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Dissertations / Theses on the topic 'Phylogénie moléculaire'
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Merle, Christophe (19. "Phylogénie moléculaire des foraminifères planctoniques." Aix-Marseille 1, 2000. http://www.theses.fr/2000AIX11022.
Full textAbstract:
Des foraminiferes planctoniques actuels preleves en mediterranee ont fait l'objet d'extractions d'adn. Des amplifications genetiques par pcr, ciblees sur differents domaines de l'adnr 28s (lsu), ont ete pratiquees. La comparaison des sequences obtenues avec d'autres sequences eucaryotes, y compris des sequences provenant de foraminiferes benthiques, suggere une differenciation precoce des foraminiferes au sein de la phylogenie des eucaryotes, en contradiction avec l'apparition cambrienne du groupe, mais surtout une emergence des formes planctoniques a la base des formes benthiques. Ces resultats paradoxaux ont permis d'envisager l'implication d'un artefact de reconstruction, qui serait lie a l'evolution tres rapide des sequences des foraminiferes (en comparaison de celles d'autres protistes). L'evolution rapide des sequences a induit, au fil des substitutions successives, une saturation progressive du signal phylogenetique porte par l'adnr 28s, ce qui induit un regroupement artefactuel des sequences evoluant rapidement et entraine une distorsion sensible des phylogenies moleculaires obtenues. L'analyse complementaire de sequences d'adnr 18s (ssu) deposees dans les banques de donnees a confirme l'impact de cet artefact sur les reconstructions phylogenetiques, puisqu'il peut conduire a envisager une polyphylie des globigerinina qui n'avait pas ete jusqu'alors envisagee d'apres l'examen des donnees paleontologiques. Afin de tenter d'obtenir des sequences moins saturees, des amplifications ciblees sur des genes evoluant generalement plus lentement, codant des proteines telles que l'actine et les hsp 70 ont ete pratiquees. Ces amplifications se sont heurtees au probleme recurrent des contaminations des echantillons par de l'adn allochtone issu d'autres organismes (symbiotes ou proies des foraminiferes). Faute de pouvoir definir, comme dans le cas des genes ribosomiques, des amorces ciblant specifiquement l'adn des foraminiferes, des amorces universelles ont ete utilisees, ce qui a complique l'identification des sequences attribuables aux foraminiferes. L'obtention d'autres sequences d'hsp70 chez d'autres especes de foraminiferes reste un prealable indispensable pour pouvoir definir des amorces specifiques.
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Rousset, Vincent. "Phylogénie moléculaire et morphologique des annélides." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2004. http://www.theses.fr/2004MNHN0005.
Full textAbstract:
Les relations entre les groupes majeurs d'Annelida ne sont toujours pas résolues, bien que ces questions aient été évaluées antérieurement dans des études morphologiques et moléculaires. Au travers de quatre études, nous avons tenté de répondre à certaines de ces questions. (1) Des analyses de parcimonie sur des données morphologiques et moléculaires (ARNr 28S) ont été réalisées afin d'évaluer les relations phylogénétiques d'Alvinellidae, polychètes inféodés aux sources hydrothermales. Nos résultats indiquent que : Trichobranchidae est un taxon séparé de Terebellidae et pourrait être le groupe-frère d'Alvinellidae, et Ampharetidae et Terebellidae sont monophylétiques mais des évaluations complémentaires sont nécessaires. (2) Nous avons évalué la position phylogénétique des vestimentifères et pogonophores, considérés depuis peu comme une famille de polychètes, Siboglinidae. Les analyses combinées de l'ARNr 18S et 28S et des données morphologiques ont fourni un fort support pour la relation de groupe-frère entre Siboglinidae et Oweniidae et pour la monophylie de Terebelliformia mais démontrent que les délimitations de Terebellida et Sabellida nécessitent des investigations supplémentaires. (3) En utilisant l'ARNr 18S, 28S et 16S, nous avons analysé les relations et la position phylogénétique de Clitellata (vers de terre et sangsues). Les analyses de parcimonie et bayésienne indiquent que Clitellata a une position dérivée à l'intérieur des polychètes, groupe-frère d'un sous-groupe de Scolecida polyphylétique et que la délimitation des polychètes est problématique. (4) Des résultats issus d'analyses bayésienne et de parcimonie, basés sur 117 taxons terminaux et des données de l'ARNr 18S, 28S, 16S et histone H3 indiquent la polyphylie des annélides en raison de la position d'un siponcle, d'une némerte, d'un échiurien, d'un brachiopode et de deux mollusques à l'intérieur des polychètes, la polyphylie de la majorité des grands clades de polychètes et corroborent les résultats de la troisième étude sur la position de ClitellataInterrelationships among the major Annelida groups remain unresolved, although addressed earlier both in molecular and morphological studies. We attempted to answer to some of these issues in four studies. (1) Combined parsimony analyses of 28S rRNA and morphological data to assess the relationships of Alvinellidae, a group known only from deep-sea hydrothermal vents. Our results indicate that : Trichobranchidae is separate from Terebellidae and may be the sister of Alvinellidae, and Ampharetidae and Terebellidae are monophyletic but require further attention. (2) We assessed the phylogenetic position of Siboglinidae (the previous phyla Pogonophora and Vestimentifera, but now nested within polychaetes). Combined parsimony analyses of molecular (18S and 28S rRNA) and morphological data provide strong support for a sister-group relationship between Siboglinidae and Oweniidae, and for the monophyly of Terebelliformia, but demonstrate that the delineations of Terebellida and Sabellida require further study. (3) Based on 18S, 28S and 16S rRNA sequences, we analysed relationships and position of clitellates (earthworms and leeches). Parsimony and bayesian analyses indicate that clitellates have a sistergroup within polychaetes, consisting of a subgroup of a polyphyletic Scolecida, but also delineation problems with polychaetes and annelids. (4) Results obtained from parsimony and bayesian analyses of 117 terminals and 18S, 28S, 16S rRNA and histone H3 sequences indicate polyphyly of Annelida, owing to the nested positions of one sipunculan, one nemertean, one brachiopod and two molluscs, polyphyly of major groups of polychaetes and corroborate the results of the third study on the position of Clitellata
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Martin, Jean-François (1973. "Phylogénie moléculaire : exemples d'applications, de l'espèce à la phylogénie des grands taxa." Aix-Marseille 1, 1999. http://www.theses.fr/1999AIX11079.
Full textAbstract:
L'etude de l'evolution biologique necessite la collaboration de specialistes de disciplines aussi diverses que la genetique, la morphologie ou encore la geologie. L'objectif principal de cette these est d'appliquer les methodes de reconstruction phylogenetiques communement employees dans les divers themes de la biologie de l'evolution. La premiere partie consiste en une presentation des connaissances actuelles sur l'evolution biologique ainsi que celle des methodes employees dans la these. La seconde partie se divise elle-meme en trois : 1- espece et differenciation : a travers deux exemples se pose la question de la concordance entre differenciation morphologique et moleculaire et l'impact du decouplage observe sur les concepts de l'espece communement admis. 2- reconstruction phylogenetique et classification : ce chapitre, qui concerne la phylogenie des grands taxe, s'attache a etudier l'apport des donnees moleculaires a ces niveaux taxinomiques ainsi que les problemes de fiabilite lies a la variabilite de ces marqueurs. 3- biogeographie et phylogenie : ce chapitre se focalise sur une sous-famille de lepidopteres (lepidoptera, satyrinae). L'objectif est ici de fournir un cadre evolutif aux scenarii de colonisation mondiale du groupe. L'utilisation conjointe de donnees moleculaires, ecologiques et geologiques permet d'apprehender un scenario probable qu'il conviendra de preciser dans le futur. En conclusion, l'utilisation de l'outil moleculaire et des reconstructions phylogenetiques a permis des avancees dans le domaine de la reconnaissance des entites genetiques, la comprehension de la mise en place des grands groupes animaux ainsi que la validation des scenarii biogeographiques. Certes, des progres restent a faire dans le traitement de ces donnees et en particulier dans l'acquisition du signal phylogenetique mais la bioinformatique est en progres rapides et constants ce qui laisse presager de nouvelles avancees a court terme.
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Duchemin, Wandrille. "Phylogénie des dépendances et dépendances des phylogénies dans les gènes et les génomes." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1264/document.
Full textAbstract:
L'évolution moléculaire, basée sur l'étude des données de séquençage, s'est imposée comme une approche majeure pour l'étude de l'Histoire des organismes vivants (notamment à travers les arbres phylogénétiques). Ses méthodes classiques reposent sur un découpage des génomes en entités supposées indépendantes : les gènes. Or, les gènes n'évoluent pas indépendamment : au sein de l'histoire des espèces qui le portent, l'histoire d'un gène s'inscrit. En outre, leur position le long des chromosomes fait qu'ils partagent des événements de mutations structurales (duplications, pertes de fragments chromosomiques) avec les gènes proches. Enfin, leur potentielle fonction biologique les amène à être influencés par (et à influencer en retour) l'évolution d'autres gènes. Je montre que ne pas prendre en compte ces relations d'inter-dépendances évolutives (de coévolution) lors de l'inférence d'arbres de gènes résulte en une suresti mation des différences entre les arbres des différents gènes ainsi qu'entre les arbres des gènes et l'arbre des espèces. Des modèles permettent déjà d'intégrer la coévolution des gènes avec les espèces à la reconstruction des arbres de gènes. Par ailleurs, on connaît des modèles décrivant l'évolution des relations entre gènes, néanmoins sans intégrer ces informations à la reconstruction des arbres de gènes. Je reprends ces avancées et les combine au sein d'une méthode qui modifie les arbres de gènes selon un critère qui prend en compte les séquences ainsi que des relations de coévolution avec les espèces et d'autres gènes. Cette méthode, appliquée à des mammifères et des champignons, permet de produire des histoires de gènes cohérentes entre ellesMolecular evolution, based on the study of sequencing data, established itself as a fundamental approach in the study of the history of living organisms (noticeably through the inference of phylogenetic trees). Classical molecular evolution methods rely on the decomposition of genomes into entities that are supposed independent: genes. However we know that genes do not evolve independently: their potential biological function lead them to be influenced by (and influence) the evolution of other genes. Moreover, their position along chromosomes imply that they share events of structural mutations (duplication, loss of a chromosome fragment) with neighbouring genes. Similarly, a gene individual history inscribes itself in the history of the species that bears it. I show that not taking into account this inter-dependency relationships (co- evolutionary relationships) during the inference of gene trees results in an overesti- mation of the differences between gene trees as well as between gene tree and species tree. Modelling efforts these last year have allowed the integration of gene and species co-evolution information to the reconstruction of gene trees. Besides, researchers have proposed models describing the evolution of the relationships linking genes, but without integration of this information in the tree building process. My works aim to combine these advances in a method that modify gene trees according to a criterion that integrates sequence information and information coming from co-evolution relationships. This method, applied to mammals and fungi, leads to gene histories that are more congruent (simpler adjacency histories, longer events of loss or transfer, ...)
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Chintauan-Marquier, Ioana. "Phylogénie moléculaire des melanoplinae (Insecta : Orthoptera : Caelifera : Acrididae)." Grenoble, 2010. https://theses.hal.science/tel-00580813.
Full textAbstract:
La phylogénie moléculaire reconstruit des relations de parenté entre unités évolutives, en se basant sur des changements structurels au niveau moléculaire (ADN, protéines). Elle constitue donc un outil précieux pour déchiffrer l'évolution spatio-temporelle de la biodiversité. Le présent travail examine l'histoire évolutive d'un groupe de criquets (Insecta: Orthoptera: Caelifera), par le biais de méthodes phylogénétiques (parcimonie, maximum de vraisemblance et bayésienne) et de datation, appliquées à l'étude de séquences d'ADN nucléaire et mitochondrial combinées. Dans un premier temps, nous étudions la sous-famille Melanoplinae (Orthoptera: Acrididae) et l'une de ses tribus, Podismini, pour éclaircir leur histoire évolutive, la resituer dans un contexte paléobiogéographique, et la mettre en relation avec la taxonomie existante. Dans un deuxième temps, les méthodes de reconstruction phylogénétiques et de datation sont appliquées à l'étude de la dynamique de l'évolution concertée au sein de l'espèce Podisma pedestris, en analysant le polymorphisme intra- et interindividuels de l'ADN ribosomal, i. E. Gènes et pseudogènes d'ITS1Molecular phylogenies aim to build affiliations between evolutionary units by using their changes at the molecular level (DNA, proteins). Thus, they are a precious tool to understand the evolution biodiversity in space and time of. The present work analyses the evolutionary history of a grasshopper group (Insecta: Orthoptera: Caelifera), using phylogenetic (parsimony, maximum likelihood and Bayesien) and dating methods on nuclear and mitochondrial DNA combined sequences. First, we study the subfamily Melanoplinae (Orthoptera: Acrididae) and one of its tribe (Podismini) in order to clarify their evolutionary history and taxonomy in a paleobiogeographic context. Then, we use the phylogenetic and dating methods in order to study the dynamics of the concerted evolution of rDNA (i. E. ITS1 genes and pseudogenes) inside the Podisma pedestris species
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Rochette, de Lempdes Nicolas. "Étude de l’origine des eucaryotes par la phylogénie moléculaire." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10144.
Full textAbstract:
L'origine des eucaryotes est un problème important de la biologie évolutive, pour lequel de nombreuses hypothèses profondément différentes ont été proposées. L'une des stratégies majeures, pour discriminer ces hypothèses, est d'utiliser le fait qu'elles sont associées à des prédictions distinctes quant aux arbres phylogénétiques qui devraient être observés pour les gènes communs aux eucaryotes et aux archées ou aux eucaryotes et aux bactéries. C'est la problématique que j'ai étudiée au cours de ma thèse. J'ai réalisé des analyses phylogénétiques, à l'échelle génomique et à l'aide d'une approche semi-automatisée, pour tous les gènes présents chez les eucaryotes et les archées ou les bactéries. Mon analyse s'est appuyée sur une qualité méthodologique excellente en regard de la littérature existante sur le sujet. En particulier, j'ai développé de nouveaux principes et outils pour prendre en compte le remodelage constant des génomes procaryotes par les transferts horizontaux et les pertes de gènes. Ces innovations se sont révélées cruciales pour interpréter correctement les arbres de gènes à cette échelle évolutive, et mes résultats se distinguent nettement de ceux rapportés précédemment. Mon analyse a retrouvé, de façon très nette, les deux propriétés déjà connues du génome eucaryote : sa relation en apparence mosaïque aux archées et bactéries, et l'origine alphaproteobactérienne des mitochondries. Mon travail a ensuite permis de démontrer (i) que les gènes liant les eucaryotes aux alphaproteobactéries sont presque tous impliqués dans les fonctions de respiration et de synthèse protéique des mitochondries, et (ii) qu'il n'existe pas d'indices phylogénétiques pour une relation entre les eucaryotes et une lignée bactérienne autre que les alphaproteobactéries, contrairement à ce que prédisent une partie des hypothèses. De plus, mon travail montre clairement que les résultats obtenus par une approche phylogénomique large sur la question de la relation des eucaryotes et des archées dans l'arbre de la vie sont compatibles avec ceux obtenus par l'utilisation d'un jeu restreint de gènes universels. Mes données sont en effet favorables à ce que les eucaryotes branchent au voisinage du dernier ancêtre commun des archées. Mes résultats éclairent la problématique des origines des gènes eucaryotes avec une précision bien plus grande que celle qui avait été atteinte jusqu'alors. Ils montrent notamment l'absence de support phylogénétique pour les hypothèses basées sur une fusion impliquant une bactérie autre que l'ancêtre des mitochondries, et la relative rareté des gènes ayant une origine proto-mitochondriale avérée. Ces observations jouent en faveur des hypothèses se basant soit sur une origine précoce de la mitochondrie dans un hôte archéen, soit sur l'idée que les eucaryotes primitifs étaient fortement sujet aux transferts horizontaux de gènesPas de résumé en anglais
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Chat, Joelle Catherine. "Transmission des génomes cytoplasmiques et phylogénie moléculaire chez Actinidia." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2003. http://www.theses.fr/2003INAP0006.
Full text
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Chombard, Catherine. "Les demospongiae à asters : phylogénie moléculaire et homologie morphologique." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1998. http://www.theses.fr/1998MNHN0025.
Full textAbstract:
Avec le développement de la systématique moléculaire, il est maintenant possible de tester a posteriori des hypothèses sur l'homologie morphologique et les hypothèses évolutives qui en découlent. Les phylogénies moléculaires permettent de tester la classification. En positionnant les caractères non moléculaires sur ces phylogénies, il est donc possible d'inférer leur schéma évolutif et donc de réévaluer leur utilisation en systématique. La systématique des spongiaires s'est révélée particulièrement difficile de ses débuts, car ces organismes ne présentent qu'un faible nombre de caractères morphologiques et les hypothèses évolutives publiées depuis la fin du XIXème siècle sont presque entièrement subjectives. La systématique des spongiaires n'est donc pas encore phylogénétique. Une quarantaine d'espèces de demospongiae ont été séquencées pour un fragment de l'ADNr 28s. L’échantillonnage a été centre sur les demospongiae présentant le type spiculaire aster, la plupart appartenant soit à l'ordre des astrophorida, soit à celui des hadromerida. Ces taxons sont relativement riches en caractères morphologiques et certains de ces caractères ont pu être réévalues d'après les données moléculaires. À l'intérieur de l'ordre des astrophorida, les résultats moléculaires sont en contradiction avec la classification familiale et ne permettent pas de soutenir l'hypothèse de deux sous-ordres monophylétiques distingues par la présence exclusive de microscleres de type streptosclere et euaster respectivement. L’étude des Hadromerida montre en revanche une très bonne corrélation entre phylogénie moléculaire, systématique familiale et répartition des types d'asters. Trois genres de demospongiae a asters ne montrant aucune affinité avec les ordres étudies ci-dessus, ont nécessité d'être replaces dans une phylogénie générale des demospongiae. L’analyse de l'ensemble des séquences d'ARNr 28s disponibles pour les diploblastiques laisse supposer une émergence très ancienne de cinq groupes distincts de demospongiae, deux de ces groupes constituant des assemblages entièrement nouveaux et contenant chacun des demospongiae a asters. Ces résultats posent probablement les bases d'une future révolution dans la classification des demospongiae.
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Davesne, Donald. "La phylogénie des téléostéens acanthomorphes : approches paléontologique et moléculaire." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2015. http://www.theses.fr/2015MNHN0017.
Full textAbstract:
Les acanthomorphes sont un groupe de téléostéens principalement marins comprenant plus de 15000 espèces actuelles. Les relations de parenté entre les grands groupes d'acanthomorphes ont longtemps été très mal connues, jusqu'à l'arrivée des premières analyses utilisant la méthode cladistique sur des données morphologiques au début des années 1990. Les relations de parenté proposées par la morphologie ont par la suite été largement remises en question avec l'avènement de la phylogénie moléculaire une décennie plus tard. Ces nouvelles relations de parenté n'ont jamais été testées sur la base de la morphologie, ce qui a comme conséquence qu'à l'heure actuelle, plusieurs classifications existent en parallèle. De plus, les hypothèses sur les premières divergences de l'arbre des acanthomorphes (qui correspondent à la première phase de diversification du groupe, très certainement au début du Crétacé supérieur) sont contradictoires d'une étude moléculaire à l'autre. Notamment, certaines études moléculaires basées sur les génomes mitochondriaux rejettent la monophylie des acanthomorphes. Dans le cadre de cette thèse, mon objectif était d'aboutir à une hypothèse phylogénétique consensuelle pour la base de l'arbre des acanthomorphes, permettant de réconcilier les résultats moléculaires entre eux et avec la morphologie. Pour l'atteindre, j'ai constitué des jeux de données morphologiques dont l'échantillonnage taxonomique couvre suffisamment la diversité des acanthomorphes pour que les hypothèses moléculaires puissent être testées par la morphologie, ce que les précédents jeux de données morphologiques ne permettaient pas. Ces jeux de données incluaient pour la première fois des taxons fossiles, parmi les plus anciens acanthomorphes connus, présentant des combinaisons d'états de caractères inédites dans la nature actuelle. J'ai en parallèle constitué des jeux de données moléculaires, utilisant de multiples marqueurs mitochondriaux et nucléaires, dans l'objectif de mieux caractériser les sources d'incongruence entre les résultats. L'analyse de mes données morphologiques, mitochondriales et nucléaires a livré des topologies très largement congruentes entre elles. La fiabilité des clades ainsi retrouvés d'une analyse à l'autre est renforcée. C'est le cas par exemple du groupement entre les Gadiformes (morues) et les Zeiformes (saint-pierre). La monophylie des acanthomorphes est soutenue par toutes les données. Enfin, il est démontré que l'inclusion des taxons fossiles est cruciale pour obtenir des résultats cohérents. J'ai ainsi obtenu une phylogénie synthétique des acanthomorphes, proposant des synapomorphies pour les clades jusqu'à présent soutenus uniquement par les données moléculaires. Cette phylogénie est replacée dans un contexte temporel grâce aux taxons fossiles. L'approche intégrative adoptée dans cette thèse est prometteuse pour résoudre d'autres questions phylogénétiques complexes, en particulier pour des noeuds profondsAcanthomorpha is a group a mainly marine teleosts including more than 15 000 extant species. Acanthomorph interrelationships were almost unknown until the first analyses using cladistic methodology on morphological characters in the beginning of the nineties. The relationships supported by morphology were largely contradicted when molecular phylogenetic studies became available a decade later. The new, "molecular" relationships have never been tested with morphology, which implies that today, several classifications coexist. Moreover, the phylogenetic hypotheses on the first dichotomies of the tree (that is, the first diversification of the group in the early Late Cretaceous) are contradictory from one molecular study to another. For example, some molecular studies based on mitogenomes reject acanthomorph monophyly. My objective during this PhD was to obtain a consensual phylogenetic hypothesis for the base of the acanthomorph tree, allowing reconciling molecular results together and with morphology. In order to obtain this, I constituted morphological datasets with a broad taxonomic sampling covering acanthomorph diversity enough for the molecular hypotheses to be tested by morphology – which previous morphological datasets did not allow. These datasets included fossil taxa for the first time, among which some of the oldest acanthomorphs known on record, that show character state combinations that are extinct today. In parallel, I built molecular dataset using numerous mitochondrial and nuclear markers, in order to better characterize the sources of the incongruence between results. The analysis of my morphological, mitochondrial and nuclear data yielded largely congruent topologies. The clades recovered from one analysis to another have then an increased reliability. For example, Gadiformes (cods) and Zeiformes (dories) are grouped together. Acanthomorph monophyly is supported by all data. The inclusion of fossil taxa is critical to obtain relevant results. In this PhD I obtained a synthetic phylogenetic hypothesis for acanthomorphs, proposing synapomorphies for the "molecular" clades. This phylogeny is replaced in a timeframe thanks to fossil data. The integrative approach I used in my PhD is promising to resolve many other complex phylogenetic questions, especially for deep nodes
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Boussau, Bastien. "Evolution Profonde et Phylogénie." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00345743.
Full textAbstract:
Durant cette thèse je me suis intéressé à l'évolution profonde du vivant, depuis le dernier ancêtre commun universel (LUCA) jusqu'aux ancêtres des trois grands royaumes, les Archées, les Bactéries et les Eucaryotes. J'ai notamment cherché à placer quelques organismes dans l'arbre de la vie, tels que la bactérie Aquifex aeolicus et l'archée Cenarchaeum symbiosum, et j'ai également étudié l'évolution des températures de croissance il y a plusieurs milliards d'années. Pour ce faire, j'ai développé des algorithmes afin de reconstruire l'évolution de séquences géniques, puis j'ai utilisé ces séquences pour prédire les températures optimales de croissances d'organismes aujourd'hui éteints. Mes collègues et moi-même estimons que LUCA ne vivait pas à très haute température, mais que ses directs descendants les ancêtres des Bactéries et du groupe comprenant les Archées et les Eucaryotes vivaient dans des environnements plus chauds. Cela signifie que les deux lignées venant de LUCA ont subi le même type d'évolution en parallèle, qui pourrait avoir été causée par une seule et même pression de sélection. Cette pression pourrait être le résultat d'un intense bombardement météoritique il y a 3.8 milliards d'années, et avoir été accompagnée d'un changement depuis un génome à ARN pour LUCA vers des génomes à ADN pour ses descendants. Ensuite, dans la lignée des Bactéries, les températures optimales de croissance ont chuté, ce qui pourrait correspondre à l'évolution de la température des océans au cours des 3.5 derniers milliards d'années.
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Sallen, Brunehild. "Caractérisation moléculaire en bactériologie : taxonomie ribosomique 23S et épidémiologie moléculaire d'intégrons." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10136.
Full textAbstract:
Les techniques de la biologie moleculaire ont apporte a la bacteriologie des moyens performants pour la caracterisation des souches, en particulier pour la taxonomie et l'epidemiologie. Les phylogenies moleculaires sont actuellement principalement etablies a partir des sequences ribosomiques 16s. Pour diverses raisons les sequences d'arnr 23s ont ete peu etudiees jusqu'a present et sont donc moins nombreuses. Dans ce travail nous avons compare les pouvoirs resolutifs respectifs des arnr 16s et 23s. Pour ce faire nous avons tout d'abord construit un outil de sequencage rapide et robuste des adn ribosomique 23s. Ceci nous a permis d'etudier trois branches de l'arbre phylogenique eubacterien a travers 23 nouvelles sequences. Globalement, les phylogenies obtenues par l'analyse des sequences 16s et 23s sont en accord. Cependant, nous avons montre que les arnr 23s sont plus resolutifs que les arnr 16s en termes de positionnement d'especes au sein d'une phylogenie. Dans le phylum des firmicutes a haut g+c, frankia et streptomyces sont associees en un groupe monophyletique robuste sur la base de leurs sequences d'arnr 23s, ce qui n'est pas le cas par l'analyse 16s. Ce phenomene est egalement retrouve pour bartonella bacilliformis et brucella abortus dans la lignee des alpha-proteobacteries. Dans le groupe des firmicutes a bas g+c, les genres listeria et brochothrix forment chacun un groupe monophyletique sans parente particuliere contrairement aux resultats publies par collins et coll. (1991) avec le marqueur 16s. Dans la deuxieme partie de ce travail, nous avons realise l'epidemiologie moleculaire des genes de resistance aux antibiotiques associes a un integron chez 59 enterobacteries cliniques presentant au moins une resistance transferable. De maniere surprenante, l'integron est present dans 60% des souches etudiees. Les genes inseres aux points chauds de recombinaison ont ete identifies par sequencage. Ils codent principalement des resistances aux aminosides qui sont toujours exprimees par les souches. Les resistances transferables aux aminosides dans ces souches sont mediees a 53% par ce mecanisme
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Rezaei, Hamid Reza. "Phylogénie moléculaire du Genre Ovis (mouton et mouflons), implications pour la conservation du genre et pour l’origine de l’espèce domestique." Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10317.
Full textAbstract:
La systématique du genre Ovis est restée confuse jusqu'à aujourd'hui, et plusieurs classifications ont été proposées. Sept principaux groupes de moutons sauvages sont distingués sur la base de différences caryotypiques, morphologiques et géographiques. Le présent travail fournit de nouvelles données sur la systématique et l'évolution du genre Ovis, à partir de phylogénies de Cytochrome b. Ces phylogénies sont basées sur l'analyse de 267 échantillons représentatifs de la plupart des sous-espèces d'Ovis et de l'ensemble de leur aire de répartition. L'Urial et le Mouflon, qui sont considérés soit comme une seule espèce (O. Orientalis) soit comme deux espèces séparées (O. Orientalis and O. Vignei), forment un groupe monophylétique fortement soutenu. Les hybrides entre O. Vignei et 0. Orientalis apparaissent dans l'un ou l'autre des groupes, indépendamment de leur origine géographique au sein de la zone hybride. Le mouflon européen (O. Musimon) appartient clairement au clade d'O. Orientalis. Les autres espèces, O. Dalli, O. Canadensis, 0. Nivicola et 0. Ammon sont monophylétiques. Trois des espèces sauvages, O. Orientalis, 0. Vignei et O. Ammon, ont été considérées comme pouvant être à l'origine du mouton domestique. Les relations phylogénétiques entre ces espèces et le mouton montrent maintenant que le seul véritable ancêtre est le mouflon asiatique (O. Orientalis). La comparaison de la diversité mitochondriale de 130 moutons avec celle de 140 mouflons asiatiques représentatifs de l'ensemble de l'aire de répartition, permet de localiser l'aire de domestication. Elle s'étend de l'est de l'Anatolie aux monts Zagros, et exclue la basse vallée de l'Indus et l'Asie de l'Est. Une grande partie de la diversité génétique sauvage a été capturée, indiquant des tailles efficaces de population importantes au moment de la domestication. Ceci remet en question l'existence couramment admise de goulots d'étranglement au début de la domesticationThe systematic of the Ovis genus has been difficult to establish with several classifications proposed. Seven main groups of wild sheep are distinguished on the basis of different karyotype, morphologies and geographic distributions. The present work provides new insights for the systematic and evolution of the wild sheep by performing cytochrome b phylogenies. These phylogenies were based on 267 samples covering the whole geographic distribution area and representative ofmost of the wild sheep subspecies. Ln this phylogeny urial and mouflon, which are either considered as a single species (O. Orientalis) or as two separate species (O. Orientalis and O. Vignei), form two monophyletic groups strongly supported by high bootstrap values. Hybrids between O. Vignei and O. Orientalis appear in one or the other group, independently from their geographic origin within the hybrid zone. The European mouflon O. Musimon is clearly in the O. Orientalis clade. The other species, O. Dalli, O. Canadensis, O. Nivicola and 0. Ammon are monophyletic. Three of these wild species (0. Orientalis, O. Vignei and O. Ammon) has been considered as potential ancestors of the domestic sheep until now. The phylogenetic relationships between the domestic sheep these three Asiatic wild species demonstrate that the Asiatic mouflon (O. Orientalis) is the only true ancestor. The comparison of the mitochondrial DNA diversity of 130 domestic sheep with that of 140 Asiatic mouflons from ail over its modem distribution area allows restricting the cradle of domestication between Eastern Anatolia and the Zagros mountains, clearly excluding the Lower Indus Valley and more Eastern Asiatic regions. A large part of the wild genetic diversity has been captured, which indicates a large effective population size at the time of domestication. This challenges the current believe suggesting the occurrence ofbottlenecks at the beginning of the domestication process
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Pelandakis, Michel. "Phylogénie moléculaire des drosophilides fondée sur l'analyse de différents fragments de l'arnr 28s." Paris 7, 1991. http://www.theses.fr/1991PA077119.
Full textAbstract:
Deux domaines divergents d1 et d2 de l'arn 28s représentant 550 nucléotides ont été séquencés chez un grand nombre de drosophiles. La méthode employée est celle du séquençage direct développée par qu et al. (1983). L'analyse comparée de ces domaines a tout d'abord permis d'établir un arbre phylogénétique reconstruit a partir des différentes méthodes disponibles. Nous avons pu ainsi définir quatre grandes unités phylogénétiques. Le rameau scaptodrosophila renferme le sous-genre scaptodrosophila et le genre chymomyza le rameau néotropical englobe les groups willistoni et saltans du sous-genre sophophora, le rameau obscura-melanogaster constitue des groupes obscura et melanogaster du sous-genre sophophora, enfin le rameau drosophila qui englobe les espèces du sous-genre drosophila et les genres samoaia, scaptomyza et zaprionus. Le résultat n'est qu'en accord partiel avec la systématique traditionnelle et les radiations évolutives élaborées par throckmorton. Le sous-genre sophophora tel qu'il est défini par la systématique traditionnelle est paraphylétique; il en va de même du groupe mélanogaster. Les relations entre groupes, sous-groupes et complexes ont été établies au sein de chacun de ces grands rameaux. L'analyse comparée des séquences nous a aussi permis de proposer la structure secondaire du domaine divergent d2. Les séquences établies pour d'autres espèces de diptères nous ont été d'un grand secours. La structure secondaire confirmée par les changements de bases compensées est conforme au modèle eucaryote déterminé par Michot et Bachellerie (1987)
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Fournier, Pierre-Edouard. "Identification et phylogénie des rickettsies du groupe boutonneux." Aix-Marseille 2, 1999. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/1999AIX20657.pdf.
Full text
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Zaragüeta, Bagils René. "Tests morphologique et moléculaire des hypothèses de phylogénie des Clupeomorpha (Teleostei)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2002. http://www.theses.fr/2002MNHN0019.
Full textAbstract:
La notion de caractère utilisée en analyse cladistique est vague et propre à chaque systématicien. La formalisation du caractère proposée ici distingue la génération des conjectures d'homologie de leur validation et évacue les relations d'ancêtre à descendant et le raisonnement abductif. L'analyse à trois taxons maximise l'homologie ainsi formalisée, la sévérité du test de congruence et la précision de la méthode. L'indice de rétention, seule mesure d'ajustement pertinente, est utilisé dans deux applications originales. NoiseSnapper permet la détection du bruit en analyse cladistique en fixant le seuil d'ajustement à partir duquel le contenu explicatif des caractères est nul. La deuxième application concerne le problème de l'ajustement des cladogrammes à la stratigraphie. Les indices existants sont réfutés et une nouvelle mesure d'ajustement hiérarchique est proposée, le HIFI (Hierarchical Fit Index). Un troisième développement est l'application de l'analyse de saturation aux données morphologiques, qui permet de détecter des artéfacts d'attraction de longues branches et d'optimisation des données manquantes. Dans une deuxième partie de ce travail, les résultats méthodologiques obtenus sont appliqués aux hypothèses de phylogénie des Clupeomorpha. Le test moléculaire montre que les Clupeomorpha constituent le groupe frère des Ostariophysi et propose une redéfinition des Protacanthopterygii, avec une relation de groupe frère entre les ésocoi͏̈des et les salmonidés. Le test morphologique, qui inclut un grand nombre de taxons fossiles, permet de résoudre les relations entre les clades les plus inclusifs de Clupeomorpha et de redéfinir les EllimmichthyiformesThe cladistic concept of character is loosely defined and every systematicist seems to have its own. The formalisation of the concept of character proposed here makes the distinction between the source of the conjectures of homology and their validation, abandoning ancestor-descendant relationships and abductive interpretation. Three-taxon analysis maximises the homology as defined here, the severity of the test of congruence and the precision of the method. The retention index, the only relevant measure of fit, is used in two original approaches. NoiseSnapper allows the detection of noise in cladistic analysis by identifying the threshold under which characters have no explanatory power. The second application deals with the problem of the fit of cladograms to stratigraphy. All the hitherto defined indices are refuted and a new hierarchical fit index (HIFI) is proposed. A third development is the application of the analysis of saturation to morphological data that allows the detection of artefacts caused by long-branch attraction and by missing data optimization. In the second part of this work, the methodological results are applied to the phylogenetic hypothesis of the Clupeomorpha. The molecular test shows that Clupeomorpha and Ostariophysi are sister-groups and proposes a redefinition of the Protacanthopterygii, with a sister-group relationship between esocoids and salmonids. The morphological test resolves the relationships between the most inclusive clades of the Clupeomorpha and redefines the Ellimmichthyiformes
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Haevermans, Thomas. "Le genre Euphorbia L. ( Euphorbiaceae) à Madagascar : phylogénie moléculaire et systématique." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2003. http://www.theses.fr/2003MNHN0036.
Full textAbstract:
La taxonomie d'Euphorbia L. A toujours été problématique à cause de sa taille gigantesque (presque 2000 espèces) et de sa grande diversité morphologique. La caractéristique utilisée pour définir Euphorbia est la structure de sa cyathe, ou cyathium, qui est une inflorescence hermaphrodite condensée (certains taxons peuvent être dioi͏̈ques par avortement des fleurs mâles ou femelles). A la base de la cyathe se trouvent au moins deux bractées axillantes plus ou moins développées et colorées, appelées cyathophylles. Deux analyses phylogénétiques complémentaires ont été menées pour cette thèse, la prmeière portant sur le genre dans sa globalité (dans la limite des données disponibles), en incluant toute la variation morphologique observée à Madagscar, la seconde a été restreinte au sous-genre Lacanthis (Raf. ) M. G. Gilbert. Deux approches on été utilisées pour effectuer les analyses de la région des ITS (ITS1 + 5. 8S + ITS2), la parcimonie et les inférences bayésiennes. La définition que donne Gilbert (1987) d'Euphorbia subg. Lacanthis fournit une hypothèse de travail pour tester les affinités des espèces succulentes provenant de Madagascar par rapport au reste du genre. Les résultats obtenus montrent que les espèces malgaches inclues dans le sous-genre Lacanthis forment un groupe monophylétique, et les espèces du groupe de l'E. Rubella, précédemment considérées comme des Lacanthis, ne sont en fait pas les plus proches parentes des espèces malgaches. Les concepts familiers comme les << euphorbes coralliformes >>, les << euphorbes monocaules >> ou les << euphorbes géophytes >> sont en fait des ensembles polyphylétiques, qui nécessitent d'être plus délimités en identifiant leurs apomorphies. Les << euphorbes malgaches >> ne forment pas non plus un ensemble monophylétique, indiquant que l'île a connude multiples événements de colonisation. Une classification informelle des espèces originaires de Madagascar est proposée. Elle est basée sur les analyses moléculaires mises avec les données morphologiques disponibles. Les affinités putatives des groupes sont discutées. La prochaine étape pour améliorer la compréhension du genre dans son ensemble sera de tester les hypothèses phylogénétiques à l'aide d'un échantillonnage plus complet encore ( en se concentrant sur les espèces des continents africains et asiatiques) et en utilisant d'autres régions de l'ADN. Le but final étant de produire, et cela pour la prmeière fois depuis la dernière tentative de Boissier en 1862, une classification cohérente et stable du genre.
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Iglésias, Samuel Paco. "Taxinomie, phylogénie moléculaire et évolution des Scyliorhinidae sensu lato (Chondrichthyes, Carcharhiniformes)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0067.
Full textAbstract:
"Les Scyliorhinidae forment la plus grande famille de requins actuels. L’espèce Apristurus atlanticus est placée en synonyme junior d’A. Laurussonii et une nouvelle espèce est décrite : A. Melanoasper. La phylogénie des Scyliorhinidae est explorée au travers des analyses séparées et combinées d’un gène mitochondrial et d’un gène nucléaire. La paraphylie des Scyliorhinidae est fortement soutenue et la classification du groupe est révisée. Les Scyliorhinidae sensu stricto sont redéfinis et les Pentanchidae sont ressuscités et redéfinis. Une phylogénie fiable permet des inférences sur l’évolution de caractères biologiques. Le caractère "mode de reproduction" est plaqué sur l’arbre moléculaire et permet de discuter des transitions des modes de reproduction chez les Carcharhiniformes. Par ailleurs Apristurus longicephalus est décrite comme étant la première espèce de Chondrichtyens hermaphrodite rudimentaire. Le développement de l’organe électrosensoriel est mis en corrélation avec l’écologie des Carcharhiniformes. L’hypothèse préliminaire soutient que cet organe compense l’inefficacité de la vision pour la détection des proies. "Scyliorhinids are the largest extant shark family. The species Apristurus atlanticus is placed as junior synonym of A. Laurussonii, and a new species is described: A. Melanoasper. The phylogeny of scyliorhinids is explored through separate and combined analyses of a mitochondrial gene and of a nuclear gene. The paraphyly of scyliorhinids is strongly supported and the classification of the group is revised. Scyliorhinidae sensu stricto are redefined and Pentanchidae are resurrected and redefined. A reliable phylogeny allows inferences on the evolution of biological characters. Thus the character “mode of reproduction” is mapped on the molecular tree and makes it possible to discuss the transitions of the modes of reproduction within Carcharhiniformes. In addition Apristurus longicephalus is described as being the first rudimentary hermaphroditic species within Chondrichthyes. The development of the electrosensory system is correlated with the ecology of the species. The preliminary assumption supports that this system compensates the inefficiency of the vision for the detection of the preys
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Arabi, Juliette. "Phylogénie des Chelicerata et étude des taux de substitution dans leurs gènes mitochondriaux et nucléaires." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2010. http://www.theses.fr/2010MNHN0007.
Full textAbstract:
Le sous-phylum des Chelicerata comprend les arthropodes caractérisés par la présence d’une paire de chélicères : arachnides, limules et pycnogonides. A ce jour, les relations inter- et intra-ordinales restent très peu résolues et l’inclusion des pycnogonides au sein des chélicérates demeure une question très débattue. Les phylogénies mitochondriales montrent souvent des résultats contradictoires qui s’expliquent par des variations importantes dans les taux de substitution de l’ADN mitochondrial au cours de l’évolution des arthropodes. L’analyse de plus de 1 600 séquences du gène mitochondrial CO1 a permis de mettre en évidence de très fortes variations de la composition en bases chez les chélicérates, avec notamment une inversion du biais de composition en bases brinspécifique chez les araignées opisthothèles et les scorpions, et une très forte hétérogénéité chez les acariens, opilions, pseudoscorpions et pycnogonides. L’étude comparative de l’organisation des génomes mitochondriaux suggère que deux types de réarrangements sont à l’origine de ces inversions : une inversion d’un fragment génomique contenant CO1 entraîne une inversion locale, alors qu’une inversion de la région de contrôle engendre une inversion dans tout le génome. Ainsi, la seule étude du gène CO1 permet d’identifier les taxons susceptibles d’avoir subi des remaniements génomiques. Du point de vue phylogénétique, les conséquences de ces inversions sont dramatiques puisqu’elles entraînent de nombreux artefacts de reconstruction liés au phénomène d’attraction de branches longues. Afin de mieux appréhender les relations inter-ordinales, le gène CO1 et les ARNr nucléaires 18S et 28S ont été analysés pour une matrice de 180 taxons. Les Euchelicerata, tous les ordres d’arachnides (exceptés les acariens) et les Tetrapulmonata sont trouvés monophylétiques. En revanche, la position des pycnogonides reste incertaine. La comparaison des données mitochondriales et nucléaires suggère de surcroit une accélération des taux d’évolution moléculaire chez les acariens et chez les pseudoscorpions. Pour tester la position phylogénétique des pycnogonides, 68 régions nucléaires de gènes codant des protéines ont été extraites des banques de données et analysées pour 98 taxons. L’analyse des sites synonymes révèle une importante hétérogénéité de composition en bases. Chez certains organismes, comme Mastigoproctus (uropyge), la plupart des gènes sont riches en AT ; chez d’autres, comme Ixodes (acarien), la majorité des gènes sont riches en GC ; chez d’autres encore, tel que Idiogaryops (pseudoscorpion), les proportions sont quasi équilibrées. Cette hétérogénéité traduit de fortes différences taxinomiques dans les contraintes mutationnelles, ce qui constitue un problème majeur pour modéliser l’évolution moléculaire lors des reconstructions phylogénétiques. Ainsi, l’amélioration de l’échantillonnage taxinomique apparaît comme incontournable pour espérer faire émerger une conclusion sur la position des pycnogonidesThe subphylum Chelicerata contains arthropods characterized by a pair of chelicerae : arachnids, horseshoe crabs (Xiphosura) and sea spiders (Pycnogonida). To date, inter- and intra-ordinal relationships remain poorly resolved and the inclusion of Pycnogonida within Chelicerata is still a highly debated issue. Mitochondrial phylogenies have shown conflicting results that can be explained by variations in substitution rates of the mitochondrial DNA during the evolution of Arthropoda. In this study, more than 1,600 sequences of the mitochondrial CO1 gene were analyzed for base composition at third codon positions. The results show great variations among chelicerates, with a reversal strand-specific bias in the case of opisthothele spiders and scorpions, and a strong heterogeneity within acarines, harvestmen, pseudoscorpions and sea spiders. Reversals of base composition can be related to mitochondrial rearrangements: an inversion of a genomic fragment containing CO1 can generate a local reversal, while an inversion of the control region can create a reversal in the whole genome. The study of CO1 alone can be used to identify taxa affected by mitogenomic rearrangements. From a phylogenetic view, the consequences of these inversions are dramatic, since they entail many reconstructions artifacts related to the long-branch attraction phenomenon. A matrix including three genes (CO1 and the nuclear 18S and 28S rRNAs) and 180 taxa was constructed to better understand inter-ordinal relationships. The results show that Euchelicerata, all arachnid orders (except Acari) and the Tetrapulmonata (Amblypygi, Araneae, Uropygi) are monophyletic. The position of Pycnogonida was found to be uncertain. The comparison between mitochondrial and nuclear trees suggests faster rates of molecular evolution in Acari and Pseudoscorpiones. The phylogenetic position of Pycnogonida was also studied using a large data set of nuclear data: 68 regions of protein-coding genes were extracted from nucleotide databases for 98 taxa. The analysis of third codon positions revealed important variations in base composition. In some organisms, like Mastigoproctus (Uropygi), all genes are rich in AT; in others, such as Ixodes (Acari), the majority of genes are rich in GC; in others, such as Idiogaryops (Pseudoscorpiones), the proportions are balanced. These variations suggest that multiple changes in mutational patterns occurred during the evolution of arthropods. As these changes can lead to tree reconstruction artifacts, we consider that the position of Pycnogonida needs to be reassessed using denser taxonomic sampling
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Mollaret, Isabelle. "Phylogénie des monogènes (Plathelminthes) : apport des caractères spermatologiques et moléculaires." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2000. http://www.theses.fr/2000MNHN0017.
Full textAbstract:
Une étude comparative des plathelminthes, en particulier des monogènes a été effectuée en spermatologie, immunocytochimie et biologie moléculaire dans le but d'inférer une phylogénie d'après les données moléculaires seules puis les données spermatologiques et moléculaires combinées. L'ultrastructure du spermatozoïde et de la spermiogénèse de mesocoelium monas suit le modèle digène. Pseudodactylogyroides marmoratae et sundanonchus micropeltis présentaient le type spermatique 4 des monogènes. L'immunocytochimie du monogène pseudodactylogyrus sp. Et du digène m. Monas a révélé les modifications post-traductionnelles de la tubuline acétylation, tyrosination et polyglutamylation. Mais l'acoele actinoposthia beklemischevi, en comparaison avec un temnocéphale, un digène et un monogène, présente des microtubules acétyles ; ceci impliquant le rejet d'homologie de structure entre acoeles et autres plathelminthes. L'analyse phylogénétique d'après les séquences d'ADNr 28s en neighbour-joining, parcimonie et maximum de vraisemblance a montré la paraphilie des monogènes, les relations étant (monopisthocotylea (polyopisthocotylea (digenea, eucestoda))), avec deux triclades en outgroup. Ainsi, des analyses séparées des deux groupes de monogènes ont été effectuées. Les relations des monopisthocotylea sont : ((monocotylidae (udonella, capsalidae)) (diplectanidae, ancyrocephalidae)). Les polystomatidae sont le groupe-frère des polyopisthocotylea sensu stricto. Les polyopisthocotylea les plus dérivés présentaient une polytomie comme leurs hôtes eutéléostéens dans des analyses moléculaires et morphologiques. Une radiation pour ces polyopisthocotylea a été suggérée d'après la radiation connue des euteleostei. Une troisième analyse a trouvé s. Micropeltis membre du clade de type spermatique 4. Une analyse combinée des caractères spermatologiques et moléculaires pour dix monogènes a montré la congruence de ces caractères. Les monogènes ne sont pas monophylétiques
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Silberfeld, Thomas. "Contributions des phylogénies moléculaires à la systématique et à la compréhension de l'évolution des algues brunes (Ochrophyta, Phaeophyceae)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2010. http://www.theses.fr/2010MNHN0023.
Full textAbstract:
La systématique des algues brunes (Ochrophyta, Phaeophyceae) est longtemps restée nébuleuse. L'objectif de cette thèse était d'explorer la systématique des Phaeophyceae à des échelles variées au moyen de phylogénies moléculaires. Un jeu de données de plus de 10 000 pb a été analysé afin de réévaluer les relations inter-ordinales. Des temps de divergence moyens ont en outre été estimés sous un modèle d'horloge moléculaire relâchée et calibrée par le registre fossile. Ces estimations suggèrent que l'histoire des Phaeophyceae a été marquée par un épisode d'accélération des cladogénèses pendant env. 30 Ma au cours du Crétacé inférieur. Nos analyses nous ont également permis de clarifier la systématique de plusieurs taxons à pyrénoïdes (ex. Chordariopsis, Spongonema), et de proposer un nouvel ordre des Asterocladonales. Enfin, un riche échantillonnage pour le genre Padina (Dictyotales) nous a permis une investigation des processus de spéciation et de la biogéographie chez ce genreSystematics of brown algae (Ochrophyta, Phaeophyceae) has long remained a significant challenge. The goal of my PhD was to explore systematics within Phaeophyceae at various scales through molecular phylogenies. First, a 10,000+ nt data set was analysed to reassess interordinal relationships. Moreover, mean divergence times were estimated under a fossil-calibrated bayesian relaxed molecular clock model. Our estimates suggest that the evolutionary history of brown algae was marked by an increase in the cladogenetic rhythm for ca 30 Ma during Lower Cretaceous. Multi-locus data sets have also allowed us to clarify the systematic position of several poorly studied pyrenoid-bearing taxa (e. G. Chordariopsis, Spongonema), and noticeably resulted in the proposal of a new order Asterocladonales. Finally, the availability of a rich sampling for the genus Padina (Dictyotales) has allowed us to shed light upon speciation processes and biogeography in the genus
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Loreille, Odile. "Contribution de la paléogénétique à la phylogénie moléculaire et à la phylogéographie." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10335.
Full textAbstract:
Depuis une quinzaine d'annees, il est devenu possible d'extraire des molecules a partir de materiel fossilise. Cette methode a ouvert des perspectives nouvelles en archeozoologie, paleontologie, medecine legale etc en effet, la connaissance de sequences d'adn ancien apporte une information directe sur l'identite genetique des organismes ayant vecu dans le passe. Ce travail est principalement oriente vers deux axes de recherche : * la reconnaissance d'especes en archeozoologie et en paleoparasitologie. Les travaux que nous avons menes ont montre que les especes etaient clairement identifiables par leur adnmt lorsque les sequences avaient peu evolue (caprines). En revanche, pour des especes tres anciennes ou dont les genes sont mal connus, l'analyse des sequences est d'une interpretation beaucoup plus difficile (bovides, parasites). * la phylogenie moleculaire et la phylogeographie intraspecifique avec l'etude des ours europeens. L'analyse d'un fragment de 272 pb de la region de controle de l'adnmt de six ours bruns anciens (ursus arctos) nous a permis d'etudier la repartition des differents haplotypes dans le temps et dans l'espace. Nous avons ainsi montre que dans la region sub-alpine, les ours ayant plus de 10 000 ans bp etaient de type cantabrique puis qu'ils avaient ete remplaces par des individus de type balkanique (2 000-6 000 ans bp). Seul l'ours decouvert a paris (4 000 bc) appartient a la lignee est decrite par taberlet et bouvet (1994). L'analyse de 1140 pb du cytochrome b d'un echantillon et de 88-283 pb de la region de controle de dix echantillons d'ours des cavernes (ursus spelaeus), nous a permis d'une part, de preciser les liens phyletiques entre ursus spelaeus et ursus arctos, d'autre part d'etudier la variabilite intraspecifique d'ours des cavernes ayant entre 30-130 000 ans.
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Rougerie, Rodolphe. "Phylogénie et biogéographie des Saturniinae (Lepidoptera : Bombycoidea, Saturniidae) : approche morphologique et moléculaire." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0038.
Full textAbstract:
La sous-famille des Saturniinae est le groupe le plus hétérogène des Saturniidae. Après un rappel détaillé de l'état des connaissances sur ce groupe, une analyse phylogénétique est réalisée sur la base de trois jeux de caractères : la morphologie des adultes, la morphologie des premiers états,et les séquences du gène 16S. Les résultats des analyses de chacune de ces matrices sont présentés et discutés, et une procédure inédite de pondération a posteriori est proposée. Une analyse simultanée de l'ensemble des données est réalisée et ses résultats seront retenus. La monophylie de la sous-famille ainsi que celle des Bunaeini, Micragonini et Attacini est fortement soutenue au terme de l'analyse ; les Saturniini apparaissent paraphylétiques et les Urotini polyphylétiques. La position de genres problématiques est discutée et une reconstruction de l'histoire biogéographique de la sous-famille est proposée : son origine serait africaine et 2 lignées principales se seraient différenciéesThe Saturniinae subfamily is the most heterogeneous group of the Saturniidae. Following a detailed overview of the background knowledge on this group, a phylogenetic analysis is carried out based on three sets of characters: the morphology of the adults, the morphology of the immature stages, and the sequences of the 16S-LSU gene. The results of the analyses of each of these matrices are presented and discussed, and an original procedure for a posteriori weighting is put forward. A simultaneous analysis of the data as a whole is carried out and the results of this taken into account. The monophyly of the Saturniinae, as well as that of tribes Bunaeini, Micragonini and Attacini are strongly supported by the combined datasets; Saturniini are paraphyletic and Urotini polyphyletic. The position of problematic genera is discussed and an hypothesis for the biogeographical history of the subfamily is proposed : an African origin is suggested and 2 main lineages appeared subsequently
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Lavoué, Sébastien. "Phylogénie moléculaire des poissons électriques de la superfamille des Mormyroidea (Osteoglossomorpha ; Teleostei)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2001. http://www.theses.fr/2001MNHN0015.
Full textAbstract:
La superfamille des Mormyroidea (Osteoglossomorpha ; Teleostei), monophylétique comprend 19 genres et 182 espèces. Toutes ces espèces sont endémiques des eaux douces africaines où elles représentent une part importante de l'ichtyofaune. Les mormyres suscitent un intérêt particulier chez les scientifiques en raison de leur sens électrique (l'électroréception) qui leur permet de communiquer et de se repérer au moyen d'impulsions électriques de faible amplitude (l'électrogénèse). De nombreuses études ont été conduites chez ces poissons afin d'identifier et de décrire les structures organiques impliquées dans cette fonction et de comprendre leur rôle. Paradoxalement, la systématique des Mormyroidea n'a été que peu étudiée et reste mal connue. L'absence d'hypothèse phylogénétique fiable ne permet pas de replacer cette importante quantité de données biologiques accumulée dans un contexte évolutif. Ce travail a pour principal objectif de proposer des hypothèses phylogénétiques pour la superfamille des Morm̀yroidea, dondée sur la comparaison cladistique de caractères moléculaires. Pour cela, près d'une soixantaine de taxons, appartenant à 18 genres de Mormyroidea, a été étudiée en comparant les séquences nucléotidiques de trois gènes d'origine mitochondriale (cytochrome b, ARNr 12S et 16S) et de deux gènes d'origine nucléaire (rag2 et les deux premiers introns du gène S7). Plusieurs espèces de Notopteridae et d'Osteoglossidae ont été choisies comme extra-groupes. . . .
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Leroy, Stéphanie. "Phylogénie moléculaire et évolution de la taille du génome chez les nématodes." Perpignan, 2005. http://www.theses.fr/2005PERP0684.
Full textAbstract:
Les nématodes sont, juste après les arthropodes, les animaux pluricellulaires les plus nombreux sur terre, tant en individus qu'en espèces. Les nématodes sont des organismes qui peuvent être libres comme parasite, ce qui permet de s'intéresser à l'apparition ou plutôt aux apparitions du parasitisme au sein de ce phylum ancien. Le parasitisme serait apparu à plusieurs reprises de manière indépendante au sein du phylum des nématodes, mais il est nécessaire de reconstruire une phylogénie solide pour positionner ces événements d'apparition du parasitisme. La première partie de cette étude est donc consacrée à la reconstruction d'une telle phylogénie par l'analyse de plusieurs gènes : l'ARN ribosomique nucléaire 28S, les ARN robosomiques mitochondriaux 16S et 12S, et les trois gènes codant pour la cytochrome oxydase 1, le facteur d'élongation 1, et l'histone 3. Les conséquences de changement de mode de vie (libres vers parasites) ont des effets importants par exemple sur la taille des nématodes. Si le mode de vie des ces organismes a des effets si importants sur la taille de leur corps, et par voie de conséquence sur les traits de vie corrélés à la taille (fécondité par exemple), alors on peut s'interroger sur des effets sur le génome. La seconde partie de cette étude est donc consacrée à savoir si cette taille de génome est liée au mode de vie libre ou parasite chez les nématodes. Et lorsque l'on est devenu parasite le retour à l'état libre est-il possible ?
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Fuchs, Jérôme. "Biogéographie comparée des oiseaux forestiers de l'Ancien Monde : phylogénie et datation moléculaire." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066363.
Full text
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Rousseau, Florence. "Phylogénie moléculaire des fucales et tendances évolutives au sein des algues brunes." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1999. http://www.theses.fr/1999MNHN0003.
Full textAbstract:
Ce travail conduit à une conception nouvelle des relations phylogénétiques au sein des algues brunes et, plus particulièrement, des fucales. Des phylogénies moléculaires ont été établies puis confrontées aux caractères morphologiques et biochimiques disponibles. Pour cela, une zone génétique adaptée à la problématique a d'abord été recherchée. Les domaines D1 et D2 du gène de l’ARN de la grande sous-unité ribosomale (LSU) ont été utilisés pour la première fois chez les algues brunes et sont apparus particulièrement adaptes pour les reconstructions phylogénétiques au sein des fucales. Pour les analyses concernant l'ensemble de la classe des phacophyceae, une combinaison des séquences de l'extrémité 5 de la LSU (environ 600 nucléotides) et de l'extrémité 3 du gène de l’ARN de la petite sous-unité ribosomale (SSU) (450 nucléotides) a été utilisée. Les résultats obtenus ont permis de présenter une synthèse cohérente entre les arbres phylogénétiques moléculaires et les caractères morphologiques et biochimiques. Ainsi, les caractères ultrastructuraux sont apparus comme les plus pertinents au plan systématique ; l'évolution des principaux caractères morphologiques a été discutée ; une hypothèse d'évolution du cycle de certaines ectocarpales a, notamment, été proposée. Ce travail a abouti à plusieurs remaniements de la classification. L'ordre des fucales a été redéfini pour y inclure les ordres des durvillaeales et des notheiales. Au sein des fucales, des relations phylogénétiques entre les familles ont pu être établies. Les seirococcaceae se situent à la base des fucales. Les autres familles constituent deux clades principaux au sein desquels la place des durvillaeaceae doit être confirmée. Le premier clade est constitué de la famille des durvillaeaceae, taxon frère de bifurcariopsis + hymanthalia, taxons frères de hormosira + xiphophora + les fucaceae ; le second est forme de notheia taxon frère des cystoseiraceae + sargassaceae. La famille des cystoseiraceae est apparue paraphylétique par rapport aux sargassaceae. La famille des cystoseiraceae a donc été incluse dans celle des sargassaceae sensu de toni 1895. Les familles des durvillaeaceae, fucaceae, himanthaliaceae, hormosiraceae, notheiaceae et seirococcaceae ont été confirmées. Les genres bifurcariopsis et xiphophora devraient constituer chacun une famille propre. A l'échelle de l'ensemble de la classe, l'ordre des ectocarpales a été redéfini, sur la base de la présence de pyrénoïdes exserts. Cet ordre regroupe donc les algues classiquement placées dans les chordariales, les dictyosiphonales, les ectocarpales sensu stricto et les scytosiphonales, tandis que les algues dépourvues de pyrénoïde exsert, parfois placées dans les ectocarpales sensu lato, comme les tilopteridales, les ralfsiales sensu nakamura 1972, les scytothamnales, asteronema, asterocladon et bachelotia, en ont été exclues. Les ordres des desmarestiales, des dictyotales, des fucales, des scytothamnales et des sphacelariales sont monophylétiques. Les dictyotales, les sphacelariales et syringoderma forment un ensemble monophylétique, cohérent avec les données morphologiques. Les laminariales et les tilopteridales sont polyphyletiques. Saccorhiza, chorda et halosiphon sont exclus des laminariales, aussi bien sur des bases morphologiques que moléculaires. Ascoseira, asterocladon, bachelotia, cutleria, nemoderma, phaeosiphoniella et sporochnus constituent des lignées séparées, mais les relations entre ces différentes lignées ne sont pas résolues par les analyses moléculaires
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Vidal, Nicolas. "Phylogénie moléculaire des Colubroidea (Serpentes)néotropicaux : l'exemple des Crotalinae et des Xenodontinae." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2000. http://www.theses.fr/2000MNHN0021.
Full textAbstract:
Les colubroidea sont les serpents les plus dérivés et constituent la grande majorité des serpents actuels. Ils sont représentés dans la région néotropicale par environ 1000 espèces (sur environ 3000 espèces actuelles de serpents) appartenant à trois familles, les elapidae, les viperidae (sous-famille des crotalinae), et les colubridae (sous-familles des colubrinae, natricinae, et xenodontinae). La phylogénie de deux groupes parmi les mieux représentés dans la region neotropicale, les crotalinae et les xenodontinae, a été étudiée a l'aide de marqueurs moléculaires. Au sein des crotalinae, le degré général de résolution est médiocre malgré la longueur des séquences mitochondriales utilisées (2000 paires de bases). Une explication probable est la position basale des viperidae au sein des colubroidea. De nombreux regroupements obtenus d'après des études morphologiques sont remis en question par les données moléculaires qui mettent en évidence un fort degré d'homoplasie a ce niveau pour les caractères morphologiques classiquement étudiés. Les xénodontinae ont fait l'objet de nombreuses études phylogénétiques utilisant des caractères morphologiques (en particulier hemipeniens) ou des données immunologiques. Nos résultats, qui démontrent la monophylie du groupe, sont congruents avec la majorité d'entre elles et sont aussi soutenus par leur cohérence biogéographique. Si l'origine gondwanienne des colubroidea américains et l'origine par vicariance à partir de l'Amérique centrale des colubroidea antillais peuvent être écartées, la biogéographie des colubroidea néotropicaux continentaux montre un grand niveau de complexité, impliquant a la fois des événements de dispersion et de vicariance. La présence d'un appareil venimeux est attestée des l'origine des colubroidea et constitue une synapomorphie du groupe ayant probablement joue un rôle important dans sa diversification. Enfin, les xénodontinae, de par leur très grande plasticité morphologique et écologique au sein de contraintes morphologiques sévères imposées par le bauplan serpents, pourraient constituer un modèle de choix pour l'étude des processus évolutifs.
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Dauvergne, Xavier. "Taxonomie du genre Cochlearia des côtes bretonnes : morphologie, écologie, chimiotaxonomie et phylogénie moléculaire." Brest, 2006. http://www.theses.fr/2006BRES2048.
Full textAbstract:
Le genre Cochlearia constitue un complexe d'espèces polymorphes au regard de leur morphologie, de leur aire de répartition, de leur nombre de chromosomes et de leur adaptation écologique. En Bretagne, C. Aestuaria présente un statut taxonomique mal défini et peut éventuellement être confondue avec C. Anglica et C. Officinalis. Afin d'étudier la taxonomie de ce genre, une approche pluridisciplinaire a été réalisée combinant l'étude morphologique et écologique des espèces, un étude chiomiotaxonomique et une étude de phylogénie moléculaire. Les analyses biométriques ont mis en évidence quelques caractères permettant de clarifier la taxonomie du genre Cochlearia en Bretagne. De plus, les analyses en microscopie électronique à balayage ont révélé des différences d'ornementation des graines entre les espèces. En complément de cette étude, l'approche chiomiotaxonomique a permis la caractérisation de marqueurs chimiques permettant de distinguer les différentes espèces de ce genre, et de caractériser complètement les espèces C. Aestuaria et C. Officinalis. Enfin, l'approche de phylogénie moléculaire du genre Cochlearia a confirmé : (1) l'origine récente de complexe d'espèces, (2) la position des glaucocochlearia qui constituent une section soeur des Eucochlearia, (3) la monophylie des Eucochlearia et, (4) l'origine basale de C. Danica au sein des Eucochlearia. Ces différents approches ont permis de clarifier la taxonomie du genre en Bretagne tout en confirmant la proximité des différentes espèces de Cochleaires bretonnesThe genus Cochlearia represents a complex of highly polymorphic species with regard to their morphology, chromosome number, ecological adaptation and distribution areas. In Brittany C. Aestuaria presents a delicate taxonomic status and can be confused with C. Anglica and C. Officinalis. In order to elucidate the taxonomy of this genus, a multi-field work was carried out, including (1) a morpho-ecological, a chemotaxonomic and molecular phylogeny studies. The biometric analyses highlighted some characters allowing to clarify the taxonomy of Cochlearia genus in Brittany. Scanning electron microscopy also revealed differences of seed ornamentation between the species. In complement of this study, the biochemical approach showed the characterisation of chemotaxonomic markers in each Cochlearia species. Accordingly, C. Aestuaria and C. Officinalis have be clearly characterised. Finally, the molecular phylogenetic analyis of Cochlearia which constitutes a sister section of Eucochlearia, (3) the monophyly of the Eucochlearia and, (4) the basal origin of C. Danica within Eucochlearia. Overall, our work confirmed the proximity of the various Britain species of the Cochlearia genus, and it also clarified the taxonomy of this genus in Brittany
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Abdel, Samad Nour. "Caractérisation génétique du genre Iris évoluant dans la méditerranée orientale." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS250/document.
Full textAbstract:
Le genre Iris appartenant à la famille des Iridacées comprend plus de 220 espèces distribuées à travers l’hémisphère Nord. La section Oncocyclus (Siems.) Baker de ce genre est confinée au Sud-ouest de l’Asie et comprend plus de 65 espèces au statut taxonomique souvent discuté.La présente étude porte sur le complexe d’espèces d’Iris évoluant dans les pays de la Méditerranée orientale : Liban, Syrie, Jordanie, Palestine/Israël, Arménie, Turquie et Iran.Le taux d’endémisme au sein de ce genre est relativement élevé et la cueillette excessive ainsi que la destruction de leurs habitats menace un grand nombre de ces espèces.En vue de préciser le statut taxonomique des espèces et d’élucider les relations phylogénétiques qui les relient plusieurs méthodes sont employées : l’analyse de la taille du génome, l’étude du caryotype, l’organisation du génome basée sur la localisation des gènes ribosomiques et l’étude de la structuration de la diversité génétique et la phylogénie basée sur des marqueurs moléculaires nucléaires et chloroplastiques.Les études de laboratoires sont complétées par des travaux de terrain afin de suivre l’évolution de la dynamique des taxons endémiques du Liban en vue de leur préservation.Au cours de notre étude, les régions ITS, TrnL-F et matk de tous les iris du Liban et 20 Oncocylus de la région Est-Méditerranéenne ont été séquencées pour construire les arbres phylogénétiques. Les deux techniques FISH et Feulgen ont été appliquées sur plusieurs espèces Oncocyclus du Liban. Des études cytogénétiques approfondies ont été menées sur toutes les espèces d’Iris collectéesThe Iris genus belonging to the Iridaceae family includes over 220 species distributed throughout the Northern Hemisphere. The Oncocyclus section (Siems.) Baker is confined to the Southwest Asia and includes more than 65 species with a discussed taxonomic status.This study focuses on the Iris species complex evolving in the countries of the Eastern Mediterranean Region: Lebanon, Syria, Jordan, Palestine / Israel, Armenia, Turkey and Iran.The rate of endemism within this genus is relatively high. The overharvesting and the destruction of their habitats threaten many of its species.To clarify the taxonomic status of the species and to elucidate the phylogenetic relationships that connect them, several methods are used: the analysis of the genome size, the study of the karyotype, genome organization based on the ribosomal genes location and the study of genetic diversity and phylogeny based on nuclear and chloroplast molecular markers.Laboratory studies are complemented by field work to monitor the dynamics of Lebanon's endemic taxa for their preservation.In our study, the ITS regions, trnL-F and matK of all Lebanese irises and 20 Oncocylus irises of the East Mediterranean region were sequenced to construct phylogenetic trees. Both techniques FISH and Feulgen were applied to several Lebanese Oncocyclus species. Extensive cytogenetic studies have been conducted on all species of collected Iris taxa
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Hemery, Lenaïg. "Diversité moléculaire, phylogéographie et phylogénie des Crinoïdes (Échinodermes) dans un environnement extrême, l'océan Austral." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2011. http://www.theses.fr/2011MNHN0026.
Full textAbstract:
La classification des crinoïdes est en constant changement. Elle est cependant restée largement basée sur l’analyse des caractères externes du squelette, héritée de la paléontologie. L’apport relativement récent de l’analyse de l’ontogenèse des caractères et de la prise en compte des contraintes morphofonctionnelles a permis de mieux appréhender les affinités au sein des crinoïdes. L’approche moléculaire développée dans ce travail permet de tester ces affinités. Dans la nouvelle phylogénie de la classe présentée ici, un clade A est uniquement composé de formes pédonculées et un clade B comprend toutes les comatules et certains crinoïdes pédonculés. Un quart des familles de crinoïdes actuels est représenté dans l’océan Austral. Un nouvel inventaire des crinoïdes antarctiques permet de mettre en évidence 40 ESUs. Certaines sont très structurées géographiquement alors que d’autres sont circumpolaires. La plupart sont eurybathes. La description des niches écologiques des espèces antarctiques les plus abondantes, retrouvées en sympatrie et parfois syntopie, permet de montrer qu’elles partagent les mêmes régions optimales tout en ayant chacune sa propre niche et ses propres spécialisations. La combinaison des approches de phylogénie moléculaire, taxonomie intégrative, phylogéographie, génétique des populations, description des niches écologiques a permis de caractériser les diversités spécifique et écologique des crinoïdes antarctiques et de les replacer dans une phylogénie de la classe, tout en éclaircissant les relations phylétiques entre taxaThe crinoid classification is in constant change. It was however largely based on the analysis of the external characters of the skeleton. The recent contribution of the analysis of the ontogeny of morphological characters and a better understanding of the morphofunctional constraints helped to better understand the affinities within the class Crinoidea. The molecular approach developed in this work allows testing these affinities. In the new phylogeny of the class shown here, a clade A is only composed by stalked forms and a clade B comprises all the comatulids and some stalked crinoids. A quarter of the extant crinoid families are represented in the Southern Ocean. A new inventory of Antarctic crinoids accounts for 40 ESUs. Some are geographically well structured whereas some are circumpolar in distribution. Most are eurybathic. The description of ecological niches of the most abundant Antarctic species, found in sympatry and sometimes syntopy, allows showing that they share the same optimal regions but each of them has its own niche and its own specializations. The combination of different approaches such as molecular phylogeny, integrative taxonomy, phylogeography, population genetics, ecological niche description allowed characterizing the specific and ecological diversities of Antarctic crinoids and replacing them into a phylogeny of the class, while shedding light on the phyletic relationships between taxa
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Brosseau, Olivier. "Phylogénie moléculaire et analyse morphométrique des pédicellaires et du test des Cidaroida (Echinodermata, Echinoidea)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0023.
Full textAbstract:
La dernière révision des Cidaroida (Echinodermata, Echinoidea) date du début du 20e siècle (Mortensen, 1928). Mortensen y développe l'utilisation des pédicellaires à tous les niveaux de classification. Mais ce groupe reste peu étudié et est reconnu pour les difficultés de classification qu'il présente (Smith et Whright, 1989). L'objectif de cette thèse est donc de dégager des méthodes et des axes d'exploration pour une meilleure compréhension de la systématique et de l'histoire évolutive des Cidaroida. Les travaux se divisent en trois parties : 1- une analyse de la variabilité et de l'ontogenèse des pédicellaires ; 2- une étude de la croissance post-larvaire sur des populations de Stylocidaris affinis ; 3- la première phylogénie moléculaire de l'ensemble de groupe (27 taxa de Cidaroida), basée sur l'analyse, en maximum de parcimonie, de deux marqueurs moléculaires (28S-D1 et COI). L'analyse morphométrique des petits pédicellaires globifères permet d'expliquer l'importante variabilité de forme par des allométries statiques. Les différentes catégories de pédicellaires chez Stylocidaris affinis et Prionocidaris sp. Sont interprétées par des processus hétérochroniques. Les conséquences taxonomiques de la variabilité sont discutées. La croissance du test est expliquée par des allométries de croissance qui peuvent conduire à des différences morphologiques importantes en fonction de l'âge du spécimen observé. De plus, les analyses mettent en évidence des changements d'allométries qui correspondent à l'apparition des pores génitaux (maturité sexuelle). L'approche de phylogénie moléculaire apparaît prometteuse pour clarifier les relations de parenté au sein du groupe. La monophylie des Cidaroida est soutenue dans deux analyses. En revanche, les Cidaridae ne sont pas monophylétiques du fait de la présence de Psychocidaris oshimaï (Psychocidaridae) dans le clade. La monophylie du genre Goniocidaris est quant à elle fortement soutenueThe last revision of the Cidaroida (Echinodermata, Echinoidea) dates back to the beginning of the 20th century (Mortensen, 1928). In this work, Mortensen stressed the use of characters of the pedicellariae for classificatory purpose at every level of the taxonomy. Since Mortensen efforts to clarify the taxonomy of the Cidaroida, this group remained seldom studied (Smith et Whright, 1989). It seemed therefore necessary to revaluate the relevance of the morphological characters classically used in the classification of the Cidaroida. In the present study, I explored three main research approaches based on different exploratory methods in order to come to a better understanding of the systematics and evolutionary history of the Cidaroida. First, I investigated the variation and ontogenesis of a number of morphological characters of the pedicellariae. Secondly, I examined the post larval growth in different populations of Stylocidaris affinis. Finally, I used molecular sequences (28S-D1 and COI) to perform the first phylogenetic reconstruction of 27 taxa, representative of the whole group, using the parsimony criterion. Using a morphometric approach, I showed that the observed variability in shape of the globiferous pedicallariae can be explained by static allometries. I also showed that the different types of pedicellariae observed on Stylocidaris affinis and Prionocidaris sp. Can be interpreted in term of heterochronic processes. As a consequence I discussed the taxonomic implication of these results. The test growth was explained by growth allometry that may lead to significant morphological differences. Moreover, drastic changes in allometric patterns were shown to be related to the development of the genital pores at sexual maturity. The phylogenetic reconstruction showed the monophyly of the order Cidaroida. However, the family Cidaridae was monophyletic whereas the genus Goniocidaris was well supported by both Jackknife and Bremer indices
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Filée, Jonathan. "Phylogénie moléculaire des gènes viraux impliqués dans le métabolisme et la réplication de l'ADN." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112324.
Full textAbstract:
Un faisceau de preuves tend à démontrer que les virus sont des éléments génétiques très anciens, d'une origine probablement antérieure à la divergence des trois domaines du vivant. Cette longue histoire suggère fortement que les virus aient pu jouer un rôle important dans l'évolution de leurs hôtes. Cette hypothèse est particulièrement pertinente en ce qui concerne les gènes viraux ayant des homologues cellulaires et soulève la question de leur relation phylogénétique. Les génomes viraux codent pour diverses enzymes impliquées dans le métabolisme et la réplication de l'ADN. Les gènes correspondants sont très souvent phylogénétiquement éloignés de ceux de leurs hôtes; par contre, quand ils sont étroitement apparentés, souvent, l'explication la plus probable indique que le gène cellulaire est d'origine virale. La situation est particulièrement intéressante dans le cas des mitochondries, où au moins trois enzymes cellulaires auraient été remplacées par des contre parties virales. Ces propositions s'inscrivent dans la problématique plus générale de l'évolution et de l'origine des enzymes informationnelles. Nous montrons que les répartitions phylogénétiques de ces enzymes ne supportent pas l'hypothèse d'une double invention de l'ADN: une dans la lignée des Archéobactéries/Eucaryotes et une dans la lignée des Bactéries. Pour rendre compte de ces répartitions, il est plus vraisemblable d'imaginer de nombreux évènements de transferts horizontaux de gènes entre les trois domaines cellulaires du vivant, et entre cellule et virus, suivis, ou non, du remplacement non-homologue du gène initialement présent. Ces travaux posent aussi clairement l'importance de l'échantillonnage de séquences utilisé: une meilleure connaissance de la biodiversité des virus et des êtres cellulaires pourra sans aucun doute éclaircir les points encore en suspens à l'issue de ce travail.
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Charrel, Rémi. "Virus GB-A et GB-C (famille Flaviviridae) : épidémiologie, caractérisation moléculaire, phylogénie et évolution." Aix-Marseille 2, 1999. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/1999AIX20654.pdf.
Full textAbstract:
Les virus GB-A et GB-C ont été découverts en 1995. Ils appartiennent à la famille des Flaviviridae et sont provisoirement classés dans le genre Hepacivirus. Le virus GB-A (GBV-A) a été isolé chez six espèces de singes du Nouveau-Monde appartenant à l'ordre des Primates. Le virus GB-C, aussi dénommé virus de l'hépatite G (GBV-C/HGV) infecte l'homme. Sa répartition est cosmopolite et la prévalence virémique varie entre 0. 7 et 12% de la population selon les pays. Trois populations à risque ont été testées: des patients hémodialysés, des patients transplantés rénaux et des prisonniers. Les prévalences virémiques sont significativement plus élevées que dans la population générale. Cependant aucun syndrome clinique ou biologique n'a pu être associé à l'infection. La séquence complète d'une souche de GBV-C/HGV a été déterminée à partir du sérum d'un donneur de sang français. Cet isolat est génétiquement représentatif de la population virale circulant en Europe. Les relations phylogénétiques entre les 34 séquences complètes de GBV-C/HGV et celles des autres membres du genre Hepacivirus ont été analysées. Les groupements phylogénétiques et les courbes de distribution des distances génétiques sont en faveur de l'existence d'un génotype unique. L'analyse d'un fragment de 157 nucléotides dans la région 5' non codante permet d'assigner les isolats dans trois groupes principaux en corrélation avec leur origine géographique (Afrique, Europe et Amérique du nord, et Asie). Récemment un virus GBV-C/HGV-like a été isolé chez le chimpanzé. L'étude phylogénétique démontre que GBV-A d'une part et GBV-C/HGV et GBVC/HGV-like d'autre part possèdent un ancêtre phylogénétique commun estimé à 35 millions d'années. La comparaison de la phylogénie des souches virales avec la phylogénie de leur hôtes primates humains et non humains suggère l'existence d'un mécanisme de co-évolutionGB virus A and GB virus C were discovered in 1995. They belong to the Flaviviridae family and are provisionally classified into the genus Hepacivirus. GB virus A (GBV-A) has been isolated from six species of New World monkeys belonging to the order of Primates. GB virus C, also known as hepatitis G virus (GBV-C/HGV) infects humans. GBV-C/HGV is a cosmopolitan virus, which prevalence of viremia ranges from 0. 7% to 12% of the population depending on the countries. We studied the epidemiology of GBV-C/HGV in 3 exposed populations: patients undergoing maintenance hemodialysis, kidney transplant recipients and prisoners. The prevalences of viremia were significantly higher in these groups than in the control population. However, no evident clinical or biological syndrome was found in infected individuals. We determined the complete coding sequence of a viral strain isolated from the serum of a French blood donor. This isolate is genetically representative for the viral population that can be isolated in Europe. Phylogenetic relationships between the 34 complete sequences of GBV-C/HGV and these from the other members of the Hepacivirus genus were analyzed. The phylogenetic grouping patterns and the distribution of the genetic distances support the acknowledgement of an unique genotype. The analysis of a 157-nucleotide fragment in the 5' non coding region allows to group the isolates in three major clusters in correlation with their geographical origin (Africa, Europe and North America, and Asia). Recently, a GBV-C/HGV-like virus was isolated from a chimpanzee. Phylogenetic analysis demonstrated that GBV-A on one hand and GBV-C/HGV and GBV-C/HGV-like on other hand have shared a common ancestor estimated around 35 million years ago. Comparison between phylogenetics of the viruses and their respective human and non human primate hosts suggest that a mechanism of co-evolution has occurred
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Burrowes, Renaud. "Étude de l'évolution des algues brunes au moyen de phylogénies moléculaires." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066037.
Full textAbstract:
L’étude des séquences d’acides nucléiques, a permis de résoudre certaines relations phylogénétiques au sein des algues brunes, en particulier les premières divergences. Les séquences d’ADN codant pour les ARNr 18S et 28S ainsi que celles du gène chloroplastique rbcL ont permis de construire les premières phylogénies complètes des Phaeophyceae qui ont montré que le genre Choristocarpus est le premier à diverger suivi successivement par l’ordre des Dictyotales, celui des Sphacelariales et celui des Syringodermatales. Les autres lignées constituent un large clade, nommé clade A, constitué des représentants des autres ordres (Fucales, Laminariales s. L. , Ectocarpales, Desmarestiales, Cutleriales, Tilopteridales, Sporochnales, Scytothamnales, Ralfsiales). Ces gènes ont permis de confirmer le caractère monophylétique de la majorité des ordres et nous ont également permis de préciser la position du genre Microzonia au sein des Syringodermatales et qui était jusqu’à présent placé dans Dictyotales ou les Cutleriales. Ces résultats sont soutenus par des valeurs statistiques élevées ainsi que de nombreux caractères morphologiques. Cependant ces marqueurs moléculaires n’ont pas permis de résoudre les relations entre les ordres à l’intérieur du clade A. La recherche d’autres marqueurs s’est donc avérée nécessaire. Les gènes chloroplastiques codant le tufA et l' atpB ont été choisis et ajoutés à notre jeu de données pour résoudre les relations inter-ordinales au sein du clade A. Ces nouvelles séquences ont permis d’établir de nouvelles relations phylogénétiques au sein du clade A où trois groupes monophylétiques ont été mis en évidenceThe study of nucleic acid sequences, allowed us to resolve several phylogenetic relationships within brown algae, particularly the first divergences. The first comprehensive phylogenies of the Phaeophyceae were built using rDNA sequences coding for 18S and 28S rRNA and chloroplastic rbcL. Genus Choristocarpus is the first to diverge followed successively by the orders Dictyotales, Sphacelariales and Syringodermatales. The other lineages form a large clade, here called clade A. It includes the following orders : Fucales, Laminariales s. L. , Ectocarpales, Desmarestiales, Cutleriales, Tilopteridales, Sporochnales, Scytothamnales and Ralfsiales. The monophyly of the majority of orders was confirmed and the genus Microzonia - until now placed within either Dictyotales or Cutleriales - was moved in Syringodermatales. These results are supported by high statistical values and numerous morphological characters. However relationships within the clade A were not resolved. In order to improve the knowledge of inter-ordinal relationships within the clade A chloroplastic genes coding tufA and atpB were chosen and added to our dataset. Three monophyletic groups were highlighted
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Roy, Virginie. "Les termites humivores Cubitermes spp. (Termitidae, Termitinae) : phylogénie moléculaire, structure reproductive et infection par Wolbachia." Paris 12, 2005. https://athena.u-pec.fr/primo-explore/search?query=any,exact,990003941910204611&vid=upec.
Full textAbstract:
Les termites humivores jouent un rôle primordial dans la fertilité des sols tropicaux et sont de bons candidats bio-marqueurs de la fragmentation du paysage. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à un termite humivore africain, originellement affilié à une seule espèce, Cubitermes subarquatus (Termitidae, Termitinae). A l'aide de marqueurs moléculiares, nous avons détecté quatre espèces cryptiques et caractérisé les systèmes reproductifs des colonies. L'étude de l'infection des colonies par la bactérie endosymbiotique Wolbachia a suggéré des modalités de transmission du symbionte particulièrement efficaces et de possibles transferts horizontaux chez les isoptères. L'identification moléculaire des souches de Wolbachia a montré qu'il existait une association stricte entre les lignées bactériennes et les espèces hôtes, suggérant plusieurs scénarios d'acquisition et posant la question de l'implication de Wolbachia dans la différenciation des espècesSoil-feeding termites are particulary interesting models since they contribute to tropical soil fertility and could represent bio-indicators of the landscape disturbance. This work has focused on an African soil-feeding termite, originally affiliated to a single species, Cubitermes subarquatus (Termitidae, Termitinae). Using molecular markers, we detected four cryptic species and characterized the breeding systems of the colonies. A study concerning the infection by the endosymbiotic bacterium Wolbachia suggested particulary effective patterns of transmission and possible horizontal transfers of the symbiont in Isoptera. Molecular identification of Wolbochia strains revealed a strict association between the bacterium and the host species, suggesting several acquisition scenarios and asking the question of the implication of Wolbachia in the speciation process
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Hassanin, Alexandre. "Phylogénie des bovidae (Mammalia, artiodactyla) : Apports de l’ADN ancien, évolution moléculaire et stratégies de pondération." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1999. http://www.theses.fr/1999MNHN0001.
Full textAbstract:
La famille bovidae (Mammalia, artiodactyla) est l'une des plus diversifiées au sein des grands mammifères avec près de 140 espèces actuellement reconnues. Le caractère diagnostique de cette famille est la présence de cornes, constituées d'un pivot osseux non ramifie et d'un étui de kératine permanent, chez tous les mâles et parfois chez les femelles. Le registre paléontologique indique une soudaine apparition des bovidés en Eurasie et en Afrique aux environs de 20 millions d'années. Puis, le groupe va connaitre une rapide diversification dans l'ancien monde au cours du miocène et du pliocène, pour récemment coloniser les terres d'Amérique du nord. La plupart des études basées sur la morphologie s'accordent pour définir une douzaine de tribus à l'intérieur des bovidae, mais les relations de parenté entre ces divers ensembles restent des plus énigmatiques. Par ailleurs, plusieurs espèces sont particulièrement problématiques quant à leur statut systématique, notamment l'antilope saiga (saiga tatarica), le chirou (pantholops hodgsonii), l'impala (aepyceros melampus), le pelea (pelea capreolus) ainsi que le saola (pseudoryx nghetinhensis), un nouveau genre de bovidé récemment découvert au Vietnam. Au cours de ce travail, la phylogénie des bovidae a été abordée par l'intermédiaire d'une étude moléculaire. Dans le but d'avoir accès a toute la biodiversité de la famille bovidae, un protocole d'extraction d’ADN ancien a été mis au point sur des taxons subactuels et fossiles. Le traitement des restes archéologiques a montré que les résultats étaient fortement dépendants de l'état de conservation des échantillons traites. En revanche, les prélèvements réalisés sur des spécimens de muséum se sont révélés être une source d’ADN très intéressante pour les analyses phylogénétiques. La possibilité d'obtenir de l’ADN à partir d'ossements des collections a permis de constituer un très large échantillonnage taxonomique incluant, d'une part, plusieurs représentants de chacune des tribus, et d'autre part, toutes les espèces considérées comme incertae sedis. Afin de mieux exploiter l'information phylogénétique contenue dans les marqueurs moléculaires séquences, une méthode originale a été élaborée pour comparer les taux d'évolution des différents évènements mutationnels. Appliquée au gène du cytochrome b, cette approche a permis de révéler de nouvelles données sur les contraintes mutationnelles dans le génome mitochondrial et sur les contraintes sélectives dans ce gène codant une protéine transmembranaire. Les tendances évolutives mises en évidence ont servi à justifier et construire des schémas de pondération pour les inférences phylogénétiques par parcimonie. L'analyse des séquences nucléotidiques du cytochrome b a rendu possible l'identification de plusieurs arrangements infra- et supra-génériques au sein des bovidae. Cette étude a été complétée et enrichie avec l'apport de nouvelles séquences provenant à la fois du génome mitochondrial (gène de l’ARN 12s) et du génome nucléaire (gène de la lactoferrine, de la cytochrome oxydase p450 et de la k-caséine). Les résultats acquis ont permis de jeter un nouveau regard sur l'évolution des bovidae et de préciser les affinités phylogénétiques de plusieurs genres ou espèces énigmatiques
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Lahaye, Renaud. "Phylogénie moléculaire des secamonoideae (Apocynaceae S. L. ) : histoire biogéographique et évolution des formes de croissance." Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30253.
Full textAbstract:
Les relations phylogénétiques au sein de la sous-famille des Secamonoideae ont été étudiées en utilisant les régions chloroplastiques des introns 5'trnK et trnL, des espaceurs trnT-L et trnL-F, et du gène matK. Ces séquences nucléotidiques se sont révélées être phylogénétiquement congruentes. Les analyses parcimonieuses et Bayésiennes de la matrice combinée positionnent les Secamonoideae comme groupe frère des Asclepiadoideae. A l'intérieur des Secamonoideae, les genres Secamonopsis, Pervillaea, et Toxocarpus sont monophylétiques. Le genre Calyptranthera est paraphylétique et la monophylie du principal genre Secamone reste incertaine. Les phylogénies transformées par NPRS et datées à partir de l'apparition de Secamone volubilis sur l'île de La Réunion estiment l'origine des Secamonoideae à -15 millions d'années, longtemps après la fragmentation du Gondwana. Les Secamonoideae ont colonisé Madagascar à partir d'un ancêtre Africain durant le Miocène. Sur l'île, la sous-famille montre une radiation adaptative avec des spéciations rapides et une diversification morphologique importante. Durant le Pliocène, il apparaît dans le genre Secamone plusieurs dispersions à partir de Madagascar vers l'Asie et l'Afrique, ainsi que des échanges entre ces deux continents. La distribution actuelle de la sous-famille autour de l'Océan Indien serait due principalement à des dispersions sur de longues distances. Durant la radiation des Secamonoideae à Madagascar, des formes arbustives apparaissent dans cette sous-famille majoritairement lianescente, plusieurs fois et indépendamment dans différents clades. Les analyses biomécaniques, anatomiques, et développementales, d'une espèce arbustive, Secamone sparsiflora, ont montré des caractéristiques semblables aux jeunes stades de développement des lianes d'un clade frère. La forme arbustive serait due, dans ce cas, à des processus hétérochroniques avec rétention de caractéristiques juvéniles au niveau du développement du bois durant pratiquement toute la trajectoire de développement de Secamone sparsifloraPhylogenetic relationships within the subfamily Secamonoideae are inferred from four chloroplast regions: both the introns 5'trnK and trnL, the spacers trnT-L et trnL-F, and the gene matK. The study shows that these nucleotide sequences are phylogenetically congruent. Maximum parsimony and Bayesian analyses of the combined matrix support the position of the Secamonoideae as sister group to the Asclepiadoideae. Within the Secamonoideae, the genera Secamonopsis, Pervillaea, and Toxocarpus are monophyletic. The genus Calyptranthera is paraphyletic and the monophyly of the main genus Secamone remains uncertain. A Maximum Likelihood tree obtained without molecular clock constraint, transformed by NPRS, and calibrated by the appearance of Secamone volubilis on the volcanic island La Reunion, estimated the divergence of the Secamonoideae at about –15 millions years, latter than the fragmentation of the Gondwana. The subfamily has reached Madagascar from an African ancestor during the Miocene. On the island, the Secamonoideae show an adaptive radiation with rapid speciations and an important morphological diversification. During the Pliocene, the main genus Secamone shows several dispersals events from Madagascar back to Africa, and from Madagascar to Asia. There has been also exchanges within this genus between Africa and Southeast Asia in the early Pliocene. The actual distribution of the Secamonoideae around the Indian Ocean Basin would be mainly due to long-distance dispersal events. .
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Botero-Castro, Fidel. "Systématique, phylogénie et évolution moléculaires des Phyllostomidae (Mammalia, Chiroptera) : une approche mitogénomique comparative." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20053/document.
Full textAbstract:
L'acquisition des données moléculaires a été bouleversée par le développement des techniques de séquençage haut-débit. Celles-ci ont augmenté la quantité des données et ont fait diminuer le coût de manière considérable. Ces nouvelles approches ont également redonné accès à des sources de matériel biologique qui étaient auparavant inutilisables en raison de la faible quantité et la forte dégradation de l'ADN qu'elles fournissent, notamment des tissus anciens, des échantillons de musée voire du matériel fossile. Un avantage supplémentaire c'est la possibilité de multiplexer les échantillons, c'est-à-dire, les mélanger et les séquencer simultanément grâce à l'utilisation de « tags » ou étiquettes permettant de les séparer après avec des outils bioinformatiques. Un marqueur qui a grandement bénéficié de ces technologies est le génome mitochondrial. En effet, nous montrons que grâce au ratio élevé entre l'ADN mitochondrial et l'ADN nucléaire par cellule, il est possible l'obtention de mitogénomes entiers, avec de couvertures adéquates, sans qu'un enrichissement préalable de l'échantillon soit nécessaire. Ceci permet d'envisager la réalisation de projets de mitogénomique comparative pour de groupes riches en espèces, requérant un échantillonnage taxonomique exhaustif et dont les divergences génétiques rendrait difficile l'usage du séquençage classique. C'est dans ce contexte que cette thèse aborde la systématique, la phylogénie et l'évolution moléculaires d'une famille de chauves-souris néotropicales : les Phyllostomidae. Cette famille est riche en espèces, avec plus de 160 taxons mais aussi en traits d'histoire de vie contrastés notamment le régime alimentaire. Cette diversité résulte en des morphologies convergentes dont les caractères sont en conséquence peu appropriés pour reconstruire l'histoire évolutive de ce groupe. La mitogénomique a prouvé être un outil efficace dans ce dessein, mais à présent aucune étude de ce type a été conduite pour cette famille. Nous avons d'abord réussi à séquencer les mitogénomes de représentants de toutes les lignées majeures couvrant également la diversité de traits d'histoire de vie. Nous montrons ensuite que l'utilisation de ces mitogénomes permet de résoudre les relations de parenté au niveau intrafamilial avec une résolution similaire à celle d'une concaténation de marqueurs mitochondriaux et nucléaires avec un soutien statistique robuste pour la plupart des nœuds de la phylogénie. Ceci nous a permis de clarifier plusieurs relations qui restaient controversées dans des études précédentes et confirmer plusieurs des clades proposés par celles-ci. Ensuite, nous abordons l'évolution du mitogénome en relation avec les traits d'histoire de vie en utilisant comme exemple le clade des vampires, les seules Mammifères hématophages, dont le génome mitochondrial semble avoir été touché par une accélération du taux d'évolution comme conséquence de l'action combinée de forces neutres et sélectives pour répondre aux contraintes imposées par ce régime alimentaire. Finalement, le cadre phylogénétique robuste proportionné par les 100 mitogénomes que nous avons séquencés pourra être utilisé comme référence pour étudier la diversification des PhyllostomidaeNew sequencing technologies have revolutionized the acquisition of molecular data by increasing the amount of sequences at a considerably lower cost. These new technologies have also given access to samples previously neglected because they resulted in low-quantity and degraded DNA yields, as for example, old tissues, museum specimens and even fossil rests. An additional advantage comes from the possibility of multiplexing; this is, mixing several taxa in a single sample thanks to the use of tags or labels allowing late separating the sequences using bioinformatic tools. A molecular marker that has greatly benefited from these technologies is the mitochondrial genome. Indeed, we show that, thanks to the high per-cell ratio of mitochondrial to nuclear DNA, it's possible to obtain whole well-covered mitochondrial genomes without previous sample enrichment. This allows the accomplishment of projects of comparative mitogenomics for species-rich groups needing exhaustive taxon sampling and for which strong genetic divergences would difficult the use of classical sequencing.It is in this context that this thesis tackles the molecular systematics, phylogenetics and evolution of a Neotropical family of bats: the Phyllostomidae. This species-rich family, accounting for more than 160 species, is also the family of Mammals with the highest diversity of life history traits, for example, feeding on almost every possible source of food. This diversity results in convergent morphologies that make this kind of characters inadequate for reconstructing the evolutionary history of this group. Mitogenomics has proven useful in similar cases but no study of this kind has been conducted for this family. We got to sequence whole mitogenomes for representatives of all major lineages and covering the diversity of life history traits. We then show that using these mitogenomes allows solving intrafamilial relationships with a resolution similar to that resulting from a concatenation of mitochondrial and nuclear markers and with solid statistical support for most of the nodes of the phylogeny. This allowed clarifying several controversial relationships and confirming several clades proposed in previous studies. Next, we illustrate the evolution of mitogenomes and the influence of life history traits using the clade of vampire bats, the only hematophagous Mammals, whose mitogenome seem to have undergone an acceleration of evolutionary rate as a consequence of the combined action of neutral and selective forces in order to counter the constraints imposed by this feeding habit. Finally, the robust phylogenetic frame provided by the 100 mitogenomes that we sequenced, will be used for future studies about, for exemple, the diversification process of Phyllostomids
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Kin, Nathalie. "Caractérisation moléculaire intraspécifique et phylogénie comparée de deux Betacoronavirus de clade A : HCoV-OC43 et BCoV." Caen, 2015. http://www.theses.fr/2015CAEN2068.
Full textAbstract:
Les coronavirus sont caracterises par un potentiel evolutif important par l’intermediaire de recombinaisons genetiques et de mutations ponctuelles. Ces evenements peuvent avoir pour consequences l’emergence reussie d’un nouveau variant dans une nouvelle population hote, apres un franchissement de barriere d’espece. L’un de ces franchissement inter-especes a eu lieu a la fin du xixeme siecle avec l’emergence du hcov-oc43 a partir du bcov. Le genotypage du hcov-oc43 a permis de mettre en evidence une diversification intraspecifique en de nombreux genotypes incluant des genotypes recombinants. Parallelement, le genotypage du bcov n’a pas permis d’observer d’evenements de recombinaisons. Cependant, nous avons observe une organisation des bcov selon une distribution geographique avec un cluster amerique/asie et un cluster europe. L’emergence d’un coronavirus dans la population humaine a partir d’un reservoir animal doit faire l’objet d’une surveillance, comme le montre l’emergence du sars-cov et le mers-cov, a l’origine d’epidemies associees a des mortalites globales d’environ 10% et 40% respectivementCoronaviruses are characterized by an important evolutionary potential by genetic recombination and single nucleotide polymorphisms. These events could lead to the successful emergence of a new variant in a new host population, following a species barrier crossing. One such event occurred at the end of the 19th century, with the emergence of hcov-oc43 from bcov. Genotyping of hcov-oc43 has made it possible to show an intraspecific diversification into numerous genotypes, including recombinant variants. In parallel, genotyping of bcov did not reveal recombinant events. However, we observed an organization of bcov with a geographical distribution, with a european cluster and an american/asian cluster. There is a need for monitoring the emergence of coronaviruses in the human population from an animal reservoir, such as has been seen in the emergence of sars-cov and mers-cov at the origin of epidemics associated with global mortality rates of around 10% and 40%, respectively
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Rodriguez-Nava, Verónica. "Étude moléculaire et phylogénétique des bactéries appartenant au genre Nocardia." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10104.
Full textAbstract:
Les bactéries du genre Nocardia font partie de l'ordre des Actinomycétales. Elles sont largement distribuées dans notre environnement et sont considérées comme des bactéries opportunistes. Chez l'homme, elles sont responsables d'infections graves le plus souvent chez les patients immunodéprimés. Leur identification et traitement restent encore difficiles. Le travail que nous avons entrepris a consisté à développer de nouveaux outils d'identification moléculaire, ainsi qu'une analyse phylogénétique basée sur le séquençage de quatre gènes ménagers. En premier lieu, nous avons réévalué pour le genre Nocardia la méthode de "Restriction Fragments Length Polymorphism" (PCR-RFLP) du gène hsp65 (codant une protéine de choc thermique de 65 kDa) utilisant les enzymes BstEII, HinfI et MspI. Cette technique qui constituait la méthode de référence pour l'identification au niveau spécifique, s'avère incapable de différencier un grand nombre d'espèces récemment décrites. Nous avons cherché à créer, finalement sans succès, un nouvel arbre d'identification avec de nouvelles endonucléases potentiellement plus discriminantes. Nous avons alors choisi une nouvelle approche basée sur une analyse multilocus de 54 souches types appartenant au genre Nocardia. Le séquençage partiel des gènes (ARNr 16S, hsp65, rpoB et sod) nous a permis de construire une banque de données génomique multigénique qui combinée au progiciel dénommé Bio Informatic Bacterial Identification (BIBI) a permis d'obtenir une identification phylogénétique précise des Nocardia et plus généralement des Actinomycètes pathogènes. Cet outil a été validé et utilisé avec différentes collections de souches provenant d'origines diverses (Espagne, France, Koweït et Mexique). Les résultats obtenus ont permis la détection rapide de nouvelles espèces potentiellement pathogènes ainsi que l'identification d'espèces n'ayant jamais été rapportée dans des processus infectieux. Complétés par des études phénotypiques et de sensibilité aux antibiotiques, une nouvelle espèce a été décrite N. Mexicana sp. Nov. Responsable de mycétome. A partir du jeu de séquences disponibles, une analyse phylogénétique globale intégrant les quatre gènes étudiés au sein du genre Nocardia a pu être réalisée et a montré une phylogénie plus robuste et discriminante que celle portant sur le seul gène de l'ARNr 16S. Dans le domaine de la microbiologie clinique, nous avons développé et mis en place une méthode de détection rapide et sensible de Nocardia directement sur des prélèvements cliniques, basée sur une PCR spécifique du genre Nocardia et combinée à une hybridation avec une sonde codant l'ARNr 16S. Parallèlement, une méthode d'amplification spécifique de l'ARNr 16S des bactéries appartenant au genre Streptomyces a été mise au point et validée. L'ensemble de nos résultats représente une avancée importante dans l'identification et l'analyse phylogénétique des bactéries appartenant au genre Nocardia et plus généralement à l'ordre des Actinomycétales.
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Dubois, Jacques. "Phylogénie moléculaire et morphologique des Pimplinae (Hymenoptera, Ichneumonidae) parasites d'araignées : scénarios évolutifs du mode de parasitisme." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0063.
Full textAbstract:
Les Pimplinae sont une des sous-familles d’Ichneumonidae dont les modalités de relation hôtes-parasitoïdes sont les plus diversifiées et dont la biologie est parmi les mieux connues. Des hypothèses phylogénétiques ayant déjà été établies sur des bases morphologiques pour la sous-famille, nous avons (1) confirmé ces hypothèses à l’échelle générique à partir de données moléculaires originales basées sur l‘étude des ADNr 28S,16S et du CO1; (2) approfondi les relations de parenté au sein du groupe de genres Polysphincta ; (3) établi des hypothèses sur l’évolution du parasitisme au sein du groupe. Une phylogénie morphologique robuste du groupe de genres Polysphincta (parasitoïdes d’araignées) a permis de délimiter 21 genres dont trois nouveaux. L’inclusion dans la matrice de caractères biologiques a permis de retracer l’histoire évolutive du groupe à travers l’évolution du mode de parasitisme et d’autres traits comportementaux liés à la larve et à son coconPimplinae are the subfamily whose parasitism patterns are the most diversified and biology one of the best known within the Ichneumonidae. Hypotheses on Pimplinae phylogeny being already established from morphological data, this work aimed at (1) supplying original molecular data, based on 28S and 16S rDNAs and CO1 analyses, in order to test the morphological hypotheses at a generic level; (2) detailing relationships within the Polysphincta genus group ; (3) establishing hypotheses about the evolution of parasitism patterns within this group. The study of the Polysphincta genus group, based on a morphological phylogeny, led to the redefinition of 21 genera, among which 3 were new. The subsequent inclusion of biological characters in the matrix enabled to retrace the evolutionary history of this group through the evolution of parasitism patterns and other behavioural traits of the larva and its cocoon
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Benachenhou, Lahfa Nadia. "Etudes moléculaires et phylogénétiques des glutamates deshydrogenases chez les archaebacteries." Paris 11, 1993. http://www.theses.fr/1993PA112176.
Full textAbstract:
La glutamate deshydrogénase hexamérique, une protéine très conservée, représente un très bon outil pour l'étude de l'évolution des espèces à travers celle des protéines. D'autre part, cette enzyme constitue chez les archaebactéries un modèle pour des études biochimiques et structurales de protéines extremophiles. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à ces deux aspects. Le gène de la glutamate deshydrogenase de halobacterium salinarium a été cloné, séquencé et sa transcription étudiée (détermination de la taille du transcrit et du site d'initiation, déduction des régions promotrices). Il s'agissait alors de la première séquence d'une glutamate deshydrogenase archaebacterienne. Une large étude phylogénétique utilisant des méthodes de distance ou de parcimonie a montré l'existence des deux familles de gènes paralogues qui constitue un excellent outil pour identifier la nature de l'ancêtre commun aux trois règnes du vivant. Nous avons obtenu un arbre phylogénétique avec racine, qui remet en question la position de la racine de l'arbre universel proposé par Woese. A travers la glutamate deshydrogenase de sulfolobus solfataricus dont nous avons amplifié le gène par pcr avec des oligonucleotides dégénérés, et celle de h. Salinarium, nous avons montré qu'il existe très peu de changements adaptatifs spécifiques à l'halophilie et à la thermophilie: quelques mutations seulement pourraient induire la thermostabilisation de protéines mesophiles
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Bessadok, Anis. "La multiplicité de transport de la P-glycoprotéine : études de modélisation comparative et de docking au sein de la famille des protéines ABC." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066225.
Full textAbstract:
La P-glycoprotéine (P-gp) appartient à la famille des transporteurs ABC qui confèrent, aux microorganismes pathogènes et cellules tumorales humaines, par transport actif à travers la membrane plasmique, une résistance à de multiples molécules antibiotiques et anticancéreuses sans parenté structurale. Malgré les quelques structures de transporteurs ABC bactériens, la caractérisation par microscopie électronique de la P-gp, et la récente structure de P-gp de souris déposée dans la Protein Data Bank (PDB), obtenir une structure pour la P-gp humaine est d’un intérêt particulier à cause de son importance clinique. Actuellement, il n’existe pas de modèle structural d’interaction P-gp/substrat permettant d’expliquer sa multispécificité. Par modélisation par homologie, nous avons reconstruit trois structures de la Pgp humaine: une en présence et deux autres en absence de nucléotide. La liaison du nucléotide change l’accessibilité du transporteur de la face cytoplasmique vers la face extracellulaire. Ces trois états conformationnels ont été placés dans un environnement membranaire afin de révéler la localisation des mutations spécifiques altérant la liaison de la P-gp à certains médicaments. Enfin, nous avons réalisé une étude de docking sur deux structures modélisées de P-gp de Hamster dans les deux orientations. Ce docking a concerné trois molécules sans aucune ressemblance structurale (vérapamil, vinblastine et tentoxine) mais dont les fixations sont mutuellement soit compétitives, soit non-compétitives. Les meilleures poses obtenues sont compatibles avec l’existence de deux pharmacophores distincts pour la reconnaissance des drogues transportées par la P-gp.
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Mejlumian, Lucine. "Analyse phylogénétique et fonctionnelle de la région régulatrice et du gène enveloppe des éléments gypsy chez drosophila." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077044.
Full textAbstract:
L'élément gypsy est un rétrovirus endogène de la drosophile dont les propriétés infectieuses ont été démontrées chez drosophila melanogaster. L'expression de ses propriétés infectieuses et sa transposition sont contrôlées par un gène de l'hôte appelé flamenco. Ce travail présente l'analyse de la région ltr qui contient les séquences régulatrices, et du gène d'enveloppe responsable des propriétés infectieuses chez des éléments gypsy présents chez différentes espèces de drosophile. Les relations phylogénétiques entre les éléments gypsy ne sont pas en accord avec les relations évolutives entre les espèces hôtes, suggérant l'existence de transfert horizontaux de gypsy entre espèces de drosophile. Afin d'analyser le rôle éventuel de la protéine env lors des événements de transfert horizontal de gypsy, l'analyse phylogénétique des gènes env des rétrovirus gypsy présents dans les espèces drosophila melanogaster, d. Simulans, d. Subobscura et d. Virilis a été réalise. Les résultats confirment l'existence d'événements de transfert horizontal de gypsy entre espèce de drosophile et indiquent que le gène env est potentiellement fonctionnel chez ces especes. Ce resultat est en accord avec l'hypothese selon laquelle le gene env de gypsy est soumis a une pression de sélection a cause de son rôle dans le maintien de gypsy chez drosophila. Un protocole expérimental a ensuite été mis au point dans le but de simuler l'invasion du génome de drosophila melanogaster par des rétrovirus gypsy provenant d'autres espèces. Pour cela, les régions régulatrices de ces éléments gypsy ont été fusionnées avec le gène rapporteur lacz, et différentes lignées transgéniques de drosophila melanogaster ont été obtenues. Les résultats indiquent que les éléments
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Huchon, Dorothée. "Phylogénie moléculaire des rongeurs (Mammalia, Rodenta) : contribution de gènes nucléaires et confrontation avec les données mitochondriales." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20199.
Full textAbstract:
L'ordre des rongeurs comprend actuellement 2015 especes reparties dans 25 familles. Cette importante diversite, combinee avec l'evolution convergente de nombreux caracteres, a toujours limite les etudes morphologiques qui ont tente de resoudre les relations de parente au sein des rongeurs. Les sequences moleculaires representent une alternative prometteuse pour resoudre la phylogenie de ces rongeurs. Toutefois, les premieres etudes moleculaires, basees sur de nombreux genes mais seulement quelques especes, ont indique que le cochon d'inde n'est pas un rongeur. Afin d'eclaircir leur phylogenie, nous avons sequence les trois genes nucleaires vwf, irbp et a2ab (3700 paires de bases au total) pour un echantillonnage taxonomique representatif de la diversite familiale des rongeurs (16 familles au minimum pour chaque gene). Les donnees obtenues ont ete etudiees avec un echantillonnage taxonomique representatif de la diversite des autres placentaires. Les resultats obtenus soutiennent la monophylie des rongeurs, ainsi que leur association avec les lagomorphes (le concept de glires). Les 28 familles de rongeurs se repartissent dans sept lignees bien definies : les anomaluromorpha, les castoridae, les ctenohystrica (ctenodactylidae + hystricognathi), les geomyoidea, les gliridae, les myodonta, et les sciuroidea. Les sequences mitochondriales ont ete etudiees afin d'etablir l'origine de leur incongruence phylogenetique vis-a-vis des genes nucleaires. Les resultats obtenus suggerent que le soutien des genes mitochondriaux en faveur de la paraphylie des rongeurs soit le resultat d'artefacts. Les donnees moleculaires ont enfin ete utilisees pour dater l'origine des rongeurs. Les resultats obtenus sont en accord avec les estimations paleontologiques. Ils situent la radiation des rongeurs au debut du paleocene, juste apres la limite cretace-tertiaire. La divergence entre glires et les autres ordres de placentaires aurait eu lieu au cretace superieur.
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Gentzbittel, Laurent. "Construction d'une phylogénie moléculaire du genre Helianthus : application à l'analyse des stérilités mâles cytoplasmiques du tournesol." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10086.
Full text
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Le, Péchon Timothée. "Systématique des dombeyoideae (Malvaceae, ex-"Sterculiaceae") des Mascareignes : approches morphologique et moléculaire." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066069.
Full textAbstract:
La sous-famille des Dombeyoideae (Malvaceae, « ex-Sterculiaceae ») présente dans l’archipel des Mascareignes (îles de la Réunion, Maurice et Rodrigues) une diversité spécifique importante (4 genres, 23 espèces dont 22 sont endémiques) et des traits d’histoire de vie originaux, telle la dioécie. Notre objectif a été d’étudier les relations de parenté entre les taxons mascarins et les représentants africains, malgaches et asiatiques de cette sous-famille. Des caractères morphologiques et moléculaires ont été utilisés indépendamment et conjointement pour reconstruire des scénarios phylogénétiques. Les analyses montrent que les Dombeyoideae des Mascareignes sont polyphylétiques et regroupés au sein de quatre clades ayant chacun pour origine un unique évènement de dispersion/colonisation de Madagascar vers l’archipel. L’inférence de l’évolution des systèmes de reproduction montre que la dioécie dériverait de l’hermaphrodisme. Aux Mascareignes, la séparation des sexes se serait ainsi différenciée au moins trois fois de façon convergente
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Dijoux, Laury. "La diversité des algues rouges du genre Asparagopsis en Nouvelle-Calédonie : Approches in situ et moléculaire." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066262/document.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse s'inscrit dans la problématique des proliférations algales, mené sur le genre d'algues rouges Asparagopsis en Nouvelle-Calédonie. Pour répondre aux questions concernant la nature des proliférations récentes de ces algues sur les récifs calédoniens, l'étude a été réalisée en deux temps. Premièrement, l'identification des espèces et des lignées présentes sur le territoire de la Nouvelle-Calédonie ont été réalisées en regard de la diversité du genre à une échelle mondiale. Grâce à un échantillonnage élargi et à un effort plus conséquent par localité, une nouvelle lignée pour A. taxiformis, et un nouveau clade pour A. armata ont été mis en évidence. En Nouvelle-Calédonie, seule la lignée nouvellement décrite a été identifiée. La distribution et la diversité génétique de cette lignée soutient fortement l'hypothèse qu'elle est dans son aire de distribution naturelle en Nouvelle-Calédonie. Puis, dans une seconde partie l'attention a été portée sur la diversité et la structure génétique des populations d'Asparagopsis en Nouvelle-Calédonie en lien avec un suivi terrain saisonnier de quatre populations sur trois années successives permettant de caractériser les variations d'abondance de ces algues. Ces études sur le terrain ainsi que la structure génétique des populations démontrent que les blooms précédemment décrits correspondent à des variations naturelles d'un cycle de vie saisonnier, d'une espèce qui peut ponctuellement se reproduire de façon clonale. L'ensemble de ces résultats ouvrent des perspectives de recherche futures concernant la taxonomie intégrative, l'étude des processus de spéciation et l'écologie de la reproductionSeaweeds proliferations may cause major issues to the ecosystems health, and especially in tropical coral reefs. The nature of theses proliferations and the species involved are two essential points to identify before taking environmental management measures. In this context, this study focused on the red algal genus Asparagopsis in New Caledonia. This work comprises two parts that aim to answer to the origins of the recent proliferations observed on Caledonian reefs. First, species and lineage identification occurring in New Caledonia were performed together with a study of the diversity at a worldwide scale. To achieve this, the sampling was extended to overlooked regions. Thanks to this enlarged sampling together with a higher sampling effort per site, a new lineage for A. taxiformis, that are now five and a new clade for A. armata were highlighted. In New Caledonia, only one lineage that has never been described was identified. Distribution and genetic diversity of this lineage highly support the hypothesis of a natural distribution area in New Caledonia. In a second part, attention was made on diversity and genetic structure of Asparagopsis populations in New Caledonia in relation with a seasonal monitoring of four populations for three consecutive years, allowing the characterization of abundance fluctuations of the algae. Field studies with population genetics revealed that blooms previously described were in fact natural fluctuation of a seasonal life cycle of a species that may occasionally reproduce clonally. All of these results revealed many research perspectives, in particular on integrative taxonomy, speciation process study and reproduction ecology
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Mahé, Frédéric. "Phylogénie, éléments transposables et évolution de la taille des génomes chez les lupins." Phd thesis, Université Rennes 1, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00494607.
Full textAbstract:
dans lesquelles les rétrotransposons jouent un rôle moteur. Dans ce cadre, nous nous sommes fixé trois objectifs de travail : 1) améliorer notre connaissance des relations phylogénétiques au sein du genre Lupinus (Fabaceae) par l'utilisation de nouveaux marqueurs nucléaires (ARNr-ETS et SymRK), 2) évaluer par amplification et par hybridation in situ la diversité, l'abondance et le rôle des rétrotransposons Ty1/copia et Ty3/gypsy dans les variations de taille de génome des lupins, et 3) séquencer, annoter et comparer une première région génomique disponible pour un lupin avec les régions homologues d'autres fabacées. La phylogénie obtenu améliore notre compréhension de l'histoire évolutive des lupins, etmet en évidence des schémas de variation de taille de génome différents d'une lignée à l'autre. Les analyses de rétrotransposons révèlent que les éléments copia et gypsy contribuent de façon plus significative aux différences de taille de génome chez les lupins méditerranéens que chez les lupins africains et suggèrent différents modes et mécanismes d'évolution de la taille des génomes au sein du genre. À l'échelle locale (région du gène SymRK), nous confirmons la forte implication de ces éléments qui représentent 25% de la région analysée chez Lupinus angustifolius.
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Gugger, Muriel. "Etudes taxinomique et phylogénétique des cyanobactéries toxiques d'eau douce par des approches biochimique et moléculaire." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077136.
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