Dissertations / Theses on the topic 'Paludisme à Plasmodium vivax – épidémiologie'

Notre objectif a été d’évaluer (i) l’importance de Plasmodium vivax dans les infections palustres à Madagascar, (ii) la sensibilité de ce parasite à la chloroquine et à la sulfadoxinepyriméthamine, (iii) et la place des marqueurs moléculaires pour la surveillance de la résistance aux antipaludiques et de la circulation des souches parasitaires. Pour cela, notre étude a été conduite sur 8 sites sentinelles. Les patients présentant un paludisme causé par P. Vivax ont été inclus dans des tests d’efficacité thérapeutique selon les critères de l’OMS. L’analyse de polymorphismes génétiques sur les gènes pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr et pvdhps, impliqués dans la résistance aux antipaludiques, ainsi que sur les gènes pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 utilisés pour le génotypage des souches a été réalisée sur les isolats collectés. Des marqueurs microsatellites ont également été recherchés pour évaluer la diversité génétique de ces isolats, ainsi que la circulation des souches parasitaires et la propagation des isolats résistants
Our objective was to assess (i) the importance of Plasmodium vivax infections in Madagascar, (ii) the parasite sensitivity to antimalarial drugs, and (iii) molecular markers role to monitor antimalarial drug resistance. The study was led on 8 sentinel sites. An in vivo protocol was conducted according to WHO criteria. P. Vivax isolates were analysed for nucleotidic polymorphisms on pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr and pvdhps genes. We searched fro polymorphisms on pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 genes and on microsatellites sequences to genotype the isolates from the in vivo protocol. Microsatellites markers were also used to assess the genetic diversity of the Malagasy isolates. Other microsatellites sequences located in the flanking regions of dhfr and dhps genes were identified to assess the origin and propagation of resistant clones

Notre étude s’est proposée d’analyser l’incidence du paludisme et son évolution dans le temps et dans l’espace, ainsi que de rechercher les facteurs de risque d’accès palustres chez les enfants d’un village du Moyen-Oyapock (Camopi), peuplé d’Amérindiens wayampi et émerillon, d’une part, et d’un village du Haut-Maroni (Antecume Pata), peuplé d’Amérindiens wayana, d’autre part. L’approche a été multiple avec, pour chacun des deux sites d’étude :- Une analyse de survie (modèle de Cox) à partir des accès palustres confirmés biologiquement dans une cohorte d’enfants de moins de sept ans régulièrement suivis, ainsi qu’un questionnaire de type Connaissances, Attitudes et Pratiques (CAP), puis les caractéristiques des habitats et la description de leur environnement immédiat.- Une analyse spatiale avec une classification de l’occupation du sol à partir d’images satellites SPOT 5, l’extraction de variables environnementales d’intérêt, l’étude de leur effet sur la transmission du paludisme et la mise au point d’une méthode objective de sélection d’un rayon d’observation autour des habitations pour la caractérisation de l’environnement.- Une étude de séries temporelles (ARIMA) afin de déterminer l’effet des évènements climatiques et hydrologiques sur le paludisme, aux niveaux local et plus global (El Niño).Les taux d’incidence d’accès palustres sur la période 2001-2009 se sont révélés particulièrement élevés chez les jeunes enfants, notamment à Camopi avec une moyenne de 773‰ par année. Une diminution brutale de l’incidence a eue lieu en 2007 sur le Haut-Maroni et ce phénomène est observé à Camopi depuis 2010. Une prémunition se développe assez rapidement au cours de la vie (2-3 ans), surtout contre les reviviscences à Plasmodium vivax. Les facteurs environnementaux se sont avérés être les plus nombreux et les plus fortement liés à l’incidence palustre. En effet, le dégagement des alentours du carbet de toute végétation et une certaine distance de celui-ci à la forêt sont des facteurs protecteurs. La composante géographique est également apparue essentielle à Camopi avec une incidence qui variait selon le fleuve d’habitation et en fonction de la distance au hameau principal. Les facteurs météorologiques locaux (température et niveau du fleuve) se sont également révélés être liés à l’incidence du paludisme à court terme (0-3 mois). Par ailleurs, nos résultats ont permis d’émettre un certain nombre d’hypothèses quant à la transmission et au(x) vecteur(s) local(ux), et notamment de suggérer la participation d’un vecteur autre qu’An. darlingi dans la transmission du paludisme à Camopi. Nous avons également prouvé par ce travail que la télédétection et les systèmes d’information géographique sont très prometteurs pour la prise en compte de la dimension spatiale et environnementale dans l’étude des maladies transmissibles, notamment dans les zones d’accès difficile de Guyane
The aim of our study was to analyze the incidence of malaria in children and its evolution through time and space, as well as to search for risk factors in a village in Mid-Oyapock (Camopi), populated by Amerindians Wayampi and Emerillon, on the one hand, and a village in Upper-Maroni (Antecume Pata), populated by Amerindians Wayana, on the other hand. The approach was multiple with, for both study sites:- A survival analysis (Cox modelling) completed out of biologically confirmed malaria attacks in a cohort of children under seven, as well as a Knowledge, Attitudes, Practices and Behavior (KAPB) questionnaire, and also the characteristics of the houses and the description of their immediate environment.- A spatial analysis with a land cover classification from SPOT 5 satellite images, the extraction of environmental variables, the study of their effect on malaria transmission and the development of an objective method for picking the proper observation horizon around houses in order to characterize the environment.- A time series study (ARIMA) to determine the effect of climatic and hydrological events on malaria at local and global (El Niño) scales.The incidence rates of malaria attacks during the period 2001-2009 were particularly high among young children, especially in Camopi with an average of 773‰ by year. A sharp decline in incidence occurred in 2007 on the Upper Maroni and this phenomenon has been observed in Camopi since 2010. An acquired immunity develops quite rapidly during the life (2-3 years old), especially against P. vivax relapses. Environmental factors were found to be the most strongly associated with malaria incidence. Indeed, living in a hut cleared from the surrounding vegetation and at a larger distance from the forest are protective factors. The geographic component also appeared essential in Camopi with an incidence which varied with the river of living and with the distance from the main hamlet. The local meteorological factors (temperature and river level) also proved to be linked to malaria incidence in the short term (0-3 months). Moreover, our results have allowed issuing a number of assumptions about the transmission and the local vector(s), in particular to suggest the involvement of another vector than An. darlingi in the malaria transmission in Camopi. We also proved by this work that remote sensing and geographic information systems hold great promise for the inclusion of the spatial and environmental dimensions in the study of transmitted diseases, especially in areas of difficult access in French Guiana

Le paludisme, maladie parasitaire et vectorielle, sévissant principalement dans les zones intertropicales où vit près de 40% de la population mondiale, reste un problème majeur en santé publique. Les cinq espèces de Plasmodium connues infectées le paludisme chez l'homme sont présentes au Cambodge, qui est reconnu comme l'épicentre de l'émergence de souches de P. falciparum multi-résistantes (chloroquine, sulfadoxine- pyriméthamine, méfloquine, artémisinine), pouvant entraver les progrès accomplis depuis plus d'une décennie. Le travail de thèse intitulé « Approche génomique et bio-informatique de l'émergence et de la diffusion des résistances chez Plasmodium au Cambodge » avait pour objectif de développer de nouveaux outils moléculaires et biologiques pour 1) une meilleure compréhension de l'impact des stratégies mises en place pour lutter contre le paludisme à P. falciparum sur les autres espèces de Plasmodium, 2) la mise en place d'outils biologique et moléculaire, permettant de mieux définir l'épidémiologie des parasites résistants, en particulier la résistance à la quinine et aux dérivés de l'artémisinine, 3) l'étude et la définition des sous-populations parasitaires circulant au Cambodge afin d'estimer les risques associés à la diffusion de la résistance à l'artémisinine. Cette thèse a été réalisée dans l'Unité d'Epidémiologie Moléculaire du Paludisme à l'Institut Pasteur du Cambodge (IPC) sous la codirection du Dr. Didier Ménard (Chef de laboratoire à l'IP) et du Pr. Emmanuel Cornillot (Professeur à l'Université Montpellier I). Le premier objectif visait à étudier l'impact de la pression médicamenteuse sur la dynamique d'évolution des populations parasitaires. Nous avons d'abord évalué le polymorphisme des gènes associés à la résistance à la pyriméthamine (gène dhfr, dihydrofolate reductase) chez Plasmodium malariae et Plasmodium ovale (article 1 et manuscrit en préparation1), et le polymorphisme du gène mdr-1 (multidrug resistance 1) associé à la résistance à la mefloquine chez P. vivax (article 2). De plus, en collaboration avec l'Institut Pasteur de Madagascar, nous avons étudié le lien pouvant exister entre le polymorphisme du gène candidat Plasmodium falciparum Na+/H+ exchanger (Pfnhe-1) et la résistance (clinique et in vitro) de P. falciparum à la quinine (articles 3 et 4).Le deuxième objectif s'est interessé au développement d'outils biologiques et moléculaires permettant d'évaluer la résistance des souches de P. falciparum aux dérivés de l'artémisinine. Les 3 articles présentés (articles 5, 6 et 7) decrivent la méthodologie d'approche originale utilisée associant la génomique, la biologie, la clinique et l'épidémiologie, qui a permis d'aboutir à la découverte d'un marqueur moléculaire (mutations au sein du gène Kelch 13) fiable pour identifier les souches résistantes aux dérivés de l'artémisinine.Le dernier objectif était consacré au développement de la technique PCR-LDR-FMA appliqué à la détection d'un panel de 24 SNPs permettant de caractériser par un « barcode » chaque isolat de P. falciparum. Cette technique couplée avec une analyse bio-informatique et statistique des données nous a permis d'étudier et de définir la structuration des populations parasitaires circulant au Cambodge afin d'estimer les zones à risque de diffusion de la résistance à l'artémisinine (manuscrit en préparation 2).A travers ce travail de thèse, nous nous sommes efforcés de montrer la puissance des techniques de biologie moléculaire disponibles couplées avec des approches génomique et bio-informatique pour améliorer notre compréhension de la dynamique d'évolution des populations parasitaires. Ce travail s'est essentiellement concentré sur les phénomènes liés à l'émergence et de la diffusion des parasites résistants aux antipaludiques, le but final de ce travail étant d'améliorer les stratégies de lutte mises en place pour atteindre l'ambitieux objectif d'élimination du paludisme
Malaria, a protozoan vector-borne disease, is mainly prevalent in tropical areas, where nearly 40% of the world population is residing and remains one of the most concerns for public health worldwide. In Cambodia, the five Plasmodium species known to cause malaria in humans are present. The main feature of this country is that it is recognized as the epicenter of the emergence of multi-resistant P. falciparum parasites (to chloroquine, sulfadoxine-pyrimethamine, mefloquine, and artemisinin), a very significant menace to public health in the Mekong region that could impact the worldwide strategy to fight malaria. The thesis presented here, entitled “Genomics and Bioinformatics in the emergence and spread of resistant Plasmodium in Cambodia” aimed to develop new molecular and biological tools for:1) improving our understanding of the collateral impact of the strategies implemented to fight against falciparum malaria on the other Plasmodium species; 2) defining the molecular epidemiology of antimalarial resistant parasites, especially resistance to quinine and artemisinin derivatives;3) studying and defining the structure of P. falciparum parasite populations circulating in Cambodia to estimate areas at risk of spread of artemisinin resistance, using genomic approaches and bioinformatics. This thesis was carried out in the Malaria Molecular Epidemiology Unit at Pasteur Institute in Cambodia (IPC) under the co-direction of Dr. Didier Ménard (Head of the Unit, IP) and Pr. Emmanuel Cornillot (Professor, University of Montpellier I). The first objective of this work was to study the impact of drug used to treat falciparum malaria on the dynamics of other Plasmodium species. In a first step, we evaluated the polymorphism in gene associated to pyrimethamine resistance (dhfr gene, dihydrofolate reductase) in Plasmodium malariae and in Plasmodium ovale (article 1 and manuscript in preparation 1) and the polymorphism in mdr-1 gene (multidrug resistance 1 gene) associated to mefloquine resistance in P. vivax (article 2). Secondly, in collaboration with Pasteur Institute in Madagascar, we investigated the association between the polymorphism in Plasmodium falciparum Na + / H + exchanger gene (Pfnhe-1) and quinine resistance defined either by clinical or in vitro phenotypes (articles 3 and 4). The second objective was focused on the development of novel biological and molecular tools to assess the resistance of P. falciparum to artemisinin derivatives. The three papers presented (articles 5, 6 and 7) describe an original approach combining genomics, biological, clinical and epidemiological studies, which lead to the discovery of a molecular marker (mutations Kelch 13 gene) associated to artemisinin resistance.The third and final objective was devoted to the development of the PCR-LDR-FMA technology applied to the detection of a panel of 24 SNPs to characterize a "barcode" of P. falciparum isolates. This technic coupled with bioinformatics and statistical analysis allowed us to study and define the structure of the parasite populations circulating in Cambodia for estimating areas at risk of spread of artemisinin resistance (manuscript in preparation 2). Through this work, we have tried to show the usefulness of available molecular biology methods coupled with genomic and bioinformatics approaches to improve our understanding of the dynamics of the malaria parasite populations. This work has been mainly focused on the emergence and spread of antimalarial resistant parasites, keeping in mind that the ultimate goal of this work was to improve strategies implemented to achieve the ambitious goal of malaria elimination

A eux seuls, le Nigeria, la République Démocratique du Congo, l'Ouganda, l'Ethiopie et la Tanzanie représentent 50% de la mortalité liée au paludisme et 47% du total des cas de paludisme. Cependant, la diminution du nombre de cas et l'augmentation des activités de lutte à l'échelle mondiale sont autant de bonnes nouvelles encourageantes qui font déclarer à l'OMS que le paludisme peut être contrôlé et plus tard éliminé. Les recommandations des experts de la lutte contre le paludisme à l'échelle mondiale recommandent de cibler les zones où l'élimination est possible, les zones de faible transmission, et de là progresser vers les zones plus impaludées. Cela impose une connaissance précise de la situation du paludisme dans la région concernée. Les ensembles géographiques régionaux où la transmission du paludisme connait une diminution sensible, comme la Corne d'Afrique, et ayant des frontières extrêmement poreuses aux mouvements de populations humaines donc aux pathogènes, sont donc à cibler en priorité. Cela nécessite une évaluation du niveau de transmission et du risque de résurgence potentiel, posé par l'importation de nouvelles souches, afin d'aboutir à une élimination durable. Dans ce contexte, la République de Djibouti, ayant montré une prévalence extrêmement faible au cours de ces dernières années, s'est lancée dans une tentative de pré-élimination du paludisme. L'objectif de notre étude a été d'observer l'évolution, sur une durée de onze années (1998-2009), du taux d'incidence de l'infection palustre, du niveau de transmission du paludisme, de la possibilité d'importation depuis les pays voisins et enfin, de la distribution des vecteurs de la maladie
Nigeria, the Democratic Republic of Congo, Uganda, Ethiopia and Tanzania represent 50% of malaria deaths and 47% of total malaria cases. However, the decrease in the number of cases and worldwide increased control activities were encouraging news which lead the WHO to declare that malaria can be controlled and eliminated later. The recommendations of experts in the worldwide fight against malaria recommend targeting areas where elimination is possible, areas of low transmission, and hence moving towards areas more affected by malaria. This requires a precise knowledge of the malaria situation in the region. Geographical regional assemblies where malaria transmission is experiencing a significant decrease, as the Horn of Africa, and having extremely porous frontiers to the movement of human populations, therefore pathogens, must be the priority target. Thus an assessment of the level of transmission and the risk of potential recurrence, posed by the importation of new strains, was indispensable in order to achieve sustainable elimination. In this context, the Republic of Djibouti, who showed extremely low prevalence in recent years, is embarked on an attempt to pre-eliminate malaria. The aim of our study was to observe changes, over a period of 11 years (1998-2009), in the level of malaria occurrence, malaria transmission, but also the level of its potential importation from neighboring countries and finally the vectors population dynamics. These results could serve as a basis of reflection, for the health authorities of the country or international partners, to a possible adjustment of the current policy of fight against malaria

Plasmodium vivax est responsable d'environ 100 millions d'accès palustres par an dans le monde. Compte tenu de l'augmentation constante de la température moyenne du globe et de la fréquence toujours plus importante de voyageurs et des populations déplacées, l'endémie du paludisme est en progression. L'utilisation dans le passé des antipaludiques a probablement permis la sélection de souches de P. Vivax chimio-résistantes, principalement chloroquino-résistantes. La chloroquine seule ou associé à la primaquine reste le médicament de référence dans les pays d'endémie palustre à P. Vivax. Un autre médicament, l'association sulfadoxine-pyriméthamine (S-P), est utilisé pour traiter les isolats chloroquino-résistants mais la résistance à la pyriméthamine est apparue aussi dans plusieurs régions endémiques. Les mécanismes moléculaires à la base de la chimiorésistance de P. Vivax sont encore mal connus. Seule la résistance à la pyriméthamine est aujourd'hui bien caractérisée. Des études antérieures ont mis en évidence, comme pour P. Falciparum, une corrélation entre des mutations ponctuelles dans le domaine de la DHFR et la résistance in vivo et in vitro à la pyriméthamine chez P. Vivax. Nous avons développé une méthode permettant de déterminer le génotype d'un isolat de P. Vivax au niveau des différents codons impliqués, donc son phénotype sensible ou résistant aux antifoliniques. Cette technique a été validée sur un grand nombre d'isolats, originaires de plusieurs régions du globe et soumis à des conditions de transmission palustre et à des pressions médicamenteuses différentes. Pour P. Falciparum au moins deux gènes sont impliqués dans la résistance à la chloroquine : le gène pfcrt et le gène pfmdr1. L'absence des mutations sur le gène pvcrt des souches de P. Vivax chloroquino-sensibles et chloroquino-résistantes a incité à penser que d'autres mécanismes modulent la survenue de la résistance chez ce parasite. Nous avons recherché chez P. Vivax le gène orthologue de pfmdr1. Après avoir déterminé la séquence codante pour la MDR1 de P. Vivax, nous avons étudié son profil génétique chez des isolats de P. Vivax en provenance principalement d'Asie Centrale et du Sud-est et d'Amérique du Sud. Trois allèles du gène pvmdr1 ont été retrouvés dans les zones d'endémie étudiées : l'allèle sauvage et les allèles simples F1076L et double muté Y976F - F1076L. Ces deux mutations apparaissent de façon successive (mutation en position 1076 puis en 976) comme cela a déjà été décrit pour le gène pvdhfr

Le paludisme reste une des principales causes de mortalité infantile dans le monde tropical. L'émergence continue des résistances du parasite aux anti-paludiques constitue un sérieux problème de santé publique. La recherche de nouvelles cibles thérapeutiques, basée sur une connaissance plus approfondie des mécanismes moléculaires de la vie du parasite, est une nécessité permanente dans un paradigme de « reine rouge » qui s'applique parfaitement à la capacité d'adaptation du parasite. La découverte récente d'une métacaspase de Plasmodium falciparum (PfMCA1) et la mise en évidence de son rôle potentiel dans l'apoptose du parasite, fait qu'elle est une cible thérapeutique contre le paludisme. Dans le but de mieux approfondir les connaissances sur cette protéine cible, nous avons voulu, dans un premier temps, déterminer la structure tridimensionnelle de PfMCA1, afin de confirmer les différentes structures prédites in silico, et chercher de nouvelles molécules candidates par le docking moléculaire. Cependant cet objectif n'a pas pu être atteint, à cause d'un phénomène d'autoclivage de la protéine suite à son expression, ce qui fait que nous n'avons pas réussi à récupérer la protéine. Dans un second temps, nous avons étudié la métacaspase de Plasmodium vivax (PvMCA1) en comparaison avec PfMCA1, et nous avons montré que les résidus histidine et cystéine dans la dyade catalytique sont bien conservés. Nous avons identifié un deuxième site potentiel dans le domaine catalytique de PvMCA1. A partir d'échantillons collectés en Mauritanie, au Soudan et à Oman, nous avons montré que les résidus histidine et cystéine, ainsi, que les résidus du second site du domaine catalytique de PvMCA1 sont très variables. Les mutations de ces résidus doivent faire l'objet d'étude approfondie de leurs effets sur la fonction de la protéine PvMCA1. Ce polymorphisme trouvé dans les résidus catalytiques de PvMCA1, doit-être évalué comme marqueurs moléculaires de résistance
Malaria remains one of the main causes of infant mortality in the tropical world.The continuous emergence of parasite resistant to drug treatment is a serious threat to public health. Exploring new therapeutics targets based on depth knowledge on molecular mechanism of the parasite’s life is utmost needed in a paradigm of « red queen», which applies perfectly on the ability of the parasitic adaptation. The recent discovery of metacaspase of Plasmodium falciparum (PfMCA1) and the demonstration of its potential role in apoptosis, make it a therapeutic target against malaria. In order to increase knowledge about this protein, we planned, to determine the three-dimensional structure of PfMCA1, to confirm the different structures predicted in silico, and to look for new drug using molecular docking. However, this goal was not reached, since autoprocessing occurred during expression, and we failed to obtain the full-length protein. Then we studied the metacaspase of Plasmodium vivax (PvMCA1) in comparison with PfMCA1 and, we shown that histidine and cysteine residues in the dyad catalytic are well conserved. We have identified a second potential site in the catalytic domain of PvMCA1. We shown that residues in both putative sites are highly polymorphic in samples from Mauritania, Sudan and Oman. Mutations on these residues need to be deeply studied for their effects on the PvMCA1 function. This polymorphism found in catalytic residues of PvMCA1should be evaluated as new molecular marker of resistance

Notre objectif a été d'évaluer (i) l'importance de Plasmodium vivax dans les infections palustres à Madagascar, (ii) la sensibilité de ce parasite à la chloroquine et à la sulfadoxinepyriméthamine, (iii) et la place des marqueurs moléculaires pour la surveillance de la résistance aux antipaludiques et de la circulation des souches parasitaires.
Pour cela, notre étude a été conduite sur 8 sites sentinelles. Les patients présentant un paludisme causé par P. vivax ont été inclus dans des tests d'efficacité thérapeutique selon les critères de l'OMS. L'analyse de polymorphismes génétiques sur les gènes pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr et pvdhps, impliqués dans la résistance aux antipaludiques, ainsi que sur les gènes pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 utilisés pour le génotypage des souches a été réalisée sur les isolats
collectés. Des marqueurs microsatellites ont également été recherchés pour évaluer la diversité génétique de ces isolats, ainsi que la circulation des souches parasitaires et la propagation des isolats résistants.

Le paludisme demeure un problème de santé majeur en Afrique subsaharienne. Le nombre limité d'antipaludiques, l’apparition de résistances et l’absence d’un vaccin efficace, font de la lutte anti-vectorielle (LAV) la principale stratégie préventive de cette maladie. Les méthodes actuelles de LAV visant à limiter ou à interrompre le développement du parasite chez le moustique vecteur, il est donc nécessaire d’améliorer notre compréhension des interactions entre le vecteur Anopheles, son environnement et le parasite Plasmodium. A Madagascar, Anopheles gambiae s.l. et Anopheles funestus sont les vecteurs majeurs de Plasmodium falciparum et de Plasmodium vivax. Anopheles mascarensis, espèce endémique, peut également être un vecteur important. Dans ce contexte, l’objectif premier de ma thèse a été d’approfondir les connaissances sur An. mascarensis à travers une revue. Les données collectées plaident davantage qu’An. mascarensis est un complexe d'espèces et permettent de poser les bases pour une analyse moléculaire ciblée. En parallèle, j’ai contribué à la mise en place de la première plateforme expérimentale de Madagascar pour infecter des anophèles par P. falciparum et P. vivax, afin d’évaluer leur compétence vectorielle. Enfin, en associant entomologie et immuno-parasitologie, nous avons analysé la contribution des vecteurs à la transmission du paludisme dans deux villages adjacents. L’ensemble des travaux réalisés durant de ma thèse contribue à une meilleure connaissance de la diversité de la transmission du paludisme à Madagascar. De plus, la mise en place de la plateforme expérimentale d’infection permettra l’analyse de la compétence des populations d’anophèles vecteurs
Malaria remains a major health concern in sub-Saharan Africa. The limited number of antimalarial drugs, the emergence of resistances and the lack of an effective vaccine, make vector control the main preventive strategy for this disease. Current methods of vector control aim at limiting or interrupting parasite development in the vector mosquito. It is therefore necessary to improve our understanding on interactions between the Anopheles vector, its environment and the parasite Plasmodium. In Madagascar, Anopheles gambiae s.l. and Anopheles funestus are the major vectors of Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax. Anopheles mascarensis, an endemic species, may also be an important vector. In this context, the main objective of my PhD was to deepen the knowledge on An. mascarensis through a review. The data collected indicate that An. mascarensis is a complex of sibling species. I could thus provide the foundation for targeted molecular analysis. In parallel, in order to evaluate their vector competence, I contributed in a major way to the establishment of the first experimental platform of Madagascar to infect anopheline mosquitoes by P. falciparum and P. vivax. Finally, combining entomology and immuno-parasitology, we analysed the contribution of vectors to malaria transmission in two neighbouring villages. All the work done during my PhD contributes to a better knowledge of the diversity of malaria transmission in Madagascar, especially on the effective contribution of the different vector species. In addition, the establishment of the experimental platform for infections will further allow the analysis of the competence of vector Anopheles populations

La chimioresistance de plasmodium falciparum est etudiee a travers les populations impaludees et au sein des populations plasmodiales. Les trois outils mis en uvre sont l'epidemiologie, la recherche clinique et la recherche fondamentale. Les resultats concernant les populations impaludees portent sur l'evolution des taux d'incidence d'acces palustre chez les voyageurs, l'evolution des taux de prevalence et des niveaux de chimioresistance en afrique de l'ouest et le role de la biodisponibilite dans l'interpretation des echecs therapeutiques. Les travaux portant sur les populations plasmodiales contribuent a l'etude des clones parasitaires, revelent une resistance croisee entre les aryls-amino-alcools et reproduisent experimentalement les effets de la pression medicamenteuse in vitro. Nous poursuivons nos recherches avec le meme objectif qu'est de degager des alternatives therapeutiques au vu de donnees fondamentales, cliniques et epidemiologiques dans l'espoir de contribuer a la lutte antipaludique

Dans cette thèse, nous avons étudié l'influence de plusieurs variants génétiques situés dans les régions chromosomiques 5q31-q33, 6p21, et 17p12, pour lesquelles une liaison génétique avec des phénotypes de paludisme a été montrée.Les gènes NCR3 et TNF, qui sont situés dans la région chromosomique 6p21, ont été associés au paludisme dans une population vivant au Burkina Faso. Nous avons répliqué ces études dans une population congolaise afin deconfirmer les associations des polymorphismes avec les accès palustres simples et la parasitémie symptomatique. Nos résultats montrent que le polymorphismeNCR3-412 est associé avec les accès palustres simples au Congo, et que les polymorphismes TNF-308, TNF-244, et TNF-238 sont associés avec les accès palustres simples ou la parasitémie symptomatique. En outre, nos analyses bioinformatiques suggèrent que les polymorphismes TNF-244 et TNF-238 agissent en synergie pour modifier le site de fixation pour au moins un facteur de transcription.Les deux gènes HS3ST3A1 et HS3ST3B1, qui sont situés dans la région chromosomique 17p12, sont impliqués dans la biosynthèse des heparanes sulfates. Dans cette étude, nous avons étudié l'association d’un polymorphisme situé dans le promoteur de HS3ST3A1 avec les accès palustres simples et la parasitémie symptomatique, et n’avons détecté aucune association. Nous avons étudié en outre le gène NDST1, situé dans la région chromosomique 5q31-q33, et qui code également pour une enzyme impliquée dans la voie héparane sulfate. Des résultats préliminaires encourageants soutiennent l'hypothèse que la variation génétique de NDST1 influence la parasitémie asymptomatique
In this thesis, we investigated the influence of some genetic variants located within chromosomes 5q31-q33, 6p21, and 17p12, which have been shown to be linked to malaria phenotypes. The genes NCR3 and TNF, which are located in the chromosomal region 6p21, have been reported to be associated with malaria in Burkina Faso population. We have replicated those studies in Congolese population to evaluate the associations of the SNPs in those genes with mild malaria attack and Plasmodium parasitemia. The results showed that the variant NCR3-412 is associated with mild malaria in Congo, and TNF-308, TNF-244, and TNF-238 are associated with mild malaria attack, maximum parasitemia, or both. In addition, bioinformatic studies suggest that TNF-244 and TNF-238 synergise to alter the binding of transcription factors.The two genes HS3ST3A1 and HS3ST3B1, which are located in chromosomal regions 17p12, are involved in the heparan sulfate proteoglycan biosynthesis. In this study, we further investigated the association of the polymorphisms in these genes with mild malaria attack and maximum parasitemia. However no association was found. We further studied the NDST1 gene, which is located within chromosome 5q31-q33, and which encodes the bifunctional enzyme N-deacetylase/ N-sulfotransferase 1, and also participates in the heparan sulfate synthesis . Encouraging results support the hypothesis that NDST1 variation influence controlling parasitemia. Further association and functional studies are needed to validate the role of NDST1 in malaria infection. More generally, the enzymes involved in the heparan sulfate pathway might play a key role in controlling malaria infection

Cette etude est la premiere portant sur une analyse multilocus (trois antigenes candidats vaccins et un marqueur neutre) pour 21 isolats de p. Falciparum (19 du kenya et 2 du honduras). Le gene de la proteine circumsporozoitaire a revele des sequences aminoacides uniques, et des sequences aa deja identifiees. Les mutations ponctuelles etaient limitees. Le troisieme epitope t-helper, cst3, etait conserve. Il pourrait donc etre le meilleur candidat epitope t-helper pour des vaccins. Pfs25, un antigene inhibiteur de la transmission exprime sur la surface des formes zygote et ookinete de p. Falciparum, a revele des mutations ponctuelles dispersees au hasard et uniques par rapport a des isolats venant d'une aire de basse transmission (bresil) et d'une aire hyperendemique (papouasie nouvelle guinee). Le polymorphisme de l'antigene 42 -kda etait limite a certaines positions aa. Cette etude et une autre etude anterieure ont indique que la leucine de la position 366 du bloc 17 etait egalement dimorphique. Nous suggerons d'inclure ce residu aa dans les quatre residus determinants d'alleles deja connus, e/q, t/k, s/n et r/g. En se basant sur la recombinaison genetique entre les alleles deja decrits, 10 nouveaux alleles du gene msp-1 de p. Falciparum ont ete predits. Parmi ces alleles, trois, e-ksg-l (type kenya-1), e-ksr-l (type kenya-2), et e-kng-f (type kenya-3) ont ete identifies au cours de cette etude. L'heterogeneite des genotypes de p. Falciparum pour une aire d'etude aussi limitee du kenya apparait donc aussi grande que celle d'autres parties du monde. Les isolats qui avaient le meme genotype a un locus avaient des genotypes differents aux autres locus (absence de desequilibre de liaison). Ce resultat differe de ce qui a ete observe chez certains protozoaires medicalement importants. Cependant, du fait que les locus analyses dans la presente etude ont des taux d'evolution tres disparates, cette etude n'est pas une preuve absolue de panmixie.

Nous avons analyse par electrophorese d'isoenzymes (7 a 12 loci) le polymorphisme genetique de 5 populations (113 stocks) du plasmodium falciparum, l'agent de la forme la plus severe de paludisme. Les resultats ont ete interpretes en termes de genetique des populations, dans le but d'analyser la structure des populations naturelles de ce parasite. Un fort desequilibre de liaison apparait dans trois des populations etudiees, ainsi que dans l'echantillon global. Une quatrieme population montre egalement des indices de desequilibre, quoique dans une moindre mesure. Une seule serie n'a montre aucune deviation par rapport aux predictions de la panmixie. Ces resultats ne sont explicables, ni par la structuration geographique des populations, ni par la selection naturelle. L'hypothese la plus parcimonieuse pour rendre compte de nos donnees est l'existence d'une propagation uniparentale chez p. Falciparum dans certaines circonstances. De forts indices d'autofecondation peuvent expliquer ce resultat. La structure des populations naturelles de plasmodium falciparum et le mode de reproduction du parasite ont des consequences importantes sur l'epidemiologie de la maladie. Le modele subclonal ou partiellement clonal que nous proposons ici est radicalement different, quant a ses implications taxonomiques et epidemiologiques, du modele potentiellement panmictique qui avait ete propose pour p. Falciparum. En effet, si des lignees parasitaires subissent une propagation uniparentale, elles se comportent comme des clones, et gardent intactes leurs caracteristiques genetiques d'une generation a l'autre, tandis que le patrimoine genetique de chaque genotype fait l'objet d'un brassage energique a chaque generation dans le cas du modele potentiellement panmictique. Les problemes poses sont: (a) la nature du processus de reproduction uniparentale; (b) l'importance respective des cycles sexues et asexues; (c) la stabilite dans l'espace et dans le temps des lignees uniparentales

Il est essentiel de bien connaître l’épidémiologie du paludisme pour conduire une lutte efficace. Au Cambodge, la connaissance de la maladie repose sur un dépistage passif des cas. Le diagnostic clinique ou par microscopie ne permet pas de connaître l'incidence précise des infections. Mon travail a consisté à mieux décrire le paludisme au Cambodge et à mettre au point des stratégies adaptées. Une large enquête transversale a mis en évidence une grande hétérogénéité géographique des prévalences et une sous-estimation de la situation dans les zones reculées. Le risque d'infection est augmenté chez les hommes adultes, ainsi que dans les villages isolés, proches de la forêt. Une étude du portage parasitaire dans le Nord-Est du pays a montré que le diagnostic moléculaire détecte plus d'infections gué la microscopie, révélant un réservoir de transmission jusqu'alors ignoré. Prés d'un tiers de la population porte des infections mixtes, entre autre avec P. Malarias et P. Ovale. L'outil moléculaire a aussi montré que des infections cryptigues à P. Vivax sont fréquemment à l'origine de rechutes dans le contexte d'essais clinigues avec les ACT destinés à traiter P. Falciparum. Deux approches innovantes, le Dot-blot et la puce à ADN, son proposées pour augmenter le débit du diagnostic moléculaire pour des études épidémiologigues. Enfin, une étude du locus ARNr 18S chez les quatre espèces infectant l'homme a révélé un polymorphisme important, surtout chez P. Ovale, avec de nombreuses mutations pouvant interférer avec des méthodes de diagnostic moléculaire. Les informations apportées permettront de mieux adapter les actions de lutte à la situation réelle rencontrée sur le terrain
A precise knowledge of the malaria epidemiology essential for designing efficient control measures. In Cambodia, the current malaria data are mainly provided by a passive case detection system. The diagnosis by clinical examination or by microscopy does not precisely determine the malaria incidence. The goal of this work was to better describe the malaria situation in Cambodia and to set up adapted screening and diagnosis strategies. The results of a large cross-sectional survey revealed geographically heterogeneous prevalences and an underestimation of the malaria situation in remote areas. The infection risk was highest in adult male and in remote forest-fringe villages. A study of the parasite carriage in North-East Cambodia showed that molecular diagnosis detects more infections than microscopy, pointing to a previously unknown transmission reservoir. About one third of the population carries mixed infections, partly including P. Malariae and P. Ovale. The molecular approach also revealed that cryptic P. Vivax infections frequently lead to recrudescences or relapses in the context of clinical trials of ACT used for treating P. Falciparum. Two innovative diagnosis approaches in a Dot-blot and a microarray format are proposed for increasing the screening throughput for epidemiological studies. Finally, a study of the molecular diagnosis marker 18S rRNA in the four species infecting man revealed an important polymorphism. Especially in P. Ovale, with numerous mutations possibly interfering with molecular diagnosis methods. The informations provided by this work are useful for adapting current control measures to the actual malaria situation prevailing in the field

Le paludisme ou malaria est une maladie parasitaire due à un protozoaire. Il est transmis principalement à l'homme par la piqûre de la femelle d'un moustique du groupe des anophèles. La transfusion sanguine représente la 3e voie potentielle de transmission de Plasmodium. L'incidence du paludisme a entraîné une augmentation de la proportion des donneurs de sang ayant été en contact avec le parasite. Le premier objectif de ce travail de thèse est d'analyser l'immune-réactivité de marqueurs biologiques de dépistage de Plasmodium dans les poches de sang pour prévenir le paludisme transfusionnel et plus spécifiquement, il s'agit de déterminer par goutte épaisse (GE) et Enzyme Linked lmmunosorbent Assay {ELISA), la prévalence du paludisme asymptomatique chez les donneurs de sang au Sud du Bénin. Le second objectif est de répertorier les marqueurs moléculaires les plus adéquats pour la recherche d'antigène et d'anticorps de Plasmodium, utilisables en dépistage de masse dans les centres de transfusion sanguine
Malaria is a disease due a protozoan. lt is transmitted to humans by the bite of a mosquito form Anopheles group. Blood transfusion is the third potential way of malaria transmission. Incidence of Malaria has increased the proportion of blood donors suspected to be contaminated by Plasmodium sp. The goal of that study is to determine the immunoreactivity of some biomarkers that could be used for the prevention of the blood transfusion transmitted malaria. For that purpose we used thick and thin blood film microscopical determination and an Enzyme Linked lmmunoSorbent Assay technology detecting malaria antigen (pan-pLDH) and malaria antibodies. These methods were used for the screening of 2515 blood donors during ten following months insouthern-Benin, sample were separated in the 4 following seasons observed in Western Africa

En Afrique tropicale, là où le paludisme est fortement endémique, la plupart des individus sont semi-immuns et les infections asymptomatiques sont très répandues. Ainsi la détection de parasites dans le sang de malades fébriles n'est pas un critère suffisant pour distinguer le paludisme des autres causes de fièvre. A Dielmo, un village du Sénégal d'environ 500 habitants en 2010, un suivi épidémiologique continu très étroit du paludisme a débuté en 1990. Dans ce village où la transmission est pérenne, la mise en place de moyens de lutte et de prévention contre le paludisme de plus en plus efficaces a profondément transformé l'épidémiologie du paludisme. Dans ce travail, nous analysons l'impact de ces interventions sur les prévalences parasitaires, les densités parasitaires et les critères diagnostiques du paludisme et nous mesurons l'évolution du paludisme clinique à Plasmodium falciparum, P. malariae et P. ovale de juin 1990 à décembre 2010. Les données parasitologiques et cliniques ont été analysées par régression logistique à effet aléatoire pour étudier la relation entre les densités parasitaires et le risque de fièvre. Les prévalences parasitaires des trois espèces plasmodiales ont considérablement diminué lors de l'abandon de la chloroquine en traitement de première ligne et de son remplacement par des combinaisons thérapeutiques, puis sont devenues presque nulles après la mise en place de moustiquaires imprégnées d'insecticides à longue durée d'action. Les seuils pyrogéniques calculés nous ont permis de mesurer la densité d'incidence des accès palustres et d'étudier l'impact des mesures de lutte sur la morbidité palustre dans la population
In tropical Africa, where malaria is highly endemic, most people are semi-immune and asymptomatic infections are widespread. Thus, the detection of malaria parasites in the blood of febrile patients is not a sufficient criterion for distinguishing malaria from other causes of fever. In Dielmo, a Senegalese village of about 500 inhabitants in 2010, a very closely continuous epidemiological monitoring of malaria began in 1990. In this village where the transmission is perennial, the establishment of more effective means of control and prevention against malaria have profoundly changed the epidemiology of malaria. In this work, we analyze the impact of these interventions on the parasite prevalences, the parasite densities and the malaria diagnostic criteria and we measure the evolution of Plasmodium falciparum, P. malariae and P. ovale clinical malaria from June 1990 to December 2010 in Dielmo. Parasitological and clinical data are analyzed in a random effect logistic regression to investigate the relationship between parasite density and fever risk. The prevalence of the three Plasmodium species decreased dramatically with the abandonment of chloroquine as first line treatment and his replacing with the combination therapies and became almost zero after the introduction of long lasting insecticidal nets. Pyrogenic thresholds calculated enabled us to measure the incidence density of malaria and to study the impact of intervention methods on malaria morbidity in the population

En zone d'endémie palustre, de nombreuses études ont montré l'importance des facteurs épidémiologiques, immunologiques et génétiques dans le contrôle de l'infection à Plasmodium falciparum. Ces facteurs ont des effets quelquefois contradictoires ou varient en fonction du faciès épidémiologique de la zone. Les objectifs de notre étude, réalisée à Bamako, étaient : 1)- De rechercher des éléments en faveur d'un déterminisme génétique du paludisme grave. Ceci implique la mise en évidence d'un phénomène d'agrégation familiale des cas de paludisme grave dans cette population. 2)- D'identifier certains facteurs épidémiologiques de risque de développement d'un paludisme grave chez l'enfant. 3)- D'analyser certaines principales cytokines de la réponse immune (IFN-γ, IL-4, IL-5, IL-10, IL-12 p70et IL-13) présentes dans le sang périphérique de patients atteints de neuropaludisme ou d'anémie palustre grave. 4)- De tester l'association entre des polymorphismes situés sur le gène IL12B (codant pour l'IL-12 p40) et le paludisme grave. Cette étude a mis en évidence l'existence d'une prédisposition individuelle et familiale du neuropaludisme et de l'anémie palustre grave dans cette population de Bamako. Par ailleurs, plusieurs facteurs de risque de paludisme grave chez l'enfant ont été identifiés dans cette population de Bamako. Ces facteurs sont principalement liés à l'enfant ou à leur mère. Ainsi, à l'exception de l'histoire de la vaccination contre la fièvre jaune chez l'enfant associée à une augmentation du risque de développement d'un paludisme grave chez l'enfant, l'étude souligne l'importance de facteurs maternels, tels que la durée d'allaitement, le niveau d'éducation, la connaissance du mode de transmission du paludisme et l'existence d'une maladie chronique qui affectent significativement le risque de développement d'un paludisme grave chez l'enfant. Ces études soulignent l'importance des programmes visant à améliorer à la fois la santé et l'éducation maternelles dans le contrôle du paludisme. L'analyse de certaines cytokines dans le sang périphérique de patients a mis en évidence le rôle protecteur de l'IFN-γ contre le paludisme grave ou le décès dû au neuropaludisme. L'étude génétique met en évidence le rôle de l'IL-12 dans le déterminisme du neuropaludisme. Un polymorphisme (insertion-délétion de 4 bases) situé dans la région promotrice de l'IL12B associé à une variation du niveau d'expression du gène IL12B ou de la production d'IL12p40 ou d'IL12p70 ou du monoxyde d'azote est associé au neuropaludisme. Cette étude contribue à une meilleure compréhension de l'épidémiologie du paludisme grave et des mécanismes de résistance liés à cette infection. L'identification des facteurs épidémiologiques de risque de développement du paludisme grave chez l'enfant permettra de renforcer les stratégies de lutte contre cette infection ; celle des cytokines impliquées dans la protection contre cette maladie sera d'une aide précieuse pour l'élaboration de nouvelles stratégies thérapeutiques ou vaccinales
Several studies in endemic regions have shown the importance of epidemiological, immunological and genetic factors in the control of Plasmodium falciparum infection. The effects of these factors are sometime contradictory, or vary with epidemiological facies or the area. This study conducted in Bamako (a malaria endemic area) aims to : 1)- test whether cerebral malaria or severe malarial anaemia aggregated within families (as this is the first step towards a family-based approach to identify the environmental and genetic pathways). 2)- identify epidemiological risk factors fore severe malaria among children living in Bamako. 3)- quantify the level of some principal cytokines of immune response (IFN-γ, IL-4, IL-5, IL-12 p70 et IL-13) in the peripheral blood of patient with cerebral malaria or severe malarial anaemia. 4)- test the association between IL12B gene (coding for IL-12 p40) polymorphisms in and severe malaria. Our data suggest strong individual and familial aggregation of cerebral malaria and severe malarial anaemia in population of Bamako. In addition, several epidemiological risk factors for severe malaria have been identified in this population. With the exception of a personal yellow fever vaccination histoty which is associated with an increase risk of severe malaria, al lthe studied independent factors associated with severe malaria were directly related to child's mother : her personal health status or her knowledge, attitude and practices. Programmes aiming to improve maternal health and education may thus reduce the incidence of severe malaria in Mali as well as in neighbouring countries, and should therefore be advocated. Quantification of some cytokines in the peripheral blood highlighted the protector role of IFN-γ for severe malaria and death due to cerebral malaria. Genetic study underlines the role of IL-12 in the determinism of cerebral malaria. There is an association between cerebral malaria and an insertion-deletion of 4 bases in the IL12B promoter region ; this polymorphism has been associated with the reduce levels of IL12 p40, IL12 p70 and NO production. Together, our data provide further insight into the epidemiology of severe malaria and host mechanism of resistance to this infection. The identification of epidemiological risk factors for severe malaria will allow reinforcement of the strategies of control of this infection , definition of cytokines implicated in the protection against this disease will be an incaluable help in the elaboration of new therapeutic and vaccinal strategies

Au Congo, des efforts urgents sont nécessaires pour aider ce pays à changer sa politique nationale de traitement contre le paludisme. Malgré son taux d'échecs thérapeutiques élevé et inacceptable, la chloroquine (CQ) est encore largement utilisée comme traitement de première intention du paludisme à Plasmodium falciparum non compliqué. Notre étude a été menée dans le cadre du programme national de lutte contre le paludisme, en deux phases entre 1999 et 2002, chez des enfants de 6-59 mois atteints d'accès palustre simple dans les deux plus grandes régions urbaines, Pointe-Noire et Brazzaville, qui à elles seules regroupent environ 60% de la population du Congo. En utilisant le test standard d'efficacité thérapeutique de l'OMS avec une période de suivi des patients de 14 jours, nous avons comparé dans la première phase de l'étude l'efficacité de la CQ versus sulfadoxine/pyriméthamine (SP) par la méthode LQAS de l'OMS; la deuxième phase consistait à déterminer le niveau réel de résistance de P. Falciparum à SP. Cette étude combinait également l'évaluation de l'utilisation des antipaludiques dans la communauté et de la fréquence de distribution des marqueurs moléculaires de résistance à la CQ (mutation pfcrt-K76T) et à la SP (mutations des gènes dhfr/dhps) dans les isolats de P. Falciparum par les méthodes de PCR et séquençage. Les résultats ont montré un taux d'échecs thérapeutiques significativement > 25% à la CQ tandis qu'aucun échec clinique ou parasitologique n'a été enregistré pour la SP. On a noté la présence de la mutation pfcrt-K76T dans la quasitotalité des isolats de P. Falciparum (96. 4%, n = 138) indiquant un niveau élevé de résistance à la CQ. Le quintuple mutant (dhfr-S108N, N51I, C59R et dhps-A437G ou S436A, K540E) responsable de la résistance clinique à SP n'a pas été trouvé en raison de l'absence de la mutation dhps-K540E dans les isolats testés (n = 144), d'où l'évidence de l'excellente efficacité de SP. En conclusion, la stratégie qui consiste à combiner la SP avec un autre antipaludique efficace, bien toléré et moins cher est essentielle au Congo. Les combinaisons thérapeutiques à base des dérivés d'artémisinine (ACTs) recommandées par l'OMS depuis 2001 sont efficaces mais elles ne sont pas pour l'heure des options alternatives idéales et recommandables au niveau programmatique à cause de leur coût trop élevé. La mutation dhps-K540E pourrait être utilisée comme outil d'alerte précoce de l'émergence de la résistance à SP dans cette population. La mauvaise utilisation des antipaludiques observée dans cette communauté urbaine devrait être prise en compte dans le processus du changement de politique du traitement du paludisme
In Congo, urgent efforts are needed to help with the revision of the national antimalarial drug policy. Despite its high and unacceptable treatment failure rate, chloroquine (CQ) is still extensively used as first-line treatment for uncomplicated Plasmodium falciparum malaria. Our study was conducted within the context of national malaria control programme, in two phases between 1999 and 2002, in children aged 6-59 months with uncomplicated malaria in Pointe-Noire and Brazzaville, the two largest cities that contain approximately 60% of the population of Congo. Using the standard 14-day WHO therapeutic efficacy test, we compared in the first phase of the study the efficacy of CQ versus sulfadoxine/pyrimethamine (SP) performing the WHO LQAS method; basing on our study design we determined the actual proportion of treatment failures of SP in the second phase. This study also combined assessing antimalarial drug use in the community and the frequency distribution of resistance molecular markers to CQ (pfcrt-K76T mutation) and to SP (mutations in dhfr/dhps genes) among pretreatment P. Falciparum isolates by PCR and sequencing methods. Results demonstrated a treatment failure rate significantly >25% for CQ, while no clinical or parasitologic failure was observed for SP. Regarding genotyping results, Pfcrt (K76T) mutation was present in almost all isolates (96. 4%, n =138) indicating that resistance to CQ is present at a high frequency. The quintuple mutant (dhfr-S108N, N51I, C59R and dhps-A437G or S436A, K540E) considered as molecular marker for clinical SP-resistance was not found because dhps-K540E mutation was absent in all isolates tested (n = 144); this is clear evidence for the excellent efficacy of SP. In conclusion, the strategy of combining SP with other affordable, effective and cheap antimalarial-drugs is essential in Congo. Artemisinin-based combination therapies (ACTs) recommended by WHO since 2001 are the best alternative regimens for malaria treatment but inaccessible to the needy because of their high-cost. The complete absence of the dhps-K540E mutation is a deterrent component for using this molecular marker as an early warning tool for SP resistance testing in that population. Poor compliance issues related to the antimalarial drug use including inappropriate manufacturing practices observed in this urban community require intensive attention and should be taken into account in the process of changing antimalarial treatment policy

La fièvre est l’une des principales raisons des consultations hospitalières en Afrique Sub-saharienne. Le paludisme est la cause la plus souvent suspectée, posant ainsi un grand problème: la prescription abusive des anti-paludiques aux sujets fébriles dont le test de diagnostic est négatif pour le paludisme.Vue que les principales causes virales de fièvre sont sporadiques et les patients fébriles sont souvent diagnostiqués négatifs au paludisme au Gabon, l’objectif prioritaire de ces travaux a donc été d’évaluer la présence des bactéries dans le sang des sujets fébriles et afébriles via les outils de biologie moléculaire. La flore bactérienne intestinale a aussi été évaluée à partir des échantillons de selles grâce à la méthode de culturomics.Au total, 1.363 échantillons d’ADN dont 1.203 appartenant aux sujets fébriles ont été analysés. Rickettsia felis a été la bactérie la plus détectée chez 50 patients fébriles suivie de Staphylococcus aureus (26), Streptococcus pneumoniae (12), Salmonella spp (11), Tropheryma whipplei (1) et Streptococcus pyogenes (1). Borrelia spp a été détectée chez 2 sujets afébriles. Le Plasmodium, Mansonella perstans, Loa loa et Mansonella sp "DEUX" ont été aussi détectés. L’évaluation de la flore bactérienne intestinale chez les sujets Gabonais a montré qu’elle était riche en Firmicutes suivie des Bacteroidetes, Actinobacteries et de Proteobacteries. On note aussi la découverte de nouvelles bactéries: Gabonia massiliensis, Gabonibacter massiliensis, Kallipyga gabonensis, Intestinimonas gabonensis et Bacillus massiliogabonensis.Ces travaux apportent beaucoup de ressources dans la lutte contre la fièvre au Gabon
Fever is one of the main reasons of hospital consultations in Sub-Saharan Africa. Malaria is the most frequently suspected cause, posing a big problem: the wrong prescription of anti-malarial drugs to febrile patients without malaria.In a context of the sporadic existence of the major viral causes of fever added to the fact that febrile patients are often diagnosed negative for malaria, this work aimed to assess, especially, the presence of bacteria in the blood samples from febrile and afebrile Gabonese people using molecular tools. The intestinal bacterial flora was also evaluated from stool samples using culturomics method.A total of 1,363 DNA extracts including 1,203 from febrile patients were analyzed. Rickettsia felis was the most frequently detected bacterium in 50 febrile patients followed by Staphylococcus aureus (26), Streptococcus pneumoniae (12), Salmonella spp (11), Tropheryma whipplei (1) and Streptococcus pyogenes (1). Borrelia spp was detected in 2 afebrile cases. Plasmodium, Mansonella perstans, Loa loa and Mansonella sp "DEUX" were also detected. The evaluation of the gut bacterial flora from Gabonese people showed that Firmicutes were abundant followed by Bacteroidetes, Actinobacteria and Proteobacteria. New bacteria were discovered: Gabonia massiliensis, Gabonibacter massiliensis, Kallipyga gabonensis, Intestinimonas gabonensis and Bacillus massiliogabonensis.This work gives data enhancing the fight against the fever in Gabon

Le paludisme à P. falciparum constitue le problème de santé publique principal sur l'archipel des Comores. Le présent travail propose une synthèse des informations relatives à son épidémiologie, associée à une application des méthodes récentes d'épidémiologie moléculaire et de génétique des populations plasmodiales à la situation comorienne. Celle-ci apparaît contrastée. Ainsi, Grande Comore, Mohéli et Anjouan sont des îles marquées par une morbidité palustre importante, et leur population plasmodiale est globalement homogène. La morbidité est en revanche beaucoup plus faible à Mayotte, où les cas sont pour moitié d'origine importée depuis les îles voisines, et pour moitié autochtones et concentrés dans le foyer résiduel et génétiquement isolé de Bandraboua selon une distribution microépidémique. Les niveaux de chimiorésistance, globalement élevés, sont également contrastés, du fait de pressions médicamenteuses différentes. En complément des stratégies actuelles de lutte antipaludique, ces informations conduisent donc à recommander : (1) la nécessité d'une surveillance de la chimiorésistance séparée pour chaque île, (2) le principe d'une élimination du paludisme sur les 4 îles à la fois et non pas sur une seule, et (3) un renforcement de la prévention des épidémies sur la commune de Bandraboua. Mais l'arrivée des ACT, la large distribution des moustiquaires imprégnées et le récent traitement de masse sur Mohéli devraient modifier à court terme cette situation épidémiologique. Ils devraient également relancer la pertinence d'une surveillance de la chimiorésistance excentrée à Marseille, où la représentativité génétique des parasites importés est pour l'instant limitée.

Le syndrome fébrile, une des principales causes de consultation dans les services de pédiatrie en Afrique Subsaharienne, reste dans la majorité des cas liée à une maladie infectieuse (parasitaire, virale, bactérienne). Dans cette thèse, nous avons identifié les agents infectieux non bactériens responsables de la survenue des fièvres chez l'enfant afin de développer des outils moléculaires permettant l'amélioration de la surveillance épidémiologique. Pour ce faire, ce travail est divisé en 2 parties essentielles. Dans la première partie une étude transversale a été réalisée pour analyser l'infection plasmodiale dans une population d'adultes et d'enfants fébriles par microscopie et PCR.Dans la deuxième partie une autre enquête transversale a été conduite pour déterminer les principales causes étiologiques des fièvres non bactériennes chez l'enfant. Sur 203 enfants recrutés, 111 ont été diagnostiqués positifs à P. falciparum, par microscopie et par PCR (ISM). Concomitamment, des cas cliniques d'oreillons et de rougeole ont été observés respectivement sur les 203 enfants fébriles. Le génome complet de la souche responsable d'oreillons a été séquencé et compte 15263 nucléotides. Enfin, le virus responsable de la rougeole a été détecté par PCR et le génotypage a révélé que cette souche était celle qui était responsable de l'épidémie de Libreville.En conclusion, le syndrome fébrile chez l'enfant à Franceville est essentiellement dû aux infections à P. falciparum et Paramyxovirus. Ces résultats montrent que les infections submicroscopiques (ISM)à P. falciparum peuvent non seulement servir de réservoir mais aussi initier une symptomatologie sévère chez l'enfant
Febrile syndrome, the main cause of consultation in pediatric wards from Sub-Saharan Africa remains in great majority associated with infectious diseases (parasites, viruses, bacteria). In this thesis, we identified the infectious agents associated with childhood fever in order to develop suitable molecular tools allowing the epidemiological surveillance. This work is divided into two main parts. Firstly, we analyzed the prevalence of Plasmodium infection in febrile patients (children and adults) by combined microscopy and PCR to determine the rate of P. falciparum submicroscopic infection (SMI).Secondly, another cross-sectional survey was conducted at pediatric ward of HASG in which the main etiological causes of febrile illness in children were investigated. Of 203 children recruited, 111 were diagnosed positive for P. falciparum by microscopy and PCR (SMI). Concomitantly, clinical cases of Mumps and Measles viruses were diagnosed respectively. The whole genome of mump virus strain isolated has been sequenced and composed of 15,263 nucléotides. Finally, Measles virus has been diagnosed by PCR and genetic analysis revealed that this strain associated with the outbreak of Libreville. In conclusion, febrile syndrome in childhood at Franceville is essentially caused by P. falciparum and Paramyxovirus infections. These results show that submicroscopic infection of P. falciparum can serve as a reservoir and also able to initiate a severe symptomatology in children