Dissertations / Theses: 'Peste des petits ruminants virus'

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Dash, Pradyot. "Development of reverse genetics for Peste des Petits Ruminants Virus." Thesis, Royal Veterinary College (University of London), 2003. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.522189.

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Gopilo, Abraham. "Epidemiology of peste des petits ruminants virus in Ethiopia and molecular studies on virulence." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2005. http://oatao.univ-toulouse.fr/7414/1/gopilo.pdf.

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Abstract:

Peste des petits ruminants (PPR) is an acute and highly contagious viral disease of small ruminants, which is characterised by high fever, ocular and nasal discharge, pneumonia, necrosis and ulceration of the mucuous membrane and inflammation of the gastro-intestinal tract leading to severe diarrhoea and high mortality. In Africa, goats are severely affected while sheep undergo a mild form or rarely suffer clinical disease. PPR is one of the most important economical diseases in Ethiopia. Clinical PPR is confirmed in Ethiopian goats, however, its circulation in other animals has never been described. In the present work, we showed that the antibody seroprevalence in camel, cattle, goat and sheep confirmed natural transmission in these animals without clinical disease. The apparent absence of pathogenicity in these animals may have been due to host resistance or loss of virulence of the virus strain. We have further investigated the latter point by in vitro studies on PPRV comparing strains from Ethiopia and other countries with the vaccine strain which has been attenuated after several cell culture passages. In a first approach, virulence of PPRV was monitored in cell culture system and the use of virus specific monoclonal antibodies enabled to detect differences in virulence between PPRV and RPV. Vero (primate origin) and 293T (human) cell lines supported virus replication permitting the in vitro growth of both PPRV and RPV. In contrast to RPV, B95a (marmoset B) cells infected with PPRV were non permissive. The capability of cells to support active virus replication, which may result in intercellular spread and induce damages in infected cells, has implications on the pathogenesis and epidemiology. Cellular receptors are major determinants of host range and tissue tropism of a virus. The difference in infectivity of PPRV and RPV may have depended on the H protein epitopes and their cellular receptors. Therefore, we decided to compare the amino acid epitope of H protein of PPRV with that of other morbilliviruses. As part of our investigation of virulence factors, we have sequenced and compared genome and antigenome promoters of a vaccine strain with field strains of PPRV. The promoters contain the polymerase binding sites to initiate and generate the positive-strand replication and transcription of mRNAs. Nucleotide base change differences between vaccine strain and field strains would provide molecular basis for attenuation. Alignment of the genome promoter sequences revealed seven nucleotide mutations at certain positions. Our finding on nucleotide mutation on PPRV are in agreement with the nucleotide changes in rinderpest virus and other morbillivirus promoter regions between vaccine strain and wild type virus. Certain mutations were specific to PPRV. The promoter sequences were clustered around the geographic origin of the viruses and were lineage specific. Phylogenetic analysis of PPRV promoters was used for PPR phylogeograhy, and for comparison with other paramyxoviruses. The thesis is divided in 6 chapters. The first chapter deals with the natural history of PPR including the virus, the genome, epidemiology, transmission, clinical signs, immunology, diagnosis, control and its economic cost in the low income subsistence farming systems in sub-Saharan Africa. The second chapter is about comparative biology of PPRV with regard to other groups of morbillivirus genus in the Paramyxoviridae family. The third chapter deals with field study and observations on epidemiology of PPR in Ethiopia. In chapter four, PPRV virulence was monitored in cell culture system and comparison of H protein epitopes. In chapter five, sequence analysis of genome and antigenome promoters of PPRV was described In chapter six, general discussion and recommendations were forwarded.

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Sanz, Bernardo Beatriz. "Control of host innate immune (interferon) responses by peste des petits ruminants virus (PPRV)." Thesis, St George's, University of London, 2015. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.703281.

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Abstract:

Peste des petits ruminants virus (PPRV) produces clinical disease in goats and sheep. PPRV is a morbillivirus, others of which are known to affect the activation of the innate immune response by the actions of their accessory proteins (V&C). A crucial part of normal activation is the induction of interferon β (IFNβ) after pathogen recognition by pattern recognition receptors (PRRs). The presence of viral RNA can be sensed by the cytosolic proteins MDA-5 and RIG-I, starting a signalling cascade that leads to the activation of the IFNβ promoter and the synthesis of IFNβ. The production of IFNβ is a defence mechanism to control the spread of infection to neighbouring cells. Many viruses have evolved to antagonize this cell response. In this thesis I present a study of the induction of IFNβ following PPRV infection in both goat and primate cells, and the effects of infection with PPRV on the induction of IFNβ following MDA-5 and RIG-I mediated activation. Using both reporter assays and direct measurement of IFNβ mRNA, I found that PPRV infection does not induce IFNβ and can block the activation of expression of IFNβ. A study of the interaction of the PPRV accessory proteins with MDA-5 and RIG-I was carried out, including the cloning of goat RIG-I and LGP2. I also generated mutant viruses that lack expression of either accessory protein to characterize the role of these proteins in IFNβ induction during virus infection. Overexpression of V blocks MDA-5 mediated induction of IFNβ, but PPRV lacking V can still block MDA-5 mediated activation of IFNβ. PPRV C bound to neither MDA-5 nor RIG-I, but PPRV lacking C lost the ability to block MDA-5 and RIG-I mediated activation of IFNβ. These results shed new light on the inhibition of the induction of IFNβ by PPRV.

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Gopilo, Abraham Picavet Dominique-Pierre. "Epidemiology of peste des petits ruminants virus in ethiopia and molecular studies on virulence." Toulouse : INP Toulouse, 2006. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000226.

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Woma, Timothy Yusufu. "Epidemiology of peste-des-petits-ruminants virus in sheep goats and camels in Nigeria." Thesis, University of Pretoria, 2015. http://hdl.handle.net/2263/53316.

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Abstract:

Peste-des-petits-ruminants (PPR), caused by the peste-des-petits ruminants virus (PPRV) is endemic in Nigeria and is a major constraint to the improvement of small ruminant production, thereby affecting the rural poor who depends on these livestock species as their source of livelihoods. The major objectives of this work were: 1) to conduct a seroprevalence of PPRV in camels, sheep and goats in Nigeria; 2) to isolate PPRV from naturally infected animals; and 3) to characterize the isolates using molecular techniques and compare the profile of the current isolates with the worldwide vaccine (Nig75/1) and other existing strains from other parts of the world. The major contribution of this work to current knowledge were: finding that more than one lineage of PPRV was circulating in Nigeria, the emerging Asian lineage IV gradually replacing the traditional lineage II in the country; the isolation in cell cultures and full genome sequencing of current field viruses which was last done in 1976; the unique amino acid residues in the individual proteins of the various lineages of PPRV were identified and used to develop a lineage-specific diagnostic test for the virus; and the current seroprevalence report of PPR in camels, sheep and goats from all the agro-ecological zones of the country. This work has also increased the sequences of PPRV available in GenBank. A total of 6,065 field serum samples from camels (1,517), goats (3,489) and sheep (1,059) were collected from all the six agro-ecological zones of Nigeria. The study subjects cut across all ages and sexes. The samples were subjected to both the N and H protein based c-ELISA. In addition, 140 clinical samples from 16 sheep and 63 goats with symptoms suggestive of PPRV infection were collected from different (15) states of Nigeria during a four year period (2010 2013). Published primers were used to amplify a 351 bp segment of the PPRV nucleoprotein (N) gene and a 370 bp segment of the fusion (F) gene. Monkey CV 1 cell line expressing the sheep-goat SLAM protein was used to isolate PPRV from RT-PCR positive samples. Thirty primer pairs were used to amplify and sequence two full genome isolates of the current circulating PPRV in Nigeria. Primer express software was used to develop a lineage-specific real time PCR for PPRV. The overall prevalence estimate of serum positive results for PPRV in sheep and goats was 23.16 % (n = 1,018/4,548, 95 % confidence interval [CI]: 21.79 - 24.57. There were significant differences in prevalences between the states (p = 0.001), zones (p = 0.058) and age (p = 0.032). Taraba State had the highest seroprevalence rate of 27.97 % while the lowest rate of 14.76 % was observed in Cross River State. There were no significant differences in the PPRV prevalences between male and female animals (p = 0.571) and between species (p = 0.639). The overall prevalence in camels was 3.36 % (51/1517, 95 % CI: 2.51 4.39). There were no significant differences in prevalences between states (p = 0.892) and between male and female camels (p = 0.742). The prevalence differed significantly (p < 0.001) by body condition scores - camels with poor body condition score have a higher (16.67 %) antibody seroprevalences to PPRV compared to those with fair and good body condition scores. There was a statistically significant difference between camels aged ? 5 years and those > 5 years (p = 0.004). The clinical samples subjected to RT-PCR showed that 33 (42 %) animals were positive for PPRV nucleic acid, which included two sheep (13 %) and 31 goats (49 %). The amplicons were sequenced and phylogenetic analysis using the neighbour joining, maximum parsimony and Bayesian analysis of the sequences with those available in GenBank showed that isolates from the current study belonged to lineage II and lineage IV. The lineage II viruses from this study grouped into two clades, one closely related to the vaccine virus (Nigeria75/1) and the other clade group with other wild-type viruses from Mali, Senegal and Sierra Leone. The lineage IV isolates also grouped into two sub-clades, one closely related to a 2011 strain from Gabon and the other closely related to a 1997 strain from Cameroon. Analysis of two full genomes of PPRV from Nigeria representing the two lineages of the virus circulating currently in the country showed that the lineage II representative isolated in 2012 has an identity of 96 % at the nucleotide level with the lineage II Nigeria75/1 virus isolated in 1975 and used as a vaccine. The lineage IV representative isolated in 2013 revealed an identity of 96 % with Sungri/96 from India. The unique amino acid residues in the individual proteins of the various lineages of PPRV were identified and used to develop a one-step TaqMan® real-time RT-PCR assay targeting the H gene of PPRV. This study reports for the first time, the presence of PPRV lineage IV, the Asian lineage in Nigeria. As part of the study, a lineage-specific assay was also developed, which once validated, could be included in the panel of assays recommended by the World Organization for Animal Health (OIE). The seroprevalence studies showed occasional transient PPRV infection of camels and the current antibody seroprevalence to PPRV in the small ruminants population in Nigeria. There is the need to include camels among species to be studied in elucidating the epidemiology of the disease in sheep and goats. The seroprevalence studies may be helpful in reaching a decision on the vaccination strategy for the control of the disease in the country.
Thesis (PhD)--University of Pretoria, 2015.
tm2016
Veterinary Tropical Diseases
PhD

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Buczkowski, Hubert. "Development of marker vaccines for rinderpest (RPV) and peste des petits ruminants (PPRV) viruses." Thesis, Royal Veterinary College (University of London), 2010. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.558958.

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Bodjo, Sanne Charles. "Etude de la nucleocapside des virus de la peste bovine et peste des petits ruminants : caractérisation moléculaire des interactions protéiques et des sites antigénique." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20073.

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Abstract:

L'étude des structures antigéniques des nucléoprotéines (N) des virus de la peste bovine et de la peste des petits ruminants a montré que la région N-terminale est immunodominante. Les études de cartographie d’anticorps monoclonaux anti-N ont permis de localiser dans cette région des épitopes communs mais aussi des épitopes spécifiques à chacun des deux virus. Les tests de compétition ELISA (cELISA), développés avec certains de ces monoclonaux spécifiques à chaque virus détectent malheureusement aussi bien des sérums anti-PPR et qu'anti-peste bovine. Ce croisement serait probablement la résultante d’encombrement stérique engendré par des anticorps fixés sur les épitopes communs aux deux virus mais proches des sites spécifiques. Une partie de nos travaux a porté sur l'analyse des interactions protéine-protéine du virus PPR. Ils ont permis de localiser le domaine d'interaction N-N dans la zone couverte par les 240 premiers aminoacides de N. Quatre régions capables de se lier à la protéine M ont été identifiées sur la protéine N. Les séquences de ces zones d’interaction N-M sont conservées au sein groupe Morbillivirus

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Mantip, Samuel Elias Lashat. "Molecular characterisation of peste des petits ruminants viruses in sheep and goats from Nigeria." Diss., University of Pretoria, 2013. http://hdl.handle.net/2263/40708.

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Abstract:

Peste des petits ruminants virus (PPRV) belongs to the family Paramyxoviridae and genus morbillivirus. It is a highly contagious, fatal and economically important viral disease of small ruminants that is still endemic and militate against the production of sheep and goats in Nigeria. It is a notifiable disease according to the World Organization for Animal Health (Office International des Epizooties). In this study, a molecular analysis of PPRV from sheep and goats from recent outbreaks across the different regions of Nigeria was carried out. The aim was to describe the viral strains and the movement of the virus within the country compared to other endemic areas of the world. This was carried out through tissue and swab samples collected from sheep and goats in various agro-ecological zones of Nigeria.The evolution and relationship of earlier PPRV strains/isolates and those circulating and causing recent outbreaks was determined by sequencing of the nucleoprotein (N)-gene. Twenty tissue and swab samples from apparently healthy and sick sheep and goats were collected randomly from each of three states of each of the six agro-ecological zones visited. A total of 360 samples were collected. A total of 35 samples of 360 (9.7 %) tested positive by RT-PCR, of which 25 were from oculo-nasal swabs and 10 were from tissue samples (Table 4.2). Phylogenetic analysis was carried out using the N-gene sequences of the PPRV amplicons. Alignment of the sequences and related sequences from GenBank and neighbor-joining phylogenetic analysis using PAUP identified four different lineages, i.e. lineages I, II, III and IV. Interestingly, the Nigerian strains described in this study grouped in two separate major lineages i.e. lineages II and IV. Strains from Sokoto, Oyo, Plateau and Ondo states grouped according to the historical distribution of PPRV together with the Nigerian 75/1 strain of lineage II, while other strains from Sokoto, Oyo, Plateau, Akwa-Ibom, Adamawa, Kaduna, Lagos, Bauchi, Niger and Kano states grouped together with the East-African and Asian strains of lineage IV. This finding suggests that both lineages II and IV strains of PPRVs are circulating presently in Nigeria, contrary to an earlier publication which indicated that only strains of lineage II were circulating in the country (Shamaki, 2002).
Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2013.
gm2014
Veterinary Tropical Diseases
unrestricted

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Salami, Habib. "Diffusion d'un virus et évolution de son génome dans les populations de ruminants domestiques : application à l'épidémiosurveillance de la "Peste des petits ruminants"." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS155/document.

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Abstract:

La peste des petits ruminants (PPR), causée par un Morbillivirus, est l'infection virale la plus grave des caprins et ovins. Elle est largement répandue en Asie, au Moyen Orient et en Afrique. En Afrique elle est en émergence au nord et au sud du continent et représente un facteur majeur d'insécurité alimentaire pour la population agricole (70% des populations pauvres des régions considérées). La PPR est un modèle d'étude des maladies transfrontalières ; sa diffusion est très liée aux mouvements régionaux d'animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, quarantaine, contrôle aux frontières,…). A notre connaissance aucune étude n'a été entreprise pour connaître l'ampleur de la diversité génétique du PPRv au cours d'infections naturelles de petits ruminants et l'accumulation des mutations virales dans un circuit de diffusion. Or dans les pays d'élevages extensifs tropicaux l'identification et la traçabilité animale sont inexistantes, ce qui rend difficile reconstruction des circuits de diffusion des animaux et du virus. Dans ces conditions, la diversité génétique du virus peut être utilisée comme marqueur de diffusion épidémiologique. L'objectif de cette thèse est d'utiliser la variabilité génétique du PPRV pour caractériser les lignées virales circulantes et retracer les processus de transmission du virus à travers un large territoire centré sur le Sénégal. En analysant 2 gènes de PPR nous avons estimé la vitesse d'évolution du virus sur une période de 4 années comprise en 2010 et 2014.Les résultats montrent que les premières souches de la lignée 2 de PPRv ont été introduites en 2005 au Sénégal et dans les pays voisins. L'horloge moléculaire et l'arbre phylogéographique rapportés ici indiquent clairement que la lignée II maintenant enzootique en Afrique de l'ouest prend son origine au Nigeria. Les mouvements trans-africains à l'origine du déplacement est-ouest de la lignée II trouvent leur origine dans le commerce de bétail à la croisée des frontières, une évidence économique et culturelle en Afrique de l'Ouest.Mots clés : peste des petits ruminants ; gène viral ; mutation virale ; circuit de transmission ; phylogénie ; phylogéographie ; surveillance épidémiologique, Sénégal
Peste des petits ruminants (PPR), caused by a Morbillivirus is one of the most important viral infections in sheep and goats. It is widely spread in Asia, Middle East and Africa. In Africa, it is an emerging disease in the north and the south of the continent. It is a major factor of food insecurity for the farming population (70% of the poor population in the tropical regions). PPR is a study model of transboundary diseases; its spread is highly related to regional movements of livestock. Understanding the spread of PPR is an essential condition for the implementation of efficient control measures (vaccination, quarantine, border controls etc.). Up to our knowledge, no studies have investigated the range of genetic diversity of PPR virus (PPRv) during natural infections in small ruminants and the accumulation of virus mutations during its spread. Further on, in tropical countries with extensive farming, animal identification and traceability are a current problem. In such conditions, the genetic diversity of the PPRv can be used as a marker of animal movement and spread of the virus. The objective of this study was to investigate the genetic diversity of the PPRv in order to characterise the actual viral lineages and to retrace the transmission of the virus in Senegal and its surrounding countries. Analyzing two complete viral genes of the PPR, we have estimated the rate of evolution of this virus, in a four year period, between 2010 and 2014. The results of the study show that the first strains of lineage II of PPRv have been introduced in 2005 in Senegal and its surrounding countries. Molecular clock analysis and phylogeographical reconstitution of the PPRv indicate that the lineage II, actually enzootique in western Africa, has its origins in Nigeria. This viral introduction from the direction east towards west, corresponds to the transboundary movement and commerce of livestock in the countries of western Africa, which represents the economic and cultural tradition of the people of this region.Key words: Peste des petits ruminants, viral gene, virus mutation, transmission, phylogeny, phylogéographie, epidemiosurveillance, Senegal, West Africa

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Bailey, Dalan. "Development of reverse genetics for peste des petets ruminants virus (PPRV)." Thesis, University of Reading, 2006. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.494788.

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Abstract:

Peste des petits ruminants virus (PPRV), a member of the Morbillivims genus in the family Paramyxoviridae, is the cause of a serious and emerging plague of small ruminants, mostly affecting sheep and goats. It is endemic in many developing countries in Africa and southern Asia and is highly contagious, with the mortality rate approaching 90% in some outbreaks. Development of reverse genetics systems for other morbilliviruses such as rinderpest and measles has allowed more focused research into replication, pathogenicity and marker vaccines.

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Ahmed, Osman Elhag Nussieba [Verfasser]. "Expression studies of peste des petits ruminants virus (PPRV) haemagglutinin and fusion envelope glycoproteins / Nussieba Ahmed Osman Elhag." Hannover : Bibliothek der Tierärztlichen Hochschule Hannover, 2015. http://d-nb.info/1073724107/34.

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Halecker, Sabrina [Verfasser], and Gerd [Akademischer Betreuer] Sutter. "Peste des Petits Ruminants Virus (PPRV): optimization of diagnostic procedures and pathogenesis studies / Sabrina Halecker ; Betreuer: Gerd Sutter." München : Universitätsbibliothek der Ludwig-Maximilians-Universität, 2021. http://d-nb.info/1238017223/34.

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Nizamani, Zaheer Ahmed. "Délivrance in vivo de siRNA et évaluation de leur effet antivirale contre le virus de la peste des petits ruminants (PPRV)." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20100/document.

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Abstract:

L'interférence ARN est un processus biologique permettant la dégradation d'un ARN messager par un ARN double brin de courte taille spécifique de cet ARNm. Elle a un potentiel d'application en thérapie antivirale pour peu que les ARN interférents (ARNi) soient délivrés efficacement in vivo. Dans le genre Morbillivirus, on trouve des pathogènes importants en santé publique et vétérinaire tels que le virus de la rougeole et les virus de la peste des petits ruminants (PPR) et de la peste bovine. Il n'existe aucun traitement contre les infections à morbillivirus. L'objectif de ce travail était d'évaluer la possibilité d'administrer in vivo un ARNi actif contre le virus PPR in vitro. Une formulation basée sur des liposomes complexés avec des ARNi ou un adénovirus non réplicatif exprimant des ARN courts en tête d'épingle (shARN) ont été testés chez des chèvres dans un modèle d'épreuve infectieuse avec une souche virulente de PPR. Les différences observées n'étaient cependant pas significatives au plan statistique. Pour améliorer la délivrance par vecteur viral, nous avons comparé un autre vecteur de type baculovirus qui s'est avéré plus efficace in vitro que l'adénovirus précédent. Par ailleurs, nous avons testés in vitro également deux peptides capables de pénétrer dans les cellules. L'un d'entre eux, le Perfect 6 (PF6) a presque complètement inhibé l'expression du gène de la nucléoprotéine par le virus PPR. En revanche, l'autre (PF14) a été moins efficace mais a relativement mieux résisté à l'inhibition de son activité par la présence de fortes concentrations de sérum dans le milieu. Dans le but d'évaluer in vivo ces nouveaux systèmes de délivrance en s'affranchissant du modèle chèvre lourd et couteux à mettre en œuvre, nous avons initié une stratégie de mise au point d'un modèle non infectieux de suivi dynamique de l'interférence ARN chez la souris par imagerie in vivo. Dans ce travail, nous montrons qu'il est possible de mesurer et de standardiser l'expression d'un gène rapporteur comprenant une séquence du virus PPRV et ensuite de quantifier le niveau de dérégulation de l'expression induit par un ARNi dirigé contre le virus PPR. Après calibration, ce modèle est désormais pour tester différents systèmes de délivrance de siRNA chez la souris
RNA interference (RNAi) is the process of mRNA degradation that is induced by double-stranded RNA in a sequence-specific manner. RNAi has a potential of developing into an effective and specific antiviral therapy if small interfering RNAs (siRNAs) can be efficiently delivered in vivo. Morbillivirus genus includes important pathogens of humans and animals, which include measles virus, peste des petits ruminants virus (PPRV) and rinderpest virus. No treatment exists for morbillivirus diseases. The aim of this work was the in vivo delivery of siRNA against PPRV infection. The delivery of siRNA by a liposome and short hairpin RNA (shRNA) by means of a replication deficient adenovirus was tested in goats which were later challenged with PPRV. However, significant therapeutic effects were not obtained. To find more efficient vectors, the PPRV inhibition efficiency of recombinant replication deficient adenovirus and a baculovirus expressing shRNA against nucleoprotein of PPRV were compared in vitro. The baculoviral vector was found to be more efficient. Similarly, two cell penetrating peptides (CPPs) were also compared and PepFect6 (PF6) could deliver siRNA NPPRV1 effectively in vitro resulting in an almost complete inhibition of N gene expression by PPRV. Another CPP, the PF14 though with lower transfection efficiency in vitro, was found to be relatively serum resistant compared to PF6. A small animal model for PPRV infection does not exist. Due to economic, ethical, and biosecurity issues involved with use of small ruminants, a strategy based on the use of a non-infectious mouse model and a dynamic follow up of siRNA treatment by live imaging was developed. We show in this work that it is possible to measure and standardize the expression of a bioluminescent reporter gene containing a PPRV sequence and thus, to quantify a down-regulation of such gene by siRNA against PPRV. After some calibration, siRNA delivery can now be tested in this mouse model for comparing various delivery vectors in vivo

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Holz, Correia Carine Lidiane. "Dynamique de l’émergence in vitro des mutants d’échappement du virus de la peste des petits ruminants (PPRV) face à l’activité ARN interférente ciblant le gène de la nucléoprotéine : implications pour les stratégies thérapeutiques." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20126.

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Abstract:

Les membres du genre Morbillivirus, famille Paramyxoviridae sont responsables de graves maladies chez l'homme et les animaux, comme la rougeole, la peste bovine (RP) et la peste des petits ruminants (PPR). Malgré l'existence de vaccins efficaces contre ces maladies, des traitements spécifiques sont souhaitables. L'inhibition de la réplication de ces virus peut-être acquise par interférence ARN (ARNi), un mécanisme d'inhibition post-transcriptionnel déclenché par des séquences courtes d'ARN double-brin (siARN). Le CIRAD a précédemment identifié 3 siARNs ciblant des régions conservées du gène de la nucléoprotéine virale capables d'inhiber au moins 80% de la réplication in vitro des virus de la rougeole, de la RP et de la PPR. Cependant, un problème majeur dans la stratégie d'ARNi est le risque d'apparition de virus résistants. Dans cette étude, nous avons évalué le risque d'apparition de mutants d'échappement du virus de la PPR sous pression de sélection de 3 siARNs appliqués seul ou en association après plusieurs transfections successives in vitro. Excepté pour la combinaison des 3 siARNs, le virus a échappé à l'ARNi après 3 à 20 passages consécutifs, avec des mutations simples ou multiples (synonymes ou pas) ou une délétion de 6 nucléotides dans la zone cible des siARN. Ces résultats mettent en évidence une plasticité génomique inattendue des morbillivirus surtout illustrée par cette délétion non-délétère d'une partie significative d'un gène viral essentiel, qui devrait être considérée comme un obstacle à l'utilisation de l'ARNi comme thérapie antivirale. Cependant, l'utilisation combinée de 3 siARNs peut être proposée pour diminuer le risque d'échappement aux siARNs
Viruses in the genus Morbillivirus, within the family Paramyxoviridae are responsible for severe humans and animal diseases, including measles, rinderpest (RP) and peste des petits ruminants (PPR). In spite of the existence of efficient vaccines against these diseases, specific treatments to be applied when the infection is already present are desirable. Inhibition of morbillivirus replication can be achieved by RNA interference (RNAi), a mechanism of post-transcriptional gene silencing triggered by small double-stranded RNA (siRNA). The CIRAD previously identified three siRNAs that target conserved regions of the essential gene encoding the viral nucleoprotein and are able to prevent in vitro at least 80% of the replication of measles, RP and PPR viruses . However, a major problem in RNAi is the important risk of emergence of escape mutants. In this study, we investigated the ability of PPR virus to escape the inhibition conferred by single or multiple siRNAs after several consecutive transfections in vitro. Except with the combination of the three different siRNAs, the virus systematically escaped RNAi after 3 to 20 consecutive passages. The mutations were characterized by either single or multiple punctual nucleotide mutations (synonymous or not) or a deletion of a stretch of 6 nucleotides into the siRNA target. These results demonstrate that the genomic plasticity of morbilliviruses, illustrated maily by this significant and no-deleterious deletion in an essential viral gene, should be considered as an obstacle to the use of RNAi in antiviral therapy. However, the combined use of three siRNAs can be proposed to prevent treatment failure with siRNAs

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Minet, Cécile. "Contribution au développement d'un vaccin marqué contre la Peste des Petits Ruminants (PPR) par génétique inverse d'un virus à ARN négatif (Morbillivirus)." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20160.

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Abstract:

La peste des petits ruminants (PPR) est une maladie virale infectieuse, contagieuse et souvent fatale, qui affecte les animaux domestiques et la faune sauvage de l'Afrique subsaharienne, du Moyen-Orient et de l'Asie du sud-ouest. Cette maladie est due à un virus à ARN négatif monocaténaire non segmenté, de la famille des Paramyxoviridae, genre Morbillivirus et sa réplication est placée sous la dépendance de trois protéines : N, P et L. Le vaccin actuel est une souche virulente atténuée par passages successifs sur cellules VERO. Ce vaccin confère une bonne immunité. N'étant pas un vaccin DIVA, il ne permet de faire, par diagnostic sérologique, la distinction entre les animaux vaccinés-animaux infectés. Le développement, par génétique inverse, d'un clone vaccinal infectieux marqué (vaccin DIVA) est l'objectif principal de ce travail de recherche, associé la mise au point d'outils de diagnostic différentiel. La mise en place de la génétique inverse adaptée au virus de la peste des petits ruminants a été notre premier travail. Elle a été réalisée à l'aide d'un minigénome eGFP, dont le gène ne peut être fonctionnel que dans le contexte d'une expression de type virus PPR. La seconde partie du travail a consisté à assembler, cloner et vérifier l'ADNc du génome complet de la souche virale vaccinale PPRV 75/1. La génération, par génétique inverse, du premier clone infectieux PPR a ensuite été mise en œuvre et est toujours en cours. Les résultats obtenus à ce jour ne permettent pas de conclure à la présence d'un clone infectieux. En parallèle, plusieurs stratégies de marquage du vaccin ont été évaluées : délétion d'un segment de la séquence du génome de la souche vaccinale PPRV 75/1, insertion d'une cassette d'expression d'un gène étranger ou substitution d'une partie d'un gène par une séquence homologue dérivée d'un autre morbillivirus ou d'un peptide commercial. Les marques les plus prometteuses ont été ensuite utilisées pour mettre au point des tests diagnostics ELISA
Peste des Petits Ruminants (PPR) is an infectious, contagious and fatal viral disease of goats, sheep and wildlife in sub-Saharan African countries, Middle-East and South-West of Asia. It is caused by a single strand negative RNA virus belonging to the Morbillivirus genus among the Paramyxoviridae family. Current vaccines consist of viral strains attenuated by several passages on cell cultures. These vaccines protect animals against PPR but they are not DIVA vaccines and thus do not permit the distinction between vaccinated and infected animals. However, the manipulation of negative RNA strand by reverse genetics allows the generation of an infectious and marked clone of PPR vaccine strain. Therefore, the aim of this work was to develop both a PPR marked vaccine using reverse genetics technology and the associated diagnosis tools. The first task was to adapt the reverse genetics to the PPR virus using the eGFP minigenome model. Then the full genome of PPR vaccine strain 75/1 was assembled in a plasmid after translation of genomic negative RNA in cDNA. Attempts to generate the first recombinant PPRV are ongoing but up to now, we cannot conclude on the presence of an infectious rescued virus. In parallel, different strategies for vaccine marks were also evaluated: deletion of a region of PPRV genome, insertion of foreign genes or substitution by homologous sequence derived from another morbillivirus or a commercial peptide. In the same time, ELISA assays corresponding to the most promising markers were developed

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Pope, Robert Alan. "A study of the pathogenesis of peste-des-petits ruminants virus : emphasising changes in tissue tropism with time and varying virulence." Thesis, Royal Veterinary College (University of London), 2009. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.518043.

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Haffar, A. "Etude de la proteine de matrice m du virus de la peste des petits ruminants : clonage, sequencage et expression dans le systeme baculovirus." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066231.

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Abstract:

Le virus de la peste des petits ruminants (pprv) est un virus a arn monocatenaire, enveloppe et de polarite negative. Il est responsable d'une grave maladie, souvent mortelle, sur la chevre et le mouton. Son genome, organise comme ceux de tous les morbillivirus, groupe auquel il appartient, code pour huit proteines identifiees: six proteines structurales (n-p-m-f-h-l), et deux proteines non structurales (c et v). Les sequences de la grande majorite de ces proteines sont actuellement connues. La proteine de matrice m a ete clonee et sequencee par des methodes classiques de la biologie moleculaire. Le gene de la proteine m du pprv, long de 1466 nucleotides, code pour une proteine de 335 acides amines, et de poids moleculaire de 38 kda. La proteine m est tres conservee, avec une homologie assez elevee avec celles des autres virus du groupe. La proteine m du pprv a ete exprimee dans le systeme baculovirus/cellules d'insecte, afin d'etudier son comportement, et ses interactions avec d'autres proteines structurales. Ce systeme d'expression a permis de montrer que la proteine m-pprv est capable de former, a elle seule, des pseudo vesicules a la surface de la cellule infectee. Cette interaction n'existe pas avec la proteine m deletee de sa region centrale, la moins conservee. Nous avons pu montrer egalement que la proteine m du pprv interagit avec d'autres proteines, notamment avec la nucleoproteine (n) des virus pestiques (pprv et virus de la peste bovine). Aucune interaction similaire n'a ete observee avec la proteine n d'un autre virus a arn negatif (virus de la rage). La formation par le systeme baculovirus de pseudo vesicules, exprimant la proteine m du pprv seule ou avec la proteine n, pourrait servir de base a la reflexion sur un vaccin recombinant.

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Keita, Djénéba. "Utilisation de l’interférence ARN pour l’inactivation post-transcriptionnelle de gènes viraux et le contrôle de la réplication de deux virus animaux in vitro : Morbillivirus (ARN) et Peste Porcine Africaine (ADN)." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20163.

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Abstract:

Ce travail avait pour objectif d'utiliser le mécanisme de l'interférence ARN pour le contrôle in vitro de la réplication de virus à ARN (Morbillivirus) et à ADN (Asfivirus). Par une approche bioinformatique et biologique par mesure de l'inhibition de la réplication de ces virus en culture cellulaire, des gènes cibles et des siARN actifs ont été mis en évidence. Le genre Morbillivirus inclus d'importants pathogènes de l'homme et de l'animal, comme le virus de la rougeole, de la peste des petits ruminants et celui de la peste bovine. La nucléoprotéine (N) joue un rôle central dans la transcription et la réplication des Morbillivirus, aussi, nous avons définis des siARN dirigés contre les séquences conservées déterminées par alignement multiple du gène N de ces virus. Dans le cas du virus à ADN étudié, le virus de la peste porcine africaine, l'objectif consistait à déterminer le rôle dans la réplication virale, de quatre gènes présents dans une région devant être délétée pour l'atténuation raisonnée du virus. Pour les pays confrontés à ces maladies virales extrêmement contagieuse, le développement de vaccins thérapeutiques reposant sur l'interférence ARN est un progrès majeur en santé animale, spécialement pour la peste porcine africaine contre laquelle il n'y a pas encore de vaccin et pouvant déboucher sur de nouvelles stratégies de lutte
This work aimed at using the mechanism of RNA interference for the in vitro control of the replication of RNA (Morbillivirus) and DNA viruses (Asfivirus). By bioinformatics and in vitro biological approaches measuring the inhibition of the replication of these viruses in cell culture, target genes and active siRNA were identified. Morbillivirus genus includes important pathogens of human and animals. They include measles virus, peste des petits ruminants virus and rinderpest virus. Nucleoprotein (N) plays an essential role in transcription and replication of Morbilliviruses, therefore we defined siRNA targeting the conserved sequences as defined by multiple alignment of the N gene of these viruses. In the case of the DNA virus studied, African swine fever virus, the objective was determining the role in the viral replication, of four genes present in an area having to be deleted for the carefully thought out attenuation of the virus. . For countries facing these extremely contagious viral diseases, the development of therapeutic vaccines based on siRNA interference is a major progress for animal health, especially for African swine fever against which there is not yet vaccine and having the potential to open the door on new control strategies

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Roger, François. "Recherches épidémiologiques et microbiologiques sur une maladie émergente du dromadaire (Camelus dromedarius) dans la Corne de l'Afrique : rôles possibles du virus de la peste des petits ruminants (Paramyxoviridae, Morbillivirus) et de "Streptococcus equi subsp. equi"." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20216.

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Abstract:

En ethiopie, en 1995 et 1996, une maladie epizootique a touche la majeure partie de la population cameline. C'etait une pathologie aigue tres contagieuse, caracterisee par un syndrome febrile et respiratoire. La morbidite etait tres elevee et la mortalite variable, surtout apres un traitement antibiotique. En moins de deux ans, la maladie a ete enregistree dans toutes les zones d'elevage camelin de la corne de l'afrique. La similitude des symptomes avec ceux de la peste des petits ruminants (ppr), affectant a la meme periode des caprins et ovins des memes zones, et la propagation remarquablement rapide de cette maladie, ont oriente les recherches etiologiques vers une maladie virale et plus precisement vers les morbillivirus des ruminants (virus de peste bovine et de la ppr). Une souche du virus ppr (pprv) a ete detectee par un test d'immunocapture d'antigenes et par amplification genique (rt-pcr). Le sequencage de fragments amplifies a montre une proximite genetique avec des souches connues du virus ppr. Un test elisa pour la detection des anticorps anti-pprv a ete effectue sur des echantillons de serums de regions epidemiologiquement differentes. Une augmentation des taux de sero-prevalence a ete observee. Par ailleurs, des travaux bacteriologiques ont ete conduits en utilisant plusieurs milieux de culture. Une souche de streptococcus equi subsp. Equi a ete isolee. C'etait apparemment le premier isolement de l'agent de la gourme des equides chez des camelides. Il est plausible que cette maladie ait ete initiee par une souche du virus ppr. Ce virus pouvait avoir un role immunosuppresseur favorisant l'apparition d'infections bacteriennes secondaires. Toutefois, considerant la specificite de la gourme des equides, maladie tres contagieuse, le role exact de streptococcus equi subsp. Equi reste a etre evaluer. Ces hypotheses sont discutees, notamment dans le contexte des maladies emergentes et du transfert interespeces d'agents infectieux.

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Nikmal, Azizi Ahmad Farid. "Peste des petits ruminants in Afghanistan." Kansas State University, 2010. http://hdl.handle.net/2097/6823.

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Abstract:

Master of Science
Department of Clinical Sciences
David S. Hodgson
Peste des petits ruminants (PPR) is an economically important and highly contagious disease of sheep and goats. It is characterized by enteritis, stomatitis, pneumonia, and discharge from the nose and eyes. This report contains a review of PPR and its epidemiology in Afghanistan and other PPR- endemic countries followed by recommendations for dealing disease in Afghanistan. Studies showed that PPR is still endemic in Afghanistan’s neighboring countries including Pakistan, Iran, Tajikistan, and China. From January of 2009 to January of 2010, 852 outbreaks of PPR were reported to the OIE from 24 different countries. However, this study focuses on Afghanistan and some neighboring countries (Iran, Tajikistan). Animal clinics and Veterinary Field Units (VFUs) reported 7,741 cases of PPR from 2008 to 2009 in different parts of Afghanistan. A study by the Food and Agriculture Organization (FAO) in 2009 showed that PPR is endemic in various parts of Afghanistan. Seroprevalence of PPR varied from 0% in Kapisa to 48% in Herat province of Afghanistan. The last chapter of this report includes recommendations and guidelines regarding prevention and eradication of PPR from Afghanistan. These recommendations could help improve animal health and the economy of Afghanistan in the future.

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Libeau, Geneviève. "Le diagnostic differentiel experimental de la peste bovine et de la peste des petits ruminants." Paris 6, 1998. http://www.theses.fr/1998PA066216.

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Abstract:

Le controle de la peste des petits ruminants (ppr) et de la peste bovine (rp) repose sur un diagnostic efficace et rapide de la maladie. Cependant les deux morbillivirus responsables sont les seuls du genre dont le spectre d'hotes est identique. Les deux maladies sont egalement remarquablement similaires en termes de signes cliniques. Afin d'etre operationnels, les laboratoires doivent disposer de methodes sensibles, specifiques et rapides, pour confirmer un diagnostic clinique provisoire. En combinant les nouvelles technologies issues de differentes disciplines, comme l'immunologie et la biologie moleculaire, ce travail a permis de contribuer a l'elaboration de nouveaux tests developpes sous forme de kits. Vingt-neuf anticorps monoclonaux (acm) diriges contre des souches vaccinales du virus rp et une souche virulente du virus ppr ont ete caracterises. Certain definissent, soit des sites antigeniques communs, soit des sites specifiques a chacun des virus. Trois d'entre eux sont choisis pour etre inclus dans deux tests elisas. Le test elisa immunocapture permet d'identifier et de differencier sans equivoque le virus rp de celui de ppr. Il utilise un acm de capture et deux acm de detection diriges contre des domaines antigeniques non chevauchants de la nucleoproteine (n). Le test permet de detecter cette proteine dans le surnageant de cellules infectees ou directement a partir des echantillons biologiques, issus de l'animal, avec une bonne sensibilite (virus rp : 10 3 , 5 ou ppr : 10 1 , 9 tcid50/ml). Le test elisa de competition (c-elisa) permet la detection specifique des anticorps anti-ppr. Il est base sur l'association d'un acm et de la nucleoproteine recombinante de la souche virale ppr nig 75/1 obtenue par le systeme d'expression du baculovirus. L'atout de la proteine n majoritaire et tres immunogene des morbillivirus, est d'etre exprimee en grande quantite et de constituer un bon antigene. Compare au test de reference, la seroneutralisation, le c-elisa est d'egale efficacite pour le diagnostic : le taux de correlation, r = 0,94, la sensibilite = 94,5% et la specificite relatives = 99,4%. Grace a sa facilite d'emploi, cet elisa permet de traiter des echantillons en grand nombre par une procedure standardisee. La technique de transcription reverse-amplification genique (rt/pcr) a ete simplifiee et evaluee pour la detection et l'identification du virus ppr. Combinee a une sonde non-radioactive, la sensibilite de la rt/pcr permet la detection de faibles concentrations de virus (2 10 4 molecules d'arn genomique). Elle constitue par sa grande efficacite, une methode complementaire a celles precedemment decrites. Nous avons exprime chez le baculovirus l'hemagglutinine de la souche virale rp saudi et par comparaison une forme tronquee de cette proteine. Les proprietes antigeniques de la forme tronquee, qui est elle, secretee, permet d'envisager son utilisation a des fins diagnostiques. Les elisas developpes ont ete appliques sur le terrain a la surveillance d'un foyer de ppr chez des chevres africaines. Ils demontrent, par l'existence d'infections asymptomatiques, que le pouvoir pathogene du virus peut varier selon la race. Des hypotheses sont formulees sur les interactions epidemiologiques des virus rp et ppr chez les ruminants domestiques lors de vaccination en zone d'enzootie. Les outils de diagnostic developpes au cours de ce travail sont maintenant utilises en routine dans les laboratoires veterinaires nationaux participant aux programmes de lutte contre la peste bovine au travers de la parc et de la sarec. Ils permettent de mener a bien les etudes epidemiologiques visant a etablir les programmes de controle et d'eradication et d'en mesurer l'efficacite.

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Hammami, Pachka. "Peste des petits ruminant en Afrique subsaharienne : modélisation et analyse des stratégies de vaccination dans un contexte de bien public mondial." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT136/document.

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Abstract:

La peste des petits ruminants est une maladie infectieuse animale très contagieuse. Largement répandue en Afrique, au Moyen Orient, et en Asie, elle fait des ravages dans les élevages ovins et caprins. Les petits ruminants représentent une ressource nutritionnelle et économique essentielle dans les pays en développement, notamment pour les communautés rurales les plus pauvres. En Afrique sub-saharienne, l'impact de la maladie est d'autant plus élevé que les mouvements des animaux sont compliqués à contrôler (transhumance, commerce illégal, zones de conflits, etc.) et les contrôles sanitaires difficiles à organiser. Une coalition internationale a décidé de prendre en main le contrôle de cette maladie ravageuse en élaborant avec l'OIE et la FAO une stratégie mondiale de contrôle progressif et d'éradication de la maladie.La stratégie est basée sur la vaccination de masse mais les protocoles de vaccination ont principalement été élaborés sur des bases empiriques. Après une campagne de vaccination, la dynamique démographique entraînant le renouvellement du cheptel, la proportion d'individus immunisés au sein de la population (taux d'immunité) est amenée à diminuer au cours du temps (entrées d'animaux non vaccinés, e.g. les naissances, et sorties d'animaux vaccinés, e.g. les ventes). La décroissance du taux d'immunité permet d'évaluer l'efficacité de la vaccination à moyen terme. Si le taux d'immunité est assez élevé, le virus n'a plus d'hôte pour se propager. Le renouvellement du cheptel est délicat à estimer et varie d'un système d'élevage à l'autre. Ce manuscrit présente une méthode d'optimisation des protocoles de vaccination pour obtenir la meilleure couverture immunitaire possible.Un modèle dynamique de prédiction du taux d'immunité dans des élevages de petits ruminants d'Afrique sub-saharienne au cours d'un programme de vaccination pluri-annuel a été développé en utilisant la théorie des modèles démographiques matriciels. Cet outil a été utilisé pour évaluer différents protocoles proposés pour les zones sahéliennes arides / semi-arides et les zones sub-humides / humides. Les paramètres des modèles ont été estimés à partir des données disponibles et d'une revue exhaustive de la littérature.Des indicateurs synthétiques de l'efficacité des protocoles ont été calculés (persistance du niveau protecteur, taux d'immunité moyen, etc.), puis comparés.L'étude a confirmé la pertinence des protocoles proposés par l'OIE et la FAO, apportant des précisions pour les divers scénarios. Les couvertures vaccinales atteintes doivent être très élevées (>80%) pour permettre la protection d'un troupeau pendant toute la durée du programme. En zone sahélienne, les troupeaux doivent être vaccinés au plus tôt après la saison des pluies pour optimiser la portée de la vaccination. L'étude révèle aussi que le pic d'exploitation des mâles, dû à la Tabaski, et la situation épidémiologique initiale du troupeau influent peu sur la dynamique du taux d'immunité.L'outil développé au cours de cette thèse peut être utilisé pour toute maladie infectieuse pour laquelle on dispose d'un vaccin efficace à long terme et toute population domestique dont on connaît la dynamique. Il pourrait cependant être amélioré par l'intégration de la dynamique de la maladie et de la répartition spatiale des élevages sous forme de méta-communauté
Peste des petits ruminants is a highly contagious animal disease. Widespread in Africa, the Middle East and Asia, it has a devastating effect on small ruminants. Small ruminants are essential to sustainable livelihood in developping countries, especially in rural communities. In western Africa, the disease incidence is higher because of the difficulty to control animals movements (transhumance, illegal trade, conflicted areas, etc.) and to settle adapted sanitary actions.A global strategy for the progressive control and the eradication of the disease has been developed by the OIE and FAO. It is based on mass vaccination, with vaccination protocols defined on empirical basis.After a vaccination campaign, the population dynamics is responsible for herd renewal, the proportion of protected individuals (post-vaccinal immunity rate) in the population is decreasing over time (entries of non-vaccinated animals and exits of vaccinated ones). The immunity rate decrease allows to assess to the efficiency of employed vaccination strategies in term of immunity coverage. From a given threshold, the immunity rate can stop the viral transmission. The population renewal has to be estimated carrefully because it varies from one farming system to another. The work described in this manuscript provides an optimization tool of vaccination strategy, supporting decision markers in the formulation of vaccination protocole achiving the best possible immunization coverage in a given socio-economical context.Using the demographic matrix model theory, we developed a seasonal model predicting the immunity rate dynamics in traditional small ruminants livestock of Western African during a vaccination program. We used this model to evaluate different vaccination protocols proposed for Sahelian arid and semi-arid areas, and Soudano-guinean sub-humid and humid areas. Model parameters were estimated from the available data and an exhaustive review of literature.Synthesising indicators of the protocoles efficiency were computed (length of protective immunity, average immunity rate, etc.) and compared.The work described in the manuscript broadly confirmed the protocols proposed by the OIE and FAO. Additionally, this work provides details for the various scenarios. Very high vaccination coverage (>80%) should be reached to protect the population during the whole program. In the Sahelian zone, herds should be vaccinated at the earliest possible from September to optimize the scope of vaccination. We also show that the males offtake increase due to Tabaski and the initial epidemiological situation poorly influences the immunity rate dynamics.Our tool is generic. I can be applied to any infectious disease which has a vaccine providing a lifelong immunity and for which the population dynamics is known. Nevertheless, it could be improved by implementing spatial analysis and disease dynamics

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Waret, Agnès. "Surveillance et contrôle de la Peste des Petits Ruminants : apports de la modélisation." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20207/document.

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Abstract:

La Peste des Petits Ruminants est une maladie contagieuse virale négligée affectant principalement les caprins et les ovins et qui continue son expansion malgré l'existence de moyens de diagnostic et de vaccins efficaces. Le développement d'approches épidémiologiques et économiques avec des outils d'aide à la décision tels que les modèles semble indispensable dans ce contexte si on vise à l'amélioration de sa surveillance et de son contrôle, ainsi qu'à la mobilisation des bailleurs. L'objectif de ce travail est d'y apporter une contribution originale dans un contexte africain où les données ne sont pas toujours disponibles ou faciles à collecter. Plusieurs approches de modélisation complémentaires sont abordées dont un modèle déterministe à compartiments (SEIR), un modèle de régression logistique et un modèle basé sur la théorie des réseaux sociaux. La pertinence de très hauts niveaux de vaccination et d'une surveillance active par sérologie telle qu'habituellement préconisée dans les pays du ‘Sud', dont les systèmes de production sont les seuls véritablement menacés, est discutée. Dans le cas de l'Ethiopie, un système de surveillance passif syndromique est envisagé avec une concentration possible des efforts de sensibilisation à la maladie au niveau des points de pâturages. Concernant la répartition temporelle et spatiale du niveau vaccinal à appliquer, la mise en place de ‘barrières' vaccinales en lien avec la géographie du pays est suggérée comme pouvant optimiser la pratique actuelle de vaccination en urgence autour des foyers déclarés lorsque les ressources sont disponibles. L'intégration de l'écologie de la maladie et l'utilisation complémentaire aux modèles mathématiques de l'analyse phylogéographique offrent des perspectives intéressantes mais restent encore un défi ; la prise en compte de critères socio-économiques est par contre une priorité pour parfaire notre approche
Peste des Petits Ruminants (PPR) is a neglected viral contagious disease of sheep and goats. It has a widespread distribution that continues to expand despite good diagnostic tests and vaccines. Considering this and with the aim to improve surveillance and control of the disease and to attract funding for this, it would be necessary to develop epidemiological and economic approaches including decision tools such as models. The objective of this work is to contribute to such improvements in an African context where data are hardly available or collecting them is a challenge. Various complementary modeling approaches are reported among which a compartmental model (SEIR), a logistic model and a model based on social network theory. The relevance of very high vaccination levels and of active surveillance based on serology as usually recommended worldwide is discussed for developing countries which are the only ones truly threatened by PPR. In the case of Ethiopia, a passive syndromic surveillance system is being considered, enhancing disease awareness at grazing points. Regarding the spatial and temporal distribution of the vaccination level to be administered, ring vaccination making the best use of the country's topography is suggested to enhance effectiveness of the actual practice that consists of outbreak emergency vaccination when resources are available. Including the ecology of the disease and linking phylogeographical analysis to the existing mathematical models offers interesting perspectives but remains a challenge. However, taking into account socio-economic criteria should be a priority to fine-tune our approach

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Gebreegziabher, Berhe. "Development of dual vaccines for the control of peste des petits ruminants and capripox infections of small ruminants." Toulouse, INPT, 2006. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000442/.

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Abstract:

L'objectif de cette thèse était de développer des vaccins bivalents qui pourraient contribuer à une baisse du coût des campagnes de vaccination contre la PPR et la variole des petits ruminants et thermotolérants, caractéristique liée au virus capripox. Nous avons inséré dans le génome d'une souche vaccinale de virus capripox, la souche KS1, l'ADN complémentaire (ADNc) des gènes des protéines vaccinantes du virus de la PPR, la protéine de fusion (F) et l'hémagglutinine. Les virus capripoxvirus sont très spécifiques de leurs hôtes, les bovins, les chêvres et les moutons. Ils ne sont pas pathogènes pour l'homme et constituent ainsi un vecteur idéal pour le développement de vaccins recombinants destinés à lutter contre les maladies de ruminants.

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Gebreegziabher, Berhe Picavet Dominique-Pierre. "Development of dual vaccines for the control of peste des petits ruminants and capripox infections of small ruminants." Toulouse : INP Toulouse, 2007. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000442.

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Das, Subash Chandra. "Studies on chimeric rinderpest-peste des petits ruminants (RP-PPR) viruses produced using reverse genetics." Thesis, Royal Veterinary College (University of London), 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.327035.

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Tounkara, Kadidia. "Epidémiologie d'une maladie transfrontalière des petits ruminants (Pestes des Petites Ruminants) à fort impact au Mali." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTT068/document.

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Abstract:

La peste des petits ruminants (PPR) et la Pleuropneumonie Contagieuse Caprine (PPCC) causées respectivement par un Morbillivirus (Virus de la Peste des Petits Ruminants) et un mycoplasme (Mycoplasma capricolum subsp. Capripneumoniae) sont deux maladies respiratoires très contagieuses des petits ruminants. La PPR est présente en Afrique, en Asie, au Moyen Orient, et depuis peu en Europe. Sur le continent africain, notamment en Afrique de l’Ouest, elle est en expansion et représente un facteur majeur d’insécurité alimentaire pour la population agricole. La PPCC identifiée au Niger en 1995 n’est que suspectée au Mali sur la base de résultats sérologiques.La PPR est un modèle pour l’étude des maladies transfrontalières car sa diffusion est très étroitement liée aux mouvements régionaux d’animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, contrôle aux frontières etc.).La thèse a pour ambition de clarifier la situation épidémiologique de la PPR et de la PPCC au Mali, notamment pour savoir si ces deux maladies coexistent, afin d’en évaluer le risque pour les filières de production de caprins et de proposer des stratégies de contrôle adaptées. Nous n’avons pas réussi à mettre en évidence la présence de la PPCC au Mali. Pour la PPR, l’objectif de la thèse est de caractériser la diversité génétique de souches collectées en Afrique de l’Ouest et plus particulièrement au Mali en utilisant en première instance le gène partiel de la nucléoprotéine du virus. Nous avons ensuite estimé la diversité et le taux d’évolution du PPRV dans la région à partir de séquences génomiques complètes. Notre étude a montré qu’au Mali ainsi que dans les autres pays de l’Afrique de l’Ouest, trois lignées génétiques du PPRV circulent dont l’une d’elles, la lignée II est dominante dans la région et est caractérisée par une grande diversité génétique transfrontalière. Cette étude démontre également une progression de la lignée IV dans l’Afrique de l’Ouest et la persistance au Mali et au Niger de la lignée I (au moins jusqu’en 2001). Ces résultats reflètent par rapport aux données précédentes connues de la répartition des lignées de PPRV, une intensification des mouvements du bétail dus à l’échange et au commerce de ces animaux, flux qui n’est pas contrôlé entre tous les pays de l’ouest africain. Au Mali, il n’existe aucun moyen de contrôle, de traçabilité et d’identification animale. L’utilisation de la diversité génétique comme marqueur épidémiologique serait un moyen d’améliorer notre connaissance de la diffusion de la PPR et de là son contrôle, plus particulièrement dans les pays d’Afrique de l’Ouest
Peste des petits ruminants (PPR) and Contagious caprine pleuropneumonia (CCPP) caused respectively by a Morbillivirus and a mycoplasma (Mycoplasma capricolum subsp. Capripneumoniae) are two highly contagious respiratory diseases of small ruminants. PPR is present in Africa, Asia, Middle East, and has just entered Europe. On the African continent, particularly in West Africa, it is emerging and is a major factor of food insecurity for low-income farmers. CCPP, identified in Niger in 1995, is only suspected in Mali on the basis of serological results.PPR is a model for the study of transboundary diseases because its diffusion is closely linked to regional movements of livestock. Understanding this diffusion is an essential condition for the implementation of effective control measures (vaccination, border control, etc.).The aims of our study is to clarify the epidemiological situation of PPR and the CCPP in Mali, including whether these two diseases coexist in order to assess the risk for goat production chains and propose appropriate control strategies.We did not succeed in confirming the presence of the CCPP in Mali. PPR has already been identified in Mali. The aim of our study for PPR is to characterize the genetic diversity and therefore the different lineages that circulate in Mali and, more generally, in the West African sub region by using at first the partial gene of Nucleoprotein of PPRV. We then estimated more accurately the diversity and rate of evolution of the virus in the region from PPRV genomic sequences. Our studies showed that three lineages of PPRV are circulating in Mali and West Africa. The lineage II is dominating and is characterized with a wide genetic diversity and extensive transboundary circulation. We also demonstrate the progression of lineage IV in West Africa and the persistence of lineage I in Mali and Niger (at least until 2001). These results reflect the large flow of uncontrolled livestock trade between all West African countries. In Mali, there is no means of control, traceability and animal identification. The use of genetic diversity as an epidemiological marker is an effective means of controlling the spread of PPR in these West African countries

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Comerlato, Juliana. "Contributions au développement de modèles petit animal et cellulaire pour les études de pathogenèse des morbillivirus." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT070.

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Abstract:

Morbillivirus est un genre de virus à ARN simple brin de polarité négative de la famille des Paramyxoviridae. Actuellement, il est composé de sept espèces responsables de maladies hautement contagieuses. Les infections par morbillivirus causent une forte mortalité chez l’Homme, les petits ruminants, les carnivores et chez certains mammifères marins. Les vaccins disponibles contre les morbillivirus exigent généralement 7-10 jours pour développer une immunité protectrice. Après la Peste Bovine, première maladie animale éradiquée avec succès, la peste des petits ruminants (PPR) est la prochaine cible pour l'éradication au niveau mondial d’ici 2030. Le vaccin actuel basé sur la souche PPR Nigeria 75/1 est adéquat pour la campagne d'éradication. Cependant, certaines améliorations peuvent être envisagées pour accroître son efficacité, raccourcir le temps nécessaire pour l’éradication et réduire les coûts. Par exemple, l’introduction d’un vaccin marqué positif/négatif permettrait la différenciation entre animaux infectés et vaccinés (DIVA stratégie), permettant ainsi en temps réel la surveillance de l'infection, la vaccination et l’élimination rapide des animaux infectés. Une autre amélioration pourrait être la modification du vaccin actuel par génétique inverse pour insérer une cassette exprimant des ARN interférents capables de cibler les souches virulentes PPRV. Ce vaccin thérapeutique serait utile en situation d'urgence pour contrôler l’infection le temps que l’immunité protectrice se mette en place après vaccination. Afin de développer et tester ces nouveaux vaccins et outils thérapeutiques, il est nécessaire d’utiliser des modèles petit animal et cellulaire pour limiter les expérimentations avec les animaux d'élevage Dans ce travail, nous avons contribué au développement d’un modèle cellulaire in vitro et d’un modèle murin in vivo pour étudier la pathogenèse des morbillivirus. Le présent document est divisé en trois principaux chapitres : « Identification d’un modèle cellulaire pour les études de pathogenèse du PPRV » ; « Construction d’un clone PPR marqué le gène luciférase rapporteur » ; et « Évaluation in vivo d’un petit ARN interférent (siRNA) contre les morbillivirus ». Dans le premier chapitre, la ligne cellulaire murine 10T1/2 a été éprouvée avec des souches atténuées et virulentes du PPRV dans des conditions différentes d’expression du récepteur SLAM de la chèvre et de la réponse interféron type I. Les résultats ont montré une permissivité des cellules 10T1/2 limitée aux souches virulentes du PPRV, laquelle est indépendante du récepteur SLAM de la chèvre et de la réponse interféron type I. Le deuxième chapitre visait à développer un PPRV recombinant capable d’exprimer une luciférase par la génétique inverse. Diverses stratégies d’assemblage du génome entier du PPRV ont été établies pour l’obtention du clone d’ADNc avec le génome complet du PPRV. Cependant, le rescue a été impossible à réaliser et les raisons en sont discutées. Le dernier chapitre englobait l’évaluation des siRNA comme outils thérapeutiques contre un autre morbillivirus recombinant capable d’exprimer la luciférase, le virus de la rougeole (MV). Alors que sur les lignées cellulaires nous avons observé 100% d’activité antivirale des siRNA contre le rMV-luc, la validation in vivo, utilisant le modèle souris transgénique CD46 humain sensible à la rougeole, a échoué. Pour conclure, ce travail apporte des avancées sur le développement d’outils pour étudier la pathogenèse non seulement du PPRV mais aussi d’autres morbillivirus
Morbillivirus genus, a non-segmented negative single-strand RNA (ssRNA) group of viruses, belongs to the Paramyxoviridae family and is currently composed of seven species responsible to highly contagious diseases. Morbillivirus infections cause significant mortality in humans, small ruminants, carnivores and in some marine mammals. The available vaccines against morbillivirus infections require usually 7-10 days to induce a protective immunity. After Rinderpest, the first animal disease successfully eradicated, peste des petits ruminants (PPR) is the next target for global eradication by 2030.The current vaccine based on the Nigeria 75/1 is fit for purpose for the eradication campaign. However, some improvements can be envisaged to increase efficacy, shorten the time to complete the eradication and reduce costs. For instance, the introduction of a positive/negative marker in the vaccine could allow the Discrimination between Infected and Vaccinated Animals (DIVA strategy), thus enabling the real-time parallel monitoring of infection and vaccination, and rapid elimination of infected animals. Another improvement could be the modification of the current vaccine by reverse genetics to insert a cassette expressing interfering RNA targeting virulent strains of PPR. This therapeutic vaccine would be useful in emergency situations to control the infection over the delay necessary for the acquisition of an efficient vaccine protection. In order to develop and test these new vaccine tools, there is a need for new cell or small animal models to limit experiments with farm animals. In this work, we contributed in the development of in vitro and in vivo murine models to study morbillivirus pathogenesis. The present document is divided in three main chapters: “Identification of a cell model to PPRV pathogenesis studies”; “Construction of a full-length cDNA clone of PPRV with a luciferase reporter gene” and “In vivo evaluation of small interfering RNA (siRNA) against morbilliviruses”. In the first chapter the mouse cell line 10T1/2 was challenged with attenuated and wild type PPRV strains using different conditions of goat SLAM expression and type I IFN response. The results showed a restricted permissiveness of 10T1/2 to wild type PPRV, which was independent of goat SLAM receptor and type I IFN response. The second chapter aimed to develop a recombinant PPRV expressing luciferase through reverse genetics methodology. Various strategies to assembling the PPRV genome were established reaching up to the full-length cDNA PPRV-luciferase construction. However, the rescue could not be achieved and the reasons for that are discussed. The last chapter encompassed the evaluation of siRNA as a prophylactic tool against another luciferase recombinant morbillivirus, the measles virus. In vitro and in vivo studies were performed with the recombinant MV (rMV-luc). Whereas in cell lines siRNA showed 100% of antiviral activity against rMV-luc, the validation in vivo, using a human CD46 transgenic mouse model susceptible to measles, failed. In conclusion, this work provides advancements in the development of tools for the study of the pathogenesis of PPRV and other morbilliviruses

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Ayari-Fakhfakh, Saïda Emna. "Contribution au développement d’un modèle vaccinal recombinant pour le contrôle des trois infections virales majeures des ruminants, la variole, la PPR et la RVF, adapté à la situation épidémiologique des pays du Maghreb." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20009/document.

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Abstract:

L'objectif de cette thèse est le développement d'un vaccin recombinant capripoxvirus protégeant contre la variole des ruminants, la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) et la Peste des Petits Ruminants (PPR) comme modèle vaccinal destiné aux pays atteints par ces infections. Une première partie de ce travail a consisté en une enquête sérologique en Tunisie pour évaluer les prévalences PPR et FVR. L'enquête menée a montré une séroprévalence PPR de 7,6% et l'absence de FVR. Le risque lié à une infection par le virus de la fièvre de la vallée du Rift n'est pas nul en raison de l'identification des vecteurs compétents Culex theileri et Culex pipiens dans les zones échantillonnées. L'élaboration du vaccin capripoxvirus FVR-PPR porte sur l'expression des gènes NSmGN-FVR et H-PPR où chacune des valences est insérée dans le site de la thymidine kinase et le site d'un analogue du récepteur à l'interleukine 8 respectivement. Le vecteur choisi pour la souche vaccinale Kenya Sheeppox-1. Bien que nos travaux aient conduit à l'obtention du capripoxvirus double recombinant, ce dernier n'a pu être purifié. L'alternative a donc été d'évaluer l'effet protecteur et l'immunogénicité induits par le simple recombinant capripoxvirus- NSmGN-FVR, qui est un produit de l'étape intermédiaire dans l'élaboration du double recombinant FVR-PPR. L'effet protecteur de notre construction a été validé par deux expérimentations chez des souris Mus m. musculus MBT/Pas, avec épreuve infectieuse. Le nombre de doses administrées, les voies d'administration ont été déterminants dans cette protection justifiée par l'obtention d'anticorps neutralisants anti-FVR. L'étude de l'immunogénicité a été réalisée sur un modèle caprin sans épreuve infectieuse, une séroconversion FVR a été observée. La lymphoprolifération et le typage des sous populations lymphocytaires ont été analysés
The aim of this thesis was to develop a capripoxvirus based recombinant vaccine against ruminant pox, Rift Valley fever (RVF) and peste des petits ruminants (PPR) considered as a vaccine model for countries affected by these infections. The first part of the work consisted in a serological survey conducted in Tunisia to detect the PPR and RVF presence. A PPR seroprevalence of 7.6% has been found and no antibodies against RVF were detected. However, the risk of infection with rift valley fever virus persists since competent vectors such as Culex pipiens and Culex theileri has been identified in the sampled areas. The development of the RVF-PPR vaccine candidate is based on the NSmGN-FVR and H-PPR gene expression - where each of the genes is inserted into the thymidine kinase and the Interleukin 8 receptor analogue genes, respectively. The vector chosen is the vaccine strain Sheeppox Kenya-1. Although the double recombinant RVF-PPR has been produced, it could not be purified. The alternative was to evaluate the protection and the immunogenicity of the single recombinant capripoxvirus NSmGN-FVR, which is a product of an intermediate step of the process of the double recombinant preparation. The protection of our vaccine candidate has been performed by two mice experiments in Mus m. musculus MBT/Pas, with challenge. The number of doses, the route of administration played a key role in the protection confirmed by the presence of neutralizing anti-RVF antibodies. The study of the immunogenicity of the vaccine candidate was conducted in goats without challenge, RVF seroconversion has been shown. Lymphoproliferation studies and lymphocytes subpopulations typing have been analysed

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Rolland, Morgane. "Etude des relations phylogénétiques entre les lentivirus des petits ruminants." Bordeaux 2, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR21029.

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Abstract:

Les lentivirus des petits ruminants ou SRLV ("small ruminant lentivirus") correspondent au virus mae͏̈di visna ou MVV, qui infecte les moutons, et au virus de l'arthrite-encéphalite caprine ou CAEV ("caprine arthritis-encephalitis Virus"), qui infecte les chèvres. Pour faciliter l'étude des SRLV, nous avons immortalisé des cellules GSM ("goat synovial membrane") par l'expression ectopique de la télomérase. La lignée cellulaire GSM T a proliféré à un rythme constant avec plus de 160 passages en culture, tout en conservaNt la morphologie des cellules GSM primaires. De plus, les cellules GSM T peuvent être infectées soit par le CAEV soit par le MVV et elles reproduisent des phénotypes cytopathiques différents de la souche virale infectante. En parallèle, nous avons optimisé des protocoles de PCR qui permettent d'amplifier l'intégralité de génomes SRLV d'origines caprine et ovine. Pour étudier les relations entre les SRLV à l'échelle mondiale, nous avons effectué des analyses phylogénétiques extensives en ajoutant aux séquences disponibles celles que nous avons caractérisées en Irlande et en Espagne. Le lentivirus irlandais, bien qu'isolé chez une chèvre, est plus proche des souches ovines MVV prototypes. Les séquences des quare lentivirus ovins espagnols se répartissent en trois clades, ce qui reflète la diversité génétique majeure des SRLV observées en Espagne. Les analyses phylogénétiques dans les régions gag, pol et env ont permis de reconsidérer la classification des SRLV, qui se répartissent en cinq clades au lieu des six précédemment décrites. Comme les SRLV ne peuvent pas être distingués phylogénétiquement en fonction de leur hôte, nous proposons d'abandonner la classification MVV/CAEV et de regrouper les lentivirus d'origines caprine et ovine sous le seul terme de SRLV
To facilitate the study of SRLV, we established a GSM T ("goat synovial membrane") cell line by the ectopic expression of telomerase. Cultures of GSM T cells have been passaged over 160 times without showing any phenotypic difference from the original primary GSM cells. Moreover, the immortalized GSM T cells were susceptible to infection by both CAEV and MVV and were able to propagate these viruses. We also optimized a PCR protocol to amplify the SRLV genome as a whole or with two overlapping fragments. To address the genetic diversity and relatedness among SRLV strains worldwide, we applied extensive phylogenetic methods to the sequences available together with our newly characterized sequences from Ireland and Spain. The Irish lentivirus strain, which was isolated from a goat, was more closely related to the lentivirus that infects sheep : MVV. The four Spanish ovine isolates fell in three distinct clusters, which clearly depicted the major genetic variability seen in Spain. Based on the phylogenetic analyses in the gag, pol and env regions, we revise the classification of the SRLV, which could be confidently classified into five clades rather than six as it was previously suggested. Furthermore, we observed that MVV and CAEV sequences could not be phylogenetically distinguished according to their host. Therefore, we propose to group the two viruses more appropriately as SRLV

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Da, Silva Teixeira Maria Fatima. "Réplication in vitro des lentivirus des petits ruminants dans des lignées fibroblastiques caprines immortalisées." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO1T157.

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Rachid, Antoine. "Infections lentivirales chez les petits ruminants domestiques : étude des relations hôte-pathogène et application en diagnostic." Poitiers, 2012. http://theses.univ-poitiers.fr/25342/2012-Rachid-Antoine-These.pdf.

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Abstract:

Le terme de lentivirus des petits ruminants (SRLV) désigne deux entités virales, le CAEV et le VMV, responsables d'infections chroniques à évolution lente chez la chèvre et le mouton. La diversité des souches virales couplée à la faible barrière d'espèce constituent un problème majeur en diagnostic et représentent un risque sanitaire potentiel. Pour améliorer la connaissance des souches virales qui circulent en Europe et optimiser les outils de diagnostic, les séquences gag et env d'isolats caprins et ovins circulant en Pologne ont été caractérisées. La co-circulation de sous-types CAEV et VMV a été mise en évidence à la fois chez les chèvres et les moutons et deux nouveaux sous-types (A12 et A13) ont été identifiés. La variabilité antigénique inter- et intra-génotype a été évaluée à l'aide de tests ELISA établis sur de nouveaux antigènes recombinants multi-épitopes Gag/Env représentatifs des deux types viraux. Les résultats ont révélé que les sites antigéniques des protéines MA et CA étaient conservés entre les sous-types d'un même génotype et, à un moindre degré, entre les deux génotypes, alors que la conservation des épitopes de la SU était limitée au génotype, parfois même au sous-type viral. Le risque sanitaire associé aux transmissions inter-espèces a été appréhendé à travers une analyse comparative de paramètres virologiques et sérologiques chez des chèvres et des moutons infectés par la même souche virale. Des interactions hôte-virus spécifiques ont été mises en évidence sur le plan de l'expression du virus dans le sang périphérique, de la cinétique de la réponse immune humorale et du spectre d'activité des anticorps dirigés contre les protéines MA et CA. Sur la base des données acquises, les antigènes multi-épitopes Gag/Env ont été valorisés à travers le développement de tests ELISA de diagnostic et de sérotypage. Ces tests ont conduit à la découverte, pour la première fois, d'une forme recombinante CAEV/VMV circulante
Small ruminant lentiviruses (SRLV), including CAEV and VMV, cause slow progressive diseases in sheep and goats. The viral diversity, combined with interspecies transmissions, represent a diagnostic drawback and a potential sanitary issue. In order to gain a better understanding of viral strains circulating in Europe and to improve diagnostic tools, gag and env sequences of ovine and caprine isolates from Poland were characterized. The cocirculation of CAEV and VMV subtypes was reported in both sheep and goats, and two new subtypes, designated A12 and A13, were identified. The antigenic variability among SRLV strains was assessed by ELISA using new Gag/Env multi-epitope recombinant antigens representative of CAEV and VMV strains. The results revealed that antigenic sites of the MA and CA proteins were conserved among subtypes within the same genotype, and to a lesser extent between the two genotypes, whereas conservation of SU epitopes was restricted to strains belonging to either the same genotype or subtype. The risk assessment associated with interspecies transmissions of SRLV was carried out by a comparative analysis of virological and serological features in sheep and goats infected with the same viral variant. Specific hostvirus interactions were found in sheep and goats, including virus replication in blood, kinetic of humoral immune response, and pattern of antibody reactivity towards the MA and CA proteins. On the basis of these data, the Gag/Env multi-epitope recombinant antigens were used to establish ELISA tests for diagnostic and epidemiological purposes. Field application of these tests revealed, for the first time, the circulation of a CAEV/VMV recombinant form

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Erhouma, Esadk Ali. "Étude génétique des lentivirus des petits ruminants (SRLV) infectant naturellement les bouquetins dans les Alpes française." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10032.

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Abstract:

Les lentivirus des petits ruminants déterminant des infections persistantes chez les moutons et les chèvres domestiques dans le monde entier. Ces virus et d’autres lentivirus comme le virus de l’immunodéficience féline et le virus de l’immunodéficience simienne montrent une tendance à l’infection inter-espèces. Des passages de lentivirus entre le mouton et la chèvre ont été démontrés, cependant des infections par virus apparentés n’ont jusqu’alors pas été décrites chez les petits ruminants sauvages. Dans le but d’évaluer le risque de contamination des petits ruminants sauvages par les SRLV, nous avons étudié l’infection par ces virus chez des bouquetins en interaction avec des troupeaux locaux de chèvres dans les Alpes françaises et chez des hybrides chèvre-bouquetin. Les séquences du gène gag des virus infectant deux bouquetins, les hybrides et une chèvre d’un troupeau local forment un seul groupe cohérent montrant des différences de nucléotides de seulement 1 à 2 %, plus proche du type CAEV que du groupe MVV. Les séquences LTR confirment l’appartenance de ces virus au groupe CAEV, mais, contrairement aux séquences gag, les séquences LTR des bouquetins et des hybrides forment un groupe séparé de celui constitué par les séquences des chèvres du troupeau local et du prototype CAEV-Co. Les similitudes entre les séquences gag des bouquetins, des hybrides et d’une chèvre d’un troupeau sur le même site suggère le passage du virus entre animaux domestiques et sauvages comme cela a été déjà décrit entre chèvres moutons. De plus, des similitudes ont été montrées entre les séquences gag et LTR de deux bouquetins mâles d’un site avec celles d’un bouquetin femelle d’un site distant et l’étude temporelle des séquences gag chez les hybrides ont montré leur évolution du type chèvre vers le type bouquetin. L’ensemble de nos données montrent la première évidence de l’infection des bouquetins par les SRLV et suggère que ces virus pourraient constituer une population distincte circulant chez certains de ces ongulés sauvages
The small ruminant lentiviruses (SRLV) cause persistent infections in domestic sheep and goats worldwide. These viruses and other lentiviruses such as feline immunodeficiency and simian immunodeficiency show propensity for cross-species infection. Lentivirus passages between sheep and goats were demonstrated, however no related viruses have yet been described as indigenous in populations of wild small ruminants. In order to evaluate the risk of contamination of wild small ruminants by SRLV, we studied natural infection of wild ibexes interacting with local goat herds in French Alpes and of goat/ Ibex hybrids. The sequences of the gag gene from two positive ibexes, the hybrids and one of the local goats clustered into a coherent group with only 1 – 2% nucleotide difference, close to CAEV but more distant from MVV. LTR sequences confirm that the viruses studied belong to the CAEV grouped, but, unlike the gag sequences, the LTR sequences of the hybrids and ibexes group in a distinct branch, separate from the local caprine sequences and CAEV-Co. Similarities between the gag sequences from ibexes and hybrids and the sequences from one goat from the same site, suggest viral transfer between the domestic and the wild species has been previously described between goats and sheep. Futhermore, similarities were shown between ibex gag and LTR sequences from the two males from a site and those from a female from an other distant site and temporal study of the gag sequences from hybrids showed evolution from goat-like sequences towards ibex-like sequences. Together, our data show the first evidence of the presence of SRLV in ibexes and suggest that these viruses could constitute a distinct population circulating in some of these wild ungulates

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Lefèvre, Pierre-Charles. "Recherches sur la répartition biogéographique de deux virus des petits ruminants sur le continent africain : influence des facteurs écologiques." Paris 12, 1987. http://www.theses.fr/1987PA120042.

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Lefèvre, Pierre-Charles. "Recherches sur la répartition biogéographique de deux virus des petits ruminants sur le continent africain influence des facteurs écologiques /." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37607227n.

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Ansari, Mohammad Yunus. "Characterization of an In Vitro Transcription System for Peste Des Petits Ruminants Virus and Functional Characterization of RNA Triphosphatase Activity of RNA Dependent RNA Polymerase Protein L." Thesis, 2012. http://hdl.handle.net/2005/3228.

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Abstract:

Peste des petits ruminants virus (PPRV) belongs to the family paramyxoviridae which comprises non segmented negative sense RNA viruses including measles and rinderpest virus. PPRV is the causative agent of peste des petits rumaninats disease (also known as sheep or goat plague disease) in small ruminants. The viral genome contains a non segmented negative sense RNA encapsidated by viral encoded nucleocapsid protein (N-RNA). Viral transcription is carried out by the virus encoded RNA dependent RNA polymerase complex represented by the large protein L and phosphoprotein P. Viral transcription begins at the 3’ end of the genome synthesising all the viral transcripts (3’-N-P-M-F-HN-L-5’). A remarkable feature common to all members of Paramyxoviridae family is the gradient of transcription from 3’ end to the 5’ end due to attenuation of polymerase transcription at each gene junction. The objectives of the present study are characterization of peste des petits ruminants virus transcription and the associated activities required for post transcriptional modification of viral mRNA. In addition, an attempt has been made to develop in vitro transcription with heterologous combination of PPRV and RPV polymerase proteins. The first reaction in capping involves removal of γ-phosphate from triphosphate ended precursor mRNA by RNA triphosphatase. The domain having RNA triphosphatase activity within the L protein has been identified and expressed independently in E. coli. The details of the objectives are presented below. 1. Development of in vitro transcription system for PPRV mRNA synthesis In order to develop an in vitro transcription reconstitution system for PPRV, the viral RNP complex comprising large (L), phospho (P) and N protein encapsidating viral genomic RNA was purified from virus infected Vero cells. The in vitro transcription reconstituted system with RNP complex was able to synthesise all the viral mRNA as analysed by RT-PCR. As a control, total RNA from virus infected cells was isolated and analysed by RT-PCR. In order to refine the in vitro transcription system, separately expressed recombinant polymerase complex was used to reconstitute transcriptional activity in vitro. For this,viral genomic RNA (N-RNA) was purified from PPRV infected cells using CsCl density gradient centrifugation. The recombinant baculovirus for PPRV P protein was earlier generated in the lab. A recombinant baculovirus harbouring the L gene of PPRV was generated in the present study (described in part one). The viral RNA polymerase consisting of L-P complex was expressed in Sf21 insect cells and partially purified by ultra centrifugation on 5-20% glycerol gradient. Glycerol gradient fraction containing the L-P complex was found to be active in the in vitro transcription reconstitution system. Further quantitation of transcripts made in vitro and in infected cells has been carried out by real time PCR. Notably, the gradient of polarity of transcription of viral mRNA observed in vitro with the partially purified recombinant L-P complex was similar to the gradient observed in infected cells. Host proteins have been shown to modulate the transcription of many paramyxoviruses. In order to test the role of host factors, uninfected cell lysate of Vero cells was added to the in vitro transcription reaction and the transcript level was measured by real time PCR. The result showed an increase in the transcription by addition of host proteins suggesting the involvement of host factors in viral transcription. Further, the newly developed in vitro reconstitution system was used to test if recombinant L and P proteins of RPV can functionally replace PPRV L and P protein in the in vitro transcription complementation assay. The result presented in part one indicates that the L or P protein of PPRV can be replaced by RPV L and P protein in heterologous transcription reconstitution system ,with a reduced efficiency. However, the homologous polymerase complex of RPV failed to recognise the N-RNA genomic template of PPRV. 2. RNA triphosphatase activity of PPRV L protein and identification of RNA triphosphatase domain Post transcriptional modification of mRNA such as capping and methylation determines the translatability of viral mRNA by cellular ribosome. In negative sense RNA viruses, synthesis of viral mRNA is carried out by the viral encoded RNA polymerase in the host cell cytoplasm. Since the host capping and methylation machinery is localized to the nucleus, viruses should either encode their own mRNA modification enzymes or adopt alternative methods as has been reported for orthomyxoviruses (cap snatching) and picornaviruses (presence of IRES element). In order to test, if PPRV RNA polymerase possesses any of the capping activities, the RNP complex containing the viral N-RNA and RNA polymerase (L-P) were purified from virion. Using the purified RNP complex, the first activity required for mRNA capping, RNA triphosphatase was tested and the results are described in part two. RNP complex purified from virion showed both RNA triphosphatase (RTPase) activity. The RNA triphosphatase from viruses, fungi and other eukaryotes have been classified into two groups, metal dependent and metal independent. The cleavage of the γ-phosphate from triphosphate ended precursor mRNA by L protein of PPRV was found to be metal dependent. So, by the metal dependency of the RTPase reaction, PPRV L protein was assigned to the metal dependent RTPase tunnel family. One of the key features of metal dependent RTPase group members is the ability to hydrolyse γ-β phosphoanhydride bond of NTPs. PPRV L protein associated with RNP complex also was also able to cleave γ-β phosphoanhydride bond of NTPs. Owing to the large size of L protein (240 KDa), it is conceivable that the L protein functions in a modular fashion for different activities pertaining to mRNA synthesis and post transcriptional modification. Sequence comparison of L proteins from different morbilliviruses revealed the presence of three conserved domains namely domain I (aa 1-606), domain II (aa 650-1694) and domain III (aa 1717-2183). Domain II has the catalytic motif for viral RNA dependent RNA polymerase. Multiple sequence alignment of PPRV L protein with known RNA triphosphatases predicted a two hundred amino acid long region on L protein comprising the C terminus of domain II and N terminus of DIII as a possible candidate for RNA triphosphatase domain. The above predicted domain was cloned and expressed in E. coli. The ability of the purified recombinant RTPase domain to cleave γ-β phosphoanhydride bond of RNA was tested. The results described in part two suggest that the predicted RTPase domain has RNA triphosphatase activity. In addition to RNA triphosphatase, the RTPase domain also has the NTPase activity. The RNA triphosphatase of DNA viruses, yeasts and other fungi have three motifs essential for enzyme activity. Motif A and motif C are rich in glutamate and are involved in metal binding. Motif B is rich in basic amino acids and forms the centre for catalysis. The glutamate residue (E1647) of motif A of PPRV L protein RTPase domain was converted to alanine and the loss of RTPase activity was assessed. The results summarised in appendix 1 shows that the E1647A mutant has reduced RNA triphosphatase and NTPase activity.

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Gebreeziabher, Berhe. "Development of Dual Vaccines for the Control of Peste des Petits Ruminants and Capripox Infections of Small Ruminants." Phd thesis, 2006. http://oatao.univ-toulouse.fr/7555/1/gebreegziabher.pdf.

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Abstract:

Two highly contagious diseases, Peste des Petits Ruminants and Sheep and Goat Pox, constitute main constraints to small ruminants production in many countries in Asia, the Near and Middle East and Africa. Peste des Petits Ruminants (PPR), also known in the past as goat plague, is a highly contagious viral disease affecting domestic and wild small ruminants. It is caused by a virus which belongs to the Morbillivirus genus of Paramyxoviridae family: the Peste des Petits Ruminants Virus (PPRV). It is a rinderpest-like infection of goats and sheep characterized by erosive stomatitis, enteritis, pneumonia and death. Economically, it is the most important small ruminant disease in areas where it is endemic. In the same regions, there is a second contagious viral disease, Sheep and goat pox. The responsible pathogens, the sheeppox virus (SPPV) and goatpox virus (GTPV), cause acute to sub acute disease of infected sheep and goats respectively. The clinical signs of infection may include generalized pox lesions throughout the skin and mucous membranes, persistent fever, lymphadenitis, and often a focal pneumonia and nodules lesions distributed uniformly throughout the lungs. There is no curative medical treatment against these two viral diseases. Therefore, the only way of tackling them is by means of sanitary and medical prophylaxis. Sanitary prophylaxis to be effective needs the existence of efficient veterinary services, the implementation of animal movement controls with sometimes the stamping out policy. The cost needed for the effective implementation of these means in a short period is too high for most of countries where these diseases are endemic. Therefore the only way for effective control of PPR and sheep and goat pox in those countries is the medical prophylaxis, i.e. the vaccination. Currently, efficient attenuated vaccines exist against each of these diseases. Unfortunately, in most cases they are used only in case of outbreaks to limit their extension. The cost of the logistic needed for systematic vaccination campaigns of small ruminants against either PPR or capripox may be too high for countries if only the individual economic value of goat or sheep, excluding their social value, is considered. The way to cut down this cost is the use of polyvalent vaccine which would enable, in one shot, the protection of animals against more than one economic important disease. The objective of our thesis work was to develop a recombinant thermostable (a characteristic linked to capripoxes) vaccine that could be used to protect sheep and goats against both PPR and capripox and thereby that would contribute to cut down the cost of vaccination campaigns. For that, the complementary DNA, cDNA, corresponding to the gene of PPRV immune protective proteins, the fusion (F) and the haemagglutinin (H) proteins were inserted into the genome of the attenuated strain capripox virus strain KS1. Such a recombinant vaccine may be thermotolerant, a characteristic of poxviruses and this may improve the quality of the vaccine for its use in hot climate conditions. Capripox viruses are highly host-specific microorganisms. They are not pathogenic to human and their host range is limited to cattle and small ruminants and possibly buffaloes. Therefore they constitute an ideal and safe vector for the development of recombinant vaccines for use against ruminant diseases. The present manuscript in which we report on the results we have obtained during our thesis work is composed of the following different parts: a general introduction, a literature review of PPR and capripox viruses, the construction of two recombinant vaccines FPPR/Capripox and HPPR/Capripox, the comparison of efficacy of three poxvirus promoters in HPPRV

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Dissertations / Theses on the topic 'Peste des petits ruminants virus'

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