Dissertations / Theses on the topic 'Paludisme – Épidémiologie – Afrique occidentale'

La chimioresistance de plasmodium falciparum est etudiee a travers les populations impaludees et au sein des populations plasmodiales. Les trois outils mis en uvre sont l'epidemiologie, la recherche clinique et la recherche fondamentale. Les resultats concernant les populations impaludees portent sur l'evolution des taux d'incidence d'acces palustre chez les voyageurs, l'evolution des taux de prevalence et des niveaux de chimioresistance en afrique de l'ouest et le role de la biodisponibilite dans l'interpretation des echecs therapeutiques. Les travaux portant sur les populations plasmodiales contribuent a l'etude des clones parasitaires, revelent une resistance croisee entre les aryls-amino-alcools et reproduisent experimentalement les effets de la pression medicamenteuse in vitro. Nous poursuivons nos recherches avec le meme objectif qu'est de degager des alternatives therapeutiques au vu de donnees fondamentales, cliniques et epidemiologiques dans l'espoir de contribuer a la lutte antipaludique

Une etude des facies epidemiologiques du paludisme dans les localites de la zone de savane soudanienne malienne a ete realisee en 1990-1991-1992 (zones rurale nord soudanienne, sud soudanienne et zone periurbaine nord soudanienne). Conjointement une evaluation de la chloroquinoresistance des souches plasmodium falciparum rencontrees dans ces villages a ete entreprise. Enfin, dans les villages ou des rideaux de portes et fenetres impregnes de permethrine avaient ete prealablement mis en place, une enquete en 1992 sur la perception du paludisme et de cette strategie de controle par les villageois a ete effectuee pour evaluer la part de participation villageoise et de leur implication a ce projet. La comparaison des resultats montre qu'il est difficile d'etablir une classification des situations epidemiologiques au mali, bien que les indices rencontres en milieu peri urbain soient plus faibles qu'en milieu rural ce qui s'explique par l'acces plus aise aux soins. L'evaluation realisee a montre que la chloroquimoresistance n'est stable ni dans le temps ni d'une localite a l'autre. La mise en place de rideaux impregnes a conduit a une reduction des indices entomologiques mais des etudes posterieures (epidemiologiques et cap) doivent etre entreprises pour evaluer l'impact de cette strategie de controle du paludisme. Enfin l'impact des parametres socioculturels et du mode de vie sur la perception du paludisme par les villageois est un phenomene de 1er ordre

A partir de l'exemple de Brazzaville et d'enquêtes complémentaires dans 16 agglomérations du Congo, l'impact de l'urbanisation sur le paludisme en Afrique Centrale est étudié dans cette thèse. Les relations entre paludisme et urbanisation sont successivement envisagées sur les plans entomologique, parasitologique, séro-immunologique et clinique. Par l'intermédiaire de la pression foncière, de la pollution du milieu et de l'augmentation de la densité de la population, la croissance urbaine se révèle hautement défavorable aux vecteurs du paludisme et tend à réduire et à focaliser la transmission, avec pour conséquence des différences considérables dans la prévalence du paludisme entre les quartiers d'une même agglomération. Ainsi, dans le cas de Brazzaville, alors que l'intensité de transmission est supérieure à 200 piqûres infectantes par personne par an dans les villages environnants, elle varie en zone urbaine de 100 piqûres infectantes par personne par an à moins d'une piqûre infectante par personne tous les trois ans. De même, alors que l'indice plasmodique est homogène à un niveau très élevé chez les enfants résidant en zone rurale (79%-94% selon les villages), cet indice varie de 3% à 81% selon les quartiers de la ville. On observe également un impact important sur la prévalence des captations complètes d'haptoglobine et les modalités de l'acquisition de l'immunité. En particulier, plus de la moitié des enfants résidant depuis leur naissance dans les quartiers centraux de Brazzaville n'ont toujours pas d'anticorps antipaludiques à l’âge de 6 ans. Sur le plan clinique, l'observation la plus remarquable est la mise en évidence d'un taux de mortalité par paludisme particulièrement faible (environ 0,5 pour mille par an dans le groupe d’âge 0-4 ans) tant en zone rurale dans la région de Brazzaville que dans tous les quartiers de la ville, quel que soit le niveau de transmission et la prévalence du paludisme. La chute de la mortalité par paludisme est attribuée à la précocité actuelle du traitement des syndromes fébriles de l'enfant et à l'emploi présomptif quasi systématique d'antipaludiques pour ce traitement, usages nouveaux favorisés par les profondes transformations sociologiques et culturelles induites par le développement
In order to ascertain the impact of urbanization on malaria, a research project was undertaken from 1980 to 1985 in the Brazzaville region and 16 other urban centers of the Congo. Studies investigated parasite prevalence and density, vectors bionomics, malaria morbidity and mortality, serum haptoglobin and immunoglobulins, antimalarial antibodies and antimalarial practices. In the rural area of the Brazzaville region, malaria is holoendemic: the parasite in children varies from 79% to 94% and the inoculation rate from 200 to 1,000 infective bites per person per year according to the villages. In Brazzaville, considerable differences exist between the districts of the town, in relation to the population density and the nature of the ground gained by urbanization: the parasite rate in schoolchildren is 81% in Massina, 66% in Talangai, 40% in Bacongo, 9% in Moungali and 3% in Poto-Poto. According to the districts, the inoculation rate varies from less than one to 100 infective bites per person per year. Only 37% of children aged 6 years living since birth in Poto-Poto are seropositive. In contrast, the annual rate of mortality from malaria is very low bath in the rural and urban areas and shows no significant differences between the districts of the town. It was estimated at 0. 43 per thousand in children from 0 to 4 years and 0. 08 per thousand in children from 5 to 9 years. The present-day drop in mortality is attributed to the now general use of antimalarial drugs for the treatment of all febrile episodes in infants and children. The observations made in the Congo show that urbanization has a considerable impact on entomological, parasitological and immunological aspects of malaria. However, it would appear that it is above all the antimalarial practices and possibilities of treatment which are of capital importance in preventing serious complications and decreasing mortality

Les virus hiv circulent en afrique de l'ouest, notamment en cote d'ivoire ou, depuis 1986, nous avons entrepris une etude epidemiologique avec suivi des prevalences, revelant une augmentation au cours du temps dans tous les groupes etudies (femmes enceintes 1986: 3,5%, 1990: 6%) principalement due au virus hiv-1, la prevalence hiv-2 etant stable. Dans des groupes isoles (lepreux), elles restent basses a l'inverse du htlv. Nous avons evalue differents tests commerciaux de depistage des anticorps anti hiv. Une etude, sur 43 serums hiv-2, a montre une sensibilite variant de 28% a 93% (antigenes hiv-1) et de 98% (antigenes hiv-2). Un autre test (antigenes recombinants des deux virus) a montre une sensibilite, sur 7225 serums, de 99,5% (serums hiv-2) a 99,7% (serums hiv-1) et une specificite proche de 100%. De plus, des tests utilisant des peptides de synthese ont montre une specificite (98,4% a 98,6%) comparable a celle des tests commerciaux (97,8% a 99,8%). Les etudes epidemiologiques avaient montre des reactivites doubles hiv-1+hiv-2 dans tous les groupes etudies. La serologie ne permettant pas de distinguer entre hiv-1 et hiv-2, nous avons recherche des sequences genomiques par amplification genique sur les lymphocytes de 40 patients. A partir de 4 des 11 doubles profils obtenus, la presence simultanee de sequences des deux virus a ete revelee alors que, dans les autres cas, seules des sequences hiv-1 (3 cas) ou des sequences hiv-2 (2 cas) ont ete detectees. L'amplification genique apparait indispensable pour interpreter ces doubles profils correspondant, dans un tiers des cas environ, a une double infection, les autres cas pouvant etre dus a des reactions croisees sous reserve d'etudes complementaires qui permettraient de conclure formellement

Ce travail s'insère dans une recherche située à Dienga (Gabon) visant à comprendre pourquoi certains enfants sont plus parasités et certains plus malades que d'autres, dans un contexte régional de forte mortalité infanto-juvénile. Notre hypothèse est qu'une étude épidémiologique de terrain est tributaire de fortes contraintes socio-géographiques. Nous articulons la description de l'espace épidémiologique (i) et la compréhension de l'espace sanitaire vécu (ii). Après avoir analysé la notion de confusion en épidémiologie, nous évoquons la difficulté de mesurer la maladie en zone endémique. Nous développons ensuite des approches de la variabilité du risque palustre, en faisant de l'espace (source de confusion potentielle) une catégorie explicite d'étude. L'évaluation du risque communautaire passe aussi par le décryptage des recours aux soins de la population. Ces recours constituent un aspect particulier de la dynamique du paysage épidémiologique local, mais aussi des obstacles dans une enquête en épidémiologie du paludisme. La géographie, en explicitant le cadre spatial de la société, peut contribuer à les mettre en évidence.

Une etude de la genetique des populations (structure genetique et systemes de reproduction) de bulinus truncatus et de b. Globosus, principaux hotes intermediaires des schistosomes du groupe a uf a eperon terminal, a ete menee, a partir d'echantillons de cote d'ivoire et du niger. Chez b. Globosus, le polymorphisme enzymatique est faible. Les populations sont en general, en equilibre de hardy-weinberg. Le faible polymorphisme a ete explique par la derive genetique suite aux variations saisonnieres de l'effectif des populations. Chez b. Truncatus, le polymorphisme enzymatique est encore plus faible, et a ete explique par l'action conjuguee de la derive genetique et de l'autofecondation. Chez les deux especes, une variation geographique de allozymes a ete mise en evidence et a ete expliquee par la distance geographique et les barrieres physiques creees par l'anthropisation du milieu. L'etude des systemes de reproduction confirme chez b. Truncatus, une reproduction par autofecondation et par allofecondation. Chez b. Globosus, la reproduction par allofecondation a ete confirmee dans une population alors que l'autofecondation partielle a ete mise en evidence dans l'autre. Les descendants hybrides entre les individus des populations du niger et de cote d'ivoire ont un taux de susceptibilite a s. Haematobium montrant un fort effet de l'origine de l'individu mere. L'interet de ces resultats pour la lutte biologique contre les schistosomoses par introduction de mollusques resistants est analyse

Les travailleuses du sexe (TS) constituent une population fortement à risque d’infections sexuellement transmissibles (IST), incluant le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et le virus du papillome humain (VPH). À notre connaissance, depuis 2009, aucune étude n’a été réalisée sur l’épidémiologie des IST/VIH chez les TS au Mali. Par ailleurs, nous n’avons aucune connaissance d’étude réalisée sur l’épidémiologie des infections à VPH dans cette population clé au Mali et au Bénin. Cette thèse avait pour objectifs de : (1) déterminer la prévalence du VIH et des autres IST ainsi que des facteurs associés à ces infections chez les TS à Bamako, Mali; (2) estimer la prévalence du VPH, la distribution de même que les facteurs associés aux infections à VPH à haut risque chez les TS à Bamako, Mali et à Cotonou, Bénin; et (3) estimer les taux d’incidence et de persistance des infections à VPH chez les TS dans les deux pays ainsi que les facteurs qui leur sont associés. Les objectifs 1 et 2 ont conduit à la réalisation d’études transversales, tandis que l’objectif 3 a nécessité une étude longitudinale d’un an avec trois visites : recrutement initial, visites de suivi à 6 et 12 mois. Les sites d’étude étaient Cotonou (Bénin) et Bamako (Mali). Des variables concernant les caractéristiques sociodémographiques, comportementales et antécédents gynécologiques ont été recueillies. Des statistiques descriptives ont été produites. Des modèles multivariés de régression log-binomiale et de Poisson ont été utilisés pour identifier les facteurs associés aux différentes issues. Au total 353 TS ont été recrutées au Mali, l’âge moyen était de 26,8 ans. Concernant l’objectif 1, la prévalence du VIH était de 20,4%, et 35,1% des TS avaient au moins une IST. Les facteurs significativement associés à l’infection au VIH étaient l’âge plus avancé (test de tendance, p < 0,0001), la durée du travail du sexe ≥ 6 ans, la non-scolarisation ainsi que des infections à gonocoque et à chlamydia (p < 0,05). Par ailleurs, le jeune âge (test de tendance, p = 0,018), le nombre de clients ≥ 10 au cours des sept derniers jours et l’infection au VIH taient significativement associés aux autres IST (p < 0,05). Pour ce qui est de l’objectif 2, les données sur le VPH étaient disponibles pour 659 TS (309 au Bénin et 350 au Mali). La prévalence globale du VPH était de 95,5% au Bénin et de 81,4% au Mali. Les trois types de VPH à haut risque les plus prévalents chez les TS au Bénin étaient les VPH-58, VPH-16 et VPH-52; cet ordre au Mali était VPH-16, VPH-51 et VPH-52. Au Bénin, les principaux facteurs associés aux VPH à haut risque étaient la pratique de la douche vaginale et l’infection gonococcique (p < 0,05), tandis qu’au Mali, la durée du travail du sexe < 1 an et l’infection à VIH étaient les facteurs prédominants (p < 0,05). En lien avec l’objectif 3, le taux de participation à la visite de 12 mois était de 51,6%, mais 68,6% des participantes ont eu au moins une visite de suivi (51 femmes n’ayant pas participé à la visite de suivi de 6 mois sont revenues à 12 mois). Les taux d’incidence les plus élevés ont été observés avec VPH-59, VPH-16 et VPH-35 (≥ 6,3 cas pour 1000 femmes-mois). Les principaux facteurs associés à l’incidence des infections à VPH à haut risque étaient la durée du travail du sexe ≤ 1 an et l’infection par le VIH (p < 0,05). Les taux de persistance à 12 mois les plus élevés ont été observés avec VPH-59, VPH-51/VPH-52 et VPH-35 (≥ 28,6%). Les facteurs de risque de persistance étaient l’âge des TS < 20 ans ou ≥ 50 ans (p < 0,05); les infections à VIH ou à chlamydia ainsi que l’infection avec de multiples types de VPH à l’inclusion (p < 0,05). En conclusion, les TS dans ces pays d’Afrique occidentale sont caractérisées par une prévalence élevée des IST/VIH, des taux élevés de prévalence, d’incidence et de persistance du VPH. Ces données impliquent la nécessité de revoir la conception des programmes de prévention des IST/VIH y compris le VPH chez les TS afin de prévenir le cancer du col utérin chez ces dernières et de briser la chaine de transmission de ces IST vers la population générale de ces pays.
Female sex workers (FWs) represent a high-risk group for sexually transmitted infections (STIs), including the human immunodeficiency virus (HIV), and the human papillomavirus (HPV). To our knowledge, since 2009, no study has been conducted on the epidemiology of HIV/STIs among FSWs in Mali. Also, there are no available data on the epidemiology of HPV infections in this key population in Mali and Benin.The objectives of this thesis were to (1) assess the prevalence of HIV/STIs and associated factors among FSWs in Bamako, Mali; (2) estimate HPV prevalence, distribution and factors associated with high-risk (HR) HPV infections in FSWs in Bamako (Mali) and Cotonou (Benin), and (3) estimate the incidence and persistence rates of HPV infections in FSWs in the two countries as well as factors related to both incidence and persistence of HR-HPV infections. Cross sectional studies were conducted for objectives 1 and 2, where as a longitudinal study with visits at three time points (baseline, follow-up visits at 6 months and at 12 months) were carried out for objective 3. It took place in Cotonou (Benin) and Bamako (Mali). Sociodemographic, behavioral and gynecological history data were collected. Descriptive statistics were computed. Multivariate log-binomial and Poisson regression models were used to identify factors associated with study outcomes. Overall, 353 FSWs were recruited in Mali; the mean age was 26.8 years. Concerning objective 1, HIV prevalence was 20.4% and 35.1% of FSWs had at least one STI. Factors significantly associated with HIV were older age (trend test, p < 0.0001), sex work duration ≥ 6 years, uneducated status, gonococcal and chlamydial infections (p < 0.05). In addition, younger age (trend test, p = 0.018), number of clients ≥10 during the past week, and HIV infection were significantly associated with other STIs (p < 0.05). Regarding objective 2, HPV data were available for 659 FSWs (309 in Benin and 350 in Mali). The overall HPV prevalence rates were 95.5% in Benin and 81.4% in Mali. The three most common HPV types among FSWs in Benin were HPV58, HPV16, and HPV52; this order was HPV16, HPV51, and HPV52 in Mali. In Benin, the main factors associated with HR-HPV infections were vaginal douching and gonococcal infection (p < 0.05), whereas in Mali, these factors were duration of sex work < 1 year and HIV infection (p < 0.05). Concerning objective 3, the 12-month participation rate was 51.6%, but retention for at least one follow-up visit was 68.6% (51 women not attending the 6-month follow-up visit came back at 12 months). The highest incidence rates of HR-HPV over 12 months occurred with HPV59, HPV16 and HPV35 (≥ 6.3 cases per 1000 women-months). Factors associated with HR-HPV incidence were sex work duration ≤ 1 year and HIV infection (p < 0.05). The highest HR-HPV persistence rates were observed for HPV59, HPV51/HPV52 and HPV35 (≥ 28.6%). Risk factors for HR-HPV persistence were age < 20 years or ≥ 50 years (p < 0.05); HIV and chlamydial infections as well as infection with multiple HPV types at baseline (p <0.05). In conclusion, FSWs in these West African countries are characterized by high HIV/STI prevalence, and by high rates of HPV prevalence, incidence and persistence. These data suggest the need to reconsider the conceptual framework of STI/HIV (including HPV) prevention programs aimed at FSWs in order to prevent cervical cancer among them and break the transmission chain of these STIs to the general population.

Des lots, des isolats ou souches de schistosoma bovis, s. Curassoni, s. Haematobium et s. Intercalatum provenant de quinze pays d'afrique occidentale et centrale et de deux pays europeens (espagne et italie-sardaigne) ont ete determines par l'analyse isoenzymatique et/ou par la morphometrie des ufs. Deux methodes ont ete ensuite utilisees en vue d'une identification specifique des quatre especes de schistosomes: les teguments des vers males observes au microscope electronique a balayage et la chetotaxie des cercaires. La premiere methode apporte quelques caracteres differentiels des quatre especes, mais les conditions d'utilisation sont astreignantes en laboratoire et difficiles a controler en cas d'infestations naturelles. La deuxieme methode permet, des le stade de la cercaire, une diagnose fiable des quatre especes a partir de 83 isolats en utilisant neuf variables quantitatives grace a l'analyse factorielle discriminante. Ce resultat revet une grande importance en epidemiologie des schistosomes

L'objectif principal de ce travail a été de faire le diagnostic de la variabilité du système de mousson lors de son installation sur l'Afrique de l'Ouest et d'en mesurer la prévisibilité. Nous avons tout d'abord cherché si les fluctuations pluviométriques d'une année pouvaient être partiellement sous le contrôle d'une mémoire à long terme via des interactions entre surface continentale et atmosphère. Les résultats sont dépendants des jeux de données. Alors que l'humidité des sols des réanalyses ERA40 montre peu de sensibilité à l'excès pluviométrique automnal les données du SWI et les réanalyses NCEP-DOE AMIP-II révèlent que des anomalies positives automnales peuvent avoir des répercussions sur l'humidité des sols superficiels jusqu'en mai en zone soudanienne. Ces anomalies changent drastiquement les gradients horizontaux d'énergie dans les basses couches. La fin de la saison des pluies semble donc cruciale, aussi bien pour les conditions initiales de surface de la mousson suivante que pour les paramètres dynamiques de la mousson et les précipitations associées. Lors de son installation sur le continent le système de mousson enregistre des fluctuations caractérisées par une alternance entre les phases actives (pendant lesquelles les précipitations augmentent) et les pauses (pendant lesquelles les pluies stagnent, voire décroissent). Deux méthodes différentes de caractérisation et datation de ces fluctuations ont été mises au point sur deux jeux de données (CMAP et GPCP) apportant des résultats concordants. Les pauses significatives sont généralement au nombre de quatre. En moyenne, la 1ère est comprise entre le 19 mars et le 8 avril, la 2ème entre le 28 avril et le 13 mai, la 3ème entre le 2 juin et le 27 juin et, enfin, la 4ème entre le 22 juillet et le 11 août. La synchronisation entre les zones soudano-sahéliennes et guinéenne (pauses n°1 et n°2) permet de réviser la vision classique de la modulation intrasaisonnière de la mousson ouest-africaine et suggère que les événements détectés localement s'inscrivent dans une dynamique de plus large échelle. L'existence de ce type de modulation a également été prouvée au Sénégal où il a été démontré d'autre part que la péjoration pluviométrique (à partir de la fin des 60's) n'a ni modifié le schéma d'alternance « pauses/phases actives », ni son organisation annuelle (calendrier). Suite à la mise au point d'une méthode de détection du démarrage de la saison des pluies soudano-sahélienne une étude de prévisibilité a été effectuée. La détection s'est appuyée sur un indice décrivant la migration latitudinale de la ZCIT. En moyenne, la date de démarrage intervient entre les 22 et 23 juin. Le démarrage de la saison des pluies soudano-sahélienne est particulièrement sensible aux modulations de l'intensité des gradients de pression, de précipitations et d'énergie statique humide à 1 000 hPa. La meilleure modélisation statistique, basée sur les précipitations, permet d'expliquer 73 % de variance. Enfin, l'impact des paramètres climatiques sur la présence et l'abondance saisonnière des principaux vecteurs du paludisme a été recherché à Ndiop (Siné Saloum, Sénégal). Dans ce village, le complexe An. gambiae s.l. prédomine sur An. funestus. Le trait commun de la variabilité interannuelle de ces deux espèces est l'importante augmentation du nombre d'attaques lors de l'année 1999. Pour An. funestus, il s'agit, à cette latitude, du retour en nombre car il avait presque totalement disparu depuis la sécheresse. L'analyse de la relation entre précipitations et premières attaques vectorielles annuelles montre des résultats peu stables s'expliquant par : la non-prise en compte de paramètres primordiaux non mesurés localement (température et hygrométrie in situ, hauteur des mares, etc.) et la représentativité insuffisante de l'indice de précipitations utilisé par rapport à l'environnement pluviométrique réellement observé à plus petite échelle. Le phénomène de recrudescence vectorielle de 1999 trouve son origine dans les importantes précipitations des mois d'août, septembre et octobre ayant entraîné les plus grands cumuls pluviométriques annuels de la période 1993-1998. Dès septembre, l'humidité des sols associée a certainement joué un rôle important dans l'augmentation des densités agressives. La cartographie des anomalies de ces paramètres a suggéré que cet événement a pu potentiellement intervenir dans de nombreuses zones de la frange soudano-sahélienne. En termes de prévisibilité, il a été montré qu'aux pas de temps interannuel et intrasaisonnier, les densités d'An. gambiae s.l. peuvent être correctement reproduites. Au contraire, les densités d'An. funestus, vu ses préférences écologiques, ne sont pas très bien simulées par les modèles statistiques en raison de la mauvaise prise en compte des précipitations sur le long terme.

Thèse de doctorat épidémiologie et santé publique. Depuis le lancement de " l'Initiative pour une Maternité sans Risque" en 1987, de gros progrès ont été faits dans la connaissance de l' épidémiologie de la mortalité et de la morbidité maternelles, même si de grosses lacunes persistent. La mortalité maternelle est, en cette fin de XXe siècle, au même niveau en Afrique de l'Ouest qu'en Europe au XVIIIème siècle. De plus, elle ne semble pas avoir diminué depuis deux décennies, y compris dans les grandes métropoles où, pourtant, est non seulement concentrée la quasi-totalité des personnels qualifiés mais aussi où sont réunis les moyens techniques. L'étude de la morbidité maternelle sévère montre une forte incidence des complications obstétricales graves (6%) dont certaines ont une très forte létalité. Ceci témoigne d'une mauvaise qualité des soins aux femmes enceintes là où ils sont disponibles et accessibles puisque la grande majorité des femmes utilisent les services de santé maternelle en milieu urbain. Cette mauvaise qualité des soins est démontrée directement pour la consultation prénatale (dépistage des facteurs de risque, supplémentation en fer) dont, par ailleurs, nous avons montré que son rôle avait été surestimé. Le suivi du travail et de l'accouchement est également de mauvaise qualité. De plus, l'attitude des sages femmes et de nombreux médecins envers les femmes enceintes est faite d'agressivité et de mépris, qui aboutissent souvent à une absence de prise en charge. L'éthique professionnelle est souvent absente. Bien que cette situation soit maintenant connue et étayée, aucune action organisée n' a été menée par les états d'Afrique de l'Ouest pour réduire la mortalité maternelle. Ce manque de volonté politique ou cette incapacité à la transformer en actions est analysée et renvoie la responsabilité aussi bien aux bailleurs de fonds qu'aux gouvernements africains. Des propositions concrètes sont faites pour remédier à cette situation
Since the "Safe Motherhood Initiative" was launched in 1987, the epidemiology of maternal morbidity and mortality is better known. At this end of the XXtrh century, maternal mortality is at the same level in West Africa than it was in Europe in the XVIIIth century. Moreover, it does not seem to have decreased since two decades, even in major cities where are concentrated both the qualified personnel and the technical means. The study of maternal morbidity has revealed a high incidence of severe obstetrical morbidity, responsible for a high letality. Since, in cities, maternal health services are largely used by the pregnant women, this letality points to a poor quality of those services. We demonstrated a poor quality of the prenatal consultation (screening for risk factors and iron supplementation) but also a scientific error as to the potential role of prenatal care. Relationships between the midwives, many doctors and the pregnant women are bad : violence, disdain and lack of adequate care are common. Ln addition, few deliveries are effectively performed by midwives even in cities, where they are in sufficient numbers. Ethic is often poor. Although this situation is well known by govemments in West Africa, no organized action has been undertaken. This lack of political will or the incapacity to transform it into actions is analysed. Responsibility is shared by West African govemments and donor agencies. Based on this analysis, propositions are made to move towards a matemity at lesser risk

La lutte antivectorielle est le moyen général le plus efficace pour prévenir la transmission du paludisme en Afrique sub-saharienne. La résistance aux insecticides pyréthrinoïdes (mutation kdr) est apparue et évolue parmi les vecteurs, essentiellement An. Gambiae s. L. L'efficacité des moustiquaires imprégnées de pyréthrinoïdes semble être menacée par la présence de la résistance et la recherche d'alternatives aux pyréthrinoïdes est donc une priorité. Au laboratoire comme dans les populations naturelles, l'étude des caractéristiques et de la dynamique de la mutation de l'acétylcholinestérase (ace-1R) qui confère la résistance aux carbamates et aux organophosphorés (insecticides proposés comme alternatifs aux pyréthrinoïdes) nous révèle qu'elle confère un avantage aux moustiques An. Gambiae s. S. Qui la portent en présence d'insecticide. Cet avantage se manifeste chez les hétérozygotes du fait de la dominance partielle du gène et il varie selon les insecticides. En absence d'insecticide il existe un coût génétique qui affecte des traits d'histoire de vie du moustique résistant diminuant ainsi ses chances de reproduction. Ce coût génétique est probablement dû à la forte diminution d'activité totale de l'enzyme codée par ace-1R. La mutation ace-1R est déjà présente à des fréquences élevées dans les populations naturelles de l'Afrique de l'Ouest. Elle résulte d'une mutation unique qui s'est propagée sur l'ensemble des sites que nous avons étudiés probablement par migration. Sa présence chez les deux formes S et M d'An. Gambiae s. S. Est due à une introgression. Elle est présente sous forme de deux allèles : un allèle résistant ace-1R constitué d'une copie du gène ace-1 portant la mutation G119S et un allèle « dupliqué » Ag-ace-1D qui porte une copie sensible et une copie G119S du gène ace-1 liées sur le même chromosome. Cette duplication pourrait diminuer le cout associé à la résistance et rendre ainsi inopérantes certaines stratégies de lutte par alternance d'insecticides. Ces trois allèles sont maintenant en compétition dans les populations naturelles d'An. Gambiae vecteur majeur du paludisme en Afrique de l'Ouest. Au Bénin, l'étude des mécanismes de résistance dus à la modification de la cible chez An. Gambiae s. L et Culex quinquefasciatus nous révèle que beaucoup de populations sont résistantes au DDT et à la perméthrine. Chez An. Gambiae, la comparaison des résultats de mortalité obtenus avec le DDT et la perméthrine indique que la résistance observée est en majeure partie due à la mutation kdr. La distribution de la mutation kdr est cependant inégale sur l'ensemble des sites. Deux espèces du complexe (An. Gambiae s. S. Et An. Arabiensis) ont été retrouvées soit seules, soit en sympatrie. Au sein de l'espèce An. Gambiae s. S. , la forme moléculaire S est présente dans presque toutes les localités prospectées tandis que la forme M n'a une forte proportion qu'au Sud et au nord. Notre étude a montré un fort lien entre la fréquence de la mutation kdr et l'usage agricole des insecticides contre les ravageurs du coton. Toutefois très peu d'échantillons des deux espèces (An. Gambiae et Cx. Quinquefasciatus) ont été trouvés résistants aux carbamates et organophosphorés testés, et la fréquence de la mutation ace-1R est encore faible. Ceci indique que l'usage des carbamates et des organophosphorés pourra être encore envisagé dans l'élaboration d'une stratégie de gestion de la résistance. Ces travaux offrent des perspectives de recherches intéressantes sur les plans fondamental et opérationnel en matière de lutte contre les vecteurs du paludisme. En effet ils permettent d'améliorer nos connaissances sur la biologie et l'écologie du vecteur et sur leurs mécanismes de résistance. En vue d'une meilleure lutte antivectorielle, il serait intéressant que les scientifiques des pays développés qui étudient la génomique travaillent en étroite collaboration avec les scientifiques des aires impaludées et avec les institutions locales
Vector control is one of the most effective methods of malaria prevention in sub-Saharan Africa. Resistance to pyrethroid insecticides (kdr mutation) has appeared in vectors of malaria, especially in An. Gambiae s. L. The effectiveness of pyrethroid-treated nets seems to be threatened by this resistance and the search for alternative insecticides is a priority. In the laboratory, as in field studies, the presence of an acetylcholinesterase mutation (ace-1R), which confers resistance to carbamates and organophosphates (insecticides proposed as alternatives to pyrethroids), provides an advantage to An. Gambiae s. S. In contact with the insecticide. This advantage is shown in heterozygotes by measuring the partial dominance of the gene. In the absence of insecticides, a genetic cost affects some life history traits of resistant mosquitoes, reducing their chances of reproduction. This genetic cost is probably due to the important reduction of enzymes activity coded by ace-1R. The ace-1R mutation is already present in high frequencies in natural populations of West Africa. This distribution results from a single mutation event that has been spread across our study sites by migration. Its presence in M and S forms of Anopheles gambiae s. S. Is due to a introgression phenomenon. The mutation is present in the two alleles : one ace-1R resistant allele made of a copy of the ace-1 gene carrying the G119S mutation, and one duplicated allele, Ag-ace-1D, that carries one susceptible and one resistant G119S copy linked on the same chromosome. This duplication might reduce the cost associated with the resistance and impair vector control strategies based on alternating insecticides. These alleles are in competition in natural populations of Anopheles gambiae, the primary vector of malaria in West Africa. In Benin, two species of the An. Gambiae complex (An. Gambiae s. S. And An. Arabiensis) were found either alone or in sympatry. In An. Gambiae s. S. , the S molecular form is present in almost all localities, whereas the M form was found in high proportions only in the south and the north. The study of resistance mechanisms due to target site modification in Anopheles gambiae s. L. And Culex quinquefasciatus reveal that many populations are resistant to DDT and permethrin. In Anopheles gambiae, the comparison of mortality with DDT and permethrin indicates that the resistance is due in large part to the kdr mutation. However, the distribution of this mutation is variable between sites. Our study showed a strong link between the frequency of the kdr mutation and agricultural use of insecticide against cotton pests. In all cases, very few samples of the two species (An. Gambiae and Cx. Quinquefasciatus) were found to be resistant to the carbamates and organophosphates used. The frequency of the ace-1R mutation was also small. This indicates that the use of carbamates and organophosphates might still be used in a resistance management strategy. These studies offer interesting perspectives on the possibilities of vector control for prevention of malaria. In fact, they allow improving our understanding of the biology and ecology of the vector and on the resistance mechanisms. In the pursuit of a better vector control strategy, it would be interesting for scientists in developed countries studying genomic to work in collaboration with scientists in areas where malaria is present and with local institutions

Les maladies fébriles y compris les maladies bactériennes sont mal connues en Côte d’Ivoire et en Guinée. Tout d’abord, nous avons recherché par biologie moléculaire des bactéries pathogènes transmises par les tiques en Côte d’Ivoire. Nous avons analysé différentes espèces de tiques prélevées chez des bovins et mis en évidence des bactéries pathogènes responsables de nombreuses maladies infectieuses comme Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (fièvre Q) et aussi vingt nouvelles espèces potentielles.Ensuite, notre objectif était de détecter par biologie moléculaire des micro-organismes pathogènes chez l’homme. Concernant l’étude des plaies et des peaux saines en Guinée, la plupart des patients étaient infectés par Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et plusieurs espèces d'Acinetobacter.Parmi les patients fébriles et les sujets apyrétiques recrutés en Guinée et en Côte d’Ivoire, Plasmodium falciparum reste le micro-organisme le plus fréquent surtout dans les échantillons de sang des patients fébriles bien que plusieurs bactéries aient été aussi identifiées. En Guinée, il s’agissait de Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Salmonella enterica Non Typhi et Non Paratyphi et R. felis. Ces bactéries ont été également identifiées ainsi que Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei et une nouvelle espèce potentielle de Wolbachia en Côte d’Ivoire. Nos travaux ont permis d’établir le répertoire des bactéries transmises par les tiques en Côte d’Ivoire, celles impliquées dans les bactériémies en Côte d’Ivoire et en Guinée (Conakry)
Febrile illnesses including bacterial diseases are poorly known in Côte d'Ivoire and Guinea.In the first part of our work, we researched by molecular biology bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire. We analyzed different species of ticks collected from cattle and highlighted pathogenic bacteria responsible for many infectious diseases such as Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (Q fever) and twenty potential new species. In the second part, our goal was to detect using molecular biology several microorganisms in humans in Guinea (Conakry) and Côte d'Ivoire. As regards the study of wounds and healthy skin in Guinea, most patients were infected with Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, several species of Acinetobacter.Among the febrile patients and healthy controls afebrile recruited in Guinea and Côte d'Ivoire, Plasmodium falciparum is the most common detected microorganism especially in blood samples from febrile patients although several bacteria were also identified. In Guinea, it was Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, non-typhoidal Salmonella spp., and R. felis. These bacteria were also identified as well as Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei and a potential new species of Wolbachia in Côte d’Ivoire.This work allowed establishing the repertory of bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire, as well as those involved in bacteremia in Côte d’Ivoire and Guinea (Conakry)

Contexte : L’infection par le VIH-2 touche un à deux millions de personnes en Afrique de l’Ouest et sa prise en charge se heurte à de nombreuses difficultés. En plus des erreurs diagnostiques observées avec les tests VIH, la résistance intrinsèque du VIH-2 aux Inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse et sa moindre sensibilité à certains inhibiteurs de protéase, rendent complexe le traitement de l’infection. A cela vient s’ajouter l’absence de données sur la mortalité et la rétention dans les soins,dans un contexte d’émergence de résistances aux différentes classes d’ARV. Méthode : Le présent travail de thèse, s’appuie sur la cohorte ouest africaine IeDEA-VIH-2 et la biothèque qui lui est rattachée, de même que l’essai ANRS 12294 FIT-2, pour décrire les modalités diagnostiques, explorer la réponse thérapeutique et décrire la mortalité et les perdus de vue, parmi les patients vivant avec le VIH-2 en Afrique de l’Ouest.Résultats : Un quart des patients VIH-2 ou doublement infectés, testés de novo avec les algorithmes nationaux, étaient en réalité monoinfectés par le VIH-1. Les tests GenieIII et ImmunoCombII se sont avérés être de bons candidats pour un algorithme d’identification des patients VIH-2. Pour ce qui est du traitement, les patients vivant avec le VIH-2 initiaient principalement des régimes ARV à base d’IP boostés, avec une bonne réponse immunologique et virologique. Les régimes à base de trois INTI produisaient une réponse inférieure à celles des IP, tandis que les régimes à base d’IPnon boosté produisaient une moins bonne réponse. Il existe chez les patients VIH-2,une mortalité sous traitement ARV qui était précoce et élevée (5,2 /100 patient-année),associée à l’anémie et à des CD4 bas (<100/mm3) à l’initiation des ARV. L’essai FIT-2 actuellement en cours permettra d’identifier les meilleures séquences d’initiation des régimes ARV disponibles dans les pays ouest africains. Conclusion De nombreuses questions restent encore en suspens concernant le VIH-2, les études épidémiologiques, immunologiques et génotypiques permettront d’améliorer la prise en charge des patients VIH-2 vivant en Afrique de l’Ouest
Background : The holistic care of the one to two million HIV-2 infected individuals in West Africa remain a concern. The frequent misdiagnosis with rapid HIV tests, in addition to the intrinsic resistance of HIV-2 to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, and its low susceptibility to some protease inhibitors, make the treatment of people living with HIV-2 very challenging. The lack of data on mortality and retention in care among people living with HIV-2, as well as the emergence of resistance to most ART drugs is a great concern for the West African ART program. Method : We relied on the WADA-HIV-2 cohort, its associated biobank and the ANRS 12294 FIT-2 trial, to describe challenges in diagnosis and treatment, as well as mortality and lost to follow up, among people living with HIV-2 in West Africa. Results : One quarter of HIV-2 or dually reactive individuals, according to the national algorithms for HIV diagnosis, were found infected by HIV-1 only, and the tests GenieIII® and ImmunoCombII® showed good performances for a more accurate algorithm. Considering treatment, HIV-2 patients often initiate boosted PI based regimen, with good immunologic and virologic response. A suboptimal response was obtained with either three NRTI based regimens and unboosted PI based regimen, however worse with the first one. HIV-2 infected individuals experienced early and relatively high mortality (5.2/100 person-years), that was associated with anemia and low CD4 count (<100/mm3) at ART initiation. The results of the ongoing ANRS 12294 FIT-2 trial are expected to identify the best strategy for the optimal use of available ART regimens in West African countries. Conclusion : Many questions remain unanswered regarding HIV-2. Epidemiologic, immunologic and genotypic resistances surveys will help improving the care of people living with HIV-2 the West African region

L'une des spécificités des pays d'Afrique sub-saharienne comme le Bénin est leur climat subtropical, chaud et humide. Ces caractéristiques climatiques permettent l'existence d'une transmission endémique du paludisme. Cependant, à très fine échelle, les individus ne sont pas tous exposés de la même manière à ce risque sanitaire. On a ainsi voulu comprendre quelles caractéristiques de l'environnement au sens large déterminent la transmission palustre à micro-échelle. L'étude a été menée dans une commune rurale du sud du Bénin composée de neuf villages, Tori-Bossito. Un diagnostic territorial, couplé au suivi épidémiologique d'une cohorte de 600 nouveau-nés, et à des captures d'anophèles vecteurs pendant les trois années de l'étude (2007-2010) a permis d'identifier d'une part les zones où le vecteur est le plus présent, et d'autre part les facteurs de vulnérabilité des individus. Le travail de terrain a consisté à collecter des indicateurs environnementaux multi-échelles (région, village, maison), et à mener une analyse de géographie humaine sur les pratiques d'utilisation des moyens de protection (moustiquaires, insecticides...), la structure de l'habitat, et l'occupation du sol à proximité des lieux de vie. La modélisation finale de ces variables dans un SIG (Système d'Information Géographique) a permis de mettre en évidence à Tori-Bossito une territorialisation du risque qui fait écho à des conditions ethniques, culturelles et socio-économiques diverses. Une ségrégation spatiale liée aux modes de vie qui pose la question de la vulnérabilité des individus dans un contexte de migrations et d'exode rural vers les villes.

Comprendre l'émergence et la propagation des maladies infectieuses chez les animaux sauvages est devenue une priorité en santé publique et en conservation. En combinant la collecte de données et le développement de modèles épidémiologiques, cette thèse s'est focalisée sur la compréhension de deux phénomènes clés: (i) étudier comment l'hétérogénéité au niveau des individus, des groupes, de la population et de l'environnement influence la propagation de parasites et (ii) quantifier la transmission de bactéries résistantes aux antibiotiques depuis l'homme vers les animaux sauvages dans trois aires protégées d'Afrique (Tsaobis NP- Namibie, Lopé NP-Gabon et Dzanga-Ndoki NP- République Centrafricaine). Les principaux résultats de ce travail montrent que : (1) De multiples facteurs incluant la température, la pluie, l'utilisation du territoire, le genre, l'âge et la condition physique influencent la richesse spécifique de parasites gastro-intestinaux chez le babouin chacma, (2) Les contacts entre animaux autour des points d'attractions de l'habitat peuvent influencer de manière importante la propagation spatio-temporelle d'une maladie, (3) La transmission d'entérobactéries résistantes semble avoir lieu depuis les humains ou le bétail vers les animaux sauvages dans des zones où le contact entre ces populations est élevé, (4) Le gradient de densité de gorilles produit par la chasse peut générer une augmentation de prévalence d'un parasite avec la distance au point d'introduction. Les conclusions de ce travail ouvrent de nouvelles possibilités pour l'étude des maladies émergentes chez les animaux sauvages
Understanding the emergence and spread of infectious disease in wild animal populations has become an important priority for both public health and animal conservation. Combining the collection of empirical data with the development of epidemiological models, this thesis focuses on understanding two key issues of wildlife epidemiology: (i) how heterogeneity at the individual, group, population and landscape level affects parasite spread (ii) investigating whether transmission of antibiotic resistant bacteria from humans to wildlife is occurring within three protected areas of Africa (Tsaobis NP-Namibia, Lope NP-Gabon and Dzanga-Ndoki NP-Central African Republic). The main findings of this work indicated that: (1) multiple-scale factors including temperature, rainfall, home range use, sex, age and body condition influence gastro-intestinal parasite richness among wild baboons; (2) animal contacts around ‘habitat hotspots' can substantially influence the spatio-temporal dynamics of a disease; (3) antibiotic resistant enterobacteria seem to be spreading from humans/livestock to wildlife when the territory overlap between these two populations is expected to be high; (4) gradients in gorilla density created by bushmeat hunting can reverse the expected pattern of decreasing parasite prevalence with distance to human-spillover. The conclusions of this work open new possibilities for studying the mechanisms explaining the spread of emerging infectious diseases among wild animals