Academic literature on the topic 'Niveaux taxonomiques'

Par leur abondance et leur diversité taxonomique et fonctionnelle, les microorganismes jouent un rôle prépondérant dans les flux de matière et d'énergie au sein des écosystèmes aquatiques. Au cours de ces dernières années, les progrès réalisés au niveau des techniques d'identification, de dénombrement et de mesure d'activité métabolique, notamment en microscopie à épifluorescence et en biologie moléculaire, ont permis d'entrevoir l'extraordinaire diversité des microorganismes aquatiques, l'étendue de leurs conditions de vie et leurs abondances jusqu'alors largement sous-estimées. De plus, l'amélioration sensible des méthodes séparatives a permis de décrire, in situ, la composition biochimique des communautés et d'aborder les transferts de matière sous un angle qualitatif. L'ensemble des résultats disponibles laisse apparaître que les relations trophiques entre les microorganismes forment un véritable réseau à l'intérieur duquel la boucle microbienne permet le transfert, au moins en partie, de la production picoplanctonique vers les niveaux trophiques supérieurs. Ainsi, des progrès conséquents ont été réalisés quant à la compréhension du rôle des communautés bactériennes dans les flux de matière, y compris au niveau d'environnements particuliers (biofilms, milieux extrêmes). Par ailleurs, alors qu'il a été longtemps admis que la régulation des communautés bactériennes était essentiellement liée à la disponibilité ou à la qualité des substrats organiques, il apparaît maintenant que la limitation par les éléments nutritifs minéraux, la prédation des protistes phagotrophes et du métazooplancton et la lyse virale sont également des facteurs susceptibles d'intervenir significativement dans ce contrôle. Malgré ces progrès considérables dans le domaine de l'écologie microbienne, près de 90% des microorganismes présents dans l'environnement n'ont pas encore été décrits et la compréhension des relations entre les microorganismes et le fonctionnement des écosystèmes restent un enjeu majeur pour les années à venir.

RésuméNouvelles données sur la flore endémique du sous-secteur de l’Atlas tellien Oranais «O3» (Algérie occidentale). Cette étude est une première synthèse régionale visant à proposer une nouvelle liste de la flore endémique du sous- secteur de l›Atlas tellien oranais (O3) en analysant les principaux changements taxonomiques et chorologique. Les données de littérature disponibles ont été exploitées notamment (Quezel & Santa, 1962-63; Vela & Benhouhou, 2007) et analysés en utilisant l’index de la base de données de l’Afrique du Nord (Dobignard & Chatelain, 2010-13). Cela a conduits à la suppression de 22 taxons de la liste de base comportant 94 taxons. Nous avons ensuite rajouté 15 nouveaux taxons signalés récemment dans la bibliographie au niveau de cette région ainsi que 3 taxons oubliés dans la première liste. La nouvelle liste de la flore endémique du O3 contenant 89 taxons a subi des changements considérables au niveau de sa composition floristique. Cette liste n’étant pas exhaustive devrait être enrichie par des nouveaux résultats au niveau des zones pas encore bien explorées sur le plan floristique notamment Mascara, Saida et Sidi Belabess. Mots clés: Algérie, chorologie, endémique,liste, taxonomie. AbstractNew data on endemic flora of the sub-sector of Oran Tell Atlas “O3” (Western Algeria). This study is a first regional synthesis aiming at proposing a new list of the endemic flora of the sub-sector of Oran Tell Atlas (O3), by analyzing the main taxonomic and chorological changes. The literature data available have been exploited in particular (Quézel & Santa, 1962-63, VÉla & Benhouhou, 2007) and analyzed using the index of the database of North Africa (Dobignard & Chatelain, 2010-13). This led to the deletion of 22 taxa from the basic list of 94 taxa. We then added 15 new taxa reported recently in the bibliography at this region as well as 3 taxa forgotten in the first list. The new list of endemic flora of O3 containing 89 taxa has undergone considerable changes in its floristic composition. This list which is not exhaustive should be enriched by new results at the level of areas not yet well explored on the floristic plan including Mascara, Saida and Sidi Belabess. Key words: Algeria, chorology, endemic, list, taxonomy.

Résumé L’objectif de cette étude concerne l’influence d’une ancienne gravière de l’Allier, qui a capturé ce cours d’eau en 1989, sur la distribution longitudinale de la macrofaune benthique. Trois seuils successifs, situés l’un en amont et les deux autres en aval de la gravière, ont été étudiés sur 900 m. Des données sur la granulométrie du substrat, sur les faciès et les variables hydrauliques, ainsi que sur les macroinvertébrés benthiques ont été recueillies à deux saisons successives. La granulométrie des seuils est marquée par une diminution significative de la taille médiane des particules, qui passe de 28 mm en amont à 20 mm en aval, cette ancienne gravière agissant comme un piège sur la charge de fond. Du point de vue faunistique, la diminution amont – aval de la richesse et de la densité en macroinvertébrés (particulièrement sensible pour l’ensemble Ephémèroptères, Plécoptères, Trichoptères), est moins marquée au niveau du troisième seuil. Les différences taxonomiques observées au printemps entre l’amont et l’aval de la zone de capture, s’estompent en été. Aux deux saisons, du seuil 1 au seuil 2, il y a passage d’un état mésotrophe ‑ ß‑mésosaprobe à un état oligotrophe – oligosaprobe, le troisième seuil étant intermédiaire. Les macroinvertébrés collectés en amont sont majoritairement des mangeurs de sédiments fins, des filtreurs et prédateurs, ceux de l’aval étant surtout des racleurs, brouteurs et broyeurs. La rupture du continuum de la rivière s’est atténuée en aval éloigné, révélant le caractère résilient de ces organismes.

Contexte et objectifs – Lors de la révision taxonomique du genre Cynorkis (Orchidaceae) aux Mascareignes, un nouveau taxon collecté à La Réunion a été découvert et est officiellement décrit ici.Matériel et méthodes – Une comparaison de 312 spécimens (conservés dans les herbiers de P, MAU et REU) des Mascareignes avec les types nomenclaturaux a été entreprise afin de confirmer le statut taxonomique du nouveau taxon. Son état de conservation a été évalué selon les Catégories et Critères de la Liste Rouge de l’UICN.Principaux résultats – Cynorkis borbonica Pailler sp. nov. est décrit et illustré. Il est endémique de La Réunion où il se trouve dans les écosystèmes naturels à plus de 1900 m au-dessus du niveau de la mer. Son habitat est principalement le maquis dominé par Erica borbonica où il se rencontre sur le sol dans un tapis de bryophyte. Cynorkis trilinguis est la seule espèce proche et en diffère morphologiquement par la forme de son éperon et par la forme des feuilles. D’un point de vue de la distribution altitudinale, C. borbonica se développe à des altitudes supérieures à C. trilinguis. L’espèce est considérée comme En Danger selon les catégories et critères de l’UICN. A new Cynorkis (Orchidaceae) for the flora of the Mascarene Islands Background and aims – While conducting a taxonomic revision of the genus Cynorkis (Orchidaceae) in the Mascarenes, a new species collected in La Réunion was discovered and it is formally described here.Material and methods – A comparison of about 312 specimens (housed at P, MAU, and REU herbaria) from Mascarenes with nomenclatural types was undertaken in order to confirm the taxonomical status of the new species. Its conservation status was assessed using the IUCN Red List Categories and Criteria. Key results – Cynorkis borbonica Pailler sp. nov. is here described and illustrated. It is endemic to La Réunion where it is found in natural ecosystems at an elevation of more than 1900 m a.s.l. Its habitat is mainly shrubland dominated by Erica reunionensis where it grows on the ground in bryophyte mats. The only morphologically close species is Cynorkis trilinguis but it differs from the latter by its spur and leaf, as well as growing at a higher elevation. The species is considered as Endangered according to the IUCN Red List Categories and Criteria.

ABSTRACT. Variation of specific morphological traits and ploidy level of five Aegilops L. species in Morocco.The genus Aegilops L. represents an important natural source of useful genes for wheat breeding, with particular emphasis on biotic and abiotic stress resistance. For successful crosses, the primarily step is to select appropriate Aegilops accessions. In this paper, we studied five Moroccan species of an Aegilops collection on the basis of spike structure and chromosome number. Twenty-eight specific morphological characters were used to differentiate the species. Statistical analyses, in particular the DFA, allowed the characterization of the genetic variability of the species; the two first standardized axes explained 96,2% of the total variability and 100% of the entities were classified within their own group. In addition, the dendrogram constructed using morphological data reveals a significant variability within and between species. Cytogenetic study revealed four species, A. geniculata Roth, A. triuncialis L., A. ventricosa Tausch and A.peregrina Maire & Weiller, to be tetraploid. However, A. neglecta Req. ex. Bertol., where only two accessions are represented in the collection, revealed to be hexaploid, and can then be classified as A. neglecta subsp. recta Chennav.Key words. Aegilops, Variation, Morphology, Ploidy, Morocco.RÉSUMÉ. Variation des caracteres morphologiques specificities et niveau de plordie de an(' espéces Aegilops L. au Maroc. Le genre Aegilops L. représente une importante source de genes, potentiellement utilisables dans Pamelioration des blés cultivés (Triticum spp.) notamment pour la resistance aux stress biotiques et abiotiques. Le choix des accessions Aegilops á employer, dans un programme d' hybridation interspécifique, necessite une caractérisation taxonomique et une evaluation préalables. L'objectif de ce travail a ete d'étudier des accessions, appartenant á 5 especes marocaines constituant une collection d'Aegilops, sur la base de caracteres morphologiques specifiques de l'épi et du niveau de ploYdie. La caractérisation phénotypique a été basée sur l'étude de 28 caracteres morphologiques qui discriminent entre les especes. Les resultats des analyses statistiques, en particulier de l'AFD, ont permis de caractériser la variabilite génetique de ces especes et ant donne un pourcentage d'appartenance á l'espece de 100%. Aussi, les deux premiers axes standardises expliquent 96,2% de la variabilité totale. Un demlrogramme a éte aussi construit, revelant une variabilite interspecifique. L'étude cytogenétique a révélé une tetraploYdie pour A. geniculata Roth, A. triuncialis L., A. ventricosa Tausch et A. peregrina Maire & Weiller. Quant á A. neglecta Req. ex. Bertol., une hexaploYdie a été mise en evidence pour les deux uniques accessions disponibles dans la collection, permettant de leur attribuer le nom A. neglecta subsp. recta Chennav.Mots clés. Aegilops, Variation, Morphologic, Plolidie, Maroc.

Au Burkina Faso les études menées sur la végétation des inselbergs sont fragmentaires et insuffisantes. Il existe très peu de données sur la végétation des inselbergs et aucune étude n'a encore été menée sur cette végétation suivant un gradient climatique. L'objectif de cette étude est de décrire la végétation ligneuse des inselbergs des quatre secteurs phytogéographiques du Burkina Faso suivant un gradient climatique nord-sud. Les données ont été collectées dans des placeaux de 30 m x 30 m, suivant un échantillonnage stratifié et aléatoire. Des indices de diversité, d'équitabilité, de valeur d'importance et de similitude ont été calculés pour la végétation des inselbergs granitiques et gréseux des secteurs phytogéographiques. Un total de 188 relevés a été réalisé. 143 espèces ligneuses ont été recensées et se répartissent inégalement dans les quatre secteurs phytogéographiques. Plus de trois quarts moitié (79%) de ces espèces se retrouve dans le secteur Sud-soudanien, ce qui le rend plus riche floristiquement. Le secteur le moins riche en espèces est le secteur Nord-sahélien avec 37 espèces (26%). La richesse floristique augmente du nord au sud du gradient climatique et met en évidence la variation taxonomique suivant le gradient latitudinal de précipitation. Les 143 espèces ligneuses recensées sur les inselbergs des quatre secteurs phytogéographiques représentent 65 % des espèces ligneuses et 7 % de la flore totale du Burkina Faso. Les facteurs topographie et nature du substrat n'ont pas un effet significatif (p > 0,05) sur la composition floristique des inselbergs. La densité et la surface terrière des peuplements ligneux varient significativement suivant l'altitude (p < 0,05). Le climat, particulièrement le niveau de précipitation, reste le principal facteur qui influe sur la répartition des taxa devant la nature du substrat, la topographie et l’anthropisation. Les peuplements ligneux des inselbergs des secteurs sud-sahélien et ord-soudanien sont les moins denses. Ils subissent plus de pression anthropique par rapport aux peuplements ligneux des secteurs Nord-sahélien et Sud-soudanien. Les inselbergs les plus hauts ont une végétation ligneuse plus dense que les inselbergs les plus bas.

AbstractDecreasing deep-sea floor temperatures during the mid Cainozoic, and a presumed widespread disoxia in the deep sea prior to this era has lead many authors to suggest that the deep-sea fauna has accumulated during the last 30-40 mybp only. This hypothesis argues for extinction and replacement of earlier faunas. Some taxa, such as the Ostracoda, show extensive taxonomic replacement during the Miocene that is correlated with declining sea floor temperatures. A recent evaluation of the deep Atlantic distribution of major isopod clades, however, demonstrated that two different historical patterns are present. One pattern (''Flabellifera'') conforms to a relatively recent Cainozoic and ongoing colonization of the deep sea, with relative impoverishment of species with depth. The other pattern (Asellota) is one that is rich in deep-sea species, and has a high level of endemic morphological diversity, suggesting a long period of evolution in isolation. Glaciation during the late Palaeozoic and an early phylogenetic origination of the Asellota support the hypothesis that these isopods colonized the deep sea prior to the disoxia events during the Mesozoic and the early Cainozoic. The Mesozoic deep sea is unlikely to have become completely anoxic globally owing to vertical halothermal circulation at low latitudes, allowing the possibility of oxygenated refuges in deep water. Elements of the Palaeozoic fauna, therefore, may have persisted through the Mesozoic without representation in marine shallow waters. Within the isopods, these Palaeozoic relicts have taken two adaptive directions. In freshwater, the Phreatoicidea show morphological stasis, with modern taxa resembling fossils from Carboniferous and Triassic eras. The Asellota, on the other hand, have evolved into a many different morphological types and a huge number of species globally. La diminution de la temperature dans l'ocean profond pendant le Cenozoique ainsi qu'un presume appauvrissement en oxygene apparu avant cette ere a conduit beaucoup d'auteurs a suggerer que la faune profonde ne s'est accumulee que pendant les derniers 30-40 mybp seulement. Cette hypothese plaide pour l'extinction et le remplacement des faunes anterieures. Quelques taxa, tels les Ostracoda, montrent un remplacement taxonomique important pendant le Miocene qui est correle avec les temperatures en baisse de l'ocean profond. Une evaluation recente de la distribution atlantique profonde des clades principaux d'Isopodes montre cependant que deux configurations historiques differentes sont presentes. Une configuration (''Flabellifera'') se conforme a une colonisation Cenozoique recente et continue de la mer profonde, avec un appauvrissement relatif des especes avec la profondeurs. L'autre configuration (Asellota) traduit une grande richesse des especes profondes, et un niveau eleve de diversite morphologique endemique, suggerant une longue periode d'evolution en isolement. Les Glaciations a la fin du Paleozoique et une origine phylogenetique plus ancienne des Asellota supportent l'hypothese que ces Isopodes ont colonises la mer profonde avant les evenements d'appauvrissement en oxygene pendant le Mesozoique et le Cenozoique ancien. La mer profonde du Mesozoique est peu susceptible d'etre devenue completement anoxique en raison, globalement, de la circulation verticale halothermique sous les basses latitudes, ce qui avait permis la possibilite de refuges oxygenes dans l'eau profonde. Les elements de la faune du Paleozoique ont pu donc persister lors du Mesozoique sans representants dans les eaux peu profondes marines. Chez les Isopodes, ces relictes du Pal eozoique ont pris deux directions adaptatives. Dans les eaux douces, les Phreatoicidea montrent une stase morphologique avec des taxa modernes ressemblant a des fossiles du Carbonifere et/ou du Trias. Les Asellota d'autre part, ont evolue en beaucoup de types morphologiques differents et, globalement, en un

The Portuguese Oak in Algeria (Quercus faginea, Fagaceae): germination potential and variability of acorn and seedling morphology Background and aims – The Portuguese Oak, Quercus faginea Lam. (Fagaceae) forms part of iconic Mediterranean forest communities and is of great ecological and taxonomic value in Algeria. Unfortunately, the species is under threat and its populations remain poorly characterized. The aim of this paper is to study the variability of acorn morphology and germination potential of Q. faginea in Algeria, to examine variability in the growth of seedlings and to evaluate the influence of physical treatments on germination capacity and the subsequent development of seedlings at the intra- and inter-provenance levels.Methods – Mature acorns from four Q. faginea provenances of the species in Algeria were used for this work. In each provenance, ten trees were selected, and 100 acorns collected from each tree. Prior to germination, phenotypic seed traits were measured and a set of physical treatments was performed. The germinated seedlings were transplanted into polyethylene bags and several characteristics of plant growth were measured.Key results – The comparative analysis on acorn morphology and germination features revealed heavier acorns in the Baloul provenance and smaller and lighter leaves in the Chelia provenance, in comparison with other provenances. Germination features and seedling growth showed that the size of the acorns had no influence on seedling development.Conclusions – Our results show a morphological variability of leaves and acorns of the Portuguese Oak at the inter-provenance level. This diversity is probably a consequence of genetic variation and / or variable environmental conditions of the provenances. The study of the germination and seedling development reveals a considerable potential for germination and growth. Given all the factors that threaten the persistence of Portuguese Oak in Algeria, we recommend conservation action for the species through reforestation, ex situ plantations and protective fences to avoid genuine and irreversible population regression, which would most likely lead to its disappearance. Contexte et buts visés – Le chêne faginé, Quercus faginea Lam. (Fagaceae), représente un intérêt patrimonial, écologique et taxonomique remarquable en Algérie, mais malheureusement l’espèce est menacée et peu étudiée. L’objectif de ce travail est d’étudier la variabilité morphologique et le potentiel germinatif des glands de Q. faginea en Algérie, d’examiner la variabilité de la croissance des semis et d’évaluer l’influence des traitements physiques sur le potentiel germinatif et le développement ultérieur des semis, tant au niveau intra- qu’inter-stationnel.Méthodes – Des glands mûrs de chêne faginé récoltés sur quatre stations de l’espèce en Algérie ont été utilisés. Sur chaque station, dix arbres ont été sélectionnés, représentés par 100 glands chacun. Une analyse de traits phénotypiques a été réalisée sur les glands ; ensuite un ensemble de traitements physiques ont été effectués afin de tester leur effet sur la germination. Les semis issus de la germination ont été transplantés dans des sachets en polyéthylène et plusieurs caractères de croissance ont été mesurés. Résultats-clés – L’étude comparative morphologique et germinative révèle des glands plus longs et plus lourds à la station de Baloul, et des feuilles plus petites et plus légères à la station de Chélia, en comparaison avec les autres stations. Un effet significatif des traitements sur la germination a été montré dans toutes les stations. La taille des glands n’a aucune influence sur le développement des jeunes semis.Conclusions – Nos résultats montrent une variabilité morphologique inter-stationnelle des feuilles et des glands du chêne faginé. Cette diversité est probablement la conséquence de variations génétiques et/ou des conditions environnementales des stations. L’étude de la germination et de l’évolution de plants révèle un potentiel germinatif et de croissance considérables. Compte tenu de l’ensemble des facteurs qui menacent la pérennité du chêne faginé en Algérie, nous recommandons des actions pour la conservation de l’espèce telles que des reboisements, des plantations ex situ et des clôtures de protection pour éviter une régression réelle et irréversible des peuplements qui conduirait très probablement à sa disparition.

Les plateformes collaboratives d’observation de la biodiversité, couplées à des référentiels taxonomiques numériques, permettent désormais de générer automatiquement des listes d’espèces et/ou atlas de répartition à diverses échelles tant temporelles que géographiques. Nous questionnons ici la fiabilité d’une telle liste d’espèces en prenant comme point de départ la pré-liste taxonomique des Mollusques de la région du Grand-Est générée à partir des données d’occurrences disponibles dans le Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP) et du réferentiel associé TAXREF. Nous montrons que le taux de recouvrement entre cette pré-liste qui cite 233 taxons terminaux et celle élaborée par les auteurs de cet article est de l’ordre de 90 %. Les différences sont liées à 60,7 % à de fausses-absences, à 32,1 % à de fausses-présences et à 7,2 % à des traitements taxonomiques différents. Au final, nous documentons la présence de 241 taxons terminaux dont 156 Gastéropodes terrestres, 46 Gastéropodes aquatiques et 39 Bivalves. Nous montrons que plus de 40 % des espèces de Mollusque nécessitent une approche conjointe morpho-anatomique pour une identification fiable. C’est pourquoi, cette liste de référence dite fonctionnelle a mis l’accent, pour certains taxons, sur les critères spécifiques estimés comme stables et sur le niveau de difficulté lors de l’identification, et ce, afin de tenter d’homogénéiser l’implémentation des données d’occurrence et/ou de leur évaluation a posteriori. Nous recommandons que les données primaires enregistrées dans les bases de données collaboratives fassent référence à des spécimens déposés dans des collections publiques, aux caractères spécifiques observés et par la transmission de photographie(s) de bonnes qualités.