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Dissertations / Theses on the topic 'Ontologie génique'

Author: Grafiati
Published: 15 June 2024
Last updated: 31 July 2025

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Bedhiafi, Walid. "Sciences de l'information pour l'étude des systèmes biologiques (exemple du vieillissement du système immunitaire)." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2017. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2017PA066139.pdf.

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Abstract:
Le laboratoire i3 et le laboratoire LGIPH, utilisent des approches à haut débit pour l’étude du système immunitaire et ces disfonctionnements. Des limites ont été observées quant à l’utilisation des approches classiques pour l’annotation des signatures d’expression des gènes. L’objectif principal a été de développer une approche d’annotation pour répondre à ce besoin. L’approche que nous avons développée est une approche basée sur la contextualisation des gènes et de leurs produits puis sur la modélisation des voies biologiques pour la production de bases de connaissances pour l’étude de l’exp
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Bedhiafi, Walid. "Sciences de l'information pour l'étude des systèmes biologiques (exemple du vieillissement du système immunitaire)." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066139/document.

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Abstract:
Le laboratoire i3 et le laboratoire LGIPH, utilisent des approches à haut débit pour l’étude du système immunitaire et ces disfonctionnements. Des limites ont été observées quant à l’utilisation des approches classiques pour l’annotation des signatures d’expression des gènes. L’objectif principal a été de développer une approche d’annotation pour répondre à ce besoin. L’approche que nous avons développée est une approche basée sur la contextualisation des gènes et de leurs produits puis sur la modélisation des voies biologiques pour la production de bases de connaissances pour l’étude de l’exp
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Garcia, del Rio Diego Fernando. "Studying protein complexes for assessing the function of ghost proteins (Ghost in the Cell)." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2023/2023ULILS115.pdf.

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Abstract:
Le cancer de l'ovaire (OvCa) est le cancer le plus mortel parmi les cancers féminins. Il est souvent diagnostiqué tardivement ou mal diagnostiqué, ce qui le rend difficile à traiter. Les options de traitement incluent la chirurgie ou la chimiothérapie, toutefois la résistance à la chimiothérapie est un problème majeur. Il est donc urgent de trouver de nouvelles cibles et de développer de nouvelles stratégies pour surmonter cette résistance.Dans ce contexte le protéome fantôme est une source potentiellement riche de biomarqueurs. Le protéome fantôme, ou protéome alternatif, est composé de proté
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Lalloz, Jean-Pierre. "Genie et verite. Ontologie de la verite et metaphysique des createurs." Lille 3, 1991. http://www.theses.fr/1991LIL30004.

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Abstract:
Toute pratique et toute theorie suppose une conception implicite de la verite, qu'il faut interroger non pas simplement sur son existence a cause du caractere juridique de sa notion, mais sur l'invention de son essence, et la legitimite de cette invention. Ce qui definit le genie. La question de la verite se confond donc avec celle de la genialite non pas comme realite positive, psychologique ou existentielle, mais comme necessite juridique. Apres une introduction qui pose la necessite pour la philosophie d'inventer la definition de la verite dont elle sera l'explicitation et par consequent d'
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Benabderrahmane, Sidahmed. "Prise en compte des connaissances du domaine dans l'analyse transcriptomique : Similarité sémantique, classification fonctionnelle et profils flous : application au cancer colorectal." Phd thesis, Université Henri Poincaré - Nancy I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00653169.

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Abstract:
L'analyse bioinformatique des données de transcriptomique a pour but d'identifier les gènes qui présentent des variations d'expression entre différentes situations, par exemple entre des échantillons de tissu sain et de tissu malade et de caractériser ces gènes à partir de leurs annotations fonctionnelles. Dans ce travail de thèse, je propose quatre contributions pour la prise en compte des connaissances du domaine dans ces méthodes. Tout d'abord je définis une nouvelle mesure de similarité sémantique et fonctionnelle (IntelliGO) entre les gènes, qui exploite au mieux les annotations fonctionn
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Laadhar, Amir. "Local matching learning of large scale biomedical ontologies." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30126.

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Abstract:
Les larges ontologies biomédicales décrivent généralement le même domaine d'intérêt, mais en utilisant des modèles de modélisation et des vocabulaires différents. Aligner ces ontologies qui sont complexes et hétérogènes est une tâche fastidieuse. Les systèmes de matching doivent fournir des résultats de haute qualité en tenant compte de la grande taille de ces ressources. Les systèmes de matching d'ontologies doivent résoudre deux problèmes: (i) intégrer la grande taille d'ontologies, (ii) automatiser le processus d'alignement. Le matching d'ontologies est une tâche difficile en raison de la l
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Fortineau, Virginie. "Contribution à une modélisation ontologique des informations tout au long du cycle de vie du produit." Phd thesis, Ecole nationale supérieure d'arts et métiers - ENSAM, 2013. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-01064598.

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Abstract:
Les travaux de recherche de cette thèse portent sur la modélisation sémantique des informations industrielles, dans une approche og cycle de vie fg , de gestion des informations. Dans ce type d'approche, lever le verrou lié à l'interopérabilité des modèles d'information est une condition sine qua non à un échange d'information sans perte de flux sémantique. Jusqu'alors, des méthodes d'unification étaient envisagées, reposant sur l'utilisation mutuelle de modèles standards, tels que la norme STEP par exemple. Cependant, l'unification fait face à des limites en termes d'expressivité des modèles,
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Pham, Tuan Anh. "OntoApp : une approche déclarative pour la simulation du fonctionnement d’un logiciel dès une étape précoce du cycle de vie de développement." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4075/document.

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Abstract:
Dans cette thèse, nous étudions plusieurs modèles de collaboration entre l’ingénierie logiciel et le web sémantique. À partir de l’état de l’art, nous proposons une approche d’utilisation de l’ontologie dans la couche de métier d’une application. L’objectif principal de notre travail est de fournir au développeur des outils pour concevoir la matière déclarative une couche de métier "exécutable" d’une application afin de simuler son fonctionnement et de montrer ainsi la conformité de l’application par rapport aux exigences du client au début du cycle de vie du logiciel. Un autre avantage de cet
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Benabderrahmane, Sidahmed. "Prise en compte des connaissances du domaine dans l'analyse transcriptomique : Similarité sémantique, classification fonctionnelle et profils flous : application au cancer colorectal." Electronic Thesis or Diss., Nancy 1, 2011. http://www.theses.fr/2011NAN10097.

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Abstract:
L'analyse bioinformatique des données de transcriptomique a pour but d'identifier les gènes qui présentent des variations d'expression entre différentes situations, par exemple entre des échantillons de tissu sain et de tissu malade et de caractériser ces gènes à partir de leurs annotations fonctionnelles. Dans ce travail de thèse, je propose quatre contributions pour la prise en compte des connaissances du domaine dans ces méthodes. Tout d'abord je définis une nouvelle mesure de similarité sémantique et fonctionnelle (IntelliGO) entre les gènes, qui exploite au mieux les annotations fonctionn
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Perry, Nicolas. "INDUSTRIALISATION DES CONNAISSANCES : APPROCHES D'INTEGRATION POUR UNE UTILISATION OPTIMALE EN INGENIERIE (CAS DE L'EVALUATION ECONOMIQUE)." Habilitation à diriger des recherches, Université de Nantes, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00204563.

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Abstract:
L'objectif du Génie Industriel est d'améliorer les performances industrielles. Ce champ très large est abordé dans notre équipe par le développement d'outils et de méthodes basés sur l'utilisation d'environnements d'ingénierie virtuelle. Ces derniers sont conçus pour assister, accélérer et donc améliorer les démarches d'ingénierie liées à la conception et la réalisation de produits, mais aussi la gestion des projets associés.<br />Nous développons ainsi des environnements que nous voulons interactifs, pour l'aide à la prise de décision (SIAD).<br />Dès lors, et indépendamment du domaine abordé
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Ayllón-Benítez, Aarón. "Development of new computational methods for a synthetic gene set annotation." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0305.

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Abstract:
Les avancées dans l'analyse de l'expression différentielle de gènes ont suscité un vif intérêt pour l'étude d'ensembles de gènes présentant une similarité d'expression au cours d'une même condition expérimentale. Les approches classiques pour interpréter l'information biologique reposent sur l'utilisation de méthodes statistiques. Cependant, ces méthodes se focalisent sur les gènes les plus connus tout en générant des informations redondantes qui peuvent être éliminées en prenant en compte la structure des ressources de connaissances qui fournissent l'annotation. Au cours de cette thèse, nous
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Guo, Jing. "Serious Games pour la e-Santé : application à la formation des médecins généralistes." Phd thesis, Toulouse 3, 2016. http://oatao.univ-toulouse.fr/17813/1/the%CC%80se_GUO.pdf.

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Abstract:
Les Jeux Sérieux (Serious Games) sont des jeux vidéo qui sont conçus avec un objectif premier qui n’est pas le divertissement. Les jeux sérieux sont de plus en plus utilisés dans le domaine de la santé en tant qu’outil éducatif dans le cadre de la formation à la médecine, ou pour aider au rétablissement des patients. Dans cette thèse, nous nous intéressons à la conception d’un jeu sérieux pour la formation des médecins généralistes, en nous intéressant tout particulièrement à l’apprentissage des compétences communicationnelles et interpersonnelles qui jouent un rôle très important dans le méti
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Hudelot, Céline. "Towards a Cognitive Vision Platform for Semantic Image Interpretation; Application to the Recognition of Biological Organisms." Phd thesis, Université de Nice Sophia-Antipolis, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00328034.

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Abstract:
Ces travaux de thèse ont pour but de faire des avancées dans le domaine de la vision cognitive en proposant une plate-forme fonctionnelle et logicielle pour le problème complexe de l'interprétation sémantique d'images. Nous nous sommes focalisés sur la proposition de solutions génériques et indépendantes de toute application. Plus qu'une solution à un problème spécifique, la plate-forme proposée est une architecture minimale qui fournit des outils réutilisables pour la conception de systèmes d'interprétation sémantique d'images.<br />Le problème de l'interprétation sémantique d'images est un p
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Menad, Safaa. "Enrichissement et alignement sémantique d'οntοlοgies biοmédicales par mοdèles de langue". Electronic Thesis or Diss., Normandie, 2024. http://www.theses.fr/2024NORMR104.

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Abstract:
La première partie de cette thèse traite de la conception de modèles neuronaux siamois entraînés pour la similarité sémantique entre textes biomédicaux et de leur application à des tâches de TAL sur des documents biomédicaux. L’entraînement de ces modèles a été réalisé en plongeant les titres et résumés du corpus PubMed avec le thésaurus MeSH dans un même espace de représentation. Dans la seconde partie nous utilisons ces modèles pour aligner et enrichir les terminologies de l’UMLS (Unified Medical Language System) et automatiser l’intégration de nouvelles relations entre concepts similaires p
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Bouhours, Cédric. "Détection, Explications et Restructuration de défauts de conception : les patrons abîmés." Phd thesis, Toulouse 3, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00457623.

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Abstract:
L'ingénierie des modèles considère les modèles comme des entités de première classe pour le développement logiciel. Les processus dirigés par les modèles se doivent d'être capables de prendre en compte le savoir-faire d'experts, généralement exprimé en termes de patrons, qu'ils soient d'analyse, de conception ou d'architecture. Choisir le bon patron et assurer sa bonne intégration au sein d'une modélisation constitue des freins à l'utilisation systématique des bonnes pratiques de conception. Afin d'alléger ces tâches, nous proposons une approche basée sur l'inspection automatique des modèles.
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Qasim, Lara. "System reconfiguration : A Model based approach; From an ontology to the methodology bridging engineering and operations Model-Based System Reconfiguration: A Descriptive Study of Current Industrial Challenges Towards a reconfiguration framework for systems engineering integrating use phase data An overall Ontology for System Reconfiguration using Model-Based System Engineering An Ontology for System Reconfiguration: Integrated Modular Avionics IMA Case Study A model-based method for System Reconfiguration." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPAST031.

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Abstract:
Les évolutions des systèmes doivent être gérées de manière à garantir l'efficacité et l'efficience du système tout au long de son cycle de vie, en particulier lorsqu'il s'agit de systèmes complexes qui nécessitent des années de développement et des dizaines d'années d'utilisation. La reconfiguration des systèmes est primordiale pour la gestion des systèmes complexes, car elle permet d'assurer la flexibilité et l'adaptabilité des systèmes en ce qui concerne leur évolution. La reconfiguration des systèmes assure l'efficacité opérationnelle et augmente les qualités des systèmes (par exemple, la f
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Bennaceur, Amel. "Synthèse dynamique de médiateurs dans les environnements ubiquitaires." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00849402.

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Abstract:
Assurer l'interopérabilité de manière dynamique et automatique demeure un enjeu majeur dans le développement et la mise en œuvre des systèmes logiciels modernes. En effet, ces systèmes comprennent souvent plusieurs composants qui fonctionnent conjointement afin de satisfaire aux exigences des utilisateurs. Toutefois, les disparités pouvant exister entre les interfaces et les comportements de ces composants les empêchent de fonctionner ensemble, c'est-à-dire d'interopérer. Les solutions existantes visent à concilier ces disparités à travers la mise en œuvre d'intergiciels ou la génération de mé
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Gravier, Christophe. "Vers la généralisation de manipulations distantes et collaboratives d'instruments de haute technologie." Phd thesis, Université Jean Monnet - Saint-Etienne, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00287637.

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Blondet, Gaëtan. "Système à base de connaissances pour le processus de plan d'expériences numériques." Thesis, Compiègne, 2017. http://www.theses.fr/2017COMP2363/document.

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Abstract:
Le besoin de compétitivité des entreprises, dans un contexte économique mondialisé, repose sur l'amélioration de la qualité des produits et la réduction des coûts et du temps de mise sur le marché. Pour atteindre ces objectifs, la simulation numérique est couramment utilisée pour la conception de produits complexes et mobilise des expertises diverses. Les Plans d'Expériences Numériques (PEN) sont de plus en plus utilisés pour simuler les variabilités des propriétés et de l’environnement du produit. Un processus de PEN apporte des méthodes de planification et d'analyse d'un ensemble de simulati
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Nzetchou, Stéphane. "Méthodologie d'enrichissement sémantique de la CAO dans un environnement de continuité numérique." Thesis, Compiègne, 2021. http://www.theses.fr/2021COMP2642.

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Abstract:
La transition numérique dans l’industrie manufacturière se caractérise par un passif de trois voire quatre décennies. Certains modèles 3D ou maquettes numériques accumulés durant cette période sont des solides morts, c’est-à-dire des modèles 3D dépourvus d’arbre de construction, qui se caractérisent par des géométries absentes, dû aux changements des logiciels ou à des versions de formats 3D qui n’ont pas subi de mise à jour. Des activités de rétro-conception des modèles 3D, visent à obtenir des modèles 3D sémantiquement riches, c’est-à-dire paramétriques et modifiables, constitués d’opération
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Carloni, Olivier. "Introduction de raisonnement dans un outil industriel de gestion des connaissances." Phd thesis, Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20101.

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Abstract:
Le travail de thèse porte sur la conception d'un service de validation et d'enrichissement d'annotations pour un outil industriel de gestion des connaissances basé sur le langage des Topic Maps (TM). Un tel service nécessitant la mise en oeuvre de raisonnements sur les connaissances, il a été nécessaire de doter le langage des TM d'une sémantique formelle. Ceci a été réalisé par l'intermédiaire d'une transformation réversible des TM vers le formalisme logique des graphes conceptuels qui permet une représentation graphique des connaissances. La solution a été mise en oeuvre dans deux applicatio
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Carloni, Olivier. "Introduction de raisonnement dans un outil industriel de gestion des connaissances." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00387017.

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Abstract:
Le travail de thèse présenté dans ce document porte sur la conception d'un service de validation et d'enrichissement d'annotations pour un outil industriel de gestion des connaissances basé sur le langage des Topic Maps (TM). Un tel service nécessitant la mise en oeuvre de raisonnements sur les connaissances, il a été nécessaire de doter le langage des TM d'une sémantique formelle. Ceci a été réalisé par l'intermédiaire d'une transformation réversible des TM vers le formalisme logique des graphes conceptuels qui dispose d'une représentation graphique des connaissances (les TM pouvant facilemen
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Sarcevic, Lara. "Aporie du second degré : la forme à la quête d'une nouvelle autonomie : réflexions sur le rôle et le statut de la discursivité théorique dans l'art contemporain de la fin des années soixante à nos jours." Thesis, Lille 3, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL30008.

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Abstract:
Qu’elle soit le fait des artistes, des institutions muséales ou des acteurs économiques, désormais une nouvelle discursivité s’ajoute à la production critique traditionnelle des historiens, théoriciens et philosophes de l’art, et accompagne de manière quasi systématique les propositions plastiques des artistes contemporains. A cet accroissement discursif correspond aussi une démultiplication des fonctions du discours théorique qui se trouve parfois être utilisé comme le matériau plastique même des œuvres. Empreintes d’une plasticité toute singulière, les œuvres contemporaines étendent les poss
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Benaicha, Mohamed. "Identification des concepts pour la ré-ingénierie des ontologies." Thèse, 2017. http://constellation.uqac.ca/4231/1/Benaicha_uqac_0862N_10328.pdf.

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Abstract:
Des services élémentaires tels que la restructuration (Ang. refactoring), la fusion (Ang.merge), l’extraction de modules (Ang. modularization), etc., sont indispensables pour la mise en oeuvre d’une plateforme de génie ontologique dont l’un des objectifs essentiels est d’assurer la qualité d’une ontologie qui risque de se détériorer avec l’usage. INUKHUK est une plateforme de ré-ingénierie d’ontologies dont les services ci-haut sont basés sur un cadre formel, dit Analyse Relationnelle de Concepts (ARC). L’ARC a le pouvoir de créer de nouvelles abstractions sur n’importe quel type d’éléments on
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Boily, Gino. "Identification de transcrits modulés par ETV6 : un gène candidat suppresseur de tumeur." Thèse, 2005. http://hdl.handle.net/1866/15576.

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