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Academic literature on the topic 'Paramagnetic tags'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 1 February 2022

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Journal articles on the topic "Paramagnetic tags"

1

Müntener, Thomas, Raphael Böhm, Kenneth Atz, Daniel Häussinger, and Sebastian Hiller. "NMR pseudocontact shifts in a symmetric protein homotrimer." Journal of Biomolecular NMR 74, no. 8-9 (2020): 413–19. http://dx.doi.org/10.1007/s10858-020-00329-7.

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Abstract:

Abstract NMR pseudocontact shifts are a valuable tool for structural and functional studies of proteins. Protein multimers mediate key functional roles in biology, but methods for their study by pseudocontact shifts are so far not available. Paramagnetic tags attached to identical subunits in multimeric proteins cause a combined pseudocontact shift that cannot be described by the standard single-point model. Here, we report pseudocontact shifts generated simultaneously by three paramagnetic Tm-M7PyThiazole-DOTA tags to the trimeric molecular chaperone Skp and provide an approach for the analysis of this and related symmetric systems. The pseudocontact shifts were described by a “three-point” model, in which positions and parameters of the three paramagnetic tags were fitted. A good correlation between experimental data and predicted values was found, validating the approach. The study establishes that pseudocontact shifts can readily be applied to multimeric proteins, offering new perspectives for studies of large protein complexes by paramagnetic NMR spectroscopy.

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2

Ganguly, Soumya, Brian E. Weiner, and Jens Meiler. "Membrane Protein Structure Determination using Paramagnetic Tags." Structure 19, no. 4 (2011): 441–43. http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2011.03.008.

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3

Lee, M. D., C. T. Loh, J. Shin, et al. "Compact, hydrophilic, lanthanide-binding tags for paramagnetic NMR spectroscopy." Chemical Science 6, no. 4 (2015): 2614–24. http://dx.doi.org/10.1039/c4sc03892d.

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4

Lee, Michael D., Matthew L. Dennis, Bim Graham, and James D. Swarbrick. "Short two-armed lanthanide-binding tags for paramagnetic NMR spectroscopy based on chiral 1,4,7,10-tetrakis(2-hydroxypropyl)-1,4,7,10-tetraazacyclododecane scaffolds." Chemical Communications 53, no. 99 (2017): 13205–8. http://dx.doi.org/10.1039/c7cc07961c.

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5

Nitsche, Christoph, and Gottfried Otting. "Pseudocontact shifts in biomolecular NMR using paramagnetic metal tags." Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy 98-99 (February 2017): 20–49. http://dx.doi.org/10.1016/j.pnmrs.2016.11.001.

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6

Yang, Feng, Xiao Wang, Bin-Bin Pan, and Xun-Cheng Su. "Single-armed phenylsulfonated pyridine derivative of DOTA is rigid and stable paramagnetic tag in protein analysis." Chemical Communications 52, no. 77 (2016): 11535–38. http://dx.doi.org/10.1039/c6cc06114a.

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Abstract:

Single-armed DOTA-like phenylsulfonated pyridine derivatives are rigid and stable paramagnetic tags for site-specific labelling of proteins. The respective protein conjugates yield valuable long-range structural restraints for proteins.

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7

Collauto, A., V. Frydman, M. D. Lee, et al. "RIDME distance measurements using Gd(iii) tags with a narrow central transition." Physical Chemistry Chemical Physics 18, no. 28 (2016): 19037–49. http://dx.doi.org/10.1039/c6cp03299k.

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8

Chen, Jia-Liang, Ben-Guang Chen, Bin Li, Feng Yang, and Xun-Cheng Su. "Assessing multiple conformations of lanthanide binding tags for proteins using a sensitive 19F-reporter." Chemical Communications 57, no. 35 (2021): 4291–94. http://dx.doi.org/10.1039/d1cc00791b.

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Abstract:

<sup>19</sup>F is an efficient reporter in quantifying the individual isomers and assessing the dynamic exchange between the isomers for the lanthanide complexes. <sup>19</sup>F-NMR is a valuable tool in the design of suitable paramagnetic tags for protein NMR analysis.

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9

Lee, Michael D., Matthew L. Dennis, James D. Swarbrick, and Bim Graham. "Enantiomeric two-armed lanthanide-binding tags for complementary effects in paramagnetic NMR spectroscopy." Chemical Communications 52, no. 51 (2016): 7954–57. http://dx.doi.org/10.1039/c6cc02325h.

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10

Cunningham, Timothy F., Matthew D. Shannon, Miriam R. Putterman, et al. "Cysteine-Specific Cu2+ Chelating Tags Used as Paramagnetic Probes in Double Electron Electron Resonance." Journal of Physical Chemistry B 119, no. 7 (2015): 2839–43. http://dx.doi.org/10.1021/jp5103143.

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More sources

Dissertations / Theses on the topic "Paramagnetic tags"

1

Sengupta, Ishita. "Solid State NMR Structural Studies of Proteins Modified with Paramagnetic Tags." The Ohio State University, 2012. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1354321906.

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2

Jayasinha, Arachchige Rajith Madushanka. "Development of New Paramagnetic Tags for Solid-State NMR Structural Studies of Natively Diamagnetic Proteins." The Ohio State University, 2014. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1388416184.

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3

Akhmetzyanov, Dmitry [Verfasser], Thomas [Gutachter] Prisner, Björn [Gutachter] Corzilius, and Olav [Gutachter] Schiemann. "Pulsed EPR dipolar spectroscopy with novel paramagnetic tags / Dmitry Akhmetzyanov ; Gutachter: Thomas Prisner, Björn Corzilius, Olav Schiemann." Frankfurt am Main : Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg, 2017. http://d-nb.info/1138705349/34.

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4

Peters, Fabian. "Entwicklung von Lanthanoid-Tags für die biomolekulare NMR-Spektroskopie." Doctoral thesis, 2010. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-B095-9.

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5

Haberz, Peter. "Development and Application of NMR-methods for Structural Investigations of Small Molecules and Proteins." Doctoral thesis, 2007. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-AC90-E.

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6

Siepel, Florian. "The Advantages Of Paramagnetic NMR." Doctoral thesis, 2013. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0022-5C3B-C.

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Abstract:

In der Kernspinresonanzspektroskopie (NMR) treten drei Effekte auf, die paramagnetische und diamagnetische Moleküle in isotroper Lösung unterscheiden: residuale dipolare Kopplung (RDC), Pseudokontaktverschiebung (PCS) und paramagnetische Relaxationsverstärkung (PRE). Alle drei Effekte sind abhängig von intermolekularen Winkeln und Abständen und können daher Informationen über die Struktur und Dynamik des Moleküls liefern. Um diese Informationen zu erhalten, muss das Molekül paramagnetische Eigenschaften aufweisen. Eine der heutzutage gebräuchlichen Methoden verwendet kleine molekulare Tags, die paramagnetische Metallionen koordinieren. Die meisten dieser Tags binden über eine Disulfidbrücke an Cysteine an der Proteinoberfläche. Um diese Methode für DNA anzuwenden werden daher neue Taggingstrategien benötigt. Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine modifizierte Nukleobase synthetisiert, mit der ein Schwefelatom in die DNA eingebracht werden kann. Diese Methode erlaubt es, jeden Tag an die DNA zu binden, der als Verbindungsmethode eine Disulfidbrücke nutzt. Mit der Nukleobase wird eine Kohlenstoff-Dreifachbindung in die DNA eingefügt und mit Hilfe einer dipolaren Cycloaddition wird die freie Thiolgruppe eingebracht. Die modifizierte Nukleobase wurde erfolgreich an einem selbstkomplementären DNA-Strang (24 Nukleobasen) getestet. Die Nukleobase wurde während der Synthese der DNA eingefügt und der mit Lutetium, Terbium oder Thulium vorbeladene Cys-Ph-TAHA Tag wurde über eine Disulfidbrücke an die DNA gebunden. Die Beladung des Tags und die Taggingreaktion verliefen hierbei quantitativ. Nach diesem Erfolg war es ein Hauptaspekt dieser Arbeit, eine verlässliche und reproduzierbare Aufreinigungs- und Probenvorbereitungsmethode zu entwickeln. Diesem Punkt kommt besondere Bedeutung zu, da das Phosphatrückgrat der DNA, im Gegensatz zu Proteinen, Metallionen koordinieren kann. Im Theorieteil dieser Arbeit ist eine komplette Herleitung der drei Hauptmerkmale paramagnetischer NMR gegeben. Diese Herleitung beginnt bei Grundbegriffen des Magnetismus und neben den Gleichungen für RDCs, PCSs und PREs werden Ausdrücke für den dipolaren Hamiltonoperator, Kreuzrelaxationsraten, kreuzkorrelierte Relaxationsraten, durch Alignment induzierte RDCs, Korrelationsfunktionen und spektrale Dichten gegeben. Das zweite Thema dieser Arbeit basiert auf einem weiteren paramagnetischen Effekt. Um der reduzierten Empfindlichkeit der Kernspinresonanzspektroskopie verglichen mit anderen Spektroskopiemethoden entgegenzuwirken, wurden viele Methoden entwickelt, die auf eine Erhöhung der Polarisierung der Atomkerne zielen, d.h. um sogenannte hyperpolarisierte Kerne zu erzeugen. Eine dieser Methoden, die photochemisch erzeugte dynamische Kernpolarisierung (photo CIDNP), basiert auf kurzlebigen Radikalen, die durch direkte Laserbestrahlung der Probe im Magneten erzeugt werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein photo CIDNP Aufbau entworfen, gebaut und getestet. Die ersten Experimente und Resultate mit Triethylendiamin, L-Tyrosin und 3-Fluor-L-tyrosin zeigen die Vorteile und Grenzen dieser Methode auf. Für 3-Fluor-L-tyrosin wurde eine komplette Analyse des Relaxationsverhaltens, einschließlich der Kreuzrelaxation und der kreuzkorrelierten Relaxation, durchgeführt.

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Book chapters on the topic "Paramagnetic tags"

1

Joss, D., R. Vogel, K. Zimmermann, and D. Häussinger. "Application of Paramagnetic Lanthanoid Chelating Tags in NMR Spectroscopy and Their Use for the Localization of Ligands Within Biomacromolecules." In Reference Module in Chemistry, Molecular Sciences and Chemical Engineering. Elsevier, 2020. http://dx.doi.org/10.1016/b978-0-12-409547-2.14848-6.

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Conference papers on the topic "Paramagnetic tags"

1

Wheaton, Jay D., and Steven W. Day. "Feasibility of Capturing Circulating Tumor Cells With a Magnetized Device." In ASME 2013 Conference on Frontiers in Medical Devices: Applications of Computer Modeling and Simulation. American Society of Mechanical Engineers, 2013. http://dx.doi.org/10.1115/fmd2013-16193.

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Abstract:

Advancements in technology have led to the ability to tag virtually any cell with magnetic particles so long as the surface protein is known. In theory, these tagged cells may then be identified, imaged, or manipulated by magnetic force. In vitro separation using a magnetized stent and magnetically tagged cells was demonstrated by [1]. The motivation for this work was to investigate the feasibility of a magnetized inferior vena cava (IVC) filter for in vivo separation of metastatic cancer cells from the bloodstream. In use, the device would consist of a standard IVC filter plated with nickel, making it paramagnetic yet still biocompatible. The IVC filter is placed inside the vena cava, as is routinely done for other applications. Permanent magnets, which the patient would wear as an external vest, generate a field and the presence of the magnetized filter within this field can attract magnetic particles to the filter. In particular, our goal was to develop a numerical model that could be used to assess the feasibility and performance of such a device over a range of design space.

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