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Dissertations / Theses on the topic 'Mycoplasmes'
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Zreik, Leyla. "La maladie des balais de sorcière du limettier au sultanat d'Oman, production d'anticorps monoclonaux et de sondes moléculaires pour la détection du MLO et recherche de l'insecte vecteur de la maladie." Bordeaux 2, 1992. http://www.theses.fr/1992BOR28175.
Full text
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Galvao, Ferrarini Mariana. "Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10302/document.
Full textAbstract:
L'appareil respiratoire des porcs est colonisé par plusieurs bactéries, parmi lesquelles trois espèces de mycoplasmes : Mycoplasma flocculare, Mycoplasma hyopneumoniae et Mycoplasma hyorhinis. Lors de ce doctorat, notre principal objectif était de mieux comprendre le métabolisme différentiel dans chacune des espèces à l'aide de différentes approches. Nous avons reconstruit les réseaux métaboliques complets pour toutes les souches séquencées de ces trois espèces de mycoplasmes afin d'y détecter des caractéristiques distinctes. Nous avons pu montrer que, bien que les trois espèces de mycoplasmes du porc ont des capacités métaboliques semblables, certaines différences existent qui incluent, d'une part, le catabolisme de myo-inositol et un système plus complet pour l'absorption du glycérol, et d'autre part, une large gamme de moyens d'absorption de carbohydrates chez M. hyorhinis. L'utilisation de glycérol comme source de carbone, une activité qui est absente uniquement dans M. flocculare, produit du peroxyde d'hydrogène qui est toxique, ce qui peut expliquer l'absence de pathogénicité de cette espèce. L'absorption d'un plus large éventail de sources de carbone chez M. hyorhinis peut également expliquer pourquoi cette espèce est un contaminant largement connu des cultures cellulaires. Des expériences de croissance ont montré que les milieux définis décrits pour d'autres espèces de mycoplasmes ne sont pas appropriés pour la croissance de mycoplasmes du tractues respiratoire de porcs, et que la peptone est essentielle pour le maintien de la viabilité des cellules à la fois de M. hyopneumoniae et de M. flocculare dans des milieux définis. Dans ce travail, nous proposons également de nouveaux média définis qui, in silico, sont extrêmement appropriés pour les mycoplasmes du porc. Les données de métabolomique suggèrent que même si ces espèces sont extrêmement similaires du point de vue de leurs génomes et des métabolismes, les produits et les taux de réaction diffèrent et la régulation des gènes peuvent interférer directement dans le métabolisme. Pour expliquer ces différences ainsi que d'autres décrits dans la littérature qui suggèrent que certains types de régulation de l'expression du gène existent en effet dans ces espèces, nous avons également essayé de recueillir des informations sur de nouvelles séquences promotrices. Ainsi, cette thèse servira de base pour l'étude du métabolisme différentiel et des pathologies causées par les mycoplasmes du tractus respiratoire du porc et pourra aider à proposer des façons de prévenir à l'avenir le développement des maladies associéesIn this PhD thesis, we presented three main types of analyses of metabolism, and in most cases involving symbiosis: metabolic dialogue between a trypanosomatid and its symbiont, comparative analyses of metabolic networks and exploration of metabolomics data. The respiratory tract of swines is colonized by several pathogenic bacteria, among which are three mycoplasma species: Mycoplasma flocculare, Mycoplasma hyopneumoniae, and Mycoplasma hyorhinis. In this work, we created whole-genome metabolic network reconstructions for all sequenced strains from these three Mycoplasma species. Similar to other Mycoplasma models all reconstructed networks exhibit low connectivity due to the simplicity of the biological model. We were able to show that the three swine mycoplasma species have similar metabolic capabilities. Interesting metabolic differences include the myo-inositol catabolism and a more complete system for glycerol uptake in M. hyopneumoniae and a wide range of carbohydrate uptake in M. hyorhinis. Glycerol conversion to DHAP, a missing activity only in M. flocculare, produces toxic hydrogen peroxide and may explain the lack of pathogenicity of this species. The uptake of a wider range of carbon sources in M. hyorhinis may also explain why this species is a wide-known contaminant in cell cultures. Growth experiments showed that defined media described for other Mycoplasma species are not suitable for the growth of respiratory tract swine mycoplasmas and that peptone is essential for the maintenance of cell viability of both M. hyopneumoniae and M. flocculare in defined media. Metabolomic data suggests that even though these species are extremely similar from a genomic and metabolic point of views, the products and reaction rates differ and gene regulation may interfere directly in metabolism. This, in turn, may account for many aspects still unknown that influence directly different levels of pathogenicity in each of them
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Apéré, Hervé. "Infections materno-fœtales à mycoplasmes génitaux : à propos d'une observation." Bordeaux 2, 1989. http://www.theses.fr/1989BOR23074.
Full text
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Bertin, Clothilde. "Étude de la synthèse des Exopolysaccharides sécrétés par les Mycoplasmes du groupe "mycoides" et notamment pas Mycoplasma mycoides sbsp. mycoides, agent de la péripneumonie contagieuse bovine." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10042.
Full textAbstract:
Notre modèle d'étude, Mycoplasma mycoides subsp. mycoides (Mmm), est l'agent de la péripneumonie contagieuse bovine (PPCB). Cette maladie fut un des plus grands fléaux de l'élevage bovin au XIXème siècle et sévit encore largement en Afrique. A cause de son impact sur l'économie, elle a bénéficié de grandes attentions dans les pays industrialisés, notamment lors des épisodes de résurgence européens dans les années 1980-90. Inscrite sur les listes de l'OIE, la PPCB est à déclaration obligatoire, ce qui entraine de sévères mesures de restriction sur le commerce des animaux vivants. Plusieurs espèces de mycoplasmes sont phylogénétiquement proches de Mmm. Pour mieux comprendre la pathogénie de cette maladie, il est nécessaire d'analyser les facteurs qui peuvent concourir à la virulence de l'agent pathogène incriminé. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés aux exopolysaccharides (EPS) de Mmm, candidats clés dans la virulence de cette bactérie. Ils ont été caractérisés chimiquement par HPLC et RMN, puis comparés aux polysaccharides capsulaires (CPS) dans le cadre d'une étude sur des variants intraclonaux de Mmm. Ces expériences ont été rendues possibles grâce à l'élaboration d'un protocole offrant une production optimale des EPS pour les analyses et un affranchissement des contaminants du milieu lors de leur isolement à partir des surnageants de culture. Ce protocole a permis, par ailleurs, d'élargir l'étude de caractérisation chimique des EPS au groupe « mycoides » auquel appartient Mmm. La production d'anticorps monoclonaux anti-polysaccharides a offert la possibilité d'étudier les communautés antigéniques au sein du groupe et de caractériser la localisation du polymère sécrété (CPS et/ou EPS). Les génomes séquencés et annotés disponibles ont fait l'objet d'études in silico sur les voies de biosynthèse potentiellement impliquées dans la production des polysaccharides. Les résultats montrent que dans le cas de Mmm, les variants d'un même clone présentent des différences de production de polysaccharides se traduisant par un phénotype opaque/translucide en culture sur milieu solide pouvant être associé à un « switch ON/OFF » du gène qui code un transporteur de glucose. Mmm sécréte du galactane (polymère de β-D-(1-6) galactofuranose) identique au composé associé à la membrane. Au sein du groupe « mycoides », deux espèces sécrètent un β-D-(1-2) glucane dont la structure linéaire est originale. L'analyse des voies de biosynthèse des génomes concernés concorde avec les deux produits mis en évidence. De nombreux gènes impliqués semblent résulter de transferts latéraux venant de mycoplasmes éloignés phylogénétiquement mais qui partagent le même habitatOur model, Mycoplasma mycoides subsp. mycoides (Mmm), is the agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP). CBPP is a severe contagious disease currently present in Africa. CBPP is classed as a notifiable disease by the OIE, which implies severe restrictive measures in in the trade of live animals. Because of its economic importance, CBPP has received much attention in indusdrialized country, notabily when the disease had reemerged in Europe in 1980’s and 90’s. To better understand the pathogenesis of this disease, it is necessary to analyze the factors that may contribute to the virulence of this agent. In this context, we were interested in Mmm exopolysaccharides (EPS), potential key molecules in the virulence of this bacterium. First, Mmm EPS were chemically characterized by HPLC and NMR and compared to the capsular polysaccharides (CPS) in a study on intraclonal Mmm variants. To conduct these experiments, a suitable methodology was developed to produce and to purify EPS from culture supernatants by avoiding technical difficulties due to the complexity of the mycoplasma growth medium. Then, this protocol allowed extending the study to the chemical characterization of EPS from mycoplasmas belonging to the Mycoplasma mycoides cluster (MMC) as Mmm. The production of monoclonal antibodies recognizing Mmm and Mccp polysaccharides was used to study the antigenic communities within this group of mycoplasmas and to characterize the location of the secreted polymer (CPS and/or EPS). The sequenced and annotated genomes were used to manage in silico studies of biosynthetic pathways potentially involved in the production of polysaccharides. The results showed that Mmm intraclonal variants resulting in an opaque / translucent phenotype on solid culture may be associated with an “ON/OFF switch" of the gene encoding a glucose transporter and, in turn associated to the production of either CPS or EPS. Mmm secretes a β-(1-6) galactofuranose polymer identical to that of the membrane associated compound, excepted it has no lipid anchor. Within MMC, there are two species that secrete a β -(1-2) glucan, the linear structure of which is original. The analyses of the biosynthetic pathways of the different genomes were consistent with the structure of the related secreted products. Many genes could appear to originate from phylogenetically distant mycoplasmas that share the same habitat
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KEMPF, MARTER ISABELLE. "Mycoplasmes des volailles : preparation de sondes nucleiques et analyse d'une fraction antigenique de mycoplasma gallisepticum." Rennes 1, 1991. http://www.theses.fr/1991REN10046.
Full textAbstract:
L'importance economique des infections a m. Gallisepticum et m. Synoviae chez la poule et chez la dinde necessite le depistage des troupeaux de selection ou de multiplication infectes. Afin d'ameliorer les techniques de diagnostic bacteriologique, la preparation de sondes nucleiques a ete realisee. L'adn de chacun de ces mollicutes a ete clone dans pbr322. Des hybridations differentielles ont ete effectuees sur quelques plasmides recombinants selon la methode de southerm avec des sondes d'adn genomique de m. Gallisepticum ou de m. Synoviae et ont permis d'identifier 18 clones porteurs de genes communs a ces deux mycoplasmes. La specificite des sondes retenues a ete controlee vis-a-vis d'un grand nombre d'especes de mycoplasmes de volailles. La sensibilite des inserts marques par la digoxigenine avoisine 5 a 0,5 ng d'adn ou 10#5 ccu. De plus, nous avons caracterise le clone pmg12. 37 qui comprend une partie au moins des genes d'arn ribosomiques de m. Gallisepticum et constitue donc un interessant outil epidemiologique. L'immunisation de poulets vis-a-vis de la fraction membranaire de m. Gallisepticum soluble dans le detergent hecameg a permis d'analyser les proprietes antigeniques de cette preparation. Les observations effectuees apres inoculation des oiseaux avec la souche pathogene mycoplasma gallisepticum r-p10 suggerent que cette fraction pourrait presenter un interet vaccinal
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Blanchard, Béatrice. "Détection de Mycoplasma hyopneumoniae chez le porc par la technique d'amplification enzymatique de gènes (PCR) : étude de l'hétérogénéité des souches de Mycoplasma hyopneumoniae." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR28287.
Full textAbstract:
L'objectif du travail présenté dans ce mémoire, a été de localiser les sites de multiplication de M. Hypopneumoniae et de rechercher les sites de prélèvements intéressants pour le diagnostic. Cette étude, réalisée en microscopie électronique, a permis de mettre en évidence le rôle prépondérant des relations entre l'épithélium trachéal et M. Pneumoniae et de mettre au point un modèle in vitro utilisant les anneaux de trachée de porc. Le second objectif du travail a été de mettre au point de nouvelles techniques de diagnostic afin d'améliorer la spécificité et la sensibilité des tests de diagnostic. La sonde d'ADN spécifique 1141 oibtenue au laboratoire permet de détexcter 3 105 organismes et de rechercher M. Pneumoniae à partir de l'ADN extrait des lavages trachéobronchiques. La sensibilité du test de détection avec la technique PCR a été augmentée de 1000 fois (4 102 organimes). Ce test permet de détecter M. Pneumoniae dans les lavages trachéobronchiques sans extraction d'ADN. Au cours de la mise en oeuvre de ce test, une hétérogénéité génomique des souches de M. Pneumoniae de référence par rappoort aux souches du terrain, a été mise en évidence. L'étude de cette hétérogénéité a permis d'identifier les gènes délétés chez les souches de référence et de connaître les protéines pour lesquelles ils codent. Ces protéines se révèlent homologues aux protéines de transport identifiées chez les bactéries tel que E. ColiThe purpose of the present study was to visualise the relationship between M. Pneumoniae and the porcine respiratory epithelium by electron microscopy and was an attempt to develop an in vitro model for M. Hypopneumoniae using pig tracheal rings. The second purpose of the study was to look for a specific DNA probe and specific primers to be used in polymerase chain reaction experiments for the specific detection of M. Pneumoniae. We selected a specific probe designated 1141 which was abble to detect 3 105 organisms and to identify M. Pneumoniae directly in tracheobronchiolar washing of experimently infected piglets. In order to increase the sensitivity of detection, we set up a PCR assay sequenced the specific 1141 fragment and chose a pair of primers. With the PCR reaction we were able to detect 500 fg of purified DNA and to detect M. Pneumoniae in clinical material without prior DNA purification. We have applied the PCR on DNA from collections (ATCC) and field strains of M. Pneumoniae. This analysis allowed us to reveal a genetic heterogeneity among strains. Genomic rearrangement resulted in the deletion of a 2221 bp fragment on the reference J strain. This deleted fragment coded for a protein homologous to one posessing an implicated transport function
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Schaeverbeke, Thierry. "Implication des mycoplasmes dans les rhumatismes inflammatoires de l'homme." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR28538.
Full text
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Ben, Abdelmoumen Boutheïna. "Caractérisation antigénique et moléculaire des mycoplasmes aviaires." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1996. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/nq21422.pdf.
Full text
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Marois, Corinne. "Epidémiologie des mycoplasmoses aviaires : applications et intérêt des méthodes d'amplification génique." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10147.
Full text
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Charenton, Claire. "Evolution et caractérisation fonctionnelle d’une ATPase de type F1-likeX0 spécifique des mycoplasmes." Thesis, Bordeaux 2, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR21936/document.
Full textAbstract:
Les ATPases F1F0 sont présentes chez la majorité des bactéries, notamment les mycoplasmes qui sont caractérisés par un génome réduit et un mode de vie parasitaire. En plus de l’opéron codant l’ATPase F1F0, des clusters apparentés de sept gènes ont été identifiés dans le génome de nombreux mycoplasmes. Au cours de cette thèse, nous avons cherché à caractériser l’évolution et la fonction de ces clusters supplémentaires. Quatre des protéines codées par ces clusters présentent des similarités structurales avec les sous-unités α, β, et ε de l’ATPase F1F0, résultant en une potentielle structure F1-like. Les trois autres protéines ne présentent aucune similarité avec des protéines connues. Une localisation transmembranaire est prédite pour deux d’entre elles. Deux types d’ATPase F1-like, Type 2 et Type 3, ont été identifiés. Les clusters de Type 2 et de Type 3 pourraient être originaires du groupe phylogénétique Hominis, les clusters de Type 3 ayant vraisemblablement été disséminés par des transferts horizontaux de gènes entre mycoplasmes colonisant le même hôte. Les gènes du cluster de Type 3 de Mycoplasma mycoides subsp. mycoides sont organisés en opéron et exprimés en milieu axénique. Des études de mutagénèse et de complémentation démontrent que le cluster de Type 3 est associé à une activité ATPase majeure des fractions membranaires. Des analyses biochimiques suggèrent que l’activité ATPase du cluster est sensible au ∆pH mais pas au ∆Ψ. Ces analyses suggèrent que le sodium et le potassium ne sont pas impliqués dans le fonctionnement de l’ATPase F1-likeX0. Les sous-unités des ATPases F1-likeX0 et F1F0 présentent un comportement différent en présence de détergents. L’ensemble de ces expériences suggèrent que l’ATPase F1-likeX0 est un complexe plus fragile que l’ATPase F1F0. Nos résultats montrent qu’en dépit d’une tendance à la réduction de génome, les mycoplasmes ont développé et échangé des ATPases sans équivalent chez d’autres bactéries. Nous proposons un modèle dans lequel une structure F1-like est associée avec un domaine hypothétique X0, enchâssé dans la membrane des mycoplasmesF1F0 ATPases have been found in most bacteria, including mycoplasmas that are characterized by drastically reduced genomes and a parasitic lifestyle. In addition to the typical operon of eight genes encoding genuine F1F0 ATPase, related clusters of seven genes were identified in many mycoplasmas. In this work, we investigated the evolution and the function of these supplementary clusters. Four proteins encoded by these clusters present structural similarities with subunits α, β, and ε of F1F0 ATPases, resulting in potential F1-like structures. The three other encoded proteins did not show any similarity to known proteins. Transmembrane helices were predicted for two of them, suggesting a membrane localisation. Two types of F1-like ATPases, Type 2 and Type 3, were identified. Clusters encoding Type 2 and Type 3 ATPases were assumed to originate from the Hominis group of mycoplasmas. Further spreading of Type 3 ATPases towards other phylogenetic groups by horizontal gene transfers in between mycoplasmas sharing a same host was proposed on the basis of phylogenetic trees and genomic context. Functional analyses indicated that genes of Type 3 cluster in the ruminant pathogen Mycoplasma mycoides subsp. mycoides were organized as an operon. Proteomic analyses indicated that the seven encoded proteins were produced during growth in axenic media. Mutagenesis and complementation assays demonstrated that Type 3 cluster was associated with a major ATPase activity of membrane fractions. Biochemical analyses indicated that this ATPase activity was sensitive to ΔpH but not to ΔΨ. These analyses suggested that Na+ and K+ were not involved in the F1-likeX0 functioning. Our results indicated a behaviour of F1-likeX0 ATPase subunits that is different to that of F1F0 ATPase subunits in presence of detergents. Altogether, these analyses suggest that the F1-likeX0 complex could be more fragile than the F1F0 complex. Our results showed that despite their tendency to genome reduction, mycoplasmas have evolved and exchanged specific F1-like ATPases with no known equivalent in other bacteria. We propose a model in which the F1-like structure is associated with a hypothetical X0 sector embedded in the membrane of mycoplasmal cells
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Lequen, Laurence. "Recherche systématique de mycoplasmes dans les sites extra-articulaires au cours de la polyarthrite rhumatoi͏̈de." Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR23054.
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Moalic, Pierre-Yves. "Mise au point de méthodes de dépistage des mycoplasmes génitaux de la dinde et analyse de leur pouvoir pathogène." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR28544.
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RAWADI, GEORGES. "Caracterisation des genes serine-esterase dans les mycoplasmes appartenant au groupe mycoides et interaction des mycoplasmes avec les cellules monocytaires humaines." Paris 7, 1995. http://www.theses.fr/1995PA077301.
Full textAbstract:
Nous avons utilise la technique de pcr a amorce unique pour amplifier et cloner les genes correspondants de serine-esterases dans m. Mycoides subsp. Mycoides lc. Trois genes codant pour des polypeptides possedant les motifs acides amines caracteristiques des sesrine-esterases ont alors ete identifies. Ces genes sont organises en operon. Les polypeptides codes par cet operon sont hautement homologues, (67 a 79%. L'identite de ces genes a ete ensuite confirmee par expression et detection de l'activite serine-esterase dans une souche d'e. Coli porteuse du suppresseur opale. Une technique basee sur l'amplification par pcr a amorces-arbitraires (ou ap-pcr) ont ete developpees pour le typage et l'identification des mycoplasmes du groupe mycoides. L'ap-pcr genere des profils caracteristiques de chacune des six especes ou sous-especes du groupe. Cette technique est potentiellement interessante comme outil pour les etudes epidemiologiques des especes de ce groupe. La seconde partie de cette these presente l'etude des interactions entre les mycoplasmes et les cellules monocytaires. Les resultats obtenus ont permis de mieux comprendre le mecanisme d'activation des ces cellules par les mycoplasmes : i) les mycoplasmes activent les monocytes par des voies specifiques distinctes de celles de lps ou de pma, ii) l'activation des ptk est cruciale pour la transmission du stimulus induit par les mycoplasmes et iii) ce sont les lipoproteines, membranaires, qui sont responsables de l'activation des monocytes. D'autres part, nous avons montre que deux especes de mycoplasmes sont capables d'induire la mort cellulaire programmee ou apoptose des cellules monocytaires immatures. Des proteines membranaires, non-associees aux lipides et de taille comprise entre 18 et 30 kda, sont les responsables de cette activite.
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Taoudi, Abdelali. "Epidémiologie des infections à mycoplasmes chez les bovins et les petits ruminants au Maroc étude de Mycoplasma capricolum /." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37601541k.
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Dupiellet, Jean-Paul. "Mycoplasmes de l'oie et du canard contribution à l'étude sérologique et moléculaire de souches apparentées à Mycoplasma gallisepticum /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37613341q.
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Dupiellet, Jean-Paul. "Mycoplasmes de l'oie et du canard : contribution à l'étude sérologique et moléculaire de souches apparentées à Mycoplasma gallisepticum." Bordeaux 2, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR22021.
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Taoudi, Abdelali. "Epidemiologie des infections a mycoplasmes chez les bovins et les petits ruminants au maroc : etude de mycoplasma capricolum." Clermont-Ferrand 2, 1986. http://www.theses.fr/1986CLF2E372.
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Boussens, Béatrice. "Sensibilité des mycoplasmes aux antibiotiques : activité in vitro de deux nouvelles molécules, le RP 59500 (streptogramine) et le RP 67829 (fluoroquinolone)." Bordeaux 2, 1991. http://www.theses.fr/1991BOR23035.
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Cazanave, Charles. "Analyse du polymorphisme associé aux répétitions en tandem pour le typage de deux espèces de mycoplasmes pathogènes chez l’homme : mycoplasma genitalium et Mycoplasma pneumoniae." Thesis, Bordeaux 2, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR21725/document.
Full textAbstract:
Au sein des mycoplasmes pathogènes pour l’homme, il existe des mycoplasmes à tropisme respiratoire, parmi lesquels M. pneumoniae, et d’autres dont le tropisme est la sphère urogénitale, comme M. genitalium. M. genitalium est un agent émergent dont l’épidémiologie est encore mal connue. Il est responsable d’infections sexuellement transmissibles, urétrites chez l’homme et cervicites chez la femme. M. pneumoniae est responsable d’infections respiratoires aiguës chez l’enfant et l’adulte jeune. M. genitalium est une espèce extrêmement fastidieuse dont la culture est exceptionnelle à partir de prélèvements de patients. Dans le but d'enrichir notre collection de prélèvements positifs pour M. genitalium un protocole de recherche clinique (FeminIST) proposant un dépistage systématique par PCR du portage de M. genitalium chez les femmes infectées par le VIH de la cohorte Aquitaine a été mis en place. Les méthodes génotypiques ont été largement appliquées pour le typage moléculaire des Mollicutes, mais peu de méthodes simples, automatisées et discriminantes l’ont été à M. genitalium et M. pneumoniae. La MLVA (« Multi-Locus Variable-Number of Tandem-Repeats Analysis ») est une méthode qui analyse le polymorphisme associé aux répétitions en tandem, présentant de nombreux avantages, comme un pouvoir discriminant élevé et la possibilité d’être réalisée directement à partir des prélèvements. Cette technique a été appliquée à M. genitalium et M. pneumoniae et comparée aux méthodes de typage déjà disponibles. Six et cinq VNTR ont été respectivement identifiés comme discriminants pour M. genitalium et M. pneumoniae. Les PCR ont été multiplexées et les amorces marquées pour faciliter et automatiser l’analyse réalisée par électrophorèse capillaire. La méthode a été réalisée sur notre collection de 265 souches cliniques de M. pneumoniae et directement à partir de 123 prélèvements positifs de M. genitalium. La MLVA a permis de typer 89,4 % des prélèvements positifs pour M. genitalium et toutes les souches de M. pneumoniae. Elle s’est révélée plus discriminante que les autres méthodes pour les deux espèces. Les représentations hiérarchiques des résultats confirment l’hétérogénéité de l’espèce M. genitalium et, en revanche, l’homogénéité de l’espèce M. pneumoniae. En résumé, la MLVA s’avère être un outil de typage moléculaire performant pour M. genitalium et M. pneumoniae donnant des résultats facilement échangeables entre laboratoiresHuman pathogenic mycoplasmas include respiratory tract species, such as M. pneumoniae and urogenital species, such as M. genitalium. M. genitalium is an emerging agent for which epidemiology is unclear. It is involved in sexually transmitted infections, mainly urethritis in men and cervicitis in women. M. pneumoniae is responsible for acute respiratory infections especially in children. M. genitalium is a fastidious species for which culture remains extremely difficult. In order to extend our collection of samples positive for M. genitalium, a clinical research study (FeminIST) was conducted. It consisted in a PCR screening for M. genitalium in the urogenital tract of HIV-infected women of the Aquitaine cohort. Genotyping methods have been widely applied to Mollicutes, but few simple and automatized methods have been developed for M. genitalium and M. pneumoniae. The MLVA (Multi-Locus Variable-Number Tandem-Repeats Analysis) method analyzes the genome polymorphism associated with tandem repeats. Its advantages are a high discriminatory power and the possibility of being used directly from clinical samples. This technique was applied to M. genitalium and M. pneumoniae and compared with other available genotyping methods. Six and five VNTR were selected for M. genitalium and M. pneumoniae, respectively. The use of multiplex PCR and capillary electrophoresis enabled a high-throughput analysis and allowed an easy interpretation of the results. The method was applied to our collection of 265 M. pneumoniae clinical strains and used directly from 123 clinical samples positive for M. genitalium. 89.4% of M. genitalium PCR-positive samples and all the M. pneumoniae isolates were amplified and typed. We showed a higher discriminatory power for our MLVA than for other genotyping methods, without the need of a fastidious sequencing step. The hierarchical representation of results confirms the M. genitalium species heterogeneity and the M. pneumoniae species homogeneity. MLVA appears to be a good tool for molecular typing of these two mycoplasma species, allowing an easy exchange of data between laboratories
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Pereyre, Sabine. "Mécanismes responsables de la résistance naturelle et acquise aux macrolides et apparentés chez Mycoplasma Hominis et de la résistance acquise à ces antibiotiques chez Mycoplasma pneumoniae." Bordeaux 2, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR21066.
Full textAbstract:
La résistance naturelle de Mycoplasma hominis aux macrolides à 14 et 15 chaînons a été étudiée en comparaison avec M. Pneumoniae, espèce naturellement sensible à ces antibiotiques. Chez M. Hominis PG21, les deux gènes de l'ARNr23S, cible de ces antibiotiques, ont été localisés et séquencés. Le mécanisme de résistance principal pourrait être lié à deux substitutions A2057G et C2610T dans le gène de l'ARNr 23S, mais un mécanisme d'efflux actif utilisant l'ATP comme source d'énergie ne peut être exclu. La résistance acquise aux macrolides à 16 chaînons de deux souches cliniques de M. Hominis a été associée aux mutations A2059G et C2611U de l'opéron rrnB de l'ARNr 23S. Enfin, des mutants de M. Pneumoniae résistants aux macrolides ont été sélectionnés in vitro et caractérisés. Des mutations dans les gènes de l'ARNr 23S (C2611A, A2062G), de la protéine ribosomique L4 (H70L, H70R, insertion de une à trois glycines) et de la protéine L22 (P112R, A114T, délétion IPRA) ont été mises en évidenceThe mechanism of intrinsic resistance of Mycoplasma hominis to macrolides and related antibiotics was investigated in comparison with M. Pneumoniae, which is naturally susceptible to these antibiotics. In M. Hominis PG21, both 23S rRNA genes, target of macrolides, were localized and sequenced. The main mechanism of intrinsic resistance could be related to substitutions A2057G and C2610T in 23S rRNA gene but existence of an ATP-dependent active efflux process cannot be ruled out. Acquired resistance to 16 membered-macrolides of two M. Hominis clinical isolates was associated with mutations A2059G and C2611U in operon rrnB of 23S rRNA. At last, macrolide resistant mutants of M. Pneumoniae were selected in vitro and characterized. Mutations in 23S rRNA genes (C2611A, A2062G), in ribosomal protein L4 (H70L, H70R, insertion of one, two or three glycines) and in protein L22 (P112R, A114T, IPRA deletion) were found
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Bébéar, Cécile. "Caractérisation de mutations impliquées dans la résistance aux fluoroquinolones chez Mycoplasma Hominis." Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR23072.
Full text
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Lartigue, Carole. "Développement de Plasmides OriC chez les mollicutes, réplication, spécificité d'hôte et utilisation pour la génomique fonctionnelle." Bordeaux 2, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR21042.
Full textAbstract:
Des plasmides réplicatifs oriC contenant l'origine de réplication chromosomique ont été construits pour quatre mycoplasmes responsables de maladies animales : Mycoplasma pulmonis, Mycoplasma mycoides subsp. Mycoides LC (MmmLC), Mycoplasma mycoides subsp. Mycoides (MmmSC) et Mycoplasma capricolum. Comme précédemment montré pour un autre mollicute, Spiroplasma citri, ces plasmides se répliquent chez leurs hôtes respectifs, ce qui démontre la fonctionnalité des oriC prédites in silico. La spécificité d'hôte des plasmides a été analysée par transformation réciproque. Alors que M. Pulmonis et S. Citri n'ont pu être transformés qu'avec leur propre plasmide homologue, un échange de plasmide est toléré par MmmLC et MmmSC. M. Capricolum peut être transformé par les plasmides des trois membres du complexe mycoides, mais aussi par celui de S. Citri. L'efficacité des plasmides oriC comme outils pour la génomique fonctionnelle des mollicutes a été démontrée par l'inactivation ciblée de gènesThe construction of oriC plasmids was achieved for four mycoplasmas implicated in animal diseases : Mycoplasma mycoides subsp. Mycoides LC (MmmLC), Mycoplasma mycoides subsp mycoides SC (MmmSC) and Mycoplasma capricolum. As previously shown for another mollicute, Spiroplasma citri, oriC plasmids were efficiently replicated in their respective hosts, demonstrating the functionality of in silico predicted oriC regions. The host specificity of these plasmids was investigated by heterologous transformations. While M. Pulmonis and S. Citri were only transformed by their own plasmids, plasmid exchange was tolerated between MmmLC and MmmSC. M. Capricolum was transformed by the plasmids from all three species belonging to the mycoides cluster and also by the S. Citri plasmid. The efficiency of oriC plasmids as tools for the functionnal genomics of mollicutes was shown by gene targeting experiments
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Grau, Odile. "Analyse des gènes ribosomiques des mollicutes : application à l'identification d'un mollicute non classé et conséquences taxonomiques." Bordeaux 2, 1991. http://www.theses.fr/1991BOR22033.
Full textAbstract:
La classe des mollicutes comprend 6 genres, définis en fonction de critères morphologiques, métaboliques, de taille de génome et de sensibilité a l'oxygène: mycoplasma, ureaplasma, spiroplasma, acholeplasma, anaeroplasma et asteroleplasma. En 1979, un mollicute, ppav, fut isolé de pommes atteintes par la maladie de la prolifération du pommier, et caractérise (il fut ensuite démontré qu'il n'était pas le mlo associé à cette maladie). Ses propriétés ne permirent pas de le classer dans un des genres de mollicutes. Représentait-il un genre nouveau? Nous avons apporté une réponse à cette question par le biais de la phylogénie. La séquence du rdna 16s de ppav a été déterminée, et comparée à celles d'autres mollicutes. Il existe, entre les rdnas 16s de ppav et de mycoplasma Iowae, un pourcentage d'homologie de 99,7. Ce résultat prouve que ppav appartient à l'espèce M. Iowae, bien que les tests sérologiques préliminaires ne l'aient pas mis en évidence. Ceci s'explique par l'existence, au sein de cette espèce, d'une diversité sérologique importante. Des tests complémentaires ont précisé que ppav appartenait au serotype J. Les résultats de déterminations de teilles du génome par pfge et une analyse critique des techniques employées pour les déterminations de tailles de génome ont montre que les mollicutes du genre mycoplasma ont une taille de génome variant de 570 a 1380 kb, et non se situant autour de 760 kb comme cela était admis. L'organisation et le nombre d'opérons ribosomiques ont été étudiés chez une vingtaine de mollicutes et 2 clostridia. Les gènes ribosomiques sont dans l'ordre eubactérien classique et ont un faible nombre de copies. Les signaux de transcription et de maturation ont été déterminés pour l'opéron ribosomique de M. Iowae et de S. Citri
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Kovacic, Rémi. "Mycoplasmes et VIH : développement d'outils de détection et étude épidémiologique transversale." Aix-Marseille 2, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX22047.
Full textAbstract:
Cette these decrit une etude du role potentiel des mycoplasmes lors des infections par le virus de l'immunodeficience humaine (vih). Apres avoir mis au point des tests de detection bases sur l'amplification de sequences de l'adnr 16s, nous avons realise une etude epidemiologique transversale pour rechercher plusieurs especes de mycoplasmes dans le sang de differentes populations infectees ou non par le vih. Seul mycoplasma fermentans, parmi les six especes recherchees, etait present de facon significative dans le sang, mais de facon equivalente dans les differentes populations (environ 10% des cas). Nous avons montre par ailleurs que ce mycoplasme pouvait causer des infections chroniques asymptomatiques chez les macaques et qu'il etait detecte dans le sang de facon intermittente pendant au moins deux ans. Des interactions firectes mycoplasmes-vih semblent peu probables dans la mesure ou la charge en mycoplasmes est faible. Ces resultats n'excluent cependant pas que des mycoplasmes puissent agir de facon indirecte sur le cycle infectieux du vih, notamment par leurs effets immunomodulateurs. Ces effets potentiels sont en cours d'etude, notamment en prenant le macaque comme modele, grace a des experiences de co-infection mycoplasmes-siv
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Bonnefois, Tiffany. "Expression de marqueurs fluorescents et d'antigènes viraux chez les mycoplasmes, étude d’interactions avec les cellules de l’hôte." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT028/document.
Full textAbstract:
Un mini-transposon qui permet une mutagénèse stable et non marquée a été modifié pour permettre l’expression de gènes chez les mycoplasmes. Cet outil a tout d’abord été utilisé pour le développement de mycoplasmes fluorescents. Pour ce faire, les protéines mCherry, mKO2 et mNeonGreen ont été insérées dans le chromosome de deux espèces de mycoplasmes phylogénétiquement distants : Mycoplasma mycoides subsp. mycoides (Mmm) et Mycoplasma bovis (M. bovis). Cette insertion a permis l’observation sans précédent de colonies fluorescentes vertes et rouges chez les deux espèces et ce, sans toxicité apparente. De plus, des niveaux de fluorescence équivalents ont été quantifiés par cytométrie en flux chez les deux espèces, ce qui suggère que l’outil développé peut être largement utilisé chez les mycoplasmes. Ces mycoplasmes fluorescents ont ensuite été utilisés pour effectuer des études d’adhésion, d’invasion et de persistance de ces deux espèces de mycoplasmes avec différents types cellulaires bovins. Ces analyses ont confirmé que M. bovis présente de meilleures capacités d’adhésion et prolifération au support de culture, ainsi qu’aux cellules embryonnaires épithéliales qu’il envahi. Il présente aussi une meilleure résistance à la l’élimination par les macrophages. Néanmoins, Mmm a aussi été détecté à l’intérieur des macrophages après 72 heures d’infection, et ce, même à des MOI faibles et en présence de concentrations bactériostatiques d’antibiotique. Ensuite, le système d’expression a été utilisé pour tester la possibilité d’utiliser les mycoplasmes en tant que vecteurs vaccinaux. Le gène de la protéine H du virus de la peste des petits ruminants, utilisé avec succès dans des vaccins recombinants, a été inséré dans un mycoplasme caprin comme preuve de concept d’un vaccin multivalent. Cependant, malgré la détection d’ARNm spécifique, l’expression de la protéine virale n’a pas été mise en évidence, et ce, malgré le recours à une technique très sensible de détection par spectrométrie de masse. La preuve de concept n’a donc pas pu être réalisée. Pour conclure, les systèmes d’expression de gènes de fluorescences développés dans ces travaux sont bien adaptés aux études d’interaction hôte-pathogène et offrent une multitude de perspectives pour l’analyses fonctionnelle chez les mycoplasmes in vitro et in vivoA mini-transposon affording unmarked, stable mutagenesis in mycoplasmas was modified to allow gene expression. This tool was first used for the development of fluorescence expression for stable and innocuous whole mycoplasma cell labelling. For this purpose, the fluorescent proteins GFP2, mCherry, mKO2 and mNeonGreen were introduced as chromosomal tags in the phylogenetically distant species Mycoplasma mycoides subsp. mycoides (Mmm) and Mycoplasma bovis (M. bovis), resulting in the unprecedented observation of red and green fluorescent mycoplasma colonies in the two species, with no apparent cytotoxicity. Equivalent fluorescence expression levels were quantified by flow cytometry in both species, suggesting that these tools can be broadly applied in mycoplasmas. These fluorescent mycoplasmas were then used to compare the adhesion, invasion and persistence of the two species in different bovine cells. They notably confirmed that M. bovis shows a higher adhesion and proliferation capacity to the inert culture surface and higher adhesion to embryonic lung epithelial cells, which it invades. It also shows an increased resistance to elimination by macrophages. However, fluorescent Mmm were also detected inside the phagocytes 72h post-infection, even at a low MOI. Finally, the expression vector was used to assess the possible use of mycoplasmas as vaccine vectors. For this purpose, we introduced the H gene of the “peste des petits ruminants” virus, already used in effective recombinant vaccines, in a caprine mycoplasma as proof-of-concept of a mycoplasma-based multivalent vaccine. However, despite the detection of specific mRNA, the expression of the viral protein could not be evidenced using a highly a sensitive peptide detection technique by mass spectrometry, so this prove of concept could not be delivered. Still, the fluorescence expression tools developed in this study are suitable for host-pathogen interaction studies and offer innumerable perspectives for the functional analysis of mycoplasmas both in vitro and in vivo
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Maigre, Laure. "Développement d'outils d'identification et de biotypage appliqués à l'étude des infections caprines dues à des mycoplasmes du groupe "Mycoplasma mycoides" (groupe "M. mycoides")." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10072.
Full textAbstract:
Le groupe ‘M. mycoides’ constitue une branche phylogénétique homogène des mycoplasmes regroupant 6 taxons pathogènes des ruminants, responsables pour la plupart de maladies inscrites sur la liste de l’OIE. L’identification taxinomique sur laquelle repose le diagnostic reste délicate à cause de réactions antigéniques et génétiques croisées et d’un manque d’universalité intra-taxon des PCR, notamment pour les taxons Mcc, MmmLC et Mbg7. Une approche par hybridation soustractive sélective a été développée pour 1) appréhender les différences moléculaires entre ces 3 taxons ; 2) analyser globalement la diversité au sein du groupe ‘M. mycoides’ et 3) rechercher de nouveaux marqueurs d’intérêt diagnostique. Nos résultats montrent un important partage de séquences entre ces taxons, MmmLC et Mcc étant très polymorphes par rapport à Mbg7, plus homogène et qui représente une sorte de chimère entre les taxons Mcc et MmmSC. Nos données nous ont permis de développer un test PCR spécifique pour Mcc mais la diversité génétique du groupe ‘M. mycoides’ dépasse les frontières entre taxons rendant difficile et peu pertinente l’identification taxinomique. Un typage des souches en fonction de la virulence indépendamment de l’espèce serait l’approche diagnostique alternative. La faisabilité d’une telle approche a été explorée dans le cas du taxon MmmLC mais aucun critère susceptible de différencier les souches issues de foyers de celles issues de portage dans des troupeaux sans antécédent clinique n’a pu être mis en évidence. Ce continuum génétique entre souches, probablement lié à des transferts génétiques horizontaux, imposera à l’avenir une surveillance globalisée des mycoplasmosesThe ‘M. mycoides’ cluster, a homogenous phylogenetic branch of the Mollicutes, includes 6 taxa which are responsible for diseases in ruminants, most of which are listed by the OIE. Their taxonomic identification, on which current diagnosis is based, is impaired by antigenic and genetic cross-reactivity and by the lack of a universal, intra-taxon PCR assay, especially for the Mcc, MmmLC and Mbg7 taxa. A suppression subtractive hybridization approach was developed to: 1) define molecular differences between these 3 taxa; 2) analyze the overall genetic diversity within the ‘M. mycoides’ cluster and 3) search for new markers useful for diagnosis. Results obtained here showed that several sequences are shared across taxa, with Mcc and MmmLC being very polymorphic compared to Mbg7 which is more homogeneous, representing a sort of chimera between Mcc and MmmLC. From these analyses, a specific PCR assay was designed for Mcc identification but, because of the genetic diversity existing within the ‘M. mycoides’, the taxonomic identification of new strain appears less and less relevant. Instead, regardless of their species, strain typing on the basis of their virulence would offer an alternative approach for diagnosis. We assessed this type of approach for the MmmLC taxon but so far, our attempts to uncover markers that would distinguish pathogenic strains from carrier strains, isolated from herds with no clinical history, have failed. The genetic continuum observed between strains is remnant of horizontal gene transfers and imposes the development of a more global approach for mycoplasmosis surveillance
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Belaïd, Baya. "Production d'anticorps monoclonaux spécifiques de Mycoplasma capricolum : application potentielle à un test de diagnostic rapide sur des laits suspects." Université de Paris-Sud. Faculté de pharmacie (Châtenay-Malabry, Hauts-de-Seine), 1992. http://www.theses.fr/1992PA114823.
Full textAbstract:
Après immunisation de souris BALB/c par des membranes de mycoplasmes traitées par les ultrasons et par la digitonine, des anticorps monoclonaux (AcM) ont été produits contre les 3 espèces de mycoplasmes (M. Capricolum, M. Agalactiae et M. Mycoides su b s p mycoides LC) incriminés dans le syndrome agalaxie contagieuse. Seuls 5 AcM dirigés contre l'espèce M. Capricolum ont été caractétisés. Ils sont spécifiques d'une protéine membranaire interne de 37,5 Kilodaltons. Grâce à ces AcM, un test d'immunodot spécifique et rapide a été mis au point. L'application potentielle de ce test à 14 laits de chèvres et de brebis suspectes d'agalaxie contagieuse, montre que ce test est envisageable sur le terrain. Par ailleurs, la sensibilité du test capable de détecter environ 10-20 pg de protéines membranaires et entre 3,5 102 à 7 103 germes, laisse supposer que ce test est applicable pour la détection de M. Capricolum.
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Solsona, Michel. "Variabilité intraspécifique de trois mycoplasmes pathogènes majeurs chez les ruminants et applications épidémiologiques." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10140.
Full textAbstract:
La variabilite intraspecifique a ete evaluee pour trois especes mycoplasmiques: mycoplasma (m. ) bovis, m. Agalactiae et m. Myocoides subsp. Mycoides biotype small colony (m. M. M. Sc), l'agent de la peripneumonie contagieuse bovine (ppcb). Les souches ont ete comparees selon: leur profil de restriction chromosomique a l'aide d'endonucleases, leur profil proteique obtenu par electrophorese en gel de polyacrylamide, leur profil antigenique obtenu par immunoblotting avec des anticorps polyclonaux, monospecifiques ou monoclonaux. Certaines particularites mise en evidence, se sont averees d'interessants marqueurs epidemiologiques. Parmi 37 souches de m. Bovis on a distingue 13 groupes genomiques differents. La variabilite des profils antigeniques s'avere importante et independante de la repartition genomique. Cette variabilite s'explique en particulier, par l'existence de systemes antigeniques membranaires complexes, qui presente des variations d'expression et de taille, d'une souche a l'autre mais egalement dans la descendance d'un clone et ceci avec une frequence elevee. Parmi 25 souches de m. M. M. Sc on a distingue 3 principaux groupes genomiques et des particularites dont la souche de reference et les souches vaccinales. Les souches europeennes sont differentes des souches africaines. Antigeniquement, les 46 souches etudiees s'averent assez homogenes. Cependant, les souches italiennes presentent une particularite qui n'est partagee par aucune autre souche. Ces donnees permettent d'argumenter les possibles filiations entre les differentes zones d'enzootie de ppcb. Aucune difference genomique n'a ete caracterisee parmi 12 souches de m. Agalactiae differant par leur espece animale hote, par leur origine geographique et par leur pouvoir pathogene. Les profils antigeniques de 31 souches apparaissent tres variables, cependant deux grands types se dessinent: les souches isolees dans le sud-ouest de la france et celles isolees dans les alpes. Cette variabilite resulte de differences antigeniques reelles mais egalement de l'existence d'antigenes dont l'expression et la taille varie d'une souche a l'autre
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Barbeyrac, Bertille de. "Application des techniques d'hybridation au diagnostic des infections à mycoplasmes et chlamydia trachomatis et à la détection du gène de résistance aux tetracyclines TET(M) chez certaines bactéries responsables d'infections génitales." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR28307.
Full text
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Fassi, Fehri Lina. "Activité antimicrobienne de peptides membranotropes et mécanisme de résistance chez mycoplasma pulmonis." Rennes 1, 2005. http://www.theses.fr/2005REN1S061.
Full textAbstract:
La résistance bactérienne aux antibiotiques est un problème de santé publique. Notre objectif est de mieux connaître les facteurs qui affectent l'efficacité antibactérienne des peptides antimicrobiens qui constituent des antibiotiques prometteurs. Nous avons étudié les interactions entre le mollicute Mycoplasma pulmonis et dix peptides différents. L'activité de ces peptides, à l'exception de la globomycine, est indépendante de la densité bactérienne mais est sensible à la concentration sérique du milieu de culture. Les combinaisons de peptides et d'antibiotiques ont montré des effets antibactériens additifs. Chez des clones sélectionnés pour leur résistance à la gramicidine D et à la mellitine, une surexpression de protéines de stress a été attribuée à des mutations dans le gène hrcA. La complémentation avec le gène hrcA sauvage restaure la sensibilité aux deux peptides démontrant que la résistance résulte d'une réponse au stress impliquant les gènes régulés par la protéine HrcA.
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Le, Carrou Jérôme. "Mécanismes cellulaires et moléculaires de la persistance des mycoplasmes aviaires et porcins après un traitement par les fluoroquinolones." Rennes 1, 2006. http://www.theses.fr/2006REN1S030.
Full text
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Tsarmpopoulos, Iason. "Ingénierie de génome de bactéries minimales par des outils CRISPR/Cas9." Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0787/document.
Full textAbstract:
Les mycoplasmes sont des bactéries pathogènes, dotées de petits génomes d’environ 1Mbp, avec une faible teneur en G+C. L'intérêt de la communauté scientifique pour ces bactéries a été récemment renouvelé par des avancées dans les domaines de la synthèse et de la transplantation de génomes. Ces nouvelles approches ont ouvert la voie à l'ingénierie génomique à grande échelle des mycoplasmes. Les systèmes CRISPR/Cas sont des systèmes de défense adaptatifs procaryotes contre les acides nucléiques invasifs. Le système CRISPR de Streptococcus pyogenes est composé d’une endonucléase (SpCas9) et de deux CRISPR ARNs (crRNA et tracrRNA) qui dirigent Cas9 vers sa séquence d’ADN cible. La reconnaissance de l’ADN cible se fait par appariement du crRNA et de la présence en aval d’une séquence nommée protospacer adjacent motif (PAM). Apres cette reconnaissance, Cas9 coupe l’ADN cible. A partir de ce système, un outil génétique simplifié composé de Cas9 et d’un ARN guide (gRNA) a été développé pour de nombreux organismes. Le premier objectif de ma thèse était de combiner les méthodes de biologie synthétique de clonage et de la transplantation de génomes avec les outils CRISPR/Cas9 pour l’ingénierie des génomes de mycoplasmes clonés dans la levure. Nous avons réussi à utiliser cette approche pour enlever des gènes et des régions génomiques dans trois espèces: Mycoplasma mycoides subsp. capri (Mmc), M. capricolum subsp. capricolum et M. pneumoniae. Afin de développer un système plus adapté aux mycoplasmes, nous avons ensuite caractérisé le système CRISPR/Cas9 de Mycoplasma gallisepticum (Mg). En utilisant une combinaison d'approches in silico et in vivo, la séquence PAM de MgCas9 a été caractérisée comme NNNAAAA. Nous avons alors entrepris de développer un système CRISPR/Cas minimal de M. gallisepticum pour une utilisation directe dans les cellules de mollicutes: le gène codant MgCas9 a été introduit dans le génome de Mmc, mais son activation avec un gRNA chimère entre le crRNA et le tracrRNA de M. gallisepticum n’a pas été obtenue pour le momentMycoplasmas are small pathogenic bacteria that are characterized by reduced genomes of about 1 Mbp with a low G+C content. The interest of the scientific community towards these species has been recently renewed by successful synthesis of their genome and transplantation experiments. These new genetic tools opened the way to further applications and developments for large-scale genome engineering programmes. CRISPR/Cas systems are natural systems that provide bacteria and archaea with an adaptive defense mechanism against invading nucleic acids. The CRISPR system from Streptococcus pyogenes includes an endonuclease (SpCas9) and two CRISPR RNAs (crRNA et tracrRNA) which role are to drive Cas9 to a target sequence. Target recognition depends on a specific pairing of the crRNA and the presence of a motif named protospacer adjacent motif (PAM). After recognition, Cas9 cleaves the targeted DNA. From the natural S. pyogenes system, a simplified genetic tool including Cas9 and a guide RNA (gRNA) was developed for many organisms . The first goal of my thesis was to combine the synthetic biology methods of genome cloning in yeast and back transplantation into recipient cells with a CRISPR/Cas9 tool for efficient engineering of mycoplasma genomes cloned in yeast. We succeeded in removing genes and genomic regions in three different species, Mycoplasma mycoides subsp. capri (Mmc), M. capricolum subsp. capricolum and M. pneumoniae. Then, in order to develop a system optimized for mycoplasma genome editing, we characterized a natural CRISPR/Cas9 system derived from Mycoplasma gallisepticum (Mg). Using a combination of in silico and in vivo approaches, MgCas9 PAM sequence was characterized as NNNAAAA. We then started to develop a minimal CRISPR/Cas system from M. gallisepticum for direct genome editing in mollicutes. Thus we introduced MgCas9 encoding gene in Mmc and tried to activate it with a newly designed gRNA, a chimeric molecule between the crRNA and the tracrRNA of M. gallisepticum, without success yet
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Faucher, Marion. "Le transfert horizontal de gènes chez les mycoplasmes : de l'acquisition de l'antibiorésistance à la dynamique des génomes." Thesis, Toulouse, INPT, 2018. http://www.theses.fr/2018INPT0117/document.
Full textAbstract:
Les mycoplasmes sont des bactéries atypiques, dépourvues de paroi et souvent considérées comme des cellules minimales du fait de la taille réduite de leur génome. De nombreuses espèces sont pathogènes et ont un impact économique important dans les filières d'élevage, notamment pour les ruminants. Les mycoplasmes n'échappent pas au phénomène mondial de la résistance aux antibiotiques. Contrairement à la plupart des autres bactéries, les mycoplasmes ne contiennent pas de plasmides conjugatifs souvent incriminés dans la dissémination horizontale de gènes de résistance, la base moléculaire principalement décrite étant la mutation chromosomique des gènes cibles. De façon générale, le transfert horizontal de gènes (HGT) chez les mycoplasmes a longtemps été sous-estimé. Récemment, deux mécanismes de HGT ont été décrits chez Mycoplasma agalactiae : le transfert d'élément conjugatif et intégratif (ICE), et le transfert non-conventionnel de régions chromosomiques par conjugaison appelé MCT (Mycoplasma Chromosomal Transfer). Nos travaux se sont attachés à explorer ce dernier mécanisme et à évaluer son impact sur l'acquisition de la résistance aux antibiotiques. Une analyse de génomique comparative a été conduite à partir du séquençage de nombreux mutants spontanément résistants et de transconjugants générés par des expériences de mating et sélectionnés pour leur résistance. Nos résultats montrent que le MCT conduit de façon distributive au transfert simultané de nombreux fragments. En une seule étape de conjugaison impliquant deux souches, ce phénomène génère une population variée de génomes hautement mosaïques. Il accélère la dissémination de l'antibiorésistance, permettant l'acquisition de plusieurs mutations distantes associées à la résistance en un seul événement. De par les multiples possibilités de réassemblage génomique qu'il produit, le MCT pourrait avoir des conséquences importantes sur d'autres processus adaptatifs comme la virulence ou la spécificité d'hôte. Enfin, les modalités distributives et l’ampleur du MCT expliquent l'origine des transferts de gènes précédemment détectés in silico entre de nombreux mycoplasmes. Ce phénomène pourrait donc avoir eu des répercussions importantes sur l'évolution de ces bactéries minimales et être un facteur clé de leur persistance et virulence actuellesMycoplasmas are wall-less bacteria often portrayed as minimal cells because of their reduced genomes. Several species are pathogenic and have a significant economic impact on livestock production, especially for ruminants. Mycoplasmas are also concerned with the worldwide increase in antibiotic resistance. In contrast to the majority of bacteria, these simple bacteria are deprived of conjugative plasmids that are frequently implicated in the horizontal dissemination of resistance genes: in mycoplasmas antibiotic resistance mainly relies on chromosomal mutations in target genes. In Mycoplasmas, the horizontal gene transfer (HGT) has long been underestimated. Recently, two conjugative mechanisms of HGT were described in Mycoplasma agalactiae: the transfer of an integrative and conjugative element (ICE), and the unconventional transfer of chromosomal DNA further designed by “MCT” for Mycoplasma Chromosomal Transfer. Our current study focused on exploring MCT mechanisms and on estimating its impact on antibiotic resistance dissemination. Comparative genomic analyses were performed from the sequencing (i) of spontaneous resistant mutants and (ii) of transconjugants selected by mating experiments and selected based on their resistance. Data revealed that MCT generated the simultaneous transfer of multiple, unrelated donor-fragments following a distributive process. In one conjugative step involving two strains, MCT generated a variety of highly mosaic genomes. This phenomenon was also shown to accelerate the dissemination of antibiotic resistance, by allowing in one step the acquisition of multiple and dispersed mutations associated with resistance. Due to the limitless ability of this phenomenon in reshuffling genomes, MCT may offer a valuable contribution in other adaptive processes such as virulence or host specificity. Finally, the distributive nature and the extent of MCT explain the origin of genes transfers detected in silico in several mycoplasma species. MCT is certainly a major player in the evolution of these minimal bacteria and a key factor of their persistence and virulence
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Dedieu, Laurence. "Recherche sur la détection et l'identification des mycoplasmes du groupe mycoïdes par des outils génétiques." Paris 12, 1990. http://www.theses.fr/1990PA120039.
Full textAbstract:
Deux techniques basees sur l'utilisation d'outils genetiques ont ete adaptees a l'identification et a la detection des mycoplasmes du groupe mycoides. Une etude des profils de restriction des genes codant pour les acides ribonucleiques ribosomaux a ete realisee apres hydrolyse de l'adn par les enzymes hindiii, ecori, ecorv, drai, hindii ou rsai. Dans chaque cas, les resultats obtenus pour les six mycoplasmes de ce groupe ont ete compares. Ils demontrent qu'ils peuvent etre identifies par leurs profils de restriction hindiii seuls ou couples aux profils de restriction ecorv. Cependant, l'identification etant, le plus souvent, orientee par l'origine du prelevement, sa confirmation ne necessite qu'un seul de ces profils. L'etude de ces profils presente, egalement, un interet majeur dans le domaine de la taxinomie. Elle precise l'importance des liens genetiques existant au sein du groupe mycoides. La seconde partie de cette these presente la mise au point d'une sonde specifique de mycoplasma capricolum. Cette sonde est constituee d'un fragment d'adn d'environ 900 paires de bases, isole du genome de la souche de reference. Elle s'hybride avec l'adn extrait de chacune des dix souches de m. Capricolum testee. Une faible reaction croisee n'apparait qu'en presence d'un exces d'adn (500 ng) de m. Sp. Type f38 ou de m. Sp. Type pg50. Aucune hybridation n'est obtenue avec l'adn des autres mycoplasmes de ce groupe ou de m. Agalactiae. Cette sonde est 500 a 1000 fois plus sensible avec l'adn de m. Capricolum. Elle detecte 500 pg d'adn homologue, ce qui correspond a 5. 10#4 mycoplasmes. Cette sonde, selon les conditions decrites pour son utilisation, est donc specifique de m. Capricolum
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Bébéar, Cécile. "Mécanismes génétiques de la résistance aux fluoroquinolones liée à la cible chez Mycoplasma Hominis." Bordeaux 2, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR28553.
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Liepmann, Marie-Florence. "Mise au point de tests immunoenzymatiques pour la détection d'antigènes et d'anticorps spécifiques des infections à mycoplasmes uro-génitaux." Lille 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LIL10144.
Full textAbstract:
Étant donné la latence et la chronicité de l'infection par les mycoplasmes urogénitaux, M. Hominis et u. Urealyticum, il nous a semblé nécessaire de disposer de techniques simples et reproductibles permettant un diagnostic rapide des infections par ces microorganismes. Pour la détection d'anticorps spécifiques de ces infections, un test immunologique de type Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) est choisi. Pour son élaboration, des membranes de M. Hominis et U. Urealyticum ont été obtenues après lyse aux ultrasons suivie d'une centrifugation différentielle. Après avoir étudié plusieurs types de détergents, les antigènes membranaires sont solubilisés par du déoxycholate de sodium et leur antigénicité vérifiée. D'autre part les protéines 102 et 116 kD spécifiques de M. Hominis sont obtenues par électroélution ; cet antigène est comparé à l'antigène membranaire soluble précèdent. Les conditions optimales du test ELISA sont étudiées à l'aide d'un immunsérum de lapin anti M. Hominis et/ou U. Urealyticum. La méthodologie est appliquée au diagnostic chez 150 patients. En ce qui concerne le test direct, la détection d'antigènes est effectuée par Immunobinding Assay (IBA). Des anticorps spécifiques des espèces étudiés sont préparés par immunisation des souris. Des immunoglobulines sont purifiées par précipitation au sulfate d'ammonium des immunsérums de souris suivie d'une dialyse de trois jours et d'une chromatographie d'échangeurs d'ions. La spécificité du test est étudié vis-a-vis de 5 mycoplasma et 8 ureaplasma. La technique est appliquee a l'etude de 20 prélèvements genitaux humains
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Poumarat, François. "Analyse antigénique des mycoplasmes des ruminants par des techniques immunoenzymatiques : application à la taxonomie et au diagnostic." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO10065.
Full textAbstract:
Le but de ce travail a ete de developper de nouvelles techniques rapides, simples et fiables d'identification immunochimique des mycoplasmes rencontres chez les ruminants. La premiere partie decrit une technique d'identification par dot immunobinding sur membrane de filtration (mf dot) a l'aide de serums hyperimmuns specifiques. Cette technique permet en 2 a 3 heures l'identification, directement a partir de bouillon de culture, de l'ensemble des especes, sous-especes et serogroupes rencontres frequemment ou occasionnellement chez les ruminants. Sa specificite a ete comparee a celle des tests de reference. Dans une seconde partie, les relations antigeniques entre les especes, sous-especes, les serogroupes et les biotypes ainsi que les variations antigeniques au sein de chacun ont ete etudiees par mf dot, parmi deux groupes biochimiques de mycoplasmes, comprenant les principaux mycoplasmes pathogenes pour les ruminants. Dans une troisieme partie, ont ete selectionnes des anticorps monoclonaux specifiques et representatifs de l'ensemble des variantes, d'une part du biotype small colony de la sous-espece mycoplasma mycoides subsp. Mycoides, agent de la peripneumonie contagieuse bovine et d'autre part de l'espece mycoplasma bovis, agent de pneumopathies, d'arthrites et de mammites chez les bovins. Utilises dans des tests de dot immunobinding, ces anticorps monoclonaux assurent une identification certaine, peu onereuse et facilement decentralisable des deux principaux mycoplasmes pathogenes des bovins
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Nouvel, Laurent-Xavier. "Etude de la diversité génétique de Mycoplasma agalactiae : plasticité des génomes, mobilome et dynamique de surface." Thesis, Toulouse, INPT, 2009. http://www.theses.fr/2009INPT013A/document.
Full textAbstract:
Mycoplasma agalactiae est responsable de l'agalactie contagieuse, maladie des petits ruminants difficilement contrôlée et figurant sur la liste de l’OIE. Afin d’évaluer la diversité génétique de ce pathogène, 101 isolats ont été comparés par trois techniques (VNTR, RFLP, répertoire vpma). Les résultats révèlent une grande homogénéité génétique dont la souche type PG2 est représentative. Quelques isolats font exception telle la souche 5632 que nous avons séquencée et analysée ici. La comparaison des génomes et des protéomes entre 5632 et PG2 indiquent que la plasticité de ces génomes est liée à d’importants échanges d'ADN et à la présence de nombreux éléments génétiques mobiles (10% du génome). Ces analyses révèlent également une forte dynamique au sein de répertoires de gènes codant des protéines de surfaces. Pour les mycoplasmes, bactéries minimales dépourvues de paroi, ces évènements ont certainement joués un rôle dans leur survie et leur adaptation à des hôtes complexesMycoplasma agalactiae is responsible of contagious agalactia, a disease of small ruminants that is still difficult to control and is listed by the OIE. In order to evaluate the genetic diversity of this pathogen, 101 isolates were compared using three techniques (VNTR, RFLP, vpma repertoire). Results revealed a high genetic homogeneity with the PG2 type strain as representative. Some isolates however diverged such as the 5632 which was sequenced and analysed here. Whole comparative genomic and proteomic analyses of the 5632 and PG2 strains indicate that their genomic plasticity resides in important genes flux and in the presence of several mobile genetic elements (10% of the genome). These analyses also revealed that specific loci encoding repertoire of surface proteins are highly dynamic. For these minimal bacteria that lack a cell-wall, these events have most likely played a major role in their survival and adaptation to complex hosts
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Deblanc, Céline. "Etudes comparées de la pathogenèse des virus grippaux chez le porc pré-infecté ou non par Mycoplasma hyopneumoniae." Thesis, Rennes 1, 2016. http://www.theses.fr/2016REN1B040/document.
Full textAbstract:
La grippe porcine est une infection enzootique touchant 50% du cheptel français. Elle passe parfois inaperçue, mais peut également induire une forte morbidité au sein des lots d’animaux touchés, entraînant une baisse des performances zootechniques et des pertes économiques importantes. La sévérité de l’infection à virus influenza A chez le porc peut dépendre de divers facteurs, comme les virus eux-mêmes, les pratiques d’élevage, le statut immunitaire des animaux, les infections concomitantes par d’autres pathogènes respiratoires, etc. De la même manière, diverses formes épidémiologiques de la grippe existent en élevage. Ainsi, des infections peuvent se répéter à un âge déterminé, sur toutes les bandes successives d’un élevage, notamment chez des jeunes présentant une immunité passive. Afin de mieux comprendre cette diversité clinique et épidémiologique de la grippe porcine, et aider à l’élaboration de stratégies d’intervention adéquates pour le contrôle de la maladie, nous avons cherché à apporter de nouvelles connaissances quant à certains facteurs pouvant favoriser l’exacerbation du syndrome grippal et/ou son caractère récurrent, et plus généralement aux mécanismes sous-jacents à la pathogenèse des virus influenza A chez le porc, en relation avec les réponses de l’hôte infecté. Nous avons d’abord comparé, suite à inoculations expérimentales de porcs exempts d’organismes pathogènes spécifiés, la pathogénicité des deux virus influenza porcins les plus fréquemment rencontrés chez le porc en France, l’un du lignage européen « avian-like swine H1N1 » (H1avN1), l’autre du lignage européen « human-like reassortant swine H1N2 » (H1huN2), seuls ou en association avec Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp), autre pathogène respiratoire répandu en élevage. Nous avons montré que l’infection H1huN2 induit une pathologie plus marquée que l’infection H1avN1, et que la pré-infection des porcs par Mhp induit une exacerbation de l’infection H1avN1, mais pas H1huN2. Nous avons utilisé le modèle de co-infection Mhp/H1avN1 pour évaluer deux approches alternatives qui permettraient de diminuer l’impact des infections grippales et de leurs complications : l’apport de composés aux propriétés antioxydantes via l’alimentation ; et la restriction alimentaire de courte durée. Dans ces deux cas nous avons montré des effets bénéfiques sur les paramètres zootechniques pendant les jours suivant l’infection grippale. Ce travail a également apporté de nouvelles connaissances quant aux modifications des marqueurs plasmatiques de stress oxydant, ainsi que sur les modifications métaboliques faisant suite à la co-infection Mhp/H1avN1. La sévérité des manifestations cliniques de la grippe étant liée à la qualité de la réponse immunitaire mise en place chez l’hôte infecté, nous avons entrepris d‘étudier les réponses immunitaires du porc touché par la grippe et d’évaluer l’impact de facteurs tels que la présence de Mhp ou d’anticorps d’origine maternelle sur ces réponses. Nous avons ainsi montré que l’infection virale induit une inflammation et une réponse interféron. La pré-infection par Mhp exercerait un effet additif sur cette inflammation et pourrait favoriser la persistance du virus dans le poumon. Nous avons également montré que la présence d’immunité passive protège cliniquement le porcelet mais n’empêche pas l’excrétion du virus, retarde la réponse lymphocytaire T et inhibe la réponse humorale post-infectieuse. Malgré la réponse immunitaire humorale défaillante, les animaux étaient totalement protégés d’une seconde infection homologue lorsque les anticorps maternels avaient disparus. Ces travaux ont permis d’apporter de nouvelles connaissances sur les facteurs influençant l’infection grippale en élevage porcin ainsi que sur les mécanismes sous-jacents, ce qui est une prérequis pour l’amélioration des mesures de lutte et de maitrise de la maladie. Ils permettent, d’envisager d’améliorer la santé des animaux en agissant sur leur régime alimentaireSwine influenza is an enzootic infection affecting 50% of the French livestock. The infection can be unnoticed but can also induce high morbidity among batches of affected animals, resulting in lower production performance and significant economic losses. The severity of influenza A virus in pig is influenced by many factors such as the virus strain, husbandry practices, the immune status of animals, concomitant infections with other respiratory pathogens, etc. In the same way, various epidemiological forms of influenza exist in farms. Thus, infections can be repeated in all successive batches within a farm, especially among young animals with passive immunity. In order to better understand the clinical and epidemiological diversity of the swine flu, and help develop appropriate strategies to control the disease, we tried to bring new knowledge about factors that promote the exacerbation of the flu syndrome and/or its recurrence, and more generally to give new information about the mechanisms underlying the pathogenesis of influenza viruses in pigs, in relation to the response of the infected host. Firstly, we compared, through experimental infections of specific pathogen free pigs, the pathogenicity of the two swine influenza viruses mostly detected in pigs in France, i.e. one from the European “avian-like swine H1N1” lineage (H1avN1) and the other one from the European “human-like reassortant swine H1N2” lineage (H1huN2), each one alone or in co-infection with Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp), another respiratory pathogen widespread in French farms. We showed that the H1huN2 infection induced a more marked pathology than the H1avN1 infection, and that Mhp pre-infection induced the exacerbation of the H1avN1, but not the H1huN2, infection. Then, we used the Mhp/H1avN1 co-infection model to evaluate alternative approaches that could reduce the impact of influenza infections and their complications: firstly, a supply of compounds with antioxidant properties in food; and secondly, a feed restriction of short duration. In both cases, we showed beneficial effects on zootechnical parameters the days following influenza infection. This work has also brought new knowledge on modulation of oxidative stress markers in plasma, as well as metabolic changes following the co-infection with Mhp and H1avN1 in pigs. The severity of flu clinical manifestations being related, among other, to the quality of the immune responses developed by the infected host, we studied these responses in pigs experimentally infected by H1avN1 and assessed the impact of factors such as the presence of Mhp or maternal derived antibodies on these responses. We showed that the viral infection induced inflammation and interferon response. The Mhp pre-infection exerted an additive effect on inflammation of lung tissue and may promote the virus persistence in the lung. Finally, we have shown that the presence of maternally-derived immunity protected the piglets clinically but did not prevent viral shedding, delayed the T cell response and strongly inhibited the post-infectious humoral response. However, despite the failed humoral immune response, animals were completely protected from a second infection occurring when maternal antibodies had disappeared. Therefore, this work have brought new knowledge on factors influencing influenza infection in pig as well as the underlying mechanisms, which is a prerequisite for improving disease control. They allow, between-other, to consider improving the health and welfare of animals by acting on their diet
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Reinhardt, Anita. "Résistance aux fluoroquinolones liée à la cible chez mycoplasma gallisepticum : : sélection de mutants et analyse des mécanismes génétiques." Rennes 1, 2002. http://www.theses.fr/2002REN1A002.
Full textAbstract:
Mycoplasma gallisepticum (MG) est responsable de la maladie respiratoire chronique chez le poulet et de la sinusite infectieuse chez la dinde. Les fluoroquinolones semblent être efficaces dans le traitement des mycoplasmoses sans toutefois éradiquer la maladie. Ces échecs thérapeutiques pourraient être dus à l'apparition de souches résistantes. Des mutants de MG résistant à l'enrofloxacine ont été sélectionnés in vitro pour étudier les mécanismes de résistance liés à la cible. Les régions déterminant la résistance aux quinolones des gènes gyr codant pour l'ADN gyrase et des gènes par codant pour la topoisomérase IV ont été analysées. De nombreuses mutations ont été observées. Les mutants les plus résistants portent des mutations dans l'ADN gyrase et la topoisomérase IV. Bien qu'aucun mutant résistant n'aie été obtenu au cours de sélections réalisées in vivo, des mutations ont été observées chez deux souches MG issues du terrain, ayant une faible résistance pour l'enrofloxacine.
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Le, Gall Fabrice. "Ingénierie d'un anticorps recombinant et son expression par le tabac : évaluation comme méthode de lutte contre un mollicute phytopathogène, le phytoplasme du Stolbur." Bordeaux 2, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR28594.
Full text
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ELIANE, JEAN-PIERRE. "Etude de l'effet de l'infection par les mycoplasmes sur la pathogenese du virus de l'immunodeficience simienne (siv) chez le singe macaque." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA112145.
Full textAbstract:
Dans cette etude nous avons tenter d'explorer l'hypothese formuler dans notre laboratoire, selon laquelle l'infection par les mycoplasmes jouerait le role d'un cofacteur dans la pathogenese du hiv. Nous avons choisi de tester cette hypotheses d'etudes sur le modele animal des singes macaques rhesus et l'infection par le virus de l'immunodeficience simienne (siv) un retrovirus de la famille des lentivirus et qui est genetiquement et pathologiquement tres proche du hiv. Nous avons choisi deux protocoles d'infection le premier pour tester l'effet d'une infection chronique par les mycoplasmes sur la pathologie du siv, la seconde tente de simuler l'effet d'une co-infection. Nous avons choisi pour l'infection m. Penetrans, m. Fermentans deux mycoplasmes, isolees et detectees chez les personnes infectees par le hiv. Ces singes ont ete suivis pour plusieurs parametres immunologiques et virologiques. Les donnees recueillis au cours de l'etude montrent : 1- hormis la diversite des reponses immunitaires entre les signes, on remarque que chez certains singes co-infectes par le mycoplasmes et le siv, la diminution des lymphocytes t cd4+ est plus importante que chez les singes temoins. 2- la valeur de la charge virale initiale estime chez par la mesure de l'antigenemie p27 du siv chez les macaques co-infectes sont en generale plus importante que celles des singes temoins. 3- le titre des anticorps diriges contre les differentes proteines du siv chez les singes temoins est plus eleve que celui des singes co-infectes par les deux pathogenes. 4- nous avons pu mettre en evidence chez deux singes infectes par les myoplasmes et le siv une thrombocytopenie. Nous avons pu demontrer que cette pathologie est due a une etiologie auto-immune chez un seul des deux singes, et ceci par la detection d'auto-anticorps dirigees contre les proteines plaquettaires. De plus chez ce singe, nous avons pu demontrer la presence d'un procesus de phagocytose de ces plaquettes en utilisant une approche par microscopie electronique. Ces resultats montrent que les mycoplasmes n'ont pas un impact majeur sur la pathogenese du siv mais que ces bacteries peuvent affecter certains parametres de la reponse immunitaire. C'est pourquoi, ces donnees n'excluent pas une effet cofacteur limite des mycoplasmes sur l'infection par le hiv.
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Verdin, Eric. "Mycoplasma hyopneumoniae : mise au point et validation d'une technique de détection par PCR sur animal vivant. Contribution à l'étude du pouvoir pathogène." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28641.
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Raherison, Sophie. "Etude physiologique de l'efflux actif dans la résistance aux fluoroquinolones chez Mycoplasma hominis, caractérisation moléculaire de son support génétique." Bordeaux 2, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR28992.
Full textAbstract:
Nous avons recherché la présence de l'efflux actif, mécanisme de résistance possible aux fluoroquinolones chez les mycoplasmes. Dans cet objectif, nous avons caractérisé l'accumulation des fluoroquinolones et du bromure d'éthidium, substrat des pompes d'efflux, par des méthodes fluorimétriques chez la souche de référence M. Hominis PG21. Chez PG21, l'addition d'arginine, agent énergisant, réduit de façon significative le niveau d'accumulation de la ciprofloxacine (CIP) et de la péfloxacine (PEF) suggérant la présence d'un processus d'efflux actif. La réserpine, un inhibiteur de pompes de type MDR et l'orthovanadate, inhibant les transporteurs à "ATP-Binding Cassette" (ABC), augmentent uniquement le niveau d'accumulation de CIP, mais non celui de PEF. Les souches résistantes sélectionnées en présence de bromure d'éthidium (EtBr) présentent un profil compatible avec un phénotype MDR, avec augmentation des CMI des fluoroquinolones hydrophiles comme CIP, et d'autres composés de structure diverse tels que EtBr. En présence de réserpine, les CMI de ces deux types de substrats sont diminuées significativement. La souche RB1La a été choisie comme modèle d'étude. Chez cette souche le niveau d'accumulation de CIP et EtBr est diminué de façon significative par rapport à la souche de référence, alors que celui de PEF, molécule hydrophobe, ne l'est pas. En présence de réserpine et d'orthovanadate, le niveau d'accumulation de CIP est significativement augmenté, rejoignant celui de la souche parentale PG21. Des résultats similaires ont été obtenus pour les expériences d'accumulation et d'efflux du bromure d'éthidium. Après avoir mis en évidence et caractérisé physiologiquement une résistance de type MDR chez M. Hominis, le support génétique de cet efflux a été recherché. Deux gènes, présentant de fortes homologies avec des gènes MDR codant pour des protéines homologues aux transporteurs de type ABC, "MDR-like" putatifs identifiés par analyses de séquence chez M. Genitalium et M. Pneumoniae, ont été caractérisés. L'analyse de l'expression de ces gènes, par northern blot et RT-PCR quantitative compétitive, indiquent qu'ils sont surexprimés par rapport à la souche de référence PG21. Nos résultats montrent pour la première fois chez un mycoplasme humain, laa présence d'un système d'efflux actif de type transporteur ABC, impliqué dans une résistance de type MDR.
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Shahram, Masoud. "Physiological and molecular studies on Mycoplasma mycoides Lc strains and other mycoplasmas." Thesis, King's College London (University of London), 2004. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.407083.
Full text
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Davis, Kelley L. "Mycoplasma fermentans MALP-404 : a new paradigm for surface variation of mycoplasmas /." Free to MU Campus, others may purchase, 2003. http://wwwlib.umi.com/cr/mo/fullcit?p3091915.
Full text
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Júnior, Regis Edgar Castilho. "Detecção molecular de Mollicutes em caprinos do sudoeste da Bahia, Brasil: um estudo transversal." Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-25082017-103518/.
Full textAbstract:
O Brasil possui cerca de 8,6 milhões de caprinos e mais de 90% estão localizados na região nordeste do país. A caprinocultura, devido sua grande adaptabilidade ao diferentes ecossistemas, possui importância social e econômica na região. Nesse contexto inserem-se os micoplasmas que colonizam os caprinos. As micoplasmoses caprinas são amplamente disseminadas mundialmente e possuem relevância socioeconômica na sua criação. A baixa tecnificação das propriedades, falhas na detecção de Mollicutes e a baixa produção cientifica demonstram um cenário preocupante quanto à sanidade do rebanho dessa região. Visto isso, o presente estudo objetivou a pesquisa de micoplasmas em caprinos, por meio da detecção molecular, na região sudoeste do Estado da Bahia, Brasil. Foram aplicados questionários em 12 propriedades e obtenção de amostras por swab da conjuntiva ocular, nasal e vaginal de 132 caprinos. As metodologias da PCR e qPCR foram aplicadas em swabs para a detecção dos Mollicutes de importância na caprinocultura. Foram realizadas análises estatísticas para a identificação de associações entre a presença dos Mollicutes e o manejo dos animais. Observou-se que 70% das propriedades são de criações para corte, 80% eram propriedades comerciais e 90% utilizavam o sistema intensivo de criação. Nas avaliações clínicas 22,7% (30/132), 13,6% (18/132) e 6,8% (9/132) dos animais respectivamente apresentavam linfonodos pré escapular, iguinal e submandibulares alterados. Mucosa genital e ocular hiperêmica foram observadas em 9,8% (13/132) dos animais. Identificou-se por PCR convencional, 67,4% (89/132), 20,8% (26/125) e 6,8% (9/132) das amostras nasais, genitais e oculares respectivamente, presença do DNA de microrganismos da classe Mollicutes. M. agalactiae foi detectado em 4,5% (6/132) das amostras nasais e M. conjunctivae em 1,5% (2/132) das amostras oculares. Não foi detectado DNA por PCR convencional M. mycoides subsp. capri, M. capricolum subsp. capricolum, assim como por qPCR M. capricolum subsp. capripneumoniae. Constatou-se relação positiva entre animais provenientes de sistema intensivo de criação e a PCR convencional positiva para classe Mollicutes em amostras nasais (OR: 6,417; IC: 1,551 26,546). Relação positiva também foi observada entre animais oriundos de propriedades com exploração leiteira e a PCR convencional positiva para classe Mollicutes em amostras oculares (OR: 6,441; IC: 1,235-33,581). Assim como entre animais provenientes de sistema extensivo de criação e a PCR convencional positiva para classe Mollicutes em amostras genitais (OR: 3,900; IC: 1,028 14,796). Não foi observada associação estatisticamente significante na correlação entre as variáveis de interesse e o resultado das PCR convencionais para M. agalactiae em amostras nasais e para M. conjunctivae em amostras oculares. Conclui-se que os micoplasmas estão presentes nas criações de caprinos da região sudoeste da Bahia. A identificação de M. conjunctivae, descrito uma única vez na literatura nacional, que apesar da baixa ocorrência possui caráter endêmico; reforçam ainda mais a necessidade de estudos mais enfatizados na identificação dos micoplasmas assim como a elaboração de um perfil sanitário desse tipo de criação na região nordeste do Brasil.Brazil has about 8.6 million goats and more than 90% are located in the northeast region of the country. The goat breeding, due to its great adaptability to the different ecosystems, has social and economic importance in the region. In this context, the mycoplasmas that colonize the goats are inserted. Caprine mycoplasmosis is widely disseminated worldwide and has socioeconomic relevance in its creation. The low technification of the properties, failure to detect Mollicutes and the low scientific production demonstrate a worrying scenario regarding the sanity of the herd of this region. Considering this, the present study aimed at the research of mycoplasmas in goats, through molecular detection, in the southwest region of the State of Bahia, Brazil. Questionnaires were applied on 12 properties and swab samples were obtained from the ocular, nasal and vaginal conjunctiva of 132 goats. The PCR and qPCR methodologies were applied in the swabs for the detection of Mollicutes of importance in goat breeding. Statistical analyzes were performed to identify associations between the presence of Mollicutes and the management of the animals. It was observed that 70% of the properties are meat farms, 80% were commercial properties and 90% used the intensive breed system. In the clinical evaluations, 22.7% (30/132), 13.6% (18/132) and 6.8% (9/132) of the animals respectively presented pre-scapular, equine and altered submandibular lymph nodes. Genital and ocular hyperemic mucosa were observed in 9.8% (13/132) of the animals. From the analised swabs, 67.4% (89/132), 20.8% (26/125) and 6.8% (9/132) of the nasal, genital and ocular samples respectively, were identified by PCR, positive for the presence of DNA from microorganisms of the Mollicutes class. M. agalactiae was detected in 4.5% (6/132) of the nasal samples and M. conjunctivae in 1.5% (2/132) of the ocular samples. No DNA was detected by conventional PCR of M. mycoides subsp. capri, M. capricolum subsp. capricolum, as well as by qPCR of M. capricolum subsp. capripneumoniae. A positive correlation was observed between animals from intensive breeding system and conventional PCR positive for Mollicutes class in nasal samples (OR: 6,417; CI: 1,551 - 26,546). Positive correlation was also observed between animals from dairy farms and conventional PCR positive for Mollicutes class in ocular samples (OR: 6,441; CI: 1,235-33,581). As well as between animals from the extensive breeding system and conventional Mollicutes positive PCR in genital samples (OR: 3,900; CI: 1,028 - 14,796). No statistically significant association was observed in the correlation between the variables of interest and the results of conventional PCR for M. agalactiae in nasal samples and for M. conjunctivae in ocular samples. It is concluded that mycoplasmas are present in goat breeding in the southwestern region of Bahia. The identification of M.conjunctivae, described only once in the national literature, which despite the low occurrence has an endemic character; reinforces the need for more focused studies in the identification of mycoplasmas as well as the elaboration of a health profile of this type of breeding in northeastern Brazil.
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Skapski, Agnès. "Exploration fonctionnelle du génome de mycoplasma agalactiae : recherche des facteurs de virulence en culture cellulaire." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1370/.
Full textAbstract:
Mycoplasma agalactiae est l'agent étiologique de l'agalactie contagieuse des petits ruminants, maladie inscrite sur la liste de l'OIE. Le développement d'un système de criblage en culture cellulaire a permis de mener une étude à haut-débit des interactions entre M. Agalactiae et les cellules de l'hôte. Au cours de cette étude, 62 loci potentiellement impliqués dans les interactions hôte-mycoplasme ont été identifiés, une majorité codant pour des protéines membranaires. Par ailleurs, le locus NIF, un facteur de virulence impliqué dans la formation des groupes fer-soufre chez certaines bactéries pathogènes, s'est révélé essentiel pour la croissance de M. Agalactiae en culture cellulaire. Cette étude montre également le rôle important que pourraient jouer certaines régions intergéniques dans les interactions hôte-mycoplasme. Ces résultats offrent de nouvelles pistes pour la compréhension des mécanismes de virulence chez les mycoplasmes et des outils pour le développement de stratégies vaccinales adaptées à ces pathogènes atypiquesMycoplasma agalactiae is the etiological agent of contagious agalactia, a disease of small ruminants that is listed by the OIE. A cell culture assay was developed for the high-throughput analysis of the interactions between M. Agalactiae and host cells. This approach identified 62 loci potentially involved in host-mycoplasma interactions, most of them encoding membrane proteins. Moreover, the NIF locus, a virulence factor involved in the synthesis of iron-sulfur cluster in several pathogenic bacteria, was found as essential for M. Agalactiae proliferation in cell culture, while dispensable for axenic growth. Remarkably, this study also revealed that intergenic regions may play unexpected roles in mycoplasma-host interactions. These results provide a new approach to study pathogenic processes in mycoplasma infections and new means for the development of efficient vaccine strategies adapted to these unconventional pathogens
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Al-Ankari, Abdul-Rahman Sultan. "Studies on avian mycoplasmas in mixed infections and strain differentiation of Mycoplasma iowae." Thesis, University of Liverpool, 1993. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.333561.
Full text
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Lavergne, Marilyne. "Rôle des protéines NLRP dans la physiopathologie des membranes foetales humaines." Thesis, Université Clermont Auvergne (2017-2020), 2019. http://www.theses.fr/2019CLFAS025.
Full textAbstract:
L’inflammation joue un rôle central dans la rupture des membranes fœtales (MF), que celle-ci ait lieu à terme ou prématurément, mais l’ensemble des mécanismes reste encore à élucider. Dans ce contexte, les études sur les inflammasomes, un des acteurs clés de l’inflammation, se sont récemment intensifiées. Ces plateformes intracellulaires, formées suite à un signal pro-inflammatoire, sont impliquées dans la mise en place et la propagation d’une réaction inflammatoire. Leur fonction au sein des MF commence à être décrite mais de nombreuses zones d’ombre persistent. L’objectif de ce travail a donc été de compléter la caractérisation des processus inflammatoires dépendant des inflammasomes dans les MF, en se focalisant sur les inflammasomes de type NLRP.Les inflammasomes NLRP sont constitués d’un récepteur NLRP, de l’adaptateur ASC et de la pro-caspase-1. Après avoir vérifié la présence de ces acteurs dans les MF à terme, un intérêt particulier a été porté à l’inflammasome de type NLRP7. En effet, sa fonction a déjà été étudiée dans la sphère placentaire mais jamais dans les MF. La stimulation de cellules épithéliales amniocytaires primaires avec un ligand spécifique de l’inflammasome NLRP7 a permis de montrer (i) l’augmentation du niveau protéique des trois acteurs de cet inflammasome (NLRP7, ASC et pro-caspase-1), (ii) la formation de l’inflammasome par co-localisation entre NLRP7 et ASC, (iii) l’activation de cet inflammasome montré par le clivage de deux effecteurs terminaux, la pro-caspase-1 et la gasdermine D. Ces résultats indiquent pour la première fois que les MF sont capables de mettre en jeu la signalisation de l’inflammasome NLRP7 en réponse à un signal pro-inflammatoire.En parallèle, deux activateurs naturels de l’inflammasome NLRP7 ont été identifiés pour la première fois dans les MF humaines à terme : il s’agit de Mycoplasma salivarium et Mycoplasma fermentans. Leur présence suggère le fait que l’inflammasome NLRP7 puisse jouer un rôle majeur dans les processus inflammatoires au sein des MF. L’ensemble de ce travail suggère donc fortement l’implication de l’inflammasome NLRP7 dans la physiopathologie de la rupture des membranes fœtales humaines, qui pourrait être une cible thérapeutique potentielle pour prévenir les ruptures prématurées des membranes fœtalesInflammation plays a pivotal role in term or preterm fetal membranes (FM) rupture, but the detailed mechanisms remain unclear. In this context, studies on inflammasomes, one of the key inflammation actors, recently intensified. These intracellular platforms, formed following a pro-inflammatory signal, are involved in the establishment and propagation of an inflammatory reaction. Their functions in FM begin to be described but grey areas remain. Thus, the aim of this work was to complete the characterization of inflammasomes-dependent inflammatory processes, focusing on NLRP inflammasomes.NLRP inflammasomes are composed of a NLRP receptor, the adapter ASC and the pro-caspase-1. After verifying the presence of these actors in term human FM, we focused our interest on NLRP7 inflammasome. Indeed, its function has been studied in the placental area but never in FM. The stimulation of primary amnion epithelial cells with an NLRP7 inflammasome specific ligand demonstrated (i) an increased protein level of the three actors of this inflammasome (NLRP7, ASC and pro-caspase-1), (ii) the formation of this inflammasome by NLRP7 and ASC colocalization and (iii) the activation of this inflammasome, by cleavages of two end-effectors, pro-caspase-1 and gasdermin D. These results indicate for the first time that FM are able to activate NLRP7 inflammasome signalization in response to a pro-inflammatory signal. Moreover, two natural activators of NLRP7 inflammasome have been newly identified in term human FM: Mycoplasma salivarium and Mycoplasma fermentans. Their presence suggests that NLRP7 inflammasome could play an essential role in inflammatory processes in FM. All this work strongly suggests the involvement of NLRP7 inflammasome in pathophysiology of human FM rupture, which could be a potential therapeutic target to prevent premature rupture of FM