Dissertations / Theses: 'Otimização de protocolo'

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Teixeira, Adelaide de Aguiar Marques. "Otimização da obtenção de plasma rico em plaquetas no gato." Master's thesis, Universidade de Lisboa. Faculdade de Medicina Veterinária, 2014. http://hdl.handle.net/10400.5/7729.

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Abstract:

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária
A aplicação de plasma rico em plaquetas (PRP) constitui um tratamento promissor na reparação de lesões devido aos efeitos benéficos das plaquetas, dos fatores de crescimento e de outras moléculas biológicas nos mecanismos fisiológicos de cicatrização e regeneração tecidular. Porém, atualmente não existe consenso quanto ao valor biológico do PRP, bem como das características ideais para a sua aplicação, o que não é surpreendente dado o número de variáveis que influenciam a obtenção deste produto biológico e do potencial destas poderem interagir entre si, incluindo as variáveis do protocolo de preparação. Não obstante, o interesse no PRP tem vindo a aumentar na Medicina Veterinária, existindo, ainda, poucas referências à sua preparação em algumas espécies, como é o caso do gato. Assim, este trabalho teve como objetivo rever os princípios da terapia por PRP e otimizar um protocolo de produção de PRP em gatos, através do estudo das variáveis inerentes à sua preparação laboratorial (número de centrifugações, força e tempo de centrifugação) na eficácia de concentração de plaquetas. Adicionalmente, foram realizadas contagens de células sanguíneas de forma a caracterizar o PRP obtido. Concluiu-se que, através da metodologia usada, não foi possível concentrar plaquetas e que, dentro dos limites deste trabalho, uma única “rotação branda” (<100g, durante 5 min.) pode constituir um método relativamente simples e económico para obter PRP em gatos. De futuro, outros parâmetros que deverão ser avaliados são os efeitos isolados dos leucócitos e hemácias na preparação do PRP e mesmo a nível terapêutico, por forma a poder-se adequar a metodologia e a otimizar a obtenção das células que se pretendem aplicar na lesão.
ABSTRACT - PROTOCOL OPTIMIZATION FOR OBTAINING PLATELET RICH PLASMA IN CATS - The application of platelet-rich plasma (PRP) constitutes a promising therapeutic approach in the repair of lesions due to the beneficial effects of platelets, growth factors, and other biological molecules in the physiological mechanisms of wound healing and tissue regeneration. However, currently there is no consensus on the biological value of PRP, nor on the optimal PRP characteristics for its therapeutic application, which, given the number of variables that affect the final product characteristics and their potential to interact with each other, including variables on the preparation protocol, is not surprising. Nonetheless, interest in PRP has been increasing in veterinary medicine. There is, however, very few references on how to prepare PRP in some species, including the cat. This study aims to understand the basic principles of PRP therapy and to optimize a protocol for the production of PRP in cats, by assessing how factors derived from its preparation method (number of centrifugations, centrifugation speed and time) modify PRP concentration efficiency. In addition, blood counts were made in order to characterize the PRP. It was concluded that the methodology used in this study was unable to concentrate platelets and that, within the limits of this study, a single "soft spin" (<100g for 5 min.) could represent a relatively simple and economical method for producing PRP in cats. Future studies are necessary to assess other parameters, namely the isolated effects of leukocytes and erythrocytes on the PRP preparation and their therapeutic effects, in order to adjust the methodology and specifically obtain the cells we want to apply in the lesion.

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Faria, Alex Rosch de. "Protocolo de roteamento para redes oportunistas utilizando otimização por enxame de partículas." Universidade Tecnológica Federal do Paraná, 2015. http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/1707.

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Abstract:

Nesta dissertação, um novo protocolo de roteamento voltado para Redes Oportunistas é apresentado. O protocolo proposto chama-se PSONET (do inglês PSO for Opportunistic Networks), uma vez que este utiliza um sistema híbrido composto por um algoritmo de enxame de partículas (do inglês PSO - Particle Swarm Optimization). A principal motivação para a utilização do PSO é tirar proveito da sua busca baseada em população de indivíduos e da adaptação da sua estrutura de aprendizado. O PSONET utiliza a técnica de otimização por enxame de partículas para direcionar o tráfego da rede através de um subconjunto de bons encaminhadores de mensagens. O PSONET analisa as condições de comunicação da rede, detectando se cada nó possui conexões esparsas ou densas e, portanto, toma melhores decisões quanto ao encaminhamento de mensagens. O protocolo PSONET é comparado com os protocolos Epidêmico e PROPHET em três cenários de mobilidades distintos: um modelo de mobilidade baseado em atividades, onde simula-se o dia a dia das pessoas em suas atividades de trabalho, lazer e descanso; um modelo de mobilidade baseado em comunidade de pessoas, onde simula-se um grupo de pessoas em suas comunidades, que eventualmente entrarão em contato com outras pessoas, que podem ou não fazer parte de sua comunidade, para realizar a troca de informações; e um modelo de mobilidade aleatória, onde simula-se um cenário dividido em comunidades, onde as pessoas escolhem um destino aleatoriamente, e, com base nas restrições do mapa, se movem até este destino utilizando o menor caminho encontrado. Os resultados, obtidos através do simulador THE ONE, mostram que nos cenários com modelo de mobilidade baseado em comunidade de pessoas e no modelo de mobilidade aleatória, o protocolo PSONET alcança uma maior taxa de entrega de mensagens e uma menor replicação de mensagens, se comparado com os protocolos Epidêmico e PROPHET.
In this research work, a new routing protocol for Opportunistic Networks is presented. The proposed protocol is called PSONET (PSO for Opportunistic Networks) since the proposal uses a hybrid system composed of a Particle Swarm Optimization algorithm (PSO). The main motivation for using the PSO is to take advantage of its search based on individuals and their learning adaptation. The PSONET uses the Particle Swarm Optimization technique to drive the network traffic through of a good subset of forwarders messages. The PSONET analyzes network communication conditions, detecting whether each node has sparse or dense connections and thus make better decisions about routing messages. The PSONET protocol is compared with the Epidemic and PROPHET protocols in three different scenarios of mobility: a mobility model based in activities, which simulates the everyday life of people in their work activities, leisure and rest; a mobility model based on a community of people, which simulates a group of people in their communities, which eventually will contact other people who may or may not be part of your community, to exchange information; and a random mobility pattern, which simulates a scenario divided into communities where people choose a destination at random, and based on the restriction map, move to this destination using the shortest path. The simulation results, obtained through The ONE simulator, show that in scenarios where the mobility model based on a community of people and also where the mobility model is random, the PSONET protocol achieves a higher messages delivery rate and a lower replication messages compared with the Epidemic and PROPHET protocols.

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Galo, Ítalo Dany Cavalcante. "Fototerapia antimicrobiana: otimização de protocolo experimental in vitro e estudo de resistência bacteriana." Universidade Federal de Goiás, 2018. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/8805.

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Abstract:

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-08-16T13:19:25Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ítalo Dany Cavalcante Galo - 2018.pdf: 2927565 bytes, checksum: 078e47430d5f7162d86e682c8a01e08b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
Bacterial infections increase significantly the rate of morbidity and mortality in the hospital setting, which is substantially aggravated by the presence of bacterial resistance. For this reason, research that brings therapeutic alternatives that are efficient, cheap and safe in the fight against different infectious agents are necessary. One potential therapy is antimicrobial phototherapy, especially represented by blue light, which shows promise but still requires study and adjustments as to the best way of application. Thus, the present study aimed to verify the antibacterial action of blue light using different experimental protocols in order to clarify contradictions reported in the literature on the subject and to determine a reproducible protocol for the study of bacterial resistance. In vitro cultures of S. aureus, E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae, S. epidermidis, E. faecalis and C. albicans were performed specifically for each test of light irradiation by blue ( 470 nm) or red (660 nm) light LED emitters. Different variations of light application were performed under two conditions: after inoculation and before inoculation in agar. In addition, preliminary testing was performed to verify the possible development of bacterial resistance to blue light. All of the in vitro assays evidenced important bacterial growth inhibition, showing that the possible inherent biases found in the literature can be eliminated with the adoption of specific protocol measures and that, in fact, the blue light inhibits the growth of these infectious agents. It has been demonstrated that, in all cases, the use high application times (and hence doses) of blue light is required to have better inhibition. The resistance test performed suggests higher sensitivity of S. aureus in relation to P. aeruginosa and E. coli, showing evidence that E. coli tends to become more resistant to successive applications of this photoemission. The present study evidences that the blue light has antibacterial action in all the in vitro protocols tested, being indicated the use of light application with the infectious agent in liquid medium rich in nutrients as a way of optimizing subsequent tests of greater complexity. The test of resistance to the blue light adopted evidences more tendency to resistance by the bacterium Escherichia coli in relation to other species tested.
Infecções bacterianas aumentam significativamente a morbidade e mortalidade no âmbito hospitalar, quadro que se agrava substancialmente na presença da resistência bacteriana. Por esta razão, pesquisas que tragam alternativas terapêuticas que sejam eficientes, baratas e seguras no combate a diferentes agentes infecciosos são necessárias. Uma terapia em potencial é a fototerapia antimicrobiana, representada especialmente pela luz azul, a qual se mostra promissora, mas, ainda demanda de estudo e ajustes quanto a melhor maneira de aplicação. Assim, o presente estudo teve como objetivo verificar a ação antibacteriana da luz azul utilizando diferentes protocolos experimentais a fim de esclarecer contradições reportadas na literatura sobre o tema e determinar um protocolo reprodutível para estudo de resistência bacteriana. Foram realizadas culturas in vitro de S. aureus, E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae, S. epidermidis, E. faecalis e C. albicans de forma específica para cada teste de irradiação luminosa obtida por meio de emissores LED de luz azul (470 nm) ou vermelha (660 nm). Foram realizadas diferentes variações de aplicação da luz em duas condições: após semeadura e anterior à semeadura em ágar. Além disso, foi feito teste preliminar para verificação de possível desenvolvimento de resistência bacteriana à luz azul. Todas as análises in vitro adotadas evidenciam importante inibição bacteriana, mostrando que os possíveis viesses inerentes a trabalhos encontrados na literatura podem ser eliminados com a adoção de medidas protocolares específicas e que, de fato, a luz azul inibe o crescimento destes agentes infecciosos. Foi demonstrado que, em todos os casos, é necessário o uso de elevados tempos de aplicação (e, consequentemente, doses) de luz azul para se ter melhor inibição. O teste de resistência realizado sugere maior sensibilidade da S. aureus em relação a P. aeruginosa e E. coli, e mostra evidências de que a E. coli tende a se tornar mais resistente à aplicações sucessivas desta fotoemissão. O presente estudo evidencia que a luz azul possui ação antibacteriana em todos os protocolos in vitro testados, sendo indicado o uso de aplicação da luz com o agente infeccioso em meio líquido rico em nutrientes como forma de otimizar testes de maior complexidade subsequentes. O teste de resistência à luz azul evidencia maior tendência à resistência por parte da bactéria Escherichia coli em relação a outras espécies testadas.

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Menezes, Vinícius de Oliveira. "Otimização de protocolo de PET/CT oncológico com FDG-F18 baseado na análise de multiparâmetros." Instituto de Ciências da Saúde, 2015. http://repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/23518.

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Abstract:

Submitted by Renorbio (renorbioba@ufba.br) on 2017-07-06T14:52:02Z No. of bitstreams: 1 DEFINIÇÃO DE PROTOCOLOS DE PET-CT (defesa) (FINAL-crip).pdf: 2587129 bytes, checksum: ee0e1f775d6ec22cc7dc9aead962cb89 (MD5)
Approved for entry into archive by Uillis de Assis Santos (uillis.assis@ufba.br) on 2017-07-06T15:21:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DEFINIÇÃO DE PROTOCOLOS DE PET-CT (defesa) (FINAL-crip).pdf: 2587129 bytes, checksum: ee0e1f775d6ec22cc7dc9aead962cb89 (MD5)
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A crescente disponibilidade de equipamentos de alta performance, software de reconstrução e métodos quantitativos tem proporcionado novas oportunidades para a melhoria das imagens e gestão dos pacientes. A busca por estratégias eficazes de redução da dose, sem comprometer o diagnóstico, tem se tornado uma parte essencial para otimização de protocolos. Este estudo descreve um método para se obter alta qualidade das imagens clínicas com aquisições de PET/CT com FDG-F18 relacionando a geometria do paciente, regime de dose, protocolos de aquisição de imagens e técnicas de processamento. Dados de aquisição de 58 indivíduos adultos de ambos os sexos foram avaliados retrospectivamente. Imagens do fígado foram adquiridas em modo-lista durante 360 s em um equipamento de PET/CT de alto desempenho. As imagens foram reconstruídas com intervalo de 30s. Foram avaliadas as relações entre os diferentes parâmetros indivíduo-dependentes, qualidade dos dados e da imagem. A taxa de ruído equivalente e o coeficiente de variação foram utilizados como métricas. Com base nas relações mais fortes entre estes parâmetros, foram identificados protocolos de aquisição otimizados e regimes de administração de atividade para diferentes métodos de reconstrução. Foi encontrada a relação mais forte da qualidade dos dados entre NECR e a massa corpórea, sendo o aumento da massa corpórea capaz de causar uma redução exponencial do NECR (R² = 0,72). Encontramos também uma relação entre qualidade de imagem e massa corpórea (R² = 0,82 para reconstruções OSEM3D e R² = 0,86 nas reconstruções PSF, p <0,001). Se um regime linear dose é utilizado, aumentando FDG- F18 proporcionalmente a massa, a qualidade da imagem degrada com o aumento da massa corpórea do paciente quando um mesmo tempo de aquisição é usado. A adoção de protocolos diferentes para três faixas de massa corporal (<60 kg, 60-90 kg, > 90 kg) na rotina clínica permite melhor qualidade de imagem com tanto PSF e métodos de reconstrução OSEM3D. Em conclusão, foi demonstrada neste estudo uma metodologia para determinar o tempo de aquisição das imagens, a partir da atividade de FDG-F18 administrada, a fim de obter imagens de alto padrão de qualidade. Este método oferece uma oportunidade para se realizar procedimentos de PET/CT mais custo-eficazes e com redução da dose de radiação.
The increasing availability of high performance equipment, reconstruction software and quantitative methods have provided new opportunities to improve image capturing and management of patients. Currently, new and effective strategies that reduce dose exposure, yet do not compromise diagnostics are underway and have become essential to protocol optimization. This study describes a method to achieve consistent clinical image quality in 18F-FDG scans accounting for patient habitus, dose regimen, image acquisition and processing techniques. Data was acquired from 58 adults, male and female, which were evaluated retrospectively. Images of the liver were acquired in list-mode during 360 s on a high-performance PET/CT scanner. The scans were reconstructed at incremental 30 s intervals and correlations between different patient-dependent parameters (PDP) and image and data quality were evaluated. Patient Noise Equivalent Count Rate (NECR) and coefficient of variation (CV) were used as metrics in our analysis. Based on the strongest PDP correlations, optimized acquisition protocols and dose regimens were identified for different reconstruction methods. Results: The strongest correlation of patient data quality was found between NECR per unit activity (NECRN) and body mass (BM): increasing BM causes NECRN to decrease exponentially (R² = 0.72). Patient body mass was also found to be the strongest PDP determinant of image quality (R² = 0.82 in OSEM3D and R² = 0.86 in PSF, p < 0.001). If a linear dose regimen is used, increasing 18F-FDG proportionally to BM, image quality degrades with increasing patient body mass when standard acquisition time is used. The adoption of different schemes for three body mass ranges (< 60 kg, 60–90 kg, > 90 kg) in clinical routine allows improved image quality with both PSF and OSEM3D reconstruction methods. In conclusion, this study has demonstrated a methodology for determining the time of image acquisition from FDG- F18 activity administered in order to obtain high quality standard images. The proposed methodology may be used by PET/CT centers to develop protocols to standardize PET/CT imaging procedures, and achieve better patient management and cost-effective operations and at a reduced radiation dose.

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Faria, Daniele Vidal. "Otimização do protocolo de organogênese in vitro em explantes hipocotiledonares de urucum (Bixa orellana L.)." Universidade Federal de Viçosa, 2014. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/7577.

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Abstract:

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-28T16:07:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1340603 bytes, checksum: ea9dfc7b17475a86b39c1a8eb39e27ad (MD5)
Made available in DSpace on 2016-04-28T16:07:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1340603 bytes, checksum: ea9dfc7b17475a86b39c1a8eb39e27ad (MD5) Previous issue date: 2014-11-24
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Com a substituição dos corantes sintéticos pelos naturais, o urucum (Bixa orellana L.) tem alcançado crescente importância no mercado internacional, por ser a principal fonte do apocarotenoide bixina, utilizada para vários fins na indústria, sendo o único responsável por suprir a demanda do comércio mundial. Neste cenário busca-se a compreensão da via e a clonagem dos genes envolvidos na via de biossíntese da bixina, visando principalmente à obtenção de plantas melhoradas, bem como para inserção de genes da própria via em outras espécies comerciais de cultivo amplo e mecanizado. Atualmente trabalhos relacionados à transformação genética em B. orellana são escassos e há a necessidade de otimizar métodos de regeneração in vitro que viabilizem a obtenção de plantas transgênicas com desempenho superior em nível de produção de bixina. Dessa forma o objetivo desse trabalho foi testar diferentes explantes hipocotiledonares de urucum, citocininas e diferentes meios de cultura na organogênese, desenvolvimento e enraizamento de brotos de B. orellana. Foi observado que explantes hipocotiledonares contendo tamanho de 6,0; 8,0; e 10,0 mm de comprimento apresentaram eficientes respostas organogênicas, sendo observada a formação de até 10 brotos por explante quando cultivados no meio JADS suplementado com zeatina. Em explantes hipocotiledonares de urucum seccionado longitudinalmente e posicionados com a secção em contato com o meio de cultura JADS acrescido de zeatina foi observado a formação de 17,11 brotos por explante. Explantes hipocotiledonares pré-tratafdoscom Zeatina, BAP e TDZ (0,1 e 0,5 mg L-1) não diferiram significativamente na indução de brotos em comparação com explantes não tratados com citocininas. O meio de cultura JADS se mostrou mais eficiente em comparação ao MS, induzindo maior número de brotos. Os brotos apresentaram-se mais alongados, vigorosos e totalmente não hiperhídricos. Os brotos induzidos em meio JADS apresentaram também maior número e maior desenvolvimento de raízes em comparação com brotos induzidos em meio MS de urucum, consequentemente, devido ao desenvolvimento superior, brotos induzidos no meio JADS, apresentaram 100% de sobrevivência durante a fase de aclimatização ex vitro. O presente trabalho possibilitou otimizar as respostas organogênicas em diferentes explantes hipocotiledonares de urucum, concentrações de fitorreguladores e meios de cultura, os quais podem ser utilizados para estudos futuros de transformação genética de urucum.
With the substitution of synthetic dyes to natural, annatto seeds (Bixa orellana L.) industry is increasing the international market importance, given that this species is the main natural and commercial source of the apocarotenoid bixin. This plant pigment is used for various industrial purposes, and it is the main pigment that has been comerciallized worldwide. In this scenario, it is necessary to understand the metabolic pathway and the cloning of the genes involved in the bixin biosynthesis, aiming to obtain improve plants or even to add genes of interest related to bixin biosynthesis to other commercial crop species of broad and mechanized cultivation. Currently, there are few publications related to genetic transformation in B. orellana, being necessary to optimize in vitro protocols that will allow the obtainining of transgenic plants with higher level of bixin production. Thus, the aim of this work was to test different hypocotyl explants of annatto, the cytokinin effect and different media on in vitro organogenesis and rooting of B. orellana adventitious shoots. It was observed that hypocotyl explants with 6.0, 8.0 and 10 mm longer showed the best organogenic responses inducing up to 10 shoots per explant when cultured in JADS medium supplemented with zeatin. Hypocotyl explants of annatto induced more shoots when they were sectioned longitudinally and positioned with the section in contact with the JADS medium in presence of zeatin, which stimulated the induction of 17.11 shoots per explant. The hypocotyl explants pre-treated with zeatin, BAP and TDZ (0.1 and 0.5 mg L- ) did not differ significantly on shoot induction from control explants which were not treated with cytokinins. The JADS medium was more appropriate for shoot induction in comparison with MS medium. The shoots induced on JADS medium were more vigourous, longer and non-hiperhidric. The JADS medium affect positively the rooting, given that the shoots displayed more roots and well developed roots in comparison with shoots induced on MS medium. Consequently, due to the best development on JADS medium, the shoots supported the ex vitro acclimatization phase with 100% of survival. This work possibilited the optimization of organogenesis from different hypocotyl explants, plant growth regulator concentrations and culture media, which can be used in further studies of annatto genetic transformation.

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Buriol, Luciana Salete. "Roteamento do trafego na Internet : algoritmos para projeto e operação de redes com protocolo OSPF." [s.n.], 2003. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/260296.

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Abstract:

Orientadores: Paulo Morelato França, Mauricio Guilherme de Carvalho Resende
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação
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Doutorado

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Prado, Thiago Coelho. "Otimização da persistência de dados em PACS empregando modelos de dados hierárquicos indexados." Florianópolis, 2012. http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/100504.

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Abstract:

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.
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A variedade de modalidades produzidas pelo aumento de dispositivos que sejam capazes de gerar imagens médicas em formato DICOM tem crescido. Consequentemente, com a digitalização dos setores de radiologia, as bases de dados de exames podem ultrapassar as barreiras de terabytes. Fato este, combinado com a lei brasileira de obrigatoriamente manter exames radiológicos arquivados por no mínimo 20 anos, afeta diretamente a gestão de grandes volumes de dados. Este trabalho apresenta o desenvolvimento, avaliação empírica e discussão sobre o emprego do formato de dado hierárquicos HDF5 em conjunto com o núcleo de indexação e busca Apache Lucene. Para a validação da camada de persistência, foram realizados testes de desempenho entre a abordagem proposta contra o modelo em banco de dados relacional PostgreSQL usado na Rede Catarinense de Telemedicina. O desempenho do serviço de armazenamento, em conformidade com o padrão DICOM, foi analisado variando o volume de dados transmitidos entre cliente e servidor. As buscas sobre informações de um exame já realizado abrangeram cenários típicos como a consulta de exames de um paciente específico ou exames pertencentes a um intervalo temporal de dados. A recuperação avaliou três distintos casos: estudo, série ou imagem. Embora mostrando um desempenho superior em cenários de consulta com o uso do PostgreSQL, o uso combinado de HDF5 com Apache Lucene apresenta um meio eficiente de armazenar e recuperar imagens médicas DICOM, pois une o alto desempenho do HDF5 com a funcionalidade de consulta dos dados indexados. Neste ponto, o uso de uma camada para gerenciamento de exames médicos em DICOM, empregando o HDF5 juntamente com Apache Lucene, se apresentou como uma alternativa viável e eficiente. Além disso, trabalhos futuros podem aproveitar algumas características do formato HDF5, como obtenção direta do conteúdo da imagem médica e metadados por ferramentas para auxílio ao diagnóstico, tais como visão multimodal e processamento digital de imagens.
The variety of modalities produced by the increasing number of devices that are capable of generating large sets of medical images using DICOM standard has been growing. Consequently, with the ongoing process of digitization of radiology sectors, the examinations database can exceed the terabytes barrier. This fact, combined with the Brazilian law of storing radiological examinations archived for at least 20 years, directly affects the management of large volumes of data. This paper presents the concept, development, assessment and discussion of the combined employment of the hierarchical data format HDF5 with the search engine library Apache Lucene. The validating process of the persistence layer, was carried out by performance tests over the proposed approach compared to the current model based on PostgreSQL and used in the Santa Catarina's Telemedicine Network. The storage service performance in compliance with the DICOM standard was analyzed by interchanging the volume of data transmitted between client and server. The search covered typical scenarios such as search examinations within a time interval or for specific patient. Retrieval operations evaluated three different cases: study, series or image. Although showing superior performance while using PostgreSQL in querying scenarios, the combined use of HDF5 with Apache Lucene provides an suitable way to store and retrieve medical images in DICOM, because it combines the high performance of HDF5 with the query functionality of the indexed data. At this point, the use of a management layer for medical examinations in DICOM, combined with HDF5 and Apache Lucene presented itself as an efficient and viable option. In addition, future studies can take advantage of some features from the HDF5 library, such as direct medical image content retrieval and metadata for computed aid diagnosis, such as multimodal vision and digital image processing.

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Maciel, Tatiane Tagliatti. "Coleta de vespas sociais em estudos de diversidade: estado da arte e otimização do método de armadilhas atrativas." Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF), 2017. https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/4589.

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Abstract:

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-05-18T20:10:14Z No. of bitstreams: 1 tatianetagliattimaciel.pdf: 2290219 bytes, checksum: f5018f907a22780f986c6124291c369c (MD5)
Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-05-19T14:39:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tatianetagliattimaciel.pdf: 2290219 bytes, checksum: f5018f907a22780f986c6124291c369c (MD5)
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Dado o reconhecido papel das vespas sociais no equilíbrio dos ecossistemas é clara a importância de estudos sobre a diversidade desses insetos e, apenas a partir do conhecimento do comportamento das vespas sociais, é possível elaborar metodologias adequadas para a sua coleta. Assim, e tendo em vista a importância de inventários de fauna, o objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise detalhada dos estudos de diversidade em vespas sociais conduzidos em Minas Gerais avaliando o uso das armadilhas atrativas. Sabendo da falta de estudos dedicados aos atributos espaciais das espécies de vespas sociais, ou ainda dos métodos utilizados para sua coleta, o trabalho objetivou ainda comparar a atratividade de diferentes variáveis na elaboração de armadilhas atrativas e estimar e analisar em escala local a distância ótima para instalação dessas armadilhas para estudos de diversidade de vespas sociais. A análise detalhada dos estudos de diversidade seguiu os passos propostos pela metodologia de PRISMA para estudos sistemáticos e de meta-análise. A abordagem metodológica incluiu o desenvolvimento de critérios de seleção, definição de estratégias de busca, avaliação da qualidade do estudo e extração de dados relevantes. A parte experimental foi desenvolvida no Jardim Botânico da Universidade Federal de Juiz de Fora que compreende uma área de fragmento de Floresta Estacional Semidecidual Montana, com 84 hectares de extensão, localizado no perímetro urbano de Juiz de Fora, sudeste do estado de Minas Gerais, Brasil. Foi possível observar que Minas Gerais é o Estado com o maior número de estudos, entretanto, as regiões sul e sudeste concentram a maior parte desses estudos, ficando clara a importância do desenvolvimento de pesquisas nas demais regiões, em especial na região norte onde se encontra o Bioma Caatinga. Os experimentos mostraram que devem ser utilizadas garrafas de polietileno tereftalato (PET) de 0,5L como armadilhas atrativas preenchidas com 150mL de suco artificial de manga, goiaba ou maracujá e instaladas a distâncias entre 10m e 150m umas das outras. O trabalho conseguiu otimizar o método de armadilhas atrativas quanto ao tamanho das armadilhas, o tipo de atrativo alimentar utilizado e o número de armadilhas utilizadas em campo.
Considering the recognized role of social wasps in the balance of ecosystems, it is clear the importance of studies on the diversity of these insects and, only from the knowledge of the behavior of the social wasps, it is possible to elaborate adequate methodologies for their collection. Thus, considering the importance of fauna inventories, the aim of this paper was to carry out a detailed analysis of the studies of diversity in social wasps conducted in Minas Gerais, when evaluating the use of attractive traps. Due to the lack of studies dedicated to the spatial attributes of the social wasp’s species, or the methods used for its collection, the study also aimed to compare the attractiveness of different variables in the elaboration of attractive traps. It also aimed to estimate and analyze in local scale the optimal distance for the installation of these traps for studies of social wasp diversity. The detailed analysis of the diversity studies followed the steps proposed by the PRISMA methodology for systematic studies and metaanalysis. The methodological procedure included the development of selection criteria, definition of search strategies, evaluation of study quality and extraction of relevant data. The experimental phase was developed at the Botanic Garden of the Universidade Federal de Juiz de Fora, which comprises a fragment area of Montane Semi-deciduous Forest, with 84 hectares of extension, located in the Juiz de Fora urban area, in the southeast of the State of Minas Gerais, Brasil. It was possible to observe that Minas Gerais is the State with the largest number of studies, however, the south and southeast regions concentrate most of these studies, therefore, it is highlighted the importance of the research development in the other regions, especially in the northern region, where the Caatinga Biome is located. The experiments showed that the traps must be made of bottles of polyethylene terephthalate (PET) of 0.5L, filled with 150mL of artificial juice of mango, guava or passion fruit, and installed at distances between 10m and 150m from each other. The study was able to optimize the method of attractive traps as to the size of the traps, the type of attractive food source and the number of traps used in the field.

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Cima, Francieli Fatima. "Otimização de protocolo para produção de plantas duplo-haploides através da cultura de micrósporos isolados de trigo." Universidade Federal de Pelotas, 2014. http://repositorio.ufpel.edu.br:8080/handle/prefix/3063.

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Abstract:

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2016-09-27T14:35:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Francieli_Cima.pdf: 1564850 bytes, checksum: 1875a0cdb8f46c6a1880c860e06bdbe3 (MD5)
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
No Brasil, a cultura do trigo ocupa lugar de destaque nos sistemas de produção da Região Sul, representando uma opção muito importante como um cereal de inverno. O melhoramento genético das culturas autógamas tem contado com vários métodos para produzir cultivares mais recentes e superiores com características melhoradas. Um exemplo muito bem sucedido tem sido o método de produção de plantas duplohaploides usado para acelerar o desenvolvimento de uma nova cultivar. Em trigo, a cultura de micrósporos isolados tem sido usada para a obtenção de plantas duplohaploides. No entanto, esta técnica tem sido caracterizada como altamente genótipo-dependente e de produzir altas taxas de plantas albinas. Assim, o objetivo deste trabalho foi otimizar um protocolo através da cultura in vitro de micrósporos isolados utilizando-se genótipo de trigo com alta produção de plantas albinas. Para este estudo, plantas F1 oriundas do cruzamento de trigo entre Toropi x BRS 194 foram usadas como doadoras de micrósporos. Foram realizados três experimentos. No primeiro experimento, anteras foram removidas das espiguetas e tratadas em três soluções de pré-tratamentos à 4°C: a) manitol (62 g L-1) + 15 µM de sulfato de cobre (CuSO4.5H20); b) manitol (62 g L-1) e c) 15 µM de sulfato de cobre. No segundo experimento, foram testadas as mesmas soluções de pré-tratamento do experimento anterior, com a diferença de que neste experimento, espiguetas inteiras foram usadas para o pré-tratamento. No terceiro experimento, somente o pré- tratamento a frio foi aplicado nas espigas e houve uma modificação no meio de indução, quando foram testados nove tratamentos: controle (meio de indução padrão); sulfato de cobre (2,0 µM); prolina (10 mM); glutationa (2,0 µM); cefotaxima (100 mg L-1); sulfato de cobre (4,0 µM); sulfato de cobre (2,0 µM) + prolina (10 mM); sulfato de cobre (2,0 µM) + glutationa (2,0 µM); sulfato de cobre (2,0 µM) + cefotaxima (100 mg L-1). Os resultados obtidos nos experimentos 1 e 2 mostrou que a solução de pré-tratamento contendo 15 µM de sulfato de cobre foi mais eficiente para desencadear a embriogênese dos micrósporos e regenerar plantas verdes em trigo. No terceiro experimento, o meio de indução suplementado com 100 mg L-1 de cefotaxima mostrou um aumento na formação de embriões e também na regeneração de plantas verdes.
In Brazil, the wheat crop occupies an outstanding place in the production systems of the Southern Region, representing a very important option as a winter cereal. Genetic improvement of self-fertilizing crops has relied on several methods to produce newer and superior cultivars with enhanced traits. A very successful example has been the use as double haploids as a method to accelerate the development of a new cultivar. In wheat, isolated microspore culture has been used to obtain doubled haploid plants. However, this technique has been characterized as highly genotype dependent and producing high rates of albino plants. Thus, the objective of this work was to optimize a protocol through the in vitro culture of isolated microspores utilizing a wheat genotype with high production of albino plants. For this study, F1 plants originated from the wheat cross between Toropi x BRS 194 were used as microspore donor plants. Three experiments were carried out. In the first experiment, anthers were treated in three pre-treatment solutions, at 4°C: a) mannitol (62 g L-1) + 15 µM copper sulphate (CuSO4.5H20); b) mannitol (62 g L-1) and c) 15 µM copper sulphate. In the second experiment, the same pre-treatment solutions of the previous experiment were tested, with the difference that in this experiment, whole spikelets were used for the pre-treatment. In the third experiment, only cold pre-treatment was applied to the spikes, and there was a modification in the induction medium, when nine treatments were tested: control (standard induction medium); copper sulphate (2,0 µM); proline (10 mM); glutathione (2,0 µM); cefotaxime (100 mg L-1); copper sulphate (4,0 µM); copper sulphate (2,0 µM) + proline (10 mM); copper sulphate (2,0 µM) + glutathione (2,0 µM); copper sulphate (2,0 µM) + cefotaxime (100 mg L-1). Results obtained in experiments 1 and 2 showed that the pre-treatment solution containing 15 µM of copper sulphate was more efficient to trigger the embryogenesis of microspores and regenerate green plants in wheat. In the third experiment, the induction medium, supplemented with 100 mg L-1 of cefotaxime showed an increase in the formation of embryos and also in the regeneration of green plants.

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CAMPOS, Márcio Folly de. "Utilização de Algorítmos Genéticos na Otimização do Escalonamento de Mensagens Proprietárias do Protocolo SAE J1939 sobre CAN bus." reponame:Repositório Institucional da UNIFEI, 2010. http://repositorio.unifei.edu.br/xmlui/handle/123456789/1517.

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Abstract:

Submitted by Margareth Ribeiro (meg@unifei.edu.br) on 2018-08-07T14:04:59Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_0036331.pdf: 1540614 bytes, checksum: b1b0152f73746f4a750193c9fe040941 (MD5)
Made available in DSpace on 2018-08-07T14:04:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_0036331.pdf: 1540614 bytes, checksum: b1b0152f73746f4a750193c9fe040941 (MD5) Previous issue date: 2010-05
A competição entre processos pelos recursos de um processador é muito explorada na ciência da computação, gerando um grande número de algoritmos de escalonamento. A mesma competição ocorre em uma rede embarcada onde as mensagens competem pelo acesso ao barramento. Este trabalho mostra uma visão sobre as métricas temporais de uma mensagem na rede Controller Area Network, CAN, e como o escalonamento de mensagens está relacionado com as técnicas de cálculo temporal aplicadas ao protocolo J1939, publicado pela Sociedade de Engenharia Automotiva, Society of Automotive Engineering, SAE. Para tal, foram estudados os modelos matemáticos propostos por diferentes trabalhos. A aplicação destes modelos é feita em um conjunto de mensagens SAE J1939 sobre CAN Bus e os resultados são analisados. O resultado das análises temporais indicam que em determinados casos a otimização é necessária. A aplicação de algoritmos genéticos é estudada, neste trabalho, com a finalidade de otimização do escalonamento de mensagens SAE J1939. Para isto, é proposta uma correlação entre a teoria de algoritmos genéticos e as características do protocolo, fazendo com que seja possível representar o problema pelo método de otimização escolhido. Este trabalho apresenta também a implementação do algoritmo genético para solucionar o problema detectado na análise temporal. Os resultados das simulações são apresentados e analisados.

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MACHADO, Marcos Antônio Dórea. "Metodologia para otimização de protocolo PET/CT harmonizado de baixa dose em tumores sólidos com reconstrução Point Spread Function." UNIVERSIDADE FEDERAL DE PERNAMBUCO, 2017. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/25171.

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Abstract:

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-07-20T22:10:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Marcos Antônio Dórea Machado.pdf: 2233914 bytes, checksum: b98eee9403ebcdd88d55481bc0692500 (MD5)
Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-23T17:59:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Marcos Antônio Dórea Machado.pdf: 2233914 bytes, checksum: b98eee9403ebcdd88d55481bc0692500 (MD5)
Made available in DSpace on 2018-07-23T17:59:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Marcos Antônio Dórea Machado.pdf: 2233914 bytes, checksum: b98eee9403ebcdd88d55481bc0692500 (MD5) Previous issue date: 2017-02-10
O equipamento PET, os parâmetros de aquisição e a reconstrução de imagens em exames oncológicos de PET têm impacto tanto na qualidade das imagens quanto na quantificação da atividade metabólica dos tumores. Neste trabalho é apresentado um método para otimizar os parâmetros de aquisição de imagens em exames FDG-F18 PET/CT de tumores sólidos, a partir do ruído no simulador IEC/NEMA e na região do fígado de 88 pacientes. O algoritmo de reconstrução Point Spread Function (PSF), harmonizado de acordo com os critérios da European Association of Nuclear Medicine (EANM), foi usado para gerar imagens superiores em termos de ruído. Assim, as medidas de ruído no simulador IEC/NEMA foram correlacionadas às quantificações dos coeficientes de recuperação de contraste máximos (CRCmax), em que os limites adotados pela EANM para CRCmax foram usados como critérios de qualidade que definem a relação ótima entre parâmetros de aquisição, ruído e quantificações. Adicionalmente, o ruído na região do fígado de 48 pacientes foi caracterizado para as reconstruções OSEM e PSF (CRCmáx harmonizados) com densidades de contagens tipicamente usadas em uma rotina clínica. Outro conjunto de 40 imagens em modo lista da região do fígado de pacientes foi usado para gerar 160 imagens com um amplo espectro de densidade de contagens, a fim de compreender o ruído em diferentes contextos de densidade de contagens. Aquisição de imagens com aproximadamente 350 MBq.s/kg no simulador IEC/NEMA apresentou variabilidade da quantificação em conformidade aos limites da EANM, que corresponde a um ruído no simulador de CV = 8,7%. Este mesmo parâmetro de aquisição quando aplicado a um paciente, resulta em um ruído de CV = 7,1% na região do fígado, que pode ser usado como uma medida de garantia da qualidade na rotina de exames. Entretanto, a região entre 200-320 MBq.s/kg sugere oferecer quantificações de SUVmáx reprodutíveis pois o ruído no fígado mostrou-se controlado nesta região de densidade de contagens. O uso do SUVpeak mostrou-se ainda mais reprodutível, incluindo a região entre 100-200 MBq.s/kg. Este método representa a base para um estudo que possa identificar o protocolo de aquisição otimizado, para vários equipamentos e tipos de reconstrução, a fim de executar exames de PET/CT com baixa posologia atendendo aos critérios de harmonização da EANM.
The PET/CT scanner, the image acquisition and the reconstruction parameters in oncological PET affect the image quality and the quantification of tumor activity. In this work, we presented a method for image acquisition optimization of FDG-F18 PET/CT examinations in solid tumors by using noise metrics in the IEC/NEMA phantom and in the liver of 88 subjects. The Point Spread Function (PSF) reconstruction algorithm, harmonized according to he European Association of Nuclear Medicine (EANM), was used to generate superior images in terms of noise. Then, we used the IEC/NEMA phantom to correlate noise and maximum contrast recovery coefficient (CRCmáx) quantitation measurements which the EANM CRCmáx limits were adopted as criteria to define the optimal relations among acquisition parameters, noise and quantification. Additionally, the noise in the liver of 48 subjects was characterized for OSEM and PSF reconstructions (CRCmáx harmonized) by using clinical count densities typically used in clinical routine. Another set of 40 list mode images from the liver was used to generate 160 images with a wide range count density spectrum in order to understand the noise characteristics in different count density context. Image acquisitions of about 350 MBq.s/kg in the IEC/NEMA phantom presented CRCmáx variability within EANM limits, which corresponds to 8.7% noise in phantom. Such image acquisition parameter provides 7.1% noise in the liver, which might be used as a quality assurance measurement in clinical routine. However, the 200-320 MBq.s/kg range may pose reproducible SUVmáx quantitation since noise in liver was satisfactorily controlled for such count density spectrum. When SUVpeak was used, it presented even better reproducibility, including the 100-200 MBq.s/kg spectrum. The presented method provides the basis to more robust studies to identify the optimal acquisition parameter for different scanners and reconstructions in order to perform low-dose FDF-F18 PET/CT according to EANM harmonization criteria.

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Ginatto, Alex Leal. "Otimização do tempo de vida em redes de sensores sem fio utilizando algoritmo de energia e protocolo difusão direcionada." Universidade de São Paulo, 2008. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18155/tde-30072008-095148/.

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Abstract:

O notável desenvolvimento da indústria eletrônica observado nos últimos tempos tem permitido aplicações de conjuntos integrados de sensores em ambientes sem fio, conhecidos por wireless sensor networks (WSN), que passam por sensoriamento de processos industriais, ambientes tóxicos, projetos militares de monitoração de variáveis de segurança, até observação de fenômenos físicos naturais. Uma das principais especificações de uma rede WSN, o consumo de energia afeta diretamente a capacidade e tempo de vida útil do sistema, pois, na maioria dos casos, seus módulos possuem baterias independentes e sua substituição nem sempre é tarefa simples. Motivado pela necessidade de oferecer robustez e economia de energia nas redes WSN, o protocolo difusão direcionada se baseia na centralização de dados e a identificação de seus módulos é feita por meio de pares valor-atributo. Sua estrutura permite a adição de componentes de software que podem atuar na análise e modificação dos dados recebidos com o objetivo de alterar o protocolo original. O objetivo principal deste trabalho é investigar um método para otimização do uso de energia disponível em redes WSN com intuito de prolongar seu tempo de vida útil. O metódo consiste em analisar os valores das energias atribuídas aos módulos componentes da rede por meio de incorporação de um algoritmo de rotas baseado em energia ao protocolo difusão direcionada. Comparações de desempenho da rede em relação ao seu tempo de vida e energia dos módulos são realizadas utilizando o simulador NS-2. As simulações feitas em diversos cenários indicaram melhoria de desempenho em relação ao protocolo difusão direcionada original. Os cenários onde o protocolo original foi alterado apresentaram um número maior de rotas descobertas e possibilitaram um aumento de pelo menos 22% no tempo de vida da rede, em relação ao protocolo original.
The notable development of electronic industry in the last years allows the implementation of sensor integrated circuits in wireless environments, known as wireless sensor networks (WSN), which leads to industrial process sensing, toxic environments, military security monitor projects and natural physical phenomenon. As one of the main specifications of a WSN network, the energy consumption directly affects the capacity and the system useful lifetime, since most of the time its modules have independent batteries and their substitution is not always a simple task. Motivated by the need of offering robustness and energy economy for WSN networks, the directed diffusion protocol is data-centric based and its modules identification is made by attribute-value pairs. The directed diffusion structure enables the addition of software components which can act on the analysis and modification of received data with the objective of changing the original protocol. The main objective of this work is to investigate a method for optimization of available energy on WSN networks with the intention of increasing its useful lifetime. The method consists on analyzing the energy values attributed to the component modules of the network by incorporating an energy-based routing algorithm to directed diffusion protocol. Performance comparisons of the network related to its lifetime and modules energy are developed using the NS-2 simulator. Simulations performed in several scenarios indicated a better performance in relation to the original directed diffusion protocol. The scenarios where the original protocol was changed had larger number of discovered routes and allowed a rising of at least 22% on network lifetime, in relation to the original protocol.

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Miranda, Daniel Pereira. "Otimização de protocolo para obtenção de cromossomos metafásicos de alta qualidade citogenética em meristemas radiculares de milho (Zea mays)." Universidade Federal de Viçosa, 2017. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/16368.

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Abstract:

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T11:09:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2302689 bytes, checksum: 07773e2aaee1b899425e53723d84faa0 (MD5)
Made available in DSpace on 2018-01-16T11:09:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2302689 bytes, checksum: 07773e2aaee1b899425e53723d84faa0 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
O milho (Zea mays) é considerado uma espécie modelo nos estudos citogenéticos de plantas. Contudo, existem dificuldades em se obter cromossomos metafásicos de qualidade e em quantidade. A sincronização celular com hidroxiureia (HU) seguida da utilização de agentes bloqueadores do ciclo celular sob pressão negativa de vácuo podem ser eficazes para alcançar um alto índice metafásico. Além disso, diferenciar metáfases com cromossomos bloqueados dos não bloqueados é uma prática essencial para se obter cromossomos com morfologia delimitada para a montagem do cariograma. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver um protocolo para obtenção de alto índice metafásico apresentando cromossomos bem distendidos e de qualidade citogenética em quantidades suficientes para serem disponibilizados em aplicações que envolvam técnicas moleculares e genômicas em Zea mays. As raízes de milho foram tratadas no experimento I sem sincronização celular, que consistiu de 4 tratamentos: T1: sem APM e sem pressão negativa de vácuo; T2: sem APM com pressão negativa de vácuo (-570 mmHg); T3: com APM e com pressão negativa de vácuo e T4: com APM sem pressão negativa de vácuo. Os períodos de tempo de cada tratamento foram: 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36 e 40 min. As raízes foram tratadas com Feulgen e em seguida realizou-se a digestão enzimática, esmagamento celular e análise de imagens do material sobre a lâmina. Os experimentos II e III consistiram de células sincronizadas com ação da HU. Após as análises das contagens de células do experimento I, os tempos de 32 minutos com APM com vácuo e 40 minutos com APM sem vácuo foram selecionados para dar continuidade conforme seus os índices mitóticos e metafásicos. Os experimentos II e III consistiram no tempo de recuperação das raízes, porém com a utilização de 1,75mM de HU. Os tempos de recuperação variaram em períodos de 30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270 e 300 minutos com 3 raízes retiradas a cada intervalo de tempo. Os procedimentos de fixação, visualização do DNA, digestão enzimática e esmagamento, captura e análise das imagens seguiram os mesmos passos do experimento I. As raízes absorveram APM suficiente para bloquear o ciclo celular no período de tempo máximo de 40 minutos. Após a sincronização do ciclo celular, a porcentagem média de metáfases aumentou principalmente no tratamento T1 (32 min. com APM e vácuo) do experimento II após 4 horas de recuperação com 33,15 % de metáfases. Foi possível discriminar metáfases bloqueadas das não bloqueadas, com base na morfologia dos cromossomos, constrições bem visíveis e níveis de compactação cromossômica. A pressão negativa de vácuo permitiu obter metáfases em quantidade e qualidade suficientes para serem aplicados em técnicas de bandeamento, análises genômicas e citomoleculares.
Corn (Zea mays) is considered a model species in cytogenetic studies of plants. However, there are difficulties in obtaining metaphasic chromosomes of quality and quantity. The cell synchronization with hydroxyurea (HU) followed using cell cycle blocking agents under negative vacuum pressure may be effective to achieve a high metaphase index. In addition, differentiating metaphases with blocked chromosomes from unlocked chromosomes is an essential practice for obtaining chromosomes with delimited morphology for a cariogram montage. The objective of the present work was to develop a protocol to obtain a high metaphase index presenting well distended and cytogenetic chromosomes in sufficient quantity to be available in applications that involve molecular and genomic techniques in Zea mays. The maize roots were treated without experiment I without cell synchronization, which consisted of 4 treatments: T1: without APM and without negative vacuum pressure; T2: no APM with negative vacuum pressure (-570 mmHg); T3: with APM and with vacuum negative pressure and T4: with APM without negative vacuum pressure. The time periods of each treatment were: 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36 and 40 min. The roots were treated with Feulgen and instead enzymatic digestion, cellular crushing and image analysis of the material on a slide were performed. Experiments II and III consisted of cells synchronized with HU action. After analysis of the cell counts of experiment I, the 32 minute times with APM with vacuum and 40 minutes with APM without vacuum were selected to give continuity according to their mitotic and metaphase indices. Experiments II and III consisted in root recovery time, but with a use of 1.75 mM of HU. The recovery times varied in periods of 30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270 and 300 minutes with 3 roots removed at each time interval. The procedures of fixation, DNA visualization, enzymatic digestion and crushing, capture and analysis of the images were the same as the synchronization. The roots absorbed sufficient APM to block the cell cycle in the maximum time period of 40 minutes After a cell cycle synchronization, a mean percentage of metaphases increased without T1 treatment (32 min with APM and vacuum) from experiment II after 4 hours of recovery with 33.15% of metaphases. It was possible to discriminate blocked metaphases from unlocked ones, based on chromosome morphology, conspicuous constrictions and levels of chromosome compaction. Negative vacuum pressure allowed to obtain metaphases in sufficient quantity and quality to be applied in banding techniques, genomic and cytomological analyzes.

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Ramos, Gonçalo de Brito. "Contributo para o desenvolvimento de um protocolo de análise cinemática para estudo e otimização do swing do golfe em contexto laboratorial." Master's thesis, Instituto Politécnico de Setúbal. Escola Superior de Saúde, 2015. http://hdl.handle.net/10400.26/11116.

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Nery, Caio Vinicius da Silva. "A elaboração de um protocolo de reserva de Concentrado de Hemácias para cirurgias eletivas realizadas em um hospital público do Distrito Federal como ferramenta para otimização do uso racional do sangue." Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17155/tde-13092018-142500/.

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Abstract:

A transfusão de sangue continua a ser uma importante ferramenta terapêutica, porém como qualquer outra, apresenta riscos. O sangue após coletado é processado e origina os hemocomponentes, dentre eles o Concentrado de Hemácias (CH). O CH é o hemocomponente mais utilizado na prática clínica. É indicado para o tratamento de anemias e em casos de hemorragia aguda ocorridas em cirurgia ou em decorrência de doenças ou traumas. Dentre os principais riscos da transfusão de CH estão a aloimunização e as reações transfusionais, imediatas ou tardias. Deve-se avaliar a real necessidade de se transfundir um paciente, principalmente, no período intra operatório. A transfusão de CH no intra operatório está associada a um pior prognóstico, maior tempo de internação, sobrevida menor e aumento do risco de infecção. Este estudo tem por objetivo analisar as solicitações de reserva de CH, e a partir desta análise, elaborar um protocolo de reservas cirúrgicas de CH com a finalidade de determinar o quantitativo de bolsas a serem reservadas ou não para a realização procedimentos cirúrgicos realizados no Hospital Regional de Ceilândia, no Distrito Federal. Para a elaboração do protocolo, foi realizado o levantamento de dados referentes às solicitações de reservas realizadas neste hospital entre março e agosto de 2017. Baseado nestes dados, calculou-se o Índice de Pacientes Transfundidos (IPT) que definiu o percentual das reservas que foram utilizadas. Verificou-se que a maioria das reservas solicitadas não foi utilizada. Do total de 216 pacientes que tiveram reservas preparadas, para as quais foram compatibilizadas 438 bolsas, apenas 48 destas bolsas foram transfundidas, ou seja, somente 10,95%. A partir do resultado do IPT, foi definida uma conduta hemoterápica cirúrgica para cada tipo de cirurgia. E, a partir destas, foi elaborado, um protocolo de reservas de CH para cirurgias, com o intuito de racionalizar a solicitação de reservas para ser implementado no hospital. Podendo assim ser um instrumento, para a equipe médica e para a agência transfusional, contribuindo para a economia de recursos financeiros e de sangue.
Blood transfusion continues to be an important therapeutic tool but it presents risks. The blood after collection is processed originating the blood components, among them the Red blood cells (RBC). RBC is the most widely used blood component in clinical practice. It is indicated for the treatment of anemias and in cases of acute hemorrhage occurring in surgery or due to pathologies or traumas. Among the main risks of RBC transfusion are alloimmunization and transfusion reactions. The actual need to transfuse a patient, especially during the intraoperative period, should be evaluated. Intraoperative RBC transfusion is associated with a worse prognosis, longer length of stay, shorter survival and increased risk of infection. The aim of this study was to analyze the RBC reserve requests and then to elaborate a protocol of RBC surgical reserves in order to determine the quantity of blood bags to be reserved or not for surgical procedures performed at the Regional Hospital de Ceilândia (HRC), in the Federal District. For the elaboration of this protocol, the data of the reservations requests performed in HRC March 2017 to August 2017 was carried out. The transfusion Index was calculated from the data, which defined the percentage of reservations that were used. It was found that most of the requested reserves were not used. Of the total of 216 patients who had prepared reservations, for which 438 bags were compatibilized, only 48 of these bags were transfused, that is, only 10.95%. From the result of the transfusion Index, so for each elective surgical procedures a guide surgical hemotherapy was defined. In addition, a reserve protocol of RBC for surgeries was elaborated, with the purpose of rationalizing the reservation request to be implemented in the hospital. This can be an instrument for the medical team and for the transfusion agency, contributing to the rational use of financial and blood resources.

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Guimarães, Ernesto da Silveira Goulart. "Otimização do protocolo de diferenciação de células-tronco embrionárias murinas para tecido epitelial alveolar em microgravidade modelada utilizando colágeno como matriz de microencapsulamento." Universidade Federal de Juiz de Fora, 2015. https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/143.

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Abstract:

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-09T13:39:55Z No. of bitstreams: 1 ernestodasilveiragoulartguimaraes.pdf: 2498729 bytes, checksum: 6d75444a1433ed6c93931367c98d37a4 (MD5)
Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-09T13:51:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ernestodasilveiragoulartguimaraes.pdf: 2498729 bytes, checksum: 6d75444a1433ed6c93931367c98d37a4 (MD5)
Made available in DSpace on 2015-12-09T13:51:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ernestodasilveiragoulartguimaraes.pdf: 2498729 bytes, checksum: 6d75444a1433ed6c93931367c98d37a4 (MD5) Previous issue date: 2015-03-11
CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
A doença obstrutiva pulmonar crônica é quarta maior causa de morte no mundo. Abordagens utilizando a engenharia de tecidos para tratar tal condição estão ganhando destaque na comunidade acadêmica. Uma fonte viável de células-tronco pluripotentes, assim como protocolos de diferenciação altamente eficientes são necessários para dar sustentação à regeneração do tecido alveolar lesados. O cultivo de células-tronco embrionárias microencapsuladas em hidrogéis tridimensionais em microgravidade modelada recentemente mostrou ser mais eficaz para a diferenciação de células epiteliais alveolares que protocolos bidimensionais padrões. Tendo em vista este protocolo, o objetivo deste trabalho foi de avaliar a influencia de uma nova matriz de encapsulamento feita de colágeno tipo I comparado à matriz de encapsulamento padrão de alginato para diferenciação e crescimento de células tronco embrionárias de camundongos (E14 12 delta S) para um fenótipo de células epiteliais alveolares, utilizando meio condicionado de células A549 como indutor de diferenciação. Foi realizada a caracterização físico-química do novo material hidrogélico (deformação por secagem, percentual de água, análise topográfica e cinética de transporte molecular), determinação do crescimento dos agregados celulares e o numero total final de células viáveis ao final do experimento. Foram analisamos marcadores gênicos de diferenciação para endoderme (FOXA2, SOX17 e CXCR4) e tecido epitelial pulmonar (SPA, SPB e SPC) na metade e ao final do experimento. O novo material apresentou uma capacidade aprimorada de transporte de massas devido à natureza de sua estrutura mais porosa e hidrofílica, com fibras aparentes bem definidas. As células apresentaram uma maior curva de crescimento dentro do novo material assim como maior numero total de células viáveis ao final do experimento. A análise genética de marcadores de endoderme mostrou que a nova matriz de colágeno propicia uma aparente diferenciação mais rápida em endoderme que na matriz de alginato, assim como, inicia mais rapidamente a expressão aparente de marcadores de células epiteliais alveolares (SPA e SPB, mas não SPC). Este trabalho mostra que microcápsulas de colágeno tipo I são aparentemente uma matriz melhor para crescimento e diferenciação em microgravidade modelada de células-tronco embrionárias para a produção in vitro de células epiteliais alveolares. Palavras
Chronic obstructive pulmonary disease is the fourth leading cause of death worldwide. Approaches using tissue engineering to treat this condition have recently gained prominence in the academic community. A viable source of pluripotent stem cells, as well as highly efficient differentiation protocols is needed to support the regeneration of injured alveoli. Culture of embryonic stem cells in three-dimension microencapsulated hydrogels in modeled microgravity has recently been shown to be more effective for the differentiation of alveoli epithelium cells than standard two-dimensional protocols. Given this protocol, the aim of this study was to evaluate the influence of a new encapsulation matrix made of collagen type I compared to standard encapsulation material of alginate for the differentiation and growth of mouse embryonic stem cells (E14 12 delta S) towards alveoli epithelium phenotype using A549-cells conditioned medium as inducer of the differentiation. Was performed a physical-chemical characterization of the new hydrogel material (drying deformation, water percentage, topographical analysis and molecular transport kinetics analysis) as well as the growth of cellular aggregates and total number of viable cells at the end of the experiment. Gene markers were analyzed for endoderm differentiation (FOXA2, SOX17 and CXCR4) and alveoli epithelial tissue (SPA, SPB and SPC) at the middle and at the end of the experiment. The new material shows an enhanced mass transport ability due to its own porously and hydrophilic structure nature with well-defined apparent fibers. Cells exhibited a higher growth curve as well as a higher total number of viable cells at the end of the experiment. Genetic analysis for markers of endoderm showed that new collagen matrix apparently provides a faster endoderm differentiation than the alginate matrix, and starts the apparent expression of alveolar epithelium markers (SPA and SPB, but not SPC) sooner. This work showed that collagen type I microcapsules are apparently a better matrix for growth and differentiation in modeled microgravity of embryonic stem cells for in vitro production of alveolar epithelial cells.

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Vendramin, Ana Cristina Barreiras Kochem. "Cultural GrAnt: um protocolo de roteamento baseado em inteligência coletiva para redes tolerantes a atrasos." Universidade Tecnológica Federal do Paraná, 2012. http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/366.

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Abstract:

Esta tese apresenta um novo protocolo de roteamento voltado para as Redes Tolerantes a Atrasos que exibem comportamentos complexos e dinâmicos. O protocolo proposto chama-se Cultural GrAnt (do inglês Cultural Greedy Ant) uma vez que este utiliza um sistema híbrido composto por um Algoritmo Cultural (AC) e uma versão gulosa da meta-heurística de Otimização por Colônia de Formigas (ACO). No Cultural GrAnt, o ACO representa o espaço populacional de um AC e utiliza uma regra de transição gulosa de modo a intensificar bons caminhos já encontrados ou explorar novos caminhos através da seleção, dentre um conjunto de candidatos, dos nós encaminhadores de mensagens mais promissores. A principal motivação para o uso do ACO é tirar proveito da sua busca baseada em população de indivíduos e da adaptação da sua estrutura de aprendizado. O AC obtém informações durante o processo evolucionário e as utiliza para guiar a população e, então, acelerar o aprendizado enquanto provê soluções mais eficientes. Considerando informações de funções heurísticas, concentração de feromônio e conhecimentos armazenados no espaço de crenças do AC, o protocolo Cultural GrAnt inclui três módulos: roteamento; escalonamento; e gerenciamento de buffer. Esse é o primeiro protocolo de roteamento que emprega ACO e AC de modo a: inferir os melhores encaminhadores de mensagens através de informações oportunistas sobre a conectividade social entre os nós; determinar os melhores caminhos que uma mensagem deve seguir para eventualmente alcançar o seu destino final, enquanto limita o número de replicações e descartes de mensagens na rede; determinar a ordem de escalonamento das mensagens; e gerenciar o espaço de armazenamento do buffer dos nós. O protocolo Cultural GrAnt é comparado com os protocolos Epidêmico e PROPHET em dois cenários de mobilidade distintos: um modelo de movimento baseado em atividades, onde simula-se o dia-a-dia de pessoas em suas atividades de trabalho, lazer e descanso; e um modelo de movimento baseado em comunidades de pessoas. Os resultados de simulações obtidos através do simulador ONE mostram que em ambos os cenários, o protocolo Cultural GrAnt alcança uma taxa mais alta de entrega de mensagens, uma replicação menor de mensagens e um número menor de mensagens descartadas se comparado com os protocolos Epidêmico e PROPHET.
This work presents a new routing protocol for complex and dynamic Delay Tolerant Networks (DTN). The proposed protocol is called Cultural GrAnt (Greedy Ant), as it uses a hybrid system composed of a Cultural Algorithm and a greedy version of the Ant Colony Optimization (ACO) metaheuristic. In Cultural GrAnt, ACO represents the population space of the cultural algorithm and uses a greedy transition rule to either exploit previously found good paths or explore new paths by selecting, among a set of candidates, the most promising message forwarders. The main motivation for using ACO is to take advantage of its population-based search and adaptive learning framework. Conversely, CA gathers information during the evolutionary process and uses it to guide the population and thus accelerate learning while providing more efficient solutions. Considering information from heuristic functions, pheromone concentration, and knowledge stored in the CA belief space, the Cultural GrAnt protocol includes three modules: routing, scheduling, and buffer management. To the best of our knowledge, this is the first routing protocol that employs both ACO and CA to infer the best message forwarders using opportunistic information about social connectivity between nodes, determine the best paths a message must follow to eventually reach its destination while limiting message replications and droppings, and perform message transmission scheduling and buffer space management. Cultural GrAnt is compared to the Epidemic and PROPHET protocols in two different mobility scenarios: an activity-based movement model, which simulates the daily lives of people in their work, leisure and rest activities; and a community-based movement model. Simulation results obtained by the ONE simulator show that, in both scenarios, Cultural GrAnt achieves a higher delivery ratio, lower message replication, and fewer dropped messages than Epidemic and PROPHET.

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Silva, Fábio Henrique da. "Uma abordagem interdisciplinar para agendamento em grupo." [s.n.], 2008. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/276079.

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Abstract:

Orientador: Rogerio Drummond
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação
Made available in DSpace on 2018-09-27T19:03:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_FabioHenriqueda_M.pdf: 2761398 bytes, checksum: 01caa55303be5c4d8030174694cb8caa (MD5) Previous issue date: 2008
Resumo: Agendamento em grupo é uma atividade essencial e contínua. As complexidades na conciliação de agendas de diversas pessoas fazem da administração do tempo um desafio. Ele envolve sofisticados mecanismos de comunicação para suportar compartilhamento de calendários e negociações de agendamento entre usuários de diversos sistemas, compreendendo também a necessidade de reagendamento de compromissos já marcados em favor de outros. Entretanto, faltam soluções que facilitem a coordenação de situações complexas como estas. Com base em uma revisão das abordagens passadas para este problema e seus sucessos e falhas,. uma nova abordagem, interdisciplinar, é apresentada para agendamento em grupo. O desenvolvimento dos protocolos de compartilhamento de calendários e agendamento é analisado, bem como a aplicação de promissoras técnicas nos campos de otimização, inteligência artificial e interfaces. Em direção a uma nova geração de ferramentas de agendamento em grupo mais inteligentes e poderosas que trarão ganhos de produtividade minimizando esforços de coordenação, uma aplicação multidisciplinar de conhecimentos destas áreas é proposto. Extensões para os atuais protocolos de negociação de agendamento são descritas, e as iniciativas de desenvolvimento do iScheduler, uma solução que aplica as melhores práticas identificadas neste estudo, são relatadas
Abstract: Group scheduling is an essential and continuous activity. Complexities on conciliating schedules of several people make time management a challenge. It involves sophisticated communication mechanisms to support calendar sharing and scheduling negotiation among users of diverse systems, also comprising the need of rescheduling meetings in favor of others. However, there is a lack of solutions to ease the coordination of more complex situations like these. Based on a review of past approaches for this problem and their successes and failures, a new, interdisciplinary approach is presented for group scheduling. The development of calendaring and scheduling protocols is reviewed, as well as the application of promising techniques on the fields of optimization, artificial intelligence and interfaces. Towards a new generation of more intelligent and powerful group scheduling tools that will increase productivity by minimizing coordination efforts, a multidisciplinary application of knowledge from these areas is proposed. Extensions for present scheduling negotiation protocols are described, and the initiatives on the development of iScheduler, a solution that applies the best practices identified on this study, are reported.
Mestrado
Sistemas de Informação
Mestre em Ciência da Computação

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Oliveira, Camila Helena Souza. "Gerenciamento Autonômico de Energia em Redes de Sensores Sem Fio Através do Escalonamento de Atividade dos Nós." reponame:Repositório Institucional da UFC, 2011. http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/17478.

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Abstract:

Oliveira, Camila Helena Souza. Gerenciamento Autonômico de Energia em Redes de Sensores Sem Fio Através do Escalonamento de Atividade dos Nós. 2011. 103 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências, Departamento de Computação, Fortaleza-CE, 2011.
Submitted by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-06-07T17:01:05Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_chsoliveira.htm: 516 bytes, checksum: 5f53d35c4f0938cf35fd9c5325cc0b3c (MD5)
Approved for entry into archive by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-06-07T17:01:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_chsoliveira.htm: 516 bytes, checksum: 5f53d35c4f0938cf35fd9c5325cc0b3c (MD5)
Made available in DSpace on 2016-06-07T17:01:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_chsoliveira.htm: 516 bytes, checksum: 5f53d35c4f0938cf35fd9c5325cc0b3c (MD5) Previous issue date: 2011
he evolution and development of new devices, increasingly cheaper and more efficient, expanded the use of Wireless Sensor Networks (WSN) and encouraged the creation of new applications in the contemporary scenery of Ubiquitous and Pervasive Computing. However, energy limitation remains a challenge in the field of WSN. This situation is aggravated even more by the infeasibility of energy recharge since, in many cases, WSN are used in inaccessible enviroments. With cheapness devices used in WSN, became easier to employ dense and large-scale networks in environments that will be monitored. The use of dense networks, which have a high degree redundancy of nodes, allows the network remains functional even with the exhaustion of some nodes. In addition to provide fault tolerance, the use of very dense networks offer the opportunity of implementing scheduling mechanisms for redundant nodes, in a way that the network lifetime is even better optimized. Assuming a scenery with very dense networks, this dissertation describes the implementation of an autonomic scheduling mechanism, simple, robust and scalable, in order to further improve the results already presented by BiO4SeL, which is a routing protocol based on Ant Colony and designed to maximize the network lifetime. The results show that the new scheduling scheme effectively improves the WSN lifetime based on BiO4SeL in dense scenarios.
A evolução no desenvolvimento de novos dispositivos, cada vez mais baratos e eficientes, expandiu o uso das Redes Sensores Sem Fio (RSSF) e incentivou a criação de novas aplicações, no cenário contemporâneo da Computação Ubíqua e Pervasiva. No entanto, a limitação de energia continua sendo um desafio na área de RSSF. Essa situação é agravada ainda mais pela a inviabilidade de recarga de energia já que, em muitos casos, as RSSF são utilizadas em ambientes inacessíveis. Com o barateamento dos dispositivos utilizados nas RSSFs, ficou mais fácil empregar redes muito densas e de larga escala nos ambientes a serem monitorados. O emprego de redes densas, que apresentam alto grau de redundância dos nós, permite que a rede continue funcional mesmo com a exaustão de alguns nós. Além de oferecer tolerância a falhas, o uso de redes muito densas oferece a oportunidade da implementação de mecanismos de escalonamento dos nós redundantes, de forma que o tempo de vida da rede seja ainda melhor otimizado. Assumindo um cenário com rede muito densas, este trabalho descreve a implementação de um mecanismo de escalonamento autonômico, simples, robusto e escalável, com o objetivo de melhorar ainda mais os resultados já apresentados pelo BiO4SeL, um protocolo de roteamento baseado em Colônia de Formigas e desenvolvido para maximizar o tempo de vida da rede. Os resultados mostram que o novo esquema de escalonamento efetivamente melhora o tempo de vida de uma RSSF baseada no BiO4SeL em cenários densos.

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Cás, Elias Vergílio da. "PROPOSTA PARA OTIMIZAÇÃO DE PROTOCOLOS DE EXAMES EM TOMOGRAFIA COMPUTADORIZADA, VISANDO A REDUÇÃO DAS DOSES DE RADIAÇÃO DOS PACIENTES." Universidade Federal de Santa Maria, 2011. http://repositorio.ufsm.br/handle/1/8213.

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Abstract:

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
The challenge for professional physicists, doctors and technicians and to identify the limits of acceptable image quality of the procedures to minimize the radiation dose to patients subjected. The definition of image quality should extend to matters of view of lesions to optimize the dose of radiation. (Kalra et al, 2004, p. 620). In this paper, the proposed optimization of the protocols provided by manufacturers of equipment for computed tomography (CT), give yourself to the reduction of transportable cargo (MAS) suggested by the manufacturers. The proposed new MAS, or optimized to be found by the intersection of two curves, which correlate dose levels and noise, plotted on the y axis, with the MAS, the x-axis Two devices were studied with computed tomography protocols optimized. Equipment has a single section (single slice) and the other multiple sections (multi-slice). The optimization was carried out in the protocols correspond to the skull by larger percentages of examinations. The quality of images of original and optimized protocols was analyzed quantitatively and qualitatively. Quantitatively, we analyzed the relation to noise (ASD), the High Spatial Resolution Contrast (HSRC), the spatial resolution of low contrast (SRLC) and Signal to Noise Ratio (SNR). From a qualitative (images) analyzed the noise (phantom water), the HSRC (phantom) and SRLC (phantom). Concurrently, we estimated the amount of heat generated in the X-ray tube. For the protocol 1∆ original, but 250 mAs, the CTDIVol, Exp was 33.19. For the protocol 1∆ optimized for 235 mAs, the CTDIVol, Exp was 31.37. 2∆ for the original protocol, but in 250, the CTDIVol, Exp was 33.96. For the protocol optimized for 235 mAs, the CTDIVol, Exp was 32.96. For the protocol 3∆ original, but 150, the CTDIVol, Exp was 18.28. For the protocol 3∆ optimized for 143 MAS, the CTDIVol, Exp was 16.63. For the protocol 4∆ original, but 150, the CTDIVol, Teo was 39.90. For the protocol optimized 4∆, 135 mAs, the CTDIVol, Exp was 28.29. For protocol 5∆ original, but 380, the CTDIVol, Exp was 40.97. For protocol 5∆ optimized for 367 mAs, the CTDIVol, Teo was 44.66. For protocol 6∆ original of 190 mAs, the CTDIVol, Exp was 20.04. For protocol 6∆ optimized for 178 mAs, the CTDIVol, Exp was 18.66. The protocols were already with low mAs, the technique used to find the optimal mAs provided noise levels that have not harmed the image quality, there was a natural increase in noise with decreasing mAs, however, that amount was found acceptable, as can be seen in the images obtained.
O desafio para os profissionais físicos, físicos médicos, médicos é técnicos em radiologia é identificar os limites aceitáveis de qualidade de imagem dos procedimentos de modo a minimizar a dose de radiação submetida aos pacientes. A definição da qualidade de imagem deve estender-se às questões de visualização das lesões para otimizar a dose da radiação (KALRA et al, 2004, p. 620). Neste trabalho, a proposta de otimização dos protocolos fornecidos pelos fabricantes de equipamentos de Tomografia Computadorizada (TC), dar-se-à pela redução das cargas transportáveis (mAs) sugeridas pelos fabricantes. Os novos mAs propostos, ou seja, otimizados, serão encontrados pela intersecção de duas curvas, que correlacionam níveis de dose (IDTCVol,Exp) e de ruído (MDP), plotados no eixo y, com o mAs, eixo x. Dois equipamentos de tomografia computadorizada foram estudados com os protocolos otimizados. Um dos equipamentos possui secção única (single slice) e o outro múltiplas secções (multi slice). A otimização foi realizada nos protocolos crânio por corresponderem aos maiores porcentuais de exames. A qualidade das imagens dos protocolos originais e otimizados foi analisada de forma quantitativa e qualitativa. De forma quantitativa analisou-se, a relação ao ruído (MDP), a Resolução Espacial de Alto Contraste (REAC), a Resolução Espacial de Baixo Contraste (REBC) e a Relação Sinal Ruído (RSR). De forma qualitativa (imagens) analisou-se o ruído (phantom com água), a REAC (phantom) e a REBC (phantom). Concomitantemente, foi estimada a quantidade de calor gerado no tubo de raios X. Para o protocolo 1∆ original, mAs de 250, o IDTCvol,Exp foi de 33,19. Para o protocolo 1∆ otimizado, mAs de 235, o IDTCvol,Exp foi de 31,37. Para o protocolo 2∆ original, mAs de 250, o IDTCvol,Exp foi de 33,96. Para o protocolo otimizado, mAs de 235, o IDTCvol,Exp foi de 32,96. Para o protocolo 3∆ original, mAs de 150, o IDTCvol,Exp foi de 18,28, Para o protocolo 3∆ otimizado, mAs de 143, o IDTCvol,Exp foi de 16,63. Para o protocolo 4∆ original, mAs de 150, o IDTCvol,Exp foi de 39,48. Para o protocolo 4∆ otimizado, mAs de 135, o IDTCvol,Exp foi de 28,29. Para o protocolo 5∆ original, mAs de 380, o IDTCvol,Exp foi de 40,97. Para o protocolo 5∆ otimizado, mAs de 367, o IDTCvol,Exp foi de 38,57. Para o protocolo 6∆ original, mAs de 190, o IDTCvol,Exp foi de 20,04. Para o protocolo 6∆ otimizado, mAs de 178, o IDTCvol,Exp foi de 18,66. Os protocolos já encontravam-se com valores baixos de mAs, a técnica utilizada para encontrar o mAs otimizado forneceu valores de ruído que não prejudicaram a qualidade da imagem, houve um aumento natural do ruído com a diminuição do mAs, porém, essa quantidade encontrada foi aceitável, como pode ser visualizado pelas imagens obtidas.

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Hirata, Renato. "Otimizando servidores web de alta demanda." [s.n.], 2002. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/276488.

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Abstract:

Orientador : Paulo Licio de Geus
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação
Made available in DSpace on 2018-08-01T14:55:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hirata_Renato_M.pdf: 5857741 bytes, checksum: 8e1fa8af7605a4c06b6ef0174dc317a5 (MD5) Previous issue date: 2002
Resumo: Com o explosivo crescimento da Web, sua popularização e sua grande importância como meio de comunicação global, cada vez mais a atenção se volta para questões de desempenho. Pelo fato de ser um serviço relativamente recente, são poucos os estudos que abordam de modo geral todos os fatores que influenciam no seu desempenho e como tais fatores estão inter-relacionados. Assim, o objetivo deste trabalho é abordar o problema de desempenho na Web como um todo, levantando e analisando todos os componentes relacionados, fornecendo embasamento teórico para o entendimento desses tópicos e apresentando suas possíveis soluções, de forma a cobrir esta lacuna na bibliografia existente. Em especial, se concentra em tópicos de software na porção servidora de sistemas de grande demanda. Como resultado, o leitor encontrará um texto único na otimização servidores de grande porte, que é um trabalho de referência e ao mesmo tempo um guia de otimização
Abstract: With the Web explosive growth, its popularization and its great importance as a way of global communication, more and more attention is devoted to its performance issues. Due to the Web being a relatively new service, very few works approach the issue of performance affecting factors in a broad sense, as well as their inter-relationship. The goal of this work is to fill that gap by enumerating and analyzing every component that affects Web performance. This is done by covering theoretical issues for a clear understanding of all topics involved and by presenting possible solutions and suggestions. The main focus of this work is on the server portion of high performance systems. As a result, the reader will find a unique text on optimizing performance of very large Web sites, that is both a reference work and a tuning guide
Mestrado
Mestre em Ciência da Computação

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Vedovato, Nádia Pita Figueiredo [UNESP]. "Otimização de protocolos de germinação in vitro de pinhão-manso (Jatropha curcas L.)." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2011. http://hdl.handle.net/11449/92651.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-29Bitstream added on 2014-06-13T20:54:09Z : No. of bitstreams: 1 vedovato_npf_me_jabo.pdf: 472091 bytes, checksum: 2541548e6ff5199c3f8bd4fe048ab8f9 (MD5)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma oleaginosa da família Euphorbiaceae, que se destaca pelo seu grande potencial sócio econômico e como uma excelente alternativa para a produção de biodiesel. O presente trabalho teve como objetivo principal a padronização e otimização de protocolos de cultivo in vitro para embriões e sementes com adição dos suplementos complexo vitamínico e ácido giberélico em meio MS, visando a obtenção de plântulas assépticas para a extração de explantes que serão utilizados em outros processos de cultura de tecidos e transformação genética para a produção futura de mudas comerciais padronizadas. No primeiro experimento com embriões, em meio MS com sacarose e ágar foram acrescidas várias dosagens de um complexo vitamínico (0,0; 0,5; 1,0; 2,0; 3,0 e 4,0 ml.L-1) e após duas semanas do estabelecimento, dez variáveis foram analisadas. Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância, e as variáveis significativas tiveram suas médias comparadas pelo teste Tukey (5%) e algumas pela regressão polinomial. Os resultados indicaram que a adição de vitaminas ao meio de cultura não é essencial para a germinação e crescimento inicial. No entanto, para a formação de raízes, a presença do complexo vitamínico forneceu incrementos nos resultados. A presença de folhas também respondeu positivamente com o aumento da dosagem de vitaminas. No segundo experimento com as sementes, várias dosagens de ácido giberélico GA3 (0,0; 1,0; 2,0; 4,0; 6,0 e 8,0 mg.L-1) foram acrescentadas em meio MS com sacarose e ágar e após duas semanas dez variáveis foram analisadas. Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância...
The phisic nut (Jatropha curcas L.) is an oil family Euphorbiaceae, which is distinguished by its great potential economic partner and as an excellent alternative to produce biodiesel. The present work had as main objective the standardization and optimization of protocols for in vitro embryos and seeds with the addition of multivitamin supplements and gibberellic acid on MS medium, in order to obtain seedlings for the extraction of aseptic explants to be used in other processes of tissue culture and genetic transformation for the future production of standard commercial seedlings. In the first experiment with embryos in MS medium with sucrose and agar were added various doses of a vitamin complex (0.0, 0.5, 1.0, 2.0, 3.0 and 4.0 ml.l-1) and after two weeks of the establishment, ten variables were analyzed. We used a completely randomized design with four replications. Data were subjected to analysis of variance, and the significant variables had their means compared by Tukey test (5%) and some by polynomial regression. The results indicated that the addition of vitamins to the culture medium is not essential for germination and early growth. However, for root formation, the presence of vitamin complex increments provided in the results. The presence of leaves also responded positively by increasing the dosage of vitamins. In the second experiment with the seeds, various doses of gibberellic acid GA3 (0.0, 1.0, 2.0, 4.0, 6.0 and 8.0 mg.L-1) were added in MS medium with sucrose and agar, and after two weeks ten variables were analyzed. We used a completely randomized design with four replications. Data were subjected to analysis of variance, and the significant variables had their means compared by Tukey test (5%) and some by polynomial regression, as in the first experiment. The results indicated that the... (Complete abstract click electronic access below)

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Vedovato, Nádia Pita Figueiredo. "Otimização de protocolos de germinação in vitro de pinhão-manso (Jatropha curcas L.) /." Jaboticabal : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/92651.

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Resumo: O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma oleaginosa da família Euphorbiaceae, que se destaca pelo seu grande potencial sócio econômico e como uma excelente alternativa para a produção de biodiesel. O presente trabalho teve como objetivo principal a padronização e otimização de protocolos de cultivo in vitro para embriões e sementes com adição dos suplementos complexo vitamínico e ácido giberélico em meio MS, visando a obtenção de plântulas assépticas para a extração de explantes que serão utilizados em outros processos de cultura de tecidos e transformação genética para a produção futura de mudas comerciais padronizadas. No primeiro experimento com embriões, em meio MS com sacarose e ágar foram acrescidas várias dosagens de um complexo vitamínico (0,0; 0,5; 1,0; 2,0; 3,0 e 4,0 ml.L-1) e após duas semanas do estabelecimento, dez variáveis foram analisadas. Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância, e as variáveis significativas tiveram suas médias comparadas pelo teste Tukey (5%) e algumas pela regressão polinomial. Os resultados indicaram que a adição de vitaminas ao meio de cultura não é essencial para a germinação e crescimento inicial. No entanto, para a formação de raízes, a presença do complexo vitamínico forneceu incrementos nos resultados. A presença de folhas também respondeu positivamente com o aumento da dosagem de vitaminas. No segundo experimento com as sementes, várias dosagens de ácido giberélico GA3 (0,0; 1,0; 2,0; 4,0; 6,0 e 8,0 mg.L-1) foram acrescentadas em meio MS com sacarose e ágar e após duas semanas dez variáveis foram analisadas. Foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The phisic nut (Jatropha curcas L.) is an oil family Euphorbiaceae, which is distinguished by its great potential economic partner and as an excellent alternative to produce biodiesel. The present work had as main objective the standardization and optimization of protocols for in vitro embryos and seeds with the addition of multivitamin supplements and gibberellic acid on MS medium, in order to obtain seedlings for the extraction of aseptic explants to be used in other processes of tissue culture and genetic transformation for the future production of standard commercial seedlings. In the first experiment with embryos in MS medium with sucrose and agar were added various doses of a vitamin complex (0.0, 0.5, 1.0, 2.0, 3.0 and 4.0 ml.l-1) and after two weeks of the establishment, ten variables were analyzed. We used a completely randomized design with four replications. Data were subjected to analysis of variance, and the significant variables had their means compared by Tukey test (5%) and some by polynomial regression. The results indicated that the addition of vitamins to the culture medium is not essential for germination and early growth. However, for root formation, the presence of vitamin complex increments provided in the results. The presence of leaves also responded positively by increasing the dosage of vitamins. In the second experiment with the seeds, various doses of gibberellic acid GA3 (0.0, 1.0, 2.0, 4.0, 6.0 and 8.0 mg.L-1) were added in MS medium with sucrose and agar, and after two weeks ten variables were analyzed. We used a completely randomized design with four replications. Data were subjected to analysis of variance, and the significant variables had their means compared by Tukey test (5%) and some by polynomial regression, as in the first experiment. The results indicated that the... (Complete abstract click electronic access below)
Orientador: Antônio Orlando Di Mauro
Coorientador: Sandra Helena Unêda-Trevisoli
Banca: Bianca Waléria Bertoni
Banca: Jesus Aparecido Ferro
Mestre

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Souza, Ana Liza Paz. "Otimização de protocolos de criopreservação do sêmen de catetos (Pecari tajacu LINNEAUS, 1758)." Universidade Federal Rural do Semi-Árido, 2015. http://bdtd.ufersa.edu.br:80/tede/handle/tede/311.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2016-08-15T20:27:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaLPS_DISSERT.pdf: 2906365 bytes, checksum: 9332744a34f68778b08f8668337ce882 (MD5) Previous issue date: 2015-02-10
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
The present thesis had as objective optimized peccaries semen cryopreservation protocols (Pecari tajacu). Therefore, adult animals were used originated from the Multiplication Center of Wild Animals (CEMAS) of the Federal Rural University of the Semi-Arid (UFERSA), which semen was collected by electroejaculation and immediately evaluated. The first experiment aimed at evaluating the effect of low-density lipoprotein (LDL) purified in relation to egg yolk (G) and defines the ideal concentration (20%, 10% and 5%) for semen cryopreservation in peccaries. After the data analysis it was found that LDL (20%) can be used to replace egg yolk having been verified 36.4 ± 5.3 and 21.8 ± 6.9% of the total sperm motility after thawing, respectively. The second experiment evaluated the action of Aloe vera gel (AV) both refrigeration and in the peccaries of semen freezing in different concentrations (20%, 10%, 5%) or associated with egg yolk (10%:10%). It was found that Aloe vera gel (20%) proved to be efficient cooling at 5 ° C, maintaining the longevity of sperm for up to 48 hours of total motility assessment having a 54.2 ± 21.3%; as the cryopreservation process, it was found that the use of Aloe vera 20% can replace egg yolk, but its association with gem promoted better preservation of viability (32.7 ± 2.3%), osmotic response (37.8 ± 4.2%) and membrane integrity (40.2 ± 3.1). In the third experiment evaluated the addition of the action (0.5% and 1.0%) of base detergent sodium dodecyl sulfate (SDS), Equex ® STM, the peccaries of semen. However, it was observed that, at any concentration proposal was effective in increasing the longevity of sperm cell peccaries over 15 minutes as previously described for the species. The experiments have been sufficient to answer the hypotheses and are useful for the improvement of semen cryopreservation protocols of collared peccary (Pecari tajacu)
A presente tese teve como objetivo aperfeiçoar protocolos de criopreservação de sêmen de catetos (Pecari tajacu). Para tanto, foram utilizados animais adultos oriundos do Centro de Multiplicação de Animais Silvestres (CEMAS) da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (UFERSA), cujo sêmen foi coletado por eletroejaculação e imediatamente avaliado. O primeiro experimento objetivou avaliar o efeito da lipoproteína de baixa densidade (LDL) purificada, em relação à gema de ovo (G) e determinar a concentração ideal (20%, 10% e 5%) para criopreservação de sêmen em catetos. Após a análise dos dados verificou-se que a LDL (20%) pode ser utilizada em substituição à gema de ovo, tendo sido verificados 36.4±5.3% e 21.8±6.9 de motilidade espermática total após a descongelação, respectivamente. No segundo experimento, avaliou-se a ação do gel de Aloe vera (AV) tanto na refrigeração quanto na congelação do sêmen de catetos, em diferentes concentrações (20%, 10%, 5%) ou associado à gema de ovo (10%:10%). Verificou-se que o gel de Aloe vera (20%) se mostrou eficiente para a refrigeração a 5°C, mantendo a longevidade espermática por até 48 horas de avaliação apresentando uma motilidade total de 54.2±21.3%; quanto ao processo de criopreservação, verificou-se que o uso de Aloe vera a 20% pode substituir a gema de ovo, porém a associação desta com a gema promoveram a melhor preservação da viabilidade (32.7±2.3%), resposta osmótica (37.8±4.2%) e integridade de membrana (40.2±3.1). No terceiro experimento verificou-se a ação da adição (0,5% e 1,0%) do detergente a base de dodecil sulfato de sódio (SDS), Equex ® STM, no sêmen de catetos. Entretanto, observou-se que este, em nenhuma concentração proposta, foi eficiente em aumentar a longevidade da célula espérmática de catetos além dos 15 minutos, conforme previamente descrito para a espécie. Os experimentos realizados foram suficientes a responder as hipóteses propostas, sendo úteis para o aperfeiçoamento de protocolos de criopreservação de sêmen de catetos (Pecari tajacu). Palavra Chave: Cateto, Criopreservação de sêmen, Lipoproteína de baixa Densidade, Dodecil Sulfato de Sódio, Gel de Aloe vera

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Kofuji, Jussara Marândola. "Método otimizado de arquitetura de coerência de cache baseado em sistemas embarcados multinúcleos." Universidade de São Paulo, 2011. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3142/tde-03042012-082623/.

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Abstract:

A tese apresenta um método de arquitetura de coerência de cache especializado por sistemas embarcados. Um das contribuições principais deste método é apresentar uma proposição de arquitetura CMP de memória compartilhada orientada a padrões de acesso a memória e de um protocolo de coerência híbrido. A contribuição principal é a especificação do novo componente de hardware, chamado tabela de padrões, o qual é validado por representação formal e pela implementação da estrutura da tabela de padrões. A partir desta tabela foi desenvolvido um modelo de transação de mensagens do protocolo híbrido que diferencia as mensagens em clássicas e especulativas. A contribuição final apresenta um modelo analítico do custo efetivo de desempenho do protocolo híbrido.
This thesis presents the optimized method of cache coherent architecture based on embedded systems. The main contribution of this method presents the proposal of shared memory architecture CMP oriented by memory access patterns and cache coherent hybrid protocol. The cache coherent architecture provided the hardware specification called pattern table which can be validated by formal representation and the first implementation of pattern table. Through pattern table was developed the model of messages transaction to hybrid protocol witch differ the messages in classical and speculative. The final contribution presents the analytic model of effective cost of hybrid protocol performance.

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Loboschi, Edwin Mauricio. "Criação de um ambiente tecnico-artistico integrado utilizando fundamentalmente o sistema MIDI e otimização da linguagem." [s.n.], 1993. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/259264.

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Abstract:

Orientador: João Baptista Yabu-Uti
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica
Made available in DSpace on 2018-07-18T14:01:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Loboschi_EdwinMauricio_M.pdf: 8333548 bytes, checksum: 75c71fe45c916cc1d3721a601fd42fad (MD5) Previous issue date: 1993
Resumo: Consultando revistas técnicas, livros e dicionários especializados, publicações científicas, manuais de equipamentos e softwares, foram agrupadas neste trabalho várias características do Sistema MIDI que compõem hardware padrão e protocolo de transmissão. Também foram comentados os sistemas de sincronismo pré e pós MIDI utilizados nos estúdios. Um laboratório foi montado, interligando convenientemente dois teclados multitimbrais, um sampler, um processador de efeitos e um microcomputador com software musical que seqüenciou o conjunto. Um teclado analógico também foi utilizado como fonte sonora para obtenção de amostras e comparação com o original analógico. Dois protótipos simples de misturadores de áudio foram desenvolvidos com obtenção de resultados interessantes e foi feita uma descrição geral do laboratório com variantes de operação e procedimentos obrigatórios ... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital
Mestrado
Mestre em Engenharia Elétrica

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Bortoleto, Daniel Armelim. "Avaliação da heterogeneidade da bauxita de Juruti (PA) visando à otimização de protocolos de amostragem." Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3134/tde-29122015-151004/.

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Abstract:

O controle de qualidade na indústria mineira visa à extração de recursos naturais com confiabilidade e efetividade a um custo mínimo. A compreensão e a aplicação da teoria da amostragem (Theory of Sampling ou TOS), desenvolvida por Pierre Gy, de forma integrada ao gerenciamento do processo, são essenciais para alcançar esse objetivo. Por este motivo, ressalta-se a importância de expor os benefícios de uma amostragem correta a todos os níveis hierárquicos de um empreendimento mineiro, a fim de se obter o engajamento da equipe técnica e operacional, assim como o orçamento necessário para financiar treinamentos e compra de equipamentos adequados para uma amostragem precisa e acurada. Uma amostra jamais apresentará características idênticas àquelas do material de origem, devido à existência do erro fundamental de amostragem, que está associado à heterogeneidade constitucional do material. Ainda existem os demais erros que surgem no decorrer das operações de amostragem, como, por exemplo, o erro de segregação e agrupamento, associado à heterogeneidade distribucional e onde a força da gravidade assume papel preponderante. Cada etapa do processo de amostragem gera um erro que deve ser conhecido para a determinação da confiabilidade das estimativas. Neste contexto, os testes de heterogeneidade são uma ferramenta imprescindível para adquirir o conhecimento sobre a variabilidade natural da jazida e para conduzir a amostragem de uma forma correta, gerando amostras representativas. O presente trabalho estuda a heterogeneidade do minério de alumínio da região oeste do Pará, a partir dos resultados obtidos em diferentes experimentos descritos na literatura com base na teoria da amostragem. Os resultados dos experimentos permitem, então, otimizar os protocolos de amostragem, assim como determinar as massas mínimas representativas para amostras de bauxita.
Quality control in the mineral industry context is directed to extraction of natural resources with reliability, effectiveness and minimum cost. The understanding and application of the Theory of Sampling (TOS), developed by Pierre Gy, integrated with, process management are essential for reaching this objective. For this reason, it is important that all levels of personnel in a mining enterprise are made aware of the benefits of correct sampling so as to gain the engagement of the technical and operational team and equally, the necessary budget for training and purchase of appropriate equipment for sampling that is precise and accurate. Samples will never present exactly the same characteristics as the lot from which they originate because of the constitutional heterogeneity which generates the fundamental sampling error. Other errors arise in sampling operations; for example, the grouping and segregation errors related to distributional heterogeneity, where gravity assumes the most important role. Each stage of the sampling process produces an error which must be known for determining the reliability of the estimates. In this context, the heterogeneity tests are an essential tool for knowing the natural variability of the deposit, and to conduct sampling in a correct manner to generate representative samples. The present work studies the heterogeneity of the aluminum ore in western Pará, based on the results of different heterogeneity experiments described by the TOS. Results allow the optimization of sampling protocols as well as the determination of the minimum masses representative samples of bauxite.

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Garcia, Henrique Domingues. "Uma metodologia de otimização de roteamento com OSPF para tráfego de vídeo autossimilar." reponame:Repositório Institucional da UnB, 2015. http://dx.doi.org/10.26512/2015.09.D.19811.

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Abstract:

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2015.
Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-03-08T20:32:53Z No. of bitstreams: 1 2015_HenriqueDominguesGarcia.pdf: 3010082 bytes, checksum: e6564015e1b7fbb36c0f633990fb3005 (MD5)
Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-03-31T10:48:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_HenriqueDominguesGarcia.pdf: 3010082 bytes, checksum: e6564015e1b7fbb36c0f633990fb3005 (MD5)
Made available in DSpace on 2016-03-31T10:48:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_HenriqueDominguesGarcia.pdf: 3010082 bytes, checksum: e6564015e1b7fbb36c0f633990fb3005 (MD5)
Este trabalho apresenta uma metodologia de engenharia de tráfego que tem como objetivo otimizar o custo do enlace de protocolos tradicionais de roteamento tais como o OSPF (Open Shortest Path First), a partir da otimização de métricas baseadas na utilização e na característica do tráfego do enlace. Foi utilizado um modelo de programação linear extraído da curva do atraso máximo do enlace calculado com o FEP (Fractal Envelope Process). Os resultados mostram que para o tráfego de vídeo que possui um alto grau de autossimilaridade, é necessário preservar a utilização média do enlace abaixo de 25\% para obter valores de atrasos compatíveis com os requerimentos de QoS (Quality of Service) da aplicação.
This paper presents a traffic engineering methodology that aims to optimize the link cost of traditional routing protocols such as OSPF (Open Shortest Path First) using link metrics based on the link load and traffic characteristics. We propose a linear programming model based on the maximum delay curve of the link calculated by the FEP (Fractal Envelope Process). The results show that for video traffic that has a high degree of self-similarity, the average link utilization must be below 25% to archive delay values compatible with the QoS requirements (Quality of Service) of the application.

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Mudry, Clarissa de Souza. "Otimização de protocolos de indução da embriogênese somática em cultivares de cana-de-açucar (Saccharum spp.)." reponame:Repositório Institucional da UFPR, 2013. http://hdl.handle.net/1884/32562.

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Abstract:

Resumo: A cana-de-açúcar é uma das culturas mais plantadas no mundo e o Brasil é o maior produtor e exportador de açúcar. Pensando no aumento dessas exportações, pesquisas vêm sendo realizadas para se conseguir cultivares mais resistentes a pragas e intempéries. Uma possibilidade é a transformação genética, porém são necessários aperfeiçoar os protocolos existentes de regeneração in vitro de plantas, pois cada cultivar de cana-de-açúcar responde de forma distinta em meio nutritivo. Nesse contexto, experimentos para obtenção de calos embriogênicos foram realizados, a fim de possibilitar estudos posteriores de transformação genética da cultura por biobalística. Diante disso, objetivou-se estabelecer protocolos de regeneração in vitro para três cultivares e um clone de cana-de-açúcar, visando a obtenção de calos embriogênicos. Sendo assim, os experimentos foram realizados em etapas, testando cinco concentrações de 2,4-D (1, 3, 9, 16 e 27 ?M) em RB986419 e RB966928. Para o cultivar RB855156, analisou-se a influencia da luminosidade e três concentrações de 2,4-D (3, 9 e 16 ?M) sobre a formação de calos embriogênicos. Testes com diferentes meios de cultura (MS, MS/2 e MS/Fe) em cinco concentrações de 2,4-D (1, 3, 9, 16 e 27 ?M) foram realizados no cultivar RB72454. Pôde-se concluir que a utilização de 9 ?M para RB986419 e 16 ?M de 2,4-D para o cultivar RB966928 propiciaram maiores formações de calos embriogênicos e regeneração de plantas. O cultivar RB855156 tem maiores porcentagens de formação da embriogênese somática no escuro, com reduzida oxidação dos explantes. A calogênese do cultivar RB72454 é mais facilmente obtida em meio de cultura com a redução dos macro e micronutrientes em concentrações de 9 e 16 ?M de 2,4-D.

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Maués, Nadine Helena Pelegrino Bastos. "Otimização de protocolos de abdômen-pelve em tomografia computadorizada multislice utilizando associações de avaliações subjetivas e objetivas." Botucatu, 2017. http://hdl.handle.net/11449/152050.

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Orientador: Diana Rodrigues de Pina
Resumo: A tomografia computadorizada (TC) é amplamente utilizada no diagnóstico e estadiamento de patologias da região de abdômen-pelve devido a sua alta sensibilidade e especificidade. A possibilidade de adquirir maior número de imagens em menor tempo e a maior disponibilidade de equipamentos levaram a um aumento significativo dos exames de TC e consequente aumento das doses efetivas globais fornecidas por esta modalidade. Desta forma, foram desenvolvidas ferramentas que buscam reduzir as doses de radiação dos exames sem perda da qualidade da imagem. Uma destas ferramentas é a modulação automática da corrente do tubo (automatic tube current modulation – ATCM), que permite a obtenção de exames que concordam com o princípio ALARA (as low as reasonably achievable). O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade da imagem e as doses de radiação de diferentes protocolos de TC de abdômen-pelve com a ferramenta ATCM. Foram avaliados cinco protocolos de TC de abdômen-pelve com a ferramenta ATCM em dois tomógrafos distintos, um 16-canais e um 64 canais. Foi utilizado um fantoma antropomórfico para avaliações dosimétricas e um fantoma analítico para avaliações objetivas de qualidade da imagem. Para a análise subjetiva da qualidade da imagem, foram utilizados 15 exames retrospectivos de pacientes submetidos a TC de abdômen-pelve. Estes exames foram avaliados por um radiologista com experiência na área de tomografia de abdômen. As três análises forneceram informações que possibilitaram a escol... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Mestre

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Stefenon, Valdir Marcos. "Adaptação e otimização de protocolos para a extração de DNA e para marcadores moleculares em Araucaria angustifolia." Florianópolis, SC, 2003. http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/85365.

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Abstract:

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia.
Made available in DSpace on 2012-10-20T17:57:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 191341.pdf: 1032344 bytes, checksum: 181147078a68df06b4226956b74fa506 (MD5)
O presente trabalho apresenta os resultados referentes à otimização de um protocolo para a extração de DNA a partir de acículas de plantas adultas de Araucaria angustifolia e critérios para o armazenamento e conservação do material vegetal, além da otimização e adaptação de protocolos para as técnicas RAPD e AFLP, bem como o teste de transferibilidade de iniciadores para marcadores microssatélites de Pinus sp para A. angustifolia. A capacidade informativa destes marcadores para análise da diversidade genética de A. angustifolia foi testada em uma população natural do Parque Ecológico Municipal de Lages/SC, a qual já havia sido estudada com marcadores isoenzimáticos e RFLP-PCR. Observou-se que o acondicionamento e armazenamento das acículas é um fator crucial para a qualidade do DNA extraído. A quantidade de DNA obtido nas extrações variou entre 66 a 400 mg por grama de tecido, com um valor médio de 147,3 mg para os materiais acondicionados em sílica gel. Materiais acondicionados em caixas térmicas com gelo resultaram em DNA com qualidade inferior, com uma média de 137,3 mg. Materiais armazenados por até três meses a -20°C resultaram em menor quantidade de DNA, com qualidade inferior. O protocolo otimizado resultou em DNA com baixa contaminação por proteínas, com razão OD260/OD280 entre 1,7 e 2,0 em 80% das amostras analisadas. Com o protocolo otimizado para a técnica RAPD, 10% dos iniciadores utilizados revelaram polimorfismo quando testados em indivíduos de duas populações, todavia, apenas 7,5% revelaram polimorfismo quando somente a população de Lages foi analisada. Os seis iniciadores utilizados revelaram 18 bandas polimórficas. O protocolo adaptado para a técnica AFLP possibilitou um número variável de bandas polimórficas, entre nenhuma e 29 bandas, dependendo da combinação de iniciadores utilizada. Dentre 29 iniciadores para marcadores microssatélites testados, somente dois geraram produtos amplificados em A. angustifolia, sem, no entanto serem utilizados para a análise da diversidade genética da população, devido à característica das bandas. A análise da diversidade genética da população foi realizada a partir de 18 marcadores RAPD, 62 marcadores AFLP e com os 80 marcadores agrupados. A diversidade genética estimada pelo índice de Shannon foi de 0,53, 0,54 e 0,54, respectivamente. Os dendogramas de similaridade genética gerados também apresentaram grande coerência entre as três situações testadas. O nível de diversidade genética estimado com esses marcadores foi superior àquele obtido com marcadores isoenzimáticos e RFLP-PCR utilizados anteriormente por outros pesquisadores. Os resultados obtidos neste trabalho levam à conclusão que o armazenamento das folhas e o processo de extração do DNA são cruciais para o sucesso de estudos utilizando marcadores baseados na análise direta do DNA e confirmam a hipótese de que marcadores RAPD e AFLP são poderosas ferramentas para estudos genéticos em A. angustifolia, devido à sua capacidade de acessar aleatoriamente, amplas regiões genômicas. Já o baixo nível de transferibilidade de iniciadores microssatélites deve-se, provavelmente, à grande distância taxonômica entre as espécies utilizadas no estudo, caracterizando a necessidade do desenvolvimento de iniciadores para regiões microssatélites específicos para A. angustifolia.

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Schneiders, Luis Antônio. "Uma proposta de otimização no processo de integração entre redes infra-estruturadas e MANET's." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2006. http://hdl.handle.net/10183/29007.

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Abstract:

Uma Rede Móvel Ad Hoc (MANET) consiste em uma coleção de terminais que possuem uma interface de transmissão e recepção sem fio (wireless) e que se movimentam em uma determinada área de abrangência. Geralmente esses terminais fazem uso de freqüências de rádio nas comunicações e configuram uma rede não infraestruturada. As MANETs, também conhecidas como independentes, não necessitam de qualquer infra-estrutura pré-existente para prover comunicação entre os nós, contudo, são utilizadas, principalmente quando integradas à Internet. Essa integração, apesar de possível, normalmente necessita de um gateway que encaminhe os pacotes entre as redes de computadores, respeitando as suas características individuais. Problemas, assim como atrasos e perdas de pacotes, podem ser provocados pelas diferenças intríncias aos protocolos de roteamento. Embora o Internet Engineering Task Force (IETF) proponha diversos protocolos de roteamento para as MANETs, o presente trabalho investiga o protocolo de roteamento Ad hoc On-Demand Distance Vector (AODV), por ser considerado um dos protocolos mais implementados e estudados pelo grupo de trabalho do IETF. O nodo gateway, embora já esteja implementado no protocolo de roteamento AODV (HAMIDIAN, 2003), deve ser capaz de interagir com as funções de roteamento da Internet, trocando tráfego com a mesma, de modo transparente e eficiente. O protocolo AODV, por ser reativo, pode demorar até 0,05 segundos para estabelecer uma rota entre um nodo origem e um nodo destino. Nos padrões atuais esse tempo pode ser considerado exageradamente alto, gerando gargalos entre sub-redes, descarte de pacotes e baixa eficiência. O presente trabalho apresenta uma proposta de customização do protocolo de roteamento AODV com atuação restrita ao nodo gateway. Esta customização consiste na adição de uma métrica de confiabilidade no processo de descoberta e utilização de rotas visando a redução no número de pacotes descartados e um ganho de eficiência no fluxo de dados entre as sub-redes envolvidas.
A Mobile Ad Hoc Network (MANET) consists of a collection of mobile hosts, moving in certain range area, that has a wireless interface for transmission and receiving data. Usually these terminals make use of radio frequencies in communications and configure a non infrastructured network. The MANETs, also known as independent, require no pre-existing infrastructure to provide communication between network mobile nodes, however, are used, preferably when integrated with the Internet. This integration, although possible, usually need a gateway that forwards packets between both computer networks, keeping their individual characteristics. Problems such as delays and packet losses can be caused by differences inherent in the routing protocols. Although the Internet Engineering Task Force (IETF) proposes several routing protocols for MANETs, this paper investigates the Ad hoc On-Demand Distance Vector (AODV) routing protocol, viewed as one of more implemented and studied protocol by the IETF work group. The gateway node, which is already implemented in the AODV routing protocol (Hamidian, 2003), should be able to interact, transparently and efficiently, with the Internet routing functions exchanging traffic between them. The AODV protocol, being reactive, can take up to 0.05 seconds to establish a route between a source node and a destination node. By today's standards this time may be considered excessively high, creating bottlenecks between subnets, packet drop and low efficiency. This paper proposes an AODV routing protocol customization restricted to the gateway node activities. This customization consists of adding reliability metric in the route discovery process and its consequent use in order to reduce the number of dropped packets and get increased efficiency in the data flow between the subnets involved.

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Guardalben, Lucas. "Auto-otimização e auto-configuração nos protocolos de roteamento OLSR e AODV para redes em malha sem fio." Florianópolis, SC, 2009. http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/92268.

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Abstract:

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico.Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação
Made available in DSpace on 2012-10-24T07:19:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 262424.pdf: 9528762 bytes, checksum: 5ecbd500d950184c115394efd492e04a (MD5)

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Sandóval-Yugar, Edgar Wilfredo. "Elucidação dos pontos de controle da morfogênese e otimização de protocolos regenerativos in vitro DE Musa sp. cv. Grand Naine." Florianópolis, SC, 2002. http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/82422.

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Abstract:

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Curso de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais
Made available in DSpace on 2012-10-19T14:55:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0
O presente trabalho teve como objetivo a melhoria nos protocolos de micropropagação através da elucidação dos pontos de controle da morfogênese in vitro da cv. Grand Naine com ênfase: a) fatores determinantes da organogênese no sistema convencional e no sistema de imersão temporária; b) emprego de técnicas de encapsulamento de gemas para armazenamento, conservação e distribuição; e c) indução e controle da embriogênese somática. Assim, foi determinada a dinâmica de multiplicação da bananeira cv Grand Naine ao longo dos subcultivos no meio MS semi-sólido. Posteriormente foi testado o uso da imersão temporária associada ao uso do BAP e PBZ em diferentes concentrações, e comparado ao sistema convencional. Os microbrotos obtidos na organogênese foram encapsulados em diferentes matrizes de alginato de sódio, no sistema de recomposição de endosperma sintético em meio MS, suplementado com carvão ativado, Benlateâ e fitorreguladores. Também estudou-se a indução e desenvolvimento da rota de embriogênese somática avaliando-se fontes de explantes, composição do meio de cultura, tipos e níveis de fitorreguladores, carvão ativado e níveis de Glutamina. As culturas embriogenéticas obtidas foram multiplicadas e submetidas a vários tratamentos de maturação e conversão.

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Leal, Juliano de Souza. "Biopsia da mucosa retal e terceira pálpebra de ovinos e otimizaçao do protocolo de imuno-histoquímica para diagnóstico de PrPsc em ruminantes." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2009. http://hdl.handle.net/10183/16326.

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Abstract:

As encefalopatias espongiformes transmissíveis (EETs), também conhecidas como doenças do príon, ocorrem tanto nos animais como no homem, são responsáveis por doenças transmissíveis e hereditárias e provocam lesões degenerativas no cérebro. A presença de uma forma anormal da proteína (PrPsc) no tecido encefálico e linforreticular é característica peculiar das EETs. Essa proteína é altamente insolúvel e resistente à degradação por proteases e se deposita eventualmente sob forma de placas amilóides na substância cinzenta. Tais placas provocam a morte maciça de neurônios e células gliais, causando vacuolização intensa no tecido afetado. Este trabalho consistiu na otimização da técnica de imuno-histoquímica para proteína priônica no tecido nervoso e no tecido linforreticular, como método diagnóstico de EETs em bovinos, ovinos e caprinos. Além disso, verificou-se a eficiência da utilização de folículos linfóides coletados por biopsia de terceira pálpebra e mucosa retal para o diagnóstico de scrapie em ovinos e caprinos. Além disso, verificou-se a eficiência da utilização de folículos linfóides coletados por biopsia de terceira pálpebra e mucosa retal para o diagnóstico de scrapie em ovinos e caprinos. Entre janeiro de 2005 e janeiro de 2008 foram realizados exames de imuno-histoquímica e coloração por hematoxilina-eosina em amostras de tecidos de 5571 ruminantes (4829 bovinos, 1 bubalino, 708 ovinos e 33 caprinos) obtidas em necropsias, biopsias e materiais enviados para diagnóstico em formalina 10% ou em blocos de parafina. Os anticorpos monoclonais anti-príon F89/160.1.5 e F99/97.6.1 foram utilizados na técnica de imuno-histoquímica. Todas as amostras de bovinos e a do bubalino analisadas foram negativas para PrPSc. Entre os 741 ovinos e caprinos pesquisados, foram diagnosticados 81 animais positivos, 16 suspeitos e, em 100 animais, o material foi insuficiente para o diagnóstico. Foram realizadas cinco repetições da imuno-histoquímica para cada amostra positiva para PrPSc. O diagnóstico por imuno-histoquímica no tecido linforreticular foi considerado positivo quando o material apresentava um número de no mínimo quatro folículos linfóides, com centros germinativos. Este trabalho inclui o primeiro diagnóstico positivo de scrapie na espécie caprina no Brasil, com marcação imuno-histoquímica nas tonsilas, terceira pálpebra e linfonodo. A marcação pela imuno-histoquímica em quatro ovinos da raça Santa Inês, todos com diagnóstico positivo nas tonsilas e linfonodos e um deles também com depósito de PrPSc na terceira pálpebra, surge como primeiro diagnóstico da doença nessa raça no Brasil. Os resultados considerados suspeitos ou insuficientes observados nas amostras de biopsias ou enviadas por terceiros indicam que há ajustes a serem estudados, especialmente quanto à coleta das amostras. O envio de material de vários órgãos linfóides possibilitaria a confirmação da presença ou não do agente em pelo menos dois deles, diminuindo o número de casos considerados suspeitos e o risco de falsos positivos. O envio de amostras de biopsia de tonsila, terceira pálpebra e mucosa retal, conjuntamente, reduziria o número de casos suspeitos e eliminaria grande parte, senão a totalidade dos casos com material insuficiente para diagnóstico.
Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs), also known as prion diseases, occur in animals and humans and are responsible for transmissible and inherited disorders that cause fatal degenerations of the brain. A peculiar characteristic of TSEs is the conversion of a host-encoded glycoprotein termed prion protein (PrP), from a normal cellular form, PrPC, to an abnormally folded isoform, PrPSc, present in the nervous and lymphoreticular tissues. The prion protein PrPSc is highly insoluble and resistant to the proteases degradation, eventually leading its accumulation, forming amyloid protein plates deposition in the brain gray substance. These plates cause massive death of neurons and glial cells, producing intense vacuolation in the affected tissue. In this work, the immunohistochemical procedures were optimizated for prion protein in nervous and lymphoreticular tissues to provide diagnosis of TSEs in bovine, sheep and goat, and also to verify the efficiency of lymphoid follicles from third eyelid and rectal mucosa biopsies for the scrapie diagnosis in sheep and goats. Between January, 2005 and January, 2008 immunohistochemistry examinations and hematoxylin-eosin staining were accomplished in tissue samples from 5571 ruminants (4829 bovines, 1 water buffalo, 708 sheep and 33 goats), obtained from necropsies and biopsies, and samples of 10% formalin-fixed or paraffin embedded tissues submitted by other laboratories. The monoclonal antibodies anti-PrP F89/160.1.5 and F99/97.6.1 were used in the immunohistochemical procedures. All the samples from cattle and the water buffalo analyzed were negative to PrPSc. Among the 741 sheep and goats, there were 81 positive and 16 suspect samples, and 100 of them were insufficient to test. Five immunohistochemical repetitions were performed for each positive PrPSc sample. The immunohistochemistry diagnosis in the lymphoreticular tissues was considered positive when the material presented at least four lymphoid follicles with germinal centers. This work includes the first positive case in goats in Brazil (through immunohistochemical labelling in tonsils, third eyelid and lymph node) and the first four cases in Santa Inês sheep, by the same technique. The results considered as suspect or of insufficient sample indicate that some aspects associated with sample collection need further adjustment. The submission of samples from several lymphoid organs would probably make possible the confirmation or not of the agent presence in at least two of them, reducing the number of suspect and false positive cases. Simultaneous submission of biopsy samples from tonsil, third eyelid and rectal mucosa together could reduce the number of suspicious cases, besides of eliminating great part or even the totally of the insufficient samples.

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Marques, Brunna Lemos Crespo. "Otimização de protocolos de testes moleculares para detecção e quantificação do vírus da Hepatite C em sangue coletado em papel de filtro." reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, 2013. https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/13502.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:40:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 brunna_marques_ioc_mest_2013.pdf: 2715065 bytes, checksum: aaa9be9dc694a52d7bf82b8c0cd65be7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
O diagnóstico da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é feito pela detecção de marcadores sorológicos e moleculares, porém o custo destas metodologias é bastante elevado e a coleta de sangue para a realização destes ensaios além de requerer pessoal treinado, é difícil em áreas remotas ou com poucos recursos. O objetivo deste estudo foi otimizar protocolos e padronizar métodos de diagnóstico molecular para infecção pelo HCV em amostras de sangue coletado em papel de filtro (SPF) para facilitar o acesso ao diagnóstico em áreas remotas ou com recursos limitados. Para isto, 99 indivíduos forneceram amostras pareadas de soro e SPF, dentre os quais 59 eram anti-HCV reagente e 40 eram não reagentes em suas amostras de soro. As amostras anti-HCV reagentes foram submetidas à técnica de quantificação comercial. Para o desenvolvimento da RT-PCR quantitativa (RT-qPCR) in house, uma curva padrão interna foi construída utilizando um plasmídeo contendo o inserto do HCV e iniciadores e sonda foram desenhados para a região 5´NC do HCV. Para otimização da técnica, a concentração de cDNA, transcriptase reversa e números de ciclos de reação foram avaliados. Para a extração de RNA de HCV em amostras de SPF, sete métodos foram avaliados. A sensibilidade, especificidade, correlação, reprodutibilidade e presença de inibidores da RT-PCR quantitativa também foram determinados. O conjunto de QIAamp DNA Mini Kit foi o método mais eficiente para extração do RNA do HCV em SPF. A RT-qPCR in house desenvolvida foi capaz de quantificar o HCV no soro de 44 amostras onde a mediana de carga viral foi inferior aquela observada na técnica comercial (log10 4,94 e log10 6 cópias de HCV/mL, respectivamente). A faixa de detecção do método in house foi de 10 a 109 cópias de HCV por reação Para a detecção de HCV em SPF foi necessário o aumento da transcriptase reversa e de cDNA, permitindo que 35 amostras fossem detectadas com um limite mínimo de detecção igual a 58,5 cópias/mL e a mediana de carga viral foi semelhante à observada nas respectivas amostras de soro avaliadas pela técnica comercial (log10 5,38 e log10 5,89 cópias de HCV/mL, respectivamente). Obteve-se boa reprodutibilidade da RT-qPCR in house através da análise da curva padrão e de amostras de soro e SPF. Não foi observada a presença de inibidores de reação utilizando o GAPDH como controle interno. Quando comparado com a metodologia comercial, a RT-qPCR apresentou sensibilidade de 74,58% (IC95% 61,5-85,0) em soro e 59,3% (IC95% 45,7-71,9) em SPF, e a especificidade foi igual a 100% para ambos espécimes. Quando a RT-qPCR foi avaliada entre os dois espécimes clínicos, a sensibilidade da técnica em SPF foi igual a 65,9% (IC95% 50,0-79,5) e a especificidade foi igual a 100%. Quarenta e cinco amostras de soro e quinze amostras de SPF foram amplificadas na RT-PCR qualitativa, onde 43 amostras de soro e 11 amostras de SPF foram sequenciadas. Entre as amostras de soro, 29 foram classificadas como subgenótipo 1b, 13 como subgenótipo 1a, 1 como genótipo 3. Entre as amostras de SPF, 9 foram classificadas como subgenótipo 1b e 2 como subgenótipo 1a. Foi observada alta homologia nucleotídica entre as sequencias de HCV das amostras pareadas de soro e SPF onde todas foram classificadas como genótipo 1. Conclui-se que o sangue em papel de filtro pode ser utilizado para detecção, quantificação e análise filogenética do HCV, sendo uma ferramenta promissora para estudos de epidemiologia da hepatite C
The d iagnosis of hepatitis C virus (HCV) infection is made by detection of molecular and serologic al markers, but the cost of these methodologies is quite high and blood sample collection requires trained personnel what it is difficult in remote areas or prese nting few resources. The aim of this study was to optimize protocols and standardize molecular diagnostic methods for HCV infection in dried blood samples (DBS) to facilitate access to diagnosis in remote areas or with limited resources. For this, 99 indiv iduals provided paired serum and DBS samples , where 59 of them were anti - HCV rea ctive and 40 were non - reactive in their serum samples. A nti - HCV positive samples were subjected to commercial quantification technique. For the development of quantitative RT - P CR (RT - qPCR) in house, an internal standard curve was constructed using a plasmid containing the insert and HCV primers and probe designed for the 5' non coding ( NC ) region of HCV. For optimization of these technique s , the concentration of cDNA, reverse tr anscriptase and numbers of cycles of reaction were evaluated. For the extraction of HCV RNA in DBS samples, seven methods were evaluated. The sensitivity, specificity, correlation, reproducibility and presence of inhibitors in quantitative RT - PCR were also determined. Q IAamp DNA Mini Kit was the most efficient method for HCV RNA extraction among DBS samples . The in house RT - qPCR was able to quantify HCV among 44 serum samples where the median viral load was lower than that observed in commercial technique ( 4.94 log 10 and 6 log 10 copies of HCV / mL, respectively). The range of HCV detection using in house RT - qPCR was 10 - 10 9 copies of HCV per reaction. For HCV detection in DBS , it was necessary to increase reverse transcriptase and cDNA concentration giving 35 HCV RNA reactive samples with a limit of detection equal to 58.5 copies of HCV / m L and the median viral load was similar to that observed in their sera evaluated by commercial technique (5.38 log 10 and 5.89 log 10 copies of HCV / mL, respectively). In hous e RT - qPCR presented good reproducibility using standard curve and paired DBS and sera samples . It was not observed the presence of inhibitors of the reaction using GAPDH as internal control. In house RT - qPCR showed a sensitivity of 74.58% (95% CI 61.5 to 8 5.0) in serum and 59.3% (95% CI 45.7 to 71.9) in DBS, and the specificity was 100% for both specimens compared to the commercial methodology . When the RT - qPCR was evaluated in two clinical specimens, the sensitivity of the technique in DBS was equal to 65. 9% (95% CI 50.0 to 79.5) and specificity was 100%. Forty - five serum samples and 15 DBS samples were amplified in qualitative RT - PCR, where 43 serum samples and 11 DBS samples were sequenced. Among the serum samples, 29 were classified as HCV subgenotype 1b , 1 3 as subgenotype 1a, genotype 1 and 3. Among DBS samples, 9 were 9 classified as HCV subgenotype 1b and 2 as HCV subgenotype 1a. HCV nucleotide sequences presented high homology between paired DBS and sera samples and all of them were classified as geno type 1. It is conclude that dried blood spot may be used for detection, quantification and phylogenetic analysis of HCV and it is a promising tool for studying the epidemiology of hepatitis C

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Carvalho, Jessica Cristina Almeida. "Otimização de protocolos para determinação de Ficobiliproteínas e sua relação com a caracterização físico-química e biológica de albufeiras de Portugal (Alqueva) e Cabo Verde." Master's thesis, Universidade de Évora, 2019. http://hdl.handle.net/10174/26217.

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Abstract:

As Ficobiliproteínas são pigmentos proteicos fluorescentes com atividade fotossintética. Específicos das Cianobactérias, usadas como indicadores da qualidade da água nas albufeiras. As Cianobactérias podem produzir Cianotoxinas, constituindo um importante problema de saúde pública. Otimizou-se o protocolo para determinação das Ficobiliproteínas e correlacionou-se a sua concentração com os parâmetros físico-químicos e biológicos de amostras de águas doces de Portugal e Cabo Verde. Aplicaram-se técnicas de Biologia Molecular nas amostras de Cabo Verde. Observou-se que existe uma correlação entre as Ficobiliproteínas totais e a Clorofila a, e que fatores físico-químicos influenciam a ocorrência desses pigmentos. Constatou-se presença de espécies de Cianobactérias potencialmente tóxicas nas amostras de Cabo Verde, e essa ocorrência está relacionada com os fatores ambientais, e que o uso de técnicas moleculares pode ser um recurso complementar. As Ficobiliproteínas podem ser utilizadas como potencial indicador da qualidade da água, juntamento com a Clorofila a, nas massas de água fortemente modificadas; ABSTRACT: Phycobiliproteins are fluorescent protein pigments with photosynthetic activity. Cyanobacteria specific, used as indicators of water quality in the reservoirs. Cyanobacteria can produce cyanotoxins, which is a major public health problem. The protocol for the determination of phycobiliproteins was optimized and its concentration was correlated with the physicochemical and biological parameters of freshwater samples from Portugal and Cape Verde. Molecular Biology techniques were applied to the Cape Verde samples. It was observed that there is a correlation between total phycobiliproteins and chlorophyll a, and that physicochemical factors influence the occurrence of these pigments. Potentially toxic cyanobacterial species were found in Cape Verde samples, and this occurrence is related to environmental factors, and the use of molecular techniques may be a complementary resource. Phycobiliproteins can be used as a potential indicator of water quality, together with Chlorophyll a, in strongly modified water bodies.

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Oliveira, Camila Helena Souza. "Gerenciamento AutonÃmico de Energia em Redes de Sensores Sem Fio AtravÃs do Escalonamento de Atividade dos NÃs." Universidade Federal do CearÃ, 2011. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=7164.

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Abstract:

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior
A evoluÃÃo no desenvolvimento de novos dispositivos, cada vez mais baratos e eficientes, expandiu o uso das Redes Sensores Sem Fio (RSSF) e incentivou a criaÃÃo de novas aplicaÃÃes, no cenÃrio contemporÃneo da ComputaÃÃo UbÃqua e Pervasiva. No entanto, a limitaÃÃo de energia continua sendo um desafio na Ãrea de RSSF. Essa situaÃÃo Ã agravada ainda mais pela a inviabilidade de recarga de energia jÃ que, em muitos casos, as RSSF sÃo utilizadas em ambientes inacessÃveis. Com o barateamento dos dispositivos utilizados nas RSSFs, ficou mais fÃcil empregar redes muito densas e de larga escala nos ambientes a serem monitorados. O emprego de redes densas, que apresentam alto grau de redundÃncia dos nÃs, permite que a rede continue funcional mesmo com a exaustÃo de alguns nÃs. AlÃm de oferecer tolerÃncia a falhas, o uso de redes muito densas oferece a oportunidade da implementaÃÃo de mecanismos de escalonamento dos nÃs redundantes, de forma que o tempo de vida da rede seja ainda melhor otimizado. Assumindo um cenÃrio com rede muito densas, este trabalho descreve a implementaÃÃo de um mecanismo de escalonamento autonÃmico, simples, robusto e escalÃvel, com o objetivo de melhorar ainda mais os resultados jÃ apresentados pelo BiO4SeL, um protocolo de roteamento baseado em ColÃnia de Formigas e desenvolvido para maximizar o tempo de vida da rede. Os resultados mostram que o novo esquema de escalonamento efetivamente melhora o tempo de vida de uma RSSF baseada no BiO4SeL em cenÃrios densos.
he evolution and development of new devices, increasingly cheaper and more efficient, expanded the use of Wireless Sensor Networks (WSN) and encouraged the creation of new applications in the contemporary scenery of Ubiquitous and Pervasive Computing. However, energy limitation remains a challenge in the field of WSN. This situation is aggravated even more by the infeasibility of energy recharge since, in many cases, WSN are used in inaccessible enviroments. With cheapness devices used in WSN, became easier to employ dense and large-scale networks in environments that will be monitored. The use of dense networks, which have a high degree redundancy of nodes, allows the network remains functional even with the exhaustion of some nodes. In addition to provide fault tolerance, the use of very dense networks offer the opportunity of implementing scheduling mechanisms for redundant nodes, in a way that the network lifetime is even better optimized. Assuming a scenery with very dense networks, this dissertation describes the implementation of an autonomic scheduling mechanism, simple, robust and scalable, in order to further improve the results already presented by BiO4SeL, which is a routing protocol based on Ant Colony and designed to maximize the network lifetime. The results show that the new scheduling scheme effectively improves the WSN lifetime based on BiO4SeL in dense scenarios.

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Teixeira, Bernardo Daniel Nascimento. "Otimização do processo de diagnóstico, estadiamento e decisão terapêutica em doentes com suspeita de cancro do pulmão." Master's thesis, 2019. http://hdl.handle.net/10362/89828.

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Abstract:

O estudo do fluxo de doentes com suspeita de cancro do pulmão, da entrada no Serviço especializado ao decorrer da investigação clínica, é um problema complexo e consumidor de tempo. Os atrasos até completar o processo de diagnóstico e estadiamento podem resultar em piores outcomes para o doente. Não existe consenso sobre os tempos mínimos recomendados para cada etapa do processo e existem poucos dados sobre a realidade portuguesa. Esta dissertação tem por objetivo a otimização do processo de diagnóstico, estadiamento e decisão terapêutica de doentes com suspeita de cancro do pulmão. Foi estudada uma amostra de doentes do Serviço de Pneumologia do Hospital Prof. Doutor Fernando Fonseca, sendo realizada uma análise da situação atual do Serviço, simulação de outras realidades e proposto um protocolo otimizado, justificado através de métodos de simulação de eventos discretos tendo em vista a eficiência do processo. Foi avaliado segundo as recomendações internacionais relativas aos tempos de espera. A modelação do Serviço, através de simulação discreta, permitiu analisar de forma individualizada cada etapa do protocolo corrente, evidenciando as configurações possíveis para o mesmo sistema, procedendo à identificação de regiões críticas, pontos de oportunidade no percurso, sugerindo melhorias concretas. Esta metodologia surge como uma ferramenta transversal de análise de sistemas complexos hospitalares, propondo uma solução de possível aplicação no enquadramento atual. Nesta proposta, o doente é integrado no centro do processo e foi estudada a pertinência da inclusão de um enfermeiro-gestor que permite a garantia da sustentabilidade. Estruturalmente, foi antecipada a realização da TC, identificada a região da Anatomia Patológica como problema emergente e reforçadas as equipas multidisciplinares – triagem e decisão terapêutica. O modelo permitiu melhorias significativas no tempo global e mostrou ser passível de implementar. Foi também projetada uma rede de conexões entre os intervenientes no processo do qual surgirá futuramente uma ferramenta informática.

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Mestre, Beatriz de Almeida Gonçalves Carrilho. "Detection of genetic biomarkers of lung cancer using enhaled breath condensate." Master's thesis, 2017. http://hdl.handle.net/10316/82997.

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Abstract:

Dissertação de Mestrado em Bioquímica apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia
O cancro de pulmão é uma das principais causas oncológicas de morte em todo o mundo, constituindo o segundo tipo de cancro mais frequentemente diagnosticado. Esta patologia tem um decurso “silencioso”, não produzindo sintomas característicos que permitam a sua detecção precoce, o que faz com que normalmente seja detectada tardiamente, já numa fase inoperável. Este diagnóstico tardio contribui para uma taxa de sobrevivência a 5 anos de apenas 18.7 %. No entanto, a sobrevida é significativamente melhor quando o cancro do pulmão é detectado em estágio inicial, com a taxa de sobrevivência a 5 anos a aumentar para 50-70%,. Assim sendo, o controlo da mortalidade por cancro do pulmão dependente do desenvolvimento de métodos específicos de diagnóstico precoce que possam ser empregues no rastreio de base populacional como forma de prevenção secundária. Nas últimas quatro décadas, o diagnóstico precoce tem sido amplamente investigado como uma opção para reduzir a mortalidade do cancro do pulmão. Nos anos 70 e 80 do século XX, foram praticados vários estudos de rastreio com recurso à radiografia ao tórax e citologia da expectoração em população de risco. No entanto, estes estudos não geraram qualquer redução na taxa de mortalidade e, por isso, não são recomendados como método de rastreio. Recentemente, a National Lung Screening Trial (NLST) demostrou que a tomografia computorizada de baixa dose levou a uma redução de 20% na taxa de mortalidade numa população de alto risco. O sucesso deste levou a que este método de rastreio fosse implementado nos Estados Unidos da América. Contudo, ensaios Europeus de rastreio do cancro do pulmão ainda não relataram uma vantagem clara na implementação deste método numa população de alto risco. Deste modo, no actual estado da arte não existe nenhum teste que seja consensualmente recomendado para fazer parte de um programa de rastreio em população assintomática. Com o aumento do conhecimento da biologia do cancro do pulmão é sabido que diversas alterações genéticas estão associadas ao desenvolvimento desta doença, particularmente: mutações em oncogenes, metilação nas ilhas CpG de genes supressores de tumores, perda de heterozigotia e instabilidade de microssatélites. Estas alterações genéticas e epigenéticas não têm apresentado sensibilidade e especificidade aceitável por si só, pelo que a utilização de um painel de marcadores moleculares que atinja uma sensibilidade e especificidade credível no diagnósticos precoce do cancro do pulmão é muito promissor.Constatou-se que no cancro há uma maior libertação de DNA por parte do tecido tumoral para os fluidos corporais. No que toca ao pulmão, as vias aéreas inferiores são revestidas por um fluido protector e estudos demonstraram que é possível obter DNA do ar exalado que se pensa provir deste fluido. Além disto, foi possível detectar alterações moleculares características do cancro do pulmão neste tipo de amostras, o que perspectiva a sua aplicação como material biológico de partida para a análise de marcadores moleculares do cancro. Neste sentido, o ar exalado condensado tem aberto fronteiras no desenvolvimento de metodologias para diagnóstico precoce na área do cancro do pulmão. Com base nestes estudos, a Starup Infogene desenvolveu e patenteou um dispositivo de sopro, designado Oncospro, portátil e de auto-colheita, que permite a recuperação de biomoléculas do ar exalado condensado através da sua captura num filtro. A presente tese tem como principal objectivo optimizar o protocolo laboratorial de recuperação da amostra biológico a partir do dispositivo de sopro, de modo a obter a maior quantidade possível de material biológico para análises moleculares posteriores. A eficiência dos diversos protocolos foi avaliada com base em 2 critérios: quantidade e qualidade de DNA, pela medição da absorvância a 260, 280 e 230 nm por espectrofotometria e por um método fluorométrico e; a integridade e qualidade do DNA obtido para amplificação, através de PCR e electroforese em gel de agarose. Através da modificação de diversos parâmetros no protocolo, obteve-se uma maior quantidade de DNA, cumprindo-se o objectivo estipulado. O cumprimento deste levou à posterior realização de um estudo populacional num grupo de controlos, constituído por pessoas saudáveis, fumadoras e ex-fumadoras, com idade superior a 50 anos. Neste estudo foi possível obter e amplificar o DNA proveniente do ar exalado em todas as amostras da população, revelando a eficácia do método de extração otimizado. Uma vez alcançada esta meta com sucesso, uma etapa futura passará pela identificação de um painel de marcadores moleculares genéticos sensíveis e específicos para a detecção precoce e previsão de resposta terapêutica do cancro do pulmão pelo ar exalado, através de um estudo clínico.
Lung cancer, the second most diagnosed type of cancer, is one of the primary oncological causes of death in the world. This pathology has a silent course, with characteristic symptoms that would allow its precocious detection being absent. This leads to a late detection that often occurs in a non-operable phase of the cancer, contributing to a 5 year survival rate of only 18,7 %. In the rare cases that the cancer is detected in an initial state, the survival rate augments significantly to 50-70 %. Therefore, controlling lung cancer-derived mortality relays on the development of specific methods for precocious diagnosis that are employable to the population basis as a secondary prevention measure. In the last four decades early diagnosis methods have been widely investigated as an option to reduce lung cancer mortality. In the 70’s and the 80’s several studies of screening were conducted with the use of thorax radiography and expectoration cytology methods in risk populations. However, these studies failed to show a reduction in mortality rate and, therefore, are not recommended as screening methods. Recently, National Lung Screening Trial (NLST) demonstrated that computerized tomography in low doses lead to a 20% reduction in the mortality rate in one risk population. The success of this method lead to its implementation in the USA. Nevertheless, European screening tests have yet to proof a clear advantage in the implementation of the latter method in high risk populations. Therefore, in the current state of the art there is no trial consensually recommended to be a part of a screening program in asymptomatic populations. With the rise in cancer biology knowledge it is now known that several genetic alterations are associated with the development of this disease, particularly: mutations in oncogenes, methilation in CpG islands of tumor suppressor genes, loss of heterozygoty and microsatellite instability. These genetic and epigenetic alterations have not shown enough sensibility and specificity alone but a panel of molecular markers that reaches a desirable sensitivity and specificity for precocious diagnosis is very promising. It was found that in cancer there is a higher release of DNA by tumor tissue into body fluids. In what concerns the lungs, the inferior airways are covered by a protector fluid and studies have demonstrated that it is possible to obtain DNA from exhaled air that it is thought to come from this fluid. Also, it was possible to detect molecular alterations characteristic of lung cancer in these types of samples, what puts into perspective its application as biological material for analysis of cancer molecular markers. In this sense, condensed exhaled air has opened frontiers in the development of methodologies for precocious diagnosis in the lung cancer field. Based on these studies, the startup Infogene developed and patented a portable and self-harvest blowing device denominated Oncosopro, which allows the recovery of biomolecules from condensed exhaled air through a small filter. The current thesis has as a main goal the optimization of the laboratory protocol for sample recovery by the patented blowing device, in order to obtain the major possible quantity of biological material for posterior molecular analysis. The efficiency of several protocols was evaluated based on two criteria: quantity and quality of the DNA, measured through espectrophotometry and another fluorometric method; and the integrity and quality of the DNA obtained for further amplification through PCR and electrophoresis. Through the modification of several parameters in the protocol, a higher quantity of DNA was obtained, meeting the stated goal. A posterior population trial in control groups formed by healthy people, smokers and ex-smokers over 50 years old showed this optimized extraction method is effective for recovery and amplification of the exhaled air DNA.A future phase will rely on the identification of a panel of genetic molecular markers sensible and specific for early detection of lung cancer as well as a method of prediction of the respective therapeutic answer using exhaled air. Clinical utility can be validated through determination of several parameters, such as specificity, sensibility, positive predictive value and negative predictive value of this DNA recovering method. Upon the clinical validation, this method might be employed into screening programs in order to reduce the mortality rate in this oncological disease.

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Sobral, José Victor Vasconcelos. "Performance Assessment of Routing Protocols for IoT/6LoWPAN Networks." Doctoral thesis, 2020. http://hdl.handle.net/10400.6/11158.

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Abstract:

The Internet of Things (IoT) proposes a disruptive communication paradigm that allows smart objects to exchange data among themselves to reach a common goal. IoT application scenarios are multiple and can range from a simple smart home lighting system to fully controlled automated manufacturing chains. In the majority of IoT deployments, things are equipped with small devices that can suffer from severe hardware and energy restrictions that are responsible for performing data processing and wireless communication tasks. Thus, due to their features, communication networks that are used by these devices are generally categorized as Low Power and Lossy Networks (LLNs). The considerable variation in IoT applications represents a critical issue to LLN networks, which should offer support to different requirements as well as keeping reasonable quality-of-service (QoS) levels. Based on this challenge, routing protocols represent a key issue in IoT scenarios deployment. Routing protocols are responsible for creating paths among devices and their interactions. Hence, network performance and features are highly dependent on protocol behavior. Also, based on the adopted protocol, the support for some specific requirements of IoT applications may or may not be provided. Thus, a routing protocol should be projected to attend the needs of the applications considering the limitations of the device that will execute them. Looking to attend the demand of routing protocols for LLNs and, consequently, for IoT networks, the Internet Engineering Task Force (IETF) has designed and standardized the IPv6 Routing Protocol for Low Power and Lossy Networks (RPL). This protocol, although being robust and offering features to fulfill the need of several applications, still presents several faults and weaknesses (mainly related to its high complexity and memory requirement), which limits its adoption in IoT scenarios. An alternative to RPL, the Lightweight On-demand Ad Hoc Distancevector Routing Protocol – Next Generation (LOADng) has emerged as a less complicated routing solution for LLNs. However, the cost of its simplicity is paid for with the absence of adequate support for a critical set of features required for many IoT environments. Thus, based on the challenging open issues related to routing in IoT networks, this thesis aims to study and propose contributions to better attend the network requirements of IoT scenarios. A comprehensive survey, reviewing state-of-the-art routing protocols adopted for IoT, identified the strengths and weaknesses of current solutions available in the literature. Based on the identified limitations, a set of improvements is designed to overcome these issues and enhance IoT network performance. The novel solutions are proposed to include reliable and efficient support to attend the needs of IoT applications, such as mobility, heterogeneity, and different traffic patterns. Moreover, mechanisms to improve the network performance in IoT scenarios, which integrate devices with different communication technologies, are introduced. The studies conducted to assess the performance of the proposed solutions showed the high potential of the proposed solutions. When the approaches presented in this thesis were compared with others available in the literature, they presented very promising results considering the metrics related to the Quality of Service (QoS), network and energy efficiency, and memory usage as well as adding new features to the base protocols. Hence, it is believed that the proposed improvements contribute to the state-of-the-art of routing solutions for IoT networks, increasing the performance and adoption of enhanced protocols.
A Internet das Coisas, do inglês Internet of Things (IoT), propõe um paradigma de comunicação disruptivo para possibilitar que dispositivos, que podem ser dotados de comportamentos autónomos ou inteligentes, troquem dados entre eles buscando alcançar um objetivo comum. Os cenários de aplicação do IoT são muito variados e podem abranger desde um simples sistema de iluminação para casa até o controle total de uma linha de produção industrial. Na maioria das instalações IoT, as “coisas” são equipadas com um pequeno dispositivo, responsável por realizar as tarefas de comunicação e processamento de dados, que pode sofrer com severas restrições de hardware e energia. Assim, devido às suas características, a rede de comunicação criada por esses dispositivos é geralmente categorizada como uma Low Power and Lossy Network (LLN). A grande variedade de cenários IoT representam uma questão crucial para as LLNs, que devem oferecer suporte aos diferentes requisitos das aplicações, além de manter níveis de qualidade de serviço, do inglês Quality of Service (QoS), adequados. Baseado neste desafio, os protocolos de encaminhamento constituem um aspecto chave na implementação de cenários IoT. Os protocolos de encaminhamento são responsáveis por criar os caminhos entre os dispositivos e permitir suas interações. Assim, o desempenho e as características da rede são altamente dependentes do comportamento destes protocolos. Adicionalmente, com base no protocolo adotado, o suporte a alguns requisitos específicos das aplicações de IoT podem ou não ser fornecidos. Portanto, estes protocolos devem ser projetados para atender as necessidades das aplicações assim como considerando as limitações do hardware no qual serão executados. Procurando atender às necessidades dos protocolos de encaminhamento em LLNs e, consequentemente, das redes IoT, a Internet Engineering Task Force (IETF) desenvolveu e padronizou o IPv6 Routing Protocol for Low Power and Lossy Networks (RPL). O protocolo, embora seja robusto e ofereça recursos para atender às necessidades de diferentes aplicações, apresenta algumas falhas e fraquezas (principalmente relacionadas com a sua alta complexidade e necessidade de memória) que limitam sua adoção em cenários IoT. Em alternativa ao RPL, o Lightweight On-demand Ad hoc Distance-vector Routing Protocol – Next Generation (LOADng) emergiu como uma solução de encaminhamento menos complexa para as LLNs. Contudo, o preço da simplicidade é pago com a falta de suporte adequado para um conjunto de recursos essenciais necessários em muitos ambientes IoT. Assim, inspirado pelas desafiadoras questões ainda em aberto relacionadas com o encaminhamento em redes IoT, esta tese tem como objetivo estudar e propor contribuições para melhor atender os requisitos de rede em cenários IoT. Uma profunda e abrangente revisão do estado da arte sobre os protocolos de encaminhamento adotados em IoT identificou os pontos fortes e limitações das soluções atuais. Com base nas debilidades encontradas, um conjunto de soluções de melhoria é proposto para superar carências existentes e melhorar o desempenho das redes IoT. As novas soluções são propostas para incluir um suporte confiável e eficiente capaz atender às necessidades das aplicações IoT relacionadas com suporte à mobilidade, heterogeneidade dos dispositivos e diferentes padrões de tráfego. Além disso, são introduzidos mecanismos para melhorar o desempenho da rede em cenários IoT que integram dispositivos com diferentes tecnologias de comunicação. Os vários estudos realizados para mensurar o desempenho das soluções propostas mostraram o grande potencial do conjunto de melhorias introduzidas. Quando comparadas com outras abordagens existentes na literatura, as soluções propostas nesta tese demonstraram um aumento do desempenho consistente para métricas relacionadas a qualidade de serviço, uso de memória, eficiência energética e de rede, além de adicionar novas funcionalidades aos protocolos base. Portanto, acredita-se que as melhorias propostas contribuiem para o avanço do estado da arte em soluções de encaminhamento para redes IoT e aumentar a adoção e utilização dos protocolos estudados.

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Pereira, Vitor M. S. "Engenharia de tráfego robusta usando computação evolucionária para otimização de protocolos de encaminhamento." Master's thesis, 2012. http://hdl.handle.net/1822/27953.

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Abstract:

Dissertação de mestrado em Redes e Serviços de Comunicações
Nos últimos anos, têm surgido várias soluções que visam alcançar configurações eficientes para o encaminhamento de tráfego OSPF (Open Shortest Path First). Este trabalho tem por intento a prossecução da investigação nessa área, com o objetivo de alcançar mecanismos de otimização eficientes que sejam resilientes a mudanças relevantes no ambiente de uma rede. Essas alterações podem resultar de vários fatores, tais como, mudanças nas necessidade de tráfego, novas restrições de Qualidade de Serviço que têm de ser consideradas, alteração de compromissos entre objetivos de otimização, mudanças na topologia de rede, que resultem de atualizações (ou falhas) na infra-estrutura de rede, entre muitas outras possibilidades. Neste contexto, este trabalho irá consistir no desenvolvimento de técnicas de otimização, inspiradas no campo da Computação Evolucionária, que procuram resolver tais problemas. Em particular, serão testados vários algoritmos e configurações com o intuito de obter métodos que sejam capazes de fornecer configurações otimizadas de pesos OSPF robustas a alterações nos requisitos de tráfego e à falha de links. Para além de métodos que recorrem a multi-topologias, serão testados métodos que procuram otimizar configurações de pesos OSPF para duas matrizes de requisitos de tráfego, bem como métodos que procuram otimizar as configurações de pesos para a falha do link com maior carga. Para obter rapidamente novas configurações de pesos ideais (ou quase), também serão abordadas questões como a inicialização da população inicial em EAs (Algoritmos Evolucionários). Estes métodos e opções de configuração serão integrados numa aplicação amigável de apoio a administradores de redes.
Over the past years, several solutions have emerged with the purpose of achieving efficient OSPF (Open Shortest Path First) routing configurations. This work intends to pursue such research aiming to devise efficient optimization mechanisms resilient to relevant changes in the network environment. Those changes may result from several factors such as, changes in the considered traffic demands, new Quality of Service constraints that should be considered, new tradeoffs between the optimization goals, network topology changes resulting from updates (or failures) in the network infrastructure, among many other possibilities. Under such circumstances, this work will devise optimization techniques inspired in the field of Evolutionary Computation to address such problems. In particular, several algorithms and configurations will be tested to achieve methods that are able to provide optimized OSPF weights configurations robust to changes in traffic demands and to link failure. In addition to methods that use multi-topology, methods that attempt to optimize OSPF weights settings for two traffic demands will be tested, as well as methods that attempt to optimize weights settings for the loadest link failure. To rapidly accomplish new (near) optimal weights, issues such as the seeding of the initial population in EAs (Evolutionary Algorithms) will be addressed. These methods and configuration options will be integrated into a user friendly application to support network administrators.

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Ferreira, Daniela Filipa Fernandes. "Conservação de recursos genéticos: otimização de protocolos para a manutenção in vitro de Malus domesta L. e Pyrus communis L." Master's thesis, 2018. http://hdl.handle.net/1822/65047.

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Abstract:

Dissertação de mestrado em Biologia Molecular, Biotecnologia e Bioempreendedorismo em Plantas
Os recursos genéticos são uma fonte inigualável de materiais relevantes e específicos para muitas áreas (agroalimentar, farmacêutica, têxtil, combustível), e a sua conservação representa uma questão crucial para a manutenção dos ecossistemas e dos agrossistemas. A conservação no setor agroalimentar é baseada no trabalho de instituições como os bancos de germoplasma vegetal, onde se aplicam várias técnicas de conservação in situ e ex situ. Este trabalho enquadra-se no esforço de conservação do Banco Português de Germoplasma Vegetal (BPGV), por técnicas de cultura in vitro, de variedades de maçã (Malus domestica L.) e de pêra (Pyrus communis L.) presentes nas suas coleções. Tanto a maçã como a pêra são frutos de grande importância global, contribuindo, assim, a sua conservação, para a segurança alimentar mundial. Por esta razão são também considerados importantes germoplasmas hortícolas em todo o mundo. Protocolos de desinfeção e estabelecimento de explantes, proliferação e enraizamento de rebentos de variedades de macieira e protocolos de proliferação de rebentos de variedades e clones de pereira foram testados. Para uma desinfeção e estabelecimento bem sucedidos são cruciais protocolos que minimizem a contaminação e o escurecimento fenólico (oxidação de compostos fenólicos) dos explantes recolhidos. Este fenómeno é frequente em árvores frutíferas, com ênfase nas macieiras, podendo levar à necrose dos explantes. Neste trabalho foram testados os efeitos do ácido ascórbico (AA), do carvão ativado (AC) e da polivinilpirrolidona (PVP). Aumentar a capacidade de proliferação/multiplicação das variedades Camoesa Rosa do Menezes e Camoesa Sta Maria de macieira para sustentabilidade da sua conservação no BPGV também foi um dos principais objetivos. O efeito de diferentes concentrações de 6- benzilaminopurina (BAP) no meio de cultura e da qualidade da luz de crescimento foram avaliados. Os resultados sugerem a necessidade de trocas periódicas para o estabelecimento dos explantes de Malus, a fim de reduzir a fenolização, e demonstram a importância da ação da PVP nesta questão. Os resultados da proliferação em Malus mostraram que a concentração de 1,0 mg/L de BAP e as luzes vermelha e branca, conduziram a uma maior produção de rebentos a partir de segmentos apicais e nodais. A proliferação em segmentos apicais e nodais de Pyrus foi mais elevada sob a influência de meio MS com sorbitol e 4 mg/L de BAP e, como Malus, respondeu melhor à luz vermelha e branca. É importante realçar que os genótipos não responderam da mesma maneira a um único procedimento in vitro havendo, portanto, a necessidade de ajustar procedimentos para cada variedade.
Genetic resources are an unrivaled source of specific relevant materials in many areas (agri-food, pharmaceutical, textile, fuel), and their conservation represents a crucial issue for the maintenance of ecosystems and agrosystems. Conservation in the agri-food sector is based on the work of institutions as the plant germplasm banks, where several in situ and ex situ techniques are applied. This work fits in the effort of conservation of the Banco Português de Germoplasma Vegetal (BPGV), by in vitro culture techniques, apple (Malus domestica L.) and pear varieties (Pyrus communis L.). Both apples and pears are fruits of great global importance, thus contributing their adequate conservation for world food security. Therefore, they are important horticultural germplasm worldwide. Protocols of disinfection, establishment, proliferation and rooting in varieties of Malus, and protocols of proliferation in varieties and clones of Pyrus were tested. For successful disinfection and establishment, protocols that minimize contamination and phenolic browning (oxidation of phenolic compounds) of the collect explants are pivotal. This phenomenon is frequent in fruit trees, with emphasis to apple trees and can lead to explant necrosis. In this work, the effects of the ascorbic acid (AA), the activated carbon (AC) and the polyvinylpyrrolidone (PVP) were tested. Achieving an increment in the proliferation/multiplication capacity of varieties Camoesa Rosa do Menezes and Camoesa Sta Maria for sustainability of their conservation in BPGV was also a major goal. The effect of different 6-benzylaminopurine (BAP) concentrations in the culture medium, as well as light quality, was evaluated. The results show the need for periodic exchanges in the establishment of the Malus explants, to reduce the release of phenolic agents, and show the importance of the action of PVP in this issue. Results of proliferation/multiplication in Malus showed that explants respond better to a concentration of 1,0 mg/L of BAP and to red and white light, in order to produce more buds. Pyrus proliferation/multiplication in apical and nodal segments was more productive under the influence of a medium MS supplemented with sorbitol and 4 mg/L of BAP, and, as Malus, responds better to red and white light. It’s important to highlight that the studied genotypes didn’t respond the same way to a single in vitro procedure, thus there is a future need to fine tune specific procedures for each variety.

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Baltazar, Elsa Celeste Santos. "Otimização de protocolos de micropropagação de Castanea sativa Mill e estudo da tolerância de genótipos de castanheiro à doença da tinta." Master's thesis, 2015. http://hdl.handle.net/10316/32466.

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Abstract:

Dissertação de Mestrado em Biodiversidade e Biotecnologia Vegetal, apresentada ao Departamento de Ciências da Vida da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra.
A micropropagação in vitro pode ser uma mais valia em empresas que se dedicam à produção de plantas, pois é um método inovador que permite a produção de um elevado número de plantas num curto espaço de tempo. Castanea sativa Mill é uma espécie lenhosa de grande importância económica para Portugal, não obstante, as doenças que a afetam e comprometem a sua sanidade e, consequentemente, a sua capacidade produtiva. Este trabalho foi realizado no âmbito da parceria UC InProPlant e incidiu sobre dois pontos fundamentais, sendo eles a otimização de protocolos de produção de castanheiro in vitro, e a avaliação da tolerância de genótipos de castanheiro ao fungo Phytophthora cinnamomi que causa a doença da tinta. No que se refere à propagação de Castanea sativa Mill. avaliou-se: i) o efeito do tipo de citocinina e do genótipo, ii) o efeito do recipiente e iii) o enraizamento. No estudo do efeito da citocinina e do genótipo, a zeatina e o genótipo CX5 apresentaram diferenças significativas no que se refere à altura do maior rebento e ao número de nós. Já no estudo do efeito do recipiente apenas se observaram diferenças significativas entre os tubos de ensaio e os frascos luminarc. Relativamente ao enraizamento in vitro a concentração de 3 mg/l de IBA apresentou diferenças significativas em comparação com a concentração de 5 mg/l, no que diz respeito ao comprimento da maior raiz e do número de raízes. No ensaio de inoculação em ramo com o fungo Phytophthora cinnamomi estudou-se a tolerância de alguns genótipos de castanheiro a este fungo, no entanto os resultados não se revelaram conclusivos.
In vitro propagation can be an advantage for plant producing companies which because it is an innovative method which allows large-scale production in a short period of time. Castanea sativa Mill. is a woody species of great importance in Portugal. However, the species is threatened by some diseases that affect plant production and reduce fruit production.. This study was carried out in the framework of the Association UC InProPlant, and focused mainly in two fundamental aspects, one of them being the optimization of protocols for in vitro propagation of genotypes not yet tested in vitro, and the other being the evaluation of the tolerance of these genotypes towards the pathogenic fungus Phytophthora cinnamomi, responsible for the ink disease. Regarding the propagation of C. sativa Mill the experiments analyzed: i) the effect of cytokinins and genotype on propagation; ii) the role of the type of containers on propagation and iii) rooting. From the cytokinins tested the results showed that zeatin showed the best results, in terms of shoot elongation and number of nodes in particular when the CX5 genotype was used. In the case of the recipients of culture, luminarc containers gave better results than test tubs. Rooting, was more effective when the 3 mg/l of IBA were used in comparison with 5 mg/l. With 3 mg/l IBA not only the main root was longer but also the number of roots was higher. On the inoculation trial with Phytophthora cinnamomi was studied the tolerance of some chestnut trees genotypes to this fungus, the results, however, were not conclusive.

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Dissertations / Theses on the topic 'Otimização de protocolo'

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