Dissertations / Theses: 'Patogénico'

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Pereira, Filipe Alexandre Marques. "O Papel do Fe na interacção peixe / agente patogénico." Dissertação, Universidade do Porto. Reitoria, 2004. http://hdl.handle.net/10216/9710.

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Pereira, Filipe Alexandre Marques. "O Papel do Fe na interacção peixe / agente patogénico." Master's thesis, Universidade do Porto. Reitoria, 2004. http://hdl.handle.net/10216/9710.

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Miret, Mas Carlos. "Alteraciones de la apoptosis como mecanismo patogénico en el lupus eritematoso sistémico." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2003. http://hdl.handle.net/10803/2165.

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Abstract:

La apoptosis es un proceso de muerte celular programada que está involucrada en la selección del repertorio de linfocitos T y en el mantenimiento de la tolerancia inmunológica, ya que es el mecanismo por el que se eliminan las células que podrían dar lugar a respuestas autoinmunes. Existen evidencias de que la alteración en los mecanismos apoptóticos están implicados en la patogenia y la actividad de las enfermedades autoinmunes sistémicas, de las cuales, el lupus eritematoso sistémico (LES) es la más representativa. Se han identificado en el ser humano algunos genes que codifican oncoproteínas y citocinas cuya transcripción parece ser crucial en este proceso: unos pro-apoptóticos (fas, p53 y TNF-alfa) y otros anti-apoptóticos (bcl-2 y IL-10). Se sospecha que cambios en la expresión de los mismos podrían desempeñar algún papel en la patogenia del LES, al favorecer la proliferación de determinadas poblaciones celulares de efecto autorreactivo.
Con los trabajos de la presente tesis doctoral nos propusimos: determinar la implicación de los oncogenes (bcl-2, fas y p53) y las citocinas (IL-10 y TNF-alfa) en la disregulación apoptótica que presentan los pacientes con LES; estudiar la interrelación existente entre ellos; y analizar la relación de las posibles disregulaciones de los elementos que participan en la apoptosis con la actividad de la enfermedad lúpica.
Los resultados obtenidos muestran cómo los oncogenes fas, bcl-2 y p53, las citocinas IL-10 y TNF-alfa, y la fracción proteica soluble del Fas (sFas) tienen una notable importancia en la patogenia y la actividad de la enfermedad lúpìca. Las vías apoptóticas del Fas y p53 son independientes entre sí. Sin embargo, diversas citocinas (IL-10, TNF-alfa), oncoproteínas (Bcl-2) y fracciones proteicas solubles (sFas) pueden ser las encargadas de relacionarlas entre sí. La interferencia de estas vías apoptóticas produciría una eliminación deficiente de los linfocitos autorreactivos. Ello favorecería su supervivencia, lo que provocaría las alteraciones de disregulación inmunológica propias del LES.

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Martínez, Zamora María Ángeles. "Análisis de la fibrinolisis como nuevo mecanismo patogénico trombótico en la patología gestacional precoz y avanzada. Relación con los anticuerpos antifosfolipídicos." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2011. http://hdl.handle.net/10803/78988.

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Abstract:

HIPÓTESIS DE TRABAJO: Igual que se ha descrito en patología trombótica en el individuo no gestante, la investigación del potencial fibrinolítico global del plasma y de la regulación de la fibrinolisis puede contribuir a arrojar luz sobre la patogenia de patología gestacional precoz y avanzada de sustrato trombótico vinculado o no a la presencia de AAF. Por otro lado, es posible que el haber presentado abortos de repetición asociados o no a los AAF, constituya un sustrato predisponente a la trombosis arterial o venosa a largo plazo. OBJETIVOS: 1. Determinar el CLT, los niveles plasmáticos de TAFI, y los polimorfismos genéticos de esta proteína en pacientes con pérdidas gestacionales precoces (aborto de repetición y fracaso implantatorio repetido tras fecundación in vitro). 2. Investigar si lo anterior, es decir, CLT y niveles plasmáticos y polimorfismos de TAFI, presentan diferencias según se trate de pacientes con abortos de repetición, asociados o no, a la presencia de anticuerpos antifosfolipídicos. 3. Valorar el CLT, los niveles plasmáticos de TAFI, y los polimorfismos de TAFI, a lo largo la gestación tanto en gestantes normales como en pacientes con SAF primario. 4. Correlacionar los resultados obtenidos en cuanto a los niveles de TAFI, sus polimorfismos genéticos y el CLT en las mujeres gestantes, con o sin SAF, con los resultados perinatales y el riesgo de trombosis. 5. Comparar los resultados del CLT, los niveles plasmáticos de TAFI, y los polimorfismos de TAFI en gestantes complicadas con preeclampsia severa, como paradigma de complicación obstétrica de origen trombótico placentario en: a) una cohorte de pacientes con SAF primario; y b) en una cohorte de pacientes sin SAF ni otras trombofilias . 6. Investigar el riesgo de trombosis arterial o venosa a largo plazo no relacionado con la gestación en pacientes con abortos de repetición, asociados o no a los anticuerpos antifosfolipídicos . CONCLUSIONES: 1. Las pacientes con fracaso implantatorio repetido tras fecundación in vitro (FIR) y con abortos de repetición (AR) de causa idiopática presentan una reducción del potencial fibrinolítico del plasma determinado mediante el tiempo de lisis del coágulo (CLT). Esta alteración de la fibrinolisis puede explicarse en parte por niveles de TAFI significativamente mayores en estos dos grupos de pacientes. La determinación de polimorfismos de TAFI no muestra diferencias en estos grupos. 2. Las pacientes con AR con o sin síndrome antifosfolipídico asociado (SAF) presentan una reducción del potencial fibrinolítico objetivada mediante una prolongación del CLT. Sólo las pacientes con AR sin SAF asociado presentan una elevación de los niveles de TAFI, por lo que, en este grupo de pacientes, la alteración global de la fibrinolisis puede atribuirse en parte a este hallazgo. No se han hallado diferencias en los polimorfismos de TAFI entre estos dos grupos. 3. Durante la gestación se produce un incremento de los niveles de TAFI y un alargamiento del CLT que regresan a niveles basales tras la gestación. Las pacientes con SAF presentan un alargamiento del CLT basal respecto a las gestantes sanas. No existen diferencias en la distribución de polimorfismos de TAFI ni en sus niveles entre gestantes sanas o con SAF. 4. Las gestantes con SAF no presentan diferencias en los niveles de TAFI, polimorfismos de TAFI o CLT en función del resultado perinatal o el antecedente de trombosis. 5. Las pacientes con SAF con o sin preeclampsia y las pacientes con preeclampsia sin SAF presentan una reducción del potencial fibrinolítico del plasma basalmente. Los niveles basales de TAFI se han encontrado significativamente más elevados en las pacientes con preeclampsia severa con o sin SAF que en las pacientes sin preeclampsia o en controles sanas. 6. Las pacientes con AR y SAF presentan un riesgo de trombosis a largo plazo 15 veces superior que las pacientes con AR sin SAF. El riesgo de eventos trombóticos arteriales es superior en aquéllas pacientes que además presentan factores de riesgo cardiovascular tradicionales.
ANALYSIS OF FIBRINOLYSIS AS A NEW PATHOGENIC MECHANISM IN EARLY AND LATE THROMBOTIC PREGNANCY COMPLICATIONS. ASSOCIATION WITH THE ANTIPHOSPHOLIPID ANTIBODIES SUMMARY: These are the main results of the five manuscripts that compose the Doctoral Thesis: Study 1: Patients with recurrent implantation failure have reduced plasma fibrinolytic potencial, as shown by a prolonged Clot Lysis Time (CLT), and this may be explained, at least in part, by increased Thrombin Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFI) antigen levels. Study 2: Patients with unexplained recurrent miscarriage have an impairment in fibrinolyis demonstrated by increased CLT, that can be at least partly explained by higher TAI antigen levels. Study 3: Patients with Antiphospholipid Syndrome (APS) have impairment in fibrinolysis evidenced by prolonged CLT at baseline, TAFI and CLT do not seen to be useful as markers of obstetric outcome or risk of trombosis in patients with APS. Study 4: Increased TAFI antigen levels and impaired fibrinolysis are pathogenetic factors in preeclampsia, regardless of whether or not preeclampsia is associated with the presence of antiphospholipid antibodies. Study 5: Antiphospholipid syndrome patients with recurrent spontaneous abortions (APS-RSA) had a significantly higher 12-year cumulative thrombotic incidence rate compared with the three comparator groups. APS-RSA patients had 25.6 thrombotic events per 1000 patients-years. The Odds Ratio of thrombosis in relation to the presence or absence of antiphospholipid antibodies in patients with recurrent spontaneous abortions (RSA) was 15.06. Thus, our data indicate that a history RSA associated with antiphospholipid antibodies is a risk factor for subsequent thrombosis in the long term.

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Colás, Medà Pilar. "Evaluación del crecimiento de Salmonella enterica y Listeria monocytogenes en pera mínimamente procesada e influencia de las condiciones de conservación en el potencial patogénico de Listeria monocytogenes." Doctoral thesis, Universitat de Lleida, 2016. http://hdl.handle.net/10803/399582.

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Abstract:

En aquesta tesi es va desenvolupar un producte de fruita mínimament processada (MP) a base de pera. Va ser necessària una etapa prèvia de desenvolupament del producte. Es va avaluar la aptitud al processat de diferents varietats de pera i l’aplicació de diferents tractaments antioxidants-estabilitzants de la textura. En segon lloc, es va estudiar la capacitat de supervivència de Salmonella enterica i Listeria monocytogenes en aquest producte de pera “Conference” MP sota condicions de conservació comercials i trencament de la cadena de fred. El temps i les temperatures de conservació van inhibir el creixement de S. enterica en pera MP, mentre que la població de L. monocytogenes va incrementar al augmentar el temps de conservació. En l’estudi del potencial patogènic de L. monocytogenes en pera i meló MP, es va determinar la seva capacitat per sobreviure a una simulació gastrointestinal i d’adherir i envair cèl•lules diferenciades Caco-2, en funció de la matriu i temperatura de conservació. El temps i temperatura de conservació van tenir un efecte en el potencial patogènic de L. monocytogenes en pera i meló MP. Finalment, es va determinar el potencial de virulència que presentaven 53 soques de L. monocytogenes de diferents orígens i serotips (1/2a, 1/2c i 4b). Es van avaluar característiques com la supervivència al estrès gàstric, la capacitat de creixement i la capacitat d’invasió, a la vegada que es van seqüenciar tres gens (inlA, prfA i sigB) relacionats amb el risc de causar listeriosis. Es va relacionar una menor capacitat d’invasió de les cèl•lules Caco-2 amb la presència de mutacions que codificaven per un codó de terminació prematur (PMSC) en el gen inlA.
En esta tesis de ha desarrollado un producto de fruta mínimamente procesada (MP) a base de pera. Fue necesaria una etapa previa de desarrollo del producto. Se evaluó la aptitud al procesado de diferentes variedades de pera i la aplicación de distintos tratamientos antioxidantes-estabilizantes de la textura. En segundo lugar, se estudió la capacidad de supervivencia de Salmonella enterica y Listeria monocytogenes en este producto de pera “Conference” MP bajo condiciones de conservación comercial y rotura de la cadena de frío. El tiempo y las temperaturas de conservación inhibieron el crecimiento de S. enterica en pera MP, mientras que la población de L. monocytogenes se incrementó al aumentar el tiempo de conservación. En el estudio del potencial patogénico de L. monocytogenes en pera y melón MP, se determinó su capacidad para sobrevivir a una simulación gastrointestinal y de adherir e invadir células diferenciadas Caco-2, en función de la matriz y temperatura de conservación. El tiempo y temperatura de conservación tuvieron un efecto en el potencial patogénico de L. monocytogenes en pera y melón MP. Finalmente, se determinó el potencial de virulencia que presentaban 53 cepas de L. monocytogenes de diferentes orígenes y serotipos (1/2a, 1/2c y 4b). Se evaluaron características como la supervivencia al estrés gástrico, la capacidad de crecimiento y la capacidad de invasión, a la vez que se secuenciaron tres genes (inlA, prfA i sigB) relacionados con el riesgo de causar listeriosis. Se relacionó una menor capacidad de invasión de las células Caco-2 con la presencia de mutaciones que codifican para un codón de terminación prematuro (PMSC) en el gen inlA.
For these investigation firstly, a new minimally processed product was developed based on pear. A product-development step should be carried out because factors like raw material, process and storage conditions could affect the shelf life of fresh-cut fruit. The suitability of four different cultivars of pear for minimal processing and different antioxidant treatments was studied. Secondly, the impact of storage temperature on survival of Salmonella enterica and Listeria monocytogenes on this new fresh-cut ‘Conference’ pear product was evaluated under conditions simulating commercial application stored and under conditions mimicking temperature abuse. Under both storage conditions a significant decrease of S. enterica populations on pear wedges was observed. In contrast, L. monocytogenes was able to grow on fresh-cut pear processed under the conditions evaluated. To determine the pathogenic potential of L. monocytogenes on fresh-cut pear and melon, their capability to survive at gastrointestinal simulation and to adhere to and invade differentiated Caco-2 cells was evaluated. The pathogenic potential of L. monocytogenes was affected by the storage time and temperature. Finally, diversity of virulence potentials of 53 isolates of L. monocytogenes from different origins and serotypes (1/2a, 1/2c and 4b) were evaluated. Phenotypic characterization determined as maximum growth rate, acid tolerance and invasion capacity of these strains were studied, in relation to different allelic variants of genes inlA, prfA and sigB. The strains with lower invasion capacity to Caco-2 were characterised by high prevalence of mutations PMSC in inlA.

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Paradela, Ana Margarida Barata Moreira. "Disseminação de genes de resistência em estirpes clínicas de Escherichia coli." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/822.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia Molecular
A multiresistência a antimicrobianos é a principal causa de falha terapêutica no tratamento de infecções bacterianas. Cada vez mais estudos sugerem que as bactérias conseguem resistir a múltiplos antibióticos através de mecanismos intrínsecos, tais como ap presença de genes que codificam beta-lactamases bem como a presença de bombas de efluxo. Extensivos estudos mostraram também que diversos elementos genéticos móveis, tais como plasmídeos e transposões, facilitam a troca de material genético entre géneros e espécies de bactérias. Membros da família das Enterobacteriaceae, Escherichia coli em particular é o principal agente responsável por infecções urinárias. A crescente alteração do fenótipo de resistência das estirpes isoladas, nomeadamente em pacientes oriundos da comunidade, é motivo de grande preocupação e constitui um grave problema à escala mundial. Com o presente trabalho pretendeu-se averiguar a prevalência e disseminação de genes de resistência presentes na população em estudo. Verificou-se que 79% da população em estudo apresentava resistência a pelo menos uma classe de antibióticos, 30 % revelou um fenótipo de multiresistência e 21% não apresentou qualquer tipo de resistência aos compostos testados. A presença da ß-lactamase TEM foi detectada em todos isolados que apresentavam resistência à Ampicilina. O gene que codifica a OXA foi detectado em 12 dos isolados. Em 12 isolados verificou-se a presença da ß-lactamase CTX-M associada à sequência de inserção ISEsp1localizadada a montante. O gene int1 está verificou-se estar presente em 17 dos isolados. Concluiu-se deste estudo que a resistência mais significativa se verificou relativamente à ampicilina e às cefalosporinas de primeira geração, o que leva a sugerir que estes antibióticos não deveriam ser usados como agente único no tratamento deste tipo de infecções. Por outro lado, a presença de diferentes tipos de ß-lactamases na população em estudo reforça a necessidade de monitorização de rotina na disseminação deste tipo de determinantes de resistência. O exemplo das ß-lactamases CTX-M-15, mediadas por plasmideos é preocupante, uma vez que constitui um grave problema dada a facilidade de dessiminação dentro da mesma espécie ou até mesmo entre espécies diferentes. Por último, a elevada prevalência de estirpes resistentes provenientes da ala pediátrica e a emergência de estirpes multirresistentes nesta mesma população é preocupante e requer uma vigilância apertada, uma vez que muitos dos agentes antimicrobianos utilizados não são indicados para o tratamento destes pacientes. ABSTRACT: Multidrug resistance is the major cause of clinical failure when treating bacterial infections. Increasing evidence suggests that bacteria can resist multiple antibiotics through intrinsic mechanisms that rely on gene products such as B-lactamases and efflux pumps. Extensive studies have shown that mobile genetic elements, such as plasmids and transposons, facilitate the dissemination of genetic determinants among species or genera of bacteria. E. coli is the most common pathogen responsible for Urinary Tract Infections (UTI) in hospital population. The emerging changes in the resistance phenotype of this strains, mainly those from community settings, can represent a serious problem worldwide. The aim of the present study was to screen for genetic resistance determinants in an E. coli population, collected from patients of the Hospital Infante D. Pedro, Aveiro-Portugal. The population studied (n=100) was collected from different biological products and revealed that 79% of the isolates were resistant to, at least, one class of antibiotics and 30% showed a multi resistant phenotype. 21% of the isolates did not express resistance to any of the antibiotics tested. The presence of TEM-type encoding gene was detected in all of the isolates that showed resistance to ampicillin. The gene encoding for OXA was present in twelve isolates. Twelve strains carried a CTX-M gene associated with the insertion sequence ISEsp1, located upstream of this gene. int1 gene was detected in 17 isolates. Resistance to ampicillin and to the first generation cephalosporins was quite significant, meaning that these antibiotics shouldn’t be used as the single agent for empirical treatment of a suspected UTI. The presence of different types of ESBL’s among the isolates highlights the importance of routine screening for ESBL producers. CTX-M-15, found in 12 isolates, is plasmid mediated and, therefore, can represent a dissemination problem, as those structures can be easily mobilised between strains or even species. The high prevalence of E. coli resistant strains in paediatric patients and the emergence of multi resistant strains in this specific population require careful surveillance, as many antimicrobials used are not appropriate for the treatment of paediatric patients.

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Iglesias, Valenzuela María Belén. "Bioconservación de pera mínimamente procesada mediante el uso de Pseudomonas graminis CPA-7 y Lactobacillus rhamnosus GG y su efecto en la calidad de la fruta y en la modificación del potencial patogénico de Listeria monocytogenes." Doctoral thesis, Universitat de Lleida, 2017. http://hdl.handle.net/10803/406038.

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Abstract:

L’us de microorganismes com a bioconservants en productes mínimament procesats pot ser una alternativa als productes químics. En aquesta tesi es va estudiar l’efecte bioconservant de Pseudomonas graminis CPA-7 i Lactobacillus rhamnosus GG en el control de Salmonella enterica subsp. enterica i Listeria monocytogenes en pera mínimament processada. Es va observar que ambdós antagonistes van controlar el creixement dels patògens inoculats artificialment a concentracions elevades (103-104 ufc/g). No obstant, l’ús de substàncies antioxidants i d’atmosferes modificades va influir en l’efectivitat. Es va demostrar que L. rhamnosus GG, ademés de controlar el creixement de S. enterica i L. monocytogenes també va reduir el potencial patogènic de L. monocytogenes CECT 4032. L’ús d’ambdos antagonistes no va afectar negativament a la qualitat de la pera. La pera enriquida amb L. rhamnosus GG podria ser una font de probiòtics per aquelles persones que no els puguin consumir a través dels derivats lactis.
El uso de microorganismos como bioconservantes en productos mínimamente procesados puede ser una alternativa a los productos químicos. En esta tesis se estudió el efecto bioconservante de Pseudomonas graminis CPA-7 y Lactobacillus rhamnosus GG en el control de Salmonella enterica subsp. enterica y Listeria monocytogenes en pera mínimamente procesada. Se observó que ambos antagonistas fueron capaces de controlar el crecimiento de los patógenos inoculados artificialmente a concentraciones elevadas (103-104 ufc/g). Aunque el uso de antioxidantes y de atmósferas modificadas influyó en la efectividad. Se observó demostró que L. rhamnosus GG, además de controlar el crecimiento de S. enterica y L. monocytogenes, también redujo el potencial patogénico de L. monocytogenes CECT 4032. El uso de ambos antagonistas no afectó negativamente a la calidad de la pera. La pera tratada con L. rhamnosus GG podría ser un aporte de probióticos para aquellas personas que no los obtengan con el consumo de derivados lácteos.
The use of antagonistic microorganisms to control the growth of foodborne pathogens on minimally processed products could be an alternative to the use of chemical products. In this thesis the effect of Pseudomonas graminis CPA-7 and Lactobacillus rhamnosus GG against Salmonella enterica subsp. enterica and Listeria monocytogenes on minimally processed pear was studied. Both antagonistic microorganisms were able to control the growth of two foodborne pathogens artificially inoculated at high concentration (103-104 cfu/g). However, the use of antioxidant solutions and modified atmosphere affected their effectivity. Results shown that L. rhamnosus GG reduced the pathogenic ability of L. monocytogenes CECT 4032. The application of both antagonists did not affect negatively to pear quality. Minimally processed pear enriched with L. rhamnosus GG could be a source of probiotics to people who do not eat dairy products.

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Gonçalves, Vicente de Sousa. "Tireoidite linfocítica : Proposta de interpretação patogénica." Tese, Universidade do Porto. Reitoria, 1986. http://hdl.handle.net/10216/10339.

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Gonçalves, Vicente de Sousa. "Tireoidite linfocítica : Proposta de interpretação patogénica." Doctoral thesis, Universidade do Porto. Reitoria, 1986. http://hdl.handle.net/10216/10339.

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Domínguez, García Marlene. "Hepatitis alcohólica: Estratificación pronóstica e identificación de mecanismos patogénicos." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2009. http://hdl.handle.net/10803/2290.

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Abstract:

La enfermedad hepática alcohólica (EHA) es una entidad clínico patológica ocasionada por el consumo abusivo de alcohol, que incluye la esteatosis hepática simple, la esteatohepatitis, la cirrosis hepática y el carcinoma hepatocelular (CHC). Estas entidades pueden superponerse y es difícil encontrarlas en su forma histopatológica pura. La EHA es una de las mayores complicaciones médicas asociadas al abuso de alcohol y es una de las principales causas de enfermedad hepática en el mundo occidental.

La supervivencia de los pacientes con cirrosis alcohólica es peor que la de los cirróticos de otras etiologías, con una tasa de supervivencia a los 5 años que oscila entre el 23 y el 50%. De hecho, aproximadamente, el 44% de los pacientes que fallecen por cirrosis hepática y sus complicaciones padecen una cirrosis de origen alcohólico. La EHA constituye un problema de salud pública en el mundo occidental debido a la elevada prevalencia del consumo de alcohol. Además, en los últimos años ha incrementado el consumo de alcohol con una tendencia a la ingesta abusiva, principalmente en países desarrollados.

La hepatitis alcohólica (HA) forma parte del espectro de la EHA y se caracteriza por un empeoramiento de la función hepática en pacientes con abuso de alcohol. Histológicamente se caracteriza por la presencia de esteatosis hepática, daño hepatocelular, infiltrado inflamatorio predominantemente de polimorfonucleares y fibrosis pericelular. La HA es una entidad que ocurre en el contexto de un incremento de la ingesta de alcohol y puede complicar el hígado graso alcohólico o la cirrosis hepática pre-existente, asociándose a una elevada mortalidad a corto plazo en pacientes con formas graves de la enfermedad.

Aunque la prevalencia real de la HA es desconocida (ya que frecuentemente es
subdiagnosticada) teniendo en cuenta la prevalencia del alcoholismo, se estima que el 10 a 35% de los alcohólicos tienen cambios de HA en la biopsia hepática. La HA no es un proceso benigno y algunos pacientes pueden desarrollar complicaciones fatales. Además, incrementa el riesgo de desarrollar cirrosis hepática, detectándose cirrosis hepática en el 40% de estos pacientes en el transcurso de 5 años. En un pequeño porcentaje de casos con HA, el daño hepático y la función hepática puede revertir tras la abstinencia alcohólica sostenida.

Considerando estos antecedentes, la presente tesis tiene las siguientes justificaciones:

1- No existen estudios que evalúen el valor combinado de parámetros clínicos, analíticos, histológicos y hemodinámicos hepáticos en el pronóstico de los pacientes con HA. Asimismo, los estudios existentes no permiten una estratificación pronóstica en varios grupos. Por tanto, existe una clara necesidad de identificar parámetros predictivos de supervivencia en la HA que permitan una exacta estratificación pronóstica de estos pacientes con la finalidad de tomar decisiones terapéuticas que puedan mejorar el pronóstico a corto y mediano plazo.

2- La patogenia de la HA es poco conocida, lo que dificulta el desarrollo de nuevas terapias. En particular, existen pocos datos obtenidos en pacientes que identifiquen los mecanismos implicados en la fisiopatología de esta enfermedad que puedan servir como dianas terapéuticas. La mayoría de los estudios sobre mecanismos patogénicos provienen de estudios experimentales, que no reflejan adecuadamente lo que ocurre en los pacientes con HA. Por tal motivo, se investigó la expresión de los componentes de la familia de la interleucina 8 (quimiocinas CXC) en una amplia serie de pacientes con HA, así como su impacto sobre el pronóstico y la gravedad de la enfermedad.

Los objetivos generales serían por tanto dos:

1- Evaluar el valor combinado de parámetros epidemiológicos, clínicos, analíticos, histológicos y hemodinámicos en pacientes con HA confirmada histológicamente para generar un nuevo sistema predictivo capaz de estratificar el riesgo de muerte a 90 días y al año (Estudio 1).

2- Investigar el papel patogénico de las quimiocinas CXC en la HA evaluando el impacto sobre la gravedad y la supervivencia a corto y mediano plazo (Estudio 2).

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Trindade, Maria Margarida Silva. "Mecanismo de defesa e resistência das plantas a agentes patogénicos." Master's thesis, Universidade de Évora, 2021. http://hdl.handle.net/10174/29296.

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Abstract:

As plantas são constantemente ameaçadas por diversos microrganismos patogénicos que prejudicam o seu crescimento e reprodução. Com isto, desenvolveram eficientes mecanismos de defesa físicos e químicos que podem ser inatos ou induzidos. Dependendo do tipo de interação com o patogénio, as plantas empregam estratégias de defesa distintas e específicas para a patogénese, através de um sistema imunológico multicamada, caracterizado por duas linhas de defesa: uma primeira, extracelular, que pode desencadear respostas de largo espetro (PTI) e uma segunda, intracelular, em que ocorre o reconhecimento muito específico do agente patogénico (ETI). Adicionalmente, embora não tenham um sistema imunológico, podem criar resistência induzida, que se caracteriza pela sinalização sistémica da resposta de defesa do local de infeção para as partes distantes do mesmo, estabelecendo uma capacidade defensiva melhorada. Compreender os mecanismos de defesa das plantas é fundamental para que se possam obter plantas mais tolerantes ou mimetizar e induzir estes mecanismos; ABSTRACT: Plants defence and resistance mechanisms against pathogens Plants are constantly threatened by several pathogenic microorganisms that harm their growth and reproduction. With this, they developed efficient mechanisms of physical and chemical defence that can be innate or induced. Depending on the type of interaction with the pathogen, plants employ distinct and specific defence strategies for the pathogenesis, through a multi-layered immune system, which is characterized by two lines of defence: a first, extracellular, which can trigger wide-spectrum responses (PTI) and a second one, with intracellular origin, in which the very specific recognition of the pathogenic agent occurs (ETI). Additionally, although lacking an immune system, they can create induced resistance, which is characterized by the systemic signalling of the defence response from the infection site to the distant parts of it, establishing an improved defensive capacity. Understanding the defence mechanisms of plants is essential to obtain more tolerant plants or to mimic and induce those mechanisms.

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Domínguez, Márquez Mª Victoria. "Heterogeneidad genética de blastocystis hominis: implicaciones patogénicas." Doctoral thesis, Universitat de València, 2003. http://hdl.handle.net/10803/10099.

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Abstract:

En los últimos años diversos trabajos ponen de manifiesto la existencia de variaciones intraespecíficas entre aislados de Blastocystis hominis. La descripción de diferentes perfiles proteicos, cariotipos y zimodemas constituyen pruebas de la posible existencia de poblaciones morfológicamente idénticas, que quizás estén dotadas de un potencial patogénico diferente. El objeto de este estudio es el de establecer asociaciones entre variantes genéticas y enzimáticas y distinta significación clínica, para lo cual se realizaron los siguientes procedimientos:(1) Obtener aislados clínicos de pacientes sintomáticos y asintomáticos, cultivarlos y axenizarlos.(2) Comprobar el grado de variación genética críptica en aislados de B. hominis, mediante el análisis de polimorfismo de fragmentos de restricción a partir de dos amplicones diferentes.(3) Evaluar el poder discriminatorio de secuencias repetitivas de ADN como marcadores de diversidad.(4) Demostrar la existencia de poblaciones isoenzimáticas. Se analizaron un total de 260 muestras fecales, de entre las remitidas al Servicio de Microbiología del Hospital Clínico Universitario de Valencia; que fueron sometidas al siguiente protocolo: exámen parasitológico para la identificación de B. hominis y de otros posibles parásitos; y un coprocultivo con el objeto de determinar la existencia de enteropatógenos bacterianos. Se observó B. hominis en 56 de estas muestras, lo que supuso una prevalencia del 21,5%; y se procedió a su cultivo en medio BDM para su posterior axenización, todo ello de acuerdo con el protocolo descrito por Lanuza et al. (1997). Se consiguió la adaptación al cultivo de 38 aislados, de los que se consiguió axenizar 18. Se incluyeron en el estudio 13 cultivos puros procedentes de colección, por lo que finalmente se analizaron un total de 51 aislados: 31 axénicos y 20 monoxénicos. Una vez obtenidos los aislados se llevaron a cabo los ensayos de "riboprinting" (Böhm-Gloning,1997; Clark, 1997), consistentes en amplificar la secuencia que codifica el ARN de la subunidad menor ribosomal y analizar la longitud de los fragmentos obtenidos tras restricción enzimática de dicha región. Extraído el ADN de acuerdo con el procedimiento descrito por Clark (1997) consistente en una extracción fenólica; la amplificación se realizó en dos reacciones distintas: la primera con los cebadores RD3 y RD5 (Clark, 1997) que amplifican la totalidad del gen con lo que se obtiene un amplicón de 2.540 pb; y la segunda con F1 y R1 (Böhm-Gloning et al., 1997) que amplifican sólo una parte del gen, por lo que se obtiene un producto de 1.100 pb. Los productos de amplificación fueron digeridos separadamente con las endonucleasas Rsa I, Hinf I y Alu I. Para el análisis se transformaron las distancias de migración en tamaños relativos al compararlos con marcadores de peso molecular, utilizando el programa informático 1DManager. El criterio establecido para diferenciar entre patrones de RFLP fue considerar que eran distintos los que diferían en uno o en más fragmentos. Analizados los perfiles obtenidos para cada aislado, se obtuvieron los índices de homología entre cepas aplicando el coeficiente de Dice. Los resultados obtenidos tras el análisis conjunto de todos los patrones de bandas fue la obtención de 5 ribodemas (R1 a R5), en los que se valoró si existía relación estadística entre la pertenencia a un ribodema y padecer diarrea aguda o crónica, por lo que se analizaron los datos aplicando el test CHI-CUADRADO y se definieron el riesgo relativo (RR) y el coeficiente de correlación de Pearson (p).Los resultados demostraron una asociación estadísticamente significativa entre diarrea aguda e inclusión en el ribodema R2. Lo cual nos confirmó que la especie B. hominis es genéticamente heterogénea, y que existían diferentes poblaciones con diferencias en la capacidad patogénica. En el estudio también se valoró la eficacia de secuencias repetitivas de ADN como marcadores de diversidad, para lo cual se utilizaron los cebadores TR7 y TR8 (Init et al., 1999), demostrando que se podían establecer diferencias intraespecíficas a partir de un fragmento mayoritario, es decir el que más veces se repetía, considerando que eran cepas pertenecientes al mismo patrón las que coincidían en dicho fragmento. Los resultados demostraron que esta técnica es únicamente válida en la detección de variación intraespecífica en cultivos puros, ya que los cebadores no discriminan suficientemente cuando en la muestra existe ADN bacteriano además del de B. hominis. No se encontraron asociaciones estadísticas entre la pertenencia a alguno de los patrones definidos y la presentación de un proceso diarreico determinado. Finalmente el análisis de las actividades enzimáticas: Glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, malato deshidrogenasa, enzima málico, hexoquinasa, fosfoglucomutasa, glucosa fosfato isomerasa, glutámico-oxalacético transaminasa y fosfogluconato deshidrogenasa; consistió en la extracción de las proteínas de los cultivos puros, su separación en geles de poliacrilamida, y el consiguiente revelado utilizando sustancias tamponadas, con los sutratos, cofactores y coenzimas necesarios para cada enzima, de acuerdo con el protocolo de Selander et al. (1985).Todos los aislados presentaron todas las actividades enzimáticas y compartieron idéntico patrón en todos los enzimas a excepción de la malato deshidrogenasa; cuyas diferencias en la movilidad electroforética de una de sus bandas, permitió definir tres poblaciones isoenzimáticas. No se encontraron asociaciones estadísticas entre los zimodemas definidos y la presentación de un determinado proceso diarreico. Los resultados permitieron extraer las siguientes conclusiones:1ª.- Todos los métodos moleculares empleados demostraron, aunque con desigual capacidad de discriminación, que B. hominis es un organismo con marcada heterogeneidad genética.2ª.- El análisis de la secuencia del ARN ribosomal 16S, mediante técnicas de RFLP, ha detectado variantes asociadas a determinados estados mórbidos. El protocolo que utiliza los cebadores RD3 y RD5 es el que ha mostrado un mayor poder de resolución.3ª.- Consideramos que para poder comparar datos de RFLP de forma efectiva es necesaria la utilización de protocolos normalizados, con cepas de referencia, un panel común de enzimas de restricción y una nomenclatura consensuada.4ª.- El estudio de secuencias repetitivas utilizando TR7 y TR8 resulta eficaz en la detección de variación intraespecífica únicamente en aislados axénicos, lo cual limita su utilización como marcador de diversidad.5ª.- Las diferencias encontradas en la movilidad del enzima malato deshidrogenasa demostraron la existencia de tres poblaciones isoenzimáticas, son que ninguna de ellas se asociara con un proceso determinado.6ª.- La homología encontrada entre nuestros aislados y los genotipos de origen humano y animal descritos en otras áreas geográficas sustentan la idea del origen zoonótico de la infección y demuestran la ausencia de variaciones genéticas regionales. Por lo que este trabajo concluye que B. hominis es una especie genéticamente heterogénea, y la asociación estadística observada confirma además la existencia de poblaciones con diferente patogenicidad.
Blastocystis hominis is the most prevalent specie of intestinal protozoa found in men of uncertain role in human disease. This study was undertaken to examine the degree of criptic genetic variation within B. hominis detectable using riboprinting (restriction fragment length polymorphism analysis of polymerase chain reaction amplified small subunit rDNA); the analysis of multiple target sequences by a single set of polymerase chain reaction primers; and the existence of demes with different pathogenic potential after to analyse the enzyme activity. The small subunit ribosomal RNA genes of 51 isolates were amplified using standard polymerase chain reaction conditions and the primers RD5 y RD3 (Clark, CG; 1992). The amplification products were digested with 3 restriction enzymes (Hinf I, Rsa I, Alu I). We used a similar method by the primers F1 y R1 (Böhm-Gloning et al., 1997) and the same restriction endonuclease enzymes. Extensive sequence variation was discovered in B. hominis ribosomal RNA genes and the isolates grouped of at least five differents patterns or ribodemes. The ribodeme R2 was the most frequently isolated variant, is composed of isolates obtained from patients with acute diarrhea. The statistical association found between R2 and acute diarrhea in the absence of other enteropathogens suggest the pathogenic role of this ribodema. The results based on the amplification products obtaines by a single set of polymerase chain reaction primers TR7 y TR8 (Init et al., 1999) showed intrastrain variations among isolates, but this set of PCR primers only can be used in the detection of variable DNA repeat patterns in axenic cultures because the reaction is not selectivity for lower eukayotes, it is present in prokaryotes too . The enzyme polymorphism of this organism has been demostrated by enzyme electrophoresis of 31 axenic B. hominis isolates by electrophoresis on polyacrylamide gel under nondenaturating conditions (PAGE). Eight enzyme systems were studied: GOT (EC 2.6.1.1), GPI (EC 5.3.1.9), EM (EC 1.1.1.40), G6PDH (EC 1.1.1.49), 6PGDH (EC 1.1.1.44), MDH (EC 1.1.1.37), HK (EC 2.7.1.1), PGM (EC 2.7.5.1. ). The isolates showed an identical isoenzyme profile by the seven activities, in the case of MDH the presence of one band with different electrophoretic migrations detected the existence the two zimodemes. The description of different zymodemes confirms the heterogeneity of this organism. This study illustrates the need to reexamine the role of B. hominis in disease taking the genetic diversity of the parasite into account.

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Augusto, Dora Susana Castro Rodrigues. "Teores de vibrios halófilos patogénicos humanos em ostras, por NMP-PCR." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2007. http://hdl.handle.net/10773/737.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
O presente estudo foi levado a cabo com o objectivo de determinar a ocorrência e os níveis de Vibrio vulnificus, Vibrio parahaemolyticus (total e potencialmente patogénico) em ostras naturalmente contaminadas, usando dois métodos diferentes de Número Mais Provável (NMP) em conjugação com a técnica de reacção em cadeia da polimerase (PCR) de modo a seleccionar o mais apropriado para análise de rotina. As ostras foram adquiridas em lojas e supermercados locais. Os valores de V. vulnificus (portador do gene que codifica a hemolisina/citolisina da bactéria - vvhA), V. parahaemolyticus total (portador do gene específico da espécie – toxR) e V. parahaemolyticus potencialmente patogénico (portador dos genes que codificam as hemolisinas directa termoestável – tdh e directa termoestável relacionada – trh) foram determinados usando dois métodos de NMP-PCR: (1) enriquecimento em água peptonada alcalina (APW) seguido de PCR (APW-PCR); e (2) enriquecimento em APW e isolamento em agar de tiossulfato citrato bílis sacarose (TCBS) seguido de confirmação das estirpes por PCR (TCBS-PCR). Foi detectado V. vulnificus em quatro amostras de ostras pelo método APWPCR e em três amostras pelo método TCBS-PCR, mas nunca nas mesmas amostras. Foi possível encontrar V. parahaemolyticus em 14 amostras pelo método APW-PCR e em 13 amostras pelo método TCBS-PCR. Quanto aos factores de virulência, foi possível detectar o gene tdh em uma amostra somente pelo método APW-PCR; o gene trh foi detectado em cinco amostras por ambos os métodos, mas nem sempre na mesma amostra. O método APW-PCR demonstrou ser o mais adequado para detectar a presença de V. parahaemolyticus total em ostras, uma vez que gerou maior número de amostras positivas e detectou teores mais elevados, no entanto, recomenda-se o recurso a ambos os métodos para a detecção dos factores de virulência do V. parahaemolyticus e para a detecção de V. vulnificus. ABSTRACT: The present study was carried out to determine the occurrence and levels of Vibrio vulnificus and total and potentially pathogenic Vibrio parahaemolyticus bacteria in naturally contaminated oysters, using two Most Probable Number – Polymerase Chain Reaction (MPN-PCR) different methods in order to select the most appropriate for routine analysis. Oysters were collected from local stores and supermarkets. V. vulnificus (carrying the hemolysin/ cytolysin vvhA gene), total V. parahaemolyticus (carrying the species-specific toxR gene) and potentially pathogenic (carrying the thermostable direct hemolysin - tdh and TDH-related hemolysin - trh genes) V. parahaemolyticus were enumerated by two MPN-PCR methods: (1) Alkaline Peptone Water (APW) enrichment followed by PCR (APW-PCR); and (2) APW enrichment plus isolation on Thiosulfate Citrate Bile Sucrose (TCBS) agar followed by PCR strain confirmation (TCBS-PCR). V. vulnificus was found in four oyster samples by the APW-PCR method and in three by the TCBS-PCR method, but never in the same samples. V. parahaemolyticus was found in 14 oyster samples by the APW-PCR method and in 13 by the TCBS-PCR method. Concerning virulence factors, tdh positive organisms were only detected by the APW-PCR method in one sample; trh positive organisms were found in five oyster samples by both methods though not always in the same sample. The APW-PCR method has shown to be more adequate for the detection of total V. parahaemolyticus in oysters, since it yielded a larger number of positive samples, however, for detection of V. parahaemolyticus virulence factors and V. vulnificus, both methods should be used.

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Almeida, Beatriz Luciana Tavares de. "Investigating the antibacterial activity of Pedobacter lusitanus NL19." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2017. http://hdl.handle.net/10773/21523.

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Branco, Bárbara da Costa. "Metodologia para deteção e diferenciação entre a estirpe vacinal e estirpes selvagens de Salmonella spp. por RT-PCR." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2017. http://hdl.handle.net/10773/21528.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
A realização deste trabalho teve como principais objetivos o acompanhamento da rotina laboratorial do Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (INIAV, I.P.) e o desenvolvimento e implementação de nova uma metodologia por PCR em tempo real (RT-PCR) que permita a confirmação de Salmonella após execução da norma ISO 6579:1-2017, e a distinção entre a estirpe vacinal e as estirpes selvagens de Salmonella presentes em amostras provenientes de produção primária. A rotina laboratorial consistia a análise de amostras alimentares, ambientais e de produção primária, inseridas em diferentes atividades (e.g. Plano de Inspeção de Géneros Alimentícios, Plano Nacional de Controlo de Salmonella, Postos de Inspeção Fronteriços e Ensaios Interlaboratoriais). Todas as amostras foram analisadas tendo em conta os parâmetros microbiológicos estabelecidos para a pesquisa de Campylobacter spp., pesquisa de enterotoxinas estafilocóccicas, pesquisa de Escherichia coli STEC/VTEC, pesquisa e contagem de Listeria monocytogenes, contagem de Enterobacteriaceae e de microrganismos a 30°C e pesquisa de Salmonella spp. A vacinação contra Salmonella é uma medida importante no controlo de bandos de frangos, perus, galinhas poedeiras e reprodutoras. Por isso, é essencial detetar no menor tempo possível a presença desta bactéria e consequentemente o seu serotipo, permitindo saber qual a estirpe de Salmonella que está a infetar os bandos. Então, procedeu-se ao desenvolvimento de uma nova metodologia relativamente rápida (i.e., após duas horas), qualitativa (i.e., presença/ausência) para deteção e diferenciação de estirpes de Salmonella através de uma técnica por RT-PCR baseada na utilização de três sondas do tipo TaqMan, contendo uma delas bases de LNA, tornando-a mais específica para deteção do serotipo vacinal. As amostras alimentares são testadas diretamente da purificação de uma colónia em NA do meio XLD que irá para serotipificação. Caso haja fluorescência no canal HEX, significa que foi detetada a sequência do gene ttr, utilizado para testar a presença de Salmonella. No caso de amostras de produção primária, são retiradas cerca de 10 colónias do XLD para NA (i.e., se através do aspeto macroscópico se suspeitar que existem diferentes serotipos) e da placa de XLD que é analisada em Lisboa, para serotipificação, e é retirada uma colónia (já purificada) de modo a confirmar os resultados obtidos, na medida em que os testes de confirmação serológicos e biológicos são realizados a partir desta mesma colónia isolada. Aqui, espera-se que haja fluorescência no canal Cy5 (nhaA-V) que deteta o gene nhaA no caso de a estirpe ser vacinal. Se a estirpe for selvagem, não haverá curva de amplificação na corrida de RT-PCR visto existir uma sequência para estirpes selvagens que compete com os locais de ligação da sonda nhaA-V. Desta forma, e associando ao seguimento das primeiras fases da norma ISO 6579 é possível garantir o isolamento de Salmonella e a eliminação dos falsos positivos. A existência de um controlo interno de amplificação (IAC) que deteta a sequência do plasmídeo pUC19, através do canal ROX, fornece uma ferramenta importante para a indicação de falsos negativos, que possam ser causados por inibição da reação de PCR, provocada pelas diferentes matrizes, ou até por algum erro no funcionamento do termociclador. Assim, foi possível concluir que a nova metodologia permite detetar Salmonella spp., após isolamento em meio XLD através da ISO 6579, e diferenciar a estirpe vacinal das selvagens, uma vez que o aspeto macroscópico obtido apresenta diferenças (i.e., aspeto côncavo no caso da estirpe vacinal e aspeto convexo no caso de estirpes selvagens). Foi ainda possível verificar que o caldo MKTTn favorecia o crescimento da estirpe vacinal e permitia com maior facilidade a sua deteção.
This project’s main goals were to follow the Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (National Institute for Agrarian and Veterinary Research - INIAV, I.P.) laboratory daily routine and the development and implementation of a new methodology in real-time PCR (RT-PCR) that allowed the confirmation of Salmonella after the execution of normative ISO 6579:1-2017, and the distinction between vaccine and wildtype strains of Salmonella present in primary production’s samples. Laboratory daily routine consisted in the analysis of food, environmental and primary production samples, inserted in different activities (e.g., Food Inspection Plan, Airport and Seaport frontier analytical Support, Salmonella National Surveillance Plan and samples of interlaboratory assays. Every sample was analyzed taking into account the microbiological parameters established for the detection of Campylobacter spp., detection of staphylococcal enterotoxins, detection of Escherichia.coli STEC/VTEC, detection and enumeration of Listeria monocytogenes, enumeration of Enterobacteriaceae and plate count technique of microorganisms at 30°C and detection of Salmonella spp.. The vaccination in poultry is an important measure in control of Salmonella in the broilers, turkeys, laying and breeding hens. That is why it is essential to detect as fast as possible the presence of this bacteria and consequently its serotype, allowing us to know which Salmonella’s strain is infecting the flocks. Then, we proceeded to the development of a relatively fast (i.e., after two hours of the PCR run) and qualitative (i.e., presence/absence) new methodology for the Salmonella strains detection and differentiation through RT-PCR technique based on the utilization of three TaqMan probes, one of them containing LNA bases, making it more specific for vaccine serotype detection. The food samples are directly tested from the purification of a colony in NA plate of the XLD medium which will go to the serotyping. In case of a fluorescence detection in the HEX channel, a sequence of the ttr gene was detected, which is used to detect the presence of Salmonella spp.. In case of primary production samples, 10 colonies from XLD medium are inoculated into NA plate (i.e., if there is a suspicion of the existence of different serotypes through the macroscopic appearance) and from the XLD plates which go to Lisbon, for serotyping a colony is purified so it can confirm the obtained results, in so far as the serological and biological confirmation tests are performed from this isolated colony. Here is expected to exist fluorescence in channel Cy5 (nhaA-V) which detects the nhaA gene in case of the vaccine serotype. There will be no amplification curve in the RT-PCR assay in case of wildtype strain since there is a sequence for wildtype strains that compete with specific probes of vaccine strain for similar binding sites during RT-PCR. Therefore, and associating to the follow-up of the ISO 6579 first stages it is possible to assure the Salmonella isolation and the detection of false positive results. The existence of an internal amplification control (IAC) that detects the pUC19 plasmid’s sequence, through the ROX channel, provides an important tool for the indication of false-negative results, that may be caused by the PCR reaction inhibition, caused by the different matrices, or even by an error in the thermocycle operation. Therefore, it was possible to conclude that the new methodology allows to detect Salmonella spp., after isolation in the XLD medium, following ISO 6579, and differentiate the vaccinal strains from the wildtype once since the obtained macroscopic appearance reveals differences, i.e., concave appearance in the vaccinal strain’s case and convex appearance in the wildtype strains. It was also possible to see that the MKTTn broth was the medium which favoured the vaccine strain growth and allowed a easier detection.

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Costa, Gonçalo Filipe da Silva Santos. "Rastreio de agentes patogénicos em Apis mellifera nas regiões Norte e Centro de Portugal." Master's thesis, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária, 2021. http://hdl.handle.net/10400.5/21223.

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Abstract:

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária
A abelha melífera (Apis mellifera) enfrenta um número sem precedentes de ameaças, das quais se destacam os agentes patogénicos, cuja ação contribui, em grande parte, para a perda de colónias à escala mundial. O presente estudo visou determinar a prevalência e distribuição sazonal dos principais agentes patogénicos de Apis mellifera, em amostras das regiões Norte (N) e Centro (C) de Portugal, explorando também potenciais interações entre estes. Um total de 736 amostras (156 da região Norte e 580 da região Centro) colhidas durante o ano de 2019 foram analisadas no Posto Apícola do INIAV, recorrendo aos métodos de diagnóstico usualmente empregues neste laboratório. Foram identificados 5 agentes: Varroa destructor, Nosema spp., Senotainia tricuspis, Paenibacillus larvae e Ascosphaera apis. Como esperado, o ácaro V. destructor provou ser o agente mais prevalente nos dois grupos regionais (N: 78,8% (123/156) e C: 59,0% (342/580)), com uma presença mais evidente nas estações de verão, outono e inverno e coexistiu, nalguns dos apiários amostrados, com o microsporídeo Nosema spp, o segundo agente mais frequentemente identificado (N: 57,7% (90/156) e C: 31,7% (184/580)), que apresentou uma maior prevalência invernal em cada uma das regiões, mas uma distribuição pouco definida nas restantes estações. O díptero S. tricuspis, foi também um dos agentes mais relevantes do estudo (N: 8,3% (13/156) e C: 13,8% (80/580)), tendo sido essencialmente observado em amostras recolhidas durante o verão e outono, identificando-se alguns casos residuais entre as amostras colhidas na primavera, na região Centro. O agente bacteriano P. larvae e o fungo A. apis só foram identificados em amostras provenientes da região Centro, recolhidas durante a primavera, e ambos os agentes apresentaram a mesma prevalência, cerca de 0,2% (1/580 e 1/580). Foi encontrada uma relação estatisticamente significativa entre Nosema spp. e V. destructor nos dois grupos regionais, e uma associação entre S. tricuspis e V. destructor no grupo de amostras da região Centro. A caracterização da atuação destes agentes em diferentes contextos regionais representa um importante passo no estabelecimento de planos sanitários e medidas de controlo mais adequadas à realidade de cada região.
ABSTRACT - SCREENING OF APIS MELLIFERA PATHOGENS IN THE NORTHERN AND CENTER REGIONS OF PORTUGAL - The domestic honeybee (Apis mellifera), faces an unprecedented number of threats, of which pathogens stand out and whose action contributes, largely, to the loss of colonies at the global scale. The present study aims to determine the prevalence and seasonal distribution of the main pathogens of Apis mellifera in the Northern (N) and Center (C) regions of Portugal, while also exploring potential interactions between said agents. A total of 736 samples (156 from the Northern region and 580 from the Center region) collected in 2019, were analyzed at the Posto Apícola, INIAV, using the diagnostic methods usually employed in this laboratory. Five agents were identified: Varroa destructor, Nosema spp., Senotainia tricuspis, Paenibacillus larvae and Ascosphaera apis. As expected, the mite V. destructor proved to be the most prevalent agent within the two regional groups (N: 78,8% (123/156) and C: 59,0% (342/580)) with a more evident presence during the summer, autumn and winter seasons, coexisting, within some of the sampled apiaries, with the microsporidium Nosema spp., the second most commonly identified agent (N: 57,7% (90/156) and C: 31,7% (184/580)), which also presented a high winter prevalence in both regions, but an undefined distribution throughout the other seasons. The fly S. tricuspis was also one of the most relevant agents in this study (N: 8,3% (13/156) and C: 13,8% (80/580)) and was mostly observed in samples collected during summer and autumn, with a residual number of cases from samples collected in spring, in the Center region. The bacterium, P. larvae and the fungus A. apis were only identified in samples from the Center, collected during spring, and both agents exhibited the same value of prevalence, approximately 0,2% (1/580 and 1/580). We found a statistically significant relation between Nosema spp. and V. destructor in both regions, and a statistic association between S. tricuspis and V. destructor in the Center region. The characterization of the performance of these agents in different regional contexts represents an important step in the establishment of health plans and control measures adapted to the reality of each region.
N/A

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Cejudo, Mendóza Miguel Moises. "Caracterización patogénica de aislados de Escherichia coli rojo congo positivos obtenidos de aves ligeras." Tesis de Licenciatura, Universidad Autonoma del Estado de México, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11799/94369.

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Abstract:

En el presente estudio se evaluó la capacidad patogénica de 5 aislados de Escherichia coli rojo congo positivos y 5 rojo congo negativos obtenidos de aves ligeras aparentemente sanas de 1-5 días de edad, con la finalidad de establecer la probable relación entre el fenotipo rojo congo positivo y el carácter patogénico de dichos aislados, para ello se desafiaron aves ligeras inoculándolas con los aislados mencionados. Se formaron 12 grupos de aves, con 15 individuos cada grupo, manteniéndolos separados con alimento comercial sin antibióticos y agua a libre acceso. Los grupos se identificaron con letras mayúsculas de la A a la L. Los 5 aislados de E. coli rojo congo positivos se inocularon en los grupos de la A a la E, mientras los 5 aislados de E. coli rojo congo negativos fueron inoculados en los grupos de la F a la J. El grupo K se inoculó con la cepa de referencia ATCC 8739 APEC y se utilizó como grupo control positivo. El grupo L inoculado con caldo de soya tripticasa estéril se utilizó como grupo control negativo (Tabla 1). Los 10 aislados de E. coli a probar y la cepa de referencia ATCC 8739 fueron propagados en caldo de soya tripticasa para la obtención de los inóculos de desafío. El título aproximado de los inóculos fue de 1x107 UFC/ml. A las 10 semanas de edad las aves fueron desafiadas con los 10 aislados y la cepa ATCC 8739 por vía endotraqueal. La dosis de desafío fue de 0.2 ml de inoculo/ave. El grupo control negativo fue inoculado similarmente con caldo de soya tripticasa estéril, a razón de 0.2 ml de caldo/ave. Las aves desafiadas fueron observadas diariamente durante 3 días post-inoculación para registrar signos, mortalidad o cambios en el comportamiento. Ningún ave presentó signos ni murió durante estos 3 días, cumpliéndose el tiempo de observación las aves fueron sacrificadas humanitariamente, practicándose la necropsia para observar lesiones. Todos los aislados y la cepa de referencia produjeron lesiones compatibles con colisepticemia. Las lesiones observadas fueron aerosaculitis, peritonitis, neumonia fibrinopurulenta, edema y congestión pulmonar (Tabla 2). Para el re-aislamiento bacteriológico se tomaron muestras de hígado y pulmón de todas las aves inoculadas. Se obtuvieron aislados de E. coli en cultivo puro a partir de hígado y pulmón de los grupos inoculados con los aislados de prueba, tanto de los aislados rojo congo positivos, rojo congo negativos y del grupo control positivo. Del grupo control negativo no se observaron lesiones, y no se obtuvieron aislados de E. coli de hígado y pulmón. El análisis estadístico nos indica que no existen diferencias de patogenicidad entre los aislados rojo congo positivos, rojo congo negativos y la cepa de referencia. Todos los aislados y la cepa de referencia produjeron lesiones de colibacilosis con valores similares y fueron recuperados de hígado y pulmón (gráficas 6, 7, 8, 9, 10, 11 y 12). En este trabajo el fenotipo rojo congo positivo no estuvo relacionado con la patogenicidad de aislados de E. coli aviares.

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Monteiro, Pedro Emanuel de Oliveira. "Deciphering Pinus-Fusarium circinatum interaction in Pinus species with different degrees of susceptibility." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2017. http://hdl.handle.net/10773/22746.

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Abstract:

Mestrado em Bioquímica
A doença do cancro resinoso do pinheiro é causada por um agente patogénico - Fusarium circinatum, que afeta o género Pinus e também a espécie Pseudotsuga menziesii. Desde a sua descoberta em 1946, nos Estados Unidos da América, que a doença se tem dissipado pelo mundo provocando elevadas perdas económicas. Os sintomas característicos da doença são a descoloração, murchidão e queda das agulhas, o tombamento do ápice e a formação de cancros com exsudação visível de resina. Apesar das medidas de controlo aplicadas nos viveiros e plantações, ainda não existe um método eficaz para o controlo da doença sendo a seleção de material vegetal mais tolerante a ferramenta mais recomendada. Para tal, é crucial entender o mecanismo de infeção deste agente patogénico. Neste trabalho foram utilizadas três espécies de pinheiro, com diferentes graus de suscetibilidade - P. radiata, P. pinaster e P. pinea. Depois de 30 dias de aclimatização em câmara climática as plantas foram artificialmente inoculadas no caule com uma suspensão de esporos de F. circinatum. Para cada espécie foi implementado um grupo controlo (não inoculado). A amostragem foi realizada quando 50% dos indivíduos de um tratamento de cada espécie mostrou os sintomas característicos da doença – descoloração das agulhas, tombamento do ápice - tendo-se avaliado os seguintes parâmetros fisiológicos e bioquímicos: sobrevivência da planta, necrose relativa, trocas gasosas, relações hídricas, libertação de eletrólitos, pigmentos, prolina, açúcares solúveis totais e amido. Foram ainda realizados cortes histológicos para comparação anatómica do caule entre plantas controlo das três espécies. Após a infeção com F. circinatum, P. radiata foi a primeira espécie a mostrar sintomas – descoloração das acículas e tombamento do ápice, após 10 dias após inoculação, seguindo-se P. pinaster (17 dias) e por fim P. pinea (64 dias), onde apenas foi possível observar maior exsudação de resina e ramos laterais secos perto do ponto de inoculação. A inoculação com F. circinatum causou o aumento dos valores de necrose relativa em P. radiata e P. pinaster acompanhado com um aumento dos valores de libertação de eletrólitos. Em P. pinea não foram observadas estas alterações. Foi possível observar a resposta da planta a F. circinatum no que se refere ao seu impacto nas relações hídricas em P. radiata e P. pinaster através da diminuição do potencial hídrico e uma diminuição significativa no conteúdo relativo em água nesta ultima espécie, sem alterações em P. pinea. A prolina também teve um aumento significativo em P. pinaster. Nas espécies mais suscetíveis, P. radiata e P. pinaster, as trocas gasosas foram severamente afetadas ocorrendo um decréscimo na taxa de assimilação de CO2, condutância estomática, transpiração e eficiência no uso de água, inversamente à concentração interna de CO2 que registou um aumento. Observou-se um aumento das antocianinas, com maior incidência em P. pinaster e P. pinea. As diferenças a nível anatómico entre as três espécies estudadas, principalmente na espessura do córtex e no número de canais resiníferos, podem ser parte da explicação da tolerância encontrada em P. pinea. Os resultados apontam para uma maior plasticidade no ajuste osmótico em P. pinaster comparativamente a P. radiata que suporta o atraso verificado no aparecimento de sintomas apesar da maior proporção de necrose relativa observada. Com este estudo foi possível confirmar que a infeção com F. circinatum leva a uma resposta diferencial nas três espécies em estudo não só em termos temporais como aparentemente nos mecanismos de resposta que lhe estão associados.
Pitch canker disease (PCD) is caused by a pathogen – Fusarium circinatum, which affects Pinus genus and also the species Pseudotsuga menziesii. Since its first report in 1946, in the United States of America, the disease has spread worldwide provoking severe economic losses. The characteristic symptoms of the disease are the wilting and discoloration of the needles, that end up falling down, the tip dieback of the branches, and the formation or large cankers with visible resin exudation. Despite the control measures applied in nurseries and plantations, there is still no effective method for disease control, being the selection of tolerant plant material the most recommended tool. To do this, it is crucial to understand the pathogen infection mechanism. In this work three pine species with different degrees of susceptibility - P. radiata, P. pinaster and P. pinea, were used. After 30 days of an acclimatization period in a climatic chamber, plants were artificially inoculated in stems with a spore suspension of F. circinatum. A control group (not inoculated) was also implemented. Sampling was performed when 50% of the individuals of a treatment within each species showed the characteristic symptoms of the disease - needles discolouration, tip dieback - and the following physiological and biochemical parameters were evaluated: plant survival, relative necrosis, leaf-gas exchanges, water relations, electrolyte release, pigments, proline, total soluble sugars and starch. Histological sections were also performed between for comparison of control plants between the three species. After infection with F. circinatum, P. radiata was the first species to show symptoms, after 10 days-post-inoculation, followed by P. pinaster (17 days) and finally P. pinea (64 days), where it was only possible to observe a higher resin exudation and discoloured lateral branches near the inoculation point. The inoculation with F. circinatum caused the increase of the relative necrosis values in P. radiata and P. pinaster, where it was also possible to observe an increase on the values of electrolyte leakage. These changes were not observed in P. pinea. It was possible to observe the plants’ response to F. circinatum infection regarding its impact on the plant-water relations in P. radiata and P. pinaster through a decreased water potential and a significant decrease in relative water content in this last species, without changes in P. pinea. Proline also had a significant increase in P. pinaster. In the most susceptible species, P. radiata and P. pinaster, leaf-gas exchanges parameters were severely affected, with a decrease of net CO2 assimilation rate, stomatal conductance, transpiration and water-use efficiency, inversely to internal CO2 concentration, which increased. An increase in anthocyanins was observed, with a higher incidence in P. pinaster and P. pinea. The anatomical differences between the three species studied, mainly in the thickness of the cortex and in the number of resin ducts, may be part of the explanation of the tolerance found in P. pinea. The results point to a greater plasticity in the osmotic adjustment in P. pinaster compared to P. radiata that supports the delay observed in the symptoms appearance despite the higher relative necrosis observed. With this study it was possible to confirm that the infection with F. circinatum leads to a differential response in the three species used, not only temporally related but also in the response mechanisms associated.

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Lobão, Francisco José Barros. "Valor do MALDI-TOF no diagnóstico bacteriológico na fibrose quística." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2014. http://hdl.handle.net/10773/13870.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
A fibrose quística é a doença hereditária autossómica recessiva frequentemente associada à raça caucasiana. Atualmente, a principal causa de morbilidade e mortalidade é o declínio gradual da função pulmonar devido à colonização crónica por diversas bactérias e fungos, onde os bacilos Gram negativo não fermentadores têm um papel fundamental. O objetivo deste trabalho é comparar duas tecnologias diferentes de identificação bacteriana, na sua capacidade de fornecer uma identificação o mais completa e fidedigna possível, dos bacilos de Gram negativo não fermentadores, em doentes com fibrose quística. Dentro deste objetivo, pretendia-se avaliar o impacto e possível introdução da tecnologia MALDI-TOF MS na rotina de um grande hospital. Para isso, foi realizada uma recolha de dados dos resultados bacteriológicos das amostras respiratórias de 85 doentes com fibrose quística do Centro Hospitalar de São João, EPE. De janeiro de 2002 a 28 de fevereiro de 2013 foram analisados os microrganismos isolados em 1000 amostras, utilizando o VITEK® 2, onde 77,5% dos isolamentos foram identificados ao nível da espécie, 12% ao nível do complexo e 6,7% ao nível do género, não tendo identificado a bactéria em 3,8%. Entre 01 de março de 2013 e 08 de agosto de 2014 foram analisadas 175 amostras usando o VITEK® MS, obtendo uma identificação ao nível da espécie em 73,1% das vezes, 6,3% ao nível do complexo e 20,6% ao nível do género. Assim, é possível concluir que a introdução da tecnologia MALDI-TOF MS permitiu um melhoramento na identificação bacteriana, com a vantagem de fornecer uma identificação fidedigna em apenas alguns minutos e utilizando uma pequena quantidade de inóculo. No entanto, constatou-se que há necessidade de melhorar a base de dados para alguns géneros de bacilos Gram negativo não fermentadores, de forma a possibilitar uma identificação ainda mais eficaz.
Cystic fibrosis is the most frequent autossomic recessive hereditary disease in Caucasian race. Gradual decline of pulmonary function originated by chronic bacteria and fungi colonization is the leading cause of morbidity and mortality in cystic fibrosis and non-fermenters bacilli have a fundamental role in the colonization. The objective of this work is compare two different bacteria identification technologies through the ability to provide the most complete and reliable identification possible of non-fermenters Gram negative bacilli in cystic fibrosis patients. Within this aim, the intention was evaluate the impact and possible introduction of MALDI-TOF MS technology in the routine of a large hospital. To achieve that goal, a data collection of bacteriological results from respiratory samples of 85 cystic fibrosis patients from Centro Hospitalar de São João, EPE was performed. Between January 02 2002 and February 28 2013, microorganisms isolated in 1000 samples were analysed using VITEK® 2, which identified at species level in 77.5%, 12% at complex level and 6.7% at genus level, and in 3.8% of cases no identification was made. Between March 01 2013 and August 08 2014 have been analysed 175 samples using VITEK® MS and it proceed the identification at species level in 73.1%, 6.3% at complex level and 20.6% at genus level. Thus, it is possible to conclude that MALDI-TOF MS technology has enabled an improvement in bacterial identification, taking the advantage of providing an identification in just a few minutes. However, it is necessary to improve the database for some genera of non-fermenters Gram negative bacilli, in order to permit a more efficient identification.

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ROCHA, Diara Kady Monteiro Vieira Lopes. "Plantas medicinais tropicais e mediterrânicas compropriedades biocidas no controlo de insetos vetores de agentes patogénicos." Doctoral thesis, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, 2013. http://hdl.handle.net/10362/19311.

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Abstract:

As parasitoses e as arboviroses têm um impacto social e económico considerável, em particular nos países tropicais e subtropicais. Problemas financeiros e de gestão, assim como as alterações ambientais, a resistência dos vetores aos inseticidas e dos agentes patogénicos aos fármacos, o aumento e respetiva mobilidade da população humana contribuíram não só para o incremento da prevalência de doenças transmitidas por vetores, como também para a sua emergência ou reemergência em novas regiões. O progressivo aumento de resistências nos insetos vetores tem levado à restrição progressiva da aplicação de inseticidas químicos e/ou à introdução de novos compostos sintéticos. O presente estudo surgiu da necessidade de desenvolver novas medidas de controlo vetorial, mais seguras para o ambiente, e consistiu na avaliação das propriedades biocidas de plantas medicinais tropicais e mediterrânicas, (Sambucus nigra, Melia azedarach, Azadirachta indica, Foeniculum vulgare e Mentha pulegium), bem como na avaliação da sua utilidade no controlo dos culicídeos vetores de agentes patogénicos da malária e arboviroses, nomeadamente, Anopheles arabiensis e Aedes aegypti, em Cabo Verde. Este trabalho englobou um conjunto de ações, nomeadamente a colheita, o processamento e o rastreio sobre alvos biológicos, de extratos vegetais e óleos essenciais (OE). Foram realizados extratos brutos de folhas de S. nigra, M. azedarach e A. indica com solventes de diferentes polaridades. Estes extratos foram posteriormente analisados por Cromatografia em Camada Fina e fracionados por Cromatografia em Coluna. Os OEs de M. pulegium e de F. vulgare, obtidos por hidrodestilação das partes aéreas ou por via comercial foram caraterizados qualitativamente e quantitativamente por Cromatografia Gasosa e Espetrometria de Massa e confirmada a identificação dos seus constituintes por Ressonância Magnética Nuclear. Os bioensaios inseticidas foram efetuados de acordo com os testes padronizados da Organização Mundial de Saúde. Os resultados foram analisados estatisticamente com recurso aos programas Microsoft Excel ® 2010 e SPSS® para Windows e aos testes estatísticos considerados relevantes. Quanto às três primeiras plantas referidas apenas o extrato de S. nigra revelou atividade em larvas do 3º estádio de Ae. aegypti. Estas são também mais suscetíveis ao OE de F. vulgare (amostras de Cabo Verde e Portugal respetivamente CL50= 23,3 e 28,2 μlL-1) comparativamente ao óleo de M. pulegium (amostras de Cabo Verde e Portugal respetivamente CL50= 136,1 e 107,3 μlL-1). Embora não se tenham registado diferenças altamente significativas entre as plantas em estudo, é de salientar que as concentrações necessárias para eliminar 50, 90 e 99% da população são menores quando se aplica o OE de F. vulgare. Quanto ao An. arabiensis optou-se por avaliar apenas o OE de F. vulgare, não tendo sido observadas diferenças significativas comparativamente a Ae. aegypti. Os resultados de bioensaios com os compostos ativos de ambas as espécies vegetais evidenciaram a existência de efeitos sinergistas. Os adultos demonstraram maior sensibilidade ao OE de F. vulgare de Cabo Verde. Este estudo permitiu uma caraterização química e avaliação de atividade de plantas de regiões geográficas que ainda não tinham sido estudadas com resultados bastante promissores.
Parasitoses and arboviroseshave a considerable economic and social impact, particularly in tropical and subtropical countries. Financial and management problems, as well as environmental changes, vectors resistance to insecticides and of pathogens to drugs, the crescent density of human population and of their mobility, contributed not only to increase the prevalence of vector-borne diseases, but also to their reemergence or emergence in new regions. The progressive increase of insects’ resistance to known insecticides has led to the progressive restriction of the application of chemical insecticides and/or the introduction of new synthetic compounds.The present study arose from the need of developing new vector control measures, environmentally safe, and consists on the evaluation of biocidal properties of medicinal tropical and Mediterranean plants (Sambucus nigra, Melia azedarach, Azadirachta indica, Foeniculum vulgareand Mentha pulegium) and on their quantification, on mosquitoes vectors of pathogens causing malaria and arboviruses, namely Aedes aegyptiand Anopheles arabiensisfrom Cape Verde.A set of actions are included in this work, like the harvesting, processing and screening of plant extracts and essential oils (EO) on biological targets. Crude extracts from leaves of S. nigra,M. azedarachand A. indicawere performed with solvents with different polarities. These extractswere subsequently analyzed by Thin Layer Chromatography and fractionated by Column Chromatography. The EOs of M. pulegiumand F. vulgare, obtained by steam distillation of leaves and the aerial parts were characterized qualitatively and quantitatively by Gas Chromatography and Mass Spectrometry and confirmed by identification of its constituents by Nuclear Magnetic Ressonance.Insecticide bioassays were conducted according to standardized tests of the World Health Organization. The results were statistically analyzed using the program Microsoft Excel 2010 and SPSS ® for Windows ® and the statistical tests considered relevant.From the first threeplants mentioned only the S. nigraextracts showed activity against the 3rd stage larvae of Ae. aegypti. These larvae were also more susceptible to EO of F. vulgare(samples from Cape Verde and Portugal respectively LC50 = 23.3 and 28.2 μlL-1) than those of M. pulegium(samples from Cape Verde and Portugal having LC50= 136.1 and 107.3 l μlL-1, respectively). Although there were no significant differences between the plants studied, it was noted that concentrations required to eliminate 50, 90and 99% of the larvae populations are lower when applying the EOof F. vulgare. For Anopheles arabiensiswe choose to evaluate only the EO of F. vulgare, and no significant differences were observed between these results and those obtained against Ae. aegypti. The results of the bioassay with the active compounds isolated from M. pulegiumand F. vulgareevidenced the existence of synergistic effects. Adults showed greater sensitivity to OE F. vulgarefrom Cape Verde. This study allowed the chemical characterization and activity assessment of plants from two different geographic regions that were not studied before with highly promising results.

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Bastos, Sandra Daniela Vieira. "Máquinas automáticas dispensadoras de bebidas quentes : inspeção e avaliação da presença de microrganismos potencialmente patogénicos." Master's thesis, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária, 2021. http://hdl.handle.net/10400.5/21662.

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Abstract:

Dissertação de Mestrado em Segurança Alimentar
RESUMO - Estima-se que 600 milhões de pessoas adoecem depois da ingestão de alimentos contaminados, resultando em mais de 420 mil mortes. Na indústria do vending, conhecem-se poucos surtos de toxinfeção alimentar associados à utilização das máquinas dispensadoras de bebidas quentes, mas tendo em conta o aumento da procura deste tipo de serviços e a especificidade dos equipamentos, são prementes estudos adicionais. Neste contexto, os objetivos principais do presente estudo foram realizar a inspeção de 19 máquinas dispensadoras de bebidas quentes de acordo com uma check list previamente definida e pesquisar a ocorrência de microrganismos potencialmente patogénicos e/ou deteriorantes. Em paralelo, foram recolhidas amostras de superfícies e consumíveis, tendo sido pesquisados fungos, bactérias Gram-positivas como, Bacillus cereus, Enterococcus spp. e Staphylococcus spp., e Gram-negativas, Escherichia coli e Pseudomonas spp. Alguns dos microrganismos recolhidos foram ainda avaliados quanto à sua capacidade de produzir biofilme, resistência a antibióticos e atividade hemolítica, de forma a inferir acerca do seu potencial patogénico. As inspeções revelaram baixa incidência de “não conformidades”, e o ponto mais referenciado (15,7%) foi sujidades no balde e tabuleiro de resíduos). A análise microbiana revelou a predominância de bolores e leveduras nas amostras em estudo. Pseudomonas spp., apesar de menos frequentes, atingiram as maiores contagens (105UFC/cm2) e 7,9% das amostras de superfícies, obteve valores acima do limite legal estabelecido para estafilococos coagulase positivos. Uma das amostras de água, revelou possuir Enterococcus spp., resultado considerado insatisfatório, do ponto de vista legal. Verificou-se ainda que os microrganismos em estudo têm diferentes níveis de potencial de patogenicidade, com Pseudomonas spp. a destacarem-se dentro do grupo analisado, pela elevada produção de biofilme e resistência a antibióticos como imipenem (75%) e aztreonam (100%). Em conclusão, ficou demonstrado que apesar de não existir correlação entre a percentagem de “não conformidades” e a presença de microrganismos, a ampla disseminação de bolores e leveduras indica falhas no processo de higienização. A presença de Pseudomonas spp., com capacidade de formar biofilmes, associadas a um fenótipo de resistência a antibióticos clinicamente importantes é um dado preocupante. Adicionalmente, tendo em conta os resultados obtidos e o escasso número de estudos nesta área do conhecimento, recomenda-se a continuação destas análises, de forma a garantir a segurança do consumidor de bebidas dispensadas por este tipo de equipamento.
ABSTRACT - Hot beverage dispensing machines : inspection, microbial isolation and evaluation of pathogenicity potencial - An estimated 600 million people fall ill after eating contaminated food, resulting in more than 420.000 deaths. In the vending industry, there are few outbreaks of foodborne illness associated with the use of hot beverages machines but given the increase demand for this type of services and the specificity of the equipment, more studies are needed. In this context, the main objectives of the present study were to inspect 19 hot beverage dispensing machines, according to a previously defined check list, and investigate the occurrence of potentially pathogenic and/or deteriorating microorganisms. In parallel, samples of surfaces and consumables were collected. The presence of fungi, Gram positive bacteria such as Bacillus cereus, Enterococcus spp. and Staphylococcus spp. and Gram negative, Escherichia coli, and Pseudomonas spp., was assessed. Some of the microorganisms collected were also evaluated for their ability to produce biofilm, antibiotic resistance, and hemolytic activity, to infer on their pathogenicity potencial. Inspections revealed a low incidence of "non-conformities", with point 8 (bucket and waste tray), as the most referred (15.7%). Microbial analysis revealed the predominance of molds and yeasts in the samples under study. Pseudomonas spp., although less frequent, reached the highest counts (10 5CFU/cm2) and 7.9% of surface samples exceeded the established legal limit concerning coagulase positive staphylococci. One of the water samples revealed Enterococcus spp., an unsatisfactory result, from the legal point of view. It was also verified that the microorganisms under study possess different levels of pathogenicity potential, with Pseudomonas spp. standing out within the analyzed group, due to the high production of biofilm and antibiotic resistance to aztreonam (100%) and imipenem (75%). In conclusion, it was demonstrated that although no correlation could be found between the percentage of "nonconformities" and the presence of microorganisms, the wide spread of molds and yeasts indicates flaws in the hygiene process. The presence of Pseudomonas spp., with the ability to form biofilms, associated with a phenotype of resistance to clinically important antibiotics is a worrisome fact. Considering the results obtained and the small number of studies in this area of knowledge, it is recommended that these analyses should continue to ensure the safety of consumers of beverages dispensed by this type of equipment.
N/A

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Oliveira, Helena Cristina Correia de. "Estudo bioquímico de videiras (Vitis vinifera L.) cultivadas in vitro em ambiente salino e infectadas com Phaeomoniella chlamydospora." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2002. http://hdl.handle.net/10773/21837.

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Abstract:

Mestrado em Ciências das Zonas Costeiras
Vários fungos têm sido associados à esca das videiras. Phaeomoniella chlamydospora é um dos fungos frequentemente isolado de videiras com sintomas desta doença. Por outro lado, em várias regiões do país a videira é cultivada em solos com valores de salinidade acima do normal. Assim, neste trabalho pretendeu-se estudar o efeito da salinidade com NaCl (20 e 100 mM) e da infecção com P. chlamydospora em plantas de Vitis vinifera L. cv. Baga. Com vista a minimizar a influência de outros microrganismos utilizaram-se neste estudo plantas in vitro. As plantas axénicas foram inoculadas com suspensão de esporos de P. chlamydospora e colocadas em meio MS modificado, ao qual se adicionou 0, 20 e 100 mM de NaCl. As plantas foram mantidas nestas condições durante 30 dias, em sala de cultura de tecidos, com temperatura e fotoperíodo controlados. A análise dos efeitos da salinidade e da infecção nas plantas incluiu o estudo de taxas de crescimento e um conjunto de parâmetros normalmente utilizados como indicadores de senescência: conteúdo clorofilino, eficiência fotossintética, conteúdo hídrico, permeabilidade membranar, integridade membranar e osmolalidade dos tecidos. Avaliou-se ainda o efeito da salinidade e da infecção na acumulação de elementos inorgânicos em vários orgãos das plantas. Finalmente, foi efectuado um estudo ao nível das alterações na composição em açúcares das paredes celulares. Observou-se que a exposição a 100 mM de NaCl durante 30 dias diminuiu o comprimento da porção aérea, o peso fresco, o teor em matéria orgânica, alguns parâmetros associados ao crescimento (RGR, LAR e SLA) e a área foliar. A infecção com P. chlamydospora durante o mesmo período reduziu o crescimento da porção aérea, o peso fresco e o conteúdo hídrico das plantas e alguns parâmetros associados ao crescimento, como o RGR, o NAR, o LAR e SLA. O cloreto de sódio em concentrações elevadas (100 mM) induziu senescência em Vitis vinifera L. cv. Baga, pois reduziu o conteúdo e a fluorescência das clorofilas e aumentou a degradação membranar. A infecção com P. chlamydospora induziu o mesmo tipo de comportamento. O excesso de NaCl levou ao aumento da acumulação de Na em toda a planta, independentemente desta estar ou não infectada. Por outro lado, o excesso deste sal levou à diminuição dos níveis de Ca no caule, K e Zn na raiz e no caule, e P na folha, no final do tratamento. A infecção com P. chlamydospora levou à redução generalizada da acumulação de K, Mg e Zn no final do tratamento. As plantas infectadas apresentaram menor teor em Ca, P e Mn na folha e no caule e em Fe na folha e na raiz, do que as plantas não infectadas. A análise da composição do AIR de folhas, caules e raízes de Vitis vinifera L. cv. Baga por GC e FT-IR revelou que as paredes celulares das folhas são ricas sobretudo em ácidos urónicos, enquanto que as paredes celulares dos caules e raízes são ricas sobretudo em xilose e glucose. As raízes apresentam o maior conteúdo em arabinose. A infecção com P. chlamydospora, assim como a salinidade (100 mM de NaCl) provocaram uma redução do conteúdo em ácidos urónicos e um aumento do conteúdo em glucose nas folhas. O aumento do conteúdo em glucose foi relacionado com a acumulação de amido nas células.
Several fungi have been associated with esca of grapevine. It has been found that Phaeomoniella chlamydospora is one of the fungi involved in the disease. On the other hand, there have been reported increasing problems of salinity in some soils in Portugal where grapevine is cultivated. The aim of this work was to study the effect of NaCl stress (20 and 100 mM) and Phaeomoniella chlamydospora infection in Vitis vinifera L. cv. Baga. In order to minimize the influence of other microorganisms in the plant response, in vitro plants were used in this assay. Axenic grapevine plants (Vitis vinifera L.) cv. Baga were inoculated with a suspension of conidia of P. chlamydospora and placed on modified MS medium supplied with 0, 20 and 100 mM NaCl. These plants were maintained in a tissue culture room with controlled temperature and photoperiod for 30 days. The evaluation of salinity and infection effects was done by comparing growth rates and by some parameters usually associated with senescence like chlorophyll content, photosynthetic efficiency, water content, membrane permeability, membrane integrity and tissue osmolality. It was also analysed the effect of salinity and infection in nutrient accumulation in several plant organs. Finally, it was analysed the effect of salinity and infection in cell wall sugar composition. A month exposure to high concentrations of NaCl (100 mM) reduced shoot length and organic matter content, plant fresh weight, leaf area, and some parameters associated with growth (RGR, LAR and SLA). Infection with P. chlamydospora for the same period reduced shoot length, plant fresh weight and water content. High concentrations of sodium chloride (100 mM) induced senescence in Vitis vinifera L. cv. Baga, because it reduced chlorophyll content, chlorophyll fluorescence and increased membrane degradation. The same behaviour was observed by infection with P. chlamydospora. NaCl stress increased Na accumulation in plants. Infection didn’t affect Na accumulation. Plants exposed to NaCl stress suffered a decrease in Ca levels in stems and K and Zn levels in roots and stems and P levels in leaves after 30 days of treatment. Infection with P. chlamydospora reduced K, Mg and Zn contents at the end of treatment. Infected plants showed a lower content in Ca, P and Mn in leaves and stems and Fe in leaves and roots. Cell wall composition analysis of leaves, stems and roots of Vitis vinifera L. cv. Baga by GC and FT-IR showed that leaves had a higher proportion of uronic acid, while roots and stems had a higher proportion of xylose and glucose. Roots were richer in arabinose than any other organ. Plant infection with P. chlamydospora and NaCl stress reduced uronic acid and increased glucose content in leaves. This glucose increase was related with starch accumulation.

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Pena, Aldina Maria Rodrigues. "Epidemiologia de matalo-ß-lactamases em isolados clínicos de Pseudomonas aeruginosa resistentes ao imipenemo." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2006. http://hdl.handle.net/10773/714.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia Molecular
Pseudomonas aeruginosa é um patogénico humano oportunista responsável por infecções nosocomiais, particularmente em doentes imunocomprometidos. Os carbapenemos são agentes antimicrobianos frequentemente utilizados no tratamento de infecções provocadas por P. aeruginosa. Contudo, nesta espécie, tem-se verificado um aumento de estirpes resistentes a estes antibióticos. A produção de metalo-β-lactamases constitui um dos mecanismos de resistência emergente aos carbapenemos. As metalo-β-lactamases caracterizam-se pela eficiente capacidade de hidrolisar a maioria dos β-lactâmicos, especialmente os carbapenemos. A observação de isolados produtores das metalo-β-lactamases IMP e VIM tem aumentado por todo o mundo. A metalo-β-lactamase VIM é a mais frequente na Europa mediterrânica. Recentemente em P. aeruginosa foram descritas as metalo-β- lactamases SPM-1 no Brasil e GIM na Alemanha. Neste trabalho foram estudados 136 isolados clínicos resistentes ao imipenemo seleccionados a partir de 773 isolados de P. aeruginosa, colhidos durante dois anos (Abril de 2003 e Abril de 2005) no Centro Hospitalar de Coimbra. As susceptibilidades destes isolados resistentes ao imipenemo a outros antibióticos foram: meropenemo 20,3%, ceftazidima 56,7%, cefepima 49,6%, piperacilina/tazobactam 47,4%, aztreonamo 37,3%, amicacina 73,1% e ciprofloxacina 53,0%. O teste de sinergismo do duplo disco foi usado para triagem dos isolados clínicos resistentes ao imipenemo relativamente à presença de metalo-β-lactamases, observando-se que 40 (29,4%) isolados apresentaram teste fenotípico positivo. O gene blaVIM foi detectado em 26 isolados (19,1%). As metalo-β-lactamases IMP, SPM e GIM não foram detectadas. Por sequenciação verificou-se a presença de VIM-2 nestes 26 isolados. As CMIs dos isolados que apresentaram VIM-2 foram determinadas e os resultados revelaram que a piperacilina foi o antimicrobiano mais eficaz (84,6%) seguido do aztreonamo (76,9%), ceftazidima (53,8%) e meropenemo (20,3%). O gene blaVIM-2 é encontrado com uma certa frequência em cassetes genéticas inseridas em integrões de classe 1. Em três isolados blaVIM-2 positivos foram detectados estes integrões, verificando-se que o gene blaVIM-2 estava inserido nesses integrões de classe 1 conferindo-lhes potencial de disseminação. A tipagem por RAPD dos isolados blaVIM-2 positivos demonstrou 7 tipos de perfis (A a G), com predominância do perfil A que se encontrava disseminado por 5 Unidades Hospitalares, nomeadamente Medicina, Reanimação, Pneumologia, Neurocirurgia e Ortotraumatologia. ABSTRACT: Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic human pathogen and a leading cause of nosocomial infections, particularly in immunocompromised patients. Carbapenems are important therapeutic agents for the treatment of infection with multidrug-resistant Gram negative bacteria, such as P. aeruginosa. The production of metallo-β-lactamases is one of the emerging mechanisms of carbapenem resistance in P. aeruginosa. The metallo-β-lactamases confer efficient hydrolysis of almost all of β-lactam, especially carbapenems. Clinical isolates harbouring the metallo-β-lactamases IMP and VIM have been increasingly reported worldwide, and VIM has been reported especially in Mediterranean Europe. Recently, in P. aeruginosa another two metallo-β- lactamases have been described: SPM-1 in Brazil and GIM in Germany. For this work, 773 clinical isolates of P. aeruginosa were collected in Centro Hospitalar of Coimbra, during two years (April 2003 to April 2005). From these, 136 (17.6%) isolates were selected because they were resistant to imipenem. The susceptibilities to others antibiotics of imipenem resistant isolates were: meropenem 20.3%, ceftazidime 56.7%, cefepime 49.6%, piperacillin plus tazobactam 47.4%, aztreonam 37.3%, amikacin 73.1% and ciprofloxacin 53.0%. Clinical isolates of P. aeruginosa imipenem resistant were initially screened for the presence of metallo-β-lactamases by a double-disk synergy test. Forty (29.4%) isolates had positive phenotypic screening tests. Twenty-six isolates (19.1%) demonstrated the presence of blaVIM. The others metallo-β- lactamases tested were negative. Sequencing demonstrated the presence of VIM-2 enzyme in these 26 isolates. Among these strains that harboured VIM-2, MICs were determined and the results revealed that piperacillin inhibited 84.6% followed by aztreonam 76.9%, ceftazidime 53.8% and meropenem 20.3%.The blaVIM-2 gene is usually in a gene cassette integrated in class 1 integrons. In the isolates blaVIM-2 positives the class 1 integrons were detected in three isolates. In these isolates blaVIM-2 gene were inserted in class 1 integrons with the potencial to spread. RAPD typing of the isolates blaVIM-2 positives demonstrated seven distinct amplification patterns (A to G), with predominance of pattern A, that was disseminated in 5 wards, namely Medicine, Reanimation, Pneumonology, Neurosurgery and Orthotraumatology.

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Santarém, Nuno Pedro Moreira. "Captação de ferro por amastigotas de Leishmania infantum." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2006. http://hdl.handle.net/10773/765.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia Molecular
O ferro é um elemento essencial para quase todos os organismos, a Leishmania não é excepção. Pouco é conhecido sobre o metabolismo do ferro em Leishmania, especialmente no seu estadío intracelular, o amastigota. Por isso foram estudadas quais as fontes de ferro utilizáveis pela forma amastigota. Usando um meio pobre em ferro foi demonstrado que amastigotas axénicos de Leishmania infantum são capazes de adquirir ferro proveniente de diferentes fontes como a hemoglobina, a hemina, ferro associado a quelantes de baixo peso molecular e ferro iónico. Pelo contrário a ferritina, a lactoferrina e a transferrina não permitiram o crescimento parasitário. Foi também iniciado o estudo dos mecanismos de captação de ferro associados ás diferentes fontes utilizáveis. Resultados preliminares sugerem a aquisição de ferro a partir da hemina e da hemoglobina mediante receptores específicos ou então, no caso do ferro iónico e do ferro associado a nitrilotioacetato, mediante a acção de reductases ABSTRACT: Iron is an essential element for all living systems. Leishmania is no exception. Litle is known about iron metabolism in Leishmania, especially in the mammalian stage (the amastigote). For this reason we have started looking at the process of iron aquisition in amastigotes. Using an iron poor media we demonstrated that Leishmania infantum axenic amastigotes are able to acquire iron from different iron sources like haemogoblin, hemin and elemental iron either in the form of Fe2+ or Fe3+. This suggests a significant flexibility in the acquisition of this metal. In our assays neither ferritin, lactoferrin or transferrin induced significant growth. At present we are dissecting the mechanism of iron internalization from hemin and haemoglobin. Preliminary results suggest the uptake through specific receptors. Concerning ionic iron or iron associated with NTA our studies seam to indicate iron uptake through a reductase system.

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Cavaleiro, Eliana Marisa dos Santos. "Clonagem e expressão de uma potencial colagenase de Aeromonas hydrophila." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/787.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
Aeromonas hydrophila é uma bactéria Gram-negativa que causa septicemia quer em peixes quer em humanos. Os principais patologias associados a infecções por Aeromonas são gastroenterites, infecção de feridas e doença sistémica. A patogenecidade deste organismo é multifactorial, possuindo factores na camada superficial proteica (camada S), diversos produtos extracelulares incluindo proteases, hemolisinas e enterotoxinas incluindo a acetilcolinesterase que contribui, significativamente, para a larga distribuição e versátil adaptabilidade a alterações ambientais. As proteases com actividade gelatinolítica possuem também a capacidade de hidrolisar outras proteínas importantes, como o colagénio, contribuindo desta forma para a invasão dos tecidos. Contudo, o papel destes factores na patógenese ainda se encontra por esclarecer. Após um estudo in silico, foi identificada no genoma completo de A. hydrophila ATCC 7966T, uma região codificante AHA_0517. Esta região possui uma elevada similaridade com sequências codificantes para membros da família das colagenases. Seguidamente, foi detectada actividade colagenolítica associada à células usando o péptido sintético 2-furanacryloyl-Leu-Gly-Pro-Ala (FALGPA). No presente trabalho foi descrita a clonagem e expressão desta potencial colagenase em Escherichia coli. Após a amplificação por PCR, usando primers específicos, o gene AHA_0517 foi clonado num vector de expressão pET- 26b(+). A construção foi transformada num hospedeiro de expressão E. coli BL21(DE3) sob o controlo de um promotor reconhecido pela RNA polimerase do fago T7. Análise de restrição e sequenciação de DNA confirmou a construção. O gene AHA_0517 contém 2748 pares de bases, codifica uma proteína com 915 aminoácidos com um potencial péptido sinal. Os extractos celulares de E. coli recombinante exibiram actividade gelatinolítica e colagenolítica. Neste trabalho, foi estabelecido o protocolo para avaliação citotóxica, que permite avaliar o efeito de bactérias transformadas/proteína recombinante no crescimento e na viabilidade de células Vero. Os resultados obtidos sugerem que a expressão desta potencial colagenase pode ter um importante papel na virulência das Aeromonas. ABSTRACT: Aeromonas hydrophila is a ubiquitous Gram-negative bacterium that can cause septicaemia in both fish and humans. The main clinical symptoms associated with Aeromonas infection are gastroenteritis, wound infections, and systemic illness. The pathogenesis of the organism has been known to involve multiple factors like a surface array protein layer (S layer), several extracellular products including proteases, haemolysin, enterotoxins as well as acetycholinesterase which contribute significantly to their wide distribution and great adaptability to environmental changes. Proteases contributing to gelatinase activity can also hydrolyze other biologically important proteins such as collagen, contributing to cell invasion. Nevertheless the precise role of these factors in pathogenesis is still unclear. Following an in silico approach, it was found the AHA_0517 coding region in the complete genome sequence of A. hydrophila ATCC 7966T was detected and selected for further studies. This coding region shared high similarity values with sequences previously identified as codifying members of the enzyme/collagenase family. From this strain, it was also detected cell associated collagenase activity by using the synthetic peptide 2-furanacryloyl- Leu-Gly-Pro-Ala (FALGPA). In the present work we report the cloning and expression of this putative collagenase in Escherichia coli. After PCR amplification using specific primers, the AHA_0517 region was cloned in the expression vector pET-26b(+). The construction was transformed into the expression host E. coli BL21(DE3) under the control of T7 RNase promoter. Restriction analysis and DNA sequencing confirmed the construction. The AHA_0517 gene contained a 2748 bp ORF encoding a 915 amino acid protein with a putative signal sequence. Cell lysates from Escherichia coli exhibited detectable gelatinase and collagenase activities. In this work, the protocol for cytotoxicity examination was established, allowing the investigation of transformed bacteria/recombinant protein effect on growth and viability of Vero cells. Results obtained suggest that collagenase expression may play an important role in Aeromonas virulence.

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Prata, Ana Catarina Bispo. "Diagnóstico laboratorial de micoses humanas: métodos convencionais vs métodos moleculares." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2007. http://hdl.handle.net/10773/739.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
O número de pessoas com sistema imunitário deficiente tem vido a aumentar, e poderá continuar a aumentar nas próximas décadas, devido a inúmeros factores, nomeadamente os avanços na medicina, que permitem manter os doentes em estado mais debilitados. Estes indivíduos constituem uma população cwn um grande risco & contrair infecções fúngicas oportunistas. Por outro lado, as viagens para regi& onde os fungos são endémim são cada vez mais frequentes, contribuindo também para esse aumento. Toma-se então, cada vez mais imprescindível, proceder & forma correcta ao exame micologico de qualquer material biológico, identificar a espécie responsável pela infecção e também, encontrar novos fármacos, cada vez mais eficazes na sua cura. Este trabalho teve como objectivo principal a aquisição de conhecimentos acerca das tknicas laboratoriais mais adequadas para um correcto diagnóstico rnicdógico de infec@es fúngicas humanas, bem como o conhecimento das caracteristicas que permitem a identificação de cada espécie de fungo. Para tal, ao longo de um ano, foram analisadas amostras provenientes de doentes com diagnóstico clínico de micose, tanto de micoses superficiais, como tamb&m de subcutâneas e sistemicas ou profundas. Relativamente as micoses oportunistas que actualmente são uma importante causa de doenga na população portuguesa, foi feito o diagnóstico laboratot-ial de um elevado número de casos de candidose e criptococose, usando métodos tradicionais e moleculares. Foram comparados os resultados obtidos pelos dois métodos, tendo-se concluido que os segundos são mais eficazes na correcta identificagão das espécies. Apresentaram no entanto algumas limitações, no que se refere ao material e equipamento de laboratório necessário. Para as espécies do genero Candida foi também efectuado um teste de sensibilidade aos antifungicos fluconazol e voriconazol, tendo-se verificado elevada sensibilidade para ambos os fármacos e também que a maioria dos içdados que demonstraram resistência ao fluconazol mostraram-se sensíveis ao voriconazol. Relativamente ao diagnóstico de micoses subcutâneas e sisternicas, foram acompanhados dois casos positivos, um referente a um indivíduo africano do sexo masculino que apresentava uma lesão na face, devida a Conidjobolus coronatvs e um outro de uma infecção por Aiternaia alternata, também num indivíduo do sexo masculino. Foram realizados dois estudos epidemiologicos. Num estudou-se a ocoriencia de tinhas do couro cabeludo numa creche e jardimde-infância do baim da Cova da Moura, na Amadora, Lisboa, tendese verificado que estas infecções ainda podem constituir um problema de saúde pública, pela sua elevada transmissibilidade. Estudou-se também um caso de uma criança de 4 anos imunocompetente com uma possível infecção por Ciyptocoocus neoformans proveniente de pombos do ambiente, tendo-se concluído, após pesquisa, que os pombos existentes no ambiente circundante da casa onde a criança residia não eram portadores deste microrganismo. Concluiu-se com este trabalho que, e frequentemente necessário que se passe a realizar o diagnóstico micológico de infecções humanas, pois muitas delas devem ser sub-diagnosticadas por falta de conhecimento adequado. Por último, apesar de a tendência global ser para o uso exclusivo de técnicas mdecutares no diagnóstico microbiológico, estas não deveao ser usadas isoladamente das técnicas tradicionais, mas sim como técnicas complementares de diagnóstico pois verificou-se que, onde falham umas, respondem as outras. ABSTRACT: The nurnber of patients with an impaired immune system has increased, and may continue to increase in coming decades due to medicine advances. These individuais representa population with high nsk of opportunisüc fungal infections and it is likely that the number of infections will continue to increase over the next few years, since there are not vaccines yet, against these microorganisms. Furtherrnore, travels to regions where the fungí are endemic are increasingly frequent, also contributing to this increase. Therefore, it becomes essential to proceed to correct mycological examinatiori of any biological material, achieving identify the species responsible for the infection and also to find new dnigs, increasingly effective in curing these infections. This work aim was the acquisition of knowledge about the laboratory techniques used in the diagnosis of fungal infections in hurnan and the knowledge of the characteristics that allow the identification of each species of fungus. For that, over a year, have been analyzed samples from patients with clinical diagnosis of mywsis: superficial, subcutaneous and deep mycosis. For oppofiunistic mywses that currently are an important cause of disease in lhe Portuguese population, was made the laboratoiy diagnosis of a high nurnber of cases of candidose and criptomcose, using traditional and molecular methds. The results obtained by the Mo methods were compared and was concluded that the latter are more effective in the correct identification of species. They however show some limitations, with regard to material and laboratoiy equipment necessary. For species of the genus Candida was also camed out a test of sensitivity to anlfungal fluconazole and voriconazole and there have been high sensitivity to both drugs and also the majority of the isolates resistant to fluconazole, proved susceptible to voriconazole, For the diagnosis of systemic and subcutaneous mycoses were accompanierl two positive cases, one for an individual African male who had an injury on the face, due to Connidiobolus coronatus and another of an infection with Alternana alternata, also in a male. Two epiderniological studies were conducted. One to study the occurrence of tinea capitis in a nursery and kidgardener of the Bairro da Cova da Moura, in Amadora, Lisbon, and there have been demonstrated that these infections can still be a public health problem, with a great transmissibility. It was alço conducted a case of an imrnunocompetent 4 years old child possibly by Cryptococcus neoformans from pigeons of the environment, and was concluded, after research, that the existing pigeons on the roof and near ihe building where the child resided were not carriers of this microorganisrn. It is concluded from this work that, although the overall trend is for the exclusive use of molecular techniques in the microbiological diagnosis, they should not be used alone frorn traditional techniques, but as cornplementary techniques of diagnosis because it was found that, where fail one, the other work.

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Sousa, Inês Cátia Dinis de. "Description and characterization of a microsatellite locus in Candida IFF8 gene." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2007. http://hdl.handle.net/10773/744.

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Mestrado em Biologia Molecular e Celular
As leveduras do género Candida constituem um grupo muito diverso de fungos que inclui espécies comensais da microflora humana normal, podendo tornarse patogénicas em determinadas condições de imunodepressão do hospedeiro. Apesar de várias espécies do género Candida estarem associadas a infecções em humanos, o principal agente é C. albicans, responsável por diversas candidíases superficiais das mucosas mas também por infecções sistémicas denominadas candidémias. Uma vez que a patogenicidade e susceptibilidade a antifúngicos varia entre estirpes da mesma espécie, é crucial uma identificação rápida e fiável da estirpe causadora da infecção para que possa ser aplicado o tratamento mais adequado. O principal objectivo do presente trabalho consiste na descrição e caracterização de um novo microssatélite de C. albicans localizado no gene IFF8 e que codifica uma proteína semelhante a Hyr1, um componente da parede celular da forma de hifa de C. albicans. Para tal, utilizaram-se 78 isolados clínicos independentes provenientes de dois produtos biológicos, hemocultura e exsudados vaginais, e oriundos de pacientes internados em diversas instituições hospitalares. Foram identificados 16 alelos, com comprimentos entre 200 e 316 pares de bases, e 27 genótipos, o que resulta num poder de discriminação de cerca de 0.90. Foi ainda possível identificar genótipos específicos de isolados de hemoculturas, assim como de exsudados vaginais. Para determinar a origem da variabilidade alélica deste microssatélite a análise da estrutura dos diferentes alelos foi efectuada por sequenciação revelando a sua estrutura composta. Dada a localização deste microssatélite no gene IFF8 de C. albicans e uma vez que as proteínas GPI podem estar envolvidas na biossíntese e remodelação da parede celular, na adesão às células do hospedeiro e na virulência, a sua variabilidade poderá estar relacionada com o grau de virulência das estirpes em estudo. ABSTRACT: Yeasts of the genus Candida include a variety of human commensal species that may become pathogenic in immunocompromised hosts. The predominant causal agent of candidiasis is C. albicans, responsible for superficial infections and systemic life threatening conditions. Since pathogenicity and antifungal susceptibility often vary between strains, it is crucial to rapidly and accurately identify the strain causing infection so that tha adequate treatment could be selected. The aim of this work was to characterize a new microsatellite locus located inside IFF8 gene of C. albicans and coding for a GPI anchored protein similar to Hyr1 which is a cell wall component of the C. albicans hypha. Seventy eight independent C. albicans isolates from two biological products, blood cultures and vaginal exudates, and different health institutions were analysed. A total of 16 alleles, with lenghts varying between 200 and 316 bp were found and twenty seven genotypes were identified resulting in a discriminating power of 0.90. It was also possible to identify specific genotypes of blood culture isolates as well as specific of vaginal exudates isolates. Allele length variability was studied by sequence analysis showing that this is a compound microsatellite with a complex internal structure. Given the location of this microsatellite in C. albicans IFF8 gene and since GPI proteins may be involved in cell wall biosynthesis and remodelling, adhesion and virulence, its variability may be related to strain virulence.

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Eduardo, José Machado da Costa. "Caracterização genética de Giardia lamblia de origem humana e animal em Portugal." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/866.

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Abstract:

Mestrado em Micrbiologia Molecular e Celular
Giardia lamblia é um organismo protozoário capaz de infectar o tracto intestinal de diversas espécies de animais onde se incluem os mamíferos. A heterogeneidade genética de G. lamblia está devidamente comprovada mas o seu potencial zoonótico continua ainda por esclarecer. Neste trabalho, analisaram-se 68 amostras de DNA obtidas a partir de fezes de origem humana e canina, com o objectivo de identificar os assemblages/genótipos que circulam no nosso país. Os resultados obtidos mostraram que os isolados humanos correspondiam aos assemblages A ou B, enquanto que os isolados caninos pertenciam aos assemblages A, C ou D, tendo por base o estudo do locus do gene da β-giardina pelas técnicas de PCR-RFLP e sequenciação de DNA. As prevalências dos diferentes assemblages nas amostras humanas foram de 94,1 % (32/34) para o assemblage A e de 5,9 % (2/34) para o assemblage B, enquanto que nas amostras caninas foram de 67,7 % (21/31) para o assemblage A, 6,5 % (2/31) para o assemblage C e de 6,5 % (2/31) para o assemblage D. Foram ainda identificadas 2 amostras caninas coinfectadas com os assemblages A e C (6,5 %) e 4 amostras caninas coinfectadas com os assemblages A e D (12,9 %). De realçar a identificação de um isolado A2, normalmente associado aos humanos, numa amostra de origem canina. A análise filogenética revelou que os isolados do assemblage A provenientes de humanos e animais eram idênticos entre si. Estes dados sugerem que os cães podem desempenhar um papel importante em ciclos zoonóticos de transmissão do parasita. ABSTRACT: Giardia lamblia is a protozoan organism that can infect the intestinal tract of many animal species including mammals. Genetic heterogeneity of G. lamblia is well described but the zoonotic potential is still unclear. In this study, we analysed 68 DNA samples isolated from human and canine stool specimens, to get more insight in the different G. lamblia assemblages/genotypes present in our country. Results showed that the human isolates were divided into two main assemblages, A and B, while the canine isolates belonged to the assemblages A, C and D, on the basis of PCR-RFLP assays and DNA sequence analysis of the β-giardin gene. The prevalence of the different assemblages in the human samples was 94.1 % (32/34) for the assemblage A and 5.9 % (2/34) for the assemblage B, while in the canine samples was 67.7 % (21/31) for the assemblage A, 6.5 % (2/31) for the assemblage C and 6.5 % (2/31) for the assemblage D. We also identified 2 co-infections including the assemblages A and C (6.5 %) and 4 co-infections including the assemblages A and D (12.9 %) in dogs. An interesting finding was the identification of an A2 genotype, traditionally linked to human G. lamblia infections, in a dog sample. Phylogenetic analysis revealed a close relationship between human and animal assemblage A isolates. These findings suggest that dogs may play an important role in zoonotic transmission cycles of the parasite.

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Ferreira, José Alexandre Ribeiro de Castro. "Structural characterization of Helicobacter Pylori cell-surface lipopolysaccharides and exopolysaccharides." Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2010. http://hdl.handle.net/10773/3228.

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Ferreira, Helena Maria Teixeira dos Santos. "A importância das ectofosfatases na patogenicidade de Candida Albicans." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/8330.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
Os fungos s o ub quos no ambiente e fazem parte da flora humana. Muitos fungos do g nero Candida s o patog nicos oportunistas e causam infec es em indiv duos imunodeprimidos ou com altera es do sistema imunit rio. A gravidade da infec o determinada pela virul ncia do agente e pela sua capacidade de escapar s defesas imunit rias do hospedeiro. O incremento das infec es f ngicas nas ltimas d cadas levou a um aumento do interesse no estudo dos fungos. A candid ase a infec o f ngica mais frequente no homem sendo causada por fungos do g nero Candida. A Candida albicans um fungo polimorfico podendo apresentar-se sob a forma de levedura ou filamentosa com uma parede celular altamente organizada. Os factores de virul ncia mais importantes s o: a produ o de enzimas, a capacidade de ades o aos epit lios, a produ o de biofilmes e a resist ncia fagocitose. Pensa-se que a produ o de ectofosfatases tamb m um factor importante na instala o da infec o f ngica. Este trabalho teve como objectivo estudar a actividade de ectofosfatases em isolados cl nicos de C. albicans, “in vitro”, comparando a actividade intr nseca das ectofosfatases destas estirpes com o fen tipo invasivo, de acordo com o local de infec o (local ou sist mica). As estirpes foram seleccionadas a partir de uma colec o de estirpes patog nicas. Foram seleccionadas 33 estirpes de origens diversas: 13 de l quidos est reis (b lis, liquido peritoneal, pleural, abdominal, asc tico), 8 de sangue, 4 isolados de pontas de cateter, 3 de urina, 3 de exsudados vaginais e 2 de fezes. A actividade enzim tica foi quantificada em tr s condi es: 30 C e 37 C em meio YPD e a 37 C com o meio RPMI 1640 suplementado com 10% de soro fetal bovino inactivado, 23,8 mM de bicarbonato de s dio e 50 mM de glicose. A medi o da actividade enzim tica da ectofosfatase foi feita utilizando o m todo descrito por Kiffer-Moreira e colaboradores (2007), usando o Kit de quantifica o de fosfatases cidas (“Acid Phosphatase Assay Kit” - Sigma). Os valores m dios de actividade enzim tica obtidos em estirpes isoladas de sangue foram de 0,007 U/107cel. Em estirpes isoladas de outros locais de infec o o valor m dio foi de 0,002 U/107cel, este valor aumenta quando temos patologias oncol gicas associadas a baixa compet ncia imunit ria. Conclui-se que o valor de actividade das ectofosfatases est dependente das condi es de imunidade do hospedeiro e do local de instala o da infec o. Os valores mais elevados foram apresentados por estirpes isoladas a partir do sangue, em que os doentes apresentavam um sistema imunit rio deprimido, devido patologia de origem oncol gica.
Fungi are ubiquitous in the environment and are part of human flora. Many fungi of the genus Candida are opportunistic pathogens and cause infections in immunocompromised individuals or with altered immune system. The severity of infection is determined by the virulence of the agent and its ability to evade host immune defenses. The increase of fungal infections in recent decades has led to increased interest in the study of fungi. Candidiasis is the most common fungal infection in humans, being caused by fungi of the genus Candida. Candida albicans is a dimorphic fungus that can present itself in the form of yeast or filamentous with a cell wall highly organized. The most important virulence factors are: the production of enzymes, the ability to adhere to epithelia, the biofilm production and the resistance to phagocytosis. It is thought that the production of ectophosphatases is also an important factor in to setting up the fungal infection. This work aimed to study the activity of ectofosfatases in clinical isolates of C. albicans in vitro by comparing the intrinsic ectofosfatase activity of these strains with invasive phenotype, according to the site of infection (local or systemic). The 33 strains used in this study were selected from a collection of pathogenic strains: 13 from sterile fluids (bile, peritoneal fluid, pleural, abdominal and ascitic), 8 from blood, 4 from catheter tip, 3 from urine, 3 from vaginal swabs and 2 from feces. The enzyme activity was measured in three conditions: 30°C and 37ºC in the medium YPD and at 37°C with RPMI 1640 supplemented with 10% fetal bovine serum inactivated, 23.8 mM sodium bicarbonate and 50 mM glucose. Measurement of ectophosphatases activity of was made using the method described by Kiffer-Moreira et al (2007), using the Acid Phosphatase Assay Kit (Sigma). The mean values of enzymatic activity obtained in strains isolated from blood were 0.007 U/107cels. In strains isolated from other infection sites the average value is 0.002 U/107cels, this value is increased when there are extensive malignancies associated with a low immune competence. It is concluded that the value of ectophosphatases activity is dependent on the host immunity conditions and the site of infection. The highest values were obtained for strains isolated from the blood, in which patients had a depressed immune system because of their oncologic pathology.

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Neto, Nuno Filipe de Abreu Freire. "Uso de extratos de plantas e fungos antagonistas na limitação do crescimento de fungos patogénicos de Mangifera indica L." Master's thesis, ISA, 2020. http://hdl.handle.net/10400.5/21546.

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Abstract:

Mestrado em Engenharia Agronómica - Proteção de Plantas / Instituto Superior de Agronomia. Universidade de Lisboa
A manga é um dos frutos com maior importância a nível mundial tanto para consumo interno como produto de exportação. Vários fungos afetam esta cultura e as doenças de pós-colheita são muito importantes. Colletotrichum gloeosporioides, fungos da família Botriosphaeriaceae e Alternaria sp. são alguns dos mais importantes nestas condições. O objetivo deste trabalho é estudar a ação fungistática de extratos crus de plantas da flora da Macaronésia, óleos essenciais e extratos de fungos sobre patogénios e a possibilidade de utilizar fungos antagonistas no seu controlo. Os fungos causadores de manchas e podridões em frutos foram identificados através da observação morfocultural, observação de estruturas reprodutivas e análise molecular de DNA. O potencial bioativo dos extratos crus e óleos essenciais foi avaliado através da percentagem de inibição do crescimento dos fungos in vitro e in vivo. Os fungos antagonistas foram testados através de provas de cultivo dual in vitro. Os fungos isolados identificados como causadores de doença foram Alternaria alternata, Penicillium digitatum e três isolados de Nefusicoccum parvum. Os produtos testados com maior ação fungistática in vitro foram os extratos crus de Mentha suaveolens e do fungo HRO8 Fusarium acuminatum, endófito de Artemisia thuscula. Os testes in vivo tiveram resultados muito variáveis e devem ser repetitos com uma amostragem maior. Nas provas de cultivo dual, os melhores resultados foram obtidos com Trichoderma atroviride T11 e Trichoderma asperellum T25 em conjunto, frente aos isolados de Neofusicoccum parvum, com a formação de uma zona de inibição de crescimento micelial, podendo indicar a produção de compostos secundários
N/A

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Júnior, Renaldo Menezes de Aragão. "Técnicas de identificação de patogénios periodontais: Comparação entre cultura bacteriana e PCR em tempo real." Dissertação, Faculdade de Medicina Dentária da Universidade do Porto, 2010. http://hdl.handle.net/10216/63746.

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Morais, Ana Sofia da Quinta e. Costa Neves de Oliveira. "Mecanismos de resistência em leveduras patogénicas: avaliação da sua expressão in vitro e in vivo." Tese, Faculdade de Medicina da Universidade do Porto, 2011. http://hdl.handle.net/10216/63786.

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Morais, Ana Sofia da Quinta e. Costa Neves de Oliveira. "Mecanismos de resistência em leveduras patogénicas: avaliação da sua expressão in vitro e in vivo." Doctoral thesis, Faculdade de Medicina da Universidade do Porto, 2011. http://hdl.handle.net/10216/63786.

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Júnior, Renaldo Menezes de Aragão. "Técnicas de identificação de patogénios periodontais: Comparação entre cultura bacteriana e PCR em tempo real." Master's thesis, Faculdade de Medicina Dentária da Universidade do Porto, 2010. http://hdl.handle.net/10216/63746.

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Santos, Maria Arménia Almeida. "Prevalência e caracterização fenotípica de MRSA num estudo hospitalar." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2009. http://hdl.handle.net/10773/889.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
Staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA), é actualmente um importamte e grave problema de saúde pública devido à morbilidade e mortalidade que lhe estão associados. Outrora associado, apenas a infecções hospitalares, hoje é encontrado e adquirido na comunidade encontrando-se disseminado por todos os continentes. Este estudo teve como objectivo determinar a prevalência de MRSA no internamento do serviço de medicina do hospital S Miguel, através do rastreio de MRSA por colheita efectuada na orofaringe e fossas nasais. A prevalência de MRSA, foi de 14.4% no total de rastreios efectuados. Dos rastreios positivos 41 (43.1%) são do sexo feminino e 54 (56.9%) são do sexo masculino. Encontraram-se 7 perfis de resistência aos antibióticos, entre os diversos isolados. No entanto nenhum destes isolados foi resistente à Vancomicina. ABSTRACT: Methicillin-resistant Staphyilococcus aureus (MRSA), is currently a important and serious public health problem due to morbidity and mortality associated with it. Once associated only hospital infections, is now found and acquired in the community at large and is spread over all continents. The aim of this study is to determine the prevalence of MRSA in the medicine service of S. Miguel Hospital, through the screening of MRSA collections made in the throat and anterior nares. The results show a prevalence of 14.4% of the total MRSA screened. Of the 41 screened positive (43.1%) were female and 54 (56.9%) were male. It was found 7 profiles of antibiotic resistance among different isolates, but none was resistant to Vancomycin.

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Oliveira, Rita Mónica Ferraz Ferreira de. "Avaliação, in vitro, da sensibilidade de Giardia lamblia ao metronidazol." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2010. http://hdl.handle.net/10773/906.

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Abstract:

Mestrado em Toxicologia
G. lamblia, agente causal da giardiose, é considerado o parasita protozoário patogénico mais frequente no intestino do Homem, associado a situações de grande morbilidade em todo o mundo e a causa mais comum de diarreia em humanos. De todos os compostos disponíveis, o metronidazol continua a ser considerado o fármaco de eleição no tratamento desta parasitose. Contudo, o número crescente de casos de resistência registados tem vindo a justificar a necessidade de desenvolver metodologias que permitam avaliar a sensibilidade de G. lamblia aos fármacos disponíveis. Espera-se com este estudo contribuir para o desenvolvimento e implementação de metodologias expeditas que permitam avaliar, in vitro, a susceptibilidade deste parasita aos fármacos habitualmente prescritos. Pretende-se obter uma metodologia de simples execução, em microescala e portanto menos dispendiosa, que permita alcançar resultados mais rápidos e mais fiáveis. Neste sentido, este trabalho teve como objectivo determinar a sensibilidade de G. lamblia ao metronidazol recorrendo às metodologias de inibição de aderência (ADE), diacetato de fluoresceína (FDA), iodeto de propídio (PI) e um derivado tetrazolium (XTT). Foram obtidos valores de IC50 de 2,99μM, 9,87μM e 8,93μM para a metodologia ADE, FDA e XTT, respectivamente. A metodologia PI não foi considerada uma vez que apresentou resultados incongruentes. Os resultados permitiram observar que as metodologias FDA e XTT apresentaram valores de IC50 mais próximos. Na metodologia ADE, registaram-se valores cerca de três vezes inferiores. A selecção da melhor metodologia deve ter em conta o mecanismo de actuação do fármaco em estudo bem como a disponibilidade de equipamento necessário à execução das diferentes metodologias. ABSTRACT: G. lamblia, giardiasis cause, is the most frequent pathogenic protozoan found in human, associated with great morbility in the whole world and most common cause for diarrhea. Metronidazole is the most often drug used in giardiasis treatment. However, the increasing number of metronidazole resistance cases justifies the need to develop G. lamblia viability assessment methodologies to other available drugs. It is hoped that this study contributes to the development and implementation of resourceful methodologies of in vitro susceptibility assessment of this parasite to commonly prescribed drugs. The aim is to obtain a simple methodology for microscale implementation, therefore less expensive, and to achieve faster and more reliable results. This study wanted to determine G. lamblia sensitivity to metronidazole using inhibition of adherence method (ADE), fluorogenic dyes fluorescein diacetate (FDA) and propidium iodide (PI) and a tetrazolium derivate (XTT) reduction. Sensibility results estimated IC50 values of 2,99μM, 9,87μM and 8,93μM for ADE, FDA and XTT, respectively. PI was not considered due to inconsistent results. FDA and XTT IC50 values were similar. Values obtained with ADE were three times lower. The best methodology selection must take into account the drug mechanism of action and the equipment availability to different methodologies implementation.

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Lourenço, Clara Sofia Oliveira. "Detecção molecular de agentes infecciosos em suínos." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/8105.

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Abstract:

Mestrado em Biotecnologia Alimentar
A detecção de agentes infecciosos em suínos tem tido um papel cada vez mais relevante no sucesso económico das suiniculturas. O presente estudo teve como base a identificação molecular de 12 agentes patogénicos responsáveis por patologias em suínos. Este trabalho teve como objectivos: a optimização de técnicas de tipagem molecular de agentes infecciosos; a determinação de frequências de infecção de bactérias e vírus e a sua prevalência na população suína. A avaliação dos diferentes agentes infecciosos foi realizada em amostras de soro de 100 animais provenientes de diferentes suiniculturas. Para a cada um destes agentes foi desenvolvida uma técnica de tipagem molecular específica. Todas as amostras foram tipadas por PCR para os diferentes agentes infecciosos: Actinobacillus pleuropneumoniae; Género Brachyspira; Género Chlamydia; Género Leptospira; Género Salmonella; Haemophilus parasuis; Influenza A; Lawsonia intracellularis; Mycoplasma hyopneumoniae; Porcine circovirus type 2; Pasteurella multocida; Vírus da Síndrome Respiratório e Reprodutivo dos Suínos. Neste estudo os vírus PRRS, Influenza A e PCV2 foram os agentes patogénicos com maior percentagem de incidência na amostragem, na ordem dos 33 a 35%. Por outro lado, o género Salmonella apresentou a menor taxa de incidência amostral com apenas 1% de positividade. Os restantes agentes infecciosos alcançaram níveis de prevalência muito variáveis entre os 5 e os 18%. Os resultados alcançados neste estudo provaram estar de acordo com os referenciais Portugueses e Europeus, sendo não significativas as diferenças verificadas. Verificou-se ainda, que os 12 agentes infecciosos estudados são responsáveis por causar doenças respiratórias, reprodutivas e intestinais em suínos, sendo as mais prevalentes as doenças respiratórias. Concluindo, os testes de detecção molecular dos agentes infecciosos são um bom método de screening de microrganismos em suínos, apresentando bons níveis de sensibilidade e especificidade.
The detection of infectious agents in pigs plays a progressively important role in the economic success of pig farms. This study was based on the molecular identification of 12 pathogens agents responsible for pigs diseases. This work aims were: infectious agents molecular typing optimization, bacteria and viruses infection frequencies determination and their prevalence rates. Assessment of the different infectious agents was performed on serum samples from 100 animals from different pig farms. For each of these agents a specific molecular typing technique was developed. All samples were typed by PCR for the different infectious agents: Actinobacillus pleuropneumoniae; Brachyspira sp., Chlamydia sp., Leptospira sp., Genus Salmonella, Haemophilus parasuis, Influenza A, Lawsonia intracellularis, Mycoplasma hyopneumoniae, Porcine circovirus Type 2, Pasteurella multocida; Swine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus. In this study the PRRS, Influenza and PCV2 virus were the pathogens with the highest incidence rate in our sample, with 33 to 35% rates. On the other hand, the genus Salmonella had the lowest incidence rate sampling with only 1% positivity. The other infectious agents have achieved levels of prevalence varying widely between 5 and 18%. The results achieved in this study proved to be in agreement with the Portuguese and European benchmarks, with no significant differences observed. It was also found that the 12 studied infectious agents are responsible for causing respiratory diseases, reproductive and intestinal tracts of pigs, the most prevalent respiratory diseases. In conclusion, molecular testing for infectious agents is a good microorganisms screening method for pigs, showing good levels of sensitivity and specificity.

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Barbosa, Matilde de Oliveira. "Papel da oxidase alternativa na resistência ao stress oxidativo em Candida krusei." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/723.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
Tal como Candida albicans, C. krusei está associada a infecções fúngicas invasivas em indivíduos imunodeprimidos por SIDA ou por quimioterapia. Estas infecções fúngicas invasivas têm assumido particular relevância dado que na sua grande maioria se observam casos de resistência ao fluconazol e outros azois. Por outro lado, os mecanismos de patogenicidade de C. krusei não estão documentados sabendo-se que não se relacionam com os descritos para C. albicans. Na mitocôndria de todas as células eucarióticas o complexo citocromo c oxidase funciona como receptor de electrões promovendo a redução final do oxigénio a água. No entanto, é sabido que em plantas e nalguns protozoários e fungos existe um complexo designado de oxidase alternativa (AOX) que aceita os electrões directamente da ubiquinona e promove a redução do oxigénio a água funcionando como um “bypass” da cadeia respiratória. De forma a determinar qual a relevância desta via alternativa na resistência ao stress oxidativo em C. krusei, vários isolados clínicos com AOX foram submetidos a diferentes indutores de stress oxidativo (peróxido de hidrogénio, menadiona e plumbagina) e a dois antifúngicos o fluconazol e o voriconazol com e sem inibidor da AOX, o ácido salicilhidroxâmico (SHAM). Os resultados mostram que o fluconazol e o voriconazol induzem a produção de ROS numa percentagem muito pequena, aproximadamente entre 0 e 10%, sugerindo que a indução de stress oxidativo não é o principal mecanismo na base do efeito fungistático destes dois antifúngicos. No entanto a inibição específica da AOX pelo SHAM resultou num aumento da percentagem de células com ROS acumulados para ambos os tratamentos. Estes dados parecem sugerir que estes antifúngicos podem, eventualmente, induzir algum stress oxidativo e que a actividade da AOX permite às células diminuir a produção de ROS, revelando o possível envolvimento desta enzima na resistência aos antifúngicos indutores de stress oxidativo. No presente estudo, a relevância da actividade da AOX na resistência ao stress oxidativo foi reforçada pelos resultados obtidos nos tratamentos com os indutores de stress oxidativo, o peróxido de hidrogénio, a menadiona e a plumbagina onde os resultados mostram que a actividade da AOX, presente nos isolados clínicos de C. krusei, permite diminuir a produção de ROS e muito provavelmente conferir alguma resistência a estas células. Este estudo permitiu elucidar a acção da AOX como um dos possíveis mecanismos de defesa que poderá contribuir para a resistência de C. krusei aos agentes antifúngicos. ABSTRACT: As Candida albicans, C. krusei is associated to the invasive fungal infections in immunosupressed patients due to AIDS or chemotherapy. These invasive fungal infections, have assumed particular relevance given the resistance of Candida spp cells to antifungal agents such as fluconazole and other azoles. The mechanisms underlying the resistance of Candida spp to azoles have been widely explored. Nevertheless, for C. krusei they are not well characterized although it is well known that they are not related with the ones described for C. albicans. In the mitochondria of all the eukaryotic cells, the complex cytochrome c oxidase functions as an acceptor of electrons promoting the final reduction of oxygen to water. However, it is known that in higher plants and some protist and fungi, a complex named oxidase alternative (AOX), that accepts electrons directly from ubiquinona and promotes the reduction of oxygen to water, mediates a bypass of the respiratory chain. In C. krusei cells, in contrast to other species of Candida, it was detected the presence of this respiratory alternative pathway that seems to be able to produce enough energy for the metabolic activities of the cell. To determine the relevance of this alternative pathway in the oxidative stress resistance of C. krusei cells, some clinical isolates presenting AOX have been submitted to different inducers of oxidative stress (hydrogen peroxide, menadione and plumbagin) and to two antifungal agents fluconazole and voriconazole, with and without an AOX specific inhibitor the salicilhidroxamic acid (SHAM). The results showed that fluconazole and voriconazole induce ROS production in a small percentage of cells, between 0 and 10%, indicating that ROS induction is not one of the main mechanisms underlying the fungistatic effect of these antifungal agents. Nevertheless, the specific inhibition of AOX with SHAM resulted in an increased percentage of cells with accumulation of ROS for the treatments with both antifungal agents. These data seem to suggest that these antifungal agents might induce, in a certain degree, oxidative stress and that the activity of the AOX allows cells to diminish the ROS production, disclosing the putative involvement of this enzyme in the resistance to oxidative stress induced by the antifungal agents. In the present study, the relevance of the AOX activity in the resistance to oxidative stress was strengthened by the results of the treatments with the inducers of oxidative stress, namely hydrogen peroxide, menadione and plumbagin. These results showed that AOX activity, present in C. krusei clinical isolates, allows the prevention of ROS production and most probably confers some resistance to these cells when treated with oxidative stress inducers. This study contributs for the elucidation of AOX as a possible defence mechanism that will be able to contribute for the resistance of C. krusei to the antifungal agents.

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Ferreira, Carina Manuela Pinto. "Estudo da aplicabilidade de testes serológicos no diagnóstico de tuberculose em Portugal : o caso particular da tuberculose latente." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/724.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
A Organização Mundial da Saúde estima que cerca de um terço da população mundial (2 biliões de pessoas) esteja infectada com Mycobacterium tuberculosis, na sua maioria com Tuberculose (TB) latente, representando um importante reservatório de reactivação da doença. Calcula-se que cerca de 10% das pessoas com TB latente desenvolve TB activa a um dado momento da vida, sendo que na maioria das situações acontece nos dois anos após a infecção. Torna-se portanto imperativo identificar as pessoas infectadas com TB latente, sendo este um passo muito importante para o controlo global da doença. Há mais de cem anos que o teste cutâneo da tuberculina é utilizado para o diagnóstico da TB latente e activa. Este teste explora a indução da resposta imunitária celular medindo a hipersensibilidade retardada à inoculação intradérmica de purified protein derivate (PPD). A combinação dos resultados do exame clínico, radiológico e bacteriológico com o teste PPD permitem em grande número de casos o diagnóstico diferencial entre TB activa ou latente. Infelizmente, este teste pode originar resultados falsos positivos uma vez que a PPD não é específica do M. tuberculosis sendo os principais componentes destas proteínas partilhados por micobactérias ambientais e outras estirpes do complexo M. tuberculosis, podendo dar origem a reacções cruzadas em pessoas vacinadas com BCG e/ou expostas a micobactérias ambientais. Ocorrem também resultados falsos negativos, principalmente em indivíduos infectados com VIH ou com outro tipo de doença que diminua a eficácia do sistema imunitário. È ainda de salientar que em pessoas curadas de TB no passado mantêm-se frequentemente positivas para o teste PPD. Assim, apesar da sua grande utilidade este teste tem fortes limitações tanto no diagnóstico de TB como na distinção entre TB activa ou latente. Existem dois testes comerciais que se baseiam na pesquisa de produção de INF-γ por linfócitos T: QTF-TB-Gold® e o T-SPOT-TB® que têm sido estudados para a sua aplicação no diagnóstico da TB latente, e pelo menos teoricamente, podem superar algumas limitações do teste cutâneo da tuberculina. Mas estes novos métodos carecem de condições laborais específicas (nem sempre possíveis nos centros de diagnóstico de TB em Portugal), são mais dispendiosos e exigirem formação adequada dos técnicos responsáveis pelo diagnóstico para a realização da metodologia. Torna-se assim fundamental melhorar o diagnóstico da TB latente e sendo o serodiagnóstico um método simples e rápido de efectuar e interpretar, é urgente avaliar o comportamento da resposta imunitária humoral na infecção latente, de forma a avaliar a utilidade destes testes no diagnóstico da TB latente. Os nossos resultados indicam que embora estes testes possam ser úteis, quando combinados com outras técnicas, na detecção da TB activa, não se adequam à detecção de indivíduos com TB latente. ABSTRACT: The World Health Organization estimates that one third of the world’s population (2 billion of people) is infected with Mycobacterium tuberculosis. The great majority of infected patients have latent Tuberculosis (TB), which represents an enormous reservoir of the disease. About 10% of the latent TB patients are estimated to develop active TB in their lifetime, the great majority within the first two years after infection. The ability to clearly identify infected individuals with latent TB represents a very important goal on the global TB control strategy. The tuberculin skin test (TST) evaluates the delayed hypersensitivity response to purified protein derivate (PPD), a set of antigens from M. tuberculosis. The combination of the results of the clinical, radiological and bacteriological examination with the TST allows, to a certain extent, to distinguish between active and latent TB. Unfortunately, a major limitation of the TST is the fact that PPD is a crude mixture of several antigens, many of which are shared among M. tuberculosis, M. bovis BCG and several non-tuberculous mycobacteria. As a result, a positive TST result might be due to a true infection with M. tuberculosis, prior vaccination, or due to expose to non-tuberculous mycobacteria. Negative results may also occur in M. tuberculosis individuals, mainly if co-infected with HIV or another type of immune-suppressive disease. Moreover, a certain proportion of individuals with past and cured TB, are still TST positive. Therefore, though it’s great utility, this test has important limitations as a tool to diagnose clearly active or latent TB. There are two commercial tests, for the diagnosis of TB, based on the observation that T cells of individuals sensitized with M. tuberculosis, release interferon-γ (INF-γ) upon in vitro stimulation with mycobacterial antigens: QTFTB- Gold® and the T-SPOT-TB®. The applicability of these tests has been evaluated for the diagnosis of the latent TB. Although promising in their potential applicability to identify latent TB patients, these methods require specific laboratory infrastructure (not always possible in TB diagnosis centres in Portugal), are expensive and required trained personnel to perform them. It is still at present essential to improve the diagnosis of the latent TB. As tests based on the detection of specific antibodies are frequently of simple and fast execution, we decided to evaluate the applicability of two serodiagnosis test to detect patients with latent TB. Our results indicate that although these tests may be useful, combined with the results of other techniques, to detected patients with active TB, they are not useful to identify latent TB patients.

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Batista, Maria de Lurdes. "Estudo de uma mutação no gene gyrB de Pseudomonas aeruginosa." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2008. http://hdl.handle.net/10773/869.

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Abstract:

Mestrado em Biologia Molecular e Celular
Com o intuito de aprendizagem e aplicação de algumas técnicas de biologia molecular que possam representar uma mais valia no desempenho de funções no ambiente hospitalar, o trabalho prático realizado foi adaptado e enquadrado no contexto de um estudo já iniciado. Num trabalho anterior (Ferreira S. 2005), foi encontrada uma nova mutação no codão 464 do gene gyrB, que conduzia à substituição de um amino ácido serina por uma tirosina numa estirpe hospitalar de Pseudomonas aeruginosa (Pa30) resistente às quinolonas. P. aeruginosa é um importante patogénico oportunista que está associado principalmente, a infecções nosocomiais. Duas das suas principais características são a sua elevada resistência intrínseca e a sua virulência. O aumento de estirpes de P. aeruginosa resistentes às quinolonas tem servido de base para vários estudos. Neste contexto, pretendeu-se verificar se a mutação encontrada, estaria implicada na resistência às quinolonas na estirpe Pa30 . Esta mutação já tinha sido descrita em outras espécies bacterianas mas não em P. aeruginosa. O estudo consistiu na introdução do gene contendo a mutação descrita numa estirpe de E. coli sensível às quinolonas e posterior confirmação de aquisição de resistência pela célula sensível. Os resultados obtidos mostraram que a mutação descrita por Ferreira S. (2005) não é por si só, responsável pela resistência da estirpe às quinolonas, sugerindo que outros mecanismos possam estar activos. ABSTRACT: With the aim of learning and get familiar with various molecular biology techniques the present work was adapted to that end. The techniques were adapted and applied to a study that was already initiated. Previously (Ferreira S. 2005), found a new mutation in codon 464 of the gyrB gene, that leads to an aminoacid substituition (serine to tyrosin) in an quinolone resistant hospital isolate of Pseudomonas aeruginosa (Pa30). P. aeruginosa is an important pathogen that is associated with a various nosocomial infections. Two of its most important characteristics are the intrinsic resistance to antibiotics and also its virulence. The preocupant increasing number of quinolone resistant strains constitutes the basis for several studies. In this context, the aim of the present work was to verify if the mutation found in the strain P. aeruginosa Pa30 has any implication in the resistance to quinolones. This mutation was found in other species, but not in P. aeruginosa. The study consisted in the introduction of the gyrB gene in na E. coli strain sensitive to the quinolones. Finally, resistance profile to quinolones was evaluated in the receptor strain. Results showed that the mutation previouly described is not, by itself, responsible for the resistance profile observed in P. aeruginosa Pa30 suggesting that other mechanisms might also be implied.

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Lopes, Pedro André Ferreira Campos. "Gingipains como factores de virulência na cavidade oral." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2009. http://hdl.handle.net/10773/896.

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Abstract:

Mestrado em Microbiologia
Porphyromonas gingivalis, uma bactéria anaeróbia Gram negativa, é um importante agente etiológico da doença periodontal, sendo encontrada em bolsas periodontais que apresentam doença activa. A actividade proteolítica desencadeada por este microrganismo desempenha um papel chave na sua patogenicidade. P. gingivalis secreta um elevado número de proteases de cisteína como a periodontain, PrtT e gingipains (R1, R2 e K). Utilizando a informação disponível sobre estrutura e função de proteínas nas bases de dados internacionais (UniProtKB, Merops Database) e informação bibliográfica, caracterizam-se estrutural e funcionalmente as gingipains. Essa informação foi utilizada para esclarecer a nível molecular as interacções descritas entre gingipains e algumas moléculas do hospedeiro. Salientam-se o esclarecimento de possíveis locais de corte das gingipains em inibidores naturais das elastases, identificação molecular de um local de corte na proMMP 1 e 3 e consequente activação desta molécula e a previsão da degradação do inibidor de elastases alfa1antitripsina pela interpain A, uma protease de císteína de Prevotella intermedia com elevada homologia estrutural com as proteases de cisteína PrtT e periodontain de P. gingivalis. Com a integração da informação obtida, sugere-se um possível mecanismo molecular da sinergia criada entre proteínases de cisteína no sentido de promover a doença periodontal. ABSTRACT: Porphyromonas gingivalis, a Gram negative anaerobe is considered an etiological agent of periodontal disease and is frequently found in periodontal pockets with the active disease.The proteolitic activity associated with this bacteria is considered a key virulence factor. P. gingivalis secretes several cysteine proteases such as periodontain, PrtT and the gingipains (R1, R2 e K). Using the available information on protein structure and function available in international databases such as UniProtKB, Merops Database and bibliographic references, the gingipains were characterized in terms of structure and function. The information obtained was used to clarify the molecular interactions already described between gingipains and host molecules. Possible cleavage sites were identified in host produced elastase inhibitors and in pro-MMP3. The sugestion that the elastase inhibitor alpha1-antitrypsin is also degraded by interpain A is also made. Interpain A is a cystein protease of Prevotella intermedia sharing a high homology with the PrtT and periodontain of P. gingivalis. The integration of the information obtained suggests a synergistic molecular mechanism by which cystein proteases can be responsible for clinical manifestations of periodontal disease.

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Ferreira, Sónia Cristina das Neves. "ISCR and their association with antibiotic resistance genes." Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2010. http://hdl.handle.net/10773/974.

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Abstract:

Doutoramento em Biologia
A prevalência de bactérias resistentes a antibióticos em ambiente hospitalar tem vindo a tornar-se dramática e preocupante a nível mundial. Contudo, com a utilização inadequada de antibióticos em áreas tão diversas como a veterinária, a aquacultura e a agricultura, esta deixou de estar confinada ao ambiente hospitalar, sendo o ambiente um reservatório natural de microganismos resistentes a estes compostos. O conhecimento detalhado dos determinantes de resistência a antibióticos presentes nestes ambientes, sejam estes genes de resistência ou estruturas envolvidas na sua mobilização, é fundamental, não só do ponto de vista do conhecimento como para a eventual implementação de medidas de contenção da sua disseminação. Neste contexto, são necessários estudos que permitam conhecer o panorama mais realista da distribuição destes determinantes de resistência a antibióticos, quer no meio ambiente quer no ambiente clínico. Assim, constituiu objectivo principal deste trabalho contribuir para o conhecimento do panorama actual da prevalência e distribuição dos elementos ISCR, bem como de outros determinantes de resistência a antibióticos em espécies de Gram-negativo clinicamente relevantes (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii e Citrobacter freundii) recolhidas a partir de amostras de pacientes do Hospital Infante D. Pedro, EPE, Aveiro, Portugal, entre 2006 e 2008. Adicionalmente, foram também recolhidas bactérias de Gram-negativo do meio ambiente, a partir de amostras de águas e de vísceras de peixes, nas quais foram igualmente pesquisados os elementos acima referidos. À excepção dos isolados de E. coli e de Gramnegativo ambientais, todas as estirpes estudadas foram seleccionadas com base no seu perfil de multirresistência a antibióticos. Os resultados mostraram que em todas as espécies recolhidas no ambiente hospitalar foi detectada a presença de elementos ISCR, do tipo ISCR1 ou ISCR2. O elemento ISCR1, foi encontrado em isolados de E. coli, K. pneumoniae e C. freundii e o elemento ISCR2 em isolados de A. baumannii. Não foi detectada a presença de ISCRs nos isolados de Gram-negativo ambientais, o que sugere que a ocorrência dos mesmos é fortemente influenciada pela pressão selectiva exercida pelo ambiente em que os microrganismos se encontram. Genes qnr e integrões de classe 1 foram os determinantes de resistência mais frequentemente encontrados associados aos elementos ISCR1. Os vários determinantes de resistência foram encontrados em diferentes contextos genéticos e localizados em estruturas móveis, nomeadamente em plasmídeos. O elemento ISCR2 presente em isolados de A. baumannii encontra-se associado ao gene sul2 em todos os isolados, dentro de um mesmo contexto genético e com uma localização cromossomal. Contudo, o contexto genético encontrado nestes isolados é novo não tendo sido descrito até à data em outros microrganismos. O presente estudo constitui a primeira descrição de elementos ISCR intrinsecamente ligados a genes de resistência a antibióticos, em Portugal. Uma vez que estes elementos parecem ser responsáveis pela mobilização de um grande número de genes de resistência a antibióticos, a sua elevada incidência entre estirpes resistentes e multirresistentes, bem como a sua associação com genes de resistência é preocupante e requer vigilância.
Within the hospital environment, antibiotic resistant bacteria are a problem of concern worldwide. However, the antibiotic resistance has breached outside the confined hospital environment due to an inappropriate and intensive use of antibiotics in areas such as veterinary, aquaculture and agriculture, being the natural environment also a reservoir of antibiotic resistant microorganisms. Accurate and detailed studies focusing on the existing resistance determinants, either resistance genes or structures enhancing/involved in their dissemination, is needed in order to provide a realistic scenario of their distribution as well as for the implementation of measures that could prevent the dissemination of those genes. Thus, studies giving a wider and realistic panorama of the distribution of antibiotic resistance genes in both the natural and the hospital environment are of utmost importance. The main goal of this thesis was to contribute to the present knowledge of distribution and prevalence of antibiotic resistance genes and ISCRs elements in clinically relevant Gram-negative species (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii and Citrobacter freundii) collected from clinical specimens from patients in the Hospital Infante D. Pedro, EPE, Aveiro, Portugal between 2006 and 2008. Additionally, environmental Gram-negative isolates, collected from water and fish guts were also screened for the presence of the ISCR elements. All the isolates that were included in the present study were multi-drug resistant, with the exception of Escherichia coli and the Gram-negative environmental isolates. The results obtained revealed that the ISCR1 and ISCR2 elements were present in all the species collected within the hospital settings. ISCR1 was present in E. coli, K. pneumoniae and C. freundii isolates and ISCR2 was detected in the A. baumannii isolates. The presence of ISCRs was not detected among the environmental Gram-negative isolates, suggesting that the occurrence of ISCR is clearly biased by the pressure exerted by the environment from where the microorganisms were isolated. qnr genes and class 1 integrons were the main resistance determinants found associated with ISCR1 and were both described in different genetic contexts, located on mobile structures such as plasmids. Moreover, the ISCR2 element was found associated with the sul2 gene in all the A. baumannii isolates with the same genetic context and located on the chromosome. Noteworthy is that the genetic context described is unique and was never described before in other microorganisms. This is the first study reporting the presence of ISCR elements in Portuguese isolates. Since these elements are responsible for the mobilization of several antibiotic resistance genes and were found intrinsically linked to them, their high incidence, among multi-drug resistant isolates is disconcerting and requires surveillance.

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Costa, Dora Cristina da Silva. "Síntese e avaliação biológica de novos derivados porfirínicos." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/8080.

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Abstract:

Mestrado em Química - Química Orgânica e Produtos Naturais
O presente trabalho descreve a síntese, caracterização e avaliação biológica de novos macrociclos porfirínicos na fotoinativação de estirpes bacterianas resistentes a antibióticos, de origem clínica. Para tal, sintetizaram-se dois derivados tetra-substituídos da meso-tetraquis(pentafluorofenil)porfirina: uma porfirina (fotossensibilizador de “1.ª geração”) e a clorina correspondente (fotossensibilizador de “2.ª geração”). Ambos os compostos foram posteriormente cationizados com iodeto de metilo, originando os correspondentes derivados tetra-catiónico, no caso da porfirina, e penta-catiónico caso da clorina. Os compostos sintetizados foram caracterizados estruturalmente com recurso à espetroscopia de ressonância magnética nuclear de protão, e de flúor 19, assim como de ultravioleta-visível e espetrometria de massa. A caracterização estrutural efetuada confirmou a estrutura esperada de cada um dos compostos. Ambos os fotossensibilizadores foram testados em ensaios biológicos para avaliação da sua capacidade de inibição de estirpes bacterianas, do tipo Gram-negativa [Gram (-)], Pseudomonas aeruginosa, e Gram-positiva [Gram (+)], Staphylococcus aureus. Tais estudos foram, paralelamente, realizados e comparados com os resultados obtidos para um fotossensibilizador já amplamente estudado por vários autores, designadamente, a 5,10,15,20-tetraquis(N-metilpiridínio)porfirina. Os ensaios de fotoinativação antimicrobiana foram levados a cabo usando dois tipos de luz – uma luz branca e uma luz vermelha, sendo esta última uma radiação de comprimento de onde mais elevado (> 550 nm), logo mais penetrante, podendo por isso ser usada no tratamento de lesões mais profundas –, usando uma intensidade de 150 mW.cm-2. Os resultados obtidos permitem afirmar que ambas as estirpes, mesmo sendo resistentes a antibióticos, não apresentam resistência à inativação fotodinâmica antimicrobiana. Mais se observa que a estirpe do tipo Gram (+) apresenta maior sensibilidade ao processo de fotoinativação que a estirpe do tipo Gram (-). O derivado do tipo clorina mostrou ser o mais eficaz, na inativação da estirpe Gram (+), inativando-a até ao limite de deteção (0.5 μM, 15 min, luz branca e 30 min, luz vermelha). A clorina mostrou também resultados promissores inativando, quase até ao limite de deteção, a estirpe Gram (-) (10 μM, 60 min), para a luz branca e até ao limite de deteção (10 μM, 1.5 h), para a luz vermelha. Assim a luz vermelha mostrou ser promissora quando combinada com fotossensibilizadores de “2.ª geração” do tipo clorina, no tratamento de infeções mais profundas provocadas por microrganismos do tipo referido.
The present work describes the synthesis, characterization and biological evaluation of new porphyrin macrocycles in photoinactivation of multiresistant bacterial strains of clinical origin, resistants to at least three different families of antibiotics),. For this purpose we synthesized two derivatives of the tetra-substitued meso-tetrakis(pentafluorophenyl)porphyrin: a porphyrin and a chlorin. Both derivatives were later cationized with methyl iodide, leading to a tetra-cationic porphyrin ("1st generation" photosensitizer) and a penta-cationic chlorin ("2nd generation" photosensitizer). All the synthesized compounds were characterized using the nuclear magnetic resonance spectroscopy of proton and fluorine 19, as well as ultraviolet-visible spectroscopy and mass spectrometry. The structural characterization carried out confirmed the expected structure for each compound. Both photosensitizers were tested in biological assays to evaluate its ability to inhibit multiresistant bacterial strains, the Gram-negative [Gram (-)] Pseudomonas aeruginosa, and the Gram-positive [Gram (+)] Staphylococcus aureus. These studies were, in parallel, made and compared with results obtained for a photosensitizer been widely studied by several authors, the 5,10,15,20-tetrakis(N-metilpiridínium-il)porphyrin. The antimicrobial photoinactivation tests were carried out using two types of lights – a white light and a red light, the latter with a higher radiation length (> 550 nm) and therefore more penetrating, can probably be used in the treatment of deeper lesions – using a fluence rate of 150 mW.cm-2. The results have revealed that both strains, even though multidrug resistant, have no resistance to antimicrobial photodynamic therapy. More, it can be seen that the Gram (+) strain is more sensitive to the inhibition process in relation to the Gram (-) type. The chlorin derivative showed to be the most effective photosensitizer on the inactivation of Gram (+) bacteria, inactivating it to the limit of detection (0.5 μM, 15 min, white light and 30 min, red light). The same derivative, also showed important inactivation results against to the Gram (-) one (10 μM, 60 min), for the white light and to the limit of detection (10 μM, 1.5 h), for the red light. So the red light shown be promising, when combined with the "2nd generation" photosensitizers chlorin-type, on the treatment of bacterial infections in deeper tissues caused by microorganisms of the referred type.

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Carvalho, Vanessa Isabel Dias Ribeiro de. "C. albicans Cek1 and Ras1: cloning, expression and purification." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2012. http://hdl.handle.net/10773/9526.

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Abstract:

Mestrado em Biologia Aplicada - Biologia Molecular e Celular
Candida albicans é um fungo polimórfico e patogénico que reside de forma comensal nas superfícies mucosas humanas. Este fungo apresenta um código genético ambíguo, uma vez que, o codão universal leucina CUG é predominantemente traduzido como serina (97%), mas também como leucina (3%). A análise de proteínas de C. albicans que contêm resíduos CUG em importantes posições funcionais, revela que a ambiguidade do codão modela a função da proteína e poderá ter um papel determinante nas vias de sinalização associadas a mudanças morfológicas e patogénicas. Com o presente estudo pretende-se investigar o efeito da leucina e da serina nas posições CUG (ambiguidade CUG) na estrutura e função de duas proteínas chave nas vias de sinalização de C. albicans, a Ras1 (GTPase) e a Cek1 (Cinase). Estas regulam a transcrição dos genes associados com mudanças morfológicas, patológicas e, por outro lado, contêm resíduos CUG numa posição estritamente conservada e com relevo funcional. Neste contexto foi possível clonar com sucesso genes sintéticos para os centros ativos da Ras1 e Cek1 (variantes de serina e de leucina para o codão CUG) em vetores que apresentam diferentes caudas de solubilidade (MBP, NusA, Trx, ZTag2 e Gb1). Foram desenvolvidos protocolos de alta expressão bacteriana e de purificação para os domínios ativos Ras1 (ligado à Gb1) e Cek1 (ligado à MBP). A análise dos resultados de purificação analítica e de “Dynamic Light Scaterring” demonstraram que as proteínas recombinantes se apresentam na forma monomérica. Ensaios de cristalização estão a ser realizados esperando-se determinar as estruturas tridimensionais das proteínas por cristalografia de raio-X. As estruturas da Cek1 e Ras1 com leucina e serina nas posições CUG, conjuntamente com uma análise meticulosa da sua estabilidade e função in vitro, irão fornecer informações importantes sobre o papel estratégico da ambiguidade natural do codão.
The polymorphic fungal pathogen Candida albicans has an ambiguous genetic code, as the universal leucine CUG codon is predominantly translated as serine (97%) but also as leucine (3%). Analysis of the rare C. albicans proteins containing CUG-encoded residues in functionally relevant positions reveals that codon ambiguity shapes protein function and might have a pivotal role in signaling cascades associated with morphological changes and pathogenesis. The present study investigates the effect of leucine or serine at CUG positions (CUG ambiguity) in the structure and function of two key effectors of signaling cascades in C. albicans, Ras1 (GTPase) and Cek1 (protein kinase), which regulate the transcription of genes associated with morphological changes and pathogenesis. These two proteins contain a CUG residue in a strictly conserved and functionally relevant position. Synthetic genes coding for the active domains of Ras1 and Cek1 (serine and leucine variants for the CUG codon) were successfully cloned into expression vectors carrying different solubility partners (MBP, NusA, Trx, ZTag2 and Gb1). Furthermore, using an incomplete factorial approach, high level bacterial expression and purification protocols for the active domains of Ras1 (in fusion with Gb1) and Cek1 (in fusion with MBP) were developed. Analytical size exclusion chromatography (SEC) and dynamic light scattering (DLS) results indicate that both recombinant proteins are monomeric. Crystallization trials must be done aiming for the determination of their threedimensional structures by X-ray crystallography. The structures of Ras1 and Cek1 with serine or leucine at CUG positions, together with a thorough analysis of their stability and function in vitro, will provide valuable insights into a possible strategic role of natural codon ambiguity.

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Fernandes, Ana Cláudia Cordeiro. "Piso dos parques infantis como fonte de contaminação microbiana." Master's thesis, Escola Superior de Saúde Egas Moniz, 2013. http://hdl.handle.net/10400.26/7863.

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Abstract:

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Biologia Molecular em Saúde
Os parques infantis são locais de diversão integrados na sociedade, servem a população infantil, e são considerados no geral como locais seguros. A maior preocupação centra-se sempre na correcta utilização dos equipamentos disponíveis de modo a evitar acidentes, e na realidade o perigo está menos visível. Este estudo foca o piso dos parques infantis como fonte de contaminação microbiana. Este estudo teve como objectivo quantificar a presença de microrganismo patogénicos para os humanos, analisando amostras do solo de 6 parques infantis da cidade de Lisboa, e relacionar os resultados obtidos com as condições climatéricas registadas no período de tempo compreendido entre Dezembro de 2010 e Agosto de 2011. No global de todos os parques os resultados revelam a presença de microrganismos patogénicos em valores muito elevados, sendo que os mais frequentes são Escherichia coli, Enterococos fecais e fungos. Assume-se que a presença destes microrganismos se deva ao facto de os parques serem espaços abertos, passiveis de contaminação proveniente da flora e fauna existente nas imediações, uma vez que na sua maioria as instalações dispõem de barreiras físicas ineficientes, permitindo o acesso a animais como cães, gatos, pequenos roedores e répteis. As bactérias isoladas, provenientes das amostras, foram sujeitas a análises microbianas e foi identificada a presença de resistência a antibióticos. Em todas as 18 colheitas realizadas se encontraram isolados com estas características. Para determinar o mecanismo de resistência presente em Escherichia coli, isolada neste estudo, foram seleccionadas 8 amostras que quando analisadas por meio de sequenciação, revelaram ser portadoras do gene EampC, que confere à bactéria resistência aos antibióticos β-lactâmicos.

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Dias, Daniela Jones Antunes. "Estudo dos principais mecanismos de resistência aos antibióticos β-lactâmicos em bactérias patogénicas de gram negativo." Master's thesis, FCT - UNL, 2009. http://hdl.handle.net/10362/2382.

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Abstract:

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia
A resistência aos antibióticos é um problema global e emergente, sendo as β-lactamases o principal mecanismo de resistência bacteriana aos antibióticos β-lactâmicos em bactérias de Gram negativo. O principal objectivo deste trabalho consistiu em avaliar a diversidade das β-lactamases produzidas por um grupo de 126 bactérias de Gram negativo,isoladas no período de 2004 a 2008 em diversos ambientes clínicos, em particular as β-lactamases de espectro alargado (ESBL), AmpC e carbapenemases. O teste de susceptibilidade aos antibióticos, permitiu determinar a expressão fenotípica das β-lactamases produzidas pelos isolados em estudo e dirigiu ainda a pesquisa molecular dos genes que codificam essas enzimas, os genes bla, de acordo com esse fenótipo. As β-lactamases ESBL, identificadas por sequenciação nucleotídica daqueles genes e análise bioinformática, eram da família TEM (TEM-10, TEM-24 e TEM-52), SHV (SHV-12), CTXM (CTX-M-1, CTX-M-9, CTX-M-14, CTX-M-15 e CTX-M-32) e GES-1, sendo CTX-M-15 as enzimas mais comuns. Entre o total de isolados estudados 81 eram produtores desta enzima CTX-M-15, encontrando-se disseminada entre as várias espécies, provenientes de várias regiões do país o que, associado a dados anteriores, sugere a sua disseminação crescente,eventualmente clonal, nomeadamente a nível hospitalar. Aí verificou-se existir disseminada por vários serviços. Entre as β-lactamases de classe A de Ambler, foram ainda detectadas as penicilinases SHV-1, TEM-1 e SHV-28, estando relacionadas com falsos fenótipos ESBL identificados, devido a provável hiperprodução. A caracterização bioquímica de β-lactamases AmpC cromossómicas, realizada por focagem isoeléctrica, permitiu confirmar a expressão destas enzimas, tendo sido verificado que as estirpes de Pseudomonas, Citrobacter e Enterobacter spp co-produziam ainda β- lactamases CTX-M-14, CTX-M-15, SHV e TEM-tipo, focalizando em pIs pré-definidos. Entre as β-lactamases de classe C, foram ainda detectadas as AmpC plasmídicas DHA-1 e CMY-2, nunca antes descritas em Portugal. A avaliação dos parâmetros cinéticos para a nova enzima, SHV-99, revelou uma maior afinidade (Km) para as penicilinas, cefalosporinas de terceira geração e aztreonam, o que nos leva a sugerir que substituições aminoacídicas na posição 104 de Ambler podem estar envolvidas no reconhecimento e discriminação dos substratos.Em conclusão, a co-expressão frequente de duas ou mais β-lactamases nos isolados deste estudo, a diversidade de famílias de β-lactamases identificadas, nomeadamente em diferentes espécies, e a resistência a diferentes antibióticos β-lactâmicos que lhes está associada, partilhando sobretudo fenótipos de multirresistência, constitui um panorama preocupante que interessa valorizar em termos de saúde pública

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Mota, Sandra Patrícia Mendes da Silva. "Isolamento e identificação molecular de micobactérias não tuberculosas." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/7736.

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Abstract:

Mestrado em Biologia Molecular e Celular
As micobactérias não tuberculosas (MNT) são agentes ubíquos no ambiente, tendo sido isoladas na água, (incluindo água canalizada), no solo e nos animais, apresentando patogenicidade variável. As MNT podem ser classificadas com base em características culturais, como a produção de pigmentos e a velocidade de crescimento (MNT de crescimento rápido ou lento) ou pela sua capacidade de causar doença no homem. As MNT potencialmente patogénicas podem causar uma variedade de doenças que diferem em severidade e importância. Geralmente as doenças disseminadas em pacientes portadores de SIDA estão associadas a espécies de crescimento lento enquanto as infecções pós-traumáticas são causadas por espécies de crescimento rápido. Tem-se verificado um aumento progressivo da importância das micobactérias não tuberculosas. O isolamento cada vez mais frequente das diferentes espécies não tuberculosas, associado ao desenvolvimento de novas técnicas laboratoriais, originou também um aumento do diagnóstico de infecções por estas micobactérias. Assim torna-se fundamental avaliar em que medida o isolamento de micobactérias não tuberculosas é importante para o estabelecimento do diagnóstico da doença e para a determinação do plano terapêutico. O objectivo deste trabalho foi avaliar a importância da detecção e identificação molecular de micobactérias não tuberculosas, de forma a estabelecer o diagnóstico e estratégia terapêutica nos doentes infectados. Neste estudo foram usadas as MNT isoladas no Serviço de Microbiologia dos Hospitais da Universidade de Coimbra, EPE durante o período de 2006-2010. As amostras positivas para MNT foram identificadas através de dois métodos moleculares, o sistema Inno-lipa micobactérias da Innogenetics e o sistema Accuprobe da Gen-Probe. Foram identificadas 433 estirpes de micobactérias das quais 108 eram micobactérias não tuberculosas. Das amostras com culturas positivas para MNT apenas 5% foram positivas no exame directo positivo. As estirpes do Complexo Mycobacterium avium (MAC) foram as mais frequentes, seguidas pelo M. fortuitum e M. chelonae. As MNT identificadas causaram doença em 25% dos casos. O agente prevalente nos casos de doença foi o MAC, provocando doença pulmonar em 11 casos, infecção disseminada num caso e derrame pericárdico também num caso. Em três casos foi identificado um M. marinum, isolado de lesões cutâneas. Nos outros dois pacientes foi identificado, respectivamente, um M. xenopi, responsável por derrame pleural, e um M. malmoense responsável por doença pulmonar. Ao longo do período de estudo observou-se um aumento no isolamento de MNT. Nos doentes com doença pulmonar provocada por MAC, 56% foram tratados com claritromicina associada a pelo menos mais dois antibióticos, principalmente rifampicina, etambutol e isoniazida. O doente infectado com M. malmoense foi sujeito ao mesmo tratamento. Os doentes com lesões cutâneas causadas por M. marinum foram tratados com claritromicina associada a ciprofloxacina ou doxiciclina. Pode-se concluir que o isolamento e a identificação molecular de micobactérias não tuberculosas são importantes para o estabelecimento do diagnóstico e consequente estratégia terapêutica, de forma mais rápida e adequada.
The nontuberculous mycobacteria (NTM) are ubiquitous agents of the environment. They can be found in natural waters, soil and animals, presenting variable pathogenicity. The NTM can be classified according to their rate of growth (slow growing or rapid growing) and colony pigment formation, or by their ability to cause disease in man. Potentially pathogenic NTM can cause a variety of diseases that differ in severity and importance. Generally disseminated diseases in patients with AIDS are associated with slow growing species and post-traumatic infections are associated with rapid growing species. There is a progressive increase in the importance of nontuberculous mycobacteria. Increasingly frequent isolation of different species of NTM, associated with the development of new laboratory techniques, originated an improvement in the diagnosis of infections caused by NTM. So it becomes crucial to assess how nontuberculous mycobacteria isolation contributes for establishing the disease diagnosis and for determining the therapeutic plan. The objective of this work was to assess the importance of molecular detection in nontuberculous mycobacteria identification in order to establish the diagnosis and therapeutic strategy on patients infected by NTM. In this study were used the MNT isolated in microbiology service of Coimbra University Hospitals, during the period 2006-2010. Positive samples for MNT are identified by two molecular methods, the Inno-lipa mycobacteria of Innogenetics and the system Accuprobe of Gen-Probe. In the study period were identified 433 strains of mycobacteria of which 108 were nontuberculous mycobacteria. Only 5% of samples with positive cultures for NTM had positive direct examination. The NTM were identified by two molecular methods, being the most frequent strains MAC, followed by M. fortuitum and M. chelonae. The NTM identified were considered to be causing disease in 25% of cases. MAC was the most frequent in cases of disease, causing pulmonary disease in 11 cases, disseminated infection in a case and pericardial effusion also in a case. In three cases it was identified a M. marinum strain, isolated from skin lesions. In the other two patients it was identified a M. xenopi, responsible for pleural effusion, and a M. malmoense, responsible for lung disease. In patients with pulmonary disease caused by MAC, 56% were treated with clarithromycin associated with at least two more antibiotics, especially rifampicin, ethambutol and isoniazid, and the same antibiotics were used for the patient infected with M. malmoense. Patients with skin lesions caused by M. marinum were treated with clarithromycin associated with ciprofloxacin or doxycycline. It can be concluded that the isolation and molecular identification of nontuberculous mycobacteria are important for establishing disease diagnosis and the consequent therapeutic strategy more quickly and appropriately.

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Mota, Sílvia Liliana Gomes. "Development of a mammalian cell model to study AIP56." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/7976.

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Abstract:

Mestrado em Biologia Aplicada - Biologia Molecular e Celular
Fish photobacteriose is a bacterial systemic and deadly infection with rapid course and very high mortalities, caused by the Photobacterium damselae subsp. piscicida (Phdp). Phdp spreads through the bloodstream and secretes the apoptogenic exotoxin AIP56 allowing the pathogen to avoid phagocytosis by inducing the apoptotic death of the host phagocytes. Although AIP56 was found to be a key virulence factor of Phdp and the AIP56-related pathology has been well characterized, the molecular targets of the toxin and the molecular pathways it affects/modulates remain to be disclosed. Recent data revealed that AIP56 is an AB-toxin, possessing an N-terminal metalloprotease domain (A domain) responsible for the catalytic activity of the toxin and a C-terminal domain (B domain) involved in the binding/internalization of the toxin into the cells. The N-terminal domain of AIP56 is homologous to the non-LEE encoded effector C (NleC), a type III secreted effector of enteric pathogenic bacteria that cleaves and inactivates the p65 of NF-kB. However, it remains to be investigated if AIP56 also targets NF-kB p65 and if NF-kB p65 inactivation by AIP56 is linked to the apoptogenic activity of the toxin. So far, AIP56 activity has been being studied using an ex vivo model consisting of freshly isolated sea bass peritoneal leukocytes because although the susceptibility of several mammalian cell lines to AIP56 has been assessed, no apoptosis was observed in any of the cell lines tested. This specificity of the toxin may result from the existence of receptors for AIP56 in phagocytes of susceptible hosts and their absence in mammalian cells and suggests that if AIP56 was able to enter mammalian cells, it would be able to induce apoptosis in those cells. The existence of a mammalian cell model for studying in detail the AIP56 activity would be very advantageous, because there is much more availability of tools to study mammalian cells than sea bass cells. In this work, we tested and optimized different protocols for the intracellular delivery of AIP56 and AIP56-related proteins into HeLa cells. We found that the most efficient methods for intracellular toxin delivery were chemical transfection with toxin-encoding expression vectors and the use of the LF/PA system of Bacillus anthracis. The chemical transfection allows not only to obtain and study transiently transfected cells, but also to develop stable transfected cell lines.
A photobacteriose de peixes é uma infecção sistémica de evolução rápida, causada pela bactéria Gram-negativa Photobacterium damselae subsp. piscicida (Phdp), que provoca elevadas mortalidades em várias espécies de peixes marinhos. Nos animais infectados, a Phdp dissemina-se na corrente sanguínea e secreta a AIP56, uma exotoxina apoptogénica que permite ao agente infeccioso escapar à defesa fagocítica do hospedeiro através da indução da morte por apoptose dos fagócitos. Embora tenha sido demonstrado que a AIP56 é um factor-chave da virulência da Phdp e embora a patologia associada à AIP56 esteja bem caracterizada, os alvos moleculares da toxina e as vias moleculares por ela afectadas continuam por desvendar. Dados recentes revelaram que a AIP56 é uma toxina do tipo AB, contendo um domínio N-terminal (domínio A) de metaloprotease responsável pela actividade catalítica e um domínio C-terminal (domínio B) envolvido na ligação e internalização da toxina pelas células. O domínio N-terminal da AIP56 é homólogo ao non-LEE encoded effector C (NleC), um efector presente em várias bactérias patogénicas entéricas e secretado por um sistema de secreção do tipo III. Foi recentemente descrito que o NleC corta e inactiva o p-65 do NF-kB. Contudo, continua por investigar se a AIP56 também tem como alvo o p-65 do NF-kB e se existe uma relação entre um possível corte do p65 e consequente inactivação do NF-kB e a actividade apoptogénica da toxina. Embora se tenha avaliado a susceptibilidade de várias linhas de celulares de mamíferos à AIP56, pelo facto de não se ter observado a ocorrência de apoptose como consequência da exposição à toxina em nenhuma das linhas testadas, até ao momento, a actividade da AIP56 tem vindo a ser estudada usando um modelo ex vivo que consiste em leucócitos peritoneais isolados de robalo. A especificidade observada poderá resultar do facto de os receptores de membrana para a AIP56 existirem nos fagócitos dos hospedeiros susceptíveis e estarem ausentes nas células de mamífero, sugerindo que se a AIP56 entrasse nas células de mamífero, poderia ser capaz de induzir apoptose dessas células. A existência de um modelo celular de mamífero para estudar os detalhes da actividade da AIP56 seria muito vantajosa, pois permitiria utilizar um vasto leque de ferramentas disponíveis comercialmente que não existem ou não podem ser usadas em estudos com células de robalo. Neste trabalho testamos e optimizamos diferentes protocolos para introduzir a AIP56 e proteínas derivadas da AIP56 em células HeLa. Dos resultados obtidos, conclui-se que os métodos mais eficazes para a introdução da toxina foram a transfecção por método químico e a utilização do sistema LF/PA do Bacillus anthracis. A transfecção química permite não só obter e estudar células transfectadas de forma transiente, mas também desenvolver linhas celulares transfectadas estáveis.

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Fernandes, Dora Pereira. "Riscos de sofrimento patogénico em médicos veterinários portugueses." Master's thesis, 2019. http://hdl.handle.net/10400.14/28860.

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Abstract:

As investigações em Psicologia do Trabalho e das Organizações têm analisado os impactos que o trabalho, prescrito ou real, tem nos indivíduos. Sendo o trabalho visto atualmente como central nas vidas e na constituição identitária dos sujeitos, as discrepâncias sentidas no local de trabalho podem conduzir os sujeitos a experienciarem conflitos internos, que por sua vez se refletem em sofrimento que pode ser expresso por diversas vias. O sofrimento, sendo transversal a todos os contextos de vida, pode vir a tornar-se num entrave para o ser humano, caso este não possua estratégias para lidar com o mesmo. Propõe-se nesse sentido um estudo que analise o sofrimento patogénico, mais especificamente a dimensão da Indignidade no Trabalho no contexto português. Para tal, em colaboração com a Ordem e o Sindicato dos Médicos Veterinários Portugueses, foram recolhidas 1425 respostas. Foram aplicados dois instrumentos, o Questionário Sociodemográfico e o Inventário de Riscos de Sofrimento Patogénico no Trabalho (IRST), mais especificamente a dimensão da Indignidade no Trabalho, que se divide em três subdimensões: a Sobrecarga de Trabalho, as Tarefas Laborais e a Organização Laboral. Através dos resultados obtidos é possível perceber que estes sugerem diferenças estatisticamente significativas na perceção de Indignidade no Trabalho em função do género, da idade, da carga horária e do regime laboral. Esta investigação permite perceber que, embora os direitos fundamentais relativamente à dignidade do ser humano no trabalho estejam consagrados na União Europeia, na Constituição Portuguesa e no Código de Trabalho, verificam-se violações severas, pelo que é necessário estudar o seu impacto.
The investigations in Work and Organizational Psychology have analysed the impacts that the work, prescribed or real, has on individuals. Being the work currently seen as central to the lives and the identity constitution of the subjects, the discrepancies felt in the workplace may lead the subjects to experience internal conflicts that, in turn, are reflected in suffering that can be expressed in different ways. Suffering, being transverse to all contexts of life, can become an obstacle to the human being, if he does not have strategies to deal with it. In this sense, we propose a study that analyzes pathogenic suffering, more specifically the dimension of Indignity at Work in the Portuguese context. To this end, in collaboration with the Order and the Union of Portuguese Veterinary Doctors, 1425 responses were collected. Two instruments, the Sociodemographic Questionnaire and the Inventory of Risks of Pathogenic Suffering at Work (IRST) were applied, more specifically the dimension of Indignity, which is divided into three sub-dimensions: Work Overload; Labour Tasks and the Labour Organization. Through the differences tests, it was possible to emphasize that there are statistically significant differences regarding gender, age, workload and work regime. This research makes it possible to perceive that, although the fundamental rights regarding the dignity of the human being at Work are enshrined in the European Union, the Portuguese Constitution and the Labour Code, severe violations are verified and its impact must be studied.

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Dissertations / Theses on the topic 'Patogénico'

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