Academic literature on the topic 'Non pathogène'
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Journal articles on the topic "Non pathogène"
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Paphitis, Katherine, Camille Achonu, Sandra Callery, et al. "Au-delà de la grippe : Tendances des éclosions d’infections respiratoires dans les établissements de soins de santé de l’Ontario de 2007 à 2017, et implications pour la gestion des éclosions non grippales." Relevé des maladies transmissibles au Canada 47, no. 56 (2021): 294–301. http://dx.doi.org/10.14745/ccdr.v47i56a04f.
Full textAbstract:
Contexte : Les éclosions provoquent une morbidité et une mortalité importantes dans les établissements de soins de santé. Les méthodes de dépistage actuelles permettent de cerner des agents pathogènes respiratoires viraux spécifiques, mais l’approche de la gestion des éclosions reste générale. Objectifs : Notre objectif était d’examiner les tendances spécifiques aux agents pathogènes dans les éclosions respiratoires, y compris la façon dont le taux d’attaque, le taux de létalité et la durée de l’éclosion diffèrent par agent pathogène entre les hôpitaux, et les établissements de soins de longue durée et les maisons de retraite en Ontario. Méthodes : Les éclosions d’infections respiratoires confirmées dans les hôpitaux et les établissements de soins de longue durée ou les maisons de retraite de l’Ontario signalées entre le 1er septembre 2007 et le 31 août 2017 ont été extraites du Système intégré d’information sur la santé publique (SIISP). Les taux d’attaque médians, la durée des éclosions et les taux généraux de létalité des éclosions spécifiques à un pathogène ont été comparés dans les deux types d’établissements. Résultats : Au cours de la période de surveillance de 10 ans, 9 870 éclosions respiratoires confirmées ont été signalées dans les hôpitaux et les établissements de soins de longue durée ou les maisons de retraite de l’Ontario. La grippe était à l’origine de la plupart des éclosions (32 % dans les établissements de soins de longue durée et les maisons de retraite, 51 % dans les hôpitaux), mais ces éclosions étaient plus courtes et présentaient des taux d’attaque inférieurs à ceux de la plupart des éclosions non grippales dans les deux types d’établissements. Le métapneumovirus humain, bien que peu fréquent (moins de 4 % des éclosions), présentait des taux de létalité élevés dans les deux types d’établissements. Conclusion : Les taux d’attaque et les taux de létalité variaient selon l’agent pathogène, tout comme la durée de l’éclosion. L’élaboration de conseils propres à la gestion des éclosions, qui tiennent compte de l’agent pathogène et de l’établissement de soins de santé, pourrait être utile pour limiter la charge des éclosions respiratoires.
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Darios, Frédéric. "Une toxine botulique de type A modulaire et non pathogène." médecine/sciences 27, no. 8-9 (2011): 694–96. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2011278005.
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Hardy, A., D. Christmann, J. M. Feger, J. L. Pasquali, and D. Storck. "État septique après artériographie. Du rôle d'un germe réputé non pathogène : Bacillus licheniformis." Médecine et Maladies Infectieuses 16, no. 1 (1986): 37–38. http://dx.doi.org/10.1016/s0399-077x(86)80305-5.
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SAULNIER, D., Y. REYNAUD, I. ARZUL, L. MIOSSEC, F. LE ROUX, and C. GOARANT. "Émergence de maladies chez les organismes d’intérêt aquacole : quelques scénarios illustrés d’exemples." INRAE Productions Animales 20, no. 3 (2007): 207–12. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2007.20.3.3456.
Full textAbstract:
Selon l’Office International des Epizooties (OIE) une maladie émergente désigne une maladie grave récemment reconnue, dont la cause peut, ou non, avoir déjà été établie, et qui est susceptible de se propager au sein d’une population ou entre des populations, par exemple à l’occasion d’échanges internationaux d’animaux aquatiques et/ou de produits d’animaux aquatiques. Si les maladies émergentes qui affectent la santé humaine ont été très étudiées, celles qui touchent les organismes marins et les organismes aquacoles d’intérêt économique en particulier sont en revanche peu documentées. C’est en restreignant l’émergence aux seules maladies infectieuses que seront présentés de façon non exhaustive quelques scénarios de l’émergence des maladies chez les organismes d’intérêt aquacole en les illustrant par trois exemples disponibles dans la littérature scientifique : l’un relatif à l’apparition d’un agent pathogène chez un nouvel hôte avec le cas de l’herpesvirus de la carpe Koï, l’autre à l’évolution d’un agent pathogène existant avec le cas de la vibriose à Vibrio nigripulchritudo sévissant dans les élevages de crevettes pénéides de Nouvelle-Calédonie et enfin le dernier lié à l’introduction d’un pathogène préexistant avec le cas de Bonamia ostreae infectant l’huître plate Ostrea edulis. Les causes d’émergence de maladies sont multiples et font intervenir de façon intercurrente l’agent pathogène, l’environnement, l’hôte ou les espèces hôtes et des facteurs anthropiques. Dans le milieu marin, ces causes sont bien souvent méconnues. Dans ce contexte le développement des réseaux de surveillance et des techniques de diagnostic revêtent un intérêt considérable afin d’anticiper, de prévenir et/ou d’intervenir sur l’émergence des maladies en limitant leur conséquences sanitaires, écologiques et politiques.
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Lefranc, Maxime, Amandine Rougeron, Frédéric Gabriel, and Isabelle Accoceberry. "Péritonite à Candida utilis : une pathologie sous-estimée due à une levure « non pathogène »." Journal de Mycologie Médicale 27, no. 3 (2017): e27-e28. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.064.
Full text
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LEPAGE, C., H. RABESONA, S. KOZIN, et al. "Approche physicochimique de la structure de la protéine prion PrPc : Plasticité conformationnelle de peptides de la région 121-170 (H1-S2) de la protéine prion ovine." INRAE Productions Animales 17, HS (2004): 39–44. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.hs.3624.
Full textAbstract:
Le passage de la forme non pathogène de la protéine prion normalement présente chez l’individu sain (PrPC) vers la forme pathogène (PrPSc) se traduit par une augmentation de la proportion de feuillet bêta dans la protéine, favorisant son agrégation, la formation de fibrilles et la résistance à la protéinase K. La structure tridimensionnelle de PrPC, déterminée pour quatre espèces, est extrêmement conservée. Elle comporte un segment désordonné et très flexible à l’extrémité N-terminale et une partie globulaire, constituée de deux brins bêta (S1, S2) et de trois hélices alpha (H1 à H3) associés par des boucles (L1 à L5). Le fragment de la protéine correspondant à l’hélice H1 se structure en hélice de façon autonome. En revanche, le peptide comportant la région H1-L3- S2 (PrPH1-L3-S2) montre, comme la protéine, une capacité à adopter différentes conformations. Ces résultats contribuent à proposer l’hélice H1 comme l’un des motifs structuraux de la protéine capables d’initier la transconformation, c’est-à-dire la transformation de la protéine prion normale en protéine prion pathogène. Le rôle clé de l’hélice H1 dans la transconformation a été étayé par une série d’études physicochimiques, détaillées dans l’article, réalisées à l’aide d’une série de peptides de tailles variées (9 à 33 résidus, séquence ovine) ciblés sur la région [133-165] qui comporte la succession des motifs structuraux L2-H1-L3-S2. Les principaux résultats de cette étude montrent la grande stabilité de l’hélice H1, en particulier en présence de la boucle L2 ou des deux boucles L2 et L3. L’absence de la boucle L2 et la présence du brin bêta S2 sont en revanche des facteurs de déstabilisation de l’hélice H1. La boucle L2 pourrait d’ailleurs jouer un rôle tout particulier comme le suggère l’observation d’une interaction entre cette boucle et la protéine PrPC. Une telle interaction pourrait être mise en jeu dans les mécanismes intervenant dans l’interaction protéine prion saine/protéine prion pathogène impliquée dans la propagation de la maladie. Ces résultats, qui devront être confirmés et développés, conduisent à proposer la boucle L2 et le feuillet S2 comme deux régions assurant la «régulation» de la stabilité de l’hélice H1, qui apparaît comme une région clef dans les processus de conversion pathogène.
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Dumas, G., N. Bigé, V. Lemiale, and E. Azoulay. "Patients immunodéprimés, quel pathogène pour quel déficit immunitaire ? (en dehors de l’infection à VIH)." Médecine Intensive Réanimation 27, no. 4 (2018): 344–66. http://dx.doi.org/10.3166/rea-2018-0056.
Full textAbstract:
Le nombre de patients immunodéprimés ne cesse d’augmenter en raison de l’amélioration du pronostic global du cancer et de l’utilisation croissante d’immunosuppresseurs tant en transplantation qu’au cours des maladies auto-immunes. Les infections sévères restent la première cause d’admission en réanimation dans cette population et sont dominées par les atteintes respiratoires. On distingue les déficits primitifs, volontiers révélés dans l’enfance, des déficits secondaires (médicamenteux ou non), les plus fréquents. Dans tous les cas, les sujets sont exposés à des infections inhabituelles de par leur fréquence, leur type et leur sévérité. À côté des pyogènes habituels, les infections opportunistes et la réactivation d’infections latentes font toute la complexité de la démarche diagnostique. Celle-ci doit être rigoureuse, orientée par le type de déficit, les antécédents, les prophylaxies éventuelles et la présentation clinicoradiologique. Elle permettra seule de guider le traitement probabiliste et les examens étiologiques, l’absence de diagnostic étant associée à une mortalité élevée.
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Devaux, A., J. Brodeur, C. Hamel, and G. Tremblay. "Effet des taches foliaires causées par le Phaeosphaeria nodorum inoculé à différents stades de développement sur le rendement du blé de printemps." Phytoprotection 79, no. 2 (2005): 55–62. http://dx.doi.org/10.7202/706134ar.
Full textAbstract:
Des études en serre ont été réalisées pour évaluer l'effet du Phaeosphaeria nodorum sur le rendement du blé de printemps (Triticum aestivum, cv. Laval 19). Les plants de blé étaient inoculés aux stades gonflement épiaison, pleine floraison et grain laiteux. L'essai a été réalisé au cours de l'hiver 1993 et répété au cours de l'hiver 1994. L'inoculation du champignon pathogène P. nodorum entraîne généralement une augmentation significative de la surface foliaire infectée et une réduction du rendement comparativement aux témoins non inoculés. La surface foliaire infectée mesurée uniquement sur la feuille étendard est similaire à celle mesurée sur la plante entière. Le stade phénologique a un effet significatif sur toutes les variables observées: surface foliaire infectée, poids des tiges et des feuilles, poids des épis, poids des grains, poids des biomasses végétative et totale et indice de récolte. L'inoculation du pathogène au stade grain laiteux, le plus tardif de l'étude, semble avoir provoqué moins d'effets négatifs sur le rendement du blé comparativement aux trois autres stades étudiés. Selon les résultats de cette étude et les observations réalisées au Québec au cours des 15 dernières années, il est peu probable que les taches foliaires causées par le P. nodorum provoquent des baisses appréciables de rendement du blé de printemps au Québec.
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Ruff, G., Jean-Charles Maillard, Emmanuel Camus, E. Depres, and Gérard Matheron. "Antigènes leucocytaires caprins (ALC), chez les chèvres Créole sensibles ou résistantes à la cowdriose." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 46, no. 1-2 (1993): 205–7. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9363.
Full textAbstract:
Certaines lignées de chèvres ont montré une prédisposition génétique à manifester des symptômes cliniques de la cowdriose. Afin d'élucider une implication possible du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) dans la pathogénie de la cowdriose, les antigènes ALC de classe I, codés par le CMH caprin, de plus de 100 chèvres Créole, ont été typés sérologiquement. Le CMH est un système génétique qui influence des processus immunologiques différents, c'est-à-dire sur la réponse immunitaire individuelle. A l'aide de nos allosérums ont été détectés 13 allèles de ALC différents qui se retrouvent également dans les races suisses, deux antigènes non-CMH et un nouveau groupe défini par la combinaison de deux antigènes. Les fréquences alléliques des antigènes ALC détectés étaient différentes entre les groupes résistant et sensible. Il reste à éclaircir si les différences représentent des effets régionaux de population, ou si elles indiquent une pression de sélection par l'agent pathogène. Des tests additionnels sont en cours sur des chèvres résistantes ou sensibles originaires d'un même environnement, ainsi que sur des animaux issus de croisements entre caprins résistants et sensibles.
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Devos, Jacques, and Tanguy Marcotty. "Traitement au closantel d’agneaux infestés naturellement par des paramphistomes (Calicophoron daubneyi) immatures." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 69, no. 1 (2016): 47. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.31171.
Full textAbstract:
Peu de données sont disponibles concernant le traitement de la pathologie liée à la forme immature de Calicophoron daubneyi. Pour étudier l’efficacité du closantel dans cette indication, 10 agneaux placés pendant 42 jours sur une parcelle connue comme étant infestée par C. daubneyi ont ensuite été répartis en deux lots, témoin et traité, puis autopsiés 7 à 10 jours après traitement. Les parasites présents dans le duodénum ont été dénombrés en différenciant les formes libres et les formes intramuqueuses. La réduction du nombre de parasites libres (61 %) s’est avérée très variable et non-significative. En revanche, la réduction du nombre de parasites intramuqueux (56 %) a été très significative (p = 0,002). Etant donné le pouvoir pathogène des larves intramuqueuses, le closantel pourrait être utile aux animaux récemment infestés.
Dissertations / Theses on the topic "Non pathogène"
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D'Arc, Ferreira da Costa Mirela. "Analyse des aspects génétiques des lentivirus et de leurs hôtes par l’étude non invasive des primates non humains." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTT018.
Full textAbstract:
Les Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH) sont le résultat de plusieurs transmissions inter-espèces de SIV (Virus de l'Immunodéficience Simienne) de Primates Non Humains (PNH) à l'Homme. Les SIV les plus proches du VIH-1 sont le SIVcpz et le SIVgor qui infectent naturellement les chimpanzés et les gorilles. Les SIVsmm retrouvés chez les mangabés enfumés d'Afrique de l'Ouest sont les plus proches du VIH-2. Actuellement, au moins 13 transmissions du singe à l'Homme ont été documentées, 4 à l'origine des 4 groupes du VIH-1 (groupe M, N, O et P) et 9 pour le 9 VIH-2 (A-I). La question du réservoir à l'origine du VIH-1 chez l'Homme est partiellement résolue. Les chimpanzés, Pan troglodytes troglodytes, du sud-est et centre sud du Cameroun sont respectivement les réservoirs du VIH-1 M pandémique chez l'Homme ainsi que du VIH-1 groupe N. En ce qui concerne les groupes O et P, il n'y a actuellement pas de réponse définitive. Les SIVgor sont bien les virus les plus proches phylogénétiquement des VIH-1 O et P. Cependant, de plus amples recherches sont nécessaires pour identifier les ancêtres directs des variants O et P. Ces recherches supplémentaires aideront aussi à élucider l'origine du SIVgor chez les gorilles, et à savoir si ce sont les gorilles qui ont transmis les virus O et/ou P à l'Homme, ou s'il existe toujours un réservoir des ancêtres O et P chez les chimpanzés. Des études supplémentaires sont aussi nécessaires afin de mieux comprendre les mécanismes d'adaptation à un nouvel hôte et l'impact des infections SIV chez les grands singes. Dans ce but, l'étude du récepteur accessoire pour le VIH, l'intégrine α4β7, pourrait aussi jouer un rôle pour l'infection du SIV/VIH. Cette intégrine facilite également la migration du virus vers l'intestin. Une étude récente a montré des substitutions d'acides aminés chez les Primates du Nouveau Monde (PNM) qui empêche l'adhérence du liant. Ainsi, les polymorphismes de cette intégrine et son rôle dans l'infection SIV chez les Primates de l'Ancien Monde (PdAM) sont encore inconnus. L'objectif majeur de cette thèse était de mieux documenter et mieux comprendre l'infection SIV chez les gorilles sauvages en Afrique Centrale. Sur plus de 6.000 échantillons testés, nous avons constaté que seuls les gorilles (Gorilla gorilla gorilla) du sud Cameroun sont infectés par le SIVgor. Parmi eux, nous avons identifié les ancêtres du VIH-1 P chez des populations du sud-ouest Cameroun. Nous avons aussi mis en évidence que les gorilles sont à l'origine du VIH-1 groupe O. Les analyses fonctionnelles du facteur de restriction APOBEC3G ont montré que celui-ci protège les gorilles des infections SIVcpz, expliquant en partie la faible prévalence de SIVgor. Nous avons évalué une nouvelle technologie sérologique, le Luminex®, en utilisant des antigènes spécifiques de la lignée SIVgor. Ces résultats ont été comparés avec ceux que nous pouvons obtenir avec l'INNO-LIATM qui est une technique de référence basée sur des réactions croisées entre anticorps SIV et antigènes VIH-1. Nous avons aussi évalué la faisabilité de la technologie de séquençage de deuxième génération Illumina® pour étudier les viromes de deux gorilles. Nous n'avons pas pu obtenir la séquence du SIVgor dans l'échantillon de l'individu infecté. Cependant, en comparant les résultats obtenus entre les deux gorilles étudiés, nous avons pu constater un probable déséquilibre de la réplication des virus entériques seulement pour le gorille infecté par le SIVgor. Enfin, nous avons décrit la diversité de la sous-unité α4 de l'intégrine α4β7 chez les PdAM. En conclusion, ces travaux de thèse ont apporté de nouvelles connaissances majeures sur l'infection SIV chez les gorilles et ont contribués à élucider l'origine des quatre groupes VIH-1<br>Human Immunodeficiency Viruses (HIV) are the result of numerous interspecies transmissions of different SIV (Simian Immunodeficiency Virus) from Non-Human Primates (NHP) to humans. SIVcpz and SIVgor from chimpanzees and gorillas are most closely related to HIV-1, and SIVsmm from sooty mangabeys in West Africa to HIV-2. At least 13 cross-species transmissions from NHP to humans have been reported, 4 leading to the 4 HIV-1 group (M, N, O and P) and 9 for the 9 HIV-2 groups (A-I). Today the origin of HIV-1 group M and N is elucidated and their simian ancestors, have been identified in chimpanzee (Pan troglodytes troglodytes) populations in southeast and south-central Cameroon, respectively. HIV-1 group O and P are most closely related to SIVgor from gorillas but their direct ancestors have not been identified yet. More studies are thus needed to clarify the origin of HIV-1 group O and P in humans as well as on the origin of SIVgor in gorillas. These studies will also elucidate whether HIV-1 group O and P have been transmitted by chimpanzees or gorillas and whether simian ancestors of these HIV groups and the ancestor of SIVgor still circulates in today's chimpanzee populations. More studies are also needed to understand viral and host factors related adaptation in the new host and the impact of SIV infection in general in apes. As such, α4β7 integrin has been recently described as a new HIV-1 receptor that facilitates virus migration to the Gut-Associated Lymphoid Tissue (GALT). In a recent study, amino acid substitutions were observed in the α4 binding site in New World Primates (NWP), that can reduce the activity of this receptor. The impact of the genetic diversity of this integrin in Old World Primates (OWP) and its role in SIV infection is still unknown. Therefore, characterizing the polymorphisms profiles in OWP could bring new insights into progression of the pathogenic and non pathogenic SIV infections. The main objective of this thesis was to better characterize and understand SIV infection in wild gorillas in Central Africa. On more than 6,000 fecal samples from gorillas collected across Central Africa, we showed that only gorillas from southern Cameroon are infected with SIVgor and we identified the ancestors of HIV1 group P in gorilla populations from southwest Cameroon. We also provided evidence that gorillas are at the origin of HIV-1 group O in humans. Functional analysis of the restriction factor APOBEC3G showed that its protects gorillas from SIVcpz infections and can explain the low prevalence in gorillas. We evaluated a new antibody detection approach in faecal samples, based on Luminex® technology that use SIVgor specific antigens, comparing with the actual serological test INNO-LIATM HIV confirmatory assay, based on cross-reactive SIV antibodies with HIV antigens. We also evaluated the feasibility of virus sequencing in faecal samples with the Illumina® technology to study viromes of gorillas. We studied two samples, one of a SIVgor infected individual and one from an uninfected gorilla. Although the SIVgor sequence was not retrieved from the infected individual, we observed a tendency to enteric virus replication disorder in the infected animal that has not been seen in the uninfected one. Finally, we also documented here the genetic diversity of the α4 subunit from OWP. In this thesis we documented more in detail different aspects of SIV infection in gorillas and contributed to elucidate the origin of all HIV-1 groups
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Kortebi, Mounia. "Caractérisation d’une phase de persistance intracellulaire du pathogène Listeria monocytogenes." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS477/document.
Full textAbstract:
Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène intracellulaire facultative responsable d’une pathologie grave, la listériose. Si de très nombreux travaux ont permis de caractériser les mécanismes de virulence de cette bactérie, il existe peu de données sur les mécanismes conduisant au portage asymptomatique de L. monocytogenes dans les hôtes mammifères. L’un de ces mécanismes pourrait être une phase de persistance intracellulaire. Lors d’infections prolongées de cellules épithéliales humaines en culture, comme des hépatocytes et des cellules de trophoblastes, L. monocytogenes change de mode de vie intracellulaire. Après la phase active de dissémination de cellule en cellule, les bactéries arrêtent de polymériser l’actine et se retrouvent piégées dans des vacuoles à simple membrane marquées par la protéine endosomale LAMP1. L’objectif de ma thèse était de caractériser ces « Listeria-Containing Vacuoles » (LisCVs). Nous avons montré que les LisCVs sont des compartiments acides, partiellement-dégradatifs, marquées par la protéase lysosomale cathépsine D. Leur formation coïncide avec la disparition du facteur de polymérisation d’actine ActA de la surface bactérienne et la capture des bactéries cytosoliques dépourvues d’actine par des membranes cellulaires. Dans ces compartiments, les bactéries entrent en croissance ralentie ; une sous-population résiste aux stress et peut survivre au-delà de trois jours d’infection. L’utilisation de la gentamicine lors du protocole d’infection n’est pas responsable de la formation des LisCVs. Cependant, cet antibiotique permet la sélection des bactéries vacuolaires, en inhibant spécifiquement la croissance des bactéries cytosoliques. La formation des LisCVs n’est pas spécifique des souches de laboratoire. Toutefois l’efficacité du phénomène pourrait diverger selon les séquençotypes des souches de L. monocytogenes. Les bactéries vacuolaires ont la capacité de sortir des vacuoles et de retourner vers un état motile et réplicatif, après le passage des cellules infectées. Lorsque l’expression du gène actA reste inactive, comme dans les mutants ∆actA, des formes de Listeria vacuolaires persistent dans les cellules hôtes dans un état viable mais non cultivable (VBNC). Ces formes VBNC peuvent être transmises au cours des divisions des cellules hôtes. L’ensemble de ces résultats révèle une nouvelle phase de persistance dans le processus infectieux intracellulaire de L. monocytogenes lors des infections prolongées de certaines cellules épithéliales. Cette propriété pourrait contribuer au portage asymptomatique de ce pathogène dans les tissus épithéliaux, allonger la période d'incubation de la listériose, et rendre les bactéries tolérantes à l’antibiothérapie<br>Listeria monocytogenes is a facultative intracellular pathogenic bacterium responsible for a serious disease, listeriosis. Although much work has been done to characterize the virulence mechanisms of this bacterium, there is little data on the mechanisms leading to the asymptomatic carriage of L. monocytogenes in mammalian hosts. One of these mechanisms could be a phase of intracellular persistence. During prolonged infections of human epithelial cells in culture, such as hepatocytes and trophoblast cells, L. monocytogenes changes its intracellular lifestyle. After the active phase of cell-to-cell spread, the bacteria stop polymerizing actin and become trapped in single-membrane vacuoles labeled with the endosomal protein LAMP1.The aim of my thesis was to characterize these "Listeria-Containing Vacuoles" (LisCVs). We have shown that LisCVs are acidic, partially degradative compartments, labeled by the lysosomal protease cathepsin D. Their formation coincides with the disappearance of actin polymerization factor ActA from the bacterial surface and the capture of actin-free cytosolic bacteria by cell membranes. In these compartments, bacterial growth is slowed; a subpopulation is resistant to stress and can survive beyond three days of infection. The use of gentamicin during the infection protocol is not responsible for the formation of LisCVs. However, this antibiotic allows selection of vacuolar bacteria, by specifically inhibiting the growth of cytosolic bacteria. The formation of LisCVs is not specific to laboratory strains. However, the efficacy of the phenomenon could diverge according to the sequence types of L. monocytogenes strains. Vacuolar bacteria have the ability to exit the vacuoles and return to a motile and replicative state during the subculture of infected cells. When expression of the actA gene remains inactive, as in ΔactA mutants, vacuolar Listeria forms persist in host cells in a viable but non-culturable (VBNC) state. These VBNC forms can be transmitted during host cell divisions. All these results reveal a new phase of persistence in the intracellular infectious process of L. monocytogenes during prolonged infections of a subset of epithelial cells. This property could contribute to asymptomatic carriage of this pathogen in epithelial tissues, extend the incubation period of listeriosis, and make bacteria tolerant to antibiotic therapy
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Ruiz, Estelle. "Construction d’un châssis bactérien viable, minimal et non pathogène grâce aux outils de biologie de synthèse." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0132/document.
Full textAbstract:
Un des objectifs de la biologie de synthèse est de concevoir et produire des organismes « à façon », pour des applications thérapeutiques et industrielles. Une des voies envisagées pour atteindre cet objectif repose sur des techniques de synthèse et de transplantation de génomes entiers, afin de créer des organismes mutants.Le but de cette thèse est de développer des outils de biologie de synthèse qui permettront de construire une cellule minimale et non pathogène, à partir de Mycoplasma pneumoniae. Cette bactérie est l'un des plus petits organismes vivants, avec une taille inférieure au micron et un génome de 816 kpb. Ce mycoplasme est l’un des plus étudiés, avec une collection de données génétiques et multi-« omiques » disponibles. Ces caractéristiques font de cette cellule naturellement « quasi minimale » un point de départ idéal pour la construction d’un châssis bactérien. Néanmoins, la manipulation génétique de ce mycoplasme est difficile, en raison du nombre restreint d'outils disponibles.Une approche récemment développée propose de contourner ces limitations en utilisant la levure Saccharomyces cerevisiae comme plateforme d’ingénierie du génome de M. pneumoniae. L’étape préliminaire à cette approche consiste à cloner le génome bactérien dans la levure. Pour ce faire, une cassette « éléments levure » est insérée dans le génome de M. pneumoniae, pour permettre son maintien comme chromosome artificiel. Les travaux menés au cours de cette thèse ont permis d’insérer cette cassette par le biais d’un transposon, et de cloner ce génome marqué dans la levure. La stabilité du génome cloné a ensuite été étudiée, mettant en évidence que le chromosome bactérien est maintenu durant une dizaine de passages. Nous avons ensuite développé une nouvelle stratégie d’insertion des « éléments levure » en utilisant le système CRISPR/Cas9 pour cloner et éditer simultanément un génome de mycoplasme chez la levure : le CReasPy-Cloning. Cette méthode a été utilisée pour supprimer trois loci différents contenant des gènes impliqués dans la virulence : MPN372 (toxine CARDS), MPN142 (protéine de cytoadhérence) et MPN400 (protéine bloquant les IgG). Elle a ensuite été utilisée pour en cibler deux puis trois en une seule étape.Une fois le clonage et l’ingénierie du génome bactérien réalisés dans la levure, il est nécessaire de pouvoir transférer le chromosome modifié dans une cellule receveuse, afin de produire une cellule mutante. Ce processus nommé transplantation de génome n’étant pas décrit pour M. pneumoniae, une part importante de cette thèse a été dédiée au développement de cet outil. Nous avons utilisé la transformation de plasmides comme mécanisme modèle pour étudier le processus d’entrée de l’ADN dans M. pneumoniae et tester l’utilisation du polyéthylène glycol, le réactif clé de la transplantation. Bien qu’ayant réussi à mettre au point un protocole de transformation de plasmides, nous n’avons pas réussi pour l’instant à réaliser la transplantation de génomes.En parallèle, nous avons développé une stratégie alternative d’édition de génome qui ne dépend pas de la transplantation. Cette approche, nommée « Genomic Transfer - Recombinase-Mediated Cassette Exchange » (GT-RMCE), consiste à capturer dans un vecteur une section du génome bactérien édité présent dans la levure. Ce vecteur est transformé dans M. pneumoniae, et grâce au système Cre-lox la section éditée est introduite dans le génome. Ce mécanisme permet de réaliser des modifications de grande ampleur, et est actuellement utilisé pour introduire chez M. pneumoniae les délétions ΔMPN372, ΔMPN400 et ΔMPN372-ΔMPN400 produites par CReasPy-cloning. Nous avons également utilisé le GT-RMCE pour générer une souche de M. pneumoniae portant deux copies de l’opéron ribosomal S10.Au final, les outils d’ingénierie du génome de M. pneumoniae développés au cours de cette thèse permettent de réaliser un pas significatif vers la construction de nouveaux châssis bactériens<br>A goal of synthetic biology is to create and produce “custom” organisms, for therapeutic and industrial applications. One of the contemplated approaches to achieve this goal is based on synthesis techniques and transplantation of whole genomes, in order to create mutant organisms.The aim of this thesis is to develop synthetic biology tools that will enable the construction of a minimal and non-pathogenic cell based on Mycoplasma pneumoniae. This bacterium is one of the smallest living organisms, with a size smaller than one micron and a genome of 816 kbp. This mycoplasma is one of the most studied, with a large set of genetic and multi- “omics” data available. These characteristics make this naturally “almost minimal” cell an ideal starting point for the construction of a bacterial chassis. Nevertheless, the genetic manipulation of this mycoplasma is difficult, due to the limited number of available tools.A recently developed approach offers the possibility to circumvent these limitations by using the yeast Saccharomyces cerevisiae as a genome engineering platform for M. pneumoniae. The preliminary step to this strategy is to clone the bacterial genome in yeast. To do so, a "yeast elements" cassette is inserted into the genome of M. pneumoniae, to allow its maintenance as an artificial chromosome. The work carried out during this thesis allowed us to insert this cassette through a transposon, and to clone this marked genome in yeast. Then, the stability of the cloned genome was studied, demonstrating that the bacterial chromosome is maintained during ten passages. We then developed a new strategy for the insertion of the "yeast elements", using the CRISPR/Cas9 system to simultaneously clone and edit a mycoplasma genome in yeast: the CReasPy-Cloning. This method was used to remove three different loci containing genes involved in virulence: MPN372 (CARDS toxin), MPN142 (cytoadherence protein) and MPN400 (IgG blocking protein). This method was also used to target two and then three different loci in one step.Once in-yeast cloning and bacterial genome engineering is achieved, it is necessary to transfer the modified chromosome into a recipient cell, to produce a mutant organism. This process, called genome transplantation, is not described for M. pneumoniae, so a significant part of this thesis was dedicated to the development of this tool. We used plasmid transformation as a model mechanism to study the process of DNA entry into M. pneumoniae and to test the use of polyethylene glycol, the key reagent for transplantation. Although we succeeded in developing a plasmid transformation protocol, we have not yet been able to perform genome transplantation.Concurrently, we have developed an alternative strategy for genome editing that does not depend on transplantation. This approach, named "Genomic Transfer - Recombinase-Mediated Cassette Exchange" (GT-RMCE), is used to capture in a vector a section of the edited bacterial genome borne by the yeast. This vector is then transformed into M. pneumoniae, and through to the Cre-lox system the edited section is introduced into the genome. This mechanism allows to carry out large-scale modifications, and is currently used to introduce into M. pneumoniae the ΔMPN372, ΔMPN400 and ΔMPN372-ΔMPN400 deletions produced by CReasPy-cloning. We also used the GT-RMCE to generate a strain of M. pneumoniae carrying two copies of the S10 ribosomal operon.Overall, the M. pneumoniae genome engineering tools developed during this thesis constitute a significant step towards the construction of new bacterial chassis
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Gueye, Aïssatou. "L'infection non-pathogène SIVagm chez le singe vert d'afrique : étude de la réplication et de la dissémination virale." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA114837.
Full text
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Enchéry, François. "Étude de la modulation de la voie canonique d'activation de NF-kB par les protéines non structurales du virus Nipah." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSEN093/document.
Full textAbstract:
Le virus Nipah (NiV) est un paramyxovirus zoonotique du genre Henipavirus, qui a émergé en 1998. NiV infecte l'homme et cause des troubles respiratoires et des encéphalites avec une forte létalité. A l’inverse, chez les hôtes naturels de NiV, les chauves-souris de la famille des Pteropodidae, l’infection est asymptomatique. Cependant, les mécanismes permettant aux Pteropodidae de contrôler l’infection sont inconnus à ce jour. NiV produit des protéines non structurales, V, W et C, qui sont des facteurs de virulence. V, W et C inhibent les voies de l’interféron de type 1. De plus, la protéine W inhibe la production de chimiokines in vitro et module la réponse inflammatoire in vivo, mais son mécanisme d’action reste inconnu. La voie NF-κB étant le principal régulateur de la réponse inflammatoire, nous avons émis l’hypothèse que W pourrait moduler la voie NF-κB. Nous avons démontré que la protéine W inhibe l'activation de la voie canonique de NF-κB induite par TNFα et IL-1β, effet pour lequel sa région C-terminale spécifique est nécessaire. Nous avons également identifié quels signaux d’import et d’export nucléaires de W sont nécessaires à son effet inhibiteur et ainsi mis en évidence l’importance du trafic nucléo-cytoplasmique de W pour l’inhibition de NF-κB. L’étude des interactions de W avec les protéines cellulaires nous a permis d’identifier un partenaire prometteur connu pour son rôle dans le rétrocontrôle négatif de NF-κB. Enfin, le rôle de W dans l'inhibition de la voie NF-κB a été démontré pendant l'infection par NiV. Les résultats obtenus ouvrent la voie à la compréhension du mécanisme par lequel W module la réponse inflammatoire. Finalement, afin de mieux comprendre le contrôle de l’infection de NiV par son hôte naturel, nous avons généré des lignées cellulaires primaires et immortalisées de chauve-souris Pteropus giganteus. Ces cellules devraient permettre de mieux comprendre les mécanismes par lesquels ces chauves-souris contrôlent l’infection virale<br>Nipah virus (NiV), from Henipavirus genus, is a zoonotic paramyxovirus, which emerged in 1998. In humans, it causes acute respiratory distress and encephalitis with a high lethality. Conversely, the natural hosts of NiV, bats from the Pteropodidae family, are asymptomatic. The mechanisms by which the Pteropodidae control infection are unknown to date. NiV produces non-structural proteins, V, W and C, which are virulence factors. V, W and C inhibit the type 1 interferon pathways. Moreover, W inhibits the production of chemokines in vitro and modulates the inflammatory response in vivo, but its mechanism remains unknown. The NF-κB pathway being the main regulator of the inflammatory response, we hypothesized that W could modulate the NF-κB pathway. We demonstrated that protein W inhibits the activation of the NF-κB canonical pathway induced by TNFα and IL-1β. The specific C-terminal region of W is necessary for this effect. We have also identified which nuclear import and export signals of W are necessary for its inhibitory effect and thus highlight the importance of the nucleo-cytoplasmic trafficking of W for the inhibition of NF-κB. The study of the interactions of W with the cellular proteins allowed us to identify a promising partner known for its role in the negative feedback of NF-κB. Finally, the role of W in the inhibition of the NF-κB pathway was demonstrated during the infection with NiV. The results obtained open the way to understanding the mechanism by which W modulates the inflammatory response. Finally, to better understand the control of the infection of NiV by its natural host, we generated primary and immortalized cell lines of Pteropus giganteus bat. These cells should provide a better understanding of the mechanisms by which these bats control viral infection
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Guiraud, Thomas. "Les facteurs viraux restaurant la compatibilité entre un potyvirus et une plante dont l'eIF4E est non-permissif." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21191.
Full textAbstract:
Ce travail a consisté à identifier les facteurs viraux restaurant la compatibilité du LMV avec des variétés résistantes de laitue codant des formes défectueuses d'elF4E. Pour cela nous avons construit une série de LMV échangeant les portions génomiques de deux isolats aux propriétés biologiques différentes vis-à-vis de la résistance conférée par elF4E. Nous avons montré que cette compatibilité était contrôlée chez le LMV par la VPg et la protéine CI. L'exploitation de la variabilité naturelle du LMV nous a permis d'identifier chez la CI par mutagénèse dirigée, un acide aminé dont le rôle est crucial pour la restauration de la compatibilité avec une des formes codées par les allèles résistantes d'elF4E. Ce résultat a d'ailleurs servi pour élaborer un test de détection spécifique d'isolats dont l'émergence récente est particulièrement préoccupante. L'ensemble de ces données permet de proposer un modèle d'interactions entre les différentes formes d'elF4E et les facteurs viraux identifiés<br>By a reverse genetics approach, we identified the viral factors restoring the compatibility of LMV with resistant lettuce varieties encoding a defective form of elF4E. We built a serie of LMV chimeras exchnging genomic portions of two isolates differing in their abilities to infect mo1 plants. We showed that this compatibility was controlled by VPg and CI proteins. Analusis of the natural variability of LMV allowed us, by site-directed mutagenesis of LMV, to identify an amino acid of CI which seems crucial for the restoration of the compatibility with a form encoded by a resistant allele of elF4E. In addition, this piece of information was used for the design of an RT-PCR-based specific detection of isolates of the "Most" type (mo-breaking, seed-trtansmitted), which recently emerged in lettuce crops. Finally, all this information allowed us to propose a model for the interactions between the various forms of elF4E and the previously identified viral factors
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Klein, Cecilia Coimbra. "Une étude bioinformatique du dialogue métabolique entre un trypanosome non pathogène et son endosymbiote à des buts évolutifs et fonctionnels." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00923295.
Full textAbstract:
Lors de cette thèse, nous avons présenté trois principaux types d'analyses du métabolisme, dont la plupart impliquaient la symbiose : dialogue métabolique entre un trypanosomatide et son symbiote, analyses comparatives de réseaux métaboliques et exploration de données métabolomiques. Tous ont été essentiellement basés sur des données de génomique où les capacités métaboliques ont été prédites à partir des gènes annotés de l'organisme cible, et ont été affinées avec d'autres types de données en fonction de l'objectif et de la portée de chaque analyse. Le dialogue métabolique entre un trypanosomatide et son symbiote a été exploré avec des objectifs fonctionnels et évolutifs qui comprennaient une analyse des voies de synthèse des acides aminés essentiels et des vitamines telles que ces voies sont classiquement définies, une exploration de réseaux complets métaboliques et une recherche de potentiels transferts horizontaux de gènes des bactéries vers les trypanosomatides. Les analyses comparatives effectuées ont mis l'accent sur les capacités métaboliques communes de bactéries appartenant à différents groupes de vie, et nous avons proposé une méthode pour établir automatiquement les activités métaboliques communes ou spécifiques à chaque groupe. En plus de la génomique, la dernière étude présentée dans cette thèse a porté sur des données métabolomiques. Nous avons appliqué notre méthode d'énumération d'histoires métaboliques à la réponse de la levure à une exposition au cadmium comme une validation de cette approche sur une réaction au stress bien étudiée. Nous avons montré que la méthode a bien capté la connaissance que nous avons de cette réponse en plus de permettre de nouvelles interprétations des données métabolomiques mappées sur le réseau métabolique complet de la levure.
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Bessoles, Stéphanie. "Etude du rôle des Lymphocytes T non conventionnels pendant la réponse anti-infectieuse à un pathogène intracellulaire : Modèle Brucella suis." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20100.
Full textAbstract:
Les LTg9d2 et les cellules iNKT sont des lymphocytes non conventionnels impliqués dans la réponse immunitaire. Ils interviennent rapidement durant la phase innée et régulent la phase adaptative. Nous avons étudié l'activité anti-infectieuse de ces deux populations lymphocytaires dans un modèle d'infection bactérien de macrophages humains. Brucella suis est une bactérie pathogène responsable de la fièvre de Malte qui infecte et se multiplie dans les macrophages. Les LTg9d2 inhibent le développement de Brucella dans les macrophages par une combinaison de divers mécanismes. Nous avons montré que les LTg9d2 sécrètent des peptides antimicrobiens (LL-37) qui inhibent le développement de Brucella. Nous avons également étudié le rôle du récepteur NKG2D et montré son implication dans l'activité anti-infectieuse des LTg9d2. Concernant les cellules NKT, nous avons tout d'abord étudié les mécanismes qui régulent leur activation puis nous nous sommes intéressés à leur activité anti-infectieuse. L'activation des cellules iNKT par l'IL-2 déclenche un profil signalétique particulier conduisant à la production de cytokines pro- et anti-inflammatoires. Ces cellules sont également capables d'inhiber le développement intramacrophagique de Brucella. Divers mécanismes comme la production d'IFN-g, le déclenchement de l'apoptose via le recrutement de la voie du Fas et la libération de granules lytiques sont impliqués dans cette activité anti-infectieuse. Nos résultats suggèrent que les LT g9d2 et les cellules iNKT jouent un rôle important dans la réponse immunitaire anti-infectieuse aussi bien en tant que cellules régulatrices (sécrétion de cytokines) qu'effectrices (activité cytotoxique)<br>G9d2 T cells and iNKT cells are nonconventional lymphocytes early involving in the innate phase of immune response and regulate the adaptive phase. We study their involvement during bacterial infection of macrophages. Brucella suis is the bacteria responsible of brucellosis infecting macrophages and surviving inside. G9d2 T cells inhibit intramacrophagic development of B. Suis by diverse mechanisms. We demonstrated that g9d2 T cells secrete antimicrobial peptides (LL-37) which decrease Brucella's survival. We also demonstrated that NKG2D receptor is involved in anti-infectious effect of g9gd T cells. Regarding NKT cells, we first studied their activation mechanisms and then their anti-infectious activity. IL-2 activation of iNKT cells triggers recruitment of several specific intracellular signalling pathways leading to pro- and anti-inflammatory cytokine production. INKT cells are also able to decrease intramacrophagic development of B. Suis. Apoptose induced by Fas pathway and by release of lytic granules as well as production of IFN-g involve in anti-infectious effect of iNKT cells. In conclusion, our results suggest that g9d2 T cells and iNKT cells play an important role during anti-infectious immune response as regulator cells by cytokine production and as effector cells by cytotoxic activity
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Epalle, Thibaut. "Suivi de l'état viable non cultivable de souches de Legionella pneumophila soumises à différents stress (thermique ou chloré) : Evaluation de leur pouvoir pathogène." Thesis, Saint-Etienne, 2015. http://www.theses.fr/2015STET001T/document.
Full textAbstract:
Legionella pneumophila, l’agent responsable de la légionellose est transmissible à l’Homme par les aérosols environnementaux et infecte les macrophages pulmonaires. Après l’exposition à différents stress L. pneumophila est capable de d’entrer dans un état Viable Non Cultivable (VBNC) qui semble être une stratégie de survie. L’objectif de nos travaux était d’étudier l’état VBNC de différentes souches de L. pneumophila après des traitements thermique et chimique et d’évaluer le pouvoir infectieux des formes VBNC envers les macrophages et les cellules épithéliales alvéolaires. Nous avons étudié les profils physiologiques de L. pneumophila de trois souches différentes. Les résultats montrent que pour chaque souche 3 populations peuvent être identifiées, les légionelles viables cultivables, les VBNC et les bactéries mortes. Lorsque soumises aux stress, chaque souche possède un profil physiologique propre et la présence ou non de bactéries VBNC était dépendante du traitement appliqué et de la souche utilisée. La deuxième partie fut relative à l’étude des traitements thermiques de 70°C pendant 30 min et des chocs au dioxyde de chlore de 4, 6 et 7 mg/L pendant 60 min à température ambiante sur ces VBNC. Aucune légionelle VBNC n’est capable de se développer au sein des cellules et aucune croissance sur milieu BCYE n’a été observée après co-culture. La suite de notre étude a été d’étudier le comportement, envers les macrophages, de L. pneumophila revivifiées après culture sur amibes. Les résultats montrent que les légionelles VBNC induites par choc thermique et revivifiées par co-culture sur Acanthamoeba polyphaga sont capables d’infecter de nouveau les macrophages. En conclusion, ces résultats suggèrent que: (i) les formes VBNC de L. pneumophila ne sont pas spontanément infectieuses pour les macrophages et les cellules épithéliales alvéolaires in vitro et (ii) elles peuvent devenir pathogènes pour les cellules humaines après revivification préalable sur A. polyphaga<br>Legionella pneumophila, the causative agent of legionellosis is transmitted to human through aerosols from environmental sources and invades lung’s macrophages. It also can replicate within various protozoan species in environmental reservoirs. Following exposures to various stresses, L. pneumophila enters a Viable Non Cultivable state (VBNC) which is likely to be a survival strategy. The objective of our work was to study the VBNC forms of several strains of L. pneumophila serogroup 1 obtained after thermal and chemical treatments and to evaluate the infectivity of these VBNC forms against macrophages and alveolar epithelial cells. First we studied the physiological patterns of the three different strains (Philadelphia GFP 008, 044 clinical and environmental RNN). For all strains we observed the presence of VBNC bacteria in the native (non stressed) state. The results show that for each strain, three populations of Legionella can be identified: viable and culturable, VBNC and dead cells. Once submitted to the various stresses, we observed that each strain had its own physiological pattern and the presence (or not) of VBNC bacteria was dependent on the applied treatment and the strain used. The second part was related to the study of the pathogenicity of these VBNC forms against macrophages or epithelial cells. The study focused on heat shock treatment at 70°C for 30 min and chlorine dioxide treatment at 4, 6 and 7 mg/L for 60 min at room temperature. The results show that no Legionella VBNC forms were able to grow within the cells and no growth on BCYE medium was observed after co-culture. Then we investigated the behavior of L. pneumophila resuscitated after culture on ameba within macrophages. The results shows that Legionella VBNC induced by heat shock treatment and resuscitated by Acanthamoeba polyphaga co-culture are able to infect macrophages. In conclusion, these results suggest that: (i) the VBNC forms of L. pneumophila are not infectious for macrophages and alveolar epithelial cells in vitro and; (ii) they can be pathogenic for human cells after revivification by an amoeba (A. polyphaga)
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Deravel, Jovana. "Caractérisation des lipopeptides d’origine non ribosomique comme biopesticides." Thesis, Lille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL10126.
Full textAbstract:
Le premier objectif de ce travail a été d’étudier l’implication des lipopeptides de Bacillus spp. dans la colonisation de la rhizosphère de tomates. Alors que seules les souches produisant de la surfactine sont capables de coloniser un milieu synthétique, toutes les souches testées, colonisent la rhizosphère de tomates avec une plus ou moins bonne efficacité quelque soit leur propriété de production de lipopeptide(s). L’efficacité de la colonisation des racines de tomates est principalement espèce-dépendante. Ce n’est que quand une souche est déjà une bonne colonisatrice que la surfactine semble améliorer cette propriété. Le deuxième objectif a été de tester l’effet des lipopeptides surfactine et mycosubtiline contre le phytopathogène obligatoire de la laitue : Bremia lactucae. À l’échelle du laboratoire, la mycosubtiline à 100 mg/L réduit le pourcentage de plantes infestées de 70 %. La surfactine ne montre aucun effet contre le champignon. Un mélange de mycosubtiline et de surfactine à 50 mg/L chacun diminue le pourcentage de plantes infestées de 65 %. Il semble diminuer le nombre de spores par plante infestée alors que cette propriété n’est pas remarquée avec les autres traitements. L’utilisation de la mycosubtiline dans une serre de culture limite la maladie aux symptômes les moins sévères et protège les plantes saines d’une contamination croisée. L’action des lipopeptides dans la colonisation des racines par Bacillus spp. n’avait jamais été validée in situ. De même, c’est la première fois que l’activité des lipopeptides est testée contre un phytopathogène obligatoire<br>The first aim of this work was to study the role played by the lipopeptides of Bacillus spp. in the colonization of the tomato rhizosphere. While only the strains producing surfactin are able to colonize a synthetic agar medium, all the strains are able to colonize the rhizosphere of tomatoes with a more or less good efficiency, whatever the lipopeptide(s) they have the capability to produce. The efficiency of the colonization of the tomato rhizosphere is species-dependant. However, surfactine seems to improve the efficiency of only the good colonizing strains. The second aim of this thesis was to test the effect of surfactin and mycosubtilin against a biotrophic parasite of lettuce: Bremia lactucae. Used at 100 mg/L, mycosubtilin reduces the percentage of infested plants of 70 %. Surfactin does not have effect against the fungy. A mixture of mycosubtilin and surfactin at both 50 mg/L decreases the percentage of infested plants of 65 %. This mixture seems to reduce the number of spore per infested plant while this property was not found for the other treatments. The use of mycosubtilin in a greenhouse confines the disease to the lowest classes of severity and protects the healthy plants from a cross contamination.The efficiency of lipopeptides of Bacillus spp. in root colonization by these bacteria was never tested in situ before. Furthermore, this is the first time that the activity of lipopeptides is validated against an obligate phytopathogen
Books on the topic "Non pathogène"
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International Symposium on Chemical and Non-Chemical Soil and Substrate Disinfestation (6th 2004 Corfu, Greece). Proceedings of the VIth International Symposium on Chemical and Non-Chemical Soil and Substrate Disinfestation: SD 2004 : Corfu, Greece, October 4-8, 2004. ISHS Working Group on Soil-borne Pathogens, 2005.
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2
Ewing, W. N. The living gut: An introduction to micro-organisms in nutrition. Context, 1994.
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Gozlan, Rodolphe E., and Marine Combe. Environmental change and pathogen transmission. Oxford University Press, 2018. http://dx.doi.org/10.1093/oso/9780198789833.003.0005.
Full textAbstract:
The majority of emerging pathogens has an environmental origin. These pathogens are increasing in incidence and geographic distribution. Because of the continuous worldwide population growth, and global changes, the emergence of pathogens will continue to intensify, particularly in tropical areas where demographic growth is uncontrolled and socioeconomic and environmental changes rapid. Using a set of case studies, we look at the role of biodiversity alteration on zoonoses emergence and transmission routes, as well as the existing links between climate variability and pathogen emergence. Pathogen emergence and transmission are closely associated with habitat alterations and vector or host-species changes. Because of environmental changes, pathogens that were previously in a dynamic equilibrium, with local host communities in a pristine habitat, without human contact, are now redistributed locally, and over long distances, owing to increasing global pathways. Thus, we aim to characterize the environmental determinants of pathogen transmission in the tropics.
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Faucher, Sebastien P., and Steve J. Charette, eds. Bacterial pathogen in the non-clinical environment. Frontiers Media SA, 2015. http://dx.doi.org/10.3389/978-2-88919-558-9.
Full text
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Voll, Reinhard E., and Barbara M. Bröker. Innate vs acquired immunity. Oxford University Press, 2013. http://dx.doi.org/10.1093/med/9780199642489.003.0048.
Full textAbstract:
The innate and the adaptive immune system efficiently cooperate to protect us from infections. The ancient innate immune system, dating back to the first multicellular organisms, utilizes phagocytic cells, soluble antimicrobial peptides, and the complement system for an immediate line of defence against pathogens. Using a limited number of germline-encoded pattern recognition receptors including the Toll-like, RIG-1-like, and NOD-like receptors, the innate immune system recognizes so-called pathogen-associated molecular patterns (PAMPs). PAMPs are specific for groups of related microorganisms and represent highly conserved, mostly non-protein molecules essential for the pathogens' life cycles. Hence, escape mutants strongly reduce the pathogen's fitness. An important task of the innate immune system is to distinguish between harmless antigens and potentially dangerous pathogens. Ideally, innate immune cells should activate the adaptive immune cells only in the case of invading pathogens. The evolutionarily rather new adaptive immune system, which can be found in jawed fish and higher vertebrates, needs several days to mount an efficient response upon its first encounter with a certain pathogen. As soon as antigen-specific lymphocyte clones have been expanded, they powerfully fight the pathogen. Importantly, memory lymphocytes can often protect us from reinfections. During the development of T and B lymphocytes, many millions of different receptors are generated by somatic recombination and hypermutation of gene segments making up the antigen receptors. This process carries the inherent risk of autoimmunity, causing most inflammatory rheumatic diseases. In contrast, inadequate activation of the innate immune system, especially activation of the inflammasomes, may cause autoinflammatory syndromes.
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Govan, John, and Andrew Jones. Microbiology of CF lung disease. Oxford University Press, 2015. http://dx.doi.org/10.1093/med/9780198702948.003.0003.
Full textAbstract:
This chapter presents the microbiology of CF and describes the classical bacterial pathogens including Staphylococcus aureus, Haemophilus influenza, Pseudomonas aeruginosa and organisms of the Burkholderia cepacia complex. The dominant of these is P. aeruginosa. Infections with other opportunistic pathogens including non-tuberculous mycobacteria, Stenotrophomonas maltophila, and Achromobacter (Alcaligenes) xylosoxidans are also encountered. This chapter details measures to prevent the onset of chronic infection with these organisms include regular screening of respiratory tract samples for bacterial pathogens and the use of aggressive antibiotic therapy to eradicate initial infection before the pathogen can adapt to the environment of the CF lung. Patient-to-patient spread of transmissible strains of bacterial pathogens has led to the implementation of strict infection control measures at CF centres, including patient segregation. In addition to bacterial pathogens, the contribution of fungal infection in CF lung disease is increasingly recognized.
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Torres, Antoni, and Adamantia Liapikou. Diagnosis and management of community-acquired pneumonia. Oxford University Press, 2016. http://dx.doi.org/10.1093/med/9780199600830.003.0116.
Full textAbstract:
Severe community-acquired pneumonia (SCAP) remains the most common infectious reason for admission to the intensive care unit (ICU), reaching a mortality rate of 30–40%. The microbial pattern of the SCAP has changed with S. pneumoniae still the leading pathogen, but a decrease of atypical pathogens, especially Legionella and an increase of viral and polymicrobial pneumonias. IDSA/ATS issued guidelines on the management of CAP including specific criteria to identify patients for ICU admission with good predictive value. The first selection of antimicrobial therapy should be started early covering all likely pathogens, depending on the presence of the risk factors for Pseudomonas aeruginosa infection. Combination therapy may be useful in patients with non-refractory septic shock and severe sepsis pneumococcal bacteraemia as well. The challenges include the emergence of new pathogens as community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus, new influenza virus subtypes and the high prevalence of multidrug resistance, mainly from institutionalizing patients.
8
Poon, Ivan K. H., Christopher D. Gregory, and Maria Kaparakis-Liaskos, eds. The Immunomodulatory Properties of Extracellular Vesicles from Pathogens, Immune Cells and Non-Immune Cells. Frontiers Media SA, 2019. http://dx.doi.org/10.3389/978-2-88945-754-0.
Full text
9
Duplessis, Sébastien, Guus Bakkeren, and David L. Joly, eds. Genomics Research on Non-model Plant Pathogens: Delivering Novel Insights into Rust Fungus Biology. Frontiers Media SA, 2016. http://dx.doi.org/10.3389/978-2-88919-814-6.
Full textBook chapters on the topic "Non pathogène"
1
Arentshorst, Mark, Arthur F. J. Ram, and Vera Meyer. "Using Non-homologous End-Joining-Deficient Strains for Functional Gene Analyses in Filamentous Fungi." In Plant Fungal Pathogens. Humana Press, 2011. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-61779-501-5_9.
Full text
2
Prell, Hermann H., and Peter Day. "Basic Resistance: The Absence of Parasitism of Non-Host Plants by Phytopathogenic Fungi." In Plant-Fungal Pathogen Interaction. Springer Berlin Heidelberg, 2001. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-04412-4_6.
Full text
3
Tritten, Lucienne, and Timothy G. Geary. "MicroRNAs of Filarial Nematodes: A New Frontier in Host-Pathogen Interactions." In Non-coding RNAs and Inter-kingdom Communication. Springer International Publishing, 2016. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-39496-1_13.
Full text
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Liao, Zhen, Kristian Persson Hodén, and Christina Dixelius. "Small talk and large impact: the importance of small RNA molecules in the fight against plant diseases." In RNAi for plant improvement and protection. CABI, 2021. http://dx.doi.org/10.1079/9781789248890.0086.
Full textAbstract:
Abstract This short and general chapter summarizes how plants and pathogens communicate using not only proteins for recognition and signal transduction or other metabolites but also RNA molecules where small RNAs with sizes between 21 to 40 nt are most important. These small RNAs can move between plants and a range of interacting pathogenic organisms in both directions, that is, a 'cross-kingdom' communication process. The first reports on RNA-based communications between plants and plant pathogenic fungi appeared about 10 years ago. Since that time, we have learnt much about sRNA biology in plants and their function in different parasitic organisms. However, many questions on the processes involved remain unanswered. Such information is crucial in order to sustain high crop production. Besides giving a brief background, we highlight the interactions between the potato late blight pathogen and its plant host potato.
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Liao, Zhen, Kristian Persson Hodén, and Christina Dixelius. "Small talk and large impact: the importance of small RNA molecules in the fight against plant diseases." In RNAi for plant improvement and protection. CABI, 2021. http://dx.doi.org/10.1079/9781789248890.0009.
Full textAbstract:
Abstract This short and general chapter summarizes how plants and pathogens communicate using not only proteins for recognition and signal transduction or other metabolites but also RNA molecules where small RNAs with sizes between 21 to 40 nt are most important. These small RNAs can move between plants and a range of interacting pathogenic organisms in both directions, that is, a 'cross-kingdom' communication process. The first reports on RNA-based communications between plants and plant pathogenic fungi appeared about 10 years ago. Since that time, we have learnt much about sRNA biology in plants and their function in different parasitic organisms. However, many questions on the processes involved remain unanswered. Such information is crucial in order to sustain high crop production. Besides giving a brief background, we highlight the interactions between the potato late blight pathogen and its plant host potato.
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Lee, John C., Alison M. Badger, and William J. Johnson. "Human Non-Interferon Macrophage Activating Factor: Biological and Biochemical Characterization." In Host Defenses and Immunomodulation to Intracellular Pathogens. Springer US, 1988. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4757-5421-6_21.
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Berk, Richard S. "Genetic Regulation of the Murine Corneal and Non-Corneal Response to Pseudomonas aeruginosa." In Pseudomonas aeruginosa as an Opportunistic Pathogen. Springer US, 1993. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4615-3036-7_10.
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Cruz-Quintana, Yanis, Jonathan Fabricio Lucas Demera, Leonela Griselda Muñoz-Chumo, Ana María Santana-Piñeros, Sheila Castellanos-Martínez, and Ma Leopoldina Aguirre-Macedo. "Pathogens and Related Diseases in Non-European Cephalopods: Central and South America." In Handbook of Pathogens and Diseases in Cephalopods. Springer International Publishing, 2019. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-11330-8_17.
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Ren, Jing, Xiaodong Zheng, Yaosen Qian, and Qingqi Zhang. "Pathogens and Related Diseases in Non-European Cephalopods: Asia. A Preliminary Review." In Handbook of Pathogens and Diseases in Cephalopods. Springer International Publishing, 2019. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-11330-8_18.
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Van Niel, Anthony, Susan E. Zacks, John R. David, Heinz G. Remold, and Weishui Y. Weiser. "Identification and Characterization of a Non-Interferon Antileishmanial Macrophage Activating Factor (Antileishmanial MAF)." In Host Defenses and Immunomodulation to Intracellular Pathogens. Springer US, 1988. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4757-5421-6_23.
Full textConference papers on the topic "Non pathogène"
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Kobayashi, Takako, Wataru Miyazaki, Kazukiyo Yamamoto, Yuji Miura, and Takeo Kondo. "A Conceptual Design on the BSL-4 Location and Management." In ASME 2011 30th International Conference on Ocean, Offshore and Arctic Engineering. ASMEDC, 2011. http://dx.doi.org/10.1115/omae2011-49512.
Full textAbstract:
In the event of an outbreak of an infectious disease, the pathogen of which is highly contagious, or when there are patients suspected to be infected with such a pathogen, it is essential to start treating the patients and controlling infection immediately. As the transportation system has been well developed, there are more worries about terrorist attacks using biological agents now than ever before. It is a real possibility that even the most dangerous pathogens that are the causes of Class 1 infectious diseases specified in the Infectious Diseases Act, such as hemorrhagic fever or smallpox, be brought into Japan. Those most dangerous pathogens can be dealt with only by special laboratories that satisfy BSL-4 (Bio-Safety Level 4) specified by WHO (BSL-4 laboratories)(1). As there are no BSL-4 laboratories in operation in Japan at present, it is an immediate requirement to develop a suitable environment for the operation of laboratories of this kind, in order to maintain effective health risk management for the Japanese people. In this research, in order to put BSL-4 laboratories in operation in Japan, we will clarify what relevant environmental factors are in different types of possible locations. Based on that, we will propose to utilize those laboratories not only in emergencies, but also in normal times. We will also discuss the necessary conditions in the social environment of contemporary Japan for BSL-4 laboratories’ operation.
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Al-Asmar, Jawaher, Sara Rashwan, and Layla Kamareddine. "The use of Drosophila Melanogaster as a Model Organism to study the effect of Bacterial Infection on Host Survival and Metabolism." In Qatar University Annual Research Forum & Exhibition. Qatar University Press, 2020. http://dx.doi.org/10.29117/quarfe.2020.0186.
Full textAbstract:
Enterobacteriaceae, a large family of facultative anaerobic bacteria, encloses a broad spectrum of bacterial species including Escherichia coli, Salmonella enterica, and Shigella sonnei, that produce enterotoxins and cause gastrointestinal tract diseases. While much is known about the regulation and function of enterotoxins within the intestine of the host; the lack of cheap, practical, and genetically tractable model organisms has restricted the investigation of others facets of this host-pathogen interaction. Our group, among others, has employed Drosophila melanogaster, as a model organism to shed more light on some aspects of host-pathogen interplays. In this project, we addressed the effect of Escherichia coli, Salmonella enterica, and Shigella sonnei infection on altering the metabolic homeostasis of the host. Drosophila melanogaster flies were orally infected with Escherichia coli, Salmonella enterica, or Shigella sonnei, a method that mimics the natural route used by enteric pathogens to gain access to the gastrointestinal tract in humans. The results of our study revealed that both Escherichia coli and Shigella sonnei pathogens were capable of colonizing the host gut, resulting in a reduction in the life span of the infected host. Escherichia coli and Shigella sonnei infected flies also exhibited altered metabolic profiles including lipid droplets deprivation from their fat body (normal lipid storage organ in flies), irregular accumulation of lipid droplets in their gut, and significant elevation of systemic glucose and triglyceride levels. These metabolic alterations could be mechanistically attributed to the differential down-regulation in the expression of metabolic peptide hormones (Allatostatin A, Diuretic hormone 31, and Tachykinin) detected in the gut of Escherichia coli and Shigella sonnei infected flies. Salmonella enterica; however, was unable to colonize the gut of the host; and therefore, Salmonella enterica infected flies exhibited a relatively normal metabolic status as that of non infected flies. Gaining a proper mechanistic understanding of infection-induced metabolic alterations helps in modulating the pathogenesis of gastrointestinal tract diseases in a host and opens up for promising therapeutic approaches for infection induced metabolic disorders
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Mazrouei, Roya, Minako Sumita, and Mohammad Shavezipur. "Detection of Pathogens and Formation of Biofilms Using a Three-Dimensional Biomimetic Biosensing Platform." In ASME 2018 International Design Engineering Technical Conferences and Computers and Information in Engineering Conference. American Society of Mechanical Engineers, 2018. http://dx.doi.org/10.1115/detc2018-86222.
Full textAbstract:
Internalization of pathogens inside pores and channels of fresh produce and formation of polymeric biofilm around their colonies are important phenomena in food safety due to complications they create for removal and inactivation of pathogens. The practical challenges does not allow for monitoring the pathogen-produce interaction in real time and under different ambient conditions. The present work introduces a biomimetic biosensing platform that simulates the actual produce and can detect the presence, growth and internalization of microorganisms and also potential formation of biofilm. The system consists of layers of capacitive electrodes made of polycrystalline silicon which are designed based on a standard foundry process (PolyMUMPs). The electrodes form multiple impedance-based biosensors and can simulate porous medium of the produce surface. As the cells reside on the surface of the top layer or penetrate inside the system, the capacitance value of each electrode pair changes. Monitoring the capacitance change of each biosensor allows us to determine where the microorganisms are and also whether their population is increasing. To demonstrate the applicability of our proposed biosensing system, a comprehensive FEM simulation is performed using ANSYS® APDL. The simulation results show that each pair of electrodes displays a specific pattern of capacitance change when cells reside on the system’s surface, move inside, grow or produce polymeric biofilm, because the electrostatic properties of cells and biofilm polymers are different from those of the solution. Analyzing the capacitance patterns allows us to determine that cells are at which stage of growth or internalization, and how far they have moved inside the system.
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Belyakova, N. V., E. A. Vorobyova, and V. A. Sivolapov. "MOLECULAR-GENETIC ANALYSIS OF PHYTOPATHOGENS IN STANDS OF THE VORONEZH REGION." In Modern machines, equipment and IT solutions for industrial complex: theory and practice. Voronezh State University of Forestry and Technologies named after G.F. Morozov, Voronezh, Russia, 2021. http://dx.doi.org/10.34220/mmeitsic2021_29-33.
Full textAbstract:
This paper presents the results of DNA diagnostics of phytopathogens in the Voronezh region. DNA diagnostics was carried out step by step: isolation of total DNA from the sample by CTAB method, amplification of marker regions of phytopathogenic organisms using primers ITS1 and ITS4, electrophoretic separation of the obtained amplicons in 2% agarose gel followed by staining with ethidium bromide, determination of the nucleotide sequence of the amplified loci ABI Prism 310. The study identified the following plant diseases: Sphaeropsis sapinea, Rhizoctonia solani, Cladosporium herbarum. Along with this, we identified the Neocatenulostroma pathogen, which had not previously been found in the territories under its jurisdiction. This disease cannot be determined by phenological signs. The degree of infection by pathogens ranged from 15 to 40%. At present, the problem of protecting plants from diseases is especially urgent. It has been established that the greatest damage to forestry activities is caused by fungal and infectious diseases. At the same time, among phytopathogens, about 97% are fungal infections, 2% are bacterial and 1% are viral.
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Tharmakulasingam, Mukunthan, Cihan Topal, Anil Fernando, and Roberto La Ragione. "Improved Pathogen Recognition using Non-Euclidean Distance Metrics andWeighted kNN." In ICBBE '19: 2019 6th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering. ACM, 2019. http://dx.doi.org/10.1145/3375923.3375956.
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Hu, Bin, and Sarah L. Kieweg. "The Effect of Surface Tension on the Epithelial Spreading of Non-Newtonian Drug Delivery Vehicles: Numerical Simulations." In ASME 2009 Summer Bioengineering Conference. American Society of Mechanical Engineers, 2009. http://dx.doi.org/10.1115/sbc2009-206565.
Full textAbstract:
This paper is one of the components of our research on how to optimize polymeric drug delivery vehicles. One of the applications is in the topical delivery of anti-human immunodeficiency virus (HIV) gels called microbicides [1]. Microbicides are delivered to vaginal or rectal epithelium to protect it from HIV and other sexually transmitted infections. Microbicides may provide a physical barrier amplifying the normal vaginal defense, as well as destroy the pathogens chemically or inhibit viral infection. The microbicide may consist of an anti-HIV active agent in some delivery vehicle, such as a gel, cream or foam. Microbicides are a promising solution to provide a low-cost, female-controlled method for protection against HIV and other sexually transmitted pathogens.
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Rynda-Apple, A., K. Shepardson, L. Johns, K. Bertrand, B. Schwarz, and T. Douglas. "A Role for TLR2 in Pattern-Based Recognition of Virus Versus Non-Pathogen." In American Thoracic Society 2019 International Conference, May 17-22, 2019 - Dallas, TX. American Thoracic Society, 2019. http://dx.doi.org/10.1164/ajrccm-conference.2019.199.1_meetingabstracts.a6167.
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"Assessment of Pathogen Reduction Potential of an Anaerobic Digester containing Winery Wastewater." In Nov. 19-20 2018 Cape Town (South Africa). Eminent Association of Pioneers, 2018. http://dx.doi.org/10.17758/eares4.eap1118219.
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Thiyagarajan, M., G. Vidal, H. Pham, and J. Ausland. "Effect of non-thermal plasma exposure on regrowth potential of foodborne and nosocomial pathogens." In 2012 IEEE 39th International Conference on Plasma Sciences (ICOPS). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/plasma.2012.6383687.
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Sivakorn, Chaisith, and Virissorn Wongsrichanalai. "Comparing Respiratory Pathogen in patients with non-Cystic Fibrosis bronchiectasis during clinically stable and exacerbation." In ERS International Congress 2018 abstracts. European Respiratory Society, 2018. http://dx.doi.org/10.1183/13993003.congress-2018.pa5311.
Full textReports on the topic "Non pathogène"
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Holland, Darren, and Nazmina Mahmoudzadeh. Foodborne Disease Estimates for the United Kingdom in 2018. Food Standards Agency, 2020. http://dx.doi.org/10.46756/sci.fsa.squ824.
Full textAbstract:
In February 2020 the FSA published two reports which produced new estimates of foodborne norovirus cases. These were the ‘Norovirus Attribution Study’ (NoVAS study) (O’Brien et al., 2020) and the accompanying internal FSA technical review ‘Technical Report: Review of Quantitative Risk Assessment of foodborne norovirus transmission’ (NoVAS model review), (Food Standards Agency, 2020). The NoVAS study produced a Quantitative Microbiological Risk Assessment model (QMRA) to estimate foodborne norovirus. The NoVAS model review considered the impact of using alternative assumptions and other data sources on these estimates. From these two pieces of work, a revised estimate of foodborne norovirus was produced. The FSA has therefore updated its estimates of annual foodborne disease to include these new results and also to take account of more recent data related to other pathogens. The estimates produced include: •Estimates of GP presentations and hospital admissions for foodbornenorovirus based on the new estimates of cases. The NoVAS study onlyproduced estimates for cases. •Estimates of foodborne cases, GP presentations and hospital admissions for12 other pathogens •Estimates of unattributed cases of foodborne disease •Estimates of total foodborne disease from all pathogens Previous estimates An FSA funded research project ‘The second study of infectious intestinal disease in the community’, published in 2012 and referred to as the IID2 study (Tam et al., 2012), estimated that there were 17 million cases of infectious intestinal disease (IID) in 2009. These include illness caused by all sources, not just food. Of these 17 million cases, around 40% (around 7 million) could be attributed to 13 known pathogens. These pathogens included norovirus. The remaining 60% of cases (equivalent to 10 million cases) were unattributed cases. These are cases where the causal pathogen is unknown. Reasons for this include the causal pathogen was not tested for, the test was not sensitive enough to detect the causal pathogen or the pathogen is unknown to science. A second project ‘Costed extension to the second study of infectious intestinal disease in the community’, published in 2014 and known as IID2 extension (Tam, Larose and O’Brien, 2014), estimated that there were 566,000 cases of foodborne disease per year caused by the same 13 known pathogens. Although a proportion of the unattributed cases would also be due to food, no estimate was provided for this in the IID2 extension. New estimates We estimate that there were 2.4 million cases of foodborne disease in the UK in 2018 (95% credible intervals 1.8 million to 3.1 million), with 222,000 GP presentations (95% Cred. Int. 150,000 to 322,000) and 16,400 hospital admissions (95% Cred. Int. 11,200 to 26,000). Of the estimated 2.4 million cases, 0.9 million (95% Cred. Int. 0.7 million to 1.2 million) were from the 13 known pathogens included in the IID2 extension and 1.4 million1 (95% Cred. Int. 1.0 million to 2.0 million) for unattributed cases. Norovirus was the pathogen with the largest estimate with 383,000 cases a year. However, this estimate is within the 95% credible interval for Campylobacter of 127,000 to 571,000. The pathogen with the next highest number of cases was Clostridium perfringens with 85,000 (95% Cred. Int. 32,000 to 225,000). While the methodology used in the NoVAS study does not lend itself to producing credible intervals for cases of norovirus, this does not mean that there is no uncertainty in these estimates. There were a number of parameters used in the NoVAS study which, while based on the best science currently available, were acknowledged to have uncertain values. Sensitivity analysis undertaken as part of the study showed that changes to the values of these parameters could make big differences to the overall estimates. Campylobacter was estimated to have the most GP presentations with 43,000 (95% Cred. Int. 19,000 to 76,000) followed by norovirus with 17,000 (95% Cred. Int. 11,000 to 26,000) and Clostridium perfringens with 13,000 (95% Cred. Int. 6,000 to 29,000). For hospital admissions Campylobacter was estimated to have 3,500 (95% Cred. Int. 1,400 to 7,600), followed by norovirus 2,200 (95% Cred. Int. 1,500 to 3,100) and Salmonella with 2,100 admissions (95% Cred. Int. 400 to 9,900). As many of these credible intervals overlap, any ranking needs to be undertaken with caution. While the estimates provided in this report are for 2018 the methodology described can be applied to future years.
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Cairo, Jessica, Iulia Gherman, and Paul Cook. The effects of consumer freezing of food on its use-by date. Food Standards Agency, 2021. http://dx.doi.org/10.46756/sci.fsa.ret874.
Full textAbstract:
The current Food Standards Agency consumer guidance states that consumers can freeze pre-packed food right up to the “use-by” date and, once food has been defrosted, it should be consumed within 24 hours. This strategic review has collated relevant data to determine whether there is an increased risk in relation to freezing ready-to-eat and non-ready-to-eat foods on the use-by date compared to the day before the use-by date. The review has focused on how the shelf-life of a food is determined and the effects of freezing, thawing and refrigeration on foodborne pathogens, including Bacillus spp., Campylobacter spp., Clostridium botulinum, Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes, Salmonella, pathogenic Escherichia coli and Shigella spp. In the UK, food business operators are responsible for setting the safe shelf-life of a food which, in practice, should take into consideration the consumer habits, as well as the factors affecting shelf-life, such as food product characteristics, food processing techniques, transport, retail and domestic food storage temperatures, and type of packaging. Some countries, such as Ireland, New Zealand and Canada specifically recommend including safety margins within shelf lives. This is used to maintain brand integrity because it ensures that the food is consumed in its optimum condition. The FSA has collaborated with other organisations in the production of several guidance documents; however, there is no explicit requirement for the consideration of a margin of safety when setting shelf-life. There is also no legal requirement in the UK to consider a safety margin when setting shelf-life. According to regulations, pathogens should not be present in sufficient levels to cause foodborne illness on the use-by date, as food should still be safe to eat on that day. Given that these requirements are met, the risk assessed in this report arises from the processes of freezing, thawing and subsequent refrigerated storage for a further 24 hours, and the potential for these to increase pathogen levels. In this review, it was found that there is a risk of additional growth of certain pathogens during the refrigerated storage period although the impact of freezing and thawing on the extent of this growth was not readily evident. This risk would relate specifically to ready-to-eat foods as cooking of non-ready-to-eat foods after defrosting would eliminate pathogens. This report explores the potential issues related to consumer freezing on the use-by date and identifies additional information or research required to understand the risks involved. Overall, there is little evidence to suggest a significant change in risk between consumers freezing ready-to-eat food on the use-by date compared to freezing the food on the day before the use-by date. Specific areas that merit further research include the risks due to low temperature survival and growth of L. monocytogenes. There is also a lack of research on the effects of freezing, defrosting and refrigeration on the growth and toxin production of non-proteolytic C. botulinum, and the growth of Salmonella during domestic freezing and thawing. Finally, more information on how food business operators set shelf-life would enable a better understanding of the process and the extent of the safety margin when determining shelf-life of ready-to-eat and non-ready-to-eat foods.
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Finn, J., F. Lightstone, and K. W. Turteltaub. Novel Agents for Gram-Negative Biodefense Pathogens Final Report CRADA No. TC02128.0. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 2018. http://dx.doi.org/10.2172/1424632.
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Henderer, Bruce D., and Kenneth Damer. Pilot Readiness Development Program for Autonomous Pathogen Detection System (APDS) Final Report CRADA No. TC02115.0. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 2018. http://dx.doi.org/10.2172/1432972.
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Dzenitis, J. M., and P. Haigh. Development of a Commercial Prototype of the Autonomous Pathogen Detection System Final Report CRADA No. TC-02077-04. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 2017. http://dx.doi.org/10.2172/1399744.
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Garcia, Emilio, and Alexander Sulakvelidze. Investigation of Polymetric Biofilms Formed by Dangerous Pathogens, and the Prevention of Their Formation by Disinfectants and Bacteriophages Final Report CRADA No. TC02145.0. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 2018. http://dx.doi.org/10.2172/1432979.
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Yeates, Elissa, Kayla Cotterman, and Angela Rhodes. Hydrologic impacts on human health : El Niño Southern Oscillation and cholera. Engineer Research and Development Center (U.S.), 2020. http://dx.doi.org/10.21079/11681/39483.
Full textAbstract:
A non-stationary climate imposes considerable challenges regarding potential public health concerns. The El Niño Southern Oscillation (ENSO) cycle, which occurs every 2 to 7 years, correlates positively with occurrences of the waterborne disease cholera. The warm sea surface temperatures and extreme weather associated with ENSO create optimal conditions for breeding the Vibrio cholerae pathogen and for human exposure to the pathogenic waters. This work explored the impacts of ENSO on cholera occurrence rates over the past 50 years by examining annual rates of suspected cholera cases per country in relation to ENSO Index values. This study provides a relationship indicating when hydrologic conditions are optimal for cholera growth, and presents a statistical approach to answer three questions: Are cholera outbreaks more likely to occur in an El Niño year? What other factors impact cholera outbreaks? How will the future climate impact cholera incidence rates as it relates to conditions found in ENSO? Cholera outbreaks from the 1960s to the present are examined focusing on regions of Central and South America, and southern Asia. By examining the predictive relationship between climate variability and cholera, we can draw conclusions about future vulnerability to cholera and other waterborne pathogenic diseases.
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Rahai, Hamid, and Jeremy Bonifacio. Numerical Investigations of Virus Transport Aboard a Commuter Bus. Mineta Transportation Institute, 2021. http://dx.doi.org/10.31979/mti.2021.2048.
Full textAbstract:
The authors performed unsteady numerical simulations of virus/particle transport released from a hypothetical passenger aboard a commuter bus. The bus model was sized according to a typical city bus used to transport passengers within the city of Long Beach in California. The simulations were performed for the bus in transit and when the bus was at a bus stop opening the middle doors for 30 seconds for passenger boarding and drop off. The infected passenger was sitting in an aisle seat in the middle of the bus, releasing 1267 particles (viruses)/min. The bus ventilation system released air from two linear slots in the ceiling at 2097 cubic feet per minute (CFM) and the air was exhausted at the back of the bus. Results indicated high exposure for passengers sitting behind the infectious during the bus transit. With air exchange outside during the bus stop, particles were spread to seats in front of the infectious passenger, thus increasing the risk of infection for the passengers sitting in front of the infectious person. With higher exposure time, the risk of infection is increased. One of the most important factors in assessing infection risk of respiratory diseases is the spatial distribution of the airborne pathogens. The deposition of the particles/viruses within the human respiratory system depends on the size, shape, and weight of the virus, the morphology of the respiratory tract, as well as the subject’s breathing pattern. For the current investigation, the viruses are modeled as solid particles of fixed size. While the results provide details of particles transport within a bus along with the probable risk of infection for a short duration, however, these results should be taken as preliminary as there are other significant factors such as the virus’s survival rate, the size distribution of the virus, and the space ventilation rate and mixing that contribute to the risk of infection and have not been taken into account in this investigation.