Academic literature on the topic 'Phytophthora. Champignons'

La présente étude se propose d’étudier l’efficacité des extraits aqueux, éthanoliques et des huiles essentielles de Chromolaena odorata et d’Ageratum conyzoïdes sur le développement des champignons responsables des pourritures des cabosses de cacaoyers dans les plantations villageoises d’Akonolinga, Dizangué et Tonga. Les extraits ont été obtenus par macération de 100 g de poudre de chaque plante. Les huiles essentielles obtenues par centrifugation ont été fixées par le sulfate de sodium anhydre. Trois milieux de cultures V6, V8 et le milieu Pomme de terre – Dextrose - Agar (PDA) ont été fabriqués pour la culture des champignons associés aux cabosses. Les extraits et huiles essentielles de plantes ont été préparés aux concentrations de 5 ; 10 ; 15 et 20 mg/ml. L’essai a été conduit suivant un dispositif en blocs complets aléatoires avec 3 répétitions. La fréquence d’isolement de chaque champignon par localité, la surface des lésions développées sur les cabosses infectées et le pourcentage d'inhibition PI (%) des champignons pathogènes ont été mesurés et soumises à l’analyse de la variance (ANOVA). Les moyennes obtenues ont été séparées par le test de Duncan au seuil de probabilité 5%. Les résultats suivants ont été obtenus : sur 8 espèces isolées, seulement Phytophtora megakarya, Botryodiplodia theobromae et Colletotrichum gloeosporioides. ont été pathogènes sur les cabosses saines. L’analyse statistique a montré des différences significatives (à P ≤ 0,05) entre les surfaces des lésions causées par ces champignons sur les cabosses entre le 4ième, 7ème et 10ème jour après inoculation (JAI) en fonction des espèces fongiques testées. Les extraits aqueux de C. odorata et d’A. conyzoides à la concentration de 20 mg/ml ont présenté des pourcentages d’inhibition à 100 % sur P. megakarya, B. theobromae et C. gloeosporioides. Les extraits éthanoliques et les huiles essentielles ont inhibé le développement de B. theobromae, de C. gloeosporioides et de P. megakarya à 100 % aux concentrations de 15 et 20 mg/ml. Les extraits et huiles essentielles de C. odorata et d’A. conyzoïdes pourraient donc être utilisés pour lutter contre les champignons responsables des pourritures de cabosses de cacaoyers.Abstract This work is to evaluate the antifungal activity of Chromolaena odorata and Ageratum conyzoides on the development of mycoflora associated with cocoa pods diseases in villager plantations in Akonolinga, Dizangue and Tonga. Extracts were obtained by steeping of 100 g of powder of each plant. Essential oil extractions were done through centrifugation. Essential oil were fixed by sulfate of sodium anhydre. Three culture media V6, V8 and Potato Dextrose Agar (PDA) were made to cultivate mycoflora associated with cocoa pods Data were randomized into completely blocs with three replications. Frequency of each fungus per locality, lesion area developed on cocoa pod by fungi and percentage of inhibition PI (%) of each fungus were being submitted in variance analysis. Means were separated by Duncan test with (P ≤ 0, 05). The results showed that: over 8 varieties of fungal species isolated from cocoa pods, unly Phytophthora megakarya, Botryodiplodia theobromae and Colletotrichum gloeosporioides were pathogens on cocoa pod inoculated. The analysis of the variance showed significatives differences (P ≤ 0, 05) of area lesions on cocoa pods between the 4th, 7th and the 10th days after inoculation. Mycelia growth was stopped at the concentrations of 20 mg/ml for aqueous extracts, of 15 and 20 mg/ml ethanolic extracts and essential oil. .The extracts and essential oil of C. odorata and A. conyzoides can be used to fight against micoflora associated with cocoa pods disease.

L’objectif de ce travail est d’évaluer le pouvoir fongicide des feuilles de Mallotus oppositifolius sur Phytophthora sp. et Fusarium sp. deux champignons phytopathogènes dans le cadre de la recherche de substances naturelles d’origine végétale comme alternative aux pesticides chimiques en agriculture. Une enquête ethnobotanique réalisée auprès de quarante tradipraticiens de santé du District de Yamoussoukro sur les Euphorbiaceae médicinales a permis d’identifier treize espèces. L’étude a montré que les maladies de la peau (36%) étaient majoritairement traitées par ces Euphorbiaceae dont Mallotus oppositifolius. Au vue de ces données et celles de la littérature, Mallotus oppositifolius a été retenu pour l’évaluation du potentiel antifongique contre Fusarium sp. et Phytophthora sp. L'activité antifongique a été évaluée par la méthode de double dilution sur milieu PDA avec des extraits éthanoliques et aqueux dérivés des feuilles de cette plante. Les résultats ont montré que les extraits aqueux et éthanoliques 70% de Mallotus oppositifolius possèdent des propriétés antifongiques à la fois sur Fusarium sp. et Phytophthora sp. Les activités antifongiques ont été plus importantes avec les extraits éthanoliques qu’avec les extraits aqueux. Avec une concentration minimal inhibitrice CMI = 25±0,0 mg/mL, une CI50 = 6,5±0,05 mg/mL et une concentration minimal fongicide CMF = 200±0,0 mg/mL Fusarium sp. semble être le plus sensible. Phytophthora sp. est moins sensible avec une CMI = 50±0,0 mg/mL, une CI50 = 12±0,05 mg/mL et une CMF = 200±0,0 mg/mL. Le screening phytochimique a mis en évidence la présence de sept groupes de composés parmi lesquels les alcaloïdes, les polyterpènes et stérols, les tanins galliques et les catéchines sont les plus abondants dans les extraits éthanoliques. En plus de ces composés, les flavonoïdes, les polyphénols ainsi que les saponines sont aussi bien présents dans les extraits aqueux que dans les extraits alcooliques de Mallotus oppositifolius. Ces composés pourraient justifier l’activité des extraits éthanoliques de Mallotus oppositifolius. Ces résultats peuvent servir pour les recherches agronomiques dans le cadre de la lutte contre les deux champignons phytopathogènes étudiés. Botanical study, phytochemical screening and in vitro evaluation of the antifungal activity of Mallotus oppositifolius (Geisel.) Müll. Arg. (Euphorbiaceae) leaf extracts on Fusarium sp. and Phytophthora sp., two phytopathogenic fungi. ABSTRACT The purpose of this work is to evaluate the fungicidal power of the leaves of Mallotus oppositifolius on Phytophthora sp. and Fusarium sp. two phytopathogenic fungi in the research of natural substances of plant origin as an alternative to chemical pesticides in agriculture. An ethnobotanical survey of forty traditional healers in the Yamoussoukro District on medicinal Euphorbiaceae identified thirteen species.The study showed that skin diseases (36%) were mainly treated by these Euphorbiaceae including Mallotus oppositifolius. In view of these data and those in the literature, Mallotus oppositifolius was selected for the evaluation of the antifungal potential against Fusarium sp. and Phytophthora sp. The antifungal activity was evaluated by the double dilution method on PDA medium with ethanolic and aqueous extracts derived from the leaves of this plant. The results showed that aqueous and ethanolic extracts 70% of Mallotus oppositifolius have antifungal properties on both Fusarium sp. and Phytophthora sp. Antifungal activities were more important with ethanolic extracts than with aqueous extracts. With a minimum inhibitory concentration MIC = 25±0.0 mg/mL, a minimal concentration for 50 % of inhibition IC50 = 6.5±0.05 mg/mL and a minimum fungicide concentration MFC = 200±0.0 mg/mL Fusarium sp. appears to be the most sensitive. Phytophthora sp. is less sensitive with an MIC = 50±0.0 mg/mL, an IC50 = 12±0.05 mg/mL and a MFC = 200±0.0 mg/mL. Phytochemical screening revealed the presence of seven groups of compounds among which alkaloids, polyterpenes and sterols, gallic tannins and catechins are the most abundant in ethanol extracts. In addition to these compounds, flavonoids, polyphenols and saponins are present in both aqueous and alcoholic extracts of Mallotus oppositifolius. These compounds could justify the activity of the ethanolic extracts of Mallotus oppositifolius. These results can be used for agronomic research to control the two phytopathogenic fungi studied.

Un inventaire des maladies racinaires du soya causées par des champignons et des oomycètes a été réalisé en 2014 et 2015 dans 80 champs situés en Montérégie et 4 au Centre-du-Québec. Douze plantules au stade de deux feuilles trifoliées ont été prélevées par champ pour évaluer l’état sanitaire de leurs racines (indice racinaire) selon une échelle de 1 à 5 (1 = belles racines abondantes ; 5 = nécroses et peu de racines), et pour révéler dans ces racines, à l’aide de techniques de mise en culture, la présence de champignons et d’oomycètes pathogènes. L’indice racinaire moyen pour l’ensemble des champs était de 2,6 en 2014 et 3,2 en 2015. Des espèces de Pythium et de Fusarium étaient présentes dans presque 100 % des champs chaque année, alors que Rhizoctonia solani et Thielaviopsis basicola ont été plus abondants en 2015 (88 % des champs) qu’en 2014 (52 %). Phytophthora sojae n’a été isolé d’aucune racine, mais l’a été à partir des sols de 37 % des champs. Les espèces de Fusarium les plus fréquentes étaient F. solani, F. oxysporum et F. equiseti, présentes dans au moins 60 % des champs. La méthode d’analyse « stepwise » a sélectionné trois facteurs pour expliquer la variation de l’indice racinaire, dont deux ont montré des différences significatives entre leurs niveaux, soit le type de semence (indice plus élevé pour non-OGM que pour OGM) et le nombre d’années en culture de soya au cours des quatre dernières années (indice augmentant avec le nombre d’années). Le travail du sol a été le seul facteur sélectionné pour expliquer la variation des Fusarium totaux (somme diminuant avec l’intensité du travail de sol).

The high cost of fungicides, the international markets standards for agricultural product quality, the environmental issues and consumer health discourage to the application of chemical control. The strategy is therefore to develop alternative solutions, less expensive and addresses environmental concerns. This study was conducted to evaluate the fungicidal potency of Crotalaria retusa L. on Phytophthora sp. and Fusarium solani, two phytopathogenic fungi. This plant was selected after an ethnobotanical study conducted in the sub-prefecture of Lauzoua in Côte d'Ivoire. It is considered to be the most widely used in the treatment of microbial diseases. The phytochemical screening of this legume species was carried out, and showed the presence of saponosides, sterols, tannins, alkaloids, flavonoids, polyphenols, quinones and polyterpenes. The sensitivity of these two phytopathogenic fungi strains was tested in vitro in presence of the aqueous extract of Crotalaria retusa L. by using double dilution method on PDA medium (Potato Dextrose Agar). The minimum inhibitory concentration (MIC) of spawn growth was 1.56 mg/ml for both fungi. The minimum fungicide concentration (CMF) was 6.25 mg/ml for Phytophthora sp and 12.50 mg/ml for Fusarium solani. The presence of chemical compounds in this plant justifies its antifungal activity and its traditional use areas.

Objectif : Le mildiou du taro dû à Phytophthora colocasiae est l’affection la plus importante de cette culture au Cameroun depuis près d’une décennie. Cette étude a été réalisée pour évaluer l’activité antifongique des extraits des graines du laurier jaune scéniquement appelé Thevetia peruviana (Appocynacées) sur le développement in vitro de P. colocasiae et in vivo sur les fragments des feuilles infectées artificiellement. Méthodologie et résultats : les extraits de T. peruviana ont été préparés à partir des solvants : eau, méthanol, acétone et acétate d’éthyle aux concentrations respectives de 12,5 ; 25 ; 50 et 100 mg/ml. Une solution de 20 µl des fructifications de P. colocasiae isolé des feuilles infectées du cultivar de taro «Macumba» puis cultivé sur milieu V8-Agar, a été utilisée à une concentration de 5x104 sporanges/ml. Pour les tests in vitro, des explants de P. colocasiae d’environ 0,8 cm de diamètre ont été déposés dans des boîtes de Pétri stériles contenant le milieu PDA supplémenté avec les différentes concentrations d’extraits, et mises en incubation à 23±1°C pendant sept jours pour l’évaluation de la croissance radiale. La sensibilité in vivo du pathogène aux extraits s’est faite sur des fragments de feuilles de taro par application de 20 µl de suspension sporangiale de P. colocasiae suivie de 20 µl d’extrait. Les résultats obtenus in vitro ont montré que les extraits aqueux, méthanoliques et à l’acétate d’éthyle ont totalement inhibé la croissance de l’agent pathogène à 25 mg/ml, tandis que l’extrait à l’acétone a inhibé la croissance à 12,5 mg/ml. Les fragments de feuilles inoculés au champignon et traités à l’extrait à l’acétone n’ont pas développé les symptômes du mildiou après cinq jours d’inoculation du pathogène. Conclusion et application potentielle : L’extrait des graines de T. peruviana à l’acétone à la dose de 12,5 mg/ml a inhibé totalement la croissance radiale de P. colocasiae in vitro. Cet extrait s’est révélé efficace contre P. colocasiae et peut donc constituer une alternative de lutte contre le mildiou du taro. L’activité de cet extrait était comparable à celle du fongicide synthétique de référence (le Callomil plus 72 WP) utilisé. Les extraits bruts des graines de T. peruviana renfermeraient un grand nombre de composés bioactifs, qui une Essomé et al., J. Appl. Biosci. 2020 Évaluation des activités antifongiques des extraits de graines de Thevetia peruviana contre Phytophthora colocasiae (Oomycètes) agent causal du mildiou du taro (Colocasia esculenta (L.) Schott) 15585 fois purifiés, pourraient présenter une activité antifongique assez levée au même titre que les fongicides synthétiques. Cette étude préliminaire constitue une base pour des essais futurs dans les conditions naturelles. Mots clés : extraits bruts, Thevetia peruviana, activités antifongiques, Phytophthora colocasiae, Colocasia esculenta. ABSTRACT Evaluation of antifungal activities of Thevetia peruviana extracts against Phytophthora colocasiae, causal agent of late blight of taro (Colocasia esculenta (L.) Schott) in Cameroon. Objective: Taro leaf blight caused by Phytophthora colocasiae is the most devastating disease in taro production in Cameroon for one decade now. This study was conducted to evaluate the antifungal activities of extracts from Thevetia peruviana (yellow oleander) seeds on the in vitro growth of the fungus as well as on detached taro leaf fragments infected artificially. Methodology and Results: Aqueous, methanolic, acetone and ethlyl acetate extracts of T. peruviana were prepared and used at concentrations of 12.5, 25, 50 and 100 mg / ml. P. colocasiae was isolated from an infected taro leaf cultivar "Macumba or Ibo coco" in V8 agar medium and maintained in pure culture from which a suspension of 5 x 104 sporangia/ml was prepared. Mycelial fragments of P. colocasiae of about 0.8 cm in diameter were cut and placed in sterile Petri dishes containing Potato Dextrose Agar (PDA) medium supplemented with different concentrations of plant extracts and incubated at 23±1°C for seven days for the evaluation of the radial growth. In vivo sensitivity of the pathogen to plant extracts was done by application of 20 µl of sporangial suspension on taro leaves followed by 20 µl of each extract. The results obtained showed that the methanolic, ethyl acetate, and aqueous extracts completely inhibited the growth of the pathogen at 25 mg/ml while total inhibition of the pathogen was obtained with acetone extract at 12.5 mg/ml. No symptoms were observed on leaf fragments that received a drop of the fungus and acetone extract. Conclusion and potential application: The acetone extract at the concentration of 12.5 mg/ml totally inhibited the in vitro radial growth of P. colocasiae and significantly delayed the development of the disease on leaf fragments. This extract, active against P. colocasiae could be used as alternative to fungicides for the control of taro leaf blight. This activity was comparable to that of the reference fungicide used: Callomil plus 72 WP. These extracts are still crude and may contain a large number of different compounds, which after purification could present even a better activity than the fungicides used. This preliminary study provides a base line for future trials in natural conditions in greenhouse and in the field. Keywords: Crude extracts, Thevetia peruviana, antifungal activities, Phytophthora colocasiae, taro.

Les travaux presentes portent sur l'etude de l'intervention de phospholipases, enzymes catalysant l'hydrolyse des phospholipides membranaires, lors des etapes precoces de l'interaction entre le tabac et le champignon phytopathogene. L'action conjointe de ces proteines et de la lipoxygenase, enzyme induite lors de l'interaction, est susceptible de participer a la transduction des signaux conduisant a l'induction de defenses dans la plante hote, via la liberation de produits derives d'acides gras polyinsatures (acide jasmonique, aldehydes volatils,). La premiere partie de ce travail concerne la mise au point du systeme biologique et des conditions de mesure de l'activite phospholipase, ainsi que l'etude des variations de cette derniere en reponse a differents inducteurs potentiels. Les resultats montrent que des eliciteurs extraits de la paroi du champignon induisent dans les cellules et les plants de tabac une activite phospholipase, causant la liberation d'acides gras. Celle-ci est aussi stimulee, de maniere race-cultivar specifique, dans les plantes infectees par les zoospores de l'agent pathogene. Cette etude permet d'evaluer le role potentiel de cette enzyme dans la defense du tabac vis-a-vis du champignon. La deuxieme partie consiste en la purification et la caracterisation des proteines responsables de cette activite. L'utilisation de techniques chromatographiques et electrophoretiques a permis d'obtenir une preparation hautement enrichie en phospholipases. De plus, certaines caracteristiques physicochimiques de ces enzymes sont precises: specificite de substrat, nature des produits formes, effet de cations divalents et du ph sur l'activite, point isoelectrique, km et vm. L'ensemble de ces travaux constitue une contribution originale a l'etude d'une activite enzymatique encore peu caracterisee chez les vegetaux, mais dont l'importance dans les systemes de transduction et de defense est bien etablie dans les cellules animales

Les sols forestiers sont des habitats hétérogènes, véritables réservoirs de microorganismes. Parmi ces microorganismes, les eucaryotes filamenteux (champignons et oomycètes) sont très divers et jouent un rôle important dans le fonctionnement et la durabilité des écosystèmes forestiers. Leur diversité et leur répartition spatiale à différentes échelles sont encore peu connues et les facteurs qui sous-tendent cette dispersion sont encore peu étudiés. Aussi, les objectifs étaient (i) d'exploiter le séquençage haut-débit pour des études d'écologie microbienne à large échelle et valider son application aux communautés d'oomycètes pathogènes en milieu forestier, (ii) de décrire ces communautés microbiennes, en termes de diversité et de structure, à différentes échelles spatiales (locale, régionale et continentale), (iii) de caractériser les variables biotiques et abiotiques structurant ces communautés et (iv) d'évaluer la réponse éventuelle des communautés aux variations climatiques. Une première étude pilote à l'échelle de la parcelle a été suivi de deux études à grande échelle spatiale le long de gradients environnementaux. Des gradients d'altitude et un gradient latitudinal, à l'échelle continentale, ont été utilisés comme gradient climatique. L'étude préliminaire a donc validé l'utilisation du pyroséquençage pour les communautés fongiques, et en particulier pour les espèces ectomycorhiziennes, et apporté des éléments pour établir une méthodologie d'échantillonnage couplée à cette technique. L'application de ces outils moléculaires à l'étude des communautés oomycètes pathogènes reste à optimiser. Les résultats obtenus sur les communautés fongiques telluriques suggèrent que dans l'hypothèse d'un réchauffement climatique, la richesse fongique ne serait pas directement affectée mais la composition des communautés le serait. La composition des communautés fongiques est également fortement liée au pH du sol. Ces résultats sont à affiner en étudiant plus en détail divers groupes taxonomiques et écologiques en lien avec des variables climatiques plus précises. Par ailleurs, de nombreuses perspectives sont envisageables pour améliorer la détection des oomycètes dans les sols forestiers, qui reste un challenge en écologie microbienne
Forest soils are heterogeneous habitats full of microorganisms. In particular, the filamentous eukaryotes (fungi and oomycetes) exhibit a huge diversity and play essential functions in the dynamic and sustainable growth of the forest ecosystem. However, their diversity and their distribution are poorly known; thus, so are the structuring factors of these microbial communities. The main goals were: (i) use a high-throughput pyrosequencing to study soil microbial communities at a broad geographical scale, and particularly to validate its use for the study of soil forest pathogenic oomycete communities, (ii) study the diversity and structure of fungal and pathogenic oomycetes communities at several spatial scales, (iii) identify possible climatic and edaphic variables structuring these communities and (iv) estimate the possible response of these microbial communities to climatic variation. A pilot study was undertaken at the stand scale. Then, two additional studies were carried out along environmental gradients at the regional and continental scales. The use of the pyrosequencing technique was found appropriate for the fungal communities, but difficulties arose in studying the pathogenic oomycete community. At the stand scale, results suggested the soil to be a valuable substitute for the roots to access the ectomycorrhizal richness and composition using pyrosequencing. The results along the broad scale gradients suggested that fungal richness may not be affected by climate warming but that the composition would be. Moreover, our work indicated that soil pH is a major factor explaining fungal community composition. The main conclusions are still to be confirmed and deeper knowledge of the response of different fungal phylum, or family, would be required. The detection and thus the diversity estimation of the pathogenic oomycetes in forest soil remains a current challenge

Une maladie émergente causant le dépérissement de l'aulne est causée par un complexe de trois taxons du genre Phytophthora (Oomycète) : P. Alni subsp. Alni (Paa), P. Alni subsp. Multiformis (Pam) et P. Alni subsp. Uniformis (Pau). La première partie de cette étude a consisté à mettre au point des outils de détection spécifiques de ces trois taxons. À partir de SCARs générés par RAPD, nous avons défini trois couples d'amorces de PCR dont l'utilisation combinée permet la détection et l'identification spécifique de Paa, Pam et Pau dans différents substrats (plante, eau, sol). Nous avons ensuite étudié la présence et la distribution allélique pour quatre gènes nucléaires contenant des introns sur une collection de P. Alni et d'espèces proches. L'ADN mitochondrial a également été étudié par RFLP et séquençage de deux gènes. Nous avons montré que i) Pau ne semble pas avoir été généré par hybridation, ii) Pam présente deux allèles fortement divergents pour chaque gène nucléaire et résulterait donc d'une réticulation ou d'une autopolyploïdisation, iii) Paa cumule les allèles présents chez Pam et Pau et a probablement été créé par hybridation entre Pam et Pau ou des taxons très proches. De plus, nous avons étudié le profil d'expression des gènes codant pour des élicitines, famille multigénique spécifique du genre hytophthora. L'additivité des profils de Pau et Pam vis-à-vis de Paa a confirmé nos premiers résultats. Enfin, afin d'étudier la variabilité génétique de ces différents taxons, des marqueurs microsatellites ont été isolés chez Paa et caractérisés. Les génotypes obtenus montrent une faible variabilité chez les trois taxons. Ils confirment nos hypothèses quant à l'origine de Paa et suggèrent que Pam est aussi un taxon allopolyploïde
An emergent disease of alder is caused by a complex of three taxa belonging to the genus Phytophthora (Oomycetes): P. Alni subsp. Alni (Paa), P. Alni subsp. Multiformis (Pam) and P. Alni subsp. Uniformis (Pau). The first part of this study focused on the development of specific detection tools for these three taxa. Based on SCARs generated with RAPD, we designed three PCR primer pairs which can be combined to specifically detect and identify Paa, Pam and Pau in different substrates (plant tissue, water, soil). Second, we studied the occurrence and the allelic distribution for several nuclear single-copy genes containing introns on a wide collection of P. Alni and close species. Mitochondrial DNA was also studied through RFLP and gene sequencing. We demonstrated that i) Pau may not result from a hybridization event, ii) two divergent alleles for each of the nuclear genes are observed in Pam, which suggests this taxon may have been generated by a reticulation or by autopolyploidisation, iii) Paa combines the alleles observed in Pam and Pau and was probably generated by hybridization between Pam and Pau or Pam- and Pau-like taxa. In addition, we studied the expression of elicitin genes, a multigenic family specific to the genus Phytophthora. The cumulative patterns of Pau and Pam in regard with Paa confirmed our first results. Last, in order to study the genetic variability of the different taxa, microsatellite markers were isolated in Paa and characterized. The genotypes we resolved demonstrate a low level of variability for the three taxa. They confirm our hypotheses in regard with Paa origin and suggest that Pam is also an allopolyploid taxon

Dans le cadre des recherches sur les mécanismes moléculaires qui régissent la symbiose mycorhizienne à arbuscules, ce travail de thèse a porté sur l'étude des modifications protéiques induites dans les racines colonisées par les champignons mycorhizogènes à arbuscules (MA). Ces modifications ont été comparées a celles provoquées par les champignons pathogènes, afin de déterminer quelles réponses étaient spécifiques de chacune des interactions, et lesquelles étaient communes. Enfin, nous avons recherché si, parmi les modifications protéiques observées lors d'une symbiose, certaines pouvaient être liées a la bioprotection, par un champignon MA, vis-à-vis d'un champignon pathogène. Deux approches ont été envisagées : une approche ciblée sur l'expression de protéines connues pour jouer un rôle dans les réponses de défense des plantes, telles que les protéines PR et les enzymes hydrolytiques. Cette analyse a été menée par Western blotting et par détection des activités enzymatiques en gel d'électrophorèse. Une approche non-ciblée, sur des protéines dont l'activité est inconnue, a également été réalisée par électrophorèse bidimensionnelle. Deux modèles biologiques ont été utilisés : d'une part Pisum Sativum L. Colonisé par le champignon MA Glomus Mosseae ou infecté par les champignons pathogènes Chalara Elegans et Aphanomyces Euteiches, et d'autre part Lycopersicon Esculentum/Glomus Mosseae/Phytophthora Parasitica. Des réactions de la plante hôte distinctes et spécifiques de chacune des interactions, symbiotique ou pathogène, ont été démontrées. Une protéine additionnelle à activité chitinolytique, ainsi que d'autres protéines dont l'activité n'a pas été déterminée, apparaissent spécifiques de la symbiose et diffèrent de celles induites lors des interactions pathogènes. Des réactions qualitativement similaires, mais quantitativement différentes, vis-à-vis des champignons symbiotiques ou pathogènes, ont également été observées. L'expression des protéines PR dans les racines est faiblement induite par la présence du champignon MA, tandis qu'elle est fortement accrue par les pathogènes. Le rôle des protéines, dont l'expression est modifiée, dans l'établissement et le développement des deux interactions, ainsi que dans une situation de bioprotection, a été discuté.

Les mécanismes expliquant le maintien de la diversité végétale dans les forêts tropicales sont mal connus. Une hypothèse particulièrement étudiée est l’hypothèse Janzen-Connell qui postule que ces mécanismes sont essentiellement causés par les interactions entre les plantes et leurs ennemis naturels, en particulier les organismes pathogènes. Dans cette thèse, nous nous sommes donc intéressés aux agents pathogènes présents dans les sols d’une forêt guyanaise et à leur lien de spécificité avec les plantes. Dans le cas où l’hypothèse Janzen-Connell serait vérifiée, on peut s’attendre à ce que les plantes structurent les communautés de micro-organismes pathogènes. Nos travaux se sont focalisés sur les Oomycètes et en particulier les Phytophthora, pathogènes des arbres très importants, mais nous nous sommes aussi intéressés aux champignons pathogènes. Ainsi, nous avons développé et comparé des jeux d’amorces PCR spécifiques des Phytophthora et des Péronosporomycètes afin d’étudier ces organismes par metabarcoding. Ces amorces ont ensuite servi à étudier la diversité des communautés de Phytophthora dans des échantillons de sols de deux sites forestiers de Guyane Française prélevés au pied d’arbres appartenant à 10 familles végétales. Une faible diversité a été retrouvée, avec seulement 8 taxons en tout, et la très large dominance d’un complexe d’espèces Phytophthora heveae. La structuration par la plante-hôte de ces communautés est plutôt faible. Dans une étude complémentaire, nous avons analysé la diversité des Oomycètes et des champignons pathogènes dans les sols et les litières de six plantations monospécifiques et au sein d’une forêt naturelle de Guyane. La structuration par l’hôte s’est avérée nulle pour les Oomycètes et faible pour les champignons pathogènes. Enfin, nous n’avons pas réussi à déclencher expérimentalement des mortalités ou dépérissements par des Oomycètes sur le wacapou, une espèce d’arbre guyanaise, via des inoculations de sols de forêt. Au final, les résultats de cette thèse ne supportent pas l’hypothèse selon laquelle les Oomycètes seraient d’importants acteurs du maintien de la diversité végétale dans les forêts tropicales. Par ailleurs, ils nous interrogent sur la faible diversité de ce groupe de microorganismes dans les sols et litières dans un hotspot de diversité végétale
The mecanisms implied in the maintenance of plant diversity in tropical forests are still poorly known. One particularly studied hypothesis is the Janzen-Connell hypothesis, which posits that these mecanisms are essentially caused by the interactions between plant and their natural enemies, including pathogenic organisms. In this thesis, we looked at the pathogenic organisms present in the soils of a Guyanese forest, and the specificity of their interactions withplants. In the case where the Janzen-Connell hypothesis would be verified, we could expect that pathogenic micro-organisms communities would be structured by plants. Our works focused on Oomycetes and especially the Phytophthora, which are very important pathogens of trees, but we also took an interest on pathogenic Fungi. Thus, we developed PCR primer sets specific of the Phytophthora and Peronosporomycete groups, in order to study these organismsthroughmetabarcoding. These primers were then used to investigate the community of Phytophthora in soils sampled from two French Guiana sites, near trees belonging to 10 families. A low diversity was described, with a total of only 8 taxas, and the overwhelming dominance of the species complex P. heveae. A weak host effect was detected. In a complementary study, we looked at the diversity of Oomycetes and Fungi in soils and litters of six monospecific tree plantations and a Guianese natural forest. Structuration by host appeared to be null for Oomycetes and weak for pathogenic Fungi. Finally, we did not success in trying to experimentally provoke, through forest soil inoculations, Janzen-Connell mortalities due to Oomycetes on the Wacapou, a Guianese tree species. In the end, the results of this thesis do not support the hypothesis that Oomycetes may be important agents of the maintenance of tree diversity in tropical forests. Moreover, they bring some questions about the low diversity of this group of micro-organisms in a tree diversity hotspot

Phytophthora parasitica var. Nicotianae est un oomycete responsable, chez le tabac, de la pourriture noire du collet. Une glycoproteine de 34 kda (cbel) a ete isolee a partir du mycelium de la race 0 avirulente sur la lignee 46. 8. A l'aide d'un serum polyclonal, cbel a ete localisee a la surface des hyphes ainsi que dans la paroi de zoospores enkystees. L'injection de la glycoproteine dans le mesophylle des feuilles de tabac sensibles et resistants entraine l'apparition de necroses ainsi que l'induction de l'expression de genes de defense dans les memes delais. Appliquee sur des sections de tiges, elle protege la plante face a une infection ulterieure par une race virulente du champignon. Cbel est codee par un gene unique dont l'adnc correspondant a ete clone. La partie peptidique de l'eliciteur est composee de deux domaines repetes riches en cysteine, separes par une region riche en serine et threonine. Chaque domaine de cbel presente une sequence proche de la sequence consensus des domaines de liaison a la cellulose (cbd) caracterises chez des cellulases fongiques. L'eliciteur se fixe a la cellulose cristalline et aux parois extraites de racines de tabacs. Il possede de plus une activite hemagglutinante. Ces resultats suggerent que cbel est impliquee dans l'adhesion des zoospores aux racines de l'hote. L'activite elicitrice d'un peptide correspondant au premier cbd de cbel a ete testee. Il induit l'expression de genes associes a la defense mais n'entraine pas l'apparition de necroses aux doses utilisees. Ceci semble indiquer que les epitopes responsables de l'induction de ces reponses peuvent etre dissocies. Des sequences homologues a cbel ont ete detectees dans les genomes de differents phytophthora puis amplifiees par pcr. La conservation de l'eliciteur parmi les champignons du genre phytophthora, son activite de reconnaissance ainsi que leur production in vitro suggere qu'il pourrait etre egalement important durant la vie saprophytique de ces champignons. Afin d'evaluer le role de cbel dans la biologie de phytophthora parasitica var. Nicotianae, des champignons transformes n'exprimant plus l'eliciteur ont ete obtenus par une strategie sens et antisens.

L'endomycorhization préalable de la variété Earlymech de tomate et du clone F12-1 de merisier par G. Mosseae est nécessaire a l'expression de la bioprotection par les champignons endomycorhizogènes vis-à-vis respectivement de Phytophthora Parasitica et Phytophthora Cinnamomi. La mise au point d'une technique d'immunodétection des hyphes de p. Parasitica, pouvant être utilisée aussi bien sur du matériel racinaire frais qu'en immunocytochimie, a permis de démontrer que cet effet bioprotecteur est lié à une réduction du développement du champignon pathogène. Les études de cytologie moléculaire révèlent que les événements cellulaires et moléculaires impliqués dans le contrôle des champignons pathogènes sont différents chez les deux plantes étudiées. L'impact de l'endomycorhization sur p. Parasitica chez la tomate résulte a la fois de l'induction d'une résistance localisée se manifestant dans les tissus endomycorhizés et d'une résistance induite de type systémique s'exprimant dans les parties racinaires ne contenant pas le champignon endomycorhizogène. Ces deux phénomènes sont caractérisés par des réactions pariétales de défense de la plante. D'une part, dans les tissus endomycorhizés, les appositions pariétales riches en callose empêchent l'agent pathogène de pénétrer dans les cellules corticales renfermant les arbuscules de g. Mosseae. D'autre part, la résistance de type systémique induite est associée à la fois à un épaississement de la paroi primaire ou la protéine de défense du groupe PR-1 s'accumule, et à la formation de papilles composées de pectines non estérifiées et de callose, qui empêchent la pénétration du champignon pathogène dans les cellules. Ces événements sont similaires a ceux rencontrés dans les interactions incompatibles plantes-champignons pathogènes. De plus, des molecules de p. Parasitica (glycoprotéine fongique et parasiticéine) semblent sécrétées dans les tissus mycorhizés, ce qui indiquerait un rôle potentiel de ces composés dans la résistance localisée. Par contre, chez le merisier endomycorhizé, on n'observe pas de réaction cellulaires vis-à-vis de p. Cinnamomi comparables à celles de la tomate. Cela suggère que d'autres mécanismes doivent être impliques dans le contrôle par l'endomycorhization de l'attaque par p. Cinnamomi chez cette plante.

Un extrait mycelien provenant de phytophthora capsici induit une protection des cotyledons de piment vis-a-vis de ce pathogene. Les molecules fongiques actives ont ete isolees et caracterisees: ce sont des sphingophospholipides contenant de l'inositol, de la c#1#6-sphingosine saturee ou insaturee et un acide gras. Leur masse moleculaire, determinee par fab, varie de 751 a 851 da. Les composes majoritaires sont essentiellement les phospholipides de masse 833, 835 et 849 da. Leur pourcentage varie en fonction de la souche et du milieu de culture. L'addition d'un fongicide au milieu de culture a un effet modulateur sur la synthese de ces phospholipides. Nous avons montre que ces phospholipides etaient specifiques du genre phytophthora en tant que marqueurs biochimiques; ils presentent egalement dans le domaine agronomique une activite anti-phytophthora potentielle. Ils sont le plus inhibiteurs de l'activite d'une cutinase isolee de fusarium solani. Une autre famille de phospholipides de type phosphatidyl choline a egalement ete isolee du mycelium de phytophthora capsici. Ces composes presentent la propriete d'induire une resistance chez le piment et chez le ble vis-a-vis du pathogene. L'etude structurale de tous ces phospholipides fongiques a ete realisee par les methodes chimiques et physiques: methanolyse, hydrolyses acides et alcalines, chromatographies sur couche mince et en phase gazeuse, rmn#1h, chromatographie gazeuse couplee a la spectrometrie de masse, fast atom bombardment

Les élicitines, protéines sécrétées par les champignons du genre phytophthora, élicitent les mécanismes de défense du tabac, Nicotiana tabacum var. Xanthi, sur plante entière et sur suspension cellulaire. Ces protéines présentent également une activité de protéines de transfert de stérol. Au cours de ce travail, nous avons démontré que les élicitines sont capables de transférer des stérols entre des liposomes, des micelles et également entre des membranes biologiques. La mutagenèse dirigée du gène x24 codant la cryptogéine, afin de remplacer les résidus tyrosines intervenant dans la liaison du stérol a l'élicitine, nous a permis d'obtenir des élicitines aux capacités plus ou moins réduites à interagir avec des stérols. Nous avons ainsi pu démontrer l'existence d'une relation entre cette fonction et la capacité de fixation des élicitines sur leur site de fixation spécifique situé sur la membrane plasmique des cellules de tabac. C'est en fait un complexe élicitine-stérol qui se fixe sur ces sites et non une élicitine non chargée. Nous avons ensuite démontré l'existence d'une relation entre la capacité de fixation des élicitines sur leurs sites à haute affinité et la capacité de ces protéines à induire les mécanismes de défense sur suspension cellulaire de tabac. Nous avons ainsi relié l'induction des mécanismes de défense et la fixation des élicitines sur ce qui semble donc être leur récepteur membranaire capable de transmettre un signal du milieu extracellulaire vers le milieu intracellulaire. Nous avons par la suite étudié la capacité des élicitines à interagir avec d'autres lipides. Nous avons montré que les élicitines interagissent avec des acides gras et des phospholipides, transférant ces derniers entre des liposomes. Les élicitines semblent ainsi former une famille de protéines de transfert de lipides. Tout comme pour les stérols, ces autres lipides pourraient jouer un rôle dans la reconnaissance de l'élicitine par son récepteur. Enfin, le clonage, par la méthode du double hybride, de l’ADNc codant ce récepteur a permis de mettre en évidence la présence de plusieurs protéines affines pour la cryptogéine. Toutes ces protéines sont de nature intracellulaire, laissant envisage une éventuelle internalisation de l'élicitine dans les cellules végétales.