of genetic variants expressing constitutively high levels of membrane transporters involved in drug efflux. However, the transcriptional cascades leading to the PDR phenotype in wild-type cells are largely unknown and the first steps of this phenomenon are poorly understood. We investigated the transcriptional mechanisms underlying the establishment of an efficient PDR response in yeast. We show that, within a few minutes of drug sensing, yeast elicits an effective PDR response. This early -PDR response is highly dependent on the Pdr1p transcription factor, which is also one of the major genetic determinants of long-term PDR acquisition. The activity of Pdrlp in early drug response is. Not drug-specific, as two chemically unrelated drugs, benomyl and fluphenazine, elicit identical, Pdr1p-dependent, ePDR patterns. Moreover, Pdr1p is an original stress response factor since its DNA-binding properties do not depend on the presence of drugs. Thus, Pdr1p is a promoter-resident regulator involved in both basal expression and rapid drug-dependent induction of PDR genes. While studying the effect of the selenite on yeast transcriptome, we demonstrated that PDR1, which was believed to be constitutively expressed in yeast cells, was also induced by selenite and this effect appeared to be dependent on Rpn4p, the proteasome transcriptional activator. Additionally, it has also been shown that Pdr 1p plays a role in the establishment of the complete response to oxidative stress mediated by Yap1p
18
Buffet-Bataillon, Sylvie. "Relation épidémiologique et génétique entre la résistance aux antibiotiques et des concentrations minimales inhibitrices élevées d'Escherichia coli isolés de bactériémies vis-à-vis d'ammoniums quaternaires." Rennes 1, 2011. http://www.theses.fr/2011REN1B085.
Full textAbstract:
Les ammoniums quaternaires (AQs) sont utilisés comme conservateur, rentrant dans la composition des produits cosmétiques et pharmaceutiques. Ils sont également largement utilisés comme détergents-désinfectants. L’utilisation croissante des AQs pourrait être un des facteurs responsable de l’émergence de la multirésistance de souches bactériennes cliniques. Une étude prospective a été ainsi menée chez 153 patients atteints de bactériémies à Escherichia coli au CHU de Rennes. Cette étude a montré un lien épidémiologique entre des valeurs elevés de concentrations minimales inhibitrices (CMI) d’E. Coli aux AQs et la résistance aux antibiotiques (ATB). Secondairement, les mécanismes de co-résistance ont été étudié montrant l’implication cumulée des intégrons de classe 1, de la pompe d’efflux AcrAB-TolC et du régulon mar chez des souches d’E. Coli à la fois résistantes aux ATB et présentant des CMI élevées aux AQs. Une revue a enfin rapporté le rôle des AQs dans l’acquisition de la résistance aux antibiotiques. Il apparait important que ce mécanisme puisse être mis en évidence par les laboratoires de microbiologieQuaternary ammonium compounds (QACs) are used as a preservative in the composition of cosmetics and pharmaceuticals products. They are also widely used as detergents, disinfectants. The increasing use of AQs may be one factor responsible for the emergence of multidrug resistance in clinical bacterial strains. A prospective study was conducted in 153 patients with Escherichia coli bacteremia at the University Hospital of Rennes. This study showed an epidemiological link between high values of minimum inhibitory concentrations (MIC) of QACs in E. Coli and resistance to antibiotics (ATB). Secondarily, the mechanisms of co-resistance has been studied showing the involvement of the Class 1 integrons, the AcrAB multi-drug efflux pump and mar regulon in E. Coli strains resistant to ATB and with high MICs of QACs. A review finally reported the role of QACs in the acquisition of antibiotic resistance. It appears important that this mechanism can be identified by microbiology laboratories
19
Mahamat, Aba. "Utilisation des modèles des séries temporelles dans la surveillance des infections hospitalières et dans l'évaluation des interventions en hygiène." Montpellier 1, 2008. http://www.theses.fr/2008MON1T018.
Full textAbstract:
L'émergence puis la dissémination rapide des infections hospitalières à bactéries multirésistantes aux antibiotiques nécessite la mise en place des systèmes de surveillance à travers des bases des données informatisées. Cette thèse propose un système de surveillance basé sur la modélisation des séries temporelles. Les modèles ARIMA (AutoRegressive Integrated Moving Average) ou modèles de Box et Jenkins et les modèles de régression dynamique de Pankratz sont utilisés pour estimer les taux de bactéries multirésistantes avec leur intervalle de confiance, puis d'en faire des prédictions. Ce système est sensible pour la détection des phénomènes épidémiques et a été appliqué avec les données d'un centre hospitalier. Cette thèse propose également une évaluation des interventions par des essais quasi-expérimentaux. Ce sont des essais comparatifs mais non randomisés et dont l'objectif est d'évaluer et de comparer des interventions entre plusieurs hôpitaux ou unités de soins. L'Interrupted Time Series est la méthode quasi-expérimentale choisie. Elle est considérée comme l'une des plus puissantes méthodes quasi-expérimentales d'analyse des données longitudinales. A cet effet, elle surajoute à un modèle de régression dynamique avec fonction de transfert linéaire, une analyse de régression segmentée. La régression segmentée évalue comment l'effet d'une intervention sur une variable dépendante va se manifester immédiatement ou décalée dans le temps et comment cet effet va se dissiper dans le temps. A titre d'exemple, elle a été appliquée pour évaluer l'impact de l'introduction des nouvelles mesures d'hygiène entre deux hôpitaux en proie à une épidémie des staphylocoques dorés multirésistants.
20
Bakkali, Nawal. "Mécanismes moléculaires de résistance au sulfaméthoxazole chez Tropheryma whipplei, l'agent de la maladie de Whipple." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20718.
Full textAbstract:
Les bactéries intracellulaires strictes, de par leur localisation, sont difficiles à neutraliser par les antibiotiques. Dans une première partie nous présentons une revue exhaustive des mécanismes moléculaires associés à la résistance aux antibiotiques et des tentatives de manipulation génétique chez les bactéries intracellulaires. Notre travail de recherche s’est intéressé à l’une d’entre elles: Tropheryma whipplei, l’agent de la maladie de Whipple. Durant le traitement de cette maladie, la combinaison sulfaméthoxazole/triméthoprime est administrée. Un travail récent au laboratoire a démontré l’inefficacité in vitro du triméthoprime du fait de l’absence du gène cible folA dans le génome bactérien. Des cas d’échecs thérapeutiques à ce traitement ainsi que des rechutes ont été également rapportés dans la littérature suggérant la possibilité d’acquisition de résistance au sulfaméthoxazole au cours du traitement. Le 1er objectif de notre travail a été d’étudier le mécanisme moléculaire de la résistance au sulfaméthoxazole chez T. Whipplei. La séquence du gène folP codant pour la cible du sulfaméthoxazole : la dihydropteroate synthase (DHPS) a été obtenue à partir d’isolats cliniques de T. Whipplei et également à partir de prélèvements positifs en PCR d’un patient en échec thérapeutique avant et après le début de son traitement. Les séquences obtenues chez ce patient ont mis en évidence plusieurs mutations par rapport aux séquences obtenues à partir des isolats cliniques de T. Whipplei. L’analyse de ce gène a révélé que chez T. Whipplei folP fait partie d’un gène codant pour une enzyme trifonctionnelle dans laquelle DHPS est combinée avec les 2 enzymes qui la précèdent dans la voie classique de biosynthèse des folates. La complémentation d’une souche d’Escherichia coli knock-out pour le gène folP, par la séquence mutée de folP associée à l’échec thérapeutique a non seulement restauré la fonction de DHPS et par conséquent la voie de biosynthèse des folates mais a aussi induit une résistance au sulfaméthoxazole par rapport à la séquence sauvage. Nous avons ainsi démontré pour la première fois que la séquence mutée de ce gène se traduisant par une séquence protéique différente induisait une résistance in vitro au sulfaméthoxazole et pouvait expliquer les échecs et rechutes observés au cours du traitement de cette maladie. La deuxième partie de cette thèse a porté sur l’évaluation de la sensibilité de T. Whipplei in vitro à un autre sulfamide: la sulfadiazine. Au vu des résultats obtenus et des propriétés pharmacologiques de ce composé, nous proposons son utilisation comme traitement de la maladie de Whipple en alternative à la combinaison de sulfaméthoxazole et de triméthoprime dans les formes neurologiques en association avec la doxycycline et l’hydroxychloroquineObligate intracellular bacteria, by their intracellular location, are difficult to neutralize by antibiotics. In a first part, we present a review of molecular mechanisms of resistance to antibiotics and attempts at genetic manipulation of intracellular bacteria. Our work has focused on one of them: Tropheryma whipplei, the agent of Whipple's disease. The recommended empirical treatment for this disease involves the simultaneous administration of sulfamethoxazole and trimethoprim (cotrimoxazole). A recent work in our laboratory has demonstrated the ineffectiveness of trimethoprim in vitro because of the absence of its target gene, folA coding for DHFR in the genome of the bacterium. Cases of treatment failures with this treatment and relapses were also reported in the literature suggesting the possibility of acquiring resistance to sulfamethoxazole during treatment. The 1st objective of this thesis was to study the molecular mechanism of antibiotic resistance of T. Whipplei to sulfamethoxazole. The sequence of folP the encoding gene of sulfamethoxazole’s target: the dihydropteroate synthase (DHPS) was obtained from clinical isolates of T. Whipplei and also from positive samples from a patient with treatment failure before and after starting treatment. The sequences obtained from this patient showed several mutations compared to sequences obtained from other strains of T. Whipplei. Gene analysis showed that folP was identified among genes encoding a unique trifunctional enzyme in which DHPS is combined with the 2 preceding enzymes of the folate biosynthesis pathway. Sequencing showed multiple mutations in folP gene in the patient case. Complementation of an Escherichia coli strain knockout for folP with sequence associated with treatment failure has not only restored the folate biosynthesis pathway but also induced resistance to sulfamethoxazole compared with the wild sequence. We also demonstrated for the first time that the mutated sequence of this gene has led to a different protein sequence and induced resistance in vitro to sulfamethoxazole and could explain the failures and relapses observed during the treatment of this disease. The second part of this thesis has focused on assessing the susceptibility of T. Whipplei in vitro to another sulfonamide: the sulfadiazine. Given the results obtained and the pharmacological properties of this compound, we propose its use as an alternative to the cotrimoxazole in combination with doxycycline and hydroxychloroquine in neurological involvement
21
Eddabra, Lahcen. "Expression et fonctions de protéines impliquées dans la résistance et la sensibilté aux agents anticancéreux : nouveaux substrats des protéines ABC et nouvelles cibles de l'imatinib dans la myéloïde chronique." Reims, 2007. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000707.pdf.
Full textAbstract:
La @résistance multiple ou multidrug-resistance (MDR), est un obstacle au traitement des tumeurs solides et des leucémies. C’est un phénomène complexe qui fait appel à de multiples mécanismes cellulaires. Souvent, une surexpression des protéines de la famille ABC (Pgp, MRP1 et BCRP, est observée dans les cellules résistantes. Ces protéines assurent le transport actif des médicaments anticancéreux. La modulation de ce phénotype et la recherche de nouvelles cibles constituent aujourd’hui un enjeu majeur dans la lutte contre le cancer. Le travail de cette thèse est organisé en quatre parties : les deux premières concernent le rôle de deux protéines MDR (MRP1 et BCRP) dans la résistance à deux inhibiteurs de la topoisomérase II (mitoxantrone et étoposide respectivement). Les résultats obtenus montrent que la BCRP joue un rôle dans la résistance à l’étoposide et qu’une altération de la reconnaissance de l’étoposide par la BCRP est observée quand l’acide aminé 482 (arginine) est substitué par la thréonine ou la glycine. De même, nous montrons que la MRP1 est impliquée dans la résistance à la mitoxantrone. La sélection d’une lignée résistante MCF7/MGG en présence de mitoxantrone et de GG918 (inhibiteur de la Pgp et BCRP) montre que cette lignée surexprime la MRP1 en présentant une résistance vis-à-vis de ce médicament. Cette résistance est accompagnée d’une diminution de l’accumulation cellulaire de la mitoxantrone, modulée par la BSO (inhibiteur de la synthèse de glutathion). Dans la troisième partie, nous avons étudié l’effet de l’imatinib (inhibiteur de la tyrosine kinase BCR-ABL) sur l’expression de la BCRP. Les résultats obtenus suggèrent une régulation post-transcriptionnelle de l’expression de la BCRP par l’imatinib via la voie PI3K/AKT. Enfin, la dernière partie porte sur l’effet de l’imatinib sur l’expression de la télomérase et protéines partenaires dans les cellules de leucémie myéloïde chronique. Les résultats obtenus montrent une augmentation de l’expression de hTERT, TRF2, Topo IIIα, RAD51 et BLM dans les cellules promyélocytaires HL60 transfectées par BCR-ABL. Le traitement des cellules K562 par l’imatinib induit une diminution de l’expression de ces protéines sauf TRF2 dont l’expression augmente. Ces résultats suggèrent une régulation de l’expression des gènes codant pour ces protéines par BCR-ABL d’une part et que l’imatinib, via l’inhibition des voies de signalisation contrôlées par BCR-ABL, contribue aussi à une régulation négative de l’expression de hTERT et autres protéines partenaires (impliquées dans l’allongement et structure du télomère).
22
Mannechez, Aurélie. "Le signal des lipides mobiles en résonance magnétique nucléaire du proton dans les cellules cancéreuses, l'acquisition de la multi-résistance aux drogues et l'apoptose." Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2003REN1B070.
Full textAbstract:
Le signal lipides mobiles (lm) correspond en résonance magnétique nucléaire du proton à la résonance des protons des groupements méthyl et méthylène de chaînes d'acides gras. La localisation intracellulaire exacte de ces molécules en diffusion isotrope n'a pas encore été clairement démontrée mais deux hypothèses existent : ces lipides seraient organisés soit en microdomaines intercalés dans la membrane plasmique, soit dans les goutttelettes cytosoliques. Ce signal est une caractéristique des cellules cancéreuses et il varie avec l'acquisition de la multirésistance aux drogues (MDR) et l'entrée en apoptose. Puisque cancérisation, MDR et apoptose s'accompagnent également de perturbations lipidiques de la membrane, nous avons fait l'hypothèse que le signal trouve son origine au moins en partie dans la membrane. Nous avons choisi pour modèle les cellules érythroleucémiques K562wt et leurs variants MDR K562adr qui surexpriment la glycoprotéine-P (P-gp), protéine d'efflux des drogues. Le signal lm diminue dans les K562adr sans que la composition lipidique, déterminée par spectroscopie RMN, ne varie. Nous avons cherché à rapprocher externalisation de la phosphatidylserine et signal lm dans ces lignées. Si les 2 phénomènes peuvent être mis en parallèle dans les K562, ce n'est pas le cas ds GLC4. Nous avons ensuite étudié l'induction de l'apoptose, initiatrice de perturbations lipidiques membranaires, dans les K562 et son influence sur le signal lm. Le cholestérol jouant un rôle essentiel dans la structure de la membrane, nous avons perturbé son contenu membranaire dans les K562 et montré que ce traitement avait un effet sur le signal lm des K562wt uniquement. Ce travail a montré qu'il n'existait pas un schéma unique de variation du signal lm avec l'acquisition de la MDR et ces variations ne pouvaient pas être dans les cas rattachées à la perte de l'asymétrie membranaire.
23
Khorsi-Cauet, Hafida. "Variabilité génétique et mécanismes moléculaires de résistance à l'interferon du virus de l'hépatite C de génotype 1b : étude de l'interaction entre les protéines NS5A et PKR." Amiens, 1999. http://www.theses.fr/1999AMIED002.
Full textAbstract:
Plus de 1% de la population mondiale est chroniquement infectée par le virus de l'hépatite C (VHC). La découverte et la caractérisation du VHC représente un succès majeur des applications techniques de clonage dans l'identification de nouveaux agents infectieux. L'infection par le VHC peut conduire à une hépatite aiguë, une hépatite chronique, voire une cirrhose qui est fortement associée au développement de carcinome hépatocellulaire. Le génotype 1b est le plus fréquemment rencontré dans le monde, et il est caractérisé par un faible taux de réponse à l'interféron alpha. [. . . ]
24
Morfin-Sherpa, Florence. "La résistance à l'aciclovir des virus herpès simplex et varicelle-zona : caractérisation phénotypique et génétique de virus résistants." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T048.
Full text
25
Leriche-Guérin, Karine. "Résistance à l'AZT dans l'infection par le VIH-1 : influence sur les critères biologiques, virologiques et immunologiques." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T042.
Full text
26
Leangapichart, Thongpan. "Phenotypic and genomic analysis of multi-drug resistant bacteria in travelers." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0183.
Full textAbstract:
La résistance aux antibiotiques chez les bactéries est un problème majeur mondial du fait de son augmentation. Récemment, la transmission des bactéries résistantes aux humains, aux animaux et à l’environnement sont de plus en plus décrits dans la littérature. Ces dernières années, les voyages internationaux ont augmenté massivement ce qui a permis aux bactéries résistantes de se propager d’un lieu à un autre. Les voyageurs internationaux sont les principaux acteurs de l’acquisition et de la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques. Le plus grand rassemblement annuel de personnes comme le pèlerinage à la Mecque est connu pour être un réservoir pour la transmission des maladies infectieuses telles que la grippe, les épidémies méningococciques ou la tuberculose. Par conséquent, les voyageurs en particulier les pèlerins représentent une source importante de propagation de bactéries multi-résistantes. Les études sur la transmission et l'acquisition de gènes de résistance pendant le Hajj sont rares. Par conséquent, ce projet de thèse a trois objectifs principaux permettant de mieux comprendre la prévalence des gènes de résistance et des bactéries multi-résistantes au cours du Hajj:(i)l’étude de la surveillance épidémiologique des gènes de résistance chez les pèlerins avant et après le Hajj,(ii)l’étude des facteurs de risque d'acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques chez les pèlerins,(iii)les études épidémiologiques moléculaires des bactéries résistantes chez les pèlerins et d'autres sources, tels que les patients, les animaux et l’environnement en utilisant des techniques comme le typage des séquences multi-locus et le séquençage du génome completAntibiotic resistance in bacteria is increasing and become a worldwide problem. Newresistance bacteria or mechanisms are emerging and spreading rapidly. Recently, thetransmission of antibiotic-resistant (AR) bacteria among humans, animals, and the variousenvironments are vastly recognized. With the growth of international travels over the pastdecades, this provides opportunities for AR bacteria to be spread rapidly from one geographiclocation to another. During trips, travelers changed diets, lifestyles, and their environmentsresulting in the alteration of AR patterns of bacteria residing in the gut. Thus, internationaltravelers are one of the most important modes for the acquisition and spread of AR genes.The largest annual mass gathering, the Hajj (pilgrimage to Mecca) is well known as a sourcefor infectious diseases transmission such as influenza, meningococcal outbreaks ortuberculosis. Thus, travelers, especially pilgrims, are one of the most significant sources forspreading AR bacteria. However, studies of the transmission and acquisition of AR genesduring Hajj in pilgrims are scarce. Therefore, this research thesis was carried out with threemain objectives to better understanding the prevalence of AR genes and bacteria during Hajj:(i) epidemiological surveillance of AR genes in pilgrims before and after Hajj, (ii) risk factorsanalysis concerning AR genes acquisition in pilgrims, (iii) molecular epidemiological studiesof AR bacteria in pilgrims, including patients, animals, and environment with the use ofmulti-locus sequence typing and whole genome sequencing
27
Le, Gall-David Sandrine. "Isolement, caractérisation génétique d'une souche de Salmonella hypermutatrice, et étude de son adaptabilité à un stress acide." Rennes 1, 2009. http://www.theses.fr/2009REN1B077.
Full textAbstract:
Parmi une collection de souches de Salmonella enterica, S. Enterica de serovar Heidelberg a été décrite comme présentant un phénotype hypermutateur (Hm). Son séquençage et la construction d'un mutant (ΔmutS) ont montré que ce phénotype hypermutateur était dû à une délétion de 12 pb sur le gène mutS. L'objectif de cette étude était d'étudier l'influence du phénotype hypermutateur sur la survie et la virulence de S. Heidelberg. Les souches S. Heidelberg ΔmutS et Hm ont montré une meilleure résistance à un stress acide à pH 3,3. Une analyse par électrophorèse bidimensionnelle des protéines extracellulaires de ces souches a permis de mettre en évidence sept protéines associées à une meilleure survie en condition de stress acide. Ces souches ont également montré une meilleure adhérence sur cellules épithéliales. En conclusion, nos résultats révèlent que le phénotype hypermutateur permet une meilleure adaptation des souches en conditions hostiles et pourrait augmenter leur pouvoir pathogèneAmong a Salmonella enterica strain collection, Salmonella enterica serovar Heidelberg (Hm) was described with a hypermutator phenotype (Hm). Its sequencing and a construction of a mutant (ΔmutS) have demonstrated that the emergence of the hypermutation phenotype was due to a deletion of 12 bp. The objective of this study was to investigate the influence of the hypermutator phenotype on Salmonella Heidelberg survivor and virulence. S. Heidelberg strains Hm and ΔmutS showed higher resistance to an acid stress of pH 3. 3. Bidimensional electrophresis analysis of extracellular proteins of this strains allowed the identification of seven proteins associated with better survival in acid stress conditions. S. Heilderberg strains Hm and ΔmutS also showed better adhesion to epithelial cells. In conclusion, our results reveales that the hypermutation phenotype allows a better adaptation of strains to hostile conditions and may increase their pathogenicity
28
Nguyen, Hai Le. "HIV-1 minority variants associated with drug resistance to reverse transcriptase and integrase inhibitors and genetic barrier for the development of resistance to integrase inhibitors." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077051.
Full textAbstract:
Les variants minoritaires résistants (VMR) du VIH-1 aux antirétroviraux n'ont pas été étudiés en Thaïlande. Deux groupes de patients dont le génotypage conventionnel n'a pas montré de mutations associées à la résistance ont été inclus dans l'étude: 104 patients récemment infectés, naïfs de traitement antirétro viral et 22 patients en échec de traitement de première ligne par les inhibiteurs non-nucléosidiques de la transcriptase inverse. Les résultats de pyroséquençage ont montré que la prévalence des variants minoritaires Y181C et M184V dans les 2 groupes est faible en Thaïlande. Le rôle des VMR N155H dans la sélection des profils de résistance au raltégravir (RAL) ont été évalué chez des patients multitraités en échec au RAL. Une PCR allèle spécifique (AS-PCR) a été utilisée pour détecter les mutants N155H. La sélection précoce de cette mutation à des niveaux variés n'influence pas la maintenance de cette mutation pendant l'échec en comparaison avec le passage au double mutant Q148H+Q140S, suggérant que ce mutant N155H n'aurait pas de rôle dans la détermination de profils de résistance. La barrière génétique pour l'évolution de la résistance aux inhibiteurs d'intégrase (INIs) a été comparée entre le sous-type B et CRF01-AE du VIH-1 par l'analyse des 66 mutations associées à la résistance aux INIs dans 144 séquences d'intégrase (109 VIH-1 sous-type CRF01-AE et 35 VIH-1 sous-type B) chez des patients naïfs aux INIs. La plupart des positions d'acides aminés étudiées montrent un haut niveau de conservation, ce qui indique la même barrière génétique entre les sous-types CRF01-AE et BMinority HIV-1 drug resistance bas not been studied in Thailand. Two groups of patients, whose conventional genotyping results showed no drug resistance-associated mutations, were investigated: 104 homosexual men recently infected with HIV-1, naive to antiretroviral treatment and 22 first-line NNRTI-based failures. Pyrosequencing assay was developed to detect and quantify minority Y181C and M184V variants from the patients' plasma samples. 1/104 (0. 96%) and 3/101 (3%) samples were found harboring Y181C and M184V in the group of homosexual men. In patients with first-line treatment failure, one harbored minority Ml84V mutants (4. 5%). Thus, due to such a low prevalence, minority drug résistance test may not be cost-effective for implementing in Thailand. The mechanism of raltegravir (RAL)-resistant evolutions has not been completely elucidated. Because of the emergence of RAL résistance usually initiated with the N155H mutant, we assessed the role of minority N155H-mutated variants in circulating RNA and archived DNA in 5 heavily treated patients experiencing RAL failure and harboring 3 different résistance profiles. No minority N155H-mutated variant was found by allele specific PCR (AS-PCR) in both plasma and whole blood samples collected at baseline and after RAL withdrawal in ail 5 patients. During RAL failure, the mutation N155H was detected at different levels in 3 patients displaying the N155H pathway and gradually declined when the double mutant Q148H+G140S was selected in one patient. In two patients with the Q148H résistance pathway, no N155H variant was identified by AS-PCR in both viral RNA and DNA. The N155H mutants might not play a role in determining different résistance profiles. The genetic barrier, defined by the accumulative number of drug-associated mutations required for the virus to escape drug-selective pressure, is a crucial factor in the development of drug résistance. There are limited data on subtype CRJF01_AE, a predominant isolate in Southeast Asia. The genetic barrier for the evolution of integrase inhibitors (INIs) including RAL, elvitegravir (EVG), and dolutegravir (DTG) résistance was compared between HIV-1 subtypes B and CRF01_AE by analyzing of 66 substitutions associated with INI résistance at 41 amino acid positions in 144 nucleotide sequences (109 HIV-1 subtype CRF01_AE and 35 HIV-1 subtype B) of IN gene derived from INI-naïve patients. Most studied amino acid positions including ail corresponding to RAL and EVG primary mutations show a high degree of conservation, indicating the same genetic barrier between subtypes CRF01_AE and B. Nevertheless, different genetic barriers were observed in two mutations described to be associated with DTG résistance (L101I, A124T) and other five RAL and EVG secondary mutations (V72I, T125K, G140C/S, V201I), which could have an impact on the development of résistance to RAL, EVG, and DTG
29
Kegelaer, Grégory. "Identification et caractérisation du phénotype MDR de cellules cancéreuses par techniques de spectroscopie vibrationnelle infrarouge et Raman et analyse statistique." Reims, 2004. http://www.theses.fr/2004REIMP203.
Full text
30
Attaoua, Chaker. "Etude des mécanismes moléculaires de résistance différentielle du mélanome malin aux vincalcaloïdes." Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON13505.
Full textAbstract:
Le mélanome malin (MM) est un cancer très réfractaire aux thérapies anticancéreuses, dont les vincalcaloïdes (VAs). Afin d'étudier le rôle de la GSTM1 (glutathion S-transférase 1) et la MRP1 (multidrug resistance protein 1) dans la résistance acquise du MM aux VAs, nous avons établi 4 modèles cellulaires de résistance à la vincristine (CAL1R-VCR), à la vindésine (CAL1R-VDS), à la vinorelbine (CAL1R-VRB) et à la vinflunine (CAL1R-VFL), par exposition continue de cellules du MM (CAL1-wt), pendant un an, à ces anticancéreux. L'expression d'ne GSTM1 fonctionnelle est spécifiquement observée (RT-PCR, western blot, activité GST totale) dans les cellules résistantes. Le curcumin (inhibiteur de GSTM1), la BSO (inhibiteur de synthèse de glutathion) et le MK571 (inhibiteur de MRP1), réduisent considérablement le résistance acquise à la VCR et à la VDS mais pas à la VRB ou à la VFL. Toutefois, tous ces VAs réduisent spécifiquement l'activité GSTM1. Ces données montrent l'implication différentielle de GSTM1 et MRP1 dans la résistance aux VAs. Pour déterminer les mécanismes moléculaires de cette chimiorésistance, nous avons réalisé une étude pangénomique (biopuces Affymetrix HG-U133 Plus 2.00) sur les lignées CAL1 (wt et R). Le regroupement hiérarchique (par Cluster et TreeView) des données des puces a révélé une similarité entre les profils d'expression génique de CAL1R-VRB et CAL1-wt mais aussi entre ceux de CAL1R-VCR et CAL1R-VDS. L'analyse bioinformatique (par IPA) des transcrits les plus différemment exprimés entre les lignées cellulaires, a mis en évidence 6 réseaux géniques connus pour leur rôle dans la chimiorésistance tumorale. Le programme FatiGO a révélé 3 termes biologiques sur-représentés (> 60%) dans CAL1R (ribosome, filaments intermédiaires du cytosquelette, récepteurs olfactifs) tandis que l'étude fonctionnelle (invalidation génique par siRNA, test de viabilité) de GPR143, KIT et SLC45A2 (gènes interagissant avec NF-κB et CCND1 (facteurs de la chimiorésistance tumorale), très exprimés dans CAL1-wt et muets dans CAL1R) a montré la faible tendance des deux premiers à être impliqués dans la résistance aux VAsMalignant melanoma (MM) is a very refractory tumor to anticancer therapies, including vinca alkaloïds (VAs). To investigate the role of GSTM1 (glutathione S-transferase μ1) and MRP1 (multidrug resistance protein 1) in MM acquired resistance to VAs, we established 4 cellular models of resistance to vincristine (CAL1R-VCR), to vindesine (CAL1R-VDS), to vinorelbine (CAL1R-VRB) and to vinflunine (CAL1R-VFL), by continuous exposure of MM cells (CAL1-wt), for one year, to these anticancer agents. The expression of a functional GSTM1 is specifically observed (RT-PCR, western blot, total GST activity) in resistant cells. Curcumin (GSTM1 inhibitor), BSO (glutathione synthesis inhibitor) and MK571 (MRP1 inhibitor), considerably reduce the acquired resistance to VCR and VDS but not that to VRB or VFL. However, all these VAs specifically reduce GSTM1 activity. These data show the differential involvement of GSTM1 and MRP1 in resistance to VAs. To determine the molecular mechanisms of this chemoresistance, we performed a pangenomic study (Affymetrix HG-U133 Plus 2.00 microarrays) on the CAL1 lines (wt and R). The hierarchical clustering (by Cluster and TreeView) of array data revealed a similarity between the gene expression profiles of CAL1R-VRB and CAL1-wt, but also between those of CAL1R-VCR and CAL1R-VDS. The bioinformatic analysis (by IPA) of the most differentially expressed transcripts between cell lines, highlighted 6 gene networks known for their role in tumor chemoresistance. FatiGO program revealed 3 biological terms overrepresented (>60%) in CAL1R (ribosome, intermediate filaments of cytoskeleton, olfactory receptors), while functional study (gene invalidation by siRNA, viability test) of GPR143, KIT and SLC45A2 (genes interacting with NF-kB and CCND1 (tumor chemoresistance factors), highly expressed in CAL1-wt and mute in CAL1R) showed the weak trend of the two formers to be involved in resistance to VAs
31
Okdah, Liliane. "Gestion patrimoniale des anciens agents antimicrobiens en les criblant contre des bactéries multi-résistantes modernes." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0593.
Full textAbstract:
L’émergence des bactéries résistantes aux béta-lactamines et aux carbapénèmes, a abouti à la réintroduction de la colistine comme agent de dernier recours pour traiter les infections dues à ces germes. Cependant, les résistances chromosomique et plus récemment plasmidique à la colistine ont apparu. Ce problème de bactéries multi-résistantes a par la suite déclenché la publication d’articles alarmants sur les dangers de ces germes. Pour répondre à la dramatisation médiatique liée à ce problème, mon projet de thèse vise à proposer des stratégies thérapeutiques pour traiter les infections dues aux bactéries multi-résistantes. Dans un premier temps, nous avons testé l’activité d’un large panel comprenant des anciens antibiotiques contre les bactéries résistantes aux carbapénèmes et d’autres résistantes à la colistine. Plusieurs familles d’antibiotiques ont été efficaces contre ces 2 types de bactéries résistantes.Dans un deuxième temps, nous avons évalué l’activité d’antibiotiques combinés en vue de détecter une synergie d’action. Deux combinaisons synergiques ont été retenues : colistine + sulfadiazine et colistine + acide fusidique. Ces associations d’antibiotiques ont démontré un effet bactéricide sur une collection de bactéries Gram négatives résistantes à la colistine, et ceci indépendamment du mécanisme de résistanceThe emergence of beta-lactam and carbapenem resistant bacteria, resulted in the reintroduction of colistin as an agent of last resort to treat infections caused by these bacteria. However, chromosomal resistances and more recently plasmidic to colistin appeared. This problem of multidrug-resistant bacteria subsequently triggered the publication of alarming articles on the dangers of these germs. To answer the media dramatization related to this problem, my thesis project aims to propose therapeutic strategies to treat infections due to multiresistant bacteria.Initially, we tested the activity of a large panel including old antibiotics against carbapenem resistant bacteria and others resistant to colistin. Several families of antibiotics have been effective against these two types of resistant bacteria.In a second step, we evaluated the activity of combined antibiotics in order to detect a synergistic action. Two synergistic combinations were retained: colistin + sulfadiazine and colistin + fusidic acid. These combinations of antibiotics have shown a bactericidal effect on a collection of Gram-negative colistin-resistant bacteria, independent of the resistance mechanism
32
Otrebska-Machaj, Ewa. "The search for new inhibitors of bacterial efflux pumps among amine derivates of 5-Arylidenehydantoin." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5010.
Full textAbstract:
L’objet de ces recherches était de trouver de nouveaux EPIs du système d’efflux AcrAB-TolC dans les groupes de dérivés d’amine de la 5-arylidenehydantoine et de la 5-arylideneimidazolone. Dans la première étape de recherche, 32 nouveaux dérivés ont été obtenus après modification de la structure lead P2.Un screening théorique du risque toxique et la prédiction des propriétés médicamenteuses des composés ont été réalisés en utilisant le programme OSIRIS qui calcule différentes propriétés médicamenteuses pertinentes basées sur la structure planaire de la molécule.Dans l’étape suivante de la recherche, l’activité des composés a été évaluée par des études microbiologiques sur souches d’Enterobacter aerogenes avec différentes expressions de la pompe d’efflux AcrAB. La première étude effectuée était un test de sensibilité pour déterminer les CMI des composés afin de trouver une concentration à laquelle les utiliser avec des antibiotiques sans avoir l’influence de leur activité intrinsèque. Puis l’effet des composés sur la sensibilité des antibiotiques tels que l’acide nalidixique, le chloramphénicol, la doxycycline et l’érythromycine a été étudié. Après, le type de coopération avec les antibiotiques a été déterminé par la construction d’isobologrammes et le calcul de l’index de FIC. Les dernières études microbiologiques réalisées sont des tests d’efflux en temps réel qui utilisent un colorant fluorescent 1,2’-dinaphthylamine et ont permis de suivre directement le fonctionnement de la pompe. L’étude des relations structure-activité souligne le rôle essentiel de la nature amphiphile des EPIs dérivés de groupes arylidene de l’hydantoine et de l’imidazoloneThe purpose of this research was to find new EPIs of the AcrAB-TolC efflux system in groups of amine derivatives of 5-arylidenehydantoin and 5-arylideneimidazolone. In the first stage of the research 32 new derivatives of 5-arylidenehydantoin were obtained as a result of modifications of the lead structure P2. Theoretical screening of the toxicity risk as well as the prediction of drug-like properties of hydantoins/imidazolones synthesised were performed by using the OSIRIS program which calculates various drug-relevant properties based on a planar structure of the molecule.In the next stage of the research the activity of compounds was evaluated in microbiological studies. Strains of Enterobacter aerogenes with different expressions of the AcrAB efflux pump were used. The first study carried out was a susceptibility test determining the MICs of compounds in order to find a concentration that could be used in combination with antibiotics without the influence of an intrinsic antibacterial activity of the compounds. Then the effect of the compounds on bacterial susceptibility to antibiotics such as nalidixic acid, chloramphenicol, doxycycline and erythromycin was examined. After, the type of cooperation with antibiotics was determined based on isobolograms and the FIC index calculated. The last of microbiological studies was the real-time efflux (RTE) assay which used the fluorescent dye 1,2’-dinaphthylamine and allowed the functioning of the pump to be monitored directly. The structure-activity relationship (SAR) analysis emphasized the essential role of the amphiphilic nature of the EPIs from the group of arylidene derivatives of hydantoin and imidazolone
33
Nguyen, Thi Ngoc Anh. "Development of a DNA chip for rapid detection of first-line and second-line drug resistances in Mycobacterium tuberculosis." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTT074.
Full textAbstract:
L’émergence et l’augmentation continue de la résistance aux médicaments chez Mycobacterium tuberculosis (MTB) constituent un défi majeur pour la lutte antituberculeuse. Pour résoudre le problème de temps (2 à 8 semaines) posé par les tests classiques de sensibilité aux médicaments (DST), des tests moléculaires ont été développés pour la détection précoce des mutations associées à la résistance. Jusqu'à présent, à l'exception du séquençage complet (incompatible avec un diagnostic de routine dans les pays en développement), aucun test ne détecte simultanément les différents types de résistance majeurs en une seule réaction. Sur la base de la littérature et de travaux antérieurs menés au Vietnam, au Laos et au Cambodge, une puce à ADN capable de détecter 184 mutations liées à la résistance aux médicaments de première et de deuxième lignes a été mise au point. En comparaison avec les données de DST, la puce a montré une sensibilité (84,3%-100%) et une spécificité élevées (89,2%-100%). Par rapport au séquençage, la puce a donné des résultats comparables, avec une sensibilité entre 90% et 100% et une spécificité entre 98,2% et 100%. Elle offre, de plus, une meilleure couverture que les tests moléculaires approuvés par l'OMS, car elle permet la détection des résistances aux médicaments de première et de deuxième lignes dans un seul test. Le temps de traitement des isolats issus de la culture est d’environ 6 à 7 heures, ce qui réduit considérablement le temps de diagnostic par rapport au DST. En conclusion, la puce à ADN a été développée avec succès. Certains aspects techniques doivent maintenant être améliorés pour en faire un outil de diagnostic abordable et facile à utiliserThe emergence and continuous increase of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis (MTB) is a major challenge for tuberculosis (TB) control. To overcome the time-consuming problem of conventional drug susceptibility testing (DST), many molecular-based tests have been recently developed for early detection of drug resistance-associated mutations. Up to now, except whole genome sequencing (not ready for routine diagnostic in low and middle-income countries), no test has the capacity to simultaneously detect the different types of drug resistance to first- and second-line drugs in one reaction. Based on the literature and previous works carried out in Vietnam, Laos and Cambodia, in this study, a DNA chip was developed able to detect 184 main mutations conferring resistance to both first- and second-line drugs. Compared to DST, the DNA chip showed high sensitivity (between 84.3% and 100%) and high specificity (between 89.2% and 100%). Compared to sequencing, the DNA chip showed comparable accuracy, with sensitivity between 90% and 100% and specificity between 98.2% and 100%. The DNA chip showed a better coverage than the WHO endorsed molecular tests since it enables the detection of both first- and second-line drug resistances in one test. The turn-around time is about 6-7h from cultured isolates reducing considerably the diagnostic time compared to cultured-based DST. Finally, the DNA chip has been successfully developed, even if certain technical aspects need to be improved to make an affordable and easy-to-use diagnostic tool
34
Fadli, Mariam. "Effet synergique d'antibiotiques et d'extraits de certaines plantes médicinales marocaines sur des bactéries d'intérêt sanitaire." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5077.
Full textAbstract:
Nous avons évalué les différents aspects de la synergie entre des antibiotiques classiques et les huiles essentielles de certaines plantes, endémiques du Maroc, sur des bactéries résistantes impliquées dans les infections nosocomiales. Il s’agit de Thymus maroccanus, T. broussonetii, T. pallidus, T. riataraum et Rosmarinus officinalis. La combinaison de ces huiles essentielles avec des antibiotiques a révélé que parmi 80 combinaisons testées, 71% des combinaisons ont montré une synergie totale, 20% un effet synergique partiel et 9% des combinaisons n’ont pas d’effet synergique. De plus, les huiles essentielles de T. maroccanus et T. broussonetii ont pu augmenter considérablement la sensibilité de plusieurs isolats résistant au chloramphénicol. Elles peuvent restaurer la sensibilité au chloramphénicol en produisant une compétition vis-à-vis de son extrusion en bloquant les pompes impliquées dans son efflux. Par ailleurs, l’huile essentielle de T. maroccanus augmentait la perméabilité de la membrane des bactéries étudiées, et favorisait la libération des protéines intracellulaires dans le milieu extérieur. Elle perméabilise à la fois la membrane interne et la membrane externe des bactéries, mais sans causer une dégradation détectable des constituants cellulaires. Des altérations protéiques ont été associées à l'exposition prolongée aux composés naturels testés. Ces altérations se sont traduites par un efflux accru dont l'effet synergique est renforcé par la baisse du niveau de porines qui peuvent être impliquées dans la diffusion passive de ces antimicrobiens naturels, ce qui confère aux bactéries testées une tolérance accrue à ces composésWe evaluated different aspects of the synergy between conventional antibiotics and essential oils of some Moroccan endemic plants, on resistant bacteria involved in nosocomial infections. These plants were: Thymus maroccanus, T. broussonetii, T. pallidus, T. riataraum and Rosmarinus officinalis. Out of 80 combinations tested between these two essential oils and antibiotics, 71% showed total synergism, 20% had partial synergistic interaction and 9% showed no effect. Combination with carvacrol, the major constituent of T. maroccanus and T. broussonetii, showed also an interesting synergistic effect in combination with ciprofloxacin. Moreover, T. maroccanus and T. broussonetii essential oils increased chloramphenicol susceptibility of several resistant isolates. they could restore sensitivity to chloramphenicol producing a competition to its extrusion by blocking the efflux pumps expressed in the isolates and involved in its efflux. Furthermore, T. maroccanus essential oil increased permeability of studied bacteria membrane, and favoured intracellular proteins release into the external medium. Thymus maroccanus essential oil permeabilized both outer and inner membranes of tested bacteria, but without causing detectable degradation of cellular constituents. Protein alterations have been associated with prolonged exposure to natural compounds tested, an increased efflux associated with a lower level of porins that may be involved in the passive diffusion of these natural antimicrobials, conferring a native protection to bacteria towards these natural compounds
35
Borselli, Diane. "Adjuvants pour limiter la consommation d'antibiotiques en médecine vétérinaire." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0093/document.
Full textAbstract:
L’émergence de bactéries multirésistantes aux antibiotiques conduit la médecine humaine et vétérinaire à des impasses thérapeutiques. L’usage abusif des ATBs accélère et accentue fortement le processus d’antibiorésistance. Le but de mon travail de thèse était d’apporter une solution au problème de surconsommation d’ATBs en médecine vétérinaire, particulièrement dans les élevages, tout en garantissant la santé animale. Nous avons développé une approche de thérapie combinatoire basée sur l’association d’ATBs déjà existants avec des molécules adjuvantes. Nous avons ainsi évalué l’activité de différents dérivés polyaminés d’origine naturelle sur des pathogènes dits « ESKAPE » qui présentent une relevance clinique majeure en médecine humaine. Ces différentes études ont permis de développer des protocoles de criblage, mais également des méthodes permettant d’élucider leur impact sur la physiologie bactérienne.Nous avons testé l’activité de ces composés en combinaison avec le florfénicol, ATB couramment utilisé pour traiter les infections respiratoires chez le porc. Après avoir identifié un adjuvant au florfénicol, nous avons pu déterminer son mode d’action par différentes méthodes de fluorescence et de bioluminescence. Nous avons pu démontrer que le composé permet de potentialiser l’activité de l’ATB par une action membranotrope et par une inhibition de l'efflux, augmentant ainsi la concentration intracellulaire en ATB, mais également par une inhibition de la force proton motrice (FPM). La motricité flagellaire des bactéries, est un facteur de virulence fonctionnant avec la FPM nous avons pu mettre en évidence une inhibition de la mobilité par le composéThe constant increase of multidrug resistant bacteria is leaving clinicians and veterinarians with very limited options to treat bacterial infections. The main goal of my work was find a chemical solution to reduce the use of antibiotics in veterinary medicine, especially in swines, without affecting the health of the livestock. To achieve this goal, we have developed a drug combination approach based on the association of antibiotics with chemosensitizers, herein called adjuvants, some of which were polyamines derivatives from natural sources. To provide the proof of concept, combination of several derivatives from different chemical sources (marine sponges and plants) have been tested ex vivo on « ESKAPE » pathogens, which are among the most urgent bacterial threats. Results from these studies allowed us to develop procedures for screening antibacterial activities and methodologies for understanding the impact of the selected adjuvants on bacterial physiology.Florfenicol is a widely used antibiotic to treat respiratory infections in swine. Therefore, derivatives were further assessed in combination with florfenicol, and florfenicol adjuvants were identified. The mode of action of one chosen adjuvant on bacterial membranes was further investigated by using fluorescence and bioluminescence methods. Data showed that this molecule was able to potentiate the antibiotic activity by increasing its intracellular concentration (membranotrope activity and inhibition of efflux) but also causes inner membrane depolarization. Flagellar motility represents an important virulence factor which use PMF, and we showed a diminution of the motility's halo with our compound
36
Hraiech, Sami. "Evaluation de stratégies thérapeutiques dans des modèles murins de pneumonie." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5076/document.
Full textAbstract:
L'émergence de bactéries résistantes à plusieurs classes d'antibiotiques rend difficile le traitement des pneumonies nosocomiales. Notre objectif était d'évaluer de nouvelles stratégies thérapeutiques et hypothèses physiopathologiques dans des modèles murins de pneumonie.Dans un premier modèle de pneumonie aigue létale à A. baumannii chez le rat, nous avons comparé la virulence de 2 souches nosocomiales, l'une sensible (ABCS) et l'autre résistante (ABCR) à la colistine. Nous avons montré une diminution de la mortalité, du compte bactérien pulmonaire, de l'incidence des bactériémies et des lésions histologiques pulmonaires chez les animaux infectés avec ABCR, ceci confirmant la baisse de virulence associée à l'acquisition de la résistance à la colistine. Dans un second travail, nous avons développé un modèle de pneumonie chronique à P. aeruginosa chez le rat et montré que des aérosols de squalamine permettaient une diminution de la charge bactérienne pulmonaire et du nombre de lésions histologiques de pneumonie. Au cours d'un troisième travail, nous avons évalué l'effet inhibiteur du quorum sensing d'une lactonase in vitro et dans un modèle de pneumonie aigue létale à P. aeruginosa chez le rat. Nous avons constaté une diminution de l'activation de gènes de virulence et de la synthèse de biofilm bactérien in vitro. Ceci était associé à une diminution de la mortalité de 75 à 20 % chez les animaux traités.ConclusionsCe travail de thèse nous a permis de montrer le potentiel thérapeutique de 2 molécules dans des pneumonies à P. aeruginosa et d'illustrer la perte de virulence associée à la résistance à la colistine dans une souche clinique d'A. baumanniiThe emergence multi-drug resistant bacteria hardens the treatment of nosocomial pneumonia. Our objective was to evaluate new therapeutic strategies and pathophysiological hypotheses in murine models of pneumonia.In a first model of acute lethal pneumonia with A. baumannii in rats, we compared the virulence of two hospital strains, one susceptible (ABCS) and the other resistant (ABCR) to colistin. We showed a reduction in mortality, pulmonary bacterial count, incidence of bacteremia and pulmonary histological lesions in animals infected with ABCR. This confirms the impaired virulence associated with the acquisition of resistance to colistin. In a second study, we developed a model of chronic pneumonia with P. aeruginosa in rats and showed thataerosols of squalamine permitted a reduction in pulmonary bacterial load and the number of histological lesions of pneumonia. In a third study, we evaluated the quorum quenching effects of a lactonase in vitro and in a model of acute lethal P. aeruginosa pneumonia in rats. We found a decrease in virulence gene activation and bacterial biofilm synthesis in vitro. This was associated with a decreased mortality from 75 to 20% in the treated animals.ConclusionsIn this work, we described the therapeutic potential of 2 molecules in P. aeruginosa pneumonia and illustratesd the loss of virulence associated with resistance to colistin in a clinical strain of A. baumannii
37
Guichet, Emilande. "Etude des résistances du VIH-1 au traitement antirétroviral et amélioration du suivi virologique des patients vivant avec le VIH dans les pays du Sud." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT044/document.
Full textAbstract:
Quinze ans après la mise en place et l’accès élargi au traitement antirétroviral (TAR) dans les pays du Sud, la suppression virale, objectif clé de son efficacité, n’est pas atteinte chez de nombreux patients infectés par le VIH. Contrairement aux pays du Nord, où un TAR souvent plus puissant et plus robuste couplé à un suivi virologique de routine limite l’émergence de la résistance, la situation des patients vivant actuellement dans les pays du Sud est beaucoup plus préoccupante. La recherche opérationnelle menée ici vise à améliorer leur prise en charge basée sur l’approche globale de santé publique de l’OMS, et aussi leur suivi. Alors qu’elle est recommandée en routine depuis 2013, la charge virale (CV) du VIH est peu accessible et le suivi des patients reste principalement clinique voire immunologique.Dans plusieurs pays d’Afrique Centrale et de l’Ouest, nous avons documenté une multi-résistance chez presque la totalité des patients en échec virologique après une longue durée de TAR de 1ère ligne, composé de 2 inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI, 3TC+AZT/d4T) associés à 1 inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse (INNTI, EFV/NVP). Cette résistance compromet aussi l’efficacité des INNTIs de 2ème génération, de façon importante, et aussi celle du TDF qui est actuellement recommandé en 2ème ligne. De façon plus inhabituelle, nous avons aussi rapporté que les CV élevées(>5 log10 copies/mL) étaient associées à une multi-résistance plutôt qu’à un défaut d’observance chez ces patients largement asymptomatiques. Sans véritable amélioration du suivi, au travers d’un accès élargi au test de CV permettant un diagnostic précoce de l’échec virologique, une nouvelle épidémie potentielle causée par des souches résistantes pourrait émerger en Afrique subsaharienne. Elle pourrait compromettre les efforts à réaliser pour atteindre l’objectif « 90-90-90 » (90% des infections diagnostiquées, 90% des patients diagnostiqués sous TAR, 90% des patients traités en succès virologique durable) de l’ONUSIDA et de l’OMS en 2020. En outre, notre deuxième étude menée au sein d’un hôpital de district camerounais illustre le fait que ces objectifs ambitieux seront probablement encore plus difficiles à atteindre en zones décentralisées, disposant souvent d’infrastructures de laboratoires inadaptées pour accueillir des plateformes de CV complexes.Nous avons ensuite transféré avec succès un test de CV ouvert et polyvalent universel au sein d’un laboratoire national de référence au Cameroun, capable de détecter les VIH-1 M, N, O et P, ainsi que leurs ancêtres simiens. Avec ce test RT-qPCR VIH-1/SIVcpz/SIVgor, nous avons mesuré une meilleure quantification des variants du VIH-1 M (+0.47 log10 copies/mL), comparé au test Abbott RealTime HIV-1 approuvé par la FDA. Au seuil d’échec virologique de l’OMS (1 000 copies/mL), la concordance des résultats entre les deux tests était de 95%, avec une meilleure sensibilité pour le nouveau test.Nous avons finalement cherché à savoir comment adapter ce test ouvert à une application optimale à grande échelle sur du sang séché sur papier buvard (DBS, dried blood spot en anglais), pour rendre la CV accessible en zones décentralisées, en l’absence actuelle de tests de CV simples (POC, point of care en anglais). Nous avons comparé différentes méthodes d’extraction des acides nucléiques pour réduire l’impact de l’ADN pro-viral afin d’améliorer en vain la spécificité du test sur DBS. Nous avons plutôt montré qu’avec la plupart des tests de CV par RT-qPCR, de nombreux patients pourraient être candidats pour refaire une CV de façon inappropriée (voire changer de TAR pour une 2ème ligne), ce qui induirait un surcoût programmatique.En conclusion, ces travaux de thèse ont contribué à améliorer les connaissances sur l’efficacité réelle des programmes et services de TAR, ainsi que sur l’utilisation d’outils de suivi virologique adaptés aux patients vivant avec le VIH dans les pays du SudFifteen years after the introduction and expanded access to antiretroviral therapy (ART) in resource limited countries (RLC), viral suppression, a key objective of its effectiveness is not achieved in many patients infected with HIV. Unlike developed countries, where often more powerful and robust ART coupled with a routine virological monitoring limit the emergence of resistance, the current situation of RLC is more worrying. Operational research conducted here aims to improve care and monitoring of patients living in these countries, and receiving ART according to the WHO public health approach. While recommended routinely since 2013, HIV viral load (VL) is rarely available and monitoring remains primarily clinical or immunological.In several countries in Central Africa and West, we documented high rates of HIV drug resistance (HIVDR) (99%) and multi-drug resistance (97%) in patients with virologic failure after long-term first-line ART, consisting of 2 nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI, 3TC+AZT/d4T) associated with 1 non-NRTI (NNRTI, EFV/NVP). This multi-drug resistance also reduces significantly the effectiveness of second-generation NNRTIs and of the NRTI, TDF, which is now currently recommended in 2nd line by the WHO. More unusually, we also reported that high VLs (> 5 log 10 copies / ml) are associated with multi-resistance rather than an insufficient adherence in these patients who were largely asymptomatic. Without improvement of patient monitoring, through expanded access to VL testing to enable early diagnosis of virological failure, a potential new epidemic caused by HIVDR strains could emerge in sub-Saharan Africa. This could jeopardize efforts to achieve the "90-90-90" objective (90% of diagnosed infections, 90% of diagnosed patients on ART, 90% of patients treated durable virologic success) of UNAIDS and WHO in 2020. Moreover, our second study in a district hospital in Cameroon illustrates that these ambitious targets will probably be even more difficult to achieve in decentralized areas, often having inadequate laboratory infrastructure to acquire complex VL platforms.We then successfully transferred an open and polyvalent universal VL assay in a national reference laboratory in Cameroon. This assay can detect HIV-1 group M, N, O and P and their simian ancestors. With this RT-qPCR HIV-1/SIVcpz/SIVgor assay, HIV-1 M variants were better quantified (+0.47 log10 copies / mL) compared to Abbott RealTime HIV-1 assay which is approved by the FDA. At the VL threshold of virological failure defined by the WHO (1000 copies/mL), the correlation of the results between the two tests was 95%, with a higher sensitivity for the new test.We finally explored how to adapt this open test at optimal large-scale application for dried blood spot (DBS), to make VL testing available in decentralized areas, given the current lack of point of care test for VL. We compared different extraction methods of nucleic acids that could potentially reduce the contribution of the pro-viral DNA present in DBS, with the aim to improve their specificity without success. Instead, we have shown that with most of the RT-qPCR VL assays, many patients would be inappropriately eligible to perform a repeated VL testing (or switched to a costly 2nd line ART), which increase significantly costs of national programs.In conclusion, the studies from this thesis have contributed to improve current knowledge about the effectiveness of ART programs and services and also on the use of virological monitoring tools adapted to patients living with HIV in RLCs
38
Chabou, Selma. "Recherche de bactéries multi résistantes dans les fèces des animaux du bassin méditerranéen." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0251/document.
Full textAbstract:
Notre travail de thèse a porté sur la recherche des bactéries multirésistantes zoonotiques dans les fèces des animaux du bassin méditerranéen, région pour laquelle peu de données sont disponibles. Cette thèse s’articule autour de quatre objectifs principaux ; (1) épidémiologie et prévalence des bactéries productrices de β-lactamases et de carbapénèmases chez les poulets d’Algérie, (2) étude et détection de la résistance plasmidique à la colistine chez les animaux d’Algérie, (3) recherche de vecteur et/ou réservoirs de bactéries zoonotiques résistantes à la colistine, (4) épidémiologie des bactéries résistantes à la colistine chez les humains en France, au Laos et au Liban. A travers ces investigations nous avons montré l’émergence et la dissémination du gène mcr-1 chez les animaux (poulets et caprins) dans plusieurs sites en Algérie. Nous avons également rapporté la détection de souches résistantes à la colistine dans des isolats humains en France et au Liban. Ces travaux ont participé à la description de l’épidémiologie du gène mcr-1 dans le monde chez les animaux et les humains et soulèvent la question du devenir de l’usage de la colistine chez l’homme et l’animal. Pour faire face à ces risques, nous pensons que des mesures de restriction d’usage des antibiotiques (y compris de la colistine) chez les animaux doivent s’appliquer, notamment en Algérie, pour limiter la propagation de ces gènes de résistance à l’homme. Il apparait donc nécessaire et urgent de mettre en place des enquêtes de surveillance de l’usage des antibiotiques chez les animaux notamment en Algérie pour éviter la propagation de souches résistantes chez l’hommeThis thesis is divided into 6 chapters with four objectives; (1) the epidemiology and prevalence of β-lactamases in chickens from Algeria, (2) contribution to the study and detection of plasmid resistance to colistin in animals from Algeria, (3) vectors/ reservoirs of zoonotic bacteria resistant to colistin, and (4) Epidemiology of bacteria resistant to colistin in humans in France, Laos and Lebanon.Throughout these investigations, we can conclude that there is an emergence and spread of mcr-1 in animals (chickens and goats) in several sites in Algeria. We also noted the detection of colistin-resistant bacteria in human isolates in France and in Lebanon. This indicates a spread of mcr-1 and colistin resistance genes worldwide in animals and humans and raises the question on the colistin usage in animals. To prevent this end, we believe that restrictions on the use of antibiotics (including colistin) should be applied, particularly in Algeria, to limit the spread of these resistance genes. Use control of colistin should be routinely performed in humans and animals through colistin resistance surveys in animals and humans
39
Gallien, Sébastien. "Mutations secondaires lors des traitements antirétroviraux des patients infectés par le VIH-1 du groupe M : significations cliniques de l'échappement viral." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077219.
Full textAbstract:
L'échappement virologique, défini par la persistance d'une virémie détectable sous traitement, est principalement lié à l'émergence de mutations de résistance sur les gènes cibles des antirétroviraux. L'identification de ces mutations requiert un niveau de virémie suffisant, aussi les données de résistance lors des faibles virémies (<1000 copies/ml) persistantes sont peu nombreuses alors que cette situation clinique concerne 5 à 10% des patients. Dans ce travail, nous avons étudié l'émergence des mutations de résistance du VIH-1 à partir de 3 cohortes de patients présentant des faibles virémies (< 500 à 1000 copies/ml) sous traitement antirétroviral, puis tenté d'identifier les facteurs cliniques et virologiques qui lui étaient associés. Chez des patients recevant une première ligne traitement de nouvelles mutations de résistance sont détectées dans 37% des cas, essentiellement dans le gène de la transcriptase inverse, alors que le niveau de virémie s'associe significativement à leur émergence. Des mutations de résistance aux inhibiteurs d'intégrase sont nouvellement détectées chez 7,7% de patients avec des souches virales multi-résistantes sous traitement contenant du raltegravir sans qu'aucun facteur associé à leur émergence n'ait été identifié. Enfin dans un groupe de patients hétérogènes en histoire thérapeutique et en population virale mutée de nouvelles mutations de résistance sont détectées chez 30% et ce pour les inhibiteurs de la transcriptase inverse, de la protéase et de l’intégrase, sans facteur associé à leur apparition. Ainsi, il existe une émergence significative de la résistance virale lors des faibles virémies sous traitement antirétroviral, dont le type et la fréquence varient en fonction des antirétroviraux reçus et des mutations virales préexistantes. Ces données soulignent l'intérêt potentiel du génotypage dans ce contexte, pour aider une optimisation thérapeutique précoce, dont l'utilité sera à évaluer dans le futurVirologic failure, defined as a persistent detectable viremia under antiretroviral therapy, is mainly driven by the emergence of antiretroviral Drug Resistance-Associated Mutations (DRAM) in the target genes of antiretroviral drugs. Identifying these mutations usually requires viremia above 1000 copies/mL, explaining why resistance data in persistent HIV-1 low-level viremia (LLV) (< 1000 copies / ml) are scarce in spite of the fact that this clinical situation concerns 5 to 10 % of treated HIV-infected individuals. In this work, we studied DRAM in 3 cohorts of HIV-1 infected patients, who experienced LLV (< 500 to 1000 copies/ml) under antirétroviral therapy, and then attempted to identify clinical and virologic factors associated to their emergence. For patients receiving first-line antiretroviral therapy, new DRAM are detected during LLV in 37% subjects, all in the reverse transcriptase gene except in the protease gene in one participant, and detection of new DRAM is associated with higher HIV-1 RNA levels during LLV. Integrase inhibitors resistance-associated mutations are newly detected in 7,7 % of pretreated patients with multi-resistant virus strains who experienced LLV while receiving raltegravir-containing therapy, with no factors significantly associated with their emergence identified. Finally in a third cohort of patients, heterogeneous according to their antiretroviral history and their viral population, new DRAM are detected in 30 % of subjects for both reverse transcriptase, protease and integrase inhibitors, without any factor associated to their emergence. So, new DRAM can be detected during LLV under antiretroviral therapy, whereas their type and their frequency vary according to the current antiretroviral regimen and the previous archived viral mutations. These data underline the potential interest of drug résistance genotyping in this setting, in order to be able to provide an early therapeutic optimization, the utility of which should be assessed in the future
40
Delagrèverie, Héloïse. "Impact de stratégies thérapeutiques sur le réservoir viral cellulaire dans l'infection par le VIH-1." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC312.
Full textAbstract:
Dans l’infection par le VIH-1, la persistance de formes virales latentes insensibles aux antirétroviraux dans les cellules infectées s’oppose à l’élimination du virus. Le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques a pour objectif de réduire ou d’inactiver ce réservoir viral.Dans ce contexte, l’impact de la chimiothérapie intensive et de l’autogreffe de cellules souches hématopoïétiques sur le réservoir viral a été étudié rétrospectivement chez 13 patients. L’ADN viral était quantifié longitudinalement dans le sang par PCR en temps réel et la diversité virale était étudiée par séquençage profond de la région C2V3 de l’enveloppe. Malgré la chimiothérapie intensive, le réservoir viral était reconstitué en quelques semaines après greffe et sa composition n’était pas modifiée. Cette reconstitution était portée par la prolifération homéostatique précoce de lymphocytes T mémoires infectés. Dans les essais de thérapie génique du VIH, l’administration de lymphocytes T modifiés en sus des cellules souches pourrait permettre d’obtenir une meilleure reconstitution en cellules résistantes au virus.Dans l’essai thérapeutique ANRS REFLATE-TB, nous avons comparé rétrospectivement l’effet de deux trithérapies à base de raltegravir (2 dosages) ou d’efavirenz sur la réduction de l’inflammation et du réservoir viral chez 153 patients co-infectés par la tuberculose initiant un traitement antirétroviral. Les niveaux d’ADN viral dans les lymphocytes T CD4+ diminuaient sous traitement de -0,9log10 copies/106 LTCD4+ en 48 semaines. Les marqueurs d’inflammation CRP, D-Dimères, IL-6 et sCD14 plasmatiques étaient très élevés initialement. Les taux diminuaient au cours du suivi mais n’étaient pas normalisés. Il n’y avait pas de différences selon le traitement sur cette période de 48 semaines.Enfin, l’analyse rétrospective de la réponse humorale anti-gp41 du VIH-1 chez 683 patients ayant une réplication virale supprimée sous traitement antirétroviral à très long terme démontrait une corrélation des taux d’anticorps avec la durée de suppression virale et la taille du réservoir d’ADN viral Les taux d’anticorps étaient plus élevés chez les participants avec une réplication résiduelle détectable. Le dosage des anti-gp41 pourrait être un nouveau marqueur du réservoir viral et de la persistance de réplication sous traitementIn HIV-1 infection, the persistence of latent viral forms in infected cells precludes the cure. New cure strategies aim at reducing or inactivating this viral reservoir. We studied the impact of intensive chemotherapy and hematopoietic stem cell transplantation on the viral reservoir in 13 retrospective patients. Blood cell-associated viral DNA (CA-DNA) was quantified longitudinally by real-time PCR. Viral diversity and phylogeny were studied by deep sequencing the viral C2V3 region. Despite intensive chemotherapy, the viral reservoir was reconstituted within a few weeks following transplantation and its diversity was unaltered. The reconstitution was driven by the early homeostatic proliferation of infected memory T cells. In HIV gene therapy trials, it may therefore be relevant to administer modified T cells in addition to stem cells to achieve a better engraftment of resistant cells. We also studied the effect of antiretroviral initiation with either raltegravir (2 doses) or efavirenz on the reduction in CA-DNA and inflammation markers in 153 patients co-infected with tuberculosis, from the ANRS REFLATE-TB trial. CA-DNA decreased on treatment by -0.9 log10 copies/106CD4+ over 48 weeks. Plasma CRP, D-dimer, IL-6 and sCD14 levels were initially high. All decreased but had not reached normal values by 48 weeks. There were no differences according to treatment; raltegravir and efavirenz were equally effective. Finally, we studied anti-HIV-1-gp41 humoral responses in 683 patients with long-term suppressed viral replication. Persistent antibody levels correlated with both the duration of viral suppression and the size of the CA-DNA reservoir. Antibody levels were higher in participants with residual replication. Measuring anti-gp41 responses may be useful as a surrogate marker of the viral reservoir and of effective viral suppression
41
Hernández, Jessica. "Design et synthèse de nouveaux inhibiteurs de la résistance bactérienne ciblant la pompe d'efflux AcrAB-ToIC chez Enterobacter aerogenes." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5508.
Full textAbstract:
La surexpression des pompes d’efflux (PE) appartenant à la famille Resistance-Nodulation-Division (RND) est l’un des contributeurs majeurs de la multirésistance (MDR) et la pathogénicité des bactéries Gram-négatives. Ces transporteurs sont capables d'expulser à l’extérieur de la cellule bactérienne différentes classes d'antibiotiques, ce qui contribue de manière significative à l'échec thérapeutique du traitement des maladies infectieuses. Dans ce contexte, les PEs sont des cibles intéressantes pour la découverte de nouveaux antimicrobiens. Afin de combattre ce mécanisme de résistance, des inhibiteurs des pompes d’efflux (EPIs) sont développés comme adjuvants d'antibiotiques dans le but de restaurer ou d'améliorer leur activité. L'archétype AcrAB-TolC est particulièrement répandu chez les espèces d’Enterobacter pertinentes en clinique (pathogènes « ESKAPE »). Cette étude décrit une stratégie basée sur des analogues des fluoroquinolones pour le drug design des EPIs, contre la pompe AcrB chez E. aerogenes. Ainsi, la synthèse et l'évaluation microbiologique des dérivés de quinazoline-4(3H)-one ont été effectuées. Les propriétés structurales et moléculaires des composés testés (i.e. rigidité et flexibilité) ont également été étudiées. Pour cela, de nouveaux scaffolds ont été évaluées. Plusieurs molécules ont montré une augmentation de la sensibilité des bactéries à la norfloxacine et au chloramphénicol. Les résultats obtenus, appuyés par la modélisation moléculaire, suggèrent que la flexibilité moléculaire et la nature des fonctions chimiques des EPIs jouent un rôle essentiel dans l'amélioration de l'activité et la sélectivité vis-à-vis des fluoroquinolonesOverexpression of Resistance-Nodulation-Division (RND) efflux pumps (EP) is a major contributor in multidrug resistance (MDR) and pathogenicity in Gram-negative bacteria. These transporters are able to expel out of the bacterial cell clinically important antibiotic classes, contributing in a significant manner to the treatment failure of infectious diseases. With the worrying levels of bacterial resistance reported worldwide and the continuous spreading of MDR pathogens, EPs are interesting targets for the discovery of new antimicrobial drugs. Therefore, to overcome this mechanism, efflux pump inhibitors (EPIs) are being developed as adjuvants in order to restore or improve the activity of usual antibiotics. The AcrAB-TolC archetype is particularly widespread in Enterobacter spp. presenting clinical relevance (ESKAPE pathogens). In this study, we described the drug design strategy based on fluoroquinolone antibiotic analogs, against the AcrB pump of E. aerogenes. Thus, synthesis and microbiological evaluation of quinazolin-4(3H)-one derivatives were performed. The structural and molecular properties of the tested compounds (i. e. rigidity and flexibility) were also investigated. In this purpose, a scaffold hopping of the quinazolinone core to homologous benzoquinazolinones and precursors benzamides were carried out. Several molecules increased the bacterial susceptibility towards norfloxacin and chloramphenicol. The obtained results, supported by molecular modeling, suggest that molecular flexibility and the nature of chemical functions play a critical role to improve activity and selectivity on fluoroquinolone potentiation targeting AcrB efflux pump
42
Diene, Seydina Mouhamadou. "Analyse génomique et moléculaire d'isolats cliniques de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5049.
Full textAbstract:
L'augmentation et la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries à gram-negatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique au niveau mondial. Les infections nosocomiales causées par les bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit non seulement à une augmentation de la mortalité, de la morbidité, et du coût de traitement, mais aussi continuent de mettre en danger la vie des patients surtout immunodéprimés en milieu hospitalier. Bien entendu, l'utilisation abusive et non contrôlée des antibiotiques a grandement contribué à la large diffusion des déterminants de la résistance; cependant, des études récentes ont démontré que ces déterminants de la résistance pouvaient émerger à partir de sources anciennes et/ou environnementales. Ainsi, face à cette préoccupation mondiale, plusieurs études ont été rapportées avec des recommandations importantes de conduire des études épidémiologiques, moléculaires, et génomiques afin de contrôler la diffusion et l'augmentation de la résistance aux antibiotiques. De plus, durant ces 10 dernières années, nous avons assisté à l'emergence et au développement de nouvelles technologies de séquençage à haut débit coïncidant avec une augmentation exponentielle du nombre de genomes bactériens séquencésThe increase and spread of multidrug-resistant (MDR) gram-negative bacteria especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas, and Acinetobacter (E.P.A) species have become a major concern worldwide. The hospital-acquired infections caused by MDR bacteria have led not only to an increase in mortality, morbidity, and cost of treatment, but also continue to endanger the life of patients, especially those immunocompromised. Although the frequent misuse of antibiotic drug has greatly contributed to worldwide dissemination and resistance to antibiotics; recent studies have shown that these resistance determinants could emerge from ancient or environmental sources. Front of this worldwide concern, several studies have been reported with significant recommendations to conduct molecular epidemiology, and genomic studies, in order to control the increase and the dissemination of the antibiotic resistance. Moreover, during these last 10 years, we are witnessing the emergence and development of new technologies of high throughput sequencing and coinciding with an exponential increase of number of bacterial genomes sequenced today. Therefore, it is in this context that the project of this thesis was conducted with three essential objectives: (i) the genome sequencing of clinical MDR bacteria, the analysis and the identification of the mechanisms and the genetic determinants of antimicrobial resistance (ii) the achievement of molecular epidemiology studies from clinical MDR bacteria responsible of outbreak (iii) the development and implementation of molecular tools for monitoring and diagnosis of potential MDR bacteria
43
Mohamed, Sofiane. "Recherche de mutations induisant des résistances aux antiviraux chez des patients atteints du virus de l'immunodéficience humaine de type 1, du virus de l'hépatite B et de l'hépatite C." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5000/document.
Full textAbstract:
Les tests de laboratoire basés sur des techniques de biologie moléculaire sont des outils inestimables pour le suivi des patients, en particulier dans le cadre de l’infectiologie. Dans ce contexte clinique, ils peuvent permettre d’établir un diagnostic, un pronostic ainsi que de déterminer la stratégie thérapeutique antivirale la plus adaptée. Les virus hautement variables tel que le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), de l’hépatite B (VHB) et de l’hépatite C (VHC) sont présents sous forme de quasi-espèces au sein de leur environnement réplicatif. Lorsque des pressions de sélection s’exercent telle que l’administration d’un antiviral, une redistribution des variants majoritaires est fréquemment observée en variants mutés pour mieux s’adapter à cet environnement. Nos travaux ont permis, dans ce contexte, de valider l’impact clinique des mutations majoritaires mais aussi minoritaires grâce à la mise en œuvre de plusieurs techniques de séquençage (pyroséquençage, séquençage à haut débit et PCR en allèle spécifique). Nous avons également validé l’utilisation d’un logiciel simple, fiable et utilisable en routine par le clinicien pour l’interprétation clinique de la masse de données générées par le séquençage à haut débit. Enfin dans le contexte du test diagnostique, nous avons cliniquement validé sur une cohorte de patients infectés par le VHB, l’utilisation du papier buvard (Dried Blood Spot) comme support de prélèvement alternatif non invasif de diagnostic, en particulier pour les populations n’ayant pas accès aux structures classiques de soins et pour les pays en voie de développementMolecular biology based assays are invaluable tools for the patients follow-up. They can help to establish the prognosis, guide for the treatment decisions and assess the virological response to therapy. Highly variable viruses like Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis B Virus (HBV) and Hepatitis C virus (HCV) which have a quasispecies distribution. Selection pressure on viral replicative environment such as an antiviral drug treatment, generally lead to a redistribution of the viral quasispecies with an increasing of the best adapted viral mutant. Our work allowed in this context to validate the clinical impact of majority but also minority mutations through the implementation of several sequencing techniques (pyrosequencing, high-throughput sequencing and allele-specific PCR). We also validated the use of a simple, reliable and routinely software solution by clinician for clinical interpretation of the mass of data generated by high-throughput sequencing. Finally, in the context of the diagnostic testing, we clinically validated in a cohort of patients infected with HBV, use the Dried Blood Spot technique as a supporting noninvasive diagnostic alternative sampling, especially for populations that have no access to conventional health structures and developing countries
44
Bouh, Abdi Khaireh Bouh. "Etude du paludisme dans les zones de faible transmission : vers la pre-élimination du paludisme à Djibouti." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5057.
Full textAbstract:
A eux seuls, le Nigeria, la République Démocratique du Congo, l'Ouganda, l'Ethiopie et la Tanzanie représentent 50% de la mortalité liée au paludisme et 47% du total des cas de paludisme. Cependant, la diminution du nombre de cas et l'augmentation des activités de lutte à l'échelle mondiale sont autant de bonnes nouvelles encourageantes qui font déclarer à l'OMS que le paludisme peut être contrôlé et plus tard éliminé. Les recommandations des experts de la lutte contre le paludisme à l'échelle mondiale recommandent de cibler les zones où l'élimination est possible, les zones de faible transmission, et de là progresser vers les zones plus impaludées. Cela impose une connaissance précise de la situation du paludisme dans la région concernée. Les ensembles géographiques régionaux où la transmission du paludisme connait une diminution sensible, comme la Corne d'Afrique, et ayant des frontières extrêmement poreuses aux mouvements de populations humaines donc aux pathogènes, sont donc à cibler en priorité. Cela nécessite une évaluation du niveau de transmission et du risque de résurgence potentiel, posé par l'importation de nouvelles souches, afin d'aboutir à une élimination durable. Dans ce contexte, la République de Djibouti, ayant montré une prévalence extrêmement faible au cours de ces dernières années, s'est lancée dans une tentative de pré-élimination du paludisme. L'objectif de notre étude a été d'observer l'évolution, sur une durée de onze années (1998-2009), du taux d'incidence de l'infection palustre, du niveau de transmission du paludisme, de la possibilité d'importation depuis les pays voisins et enfin, de la distribution des vecteurs de la maladieNigeria, the Democratic Republic of Congo, Uganda, Ethiopia and Tanzania represent 50% of malaria deaths and 47% of total malaria cases. However, the decrease in the number of cases and worldwide increased control activities were encouraging news which lead the WHO to declare that malaria can be controlled and eliminated later. The recommendations of experts in the worldwide fight against malaria recommend targeting areas where elimination is possible, areas of low transmission, and hence moving towards areas more affected by malaria. This requires a precise knowledge of the malaria situation in the region. Geographical regional assemblies where malaria transmission is experiencing a significant decrease, as the Horn of Africa, and having extremely porous frontiers to the movement of human populations, therefore pathogens, must be the priority target. Thus an assessment of the level of transmission and the risk of potential recurrence, posed by the importation of new strains, was indispensable in order to achieve sustainable elimination. In this context, the Republic of Djibouti, who showed extremely low prevalence in recent years, is embarked on an attempt to pre-eliminate malaria. The aim of our study was to observe changes, over a period of 11 years (1998-2009), in the level of malaria occurrence, malaria transmission, but also the level of its potential importation from neighboring countries and finally the vectors population dynamics. These results could serve as a basis of reflection, for the health authorities of the country or international partners, to a possible adjustment of the current policy of fight against malaria
45
Gaillard, Tiphaine. "Identification et validation de marqueurs moléculaires de la résistance de Plasmodium falciparum à la doxycycline." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5036/document.
Full textAbstract:
La doxycycline est l’une des molécules recommandées par l’OMS en prophylaxie pour les voyageurs dans les zones d’endémie palustre, en particulier dans les zones de multirésistance. Une étude récente avait suggéré que les isolats de P. falciparum présentaient différents niveaux de sensibilité à la doxycycline et que l’augmentation du nombre de copies de deux gènes, pfmdt ou pftetQ, pouvait être associée à une baisse de sensibilité.Le premier objectif de ce travail a consisté à valider ce modèle à partir d’un nouvel échantillonnage d’isolats africains. Le second objectif était d’évaluer le nombre de copies de ces deux gènes sur des isolats originaires de Thaïlande. Le troisième objectif a consisté à rechercher d’autres sources de résistance en investiguant le polymorphisme des gènes codant l’ARN ribosomal plasmodial potentiellement impliqués dans la résistance in vitro à la doxycycline.Les résultats nous ont permis de confirmer que le nombre de copies des gènes pfmdt ou pftetQ pouvait être impliqué dans la résistance in vitro à la doxycycline en Afrique. Les résultats concernant les isolats Thaï n’ont pas permis de corréler le nombre de copies des gènes pfmdt et pftetQ au phénotype CI50. Ces éléments montrent que ce mécanisme de résistance seul est insuffisant pour expliquer la résistance à la doxycycline ; les résultats sont en faveur d’une résistance médiée par plusieurs gènes.La recherche de points de mutation sur le gène pfssrRNA codant pour la petite sous-unité ribosomale de l’ADN plasmodial n’a pas abouti. D’autres cibles moléculaires sont en cours d’étude pour expliquer les mécanismes de résistance de P. falciparum à la doxycyclineDoxycycline is currently one of the recommended chemoprophylactic regimens for travellers visiting malaria-endemic, particularly in countries with a high prevalence of resistance to chloroquine and multiresistance. A previous study suggested that increased pfmdt or pftetQ copy number could be associated with a lower susceptibility to doxycycline.The first aim of this study was to validate the pre-established model involving these two molecular markers with other African isolates. The second was to evaluate these markers in P. falciparum isolates coming from a multiresistance area in Thaïland. The third was to investigate the eventual association between the polymorphism in genes encoding ribosomal rRNA and in vitro resistance to doxycycline.The results confirm that pfmdt or pftetQ copy numbers should be involved in in vitro susceptibility to doxycycline in African P. falciparum isolates. The results concerning the Thai isolates indicate that there is no correlation between the pfmdt and pftetQ genes copy numbers and the belonging to the high doxycycline IC50 phenotype; this implies that this mechanism of resistance is not enough by itself to explain resistance to doxycycline; it augurs that the resistance to doxycycline should be controlled by multiple genes, and that these genetic markers could be continent-dependent. The search for points of mutation in isolates from the different doxycycline IC50 phenotypic groups has not resulted with pfssrRNA. Other therapeutic targets are being considered to explain P. falciparum resistance to doxycycline
46
Dandachi, Iman. "Multi drug resistant organisms in Lebanese livestock." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0286/document.
Full textAbstract:
De nos jours, l'épidémiologie des bactéries multi-résistantes a évolué et ne se limite plus aux milieux hospitaliers. En effet, les animaux sont désormais considérés comme d’importants réservoirs de bactéries multi-résistantes, notamment des Bacilles à Gram négatif sécréteurs de bêta-lactamases et/ou résistant à la colistine. L'émergence de ces bactéries chez les animaux est due principalement à l’utilisation excessive d’antibiotiques en tant que prophylaxie et facteurs de croissance. Le transfert d’organismes multi-résistants aux antibiotiques provenant d’animaux vers les humains est un problème majeur pouvant entrainer de graves infections. La transmission zoonotique se fait par contact direct/indirect mais aussi par voie environnementale. Au Liban, plusieurs études ont été menées dans les hôpitaux et ont montré une prévalence élevée de bactéries multi-résistantes. En revanche, ces études sont rares dans le milieu vétérinaire. Le but de ce travail de thèse est de décrire l'épidémiologie des organismes multi-résistants dans les animaux d’élevage destinés à la consommation au Liban. Le typage des bactéries par MLST et le séquençage du génome entier ont été utilisés pour décrire la prévalence des organismes multi-résistants et les mécanismes de résistance chez les souches isolées. Nous pouvons ainsi conclure que les élevages de poulets et de porcs sont de puissants réservoirs de gènes de résistance BLSE et mcr-1 au Liban. La dissémination de la résistance semble être polyclonale et liée à la propagation de plasmides porteurs de gènes de résistance. Par conséquent, l'utilisation de la colistine en médecine vétérinaire au Liban doit être interditeNowadays, the epidemiology of multi-drug resistance has changed and is no more confined to the hospital settings. Food producing animals are increasingly regarded as potent reservoirs of multi-drug resistant organisms i.e. beta lactamase producers and colistin-resistant Gram-negative bacilli. The emergence of multi-drug resistance in animals is thought to be mainly driven by the overuse of antibiotics as growth promoters and prophylaxis. The dissemination of resistant organisms in animals is sparked by the concern of being transferred to humans where they can be candidates for infections with limited therapeutic options. The zoonotic transmission of resistant organisms from animals to humans occurs mainly via direct/indirect contact but also via environmental routes. In Lebanon, several studies were conducted in hospitals and showed a high prevalence of multi-drug resistance; unlikely, these studies are scarce in animals. The aim of this thesis research was thus to describe the epidemiology of multi-drug resistant organisms in Lebanese Livestock Multi-locus sequence typing and whole genome sequencing were used to describe the prevalence of multi-drug resistant organisms and the corresponding mechanisms of resistance in the isolated strains from chicken, pigs, farmers and environment. Chicken and swine farms showed to be potent reservoirs of ESBL and mcr-1 genes in Lebanon. The dissemination of multi-drug resistance appears to be multi-clonal and related to the spread of plasmid carrying resistance genes. Colistin use in veterinary medicine in Lebanon should be banned
47
Nora, Tamara. "La diversité génétique et phénotypique des populations virales issues de patients infectés par VIH - 1." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077187.
Full textAbstract:
Au cours de mon travail de thèse, nous avons développé une méthode originale d'étude de la diversité génétique du VIH. Cette méthode est fondée sur l'isolement de virus clonaux issus d'événements d'infection uniques à partir du plasma de patients infectés. L'analyse des séquences génomiques issues des virus clonaux nous a permis de quantifier in vivo un taux de recombinaison élevé chez les six patients étudiés, de démontrer le rôle de la recombinaison dans l'échappement du VIH aux traitements antirétroviraux, via un rôle dans la génération et la préservation de la diversité génétique du VIH. Nous avons aussi étudié les propriétés fonctionnelles des protéines Env provenant de virus clonaux isolés chez cinq patients. L'étude d'Env distinctes issues d'un même patient a révélée une extraordinaire diversité fonctionnelle, même parmi les virus utilisant le même co-récepteur. Cette diversité fonctionnelle se traduit par un large spectre d'infectivités sur un type cellulaire donné, des différences dans leur capacité relative à infecter différentes cellules cibles et des différences de sensibilités à certains inhibiteurs d'entrée. Aucune corrélation entre l'infectivité de ces virus clonaux et la sensibilité aux inhibiteurs d'entrée n'est observée, ce qui indique que ces propriétés fonctionnelles peuvent être, dans une certaine mesure, dissociéesDuring my thesis, we developed a new technique for study the genetic diversity of HIV. This method is based on the isolation of infectious clonal viruses directly resulting from single plasma-derived infections events. A comparison of the genomic sequences of clonal viruses from six patients demonstrated strong evidence for extensive recombinaison in vivo, showed that recombination could increase the diversity of drug resistant genotypes and reveals that recombination contributes to the generation and preservation of the HIV-1 diversity. The isolation of clonal viral populations from five different patients permits to evaluate the phenotypic properties of Env proteins exprimed by clonal viruses. Even when comparaisons were restricted to viruses from a same patient with similar tropism, genetically diverses Env proteins exhibited a remarkable fonctionnal diversity, included a wide range of infectivities for a given target cell, differences in their relative ability to infect different target cells and differences in sensibility to inhibition by some entry inhibitors. No correlation was observed between viral infectivity and inhibition by entry inhibitors, indicating that theses properties can be dissociated
48
Rajaonson, Sanda. "Inhibition of virulence gene expression in Rhodococcus fascians and Pseudomonas aeruginosa by flavonoïds isolated from the genera Dalbergia and Combretum." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2011. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209789.
Full textAbstract:
Plants are continuously confronted with a multitude attack either abiotic but also biotic in nature. Interestingly, despite the abundance of bacteria that plant has to face, only few are able to induce death or disease in the host plant. It is therefore likely that, in addition to secondary metabolites with antimicrobial properties, plants also synthesize secondary metabolites which are able to inhibit the expression of virulence genes in bacteria without affecting either growth or viability, which allows plants to host willingly or not bacterial populations. This work focuses on the identification of such metabolites in Malagasy plants (genera Dalbergia and Combretum) and the demonstration of their inhibitory effect on the expression of virulence genes in two different pathosystems: Rhodococcus fascians (a phytopathogen) and Pseudomonas aeruginosa (an opportunistic pathogen). Thus, two metabolites were isolated using a combination of chromatographic techniques coupled with tests that evaluate the expression of certain genes involved in the virulence mechanisms of these bacteria. The first is a new prenylated isoflavanone, named perbergin, isolated from the bark extract of D. pervillei. It was shown that the perbergin target attR gene expression, encoding a LysR-type transcriptional regulator that plays a key role in regulating the expression of virulence genes of R. fascians and the transition from an epiphytic to a pathogenic lifestyle. Therefore, we have also shown that the expression of all virulence genes known to date in R. fascians is also affected while the expression of genes involved in epiphytic fitness of the bacteria is not altered. In addition, the application of perbergin at the time of infection of plants susceptible to R. fascians shows that this molecule reduces in vivo the virulence of R. fascians, highlighting the potential of perbergin as an anti-infective agent. The second is a flavonoid known as catechin, isolated from the bark extract of C. albiflorum. Catechin significantly inhibits the expression of genes that regulate the mechanism of quorum sensing in P. aeruginosa such as lasI, LasR, rhlI and rhlR but also lasB and rhlA which expression depends on quorum sensing. Therefore, the production of virulence factors such as pyocyanin and elastase is significantly affected. Because of the limited number of our arsenal of antibiotics and their increasing ineffectiveness, the identification of these compounds create a path to an alternative in the fight against pathogenic bacteria and multidrug resistance of pathogenic bacteria to antibiotics. Our results also demonstrate the richness of Malagasy plants as (re)sources of new therapeutic molecules and the importance of widening the range of bacterial targets to be investigated to develop new strategies to fight within the endless war that we are waging against bacteria pathogens.Les plantes sont continuellement confrontées à une multitude d’attaques qu’elles soient de nature abiotique ou surtout biotique. Il est intéressant de noter que malgré la multitude de bactéries auxquelles les plantes doivent faire face, seules quelques unes sont capables d’induire la mort ou une maladie chez la plante hôte. Il est dès lors fort probable que, outre les métabolites secondaires ayant des propriétés antimicrobiennes, les plantes synthétisent également des métabolites secondaires capables d’inhiber l’expression des gènes de virulence chez les bactéries sans toutefois affecter ni leur croissance ni leur viabilité, ce qui permet aux plantes de contenir les populations bactériennes qu’elles hébergent de gré ou de force. Ce travail porte sur l’identification de ce type de métabolites dans des plantes malgaches (genres Dalbergia et Combretum) et la démonstration de leurs effets inhibiteurs sur l’expression de gènes de virulence chez deux pathosystèmes différents: Rhodococcus fascians (un phytopathogène) et Pseudomonas aeruginosa (un pathogène opportuniste). Ainsi, deux métabolites ont été isolés en utilisant une combinaison de techniques chromatographiques couplées avec des tests qui évaluent l’expression de certains gènes impliqués dans les mécanismes de virulence de ces bactéries. Le premier est un nouvel isoflavanone prénylé, nommé perbergine, isolé à partir de l’extrait d’écorces de D. pervillei. Il a été montré que la perbergine cible l’expression du gène attR, codant un régulateur transcriptionnel de type LysR qui joue un rôle clé dans la régulation de l’expression des gènes de virulence de R. fascians et qui assure la transition entre un mode de vie épiphyte et le mode pathogène. En conséquence, nous avons également montré que l’expression de l’ensemble des gènes de virulence connu à ce jour chez R. fascians est également affectée alors que l’expression de gènes impliqués dans l’aptitude épiphyte de la bactérie n’est pas altérée. Par ailleurs, l’application de perbergine au moment de l’infection de plantes sensibles à R. fascians montre que cette molécule atténue la virulence de R. fascians in vivo, mettant en exergue le potentiel de la perbergine comme agent anti-infectieux. Le deuxième est un flavonoïde, connu sous le nom de catéchine, isolé de l’extrait d’écorces de C. albiflorum. La catéchine inhibe significativement l’expression des gènes régulateurs du mécanisme du quorum sensing chez P. aeruginosa tels que lasI, lasR, rhlI et rhlR et également lasB et rhlA dont l’expression dépend du quorum sensing. En conséquence, la production des facteurs de virulence tels que la pyocyanine et l’élastase est significativement affectée. Compte tenu de l’appauvrissement de notre arsenal d’antibiotiques et de leur inefficacité croissante, l’identification de ces composés ouvre une voie alternative de lutte contre les bactéries pathogènes et la multirésistance des bactéries pathogènes aux antibiotiques. Nos résultats démontrent également la richesse des plantes malgaches comme (res)sources de nouvelles molécules thérapeutiques et l’importance d’élargir le champ des cibles bactériennes à investiguer pour développer de nouvelles stratégies de lutte dans la guerre sans fin que nous menons contre les bactéries pathogènes.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
49
Cimmino, Teresa. "Whole genome sequencing to decipher the resistome of clinical multidrug-resistant bacteria." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5068/document.
Full textAbstract:
WGS permet d'analyser et de déchiffrer l'étude de résistances de bactéries multirésistantes(MDR), en comprenant les différents mécanismes de résistance, les annuaires génétiques. Au cours de ma thèse de doctorat, j'ai réalisé: 1 revue de la littérature sur l'utilisation de nouveaux outils de diagnostic contemporains et les capacités dans la détection des foyers dans les maladies infectieuses causées par MDR. L'identification et l'analyse de résistances de bactéries multirésistantes Comme étant des Shewanellalgae, normalement de l'environnement marin, dans notre cas une souche clinique isolée du lavage bronchoalvéolaire d'un patient hospitalis avec pneumonie et Chryseobacteriumin dologenes, isolé d'une fibrose kystique du patient. Dans cette analyse, nous pouvons montrer que les bactéries environnementales telles que les S.algae peuvent être un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques. L'analyse exhaustive de ces bactéries a montré leur capacité à s'adapter à leurs écosystèmes, y compris l'acquisition de nouveaux éléments génétiques par transfert latéral de gènes. La détection des gènes impliqués dans la synthèse de peptides synthetasenon ribosomale et de polycétide synthétase peut avoir un rôle dans leur capacité à survivre dans des environnements hostiles tels que le tractus respiratoire des patients atteints de fibrose kystique ou leur présence chez des patients ayant subi plusieurs antibiotiques. Nous avons réalisé une analyse standardisée «insilico» afin de déterminer la résistance de ces bactéries et la présence de métabolites secondaires associés aux bactériocines et aux NRPS/PKS. L'application du NTS pour le séquençage du génome bactérien de nouvelles espèces bactériennes isolées dans le microbiome humain nous a permis de développer une plateforme capable d'analyser ces nouvelles espèces dans les 48heures. Ce travail permet de mieux comprendre la biodiversité des bactéries isolées dans le microbiome humainTheuse of WG Sallows to analyze and to decipherthe study of resistome of Multi Drug Resistant bacteria (MDR), understanding the different resistance mechanisms, genetic directories and their dissemination mechanisms at global level. During them y thesis I have achieved: 1. A literature review on the use of new contemporary diagnostic tools and capabilities in detecting out breaksin infectious diseases caused by MDR. 2: The identification and the analysis of resistome of multidrug resistant bacteria from clinical isolates suchasShewanellaalgae, normally marine environmental, in our case clinical strain isolated from the broncho alveolar lavage of a hospitalized patient with pneumonia and Chryseobacteriumin dologenes, isolated from a patient cysticfibrosis. In this analysis, we can show that environment albacteria suchas S.algae can be a reservoir of antibiotic resistance genes. The exhaustive analysis of these bacteria showed their ability to a dapttotheirecosystemsincludingtheacquisitionofnewgeneticelementsbylateralgenetransfer. The detection of genes in volved in the synthesis of nonribosomal peptide synthetase and polyketide synthases may have a role in their ability to survive in hostile environments suchas therespiratorytractofCFpatients or their presence inpatients having suffered multipleofantibiotic. 3:In this work,through theuse of the NTS onnew bacterial species isolated from human microbiome,we have a chieveda standardized analysis"insilico"to determine there sistome of these bacteria and the presence of secondary metabolites associated bacteriocins and the NRPS/PKS. The application of the NTS for sequenc in go bacterial genome of new bacterial species isolated in the human microbiome, allowe dus to develop a platform capable of analyzing the senew species within 48