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Dissertations / Theses on the topic 'Omique à résolution cellulaire'

Author: Grafiati
Published: 1 February 2025
Last updated: 31 July 2025

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1

Blampey, Quentin. "Deep learning and computational methods on single-cell and spatial data for precision medicine in oncology." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL116.

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Abstract:
La médecine de précision en oncologie a pour but de personnaliser les traitements en fonction des profils génétiques et moléculaires uniques des tumeurs des patients, et ce afin d'améliorer l'efficacité thérapeutique ou de minimiser les effets secondaires. À mesure que les avancées technologiques produisent des données de plus en plus précises sur le microenvironnement tumoral (TME), la complexité de ces données augmente également. Notamment, les données spatiales — un type récent et prometteur de données omiques — fournissent des informations moléculaires à la résolution de la cellule tout en
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Caillat, Ludovic. "Nano-sondes optiques à forte non-linéarite pour l'imagerie cellulaire à haute résolution." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066059.

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Abstract:
L’un des enjeux du XXI siècle concerne la compréhension de la machine cellulaire. Le principal problème à l’heure actuelle que rencontrent les biologistes est la diffraction due à la nature ondulatoire de la lumière qui limite la résolution des instruments optiques. Dans cette thèse, nous avons montré pour la première fois que l’up-conversion présent dans les nanoparticules dopées terres rares pouvaient dépasser la limite d’Abbe. Nous avons montré que la résolution latérale dans notre microscope pouvait dépasser λ/5 bien supérieure à la limite d’abbe. Ce concept permet d’atteindre des résoluti
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3

Duconseil, Pauline. "Le décryptage omique de l'hétérogénéité de l'adénocarcinome pancréatique : de la paillasse au lit du patient." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0108/document.

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Abstract:
L'hétérogénéité de l'adénocarcinome canalaire pancréatique (ADCP) est l'obstacle majeur au traitement efficace des patients. En effet, les caractéristiques cliniques et la sensibilité aux traitements sont associés à un phénotype donné et sont plutôt régis à un niveau transcriptomique. Nous avons donc analysé le transcriptome de xénogreffes provenant des patients (Patients Derived Xenografts : PDX) lors des biopsies de tumeurs ou de pièces chirurgicales. Après extraction d’ARN, nous avons trouvé une signature moléculaire capable de diviser les patients en deux groupes, en fonction de leur survi
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4

Devès, Guillaume. "Analyse chimique quantitative à haute résolution spatiale par microsonde et nanosonde nucléaires." Thesis, Bordeaux 1, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR14084/document.

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Abstract:
Etudier le rôle des éléments traces à l’échelle cellulaire requiert des outils analytiques de pointe. Nous avons développé une nouvelle méthodologie précise de la répartition des éléments chimiques cellulaires à partir d’une combinaison des méthodes d’analyse par faisceaux d’ions PIXE, RBS et STIM. Cette méthodologie s’appuie fortement sur le développement d’un logiciel (Paparamborde) pour le traitement quantitatif des expériences STIM. La validité de cette méthode ainsi que ses limites sont discutées. La méthode STIM-PIXE-RBS permet de quantifier la composition en éléments traces (µg/g) avec
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Piché, Alain. "Résolution d'une molécule d'ADN hybride virale-cellulaire dans des cellules de mammifères : rôle de la protéine virale grand T." Thèse, Université de Sherbrooke, 1987. http://hdl.handle.net/11143/11748.

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Abstract:
RmI est une molécule hybride contenant 1,03 copie du génome du virus du polyome liée à une insertion cellulaire d'ADN de souris par des répétitions virales directes de 182 pb. Dans ce travail, nous avons examiné la recombinaison intramoléculaire de RmI en utilisant différents recombinants contenant cette molécule. Après transfection dans diverses lignées cellulaires, la recombinaison a été mise en évidence par la production de plages de lyse, ou directement par la méthode de Southern. Nous avons montré que des molécules de taille génomique étaient produites à une fréquence élevée dans des cell
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Ferrieres, Xavier. "Résolution numérique d'un problème inverse en biologie cellulaire : estimation du coefficient de diffusion et de dimérisation via une équation parabolique non linéaire." Toulouse, INPT, 1987. http://www.theses.fr/1987INPT086H.

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Abstract:
L'objectif du travail présenté est la résolution d'un problème inverse d'origine biologique. Plus précisément, il s'agit de la mise en place d'un modèle mathématique et des outils informatiques de calculs correspondants. Par problème inverse, on désigne une classe de problèmes qui consistent à déterminer certains paramètres d'un modèle proposé, de façon à ce que celui-ci approche le mieux possible les résultats obtenus expérimentalement. Pour ceci, on cherche des valeurs des paramètres qui minimisent l'écart, en général en norme L2, entre les valeurs mesurées expérimentalement et celles obtenu
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Laguillaumie, Marie-Océane. "Exploration multi-omique de la maladie résiduelle minimale dans deux modèles syngéniques murins de dormance tumorale de leucémie myéloïde et de mélanome." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILS031.

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Abstract:
État de l’art : La dormance tumorale est une stratégie de résistance utilisée par les cellules cancéreuses. Elle constitue un obstacle majeur dans la thérapie du cancer, puisqu’elle mène à la maladie résiduelle minimale (MRD) et augmente le risque de rechute. Bien que cliniquement significatifs, les mécanismes derrière la dormance tumorale et la MRD ne sont pas bien compris. Nous avons utilisé deux modèles murins syngéniques de leucémie myéloïde et de mélanome élaborés par le laboratoire pour explorer les profils génétiques, épigénétiques, transcriptomiques et protéomiques liés à la dormance t
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Lévêque, Manuella. "Résolution de l'inflammation - infection dans les macrophages de patients atteints de mucoviscidose : impact de la membrane." Thesis, Rennes 1, 2016. http://www.theses.fr/2016REN1B041/document.

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Abstract:
Les macrophages sont en première ligne de la défense innée et jouent un rôle important dans l’initiation de la réponse immunitaire puisque régulant l’inflammation et permettant la clairance des pathogènes. Dans la mucoviscidose, ces phénomènes sont exacerbés et deviennent chronique sans pouvoir être résolus. Les objectifs de cette thèse ont été de déterminer des cibles potentielles responsables des altérations du macrophage dans la mucoviscidose. Dans le contexte inflammatoire, la forme soluble du CD14 (sCD14), dont la sécrétion est augmentée par les macrophages de patients atteints de la muco
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9

Sivankutty, Siddharth. "Imaging beyond the diffraction limit STED and SAF microscopy." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112108.

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Abstract:
La compréhension des processus cellulaires au niveau membranaire est un domaine d’étude important en recherche biomédicale. Contourner la limite de diffraction en microscopie de fluorescence est maintenant devenu possible en exploitant les transitions moléculaires du fluorophore. Ce travail présente le développement instrumental de deux techniques complémentaires permettant d’atteindre une résolution nanométrique, grâce à l'émission stimulée (STimulated Emission Depletion - STED) d’une part, et la microscopie de fluorescence aux angles supercritiques (Supercritical Angle Fluorescence, SAF) d’a
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Banville, Frédéric. "Nanostructuration de surface pour l'imagerie à résonance de plasmons de surface de haute résolution." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLO005/document.

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Abstract:
En recherche pharmacologique, les cellules vivantes sont largement utilisées comme milieu d’analyse pour l’étude de phénomènes biologiques, par exemple l’apoptose et la réorganisation cellulaire. Différents outils de caractérisation sont développés pour analyser et traduire l’information biologique en information quantifiable. L’imagerie à résonance de plasmons de surface (SPR) est sensible aux variations d’indice de réfraction d’un milieu à l’interface d’une couche métallique. Elle trouve beaucoup d’applications en recherche pharmacologique, car elle permet l’acquisition d’images en temps rée
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Zhang, Tao. "Imagerie multi-résolution par tomographie aux rayons X : application à la tomographie locale en science des matériaux." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00876871.

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Abstract:
L'objectif de cette thèse étudie puis d'implémenter une méthode de reconstruction sur la tomographie aux rayons X qui permette de scanner des gros échantillons avec une bonne résolution qui permettrait de scanner l'intérieur d'un cylindre(tomographie locale) et caractériser des matériaux réels. Notre méthode peut être réalisé pour améliorer la quantitative et la qualitative d'image de fantôme. Dans cette thèse, cet méthode est utilisé sue les matériaux cellulaires. Nous avons réalisé des essais in situ en tomographie aux rayons X sur le mousse ERG et les sphères creuses. Un comparaison entre l
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Kheir, Saadé. "Etude d'une thérapie cellulaire par transplantation intrapulmonaire de macrophages dans le traitement d'une infection aigue à pseudomonas aeruginosa." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. http://www.theses.fr/2019UNIP7085.

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Abstract:
Pseudomonas aeruginosa (P.a) est un bacille Gram négatif responsable d’infections chroniques associées à une mortalité élevée due à la prédilection de la bactérie à développer une résistance aux antibiotiques et l’inefficacité des thérapies actuelles. Notre groupe a montré dans un modèle d’infection aigue chez la souris, que l’élastase B (LasB), un facteur de virulence de P.a, dégrade la cytokine IL-6 et la molécule antimicrobienne Elafine et que la surexpression de ces deux médiateurs confère une protection aux souris en diminuant l’inflammation et augmentant la réparation. Les macrophages al
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Joly, Jérémy. "Dynamique de la protéine Nox2 lors de la phagocytose." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS446.

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Abstract:
Les neutrophiles sont les leucocytes les plus nombreux et les premières cellules à arriver au site de l’infection où elles internalisent les pathogènes par phagocytose. Dès le début du processus, la NADPH oxydase s’assemble au phagosome où elle permet la production de formes réactives de l’oxygène contribuant ainsi à la destruction du pathogène. La sous-unité catalytique membranaire de la NADPH oxydase, Nox2, est donc présente à la coupe phagocytaire puis au phagosome. Le dessein de cette étude était de déterminer quelles sont les sources subcellulaires de la protéine Nox2, de savoir si la pro
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Breton, Victor. "Elucider le rôle de VAMP7 dans les remodelages membranaires au cours des phénomènes d'apprentissages et de la mémoire." Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2023. http://www.theses.fr/2023UNIP7048.

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Abstract:
Pour transmettre une information d'un neurone à un autre, les neurones utilisent des jonctions communicantes spécialisées : les synapses. Dans l'hippocampe, une bonne proportion des synapses excitatrices se situent dans de petites protrusions membranaires : les épines dendritiques. La dynamique et la morphologie des épines évoluent au cours du temps de façon dépendante de l'activité synaptique. Les zones synaptiques, pré et post, sont sujettes à un trafic intracellulaire dense et actif. Parmi les protéines qui régulent ce trafic, on trouve les protéines SNAREs (Soluble N-ethylmaleimide-sensiti
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Dupuis, Louise. "Causal network analysis of single cell multi-omics data applied to a cellular therapy against multiple sclerosis." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2024. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2024SORUS628.pdf.

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Abstract:
Les travaux de cette thèse se situent à l'intersection de la découverte causale, de l'analyse de données single-cell multi-omiques et de l'immunologie, en particulier de la sclérose en plaques. Son objectif principal est d'adapter et d'étendre les algorithmes de découverte causale tels que MIIC (Multivariate Information-base Inductive Causation) qui reconstruisent les réseaux causaux à partir de données d'observation pour les adapter aux données single-cell multi-omiques, et de les appliquer à l'étude des mécanismes sous-jacents à une thérapie potentielle contre la sclérose en plaques. Cette r
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Orré, Thomas. "Mécanismes moléculaires d’activation des intégrines par la kindline-2 lors de l’adhésion cellulaire." Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0824/document.

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Abstract:
Les adhérences focales (AF), structures adhésives reliant la cellule à la matrice extra-cellulaire (MEC), constituent de véritables plateformes de signalisation biochimique et mécanique qui contrôlent l'adhérence, la migration, la différenciation et la survie cellulaire. Les récepteurs transmembranaires intégrines sont au coeur des AF, où elles connectent la MEC au cytosquelette d'actine. Au début des années 2000, la protéine intracellulaire taline, qui se lie aux parties cytoplasmiques bêta des intégrines, était considérée comme le principal activateur des intégrines. Néanmoins, il a depuis é
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Adam, Marie-Pierre. "Développements de microscopies optiques pour l’imagerie super-résolue de nanocristaux de diamant fluorescents comme rapporteurs d’anomalies fonctionnelles du neurone." Thesis, Cachan, Ecole normale supérieure, 2013. http://www.theses.fr/2013DENS0040/document.

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Abstract:
Les microscopies optiques super-résolues aident à mieux comprendre certains mécanismes biomoléculaires, notamment au sein des neurones. Nous avons construit un tel microscope de type STED (STimulated Emission Depletion) pour observer des défauts azote-lacune (NV) fluorescents dans le diamant, et avons atteint une résolution de 50 nm. À plus long terme, cet instrument permettra d’étudier l’organisation macromoléculaire de protéines impliquées dans la plasticité synaptique, et marquées avec des nanodiamants (ND) fluorescents. Dans cette perspective, nous avons étudié la limite de résolution du S
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Adam, Marie-Pierre. "Développements de microscopies optiques pour l'imagerie super-résolue de nanocristaux de diamant fluorescents comme rapporteurs d'anomalies fonctionnelles du neurone." Phd thesis, École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00975895.

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Abstract:
Les microscopies optiques super-résolues aident à mieux comprendre certains mécanismes biomoléculaires, notamment au sein des neurones. Nous avons construit un tel microscope de type STED (STimulated Emission Depletion) pour observer des défauts azote-lacune (NV) fluorescents dans le diamant, et avons atteint une résolution de 50 nm. À plus long terme, cet instrument permettra d'étudier l'organisation macromoléculaire de protéines impliquées dans la plasticité synaptique, et marquées avec des nanodiamants (ND) fluorescents. Dans cette perspective, nous avons étudié la limite de résolution du S
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Juillot, Dimitri. "Etude du mécanisme de l'arrêt de division pendant la transformation génétique naturelle chez streptococcus pneumoniae." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASL153.

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Abstract:
Streptococcus pneumoniae (le pneumocoque) est une bactérie commensale de l'homme pouvant provoquer dans certaines conditions des pneumonies, des méningites ou des septicémies. Les stratégies de lutte utilisées contre le pneumocoque reposent sur l'emploi d'antibiotiques ou de vaccins. Ces deux approches se heurtent cependant à son remarquable potentiel de plasticité génétique qui dépend de sa capacité à transformer. La transformation est un mécanisme d'échange d'ADN très conservé chez les bactéries, qui contribue à leur diversification, leur évolution et leur adaptation. La capacité des bactéri
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Danylchuk, Dmytro. "Environment-sensitive targeted fluorescent probes for live-cell imaging." Thesis, Strasbourg, 2021. http://www.theses.fr/2021STRAF012.

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Abstract:
Le ciblage, l'imagerie et le sondage spécifiques des membranes plasmiques et des organites intracellulaires peuvent être faits par des sondes fluorescentes à façon sensibles à la polarité. Ici, un nouveau fragment ciblant la membrane plasmique à été développé et testé dans cinq colorants cyanines, montrant d'excellentes performances en microscopie cellulaire et in vivo. Le fragment à été greffé à un fluorophore solvatochrome Prodan, donnant une sonde de membrane plasmique avec une sensibilité élevée à l'ordre lipidique. Le rouge de Nil, greffé aux fragments avec les chaînes alkyles C12 et C4,
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Danné, Noémie. "Etude de la structure nanométrique et de la viscosité locale de l’espace extracellulaire du cerveau par microscopie de fluorescence de nanotubes de carbone uniques." Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0199/document.

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Abstract:
Le cerveau est composé de neurones et de cellules gliales qui jouent un rôle de soutien et de protection du réseau cellulaire. L’espace extra-cellulaire (ECS) correspond à l’espace qui existe entre ces cellules. Les modifications de sa structure peuvent dépendre de plusieurs paramètres comme l’âge, l’apprentissage ou les maladies neuro-dégénératives. Le volume de l’ECS correspond à environ 20$%$ du volume total du cerveau et les neurotransmetteurs et autres molécules circulent dans cet espace pour assurer une communication neuronale optimale. Cependant, les dimensions et la viscosité locale de
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Ahmed, Haitham Ahmed Shaban. "Quantitative molecular orientation imaging of biological structures by polarized super-resolution fluorescence microscopy." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4323.

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Abstract:
Dans cette thèse, nous avons construit et optimisé des méthodes de microscopie de fluorescence super-résolue stochastique, polarisée et quantitative qui nous permettent d'imager l'orientation moléculaire dans des environnements dynamiques et statiques a l’échelle de la molécule unique et avec une résolution nanoscopique. En utilisant un montage de microscopie super-résolue à lecture stochastique en combinaison avec une détection polarisée, nous avons pu reconstruire des images d'anisotropie de fluorescence avec une résolution spatiale de 40 nm. En particulier, nous avons pu imager l'ordre orie
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Tardivel-Safi, Meryem. "Les nanotubes comme nouvelle voie de transfert et de propagation de la protéine Tau pathologique." Thesis, Lille 2, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL2S045/document.

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Abstract:
Récemment, le concept monofonctionnel de la protéine Tau en tant que protéine stabilisatrice des microtubules a été remis en cause. Ces nouvelles fonctions sont liées à de nouvelles localisations comme le noyau, la membrane, la synapse ou encore les vésicules. La localisation extracellulaire est particulièrement intéressante car elle pourrait intervenir dans la sécrétion de Tau et expliquer l’évolution hiérarchisée de certaines tauopathies sporadiques dont fait partie la maladie d’Alzheimer. La pathologie Tau peut être induite chez l’animal par injection intracrânienne d’espèces pathologiques
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Blankenburg, Christoph. "Estimation of Curvature and Torsion of Discrete Mammalian Cell Paths through Porous Media." Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0026/document.

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Abstract:
L’extraction des cellules cancéreuses d’un fluide corporel est une procédure importante lors d’un diagnostic clinique et d’une thérapie. En particulier, lorsque la technique de séparation est basée sur la chromatographie cellulaire, il est important de disposer de connaissances précises sur les capacités de liaison des cellules cibles avec le milieu poreux. Pour cette raison, des expériences utilisant la tomodensitométrie à résolution temporelle ont été́ conçues et réalisées à l’Installation Européenne de Rayonnement Synchrotron. Les distributions des courbures et des torsions des trajectoir
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Blankenburg, Christoph. "Estimation of Curvature and Torsion of Discrete Mammalian Cell Paths through Porous Media." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0026.

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Abstract:
L’extraction des cellules cancéreuses d’un fluide corporel est une procédure importante lors d’un diagnostic clinique et d’une thérapie. En particulier, lorsque la technique de séparation est basée sur la chromatographie cellulaire, il est important de disposer de connaissances précises sur les capacités de liaison des cellules cibles avec le milieu poreux. Pour cette raison, des expériences utilisant la tomodensitométrie à résolution temporelle ont été́ conçues et réalisées à l’Installation Européenne de Rayonnement Synchrotron. Les distributions des courbures et des torsions des trajectoir
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Jabaudon, Gandet Matthieu. "Approche translationnelle de la voie RAGE au cours du syndrôme de détresse respiratoire aiguë : implications diagnostiques, physiopathologiques et thérapeutiques." Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2016. http://www.theses.fr/2016CLF1MM09.

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Abstract:
Le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) est caractérisé par des lésions alvéolaires diffuses menant à un œdème alvéolaire lésionnel et une insuffisance respiratoire aiguë hypoxémique. Malgré les progrès récents dans la prise en charge des patients de réanimation, le SDRA reste un syndrome fréquent et associé à une morbimortalité importante. Deux mécanismes principaux du SDRA semblent associés à une mortalité plus élevée et à des réponses thérapeutiques différentes : la déficience de la clairance liquidienne alvéolaire (AFC, pour alveolar fluid clearance), l’incapacité pour l’épithéli
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Fradj, Narimane. "Analyse transcriptomique de deux souches fongiques québécoises Inonotus obliquus et Armillaria sinapina." Thèse, 2019. http://depot-e.uqtr.ca/id/eprint/9414/1/eprint9414.pdf.

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