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Dissertations / Theses on the topic 'Plastid transcription'
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1
MacLean, Daniel. "Plastid transcriptomics and transcription of nuclear genes for the plastid genetic system." Thesis, University of Cambridge, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.614945.
Full text
2
Morikawa, Kazuya. "Regulation of Plastid Gene Transcription by Sigma Factors and Sigma Factor Binding Proteins." Kyoto University, 2001. http://hdl.handle.net/2433/150743.
Full textAbstract:
Kyoto University (京都大学)0048
新制・課程博士
博士(人間・環境学)
甲第9028号
人博第121号
12||123(吉田南総合図書館)
新制||人||30(附属図書館)
UT51-2001-F358
京都大学大学院人間・環境学研究科文化・地域環境学専攻
(主査)教授 豊島 喜則, 教授 藤堂 剛, 助教授 瀬戸口 浩彰
学位規則第4条第1項該当
3
Bligny, Muriel. "Caractérisation d'une ARN polymérase d'origine nuléaire (NEP) dans les plastes d'épinard." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10055.
Full textAbstract:
Nous avons aborde la caracterisation du systeme transcriptionnel plastidial nep grace a une approche in vitro utilisant le promoteur de l'operon plastidial rrn, pc, et des extraits plastidiaux contenant la nep. Dans un premier temps, nous avons verifie que le promoteur pc, utilise dans les chloroplastes d'epinard, est un promoteur nep. Nous avons ensuite separe et caracterise trois activites transcriptionnelles a partir d'extraits chloroplastiques d'epinard partiellement purifies, et en grande partie grace a la mise au point d'un systeme de transcription in vitro. La premiere correspond a la pep. La seconde, appelee nep-2, reconnait le promoteur pc in vitro et la troisieme, ou nep-1, pourrait etre une arnp de 110 kda de type phagique codee par un gene rpot. En ce qui concerne la nep-2, nous avons observe qu'elle n'est pas inhibee par la tagetitoxine tandis qu'elle l'est partiellement par la rifampicine a une concentration elevee d'une part, et d'autre part, qu'elle semble reconnaitre le promoteur t7. Nous en avons deduit que la nep-2 est probablement une arnp de type phagique. Le fait que la nep-1 pourrait elle aussi etre une arnp de type phagique resulte des observations suivantes : elle est reconnue par un anticorps dirige contre une proteine deduite d'un gene rpot, son poids moleculaire apparent est de 110-120 kda et le test alpa montre qu'elle a les proprietes d'une arnp. Ainsi, non pas une, mais deux arnps de type phagique pourraient partager la transcription du genome plastidial avec la pep ! enfin, nous avons demontre que cdf2 est un facteur d'initiation de la transcription conferant a la nep-2 la capacite de reconnaitre specifiquement le promoteur pc.
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Campos, Maria Doroteia Murteira Rico da Costa. "Transcription of alternative oxidase (AOX) and plastid terminal oxidase (PTOX) during stress-regulated root tissue growth in Daucus carota L. - An approach to identify functional marker candidates for breeding on carrot yield stability." Doctoral thesis, Universidade de Évora, 2016. http://hdl.handle.net/10174/18730.
Full textAbstract:
A presente tese explora a hipótese de utilização dos genes da oxidase alternativa
(AOX) e da oxidase terminal da plastoquinona (PTOX) como genes-alvo para o
desenvolvimento de marcadores funcionais (MF) para avaliar a performance do crescimento
em cenoura, fator determinante da produtividade. Para avaliar se os referidos genes estão associados com o crescimento da cenoura procedeu—se ao seu isolamento e posterior análise
dos seus perfis de transcrição em diversos sistemas biológicos. O sistema in vitro selecionado,
denominado sistema de culturas primárias, permitiu avaliar alterações na quantidade de
transcritos desses genes durante os processos de reprogramação celular e crescimento. Ao
nível da planta foi também estudado o efeito do frio na expressão precoce dos genes AOX.
Ambos os genes DcAOX1 e DcAOX2a revelaram uma resposta rápida e um padrão semelhante
apos stresse (inoculação in vitro e resposta ao frio). Foi igualmente verificado um incremento
na expressão do gene DcPTOX durante a fase inicial do processo de reprogramação celular.
Estudos de expressão dos genes AOX durante o desenvolvimento da raiz da cenoura revelaram
que o gene DcAOX2a será potencialmente o gene mais envolvido neste processo. De modo a
avaliar a hipótese de envolvimento do gene DcPTOX no crescimento da raíz procederam—se a
estudos de expressão ao nível do tecido meristemático. Todavia, para um mais completo
entendimento da ligação entre DcPTOX e o crescimento secundário e/ou acumulação de
carotenos, a expressão do gene DcPTOX foi também avaliada em raízes de cenoura durante o
desenvolvimento, utilizando cultivares caracterizadas por distintos conteúdos de carotenos. Os
resultados obtidos demonstraram a associação do gene DcPTOX a ambos os processos. O
envolvimento da PTOX no crescimento adaptativo da raiz foi analisado com um ensaio que
permitiu identificar, no tecido meristemático, uma resposta precoce do gene DcPTOX face a
uma diminuição da temperatura. Adicionalmente, foi efetuada a seleção de genes de
referência para uma analise precisa da expressão génica por RT-qPCR em diversos sistemas
biológicos de cenoura, e a importância do seu estudo ao nível do sistema biológico foi
realçada. Os resultados desta tese são encorajadores para prosseguir os estudos de utilização dos genes AOX e PTOX como MF no melhoramento da performance do crescimento adaptativo
em cenoura, fator determinante para a produtividade; ABSTRACT: This thesis explores the hypothesis of using the alternative oxidase (AOX) and theplastid terminal oxidase (PTOX) as target genes for functional marker (FM) development for
yield-determining growth performance in carrot. To understand if these genes are associated
to growth, different AOX gene family members and the single PTOX gene were isolated, and
their expression patterns evaluated in diverse carrot plant systems. An in-vitro primary culture
system was selected to study AOX and PTOX transcript changes during cell reprogramming and
growth performance. At plant level, a putative early response of AOX to chilling was also
evaluated. In fact, both DcAOXl and DcAOXZa were early responsive and showed similar
patterns under stress conditions (in vitro inoculation and chilling). A role for DcPTOX during
earliest events of cell reprogramming was also suggested. Next, the expression profiles of AOX
gene family members during carrot tap root development were investigated. DcAOXZa was
identified as the most responsive gene to root development. In order to evaluate if DcPTOX is
associated with carrot tap root growth performance, DcPTOX transcript levels were measured
in the central root meristem. To further understand whether DcPTOX is associated with
secondary growth and/or carotenoids accumulation, DcPTOX expression was also studied in
deveIOping carrot tap roots in cultivars with different carotenoids contents. The results
indicated that DcPTOX associates to both carotenoid biosynthesis and secondary growth
during storage root development. To obtain further insights into the involvement of PTOX on
adaptive growth, the early effects of temperature decrease were explored in the root
meristem, where a short—term early response in DcPTOX was found, probably associated with
adaptive growth. Furthermore, a selection of the most suitable reference genes for accurate
RT—qPCR analysis in several carrot experimental systems was performed and discussed.
The present research provides the necessary toolbox for continuing studies in carrot
AOX and PTOX genes as promising resources for FM candidates in order to assist breeding on yield—determining adaptive growth performance.
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Zhelyazkova, Petya. "The transcriptome of barley chloroplasts revealed by deep sequencing." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2013. http://dx.doi.org/10.18452/16649.
Full textAbstract:
Die gegenwärtige Vorstellung von Genexpression in Plastiden leitet sich von der Analyse weniger, individueller Gene ab und ist deshalb noch relativ lückenhaft. In dieser Arbeit sollte daher differenzierende RNA Sequenzierung- eine neue Methode, die zwischen prozessierten und Primärtranskripten unterscheiden kann, verwendet werden, um ein vollständigeres Bild des Transkriptionsprozesses und der RNA Prozessierung von Hordeum vulgare L. (Gerste) Chloroplasten zu erhalten. Plastidengene in höheren Pflanzen können sowohl von einer plastidenkodierten, bakterienähnlichen RNA-Polymerase (PEP), als auch von einer kernkodierten, phagenähnlichen RNA-Polymerase (NEP), die beide unterschiedliche Promotoren erkennen, abgelesen werden. In dieser Arbeit wurde die Verteilung von Transkriptionsstartstellen innerhalb des Plastidengenoms von grünen (reife Chloroplasten; Transkriptionsaktivität von PEP und NEP) und weißen Plastiden (Transkriptionsaktivität von NEP) der Gerstenmutantenlinie albostrians analysiert. Dies führte zu neuen Erkenntnissen bezüglich polymerasenspezifischer Genexpression in Plastiden. Auf Grundlage neuerer Arbeiten wird angenommen, daß nicht kodierende RNAs (ncRNAs) in Chloroplasten vorkommen. Die bisher verwendeten Methoden waren jedoch nicht geeignet, ncRNAs als Primärtranskripte zu identifizieren, die zumindest in Prokaryoten die häufigste Klasse von ncRNAs darstellen. In dieser Arbeit konnte durch dRNA-seq gezeigt werden, daß auch in Plastiden zahlreiche ncRNAs als Primärtranskripte generiert werden. Die wichtigsten Schritte im Prozess der mRNA Reifung in Plastiden sind 5´und 3´ Endformation und intercistronische Prozessierung. Vor Kurzem wurde gezeigt, daß ein PPR (Pentatricopeptide repeat) Protein zur Bildung der Ende von einigen prozessierten Plastiden mRNAs beiträgt, indem es als Hindernis für Exonukleasen wirkt. Mit dieser Arbeit konnte gezeigt werden, daß dies ein genereller Mechanismus zur Bildung prozessierter mRNA-Enden in Chloroplasten ist.The current view on plastid gene expression is mainly based on the analysis of a few individual genes, and thus it is lacking in comprehensiveness. Here, a novel differential RNA-seq approach, designed to discriminate between primary and processed transcripts, was used to obtain a deeper insight into the plastid transcription and RNA maturation of mature barley (Hordeum vulgare L.) chloroplasts. Transcription in plastids of higher plants is dependent on two different transcription machineries, a plastid-encoded bacterial-type RNA polymerase (PEP) and a nuclear-encoded phage-type RNA polymerase (NEP), which recognize distinct types of promoters. This study provided a thorough investigation into the distribution of transcription start sites within the plastid genome of green (mature chloroplasts; transcription by both PEP and NEP) and white (PEP-deficient plastids; transcription by NEP) plastids of the barley line albostrians. This analysis led to new insights on polymerase specific gene expression in plastids. Recent studies have suggested that non-coding RNAs (ncRNAs) are common in chloroplasts. However, they did not directly detect ncRNAs generated via transcription, the so far most abundant class of known regulatory ncRNAs in bacteria. Here, dRNA-seq analysis of the transcriptome of barley chloroplasts demonstrated the existence of numerous ncRNA generated via transcription of free-standing genes. Major events in plastid mRNA maturation include 5’ and 3’ processed end formation and intercistronic processing. Recently, a PPR (pentatricopeptide repeat) protein was shown to participate in the generation of several plastid mRNA processed ends by serving as a barrier to exonucleases. This study provided evidence for the global impact of this mechanism on processed termini formation in chloroplasts.
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Hertel, Stefanie. "Aspekte der plastidären Transkription." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2009. http://dx.doi.org/10.18452/15961.
Full textAbstract:
In dieser Arbeit wurde die plastidäre Genexpression hinsichtlich zweier Aspekte untersucht: der Cytokinineinfluss auf die plastidäre Transkription und ihrer Komponenten sowie eine in vivo-Charakterisierung von PrpoB-345, des Promotors des rpoB-Operons im Tabak. Cytokinine beeinflussen die Chloroplastenbiogenese und –funktion. Um den Einfluss von Cytokinin auf die plastidäre Genexpression zu untersuchen, wurden run-on-Transkriptionsassays und quantitative real-time RT-PCR von BA-behandelten seneszenten Tabakblättern und sieben-Tage-alten Arabidopsis- und Tabakpflanzen durchgeführt. Zeitreihenanalysen zeigten eine Aktivierung der plastidären Transkription in jungen Pflanzen und im seneszenten Tabak 2 h bzw. 3 h nach BA-Applikation. Abgeschnittene Blätter von Tabakmutanten mit konstitutiv reduziertem Cytokiningehalt antworteten bereits nach 30 min der Hormonbehandlung. Es gibt jedoch keinen eindeutigen Hinweis für eine direkte Korrelation zwischen der Expression der nukleär kodierten Phagentyp-RNA-Polymerasen und der BA-induzierten transkriptionellen Aktivierung der Plastidengene. Zusammengefasst, scheint die Antwort auf exogenes Cytokinin vom physiologischen Status der Chloroplasten, die von der Pflanzenart sowie vom endogenen Cytokiningehalt beeinflusst werden, abzuhängen. Plastidäre Gene höherer Pflanzen werden von mindestens zwei RNA-Polymerasen transkribiert: die plastidär kodierte RNA-Polymerase vom Bakterientyp (PEP) und die kernkodierte Phagentyp-RNA-Polymerase (NEP). NEP transkribiert das rpoB-Operon, das drei von vier Untereinheiten der PEP kodiert. Transkriptions- und Transkriptanalysen von rpoB-Promotor-Deletionsmutanten ergaben Hinweise auf mögliche Regulationsstellen der Kontrolle der rpoB-Transkription. Neben PrpoB-345 konnten zwei weitere Promotoren kartiert werden. Einer von ihnen ist ein putativer PEP-Promotor, der auf autoregulatorische Rückkopplungsmechanismen bei der PEP-Expression hindeutet.In this study, plastid gene expression was analyzed focusing on two aspects: the effect of cytokinin on plastid gene transcription and its components, and the in vivo characterization of PrpoB-345, the promoter of the rpoB operon in tobacco. Cytokinins are involved in the control of chloroplast biogenesis and function. To study cytokinin effects on plastid gene expression, chloroplast run-on transcription and quantitative real-time RT-PCR from senescent tobacco leaves as well as Arabidopsis and tobacco seedlings after BA treatment were performed. Analyses of time series revealed that BA-induced changes in plastid gene expression are seemingly under circadian and homeostatic control. After 2 h and 3 h of incubation with cytokinin, a stimulation of chloroplast transcription could be observed in seedlings and senescent leaves, respectively. Detached leaves of tobacco mutants with reduced endogenous cytokinin content responded even faster to BA (30 min). There is no indication of direct correlation of the expression of nuclear-encoded plastid phage-type RNA-polymerases and the BA-induced transcriptional activation of plastid genes. In summary, the responsiveness to exogenous cytokinin depends on the physiological status of chloroplasts influenced by plant species and endogenous cytokinin pool. Plastid genes of higher plants are transcribed by at least two RNA polymerases: the plastid-encoded eubacterial-type RNA polymerase (PEP) and the nucleus-encoded phage-type RNA polymerase (NEP). NEP transcribes the rpoB operon encoding three of four subunits of PEP. Transcription and transcript analyses from rpoB promoter deletion mutants indicated putative regulatory sites of control of rpoB transcription which may also interact with (cytokinin-regulated) specificity factors. Beside PrpoB-345, two additional rpoB promoters could be mapped. One of them is a putative PEP promoter which may imply autoregulatory loops of PEP expression.
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Villain, Patricia. "Fonction transcriptionnelle du site 1 : élément cis du gène nucléaire d'épinard RPS1 codant pour la protéine ribosomique plastidiale CS1." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1995. http://www.theses.fr/1995GRE10187.
Full textAbstract:
La boite site 1, element de liaison du facteur nucleaire de feuilles d'epinard s1f, a ete identifiee, dans notre laboratoire, au niveau du promoteur du gene d'epinard rps1. Ce gene nucleaire code pour une proteine ribosomique plastidiale, cs1. L'etude des elements cis et de leurs facteurs trans, identifies au niveau des promoteurs de ce type de gene, constitue un bon modele pour la comprehension des mecanismes d'action, au niveau genetique, des facteurs internes (lies au type cellulaire) de la differenciation plastidiale. L'expression des genes nucleaires codant pour les proteines ribosomiques plastidiales est, en effet, regulee au niveau transcriptionnel, selon le type d'organe et de maniere independante de la lumiere. Nous avons etudie le site 1 in vivo, par la realisation de tabacs transgeniques, et in vitro par des experiences d'interactions proteines/adn (gels retards). Nos resultats in vivo montrent que l'element site 1 a une fonction specifique au sein des organes contenant des amyloplastes, comme les racines, et differente de celle observee dans les feuilles: dans les premiers, il fonctionne apparemment comme un element negatif de transcription, mais d'apres les experiences d'interactions in vitro, ce serait plutot un element positif faible de transcription. Cette fonction differente de l'element site 1 est correlee a une activite de liaison a cette boite, in vitro, qui est differente selon l'organe etudie. Les experiences de gel retard montrent, en effet, qu'il existe dans les racines, un facteur de liaison a l'element site 1, qui possede une specificite et une affinite de liaison relativement plus faibles que celles du facteur de feuille: nous l'avons appele s1r. Nous avons etudie l'homologie, pour la liaison, in vitro, de facteurs proteiques, de la boite site 1 avec d'autres elements cis: elle est homologue a la boite site 3 (element cis du promoteur du gene rps1), et elle est apparentee, mais non identique, a l'element box ii (element cis du promoteur du gene rbcs-3a de pois). Comme pour l'element site 1, ce travail a permis de mettre en evidence, dans les racines, une activite de liaison a l'element box ii differente de celle caracterisee dans les feuilles: ce facteur, gt-1r, a une specificite de liaison relativement plus faible que celle du facteur de feuille. Nos resultats montrent qu'il pourrait exister, dans les racines, une activite inhibitrice i qui permettrait a gt-1r de se fixer a l'element box ii dans cet organe. D'apres ces resultats, nous proposons deux modeles, qui decrivent in vivo et selon l'organe, la nature des activites de liaison aux boites site 1 et box ii, et les fonctions de ces boites et de leurs facteurs pour l'expression des genes rps1 et rbcs-3a
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Wang, He. "Reverse transcription of the Mauriceville mitochondrial plasmid of Neurospora /." The Ohio State University, 1994. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1487849696965601.
Full text
9
Mudd, E. A. "Transcription and translation from a symbiotic plasmid of Rhizobium leguminosarum." Thesis, University of East Anglia, 1985. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.355533.
Full text
10
Jeong, Sun Yong. "Functional investigation of arabidopsis long coiled-coil proteins and subcellular localization of plant rangap1." The Ohio State University, 2004. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1086119855.
Full text
11
Kennedy, Martin A. "Transcriptional promoters in a replication region of F plasmid." Thesis, University of Auckland, 1986. http://hdl.handle.net/2292/2482.
Full textAbstract:
This thesis describes aspects of genetic regulation within and near a replication origin (ori-1) of the F plasmid. A number of transcriptional promoters were isolated, precisely mapped, and characterized with respect to their strengths and modes of regulation. The principal techniques employed in these investigations were: "shotgun" molecular cloning of restriction fragments into a galactokinase-based promoter selection vector, assays for galactokinase activities, DNA sequencing and S1 nuclease mapping of transcripts. Major findings from this study can be summarized as follows: 1). Promoters for the essential replication genes pifC and E were cloned and shown to be autoregulated at the transcriptional level. 2). An E.coli protein, integration host factor (IHF), was found to modulate the activity of the pif operon promoter. 13). Two promoters which direct transcription in opposite directions from within the minimal ori-1 region were discovered. 4). Transcription from both ori-1 promoters was shown to be repressed by the mini-F encoded D protein. 5). Precise transcriptional startsites of the pifC gene and the two ori-1 promoters were determined. 6). A mini-F protein (D) was shown to resolve dimers of a plasmid which contains a site-specific recombination locus from near ori-1, and a facile assay system for this function was developed.
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Muppidi, Mahanand. "Toward libraries for increased bio plastic production in cyanobacteria." Thesis, KTH, Skolan för bioteknologi (BIO), 2014. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-173649.
Full textAbstract:
Cyanobateria are promising cell factories due to their minimal nutrient requirements and utilization of asmospheric carbon di-oxide as its sole carbon source. In particular, polyhydroxybutyrate (PHB) is an industrially useful bio plastic that is produced naturally by some cyanobacteria. Furthermore, PHB biosynthetic pathway is a starting point for production of the biofuel, 1-butanol. There has been much genetic engineering effort toward increasing the production of PHB from cyanobacteria. These have been focused on increasing the pool of acetyl-CoA precursor, or increasing the amount of the reductant NADPH. The upstream process for increasing these reactants is complex and involves many genes. In this contect, cyanobacteria libraries will contribute to reveal genes or gene fragments that are responsible for production of PHB, alkanes and other high value compounds. In pursuit of finding these novel genes or genefragments, a transcription factor library is created in this study with 50 transcription factors. Furthermore, the process is optimized towards the creation of genomic fragment library and metagenomic fragment library with 26 diverse strains. Membersof the transcription factor library are over-expressed by a PHB - producing host Synechocystis PCC 6803 and the process towards creation of genomic and metagenomic libraries is optimized. The members of the metagenomic library can be screened for increased PHB, alkanes, lactate and other high value products and the potential members can be isolated and characterized.
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Herman, Dorota. "Deterministic and stochastic modelling of transcriptional regulation of plasmid RK2." Thesis, University of Birmingham, 2012. http://etheses.bham.ac.uk//id/eprint/3720/.
Full textAbstract:
Plasmids RK2 are broad host range plasmids and they carry genes for antibioticresistance. Their central control operon, encoding two global regulators KorA and KorB, is anatural example of a negatively self-regulated operon. The aim of the work described herewas to use mathematical models to better understand the function and adaptation of KorA and orB regulation, in the context of available experimental data. The deterministic models combined with statistical inference allowed for analyses of he regulation mechanism and hypothesis generation about the system dynamics. Furthermore, the extended model was applied to data from different plasmid hosts, in order to indentify processes that might cause a difference in KorB abundance between the hosts. The stochastic multi-scale models were constructed and used in order to understand evolutionary reasons for such a negative and cooperative autoregulation. The system was tested for optimizations in mRNA production, response time, fluctuation and robustness. Moreover, the effect of cooperative regulation on the response time of the switch between vegetative and conjugative transfer, was also tested. In conclusion, the studies have deepened our understanding of the model plasmid RK2, of negative and cooperative regulation more generally, and generated hypotheses suitable for experimental validations.
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Ietswaart, Jaldert Hugo Rigobert. "Spatiotemporal modelling in biology : from transcriptional regulation to plasmid positioning." Thesis, University of East Anglia, 2015. https://ueaeprints.uea.ac.uk/58544/.
Full textAbstract:
Here I describe how cycles of mathematical modelling and experimenting have advanced our quantitative understanding of two different processes: transcriptional regulation of the floral repressor FLOWERING LOCUS C (FLC ) in Arabidopsis thaliana and spatial positioning of low copy number plasmids in Escherichia coli. Despite the diversity in biological subjects, my spatiotemporal modelling approach provides a common ground. FLC regulation involves an antisense-mediated chromatin silencing mechanism, where alternative polyadenylation of antisense transcripts is linked to changed histone modifications at the locus and altered expression. Mathematical model predictions of FLC transcriptional dynamics are validated by measurements of total and chromatinbound FLC intronic RNA. This demonstrates that FLC regulation involves a quantitative coordination between transcription initiation and elongation, potentially a general feature of gene regulation in a chromatin context. A quantitative analysis of cellular RNA levels indicates that FLC processing and degradation are well described by Poisson processes. FLC transcription correlates with cell volume, which underlies the large cellular variation in transcript levels. Low copy number plasmids in bacteria require segregation for stable inheritance through cell division. This is often achieved by a parABC locus, comprising an ATPase ParA, DNA-binding protein ParB and a parC region, encoding ParB-binding sites. These components space plasmids equally over the nucleoid, yet the underlying mechanism has not been understood. Here I show mathematically that differences between competing ParA concentrations on either side of a plasmid can specify regular plasmid positioning. This can be achieved regardless of the exact mechanism of plasmid movement. Experimentally, parABC from E. coli plasmid pB171 increases plasmid mobility, inconsistent with models based on plasmid diffusion and immobilization. Instead this observation favours a directed motion model. These results unify previously contradictory models for plasmid segregation and provide a mechanistic basis for selforganized plasmid spacing.
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König, Bettina [Verfasser]. "Structural and functional studies of the global transcription regulator KorA of plasmid RP4 / Bettina König." Berlin : Freie Universität Berlin, 2010. http://d-nb.info/1025126173/34.
Full text
16
Harish, S. "Transcriptional Regulation By Nuclear Receptor Homodimers Binding To The Direct Repeat Motif DR1 : Investigations In An in vitro Transcription System Derived From Rat Liver Nuclear Extracts." Thesis, Indian Institute of Science, 2000. http://hdl.handle.net/2005/164.
Full textAbstract:
Nuclear receptors (NRs) are important transcription factors involved in the regulation of a variety of physiological processes such as embryonic development, cell differentiation and homeostasis (for review, see Mangelsdorf et al., 1995 TenBaum and Baniahrned, 1997). In contrast to membrane bound receptors, they bind small lipophilic ligands and function in the nucleus as ligand-modulated transcription factors. The ligands for nuclear receptors include steroids (glucocorticoids, progestins, mineralocorticoids, androgens and estrogens), vitamin D3, retinoids, thyroid hormone, prostaglandins, farnesoids etc. Several other nuclear receptors are classified as orphan receptors for which no ligand has yet been identified.
More than 300 nuclear receptors have now been identified and together these proteins comprise the single largest family of metazoan transcription factors, the nuclear receptor superfamily. Recently, a unified nomenclature has been evolved (nuclear receptor nomenclature committee, 1999), a summary of which is presented in Table 1.
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Swiatecka-Hagenbruch, Monika. "Phagenähnliche RNA-Polymerasen." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2009. http://dx.doi.org/10.18452/15924.
Full textAbstract:
Chloroplasten höherer Pflanzen haben kleine Genome. Trotzdem ist ihre Transkriptionsmaschinerie sehr komplex. Plastidäre Gene werden von plastidenkodierten (PEP) und kernkodierten RNA-Polymerasen (NEP) transkribiert. In der vorliegenden Arbeit wurden Promotoren plastidärer Gene und Operons von Arabidopsis thaliana charakterisiert. Zur Unterscheidung zwischen NEP- und PEP-Promotoren wurden erstmals spectinomycinbehandelte, chlorophylldefiziente Arabidopsis-Pflanzen mit fehlender PEP-Aktivität verwendet. Obwohl für einige Gene auch einzelne Promotoren lokalisiert wurden, wird die Transkription der meisten plastidären Gene und Operons an multiplen Promotoren initiiert. Der Vergleich plastidärer Promotoren von Tabak und Arabidopsis zeigte eine hohe Vielfältigkeit der Promotornutzung, die möglicherweise auch in anderen höheren Pflanzen vorkommt. Dabei stellt die individuelle Promotornutzung eine speziesspezifische Kontrollmöglichkeit der plastidären Genexpression dar. Das Kerngenom von Arabidopsis beinhaltet zwei Kandidatengene der NEP, RpoTp und RpoTmp, welche Phagentyp-RNA-Polymerasen kodieren. In der vorliegenden Arbeit wurde die Wirkung veränderter RpoTp-Aktivität auf die Nutzung von NEP- und PEP-Promotoren in transgenen Arabidopsis-Pflanzen mit verminderter und fehlender RpoTp-Aktivität untersucht. Im Keimlingsstadium konnten Unterschiede in der Promotornutzung zwischen Wildtyp und Mutanten beobachtet werden. Fast alle NEP-Promotoren wurden in Pflanzen mit verringerter oder fehlender RpoTp-Aktivität genutzt. Dabei zeigten nur einige von ihnen eine geringere Aktivität, andere wiederum waren sogar verstärkt aktiv. Der starke NEP-Promotor des essentiellen ycf1 Gens wurde in jungen Keimlingen ohne funktionelle RpoTp nicht genutzt. Die Ergebnisse zeigen, dass NEP gemeinsam von beiden Phagentyp-RNA-Polymerasen RpoTp und RpoTmp repräsentiert wird und dass beide sowohl eine überlappende, als auch eine spezifische Rolle in der Transkription plastidärer Gene innehaben.Although chloroplasts of higher plants have small genomes, their transcription machinery is very complex. Plastid genes of higher plants are transcribed by the plastid-encoded plastid RNA polymerase PEP and the nuclear-encoded plastid RNA polymerases NEP. Here, promoters of plastid genes and operons have been characterized in Arabidopsis thaliana. For the first time spectinomycin-treated, chlorophyll-deficient Arabidopsis plants lacking PEP activity have been used to discriminate between NEP and PEP promoters. Although there are plastid genes that are transcribed from a single promoter, the transcription of plastid genes and operons by multiple promoters seems to be a common feature. Comparison of plastid promoters from tobacco and Arabidopsis revealed a high diversity, which my also apply to other plants. The diversity in individual promoter usage in different plants suggests that there are species-specific solutions for attaining control over gene expression in plastids. The nuclear genome of Arabidopsis contains two candidate genes for NEP transcription activity, RpoTp and RpoTmp, both coding for phage-type RNA polymerases. In this study the usage of NEP and PEP promoters has been analysed in transgenic Arabidopsis plants with reduced and lacking RpoTp activity. Differences in promoter usage between wild type and mutant plants were most obvious early in development. Nearly all NEP promoters were active in plants with low or lacking RpoTp activity, though certain promoters showed reduced or even increased usage. The strong NEP promoter of the essential ycf1 gene was not transcribed in young seedlings without functional RpoTp. These results provide evidence for NEP being represented by two phage-type RNA polymerases RpoTp and RpoTmp that have overlapping as well as specific functions in the transcription of plastid genes.
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Ratanamart, Jarupa. "Immunogenicity, efficiency and transcriptional regulation of plasmin-mediated muscle-targeted insulin gene therapy for diabetes." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 2006. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.431132.
Full text
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Chaouni, Ben Abdallah Loubna. "Le plasmide pLUG10 de résistance au cadmium chez Staphylococcus lugdunensis : clonage, séquençage du plasmide, étude de la résistance et de la régulation de son expression." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T076.
Full text
20
Garnier, Thierry. "Etudes moleculaires, organisation genetique et replication du plasmide bacteriocinogene pip404 de clostridium perfringens." Paris 7, 1988. http://www.theses.fr/1988PA077058.
Full text
21
Iratni, Rabah. "Régulation de l'expression de l'opéron ribosomique rrn des plastes d'épinard." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE10229.
Full textAbstract:
L'analyse de la repartition des transcrits de l'arnr16s de plastes d'epinard a permis d'observer une accumulation preferentielle de ces transcrits dans les cotyledons (organes photosynthetiques) par rapport aux racines (organes non photosynthetiques). Cette expression variable suivant les organes de la plante a pu etre associee a la presence de transcrits alternatifs inities au niveau des sites d'initiation de transcription pc et parnt-16s. Alors que parnt-16s est constitutivement represente, le transcrit pc est associe aux organes photosynthetiques. L'expression de l'arnr16s au niveau du site pc ne demarre qu'au 5#e#m#e jours de germination, juste avant l'apparition des cotyledons. Le site d'initiation de transcription pc est localise entre deux sites promoteurs p1 et p2 qui presentent de fortes homolgies avec les promoteurs procaryotiques. L'arn polymerase de e. Coli initie correctement la transcription in vitro au niveau de ces 2 sites. In vivo, seul le site pc est utilise ; p1 et p2 ne sont pas utilises en depit de l'existence de l'arn polymerase chloroplastique de type e. Coli. Dans la deuxieme partie de ce travail, nous avons donc etudie les mecanismes regulant l'expression du 16s au niveau du site pc. Deux complexes nucleoproteiques cl et cs se formant entre la region promotrice du 16s et des proteines chloroplastiques ont ete identifies. Le complexe cs resulte de la fixation des proteines cdf2 (baeza et coll. , 1991). Le complexe cl resulte de la fixation concomitante de l'arn polymerase plastidiale de type e. Coli et des proteines cdf2 sur le promoteur de l'arnr16s. Complexee aux proteines cdf2, cette polymerase ne transcrit pas le 16s au niveau des promoteurs p1 et p2. La transcription de l'arnr 16s au niveau du site pc serait probablement assuree par la polymerase plastidiale monomerique d'origine nucleaire. Le role probable de facteurs d'initiation ou d'activateurs de transcription par cette polymerase, pour les proteines cdf2 est discute
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Linder, Caroline. "Histone H1 expressed in yeast binds to chromatin and affects survival, growth, transcription and plasmid stability but does not change the nucleosomal spacing /." [S.l.] : [s.n.], 1993. http://e-collection.ethbib.ethz.ch/show?type=diss&nr=10365.
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Marei, Mohamed M. "The use of pLysB19, a new plasmid, for in vitro transcription of milligram quantities of human lysyl tRNA and purification by urea denaturing PAGE." Cincinnati, Ohio : University of Cincinnati, 2009. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view.cgi?acc_num=ucin1250704999.
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Hakimi, Mohamed-Ali. "Identification et caractérisation de facteurs d'initiation de la transcription associés au plaste." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10207.
Full textAbstract:
L'objectif de ma these a ete l'identification et la caracterisation de nouveaux facteurs d'initiation de la transcription plastidiale, associes a l'arn polymerase pep et a l'activite transcriptionnelle nep2. Dans un premier chapitre, nous mettons en evidence la presence de six facteurs de type sigma chez a. Thaliana : les proteines sig. In vivo, nous montrons que le facteur sigma chimerique 7 0 / sig1 permet la complementation du mutant d'e. Coli cag1 (rpod). Nous montrons egalement que les proteines sig1, sig2 et sig3 presentent, in vitro, une affinite variable pour les promoteurs plastidiaux et pour l'enzyme coeur d'e. Coli. En conclusion, nous proposons un classement provisoire de sig1 dans le groupe 1 des facteurs sigma essentiels, et suggerons que les proteines sig peuvent etre considerees comme les commutateurs genetiques de l'enzyme pep plastidiale. Dans un deuxieme chapitre, nous avons identifie un nouveau facteur b : la proteine brp. Les facteurs brp definissent un nouvel embranchement des homologues a tfiib, specifique aux plantes. Nous avons montre que ces proteines sont ancrees a la membrane externe des enveloppes plastidiales. L'identification de cette nouvelle famille de facteurs b suggere la presence d'un quatrieme systeme transcriptionnel eucaryotique dans les plantes, dont le role est certainement relie aux fonctions plastidiales. Les implications fonctionnelles de cette decouverte sont discutees et deux modeles moleculaires sont proposes.
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Dequivre, Magali. "Implication des ARN non codant dans la virulence du phytopathogène Agrobacterium fabrum C58." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10016/document.
Full textAbstract:
L'une des caractéristiques majeures des microorganismes, et donc des bactéries, est qu'ils sont en contact direct avec l'environnement et doivent donc percevoir et répondre rapidement à ses variations. Pour cela, plusieurs niveaux de contrôle existent, et récemment le rôle des ARN non codants régulateurs, ou riborégulateurs, a été mis en lumière comme un mécanisme de contrôle peu couteux et rapide pour la cellule. Chez le phytopathogène Agrobacterium fabrum (anciennement appelé Agrobaterium tumefaciens), la virulence est principalement régulée au niveau transcriptionnel par le système à deux composants VirANirG. L'implication des riborégulateurs dans la virulence d'A.fabrum est encore mal connue et ces travaux de thèse ont eu pour objectif de déterminer l'implication de riborégulateurs dans le cycle infectieux de cette bactérie.Pour cela, nous avons identifié l'ensemble des transcrits d 'A. fabrum C58 en combinant l'utilisation de plusieurs méthodes d'analyses globales et nous avons étudié la fonction de différents candidats transcrits à partir du plasmide Ti (plasmide de virulence). Des souches modifiées dans la production des riborégulateurs candidats ont été construites, Jeurs ARNm cibles ont été prédits et validés, et des tests phénotypiques, en particulier des tests de virulence, ont été réalisés. Ainsi, le séquençage des transcrits de petite taille a permis d'identifier plus d'un millier de riborégulateurs potentiels dont plusieurs sont exprimés à partir de régions en relation avec le cycle infectieux. Nous avons validé 4 de ces petits transcrits comme étant des riborégulateurs puisqu'ils sont de petite taille, non traduits en protéine et fortement structurés (RNAI 111, RNA1083, RNA1059 et RNA1051) . Plus particulièrement, nous avons montré que le riborégulateur RNAI 111 était nécessaire pour la virulence d'A.fabrum C58, et que son action semblait se faire au travers du contrôle post-transcriptionnel de gènes impliqués dans les fonctions de virulence et de transfert du plasmide Ti. Un rôle plus modéré du riborégulateur RNA1083 dans le contrôle du cycle infectieux a également été observé, potentiellement au travers de la modulation de la mobilité et du transfert conjugatif du plasmide Ti. D'autre part, nous avons mis en évidence deux autres riborégulateurs, RNA1059 et RNA1051, qui sont impliqués dans le contrôle du maintien du plasmide Ti via une implication dans la réplication du plasmide (RNA 1059) et via une implication dans un nouveau system de toxine-antitoxine présent sur le plasmide Ti (RNA1051). Ainsi à partir d'une analyse globale nous avons mis en évidence le rôle des riboregulateurs dans les systèmes de mise en place de l'infection bactérienne , soit via le contrôle de facteurs de virulence, soit via le contrôle de la persistance du plasmide responsable de la virulenceOne of the main characteristics of microorganisms, including bacteria., is their direct interaction with their environment. They thus need to perceive and quickly answer to its variations. Several steps of control exist, and recently the role of regulatory non-coding RNA, or riboregulator, was highlighted as a fast and economic mechanism of regulation. In the phytopathogen Agrobacterium fabrum (previously named Agrobacterium tumefaciens), the virulence is mainly controlled transcriptionally by the two components system VirANirG. The implication of riboregulators in the virulence of this bacterium is still unknown . The objectives of this thesis were to identify A .fabrum riboregulators and to determine their involvement in the infectious cycle of the bacteria. To this end, we identified small transcripts of A . fabrum C58 strain by combining several global analyses, and we studied the function of different candidates transcribed from the Ti plasmid (the virulence plasmid). Strains modified in the production of these candidates were constructed, their mRNA targets were predicted and validated, and phenotypic analyses -especially virulence tests were realized.Thereby, small transcript deep-sequencing allowed the identification of a thousand potential riboregulators, some of them being transcribed from regions related to the infectious cycle. We validated 4 of these transcripts as riboregulators according to their small size, their strong secondary structure and their non-translation into protein (RNAIOS I, RNA1059, RNA1083 and RNAl ll l). In particular, we showed that RNA 1111 was necessary for the virulence of A. fabrum C58, and that it seems to act through the posttranscriptional control of genes implicated in virulence functions and in Ti plasmid conjugation. A more moderated role of RNA 1083 was also observed, potentially by the modulation of the bacterial mobility and of the plasmid conjugation. Furthermore, we highlighted two riboregulators, RNA1059 and RNA1051, involved in the control of the Ti plasmid persistence, through their implication in the replication of the plasmid (RNA1059) and in a toxin-antitoxin system present on the Ti plasmid (RNA1051) .Thus, from a global analysis, we brought out the role of riboregulators in the control of several steps of the infectious cycle of A. fabrum C58, through the control of virulence factors, or through the contrai of the persistence of the main actor of the virulence, the Ti plasmid
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Fontaine, Lisa. "Analyse fonctionnelle du méga-plasmide pSOL1 de Clostridium acetobutylicum ATCC824 : de la séquence à la caractérisation du rôle physiologique." Toulouse, INSA, 2001. http://www.theses.fr/2001ISAT0025.
Full textAbstract:
Clostridium acetobutylicum est une bactérie sporulante, strictement anaérobie et capable de produire des solvants (acétone et butanol). Cette bactérie possède un méga-plasmide de 192 kpb, nommé pSOL1, impliqué dans cette production de solvants et dans la sporulation. La séquence nucléotidique de pSOL1 étant disponible, la caractérisation des fonctions des gènes codés par ce méga-plasmide, en particulier ceux impliqués dans la production de solvants, a été entreprise. L'annotation de la séquence de pSOL1 a été effectuée. Afin d'identifier les gènes spécifiquement exprimés ou réprimés lors des différents métabolismes acidogène (production d'acides acétique et butyrique), solvantogène (production d'acétone et de butanol) et alcoologène (production majoritaire de butanol et d'éthanol), une cartographie de transcription des différents gènes potentiels (ORFs) portés par pSOL1 dans ces trois conditions physiologiques a été réalisée. L'analyse de l'expression différentielle des gènes portés par pSOL1 a mis en évidence des gènes potentiellement impliqués dans les métabolismes solvantogène et alcoologène de C. Acetobutylicum. Ces données ont permis la caractérisation du gène adhE2, gène codant pour une deuxième aldéhyde/alcool déshydrogénase impliquée dans la production de butanol, non couplée à celle d'acétone, ainsi que l'étude de hupS,L,D,Q3,Q4,hypF, opéron codant pour une [NiFe] hydrogénase, potentiellement impliquée dans le métabolisme primaire via la distribution du flux d'électrons. Ces études ont permis le développement de souches recombinantes par ingénierie métabolique. Le clonage de la région minimale de réplication du méga-plasmide et sa caractérisation ont été effectués. L'intégration des données physiologiques et génétiques obtenues apporte des éléments de réponse à la description des réseaux complexes de régulation qui conduisent C. Acetobutylicum à se différencier et à produire des solvantsClostridium acetobutylicum is a strictly anaerobic spore forming bacteria able to produce solvents (acetone and butanol). This bacteria contents a megaplasmid (192 kpb), referred as pSOL1, that is involved in the solvent production and the spore formation. The nucleotide sequence of pSOL1 being available, we started to characterize the functions encoded by the genes carried by pSOL1, especially those playing a role in the solvent production. The sequence annotation of pSOL1 was carried out. In order to identify the genes specifically expressed or repressed during the acidogenic (productions of acetic and butyric acids), solventogenic (productions of acetone and butanol) and alcohologenic (production mainly of butanol an ethanol) metabolisms, we performed the transcription maps of the potential genes (ORFs) carried by pSOL1 in these three physiologic conditions. The analysis of the differential expression of the genes of pSOL1 had revealed several genes potentially involved in the solventogenic and alcohologenic metabolisms of C. Acetobutyilcum. This data allowed us to identify adhE2, a gene encoding for a second aldehyde/alcohol deshydrogenase involved in the production of butanol (non-coupled to acetone production). Furthermore, we also studied hupS,L,D,Q3,Q4,hypF, an operon encoding for a [NiFe] hydrogenase, potentially involved in the primary metabolism via the electron flux distribution. Moreover, our investigation allow the development of recombinant strains by metabolic engineering. We have also cloned and characterized a minimal region responsible of the pSOL1 replication. The combination of the physiologic and genetic data obtained in our study bring new insights for the description of the complex regulatory networks leading C. Acetobutylicum to differentiate and produce solvents
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Svahn, Mathias G. "DNA analogs for the purpose of gene therapy /." Stockholm, 2007. http://diss.kib.ki.se/2007/978-91-7357-290-3/.
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Assobhei, Omar. "Études sur la glycéraldéhyde 3-phosphate deshydrogènase de Clostridium pasteurianum : Isolement et structure d'un fragment de 3,7 KB contenant son gène, expression de ce gène chez Eschérichia coli et étude des caractéristiques de l'enzyme." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10067.
Full textAbstract:
Développement d'une technique de préparation de DNA génômique de clostridium pasteurianum. Construction d'une banque génomique chez Eschérichia coli. Le gène de la glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogènase (GAPDM) a été clôné, séquence, et s'exprime à partir de son propre promoteur chez E. Coli. La surexpression du gène GAPDM chez E. Coli souche DF 221, a permis de purifier, cette enzyme et de la caractériser biochimiquement
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Loschelder, Heike [Verfasser]. "Funktionsanalyse der Transkription in den Plastiden: zur differentiellen Rolle von Mitgliedern der Sigmafaktor-Familie aus Arabidopsis thaliana = Functional studies on plastid transcription: role and regulation of the sigma factor family from Arabidopsis thaliana / vorgelegt von Heike Loschelder." 2007. http://d-nb.info/987854062/34.
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Truche, Sébastien. "Implication des protéines WHIRLY dans la biogénèse du chloroplaste en association avec la protéine SIG6." Thèse, 2012. http://hdl.handle.net/1866/9758.
Full textAbstract:
Le mode vie autotrophique des plantes repose entièrement sur l’intégrité du chloroplaste et notamment l’étape de la biogénèse. La transcription des gènes chloroplastiques, assurée par une PEP (ARN polymérase encodée par le chloroplaste) et deux NEPs (ARN polymérase encodée par le noyau), est l’une des étapes primordiales dans le développement d’un chloroplaste photosynthétique. On distingue trois classes de gènes chloroplastiques : les gènes de classe I, transcrit par la PEP exclusivement; les gènes de classe II, transcrits par la PEP ou les NEPs; et les gènes de classe III, transcrits exclusivement par les NEPs. Pour assurer sa fonction, la PEP doit être associée à des facteurs sigmas. L’un de ceux-ci, la protéine SIG6, est un facteur sigma général et, associé à la PEP, assure la transcription de l’ensemble des gènes de classe I et II lors du développement du chloroplaste photosynthétique. Ainsi, le mutant sig6 présente un phénotype de cotylédons pâles, associé à un retard de biogénèse chloroplastique, ainsi qu’une diminution de la transcription des gènes de classe I, provoquant la diminution de la quantité de protéines de classe I.
Dans le laboratoire, nous étudions les deux protéines WHIRLY chloroplastiques (WHY1 et WHY3) pour leur rôle dans le maintien de la stabilité génomique chloroplastique. Toutefois, peu de choses sont encore connues sur leur rôle potentiel dans la transcription ou la biogénèse chloroplastique. Par exemple, lorsque l’on tente de purifier la PEP, on obtient un gros complexe transcriptionnel nommé PTAC (Plastid Transcriptionally Active Chromosome) dans lequel sont retrouvées les deux protéines WHIRLY, suggérant qu’elles pourraient être impliquées dans la transcription chloroplastique. De plus, un possible rôle dans la biogénèse chloroplastique leur a été prêté, notamment chez le maïs. Dans cette étude, nous avons donc cherché à vérifier l’implication des protéines WHIRLY dans la biogénèse chloroplastique par une approche génétique de croisements entre les mutants sig6 et why1why3.
Pour cela, nous avons isolé des doubles mutants sig6why1 et sig6why3, ainsi qu’un triple mutant sig6why1why3. À l’aide d’une caractérisation phénotypique et de la quantification de quelques protéines chloroplastiques, nous avons remarqué que la perte d’un des WHIRLY permet de complémenter le phénotype de cotylédons pâles du mutant sig6 et favorise l’expression normale de protéines en principe sous-exprimées dans le mutant sig6. Toutefois, la perte des deux WHIRLY ne permet pas de compenser le phénotype de cotylédons pâles et provoque l’apparition d’un phénotype persistant associé à une expression anormale des protéines chloroplastiques. Ces résultats ne peuvent être expliqués par le rôle des WHIRLY dans le maintien de la stabilité génomique chloroplastique étant donné que le triple mutant sig6why1why3 présente moins de réarrangements que le double mutant why1why3. Finalement, nous montrons que les effets de la perte d’un WHIRLY sur le mutant sig6 peuvent être mimés par l’utilisation de la rifampicine, une drogue inhibant l’ARN polymérase chloroplastique de type bactérienne (PEP).
Ensemble, ces résultats démontrent donc l’implication des protéines WHIRLY chloroplastiques dans la biogénèse chloroplastique en association avec la protéine SIG6. Nous proposons un modèle selon lequel les deux protéines WHIRLY permettraient de favoriser l’activité de l’ARN polymérase de type bactérienne, notamment lors du développement du chloroplaste photosynthétique. En cas d’absence d’une des deux protéines, cette diminution partielle d’activité de la PEP favoriserait la mise en place d’un mécanisme de complémentation par le NEPs, permettant finalement de rétablir la biogénèse chloroplastique dans un mutant sig6. En l’absence des deux WHIRLY, le mécanisme de complémentation par les NEPs serait incapable de compenser la forte inhibition de la PEP, se traduisant par une aggravation du retard de développement du chloroplaste dans le mutant sig6.The autotrophic lifestyle of plants relies entirely on the integrity of chloroplasts and particularly on their biogenesis. Chloroplast gene transcription, performed by a Plastid-Encoded Polymerase (PEP) and two Nuclear-Encoded Polymerases (NEPs), is one of the key steps during the development of photosynthetic chloroplast. There are 3 classes of genes, one transcribed by PEP alone (class I), one by both PEP and NEPs (class II), and the third by NEPs alone (class III). To carry out transcription, PEP associates with plastid sigma factors including the general sigma factor SIG6. sig6 mutants have a pale cotyledon phenotype, a severe decrease in class I gene transcription and a reduction in the level of class I proteins. In our laboratory, we study the role of the two plastid WIHRLY proteins (WHY1 and WHY3) in maintaining plastid genome stability. However, little is known about any role these proteins may play in transcription or chloroplast biogenesis. It seems likely they are involved in plastid gene transcription since they are found in the Plastid Transcriptionally Active Chromosome (PTAC). Moreover, they have been implicated in chloroplast biogenesis in maize. In this study, we verified the implication of these proteins in plastid biogenesis using a genetic approach in which we crossed a sig6 mutant with a why1why3 mutant. We isolated sig6why1 and sig6why3 double mutants and a sig6why1why3 triple mutant. Using a phenotypic characterisation and quantification of some plastid proteins, we show that loss of one of the two Why genes complements the sig6 pale cotyledon phenotype and allows a more normal pattern of expression of plastid proteins that are under-expressed in the sig6 mutant. However, we also show that loss of the two Why genes does not alleviate the sig6 phenotype. Moreover, the triple mutant shows a second pale phenotype on true leaves, and the plastid protein expression pattern is abnormal compared to either sig6 or wild type plants. Those results cannot be explained by the role of WHIRLY proteins in plastid genome stability since the triple mutant shows fewer plastid genome rearrangements than the why1why3 mutant. Finally, we show that inhibition of the PEP polymerase using rifampicin elicits the same complementation of the sig6 phenotype as the loss of one of the two WHIRLY. Together, these results show the implication of WHIRLY proteins in plastid biogenesis in association with SIG6. We propose a model in which WHIRLY act as activators of PEP activity, particularly during the chloroplast biogenesis. Therefore, the absence of one of the WHIRLY would cause a weak inhibition of PEP, facilitating the set-up of a rescue mechanism by NEPs and, consequently, allowing the complementation of plastid biogenesis in the sig6 mutant. However, the absence of the two WHIRLY proteins would cause a strong inhibition of PEP, and the inability of the rescue mechanism by NEPs to compensate for this strong inhibition, resulting in a more severe phenotype in the sig6 mutant.
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SONG, BING-WIN, and 宋秉文. "Characterization and transcriptional study of the cea gene of the Co1E7 plasmid." Thesis, 1992. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/93376107616960273358.
Full text
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Sýkora, Michal. "Charakterizace transkripčního aparátu lineárních plasmidů kvasinky Kluyveromyces lactis." Master's thesis, 2013. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-321120.
Full textAbstract:
Transcription is an essential step in the expression of genetic information. This process depends on protein complex of multisubunit RNA polymerases that are exceptionally conserved among all cellular organisms. These enzymes together with eukaryotic RNA-dependent RNA polymerases involved in gene silencing form a monophyletic protein family whose members contain two double-ψ β-barrel structural motifs in their active center. This family also includes a group of mainly in silico predicted non-canonical DNA-dependent RNA polymerases which differ from multisubunit RNA polymerases in reduced composition. Putative non-canonical RNA polymerase consisting of two subunits is also encoded by cytoplasmic linear plasmids of the yeast Kluyveromyces lactis and highly likely transcribes genes of these plasmids. Characterization of a unique transcription machinery of Kluyveromyces lactis plasmids with major emphasis on non-canonical RNA polymerase has become the aim of this work. Bioinformatic analysis in silico was used to examine the evidence leading to an assumption of existence of specific RNA polymerase. Subsequent genetic and biochemical methods were used for: 1) production of putative RNA polymerase subunits in several expression systems; 2) testing interaction between several components of transcription...
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Joyeux, Alexandre. "Identification of a novel transcriptional activator involved in plastid-nucleus communication during the plant response to stress." Thèse, 2005. http://hdl.handle.net/1866/15222.
Full text
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Zghidi, Ouafa. "Etude de la fonction du facteur de transcription plastidial, Sigma 3 chez Arabidopsis thaliana." Phd thesis, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00473335.
Full textAbstract:
Trois ARN polymérases sont responsables de la transcription du génome plastidial. L'une d'entre elle, la PEP (Plastid-Encoded RNA Polymerase), est de type eubactérien et multimérique. Cette enzyme interagit avec des facteurs de transcription de type sigma au niveau des régions promotrices des gènes cibles. Chez Arabidopsis thaliana, six facteurs sigma sont codés par des gènes nucléaires et sont localisés dans les plastes. Nous avons étudié la fonction du facteur sigma 3 (SIG3), à l'aide de mutants d'insertion d'ADN-T d'Arabidopsis. L'analyse du profil d'expression des gènes plastidiaux (transcriptome) par puce à ADN nous a permis de montrer que le complexe PEP/SIG3 transcrit spécifiquement le gène psbN et régule l'expression des gènes atpH, atpA, atpE, atpF et atpB. Le gène psbN se trouve sur le brin opposé de l'opéron psbB, entre les gènes psbT et psbH. L'expression de psbN produit des ARNs antisens de psbT. Des expériences de protection à la RNase A/T1 nous permettent de suggérer que les transcrits sens et antisens de psbT forment in vivo un ARN double brin. Nous avons montré que chez le mutant sig3, le transcrit antisens de psbT est totalement absent alors que la protéine PsbT est plus abondante par rapport au sauvage. Ces résultats suggèrent que la formation d'un ARN double brin psbT sens/antisens diminue l'efficacité de la traduction de la protéine PsbT. Ainsi, le complexe SIG3-PEP, en reconnaissant spécifiquement le promoteur du gène psbN, permet la synthèse de transcrits complémentaires à psbT ce qui constitue un outil de régulation de l'expression de la protéine PsbT. Les gènes atpH et atpB font partie respectivement de l'opéron atpI/atpH/atpF/atpA et l'opéron atpB/atpE. En utilisant la spectinomycine, nous avons montré que l'expression des différents gènes codant les sous unités de l'ATP synthase plastidiale est exclusivement contrôlée par l'ARN polymérase plastidiale, PEP. Nous avons ensuite analysé l'expression de ces opérons dans le mutant sig3. Le gène atpH code la sous unité CF0-III du complexe de l'ATP synthase, 5-12 fois plus abondante que les autres sous unités. Le gène atpB code la sous unité β du complexe CF1 de l'ATP synthase. Nous avons observé par puce à ADN chez la plante sauvage que l'accumulation de l'ARNm atpH est 5 à 12 fois plus importante que les autres transcrits codant les sous unités de l'ATP synthase. Nous avons montré que l'ARNm atpH est produit soit par co-transcription des gènes atpI/atpH soit par transcription à partir d'un promoteur (PatpH-413) reconnu par le complexe SIG3-PEP. Nous suggérons ainsi que le complexe PEP/SIG3 pourrait participer par la régulation transcriptionnelle de l'expression du gène atpH à l'établissement de la stœchiométrie de l'ATP synthase plastidiale chez Arabidopsis thaliana. Par contre, l'opéron atpB/atpE est transcrit à partir de deux promoteurs: PatpB -520 et PatpB -467. Seul le promoteur PatpB -467 est sous le contrôle du facteur SIG3. Ces résultats suggérent donc que le facteur SIG3 régule de manière plus atténuée l'expression de l'opéron atpB/atpE.
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Kambová, Milada. "SigN z Bacillus subtilis: Funkční charakterizace." Master's thesis, 2021. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-446423.
Full textAbstract:
Bacillus subtilis strain 3610 is an ancestral undomesticated strain. It diers from the laboratory strain 168 in many aspects. One dierence in strain 3610 is the presence of plasmid pBS32 encoding the sigma factor N (σN). This σ factor is activated when DNA damage occurs and induces the bacteria's cell death. The aim of the Thesis was a systematic characterisation of σN-dependent transcription. First, I showed that plasmid-borne but not chromosome-borne predicted σN-dependent promoters were ac- tive in transcription in vitro. Next, the anities of RNAP with σN for DNA, initiating NTP (iNTP) were determined for both relaxed and supercoiled DNA templates. Sur- prisingly, the activity of RNAP on relaxed σN-dependent promoters was higher than on their supercoiled versions, an opposite trend than displayed by RNAP associated with other σ factors. This property of σN-dependent promoters was not encoded by the core promoter sequence. In summary, this Thesis contributed to our understanding of the bacterial transcription apparatus. 1