Dissertations / Theses on the topic 'Nosocomial microorganisms'

Thesis (MSc (Biomedical Technology))--Cape Peninsula University of Technology, 2017.
Background: It is well established that Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) is an opportunistic pathogenic organism that has been frequently identified as the cause of nosocomial and community acquired infections. Furthermore, studies have shown that over the last few decades strains of the genus Klebsiella have systematically developed resistance to numerous antibiotics. Aims and Methods: The primary aim of this study was to investigate the prevalence of K. pneumoniae in nosocomial and community isolates in the Western Cape province of South Africa. Various identification techniques such as the polymerase chain reaction (PCR) using the API 20 E, the VITEK®2 system, primers specific for the 16S-23S rDNA ITS region and the Matrix-assisted laser desorption/ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) were compared for the identification of this pathogen. The VITEK 2 system was used to detect antibiotic resistant profiles of the K. pneumoniae isolates and to identify the extended spectrum beta-lactamase (ESBL) phenotypic among these isolates. The PCR was used to detect Beta-lactam genes viz. CTX-M (blaCTX-M), TEM (blaTEM) and SHV (blaSHV) respectively in both the genome and plasmid DNA of K. pneumoniae using gene specific primers. Results: In total 57 agar plate bacterial cultures or glycerol stock bacterial cultures were obtained during 2011. Of the 57 isolates, the API 20 E test identified 47 (82.5%) of the isolates (n = 57) as K. pneumoniae while 10 isolates (17.5%) were identified as Raoultella species. The VITEK 2 method and PCR identified all 57 isolates as K. pneumoniae (100%). Of the isolates, 82.5% (47/57) were positively identified as Klebsiella species, 14% (8/57) were identified as Klebsiella variicola and 3.5% (2/57) were shown as no reliable identification (NRI) when using the MALDI-TOF MS. Examination of the 57 isolates using primers specific for the CTX-M (blaCTX-M), TEM (blaTEM) and SHV (blaSHV) respectively showed the following: PCR amplicons for the TEM gene were produced successfully for 46 (81%) of the 57 isolates included in this project, while 11 (19%) of the samples did not yield any TEM amplicons; PCR amplicons for the blaSHV gene were obtained successfully for 56 (98%) of the 57 DNA samples, while 1 sample (2%) did not yield any SHV amplicons; and PCR amplicons for the blaCTX-M gene were produced successfully by 89% (n = 51) of the DNA samples included in this project, while 11% (n = 6) did not yield any CTX-M amplicon. Extended-spectrum beta-lactamase phenotypes had been confirmed in 84% (n = 48) K. pneumoniae isolates while nine isolates were found to be non-ESBL. Resistance rates for these 48 isolates were high and showed resistance patterns of: Amoxicillin/Ampicillin, Amoxycillin/Clavulanate, Ceftriaxone/Cefotaxime, Cefuroxime/Cefprozil and Ceftazidime (100%, n = 48); Piperacillin/Tazobactam and Cefoxitin (98%, 47/48); Cefepime (96%, 46/48); Aztreonam (94%; 45/48); Tobramycin (81%, 39/48); Gentamycin and Ciprofloxacin (77%, 37/48); Trimethoprim/Sulfamethoxazole (67%, 32/48); and Tigecycline (25% 12/48). Conclusion: For the analysis by all four methods employed, a total agreement of 68.4% was obtained, indicating the positive identification of K. pneumoniae in 39 of the 57 samples analysed. An average agreement of 28.1% was then obtained for the comparison of results generated for three of the methods utilised, while a 3.5% average agreement was obtained for at least two methods. Furthermore, all four methods agreed that 82.5% of the isolates were Klebsiella species while three methods agreed that 17.5% of the isolates were Klebsiella species. Based on the results obtained in the current study, PCR and VITEK 2 were the methods of choice for the identification of K. pneumoniae. The current study also showed, that ESBL-K. pneumoniae strains are present in the Western Cape province, South Africa; with high resistance profiles to numerous antibiotics including the Cephalosporins.

Les chambres implantables sont des dispositifs médicaux utilisés pour l’'administration de produits de chimiothérapie et/ou de nutrition parentérale. Comme la plupart des implants médicaux, ces dispositifs peuvent être à l’'origine d’infections nosocomiales. L’'objectif de la thèse a été d’'étudier la contribution des modifications physico-chimiques de surface de matériaux à base de titane sur l’'adhérence de microorganismes. Des surfaces présentant différentes caractéristiques ont été élaborées et l’'adhérence de la bactérie Staphylococcus aureus et de la levure Candida albicans a été testée in vitro en conditions statiques. Des surfaces modèles de TiO2 présentant des rugosités à l’'échelle du nanomètre et du micromètre ont été élaborées avec des wafers de silicium revêtues d’'un film mince d’'oxyde de titane déposé par pulvérisation cathodique. Des surfaces d’'alliages de titane grade 2 et grade 5 ont été modifiées par polissage, sablage ou électroérosion, créant différentes morphologies. Il est apparu que le nombre de microorganismes adhérents changeait certes avec la rugosité, mais était fonction de la morphologie de surface des matériaux et de la taille du microorganisme. Des surfaces lisses de TiO2 ont ensuite été fonctionnalisées par greffage moléculaire pour modifier le caractère hydrophile/hydrophobe de surface. L’'étude de l’'adsorption de protéines du plasma sanguin, par QCM, a permis de mieux expliquer l’'adhérence de bactéries et de levures sur ces surfaces. L’'influence de la nutrition parentérale et des produits de chimiothérapie sur les surfaces a aussi été étudiée afin de se rapprocher des conditions d’'utilisation des chambres implantables
Totally implantable venous-access ports are medical devices used for the administration of chemotherapy drugs and/or parenteral nutrition. Infections can occur and it is indispensable in modern-day medical practice to prevent and reduce the rare infectious complications. In this context, the goal of this work was to study the contribution of the modification of physico-chemical properties of titanium based surfaces on the adherence of microorganisms. Surfaces with different characteristics were produced and the adherence of the bacterium Staphylococcus aureus and the yeast Candida albicans was studied in vitro in static conditions. Model surfaces made of titanium dioxide with roughness from nanometer to micrometer were elaborated using silicon wafers recovered with a thin film of titanium dioxide deposited by plasma vapor deposition. Titanium alloy surfaces (Ti grade 2 and Ti grade 5) were modified by polishing, grit-blasting or wire erosion, to create different surface morphologies. In vitro studies were performed and it was found that the number of adhering microorganisms changed with roughness, but more importantly with the surface morphology of the biomaterials and microorganisms size. Flat titanium dioxide thin films were then functionalized by molecular grafting to modify the hydrophobicity of the surface. Study of plasma protein adsorption, by QCM, allowed to better explain the adherence of bacteria and yeast onto these surfaces. The influence of parenteral nutrition and chemotherapy drugs was also studied in order to better approach the real conditions of totally implantable venous-access ports

Nosocomial infections caused by antibiotic resistant bacteria represents a substantial problem due to increasing in mortality, morbidity and health-care costs, especially in intensive care units. This study evaluated the frequencies of epidemiologically important antibiotic resistance phenotypes, recovered from ventilator-associated pneumonia (VAP) in critically ill patients and urinary tract infection (UTI) and bloodstream infections (BSI) in critical and non-critical patients. An one year study was performed in the adult intensive care unit (AICU) of the Clinical Hospital (CH) of Federal University of Uberlândia, where clinical specimens were obtained for diagnosis of VAP and UTI; moreover, the laboratory of the CH provided data that was used to define all the cases of BSI and UTI in non-critical units; additionally, a monthly inquiry of the antimicrobials consumption was carried through in AICU at the period of the study. Coagulase-negative staphylococci predominated as etiological agent of BSI in critically ill (24.6%) and non-critical (30.6%) patients, with frequency of 60,0% of oxacilin-resistant coagulase-negative staphylococci; Klebsielleae (23.4%) and E. coli (29.6%) were the major cause of UTI in critical and non-critical patients, respectively, with resistance above 20.0% to third generation cephalosporins and P. aeruginosa (42.0%) was the main etiological agent of VAP, with rates of resistance to imipenem and fluoroquinolons above 70,0%. The prevalence study of antibiotic consumption in the AICU pointed to cephalosporins (49.6%), followed by vancomycin (37.4%) and carbapenems (26.6%) as the most prescribed antibiotics in the unit. The comparison of our findings with other national and international studies demonstrated a highest frequency of antibiotic resistant phenotype in our hospital, in critical and non-critical units, especially among the Gram-negative bacterias, however, it was not observed a significant variation between the frequency of resistance phenotypes recovered from critical and non-critical units, what strongly suggests that these phenotypes had already spread in the hospital, except P. aeruginosa whose resistance to antibiotic was more expressive when recovered from critical patients than non-critical ones.
Infecções hospitalares causadas por bactérias resistentes a antibióticos representam um problema expressivo quanto à morbidade, mortalidade e custos hospitalares, especialmente em unidades de terapia intensiva. Esse trabalho avaliou as freqüências de fenótipos de resistência a antimicrobianos dos patógenos epidemiologicamente importantes, isolados de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) em pacientes críticos e de infecções de trato urinário (ITU) e de corrente sangüínea (ICS) em pacientes críticos e não críticos. Foi feita uma vigilância epidemiológica ativa na Unidade de Terapia Intensiva de adultos (UTIA) do Hospital de Clínicas da Universidade Federal de Uberlândia (HC-UFU), no período de um ano, coletando-se dados e espécimes clínicos para diagnóstico de PAV e ITU; além da coleta de dados no laboratório do HC para definir as ICS em pacientes críticos e não críticos e as ITU em unidades não críticas; adicionalmente, foram realizados no período do estudo, inquéritos mensais da prescrição de antimicrobianos na UTIA. Houve um predomínio do Staphylococcus spp coagulase negativo como agente etiológico das ICS em pacientes críticos (24,6%) e não críticos (30,6%) com 60,0% dos isolados resistentes a oxacilina; da tribo Klebsielleae (23,4%) e da E. coli (29,6%) como causa de ITU em pacientes críticos e não críticos, respectivamente, com resistência acima de 20,0% às cefalosporinas de terceira geração e da P. aeruginosa (42,0%) em isolados de PAV, com resistência acima de 70,0% para imipenem e fluoroquinolonas. A pesquisa do consumo de antibióticos na UTIA apontou as cefalosporinas (49,6%), seguidas por vancomicina (37,4%) e carbapenêmicos (26,6%) como os antimicrobianos mais prescritos na unidade. Comparando nossos achados com outros estudos epidemiológicos em unidades críticas e não críticas nacionais e internacionais, observou-se um elevado isolamento de fenótipos de resistência em nosso hospital, principalmente entre os Gramnegativos, entretanto, não foram observadas variações importantes entre o percentual de fenótipos de resistência aos antimicrobianos isolados nas unidades críticas e não críticas, o que sugere que estes fenótipos se encontram disseminados no hospital, exceto a P. aeruginosa cuja freqüência de resistência foi mais expressiva nos isolados obtidos de pacientes críticos do que aqueles de unidades não críticas.
Mestre em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

Introducció. La bacterièmia és una de les manifestacions més greus de les infeccions, s'ha associat a un increment de la morbiditat, de la mortalitat i del consum de recursos. Aquest problema és superior quan la bacterièmia és d'origen hospitalari. L'excés de cost associat a les bacterièmies s'utilitza com a mesura de l'impacte d'aquestes infeccions. Hi ha molta variabilitat en l’estimació dels costos incrementals associats a les bacterièmies hospitalàries, s’ha descrit un excés de cost entre 5.875$ i 86.500$ Quan una bacterièmia és causada per un microorganisme resistent als antibiòtics, s’incrementa la gravetat, el risc pel pacient i els costos. Els Centers for Disease Control and Prevention (CDC) estimen que la resistència antimicrobiana té un excés de costos de 20 bilions de dòlars, als Estats Units. A causa de la complexitat per valorar les activitats que es realitzen als malalts, els treballs que analitzen els costos de les bacterièmies sovint es basen en estimacions secundàries i no en costos reals. D’altra banda, la possibilitat de desenvolupar una bacterièmia nosocomial està lligada al temps d'exposició; alhora, aquesta infecció incrementa els dies d'estada, essent l'estada hospitalària una variable confusora. Això pot provocar en les anàlisis d'impacte econòmic un biaix conegut com survivor-treatment selection bias. Pocs estudis han avaluat el cost incremental tenint en compte tots aquest factors. Objectius. L’objectiu principal és avaluar el cost incremental associat a l’adquisició de bacterièmies nosocomials. Es concreta en: 1er. Avaluar l’ajust amb propensity score matching (PSM) en la disminució dels biaixos associats al càlcul del cost incremental. I 2on calcular el cost incremental de les bacterièmies nosocomials, diferenciant segons la sensibilitat als antimicrobians 2.a. dels microorganismes causants i 2.b. desglossant el focus que origina la bacterièmia. Mètodes Es van analitzar els episodis d’hospitalització de l’Hospital del Mar, de Barcelona dels anys 2005 a 2007 en el primer objectiu i fins al 2012, en el segon. Es comparen els costos dels malalts que presenten algun episodi de bacterièmia amb la resta d’altes d’hospitalització atesos en el mateix període i agrupats en els mateixos APR-DRG. En el segon objectiu es van seleccionen les bacterièmies causades pels microorganismes més freqüents i que molt sovint desenvolupen multiresistència en bacterièmies, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae i Pseudomonas aeruginosa. Es va calcular un propensity score (PS) de cada malalt i posteriorment aquest PS s’utilitzà en els models economètrics per ajustar el cost incremental dels malalts que han desenvolupat una bacterièmia i les diferències en funció que el microorganisme fos sensible o multiresistent i també del focus origen. Resultats Objectiu 1, en l’ajust amb PSM el cost incremental mitjà per al total de pacients va ser de 11.916 €, el cost inferior correspon als Gram negatiu amb 6.933€ i el superior als fongs, 32.886€. Objectiu 2.a. El cost incremental més elevat va correspondre a les bacterièmies causades per Pseudomonas aeruginosa multiresistent, mitjana de 44.709€. Les bacterièmies nosocomials per E coli multiresistent presenten un cost incremental mitjà de 8.872€ i si és multisensible de 10.481€. Objectiu 2.b. Les bacterièmies causades per una infecció urinària, per microorganisme multisensible, van presentar un cost incremental mitjà de 6.786€ i de 13.299€ quan era multiresistent. El cost mitjà incremental més elevat va correspondre a les bacterièmies primàries, tant si el microorganisme era sensible (26.082€) com si era multiresistent (29.186€), seguit del focus respiratori quan la infecció va ser produïda per un microorganisme multiresistent (25.292€). Conclusions. Amb l’eliminació dels biaixos mitjançant un bon sistema d’ajust es confirma que la bacterièmia ocasiona un increment considerable en el cost de l’assistència. Aquest increment varia en funció del tipus de microorganisme, la sensibilitat als antimicrobians i el focus que la origina.
Introduction. Bacteremia is a severe infection with high levels of mortality rates, morbidity and resources consumption. The burden is even greater for hospital bacteremia (HB). The incremental cost associated with bacteremia is used as a measure of the impact of these infections. Studies of the incremental costs of hospital infections showed different and variable results: excess cost of infections has been estimated between $ 5,875 and $ 86,500. Bacteremia caused by multidrug-resistant microorganisms have worse prognosis than those caused by antimicrobial-susceptible microorganisms. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) estimated that antimicrobial resistance causes excess costs of $ 20 billion per year in United States. Due to the complexity of identifying the multitude of activities performed in a hospital, currently few hospitals have developed detailed per patient cost accounting. Consequently, most of studies that analyze cost of bacteremia are based on secondary estimates rather than real costs. Moreover, the possibility of developing a hospital bacteremia is linked to the exposure time; in addition, this infection increases the length of stay. For this reason, hospital stay can be considered a confounding variable and it can cause a bias in the analysis of economic impact known as survivor-treatment selection bias. Few studies have assessed the incremental cost taking into account all these factors. Aim. The main objective was to evaluate the incremental cost associated with hospital acquired bacteremia. It focuses on: 1.- Assess an adjustment model with Propensity score matching (PSM) for the reduction of biases associated with the calculation of the incremental cost, 2.- to calculate the incremental cost of hospital bacteremia classified by antibiotic sensitivity, 2.a.- caused by the most common organisms, 2.b.- according the causative focus. Methods. Patients admitted to the Hospital del Mar in Barcelona from 2005 to 2007 were analyzed for the first objective, and those from 2005 to 2012 for the second. The costs of patients who experienced an episode of HB were compared with patients grouped into the same APR-DRG but without HB. For the second objective, cases of hospital bacteremia caused by Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae or Pseudomonas aeruginosa were selected and analyzed because of their high prevalence and their multidrug resistance. For each admission, the probability of developing bacteremia (propensity score) was estimated. Subsequently, propensity score was included in an econometric model to adjust the incremental cost of patients who developed bacteremia, as well as to differentiate it for the infections that caused the bacteremia and whether it was classified by the antibiotic sensitivity of the causative organism. Results. Objective 1: adjusting with PSM the mean incremental cost was €11,916. Gram positive microorganism had the lowest mean incremental cost, €6,933 and the highest was fungi, €32,886. Objective 2a: Multidrug-resistant P. aeruginosa bacteremia had the highest mean incremental cost, €44,709. Antimicrobial-susceptible E. coli, €10,481, and multidrug-susceptible, €10.481, were the nosocomial bacteremia with the lowest mean incremental cost. Objective 2b: The mean incremental cost was €6,786 for antimicrobial-susceptible UTI and €13,299 for multidrug-resistant UTI bacteremia. The highest incremental costs were found for primary or unknown sources of bacteremia: €26,082 for antimicrobial-susceptible bacteremia, €29,186 for multidrug-resistant bacteremia and €25,292 when the source of bacteremia was a respiratory infection with a multidrug-resistant microorganism. Conclusions. Controlling for possible biases in a structured adjustment model confirms that bacteremia causes a substantial increase of the cost of care. This increase varies according to the type of microorganism sensitivity to antibiotics and to the causes of the focus.

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Introdução. Banho no leito é um procedimento executado rotineiramente pela equipe de enfermagem, para atender às necessidades de higiene e conforto. Infere-se a técnica convencional, com uso de baldes, bacias, água, sabonete, luvas e compressas, contribuir para aumento das taxas de infecção hospitalar. A tecnologia descartável para banho no leito propõe prevenir contaminação de uma área corporal com microrganismos provenientes de outra, assim como infecções cruzadas. Objetivo. Avaliar a efetividade dos banhos no leito convencional e descartável sobre a microbiota do paciente hospitalizado, assim como a estimativa de tempo de execução e custo dos mesmos. Métodos. Pesquisa clínica, prospectiva, caso-controle, randomizada, aprovada pelo Comitê de Ética em Pesquisa e Registro Brasileiro de Ensaio Clínico (ReBEC). Realizou-se este estudo na Unidade de Acidente Vascular Cerebral do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, com amostra de 40 pacientes acamados e randomizados em dois grupos com 20 participantes: grupo A (controle - banho no leito convencional) e grupo B (intervenção - banho no leito descartável). A tecnologia avaliada foi da marca Bag Bath®. Invólucro contendo oito compressas pré-umidificadas com água, surfactantes não iônicos, vitamina E, dexpanthenol, conservantes e fragrâncias, destinadas uma para cada área do corpo. Resultados. Pode-se comprovar a efetividade da tecnologia descartável para banho no leito, sobre a evolução da microbiota da pele de pacientes hospitalizados. Uma vez que, 90% dos participantes que receberam exclusivamente a intervenção, tiveram a pele protegida de bactérias colonizadoras, ao contrário dos submetidos ao banho no leito convencional, que apresentaram 80% das culturas positivadas. Análise estatística demonstrou que, enquanto a carga microbiana dos participantes do Grupo B reduziu com a intervenção descartável, aumentou significantemente nos do Grupo A, que haviam recebido banhos no leito convencional (p<0,001). Conclusões. O banho no leito com uso de tecnologia descartável, da marca testada, mostrou-se significantemente efetivo sobre a carga microbiana da pele de pacientes hospitalizados, quando comparado ao banho convencional. Refutou-se as hipóteses do banho no leito descartável apresentar tempo de execução e custo menores, quando comparado com o convencional. Recomenda-se a realização de novos estudos sobre essas variáveis, por entende-las importantes no dimensionamento de recursos humanos em enfermagem, assim como na decisão por escolhas de insumos hospitalares.
Introduction. Bed bath is a procedure performed routinely by nursing staff to meet the needs of hygiene and comfort. A conventional technique is inferred, using buckets, basins, water, soap, gloves and pads, contributing to increased hospital infection rates. The disposable bed bath technology proposes to prevent contamination of a body area with microorganisms from another, and cross-infection. Goal. Evaluate the effectiveness of the baths in conventional and disposable bed on the microbiota of hospitalized patients, as well as the estimated run time and cost thereof. Methods. Clinical, prospective, case-control, randomized research, approved by the Research Ethics Committee and Brazilian Registry of Clinical Trial (Rebec). We conducted this study in Stroke Unit of the Hospital of the Botucatu School of Medicine, with sample of 40 bedridden patients randomized into two groups with 20 participants: group A (control - bath in the conventional bed) and group B (intervention - bath in disposable bed). The technology of the brand Bag Bath was evaluated®. Containing eight pads pre-moistened with water, nonionic surfactants, Vitamin E, Dexpanthenol, preservatives and fragrances, one for each intended area of the body. Results. One can prove the effectiveness of disposable technology for bed bath on the evolution of microflora of the skin of hospitalized patients. Since 90% of participants who received only the intervention had skin protected from colonizing bacteria, unlike subjected to the bath in the conventional bed, which showed 80% of positive cultures. Statistical analysis showed that, whereas the microbial load of the participants in Group B decreased with disposable intervention, increased significantly in Group A, who had received baths in conventional bed (p <0.001). Conclusions. Bed bath with the use of disposable technology, tested brand, proved to be significantly effective on the microbial load of the skin of hospitalized patients, when compared to conventional bath. The hypothesis of disposable bed bath present shorter run time and lower costs when compared with the conventional has been refuted. It is recommended to carry out further studies on these variables, to understand their importance on the design of human resources in nursing, as well as the decision by hospital supplies choices.
FAPESP: 2014/25099-2

El riesgo de infección en cualquier ser humano depende, por un lado, de la intensidad de la exposición a microorganismos potencialmente patógenos y, por el otro, de la integridad de los mecanismos de defensa del huésped, incluidas las barreras anatómicas, la inmunidad humoral y la mediada por células. El estado de salud y la condición premórbida del paciente representan factores de riesgo adicionales al generar defectos cualitativos o cuantitativos en el funcionamiento de la respuesta inmune que pueden aumentar el riesgo de padecer diferentes tipos de infecciones. Ejemplo de ello son la diabetes mellitus o las enfermedades hepática, cardíaca o renal crónicas. Los pacientes con neoplasias son un ejemplo paradigmático, pues tienen un riesgo aumentado de infección debido a diferentes motivos: el daño a las barreras anatómicas es común después de la quimio o radioterapia o luego de procedimientos invasivos como son, por ejemplo, catéteres endovenosos o cirugías; además, la propia malignidad subyacente o las intervenciones terapéuticas inmunosupresoras (quimioterapia, corticosteroides y la radioterapia) son responsables de defectos inmunes. Por todo lo expuesto esta población de pacientes puede englobarse en el término inmunodeprimido. Los inmunodeprimidos son un problema relevante de salud, debido al aumento de su prevalencia, y también por el alto consumo de recursos que suponen. Los pacientes inmunodeprimidos tienen mayor riesgo de enfermar y, consecuentemente, de requerir ingreso en las Unidades de Cuidados Intensivos (UCI). Dos de esas poblaciones, especialmente relevantes por el aumento de su incidencia y por sus potenciales complicaciones son los pacientes hemato-oncológicos y los pacientes con infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH). Cada vez con mayor frecuencia observamos en nuestra actividad diaria en UCI la necesidad de asistir a estos pacientes. Los pacientes hospitalizados tienen riesgo de desarrollar infecciones nosocomiales. Estas infecciones son relevantes por su potencial gravedad y el elevado coste que generan, sobre todo en el ámbito de la UCI. Una particularidad de estas infecciones es que, con frecuencia, son debidas a microorganismos multirresistentes (MMR), ya que el ingreso a estas unidades condiciona un cambio de la microflora endógena de los pacientes, provocando colonización por gérmenes del ámbito hospitalario, con una sensibilidad a antibióticos diferente. Existe la sensación que los pacientes inmunodeprimidos críticos tienen un riesgo aumentado de presentar infecciones nosocomiales por MMR, así como de una peor evolución cuando las presentan. Sin embargo, hay pocos estudios que hayan analizado esta circunstancia. Esto resulta de interés pues serviría para elaborar guías y protocolos con la intención de determinar la mejor estrategia de uso de antibióticos, y establecer los factores potencialmente modificables para mejorar el pronóstico. Por este motivo se planteó el desarrollo de esta Tesis Doctoral. En ella se incluyen dos trabajos que tienen como principales objetivos evaluar y comparar pacientes críticos con neoplasias malignas (hematológicas y nohematológicas) con aquellos sin neoplasia en términos de adquisición de MMR, infecciones y mortalidad (Artículo 1); y evaluar y comparar pacientes críticos infectados por el VIH con aquellos sin esta infección en los mismos términos (Artículo 2). Para ello se realizó un estudio observacional, prospectivo de cohortes de pacientes ingresados en una UCI médica de ocho camas para adultos en un hospital universitario de 700 camas durante un período de 35 meses. Se obtuvieron frotis de fosas nasales, de faringe y de recto, y se recogieron cultivos de secreciones respiratorias dentro de las 48 h del ingreso y tres veces por semana a partir de entonces. Además se obtuvieron otros cultivos según se considerara necesario por el médico tratante. Se recogieron también variables clínicas cuantitativas y cualitativas que se consideraron de importancia, como factores de riesgo o pronóstico, además de las escalas de gravedad al ingreso y durante la estancia en UCI. Se utilizó un análisis de regresión logística multivariante para evaluar la mortalidad en la UCI. El protocolo del estudio fue aprobado por el Comité de Ética en Investigación Clínica del Hospital Clínic de Barcelona. Los principales resultados de ambos estudios demuestran que ambas poblaciones de pacientes críticos inmunodeprimidos (hemato-oncológicos o infectados por VIH) no parecen tener un mayor riesgo de adquisición de microorganismos resistentes o infecciones durante su estancia en UCI. Además, el pronóstico de su estancia en UCI no se relaciona con la adquisición de estos agentes patógenos o las infecciones adquiridas intra-UCI, ni tampoco con tener o no infección por VIH, sino a la gravedad de la enfermedad al ingreso y a la condición de tener una neoplasia hematológica.

:Las infecciones nosocomiales son aquella condición localizada o generalizada resultante de la reacción adversa a la presencia de un agente infeccioso o su toxina, que no estaba presente o en período de incubación en el momento del ingreso del paciente al hospital y que puede manifestarse incluso después de su egreso. En las Unidades de Cuidados Intensivos neonatales (U.C.I.N) la incidencia es de 2 a 5 veces más alta que en otras áreas hospitalarias, por ende representan una tasa alta de morbilidad y mortalidad. A nivel mundial se reporta una incidencia de 5%; sin embargo en países en vías de desarrollo como México ocurren aproximadamente del 6-30%. El huésped tiene una participación importante y esta demostrado que los neonatos son más susceptibles debido a su deficiencia inmunológica que es mayor mientras menor sea su edad gestacional así como los múltiples procedimientos invasivos a los que están sometidos estos menores durante su estancia, por ende las infecciones nosocomiales generan estancias prologadas e incremento en los costos. Debido a que las infecciones nosocomiales en las unidades de cuidados intensivos neonatales representan un grupo común en nuestro universo de trabajo es necesario conocer las variables epidemiológicas en nuestra unidad con el fin de evaluar el manejo integral y prevención. OBJETIVO: Se identifico la frecuencia y comportamiento de las variables epidemiológicas de las infecciones nosocomiales y las especies de microorganismos aislados en la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales del Hospital Doctor Nicolás San Juan del periodo comprendido del primero de marzo del año 2009 a 31 de marzo del 2010. MATERIAL Y METODOS: Se trata de una cohorte retrospectiva observacional la cual se llevo a cabo en el servicio de Neonatología del Hospital General Dr. Nicolás San Juan perteneciente al Instituto de Salud del Estado de México. Se incluyeron a todos los pacientes con infección nosocomial que se diagnosticaron por el CODECIN y se trataron en el servicio de Neonatología entre 1 Marzo del 2009 al 28 de Febrero de 2010. En dicho estudio se revisaron los expedientes clínicos de los pacientes con diagnóstico de infección nosocomial que cumplieron con los criterios de selección, se recolectaron los datos en hoja especial que incluyó: género, edad gestacional, peso al nacer, procedencia, área donde ocurrió la infección, diagnóstico de ingreso, , tipo de infección nosocomial y microorganismo aislado, cultivo en el que se aisló la infección así como fecha, esquemas antimicrobianos utilizados, estancia hospitalaria, invasión y condición al egreso A esta información se le realizo un análisis estadístico en donde se utilizo estadística descriptiva; con porcentajes para variables nominales y para variables cuantitativas con distribución normal medias y desviación estándar; con distribución diferente a las normales: medianas. Los datos se procesaron en una hoja de trabajo del programa Exel 2007 y el paquete estadístico en SPSS 17. RESULTADOS: Se incluyeron a 31 recién nacidos que reunieron los criterios de inclusión, 15(48%) correspondieron al genero femenino y 16(52%) al género masculino sin tener una diferencia estadísticamente significativa. La incidencia fue de 4.34%, con una mediana de estancia hospitalaria de 33 días. Se obtuvo un rango de 28 a 42 semanas de edad gestacional con una mediana de 34.1 semanas al momento del diagnóstico. El grupo etario que presento mayor número de infección nosocomial fueron los prematuros menores a 37SDG La sala que presento el mayor número de infecciones nosocomiales fue la unidad de cuidados intensivos y en esta sala se elevo el porcentaje en prematuros a 14.78%; la media en cuanto al peso fue de 2.074kg y la desviación estándar de 723.191rs. La mayoría de los recién nacidos 83.87 % provinieron de la unidad tocoquirurgica y cabe mencionar que el 77% de la muestra no presentaba infección previa; todos los pacientes tuvieron al menos 1 acceso vascular. El principal germen aislado fue el estafilococo coagulasa negativo, que se aisló en 13 pacientes, seguido de candida SP la cual se aisló en 7 pacientes y principal medio de cultivo fue a través de hemocultivo, la mediana de edad al momento del diagnostico fue de 12 días. En cuanto a los esquemas de antimicrobianos el principal fue cefotaxima mas vancomicina seguida de anfotericina B como monoterapia. Es evidente la relación que existió entre la presencia de multi invasión e infección nosocomial ya que 19 de nuestros pacientes se encontraban multi invadidos en el momento del diagnóstico. La mortalidad se estimo en 3.2%. CONCLUSIONES: Las infecciones nosocomiales en las unidades de cuidados intensivos neonatales son cada vez mas frecuentes en nuestro medio. No existió predisposición de género en nuestro estudio, el grupo etario mas afectado fueron los prematuros y el riesgo es inversamente proporcional con la edad gestacional. La incidencia global fue de 4.34%, elevándose hasta 14.78% en prematuros de la unidad de cuidados intensivos neonatales En nuestra población las bacteriemias fueron la principal infección nosocomial y el agente etiológico mas común fue el estafilococo coagulasa negativo. La invasión se asocio con la presencia de infección nosocomial.

Les bactéries pathogènes opportunistes (BPO) sont responsables d'une grande part de la pathologie infectieuse bactérienne. Les BPO d'origine environnementale doivent subir des changements profonds de mode de vie pour s'adapter et coloniser l'homme. Comprendre les conditions de cette adaptation permettra de préciser la notion d'opportunisme infectieux et le rôle des BPO environnementales dans l'émergence des pathogènes.Les genres Ochrobactrum et Agrobacterium regroupent des bactéries présentant une grande variété de modes de vie et établissant différentes relations avec la cellule eucaryote. Ces bactéries connues pour vivre dans l'environnement sont par ailleurs des pathogènes opportunistes de l'homme principalement responsables d'infections chez les individus immunodéprimés. Dans le cadre de ce travail nous avons entrepris une étude populationnelle par une approche de génétique multilocus sur des collections de souches cliniques et environnementales de différentes origines géographiques. Les structures de population obtenues ont été confrontées à divers caractères phénotypiques reliés à la virulence et/ou l'adaptation chez l'homme, la température de croissance, la formation de biofilm et la virulence vis-à-vis des modèles Caenorhabditis elegans et macrophages humains.Ochrobactrum anthropi et Ochrobactrum intermedium sont les deux principales espèces d'intérêt médical du genre Ochrobactrum. La population d'O. anthropi est de type épidémique qui s'organise en deux complexes clonaux (CCs). Si le CC1 regroupe à la fois des souches de diverses origines, le CC4 ne contient que des souches cliniques. Cette sous-population apparait associée à l'homme même si les caractères phénotypiques étudiés ne révèlent pas de différences entre ces deux sous populations. De la même façon, ces deux CCs ne se distinguent pas par leur comportement en modèle macrophage ou par leur diversité génomique. O. intermedium, tout comme O. anthropi, présente une forte diversité génétique toutefois, aucun regroupement des souches en fonction de leur origine n'est mis en évidence pour cette espèce. La diversité des souches cliniques apparait aussi importante que celle de l'ensemble de la population. Plusieurs arguments suggèrent une niche étroite pour cette espèce, notamment une faible diversité génomique. Par ailleurs, le faible nombre de souches environnementales associé à une meilleure croissance planctonique à 37°C qu'à 25°C et 30°C suggèrent que l'homme pourrait constituer cette niche. L'étude de la virulence d'O. intermedium en modèle macrophage ou C. elegans met en évidence différents comportements, pour autant ceux-ci ne semblent pas liés à la structure de population. Certaines souches sont capables de se multiplier dans le modèle macrophage.L'étude du genre Agrobacterium par une approche multilocus sur une collection représentative des différents modes de vie de ces bactéries met en évidence, tout comme pour O. anthropi, une sous population clinique qui regroupe près de 80% des souches de cette origine. D'autres arguments tels que la croissance à 42°C confirment que le génovar A7 peut correspondre à une sous-population associée à l'homme. Les données obtenues seront confrontées aux connaissances sur d'autres bactéries pathogènes opportunistes d'origine environnementale comme Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia et les bactéries du complexe Burkholderia cepacia qui présentent également des sous populations associées à l'homme et/ou à certaines pathologies humaines. L'existence de ces sous populations suggère une spécialisation qui sera discutée dans le contexte de la spéciation des bactéries pathogènes afin de revisiter le concept d'opportunisme infectieux
The opportunistic bacterial pathogens (OBP) cause the main part of bacterial infectious diseases. Environmental-borne OBP should encounter dramatic changes in lifestyle in order to colonize human beings. The conditions of this adaptation should precise concepts about OBP and emerging pathogens.The genera Ochrobactrum and Agrobacterium groups bacteria with versatile lifestyles that establish diverse relationships with the eukaryotic cells. These environmental-borne OBP caused diverse infectious diseases in immune-compromised patients. In this study, we undertook an approach of multilocus genetic on large population of environmental and clinical strains of Ochrobactrum and Agrobacterium. The population structures were compared to phenotypic traits related to adaptation and virulence in man, such as growth temperature, biofilm formation and virulence tested in Caenorhabditis elegans and human macrophages models.Ochrobactrum anthropi and Ochrobactrum intermedium are the two main Ochrobactrum species to be involved in human diseases. O. anthropi displays an epidemic population structure organized in two large clonal complexes (CCs). CC4 groups only human associated strains whereas CC1 contain environmental and clinical strains. Population genetics suggested that CC4 is a human-associated clone although phenotypic, genomic and virulence traits do not differ between CC1 and CC4 strains.As O. anthropi, O. intermedium displays a high genetic diversity without correlation between the genetic structure and the origin of strains. The level of genetic diversity among clinical strains appears as high as observed in the whole population. Several data such as a low level of genomic diversity suggested that O. intermedium is associated to a narrow ecological niche. The low number of environmental strains described for this species as well as an optimal growth at 37°C suggested that human beings could be the main niche for O. intermedium. Virulence in macrophage and C. elegans models showed diverse behaviour whereas some strains are able to survive and multiply in macrophages model.Multilocus genetics in a population of Agrobacterium spp. that displays diverse lifestyles, revealed a human associated population as observed for O. anthropi. The clinical genovar A7 groups 80% of the clinical strains included in the study, this strains growing at 42°C. Data obtained in this study will be confronted to the knowledge about other environmental-borne OBP such as Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia and bacteria belonging to the species complex Burkholderia cepacia. All these bacteria displayed sub-populations associated to man or to a particular human disease. These sub-populations suggest a specialization process that will be described in the context of the speciation of bacterial pathogen in order to revisite the concept of « opportunisme infectieux »

Les personnels de santé prennent aujourd’hui des précautions multiples pour éviter la contamination des surfaces inertes par des micro-organismes. Toutefois, malgré l’utilisation de désinfectants, d’antibiotiques et la mise en place de conditions d’hygiène strictes, il apparaît que la lutte contre les infections nosocomiales telles que, entre autres, les infections opératoires, est aujourd’hui un des défis majeurs de la médecine. L’objectif de ce manuscrit est de présenter la modification d’un matériau inerte (verre, plastique, métal), par dépôt d’un polymère biocide en surface, afin de le rendre bioactif. Notre travail de recherche s’articule autour de la préparation et de l’évaluation de polymères et copolymères fluorés de type polyammoniums quaternaires. Nous avons préparé un ensemble de sels d’ammoniums quaternaires polymérisables, hydrocarbonés et fluorés, précurseurs des polyammoniums envisagés. Les propriétés physico-chimiques en solution (CMC, γCMC) des tensioactifs obtenus ont été évaluées, avant de mesurer l’activité antimicrobienne de ces structures en déterminant respectivement la concentration minimales d’inhibition (CMI) et la concentration minimale létale (CML), pour quatre micro-organismes caractéristiques. Un ensemble d’homopolymères et copolymères, potentiellement bioactifs, a été préparé. Les différents essais de solubilité ont montré que les copolymères étaient hydrosolubles et que seuls les homopolymères, du fait de leur insolubilité dans l’eau, pouvaient être utilisés sous forme de revêtements dans le cadre d’un test d’activité biologique de surface. Nous avons alors mis au point, validé puis utilisé un test d’activité biologique par contact vis-à-vis de Staphylococcus aureus. Dans le cas des revêtements les plus performants, la réduction de la population bactérienne est supérieure à 99,95% après 24 heures de contact. Pour les copolymères, l’activité antimicrobienne en solution est supérieure à celle des monomères correspondants
Today, Health Personnel are extremely cautious to avoid inert surfaces contamination by micro-organisms. However, despite the use of disinfectants, antibiotics, and the setting of strict hygienic conditions, it seems that nosocomial infections control such as, amongst others, infections resulting from operations, remains one of the major challenges for medicine. The objective of this manuscript is to present the modification of an inert material (glass, plastic, metal) after application of a biocidal polymer on its surface so as to make it bioactive. Our research work revolves around the preparation and the evaluation of fluorinated polymers and copolymers of quaternary ammonium type. We have prepared new series of polymerizable quaternary ammonium salts, hydrocarbon and fluorinated, precursor of the expected polyammoniums. The physico-chemical properties in solution of the obtained surfactants (CMC, γCMC) were evaluated previous to the measurement of the antimicrobial activity of these structures by determining their minimum inhibitory (MIC) and lethal concentrations (MLC), doing so for four characteristic micro-organisms. A set of potentially bioactive homopolymers and copolymers was prepared. The various tests of solubility have showed that the copolymers were water-soluble, and that the homopolymers alone, due to their water-insolubility, could be used as coatings for an antimicrobial contact activity test. Therefore, we have worked out, validated, and then used a biological activity test by contact against Staphylococcus aureus. For the most efficient coatings, the reduction of the bacterial population was above 99,95% after 24 hours of contact. For copolymers, the antimicrobial activity in solution was above the corresponding monomers

Evalúa los antimicrobianos de reserva en pacientes hospitalizados del Hospital nivel I Carlos Alcántara Butterfield así como identifica el consumo de antimicrobianos de reserva y clasifica los diagnósticos más frecuentes como prescripción de terapia combinada o monoterapia y costos de los antimicrobianos de reserva dispensadas en la farmacia de hospitalización, a los servicios de medicina, cirugía y gineco obstetricia, de julio a setiembre del 2017. Se estudiaron 3656 recetas médicas con prescripción de antimicrobianos. Se hizo un muestreo aleatorio simple, donde se tomó la muestra mediante el programa de microsoft excel 2013 y se hizo una recolección de datos, con las variables de estudio. Se encontró que el antimicrobiano de reserva más utilizado fue ceftriaxona en el servicio de hospitalización medicina en 38,99%, imipenem 6,81% y ceftazidima 20,53%; con predominancia de infección respiratoria e infección urinaria. En hospitalización cirugía, el consumo de antimicrobianos de reserva fue: en ceftriaxona 31,55 %, metronidazol 33,37% y ciprofloxacino con 35,08%; los diagnósticos más frecuentes fueron en el servicio de cirugía: apendicitis, colecistitis, en medicina, infección de vías urinarias, celulitis y neumonía. En el servicio de gineco obstetricia predominó el uso de ceftriaxona con 51,18% y ciprofloxacino 18,05%. Se concluye que hay un consumo elevado de antibióticos de reserva, en los servicios de medicina y cirugía para el uso de antimicrobianos de reserva especialmente en cefalosporinas de tercera generación.
Trabajo académico

Identifica y determina la prevalencia de los genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like y blaOXA-58-like, que codifican las carbapenemasas de tipo OXA, las cuales son consideraras clínicamente relevantes en el Acinetobacter baumannii. Se analizaron 51 aislamientos de Acinetobacter baumannii con perfil de resistencia a carbapenémicos provenientes del Laboratorio Clínico de un Hospital Nacional de Referencia en Lima de diciembre 2017 – marzo 2018. Se determinó fenotípicamente la presencia de carbapenemasas por el método de inactivación de los carbapenémicos seguido de la identificación genotípica de los genes del tipo OXA de mayor importancia clínica la cual se realizó por PCR multiplex los genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like y blaOXA-58-like. Se obtuvieron fenotípicamente 51/51 (100%) pruebas positivas para la presencia de carbapenemasas en las cuales se identificaron genéticamente la presencia de 38/51 (74,5%) blaOXA-24- like y 5/51 (9,8%) blaOXA-58-like. Un solo gen en 33/51 (64,7%) cepas corresponden a blaOXA-24-like y 2 genes en 5/51 (9,8%) cepas corresponden a blaOXA-24-like y blaOXA-58-like; no se detectó la presencia de genes codificantes blaOXA-23-like. Se concluye que el 100% de las cepas recolectadas, evaluadas a través del método MIC*, son productoras de enzimas carbapenemasas; así mismo el 38/51 (74,5%) de estas cepas portaban genes codificantes de blaOXA- 24-like y blaOXA-58-like siendo el gen blaOXA-24-like el más prevalente. Finalmente en el presente estudio no se detectó la presencia de genes codificantes blaOXA-23-like.
Tesis

Evalúa el uso de antimicrobianos de uso restringido en pacientes hospitalizados en el Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins en los servicios: medicina interna, UCI, pediatría UCI y pediatría general en el año 2017. Determina cuatro indicadores: 1) prevalencia de prescripción de ATMR, 2) promedio de ATMR prescritos y porcentaje de prescripción en combinación de ATMR por paciente, 3) porcentaje de prescripción de ATMR con base clínica o de laboratorio no específicos y con base microbiológica, y 4) los ATMR y diagnósticos presentados en mayor frecuencia. Realiza un estudio descriptivo, observacional, transversal y retrospectivo, EUM tipo prescripción – indicación. El material de recolección son dos fichas: ficha ATMR-S (ATMR por servicio) y ficha ATMR-P (ATMR por paciente), se recabó la información de las historias clínicas y prescripciones de un total de 418 pacientes durante 21 días considerando los 27 ATMR del listado de medicamentos con restricción de uso del HNERM. Los resultados obtenidos muestran una prevalencia de prescripción de ATMR de 41%; un promedio de 2 ATMR prescritos por paciente y 56% de pacientes recibieron terapia combinada de ATMR; la prescripción con base en exámenes microbiológicos fue 51% y el 49% con base única en exámenes clínicos o de laboratorio no específicos; el 34% son diagnósticos relacionado a sepsis respiratoria y el 14% a infección del tracto urinario; de 316 ATMR prescritos se presentan con mayor frecuencia: meropenem, vancomicina, ceftriaxona e imipenem + cilastatina con 21%, 19%, 13% y 12% respectivamente.
Tesis

Les Pseudomonas fluorescens sont des bacilles à Gram négatif, ubiquitaires, généralement considérés comme non-pathogènes, du fait de leur caractère psychrotrophe. Cependant, des souches de Pseudomonas fluorescens sont parfois identifiées en milieu hospitalier chez des patients atteints d'infections nosocomiales. La souche clinique de P. Fluorescens MFN1032, a été isolée chez un patient souffrant d'une pneumopathie. Elle possède une activité hémolytique sécrétée dans laquelle sont impliqués des biosurfactants. MFN1032 est sujette à des variations phénotypiques induites par les conditions de milieu. Deux groupes distincts de variants, dont un point commun est la perte de la capacité à produire des biosurfactants, ont été mis en évidence. Ceci suggère que leur production est soumise à une régulation fine chez cette souche. Dans un groupe, la variation résulte de la perturbation du système GacA/GacS et pourrait permettre à la souche d'être adaptée à une phase d’infection aiguë. L'autre groupe semble impliquer une variation, non élucidée, du taux de c-di-GMP et confère un phénotype compatible avec des infections chroniques. De plus, MFN1032 possède une activité hémolytique cellule-associée, indépendante de l'activité hémolytique sécrétée, maintenue chez les différents variants. Cette activité est thermorégulée, inhibée par le quorum sensing et est régulée négativement par GacA/GacS. MFN1032 est aussi virulente vis-à-vis de l'amibe Dictyostelium discoideum et est cytotoxique sur une lignée cellulaire de macrophages, phénotypes indépendants de la présence de biosurfactants. Une interruption d'un opéron contenant les gènes hrcRST, homologues à ceux de l'opéron hrpU du système de sécrétion de type III (T3SS) des Pseudomonas de la rhizosphère, entraîne la perte de ces activités. Les résultats obtenus lors de cette étude rapportent donc, pour la première fois, l'implication de la partie basale d'un T3SS dans la virulence d'une souche hospitalière de P. Fluorescens
Pseudomonas fluorescens is a ubiquitous Gram negative bacterium with a high adaptation capacity. Due to its psychrotrophic character, this species is usually considered as nonpathogen. Nevertheless, strains of Pseudomonas fluorescens were identified in hospital in patients suffering from nosocomial diseases. A clinical strain of Pseudomonas fluorescens, MFN1032, was isolated from patient suffering from a lung infection. This strain has a secreted hemolytic activity involving biosurfactants. This strain was subject to phenotypic variation. Two groups of phenotypic variants are defective in biosurfactant production. This suggests biosurfactant production is highly regulated. The phenotypic modification of one variants group results from the disruption of GacA/GacS and could enhance fitness for acute infection. The second group variant may involve a c-di-GMP level variation, which is not yet understood, and shows a phenotype adapted to chronic infection. However, MFN1032 possesses a cell-associated hemolytic activity independent of secreted hemolytic activity, maintained in variants. This activity is thermoregulated and is inhibited by quorum sensing. The GacS/GacA system is a negative regulator of this activity. MFN1032 is virulent towards Dictyostelium discoideum and shows cytotoxicity on macrophage cell line, phenotypes that are independent from biosurfactants. The interruption of an operon containing hrcRST genes, homologous to hrpU operon genes of type three secretion system (T3SS) of Pseudomonas rhizospheric bacteria, provokes the loss of these activities. These results report, for the first time the involvement of T3SS basal part in Pseudomonas fluorescens virulence

Evalúa el proceso, los atributos y la utilidad del sistema de vigilancia epidemiológica de la resistencia antimicrobiana (RAM) en infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS) en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (INEN) del Perú. Se realizó un estudio mixto que tuvo tres componentes. Primero, un análisis documental sobre la organización del sistema de vigilancia en el INEN y sus regulaciones. Segundo, una encuesta transversal de 12 secciones, según el modelo propuesto por el CDC, para evaluar los atributos del sistema de vigilancia. Tercero, un estudio longitudinal para identificar la incidencia de gérmenes de mayor interés en IAAS resistentes a los antimicrobianos y sus características moleculares. La recolección de datos se realizó en 2017, el análisis de laboratorio en 2018 y el análisis de resultados en 2019. La vigilancia de la RAM en el INEN es una actividad del sistema de vigilancia de las IAAS sin llegar a ser un sistema de vigilancia independiente. No se pudo identificar una política de gestión de la comunicación de los resultados de la vigilancia. Respecto a los atributos de la vigilancia, la encuesta aplicada a 26 profesionales de las áreas involucradas en el proceso de vigilancia mostró que los mejores atributos del sistema fueron la simplicidad y la flexibilidad, se encontraron en un nivel intermedio la calidad, oportunidad y la estabilidad del sistema, el atributo menos logrado fue el de aceptabilidad. Finalmente, en cuanto a la calidad de la vigilancia, el estudio longitudinal de incidencia de RAM ha proporcionado datos a partir de los cuales se pueden elaborar indicadores de mucha utilidad para la vigilancia de la RAM, como la proporción de gérmenes aislados que tiene patrones de resistencia, la incidencia acumulada (riesgo) de las infecciones causadas por los gérmenes resistentes y también identificar los genes de resistencia a través de los estudios moleculares. Concluye que la vigilancia epidemiológica de la RAM en el INEN sigue las etapas de un sistema, en el cual se requiere fortalecer la gestión de la comunicación; así mismo tiene atributos de un adecuado sistema de vigilancia de la RAM, cuya mejora está relacionada a la estabilidad y capacitación del equipo de vigilancia.

Dans le secteur biomédical et l’industrie agro-alimentaire, l’adhésion de microorganismes contaminants aux surfaces engendre de multiples impacts négatifs, à la fois en termes de santé publique, d’hygiène et de sécurité alimentaire. Dans ce contexte, l’objectif de l’étude est de mettre au point un traitement de surface de l’acier inoxydable 316L, afin de prévenir la colonisation microbienne. La modification des surfaces d’acier par traitement chimique ou physique n’a eu aucune incidence sur le détachement de Saccharomyces cerevisiae, évalué in vitro à l’aide d’une chambre à écoulement cisaillé. Les interactions entre la surface microbienne et les éléments métalliques du film passif semblent jouer un rôle prépondérant dans cette forte adhésion. Une stratégie originale, basée sur un procédé plasma couplant la polymérisation d’hexaméthyldisiloxane au bombardement d’une cible d’argent dans une décharge asymétrique radiofréquence, a ensuite été mise en œuvre et optimisée. Les surfaces d’acier ont ainsi été recouvertes de films minces (~ 175 nm) nanocomposites, constitués d’une matrice organosiliciée, présentant des propriétés anti-adhésives vis-à-vis de S. Cerevisiae, dans laquelle ont été incluses des nanoparticules d’argent, dotées d’une forte réactivité antimicrobienne. Le couplage de techniques d’analyse complémentaires, opérant à différentes échelles, a permis de corréler les caractéristiques des films nanocomposites à leur efficacité anti-adhésive et antifongique. Une inhibition totale de l’adhésion des levures a ainsi été obtenue, en augmentant le caractère polaire de la matrice, par ajout d’oxygène dans le plasma. En parallèle, un abattement de la viabilité de 1,9 log a été atteint sur les levures sessiles. La suite de l’étude a été dédiée à la compréhension des mécanismes d’action de l’argent, impliqués dans l’activité antifongique des films nanocomposites. Une inactivation de certaines protéines pariétales et intracellulaires, corrélée à des altérations de l’ultra-structure cellulaire, a ainsi été mise en évidence. La confirmation de l’activité biocide des films nanocomposites, sur deux modèles procaryotes (Staphylococcus aureus et Escherichia coli), a révélé par ailleurs la nécessité d’un contact étroit entre microorganismes et revêtement. Enfin, la stabilité des propriétés des films nanocomposites a été évaluée. Une utilisation répétée des dépôts a mis en évidence une réduction de l’activité antifongique, corrélée à une augmentation de l’efficacité anti-adhésive, liée au relargage d’argent lors de la première utilisation
In the biomedical domain and the food industry, microbial adhesion to surfaces generates multiple negative consequences, in terms of human health, hygiene and safety of processed food. In this context, our approach is based on developing a 316L stainless steel surface treatment, to prevent microbial colonization. The surface modifications, mediated by chemical or physical treatment, did not promote Saccharomyces cerevisiae detachment, evaluated in vitro using a shear stress flow chamber. The interactions between the microbial surface and metallic elements of the passive film were hypothesized to play a predominant role in this strong adhesion. An original and dual strategy, based on a plasma process associating hexamethyldisiloxane polymerization and silver target bombardment in an asymmetrical radiofrequency discharge, was carried out and optimized. Stainless steel surfaces were thus coated with nanocomposite thin films (~ 175 nm), composed of an organosilicon matrix, exhibiting anti-adhesive properties towards S. Cerevisiae, in which were embedded silver nanoparticles, displaying a high antimicrobial reactivity. A large set of complementary analytical techniques, operating at different scales, was used to correlate nanocomposite film characteristics with their anti-adhesive and antimicrobial efficiency. A total inhibition of yeast cell adhesion was achieved, by increasing the matrix polar character, through oxygen addition during the plasma process. In parallel, a 1. 9 log reduction in viable counts was achieved for sessile yeast cells. Further experiments were dedicated to the thorough understanding of cellular changes induced by silver release. A deterioration of the secondary structure of proteins (cell wall, intracellular), combined with ultra-structure alterations, was observed. In addition, the biocide activity of the nanocomposite film was confirmed against two prokaryotic models (Staphylococcus aureus and Escherichia coli). The necessity of a direct contact between microorganisms and coating was demonstrated for a maximal antimicrobial efficiency. Lastly, the durability of the coating properties was assessed through a repeated use of the nanocomposite films. A decrease in the antifungal activity, coupled to an anti-adhesive property enhancement, was noticed and explained by the silver release during the first use

Relatório de Estágio do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas apresentado à Faculdade de Farmácia
As infeções nosocomiais englobam uma série de patologias, nomeadamente a pneumonia nosocomial, pneumonia associada ao ventilador, infeções do trato urinário, septicémias e infeções do local cirúrgico. Estas são uma realidade a nível mundial contribuindo para o aumento da mortalidade, morbilidade e dos custos em saúde. As bactérias ESKAPE, acrónimo para o grupo de bactérias composto por Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa e Enterobacter spp., constituem as principais bactérias responsáveis por este tipo de infeções, sendo o maior problema as resistências desenvolvidas por estes microrganismos aos antibióticos.Para o tratamento das infeções bacterianas, o maior aliado continua a ser o antibiótico, no entanto com a massificação da sua utilização, muitas vezes inapropriada, a eficácia destes medicamentos tem vindo a diminuir ao longo dos anos. Esta realidade verifica-se uma vez que as bactérias possuem a capacidade de adquirir resistência aos antibióticos, tornando-se frequentemente em bactérias multirresistentes. Desta forma, quando se está perante uma infeção provocada por um microrganismo ESKAPE, as opções de tratamento tornam-se bastante limitadas. Consequentemente, a falta de antibióticos eficazes coloca em risco a saúde de todos. Por conseguinte, as medidas de prevenção de infeção adquirem um carácter de extrema importância, na medida em que evitam a propagação das infeções e consequentemente a utilização de antimicrobianos. Além das terapêuticas disponíveis existem ainda outras alternativas tais como a associação de antibióticos com inibidores das beta-lactamases, aminoglicosídeos sintéticos como a plazomicina ou a terapia fotodinâmica.
Nosocomial infections include some pathologies like nosocomial pneumonia, ventilator-associated pneumonia, urinary tract infections, septicemia, and surgical site infections. These are a reality all over the world contributing to increased mortality, morbidity and health costs. The ESKAPE bacteria, a group of bacteria composed by Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Enterobacter spp. are the principle bacteria responsible for this type of infection.For the treatment of bacterial infections, the greatest ally remains the antibiotic, however, with the intensification of its use, often inappropriate, the effectiveness of these drugs has been decreasing over the years. This is a reality because bacteria are able to acquire resistance to the antibiotics, and often become multiresistant. This is one of the major problems of ESKAPE microorganisms, therefore, when confronted with an infection caused by any of them, the treatment options become very limited. As a consequence, the lack of effective antibiotics put in risk the health of everyone. In this way, infection prevention measures are extremely important since they prevent the spread of infections and their severity, and as a consequence the use of antibiotics. In addition to the available therapies, there are some other alternatives, such as the combination of antibiotics with beta-lactamase inhibitors, synthetic aminoglycosides like plazomicin, or photodynamic therapy.

Dissertation submitted in partial compliance with the requirements for the Master's Degree in Technology: Homeopathy, Technikon Natal, 2001.
The purpose of this study was to test the relative effectiveness of extract, 3X and 8X homeopathic garlic (Allium sativum) dilutions on Candida albicans and nosocomial multidrug- resistant strains of Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Eschericia coli, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa in terms of bacteriostatic and bactericidal effects in order to validate the clinical use of garlic in patients infected by these organisms. The test organisms were provided by the Department of Microbiology at the University of Stellenbosch Medical School. A 1:2 aqueous extract was prepared from fresh garlic bulbs. From the extract the 3X and 8X dilutions were made in distilled water according to the method of the German Homeopathic Pharmacopoeia. In the experimental group, these three garlic preparations and standardised solutions of each of the five test organisms were serially added, in equal quantities, to nine samples of nutrient broth, incubated and optically evaluated for turbidity against McFarlane standards. Samples showing garlic activity were plated out, incubated and the Colony Forming Units (CFU's) counted. Similarly, in the control group, solutions of each of the five test organisms were added to nine samples of nutrient broth, incubated and optically evaluated for turbidity against McFarlane standards. The CFUs of the experimental and control groups were statistically compared by means of the Kruskal-Wallis test. III Those strains against which garlic exhibited a bactericidal effect (kill = >99,9%), were subjected to a timelkill experiment to determine the time required for the garlic to kill thew
M

The purpose of the study was to develop practice guidelines to promote adherence to infection control standards in a specific hospital in Manzini, Swaziland. It was a qualitative, descriptive and explanatory design which utilised an in-depth unstructured face to face interview data collection method done to nine (9) registered nurse participants. A qualitative content analysis was conducted to identify prominent themes and patterns, smaller units of data were named and coded according to the contents they represented. Four themes emerged from data analysis, they were; working environment for nurses, nurse’s descriptions of infection control standards, nurse’s challenges regarding adherence to infection control standards and nurses expressed needs. The findings revealed possible contributing factors to non-adherence to infection control standards by participants and therefore denoted to a serious need for development of general guidelines to promote adherence to infection control standards, these guidelines were presented.
Health Studies
M. A. (Health Studies)