Academic literature on the topic 'Oncogénétique'

Au cours de ces dernières décennies, des progrès considérables ont été réalisés dans le domaine de l'oncogénétique, activité médicale basée sur les avancées scientifiques de la biologie moléculaire permettant de prédire le risque de survenue d'un cancer. Néanmoins, dans 80% des cas, les analyses génétiques initiales, réalisées auprès de patientes atteintes d'un cancer du sein et/ou de l'ovaire, ne permettent pas d'identifier une mutation délétère sur l'un des deux gènes BRCA. Dans ce cas, le résultat est dit « négatif », alors qu'il existe toujours un facteur génétique résiduel et le risque de développer un autre cancer justifiant la poursuite de la surveillance personnelle et familiale. En collaboration avec des médecins oncogénéticiens de la région Rhône-Alpes, nous avons interrogé les modalités de transmission de l'information dans ce contexte, en évaluant d'une part l'apport d'un document écrit remis aux patientes à l'issue de la consultation et d'autre part la nécessité du cadre de la consultation. Nous avons également tenté de mieux discerner la manière dont les informations orales sont perçues par les patientes. Pour ce faire, nous avons interviewé 88 patientes au cours d'un entretien clinique de recherche et 172 patientes ont répondu à un questionnaire. Les résultats obtenus ont montré : - l'utilité de délivrer un document écrit résumant les informations orales transmises par le médecin ; - le cadre indispensable de la consultation pour délivrer le résultat négatif ; - l'existence d'un message paradoxal, dans la mesure où le résultat « non concluant » est annoncé comme négatif, rendant la compréhension de l'information plus difficile<br>Over the last decades, major progresses have been realized in oncogenetics. This medical activity based on scientific advances in molecular genetics predicts cancer risk. However, no deleterious mutation is detected by BRCA1/2 genetic testing for the majority (80 %) of women who suffer from either breast or ovarian cancer. Under this condition, the result is considered as “inconclusive” although there remains an increased risk for developing breast and/or ovarian cancer. The failure to identify a mutation in a diagnostic test does not rule out the existence of a predisposing factor. Surveillance should be pursued for both the patients and their families. In association with genetic counselors of the region Rhône-Alpes, we considered useful to address the question of information delivery in the context of an inconclusive result. We investigated on one hand the benefit from a written document delivered to patients upon the appointment, and on the other hand the usefulness of a disclosure session. We also investigated how patients experienced the oral information given during the counsel session. Therefore, we conducted semi-structured interviews with 88 women while 172 women answered a questionnaire. The observations demonstrate : - a written document, summarizing the oral information delivered by the oncologist, is useful for patients with an inconclusive result; - a disclosure session is absolutely necessary to announce the inconclusive result; - the presence of a “paradox” when the inconclusive result is delivered as a negative one, increasing the degree of comprehension of information more difficult

L'oncogénétique, l'étude des prédispositions héréditaires au cancer, constitue une discipline médicale dynamique, faisant l'objet de nombreuses innovations, tant technologiques que thérapeutiques. Les progrès scientifiques en oncogénétique rendent le recours aux tests génétiques à la fois moins coûteux, plus rapide et plus efficace, ce qui soulève ou réactualise paradoxalement de nombreux enjeux éthiques et psychosociaux tels que la capacité des patients à formuler un consentement éclairé ou le risque de dérives liées à des mésusages des tests génétiques. Face à ces changements, nous avons choisi d’explorer la façon dont est mobilisée l'expérience vécue ou projetée dans la mise en sens des enjeux éthiques et psychosociaux liés aux innovations technologiques et thérapeutiques en oncogénétique. Ce travail de recherche, résolument ancré en psychologie sociale, s'inscrit dans une approche critique des questions de santé où sont interrogés à la fois les besoins, attentes et contraintes des professionnels et usagers du système de soins, et les relations de pouvoir qui s'exercent tant au niveau interindividuel qu'au niveau plus large des politiques de santé. C'est grâce à la notion d'expérience vécue ou projetée que nous avons cherché à comprendre la façon dont les individus font sens de leur monde, et plus particulièrement des évolutions qui touchent l'oncogénétique. L'expérience, nécessairement sociale et socialement construite, est multidimensionnelle, nous proposons d'investiguer plus particulièrement trois de ces dimensions : - une dimension pratique centrée sur l’étude des relations soignants-patients, - une dimension de connaissances étudiée au travers de la négociation des connaissancesexpertes et du savoir de sens commun grâce à la théorie des représentations sociales, - et enfin une dimension émotionnelle envisagée sous l'angle des phénomènes de partage social des émotions et de régulation émotionnelle.Afin de répondre à ces objectifs, deux études complémentaires reposant sur des méthodologies qualitatives ont été mises en place dans une perspective de triangulation des données. La première étude a visé à investiguer la mise en sens des pratiques professionnelles ainsi que la façon dont les soignants se projettent dans un champ disciplinaire en pleine transition et dans leurs pratiques futures. Nous avons mené des entretiens semi-directifs auprès de 27 professionnels en oncogénétique (oncogénéticiens et conseillers en génétique). Les données recueillies ont fait l'objet d'une analyse interprétative phénoménologique (IPA) adaptée à un large échantillon sur les données recueillies, en nous appuyant sur le logiciel d'aide à l'analyse N-Vivo. La seconde étude avait pour objectif d'explorer la co-construction des représentations liées aux nouveaux usages de l'oncogénétique, ainsi que d'étudier l'impact de la l'expérience vécue sur la compréhension des enjeux éthiques liés àl'oncogénétique. Dix focus groups, reposant principalement sur la résolution de dilemmes éthiques, ont été réalisés auprès de 18 femmes ayant l'expérience d'au moins une consultation en oncogénétique et 21 femmes n'ayant pas d'expérience similaire, toutes recrutées par le biais de la plateforme Les Seintinelles, qui constitue une communauté d'intérêt autour du cancer. Une analyse inspirée de l'IPA a été réalisée sur les données ainsi recueillies avec appui sur le logiciel N-Vivo.Notre recherche a permis de souligner le caractère résolument social de la recherche de prédispositions génétiques en oncologie. L’oncogénétique est définie socialement autour de deux de ces objectifs : permettre de mettre en place des mesures de prévention destinées aux individus porteurs d’une mutation génétique, et donner une explication à une histoire familiale de cancer<br>Genetic testing for cancer, which aims to identify hereditary predispositions to cancer, is a dynamic medical field, where many technological and therapeutic innovations emerge. Scientific progress allows genetic testing to be both less expensive, faster and more efficient, which paradoxically raises new ethical and psychosocial issues, such as the patient’s ability to give informedconsent, or the risk of misuses of genetic testing. These changes led us to explore how lived experience is mobilized in the process of making sense of the ethical and psychosocial issues related to innovations in the field of genetic testing of cancer. This research, anchored in social psychology, is based on a critical approach of health issues, which questions the needs, expectations and constraints of health professionals and patients, and the power relationships that take place both at the interindividual level and, on a larger scale, within health policies. Based on the theoretical notion of lived experience, we aimed to understand how individuals make sense of their world, and more particularly of innovations in the field of genetic testing. Lived experience, necessarily social and socially constructed, has many dimensions, among which we chose to investigate the following three: - A practical dimension, based on the study of doctor patient-relationship, - A knowledge dimension, investigated through the negotiation of expert knowledge and common sense thanks to the social representations theory, - And an emotional dimension, based on the study of the phenomena of emotion regulation and social sharing of emotions.Based on the principles of methodological and data triangulation, our exploration was based on two complementary qualitative studies. The first study aimed to investigate sense making processes related to professional activities and how health professionals working in genetic testing for cancer imagine their future and the future of genetic testing. We led 27 semi-structured interviews with genetic counsellors and clinical geneticists. An Interpretative Phenomenological Analysis (IPA) was performed analyze the data gathered, with the assistance of N-Vivo software. The second study aimed to explore the co-construction of representations related to new uses to genetic testing of cancer, and to investigate the impact of lived experience on the understanding of ethical issues related to genetic testing. We led ten focus groups, based mostly on the resolution of ethical dilemmas, with 18 women who attended at least one genetic counselling consultation, and 21 women who did not have a similar experience. All women were recruited thanks to the online collaborative research platform “Les Seintinelles”, which constitutes a cancer related community of interest.This research allowed us to highlight the social nature of genetic testing of cancer. This medical field is defined by two main goals: allowing carriers of genetic predisposition to undergo preventive measures, and making sense of a family history of cancer. Genetic counselling professionals report a high level of personal involvement in their work and emotion regulation strategies acquired on purpose and based on a strict division between their personal and professional life. The acknowledgement oftheir professional skills and the perceived quality of their relationships with their patients contribute highly to the work-related satisfaction of genetic testing professionals. The doctor-patient relationship is structured by an ideal of non-directivity, which can be questioned by the need to accompany and protect the patients, who are considered as vulnerable. Because of the risks of misuses of genetic testing, the strict legislation related to these practices in France is most often considered as valuable.Clinical geneticists and genetic counsellors are considered the most likely to provide genetic testing within an ethical framework

Environ 5 à 10 % des cancers du sein et de l’ovaire sont liés à des prédispositions génétiques héréditaires. Les principaux gènes responsables de telles prédispositions sont BRCA1 et BRCA2. Depuis plusieurs années, l’analyse de ces gènes est proposée dans un cadre clinique. Aux Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG) en Suisse, une consultation d’oncogénétique a été mise sur pied dès 1994 pour les personnes concernées par leurs antécédents personnels et familiaux de cancer. Jusqu’en 2009, le seul laboratoire suisse assurant l’analyse des gènes BRCA1/BRCA2 était établi aux HUG. Ce travail de thèse intègre, d’une part, des études en lien avec la démarche clinique de conseil génétique pour les formes familiales et héréditaires de cancer du sein et de l’ovaire et, d’autre part, une évaluation détaillée des données moléculaires résultant des analyses (n= 1'163) des gènes BRCA1/BRCA2 réalisées aux HUG entre 1996 et 2009. Des perspectives quant au développement de l’oncologie prédictive aux HUG et en Suisse, et à l’activité de conseillère en génétique particulièrement dans ce domaine, sont finalement présentées<br>Genetic predispositions are responsible for 5 to 10 % of all breast and ovarian cancers. The main breast/ovarian cancer predisposing genes are BRCA1 and BRCA2. For some years, the screening of pathogenic mutations in BRCA1/BRCA2 genes is provided in a clinical setting. At the Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG, Geneva, Switzerland), a consultation in predictive oncology has been set up since 1994 for individuals concerned by the evaluation of their familial cancer risk and the probability to carry a genetic predisposition to cancer. Until 2009, the single national laboratory for BRCA1/BRCA2 testing was established in the HUG. The objectives of this work were to evaluate different aspects of the consultation process for breast/ovarian cancer predisposition syndromes provided in our Unit and to review all BRCA1/BRCA2 complete screenings (n=1’163) performed between 1996 and 2009. Results of the present study will certainly influence future activity in predictive oncology, particularly regarding the role of the genetic counselor

Afin de mieux comprendre les bases physiopathologiques des tumeurs osseuses des mâchoires, nous avons étudié deux modèles de tumeurs associées à des mutations génétiques connues : la tumeur kératokystique odontogène (TKO), liée à la mutation de PTCH1, et le chérubinisme, lié à la mutation de SH3BP2. Au regard des travaux d’oncogénétique, nous formulons l’hypothèse que le développement des tumeurs ostéolytiques bénignes des mâchoires de l’enfant et leur agressivité repose sur un mécanisme génétique. Nous avons montré que la présence d’une mutation de PTCH1 (germinale avec syndrome de Gorlin) dans les TKO était un facteur de mauvais pronostic, stimulant un centre tumoral secondaire, responsable de lésions à distance, mais que cette agressivité pouvait aussi être liée à des mécanismes inflammatoires. Dans le chérubinisme, nous avons montré que la mutation était responsable du phénotype, mais que le type de mutation n’influençait pas le pronostic ni l’agressivité. L’agressivité tumorale est liée au phénotype des cellules géantes multinucléées (cellules myéloïdes à différenciation macrophagique ou ostéoclastique). Nous avons montré, que le modèle murin ne pouvait pas s’appliquer à la pathologie humaine, avec notamment un rôle très secondaire du TNF-α. Enfin nous avons démontré le rôle important de NFATc1 dans la physiopathologie du chérubinisme qui nous a permis de proposer, le tacrolimus, comme le premier agent thérapeutique efficace. Nos résultats suggèrent que les mutations induisent la pathologie et que les changements du microenvironnement (liés à la flore buccale ou à l’éruption dentaire) entretiennent la pathologie<br>To determine pathophysiological bases of jawbone tumors, we studied two genetic models of jawbone tumors: keratocystic odontogenic tumors (KOT) associated to PTCH1 mutation and cherubism associated to SH3BP2 mutation. From oncogenetic theory, we postulate that genetic background controls the development of benign children jawbone tumors. From our work, we demonstrated that PTCH1 mutation (germline mutation in Gorlin syndrome) was an unfavorable prognosis factor for KOT, leading to distant and independent daughter tumors. Moreover, we showed, that chorionic inflammation was associated with a high recurrence rate. In cherubism, SH3BP2 mutation produced cherubism phenotype, but the type of mutation did not affect the aggressiveness of the disease. Cherubism aggressiveness was determined by the phenotype of giant multinucleated cells (whether osteoclasts or macrophages). Furthermore, we showed that murine model could not be transposed to human pathology; indeed it appeared that TNF- α did not play a critical role in human cherubism. On the other side, we showed that NFATc1 played a crucial role in cherubism pathophysiology; this observation allowed us to propose, the tacrolimus, as an effective treatment for this disease. Our results suggest that genetic background induced tumor development, and that microenvironment changes (due to flora of the oral cavity and to teeth eruptions) are responsible to the maintenance and the progression of the disease

Les cancers colorectaux (CCR) se développent en face d'un système immunitaire important associé à la muqueuse intestinale. Les avancées récentes en immunologie tumorale ont mis en évidence le rôle de la réponse immunitaire dans le développement, l'évolution et le pronostic des cancers. Le système immunitaire est capable de modifier activement les cellules précancéreuses à fur et à mesure qu'elles apparaissent dans les tissus. La qualité de la réponse immunitaire contre la tumeur est un facteur pronostique important chez les patients atteints de CCR. Différents types de mutations génétiques impliqués dans le CCR ont étés décrites. Certaines sont associées à un meilleur pronostic (instabilité des microsatellites, MSI) et d'autres à un mauvais pronostic (BRAF). Ces résultats s'expliquent par la capacité de la tumeur à modeler la réponse immunitaire anti tumorale. D'autres biomarqueurs prédictifs ont été décrits tels les mutations des gènes KRAS, NRAS, PIK3CA et TP53 mais leur rôle pronostique reste incertain. Dans ce travail, nous avons étudié de façon comparative les lymphocytes T infiltrant la tumeur (TIL), la muqueuse non tumorale et les lymphocytes T du sang périphérique. Nous avons observé que les TIL ont un phénotype activé, avec engagement de la voie NKG2D dans des LT CD8. Nous montrons l'expansion d'une sous population de LT CD4 exprimant NKG2D qui présentent des fonctions cytotoxiques parmi les TIL et dans la muqueuse non tumorale. Enfin, nous montrons que les caractéristiques ontogénétiques des CCR influencent la réponse immunitaire à l'intérieur de la tumeur car les populations de TIL différent selon le statut MSI et de la présence d'une mutation KRAS ou NRAS<br>Colorectal cancers (CRC) develop in the face of an important immune system associated with the intestinal mucosal tissue. Recent advances in tumor immunology have highlighted the role of the immune response in the development, evolution and outcome of cancers. The immune system is thought to actively edit out pre-cancerous tells in tissues as they appear. The quality of the immune response against the tumor has emerged as an important prognostic factor in patients with CRC. Several studies have highlighted the different type of mutations and developmental processes involved in CRC. Some of these mutations are associated with better prognosis (microsatellite instability, MSI) and other with poor outcome (BRAF mutations). Some studies suggest that part of these differential outcomes is driven by the capacity of the tumor to induce a strong immune response. Several other predictive biomarkers have been described including mutations of the KRAS, NRAS, PIK3CA and TP53 genes but their prognostic role remains uncertain. In this study T tells infiltrating the tumor were compared to tells populating the unaffected neighboring mucosal tissue and tells from the peripheral blood. We observed that T tells from the tumor harbor an activated phenotype, with engagement of the NKG2D pathway in CD8 T tells. We show that mucosal and tumor-infiltrating T tells are enriched in NKG2D CD4 T tells, which exhibit cytotoxic functions. Finally, the oncogenic status of the cancer appears to influence the immune response within the tumor as T tell populations differ in MSI compared to MSS tumors and KRAS/NRAS mutated tumors compared to their wild type counterparts

Parmi les cancers du sein, 5 à 10% serait associé à une prédisposition génétique familiale. La prise en charge des patients prédisposés nécessite une bonne définition des risques de cancer. L’identification de l’altération moléculaire causale dans chacune de ces familles est donc un enjeu essentiel dans la prise en charge médicale. Deux gènes, BRCA1 et BRCA2, sont associés à une prédisposition majeure au cancer du sein et de l’ovaire depuis le milieu des années 1990, expliquant environ 15% des formes héréditaires. L’analyse moléculaire de ces deux gènes est désormais réalisée en routine pour la recherche de variations nucléotidiques et plus récemment de remaniements géniques ce qui a permis d’améliorer le taux de détection de mutations délétères. Cependant, pour près de 85% des familles avec une agrégation familiale ou un âge anormalement jeune de cancer du sein, aucune mutation délétère n’a pu être mise en évidence. Dans ce contexte, mon travail de thèse a eu pour objectif de tester plusieurs hypothèses permettant d’expliquer les risques de cancer du sein observés chez des familles montrant l’absence de mutation des gènes BRCA1 et BRCA2. Nous avons ainsi recherché des mécanismes d’altération rarement explorés pour les gènes BRCA1 et BRCA2, et enfin analysé d’autres gènes candidats dont le gène CDH1 et huit autres gènes impliqués dans la réparation de l’ADN. Nous avons pu mieux caractériser des remaniements sur les gènes BRCA1 et BRCA2. Enfin, nous avons pu évaluer l’impact de variants de signification inconnue et des réarrangements détectés par l’étude de leurs transcrits. Dans un premier temps, nous avons mis en place et validé de nouvelles approches techniques de détection et de caractérisation : la CGH-array dédiée, la qPCR-HRM et le peignage moléculaire. Ces techniques ont ensuite été utilisées pour étudier les remaniements géniques et leur fréquence pour onze gènes candidats à la prédisposition au cancer du sein à partir de 472 familles négatives aux mutations délétères BRCA1 et BRCA2. Parmi ces 11 gènes, nous pouvons conclure que les remaniements géniques détectés concernent principalement les gènes BRCA1 et BRCA2, et à un moindre degré le gène CHEK2. En appliquant ces techniques, nous avons pu décrire de nouveaux événements, deux larges délétions et une duplication intronique, pour les gènes CDH1 et BARD1, ouvrant de nouvelles perspectives sur l’étude des transcrits alternatifs. Nous avons en particulier pu décrire la grande diversité des réarrangements délétères en 5’ du gène BRCA1. L’enjeu est ensuite l’interprétation de ces événements. Notre étude des transcrits a permis de décrire un variant exonique d’épissage entraînant une délétion de l’exon 23 au niveau du transcrit BRCA1. Nous avons aussi validé la pathogénicité d’un réarrangement en phase de l’exon 3 de BRCA2 par une étude quantitative du transcrit et une évaluation de la coségrégation. Au final, moins de 1% de nouveaux remaniements ont été mis en évidence. Ce travail est riche d’enseignement pour les nouvelles investigations à mettre en place pour les familles prédisposées. En dehors de la technique d’identification, il est nécessaire de développer des stratégies de validation basées principalement sur la quantification des effets de ces altérations au niveau de l’ARN et des protéines. Cependant, il manque encore de nombreux chaînons pour expliquer l’héritabilité des cancers du sein. Les études sur les nouveaux gènes candidats et l’avènement des techniques de séquençage pangénome à haut débit, devraient permettre d’avoir une meilleure vision des phénomènes pathobiologiques liés à la prédisposition au cancer du sein<br>Five to 10% of breast cancers are linked to a genetic predisposition. The management of patients at risk requires a good definition in the risk of cancer. The identification of causal molecular alterations in each of these families is a key issue in medical care. Two genes, BRCA1 and BRCA2, are related with the greatest susceptibility to breast cancer and ovarian cancer since the mid-1990s, accounting for about 15% of hereditary forms. Molecular analysis of these two genes is now routinely performed for the detection of nucleotide variations and more recently large rearrangements which have improved the detection rate of deleterious mutations. However, for more than 85% of families, no mutation explains familial aggregation or unusual young age of breast cancer onset. In this context, my thesis aimed at testing several hypotheses to explain the risks of breast cancer observed in families without any identified mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes. We investigated some mechanisms of genic rearrangements rarely explored for BRCA1 and BRCA2 genes, and finally investigated other candidate genes, especially CDH1 gene and eight other genes involved in double-strand DNA repair. We have better characterized some rearrangements in the BRCA1 and BRCA2 genes. Finally, we applied RNA quantitative approaches to better assess the impact from variants of unknown significance and detected rearrangements. Initially, we developed and validated new technical approaches for detection and characterization such as dedicated CGH-array, qPCR-HRM and molecular combing. Rare large germline rearrangements and their frequency in eleven candidate genes for susceptibility to breast cancer were studied among 472 families negative by routine testing for BRCA1 and BRCA2 genes. Of these 11 genes, we conclude that genic rearrangements are found then mainly in the BRCA1 and BRCA2 genes, and to a lesser extent in the CHEK2 gene. We were able to describe two large intronic deletions and one duplication for the CDH1 and BARD1 genes, opening new perspectives on the regulation of their alternative transcript. In particular, we described the wide diversity of new rearrangements involving the 5' region of the BRCA1 gene. Then, it is necessary to validate and interpret those new events. Our transcript analysis described a new exonic variant causing the splice deletion of exon 23 in BRCA1 gene. We have developed tools to validate an in-frame large rearrangement of BRCA2 exon 3 with some transcript quantitative approaches and disease cosegregation.Finally, less than 1% of new rearrangements have been identified. This work is instructive for further investigations to establish molecular etiology in those families with breast cancer predisposition. Not only by applying new technologies, it is necessary to develop other strategies based primarily on quantifying effects of these alterations on transcription and traduction. However, it still lacks many links to explain the heritability of breast cancer. The combination of new candidate genes studies and the advent of high-throughput sequencing are expected to give a better vision of pathobiological phenomena related to the breast cancer predisposition