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Dissertations / Theses on the topic 'Phosphorylation motif'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 5 February 2022

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1

Mijakovic̀, Ivan. "Protéine kinases avec un motif Walker A chez Bacillus subtilis." Paris 11, 2003. http://www.theses.fr/2003PA112152.

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Abstract:

La phosphorylation des protéines est un phénomène omniprésent dans le monde du vivant, observé chez les trois grands règnes: Bacteria, Eukarya et Archaea. Les protéines capables de catalyser la formation d'une liaison covalente entre le phosphate et la chaîne latérale d'un acide aminé d'une protéine s'appellent protéine kinases. En revanche, les phospho-protéine phosphatases sont les protéines capables de dé-modifier une protéine phosphorylée, en catalysant l'hydrolyse du lien covalent entre la protéine et le phosphate. L'état de phosphorylation d'une protéine à un instant donné est alors déte

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2

Ahn, Jeong H. Lee Myeongwoo. "The functional analysis of NPXY motif in [beta] integrin in vivo." Waco, Tex. : Baylor University, 2008. http://hdl.handle.net/2104/5275.

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3

Coadou, Gaël. "Etude par RMN et Modélisation Moléculaire du motif de phosphorylation de la protéine Vpu du VIH-1 en interaction avec la β-TrCP". Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066408.

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4

Durek, Pawel, Christian Schudoma, Wolfram Weckwerth, Joachim Selbig, and Dirk Walther. "Detection and characterization of 3D-signature phosphorylation site motifs and their contribution towards improved phosphorylation site prediction in proteins." Universität Potsdam, 2009. http://opus.kobv.de/ubp/volltexte/2010/4512/.

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Abstract:

Background: Phosphorylation of proteins plays a crucial role in the regulation and activation of metabolic and signaling pathways and constitutes an important target for pharmaceutical intervention. Central to the phosphorylation process is the recognition of specific target sites by protein kinases followed by the covalent attachment of phosphate groups to the amino acids serine, threonine, or tyrosine. The experimental identification as well as computational prediction of phosphorylation sites (P-sites) has proved to be a challenging problem. Computational methods have focused primarily on

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5

Balakrishnan, Shalini. "Development of novel switchable motifs and new strategies to build functionally privileged structures." Access to citation, abstract and download form provided by ProQuest Information and Learning Company; downloadable PDF file, 220 p, 2007. http://proquest.umi.com/pqdweb?did=1464120641&sid=2&Fmt=2&clientId=8331&RQT=309&VName=PQD.

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6

Stein, Amelie. "Peptime-mediated interactions in high-resolution 3-dimensional structures." Doctoral thesis, Universitat Pompeu Fabra, 2010. http://hdl.handle.net/10803/7218.

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Abstract:

Proteins and protein interactions are involved in virtually all processes of life. Here we study interactions between globular domains and short linear motifs, which form a small interface ideal for transient interactions. Despite the small number of contacts involved, these domain-motif interactions (DMIs) are known to be highly specific in vivo. We have identified hundreds of instances of DMIs in high-resolution 3-dimensional (3D) structures to analyze the molecular basis of their high specificity. Furthermore, we have derived structural parameters to identify DMIs in 3D structures in a mor

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7

Petzhold, Daria. "Funktionelle Untersuchungen von Ahnak durch Protein-Protein-Wechselwirkungen und in Ahnak-Defizienzmodellen." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2007. http://dx.doi.org/10.18452/15694.

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Abstract:

Ahnak ist ein ubiquitäres Protein, das an einer Vielzahl biologischer Prozesse beteiligt ist. In der Herzmuskelzelle ist Ahnak überwiegend am Sarkolemma lokalisiert und bindet an Aktin und an die regulatorischen Beta2-Untereinheit des L-Typ-Kalzium-Kanals. Das Ziel dieser Arbeit war die Funktion von Ahnak im Herzen mit Hilfe eines Knock-out-Maus-Modells und in Bindungsstudien zu untersuchen. Morphologische Untersuchungen zeigten, dass das Längenwachstum adulter Kardiomyozyten bei Ahnakdefizienz signifikant reduziert war. Die Kontraktionseigenschaften adulter isolierter Ahnak-defizienter Kardi

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8

Champeyroux, Chloé. "Caractérisation fonctionnelle de protéines en interaction avec l'aquaporine PIP2;1." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT120.

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Abstract:

La conductivité hydraulique racinaire (Lpr) traduit la capacité de transport d’eau de la racine. Lors de son trajet du sol vers le xylème, l’eau diffuse au sein de l’apoplasme ou au travers des cellules (voie de cellule-à-cellule). Au niveau de l’endoderme, la diffusion apoplasmique de l’eau est bloquée par le cadre de Caspari et des lamelles de subérine. La voie de cellule-à-cellule dépend principalement de l’activité des aquaporines régulées en partie par des interactions protéiques. Ce travail caractérise de nouveaux interactants de l’aquaporine racinaire PIP2;1 : le récepteur kinase RKL1 e

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9

Filipe, Josina. "Rôle de la proteine NRP/Optineurine dans l'activation de NF-kB induite par Tax1 et dans la réponse antivirale médiée par IRF3." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077239.

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Abstract:

L'objectif de ce travail a été de réaliser une étude fonctionnelle de la protéine NRP (NEMO-related protein). NRP est une protéine homologue à NEMO, l'élément essentiel de la voie de signalisation NF-KB qui joue un rôle important au niveau des systèmes immunitaire et inflammatoire et des mécanismes antiapoptotiques. Dans un premier travail, réalisé en collaboration, nous avons montré que NRP était un interactant de la protéine Tax du virus HTLV-1. L'activation de NF-KB par Tax est nécessaire à la survie des cellules infectées par HTLV-1 et nous avons montré qu'elle est potentialisée par NRP qu

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10

Sessa, Gaetana. "Role of the Interaction of BRCA2 and DDX5 in the DNA Damage Response BRCA2 promotes DNA-RNA hybrid resolution by DDX5 at DNA double strand breaks to facilitate homologous recombination Proper chromosome alignment depends on BRCA2 phosphorylation by PLK1." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS116.

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Abstract:

Un nombre croissant d’études soutiennent le fait que les protéines majeures du métabolisme des ARN, telles que les hélicases ARN, sont impliquées dans la réponse aux dommages à l’ADN. Cette activité est généralement accomplie par leur interaction avec des facteurs de réparation de l’ADN. BRCA2, une protéine suppressive de tumeurs, joue un rôle crucial dans la réparation des cassures double-brin (CDB) de l'ADN par recombinaison homologue (RH) et donc, est un facteur essentiel pour l’intégrité du génome. Les cellules déficientes pour BRCA2 accumulent des hybrides ADN-ARN ou R-loops, une source d

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11

Mendes, Tiago. "Identification of the modulators of and the molecular pathways involved in the BIN1-Tau interaction." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S033/document.

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Abstract:

Les principales caractéristiques neuropathologiques de la maladie d’Alzheimer (MA) sont les plaques séniles extracellulaires composées de peptide amyloïde β (Aβ) et les enchevêtrements neurofibrillaires intracellulaires composés de Tau hyperphosphorylé. Les mécanismes conduisant à la formation de ces lésions sont encore peu connus et le laboratoire a récemment caractériser le gène “bridging integrator 1” (BIN1), deuxième facteur de risque génétique le plus associé au risque de MA, comme facteur de risque potentiellement associé à la pathologie Tau. Une interaction entre les deux protéines a ét

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12

Huang, Ying-Chen, and 黃盈禎. "Q-Motif: Phosphorylation Motif Finding by Subtractive Clustering." Thesis, 2011. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/49083541375728612917.

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Abstract:

碩士<br>國立陽明大學<br>生物醫學資訊研究所<br>99<br>Development of computational algorithms to discover biologically relevant phosphorylation motifs is becoming more and more important with the rapid increase in the proteomic sequences. Here we present a novel unsupervised method, called Quick Motif Finder, (in short, Q-Motif) to extract phosphorylation motifs. Q-Motif adopts the subtractive clustering algorithm to discover motifs exploiting statistical information hidden in phosphorylated data. The phosphorylated data is clustered into homogeneous groups, which are analyzed to identify candidate motifs. These

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13

Lai, Chi-Wai Andy. "Predicting Kinase Substrates using Conservation of Local Motif Density." Thesis, 2011. http://hdl.handle.net/1807/31290.

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Abstract:

Short linear motifs (SLM) play critical roles in cell signaling and are associated with important biochemical events such as phosphorylation, glycosylation, and other post translational modifications. The primary aim of this thesis is to develop a new computational method (“ConDens”) to predict kinase substrates by assessing the evolution of phosphorylation SLM’s in a novel manner. This method could predict yeast Cdc28 kinase substrates that were not confidently detected by several other prediction methods published in literature and was demonstrated to be generalizable to other kinases. Genom

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Jiang, Pin-Lian, and 江品璉. "Measuring kinase-specific protein phosphorylation stoichiometryby motif-targeting quantitative proteomic approach." Thesis, 2018. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/8rv5j6.

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Abstract:

碩士<br>國立臺灣大學<br>化學研究所<br>106<br>Protein phosphorylation plays an important role to regulate signal transduction pathways. Phosphorylation alteration may occur due to changes at protein expression level or site-specific phosphorylation stoichiometry, defined as the percentage of phosphorylation on specific site of a protein. Only direct measurement of the phosphorylation stoichiometry can unambiguously reveal whether the signal-induced alteration is regulated by protein abundance or by upstream kinase/phosphatase activity. Using EGFR signaling pathway in non-small cell lung cancer as a model st

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15

Picard, Nathalie. "Régulation dynamique de l’activité du récepteur des estrogènes beta (ERβ) par la phosphorylation,l’ubiquitination et la sumoylation". Thèse, 2011. http://hdl.handle.net/1866/6272.

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Abstract:

Les estrogènes jouent un rôle primordial dans le développement et le fonctionnement des tissus reproducteurs par leurs interactions avec les récepteurs des estrogènes ERα et ERβ. Ces récepteurs nucléaires agissent comme facteurs de transcription et contrôlent l’expression des gènes de façon hormono-dépendante et indépendante grâce à leurs deux domaines d’activation (AF-1 et AF-2). Une dérégulation de leur activité transcriptionnelle est souvent à l’origine de pathologies telles que le cancer du sein, de l’endomètre et des ovaires. Alors que ERα est utilisé comme facteur pronostic pour l’utilis

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Fíla, Jan. "Úloha fosforylace proteinů v progamické fázi vývoje samčího gametofytu tabáku." Doctoral thesis, 2016. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-341981.

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Abstract:

v angličtině (English abstract) Tobacco male gametophyte has a strongly dehydrated cytoplasm and represents a metabolically inactive stage. Upon cytoplasm rehydration, pollen grain becomes metabolically active and after the activation is finished, the pollen tube growth through a selected pollen aperture starts. The rehydration together with metabolic activation are accompanied by the regulation of translation and post-translational modifications (mainly phosphorylation) of the existing proteins. In this Ph.D. thesis, there were identified phosphopeptides from tobacco (Nicotiana tabacum) matur

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Gagnon, Christina. "Caractérisation structurale et biophysique de l’impact de l’acétylation de SUMO1 sur son interaction dépendante de la phosphorylation avec PML." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/20405.

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Chen, Yi-Cheng, and 陳毅誠. "Identification of protein phosphorylation motifs through exploratory data analysis." Thesis, 2009. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/4ey8y9.

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Abstract:

碩士<br>國立陽明大學<br>生物醫學資訊研究所<br>97<br>We have developed a novel unsupervised method for identification of phosphorylation motifs, called F-Motif. This is a unique method that uses clustering of sequence information represented by numerical features that exploit the statistical information hidden in the training data. We have applied the proposed method on several new and existing data sets and compared its performance with a well known method (Motif-X) in the literature. The F-Motif is found to identify all motifs identified by Motif-X. In addition to this, F-Motif discovers some novel motifs. We

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Ferreira, Rui Manuel Mendes da Silva. "Clinical and functional relevance of Helicobacter pylori vacA intermediate region and CagA tyrosine phosphorylation motifs." Tese, 2012. https://repositorio-aberto.up.pt/handle/10216/101374.

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Ferreira, Rui Manuel Mendes da Silva. "Clinical and functional relevance of Helicobacter pylori vacA intermediate region and CagA tyrosine phosphorylation motifs." Doctoral thesis, 2012. https://repositorio-aberto.up.pt/handle/10216/101374.

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Vasanthakumar, Aparna. "Role of serine 138 phosphorylation and heme regulatory motifs in the modulation of iron regulatory protein 1 degradation." 2007. http://www.library.wisc.edu/databases/connect/dissertations.html.

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Alotaibi, Talal Eid. "Examination of focal adhesion kinase’s FAT domain structural response to applied mechanical load." Thesis, 2012. http://hdl.handle.net/2152/ETD-UT-2012-05-5296.

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Abstract:

Focal adhesion kinase (FAK) is a non-receptor tyrosine kinase. Activated FAK is crucial to many biological processes, such as cell proliferation, migration, and survival, all of which have been implicated in the progression and development of cancer. Tyrosine 925 is a Src-phosphorylation site that is located within the FAT domain in the C-terminal of FAK. It has been suggested that the helix containing Y925 (Helix 1) has to come out of the FAT bundle and the region flanking Y925 has to adopt β-strand conformation. In order to phosphorylate, the mechanisms promoting the required structural chan

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