Dissertations / Theses: 'Plantes fixatrices d'azote – Sénégal'

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Moudiongui, Adako. "Sesbania rostrata, légumineuse à nodules caulinaires : fixation symbiotique d'azote, et utilisation comme engrais vert." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO10093.

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Abstract:

Des souches de rhizobium isolees de sesbania rostrata provenant de differents lieux geographiques du senegal, ont ete analysees. Leur comparaison avec la "souche de tige" de reference ors571 a permis de mettre en evidence des differences au niveau des parentes immunologiques, du contenu plasmidique, de l'activite nitrogenase en condition de derepression, et de l'efficience de la symbiose. L'azote combine, ammoniacal ou nitrique affecte a la fois la nodulation et l'activite reductrice d'acetylene des nodules caulinaires et racinaires, mais les nodules racinaires sont plus affectes que les nodules caulinaires

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Dupuy, Nicolas. "Contribution à l'étude de la symbiose fixatrice d'azote entre Acacia albida et bradyrhizobium SP." Lille 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LIL10078.

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Abstract:

Quatre-vingt-quatre isolats nodulant Acacia albida ont été obtenus à partir de sols recueillis à différentes profondeurs depuis la surface jusqu'au niveau de la nappe d'eau. Ces prélèvements ont été effectués dans les régions sahéliennes et soudano-guinéennes du Sénégal. La densité des populations bactériennes est sensiblement plus élevée au voisinage de la nappe qu'en surface, atteignant 1,310#3/g de sol à 34 m dans la zone sahélienne. Dans la zone soudano-guinéenne, la densité qui atteint 10#4 bradyrhizobia par g de sol en profondeur, est comparable à celle des sols tempérés. La position taxonomique des isolats de surface et de profondeur et les relations qui existent entre eux ont été déterminées par sds-page. La plupart de ces isolats appartiennent à 11 groupes électrophorétiques contenant des souches de référence de bradyrhizobium japonicum et bradyrhizobium sp. Plusieurs isolats constituent de nouveaux groupes dans le genre bradyrhizobium
Ils ont aussi été caractérisés en utilisant les galeries biolog, une nouvelle technique phénotypique miniaturisée. Enfin des hybridations adn : arnr avec l'arnr spécifique de bradyrhizobium japonicum nzp5549#t ont confirmé que la plupart des isolats appartiennent a la branche arnr de bradyrhizobium et de rhodopseudomonas. Les caractéristiques d'un isolat sont indépendantes de la profondeur à laquelle il a été recueilli. L'étude de l'infection et de l'ontogenèse des nodules d'Acacia albida a montré plusieurs caractères intéressants. L'inoculation a pour effet l'induction de poils absorbants et de mitoses corticales précédant l'infection. Le mode d'infection intercellulaire conduit à la formation de cordon dans les cellules corticales externes. Le méristème est induit au niveau des cellules corticales internes. L'invasion des cellules méristématiques et la différenciation disto-proximale observées sont caractéristiques des nodules de type indéterminé. Toutefois à maturation, les nodules d'Acacia albida sont de type déterminé avec un tissu central unique entouré de tissus périphériques

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Ndiaye, Mamadou. "Contribution des légumineuses arbustives à l'alimentation azotée du maïs (Zea mays l. ) : cas d'un système de culture en allées dans le centre-sud Sénégal." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1997. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/INPL_T_1997_NDIAYE_M.pdf.

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Abstract:

L’objectif de la présente étude est de développer un système agroforestier dans lequel l'arbre fixateur de N2 est utilisé, via les émondes, comme alternative à l'engrais pour la fertilisation du maïs. La démarche scientifique met en œuvre la méthodologie azote-15 et comprend trois phases: (ii) une phase de diagnostic en milieu réel de la fixation de N2 (ii) une phase de caractérisation, en milieux contrôlé, des émondes et de quantification de leur contribution à la nutrition azotée du maïs (iii) une phase de quantification, en milieu réel, des contributions du sol, des émondes et de l'engrais à l'alimentation azotée du maïs. Nous mettons en évidence un seuil de pluviométrie au-dessous duquel la fixation réelle de N2 (FRN) est faible, et montrons que l'inoculation de bradyrhizobium permettrait de lever cette contrainte. Deux caractéristiques des émondes: l'une de capacité (N biodegradable) et l'autre de cinétique (demi-vie) sont mesurées au laboratoire et validées au champ ; elles permettent de déboucher sur un modèle de prévision de l'offre en N. Par la suite, nous développons un modèle d'optimisation des dates de semis du maïs et d'émondage de l'arbre qui permet d'ajuster l'offre à la demande. Les contributions de l'engrais, du sol et des émondes à la nutrition azotée de la céréale sont déterminées. Parmi celles-ci, la contribution de la FRN, via les émondes, rend compte du rôle de la FRN dans la durabilité du système agroforestier. L’indice de surface équivalente (ISE) de la culture en couloir est 0,90 et 1,60, respectivement, dans le cas d'une culture pure de mais avec engrais et dans celui de la culture pure de maïs sans engrais. Le système agroforestier proposé est performant et exige peu d'intrants couteux. Dans la pratique, il reste à franchir une étape essentielle: la mise en œuvre de ce système en fonction de la diversité des exploitations et des contraintes socio-économique

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Texier, Michèle. "Régulation des transferts d'azote dans la rhizosphère de plantes non fixatrices d'azote (cas du blé)." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20042.

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Abstract:

Le modele experimental retenu prevoit la culture de ble sous atmosphere enrichie en #1#4co#2 sur sol brun lessive tel que ou diversement amende. Le suivi regulier de la distribution du carbone (c natif et c marque) et de l'azote (n natif et n marque) dans le materiel vegetal (parties aeriennes et racines) et dans le sol (individualisation des compartiments microbien et mineral) permet d'evaluer les modalites preferentielles de l'effet rhizosphere sur les flux de carbone et d'azote dans les systemes experimentaux consideres. La conclusion s'efforcera de degager les points remarquables materialisant les inter-relations carbone-azote dans le sol environnant les racines

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Prin, Yves. "Les surfaces des deux partenaires de la symbiose aulne-frankia : caractérisation et rôle dans les étapes de pré-infection." Lyon 1, 1985. http://www.theses.fr/1985LYO11687.

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Hammad, Yaser. "Interactions Frankia-plante actinorhizienne : réactions de Frankia aux exsudats racinaires d'Alnus glutinosa et rôle hormonal possible du PAA dans l'établissement de la symbiose." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10071.

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Abstract:

Lors de la mise en place de la symbiose fixatrice d'azote, Frankia/aulne, nous avons cherché à connaître les réactions de la bactérie en présence de la plante d'une part, et les réactions de la plante en présence de la bactérie d'autre part. Ainsi la thèse présente deux aspects : les réactions que Frankia manifeste lors de ses premiers contacts avec la plante. L'ajout des exsudats racinaires de la plante hôte (Alnus glutinosa) dans les cultures de Frankia en milieu BAP sans azote provoque la surexpression de certaines protéines. La séparation des protéines en gel 2D dénaturant (SDS-PAGE, Sodium Dodecyl Sulfat-Polyacrylamide Gel Electrophoresis) suivie par un micro séquençage de l'extrémité N-terminal a permis de montrer un fort niveau d'homologie avec des protéines de réponse au stress (résistance au tellurite, choc thermique, comigratoire avec la bactérioferritine, superoxyde dismutase). Nos investigations ont concerné plus spécialement la superoxyde-dismutase (SOD) ce qui nous a amené à caractériser le gène correspondant par l'utilisation d'une banque de gènes d'une souche de Frankia. Pour la première fois, la complémentation avec de l'ADN de Frankia d'un mutant d'une souche E. Coli ne pouvant plus exprimée d'activité SOD a été possible. Le séquençage du génome au voisinage du gène sodF a également été réalisé et a permis de caractériser un gène présentant une forte homologie avec celui de la bactérioferritine. Dans une deuxième partie nous avons essayé d'analyser le rôle sur la plante hôte d'un produit présent en grande quantité dans Frankia, l'acide phényl acétique (PAA). Ce produit est une phytohormone appartenant à la classe des hopanoi͏̈des qui présente chez les plantes des caractères auxinomimétiques. Par les techniques d'HPCL et de spectrométrie de masse nous avons pu détecter la présence du PPA à des concentrations 10 puissance moins 5 -10 puissance moins 6 dans le milieu de culture sans azote de Frankia. Nous avons pu mettre également en évidence la formation des pseudo nodosités sur les racines d'Alnus glutinosa lorsque celles-ci sont en contact avec du PAA à des concentrations de 10 puissance moins 5 à 5. 10 puissance moins 5 M. L'idée que le PAA soit impliqué dans la modulation tout en permettant de limiter les réactions de défense de la plante est étayée par plusieurs observations: - la présence/absence du PAA ou AIA et des métabolites intermédiaires de l'acide salicylique (acides benzoi͏̈que, et cinnamique) dans les nodosités et les racines d'aulne prélevés dans leur milieu naturel -la surexpression chez la plante des ARN messagers de la voie métabolique des phénylpropanoi͏̈des (PAL et CHS) après inoculation avec différentes souches de Frankia (compatibles et incompatibles).

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Pladys, Dominique. "Sénescence et protéolyse chez les nodosités de Phaseolus Vulgaris L. : relations avec la fixation d'azote." Nice, 1989. http://www.theses.fr/1989NICE4296.

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Abstract:

D'importantes activités protéolytiques ont été décelées dans le cytosol des nodosités fonctionnelles et sénescentes de Phaseolus Vulgaris L. Chez les jeunes nodosités, une protéase à sérine, très active à pH acide et ayant une grande affinité pour la léghémoglobine a ainsi été identifiée. Lors du vieillissement des nodosités, l'activité protéolystique mesurée à pH acide augmente tandis qu'une intense protéolyse apparait à pH alcalin. Deux protéases à cystéine, spécifiques de cette phase de sénescence, ont été partiellement purifiées ; elles présentent elles aussi une grande affinité pour la léghémoglobine ce qui nous a conduit à recommander l'utilisation de cette hémoprotéine, comme substrat spécifique, pour la détermination de la protéolyse nodulaire. Une première manifestation de la sénescence serait une forte diminution de la concentration en protéine soluble des nodosités, et plus particulièrement de la léghémoglobine, qui est associée à une perte importante de la capacité de réduction de C2H2. Une étude cytologique de nodosités de Phaseolus de différents âges, réalisée en microscopie électronique, a permis de suivre l'évolution de l'ultrastructure du tissu fixateur : les jeunes nodosités ne présentent qu'un à deux bactéroïdes par vésicule mais la fusion des membranes péribactéroïdiennes entraîne rapidement un accroissement de leur nombre chez les nodosités plus âgées. Ce vieillissement s'accompagne d'une densité plus faible du cytosol des cellules hôtes, traduisant l'existence de phénomènes lytiques qui seront responsables, dans un stade ultime, de la rupture de la membrane péribactéroïdienne, libérant ainsi le partenaire symbiotique dans le cytosol. Cette décompartimentation va faciliter la lyse du bactéroïde dans les cellules infectées des nodosités les plus âgées. Des incubations de bactéroïdes isolés de nodosités fonctionnelles en présence d'enzymes prote

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De, Luis Margarit Ana. "Novel and symbiosis-related microRNAs in Lotus japonicus." Strasbourg, 2010. http://www.theses.fr/2010STRA6011.

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Abstract:

Les légumineuses sont capables d'assimiler le N2 atmosphérique par le processus de la Fixation Symbiotique d'Azote (SNF). Les petits ARNs (sRNAs) sont des molécules de 18-25nt qui régulent l'expression génique par similarité de séquence dans le cadre du mécanisme du RNA silencing. Parmi les différents types de sRNAs, les microRNAs (miRNAs) sont des régulateurs post-transcriptionnels qui jouent un rôle clé dans les interactions plante-bactérie. Nous avons choisi l'espèce modèle Lotus japonicus pour l'étude de la contribution des miRNAs dans la SNF. Premièrement, nous avons identifié les gènes principaux du RNA silencing dans cette espèce. Nous avons ensuite créé des lignées transgéniques exprimant le suppresseur viral P19 qui interfére avec l'activité des miRNAs. Ensuite, nous avons entrepris une stratégie de séquençage de sRNAs de racines et nodules, avec l'objectif d'identifier des miRNA impliqués dans la symbiose. Les données obtenues ont été employées pour l'identification de miRNAs: 16 familles conservées et 27 nouveaux miRNAs potentiels. Une analyse comparative des sRNAs a révélé que l'expression d'un groupe spécifique de miRNA conservés est induite dans les nodules développés: miR167, miR171c, miR172, miR390 et miR397. Des analyses génétiques ont révélé que miR167 et miR172 sont indépendants de l'infection par Rhizobium, ce qui suggère son implication dans le développement du nodule. En revanche, miR397 est non seulement surexprimé lors de l'infection bactérienne, mais aussi suite à la fixation effective de l'azote. En conclusion, ce travail confirme que les miRNAs sont des régulateurs géniques impliqués dans des différentes étapes de la SNF
Legumes assimilate N2 through the establishment of Root Nodule Symbiosis (RNS) with bacteria from the genus Rhizobia. Small RNAs are 18-25nt molecules that regulate gene expression in a sequence-specific manner via a mechanism known as ‘RNA silencing’. Among the different types of smRNAs, microRNAs (miRNAs) are post-transcriptional gene regulators that, in plants, play key regulatory roles in plant-microbe interactions. In this context, we chose the model legume Lotus japonicus to assess the contribution of microRNAs to RNS. First, we identified the main RNA silencing effectors in Lotus japonicus, with emphasis on miRNA-related pathways, and generated L. Japonicus transgenic lines expressing the tombusviral silencing suppressor P19, which interferes with miRNA action. We then embarked on a smRNA cloning/sequencing strategy. The pooled sequenced data served as basis for the identification of miRNA genes in Lotus japonicus: 16 conserved and 27 potentially novel miRNA families. Comparative analysis of cloned smRNAs from root and nodules revealed that a discrete number of conserved miRNAs, miR167, miR172, miR390 and miR397, are highly expressed in mature nodules, as opposed to roots. Genetic analysis showed that the accumulation of miR167 and miR172 is Rhizobium-independent, as opposed to miR397. Further genetic studies showed that miR397 induction is also reproduced at the systemic level but dependent on the establishment of a successful N2 fixation, rather than on the infection by Rhizobium per se. Thus, our findings confirm that miRNA are important gene regulators at different stages of the establishment of Symbiotic Nitrogen Fixation

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Roggy, Jean-Christophe. "Contribution des symbioses fixatrices d'azote à la stabilité de l'écosystème forestier tropical guyanais." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO10127.

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Abstract:

On ignore l'importance des especes arborees fixatrices d'azote en foret tropicale guyanaise, tant en nombre de taxons qu'en nombre d'individus ainsi qu'en terme de biomasse et de dominance. On ne connait pas non plus la diversite et le niveau de specificite des micro-organismes qui leur sont associes. L'objectif de ce travail etait donc de repondre aux questions suivantes : - quelles especes contribuent a la fixation de l'azote moleculaire. Ce type de strategie d'acquisition des ressources azotees peut-il rendre compte du schema de regeneration de ces especes et de leur importance au sein du continuum d'eco-unites que constitue cet ecosysteme ? - quelle est la diversite des micro-organismes qui leur sont associes ? outre les aspects phylogenetiques non encore etudies dans cet ecosysteme, le niveau de diversite et de specificite des endosymbiotes fixateurs d'azote peut-il apporter des arguments en faveur ou non d'une co-evolution lineaire entre macro et micro symbiotes ? pour repondre a ces questions l'approche choisie a comporte trois phases principales : - l'identification sur un echantillon le plus large possible (especes, type de sols) des especes arborescentes fixatrices d'azote par mesure du 15n foliaire. Celui-ci a presente une forte variabilite suggerant une capacite de fixation de l'azote atmospherique inconnue chez certaines especes. Deux nouvelles especes vegetales porteuses de nodules aeriens ont ete egalement identifiees. - l'estimation des taux de fixation (ndfa) des differentes especes ainsi que celle de leur phytomasse dans le peuplement. - l'etude de la diversite des endosymbiotes associes par amplification de l'adn 16s et l'analyse de son polymorphisme par rflp. Ces endosymbiotes sont tres homogenes et se regroupent autour des genres bradyrhizobium et azorhizobium. Les fixateurs d'azote interviennent dans toutes les phases silvigenetiques et representent environ 10% de la phytomasse totale du peuplement avec un ndfa moyen de 50%.

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Corre-Hellou, Guénaëlle. "Acquisition de l'azote dans des associations pois - orge (Pisum sativum L. - Hordeum vulgare L. ) en relation avec le fonctionnement du peuplement." Angers, 2005. http://www.theses.fr/2005ANGE0030.

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Abstract:

Les associations céréale-légumineuse connaissent un regain d’intérêt en Europe dans des systèmes à faibles intrants. Face à la variabilité de leurs performances, ce travail a cherché à approfondir les connaissances sur les interactions entre espèces en particulier pour la ressource azotée dans une association-modèle composée de pois et d’orge. Le travail a mis en évidence l’importance de la compétition pour l’azote du sol entre espèces et ses interactions dynamiques avec la fixation symbiotique, l’expansion foliaire et la croissance aérienne. La compétition pour l’azote apparaît peu affectée par les écarts d’enracinements entre espèces mais davantage par les écarts de demande en azote en relation avec la disponibilité en azote du milieu. Ce travail a aussi apporter des outils méthodologiques : mise au point de méthodes simples de caractérisation au champ de l’enracinement d’espèces associées et adaptation d’un modèle de culture pour simuler le fonctionnement de ces associations
Cereal-legume intercrops are gaining increasing interest in Europe in low-input systems. Face with the large variability of performance the aim of this works is to increase knowledge on interactions between species especially for nitrogen in pea-barley intercrops. This work reveals the major role of the competition for soil nitrogen between species and its dynamic interactions with N2 fixation, leaf expansion and aerial growth. Competition for soil nitrogen appears little affected by differences in root growth between species but more by differences in nitrogen demand in relation to soil nitrogen availability. This works also provides methodological tools: simple root methods for assessing root growth of associated species and adaptation of a crop simulation model for pea-barley intercrops

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Santi, Carole. "Approche moléculaire de la mise en place du nodule actinorhizien chez les arbres tropicaux de la famille des "Casuarinaceae"." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20069.

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Kurdali, Fawaz. "Interactions entre le milieu et les deux partenaires de la symbiose Alnus - Frankia mises en évidence par l'estimation de l'activité fixatrice de l'azote à l'aide des méthodes 15N." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO10084.

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Abstract:

Les mesures quantitatives de l'azote fixe sont utilisees pour mettre en evidence les interactions entre les deux partenaires de la symbiose aulne/frankia d'une part et celles-existant entre le milieu et ce systeme fixateur d'autre part a l'aide des methodes 15n. Dans leur milieu naturel, les aulnes peuvent avoir une grande capacite fixatrice et contribuer ainsi a la formation des sols par un apport d'n organique facilement mineralisable. Les capacites fixatrices sont renforcees lorsque cet arbre est utilise en culture mixte avec d'autres arbres non-fixateurs comme le peuplier. La production et la capacite fixatrice des aulnes dependent de l'espece et a l'interieur meme de l'espece, de l'origine de la plante hote. Cette capacite est differente suivant le site etudie. Aussi, la selection de plantes hautement performantes au niveau de la fixation ne peut se faire que pour un sol donne. La selection du partenaire bacterien pose le probleme de l'introduction d'une nouvelle souche dans un sol, de ses chances de survie et du maintien de ses capacites fixatrices. Deux souches de frankia peuvent coexister sur le meme systeme racinaire ce qui peut laisser esperer qu'une souche introduite pourrait subsister malgre la competition au niveau de la nodulation avec les souches natives du sol. Mais, la survie de cette souche est largement dependant des conditions de milieu. La souche ai15(sp#) introduite dans un sol donne contenant des souches indigenes de type sp#+ perdait ses capacite de nodulation, contrairement aux resultats obtenus a partir d'un milieu inerte inocule avec 2 souches. Par son influence sur sa capacite fixatrice d'azote, le sol est bien un facteur determinant dans le choix final du meilleur couple symbiotique alnus/frankia

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Cournoyer, Benoît. "L'évolution du pouvoir infectieux chez les symbiotes actinorhiziens du genre Frankia." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10121.

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Abstract:

Frankia est un actinomycete fixateur d'azote en association (par l'intermediaire de nodosites) avec certaines plantes dicotyledones (e. G. Aulnes, filao, olivier de boheme). Ces plantes actinorhiziennes sont reparties dans une vingtaine de genres. L'objectif principal de cette these a ete d'amener des informations sur la suite des evenements qui ont conduit aux specificites d'hote observees lors des interactions entre frankia et les plantes actinorhiziennes. Par des analyses phylogenetiques (genes arnr 16s, nifhd, et glnii), une correlation entre l'evolution et le pouvoir infectieux (mecanisme d'entree dans le systeme racinaire et specificite d'hote) de frankia a ete etablie. De plus, une certaine concordance entre la date d'emergence de la radiation evolutive des frankia infectieux et l'apparition des betulaceae et myricaceae a ete remarquee. L'adaptation de frankia aux plantes actinorhiziennes semble un phenomene ancien qui a considerablement influence l'evolution du genre. Le mecanisme a l'origine des proprietes symbiotiques de frankia peut etre relie a une adaptation specifique de frankia aux plantes actinorhiziennes ou a une evolution parallele des proprietes depuis la divergence de frankia et rhizobium. L'absence d'outils pour l'identification des genes de frankia impliques dans l'infection des plantes actinorhiziennes n'a pas permis d'etablir leur origine. Pour clarifier cette situation, l'elaboration d'un vecteur de clonage plasmidique et la transformation genique de frankia ont ete abordees. Devant le manque de donnees sur ces aspects, chacune des etapes de la transformation a ete etudiee separement. L'electroporation a ete utilisee pour permeabiliser frankia aux macromolecules et ainsi permettre l'entree de l'adn. L'etude des sequences d'adn impliquees dans la transcription et la traduction de genes, et dans l'integration de vecteurs de clonage a ete entreprise chez frankia pour evaluer le potentiel d'utilisation des vecteurs de clonage et genes marqueurs de streptomyces chez frankia. Un mutant spontane, resistant au thiostrepton a egalement ete isole et son infectivite et effectivite confirmees pour permettre une identification rapide des futurs transformants ou ex-conjugants lors de tests d'inoculation et de competitivite

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Girgis, Mina. "Caractérisation de souches de Frankia de casuarinacées : appllication à l'amélioration de la fixation d'azote chez Casuarina glauca." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10138.

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Abstract:

Nous avons tente de comparer le pouvoir discriminant de plusieurs groupes de criteres en utilisant des souches de frankia isolees de nodules de casuarina recoltees en egypte et des souches de collection. Les criteres compares ont ete les suivants: spectre d'hote, caracteristiques morphologiques, fixation de n2 in vitro; croissance dans differents milieux; composition en acides gras; hybridation de l'arnr; profils esterasiques et aminopeptisiques et sensibilite aux antibiotiques. Trois criteres avaient un pouvoir discriminant indiscutable: les criteres acides gras, profils electrophoretiques des esterases et sensibilite aux antibiotiques. Quant au critere hybridation de l'arnr, il nous a donne des resultats decevants probablement parce que nous ne disposions pas de sondes specifiques. Le marquage aux antibiotiques est apparu fiable, les souches marquees conservant leurs proprietes symbiotiques apres reisolement. En utilisant la methode des profils esterasiques et sensibilite a la kanamycine, il a ete possible de montrer que les nodules de casuarina pouvaient renfermer deux souches differentes. La technique de preparation des inoculums polymeriques a ete amelioree en incluant les cellules de frankia dans un melange d'alginate et de kaolin et en favorisant la sporulation de frankia avant son inclusion. L'adjonction d'un pseudomonas a frankia dans l'inoculum a donne des resultats encourageants. La tolerance a nacl a ete tres significativement amelioree par criblage des provenances de casuarina glauca

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Domenach, Anne-Marie. "Estimation de la fixation symbiotique chez des plantes herbacées et ligneuses : utilisation et validité de la méthode basée sur la mesure des abondances isotopiques naturelles de l'azote." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO10042.

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Guldner, Emilie. "Adaptation moléculaire de l'hémoglobine chez les plantes : évolution d'un gène dupliqué impliqué dans une symbiose." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20180.

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Chaker-Bazarnov, Hossein. "Etude expérimentale in vitro de l'association de bactéries libres diazotrophes (Azospirillum et Azotobacter) et de racines de riz." Paris 7, 1985. http://www.theses.fr/1985PA07F039.

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Abstract:

L'association de bactéries libres fixatrices d'azote, Azospirillum lipoferum 4Tt 4B et Agotobacter chroococcum A6, et de racines de Riz a été étudiée a l'aide de modèles expérimentaux 4e culture "in vitro". Les exsorbats de racines isolées de Riz ont stimulé la prolifération des bactéries spécifiques de la rizière (4T et 4B) mais n'ont eu aucune influence sur la prolifération d'une bactérie plus répandue A6. La prolifération des Azospirillum est proportionnelle à la concentration d1 exsorbats. La biotine (1Oˉ ⁷ g. Ml־ ¹), ajoutée à ces exsorbats, provoque une augmentation considérable de la prolifération des bactéries 4B ; l'effet de la biotine n'a lieu qu'en présence d1 exsorbats dans le milieu de culture. Les racines isolées et les racines de jeunes plantules ont leur croissance inhibée en présence de ces bactéries. Mais sur un dispositif de culture à^deux compartiments tel que les bactéries ne reçoivent aucune source azotée minérale risquant d'abaisser leur activité nitrogénasique , la. Croissance en poids des racines est stimulée. Dans cette condition de culture en double le alimentation, les bactéries 4T, 4B et A6 stimulent l'absorption du glucose par la partie basai e des racines. Cette hausse de l'absorption semble être en rapport avec une augmentation du rejet de produits carbonés. Les bactéries 4T tuées et les filtrats de culture de ces bactéries, traités ou non traités par la chaleur, diminuent absorption et rejet sans modifier la croissance des racines. Les bactéries 4B tuées ont encore une action stimulatrice de l'absorption et du rejet, mais leurs filtrats ont eux aussi une action inhibitrice. La teneur en azote total de la partie aérienne des plantules est Augmentée sous l'influence des bactéries vivantes 4T et 4B et, dans une proportion moins élevée par les bactéries 4B tuées. L'absorption et la composition minérales sont modifiées parla présence des bactéries dans le milieu de culture : diminution de la teneur en calcium, sodium et phosphate , augmentation du potassium. L'ensemble de ces faits est interprété comme une conséquence des interactions trophiques entre les racines, sources des composés carbonés, et des bactéries, susceptibles de fournir de l'azote réduit et des substances de croissance, modifiant le métabolisme de la plante

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Tirichine, Delacour Leïla. "Étude de la spécificité d'hôte pour la nodulation et la fixation de l'azote dans la symbiose Sinorhizobium-Medicago truncatula : identification de nouveaux gènes." Toulouse, INPT, 2000. http://www.theses.fr/2000INPT005A.

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Abstract:

Dans l'objectif de rechercher du polymorphisme symbiotique, nous avons inoculé des lignées naturelles de Medicago truncatula avec des souches sauvages de Sinorhizobium meliloti. Ainsi, nous avons ainsi mis en évidence un important polymorphisme de nodulation et de fixation de l'azote. Deux polymorphismes ont fait l'objet d'une étude détaillée. M. Truncatula DZA315. 16 inoculée avec S. Meliloti cc2020 aboutit à une interaction spécifique incompatible de type non-nodulant (Nod-). Le phénotype Nod- présente des déformations et courbures des poils absorbants, une absence des cordons d'infection et des divisions des cellules du cortex. Ce phénotype est sous le contrôle de deux gènes, Mtsym4 et Mtsym5 seraient impliqués dans la perception des facteurs Nod. S. Meliloti A145 induit chez M. Truncatula Jemalong 6 de petits nodules blancs non-fixateurs (Fix-). L'analyse cytologique a révélé une dégénérescence progressive du méristème et des cellules du nodule, la présence de cordons d'infection trapus et autofluorescents suggérant des réactions de défense et enfin à un stade tardif la fermeture de l'endoderme nodulaire. Le phénotype Fix- est sous le contrôle d'un gène récessif Mtsym6,cartographié sur le groupe de liaison huit de la carte génétique de M. Truncatula. Les expériences de greffe ont montré que les phénotypes Nod- et Fix- sont sous le contrôle des parties racinaires de la plante. Notre travail via l'analyse des interactions de spécificité de nodulation et de fixation de l'azote nous a permis de faire un parallèle avec les interactions gène par gène. L'implication des réactions de défense dans les phénotypes observés, pose la question de la place de la symbiose dans les relations plantes-microorganismes.

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Genard, Thaïs. "Potentiel agronomique et environnemental des associations Fabacées-colza." Caen, 2016. http://www.theses.fr/2016CAEN2028.

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Abstract:

L’utilisation excessive des engrais azotés dans les systèmes agricoles intensifs modifie l’équilibre du cycle de l’azote (N), entraînant des impacts négatifs sur l’environnement. Il est donc important de développer de nouvelles pratiques culturales afin de limiter les apports d’intrants azotés. Cet enjeu est d’autant plus fort pour le colza d’hiver (Brassica napus L. ) qui nécessite une fertilisation azotée importante du fait de sa faible efficience d’utilisation de l’N. L’utilisation de Fabacées, plantes fixatrices d’N, au travers des associations de cultures est connue pour améliorer l’utilisation des ressources disponibles par les plantes compagnes. Elles peuvent également contribuer directement à la nutrition des plantes associées par transfert ou rhizodéposition de composés azotés. L’objectif de ce travail est d’évaluer l’impact des Fabacées comme plantes compagnes du colza aux stades végétatif et reproducteur afin de réduire l’apport d’intrants azotés tout en maintenant un haut rendement grainier du colza. Le criblage de 7 Fabacées visant à sélectionner celles maintenant ou améliorant la croissance du colza en condition de faible disponibilité azotée a conduit à retenir 3 espèces : le lupin (Lupinus albus L. ), le trèfle (Trifolium incarnatum L. ) et la vesce (Vicia sativa L. ). L’impact de ces trois Fabacées sur les performances de l’association (biomasse, nutrition azotée et soufrée, fixation d’N) a été évalué en conditions contrôlées. Les résultats obtenus montrent que la capacité de fixation de l’N atmosphérique des Fabacées cultivées en association est augmentée (respectivement de 34, 140 et 290% pour le lupin, le trèfle et la vesce). Par ailleurs, il a été montré que le trèfle et le lupin permettent la préservation du pool azoté du sol. La quantification de la capacité de transfert d’N de ces 3 Fabacées vers le colza a été réalisée en utilisant un dispositif « split-root » couplé à un marquage au 15N : le lupin et le trèfle sont les deux Fabacées qui présentent les plus fortes capacités de transfert. Enfin, l’association colza-trèfle a été retenue pour évaluer l’impact de la fertilisation soufrée (30 et 60 kg S. Ha-1) sur la nutrition azotée et soufrée des deux plantes, et sur le rendement et la qualité grainière du colza cultivé en cases lysimétriques et en condition de faible disponibilité en N (100 kg N. Ha-1). L’ensemble des résultats montre que la croissance et la qualité des graines de colza cultivé en association sont similaires à celles observées en culture pure et qu’une fertilisation de 30 kg S. Ha-1 en association est suffisante à l’obtention d’un rendement optimal du colza
Excessive use of nitrogen (N) fertilizers in intensive agricultural systems has affected the balance of the global N cycle, resulting in negative environmental impacts. Therefore, it is necessary to develop new cultural practices to limit N inputs. This issue is particularly important for winter oilseed rape (Brassica napus L. ) which required high N fertilization level due to a low N use efficiency. The use of N fixing legumes (Fabaceae) grown in mixture is known to improve the use of available resources by the companion plants. Legumes can contribute to N nutrition by transfer or N rhizodeposition. The objective of this work was to estimate the impact of legumes as companion plants of oilseed rape at vegetative and reproductive stages to reduce N inputs while maintaining yield rapeseed. A screening of 7 legumes was performed to select 3 species maintaining or improving the growth of rapeseed under low N input: lupine (Lupinus albus L. ), clover (Trifolium incarnatum L. ) and vetch (Vicia sativa L. ). An experiment was performed to evaluate the impact of these 3 species on performances of mixture (biomass, N and S nutrition and biological N fixation) under controlled conditions. The results show that the proportion of N derived from the atmosphere was increased by 34, 140 and 290% in lupine, clover and vetch, respectively. Moreover, clover and lupine maintained the soil N pool. The quantification of N transfer from legumes to rapeseed was performed using the split-root 15N labelling method: lupin and clover had a higher capacity of transfer. The clover-rapeseed intercrop was more particularly studied to evaluate the impact of S fertilizer (30 et 60 kg S. Ha-1) on N and S nutrition of both plants, and yield and grain quality of rapeseed grown in lysimeter under low N input (100 kg N. Ha-1). Overall, the results show that growth and grain quality of rapeseed grown in mixture were similar with monoculture and that a 30 kg S. Ha-1 of fertilization was optimal for maintaining yield of rapeseed in mixture

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Guy, Sylvain. "Effet des faibles températures sur la nodulation et la photosynthèse des plantes fixatrices d'azote chez le soja (Glycine max L. Merr. )." Toulouse, INPT, 1995. http://www.theses.fr/1995INPT013A.

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Abstract:

La fixation symbiotique de l'azote atmospherique, facteur de productivite et de qualite de la graine chez le soja, est fortement influencee par les conditions environnementales. Les faibles temperatures, dans les conditions francaises, peuvent constituer une importante limitation de cette fonction. L'effet des faibles temperatures est analyse au niveau de la nodulation au cours des premieres phases du developpement de la plante d'une part, et d'autre part au niveau du fonctionnement photosynthetique de la plante, au cours de la periode d'intense activite de la fixation symbiotique de l'azote. Si l'effet a court terme des basses temperatures sur la mise en place des nodosites est nette, avec des differences genotypiques importantes, la reponse a plus long terme est inexistante, la compensation apres retour aux conditions optimales etant complete. Par contre, l'analyse de la fluorescence des chlorophylles montre que l'activite fixatrice de l'azote augmente la sensibilite de la plante aux faibles temperatures, en reduisant les aptitudes photosynthetiques et la capacite a mettre en place des mecanismes photoprotecteurs en reponse a la contrainte thermique. La non recuperation de l'efficience photochimique observee plusieurs jours apres retour aux conditions optimales traduit probablement une atteinte a l'integrite des photosystemes ii chez les plantes fixatrices. Les moindres capacites a dissiper l'energie des plantes fixatrices soumises a des faibles temperatures sont partiellement compensees par des mouvements foliaires (paraheliotropisme). La limitation de l'interception lumineuse resultant de cette aptitude constitue un autre mecanisme de protection, avec des consequences sur les performances photosynthetiques de la plante. Ainsi, si le cout energetique de la fixation symbiotique peut etre pris en charge par une stimulation de l'activite photochimique de la photosynthese en conditions optimales, l'activite fixatrice d'azote fragilise la plante lors d'un deficit thermique

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Tjahjoleksono, Aris. "Caractérisation et diversité des souches de Rhizobium nodulant le haricot (Phaseolus vulgaris L. ) cultivé en 3 sites tropicaux." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10152.

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Abstract:

Afin de determiner quels etaient en conditions naturelles de culture les genotypes bacteriens a l'origine des nodosites formees sur le haricot, trois populations naturelles ont fait l'objet d'une etude de caracterisation et de diversite. Ces 3 populations sont constituees des isolats echantillonnes a partir de nodosites de haricot cultive en 3 sites dans des regions tropicales: 2 sites en indonesie et 1 au burundi. Parmi les isolats nodulants, 2 isolats du burundi presentent les caracteristiques de r. Tropici. Les isolats restants presentent les caracteristiques de r. Leguminosarum bv. Phaseoli et r. Etli bv. Phaseoli. L'analyse des profils plasmidiques a montre qu'il etait possible de regrouper les isolats selon deux niveaux de similarite, l'un pour lequel les profils etaient identiques l'autre pour lequel une partie du profil etait commune. Aucun profil commun n'a ete observe entre les isolats de l'indonesie et du burundi. Apres extraction et digestion de l'adn total par des enzymes de restriction, l'analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction hybridant avec 3 sondes chromosomiques et 2 sondes du plasmide symbiotique a ete realisee sur les 85 isolats selectionnes. Cette analyse a permis de differencier 4 grands groupes chromosomiques, eux memes plus ou moins diversifies et 2 groupes de plasmide symbiotique repartis parmi les groupes chromosomiques. Certains genotypes chromosomiques et symbiotiques etaient conserves parmi les isolats des 3 sites representant 2 continents

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Gouzou, Laurent. "Devenir d'une population bactérienne inoculée dans la rhizosphère du blé et ses effets sur la plante : Cas de Bacillus Polymyxa." Nancy 1, 1992. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1992_0197_GOUZOU.pdf.

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Abstract:

L'inoculation du blé avec une souche bactérienne fixatrice d'azote (bacillus polymyxa cf 43) isolée de sa rhizosphère, a été étudiée. La mise au point de méthodes immuno-enzymatiques (acp elisa et ab elisa) a permis de suivre la colonisation du système racinaire par bacillus polymyxa, en microcosmes au laboratoire et au champ. L'inoculation de la souche cf43 par enrobage des semences de blé conduit à une augmentation significative de la taille de la population de b. Polymyxa sur le système racinaire séminal de la plante. Pour différents types de sols testes, la survie de la bactérie parait aussi bonne, voire meilleure, dans le sol adhérant aux racines que sur le rhizoplan. En pots, l'inoculation a influencé la structuration d'un sol rhizospherique sablo-limoneux. Au champ, une augmentation du tallage herbacé et du nombre d'épillets par épi ont été observés après inoculation.

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Ferrières, Lionel. "Isolement et caractérisation de nouvelles cibles de l'activateur transcriptionnel FixJ dans le génome de Sinorhizobium meliloti." Toulouse 3, 2002. http://www.theses.fr/2002TOU30024.

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Jourand, Philippe. "Les légumineuses du genre "Crotalaria" : symbiose fixatrice d'azote et activités biologiques contre les nématodes phytoparasites." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20127.

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Aveline, Anne. "Etude de la variabilité de la fixation biologique de l'azote : impacts sur le rendement du soja (Glycine max L.) cultivé en zone tempéré et en zone tropicale." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10008.

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Abstract:

Les rendements obtenus chez le soja en reponse aux techniques permettant de mieux valoriser la fixation biologique de l'azote sont tres variables. Il n'existe pas reellement de methodologie integrant la reponse a l'inoculation dans un schema coherent de fonctionnement du peuplement de la culture et d'elaboration du rendement. Une demarche systemique a plusieurs echelles a ete adoptee, et appliquee simultanement dans des conditions pedo-climatiques tres contrastees, respectivement en france et en thailande. Les travaux ont ete conduits en parallele en stations experimentales et sur des reseaux de parcelles agriculteurs, et completes en conditions controlees. A un premier niveau de cette approche, les principaux facteurs telluriques a l'origine de la variabilite des nombres et des biomasses de nodosites mises en place en reponse a l'inoculation sont mis en evidence reliquats azotes au semis et chloroses ferriques en terres de groies pour la france, faible ph et carences induites, notamment en phosphore en thailande. Le role du phosphore sur la croissance des souches bacteriennes, et les consequences sur les profils de nodulation ont ete etudies en conditions controlees. Les consequences du fonctionnement des nodosites sont ensuite etudiees en relation avec l'assimilation de l'azote du sol. Cette seconde partie montre que la correlation entre la part d'azote fixe par symbiose mesure par dilution isotopique et l'indice uredique determine dans la seve xylemique cesse d'etre positive apres le debut de remplissage de la graine. De cet equilibre entre les deux voies resultent des niveaux de rendement qui peuvent etre tres variables. Juger l'adequation entre l'azote total dans la plante et le rendement ne peut etre valablement fait qu'apres avoir essaye de caracteriser le statut nutritionnel de la plante. Les differents outils existants ont ete testes, et des relations entre rendement et teneur en azote (france)/phosphore (thailande) a un stade precoce, etablies. Ces relations permettent de diagnostiquer et hierarchiser des facteurs limitants. Les rendements les meilleurs ne sont pas obtenus en maximisant l'une ou l'autre des deux voies mais en recherchant un equilibre entre les deux. Optimiser la fixation biologique de l'azote exige en effet de rechercher une situation dans laquelle ce potentiel fixateur est utilise a son maximum et assure, couple avec la voie d'assimilation de l'azote du sol, une couverture totale des besoins azotes de la culture tout au long de l'elaboration de son rendement

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Sougoufara, Bassirou. "La fixation de N#2 par les casuarinas : Amélioration par sélection clonale et quantification par différentes méthodes." Nancy 1, 1990. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1990_0358_SOUGOUFARA.pdf.

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Abstract:

La symbiose casuarina-frankia a été étudiée au Sénégal dans les conditions expérimentales au laboratoire et au champ avec pour objectif l'amélioration de la potentialité fixatrice de n#2 de cette association symbiotique. Nos recherches ont porté d'une part sur les microorganismes symbiotiques racinaires (frankia et champignons ectomycorhiziens) et d'autre part sur la plante hote. En ce qui concerne frankia, il existe deux groupes de souches: (I) le groupe des souches à spectre large qui nodulent à la fois les plantes du genre allocasuarina et celle du genre casuarina; (II) le groupe des souches à spectre restreint qui nodulent seulement les casuarinas. Dans le cas de la symbiose casuarina equisetifolia-frankia plus particulièrement étudiée ici, les souches utilisées appartiennent au deuxième type. L'exploitation de la variabilité de ses souches nous a permis de sélectionner une souche orso21001 (syn: cj. 1. 82) particulièrement effective. En ce qui concerne les casuarinacées il existe une grande variabilité dans l'aptitude à fixer n#2 pour une souche de frankia donnée. Pour exploiter cette variabilité naturelle génétique de la plante hote, nous avons proposé la stratégie suivante d'amélioration de la potentialité fixatrice de n#2 et de la productivité en sol carence en n de casuarina equisetifolia: (I) en premier lieu on effectue un criblage d'individus d'arbres juvéniles, ce criblage étant fondé d'une part sur la détermination de la biomasse des nodules en faisant appel à la méthode de réduction à l'acétylène (ara), la méthode par différence (TND), la méthode isotopique (id et av) et d'autre part sur la mesure de la biomasse des plantes entières exprimée en poids sec et en n total; (II) ensuite les individus d'arbres sélectionnés sont multipliés végétativement par des techniques de micro propagation à partir de fragments de rameaux photosynthétiques (individus jeunes) ou d'inflorescences femelles immatu.

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Snoeck, Didier. "Interactions entre végétaux fixateurs d'azote et non fixateurs en culture mixte : cas des Leucaena spp. associées à Coffea arabica L. au Burundi." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10321.

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Abstract:

L'association d'une legumineuse cultivee en haie entre les rangs de cafeiers sera la plus efficace si on trouve une plante capable de fixer l'azote atmospherique, d'apporter une biomasse suffisante et de ne pas concurrencer les cafeiers pour l'eau, la lumiere et les elements nutritifs. Et l'association sera d'autant plus performante que l'on parviendra a optimiser la fixation biologique de l'azote. Des methodes mises au point dans le cadre de l'ecologie microbienne ont ete exploitees pour determiner les conditions favorables a la croissance des souches de rhizobium indigenes et importees, ainsi que pour rechercher les amendements a effectuer pour ameliorer la croissance des plantes et la fixation biologique d'azote in situ. Des etudes ont ete ensuite realisees pour definir l'evolution de l'activite fixatrice d'azote dans le temps compte tenu du mode de gestion de l'association culturale legumineuse-cafeier. Les techniques de mesure isotopiques ont ete utilisees pour apprecier les flux d'azote dans le sol et dans la plante, ainsi que les benefices que procure au cafeier la fixation biologique d'azote atmospherique par la legumineuse cultivee en haies dans la plantation

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Alazard, Didier. "La nodulation caulinaire dans le genre Aeschynomène." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10080.

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Abstract:

Plusieurs especes de legumineuses tropicales appartenant au genre aeschynomene portent des nodules fixateurs d'azote a la fois sur leurs racines et sur leur tige. Ces especes peuvent etre classees en trois groupes d'inoculation croisee. L'infection de la tige d'a. Afraspera a lieu au niveau de sites de nodulation predetermines selon un processus d'infection directement intracellulaire qui ne fait intervenir ni poils absorbants, ni cordons d'infection. La plupart des rhizobia isoles des nodules caulinaires sont capables de fixer l'azote moleculaire en cultures pures. L'etude taxonomique de ces rhizobia a permis de les classer dans le genre bradyrhizobium. Sur le plan des applications agronomiques, les potentialites de fixation d'azote considerables de ces plantes permettent leur utilisation comme engrais vert en riziculture irriguee. Les rendements en riz ont pu etre doubles dans des essais en microparcelles. De plus, la fixation d'azote par les nodules caulinaires n'est pas inhibee par l'azote combine du sol

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Lesuffleur, Fabien. "Rhizodéposition à court terme de l'azote et exsudation racinaire des acides aminés par le trèfle blanc (Trifolium repens L. )." Caen, 2007. http://www.theses.fr/2007CAEN2053.

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Abstract:

La rhizodéposition azotée (comprenant la voie de l’exsudation racinaire d’ammonium et d’acides aminés) des Fabacées permet l’enrichissement en azote du sol et des Poacées compagnes via le transfert de l’azote rhizodéposé. Les objectifs de la thèse étaient de caractériser la rhizodéposition azotée à court terme du trèfle blanc (Trifolium repens L. ) et d’évaluer son impact sur le transfert d’azote vers le ray-grass anglais (Lolium perenne L. ), et de mieux caractériser l’exsudation racinaire des acides aminés (sélectivité et mécanisme). La rhizodéposition azotée à court terme du trèfle, assimilée à l’exsudation racinaire d’azote (notamment d’ammonium), équivaut à 3 % de l’N fixé pendant trois jours ; elle a permis simultanément un transfert vers le ray-grass de 4,4 % de l’N rhizodéposé par le trèfle. L’espèce affecte le profil en acides aminés du sol, proche de celui des exsudats issus de cultures axéniques. Les profils en acides aminés de six espèces différentes sont très contrastés entre les racines et les exsudats (fortes proportions de glycine et de sérine). L’exsudation ne s’explique pas simplement par un gradient de concentration entre les racines et la rhizosphère. Une méthode de mesure dissociant l’efflux et l’influx des acides aminés a été mise au point. L’exsudation sélective de glycine et de sérine n’est pas liée à une compartimentation tissulaire mais s’explique par un déséquilibre de l’efflux et de l’influx, en faveur de l’efflux, en comparaison des autres acides aminés. Le caractère passif de l’exsudation a été remis en cause par l’utilisation d’inhibiteurs métaboliques du transport actif qui indique que l’efflux de glycine présenterait une composante active
Nitrogen (N) fixing legumes contribute to N soil enrichment through N rhizodeposition (including the ammonium and amino acid root exudation pathway), and to N increase in companion grasses through transfer of deposited N. The objectives of this thesis were to characterize short-term N rhizodeposition in white clover (Trifolium repens L. ) and to study its impact on N transfer to perennial ryegrass (Lolium perenne L. ), and to characterize root amino acid exudation (selectivity and mechanism). Short-term N rhizodeposition is close to 3 % of N fixed during the 3 days-labelling period. In our conditions, this short-term N rhizodéposition has been relied to N, and notably ammonium, exudation. Simultaneously, 4. 4 % of deposited N is transferred to ryegrass. Plant specie modifies the soil amino acid profile, which is close to the amino acid profile of exudates collected axenically. We show with six different species that amino acid exudation leads to highly contrasted amino acid profiles between roots and exudates (where high proportions of glycine and serine were observed). Amino acid exudation cannot be explained only by a concentration gradient between roots and root bathing solution. Selective exudation of glycine and serine is not due to a tissue partitioning. A method allowing dissociated and simultaneous measurement of both components of root exudation, influx and efflux, was set up. Glycine and serine exudation is explained by high efflux to influx ratios compare to other amino acids. Because of these data, we have questioned the passive aspect of root exudation. The use of inhibitors of active transport indicates that glycine efflux would be dependant on active process

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Diagne, Ousmane. "Rhizobium en symbiose avec Prosopis juliflora (Swartz) DC : caractérisation et interaction avec la microflore antagoniste du sol." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO11764.

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Fraysse, Nicolas. "Purification et caractérisation d'un lipopolysaccharide bactérien : modification de composés de surface chez Sinorhizobium SP. NGR234 en conditions symbiotiques." Toulouse 3, 2002. http://www.theses.fr/2002TOU30112.

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Riva-Grenouillat, Nathalie. "Synthèse d'analogues bioactifs de facteurs de nodulation des légumineuses." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112237.

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Abstract:

Afin de mieux comprendre le mécanisme de reconnaissance des facteurs de nodulation par les légumineuses, événement déclencheur du processus de fixation de l’azote, une série d’analogues des facteurs de nodulation associés à la luzerne et à la vesce a été préparée. Ces analogues sont préparés en utilisant une méthode chimioenzymatique, qui consiste à produire le squelette oligosaccharidique par des cellules E. Coli recombinantes et à venir fixer la chaîne lipidique par voie chimique. Dans un premier temps, des analogues non hydrolysables par les amidases du sol ont été synthétisés en remplaçant la fonction amide par une fonction amine. Les produits présentent une activité en nodulation, laissant penser qu'il ne se produit pas un clivage entre la chaîne lipidique et le sucre lors du processus de reconnaissance. Cependant, la perte d'activité observée suggère que la fonction amide interagit d'une façon ou d'une autre avec un éventuel récepteur. Dans un deuxième temps, nous nous sommes orientés vers une méthode plus systématique pour l'étude du rôle de la structure de la chaîne, en utilisant les réactions à multi-composants de type Ugi ou Passerini. Celles-ci feraient intervenir l'isonitrile du squelette oligosaccharidique, un aldéhyde, un acide et, dans le cas de la réaction d'Ugi, une amine. En faisant varier la nature de ces trois derniers composés, on devrait pouvoir arriver rapidement à un grand échantillonnage d’analogues. Les essais de couplage réalisés sur la glucosamine se sont révélés encourageants laissant prévoir la possible extrapolation au tétramère
The process of nitrogen fixation by leguminous plants is initiated by the exchange of signal compounds: flavonoids secreted by the plant and nodulation factors (Nod factors) secreted by the bacterium. Nod factors consist in a short chitin oligosaccharidic backbone (typically tetra or pentameric) that is N-acylated at the non-reducing end by a fatty acid. Ln order to understand the role of the structural elements of the bacterial molecule (the nodulation factor) that are involved in the nodulation induction, we have prepared analogs able to trigger the organogenesis in the plant. The focus is on the symbiotic relationship between alfalfa or vetch and their specific rhizobia. The tetrameric backbone was produced by the appropriate E. Coli recombinant cells. The first type of analogs are lipo-chitooligosaccharides in which the fatty-acid is fixed on the sugar via an amine. The sulfated compounds were tested on alfalfa and proved to be still active in nodulation induction, suggesting that there is no cleavage of the fatty-acid during the recognition process. However a decrease of activity seems to prove the influence of the amide group in the recognition process. In a second time, we considered the synthesis of various analogs with modified lipid chains by a method using multi-component reactions such as Passerini and Ugi reactions. Preliminary experiments with glucosamine derivatives are very promising and extrapolation to the tetrameric compounds are in progress

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Charron, Dorothée. "La transduction du signal facteur Nod chez la légumineuse modèle Medicago truncatula : de la réponse morphogénétique des poils absorbants à l'expression du gène MtENOD11." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30165.

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Abstract:

Medicago truncatula est capable d'établir une relation symbiotique avec des bactéries fixatrices d'azote. Le succès de cette association repose sur la reconnaissance par la plante de molécules spécifiques appelées facteurs Nod. Par une approche pharmacologique et à l'aide du gène rapporteur pMtENOD11-GUS, nous avons étudié la voie de signalisation des facteurs Nod au niveau des poils absorbants racinaires, processus impliquant les flux de calcium intracellulaire, l'activité de plusieurs phospholipases et la phosphorylation. Ensuite, grâce au développement d'une technique de dépôt de micro-goutte sur poil absorbant, nous apportons une preuve génétique que la réorientation de croissance apicale des poils absorbants est une réponse spécifique directement liée à la perception des facteurs Nod. Nous proposons également que des influx calciques exercent un rôle dans la mise en place de cette réponse
Medicago truncatula is able to establish a symbiotic relationship with nitrogen-fixing rhizobia. The success of this association depends on the recognition by the plant of specific molecules known as Nod factors. Using a pharmacological approach, combined with the pMtENOD11-GUS reporter gene, we have studied in detail the Nod factor signal transduction pathway activated in root hairs, which involves intracellular calcium fluxes, multiple phospholipase activities and protein phosphorylation. In addition, by developing a technique for micro-drop application on root hairs, we provide genetic proof that the apical growth reorientation of root hairs is a specific response directly related to Nod factor perception. We also propose that calcium influxes play an essential role in this apical growth reorientation response

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Tallec, Tiphaine. "Effets d'un double gradient azote/soufre sur la structure des communautés végétales de prairies bas-normandes : dynamique de l'acquisition des ressources minérales et des interactions compétitives." Caen, 2008. http://www.theses.fr/2008CAEN2011.

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Abstract:

L’importance de l’appauvrissement des sols en S, dû à l’augmentation des exportations et la diminution des apports atmosphériques, nécessite de préciser son impact sur la dynamique des communautés végétales de prairie, ceci en fonction de la co-disponibilité en N. Une étude pluri-échelle est menée : in situ, et en mésocosme, sur des populations et communautés modèles de 4 espèces dominantes. Soumises à un régime de fauche, la production relative, l’abondance et la compétitivité des espèces sont explicitées au travers de leur efficience d’utilisation des ressources N et S, via un double marquage 15N/34S. Leur réponse est conditionnée par leur aptitude physiologique à mobiliser les ressources, mais aussi, dans les milieux riches en N, à entrer en compétition pour celles-ci. Une forte co-régulation des métabolismes N et S est mise en évidence. Une augmentation de la disponibilité en S accroît la production aux différentes échelles. Les effets sur les Poacées se manifestent uniquement en situation de forte disponibilité en N, par une stimulation de leur efficience d’utilisation de l’N, optimisant l’utilisation des engrais N apportés. Ceux sur le trèfle impliquent la stimulation (i) de la fixation de l’N atmosphérique, ceci même en situation de forte disponibilité en N, (ii) de sa multiplication végétative et (iii) de l’accumulation de réserves N dans les stolons. In situ et en communautés, l’apport de S favorise l’abondance d’espèces dominées et, en cas de fertilisation N élevée, maintient voire augmente la diversité spécifique. Par ces effets, un apport rationnel de S apparaît comme un outil important de gestion des prairies
The importance of soil S depletion, due to an increased export from plant harvest combined with a decreased atmospheric S deposition, requires to study its impact on the dynamics of grassland communities, under different N supplies. A pluri-scale study was carried out in situ, and in mesocosm consisting of populations or of model communities with 4 dominant species. Before and after defoliation, the relative production, the abundance and the competitiveness of the species were analyzed through their N and S use efficiency using a simultaneous 15N/34S labelling. Their response was conditioned by their physiological ability to mobilize resources, but also to compete for the latter in N-rich soil. A strong co-regulation between N and S metabolisms was highlighted. An increased S availability enhanced production for all scale situations. The S effects on Poaceae appeared only at high N availability, by a stimulation of their soil N use efficiency, optimizing N fertilizer use. Those on clover induced the stimulation (i) of the atmospheric N fixation, even at high N availability, (ii) of its vegetative multiplication and (iii) of N reserves accumulation in stolons. In situ and in community, S input increased the abundance of dominated species and, with high N fertilization, maintained or increased specific diversity. Overall, a rational S input appeared as an important tool for grassland management

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Daniere, Cécile. "Symbiose fixatrice d'azote aulne-frankia : essai de caractérisation des individus d'Alnus glutinosa (L.) Gaertn. (Betulaceae) par les aglycones flavoniques excrétés à la surface des feuilles : rôle de la plante-hôte dans le choix du partenaire microbien." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10108.

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Abstract:

Pour mieux determiner la part de chacun des deux partenaires dans l'efficience de la symbiose il est essentiel de reconnaitre les individus d'alnus glutinosa et les souches de frankia. Une methode analytique simple et rapide de differenciation des invidus d'aulne basee sur l'etablissement de profils flavoniques, en ccm, a partir des aglycones flavoniques exsudes a la surface de leurs feuilles, a ete developpee, 23 aglycones flavoniques (des flavones, flavonols et methyl-3-flavonols) ont ete detectes parmi les plants etudies (environ 1500). Les facteurs environnementaux ou biologiques n'affectent en rien la composition des profils flavoniques individuels. Le profil flavonique des specimens issus de multiplication vegetative (boutures, greffes, culture in vitro) est identique a celui de leur pied-mere. Les individus sauvages presentent, eux, des empreintes flavoniques d'une grande diversite, sans aucune relation avec un parametre accessible. Les plants issus de graines recoltees sur des arbres differents, un meme arbre ou un meme strobile, cultives en conditions controlees, presentent aussi une importante diversite dans la composition de leur profil liee a leur mode reproductif allogame strict. La composition du melange flavonique parait etre une caracteristique propre de l'individu, donc sous controle genetique. Ainsi l'etablissement des profils flavoniques peut etre considere comme un moyen de differenciation sur. La comparaison des souches de frankia isolees du systeme racinaire de genotypes d'alnus glutinosa (profil flavonique different) cultives simultanement sur le meme sol montre que: un meme genotype possede des actinorhizes formees par diverses souches de frankia; plusieurs genotypes peuvent avoir en commun les memes types de souches et presenter cependant une productivite differente; la plante-hote ne semble pas effectuer de choix parmi la population tellurique de frankia. Les diffe

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Lescure, Chantal. "Relation bassin versant-étang : étude quantitative de l'azote inorganique dans les échanges atmosphère-sol-eau." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO11740.

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Abstract:

Etude realisee sur l'agroecosysteme de la dombes, grace a des experiences en laboratoire et des etudes in situ: analyse de la fixation de l'azote, mesure du transfert de l'azote ammoniacal et nitrique du basin versant vers les etangs, etude de la conservation du nitrate dans l'eau du bief, mesure du potentiel de denitrification dans l'eau et les sediments

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Boutekrabt, Saidi Faïrouz. "Nutrition azotée du Robinier (Robinia pseudoacacia L. ) : Variation et intéraction des activités nitrate réductase et nitrogénase." Nancy 1, 1989. http://www.theses.fr/1989NAN10278.

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Abstract:

Dans les conditions naturelles le Robinier utilise le nitrate du sol et la fixation de l'azote moléculaire (N#2). Avant d'être incorporé dans les molécules organiques, le nitrate absorbé est transformé dans une première étape en nitrite par la nitrate réductase. L'azote moléculaire (N#2) est transformé en ammoniaque grâce à un complexe enzymatique : la nitrogénase. C'est à l'étude de ces deux enzymes qu'est consacré l'essentiel de ce travail : il nous a permis de mettre en évidence la présence d'une activité NR foliaire notable constitutive chez des robiniers non nodulés privés de nitrate. Après inoculation des robiniers et apparition de l'activité nitrogénase, l'activité NR foliaire diminue pour atteindre des valeurs minimales. Sous l'effet d'un apport de nitrate, l'activité NR foliaire augmente chez les robiniers non nodulés ou nodulés. Les activités NR foliaires (constitutive ou inductible) sont inhibées sous l'effet d'un apport de cycloheximide : tandis que le tungstate inhibe seulement l'augmentation de l'activité NR foliaire chez les robiniers en induction par le nitrate. Dans les racines et les nodosités, l'activité NR est étroitement liée à la présence du nitrate dans le milieu nutritif. Dans les nodosités l'activité NR est vraisemblablement microbienne car son induction par le nitrate n'est pas inhibée en présence de cycloheximide. Quand on place les robiniers durant 3 jours dans une complète obscurité, ces plants perdent leur activité nitrogénase après dégradation de la léghémoglobine réapparaissent dans des lobes apicaux nouvellement formés

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Bobik, Christine. "Génomique de la fixation de l’azote chez Sinorhizobium meliloti : analyse du régulon FixLJ." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30149.

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Abstract:

En passant de la vie libre à la symbiose, la bactérie Sinorhizobium meliloti subit une différenciation irréversible en bactéroide fixateur d’azote. Une approche transcriptomique originale nous a permis d’identifier de nouveaux gènes candidats pour l’étude des étapes successives de cette différenciation. Ainsi, nous avons mis en évidence une centaine de gènes préférentiellement exprimés au cours des étapes symbiotiques tardives, parmi lesquels les gènes nif et fix essentiels à la fixation d’azote et régulés par le système à deux composants FixLJ. Nous avons identifié puis caractérisé le régulon FixJ et montré que FixJ est un régulateur majeur de la symbiose et de la vie libre en condition microaérée. FixJ est impliqué dans diverses fonctions biologiques. Parmi les nouvelles cibles de FixJ nous en avons identifié une essentielle à la symbiose
Transition of Sinorhizobium meliloti from free-living to symbiotic life is associated with an irreversible differentiation into nitrogen fixing bacteroïds. An original transcriptomic approach allowed us to identify new gene candidates to study successive stages of differentiation. Thus, we found about a hundred genes preferentially expressed during late symbiotic stages, among them nif and fix genes essential to nitrogen fixation and regulated by the FixLJ two-component system. We identified and characterised the FixJ regulon and showed that FixJ is a main regulator of both symbiotic and free-living microoxic conditions. FixJ is involved in various biological functions. Among new FixJ targets we found one which is essential to symbiosis

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Laplaze, Laurent. "Approche moléculaire de la mise en place de la symbiose actinorhizienne." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20070.

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Abstract:

Les plantes actinorhiziennes sont des non legumineuses qui appartiennent a huit familles et 24 genres d'angiospermes. Elles forment des nodules racinaires du fait de leur interaction symbiotique avec frankia, un actinomycete du sol. Dans ces nodules, la bacterie est hebergee dans la cellule vegetale et fixe l'azote atmospherique. L'objectif de ce travail est de contribuer a la connaissance des etapes precoces de la formation de cette symbiose. Nous avons etudie l'implication des polyphenols dans l'interaction casuarina glauca - frankia. Nos resultats suggerent qu'une synthese de flavanes (flavonoides) observee dans certains types cellulaires pourrait limiter l'invasion de l'endophyte a certains territoires dans les nodules de c. Glauca. Au cours de l'infection intracellulaire des plantes actinorhiziennes un prenodule est forme. Le prenodule ne participe pas directement a la formation du primordium nodulaire et sa fonction est inconnue. Nous avons etudie la differenciation des cellules vegetales et de frankia au stade prenodule. Nos resultats suggerent que les cellules infectees du prenodule se differencient pour fixer l'azote comme les cellules infectees du nodule. Le prenodule est donc un organe fixateur d'azote tres simple et pourrait etre un temoin de l'evolution des symbioses nodulaires fixatrices d'azote. Nous avons egalement recherche des genes impliques dans les etapes precoces de l'interaction entre alnus glutinosa et frankia. Pour cela nous avons utilise la technique de tri differentiel (differential display) pour comparer les populations d'arnm de prenodules et de racines non infectees. Enfin, nous avons etudie la fonction de cghdzipl, un gene codant potentiellement pour un facteur a transcription a boite homeotique exprime dans les nodules de c. Glauca. Pour cela, des plantes transgeniques portant differentes constructions permettant de modifier l'expression du gene ont ete construites.

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Caffin, Mathieu. "Devenir de la fixation d'azote et export de carbone dans l'océan Pacifique tropical sud-ouest." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0475/document.

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Abstract:

Ce travail de thèse porte sur la quantification de la diazotrophie et son influence sur les cycles biogéochimiques dans l'océan de surface Pacifique tropical sud-ouest, une région particulièrement sous-échantillonnée à ce jour. Les objectifs de ce travail étaient (1) de quantifier la fixation de N2 et identifier les principaux acteurs de la diazotrophie dans cette région, (2) d’évaluer l'influence de la fixation de N2 sur la production primaire et sur l'export de carbone, (3) d’identifier les voies de transfert de l’azote fixé dans la chaine trophique planctonique.Il a été mis en évidence que la région du Pacifique tropical sud-ouest était un hot spot de fixation de N2. A l'ouest, les eaux oligotrophes des archipels Mélanésiens présentaient des taux de fixation de N2 élevés et la communauté diazotrophe était dominée par Trichodesmium. A l'est, les eaux ultra-oligotrophes de la gyre du Pacifique sud présentaient des taux de fixation de N2 plus faibles et la communauté diazotrophe était dominée par les UCYN-B.Des bilans d'azote montrent que la fixation de N2 contribuait à plus de 90 % des apports d'azote nouveau dans la couche euphotique, et soutenait donc la quasi intégralité de la production primaire nouvelle. L'étude des voies de transfert de l'azote fixé montre qu’entre 7 et 15 % de la fixation de N2 totale était transféré vers les organismes non-diazotrophes.Ces travaux de thèse démontrent que la diazotrophie soutient la pompe biologique dans l'océan Pacifique tropical sud-ouest, et qu'elle peut jouer un rôle déterminant dans la structure des communautés planctoniques et les cycles biogéochimiques du carbone et de l'azote dans les régions oligotrophes
This PhD thesis focuses on the quantification of diazotrophy and its influence on biogeochemical cycles in the western tropical South Pacific Ocean, a critically under-sampled region so far. The aim of this work is to (1) quantify N2 fixation and identify the main contributors of diazotrophy in this region, (2) assess the influence of N2 fixation on primary production and carbon export, (3) identify transfer pathways of the fixed nitrogen in the planktonic food web.We have found that the western tropical South Pacific Ocean was a hotspot of N2 fixation. In the western part, the oligotrophic waters of the Melanesian archipelago presented high N2 fixation rates and diazotrophes were dominated by Trichodesmium. In the eastern part, the ultra-oligotrophic waters of the South Pacific gyre presented lower N2 fixation rates, and diazotrophs were dominated by UCYN-B.The nitrogen budgets show that N2 fixation contributed to more than 90 % of the of new nitrogen input in the photic layer. The study of the transfer pathways of the fixed nitrogen has shown that 7 to 15 % of total N2 fixation was transferred to non-diazotrophs.This PhD thesis indicates that diazotrophy sustains the biological pump in the western tropical South Pacific Ocean, and can have a critical influence in the planktonic community structure and in biogeochemical cycles of carbon and nitrogen in oligotrophic regions

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Benamar, Saad. "Nutrition azotée d'alnus glutinosa : Variations des activités nitrate réductase et nitrogénase liées à la croissance, à l'alimentation nitrique et à l'activité photosynthétique de la plante." Nancy 1, 1989. http://www.theses.fr/1989NAN10115.

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Dekaezemacker, Julien. "Etude de la fixation d'azote dans les environnements "déficitaires en azote" : Contribution des diazotrophes unicellulaires et contrôle par la disponibilité nutritive." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4098.

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Abstract:

Ce travail de thèse a pour but d'étudier la fixation d'azote marine dans les environnements riches mais déficitaires en azote (N), comparé au phosphore (P) dans un rapport N:P<16, grâce à l'utilisation d'approches complémentaire en culture in vitro et sur le terrain in situ. La première partie de ce travail a consisté à évaluer la réponse de la fixation d'azote de la cyanobactérie unicellulaire diazotrophe Crocosphaera watsonii face à des concentrations micromolaires en azote inorganique dissous (DIN) supposées inhiber l'activité de fixation d'azote : - suite à un apport sporadique, ou, - après une longue période d'acclimatation. Les résultats de ces études n'ont pas permis d'observer une inhibition des activités de fixation d'azote de cet organisme, laissant supposer que ce processus pourrait être actif dans une zone de l'Océan ayant ces même caractéristiques biogéochimiques : le Sud Est Tropical de l'Océan Pacifique (ETSP). En effet, cette zone est une des trois plus grandes zones de minimum d'oxygène (OMZ) de l'Océan et d'intenses processus de pertes de N (dénitrification et anammox) y ont lieu, résultant en un déficit de N par rapport au P. Des études présumaient que des processus inverses, de gains de N par la fixation d'azote, pourraient y être actifs mais aucune mesure à l'échelle du bassin n'y avait été faite car la fixation d'azote n'était supposée se produire que dans les environnements oligotrophes, comme les gyres subtropicaux. Dans le cadre d'un projet international, des missions océanographiques ont pu avoir lieu dans cette zone en Février 2010 pendant un évènement El Niño et en Mars-Avril 2011 pendant un évènement La Niña
The objectif of these thesis was to study dinitrogen fixation in marine environments rich but deficient of nitrogen (N) compared to phosphorus (P) in a ratio N:P<16, by using complementary approaches in culture in vitro and in the field in situ. The first part of this work was to evaluate the response of nitrogen-fixing unicellular Cyanobacteria Crocosphaera watsonii faced with micromolar concentrations of dissolved inorganic nitrogen (DIN) supposed to inhibit nitrogen fixation activity : - after sporadic input, or, - after a long period of acclimatization. The results of these studies have failed to observe the inhibition of nitrogen fixation activities of this organism, suggesting that this process could be active in an area of the Ocean with these same biogeochemical characteristics : the Eastern Tropical South Pacific (ETSP). Indeed, this area is one of the three largest oxygen minimum zones (OMZ) of the Ocean, where intense processes of N losses (denitrification and anammox) took place, resulting in a deficit of N compared to P. Studies assumed that the inverse process, gain of N by nitrogen fixation, could be active in the ETSP but no measurements across the basin have been performed because nitrogen fixation was assumed to occur only in oligotrophic environments, such as the subtropical gyres. In the framework of an international project, cruises took place in this area in February 2010 during a El Niño event and in March-April 2011 during a La Niña event. Results of these two cruises have confirmed that nitrogen fixation was unexpectedly active with an intensity comparable to those reported in oligotrophic areas

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Keller, Jean. "La symbiose fixatrice d'azote au sein du genre Lupinus : histoire évolutive, aspects fonctionnels et gènes symbiotiques dans un contexte de spécificité hôte-symbiote." Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B036.

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Abstract:

La symbiose entre les légumineuses et les Rhizobiacées est la source d’azote fixé la plus importante pour le bon fonctionnement des écosystèmes naturels et agricoles. Très étudiée chez des légumineuses modèles, certains aspects de cette interaction restent peu connus ; c’est le cas des mécanismes génétiques et fonctionnels qui contrôlent la spécificité hôte-symbiote. Il n’y a que peu d’études globales consacrées à ce phénomène, et les gènes symbiotiques sont très peu connus chez les espèces non-modèles. Dans ce contexte, nous avons étudié un cas de changement de spécificité symbiotique remarquable chez des espèces phylogénétiquement proches du genre Lupinus (Fabacées). Tout d’abord, la reconstruction et l’analyse de génomes chloroplastiques complets a permis de camper le cadre évolutif de la symbiose en générant de nouveaux marqueurs d’intérêt pour clarifier la phylogénie et l’évolution des lupins. A partir d’une expérimentation d’inoculation croisée impliquant trois espèces de lupins méditerranéens et deux souches compatibles et incompatibles de Bradyrhizobium, une approche RNA-Seq a permis de produire les premiers nodulomes de lupin et d’identifier les gènes symbiotiques. L’analyse des gènes différentiellement exprimés a montré que la spécificité symbiotique affecte non seulement la voie de signalisation et de régulation de la symbiose, mais également une diversité de voies métaboliques associées. Enfin, l’étude de la dynamique évolutive et fonctionnelle de quelques gènes a mis en évidence l’impact et l’importance des phénomènes de duplication aux différents niveaux de la cascade génétique symbiotique
Legumes-Rhizobia symbiosis is the most important fixing nitrogen source for the good functioning of both natural and agricultural ecosystems. Although, it is extensively studied in model legumes, some aspects of this interaction remain unclear, such as the genetic and functional mechanisms controlling the host-symbiont specificity. Large scale studies of this process are scarce and symbiotic genes are not well described in non-model species. In this context, the effect of symbiotic specificity was investigated in phylogenetically close relative species belonging to the Lupinus genus (Fabaceae). First, the reconstruction and analysis of complete chloroplast genomes allowed us to generate new and useful markers for clarifying the Lupinus phylogeny in order to lighten the evolutionary context of the symbiosis. Following a cross-inoculation experiment of three Mediterranean lupine species with two compatible or incompatible Bradyrhizobium strains, a RNA-Seq approach allowed the reconstruction of the first lupine nodulomes and the identification of lupine symbiotic genes. The analysis of differentially expressed genes revealed that the symbiotic specificity affects not only the signalling and regulatory symbiotic pathways, but also diverse associated metabolic pathways. Finally, evaluating the evolutionary and functional dynamics of genes highlighted the importance of gene and genome duplication events at different steps of the symbiotic genetic pathway

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Fraga-Beddiar, Arifa. "Interactions entre les symbiotes mycorhiziens et les symbiotes fixateurs d'azote chez l'aulne glutineux (alnus glutinosa L. Gaertin)." Nancy 1, 1987. http://www.theses.fr/1987NAN10335.

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Vincent, Bryan. "Contribution de la symbiose fixatrice d'azote dans l'adaptation d'une légumineuse à des sols contrastés : le modèle Acacia spirorbis et les contraintes édaphiques extrêmes rencontrées en Nouvelle-Calédonie." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG050/document.

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Abstract:

Acacia spirorbis est une légumineuse endémique de Nouvelle-Calédonie se développant sur des sols calcaires, métallifères et volcano-sédimentaires, établissant des symbioses avec des bactéries fixatrices d’azote. Pour comprendre la contribution de la symbiose dans l’adaptation de la plante à des milieux contrastés et parfois extrêmes, nous avons évalué la fixation d’azote en conditions naturelles, caractérisé les rhizobia associés à cette plante et analysé la réponse adaptative de la plante aux éléments traces métalliques dans ses tissus racinaires, notamment au niveau des nodules.Nous avons mis en évidence que la symbiose rhizobienne fournissait plus de 80% de l’azote total chez des populations naturelles d’A. spirorbis se développant sur des sites d’études présentant des sols calcaires, métallifères et volcano-sédimentaires. Cette valeur est remarquable puisque chez A. mangium, A. melanoxylon et A. mucronata, les valeurs moyennes sont respectivement de 50%, 43% et 58%. Les rhizobia symbiotiques associés à A. spirorbis appartiennent aux alpha- et bêta-protéobactéries, genres Bradyrhizobium et Paraburkholderia, révélant ainsi une très large gamme de symbiontes et une faible sélectivité de partenaire. De manière remarquable, la taxonomie et la phénotypie de ces souches sont structurées et adaptées aux conditions édaphiques. Enfin, les signatures chimiques des tissus internes des nodules reflètent les propriétés chimiques des sols dans lesquels ils se sont développés, indiquant une potentielle gestion des éléments traces métalliques dans ces tissus.Tous ces éléments suggèrent que la symbiose fixatrice d’azote contribue de manière significative dans l’adaptation d’Acacia spirorbis à des sols contrastés et pouvant présenter une toxicité polymétallique extrême
Acacia spirorbis is a leguminous tree from New Caledonia naturally found on a wide range of soils (calcareous, ultramafic and volcano-sedimentary) and able to establish symbioses with soil microorganisms, including nitrogen-fixing bacteria. The contribution of this symbiosis in the plant adaptation to contrasted edaphic environments, sometimes extremes, has been investigated according to i) the nitrogen-fixing potential of A. spirorbis in its natural ecosystems, ii) the characterization of its rhizobia and iii) the plant adaptive response to heavy metals inside its roots tissues, especially in nodules.Therefore, we revealed that the nitrogen-fixing symbiosis provided more than 80% of the plant total nitrogen in natural population naturally occurring on calcareous, ultramafic and volcano-sedimentary soils. This value is top notch among other Acacia species, where A. mangium, A. melanoxylon and A. mucronata presented mean values of 50%, 43% and 58%, respectively. Acacia spirorbis established nitrogen-fixing symbioses with alpha- and bêta-proteobacteria, genus Bradyrhizobium and Paraburkholderia, respectively, thus revealing a wide range of symbiotic partner and a low selectivity. Noteworthy, the taxonomy and phenotypes of these symbionts are structured and adapted to edaphic parameters. Finally, chemical signatures of internal nodules tissues presented similarities with soils chemical properties, thus indicating a potential management of heavy metals inside these tissues.Altogether, these data suggest that the nitrogen-fixing symbiosis might significantly contributes to Acacia spirorbis adaptation towards contrasted soils with strong edaphic conditions as an extreme polymetallic toxicity

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Benchemsi-Bekkari, Najoua. "Nutrition azotée du robinier (robinia pseudoacacia l. ) : relations entre métabolisme de l'urée et activités uréase et arginase." Nancy 1, 1993. http://www.theses.fr/1993NAN10035.

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Abstract:

Le robinier (robinia pseudoacacia) est une espèce ligneuse capable d'utiliser l'azote atmosphérique, elle transporte l'azote sous forme d'asparagine et le met en réserve dans la graine sous forme de canavanine. L'essentiel de ce travail est consacre à l'étude du métabolisme de l'urée et des enzymes en cause, arginase et urease chez le robinier. Ce travail nous a permis d'abord de mettre en évidence une activité urease élevée dans les différents organes de robinier quelle que soit la source d'azote, l'importance du nickel à la fois pour le fonctionnement de l'enzyme et pour la croissance de la plante et une corrélation positive entre activité urease foliaire, activité nitrogénase et croissance. Les nodosités montrent la plus forte activité urease par unité de masse, dont la moitie est d'origine bactérienne. Le rhizobium est capable d'utiliser l'urée en culture pure grâce à une urease non induite par l'urée. L'activité urease foliaire et racinaire intervient probablement dans l'utilisation de l'urée endogène provenant de l'hydrolyse de l'arginine et de la canavanine par l'action de l'arginase. Une activité arginase a été mise en évidence dans les différents organes avec un niveau maximal dans les feuilles. Au cours de la germination, l'hydrolyse des protéines de réserve dans la graine s'accompagne d'une apparition de l'arginine. L'activité arginase parait liée à la teneur en arginine puisqu'elle augmente aussi au cours de la germination pour diminuer après épuisement des réserves et vieillissement des cotylédons. La canavanine stockée dans la graine est utilisée au cours de la germination pour la croissance de la plantule. L'arginase et l'urease, dont les activités sont élevées dans les feuilles et les racines, sont indispensables à la mobilisation de l'azote de la canavanine. Enfin, la canavanine constitue aussi une réserve d'azote chez le robinier adulte où elle montre une variation saisonnière au niveau des racines

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Tan, Sovanna. "Caractérisation fonctionnelle de facteurs de transcription associés à la signalisation des cytokinines et impliqués dans la nodulation symbiotique chez Medicago truncatula." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS044.

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Abstract:

L’interaction symbiotique légumineuses-rhizobium nécessite l'infection des racines de la plante par les bactéries et l’initiation de divisions cellulaires dans le cortex racinaire.Les cytokinines sont des hormones végétales agissant via une signalisation par phosphotransfert qui conduit à l’activation de Régulateurs de Réponse de type B (RRBs), des facteurs de transcription régulant l'expression des gènes de réponse primaire aux cytokinines. Une étude phylogénétique menée sur plusieurs espèces de légumineuses a révélé une expansion génique de la famille des RRBs et l’apparition de formes non-canoniques de ces facteurs de transcription. Chez Medicago truncatula,MtRRB3 est le RRB le plus fortement exprimé dans les racines et les nodosités et est impliqué dans la nodulation. En effet, les plantes dont l’expression de MtRRB3 a été réduite par ARNi ainsi que des mutants rrb3 présentent une diminution significative du nombre de nodosités formées. De plus, l’expression de gènes associés à la nodulation, tels que "Nodulation Signalling Pathway 2" (MtNSP2) et "Cell Cycle Switch 52A"(MtCCS52A), est réduite en réponse aux cytokinines dans ces mutants. Des fusions transcriptionnelles avec le rapporteur GUS montrent que MtRRB3, MtNSP2 et MtCCS52Aprésentent un profil d’expression spatiale largement chevauchant dans les racines et lesnodosités. Des expériences de ChIP-qPCR et de trans-activation en protoplastes indiquent par ailleurs que MtRRB3 peut respectivement interagir avec et activer les promoteurs des gènesMtNSP2 et MtCCS52A. Cette thèse a donc permis d’établir des mécanismes moléculaires impliqués dans les régulations transcriptionnelles médiées par les cytokinines lors de la mise en place des nodosités symbiotiques fixatrices d’azote
The legume-rhizobium interaction requires the infection of plant roots by rhizobia and the initiation of cell divisions in the root cortex. Cytokinins, a class of plant hormones acts trough a phosphotranfert signalling leading to the activation of Type-B Response Regulators(RRBs) which are transcription factors regulating the expression of cytokinins primary response genes. Phylogenetic analyses carried out indifferent legume species genomes showed anexpansion of the RRB genes family associated toan increase in non-canonical RRBs. In Medicago truncatula nodules, MtRRB3 is the most expressed RRB in roots and nodules. MtRRB3 islinked to nodulation as MtRRB3 RNAi silencedplants as well as rrb3 mutants display asignificant decrease of nodule number. Inaddition, the expression of the nodulation related genes Nodulation Signalling Pathway 2(MtNSP2) and Cell Cycle Switch 52A(MtCCS52A) is reduced in response to cytokininsin rrb3 mutants. The expression pattern of apMtRRB3-GUS fusion overlaps with thepMtNSP2-GUS and pMtCCS52A-GUS fusions in roots and nodules. Finally, ChIP-qPCR and protoplast trans-activation experiments showed that MtRRB3 can respectively interacts with and activate MtNSP2 and MtCCS52A promoters. This thesis have thus established molecular mechanisms associated to transcriptional regulations mediated by cytokinins during the legume symbiotic nitrogen-fixing nodulation

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Guinet, Maé. "Quantification des flux d’azote induits par les cultures de légumineuses et étude de leurs déterminants : comparaison de 10 espèces de légumineuses à graines." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2019. http://www.theses.fr/2019UBFCK011/document.

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Abstract:

Dans le contexte de la transition agroécologique en faveur de systèmes de culture plus économes en intrants azotés, la réintroduction des légumineuses a un rôle majeur à jouer pour atteindre la durabilité de ces systèmes. Peu de références sont actuellement disponibles sur les intérêts agronomiques et écologiques des différentes espèces, notamment à l’échelle de la rotation. Dans ce cadre, notre objectif principal consiste à mieux quantifier les flux d’azote impliqués au cours et après culture de légumineuses, et ce pour une gamme élargie d’espèces. Notre travail expérimental porte donc sur la caractérisation des flux d’azote induits dans le sol et dans les cultures de légumineuses aux caractéristiques morphologiques contrastées en parallèle de la mesure des déterminants de ces flux. Les objectifs spécifiques consistent à : i) quantifier la fixation symbiotique en fonction du niveau du stock d’azote minéral du sol, la minéralisation de l’azote des résidus de légumineuses après enfouissement et les pertes d’azote en dehors du système sol-plante (lixiviation, émission de protoxyde d’azote), ii) identifier les « traits de plantes » explicatifs des fonctions liées à ces flux d’azote. Pour atteindre ces objectifs, les différents flux d’azote ont été quantifiés au cours d’une expérimentation au champ avec implantation d’une culture de légumineuses en première année suivie par une culture de blé en année 2 qui a été menée en 2014-2015 et reconduite sur la campagne 2016-2017. En parallèle, les traits des plantes, notamment racinaires, ont été caractérisés plus finement au cours d’expérimentations conduites en conditions contrôlées
In the context of agroecological transition, the reintroduction of legume crops should play a key role in cropping system sustainability by allowing a reduction of nitrogen (N) inputs. But few references are available concerning the agronomical and ecological services provided by a wide range of legume crops, particularly within crops succession scale. Thus, the main objective of our study is to quantify the N fluxes during and after the legume crops taking into account 10 legume crops (peas, lupin, faba bean, soybean...). Our experiment consists in i) quantifying symbiotic N fixation depending on the amount of soil inorganic N, the mineralisation of N present in legume crop residues after soil incorporation and N losses outside of the soil-plant system (leaching, emission of nitrous oxide), ii) identifying plant biological traits associated to N fluxes. Thus, different N fluxes were quantified during a two-year field experiment, i.e. the first year (2014) legume crops were implanted and followed by wheat the second year (14-15) after incorportation of legume residues. This experiment was repeated in 2016-2017.In parallel, plant root traits were characterised during greenhouse hydroponic experiments

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Tchichellé, Sogni Viviane. "Production de biomasse et quantification des flux d’azote dans une plantation mixte d’Eucalyptus urophylla x grandis et d’Acacia mangium au Congo." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0115/document.

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Les plantations forestières représentent 5% de la surface forestière mondiale mais assurent plus du tiers de l’approvisionnement en bois de la planète. La durabilité de ces systèmes de production repose sur le maintien à long terme de leur fertilité, sans recourir à la fertilisation. L’introduction d’une espèce fixatrice d’azote (N) dans les plantations forestières est une des solutions envisagées pour relever ce défi. L’objectif de la thèse était d’évaluer l’effet de l’introduction de l’Acacia mangium dans une plantation pure d’eucalyptus sur la croissance des arbres, la production de biomasse et la dynamique de N dans le sol. Pour atteindre cet objectif, des inventaires destructifs combinés à une collecte des chutes de litière ainsi qu’un suivi annuel de la minéralisation de N dans le sol, ont été réalisés. Ils ont été associés à l’étude de la fixation symbiotique de N et de l’enrichissement en N de la matière organique particulaire. Cette étude a permis de mettre en évidence un effet positif de l’acacia sur la croissance des eucalyptus à travers une modification des relations interspécifiques. La relation de facilitation engendrée par la fixation symbiotique de N a été à l’origine d’une augmentation de la croissance des eucalyptus et de la production primaire nette aérienne. Cette augmentation de croissance était liée à l’amélioration du contenu azoté du sol, en particulier dans la fraction grossière de la matière organique particulaire. Une augmentation de la production de N par minéralisation a révélé un recyclage beaucoup plus rapide du N du sol. Ces travaux ouvrent des perspectives pour une intensification écologique de la sylviculture des plantations tropicales
Forest plantations represent 5% of the world forest area but provide more than one third of world wood supply. Sustainability of these systems is based on the long-term maintenance of their fertility without using fertilizers. The introduction of nitrogen (N) fixing species in forest plantations is one of the solutions to take-up this challenge. The aim of this work was to assess the effects of the introduction of Acacia mangium in pure stand of eucalypts on tree growth, biomass production and soil nitrogen dynamics. To achieve this goal, destructive inventories combined with quantification of N fluxes in litter fall and annual monitoring of N mineralization in soil, has been done. They were associated with study of the symbiotic fixation of N and N enrichment in particulate organic matter. The study highlighted a positive effect of acacia on the growth of eucalyptus through a modification of interspecific interactions. Facilitating relationship created by the symbiotic nitrogen fixation has been the source of an increase in the growth of eucalyptus and aboveground net primary production. This increased growth was related to improvement of the nitrogen content of the soil, especially in the coarse fraction of the particulate organic matter. An increase in nitrogen mineralization indicated a much faster soil nitrogen cycling. This work opens perspectives for an ecological intensification of tropical plantation forestry

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Maire, Vincent. "Des traits des graminées au fonctionnement de l'écosystème prairial : une approche de modélisation mécaniste." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00725487.

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Abstract:

Dans un environnement fluctuant, le fonctionnement de l'écosystème prairial est régulé par la diversité des espèces végétales et leur dynamiqie propre. Comprendre les mécanismes fins par lesquels opère cette régulation et pouvoir simuler en retour le fonctionnement de l'écosystème sont des enjeux majeurs en agriculture (valorisation de la ressource fourragère) et en écologie ( gestion de la biodiversité). Dans ce cadre d'étude, nous avons développé, utilisé et évalué un modèle écophysiologique de diversité prairiale (GEMINI), qui simule de manière mécaniste la réponse des plantes à des contraintes climatiques et de gestion, et la dynamique des interactions entre les différentes espèces. Un dispositif expérimental situé à Theix a permis de paramétrer ce modèle grâce aux traits fonctionnels et de l'évaluer sur 13 espèces de graminées en culture pure et en mélange de six espèces, et sous deux conditions de fréquence de coupe et deux niveaux de fertilisation azotée. Nous avons montré que la complexité du modèle était nécessaire et suffisante pour prédire correctement la réponse individuelle de ces espèces dans ces différentes conditions. L'utilisation de ce modèle a également permis d'avancer les connaissances sur les différences de statégies végétales utilisées par les plantes pour les mécanismes d'acquisition et d'utilisation de l'azote minérale et d'acquisition du carbone atmosphérique pour la photosynthèse. Pour ces différents mécanismes nous avons montré des lois de compromis entre les différentes fonctions d'une plante et des lois de coordination entre les flux de carbone et d'azote au sein d'une plante. Grâce au modèle, nous avons montré que ces deux types de lois étaient essentiels pour le fonctionnement et la plasticité d'une plante.

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Dissertations / Theses on the topic 'Plantes fixatrices d'azote – Sénégal'

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