Academic literature on the topic 'Niche écologique'

Résumé La niche écologique contre l'écosystème et l'intervention négligée des faits techniques La référence au concept d'écosystème domine l'anthropologie écologique, mais cette approche « centripète » (en ce qu'elle commence par délimiter un cadre spatio-temporel pour analyser ensuite son contenu) n'est pas sans danger et il apparaît que, loin d'avoir favorisé la coopération interdisciplinaire, elle l'a plutôt immobilisée : notamment en cristallisant un antagonisme factice entre les cohérences symboliques de l'ethnoscience et les cohérences biologiques d'une écologie plus matérialiste. La notion complémentaire de niche écologique installe en revanche une démarche « centrifuge » qui travaille d'abord sur des relations élémentaires et ne dessine les cadres qu'en fonction d'un problème posé et au moment de l'interprétation. Elle peut relancer l'écologie humaine en interdisant l'oubli tendanciel d'un type d'intervention aussi primordial que ceux relevant des organismes et des représentations : le domaine des faits techniques. Des illustrations issues de la forêt centrafricaine sont données à la fin du texte. Mots clés : Guille-Escuret, biocénose, écosystème, niche écologique, technologie culturelle, forêt centrafricaine

Nantes et la métropole nantaise ont développé le « dialogue citoyen », outil pour associer la population aux décisions, en particulier dans la conception de la ville. Cet outil intermédiaire entre le top-down classique et la démocratie participative évite les sujets économiques et culturels pourtant essentiels pour le modèle nantais. Au-delà des contraintes techniques, c’est certainement dans le caractère contradictoire des modèles mobilisés à Nantes (accumulation métropolitaine contre ville écologique et sociale) que se niche la discrétion des autorités sur ce sujet.

<p style="text-align: justify;">Les levures du genre <em>Dekkera</em>/<em>Brettanomyces</em> sont des cellules caractéristiques, de petites tailles, de forme ogivale. Leur niche écologique a été précisée à partir de prélèvements sur des raisins, des moûts en fermentation, des vins en cours d'élevage ou de conservation en bouteilles, de différentes appellations de la région bordelaise et du Beaujolais; les clones isolés sont identifiés. C'est une levure de contamination des chais et du matériel vinaire. Leur incidence sur les caractères organoleptiques des vins a été étudiée: cette étude a confirmé que c'est généralement une levure d'altération modifiant profondément la qualité des vins.</p>

L’adaptation au changement climatique est un enjeu de gestion majeur pour les forêts françaises. Pour décrire et comprendre la variabilité génétique et la plasticité phénotypique des caractères d’intérêt pour l’adaptation, les jardins communs (dont les tests de provenances) sont un outil de choix. Nous décrivons dans ce travail un des réseaux forestier français majeur de tests en jardins communs (GEN4X), son amplitude écologique et, via une approche de modélisation de niche, sa sensibilité à un climat qui va en se réchauffant et s’asséchant au cours du siècle. Une attention particulière a été portée aux dispositifs situés en région méditerranéenne. Messages clés :• Les jardins communs sont des outils pour tester l’adaptation des essences au climat futur• Les conditions climatiques actuelles et futures dans ces jardins ont été évaluées• La zone méditerranéenne préfigure les conditions du futur dans une grande partie de la France

Sous les effets des changements climatiques (CC), il est démontré que les niches écologiques des espèces se déplaceront vers le nord au rythme de 45 km par décennie. À l’échelle continentale, la position géographique du Québec est déterminante dans l’adaptation aux CC. Afin d’atténuer les impacts des CC et favoriser l’adaptation des espèces, le maintien de corridors écologiques est jugé crucial. Les aires protégées et les habitats naturels devront être mieux connectés par des corridors axés sud-nord essentiels à la migration des espèces. Conservation de la nature Canada (CNC) travaille déjà à protéger des sites naturels de grande valeur écologique à l’échelle du pays; certains s’avèrent critiques au maintien de la connectivité écologique. Dans cette perspective, CNC propose, au Québec, une approche intégrée en partenariat avec les acteurs de la conservation dont les activités de sciences, de protection, d’aménagement du territoire, d’engagement des collectivités et d’adaptation des infrastructures routières permettent de consolider les efforts de conservation dans un contexte de CC. D’ici avril 2020, des plans d’intervention visant une concertation accrue entre les différents acteurs seront mis en place avec les partenaires locaux dans cinq zones critiques pour le maintien de la connectivité au Québec.

L’étude de l’écologie des micro-organismes est récente malgré son importance pratique et théorique intrinsèque, mais également son rôle central dans la niche des macro-organismes. Les interactions plantes-champignons, de par leur importance socio-écologique et leur diversité — du mutualisme au parasitisme en passant par le commensalisme —, offrent un modèle judicieux pour étudier l’écologie des communautés de micro-organismes en interaction avec des macro-organismes. À l’aide de techniques de séquençage à haut débit (NGS) et d’analyse des réseaux, nous explorons certains déterminants de la structure des champignons des forêts de Corse à travers trois guildes : les champignons ectomycorhiziens, endophytiques et saprotrophes. Ce travail considère les processus de dispersion, les perturbations (feux et chablis), les facteurs environnementaux (par exemple la profondeur du sol) et les contraintes dérivées de l’interaction avec les hôtes (par exemple la taxinomie). Les assemblages des communautés des différentes guildes présentent des patrons communs qui pourraient être issus de mécanismes identiques. Ainsi, l’ensemble des guildes étudiées présentent des variations fortes à l’échelle des microrégions de Corse et entre forêts ayant des histoires de feux différentes. En revanche, l’importance des différents processus d’assemblage et les échelles spatiales auxquelles ils s’appliquent varient selon les guildes. Nous discutons des implications que suscite ce travail pour les écologues des communautés et pour les gestionnaires d’espaces naturels.

Cette thèse est une enquête sur le concept de niche et quelques grands cadres théoriques qui y sont apparentés: la théorie de la niche et la théorie neutraliste en écologie, la théorie de la construction de niche en biologie évolutive, et la niche des cellules souches en écologie intra-organisme. Le premier chapitre retrace l'histoire du concept de niche et confronte la théorie de la niche à une théorie concurrente, la théorie neutraliste. Le concept de niche apparaît comme devant être un explanans de la diversité des espèces et de la structure des écosystèmes. Le deuxième chapitre confronte la théorie évolutive standard à la théorie de la construction de niche, dans laquelle un organisme peut modifier son environnement et ainsi influer sur la sélection à venir. Nous montrons comment caractériser cette confrontation en termes d'échelles temporelles des processus en jeu, ce qui nous permet d'identifier le domaine de validité véritablement propre à la théorie de la construction de niche plus explicitement qu'il ne l'a été par le passé. Le troisième chapitre développe les recherches des deux chapitres précédents dans le cadre de la modélisation d'une thérapie génique comme un processus écologique de compétition et de construction de niche par les cellules. Nous présentons une famille de modèles appliqués à différentes échelles temporelles de la dynamique cellulaire, entre lesquelles le modélisateur précautionneux ne saurait choisir sans résultats expérimentaux spécifiques. Nous concluons sur les conceptions de la relation entre un organisme et son environnement attachées aux diverses facettes du concept.

Le conservatisme phylogénétique de niche se définit par la conservation, au cours du temps, de la niche écologique et des traits écologiques associés. Des espèces phylogénétiquement proches auront alors tendances à occuper des niches similaires, incluant des conditions abiotiques mais aussi des interactions biotiques similaires. Ainsi, un individu isolé phylogénétiquement de ses voisins, pourrait être considéré comme présent dans une nouvelle niche. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux interactions trophiques des individus de plantes hôtes colonisant une nouvelle niche, représentée par un voisinage phylogénétiquement éloigné, à la différence des individus hôtes restant dans leur niche ancestrale. Nous avons étudié plus particulièrement le cas du chêne et de ses phytophages, de leurs ennemis naturels, et enfin, des ectomycorhizes du chêne. Nos résultats indiquent que l'isolement phylogénétique des chênes hôtes (i) diminue l'abondance des phytophages et leurs pressions sur le chêne, (ii) diminue la pression des ennemis spécialistes sur ces phytophages, (iii) augmente l'abondance et l'activité des ectomycorhizes du chêne. Plus généralement, nos résultats permettent de discuter dans quelles situations une sortie de niche sera favorisée et dans quelles situations, une sortie de niche sera contrariée. Ces résultats suggèrent que les chênes phylogénétiquement isolés, mais aussi leurs phytophages et leurs mycorhizes, subissent des pressions de sélection particulières qui pourraient être à l'origine d'une différentiation évolutive à long terme
Niche conservatism is defined as the conservation of the niche and its associated ecological traits over time. Thus, phylogenetically closely related species tend to occupy similar niches, including abiotic conditions but also biotic interactions. Hence, individuals surrounded by phylogenetically distantly related species could be considered as inhabitant of new niche. In this thesis we were interested in trophic interactions of host individuals inhabiting a new niche, represented by distantly related neighbours, as compared to hosts remaining in their ancestral niche. We studied oak hosts and their phytophages, the next trophic level, i. E. The oak phytophages and their natural enemies, and finally the ectomycorhizal fungi of oaks. Our results showed that phylogenetic isolation of oak hosts (i) decreases abundance and pressure of phytophages on oak hosts, (ii) decreases enemy pressure of specialized enemies on oak phytophages, (iii) increases ectomycorhizal fungi abundance and activity. Hence, our results indicate that phylogenetic isolation of oaks changes the intensity and the nature of biotic interactions all along the entire trophic chain based on oaks. Our results allow us to discuss the biotic forces that favor or impede the colonization of a new niche. Moreover, we suggest that phylogenetically isolated oaks, their phytophages and their ectomycorhizal mutualists undergo specific selective pressures that could trigger evolutionary differentiation in long term

En Afrique de l'Ouest, le moustique An. gambiae s.s vecteur majeur du paludisme est subdivisé en deux formes moléculaires, M et S, génétiquement et écologiquement différenciées. La forme moléculaire M se développe préférentiellement dans des collections d'eau pérennes en zone aride, généralement d'origine anthropique, permettant sa présence tout au long de l'année alors que la forme S se reproduit principalement dans des gîtes temporaires de savane humide dépendant des précipitations et disparaît en saison sèche. Cette subdivision génère des profils de dynamique de transmission palustre différents en fonction des zones où ces formes sont implantées. Dans ce contexte, cette thèse a pour objectif l'étude des facteurs écologiques de différenciation entre M et S, en se focalisant notamment sur leur écologie larvaire, afin de mieux appréhender leur distribution actuelle et future. L'étude de la distribution des populations naturelles de ces vecteurs dans une zone d'endémie palustre au Burkina Faso a permis de mettre en évidence que les niches écologiques de ces deux formes sont en étroite corrélation avec la temporalité des milieux aquatiques et la complexité des écosystèmes qu'ils hébergent. La forme M apparaît clairement liée aux habitats permanents anthropiques et à la structure des communautés qu'ils soutiennent alors que la forme S ainsi que l'espèce jumelle An. arabiensis sont associées aux habitats simples et temporaires, majoritairement retrouvés en zone rurale de savane.Cette distribution des deux formes le long d'un gradient d'hydropériode est en accord avec les interactions dominantes et les adaptations qu'elles induisent afin de pouvoir exploiter ces milieux. La forme S, associée aux milieux temporaires, s'est révélée plus compétitive que la forme M en diminuant son temps de développement larvaire en présence de compétiteurs (forme M). L'étude de la pression de sélection due à la prédation, interaction dominante dans les milieux permanents, démontre que la forme M est moins susceptible que la forme S. L'analyse du comportement larvaire a permis de mettre en évidence des différences entre ces deux formes, notamment l'existence d'un comportement plus plastique chez la forme M qui réduit son activité en présence d'un prédateur. Ce mécanisme est une des adaptations qui a favorisé le succès d'An.gambiae dans les milieux permanents.Notre approche, basée sur l'écologie larvaire des formes M et S d'An. gambiae nous a permis de mieux comprendre les processus par lesquels ces vecteurs ont évolué et se sont adaptés à différents contextes écologiques. Ces adaptations reflètent la spécialisation de ces deux formes dans leur milieu respectif et permettent en partie d'expliquer la ségrégation écologique observée sur le terrain. L'amélioration de nos connaissance sur la bio-écologie de ces vecteurs est primordiale afin d'en apprécier le potentiel évolutif dans le contexte actuel des changements globaux
In West Africa, the main Malaria vector, the mosquito Anopheles gambiae is actually subdivided into two molecular forms named M and S, which can be genetically and environmentally differentiated. The M form preferentially breeds in permanent freshwater collections mainly resulting from human activity and is reproductively active all year round, whereas the S form thrives in temporary breeding sites and is present during the rainy season only. This subdivision generates different dynamics of Malaria transmission in areas where these forms are found. In this context, this thesis aims to study the ecological factors of differentiation between M and S, focusing on their larval ecology to better understand their current and future distribution.The study of the distribution of natural populations of these vectors in an endemic area in Burkina Faso has provided evidence that the ecological niches of these forms are closely correlated with the degree of temporality and the community complexity of aquatic ecosystems. The M form is clearly linked to permanent anthropogenic habitats and the structures they support, while the S form and its sibling species An. arabiensis are associated with simple and temporary habitats, mostly found in rural savannas.The distribution of the two forms along a hydroperiod gradient is consistent with the dominant interactions and adaptations they induce in order to be able to exploit their environments. In relation to temporary habitat, the S form was more competitive than the M form by reducing its larval development time in the presence of competitor (M form). The study of selection pressure due to predation, dominant interaction in permanent habitat, shows that the M forms suffer lesser predation rate than the S form. Analysis of larval behavior highlighted differences between these two forms, such as the existence of a more plastic behavior in the form M, which reduced its rate of activity in predator presence. This mechanism is one of the adaptations that have facilitated the success of An. gambiae in permanent aquatic habitats.Our approach, based on the larval ecology of M and S forms of An. gambiae has enabled us to better understand the processes by which these vectors have evolved and adapted to different ecological contexts. These adaptations reflect the specialization of these two forms in their respective habitats and can partially explain the ecological segregation observed in the field. Improving our knowledge on bio-ecology of these vectors is essential to appreciate their evolutionary potential in the current context of global change

Cette thèse concerne la gestion de données de biodiversité à large échelle. Elle a pour objectifs d’optimiser les requêtes pour les chercheurs qui peuvent accéder gratuitement aux données mondiales de biodiversité. Ces données partagées par des laboratoires de recherche du monde entier, sont mises à disposition du GBIF qui les fédère et les rend accessibles aux chercheurs, décideurs, grand public. Avec une quantité importante et une croissance rapide des données et des utilisateurs qui expriment de nouveaux besoins, le GBIF est confronté à un double problème d’expressivité des requêtes et d’efficacité. Ainsi, nous proposons une solution décentralisée pour l’interrogation des données de biodiversité. La solution cumule les ressources de plusieurs machines éloignées et peu puissantes pour offrir la puissance de calcul et de stockage nécessaire pour garantir la réactivité du système pour les usagers. En outre, elle fournit une interface d’interrogation de haut niveau qui est plus expressif pour les usagers. Puis, nous mettons en œuvre un mécanisme de répartition dynamique des données à la demande. Cette approche qui est basée sur la structure des données de biodiversité et les spécificités des requêtes d’analyse des usagers, adapte dynamiquement les capacités des machines aux demandes des usagers. Ensuite, nous proposons une approche d’optimisation de requêtes qui adapte dynamiquement le placement des données et la charge de chaque machine en fonction de ses performances pour traiter les requêtes des usagers dans des délais impartis. Nous avons validé expérimentalement cette solution avec des données réelles du GBIF concernant 100 millions observations
This thesis concerns large scale biodiversity data management. Its objectives are to optimize queries for researchers who have free access to biodiversity worldwide data. These data which are shared by worldwide research laboratories are federated in GBIF data warehouse. GBIF makes accessible its data to researchers, policy makers and general public. With a significant amount of data and a rapid growth of data and users that express new needs, the GBIF portal is facing a double problem of expressiveness of queries and of efficiency. Thus, we propose a decentralized solution for biodiversity data interrogation. Our solution combines the resources of several of remote and limited machines to provide the needed computing and storage power to ensure system responsiveness for users. It also provides high-level query interface which is more expressive for users. Then, we propose a dynamic data distribution on demand approach. This approach which is based on data properties and characteristics of users analysis queries adapts dynamically machines capacities to users demands. Then, we propose a queries optimization approach that adapts dynamically data placement and machines loads according to performances in order to process users queries within deadlines. We experimentally validated our solution with real GBIF data concerning 100 million observation data

Cette thèse concerne la gestion de données de biodiversité à large échelle. Elle a pour objectifs d’optimiser les requêtes pour les chercheurs qui peuvent accéder gratuitement aux données mondiales de biodiversité. Ces données partagées par des laboratoires de recherche du monde entier, sont mises à disposition du GBIF qui les fédère et les rend accessibles aux chercheurs, décideurs, grand public. Avec une quantité importante et une croissance rapide des données et des utilisateurs qui expriment de nouveaux besoins, le GBIF est confronté à un double problème d’expressivité des requêtes et d’efficacité. Ainsi, nous proposons une solution décentralisée pour l’interrogation des données de biodiversité. La solution cumule les ressources de plusieurs machines éloignées et peu puissantes pour offrir la puissance de calcul et de stockage nécessaire pour garantir la réactivité du système pour les usagers. En outre, elle fournit une interface d’interrogation de haut niveau qui est plus expressif pour les usagers. Puis, nous mettons en œuvre un mécanisme de répartition dynamique des données à la demande. Cette approche qui est basée sur la structure des données de biodiversité et les spécificités des requêtes d’analyse des usagers, adapte dynamiquement les capacités des machines aux demandes des usagers. Ensuite, nous proposons une approche d’optimisation de requêtes qui adapte dynamiquement le placement des données et la charge de chaque machine en fonction de ses performances pour traiter les requêtes des usagers dans des délais impartis. Nous avons validé expérimentalement cette solution avec des données réelles du GBIF concernant 100 millions observations
This thesis concerns large scale biodiversity data management. Its objectives are to optimize queries for researchers who have free access to biodiversity worldwide data. These data which are shared by worldwide research laboratories are federated in GBIF data warehouse. GBIF makes accessible its data to researchers, policy makers and general public. With a significant amount of data and a rapid growth of data and users that express new needs, the GBIF portal is facing a double problem of expressiveness of queries and of efficiency. Thus, we propose a decentralized solution for biodiversity data interrogation. Our solution combines the resources of several of remote and limited machines to provide the needed computing and storage power to ensure system responsiveness for users. It also provides high-level query interface which is more expressive for users. Then, we propose a dynamic data distribution on demand approach. This approach which is based on data properties and characteristics of users analysis queries adapts dynamically machines capacities to users demands. Then, we propose a queries optimization approach that adapts dynamically data placement and machines loads according to performances in order to process users queries within deadlines. We experimentally validated our solution with real GBIF data concerning 100 million observation data

Comprendre la coexistence d'espèces et le maintien de la biodiversité est depuis longtemps un point central en écologie des communautés. La notion de niche, ou théorie des niches, a été largement développée depuis l'explication par Darwin de l'impressionnante diversité de la vie sur Terre. Celle-ci est considérée comme un mécanisme majeur permettant la coexistence d'espèces compétitrice au sein des communautés écologiques. La différenciation en niches spécifiques implique des différences spatiales, trophiques, temporelles et/ou une combinaison de celles-ci. Dans cette étude, la sélection d'habitat, les traits d'histoire de vie, la composition alimentaire et les comportements alimentaires de deux espèces invasives de gobiidés, très abondantes et écologiquement similaires (Rhinogobius cliffordpopei et Rhinogobius giurinus), sont comparées afin de tester si la séparation de niches est un mécanisme qui peut potentiellement permettre leur coexistence stable dans le lac Erhai (un lac superficiel d'eau douce du plateau de Yunnan-Guizhou en Chine). Les résultats montrent qu'il y a séparation des niches de ces deux espèces le long d'un axe d'habitat, d'un axe alimentaire (pour l'habitat littoral et pour les adultes et sub-adultes), et d'un axe temporel (en termes de cycles de ponte). Spécifiquement, R. Giurinus occupe principalement les habitats profonds (PH) alors que R. Cliffordpopei occupe principalement l'habitat littoral (LH). Des analyses corrélatives ont montré que l'abondance de R. Giurinus est positivement associée avec la profondeur de l'eau et les substrats composés de sables limoneux et grossiers, tandis que la distribution de R. Cliffordpopei est corrélée aux fortes densités en macrozooplankton, les fortes abondances en autres espèces de poissons, les fortes concentrations en oxygène dissout et les fortes densités en macrophytes submergées. Concernant le partage en ressources alimentaires, les deux espèces ont montré de clairs changements au niveau de leur diète ontogénique ainsi que dans les patrons de partage des aliments qui sont significativement différents selon le stade de leur histoire de vie et les habitats. Pour les deux espèces, les juvéniles consomment principalement du macrozooplancton (cladocères et copépodes), alors que les sub-adultes et les adultes consomment principalement des larves de Chironomidae et de Tubificidae. En LH, les sub-adultes et adultes des deux espèces présentent des différences significatives dans leur régime alimentaire alors que les juvéniles ont des régimes similaires. Cependant, en PH et SH, nous n'avons trouvé aucune preuve de partage des ressources alimentaires, quelque soit le stade de vie (juvéniles, sub-adultes et adultes). R. Cliffordpopei et R. Giurinus présentent un partage de leur niche temporel. En effet, les deux espèces ont des débuts de période de reproduction ainsi que des pics de reproduction à des moments différents. R. Cliffordpopei se reproduit de Février à Juin avec un pic de ponte entre Mars et Avril alors que l'activité de reproduction de R. Giurinus se fait entre Avril et Août avec un pic de ponte pendant les mois de Mai et Juin. Ces différences ont conduit à un partage temporel des cohortes de taille similaire entre les deux espèces, en particulier pour les larves de petite taille et les juvéniles, qui sont presque exclusivement zooplanctivores et qui exploitent les mêmes ressources alimentaires dans le lac. Cependant, l'activité nycthémérale (activité de locomotion) et le rythme d'alimentation varient légèrement entre les deux espèces, i. E. Les deux espèces présentent deux pics d'activités (6:00 - 10:00 et 18:00 - 22:00) et deux principales périodes d'alimentation (6:00 - 10:00 et 18:00 - 22:00) sur un laps de temps de 24h pour les quatre saisons. De plus, notre étude apporte une compréhension complète de la sélection d'habitat et des traits d'histoire de vie (i. E. Patron de croissance, biologie de la reproduction et dynamique de population) de ces deux espèces invasives de gobies. Ces résultats biologiques sont essentiels pour la mise en place de programmes économiquement et écologiquement efficaces de contrôle pour les deux espèces de ravageurs. De nouveau programmes de gestion sont fortement recommandés en vue de ces résultats. Par conséquent, dans cette étude, plusieurs programmes de restauration spécifiques et innovants sont proposés pour améliorer les stratégies actuelles de gestion dans une perspective de réduction des coûts et une meilleure efficacité
Understanding species coexistence and maintenance of biodiversity in nature has long been a central issue in community ecology. The niche or niche-based theory has been developed since Darwin's explanation of an amazing diversity of life on the Earth and considered as a major theory explaining the coexistence among competing species within ecological communities. Niche differentiation basically involves spatial, trophic, temporal and/or a combination of them. In the present study, habitat selections, life-history characteristics, diet compositions and feeding behaviors of two highly abundant and ecologically similar invasive goby species (Rhinogobius cliffordpopei and Rhinogobius giurinus) are compared to test whether niche separation is a potential mechanism allow ing the stable coexistence of them in Lake Erhai (a shallow freshwater lake in the Yunnan-Guizhou Plateau of China). The results demonstrated that these two species showed niche separation along habitat axis, food axis (in littoral habitat for sub-adults and adults), and temporal axis in terms of spawning cycles. Specifically, R. Giurinus mostly occupied profundal habitat (PH) while R. Cliffordpopei mainly used littoral habitat (LH). Correlation analyses revealed that the abundance of R. Giurinus was positively associated with deep water, silt and coarse sand substrata, whereas the distribution of R. Cliffordpopei was positively associated with high densities of macrozooplanktons and high abundances of other fish species, high concentration of dissolved oxygen and high densities of submerged macrophytes. For food resources partitioning, they showed a clear ontogenetic diet shifts and significantly different food partitioning patterns at different life-history stages and habitats. For both species, macrozooplanktons (Cladocera and Copepoda) were the main food for juveniles while sub-adults and adults primarily consumed Chironomidae larvae and Tubificidae. In LH, sub-adults and adults of the two species significantly differed in their diet compositions while juveniles showed similar diets. In PH and SH, however, there was no evidence for food partitioning between species at all the three life-history stages. R. Cliffordpopei and R. Giurinus showed temporal niche partitioning as they exhibited different onsets of spawning and peaks of spawning seasons, and thus different growth and population dynamics, though both of them are short-lived species with a life span of about one year. R. Cliffordpopei spawned from February to June with a spawning peak occurring in March and April. Spawning activity of R. Giurinus occurred from April to August with a peak activity during May and June. These differences resulted in a temporal partitioning for similar-sized cohorts, especially for small-sized larvae and juveniles, which were almost exclusively zooplanktivorous and exploited the same food resources in the lake. Moreover, their different spawning cycles led to different peak seasons for the highest population density of the two species. However, the diel activity (locomotory activity) and feeding rhythm varied slightly between them, i. E. Both species showed two peaks of activity (6:00 - 10:00 and 18:00 - 22:00) and two main feeding periods (6:00 - 10:00 and 18:00 - 22:00) in the four seasons. Moreover, our study provides a full understanding of habitat selection and life-history characteristics (i. E. Growth pattern, reproduction biology and population dynamic) of the two invasive gobies. These findings are crucial biological aspects for an economically and ecologically effective control programs to the two abundant pest species. The further management programs are highly recommended to give a careful consideration of these findings. Therefore, several specific remediation is suggested to improve the current management strategies from the perspective of cost-efficiency

La mise en relation d'un ou de plusieurs semis de points avec des cartes de variables environnementales est centrale en Écologie. Les points représentent en général des localisations d'individus d'une ou de plusieurs espèces. Cette thèse présente une démarche pour identifier les variables environnementales qui sont les plus structurantes de la distribution des points. Elle repose sur l'exploration des données dans l'espace géographique et dans l'espace défini par les variables environnementales (espace écologique). L'analyse d'un seul semis et celle de plusieurs semis de points sont considérées. Des collaborations ont permis de développer ou d'améliorer des outils d'analyse spatiale (analyse discriminante sur vecteurs propres du graphe de voisinage) ou écologique (ENFA, analyse K-select, analyse factorielle des rapports de sélection), reposant sur la théorie de l'analyse factorielle. Une bibliothèque de fonctions pour le logiciel R, adehabitat, a été programmée pour faciliter cette démarche d'analyse

Afin de quantifier les risques d’invasion chez le goujon Asiatique Pseudorasbora parva, un petit cyprinidae d’eau douce, j’ai tout d’abord testé une approche corrélative de modélisation de la niche climatique dans laquelle j’ai intégré un proxy relatif à la probabilité d’introduction. Cette approche s’appuie sur des assomptions relatives à l’adaptation des organismes aux conditions environnementales locales ou régionales. J’ai ensuite comparé la niche climatique mesurée de deux lignées génétiques majeures à la fois dans les aires natives et envahies. Puis dans un second temps, par une approche expérimentale j’ai comparé la réponse aux variations de température, des traits d’histoire de vie de populations vivant dans des zones climatiques contrastées. Finalement, je me suis intéressé à la dispersion des goujons Asiatiques afin de mieux comprendre si les populations situées sur les fronts d’invasions avaient des capacités de colonisation plus importante. J’ai donc quantifié et comparé le long d’un gradient d’invasion, le potentiel de dispersion des individus ainsi que des traits pouvant y être liés (activité et morphologie). L’étude des risques d’invasions a montré que de nombreuses zones – au delà des zones déjà envahies - étaient climatiquement favorables au goujon Asiatique. C’était le cas en particulier pour certaines zones comme l’Australie, l’Amérique du Sud et du Nord, indiquant que l’invasion de cette espèce pourrait encore s’étendre. Après avoir pris en compte les probabilités d’introduction, cette étude a montré que l’Amérique du Nord était la zone la plus à risques. Par contre, la niche climatique entre les différentes lignées dans les zones géographiques envahies est très similaire, ce qui laisse à penser qu’il n’y a pas de patrons d’adaptation locale chez cette espèce. Pour autant, la niche climatique observée dans la zone envahie est très différente de celle observée dans la zone native, ce qui suggère un shift climatique important au cours de l’invasion. Les réponses thermiques des traits d’histoire de vie du goujon Asiatique testés expérimentalement n’ont pas varié significativement entre les populations originaires de conditions climatiques continentales et maritime-tempérées. Par exemple, l’effort reproductif global des femelles n’a pas varié entre les températures testées (15-25°C) mais la stratégie temporelle de reproduction a beaucoup varié. L’effort reproductif était plus cours et plus intense à forte température, alors qu’il était plus étalé et avec des pics reproductifs moins forts à faible température. Pour ailleurs, il semble qu’il existe un gradient morphologique fort entre les populations situées à différentes distances du front d’invasion ce qui suggère une forte plasticité morphologique mais qui ne serait pas liée à la capacité de dispersion de ces populations. En effet, cette dernière ne variant pas significativement le long du gradient d’invasion. La capacité de dispersion serait principalement liée à la taille du corps de goujon Asiatique, les individus les plus grands ayant une probabilité plus élevée de disperser.Bien que les prédictions générales du modèle de niche puissent être affectées par de potentielles adaptations à l’échelle de la population ou de la lignée évolutive, les résultats suggèrent qu’une certaine incertitude liée à ces prédictions persiste puisque la distribution native ne prédisait que très mal la distribution actuelle dans les zones envahies. Par ailleurs, mes travaux expérimentaux à plus fine échelle suggèrent que cette espèce est extrêmement adaptable et tolère une large gamme environnementale, ce qui pourrait expliquer son caractère invasif. Les connaissances produites au cours de cette thèse constituent donc des ressources extrêmement pertinentes pour développer des stratégies de gestion visant à contrôler les invasions futures du goujon Asiatique
In this thesis I set out to quantify the risk of invasion from the invasive freshwater fish, Pseudorasbora parva, at a global extent, using traditional correlative ecological niche modelling approaches with the integration of surrogate data representing introduction likelihood (Chapter I). These correlative approaches rely upon key assumptions relating to the presence or absence of local or regional adaptations, and so I subsequently tested for evidence of such adaptations in genetic lineages and in individual populations. This was achieved through analyzing climatic niche differentiation of key genetic lineages in the native and invasive ranges (Chapter II) and by conducting lab experiments comparing thermal responses of important life history traits in populations from contrasting climates (Chapter III). The initial risk assessment did not account for a key factor in invasions; namely, natural dispersal. Natural dispersal has been observed to be subject to selection in vanguard populations of invasive species, and adaptation of dispersal traits can infer additional invasive vigor, allowing the species to spread across the landscape quicker. For this reason, I quantified dispersal, activity and morphological differences, often associated with differential dispersal ability, in populations along a distance-gradient from an invasion front, in order to identify if P. parva is capable of such adaptations.The initial risk mapping study showed that large areas, beyond the current distribution of the species, are climatically suitable. These areas are mainly in North and South America, Australia and New Zealand, and constitute significant scope for spread and impact of this species. When introduction likelihood was included, N. America appears most at risk. I found no evidence to suggest that native genetic lineages represented local adaptations to their respective native climates - there was little or no differentiation of the lineages’ climatic niches in the invasive range. It was also apparent, from the niche comparisons, that the climatic niche in the invaded range constituted a significant shift, compared to the native range. The thermal responses of P. parva life history traits did not differ significantly between populations from a strongly seasonal continental climate and a mild temperate maritime climate. The overall reproductive output of females did not vary according to breeding season temperature, however, temporal reproductive strategy showed a strong response, with lower temperatures inducing a protracted breeding season and higher temperatures inducing rapid and intense reproductive output. The dispersal and morphology-related study identified a strong gradient of morphological change, corresponding with distance from invasion front. This demonstrates a high degree of plasticity in P. parva’s morphology in an invasion context, however this was not linked to either dispersal or activity levels, neither of which was significantly linked to distance from invasion front. Dispersal was best explained by body size, with larger fish more likely to disperse further.Whilst I found no evidence to suggest that the model predictions (Chapter I) were hampered by differentiation at either lineage or population levels, the findings of Chapter II do highlight the uncertainties surrounding the degree of conservatism in such predictions, mainly owing to the fact that past, native, distribution did not accurately predict the current invaded distribution. The results of Chapters II-IV show broad tolerances and great plasticity in P. parva, which likely underpin this species success as a pan-continental invader. The knowledge produced in this thesis provides a useful new resource for the development of management strategies for P. parva and could be usefully enhanced by the additional of analogous studies on native populations, which could help elucidate the source of the observed plasticity

Les modèles de niche écologique (ENM) sont largement utilisés pour prédire la distribution actuelle et future des espèces. Ils peuvent être des outils complémentaires pour évaluer la qualité de niche des potentielles aires de lâchers, un facteur clé pour le succès des translocations. Pourtant, les ENM sont encore rarement appliqués dans les translocations et on a encore peu de preuves de leur intérêt pour les translocations. Nous avons centré nos recherches sur des programmes bien établis de renforcement des populations de deux espèces d'Outarde houbara, l'espèce nord-africaine (Chlamydotis undulata) et l'espèce migratrice asiatique (C. macqueenii). Grâce à un suivi intensif de populations sauvages relictuelles et d'individus élevés en captivité et lâchés sur une large partie de leur aire de répartition, ces programmes fournissent un cadre d'étude idéal pour envisager des questions complexes sur la pertinence des ENM dans la translocation. Nous avons relié la survie individuelle, une composante essentielle de la dynamique des populations, à la qualité de niche, en réalisant notamment un lâcher expérimental de 180 individus le long du gradient de qualité de la niche. Nous avons ensuite testé si les outardes lâchées utilisent la même niche écologique que les sauvages pour valider l'utilisation ultérieure des projections des modèles. Enfin, nous discutons de l'implication des changements globaux pour les translocations d'Outarde houbara. Ces approches empiriques reliant la qualité de niche aux processus démographiques constituent un pas en avant pour une meilleure compréhension de la pertinence des ENM pour les translocations d'espèces dans un environnement changeant
Ecological niche models (ENM) are widely used to predict the current and future distribution of species. They could be used as complementary tools to assess the niche suitability of potential release areas, a key parameter for improving success in conservation translocation. Yet, ENM are still rarely applied and general evidence about the benefit of these models in translocation is still lacking. We focused our research on reinforcement programs of two species of Houbara Bustard, the sedentary North African species (Chlamydotis undulata undulata) and the migratory Asian species (C. macqueenii). Through the extensive monitoring of remnant wild populations and captive-born released individuals over a large proportion of their distribution range, these programs provide an ideal study framework to address complex questions regarding the relevancy of ENM in translocation conservation. First, we linked individual survival, a crucial component of population dynamics, to niche suitability. Then, we performed an experimental release and monitoring of 180 individuals along a gradient of habitat suitability as predicted by ENM to test the effect of release site suitability on survival of captive-born individuals. We then tested if released houbaras use the same ecological niche than wild houbaras, as a validation step to support the subsequent use of niche modelling. Finally, we discussed the implications of global change for ongoing translocation programs of Houbara Bustard. Empirical approaches linking habitat suitability with demographic processes provide a step towards a better understanding of the relevance of ENM for conservation translocations in changing environments

La compréhension du choix de l'habitat est d'une importance cruciale parce qu'il affecte la fitness. Chaque espèce choisit son habitat selon les variables écogéographique qui définissent sa niche écologique. Pour les oiseaux coloniaux comme le héron cendré, ce choix s'effectue à multiple échelle. Il change d'un niveau paysager à un niveau local : le paysage est associé aux caractéristiques des zones d'alimentation ; l'échelle intermédiaire correspond à l'emplacement de la colonie et l'échelle locale à celui du nid. La plupart des études sur les hérons coloniaux se sont intéressées uniquement aux échelles intermédiaires et locales, et ont démontré que l'emplacement de la colonie doit être proche des secteurs d'alimentation. Le site des colonies est à ces emplacements d'exploitation du milieu. Le but de cette étude est d'examiner le rôle de la structure de paysage dans la distribution des colonies du héron cendré de l'échelle locale à la paysagère.

La colonisation humaine, la mise en place d’activités agricoles et sidérurgiques au cœur de la forêt boréale de Scandinavie centrale ont nécessité de relever de nombreux défis posés par un environnement hostile. La domestication du paysage est abordée sous l’angle de la construction d’une niche écologique par l’homme, possible grâce à des acquis antérieurs et à l’adaptation aux nouvelles conditions.

Le chapitre 8 décrit l'état de l'art concernant les espèces de bifidobactéries (taxonomie, habitat) et leur évolution temporelle au sein de leurs niches écologiques. Les éléments de physiologie et de métabolisme éclairent les contraintes de production des probiotiques bifides et ouvrent des perspectives sur la prochaine génération de produits d'intérêt en agroalimentaire et en santé, notamment les lipoprotéines de paroi et les bactériocines.

La collection de crustacés fossiles du MNHN (invertébrés et micropaléontologie) est très diversifiée et conserve des milliers d’échantillons. L’utilisation des nouvelles technologies permet aujourd’hui de répondre à des questions importantes sur les relations de parenté entre crustacés fossiles et actuels, sur leur origine et leur diversification, sur leur distribution géographique et l’occupation des niches écologiques au cours des temps géologiques.