Dissertations / Theses: 'Peptidyl-prolyl cis'

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Fanghänel, Jörg. "Untersuchungen zum Katalysemechanismus von Peptidyl-Prolyl-cis- trans-Isomerasen." [S.l.] : [s.n.], 2005. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=980152100.

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2

Edvardsson, Anna. "Peptidyl-prolyl cis-trans Isomerases in the Chloroplast Thylakoid Lumen." Doctoral thesis, Linköping : Univ, 2007. http://www.bibl.liu.se/liupubl/disp/disp2007/med983s.pdf.

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3

Chaturvedi, Vandana. "Structure and function relationship among the peptidyl prolyl cis/trans isomerases." Diss., Mississippi State : Mississippi State University, 2007. http://sun.library.msstate.edu/ETD-db/theses/available/etd-11062007-111918.

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4

Féaux, de Lacroix Boris. "Synthese von Inhibitoren der humanen Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase Pin1." [S.l.] : [s.n.], 2006. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=98362643X.

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5

Reimer, Tatiana. "Cellular localization and function of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase hPar14." [S.l. : s.n.], 2003. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=969411618.

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6

Rulten, Stuart. "Identification and characterisation of novel human peptidyl-prolyl cis/trans isomerases." Thesis, University of Sussex, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.324152.

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7

Bose, Suchira. "The characterisation of an endoplasmic reticulum luminal peptidyl prolyl cis-trans isomerase." Thesis, University of Kent, 1994. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.386080.

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8

Stoller, Gerlind. "Charakterisierung des Triggerfaktors - einer ribosomenassoziierten Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase aus Escherichia coli." [S.l. : s.n.], 1998. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=960869263.

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Pirkl, Franziska. "Funktionelle Analyse der grossen Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen FKBP51, FKBP52 und Cyp40." [S.l.] : [s.n.], 2001. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=96279127X.

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Kamphausen, Thilo. "Charakterisierung von AtFKBP42 und weiteren Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen aus Arabidopsis thaliana." [S.l. : s.n.], 2002. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=967124409.

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Maier, Raimund [Verfasser], and Franz Xaver [Akademischer Betreuer] Schmid. "Charakterisierung modularer Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerasen / Raimund Maier. Betreuer: Franz Xaver Schmid." Bayreuth : Universität Bayreuth, 2014. http://d-nb.info/1060009889/34.

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Keogh, Rebecca. "Investigation of Peptidyl-prolyl cis/trans isomerases in the virulence of Staphylococcus aureus." Ohio University / OhioLINK, 2020. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ohiou158764341402963.

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Stymest, Krista Helen. "Interaction of model peptides with the peptidyl-prolyl cis/trans isomerases SurA and PpiD." Thesis, University of Kent, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.497696.

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Siepe, Dirk. "Role of the peptidyl-prolyl cis/trans isomerase Pin1 in the ubiquitin proteasome system (UPS)." Diss., lmu, 2009. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:19-116564.

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Hessamian-Alinejad, Anahita. "Synthese von spiro-Benzofuranonen als Inhibitoren für die Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen der hPin1." [S.l. : s.n.], 2002. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=96635754X.

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Yilmaz, Cigdem. "Immune Responses Against The Recombinant Fimx And Putative Peptidyl-prolyl Cis-trans Isomerase From Bordetella Pertussis." Master's thesis, METU, 2011. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/12613684/index.pdf.

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Abstract:

Whooping cough (pertussis) is a highly contagious respiratory infection caused by Bordetella pertussis. It becomes widespread among adolescent and adults as well as infants. Although availability of effective pertussis vaccines seems to decrease the incidence of the disease, B. pertussis circulation in population has not been eliminated. It is thought that the antigenic drifts in major protective antigens and continued circulation of B. pertussis strains will result in gradual loss of the efficacy of the current pertussis vaccines. Therefore, development of more effective acellular pertussis vaccines with conserved protective proteins is a convenient strategy to provide a better protection against whooping cough. In this study, immune responses against putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase) which was shown to be immunogenic in B. pertussis for the first time by our immunoproteome group and FimX whose expression was found higher in our local Saadet strain were determined in mice. The genes encoding FimX and putative PPIase were amplified by PCR, cloned into pGEM®
-T Easy vector and sequenced. The genes were then introduced into pET-28a (+) vector and they were expressed in Escherichia coli BL21(DE3) cells. The recombinant proteins were purified by His-tag affinity chromatography and dialyzed. After Western blot analyses, 20 µ
g and 80 µ
g recombinant FimX and 80 µ
g recombinant putative PPIase were used to immunize BALB/c mice (16-18 g) at day 0 and 21. The mice were challenged intranasally with 2.5 x 109 live B. pertussis Saadet cells. Before second immunization and challenge, the sera were collected to carry out ELISA for measurement of serum-specific IgG levels. According to ELISA results, IgG levels in the mice immunized with 20 µ
g and 80 µ
g recombinant FimX were found significantly higher than in control groups at both first and second vaccinations (p<
0.01). On the other hand, immunization with 160 µ
g recombinant putative PPIase provided a significant increase in IgG level (p<
0.05) only at second vaccination. The lungs of the mice were removed at day 2, 5, 8 after challenge and bacterial colonization was determined. No significant decrease in bacterial colonization was observed in the lungs of the mice immunized with 20 µ
g and 80 µ
g recombinant FimX and 80 µ
g recombinant putative PPIase with respect to control groups. After respiratory challenge and second immunization (at day 30) with 20 µ
g and 80 µ
g recombinant FimX, the spleens of the mice were removed and a spleen cell culture was obtained. Supernatants were collected after induction of the cells with the recombinant protein and cytokine ELISA was carried out to measure IFN-&gamma
level. No significant difference was observed between control and vaccinated mice in terms of IFN-&gamma
production.

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Glück, Stephanie [Verfasser]. "Charakterisierung der Interaktion zwischen dem Pertussistoxin und zellulären Wirtszellchaperonen bzw. Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen / Stephanie Glück." Ulm : Universität Ulm, 2017. http://d-nb.info/1123146098/34.

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Dourlen, Pierre. "Rôle de la peptidyl-prolyl cis/trans isomérase Pin1 dans les cellules neuronales et la maladie d'Alzheimer." Lille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007LIL2S008.

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Abstract:

La dégénérescence neurofibrillaire (DNF) est une lésion histologique typique de plusieurs maladies neurodégénératives dont la maladie d'Alzheimer. Elle se caractérise par l'agrégation de protéines microtubulaires Tau, hyperphosphorylées et anormalement phosphorylées, sous forme de filaments appariés en hélice. Des marqueurs du cycle cellulaire sont détectés dans les agrégats de Tau et dans les neurones vulnérables à la DNF. Ces résultats ont conduit à émettre l'hypothèse que la DNF pourrait résulter d'une réactivation anormale du cycle cellulaire dans les neurones. La peptidyl prolyl cis-trans isomérase Pin1 est une protéine régulatrice du cycle cellulaire. Elle est exprimée dans les cellules en prolifération et dans quelques cellules différenciées, tels que les neurones, au sein desquels son rôle est mal connu. Des résultats montrent que la protéine Pin1 accroît la quantité de CyclineD1 dans des cellules issues de neuroblastome. Une augmentation de Cycline D1 dans des cellules neuronales pourrait être à l'origine d'une réactivation pathologique du cycle cellulaire. La protéine Pin1 a été impliquée dans la maladie d'Alzheimer par sa capacité à lier la protéine Tau et à faciliter sa déphosphorylation par la phosphatase PP2A in vitro. L'invalidation de Pin1 dans des souris induit une hyperphosphorylation de Tau et la formation d'agrégats. Cependant, la régulation fine des différents sites de phosphorylation de Tau par Pin1 n'a encore jamais été étudiée dans un contexte intégré. L'objet de ce travail a été donc double, étudier l'effet de la surexpression de Pin1 sur le cycle cellulaire de cellules issues de neuroblastome et étudier le rôle de Pin1 dans la régulation de différents sites de phosphorylation de Tau dans des cellules neuronales. Nos résultats indiquent que malgré l'augmentation de CyclineD1, la surexpression de Pin1 induit un ralentissement du cycle cellulaire à la transition G1/S dans des cellules SY5Y issues de neuroblastome. Cet effet sur le cycle cellulaire s'est accompagné de la découverte d'un nouveau partenaire fonctionnel de Pin1, la Survivine, une molécule de contrôle du cycle et de la mort cellulaire. Le ralentissement à la transition G1/S suggère que Pin1 pourrait inhiber une éventuelle reprise du cycle cellulaire dans les neurones et les maintenir dans un état différencié. Nous avons également mis en évidence une augmentation de la quantité de Pin1 au cours de la différenciation neuronale, ce qui laisse penser que Pin1 pourrait être un acteur précoce de cette différenciation. De plus, l'étude de la déphosphorylation de Tau induite par des stress dans des cultures primaires de neurones murins a permis de montrer que Pin1 facilite la déphosphorylation de Tau, de manière différentielle, sur la Thr231, sans affecter d'autres sites tels que la Thr212. La phosphorylation de la Thr231 est également réduite au cours de la différenciation neuronales et suite à l'induction de Pin1 dans des cellules SY5Y. En conclusion, par son rôle dans l'inhibition du cycle cellulaire et la déphosphorylation de Tau, Pin1 pourrait jouer un rôle neuroprotecteur vis-à-vis de la maladie d'Alzheimer.

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Metzner, Martin. "Reinigung, Klonierung und Charakterisierung einer phospho-spezifischen Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase aus proembryogenen Massen (PEMs) von Digitalis lanata EHRH." [S.l. : s.n.], 2000. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=961143134.

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Eberhardt, Nina [Verfasser]. "Interaktion des Pertussistoxins mit dem Chaperon Hsp90 und Peptidyl-prolyl-cis/trans-Isomerasen während seiner Aufnahme in Säugetierzellen / Nina Eberhardt." Ulm : Universität Ulm, 2020. http://d-nb.info/120371632X/34.

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Kruska, Fabian [Verfasser], Klaus [Akademischer Betreuer] Schaper, and Manfred [Akademischer Betreuer] Braun. "Neue Aryl-Ketone als Inhibitoren der Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen hPin1 und Cyclophilin / Fabian Kruska. Gutachter: Klaus Schaper ; Manfred Braun." Düsseldorf : Universitäts- und Landesbibliothek der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, 2013. http://d-nb.info/1030097836/34.

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Hediger, Thomas [Verfasser], Manfred [Akademischer Betreuer] Braun, and T. J. J. [Akademischer Betreuer] Müller. "Synthese neuer heterocyclischer Ketone als Inhibitoren der Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerase / Thomas Hediger. Gutachter: Manfred Braun ; T. J. J. Müller." Düsseldorf : Universitäts- und Landesbibliothek der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, 2012. http://d-nb.info/1029350221/34.

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PISSAVIN, CHRISTINE. "Étude d'un locus de la bactérie phytopathogène erwinia chrysanthemi 3937 codant une pectate lyase et une peptidyl Prolyl cis-trans iosmérase." Paris 7, 1997. http://www.theses.fr/1997PA077265.

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Abstract:

Erwinia chrysanthemi est une enterobacterie phytopathogene responsable de la pourriture molle de nombreux vegetaux. Son pouvoir pathogene est du essentiellement a la production de pectinases et cellulases parmi lesquelles 8 pectate lyases (pels) sont des determinants majeurs. La plupart des pels et la cellulase celz sont exportees dans le periplasme ou elles acquierent une structure repliee grace a des catalyseurs de repliement tels que les disulfure isomerases et, probablement, des peptidyl prolyl cis-trans isomerases. L'etude de la region adjacente au locus pelb-pelc, codant deux pels, nous a permis d'identifier deux genes convergents, pelz et rota. L'expression du gene pelz est soumise a de nombreuses regulations qui affectent aussi la transcription des autres genes pel d'e. Chrysanthemi. Unite transcriptionnelle independante en conditions non induites, le gene pelz est co-transcrit avec pelc en presence de derives pectiques ; la synthese d'un arnm polycistronique demontre l'existence du premier operon de genes de la pectinolyse d'e. Chrysanthemi. Pelz est une endo-pectate lyase secondaire appartenant a une nouvelle famille de pels. Bien que presentant des caracteristiques enzymologiques proches de celles des autres pels d'e. Chrysanthemi, et notamment pelb et pelc, elle est la seule pel utilisant l'ion manganese comme cofacteur. Une synergie d'action a ete mise en evidence entre pele et pelz. Cette derniere est un determinant mineur de la pathogenicite d'e. Chrysanthemi, qui semble implique dans une certaine specificite d'hote. Le gene rota code une peptidyl prolyl cis-trans isomerase periplasmique de la famille des cyclophilines. Son expression, independante de celle des genes pel, est peu regulee. Aucune fonction de la proteine rota n'a pu etre determinee in vivo. Contrairement aux disulfure isomerases, rota ne semble pas etre essentielle pour le repliement des pels et de celz.

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Henriksson, Lena M. "Structural and Functional Studies of Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A and 1-deoxy-D-xylulose- 5-phosphate reductoisomerase from Mycobacterium tuberculosis." Doctoral thesis, Uppsala : Acta Universitatis Upsaliensis Acta Universitatis Upsaliensis, 2007. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-8253.

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Schumann, Michael Georg [Verfasser], Gunter [Akademischer Betreuer] Fischer, Mike [Akademischer Betreuer] Schutkowski, and Reinhard [Akademischer Betreuer] Bauer. "Untersuchungen zu Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen : Interaktionen mit Zielproteinen und Inhibitoren / Michael Georg Schumann. Betreuer: Gunter Fischer ; Mike Schutkowski ; Reinhard Bauer." Halle, Saale : Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt, 2015. http://d-nb.info/1080521917/34.

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Linnert, Miriam [Verfasser], G. [Akademischer Betreuer] Fischer, M. T. [Akademischer Betreuer] Stubbs, and J. [Akademischer Betreuer] Bucher. "Struktur und Funktion der Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerase-Domäne des humanen FK506-bindenden Proteins 37.7 / Miriam Linnert. Betreuer: G. Fischer ; M. T. Stubbs ; J. Bucher." Halle, Saale : Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt, 2012. http://d-nb.info/1031598936/34.

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Smet-Nocca, Caroline. "Etude des interactions entre la peptidyl-prolyl cis/trans isomérase Pin1 et la protéine microtubulaire Tau. Recherche d'inhibiteurs ciblant la liaison de Pin1 à ses substrats phosphorylés." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00354986.

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Abstract:

La phosphorylation constitue un mécanisme de régulation de la fonction biologique des protéines lié au contrôle des associations inter-moléculaires, de l'activité enzymatique ou de la liaison de ligands. L'isomérisation des liaisons Ser/Thr-Pro après phosphorylation par des kinases spécifiques, souvent impliquées dans le contrôle du cycle cellulaire, se présente comme un nouveau mode de régulation. Ces deux mécanismes de signalisation sont étroitement liés par l'intermédiaire d'enzymes catalysant l'isomérisation cis/trans des prolines au niveau de motifs Ser/Thr-Pro phosphorylés telles que les peptidyl-prolyl cis/trans isomérases de la famille de Pin1. Elles jouent un rôle cellulaire essentiel mais leur rôle moléculaire exact est encore mal connu. Les interactions moléculaires entre Pin1 et de nombreuses phospho-protéines mitotiques indiquent un rôle dans la régulation du cycle cellulaire et dans l'oncogénèse, et font de Pin1 une cible pharmacologique émergente dans le traitement des cancers. Récemment, des interactions avec la protéine microtubulaire Tau dans sa forme pathologique hyperphosphorylée, au niveau d'un site unique centré autour du motif Thr231-Pro232, pourraient impliquer Pin1 dans la régulation de la liaison de Tau aux microtubules et dans les phénomènes de neurodégénérescence observés dans la maladie d'Alzheimer.

Nous avons ciblé les interactions entre Pin1 et la protéine Tau comme modèle de substrats pour une étude détaillée des mécanismes intervenant à l'échelle moléculaire, sur base de substrats peptidiques, qui permettraient d'expliquer le rôle fonctionnel de Pin1. L'interaction avec les substrats au travers des motifs Ser/Thr-Pro phosphorylés est double : un domaine de liaison WW permet la liaison du substrat et un domaine catalytique PPIase (peptidyl-prolyl isomérase) catalyse l'isomérisation cis/trans des prolines. Un criblage par RMN des différents motifs phospho-Ser/Thr-Pro au sein de la protéine Tau a permis de déterminer un nouveau site d'interaction centré autour du motif Thr212-Pro213, phosphorylé uniquement dans la forme pathologique de Tau.

Nous avons étendu l'investigation des interactions avec Pin1 à l'échelle de la protéine Tau entière. Comme pour la plupart des régions protéiques impliquées dans les interactions avec Pin1, la protéine Tau se caractérise par une absence de structure globale qui limite considérablement les études par RMN. Un fragment peptidique de 40 acides aminés comprenant les sites Thr231 et Thr212 phosphorylés a permis de montrer un rôle régulateur du domaine WW dans l'activité enzymatique. Une première étude avec une protéine mutante mimant l'état phosphorylé de Tau a montré une interaction avec le domaine catalytique de Pin1 et a nécessité la mise au point préalable d'une technique d'attribution de la protéine Tau par RMN que nous avons appelé « mapping peptidique ».

La phosphorylation du domaine WW de Pin1 est associée à l'inhibition de la liaison des substrats et joue un rôle dans la régulation de l'activité de Pin1 in vivo. La forme non phosphorylée active de Pin1 est retrouvée majoritairement dans les cellules cancéreuses et la forme phosphorylée inactive dans les cellules saines. Nous avons envisagé de cibler les interactions entre Pin1 et les phospho-peptides avec la synthèse de molécules organiques mimant le dipeptide phosphoThr-Pro et la mise en œuvre d'un test de criblage par RMN pour l'obtention d'inhibiteurs ciblant le domaine WW de Pin1 qui pourraient mimer la forme inactive de la protéine.

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Hangen, Hanne [Verfasser], Gerald [Akademischer Betreuer] Wulf, and Holger [Akademischer Betreuer] Bastians. "Expression von Peptidyl-prolyl cis/trans isomerase NIMA-interacting 1 (PIN1) in Blasten von Patienten mit akuter myeloischer Leukämie / Hanne Hangen. Gutachter: Gerald Wulf ; Holger Bastians. Betreuer: Gerald Wulf." Göttingen : Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen, 2011. http://d-nb.info/1042384525/34.

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Pernollet, Martine. "Modification de l'antigène toxine tétanique par des radicaux libres oxygénés et par des protéines à activité peptidyl-prolyl cis-trans isomérase : influence sur sa présentation à des lymphocytes T spécifiques." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE10238.

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Abstract:

L'influence du radical libre oxygene, le radical hydroxyle (oh) et des proteines a activite peptidyl-prolyl cis-trans isomerase sur le traitement de l'antigene toxine tetanique par des cellules presentatrices d'antigenes (lymphocytes b) a ete etudiee. En ce qui concerne le radical hydroxyle, sa production par des cellules de type macrophagique a ete reproduite a l'aide d'un systeme chimique. La toxine tetanique traitee par le radical oh subit un changement de conformation, et des liaisons bityrosine intramoleculaires resistantes a la proteolyse sont formees. La toxine ainsi modifiee est plus resistante a la proteolyse in vitro par des fractions endosomales isolees des cellules presentatrices. Cette diminution de proteolyse est correlee a une meilleure presentation par des cellules presentatrices fixees, a des lymphocytes t lorsque cet antigene est pre-proteolyse in vitro par des fractions endosomales. Ainsi, le radical oh favorise la presentation des epitopes de la toxine en les protegeant contre une proteolyse trop importante. La production du radical oh par un autre systeme chimique a permis de montrer l'existence d'un site de fixation pour le zinc a l'interieur de la chaine legere de la toxine, au niveau d'un epitope t. En ce qui concerne les activites peptidyl-prolyl cis-trans isomerases (ppiase), celles-ci ont pu etre mises en evidence dans les fractions endosomales de cellules presentatrices. L'addition a ces fractions endosomales de proteines a activite ppiase telles que la cyclophiline ou la fkbp augmente la proteolyse de la toxine tetanique. Il reste a tester les consequences de cet effet sur la presentation de cette derniere a des lymphocytes t. Un autre point de ce travail a ete la mise en evidence de la phosphorylation in vitro de la cyclophiline par la proteine kinase c purifiee. L'etude des consequences de cette phosphorylation sur l'activite ppiase de la cyclophiline est en cours

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Walter, Monika. "Die parallele beta-Helix der Pektat-Lyase aus Bacillus subtilis : Stabilität, Faltungsmechanismus und Faltungsmutanten." Phd thesis, Universität Potsdam, 2002. http://opus.kobv.de/ubp/volltexte/2005/147/.

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Abstract:

Die Pektat-Lyasen gehören zu einer Proteinfamilie, die meistens von pflanzenpathogenen Mikroorganismen sekretiert werden. Die Enzyme katalysieren den Abbau von Polygalakturonsäure, einem Hauptbestandteil in
pflanzlichen Mittellamellen und Primärzellwänden. Der Abbau der alpha-1,4-verbrückten Galakturonsäurereste erfogt durch eine beta-Eliminierungsreaktion, dabei entsteht ein Produkt mit einer ungesättigten C4-C5 Bindung am nicht reduzierenden Ende, das durch spektroskopische Messungen beobachtet werden kann. Für die enzymatische Reaktion der Pektat-Lyasen ist Calcium nötig und das pH-Optimum der Reaktion liegt bei pH 8.5. Alle bis jetzt bekannten Strukturen der Pektat- und Pektin-Lyasen haben das gleiche Strukturmotiv - eine rechtsgängige parallele beta-Helix. Die Struktur der Pektat-Lyase aus Bacillus subtilis (BsPel) ist im Komplex mit Calcium gelöst worden. BsPel ist ein monomeres Protein mit einer ungefähren Molekularmasse von 43 kDa, das keine Disulfidbrücken enthält. Dies erlaubte sowohl eine effiziente rekombinante Expression des Wildtypproteins, als auch von destabilisierten Mutanten im Cytoplasma von E. coli. Parallele beta-Helices sind relativ große, jedoch verhältnismäßig einfach aufgebaute Proteine. Um detailliertere Informationen über die kritischen Schritte bei der in vitro-Faltung von parallelen beta-Helices zu erhalten, sollte in der vorliegenden Arbeit versucht werden, den Faltungsmechanismus dieses Proteins näher zu charakterisieren. Dabei sollte vor allem die Frage geklärt werden, welche Wechselwirkungen für die Stabilität dieses Proteins einerseits und für die Stabilität von essentiellen Faltungsintermediaten andererseits besonders wichtig sind.

Rückfaltung von BsPel, ausgehend vom guanidiniumchlorid-denaturierten Zustand, war bei kleinen Proteinkonzentrationen und niedrigen Temperaturen vollständig möglich. GdmCl-induzierte Faltungsübergänge waren aber nicht reversibel und zeigten eine apparente Hysterese. Kinetische Messungen des Fluoreszenz- und CD-Signals im fernen UV ergaben eine extreme Denaturierungsmittelabhängigkeit der Rückfaltungsrate im Bereich des Übergangmittelpunktes. Der extreme Abfall der Rückfaltungsraten mit steigender Denaturierungsmittelkonzentration kann als kooperative
Entfaltung eines essentiellen Faltungsintermediats verstanden werden. Dieses Faltungsintermediat ist temperaturlabil und kann durch den Zusatz Glycerin im Renaturierungspuffer stabilisiert werden, wobei sich die Hysterese verringert, jedoch nicht vollständig aufgehoben wird. Durch reverse Doppelsprungexperimente konnten zwei transiente Faltungsintermediate nachgewiesen werden, die auf zwei parallelen Faltungswegen liegen und beide zum nativen Zustand weiterreagieren können. Fluoreszenzemissionsspektren der beiden Intermediate zeigten, daß beide schon nativähnliche Struktur aufweisen. Kinetische Daten von Prolin-Doppelsprungexperimenten zeigten, daß Prolinisomerisierung den geschwindigkeitsbestimmenden Schritt in der Reaktivierung des denaturierten Enzyms darstellt. Desweiteren konnte durch Prolin-Doppelsprungexperimenten an Mutanten mit Substitutionen im Prolinrest 281 gezeigt werden, daß die langsame Renaturierung von BsPel nicht durch die Isomerisierung der einzigen cis-Peptidbindung an Prolin 281 verursacht wird, sondern durch die Isomerisierung mehrerer trans-Proline. Die beiden beobachteten transienten Faltungsintermediate sind somit wahrscheinlich zwei Populationen von Faltungsintermediaten mit nicht-nativen X-Pro-Peptidbindungen, wobei sich die Populationen durch mindestens eine nicht-native X-Pro-Peptidbindung unterscheiden.

Der Austausch des Prolinrestes 281 gegen verschiedene Aminosäuren (Ala, Ile, Leu, Phe, Gly) führte zu einer starken Destabilisierung des nativen Proteins und daneben auch zu einer Reduktion in der Aktivität, da die Mutationsstelle in der Nähe der putativen Substratbindetasche liegt. Die Rückfaltungskinetiken der Prolinmutanten war bei 10°C annähernd gleich zum Wildtyp und die geschwindigkeitsbestimmenden Schritte der Faltung waren durch die Mutation nicht verändert. Die durch die Mutation verursachte drastische Destabilisierung des nativen Zustands führte zu einem reversiblen Entfaltungsgleichgewicht bei pH 7 und 10°C. GdmCl-induzierte Faltungsübergänge der Mutante P281A zeigten bei Messungen der Tryptophanfluoreszenzemission und der Aktivität einen kooperativen Phasenübergang mit einem Übergangsmittelpunkt bei 1.1 M GdmCl. Durch die Übereinstimmung der Faltungsübergänge bei beiden Messparametern konnten die Faltungsübergänge nach dem Zwei-Zustandsmodell ausgewertet werden. Dabei wurde eine freie Sabilisierungsenthalpie der Faltung für die Mutante von - 64.2 ± 0.4 kJ/mol und eine Kooperativität des Übergangs
von - 58.2 ± 0.3 kJ/(mol·M) bestimmt.

BsPel enthält, wie die meisten monomeren rechtsgängigen parallelen beta-Helix-Proteine, einen internen Stapel wasserstoffverbrückter Asparagin-Seitenketten. Die Mehrheit der erzeugten Mutanten mit Substitutionen im Zentrum der Asn-Leiter (N271X) waren als enzymatisch aktives Protein zugänglich. Die Auswirkung der Mutation auf die Stabilität und Rückfaltung wurde an den Proteinen BsPel-N271T und BsPel-N271A näher analysiert. Dabei führte die Unterbrechung des Asparaginstapels im Inneren der beta-Helix zu keiner drastischen Destabilisierung des nativen Proteins. Allerdings führten diese Mutationen zu einem temperatur-sensitiven Faltungsphänotyp und die Hysterese im Denaturierungsübergang wurde verstärkt. Offenbar wird durch die Unterbrechung des Asparaginstapel ein essentielles, thermolabiles Faltungsintermediat destabilisiert. Der Asparaginstapel wird somit bei der Faltung sehr früh ausgebildet und ist wahrscheinlich schon im Übergangszustand vorhanden.
Pectate lyases belong to a family of proteins secreted by plant pathogenic microbes. The enzymes cleave alpha-1,4 linked galacturonic acid by a beta-elimination that results in an unsaturated product, which can be quantified spectrophotometrically. Calcium is essential for the activity and the pH-optimum is near 8.5. All known structures of pectate and pectin lyases have the same structural motif - a right handed parallel beta-helix. The structure of pectate lyase from Bacillus subtilis (BsPel) has been solved in complex with calcium. It is a monomeric protein, with a molecular mass of about 43 kDa and without disulfide bonds. This allows its high-yield recombinant expression in the cytoplasm of Escherichia coli. Parallel beta-helices are relative large proteins, however with a simple folding topology. The objective of this work was to characterize the folding mechanism of BsPel. In particular we investigated the role of the interactions of certain residues in the parallel beta-helix for the stability of the native protein and the stability of essential folding intermediates.

Refolding of BsPel was possible at low protein concentrations and low temperature. However, denaturation of BsPel was not freely reversible. De- and renaturation curves showed a large apparent hysteresis. Furthermore, the folding rate constant deduced from fluorescence and circulardichroism measurements showed a very strong dependence on denaturant concentrations near the midpoint of the renaturation transition. This can be explained with a cooperative unfolding of an essential folding intermediate. Upon stabilisation of the temperature-sensitive intermediate by addition of glycerol in the renaturation buffer, the hysteresis is reduced, but does not disappear. Reverse double mixing kinetic experiments have shown that two transient folding intermediates are on the folding pathway. These intermediates are on parallel pathways and both can fold to the native state. Fluorescence emission spectra have shown the native-like structure of both intermediates. Furthermore, data from proline double mixing kinetic experiments revealed that isomerization of peptidyl-prolyl bonds was responsible for the slow kinetics in the reactivation of the enzyme. However, the isomerization of the single cis-peptidyl-prolyl bond at Pro281 was not responsible for the slowest folding phase observed, but rather the isomerization of other trans-peptidyl-prolyl bonds. Thus, both transient folding intermediates observed probably represent two populations of folding intermediates with non-native X-Pro-peptide bonds. The difference of the two populations is at least one non-native X-Pro-peptide bond.

Mutations of the proline 281 against various residues (Ala, Ile, Leu, Phe, Gly) resulted in a strong destabilization of the native protein. Also, the activity of the mutant proteins was strong reduced due to the position of the mutation site near the putative active center of the protein. At 10°C the kinetic folding behavior of the proline mutants was not significant changed. However, the strong destabilization of the native state in the proline mutants resulted in a reversible folding equilibrium at pH 7 and 10°C. The unfolding of the P281A mutant was reversible as determined by fluorescence emission and enzyme activity measurements. The coincidence of these detected transitions is consistent with a two-state equilibrium transition. At pH 7 and 10°C the delta G°(H₂O) for folding of P281A was - 64.2 ± 0.4 kJ/mol, with a midpoint of the transition at 1.1 M GdmCl and a cooperativity of - 58.2 ± 0.3 kJ/(mol·M).

BsPel has an asparagine ladder in turn 2 of the parallel beta-helix with extensive network of side-chain hydrogen bonds between the Asn residues. Such an Asn-ladder is a conserved feature of many monomeric beta-helices crystallized so far. The middle Asn residue (271) was selected and exchanged for various residues. Most of the mutants were expressed at 25°C as soluble and active proteins but with a significant reduction in yield. Mutants N271T and N271A were selected to study the stability and refolding of these proteins in comparison with the wild-type protein. The substitution in the Asn-ladder did not drastically destabilize the native protein, but caused a temperature-sensitive-folding (tsf) phenotype with an increased hysteresis in the de- and renaturation transition curves. In addition, the disruption of the Asn-ladder resulted in destabilization of an essential, thermosensitive folding intermediate. Thus, the Asn-ladder is formed very early during the folding, probably well before the transition state of folding.

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Wang, Tsu-Pin, and 王祖濱. "D-Proline effects on Peptidyl-prolyl cis/trans Isomerization." Thesis, 2008. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/55498985094256966249.

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Abstract:

碩士
輔仁大學
化學系
96
Amino acids are the basic structural units of proteins. The nature of amino acids can influence the structural and the function of the protein. Proline residues have often been associated with conformational changes in peptides and proteins, because of their unique ability to undergo peptidyl-prolyl cis/trans isomerization about peptide bond linking proline and preceding amino acid residue. In order to examine the ability of L-amino acid residues preceding D-proline, Xaa-D-Pro, to stabilize a cis amide conformation relative to that observed with L-proline, we prepare a series of D-proline analogs of linear peptides that contain an amide bond between L-amino acid and D-proline. The D-proline containing peptides were prepared with the soild-phase peptide synthesis procols. Conformation studies on the peptidyl-prolyl cis/trans isomerization of D-proline peptides were analyzed by 1H NMR.

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Chih-Chien, Yang, and 楊志堅. "D-Amino Acid Effects on Peptidyl-Prolyl cis/trans Isomerization." Thesis, 2005. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/13408669608266261037.

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Abstract:

碩士
輔仁大學
化學系
94
Proline residues have often been associated with conformational changes in peptides and proteins, because of their unique ability to undergo peptidyl-prolyl cis-trans isomerization about the peptide bond linking proline and the preceding amino acid residue. In order to examine the ability of D-amine acid residues preceding proline to stabilize a cis amide conformational relative to that observed with L-amino acid residues. We plan to prepare a series of D-amino acid analogs of linear peptides that contain an amide between D-amino acid and praline. The D-amino acid containing peptides will be prepared with the solid-phase peptide synthesis protocols. Conformation studies on the peptidyl-prolyl cis/trans isomerization of D-amino acid-proline peptides will be analyzed with ¹H NMR. The result of these studies would be used for new drug development.

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33

Fanghänel, Jörg [Verfasser]. "Untersuchungen zum Katalysemechanismus von Peptidyl-Prolyl-cis- trans-Isomerasen / von Jörg Fanghänel." 2005. http://d-nb.info/980152100/34.

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34

Reimer, Tatiana [Verfasser]. "Cellular localization and function of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase hPar14 / von Tatiana Reimer." 2003. http://d-nb.info/969411618/34.

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35

Pirkl, Franziska [Verfasser]. "Funktionelle Analyse der großen Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen FKBP51, FKBP52 und Cyp40 / Franziska Pirkl." 2001. http://d-nb.info/96279127X/34.

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Kamphausen, Thilo [Verfasser]. "Charakterisierung von AtFKBP42 und weiteren Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen aus Arabidopsis thaliana / von Thilo Kamphausen." 2002. http://d-nb.info/967124409/34.

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Stoller, Gerlind [Verfasser]. "Charakterisierung des Triggerfaktors - einer ribosomenassoziierten Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase aus Escherichia coli / von Gerlind Stoller." 1998. http://d-nb.info/960869263/34.

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38

Féaux, de Lacroix Boris [Verfasser]. "Synthese von Inhibitoren der humanen Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase Pin1 / vorgelegt von Boris Féaux de Lacroix." 2006. http://d-nb.info/98362643X/34.

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39

Hangen, Hanne. "Expression von Peptidyl-prolyl cis/trans isomerase NIMA-interacting 1 (PIN1) in Blasten von Patienten mit akuter myeloischer Leukämie." Doctoral thesis, 2011. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-B1FB-C.

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40

Siepe, Dirk [Verfasser]. "Role of the peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 in the ubiquitin proteasome system (UPS) / vorgelegt von Dirk Siepe." 2009. http://d-nb.info/1007629126/34.

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Hessamian-Alinejad, Anahita [Verfasser]. "Synthese von spiro-Benzofuranonen als Inhibitoren für die Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen der hPin1 / vorgelegt von Anahita Hessamian-Alinejad." 2002. http://d-nb.info/96635754X/34.

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42

Baum, Norma [Verfasser]. "Biochemische und funktionelle Charakterisierung der Interaktion des Tumorsuppressorproteins p53 und der Peptidyl-prolyl cis/trans Isomerase Cyslophilin 18 / von Norma Baum." 2010. http://d-nb.info/1008109398/34.

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43

Vu, Phuoc Jake D. "Determination of Dynamical Conservation in Human Cyclophilin Isoforms." 2017. http://scholarworks.gsu.edu/chemistry_theses/107.

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Abstract:

Among the peptidyl prolyl isomerases, the Cyclophilin family of proteins has been linked to various cellular activities such as regulation of homeostasis, mitochondrial permeability, and cell death. Their functionality spans throughout the cell and throughout all cell types as different isoforms. Previous studies done on Cyclophilin A revealed an interesting contact ensemble when bound to a substrate. Because of the similarity of CypA to its homologues, it is believed that they too will exhibit the same contact dynamics. We have defined the dynamics of cyclophilin isoforms through Molecular Dynamics simulations and determined their contact dynamics, characterizing their contact ensembles, and their relative dynamical conservation to each other.

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Strube, Katharina [Verfasser]. "Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerasen in Streptomyces Lividans : Herstellung von Knockout-Mutanten der Cyclophiline A1 und A2 durch homologe Rekombination / von Katharina Strube." 2008. http://d-nb.info/989990346/34.

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Metzner, Martin [Verfasser]. "Reinigung, Klonierung und Charakterisierung einer phospho-spezifischen Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase aus proembryogenen Massen (PEMs) von Digitalis lanata EHRH / von Martin Metzner." 2000. http://d-nb.info/961143134/34.

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46

Velazquez, Hector. "Molecular Dynamics Simulations Towards The Understanding of the Cis-Trans Isomerization of Proline As A Conformational Switch For The Regulation of Biological Processes." 2014. http://scholarworks.gsu.edu/chemistry_diss/89.

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Abstract:

Pin1 is an enzyme central to cell signaling pathways because it catalyzes the cis–trans isomerization of the peptide ω-bond in phosphorylated serine/threonine-proline motifs in many proteins. This regulatory function makes Pin1 a drug target in the treatment of various diseases. The effects of phosphorylation on Pin1 substrates and the basis for Pin1 recognition are not well understood. The conformational consequences of phosphorylation on Pin1 substrate analogues and the mechanism of recognition by the catalytic domain of Pin1 were determined using molecular dynamics simulations. Phosphorylation perturbs the backbone conformational space of Pin1 substrate analogues. It is also shown that Pin1 recognizes specific conformations of its substrate by conformational selection. Dynamical correlated motions in the free Pin1 enzyme are present in the enzyme of the enzyme–substrate complex when the substrate is in the transition state configuration. This suggests that these motions play a significant role during catalysis. These results provide a detailed mechanistic understanding of Pin1 substrate recognition that can be exploited for drug design purposes and further our understanding of the subtleties of post-translational phosphorylation and cis–trans isomerization. Results from accelerated molecular dynamics simulations indicate that catalysis occurs along a restricted path of the backbone configuration of the substrate, selecting specific subpopulations of the conformational space of the substrate in the active site of Pin1. The simulations show that the enzyme–substrate interactions are coupled to the state of the prolyl peptide bond during catalysis. The transition-state configuration of the substrate binds better than the cis and trans states to the catalytic domain of Pin1. This suggests that Pin1 catalyzes its substrate by noncovalently stabilizing the transition state. These results suggest an atomistic detail understanding of the catalytic mechanism of Pin1 that is necessary for the design of novel inhibitors and the treatment of several diseases. Additionally, a set of constant force biased molecular dynamics simulations are presented to explore the kinetic properties of a Pin1 substrate and its unphosphorylated analogue. The simulations indicate that the phosphorylated Pin1 substrate isomerizes slower than the unphosphorylated analogue. This is due to the lower diffusion constant for the phosphorylated Pin1 substrate.

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Faou, Pierre [Verfasser]. "NcCyP41, a two domain Neurospora crassa cyclophilin : characterization of its peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity ; isolation and functional analysis of two novel NcCyP41-binding proteins / Pierre Faou." 2002. http://d-nb.info/964266466/34.

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Dissertations / Theses on the topic 'Peptidyl-prolyl cis'

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